عرض: 25 50 75 100 النتائج

نتائج البحث: 25 من أصل 2,098

التاثيراث ضد المايكروبية والالتهابية للبكتروسينات المنتجة والمنقاة من بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosaالمعزولة معه العيناث سريرية Antimicrobial and inflammatory effects of bacteriocins produced and purified from multidrug resistance Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples

اسم المؤلف: ميس عماد احمد
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: منى تركي موسى الموسوي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2017
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: One hundred fifty clinical samples (burns, wounds, urine, nasal and ear swabs) were collected from patients of Al - Yarmouk Hospital and Teaching Baghdad Hospital during the period from November / 2015 to January / 2016.Multi drug resistant strains are serious problems in public health worldwide. So, the continueous development of new classes of antimicrobial agents has become of increasing importance for medicine. Therefore was aimed to produce of Crude and purified bacteriocins from antibiotic resistant bacteria (G - ve MRSA and G+ve P. aeruginosa) isolated from clinical samples and determine the optimization conditions for production of bacteriocin and their purification and characterization. In addition to characterize their inhibitory activity in - vitro and in - vivo .Cultural and morphological characteristice examination ,biochemical tests were conducted and confirmed the diagnosis by API20E and Staph API and antibiotics sensitivity test confirmed by Vitek - 2 system.The results showed 102(68%) isolates of S.aureus, all of which were Methicillin Resistace S.aureus (MRSA), constituted 50% from the ratio in the burns and wounds samples, while the lowest 13(12.7%) isolates were from ear samples. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. The isolates showed multi - resistant to Methicillin, Penicillin G , Cefoxitin, Erythromycin, Oxacillin, Chloramphenicol and Tetracyclin, while sensitive to vancomycin.Also 77(51.3%) isolates were P.aeruginosa, 62(80.5%) from which were multi - resistant to antibiotics that constituted more than half (59.8% and 51.6%) from the ratio in burn and wound samples respectively, while the lowest 8(12.9%) isolates were from ear samples too. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. There were about completely resist to Cefoxitin 75(97.40 %) and also show a higher resist to Ceftazidime, Tetracycline and Cefepime, While less resistance to Azithromycin.Vitek 2 system gave confirmation of positive results for MRSA and resistant P.aeruginosa and as a selected organism with a probability 98 - 99%."II "The MRSA isolate S12 and P.aeruginosa isolate (P26) were chosen among five bacterial isolates as a good producer for crude MRSAcin and MAR - pyocin according to their widest inhibition zone .Five methods were used to detect of MRSAcin and MAR - pyocin production by (well diffusion assay WDA , flip - streak , spot on the lawn , Cup disc and paper disc method) against indicator pathogens (G+ve , G - ve bacteria and yeast) which included, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Candida albicans .Well diffusion assay was the best method for identify of bacteriocin production and antibacterial activity against indicator pathogens.The crude and purified MRSAcin and MAR - pyocin recorded non - significant differences in activity whether as alone or synergistic against pathogenic bacteria (G - ve and G+ve) and yeast compared with higher sensitive antibiotics.The optimum conditions for bacteriocins production were in trypticase soya broth and brain heart infusion broth supplemented with )Carbon ,nitrogen, Salts, surfactants and Vitamins) with pH 7, at temperature 37°C for 48 hrs. and inoculum size of 2% from bacterial culture 6×108 cell/ml."Purification of bacteriocin was made by two steps method including extraction by ammonium sulphate 70% followed by ion - exchange chromatography DEAE - cellulose that the specific activity for these fractions was 1.375and1.000 (AU/mg) with 6 and 5 purification folds and 78 and 29 % yield and gel filtration chromatography on using Sephadex G - 50 column. The resulted fractions were 1.646 and 1.160 (AU/mg) protein with 8 and 6 purification folds and 38 and 28% yield respectively."Physical characteristics were also studied and the results showed that the molecular weight of MRSAcin and MAR - pyocin was )15and 35) KDa respectively by Sodium Dodecyl Sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis (SDS - PAGE). Purified bacteriocins were stable at wide range of pH values 1 - 8, and remained active (50%) at pH 9 .The whole activity was lost at the pH value 10 and thermostabile at 100°C for 30 min.A strong stability of bacteriocins were recorded against organic solvents 10% and surfactants (0.5% EDTA), mineral salts 0.5% of each (CuSo4 and FeSo4), (10%) proteolytic enzymes lipase recorded significantly different (P≤0.05) compared with other enzyme (trypsin, pepsin and papain) which show complete inactivation of antibacterial activity.Also crud bacteriocins are still active for at least 3 months of freezing storage, while in purified after 2 months of freezing storage. Showed that the minimum inhibition zone against E. coli was 62.5 μg/ml for both MRSAcin and R - pyocin in vitro. The effect of MRSAcin and MAR - pyocin on the cell permeability was studied and the results showed that the absorbance at 260nm increased, indicating that DNA leaked from cells due to the cell lysis.Experimental infection induced by therapeutic effectiveness of the bacteriocin invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa which was marked at the beginning of her appearance inflammation of skin, swelling and redness of the affected area with the appearance of festering spots and abscesses in the surface layer of the skin and with the progress of the abscess spotted Purple happens .The antibacterial action of synergistic affected of (MRSAcin and MAR - pyocin) extracts .The results confirmed that the treated invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa was damaged . MRSAcin , MAR - pyocin and synergistic were giving good healing process with limited tissue damage in vivo (mice) against superficial skin infection by MRSA and resistance P. aeruginosa isolates at 1,2,3 day after infection.
الصفحات الاولى:

توصيف جرثومة Enterobacter sakazakii المعزولة من مصادر مختلفة في محافظة ذي قار Characterization of Enterobacter sakazakii Isolated from various sources at Thi - Qar Province

اسم المؤلف: مروى حسن نصير الصافي
اسم المشرف: يحيى عبد الرضا عباس راجي طعمة ناصر
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: ذي قار
المستخلص: هدفت هذه الدراسة الى الكشف عن بكتريا Enterobacter sakazakii في بيئات مختلفة شملت عينات غذائية وبيئية وسريرية . اذ جمعت 310 عينة خلال الفترة من ايلول 2012 ولغاية تموز 2013.اظهرت نتائج الزرع الاولي على وسطVRBAواكار الماكونكي بعد التشخيص بالاعتماد على الصفات الزرعية والكيموحيوية وتوكيد التشخيص باستعمال العدة API 20E. ان 22 (7.09%) من اصل 310 عينة اعطت نموا لبكتريا Enterobacter كالاتي 9/80(11.2%) من بيئة المستشفيات ,12/180(6.6%) حليب اطفال,1/50(2%)من حالات الاسهال . توزعت العزلات بعد التشخيص المختبري على الانواع التالية (15/22) 68.1% Enterobacter cloacae,(4/22)18.1% Enterobacter sakazakii و3/22))13.6% للنوع Enterobacter aminogenus. اختبرت مقاومة عزلات Enterobacter sakazakii الاربع ضد 20 مضادا من اصناف مختلفة وقد اظهرت النتائج ا ن جميع العزلات كانت مقاومة على الاقل لست من المضادات قيد الاختبار.اختبرت قدرة بكتريا Enterobacter sakazakii على انتاج انزيمات البيتا لاكتيميز واسعة الطيف واظهرت العزلات عدم قدرتها على الانتاج واستخدمت طريقة القرص المصاحب لمعرفة قابلية العزلات على انتاج انزيمات الميتالو بيتا لاكتاميز.درست قدرة البكتريا على تكوين الغشاء الحيوي واظهرت النتائج ان 2/4(50%) من العزلات لها قدرة على انتاج الغشاء الحيوي.كما د رست قدرة البكتريا على مقاومة التاثير القاتل للمصل وظهرت العزلات كلها موجبة بينما درست قدرة البكتريا على تلازن كريات الدم الحمراء لوحظت تحت المجهر واظهرت النتائج ان 3/4(75%)من العزلات كانت موجبة.اختبرت قدرة البكتريا على انتاج السموم المعوية باستخدام الفئران الرضيعة وظهرت كل العزلات منتجة له وقد ظهرت على الفئران الرضيعة بالسموم المعوية اعراض سريريه حادة مثل انخفاض النشاط والحركة البطيئة وعلامات ضعف مع تغيرات في المعدة وخسارة التركيب النسيجي للغشاء المخاطي والغدد وظهور بؤر للخلايا المتحللة وزيادة في سمك الجدار مع تقرحات في النسيج اما التغيرات المرضية في الامعاء فهي تغيرات غير مخصصة تمثلت بتقطعات في النسيج الطلائي وتقرحه وفقدان لشكل النسيج والغدد. | This study was aimed for detection occurrence of Enterobacter sakazakii in stool specimens, infant formula and hospitals environments. A total of 310 samples (180 infant formula, 50 stool samples and 80 hospital environment swabs ), during the period from September 2012 to July 2013 were collected. Growth on Violet redbile agar and MacConkey agar was identified by cultural and biochemical tests and confermated by API 20 E system which revealed that : Only 22/310(7.09%)gave positive growth for Enterobacter spp. as following : 9/80 (11.2%) environmental swabs , 12/180(6.6%) infant formula and 1/50 (2%) stool samples. Diagnosis of the isolates appeared that E. cloacae was (15 ⁄ 22) while E . sakazakii (4 ⁄ 22) and E. aminogenus (3/22). Four E. sakazakii isolates were screened for their antibiotic resistance against 20 antibiotics of different classes using Kirby - Bauer disk diffusion method. The results showed that all the tested isolates were resistant to at least 6 antibiotics of which they were tested . In the present study four E. sakazakii isolates where screened for potential ESBLs production, they showed 3 (75%) isolates were potential ESBLs production ,but conformation of ESBLs production was detected by double disk synergism test and appeared that all the isolates were unproductive . Combined disk diffusion method was used for detection of metallo - β - lactamase - producing isolates, they were emplace each of imipenem and ceftazidame antibiotics with and without EDTA on Mueller - Hinton agar, because EDTA working to inhibit of metallo - β - lactamase. The results showed that the presence of EDTA does not affect the diameter of inhibition zone for the four isolates. Biofilm production was detected by spectrophotometric method .The four isolates were tested and appeared that 2(50%) were produced biofilm. The resistance of bacterial isolates to serum bactericidal activity was tested by the turbidmetric assay . All isolates were appeared able to resist to serum bactericidal activity, while Agglutination of erythrocytes was tested under the microscope and showed 3/4(75%) were positive. In the present study E. sakazakii were evaluated enterotoxin production. All the isolates showed positive for enterotoxin production. Results of treating suckling mice with enterotoxin showed acute clinical signs appeared depression, slow movement and signs of weakness. Significant macroscopic finding showed in mice treated with enterotoxin the stomach was distended and enlarged with thick corrugated mucosa but no significant changes in intestine. Pathological changes in the stomach appeared as loss of normal architecture of mucosa and glands, multiple foci of degenerative cells, reactive epithelial surface with thickening wall, pseudo - metaplasic changes and superficial epithelial injury. The intestinal changes showed nonspecific pattern of damage to surface of epithelium .Complete loss of architecture of glands and mucosal epithelial , superficial epithelial discontinuity , ulcer and non - specific reactive epithelial surface.
الصفحات الاولى:

دراسة الاسهال المصاحب للمضادات الحيوية والتهاب القولون والمتسبب بجرثومة Clostridium difficile واستخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي في الوقاية والعلاج Study of Antibiotic - Associated Diarrhea and Colitis caused by Clostridium difficile , and using Saccharomyces boulardii as a probiotic for the prevention and treatment

اسم المؤلف: لمى يوسف مهدي
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: منى تركي موسى الموسوي سعد صباح فخري
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: شملت الدراسة 525 عينة براز لمرضى عراقيين مصابين بالاسهال والتهاب القولون المصاحبين للمضادات الحيوية من الراقدين في مستشفيات بغداد الذين كانوا تحت العلاج بالمضادات الحيوية واسعة الطيف ، فضلا عن اصحاء ظاهريا من اطفال(بعمر شهر فاقل الى 15 سنة) وبالغين(بعمر 16 سنة الى 61 سنة فاكثر) ، خلال الفترة من الاول من حزيران 2013 حتى نهاية ابريل 2014 . استبعدت 95 عينة اظهرت نتيجة موجبة للطفيليات والفطريات تجنبا لحدوث تداخلات في نتائج الدراسة . تم التحري عن بكتريا المطثية العسيرة Clostridium difficile (C.difficile)وذلك بعزلها وتشخيصها باستخدام وسط انتقائي، واجريت اختبارات مجهرية وكيموحيوية باستخدام نظامAPI 20 A system , كما فحصت حساسية العزلات للمضادات الحيوية. والكشف عن وجود السموم (ا وب( باستخدام تقنيةELISA وكشف جيناتهماtcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .واظهرت النتائج عزل وتشخيص75 (%17.44) عزلة من C.difficile من مجموع 430 عينة ، شملت 51 (21.3٪) عزلة من مجموع 240 عينة اطفال مرضى و12(15٪( عزلة من مجموع 80 عينة اطفال اصحاء ظاهريا ، اما من البالغين المرضى والاصحاء ظاهريا فكانت 11(15.7٪( عزلة من مجموع 70 و1(52.٪) عزلة من مجموع 40 على التوالي. اظهرت العزلات مقاومة عالية لكل من المضادات الحيوية ,Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ciprofloxacin, Erythromycin, وAmpicillin ، وحساسية عالية لكل من Vancomycin وMetronidazol (100و 96(% على التوالي، مع حساسية جيدة للـ chloramphenicol.واظهرت جميع العينات الموجبة وجود سموم ( ا وب( باستخدام تقنية ELISA ، كما اظهرت جميع العزلات الموجبة احتواءها الجينات tcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .هدفت الدراسة ايضا استخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي خارج وداخل الجسم الحي للوقاية والعلاج من الاسهال والتـهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية والمستحث تجريبيا في فئران اصيبت بـC.difficile ، ومقارنة هذا التاثير مع التاثير العلاجي بالمضادات الحيوية. واظهرت النتائج كفاءة المعزز الحيوي في تثبيط نمو البكتريا خارج الجسم الحي والتقليل من التاثيرات النسيجية المرضية المصاحبة للاصابة بـ C.difficile من خلال الية التثبيط التنافسي داخل الجسم الحي .يستنتج من هذه الدراسة ان لخميرة S.boulardii تاثيرا ايجابيا لمنع وعلاج الاصابة بـ C.difficile من خلال احداث التوازن الميكروبي وتقليل او منع التاثيرات النسيجية المرضية الضارة للقولون ، وان هذا التاثير يكون احسن واكثر ايجابية في حالة الاستخدام المبكر والمستمر لهذه الخميرة , كما اثبتت الدراسة سلامة استخدام الخميرة كمعزز حيوي ، ومما تقدم اعلاه نوصي باستخدامها للوقاية والعلاج من الاسهال والتهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية . | A total of 525 stool samples were collected from patients with clinical symptoms of diarrhea and colitis with a history of antibiotics treatment from some hospitals in Baghdad .An apparently healthy children (one month to less than 15 years old) and adults (16 to 61 years and older) were involved in this study. Then investigation were carried out from June 2013 to April 2014. Ninety five samples were excluded from this study science they were contaminated by parasite and fungi . Clostridium difficile (C.difficile) were isolated and identified using selective media ,light microscope and biochemical tests using API 20 A system. All isolates were subjected to antibiotics resistance test. The presence of toxins : A and B were detected using ELISA technique ;while tcdA and tcdB genes were confirmed using PCR technique. The results showed isolate and diagnose 75 (17.44%) isolate of C.difficile out of 430 samples, including 51 (21.25%) isolate of a total 240 sample of children patients and 12 (15%) isolate of a total 80 sample of apparently healthy children, either from adult patients and apparently healthy were 11 (15.7%) isolate of a total 70 and 1 (2.5%) isolate of a total 40 respectively. Isolates showed high resistance for antibiotics : Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ,ciprofloxacin, Erythromycin, and Ampicillin, and high sensitivity for Vancomycin and Metronidazol(100and 96)% respectively, with a good sensitivity to chloramphenicol . All the C.difficile positive samples showed presence of toxins (A and B) using ELISA technique, also all the positive isolates showed contain tcdA and tcdB genes by using PCR technique .The study also aimed to use the yeast Saccharomyces boulardii as probiotic in - vitro and in - vivo for the prevention and treatment of diarrhea and colitis associated with antibiotics and experimentally induced in mice that infected by C.difficile, and compared this effect with the therapeutic effect with antibiotics. The results showed efficiency of probiotic in the inhibition of bacterial growth in - vitro and reduce the pathological effects associated with C.difficile infection through competitive inhibition mechanism in - vivo.This study conclude that the S.boulardii have positive influence to prevent and treat C.difficile infection through the creation of microbial balance and reduce or prevent histopathological effects that harmful to the colon, and that this effect is better and more positive in the case of early and continued use of yeast. Besides that, this study proved the safety of S.boulardii as a probiotic and for all above it is recommended to be used for prevention and treatment of Antibiotic associated diarrhea and Colitis .
الصفحات الاولى:

انتشار ودراسة التضاد لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من فتحتي المنخرمن طلاب المدارس في محافظة ميسان Prevalence and Study the Antagonism of Staphylococcus aureus Isolated from Nares of School Children s in Maysan Governorate

اسم المؤلف: فاطمة يوسف موسى المحمداوي
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: امال عباس محمد الفخري
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2016
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: الدراسة الحالية تضمنت جمع 500 مسحة جمعت من انوف طلاب المدارس الابتدائية في محافظة ميسان للفترة ( من تشرين الاول لسنة 2014 الى ايار لسنة2015 للفئة للعمرية 6 - س11 سنة ) للتحري عن حاملي المكورات العنقودية الذهبية اخذت العينات من 8 مدارس ابتدائية (4 مدارس من المناطق الريفية و4 مدارس من المناطق الحضرية). شملت العينات الماخوذة 230 عينة من الذكور و270 عينة من الاناث . وكذلك تم التحري عن البكتريا والاعفان التي قد تكون موجودة في الانف والتي قد تقلل من نسبة تواجد بكتريا المكورات العنقودية الذهبية في الانف. وقد استخدمت الطرق المختبرية القياسية في تشخيص هذه البكتريا وتم التاكيد باستخدام نظام API 20 .Vitick 2Compact system, وقد اظهرت النتائج ان 140 (28%) عزلة من العينات المدروسة ( 5841.43%)) عزلة اناث و82 ) (58.57عزلة ذكور) هي من النوع المكورات العنقودية الذهبية الموجبة لانزيم التجلط Coagulase Positive Staphylococcus aureus (CoPS).ولمعرفة ما اذا كانت الظروف المعيشية(الريف والمدينة) تؤثر على معدل حمل S.aureus في مناطق الريف والمدينة في محافظة ميسان تم استخدام اختبار مربع كاي حيث عكست نتائج التحليل ان هناك فروق معنوية جدا وصلت الى X2 = 34.747 تحت احتمالية (P ≤ 0.01) بين حاملين ال S.aureus ضمن مناطق الريف والمدينة مما يعكس ان الظروف المعيشة مرتبطة بنسبة حمل هذه البكتريا.كما كانت نسبة الانواع البكترية الموجبة لصبغة غرام الاخرى هي : Staphylococcus epidermidis 226 (45.2 %) Streptococcus spp 176 (35%), Staphylococcus saprophyticus 9(1.8), Aerococcus viridians 4 (0.8)% , Staphylococcus haemolyticus 2(0.4). هذا وقد خضعت العينات الموجبة لانزيم التجلط الى اختبار الحساسية الدوائية بواسطة طريقة الانتشار بالاقراص وقد استعمل 18مضاد حيوي حسب المعاييرالمختبرية العالمية لعام 2012 حيث كانت نتائج الحساسية الدوائية كالاتي : (Methicillin(100%),Cefoxitin(95%),PenicillinG(94.28%),Amoxyllcin(63.5%), Cefixime (61.42%),Oxacillin(57.85%),Tetracycline(34.28%), Erythromycin(30%),Azithromycin (28.57%),Ciprofloxacin (17.85%) .Clarthromycin (12.17%), Tobramycin (9.28%) , Doxycyclin (7.10%), Vancomycin (5%), Amikacin (2.85%) ,Gentamicin (1.42%), Clindamycin (1.42 %), Levoflaxacin (0.0%), وقد اظهرت النتائج ان المضاد الحيوي Levoflaxacin هوالمضاد الاكثر فعالية بين المضادات المستخدمة فقد وصلت حساسية جميع العزلات الى( 100 %) بينما اظهرت العزلات البكتيرية مقاومة عالية لمضادات Beta - lactams . اجري الاختبارالتركيز المثبط الادنى Minimum Inhibitory Concentration (MIC) للعينات المعزولة بواسطة نظام الVitek 2 . بينت النتائج ان 8 ( 5.7%) عزلة هي من النوع الكورارات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين Methicillin resist Staphylococcus aureus MRSA) ) حيث قاومت التركيز 0.5mg للمضادالحيوي Oxacillin . بالاظافة الى ذلك دلت نتائج فحص الحساسية بواسطة الفايتك احتواء هذه العينات المقاومة على البروتين المرتبط بالنسلين المحور 2 PBP واحتوائها على جين ال mecA . تناولت الدراسة ايضا عزل الاعفان الموجودة في الانف حيث تم دراسة 50مسحة وتم الحصول على الانواع الفطرية التالية ( Pencillium Spp, A niger. . A. terrus , Cladosporium Spp, Alternia Spp)) .كما وتم دراسة الفعل الثبيطي لرواشح هذه الاعفان على بكترياS. aureus اوضحت النتائج ان عفن ال Alternaria له القابيلة على تثبيط نمو بكتريا الS. aureus حيث بلغ معدل قطر التثبيط ( 24.67) ملم على التوالي , بالاظافة الى ذلك درس التاثير الثبيطي للبكتريا المتواجدة كنبيت طبيعي في الانف على بكتريا S.aureus حيث اختيرت بكتريا المكورات العنقودية البشرويةS.epidermidis حيث استخدمت طريقة الانتشار بواسطة الحفر well diffusion method لمعرفة تاثير الخلية البكتريا الكاملة وكراشح لهذه البكتريا ضد S.aureus لوحظ ان بكتريا S. epidermdis لم تبدي اي تاثير تثبيطي اتجاه الS.aureus سواء كخلية بكترية كاملة او كراشح لهذه البكتريا. بينما الكشف عن تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لبكتريا S.aureus بواسطة epidermdis . S بواسطة استخدام جهاز Spectrophotometer اظهرت النتائج ان الامتصاصية بطول موجي 630 نانومتر فقد لوحظ انخفاض الامتصاصية من 0,022 لعالق بكتريا ال S.aureus مع سكر الكلوكوز بتركيز %0,25 المحضون لمدة 73 ساعة بدرجةحرارة 37 سيليزية الى 0,009 عند اظافة البكتريا المضادة S. epidermdis لعالق ال S aureus مع الكلوكو | The current study includes comprises 500 Nasal swab collected from the primary school students in the Maysan Governanat to investigate Staphylococcus aureus carriers for the period from (October to May 2014 - 2015 in the age group 6 - 11 years).The samples were taken from eight primary schools (4 schools from rural areas and 4 schools in urban areas),The samples taken include 230 sample from males and 270 sample from females, also to investigate for bacteria and fungi that may be present in the nose, which may reduce the percentage of the presence of the bacteria Staphylococcus aureus in the nose. The standard laboratory methods were used in the diagnosis of these bacteria and confirmed diagnosis using the API 20 system and the Viteck - 2 Compact System. The results showed that 140 (28%) isolates of the studied samples (58 isolated from females and 82 isolated from males) were Coagulase Positive Staphylococci(CoPS).To know whether that the living conditions (live in rural and urban districts) effect the rate of S. aureus carriers statistical analyses using chi square test for carriers in urban and rural districts revealed highly significant difference X2=34.747 (P≤0.01)which indicated that the living conditions and the rate of carriers are related.The proportion another gram positive bacteria were Staphylococcus epidermidis226(45.2%),Streptococcus spp176(35%),Staphylococcus saprophyticus 9(1.8%) Aerococcus viridians 4(0.8%) and Staphylococcus haemolyticus2(0.4).CoPS isolated were submitted to sensitivity test by kirpy - Bauer Disk diffusion method according to CLSI, 2012,18antibiotic has been used and the resistance rates ethicillin(100%),Cefoxitin(95%),PenicillinG(94.28%)Amoxycllin(63.5%),Cefixime(61.42%),Oxacillin(57.85%),Tetracycline(34.28),Erythromycin(30%),Azithromycin(28.57%),Ciprofloxacin(17.85%)Tobramycin (9.28%),Doxycyclin(7.10%),Vancomycin(5%)Amikacin(2.85%),Gentamicin 1.42%, Clindamycin (1.42 %), and Levoflaxacin (0.0%).The results showed that the antibiotic Levoflaxacin was the most effective antibiotic among them all isolates were a sensitive and reached to (100%) while most the isolates showed high resistance to Beta - lactame antibiotics. The minimum inhibitory concentration (MIC) was used by Vitek 2 system showed that 8 isolates of (5.7%) samples were Methecillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA)were they resisted to the minimum inhibitory concentration 0.5 for the antibiotic Oxacillin as well as the results of the examination sensitivity shown by Vitek 2 - System.These resistance isolates associated contain pencillin binding protein 2 PBP and contain the mecA gene.The study also included the isolation of Fungi from the nose, were the study showed 50 swabs got the following types (Pencillium spp, Aspergillus . niger, Aspergillus . terrus, Cladosporium spp, Alternaria spp).The inhibitory effect of the filtrates of these Fungi against S. aureus was studied, were results showed that the mold Alternaria spp only has the ability to inhibit the growth of S. aureus where average of inhibition zone reach to(24.67) mm in addition the present study include the control of S.aureus by the other bacteria which considered normal flora in the nose, Staphylococcus epidermidis selected for this purpose.Well diffusion method was used as Whole bacteria and filtrate for this purpose and results show that there are no inhibitory effect of S.epidermidis on S.aureus by this method. While biofilm formation of S.aureus was inhibited by S. epidermidis by detected using Spectrophotometer (360nm) results of the absorbency was decrease from 0.022 for suspension of S.aureus with glucose 0.25% incubated for 73 hour at 37 °C to 0.009 for suspension of antagonistic bacteria S. epidermidis added to the suspension of S. aureus and glucose 0.25% under the same condition and this indicate that the biofilm was inhibited by S.epidermidis
الصفحات الاولى:

دراسة بكتيريولوجية وجزيئية للنوع Proteus mirabilis المعزولة من مصادر سريرية وحيوانية Bacteriological and molecular study of Proteus mirabilis isolated from clinical and animal sources

اسم المؤلف: علي سعد كاظم حسين
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: محمود ابراهيم اسماعيل
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2016
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: الجانب الاول : شمل هذا الجانب عزل وتشخيص البكتيريا Proteus mirabilis من 801 عينة تضمنت 179 عينة سريرية مختلفة (البول، الاذن والجروح) و622 عينة حيوانية مختلفة (براز الدجاج، مستقيم الابقار، مستقيم القطط ومستقيم الكلاب) جمعت من محافظة بغداد للمدة من 26/10/2015 الى 29/3/2016. بعدها درست الحساسية للمضادات الحيوية وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : .1 88 عزلة بكتيرية تعود للنوع P. mirabilis تضمنت 51 (28.49%) عزلة من العينات السريرية و37 (5.95%) عزلة من العينات الحيوانية وشخصت باستعمال طرق التشخيص التقليدية وعدة الفايتك كما تم تاكيد تشخيصها باستخدام البادئ النوعي للجين 16SrRNA للكشف عنه في جينوم البكتيريا بتقنية تفاعل البلمرة المتسلسل اذ اظهرت نتائج التشخيص الجزيئي ان جميع العزلات البكتيرية امتلكت الجين .16SrRNA 2. بينت نتائج فحص حساسية عزلات P. mirabilis (88 عزلة) للمضادات الحيوية بطريقة انتشار القرص انها امتلكت المقاومة المتعدة لـ )2 - 8( من المضادات الحيوية المختبرة. كما وجد ان اقل معدل مقاومة لعزلات P. mirabilis السريرية كان لمضادات ciprofloxacin (3.9%) وnorfloxacin (7.8%) وimipenem (9.8%) بينما اقل معدل مقاومة للعزلات الحيوانية كان لمضادات cefoxitin (0%) وamikacin (2.7%) وciprofloxacin (5.4%) وcefepime وimipenem وlevofloxacin (8.1%) لكل منها. الجانب الثاني : شمل الكشف عن بعض عوامل الضراوة ظاهريا والكشف الجزيئي عن ثلاثة جينات مرتبطة بعوامل الضراوة وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : 1. بينت نتائج فحص انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتيريا P. mirabilis بطريقة القرص التازري المزدوج ان 52.49% (27/51) و48.65% (18/37) من العزلات السريرية والعزلات الحيوانية على الترتيب كانت موجبة للفحص.2. بينت نتائج فحص الفعالية الانحلالية للهيمولايسين لعزلات P. mirabilis على اطباق اكار دم الانسان واطباق المعايرة الدقيقة لدم الانسان والارنب ان 66/88 (75%) عزلة منها كانت محللة للدم من نوع الفا وبيتا على اطباق اكار الدم كما انها اعطت معيارا انحلاليا للدم تراوح بين (16 - 256)، كما وجد ان 22/88 (25%) عزلة لا تمتلك فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر على اطباق اكار الدم ولا على اطباق المعايرة الدقيقة. اظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن الجين hpmA (الذي يشفر الى انتاج الهيمولايسين) ان جميع العزلات التي اعطت فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر امتلكت الجين hpmA بينما 19/22 من هذه العزلات التي لم تعط فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر كانت لا تمتلك جين الهيمولايسين gene) .(hpmA3. بينت نتائج فحص تكوين الغشاء الحيوي لبكتيريا P. mirabilis بطريقة اطباق المعايرة الدقيقة وعند الطول الموجي 630 نانوميتر ان جميع العزلات (88/88) كانت مكونة له. اذ ان 53.41% (47/88) من العزلات كانت مكونة للغشاء الحيوي بدرجة قوية و25% (22/88) بدرجة متوسطة و21.59% (19/88) بدرجة ضعيفة.4. بينت نتائج فحص انتاج انزيم البروتيز لبكتيريا P. mirabilis على اطباق اكار الحليب الفرز والكشف الجزيئي عن الجين zapA (الذ يشفر الى انتاج البروتيز) ان 82/88 (93.18%) عزلة منها كانت منتجة لانزيم البروتيز على اطباق اكار الحليب الفرز وتمتلك الجين zapA بينما 6/88 (6.82%) عزلات كانت غير منتجة لانزيم البروتيز ولا تمتلك الجين zapA، اي يوجد تطابق مابين الكشف الظاهري والكشف الجزيئي عن الجين zapA.5. بينت نتائج الكشف الجزيئي عن عامل الضراوة الجين ucaA (الذي يشفر الى الهدب UCA) ان جميع عزلات P. mirabilis (88/88) كانت تمتلك هذا الجين.6. بينت نتائج فحص انزيم اليوريز لبكتيريا P. mirabilis على وسط اكار اليوريا ان جميع العزلات (88/88) كانت منتجة له وبسرعات مختلفة. | A. Part One included isolation and identification of Proteus mirabilis from 801 samples, including 179 clinical various samples (urine, ear and wounds) and 622 animal (chicken faeces, cows rectal, cats rectal and dogs rectal) various samples were collected from Baghdad province during the period from 26 - 10 - 2015 to 29 - 3 - 2016. Then, their antibiotic sensitivity was studied. This part concluded the following results : 1. 88 bacterial isolates belong to P. mirabilis species included 51(28.49%) isolates from clinical sources and 37 (5.95%) isolates from animal sources were identified by conventional method, Vitek - 2 compact system and confirmed by using specific primer to detect 16SrRNA gene in bacterial genome by polymerase chain reaction technique. Results of molecular identification showed that all these bacterial isolates were possessed this gene (16SrRNA). 2. The results of sensitivity test by disc diffusion method showed that P. mirabilis isolates were multidrug resistant to (2 - 8) from antibiotics tested. The lowest resistance rates for clinical P. mirabilis isolates were (3.9%) for ciprofloxacin, (7.8%) for norfloxacin and (9.8%) for imipenem while animal isolates showed lowest resistance rates : (0%) for cefoxitin, (2.7%) for amikacin, (5.4%) for ciprofloxacin, (8.1%) for each one of cefepime, imipenem and levofloxacin.B. Part Two consisted of a study of some phenotypic virulence factors and molecular detection of 3 genes associated with virulence factors. This part concluded the following results : 1. The results of extended spectrum - β lactamases test by double disk synergy test revealed that 52.49% (27/51) and 48.65% (18/37) of clinical and animal P. mirabilis isolates were respectively positive for the test. 2. The results of hemolytic activity tests of P. mirabilis isolates on human blood agar plates and hemolytic microtiter plates showed that 66/88 (75%) isolates were alpha - and beta - hemolytic on human blood agar plates and they were giving measurable hemolytic titer between (16 - 256), and 22/88 (25%) isolates did not give hemolytic activity. Results of molecular detection of hpmA gene showed that all isolates were giving hemolytic activity possessed the hpmA gene while 19/22 of these isolates did not give hemolytic activity and did not possess the hemolysin gene (hpmA gene).3. The results of biofilm formation test of P. mirabilis by microtiter plates at wave length 630 nm showed that all isolates (88/88) were positive for the test, results showed a strong biofilm formed was 53.41% (47/88), moderate biofilm was 25% (22/88) and weak biofilm was 21.59% (19/88).4. The results of protease production test of P. mirabilis isolates on skim milk agar and results of molecular detection of zapA gene (protease gene) revealed that 82/88 (93.18%) isolates of P. mirabilis were positive for protease test and they were possessed the protease gene. While 6/88 (6.82%) isolates were negative for protease test and did not possess protease gene, there is congruence between phenotypic and molecular detection of zapA gene.5. The results of molecular detection of virulence factor ucaA gene showed that all of the P. mirabilis isolates (88/88) were possessed this gene.6. The results of urease test of P. mirabilis isolates on urea agar plates showed that all of the isolates (88/88) were positive for the test.
الصفحات الاولى:

تاثير الكليبوسين المنقى جزئيا من البكتريا المعزولة محليا Klebsiella pneumoniae على بعض البكتريا المعوية وعلى بعض الخلايا المناعية Effect of Klebocin partialy purified from bacteria Klebsiella pneumoniae Local Isolated on some enteric bacteria &on some immune cells

اسم المؤلف: علي رزاق لفتة
اسم المشرف: رجوة حسن عيسى الربيعي عصام فاضل علوان الجميلي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2010
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تضمنت الدراسة جمع 210 عينة سريرية توزعت الى 60 عينة ادرار و50 عينة قشع و50 عينة من التهابات الاذن الوسطى و50 عينة من اصابات الجروح ومن خلال نتائج الزرع البكتريولوجي على اوساط الماكونكي واكار الدم ووسط Eosin Methylen Blue , والتشخيص المظهري والكيموحيوي وتاكيد التشخيص باستخدام نظام Api20 تم الحصول على 42 عزلة تعود لبكتريا Klebsiella توزعت الى 23 عزلة بنسبة 54.76% تعود للنوع K.pneumoniae و11 عزلة وبنسبة 26.19% للنوع K.oxytica و8 عزلات وبنسبة 19.05% تعود للنوع K.planticola ، لقد تم التحري عن العزلات المنتجة للكليبوسين ومن خلال تم التوصل الى ان 8 عزلات فقط كانت منتجة للكليبوسين من اصل 23 عزلة هذا وبنسبة 34.78% ، وكان وسط Tryptic soy broth المضاف اليه خلاصة الخميرة بنسبة1% افضل وسط لانتاج الكليبوسين وتعد طريقة اقراص الاكار ملائمة للتحري عن العزلات المنتجة للكيبوسين وطريقة التخطيط المتقاطع كفوءة للتحري عن العزلات الدالة . اختيرت العزلة المنتجة K. pneumoniae 8 كافضل عزلة منتجة للكليبوسين والعزلة K. pneumoniae 2 كافصل عزلة دالة ، تلاها استخلاص الكليبوسين من العزلة المنتجة بعد ان تم حث العزلة بالمايتوماسين سي فكانت فعالية 80 وحدة/مليلتر والفعالية النوعية 800 وحده/مليغرام بروتين . نقـي الكليبوسين المنتج من العزلة المنتخبة بخطوات عدة تضمنت التركيز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسب اشباع 70% وكحول البيوتانول بنسبة 1 : 1 فكان الترسيب بالبيوتانول افضل من الكبريتات الامونيوم اذ بلغت الفعالية 640 وحدة/مليلتر وبفعالية نوعية 2560 وحدة/مليغرام بروتين ثـم تقنيتي كروموتوغرافيا التبادل الايوني باستعمال المبادل DEAE - Cellulosو الترشيح الهلامي علـى عمـود السيفاكريلS - 200 . وكانت عدد مرات التنقية للكليبوسين بمقدار 10 والحصيلة للكليبوسين المنقى 6%.تم دراسة تاثير الكليبوسين المنقى على بعض انواع البكتريا المعوية المقاومة للمضادات الحياتية والتي شملت : Enterobacter sakazaki Shigella flexneri, E.coli, Citrobacter koseri, , Enterobacter cloacae K.oxytoca, Proteus mirabilis Serratia marcescens, , Enterococcus fecalis Salmonella typhi واظهرت النتائج ان Enterococcus fecalis وCitrobacter koseri, وProteus mirabilis كانت مقاومة لتاثير الكليبوسين المنقى في حين بقية الانواع تاثرت وكان تركيز 100مايكروغرام/مليلتر اكثرفعالية من بقية التراكيز حيث بلغ قطرالتثبيط 20ملم تجاه النوع K.oxytoca تلاها E.coli بقطر 17ملم ثم Shigella flexneri بقطر 15ملم ثم Enterobacter sakazaki بقطر 15 ثم Salmonella typhi بقطر 14 ملم ثم Enterobacter cloacae بقطر 12ملم ثم Serratia marcescens بقطر 12ملم . استعملت تراكيز التالية 10 ، 30 ، 50 مايكروغرام/مليلتر في دراسة التاثير السمي للكليبوسين على بعض الخلايا المناعية من خلال ملاحظة عيوشية تلك الخلايا وقد تم توصل الى عدم وجود تاثير للكليبوسين بتركيز 10 مايكروغرام/مليلتر على شكل وحجم الخلايا PMNs وقدرتها على بلعمة خميرة الكانديدا المقتولة اذ اظهر التحليل الاحصائي عدم وجود فروق معنوية (0.05< P) مقارنة مع معامل السيطرة . بينما حفز التركيز نفسه قدرة PMNs على قتل الخميرة الحية في الزجاج ، مما يدل على ان الكليبوسين المنقى من K. pneumoniae 8 يعمل على تحفيز الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية . اما التراكيز العالية للكليبوسين المنقى من العزلة المحلية K. pneumoniae 8 فانها سببت تثبيطا ملحوظا لفعاليات الخلايا PMNs واللمفاوية التي اختيرت في هذه الدراسة. | The study has included collecting (210) clinical samples distributed into (60) urine samples, (50) sputum samples, (50) otitis media samples, and (50) wounds infections samples. Through results obtained from bacteriological culture on McConkey, blood, and eosin methylene blue agars in addition to morphological and biochemical identification and confirmation of the identification by using of API 20E system. Fourty tow Klebsiella isolates distributed into (23) K. pneumonia isolates that represent (54.76%), (11) K. oxytoca isolates that represent (26.19%), and (8) K. planticola isolates that represent (19.05%). Then, the klebocin - producing isolates have been detected and through which it is clear that only (8) isolates produce klebocin in (23) isolates, of percentage (34.78%). Tryptica soy broth medium with yeast extract additive in percentage of (1%) was the best medium for production of klebocin, agar discs method was the best method for klebocin - producing isolates detection, and cross - streaking method was the best method for indicating isolates detection. The producing isolate, K. pneumonia 8, and the indicating isolate, K. pneumonia 2, were chosen as the best producing and indicating isolates respectively. Next, the klebocin has extracted from the producing isolate after isolate induction by Mitomycin C; consequently, the activity was (80) unit/ml and the specific activity was (800) unit/mg of protein. The produced klebocin has been purified from selected isolates via several methods including precipitation utilizing ammonium sulfate in saturation percentage of (70%) and butanol alcohol; as a result, the butanol precipitation was better than that in ammonium sulfate so that the activity reached (640) unit/ml with specific activity of (2560) unit/mg of protein. Then, the second method was purification by ion exchange chromatography using exchanger (DEAE - Cellulose) and the third one was gel filtration over sefacryl S - 200 column. The times of purification of klebocin were (10) and the gain of purified klebocin was (6%). The purified klebocin effect has been studied on group of enterobacteria resisting for antibiotics including Acinetobacter, Escherichia coli, Shigella flexneri, Enterobacter sakazaki, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae, Citrobacter koseri, Salmonella typhi, Enterococcus faecalis, and Serratia marcescens. The results show that Enterococcus faecalis, Citrobacter koseri and Poteus mirabilis were resistant to the effect of the purified klebocin; however, all the remaining isolates affected. The concentration of (100) µg/ml has more activity than the remaining concentrations so that the inhibition diameter reached (20) mm in the species K. oxytoca, followed by E. coli with diameter of (17) mm, then Shigella flexneri with diameter (15) mm, then Enterobacter sakazaki with diameter (15) mm, followed by Salmonella typhi with diameter (14) mm, then Enterobacter cloacae with diameter (12) mm, followed by Serratia marcescens with diameter (12) mm. Of concentrations of (10, 30, 50) µg/ml, the toxic effect of klebocin on immune cells has been studied through viability of these cells; the study achieved that the klebocin in concentration of (10) µg/ml did not affect on the shape and size of phagocytic cells and its ability of phagocytosis of killed Candida yeast; so that, statistical analysis showed that there is no significant differences (P>0.05) comparing with control factor. However, the same concentration stimulate the macrophages ability of killing living yeast in vivo, which indicate that the purified klebocin from K. pneumonia 8 works on stimulating humeral and cellular immune response. Nevertheless, the high concentrations of purified klebocin from the local isolate, K. pneumonia 8, caused noticed inhibition to activities of macrophages and lymphocytes selected in this study.
الصفحات الاولى:

بعض الجوانب المرضية للمصابين بالحمى غير معروفة الاسباب CERTAIN PATHOLOGICAL ASPECTS ON FEVER OF UNKNOWN ORIGIN PATIENTS

اسم المؤلف: علي جبار عليوي
اسم المشرف: ماجد محمد محمود الجواري
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2008
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: اجريت هذه الدراسة على ثلاث مجاميع مختلفة، كانت المجموعة الاولى بعدد 59 مريض بالحمى غير محددة الاسباب (FUO) والمجموعة الثانية بعدد 20 مريض بحمى مشخصة (febrile) والتي اعتبرت لمعاملات سيطرة للمجموعة الاولى، اما المجموعة الثالثة بعدد 20 شخص، كانوا اصحاء ظاهريا وتمثل مجموعة السيطرة للدراسة.تمت المتابعة واخذ العينات من المرضى والعمل عليها في مستشفى الكاظمية التعليمي، بغداد.لقد عانى مرضى FUO من اعراض مالوفة مثل الحمى المستمرة والمتقطعة، الصداع، الم الصدر، الم المفاصل، نقصان الوزن وضعف عام وفقدان الشهية وغيرها، وعلامات مرضية منها الم في الضغط على البطن، وتضخم الطحال، واليرقان، وتورم الساق وتقرحات اللسان والجلد. ان مجموعة مرضى FUO اشتركوا كون جميعهم يعانون من الحمى التي تراوحت مدتها من شهر الى ستة اشهر.تم التعرف على الاعراض السريرية من قبل الاختصاصي الموجود واجريت فحوصات المختبرية لجميع المرضى الراقدين والمشمولين بالدراسة اضافة الى فحوصات من مراكز بحثية اخرى ذات صلة بالموضوع.ان البيانات المتحصل عليها اخضعت للتحليل الاحصائي المناسب وبمختلف الطرق.اظهرت الدراسة بان مرضى FUO بسبب الاصابات المرضية المعدية يشكلون (n = 43)% 72.8) من العدد الكلي لهم (59) ثم قسموا بعد التشخيص النهائي بحسب المرض المعدي الى مرضى الحمى المعوية Enteric fever بواقع (n= 14)% 23.7 ومرضى ذات الرئة والتهاب القصبات بنسبة (n= 11) 18.6%، اما نسبة (n=6) 10.1% من المرضى فقد كانت متساوية لكل من مرضى التدرن الرئوي Tuberculosis(TB)، والتهاب المجاري البولية Urinary tract infection(UTI) ومجموعة اصابات مرضية اخرى Other infections. ومن خلال الدراسة ايضا ظهرت نسبة من المرضى (n=16) 27.12 بسبب امراض اخرى وبنسب مختلفة كما في امراض النسيج الوعائي Collagen vascular diseases (n= 4) 6.7%، ومرض التهاب بطانة القلب Endocarditis (n= 3) 5%، ومرضى الامراض الخبيثة Malignancies (n= 2) 3.3% واخيرا نسبة (n= 7) 11.8% من مرضى FUO هم المرضى غير المشخصين. ان مناقشة اربع من الثوابت الرئيسة المدروسة لها اهمية في التفريق بين مختلف حالات FUO وهذه الثوابت هي : 1 - الثوابت الدمية Haematological parameters.2 - الثوابت الكيموحيوية Biochemical parameters.3 - الثوابت المناعية Immunological parameters.4 - الثوابت الجرثومية Microbiological parameters.1 - اهمية الثوابت الدمية : كانت اعلى قيمة لنتائج فحص معدل ترسيب كريات الدم الحمراء Erythrocyte sedimentation rote (EsR) عند مرضى المناعة الذاتية، وذات معنوية قليلة لهذا الثابت عند مختلف حالات FUO الاخرى.2 - اهمية الثوابت الكيموحيوية : لقد اظهرت البيانات بان مصل مرضى FUO له اهمية كبيرة في تقسيمهم من خلال تقدير اليوريا، والكرياتينين، وانزيم الفوسفاتيز القاعدي، والبيليروبين الكلى، والالبومين، وتسبق الالبومين الى الكلوبيولين، في مصل هؤلاء المرضى.كما ان الترحيل الكهربائي لمصل مرضى FUO اظهر ارتفاعا في قيم α - 2 globulin, α - 1 globulin، مابين مصل مرضى FUO كما في مصل مجموعة الامراض الخبيثة، في حين هنالك ارتفاعا في قيمة β - globulin في مصل مرضى التهاب المجاري البولية، وارتفاعا في قيمة gammaglobulin بدليل زيادة اضداد IgM، وIgG في مصل مرضى المناعة الذاتية مقارنة مع مرضى FUO الاخرين.3 - اهمية الثوابت المناعية : اظهر فحص مصول مرضى FUO اعلى القيم لمختلف الاضداد ومنها Antistreptolysin O titer، وAntiproteinase antibodies، وAntimyeloperoxidase antibodies، وC - reactive protein، وRheumatiod factor وحسب المرض المشخص.ان مصل مرضى حمى التايفوئيد اظهر ارتفاعا في تركيز IL - 1α (72.2 pgm/ml) مقارنة مع مرضى FUO للاخرين، وكذلك ظهرت وزيادة في قيم كل من (CD25) IL - 2 receptor، وIL - 2 (153.2 pgm/ml، 8.6 pgm/ml على التوالي). في حين وجد اقل تركيزيين لـ(IL - 1α، IL - 2) في مصل مرضى الامراض الخبيثة.4 - اهمية الثوابت الجرثومية : اظهر الفحص الجرثومي تشخيص عزلات بكتريا بنسبة 40% Gram positive diplococci، وبنسبة 20% لكل من Gram negative bacilli، وGram positive cocci. ان نتائج زرع الدم لمرضى FUO اظهرت عزلات بكتريا بنسبة 33.3% لكل من Salmonella spp.، وStaphylococcus aureus، وEnterobacter spp. والمسؤولة عن امراض Salmonellosis، وEndocarditis وامراض بكتيرية اخرى.كما تم عزل كل من بكتريا Enterobacter spp.، وPseudomonas aeruginosa، وpneumoiae Streptococcus من عينات السائل الخلبي Pleural fliud وعلى ما يبدو فانهم العاملين المسببين لمرض ذات الرئة Pneumonitis ومرض التهاب الخلب Pleuritis بنسبة 33.3% من الزرع الكلى الموجب لعينات السائل الخلبي للمرض.اما بشان نتائج زرع الادرار الموجب فقد تم عزل وتشخيص كل من بكتريا Staphylococcus aureus، وE. coli، وKlebsiella spp. والتي تمثل نسبة 33.3% من الزرع الكلى لادرار المرضى والمسببة لمرض التهاب المجاري البولية (UTI).وعند زرع المسحات المختلفة (مسحات الجروح والقرح) تم تشخيص عزلات كل من بكتريا E. coli، وPseudomonas aeruginosa وهما العاملين المسببين الرئيسيين لمرض التهاب النسيج الخلوي Cellulitis.اظهرت نتائج اختبار حساسية العزلات للمضادات الحيوية بان المضاد الحيوي Amikacin يمتلك اعلى فعالية وبنسبة 88.9% ويليه المضاد الحيوي Ciprofloxacin بنسبة 58.3% تجاه العزلات المدروسة، في حين المضادين الحيويين Gentamycin، وCefotaxim كانا اقل فعالية تجاه العزلات وبنسبة 20% و12.5% على التوالي. | The importance of microbiological parameters : Bacterial isolates of sputum sample phowed that there was a 40% graw positive diplococci, gram positive cocci and gram negative bacilli showed a percentage of 20% of each.Blood culture for FUO patients demonstrated a 33.3% for each isolate of sacmorella spp., staphylococcus aurens, and Enterobacter spp., which they may be responsible for salmonellosis, endocaraditis and other bacterial infection diseases.Entarobater spp., Psendomonas aeruginosa as well as streptococcus pneumocial were isalated from a pleural fluid sample and it seems to be camsative agent for pneumonitis and pheuritis, this cause repersnet 33.3% out of the total preural fluid culture results.Urine culture results showed a positive culture result of Staphylococcus aureus, E. coli and Klebsiclla spp., and is considered as a causative agent for Urinary tract infection. This positive result represent about 33.3% of the total urine culture result wound and ulcer swabs showed a detection of E. coli and psendamamas areaginosa isolate which are the main causative agent for cellulites. Arihibiotic sensitive result showed that amikacim has the highest antibiotic activity 88.9% followed by ciprofloxacin 58.3%, while Gentamycin and cefotaxime revealed a 20% and 12.5% respectively
الصفحات الاولى:

تاثير ليزر ثاني اوكسيد الكاربون 10600 نانوميتر على حيوية وعوامل ضراوة بكتريا الزوائف الزنجارية والمكورات العنقودية الذهبية Effect of CO2 Laser (10600) nm on Viability and Virulence Factors of Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus

اسم المؤلف: عقيلة عبد الزهرة علي
اسم المشرف: ايمان ناطق ناجي البياتي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2014
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تضمنت الدراسة جمع 60 مسحة من مرضى مصابين باخماج جروح العمليات وجروح الحروق وقرحة الفراش للفترة من شهرايلول ولغاية شهرتشرين الثاني لسنة2013 من مستشفيات مختلفة في مدينة بغداد تشمل : مستشفى بغداد التعليمي ومستشفى الشهيد غازي الحريري للجراحات التخصصية ومستشفى الحروق التخصصي وقسم المختبرات التعليمية في مدينة الطب. زرعت المسحات على وسطي اكار الدم والماكونكي وشخصت باستخدام المعايير البكتريولوجية القياسية. تم تشخيص 40 عينة من مجموع 60 عينة على انها : 20عزلة تعود للنوع البكتيري Staphylococcus aureus و20عزلة تعود للنوع البكتيري Pseudomonas aeruginosa اعتمادا على طرق التشخيص المظهرية والمجهرية والكيموحيوية , واكد التشخيص باستخدام نظامي API Staphو .API 20 E تم اجراء اختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية باستخدام طريقة نشر القرص لجميع العزلات قيد الدراسة ضد 12 مضاد مختلف واظهرت النتائج ان نسبة مقاومة عزلات بكتريا Staphylococcus aureus للمضادات الحياتية كانت كالاتي : 100% لمضادات Methicillin, Piperacillin, Ceftriaxone وCeftazidim و80% لمضاد Tetracyclin و40% لمضادي Gentamycin وNorfloxacin و35%لمضاد Tobramycin و30% لمضاد Ciprofloxacin و15% لمضادAmikacin و0% لمضادي VancomycinوChloramphenicol اما نسبة مقاومة عزلات بكتريا Pseudomonas aeruginosa للمضادات الحياتية كانت كالاتي : 100% لمضادات Carbencillin Cefepime,وCeftriaxone و70%لمضاد Amikacin و65% لمضادات Cftazidime,Tobramycinو Gentamycin و55% لمضادي Ciprofloxacin وNorfloxacin و50% لمضادي Piperacillin وImipenm و%30 لمضاد Aztreonam . تم اختبار بعض عوامل ضراوة العزلات البكتيرية والقابلية على تكوين الاغشية الحيوية واظهرت النتائج ان جميع عزلات بكتريا Staphylococcus aureus كانت منتجة لانزيم مخثر البلازما بينما 95% من العزلات كانت منتجة لانزيمات الهيمولايسين)الانزيم الحال للدم) والبروتيز(الانزيم الحال للبروتين) واللايبيز (الانزيم الحال للدهون) ولها القدرة على تكوين الاغشية الحيوية, من جهه اخرى فان جميع عزلات بكتيريا Pseudomonas aeruginosa كانت منتجة لانزيمات الهيمولايسين والبروتيز واللايبيز والصبغات خارج الخلوية بينما 95% من العزلات اظهرت القدرة على تكوين الاغشية الحيوية. اختيرت 12 عزلة للتشعيع بCO2 ليزر ,ست عزلات من بكتريا Staphylococcus aureus وست عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa اعتمادا على نتائج اختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية وعوامل الضراوة عند كثافة الطاقة 20003000,2500, واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 60 و90 ثانية.اظهرت نتائج التشعيع ان CO2 ليزرادى الى تناقص في عدد CFU/ml عزلات بكتريا Staphylococcus aureus وبكترياPseudomonas aeruginosa واوضحت نتائج التحليل الاحصائي باستخدام تحليل التباين واقل فرق معنوي ان هناك فروقات معنوية P.value˂0.001في قيمةCFU/ml بين كثافة الطاقة 20003000,2500, واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 60 و90 ثانية خاصة عند كثافة الطاقة 3000واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 90 ثانية. بعد التشعيع تم اجراء فحص الحساسية للمضادات الحياتية وعوامل الضراوة للعزلات المشععة. تم الاستنتاج ان CO2 ليزر له تاثير قاتل على بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosa دون التاثير على حساسيتهما للمضادات الحياتية وعوامل ضراوتهما الاخرى . | In this study sixty swabs were collected from patients suffering from surgical wound infections, burn infections and bedsore infections during the period from )September 2013 to November 2013( at many hospitals of Baghdad governorate including : Baghdad Teaching Hospital, Al - Shahid Ghazi Al - Harery Hospital for specialist surgeries, Burns Specialist Hospital and Teaching Laboratories Department in Medical City. All swabs were cultured initially on blood agar and MacConkey agar and diagnosed by standard bacteriological procedures. Forty samples out of sixty were identified as 20 isolates of Staphylococcus aureus and 20 isolates of Pseudomonas aeruginosa using morphological, physiological and biochemical diagnosis and confirmed by API staph kit and API 20E respectively. The antibiotic susceptibility test was performed for Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates using disc diffusion test against 12 different antibiotics for both genera. The results illustrate that the resistance rates of Staphylococcus aureus isolates were : 100%(20/20) for methicillin, piperacillin ,ceftriaxone and ceftazidim; 80%(16/20) for tetracyclin; 40%(8/20) for norfloxacin and gentamycin; 35%(7/20) for tobramycin; 30%(6/20) for ciprofloxacin; 15%(3/20) for amikacin and 0%(20/20) for vancomycin and chloramphenicol antibiotics.While the resistance rates of Pseudomonas aeruginosa isolates were : 100% (20\20) for ceftriaxone, cefepime and carbencillin ; 70% (14/20) for amikacin; 65%(13/20) for tobramycin, ceftazidim and gentamycin ; 55%(11/20) for ciprofloxacin and norfloxacin; 50%(10/20) for Piperacillin and Imipenem; 30%(6/20) for aztreonam. All Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates were investigated for detection of some virulence factors and biofilm formation. The results revealed that all Staphylococcus aureus isolates (100%) were coagulase enzymes producer, while (95%) of the isolates were haemolysin, protease, lipase enzymes and biofilm producer. All Pseudomonas aeruginosa isolates (100%) were haemolysin, protease, lipase enzymes and extracellular pigments producer while (95%) of the isolates were biofilm producer. Twelve bacterial isolates, six isolates of Staphylococcus aureus and six isolates of Pseudomonas aeruginosa were selected for CO2 laser irradiation according to the results of antibiotic susceptibility test and virulence factors using output power from 4 - 6W corresponding to power densities (2000, 2500, 3000) W/cm2 with exposure time (60 and 90) second. The results of CO2 laser irradiation illustrated that CO2 laser irradiation lead to a reduction in the mean value of the viable number CFUs/ml of all bacterial isolates and the results of the statistical analysis, by using analysis of variance (ANOVA) one way and least significant differences - LSD, showed that there were high statistical significant differences reached to P ˂0.001 in the mean value of the viable number CFUs/ml between power densities)2000, 2500, 3000(W/cm2 and exposure time 60 and 90 second for all the bacterial isolates that were used in the current study especially at power density 3000 W/cm2 at exposure time 90 second. After irradiation, antibiotic susceptibility test and virulence factors were performed. The current study concludes that CO2 laser has bactericidal effect on Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates without any effect on their antibiotic susceptibility and virulence factors
الصفحات الاولى:

تاثير التطفير الفيزيائي على قابلية بكتريا Staphylococcus aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز واستنساله في بكتريا Escherichia coli Effect of physical mutagenesis on the ability of Staphylococcus aureus in staphylokinase production and its cloning in Escherichia coli

اسم المؤلف: علاء سالم حمزة
اسم المشرف: رياض عبد الحسين دلول حميد مجيد جاسم
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: هدفت الدراسة الى استنسال جين الستافلوكاينيز من بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة محليا في بكتريا Escherichia coli والتحري عن التعبير الجيني في المضيف الجديد فضلا عن دراسة بعض الظروف المثلى المؤثرة في ذلك التعبير . جمعت 200 عينة سريرية من اصابات المجاري البولية والاصابات الجلدية من بعض المستشفيات في محافظة بغداد . وقد تم الحصول من تلك العينات على 54 عزلة بكتيرية وشخصت على انها S.aureus وفقا لخصائصها المظهرية ونتائج الاختبارات الكيموحيوية . وقد تم تاكيد تشخيص تلك العزلات باستخدام نظام Viteck - 2 التشخيصي . تم دراسة قابلية عزلات بكتريا S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز وفعاليته التحليلية على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . وقد اشارت النتائج الى ان جميع العزلات البكتيرية كانت منتجة وبدرجات متفاوتة لانزيم الستافلوكاينيز . وقد تميزت العزلة البكتيرية S.aureus A15 المعزولة من اصابات الجلد بكفائتها العالية في انتاج الانزيم لكون رائق مزرعتها ادى الى تكوين اعلى قطر هالة تحلل مقداره 36 ملم على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . ولاجل تحسين قابلية العزلةA15 S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز ، فقد تم تعريض هذه العزلة للتطفير العشوائي باستخدام الاشعة فوق البنفسجية لحث الطفرات الوراثية التي تحور ايجابيا انتاجيتها من انزيم الستافلوكاينيز . وقد اشارت النتائج الى انه قد تم الحصول على طافرتين بكتيريتين لهذه العزلة ازدادت قابليتهما على انتاج الانزيم على ضوء زيادة قطر منطقة التحلل الى 38 ملم مقارنة بالنوع البري . اجري استنسال جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli JM 109(DE3) وذلك باستخلاص الدنا الجيني اولا من الطافرة S.aureus A15 - M1 بطريقة الغليان ثم الحصول على الدنا بتركيز 50 مايكروغرام / مل وبنقاوة وصلت الى 1,8 . تم بعدها تضخيم جين الستافلوكاينيز باستخدام بادئات نيوكليوتيدية متخصصة لتضخيم اطار القراءة المفتوح (Open reading frame) للجين التركيبي . وقد اشارت نتائج التضخيم الى انه قد تم الحصول على قطعة دنا بحجم 400 زوج قاعدي . تم تحديد التعاقب النيوكليوتيدي لجين الستافلوكاينيز وقد اشارت النتائج الى وجود ثلاث طفرات نقطية (Point mutations) في الجين التركيبي للستافلوكاينز على اساس مقارنة الترتيب النيوكليوتيدي للجين مع الترتيب النيوكليوتيدي لنفس الجين للسلالة القياسية S.aureus المسجلة في قاعدة البيانات BLAST/ NCBI . وقد كانت هذه الطفرات من نوع missens mutations التي لم تؤثر على المجموعة التي ينتمي اليها الحامض الاميني المتغير ولم تؤثر على فعالية الانزيم . وقد اشارت النتائج ايضا الى عدم احتواء التعاقب النيوكليوتيدي للجين على اي موضع حساس لانزيمي التقييد BamHI وXbaI والتي استخدمت فيما بعد لكلونة الجين بالهضم المزدوج بهذين الانزيمين للحصول على قطعة تقييد ذات نهايات لاصقة من نوع BamHI وXbaIالناشئة عن مواضع التقييد الحساسة لهذين الانزمين ضمن التعاقب النيوكليوتيدي للبادئات النبوكليوتيدية المتخصصة المصممة لهذا الغرض (البادىء النيوكليوتيدي الامامي المتضمن موقع تقييد لانزيم BamHI والبادىء النيوكليوتيدي الخلفي المتضمن موضع تقييد لانزيم XbaI) ، ثم لحم قطعة تقييد جين الستافلوكاينيز مع ناقل الكلونة pSP72 المهضوم مسبقا هضما مزدوجا بانزيمي التقييد BamHI وXbaI للحصول على جزيئة ناقل ذات نهايات لاصقة متوافقة مع النهايات اللاصقة لجين الستافلوكاينيز . وبعد اللحم تم اجراء عملية الترحيل الكهربائي للناقل الهجين (جزيئة الناقل الحاوية على جين الستافلوكاينيز) على هلام الاكاروز (1%) . وقد اشارت نتائج الترحيل الكهربائي الى ظهور حزمة دنا تمثل الناقل الهجين بحجم كلي مقداره 2900 زوج قاعدي . وفي الخطوة اللاحقة من تجربة الاستنسال فقد استخدم الناقل الهجين لتحول بكتريا E.coli JM109(DE3) المؤهلة كمضيف جديد امن للجينات الغريبة القادمة من مختلف الكائنات الحية . وقد تم انتقاء المتحولات المرغوبة لبكتريا E.coli الحاوية على الناقل الهجين على وسط البلازما المتصلب بمادة الاكار الحاوي على المضاد الحيوي الامبسيلين بتركيز 50 مايكروغرام/ مل كصفة انتقائية للوسط . وقد اشارت نتائج التحول الى الحصول على خمسة متحولات بكتيرية من بكتريا E.coli JM109(DE3) القادرة على النمو بوجود الامبسيلين والمنتجة لانزيم الستافلوكاينيز المحلل لمادة البلازما في الوسط . وقد كانت درجة التعبير الجيني لجين الستافلوكاينيز في المضيف الجديد مقاربة لدرجة تعبير نفس الجين في المضيف الاصلي S.aureus . درست بعض الظروف المثلى لتعبير جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli المهندسة وراثيا . وقد اشارت النتائج الى ان درجة التعبير الجيني في المضيف الجديد قد ازدادت بتنمية البكتريا في وسط لوريا - بيرتاني المتصلب بمادة الاكار الحاوي على مادة IPTG (كمحفز للتعبير الجيني) بتركيز 100 مايكروغرام / مل . كما درس تاثير درجة الحرارة على فعالية الانزيم واظهرت النتائج ان افضل درجة حرارة لفعالية الانزيم كانت °C 37 لمدة 24 ساعة . | This study was aimed for cloning staphylokinase gene from locally isolated Staphylococcus aureus in Escherichia coli and detection the gene expression in new host in addition to determine some of the optimum conditions for gene expression. A total of 200 clinical samples from urinary tract and skin infections were collected from some hospitals in Baghdad . from these samples,54 bacterial isolate were obtained and identified as S.aureus according to their cultural and morphological characteristics and results of biochemical tests . Identification of these isolates was confirmed by using VITECK - 2 identification system. Ability of S.aureus isolates in staphylokinase production and thrombolytic activity of this enzyme was screened on human plasma agar medium, and it was found that all bacterial isolates were able to produce staphylokinase with variable degrees. Among these isolates S.aureus A15 isolated from skin infection was the most efficient isolate in staphylokinase production because its culture filtrate causing highest zone of hydrolysis (36 mm) on plasma agar medium in comparison with other isolates. In order to enhance the ability of S.aureus A15 in staphylokinase production, this isolate was subjected to random mutagenesis by using UV - irradiation to induce genetic mutations altered positively staphylokinase production by this isolate. Results showed that two mutants of S.aureus A15 obtained after UV - irradiation were increased in its ability in staphylokinase production according to the increase of the diameters of hydrolysis zones to 37 mm and 38 mm in camparison with the wild - type. Cloning of staphylokinase (sak) gene in E.coli JM109 (DE3) was achieved first by extraction of S.aureus A15 - M1 genomic DNA by using boiling method with DNA purity and concentration of 1.8 and 50 μg / ml respectively . Then Sak gene was amplified by using specific primers for gene open reading frame (Structural gene) . Results showed that the amplification product was a fragment of DNA with size of about 400 bp. Amplified sak gene was then sequenced to determine the nucleotide sequence of the gene . Results of sequencing showed that there are three point mutation were occurred in the structural gene of staphylokinase according to base pair alignment with the same gene of S.aureus standard strain recorded in BLAST / NCBI. These mutations are missens mutations doesn’t affect the group of amino acid that was changed then doesn’t affect enzyme activity. Results of sequencing also showed that the complete nucleotide sequence of the gene doesn’t have a restriction site for BamHI and XbaI that were used later for gene cloning by double digestion of the gene with these two enzymes to obtain restriction fragment with sticky ends of BamHI and XbaI that were came from the restriction sites for these two enzymes within the specific primers designed for this purpose (forward primer containing restriction site for BamHI and reverse primer containing restriction site for XbaI). Then the restriction fragment of staphylokinase gene was ligated with pSP72 cloning vector previously double digested with BamHI and XbaI to get vector molecule with sticky ends compatible with the two sticky ends of Sak gene, then recombinant vector was analyzed on agarose gel (1%) . Results of electrophoresis showed that there was a single DNA band represents the recombinant vector with a total size of 2900bp. In the next step of cloning experiment , recombinant pSP72 was used to transform competent E.coli JM 109 (DE3) as a new and safe host for foreign genes came from different organisms . Then positive transformants of E.coli (containing recombinant pSP72) was selected on plasma agar medium containing 50 μg / ml of ampicillin as a selectable marker. Results of transformation showed that there are five transformants of E.coli JM 109 (DE3) were able to grow in presence of ampicillin and producing staphylokinase enzyme that was able to hydrolyse human plasma in the agar medium . The degree of staphylokinase gene expression in the new host (E.coli) was asymbtotic to the degree of expression of the same gene in the original host (S.aureus) . Optimum conditions for staphylokinase gene expression in genetically engineered E.coli was studied under two growth factors . Results of optimization showed that the degree of gene expression in new host was increased when transformant E.coli JM 109 (DE3) was grown in Luria - Bertani agar containing IPTG (as inducer for gene expression) in a concentration of 100 μg / ml and incubated at 37 ⁰C for 24 hours . Effect of incubation temperature on staphylokinase activity produced by genetically engineered E.coli JM 109 (DE3) transformant was studied in range of temperature. Results showed that the optimum temperature for staphylokinase activity was 37 °C , at this temperature the diameter of zone of hydrolysis was 30mm , while the enzyme activity was decreased above and under this temperature .
الصفحات الاولى:

تقدير مستوى انترلوكين - 1 - بيتا وانترلوكين - 6 في مصول وادرار اطفال مصابين بالتهاب الحويض والكليه الحاد Estimation of IL - 1? and IL - 6 in Sera and Urine of Acute Pyelonephritis Patients

اسم المؤلف: علاء لعيبي عبد الله الصرخي
اسم المشرف: انتصار ناظـم خلخال
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2014
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: يعد التهاب الحويض والكلية الحاد من الامراض المعدية الشائعة في الاطفال وقد يؤدي الى تلف الكلى الدائم.صممت هذه الدراسة لغرض قياس مستويات اثنين من الانترلوكينات المهمة خلال الاصابة البكتيرية هما IL - 6 او IL - 1β، لدى الاطفال المصابين بالتهاب الحويض والكلية الحاد ولتحقيق هذا الهدف فقد جمعت (95) عينه ادرار ودم من اطفال باعمار تتراوح من (2شهر - 12عام) يعانون من حمى,حرقة عند التبول, وكثرة التبول (زيادة عدد مرات التبول) في مستشفى ابن البلدي للاطفال ومستشفى حميات للاطفال (بغداد) لمدة خمسة اشهر فضلا عن (20) عينه ادرار ودم لاطفال اصحاء من نفس الفئة العمرية عدت كمجموعة سيطرة. شخص 26 من الاطفال المصابين بالتهاب الحويض والكلية الحاد بواسطة الاعراض السريرية المميزة (حمى,غثيان,قيء, الم في الخاصرة , مع عسر وكثرة التبول) من قبل الاخصائي بالامراض البولية كما تم تاكيد التشخيص بالفحوصات المختبرية المتوفرة فضلا عن اجهزة الكشف بالموجات فوق الصوتية. كانت نتائج النسب المئوية للمظاهر السريرية للمصابين (الحمى,كثرة التبول,الم خاصرة، عسر التبول,والغثيان او القيء (88,4%, 83,3%, 61,5 %, 53,8%, 34,6%) على التوالي.اما نسب الحالات الاخرى (المعقدة) فكانت : 34,4% مع ارتداد مثاني, 23% مع hydronephros،19,2%يعانون من فشل كلوي حاد, 7,6% حصى الكلية 3,6% مع ارتفاع ضغط الدم.اظهرت النتائج ان النسبة المئوية للاطفال المصابين من الذكور (65,38%) اعلى من الاناث (34,62) كما ظهرت فروقات معنوية واضحة بين المصابين من الفئات العمرية المختلفة مقارنة مع بعضها وكذلك مع السيطرة,كذلك ظهرت فروقات معنوية مهمة في اعداد الخلايا القيحية والبكتريا البولية فضلا عن تراكيز البروتين البولي عند مقارنتها بين الفئات العمريه ولدى الجنسين كذلك مع السيطرة.شخصت العوامل المسببة للاصابة باستخدام نظام(Vitek2) وتم تاكيد التشخيص عند زرع الادرار على وسط اكار عالي الدقة والخصوصية باصابات المسالك البولية (HiCrome) تعتمد نتيجة التشخيص على التفاعل اللوني بين انزيمات العزلات البكتيرية المختلفة ومكونات الوسط الزرعي المتخصص هذا. واظهرت النتائج ان النسب المئوية للعزلات البكتيرية كانت كالاتي : (50%, 15,38% ,7,6%, 23,09%) لبكترياEnter.fecalis ,S.aureus ,E.coli, اصابة مختلطة باكثر من جنس بكتيري , فضلا عن الخميرة Candida albecans (3,85%)، كما ازدادت اعداد خلايا الدم البيض لاسيما الخلايا العدلة وعلى مستوى (p<0.05) , وبمستوى (p<0.01) عن بروتين CRPلدى الاطفال المصابين مقارنة مع مجموعة السيطرة، بينما لم تظهر اي فروقات معنوية في مستويات اليوريا والكرياتنين في الدم بين المرضى والسيطرة.قيسـت تراكـيز IL - 1β في الادرار والمصل للاطفال المصابين وكانت معدلاتها (1060,09, 571,84) جزء من الغرام/ مل على التوالي واظهرت فروقا معنوية مهمة عند مقارنتها مع معدلاتها في ادرار ومصول اطفال السيطرة ( 34,5, 45,29) جزء من الغرام/ مل عند مستوى معنوية (p < 0.05).لوحظت فروقات معنوية واضحة عند مقارنة معدلات IL - 6 في الادرار والمصل والتي بلغت ( 109,42, 28,86) جزء من الغرام/ مل مع معدلاتها لدى السيطرة (12,59, 6,93) جزء من الغرام/ مل عند مستوى معنوية ((p< 0.05. | Acute pyelonephritis (APN) is a common infectious disease in children may result in permanent renal damage. This study has been designed for measuring the level of IL - 1β and IL - 6 in pediatric APN during bacterial infection .A total of (95) urine &blood sample have been collected from children 2month - 12 years suffering from fever, dysurea, frequency from Dec.2013 - Apr.2014 at Ibn Al - Blady hospital and Welfare Teaching Hospital/ Medical city in Baghdad. Twenty Sample from healthy individuals of the same age range as control group. Twenty - sex patients of APN were included in the present study, those patients have been diagnosed by urologist, the diagnosis have been confirmed by available investigation methods; laboratory tests and ultrasound. Results of clinical features (fever, frequency, loin pain, dysuria and nausea or vomiting) were 88.4%, 83.3%, 61.5%, 53.8%, 34.6% respectively, Others were presented as complicated cases 34.6% with vesicoureteral reflux, 23.0% with hydronephros, 19.2% with acute renal failure, 7.6% with stone and 2.6% with hypertension. The percentage of infected males 65.38% was higher than females 34.62% and clear significant differences (p < 0.01) were noted between patients of different ages groups .Also important differences (p < 0.01) have been appeared in pyuria nembers and bacteruria as well as in proteinuria concentrations when compared between patients of two genders in different age groups to control group. Vitek 2 system has been used for suspected the identification of APN causative agents , diagnosis that was supported by culturing urine samples on high specialized and accurate medium; HiCrome medium which is specific for UTIs, Identification result depend on coloured reaction between microorganism enzymes and some reagents in that culture medium.Results were as following : 50.0% of E. coli , 15.38% of Staphylococcus. aureus , 7.6% of Enterococcus.faecalis ,and 23.09% of mixed infection (more than one bacterial genus), finally the yeast Candida albicans is 3.85%.No significant differences in urea and creatinine levels in patients sera compared to control while white blood cells specially neutrophiles (p < 0.05) as well as C - Reactive protein (p < 0.01) were significantly higher in patients than control. Level of IL - 1β has been measured in urine and serum of patients, the means 1060.09, 571.84 pg/ml respectively , have been clarified important significant differences p < 0.05 in comparison with their levels in controls 34.05, 45.29 pg/ml . Apparent significant differences p < 0.05 have been showed between IL - 6 concentration in urine and serum of patients ,means were; 109.24, 28.86 pg/ml comparing to control 12.59, 6.93 pg/ml .
الصفحات الاولى:

التوصيف المظهري والوراثي للانزيمات المحورة لمضادات الامينوكلايكوسيدية المنتجة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين Phenotypic and genotypic characterization of aminoglycoside modifying enzymes produced by methecillin resistant Staphylococcus aureus

اسم المؤلف: شيــماء عدنان جبر العبيــــدي
اسم المشرف: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2012
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: • جمعت 150عزلة سريرية من المكورات العنقودية من مستشفيي الحبيبية والنعمان في مدينة بغداد خلال الفترة من شهر كانون الثاني وحتى شهر نيسان لعام 2011 من اصابات سريرية متنوعة. توزعت العينات ما بين 30 عزلة من الادرار, 84 من خمجات جروح و36 عزلة من مسحات الاذن . • شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسطي اكار الماكونكي واكار الدم, تبع ذلك اجراء عدد من الفحوص الشكلية والكيموحيوية, ثم شخصت العزلات بشكل نهائي ودقيق باستخدام اشرطة نظامي api staph وMast staph kit .لقد تم الحصول على 87 عزلة (58%) على انها Staphylococcus .aureus مقابل 63 عزلة (42%) للانواع الاخرى من هذا الجنس. • بينت نتائج الفحص المسحي المظهري الاولي لمقاومة مضاد المثسلين باستخدام طريقة الانتشاربالاكار ان هنالك 84 عزلة من اصل 87 (%96.5) قد اظهرت مقاومتها لمضاد المثسلين لتكون من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين((MRSA مقابل 3عزلات فقط (3.5%) مستجيبة للمثسلين (MSSA).• اجري اختبارفحص الحساسية للمضادات الحيوية بطريقة انتشارالاقراص لجميع عزلات MRSA( ,(84 واستخدم لهذا الغرض ستة مضادات حيوية تعود للمجموعة الامينوكلايكوسيدية . اوضحت النتائج وجوداختلافات واضحة في نمط المقاومة المظهري للعزلات قيد الدراسة اذا اظهرت هذه العزلات مستوى عال من المقاومة لهذه المجموعة مع نسبة وصلت الى ( 19٪ ( للستربتوميسين, 38)٪ (للاميكاسين, ( 52٪ ( للجنتاميسين ، 62٪) للكاناميسين ،و (69٪) لكل من مضادي ا لنيومايسين والتوبراميسين. • استخدمت طريقة التراكيز المتضاعفة المتسلسلة لحساب التركيز المثبط الادنى(MIC) لعزلات ال MRSA) (لعدد من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية . بينت النتائج وجود اختلافات في قيم MIC المحسوبة لعزلات ال MRSA، اذا اظهرت 16 عزلة مقاومتها للستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين (16 - 1024 ميكروغرام / مل ) , و32 عزلة مقاومة للاميكاسين (64 - 128 ميكروغرام/مل ) ، و44 عزلة للجنتاميسين ( 16 - 64 ميكروغرام/مل ) و38 لو 52عزلة للكانامايسين ( 64 - 128مايكروغرام/ مل) , ، و58 للنيوميسين (16 - 1024 ميكروغرام/مل ). ان هذه النتائج تدل على انتشار صفة مقاومة مضادات المجموعة الامينوكلايكوسايدية بين عزلات المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين .• اعتمدت طريقتان لتحضير الدنا القالب لغرض استخدامها في التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا ( PCR) وهما : طريقة الغليان وطريقة المستعمرة المباشر. اظهرت النتيجة ان طريقة المستعمرة المباشرة كان افضل في اظهار النتائج بالمقارنة مع طريقة الغليان.• اختيرت خمسة وعشرون عزلة من بكتريا MRSA التي اعطت نتائج ايجابية في مجال الكشف المظهري لنمط المقاومة لمضاد المثسلين ولمضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية للكشف عن الجين mecA المشفرلمقاومة المثيسلين بوساطة تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا (PCR) . اظهرت نتائج احتواء جميع العزلات (100٪) على جين mecA ,وبلغ حجم القطعة المكثرة 314 زوج قاعدة بمقارنتها بدلائل الدنا الحجمية .• اجري الفحص الوراثي بتقنية ال PCR للكشف عن ثلاث جينات مشفرة للانزيمات المحورة لمضادات المجـــموعة الامــينوكلايكوسيـــدية في عــزلات ال MRSA وشـمـــلت aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa.بينت النتائج ان جين ) ′aac(6’) - Ie+aph(2’ هو الاكثر انتشارا وبنسبة 84٪ (21/25) تلاه جين ant(4’) - Iaو aph(3’) - IIIa بنسبة 76.3٪ (19/25) و44٪ (11/25) على التوالي.• بلغ معدل تواجد aac(6’) - Ie+aph(2’) مع ant(4’) - Ia, مقدار 64٪ (16 / 25) ويمثل اعلى نسبة تواجد في العزلات قيد الدراسة, فيما بلغت نسبة تواجد جيني ant(4’) - Ia وaph(3’) - IIIaمعا 40٪ (10/25) لتحل نسبة تواجد كلا من aac(6’) - Ie+aph(2’) مع aph(3’) - IIIa ثالثا وبمعدل 32٪ (8/25).اما نسبة تواجد هذه الجينات الثلاث معا فقد بلغ 28%(7/21(. • لوحظ ان هنالك ترابط بين الصفة المظهرية لمقاومة المضادرات مع الصفة الوراثية , فقد لوحظ ان العزلات الحاملة لجين aac(6’) - Ie+aph(2’) ذات مقاومة عالية لمضاد الجنتامايسين وايضا مقاومة لاغلب انواع المضادات الامينوكلايكوسيدية الاخرى.بينما كانت العزلات الحاملة للجين ant(4’) - Ia هي عزلات ذات مقاومة عالية لمضادي التوبرامايسين والنيومايسين ,ومن ناحية اخرى كانت العزلات الحاملة للجين aph(3’) - IIIa اظهرت مقاومتها العالية للمضادين الكانامايسين والاميكاسين.• في هذه الدراسة كانتالاربع وعشرين 24 عزلة الحاملة لجين mecA من اصل 25) 96%( كانت على الاقل مترابطة مع احد جينات الانزيمات المحورة AME او اثنان منها او جميعا ,ويعد هذا مؤشرا لوجود ترابط كبير بين مقاومة العزلات لمضادات الامينو كلايكوسايدية وبين مقاومتها للمثسلين في العزلات المحلية .في الوقت نفسة ظهرت ضمن النتائج عزلة MRSA واحدة اتسمت بمقاومتها المظهرية لمضادات هذه المجموعة غير انها خلت من اي جين في الفحص الوراثي مما يدل على امتلاكها نمط اخر من المقاومة تجاه هذة المجموعة . | • A total of 150 Clinical isolates of Staphylococcus species were collected from two hospitals : Al - habibia and Noaman hospitals in Baghdad city during the period from January to April 2011. Types and the numbers of these clinical samples were distributed as (30) isolates from urine, (84) isolates from wound infections and (36) isolates from ear swabs. • The isolates were initially diagnosed by culturing on MacConkey agar and blood agar followed by performing some morphological and biochemical tests . A confirmatory test as final diagnoses were done using api 20 and MAST staph kits. The results have showed that Staphylococcus aureus comprised 87(58%) isolates while other Staphylococcus species represented 63 isolates (42%) .• Results of primary screening test for methicillin resistance using disk diffusion method have revealed that 84 isolates(96.5%) were proved to be methicillin resistant Staphylococcus aureus(MRSA), while only 3 isolates (3.5%)were methicillin sensetive Staphylococcus aureus (MSSA).• Antibiotic susceptibility test for all the 84 MRSA isolates was performed against 6 antibiotic of aminoglycosides group using disc diffusion method. The result have demonstrated clear differences in the phenotypic resistance among isolates of the current study . They showed high - level of resistance to aminoglycosides group, and the percentage of isolates reached to(19%) for streptomycin, (38% ) for amikacin ,(52% ) for gentamicin, (62%) for kanamycin and ( 69%) for each of neomycin and tobramycin . • Two fold was serial dilution agar used to determine the minimum inhibitory concentrations (MIC) for the MRSA isolates against aminoglycosides group. The results have showed that there were differences in the MIC values among MRSA isolates when 16 isolates were resistance streptomycin (MIC ranged 16 - 1024 µg/ ml) , 32 isolates resistance amikacin (64 - 128 µg/ ml), 44 isolates to gentamicin (16 - 64 µg/ ml) , 52 isolates to kanamycin (64 - 128µg /ml), and 58 isolates to neomycin (16 - 1024 µg/ ml). The results indicate the prevalence of aminoglycosides resistance pattern in all the MRSA isolates. • The two different methods boiling method and the direct colony method were used to prepare template DNA in order to be used in the polymerase chain reaction test. The results revealed that the direct colony methode was better in demonstrating the result as comparied with the boiling method . • Twenty five isolates which gave positive results in phenotypic detection for methicillin and aminoglycoside group resistance , were selected to detect mecA gene encoding methicillin resistance using PCR technique.The results showed that all the isolates (100%) harbored merA gene with amplified size 314 bp as compared with DAN ladder . • Genotypic detection was performed to detect three genes encoding aminoglycoside modifying enzymes in MRSA isolates. They were aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa genes.The results showed that aac(6') - Ie - aph(2") gene was the most prevalent Aminoglycoside modifying enzymes (AME) gene when the rate was 84% (21/25) of the resistant isolates followed by ant(4') - Ia and aph(3') - IIIa when the rates were 76.3% (19/25) and 44% (11/25) of these isolates respectively.• The coexistence rate of aac(6') - Ie - aph(2") with ant(4') - Ia was 68% (16/25) which it represents the most predominant rate in the isolates of the current study followed by the coexistence between of ant(4') - Ia with aph(3') - IIIa which was 40% (10/25) and the third rate for aac(6') - Ie - aph(2") with aph(3') - IIIa by 32% (8/25). The coexistence rate of the three genes in all the isolates was 28% (7/25).• The results of the current study showed that there was a correlation between phenotypic and genotypic resistance pattern.The isolates harboring aac(6’) - Ie+aph(2’) gene are considered to be high resistant to gentamicin and even to all aminoglycosides ,while the isolates harboring this gene were highly resistant to tobramycin and neomycin and the isolates carrying aph(3′) - IIIa gene showed the high resistance to amikacin and kanamycin in MRSA. • In this study, the 24 isolates harboring mecA gene out of 25 ( 96%) were carried either one or more than one aminoglycoside modifying gene and this represents an indicator for high correlation between aminoglycoside and methicillin resistance in our local isolates .From the other hand the results showed that there was a MRSA isolates which confer phenotypic resistance to aminoglycoside group but it not encode for any of AME gene ,this may indicate that such isolates confer another type of resistance toward this group
الصفحات الاولى:

دراسة بعض الحالات المناعية والدموية في مرضى بهاق عراقيين Study Some Immunological and Heamatological Status of Iraqi Vitiligo (Bohak) Patients

اسم المؤلف: شذى فارس طارق
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: طالب عبد الله حسين
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: البهاق هو مرض جلدي مكتسب مجهول السبب يتميز بظهور بقع ناقصة الصبغة وهذا يعزى الى فقدان الخلايا الصباغية الجلدية. تشير الدلائل الى ان المناعة الذاتية تلعب دورا في امراضية هذا المرض، لانه من الممكن الكشف عن الاجسام المضادة والخلايا التائية المتكونة ضد الخلايا الصباغية في مرضى البهاق.الدور المحتمل للخلل المناعي في مرض البهاق قد تم اقتراحه لذلك ولاختبار هذه الفرضية تم التحري عن حركيات خلوية معينة (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) ، والكلوبيولينات المناعية ( IgA , IgG , IgM وIgE)، والعد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض ولجميع المشمولين بالدراسة .شملت الدراسة : 60 مريضا (ذكور واناث ) وخلال فترة تراوحت ما بين تشرين الثاني 2014 الى نيسان 2015 وباعمار تراوحت مابين (6 - 55) سنة وكان 30 منهم غير معالجين و30 معالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة مرتين في الاسبوع ولمدة ( 4 - 10 ) اسابيع ومجموعة سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 30 فرد اصحاء ظاهريا.فصل المصل وتم قياس تركيز الحركيات الخلوية (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) والمستوى الكلي للمضاد المناعي نوع IgEفي مصل دم المشتركين باستعمال تقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيمELISA)) بينما استخدمت طريقة الانتشار المناعي الشعاعي المفرد (SRID) في قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية (IgM, IgG and IgA ) وتم قياس العد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض بوساطة جهاز ( Hematology auto analyzer 5 - diff). توصلت هذه الدراسة للنتائج الاتية : 1 - اظهرت الاناث ارتفاعا في نسبة الاصابة بالبهاق مقارنة بالذكور وبنسبة (اناث / ذكور) تساوي 1 : 1.6 مع ذلك لا توجد بينهم فروق معنوية عند مستوى (P > 0.05) .2 - متوسط العمر في مرضى البهاق كان (28.55) سنة وان الفئة العمرية (20 - 11) سنة هي اكثر عرضة للاصابة .كشفت نتائج هذه الدراسة بان 48 (80%) من المرضى كان لديهم ظهور مبكر للبهاق (قبل عمر 30 سنة ) في حين 12(20%) من المرضى كان لديهم ظهور متاخر للبهاق (بعد عمر 30 سنة ).3 - وفيما يتعلق بالانواع السريرية للبهاق اظهرت هذه الدراسة بان الغالبية العظمى من الحالات كانت من النوع المنتشر 40 (%66.67) ومن ثم يتبع بالنوع الموضعي 18(30%) والنوع الشامل 2(3.33%). علاوة على ذلك كان النوع الفرعي السريري الاكثر شيوعا والذي لوحظ في هذه الدراسة هو النوع الشائع 30 (50%) ومن ثم يتبع بالنوع البقعي 12(20%) , النوع الذي يصيب الوجه والاطراف 8 (13.33%) ,النوع المقطعي 4 (6.66%) , النوع المختلط 2(3.33%) والنوع المخاطي 2(3.33%).4 - اظهرت نتائج الدراسة الحالية بان 23 (%38.33) من المرضى كان لديهم تاريخ عائلي بالبهاق . كان التاثير على الاقارب من الدرجة الاولى بنسبة 17(% 28.33) , الاقارب من الدرجة الثانية بنسبة 5 (%8.33) والاقارب من الدرجة الثالثة بنسبة 1 ((%1.67.5 - اظهر معدل المستوى المصلي للبين ابيضاض 17ا في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة 188.62) و174.03 ) بيكو غرام/ مل ارتفاعا معنويا عند مستوى ( (p ≤ 0.05 بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ( 116.07) بيكو غرام/ مل .6 - اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا ارتفاعا معنويا عند مستوى (p ≤ (0.05 عند مقارنة مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (64.68 و61.94) بيكو غرام/ مل على التوالي، مع مجموعة السيطرة (50.64) بيكو غرام/ مل .7 - A/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgG وIgA في مرضى البهاق غير المعالجين (1045.24 و216.40 ±) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ،انخفاضا غير معنوي عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مجموعة السيطرة (1082.02 و239.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي. بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgM (121.85 ) ملغرام/ديسيلتر والكلوبيولين IgE 147.01)) وحدة دولية /مل يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى0.05) <p ( . B/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgMو IgG في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ( 167.69 و1228.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى ((p ≤ 0.05 مقارنة مع كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومجموعة السيطرة ،بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgA (233.84) ملغرام/ديسيلتر يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مرضى البهاق غير المعالجين.8 - اظهر معدل خلايا الدم البيض في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (8.80 و8.51) 103xخلية/مل3 على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى (P ≤ 0.05) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ((7.25 103x خلية/مل3.9 - A / لم يظهر معدل كل من الخلايا العدلة ،اللمفية ، وحيدة النواة ,الحمضة والقعدة في مرضى البهاق غير المعالجين (58.37 , 31.57 , 6.58 , 2.64 و1.04 )% على التوالي ، فروقا معنوية وعند مستوى 0.05) < ( P بالمقارنة مع مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (58.29 , 30.25 , 6.46 , 2.61 و1.03) % على التوالي.B / اظهر معدل كل من الخلايا العدلة, الحمضة والقعدة في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ارتفاعا قليلا ولكن غير معنوي عند مستوى (0.05 <P) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة , ولكن اظهر معدل الخلايا وحيدة النواة انخفاضا غير معنوي , بينما اظهر معدل الخلايا اللمفية انخفاضا معنويا بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. | Vitiligo is an acquired idiopathic skin disorder characterized by depigmented macules due to loss of cutaneous melanocytes. Evidence suggests that autoimmunity plays a role in the pathogenesis of the disease, since antibodies and T cells against melanocytes can be detected in vitiligo patients.A potential role of the immune dysfunction has been suggested in vitiligo so to test this hypothesis, certain cytokines (IL - 17A and TNF - α), immunoglobulins (IgM, IgG, IgA and IgE), total and differential count of WBCs were investigated in all participants.The study included : 60 patients (males and females) during the period from November 2014 to April 2015 with age range between (6 - 55) year; 30 of them were untreated and 30 were treated with Narrow Band Ultraviolet - B twice a week for (4 - 10) weeks with confirmed diagnosis of vitiligo using standard assessment age and gender matched 30 apparently healthy control.Serum was separated and cytokines, total immunoglobulin E (IgE) were detected by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA); while immunoglobulins (IgM, IgG and IgA) were detected by using Single Radial Immunodiffusion (SRID) method. Total and differential counts of White Blood Cells (WBCs) were measured by using Hematology auto analyzer 5 - diff. This study has reached the following results : 1 - Females had shown higher incidence of vitiligo as compared with males with a ratio F/M equals to 1.6 : 1 however there were no significant differences (P > 0.05) between them.2 - The mean age of vitiligo patients was (28.55) year and age group (11 - 20) year was more susceptible to affected. Results of this study revealed that 48 (80%) of patients had early onset vitiligo (before 30 years of age); while 12 (20%) had late onset vitiligo (after 30 years of age).3 - Regarding the clinical types of vitiligo; this study showed that the majority of cases were generalized type 40 (66.67%) followed by localized type 18 (30%) and universal type 2 (3.33%). Furthermore the most common clinical subtype observed in this study was vulgaris vitiligo 30 (50%), followed by focal 12 (20%), acrofacial 8 (13.33%), segmental 4 (6.66%), mixed 2 (3.33%) and mucosal 2 (3.33%).4 - Results of the current study showed that 23 (38.33%) of patients had a positive family history of vitiligo. First - degree relatives were affected in 17 (28.33%), second - degree relatives in 5 (8.33%) and third - degree relatives in 1(1.67%).5 - The mean serum level of IL - 17A in both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (188.62 and 174.03) pg/ml showed a significant increase (p ≤ 0.05) as compared with healthy control (116.07) pg/ml. 6 - The mean serum level of TNF - α showed a significant increased (p ≤ 0.05) when untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (64.68 and 61.94) pg/ml respectively compared with healthy control (50.64) pg/ml.7 - A / The mean serum levels of IgG and IgA in untreated vitiligo patients (1045.24 and 216.40) mg/dl respectively showed non significantly decreased (P<0.05) as compared to healthy control (1082.02 and 239.38) mg/dl respectively, while the mean serum levels of IgM (121.85) mg/dl and IgE (147.01) IU/ml were found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05). B / The mean serum levels of IgM and IgG in NB - UVB treated vitiligo patients (167.69 and 1228.38) mg/dl respectively increased significantly (p ≤ 0.05) as compared to both untreated vitiligo patients and healthy control, while the mean serum level of IgA (233.84 ± 18.88) mg/dl was found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05) as compared to untreated vitiligo patients.8 - The mean value of total WBCs of both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (8.80 and 8.51) x103 cell/ml3 respectively showed a significant increased (P ≤ 0.05) as compared with healthy control (7.25) x103 cell/ml3.9 - A / The means value of neutrophil, lymphocyte, monocyte, eosinophil and basophil in untreated vitiligo patients (58.37, 31.57, 6.58, 2.64 and 1.04) % respectively showed non significant differences (P<0.05) as compared with NB - UVB treated vitiligo patients (58.29, 30.25, 6.46, 2.51 and 1.03) % respectively.B / The means value of neutrophil, eosinophil and basophil in NB - UVB treated vitiligo patients showed slightly but non significant increased as compared with healthy control, but the mean value of monocyte showed non significantly decreased ,while the mean value of lymphocyte showed a significant decreased as compared with healthy control
الصفحات الاولى:

التنميط والتحليل الجزيئي للمكورات العنقودية الذهبية المعزولة من نماذج سريرية Molecular Analysis and Typing of Staphylococcus aureus isolated from clinical samples

اسم المؤلف: سوسن محمد كريم
اسم المشرف: سوسن ساجد محمد علي الجبوري منعم رضوان علي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: • جمعت خلال الدراسة اربعة وثمانون عزلة من بكتريا المكورات العنقودية من عدد من مستشفيات بغداد للفترة الواقعة ما بين تموز - تشرين الثاني عام (2013) موزعة ما بين (43) عزلة من الالتهابات الجلدية , (15) عزلة من التهاب المسالك البولية , (5) عزلات لكل من الدم والتهابات الاذن , (3)عزلات من التهابات الانف ،(2)عزلتين من التهاب العيون وعزلة واحدة من لكل من القشع والسائل المنوي و(9) عزلات اخذت من مواقع بيئية مختلفة للمستشفيات .• تم العزل الاولي لبكتريا المكورات العنقودية الاوساط الزرعية واعتمادا على الصفات المظهرية على الاوساط الزرعية والفحوصات الكيموحيوية فضلا عن التشخيص بنظام (API Staph system) لتكون المحصلة النهائية (74) عزلة تعود لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية .• تم التحري عن المكورات العنقودية المقاومه للمثيسلين بعدة طرق منها الطرق المظهرية وباستخدام طريقة الانتشار بالاكار حيث اظهرت النتائج ان هنالك 55 (74.32%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية مقاومة للمثيسلين في حين بلغ عدد العزلات الحساسة 8(10.82%) وقد لوحظ وجود عدد من العزلات التي ابدت مقاومة متوسطة للمثيسيلين 11 (14.86%) كما واستخدمت طريقتين مختلفتين من الطرق الوراثية للتحري عن مقاومه البكتريا للمثيسيلين . وذلك عن طريق التحري عن المورثات المحفوظة تطوريا (femA) المورث المسؤول عن تاكيد تشخيص النوع اضافة الى التحري عن المورث (mecA) المسؤول عن صفة مقاومة البكتريا للمثسيلين وباستخدام تقنية التفاعل التسلسلي المتضاعف (Polymerase Chain Reaction). قد اعتمدت طريقتان لتحضير دنا القالب، طريقة الغليان وقد اظهرت احتواء74 (100%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية في حين احتوت61 / 74عزلة على المورث (mecA) وبالاعتماد على وجود مورث صفة المقاومة للمثيسلين قد بلغت نسبة المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثسيلين (82.43%) ، كما وبلغ عدد عزلات المكورات العنقودية الحساسة للمثيسلين التي لم تحتوي على مورث (mecA) 13/ 74 (17.57%) . ومن جهة اخرى استخدمت الطريقة المباشرة في تحضير دنا القالب واظهرت النتائج امتلاك فقط 17(22.97%) عزلة على مورث (femA) كما اظهرت 57/74 (77.03%)عدم امتلاكها على المورث، في حين ابدت (7) من العزلات التي ابدت اجابيتها لمورث (femA) امتلاكها على مورث (mecA) ولذلك فان نسبة بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين بلغت (41.17%) في حين المكورات الحساسة للمثيسلين قد بلغت (58.83%). وقد اثبتت طريقة تحضير دنا القالب بالغليان بانها كانت اكثر كفاءة ودقة في الكشف عن المورثات من الطرق الاخرى .• تم استخدام طريقة الانتشارالثنائي في الاكار للكشف عن صفة المظهرية لمقاومة البكتريا تجاه مجموعة الماكروليدات، اللنكوز امايد والستربتوكرامين B وقد اظهرت النتائج (18/74) عزلة تمتلك صفة مقاومة دائمية للارثرومايسين (24.32%) توزعت بين (13/61) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثيسلين (21.13%) و(5/13) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين (38.46%) ، كما واظهرت النتائج وجود (4/74) عزلة تمتلك صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين(6.55%) وكانت كل العزلات مقاومة للمثيسلين واخيرا (29/74) عزلة من العزلات المقاومة والحساسة للمثيسلين ابدت مقاومة متوسطة للاريثرومايسين .• اظهرت النتائج سيادة صفة المقاومة الدائمية للاريثرومايسن بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين بالمقارنة مع العزلات المقاومة للمثيسيلين وكذلك لوحظ وجود صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسن بين عزلات البكتريا السريرية المعزولة من الادرار والدم والافرازات العامة.• استخدمت تقنية PCR للكشف عن وجود مورثات مقاومة الاريثرومايسين (erm A, erm B and erm C) وقد اظهرت النتائج تغلب مورث erm A (7.35%) ووجوده في (5/68) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية والتي تمتلك مختلف اشكال الصفات المظهرية لمقاومة المثيسلين وجميع العزلات كانت مقاومة للمثيسلين. في حين تواجد مورث erm C في (4/68) ونسبة (5.88%) اثنان منها كانت عزلة من الدم والقشع وقد كانتا موجبة في فحص التحري عن مقاومة الاريثرومايسين ، كما واظهرت نتائج فحص PCR عدم امتلاك العزلات على مورث erm B . ايضا كشفت النتائج عن سيادة المورثات erm A وerm C في التشفير لصفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين وانه لا دور يذكر لمورث erm B في مقاومة الاريثرومايسين.• تم التحري بتقنية PCR عن انتشار ووبائية مورث pvl بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين وقد اظهرت النتائج وجوده في(4/61) ونسبة (6.55%) .• تم استخدام طريقة الانتشار بالاكار للتحري عن حساسية البكتريا اتجاه المضادات الحيوية وقد اظهرت النتائج مقاومة العزلات بشكل كامل (100%) لكل من الكلوكساسيلين والاوكساسيلين والسيفيبيم ،ومقاومة عالية اتجاه كل من امبسلين/ كلافيلونك اسد (98.36%) والسيفتازديم (95.2%) . وكانت هنالك مقاومة متوسطة اتجاه التتراسايكلين (31.14%) ومقاومة قليلة اتجاه كل من الازيثرومايسين (24.6%) والفانكومايسين (16.4%) والجنتامايسين (13.11%) والسبروفلوكساسين (13.11%) واقل مقاومة اتجاة الامبنم (6.55%). • استخدمت طريقة UPGMA المتوسط الحسابي Unweighted Pair - Group Method using arithmetic Average لبناء شجرة تطور السللالات Phylogenetic treeوتحديد العلاقة التطورية dendroram واعتمد model Tamura - Nei لقياس المسافة الوراثية بين انواع المكورات العنقودية للتعبير عن مدى تطور تلك المورثات. اظهرت النتائج للتحليل الشجيري وجود 151 عقدة و76 عقدة طرفية . مما يعكس وجود تنوع عالي في نمط المقاومه لفحص الحساسية للمضادات الحيوية بين العزلات المدروسة, وكذلك تنوع واضح وعالي بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة والحساسة للمثيسلين .مما يعكس الطبيعه التطورية لتلك العزلات. • تم اخضاع كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين والحساسة للكشف عن مورث spa بواسطة استعمال بواديء متخصصة لتضخيم المنطقة المتغايرة من المورث وبحجم القطعة المكثره (300bp) وقد اظهرت النتائج (47/74) موجبة لمورث spa حيث كانت المكورات المقاومة للمثيسلين (67.2%) في حين كانت المكورات الحساسة للمثيسلين (46.15%) .• تم اختيار (25) نموذج من نواتج PCR لمورث spa تعود لعزلات ذات مصادر عزل مختلفة وتم ارسالها لغرض تحديد تتابع القواعد النايتروجينية، تم تسجيل كل البيانات التي تم الحصول عليها من تحديد تتابع القواعد النايتروجينه في بنك المورثات العالمي (المركز الوطني لمعلومات التكنلوجيا الحيوية National center for Biotechnology Information ) وكذلك في بنك اليابان ( DNA Data Bank of Japan) وبنك المورثات الاوربي التي تبدا بالتسلسل LC038119 وتنتهي بالتسلسل LC038142 .• اظهرت النتائج ان القطع المكثرة للمناطق المتغايرة كانت مختلفة في الاحجام وتراوحت اطوالها (65 - 335bp) من اصل الجين كذلك اجري تطابق تتابع القواعد النايتروجينة وترجمة البروتين وتحديد العلاقة التطورية وشجيرات تطور السلالات باستعمال (UPGMA) وبرنامج geneious software وقد اظهرت النتائج وجود نوعين من الشجيرات واحدة للتتابعات القصيرة (65 - 190bp) وواحدة للتتابعات الطويلة (190 - 335bp) • تم هظم المورث spa بواسطة انزيمين من الانزيمات القاطعة HinfI وHindIII واظهرت النتائج تنوعا ملحوظا في الطراز الوراثي بين العزلات . | • Eighty four isolates of Staphylococcus spp. were collected from different hospitals in Baghdad province, during the period July 2013 to November 2013, distributed as : 43 isolates from skin infection ; 15 isolates from UTI; 5 isolates from each blood and ear infection; 3 from nasal swab ; two isolate from eye infection ; while one isolate obtained from each sputum and seminal fluid and 9 isolates were taken from various hospitals environments and sites.• For preliminary isolation of Staphylococcus spp. was used culture media, and depending on features on cultures, Biochemical tests and (API Staph system).The final results were (74) isolates belonged to Staphylococcus aureus.• different methods for screening to methicillin resistance S. aureus, it were used phenotypic method (disc diffusion method), the results showed 55(74.32%) MRSA isolates, 8(10.82%) MSSA and 11(14.86%) intermediate resistance to cefoxitin. While in genotypic methods were used PCR technique to detection housekeeping gene (femA) responsible to confirm species and mobile genetic element (mecA) to confirm resistance of isolates to methicillin, PCR technique was done by used two different methods to prepare template DNA.• the results of PCR technique with used template DNA prepared by boiling method have been revealed all S. aureus isolates 74(100%) contained femA gene (100%) while 61/74(82.43%) isolates contained mecA gene (MRSA) and 13/74(17.57%) isolates devoid mecA gene MSSA. On the other hands, The results of PCR technique with used template DNA prepared by direct colony have been revealed only 17(22.97%) isolates contained femA gene and 57(77.03%) isolates was devoid femA gene (77.03%), the positive isolates to femA gene have been revealed contained 7(41.17%) mecA gene while 10(58.83%) isolates devoid mecA gene. So used PCR techniques with template DNA prepared by boiling method was appeared the effective method for screening about MRSA and detection mecA gene reflected on standard methods to confirm S. aureus to be MRSA.• Double diffusion disc was used method to screening about MLSB phenotype and the results showed 18/74(24.32%) S. aureus isolates had constitutive resistance to erythromycin cMLSB phenotype (which is distributed to13/61(21.31%) MRSA and 3/13(38.46%)MSSA, 6/74(9.83%) S. aureus isolates sensitive to erythromycin, all of them was MRSA, 4/74(6.55%) S. aureus isolates had inducible resistance to erythromycin D - shape also all of them was MRSA, 9/74(14.75) S. aureus isolates showed MS phenotype was resistance to erythromycin and sensitive to clindamycin without D - shape and finally 29/74) S. aureus isolates showed intermediate resistance to erythromycin distributed between MRSA and MSSA.• Results showed a higher prevalence of the cMLSB phenotype in the MSSA isolates compared with MRSA isolates, also was observed iMLSB phenotype among clinical samples of S. aureus specially MRSA isolates more frequently in urine, blood and general secretions.• PCR technique was used for screening about ermA, ermB and ermC genes and the results were showed the percentage of ermA gene in S. aureus isolates 5/65(7.35%) with different phenotypic resistance forms to erythromycin all five isolates is MRSA while ermC gene percentage was 4/68(5.88%) S. aureus isolates, two of them showed cMLSB phenotype and harboring with ermA gene and others two isolates recovered from blood and sputum showed inducible MLSB with D - shape phenomenon, none of the S.aureus isolates harboring with ermB gene. The results were also revealed that ermA and ermC predominant erm genes found in S. aureus and the ermC gene the prevalence gene in inducible Macrolides resistant MRSA and no role was found to ermB gene in Macrolides resistant MRSA.• PCR technique was used for screening about prevalence of pvl gene among S. aureus isolates and the results showed 4/61(6.55%) harboring with pvl gene.• Disc diffusion method was used to screening about antibiotics sensitivity and the results showed completely resistance (100%) toward cloxacillin, oxacillin and cefepime while some isolates showed high resistance toward Amoxicillin /Clavulinic acid (98.36%) and Ceftazidime (95.2%). the moderate resistance toward tetracycline (31.14%), the low resistance toward azithromycin (24.6%), vancomycin (16.4%), gentamycin (13.11%), ciprofloxacin (13.11%) and the lowest resistance appeared toward imipenem (6.55%).• unweighted pair group method (UPGMA) was used to build phylogenetic tree and to find dendrogram analysis , Adoption of the Model Tamura - Nei, to measure the genetic distance between the types of Staphylococcus aureus to express the evolution of these genes, the results were showed dendogram and phylogenetic tree have (151) node and (76) tips. also reflected highly diversity resistance antibiogram among isolates and high diversity between MRSA and MSSA isolates still found some similarities in antibiogram pattern. Reflecting the evolutionary nature of these isolates.• all MRSA and MSSA isolates were subjected to screening about spa gene by used specific primers for variable region with PCR product size (300bp), and the results showed (47/74) isolates with positive results and (27/74) with negative results, (67.2%)MRSA isolates showed positive results while(46.15%)MSSA isolates showed positive to spa gene.• the 25 samples of PCR products from spa gene related to different sources of isolation were send for sequencing, then all data obtained from genes sequencing were submitted to gene bank national center for biotechnology information (NCBI), DNA data bank of Japan (DDBJ) and European Bioinformatics Institute (EMBI) under accession number started with (LC038119) and ended with (LC038142). ,The results showed the size of amplified fragments were variable and ranged from (65 - 335bp) in the original gene also pairwise sequence alignment to spa gene fragment, protein translation, Dendogram and phylogenetic tree were built by using (UPGMA) and genetic distance model Tamura - Nei with cost matrix identity (1.0 - 0.0) with geneious software, the results were showed two dendogram and phylogenetic tree first for short sequence (65 - 190bp) have 17 node and 9 tips while second for long sequence (190 - 335bp) have 31 node and 16 tips.• PCR - RFLP for spa gene was done by using two restriction enzyme HindIII and HinfI and the results showed high diversity among MRSA isolates
الصفحات الاولى:

انتاج الليفان من البكتريا المعزولة من تربة الجذور وتقييم العوامل المؤثرة على انتاجه Levan Production by Bacteria Isolated from Rhizosphere Soil and Evaluation of Factors Affecting its Production

اسم المؤلف: سناء بشير كاظم
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: صفاء الدين احمد شنتر القيسي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2016
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تعتبر منطقة التربة المحيطة بالجذور مصدرا مهما للعديد من الاحياء المجهرية مثل الفطريات والبكتريا والبكتريا الخيطية. في الدراسة الحالية، تم عزل البكتريا المنتجة لليفان من التربة المحيطة بالجذور. حيث تم الحصول على 15 عينة من التربة المحيطة بجذور البقوليات ( الباقلاء واللوبيا ) خلال الفترة بين تشرين الاول 2014 الى كانون الثاني 2015، من ثلاث مزارع للبقوليات في ناحية كنعان، محافظة ديالى. تم عزل 52 عزله من بكتريا الجذور (الرايزوسفير) واختبرت لمعرفة قابليتها لانتاج الليفان وذلك بالاعتماد على نمو المستعمرات المخاطية عند تنمية هذه البكتريا على وسط الاكار المغذي الحاوي على السكروز. وقد اظهرت النتائج مقدرة 36 عزلة بكتيرية جذرية على انتاج الليفان من المجموع الكلي للعزلات. شخصت العزلات الاربع الاكثر كفاءة لانتاج الليفان ووصفت بواسطة الفحوصات المظهرية والبايوكيميائية القياسية والاختبارات على المستوى الجزيئي. تم اجراء التشخيص الجزيئي لهذه العزلات الاربعة باستخدام 16S rDNA والتي اظهرت ان طول تسلسل المنطقة كان (946، 1056، 1064و1154) زوجا قاعديا للعزلات (2، 3، 23 و33) على التوالي. ان محاذات التسلسل في بنك الجينات اظهر ان العزلات الاكثر كفاءة كان لديها نسبة عالية من التشابه (98، 96، 98 و99) % على التوالي وتبعا لاقرب جار تطوري لهذه العزلات, تم التعرف عليها تبعا لتتابع جين (16S rRNA) وتبعا للفحوصات الشكلية والكيموحيوية , وشخصت على انها (Brachybacterium phenoliresistens، Elizabethkingia anophelis، Arthrobacter globiformis، Pseudomonas brassicacearum) على التوالي. تم تشخيص الليفان المنتج من هذه العزلات الاربعة باستخدام تقنية TLC والتي اظهرت تكون الليفان من نوع واحد من السكريات الا وهو الفركتوز. وقد تم تشخيص الليفان المنتج بواسطة بكتريا B. phenoliresistens باستخدام تقنيتي FTIR وتقنية الرنين المغناطيسي النووي NMR. تحليل الليفان بواسطة هاتين التقنيتين اثبتت انتاج الليفان بواسطة هذه العزلة. تم دراسة تاثير العوامل الغذائية والفيزيائية على انتاج الليفان بواسطة العزلات الاكفا. كان مصدر الكاربون الامثل لانتاج الليفان بواسطة هذه العزلات هو السكروز، حيث كان انتاج هذه العزلات هو 7.88، 7.94، 7.8 و7.77 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis، A. globiformis ، P. brassicacearum على التوالي. تم استخدام اربع مصادر مختلفة للنايتروجين لمعرفة افضل مصدر نيتروجيني لانتاج الليفان. حيث كان الكازائين هو افضل مصادر النيتروجين لانتاج الليفان حيث كان انتاج هذه العزلات 8.12، 8.2، 8.24 و8.56 غم/لتر للعينات الاربعة على التوالي. تم استخدام تراكيز مختلفة للسكروز لانتاج الليفان حيث كان اعلى انتاج لجميع العزلات عند التركيز 300غم/لتر وكان الانتاج بواسطة هذه العزلات 7.97، 7.94، 8.06 و7.95 غم/لتر على التوالي. تم استخدام قيم pH مختلفة لمعرفة افضل اس هيدروجيني لانتاج الليفان حيث كان افضل اس هيدروجيني هو 7.8 لكل العزلات، وكان الانتاج 7.88، 7.94، 7.8، 7.77 غم/لتر على التوالي. فضلا عن ذلك، تم اختبار عدة ظروف مثل فترة الحضن المثلى، درجة الحرارة، معدل الرج. كانت فترة الحضن المثلى للعزلة E. anophelis 48 ساعة حيث انتجت 8.46غم/لتر، في حين كانت 72 ساعة لباقي العزلات حيث انتجت 8.58، 8.53 و8.7 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens ، A. globiformis وP. brassicacearumعلى التوالي. درجة الحرارة المثلى لانتاج الليفان بواسطة العزلة B. phenoliresistens كانت عند 30 درجة مئوية حيث انتجت 7.87 غم/لتر، وكانت درجة الحرارة المثلى هي 33 درجة مئوية للعزلتين E. anophelis وA. globiformisحيث انتجت عندها 8.04 و8.6 غم/لتر على التوالي. في حين كانت درجة الحرارة المثلى للعزلة P. brassicacearum 40 درجة مئوية وكان انتاجها 8.24 غم/لتر. استخدمت ثلاث معدلات رج لمعرفة افضل معدل رج لانتاج الليفان. تم الحصول على اعلى انتاج لليفان عند معدل رج 150 هزه/دقيقه، حيث كان الانتاج للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis وA. globiformis هو 8.12، 8.54 و8.27 غم/لتر على التوالي. | The Rhizosphere zone is a narrow volume of soil which surrounds the plants roots and influenced by the activity and growth of the root. In the present study, Levan producing bacteria were isolated from rhizosphere soil, fifteen rhizosphere soil samples were obtained from the legumes roots cowpea and broad bean (Vinga unguiculata L. and Vicia faba) during the period from October 2014 to January 2015, which were collected from three legumes farms in Kana’an Village, Diyala Governorate. A total of 52 Rhizobacterial colonies were isolated, purified and screened for their ability to produce levan, depending on growing of mucoid colonies on sucrose nutrient agar. The results showed that thirty six isolates out of the total number of the isolates were identified as levan producers. The most efficient four isolates were identified and characterized according to standard biochemical and Molecular tests. The Molecular identification of these four isolates was carried out by using 16S rDNA, which resulted in sequenced region of 946, 1056, 1064 and 1154 base pair in length respectively. The sequence alignment in the gene bank indicated that the most efficient isolates (2, 3, 23 and 33) have high percentage of similarity (98, 96, 98 and 99 % respectively), in comparison with the retrieved consensus sequences. The closest phylogenetic neighbor for these isolates is predicted according to the 16S rRNA gene sequence, morphological and biochemical tests. These isolates were identified as (Brachybacterium phenoliresistens, Elizabethkingia anophelis, Arthrobacter globiformis and Pseudomonas brassicacearum) respectively. Levan production by these four isolates were characterized by using Thin Layer chromatography (TLC) technique, which revealed that levan is composed of only one sugar which is fructose. Levan produced by B. phenoliresistens was characterized by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy techniques. The instrumental analysis indicated that Levan was produced by the selected isolate. The effect of some nutritional and physical factors were investigated on levan production by the highest four isolates. Sucrose was the best carbon source for levan production in all isolates that gave (7.88, 7.94, 7.8 and 7.77) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively. In addition, four nitrogen sources were used to identify the best nitrogen source for levan production. Casein was the best nitrogen source for all isolates that gave (8.12, 8.20, 8.24 and 8.56) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively,. Moreover, different sucrose concentrations were used to assess the best concentration for levan production. The highest levan yield by all isolates was at the sucrose concentration of 300 g/l, which gave (7.97, 7.94, 8.06 and 7.95) g/l respectively. Different pH values were also used to determine the best pH value for the levan production. The four isolates gave their highest levan production (7.88, 7.94, 7.80 and 7.77) g/l at pH 7.8. Further, conditions were examined like optimal incubation period, temperature and agitation rate. The optimal incubation period was 48 hs for E. anophelis that gave 8.46 g/l and 72 hs for B. phenoliresistens, A. globiformis and P. brassicacearum which gave (8.58, 8.53 and 8.7) g/l respectively. Whereas, the optimal temperature was 30ºC for B. phenoliresistens that produced 7.87 g/l , 33 ºC for E. anophelis and A. globiformis which gave (8.04 and 8.6) g/l, and 40 ºC for P. brassicacearum that gave 8.24 g/l. Three agitation rates were used to identify the best agitation rate for levan production. The highest levan production yield was obtained at 150 rpm by the isolates B. phenoliresistens, E. anophelis and A. globiformis which gave (8.12, 8.54 and 8.27) g/l respectively.
الصفحات الاولى:

دراسة تاثير الغشاء الحيوي المنتج بواسطة Klebsiella pneumonia المعزولة سريريا على بعض جوانب الجهاز المناعي Study the Effects of Biofilm of Klebsiella pneumoniae Isolated Clinically on Some Immune System Aspects

اسم المؤلف: سرى مؤيد عباس العبيدي
اسم المشرف: علي حسين علوان العامري
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تعد بكترياKlebsiella pneumoniae من الممرضات الخطرة التي بامكانها ان تسبب اصابات حادة, شملت الدراسة عزل 50 عزلة من البكتريا من مصادر سريرية مختلفة من مستشفيات مختلفة في مدينة بغداد (مستشفى ابن البلدي, مستشفى الكندي التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب) لغرض دراستها من محاور عدة بعد ان شخصت البكتريا اعتمادا على الطرق التقليدية بالتشخيص من حيث صفاتها الزرعية والكيموحيوية فضلا عن استعمل جهاز vitek2 compact system لتاكيد التشخيص, اظهرت نتائجنا ان عدد ونسبة عزلات بكترياKlebsiella pneumoniae التي تم الحصول عليها وفقا للمصادرالسريرية (الادرار,الدم ,القشع، حروق, مسحة الاذن ، القيح, الجروح والخروج) كانت 22 (44٪)، 11 (22٪)، 4 (8٪),4 (8٪), (3) (6٪)، 3 (6٪)، 2 (4٪) و1 (2٪) على التوالي. المحور الاول ركز على دراسة المقاومة للمضادات المختلفة وتحديد التركيز الادنى للمضادات الحيوية لتثبيط نمو البكتريا, استعملت المضادات الاتية (,amikicin, azteronam cefepime ceftazidime, ciprofloxacin, gentamycin, impenem, meropenem, minocycline, piperacillin, piperacillin/tazobactam, ticracillin, tobaromycin (trimethoprim/ sulfamethoxazole and لوحظ ان المضادات amikicin, impenem meropenem and اكثر فاعلية ضد هذه البكتريا. من جهة اخرى اظهرت العزلات قدرة مختلفة على انتاج الغشاء الحيوي، حيث استخدمت في هذه الدراسة طريقتان لمعرفة قدرة العزلات لتشكيل الغشاء الحيوي، وكالتالي كانت النسبة في طريقة Congo - Red Agar (CRA) 72 % مكونة للغشاء و20 % غير منتجة و8 % غير محددة الانتاجية, في حين طريقة اطباق المعايرة الدقيقة 80 % مكونة و20 % غير قادرة على تكوين الغشاء. العزلات الاقوى لانتاج الغشاء الحيوي اختيرت لمعرفة مقاومتها للمضادين Ciprofloxacin and Meropenem لاجراء مقارنة المضادات بين الخلايا المفردة والخلايا المكونة للغشاء الحيوي, حيث اظهرت النتائج ان المقاومة للمضادات تصبح اكثر بحوالي 10 مرات بالنسبة للخلايا المكونة للغشاء الحيوي مقارنة مع الخلايا المفردة. المحور الثاني تضمن اجراء التجارب المناعية وشملت عملية الطهي وقياس الفاعلية القاتلة وعملية البلعمة, اجريت هذه التجارب على اكفا عزلتين من كل مصدر من ناحية تكوين الغشاء الحيوي والاكثر مقاومة للمضادات الحيوية, من ناحية اخرى عرضت هذه العزلات لمصدر الاشعة فوق البنفسجية بطول موجي 240 نانوميتر ولمدة نصف ساعة وذلك لاجراء مقارنة بين العزلات نفسها قبل وبعد التعرض وتاثير ذلك على استجابة الجهاز المناعي داخل وخارج الجسم الحي. حيث اظهرت التحليلات الاحصائية وجود فروق عند مستوى معنوية (0.001) لعملية الطهي وقياس الفاعلية القاتلة (داخل الجسم الحي) والبلعمة (خارج الجسم الحي) عند المقارنة مابين العزلات قبل وبعد التشعيع ومابين البكتريا في حالة كونها خلايا مفردة وفي حالة تكوينها الغشاء الحيوي, يدلل ذلك ان الجهاز المناعي اكثر فاعلية ضد الخلايا المفردة من الخلايا المكونة للغشاء الحيوي وللعزلات نفسها قبل وبعد التشعيع.اخيرا اجريت دراسة للتحري عن نسبة وجود الجينات التي يعتقد انها مسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي بواساطة جهاز تفاعل البلمرة التسلسلي وكانت النسبة للجين mrkA 92% وللجين mrkD 50% في العزلات الغير مشععة واصبحت النسبة 53% MrkA و23% MrkD للعزلات بعد التشعيع. كخلاصة هذه النتائج تؤيد ان الاستجابة المناعية ضد البكتريا المكونة للاغشية الحيوية هي اقل كفاءة والتي تضمنت في الدراسة عنها للخلايا المفردة ومما يعني نحن بحاجة لاجراء دراسات اخرى تشمل للجوانب المناعية الاخرى المتخصصة في استجابة الجهاز المناعي. | Klebsiella pneumoniae is a dangerous pathogens that can cause severe diseases. This study included the isolation of 50 isolates of bacteria from different clinical sources from different hospitals in Baghdad city (Ibn - albalady hospital, Teaching Al - Kindy hospitals and Teaching laboratory in medical city hospitals through August 2014 to December 2014) for the purpose of examination of several axes after confirmation the diagnosis of bacteria depending on traditional methods of diagnosis in terms of relying on cultural and biochemical characteristics then used vitek2 a compact system. These results showed that the number and percentage of isolate according to the sources (urine, blood, sputum, burns, ear swabs, pus, wounds and stool ) were 22(44%), 11(22%), 4(8%), 4(8%), 3(6%), 3(6%), 2(4%) and 1(2%) respectively. The first axis of this studies focused on the isolates resistance to different antibiotics and determination the minimum inhibitory concentration of antibiotics ( amikicin, azteronam, cefepime, ceftazidime, ciprofloxacin, gentamycin, impenem, meropenem, minocycline, piperacillin, piperacillin/tazobactam, ticracillin, tobaromycin, trimethoprim/ sulfamethoxazole) that inhibits the growth of bacteria, the obtained results showed that the antibiotics amikicin, impenem and meropenem more effective against the isolates. On other hand the isolates showed different ability to produce biofilms, to examine this ability two methods were used (Congo - red agar methods and Tissue culture plate methods), the percentage of isolates formed biofilms in method (CRA) 72% produce biofilm and 20% non productive and 8% non - specific in CRA, while in TCP method 80% composed and 20% are not able to form the membrane. Higher production of biofilms isolates were exposed to Ciprofloxacin and Meropenem to make a comparison the antibiotic resistance between planktonic and biofilms producers isolates, the results showed that resistance to antibiotics became 10 times higher than planktonic. The second axis was the immunological experiment which included opsonization, bactericidal activity and phagosytosis. The strongest isolates that were chosen from each sources depended on biofilms formation, and antibiotic resistance, the same isolates were exposured to radiation by UV light wave length 240nm for 30min to compare between the same isolates after and before radiation to determine the immune response. Statistical analysis showed a significant differences P (0.001) to all immunogical experiments opsonization and bactericidal (preformed in vivo for wild and mutant type) activity phagocytosis (preformed in vitro for bacteria in planktonic and biofilm form). The immune system response was more effective against planktonic than biofilms formation bacteria to phagocytosis and between isolates for bactericidal assay and opsonization after and before radiation. Finally the genetic study used serial polymerase chain reaction to determine the proportion of the presence of genes that are believed to be responsible of biofilm production ratio was mrkA 92% and mrkD 50% of wild isolates that became at ratio 53.8% mrkA and 23% mrkD in isolates after radaiation, as a conclusion these findings support that immune response to bacteria vital constituent of membranes differ from the response in the case of single cells and there is need to make other immunological studies include specialized aspects of the immune system response.
الصفحات الاولى:

تحضير الدقائق النانوية لاوكسيد واوكزالات النحاس ودراسة فعاليتها ضد بكتريا الزوائف الزنجارية والمكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين المعزولة من اصابات الحروق والجروح Preparation of Copper Oxide and Oxalate Nanoparticles and Their Effects Against P.aeruginosa and Methicillin - Resistant S.aureus from Burn and Wound Infections

اسم المؤلف: سرمد فاروق هادي
اسم المشرف: سوزان سعدي حسين الروزنامجي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: جمعت ست وثمانون عينة سريرية (57 من الجروح و29 من الحروق) من مرضى مصابين بانواع مختلفة من الجروح والحروق من ثلاث مستشفيات في مدينة بغداد وهي : مستشفى اليرموك التعليمي ومستشفى بغداد التعليمي ومستشفى الحروق في مدينة الطب خلال الفترة من ايلول الى كانون الاول 2014. العينات المجموعة فحصت باستخدام ملون كرام ثم زرعت على اوساط اكار الدم واكارالماكونكي بالاضافة الى الاوساط التفريقية الانتقائية (وسط اكار السيدوموناس لعزل Pseudomonas aeruginosa ووسط المانيتول الملحي لعزل (Staphylococcus aureusكما اجريت الاختبارات الكيموحيوية التالية : الكاتاليز والاوكسديز والكواوكيوليز واختبار API 20 NE لغرض تشخيص الـ P.aeruginosa بالاضافة الى ذلك، وبالاعتماد على نظام VITEK2 compact تم اجراء الاختبار التاكيدي لتشخيص P.aeruginosa وS.aureus كشف الزرع البكتيري لـ 86 عينة الماخوذة من الجروح والحروق، ان 75 عينة )%87.2 ( وجد فيها نمو بكتيري هوائي (عينات ايجابية)، بينما العينات السلبية كانت (11) ونسبتها 12.8 %. اظهر زرع عينات الحروق والجروح نسبة عالية %)45.3 ( ,34 عزلة من P.aeruginosa وبالتالي اقترح ان يكون هو المسبب المرضي الاكثر شيوعا، بينما S. aureus كانت نسبتها 28.0 % (21 عزلة). تم زرع جميع عزلات S. aureusعلى وسط agar CHROM حيث سجلت 66.6 %منها كانت مقاومة للمثسيلين اي Methicillin Resist Staphylococcus aureus (MRSA) و33.3 % حساسة للمثسيلين ايMethicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) ، نفس النتائج اعلاه تم الحصول عليها باستعمال طريقة Cefoxitin disc diffusion. خضعت 34عزلة عائدة لبكتيريا P.aeruginosa لاختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية قيد الدراسة، واظهرت النتائج ان كل العزلات %100.0كانت مقاومة للمضادات Carbenicillin وDoxycycline في حين اظهرت مقاومة عالية نسبيا للمضادات الاتية Amoxicillin /Clavulanic acid % 85.3% Cefipime , , 82.4 Netilmicin 76.5% واخيرا Azetreonam 61.8% في حين اظهرت مقاومة معتدلة نسبيا لكل من Gentamicin ,35.3% Tobramycin 32.4% واخيرا Ciprofloxacin ,29.4 % بينما اظهرت مقاومة منخفضة نسبيا لمضاد% Imipenem 14.7 . من جهة اخرى, خضعت 21 عزلة عائدة لبكتريا S.aureus لاختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية واظهرت مقاومة عالية نسبيا لكل من Azithromycin ; 76.2% Cefoxitin Clathromycin; 66.7% 62.0% في حين اظهرت مقاومة معتدلة نسبيا لكل من Chloramphenicol ,%47.6 42.9% Ciprofloxacin Doxycycline, 38.0% بينما اظهرت مقاومة منخفضة نسبيا لكل من Gentamycin , 19.0% Tobramycin Vancomycin , 14.3% 9.5% واخيرا Clindamycin . 9.5% تم تحضير دقائق نانوية لاوكسيد النحاس واوكزالات النحاس بنجاح بطريقة كيمياوية مرنة مستندة على التفكك الحراري لمواد اولية من حامض الاوكزاليك. تم تشخيصها باستعمال الطرق التالية : التحليل النمطي من انحراف الاشعة السينية (XRD) ، والمجهر الالكتروني الماسح (SEM) والتحويل الرباعية لامتصاص الاشعة تحت الحمراء(FT - IR) . تم قياس الفعالية المضادة للبكتيريا لاوكسيد النحاس واوكزالات النحاس النانوية المحضرة لكل من P.aeruginosa وMRSA باستعمال طريقة الانتشار في الحفر وطريقة تخفيف المرق. بينت النتائج بان كلا النوعين من الدقائق النانوية لها القدرة على منع نمو عزلات البكتيريا تحت الدراسة. كما تم تحديد التركيز المثبط الادنى MIC والتركيز القاتل الادنى MBC لكلا النوعين من الدقائق النانوية حيث كانت قيم MIC وMBC لاوكسيد النحاس ضد P.aeruginosa في التراكيز 1600 و3200 مايكروغرام/مل على التوالي، في حين كانت قيم MIC وMBC لاوكزالات النحاس في التراكيز 800 و1600 مايكروغرام/ مل على التوالي. اما بالنسبة لـ MRSA فان قيم MIC وMBC للدقائق النانوية لاوكسيد النحاس كانت في التراكيز 800 و1600 مايكروغرام/مل على التوالي، بينما كانت قيم MIC وMBC لاوكزالات النحاس النانوية في التراكيز 200 و400 مايكروغرام/مل على التوالي. | Eighty six clinical samples (57 wounds and 29 burns swabs) were collected from patients with different types of wounds and burns from hospitals in Baghdad City : Al - Yarmuk Teaching Hospital, Baghdad Teaching Hospital and Burn Hospital in Medical City at a period between September to December 2014. The collected samples were examined by Gram stain then cultured on Blood agar and MacConkey agar media, as well as differential selective media including Pseudomonas agar for isolation of Pseudomonas aeruginosa and Mannitol salt agar for isolation of Staphylococcus aureus bacteria. The following biochemical tests were performed : catalase, oxidase, coagulase tests, and API 20 NE in order To diagnose P.aeruginosa. Additional, Confirmatory test was performed by using VITEK2 compact system in order To identify P.aeruginosa and S.aureus. The results of bacterial cultures revealed that out of 86 samples obtained from burns and wounds, 75 samples forming 87.2 % were observed to have an aerobic bacterial growth (positive samples), while negative samples, (11) represented 12.8%. The results of bacterial culture from burn and wound samples revealed high percentage of 45.3% of P.aeruginosa (34 isolates). Hence, it was suggested to be the most common pathogen, while S.aureus represent 28.0% (21 isolates). All isolates of S.aureus were cultured on CHROM agar medium which revealed that 66.6 % of them were Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and 33.3% Methicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA), the same results were obtained by using Cefoxitin Disc Diffusion method. The Antibiotic sensitivity test on thirty four isolates of P.aeruginosa showed that all isolates 100.0% were resistant to Carbenicillin and Doxycycline; relatively high resistance to Amoxicillin/Clavulanic acid, 85.3 %; Cefipime, 82.4 %; Netilmicin, 76.5 % and Azetreonam, 61.8 %. These isolates have relatively moderate resistance to Gentamicin, 35.3%; Tobramycin, 32.4%; Ciprofloxacin, 29.4%, and relatively low resistance to Imipenem, 14.7 %. On the other hand, (21) isolates of S.aureus were tested for antibiotics sensitivity, indicating relatively high resistance to Azithromycin, 76.2%; Cefoxitin, 66.7% and Clathromycin, 62.0%. They also have relatively moderate resistance to Chloramphenicol, 47.6%; Ciprofloxacin, 42.9%, Doxycycline, 38.0% and relatively low resistance to Gentamycin, 19.0%; Tobramycin, 14.3%; Vancomycin, 9.5 % and Clindamycin, 9.5%.Copper oxide and oxalate nanoparticles were prepared successfully via soft chemistry route based on the thermal decomposition of oxalic precursors. They were obtained with a well - controlled morphology and particle size. These nanoparticles were characterized by using : X - ray diffraction (XRD) pattern analysis, Scanning Electron Microscope (SEM) and Fourier Transform Infra - Red spectroscopy (FT - IR). The antibacterial activity of the obtained copper oxide and oxalate nanoparticles against P.aeruginosa and MRSA were estimated by using Well Diffusion and Broth Dilution methods. The results showed that both types of nanoparticles have the ability to inhibit growth of the bacteria under study. The Minimal Inhibitory Concentration (MIC) and Minimal Bactericidal Concentration (MBC) of copper oxide nanoparticles against P.aeruginosa were found to be 1600 and 3200 µg/mL respectively, while for copper oxalate nanoparticles were at concentrations of 800 and 1600 µg/mL respectively. For MRSA, the MIC and MBC values of copper oxide nanoparticles were at concentrations of 800 and 1600 µg/mL respectively, while for copper oxalate nanoparticles were at concentrations of 200 and 400 µg/mL respectively
الصفحات الاولى:

الكشف عن جينات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتريا الكلبسيلا المعزولة من عينات سريرية وبيئية في محافظة ذي - قار Detection of ESBLs in Klebsiella spp. Isolated from Clinical and Environmental Samples at Thi - Qar Province

اسم المؤلف: زينب محمد عيدي اللامي
اسم المشرف: يحيى عبد الرضا عباس
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2016
مكان الجامعة: ذي قار
المستخلص: This study aimed for isolation and identification of Klebsiella spp.from clinical and environmental samples and detection the prevalence of some extended spectrum β - lactamases (ESBLs) genes (bla CTX - M, bla CTXM1) in Klebsiella spp. Samples collected were included clinical samples ( Burns , wounds , urinary tract infections, respiratory tract infections, otitis media and vaginal infections ) and hospitals environments. A total of 554 (468 clinical and 86 environmental samples) during the period from October 2013 to March 2014 were collected. Growth on blood agar, MacConkey agar and E.M.B agar was identified by cultural, morphological and biochemical tests and confermated by API 20 E system which revealed that : 45 ∕ 554 ( 8,1%) gave positive growth for Klebsiella spp. as following : 2 ∕ 48 (4.1 %) fromburns , 7∕ 40 (17.5 %) from wounds, 29 ∕315 ( 9.2%) from urinary tract infections, 4 ∕ 25 (16%) from respiratory tract infections, 3 ∕86 (3,4%) from hospitals environments.All the 45 isolates of Klebsiella spp. were screened for their antibiotic resistance against 15 antibiotics of different classes using Kirby - Bauer disk diffusion method. The results showed that all the tested isolates were resistant to at least 6 antibiotics of which they were tested, hence the isolates were considered to be multidrug resistant.The results showed that all of the isolates were found to be resistant to β - lactam antibiotic (ampicillin and amoxicillin) Disk approximation test and not production of ESBLs by these isolates.Combined disk diffusion method was used for detection of metallo - β - lactamase - producing isolates , it was emplace each of imipenem and antibiotic with and without EDTA on Mueller - Hinton agar , because EDTA working to inhibit of metallo - β - lactamase . The results showed that there was no effect for EDTA on the diameter of inhibition zone in all isolates.All the 45 isolates were submitted to molecular detection of some ESBLs genes (bla CTX - M , bla CTX - M1) using PCR technique. The results showed that only 28 ( 62,2%) isolates were carried ) blaCTX - M or blaCTXM1) and 21 isolates were carried both genes (blaCTX - M and blaCTXM1).
الصفحات الاولى:

تاثير المعززات الحيوية على الفئران المثبطة مناعيا بالبردنيزولون Effect of Probiotics on Prednisolone Immunosuppressed Mice

اسم المؤلف: زينب كاظم عبد
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: امنة نصيف جاسم
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2016
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: اجريت الدراسة لمعرفة دور FOXP3 في الفئران المثبطة مناعيا بالردنيزولون اضافة الى دور المعززات الحيوية في الجهاز المناعي للفئران البيضاء. البردنيزولون هو عقار مثبط مناعيا يستخدم لعلاج حالات الحساسية وامراض المناعة الذاتية. المعززات الحيوية هي كائنات حية تستعمل لتعديل الجهاز المناعي في الانسان والفئران. FOXP3 هو دليل للخلية التائية المنظمة وله دور في الاستجابة المناعية.لذلك استخدمنا في التجربة 30 فار مختبري ابيض ذكر قسمت الى 6 مجاميع كل مجموعة تضم 5 حيوانات والتي جرعت يوميا لمدة 14 يوم : المجموعة 1 : جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالخميرة فقط. المجموعه 2 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام مجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعة 3 : جرعت فمويا ب0.4مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط. المجموعه 4 : جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالبكتريا فقط. المجموعه 5 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعه 6 : جرعت فمويا ب0.6مل من بكتريا Ss والتي تحوي (108×1) خلية\مل وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط . اوضحت نتائج الدراسة الحالية ارتفاع معنوي في العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء(10000.0 ± 275.4) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(7000 ± 145.07), واظهر العد التفريقي لها انخفاض معنوي في الخلايا اللمفية(23.0 ± 1.51) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((30.0 ± 1.65 وارتفاع معنوي في الخلايا العدلة(75.00 ± 3.59)مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (65.00 ± 2.31) وانخفاض معنوي في الخلايا الوحيدة(( 1.0 ± 0.06مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ±0.06) 3.0) وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة , حصل انخفاض معنوي في عملية البلعمه(15.0 ± 0.82) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(20.0 ± 1.4), وارتفاع غير معنوي في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة(40.0 ± 2.03) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (36.0 ± 1.1), وزيادة غير معنوية في تركيز خضاب الدم(13.3 ± 0.76) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((11.6 ± (0.54 وكذلك زيادة غير معنوية في الوزن الكلي للحيوانات المعامله بالعقار فقط (31.0 ± 1.2) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(30.0 ± 1.1) .واظهرت نتائج التجريع بالمعززات الحيوية (الخميرة والبكتريا) ارتفاع العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء ,واظهر العد التفريقي لها ارتفاع الخلايا اللمفية والوحيدة وانخفاض الخلايا العدلة وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة ,كذلك حصل ارتفاع في عملية البلعمة وارتفاع بسيط في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة . بينت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية في المجموعه المعاملة بالعقار فقط حصول فقدان بالشكل العام للعضو وعدم ظهور الحويصلات اللمفاوية وحصول تنخر في الطحال .واوضحت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجموعه المعامله بالمعززات الحيوية احتفاظ العضو بالشكل العام وحصول ارتشاح للخلايا اللمفية وتحفيز الحويصلات المفاوية داخل العضو.كما اظهرت نتائج التجريع الفموي للمعززات الحيوية بعد وقبل ومع حقن الدواء حدوث حالة تحسسن بالمؤشرات المناعية وكذلك حدوث حالة تحسن وتنشيط مناعي للحويصلات اللمفاوية للطحال والعقدة اللمفاوية. واظهرت نتائج الفحص النسيجي الكيميائي المناعي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجاميع المجرعه بالمعززات الحيوية والعقار ان لها نفس التعبير لل.FOXP3 اعتمادا على نتائج التجربة الحالية نستنتج ان المعززات الحيوية (الخميرة والبكتيريا) تمتلك قابلية على تعديل وتحسين تاثيرات العقار الجانبية على الاعظاء والمؤشرات المناعية وكذلك لها نفس التعبير لل.FOXP3 | Study have been done to see the role of FOXP3 in immunosuppressed mice using prednisolone in addition to the role of probiotic on immune system of albino mice. Prednisolone is immunosuppressive drug used to treat several allergic and autoimmune conditions. Probiotic is a live microorganisms used to modulate human and mice immune system.FOXP3 is Treg marker and have a role in immune system responses. Therefore we took 30 male albino mice were divided into 6 groups (five mice in each group) and treated daily for 14 days : Group 1 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days then injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 14 days. Group 2 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14days. Group 3 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days.Group 4 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days then injected intraperitoneally with(0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 14 days. Group 5 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days. Group 6 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days. Mice treated with prednisolone drug showed a significant increase in total leukocytes count (10000±275.4)cells\1ml.blood as compared with negative control (7000±45.07)cells\1ml.blood, and differential count of leukocytes showed non - significant decrease in lymphocytes(23.0±1.51)cells\1ml.blood as compared with negative control (30.0 ±1.65)cells\1ml.blood, a significant increase in neutrophils(75.00±3.59) as compared with negative control(65.00 ± 2.31), a significant decrease in monocytes (1.0±0.06)cells\1ml.blood as compared with negative control(3.0 ± 0.06)cells\1ml.blood and have no effect on basophils and eosinphils, a significant decreased in phagocytosis(15.0 ± 0.82) as compared with negative control (20.0 ±1.4) , no significant increased Pcv (40.0±2.03) as compared with negative control (36.0±1.1) ,no significant increased Hb (13.3±0.76) as compared with negative control(11.6 ± 0.54) , and no significant increase in total body weight (31.0 ± 1.2)g as compared with negative control (30.0 ±1.1)g. The result of group treated with probiotic show a significant increase in total leukocytes, lymphocytes count, phagocytosis and Hb & Pcv as compared with control group administrated by normal saline only. The histological sections of spleen and lymph node which was treated with prednisolone drug revealed lose the architecture, no lymphoid follicles and necrosis. While the section of spleen and lymph node treated with probiotic showed preservation architecture which contain lymphoid follicles and hyperplasia of lymphocytes. The result of groups treated with probiotic pre, post, together with prednisolone drug showed normalized the immunological and histological parameters to the normal condition as compared with group treated with prednisolone only. The immunohistochemical section for spleen and lymph node show the same expression of FOXP3 in mice treated with probiotic (yeast & bacteria) and prednisolone drug. According to the results obtained from this study it is concluded that probiotic (yeast and bacteria) have immunomodulatory effect against prednisolone in immune system of male albino mice and have the same expression of FOXP3
الصفحات الاولى:

استخلاص ، تنقية وتوصيف انزيم اللكنين بيروكسيديز المنتج من العزلة الفطرية المحلية Aspergillus terreus Extraction, purification and characterization of lignin peroxidase enzyme produced from local fungal isolate Aspergillus terreus

اسم المؤلف: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: ندى صباح رزوقي غازي منعم عزيز
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تم عزل وتشخيص 18 عزلة فطرية محلية من 75 عينة روث خيول جمعت من نادي الجادرية ونادي العامرية للفروسية في بغداد خلال 8 اشهر للفترة من تموز 2013 الى اذار 2014 . سجلت العزلة A. niger اعلى نسبة ظهور بين العزلات واعلى تكرار % 80 %9.8, على التوالي تبعتها العزلة A.fumigatus (%9.8 , % 48) ثم العزلة A.terreus (% 8.2 , % 46.66) ، بينما سجلت العزلة Absidia cerymbifera اقل ظهور واقل تكرار(%3.28 , % 5.33) تبعتها العزلة Syncephalstrum racemosum ( % 2.67 و( %1.64 على التوالي. اختيرت العزلة A.terreus SG777 كافضل عزلة لانتاج هذه الانزيمات اذ سجلت اعلى فاعلية نوعية لانتاج الانزيمات المحللة للكنين ( لكنين بيروكسيديز 11.828 ، منغنيز بيروكسيديز1.131 واللاكيز 0.527) وحدة /ملغم . ثبتت الظروف المثلى لانتاج الانزيمات المحللة لللكنين من العزلة الفطرية A. terreus SG 777 باستخدام تخمرات الحالة الصلبة ( سيقان الموز كمادة اساس ، فترة الحضن 8 ايام ،حجم اللقاح1 × 105 بوغ / مل ، برقم هيدروجيني 4.5 وبدرجة حرارة 35م°). رسب انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع %80 ثم ازيل الملح من الانزيم المنتج من عفن777 Aspergillus terreus SG باستخدام طريقة النضح الغشائيDialysis تجاه المحلول الدارئ (Tris buffer) ونقي جزئيا بواسطة كروماتوغرافيا التبادل الايونيIon exchange chromatography باستخدام المبادل الايوني DEAE - cellulose بعدد مرات للتنقية بلغ 5.4 مرة وبحصيلة انزيمية مقدارها %13.7اظهر الانزيم اعلى فغالية وثباتية عند الرقم الهيدروجيني 3.0 ,في حين اقصى فاعلية للانزيم ظهرت عند درجة حرارة 40 م° مع احتفاظ الانزيم بفاعليته عند درجات حرارة تراوحت بين 25) - 35 ) م°. درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة عدة صبغات واظهرت النتائج اعلى نسبة ازالة ( 83.61 %) للانزيم تجاه صبغة الكونغو الحمراء باستخدام 65.51 وحدة / مل منه وبفترة حضن 4 ساعات وتبعتها صبغة المثيلين الزرقاء بنسية تحطيم %58.6 ثم صبغة المثيل الحمراء بنسبة ازالة بلغت % 49.9.بينما سجلت الصبغات الملاكايت الخضراء ، الالورا الحمراء والتارترازين % 24.87 ,% 28.8 , %26 على التوالي كادنى نسبة تحطيم بوساطة الانزيم قيد الدراسة . درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة المركبات الحلقية المتعددة التي تم الكشف عنها وذلك لمقارنة فاعلية الانزيم مع نتائج المعالجات في مصفى الدورة والتي تضمنت (المعالجة الميكانيكية، المعالجة الكيميوفيزيائية والمعالجة البايولوجية ) . اظهرت النتائج ازالة 97.54 % للمركب Di benzo (a ,h) anthrancene باستخدام 65.51 وحدة / مل من الانزيم قيد الدراسة وبفترة حضن 4 ساعات وبدرجة حرارة 40 م° في حين بلغت نسبة الازالة بوساطة معالجات المصفى % 54.37 كما بلغت نسبة الازالة لكل من Floureneو anthrancene قد بلغت % 95.98 و% 83.51 على التوالي مقارنة بنسبة الازالة %84.51 , % 46.83 بوساطة معالجات المصفى . قيد انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام %2 وزن / حجم من الجينات الصوديوم و200 ملي مولار و50 من مل كلوريد الكالسيوم . بينت النتائج ان % 99 من فاعلية الانزيم الحر تم تقييدها .اجريت عملية خزن انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر لمدة اربعة اسابيع عند درجة حرارة 4 م° لمعرفة مدى احتفاظ الانزيم المقيد بفاعليته الانزيمية مقارنة بالانزيم الحر، اذ لوحظ ان الانزيم المقيد قد احتفظ % 88.29 من فاعليته الاصلية بينما احتفظ الانزيم الحر حوالي 66. 02 % من فاعليته الاصلية. استخدم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر في تحطيم صبغة المثيلين الزرقاء ، اذ اظهرت النتائج ان نسبة التحطيم بالانزيم المقيد بلغت حوالي % 40.1 لفترة حضن 4 ساعات بينما بلغت نسبة تحطيم الصبغة حوالي % 25.79 باستخدام الانزيم الحر وبنفس فترة الحضن .حطم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد حوالي% 57.89 من صبغة الكونغو الحمراء عند استخدامه لاول مرة ، وانخفضت قابلية الانزيم المقيد على تحطيم الصبغة الى 16.11% عند استعماله للمرة الرابعة. | Eighteen local isolates were collected from seventy five horse manure samples taken from horses in the Equestrian Club in Jadriya and Al - Amrya / Baghdad that were investigated during the 8 months; the period isolation was started from July 2013 to march 2014. Aspergillus niger was the highest occurrence and frequency (80% and 9.8 %) respectively, followed by A . fumigatus (48 % and 9.8 %) and A. terreus (46.66 % and 8.2 % ) occurrence and frequency respectively , whereas Syncephalstrum racemosum (2.67 % and 1.64%) respectively . The isolate A. terreus had the higher specific activity of ligninolytic enzymes (lignin peroxidase 11.828, manganese peroxidase 1.13 and laccase 0.53) U/mg. The optimum conditions of ligninolytic enzymes produced from A. terreus SG777 were estimated using solid state fermentation : banana stalks as a substrate, period incubation 8 days, moisture level 1 : 5 w/v inoculum size 1x105 spores /ml, pH 4.5 and temperature 35 °C. Lignin peroxidase produced from A. terreus SG777 precipitated with 80% ammonium sulfate saturation then desalting by dialysis against Tris buffer solution and partially purified by ion exchange chromatography using DEAE - cellulose. The specific activity reached 56.67U/mg with purification fold was 5.4 times and 13.7% recovery. The optimum pH for activity and stability was 3. The maximum activity was observed at 40°C and the enzyme maintained the activity when it was incubated at 25 - 35˚C. Lignin peroxidase removal the dyes during 4hr. Congo red was decolorized to the maximum extent of 83.61% in 4 hr by 65. 51 U/ml of the pure lignin peroxidase, methylene blue decolorized 58.6% and methyl red azo dye was decolorized to the extent of 49.9% ,while Malachite green triarylmethane dye, allura red and tartarazine showed minimum extent decolorized 26, 28.8 and 24.87% respectively. Degradation of poly aromatic hydrocarbons when incubated with 65.51 U/ml lignin peroxidase at 40 °C for 4 hr compared with the Refinery treatment . Results showed (97.54%) removal efficiency of Di benzo (a ,h) anthrancene by lignin peroxidase, while only 54.37% was treated by Refinery treatment. Flourene and anthrancene degradation 95.98% and 83.51% respectively, while the flourene and anthrancene degradation treated by Refinery treatment only 84.51% and 46.83% respectively. Lignin peroxidase immobilization by 2% (w/v) sodium alginate and 200 mM of calcium chloride. Results showed that 99 % from free lignin peroxidase was immobilized. The stability of immobilized and free Lip enzyme was studied during four weeks; remaining activity for immobilized Lip was 88.29 % from its original activity 76 U/ml during four weeks while free Lip remaining activity was 66. 02 % from its original activity (76.04 U/ml). Methylene blue dye degraded about 40.1% by immobilized Lip during four hr compared with free Lip which has removal only 25.79% from dye concentration. The immobilization lignin peroxidase removal 57.89 % from congo red in first use and then the immobilized lignin peroxidase ability reduced to 16.11% dye removal after four uses.
الصفحات الاولى:

الكشف الجزيئي والبكتريولوجي لبكتريا Group B Streptococci (GBS) المحلية في بعض النساء العراقيات الحوامل

اسم المؤلف: زينب عدي حامد
اسم المشرف: نهاية حكمت زكي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2014
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: • تم جمع مائة وتسعة وثمانين مسحة مهبلية من النساء الحوامل من مستشفى ابن البلدي ومختبر الصحة المركزي ومستشفى كمال السامرائي. حيث تم الحصول على ستة واربعين عزلة من بكتريا Streptococcus agalactiae خلال الفترة من شهر تشرين الاول 2013 الى شهر شباط 2014.• كانت الفئة العمرية للنساء المصابة ببكتريا S. agalactiae تتراوح بين (35 - 37) سنة حيث كانت نسبة الاصابة تصل الى 76.08%.• تم تشخيص جميع العينات مبدئيا بواسطة الطرق المظهرية من خلال الاوساط الزرعية blood agar وchromogenic agar واجري تاكيد التشخيص بواسطة VITEK SYSTEM 2 Identification وكذلك تم تشخيصها بالطريقة الجزيئية PCR للكشف عن جين 16S rRNA.• اجريت دراسة تحليلية مقارنة بين الطرق الثلاثة المظهرية والطريقة الجزيئية المستخدمة في الكشف عن البكتريا، وكانت طريقة التفاعل التضاعفي) (PCR افضل وسيلة للكشف عن S. agalactiae حيث تم تشخيص 46 عينة بواسطته بينما تم الكشف عن 30، 36، 37 عينة من قبل blood agar وchromogenic agar وsystem 2 VITEK على التوالي.• اجري فحص VITEK Antibiotic Sensitivity Test للكشف عن حساسية البكتريا للمضادات الحيوية المختلفة لجميع العزلات المشخصة، وكان اعلى معدل انتشار مقاومة لمضاد tetracycline بنسبة 65.2% وتليها 58.6% و45.6% لمضاداتerythromycin وclindamycin على التوالي.• تم فحص ثلاثة من الجينات التي تشفر لعوامل الفوعمة (sip، scpB، cfb) في جميع العزلات المشخصة، وكانت نسبة 97.8% من اجمالي العزلات تحتوي على الجينات الثلاثة المذكورة.• تم الكشف عن خمسة جينات لمقاومة مضادات Macrolide وكان معدل المقاومة 69.5% من اجمالي العزلات.• تم التحري عن جينات مقاومة لمثيلة الرايبوسوم (ermB، ermA\TR، ermC) في جميع العزلات المشخصة وكان جين ermB الاكثر وفرة بين العزلات بنسبة 64.04% ثم يليه جين ermA\TR بنسبة 23.09% وعلى الرغم من تغيير الظروف المستخدمة في تقنية التفاعل السلسلي للبوليميريز PCR)) لكن هذه الدراسة فشلت في تحديد جين مثيلة الرايبوسوم (ermC) • بينت نتائج التحري عن اثنين من الجينات المشفرة لنظام الدفق efflux pumps وهي (mefA، mreA) ان معدل انتشار الجينين بين العزلات هو 8.69% و69.5% على التوالي.• اظهرت نتائج الدراسة ان 14(% 30.4) من اجمالي العزلات لا يمتلك اي جين من جينات مقاومة الاريثرومايسين الخمسة.• بينت نتائج الدراسة ان عزلة واحدة من بكتريا S. agalactiae رقم) (V12 حاملة لاربعة انواع من جينات مقاومة الاريثرومايسين عدا الجين (ermC). | • One hundred and eighty nine vaginal swabs were collected from Ibn - Albalady Hospital, Central health Laboratory and Kammal Alsamaraie Hospital. Forty - six Streptococcus agalactiae isolates were obtained during October 2013 to February 2014.• The isolates were initially identified phenotypically by blood agar culture media and chromogenic culture media and further identification was performed by Vitek and by molecular methods by 16srRNA - based PCR. • A comparative analysis were performed between three phenotypic detection methods and molecular method by PCR were best tool for S. agalactiae detection which 46 isolates were identified while 37, 36, 30 isolates were detected by Vitek system, chromogenic agar and blood agar respectively.• Vitek Antibiotic susceptibility for different antibiotics were performed to all detected isolates, the highest prevalence of resistance was 65.2% toward tetracycline and followed by 58.6% and 45.6% for erythromycin and clindamycin respectively.• Three virulence - encoding genes (sip, scpB and cfb) were screened in all detected isolates, 97.8% of total isolates were contain the three mentioned genes.• Five macrolide resistance genes were screened and the resistant rate in total isolates was 69.5%.• Three ribosome methylation genes (ermB, ermA/TR, ermC) were screened in all examined isolates; the most prevalence gene was ermB with 63.04%, whereas 23.9% was the prevalence of ermA\TR gene and ermC not detected in any of examined isolates.• Two efflux pump genes (mefA and mreA) were screened and the prevalence rate was 8.69% and 69.5% respectively
الصفحات الاولى:

جينات تحسس الزحام وعلاقتها مع بعض عوامل الضراوه في بكتريا الزوائف الزنجاريه Correlation of Quorum Sensing Genes with Some Virulence Factors in Pseudomonas aeruginosa

اسم المؤلف: دعاء كاظم منصورالموسوي
الجامعة: جامعة بغداد
اسم المشرف: منعم رضوان علي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2014
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: جمعت 60 عزله من البكتريا السالبه لصبغه كرام مشخصه مبدئيا بانها بكتريا الزوائف الزنجاريه من عده مستشفيات في بغداد ومنها مستشفى ابن البلدي ومستشفى الحروق ومستشفى بغداد التعليمي وكذلك من المختبرات التعليميه في مدينه الطب خلال الفتره من بدايه شهر ايلول لغايه نهايه شهر كانون الاول لسنه 2013 تضمنت هذه العزلات22 عزله من خمجات الحروق و18 عزله من خمجات الجروح و9عزلات من عينات القشع لمرضى مصابين باصابات الجهاز التنفسي و6 عزلات من الدم وعزلتين من خمجات المجاري البوليه و3عزلات من مسحات الاذن. شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسط الماكونكي الصلب ووسط الدم الصلب وكذلك وسط السيدوموناس الصلب بعد ذلك تم اجراء بعض الفحوصات البايوكيميائيه مثل فحص الكاتليز والاوكسيديز تبع ذلك تشخيص العزلات جينيا باستخدام تفاعل البلمره التسلسلي باعتماد جين .rpsL اكدت النتائج ان جميع العزلات قيد الدراسه هي بكتريا الزوائف الزنجاريه . خضعت 60 عزله عائده لبكتريا الزوائف الزنجاريه لاختبارفحص الحساسيه تجاه 12 مضادا حيويا بطريقه الانتشار واظهرت النتائج وجود مقاومه عاليه بين عزلات الدراسه لـــمضادات Tetracycline (100%) ,Ceftazidime (100%) ,Cefoxitin (100%) , Ceftriaxone (85 %) , Cefepeme (83.3%), Amoxillin/Clavulanic acid (81.6 %),Chloramphenicol (78.3 %) وانها كانت ذات مقاومه متوسطه لمضاد51.6%) Pipracillin ) وذات مقاومه واطئه لمضادات Tobramycin(33.3%), Norfloxacin (31.6%), Azithromycin (31.6%),Ciprofloxacin (28.3%). اختبرت قابليه العزلات على انتاج الغشاء الحيوي باستخدام طريقه احمر - الكونغو وطريقه اطباق المعايره الدقيقه وتم قياس قيم الكثافه الضوئيه باستخدام قارىء منظومة الاليزا, اظهرت النتائج ان طريقه اطباق المعايره الدقيقه اكثر كفاءه وحساسيه من طريقه احمر الكونغو للكشف عن الغشاء الحيوي اذ اظهرت نتائجها ان 4 عزلات فقط غير منتجه للغشاء الحيوي اما العزلات الاخرى فقد كانت منتجه بدرجات متفاوته . اظهرت نتائج التحري عن جينات تحسس الزحام باستخدام تقنيه تفاعل البلمره التسلسلي المتعدد وباستخدام بادئات خاصه بتسلسلات معينه لجينات الكوارم اظهرت النتائج ان 81,6% من هذه العزلات تمتلك واحد او اكثر من هذه الجينات بينما كانت 18.4% من هذه العزلات لا تمتلك الجينات اعلاه . تقنيه تفاعل البلمره التسلسلي استخدمت في التحري عن خمس من جينات عوامل الضراوه العائده لبكتريا الزوائف الزنجاريه وهي ((exoU,proteaseIV,exoS,pilB,plcH, اظهرت النتائج وجود هذه الجينات بنسبة (0% , 21.6 % ,26.6 % , 46.6% ,53.3% ) تباعا وكانت هذه العزلات تمتلك exoU وبعظها exoS وعلى اساسها صنفت العزلات على انها اما سامه او ضاريه . بينت الدراسة ان هناك بعض الطفرات قد حدثت في تسلسل القواعد النتروجينية للعزلات قيد الدراسة وكانت من نوع طفرات الاستبدال والادخال, كذلك تبين من مطابقة تسلسل القواعد النتروجينية المترجم مع تسلسل الاحماض الامينية الاصلي للجين لم يكن للطفرات تاثير على ناتج الترجمة . | A total of (60) clinical isolates of gram negative bacteria primary identified as Pseudomonas aeruginosa were obtained from different teaching hospitals in Baghdad ; Ibn - El Balady , Baghdad teaching hospital , Burn hospital and Teaching laboratory in Medical city. During the period between July 2013 till December 2013. The source of these isolates were as follows : (22) isolates collected from burn infections ,(18) isolates from wound infections, (9) isolates from sputum taken from patients suffering from respiratory tract infection,(6) isolates from blood,(2) isolates from urinary tract infections(UTI), and the last (3) isolates from ear swab. The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar,Blood agar, Pseudomonas agar then diagnosed by performing some biochemical tests (catalase and oxidase) followed by Genotypic diagnoses by PCR Which was performed by housekeeping gene (rpsL gene). The results confirm that all the 60 isolates were P.aeruginosa. Sixty P.aeruginosa isolates were tested for 12 antibiotics by using agar diffusion method , the results showed high resistance against Tetracycline 100%, Ceftazidime100%,Cefoxitin100%,Ceftriaxone85%,Cefepime,83.3%,Amoxicillin/Clavulanic acid 81.6%, and Chloramphinicol 78.3% moderate resistance against ,Pipracillin 51.6% , and low resistance against Tobramycin 33.3% , Norfloxacin 31.6%,Azithromycin 31.6% and Ciprofloxacin 28.3%. The ability of the isolates to produce biofilm were tested using congo red plate method and Tissue culture plate method(TCP). Results showed that TCP method is a more quantitative and reliable method for the detection of biofilm this method show that 6.6% isolates were not biofilm producers while other isolates produce it in different degrees . Multiplex polymerase chain reaction (PCR) technique was performed using specific primers targeting the specific sequences of Quorum sensing genes (lasR,lasI , rhlR,rhlI) .The results showed that 81.6% positive for one or more QS genes while only 18.3% were negative for all these genes. Polymerase chain reaction (PCR) technique was used to screened five virulence factors (exoU,proteaseIV,exoS, PilB , PlcH) results showed percentage were (53.3% , 46.6% , 26,6 % , 21,6 % , 0% ,) positive isolates respectively and these isolates contain either exoU or exoS and according to this have been classified into cytotoxic and invasive. Determination of nucleotides sequence for QS genes was revealed there was some mutations occurred which included substitution and insertion. From the other side results of identities of translated - nucleotides sequence with original sequence of amino acids revealed that there were no effect of mutations on translation product.
الصفحات الاولى:

تاثـير الاس الهيـدروجيني على التركيز المثبط الادنى للمضادات الحيوية ضد Escherichia coli Effect of pH on minimum inhibitory concentration of antibiotics against Escherichia coli

اسم المؤلف: داليا سـلمان عــبد ســبع
اسم المشرف: محمد فخري احمد مروان صالح محمد النمر
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2011
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تهدف هذه الدراسة الى معرفة تاثير الاس الهيدروجيني وتاثير تحمل الجهد على بكتريا الايشريشيا القولونية ( Escherichia coli ) بوجود وبغياب مجموعة من المضادات الميكروبية .امكن الحصول على ( 10) عزلات من بكتريا الايشريشيا القولونية ، من عينات الادرار والخروج لمرضى ارتادوا وحدة المايكروبايولوجي للعناية الطبية في مستشفى اليرموك التعليمي وشخصت مجهريا" وكيموحيويا" قبل زرعها في وسط نقيع الصويا الثلاثي بوجود وبغياب كل من المضادات الثمانية الاتية : ampicillin ,amoxicillin , gentamicin , amikacin ,cefotaxime , ceftriaxone , cefepime , and ciprofloxacin.تم التحري عن حساسية العزلات تجاه تلك المضادات بقيم مختلفة للاس الهيدروجيني وبوجود تراكيز مختلفة من مادتي المانيتول والبيروكسي نتريت ، اذ اظهرت النتائج مقاومة عزلات البكتيريا العالية لمعظم المضادات قيد الدراسة ، وان وسط النمو ذا الاس الهيدروجيني 5.1 ادى الى تثبيط نمو البكتريا بشكل كامل ، في حين ادى وسط النمو القاعدي الى استقرارية المضادات .اظهرت جميع العزلات مقاومتها لمضاد السبروفلوكساسين عند اسهيدروجيني ≥ 8.4 , كما وادى اي تغيير في قيمة الاس الهيدروجيني للمحلول الى فقدان هذا المضاد لفعاليته في الوقت الذي لم تفقد مجموعتي السيفالوسبورينات والامينوكلايكوسيدات فعاليتهما بالوسط القاعدي , ولوحظ ذلك من خلال اختبار حساسية العزلات تجاه هاتين المجموعتين في اس هيدروجيني يصل الى 9.9 , ولوحظ ايضا"ان السيفالوسبورينات كانت مستقرة عند اس هيدروجيني تراوح ما بين ( 4 - 8.8 ) .بالنسبة لتاثير المانيتول على البكتريا المعزولة ، اظهرت نتائج الدراسة ان البكتريا لا تستطيع تحمل وجوده بتركيز ≥ 2% في الوسط , كما ان مجموعتي السيفالوسبورينات والامينوكلايكوسيدات كانت مستقرة بوجود المانيتول بتركيز < 2% ، وبالنسبة لتاثير البيروكسي نتريت على نمو البكتريا المعزولة وجد انه ادى الى تثبيط نمو البكتريا بنمط يعتمد على تركيزه بالوسط كما ووجد ان هناك تازرا" بينه وبين المضادات المستخدمة عندما كان بتركيز (89.8) مايكرومول .اظهرت نتائج هذه الدراسة اهمية الاس الهيدروجيني لوسط النمو بالنسبة لمضادات ميكروبية معينة، كما وادت اضافة مواد معينة مثل المانيتول او البيروكسي نتريت الى تحفيز قابلية الكائن المجهري على المقاومة او تثبيط النمو، وبذلك يمكن ان تكون هذه المواد مؤازرة اوذات تاثير مضاد. | This study was designed to investigate the effect of pH and stress tolerance on the susceptibility of E. coli to eight antibiotics. A total of 10 isolates were recovered from urine and stool samples of patients who sake Al - Yarmouk Teaching Hospital, Unit of microbiology for a medical management. The isolated microorganisms were identified, microscopically and biochemically. The colonies of cultured microorganism were then sub - cultured in tryptic soy broth in microtitre plate in the presence or absence of each of the following antibiotics; ampicillin, amoxicillin, cefotaxime, ceftriaxone, cefepime gentamicin, amikacin, and ciprofloxacin. The susceptibility of E.coli towards these antimicrobials was examined at different pHs ; and concentrations of mannitol or peroxynitrite. The results showed that E.coli whether isolated from urine or stool, was multi - drug resistant. Growth of E.coli was completely inhibited in the tryptic soy broth at pH 5.1 in presence or absence of the antibiotics. The alkaline growth medium interferes with stability of the drugs incubated with E.coli. Ciprofloxacin lost its antibacterial activity at pH ≥ 8.4 and allowed E. coli to be a resistant . On the other hand, the cephalosporins and aminoglycosides were not degrade by the alkaline medium. This was evident through observation of the susceptibility of E. coli to these antibacterial agents at pHs up to 9.9. E.coli cannot tolerate presence of mannitol in the growth medium at concentrations of ≥2%. Cephalosporins and aminoglycosides were stable in presence of mannitol at concentrations of less than < 2%. Cephalosporins were stable at a wide range of pH (4.0 - 8.8), while ciprofloxacin had lost its stability at any changes in pH of the medium. Peroxynitrite inhibited the growth of E. coli in a concentration dependent manner rather than it induced stress and allowed the E. coli to tolerate. Furthermore, a concentration of 89.8 µM peroxynitrite produced synergism effect to all antibiotics applied in this work.Results of study explored importance of adjusting pH of growth media for specific antibiotics. Also, the addition of certain substances, like mannitol or peroxynitrite, that induced stress in microorganism may suppress the growth, rather than rendering the microorganisms, to be antimicrobial resistant. Moreover, these substances exert synergism rather than antagonism effect
الصفحات الاولى:

تثبيط تكوين biofilm لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من سرطان القولون والمستقيم والتهاب القولون التقرحي باستخدام جسيمات النانو لاكسيد الحديد المتراكبه

اسم المؤلف: حنان طارق صبحي
اسم المشرف: خضر حسن علي الجوراني
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: تعد بكتريا Pseudomoas aeruginosa ممرضة انتهازية تنتشر الاصابة بها في المرضى الذين يعانون تدهورا مناعيا ان دور هذه البكتريا في التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم لم يتم التطرق اليه.وهذا ماتتطرق اليه هذه الدراسة في جزء منها يعاني مرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم تغير في التعبير عن مستضدات مجموعة الدم ABO ومجموعة دم لويسLewis في ميوسين الخلايا الظهارية القولونية وهذا ما يوفر بيئة لالتصاق البكتريا . تؤشر الدراسة الحالية دور الاستيطان البكتيري لهذه البكتريا لنسيج القولون في كلا المرضين وارتباط ذلك بمجموعة الدم ومجموعة دم لويس اضافة الى دور مجموعة دم لويس في المشاركة في انشاء الغشاء الحيوي البايوفيلم biofilm لهذه البكتريا .تشير نتائج عزل بكتريا Pseudomoas aeruginosa انه من بين 38 اصابة تم عزل البكتريا بنسبة 23% p=2.6×10 - 6 , من مرضى السرطان اضافة الى عزلها بنسبة p=7.35 ×10 - 5 , 25% من مرضى التهاب القولون التقرحي. اظهرت نتائج تنميط مجموعة لويس بوجود عالي لمجموعة دم لويس بي Leb (78.9%) p=3.45×10 - 12 في المرضى مقارنة بالسيطرة من جانب اخر اثر ارتفاع نسبة مجموعة الدم Aفي المرضى الا ان التحليل الاحصائي لم يظهر تغيرا معنويا .P=0.1 (×̅=45%)وفي جانب دراسة تكوين العزلات للغشاء الحيوي بارتباطها في الميوسينات اللعابية المغطية لحفر الاطباق فقد اكدت النتائج ان جميع العزلات كانت لها القدرة على تكوين البيوفلم مع زيادة كتلة بيوفيلم على لعاب مجموعة الدم لويس للافراد الاصحاء المغطية ل 96 حفرة .microtitration plate وتغاير تكوين العزل للرقيق الحيوي اعتمادا على نوع الضرب المعزول وقد اثر التركيز المثالي المغطي coating concentration للميوسينات اللعابية بان تخفيف1\16للعاب.وفي جانب اخر من الدراسة فقد تم تحضير الجسيمات النانوية وتم ربطها بنضائد واستعملت تلك في مسح قابلية تلك التحضيرات على تثبيطها للغشاء الحيوي حيث جرى تحضير الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد (IONP) باستخدام طريقة coprecipitation وفي هذا الجانب فقد تم تقدير حجم الجسيمات النانوية naked iron oxide باستعمال مجهرالقوة الذرية (Atomic Force Microscope) AFMوالتحليل الكيميائي للجسيمات النانوية باستخدام جهاز التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء FTIR) ) Fourier Transform Infrared Spectroscopy واتضح ان معدل قطرحجم الجسيمات لاكسيد الحديد النانوية 85.09 نانومتر في حين اظهرت التحضيرات النانوية - المنضدة Liganded - nanoparticles مايلي اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان (chitosan) متوسط قطر85.14 نانومتر. اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين(glucosamine) متوسط قطر 89.71 نانوميتر بينما اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري (polysaccharide) 107.20 نانومتر. تم تحديد احجام للجسيمات النانوية - الميوسين ايضا.حيث اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis a بمتوسط قطر 91.46 نانوميتر ، الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis b 93.18 نانوميتر بينما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الفارزة كان متوسط قطرها 80.23نانوميتراما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الغير فارزة كان متوسط قطرها 103.46نانوميتر.وقد اظهرت نتائج التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء (FTIR) على قابلية ارتباط النضائد بالجسيمات النانوية بين اكسيد الحديد والجتوسان، الكلوكوزامين، عديد السكرايد البكتيري والميوسين اللعابي لمجموعة الدم لويس. حيث اظهرت الجسيمات النانوية لاكسيد الحديد ارقام موجية منخفضة بين 850 و400 سم - 1 قادمة من الاهتزازات للاصرة Fe - O بينما اعطى اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان امتصاص عند 1111 سم - 1 (COC) ، اختفاء الاصرة C - N وتغير الاصرة C - H من الموقع 2839 سم - 1 الى 3196 سم - 1, تغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1614 سم - 1.اما اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين اظهرت اختفاء الاصرة C - N , تغير الاصرة C - O - C من الموقع1031سم - 1 الى1099 سم - 1 وتغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1541 سم - 1 وظهور مجموعة OH في الموقع 3377 سم - 1.وفي جانب اخر اظهرت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري ظهور الاصرة C - ONH2 في الموقع 1649 سم - 1 والاصرة N - H 1543 سم - 1. في حين اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a ظهور الاصرتين C= N,C= C في الموقع 1622 سم - 1, 1649 سم - 1 اما بالنسبة للجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis b ظهور الاصرتين C= N, C=C في الموقعين 1612 سم - 1 , 1649 سم - 1 بينما الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - non secretor اظهرت الاصرتين C= N, C= C في الموقعين 1670 سم - 1 , 1647 سم - 1. الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - secretor اظهرت الاصرتين C= N,C= C في الموقعين 1627 سم - 1, 1651 سم - 1. وفي نتائج التثبيط للغشاء الحيوي للبكتريا فقد اوضحت النتائج ان النضائد النانوية لها فعل مثبط لتكوين الغشاء الحيوي . ففي هذا الجانب فان تعرض البكتريا لاكسيد الحديد النانوية ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجيتوسان ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين ,اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين بتركيز 100 ملغم \سنتيمتر مكعب لمدة 24 ساعة خفض انتاج الغشاء الحيوي وكالاتي : الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد اعطت اعلى نسبة تثبيط 52% بينما الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الجتوسان اعطت اعلى نسبة تثبيط 58%(p=0.5) , الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الكلكوزامين اعطت اعلى نسبة تثبيط 39%(p=0.1). الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الميوسين الغير فارزa - b - اعطت اعلى نسبة تثبيط 74% (p=6.8×10 - 3) وفي جانب اخر اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري اعلى نسبة تشجيع بناء 75% (p=0.3).ان النتائج الاصلية المؤثرة في هذه الدراسة والمسجلة لاول مرة اظهرت ان التطبيقات المستقبلية للجسيمات النانوية المغطاة بالنضائد المحضرة في علاج الغشاء الحيوي لبكتريا P. aeruginosa يمكن اعتمادها كطريقة للقضاء على استيطان البكتريا في مرضى التقرح القولوني وسرطان القولون - المستقيم | Pseudomoas aeruginosa is an opportunistic pathogenic bacterium. The infection with the microorganism prevail in immunocompromised patients. The role of P. aeruginosa in ulcerative colitis and colorectal cancer is not studied and this part is dealt with this study. In this regard, Ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer (CRC) patient change the expression of ABO and Lewis blood groups antigens in colon epithelial mucin structure and might furnish an environment for bacterial attachment. The present study aimed to pinpoint a role for P. aeruginosa in colonization of colon tissue in both diseases in relation to ABO and Lewis blood groups. In addition the involvement of Lewis blood group molecule in biofilm formation was investigated. In an another part of the study a specific liganded - nanoparticles prepared were screened for inhibition of such biofilm. Isolation of the bacteria from direct biopsy samples of UC and CRC indicated that, out of 38 cases collected, 9 isolates were found to be P. aeruginosa 6 (23%) p= 2.6×10 - 5 in colorectal cancer cases and 3 (25%) p= 7.35×10 - 6 in ulcerative colitis. Patient Lewis typing revealed that Leb prevailed among patient giving a (78.9%) results and was highly significantly (p=3.45˟ 10 - 12) compared with control (29.7%). Blood group (A) seem to be highly prevalent but not significant (p=0.193) in colorectal cancer and ulcerative colitis patients. All isolates from patients were able to form biofilm with increased biofilm mass on Lewis group saliva of normal individual coated on 96 - wells microtitration plate. The results were variable depending on bacterial strain. An iron oxide nanoparticle (IONP) was prepared using the method of coprecipitation and was used as carrier of different ligands. The naked and coated iron oxide nanoparticles were characterized using Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) and Atomic Force Microscope (AFM). Particle size for naked iron oxide (IONP) was 85.09 nm and for chitosan coated iron oxide nanoparticles the average diameter was 85.14 nm while glucosamine coated iron oxide nanoparticles was in 89.71nm. Bacterial polysaccharide coated iron oxide nanoparticles gave a size of 107.20 nm. Particle sizes for mucin - IONP composite were also determined. Lea - IONP was an average diameter 91.46nm, Leb - IONP was 93.18nm, Lea - b - secretor - IONP was 80.23nm and Lea - b - nonsecretor was in 103.46nm determined by AFM. The Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) analysis indicated successful binding between iron oxide and chitosan, glucosamine, polysaccharide and mucin Lewis groups glycans. Iron oxide nanoparticle showed low wave numbers between 850 and 400 cm - 1 coming from vibrations of Fe - O bonds.Chitosan coated iron oxide gave an absorption line at 1111 cm−1 (C - O - C) bond, and N - H bond at 1614 cm - 1, 1410 cm - 1, C - H bond and 3589 cm - 1 for O - H bond. Glucosamine coated iron oxide demonstrated a characteristic bands such as OH group at 3377 cm−1, C O at 1618 cm−1 and C - O - C at 1099 cm−1 and 1031cm−1 stretching vibration of C - O - C. Polysaccharide appeared to have 1649 cm - 1 (CONH2) and 1543 cm - 1 (N - H) band. While mucin Lea coated iron oxide demonstrated 1622 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C and mucin Leb coated iron oxide gave 1612 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C on the other hand, mucin Lea - b - secretor coated iron oxide showed 1627 cm - 1 1651 cm - 1 C= N, C= C and mucin Lea - b - non secretor coated iron oxide gave1647 cm - 1 1670 cm - 1 C= N, C= C The Fourier transform infrared spectroscopy study analyses confirmed the successful attachment different ligands to the surface of magnetic nanoparticles. In experiments of P. aeruginosa biofilms inhibition by liganded nanoparticles, it was seen that exposure of cells to naked iron oxide, chitosan coated iron oxide , glucosamine coated iron oxide and mucin coated iron oxide at concentrations of 100mg/ml resulted in reduced biofilm biomass in a 24h exposure time. In contrast, polysaccharide coated iron oxide nanoparticle showed increased biofilm formation (75%). Naked nanoparticles resulted in 52% inhibition in biofilm formation, chitosan coated nanoparticles resulted in (58%) inhibition p=0.5, glucosamine coated nanoparticles resulted in (39%) inhibition p=0.1, while mucin coated nanoparticles gave (74%) inhibition p=6.8×10 - 3 especially in non secretor Lea - b - coated nanoparticles and was the best liganded nanoparticles biofilm. Polysaccharide ̶ nanoparticle gave (75%) augmentation p=0.3. The inhibition was seems to be variable between saliva Lewis group tested. The novel findings presented in this study demonstrated the futuristic application of ligands coated iron oxide nanoparticles in treating P. aeruginosa biofilm formation could be an approach to eradicate P. aeruginosa infection which may lead to ulcerative colitis and colorectal cancer patients.
الصفحات الاولى:

كشف عن الجينات المشفرة لانتاج البايوسين من بكتريا Pseudomonas aeruginosa ومقارنة الانتاج مع تكوين الغشاء الحيوي Detection of Genes Encoding Pyocin Production of Pseudomonas aeruginosa and Comparison the Production with Biofilm Formation

اسم المؤلف: حسين ظاهر عليوي التميمي
اسم المشرف: رجوة حسن عيسى الربيعي
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2015
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: جمعت50)) عزلة تابعة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من مستشفيات مختلفة في بغداد وخلال شهر ايلول لغاية شهر الكانون الاول لسنة (2014). تم اخذ هذه العزلات من مصادر مختلفة ثم شخصت بالاعتماد على الصفات المظهرية والمجهرية عند تنميتها على الاوساط التفريقية والاختيارية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية ولتاكيد نتائج الفحوصات الكيموحيوية استعمل نظام VITEK2 Compact كخطوة تكميلية. كما تضمنت الدراسة التصنيف المصلي لاجناس P. aeruginosa حيث تتعدد الانماط المصلية لهذه البكتريا حيث كانت ( : 11, O : 9, O : 8 and O : 7) بعد فحص العزلات. كان النمط المصلي (O : 11) الاكثر شيوعا وانتشارا من الانماط الباقية .كانت الانماطO : 8) وO : 9) اقل انتشارا ويعد النمط المصلي (O : 7)من الانماط حديثة الظهور. استعملت في هذه الدراسة طريقة Cross Streaking Method للكشف عن قدرة البكتريا على انتاج البايوسين حيث استخدم الوسط trypticase soy agar في هذه الطريقة, كانت العزلات المنتجة للبايوسين (P) قادرة على انتاج البايوسين عندمزارعت بشكل خط مستقيم وذلك بعد ان حضنت لمدة 24 ساعة وبدرجة37 مئوية, العزلة الدالة(I) فقد زرعت بشكل خط عمودي على العزلة المنتجة (P). ان غياب النمو البكتيري في الوسط الزرعي وعند نقطة التقاء الخطين دلالة على انتاج البكتريا للبايوسين, اذ لوحظ ان (16) عزلة من اصل (50)عزلة لها القدرة على انتاج البايوسين.واستعملت في هذه الدراسة طريقتين للتحري عن تكوين الغشاء الحيوي وهي طريقة Congo Red Method (CRA) وطريقة اطباق المعايرة Micro Titration Plate Method (MTP). اظهرت النتائج ان طريقة (MTP) كانت اكثر حساسية في التحري عن تكوين الغشاء الحيوي ، اذ لوحظ ان (19) عزلة من اصل (50) عزلة وبنسبة (38%) كانت مكونة للغشاء الحيوي وبشكل قوي ، في حين كانت (13) عزلة وبنسبة (26%) مكونة للغشاء الحيوي وبشكل ضعيف ، لكن كانت هنالك (18) عزلة وبنسبة (36%) غير مكونة للغشاء الحيوي. في حين بينت النتائج الخاصة بطريقة ال (CRA) ان (33)عزلة وبنسبة (66%) كانت قادرة على انتاج الغشاء الحيوي ، بينما كان عدد العزلات غير المكونة للغشاء الحيوي (17) عزلة وبنسبة (34%).اخضعت جميع العزلات (50 عزلة) للفحص بواسطة تقنية Polymerase Chain Reaction(PCR) لتشخيص الجينات المسؤولة عن انتاج البايوسين من نوع S باستخدام برايمرات خاصة لكل من (S1S2 pyocin) و(S3 pyocin). اظهرت نتائج تقنية الPCR بان (24) عزلة من اصل (50) عزلة وبنسبة تقدر ب (48%) تمتلك جين S1S2 (اذ كان ناتج تقنية البلمرة لهذا الجين بالحجم 287bp), لكن هنالك (21) عزلة وبنسبة (42%) تمتلك جين S3 (اذ كان ناتج تقنية البلمرة لهذا الجين بالحجم 451bp). | Fifty bacterial isolates of Pseudomonas aeruginosa have been collected from many hospitals in Baghdad include : Al - Kindy hospital, Ibn Al - baladi hospital, wound and burn hospital and Baghdad hospital in medical city during the period from Sep. to Dec. (2014). These isolates were collected from different sources. Then, they were diagnosed depending on morphological and microscopic properties when they were cultured on selective and differential culture media as well as by using biochemical tests, then in order to confirm the results of biochemical test VITEK2 compact have been used as a confirmatory step. Serotype classification of P. aeruginosa isolates showed multiple serotypes were existed (O : 11, O : 10, O : 9, O : 8, O : 7 and O : 5) for isolates which tested and (O : 11) serotype consider as more frequent serotype as (48%) whereas (O : 9, O : 5 and O : 8) are low spreading serotypes as (8%, 10% and 12%) respectively, while (O : 7) serotype as (4%) represent appearance of new serotype in comparison with local studies. In this study, pyocin production was detected by using cross streaking method, it was applied by using trypticas soy agar media. In this method producer isolates (P) which were able to produce pyocin were cultured as straight line and after incubation at 37Co for 24h., inducer isolates (I) were cultured on media as a vertical on the first line (producer isolates).Absence of bacterial growth on the media which were cultured by vertical line on producer bacteria leads to pyocin that produce by producer isolate prevent growth of inducer isolates, where it had been noted that (16) isolates out of (50) isolates have the ability to produce pyocin.Ability of bacterial isolates to produce biofilm was detected by two methods : these methods are Congo Red Agar method (CRA) and micro titration plates method (MTP). Results have been showed that (MTP) method was more sensitive to determine biofilm producers. It was noted that (19) isolates from (50) isolates as a (38%) were powerful biofilm producers while (13) isolates as a (26%) were weak biofilm formation, but there were (18) isolates as a (36%) were non - biofilm producers. On the other hand the (CRA) method appeared that (33) isolates as a (66%) were able to produce biofilm while non - biofilm formation isolates were (17) isolates as (34%).All fifty isolates were tested by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique to detect gene responsible for S type pyocin by using primers specific for S1S2 pyocin and S3 pyocin. Results appear that there were (24) isolates from all (50) isolates (48%) contained the S1S2 gene, but there are (21) isolates also from (50) isolates as a (42%) contained S3 gene. The total number of isolates which contain genes encoding of S - type pyocin production (both S1S2 and S3 genes) were (31) isolates as (62%).The results have shown that there were (39) isolates as (78%) have the ability to produce pyocin by both phenotypic and genotypic methods (cross - streaking and PCR technique), while there were (43) isolates as (86%) able to produce biofilm by both CRA and MTP methods. Relationship between pyocin production and biofilm production were shown that all isolates have the ability to produce pyocin at least by one method were able to produce biofilm and at least by one method too
الصفحات الاولى:

تاثير مستخلصات قشور البرتقال على نشاط بكتريا Pseudomonas aeruginosa المقاومة للمضادات الحيوية والمعزولة من التهابات جروح الحروق وجروح ما بعد العمليات في مدينة بغداد Effect of Citrus sinensis peels extracts on the viability of antibiotics resistant Pseudomonas aeruginosa isolated from burn and post - operative wound infections in Baghdad City

اسم المؤلف: بتول عبد الامير باقر الصفار
اسم المشرف: محمد فخري احمد صفاء عبد الكريم عبد الرزاق
الموضوع العام: علوم الحياة
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: ماجستير
اللغة: الانكليزية
السنة: 2010
مكان الجامعة: بغداد
المستخلص: • تم جمع 175 مسحة من المرضى الذين يعانون من خمجات الحروق والجروح مابعد العمليات الجراحية ,الراقدين في مستشفيات بغداد المختلفة ,والمتضمنة مستشفى الكندي التعليمي, مستشفى الكرخ العام ومستشفى بغداد التعليمي اثناء الفترة من ايلول 2008 الى كانون الثاني 2009. • زرعت المسحات على وسطي غراء الدم والماكونكي وحضنت هوائيا بحرارة 37 م لمدة 24 ساعة وشخصت العزلات منPseudomonas aeruginosa باستخدام التشخيص الكيموحيوي والفسلجي والصفات ﺍ ﻠﻤﻈهرية واكد باستخدام نظام عدة api 20E .• تشير النتائج الى 114عزلة اعطت زرع بكتيرولوجي موجب بمعدل65.14% هذه تضمنت 51 (%60 ) عزلة من 85 مسحة من اصابات جروح مابعد العمليات و63 (%70 ) عزلة من 90 مسحة من اصابات الحروق.• اجري فحص الحساسية على هذه العزلات باستعمال 10 مضادات حيوية شائعة الاستعمال من مجاميع مختلفة ,اظهرت النتائج مقاومة عالية الىCephalothin, Carbenicillin, Tetracycline, Ceftriaxone, Chloramphenicol, Cefotaxime and Ceftazidime وبنسبة مقاومة (100, 92.98, 88.59, 78.94, 69.29, 67.54, 65.78)% على التوالي. بينما اظهرت العزلات حساسية عالية الى المضادات Amikacin, Ciprofloxacin and Meropenem وبنسبة مقاومة ( 28.94, 23.68, 15.78 )% على التوالي. • اربع مستخلصات المائي الحار٬ المائي البارد ٬ الكحولي الحار والكحولي البارد طبقت لاستخلاص قشـــورالبـــرتقال. ووجدت من خلال الكشف النوعي للمستخلصات بان المستخلصات المائية الحارة والباردة لقشور البرتقال احتوت على المركبات التالية : كلايكوسيدات٬ فينولات٬ قلويدات٬ صابونيات وتانينات، بينما احتوت المستخلصات الكحولية الحارة والباردة (اضافة الى ما ذكر) على مركبات : راتنجات٬ تربينات٬ فلافونات٬ كومارينات وزيوت طيارة. • استخدمت المستخلصات لدراســـة تاثيرها على نمــو العــزلات المقاومة فقــط والمعزولة من اصابات الجروح مابعد العمليات الجراحية والحروق بطريقة الانتشار بالحفر. مستخلصات قشورالبرتقال في التراكيز) 25 ,50, 75 ,100, 200 ,300 ,400 و500 )ملغم/مل اظهرت فعالية ضد العزلات البكتيرية. • كشف التحليل الاحصائي وجود اقل فروق معنوية عند مستوى احتمالية P<0.05)) لاربع مستخلصات.• المستخلص الكحولي الحار من قشور البرتقال كان اكثر كفاءة من المستخلصات الاخرى ضد عزلات الجروح مابعد العمليات وجروح الحروق. المستخلص المائي البارد ياتي بالمرتبة الثانية بعد المستخلص الكحولي الحار. معدلات اقطار مناطق التثبيط لهذه المستخلصات ضد P. aeruginosa عند التركيز العالي 500 ملغم/مل كانت 22.78ملم لمستخلص الكحولي الحار، بينما كانت 71.15ملم لمستخلص المائي البارد. اما النتائج كانت متغايرة بالنسبة لتاثير مستخلصي الكحولي البارد والماء الحار وبشكل عام اظهرت تاثيرات منخفضة على العزلات البكتيرية. بينما عند التركيز 25 ملغم/مل لمستخلص الكحولي الحار معدلات اقطار التثبيط تناقص الى 64.1 ملم. • اختبر تاثير التراكيز المختلفة لمستخلص الكحولي الحار على نشاط انتاج الانزيمات : اليوريز ، جيلاتينيز ، اوكسيديز والكاتاليز، اظهرت النتائج ان المستخلصات الكحولية الحارة في التراكيز (75, 100, 200) ملغم/ مل تاثيرا جدير بالملاحظة على نشاط انتاج اليوريز، يعزى ذلك الى ظهور اللون الاصفر(كنتيجة سالبة) بعد ساعتين من الاختبار. بينما عند تراكيز(25 ,50) ملغم/مل من المستخلص حصول نتيجة سالبة لانتاج اليوريز بعد الساعة الرابعة من الحضن. • المستخلص الكحولي الحار اثبط انتاج الجيلاتينيزعند التراكيز( 50 ,75 ,100 ,200) ملغم/ مل بعد الساعة الثانية من فترة الحضن. بينما عند التركيز 25 ملغم/مل اظهرت النتيجة سالبة للجيلاتينيز بعد الساعة الرابعة حضانة. المستخلص الكحولي الحار اثبط انتاج الاوكسيديز والكاتاليز بالتراكيز(25 ,50 ,75, 100 ) ملغم/مل واظهرت نتيجة سالبة بعد الساعة الثانية من الحضن. • اظهرت نتيجة دراسات ميكانيكيات النمو بتركيز 500 ملغم \مل من المستخلص الكحولي الحار قتل كامل لعزلات اصابات الحروق والجروح مابعد العمليات الجراحية التي يتطلب وقت حضانة بين الساعة 6 - 8 ساعة. علاوة على ذلك المستخلص بتركيز 400 ملغم/ مل تطلب القتل الكامل للعزلات 8 ساعات حضانة لكل العزلات. بينما عند التركيز( 200 ,300 ) ملغم/ مل اظهر قتل كامل على جميع الخلايا بعد مرور 24 ساعة حضانة. اما التركيز 100 ملغم/ مل اظهر معدل قتل جزئي للعزلات (حتى بعد 24 ساعة حضانة). ﺗﻡ اﯿﻀﺎ ﻤﻨﺎﻗﺷﺔ ﻮﺘﺤﻠﻴﻞ ﻤﻧﺤﺪﺮﺍﺖ اﻠﻴﺔ ﺍﻠﻧﻤﻮ ﻠﻠﺒﻜﺘﺮﻴﺎ. | Hundred and seventy five swab samples were collected from patients suffering from burns and post - operative infections who admitted to different hospitals in Baghdad for medical care, these included : Al - Kindy Teaching Hospital, Al - Karkh General Hospital and Baghdad Teaching Hospital, during the periods from October 2008 to January 2009. The swabs were cultured on blood agar base and macConky's agar then incubated at 37˚C for 24hrs . Isolates of P. aeruginosa were isolated and identified using morphological, physiological and biochemical diagnosis and confirmed by api 20 E kit . The results indicated that 114 (65.14%) have given positive bacteriological cultures, this included 51(60%) isolates out of 85 swabs of post - operative wound infections, while 63(70%) isolates out of 90 swabs of burns infections. Sensitivity test was performed for these isolates using 10 commonly used antibiotics. The result indicated that a higher resistance to Cephalothin, Carbenicillin, Tetracycline, Ceftriaxone, Chloramphenicol, Cefotaxime and Ceftazidime whith the percentages of 100, 92.98, 88.59, 78.94, 69.29, 67.54, 65.78 % respectively , while the isolates showed a higher sensitivity to Amikacin, Ciprofloxacin and Meropenem with the percentages of resistance of 28.94, 23.68, 15.78 % respectively. Four extraction methods, i.e. hot water, cold water, hot alcoholic and cold alcoholic, were applied for the extraction of Citrus sinensis peels . Hot and cold watery extracts of Citrus sinensis peels contained the following compounds : Glycosides, phenols, alkaloids, saponins, and tannins. While hot and cold alcoholic extracts contained, in addition to above, resins, terpins, flavones, coumarins, and volatile oils. The extracts were used to study their effects on growth of P. aeruginosa resistant isolates of post operative wound and burn isolates by using agar diffusion method. Extracts of Citrus sinensis peels at concentrations of 500, 400, 300, 200, 100, 75, 50, 25mg/ml showed activity against bacterial isolates. The statistical analysis revealed the presence of significant differences (P<0.05) for four extracts. The hot alcoholic extract of Citrus sinensis peels were more efficient than the other extracts against post - operative wounds and burn wounds isolates. Cold water extract came next to hot alcoholic extract. The inhibition zone diameters for these extracts were 22.78mm (for hot alcoholic extract) and 15.71mm (for cold water extract). Variable results were obtained with respect to the effects of cold alcoholic extract and hot watery extract, and generally, of low effects on bacterial isolates. At a concentration of 25mg/ml of hot alcoholic extract, the rate of inhibition zone diameters decreased to 1.64mm. The effect of different concentrations of hot alcoholic extract on the activity of enzymes production of urease, gelatinase, oxidase and catalase have been tested. The results showed that hot alcoholic extracts at concentrations of 75, 100, and 200mg/ml, demonstrated an observable effect on the activity of urease production due to observation of yellow - orange color (i.e. negative result), after 2hrs . While at extract concentrations of 25 and 50mg/ml, negative urease test was obtained after 4hrs incubation. Hot alcoholic extract has inhibited gelatinase production at a concentration of 50, 75, 100, and 200mg/ml after 2hrs incubation. While at a concentration of 25mg/ml, negative gelatinase result is obtained after 4hrs incubation. Hot alcoholic extract affects the inhibition of oxidase and catalase production at concentration of 25, 50, 75, and 100mg/ml, which showed negative results after 2hrs incubation. The result of Kinetics of growth studies demonstrated that the concentration of 500mg/ml of hot alcoholic extract was enough for complete killing the isolates from burn and post - operative wound infections. Moreover, this killing required incubation time between 6 - 8 hrs . At extract concentration of 400 mg/ml a complete killing required 8hrs incubation. While for complete killing upon application of 200 and 300mg/ml of the extract required 24hrs incubation. Partial kill occurs after 24hrs when 100 mg/ml of extract was used. Analysis of the slopes of growth kinetics was also discussed.
الصفحات الاولى:
1 ... 58 59 60 61 62 ... 84