Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 75 out of 11,481

The Role of Interleukin - 8 Associated with Peptic Ulcer Disease Induced by Helicobacter pylori == The Role of Interleukin - 8 Associated with Peptic Ulcer Disease Induced by Helicobacter pylori

Author name: ايمان عبد الجبار محمد العاني
Supervisor name: Nazar E. Naser | Abdul Wahab Al - Shaikhly
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة لتوضيح تاثير الشذوذ المناعي حول الكشف السريري لدى مرضى مصابون بقرحة المعدة والاثني عشري في بغداد, بالاضافة الى تهيئة معالم اوضح لدور الانترلوكين - 8 في الامراضية المناعية عند هؤلاء المرضى والتي سببها بكتريا Helicobacter pylori. كذلك شملت الدراسة استخدام مختلف الفحوصات المناعية والبكتريولوجية في الكشف عن وجود بكتريا H.pylori المسببة لمرض قرحة المعدة والاثنى عشري . تم شمول (48) مريضا (31 من الذكور و17 من الاناث) وباعمار تراوحت ما بين ال30 - 50 سنة مصابين بمرض قرحة المعدة والاثني عشري ومجموعة من الافراد الاصحاء كمجموعة سيطرة ملونة من 62 شخصا منهم( 26 من الذكور و36 من الاناث ) باستخدام طرائق تحري بكتريولوجية شائعة وحديثة , مناعية وتشريح انسجة مرضية للتحري عن وجود الاصابة ببكتريا Helicobacter pylori.اعتمد التشخيص النهائي على ايجابية اي من الاوساط الثلاثة او بمصاحبة فحص اليورييز الايجابي وفحص النسيج المرضي, اذ اثبتت النتائج ان من بين اوساط الزرع الثلاثة المختلفة , كان HP agar هو الوسط الاكفا في عزل البكتريا H.pylori عندما حقق على معدل عزل قياسا بكل من وسطي اكار خلاصة الدماغ / القلب واكار كولومبيا ( 79.2% , 35.4% , 25% على التوالي). اظهر تقدير اداء الاختبارات المصلية في التنبؤ بالاصابة ببكترياH.pylori لدى مرضى قرحة المعدة والاثني عشري وتمييزهم عن مجموعة الاصحاء , ان تحديد وجود H.pylori specific IgG باتباع طرائق حديثة مختلفة قد يحسن من عملية التنبوء بالاصابة بالبكتريا اكثر من علاقتها بمرض قرحة المعدة والاثني عشري نفسه.كما وتضمنت الدراسة اتباع طريقتين لتشخيص وجود مضادات H.pylori specific IgG حيث اظهرت النتائج ان طريقة الاليزا (ELISA) اعطت معدل ايجابية اعلى لدى مجموعة المرضى مقارنة بطريقة miniVidas (95.8% , 89,6% على التوالي). ومن الجدير بالملاحظة ان مجموعة السيطرة H.pylori specific IgG بلغت نسبة ( 42.2% او 46.8% عند القياس بطريقة miniVidas او ELISA على التوالي). لم تظهر فوارق معنوية لمستوى وسط H.pylori specific IgG عند قياسه بالطريقتين , اية فروق معنوية بشكل واضح بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة , في حين ظهرت فروق معنوية بين وجود من عدم وجود H.pylori في مجموعة المرضى باستخدام طريقة miniVidas فقط ) وسط الزرع =3 ng/ ملي لتر و1.15 ng / ملي لتر على التوالي). لم يكن كلا من فحص H.pylori specific IgG واختبارات ال Helicogen ذات كفاءة جيدة في التنبؤ بمرض قرحة المعدة والاثني عشر للتفريق بين مجموعتي المرضى والاصحاء , اذ كان الPPV قريبا جدا من احتمال وجود المرض دون اجراء اي اختبار. ومن جهة اخرى فان اجراء الفحص السيرولوجي في التنبؤ بالاصابة ببكتريا H.pylori لدى المرضى المصابين بقرحة المعدة والاثني عشري اظهر بان طريقة اليزا قد تعتبر فحصا حساسا جدا (درجة الحساسية 100%) في التحري عن وجود H.Pylori التي نتج عنها PPV , NPVتاما لدى 87%. كما وتم الحصول على اعلى محدودية للاختبار الايجابي ( 97.5%) باتباع طريقة miniVidas رغم ان حساسية الاختبار كانت اقل بقليل من طريقة ELISA (97.5%). واستنادا الى النتائج فان H.pylori specific IgG الذي تم تقديره بطريقةminiVidas كان افضل خيار للتميز بين H.pylori السالبة والموجبة حيث اظهر القياس نسبة حساسية عالية وPPV تتجاوز 90.7% والتي كانت مساوية لمعيار النفاذ الذي تم الحصول علية باستخدام الطريقتين. اثبتت الدراسة الحالية وجود فوارق معنوية في المستوى الكلي لمصل IgG بين المجموعات الموجبة والسالبة لدى المصابين ببكتريا H.pylori (المتوسط الحسابي 1531.2 ملي غرام/ملي لتر و917.7 ملي غرام/ملي لتر على التوالي ) في حين لم تظهر فروقات معنوية تتعلق ب IgM, IgA, C3 & C4 بين هاتين المجموعتين. ومن ناحية اخرى تميز IgG وC4 لدى المقارنة بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة (المتوسط الحسابي ل IgG كان مساويا الى 1397 ملي غرام / ملي لتر و1067.4 ملي غرام / ملي لتر والمتوسط الحسابي لC4 كان 49.8 ملي غرام / ملي لتر و29 ملي غرام / ملي لتر على التوالي). تشير البيانات المستخرجة من الدراسة الى ان مستوى IL - 8 في مرض التهاب المعدة لم يكن يعتمد على الاصابة ببكتريا H.pylori ولكن زيادة ال IL - 8 في مستوى المصل بين حالات الاصابة بقرحة المعدة والاثني عشري قد تعزى الى التهاب النسيج الذي يصاحب المرض ما دام هناك فارق معنوي بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة, في حين لم تكن تلاحظ اية فروق معنوية بين المجموعات الموجبة والسالبة لبكتريا H.pylori . وقد تكون لهذه النتائج مضامين هامة للتوصل الى تبصر اعمق في تفهم اليات البكتريا المسببة للمرض فيما يتعلق بالاستجابة المناعية ضد الاصابة ببكتريا H.pylori | This study was conducted to obtain more clarification about the impact of immunological abnormalities on the clinical expression of peptic ulcer among Iraqi patients, in addition to provide further insights into the role of some interleukins in immunopathogenesis of patients with peptic ulcer disease induced by Helicobacter pylori. The study also included various immunological and bacteriological investigations in detecting the presence of H. pylori associated with peptic ulcer disease.Forty eight (31 males and 17 females) patients suffering from peptic ulcer, and sixty two (26 males and 36 females) apparently healthy individuals (as control) , were subjected to different recent and common bacteriological, immunological and histopathological evaluations regarding the ages of the patients and healthy individuals included between 30 - 50 years which were done for detecting Helicobacter pylori infection.Final diagnosis was completely established when any of the three culture media showed the evidence or a combination of positive urease test and histological evidence. The results documented that among different types of cultures media, Helicobacter pylori agar was the most superior medium for the recovery of H. pylori 79.2 %, which provided the highest isolation rate compared with Brain Heart Infusion agar and Colombia agar (35.4 %, and 25 % respectively).Assessing the performance of serology in predicting H. pylori infection associating with peptic ulcer patients and / or distinguishing them from healthy controls, demonstrated that determination of H. pylori specific IgG using recent different methods may improve predicting the infection of H. pylori rather than relating to peptic ulcer disease itself.In the present study, two methods were used for detecting presence of H. pylori specific IgG antibodies. The results showed that ELISA method gave a higher cases positivity rate compared to miniVidas method (95.8%, 89.6% ,respectively) .It is worth noting that a good proportion of healthy controls had positive H. pylori specific IgG (45.2 % or 46.8 % measured by miniVidas or ELISA method respectively). The medium level of H.pylori specific IgG measured by both methods did not significantly differ between patients and control groups, while the differences observed for the presence of H. pylori compared with its absence among cases were statistically significant only by using the miniVidas method (Medium = 3 ng/ml, and 1.15 ng/ml respectively). The present study showed that both H. pylori specific IgG antibodies test and Helicogen tests were not so useful in predicting peptic ulcer disease distinguishing them from healthy control since the PPV was nearly close to the prior probability of having the disease without doing any test. On the other hand, assessing the performance of serology in predicting H.pylori infection in patients with peptic ulcer disease demonstrated that ELISA method would be a very sensitive test (sensitivity = 100 %) in detecting the presence of H. pylori, that resulted in a complete NPV and PPV of 87%.The highest specificity of positive test (97.5%) was obtained by using miniVidas method. Its sensitivity, however, was slightly lower than ELISA method (97.5 %). According to the results, H. pylori specific IgG measured by miniVidas method seems to be the best choice to differentiate between positivity and negativity of H. pylori since it offered a high sensitivity and a PPV exceeding 90.7% which was equal to the validity of parameter obtained by using both methods. The present study documented a significant variation in total serum IgG level between positive and negative groups of H. pylori infection,(mean 1531.2 mg/ml and 917.7 mg/ml ,respectively), while no significant variations were reported in IgM, IgA, C3 and C4 between these two groups. On the other hand, only IgG and C4 varied significantly regarding cases and control groups (mean of IgG = 1397 mg/ml and 1067.4 mg/ml, mean of C4= 49.8 mg/ml and 29 mg/ml, respectively). Data from the study indicated that IL - 8 level in gastritis was independent of H. pylori infection, but one would attribute the increase in IL - 8 serum level among cases with peptic ulcer to the tissue inflammation related to the disease since there was a significant variation between cases and controls, while no differences were observed between positive and negative groups of H. pylori infection. These findings might be of important implications for having further insights into understanding the pathogenic mechanisms of bacteria in relation with immunologic response against H. pylori infection.

دراسة جوانب من الاستجابة المناعية لاصابات الكلية عند الاطفال == A study of some immunological aspects in children with renal disease

Author name: ايمان عباس محسن
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | سيناء مهدي شاكر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: نفذت هذه الدراسة بين 17 - 12 - 2008 و25 - 8 - 2009 وشملت 62 طفلا مريضا في المدى العمري (1 - 12) سنة ومن كلا الجنسين : 26 طفلا مصابا بالفشل الكلوي المزمن و36 طفلا مصابا بالمتلازمة الكلائية، وكان المرضى خارجيين وراقدين في وحدة غسل الكلية في كل من مستشفى المنصور التعليمي للاطفال ومستشفى الطفل التعليمي المركزي وشملت المجموعة الضابطة 26 طفلا. جمعت عينات الدم من المرضى والاصحاء واجريت الفحوص المناعية وهي قياس مستويات كلا من انترلوكين - 6 والاريثروبيوتين وفق تقنية مقايسة الممتز المناعي المرتبط بالانزيم ((ELISA. اما الاختبارات الكيميائية الحيوية فقد تضمنت قياس نسبة اليوريا والكرياتنين في المصل لتقييم الوظيفة الكلوية. شملت السمات الدموية قياس حجم الخلايا المرصوصة ونسبة خضاب الدم للتحري عن وجود فقر الدم. اظهرت النتائج زيادة معنوية في مستوى انترلوكين - 6 (0.001>P) ونقصانا معنويا في مستوى الاريثروبيوتين(0.001>P) وزيادة معنوية في يوريا وكرياتنين المصل(0.001>P) ونقصانا معنويا في كل من حجم الخلايا المرصوصة ونسبة خضاب الدم (0.001>P)في كلتا المجموعتين المرضيتين بالمقارنة مع المجموعة الضابطة. جمعت عينات الادرار من مجاميع المرضى والاصحاء واجري لها الفحص العام (بغض النظر عن نوع المرض الكلوي) بعد زرع النماذج على وسطي اغار ماكونكي واغار الدم . اظهرت نتائج الفحص العام للادرار ان وجود القوالب في ادرار المرضى لم يكن معنويا (الاحتمالية=0.056)، بينما كان وجود بروتين الالبومين في ادرار المرضى معنويا (الاحتمالية=0.049). وجدت نتائج زرع الادرار السالبة في 64.5% من كلتا المجموعتين المرضيتين٬ كذلك كانت نتائج زرع الادرار سالبة في المجموعة الضابطة. اما نتائج زرع الادرار الموجبة في المرضى (35.3%) فكانت تشير الى وجود التهاب السبيل البولي مع علاقة معنوية بنوع المرض الكلوي (الاحتمالية= 0.042). لقد اظهر التهاب السبيل البولي علاقة معنوية مع الجنس (الاحتمالية= 0.044). تضمن النمو الجرثومي الانواع التالية : E. coli (54.55%) وPseudomonas aeruginosa (22.73%) وKlebsiella pneumoniae (9.09%) وProteus mirabilis (9.09%) وعزلة واحدة فقط من Morganella morganii (4.55%). اختلفت العزلات البكتيرية في حساسيتها للمضادات الحياتية والتي اشتملت على السفترياكزون والسفتازديم والجنتامايسين وحامض الناليدكسك والتراي ميثوبريم والنايتروفيورانتين. | This study was carried out between December 17, 2008 and August 25, 2009. It included 62 pediatric patients at the age range (1 - 12) years of both genders : 26 with chronic renal failure (CRF) and 36 with nephrotic syndrome (NS), who were outpatients and in - patients in the dialysis unit in both Al - Mansour pediatric teaching hospital and Child's central teaching hospital. The control group consisted of 26 children. Blood samples were collected from patients and controls. Immunological tests of interleukin - 6 (IL - 6) and erythropoietin (Epo) measurement were done by using ELISA technique. Biochemical tests, including blood urea and serum creatinine, were applied to evaluate renal function. Hematological aspects referred to anemia presence or not; by measuring PCV and Hb. The results explained significant increase in serum IL - 6 levels (P<0.001), significant decrease in serum Epo levels (P<0.001), significant increase in both urea and creatinine concentrations (P<0.001) in serum and significant decrease in both PCV and Hb (P<0.001) in NS and CRF patients in comparison with the control group. Urine samples were collected from children with both renal diseases and healthy controls. After culturing the samples on both MacConkey agar medium and blood agar medium, general urine examination (GUE) was applied regardless the type of the renal disease. GUE of both CRF and NS patients showed that casts presence in urine was not significant (p=0.056), while albuminuria was significant (P=0.049). The negative urine cultures were present in 64.5% of both patients' groups. The control group showed no bacteria in urine. The positive cultures in patients (35.5%) were indicating UTIs with a significant relation with the type of renal disease (P=0.042). UTIs seemed to be related with gender (P=0.044). The bacterial growth included the following isolates : E. coli (54.55%), Pseudomonas aeruginosa (22.73%), Klebsiella pneumoniae (9.09%), Proteus mirabilis (9.09%) and Morganella morganii in one case only (4.55%). The bacterial isolates were different in their sensitivity to antibiotics, which included Ceftazidime, Cefteriaxone, Gentamycin, Nalidixic acid, Nitrofurantoin and Trimethoprime).

التحليل لبعض عوامل الضراوة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من مصادر التليف الحوصلي وغير التليف الحوصلي

Author name: ايمان ثامر جار الله
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study concerned with illustration the molecular pattern of virulence genes in P. aeruginosa isolated from cystic fibrosis (CF) and compared them with those of none CF isolates (different nosocomial infections). The study involves the following steps : · Twenty - six isolates of P. aeruginosa were obtained from patients submitted to Baghdad hospitals/Iraq during the period between July 2013 until December 2013. These isolates were distributed as 6 isolates from blood, 4 isolates from urinary tract infections andsputum (for each), 3 isolates from wounds and ear infections (for each), 2 isolates from bronchial wash of patients suffering respiratory tract infection beside 4 isolates from cystic fibrosis patients. · The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar and P. aeruginosa agar then diagnosed by performing some morphological and biochemical tests. The second diagnoses was done by api 20NE system followed by Genotypic diagnoses usingpolymerase chain reaction (PCR) depending on a housekeeping gene rpsl gene (amplified size was 201bp). The results revealed that all the 26 isolates were P. aeruginosa.· Genotypic detection of many virulence factors related to P. aeruginosa was performed using conventional PCR. They included : gene coded for exoenzyme S (exoS, 504bp), exotoxin A (toxA, 352bp), two phospholipases C encoded by (plcH, 307bp) and (plcN,466bp), alginate (algD, 1310bp), (lasB, 300bp), putative silidase (Pseudoaminidase, 1500bp) and Neuraminidase (nan1, 1316bp). · The results revealed that the most frequently gene was exoS when it was detected in 21/26 (80.7%) and distributed between 19 in different clinical source and 4 in CF samples. For toxA the rate was 19/26 (73%) and all CF isolates were positive to this gene as with exoS. The percentage of other genes were, plcH 13/26 (50%), plcN 18/26 (69.2%), algD17/26 (65.3%) {All CF isolates were positive}. For lasB gene it was detected in 8/26 (30.7%), sialidase (Pseudoaminidase) in 4/26 (15.38%) isolate, one of source was CF and the others distributed between bronchial wash and ear infections. The last gene was nan1 and only one CF isolate 1/26 (3.8%) harbored this gene.· DNA sequencing and phylogenic analysis for exoS, toxA, plcH, algD, nan1 and sialidase (Pseudoaminidase) genes were done using Pairwise alignment and Tamura - Nei genetic destine model, UPGMA (Un weighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) tree build, respectively. Results of DNA sequencing for exoS and toxA genes revealed that most isolates display different point mutation as compared with the NCBI data. Point mutation type transversion was detected in residue no. 17 base 52 in P. aeruginosa exoSBW1 isolated from bronchial wash causes alteration of Thyamine to Adenine and conversion of Leucine residue to Glutamine. Another point mutation type transition occured in exoSB1, exoSU1 and exoSCyF1 in residue no. 18 base 55 when Guanine converted to Adenine cause conversion of Serine residue to Asparagine. P. aeruginosa exoSB3 and exoS CyF2 isolated from blood and cystic fibrosis, respectively, showed high similarity made them segregate within the same group or clone, while exoSU2 and U3 were within the same clone but neither with exoS U1 nor U4. · Another point mutation was detected in P. aeruginosa toxA CyF2, when nitrogen base Guanine no. 36 residue 12 was changed to Adenine causes conversion of Arginine to Histidin. Also mutation occur in toxA - CyF1, 2, 3, 4, toxA U1, 2, 3, 4 and toxA BI, BW1 whennitrogen base Adenine no. 132 residue 44 was converted to Guanine causes the conversion of Threonine to Alanine. Such difference may explain the diversity of virulence in some isolates.· DNA analysis for plcH was performed to amplified fragment related to CyF3. The identity of Pairwise alignment with the origin gene related to NCBI was 100% and no mutation was detected. · For algD, result revealed that a point mutations were detected in many residuse but the interest finding is that all of these mutations were silent specially in CyF2, since it didn’t change amino acid sequence, while the mutation that was delectated in P. aeruginosa algD Ear1 causes alteration in amino acid sequence when nitrogen base Guanine no. 388 residue 130 was converted to Adenine thus the conversion of Glycine to serine. The percentage of Pairwise identity was 95.4% which represent the percentage of identical residues in the alignment including gap and non gap residues .· For nan1 gene, many mutations were noticed in this amplified fragment but some of them were silent while others were defective cause alteration in frame translation in many residues. · DNA sequence for silidase (Pseudoaminidase) gene related to P. aeruginosa CyF3 and Pairwise alignment for this gene was performed (forward and reverse sequences data). The data was compared with control obtained from NCBI gene bank. The identity was 82% with some gaps occur in identity due to differences in base pair sequence as a result from changing some nitrogen bases. Most of these mutation were silent mutation after translated to amino acid. Others were not.· From all above results, it could be said that some isolates displayed highly virulence pattern specially in CF isolates as compared with non - CF isolates. P. aeruginosa was unique in harboring all the detected virulence genes and most of them were mutant.

المؤشرات الحيوية في اللعاب والدم في النساء المصابات بسرطان الثدي == Biomarkers in Saliva and Blood of Breast Cancer in Women

Author name: ايدن كامل محمد
Supervisor name: خالد مهدي صالح | ماهرة نوري احمد
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يشكل سرطان الثدي المرتبة الاولى من بين اكثر السرطانات شيوعا في العراق، وقد اصبح يشكل اكبر تهديدا لصحة النساء العراقيات. يمتاز سرطان الثدي بكونه مرض شديد التغاير بسبب تنوع خصائصه المظهرية، نتائجه السريرية، وتباين استجابته للعلاجات المختلفة. لذلك فان الدراسة الحالية تحاول ان تضع تصنيف شامل لسرطان الثدي عند النساء العراقيات من خلال تحديد قوة عوامل الخطورة الاكثر شيوعا ، ومستويات بعض الدوال الحيوية قبل وبعد عملية الازالة الجراحية وفيما اذا يمكن الكشف عنها في اللعاب كسائل جسمي تشخيصي بديلا عن الدم.تم تصميم هذه الدراسة لتشمل 181 امراة عراقية من مراكز ومستشفيات الكشف المبكر عن السرطان والامراض النسائية خلال الفترة من تموز 2013 ولغاية تشرين الثاني 2014 . كان عدد النساء السليمة من امراض الثدي 50 امراة ، و131 امراة تعاني من امراض الثدي (111 منهن لديهن سرطان الثدي الخبيث ، والـ 20 المتبقية منهن يعانين من امراض الثدي الحميدة) ، حيث تم تاكيد التشخيص السريري باستخدام تقنية الرشف بالابرة الدقيقة من قبل المتخصصين في هذه المراكز.باستخدام استمارات الاستبيان ، تم الحصول على بيانات التاريخ الطبي لكل النساء المشمولات بالدراسة لتحديد عوامل الخطورة المرافقة لسرطان الثدي كالعمر ، والتاريخ العائلي للمرض ، والعمر عند اول دورة طمثية ، والعمر عند بدا سن الياس ، واستخدام موانع الحمل الفموية ، والحالة الزوجية ، والاجهاض ، والرضاعة ، والتعرض السابق لامراض الثدي والاشعاع ، بالاضافة الى التدخين. كما تم الحصول على بعض المقاييس البدنية كالطول ووزن الجسم ومحيط الخصر والورك لتحديد حالة البدانة لدى كل النساء المشمولة بالدراسة.تم جمع عينات الدم واللعاب من كل النساء لتحديد صنف الدم حسب نظام ABO ونظام لويس وحالة الافراز وكذلك لتقدير مستويات الدوال الحيوية فيهما والتي تضمنت الاسترادايول والبروجيسترون والـCancer Antigen 15 - 3 وCarcinoemberyonic Antigen والبروتين الكلي. اما عينات الخزعة فقد استحصل عليها فقط من النساء المصابات بسرطان الثدي بعد عملية الاستئصال الجراحي واخضعت للفحص الامراضي النسجي والجزيئي لغرض تصنيف السرطان الى انواعه الرئيسية وانماطه الثانوية باستخدام تقنية الكيمياء المناعية النسجية. لقد بينت الدراسة الحالية العديد من النتائج والتي يمكن تلخيصها بما يلي : 1. هناك اربعة عوامل خطورة فقط والتي يمكن الوقاية منها (البدانة وامراض الثدي السابقة واستخدام موانع الحمل والاسقاط) هي التي رافقت بشكل معنوي سرطان الثدي ، في حين سجلت معظم عوامل الخطورة التي لا يمكن الوقاية منها كتاريخ المرض العائلي وحالة اللاافراز وطمث مبكر وسن ياس متاخر زيادة معنوية من خطورة اصابة النساء بسرطان الثدي. ان التاثير التراكمي لعوامل الخطورة هذه اوضح بان 99.1% من النساء المصابات بسرطان الثدي لديهن واحد او اكثر من عوامل الخطورة سواءا تلك التي يمكن الوقاية منها او التي لا يمكن الوقاية منها وبتوشيجات مختلفة بالمقارنة مع 68% من النساء السليمات و75% من النساء المصابات بامراض الثدي الحميدة.2. ان تراكيز جميع الدوال الحيوية المستخدمة في هذه الدراسة قد ارتفعت في دم النساء المصابات بسرطان الثدي عن الحد الاعلى لمدياتها الطبيعية وعن تلك المسجلة عند النساء الطبيعيات والمصابات بامراض الثدي الحميدة ما عدا البروجيسترون الذي بقي تركيزه ضمن الحدود الطبيعية في كل المجاميع. كما تبين بان جميع الدوال الحيوية امكن العثور عليها في عيينات اللعاب وان معامل الجزء اللعابي خاصة للدالتين CA 15 - 3 والبروتين الكلي سجل ارتفاعا معنويا لدى النساء المصابات بسرطان الثدي (14.51% و9.86% على التوالي) بالمقارنة مع (10.65% و2.08% على التوالي) عند النساء السليمات و(12.28% و2.41% على التوالي) للنساء المصابات بامراض الثدي الحميدة .3. بينت الدراسة ان اكثر انواع سرطان الثدي شيوعا عند النساء العراقيات طبقا لتصنيف الامراض النسجية هو السرطان الاجتياحي حيث شكل 92.8% من المجموع الكلي لحالات سرطان الثدي في هذه الدراسة ، والنسبة المتبقية (7.2%) تعود للسرطان الموقعي. في حين اظهر التصنيف الجزيئي بان اكثر الانماط الثانوية شيوعا من السرطانات الاجتياحية هو النمط luminal - like حيث شكل (80.6%) ، واما النسبة المتبقية فشكلت (9.7%) لكل من النمطين HER2 - enriched وbasal - like. وان معظم حالات النمط basal - like كانت من الدرجة الثالثة (90%) بالمقارنة مع 21.7% في حالات النمط luminal - like و10% في النمط HER2 - enriched.4. ان عوامل الخطورة التي لايمكن الوقاية منها هي وحدها التي سجلت ترددات عالية بين حالات النمط basal - like بحيث ان 90% من نساء هذا النمط كن في عمر ما قبل سن الياس ، و70% منهن كان لديهن دورة طمثية غير طبيعية ، و40% منهن لديهن تاريخ عائلي للمرض في اقارب الدرجة الاولى ، و100% من نساء هذا النمط لا يمتلكن صفة الافراز الوراثية. 5. بغض النظر عن البروجيسترون ، فان تراكيز جميع الدوال الحيوية انخفضت بشكل معنوي في عينات الدم واللعاب ولجميع الانماط الثانوية بعد عملية الازالة الجراحية للورم عما كانت عليه قبل الازالة الجراحية ، غير ان حالات النمط basal - like بقيت تراكيز الدوال فيها اعلى وبشكل معنوي عن تلك الموجودة في النمطين الاخرين. 6. على الرغم من ان معامل الجزء اللعابي لكل من الاسترادايول والبروجيسترون والـ CA 15 - 3 لم تتغير قيمته بعد عملية الازالة الجراحية للورم عن تلك المسجلة قبل الازالة الا ان قيمته بالنسبة للدالة CEA (قبل وبعد العملية) ولدالة البروتين الكلي (بعد العملية) قد ازدادت بشكل معنوي في حالات النمط basal - like بالمقارنة مع تلك الموجودة في النمطين الاخرين . يمكن ان نستنتج بان صفة الافراز الوراثية تعد كعامل خطورة قوي لسرطان الثدي خاصة اذراافقتها عوامل خطورة اخرى ، كما ان اللعاب يعد كسائل جسمي تشخيصي يمكن استخدامه للتحري عن العديد من الدوال الحيوية المتعلقة بسرطان الثدي على الاقل للتفريق بين سرطان الثدي وبقية امراض الثدي الحميدة وكذلك بين الانماط المختلفة لسرطان الثدي الاجتياحي. | In Iraq, breast cancer ranks the first among the commonest malignancies, which became one of the major threats to Iraqi female health. Breast cancer is a highly heterogeneous disease due to its diverse morphological features, clinical outcome and response to different therapeutic options. Therefore, the current study attempt to establish a comprehensive classification of breast cancer in Iraqi women via determining the strength of most common risk factors, levels of some biomarkers pre - and post - surgical operation, and whether they are detectable in saliva as an alternative diagnostic fluid as well as of blood. This study has been designed upon 181 Iraqi women in different sites and hospitals for early detection of breast cancer and gynecology Hospital during the period from July 2013 to October 2014. Women involved in this study include 50 healthy, and 131 breast diseased (111 from them are with malignant breast cancer and 20 with benign - breast disease), the diagnosis was confirmed according to the fine needle aspiration (FNA) technique carried out by specialists. By using questionnaire list, clinical history of all women was obtained to determine risk factors associated with breast cancer such as age, family history, age at menarche and menopause, oral contraceptive use, marital status, pregnancy, abortion, breast feeding, previous exposure to breast disease and radiation, as well as smoking. Physical measurements were obtained from all women including height, body weight, waist and hip circumference to determine their obesity status.Blood and saliva samples were collected from all women to determine ABO and Lewis blood groups, secretory status, as well as biomarkers levels including estradiol, progesterone, CA 15 - 3, CEA, and total protein. However, tumor biopsies were obtained only from breast cancer women postoperatively and subjected to histopathological and molecular investigation to classify the major types and subtypes of breast cancer by using immunohistochemistry technique.The present study revealed several results which can be summarized as follows : 1. Only four preventable risk factors (obesity, previous breast disease, oral contraceptive use, and abortion) were significantly (P < 0.05) associated with breast cancer, while most of the non - preventable risk factors including positive family history, non - secretors, early age at menarche and late age at menopause were significantly (P < 0.05) increased the risk in women for getting breast cancer. Furthermore, the accumulative effect of all these risk factors showed that 99.1% of Malignant breast cancer women have combination of one or more risk factors whether they are preventable or non - preventable which are present in different combination in comparison with 68% of normal breast and 75% of benign breast - diseased women.2. The concentrations of all biomarkers investigated in this study were elevated in the blood of malignant - breast women and become higher than those in normal and benign breast diseased women as well as higher than upper limits of their normal range except progesterone which remained within its normal range. Furthermore, all biomarkers were detectable in the saliva samples and the salivary fraction index (Sf %) particularly of CA 15 - 3 and TP were significantly higher in Malignant breast cancer women (14.51%, 9.86% respectively) than those in normal breast (10.65%, 2.08% respectively) and benign breast (12.28%, 2.41% respectively). 3. The most common type of breast cancer among Iraqi women according to histopathological classification was invasive carcinoma (92.8%), while the rest belong to in situ ductal carcinoma (7.2%). Whereas molecular classification showed that the most frequent subtypes of invasive carcinoma among Iraqi women was Luminal - like carcinoma (80.6%), while the rest (9.7%) were recorded for each HER2 - enriched and basal - like. The majority of basal - like cases were found at the 3rd grade (90%) when compared with 21.7% in luminal and 10% in HER2. 4. Non - preventable risk factors recorded high frequency among basal - like cases; 90% of them are at premenopausal status, 70% have abnormal menarche, 40% having first - related women getting breast cancer, and 100% of them are non - secretors.5. In spite of progesterone, concentrations of all other biomarkers were significantly decreased postoperatively in blood and saliva of all subtypes when compared with their concentrations preoperatively, but cases with basal - like carcinoma still have higher concentrations than those in luminal and HER2 whether pre - or postoperatively. 6. Although the salivary fraction of estradiol, progesterone, and CA 15 - 3 didn’t change after surgical removal of tumor from that of preoperatively, its values for CEA (pre - and postoperatively) and total protein (only postoperatively) were significantly increased in basal - like cases in comparison with those in luminal and HER2 subtypes.It can be concluded that secretor status should be considered as a strong risk factor for getting breast cancer particularly when combined with other risk factors, also saliva as diagnostic body fluid is a promised sample to search for several biomarkers related with breast cancer at least to differentiate between breast cancer and other benign breast diseases as well as between the different subtypes of invasive breast carcinoma.

تاثير مادة الاومنيباك 350 على كروموسومات الفئران المشععة بالاشعة السينية X - Ray == Omnipaque 350 Effect on Irradiated Mice Chromosomes with X - Ray

Author name: ايات علي محمود الجبوري
Supervisor name: مثنى ابراهيم ملك
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Wasit University - College Of Science - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Wasit
First pages:
Abstract: الاومنيباك (350) هو مادة لونية , غير متاينة ,تحتوي على ذرات الايودين في تركيبها الكيميائي. يتم استعمال هذه المادة في كثير من التطبيقات الطبية المهمة المتمثلة في التصوير الاشعاعي كالمفراس الحلزوني, جهاز الرنين المغناطيسي وتطبيقات الاشعة السينية لتسهيل تشخيص الاصابات المرضية المختلفة وذلك باعطاء صورة لكل تراكيب الجسم مثل الاوعية الدموية, جهاز القناة الهضمية بالاضافة الى انسجة واعضاء الجسم الاخرى. تم تصميم هذه الدراسة لتحديد تاثيرات هذه المادة (الاومنيباك 350) على كروموسومات خلايا نخاع عظم الفئران المختبرية بالاضافة الى تعريضها الى ثلاث ضربات من الاشعة السينية (60 كيلو الكترون فولت في كل ضربة) في محاولة للتقرب بعمل المفراس الذي يعطي عدة ضربات لجرعة واحدة وفي ان واحد. اجريت هذه الدراسة في مختبر الوراثة الخلوية \قسم علوم الحياة\ كلية العلوم في جامعة واسط وذلك لغرض تحديد تاثيرات مادة الاومنيباك لوحدها او بدمجها مع الاشعاع وباستخدام عدة اختبارات خلوية - جينية كاختبار معامل انقسام الخلايا الطبيعية, التشوهات الكروموسومية ومعدل تكون النوى الصغيرة. وعلى هذا الاساس قسمت الحيوانات المختبرية الى مجموعتين : مجموعة السيطرة ومجموعة المعالجة. مجموعة السيطرة تضمنت ثلاث مجاميع, الاولى مجموعة السيطرة السالبة عوملت ب(0,25مل) ماء مقطر والثانية عرضت للاشعاع (ثلاث ضربات من جرعة 60 كيلو الكترون فولت لكل حيوان) اما الثالثة فقد حقنت بمادة الاومنيباك (0,25 مل) من خلال الحقن بالغشاء البيريتوني وتركت لمدة 24 ساعة. اما مجموعة المعالجة فقسمت ايضا الى ثلاث مجاميع وذلك بحقن مادة الاومنيباك لمرة واحدة (25,.مل) ولكن بفترات زمنية مختلفة تضمنت قبل وبعد وبين تشعيعين مع الاخذ بنظر الاعتبار عن وجود فرق معنوي عندما تكون (P< 0.05). اظهرت دراستنا الحالية ان مادة الاومنيباك لوحدها بالمقارنة مع مجموعة السيطرة السالبة 1 لها القدرة على تقليل المعامل الطبيعي لانقسام الخلايا ((P=0.006 ورفع معدل كلا من التشوهات الكروموسومية (P=0.001) ومعدل تكون النوى الصغيرة ((P=0.0009. علاوة على ذلك , اظهرت النتائج بان مستويات معامل الانقسام الطبيعي للخلايا ومعدل تكون التشوهات الكروموسومية والنوى الصغيرة تكون متشابهة في حالة حقن الاومنيباك قبل التشعيع (معامل الانقسام P=0.120,),(التشوهات الكروموسومية, P= 0.070),(النوى الصغيرة, P=0.067) او حقنها بعد التشعيع (معامل الانقسام P=0.169,),(التشوهات الكروموسومية, P= 0.465),(النوى الصغيرة, P=0.321).كما اثبتت نتائجنا ان تاثير مادة الاومنيباك 350 لوحدها على كروموسومات الفئران المختبرية هو مشابه لتاثير الاومنيباك والاشعاع معا (سواء تم حقن الاومنيباك قبل التشعيع او بعد التشعيع) وذلك من خلال عدم وجود فروق معنوية (P>0.005) في هذه المجاميع وفي جميع الاختبارات. واهم ما اظهرت دراستنا ان حقن الاومنيباك بين فترتين من الاشعاع اعطى فرقا معنويا كبيرا بالمقارنة مع مجموعة السيطرة السالبة 1 وفي جميع الاختبارات (معامل الانقسام P=0.0009 وفي التشوهات الكروموسومية P=0.0004 ومعدل تكون النوى الصغيرP=0.0005). واخيرا , اثبتت دراستنا بان مادة الاومنيباك لها تاثير ضار على كروموسومات خلايا نخاع عظم الفئران اكثر من الاشعاع اذا استخدم الاخير في جرع قليلة ,وتعود سمية الاومنيباك الى وجود الايودين في تركيبه الكيميائي والذي يمتاز بانه يساعد على زيادة امتصاص وتركيز الاشعة في الخلايا ناهيك عن كونه يمتلك تاثيرات ضارة على .DNA | Omnipaque (OP) 350 is non - ionic iodinated contrast medium frequently utilized in many medical applications such as CT - scan (computed tomography), MRI (magnetic resonance image) and X - ray, which improves the body structures or fluids contrast in medical imaging processes. The CT using can help to take clear contrast images between body tissues and organs, particularly the visibility of blood vessels and gastrointestinal system structures. Therefore, this study was established to investigate the effects of OP 350 on chromosomes of mice bone marrow stem cells following very low doses of X - ray (60 KeV, 3 doses per animal), mimicking the CT - scan effects on patients post OP 350 injection. The present study was carried out in the Laboratory of Cytogenetic at Department of Biology/ College of Science/ Wasit University. Cytogenetic effects of OP 350 alone, and OP 350/X - ray combination on chromosomes of bone marrow stem cells of albino males’ mice were evaluated through measuring mitotic index (MI), chromosomal aberrations (CAs) and micronuclei (MN). Therefore, the laboratory animals were divided into two groups : control groups and treated groups. Control groups consisted of three groups : negative control 1 (received 0.25 ml distilled water); the second group (X - ray group) was irradiated by three doses of 60 KeV. The third group was positive control, which was intraperitoneally injected with 0.25 ml of OP 350 and left for 24 hour while the treated groups were also divided into three groups by injection OP 350 before, after X - ray exposure and between two X - ray irradiation. The results were taken and analyzed (probability value was considered significant at P <0.05). The results showed that OP 350 treatment alone, in comparison with negative control group 1 (treated with 0.25 ml of distilled water), has the ability to increase the level of CAs (P=0.001), MN (P=0.0009) and reduce MI (P=0.006) significantly in mice bone marrow stem cells. Moreover, similar CAs, MN and MI levels were observed within the OP 350/X - ray combination treated a group in terms of OP 350 was giving before X - irradiation (MI (P=0.120), CAs (P=0.070), MN (P=0.067)) or after X - irradiation (MI (P=0.169), CAs (P=0.465), MN (P=0.321)).Therefore, the impacts of OP 350 alone is similar to the impacts of OP 350/X - ray combination treated a group in terms of OP 350 was giving before or after X - irradiation. So, there is not significantly different in all tests between these groups (P>0.005). Nevertheless, OP 350 treatment between two X - ray irradiations showed higher induction in CAs (P=0.0004) and MN (P=0.0005) and lower reduction in MI (P=0.0009) in comparison with negative control group 1. Finally, the study suggested that OP 350 has higher detrimental effects on chromosomes of mice stem cell than X - ray (if had utilized at low doses). The toxicity of OP 350 can be related to the iodine existence in its chemical structure, which may absorb and concentrate the X - ray in the cells, as well as, iodine has a harmful effect on DNA

دراسة مناعية ووراثية لداء السكري النوع الاول في عينة من المرضى العراقيين == Immunological and genetic study of type I diabetes mellitus in a sample of Iraqi patients

Author name: انور عبد ناصر
Supervisor name: احسان عرفان حسين | حازمة موسى خميل
General topic: Biology
Specific topic: zoology - Genetics
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة على 50 عينة دم ماخوذة من اطفال تراوح متوسط اعمارهم من 7 - 12 سنة, كان منها 35 (18 ذكور, 17 اناث) عينة دم لاطفال مصابين بداء السكري - النوع الاول Type 1 Diabetes Mellitus (T1D), وعلى 15 (9 ذكور, 6 اناث) عينة دم لاطفال اصحاء التي عدت كعينة قياسية. قدر تركيز بعض الحركيات الخلوية بادئة الالتهاب في مصل العينات المدروسة التي شملت IFN - γ وIL - 17, وبعض الحركيات الخلوية مضادة للالتهاب وشملت IL - 4، IL - 10 وTGF - β1, وباستعمال تقانة الاليزا ELISA. اظهرت النتائج تراكيز عالية من الحركي الخلوي IFN - γ في مصل المصابين بداء السكري - النوع الاول، اذ بلغ تركيزه 1.575 بيكوغرام/مليلتر بالمقارنة مع 0.921 بيكوغرام/مليلتر لدى العينة القياسية. اظهرت نتائج التحليل الاحصائي باستعمال اختبار Mann - Whitney U وجود فروق معنوية في هذا الحركي الخلوي بين الاطفال المصابين والعينة القياسية وتحت مستوى احتمالية P<0.05. اظهرت النتائج ايضا انخفاضا في تركيز الحركي الخلوي IL - 17A في مصل المصابين بالمقارنة مع العينة القياسية, اذ بلغ التركيز في مصل دم المصابين 0.010 بيكوغرام/مليلتر، بينما كان تركيزه في العينة القياسية 0.029 بيكوغرام/مليلتر. اظهرت النتائج انخفاضا في تركيز الحركي الخلوي IL - 4 في مصل المصابين بالمقارنة مع العينة القياسية, اذ بلغ التركيز في مصل دم المصابين 0.015 بيكوغرام/مليلتر، بينما كان تركيزه في العينة القياسية 0.021 بيكوغرام/مليلتر, كما اظهرت النتائج انخفاضا في تركيز الحركي الخلوي IL - 10 في مصل دم المصابين بالمقارنة مع العينة القياسية, اذ بلغ متوسط التركيز في مصل دم المصابين 0.068 بيكوغرام/مليلتر، بينما كان تركيزه في العينة القياسية 0.111 بيكوغرام/مليلتر. بينت النتائج ارتفاعا ملحوظا في تركيز الحركي الخلوي TGF - β1 في مصل المصابين بالمقارنة مع العينة القياسية, اذ بلغ متوسط التركيز في مصل دم المصابين 1.659 بيكوغرام/مليلتر، بينما كان تركيزه في العينة القياسية 0.444 بيكوغرام/مليلتر. اظهره نتائج التحليل الاحصائي وجود فروق معنوية في تركيز TGF - β1 بين كلا العينتين وتحت مستوى احتمالية P<0.05. اشارت نتائج قيم معامل الارتباط باستعمال تحليل Pearson Correlation بين الحركيات الخلوية المدروسة الى وجود فروق معنوية في بعض الحركيات الخلوية, بينما لم تظهر وجود اية فروق معنوية في الحركيات الخلوية الاخرى. اظهر التعدد الشكلي لجين IFN - γ T/A +874 المتضخم باستعمال تقانة نظام الممانعة للتضخيم Amplification refractory mutation system (ARMS - PCR) نسبة اعلى من تكرار الاليل t في عينة المصابين بالمقارنة مع تكرار الاليل a، بينما سجل الاليل t نسبة اعلى من الاليل a في العينة القياسية. ظهر الاليل a كاليل مسبب Etiological faction (EF) بلغت قيمته 0.451, ومرتبط مع المرض في عينة المصابين، بينما ظهر الاليل t كاليل وقائي من المرض Preventive faction (PF) وبلغت قيمته 0.299. اظهرت نتائج التحليل الاحصائي للنمط الوراثي TT نسبة اعلى لدى العينة القياسية بالمقارنة مع عينة المصابين بداء السكري - النوع الاول, وظهر هذا النمط كنمط وراثي وقائي من خطر الاصابة بداء السكري, وظهر النمطان الوراثيان TA وAA كنمطين وراثيين مرتبطين مع خطر الاصابة بداء السكري. اظهرت نتائج الترحيل الكهربائي وجود الجينين IL - 17A وIL - 17 - F في عينة المصابين بداء السكري - النوع الاول والعينات القياسية, ولعدم توفر الانزيمات القاطعة والوقت الكافي لم تتم دراسة التعدد الشكلي لهذه الجينات. اظهر التعدد الشكلي لجين IL - 4 - 590 (C˃T) المتضخم باستعمال تقانة ARMS - PCR نسبة اعلى من الاليل c في عينة المصابين بالمقارنة مع الاليل t وظهر الاليل c كاليل مسبب مرتبط مع خطر الاصابة بالمرض، بينما سجل الاليل t نسبة اعلى من الاليل c في العينة القياسية، وظهر الاليل t كاليل وقائي من المرض. اظهر النمطان الوراثيان TT وTC كنمطين مرتبطين مع الجزء الوقائي من خطر الاصابة بداء السكري - النوع الاول وظهر النمط الوراثي CC كنمط وراثي مرتبط مع خطر الاصابة بداء السكري - النوع الاول. كشف عن محث الجين 10IL - في الموقعين - 592 و- 1082 في عينة المصابين بداء السكري - النوع الاول والعينة القياسية، واظهرت النتائج وجود هذين الموقعين في محث الجين IL - 10 في جميع العينات المدروسة. اظهرت نتائج التعدد الشكلي للجين TGF - β1 في الموقع Codon 10 : +869*C/T بان الاليل t كاليل مسبب ومرتبط مع المرض, بينما اظهر الاليل c كاليل وقائي من خطر الاصابة بالمرض. وظهر النمطان الوراثيان TT وCC كانماط وراثية مسببة ومرتبطة مع خطر الاصابة بداء السكري, بينما ظهر النمط الوراثي CT كنمط وراثي مرتبط مع الجزء الوقائي من المرض. بينت نتائج التعدد الشكلي للجين TGF - β1 في الموقع Codon 25 : +915*G/C بان الاليل g ظهر كاليل مسبب ومرتبط مع خطر الاصابة, بينما ظهر الاليل c كاليل وقائي من المرض. ظهر النمط GG كنمط وراثي مرتبط مع خطر الاصابة بداء السكري - النوع الاول, بينما لم يظهر النمطان الوراثيان GC وCC اي ارتباط معنوي مع المصابين بداء السكري - النوع الاول, وكان نمطان مرتبطين مع الجزء الوقائي من خطر الاصابة بالمرض. نتائج التسلسل التتابعي لمحث الجين IL - 10 في الموقعين الطافرين - 592 و- 1082 قد سجلت العديد من الطفرات الجينية من نوع الاضافة، الحذف والاستبدال مع نسبة عالية من النوع الاخير من الطفرات الجينية في جميع العينات المدروسة ولكلا الموقعين. | This study was included 50 blood serum samples were collected from children with age ranged between 7 - 12 years. Thirty five samples collected from children with Type 1 Diabetes Mellitus (T1D), and 15 blood serum samples collected from healthy children as a control sample. The concentrations of some pro - inflammatory interleukins like IFN - γ and IL - 17 were detected. Anti - inflammatory interleukins like IL - 4, IL - 10 and TGF - β were also detected by using Elisa instrument. The results revealed high concentrations of IFN - γ in T1D patient’s blood serum with 1.575 Pg/ml in comparison with 0.921 Pg/ml in control sample. The statistically results by using Mann - Whitney U test revealed significant differences between T1D patients and control samples. The results also revealed decreasing in IL - 17 concentrations in T1D patient’s blood serum with 0.010 Pg/ml in comparison with the control sample with 0.029 Pg/ml. No significant differences were detected in concentration of this interleukin between the studied samples when they analyzed with the same statistical test. The results showed increasing in TGF - β concentration in T1D patient’s blood serum in comparison with the control sample. The concentration was 1.659 Pg/ml in patients, whereas the concentration of TGF - β in control sample was 0.444 Pg/ml. The results of Mann - Whitney U test showed significant differences in TGF - β concentrations between both samples. The results revealed decreasing in IL - 4 concentration in blood serum of T1D patients in comparison with the control sample. The concentration was 0.015 Pg/ml in patients, whereas the concentration of IL - 4 in control sample was 0.021 Pg/ml. No significant differences were found in concentration of this interleukin between the studied samples when they analyzed with the same statistical test. The results also revealed decreasing in IL - 10 concentration in T1D patient’s blood serum in comparison with the control sample, with 0.068 Pg/ml in patient sample and 0.111 Pg/ml in control sample. No significant differences were found in concentration of this interleukin between the studied samples when they analyzed with the Mann - Whitney U test. The results of correlation coefficients by using Person Correlation test between the studied interleukins showed significant differences among some interleukins, but no significant differences were detected with the other interleukins. The polymorphism of IFN - γ T/A +874 gene, which amplified by using amplification refractory mutation system (ARMS - PCR) was showed increasing in T allele frequency of T1D patients in comparison with the A allele frequency, whereas the T allele frequency was higher from the A allele frequency in control sample. The A allele revealed as Etiological faction (EF) and correlated with the disease in T1D patients sample, whereas the T allele revealed as Preventive faction (PF). The TT genotype showed higher percentage in control sample in comparison with T1D patients sample when Hardy - Weinberg equilibrium was used, and this genotype revealed as preventive faction from infection by this disease. The TA and AA genotypes revealed as etiological faction with risk by having this disease. The gel electrophoresis of IL - 17A and IL - 17F genes revealed the presence of both genes in all studied samples. The polymorphism of IL - 4 - 592 (C>T) gene which amplified by ARMS - PCR technique was showed high C allele frequency in T1D patients sample in comparison with T allele frequency, and the C allele revealed as etiological faction with risk by having this disease, whereas the T allele showed high frequency from the C allele frequency in control sample, and the T allele revealed as preventive faction from infection by this disease. The TT and TC genotypes revealed as preventive faction from infection by this disease, whereas the CC genotype revealed as etiological faction with risk by having this disease. The promoter of IL - 10 gene in - 592 and - 1082 positions were detected in both of the studied samples. The results of polymorphism of TGF - β1 gene in Codon 10 : +869*C/T position showed that the T allele revealed as etiological faction with risk by having this disease, whereas the C allele revealed as preventive faction from infection by this disease. The TT and CC genotypes revealed as etiological faction with risk by having this disease, whereas the CT genotype revealed as preventive faction from infection by this disease. The results of polymorphism of TGF - β1 gene in Codon 25 : +915*G/C position showed that the G allele revealed as etiological faction with risk by having this disease, whereas the C allele revealed as preventive faction from infection by this disease. The GG genotype revealed as etiological faction with risk by having this disease, whereas the GC and CC genotypes showed no significant correlation with the T1D disease, and these genotypes revealed as preventive faction from infection by this disease. The DNA sequences of the IL - 10 gene promoter were recorded many gene mutations with addition, deletion and substitution types, with high percentage of the last type of gene mutations in all of the studied samples and for both - 592 and - 1082 positions.

دراسة وراثية لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المسببة لاخماج الحروق والجروح في محافظة بابل

Author name: انوار كاظم حسين الصفار
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Genetics
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل وتشخيص 20 عزلة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa من اصل 87 مسحة من المرضى الراقدين في مستشفى الحلة التعليمي نتيجة لاصابتهم باخماج الحروق والجـروح حيث كانت نسبة عزل هذه البكتريا مـن الحروق %45.5وهي اعلـى مـن الـجروح والبالغة % 9.25 . تم التاكد من التشخيص باستخدام نظامAPI - 20E فضلا عن اجراء الاختبارات الزرعية والمجهرية والكيموحياتية.درست بعض عوامل الضراوة التي تمتلكها هذه البكتريا فقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات البكترية حاوية على المحفظة (Capsule) واظهرت مستعمرات العزلتين61 و62 عند تنميتها على وسط Tryptic soy agar اللزوجة العالية بسبب الانتاج المفرط لمادة الالجنيت المكونة للمحفظة.اظهرت بعض العزلات قابلية في انتاج السايدروفور(Siderophore) والبعض الاخر انتاج الهيمولايسين, في حين كانت العزلات كافة منتجة لانزيمات البروتيز مما يشير الى ان عزلات البكتريا تمتلك احد الانظمة لتزويدها بالحديد اما السايدروفور او انتاجها للهيمولايسين.درس تاثير بعض المضادات الحيوية اذ اظهرت نتائج الدراسة ان جميع العزلات كانت مقاومة لكل من الامبيكلوكس والسيفوتاكسيم والكاربنسلين والاموكسسلين والكولستين والتتراسايكلين والسيفالكسين والجنتامايسين والامبسلين والكلورمفنيكول والترايمثبريم بنسبة % 100 والستربتومايسين بنسبة % 85 والاميكاسين % 70والسبروفلوكساسين % 65, في حين كانت جميع العزلات حساسة لكل من الامبينيم والريفامبسين بنسبة % 100 .اظهرت عزلات بكتريا P.aeruginosa المعزولة من اخماج الحروق والجروح اربعة انماط للنسق البلازميدي وبعضها كان خالي مــن البلازميدات اذ اظهـرت العزلتين 22 و24 احتوائها على بلازميد كبير مفرد فضلا عن وجود ثلاث حزم بلازميدية صغيرة, اما النمط الثاني فقد اشتركت العزلتين61 و62 باحتوائها على بلازميد كبير مفرد وحزمتين بلازميديتين صغيرتين, والنمط الثالث اظهرت العزلة 25 احتوائها على حزمة بلازميدية كبيرة, اما النمط الرابع فقد اشتركت العزلات27 و32و34و87و93 باحتوائها على حزمتين بلازميديتين صغيرتين في حين كانت العزلات 48و49و71و78 خالية من البلازميدات على الرغم من مقاومتها المتعددة للمضادات الحيوية ويعتقد بان الجينات المشفرة لصفة المقاومة للمضادات الحيوية قد تكون كروموسومية.اجريت عملية الاقتران البكتري للعزلات 24و25و62 كعزلات واهبة مع السلالة المستلمة E.coli MM294 واظهرت النتائج انتقال البلازميدات ونقل صفة المقاومة لعدد من المضادات الحيوية وهي الامبسلين والتتراسايكلين والستربتومايسين والكلورمفينكول اضافة الى نقل صفة اللزوجة. كما بينت نتائج عملية التحول الوراثي للعزلات 22و24و25و61و 62انتقال البلازميدات الى جميع العزلات المتحولة واكتسبت الخلايا المتحولة المقاومة للمضادات الحيوية, واوضحت نتائج هذه الدراسة اشتراك هذه العزلات في بعض البلازميدات المتحولة اذ انها تشابهت في انتقال صفة المقاومة للمضادات الحيوية فيما بينها, كما في حالة تشابه المجموعة 22 - A مع 62 - B في اكتساب صفة المقاومة لمضادات الاموكسسلين والتتراسايكلين والامبسلين والترايمثبريم والكلورمفينكول, والمجموعة 22 - B مع 61 - A في صفـة المقاومة لمضادات الاموكسسلين والامبسلين والسيفاتكسيم والترايمثبريم والكلورمفينكول,وتشابهت المجموعة 24 - B مع 61 - E في اكتساب صفة المقاومة لمضادات الاموكسسلين والامبسلين والترايمثبريم, اما مجموعة 24 - A فقد تشابهت مع المجموعة 25 في نقل صفة المقاومة لمضادات الاموكسسلين والامبسلين والترايمثبريم والكلورمفينكول, وتشابهت المجموعـة 61 - C مع المجموعة 62 - A في نقل صفة المقاومة لمضادات الاموكسسلين والتتراسايكلين والامبسلين والسيفاتكسيم والترايمثبريم والكلورمفينكول, اضافة الى اكتساب الخلايا المتحولة في العزلتين 61و 62الصفة المخاطية. | Twenty strains of P.aeruginosa were isolated from 87 swab samples of patients suffering from burn and wound infections in Al - Hilla Teaching Hospital of Babil Governorate. The results appeared that the isolation of P.aeruginosa from the burn was more (45.5%) than from wound (9.25%). All bacterial isolates were identified by the biochemical, cultural and microbial characteristics and confirmed by api - 20 E system. Some of the bacterial virulence factors, were studied. The results showed that all bacterial isolates were capsulated and the colonies of P.aeruginosa no. 61 & 62 showed mucoid phenotype on tryptic soy agar plates due to overproduction of alginate of the capsule. Some of the isolates showed the ability to produce siderophore, while others (50,53,61,62,65,71,87 and 93) produce haemolysin indicating that these isolates had one Iron providing system either siderophore or haemolysin production; All the isolates produced protease. Also, all isolated showed multiple resistance to antibiotics, they were resistant (100%) to Cefotaxime, Carbencillin, Amoxycillin, Colistin, Tetracyclen, Cephalexin, Gentamicin, Ampcillin, Chloramphenicol and Trimethoprim. The others showed variable resistance to Streptomycin (85%), Amikacin (70%), Ciprofloxacin (65%). All of the isolates were sensitive (100%) to Impenium and Rifampicin. The DNA content of these isolates revealed the presence of four types of plasmid profiles and some of them are plasmidless (48,49,71 and 78) on agarose gel electrophoresis. The DNA content of the isolates No. 22& 24 showed single large plasmid band and three small plasmid bands.The second type 61 and 62 showed the presence of single large plasmid and two small plasmid band, third type isolate no.25 showed a large plasmid band only. The fourth type (the isolates 27, 32,34, 87 and 93) revealed the presence of two small plasmid bands on gel electrophoresis. The plasmids, of the isolates 24, 25 and 62 was transferred by conjugation into the recipient plasmidless cells of E.coli MM294, the results showed that these plasmids encoded for Ampcillin, Tetracyclin, Streptomycin and Chloramphenicol resistance and mucoid phenotype. The plasmids of the isolates 22, 24, 25, 61 and 62 were transformed into the plasmidless competent cells of E.coli MM294. The results showed that all transformed plasmids encodes antibiotic resistance and the plasmids of the isolates 61 & 62 encoded mucoid phenotype in transformant colonies in addition to antibiotic resistance. The results also pointed to the plasmids of the group 22 - A was similar to the plasmid of group 62 - B in acquiring the resistance to antibiotics (Amoxcillin, Tetracyclin, Ampcillin, Trimethoprim and Chloramphenicol ).The plasmid of group 22 - B was similar to the plasmid of group 61 - A in acquining the resistance to antibiotics (Amoxcillin, Ampcillin, Cefotaxime, Chloramphenicol and Trimethoprim). The plasmid of group 24 - B was similar to group 61 - E in acquiring the resistance to antibiotics ( Amoxcillin, Ampcillin, Trimethoprim), group 24 - A was similar to group 25 in acquiring the resistance to antibiotic (Amoxcillin, Ampcillin, Trimethoprim and Chloramphenicol) and group 61 - C was similar to group 62 - A in acquiring the resistance to antibiotics (Amoxcillin, Tetracyclin, Ampcillin, Cefotaxime, Trimethoprim and Chloramphenicol) and mucoid phenotype .

دراسة تشريحية مقارنة لتراكم الصابونيات وتقديرها في نبات Yucca gloriosa Variegata L. الكامل ومزارعه النسيجية

Author name: انسام غازي عبد الحليم علي
Supervisor name: بشرى محمد جابر علوش | كاظم محمد ابراهيم
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad - College Of Science For Girls
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يعد نبات الخنجر الاسباني Yucca gloriosa Variegata L. نبات زينة وطبي مهم, ينمو في المناطق الجافة وشبه الجافة حول العالم. يعد التكاثر الخضري التقليدي للنبات عن طريق العقل والخلفات وسيلة غير كافية نظرا الى الاعداد المحدودة التي يستطيع انتاجها، وعليه توفر تقنية زراعة الانسجة النباتية طريقة بديلة للانتاج التجاري لهذا النبات. ازداد الاهتمام بنبات Y. gloriosa لان جميع اجزاء النبات غنية بالمركبات الستيرويدية التي لها قيمة علاجية واسعة. اجريت الدراسة بهدف اكثار هذا النبات نسيجيا واختبار انتاج الانسجة من الصابونيات الستيرويدية في انسجة الزروعات ومقارنتها مع محتوى هذه المركبات في النبات الكامل باستعمال التحليلات الكروماتوغرافية والمجهر الفلوريسيني والذي يعتبر طريقة جديدة فعالة لتقدير مستوى تراكم المركبات الثانوية واختبار المنتجات النباتية الطبيعية التي تستعمل كعقاقير طبية. لدراسة الاخلاف خارج الجسم الحي اضيفت تراكيز مختلفة من منظمات النمو البنزل ادنين BA)) وحامض النفثالين NAA)) وتداخلهما الى الوسط الغذائي موراشيج وسكوج(MS) لاستحثاث الكالس من الاوراق والبراعم. سجلت النسبة المئوية لاستحثاث الكالس والوزن الطري ولون وبنية الكالس بعد 1.5 و6.0 اشهر من الزراعة. استحث الكالس من اجزاء الاوراق في وسط MS مجهز ﺑ 6 ملغم/لتر NAA. اظهرالتداخل بين 0.2 ملغم/لتر BA و1.5 ملغم/لتر NAA تاثير ملحوظ في نشوء الكالس من البراعم. تم اختبار تاثير اضافة منظم النمو الثايدايازورون (TDZ) ﺑتراكيز مختلفة (0.0, 0.1, 0.5 او (1.0 ملغم/لتر الى وسط MS مجهز ﺑ BAو NAAفي استحثاث الكالس. سجل اسرع نمو واكثر انتاجية للكالس من البراعم في الوسط المجهز ﺑ 0.1 ملغم/لتر BA مع 1.5 ملغم/لتر NAA و1.0 ملغم/لتر TDZ. اظهر TDZ تاثيرا ايجابيا في ٳستحثاث الكالس من البراعم مقارنة مع BA او NAA, واعطت بعض التداخلات تكوين مباشر للافرع الخضرية. تميز الكالس الناتج من البراعم بلونه الٲبيض المائل الى الكريمي وبكونه متراص, بينما كان كالس الاوراق اخضر اللون ومفصص. تم اختبار تاثير عدة تداخلات من BA 3)، 6، 7، 8 او 9 ملغم / لتر) و0.05) NAA، 0.1 او 0.2 ملغم / لتر) في تكوين النبيتات على وسط MS في غضون 12 اسبوعا، كان اعلى تكوين للنبيتات بوجود 9) ملغم / لتر) BA و0.1) ملغم / لتر) NAA . حدد تاثير اندول حمض البيوتريك (IBA) بتراكيز مختلفة في تكوين الجذور. ان افضل تجذيرللنبيتات كان في وسط MS بقوة ½ المجهز ﺑ 1.0 ملغم / لتر IBA. استخلصت وشخصت الصابونيات الستيرودية التايكوجينين والجيتوجينين من اجزاء النبات الكامل (اوراق، جذور وقمم نامية) ومزارعه النسيجية (الكالس، الاجزاء الخضرية التي تم اخلافها بطريقة مباشرة وغير مباشرة، الجذور) من النبات. جرى الكشف الاولي للصابونيات الستيرويدية باستعمال الطبقة الرقيقة الكروماتوغرافية (TLC). كما قدرت الصابونيات الستيرويدية (التايكوجينين والجيتوجينين) باستعمال الكروماتوغرافي عالي الاداء (HPLC). اظهرت مستخلصات الكحول البيوتانولي وجود التايكوجينين والجيتوجينين في كل جزء من النبات ومزارعه النسيجية بمدى يتراوح من 128.29الى409.75 ومن51.04 الى236.62 مايكروغرام/غرام على التوالي. سجلت اعلى قيمة للسابوجينينات sapogenins في اوراق النبيتات المعاد اخلافها بطريقة غير مباشرة. ان كمية هذه المركبات كانت جديرة بالاعتبار في انسجة الكالس المعامل مع TDZ اعتمادا على فترة نشوء الكالس القصيرة (ثلاثة اسابيع). نفذت دراسة تشريحية لملاحظة تراكم الصابونينات في اجزاء النبات الكامل ومزارعه النسيجية باستعمال المجهر الفلوريسيني وتبين بان اعلى تراكم قد ظهر في انسجة اوراق النبيتات التي تم اخلافها بطريقة غير مباشرة وفي انسجة الكالس المستحث نشوءه بمنظم النمو .TDZ سجل تغير في محتوى الصابونيات خلال فترات نمو الكالس المختلفة. | Yucca gloriosa Variegata L. is an important ornamental and medicinal plant, grows in arid and semi - arid regions around the world. Traditional vegetative propagation of the plant by cuttings and offsets is not adequate due to the limited numbers that can be produced. Plant tissue culture technique provides an alternative method for commercial propagation of this plant. The interest in Y. gloriosa increased because all parts of this plant are rich in steroidal compounds that have vast therapeutic values. This study was performed to propagate this plant in vitro and investigate the yield of steroidal saponins in the plant tissue cultures. Comparison of the saponins yield in intact plant and tissues or organs derived from it using chromatographic analysis and fluorescence microscopy was carried out. To search the potential of in vitro rapid regeneration of this plant, different concentrations of 6 - Benzyladenine (BA), 1 - naphthaleneacetic acid (NAA) and combinations of both were assessed for callus induction on leaf and bud explants using Murashige and Skoog (MS) medium. Callus response initiation percentage, fresh weight, texture and color of the callus were evaluated after 1.5 and 6.0 months in culture. The appropriate medium for callus initiation on leaf explants was MS medium supplemented with 6.0 mg/l NAA. A combination of 0.2 mg/l BA and 1.5 mg/l NAA also exhibited a remarkable callus induction on bud explants. Addition of thidiazuron (TDZ), BA and NAA at various concentrations (0.0, 0.1, 0.5 or 1.0 mg/l) were examined for callus initiation. Faster growth and more proliferation of callus on bud explants were observed on MS medium supplemented with 0.1 mg/l BA + 1.5 mg/l NAA + 1 mg/l TDZ. Results showed that TDZ was more efficient for inducing callus than BA or NAA however some combinations gave direct shoot regeneration. Calli derived from bud explants were whitish to creamy and compact, while calli derived from leaf explants were greenish. The influence of different combinations of BA (3, 6, 7, 8 or 9 mg/l) and NAA (0.05, 0.1 or 0.2 mg/l) on shoot proliferation on MS medium were tested. Within 12 weeks, the highest shoot formation was in the presence of BA (9 mg/l) and NAA (0.1 mg/l). The effect of indole - 3 - butyric acid (IBA) at different concentrations on root proliferation was determined. The best rooting of plant microshoots was found in MS medium provided with 1.0 mg/l IBA. The extraction and identification of steroidal sapogenin tigogenin and gitogenin from both intact plant parts (leaves, rhizomes and shoot apices) and tissue cultures (calli, direct and indirect regenerated shoots, rhizomes) of Y. gloriosa Variegata L. were performed. Preliminary identification of steroidal sapogenin was done using thin layer chromatography (TLC). Qualitative and quantitative assessment of steroidal saponins (tigogenin and gitogenin) was also performed by using high performance liquid chromatography (HPLC). The butanolic extracts showed the existence of tigogenin and gitogenin in all plant parts and their tissue cultures ranging from 128.29 to 409.75 and 51.04 to 236.62 μg/g respectively. Maximum sapogenins value was recorded in indirect regenerated shoots. The amount of these sapogenins in callus treated with TDZ was considerable since callus initiated rapidly within 3 weeks. Anatomical study investigating saponins accumulation in both intact plant parts and their tissue cultures were performed using fluorescence microscopy under ultraviolet (UV) to determine the site of saponin accumulation. Histological analysis using fluorescence microscope showed that saponins primarily accumulated in indirect regenerated leaf tissues and in callus treated with TDZ. Saponins levels changed during different periods of callus growth

قابلية بعض النباتات المائية على الازالة الحيوية لعنصر الرصاص من الماء الملوث : دراسة مقارنة == Phytoremediation Ability of Some Aquatic Plants of Lead from Polluted Water : A comparative study

Author name: انسام صباح عباس
Supervisor name: عبد الرحمن عبد الجبار الكبيسي
General topic: Biology
Specific topic: Environment - Environmental pollution
Degree: Master
University: University of Baghdad - College Of Science For Girls
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة المقارنة لاول مرة في العراق لتوضيح كفاءة النباتات المائية عشبة النيل(Mart.) Solms. Eichhorina crassipes والهايدريلا Hydrilla verticillata (L.F) والشمبلان Ceratophyllum demersum L. على ازالة عنصر الرصاص عند وجودها في حوض ماء واحد مجتمعة ، وقد استخدمت تراكيز مختلفة من عنصر الرصاص (10، 15، 20، 30، 50) ملغم/لتر وبواقع ثلاث مكررات لكل تركيز.جمعت النباتات بعد مرور (4، 7، 14، 21، 28) يوما من احواض التجربة المختبرية وقيست النسبة المئوية لعنصر الرصاص المتبقي في المياه وكذلك كمية العنصر المتراكم في كل نبات ، كما تم حساب معامل التركيز الحيوي لكل نبات وقدرت كفاءة النباتات في ازالة عنصر الرصاص كنسبة مئوية للازالة في النباتات.واشارت نتائج التحليل الاحصائي الى وجود فروق معنوية عند مستوى احتمالية (P<0.05) بين التراكيز (10، 15، 20، 30، 50) ملغم/لتر والايام (4، 7، 14، 21، 28) في مستوى امتصاص الرصاص من النباتات وكذلك وجود فروق معنوية عند مستوى احتمالية (P<0.05) بين التراكيز والايام في نسبة الازالة ولوحظ ان تراكم عنصر الرصاص في النباتات يزداد بزيادة التركيز وكذلك بمرور مدة التعريض.اظهرت النتائج ان نبات عشبة النيل كان اكثر كفاءة في امتصاص ومراكمة عنصر الرصاص داخل انسجته ، اذ بلغت تراكيز عنصر الرصاص في نبات عشبة النيل وبوجود نباتي الشمبلان والهايدريلا بعد مرور ثمانية وعشرين يوما (5.35، 6.38، 8.01 ، 10.02، 8.02) ملغم/كغم للتراكيز (10، 15، 20، 30، 50) ملغم/لتر .في حين كانت تراكيز عنصر الرصاص في نبات الهايدريلا وبوجود نباتي عشبة النيل والشمبلان بعد مرور ثمانية وعشرين يوما (4.20، 5.22، 6.25، 7.25، 0.97) ملغم/كغم للتراكيز المدروسة ، ولوحظ ان نبات الشمبلان كان اقل كفاءة في مراكمة عنصر الرصاص عند وجوده مع نباتي الهايدريلا وعشبة النيل، اذ كانت تراكيز عنصر الرصاص (0.30، 0.42، 3.35، 5.32، 6.25، 0.28) ملغم/كغم بعد مرور ثمانية وعشرين يوما للتراكيز (10، 15، 20، 30، 50) ملغم/لتر على التوالي.بينت النتائج انه يمكن استخدام نباتي الهايدريلا وعشبة النيل في المعالجة الاحيائية للمياه الملوثة بعنصر الرصاص، اذ اظهر النباتين نسبة ازالة مرتفعة لعنصر الرصاص عند وجودهما معا في حوض ماء واحد، وكانت النسب المئوية للازالة (99.40، 97.86، 90.50، 67.60، 19.62)% عند التراكيز (10، 15، 20، 30، 50) ملغم/لتر بعد مرور ثمانية وعشرين يوما على التوالي وهي نسب مرتفعة مقارنة بما سجل عند استخدام نباتي الشمبلان والهايدريلا وكذلك اعلى من نباتي عشبة النيل والشمبلان، وهذا يدل على ان لنباتي الهايدريلا وعشبة النيل القابلية على ازالة عنصر الرصاص بكفاءة عالية.بينت النتائج ان النسبة المئوية لعنصر الرصاص المتبقي في المياه في جميع التجارب تزداد بزيادة التركيز وتنخفض بمرور مدة التعريض ، اذ سجلت اعلى نسبة مئوية لعنصر الرصاص المتبقي في المياه عند استخدام ثلاث نباتات مائية عشبة النيل والهايدريلا والشمبلان (90.80)% عند التركيز 50 ملغم/لتر وبعد مرور اربعة ايام في حين بلغت ادناه (0.30)% عند التركيز 10 ملغم/لتر وبعد مرور ثمانية وعشرين يوما من التعريض. بلغت اعلى قيمة لمعامل التركيز الحيوي ((BCF عنصر الرصاص (178.33) ملغم/كغم في نبات عشبة النيل بوجود نباتي الهايدريلا والشمبلان و(140) ملغم/كغم في نبات الهايدريلا وبوجود نباتي الشمبلان وزهرة النيل ، في حين كانت اقل قيمة لمعامل التركيز الحيوي (0.67) ملغم/كغم في نبات الشمبلان وبوجود نباتي الهايدريلا وزهرة النيل ، ولوحظ ان معامل التركيز الحيوي يزداد بمرور مدة التعريض وينخفض بزيادة التركيز مما يدل على ان كفاءة النباتات تتاثر بالتراكيز العالية.

دراسة تجريبية على زراعة الخلايا الجذعية الجنينية للبائن في الاوساط الزرعية == EXPERIMENTAL STUDY ON CULTURE OF MAMMALIAN EMBRYONIC STEM CELLS

Author name: انتصار نعمان وحيد العزاوي
Supervisor name: محمود حياوي حماش
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم في هذه الدراسة انجاز طريقة ناجحة لزراعة الخلايا الجذعية الجنينية (Embryonic stem cells) بالاعتماد على موارد محدودة ومتوفرة وباستعمال تقنية زرع بسيطة. طريقتنا هذه تجيز باشتقاق الخلايا الجذعية الجنينية من كتلة الخلايا الداخلية (Inner cell mass) لاريمة (Blastocyst ) الفار من سلالة (Balb - C)المزروعة خارج الجسم الحي وذلك بدون الحاجة الى استئصال المبيض، او استخدام الجراحة المناعية لكتلة الخلايا الداخلية ، او استخدام الوسط الزرعي المكيف، او اضافة العامل المثبط للتمايز (العامل المثبط للوكيميا) ، لكن تمت فقط زراعة واستنبات الاريمة بوجود الطبقة المغذية(Feeder layer) المثبطة الانقسام ( الخلايا الجنينية الليفية المعاملة بمادة ميتومايسين (C) (10 مايكروغرام/ امل ( 2 ساعة) لتثبيط انقسام الخلايا المغذية وتوقف توالدها ).و الطبقة المغذية اساسية وضرورية لدعم نمو وديمومة استمرار حالة عدم التمايز في الخلايا الجذعية الجنينية، حيث في حالة نمو هذه الخلايا بدون وجود الطبقة المغذية يحدث التمايز مباشرة في الخلايا الملتصقة بالركيزة. ان وجود هذه الطبقات المغذية مع الدقة في عملية الزرع وبوجود وسط زرعي عالي النقاوة مع مصل يؤثر على ادامة النمط الظاهري الجنيني للخلايا المزروعة، بصورة خاصة في المحافظة على قابلية تمايز عالية.تبقى هذه الخلايا الجذعية الجنينية محافظة على حالة عدم التمايز خلال عمليات الزرع الثانوية المتواصلة ولعدة اشهر ، مع استمرارية اظهارها للمواد السطحية المعلمة للخلية ( الفوسفاتاز القاعدي ). تكون الخلايا الجذعية الجنينية التي لها القدرة على تكوين اي خلية او نسيج من الجسم ، صغيرة الحجم لها نواة كبيرة وسايتوبلازم قليل، والنواة حاوية على واحد او اكثر من التراكيب النوية الغامقة والواضحة، وتتجمع هذه الخلايا خلال المراحل المبكرة من عمليات الزرع الثانوي وتلتصق مع بعضها باحكام مكونة مجاميع صغيرة ، حيث من الصعوبة تمييز المكونات المفردة للخلايا ، في حين تكون في المراحل المتاخرة من عمليات الزرع الثانوي على شكل مستعمرات منبسطة ومنتشرة ، لكن الخلايا لا تزال ملتصقة مع بعضها البعض ، مما يتعذر رؤية وتميز الخلايا المفردة . هذا النمط من النمو هو صفة مميزة للخلايا الجذعية بالرغم من ان المستعمرات قد تظهر بشكل قليل الانتظام. ان زرع الخلايا الجذعية الجنينية لا بد ان يكون بكثافة عالية نسبيا وذلك لضمان الحصول على معدل نمو عالي ولاجل الحد من حدوث التمايز التلقائي للخلايا. ان ابناء مثل هذه الخلايا المفيدة التي لها صفتان مميزتان اساسيتان ، الاولى : - هي التغلب على الالية الداخلية التي تحد من مضاعفة ( استنساخ) الخلايا. الثانية : - تبقى قابلية هذه الخلايا ولمختلف مراحل عمليات الزرع الثانوية على اظهار النمط الظاهري لمجاميع خلايا الاسلاف التي انحدرت او انشقت منها مستقرة ، هذا يعني امتلاك القدرة التي تسبب التمايز الى انواع الخلايا المنحدرة من الطبقات الجرثومية الاولية للجنين، (الادمة الباطنةendoderm ، الطبقة المتوسطة mesoderm، والادمة الخارجيةectoderm ) كل هذا يجعل الخلايا الجذعية الجنينية فريدة النوع وهذه القابلية تعرف بالامكانية المتعددة ( pluripotency).تكون انواع الخلايا التي تظهر بعد استنبات الاريمة لمدة طويلة بوجود الطبقة المغذية وبدون زرع ثانوي كما ياتي : - - خلايا الارومة الاغتذائية - الخلايا الليفية - خلايا الادمة الباطنة - تراكيب شبيهة بالانبوبية - وخلايا شبيهة بالعصبية. تم استخدام المجهر الاليكتروني الماسح والمجهر المقلوب لدراسة الاحداث المورفوجينية التي تحدث خلال نمو اريمة الفار وتطور نمو المرحلة المبكرة لاسطوانة البيضة خارج الجسم الحي . فبعد تحرر الاريمة من الطبقة الشفافةZona pellucida والتصاقها بالركيزة التي تغطي سطح وعاء الزرع، فان جوف الاريمة يبدا بالانكماش اثناء انتشار وهجرة الارومة الاغتذائية الجدارية الى الخارج. في هذه المرحلة تكون كتلة الخلايا الداخلية مغطاة بخلايا الادمة الباطنة من جهة جوف الاريمة ، وبخلايا الارومة الاغتذائية القطبية من الجانب الوسطي. تكون كتلة الخلايا الداخلية عند نموها خارج الجسم الحي محاطة كليا بخلايا الادمة الباطنة بينما عند نموها داخل الجسم الحي فان خلايا الادمة الباطنة تكون فقط في الجانب المعرض لسائل جوف الاريمة . وبسبب تكاثر خلايا الارومة الباطنة التي تغطي كتلة الخلايا الداخلة، وبوجود الركيزة وقلة الحيز بسبب جوف الاريمة المنكمش فان كتلة الخلايا الداخلية طبيعيا يحد من الامتداد نحو الاسفل ، لذا فهي تهاجر وتبرز الى الاعلى الى الوسط الزرعي من خلال شق يحدث بين الارومة الاغتذائية الجدارية والقطبية. تستمر خلايا الارومة الاغتذائية القطبية المواجهة لقاعدة اسطوانة البيضةegg - cylinder في تكاثرها مكونة المخروط المشيمي الخارجيectoplacental cone . وحتى هذه المرحلة فان اسطوانة البيضة التي ينقصها حاجز الارومة الاغتذائية تقوم بعكس نمط نموها من اتجاه سطح وعاء الزرع الى موقع اعلى وبارز. ان نمو اسطوانة البيضة خارج الجسم الحي من كتلة الخلايا الداخلية وخلايا الارومة الاغتذائية القطبية مطابق كليا لما يحدث عند النمو داخل الجسم الحي . وقد حصل في هذه الدراسة نمو لتوام الزيجة خارج الجسم الحي من اريمة الفار ، قبل الالتصاق بسطح وعاء الزرع . حيث تبدا كتلة الخلايا الداخلية داخل غشاء الطبقة الشفافة بالتكاثر في جزئين وبعدها تنقسم الى قسمين ، وكل قسم من هذه الاقسام يكون حاويا خلايا ذات الفعالية الكامنة . بعد تحرر والتصاق الاريمة على الركيزة ينتج تكون اسطوانتي بيضة يتشاركان بمخروط مشيمي خارجي واحد. بصورة عامة عند تكون اسطوانات البيضة، يجد انها تشتمل على الادمة الخارجية في الداخل والادمة الباطنة في الخارج . ان الادمة الخارجية تلعب دورا مهم في النمو اللاحق للجنين داخل الجسم الحي ، حيث هذه الطبقة، هي سلف للطبقات الجنينية الاولية،( الادمة الباطنة، الطبقة المتوسطة، الادمة الخارجية ) وهذه الطبقات جميعها تكون مصدر لكل انسجة الجسم البالغ . ان زرع الخلايا الجذعية الجنينية التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة هو مشتق من كتلة الخلايا الداخلية بعد سبعة ايام من الزرع ، وكذلك من كتلتي الخلايا الداخلية لاريمة تؤام الزيجة . ان قدرة الخلايا الجذعية الجنينية على تحوير نموها وتمايزها لتكوين مختلف خلايا وانسجة الجسم البالغ تتضح من قابليتها على التمايز التلقائي خارج الجسم الحي بواسطة تكتلها او تجمعها، وذلك من خلال 2 - 3 يوم من الزرع المعلق لهذه الخلايا، والتي تكون الاجسام الجنينية والتي تشتمل على الادمة الباطنة والصفيحة القاعدية والادمة الخارجية، ان هذه الاجسام مشابهة للاجنة في مرحلة اسطوانة البيضة. وبعد خمسة ايام من الزرع المعلق يظهر في بعض الاجسام الجنينية الكبيرة وجود الهيموكلوبين الجنيني في مجاميع الخلايا الدموية المحاطة بطبقتين في الادمة الباطنة بما يشبه الكيس المحي الحشوي لجنين ما بعد الغرس. استحوذ موضوع الحصول على خلايا جذعية جنينية متعددة الفعالية وكاملة الامكانية، من المراحل المبكرة لاجنة اللبائن على اهتمام مختلف الاوساط ووسائل الاعلام وذلك للاسباب التالية : - 1) الاستنبات الناجح للخلايا الجذعية الجنينية خارج الجسم الحي، امكانيتها غير محدودة على التكاثر غير المتمايز خارج الجسم الحي. 2) الامكانية الطبية باستخدام هذه الخلايا في معالجة تعويض الانسجة ، وقد تم هنا استخدام الخلايا الجذعية الجنينية المشتقة من الفئران كنموذج حيواني مناسب | A successful method of culturing embryonic stem (ES) cells have been achieved in this study depending on the limited available resources and by a simple culture technique .This method permits ES cells culture to be derived in vitro from the inner cell mass ( ICM) of explanted mouse blastocysts of strain : Balb - C without the use of ovariectomy; immunosurgery of the ICM, conditioned medium and differentiation inhibitory factor (DIF)\Leukaemia inhibitory factor (LIF), but only cultivation of blastocysts in the presence of mitotically inactivated feeder layer [ embryonic fibroblast cells treated with mitomycin - C, 10 g\ ml (2hr) for inactivated feeder cells and arrest their proliferation]. The feeder layer are necessary and essential to support the growth and maintenance of undifferentiated state of ES cells, when these cells are grown without feeder layer, immediate differentiation takes place in the substrate attached cells. These feeder layers together with careful culture in high quality medium and serum acts to prolong the embryonic phenotype of the cell culture, specifically in terms of maintaining a high differentiation ability.These ES cells remains both undifferentiated in continuos passage for several months and expresses the cell surface marker ( Alkaline phosphatase) for different passages . Pluripotential ES cells are typically small, have a large nucleus and minimal cytoplasm, and the nuclei contain one or more prominent dark nucleoli structures. The cells in early passages pack tightly together in small nests in which it is difficult to discren the individual component cells, while in latter passages these ES cells colony are spread and flattened and the constituent cells also adhere tightly to one another, making it difficult to see individual cells. This growth pattern is characteristic of stem cells, although colonies may appear less regularly shaped. The ES cell culture should be maintained a relatively high densities to ensure maximal growth rate in order to minimize spontaneous differentiation. Establishment of such useful cells has two basic characteristics. First, the endogenous machinery that limits cell replication is overcomed. Second, these cells for different passage is stable express the phenotype of the population of progenitors from which it was derived, that’s mean, the ability to give rise to differentiated cell types that are derived from all primary germ layers of the embryo, endoderm , mesoderm, and ectoderm - is what make ES cell unique, and this ability is known as a "pluripotency".Differentiated cell types which appeared after prolonged cultivation of blastocyst on feeder layer without passage are trophoblast cells, fibroblast cells; endodermal cells; tubular - like structures; neuron - like cells.Correlative scanning electron, and inverted microscopy were utilized to study the morphogenic events occurring during mouse blastocyst outgrowth and early –egg - cylinders development in vitro. After hatching from Zona pellucida ( Z.P.) and attachment of blastocysts on the substrate coated plate surface, the blastocoelics cavity collapses as the mural trophoblasts spread and migrate outward . The inner cell mass is covered with a differentiated endoderm on the blastocoelic cavity side and by the polar trophoblasts on the medium side at this stage . The inner cell mass in vitro becomes completely surrounded with endodermal cells while the endoderm develops in vivo only on the side exposed to blastocoelic fluid . As the endoderm covered inner cell mass proliferates , being physically restricted from further downward expansion by the substrate and by the lack of space in the collapsed blastocoelic cavity , it migrates upward and protrudes into the culture medium in a break between the polar and mural trophoblast cells . Polar trophoblast cells apposed to the base of the egg cylinder continue to proliferate forming the ectoplacental cone. Thus , the early egg cylinder lacking a trophoblast barrier beings inverting its growth pattern from towards the culture plate surface to amore upright position. Egg - cylinder development in vitro from the inner cell mass and polar trophoblast cells closely paralleled in vivo. Monozygotic twins developed in vitro from (murine) mouse blastocysts, before attachment to culture plate surface. The inner cell mass became proliferated into two parts and then subdivided in side the Z.P., and each subdivision apparently incorporated totipotent cells. After hatching and attachment of this blastocyst on the substrate, resulting in the formation of two egg - cylinders sharing the same ectoplancental cone. In general, as the egg - cylindars was formed, it was found to compose of ectoderm to the inside and endoderm on the outside. In vivo the primitive ectoderm plays a pivotal role in the further development of the embryo, since that it is the progenital of three primary embryonic layers, the ectoderm, mesoderm and endoderm, which collectively are the source of all tissue of the adult body. Our ES cell culture was derived from the ICM of seven days culture and from the two ICMs of the blastocyst - derived monozygotic twin. The pluripotency of ES cells demonstrate their ability to spontaneously differentiate in vitro via aggregation, that from 2 - 3 day of suspension culture in non - adhesive dish the cells form embryoid bodies (EBs) with endoderm, basal lamina and ectoderm. They are morphologically similar to embryos of the egg - cylinder stage. From 5 days of culture some of EBs expand into large cystic structures containing embryonic haemoglobin’s of blood islend cells surrounded by two endothelial layers, this result suggest the identification of cystic EB as visceral yolk sac, of the postimplantation embryo. Pluripotent ES cells are derived from totipotent cells of early mammalian embryo are currently in the news for three reasons : the successful cultivation of ES cells in vitro; their capability of unlimited, undifferentiated proliferation in vitro and the potential medical use of these cells for tissue replacement therapy, in this work ,mice ES cells were used as suitable animal model.Self - renewing, totipotent - pluripotent ES cells may provide a virtually unlimited donor source for transplantation. A protocol that permits the in vitro generation of neural precursors from ES cells was devised. This study described conditions to induce differentiation of ES cells reliably and at high efficiency into neural pathway. A prerequisite is to treat early developing ES cell derived aggregates and simple EBs with mouse embryonic brain extract for a precise period of time. Embryonic brain extract here circumvent the need of growth factors. In vitro, treatment with brain extract resulted in the subsequent appearance of neural - like cells after subcultured treated cells. In vivo after dissociation of these cells into a single cell suspension they were stereotaxically transplanted into the brain of recipient adult mice. Results show that ES cell derived neural precursors interact with host tissue and migrated for variable distances of different region of the brain after replace damaged cells at the site of transplantation. Thus, brain extract serves here as a crude source of neurotrophic factors for the induction of ES cells to neuronal pathway, in which ES cells can serve as a valuable source of cell type - specific somatic precursors for neural transplantation.HRP - histochemical marker was introduced into culture medium for marking ES cells in vitro and in vivo to allowed for precise determination of the fate of the transplanted ES cells and their proliferation, migration and differentiation in side the brain. Evaluation of long - term experiments showed viable grafts with a stable HRP - marker expression and proved no signs of tumour growth or non - neural tissue in the transplant recipients

استعمال الهائمات النباتية ادلة احيائية لتقييم تاثير الانشطة البشرية على نوعية مياه نهر بيت زوينة محافظة ديالى == Use of Phytoplankton as Biological Indicator to Evaluate the Anthropogenic Impact on Water Quality of Beat - Zwana River - Diyala

Author name: انتصار كريم عبد الحسن الدراجي
Supervisor name: ابراهيم مهدي عزوز السلمان
General topic: Biology
Specific topic: plant - aquatic life
Degree: Master
University: University of Baghdad - Ibn Al-Haytham College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: Arabic
Full text from the source: https://basicedu.uodiyala.edu.iq/uploads/work%202018/science%20dept/%D8%B1%D8%B3%D8%A7%D8%A6%D9%84%20%D8%A7%D9%84%D9%85%D8%A7%D8%AC%D8%B3%D8%AA%D9%8A%D8%B1/%D8%B1%D8%B3%D8%A7%D9%84%D8%A9%20%D8%A7%D9%86%D8%AA%D8%B5%D8%A7%D8%B1%20.pdf
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The current study was conducted in five selected positions variety of human activities along the agricultural project named (Beat zwana River) located in Jadedat - alshat, within the province of Diyala, for the period from October 2013 until June 2014, the study included measurement of twenty - two physiochemical factors of river water environment, as well as to study the quality and quantity of community phytoplankton, has also been applied in the study a number of environmental indexes.The range of studied properties were : 10.83 - 38.75°C and 9.17 - 28.5°C for air and water temperature, water depth (16.50 - 284.33 cm), light penetration (14.50 - 152cm) , turbidity (0.27 - 106.98) NTU, electrical conductivity, EC,(514.83 - 1027.5) μS/cm , salinity (1.15 - 4.88 part per thousand), total dissolved solids, TDS (287.83 - 861.6) mg/l and total suspended solids TSS (2 - 49.87) mg/l, pH (6.25 - 7.98), dissolved oxygen, DO (3.65 - 11.25)mg/l and Biological Oxygen Demand. BOD5 (1.07 - 4.35) mg /l, total alkalinity, TA (115.33 - 178.5 ) mg /l, total hardness, TH ( 221.83 - 338.83) mg/l, Calcium, Ca (52.08 - 101.36) mg CaCO3/l, and Magnesium ,Mg (74.62 - 177.89) mg CaCO3 /l, Nitrate NO3(1.55 - 6.55) mg /l, effective phosphate PO4 (0.02 - 4.16) mg/l, Sulfate, SO4 (131.5 - 283) mg/l ,effective Silicate (4 - 2.10) mg/l, , Chlorophyll - a, ( 0.12 - 28.02) and Phaeophytin - a, (0.85 - 25.93). mg/l, respectively.Results of the present study showed that most of the studied characteristics and private (Salinity, EC, TH, PO4, BOD5, Turbidity, TDS , Ca and Mg) were of an influential or higher rates when comparing the permissible limits environmentally overall used properties of water for irrigation or aquaculture or for human consumption, according to recommendations of WHO, FAO Organization, as well as the Iraqi specifications for the river water, which shows that human activities in the region significant effect on water and environment of project.The number of phytoplankton algae that have been diagnosed in this study reached 200 species belong to 72 genera, within nine classes of the following basic algae Bacillariophyceae, Chlorophyceae, Cyanophyceae, Euglenophyceae, Raphidophyceae, Dinophyceae, Chrysophyceae, Xanthophyceae, and Cryptophyceae. The diatoms algae formed the largest percentage, as record them 131 species belong to 28 genus, and consisting 65.5%, followed by chlorophyceae 30 species belonging to 22 genus and 15%, then Cyanophyceae,22 species, to 10 genus and 11%, followed by algae Euglenophyceae 8 species belonging to 3 genus and 4%, then Cryptophyceae 3species ,to 3 genus and 1.5%, while all of the Xanthophyceae and Dinophyceae recorded 2species belonging to 2 genus and 1%, and finally the Chrysophyceae and Raphidophyceae, found them 1 species belong to 1 genus and 0.5%. Also the results showed that the distribution and biodiversity of diagnosed phytoplankton at the level of the sites, It was found that there is different for each classes from the ranks of the algae, as recorded presence in the first site 90 species belonging to 43 genus, and at the site - 2, 50 and 35 genus, and in site - 3, 68 species and 38 genus, 66 species belonging to 38 genus in site - 4, while presence 127 species belonging to 45 genus at site - 5.The quantitative study of phytoplankton in the lower and the higher ranges at the five sites ( S1, S2, S3,S4 and S5) of the study area respectively recorded the following values, (1780 - 7246 , 300 - 8180 , 220 - 2950, 560 - 3020 and 540 - 6860 cells /ml, and rates generally each site respectively, as well as 2923.6, 2027.0, 871.1, 1344.4 and 2324.6 cells/ml. when comparing the amount of algae that have been counted, we find that the highest 2923.6 rate cells/ml scored St - 1 and less than the rate of 871.1 cells/ml record in S3.In the current study we were able to record six new genus and species after checking with (Checklist of algal flora in Iraq, 2014) and consisted of these algae to : Westella linearis G. M. Smith, Navicula goppertiama Bourrelly .1981, Oedogonium minus (Wittr.) Witrock 1875. Gonyostomum seme Geitler,Gomphoniuma capitum. Bourrelly .1981, Phcus tourus (lemm.) skvortzow 1928.Also in the current study, many ecological indices were used and represented as follows : Richens index (Marglef index (1968), Similarity index (Sorenson index - 1942), Difference index (Bray and Curtis index, 1957), Presence index depended on (Chandler, 1970) and Shannon Weaver index for diversity, To evaluate the relationship between the sites and the quantity and quality of algae studied and water quality. The highest value for richness 16.246, recorded ta S5 and the highest value of the similarity 0.849 was between S1 and S5, the highest value of the difference 0.491 recorded among of S4 and S5, the highest amount of the presence of his record genus Navicula spp from pennales diatoms, feather at the level of individuals in the sample, as recorded following him to the species N. goppertiana and N. cryptocephala 3200 and 2356 cell/ml in October and November in 2013, while the highest value of diversity 1.878, by Shannon Weaver index recorded in S4. This gives an indication of the variation in the quality of water and nutrients and a physiochemical factors that lead to growth provides supportive conditions andthe spread of some species and a specific one for some of phytoplankton during the months of the year and different locations.On the basis of diversity index values, that was between 1.03 - 1.878 as less and higher, can be considered waters of the five sites between light pollution to medium pollution, and classified all within the second water category according (Wilhm guide - 1975). And this gives a conclusion no matter what the view that the water agricultural project environment (Beat - Zwana River) may be directly affected by human activities practiced by the population as well as other environmental impacts experienced by the entire region from various external and internal factors pollutants.

تاثير مستخلص نبات السذب (Ruta chalepensis) في التحليلات الوراثية الخلوية والمناعية في الفئران البيض == The Effect of Sudab plant (Ruta Chalepensis ) Extract in Cytogenetics and Immunological Analysis in Albino mice

Author name: انتخاب محسن عبد علي الاسدي
Supervisor name: مناهل نجيب بحو
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة الحالية لتقييم المستخلص الخام الميثانولي الحار لاوراق نبات السذب Ruta chalepensis اذ جرى تقدير النسبة المئوية للمستخلص بالنسبة للوزن الجاف واجراء الكشف الكيميائي العام ,ومن ثم دراسة مدى سمية النبات،وذلك باجراء اختبار الجرعة الوسطية المميتة LD50 ( 50Lethal Dose ) في الفئران البيض ,ولتحديد التراكيز المثلى تم انتخاب (3 و5 و10) % من قيمة LD50 ،وتم استخدام هذه التراكيز في التجارب اللاحقة وهي (58و88و176) ملغم/كغم فضلا عن اجراء فحص السمية الخلوية لكريات الدم الحمراء للخروف ( SRBCs) Sheep Red Blood Cells باستخدام التراكيز الناتجة من اجراء تجربة LD50. لذلك شملت هذه الدراسة ثلاثة محاور : -  اختبارات التحليلات الوراثية الخلوية Cytogenetics Analysis المتمثلة باختباري دليل الانقسام الخيطي Mitotic Index والتشوهات الكروموسوميةChromosomal Aberrationsفي خلايا نقي عظم الفارBone Marrow, وبعد التاكد من انعدام التاثيرات السمية الوراثية للمستخلص اجري التداخل مابين التراكيز (58و 88و 176) ملغم/كغم وعقار مايتومايسين - C بتركيز (0.5) ملغم/كغم, وبشكل ثلاث معاملات وهي المعاملة بالمستخلص (قبل) و(بعد) و(مع) المطفر (MMC) ,لاختبار فعالية المستخلص في منع اوتحوير او تقليل فعل العقار, ومعرفة الالية التي تعمل بها المركبات التي يحويها المستخلص.  دراسة تاثير المستخلص في بعض الجوانب المناعية وبالتراكيز المستخدمة نفسها في التحليلات الوراثية الخلوية في نظام الفار الابيض من خلال المعايير الاتية : - - فحص الحساسية العاجل Arthus Reaction وفحص الحساسية الاجل Delayed type hypersensitivity test (DTH) . - فحص العيوشية Viability test والتفعيل Activation والبلعمة Phagocytosis للخلايا البلعمية الصفاقية. - فحص تثبيت المتمم (C.F.T) Complement Fixation Test.  تقدير مدى العلاقة بين التحريات المختبرية الوراثية الخلوية والمناعية. وقد توصلت الدراسة الى النتائج الاتية : - 1 - احتواء المستخلص الميثانولي لاوراق نبات السذب على التانينات، والراتنجات، والكومارينات، والفلافونات، والقلويدات، والكلايكوسيدات والزيوت الاساسية وعدم احتواءه على الصابونيات، والتربينات والستيرويدات.2 - عدم وجود تاثير سمي على كريات الدم الحمراء للخروف للتراكيز الناتجة من اجراء تجربة LD50 . اما نتائج الدراسة الوراثية الخلوية فهي : - 1 - عدم وجود تاثير سام اومطفر للمستخلص الكحولي الميثانولي لاوراق نبات السذب بالتراكيز الثلاث عند حقنها في الحيوانات المختبرية.2 - اوضحت نتائج التداخل بين المستخلص الكحولي لنبات السذب والمطفر قدرة التراكيز الثلاث من المستخلص في رفع دليل الانقسام الخيطي وخفض التشوهات الكروموسومية وقد اعتمدت القدرة التثبيطية على نوع المعاملة فقد اظهرت المعاملة بالمستخلص قبل ومع المطفر قدرة اعلى من المعاملة بالمستخلص بعد المطفر. 3 - صنف نبات السذب على انه مضاد للطفرة الوراثية من النوع المباشر بالدرجة الاولى ومضاد حيوي للطفرات بالدرجة الثانية.  اما نتائج الدراسة المناعية فقد توصلت الى مستويات جيدة وغالبا معنوية لاغلب الفحوصات المناعية مقارنة بالسيطرتين السالبة والموجبة, والنتائج كالاتي : - 1 - عدم وجود تاثير سمي على الخلايا البلعمية بدلالة فحص العيوشية وحصول استجابة مناعية لانوعية بدلالة زيادة النسبة المئوية لكل من التفعيل والبلعمة.2 - ظهور استجابة مناعية نوعية خلطية معتمدة على الخلايا اللمفاوية البائية بدلالة زيادة كل من معدلات فحص الحساسية العاجل وفحص تثبيت المتمم.3 - حصول استجابة مناعية نوعية خلوية معتمدة على الخلايا اللمفاوية التائية بدلالة زيادة معدلات فحص الحساسية الاجل بزيادة تركيز المستخلص.  اظهر تقدير معامل الارتباط بان هناك علاقة قوية لمعظم التحريات المختبرية الوراثية الخلوية والمناعية, وهذا يدل على مدى العلاقة بين هذه التحريات من جهة ومدى تاثير المستخلص من جهة اخرى. | This study was designed to evaluated the hot crude methanolic extract for Ruta chalepensis . The percentage of extract was determine in percent to dried weight, and making the chemicals investigation for active compound. In addition to studying plant toxicity by making lethal dose(LD50) test in white mice to detected optimum concentration. Three percentage was selected which (3, 5, 10)% from (LD50) value, and these percentage represented by this concentration which (58,88,176) mg/kg. In addition to the cytotoxicity test was making on Sheep Red Blood ells (SRBCs) to these concentration. So that these study included three sides represented by : - Cytogenetics analysis tests which including mitotic index(MI) and chromosomal aberration(CA) tests in mice bone marrow, after certainly from loosing the genotoxic effects of extract, the interaction between three concentration (58, 88, 176) mg/kg and mitomycin (MMC) drug in concentrate (0.5) mg/kg was making in three forms of treatment of extract (before) (after) (with) mutagen MMC to asses extract activity in prevented or modulated or decreased the drug action , and to know the mechanisms which making it the active compound of the extract. - The study of some Immunological side of extract in same concentrates used in cytogenetics analysis which (58, 88, 176) mg/kg in white mice system represented by : - Measuring the body weight of animal before and after Immunization program, Arthus reaction and delayed type hypersensitivity test , Viability, Activation, Phagocytosis andComplement fixation tests. - Evaluating the relationship scope between cytogenetic, and Immunological laboratories investigations and the results of this study shown : - 1 - The methanolic extract of Ruta plant leaves is contain tannins, resins, comarins, flavonoids, alkaloids, glycosids, and essential oils and discontent of saponins, terpins, and steroids. 2 - No toxicity effects on (SRBCs) for concentrations resulted from LD50 test. 3 - No toxic or mutagenic effect of methanolic extract of Ruta plant leaves in this concentration when administration it in laboratories animal .4 - The MMC have mutagenic and cytotoxic effects in concentration (0.5) mg/kg indicate control positive animals test, these effects included the toxicity and mutagenecity for MMC by decrease the mitotic index and increase the chromosomal aberration for mice bone marrow. 5 - The interaction between methanolic extract and MMC shown the three concentration of plant extract is high efficiency in increase the mitotic index and decrease the chromosomal aberration, and these high efficiency independent on treatment type which shown the extract treatment before and with mutagen is highly efficiency from extract treatment after mutagen.6 - The Ruta chalepensis is classified as antimutagenic in first degree and Bioantimutagens in second degree. The results of Immunological study arrived to highly levels mostly significant in compare of negative (PBS) and positive (MMC) controls for most Immunological tests, The resulted shown 1 - Increasing the body weight means when the treatment by methanolic extract for ruta plant by increasing concentration of extract. 2 - No toxicity effect for phagocytic cells shown by Viability test and non specific immune response in indicate increasing all activation percentage and peritoneal phagocytosis 3 - Shown humeral immune response dependent on B - lymphocyte in indicate increased all of Arthus reaction and Complement fixation test.4 - Shown specific cellular immune response dependent of T - lymphocyte in indicate increased delayed type hypersensitivity Test mean by increasing extract concentration. - The correlation ship shown there are a strongly relationship between cytogenetic and Immunological laboratory investigations, and these indicated the relationship between laboratory investigations from side and the extracts effective scope by these test from other sides.

التغيرات الفسلجية المرضية للجهاز المناعي في مرضى سرطان الثدي عند النساء == Physiological changes In immune system in female breast cancer

Author name: امين احمد احمد ثابت
Supervisor name: بدر محمد عباس العزاوي | هيثم عزت باقر
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Physiology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هذه الدراسة تبحث في تغيرات الفسلجة المرضية للجهاز المناعي عند الاناث المصابات بسرطان الثدي الخبيث اللاتي شخص حديثا بهن المرض ولم يتعاطين العلاج بعد اللائي ترددن على مستشفى السرطان والطب النووي في بغداد ومختبرات الصحة العامة المركزي . وقد تضمنت هذه الدراسة عدد (80) امراة , حيث كانت هناك ( 4 ) حالات فقط في المرحلة الاولى من المرضى , (32) حالة في المرحلة الثانية , (31) حالة في المرحلة الثالثة , (13) حالة كانت في المرحلة الرابعة من مرض سرطان الثدي .مستويات الواسمات الورمية المختلفة كانت قد قدرت, الواسم CA15 - 3 كان قد حددت قيمته , واظهر حساسية تقدر بـ ( 5ر27%) وتخصيصية تقدر با (8ر95%) في سرطان الثدي المعرف وكذلك في المراحل المختلفة من المرض , النتائج لهذه الدراسة كشفت عدم وجود اختلافات معنوية في مستوى CA15 - 3 في مصل المصابات بحالات ورم الثدي الحميد مقارنة بالنساء المصابات بسرطان الثدي - المرحلة الاولى ( 0.164 <P ) بينما مستوى CA15 - 3 من مصل المريضات بسرطان الثدي من المرحلتين الثالثة والرابعة كانتا اكثر ارتفاعا , وهناك ظهرت الاختلافات المعنوية القائمة بالمقارنة مع المصابين بسرطان الثدي من الدرجة الاولى والثانية ( 0.001<P) .المستضد الورمي الجنيني CEA كان اقل قدرة ادائية حيث كان ذات حساسية تقدر بـ20% وتخصصية 7ر93% من ناحية ثانية , عبر ضم هذين الواسمين خلق مدى افضل للاداء او الانجاز .مولدات مضادات الورمية اخرى اختبرت وكان لها اجمالي الدقة accuracy over all منخفضة والذي جعل استخدامها محدود في عملية تشخيص سرطان الثدي .مستويات Beta 2 microglobulin اظهرت اختلاف معنوي بين مجموعة السيطرة الاصحاء والمرضى بسرطان الثدي في المراحل المختلفة ( 0.001 >P) فوق ذلك , كانت هناك اختلافات معنوية ( 0.001 >P) بين مجموعة السيطرة الاصحاء واولئك من كانوا في المرحلة الاولى من المرضى , عبر ضم هذه الواسمات قد لوحظ تحسين افضل في الكشف عن سرطان الثدي .مستوى Ceruloplamin هو واحد من Acute phase reactant proteins , اظهر عدم وجود فروقات معنوية بين النساء السليمات وتلك المصابات بسرطان الثدي حتى المرحلة الثالثة ( P=0.269) الاختلاف كان معنوي فقط بعد الاخذ في الاعتبار المرحلة الرابعة من المرضى ( 0.002 >P) وهو المؤشر للزيادة الرئيسية الظاهرة في مستوى Ceruloplasminعند المرضى الذين كانوا في مرحلة متاخرة من الورم الخبيث .كما وقد لاحظنا ان عدد CD+ 4 cells يتناقص مع تقدم المرض ليصل الى اقل قيمة عند المرحلة الرابعة من المرض .من ناحية اخرى , التحليل الاحصائي اظهر اختلافات معنوية بين المراحل المدروسة من المرضى ( P=0.718 - 0.065 ) حيث لم تكن هناك فروقات معنوية حتى الوصول الى المرحلة الرابعة ( P=0.013) مشيرا الى ان اقصى درجة التدمير لهذه الخلايا كانت واضحة في هذه المرحلة . من جانب اخر CD8 cells اتخذت كليا التفاعل العكسي , تبدا الاقل انخفاضا عند المراحل المبكرة من المرض حتى تصل الى اعلى مستوى عند المرحلة الرابعة .مستويات Interleukines المعتمدة, كان متوسط IL - 1α في مصل مجموعة السيطرة الاصحاء اقل من الحد المعرف به في الـ Kit . خلال التحليل الاحصائي ظهرت علامة اختلاف معنوي بين المرضى في المراحل المختلفة من المرض ( P=0.032 ) . معظم القراءات كانت في اطار المستويات غير الحد المعرف به والمستوى المرتفع المفاجيء كان عند عدد قليل من المرضى نتجت في هذه الاختلافات .من جانب اخر , اظهر التحليل الاحصائي زيادة معنوية في مستويات IL - 4 بين النساء السليمات والمصابات بسرطان الثدي عند المراحل المختلفة من المرض ( 0.001>P) .تركيز IL - 6 في المصل كان ذات ارتفاع معنوي عند المصابات بسرطان الثدي مقارنة بالنساء السليمات (0.001>P) . متوسط مستويات IL - 6 المصلي كان يقارب الثلاثة اضعاف ارتفاعا عما هو عند مرضى سرطان الثدي المنتقل metastatic breast cancer ( المرحلة الرابعة ) كما قورن مع اولئك الذين كانوا في المرحلة المبكرة من المرض ( المرحلة الاولى ) , والمقدرة على التوالي بـ ( 24.02 pg/ml versus 8.45pg/ml) .كما وقد كان هناك تقدما في الزيادة المعلمة في متوسط مستوى IL - 8 في اطار المراحل المختلفة من المرض ( P=0.025) , مع ذلك العامل المنكرر في كل نتيجة على حدة متمثلا في ارتفاع مستوى القراءات , بما فيها المرحلة الرابعة من المرض .بالمثل لمستويات Immunoglobulins في المصل , كانت هناك زيادة طفيفة في مستويات المصل عند المصابات بالسرطان , والتي قد ظهرت متجاوزة قليلا عنها مما هي عند السليمات , ولكن في هذه الزيادة لم تكن هناك فروقات معنوية مميزة في كل اختبارات ذات الانماط المتساوية . | This study investigated some physiological changes of the immune system in females with malignant breast cancer that were newly diagnosed and untreated, attending The Oncology and Nuclear Medicine Hospital in Baghdad and the Central Public Health Laboratories. Of the 80 females included, only four were in stage I of the disease, 32 in stage II, 31 in stage III, and 13 in stage IV. Different tumor markers levels were evaluated in those patients. CA 15 - 3 was assessed. It showed a sensitivity of 27.5% and a specificty of 95.8% in detecting breast cancer and at different stages of the disease. The results of the study revealed no statistically significant difference in the level of CA 15 - 3 in serum of patients with benign breast conditions compared with patients with a breast cancer of stage I (p>0.164). However, serum CA 15 - 3 level in patients with a breast cancer of stages III and IV, was considerably higher and there was a significant difference as compared with patients with a breast cancer of grades I and II (p < 0.001). Carcinoembryonic antigen had lesser performance capabilites. It had a sensitivity of 20% and a specificty of 93.7%. However, by combining these two parameters better performance indices were achieved.Other tumor markers tested had low over all accuracy that limited their use in breast cancer diagnosis.Beta 2 microglobulin levels showed significant difference among the healthy control group and patients with breast cancer at different stages (P<0.001). Moreover, there was a significant difference (P<0.001) between healthy control and stage I of the disease. By combing this parameter, further improvement in detecting breast cancer could be noticed.Ceruloplasmin level, one of the acute phase reactant proteins, showed no statistically significant changes among healthy control persons and patients with breast cancer up to stage III (P=0.269). The difference was only significant after considering stage IV of the disease (P<0.002), indicating that the major increase in ceruloplasmin level occurs in patients who are at advanced stage of malignancy.We observed that the number of CD4 cells decreases with the progress of the disease reaching its lowest value at stage IV patients. However, statistical analysis showed that the differences between the studied stages (P=0.718 - 0.065) were of no statistical significance till reaching stage IV (P=0.013) indicating that the maximum reduction was in this stage. On the other hand CD8 cells follow totally opposite reaction, being lowest at early stages of the disease reaching its highest level at stage IV. Concerning interleukines levels, mean serum level of IL - 1alpha in the healthy control group was below the detection limit of the kit. Though statistical analysis showed significant difference between patients in different stages of the disease (P=0.032), most of the readings were within the undetectable levels and the occasional high level in few patients resulted in these differences.On the other hand, Statistical analysis shows significant increase in the levels of IL - 4 in patints with breast cancer at different stages of the disease in compare with healthy control group (p<0.0001).Serum IL - 6 concentration was significantly higher in patients with breast cancer compared with healthy controls (P < 0.0001). Mean IL - 6 serum levels were nearly 3 times higher in patients with metastatic breast cancer (stage IV) as compared with those with early disease (stage I) (24.02 pg/mL versus 8.45 pg/mL, respectively).There is progressive significant increase in the mean of IL - 8 level within the stages of the disease (P=0.025), though the main contributory factor in sucha result is the high level within stage IV.As for serum levels of immunoglobulins, a slight increase in the serum levels in patients with cancer appeared exceeding a little those of the healthy control but this increase was not significant in all isotypes tested.

تاثير المستخلصات الخام لجمار النخيل صنف زهدي Phoenix dactylifera cultivar. Zahdi على الخطوط الخلوية السرطانية == Effect of crude extract of Date palm pith Phoenix dactylifera cultivar. Zahdi on cancer cell lines

Author name: امنة موفق مصطفى النعيمي
Supervisor name: بدر محمد عباس العزاوي | ناهي يوسف ياسين
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يمثل هذا البحث دراسة اولية لتقييم تاثير المستخلصات الخام لجمار نخيل التمر صنف الزهدي Phoenix dactylifera cultivar. Zahdi في نمو اثنين من الخطوط الخلوية السرطانية هما خط خلايا سرطان العضلة البشري RD وخط خلايا سرطان الخلايا الدبقية البشرية ANG وخط واحد من الخلايا الطبيعية لجنين الجرذ REF والخط المتحول وراثيا VERO فضلا عن دراسة تاثيرها في انقسام الخلايا اللمفاوية البشرية . تم تحضير ثلاثة مستخلصات خام لجمار النخيل وهي مائي(باستعمال الماء المقطر مزدوج التقطير ) وكحولي (باستعمال كحول الايثانول 70% )والعصير الخام (وذلك بعصر الجمار واستعماله مباشرة ). واستعملت اربعة تراكيز مختلفة محضرة بشكل ثنائي من هذه المستخلصات وهي ( 1250، 2500 ، 5000، 10000) مكغم/مل بالنسبة للمستخلص المائي والكحولي ، و(1% ،5% ،10% ، 30% )بالنسبة للعصير ، وتم اختبارها لكل من خطوط الخلايا السرطانية والخط المتحول وراثيا بمعدل ثلاث مكررات لكل تركيز ولمدة معاملة (24، 48 ، 72 )ساعة باستثناء الخلايا الطبيعية التي كانت مدة معاملتها 72 ساعة فقط . وقد اظهرت النتائج وجود تاثير سمي معنوي واضح للمستخلصات الخام في نمو الخلايا السرطانية لثلاث مدد من التعريض ، ووجد ان التاثير التثبيطي للمستخلصات يعتمد على التركيز حيث كانت السمية تزداد بزيادة التركيز وعلى وقت التعريض لبعض التراكيز . لقد اختلفت افضلية المستخلص الاكفا في التاثير السمي على الخطوط الخلوية السرطانية باختلاف نوع المستخلص والتركيز والخط الخلوي السرطاني. اذ كان العصير الخام اكفا المستخلصات الخام تاثيرا في الخط الخلوي السرطاني ANG حيث تراوحت نسب التثبيط لهذا المستخلص من 69.7% للتركيز 1% الى 81.5% للتركيز 30% لمدة التعريض 24 ساعة ، اما في 72 ساعة فقد تراوحت النسب بين (73.8% - 83%) للتراكيز (1% - 30%). اما في الخط الخلوي السرطاني RD والخط المتحول وراثيا VERO فقد كان المستخلص المائي هو الاكفا حيث كانت اعلى نسب للتثبيط عند التركيز 10000مكغم/مل وكانت النسب تنخفض بانخفاض التركيز حيث بلغت النسب (90.7 %، 89%، 88.8% ) (جدول4 - 8) للخط RD و(92.9%، 93.7% ، 91.8% )(جدول 4 - 2) للخط الخلوي VERO لمدد التعريض (24، 48 ، 72 ) ساعة على التوالي اي ان مدد التعريض لم يكن لها تاثير معنوي على نسب التثبيط. عند استعمال المستخلصات الخام بديلا عن المادة المشطرة PHA ، لم يؤد الى تحفيز انقسام الخلايا اللمفية اي انه لايعمل كبديل عن ال PHA . ولكن عند استخدامه كبديل عن الكولجسين لوحظ انه يعمل على ايقاف انقسام الخلايا في مرحلة ال Metaphase مما يدل على ان المستخلصات اظهرت دورا مشابها لعمل الكولجسين ولكن بكفاءة اقل . | This work represented a preliminary study of the effect of crude extracts of date palm pith (Phoenix dactylifera cultivar. Zahdi) on the growing of two cancer cell lines(Human Rabdomyosarcoma - RD) , (Glioblastoma - ANG) and one normal cell line (Rat Embryo fibroblast - REF) and the transformed cell line (VERO). In addition, it involves the study of their effects on the division of the human lymphoid cells.Three crude extracts of date palm pith were prepared which is aquous (using double distilled water), alcohol (using ethanol 70%) and the crude juice(squeezing the pith and use it directly).Four different binary concentrations have been prepared from crude extracts that are concentrations(1250,2500,5000,10000) µg/ml for each aquous and alcoholic, (1%, 5%, 10% 30%)for the crude juice. Each cancerous cell line and the transformed cell line was tested with an average of three repeaters for each concentration and for the treatment periods of (24 ,48 ,72) hours except for the natural cells whose treatment period was only 72 hours . The results show existence of clear significant cytotoxic effect for crude extracts on growth of cancer cells within the three periods of time of exposure .It was found that the cytotoxic effect for crude extracts and depended on concentration and time period of exposure. It is noticed that the cytotoxic effect increased according to concentration .The Effectiveness of more extract in terms of cytotoxicity on cancer cell lines has been varied depending on types of extract , cancer cell line and concentration.the crude juice was found to be the most effective especially on the cell line (ANG) The inhibition rate for this extract were (69.7%) for the concentration 1% to 81.5 for concentration 30% for exposures period 24 hour , while in 72 hour The inhibition rate were (73.8% - 83% ) for concentrations (1% - 3%). While on RD cell line and the transformed cell line (VERO) the aquous extract was more effective , the highest inhibition rate was for the concentration 10000 µg/ml the inhibition rates was increased according to concentration .It was (88.8% , 89% , 90.7%)for RD cell line and (91.8%, 93.7% , 91.8%) for VERO cell line for exposure periods (24, 48, 72) hour respectively. When we use the crude extracts as an alternative for the PHA , it is found that it doesn’t have the ability to motivate the cells division of the lymphoid cells , (i.e. it can't be as alternative for the PHA ). When using it as alternative for colchicin. It is noticed that it works on stopping the division in the tropical phase this is improve that these extracts show the same work like colchicin but less than it.

التباين الوراثي لجين E - selectin المصاحب للاصابه بمرض السكري من النوع الثاني في عينه من الذكور العراقيين العرب

Author name: امال يوسف جبار احمد
Supervisor name: اسماء محمد صالح المهيدي
General topic: Biology
Specific topic: zoology - Genetics
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Diabetes - Type II (Diabetes Mellitus type 2) is a group of metabolic diseases resulting from high blood sugar because of a defect in insulin secretion, insulin action, or both, and tissue resistance to insulin. This study was conducted to evaluate the serum level of factor E - selectin in patients with diabetes and its relationship to the polymorphisms genetic Jene E - selectin A561C at the site and assess the relationship between classical factor E - selectin factors.The study included 100 male appointed to the Iraqis. The first group (80) patients with diabetes type II and second group (20) of healthy as control samples. The study was conducted at Yarmouk Teaching Hospital / Central Laboratories and Hospital of city Alkazemian, and health center in the Saidiya. For the period from November 2015 until February 2016.We have been identified patients with diabetes type II and control in terms of age, gender, family history of the disease and the duration of diseases and weight (kg) and height (cm) and waist central obesity (cm) And we have been calculate the body mass index calculation. The serum for both groups ,we calculate the level of sugar in the blood and hemoglobin A1c and cholesterol and triglycerides and high - density fat and fat and a low - density and fat and very low - lying density index of atherogenic index.Blood sugar and hemoglobin A1c showed significant differences between patients and control while the cholesterol and fat of all kinds showed no significant differences, except for fat, high - density non - significant differences compared to control patients.It was calculate by the concentration of the adhesion molecule E - selectin in the patients' blood serum (66) and compared to control a person (20) individual using the ELISA device and results showed significant differences in patients than controls.When divided the patients into three groups totals for minor according to the level of the hemoglobin A1c in the blood serum. The first group was less than 6.5, and the second group was between (6.5 to 9.3), the third set was more than 9.3. Control group was divided into two subsections, according to the level of hemoglobin A1c , the first group was less than 6.5, and the second group was between (6.5 to 9.3).SummaryAppeared to increase most of the variables in the third set when the level hemoglobin A1c of more than 9.3.When you link current study results have shown that the sugar in the blood record significant correlation with the body mass index (0.20). The hemoglobin A1c and creatine and cholesterol and low - density lipids significant correlation with central obesity respectively coefficient (0.20) (0.22) (0.23) (0.21) and E - selectin factor (0.21).The molecular study included 74 individual patients and (20) of individual control. It included PCR - RFLP technique. Electric deportation results for Jene E - selectin at the site A561C showed the presence of alleles are A, C and the presence of three genotypes are (AA, AC, CC). Allele A is a higher proportion of allele C in patients and control, and that repeating models genetic (AA, AC , CC) with no significant differences in the patient group than controls. Showed allele A difference no significant in control compared to patients using the test Fisher and relying on the Confidence Intervals (CI) and showed a preventive fraction (PF) of the disease, and that the allele C showed a no significant difference in patients than controls using test Fisher depending on the Confidence Intervals (CI) and showed that the allele C was Etiological fraction (EF). Repeat genotype AA difference is no significant in control compared to patients style of preventive fraction (PF) of disease, showed a repeat genotype AC difference is no significant in patients than controls and appeared style of Etiological fraction (EF) of disease, showed a repeat genotype CC no significant difference in patients than controls and Etiological fraction (EF) of disease. and can be used as indicators of readiness of members of Iraqi society of the male to the disease ..From the study of the genotype to Jene E - selectin at the site A561C a number of the details in the totals for the study, found that there were significant differences between patients and control genotype structures the three (AA, AC, CC) with sugar and E - selectin and hemoglobin A1c , and that there is differences were not significant with the body mass index.

دراسة مقارنة بين تشظي DNA النطف والموت الخلوي المبرمج لبيوت الطاقة وعلاقتهما بعوامل العقم الذكري == A comparative study between sperm DNA fragmentation and mitochondrial apoptosis correlated to male infertility factors

Author name: الاء محمد ياسين
Supervisor name: عبد الامير ناصر غلوب | محمد باقر محمد رشاد فخر الدين
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعتبر بيوت الطاقة ((mitochondria والحمض النووي الرايبوزي منقوص الاوكسجين (DNA) للنطف عوامل تنبؤ اساسية لحيوية النطفة المسؤولة عن نجاح الحمل سواء كان بالطريقة الطبيعية او عن طريق التقنيات المساعدة للانجابART) ) . لذلك هدفت هذه الدراسة لتقييم الموت الخلوي المبرمج لمايتوكوندريا النطفSperm mitochondrial apoptosis) SMA ) وتشظي المادة النووية للنطف SDF((Sperm DNA fragmentation. ثم تحديد العلاقة بينهما وبين عوامل العقم الذكري للسائل المنوي, وايضا ايجاد العلاقة بين نتائج فحص Acridinie orange (AO) وفحص الموت الخلوي المبرمج لمايتوكوندريا النطف (SMA). اجري تحليل السائل المنوي ل (85) ذكر, وكان عدد الذكور من ذوي نوع العقم الاولي (52) , ومتوسط اعمارهم (1.42± 32.13) سنة , وعدد الذكور من ذوي العقم الثانوي (33) , وبمعدل عمري قدره (1.85± 35.22) سنة , تم تقسيم الذكور الى عدة مجاميع على اساس عوامل العقم الذكري لسائلهم المنوي حسب معايير منظمة الصحة العالمية لعام (2010) عدا شكل النطف تم حسابه اعتمادا عى معايير منظمة الصحة (WHO) لسنة (1999). ايضا تم اجراء فحص الموت الخلوي المبرمج للمايتوكوندريا (SMA) لجميع الذكور بواسطة عدة تصبيغ المايتوكوندريا , وفحص تشظي المادة الوراثية بواسطة فحص (AO) وفحصت خلايا النطف المصبغة بواسطة (Fluorescent Microscope). اظهرت نتائج هذه الدراسة زيادة معنوية في الموت الخلوي المبرمج لمايتوكوندريا النطف (SMA) بطيئة الحركة التقدمية (Asthenozoospermia), وحالات النطف قليلة العدد وبطيئة الحركة التقدمية (Oligozasthenozoospermia), وحالات النطف قليلة العدد بطيئة الحركة التقدمية ومشوهة الشكل (Oligozasthenoteratozoospermia), بينما اظهر الذكور ذوي السائل المنوي طبيعي النطف والذكور ذوي النطف بطيئة الحركة التقدمية مشوهة الشكل (Asthenoteratozoospermia) والذكور ذوي حالات النطف قليلة العدد مشوهة الشكل زيادة غير معنوية (P>0.05) في نسبة (SMA) بالمقارنة مع المجاميع الاخرى. بالاضافة الى ذلك, اظهرت هذه الدراسة علاقة سلبية معنوية (P<0.05; r= - 0.94) بين الحركة التقدمية الكلية وبين نتائج فحص (SMA) في مجموعة الذكور ذوي النطف المشوهة (Teratozoospermia) , بينما كانت العلاقة سلبية غير معنوية(P>0.05) بين الصفات اعلاه مع تشظي المادة النووية (SDF) . اضافة الى ذلك اظهرت الدراسة الحالية ان الموت الخلوي المبرمج وتشظي المادة النووية كان باعلى النسب في حالات العقم الذكري التي يشترك فيها عامل عقم بطئ الحركة التقدمية. ايضا, تم ملاحظة اختلافات غير معنوية (P>0.05) في تشظي المادة النووية بين مجاميع عوامل العقم الذكري. على اية حال, كان التشظي في اعلى مستوياته عند الذكور ذوي قلة عدد النطف مع بطئ الحركة التقدمية لها, يليها نسبة اقل من (SDF) في الذكور ذوي النطف بطيئة الحركة التقدمية, بينما ظهرت اقل نسبة من (SDF) في الذكور ذوي السائل المنوي الطبيعي (Normozoospermia). استنتجنا من هذه الدراسة ان لفحص الموت الخلوي المبرمج لبيوت الطاقة لخلية النطفة دور مهم في بيان العقم الذكري . اضافة الى ذلك, ان لكلا الفحصين (SMA and SDF ) اهمية تنبا للمرضى ذوي عامل عقم بطئ الحركة التقدمية سواء كان لوحده او مرتبطا مع عوامل العقم الذكري الاخرى. | Sperm mitochondria and sperm DNA considered essential factors to prediction of sperm viability, which is responsible for successful pregnancy in natural way or in assisted reproductive techniques. Therefore, this work aimed to evaluate the sperm mitochondrial apoptosis (SMA) and DNA integrity for infertile patients, then to assess correlation between semen parameters with both SMA and sperm DNA fragmentation (SDF), also to assume the correlation between results of SMA test and acridine orange test. Seminal fluid analysis was performed for (85) male, the number of primary infertile men were (52) with average age (32.13 ± 1.42) year, and number of secondary infertile men were (33) with an average age (35.22 ± 1.85) yearAll patients were classified into several groups according to the male infertility factors according to WHO (2010) criteria with exception for the morphology that assessed according to WHO (1999). Also, the other two tests including SMA and SDF were performed for all infertile patients. SMA was assessed by mito - capture kit assay and the SDF assessed by Acridine Orange (AO) by using of fluorescent Microscope. The results of the present study showed a significant difference (P< 0.05) in SMA assay for asthenozoospermia, oligoasthenozoospermia and oligoasthenoteratozoospermia as compared with teratozoospermia, while normozoospermia, asthenoteratozoospermia, and oligoteratozoospermia had non significant differences (P > 0.05) in SMA (%) as compared with the other groups. Moreover, a significant negative correlation (P<0.05; r= - 0.94) assessed between total progressive motility (TPM) and SMA in Teratozoospermia, while it was negative non significant (P< 0.05) correlation with SDF. Also, this study showed that SMA and SDF were in the higher percentages in males who shares asthenozoospermia male infertility factor. Non significant differences (P>0.05) had been observed among groups of male infertility factors for sperm DNA fragmentation. However, SDF was in the maximum value for male with oligoasthenozoospermia, followed by asthenozoospermia. In contrast, minimum value was assessed in group normozoospermia males. A significant increment has been observed for secondary infertility as compared to primary infertility in sperm concentration, sperm progressive motility (%), sperm normal morphology (%), and total sperm motility (%). Additionally, this study showed that SMA and SDF were in higher values in cases that shares asthenozoospermia. From the results of the present study, it was concluded that the sperm mitochondrial apoptosis assay (SMA) has an important role in investigation of male infertility. Furthermore, both SMA and DFI assays have predictive value for patients with asthenozoospermia either alone or combined with other male infertility factors.

دراسة شكليائية ونسجية للجهاز التكاثري الانثوي لسمكة الشبوط Barbus grypus Heckel,1843 في بغداد == Morphological and histological study of the female reproductive system in the fish Barbus grypus Heckel,1843 in Baghdad

Author name: افين رمضان محسن العاني
Supervisor name: عبد الحكيم احمد الراوي | نهلة عبد الرضا البكري
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: University of Baghdad - College Of Science For Girls
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحالية دراسة مظهرية ونسجية للجهاز التكاثري الانثوي لسمكة الشبوط Barbus grypus, Heckel 1843 وتحديد موسم السرء لها في نهر دجلة . جمعت لهذا الغرض خمس عشرة سمكة شبوط انثى بالغة بمختلف الاطوال والاوزان , قيس الطول الكلي والوزن الكلي لكل سمكة , وقيس وزن وابعاد المبايض , ثم ثبتت المبايض والاجزاء الاخرى للجهاز التكاثري الانثوي بوساطة ثلاثة انواع من المثبتات , وقد بينت الدراسة الحالية الاتي : - 1 - موسم السرء لاناث اسماك الشبوط في نهر دجلة يكون خلال شهري مايس وحزيران .2 - امكانية التمييز بين اغلب اناث وذكور الشبوط البالغة مظهريا خلال موسم السرء دون اللجوء الى التشريح الداخلي , اذ اكتسبت اغلبية الذكور البالغة لوناﱟ بنياﱟ اغمق من الاناث عند المنطقة الظهرية ( الاختلافات اللونية) . وان اناث الشبوط تنضج جنسيا في السنة الرابعة من العمر .3 - صنفت مراحل نضج المبايض على ست مراحل وهي : - (ما قبل النضج الجنسي - الراحة - تقدم النضج - ما قبل السرء - السرء - مابعد السرء ) .4 - امتلاك اناث اسماك الشبوط زوجا من المبايض من النوع الكيسي , واستمرار التجويف المبيضي الى الخلف مع تجويف قناة البيض التابعة لكل مبيض واللتان تتحدان على شكل قناة بيض مشتركة تفتح الى الخارج عن طريق الفتحة التناسلية التي تقع خلف الفتحة المخرجية وامام الفتحة البولية . تكون قناة البيض جانبية الموقع للمبيض ومبطنة بنسيج ظهاري حرشفي بسيط , وتجويف قناة البيض المشتركة هو امتداد لتجويف قناة البيض . 5 - يحاط المبيض بالجدار المبيضي المؤلف من الظهارة السطحية التي تكون صباغية من ناحية المبيض الظهرية وتدعى بالظهارة السطحية الصباغية , والغلالة البيضاء يليه سدى المبيض الحاوي على الخلايا الجنسية الانثوية بمختلف مراحلها , ويبطن التجويف المبيضي بظهارة انتاشية التي هي منشا سليفات البيوض بالمبيض البالغ .6 - يصنف المبيضان على اساس نمط نمو وتكون الخلايا البيضية فيه الى مبيض ذا المجاميع المزامنة .7 - قسمت مراحل تكوين الخلايا البيضية الى تسع مراحل وهي : - (مرحلة سليفات البيوض - مرحلة النويات المحيطية المبكرة - مرحلة النويات المحيطية المتقدمة - مرحلة الاسناخ القشرية - مرحلة المح الابتدائي - مرحلة المح الثانوي - مرحلة المح الثالثي - مرحلة النواة المهاجرة - مرحلة الاماهة ) .8 - وجود نوعين من المشتقات الجريبية : - ا - الجريبات الرتقية التي تظهر على مدار السنة بنسبة قليلة وفي مرحلة مابعد السرء بنسبة كبيرة. ب - جريبات ما بعد الاباضة التي تظهر في مرحلة السرء نتيجة لحدوث عملية الاباضة .9 - اظهرت نتائج الفحص بالمجهر الالكتروني النافذ ماياتي : - ا - ان المنطقة الشعاعية (الغلاف المحي) ذات تركيب متعدد الصفائح ( صفائح كثيرة الكثافة الكترونيا متبادلة مع صفائح اقل كثافة الكترونيا ) , تتخللها قنيات (قنوات) الثقوب التي تخترقهزاغيبات الخلية البيضية وزغيبات الخلايا الحبيبية اذ تكون الاخيرة اسمك من السابقة , ولهذه الزغيبات اهمية كبيرة في زيادة سطح التبادل الايضي مابين خلية البيضة والخلايا الحبيبية . ب - الاسناخ القشرية تظهر بعضها بوصفها حويصلات غشائية متجانسة ذات تحبب دقيق والبعض الاخر يحوي حويصلة غشائية كثيفة الكترونيا داخل حويصلة غشائية متجانسة ذات تحبب دقيق . ج - المح يظهر بشكل صفيحات محية ذات احجام مختلفة , الكبيرة منها تحوي على جسم رئيس ذي محتوى بلوري من المح . د - الحويصلات المطلية تندمج لتكون اجسام متعددة الحويصلات التي تزداد بالحجم لتصبح اجساماﱟ محية والتي تزداد بالحجم لتصبح صفيحات محية . | The present study includes study of morphological and histological structure of the female reproductive system in the adult Shabout Barbus grypus ,Heckel 1843 and specification of the spawning season for this species in Tigris River .Fifteen of the adult female Shabout of different lengths and weights were collected as sample . Their total length and weights are measured . also the weight and dimensions of each ovary were recorded , samples from each ovary and some parts of the female reproductive system are fixed with three different fixatives .The present study shows the following : - 1 - The spawning season for the female Shabout is in May and June in Tigris river .2 - The ability of distinguishing between most of the Shabout males and females externally at the spawning season , the majority of the adult male has darker brown color at the dorsal side than the females (dichromatism ) , At the age of four , female Shabout attain sexual maturity .3 - The ovarian maturity stages are classified into six : - ( Immature , Resting , Maturing , Pre spawning , Spawning , Post spawning ) .4 - The adult female Shabout has a pair of ovaries of Cystovarian condition . the ovarian cavity continuous posteriorly with the oviduct cavity, and the tow oviducts merges in to one common oviduct which opens externally through the genital pore ( in front of urinary pore and behind anus ) . The oviduct laterally lies with the ovary which is lined with the simple squamous epithelial tissue . The tow oviducts merges to form the Common oviduct which its cavity is a continuous to the oviduct cavity .5 - The ovary is surrounded by the ovarian wall that consist of Surface epithelium which is Pigmented on the dorsal side of the ovary knowen as Pigmented Surface Epithelium and Tunica Albugenia and by the Ovarian Stroma were different stages of female germ cells can found .6 - The tow ovaries are classified as group - Synchronous based on oocyte development .7 - The oocyte developmental stages divided in to nine stages : - ( Oogonia stage , Early Perinucleolar Stage , Advanced Perinucleolar Stage , Cortical Alveoli Stage , Primary Yolk Stage , Secondary Yolk Stage , Tertiary Yolk Stage , Migratory Nucleus Stage , Hydration Stage ) .8 - Tow types of follicular derivatives were found : - a - Atretic follicles that appear in small percentage through the whole year, and in a large percentage on post - spawning stage . b - Post ovulatory follicles which appears in spawning stage because of ovulation . 9 - The Transmission Electron Microscope results shows the following : - a - Zona Radiata ( Vitelline Envelope ) has a multi - lamellar structure ( electron dense lamellae alternating with lower electron density lamellae ) with Pore canaliculi( Canals) that intervening it oocyte microvilli and Granulosa microvilli which are thicker than the previous , these microvilli important to increase the metabolic exchange surface between oocyte and granuolsa cells . b - Some of the Cortical Alveoli appear as homogenous vesicles with fine granulation , the other appear to contain electron dense vesicular inside homogenous vesicles with fine granulation . c - The Yolk appear as Yolk platelets with different sizes , the bigger ones contain Main Body of crystalline yolk . d - The Coated vesicles merges in the form of multi - vesicular bodies which increase in size to become yolk bodies which also increase in size to become Yolk Platelets .

دراسة بيئية وامراضية على جرثومة كليبسيلا في عينات سريرية ونهر دجلة في بغداد == Environmental and Pathogenic Study on Klebsiella Spp. in Samples Collected from Patients and Tigris River at Baghdad

Author name: افراح فهد عبد الكريم
Supervisor name: كاظم هاشم ياسين الاعرجي | كفاح احمد جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تفرعت الدراسه الحاليه خطين رئيسيين.تضمن الخط الاول تقييم نهر دجله ضمن محافظة بغداد من خلال دراسة العوامل الفيزيائيه والكيميائيه والبايولوجيه والتي لها تاثير على نوعية مياه نهر دجله بينما تضمن الخط الثاني دراسه جزيئيه لبعض عوامل الضراوه، المقاومه للمضادات الحيويه وانتاج الغشاء الحيوي لبكتريا K. pneumoniae والمعزوله من مصادر سريريه وبيئيه. محطات الدراسه تضمنت ثلاثة مواقع على نهر دجله ضمن مدينة بغداد، الموقع الاول يقع شمال مدينة بغداد والتي تقع شمال منطقة الكريعات بالقرب من جسر المثنى، والموقع الثاني يقع قرب مدينة بغداد الطبيه قرب جسر باب المعظم بينما يقع الموقع الثالث الى الجنوب بالقرب من جسر الجادريه. جمعت عينات شهريه من المواقع المذكوره انفا والواقعه على نهر دجله ابتداءا من تشرين الثاني/2013 ولغاية تشرين الاول/2014 . فضلا عن ذلك جمعت عينات سريريه من عدة مستشفيات في بغداد وباستخدام حاويات معقمه. اظهرت النتائج ان قيم درجات الحراره لمياه نهر دجله تراوحت بين (9 - 31 م◦) وهذا من صفات جو العراق والذي يتميز بتقلبات موسميه بدرجات الحراره من جهه وبتغيرات يوميه من جهه اخرى، كانت دالة الحامضيه لمياه النهر تميل للقاعديه الخفيفه وتراوحت بين (6.1 - 8.7) مع ظهور حامضيه خفيفه في الموقع الثاني وقد يعود السبب في ذلك الى مخلفات مدينة الطب والتي تدل على وجود تلوث. تراوح تركيز الاوكسجين المذاب بين (6.6 - 9.9 ملغم/لتر) وهذا يظهر ان مياه نهر دجله جيدة التهويه وكذالك اظهرت النتائج ان المتطلب الحيوي للاوكسجين كان ضمن الحدود المسموح بها دوليا ومحليا حيث تراوحت قيمته بين (0.8 - 3.5 ملغم/لتر). العكوره تظهر مدى شفافية المياه وقد تراوحت قيم العكوره لمياه النهر مابين (16 - 102 نفلوميتر) وسجلت الدراسه ارتفاع ملحوظ في قيم التوصيليه الكهربائيه (651 - 1170 ملغم/لتر). كذلك وجد ان قيم المواد الصلبه الذائبه تراوحت بين (406 - 751 ملغم/لتر) وكان لتاثير الفصول عليها اكثر من تاثير المواقع. بينما سجلت الملوحه تركيز (0.72 - 0.39ملغم/لتر). سجلت النتائج لتركيز المعادن الثقيله ما بين (0.001 - 0.6 ملغم/لتر)،(0.00 - 0.25 ملغم/لتر) لكل من الحديد والزنك على التوالي، معدل التراكيز لهذه المعادن اظهر تغايرا شهريا خلال مدة الدراسه حيث كانت معدلات الحديد متجاوزه الحدود المسموح بها دوليا بينما معدلات الزنك ضمن الحدود المسموح بها. تراوحت قيم الفوسفات لنهر دجله مابين (0.11 - 0.37). من جهه اخرى كانت نتائج الدراسه البكتريولوجيه قد سجلت معدلات مرتفعه لكل من العدد الكلي الحي للبكتريا واعداد بكتريا القولون الكليه واعداد بكتريا القولون البرازيه والتي تجاوزت الحدود المسموح بها دوليا ومحليا والتي كانت دليل على وجود تلوث احيائي وقد سجلت القيم ما بين (195 - 8200CFU/ml ) ، (3625 - 160000 cell/100ml ) ، (24000 - 142500 cell/100ml ) على التوالي. جمعت 75 عزله بكتيريه تابعه للجنس Klebsiella spp. وتوزعت مابين 40 عزله بيئيه و35 عزله مرضيه، شخصت العزلات بانها : K. pneumoniae (40), K. oxytoca (8), K. terrigena (7), K. ornitholytica (5) اعتمادا على الخواص الزرعيه، المجهريه والكيموحيويه وقد تم تاكيد التشخيص باستخدام نظام API - 20E وVITEC2 systemقد تم عد البكتريا باستخدام طريقة الترشيح الغشائي وباستخدام وسط انتقائي.تم تحديد حساسية العزلات تجاه (23) مضاد حيوي واظهرت النتائج بصوره عامه مقاومه العزلات لاغلب المضادات المستخدمه كما اظهر التحليل الجزيئي ان عزلات K. pneumoniae كانت حامله لجين CTX - M gene والذي له علاقه بمقاومة مضادات البيتالاكتام حيث اظهر تفاعل تضخيم السلسله PCR حزمه واضحه وبحجم (551 bp) فضلا عن ذلك تم دراسة جين aac(3) - II والذي يتعلق بمقاومة مضادات الامينوكلايكوسايد وباستخدام PCR حيث ظهرت حزمه واضحه بحجم (877 bp) . درست قدرة البكتريا على تكوين الغشاء الحيوي باستخدام ثلاثه طرق مختلفه وقد اظهرت النتائج ايجابيه الفحص وكذلك تم تضخيم جين mrkD والذي يعتبر تحت الوحدة المسؤله عن الاتصاق للنوع الثالث من الاهداب واظهر PCR حزمه بحجم (966 bp). عوامل ضراوه اخرى درست جزيئيا لهذه البكتريا وذلك باستخدام تفاعل تضخيم السلسله تضمنت rmpA , magA وkfu وهي جينات مسؤله عن تكوين الكبسوله وحوامل الحديد وكذلك تم تضخيم جين 16SrRNA وذلك باستخدام conventional and real time PCR وذلك من اجل تشخيصها جزيئيا واظهرت النتائج حزم واضحه بحجم (535 bp) لجين rmpA، (797bp) لجين kfu و(160 bp)عند استخدام برايمر متخصص لجين 16SrRNA بينما لم تظهر اي حزمه عند تضخيم جين magA. | The present work was branched into two line first line aim to study Tigris River within Baghdad City to assess Physical, chemical and biological characteristics of water river that influence water quality of the Tigris River. The second line conducted to study molecular characterization of virulence factor, antibiotic resistance genes and biofilm formation of K. pneumoniae isolated from clinical and environmental sources. The study area included three stations on Tigris River Within Baghdad city, the first was located at North of Baghdad in the northern area of Ghera'att City, and the second at middle part in the area Baghdad medical city, whereas the third station located at South part in the area near Al - Jadiriah Bridge. Monthly samples were collected from three station located on Tigris river, from November 2013 to October 2014. In addition Samples were collected from different Hospital’s Environment and patients by using sterile containers.Results obtained showed that temperature value of Tigris water has ranged between (9 - 31 Cº) the climate of Iraq recognized with seasonal fluctuation from one side and day and night fluctuation from other side. The degree of pH in Tigris River tend to be light alkalinity as it ranged between (6.1 - 8.7) with slightly acidic at station2 and this may be due to the effect of medical city discharge that indicate presences of pollution. The concentration of dissolved oxygen was ranged between (6.6 - 9.9) mg/l and it seems that the water of Tigris is ventilated well. The results showed that values of BOD5 ranged between (0.8 - 3.5 mg/l.) which is within the International allowable levels. The Turbidity reflects the transparency in water, the Turbidity's values ranged between (16 - 102) NTU. The results showed that there is a noticeable raise in value the electrical conductivity that recorded between (651 - 1170) mg/l. It is found that the total dissolved solids values were affected by its seasons more than by its locations, It was recorded higher and lower values of (TDS) (406 - 751) mg/l. whereas the salinity recorded (0.72 - 0.39 ppm) .The results showed that concentrations of heavy metals iron and zinc were varied between 0.001 - 0.6 mg/l and 0.00 - 0.25 mg/l respectively. Mean concentrations of these metals in Tigris River showed monthly variations during the study period and the Fe values exceeded the International allowable levels while Zn within permissible limit for Iraqi and WHO standards for river system maintains. Phosphate values ranged between (0.37 - 0.11). On the other side, The bacteriological studies indicated a high level of total viable bacterial counts in water of the three stations and were between (195 - 8200 C.F.U/ml), While the total coliform and faecal coliform counts exceeding acceptable limits are indicative of pollution that recorded (3625 - 160000 cell/100ml ) and (2400 - 142500 cell/100ml) respectively.A total of 75 klebsiella spp. isolates had been collected and distributed between 40 environmental isolates and 35 clinical isolates. Isolates were identified as K. pneumoniae (40), K. oxytoca (8), K. terrigena (7) and K. ornitholytica (5) depending on cultural, microscopical, biochemical characteristics, API 20E and VITEK 2 system. Enumeration of klebsiella sp from water samples had been made by using membrane filtration technique with selective media. The results of Antibiotic susceptibility of K. pneumoniae isolates against (23) antibiotic declared that, generally, the isolates were resistant to the most antibiotics used and molecular analysis showed that all isolates were carrying CTX - M gene concern β - lactam group with PCR product band of molecular size 551 bp and aac(3) - II gene which concern with aminoglycosids group resulting in PCR product with band of molecular size 877 bp.Biofilm formation assay was determined through three different methods and the results showed the ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm, also mrkD gene which is adhesive subunit of type3 fimbriae that play important role and mediated biofilm formation had been amplified and results PCR product with band of molecular size 966 bp. Another virulence factor of K. pneumoniae isolates was studied molecularly by using (PCR), magA, rmpA, kfu and for further diagnosed molecularly 16S rRNA genes were amplified using conventional and real time PCR, the results showed that the isolates of K. pneumoniae gave a clear band with a molecular size 535bp for rmpA, 797bp for kfu and160 bp when PCR was performed with the primer that target the 16S rRNA.while no bind had been obtained for magA

دراسة كيمونسجية مناعية وعلاجية في الفئران الممنعة والمصابة بالاكياس العدرية == Immunohistochemical and Therapeutic Study in Immunized and Infected Mice With Hydatid Cyst

Author name: افراح عبد الامير صادق العامري
Supervisor name: وحيدة رشيد علي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Parasites
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تناولت الدراسة الحالية جوانب اساسية للاصابة بالاكياس العدرية الثانوية لـ 120 فارا من ذكور الفئران البيض Mus musculusسلالة Balb/c، شمل الجانب الاول تحديد دور التمنيع في الجوانب الدموية كالعد التفريقي لخلايا الدم البيض والجوانب المناعية كفرط الحساسية الاجلة ومعامل البلعمة. اوضحت نتائج العد التفريقي ارتفاعا ملحوظا في اعداد الخلايا اللمفاوية بنسبة 64.75% مع حدوث تباين في اعداد الخلايا احادية النواة والحمضة وانخفاضا في اعداد الخلايا العدلة ليصل 32% في مجموعة الفئران الممنعة والمجرعة بمضادات الاكسدة. وفيما يتعلق بالاستجابة المناعية الخلوية المتخصصة المتمثلة بقياس فرط الحساسية الاجلة في وسادة القدم اليسرى، اظهرت نتائج الدراسة الحالية حصول ارتفاع في معدل سمك وسادة القدم في الفئران الممنعة والمجرعة بمضادات الاكسدة ، مع ارتفاع في معامل البلعمة بنسبة 74% مقارنة بفئران السيطرة السالبة، فضلا عن التغيرات العيانية لتلك المجموعة ومن ثم انعكس ايجابيا على المظهر الخارجي وحركة الفئران ووزنها وقابليتها على التغذية وعليه اصيبت تلك الفئران تجريبيا بداء الاكياس العدرية الثانوية من خلال الحقن داخل الخلب (البريتون) بـ 2000 رؤيس اولي من اكباد ورئات اغنام مصابة طبيعيا بالاكياس العدرية. اما الجانب الثاني من الدراسة تمثل بمعالجة الفئران المصابة بثلاثة عقاقير من مشتقات البنزيميدازول والايزوكوينولين هي الالبندازول ((ABZ والاوكسفيندازول (OFZ) والبرازكوينتل (PZQ) ومتابعة بعض الجوانب الدموية والمناعية في الفئران بعد الاصابة والتمنيع والمعالجة، وشملت العد التفريقي لخلايا الدم البيض، اختبار فرط الحساسية الاجلة، معدل معامل البلعمة، اختبار النوى الصغيرة واختبار الانتشار المناعي في الهلام. سجلت مجموعة الفئران المعاملة بعقارOFZ وOFZ+PZQ ارتفاع النسب المئوية للعدلات وانخفاض الخلايا اللمفاوية مقارنة مع فئران مجموعة السيطرة الموجبة، وسجلت زيادة في سمك وسادة القدم اليسرى بعد 24 ساعة مقارنة بالمجاميع الاخرى ومقارنة بمجموعة السيطرة الموجبة، وسجلت زيادة معنوية في معدل معامل البلعمة في مجموعة الفئران المعاملة OFZ (53.17%) ومجموعة الفئران المعاملة OFZ+PZQ (71.5%) وانخفاضا معنويا في معدل النوى الصغيرة (28% و29.1%، على التوالي) مقارنة مع الفئران المعاملة بـOFZ+ABZ وABZ+PZQ، مما يدل على كفاءة المعالجة بعقار OFZ بشكل مفرد او متحد. اما الجانب الثالث فتمثل بدراسة تاثير الاصابة بالاكياس العدرية والعلاجات الكيميائية المختلفة في وظائف الكبد اذ اظهرت الدراسة ان انزيمات الكبد وهي AST وALT وALP فضلا عن مستوى البيليروبين الكلي والمباشر في مصل الفئران المعاملة بـ OFZ وبـ OFZ+PZQ كانت نتائجها اقرب الى السيطرة السالبة مقارنة مع المجموعتين OFZ+ABZ وABZ+PZQ.اما الجانب الرابع فشمل دراسة الجوانب الحياتية المتعلقة بوزن الفئران الممنعة والمعاملة بعقار OFZ بشكل مفرد او مختلط مع البرازكوينتل OFZ+PZQحيث ظهر ارتفاعا طفيفا بمعدل وزنها بنسبة 11.13% و12.10% على التوالي مقارنة بفئران السيطرة السالبة مقارنة بالفئران المعاملة بـ OFZ+ABZ وABZ+PZQ التي سجلت زيادة معنوية ((p≤0.001 قدرها 13.50% و14.87% على التوالي. وسجلت مجموعة الفئران المعاملة انخفاضا في معدل وزن الكبد ومعدل تضخهما اذ اختلفت معنويا عن مجموعة السيطرة الموجبة عند مستوى احتمالية p≤0.001. لذا فحصت الاكياس العدرية الثانوية بعد اربعة اشهر من الاصابة وتم قياس وزن وقطروعدد الاكياس العدرية وحساب الكفاءة النسبية للعلاج, اظهرت الدراسة ان عقارOFZ+PZQ اعلى كفاءة علاجية (96.70%) لكونه تسبب باختفاء الاكياس من الطحال وتلته المعاملة بعقار OFZ) 93.75%)، وسجلت المجاميع المعاملة بعقارOFZ+ABZ وABZ+PZQ كفاءة علاجية نسبية بلغت 82.5% و77.5%, على التوالي. شملت الدراسة التغيرات النسجية المرضية في طحال وكبد الفئران بعد اربعة اشهر من الاصابة والمعاملة. بينت النتائج حصول تغيرات نسجية معتدلة مقارنة مع فئران السيطرة الموجبة. وعند التقصي عن دور بعض الحركيات الخلوية في الاستجابة المناعية ضد طفيلي المشوكة الحبيبية عن طريق الكيمونسجية المناعية ( IHC) اظهرت النتائج زيادة مستوى الحركيات الخلوية المفرزة من قبل الخلايا التائية المساعدة - النوع الاول (Th1) متمثلة بانترلوكين - 2، انترفيرون - كاما وعامل تنخر الورم اظهرت النتائج ارتفاعا معنويا ((P≤0.001 في مستوى تعبير بروتينIL - 2 في مجموعة الفئران المعاملة بـ OFZ+PZQ التي بلغت في الطحال 65.1% والكبد 54.1% مقارنة بالمجاميع الاخرى ومجموعة السيطرة السالبة والموجبة، وزيادة تعبير بروتين IFN - γفي المجاميع المعاملة مقارنة بمجاميع السيطرة السالبة والموجبة. وبينت نتائج التحليل الاحصائي وجود فروق معنوية عالية ذات دلالة احصائيةp≤0.001 في مستوى تعبير بروتينات TNF - α مقارنة مع مجموعتي السيطرة السالبة والموجبة. اما بالنسبة الى الحركيات المفرزة من قبل خلايا Th2 فقد سجلت نقصانا في انترلوكين - 10 وعامل تحويل النمو بيتا لدى الفئران المعاملة بالمجاميع العلاجية الاربعة لاسيما المجموعة المعالجة بـ OFZ+PZQ فقد اظهرIL - 10 تعبير بروتينيا واطئا في الطحال بلغ 29.7% وفي الكبد 8.2% مقارنة بالمجاميع المعاملة الاخرى ومجموعة السيطرة، كما اظهرت الفئران الممنعة والمعاملة مستوى تعبير بروتينات TGF - β فروقا معنوية عند مستوى احتماليةp≤0.001 للمجاميع مقارنة مع مجموعتي السيطرة السالبة والموجبة. بشكل عام لوحظ ارتفاع معنوي في مستوى الحركيات الخلوية المنتجة من قبل Th1 وTh2وبشكل متوازن لدى الفئران الممنعة والمعاملة. | The current research in deals with fundamental aspects of the infection of 120 white mice Mus musculus strain Balb/c with secondary hydatid cysts, comprising first aspect the role of immunization in the haematological aspects such as the differential count of white blood cells and the immunological aspects such as the delayed type hypersensitivity and phagocytosis. The results of differential white blood cell count showed marked increase in the numbers of lymphocyte percentage (64.75%) with a variation in the numbers of monocytes and eosinophils and a decrease in neutrophil numbers which reached 32% in mice immunized and orally administered with antioxidants. In connection with delayed type hypersensitivity in the foot pad the results showed a rise in the rate of foot pad thickness in mice immunized and orally administered with antioxidants as the highest thickness reached 0.82 mm at 24 hours after the injection of antigen and phagocytosis index in mice immunized and orally administered with antioxidants showed an increase of 74% compared with negative and positive control mice in addition to the gross changes of this group which was positively reflected on their appearance, movement, weight and feeding. So this group was experimentally infected with secondary hydatid cyst through their intra peritoneal injection with 2000 protoscolices. The second aspect of the study was to evaluate the therapeutic efficacy of three drugs which belong to Benzimedazole and Isoquinoline viz albendazole (ABZ), oxfendazole (OFZ) and praziquental (PZQ) as well as to follow - up some aspects of the haematological and immunological parameters in mice after their infection, immunization and treatment which included differential white blood cell count, delayed type hypersensitivity test, phagocytosis, micronucleus test and agar gel immune diffusion test.Regarding changes in differential white blood cell count, mice treated with OFZ and OFZ + PZQ showed an increase in neutrophils and decline in lymphocytes compared with positive control group. Also, an increase in foot pad thickness after 24hrs compared with other treated groups and positive control group. An increase in the phagocytosis was noticed in OFZ treated group (53.17%) and OFZ+PZQ treated group (71.5%) and a significant decline in the micronucleus test of 28% and 29.1%, respectively compared with mice treatment with OFZ + ABZ and ABZ+ PZQ which indicates the efficiency of OFZ drug treated alone or in a combination form.The third aspect of the study was to evaluate the effect of infection with hydatid cyst and different chemical treatments on liver functions where the study showed that liver enzymes such as AST, ALT and ALP, as well as the total and direct bilirubin serum level in mice treated with OFZ alone and OFZ + PZQ were closer to those of the negative group compared with the groups treated with OFZ+ABZ and ABZ+PZQ.The fourth aspect of the study was to evaluate the biological aspects related to weight of the mice treated with OFZ alone or combination with praziquental OFZ+PZQ where a slight increase in the average weight of 11.13% and 12.10%, respectively was occurred in compared with the negative control due to the low number of cyst and cyst fibrosis which occurred in comparison with those existed in mice treated with OFZ+ABZ and ABZ+PZQ which showed a significant increase(p<0.001) which reached 13.50% and 14.87%, respectively.The treated group showed a reduction in liver weight and enlargement rate which was significantly different from that of the positive control group at the level of probability of P< 0.001, as OFZ+PZQ caused the disappearance of the cysts from the spleen(96.70%), followed by group treated with OFZ (93.75%) and then by group treated with OFZ+ABZ and ABZ+ PZQ which showed a treatment efficacy of 82.5% and 77.5%, respectively. The study also included the evaluation of the pathological changes of liver and spleen of mice after four months of the infection and treatment. The result showed satisfactory histopathological changes in comparison with positive control group. When investigating the role of some cellular interleukins in the immune response against Echinococcus granulosus through the immunohistochemical (IHC)test, the results showed an increase in the level of cytokines secreted byTh1 such as IFN - γ andTNF - α as well as IL - 2. The results showed higher level of protein expression IL - 2 in mice group treated with OFZ+PZQ which amounted 65.1% in spleen and 54.1% in liver compared with other treated and negative and positive control groups. Also, an increase in protein expression of IFN - γ was occurred in the treated groups compared with the negative and positive controls except in the group which was treated with OFZ+PZQ where no significant differences were appear in the negative control. The statistical analysis showed the presence of high significant differences (p<0.001) in the level of expression proteins TNF - α compared with negative and positive control groups. Reduction level of cytokines secretion from Th2 (IL - 10 and TGF - β) in mice treated with the four treated group particularly the group which was treated with OFZ+PZQ showed that IL - 10 protein expression in spleen was low and reached 29.7% and 8.2% in liver compared with the other treated and control groups. The level of expression of proteins of TGF - β in the immunized and treated mice showed significant differences at the level of the probability of p<0.001 of the group compared with negative and positive control group. Generally, a high significant level of cytokines produced byTh1andTh2 in immunized and treated mice

دراسة بعض المؤشرات البيوكيميائية والدموية لدى العاملين في بيئة معامل طابوق النهروان - بغداد == Study of Some Biochemical and Haematological Parameters among Workers of Al - Nahrawan bricks factories Environment - Baghdad

Author name: اصال غازي حسين الشمري
Supervisor name: كاظم عبد الامير محسن الزيدي
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة على العاملين في معامل طابوق النهروان ( 75 عاملا ومجموعة ضابطة مكونة من20 شخص من الكادر التدريسي والطلاب في كليتنا للمقارنة) لمعرفة بعض التاثيرات الصحية للغازات السامة المنبعثة من استخدام وحرق النفط الاسود وحتى مخلفات الدهون المستخدمة في المكائن والسيارات على العاملين فيها. وقد استخدمت التغيرات لبعض الدلائل الدموية والكيميائية وسيلة لمعرفة مديات التاثير وشملت الدلائل البايوكيميائية في مصل الدم : سكر الكلوكوز(Glucose) واليوريا (Urea) والكرياتنين (Criatenein) والصوديوم (Sodium) والكولسترول (Cholesterol) والكلسيرات الثلاثية (Triglyceride) وعدد كريات الدم البيض (White Blood Cell) وكريات الدم الحمراء (Red Blood Cell) وقيمة الهيموغلوبين (Hemoglobin) والصفائح الدموية (Platelets) وقيمة معدل خلايا الدم المرصوصة (Hematocrit) وحجم خلايا الدم الحمراء (Mean Corpuscular Volume) وقد استخدمت الكواشف Kits)) الخاصة بكل دليل للتحليل ومعرفة نسبته. وقد اظهرت النتائج ارتفاع نسب الكرياتنين واليوريا والصوديوم والكليسيرات الثلاثية من ( 53.03 الى 87.21) mmol/L و(3.37 الى 4.61) mmol/L و( 141.3 الى 143.6) mmol/L و( 1.33 الى 2.33 ) /dl mg على التوالي. اما الكولسترول فقد انخفض بشكل طفيف وغير معنوي لدى العاملين من ( 5.12 الى 4.60 ) mmol/L.بينما اظهرت النتائج ان سكر الكلوكوز قد انخفض بشكل معنوي لدى العاملين من 5.64 الى 3.23 mmol/L.اما بالنسبة للفحوصات الدموية فقد لاحظنا ارتفاع كل من اعداد كريات الدم البيض وقيمة خلايا الدم المرصوصة ومعدل حجم خلايا الدم الحمراء على التوالي من (4.63× ml /103 الى 6.75× ml /103) ومن (48.47% الى 49.21%) ومن (85.84fL الى 94.38fL) مع انخفاض كريات الدم الحمراء وقيمة الهيموغلوبين وعدد الصفائح الدموية من (5.47 µl /106× الى 5.39/106× µl) ومن (15.63 gm /dL الى 13.7 gm /dL) ومن (204.1 106× mmol/ الى 146.5 mmol /106× ) وقد استخدمت قيمة t الجدولية عند احتمالية 0.001> P لمعرفة معنوية الفروقات بين مجموعة العمال والمجموعة الضابطة من غير العاملين فيها, كذلك المعدل الحسابي ( x¯ ) والانحراف المعياري S.D والخطا القياسي S.E . وقد تمت مناقشة النتائج بضوء الابحاث ذات العلاقة ، حيث اظهرت النتائج ان الغازات السامة المنطلقة من معامل طابوق النهروان قد اثرت على جهاز الدوران من خلال التغيرات المعنوية في ارتفاع اعداد كريات الدم البيض (WBC) وحجم خلايا الدم الحمراء(MCV) وانخفاض الهيموغلوبين (Hb) والصفائح الدموية (Plts) وقد سبب ذلك في انخفاض كفاءة الكليتين من خلال ملاحظة ارتفاع الكرياتينين واليوريا والصوديوم والكليسيرات الثلاثية .وهو ما يؤشر سوء الحالة الصحية للعاملين في هذه المعامل ويؤكد الحاجة لتدخل الجهات المختصة الصحية والبيئية لايجاد البدائل المناسبة وتخفيف الاثر البيئيEnvironmental impact. | This research was conducted on the workers in the Nahrawan Bricks Factories (75 workers and control group of 20 persons), The aim was to find out some of the health effects from the exhaust poisoning gases on workers. Those gases were released due to the burning fuel of crude oil and even the lubricate oil wastes of heavy machines and vehicles. Changes in some blood and chemical parameters were used as an indicator of the effect range of those pollutant gases. The chemical parameters in blood serum used were : Creatinine ; Urea; Sodium ; Cholesterol ; Triglycerides and Glucose. special kits were used for the analysis to determine their concentration changes. Results shows that creatinine have increased significantly from (53.03 to 87.21 ) mmol/L. also the Urea ; Sodium and Triglycerides were significantly increased from ( 3.37 to 4.61) ml ; (141.3 to 143.6 ) mmol /L ; ( 1.33 to 2.33 ) gm/dl respectively. The cholesterol concentration shows not significant slight decrease from (5.12 to 4.60) mmol /L.While glucose concentration was decreased significantly from 5.64 to 3.23 mmol / L. The Hematology tests shows increase in (WBC) and (MCV) from (4.63 to 6.75) ×103ml ; (85.84 to 94.38) fl respectively while decrease in (Hb) and (Plts) from; (15.63 to 13.7) gm/dl ; (204.1 to 146.5) mmol respectively. Results shows not significant increase in (Hct) from (48.47 to 49.21)% and not significant decrease in (RBC) from (5.47 to 5.39) ×106µl , Statistical analysis was used with t test under probability < 0.001 for comparison between workers and control group in each parameter. Mean concentrations; S.D. and S.E. were also used. Results were discussed and compared with other related studies. These results show that the released poisoning gases from AL - Nahrawan brick factories have serios effects on the circulation system of the workers.Those effects were clear from : 1 - The significant increase changes in the values of White Blood Cell (WBC) and Mean Corpuscular volume (MCV). 2 - The significant decrease in the Hemoglobin (Hb) and the Platelets (Plts). Those effects were behind the low efficiency of the kidney, This low efficiency from the significant increase of Criatenine , Urea, Sodium and Triglyceride.This is an indication of the bad situation of the Workers 'health.Those facts confirm the need to the interference of the health and Environmental authorities to find out their Alternatives and Mitigation Plan.

تاثير بعض المحفزات الكيمائية والنانوية في انتاجية بعض مركبات الايض الثانوية من المزارع النسيجية لنبات الاقحوان Calendula officinalis L. == Effect of some chemical and nanoparticle elicitors on the production of secondary metabolites of Calendula officinalis L. In Vitro

Author name: اسيل صالح محمدامين
Supervisor name: هاشم كاظم محمد
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجري هذا البحث الحالي في مختبر زراعة الانسجة النباتية ، قسم علوم الحياة ، كلية العلوم ، الجامعة المستنصرية ، بهدف زيادة انتاج بعض المركبات الثانوية في نبات الاقحوان Calendula officinalis L. خارج الجسم الحي. قدرت مركبات الايض الثانوي بالتحليل الكمي والنوعي باستعمال جهاز كوماتكرافيا السائل ذو الاداء الفائق HPLC وقورنت مع مايحتويه النبات الام. استحث الكالس من الاوراق بعد زراعتها على وسط MS مزود بالتراكيز 0, 1, 2, 3 او 4 ملغم\لتر من 2,4 - D . بينت النتائج ان الوسط الحاوي على 2ملغم\لتر من 2,4 - D اعطى اعلى نسبة مئوية لااستحثاث الكالس بلغت 90% عند التحضين بالضوء, واعطى اعلى وزن طري وجاف للكالس هذه المعاملة 612, 33.8 ملغم على التوالي. وبهدف زيادة المركبات الثانوية اضيفت بعض المحفزات السالسيلك اسيد بتراكيز 0, 50 , 100 , 150 او 200 ملغم\لتر, الفنل النين بتراكيز 0, 10 , 20 , 30 او 40 ملغم\لتر ونترات الفضة النانوية AgNO3 بتراكيز 0, 0.3 , 0.6 , 0.9 او 1.2 ملغم\لتر. اظهرت النتائج ان التركيز 200 ملغم\لترمن السالسيلك اسيد وتركيز 20 ملغم\لتر من الفنيل النين اعطى زيادة معنوية في اغلب مركبات الزيوت الطيارة لنبات الاقحوان بينما اعطى تركيز 1.2 ملغم\لتر من نترات الفضة النانوية زيادة معنوية في جميع مركبات الزيوت الطيارة لنبات الاقحوان. | The present study was conducted in the laboratory of plant tissue culture, Department of Biology, College of Science, University of Al - Mustansiriyah, in order to increase the production of some secondary metabolic compounds in leave of Calendula officinalis L. in vitro. Secondary metabolites were estimated quantitatively and qualitatively using high performance liquid chromatography HPLC and compared with those in the mother plant. Callus was induced from leaf explants and cultured on MS medium containing different concentrations of growth regulators including 2,4 - Dichlorophenoxy acetic acid 2,4 - D at the concentrations 0, 1, 2, 3 or 4 mg/l. Results showed that the medium containing 2 mg/l of 2, 4 - D gave the highest percentage of callus induction reached 90 % under light conditions, the highest fresh and dry weight were recorded 612, 33.8 mg respectively. In order to increase the production of secondary metabolites, some elicitors were used including Salicylic acid at the concentrations 0, 50, 100, 150 or 200 mg/l, phenyl alanine at the concentrations 0, 10, 20, 30 or 40 mg/l, and silver nanoparticles AgNO3 at the concentrations 0, 0.3, 0.6, 0.9 or 1.2 mg/l. Results showed that 200 mg/l concentration of Salicylic acid and 20 mg/l concentration of phenyl alanine caused highly significant production in most of the secondary metabolites (essential oils) of C. officinalis L. while 1.2 mg/l of silver nitrate nanoparticles AgNO3 caused

تاثير الرش الورقي ببيروكسيد الهيدروجين وفيتامين C في نمو وحاصل صنفين من نبات الشعير (Hordeum vulgare L.) المزروعة في المنطقة الديمية == Effect of foliar application of hydrogen peroxide and vitamin C on growth and yield of two cultivars of(Hordeum vulgare L.) planted in the dry farming land

Author name: اسو لطيف عزيز الاركوازي
Supervisor name: وفاق امجد القيسي
General topic: Biology
Specific topic: Plant - Physiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad - Ibn Al-Haytham College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت التجربة الحقلية خلال موسم النمو 2015 - 2014في احد حقول ناحية قوره تو - قضاء خانقين - محافظة ديالى بهدف تحديد التاثير المتداخل لكل من بيروكسيد الهيدروجين وفيتامين C في بعض الصفات المظهرية والفسلجية وكذلك بعض مكونات الحاصل لصنفين من نبات الشعير (Hordeum vulgare L.) هما الابيض المحلي والاسود المحلي ، نفذت التجربة وفق تصميم القطاعات كاملة التعشيةRandomized Complete Block Design RCBD وبثلاثة مكررات وتضمنت التجربة الحقلية 72 وحدة تجريبية عبارة عن التداخل بين ثلاثة تراكيزمن بيروكسيد الهيدروجين هي 10،5،0% واربعة تراكيز من فيتامين C هي 0،50،100،150 ملغم.لتر - 1 . بينت نتائج التجربة ان تاثير بيروكسيد الهيدروجين ادى الى انخفاض معنوي في جميع الصفات المدروسة ولاسيما عند التركيز 10% حيث انخفض طـول الجذرملم بنسبة 20.76% , حجـم الجـذر ملم3 بنسبة 43.87% , الوزن الجاف للمجموع الجذري غم بنسبة 034.8% , قـطـر الجـذر ملم بنسبة 33.45% ، ارتفاع النبات سم بنسبة 9.28% , الوزن الجاف للمجموع الخضري غم بنسبة 26.08% ، المساحة الورقية سم2 بنسبة 35.52% , الوزن الجاف لورقة العلم غم بنسبة 20.90% , المساحة الورقية لورقة العلم سم2 بنسبة 28.83% , محتوى عناصر النتروجين والفسفور والبوتاسيوم في كل من المجموع الخضري وفي ورقة العلم ملغم.نبات - 1 بنسبة 53.93% و53.755 و47.07% و48.82% و9.48% و42.26% على التتابع , محتوى عناصر النتروجين والفسفور والبوتاسيوم في الحبوب ملغم.سنبلة - 1 بنسبة 101.70% و45.80% و47.45% على التتابع ، محتوى الكوروفيل في كل من الورقة وفي ورقة العلم مايكروغرام.سم2 بنسبة 18.23% و22.86% على التتابع , نسبة الكاربوهيدرات الذائبة في كل من الجزء المجموع الخضري وفي ورقة العلم وفي الحبوب % بنـسبة 24.0% و29.53% و42.74% على التتابع، نسبة البروتين في كل من المجموع الخضري وفي ورقـة العلـم وفـي الحـبوب % بنسبة 32.47% و32.87% و33.71% على التتابع ، البرولين مايكروغرام.غم وزن طري - 1 بنسبة 13.41% ، فـيتامـين Cملغم .100غم وزن طري - 1 بنسبة 40.37% ، انـزيم الكاتليز وحدة.مل - 1 بنسبة 34.23% ، انـزيـم البيروكسيديز وحدة.مل - 1 بنسبة 34.75% ، وطول السنبلة مع السفا سم بنسبة 12.92% , طول السنبلة سم بنسبة 19.39% , وزن السنبلة غم بنسبة 22.82% , وزن السنابل في الوحدة التجريبية غم بنسبة 21.59% , عـدد السنـيـبلات لكل سنبلة سنـيبلة.سنـبلة - 1 بـنسبة 16.54% , وزن الحبـوب فـي السنابل غم بنسبة 18.03% , وزن الحبوب في السنبلة غم بنسبة 23.41% , وزن1000 حبة غـم بـنسبة19.80% , الحاصل الحيـوي كغم . هـ - 1 بنسبة 23.95% , الحاصل الاقـتـصادي كغم . هـ - 1 بنسبة 18.02% .كذلك اوضحت نتائج التجربة ان تاثير فيتامين C ادى الى حدوث زيادة معنوية في جميع الصفات المدروسة لاسيما عند التركيز 100 ملغم.لتر - 1 حيث ازداد طـول الجذرملم بنسبة 125.00% , حجـم الجـذر ملم3 بنسبة 341.88% , الوزن الجاف للمجمـوع الجذري غم بنسبة 177.77% , قـطـر الجـذر ملم بنسبة 159.43% ، ارتفاع النبات سم بنسبة 21.96% , الوزن الجاف للمجموع الخضري غم بنسبة 84.88% ، المساحة الورقية سم2 بنسبة 108.57% , الوزن الجاف لورقة العلم غم بنسبة 76.81% , المساحة الورقية لورقة العلم سم2 بنسبة 122.59% , محتوى عناصر النتروجين والفسفور والبوتاسيوم في كل من المجموع الخضري وفي ورقة العلم ملغم.نبات - 1 بنسبة 352.38% و395.19% و251.55% و274.56% 343.37% و209.66% على التتابع , محتوى عناصر النتروجين والفسفور والبوتاسيوم في الحبوب ملغم.سنبلة - 1 بنسبة 286.77% و296.95% و107.46% على التتابع ، محتوى الكوروفيل في كل من الورقة وفي ورقة العلم مايكروغرام.سم2 بنسبة 46.91% و39.81% على التتابع , نسبة الكاربوهيدرات الذائبة في كل من المجموع الخضري وفي ورقة العلم وفي الحبوب % بنسبة 63.68% و100.00% و96.71% على التتابع , نسبة البروتين في كل من المجموع الخضري وفي ورقـة العــلـم وفـي الـحـبـوب % بنسبة 124.07% و107.50% و111.92% على التتابع ، البـروليـن مايكروغرام .غم وزن طري - 1 بنسبة 42.03% ، فـيتامـين C ملغم .100غم وزن طري - 1 بنسبة 202.06% ، انـزيـم الكاتليز وحدة.مل - 1 بنسبة 105.83% ، انـزيـم البيروكسيديز وحدة.مل - 1 بنسبة 142.70% ، طول السنبلة مع السفا سم بنسبة 41.85% , طول السنبلة سم بنسبة 61.61% , وزن السنبلة غم بنسبة 75.58% , وزن السنابل في الوحدة التجريبية غم بنسبة 77.62% , عدد السنيبلات لكل سنبلة سنيبلة.سنبلة - 1 بنسبة 59.09% , وزن الحبوب في السنابل غم بنسبة 79.41% , وزن الحبوب في السنبلة غم بنسبة 82.35% , وزن1000 حبة غـم بنسبة 95.58% , الحاصل الحيـوي كغم . هـ - 1 بنسبة 86.52%, الحاصل الاقتصادي كغم.هـ - 1 بنسبة 79.41% .بينت نتائج التجربة ماياتي : - - 1 ان زيادة تركيز بيروكسـيد الهـيدروجـين H2O2 من صفر الى 10% ادى الى حدوث انخـفاض معـنوي في جميع الصفات المظهرية والفسلجية والحاصل المذكورة اعلاه ولكلا الصنفين. - 2ادى زيادة تركيز فيتامين C من صفر الى 100 ملغم.لتر - 1 الى حدوث زيادة معنوية في جميع الصفات المظهرية والفسلجية والحاصل المذكورة اعلاه ولكلا الصنفين. - 3اظهرت النتائج ان التركيز 100 ملغم.لتر - 1 فيتامين C هو الافضل في اعطائه افضل القيم للصفات المدروسة وبغض النظر عن تركيز بيروكسيد الهيدروجين H2O2 مقارنة بالتراكيز الاخرى المرشوشة. - 4اظهرت النتائج تفوق صنف الشعير الابيض المحلي في جميع الصفات المدروسة عدا صفة طول السنبلة مقارنة مع صنف الشعير الاسود المحلي.5 - اظهرت نتائج التداخل الثنائي والثلاثي بين عوامل الدراسة تفوق صنف الشعير الابيض معنويا في اغلب الصفات مقارنة بالصنف الاسود المحلي وتحت جميع التراكيز لكل من فيتامين C وبيروكسيد الهيدروجين H2O2. نستنتج من هذه الدراسة : - الدورالمهم لفيتامين C في حماية العمليات الايضية المختلفة في النبات لكونه من مضادات الاكسده غير الانزيمية من تاثير العوامل المجهدة والمتمثلة ببيروكسيد الهيدروجين. | Field experimental was conducted during the growing season of 2014 - 2015 in one of the fields Quratu sub district/ Khanaqin/ Diala province , aiming to determine the influence of the interaction between both hydrogen peroxide and vitamin c in some morphological and physiological characteristics, also some yield components of two types of Barley (Hordeum vulgare L.) local white and local black. This experiment was carried out by randomized complete block design (RCBD) with three replications; the field experiment included 72 experimental unit of interaction between three concentrations of Hydrogen peroxide 0,5,10 % and four concentrations of vitamin C 0, 50,100,150 mg.l - 1 The results of the experiment showed that hydrogen peroxide effect pulling down significantly decreased in all studied characteristic especially in 10% concentration decreased root length 20.76%, root volume 43.87%, root dry weight 34.80%, root diameter 33.45%, Plant height 9.28%, shoot dry weight 26.08%, leaf area 35.52%, flag leaf dry weight 20.90%, leaf area of flag leaf 28.83%, content of nitrogen, phosphorus, and potassium in shoot, flag leaf and seeds 53.93%, 53.75%, 47.07%, 48.82%, 9.48%, 42.26%, 101.70%, 45.80%,47.45%, chlorophyll content in leaf and flag leaf 18.23%, 22.86%, soluble carbohydrate percentage in shoot 24.0%, flag leaf 29.53% and seeds 42.74%, protein percentage in shoot 32.47%, flag leaf 32.87%, and seeds 33.71%, Proline 13.41%, vitamin c 40.37%, catalase 34.23%, peroxidase 34.75%, Spike length with awn 12.92%, spike length 24.05%, weight of spike 22.82%, weight of spike in experimental unit 21.59%, number of spikelet's 16.54%, weight of seed in spikes 18.03%, weight of seeds 23.41%, weight of 1000 seeds 19.80%, biological yield 23.95%, grain yield 18.02%.The results of the experiment showed significantly increased in all studied characteristics especially with 100 mg.l - 1 concentration of vitamin c increased root length 125.00 %, root volume 341.88%, root dry weight 177.77%, root diameter 159.43% , plant height 21.96%, shoot dry weight 84.88, leaf area 108.57%, flag leaf dry weight 76.81%, leaf area of flag leaf 122.59%, content of nitrogen, phosphorus, and potassium in shoot, flag leaf and seeds 352.38%,395.19%,251.55%, 274.56%, 343.37%, 209.66%, 286.77%, 296.95%,107.46%, chlorophyll content in leaf and flag leaf 46.91%, 39.81%, soluble carbohydrate percentage in shoot 63.68%, flag leaf 100.00% and seeds 96.71%, protein percentage in shoot 124.07%, flag leaf 107.50%, and seeds 111.92%, proline 42.03%, vitamin c 202.06%, catalase 105.83%, peroxidase 142.70%, Spike length with awn 41.85%, spike length 61.61%, weight of spike 75.58%, weight of spike in experimental unit 77.62%, number of spikelet's 59.09%, weight of seed in spikes 79.41%, weight of seeds 82.35%, weight of 1000 seeds 95.58%, biological yield 86.52%, grain yield 79.41%.The results of experiment showed : - 1 - The increased of hydrogen peroxide concentration from zero to 10% caused significantly decreased in all morphological, physiological and yield to both varieties.2 - The increased of vitamin c concentration from zero to 100 mg.l - 1 caused significantly increased in all morphological, physiological and yield to both varieties.3 - The results showed the concentrations of vitamin c 100 mg.l - 1 are the best to give the best value to all characteristic regardless of hydrogen peroxide concentration compared with other concentrations.4 - The results showed the local white barley superiority in all characteristics except the length of spike compared with local black barley. 5 - Results showed double and triple interaction between studied factors the local white barley superiority significantly in all characteristic compared with local black barley under all concentration for both vitamin c and hydrogen peroxide.We conclude of this study : - The important role of vitamin c in the metabolic various processes in the plant for being non - enzymatic antioxidants from the impact of stress full hydrogen peroxide

دور هرمون الانتي - موليرين وبعض الانزيمات التكاثريه في نوعية السائل المنوي في المرضى غير الخصبين == The Role of Anti - Mullerian hormone )AMH), and some reproductive enzymes on Semen Quality in Infertile Male Patients

Author name: اسمهان عدنان عباس النقيب
Supervisor name: صباح عبد الرضا العبيدي | محمد باقر محمد رشاد فخر الدين
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يحتوي كل من مصل الدم والسائل المنوي على مجموعة متنوعة وكبيرة من الهرمونات والانزيمات والتي لم يعرف موقع انتاجها بشكل واضح. حيث تعد مستويات الانزيمات في السائل المنوي مهمة جدا لعملية التمثيل الغذائي فضلا عن دورها في وظائف الحيوانات المنويه ,نذكر منها الهرمون المضاد لقناه مولر) (Anti - Mullerian Hormone وانزيم الاروماتيز ( (Aromataseاو السايتوكروم 450 (Cytochrome450) وانزيم الكرياتين كاينيز (Creatine Kinase) واخيرا الكاما كلوتاميل ترانس ببتايديز(Gamma Glutamyl Transpeptidases). لذلك كان الهدف من الدراسه هو التقصي عن مستوى ودور كل من الهرمون المضاد لقناه مولر (Anti - MullerianHormone) وانزيم الاروماتيز(Aromatase) اوالسايتوكروم 450(Cytochrome450) وبعض الانزيمات الاخرى وعلاقتها بمعايير السائل المنوي ، ومستوى بعض الهرمونات والانزيمات الجنسيه وحالة الخصوبة للرجال الخصبين وغير الخصبين. شملت الدراسة مائه رجل باعمار تتراوح بين 20 - 94 سنة , راجعوا المعهد العالي لتشخيص العقم والتقنيات المساعدة\ جامعة النهرين, خلال الفترة اذار 2014 الى كانون اول 2014 , حيث تم جمع وفحص عينات السائل المنوي وفق معايير منظمة الصحة العالمية (WHO)لسنة (2010) ,ثم تم وضع عينات السائل المنوي في جهاز الطرد المركزي بسرعة 2600 دورة\ دقيقة ولمدة ربع ساعة لغرض الحصول على البلازما المنوية ثم تم وضعها بدرجة - 20 م° ليتم قياس الانزيمات لاحقا. كما تم سحب خمسة ملليلتر من الدم الوريدي المحيطي من جميع الذكور. وضعت عينات الدم في انابيب زجاجيه ، والسماح لها لتتجلط ثم وضعت في جهاز الطرد المركزي بسرعة 2500 دورة \ الدقيقة لمدة 10 دقائق . وتم تصنيف العينات الى 7 مجاميع على وفق نتائج تحليل السائل المنوي. وقد تم تحديد تراكيز الانتي مولين MullerianHormone)) والاروماتيز(Aromatase) باستخدام طريقة الELISA والكرياتين كاينيز (Creatine Kinase) والكاما كلوتاميل ترانس ببتايديز(Gamma Glutamyl Transpeptidases) باستخدام الطريقة الانزيمية في كل من مصل الدم وبلازما السائل المنوي.كما تم تحليل النتائج احصائيا.اظهرت هذه الدراسة النتائج الاتية : 1 - مستوى الهرمون المضاد لقناه مولر AMH)) في كل من مصل الدم والسائل المنوي. تم ملاحظة وجود انخفاض معنوي0.05)≥(P في مستوى الهرمون المضاد لقناه مولر في كل من مجموعتي العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف Oligozoospermia والمجموعة التي تعاني في قلة اعداد النطف وبطء في الحركة التقدمية وتشوهات في اشكال النطف Oligoasthenoteratozoospermiaعند مقارنتها بمجاميع العقم الاخرى .كما شوهد ارتفاعا معنويا0.05)≥(P في مستوى هذا الهرمون لمجموعة العقم التي تعاني من قلة في حركة النطف التقدميهAsthenozoospermia والمجموعة التي تعاني من تشوهات في اشكال النطفTeratozoospermia بالمقارنة مع مجماميع الذكور طبيعية النطفNormozoospermia,ومجموعة العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف وبطيئة في الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Oligoasthenoteratozoospermiaوالمجموعة التي تعاني من قلة في اعداد النطف Oligozoospermia وفي كل من مجموعة العقم التي تعاني من قلة في الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermiaومجموعة الذكور اللانطفية Azoospermia.من جانب اخر لوحظت زيادة معنوية 0.05)≥(P للهرمون المضاد لقناه مولر في السائل المنوي في مجموعة العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف Oligozoospermia بالمقارنة مع مجاميع العقم الاخرى .بينما اظهرت مجاميع العقم التي تعاني من تشوهات في اشكال النطف Teratozoospermiaارتفاعا معنويا 0.05)≥(P في مستوى الهرمون في السائل ا لمنوي عند مقارنة مستواه في مجاميع العقم الاخرى, ايضا اظهرت كل من مجموعتي العقم التي تعاني من قلة في حركة النطف التقدمية ومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermia والمجموعة اللانطفية Azoospermia انخفاضا معنويا0.05)≥(P في مستوى الهرمون في السائل المنوي بالمقارنة بمستواه في مجاميع العقم الاخرى.2 - مستوى السايتوكروم450 (CYP450) او الاروماتيز) (Aromataseفي كل من مصل الدم واالسائل المنوي اظهرت مجموعة الذكور طبيعية االنطف Normozoospermiaانخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى انزيم الاروماتيز في مصل الدم بالمقارنة مع مجاميع العقم الاخرى , كما شوهدت زيادة معنوية0.05)≥(P في مجموعة العقم التي تعاني منقلة في الحركة التقدميه وتشوه في الشكل Asthenoteratozoospermia في مستوى الانزيم في مصل الدم بالمقارنة مع مستواه في مجاميع العقم الاخرى. بينما لوحظت زيادة معنوية 0.05)≥(P في مستوى هذا الانزيم في السائل المنوي لمجموعة الذكور اللانطفيه Azoospermia بالمقارنة بمستوى هذا الانزيم في مجاميع العقم الاخرى , وانخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى الانزيم في السائل المنوي لمجموعة الذكور طبيعية النطف Normozoospermia بالمقارنة مع مستواه في السائل المنوي في مجاميع العقم الاخرى .3 - مستوى الكرياتين كاينيز(CPK) في كل ن مصل الدم وا السائل المنوي . لوحظ وجود ارتفاعا معنويا بمستوى0.05)≥(P في مستوى انزيم الكريايتن كاينيز في مصل الدم في مجموعة الذكور طبيعيه النطف Normozoospermiaوالمجموعة اللانطفيهAzoospermia بالمقارنة مع مستواه في مجاميع العقم الاخرى كما ظهر انخفاضا معنويا0.05)≥(P في مستوى هذا الانزيم في مصل الدم لمجموعة العقم التي تعاني من تشوهات في اشكال النطف Teratozoospermiaبمقارنة مستواه في مصل الدم مع مجاميع العقم الاخرى. اظهرت مجموعة العقم التي تعاني من قلة في العدد Oligozoospermia ومجموعة العقم التي تعاني من قلة الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermiaزيادة معنوية0.05)≥(P في مستوى هذا الانزيم في السائل المنوي بالمقارنة مع مجاميع العقم الاخرى, كما اظهرت كل من مجموعتي العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف وبطيئة الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Oligoasthenoteratozoospermia ومجموعة العقم اللانطفيهAzoospermia انخفاظا معنويا 0.05)≥(P في مستوى انزيم الكرياتين كاينيز بمقارنة مستواه في مجاميع العقم الاخرى في بلازما السائل المنوي4 - مستوى الكاما كلوتاميل ترانس ببتايديز (GGT) في كل ن مصل الدم السائل المنوي. اظهرت مجموعة الذكور طبيعية النطف Normozoospermia زيادة معنوية 0.05)≥(P في مستوى هرمون GGTفي مصل الدم عند مقارنة مستواه بمجاميع العقم الاخرى .كما انه كانت هناك زيادة معنوية 0.05)≥ (Pفي مستوى هذا الانزيم في مصل الدم لمجموعة العقم التي تعاني من بطء في الحركة التقدميةومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermia بالمقارنة مع مستواه في المصل لمجاميع العقم الاخرى. كما اظهرت الذكور التي تعاني من تشوهات في اشكال النطف Teratozoospermiaانخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى هذا الهرمون في مصل الدم بمقارنة مستواه مع مجاميع العقم الاخرى, اما مجاميع العقم التي تعاني من قلة العدد وبطء الحركة التقدمية ومشوهة الشكلOligoasthenoteratozoospermia ومجموعة العقم التي تعاني من بطء الحركة التقدمية ومشوهة الشكلAsthenoteratozoospermia فقد اظهرت زيادة معنوية 0.05)≥(P في مستوى الانزيم في بلازما السائل المنوي بمقارنة مستواه في مجاميع العقم الاخرى.وقد لوحظ ايضا انخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى هذا الهرمون في في مجموعة العقم التي تعاني من قلة العددOligozoospermia بالمقارنة مع مستواه في مجاميع العقم الاخرى | A great assortment of hormones and enzymes are current in blood and seminal plasma, but in many cases the gland in charged for their production has not been well - known. The enzyme levels of seminal plasma are very important for sperm metabolism as well as sperm function; these enzymes are Anti - Mullerian Hormone (AMH), Cytochrome 450, Creatine Phospho Kinase( CPK) and Gamma - Glutamyl Transfrrase (GGT). Therefore, this study was aimed to investigate the role of AMH and aromatase activity (cytochrome 450) in relation to semen parameters, level of some reproductive hormones, enzymes and the fertility status for fertile and infertile men. This study involved one hundred men within 20 - 49 years old who attended to High Institute of Infertility Diagnosis and Assisted Reproductive Technology / AL - Nahrain University, during the period from March, 2014 to December, 2014. Semen samples were collected and seminal fluid analysis was done in accordance with WHO (2010). Then samples of seminal fluid were centrifuged for 15 minutes at 2600 rpm. The supernatant as seminal plasma was rapidly and cautiously improved and put to freeze at - 20° C for later measurements. Also, five milliliters of peripheral venous blood was aspirated from each male. Blood samples were collected in plain tubes, allowed clotting and then centrifuged at 2500 rpm for 10 minutes. The samples were assorted into 7 groups in accordance with the results of semen analysis. For serea and seminal plasma concentrations of AMH, Cytochrome 450, CPK, GGT were determined in the stored blood serum and semen. AMH and Cytochrome 450 were determined using the ELISA sandwich method. CPK and GGT were determined by using enzymatic method. The crude data were statistically analyzed. 1 - The level of Anti - Mullerian hormone (AMH) in serum and seminal plasma. A significant decrement (P≤0.05) was observed in the serum AMH for males with oligozoospermia and oligoasthenoteratospermia as compared to the other groups of male infertility factors. There was significant elevation (P≤0.05) for males complaining from asthenozoospermiaand teratozoospermia as compared to normozoospermia, oligoasthenoteratozoospermia,oligozoospermia, asthenoteratozoospermia and azoospermia. Similarly, significant elevation (P≤0.05) in seminal AMH for males suffering from oligozoospermia as compared to other groups of male factor infertility. Meanwhile, males with teratozoospermia showed significant increment (p≤0.05) as compared to other groups infertility. Also, males with asthenoteratozoospermia and azoospermia revealed significant reduction (p≤0.05) in the level of seminal AMH as compared to other male infertility. 2 - The level of cytochrome 450 or aromatas enzyme in serum and seminal plasma. The males with normozoospermia revealed significant reduction (P≤0.05) in the level of serum cytochrome as compared to the other male infertility groups. Also, males complaining from Asthenoteratozoospermia presented significant elevation (P≤0.05) in the level of serum cytochrome as compared to other groups of infertility. While, there was significant elevation (P≤0.05) in the level of semen cytochrome for azoospermic males as compared to the other groups of male infertility, and significant decrement (P≤0.05) in the level of semen cytochrome for males complaining of normozoospermia as compared to the other groups of male infertility.3 - The level of creatine phosphokinase (cpk) in serum and seminal plasma. There was significant elevation (P≤0.05) in the level of CPK for males with normozoospermia and Azoospermia when compared to other groups of male infertility in contrast, and the level of CPK showed significant reduction (P≤0.05) for teratozoospermia as compared to other groups of male infertility. There was significant elevation (P≤0.05) in the level of semen cytochrome for oligozoospermia and Aasthenoteratospermia when compared to other groups of infertility factors, also, males suffering from oligoasthenoteratospermia and azoospermia showed significant decrement (P≤0.05) when compared to other groups of infertility factors. 4 - The level of gamma - glutamyl transpeptidase (GGT) in serum and seminal plasma. Males with normozoospermia revealed significant elevation (P≤0.05) in the level of serum GGT when compared to the other groups of infertility factors, and there was significant increment (P≤0.05) for males complaining from asthenoteratozoospermia as compared to the others. Males suffering from teratozoospermia revealed significant decrement (P≤0.05) in the level of serum GGT when compared to the other groups of infertility factors. Males with oligoasthenoteratozoospermia, and asthenozoospermia revealed significant elevation (P≤0.05) in the level of semen GGT when compared to the other groups of infertility factors, males suffering oligozoospermia revealed significant decrement (P≤0.05) when compared to the other groups of infertility facto

التحري عن الافلاتوكسين B1 في الذرة والحنطة والرز في بعض مخازن الحبوب في العراق == Detection of Aflatoxin B1 in maize (Zea mays), wheat (Triticum aestivum) and rice (Oryza sativa) collected from some silos in Iraq

Author name: اسماء عبد الحميد عبد المجيد
Supervisor name: حسن محمد بدير | عادل حسين طالب
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Aflatoxins are one of the dangerous mycotoxins, especially aflatoxin B1, causing of cancers disease to humans and animals, also lead to a large Perdition. This toxin is produced from Aspergillus flavus and Aspergillus parasiticus.The current study was conducted to investigate the environmental conditions in the local stores and their impact on pollution with aflatoxin B1, Three Models of economic crops which are corn, wheat and rice samples are collected from the Ministry of Trade and Ministry of Agriculture stores(silos) in the provinces of Baghdad and Wast for six consecutive months started from September 2014 until March 2015, in addition to collection of these crop from the local market to study the relationship between the storage and production of the toxin. Sixty type samples of the three grain crops were collected from the stores, twelve samples of corn and twenty four samples each of wheat and rice, total of samples and three replicates were one hundred eighty planted on the (PDA) medium. Sixty five isolates of A. flavus were obtained from all samples of grains; Preliminary tests for the detection of aflatoxin B1 productivity were done on these isolates, using coconut medium test, ammonia vapor test and Yellow pigment test. The results showed that thirty - six of the isolates were capable of producing aflatoxin B1 while twenty - nine were not produced of producing the toxin. Environmental conditions have affected the growth ratio of the A. flavus in each of the three crops, where corn crop recorded the highest rate of fungal contamination ratio in the six months, it was (80.5%), followed by wheat (32%), and finally by rice (18%). Quantitative and qualitative test for estimation of aflatoxin B1 using ELISA technique was done on grain samples that had positive indicators for the growth of A. flavus. The results showed that the concentration of aflatoxin B1 was at its peak in February compared with other months under study, reached to (46.2, 45.2, 40) ppb, respectively, in each of corn, wheat and rice, while the low concentrations of aflatoxin were recorded in September and October, attained to(19.5,2.2,1.8) ppb in each of corn, wheat and rice respectively. These results are attributed to the rise in humidity rates in February and low temperature off set by low humidity and high temperatures rates in September, which provides environmentally appropriate conditions for the fungus growth and production the toxins. The results also show that corn crop was more affected by the pollution compared with other crops, where the concentration of aflatoxin B1 was 46.2ppb in corn, while in rice crops was concentration of toxin reached to1.8 ppb

التكوين الجنيني والتنسج للدماغ والحبل الشوكي في طائر السلوى Quail Coturnix coturnix (Linnaeus,1758) == Embryonic Development and Histogenesis of Brain and Spinal Cord in Quail Coturinx coturinx (Linnaeus, 1758)

Author name: اسماء بشير عبد
Supervisor name: نهلة عبد الرضا البكري
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Embryology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الحالية التعرف على تكوين الدماغ والحبل الشوكي من مرحلة العصيبة حتى مرحلة الفقس لطائر السلوى Coturnix coturnix (Linnaeus, 1758) ودراسة التركيب النسجي لهما في الطائر البالغ. حصل على اجنة تراوحت اعمارها ما بين (12) ساعة حضانة الى مرحلة الفقس (17) يوما وكذلك على البالغ واجريت عليها خطوات التحميل الكامل والمجهر الالكتروني الماسح وتحضير الشرائح النسجية بطريقة شمع البرافين، وتم ايضا تحليل الاحماض الامينية للادمغة للاعمار (10و 11و 12و 13و 14و 15و 16و 17) يوما والبالغ من طائر السلوى.اظهرت نتائج الدراسة الجنينية للدماغ والحبل الشوكي ان بداءة ظهورهما في جنين طائر السلوى عمر (18) ساعة حضانة اذ حدث تثخنا لطبقة الاديم الظاهر لتكوين الصفيحة العصبية التي تتالف من نسيج ظهاري عمودي مطبق كاذب , وظهرت الطيتان العصبيتان ملتحمتان في عمر (24) ساعة حضانة لتكوين الانبوب العصبي وبعد تمايزه الى حوصلة الدماغ والحبل الشوكي، يتمايز الدماغ على ثلاث حويصلات (الدماغ الامامي ، الدماغ المتوسط , الدماغ المؤخر) في عمر (33) ساعة حضانة، وتالف جدار الدماغ من طبقة البطانة العصبية تليها الطبقة الغطائية.تمايز الدماغ في جنين عمر (40) ساعة حضانة على خمس حويصلات هي (الدماغ الانتهائي والدماغ البيني ، والدماغ المتوسط والدماغ البعدي والدماع النخاعيني) وظهر التركيب النسجي لجداره مكون من ثلاث طبقات هي (البطانة العصبية والغطائية والحافية). وظهر التركيب النسجي لجدار الحبل الشوكي مؤلفا من طبقة البطانة العصبية تحيطها الطبقة الغطائية.وفي جنين عمر (48) ساعة حضانة اتضح الانحناء القحفي اذ يصبح الدماغ المتوسط في المقدمة وكذلك ظهرت حوصلتا الدماغ الانتهائي، واصبح جدار الحبل الشوكي مؤلفا من ثلاث طبقات (البطانة العصبية والغطائية والحافية) في هذا العمر. ظهرت الانحناءات (العنقية والظهرية والذنبية) التي تؤدي الى تقوس الجنين، في عمر (72) ساعة حضانة.تمايز الدماغ البيني في جنين عمر (96) ساعة حضانة على ثلاث مناطق هي فوق المهاد والمهاد وتحت المهاد وقد ظهرت في هذا العمر الطبقة البصرية وهي اول طبقات السقف البصري الذي يمثل سقف الدماغ المتوسط وظهر الحبل الشوكي ايضا مكونا من المادة السنجابية التي تمثل الجزء الداخلي من جداره والمادة البيضاء التي تمثل الجزء الخارجي من جداره مع تمايز المادة السنجابية الى القرون الظهرية والقرون البطنية.يتسع تجويف الدماغ الانتهائي ويزداد سمكه في جنين عمر (5) ايام حضانة مع ظهور نوى التكوين الشبكي في قاع الدماغ البعدي وفي عمر (6) ايام حضانة بدات الطبقة السنجابية الليفية السطحية بالتمايز وهي الطبقة الثانية من طبقات السقف البصري، كما تمايزت الطبقة الغطائية في الجدار الجانبي للدماغ البعدي على منطقتين ثانويتين الاولى هي الطبقة الغطائية الداخلية تكون مجاورة لطبقة البطانة العصبية اما الثانية فهي الطبقة الغطائية الخارجية ، وظهرت ايضا الحزمة الطولية الناصفة في قاع الدماغ النخاعيني. وفي جنين عمر (7) ايام لاتختلف جدران الدماغ عن المراحل السابقة ولكن تصبح اكثر سمكا.اما في جنين عمر (8) ايام حضانة وجد الدماغ والحبل الشوكي مشابها لحالة البالغ، يمثل الدماغ الانتهائي المخ الذي يتالف من نصفي كرة المخ ويسمى تجويفها البطين الجانبي (الايسر 1st، والايمن 2nd)، ويتالف نسجيا من منطقتين لحاء الدماغ وتحت لحاء الدماغ ، ويمثل البطين الثالث 3rd تجويف الدماغ البيني، ويتالف الدماغ البيني من ثلاث مناطق هي فوق المهاد والمهاد وتحت المهاد.اما الدماغ المتوسط فقد تمايز سقفه على ست طبقات (البصرية ، السنجابية الليفية السطحية ، السنجابية المركزية ، الالبومية المركزية ، السنجابية حول البطنية، والالبومية حول البطنية) اما جزاه القاعي فيتمايز الى السقيفة, وتمايز الدماغ البعدي على جزاين (المخيخ والجسر)، ويتمايز الدماغ النخاعيني ليكون النخاع المستطيل ويمثل البطين الرابع 4th تجويف الدماغ المؤخر, اما الحبل الشوكي فيكون مشابها لحالة البالغ اذ وجدت المادة البيضاء في جزئه الخارجي بينما المادة السنجابية مرتبة على شكل X تمثل جزئه الداخلي وتدعى المنطقة الظهرية منها القرون الظهرية Dorsal horns اما المنطقة البطنية فتدعى بالقرون البطنية وتمثل القناة المركزية تجويفه.وشملت الدراسة الحالية ايضا تحليل الاحماض الامينية في ادمغة اجنة طائر السلوى للاعمار (10و 11و 12و 13و 14و 15و 16) يوما حضانة ومرحلة الفقس (17) يوما والبالغ ، ووجد (16) حمضا امينيا هي الاسبارتك (13)، الكلوتامين (13)، السيرين)البالغ) ، الهستدين (13)، الثيروتين (13)، الكلايسين (16)، الارجنين )البالغ) ، الالنين (13)، التايروسين )البالغ)، السستين (13)، الفالين (13)، الميثونين (11)، الايزوليوسين (13)، اليوسين (13)، الفينلالنين)البالغ) ، اللايسين (13) على التوالي , اما اقل تركيز للاحماض الامينية في الاعمار الاسبارتك (14)، الكلوتامين (12)، السيرين)10) ، الهستدين (10)، الثيروتين (12)، الكلايسين (10)، الارجنين )10) ، الالنين (10)، التايروسين )10)، السستين (14)، الفالين (12)، الميثونين (12)، الايزوليوسين (15)، اليوسين (10)، الفينلالنين)14) ، اللايسين (10) على التوالي | The present study aimed to study the development of brain and spinal cord starting from neurula stage till hatching stage (17th day) and adult in quail Coturnix coturnix (Linnaeus, 1758), using the whole mount, scanning electron microscopeand paraffin wax method were used for preparing histological slides. Amino acids of brains were determinated during different ages (10, 11, 12, 13, 15, 15, 16 and 17 days) in addition to the adult .The embryonic study revealed the first appearance of the brain and spinal cord in Coturnix coturnix was at (18) hrs incubation. The first appearance represented as ectodermal thickening to form the neural plate, which is histologically formed from pseudostratified columnar epithelium. The neural folds fused at age of (24) hrs of incubation to form the neural tube and then differentiated to form the brain vesicle and spinal cord. The brain was differentiated into three vesicles represented by (prosencephalon, mesencephalon and rhombencephalon) at age of (33) hrs incubation. The wall of the brain consist of ependymal and mantle layers. The brain in embryo of (40) hrs incubation differentiate into five vesicles represented by telencephalon, diencephalon, mesencephalon, metencephalon and myelencephalon. The histological study of brain wall decleared that it formed from three layers which were ependymal, mantle and marginal layer. The histological structure of spinal cord wall at the same age showed that it consist of two layer represented by Ependymal layer which surrounded by mantle layer.In embryo at age of (48) hrs incubation, the cranial flexure appeared and the two vesicles of telencephalon were also became clear and the spinal cord wall consist of three layers represented by ependymal, mantle and marginal layers.The cervical, dorsal and caudal flexures appeared at (72) hrs incubation, which lead to curved the embryo.Diencephalon at age (96) differentiated into three regions age which are represented by epithalamus, thalamus and hypothalamus, at this age the stratum opticum also appeared, which represented the first layer of optic tectum and represented the roof of mid - brain. The spinal cord appeared formed from the gray and white matter, at the same time the gray matter differentiated into dorsal and ventral horns.At age of (5) days incubation the telencephalon cavity enlarge and its thickness increase and reticular formation nuclei appeared at the base of metencephalon. At age of (6) days incubation, the stratum griseumfibrosum superficial which represent the 2nd layer of optic tectum started to differentiate and the mantle layer also differentiated from the lateral wall of Metencephalon into two secondary layers represented by the inner mantle layer which observed besides the epindymal layer and the outer mantle layer, The medial longitudinalfascicule appeared at the base of mylencephalon. At age of (7) days incubation the walls of brain become more thickned. At age of (8) days incubation both brain and spinal cord appeared as in the adult stage. The telencephalon appeared represent from hemispherical cerebrum and their cavity called lateral ventricles (right the 1st and left the 2nd). Histologically formed from two region represented by pallium and subpallium the 3rd ventricle represented the cavity of diencephalon which formed from three regions represented by epithalamus, thalamus and hypothalamus. The mesencephalon roof differentiated to optic tectum with six layers of opticum, griseumet fibrosum superficiale, griseum centrale, album centrale, griseum periventriculare and album periventriculare. At the same time, the base of mesencephalon differentiated to tegmentum. Metencephalon differentiated into two parts represented by cerebellum and pons, while the mylencephalon appeared differentiated to from medulla oblongata and 4th ventricle represented the cavity of rhombencephalon.On the other hand the spinal cord also appeared as in the adult in appearance, the white matter in its external part and gray matter arranged as X - shape and represented the internal part, the dorsal region of this part represented the dorsal horns while the ventral horns represented the ventral region and the central canal represented its cavity.The present study also include the amino acids analysis for the brain of the bird under investigation in different stage of development (10, 11, 12, 13, 14, 15and 16, days incubation) in addition to the hatching stage (17th day) and the adult. The results revealed that there are 16 amino acid: Aspartic acid , Glutamine , Serine , Histidine , Thronine , Glycine , Arginine , Alanine , Tyrosine , Cysteine , Valinine , Methionine , Isoleucine , Phenylalanine , Lysine , and the highest concentration of amino acid at age of (13,13, adult, 13, 13, 16, adult, 13, adult, 13, 13, 11, 13, 13, adult, 13) respectively and the low concentration at age of (14, 12, 10, 10,12,10,10,10,10, 14, 12, 12, 15, 10, 14, 10,) respectively.

عزل طفيلي Blastocystis hominis ، تنميط HLA للمصابين والتثبيط بالمعزز Saccharomyces boulardii == Isolation of Blastocystis hominis , HLA typing of patients and the inhibition by the probiotic Saccharomyces boulardii

Author name: اسراء محمد عبد الخالق الحسن
Supervisor name: سبا طاهر محمد | بتول مطر مهدي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة الحالية (5892) عينة براز، والتي جمعت من مرضى باعمار مختلفة (1 - 70 سنة) لكلا الجنسين ،كانوا يعانون من الم البطن، مغص حاد ، تطبل البطن واسهال. جمعت العينات خلال الفترة الواقعة من ايلول (2013) ولغاية ايلول (2014)، من اربع مستشفيات في بغداد (مستشفى مدينة الطب التعليمي ،مستشفى الامام علي ،مستشفى الكرامة ومستشفى اليرموك التعليمي ) . للتحري عن نسبة الاصابة بطفيلي hominis Blastocystis ، اظهرت نتائج الدراسة الوبائية ان العدد الكلي المصاب بالطفيلي كان (1420) عينة موجبة وبنسبة (24.10%) ، اما نسب الاصابة بالطفيلي في المستشفيات الاربعة (مستشفى مدينة الطب التعليمي ،مستشفى الامام علي ،مستشفى الكرامة ومستشفى اليرموك التعليمي) كانت (51.41 % ، 18.66%،17.61% و12.32% ) على التوالي . واظهر الذكور اعلى عدد ونسبة للاصابة ، حيث بلغت (750) حالة وبنسبة (52.82%) ، اما الاناث فقد بلغت حالات الاصابة (670) حالة وبنسبة (47.18%) وبدون وجود فروق معنوية . وقد كانت اعلى نسبة للاصابة ضمن الفئة العمرية ( 30 - 21 سنة) بنسبة (29.58%) ، بينما كانت اقل نسبة للاصابة ضمن الفئة العمرية (10 - 1 سنة) بنسبة (3.52%). اظهرت الدراسة ان عينات البرازالتي تحتوي على الطفيلي تمتاز بقوام سائل اوشبه سائل ، وتمت دراسة علاقة الطفيلي مع الاصابة بالطفيليات المعوية الاخرى وجاءت النتائج كالاتي (1110) حالة اصابة مفردة لطفيلي Blastocystis hominis وبنسبة ((78.17%، و(310) 21.83%)) حالة اصابة مشتركة مع (6) اجناس مختلفة من الطفيليات المعوية، حيث كانت اجناس الطفيليات كالاتي ( Entamoeba histolytica ،تليها Giardia lamblia ،تليها Cryptosporidium ،تليها Enterobius vermicularis ،تليها Taenia spp.، واخيرا Ascaris lumbricoides ) وبنسبة ( 18.38% ، 2.68%، 0.35 % ،0.21%، %0.14 ،% 0.07) على التوالي. ان الدراسة الحالية سلطت الضوء على تحديد افضل طريقة تصبيغ لتشخيص الطفيلي بالبراز. واظهرت الدراسة ان افضل طريقة تصبيغ هي صبغة السفرانين تليها صبغة الكمزا والايرون هيماتوكسيلين. اما بالنسبة لزراعة الطفيلي لتشخيصه ، فقد كان وسط جونس المحورهو الوسط المناسب مع اجراء بعض التحوير بطريقة الزرع وهو استبدال مصل الحصان بمصل انسان مثبط ،و حضن الطفيلي هوائيا بدرجة ( 37 مئوية). اظهرت النتائج ان اعلى نسبة نموحصلت بعد (24 ساعة) اذ بلغت اعداد الطفيلي (777.75 خلية/ مل)، و(495.62 خلية / مل) بعد (48 ساعة) ، وقد كان الشكل الفجوي هو الشكل الاكثر تواجدا في الوسط . وقد شملت الدراسة الحالية عمل تنميط مستضدات كرية الدم البيضاء البشرية الى (30) شخص عربي عراقي مسلم مشخصين بوجود متلازمة تهيج القولون العصبي ، جميعهم مصابين بطفيلي Bastocystis hominis ، وقد كان (24) منهم ذكور، و(6) اناث ، وباعمار تراوحت بين (53 - 20 سنة) ،هذا بالاضافة الى (30) شخص سليم عربي عراقي مسلم تم اعتبارهم كمجموعة سيطرة ، تكونت من (25) ذكور، و(5) اناث ، وباعمار تراوحت بين ( 55 - 18 سنة) ، وقد وجد ان هناك ميل واستعداد للاصابة بالطفيلي يتطلب اكتساب الاليل HLA - DR B1*03 ،بالاضافة الى اكتساب الاليل HLA - DRB1*14. تم دراسة تاثيرفعالية خميرة Saccharomyces boulardiiكمعززات حيوية على الطفيلي في الفئران المختبرية ومقارنتها مع دواء mitronidazole الذي يستخدم عادة في علاج الطفيليات المعوية ومن ضمنها طفيلي ال hominis Blastocystis. وقد لوحظ هناك انخفاض تدريجي لاعداد الطفيلي في براز الفئران ومنذ اليوم الاول للمعالجة (حيث اختفى الطفيلي عند اليوم الثاني عشر بعد العلاج بخميرة Saccharomyces ، وعند اليوم الثالث عشر بعد العلاج بدواء metronidazole)، وعند حساب الكفاءة العلاجية للخميرة والميترونيدازول ،وجد بان الخميرة كانت ذات كفاءة علاجية عالية اذ بلغت (87.45%) في حين بلغت الكفاءة العلاجية للميترونيدازول (81.36%) . اظهر الفحص المجهري للمقاطع النسيجية الماخوذة من امعاء الفئران المصابة بالطفيلي لمنطقتي الاعور والقولون قدرة الطفيلي على حدوث تغيرات نسيجية تضمنت وجود ترشح خلوي التهابي شديد وحدوث اضرار للغشاء المخاطي. واظهرت خميرة Saccharomyces boulardii فعالية عالية في اصلاح وشفاء الانسجة المتضررة مقارنة بالميترونيدازول الذي اظهر كفاءة اقل في اصلاح وعودة النسيج الى هيكله الطبيعي. | The present study included (5892) stool sample , which were collected from patients at different ages (1 - 70 year) of both sexes, complained with abdominal pain, cramp, flatulence and diarrhea. Samples were collected during the period from September (2013) till September (2014), included four hospitals in Baghdad (Baghdad Medical City , AL - Imam Ali Hospital, AL - Karaama Hospital and AL - Yarmouk Teaching Hospital ) . To detect of the infection prevalence of Blastocystis hominis , the results of epidemiological study showed that the total number infected with this parasite was (1420) positive sample with percentage of (24.10%) , Percentages of infected cases with parasite in the four hospitals (Baghdad medical city, AL - Imam Ali Hospital , AL - Karaama Hospital and AL - Yarmouk Teaching Hospital), were (51.41%,18.66%,17.61%,and 12.32%) respectively . Males showed higher number and percentage of infection, (750 ) case with percentage of (52.82%), while females were (670) case with percentage of (47.18%) , no statistical significant differences was detected. The highest percentage of infection occurred among age group (21 - 30 year ) with percentage of (29.58%), while the lowest percentage of infection occurred among age group (1 - 10 years) with percentage (3.52%) . This study showed that stool samples which contain the parasite have a liquid or semi liquid . The presence of other intestinal parasites was detected, and the results were (1110) single infection with Blastocystis hominis ,with percentage (78.17%) , and (310) (21.83%) co - infection with (6) different genus of intestinal parasites, which were (Entamoeba histolytica, Giardia lamblia , Cryptosporidium , Enterobius vermicularis , Taenia spp., and Ascaris lumbricoides) with percentage (18.38%, 2.68%, 0.35%, 0.21%,0.14%, and 0.07%) respectively. The current study focused on determining the best way of staining to detect parasite in the stool. This study showed that safranin is the best stain ,then giemsa and iron haematoxylin. According to diagnosis by culture in modified Jones medium was the suitable medium with some modification with replacing horse serum with inactivated human serum, the parasite incubated aerobic at (37ºC). The results showed that the higher growth rate occurred after (24 hr) , the numbers of the parasite were ( 777.75 cell /ml), and ( 495.62 cell/ml ) after (48 hr) , the vacuolar form of the parasite was the main form founded in the culture. The present study included making HLA typing to (30) diagnosed Iraqi Arab Muslim patients with irritable bowel syndrome ,all of them infected with Blastocystis hominis, (24) of them were males , and (6) females ,with age ranged between (20 - 53 year) , control group consist of (30) healthy Iraqi Arab Muslims individuals, where (25) was males , and (5) females, with age ranged between (18 - 55 year), the results revealed that there was a genetic predisposition factor for the infection with Bastocystis hominis by acquiring the allele HLA - DR B1*03,and allele HLA - DRB1*14. The effectiveness of Saccharomyces boulardii yeast as vital probiotic on this parasite was studied in the laboratory animals (mice ) and compared with metronidazole which is used usually in the treatment of intestinal parasites including Blastocystis hominis . A gradually decreasing in the numbers of parasite in feces of mice was noticed since the first day of treatment parasite disappeared on the day (12th ) of treatment with Saccharomyces yeast, and disappeared on the day (13th ) of treatment with metronidazole.The efficacy of treatment was estimated for both of S. boulardii and metronidazole ,and the result proved that this yeast have a higher efficacy for treatment (87.45%) , compared with mitronidazole efficacy which was (81.36%). The microscopic examination to histological sections of the infected mice in cecum and colon regions showed the ability of the parasite to make histological changes included intense inflammatory - cell infiltration, and mucosal damage. The yeast of Saccharomyces boulardii showed higher ability in the healing and recover damaged tissues compared with metronidazole

التحري عن مقاومة المجموعة الامينوكلايكوسيدية المتواسطة بمثيلة 16S rRNA في بعض انواع البكتريا السالبة لكرام == Detection of 16S rRNA Methylation Gene between Two Species of Gram Negative with High Level Resistance to Aminoglycosides

Author name: اسراء محمد صفي عبد علي الكاظمي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت 100 عزلة من البكتريا السالبة لصبغة كرام مشخصة مبدئيا بانها وEscherichia coli Pseudomonas aeruginosa من مرضى باصابات مختلفة في مستشفى الكندي التعليمي ومستشفى الكاظمية التعليمي ومستشفى ابن البلدي ومستشفى الامام علي خلال الفترة مابين تموز الى تشرين الثاني2011. تضمنت 68 عزلة من خمجات المجاري البولية و8 عزلات من عينات القشع و6 من خمجات الحروق و18 عزلة من اصابات تجرثم الدم. • شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسطي اكار الماكونكي واكار الدم. تبع ذلك اجراء عدد من الفحوص المورفولوجية والكيموحيوية ثم شخصت العزلات بشكل نهائي ودقيق باستخدام اشرطة api20E.تبعا لذلك توزعت العزلات المائة بواقع 58 عزلة تعود لبكتريا E. coli اما العزلات ال 42 الباقية فكانت لبكتريا P. aeruginosa.• اجري اختبار فحص الحساسية للمضادات الحيوية بطريقة انتشار الاقراص لـ 7 من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية . اوضحت النتائج وجود اختلافات واضحة في نمط المقاومة المظهري لهذه العزلات .فقد بلغت نسبة مقاومة بكتريا E. coli لمضاد الاميكاسين 34.4%)20\58)و53.4%(31\58)للنتلامايسين و67.2%(39\58) للتوبرامايسين و87.9% (51\58 ) لللسيسومايسين , و94.8%(55\58 ) لكلا من مضادي الكانامايسين والستربتومايسين واخيرا بلغت النسبة للجنتامايسين 98.2%(57\58) . كما هو الحال مع بكتريا E. coli , فقد ظهر ان افضل فاعلية ضد بكتريا P.aeruginosa كانت للاميكاسين حين بلغت نسبة المقاومة45.2%(20\42) تلا ذلك مضاد النتلامايسين52.3%(22\4222) وبلغت 57.1%(27\42) و59.5%(25\42) للسيسومايسين والتوبرامايسين على التوالي اما للكانامايسين فقد بلغت 90.4%(38\42) للستربتومايسين 92.8%(39\42) واعلى نسبة مقاومة كانت ضد مضاد الجنتامايسين حيث بلغت 95.2%(40\42). • استخدمت طريقة التراكيز المتضاعفة المتسلسلة لحساب التركيز المثبط الادنى لست من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية. بينت النتائج وجود اختلافات في قيم MIC المحسوبة لهذه النوعين من العزلات.فمن اصل (58) عزلة من بكتريا E.coli كانت منها 20 مقاومة للاميكاسين(%34.4 ( وبقيم MIC تراوحت ما بين(64 - 128 مايكروغرام\مل), 56 عزلة)87.5%(مقاومة للبارومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين)16 - 1024مايكروغرام\مل) , 57 عزلة) %98.2) مقاومة للستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين(16 - 256مايكروغرام\مل), وكانت جميع العزلات (100%) مقاومة لكل من الجنتامايسين والنيومايسين والكانامايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين)128 - 1024مايكروغرام\مل) للجنتامايسين والنيومايسين بينما تراوحت للكانامايسين ما بين(128 - 1024مايكروغرام\مل(. اما بالنسبة لبكتريا P.aeruginosa كانت20 (47.6%) عزلة مقاومة للاميكاسين وبقيم MIC تراوحت ما بين(16 - 1024مايكروغرام\مل) و39 عزلة (92.5%)عزلة مقاومة للكانامايسين والستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين(64 - 1024مايكروغرام\مل)و)16 - 1024مايكروغرام\مل) على التوالي,جميع العزلات وبنسبة (100%) كانت مقاومة للجنتامايسين والنيومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين )16 - 1024مايكروغرام\مل), واخيرا جميع العزلات اظهرت مقاومة تامة للبارومايسين (100%) وبقيم MIC تراوحت ما بين)32 - 1024مايكروغرام\مل).• تم التحري عن انتاج انزيم البتالاكتاميز باستخدام اختبار الاشرطة السريع, وتضمن اربع اختبارات : اختبار المسح الاولي للبتالاكتاميز,اختبار انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف ESβLs التاكيدي وMetallo - β - lactamase وانزيم AmpC. اظهرت النتائج انه 84 عزلة من مجموع 100 (84%) كانت موجبة للمسح الاولي للبيتالاكتميز توزعت مابين50 عزلة(86.2%) لبكتريا E.coli و34عزلة (80.9%) لبكتريا P.aeruginosa. اما بالنسبة للـ ESβLs فكانت نسبة العزلات المنتجة له هي 83% توزعت كالاتي 86.2%(50\58) لبكتريا E.coli و80.9%(34\42) تعود لبكتريا P.aeruginosa اما نتائج MβL فقد كانت اقل نسبيا لتصل الى 75% موزعة مابين %77.5)45\58) لبكتريا E.coli و71.4% (30\42) لبكتريا P.aeruginosa بينما 70% من العزلات كانت منتجة لانزيم AmpC توزعت مابين 56.8%(33\58) لبكتريا E.coli و88.9%(37\42) لبكتريا P.aeruginosa.• تم التحري عن المحتوى البلازميدي لعدد من العزلات المنتخبة والتي اظهرت مستوى مقاومة عالية وذلك باستخدام modified alkaline lysis method. اظهرت النتائج ان معظم العزلات كانت حاملة لاكثر من بلازميد باحجام مختلفة , وبعض منها ت احتوى على بلازميدات كبيرة.• اعتمدت طريقتان مختلفة لتحضير الدنا القالب لغرض استخدامها في التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا ( PCR) وهي : طريقة الغليان وطريقة استخلاص البلازميد. اظهرت النتيجة ان طريقة عزل البلازميد كانت ادق في اظهار النتائج بالمقارنة مع طريقة الغليان.مع ذلك فان الطريقة الاولى هي الاكثر شيوعا في العمل الروتيني .• اختيرت 20 عزلة من كل نوع لغرض الدراسة الجينية اعتمادا على مستوى المقاومة العالية الذي اظهرته هذه العزلات . استخدمت تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا (PCR) للتحري عن جين blaCTX - M المسؤول عن انتاج ESβLs فضلا عن التحري عن ستة من جينات مثيلة 16S rRNA ArmA )و RmtAو RmtBو RmtCو RmtD وNpmA ) .• بينت نتائج التحري عن جين blaCTX - M في E.coli ان جميع العزلات حاملة لهذا الجين (100%) لتقل النسبة الى 85% (17\20( لبكتريا P.aeruginosa بالاعتماد على وجود القطعة المكثرة بحجم 550 زوج قاعدي بالمقارنة مع دليل الدنا المستخدم بحجم 100 زوج قاعدي المرحل في 1%من هلام الاجاروز .• اوضحت نتائج التحري عن جينات مثيلة 16S rRNA بتقنية الـ (PCR) لعزلات E.coli ان16 عزلة من مجموع20 (80%) كانت حاملة لجين ArmA اعتمادا على وجود القطعة مكثرة بحجم 846 زوج قاعدي بالمقارنة مع دليل الدنا الحجمي (100 زوج قاعدي )بعد الترحيل في هلام الاجاروز 1% فيما اظهرت عزلة واحدة من مجموع20 (5%) امتلاكها لجين المثيلة RmtB بحجم قطعة مكثرة 584 زوج قاعدي , بينما كانت 3 عزلات من مجموع 20(15%)حاملة لجين RmtC بالاعتماد على وجود حزم بحجم 711 زوج قاعدي , وعزلة واحدة فقط (5%) حاملة لجين RmtD بوجود قطعة مكثرة بحجم 500 زوج قاعدي , واخيرا فان جين المثيلة السادس وهو npmA فقد حدد في عزلة واحدة (5%) من اصل 20 عزلة بالاعتماد على وجود حزمة بحجم 641 زوج قاعدي.• اظهرت نتائج التحري عن جينات مثيلة 16S rRNA في بكتريا P.aeruginosa وجود نوع واحد من هذه الجينات وهو ( RmtD) وقد حدد في 3 عزلات من اصل20 (15%)بالمقارنة مع دليل الدنا الحجمي 100 زوج قاعدي.• كلا نوعي البكتريا E.coli وP.aeruginosa لم يظهرا احتوائها على جين RmtA , بينما كان جين ArmA هو الجين السائد في بكتريا E.coli.• اظهرت النتائج ان عزلة واحدة من بكتريا E.coli رقم(37) حاملة لخمسة انواع من جينات مثيلة 16S rRNA فضلا عن جينblaCTX - M ,بينما كانت اربع عزلات من بكتريا E.coli ذات التسلسل(11 و32 و40و42) لاتحتوي على اي جين من جينات المثيلة ماعدا جينblaCTX - M .• اظهرت نتائج الدراسة الحالية ان هنالك ترابط بين التنميط المظهري لمقاومة المضادات مع التنميط الجيني , فقد لوحظ ان العزلات الحاملة لجين المثيلة 16S rRNA هي العزلات التي اظهرت مقاومة عالية لكل من المضادات الاميكاسين والجنتامايسين ولكل المجموعة الامينوكلايكوسيدية ماعدا الستربتومايسين لبكتريا E.coli وبكتريا P.aeruginosa فضلا عن مقاومتهما لبقية المضادات ,لكن بكتريا P.aeruginosa اظهرت احتوائها على نوع واحد من جينات المثيلة وهو (RmtD) وقد ظهرت في العزلات رقم (14و28و37) بالاضافة الى جين blaCTX - M بالرغم من مقاومتها العالية لمضادات مجموعة الامينوكلايكوسيدية, وهذا يعزى لاحتوائها على اليات مقاومة اخرى مثل مضخة الدفق وتحوير الانزيمات وتغيير حاجز النفاذية والاكثر شيوعا هو مضخة الدفق للمضاد. • بينت النتائج على الاقل وجود احدى جينات المثيلة مرافقة لجينات مقاومة اخرى مثل جين blaCTX - M المسؤول عن انتاج ESβLs سيما في بكتريا . E.coli | A total of (100) clinical isolates of gram negative bacteria primary identified as Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa were collected from Al - Kindey hospital, Al - Kadhymia teaching hospital, Ibn - Albalady hospital and Alemam - Ali hospital in Baghdad city , during the period between July 2011 to November 2011. They were obtained from mid stream urine from patients suffering from urinary tract infections (68 isolates), sputum samples from patients suffering from respiratory tract infection (8 isolates), wounds infections (6 isolates) and from bacteraemia (18 isolates).• The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar and blood agar then diagnosed by performing some morphological and biochemical tests. A confirmatory test as a final diagnoses was done using api20E system. According to this, the 100 isolates were distributed as 58 isolates of Escherichia coli while the remaining 42 isolates were Pseudomonas aeruginosa.• Antibiotic susceptibility test for 7 aminoglycoside antibiotic was performed using disc diffusion method. The results demonstrated a clear differences in the phenotypic resistance among the isolates. The percentage of highest resistance in E.coli isolates reached 98.2%(57\58) for gentamicin while lower reached 34.4% (20\58) for amikacin. As with E.coli the best activity against P.aeruginosa the highest resistance was against gentamicin when the percentage reached 95.2%, while the lower percentage aganist amikacin when the percentage of resistance was 47.6%(20\42). • Two fold serial dilution agar was used to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) using six aminoglycosides antibiotic. The results showed that there were differences in the MICs values among the two species. Out of (58) E.coli isolates, 20(34.4%) were resisted to amikacin (MIC ranged from 64–128 µg /ml) , and all isolates 58 (100%) were resisted to gentamicin, neomycin and kanamycin when the MICs ranged from (32–1024µg /ml) to gentamicin and neomycin while it was (128–1024 µg /ml) to kanamycin. In P.aeruginosa, 20(47.6%) isolates were resisted amikacin (MIC ranged from 64–128 µg /ml), all isolates(100%) were resistant to gentamicin and neomycin (MIC ranged from 16–1024 µg /ml) and finally all the isolates showed complete resistance towards Paromomycin (100%) with MIC ranged from (32–1024µg /ml).• The detection of β - lactamases production was performed using the easy rapid strip test including four tests : preliminary screening test for β - lactemase, Extended - Spectrum Beta - Lactamases (ESβLs) confirmation, Metallo β lactamases and AmpC enzymes. The results showed that 84 isolates out of 100 (84%) were positive in Preliminary screening of β - lactamases distributed between 58(86.2%) for E.coli and 42(80.9%) for P.aeruginosa . In ESβL, the rate of producer isolates were 83% distributed as (50/58)86.2% of E.coli isolates and (34/42)80.9% for P.aeruginosa. Results of MβL production revealed that the rate of producer isolates reduced to 75% distributed as (45/58)77.5% for E.coli and (30/42)71.4% for P.aeruginosa, while 70%of the isolates were AmpC producers distributed as (33/58)56.8% and (37/42)88.09% for E.coli and P.aeruginosa respectively.• The detection of plasmid content was done for selected isolates which showed very high level of resistance using modified alkaline lysis method. The results showed that most of the isolates were harboring more than one plasmids of different size, and some isolates appeared to have mega plasmid. • Template DNA used for polymerase chain reaction (PCR) reaction was prepared using two different methods : the boiling method and the plasmid DNA. The results revealed that the plasmid DNA was more specific in demonstrating the result as compared with the boiling method however, the first method is more common in routine work. • Twenty isolates from each species were selected according to their high - level resistance for the genotypic study. PCR technique was performed to detect blaCTX - M gene responsible for ESβLs production beside detecting six 16S rRNA methylation genes including (ArmA, RmtA, RmtB, RmtC, RmtD, and NpmA). • The results for detecting blaCTX - M gene in E.coli showed that all of the isolate (100%) were harboring this gene, while the rate decreased to 85%(17/20) for P.aeruginosa based on the presence of an amplified segment with 550bp (as compared with 100bp DNA ladder) in agarose gel (1%) .• The results of detection 16S rRNA methylation by PCR in E.coli isolate showed that 16 isolates out of 20 (80%) were harboring ArmA based on the presence of 846 bp bands (as compared with 100bp DNA ladder) after running in (1%) agarose gel. Only one isolates out of 20(5%) harbored RmtB methylation gene with amplified size 584bp, while 3 isolates out of 20(15%) contains RmtC gene based on the presence of 711bp bands , 1 isolates(5%) harbored RmtD gene and the size of the amplified segment was 500bp, and the final sixth methylation gene was npmA which was detected in only one isolate (5%) out of 20 based on the presence of 641bp bands. • The results of detection 16S rRNA methylation in P.aeruginosa showed that only one methylation gene( RmtD) was found in the isolates and it was detected in 3 isolates out of 20 (15%) as compared with DNA ladder 100bp.• Both of bacteria E.coli and P.aeruginosa didn’t show any positive results to RmtA gene, while ArmA gene was the most predominant in E.coli.• The results showed that there was only one E.coli isolate(no.37) harbored the five 16S rRNA methylation genes beside blaCTX - M gene, while four E.coli isolates (no. 11, 32, 40 and 44) devoid any one of them except blaCTX - M gene. • The results of the current study showed that there was a correlation between phenotypic and genotypic resistance pattern. The isolates harboring 16S rRNA methylation genes are considered to show high - level resistance to amikacin, gentamicin and even to all aminoglycosides except streptomycin, for E.coli and P.aeruginosa beside resistance to other antibiotic, but in P.aeruginosa only one methylase gene (RmtD) gene appeared in three isolates(no.14, 28,37) in addition to blaCTX - M gene despite the high level of resistance towards aminoglycoside group and this is due to contain other types of resistance such as efflux mechanisms, aminoglycoside modifying enzymes and impermeability of the cell wall may cause reduced susceptibility to aminoglycosides and the most prevalent was efflux mechanisms.• At least one Methylation resistance genes was coupled with other resistance gene such as blaCTX - M gene responsible for ESβLs production

دراسة شكليائية ونسجية للمرئ في نوعين من الطيور العراقية الدراج الاسود العراقي (Linnaeus,1766 (Francolinus francolinus والسماك ابيض الصدر Linnaeus,1758 (Halcyon smyrnensis == Morphological and Histological Study of the Oesophagus in Two Species of Iraqi Birds Iraqi Black Partridge Francolinus francolinus (Linnaeus,1766) and White Breasted kingfisher Halcyon smyrnensis (Linnaeus,1758)

Author name: اسراء عبد الكریم هادي امین البرزنجي
Supervisor name: ايمان سامي احمد الجميلي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The present study aimed to investigate the , morphological description and histological structure of oesophagus in Iraq black partridge (Francolinus francolinus ) and white breasted kingfisher (Halcyon smyrnensis) ,the results revealed the following : - Morphological Description• In both birds the oesophagus was long muscular tube, thin - walled and distensible tube , it was situated between the oropharynx cavity and Proventriculus .• The oesophagus in Iraq black partridge (Ibp) divided into the three regions represented by anterior part (Cervical), median part (Crop) and posterior part (thoracic),while in white breasted kingfisher (Wbk) divided in two regions , anterior part (Cervical) and posterior part (thoracic), because the crop was absent in this bird so that we suggested to regard the median part instead the crop which is found in Iraqi block partridge.• In both birds , the anterior part ( Cervical ) of oesophagus was located in the midline , dorsally to the larynx and trachea , which was fixed byconnective tissue . In the median part of neck , the oesophagus location was changed where it was situated at the right side of the midline , among trachea laterally and Jugular vein , the vagus nerve and thymus dorsally . In (Wbk) , the oesophagus was curved littleness on the right side of midline in contrast to the (Ibp).• In (Ibp) , immediately in the thoracic entrance , the oesophagus returns to the midline and it expanded ventrally pouch , (the crop) which located between clavicle and breast muscles . The internal and external surface of the crop presented irregular folds.• In (Ibp), the anterior part of oesophagus ( Cervical) taken an (S) shaped due to it was longer than its neck region.• In both , the posterior part of oesophagus (thoracic) entered thoracic region and then located dorsally to the trachea , syrinx and heart, ventrally to the lung. Finally, the posterior part of oesophagus(thoracic) opened in to the Proventriculus .• In both birds , the anterior part of oesophagus ( cervical) was longer than posterior part ( thoracic). The internal surface of the oesophagus demarcated longitudinal folds .Histological Study : • The results of the present study showed that the oesophagus wall in (Ibp) consisted of four tunica represented by mucosa, sub mucosa, Muscularis and adventitia or serosa while in (Wbk) composed of three tunica because due to lack the sub mucosa.• Tunica mucosa in (Ibp) oesophagus consisted of three layers represented by lining epithelium , lamina propria and Muscularis mucosa , but in the (Wbk) the layer of Muscularis mucosa was absent.• The lining epithelium of (Ibp) composed of keratinized stratified squamous epithelium , while it consisted of non keratinized stratified squamous epithelium in the (Wbk).• The lamina propria of (Ibp) consisted of loose connective tissue , while in the (Wbk) it consisted of fibrous connective tissue .• The esophageal glands of (Ibp) were situated in the lamina propria , these glands were simple branched alveolar type, while the esophageal glands of (Wbk) were observed within lining epithelium layer and these glands were simple tubular type.• The oesophageal glands in (Ibp) were less developed in the posterior part (thoracic) in comparison to anterior part ( cervical), while theseglands were absent in crop but it arranged along oesophagus in (Wbk).• Tunica Muscularis consisted of two layers thicker, inner circular and thinner outer longitudinal in (Ibp) ,these layers separated by loose connective tissue, whereas inner thin longitudinal and outer thick circular in (Wbk) ,these layers separated by fibrous connective tissue• In both birds the tunica adventitia and serosa consisted of loose connective tissue with blood vessels and nerves but in serosa surrounded by mesothelium .Statistical Study : Iraqi block partridge and Whitebreasted kingfisher : • Results showed that the mean thickness of tunica mucosa was significantly greater in anterior part (cervical) oesophagus of (Ibp) as compared to (Wbk), while the mean thickness of both tunica muscularis and adventitia were significantly greater in (Wbk) as compared to (Ibp) (p<0,05).• The main thickness of tunica mucosa was significantly greater in median part ( crop) of oesophagus in (Ibp) as compared to (Wbk) (p<0.05).• The mean thickness of tunica mucosa was significantly greater in posterior part ( thoracic) of oesophagus in (Ibp) as compared to (Wbk)(p <0.05).

التغيرات الدموية والكيميائية الحياتية في الفئران البيضاء المستحثة بواسطة المبيد الحشري Prothor (Imidacloprid) == Hematological and Biochemical changes in the white mice induced by insecticide prothor (Imidacloprid)

Author name: اسراء سليم عبد الزهرة الدباغ
Supervisor name: ليلى جبار محمد البهادلي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة لتحديد تاثير تراكيز مختلفة للمبيد الحشريImidacloprid (IMD)على 204 ذكور الفئران السويسرية البيض ، تتراوح اعمارهم بين 8 - 12 اسابيع ومعدل اوزانها 20 - 25 غرام ، وتنقسم الى تجربتين رئيسيتين : - التجربة الاولى (التاثيرات شبه المزمنة) : اجريت هذه التجربة لتحديد تاثير التركيز الموصى به (ADI) Acceptable daily intake60.0 ملغم/كغم من وزن الجسم وتركيزين مختلفين ) 0.12،0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم ( واظهرت التراكيز المختلفة تاثيرات مختلفة على الاوزان المختلفة للاعضاء مثل (الكبد ،الكلى والطحال) بالاضافة الى تغييرفي انزيمات الكبد، معايير وظائف الكلى ومعايير الدم للاعضاء سابقة الذكر. تم فحص التاثيرات بعد 14 و28 يوم من التجريع الفموي اليومي، اكدت النتائج وجود انخفاض (p ≤0.05) في اوزان الاعضاء الكبد، الكلى والطحال والتي سجلت اقل وزنا للكبد (0.720±0.04 ) ،الكلى(0.140±0.024) والطحال (0.040±0.005) بعد 14 يوم من التجريع الفموي اليومي بالمبيد (IMD) وبالتركيز 0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم ؛ بينما اكدت النتائج التي اجريت بعد 28 يوم من التجريع الفموي على وجود انخفاض غير معنوي (p ≥0.05) في وزن الكبد، الكلى والطحال وللجرعات 0.06،0.12 و0.18 ملغم/ كغم من وزن الجسم. اظهرت النتائج بعد 14 يوم من التجريع الفموي زيادة معنوية(p ≤0.05) في مستويات انزيم Aspartate aminotransferase (AST) and alkaline phosphatase (ALP)عند الجرعتين 0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم AST (27.40±2.34 ؛ 31.10±0.65) وALP (82.84±7. ؛ 49.04±1.07) على التوالي، تمت مقارنة كل قياسات التجربة مع مجموعة السيطرة، في حين سجل مستوى alanine aminotransferase (ALT) انخفاض معنوي (p ≤0.05) عند جرعتي 0.06 و0.18 ملغم من وزن الجسم (13.80±0.45 و12.36±0.51) على التوالي. اظهرت النتائج وجود زيادة معنوية (p ≤0.05) في مستويات انزيمات AST (36.96±5.04)، (24.90±1.52) ALT وALP (62.52±8.10) بعد 28 يوم من التجريع الفموي عند الجرعة 0.18 ملغم من وزن الجسم بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. كما وجدت زيادة معنوية (p ≤0.05) بمستويات معايير وظائف الكلى مصل الكرياتنيين (0.920±0.10) واليوريا (47.20±2.35) بعد 14 يوم من التجريع الفموي وبالجرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم في حين كانت التاثيرات غير معنوية (p ≥0.05) بعد 28 يوم من التجريع الفموي في مصل الكرياتنين واليوريا عند جميع الجرع (0.06،0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. اظهرت النتائج انخفاض معنوي (p ≤0.05) في مجموع خلايا الدم الحمراء Total red blood cells count (7.62±0.46) (RBCs)، محتوى الهيموغلوبين(11.62±0.53) Hemoglobin content (HB)، حجم رصيص الدم(PCV) Packed cell volume (29.02±1.45) ومستوى الصفيحات الدمويةPlatelets (341.80±67.57)(PLT)بعد 14 يوم من الجريع اليومي وبالجرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم مقارنة مع مجموعة السيطرة. اكدت نتائج الدراسة حصول زيادة معنوية (p ≤0.05) بعد 28 يوم من التجريع الفموي في محتوى HB (26.18±3.48) , PCV (77.72±12.15)وباعدادRBCs (16.52±1.23) عند الجرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم في حين بينت الدراسة ان الزيادة معنوية (p ≤0.05) باعدادPLT (1156.80±74.36) عند الجرعة 0.12 ملغم/كغم من وزن الجسم، كذلك اكدت نتائج الدراسة حصول انخفاض معنوي (p≤0.05) بالعدد الكلي لخلايا الدم البيضاءTotal white blood cells count (WBCs) بعد 14 يوم من التجريع الفموي اليومي ولجميع الجرع (0.06 ،0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم (3.83±1.01 و(6.74±1.46, 5.98±0.57 على التوالي. في حين اظهرت النتائج ل (WBCs) بعد 28 يوم من التجريع الفموي اليومي انخفاضا معنويا (p ≤0.05) عند الجرعتين 0.06 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم 6.80±1.21) و(7.01±0.96 على التوالي بينما في الجرعة 0.12 ملغم/كغم من وزن الجسم اظهرت النتائج زيادة معنوية (p ≤0.05) (11.26±1.46) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. اظهر مستوى الخلايا اللمفاويةLymphocytes cells ( (LYM انخفاضا معنويا (p ≤0.05) في 14 يوم بعد التجريع الفموي ولجميع الجرع 0.06، 0.12 و0.18 ملغم/طغم من وزن الجسم (3.70 ± 0.22، 4.10 ± 0.91 و2.46 ± 0.52) على التوالي بالمقارنة مع مجموعة السيطرة؛ بينما بعد 28 يوم من التجريع الفموي كان التاثير غير معنوي( (p ≥0.05 للجرعتين 0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم (6.32 ± 0.64 و6.80 ± 1.21) على التوالي مقارنة مع مجموعة السيطرة ، النتائج اظهرت انخفاض غير معنوي ( (p ≥0.05 في جرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم للفترتين 14 و28 يوم من التجريع الفموي. التجربة الثانية (التاثيرات المزمنة) : الهدف من الدراسة هو تحديد الاثار المترتبة على تركيز اقل من ADI هو 0.03 ملغم/كغم من وزن الجسم بعد تناوله عن طريق الفم وملاحظة التاثيرات المختلفة للتركيز المذكور على نفس المعايير السابقة التي درست في التجربة الاولى ، فحصت التاثيرات بعد 45، 60، و90 يوم من التجريع الفموي اليومي، اظهرت النتائج انخفاضا معنويا (p ≤0.05) في اوزن اعضاء الكبد، الكلى والطحال وسجلت اقل انخفاض بوزن الكبد (0.820±0.07) ووزن الكلى (0.160±0.02) بعد 60 يوما من التجريع الفموي بينما سجل الطحال سجل اقل انخفاض بعد 45 يوما (0.120±0.02). اظهرت النتائج زيادة معنوية (p ≤0.05) في مستويات انزيمات الكبد حيث سجلت اعلى ارتفاع بمستوي انزيم 31.60±0.62)AST) وانزيم ALT (23.54±4.69) بعد فترة 90 يوم من التجريع الفموي وللانزيم .64±8.81)ALP 75) بعد 45 يوم من التجريع الفموي ، كذلك حصول زيادة معنوية (p ≤0.05) بمستويات معايير وظائف الكلى مصل الكرياتنين (1.14±0.08) واليوريا (56.40±1.58) بعد 90 يوم من التجريع الفموي. اكدت نتائج الدراسة حصول انخفاض معنوي (p ≤0.05) باعداد كريات الدم الحمراء (RBCs)، محتوى الهيموغلوبين (HB)، حجم رصيص الدم (PCV)ومستوى الصفيحات الدموية (PLT) بنسب متفاوتة ولجميع الفترات الزمنية، كذلك حصول انخفاض معنوي (p ≤0.05) باعداد كريات الدم البيضاء (WBCs) (4.16±0.30) والخلايا اللمفاوية ( 2.50±1.69) (LYM) بعد 45 يوم من التجريع الفموي | This study conducted to determine the effect of different concentrations of the insecticide Imidacloprid (IMD) at 204 male Swiss mice aged 8 - 12 weeks with a body weight ranged between 20 - 25 g, and divided into two main experiments : The first experiment) Subchronic effects) : experiments conducted in order to determine the acceptable daily intake (ADI) 0.06 mg/kg from body weight, with different concentration (0.12, 0.18mg/kg.bw) and showed different effects of different concentration at weight of organs like (liver, kidney and spleen). The results demonstrated many changes in liver enzymes, kidney function parameters and hematological changes for the previous organs. The effects have been examined after 14, 28 fallowing daily oral administration, also results showed a significant decrease (p ≤0.05) in the weight of organs liver, kidney and spleen, which recorded less weight for liver (0.720±0.04), kidney (0.140±0.024) and spleen (0.40±0.005) after 14 days of oral administration with insecticide (IMD) at dose 0.18 mg/kg.bw; while experiment conducted at 28 days of oral administration non - significant (p ≥0.05) decrease in liver, kidney and spleen weight at all doses 0.06, 0.12 and 0.18mg/kg.bw. Results at 14 days fallowing daily oral administration illustrated a significant increase (p ≤0.05) in Aspartate aminotransferase (AST) and alkaline phosphatase (ALP) levels at dose 0.12 and 0.18mg/kg.bw, AST (27.40±2.34 ; 31.10±0.65) and ALP (82.84±7.20 ; 49.04±1.07) respectively, all measurement experiments were compared with control group, while alanine aminotransferase (ALT) level recorded a significant decrease (p ≤0.05) at dose 0.06 and 0.18mg/kg.bw (13.80±0.45 and 12.36±0.51) respectively. The results illustrated a significant increase (p ≤0.05) at level of enzymes AST (36.96±5.04), ALT level (24.90±1.52) and ALP (62.52±8.10) after 28 days of daily oral administration at dose 0.18 mg/kg.bw in comparison with control group. Also found a significant increase (p ≤0.05) at levels of kidney function parameters serum creatinine (0.920±0.10) and urea (47.20±2.35) after 14 days from oral daily administration at dose 0.06 mg/kg.bw; however at 28 days after administration there was non - significant effect (p ≥0.05) in creatinine and urea at all doses (0.06, 0.12 and 0.18 mg/kg.bw) in comparison with control group. The results showed a significant decrease (p ≤0.05) in total red blood cells count (RBCs) (7.62±0.46), Hemoglobin content (HB) (11.62±0.53), packed cell values (PCV) (29.02±1.45) and Platelets (PLT) (341.80±67.57) following 14 days from oral administration at dose 0.06 mg/kg.bw in comparison with control group. While the results of study demonstrate a significant increase (p ≤0.05) after 28 days from oral administration in HB (26.18±3.48), PCV (77.72±12.15) content and numbers of RBCs (16.52±1.23) at dose 0.06 mg/kg.bw however the study show a significant increase (p ≤0.05) in number of PLT(1156.80±74.36) at dose 0.12 mg/kg.bw , as well as the results of study confirmed a significant decrease (p ≤0.05) in number of total white blood cells count (WBCs) after 14 days following daily oral administration at all doses 0.06, 0.12and 0.18mg/kg.bw (6.74±1.46, 5.98±0.57 and 3.83±1.01) respectively; while the results of (WBCs) at 28 days after administration showed a significant decrease (p ≤0.05) at doses 0.06 and 0.18mg/kg.bw(7.01±0.96 and 6.80±1.21) respectively while at 0.12mg/kg.bw the results showed a significant increase (p ≤0.05) (11.26±1.46) in comparison with control group. The level of Lymphocytes cells (LYM) showed a significant decrease (p ≤0.05) at 14 days after administration at all doses 0.06, 0.12 and 0,18 mg/kg.bw(3.70±0.22, 4.10±0.91 and 2.46±0.52) respectively in comparison with control group ; while at 28 days after administration there was non - significant effect (p ≥0.05) at dose 0.12 and 0.18 mg/kg.bw (6.32±0.64 and 6.80±1.21) respectively in comparison with control group and the results showed a non - significant decrease (p ≥0.05) at dose 0.06mg/kg.bw for two periods 14 and 28 days after administration. The second experiment (Chronic effects ) : The aim of this study was to determine the effects of concentration less than ADI which 0.03 mg/kg.bw in oral administration and note the different effects of the obvious concentration at same parameters studying in first experiment , the effects have been examined after 45, 60 and 90 days after oral administration. The results demonstrated a significant decrease (p ≤0.05) in weight organs liver , kidney and spleen , results recorded less weight for liver (0.820±0.07) , kidney (0.160±0.020) after 60 days from oral administration either spleen weight recorded less decline in period 45 days (0.120±0.02), also results showed a significant increase (p ≤0.05) at levels of liver enzymes and recorded a highest increase for AST level (31.60±0.62), ALT level (23.54±4.69) after 90 days from administration , either enzymes ALP (75.64±8.81) after 45 days from administration , also happen a significant increase (p ≤0.05) at levels of kidney function parameters ,serum creatinine (1.14±0.08) and urea (56.40±1.58) after 90 days from administration. The results of study confirmed happen a significant decrease (p ≤0.05) in number of (RBCs), (HB), (PCV) and (PLT) in varying degrees and for all periods, also happen a significant decrease (p ≤0.05) in number of (WBCs) (4.16±0.30) and (LYM) (2.50±1.69) after 90 days from oral daily administration.

دراسة وراثية خلوية وجزيئية بين عينة من المرضى المصابين بالهوجكنزلمفوما == Cytogenetic and molecular study among Hodgkin’s lymphoma patients

Author name: اسراء حسين حمزة
Supervisor name: عبد الامير ناصر الركابي | عبد الحسين مويت الفيصل
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة لفحص وتحديد نسبة انتشار التناقل الكروموسومي لكروموسومي (14و18) الذي يحدث بين جين bcl2و JH في بعض المرضى العراقين المصابين بسرطان الهوجكن لمفوما وايضا تم التحرى عن جين (BNRF1)الخاص بفايروس (EBV)كذلك تم التحرى عن التشوهات الكروموسومية بواسطة استخدام تقنية التهجين الموضعي . تضمنت الدراسة 75 عينة من المرضى المصابين (25 عينة من الدم و50 عين من الخزع النسيجية المحفوظة بالفورمالين والمطمورة بشمع البارافين) مع عشر عينات من الخزع النسيجية التابعة لمرضى الاورام الحميدة .تم جمع الدم من وحدة امراض الدم في مستشفى بغداد في مدينة الطب ببغداد. اما الخزع النسيجية فقد جمعت من مختبرات الامراض النسيجية في مختلف المستشفيات خلال الفترة من شهر ايلول لعام 2013 لغاية شهر اذار لعام 2014. ان تحديد وفحص التناقل الكرموسومي )14;18) تضمن المناطق المتغايرة بالجين الورمي bcl2 وهي منطقة الانكسار الرئيسية MBR التي تقع بالجزء الغير مشفر بالنهاية 3ʹومنطقة الانكسار الثانوية MCR ولتحديد علاقة هذه المناطق بالتناقل الكروموسومي فقد تم استخدام تسعة بوادى امامية من الجين الورمي bcl2 وبادئ واحد عكسي من جين JH بالاضافة الى السيطرة الموجبة لكل منطقة انكسار والذي تم تصنيعه في المختبر باستخدام تقنية الربط وبناء القطع والذي يعتبر اول دراسة في هذا المجال في العراق والشرق الاوسط. .تم تضخيم الحامض النووي دنا(DNA ) لكل عينات المرضى المصابة بسرطان الهوجكنز لمفوما وعينات المستخدمة للسيطرة بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل PCR والتتابع المباشر والتي تضمنت استخدام ثلاث مجاميع من البوادئ لتغطية المناطق الانكسار المراد فحصها على الجين الورميbcl2 على كروموسوم 18. وقد تم تصميم هذه البوادئ باستعمال برامج NCBI (Primer plus 3) حيث تم تصميم بوادئ امامية لكل من (MBR(MBR1,MBR2) و3MBR(3MBR1, 3MBR2, 3MBR3, 3MBR4) وMCR(MCR1,MCR2, 5MCR)) وتم تصميم بادئ عكسي من جينJH لكل هذه البوادئ الامامية وتم استخدامهم لكل العينات المراد فحصها للانتقال الكروموسومي (14و18) كل على انفراد وباستخدام سيطرة موجبة للفحص والذي تم تصنيعه بالمختبر باستخدام تقنية التضخيم المتداخل والتضخيم متعدد الارسال. وقد تم ضبط ظروف التضخيم وحسب البوادئ المستخدمة وفحص الناتج بواسطة الترحيل الكهربائي لتحديد العينات الموجبة للتناقل ثم تحديد موقع التناقل بواسطة طريقة التتابع المباشر ومقارنتها مع التتابع المباشر للسيطرة الموجبة. كما تم استخدام الدنا المستخلص سابقا لتحديد وجود جين BNRF1 الخاص بفايرس EBVبواسطة استخدام تقنية التضخيم العددي ((qRT - PCR واستخدام تتابع نيوكليوتيدي (بادئ) ومجس خاص . بالاضافة الى استخدام تقنية التهجين الموضعي لتحديد التشوهات الكرموسومية في بعض من عينات الخزع النسيجية المثبتة على سلايدات التهجين الخاصة بذلك .وقد اظهرت الدراسة النتائج التالية : هناك فروق معنوية عالية (p<0.01) بين العوامل المتغيرة في التجربة كما اوضحت النتائج ان نسبة انتشار المرض كان بالاعمار البالغين بين (60 - 70) سنة بنسبة (25.33%) وبالنسبة للجنس فقد حقق جنس الذكور نسبة حدوث اكثر من الاناث وبنسبة (58.67%) اما بالنسبة الى نوع المرض فقد سجل نوع Mixed cellularity اعلى نسبة حدوث بالنسبة للانواع الاخرى من المرض (53.33%)اما بالنسبة الى موقع العقد اللمفاوية المصابة بالورم فكانت اكثر الاماكن اصابة وحدوث الورم هي العقد اللمفاوية العنقية (53.33%) . واظهرت نتائج الدراسة ان نسبة انتشار الانحراف الكروموسومي للجين الورمي في المرضى المصابين بورم الهوجكن ظهر في 26(35%) عينة موجبة وكان 5(19.2%) منهم بمنطقة الانكسار MBR1 و4(15.38%)في منطقة الانكسار MBR2 و3(11.5%) في منطقة 3MBR1 و2(8%) في منطقة 3MBR2 و7(27%) في منطقة 3MBR4 ولم تظهر اي نتيجة موجبة في المنطقة 3MBR3 اما بالنسبة الى مناطق الانكسار الثانوية فقد سجلت 4(15.38) في منطقة الانكسارMCR1 و1(4%) في منطقة MCR2 و2(8%) في منطقة الانكسار 5MCR ولم تسجل اي نتيجة موجبة بالنسبة للعينات الاورام الحميدة المستخدمة للسيطرة . وبهذا فقد بينت النتائج ان نسبة انتشار الانحراف كانت في مناطق الانكسار الرئيسية اكثر من مناطق الانكسار الثانوية. وبالنسبة الى العمر فان نسبة الانتشار كانت باعمار البالغين والاكثر عند الذكور وبفروق معنوية عالية ايضا. بعد تحليل النتائج بواسطة طريقة التتابع المباشرة ومقارنتها بنتائج الموقع العالمي للمعلومات الجينية (NCBI) ومقارنتها كذلك مع تتابع السيطرة الموجبة . تم تقديم العينات ذات الحجم المساوي الى bp200 او اكثر الى بنك الجينات في المواقع العالمية لتسجيل التتابعات الجينية حيث تم تسجيلها في الموقع الامريكي ال(Gene Bank) وتم تسيجلها في الموقع الاوربي (EMBL) كذلك تم التمكن من تسجيلها في الموقع الياباني لبنك الجينات (DDBJ) وتم الموافقة ونشرت تحت عنوان : (Homo sapiens DNA, IGH/BCL2 transition region, isolate : hodgkins - bcl2 - t (14 - 18) mbr - p.)واعطيت ارقام تعليم خاصة بها في بنك الجينات تبدا من (LC041134 - LC041142) واعتبرت كمصدر عن معلومات العراقيين الجينية والتي تعتبر قليلة ضمن بنك الجينات العالمي. كما اظهرت النتائج وجود 40(53.33%) حالة موجبة وبفروق معنوية عالية لجين الابشتاين بار فايروس لمرضى الاورام اللمفية الهوجكن مقارنة بالاورام الحميدة التي لم تظهر اي نتيجة موجبة . اضافة الى ذلك اظهرت النتائج ان اكثر المرضى المصابين بالفايروس كانوا من جنس الذكور ومن نوع Mixed cellularity HL . في مايتعلق باختبار التهجين الموضعي فقد اظهرت النتائج وجود عينة واحدة موجبة للفحص من اصل 6 عينات. نستنتج من هذه الدراسة ان تحديد الانتقال الكروموسومي (14;18) في مرضى الاورام اللمفية الهوجكن يمكن تحديدها باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وباستخدام عدة بوادئ لكل مناطق الانكسار الرئيسية والثانوية .اضافة الى استنتاج دقة اختبار التضخيم الكمي في تقيم وتحديد الفايرس ومن الممكن اعتبارها كوسيلة لتشخيص الاورام اللمفية واي نوع من السرطان ذات العلاقة بالفايرس والذي يعتبر كمؤشر للورم.اما بالنسبة لتقنية التهجين الموضعي فقد تبين انها ادق من تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وذلك بسبب كبر حجم المجس الضوئي المستخدم للفحص . | The study was design to investigate and to determine the frequency of chromosomal translocation involve the bcl2 and JH genes t (14, 18) (q32; q21) in some of Hodgkin’s lymphoma Iraqi patients. The study also aimed to detect the BNRF1 gene of EBV in patients and using FISH technique for other chromosomal aberrations in the same patients. The study include 75 Iraqi patients with Hodgkin’s lymphoma (25 samples as blood and 50 samples as formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue blocks) and 10 samples as reactive hyperplasia blocks for control. The blood samples were collected from hematology unit in Baghdad hospital in medical city but paraffin blocks tissue were collected from histopathological laboratories in different hospitals during the period from September 2013 till March 2014. The detection of t (14; 18) translocation involved the hot spots regions of the bcl2 gene which included the major breakpoints region (MBR located in the 3ʹ untranslated region of bcl2 exon 3) and the minor cluster region (MCR located in the 3ʹ region of bcl2 exon 3). To detect the involvement of these regions in the t (14; 18), nine forward primers were used for bcl2 regions and one reverse primer for JH gene as well as to positive controls for each breakpoints which were prepared by synthesized artificial chromosomal translocation in laboratory by using splicing technique and construct fragments of genes and considered the first work in this field not just in Iraq or middle east but in all world. The DNA for all samples was submitted for PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification which performed using three set of primers (multiple primers) defined multiplex PCR to detect MBR, 3ʹMBR and MCR regions on bcl2 gene on 18 chromosome, the three set primers which designed by using NCBI programs (Primer plus 3 program) as forward primer [forward MBR (MBR1,MBR2), 3MBR( 3MBR1, 3MBR2, 3MBR3, 3MBR4), MCR (MCR1, MCR2, 5MCR) and reverse primers (reverse JH used ) in which case each of primer sets forward were used to evaluate the transposition of t (14;18) separately for the same samples with positive control for each breakpoint that was synthesized in lab by nested and multiple primers defined multiplex PCR. The PCR conditions were optimized according to suitable sets of primers used for reproducing the replacement. By gel electrophoresis for the products to identify the fragments with juxtaposed bcl2 and IGH JH enhancer positive and subjected for genotype analysis [these artificial breakpoints (positive control) and each positive samples for t(14, 18) assay] by using Sanger method with Agencourt® CleanSEQ® dye - terminator Removal Kit for direct sequence analysis. The DNA which was extracted before was also used to detect the existence of BNRF1 gene specific for EBV loaded in patients samples by using real time quantitation PCR (qRT - PCR) with specific primer and probe. In addition to use FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) technique to detect abnormal chromosome in tissue samples with the PathVysion Kit applied on tissue section fixed on positive charge slides (thermo fisher scientific). The unstained 3 µm sections of six samples were tested for t (14; 18) using a dual color - dual fusion translocation probes set (Vysis LSI IgH/ BCL2; Abbott Molecular). A total of 200 interphase nuclei were enumerated and scored for the presence of two fusion signals per nuclei. The results in this study showed high significant (P<0.01) between parameters. The results reported that the age of HL patients in the current study ranged between 10 - 80 years and more incidences in old adult with the age range (60 - 70) years (25.33%). There were males predominance among HL patients 44(58.67%) than females 31(41.33%) with high significant (P<0.01). The highest subtype HL number was recorded in mixed cellularity (MC) (53.33%). The cervical lymph node was recorded the highest infected site and included tumor 53.33% than other sites of lymph node and according to stage of disease , most cases in the current study were stage II (72%). Regard to the t (14;18) chromosomal translocation the results noticed a total of 26(35%) positive cases showed IGH/BCL2 gene rearrangement with high significant compared with control. 5 (19.2%) for major breakpoint MBR1, 4(15.38%) for MBR2 and (3(11.5%);2(8%);7(27%)) for 3ʹMBR1, 3ʹMBR2 and 3ʹMBR4 respectively but no cases positive for 3ʹMBR3 while (MCR1, MCR2, 5ʹMCR) were recorded in (4(15.38%); 1(4%); 2(8%)) respectively. And (0%) in reactive hyperplasia for control. The results indicate higher frequency of breakpoints in the MBR regions than MCR cluster region, and the incidence of t (14; 18) translocation was increased in adult’s age depending on age while depending on gander the incidence among males was high. After the sequence analysis for all breakpoints sequence and compared with NCBI by (http : //blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) and compared with construct fragment sequence (positive control). The breakpoints sequence that its product size equal 200 bp or more that were submitted to the NCBI (National Center for Biotechnology Information) site for registration in the Gene Bank database, (DNA Data Bank of Japan) (DDBJ) and in the EMBL (European Molecular Biology Laboratory) and accepted in these three international sites for bioinformatics, thus published under title (Homo sapiens DNA, IGH/BCL2 transition region, isolate : hodgkins - bcl2 - t(14 - 18) mbr - p.) with special ID number (Accession number) specific for these breakpoints sequence which is begin from (LC041134 to LC041142) in gene bank database and considered as a document reference about Iraq people data which is little in gene bank database. The EBV DNA genome encoding the non - glycosylated membrane protein (BNRF1) was detected in 40(53.33%) positive cases of 75 Hodgkin’s lymphoma samples and no cases positive for EBV in reactive hyperplasia with high significant . The majority of positive patients were males 33(82.5%) than females. In addition to the EBV was more frequently detected in mixed cellularity subtype of HL 27(67.5%). According to the FISH assay, the results showed that just one sample from six was positive for t (14; 18) translocation and this case was recorded negative results in PCR assay. In conclusion, the detection of t (14; 18) in HL patients can be achieved by PCR technique by including multiple primers for all three breakpoint regions which are MBR, 3ʹMBR, MCR and performing multiplex amplification. And the positive fragments can also be used as an indicator of minimal residual disease following treatment. The qPCR assay allows precise quantification of EBV load and can be used as a tool for diagnosis and management of EBV related lymphoma patients and for any cancers that EBV DNA may be considered as tumor biomarker. The FISH technique considered more sensitive than PCR for detection t (14, 18) because of large size of FISH probes which used in technology, the IGH probe labeled in green is about 1.5 Mb and includes nearly the entire IgH locus and 300 kb beyond the 3ʹ end and the locus - specific bcl2 probe labeled in orange about 750 kb to include the entire bcl2 gene sequence and additional sequence extending about 250 kb distal and proximal to the ge

دراسة تصنيفية مقارنة لمراتب من العائلة السوسنية Iridaceae النامية بريا في العراق == Comparative Systematic Study For The some Taxa of the Family Iridaceae wild growing in Iraq

Author name: اريج عبد الستار فرمان الراوي
Supervisor name: مازن نواف عبود العاني
General topic: Biology
Specific topic: Plant - Classification
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad - Ibn Al-Haytham College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The current study covered 14 taxa of the family Ireidaceae wiled growth in Iraq ,as it has a comparative systematic study of all morphological characters , pollengrains , anatomy , molecular , environmental and geographical distribution in detail , as well as the taxonomical treatment have been down for all taxa with keys for all taxa was done.Survey for must districts of Iraq was done to determined the distribution of taxa , therefor many collection were obtained , new location of taxa distribution were fixed and all the specimens collected including those from herbaria were identified.The comparative study of all the morphological characters of plant parts were recorded down in tables , as well as photo for deferent purposes. Priority taxonomic important were notice to subterranean stems (bulb , rhizome and corm) such as dimension , shape and outer cover of the bulbs and corms especially in genus Iris and Gladiolus.Stems showed very important in isolation and diagnosis , however varied among them , some have normal stems (Gynandriris , Gladiolus and some Iris species) , others have flowering stems (scape) in genus Crocus and some of Iris species.Leaves showed large variation among taxa in shape , dimensions and having sheath , as well as some taxa having stem leaves (Gladiolus and some species of Iris) , others have basal leaves (Gynandriris , Crocus and some Iris species). The variation in bracts and bracteoles in type , dimension and shape were used to identify taxa especially for species belonging to the genus Iris , Gladiolus and Gynandriris .The inflorecences variation were used for isolation and diagnoses especially to Iris species , as well as the variation in floral parts for all taxa, also used for diagnosis such as color , shape and accessory parts showed very important value for taxonomic purpose specially in Iris . Also fruits variations such as dimension , shape and having beak or not showed a great value in identification to Iris sp. , but seed variation have a good taxonomic value which used to identify taxa. The study of Light microscope ( L.M.) and Scanninig electron microscope (S.E.M.) to pollen grains specially in type was shown grate value of taxonomic mattresses , inaperturate pollen grains in some Iris species and monosulcate in taxa of Gladiolus , Gynandriris , Crocus and some species of Iris , as well as the differences in pollen shape , dimensions , sculpturing and germination apertures . The anatomical study for the vertical section of leaves and cross section of stems showed many differentiations of the shapes and tissues among taxa. All taxa shown Anomocytic type of stomatal complex.Molecular study results using Random amplified polymorphic DNA( RAPDPCR) technique appeared great importance among taxa . It was revealed the genetic relationships among 12 taxa belong to genus Iris and Gladiolus , separation of these taxa depending on the presence or absence of bands , and the number of these bands in the gel after electrophoreses , so this is evidence of a genetic diversity or polymorphism among the taxa , as well as obtaining a number of unique bands that give genetic DNA fingerprint for the definition of each taxon . The taxa of the family Iridaceae distributed to their growth sites after collection from the Iraqi distracts , as well as the environmental study to the sites of the plant growth , also the taxa will be distributed on the maps to their geographical distracts , so recorded many of new spreading areas . As a result of this study two species Iris madonna Dykes. and Gladiolus anatolicus Boiss. were identified as new record for Iraq and added to flora of Iraq.

الجوانب المناعية والفسلجية خلال صيام رمضان == IMMUNOLOGICAL and PHYSIOLOGICAL ASPECTS DURING RAMADAN FASTING

Author name: احمد فرحان شلال
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري | كاظم عبد الامير محسن
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Immunology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تهدف الدراسة الحالية لتقييم تاثير صيام شهر رمضان على بعض المعاير المناعية والفسلجية,اذ شملت الفحوصات المناعية قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية Immunoglobulin G , Immunoglobulin A Immunoglobulin M, (IgM,IgG,IgA) والحركيات الخلويةTumor Necrosis factor - alpha (TNF - α), Interferon - Gamma(IFN - γ) , Interleukin - 4(IL - 4), Interleukin - 17A (IL - 17A), Transforming growth factor - β (TGF - β) في مصل الدم. اما الفحوصات الفسلجية فقد شملت قياس مستوى بعض الهرمونات الجنسية Luteinizing hormone ,Follicle - stimulating hormone(FSH) (LH) , Testosteroneوانزيمات الكبد ,Aspartate Transaminase (AST) Alanine(ALT) ,Transaminase , Alkaline phosphatase (ALP) بالاضافة الى تاثير الصيام على ضغط الدم ووزن الجسم Body weight and Blood pressure.اجريت الاختبارات على اربعين شخصا حيث كان جميعهم ذكور, غيرمتزوجين,غير مدخنين,اصحاء ظاهريا واعمارهم مابين ((30 - 20 سنة.استخدم فحص Single Radial Immuno Diffusion (SRID)) ) لقياس مستويات الكلوبيولينات المناعية قبل الصيام كمجموعة ضابطة وبعد (14) و(28) يوم من الصيام . استخدمت تقنية (ELISA) لقياس مستوى الحركيات الخلوية قبل وخلال الصيام فيما تم قياس تراكيز الهرمونات باستخدام جهاز (TOSOH) بالاضافة الى قياس فعالية الانزيمات وضغط الدم ووزن الجسم . اظهرت نتائج الدراسة بان هناك انخفاضا معنويا في مستوى IgA)) عند مستوى احتمالية(P<0.05) حيث كان متوسط مستوياته قبل الصيام ( (189.693mg/dlوانخفض الى (107.260mg/dl) ثم الى (67.668mg/dl) خلال (14 ) و(28) يوم من الصيام على التوالي. لوحظ انخفاضا غير معنوي في تركيز (IgG). حيث كانت نتائج (14) و(28) يوما (1792. 15 mg/dl) ، (1501.08mg/dl) على التوالي مقارنة مع القيمة قبل الصيام (1878.63mg/dl). واظهرت الدراسة انه ليس للصيام تاثيرا على تركيز (IgM) حيث كانت قيمة متوسطة خلال (14) يوم 258.150mg/dl)) وفي (28) يوم من الصيام كانت (263.425mg/dl) بالمقارنة مع القيمة قبل الصيام (255.705mg/dl). بينت نتائج الدراسة بان الصيام يؤدي الى تغيير في المؤشرات الالتهابية(TNF - α, IFN - γ, IL - 4, IL - 17A, TGF - β) , ففي الوقت الذي كان متوسط تركيز (TNF - α) قبل الصيام (12.288pg/dl)انخفض معنويا(P<0.05) للفترة (14) و(28) يوم من الصيام الى (9.978pg/dl) ، (7.698pg/dl) على التوالي . بينت الدراسة كذلك حدوث انخفاضا معنويا(P<0.05) في تركيز (IFN - γ) بعد (14) يوم (38.880pg/dl) وبعد (28) يوم الى (28.668pg/dl) بعد ان كان قبل الصيام (48.223pg/dl). واوضحت الدراسة بان الصيام كان له تاثير في حصول زيادة معنوية(P<0.05) في تركيز (IL - 4) حيث كانت قيمة متوسطة الفترة (14) يوم من الصيام (18.808 pg/dl) اما بعد (28) فكانت ( 24.100 pg/dl) مقارنة بالقيمة قبل الصيام التي كانت (13.323 pg/dl) . ومن نتائج الدراسة ايضا العلاقة بين الصيام والانخفاض في تركيز ( IL - 17A ) ولكن هذا الانخفاض لم يكن معنويا حيث كانت متوسط تركيزة قبل الصيام (37.52 pg/dl) فيما كانت قيم متوسطات للفترة (14) و(28) يوم من الصيام (31.69 pg/dl ) ، (28.99 pg/dl ) على التوالي . فيما اظهرت النتائج حدوث زيادة معنوية(P<0.05) في تركيز (TGF - β ) حيث بلغت قيم المتوسطات للفترة (14) و(28) يوما من الصيام (pg/dl 54.70 ) ، (pg/dl 62.15) على التوالي مقارنة مع القيمة قبل الصيام حيث كانت (48.80 pg/dl). اما بشان الهرمونات الجنسية فقد بينت النتائج حدوث زيادة غير معنوية في تركيز (FSH) حيث كانت قبل الصيام (mIU/mL 9.810) وبعد (14) ، (28) يوما من الصيام (mIU/mL 10.715) ، (mIU/mL 12.028) على التوالي . فيما اظهرت انخفاضا في تركيز (LH) ولكن لم يكن معنويا, ففي الوقت الذي كان متوسط مستواه قبل الصيام (mIU/mL 6.628) انخفضت في الايام (14)، (28) الى (mIU/mL 5.988) ، (mIU/mL 5.393) على التوالي . كما اظهرت حدوث انخفاضا غير معنوي في تركيز(Testosterone) ، اذ كانت قيمته قبل الصيام (ng/dl 430.85)اما وخلال الايام (14) و(28)فكانت (398.59 ng/dl) ، (ng/dl 381.30) على التوالي . كان للصيام تاثيرا في مستويات انزيمات الكبد فبالنسبة للانزيم (AST) كانت قيمة قبل الصيام (U/L 11.545) مقارنة مع قيم المتوسطات في الفترة (14) ، (28) حيث كانت القيم (10.020 U/L ) ، (U/L 8.963) على التوالي ، وعند مقارنة قيم المتوسطات فكانت معنوية(P<0.05) ما بين فترة قبل الصيام وخلال الصيام. كما امتد تاثير الصيام على انزيم (ALT) فقد انخفضت مستوياته كذلك ولم يكن معنويا اذ بلغت قيم المتوسطات قبل وخلال (14) و(28) حيث كانت القيم (U/L 12.448) ، (U/L 11.353) ، (10.798 U/L) على التوالي . وكذلك لوحظ انخفاضا طفيفا غير معنوي في نشاط انزيم (ALP) فكانت على التوالي وللفترات قبل الصيام بعد 14،28 يوما هي(U/L 52.86) (U/L 50.72) ، (U/L 48.18). واظهرت نتائج الدراسة حدوث انخفاضا معنويا(P<0.05) في ضغط الدم الشرياني الانقباضي والانبساطي Systolic and Diastolic pressure اذ كانت قيمة متوسط ضغط الدم الانقباضي خلال (14) و(28) (mmHg 11.550) ، (mmHg 10.800) على التوالي بعد ان كان قبل الصيام (mmHg 12.375). اما بالنسبة للضغط الانبساطي Diastolic Pressure كانت النتيجة حدوث انخفاضا معنويا (P<0.05)حيث كانت قيم المتوسطات للفترة قبل الصيام و(14) و(28) (8.150 mmHg) ، (mmHg 7.375) ،( mmHg 7.075) على التوالي. اظهرت الدراسة كذلك حصول انخفاضا غير معنويا في وزن الجسم حيث كانت قيم المتوسطات (S.E Kg± M 67.575) ، (Kg S.E ±65.808 M ) ، (64.300 M ±S.E Kg) للفترات (قبل الصيام وبعد 14 و28 يوما ) على التوالي. | The objective of the present study is to assess the effect of Ramadan fasting on some immunological and physiological parameters. Immunological studies included measurement of immunoglobulins (Igs) : Immunoglobulin A , Immunoglobulin G and Immunoglobulin M (IgA,IgG,IgM),cytokines : Tumor Necrosis factor - alpha , Interferon - gamma , Interleukin - 4 , Interleukin - 17A and Transforming growth factor - beta (TNF - α, IFN - γ, IL - 4, IL - 17A, TGF - β). Physiological studies involved serum levels of some sex hormones : Follicle - stimulating hormone, Luteinizing hormone and Testosterone (FSH, LH), Liver enzymes : Aspartate Transaminase, Alanine Transaminase and Alkaline phosphatase (AST, ALT, ALP) in addition to the body weight and arterial Blood pressure. These tests were done on sample of forty apparently healthy males who were single; non - smoker and their age range were 20 - 30 years. Single Radial Immuno Diffusion (SRID) was used to measure immunoglobulin levels before fasting (as a control group) and after (14, 28) days of fasting. Enzyme - linked Immune Sorbent Assay (ELISA) technique was used to measure cytokines levels before and during fasting while concentration of hormones were measured by using (TOSOH) system, in addition to measuring activity of enzymes, body weight and arterial blood pressure. The results showed that, there was a significant decrease (P<0.05) in the serum IgA level. The mean value of pre - fasting was 189.693 mg/dl and decreased to 107.2 mg/dl, and then to 67.6 mg/dl during 14, 28 days of fasting respectively. In addition a decrease in IgG level during fasting but statistically was not significant. The results for 14 and 28 days were 1792.1 mg/dl, 1501.0 mg/dl respectively in comparison to its value at the pre - fasting days of Ramadan which was 1878.6 mg/dl. The study showed that, IgM level was not affected by fasting. The mean value during the 14th day of fasting was 258.1 mg/dl and in the 28th day was 263.4 mg/dl in comparison to its value at the pre - fasting 255.7 mg/dl.The study demonstrated that fasting lead to change in inflammatory markers(TNF - α, IFN - γ, IL - 4, IL - 17A, TGF - β). Mean concentration of TNF - α for pre - fasting days was 12.288 pg/dl and decrease statistically (P<0.05) during period of the 14th and 28th days of fasting to 9.978 pg/dl, 7.698 pg/dl respectively. The study proved as well a significant decrease (P<0.05) in concentration of IFN - γ after 14 days of fasting to 38.880 pg/dl and after 28 days to 28.668 pg/dl after it was at the pre - fasting 48.223pg/dl. The study showed that fasting causes a significantly an increase (P<0.05) in concentration of IL - 4. The mean value of the 14th day was 18.808 pg/dl and after 28 days it was 24.100 pg/dl in comparison to its value at the pre - fasting days which was 13.323 pg/dl. From the results of this study also, the fasting caused decrease in concentration of IL - 17A, but the decreasing was not significant. The mean concentration of IL - 17A for pre - fasting days was 37.52 pg/dl and mean values of the 14 and 28 days of fasting were 31.69 pg/dl, 28.99 pg/dl, respectively. The results showed that fasting caused a significant increase (P<0.05) in concentration of TGF - β. The means values for 14 and 28 days of fasting were 54.70 pg/dl and 62.15 pg/dl respectively in comparison to its value at the pre - fasting days of Ramadan which was 48.80 g/dl. A non - significant increase in the serum level of FSH also recorded. The mean value of pre - fasting was 9.810 mIU/mL, and after 14, 28 days of fasting were 10.715 mIU/mL and 12.028 mIU/mL respectively. The study showed a decrease in LH concentration but it does not reach to be significant. Mean level of pre - fasting days was 6.628 mIU/mL and decreased in 14 and 28 days of fasting to 5.988mIU/mL and 5.393mIU/mL respectively. The study showed as well a decrease in concentration of Testosterone even it was not significant. Its value of pre - fasting day was 430.85 ng/dl and during the 14th and 28th days were 398.59ng/dl and 381.30ng/dl respectively. Fasting also affects the levels of liver enzymes. The mean value of AST for pre - fasting days was 11.545U/L compared with the means values after 14 and 28 days of fasting which were 10.020 U/L and 8.963U/L, respectively. These values were significantly (P<0.05) differ between pre - fasting and the two fasting periods. ALT enzyme also underwent some changes under the effect of fasting. ALT decreased in its levels but not significantly.The means values of pre - fasting, (14), (28) days of fasting were 12.448U/L, 11.353U/L and 10.798 U/L, respectively. Also a slight decreasing in enzyme activity of (ALP) had been noticed. The mean values of (ALP) for the pre - fasting, 14th, 28th days of fasting were 52.86U/L, 50.72U/L and 48.18 U/L, respectively. The study showed a significant decrease (P<0.05) in systolic and diastolic pressure. The means value of systolic pressure after 14 and 28 days of fasting were 11.550 mmHg and 10.800 mmHg respectively after it was at the pre - fasting 12.375 mmHg. The means values of diastolic blood pressure for the pre - fasting, 14 and 28 days of fasting were 8.150 mmHg, 7.375mmHg and 7.075 mmHg respectively. The study showed as well a decrease in body weight but non - significant. The means values of body weights were 67.575 M ±S.E /Kg, 65.808 M ±S.E /Kg and 64.300M ±S.E /Kg for periods (pre - fasting, 14 and 28 days), respectively

دراسة بكتريولوجية وجزيئية للجين norA في بكتريا Staphylococcus species المقاومة للمثيسيلين == Bacteriological and molecular study of norA gene in Methicillin Resistant Staphylococcus species bacteria

Author name: احلام خليفة عبد الله التميمي
Supervisor name: محمد فرج شذر المرجاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred clinical isolates of methecillin resistant Staphylococcus spp. were collected from different sources including : (80,10,5,3,2) isolates from wounds, blood, urine, pus, otitis media respectively from different hospitals in Baghdad during the period from 1/9/2013to 1/1/2014. All isolates were identified through morphological, cultural and some biochemical testes. Coagulase test was performed done by using both tube and slide method The results showed that 75% of isolated were positive for this test which refer to Staphylococcus aureus, and 25% were Coagulase negative Staphylococci (CoNS) .The antibiotic susceptibility test against 10 antimicrobials were determined by the agar diffusion method ; Results showed that all isolates were resistant to ceftriaxone, cloxacillin and aztreonam. The most effective antibiotic aganist isolates were ciprofloxacin and norfloxacin. The Minimum inhibitory concentrations (MICs) for ciprofloxacin and norfloxacin were determined by agar dilution method .The MIC isolates ranged from 4 to 1024 μg/ml for both antibiotics. On the other hand the minimum inhibitory concentrations (MICs) were determined for quartenary ammonium compounds and chloroxylenole . Results revealed that MIC for chloroxylenole were 50 - 500μg/ml and 500μg/ml for quartenary ammonium compounds.Thirty Four of methicillin resistant isolates were choosen for detect efflux pumps by using Ethidium Bromide - Agar Cartweel Methode (EtBrCW), which include ethidium bromide dye as marker to detect efflux pumps, the result showed that 18 isolates(52.9%) give positive result, 3 isolates (8.82%) were intermediate, wherase remaining isolates 13 isolates(38.29%) were give negative result.Polymerase Chain Reaction (PCR) technique was performed done using specific primer targeting the specific sequences of the norA gene, The results showed that norA found in 16 isolates (47%). Nucleotide sequence for norA gene in 9 isolates were determined ,results revealed consistency reaching up to 90 % as compared nitrogen bases sequence of the norA gene present in the Staphylococcus aureus strain in NCBI Detection of gene expression was performed done by using q RT - PCR technique after RNA extraction and cDNA syenthesis , the result showed that gene expression were various among isolates , and the gene expression increase with increasing MIC of ciprofloxacin and norfloxacin.The effect of biosurfactant as efflux inhibitors was tested by detection of MIC for ciprofloxacin alone and mixed with biosurfactant , the result showed ability of biosurfactant in decreasing the MIC to two or four - fold in the presence of inhibitor this refer to biosurfactant effective material against NorA efflux pump.

تثبيـط نمو وتكوين الغشاء الحيوي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa بالبروتينات المنتجة من خـمـيرة cerevisiae Saccharomyces == Inhibition of Pseudomonas aeruginosa Biofilm formation and Growth by inhibitory Proteins Produced by Saccharomyces cerevisiae

Author name: احسان علي رحيم السوداني
Supervisor name: نبراس نزار محمود
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 207عينة سريرية من بعض مستشفيات بغداد ولفئات عمرية مختلفة ولكلا الجنسين للفترة من 15/10/2013 - 15/1/2014 وعزلتﹸ وشخصتﹸ 68 عزلة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa ومن مصادر مختلفة شملت (28) عينة من الحروق و(21) من اخماج الجروح و(6) اخماج المسالك البولية و(6) من اخماج الاذن الوسطى و(4) من التهاب البلعوم و(3) من القشع. شخصتﹸ العزلات البكتيرية اعتمادا على صفات المستعمرات المظهرية والمجهرية عند تنميتها في الاوساط الزرعية التفريقية والاختيارية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية ولتاكيد نتائج الفحوصات الكيموحيوية استعمل نظام Vitek2 compact كخطوة تكميلية . استعملت في هذه الدراسة طريقتين للتحري عن تكوين الغشاء الحيوي وهي طريقة Congo Red Agar Method(CRA) وطريقة اطباق المعايرة الدقيقة Microtitration plates method (MTP).اظهرت النتائج ان طريقة (MTP) كانت الاكثر دقة في التحري عن تكوين الغشاء الحيوي , اذ لوحظ ان (28)عزلة من اصل (68) عزلة كانت مكونة للغشاء الحيوي , في حين كانت (40) عزلة غير مكونة للغشاء الحيوي قياسا بطريقة (CRA) التي كانت عدد العزلات المكونة للغشاء الحيوي فيها (16) عزلة و(52 ) عزلة غير مكونة للغشاء الحيوي .اخضعت العزلات المكونة للغشاء الحيوي لفحص الحساسية تجاه (17) مضادا حيويا بطريقة الاقراص , وقد تبين ان عزلات الدراسة تحمل صفة المقاومة المتعددة للمضادات (Multi drug resistance) اذ اظهرت جميع العزلات السريرية لبكتريا P.aeruginosa مقاومة بنسبة 100% للمضادات Piperacillin , Amoxicillin/Clavulanic acid , Ticarcillin/Clavulanic acid, Ceftazidime, Ceftriaxone , Aztreonam, Cefoxitin , Çefodizime, Trimethoprim/Sulphamethoxazole , Nalidixic Acid , Rifampicin , ثـم تـدرجت مــقاومة البكــتريا لـبقية المــضادات ,فــي حيـــن كانـــت حساسة لمضاد Imipenem بنسبة 100%. قدر التركيز المثبط الادنى (MIC) لعزلات بكتريا P. aeruginosa باستعمال نظام compact Vitek2 وحددت النتائج بوصف البكتريا مقاومة R او حساسة S.استعملت خمائر الخبز الجافة المستوردة من مناشئ مختلفة والمتوفرة في الاسواق المحلية من اجل الحصول على عزلات لخميرة Saccharomyces cerevisiae التي شملت كل من العزلة AY من خميرة Angel الصينية المنشا والعزلة MY من خميرة Magestic الصينية المنشا والعزلة PY من خميرة Packmaya التركية المنشا والعزلة LY من خميرة Altunsa التركية المنشا، وتم التاكد من جنس الخميرة ونوعها باعتماد المفاتيح التشخيصية التي تشمل كل من الصفات المظهرية والزرعية والفحوصات الكيموحيوية.اجريت غربلة لرواشح عزلات الخميرة من اجل انتخاب العزلة الاكفا في انتاج المواد البروتينية المثبطة باستعمال طريقة الانتشار في الحـفر لمعــرفة تاثير هــذه المواد تجاه بكتريا P. aeruginosa المنتــجة للــغشاء الحــيوي قيد الدراسة , لم تظهر الرواشح الخام (غير المركزة) لعزلات خميرة S. cerevisiae اي تاثير تثبيطي ضد العزلات البكتيرية , في حين ادى تركيز راشح خميرة AY S. cerevisiae لمرة واحدة ولمرتين الى اظهار فعاليتها التثبيطية تجاه عزلات بكتريا P. aeruginosa المنــتــجة للغشاء الحيوي وبمعدل اقطار تثبيط بلغ (15.5, 20.4) ملم عـلـى الـتـوالـي . فـي حـين بــلــغ مــعــدل اقـــطارمــنطـــقــة الــتثــبيط لراشح خميرة PY S. cerevisiaeالمركز لمرة واحدة ولمرتين (13.8, 18.2) ملم على التوالي.اظهرالراشح المركز لعزلة AY S.cerevisiae المنماة في وسط Yeast Extract Glucose Peptone Broth (YEGPB) تاثيرا تثبيطيا واضحا تجاه العزلات قياسا براشح العزلة المنماة في وسط (PDB) Potato dextrose broth . عـدت مدة الحضن (24) ساعة افضل مدة زمنية تحتاجها الخميرة لتحفيز انتاج المواد المثبطة.شـملت خــطوة تنــقية البروتينات المثبطة استعمال كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع تراوحـت بــين 30 الــى 70% لتــرســيب الــبروتينات الــموجــودة فـــي وسط النمو للعزلة AY S. cerevisiae , وكان للبروتين المثبط المنقى جزئيا فعلا مضادا لنمو البكتريا . اذ بلغ التركيز المثبط الادنى للبروتين المثبط المنقى جزئيا (64) ملغرام/ملليلتر, ما عدا عزلة واحدة بلغت قيمة (MIC) لها (32) ملغرام/ملليلتر. وتباينت فعالية البروتين المثبط والمنقى جزئيا المضادة لتكوين الغشاء الحيوي على عزلات بكتريا P. aeruginosa , كانت العزلة الاكثر تحسسا للبروتين المنقى جزئيا العزلة Ps33 والاقل تحسسا لها Ps68.

دراسة لمؤشرات مناعية وحيوية في مرضى تصلب الاعصاب المنتشر == Study of Certain Immuno and Biomarkers in Multiple Sclerosis Patients

Author name: سماح خليل يحيى
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تصلب الاعصاب المنتشر مرض التهابي مزمن مجهول السبب، يتصف بفقدان الميالين (النخاعين) مع الميل الى اصابة محور الليف العصبي، ويصيب الاشخاص في الاعمار المتوسطة من حياتهم مع ارجحية اصابة النساء اكثر من الرجال.جاءت هذه الدراسة بصورة رئيسية لبحث العلاقة بين تصلب الاعصاب المتعدد وتركيز كل من البين الابيضاضي - 2 و- 10 وعامل التنخر الورمي - الفا وكذلك المؤشرات الحيوية كمستوى الدهون في الدم (الكولسترول, لشحوم الثلاثية والشحوم عالية الكثافة) , حمض اليوريك وظائف الغدة الدرقية (ثالث يود الثيرونين , الثايروكسين وهرمون تنشيط الغدة الدرقية). الى جانب ذللك , قياس العد الكلي والتفريقي لكريات الدم البيض. كما تناولت العلاقة بين تركيز هذة الحركيات الخلوية والمؤشرات الحيوية وعلاقتها بالجنس ومراحل تقدم المرض.اجريت هذه الدراسة على 60 مريض عراقي شخصوا بتصلب الاعصاب المتعدد وفق لمعايرMcDonald criteria وتم تصنيف المرضى المختارين الى مجموعتين : 1. المجموعة الاولى : تضمنت 30 مريض (15 ذكور و15اناث) تتراوحت اعمرهم من (56 - 18) سنة وهم في المرحلة الاولى من التشخيص (اي حدث لهم انتكاسة) ولم ياخذوا اي علاج.2. المجموعة الثانية : تضمنت 30 مريض (15 ذكور و15 اناث) تراوحت اعمرهم من (53 - 18) سنة وهم مشخصين مندو فتره ومعالجين بانترفيرون بيتا مع مثل ابردزولون الى3 ايام او 5 ايام.الى جانب ذلك‚ مجاميع سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 20 فردا (10 اناث و10 ذكور) تراوحت اعمارهم من (50 - 20) اصحاء ظاهريا والذين راجعوا الى (مستشفى بغداد التعليمي في مدينة الطب / عيادة للكشف المبكر عن تصلب الاعصاب المتعدد) في بغداد خلال الفترة من تشرين الثاني/ 2013 الى نهاية نيسان/ 2014 للتشخيص والعلاج. تم سحب عينة (8 - 6) ملليتر من الدم الوريدي من 80 من الحالات المتضمنة في الدراسة (المرضى والسيطرة) لغرض استخدامها في الدراسة المناعية والتي تشمل قياس الحركيات الخلوية المذكورة بواسطة استعمال تقنية الامتزاز المناعي مرتبط بالانزيم ELISA)) والمؤشرات الحيوية باستخدام جهاز ابت لقياس (مستوى الدهون في الدم وحمض اليوريك) ويستخدم جهاز توسوا لقياس (وظائف الغدة الدرقية). فضلا عن حساب العد الكلي والتفريقي لكريات الدم البيض باستخدام جهاز روبي. توصلت الدراسة للنتائج الاتية : 1. اظهرت النتائج ان متوسط العمر في مرضى تصلب الاعصاب هو (34.43) سنة وان الفئة العمرية (39 - 30) سنة هي اكثر عرضة للاصابة.2. اظهر معدل المستوى المصلي للبين الابيضاضي - 10 فروقا معنوية عند مستوى P<0.05 بين مجموعات مرضى التصلب المتعدد (قبل وبعد المعالجة) ومجموعة السيطرة (46.64 , 44.70 و50.95) بيكو غرام/مل , على التوالي.3. اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا فروقا معنوية عند مستوى P<0.05 ما بين مرضى بعد المعالجة (17.04) بيكو غرام/ مل ومجموعة المرضى قبل العلاج ومجموعة السيطرة (14.81 و14.28) بيكو غرام/ مل , على التوالي .4. لوحظ وجود ارتفاع معنوي في تركيز المستوى المصلي من الكولسترول , الشحوم الثلاثية, الشحوم قليلة الكثافة والشحوم قليلة الكثافة جدا عند مستوى P<0.05 في المرضى غير المعالجين والمعالجين مقارنة بمجموعة السيطرة .5. لوحظ وجود ارتفاع معنوي في تركيز المستوى المصلي من ثالث يود الثيرونين وهرمون الثايروكسين عند مستوى P<0.05 في المرضى الغير معالجين ) 1.08) نانوغرام / مل و(7.99) ميكروغرام / ديسيلتر، على التوالي والمرضى المعالجين (1.27) نانوغرام / مل و(8.68) ميكروغرام / ديسيلتر ,على التوالي مقارنة بمجموعة السيطرة (0.898) نانوغرام / مل و(6.95) ميكروغرام / ديسيلتر ,على التوالي. 6. اظهره نقصان معنوية في معدل الخلايا الحمضة في مجاميع المرضى (قبل وبعد المعالجة) مع انترفيرون - بيتا - 1ب مقارنة مع مجموعة السيطرة.7. لم تظهر اي علاقة بين معدل كريات الدم والمستويات المصلية من كل البين الابيضاضي - 2 ,هرمون تنشيط الغدة الدرقية , حمض اليوريك والشحوم عالية الكثافة والامراضية من تصلب الاعصاب المنتشر.8. ظهر تاثير الجنس في كلا من الشحوم الثلاثية وحمض اليوريك حيث وجود زيادة وبفارق معنوي في الذكور مقارنة بالاناث, بينما كانت هنالك زيادة معنويه في الشحوم عالية الكثافة في الاناث مقارنة بالذكور. | Multiple Sclerosis (MS) is an idiopathic chronic inflammatory disease characterized by demyelination that can be associated with axonal degeneration and is the leading cause of a non - traumatic neurological disability in young adults, with female affection more than male.This study is designated mainly to investigate the relationship between the MS patients and certain cytokines serum concentrations of Interleukin - 2 (IL - 2), interleukin - 10 (IL - 10), Tumor necrosis factor - alpha (TNF - α) and biomarkers; lipid profile (TC, TG, LDL, VLDL and HDL), Uric Acid (UA) and thyroid function (T3, T4 and TSH). Besides, measured total and differential WBC of the blood. Also it is trying to find out the relation between concentrations of these cytokines and biomarkers with the gender and disease course of Iraqi MS patients. The study involved 60 Iraqi who were diagnosed as MS patients. the selected patients were classified into two groups :  Pre - treated patients included 30 patients 15 male and 15 female whose age range between (18 - 56) years at the stage of the early diagnosis (RRMS).  Post - treated patients included 30 patients 15 male and 15 female whose age range between (18 - 53) years with treatment Interferon - β 1b (INF - β - 1b) intravenous immunoglobulin (Ig) pulse Methyl - Prednisolone MP (in acute relapses) for 3 days or 5 days. Besides, 20 healthy volunteers 10 males and 10 females matched the patients with age and gender were used as control subjects with age range between (20 - 50) years. They have attended to (Baghdad Teaching Hospital in the Medical City / Clinic for early detection of MS) in Baghdad during the period from November / 2013 to the end of April / 2014 for the diagnosis and treatment. The blood samples (6 - 8) ml were drown from all of studied cases in order to be used for immunological study by measuring their serum level of cytokines using Enzyme - linked Immunosorbent Assay (ELISA) and biomarkers; using Architect c4000 System (Abbott) for (TC, TG, LDL, VLDL, HDL and UA) and AIA - 360 system for (T3, T4 and TSH). Besides, measured total and differential WBC of the 2 ml of blood at using Cell - Dyn Ruby System.The Study has Reached the following Results : 1. The results showed that the average age in patients with MS is (34.43) years and age group (30 - 39) years are more susceptible to affected. 2. The study has showed the average serum level of IL - 10 were significant differences at the level of probability P<0.05 between the (pre - and post - treated) patients and the healthy control (35.54, 35.86 and 52.68) pg/ml, respectively. 3. The study furthermore, has showed the average serum level of TNF - α were significant differences at the level of probability P<0.05 between the post - treated patients (17.04) pg/ml and two group the pre - treated patients and the healthy control (14.81 and 14. 28) pg/ml, respectively.4. The result observed significant an increase in the concentration of serum level of TC, TG, LDL and VLDL at the level of probability P<0.05 in the pre - and post - treated patients as compared to the healthy control. 5. The result observed significant increase in the concentration of serum level of T3 and T4 at the level of probability P<0.05 in the pre - treated patients (1.08) ng/ml and (7.99) μg/dl, respectively and the post - treated patients (1.27) ng/ml and (8.68) μg/dl, respectively as compared to the healthy control (0.898) ng/ml and (6.95) μg/dl, respectively. 6. The study has showed a significant decrease in mean of the eosinophil for the pre - and post - treated patients (1.28 and 1.99) respectively as compared with the healthy controls (2.79).7. There is no relationship between the differential count of WBC and serum levels of (IL - 2, HDL, UA and TSH) and the pathogenicity of MS. 8. The research show significant increase in levels of TG and UA in male as compared with female, while level of HDL was significant increase in female as compared with male.

مستوى البين ابيضاض 17A و33 وبروتين الصدمة الحرارية 70 في بعض امراض الحساسية == Levels of Interleukin IL - 17A, IL - 33 and Heat Shock Protein 70 in Some Allergic Diseases

Author name: ابرار جاسم حسن
Supervisor name: امنة نصيف جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة بهدف تسليط الضوء على دور بعض الحركيات الخلوية IL - 33, IL - 17A)) وبروتين الصدمة الحرارية 70 (HSP70) والكلوبيولين المناعي الكلي T - IgE)) ومعدل النسبة المئوية للخلايا الحمضة في بعض امراض الحساسية النوع الاول. شملت الدراسة 210 مريض (110 انثى، 100 ذكر) تتراوح اعمارهم ما بين (10 - 70) سنة يعانون من امراض الحساسية ، جمعت من المركز التخصصي للحساسية في بغداد / الرصافه للفترة من نيسان الى ايلول 2014 .تم قياس مستوى الكلوبيولين المناعي الكلي (T - IgE) لجميع المرضى والاصحاء كذلك تم قياس النسبة المئوية للخلايا الحمضة للمجاميع المدروسة. قسم المرضى الى ثلاث مجاميع ، المجموعة الاولى 77 مريض ربو تحسسي (34 ذكر،43 انثى) تتراوح اعمارهم مابين (10 - 60) عام ، المجموعة الثانية 48 مريض التهاب الجيوب الانفية التحسسي (19 ذكر، 29 انثى) تتراوح اعمارهم مابين (10 - 66) عام ، المجموعة الثالثة 85 مريض شرى ( 47 ذكر ، 38 انثى) تتراوح اعمارهم مابين (10 - 70) عام . جمعت خمسين عينه لاشخاص اصحاء (25 ذكر ، 25 انثى) تتراوح اعمارهم مابين ( 23 - 53) عام . في حين تم تقدير البين ابيضاض 17A (IL - 17A) والبين ابيضاض 33 (IL - 33) وبروتين الصدمة الحرارية 70 (HSP70) ل 73 مريض باستخدام اختبار اليزا ( المقايسة المناعية المرتبط بالانزيم) كان منهم 28 مريض ربو تحسسي ، 20 مريض التهاب جيوب انفية تحسسي ، 25 مريض شرى و15 شخص من الاصحاء. توصلت الدراسة الى النتائج الاتية : 1. اظهرت الدراسة فروقا معنوية (P<0.01) في معدل مستوى IL - 17A في مصل مرضى الربو (33.61 ± 4.61 بيكوغرام/مل) ، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (49.29 ± 5.76 بيكوغرام/مل) والشرى (41.93 ± 5.81 بيكوغرام/مل) مقارنة مع مجموعة السيطرة (10.21 ± 0.82 بيكوغرام/مل).2. اظهرت الدراسة فروقا معنوية (P<0.01) في معدل مستوىIL - 33 في مصل مرضى الربو (42.01 ± 4.67 بيكوغرام/مل) ، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (39.94 ± 6.07 بيكوغرام/مل) والشرى (27.49 ± 2.90 بيكوغرام/مل) مقارنة مع مجموعة السيطرة (18.73 ± 2.73 بيكوغرام/مل).3. لوحظ وجود ارتفاع معنوي (P<0.05) في تركيز المستوى المصلي لبروتين الصدمة الحرارية 70(HSP70) في مرضى الربو (32.51±3.85 نانوغرام/مل) بالمقارنة مع قيم السيطرة (15.94 ± 4.27 نانوغرام/مل) بينما لم يظهر اي فرقا معنويا في مرضى التهاب الجيوب الانفية التحسسي (19.51 2.19± نانوغرام/مل) والشرى ( 19.63 ± 3.76 نانوغرام/مل) عند مقارنتها مع قيم السيطرة ( 15.94 ± 4.27 نانوغرام/مل).4. ارتفعت معدلات مستويات T - IgE معنويا (5P<0.0) في مصل مرضى الربو (503.54 ± 63.49) وحدة دولية/ مل ، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (442.77 ± 95.76 وحدة دولية/ مل) والشرى (489.53 ± 69.68 وحدة دولية/ مل) مقارنة مع مجموعة السيطرة (23.67 ± 5.81 وحدة دولية/ مل). 5. ظهرت زيادة معنوية (5P<0.0) في معدل النسبة المئوية للخلايا الحمضة في مرضى الربو (4.37 ± 0.52%)، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (4.38 ± 0.50%) والشرى (4.12 ± 0.43%) مقارنة مع مجموعة السيطرة (1.57 ± 0.15%).6. في مرضى حساسية الربو هناك ارتباط ايجابي وعالي المعنوية (P<0.01) بين مستويات IL - 33 وT - IgE كذلك يوجد ارتباط ايجابي ومعنوي (P<0.05) بين مستويات IL - 33 وHSP70 بينما هناك ارتباط سلبي معنوي (P<0.05) بين مستويات IL - 17A وHSP707. في مرضى التهاب الجيوب الانفية التحسسي كان هناك ارتباط ايجابي معنوي P<0.05)) بين مستويات T - IgE وIL - 33 كذلك بين مستويات T - IgE وIL - 17A ، بينما يوجد ارتباط سلبي معنوي P<0.05)) بين مستويات IL - 17A وHSP70 8. في مرضى الشرى يلاحظ ان هناك ارتباط ايجابي معنوي (P<0.05) بين مستويات T - IgE وIL - 33 وايضا هناك ارتباط ايجابي عالي المعنوية (P<0.01) بين مستويات T - IgE وIL - 17A بينما نجد ان هناك ارتباط سلبي معنوي P<0.05)) بين مستويات IL - 17A وHSP70 | The present study was designed to focus on the levels of IL - 17A, IL - 33, HSP70, T - IgE and eosinophil count in some of type I allergic disease. All samples included 210 patients (110 females and 100 males), their ages between 10 - 70 years, suffering from allergic disease collected from specialized center of allergy in Baghdad / Al - Resafa, during the period from April, 2014 to September, 2014.Total IgE was measured for all patients and healthy control by using enzyme - linked immunosorbent assay (ELISA). Also eosinophil count was carried out for the study groups. The patient groups were divided into three groups. The first group (77) allergic asthma patients (34 males and 43 females), their age ranged between10 - 60 years. The second group (48) allergic rhinitis patients (19 males and 29 females), their age ranged between10 - 66 years, and the third group (85) urticaria patients (47 males and 38 females), their age ranged between10 - 70 years. Fifty healthy control have been collected and included in the study (25 males and 25 females), their age ranged between 23 - 52 years. Interleukin - 17A (IL - 17A), interleukin - 33(IL - 33) and Heat shock protein 70 (HSP70) have been estimated by ELISA for (73) allergic disease patients 28 allergic asthma, 20 allergic rhinitis, 25 urticaria and 15 healthy control. The study has reached the following results : 1. A highly significant (P<0.01) increase in mean serum IL - 17A in patients with allergic asthma (33.61 ± 4.61 pg/ml), allergic rhinitis (49.29 ± 5.76 pg/ml), and urticaria (41.93 ± 5.81 pg/ml) when compared with healthy controls (10.21 ± 0.82 pg/ml).2. A highly significant (P<0.01) increases in mean serum IL - 33 in patients with allergic asthma, allergic rhinitis, and urticaria (42.01 ± 4.67, 39.94 ± 6.07, 27.49 ± 2.90 pg/ml) respectively as compared with healthy control (18.73 ± 2.73 pg/ml). 3. A significant (P>0.05) increase mean levels of HSP70 (32.51± 3.85ng /ml) in patients with allergic asthma as compared with healthy control (15.94 ± 4.27ng /ml). No significant difference were recorded between patient with allergic rhinitis (19.51± 2.19 ng/ml) and urticaria (19.63 ± 3.76ng /ml) as compared with healthy control (15.94 ± 4.27ng /ml).4. A highly significant (P<0.01) increases in the levels of T - IgE in the mean serum of allergic asthma (503.54 ± 63.49 IU/ml), Allergic rhinitis (442.77 ± 95.76 IU/ml) and urticaria (489.53 ± 69.68 IU/ml) as compared with healthy controls (23.67 ± 5.81 IU/ml).5. A significant(P<0.05) difference in percentage count of eosinophil in allergic asthma (4.37 ± 0.52)%, allergic rhinitis (4.38 ± 0.50)%, and urticaria 4.12± 0.43% as compared with healthy controls (1.57 ± 0.15)%. 6. In allergic asthma, there was a highly significant (p<0.01) positive correlation between T - IgE & IL - 33 levels. A significant (p<0.05) positive correlation between IL - 33&HSP70 levels. A significant (p<0.05) negative correlation between IL - 17A&HSP70 levels.7. There was a significant ( p<0.05) positive correlation between T - IgE& IL - 33 levels,T - IgE&IL - 17A levels in patients with rhinitis. A significant (p<0.05) negative correlation between IL - 17A&HSP70 levels in the same patients.8. In urticaria, there was a significant (p<0.05) positive correlation between T - IgE&IL - 33 levels. A highly significant (p<0.01) positive correlation between T - IgE&IL - 17A levels. A significant (p<0.05) negative correlation between IL - 17A&HSP70 levels

التغيرات الفصلية والموقعية لتراكيز بعض العناصر النزرة في الرواسب والمياه والنبات المائي الشمبلان Ceratophyllum demersum في نهر الفرات عند قضاء سوق الشيوخ جنوب العراق == Seasonal and Reginal changes in concentration of some trace elements in sediment, water, and aquatic plant(Ceratophyllum demersum) in the Euphrates River at Suq Alshuyoukh districtsouthern of Iraq.

Author name: نور كاظم خير الله
Supervisor name: باسم يوسف الخفاجي
General topic: Biology
Specific topic: Environment - Environmental pollution
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Science - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: The current study was performed to get the knowledge of seasonal and Reginal changes in concentration of some trace elements(Zn, Pb , Ni and Co) in sediment, water and aquatic plant (Ceratophyllum demersum) in the Euphrates River at Suq _ Alshuyoukh district, south of Iraq . The study was include some of the chemical and physical properaties for water (air and water temperature,turbidity, electrical conductivity,salinity,dissolved oxygen , biochemical oxygen dimand, pH,nitrate,phosphat also total organic carbon and sediment texture). The samples were collected from the river on seasonaly from Autumn 2015 to summer 2016. There are three stations were selected for the study , the first station was near by the tourist Alfadhliyah bridge, afertile farmland on both sides of the river. The second station was in Suq_Alshuyokh , it's away from the first station about 15 km , it's a center of boats which used for fishing ,agriculture lands and homes. The third station was located in stream of ALkermashiya which lieson snuffa_marsh (apart of the Hammar marsh) ,It's away from the second station about 11 km and it's near by villages and fertile farmland. The results of study showed that air temperature was ranged between (15.8 - 49.5)° C and water temperature was ranged between (13.8 - 48.7 ) °C . The highest temperature recorded in the third location during Summer. Turbidity concentrations ranged between (5.7 - 15.6) NTU. The electrical conductivity are ranging between (3920 - 8336) Ms/cm , and salinity of water was low (Oligohaline) ranging between (2.50 - 5.33) ppt and recorded the highest concentrations in the third station . the highest value of pH was (8.9) in the secondstation and the lowest value was (7.3) in the first location while the Dissolved Oxygen concentrations ranged between (3.1 - 8.45) mg/L. The biological oxygen demand (BOD5) was ranged between (0.35 - 4.5) mg /L. As for concentration of nitrates was ranged from (0.02 - 6.33) mg/L. and phosphate ranged between (0.01 - 5.8) mg/L. the total organic carbon as percentage was ranged between (0.48 - 3.1) %.while sediment texture was mixed from sand ,silt,clay,the percentage for the mentiond compenents was,(50%,20% and 30%)in station 1,(40%,10%,50%)for station 2 and (10%,20% and 70%) for station3Atomic absorption spectrofotometer was used to estimate four trace elements (Zn,Pb, Co, and Ni) .The concentrations of the mentionel elements in water dissolved phase were (2.86,5.87,1.63,0.51) μg /L,while their concentrations in particulate phase were (12.48,28.21,17.74,1.08) μg /gm dry weight respectively. In sediment the concentrations averages oftrace elements were (142.73,127.70,176.82,29.24) μg /gm dry weight respectively.In aquatic plant (Ceratophylum demersum) the concentrations averages of trace elements were (123.32,117.54,157.54,27.90) μg /gm dry weight respectively . It concluded that the concentration of studied elements in sediment more than their concentration in water (dissolved and particulate) phase and more than their concentration in plant (Ceratophyllum demersum), also all concentrations of trace elements were in the international acceptable values.

دراسة مصلية ومناعية لداء المقوسات في مرضى القلب == Serological and Immunological Study of Toxoplasmosis in Heart Disease Patients

Author name: حيدر صباح عبد الحسين
Supervisor name: بسعاد عقرب العبودي | احمد حسن محمد
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Science - Department Of Biology
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: Toxoplasmosis is the general term for infection and disease in human and animal caused by a parasite called Toxoplasma gondii, this disease is prevalent among different categories of people , Heart disease patients are one of them. Because of the dormancy status of T. gondii, there is ambiguity and variation in the immunity of patients. This study aimed to investigate the immune status of heart disease patients infected with toxoplasmosis, to detect the prospective relationship between heart disease patients and T. gondii, and investigate the relationship between toxoplasmosis and risk factors which included gender, age, blood group, contact with cats, and habitation.One hundred fifty samples of blood had been collected at period from August 2016 till November 2016 from patients with heart disease, they lying or visit Heart Medical Centre in Thi - Qar province. According to gender, the patients divide in to (81 males and 69 females) with age ranging 18 to 82 years. Also one hundred samples of blood had been collected from apparently healthy persons as negative control ,dividing according to gender in to ( 55 males and 45 females) with age ranging 19 to 56 years . All samples of both subjects had been tested by ELISA technique to detect anti - Toxoplasma Abs (IgG & IgM) . While the positive samples with toxoplasmosis were tested to detect the level of interleukins (IL - 10, IL - 12 and IL - 17).The overall of seropositivity of anti - Toxoplasma Abs that scored by ELISA in the current study was 44% in heart disease patients are higher than those in apparently healthy controls 19%, and there was a significant difference between them. There is a significant difference between male and female, in the seropositivity of anti - Toxoplasma Abs that scored in controls, in male was higher than those in female. Presence of antiSummary toxoplasmosis Abs in all types of heart disease patients with significant difference among them, and the highest percentage of anti - toxoplasmosis Abs in Mitral stenosis( MS) was 55.8% , and the lower value was 30.3% in Myocardiopathy.There are significant differences between the age groups and the percentage of anti - Toxoplasma Abs in heart disease patients with highest value was 63.2% at age group of 61 - 75 years, and the lowest one was 26.3% at age group of 15 - 30 years. While no significant differences between the age groups and toxoplasmosis in apparently healthy controls with highest value was 19.5% at age group of 31 - 45 years, and the lowest one was 8.6% at age group of 15 - 30 years.The results demonstrated that seroprevalence of toxoplasmosis was significantly associated with close contact with cats. The percentage of seroprevalence anti - Toxoplasma Abs in heart disease patients and controls inhabited rural area was 52.5% and 32% are higher than those inhabited urban area was 34.3% and 6% respectively. Some blood parameters were estimated of both subjects infected and non - infected with toxoplasmosis. There was high significant difference at p≤0.05 observed in mean ratio of eosinophil’s number between infected and not infected subjects with toxoplasmosis in both subjects. While there was no significant differences in mean ratio of total count of WBCs. Moreover, mean of lymphocytes number recorded significant differences betweeninfected and non - infected heart disease patients only. The blood group phenotypes of the infected heart disease patients and controls highlight the role in toxoplasmosis infection and the AB blood group characterized by the highest significant percentage of infection. The results of interleukins appeared high mean levels of IL - 12 82.85 pg/ml in heart disease patients infected with toxoplasmosis when compared with control 60.97 pg/ml, and there was significant difference between them. While there was no significant difference in IL - 10 and IL - 17 in both patients and controls. The results also showed decreased level of IL - 17 in patients with heart disease. The increased level of IL - 12 in patient with heart disease infected with toxoplasmosis indicate to the activity of cell mediated immunity in those patients and may be lead to provoke an inflammatory status in the heart valves and muscle then worse heart disease to be sever and need complicated treatments

دراسة وبائية فسلجية لطفيلي المقوسة الكونيدية Toxoplasma gondii لمرضى الغسيل الكلوي والسطان في محافظة ذي قار العراق == Epidemiological and Physiological Study of Toxoplasma gondii for Patients with Renal Dialysis and Cancer in Thi - Qar Province - Iraq

Author name: نور كاظم مطر الركابي
Supervisor name: بسعاد عقرب العبودي
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Science
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: The current study was conducted in Thi - Qar province to investigate of Toxoplasma gondii prevalence among renal dialysis and cancer patients by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay test and also the study determined of some factors that may affected that may affected the prevalence of infection, such as age, sex, marital status, place of residence and the contact with cats and a number of chemical dosing that exposed to it cancer patient or the number of times the dialysis for renal dialysis patients.One hundred blood samples were collected from renal dialysis patient and one hundred samples others were collected from cancer patient from two hospital AL - Hussein Hospital and AL - Habboubi Hospital for the period from the beginning October 2015 to the end of the month of March 2016 and prepared a questionnaire form for each person to get their information, as well as the collection of 50 blood samples from (healthy) as control group . .The results of the current study showed that the prevalence of toxoplasmosis in Thi - - Qar province in both renal dialysis and cancer patients and control group were 28% and 36% and 24% respectively. recorded results of Enzyme Linked Immunosorbent Assay ELISA test results for a positive antibody IgG in both renal dialysis and cancer patients and control group 25% , 30% , 22% respectively. As for the IgM antibody study did not record any positive result in both categories of the study (dialysis and cancer) only control group was 2%. The result of IgG & IgM together in renal dialysis and cancer and control group 3%, 6%, 0% respectively. .The highest infection prevalence were detected in renal dialysis in the age group (40 - 49 years) amounted (26.67%) and less infection in the age group (60> years) with percentage of 23.08% . As for cancer patients, the highest infection prevalence in the age group (50 - 59 years) was 53.85% and were less infection in the age group (30 - 39 years) amountin 14.29%. .The current study recorded there is a significant differences at level of P <0.05 in infection prevalence accoriding to gender for renal dialysis patients as it was infection prevalence in males 35.18%, while in the females the infection prevalence was 19.56%. As for cancer patients the study recorded significant differences P <0.05 where the infection prevalence in females were highest compared to males where it was 38.59% and 32.55% respectivelyThe study did not show any significant differences P> 0.05 for the infection prevalence according to contact with cats in renal dialysis patients but the study found significant differences between married and unmarried where the infection prevalence among married 25.84%, while the unmarried 45.45% .The infection prevalence were in the City highest 29.27% compared to countryside which amounted to 22.22%, the study found that the increase in the number of times the dialysis increased incidence of infection prevalence it was 25.53% for patients who conducted the dialysis treatment more than six times and 16.66% for patients who have less than six times. In cancer patients, the study observed significant differences P <0.05 for the contact with cats and it was highest infection prevalence in the city amounted to 45.21% compared to countryside 11.11%. and recorded a high infection rates at married 37.90% either at unmarried did not show they have no infection by parasite. For factor chemical dosing show high infection rates in patients who have been exposed to more than one dose of a chemical 37.63% As for those who were not exposed to any chemical dose was ratios have 14.29% .and wasblood type B + higher infection in renal dialysis patients 40.74% either in the cancer patients were O+ highest amounted to 58.62 %The results of the blood Parameters which conducted for infected males by toxoplasmosis and non - infected had not noticed a change in the hemoglobin for both categories. As total count and differential white blood cells the study did not record significant differences in the renal dialysis patients except neutrophil blood cell was observed height in infected males than non - infected . as for Cancer group was a decrease in the total number and differential white blood cells except acidophilus did not record any change in its level. As the females the study results were that there was no significant difference for both renal dialysis and cancer patient except Lymphocyte found decline in infected than non - infected for cancer patients .showed the results of the current study for standards biochemical that there are no significant differences P <0.05 for renal dialysis and cancer patient in the case of urea, creatinine, the study do not found any effect of toxoplasmosis on the rates of both urea and creatinine. As albumin was observed to high at dialysis patients and low at cancer patients at infected with toxoplasmosis compared to non - infected either control group the study did not reported significant differences for urea and creatinine and albumin. either liver function the study did not find change in the level of liver enzymes (AST.ALT) in dialysis and cancer patients and control group (healthy) .The presnt study recorded there is no significant differences in lipid profile (HDL, LDL, VLDL, Cholestrol, Triglyceride) at infected and non - infected in renal dialysis goup either cancer patients was observed high (HDL, VLDL, Cholestrol, Triglyceride

دراسة تاثير بعض المستخلصات المعزولة من ,الطحلب الاخضر Cladophora sp. في بعض المعايير الفسلجية لاناث الجرذان المختبرية Rattus norvegicus السليمة والمستهدفة مختبريا ,بالسكري == Study effect of some isolated extracts of green alga Cladophora sp. in some physiological parameters of female rats Rattus norvegicus laboratory healthy and laboratory - targeted diabetes

Author name: زهرة شعيبث بزيع الماجد
Supervisor name: حسين يوسف خلف الركابي | خالد كاطع الفرطوسي
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Education For Pure Sciences
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: The current study involved isolations of green alga Cladophora glomerata from Euphrates River in the city of Nasiriyah and demonstrating of alcoholic extract and alkaloid effect with concentrations (2.5, 5 mg/kg ) in the body weight and some blood standards and iochemical for Female rats normal laboratory and experimentally in effected diabetic, attended the alcoholic and alkaloid extracts of the alga. It was aqualitative statements on extract to see content of chemical compound were tested for cytotoxicity alkaloid extract toward the red blood cells of human and at different concentration showed no toxicity to extract through out observation period . The record of alcohol and alkaloids extract of laboratory rats in the first and second experiments is the following : - I. Get a significant decrease (P<0.05) in the mean body weight to the animals two group and (third and fourth) groups compared with the first group in the first and second experiments, significant decrease of animals two groups (fifth and sixth) compared with (second group)in the second experiment.II. Get significant increase (p<0.05) in the sugar level in (the second group) compared with (the first group) and significant decrease (P<0.05) in the sugar level of animals (four, fifth and sixth) the groups compared with (the first and the second) groups respectively in the both experimental.III. Get a significant decrease (P<0.05) in the number of red blood cell in (the fourth and sixth) groups, compared with (the first and second) groups respectively and get decrease no significant (P>0.05) in the level hemoglobin (Hb), paked cell Volume (PCV) and platelets compared with (the first and second) groups respectively in the first group. IV. Get significant decrease in number red blood cell in (the fourth group) compared with (the first group) and get decrease no significant in platelets compared with (the first and second) groups, significant decrease in hemoglobin level in (fifth and sixth) groups compared with (second group), significant decrease of paked cell volume (PCV) in the (the three and sixth) groups compared with (the first and second) groups respectively in the second experiment. V. Results appeared in the first experiment get significant increase (P<0.05) of white blood cell in the (second,fifth and sixth) groups compered with the (the first and second) groups respectively, no significant increase (P>0.05) in the percentage of neutral blood cell compared with the (first and second) groups respectively, while his significant increase in the percentage of acidic blood cells in the (third and fourth) groups compared with the (first group), the increase significant (P<0.05) in the percentage of monocyte cells compared with the (first and second groups) respectively, also had a significant decrease (P<0.05)in the percentage of lymphocyte cells compared with the (first and second groups) respectively.VI. Result appeared in the second experiments a significant decrease in white blood cells of (fifth and sixth) groups compared with the (second group), get significant increase in percentage of neutral blood cell in(third and fourth) groups compared with the (first group) and get significant increase in the percentage of monocyte, acidic, monocyte cells in (the third and fourth) groups compared with (the first group) and (the fifth and the sixth) groups for acidic and lymphocytes cells compared with the (second group).VII. The results also reported a significant decrease (P<0.05) in the level malodialdyhde (MDA) for animals (sixth group) compared with the (second group) in the first experiment and significant decrease in the level malondialdyhde (MDA) for animals (fifth and sixth)groups compared with the (second group) in the second experiment and get no significant decrease of level ceruloplasmin and albumin compared with the first and second groups respectively in both two experiments .VIII. Results appeared a significant decrease (P<0.05) in the level cholesterol triglycerides(TG) and very low density lipoproteins compared with the ( first and second) groups respectively and get significant decrease (P<0.05) in low density lipoprotein in the (fourth group) compared with the (first group) and (fifth and sixth) groups compared with the (second group), and result appeared get no significant decrease in the level (ALT) enzyme compared with the (first and second) groups respectively, andno significant decrease in level (AST) enzyme in the (fourth group) compared with the (first group) and no significant increase in (sixth group) with the (second group), also get significant increase (P<0.05) in level (ALP) enzyme in (third group) compared with the (first group) in the first experiment and there are not occur significant differences in level liver enzymes (ALT,AST,ALP) in the second experiment . IX. Results appeared get significant increase (P<0.05) in level hormone (FSH) in (fourth group) compared with the (first group), significant increase in level hormone (LH) in (fifth and sixth) groups compared with the (second group), significant increase in level hormone Estrogen compared with the (first and second) groups respectively in the first experiment , and also there are no significant difference in level Femininity sexual hormones (FSH,LH,Estrogen) in the second experiment

دراسة لبعض عوامل الفوعة للعنقوديات السالبة لمخثر البلازما المعزولة من خمج الجلد من مستشفيات السليمانية == A study on some virulence factors of coagulase negative staphylococci isolated from skin infection in sullaimaniya hospitals

Author name: نرمين نصر الدين فتحي
Supervisor name: ﻤﻲ ﻁﺎﻟﺏ فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Out of 110 clinical samples taken from different sources of burn and wound infections, 22 isolates (20%) of coagulase negative staphylococci (CNS) were isolated. The most common isolated species among CNS was S. epidermidis which was accounted for 11 isolates (50%), S. haemolyticus was the second with 3 isolates (13.64%), followed by S. hominis and S. sciuri with two isolates for each species (9.1%) and one isolate (4.54%) for each species including S. cohnii, S. lugdunensis, S. saprophyticus, S. xylosus. Some virulence factors of CNS were detected including the hemolysins, which were determined in 10 isolates (45.4%), lipase production in 15 isolates (68.1%), 9 isolates (81.8%) of S. epidermidis were positive for lipase activity, and the proteolytic isolates of CNS were 11 isolates (50%). The production of slime layer by Congo red agar method revealed 7 isolates (31.8%) of CNS and 3 isolates (27.2%) of slime layer - producing S. epidermidis, while production of this layer by tube method was determined in 2 isolates (18.18%) of 11 isolates of S. epidermidis. The ability of S. epidermidis to adhere to abiotic materials and biofilm formation in vitro was done by using polystyrene microtitre plates which appeared in 2 isolates (18.1%). Sensitivity test of the isolates using 18 antimicrobial agents showed that the vancomycin was the more effective on CNS which was susceptible to this antibiotic and reached to (90.9%), and the incidence resistance to β - lactams antibiotics was very obvious in cefotaxim (100%), penicillin (95.5%) and in amoxycillin (72%). The effect of subinhibitory concentration of antibiotics on the adherence ability of S. epidermidis was done and the results revealed that the clindamycin was the best antibiotic, while the vancomycin was the lees affecting on the adhering of S. epidermidis.

التشوهات الخلقية في اجنة الفئران السويسرية البيضاء من امهات معاملة بجرع مختلفة من عقار Mus masculus الديكساميثازون == Developmental anomalies in swiss albino mice embryos Mus masculus from the mother treated with different doses of Dexamethasone

Author name: صدى غالب طاهر الموسوي
Supervisor name: علي نعيم سلمان
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Embryology
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Education For Pure Sciences
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: The current study was conducted for the period from September 2015 until August 2016 in college of Education for Pure Sciences - University of Thi - Qar, this study aimed to fallow the embryonic lung development and evaluate histological changes in embryos's lung development when pregnant mice treated with different doses of Dexamethasone (Dex) and evaluate Alpha - fetoprotein (AFP) levels were evaluated as an indicator for congenital malformations. Sixty pregnant mice were randomly divided into four groups and each group contain 15 pregnant mice. The members of each group were given specific dose of Dex and at different time periods, while the control group injected with a solution of Normal Saline 0.9%.All animals received doses used by tail intravenous injection until the end of the time periods specified .Blood samples were taken for the purposes of biochemical parameters account as well as the collection of samples for histological study .The treatment of animals under the same conditions were determined with a dose based on body weight, according to what was stated in the pharmaceutical constitutions where's the therapeutic dosage was 0.002 mg \2mg (0.1mg.kg from body weight ). We used another two concentrations from drug ,one less than the therapeutic dosage (0.05mg \kg from body weight) and another more than the therapeutic dosage (0.2mg \kg from body weight ).The results have showed that was a negative effects on mice embryo's body weights and the lengths increase with increasing of number and doses concentrations. The using of different doses of Dex also showed various changes in general external morphological features and congenital malformation in embryos of treated mothers included : Death of embryos ,placenta damage ,neural Tube Defect ,Trunk Torsion ,Headhemorrhage, Brain hypertrophy ,Liver Hypertrophy ,Letter C Shape Embryos, swelling ,Convoluted Tail ,Short nostril and limbs, curved head, Wrinkled skin ,Crooked pave ,Short toes ,Seal legs appearance, Oedema ,absent fingers and eyelids ,Tail congestion and Bulging eyes. Histologically microscopic examination showed histological changes with varied severity and appearing between different sub experimental group compared with the control group.Rapid elongation in lung bud, advancing in lung development, the lung asflower appearance, Loosely lung mesenchyme ,necrosis in lung tissue ,mucus hypersecretion, elongation in epithelial air ways,epithelial Hyperplasia ,mesenchyme looks as butterfly in appearance in some parts ,thinning of alveolar walls ,thinning of the interstitialmesenchymal lung tissue ,elongation of developing alveolar septa ,free alveolar septa. Alfa - fetoprotein (AFP) levels showed different concentrations value in correlation with congenital malformations .when the (AFP) value was high there were neural tube defects and advancing in the lung development while they were low in normal lung development and in brain hypertrophy.

دراسة لنوعية المياه وتركيز الهيدروكربونات النفطية وبعض العناصر النزرة في المياه الجوفية للابار القريبة من مصافي الجنوب في منطقة الشعيبة - البصرة جنوب العراق == Study Water Quality and Concentration of Petroleum Hydrocarbons and Some Trace Elements in Groundwater of Wells Near South Refineries in Al - Shiaba region - Basrah, Southern Iraq

Author name: بثينة مهدي يونس
Supervisor name: باسم يوسف الخفاجي
General topic: Biology
Specific topic: Environment - Environmental pollution
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Science
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: The present study was carried out to determine the concentration of total petroleum hydrocarbons in two phases dissolved and suspended in water, and Water Quality, in addition to three trace metals nickel Ni, lead Pb and cadmium Cd were determined in the groundwater, in eight wells. Six wells from W1 to W6 close to the source of pollution about half kilometer to three kilometer and two wells (w7 - w8) were far with in12.5Km from the mentioned source pollution area (well control).Wells were located on surrounding southern refineries (Al - hiaba ) - Zubair - Basra in southern Iraq .Water samples were collected seasonally from autumn 2015 to summer 2016.The present study including, the measurements of some environmental factors, water and air temperatures , salinity, electrical conductivity, turbidity, total dissolved soluble solids (TDS), pH , dissolved oxygen , total hardness and chloride ions .Results were ranged between ,( 19.5 - 48.8) ºC ( 25.0 - 29.3) ºC , (4.35 - 10.95) mg∕L, (5.01 - 11.45) mS ∕cm , (1.110 - 6.803) NTU , (3206 - 7328) mg∕L (7.05 - 8.72) , (1.35 - 12.25) mg ∕L ,(1275 - 4200) mg ∕L and ( 1560 - 5416) mg∕L respectively .Total petroleum hydrocarbons (TPHs) were determined using spectroflurometer . Results showed that concentrations of means TPHs as dissolved fraction in water were in all wells highest in spring 2016 than winter then autumn 2015, while less concentration recorded was during summer 2016.The highest mean concentration was 35.91 μg /L in well W1 in a spring 2016 while lowest value 0.73μg/L in well W7 in summer 2016 . Results of highest means concentrations of TPHs particular fraction in water were 137.39 μg /g dry weight in well W1 in spring 2016 and lower means concentrations of TPHs particular fraction 9.89 μg /g dry weight in well W8 summer 2016. Sixteen compounds of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons(PAHs) were identified in water (dissolved and particulate fractions ) during spring 2016 using a liquid Chromatograph high performance (HPLC). The total concentrations of dissolved PAHs in water ranged between the highest concentration 7205 ng∕L in well W1, and lowest concentration 39.1 ng∕L in well W8 ,the highest concentration of Phenanthrene compound in well W1 was 3472 ng∕L and lower concentration for Benzo(a) Pyrene compound was 0.37 ng∕L in well W8,was the more dominate PAHs compound in dissolved phase recorded Benzo(b)Fluranthene .The total concentrations of PAHs particular fraction ranged between the highest concentration 9334 μg /g dry weight in well W1, while lowest concentration 370 μg /g dry weight in well W8.The more dominant PAHs compound as particular fraction Fluorene in spring season ,were compound Dibenzo(a,h)anthracene has a highest concentration 6689 ng∕g dry weight in well W3 and the to west concentration compound was Benzo(a)anthracene ng∕g in well W8. Results recorded highest concentration of lead 0.933 μg /L in well W1 in spring 2016 and lowest concentration 0.208 μg /L in well W7 in summer 2016. While means concentrations of nickel ranged between 0.445 μg /L in well W1 in winter 2016 and lowest concentration 0.055 μg /L in wellW8 in autumn 2015.Cadmium record its highest level 0.496 μg /L in well W3 in spring 2016 and lowest concentration 0.053 μg/L in well W8 in summer 2016.Results of this revealed that southern refineries have a major effects on ground water pollution in vicinity of oil fields by some hydrocarbons derived from those refineries

دراسة العلاقة بين بعض المؤشرات المناعية وشدة المرض عند المصابين بالربو الارجي == Study of the relationship between some immunological markers and disease severity in allergic asthma patients

Author name: یاسر باسم عبد الوهاب
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study was conducted to support the investigations of probable immunological changes in asthmatic patients and to study the relationship between some immunological markers and the clinically estimated asthma severity in order to find the more correlated immunological marker with asthma severity. This study involved 61 patients of both genders ( ٤٦ female and 15 male) of age varied between 13 to 53 years from recently diagnosed cases that arrived to the allergy institute of Baghdad or from steroids and other antiinflammatory therapy ceased patients and for a period that allow to carry out study tests without effecting the results, In addition to control group which consisted of 23 apparently healthy individuals.Skin test analysis of ten allergens showed a significant differences between asthma patients and healthy controls in rate of positive reactivity for at least one tested molds or grass allergens where they attained 43.1 % and 35.3% in patients’ group respectively, results also revealed that there was a significant differences in rate of reactivity for M4 allergen only with difference in asthma severity.Total and specific serum IgE were assessed by the Enzyme Linked Immunosorbent assay (ELISA). The geometric mean of serum total IgE was significantly higher in asthmatics than healthy controls, Another Significant elevation was revealed in asthmatics as compared to control in the rate of 100 IU/ml overlapped serum total IgE individuals, this rate also showed significant difference among the different categories of asthma severity. 83 IU/ml was suggested as a typical cut off value that differentiates asthmatic patients from healthy individuals.From other side, estimation of serum specific IgE for 10 allergens demonstrated significant differences in I203 allergen specific IgE levels in addition to specific IgE for food allergens (F25, F27, F33, F35 and F81) between asthmatics and healthy controls. Its ought to mention that specific IgE for food allergens (F25, F27 and F33) also recorded significant differences by difference in asthma severity which may refer actual effect for some food allergens in asthma pathogenesis .The results didn’t document any significant difference in levels of other immunoglobulins IgM, IgG, and IgA and complement component C4 in serum between asthmatic patients and control group, Whereas a significant elevation was documented in serum C3 level of asthmatics as compared to healthy controls which supports the studies that refered some complement component role in asthma pathogenesis. From other side, this study didn’t observe any significant differences in the levels of those immunoglobulins with difference in asthma severity. Total and differential white blood cells were estimated during the study, the results showed a significant elevation in mean of total white blood cells, eosinophils and neutrophils numbers in asthmatics’ blood as compared to control, while there were no significant differences in association with remaining white blood cells. The relationship between asthma severity and white blood cells was also assessed, the results showed a significant difference in geometric mean of total white blood cells and also lymphocytes numbers in asthmatics’ blood and asthma severity.The data demonstrated that there was a significant elevation in level of eosinophil cationic protein (ECP) in asthmatics’ serum (median = 40 ng/ml) as compared with control group (median = 15.5 ng/ml) , it was also observed that elevation in serum ECP level proportionate significantly increasing of asthma severity. This study suggested that 29 ng/ml of serum ECP as a typical cut off value of statistically significant denotation for differentiation between asthmatic patients and healthy individuals. The ratio of serum eosinophil cationic protein to blood eosinophils was calculated in this study, Despite not attaining the significance level between patients’ group and controls as regards this ratio, results showed a significant elevation in ECP/Eo associated with increasing ofasthma severity among different categories. During the study of correlation among some immunological markers that adapted in many allergy centers as preliminary diagnostic tests for asthmatic patients especially the determination of total serum IgE level and blood eosinophils number, there was no significant correlation between total serum IgE level and asthma severity, correlation between blood eosinophils and asthma severity was also not significant too (r = 0.16 and 0.01 respectively). Contrary to the previous results, Statistical analysis showed a significant positive linear correlation between ECP level and also ECP/Eo ratio and clinically estimated asthma severity (r = 0.41 and 0.43 respectively, P<0.01).According to results the ratio 0.38 Pg/Cell suggested as a typical cut off value for diagnosing severe persistent asthma and 137.5 ng/ml of serum ECP concentration also suggested as a typical cut off value for differentiating severe persistent asthma cases from other less severe categories. According to the results, Determination of serum ECP can be considered as a diagnostic tool for differentiating asthma cases from not, besides it reflects asthma severity significantly, whereas calculation of ECP/Eo ratio may be an effective marker in reflecting asthma severity which may be useful in monitoring asthma cases and in determining the recovery of disease severity during therapy stages but it has no benefit for diagnosing asthma cases where no significant differences were recorded between asthmatics and healthy controls

دراسة التاثيرات الوراثية لمتعدد السكريد خارج خلوي لبكتريا Enterococcus faecium في الخلايا السرطانية == Study of the Genetic Effects of Exopolysaccharide (EPS) from Enterococcus faecium in the Cancer Cells

Author name: هويدة كريم عبد الجنابي
Supervisor name: هيفاء هادي حساني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على ثلاث عزلات لبكتريا Enterococcus faecium من 120 عينة منتجات الالبان المحلية والمستوردة، وقد شخصت هذه العزلات باستخدام الفحوصات البكتريولوجية والكيموحيوية، استخلص متعدد السكريد خارج خلوي Exopoly Saccharide من العزلة رقم (1) لبكتريا E. faecium وذلك لكون هذه العزلة اعطت اعلى معدل انتاجية من المستخلص وبلغ 300 ملغرام/لتر من الوزن الجاف.درس التاثير السمي الخلوي لمستخلص EPS في اثنين من الخطوط الخلوية السرطانية هما AMN - 3 وHeLa، واظهر المستخلص فعالية تثبيطية في الخلايا السرطانية اعتمادا على التركيز المستخدم ومدة التعريض خصوصا عند التركيزين 2500 و5000 مايكروغرام/مللتر حيث وصلت نسب التثبيط الى 59.3% و86.2% على التوالي في خلايا AMN - 3، ثم بدات هذه النسب بالانخفاض مع تقليل التركيز المستخدم الى 1250 مايكروغرام/مللتر لتصل الى (8.3)% بينما استمرت الخلايا بالنمو والتضاعف خلال مدد التعريض الثلاث 24 ، 48 و72 ساعة عند التركيز 625 مايكروغرام/مللتر وكانت النسبة المئوية لتضاعفها (157.1%) مقارنة بعينة السيطرة (100%).اما تاثير المستخلص في خلايا HeLa فقد اظهر تاثيرا تثبيطيا على هذه الخلايا ازدادت نسبته مع زيادة التركيز ومدة التعريض وان نسب التثبيط في خلايا HeLa كانت اقل بفارق معنوي عن نسب التثبيط في خلايا AMN - 3 حيث بلغت نسب التثبيط في خلايا HeLa عند التركيزين 2500 و5000 مايكروغرام/مللتر 28.0% و31.1% على التوالي ولمدة تعرض 72 ساعة واستمر انخفاض الفعالية التثبيطية للمستخلص في خلايا HeLa في التراكيز الواطئة 625 و1250 مايكروغرام/ مللتر حيث بلغت 10.7% و14.4% على التوالي ولمدة تعرض 72 ساعة مقارنة بعينة السيطرة.درس تاثير مستخلص (EPS) وراثيا في الخلايا اللمفاوية للانسان من خلال حساب معامل التحول الارومي Blast index (BI) ومعامل الانقسام الخيطي (MI) Mitotic index وفحصت التغايرات الكروموسومية والفعالية التحفيزية لانقسام الخلايا. وجد ان هذا المستخلص قد سبب انخفاضا معنويا في معدلات معامل الانقسام ومعامل التحول الارومي يتناسب مع زيادة التركيز المستعمل ومدة التعريض لكنه لم يحدث اية تاثيرات سمية وراثية في كروموسومات الخلايا اللمفاوية المعاملة. | Three isolates of Enterococcus faecium were obtained from 120 of dairy products. These isolates were identified using bacteriological and biochemical assays.Exopolysarccharide (EPS) was extracted by (TCA 10%) method from isolate E. faecium no.1 for high production. One gram of dry weight produced 300 mg/ml of EPS.Cytotoxicity effect of EPS on cancer cell lines AMN - 3 and HeLa. An inhibitory activity of EPS against cancer cells was noticed, it was depended on EPS concentration and time exposure. Both concentrations 2500 and 5000 µg/ml were inhibited cells of AMN - 3; the percentage of inhibition was 59.3 and 86.2% respectively. Whereas, the percentage of inhibition was reduced when EPS concentration was low, 1250 µg/ml of EPS was showed 8.3% of inhibition rate. Notable, the low concentration (625µg/ml) of EPS was induced proliferation of AMN - 3 cancer cells of AMN - 3 for proliferation; the viability rate of cancer cells was 157.1% in comparison with untreated cells (control). In addition, the cytotoxic activity of EPS on cancer cell line HeLa was also studied. Significantly, inhibition rate on HeLa cells was less than that against AMN - 3 cells. The inhibition rate of HeLa cells at 2500 and 5000 µg/ml of EPS after 72 hr. was 28.06 and 31.1 % respectively. While the inhibitory activity of EPS at low concentrations (625 and 1250 µg/ml) on HeLa cells were 10.7% and 14.4% respectively.Genetically, the effect of EPS on normal human lymphocytes using different parameters such as mitotic index (MI), blastogenic index (BI), rearrangement of chromosomes, and mitogenic activity was examined. The results showed that EPS was significantly reduced MI and BI. Moreover, no genotoxic effect on chromosomes of healthy human lymphocytes was noticed

استخلاص البروتيسين من بكتريا Proteus mirabilis المعزولة سريريا ودراسة بعض صفاته == Extraction of Proticine From Clinical Strains of Proteus mirabilis and Study Some of Its Properties

Author name: همسة نافع محمد علي الرحو
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 160 عينة خلال الفترة من تشرين الاول 2009 الى اذار 2010 من مستشفيات اليرموك التعليمي والاسكان للاطفال والكرخ العام والنعمان العام والكاظمية التعليمي والمختبرات التعليمية في مدينة الطب. شملت العينات 100 عينة ادرار من مرضى مصابين بالتهاب المجاري البولية و46 عينة من اصابات الجروح و14 عينة براز من كلا الجنسين وباعمار مختلفة. تم الحصول على 29 عزلة لبكتريا Proteus من مجموع العينات الكلي اعتمادا على صفاتها الزرعية على الوسط , وكانت اعلى نسبة عزل لهذه البكتريا من عينات الجروح. تم بعد ذلك تشخيص عزلات Proteus وتمييزها الى انواع اعتمادا على صفاتها البايوكيميائية وتم تاكيد التشخيص باستخدام نظام Api 20E, فقد اظهرت النتائج ان 82,7% من العزلات تعود للنوع P. mirabilis بينما كانت نسبة النوع P. vulgaris 17,2% فقط من مجموع العزلات.اختبرت قابلية عزلات بكتريا P. mirabilis على انتاج البروتيسين في وسط نقيع القلب والدماغ الذي تم تزويده بمادة الكليسيرول بنسبة 10% واستخدمت طريقة اقراص الاكار (Cup assay) لاجراء هذا الاختبار فقد بينت النتائج ان 66,6% من عزلات P. mirabilis كانت منتجة للبروتيسين باستخدام عدد من العزلات الحساسة (proticine indicator strains) تعود الى النوع ذاته من البكتريا.تضمنت هذه الدراسة انتاج البروتيسين الخام من العزلة الاكثر كفاءة في الانتاج واستخدمت مادة المايتومايسين C لحث الخلايا على انتاج البروتيسين. وتم ايضا تحديد الفعالية النوعية للبروتيسين الخام باستخدام طريقة الانتشار بالحفرAgar well diffusion method)).بالاضافة الى ذلك, فقد اجري الترحيل الكهربائي للبروتيسين الخام مع بروتين قياسي لايجاد الوزن الجزيئي لمكونات البروتيسين الخام وذلك عن طريق مقارنة الحزم الظاهرة على طبقة الهلام مع حزم البروتين القياسي (Tris Glycin). فقد تبين من خلال الترحيل الكهربائي ظهور 3 حزم بروتينية مختلفة الاوزان الجزيئية قدرت بـ 30, 58, 81 كيلو دالتون.كما درست بعض الصفات الكيميائية والفيزيائية للبروتيسين, فقد اختبرت قابلية البروتيسين على الصمود الحراري فقد وجد ان البروتيسين الخام يحتفظ بفعاليته كاملة ضمن المدى الحراري 20 - 40 ºم لكنه يبدا بفقدان فعاليته تدريجيا عند تعرضه لدرجات حرارية اعلى من 40 ºم ثم يفقدها كليا عند درجة حرارة 90ºم. كما وجد ايضا من خلال هذه الدراسة ان افضل فعالية للبروتيسين كانت عند قيمة pH تساوي 8, اعلى او اقل من هذه القيمة يبدا البروتيسين بفقدان فعاليته تدريجيا الا انه يحتفظ بجزء منها عند مدى واسع من قيم pH من 2 الى 12.اظهرت نتائج هذا الدراسة ان للبروتسين الخام تاثير تثبيطي على نمو بكترياShigella dysenteriae وP. vulgaris وSalmonella typhi وPseudomonas aeruginosa من مجموعة البكتريا الممرضة السالبة لصبغة كرام, وبكتريا Staphylococcus aureus من مجموعة البكتريا الممرضة الموجبة لصبغة كرام في حين لم يظهر اي تاثير على بكتريا Klebsiella وE. coli وLactobacillus وعلى الخميرة Candida albicans. | One hundred sixty specimens were collected during the period October 2009 to March 2010 from 6 hospitals : Al - Yarmok hospital, Central Child hospital, Al - Kadhimyia Educational hospital, Al - Karkh General hospital, Al - Nu'man General hospital and The Educational Laboratories. Specimens included UTI patients' mid stream urine, stool and wound swaps. Twenty nine Proteus isolates were obtained as total number depending on its cultural characteristics. The highest isolation percentage among specimens was obtained from wound swaps followed by urine and stool specimens. Proteus isolates were identified to species level depending on the biochemical tests and Api 20E system. P. mirabilis performed 82.7% while P. vulgaris performed only 17.2% of total Proteus isolates. P. mirabilis strains were screened for proticine production in BHI medium containing 10% glycerol by cup assay method. It was found that 66.6% of them were proticine producers against different P. mirabilis sensitive strains.This study included the production of crude proticine from the most efficient P. mirabilis producer strain which was induced by mitomycin C (2µg/ml), and determination of its specific activity by agar well diffusion method.Moreover, the molecular weights of proticine components were determined by SDS - PAGE with the ladder standard protein (Tris - Glysin). The Gel Electrophoresis resulted in a development of three protein bands with molecular weights (30, 58, and 81) x 103 Dalton.Temperature characterization of the crude proticine revealed that the crude proticine was 100% stable and active at 20 - 40˚c and it was sensitive to temperatures above 40˚c. Whole activity was lost at 90˚c. pH stability of crude proticine was also tested and revealed that the crude proticine was active at a wide range of pH values (2 - 12) but the highest activity was at pH 8. Above or below this value, proticine activity began to decrease gradually.In this study, it was demonstrated that the crude proticine had an inhibition effect on Shigella dysenteriae, P. vulgaris, Salmonella typhi, and Pseudomonas aeruginosa, as pathogenic gram - negative bacteria, and Staphylococcus aureus as a pathogenic gram - positive bacterium, but had no effect on Klebsiella, E. coli, Lactobacillus, and the yeast Candida albicans.

مقارنة التاثيرات المرضية للببتيدوكلايكان المستخلص من Staphylococcus xylosus وعديد السكريد الشحمي للـ E. Coli == Comparative Pathogenicity of Peptidoglycan Extracted from Staphylococcus xylosus and Lipopolysaccharide Extracted E. coli

Author name: هبة خليل توفيق
Supervisor name: مي طالب فليح | حارث جبار فهد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: من مجموع 150 عينة ادرار تم الحصول على 61 عزلة عائدة للجنس Staphylococcus , جمعت من مرضى مصابين بخمج المجاري البولية من مستشفيات الزعفرانية واليرموك للمدة من الاول من ايلول 2005 - الاول من كانون الثاني 2005 . تم التاكد من عائدية 10 عزلات للنوع S. xylosus وبنسبة عزل 16.3% من مجموع العنقوديات ، وقد تم تشخيصها بوساطة الاختبارات الكيموحيوية كما تم اختبار حساسيتها للمضادات الحيوية وتبين ان 8 عزلات كانت مقاومة للمضاد Erythromycin ، والعزلات جميعها حساسة للمضاد Ciprofloxacin . تم استخلاص الجدار الخلوي باستخدام طريقة التكسير بالحبيبات الزجاجية (Glass beads) وتم اجراء تنقية جزئية للببتيدوكلايكان من الجدار باستعمال مواد كيميائية مثل : SDS , EDTA , LiCL2 , CaCL2 والهضم بالانزيمات DNase , RNase , Trypsin , Pronase . ولغرض التاكد من جودة طريقة التنقية تم اجراء الرحلان الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد تحت ظروف غير ماسخة فقد انخفض عدد الحزم البروتينية من 6 حزم في الجدار الخلوي الخام الى 4 حزم بعد التنقية . لقد اظهرت الدراسة الحالية التاثيرات الكيموحيوية السريرية للببتيدوكلايكان في مصل الارانب المحقونة عن طريق الزيادة الحاصلة في انزيمات الكبد والكلية ؛ اذ لوحظ زيادة معتدلة في كل من انزيمات : GoT وGpT وAlkaline phosphatase وكذلك Bilirubin ، والـ Urea ، والـ Creatinine ؛ مما يدل على حدوث خلل وظيفي في الكبد والكلية . تم دراسة امراضية مستخلص الببتيدوكلايكان للعزلة S.xylosus S24 (المقاومة لاكثر عدد من مضادات الحياة قيد الدراسة ) في الجهاز البولي للفئران البيض السويسرية الاناث اذ حقنت خمس مجاميع من الفئران بواقع ثلاثة مكررات لكل مجموعة عبر الاحليل باستخدام القثطرة بالتراكيز 1000000 ، 2000000 ، 3000000 ، 4000000 ، 5000000 نانوغرام / 1 مليلتر ، وحقنت خمس مجاميع اخرى بمستخلص قياسي للـ LPS من بكتريا E.coli بالتراكيز 10, 25, 50, 75, 100 نانوغرام/مليليتر ، وبعد مرور يومين من الحقن تم تشريح الفئران حيث اظهرت الاعضاء (الكلية) تغييرات نسيجية تمثلت : بانكماش الكبيبة الكلوية ، واحتقان الاوعية الدموية ، وارتشاح الخلايا الالتهابية وفي المثانة فقدان طبقة الكيراتين وحدوث التنكس الاستسقائي لخلايا الطبقة الظهارية في كلا المستخلصين ومن خلال موازنة هذه التغييرات المرضية النسيجية لكل من مستخلص الببتيدوكلايكان وعديد السكريد الشحمي اتضح ان مستخلص عديد السكريد الشحمي اكثر شدة وامراضية اذ بدات التاثيرات بتراكيز (50, 75, 100) نانوغرام/مليليتر اقل من تراكيز مستخلص الببتيدوكلايكان 3000000 ، 4000000 ، 5000000 نانوغرام / 1 مليلتر ، فضلا عن وجود تغييرات نسيجية اخرى حدثت في مستخلص عديد السكريد الشحمي وغير موجودة في مستخلص الببتيدوكلايكان. | Our of 150 urine specimens collected from patients presented with urinary tract infections attending Alza’farania and Alyarmoouk hospitals in Baghdad for the period of September , 1st 2005 to December, 1st 2005 , 61 staphylococci were obtained. Ten isolates (16 , 3%) were confirmed to be Staphylococcus xylosus identified by using of biochemical tests. Antibiotic susceptibility tests . however , 8 of them were resistant to erythromycin while all of them were sensitive to ciprofloxacin.The Crude cell wall was extracted by mechanical disintegration using glass beads and a partial purification was done to the peptidoglycan by means of chemicals such as SDS , EDTA , LiCl2 and CaCl2 in addition to enzymes like DNase , RNase , trypsin and pronase.In order to prove the efficiency of the purification method , polyacrylamide gel electrophoresis was achieved under undenaturing conditions as the proteins bands number was reduced from 8 in the crude extract to 4 bands at the final stage.The present study showed clinical biochemical effects of the peptidoglycan in sera of injected rabbits through the increase resulted in liver enzymes ad renal function tests represented by GOT , GPT , alkaline phosphatase , total serum bilirubin , urea and creatinin , an indication to a malfunction of liver and kidney.The pathogenicity of peptidoglycan extracted from S. xulosus S24 (the isolate that resist highest number of studied antibiotics) was studied in urinary tract of female Swiss mice by injecting five animal groups , as triplicates catheter at concentrations reached 1000000 , 2000000 , 3000000 , 4000000 and 5000000 ng / 1 ml , plus another five groups with 10 , 25 , 50 , 75 and 100 ng / ml of E. coli LPS. Two days later , animals were killed ; kidneys and urinary bladder were taken for histopathological study as they showed different pathological changes included shrinkage of glomerulus , congestion of blood vessels and infiltration of inflammatory cells in kidney , whereas dekeratinization and edematous dehydration of the epithelium were seen in urinary bladder.Passing through a comparison between these pathological changes in both extracts , LPS developed the highest severity and pathogenecity since the effects started with concentration (50 , 75 and 100 ng / ml) less than those was withpeptidoglycan (3000000 , 4000000 and 5000000 ng / 1 ml) in addition to the presence of some changes developed by LPS rather than peptidoglycan

دراسة مقارنه بين بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة لمضاد المثيسلين والحساسة لهذا المضاد واختبار الفعالية التثبيطية لبعض المستخلصات النباتية عليها == Comparative study between Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin sensitive Staphylococcus aureus (MSSA), and detect the antimicrobial effects of some plant extracts on them

Author name: هبة علي هلال الجبوري
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study included collection of 75 clinical different samples from teaching laboratories of Medical city in Baghdad during the period from September 2009 - February 2010, these samples differed in their sources which included 30 nasal swabs,27 inflammatory wounds swabs, 6 sputum cultures, 5 ear swabs, 4 urine cultures, and 3 skin abscesses. The results of microscopic examination, biochemical tests and API staph strip results Confirmed that 44 of this isolates were belong to the genus Staphylococcus aureus distributed in 19 isolates from nasal swabs, 10 isolates from inflammated wounds swabs, 5 isolates from both ear swabs and sputum culture, and 3 isolates from urine culture and finally 2 isolates from skin abscesses culture. Antibiotic sensitivity test showed that 90.90% of isolates were Methicillin Resistant S. aureus (MRSA), while only 6.81% of these isolates were Methicillin Sensitive S. aureus (MSSA). At the same time, the isolates showed different types of resistance towards 11 different kinds of antibiotics ,where as 100% of the isolates were resistant to PenicillinG, 65.90% of isolates were resistant to Amoxicillin, and 54.54% of isolates were resistant to Co amoxiclave, in contrast the isolates revealed different low levels of resistance against Erythromycin 34.09%, Tetracycline 31.81%, Cephalexin 25%, Gentamycin 20.45%, and 13.63% for both Ciprofloxacin and Refampine, vancomycin and clindamycin 2.27% and 0.0% respectively. The virulence factors were detected for 44 isolates, results showed the ability of both multidrug resistant (MRSA) isolates and multidrug sensitive (MSSA) isolates to produce most extracellular enzymes except for Urease enzyme, the MRSA isolates were Urease producers , while the MSSA isolates unable to produce this enzyme. MSSA isolate(S7) and MRSA isolate(S33) were chosen to detect the ability of them to produce toxic shock toxin (TSS - 1) and Exfoliative toxin (scalded skin toxin), results of these tests showed incapability of both (MRSA& MSSA) isolates to produces any of these toxins. To determine the pathoginicity of the (S33) MRSA isolate, LD50 value was detected by using BALB/c mice known in Weight and age, the LD50 value was 3.9  106. The LD50 for MSSA (S7) isolate was not detected because this isolate doesn't show any lethal activity even in (1011) concentration. To compare between the pathoginicity of (S33) MRSA& (S7) MSSA isolates, histopathological studies were performed by injecting the BALB/c mice with 106 CFU/ml for (S33) MRSA isolate and 108 for (S7) MSSA isolate concentrations of bacterial cells, four days post inoculation mice were killed. Histological sections were prepared. Results of histopathological studies showed an observable activity and virulently of multidrug resistant isolate (S33) over than the activity and virulently of multidrug sensitive isolate (S7).especially in kidney, liver and spleen, while the results were adjacent for lungs, in contrast stomach and heart appeared no effect for both (S7) MSSA& (S33) MRSA isolates. The values of MIC were determined to three of antibiotics used in this study which were Vancomycin, Ciprofloxacin and Clindamycin, this test performed on (S7) MSSA& (S33) MRSA isolates. The results showed that the values of these three antibiotics were 1, 2, 0.250mg/ml for (S7) MSSA and 8, 4, 1 mg/ml for (S33) MRSA respectively. This study also included testing the activity of the crude juice of garlic, crude extract of pomegranate and crude oil of Eucalyptus against both multidrug sensitive MSSA (S7) and multidrug resistant MRSA (S33) isolates, garlic crude extract showed highest levels of effect against both S7& S33 isolates in two methods : well diffusion and pouring plates methods. In well diffusion method 10% concentration of crude juice appeared the highest growth inhibition effect, while in pouring plates method the concentration 10000 p.p.m appeared bactericidal effect. Also pomegranate crude extract and Eucalyptus crude oil appeared visible and strong effect against both S7&S33 isolates in both well diffusion and pouring plate method. Combination between antibiotics and garlic crude juice was performed. The MIC values of the three antibiotics after combination showed observable decreases. After combination the MIC values of Vancomycin decreased from 1mg/ml for S7 (MSSA) isolate & 8 mg/ml for (S33) MRSA isolate to 0.250 mg/ml to both two isolates, while the MIC values for ciprofloxacin decreased from 2 mg/ml for (S7) MSSA isolate & 4 mg/ml for (S33) MRSA isolate to 0.125 mg/ml, for Clindamycin the values of MIC decreased from 1mg/ml for S33 (MRSA) isolate &0.250 mg/ml for S7 (MSSA) isolate to 0.125 mg/ml. these results means that the combination between garlic juice and antibiotics give synergistic effect against S. aureus especially the multiresistant isolate.

التاثيرات السمية الوراثية الخلوية للازورين المنقى جزئيا من بكتريا Pseudomonas aeruginosa في الخلايا السرطانية والطبيعية == Cytogenotoxic Effects of Partial purified Azurin from Pseudomonas aerugi

Author name: نهاد طه محمد جدوع
Supervisor name: هيفاء هادي حساني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى الكشف عن قابلية الازورين المستخلص من بكتريا Pseudomanas aeruginosa في تثبيط الخلايا السرطانية ومدى تاثيره في الخلايا الطبيعية ولذا تم جمع 66 عزلة من بكتريا P.aeruginosa من مجموع 145 عينة سريرية( ادرار، ومسحات من الجروح والحروق ، ومسحات من الاذن ، والقشع ، والبراز). وقد شخصت البكتريا بالاعتماد على الفحوصات المجهرية والزرعية والكيموحيوية ، وتم التاكد من التشخيص باستخدام عدة Api 20 E. استخلص الازورين من العزلة Ps21 المعزولة من الادرار ثم قيس تركيزه باستخدام الطريقة المطلقة Absolute method وكان 916.33 مايكروغرام / مل ، بعد ذلك نقي الازورين جزئيا بوساطة كروموتوغرافيا الترشيح الهلامي باستخدام هلام Sephadex G - 100 اذ امتدت قمة الازورين من الجزء رقم ( 24 - 33 ) ، وبلغ تركيزه بعد التنقية 550 مايكروغرام / مل. درس التاثير الوراثي الخلوي لمستخلص الازورين المنقى جزئيا في الخلايا اللمفاوية للانسان بدلالة معامل التحول الارومي BI والانقسام الخيطي MI وفحصت كروموسومات الخلايا المعامله به ، ولوحظ ان المستخلص بتراكيزه العالية سبب انخفاضا معنويا بقيمة BI وMI بينما التراكيز الواطئة لم تحدث فروق معنوية احصائيا عند المقارنة مع معاملة السيطرة ، كما انه لم يحدث اي تغير في تركيب وعدد الكروموسومات للخلايا اللمفاوية المعامله به. كما درس التاثير التثبيطي للمستخلص المنقى جزئيا في بعض الخطوط الخلوية السرطانية مثل خط خلايا سرطان الحنجرة البشريHep - 2 وخط خلايا سرطان الغدة اللبنية الفاري AMN - 3 فقد اظهر المستخلص فعالية تثبيطية عالية عند التراكيز العالية (125 ، 250 ) مايكروغرام / مل حسب هذه الدراسة ولاوقات التعريض جميعا ، في حين قل التاثير التثبيطي تدريجيا مع انخفاض التركيز المستعمل ، فقد اسهمت التراكيز الواطئة في تحفيز الخلايا على التضاعف والانقسام في هذين الخطين الخلوين وبنسب مختلفة قياسا بالسيطرة (100 % ) ، فخلايا ال Hep - 2 زادت حيويتها خلال مدة ال 24 ساعة الاولى من التعريض فقط في حين ان خلايا الAMN - 3 تمكنت من النمو والتكاثر في اوقات التعريض جميعها ( 24 ، 48 ، 72 ) ساعة. كما ونجح المستخلص في تجزئة دنا الخلايا السرطانية المستخدمة في هذه الدراسة اذ لوحظ ارتفاع معنوي في نسبة التجزئة وتناسب هذا الارتفاع طرديا مع زيادة التركيز ولكلا الخطين. | This study was amied to detection the ability of azurin, produced from Pseudomonas aeruginosa , as inihibtor of cancer cells and show the effect of azurin to the human lymphocyte. Therfore, out of 145 specimens collected from urin, burn andwound swabs, ear swab, sputum and stool. 66 isolates of P. aeruginosa were obtained. These isolates were identified according to microscopical, cultural, biochemical assays. In addition Api 20 E assay was used to confirm the diagnosis. Azurin was extacted from Ps21, isolate from urin, and concentration was measured by absolute method , it was 916.33µg/ml. Therfore, it was purified by using gel filtration,Sephadex G - 100. The peak was ranged from 24 to 33.The concentration. Azurin was performed 550µg/ml. The genetic effects of partial purified of azurin in human lymphocyte was studied by using several parameters such as Blastindex (BI), Mitotic index (MI) and Chromosomal aberration (CA). The high concentration of azurin, caused a significantreduction effect when compared with control. In addition, no chromosomal aberratios was seen. The inhibion effect of partial purified of azurin in some cancer cell lines (Hep - 2, AMN - 3) was studied. The extract at high Concentration ( 125 , 250 ) µg/ml. was exhibited apotent inhibiory for all exposure time against cancer cell lines. WhileThe inhibitory activity was gradually reduced with decreasing of Concentration;the low concentration was activated of cell to proliferation in both cell lines at different ratio in coparasion with the control ( 100 % ). The viability of Hep - 2 cells was increased only during the first 24 h from exposure while the AMN - 3 cell was able to grow and proliferate in all exposture time (24 , 48 , 72) hr. In addition the extract was succeeded to fragmentation DNA of cancer cell which used in these Studied, the azurin caused significant increas of fragmentation ratio, which increased with increase the concentration of azurin for both cell lines

دراسة مقارنة تلف نسجة لجلد الفئران الناتج عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus ودنا بكتريا Propionibacteriun acnes == A Comparative Study on Murine Skin Damage caused by Staphylococcus aureus DNA and Propionibacteriun acnes DNA

Author name: ميسم محمد رشيد الشيباني
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred and twenty skin swabs specimens were collected from acne patients from Al - Kindey teaching hospital and medical city teachingcomplex during the period of October 26th 2009 to 18th of January 2010. Thirty eight (45.2%) specimens were identified as Staphylococcus aureus and twenty seven (32.1%) specimens were identified as Propionibacterium acnes according to the cultural, biochemical properties and API System. Obviously, indicated that S. aureus has significant higher isolation percentage in comparison to P. acnes were observed.From the results of antibiotic susceptibility test, various susceptibilities towards eight different antibiotics among isolates. Various susceptibilities to different antibiotics among isolates were observed. Most of S. aureus isolates were susceptible to methicillin and all isolates were susceptible to vancomycin. The highest resistant percentage was developed against penicillin. All P. acnes isolates were susceptible to all antibiotics used in this study.DNA was extracted and purified from the most sensitive isolates (P. acnes P7 & S. aureus S24) with A260/A280 ratio between 1.7 and 2.0 which is generally accepted as representative of a high - quality DNA sample. In order to confirm this purity both isolated bacterial DNA were submitted for electrophoresis and the result revealed a development of a single band seen by UV transillumination. Eight week old female white mice BALB/C each weight 20 to 25 g were used for histopathological study. Transcutaneous 10 mm in length wounds were performed on the shaved and sterilized backs of the mice, 2 - 3 drops of bacterial suspension(1.5×108 CFU/ml) and four concentrations (10, 20, 30 and 40 μg/ml) of isolated bacterial DNA were applied to the wound.Concerning histopathologic analysis we concluded that the effects of S. aureus whole cells were higher than the effects of P. acnes whole cells, while both isolated DNA were able to produce more severe inflammatory changes than the whole bacterial cells. Furthermore, increasing the DNA concentration caused an increase in the intensity of skin inflammation. Moreover, the effects of high GC ratio P. acnes DNA developed the highest inflammatory effect than the low GC ratio S. aureus DNA

انتاج انزيم chitinase من بكترياSerratia marcescens باستخدام حالة التخمرات السائلة والصلبة ودوره في المعالجة الحيوية

Author name: ميس عماد احمد محمود
Supervisor name: شذى سلمان حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Enzymes
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: درست قابلية (15)عزلة من بكتيريا Serratia marcescenase على انتاج الكايتنيز, واظهرت نتائج الغربلة الكميه وشبه الكمية ان العزلةSerratia marcescenaseA1S هي الاغزر انتاجا للانزيم . زرعت البكتيريا في اوساط تخمر صلبة وسائلة مختلفة استعملت مواد نباتية مختلفة ( مضافا اليها الكايتين وبدونه ) لتحضير الاوساط الصلبة ، اما الاوساط السائلة فقد احتوت على الكايتين مع مواد نيتروجينية مختلفة . بينت النتائج الماخوذه من قياس فعالية الانزيم على اساس تقدير السكريات المختزلة والسكر ان استيل كلوكوز امين ان البكتيريا تنتج انزيمات الكايتينيز الداخلي chitobiosidase) ) الذي يحرر سلاسل من السكريات المختزلة والكايتنيز الخارجي chitobioase ) ) التي تحرر وحدات السكر الامينيN - acetyl D - glucosamine )) ، وكانت فعالية الكايتنيز الخارجي اعلى من الداخلي عموما ، وتبين ان الاوساط السائله تعطي انتاجية اعلى من اوساط التخمر الصلبة. نميت البكتيريا في الوسط السائل بظروف مختلفة ، ووجد ان الظروف الافضل لانتاج الانزيم هي اضافة البكتريا بعدد خلايا 104 × 2.2 خلية / مل الى الوسط الحاوي على الببتون بوصفه مصدرا للنتروجين 2 % من الكايتين الغروي وحضنها بدرجة 30 م عند الرقم الهيدروجيني ( 7 ) لمدة 4 ايام في الحاضنة الهزازة بسرعة 150 دورة / دقيقة ،وبلغت الانتاجية 9.5 وحدة/ملغم بروتين. رسب الكايتنيز في وسط الانتاج بعد تنمية العزلةmarcescenas A1S Serratia باضافة كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 75% ، وكانت الفعالية النوعية 9وحدة/ ملغم بروتين , وقد حققت هذه الخطوه تنقية جزئيه للانزيم وكان عدد مرات التنقيه5.6 بحصيله انزيميه مقدارها%80 . درست بعض العوامل المؤثره في فعالية وثبات الانزيم ، ولوحظ ان الرقم الهيدروجيني 7 هو الافضل للفعالية ، وتراوحت الارقام المفضلة لثباته بين 6 - 9 , وكانت اقصى فعالية للانزيم عند درجة 30 م . احتفظ الانزيم بنسبة 65 - 100 % عند حضنه بدرجات حرارة تراوح من 30 - 60 م لمدة 30 دقيقة ، وبقى محتفظا بـ 57 % من فعالية عند درجة 80 م. درس تاثيربعض المواد والمثبطات في فعالية الكايتنيز ولوحظ عدم تاثر الانزيم بـ EDTA وازايد الصوديوم والـPMSF بتركيز5 و10 ملي مولار . درس تاثير بعض الايونات الفلزية في فعالية الكايتنيز ولوحظت زيادة فعالية الانزيم عند حضنه مع ايونات الصوديوم Na+2 اذ وصلت الى 150 % . لم يتاثر الانزيم بايونات Mn +2 ، وFe+2 ،و Ca +2 ،و 2+ K وثبطت فعالية الانزيم عند معاملته بايونات Cu +² Zn +2, , Hg+2 بتركيز 5 ملي مولار اذ انخفضت الفعالية الى 31 , 50 , 55 % على التوالي وانخفضت الفعالية الى 25 ، 43 ، 50 % بتركيز 10 ملي مولار على التوالي عند المعاملة بهذه الايونات . قيست الفعالية المضادة للانزيم اتجاه انواع مختلفة من الكائنات الحية ، وبينت النتائج ان للانزيم فعالية مثبطة واضحة ضد خميرة الـ Candida albicans , حيث ظهرت مناطق عدم نمو واضحه للخميرة المعاملة بالانزيم ، وعند معاملةالقواقع البحرية Achatina fulica بالكايتنيز ظهرت تغيرات مظهرية عليها اذ لوحظ تنخر في اصدافها وفقدان فعاليتها. بينت النتائج ان تعريض يرقات حشرة خنفساء الطحين المتشابه Tribolium confusum للكايتنيز له تاثير قاتل للحشرة حيث فقدت حيويتها ، وظهر تحلل كامل في طبقة الكايتين التي تغلف سطح جسم اليرقة. يتضح من هذه النتائج ان الكايتنيز المنتج منmarcescenis A1S Serratia له فعالية مضادة لانواع مختلفة من الكائنات ، ويمكن استعماله بديلا للمواد الكميائية في القضاء على مثل هذه الاحياء | Fifteen Serratia isolatesd were obtained from different sources the ability of chitinase production from thes isolates was studied .Semi quantative and quantative screening appeared that Serratia marcescensA1S was the highest chitinase producer . The bacteria was cultured in different liquid and solid state fermentation media(SSF) , different plant sbstanaes were used for (SSF) with or without chitin , while liquid media containet chitin with different nitrogen source By measurements of reducing sugars and N - acetylD - glucosamine it was show this Serratia marcescensA1S produces endochitinase & exochitinase . the activity of exochitinase was higer than that of endochitinase the liquid media gaive higer chitinase production than the (SSF) Serratia marcescensA1S was grow in liquid media under tdifferent condiations and chitinase production was different favorable condtion for chitinase production were inoculation with 2.2 ×104 cell/ ml of bacteria in media containing 2 % chitin with peptone as nitrogen source , at pH 7, and incubated at 30 Cº in shakeing incubater with 150 rpm for 4 days Chitinase production reachet 9.7 unit/mg protein in these condation , Chitinase was precipitated from production media by 75 % saturation of ammonium sulphat with 9 unit/mg protein specific activity , the enzyme obtained from this step was partially purifed with 5.6 fold of purifaction and 80 % recovery . The effect of some facter on enzyme activity and stability were studied ,the optimum PH enzyme activity was 7and the favorites pH for enzyme stability ranged between 6 - 9 , the maximum activity was at 30 Cº, 100 - 65 % of enzyme activity mentained at 30 - 60 C º for 30 min and 57% at 80 Cº. EDTA ,Sodium azide and phenylmethane sulfonyl fluoride (PMSF) have no effect on chitinase activity with 5,10mM . The enzyme was treated with different metal ions , Na+2 increase enzyme activity , since it reached to150 % Mn2+ ,Fe +² ,Ca+2 , K+2, have no effect , while Cu2+, Zn+2, and Hg+2 at 5 Mm decreaced enzyme activity to 31 , 50 , 55 % respectivily and to 25 ، 43 ، 50% when it was treated with 10mM of these ions respectivily . The antibiotic activity of the chitinase against different organisms was determined , the enzyme inhibited Candida albicans growth, aclear zon appeared in the medium cultured with the yeast (treated with enzyme). Many chang appeared on sea snail Achatina fulica treated with enzyme, there was many pores on the shells , and the animal lost its viability . Flour beetle Tribolium confusum died when it was sprayed with chitinase, the chitin layer covered the Insecte body degredated after the treatment . From the above results it can be concluded that chitinase produced from Serratia marcescensA1S has antibiotic activity for different organismes , and it can be used as biocidal compound instead of chemical compounds for destroying or killing the harmful organisms

التحري الجزيئي عن جين الضراوة rmp لبكتيريا Neisseria gonorrhoeae المعزولة محليا من المرضى البالغين == Molecular Detection of Virulance rmp Gene in Neisseria gonorrhoeae Isolated from Adult patients

Author name: مهـند كـريم عنيد الساعدي
Supervisor name: نورية عبد الحسين علي
General topic: Biology
Specific topic: Biotechnologies
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study included 80 clinical samples from patients suspected to have gonorrhoea (a urine sample and two direct smears from each patient) from different areas of Baghdad, the Kut and Suwairah regions, from private clinics and laboratories for the time period from November 2011 till June 2012. Cases caused by gonococci were diagnosed by finding the Neisseria gonorrhoeae bacteria in the samples using microscopic examination and culturing on media cultures for all the 80 samples which included 17 (21.25 %) women and 63 (78.75 %) men. Microscopy and culture revealed that 47 out of the 80 (58.75 %) samples were positive : 35(43.75 %) of them diagnosed by both microscopy and culture on chocolate agar, Neisseria media and modified Thayer - Martin media; while 9 (11.25 %) samples were diagnosed by microscopy alone (cultures were negative) and the remaining 3 (3.75 %) samples by culture alone (microscopy was negative). Results of the genetic diagnosis looking for the bacteria causing gonorrhoea using primers specific for the rmp gene which were specially designed for this study revealed that 77 (96.25 %) of the direct smears and 75 (93.75 %) of the urine samples were positive. Results of the Nitrogen bases sequence of the PCR technology of the samples in this study revealed consistency reaching up to 99 % with the Nitrogen bases sequence of the rmp gene present in the N. gonorrhoeae strain of the WHO. This study presented high specificity and sensitivity for the diagnosis of gonorrhoea using the PCR technology which is cheaper and faster than the conventional methods currently used in the hospitals and laboratories.

دراسة تاثير بعض العوامل البيئية والمطهرات على التصاق بكتريا Proteus vulgaris على بعض الاسطح صلبة == Study The Effect of Certain Ecological Factors and Disinfectants on Proteus vulgaris Adherence to Certain Solid Surfaces

Author name: منال سلمان محمد كسار
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 430عينة سريرية ونماذج بيئية للفترة من تشرين الاول 2009 لغاية اذار 2010 من عدد من مستشفيات بغداد بواسطة مسحات قطنية معقمة ومغلقة. جمعت 220 عينة سريرية شملت الادرار ومسحات الجروح ومسحات للاذن وخراج الكبد ; وجمعت 210 نموذج من بيئة المستشفيات شملت والارضيات والجدران واسرة المرضى ووحدات العناية المركزة وغرف الاطفال الخدج والهواء عن طريق فتح الاطباق المحتوية وسط اكار المكونكي لمدة دقيقة واحدة . تبعا للصفات المظهرية والاختبارات الكيموحيوية تم الحصول على 32 عزلة شخصت لجنس Proteus التي تم غربلتها وحددت العزلة الاكفا انتاجا للطبقة اللزجة) (slime layer ودراسة تاثير قيم مختلفة من الحرارة والاس الهيدروجيني على نمو هذه البكتريا ودراسة عملية التصاق هذه البكتريا على الاسطح الصلبة وتاثير الحرارة والمطهرات على عملية الالتصاق وعمل دمج بين المطهرات الكيمائية وتاثيرها على الالتصاق . ونتائج هذه الدراسة يمكن ان تلخص بما يلي : - 1.اظهرت النتائج اعتمادا" على الاختبارات الكيمو حيوية و20E system - APIان نسية عزل بكتريا Proteus spp. كانت11,3% للعزلات السريرية بواقع 25 عزلة من مجموع 220 عينة سريرية واكثر عدد عزلات كان من الادرار)13عزلة ) بينما كانت نسبة العزلات البيئية 3, 3 % فقط بواقع 7 عزلات من مجموع 210 نموذج بيئي اخذ من مواقع مختلفة من بيئة المستشفيات واكثر عدد عزلات من وحدة العناية المركزة(3 عزلات). النوعين P. mirabilis وP. Vulgaris هما النوعان السائدان وp. mirabilis ذات نسبة عزل اكثر في العينات السريرية والنماذج البيئية حيث تشكل 87% بينما P. vulgaris فقط 13% من عزلات Proteus .. 2اختبرت كل العزلات عن قابليتها على انتاج الطبقة اللزجة (Slime layer) بطريقة احمر الكونكو(Congo red agar method) وطريقة كريستينس (Christensen method) واظهرت النتائج بان جميع العزلات التابعة للنوع Proteus vulgaris كانت منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين في حين كانت جميع العزلات التابعة للنوع P. mirabilis غير منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين . 3. العزلة الاكفا في انتاجها للطبقة اللزجة والاجدر في اختيارها لاجراء باقي تجارب الدراسة من بين عزلات بكتريا P. vulgaris هي العزلة (U3) المعزولة من عينة الادرار .4. درجة حرارة المثلى لنمو بكتريا P. vulgaris (U3) كانت 37° ﻢ في حين ان الاس الهيدروجيني الامثل كان7 .5.عن طريق اجراء اختبار الفة البكتريا للزايلين تم قياس قيمة صفة الاسطح الكاره للماء لعزلات P. vulgaris وقد تراوحت القيم 42 - 50 % الذي يعنني امتلاك جميع العزلات سطوح كارهة للماء.6.عن طريق اجراء دراسة مقارنة عن قابلية بكتريا P. vulgaris (U3) في الالتصاق على ثلاثة سطوح صلبة (stainless steel, polyurethane and glass surface )المستخدمة في تصنيع العدد الطبية والجراحية فقد اظهرت نتائج الدراسة ان سطح الفولاذ المقاوم للصدا (stainless steel ) كان اكثر السطوح جذبا للبكتريا يليه سطح البولي يوريثين بينما كانت السطوح الزجاجية الاقل جذبا للبكتريا عند درجة حرارة 37° ﻢ. 7. لوحظ زيادة في قابلية البكتريا في الالتصاق على السطوح الصلبة عند درجة حرارة 4 ° ﻢ وعند 40° ﻢ مقارنة مع التصاق هذه البكتريا على نفس السطوح عند درجة حرارة 37° ﻢ.8.كانت قيم التراكيز المثبطة الدنيا للمطهرات (MIC) لبكتريا P. vulgaris (U3) كالاتي : 400 مايكروغرام ⁄مللترللمطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورات و1500 مايكروغرام ⁄مللتر للمطهر الكيميائي اليود و230 مايكرو غرام ⁄ مللتر للمطهر الكيميائي الديتول واخيرا السافلون الذي كانت قيمة التركيز المثبط الادنى له 90 مايكرو غرام ⁄ مللتر في حين اظهرت النتائج بان المطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورايت كان اكفا مطهر من بين المطهرات الاربع في قابليته في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة يليه اليود ثم الديتول واخيرا السافلون عند التركيز المثبط الادنى لهذه المطهرات 9. اظهرت نتائج خلط المطهرات بان جميع حالات الدمج بين المطهرات الكيميائية كانت اكفا في ازالة البكتريا لملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة مقارنة بالمطهر الكيميائي الديتول والسافلون عند استخدامهما بصورة منفردة باعتبار ان هذين المطهرين الاقل كفاءة في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الصلبةوكفا حالات خلط المطهرات فكان .½ MIC of povidone - iodine +½MIC of savlon. : | From October 2009 to March 2010 ,430 specimens and samples were collected from different Baghdad s' hospitals using aseptic capped cotton swabs submerged in sterile nutrient broth. The clinical specimens were two hundred twenty included urine ,ear swabs ,wound swabs ,vaginal swabs and liver abscess, while ,the samples were two hundred ten collected from hospitals' environment included tables ,beds ,floors, walls ,infantsʹrooms and air by open the dish that contain MaCconkey agar for one min .According to morphological characteristics and biochemical tests 32 of Proteus isolates were obtained. All isolates were tested for slime layer producing . The more efficient isolate to produce slime layer was chosen to study effect of different values of temperature and pH on the growth of Proteus ,the ability of Proteus to adhere to three solid surfaces ( stainless steel , polyurethane and glass surface ) and study the effect of different values of temperature and four chemical disinfectants(separate and in combination) on adherence process. The results of this study could be summarized as follows : 1.Depending on the biochemical tests and API 20 E system results, Proteus spp. represent 11.3% of microorganisms isolated from clinical specimens and only 3.3% of microorganisms isolated from environmental samples. Proteus mirabilis and Proteus vulgaris were the dominant Proteus species, P. mirabilis was the highest Proteus spp. isolation percentage among the clinical specimens and hospitals' environment samples which was 87 %; while P. vulgaris was only 13% of Proteus spp.The urine gave the highest isolation number among clinical specimens( 13 Proteus isolates) , whereas intensive care unit (ICU) gave the highest isolation number among hospitals' environment samples(3 Proteus isolates). 2. All the Proteus isolates were tested for production of slime layer by Congo red agar and Christensen method. The results showed that all of P. vulgaris isolates gave positive results for two methods whereas all of P. mirabilis isolates showed negative result for two methods.3. P. vulgaris (U3) was the most slime layer producing among P. vulgaris isolates so it was selected for further experiments.4.The effect of different temperature values and pH values on P. vulgaris (U3) showed that optimum growth temperature was 37°C and the optimum pH for growth was 7.5. By using affinity of bacteria to xylene test ,the P. vugaris isolates were tested for measuring hydrophobicity cell surface .The results showed that the values of hydrophobicity test ranged 42 - 50% which meant that all isolates of P. vulgaris had hydrophobic cell surface.6. Comparing study of the ability of P. vulgaris(U3) to adhere on three solid surface materials used for manufacturing of medical ,surgery and health care devices,it was stated in this study that the stainless steel was the most attractive surface to the bacteria followed by polyurethane while the least ability to attract the bacteria was glass surface at 37°C.7. P. vulgaris(U3) adherence on solid surface was observed at the low temperature 4°C and high temperature 40°C better than at 37°C.8. The MIC values of chemical disinfectants for P. vulgaris were as follows bleach was 400µg/ml, iodine solution 1500µg/ml , dettol 230µg/ml and savlon was90µg/ml. and the bleach at MIC concentration was the most efficient disinfectants than other disinfectants in its ability to remove the adherent bacteria on three solid surfaces followed by iodine solution ,dettol then savlon.9 .The results of disinfectants combination showed that all the combinations were more efficient in removing of adherent bacterial cells than dettol and savlon when they were used alone and the combination between ½MICof iodine solution + ½MICof savlon was the most efficienty to remove adherent bacteria on solid surface than other combinations.

انتاج انزيم الاميليز من بكتريا Bacillus licheniformis Bs7 وتقييد الخلايا المنتجة له بالاقتناص والامتزاز == Production of amylase from Bacillus licheniformis Bs7and immobilization of the producing cells by entrapment and adsorption

Author name: مريم باسم انيس
Supervisor name: سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 50 عزلة عائدة لجنس Bacillus من مصادر بيئية مختلفة شملت التربة ,الماء والغذاء. اختبرت قدرة هذه العزلات على انتاج انزيم الاميليز, وبينت نتائج الغربلة على ان العزلة Bacillus Bs7 المعزولة من التربة هي الاغرز انتاجا والتي شخصت على انها احدى سلالاتBacillus licheniformis.درست الظروف المؤثرة في انتاج الاميليز, ولوحظ ان اعلى انتاجية تكون عند زرع البكتريا في وسط S.Y.P. الحاوي على 1%نشا,0.2% مستخلص الخميرة, 0.5% ببتون, 0.4% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.015% كلوريد الكاليسيوم, برقم هيدروجيني 7 وحضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 150 دورة/دقيقة.رسب انزيم الاميليز بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 70% وكانت الففعالية نوعية 540 وحدة/ملغم بروتين بعدد مرات تنقية 1.2وبحصيلة انزيمية مقدارها48%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 وانزيم الاميليز المنقى جزئيا بتقنية الاقتناص (Entrapment) داخل الجينات الكاليسيوم والاكار وعديد الاكريلامايد وتبين ان الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم احتفظت ب110% من الفعالية الانزيمية بعد مرور 5 دقائق من زمن التفاعل يليها الاكار ثم عديد الاكريلامايد بفعالية متبقية 75%و 61% على التوالي مقارنة مع الخلايا الحرة التي امتلكت فعالية انزيمية 94% بعد مرور5 دقائق من زمن التفاعل كما احتفظت الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم ب 50% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 60 دقيقة من زمن التفاعل في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 37% من فعاليتها بنفس الوقت. اما الانزيم المقيد داخل الجينات الكاليسيوم فقد احتفظ ب 85% من فعاليته الانزيمية بعد مرور 5 دقائق يليه الاكار 70% ثم عديد الاكريلامايد 50% مقارنة مع الانزيم الحر حيث احتفظ بفعالية انزيمية قدرها 79%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 بطريقة الامتزاز (Adsorption) على السطوح الصلبة لمواد مختلفة شملت الفحم والقطن والنايلون ونشارة الخشب وعديد استارين والسيفاديكس G - 150, ثنائي اثيل امينو اثيل Sephadex - DEAE.احتفظت الخلايا المقيدة بنشارة الخشب باعلى فعالية انزيمية بلغت 128% عند حضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 5 دقائق و79% عند حضنها لمدة 30 دقيقة بالمقارنة مع الخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 87% و40% على التوالي في الظروف نفسها.وجد ان درجة الحرارة 50م هي الدرجة الحرارية التي تظهر اعلى فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب حيث احتفظت ب 125% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 5 دقائق مقارنة بالخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 88% بعد مرور 5 دقائق.وعند تعرض الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لدرجات حرارية مختلفة تراوحت بين 40 - 70 م لوحظ ان الخلايا المقيدة احتفظت ب 123% من فعاليتها بدرجة 60 م و97% بدرجة 70م في حين كانت هذه النسبة للخلايا الحرة 94% و70% على التوالي.وكان افضل رقم هيدروجيني للمحافظة على فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب هو 7 حيث بقت الخلايا المقيدة محتفظة ب 129% من فعاليتها في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 90%.جرى استخدام الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لثمان دورات. حيث لوحظ امكانية اعادة استخدام الخلايا المقيدة للدورات الثلاثة الاولى بفعالية متبقية مقدارها 95% و49% للدورات الثلاثة الاخرى وانخفضت الفعالية الى 30% في الدورة الثامنة.اختبرت قابلية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب على ازالة البقع من الالبسة حيث لوحظ ان استخدام الخلايا المقيدة مع المنظفات افضل في ازالة البقع عن الالبسة من المنظفات لوحدها. | Fifty isolates belong to Bacillus spp. were isolated from different sources including soil, water and food. The ability of amylase production by these isolates was screened. Bacillus Bs7 which isolated from soil was the highest amylase producer; it was identified as a strain of Bacillus licheniformis. Optimal condition for α - amylase production were studied and the highest production of amylase was obtained when the bacteria were cultured in S.Y.P medium which contained 1% starch, 0.2% yeast extract, 0.5% peptone, 0.05% Mgso4 , 0.05% Nacl and 0.015% Cacl2 at pH 7 and incubated at 50˚C in shaking incubator at 150 rpm for 48hrs. Amylase was extracted by 70% ammonium sulphate precipitation and the specific activity was 849 u/mg protein. B. licheniformis Bs7 cells and partially purified amylase were immobilized by entrapment methods in calcium alginate, agar and polyacrylamide. The immobilized cells into calcium alginate retained 110% of enzyme activity after 5 minutes followed by agar and polyacrylamide with remaining activity 75% and 61%, respectively when compared with the free cells that have enzyme activity of 94% after the same time. Immobilized cells into calcium alginate retained 50% of enzyme activity after 60 min while free cells had remaining activityof 37% after the same time. Amylase that immobilized into calcium alginate retained 85% of enzyme activity after 5 min followed by agar and polyacrylamide that retained 70% and 50% of enzyme activity respectively, compared with the free enzyme with remaining activity of 79%. B. licheniformis Bs7 cells were immobilized by adsorption method on solid surfaces of different carriers including charcoal, cotton, nylon, sawdust, polystyrene, sephadex G - 150 and DEAE - sephadex. The immobilized cells on sawdust showed maximum enzyme activity of 128% when incubated at 50˚C for 5 min and 79% after 30 min incubation compared with free cells that showed 87% and 40% enzyme activity respectively at the same times. Optimum temperature for the activity of immobilized cells on sawdust was 50˚C which had 125% of enzyme activity after 5 min compared to free cells with remaining activity of 88% after the same time. Immobilized cells on sawdust when incubated at different temperatures ranged between 40 - 70˚C for 5 min, revealed that the immobilized cells had retained 123% of activity at 60˚C and 97% at 70˚C compared to the free cells which retained 94% and 70% at the two temperatures respectively. The optimum pH that kept the activity of immobilized cells on sawdust was 7 with remaining activity of 129% while free cells kept 90% of activity at this pH value. The immobilized cells on sawdust were repeatedly used for 8 cycles. The immobilized cells showed the maximum enzyme activity during the first three cycles with remaining activity of 95%, and 49% for the second three cycles; the remaining activity was reduced to 30% in eighth cycle. The ability of immobilized cells on sawdust to remove the stains from clothes was tested. The results showed that the ability of immobilized cells with detergents for removing stains was better than detergent alone.

تكون الغشاء الحيوي بوساطة Klebsiella pneumoniae الملوثة للمثبتات الخارجية ومقاومته لمضادات الحياة == Biofilm Formation by The External Fixators Contaminating Klebsiella pneumoniae and Its Antibiotic Resistance

Author name: مروى حميد مطشر الخفاجي
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شخصت 98 عزلة بكتيرية منماة بظروف هوائية من مجموع 100 عينة سريرية ماخوذه من الاخماج المصاحبة للمثبتات الخارجية المستعملة في جراحة العظام والكسور. شكلت البكتريا السالبة لملون غرام اعلى نسبة 51% (50 عزلة) من المجموع الكلي للعزلات، في حين شكلت البكتريا الموجبة لملون غرام 49% (48 عزلة) منها ، وكانت بكتريا Klebsiella pneumoniae هي المسبب الاكثر شيوعا لهذه الاخماج اذ عزلت بنسبة 74% (37 عزلة) من المجموع الكلي للعزلات السالبة لملون غرام . اجري اختبار حساسية عزلات K. pneumoniae لمضادات الحياة ، وتبين ان العزلات جميعها كانت حساسة لمضاد Amikacin (100%) ، ومقاومة للمضادات : Ampicillin ، وCefalexine ، وCefalothin ، وCefotaxime ، وCiprofloxacin ، وRifampin بنسبة 100% ، وقد كانت نسبة مقاومتها لمضادات Ceftazidime ، وStreptomycin ، وTobramycin ، وGentamycin ، وNeomycin ، وNitrofurantoin ، وNorfloxacin ، وTetracycline ، وNalidixic acid 94.5% و86.5% و86.5% و67.5% و59.5% و37.8% و35.1% و32.5% و24.3% وعلى التوالي . تم تحديد التراكيز المثبطة الدنيا لعزلات بكتريا K. pneumoniae لمضادات الحياة Cefotaxime ، وCeftazidime ، وNalidixic acid ، وAmikacin فبلغت 1024 مايكروغرام/مليليتر، و128 مايكروغرام/مليليتر، و64 مايكروغرام/مليليتر، و16 مايكروغرام/مليليتر على التوالي للعزلة K13 ، و1024 مايكروغرام/مليليتر، و64 مايكروغرام/مليليتر، و16 مايكروغرام/مليليتر، و4 مايكروغرام/مليليتر على التوالي للعزلة K51 . كما تم تحديد التراكيز القاتلة الدنيا لهذه المضادات وتراوحت مابين اكثر من 1024 مايكروغرام/مليليتر، و1024 مايكروغرام/مليليتر، و128 مايكروغرام/مليليتر، و32 مايكروغرام/مليليتر، على التوالي للعزلة K13 ، واكثر من 1024 مايكروغرام/مليليتر، و256 مايكروغرام/مليليتر، و32 مايكروغرام/مليليتر، و8 مايكروغرام/مليليتر على التوالي للعزلة K51. تم التحري عن قابلية عزلات K. pneumoniae على انتاج الطبقة اللزجة ، واظهرت نتائج طريقة الفحص بالانابيب ان 83.8% (31عزلة) كانت منتجة للطبقة اللزجة ، في حين اظهرت طريقة احمر الكونغو ان 97.3% (36عزلة) كانت منتجة للطبقة اللزجة . تم التحري عن فوعة عزلات K. pneumoniae المعزولة من الاخماج المصاحبة للمثبتات الخارجية وذلك باختبار قابليتها لربط البنفسج البلوري وكانت العزلات جميعها فائعة (Virulent) . اختبرت قدرة عزلات K. pneumoniae على انتاج الغشاء الحيوي باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة فاظهرت النتائج ان العزلات جميعها كانت منتجة للغشاء الحيوي لكن بدرجات سمك متفاوتة ، وتراوحت قيم الامتصاصية مابين (0.111 - 2.899)، وكانت العزلة K13 هي العزلة الاكثر فعالية في انتاج الغشاء الحيوي حيث سجلت اعلى قيمة امتصاصية 2.899 . اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا من مضادات الحياة Cefotaxime ، وCeftazidime ، وNalidixic acid ، وAmikacin في الاغشية الحيوية المتكونة بفعل العزلتين K13وK51 في اطباق المعايرة الدقيقة باعمار مختلفة 24 ساعة و48 ساعة ، واظهرت النتائج ان هذه التراكيز ثبطت التصاق البكتريا على سطح البولي ستيرين مما ادى الى انفصال الغشاء الحيوي ، كما تبين ان الاغشية الحيوية الاقدم اكثر مقاومة للعوامل ضد الميكروبية . تم تحديد التراكيز المثبطة الدنيا للغشاء الحيوي واظهرت النتائج انها اكبر بثلاث او اربع مرات من التراكيز المثبطة الدنيا لعزلات K. pneumoniae العالقة في الوسط الزرعي | Out of 100 clinical samples taken from infected external fixation devices used in orthopedic surgery 98 bacterial isolates grown in aerobic conditions had been diagnosed. The higher ratio 51% (50 isolates) of the total number of the isolates occupied by gram negative bacteria while gram positive bacteria represented the rest 49% (48 isolate) , Klebsiella pneumoniae was the most common aetiological agent of these infections which accounted 74% (37 isolates) of the total number of gram negative bacterial isolates. The sensitivity test against different antibiotics was done. It was found that all K. pneumoniae isolates (100%) were sensitive to Amikacin and resistant to Ampicillin, Cefalexine, Cefalothin, Cefotaxime, Ciprofloxacin, and Rifampin . While their resistance percetage to the antibiotics Ceftazidime, Streptomycin, Tobramycin, Gentamycin, Neomycin, Nitrofurantoin, Norfloxacin, Tetracycline, and Nalidixic acid were 94.5% , 86.5% , 86.5% , 67.5% , 59.5% , 37.8% , 35.1% , 32.5% , 24.3% respectively. Minimum inhibitory concentrations to K. pneumoniae isolates had been determined for the antibiotics Cefotaxime, Ceftazidime, Nalidixic acid, and Amikacin , they were 1024 Mcg/ml , 128 Mcg/ml , 64 Mcg/ml , and 16 Mcg/ml respectively for the isolate K13 , and they were 1024 Mcg/ml , 64 Mcg/ml, 16 Mcg/ml, and 4 Mcg/ml respectively for the isolate K51. Minimum bactericidal concentrations for the same antibiotics had been estimated and they were higher than 1024 Mcg/ml, 1024 Mcg/ml, 128 Mcg/ml, and 32 Mcg/ml respectively for K13 isolate, and higher than 1024 Mcg/ml, 256 Mcg/ml, 32 Mcg/ml, and 8 Mcg/ml respectively for the isolate K51. The ability of K.pneumoniae isolates to produce slime layer was detected , the results revealed that 83.3% (31 isolates) were slime layer producers by tube method, while 97.3% (36 isolates) were slime producers by congo red method. The virulence of K.pneumoniae isolates isolated from external fixators infections had been detected via detection the crystal violet binding ability of these isolates, all the isolates were virulent. The ability of K.pneumoniae isolates to produce the biofilm had been tested by using microtiter plates , results revealed that all the isolates were biofilm producers with different thickness degrees, absorbance values rendered between (0.111 - 2.899) , K13 was the best biofilm producer isolate, it,s absorbance value was 2.899 . The effect of subinhibitory concentrations of the antibiotics Cefotaxime, Ceftazidime, Nalidixic acid, and Amikacin , on biofilms formed by K13 and K51 isolates in microtiterplates in different ages , 24 hr and 48 hr had been tested , results revealed that these concentrations inhibited bacterial adhesion on polysteren surface and consequently causes biofilm detachment , also it was demonstrated that aged biofilms are more resistant to antimicrobial agents . Minimum inhibitory concentrations for the biofilm had been estimated, and the results revealed that these concentrations were three to four times higher than minimum inhibitory concentrations for the planktonic K.pneumoniae isolates.

استخلاص بكتريوسين من العنقوديات الذهبية لعينات سريرية واختبار قدرته العلاجية وتاثيره في الخلايا السرطانية والطبيعية == Extract bacteriocin from Staphylococcus.aureus of clinical samples and test it´s curing ability and effects in cancerous and normal cells

Author name: اسما سميع افرام كرومي
Supervisor name: ناهي يوسف ياسين | علي صالح حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Tikrit University - Faculty Of Education
Language: Arabic
University location: Salahaddin
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة لغرض تقييم القدرة العلاجية للبكتريوسينات المنتجة بواسطة عزلات سريرية من بكتريا المكورات العنقودية الذهبيةStapylococus aureus ضد الاورام السرطانية للغدة اللبنية المغروسة في اناث الفئران البيضاء ودراسة تاثيراتها في الخلايا اللمفاوية لمزارع الدم الكامل للانسان وخمس من خطوط الخلايا السرطانية والطبيعية المعاملة في الزجاج.اشتملت الدراسة على ما ياتي : - عزل وتشخيص افراد النوع Stapylococus aureus من عينات سريرية لاصابات جرثومية معظمها من جروح(33عينة) وحروق(13عينة) ودمامل(33) من مرضى راقدين في مستشفيات السلام, الخنساء, ابن الاثير, ابن سينا والمستشفى الجمهوري في محافظة نينوى للمدة من الاول من شباط ولغاية الاول من اب للعام 2007 , عزل وتوصيف السلالات المنتجة للبكتريوسينات, استخلاص البكتريوسينات المنتجة بواسطة السلالات الكفوءة, تنقية وتوصيف البكتريوسينات المستخلصة, تقييم القدرة العلاجية للبكتريوسينات المستخلصة ضد الاورام السرطانية للغدة اللبنية المغروسة في اناث الفئران البيضاء, تقدير تاثير البكتريوسين المستخلص في الخلايا اللمفاوية لمزارع الدم الكامل للانسان المعاملة في الزجاج, وتقدير تاثير البكتريوسين المستخلص في خمس من خطوط الخلايا السرطانية والطبيعية.تم التقييم باستعمال الطرق الاتية : - تقدير الشذوذ الكروموسومي في خلايا نقي العظم, تقدير الشذوذ الكروموسومي في الخلايا المولدة للنطف, تقدير التشوهات المظهرية في النطف الناضجة, تقدير التلف الوراثي في الخلايا الكبدية بواسطة تقنية Comet assay, تقدير التلف الوراثي في الخلايا اللمفاوية للانسان بواسطة اختبار النواة الصغرى واختبار تبادلات الكروماتيدات الشقيقة, تقدير التاثير التثبيطي في نمو الخلايا السرطانية والطبيعية الناتج عن المعاملة مع تركيزات مختلفة من البكتريوسين ولفترات زمنية مختلفة.تم الحصول على (163) عزلة نقية لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية من اصل (250) عينة سريريه جمعت من اصابات الجروح والحروق والدمامل. كانت 14\ 163 عزلة منتجة كفوءة وقد ظهر ان عزلتين منها كانت احداها ذات فعل محلل للدنا ومحطمة للغشاء السايتوبلازمي اما الثانية فكانت ذات فعل محلل للدنا وليس لها تاثير على الغشاء الخلوي, وهما العزلتين التي تم استخدامهما في انتاج البكتريوسينات التي تم اختبار تاثيراتها في هذه الدراسة. اظهرت العزلات المستخدمة في الدراسة مقاومة متباينة لخمسة عشر نوعا من المضادات الحيوية.تم استخلاص البكتريوسين وكان من النوع الحر غير المرتبط, وقد اظهر ثباتية عند الخزن بدرجة 4ﹾ م. رسب البكتريوسين بواسطة كبريتات الامونيوم واجري الفصل بواسطة عمود السيفادكس 100G, ثم جفدت المادة وتم وزن المسحوق واستخدامه في تحديد الجرعة المميتة النصفية وكانت قيمتها210,215mg/kg.bw. والجرعات المستخدمة في المعاملات العلاجية ودراسة السمية الوراثية وهي 2 /1 و10 /1 قيمة LD50 . واستخدمت الجرعة100 /1 من قيمة LD50 وسلسة التخفيفات النصفية لها في معاملة الخلايا اللمفاوية لمزارع الدم الكامل للانسان وخطوط الخلايا السرطانية والطبيعية. ترافقت انواع الشذوذ الكروموسومي مع ازدياد حجم الورم المغروس في الفئران وكانت على نوعين, شذوذ تركيبي بشكل كسر كروموسومية وسلسلة رباعية, اما بالنسبة للشذوذ العددي فكان من نوع الوهن السنتروميري والانقسام الميتوزي الداخلي. كما اظهرت المعاملة داخل الجسم مع البكتريوسين انواع من الشذوذ الكروموسومي في كل من خلايا نقي العظم والخلايا الابتدائية المولدة للنطف, حيث لوحظت السلسلة الرباعية واحاديات X - Y والاحاديات الجسميةو التعدد المجموعي الكروموسومي. اما بالنسبة للتشوهات في الشكل الظاهري للنطفة الناضجة فقد لحظ الراس غير المنتظم, الراس فاقد النتوء , الراس الصغير, الراس الكبير والراس الشبيه بالموز, كما لحظ الذيل الملتف. تسببت المعاملة العلاجية مع كل من المستخلصينB6 وB11 الى تحسن الفعالية الميتوزية وخفض حدوث انواع الشذوذ الكروموسومي التركيبي والعددي, حيث كان متوسط مجموع احداث الشذوذ الكروموسومي 8.4±0.25 بعد نمو الورم المغروس واصبح بعد المعاملة العلاجية 4.5±0.22 مع المستخلصB6, 2.0±0.005 مع المستخلصB11 بالمقارنة مع 1.8±0.009 في مجموعة السيطرة السالبة, وهذا يشير الى فروق معنوية عند مستوى p<0.05. كما تبين ان لطول فترة المعاملة بعد الغرس مع كلا الجرعتين العلاجيتين تاثيرا في نسبة خفض احداث الشذوذ الكروموسومي, حيث انخفضت متوسطاتها من 8.8±0.28 الى 4.0±0.02 بعد ثلاث اسابيع والى 5.0±0.02 بعد ستة اسابيع مع1\ 10 من قيمةLD50 و5.0±0.02بعد ثلاث اسابيع و4.0±0.01 مع1\2 قيمة LD50 وهذا يشير الى ان الجرعة الاولى تفقد تاثيرها مع ازدياد فترة المعاملة في حين ان الجرعة الثانية تكون اكثر تاثيرا مع ازدياد فترة المعاملة.تسببت المعاملة داخل الجسم لذكور الفئران مع الجرعتين العلاجية 1\ 10 و1\ 2 من قيمة LD50 في حث انواع الشذوذ الكروموسومي حيث كان متوسط مجموع انواع الشذوذ التركيبي 4.0±0.17, 4.1±0.13 مع1/10و 1/2قيمة LD50 على التوالي من B6 و5.1±0.31, 5.1±0.14 معB11 وهي فروق معنوية عند مستوى p<0.05 بالمقارنة مع قيم السيطرة السالبة 2.1±0.1. اما بالنسبة لانواع الشذوذ العددي فقد كانت متوسطات مجموعها 8.0±0,3, 8.o±0,2 مع 1\ 10 و1\ 2 قيمة LD50 على التوالي بالنسبة للبكتريوسينB6, 7.6±0.1 و8.1±0.17 وهي فروق معنوية عند مستوىp< 0.05 بالمقارنة مع قيم السيطرة السالبة التي بلغت 1.8±0.009. كما تسببت المعاملة في خفض الفعالية الميتوزية MI, فقد ظهرت فروق معنوية عند مستوىp<0.05 بالمقارنة مع السيطرة السالبة 75.6±0.9 حيث بلغت 46.6±1.5, 43.0±0.3 مع البكتريوسينB6 و38.9±0.2, 37.2±0.3 مع البكتريوسينB11. وقد تسببت المعاملة لذكور الفئران البيضاء في حث انواع الشذوذ الكروموسومي في الخلايا الابتدائية المولدة للنطف حيث ظهرت فروق معنوية عند مستوىp<0.05 في متوسط مجموع الشذوذ التركيبي بالمقارنة مع السيطرة السالبة 1.8±0.17 في حين بلغت 3.4±0.6 و4.1±0.6 بالنسبة لB6, 7.9±2.6 و8.2±2.5 بالنسبة لB11. اما انواع الشذوذ العددي فقد ظهرت فروق معنوية عند مستوىp<0.05 في متوسط المجموع الكلي حيث بلغ 6.6±1.01 في السيطرة السالبة, 11.0±2.01 بعد ستة اسابيع من المعاملة مع المستخلصB11. وقد حثت تشوهات في الشكل الظاهري للنطف الناضجة بالمعاملة مع البكتريوسين, فقد ظهرت فروق معنوية عند مستوىp<0.05 في متوسط مجموع التشوهات حيث بلغت 19.8±0.73 في السيطرة في حين وصلت 23.0±1.0 مع B6, 26.8±1.15 معB11. تسببت المعاملة العلاجية بالبكتريوسين في خفض مستوى التلف في دنا الخلايا الكبدية للفئران الحاملة للاورام المغروسة, حيث لحظت فروق معنوية عند مستوىp<0.05 في قيم OTM والتي بلغت 0.19±0.03 في السيطرة السالبة, 3.73±0.69 في الفئران المغروسة وانخفضت بعد المعاملة العلاجية الى2.16±0.59, 0.998±0.32 بعد ثلاثة وسته اسابيع على التوالي مع B6. وبلغت2.72±0.576, 1.216±0.387 بعد ثلاثة وسته اسابيع على التوالي مع B11. كما تسببت المعاملة العلاجية في خفض معنوي عند مستوىp<0.05 للنسبة المئوية للخلايا الحاوية على الدنا المتضرر, حيث كانت نسبتها في السيطرة السالبة 98.5±9.0 وانخفضت الى87±0.78, 58.7±5.88 بعد ثلاث وست اسابيع على التوالي مع B6, اما مع B11 فقد بلغت 92±8.25, 64.8±7.21 بعد ثلاثة اسابيع وست اسابيع على التوالي. اما عند معاملة الخلايا اللمفاوية لمزارع الدم الكامل للانسان بتراكيز مختلفة من البكتريوسين فقد تم حث تكوين النوى الصغرى باسلوب معتمد على الجرعة حيث بلغ عددها في السيطرة السالبة 17 مع الواهب الاول و13 مع الواهب الثاني في حين تسببت التراكيز العالية في فروق معنوية عند مستوى p<0.05 وp<0.01 حيث بلغت 33 و35 مع التركيزين 100, 500 µg/ml على التوالي بالنسبة للواهب الاول. كما نتجت زيادة معنوية في متوسط مجموعSCEs مع التركيز500µg/ml بلغت 8.10±0.41 بالنسبة للواهب الاول ولم تلحظ زيادة معنوية بالنسبة للواهب الثاني مع B6, في حين حدثت زيادة معنوية عند مستوىp<0.05 وp<0.01, حيث بلغت 9.54±0.35 و9.54±0.33 مع التركيزين100, 500 µg/ml على التوالي مقارنة مع 7.14±0.35 بالنسبة للسيطرة السالبة مع الواهب الاول, وبلغت 9.74±0.50, 10.68±0.45 مع التركيزين نفسهما بالنسبة للواهب الثاني. اما عند معاملة خطوط الخلايا السرطانية والطبيعية فقد وجد تباينا في تاثير المستخلصين B6 وB11 اعتمادا على نوع الخلايا ومدة المعاملة. كما وجد تماثلا في الفعل القاتل الذي يوجهه المستخلصين مع بعض الاختلافات. بالنسبة للخط الخلوي AMN - 3 وجدت فروق معنوية عند مستوى p<0.05 في متوسط اعداد الخلايا الحية بعد 24 و48 ساعة من المعاملة مع التراكيز الواطئة ومع التركيز الاعلى بعد72 ساعة من المعاملة مع المستخلصين B6 وB11, اي ان الخلايا تزداد مقاومة مع طول مدة المعاملة. واختلف نمط التاثير بالنسبة للخط الخلوي RD اذ وجدت فروق معنوية عند مستوى p<0.05 في متوسط اعداد الخلايا الحية بعد المعاملة مع التراكيز العالية لمدة 24 ساعة واختفى التاثير عند المعاملة مع المستخلصين لمدة 48 ساعة ليعود فيظهر مع التراكيز الواطئة مما يشير الى احتمالية احداث تغيرات في المادة الوراثية للخلايا. وتماثل تاثير كل من المستخلصين في خلايا الخط الخلوي السرطاني Hela اذ لم توجد فروق معنوية بين السيطرة والمعاملة بعد 24 و48 ساعة بينما وجدت فروق معنوية عند مستوى p<0.05 في متوسط اعداد الخلايا الحية بعد المعاملة لمدة 72 ساعة ويشير هذا الى ازدياد التاثير في الخلايا مع طول مدة المعاملة وبالنسبة للخط الخلوي AMG وجدت فروق معنوية عند مستوى p<0.05في متوسط اعداد الخلايا الحية بعد 24, 48 ساعة من المعاملة مع التراكيز الواطئة واقتصر التاثير على التركيز الاعلى من المستخلصB6 والمستخلص B11 بعد 72 ساعة من المعاملة واما بالنسبة للخط الخلوي الطبيعي المتحول L20B, فقد تباين تاثير كل من المستخلصين B6 وB11 اذ وجدت فروق معنوية في متوسط اعداد الخلايا الحية بعد 24 ساعة من المعاملة مع ادنى تركيز من المستخلص B6 والتركيزين الاعلى والاوسط من المستخلصB11 وتماثل سلوك خلايا هذا الخط مع خلايا الخط السرطاني RD اذ انعدمت الاستجابة بعد 48 ساعة من المعاملة مع كل من المستخلصين لكنها اختلفت بعد72 ساعة من المعاملة اذ ازدادت مقاومة الخلايا. | The study was designed to test effect of bacteriocin extracted from Staphylococcus aureus isolated in cancer and normal cells in vitro and in vivo. clinical The study includes : - Isolation and identification of Staphylococcus aureus from clinical samples of wounds(33)20% , burns(13)8% and fasterrs(33)20%,cases in Al - Salaam, Al - Khansah, Abn - Atheer, Ibn Sena, Al - gamhoory hosphtalofMosul city.The study started from Feb.(2007) to Oug(2007). Isolation and identification of bacteriocin producing strains, extraction of produced bacteriocin by competent strains, purification and charachterization of extracted bacteriocin, evaluation of therapeutic ability of extracted bacteriocin against transplanted mammary tumor in white mice females, determination of bacteriocin effect 0n human lymphocytes of whole blood culture and determination .of bacteriocin effect in five of cancer and normal cell lines. The evaluation conducted by : - Determination of chromosome aberration in bone marrow cells, Determination of chromosome aberration in primary spermatocytes, determination of morphological abnormalities in mature sperms, determination of genetic damage in hepatic cells by comet assay, determination of genetic damage in human lymphocytes by micronucleus test and SCEs test, determination of inhibition effect in cancer and normal cells growth result from treatment with different concentrations of bacteriocin for different times. 163 S aureus isolates from 250 samples of wounds , burns and fasterrs ,14/163 has been detected as competent producing isolates, 2/14 isolate showed DNase and plasma membrane damage effect. These two isolates used to produced bacteriocin which used for testing its effects in this study. Free extracted bacteriocin showed stability in storing at 4ºC. Ammonium sulfate used to precipitate the bacteriocin. Separation was conducted by 100G sephadex column. Lypholization and weighing of powder in order to using in LD50 determination and therapeutic treatment and genotoxicity study with 1/2, 1/10 LD50 and dose of 1/100 LD50 and its half dilutions in treatment of cancer and normal cell lines.Chromosome aberrations associate with growth of transplanted tumor in mice females which of two type, structural aberration as chromosome breakage, chain IV and numeric aberration as chromosome attenuation and endomitoses.In vivo treatment with bacteriocin showed chromosome aberration types in bone marrow cells and primary spermatocytes.Chain IV, X - Y univalents and autosomal univalents was observed, polyploidy was observed too.Sperm morphological abnormalities was observed as amorphous head, with out hook, small and big head and banana shape, coiled tail was noticed too.Therapeutic treatment with B6 and B11 bacteriocine caused enhancement of mitotic activity MI and reducing of structural and numerical aberrations. Its total average was 8.4±0.25 after growth of transplanted tumor, after therapeutic treatment was 4.5±0,22 with B6, 2.0±0.005 withB11 compared with 1.8 ±0.009 of negative control, this refer to significant differences at p<0.05. Treatment with the two used doses in decreasing percentage of chromosome aberration its averages decreased from 8.8±0.28 to4.0±0,02 after 3 weeks and to 5.0±0.02 after 6 weeks with 1/10 LD50 and to 5.0±0.02 after 3 weeks, 4.0 ±0.01 after 6 weeks with 1/2 LD50.In vivo treatment of male white mice with the two therapeutic doses 1/10, 1/2 LD50 cause induction of CAs types. Average of total structural aberrations 4.0±0.17, 4.1±0.13 with 1/10 and 1/2 of LD50 respectively with B6, 5.1±0.31 and 5.1±014 with B11 which is significant differences when compared with negative control 2.1±0.1. Average of total numerical aberrations was 8.0±0.3, 8.0±0.2 with 1/10 and 1/2 LD50 respectively of B6, 7.6±0.1 and 8.1±0.17 with 1/10 and 1/2 LD50 respectively of B11 which show significant differences when compared with negative control 1.8±0.009. Treatment caused decrease of mitotic activity (M!), there were significant differences at p<0.05 when compared with negative control 75.6±0.9. It reached 46.6±1.5, 43.0±0.3 with B6 and 38.9±0.2, 37.2±0.3 with B11. Treatment of male white mice induce chromosome aberration types in primary spermatocytes which showed significant differences at p<0.05 of total average of CAs when compared with negative control 1.8±0.17 while it reached 3.4±0.6 and 4.1±0.6 with B6 and 8.2±2.5 with B11.Sperm morphological abnormalities induced by treatment with bacteriocin, it showed significant differences at p<0.05 in total average abnormalities which reached 19.8±0.73 for control while reached 23.0±1.0, 26.8±1.19 for B6 and B11 respectively. Therapeutic treatment caused decrease in level of damage in hypatocytes DNA of tumor carrier mice. Significant differences was observed at p<0.05 in OTM which reached 0.19±0.03 in negative control, 3.73±0.69 in transplanted mice and decreased to 2.16±0.59, 0.998±0.32 after treatment for 3 and 6 weeks respectively with B6. It reached 2.72±0.576, 1.216±0.387 after 3 and 6 weeks respectively with B11. Therapeutic treatment cause significant decrease at p<0.05 in percentage of cells with damaged DNA. Percentage in negative control was 98.5±9.0 and decreased to 87.0±0.78, 58.7±5.88 after 3 and 6 weeks respectively with B6 and with B11 reached to 92.0±8.25 and 64.8±7.21 after 3 and 6 weeks respectively. Treatment of human lymphocytes in whole blood cultures with different concentrations of bacteriocin induce micronucleus formation in dose dependent manner. Its number reached 17 and 13 in 1st and 2nd donors respectively in negative control cultures. High concentrations of bacteriocin caused significant differences at p<0.05 and p<0.01, which reached 33and 35 with 100 and 500µg/ml respectively for 1st donor. Significant increase at p<0.05 resulted in total average of SCEs with 500µg/ml which reached 8.10±0.41 for 1st donor. No significant increase was observed for 2nd donor with B6, while significant increase at p<0.05 and p<0.01 resulted , which reached 9.94±0.35 and 9.54 ±0.33 with 100 and 500µg/ml respectively when compared with 7.14±0.35 for negative control cultures of 1st donor, and 10.68±4.5, 9.74±0.50 with the same concentrations for 2nd donor.When Cancer and normal cell lines treated, Different effect was existed by either of B6 and B11 extract and this depend ed on kind of cells and time of treatment. Similar killing effect of the two extracts was existed with some difference. For the cancer cell line AMN - 3 significant differences at the level P<0.05 in mean of viable cells numbers after 24 and 48 h of treatment with lower concentrations and with the highest concentration after 72 of treatment with the two extracts B6 and B11, that means increased cell resistance with the time of treatment. The mode of effect was different for cancer cell line RD, there were significant differences at P<0.05hn mean of viable cell number after treatment with the higher concentrations for 24 h , the effect disappeared with the treatment of 48 h which returned with the lowest concentrations with treatment of 72 h that refer to the possibility of occurred changes in cells genetic material. The effect of the two extracts in the cancer cell lines Hela which showed no significant differences Between the control and treatment after 24 and 48 h but significant differences at P<0.05 was excited in mean of cell numbers after treatment for 72 h which refer to increased effect in the cells with the durance of treatment, for the cancer cell line AMG - 5 significant differences was excited at P<0.05 in the mean of cell numbers after 24 and 48 the lowest concentrations and with the highest concentration of the extracts B6 and B11 after 72 h of treatment. While for the transformed normal cell line L20B the effect of either of the two extract B6 and B11 was variant which showed significant differences in mean of viable cell numbers after 24 h of treatment with the lowest concentration of the extract B6 and the highest and median concentrations of the extract B11, their the behaviour of this cells was similar with the cells of cancer cell line RD which showed no response after 48 h of treatment with the two extracts which disappeared but it different after 72 h of treat men which refer to increased cells resistance.

دراسـة الاستجابة المناعيـة للاشخاص بعد تلقيحهم بلقاح الحصبـة الالمانية == Immune - status of Individuals after Immunization with Rubella vaccine

Author name: ليلى فؤاد علي
Supervisor name: غنيمة صادق محمد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: بدا برنامج التلقيح الموسعExpanded programme on immunization(EPI) في العراق عام 1985وبتوجيه من منظمة الصحة العالمية وبضمنه لقاح الحصبة الالمانية في برنامج التلقيح الاعتيادي للاطفال وبعمر 15شهر بهدف القضاء على مرض متلازمة الحصبة الالمانية الولادية نظرا لما يسببه هذا المرض من اضرار كبيرة في الجنين حيث قد يولد الطفل المصاب مشوه وقد تؤدي الاصابة بحياته الى الموت (Laura & Susan,2002). شملت الدراسة (116) عينة دم ماخوذة من اشخاص اصحاء ،كان منها 30 عينة دم لاطفال اصحاء بعد اسبوعين من تلقيحهم بلقاح الحصبة الالمانية حسب الجدول التلقيحي المتبع في القطر وقد تراوحت اعمارهم مابين (18 - 20) شـهر ، و20 عينة دم لاناث تراوحت اعمارهن مابين(12 - 15) سنة بعد اسبوعين من تلقيحهن بلقاح الحصبة الالمانية . اما مجموعة السيطرة فتضمنت 12 عينات دم لاطفال و10 عينات لاناث بعمر (12 - 15) سنة لم يتلقوا لقاح الحصبة الالمانية . هذه العينات اجريت لها الاختبارات المناعية لتقييم الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية للقاح الحصبة الالمانية.كما تضمنت الدراسة 44 عينة دم لاشخاص ملقحين منها 22 عينة كانت نتائج فحص تثبيط التلازن الدموي لها موجبة و22 عينة كانت نتائج فحص تثبيط التلازن الدموي لها سالبة ، تم اختبار هاتين المجموعتين باختبار الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم (ELISA) لمعرفة العلاقة بين الفحصين والحساسية والنوعية لفحص (ELISA)نسبة الى فحص تثبيط التلازن الدموي . في هذه الدراسة تم قياس الاستجابة المناعية الخلطية وذلك بقياس تركيز الاضداد النوعية للحصبة الالمانية ، بالاضافة الى تقدير التركيز الكلي للكلوبيولينات المناعية صنفA وM وG.كما تضمنت الدراسة قياس الاستجابـة لمناعية الخلوية وذلك بقياس قابلية الخلايا البلعمية على البلعمة ،وقياس قابلية الخلايا اللمفاوية التي تم تحفيزها بالملزن النباتي (PHA) على التحول والانقسام . من خلال هذه الدراسة تم الحصول على النتائج التالية : - 1 - اظهرت مصول الاطفال نسبة 96.7 % ،واظهرت مصول الاناث نسبة 95 % تراكيز فعالة من الاجسام المضادة النوعية للحصبة الالمانية اعلى من 11وحدة عالمية \مليلتر باختبار الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم ELISA بعد عملية التلقيح .2 - اظهرت مجموعتي الاطفال والاناث الملقحين انخفاض في اجمالي الكلوبيولين المناعي صنف GوAوبفروق معنوية (p<0.05) ( p>0.05 ) مع ارتفاع في الكلوبيولين المناعي صنف Mوبفروق معنوية عالية(p<0.01) مقارنة بمجموعتي السيطرة .3 - وجد من خلال فحص النسبة المئوية لعملية البلعمة ان كل من الاطفال والاناث الملقحين اظهروا ارتفاعا في النشاط الالتهامي للخلايا البلعمية وبفروق معنوية (p<0.05) مقارنة بمجموعتي السيطرة .4 - اظهرت نتائج فحص التحول والانقسام اللمفاوي ان هناك انخفاض غير معنوي ( p>0.05 )في مجموعتي الاطفال والاناث الملقحين مقابلة بمجموعتي السيطرة . 5 - لا توجد فروق معنوية في الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية بين مجموعة الاطفال الملقحين ومجموعة الاناث الملقحات ( p>0.05 ) .6 - وجد ان فحص الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم هو اكثر حساسية من فحص تثبيط التلازن الدموي في قياس تركيز الاجسام المضادة النوعية للحصبة الالمانية ،وعليه فهو الافضل في تقييم الاستجابة المناعية للقاح الحصبة الالمانية .7 - وجد ان هناك علاقة ايجابية قوية بين فحصي الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم وتثبيط التلازن الدموي في قياس تركيز الاجسام المضادة النوعية للحصبة الالمانية حيث كانت قيمة ( r = 0.585 ) . | The Expanded Programme on Immunization (EPI) began in Iraq in 1985, including Rubella vaccine. MMR vaccine is represent one of combined vaccines of rubella ,measles and mumps that given for children at age of 12 - 15 months. Vaccination with rubella vaccine is the best way to eradicate Congenital Rubella Syndrome which have severe complications for women in their first trimester of pregnancy These complications include severe birth defects or death of the fetus. In this study, (116) blood samples were taken from healthy individuals after 2 - 4 weeks after vaccination with rubella vaccine .(30) from children of age (12 - 18) and (20) from females at age of (12 - 15) years old . Control group included (12) healthy children and (10) healthy females ,both did not have rubella vaccine through their life .These samples were tested to evaluate the immune - states of individuals after immunization . the study include (44) blood samples tested by HItest and ELISA test . In this study specific haemagglutination antibodies & IgM antibodies were measured ,total Immunoglobulines IgM ,IgG ,IgA also determined .Lymphocyte transformation and ability of phagocyte cell to phagocytosis were measured. The following results were obtained in this study : 1. The percentage of children whom observed levels of specific antibodies ≥ 11AU/ml was 96.7% and 95% by ELISA test for children and females groups respectively after vaccination .2. The decreasing total of IgG and IgA with the increasing of IgM in both groups of children and females with significant differences (p>0.05) (p>0.05) (p<0.01) receptively comparison with control group.3. The increasing percentage of phagocytic cell to phagocytosis in both groups of children and females in significant differences (p<0.05) comparison with control group .4. The decreasing percentage of lymphocyte transformation in both children and females groups in non significant differences (p>0.05) comparison with control group .5. The non significant differences in humoral and cellular immune Response between child and female groups .6. The higher sensitivity of ELISA test to HI test in determination of rubella specific antibodies , so it is better than HI test in measuring the immune - status of individuals vaccinated with rubella vaccine .7. A positive relationship between ELISA test and HI test (r= 0.585) .

الاستخلاص والتنقية الجزئية للخملة من بكتريا Proteus mirabilis ودراسة دورها في الالتصاق على الخلايا الطلائية البولية == Extraction and Partial Purification for Fimbriae from Proteus mirabilis and Study Their Role in Adhesion to Uroepithlial Cells

Author name: عامر سعيد علي الكعبي
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص البكتريا السالبة لملون كرام من ادرار المرضى المراجعين لمستشفى الكاظمية التعليمي ومستشفى اليرموك في بغداد واللذين شخصت اصابتهم بخمج المسالك البولية سريريا . عزلت البكتريا السالبة لملون كرام من 61 عينة ادرار وبنسبة عزل 28.9% من اصل 211 عينة ادرار , كانت نسبة عزل بكتريا Escherichia coli 70.49% , اما بكتريا Klebsiella pneumoniae , وPseudomonas aeruginosa فكانت نسبـة عزلهما 8.19% و6.55% وعلى التوالي . اظهرت بكتريا Proteus spp. نسبة عزل 14.75% وبلغت نسبة عزل P.mirabilis 11.47% اما نسبة عزل P.vulgaris فكانت 3.27% . تم التحري عن قدرة سللات بكتريا P.mirabilis للتعبير عن خمل لاصق الخلايا الطلائية البولية (Uroepithelial Cell Adhesin)(UCA) , بالاعتماد على اعلى معدل التصاق للبكتريا بالخلايا الطلائية البولية للانسان , اذ تم اختبار العزلة P.mirabilis U7 التي كان معدل التصاقها 30.2% عند تنميتها على وسط مرق اللوريا وفترة حضن 24 ساعة بدرجة حرارة 37 م , وعند تنميتها على وسط اكار اللوريا كان معدل التصاقها 20.3% مقارنة بالعزلة P.mirabilis U4 التي ابدت معدل التصاق واطيء عند تنميتها على وسط مرق اللوريا واكار اللوريا اذ بلغ معدل الالتصاق 4.7% و1.65% وعلى التوالي . اظهرت العزلة P.mirabilis U7 قدرة للتعبير عن الخمل المقاوم للمانوز شبية البروتيس (MR ∕P) والخمل المقاوم للمانوز شبية الكلبسيلا (MR ∕K) , اذ لازنت هذه العزلة كريات الدم الحمر للانسان نوع O+ وخنازير غينيا والخراف وبوجود سكر المانوز دلالة على وجود خمل MR ∕P , كما لازنت كريات الدم الحمر المدبغة للابقار وبوجود المانوز دلالة على وجود خمل MR ∕K عند تنمية هذه العزلة على وسط مرق اللوريا وفترة حضانة 48 ساعة وبدرجة حرارة 37 م , كما اختزل التعبير عن الخمل MR ∕Pو MR ∕K عند تنمية P.mirabilis U7 على الاوساط الزرعية الصلبة . تم عزل خمل UCA وتنقيته جزئيا باستخدام اليوريا بتركيز 2 مولر والصدمة الحرارية وكبريتات الامونيوم وبنسبة تشبع 50% وDeoxycholate , كان تركيز بروتين UCA هو 1.65 مايكروغرام/مليلتر وبحجم نهائي 1.5 مليلتر ناتج من استخدام 3 لتر من مرق اللوريا . اظهر الترحيل الكهربائي وبوجود المادة الماسخة SDS حزمتين بروتينية لبروتين UCA المنقى جزئيا والذي بلغ وزنه الجزيئي 17.782 دالتون . تم حقن الـ UCA المنقى جزيئا في الارانب للحصول على المصل المضاد اذ وجد ان تركيز المصل المضاد هو 128 كما تم الاستدلال على وجود الاضداد النوعية لمستضد خمل UCA . ثبطت اضداد خمل UCA المحضرة في الارانب والمخففة بتراكيز 1 : 50 و1 : 100 , 1 : 200 التصاق العزلة P.mirabilis U7 بالخلايا الطلائية البولية (معدل البكتريا الملتصقة كان 5.6 و11.75 و21.05 خلية بكتيرية /خلية طلائية وعلى التوالي ) , اظهرت هذه الاضداد اختلافا معنويا (P≤0.05) في معدل الالتصاق عند مقارنتها بمصل السيطرة والمستعمل بنفس التراكيز (معدل عدد البكتريا الملتصقة كان 29.8 و30 و31.6 خلية بكتيرية /خلية طلائية وعلى التوالي ) ,كما اظهرت النتائج وجود اختلاف معنوي (P≤0.05) بين تراكيز المصل المضاد المستخدمة في تثبيط الالتصاق . تم اختبار قدرة خمل UCA المنقى جزئيا على التمنيع وحماية اناث الفئران من الاصابة بخمج المسالك البولية , تم اصابة الفئران الممنعة وغير الممنعة ببكتريا P.mirabilis U7 بتركيز (5×105) وحدة مكونة لمستعمرة/ مليلتر عن طريق الاحليل وبعد مرور اسبوع على الاصابة وجد ان اعداد الخلايا البكترية الحية في كلية الفئران الممنعة انخفض الى (2.6 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر مقارنة بـ(3.7 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر لكلية الفئران غير الممنعة ,اما مثانة الفئران الممنعة فقد اختفت الاصابة وبشكل كامل مقارنة بمثانة الفئران غير الممنعة (3.3 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر .

التهابات المجاري البولية الناتجة عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus مقارنه بدنا الخميرة Candida albicans

Author name: صبا نزيه عبد الغفار الحسون
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت ٣٠٨ عينة ادرار للفترة من تشرين الاول ٢٠٠٩ لغاية كانون الثاني ٢٠١٠ من مرضى يعانون من التهاب المجاري البولية من مستشفى اليرموك التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب. اذ تم عزل وتشخيص٧٢ عزلة تابعة لجنس المكورات العنقودية وبنسبة عزل بلغت (٢٣٫٣٪) من مجموع عينات الادرار٬ وتم اثبات عائدية ٥١ عزلة الى المكورات العنقودية السالبة لاختبار الكواكيوليز٬ وكانت ٢١ عزلة منها تابعة للنوع S. aureus وبنسبة عزل (٢٩٫٢٪) من مجموع المكورات العنقودية٬ وبنسبة (٦٫٨٪) من المجموع الكلي لعينات الادرار٬ بينما ٣٦ (١١٫٦٪) عزلة قد شخصت على انها C. albicans من مجموع عينات الادرار. وقد شخصت هذه تم اختبار حساسية عزلاتS. aureus لمجموعة من المضادات الحياتية٬ وكان هناك تباينا ومقاومة متعددة تجاه تلك المضادات٬ حيث اظهرت اغلب العزلات مقاومة عالية ضد ampicillin (٩٠٫٥٪(٬ amoxicillin(٨١٪)٬cefotaxime (٧٦٫٢٪)٬ وكانت المقاومة لل oxacillin (٦٦٫٧٪) وmethicillin (٦٦٫٧٪) ٬ بينما كان المضاد vancomycin الاكثر تاثيرا على كل العزلات (٠٪). تم استخلاص دنا من بكتريا S. aureus S11 بواسطة استعمال عدةWizard genomic DNA purification٬ وحطم جدار البكتريا بانزيم اللايسوزايم بينما استخلص دنا خميرة C. albicans C3 باستعمال طريقة Harju٬ وحطم جدار الخميرة بتكرار تجميد واذابة الخلايا بالاضافة الى دور المنظفات الموجودة بدارئ التحلل .(Harju buffer) عندما تم قياس امتصاصية محاليل الدنا بواسطة المطياف وجد ان تركيز دنا S. aureus S11 كان ٠٫٨٢٥ مايكروغرام\مايكروليتر٬ والنقاوة ١٫٧٥. بينما كان تركيز دنا C. albicans C3 ٢٫٤٥٥ مايكروغرام\مايكروليتر ٬ والنقاوة ١٫٧٠. ومن كلا تركيزي دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 حضر سلسلة تراكيز (٥٠٬٤٠٬٣٠٬٢٠٬١٠ مايكروغرام\١٠٠مايكروليتر). لوحظت تفاعلات خفيفة جدا للفئران البيض المحقونة عن طريق الاحليل ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا C. albicans C3 بالمقارنة مع فئران محقونة ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا S. aureus S11 . فقد عكست الكلى المحقونة ب S. aureus S11 احتقان مع ارتشاح الخلايا الالتهابية وانحلال للنبيبات البولية بينما المثانة عكست وذمة مع ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية وتقرح بؤري لسطح الطبقة الطلائية المخاطية. اظهرت الكلى المحقونة ب C. albicans C3 احتقان ولم يلاحظ تغيرات نسيجية واضحة٬ بينما المثانة اظهرت ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية مع وذمة في الطبقة تحت الطلائية. لمعرفة التاثير المرضي لدنا S. aureus S11 ودنا C. albicans في الجهاز البولي للفئران البيض ٬ حقنت الفئران عن طريق الاحليل بخمسة تراكيز لكل من دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 . كان التاثير المرضي لكليهما معتمد على التركيز فقد ازدادت الشدة بزيادة تركيز الدنا وكانت اشدها عند تركيز ٥٠ مايكروغرام\مايكروليتر٬ ولكن اظهر دنا C. albicans C3 تغيرات نسيجية اقل شدة من التي لوحظت مع دنا . S. aureus S11 اظهرت الاعضاء (الكلى والمثانة) للفئران المحقونة بدنا S. aureus S11تغيرات مرضية مختلفة٬ في الكلى تراوحت من انحلال خفيف وتنخر للنبيبات البولية٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ احتقان الاوعية الدموية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما تمثلت التغيرات في المثانة بتحطم الجدار المخاطي٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ وذمة خفيفة٬ انسلاخ سطح الطبقة الطلائية المخاطية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة.تراوحت التغيرات المرضية للكلى المحقونة بدنا C. albicans C3 من احتقان الاوعية الدموية٬ ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما المثانة اظهرت وذمة خفيفة٬ ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة. | From October 2009 to January 2010, 308 mid stream urine specimens were collected from patients suffering from urinary tract infections at AL - Yarmouk Teaching Hospital and The Educational Laboratories of Madienat Al - Teb. Staphylococci were isolated from 72 (23.3%) urine specimens, 51 isolates were coagulase negative staphylococci, out of these 21 were identified as Staphylococcus aureus (29.2%) from the total count of staphylococci and (6.8%) from total urine specimens. While 36 (11.6%) specimens were identified as Candida albicans isolates. The isolates were diagnosed by biochemical tests, API Staph. and Candida system. Susceptibility of S. aureus isolates to antibiotics was examined, the results revealed different and multi resistance to these antibiotics, that S. aureus isolates were highly resistant to ampicillin (90.5%), amoxicillin (81%) and cefotaxime (76.2%), the resistant to oxacillin (66.7%), methicillin (66.7%), while vancomycin found to be the most effective agents against all of the isolates (0%). Staphylococcus aureus S11 DNA was extracted by using Wizard genomic DNA purification kit method, the cell wall of S. aureus was hydrolyzed by using lysozyme enzyme. While C. albicans C3 DNA was extracted by using a Harju method, the cell wall of C. albicans was ruptured by using repeated freeze - thawing of cells as well as the role of the detergents found in a lysis buffer (Harju buffer). When the absorbance of DNA solutions was measured by the spectrophotometer apparatus it was found the concentration of S. aureus S11 DNA was 0.825 µg/µl, the purity was 1.75. While the concentration of C. albicans C3 DNA was 2.455 µg/µl, the purity was 1.70. From the each concentrations of S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA was prepared serial of concentrations (10, 20, 30, 40 and 50 µg/100µl(. Mildest reactions were obtained from mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of C. albicans C3 compared with mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of S. aureus S11. Kidney treated with S. aureus S11 revealed congestion, inflammatory cells infiltration and degenerative changes of renal tubules, while its bladder revealed oedema with moderate inflammatory cells infiltration and focal mucosal surface epithelial ulceration. However kidney treated with C. albicans C3 showed that there was congestion and no obvious histological changes, while its bladder developed mild infiltration of inflammatory cells with oedema in subepithelial lining layer.In order to testify the pathogenicity of S. aureus DNA and C. albicans DNA in murine urinary tract system, mice were injected intraurethraly with five doses of each S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA. The histological changes for each was dose - dependent, the magnitude increased with increasing the DNA dose with the maximal at 50 µg/100µl, but C. albicans C3 DNA developed throughout less intense histological changes than observed with DNA from S. aureus S11.Organs of mice (kidneys and bladders) treated with S. aureus S11 DNA showed different pathological changes, in kidneys the changes ranged from mild degenerative and necrosis of renal tubules, mild to severe infiltration of inflammatory cells, congestion of blood vessels to near normal structure appearance of the kidney. Whereas the bladders developed damage of mucosal wall, mild to severe inflammatory cells infiltration, mild oedema, sloughing of mucosal epithelial surface to near normal structure appearance of the bladder. However kidneys treated with C. albicans C3 DNA ranged from congestion of blood vessels, moderate inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the kidney. While its bladder developed mild oedema, mild inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the bladder.

دراسة بعض الخصائص الفيزيائية والكيميائية لانزيم Staphylolysin المنتج من بكتريا Pseudomonas aeruginosa == Study of Some Physical and Chemical properties of Staphylolysin produced by Pseudomonas aeruginosa

Author name: شيماء سهيل نجم
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Enzymes
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: عزلت (50) عزلة عائدة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من 120 عينة سريرية جمعت من مصادر مختلفة تضمنت (الادرار،والقشع ،والبراز ،ومسحات الاذن ، والجروح،والحروق).تم التحري عن انتاج بعض من عوامل الضراوة للعزلات قيد الدراسة مثل : الهيمولايسين، والايلاستيز ، والبروتيز ، ووجد ان نسبة انتاج الهيمولايسين والايلاستيز كانت 76% ، فيما كانت نسبة انتاج البروتيز 72% في العزلات المحلية قيد الدراسة.اختبرت قابلية العزلات المحلية على انتاج انزيم الستافيلولايسين ، وبينت نتائج الغربلة شبه الكمية ان 18 عزلة (36%) من العزلات لها القابلية على انتاج الانزيم وبنسب متفاوتة،اذ تراوحت اقطار الهالة الشفافة من(5 - 22)ملم ، وتميزت خمس عزلات منها باعطاءها اوسع مناطق تحلل على وسط ] ترتبك صويا الصلب + 0.2% (وزن/حجم) من بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة المقتولة بالحرارة بدرجة 100م [تراوحت من (16 - 22)ملم ، وتم انتخاب العزلة 16P لاستخلاص الستافيلولايسين A (LasA) ، اذ بلغت الفعالية النوعية لها (8.59)وحدة / ملغم بروتين ، والعزلة 5P لاستخلاص الستافيلولايسين D (LasD)، اذ بلغت الفعالية النوعية لها (0.66)وحدة / ملغم بروتين ،لكونهما الاغزر انتاجا للانزيم عند اجراء الغربلة الكمية.استخلص انزيم الستافيلولايسين بالنبذ المركزي المبرد وتمت تنقيته جزئيا بترسيبه بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 80% ثم بكروموتوغرافيا التبادل الايوني باستخدام المبادل DEAE - Cellulose ، بينت النتائج ان الفعالية الانزيمية الحالة للعنقوديات (Staphylolytic activity) لانزيم الستافيلولايسين A ظهرت في القمة الاولى، وبلغت عدد مرات التنقية 10.74 مرة وبحصيلة انزيمية 14.2%،فيما اظهرت القمة الثانية الفعالية الانزيمية الحالة للعنقوديات لانزيم الستافيلولايسين D بعدد مرات تنقية 9.1 مرة وبحصيلة انزيمية 18.14%.درست بعض خصائص الانزيمين فكان الوزن الجزيئي 20.417 كيلو دالتون و23.988 كيلو دالتون للستافيلولايسين D,A على التوالي عند تقديرهما بطريقة الترحيل الكهربائي في هلام SDS - PAGE. لوحظ ان الرقم الهيدروجيني الامثل لفعالية الستافيلولايسين A هو 8 اذ اعطى اعلى فعالية بلغت 150 وحدة / مل ، ولثبات الانزيم 7.5 - 8.5 اذ احتفظ الانزيم بكامل فعاليته تقريبا ، فيما كان الرقم الهيدروجيني الامثل لفعالية الستافيلولايسين D هو 9.5 اذ اعطى اعلى فعالية بلغت 16 وحدة / مل ، ولثبات الانزيم 8.5 - 9.5 اذ احتفظ الانزيم بكامل فعاليته تقريبا ، وظهرت اقصى فعالية للانزيمين عند درجة حرارة 40م اذ بلغت الفعالية النوعية للستافيلولايسين A 140 وحدة /مل وللستافيلولايسين D 16.4 وحدة/ مل ، واحتفظ كلا الانزيمين بكامل فعاليتهما تقريبا عند حضنهما بدرجة حرارة 25 - 40م لمدة ساعة.عند دراسة تاثير بعض المواد في الفعالية الانزيمية للستافيلولايسين D,A كان لكلوريد الصوديوم وكلوريد البوتاسيوم بتركيز 1 و5 ملي مولار تاثير منشط للفعالية الانزيمية قياسا بالسيطرة اذ احتفظ انزيم الستافيلولايسين A بـ105% و108% من فعاليته على التوالي عند معاملته بكلوريد الصوديوم ، واحتفظ بـ 102% و104% من فعاليته على التوالي عند معاملته بكلوريد البوتاسيوم، في حين ثبطت الفعالية الانزيمية عند معاملتهما بكلوريدات الحديد والزئبق والخارصين وبنسب متفاوتة ،اذ احتفظ انزيم الستافيلولايسين A بـ 73% و7% من فعاليته على التوالي عند معاملته بـ5ملي مولار من كلوريد الحديد والزئبق على التوالي،و9% فقط من فعاليته عند معاملته بـ 0.1 ملي مولار من كلوريد الخارصين ، فيما احتفظ انزيم الستافيلولايسين D بـ45% و13% من فعاليته فقط عند معاملته بـ5 ملي مولار من كلوريد الحديد والزئبق على التوالي،و23% فقط من فعاليته عند معاملته بـ0.1 ملي مولار من كلوريد الخارصين، بينما احتفظ كلا الانزيمين بكامل فعاليتهما عند المعاملة بمادة EDTA بتركيز 10 ملي مولار ،وفنيل مثيل سلفونيل فلورايد (PMSF) بتركيز 0.4 ملي مولار. | Fifty isolates of Pseudomonas aeruginosa were obtained from 120 various clinical samples included (urine, sputum, stool, ear, wound & burn swabs). Detection of the production of some virulence factors (hemolysin, elastase and protease) by the local isolates was studied. Results showed that the hemolysin and elastase production ratio were 76%, while the protease production ratio was about 72% by the local isolates.Detection of the ability of local isolates to produce staphylolysin enzyme was studied, the semi quantity screening results showed that 18 (36%) of the isolates have the ability to produce this enzyme in variable ratios , the diameters of lysis Zone ranged from(5 - 22)mm, and five isolates were characterized by giving the highest lysis zone on (Tryptic soya agar + 0.2% (wt./vol.) of heat killed Staphylococcus. aureus at temperature 100oC ) medium which were ranged from(16 - 22)mm, then the isolate P16 was chosen to extract staphylolysin A (LasA) and it's specific activity reaches 8.59 unit /mg protein, whi1e chosen the isolate P5 to extract staphylolysin D (LasD) where it's specific activity reaches 0.66 unit /mg protein since the two isolates were the most production of enzyme by quantity screening . Staphylolysin enzyme was extracted by cooling centrifugation and partially purified by ammonium sulphate precipitation in saturation percentage of 80%, this step was followed by Ion exchange chromatography technique by using DEAE - cellulose column, results showed that the enzymatic activity (Staphylolytic activity) of the staphylolysin A appeared in first peak with purification folds and recovery of 10.74 fold and 14.2% respectively, while the second peak appeared the activity for staphylolysin D with purification folds and recovery of 9.1 fold and 18.14% respectively.Some of the characters of the two enzymes were studied, so the molecular weights were 20.417 kilo dalton & 23.988 kilo dalton for staphylolysin A&D respectively were estimated by SDS - polyacryl amide gel e1ectrophoresis. The optimum pH for staphylolysin A activity was found to be 8 which gives higher activity reaches 150 unit/ml, and for enzyme stability was 7.5 - 8.5 in which the enzyme nearly retained it's full activity, while there were for staphylolysin D 9.5 that gives higher activity of 16 unit/ml.& 8.5 - 9.5 in which the enzyme nearly retained it's full activity respectively, Maximum activity of two enzymes was obtained at 40 C in which the specific activity were for staphylolysin A and D 140 and 16.4 unit/ml , and the activity for two enzymes at 25 - 40 C remained approximately without change for one hour. When the effects of some materials on staphylolysin A & D activity were studied, the results showed that both sodium chloride & potassium chloride at 1 & 5 mM had the activator effect on enzymatic activity compared with its control where the staphylolysin A and D retained 105% ,108% and 102%, 104% of their activity, respectively when treated with sodium chloride, while they retained 110%, 114% and 133%, 118% of their activity, respectivity when treated with potassium chloride, while ferric, mercury & zinc chlorides inhibited the activity in variable ratios in which the staphylolysin A and D kept only 73%, 7% and 45%, 13% respectively of their initial activity when treated with 5mM of ferric and meracury chloride and 9%, 23% respectively of their initial activity when treated with 0.1mM zinc chlorid & enzymatic activity for both enzymes were not affected when treated with EDTA at 10mM & phenyl methyl sulphonyl fluoride (PMSF) at 0.4mM.

انتاج وتوصيف الليفان من بكتريا Paenibacillus polymyxa المعزولة محليا

Author name: شمم ناصرراضي
Supervisor name: شذى سلمان حسن | سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 88 عزلة تعود لجنس Bacillus من التربة والمياه من اصل 112 عزلة بكتيرية اعتمادا على الفحوصات الزرعية والمجهرية , اظهرت 25عزلة تعود لهذا الجنس مستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح الصلب الحاوي على %20 من السكروز, من ضمن هذه العزلات تم اختيار 10 منها والتي اعطت اعلى درجة من النمو اللزج لزرعها على وسط الاملاح السائل الحاوي على السكروز. كانت العزلة B2 الافضل في انتاج الليفان ((levan حيث اعطت اعلى وزن جاف من الليفان والذي بلغ 4.1غم /100مل واعلى نسبة من السكريات الكلية 91% والسكريات المختزلة 80%. الفحوصات المزرعية والكيموحيوية لهذه العزلة اظهرت انها تعود للنوع Paenibacillus polymyxa . تم استخدام ثلاثة انواع من المذيبات العضوية لغرض استخلاص الليفان وهي ايثانول, ميثانول وايزوبروبانول بنسبة (1 : 4حجم /حجم) اعطى المذيبان الايثانول والايزوبروبانول اعلى قيمة من الوزن الجاف للليفان والتي بلغت 4.1 غم /100مل بينما اعطى الميثانول 3.7 غم / 100 مل. تم تحليل الليفان نوعيا للكشف عن محتواه من السكريات المختلفة والكاربوهيدرات وذلك باستخدام اربعة كشوفات : الكشف الاول كون حلقة بنفسجية مع محلول الليفان بينما لم يعطي الليفان اي تغيير في اللون مع الكشف الثاني ممايدل على خلو الليفان من الانواع الاخرى من السكريات المتعددة ((Polysaccharide كالنشاء والكلايكوجين والدكستران. الليفان المتحلل جزئيا بفعل حامض الهيدروكلوريك المركز (HCl) كون راسب برتقالي اللون عند تفاعله مع الكاشف الثالث مما يدل على وجود سكريات مختزلة تفاعلت مع الكاشف بينما اعطى الكشف الاخير لون احمر قاني مع محلول الليفان مما يدل على وجود السكر الاحادي الفركتوز. حددت الظروف المثلى لانتاج الليفان من العزلة B2 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الاملاح الحاوي على20% من السكروز وبدون اي مصدر نايتروجيني برقم هيدروجيني (pH) 7 وبدرجة حرارة 37 ˚م وبحجم لقاح2 % من المزروع البكتيري ولمدة حضانة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 100 دورة في الدقيقة, حيث بلغت قيمة الوزن الجاف لليفان 4.8 غم/100مل وكانت النسبة المئوية للسكريات الكلية 95.8% ونسبة السكريات المختزلة 92%. ان انتاج الليفان في اوساط خام طبيعية مثل وسط عصير قصب السكر ووسط مستخلص التمر ادى الى انخفاض في انتاج الليفان مقارنة مع وسط الاملاح الحاوي على السكروز. تمت دراسة مواصفات الليفان اعتمادا على لزوجته ((viscosity عند تراكيز مختلفة حيث اظهرت النتائج ان اللزوجة تزداد بزيادة التركيز حتى تصل الى اعلى قيمة لها 3.18 سنتيبويز عند 20% , كذلك تمت ايضا دراسة تاثير الحرارة والرقم الهيدروجيني وتاثير املاح الصوديوم NaCl بتراكيز مختلفة على لزوجة محلول الليفان عند تركيزين هما 2% و20% حيث اظهرت النتائج بان اللزوجة عند 20% تقل بزيادة درجة الحرارة حتى تصل الى 0.67 سنتيبويزعند 100˚م ولوحظ بان هذا التاثير عكسي حيث ان الليفان يستعيد لزوجته تدريجيا بانخفاض درجة الحرارة الى 20˚م اما بالنسبة للاس الهيدروجيني pH فكان له تاثير طفيف على اللزوجة عند الرقم الهيدروجيني 4 و10. لقد لوحظ بان الزيادة في تركيز املاح الصوديوم تؤدي الى الزيادة في لزوجة الليفان عند تركيز20% حتى تصل الى 4 سنتيبويز عندما يكون تركيز املاح الصوديوم 10%. تم تحليل نموذج الليفان المستخلص من العزلة B2 وذلك باستخدام تقنية ال FT - IR وقد اظهرت النتائج وجود المجاميع الكيميائية الفعالة (CO) التي تمثل اهتزاز مط ((Stretching و,(CH) (OH) الذي يمثل اهتزاز انحناء ((Bending عند الترددات 1370,1265.2,1093,1165,813.7,945.2سم - 1 ان تحليل الليفان باستخدام تقنية Thin Layer Chromatography اظهرت الليفان كبقعة واحدة سوداء تمثل الفركتوز وكانت قيمة الجريان النسبي((Relative flow لكل من الليفان والفركتوز (0.57) عند استخدام محلول المذيبات الذي يتالف من البيوتانول : البروبانول : الماء المقطر : حامض الخليك بنسبة 7 : 5 : 4 : 2. تمت دراسة تاثير الليفان ودوره كعامل مشجع بريبيوتك ((Prebiotic لنمو البكتريا المفيدة مثل Lactobacillus acidophilus حيث وجد ان الليفان يؤدي الى زيادة عدد البكتريا وبنسبة 172% عند تركيز 2% قياسا مع معامل السيطرة46 %.درس تاثير الليفان في عملية التهام خميرة الكانديدا (Candida) من قبل خلايا الدم البيض Polymorphonuclear (PMNs) خارج الجسم الحي وقد بينت النتائج ان معاملة خلايا الدم البيض مع الليفان كان لها تاثيرا واضحا في تحفيز الخلايا البلعمية وزيادة فعاليتها في عملية الالتهام وبالتالي زيادة معامل البلعمة Phagocytic Index)) وان هذا التاثير يزداد مع زيادة تركيز الليفان مع وجود فروق معنوية كبيرة مقارنة مع معامل السيطرة عند p<0.01)) وان اعلى معامل بلعمة تم الحصول عليه هو 68% عند التركيز 100 مايكروغرام / مل.

انتاج وتوصيف بيتا - هيدروكسي بيوتاريت (? - hydroxybutyrate) من عزلة محلية لبكتريا Azotobacter chroococcum == Production and Characterization of ? - hydroxybutyrate from Azotobacter chroococcum local isolate

Author name: سعاد علي احمد
Supervisor name: شذى سلمان حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 12 عزلة من بكتريا Azotobacter chroococcum من اصل 20 عينة تربة جمعت من مناطق مختلفة بالقرب من جذور النبات من حقل ذرة في كلية الزراعة في ابو غريب في الفترة الزمنية بين اب وكانون الثاني. درست قابلية العزلات على تجميع عديد هيدروكسي بيوتاريت وذلك بتصبيغ العزلات بصبغة Sudan black B . اظهرت جميع العزلات القدرة على انتاج المتعدد PHB وان العزلة A. chroococcum 9 كانت اكثرهم تجميعا للمتعدد PHB .درست تاثيرات ظروف مختلفة في انتاج المتعدد فوجد ان الظروف المثلى لانتاج PHB من العزلة A. chroococcum 9 بتنميتها في وسط Stockdale nitrogen free medium الحاوي على الكلوكوز مصدرا كربونيا والببتون مصدرا نيتروجينيا عند رقم هيدروجيني 7.5 , والملقح ب 3.8 × 104 خلية/ مل عند درجة حرارة 30 م˚ والحضن في حاضنة ساكنة لمدة 48 ساعة, حيث كانت نسبة PHB في هذه الظروف ( 40.3% ) .درست انتاجية البكتريا A. chroococcum 9 في الوسط المحتوي على مخلفات طبيعية مثل مولاس قصب السكر ومستخلص التمر(الزهدي) والشرش وكذلك الوسط المحتوي على الكليسيرول او احد انواع الزيوت ( زيت الزيتون , زيت الذرة , زيت زهرة الشمس ) حيث استخدمت بصفتها اوساط رخيصة لانتاج المتعدد PHB . كانت اعلى نسبة للعديد ( 78% ) تم الحصول عليها من تنمية البكتريا A. chroococcum 9 في وسط Stockdale nitrogen free medium المحتوي على 5% من مولاس قصب السكر . استخلص PHB من العزلة A. chroococcum 9 بعدة طرائق تضمنت الاستخلاص بمحلول هايبوكلورات الصوديوم وطريقة SDS مع هايبوكلورات الصوديوم واستعمل هيدروكسيد الصوديوم في الطريقة الثالثة . كانت طريقة الاستخلاص باستخدام محلول هايبوكلورات الصوديوم الافضل حيث بلغت نسبة المتعدد 39.5% ) ) .اظهرت نتائج توصيف PHB ان الوزن الجزيئي للمتعدد المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 كان 2.6×105 دالتون وان درجة الانصهار له كانت 180 م˚ .درست ذائبية PHB في عدة مذيبات عضوية ولوحظ ان PHB يذوب في الكلوروفورم و1 - 2 ثنائي كلوريد الايثانول الا انه غير ذائب في الميثانول , الايثانول , الاسيتون , الهكسان , ثنائي اثيل ايثر ورباعي كلوريد الكاربون .درست لزوجة PHB المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 في عدة ارقام هيدروجينية , حيث لوحظ اختزال في لزوجة المتعدد في الوسط الحامضي (pH 4) والقاعدي (pH 10) مما يعني اختزال في الوزن الجزيئي للمتعدد . في حين كان الرقم المتعادل (pH 7) ملائما للحفاظ على تركيبه اذ لم تتغير اللزوجة عند هذا الرقم .وجد ان PHB المستخلص من بكتريا 9 A. chroococcum يتحلل حيويا بفعل انواع مختلفة من البكتريا تضمنت P. aerugenosa , B. subtilis و. A. chroococcum | Twelve Azotobacter chroococcum isolates were obtained from 20 soil samples collected from different places in corn field in Agricultural College in Abu - Ghrabe near the plant roots in the period between August and January . The ability of polyhydroxybutyrate accumulation of the isolates was examined by staining with Sudan black B stain. All the isolates were able to produce PHB . A. chroococcum 9 was the highest PHB producer. The effect of different conditions on accumulation of PHB from A. chroococcum 9 were determined . The favorable productivity appeared when Stockdale nitrogen free medium containing 2% glucose as carbon source and 1% peptone as nitrogen source at pH 7.5 was inoculated with 3.8 × 104 Cell/ml and incubated in static incubator at 30 ˚C for 48 h , PHB productivity at these conditions was 40.3% . Media containing natural wastes including cane molasses , date extract , whey and media containing glycerol or a kind of oil ( olive oil ,sunflower oil and corn oil) were used as economic media for PHB production . High productivity was observed in Stockdale nitrogen free medium containing 5% cane molasses , PHB content was 78% . PHB was extracted from A. chroococcum 9 by different methods including sodium hypochlorite , SDS and sodium hypochlorite and by NaOH. The optimum recovery of PHB was 39.5% by using sodium hypochlorite extraction method . The molecular weight of PHB extracted from A. chroococcum 9 was 2.6×105 dalton and the melting point was 180 ˚C . The solubility of PHB in several solvents was studied . The PHB was soluble in chloroform and in 1 - 2 dichloroethanol , while it was insoluble in methanol , ethanol , acetone , hexane , diethyl ether and carbon tetrachloride . The viscosity of A. chroococcum 9 PHB was determined at different pH values , a decreasing in viscosity was at acidic pH (pH 4) and at alkaline pH (pH 10) which indicate a reducing in PHB MW , while neutral pH (pH 7) was kept the structure of PHB . PHB extracted from A. chroococcum 9 was found to biodegradable by different kinds of bacteria included P. aerugenosa , B. subtilis and A. chroococcum

دراسة التاثير التثبيطي لراشح بكتيريا Lactobacilli المعزولة من مصادر مختلفة على تكوين الغشاء الحياتي لبكتيريا Klebsiella pneumoniae == A Study On inhibitory effect of local Lactobacilli filtrate on formation of Klebsiella pneumoniae Biofilm

Author name: سحـر ظاهر عبد عسل
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 312 عينة ادرار وجروح وقشع للمدة من اب الى ايار 2009 في اوعية معقمة من مرضى زائرين لخمسة مستشفيات في مدينة بغداد وشملت المختبرات التعليمية ,م.بغداد التعليمي,م.الشهيد غازي الحريري,م.الواسطي التعليمي للجراحة التقويمية وم.ابن النفيس التعليمي لامراض القلب.شخصت العينات باستخدام الفحوص البايوكيميائية ونظام Api 20 E ووجد ان 155 عزلة تعود لجنس . Klebsiellaحقق النوع Klebsiella pneumoniae اعلى نسبة عزل وصلت الى ما يقرب من 36,13 % في حين شكلت الانواع K. oxytoca وK. terrigena وK. mobilis وK. ornithinolytica حوالي 20,46% و18,06% و16,13% و9,03% على التوالي من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا. فيما يخص نوع العينة، عزلت K. pneumoniae من الادرار (42,16%) مقارنة مع عينات الجروح (31,25%) والقشع (28,57%) من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا.في الدراسة الحالية، حددت الاستجابة لمضادات الحياة لعزلات K. pneumoniae جميعها وسجل مضاد الامبيسيلين اعلى نسبة مقاومة (81,5%) تلاه مضادي التتراسايكلين والتراموكسازول بنسبة 74,1% لكل منهما. هذا وكان 59,3% و51,9% و48,1% و40,7% و40,7% و33,3% و22,2% من عزلات K. pneumoniae مقاوما لمضادات النايتروفيورانتوين والسيفوتاكسيم والتوبرامايسين والناليديكسيك اسد والسيبروفلوكساسين والسيفترياكسون والجنتامايسين على التوالي. من ناحية اخرى اظهر مضاد الاميكاسين اقل نسبة مقاومة بلغت 7,41%.قدرت قابلية عزلات K. pneumoniae على انتاج الغشاء الحياتي باستعمال تقنية التصبيغ بالبنفسج البلوري في طبق المعايرة الدقيقة وحددت قيمة الكثافة الضوئية عند طول موجي 540 نانوميتر التي مثلت درجة سمك الغشاء الحياتي. وجد ان (22) عزلة وبنسبة (39,29%) من العزلات عالية الانتاجية في حين كانت (34) عزلة وبنسبة (60,71%) عزلة ذات انتاجية جيدة ولم تظهر اية عزلة انتاجية ضعيفة. ومن الجدير ذكره ان العزلات K14 وK15 وK17 وK19 كانت الاكثر انتاجية من بين عزلات K. pneumoniae المفحوصة. علاوة على ذلك اظهرت العزلة K19 اسمك غشاء حياتي.قيمت فعالية مضادي الجنتامايسين والاميكاسين بتراكيزها الدنيا المثبطة (الذين حققا اعلى حساسية من بين المضادات الاخرى المدروسة) ضد تكوين الغشاء الحياتي للعزلات الاربعة K14 وK15 وK17 وK19 . فبالنسبة للعزلتين الاوليتين K14 وK15, بينت النتائج ان الكثافة الضوئية والعدد الحي قد انخفضت معنويا (P<0.05) موازنة مع القيم قبل المعاملة بهذين المضادين. وعند معاملة العزلة K17 بالمضادين نفسهما سجل الاميكاسين انخفاضا معنويا في قيمة الكثافة الضوئية مقارنة مع السيطرة في حين كان هذا الانخفاض غير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. اما على صعيد التعداد الحي فكلا المضادين اظهرا فعالية معنوية ضد الغشاء الحياتي لهذه العزلة. وفيما يتعلق بالعزلة K19 فقد لوحظ ان هناك انخفاضا معنويا في العدد الحي عند المعاملة بالاميكاسين وغير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. حتى مع هذا الانخفاض في العدد الحي والكثافة الضوئية فان المعاملة بكلا المضادين قد ترك خلايا حية عندمزارع الغشاء الحياتي على اطباق التعداد الحي.اختبرت قابلية الطافي الحامضي والمتعادل لبكتريا Lactobacillus acidophilus (Lb1) وبكتريا L. fermentum (Lb2) في تثبيط الخلايا الهائمة للعزلات K14 وK15 وK17 وK19 باستعمال طريقة الحفر على اطباق مولر هنتون. لم ينجح لا الطافي المتعادل ولا وسط MRS النقي في اظهار فعالية تثبيطية على هذه العزلات. في حين بينت النتائج ان للطافي الحامضي فعالية تثبيطية.وجدت فروق معنوية(P<0.05) في الكثافة الضوئية والعدد الحي بين بيانات قبل وبعد المعاملة بالطافي الحامضي للعزلتين Lb1 وLb2 . بخلاف المعاملة بالجنتامايسين والاميكاسين لم تترك المعاملة بالطافي الحامضي اية خلايا حية خلا حالتين Lb1 ضد العزلة K17 وLb2 ضد العزلة K15 اظهرت خلايا حية. | Three hundred and twelve specimens of urine, wounds and sputum were collected for the period from August 2008 to May 2009 in sterilized containers from patients attending five hospitals in Baghdad including Educational Laboratories, Educational Baghdad Hospital, Gazi Al - Harirri Martyr Hospital, Al - wasity teaching Hospital for Reconstructive surgery and Educational Ibn Al - Nafees Hospital.All specimens were identified using biochemical tests and Api 20 E system, it was found that 155 isolate back to genus Klebsiella.Klebsiella pneumoniae achieved the highest percentages of isolation reached 36.13%; while, K. oxytoca, K. terrigena, K. mobilis and K. ornithinolytica constituted 20.64%, 18.06%, 16.13% and 9.03%, respectively from Klebsiella isolates. Concerning the specimen type, K. pneumoniae was isolated more frequently from urine (42.16%) followed by wound (31.25%) then sputum (28.57%) from Klebsiella isolates.In the present study, in vitro susceptibility of all K. pneumoniae isolates to antibiotics were identified. The highest resistance percentages were found to Ampicillin (81.5%), Tetracycline (74.1%) and Trimoxazole (74.1%). Moreover, 59.3%, 51.9%, 48.1%, 40.7%, 40.7%, 33.3% and 22.2% of the K. pneumoniae isolates were resistant to Nitrofurantoin, Cefotaxime, Tobramycin, Nalidixic acid, Ciprofloxacin, Ceftriaxon and Gentamicin, respectively. On the other hand, Amikacin was the most effective antibiotics since it recorded the lowest resistance percentage; 7.41%. The ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm were evaluated by using crystal violet staining technique in pre - sterilized 96 - well polystyrene microtiter plates and then O.D. was determined at 540 nm. The O.D. represented the degree of the biofilm thickness. Twenty two (39.29%) isolates were considered as high producers while 34 (60.71%) isolates were good producers and none of the testes isolates were poor producers. What's more, K. pnumoniae isolates; K14, K15, K17 and K19 produced the thickest biofilm. Clearly, K. pnumoniae K19 accomplished the highest biofilm thickness.The effect of MIC of Amikacin and Gentamicin, which achieved the highest sensitivity percentage among several antibiotics, was assessed on biofilm. On the subject of the isolates K14 and K15 and the results revealed that the absorbance and viable count for these isolates declined in comparison to pretreatment data. These isolates showed significant differences (P<0.05) after the addition of Amikacin and Gentamicn. According to O.D. parameter, K17showed significant reduction (P<0.05) in comparison to control when treated with Amikacin while in case of Gentamicin there was an insignificant reduction; however, viable count showed that Gentamicin as well as Amikacin had a significant (P<0.05) efficacy on biofilm of K. pneumoniae K17. In regard to the isolate K19 a significant differences were observed when treated with Amikacin while insignificant decrease in viable count was found when the treatment involved Gentamicin. Even with the previous results, all treated biofilms developed presence of live cells when cultured on plate count agar.The ability of acid and alkaline supernatants of Lactobacillus acidophilus (Lb1) and L. fermentum (Lb2) to inhibit planktonic K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 isolates were separately tested on Mueller Hinton agar employing agar well assay. Neither neutralized supernatant nor did sterile MRS broth have an effect on these isolates. Yet, results showed that acid supernatant developed an inhibitory effect.Significant differences (P<0.05) were found in O.D. and viable count between pre and post treatment of K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 biofilms with acid supernatants of Lb1 or Lb2. Unlike the Amikacin and Gentamicin treatment which left live bacterial cells, Lactobacillus supernatant left no live cells except for two cases; Lb1 with K17 and Lb2 with K15.

استخلاص وتنقيـةlecithinase من بكتريا Proteus vulgaris ودراسة بعض تاثيراته الممرضه == Extraction and purification of Lecithinase from Proteus vulgaris and study some it is pathogenic effects

Author name: زهراء عباس جبر العيساوي
Supervisor name: رسمية عبد ابو ريشة
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 162 عينة ادرار ومسحات جروح من المرضى المصابين بالتهابات المجاري البولية واصابات الجروح لكلا الجنسين للفترة من ايلول 2009 ولغاية شباط 2010. شخصت العزلات اعتمادا على الصفات المظهرية والفحوصات البايوكميائية ووجد ان 55 عزله تعود الى جنس Proteus وبنسبه عزل 33,9% كما وجد ان 5 عزلات تعود الى النوع Proeus vulgaris وبنسبه عزل 9,09% بعدما شخصت باستخدام نظام Api20E . حددت قابلية عزلات النوع Proeus vulgaris على انتاج انزيم lecithinase باستخدام طريقة الانتشار في الاكار. وجد ان اربع عزلات منتجة للانزيم وان العزلةProteus vulgaris (P1) هي الامثل في الانتاج. استخلص الانزيم من هذه العزلة وتم تنقيته باستخدام عملية الترسيب بكبريتات الامونيوم بنسبه تشبع 60% والتنقية باستخدام عمود الهلام sephacryl S - 200 حيث ظهرت قمتين بروتينية وتم قياس الفعالية النوعية للانزيم بعد التنقية حيث وجد انها تساوي 217 وحدة /ملغم وبتركيز بروتين 290,%ملغم/مل . درس تاثير عدد من المضادات الحيويه على انتاجية وفعالية الانزيم ووجد ان بعض المضادات تثبط انتاج الانزيم مثل اموكسلين / حامض كلافيولانك اسد ,ارثرومايسين وجنتمايسين وبتراكيز 60, 260 , 10 مايكروغرام/مل على التوالي بينما وجد ان البنزاثين بنسلين والريفامبين لايؤثر على الانتاجية ووجد ان الريفامبين يؤثر على فعالية الانزيم بتركيز 80مايكروغرام/ مل. حددت قابلية الانزيم السمية حيث درس التاثير القاتل للنصف للانزيم LD50)) في الحيوانات المختبرية ووجد ان نسبة الجرعة القاتلة للنصف تساوي 210 مايكرو غرام/مل كما حددت نسبة الجرعة المسببة لاصابة الكلى لنصف الحيوانات المختبرية KID50 ووجد ان النسبة تساوي 82,5 مايكروغرام/مل. كما درست التاثيرات النسجية التي يسببها الانزيم في اعضاء الحيوانات المحقونة والتي شملت اعضاء الكبد والكليه والطحال وجد ان الانزيم ياثر تاثيرا كبيرا في نسيج الكبد حيث سبب تنكس في الخلايا الكبدية مع تجمع للمواد الدهنية في الخلايا الكبدية ,تنخر , ارتشاح الخلايا الالتهابية , التهاب المنطقه البوابية , احتقان للاوعية الدموية وتكون خراجات في النسيج البرنكيمي وحدوث تليف حول هذه الخراجات. بينما التاثيرات في نسيج الكلى تمثلت بتنكس في الخلايا الكلوية , تنخر في نبيبات الكلية , ارتشاح الخلايا الالتهابية , وذمة وتجمع للسوائل ,وخراجات واحتقان الاوعية الدموية اما التاثيرات في نسيج الطحال فكانت اقل مقارنة مع الاعضاء الاخرى حيث سبب الانزيم توسع في اللب الابيض للطحال مع تنكس وتنخر بسيط في النسيج البرنكيمي | One hundred sixty two isolates of urine and wound specimens were collected from patients of both sex from September 2009 to February 2010. These isolates were identified according to morphological and biochemical tests, 55 isolates were found belong to genus Proteus with isolation percentage 33.9%. 5 isolates of P.vulgaris were obtained after using ApI 20E system which represent the isolation percentage 9.09% of total isolates. The ability of these isolates to produce lecithinase enzyme by using agar well diffusion method was determined, only 4 isolates of P. vulgaris produce this enzyme which appear as opaque zone around colonies on egg yolk agar, P. vulgaris P(1) was the best isolate for lecithiunase production.The lecithinase P. vulgaris P(1) strain was extracted and purified by precipitation with 60% saturation of ammonium sulfate, dialysis and gel filtration with Sephacryl S 200 column, two peaks of protein appeared in last step, the lecithinase activity was observed in second peak. The purified lecithinase has specific activity 217 unit/mg with protein concentration 0.29 mg/ml.P. vulgaris lecithinase was treated with different antibiotics to determine their effect on the production and activity of this enzyme, the antibiotics varied in their effect, some of them prevent production such as amoxillin/Clavulanic acid , erythromycin and gentamycin at 64, 256 and 8 µg/ml respectively, while benzathin penicillin and rifampin did not effect on the production of enzyme, but only rifampin was decreased lecithinase activity at 128 µg/ml. The LD50 and KID50 of partial pure enzyme was determined in mice and it was 210, 82.5µg/ml respectively. Histopathological effect of partial pure lecithinase was studied. It was found that the lecithinase was more effective on liver tissue than kidney tissue which caused sever degenerative changes of hepatocyte cells with accumulation of lipid materials (fatty change), necrosis, infiltration of inflammatory cell, inflammation of portal area, congestion of blood vessel, abscess formation in liver parenchyma and fibrosis around the abscess. while the effect of lecithinase on kidney showed degenerative of kidney cell, necrosis of renal tubule, with inflammatory cell infiltration, edema, abscess and congestion of blood vessel in kidney. Finally, less effect revealed by lecithinase on spleen tissue, which caused enlargement of white pulp forming germinal center with slight degenerative change and mild necrosis of parenchymal tissue

عزل وتشخيص فيروس شلل الاطفال من الاطفال الملقحين بلقاح شلل الاطفال ومقارنته مع الفيروس الضاري == Isolation &Identification of Poliovirus from Vaccinated Children with Oral poliovirus vaccine and Comparison With Wild Type Virus

Author name: زهراء جعفر جميل عبد الكريم
Supervisor name: غنيمة صادق محمد | عبد اللطيف محمد احمد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Viruses
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يعد فيروس السنجابيةPoliovirus(PV) العامل المرضي الرئيس المسبب لشلل الاطفال Poliomyelitis . ويعتبر هذا المرض من الامراض الخطرة في العالم والتشخيص المختبري له ضروريا لغرض مراقبة وترصد حالات شلل الاطفال ومدى فعالية عملية التلقيح، وكذلك للتميز بين الشلل المتسبب من فيروس السنجابية (PV) والعوامل الاخرى ، والعناية المثالية للمريض هي تجنب الحركة والركض والركون الى الراحة والعلاج الطبيعي . تطوير علاج المرض باستعمال مضادات الفيروس لاصابات شلل الاطفال ممكن ان يضيف في المستقبل القريب حافزا اضافيا للتشخيص المختبري له . تضمنت الدراسة جمع مئة وثمانين عينة خروج من الاطفال (اعمارهم اقل من خمس سنوات) الذين اعطوا لقاح شلل الاطفال الفموي Poliovirus vaccine Oral في مركز الرعاية الاولية الصحية في بغداد لعزل وتشخيص فيروس السنجابية (PV) ، وكذلك تم اختيار خمسة عشر طفلا من المجموع الكلي للاطفال واستمرار متابعة مدى طرح فيروس السنجابية (PV) في الخروج لمدة عشرة ايام بعد التلقيح بلقاح شلل الاطفال الفموي (OPV) .لعزل فيروس السنجابية (PV) : حقنت نماذج الخروج في خطوط خلوية مختلفة (L20B, RD,Hep - 2C, CEF) ، ويتبع ذلك تشخيص نوع فيروس السنجابية (PV) من النماذج الموجبة التي اظهرت تاثيرات مرضية Cytopathic Effect بوساطة اختبار التعادل الدقيق Microneutralization Test ثم اجراء الترحيل الكهربائي SDS - PAGE Electrophoresis لبعض العينات التي شخصت وعينة اللقاح وعينات برية تم الحصول عليها من مختبر الصحة المركزي، وقد تم التوصل الى النتائج الاتية : - • اظهرت الدراسة ان 114 عينة اعطت نتيجة موجبة لعزل فيروس السنجابية(PV)من اصل 180 عينة اي بنسبة (63%) .• لا توجد فروق معنوية ( P<0.05 ) في معدل عزل فيروس السنجابية (PV) من الذكور والاناث اذ ان نسبة الذكور الى الاناث في عزل (PV) هي 1 : 1 .• وجد ان هناك فروقا معنوية ( P<0.05 ) في معدل عزل فيروس السنجابية (PV ) خلال فصول السنة حيث وجد ان اعلى النسب كانت 74.6% في فصل الصيف .• عند مقارنة عزل فيروس السنجابية (PV) من عينات خروج اطفال باعمار مختلفة وجد ان اعلى نسبة لعزل (PV) 83.3% من عينات الاطفال بعمر 8 - 10 اشهر .• عند مقارنة معدل النتائج الموجبة على خطوط خلوية مختلفة : اظهرت النتائج ان (L20B) تعطى افضل المعدلات (93%) يليها خلايا (RD) لمعدل (88%) ثم خلايا (Hep - 2C) بمعدل (84%) ،وعلى النقيض خلايا (CEF) لم تعط اية نتيجة موجبة .• وجد ان هناك فروقا معنوية ( P<0.05 ) في سرعة ظهور فيروس السنجابية (PV) على خطوط خلوية مختلفة : اظهرت النتائج ان خلايا(L20B) اسرع الخطوط الخلوية في اعطاء النتائج، وكذلك توجد فروق معنوية ( P<0.05 ) بين الخلايا (L20B) و(RD) في اليوم الثالث وكذلك توجد فروق معنوية بين (RD) و(Hep - 2C) ( P<0.05 ) في اليوم الخامس، بينما توجد فروق معنوية عالية ( P<0.05 ) في التحري عن فيروس السنجابية (PV) بين خلايا (L20B) و(Hep - 2C) وجد في اليوم الخامس .• في اختبار التعادل N.T : اظهرت النتائج ان النمط الاول (PV1) هو الشائع وقد كان بنسبة 60% ، ثم النمط الثالث (PV3) بنسبة 27% . لكن في هذه الدراسة لم يتم عزل النمط الثاني (PV2) ، وقد ظهرت فيروسات معوية (EVs) اخرى بنسبة 13% .• عند مقارنة عزل فيروس السنجابية (PV) مع باقي الفيروسات المعوية (EVs) خطوط خلوية مختلفة : اظهرت النتائج ان (L20B) تعطي افضل المعدلات (100%) لعزل فيروس السنجابية (PV)، ولم تعزل فيروسات معوية (EVs) ، اما خلايا (RD) بمعدل (90%) اما خلايا(Hep - 2C) بمعدل (71%) لعزل فيروس السنجابية (PV) ، وقد عزلت (EVs) بمعدل (29%) .• في اختبار الترحيل الكهربائي (Electrophoresis (SDS - PAGE في هذه الدراسة تم تمييز اربعة حزم للسلاسل الببتيدية لفيروس السنجابية (PV) لكن هذه النتائج : لم تظهر اي فروقات تميز بين انماط فيروس السنجابية (PV) الثلاثة ، وكذلك لا توجد فروقات تميز بين فيروس السنجابية (PV) المعزولة من عينات الخروج (المشتقة من اللقاح) والعينات البرية (تم الحصول عليها من مختبر الصحة العام المركزي)او عينات اللقاح .نستنتج من الدراسة ان تقنية الزرع النسيجي في الكشف عن فيروس السنجابية (PV) في نماذج الخروج ان الخلايا (L20B) تعد خط الخلايا الامثل والافضل لعزل فيروس السنجابية (PV) بدون عزل فيروسات معوية (EVs) اخرى من نماذج الخروج ، وهذا يوفر لناالوقت والجهد والمواد المبذولة لعزل وتشخيص فيروس السنجابية (PV) من عينات الخروج خلال وجود ومراقبة حالات الشلل الرخو الحاد (AFP )والمراقبة البيئية ضمن مبادرة استئصال شلل الاطفال وكذلك نستنتج ان النمط الاول(PV1)هو الاكثر شيوعا في هذه الدراسة . | Poliovirus (PV) is the etiologic agents of poliomyelitis , This Disease was one of the dangerous diseases in the world. Laboratory diagnosis is still required for detection of poliomyelitis cases and surveillance, to qualification of Immunization and other potentially treatable conditions; development of antiviral agent for the treatment of (PV) infection may provide added impetus for laboratory diagnosis in the near future. In this study collection one hundred and eighty stool specimens from children (less than 5 years old) who administered Oral Poliovirusvaccine (OPV) in preliminary health protection centers in Baghdad and Select fifteen children from the total children and following shedding (PV) in stool for 10 days after immunization with (OPV). Isolation of (PV) was conducted using stool specimens of the vaccination children and inoculated in (L20B) cells, human rhabdomyosarcoma (RD) , human epidermoid carcinoma (Hep - 2C) and check embryo fibroblast (CEF). Followed by identification of (PV) type from positive case which appear cytopathic effect (CFE). By microneutralization test, SDS - PAGE Electrophoresis was done to some specimens which identified as (PV1) ,(PV3),vaccine and wild type. The following results were obtained in this study : - • This study found (114) specimens were positive out of (180) specimens (63%).• No significant difference in isolation of (PV) taken from males and females ,The male to female ratio in (PV) isolation was 1 : 1 .• In comparison, the recovery rate of (PV) due to age of children was found to be the greater proportion and was 83.3%for children within age 8 - 10 month.• Significant difference in isolated (PV) due to during seasons ,the greater percentage was 74.6% during summer .• In Comparison, the recovery rate of (PV) in different cell lines revealed that L20B cell provided the best recovery rate (93%) from fecal samples , differing significantly from the other cell lines (P< 0.05) .• Significant difference in speed recovery of PV in different cell lines , recovery of L20B cell provided the faster recovery rate , significant difference (p > 0.05) of detecting PV between L20B and RD cell at day 3 and between RD and Hep - 2C cell (p > 0.05) at day 5;whereas more significant difference (p > 0.05) in the detection of PV between L20B and Hep - 2C found at day 5.• In neutralization test,it was found the poliovirus type (PV1)was more frequent (60%) than (PV3) (27%)but in this study can’t isolated (PV2), in this study found other (ENs) (13%). • In comparison, the recovered (PV) and other (EVs) in different cell lines ,showed that L20B cell was the best in the recovery rate (100%) for the isolation of (PV) while did not isolation of (EVs),RD in rate (90%) for (PV) while Hep - 2C isolation (PV) in rate (71%),and (ENs) in rate (29%).• In SDS - PAGE Electrophoresis, in this study distinguish 4 bands for polypeptide of (PV), but this result didn't show any difference between strains of (PV) which isolation from stool specimens and wild type. In conclusion the T.C. technique used for detection of ( PV) from stool specimens , the L20B cell was superior to isolation of (PV) without isolation of (EVs) and therefore established a first line of clinical diagnostic test for the detection of (PV) from stool specimens during AFP surveillance and Environmental surveillance in the initiation of eradication of Poliomyelitis. and in conclusion that the (PV1) was widespread in Environment .

دراسة وبائية بكتريا المكورات المعوية ENTEROCOCCI المقاومة للعديد من المضادات الميكروبية والمسببة للاصابات في بيئة المستشفيات == Epidemiological study of Multi - Antimicrobial resistant Enterococci that causes Nonsocomial Infections

Author name: محمد حسن يونس محمد
Supervisor name: مروان صالح محمد | خليل مصطفى خماس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: في هذه الدراسة جمعت ( 637 ) عينة من مصادر مختلفة ( سريريه , سطوح بيئية , اجهزة طبية , مياه ) للفترة من تموز 2005 الى كانون الثاني 2006 وقد تم اخذ العينات من وحدة الديلزة في مستشفى بغداد ومن وحدة الناظور في مستشفى اليرموك ومن ردهة الاطفال في مستشفى ابن البلدي .استخدم نوعين من الاوساط الزرعية للعزل الاولي لبكتريا المكورات المعوية المقاومة للعديد من المضادات الحياتية وهما Bile aesculin azide agar وVancomycin resistant - enterococci agar .اعتمادا على الصفات المورفولوجية , المجهرية ,والفحص المصلي ( فحص التلازن بالشريحة ) , وفحص الكاتاليز , تم الحصول على 18 عزلة تمثل بكتريا المكورات المعوية المقاومة للعديد من المضادات الحياتية. واعتمادا على التشخيص بنظام ( Api - 20 Strept. Strip ) , اظهرت النتائج ان 13 عزلة من مجموع 18 عزلة ( 72% ) تعود الى النوع E.faecium و5 عزلات من مجموع 18 عزلة ( %28 ) تعود الى النوع E.feacalis .فحص الحساسية بطريقة الانتشار من الاقراص تجاه 10 انواع من المضادات الحياتية ( بنسيلين ج , الجنتامايسين , السايبروفلوكساسين , الكلورامفينيكول , تتراسايكلين , النايتروفيورانتون , الباستراسين ,اميبيم , اميكاسين ,حامض نالدكسك ) اظهرت العزلات مقاومة عالية ( 100% ) لخمسة من المضادات الحياتية (اميكاسين , نالدسك اسد, تتراسايكلين , الباستراسين , الجنتامايسين ) وبالتالي فهي مكورات معوية مقاومة للعديد من المضادات الحياتية .فحص الحساسية بطريقة المرق لتحديد التركيز المثبط الادنى تجاه 9 انواع من المضادات الحياتية ( الجنتامايسين , السايبروفلوكساسين , الكلورامفينيكول , النايتروفيورانتون , فانكومايسين , سيفالوثين , سيفتازديم , سيفيبيم , بنسيلين ج ) , اظهرت النتائج مقاومة عالية ( 100% ) لكل من سيفالوثين وبنسيلين ج ( ug/ml 32 < = MIC50 ) و(16 ug/ml < = MIC50 ) على التوالي . بينما اظهرت حساسية عالية لكل من النايتروفيورانتون والفانكومايسين ( ug/ml 128 < = MIC50 ) و(16 ug/ml < = MIC50 ) على التوالي .تم استخلاص البلازميدات بطريقة التحلل القاعدي المحورة لستة عزلات من مصادر مختلفة ومن نفس الردهة وبعد الكشف عنها بوساطة الترحيل الكهربائي في هلام الاكاروزاظهرت النتائج تشابه الحزم في الموقع والحجم ولكل العزلات .تم تحديد نقاوة الدنا البلازميدي بوساطة المطياف الضوئي حيث كان تركيزا لدنا لحاصل القسمة عند الطول الموجي 260 و280 هو ( 1.95 ) مما يدل على نقاوة الاستخلاص للدنا البلازميدي.دراسة امكانية استعمال ناتج عملية التضاعف لجين (vanA ) و( van B ) المشفرة لجين مقاومة الفانكومايسين وجين ( ddI ) المشفر لجين D - alanine - D - alanine ligase المشخص للنوع E.faecium بوساطة فحص تفاعل بوليميرازالسلسلي للدنا وبعد الترحيل لناتج التضاعف لثلاث جينات لوحظ ظهور حزمة مع الجين ddI عن الجين الخاص بتشخيص النوع E.faecium فقط | This work was done on 704 samples that were collected from many sources included patients, medical instruments, ecological surfaces and water samples from three hospitals in Baghdad .For primary isolation of Multi - Drug Resistant Enterococci , two media were used ( Bile aesculin azide agar,Vancomycin - resistant enterococci ).The isolates were exposed to microscopical, morphological, biochemical test ( especially PYR test,catalase test ), serological test ( slidex Strepto - D - Kit) which proved 18 samples as Multi - Drug Resistant Enterococci .Diagnosis by ( Api - 20 Strept.strip ) we determined 13 isolates from 18 isolates ( 72% ) are belonged to E.faecium,and 5 isolates from 18 isolates ( 28%) are belonged to E.Feacalis .the antibiotic susceptibility test by using disk diffusion method as well as the determination of minimal inhibitory concentration of several antibiotics carried upon these samples . the results showed that all samples were resistant to five antibiotics . the minimum inhibitory concentration ( MIC50) of cephalosporin, penicillin G , ciprofloxacin,cefepim, and ceftazidime was > 64 µg / ml.nitrofurantoin and vancomycin had MIC50 of 128 and 16 µg / ml respectively.Pure plasmid DNA was extracted from vancomycin resistant enterococci by the evidence of UV - spectrophotometer study .Agarose gel electrophoresis of plasmid isolated from vancomycin resistant related to different sources showed slight differences in the bands mobilization and gave negative results by Pulsed Field Gel Electrophoresis ( PFGE). Determined the genes of vancomycin resistant (vanA and vanB) in isolates by PCR , the results showed that all isolates gave negative results. The best culture medium used for isolate Multi - drug resistant enterococci is Bile aesculin azide agar . in clinical samples all isolates are E.faecium ,in environmental samples all isolates are E.Feacalis .High resistant to Cephalosporines and low resistant to nitrofurantoin .vanA and vanB genes were not detected in isolates by PCR. In this study were collected ( 637) samples from different sources ( clinical , ecological surfaces , medical instruments , water ) from July in 2005 to January in 2006 . samples taken from ( Dialysis unit in Baghdad hospital , Proctoscopy unit in ALyarmok hospital , Pediatric ward in Ibn - albaldi hospital).Used two types of culture media for primary isolation of Multi - drug resistant enterococci ( Bile aesculin azide agar , Vancomycin resistant enterococci agar).dependent on morphological , microscopical, serological test ( slide Strepto - D - Kit) and (PYR) test and catalase test , we obtained 18 isolates as Multi - drug resistant enterococci. dependent on diagnosis by ( API - 20 Strept.Strip ) . the results showed that 13 isolates from 18 isolates ( 72% ) are belonged to E.faecium, and 5 isolates from 18 isolates ( 28%) are belonged to E.fecalis .The susceptibility test by using disk diffusion method against 10 types of antibiotics(Penicilin G, Gentamicin , Chloramphenicol , Nitrofurantoin , Tetracyclin , Bacitracin , Amikacin , Imepem , Nalidix acid and Ciprofloxacin) .The isolate showed highly resistant (100%) to 5 antibiotics ( Gentamicin , Tetracyclin , , Bacitracin , Amikacin, Nalidix acid) and then the isolates are resistant to Multi - antibiotics.The susceptibility test by using broth dilution method to determine MIC against 9 types of antibiotics (Gentamicin , Penicilin G, Ciprofloxacin, Nitrofurantoin, Chloramphenicol,Cephalothin,Ceftazidime , Cefepime ,Vancomycin),The isolate showed highly resistant (100%) to Cephalothin and Penicillin G ( MIC50 = >32 ug/ml )and ( MIC50 = >16 ug/ml) sequencely The isolate showed low resistant to Nitrofurantoin and Vancomycin ( MIC50 = > 128 ug/ml) and (MIC50 = > 16 ug/ml)sequencely. Plasmid extraction by modified Alkaline analysis method for 6 isolates from different sources in same ward and after detected by agarose gel electrophoresis, the results showed the same plasmid bands in size and place for all isolates. We determined the purity of plasmid DNA by UV - Spectrophotometer which concentration of DNA for divided obtained at wave length 260 and 280 nm was ( 1.95) which indicate the purity of extraction of DNA. Study of using the product of amplication of( vanA) and (vanB) gene coded for vancomycin resistant gene and( ddI) gene coded for D - alanine - D - alanine ligase gene specific for E.faecium by Polymerase Chain Reaction for DNA and after detected the product of amplification of 3 genes, the results showed that isolates gave positive result for just (ddI) gene and negative for( vanA) and( vanB) gene.

تقييم صلاحية مياه نهر الغراف - جنوب العراق للاستخدامات المختلفة باستخدام دليل نوعية المياه (النموذج الكندي) == Evaluation of the validity of The AL - Gharraf - River Water Southern of Iraq for various uses by using the Water Quality Index (Canadian Model)

Author name: مها مثنى حسن التميمي
Supervisor name: حسين يوسف خلف الركابي
General topic: Biology
Specific topic: Aquatic Environment
Degree: Master
University: University of Thi-Qar - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة الحالية على نهر الغراف في محافظة ذي قار(جنوب العراق) فصليا ابتداء من فصل الصيف 2014 ولغاية فصل الربيع 2015 باستعمال دليل نوعية المياه (النموذج الكندي ) في هذه الدراسة بوصفه اداة فعالة في تقييم نوعية مياه نهر الغراف ولاول مرة في منطقة الدراسة لتحديد صلاحيته لاغراض مختلفة منها الشرب ومعيشة الاحياء والري للوقوف على حال المياه ونوعيتها في هذا النهر . اختيرت اربع محطات على طول النهر لجمع عينات المياه تمثلت المحطة الاولى عند مدينة الحي في محافظة واسط قبل دخول النهر محافظة ذي قار واحداثياتها 32°08'29.4"N ; 46°02'38.3"E))، اما المحطة الثانية تقع بعد خروج النهر من قضاء الرفاعي وتبعد عن المحطة الاولى بمسافة 50 كم تقريبا واحداثياتها (31°41'21.6"N ; 46°06'53.9"E) ،تقع المحطة الثالثة بعد خروج النهر من قضاء الشطرة وتبعد عن المحطة الثانية بمسافة 40 كم تقريبا واحداثياتها (31°22'50.8"N; 46°10'51.0"E)، والمحطة الرابعة والاخيرة تقع عند مدينة الاصلاح وتبعد عن المحطة الثالثة 72كم تقريبا واحداثياتها( 31°09'55.0"N; 46°36'36.6"E). جمعت عينات المياه من محطات الدراسة فصليا ابتداء من فصل الصيف2014 ولغاية فصل الربيع 2015 .اختير26 متغيرا من المتغيرات ذات التاثير الاكبر في نوعية المياه وصلاحية استخدامها لتجهيز مياه الشرب ولاغراض معيشة الاحياء ولاغراض الري في ايجاد قيم الدليل وهي درجة حرارة الهواء والماء وسرعة الجريان والاس الهيدروجيني والاوكسجين المذاب والمتطلب الحيوي للاوكسجين والمتطلب الكيميائي للاوكسجين والتوصيلية الكهربائية والملوحة والعكارة والمواد الصلبة الذائبة الكلية والعسرة الكلية والكاربونات والبيكاربونات والقاعدية الكلية والكالسيوم والمغنيسيوم وايون الكلورايد وايون الصوديوم وايون البوتاسيوم ونسبة امتزاز الصوديوم والفوسفات الفعالة والنترات الفعالة والكبريتات والعناصر النزرة (الكادميوم والرصاص) وبكتيريا القولون البرازية . اوضحت نتائج الدراسة الحالية ان درجة حرارة الهواء تراوحت بين(10 - 44) ○م ،اما درجة حرارة الماء فكانت بين (7.3 - 28.5) ○م ، وسرعة الجريان بين(0.07 - 0.25)م/ ثا ،اما قيم الاس الهيدروجيني سجلت بين(5.92 - 8.5)،كما سجلت الدراسة الحالية تراكيز للاوكسجين الذائب بين(1.06 - 8.4)ملغم/لتر ،اما المتطلب الحيوي للاوكسجين فكان ضمن المدى(22. 1 - 3.24)ملغم/لتر، بينما قيم المتطلب الكيميائي للاوكسجين بين (6.2 - 35.4) ملغم/لتر، في حين تراوحت قيم التوصيلية الكهربائية بين(674 - 1622) مايكروسمنز/سم، كما تراوح تركيز الملوحة بين (0.43 - 1.04) غم/لتر والعكارة بينNTU 6.7 - 3.11))،كما سجل تركيز المواد الذائبة الكلية بين(336 - 902) ملغم/لتر، والعسرة الكلية بين (367 - 833) ملغم CaCO3/لتر وكانت قيم الكاربونات غير محسوسة والبيكاربونات بين و(294 - 605) ملغم CaCO3/لتر، كما سجلت الدراسة الحالية تراكيز القاعدية الكلية بين(152 - 301) ملغم CaCO3/لتر، وكانت قيم الكالسيوم بين (52.3 - 197) ملغم/لتر والمغنسيوم بين (35.6 - 134)ملغم/لتر، والكلورايد بين (118 - 312)ملغم/لتر، كما سجلت مديات ايونات الصوديوم بين (93 - 201)ملغم/لتر والبوتاسيوم(3.2 - 13.37)ملغم/لتر ،اما نسبة امتزاز الصوديوم فكانت بين (0.63 - 3.98)ملي مكافئ/لتر،واما الفوسفات فيقع بين (0.03 - 0.44)ملغم/لتر.، بينما قيم النترات تقع بين (1.35 - 4.1)ملغم/لتر، في حين تروحت الكبريتات بين (202 - 399)ملغم/لتر. كما اظهرت الدراسة الحالية ان قيم العناصر النزرة كانت في الطور العالق ، اعلى من الطور الذائب اذ سجل عنصر الرصاص في الطور الذائب ما بين (1.72 - 47.81)مايكغم/لتر بينما في الطور العالق بين(5.78 - 135.1) مايكغم /غم وزن جاف. اما قيم عنصر الكادميوم في الطور الذائب بين (1.46 - 10.08)مايكغم وفي الطور العالق بين(2.16 - 110.72) مايكغم /غم وزن جاف. كما سجلت مياه المحطات المدروسة اعدادا لبكتريا القولون البرازية بين(50 - 333)خلية/100مل تراوحت نتائج الدراسة الحالية لقيم دليل نوعية المياه لتجهيز مياه الشرب(PWSI) بين (19.87 - 26.98) لكافة المحطات طوال مدة الدراسة وهي بذلك تصنف ضمن الفئة الخامسة 44 - 0)) الفقيرة (Poor) على مقياس الدليل, اذ سجلت اعلى قيمة للدليل(26.98) (Poor) في المحطة الثانية خلال فصل الشتاء وادنى قيمة للدليل(19.87) (poor) في المحطة الرابعة لنفس الفصل. اما قيم دليل نوعية المياه لاغراض معيشة الاحياء (WQIAL) فكانت بين(4.37 - 12.06) وهي بذلك تصنف ضمن الفئة الخامسة ايضا 44 - 0))الفقيرة(Poor) لجميع المحطات طوال مدة الدراسة ,اذ سجلت اعلى قيمة للدليل (12.6 ) (poor) في المحطة الثالثة خلال فصل الشتاء وادنى قيمة (4.37) (poor) في المحطة الرابعة خلال فصل الصيف. في حين وجدت قيم دليل نوعية مياه الري (IWQI) ما بين (16.11 - 43.32) وهي بذلك تصنف ضمن الفئة الخامسة 44 - 0))(Poor) على مقياس الدليل, لجميع المحطات طوال مدة الدراسة ,اذ سجلت اعلى القيم للدليل في المحطة الاولى ( 43.32) (poor) خلال فصل الشتاء وادنى قيمة(16.11)(poor) في المحطة الرابعة خلال فصل الصيف. اظهرت نتائج تحليل المكونات الاساسيPrincipal Component Analysis (PCA) ان الكادميوم والبوتاسيوم والنترات والفوسفات والكلورايد والمتطلب الكيميائي للاوكسجين وبكتريا القولون البرازية والمغنيسيوم اهم المتغيرات المسؤولة عن التغاير في نوعية مياه الشرب وبالتالي اكثرها تحديدا لمدى صلاحية نهر الغراف لتجهيز مياه الشرب, تلاها الصوديوم والعسرة الكلية والكبريتات والعكارة والاوكسجين المذاب والرصاص والقاعدية الكلية والتوصيلية الكهربائية والمواد الصلبة الكلية والكالسيوم والاس الهيدروجيني والمتطلب الحيوي للاوكسجين .في حين اهم المتغيرات المسؤولة عن التغاير في نوعية المياه لاغراض معيشة الاحياء ،درجة الحرارة والمتطلب الكيميائي للاوكسجين وبكتريا القولون البرازية والبوتاسيوم والفوسفات والكلورايد والكادميوم تلتها المتطلب الحيوي للاوكسجين والعكارة والاس الهيدروجيني والرصاص والمواد الصلبة الذائبة الكلية والاوكسجين المذاب والعسرة الكلية . في حين كان الاس الهيدروجيني والبيكاربونات والرصاص والتوصيلية الكهربائية هي المتغيرات الاكثر مسؤولية في التاثير على نوعية مياه الري ،تلاها الكادميوم ونسبة امتزاز الصوديوم والكلورايد. | The current study was conducted on Al - Gharraf River in Thi - Qar governorate(southern of Iraq) for the period from Summer 2014 to Spring 2015 using water quality index(Canadian model) in this study as an effective tool in the assessment of Gharraf River water for the first time in the study area to determine suitability for drinking, irrigation and aquatic organisms life. Four stations were determined along the river to collect samples AL - Hay city to the completion in the marshes .The first station was located in the district city and away from the second station of 50 kilometers (32 ° 08'29.4 "N; 46 ° 02'38.3" E), The second station was located after the departure of the river to spend AL - Rifai and its coordinates (31 ° 41'21.6 "N; 46 ° 06'53.9" E), The third station was located after the departure of the river AL - Shatra and away from the second station of approximately 40 km (31 ° 22'50.8 "N; 46 ° 10'51.0" E) The fourth station was located at the AL - Esllah city and away from the third station about 72km (31 ° 09'55.0 "N; 46 ° 36'36.6" E). Water samples were collected seasonally from a quarterly of study stations (and by four samples in the chapter) during every two months, starting from summer 2014 until spring 2015. twenty even variables were compiled the greatest impact on the water quality of the river and the validity of the Garraf which have using for the processing of drinking ,for the purposes of living requirements and irrigation purposes in the directory to find the WQI. These variables were air temperature, water temperature, the water current velocity, pH ,dissolved oxygen ,biological oxygen demand, chemical oxygen demand and electrical conductivity, salinity, turbidity ,total dissolved solids ,total hardness, carbonate ,bicarbonates ,total alkalinity, calcium ,magnesium, ion chloride ,sodium ion and potassium ion, reactive phosphate, reactive nitrate, sulfate sodium adsorption ratio ,trace elements (cadmium and lead) and fecal coliform bacteria. The current results showed that the air temperature ranged between (10 - 44) Cº, while the temperature of the water ranged between (7 - 28) Cº, the water current velocity ranged from (0.25 - 0.7) m / sec, pH between (5.92 - 8.5), The current study also recorded the concentrations of dissolved oxygen between (1.06 - 8.4 mg / L). The concentration of biological oxygen demand within the range (1.22 - 3.24) mg / L . The chemical oxygen demand of between (6.2 - 35.4)mg / L, Electrical conductivity values ranged between (674 - 1622) μs / m, .Salinity concentration ranged between (0.43 - 1.04) mg / L .Turbidity of water ranged from (3.11 - 6.7)NTU. Total dissolved solids ranged between (336 - 902) mg / L. Total hardness ranged between (367 - 833) mg CaCO3 /L. Carbonate values was non - palpable and bicarbonate and ranged between (294 - 605) mg CaCO3 /L. The total alkalinity concentration between (152 - 301) mg CaCO3 /L, Calcium ranged between (52.3 - 197 )mg / L. Magnesium ranged between (35.6 - 134) mg / L. Chloride ranged between (118 - 312) mg / L. Sodium ions were recorded between (93 - 201) mg / L. potassium (3.2 - 13.37) mg / L. The proportion of sodium adsorption ranged between (0.63 - 3.98) mequ/L. Phosphate ranged between (0.03 - 0.44) mg / L. Nitrates ranged between (1.35 - 4.1) mg / L. Sulfates ranged between (202 - 399) mg / L. The finding showed that the values of trace elements in the airborne phase was higher than the dissolved phase range the lead element of the dissolved phase between the values (1.72 - 47. 81) μg/L, while in the suspended phase ranged between(5.78 - 135.1) μg /gm dry weight. In the case cadmium of values of soluble part in the water range was (1.46 - 10.08) μg/L, either in the suspended phase of the water was (2.16 - 110.72) μg /gm dry weight. Studied water stations also recorded Numbers of fecal coliform ranged from (50 - 333) cells / 100 ml. Was also recorded in the studied stations . The values of potable water supply index (PWQI) ranged between (19.87 - 26.98) for all stations accordingly it is categorized as fifth grade(0 - 44) (Poor). The highest value was (26.98) (Poor) in the second stations through the winter and the lowest value of the index (19.87) (poor) in the fourth station of the same season. Water quality index for aquatic organisms life (WQIAL) ranged between (4.37 - 12.06) for all stations there for it is evidently categorized as fifth grade(0 - 44) (Poor) , As it recorded the highest value of index 12.6 (poor) in the third stations during the winter and the lowest value of index was( 4.37) (poor) in the fourth stations during the summer. The values for irrigation water quality index (IWQI)ranged between (16.11 - 43.32) for all stations accordingly it is categorized as fifth grade(0 - 44) (Poor) , As it the highest values of the index in the first station 43.32 (poor) during the winter and the lowest value of index was (16.11) (poor) in the fourth station during the summer. The results of Principal Component Analysis (PCA) showed that cadmium, potassium, reactive nitrates, phosphates, chloride ,chemical oxygen demand ,fecal coliform and magnesium were the most effective variables on the changes in water quality index for drinking water , followed by sodium, sulfates, total hardness ,turbidity ,dissolved oxygen, lead , total alkalinity ,electric conductivity ,total solids, calcium, pH and biological oxygen demand. While the most important variables responsible for the variation in water quality for quality organisms life,were water temperature ,chemical oxygen demand ,fecal coliform, potassium, phosphate, chloride , cadmium, followed by biological oxygen demand ,turbidity, pH, lead, total solids, dissolved oxygen and total hardness. While the pH ,bicarbonates, lead and electrical conductivity were the most influents effective on the determination of irrigation water quality, followed by cadmium, sodium adsorption ratio and chlorine .

دراسة بعض الجوانب الوبائية والمناعية للخمج بداء المقوسات في مدينة الفلوجة - محافظة الانبار == Study of some epidemiological and immunological aspects of toxoplasmosis in Fallujah city - Al - Anbar province

Author name: محمد سليم اسماعيل ثامر العيساوي
Supervisor name: ابراهيم شعبان داوود | عبد الوهاب بديوي حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Parasites
Degree: Master
University: Tikrit University - College Of Science - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Salahaddin
First pages:
Abstract: شملت الدراسة جمع عينات دم من النساء المجهضات تراوحت اعمارهن بين (16 - 45) سنة المراجعات لمستشفى الفلوجة العام لمعرفة مدى انتشار طفيلي المقوسة الكوندية Toxoplasma gondii في مدينة الفلوجة - محافظة الانبار بطريقتي تلازن اللاتكس Latex agglutination واختبار الخميرة للادمصاص المناعي (الاليزا) Enzyme linked immunosorbent assay, كذلك قياس مستوى الاضداد IgA , IgE , IgM , IgG والمتممين C4 , C3 وبعض المظاهر المناعية للخلايا البلعمية متعددة اشكال النوى العدلة (PMNs) وبعض التاثيرات المناعية في الفئران البيض والقطط . ظهرت النتائج ان نسبة الخمج الكلية وحسب الفئات العمرية قيد الدراسة (16 - 25) , (26 - 35) , (36 - 45) سنة بطريقة تلازن اللاتكس كانت 43.75% , ( 40.90% , 46.15% , 42.11% ) وبطريقة الاليزا 32.50% (31.82% , 35.90 , 26.31% ) , ونسبة الاخماج الكلية الحادة والمزمنة بطريقة ELISA - IgG , ELISA - IgM وحسب الفئات العمرية كانت 10% (13.64% , 12.82% , 0% ) , 22.50% (18.18% , 23.08% , 26.31 ) على التوالي. قياس مستوى الاضداد IgG , IgM النوعية ضد المقوسة الكوندية وIgE الكمي بطريقة اختبار الاليزا (ELISA ) , وقياس مستوى الضد IgA الكمي والمتممين( Complements) C4 , C3 بطريقة اختبار الانتشار المناعي الشعاعي المفرد Single radial immunodiffusion test اظهرت ارتفاع معنوي في معدل مستوى الاضداد IgG , IgM النوعيين ضد المقوسة الكوندية وعدم وجود فروق معنوية لمعدل مستوى الاضداد IgE , IgA الكميين والمتممين C3 , C4 للنساء المخمجات مقارنة بالسيطرة. اظهر التحليل الاحصائي ان للخمج بطفيلي المقوسة الكوندية T. gondii وجود فرق معنوي على زيادة نشاط الخلايا متعددة اشكال النوى العدلة (PMNs) في بلعمة خميرة الكانديداCandida yeast واختزال صبغةNitroblue tetrazolium reduction وتاثيراﱟ منخفضاﱟ لمعدل عيوشية الخلايا (PMNs ) وهجرة طبيعية للخلايا PMNs)) المعزولة من النساء المخمجات ولكل الفئات العمرية مقارنة بالسيطرة. اظهرت النتائج ان حقن اكياس البيض المضعفة بالاشعة فوق البنفسجية Ultraviolet والمكسرة Ultra - Sonication اعطت تفاعلات واضحة عند اجراء اختبار فرط الحساسية المتاخرDelayed Type Hypersensitivity اذ بلغ اعلى معدل سمك القدم (2.32 , 2.79) ملم وقطر المنطقة المتهيجة (7.79 , 8.78) ملم بعد (24) ساعة في الفئران المحقونة على التوالي ، ان تمنيع الفئران بمحلول اكياس البيض المضعفة واعطائها جرعة تحدي تاثير على انخفاض معامل الكبد والطحال مقارنة بالسيطرة ، وان حقن مستضدات الطفيلي ( اكياس البيض المضعفة ) في الفئران ثم اعطائها للقطط اخر وقلل نسبة اكياس البيض المطروحة من قبل القطط وبلغت نسبة الوقاية الكلية 22.29% مقارنة بالسيطرة الموجبة. | The study included collection of blood samples from aborted women, aged between 16 - 54 years attended the general Fallujah Hospital for the prevalence of the infection with Toxoplasma gondii in Fallujah city - AL - Anbar province by two methods : latex agglutination , Enzyme linked immunosorbent assay , measurement of antibodies concentration of IgM, IgG, IgE, IgA, Complements C3, C4, and some immunological features of cells and some immunological effect in white mice and cats. The results showed that the percentage of total infection and according to age groups in the study (16 - 25), (26 - 35), (36 - 45) by LAT were 43.75% , 40.90% , 46.15% 42.11% respectively and with ELISA test 32.50% , 31.82% , 35.90% , 32.50% respectively , the percentage of total acute infection by ELISA - IgM in accordance with age groups were 10% , 13.64% , 12.82% , 0% whereas total , chronic infection by ELISA - IgG were 22.50% , 18.18% , 23.08% , 26.31% respectively. The measurement of antibodies levels of IgG, IgM, IgE by ELISA, IgA and complements C3, C4 by single radial immunodiffusion showed a significant increase in the average antibodies levels of specific IgM, IgG against T. gondii whereas no significant increase in the average antibody level of IgE, IgA and complement C3 , C4 in the infection women in comparison to control. The infection with T. gondii showed significant difference in the activity of Polymorphonuclear neutrophils (PMNs) in the phagocytosis of candida yeast and reduction of Nitroblue tetrazolium, whereas little effect on viability of PMNs and natural migration of neutrophils isolated from infection women of all age groups in comparison to control. The results of the immunological effects of inoculation of Oocysts attenuated by ultra - violet rays or ultra - sonication into white mice showed, the clear reaction in delayed type hypersensitivity test, the average of highest thickness of mice - foot were 2.79, 2.32 mm. and diameter of the inflamed regions were 8.78, 7.79 mm. 24h. after inoculation, the immunization of mice with attenuated oocysts followed by a challenge dose reshowed a decrease in the factor of liver and spleen in comparison to control. Cats fed mice that fedded by which was inoculated by Oocysts attenuated by ultra - violet rays showed a delay and a decrease in the Oocysts discharge in the feces by 22.29% in comparison to control.

تاثير المستخلصات المائية والكحولية لنباتي سم الفراخ والقريص على بعض عوامل الضراوة والدنا البلازميدي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا == The Effect of aqueous and alcoholic extracts of Withania somnifera (L.) Dun. and Urtica urens (L.) in some virulence factors and plasmid DNA in local isolates of Pseudomonas aeruginosa

Author name: ديمة نزار فرج باصات
Supervisor name: لينة عبد الكريم الامير
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (50) عزلة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من (110) عزلة من مصادر عزل مختلفة (الجروح ، والحروق ، والاذن ، والادرار ، والدم) لمرضى في مستشفيات اليرموك ، والكندي والعلوية للاطفال ، وقد تبين ان (44 %) من العزلات كان مصدرها الجروح و(20 %) لكل من الادرار ، والاذن و(12%) للحروق ، و(4 %) لعينات الدم.وعند التحري عن المقاومة لمضادات الحياة وجد ان (68 %) من العزلات اظهرت مقاومة متعددة لـ (6 - 9) مضادات و(26 %) من العزلات كانت مقاومة لـ (1 - 5) مضادات و(6 %) من العزلات مقاومة لـ (10 - 12) مضادا وتوزعت العزلات المقاومة ضمن (33) نمط مقاومة لمضادات الحياة.وعند التحري عن انتاج بعض عوامل الضراوة لبكتريا P. aeruginosa تبين ان (82 %) من العزلات منتجة لانزيم الهيمولايسين و(74 %) منتجة لانزيم الايلاستيز و(66 %) منتجة لانزيم اليوريز ، وكانت المجموعة السائدة هي المنتجة للعوامل الثلاثة معا ، مما يدل على اهمية هذه العوامل في ضراوة البكتريا كما تبين ان هناك ارتباطا بين انتاج انزيم الايلاستيز والهيمولايسين.اختيرت عزلتان احداهما مقاومة لاحد عشر مضادا من اصل 12 مضادا منتجة لعوامل الضراوة الهيمولايسين ، والايلاستيز ، واليورييز (PD1) والاخرى حساسة (مقاومة لاربعة مضادات من اصل 12 مضادا) ومنتجة للايلاستيز والهيمولايسين وغير منتجة لليوريز (PD2).وعند التحري عن وجود البلازميدات وجد ان العزلة المقاومة (PD1) تمتلك بلازميدا واحدا والعزلة الحساسة (PD2) لا تمتلك بلازميدا.حدد التركيز المثبط الادنى للمستخلصات المائية والكحولية لنباتي سم الفراخ Withania somnifera L. Dun. ، والقريص Urtica urensi L. تجاه بكتريا P. aeruginosa (للعزلتين (PD1,PD2وكان التركيز المثبط الادنى لمستخلص سم الفراخ المائي (175) ملغم / مللتر ، والكحولي (5) ملغم / مللتر ، والتركيز المثبط الادنى لمستخلص القريص الكحولي (25) ملغم / مللتر ، اما المستخلص المائي للقريص فلم يكن له اي تاثير تثبيطي في نمو البكتريا حتى التركيز (175) ملغم / مللتر.درس تاثير المستخلصات في التراكيز تحت التركيز المثبط الادنى تجاه تثبيط بعض عوامل الضراوة للبكتريا وكان مستخلص سم الفراخ المائي والمستخلص الكحولي مثبطا لانزيم الهيمولايسين ومضعفا للايلاستيز ولم يكن لهما تاثير في انتاج اليوريز عند التراكيز (100 ، 125 ، 150) ملغم / مللترللمستخلص المائي والتراكيز (2 ، 3 ، 4) ملغم / مللتر للمستخلص الكحولي ، اما مستخلص القريص المائي والمستخلص الكحولي فكان لهما تاثير مثبط للايلاستيز ومضعف للهيمولايسين ولم يؤثرا في انتاج اليوريز عند التراكيز (125 ، 150 ، 175) ملغم / مللتر للمستخلص المائي وعند التراكيز (10 ، 15 ، 20) ملغم / مللتر للمستخلص الكحولي.لم يكن لاي مستخلص نباتي من المستخلصات المستعملة تاثير في تحييد البلازميد للعزلة PD1 عند التراكيز تحت المثبطة ، لكن عند تحليل الدنا البلازميدي باستخدام الاشعة تحت الحمراء وجد ان مستخلصي سم الفراخ المائي عند التركيز (150) ملغم / مل والكحولي عند التركيز (4) ملغم / مللتر احدثا تغييرا في مواقع جذر NH+3 ولايون C=O عند الحزمة 2000 - 3100 سم - 1 ، والحزمة 1649 سم - 1 على التوالي. اما مستخلص القريص المائي عند التركيز (175) ملغم / مللتر والكحولي عند (20) ملغم / مللتر فقد احدث تغييرا في موقع جذر NH3+ عند الحزمة 2000 - 3100 سم - 1 وايون C=O عند 1649 سم - 1 واحدثت تغييرا في شدة الحزمة عند 1022 سم - 1 والتي تعود الى مجموعة PO2 - ويمتاز المستخلص المائي بانه احدث تغييرا في دنا البلازميد البكتيري بظهور حزمة جديدة عند 810 - 690 سم - 1 وتعود لمجموعة PO2 - ايضا. وهذا يشير ايضا الى احتمال تاثير تلك المستخلصات النباتية على الوضعية العامة لجزيئة الـ DNA من ناحية التركيب الثانوي وبالتالي على بعض ادواره الوظيفية الحيوية. | Pseudomonas aeruginosa was isolated from various clinical specimens including : wound , burn , ear , urine and blood , collected from patients hospitalized in Yarmouk , Al - Kindy and Al - Elweia for children hospital,A total of (50) (out of 110) isolates were obtained of which (44 %) were isolated from wounds , (20 %) from urine and ear infections , (12 %) from burns and (4 %) from blood specimen.Antibiotic resistant tests have indicated that (68 %) of P. aeruginosa isolates were multiresistant to (6 - 9) antibiotics and (26 %) were resistant to (1 - 5) antibiotics and (6 %) were resistant to (10 - 12) antibiotics , P. aeruginosa isolates exhibited (33) antibiogram patterns.Detection of some virulence factors production by these isolates indicated that (82 %) were producers of hemolysin, (74 %) were elastase producers and (66 %) were urease producers. The group producing all three virulence factors was dominant.Two isolates were selected , the first isolate (PD1) was resistant to (11) antibiotics , and produced hemolysin , elastase and urease , the second isolate (PD2) was resistant to (4) antibiotics only (out of 12) and produced hemolysin , elastase but not urease.Screening for plasmid DNA indicated that the resistant isolate (PD1) had a single plasmid , while the sensitive isolate (PD2) had no plasmid.Minimum inhibitory concentration (MICs) of the aqueous and ethanolic extracts of both (whole) plants Withania somnifera (L.) Dun. and Urtica urens L., were determined towards P. aeruginosa (PD1,PD2), Results obtained showed that MIC of ethanolic extract of W. somnifera was (5) mg / ml and of aqueous extract was (175) mg / ml. The MIC for the ethanolic extract of U. urens was (25) mg / ml , while the aqueous extract had no inhibitory effect towards P. aeruginosa up to (175) mg / ml.The effect of Sub - MICs of the aqueous and ethanolic extracts of both plants on the production of hemolysin , elastase and urease was investigated. Sub - MICs of the ethanolic and aqueous extract of W. somnifera had an inhibitory effect on hemolysin production and a suppressing effect on elastase but no effect on urease production at 100 , 125 , 150 mg / ml for the aqueous extract and 2 , 3 , 4 mg / ml for the ethanolic extract.Sub - MICs of the aqueous and ethanolic extract of U. urens had an inhibitory effect on elastase production and a suppressing effect on hemolysin , but no effect on urease production at 125 , 150 , 175 for the aqueous extract and 10 , 15 , 20 mg / ml for the ethanolic extract.The electrophoresis of plasmid DNA isolated from bacterial cell treated with plant extracts indicated that neither W. somnifera nor U. urens extracts had a curing effect on the plasmid at sub - MIC concentrations for PD1.Vising infrared spectroscopy spectrum showed that the sub MICs of ethanolic and aqueous extracts of . W. somnifera (4 mg / ml , 150 mg / ml) made an alteration in NH+3 groups at wave band (2000 - 3100) cm - 1 and C=O group at 1649 cm - 1 , while the Sub - MICs of the ethanolic and aqueous extracts of U. urens (20 mg / ml , 175 mg / ml) made changes in NH+3 , C=O and PO2 - groups at the wave bands (2000 - 3100) , 1649 , 690 - 810 cm - 1 respectively. These results indicate the possible effect of plant extracts on the conformation of the DNA molecules affecting some of its biological functions.

دراسة مقارنة بين الشكلين الحلزوني والمكور في بكتريا Helicobacter pylori المعزولة من مرضى مصابين بقرحة الاثنى عشر

Author name: حلا مؤيد رديف
Supervisor name: ضحى سعد صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى عزل بكتريا Helicobacter pylori من المرضى المصابين بقرحة الاثنى عشر ودراسة ظاهرة تحول الخلايا من الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة والعوامل المؤثرة ، وقد بينت النتائج ان مكونات الوسط الزرعي والضوء والاوكسجين من اهم العوامل التي تساعد على عملية تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة لجرثومة H. pylori . خلال مدة الحضن والخزن , فقد لوحظ عند استخدام وسط اغار نقيع الدماغ - القلب ، ووسط اغار الدم الاساسي المضاف اليهما دم بشري متحلل بنسبة ( %5) ، واضافات النمو يتم الحصول على الاشكال المكورة بنسبة اقل مما لو استخدمت الاوساط الزرعية ذاتها لكن بدون اضافة الدم واضافات النمو. وللمحافظة على حيوية جراثيم الهيليكوبكتر وعلى شكلها الحلزوني لمدة زمنية اطول قد تصل الى (30 - 20) يوما عند خزنها بدرجة حرارة (4)مo , يجب عدم تعريض الاوساط الزرعية الى الضوء والاوكسجين بنسبة اعلى من ( %6 ) ، كذلك مراعاة ان تكون باءهاءpH)) الوسط .( 8 - 6.9 ) سجل لاول مرة في القطر تمكن بعض الاشكال المكورة من التحول الى الاشكال الحلزونية عند استخدام وسط اغار نقيع الدماغ - القلب، ووسط المولرهنتون، ووسط مرق البروسيلا، ووسط اغار الحليب، ووسط اغار الـﭼوكليت ،ووسط اغار الماكونكي ، ووسط التربتون سوي بروث( Trypton Soy Broth ) . اذ اضيف الى قسم من الاوساط المستخدمة ( %5 ) دم بشري متحلل واضافات النمو ، كذلك سجل لاول مرة في القطر تمكن بعض الاشكال المكورة من التحول الى الاشكال الحلزونية عند استخدام الفئران واستخدام خنازير غينيا ( Guinea - pigs ) بشكل افضل من استخدام الاوساط الزرعية الصلبة والسائلة مع مراعاة اعطاء الحيوان جرعة لقاح بحجم ( 0.1 ) ملليلتر , ولوحظ ضرر نسيجي عند دراسة المقاطع النسيجية للمعدة ، اذ اشارت الدراسات السابقة الى عدم قدرة تحول الاشكال المكورة الى الاشكال الحلزونية عند استخدام الحيوانات المختبرية. اوضحت النتائج ان المحتوى الكيميائي للاشكال المكورة في بكتريا H. pylori يختلف عن المحتوى الكيميائي للاشكال الحلزونية للبكتريا نفسها بعد معاملتها بحامض الكبريتيك المركز وهيدروكسيد البوتاسيوم ، الشيء الذي يعكس حدوث تغيرات في الجدار الخلوي خلال عملية تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة . كما بينت النتائج ان الاشكال المكورة اقل كثافة من الاشكال الحلزونية ، بسبب قلة نسبة الببتيدوكلايكان ، واضمحلال المكونات الخلوية وفقدانها نتيجة حدوث تغيرات في الجدار الخلوي وتلف الغشاء الهيولي Cytoplasmic membrane) ) . اظهرت الدراسة ان محتوى الاشكال المكورة العائدة الى H. pylori من الحامض النووي الديوكسي رايبوز DNA ) Deoxyribo nucleic acid ) ، والحامض النووي الرايبوزي RNA ) Ribonucleic acid ) اقل مما هو موجود في الاشكال الحلزونية للجرثومة نفسها . عند دراسة انظيم اللايسوزايم Lysozyme ومادة EDTA كلا على حدة ، وكذلك انظيم اللايسوزايم ومادة EDTA معا في الاشكال الحلزونية العائدة الى جرثومة H. pylori , كان التاثير اكثر بكثير قياسا مع الاشكال المكورة للجرثومة نفسها ، وذلك لقلة نسبة الببتيدوكلايكان في جدران الاشكال المكورة ، او لفقدان مواقع في الببتيدوكلايكان حساسة الى انظيم اللايسوزايم . وقد لوحظ ان المنظفات الايونية مثل مادة SDS والمنظفات اللاايونية مثل مادة Triton X - 100 تسببان تحلل عزلة H. pylori بشكليها الحلزوني والمكور , الا ان التراكيز الواطئة من مادة SDS تكون اكثر فعالية من التراكيز العالية من مادة Triton X - 100 في تحلل الجرثومة بشكليها الحلزوني والمكور. شوهدت الاشكال الحلزونية والاشكال المكورة لجرثومة H. pylori والاشكال التي تظهر خلال تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة عند استخدام المجهر الالكتروني الناقل , وقد لوحظت اشكال مختلفة من الاشكال المكورة تملك سوطا واحدا او سوطين . وسجل لاول مرة امتلاك الاشكال المكورة العديد من الاسواط ، وذلك عند تصوير العزلات بالمجهر الالكتروني الناقل. في حين اشارت الدراسات السابقة الى امتلاك الاشكال المكورة سوطا واحدا او سوطين فقط . وقد بينت نتائج دراسة التركيب الدقيق باستخدام المجهر الالكتروني ظهور الاشكال المتعددة للجرثومة ( العصوي ، والعصوي المنحني ، والملتوي ) فضلا عن ملاحظة النهاية المستديرة للجرثومة والتوزيع المتجانس للمكونات السايتوبلازمية والصباغية ( Chromatic Contents ) في داخل الخلية الجرثومية والسطح الناعم للجرثومة ، كما تم مشاهدة السياط المميزة لهذه الجرثومة التي تميزت بكونها مغمدة ( Sheathed ) وحاوية على انتفاخ ( تثخن ) في نهاية السوط الذي يشبه الهراوة . | The study aimed to isolate the Helicobacter pylori bacteria from patients who have duodenum ulcer and study the phenomenon of cell transformation from spiral shapes to cocci shapes and the influencing factors. The results showed that the component of the agricultural environment, light, and oxygen are the most important factors that help in the process of transformation from the spiral shapes to cocci bacterial shapes of H. pylori during the incubation and the storage period. It had been noticed that when using Brain - Hart infusion agar and Blood - Base agar with the addition of decomposed human blood by a percentage of (5%) with growth supplements, we get cocci shapes with a percentage less than that when we use the same agricultural media without adding the blood and the growth supplements. To maintain the activity of the H. pylori and its spiral shape for a longer period of time which can go up to (20 - 30) days when stored at 4 Co , we must not exposure the agricultural media to light and oxygen with a percentage higher than 6% and also thepH must be (6.9 - 8). For the first time, it had been recorded that some cocci shapes can transform to spiral shapes when using Brain - Hart infusion agar, Muller - Hinton agar, Brucella agar, Milk agar, Choclate agar, Maconcky agar, and Trypton Soy Broth, if we add to some of the used media (5%) of decomposed human blood and growth supplements. While, the previous studies mentioned that it is not possible for the cocci shapes to transform to spiral shapes when using cultural media. Also, it had been recorded for the first time that some of the cocci shapes can transform to spiral shapes when using mice and Guinea - Pigs, in a better way than using the solid and liquid cultural media taking into consideration giving the animal a dosage of vaccine of size (0.1) ml. Tissue damage had been noted when studying the tissue sections for stomach, while previous studies mentioned that it is not possible for the cocci shapes to transform to spiral shapes when using laboratory animals. The results show that the chemical content of the cocci shapes in the H.pylori bacteria is different from the chemical content of the spiral shapes of the same type of bacteria after treating it by concentrated sulfuric acid and potassium hydroxide, which reflect that changes had took place in the cell wall during the process of transformation from spiral shapes to cocci shapes. The results also showed that the cocci shapes are less density from the spiral shapes due to shortage of Peptidoglycan and the vanishing of the cellular components and the loss of these cellular components due to the changes that took place in the cell wall and the damage of the Cytoplasmic membrane. The study showed that the contents of the cocci shapes of the H.pylori from the Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) and from the RiboNucleic Acid (RNA) is less than that of the spiral shapes of the same bacteria. When the Lysozyme and EDTA had been studied separately and also the Lysozyme and the DETA together in the spiral shapes of the H. pylori bacteria, the effect was much more when compared with the cocci shapes of the same bacteria, and that is due to the shortage of Peptidoglycan in the walls of the cocci shapes or due to the loss of Peptidoglycan positions sensitive to the Lysozyme. It had been noted that the ionic detergents such as the SDS and the non - ionic detergents such as Triton X - 100 are causing the analysis of the H. pylori isolation in both the cocci and spiral shapes, but the low concentrations of SDS is more efficient than the high concentration of the Triton X - 100 in the analysis of the bacteria in both of its cocci and spiral shapes. The spiral shapes and the cocci shapes of the H. pylori bacteria and the shapes that appears during the process of transformation from spiral shapes to cocci shapes had been observed when using the Transmission Electronic Microscope (TEM) , also different cocci shapes had been observed that have one and two flagellum. It had been recorded for the first time that the cocci shapes have more than one flagellum and that was during the photography of the isolations by the TEM, while previous studies mentioned that the cocci shapes have one or two flagellum only. The fine composition study using electronic microscope showed that many shapes of the bacteria appears ( rods, curved rods, and the spiral ) in addition to noticing the round end of the bacteria and the homogenous distribution of the Cytoplasmic and Chromatic contents inside the bacteria cell and the smooth surface of the bacteria, and also the flagellum that distinguish this bacteria had been observed that are distinguished by being sheathed and have inflation ( thickness ) in the end of the flagellum which looks like cudgel.

دراسة مقارنة بين انواع بكتريا Staphylococci المنتجة وغير المنتجة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين == Comparative Study between Methicillin - Resistant Coagulase Positive and Negative Staphylococci

Author name: هالة محمد حسين الحسني
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم جمع 161 عينة من المرضى والحاملين للبكتريا (العاملين في المستشفيات والمطاعم) (carriers) كانت العينات تشمل : مسحات الانف، مسحات الجروح، الحروق، التقيحات، القشع، مسحات الاذن وكذلك شملت افرازات من الثدي وعينات من البول والدم. شخصت 49 عزلة (30.4%) على انها تعود لجنس Staphylococcus. وبعد اجراء اختبار الانزيم المخثر للبلازما .Coagulase test اظهرت 37 عزلة (75.5%) من اصل 49 قدرتها على انتاج الانزيم المخثر للبلازما ]موجبة للانزيم المخثر للبلازما Coagulase - Positive Staphylococci (COPS)[، بينما اظهرت 12 عزلة (24.5%) عدم قدرتها على انتاج هذا الانزيم واعتبرت سالبة للانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci(CONS). تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحياة للتحري عن وجود وانتشار بكتريا Staphylococci المقاومة للمضاد الحيوي المثسلين وكذلك تم استخدام العدة الخاصة للكشف عن هذا النوع من البكتريا (MRSA Kit) للتاكد من النتيجة، وقد كانت النتائج كالاتي : اظهرت 41 عزلة (83.7%) من اصل 49 مقاومتها لمضاد المثسلين بينما اظهرت 5 عزلات (10.2%) حساسيتها لهذا المضاد وكانت ثلاث عزلات فقط (6.1%) متوسطة المقاومة لهذا المضاد. وقد مثلت مسحات الانف (من الحاملين للبكتيريا) (carriers) اعلى نسبة (%63.4) بين العزلات المقاومة للمثسلين. ومن ناحية اخرى فقد اظهرت النتائج ان 30 عزلة (81%) من اصل 37 عزلة منتجة للانزيم المخثر للبلازما (COPS) كانت مقاومة لمضاد المثسلين بينما اظهرت 4 عزلات (10.8%) حساسيتها لهذا المضاد وثلاثة عزلات فقط (8.1%) متوسطة المقاومة للمثسلين. اما بالنسبة للعزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما (CONS) اظهرت 11 عزلة من اصل 12 عزلة (91.6%) مقاومتها للمثسلين بينما اظهرت عزلة واحدة فقط (8.3%) حساسيتها لهذا المضاد. ولم تظهر اي عزلة من العزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما مقاومة متوسطة لهذا المضاد. اما بالنسبة لفحص الحساسية لبقية مضادات الحياة فقد اظهرت النتائج ان كلا النوعين (الموجبة والسالبة للانزيم المخثر للبلازما) مقاومة لعدة انواع اخرى من المضادات اضافة للمثسلين (متعددة المقاومة للمضادات الحيوية). تم التحري عن قابلية بكتريا Staphylococcus aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) والبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين (MR - CONS) على انتاج بعض عوامل الفوعة وقد اظهرت النتائج ان بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة لعدة انواع من الانزيمات والسموم التي تساهم عادة في امراضيتها ومن هذه الانزيمات انزيم البروتييز، اللايبيز، اليوريز، الانزيم المحلل للدنا اضافة الى انزيم الجلاتينيز، كذلك اظهر هذا النوع من البكتريا قدرته على انتاج ثلاثة انواع من الهيمولايسين (الفا، بيتا، ودلتا). اما بالنسبة للنوع الثاني، البكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت قدرتها على انتاج نوعين فقط من الانزيمات (البروتييز واليوريز) اضافة الى انتاجها للانواع الثلاثة من الهيمولايسين. ولم تظهر اي عزلة قابليتها على انتاج سم متلازمة الصدمة السمية (TSST - 1) (Toxic Shock Syndrome Toxin). كذلك فقد تم التحري عن قابلية كلا النوعين السابقي الذكر من البكتريا على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقتي الانابيب واكار احمر الكونغو، وقد بينت النتائج ان كلا النوعين لها القدرة على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقة الانابيب الا ان كمية او نسبة المادة الملتصقة على السطح الداخلي للانابيب كانت متباينة بين العزلات، اما طريقة اكار احمر الكونغو فقد اظهرت ان 60% من عزلات بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة للطبقة اللزجة وبكميات كبيرة بينما اظهرت 40% من عزلات هذا النوع عدم قدرتها على انتاج الطبقة اللزجة. اما بالنسبة للبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت جميع العزلات التي تم اختبارها (100%) انتاجيتها العالية للطبقة اللزجة. اختبرت قدرة كلا من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) على انتاج او تكوين الغشاء الحيوي (biofilm) باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة وقد بينت النتائج ان كلا النوعين له القدرة العالية على تكوين الغشاء الحيوي فقد كانت قيم الامتصاصية تتراوح بين 0.520 - 0.738 وان قيم الامتصاصية لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) كانت اكبر من قيم الامتصاصية لبكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA)، اضافة لذلك فان قيم الامتصاصية وبالتالي تكوين الغشاء الحيوي قد ازدادت وبفارق معنوي عند اضافة سكر الكلوكوز وبنسبة 1% للوسط الزرعي. اظهرت النتائج كذلك ان هناك صلة بين المقاومة للمثسلين وتكوين الغشاء الحيوي في العزلات التابعة لبكتريا S. aureus. اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا لاثنين من مضادات الحياة Vancomycin وClindamycin على تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لكل من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) وقد بينت النتائج ان كلا المضادين وبكلا التركيزيين المستخدمين (تحت المثبط الادنى الاول وتحت المثبط الادنى الثاني) قد اثر او ثبط تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين هذا عند استخدام كل مضاد بمفرده على الرغم من ان تاثير مضاد الـ Vancomycin في التثبيط كان افضل من تاثير مضاد الـ Clindamycin. اضافة الى ذلك فقد اثبتت النتائج ان عملية دمج المضادين وبكلا التركيزيين تحت المثبطين الادنيين قد ثبط عملية تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين على السواء. وعند المقارنة بين طريقتي استخدام كل مضاد بمفرده وبين عملية الدمج بين المضادين فان النتائج قد بينت عدم وجود اي فرق معنوي بين الطريقتين بالنسبة لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE)، بينما بينت النتائج ان هناك فرق معنوي بين استخدام الطريقتين بالنسبة للعزلة S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وان الطريقة الاولى (استخدام كل مضاد بمفرده) كانت افضل من الطريقة الثانية (عملية الدمج بين المضادين) في التاثير التثبيطي على عملية تكوين الغشاء الحيوي. | One hundred and sixty one specimens were collected from patients and carriers (workers in the hospitals and restaurants), the specimens included nasal swab, wound swab, burn swab, abscess and pus, sputum, ear swab, breast discharge, urine and blood culture. Only 49 (30.4%) isolates identified as Staphylococcus, the coagulase test was performed and the results showed that from total 49 isolates of Staphylococci, 37 isolates (75.5%) were coagulase - positive (COPS), while only 12 isolates (24.5%) were coagulase - negative (CONS). The distribution of Methicillin resistance among Staphylococcus spp. was investigated by disc diffusion method and MRSA Kit. The results indicated that from all 49 isolates, 41 isolates (83.7%) showed resistant to the Methicillin while 5 isolates (10.2%) were sensitive and only 3 isolates (6.1%) was intermediate resistance. The highest rate of Methicillin resistance Staphylococci (63.4%) was obtained from nasal swabs (carriers). On the other hand the results showed that out of total 37 coagulase - positive isolates (COPS), 30 isolates (81%) were resistant to Methicillin and 4 isolates (10.8%) were sensitive while only 3 isolates (8.1%) were intermediate resistance to the Methicillin. The total 12 isolates that identified as coagulase - negative (CONS), 11 isolates (91.6%) showed resistance to Methicillin while only 1 isolate (8.3%) was sensitive, and there was no intermediate resistance among CONS isolates. The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that both COPS and CONS isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The ability of Methicillin - Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin - Resistant Coagulase - Negative Staphylococci (MR - CONS) isolates to produce some virulence factors were investigated and the results showed that MRSA isolates produce many enzymes and toxins that contributed in their virulence such as protease, lipase, urease, DNase and gelatinase, and also produce three types of haemolysins (alpha, beta, and delta), while MR - CONS showed the ability to produce only two enzymes (protease and urease) and three types of haemolysins. Toxic Shock Syndrome Toxin (TSST - 1) has not detected by any tested isolates. The ability to produce slime layer by MRSA and MR - CONS isolates was also investigated and the results showed that all isolates of both MRSA and MR - CONS were produced slime layer when tested by tube method but the amounts of adherent materials were different among the isolates. However, the results by Congo red agar method showed that 60% of MRSA isolates produced strong slime layer and 40% of MRSA obtained negative result, and in the case of MR - CONS all tested isolates (100%) had the ability to produce strong slime layer by this method. Similarly the ability of MRSA and Methicillin - Resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) isolates to produce biofilm by tissue culture plate (TCP) was investigated and the results indicated that both MRSA and MRSE showed highly and strong biofilm formation, and the OD value of biofilm formation ranged between 0.520 - 0.738, and the OD value obtained from MRSE isolates were higher compared to the MRSA isolates. Additionally the OD value of biofilm formation significantly increased in addition of 1% glucose to the media. The results showed that there are a possible correlation between Methicillin susceptibility and the biofilm formation in S. aureus isolates.The effect of Subinhibitory Antibiotics Concentration (sub - MIC) of two antibiotics (Vancomycin and Clindamycin) on the biofilm formation by MRSA and MRSE isolates were investigated and the results showed that both antibiotics at two subinhibitory concentration (one - half and two - half the MIC) were significantly inhibited the biofilm formation by both isolates when using of each antibiotic alone, but Vancomycin was most effective than Clindamycin. Additionally the results showed that the combination of these two antibiotics at different sub - MIC were also significantly reduced or inhibited the biofilm formation by both isolates. In comparison between the using of each antibiotics alone and the using of antibiotics combination the results showed that in the case of MRSE isolate there was no significant difference between the two treatment methods, while in the MRSA isolate there was a significant difference between the two methods. The using of each antibiotic alone (Vancomycin or Clindamycin) was most effective than the using of combination of these two antibiotics in the inhibition of biofilm formation.

انتاج الالجينت من بكتريا Azotobacter vinellandii المعزولة محليا ودراسة صفاته الفيزيوكيمياوية

Author name: حسام صباح اوهيم
Supervisor name: شذى سلمان حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 50 عزلة بكتيرية من 20 عينة تربة جمعت من حدائق جامعة بغداد في الجادرية ومن اماكن مختلفة من حقول الذرة في كلية الزراعة في ابو غريب, تبين ان 20 منها عائد الى جنسAzotobacter اعتمادا على الفحوصات المزرعية والمجهرية. اظهرت جميع عزلات Azotobacterمستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح المعدنية الحاوي على السكروز. تم اختيار 10 عزلات والتي تميزت باعطاء لزوجة عالية عند نموها في الوسط لاجراء الغربلة الكمية لانتاج الالجينات وانتخبت العزلة A3 الاغزر انتاجا. وشخصت هذه العزلة باجراء الفحوصات الكيموحياتية وتبين انها احدى سلالات بلغ تركيز الالجينات المنتج من هذه العزلة 3 غم / لتر والكاربوهيدرات الكلية 3,15 غم / لتر ونسبة الالجينات في الكاربوهيدرات الكلية كانت 95,2 % . حددت الظروف المثلى لانتاج الالجينات من العزلة واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الحاوي على 1% سكروز وخالي من المصدرالنايتروجيني برقم هيدروجيني 6,5 وبحجم لقاح 1% وعدد خلايا ( 3 × 10 4 خلية /مل ) وعند درجة حرارة 30 م۫ ولمدة حضانة 5 ايام في حاضنة هزازة بسرعة 150 دوره في الدقيقة . درست مواصفات الالجينات المظهرية والفيزيوكيميائية المنتجة من العزلة حيث ظهر هذا المركب بعد استخلاصه وتجفيفه بلون كريمي مائل الى البني ومظهر صمغي . اما صفاته الفيزيوكيميائية فقد بينت النتائج ان المركب ذائب في الماء وغير ذائب في الايثانول والميثانول والايزوبروبانول . كانت لزوجة المركب عالية عند التركيز 1% ودرجة حرارة 35 م۫ حيث بلغت 149,94 سنتيبويز وهذه اللزوجة تقل بارتفاع درجة الحرارة وتزداد عند انخفاض الرقم الهيدروجيني حتى وصلت الى اعلى قيمة لها عند الرقم الهيدروجيني 5. كانت درجة الانصهار البدائية (onset melting point ) 190 م۫ والدرجة النهائية (clear melting point ) 205 م۫ وكان الوزن الجزيئي للالجينات 223,23 كيلودالتون. درست قابلية الالجينات على امتزاز ايونات المعادن الثقيلة ( الزنك والنحاس ) وحددت الظروف المثلى لعملية الامتزاز. اظهرت النتائج ان الالجينات لها الفه وسعة ارتباط عالية لكل من ايونات الزنك والنحاس . وان افضل امتزاز حدث بعد مرور 10 ساعات من وقت المعاملة ( اضافة 150 مل من محلول الالجينات بتركيز 1% الى 50 مل من المحلول الحاوي على ايونات الزنك او النحاس ) وكان الرقم الهيدروجيني 9 الافضل في امتزاز ايونات الزنك والنحاس من الرقم الهيدروجيني المتعادل والحامضي . | Fifty bacterial isolates were obtained from 20 soil samples collected from Baghdad University's gardens at AL - Jadiria and different places in corn field at College of Agriculture in Abu - Ghrib. Twenty of these isolates were belonged to Azotobacter depending on cultural characteristics and microscopic examination and biochemical tests .All the Azotobacter isolates revealed mucoid colonies when grown on sucrose mineral - salt agar medium. From these isolates ten isolates of higher level of mucoid growth were screened for alginate production. Azotobacter vinellandii A3 isolate revealed highest alginate production (3 gm / L ) with total carbohydrates of (3.15 gm / L ) and 95.2% alginate percent in total carbohydrate . The optimum conditions for alginate production by A. vinellandii A3 were determined; the results showed that the best production level was obtained in Emtiazis medium, containing 1% sucrose without nitrogen source, at pH 6.5, inoculum's size 1% (3.1 × 104 CFU/ml) and incubated at 30˚C for 5 days in shaking incubator at 150 rpm. , alginate concentration was 3.9(gm / L) and alginate percentage in total carbohydrate was 95.1%. Alginate of A. vinellandii A3 characterization was performed, alginate color was cream to light brown, gummy texture and soluble in water but insoluble in ethanol, methanol and isopropanol, alginate had high viscosity at a concentration of 1% solution at 35˚C which was 146.94 centipoises, the viscosity decreased with increasing temperature ,and increase with lowering pH and reached the maximum at pH 5 , the onset melting point of sodium alginate was 190 ˚C and the clear melting point was 205˚C and the molecular weight of alginate was 223.23 KD. The ability of alginate of A. vinellandii A3 to adsorb heavy metal ions(Cu+2 , Zn+2 ) was also studied, the optimum conditions for adsorption process were determined, the results showed that alginate has a high affinity and binding capacity for Cu+2 and Zn+2 ions, and the best adsorption level was occurred after 10 hrs of treatment (addition 150 ml of 1% alginate to 50 ml of solutions contain Cu +2 ions or Zn +2 ions),alkaline pH (9) was more suitable for Cu+2 and Zn+2 adsorption than neutral or acidic pH.

انتاج وتوصيف الملبد الحيوي من بكتريا Bacillus coagulans المعزولة محليا == Production and Characterization of Bioflocculant From Locally Isolated Bacillus coagulans

Author name: جوان صباح باجلان
Supervisor name: سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل 48 عزلة بكتيريه تعود الى جنس Bacillus, جمعت من عينات الماء والتربة. اعطت اثنان وعشرون عزلة صفة اللزوجة عندمزارعت على وسط الاكار المغذي, اظهرت سبعة عزلات فقط من Bacillus نموا في وسط النشاء المغذي واعطت فعالية التلبد في عالق الكاؤلين. اعطت العزلة B8 ( المعزولة من التربة ) اعلى فعالية تلبد في عالق الكاؤلين (37%). اظهرت الاختبارات الكيموحيوية والفحص المظهري لهذه العزلة انها تعود الى نوع Bacillus coagulans . استخلص الملبد الحيوي من العزلة B8 B. coagulans باستعمال المذيبات العضوية شملت : الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم , الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم /حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم . كان وزن الملبد الحيوي المستخلص من الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم ( 0.15 غم/100مل ) اعلى من المستخلص الناتج من الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم / حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم التي كانت (0.117 غم/100مل و0.078 غم/100مل ) على التوالي . نميت العزلة B. coagulans B8 من اوساط وظروف مختلفة وبينت النتائج انه اعلى انتاجية للملبد الحيوي تكون عند زرع البكتيريا في الوسط النشاء الحاوي على 1% نشاء كمصدر كاربوني, كلوريد الامونيوم كمصدر نتروجيني, برقم هيدروجيني 8 وحضنت بدرجة 37 لمدة 48 ساعة. اشار التحليل الكيميائي للملبد الحيوي المستخلص الى انه مكون من 85% كاربوهيدرات و7% بروتين .اظهر التحليل الكروماتوغرافي للطبقة الرقيقة (TLC ) للملبد الحيوي المتحلل بواسطة حامض الهيدروكلوريك مع نظام الاذابة المكون من البيوتانول - حامض الخليك - ماء بنسبة 1 : 1 : 3 وزن /وزن والكحول الاثيلي 96% - ماء 63 : 37 وزن / وزن, انه الملبد الحيوي المنتج من B8 B. coagulans يحوي جزء كاربوهيدراتي وجزء بروتيني, حيث ظهرت بقعتان بنية اللون عند استخدام الفينول - حامض الكبريتيك لتحري عن الكاربوهيدرات(Rf = 0.41 , 0.58 ) التي ماثلت الكالكتوز والكلوكوز, وظهرت بقعة واحدة حمراء غامقة عند استخدام النينهايدرين للتحري عن الاحماض الامينية (Rf = 0.68 ) التي ماثلت الحامض الاميني الفنيل الالنيين . درست خصائص الملبد الحيوي اعتمادا على فعالية التلبد لعالق الكاؤلين : اظهرت النتائج ان الملبد الحيوي يعطي فعالية تلبد جيدة لعالق الكاؤلين ( 41.5 % ) عند حجم 0.5 مل لكل 50مل بوجود 1% من كلوريد الكالسيوم (مصدر الشحنة موجبة) لتحسين عملية التلبد. الاس الهيدروجيني الامثل لفعالية التلبد هو11pH واعطت افضل فعالية عند درجة حرارة 70 مئوي وكانت ( 78% ) . درست قابلية مادة التلبد على ازالة عكورة مياه النهر ومياه المجاري المنزلية, اظهرت النتائج القدرة على ازالة العكورة ( فعالية التلبد ) فقد اختزلت في كلاهما الى 66.36 % و62.7% على التوالي. | From September 2008 to May 2009, 122 specimens were collected by sterile cotton swaps from patients suffering from eye infection at Ibn Al - Haitham Teaching Eye Hospital, 12 of them were Pseudomonas aeruginosa isolates : they were named (P(1), P(2),……..P(12)) in 9.83% isolation percentage. All the isolates were diagnosed by biochemical tests, API 20 E system and agglutination sera for the grouping of P. aeruginosa. The results showed that all the isolates belong to the P. aeruginosa strains (6, 9, 12 and 16). After the adhesion test and lipopolysaccharide extraction and after studying the prophylactic role of LPS, the results demonstrated that : 1 - P (10) isolate have a greater ability to adhesion when all P. aeruginosa isolates were tested on Congo red agar medium and adherence to smooth surfaces. 2 - The chemical analysis of crude LPS that was extracted from P (10) by using digestive enzyme and hot phenol water method showed that the percentage of carbohydrates was 7.3% and the percentage of protein was 1.3%. No nucleic acids were found.3 - The chemical analysis of partially purified LPS that was made by gel - filtration chromatography by using Sephacryl 200 S showed that the percentage of carbohydrates in the partial purified LPS was 19.5% and the percentage of binding proteins was 0.006%. No nucleic acids were found. 4 - When the molecular weight of LPS was measured by gel - filtration chromatography by using Sepharose C1 - 6B - 200 it was found to be 630957 Dalton. 5 - The prophylactic role of LPS was studied as follows : a - The sera were prepared by using two wild type rabbits (weight 2 - 2.5 kg). They were injected with five doses over 70 days of different concentrations of partially purified LPS that have been extracted from P. aeruginosa P (10) isolate. One rabbit was used as a control that has been injected with PBS. The titer of antibodies in sera was determined by passive haemagglutination and it was in the immunized rabbit’s sera (160), and the best concentration of LPS was 10µg.b - The pathological infection was done by using two groups of female mice; the first group represents the non - immunized group while the second group represents the immunized group. The left and right eyes of the two groups were scratched, then the left eyes were infected with 5µl of (1×108 cell/ml viable organism) of P. aeruginosa P (10) while the right eyes serve as a control scratched eye. In the second group that represents the immunized group, the mice were immunized intraperitoneally with 0.2 ml of 2X concentrated sera, 18 hr. before scratching and infection and 1 - 2 hr. after scratching and infection in comparison with the control mice that were not immunized or scratched or infected with P. aeruginosa. The results have shown that : - Typical pathological scores were observed in the left eyes of non - immunized mice group 72 hr. after infection with P. aeruginosa while no pathological scores were observed in the left eyes of immunized mice. This indicated that the immunization with LPS gave a protection against P.aeruginosa corneal infection. - The histological sections of mice eyes of non - immunized and immunized mice show that there was a degenerative change and necrosis of retina with inflammatory cells infiltration in the left eye and hyperplasia of inner retinal cell layer in the right eye of non - immunized mice in comparison with the right and left eyes of control mice that have shown a normal appearance of retina, choroid and vitreous chamber while there was a hemorrhage and detachment of retina with certain inflammatory cells in the left eye and accumulation of blood along inner retina of vitreous chamber and certain detachment of retinal layer of right eye of immunized mice. These results indicate that immunization with LPS reduces the corneal infection caused by P. aeruginosa

دراسة مصلية وجزيئية لبكتريا Escherichia coli المعزولة من بعض الاغذية الحيوانية ومن حالات سريرية في محافظة بابل == Molecular and serological study of the bacteria Escherichia coli isolated from some animal foods and clinical cases in Babylon province

Author name: محمد حسن عبد الكاظم الكعبي
Supervisor name: الهام سعيد عبد الكريم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study isolation and Identification of Esherichia coli in Babylon province. Atotal of 206 samples were obtamel which Include 86 stool sample from patients with diarrhea for both sexy and different ages in AL - kasem and AL - Hashimia hospitals from 2 - 2 - 2015 to 30 - 3 - 2015.60 samples of ground beef meat and 60 samples of Localy raw cheeses were obtamil from Hlla , Kasem, Hashimia and Hamza states form the period from 4 - 2 - 2015 to 17 - 4 - 2015 .2. 145 Isolates characterrizd as E.coli depending on the characteristics of the colonies phenotypic and microscopic when grown in diffrerential selective media as well as biochemical test to diagnose Isolates .Then the Identification of these species were confirmal by using Api20E system . 77(89.53 %) E.coli Isolates were obtamel from stoolsamples ,33(22.75%) from ground beef meat , samples 35(24.14%) from Localy raw cheeses samples.3. Serological Identification for 145 E.coli Isolates showed that 31 Isolates (21.8%) were belonged to O157 : H7 ,also results showed 69 E.coli Isolates (47.58%)were belonged to polyvalent II (O111,O119,O26,O55,O126) ,22(15.17%) belonged to polyvalent III (O86,O114,O123,O127,O128),11(7.59%) Isolates belonged to polyvalent IV (O112,O124,O142), 2 Isolstes .belonged to O128 Monovalent serotype from stooland cheese samples and 2Isolates belonged to O159 Monovalent from stool samples .4. Results of Virulence factors of E.coli Isolates showed the ability of 66(45.51%)Producing hemolysin (α,β),E.coli Isolates showed containing tow types of adherence CFA/1 and CFA/III , and tow ratios were 104(71.72%) and 77(53.10%)Respectively ,109(75.7%) Isolates shwed ability to produce Biofilm and 122(84.15%) Isolates showed ability to produce β - Lactamase .5. The Antibiot snsceptibility to all E.coli O157 : H7 Isolate .were performed according to Kirby Bauer testing ,showed ahigh degree of resistance 100% to Ampicillin and Mmeropenem, All Isolates showed Susceptibility 0% to Impenem and Amikacin ,Norfloxcin 96.77% and Gentamycin 90.32%.while resistance to Ceftazidine, Pipracillin ,Ofloxacine and Trimethoprime 77.41%, 70.96 %70 .96%67 74% respectively .6. The molecular Investigation of the genes stx1,stx2 hlyA and flic : H7 was made by taking out the bacterial DNA of all E.coliO157 : H7.Isolates using polymerase chain reaction PCR techniques , results showed 26(83.87%)Isolates gene positive result for stx1 at (180 bp) ,9(29.03%) gave positive result for stx2 at(255bp),all Isolates 100% gave hlyA at (534bp),23(74.19%) gave positive result for flic : H7 at (625bp).

دراسة بعض الصفات الكيميائية والفيزيائية والبايولوجية للبكتريوسين المستخلص من بكتريا Bacillus spp. المعزولة من مصادر بيئية مختلفة == Study of some chemical, physical and biological properties of bacteriocin extracted from Bacillus spp. isolated from different ecosources

Author name: بشار قصي كاظم
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص عزلات لبكتريا Bacillus من التربة والماء والغذاء .عزلت 51 عزلة من 67 عينة منها كانت عائدة لبكتريا Bacillus spp. وفقط 17 عزلة منها كانت منتجة للبكتريوسين واختبرت فعالية البكتريوسين تجاه البكتريا الدالة Listeria monocytogenes , حيث اظهرت اختبارات التشخيص بان افضل العزلات المنتجة كانت Bacillus cereus Me1 المعزولة من اللحوم. حددت الظروف المثلى لانتاج Bacteriocin Me1 من العزلة المنتقاةBacillus cereus Me1 ولوحظ بان افضل الاوساط لانتاج Me1 Bacteriocin هو مرق نقيع القلب والدماغ المدعم با لكلوكوز بتركيز 0,1% وبحجم لقاح 2% والحاوي على 1.5×810 خلية /مليلتر ورقم هيدروجيني امثل 6.5 وبدرجة حرارة مثلى 30 م° بعد 18 ساعة حظن .نقي البكتريوسين المنتج من B.cereus Me1 بعدت خطوات تضمنت الترسيب بكبريتات الامونيوم وبنسب اشباع (30,50,60,70,80)% واظهرت النتائج بان افضل اشباع حصل عند80% من كبريتات الامونيا المستخدمة تبعتها طريقة كروموتوكرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Sephadex وطريقة الترشيح الهلامي في عمود هلام السيفاكريل - .S200 والوزن الجزيئي له حدد بطريقةالترحيل الكهربائي في هلام SDS - PAGE واظهرت حزمة بروتينية مفصولة واحدة وكان وزنها الجزيئي 9100 دالتون. وباختبار تاثير قيم ال pH على فعالية البكتريوسين اظهرت بان الفعالية لم تتاثرفي pH بينما قلت الفعالية في pH اقل من 6 واعلى من 8 . البكتريوسين كان ثابت الفعالية عند المعاملة بالتسخين حتى 70 م° حيث انخفضت فعاليته عند درجات حرارة اعلى منها وفقدت كليا عند 121 م°. البكتريوسين B.cereus Me1 كان فعالا تجاه جميع البكتريا الموجبة لصبغة كرام المختبرة (Bacillus cereus وBacillus licheniformis وBacillus subtilisو (Staphylococcus aureus والفطر Candida albicansو Erwenia caratovora بينما كان غير فعالا تجاه البكتريا السالبة لصبغة كرام Pseudomonas aeroginusa ) وEscherichia coli. ) | This study involved the isolation and identification of the Bacillus isolates from soil, water and food samples. The results showed that 51 isolates from 67 samples were belonged to Bacillus spp. All isolates were tested and only 17 of them were bacteriocin producers. Bacteriocin activity was tested against Listeria monocytogenes (Bacterial indicator). Optimization the conditions for production of bacteriocin by B.cereus Me1 revealed that the best conditions for production were Brain Heart Infusion broth medium supplemented with 0.1% glucose , inoculums size 2% (1.5 x 108 cell/ml), pH 6.5 and incubation temperature 30 °C for 18 hrs.The purification of the bacteriocin from the B.cereus Me1 was carried out by ammonium sulfate precipitation in saturated percentages of (30, 50, 60, 70,80)% and The result showed that the best saturation was obtained at 80% ammonium sulfate. Two steps of purification was performed including ion exchange Chromatography by using DEAE - Sephadex and gel filteration by using Sephacryl - S200 . The purified Bacteriocin was named Bacteriocin Me1 according to the isolate Me1 for characterization of purified bacteriocin the molecular weight was determined with gel electrophorsis SDS - PAGE and one band of separated protein appeared. It is M.W was about 9100 Dalton. Testing the effect of pH values on bacteriocin activity it was stated that this activity didn't affect at pH 6, 7, 8, while this activity decreased at pH lower than 6 and higher than 8. The bacteriocin was stable with heating up to 70°C , higher than this the activity minimized and completely lost at 121°C. The B. cereus Me1 bacteriocin was active against all tested Gram - positive bacteria (Bacillus cereus, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus) and fungus C. albicans and Erwenia caratovora while was unactive against Gram negative bacteria ( Pseudomonas. aeruginosa and Escherichia coli
1 ... 97 98 99 100 101 ... 154