Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 455

الدراسة المظهريه والجزيئية لبعض عوامل الضراوة لبكتريا Acinetobacter baumannii المعزولة من مرضى الجروح والحروق في مدينة الحلة == Phenotypic and Molecular Study for some Virulence Factors of Acinetobacter baumannii Isolated from Patients with Wounds and Burns in Hilla City

Author name: زهراء عبد المهدي مجباس العجيلي
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | ميساء صالح الشكري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: This study is devoted to the isolation and identification of Acinetobacter baumannii; indeed seven isolates of A.baumannii had been isolated and identified from 100wound swabs collected from 100 patients with wound infection. The isolates obtained had been cultured in selective media and biochemicaly identified. Furthermore, the sensitivity of isolates to a variety of antibiotics had been investigated. It was found that these isolates were been sensitive to more than one antibiotic. It was found that these isolates had been resistant 100% to Ampicillin and Cloxacillin, whereas the isolates were resistant to Cefepime clavulanic acid, kanamycin and gentamycin at (71.4%). And (57.1%) of isolates showed resistance to Amikacin, and finally only (14.2%) were resistant to Azathromycin. Some virulence factors of this bacteria were studied and the results showed that all bacterial isolates 7(100%) produced (the adherence, biofilm formation, gelatinase production and siderophore),while the ability of the bacteria to produce capsule and bacteriocin were in 57.1% . Also, All isolates are unable to produce haemolysin. Extracellular protease was also investigated .It was found that 5 (71.4%) of isolates were able to produce extracellular protease. Furthermore, some virulence factors had been detected by molecular techniques as polymerase chain reaction PCR and it had been found that only 2(28%) of isolates gave positive result for cnf1 at 498bp, 4(57.1%) of them gave positive result for kps at 272bp, 2(28.5%) of them gave positive result for PAI at 930bp, 5(71.4%) of them gave positive result for ibeA at 170bp, 1(14.2%) of them gave positive result for sfa at 240bp,while, 4(57.1%) of them gave positive result for iutA at 300bp, papG gene was not found in all isolates of A. baumannii in this study

الخصائص الجزيئية لبعض عوامل الضراوة لعزلات Candida albicans المعزولة من ثنيات مرضى السكري في الفرات الاوسط == Molecular characteristic of some virulence factors of Candida albicans isolates from intertrigo in diabetic patients in middle Euphrates

Author name: ايه سامي كريم الصدام
Supervisor name: لميس عبد الرزاق الخفاجي | كريمة امين الخفاجي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسه باخذ مسحات من 180 شخص منهم مرضى للسكري واشخاص اصحاء من المراجعين لمستشفى مرجان التعليمي من شهر تشرين الثاني 2014 الى شهر نيسان 2015 .مئه وثلاثين شخص تم فحصهم من مرضى للسكري وخمسين اخرين اصحاء . مئه شخص (76.92 % ) وجدو مصابين بالمبيضات ( 96 % ) منهم بشكل عزلات منفرده و( 4 % ) اخرين بشكل عزلات مشتركه . اما في الاشخاص الاصحاء كانت نسبه الاصابه بالمبيضات ( 32 % ) وجميعهم على شكل عزلات منفرده فقط .و كانت نسبه الاناث المصابه ( 70 % ) اما الذكور ( 30 % ) وكانت كذلك الاصابه اعلى في مجموعه الاشخاص الذين تتراوح اعمارهم بين ( 22 - 41) سنه . وكما وجدت منطقه تحت الاثداء هي الاكثر نسبه في الاصابه في النساء وتليها منطقه ما بين الافخاذ في كلا الجنسين , حيث كانت المبيضات البيض هي الاعلى نسبه في منطقه تحت الاثداء .و تم التعرف عليها بالفحص المباشر ,الزرعات المختبريه ,الاختبارات الكيموحياتيه وبالاضافه الى العده التشخيصيه الخاصه بالمبيضات , وتم ايضا بواسطه استخدام تقنيه ال (PCR).حيث تم عزل عده انواع لجنس ال Candida, كانت ال C. albicans هي الاكثر انتشارا ( 51 % ) , C. tropicalis(% 33 ) , C .parapsilosis ( 5 % ) , (C. Glabrata (5 % وC. dubliniensis ( 2 % ). الكشف الجزيئي عن ال C. albicans تم بواسطه استخدام الجين الخاص لها (calb 1 ) عن طريق تقنيه ال PCR .بالاضافه لذلك وجدت في هذه الدراسه قابليه المبيضات البيض على انتاج الفوسفولايبيز بنسبه (22.72 % ) وكذلك الانزيم المحلل للبروتين (31.81 % ) .تم الكشف عن ال (plb1 ) في عزلتين فقط وهذه العزلات لها القابليه على انتاج الفوسفولايبيز ظاهريا والتي تسبب غزو للنسيج . بالاضافه لذلك ( hwp 1 ) وجد بنسبه 90.09 % من عزلا ت ال C . albicans الذي يمكنها من النمو الخويطي والالتصاق وتكوين ال biofilm .( als 1) الموجود في كل عزلا ت ال C. albicans وهذه النتيجه وجدت ايضا في ال int 1 α, الاول مسؤل عن التصاق الفطر بالخلايا الطلائيه , اما الاخر مسؤل في الالتصاق على الاسطح وتكوين ال germ tube .Sap 1 جين اساسي في انتاج البروتنيز المحلل , هذا الجين وجد بنسبه 59.09 % في العزلات. تكوين ال biofilm لوحظ ايظا بواسطه استخدام لوحه زراعه الانسجه التي اظهرت ان 40.9 % من العزلات تعطي نتيجه قويه و59.1 % تعطي نتيجه ضعيفه ولا توجد عزلات لم تنتج ال biofilm . وقد اظهرت الدراسه ان مستخلص الثوم يقلل وبشكل فعال تكوين ال biofilm في 100 % ولا وجود للbiofilm القوي . كما وجد ايضا ان مستخلص الثوم ه القابليهعلى تثبيط النمو بواسطه تكوين حلقه بقطر 3 سم | In this study , a total 0f 180 skin swabs obtained from diabetic and non diabetic patients who were attended to Marjan medical City for detection of candidal intertrigo infection , during the period ranging from November (2014) to April (2015) , for study the infection rate in both groups and study the virulence factors of Candida albicans and also study other virulence gene .One hundred and thirty diabetic patients and fifty nondiabetic patients were tested with intertrigo infection . One hundred diabetic patients ( 76.92 % ) carried candida in their skin folded areas , which present as a single isolates ( 96 % ) and as a combination ( 4 %) . while in the healthy individuals 16 ( 32 % ) as a single isolates only . The infection rate in females was ( 70 %) and males (30 % ), the infection was more common in the age groups ( 22 - 41 ) years old . The underbreast area of the femals having the highest infection rate followed by inner thighs in both males and females , and C. albicans found more prominent in the underbreast area . Cultural characteristic and biochemical criteria revealed that ( 51 %) of isolates were C. albicans , which is more prominent followd by C . tropicalis (33 %) , C. parapsilosis and C . glabrata ( 5 % ) and C. dubliniensis ( 2 % ).This study also revealed that C. albicans is able to produce phospholipase enzyme in ( 22.72 % ) of the isolates , and also produce proteinase enzyme in ( 31.81 % ) of the isolates .Molecular detection of C. albicans was done by using specific PCR primer , and the molecular detection of phospholipase gene was done by using specific PCR primer. It was found that plb 1 was observed in only three C. albicans isolates out of twenty two ( 13.63 % ), and these positive isolates have the ability to produce phospholipase phenotypicaly and cause the invasion of the C. albicans. In addition hyphal wall protein 1 were produced from ( 90.9 % ) of C. albicans isolates which have the ability for filamentous growth , adherence and biofilm formation .Agglutinin like sequence 1 which present in all isolates and also this result as the same as that of alpha integrine like sequence 1 , the first one cause this fungi to adhere to the epithelial cells, and the other one involve in surface attachment and germ tube formation . Finally secreted aspartyl proteinase1 is essential to produce proteolytic proteinase . This gene was detected by specific PCR primer; it was observed that( 59.09 % ) of isolates gave positive result of this gene.Biofilm formation was also investigated by using tissue culture plate . It was shown that (40.9 % ) of isolates gave positive biofilm formation ,and ( 59.1 % ) negative biofilm formation.Fresh garlic extract able to inhibit candida albicans growth by forming zone of inhibition in 3 cm . Regard effect of (50 %) on biofilm formation, the result of this study demonstrated that fresh garlic extract effectively reduced the biofilm forming C. albicans in (100%) and no strong formation.

استخلاص الايضيات الثانوية المنتجة من عزلات الستربتومايسيس في محافظة بابل == Extraction and Characterization of Secondary Metabolites produced by Streptomyces spp. Isolates in Babylon Province

Author name: فرقان محمد حسين الاسدي
Supervisor name: علاء هاني الجراخ | محمد صبري عبد الرزاق
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة الى استخلاص وتوصيف مركبات الايض الثانوي ذات الفعالية ضد البكتيرية والمنتجة من عزلات محلية لبكتريا الستربتومايسيس. تم خلال الدراسة جمع 98 عينة تربة مختلفة خلال الفترة من شباط الى نيسان 2014 من مناطق مختلفة في محافظة بابل/العراق. تم عزل وتشخيص وتوصيف عزلات الستربتومايسيس باستخدام طرق قياسية مختلفة فيما تم المسح الاولي واستخلاص وتنقية المركبات الفعالة باستخدام طرق قياسية مختلفة اخرى. تم تشخيص المركبات ذات الفعالية ضد البكتيرية باستخدام تقنية الغاز الكروماتوكرافي - مطياف الكتلة (GC - MS) فيما تم تحديد التركيز المثبط الادنى للمركبات الفعالة باستخدام طريقة التخفيف بالاكار. اظهرت النتائج ان 41 عزلة ستربتومايسيس قد تم تشخيصها وتوصيفها بالاعتماد على الخصائص المظهرية والفسلجية وكذلك تحديد الوان الهايفات الهوائية والغزل الارضي substrate mycelium للمستعمرات النامية. تم انتخاب عزلتين من الستربتومايسيس لدراسة التجارب الاخرى لكونها اظهرت اعلى فعالية ضد بكتيرية وهما العزلتان SMI - 04 وSMI - .10 تضمن المسح الاولي اختبار 41 عزلة Streptomyces ، اظهرت ستة منها فعالية جيدة ضد البكتيريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام (المكورات العنقودية الذهبية وبكتريا القولون)، فيما اظهر المسح الثانوي امتلاك عزلتين من الستربتومايسيس اعلى طيف فعالية ضد بكتيرية للبكتريا الموجبة لصبغة غرام ( Staphylococcus aureus , Staphylococcus epidermidis) والسالبة لصبغة غرام (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae). تم دراسة توفير الظروف المثلى لانتاج المركبات ذات الفعالية ضد البكتيرية باستخدام عوامل مختلفة تضمنت نوع الوسط الزرعي للانتاج (وسط فول الصويراقم - 1)، دالة الحموضة 7.0، فترة الحضانة 4 ايام بدرجة حرارة 30 مئوية بالنسبة للعزلة SMI - 04 فيما كانت ظروف الانتاج للعزلة SMI - 10 هي وسط فول الصويراقم - 1 كوسط زرعي، دالة الحموضة 7.0، وفترة الحضانة 5 ايام بدرجة حرارة 30 مئوية. وجد ان مزيج الميثانول والكلوروفورم (وبنسبة 1 : 2) هو افضل مذيب ذو قدرة استخلاص فائقة لمركبات الايض الثانوي ذات الفعالية ضد البكتيرية. تضمنت خطوات التنقية الجزئية استخدام الكروماتوكرافي الورقي مع مزيج الميثانول والكلوروفورم (وبنسبة 1 : 2) حيث اظهرت النتائج وجود بقعة ذات قيمة معامل سريان Rf (0.77) للعزلة SMI - 04 وبقعة اخرى ذات معامل سريان Rf (0.71) للعزلة SMI - 10 . اظهرت نتائج عمود الكروماتوكرافي ان اعلى فعالية ضد البكتيرية كانت في الجزء fraction (11) للعزلة SMI - 04 والجزء fraction رقم (9) للعزلة .SMI - 10 اظهرت نتائج استخدام تقنية الغاز الكروماتوكرافي - مطياف الكتلة (GC - MS) وجود مركبين ذات فعالية ضد البكتيرية هما eicosane من العزلة SMI - 04 وbutylated hydroxytoluene من العزلة SMI - 10. اظهرت النتائج ان قيم التركيز المثبط الادنى لمركب eicosane كانت 32 مكغ/ مل و64 مكغ/ مل لبكتيريا Staphylococcus aureus وEscherichia coli على التوالي بينما كانت قيم التركيز المثبط الادنى لمركب butylated hydroxytoluene 16 مكغ/ مل و32 مكغ/ مل لبكتيريا Staphylococcus aureus وEscherichia coli على التوالي والذي يظهر ان المركب الاخير ذو فعالية ضد البكتيرية اقوى من المركب الاول. واستنادا للمعلومات المتوافرة فان تشخيص هذين المركبين يعد اول تسجيل في عزلات الستريبتومايسيس في العراق | This study was aimed for extraction and characterization of antibacterial metabolites produced by local isolates of Streptomyces spp. in Babylon Province, Iraq. Ninety eight different soil samples were collected during the period from February to April 2014 from different areas in Babylon province/Iraq. Streptomyces isolation, identification and characterization involved different standard methods. Screening, extraction, and Partial purification of bioactive compounds were carried out using different standard techniques. The antibacterial compound in the active fraction was identified through Gas Chromatography - Mass Spectrometry (GC - MS) analysis. Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) for the identified compounds were determined using two - fold agar dilution method. Results revealed that forty one Streptomyces isolates were identified and characterized depending on the morphological (cultural and microscopical), physiological characteristics, and color determination. Two isolates (Streptomyces isolate SMI - 04 and SMI - 10) were selected because of their potent antibacterial activity in the screening test. Primary screening test involved testing of 41 Streptomyces isolates. Results exhibited that only six isolates showed significant antibacterial activity toward two test bacterial isolates (Staphylococcus aureus and Escherichia coli). Secondary screening test revealed that two isolates (Streptomyces isolates SMI - 04 and SMI - 10) had broad spectrum activity against two Gram - positive (Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis) and three Gram - negative (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae). Optimization of production conditions indicated that antibacterial productivity were applied using the following parameters (soya bean broth1 medium, pH adjusted at 7.0, and incubation time for 4 days at 30°C) for Streptomyces isolates SMI - 04 and soya bean broth1 medium, pH adjusted at 7.0, and incubation for 5 days at 30°C for Streptomyces isolate SMI - 10. Methanol with chloroform in a ratio of (2 : 1) was found to be the best solvent with maximum extraction capability for antibacterial metabolites. Partial purification steps including Thin Layer Chromatography (TLC) with methanol - chloroform in a ratio of (2 : 1 v/v) was the best mobile phase, one spot was visualized for isolate SMI - 04 with Rf value of 0.77 and one spot for isolate SMI - 10 with Rf value of 0.71. Column chromatography exhibited that two active fractions, fraction No.11 of isolate SMI - 04 and fraction No.9 of isolate SMI - 10 which gave considerable antibacterial activity. Gas Chromatography - Mass Spectrometry (GC - MS) technique indicated the presence of two compounds with antibacterial activity; eicosane for Streptomyces isolate SMI - 04 and butylated hydroxytoluene for Streptomyces isolate SMI - 10, which possessed potent antibacterial activity. Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) values of eicosane were 32µg/ml and 64µg/ml for Staphylococcus aureus and Escherichia coli, respectively while the MICs of butylated hydroxytoluene was 16 µg/ml for Staphylococcus aureus and 32 µg/ml for Escherichia coli which indicated the potent antibacterial activity of the latter compound. According to our knowledge, these antibacterial compounds are first recorded and identified from Streptomyces spp. in Iraq

الكشف عنcag جين وجينات الضراوة الاخرى من بكتريا القولون المسببة لالتهاب المجاري البولية في مدينة بابل == Screening for cag Genes and Other Virulence Genes Among Escherichia coli Isolated From Patients With Urinary Tract Infection In Babylon City

Author name: ياسمين رياض سعيد العزاوي
Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | محمد رضا جودي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: في هذه الدراسة، تم جمع (100) عينة ادرار من مرضى مصابين بالتهاب المجاري البولية و(25) عينة خروج من افراد اصحاء كعينة ضابطة، من كلا الجنسين في مستشفى الحلة الجراحي خلال الفترة من شباط 2015 الى ايار 2015.ثمانون عينة فقط اظهرت نمو على الاوساط الاختبارية. و40 عينة كانت حاملة ل E.coli بنسبة 10(25%) عزلة من الذكور و30(75%) عزلة من الاناث. اضافة الى ذلك تم تشخيص (7) عزلات E.coli من عينات الخروج لاشخاص اصحاء .اظهرت الدراسة ان 20(50%) من عزلاتUPEC تمتلك القابلية على انتاج الهيمولاسين خارخ الخلية على وسط اكار دم الانسان بنسبة 15(37,5%) الفا هيمولايسين و5 (12,5%) بيتا هيمولايسين . اما باقي العزلات 20 (50%) كانت غير قادرة ع انتاج الهيمولايسين.تضمنت الدراسة ايضا الكشف الجزيئي عن cag A جين لمشاهدة Sequence homology لهذا الجين في بكتريا H.pylori وE.coli بواسطة تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) حيث لوحظ ان كافة عزلات البكتريا اظهرت نتيجة سالبة لهذا الجين . وقد لوحظ ايضا نفس النتيجة ل cag E جين.اما التحري عن vir BII جين باستخدامprimer , فقد لوحظ ان 5(71,4%) عزلة بكتيرية من عينات الخروج و25(62,5 %) عزلة بكتيرية من عينات الادرار كانت ايجابية لهذا الجين , الذي لم يسبق دراسته في بكتريا E.coli . هذه النتيجة مؤشر لوجود sequence homology لهذا الجين مع جين بكتريا H.pylori .كما تم فحص عزلات UPEC )) للكشف عن وجود جينات الالتصاقpap, sfa, afaI) ) بواسطة (PCR). حيث وجد ان 26(65%) عزلة ادرار كانت تحملpap جين. و25(62%) عزلة تحمل sfaجين. بينما afaI جين يوجد في 17(42%).كذلك الكشف الجزئي عن جينات (cnf I and cnf II). ووجد ان cnf I كان ايجابيا في 21(52%) عزلة ، بينما cnf II لم يتم تحديده في اي عزلة.اظهرت الدراسة ايضا ان aer جين متواجد في 25(62,5%) من العزلات. اما hly جين فانه موجود في 18(25%) من العزلات.بالاضافة الى ذلك تم دراسة تاثير بعض المضادات الحياتية على عزلات بكتريا القولون المعوية. وقد وجد ان جميع عزلات هذه البكتريا حساسة بنسبة 100% الى Imipenem واقل حساسية 60% الى Nitrofurantoin و55% الى Amikacin . لكن بقية العزلات اظهرت نسب مختلفة من المقاومة لمضاد واحد او اكثر من المضادات الحيوية مثل Ceftazidim 80% وCeftriaxone 87,5 % , وبدرجة اقل من المقاومة لكل من Levofloxacin 62,5% وTrimethoprim - Sulfametoxazole 77,5% . | In this study, a total of (100) urine specimens obtained from patients suffering from Urinary Tract Infection and also, 25 stool samples were taken from healthy individual as control group were included, from both sexes who admitted to Al - Hilla Teaching Hospital Babylon during a period from February (2015) to May (2015). The urine and stool samples were then cultured on selective media to isolate Escherichia coli. Only 80 samples showed positive culture growth. It was found that only 40 isolate of E. coli were isolated where 10 (25%) of the isolates from male patient and 30 (75%) from female patients. Moroever, 7 isolates E.coli were isolated from stool samples of human individual.The ability of uropathogenic E.coi (UPEC) to produce extracellular hemolysin was studied, and it was found that 20 (50%) out of 40 isolates of E. coli were able to produce hemolysin on human blood agar, whereas15 (37.5%) were found α - hemolytic and 5 (12.5%) β - hemolytic. Other isolates of E. coli 20 (50%) had no ability to produce hemolysin.On the other hand, molecular detection of cytotoxic associated gene A (cagA) to show the sequence homology of this gene in Helicobacter pylori and E.coli. by PCR technique showed that all isolates of E.coli from urine and stool gave negative result for this marker, which confirm that there is no sequence homology of this gene with that present in H. pylori.The same results were seen with cytotoxic associated gene E (cagE) by using specific marker, where all isolates from urine and stool samples gave negative result to this gene. Moreover, the isolates of E. coli were subjected to show their possession of virB II gene, by using specific marker. It was observed that 25 (62.5%) of bacterial isolates from urine and 5 (71.4%) of bacterial isolates from stool gave the positive result for this gene, which is not previously detected in E. coli. This result indicate to found sequence homology of this gene with that present in H. pylori.Besides, the isolated UPEC were examind for the presence of the adhesion genes (pap, sfa, afaI) by PCR assays. It was found that pap gene was present in 26 (65%) isolates and sfa gene present in 25 (62.5%). While afaI gene present in 17 (42%) of isolates. Molecular detection of cytotoxic necrotizing factor I and II (cnf I and cnf II), was also studied by using specific markers. It was seen that cnf I gene was positive in 21 (52.5%) isolates of E. coli. While cnf II gene was not observed in any isolates of E.coli. Aerobactin (aer) and hemolysin (hly) genes, is also investigated by using specific markers; it was found that aer gene was present in 25 (62.5 %) of isolates and hly gene present only in 18(45%). Finally, the susceptibility of isolates to a variety of antibiotics has been investigated. It has been found that E. coli isolates were sensitive to imipenim at a rate (100%), and lesser to nitrofurantoin 60% and amikacin 55%. But most of them showed different mode of resistance to antibiotics used in this study as Trimethoprim - Sulfamethoxazole 77.5%, Ceftazidim 80%, levofloxacin 62.5%, Ceftriaxone 87.5%.

التوصيف المظهري والجزيئي لبكتريا Staphylococcus saprophyticus الممرضة البولية المعزوله من النساء المصابات بالتهاب المثانة == Molecular and Phenotypic Characterization of Uropathogenic Staphylococus Saprophyticus Isolated From Women With Cystitis

Author name: فرح علاء عبد الحسين الوائلي
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | زينب حمود السعدي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تم في هذه الدراسة جمع وزراعة (140)عينة من منتصف مجرى عينة الادرار التي جمعت من (140) مريضة مصابات بالتهاب المثانه وممن احيلوا الى مستشفى الحلة التعليمي العام ومن العيادة الخاصة للفئه العمريه من 16 - 55 سنة (من اكتوبر 2014 الى يناير2015) وقد تم عزل وتشخيص 14 عزلة فقط من بكتريا Staphylococcus saprophyticus. وقد تمت دراسة بعض عوامل الضراوه المسؤوله عن امراضية هذه البكتريا فقد اظهر اختبار وجود المحفظه للعزلات البكترية بان عزلة واحده فقط من بكتريا S.saprophyticus تحتوي على المحفظه في حين تخلو العزلات ال13 الاخرى منها . ايضا تضمنت هذه الدراسة التحري عن وجود عوامل الاستيطان الاول CFAI)) والثانيCFAII) ) والثالث(CFAIII). وقد اظهرت النتائج بان 13 عزلات اي 92% تمتلك عامل الاستيطان الاول (CFAI) في حين تمتلك عزلة واحده من هذه البكتريا اي 7% عامل الاستيطان الثاني CFAII)), اما بالنسبه لعامل الاستيطان الثالث (CFAIII) فقد اظهرت النتائج بان مايقارب 21% اي 3 عزلات من هذه البكتريا لديها القدره على انتاج هذا العامل . كما اظهرت النتائج ان جميع عزلات S. saprophyticus غير محلله للدم اي غير منتجة للهيمولايسين عندما تنمو على وسط اكار الدم، في حين ان جميع العزلات كانت قادرة على انتاج انزيم اليورييز. وقد تم الكشف عن وجود انزيم البروتييز الخارجي فقد وجد ان 2 (14٪) من هذه البكتيريا كانت قادرة على انتاج هذا الانزيم ، في حين 12(86٪) لم تكن تملك القدرة على انتاج هذا الانزيم .اما بالنسبه للانزيم المحلل للدهون (اللايبيز) فقد اظهرت النتائج بان 8 (57٪) من بكتريا S.saprophyticus كانت قادرة على انتاج انزيم اللايبيز. ايضا شملت الدراسه قابلية البكتريا تكوين الغشاء الحيوي في جميع العزلات البكتيرية وقد وجد ان عزلتين فقط لها القابليه على تكوين الغشاء الحيوي اما العزلات البقيه فقد اظهرت عدم قابليتها على تكوينه . ايضا اظهرت الدراسة بان الغالبية العظمى من العزلات(12) عزلة لها القابلية على انتاج عامل الالتصاق بالخلايا البولية الطلائية Addherence factor)) . كما تم الكشف عن انتاج البكتريوسين من قبل S.saprophyticus وقد اظهرت العزلات نتائج مختلفة لهذا الاختبار ضد انواع مختلفة من البكتيريا التي تشمل E.coli) P.auroginosa)،and S.epidermides, S. penumoniea، وKlebsiella) لكن لم تنتج اي من هذه العزلات مبيد جرثومي ضد E.coliاو P.auroginosa، في حين ان (28٪) منها انتجت مبيد جرثومي ضد Klebsiella و(35٪) منها ضد S.epidermides و2 (14٪) مقابل S.pneumonie اما من ناحية اختبار الحساسية للمضادات الحيوية فان جميع هذه العزلات قد خضعت لهذا الاختبار وقد وجد ان جميع عزلات هذه البكتريا حساسة بشكل تام 100% لكل من Levofloxacin , Cefoxitin, Imipenem , vancomycin .ولكنها حساسة بدرجة اقل لكل من Ciprofloxacin و. Trimethoprime - Sulfamethoxazoleكما واظهرت العزلات مقاومه100% لكل من Nalidixic acid وOxacillin .ولكن بدرجة مقاومه اقل للمضادات Methicillin وGetamycin اما من ناحية الكشف والتشخيص الجزيئي فقد تم استخدام بادئات نوعيه Primer) ) في تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR للتحري عن الجينات الخاصة بانتاج (uafA) بروتين وقد اظهرت النتائج بان جميع العزلات البكترية تمتلك هذا الجين الخاص بالبروتين المسؤول عن الالتصاق بالخلايا الطلائية للقناة البولية. ايضا بواسطة نفس التقنية تم التحري عن الجين المسؤول عن انتاج المحفظة في هذه البكتريا capD وقد اظهرت النتائج بان عزلة واحدة فقط من بكتريا S.saprophyticus تمتلك هذا الجين . وعلاوة على ذلك، تم الكشف عن الجين المسؤول عن انتاج البروتين الالتصاقي المحلل Aas من قبل هذه البكتريا وقد بينت النتائج بان جميع العزلات اظهرت نتائج ايجابيه لهذا الجين وبنسبة 100% . كما تم التحري عن الجين المنتج للبروتين المسؤول عن الارتباط بالكولاجين في هذه البكتيريا واظهرت هذه الدراسة ان عزلة واحدة فقط تمتلك هذا الجين.بالاضافة الى ذلك، في جميع العزلات البكتيرية تم الكشف عن الجين المسؤول عن تشفير وانتاج انزيم اللايبيز Ssp في بكتريا S.saprophyticus باستخدام بادئات نوعية خاصة . وقد اظهرت نتائج البحث في هذه الدراسة بان 14(100٪) من العزلات تمتلك هذا الجين. في هذه الدراسة اتضح ان جينات الضراوه (UafA, Aas , and Ssp) هي الاكثر شيوعا بين العزلات وكذلك اظهرت الدراسه قدرة هذه البكتربا على انتاج الباكتريوسين ضد البكتريا السالبه لصبغة غرام | In this study, a total of 140 mid stream urine specimen were collected from women suffering from cystitis who attended to Hilla General Teaching Hospital from November 2014 to February 2015 to detect the occurrence of Staphylococcus saprophyticus among the collected specimens. The patients age ranged from 16 to 55 years. Only 14 isolates were identified as Staphylococcus saprophyticus . Some virulence factors were studied by phenotypic method in S.saprophyticus isolates. The capsule was present in only one isolate out of 14 whereas the other 13 isolates in this study did not possess the capsule. Colonization factor antigens were also detected in all isolates. It was found that 13(92%) of isolates had CFAI , while 1(7%) of them had CFAII and 3(21%) had the ability to produce CFAIII. The results also showed that all isolates of S. saprophyticus did not produce hemolysin, while all isolates were able to produce urease enzyme. Extracellular protease were also investigated. It was found that 2(14%) of this bacterium were able to produce extracellular protease, whereas the other 12(86%) didn’t have the ability to produce this enzyme. The ability of S.saprophyticus to produce lipases was identified and the results showed that 8(57%) of S.saprophyticus were able to produce lipase enzyme. Biofilm formation was investigated in all bacterial species, and the results showed that only 2(14%) of the isolates that form biofilm ,while the result of adherence test showed that 12(85%) of this bacterium had the adherence activity to attach to the uroepithelial cells. Also the investigation of bacteriocin production in S.saprophyticus revealed that the isolates had shown different results for this test against different types of bacteria that include (E.coli or P.auroginosa, S.epidermidis , S. penumoniae , and Klebsiella) but no one of them had bacteriocin against each of E.coli and P.auroginosa , while 4( 28%) of them had produced bacteriocin against Klebsilla and 5(35%) of the isolates had bacteriocin against S.epidermidis while 2(14%) against S .pneumoniae. All the isolated S.saprophyticus bacterium from urine specimen were submitted to in vitro antibiotics sensitivity test by Kirby - Bauer disc diffusion method . It had been found that S.saprophticus isolates were sensitive (100%) to Cefoxitin , Imipenem , Levofloxacin and Vancomycin but lesser to each of Ciprofloxacin and Trimethoprime - Sulfamethoxazole . However , the isolates showed resistance to Nalidixic acid and Oxacillin , but in a lesser degree to Methicillin . Molecular detection of Ubiquitous uro - adherence factor A was made by using specific PCR primer . This marker was shown to be present in all isolates of this bacterium ,while the molecular detection of the capsular polysaccharides gene capD had shown that only one isolate 1(7%) had this gene and gave positive result for this primer. Moreover, Autolysin - adhesin surface protein Aas was also detected in S.saprophyticus . It was shown that all isolates 14(100%) gave positive result for this gene. The collagen binding protein gene sdrI was also investigated in this bacteria and this study had shown that only one isolate possess this gene.In addition to that , the surface associated protein gene of S.saprophyticus Ssp was detected in this study by using specific primer in 14(100%) of isolates, this gene is responsible for lipase encoding . In this thesis it was found that the virulence factor genes (UafA, Aas , and Ssp) are more common among isolates of S.saprophyticus and this bacteria were able to produce bacteriocin against Gram negative bacteria.

التوصيف الجزيئي لبعض عوامل الضراوة لبكتريا Streptococcus pneumoniae المعزولة من الاطفال المصابين بالتهاب الاذن الوسطى الحاد == Molecular characterization of some virulence factors of Streptococcus pneumoniae isolated from children with acute otitis media

Author name: شيماء عبد العباس محمدعلي الطائي
Supervisor name: لميس عبد الرزاق عبد اللطيف | صفاء حسين الطريحي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: في هذه الدراسة تم الحصول على 120 مسحة من الاطفال المصابين بالتهاب الاذن الوسطى المراجعين لمستشفى الحلة التعليمي (شعبة الانف والاذن والحنجرة) للفترة من تشرين الثاني 2014 الى كانون الثاني 2015 والذين تراوحت اعمارهم من شهر واحد الى 12 سنة . وقد تم عزل وتشخيص 8 عزلات فقط من بكتريا Streptococcus pneumoniae . خضعت جميع العزلات لاختبار الحساسية للمضادات الحيوية .وقد وجد ان جميع عزلات هذه البكتريا كانت حساسة بشكل تام (100%) لكل من Tetracycline Clarithromycin وMeropenem.ولكنها حساسة بدرجة اقل لكل من Vancomycin, Imipeneme وCloxacillin . كما واظهرت العزلات مقاومة Cefotaxime في حين كانت مقاومة وبدرجة اقل لكل Amoxy - clavulanic acid, وOxacillin . تم استخدام بادئات نوعية (primers) في تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) للتحري عن الجينات الخاصة بانتاج (ply) جين وقد اظهرت النتائج امتلاك اربع من العزلات لهذا الجين, وقد وجد ايضا ان هذه العزلات الموجبة لها القابلية على انتاج hemolysin خارجي . اضافة الى ذلك وجدت نتائج مماثلة لجين (LytA) حيث وجد ان نفس العزلات الاربعة اعطت نتائج موجبة لهذا الجين . اضافة الى ذلك فان التحري عن امتلاك Streptococcus pneumoniae لجين (LuxS) يظهر امتلاك خمس عزلات فقط لهذا الجين . كما وجد ان جينات (nan A) عنصر اساسي في الاستعمار الناجح في القنوات التنفسية وان هذه الجينات حددت بواسطة بادئات ( Primers) خاصة بواسطة تقنية PCR وقد اظهرت النتائج اعطاء جميع العزلات نتائج موجبة لهذا الجين. اضافة الى ذلك فان التحري عن جين (PsaA) قد تم باستخدام تقنية PCR قد درست ايضا وقد اظهرت النتائج بان اثنين من العزلات فقط اظهرت نتائج موجبة لهذا الجين . كما تم التحري عن جين (CpsA) بواسطة استخدام تقنية PCR ,وقد اظهرت النتائج امتلاك العزلات كافة لهذا الجين وان هذه النتيجة تدعم النتائج التي تم الحصول عليها phenotypically حيث وجد ان جميع العزلات اعطت نتائج موجبة للكبسول وهذا الجين يعتبر housekeeping جين . كما تم التحري عن الجين (α - Eno) باستخدام تقنية PCR, وقد اظهرت النتائج امتلاك خمس من العزلات لهذا الجين. وقد تم التحري عن تكوين الغشاء الحيوي biofilm بواسطة لوحة زراعة النسيجية حيث اظهرت النتائج تكوين biofilm بصورة قوية بنسبة 87.5% وتكوين biofilm بصورة متوسطة بنسبة 12.5 % وعدم وجود بكتريا غير قادرة على تكوين biofilm . بالاضافة الى ذلك تم دراسة تاثير سكر Xylitol على نمو بكتريا Streptococcus pneumoniae وقد وجد ان وجود سكر Xylitol بتركيز 3% يسرع بدخول البكتريا الى طور الثباات stationary phase .كما تم التحري عن تاثير سكر Xylitol بتركيز 5% على تكوين biofilm ,واظهرت النتائج قابلية سكر Xylitol على تفليل تكوين biofilm بنسبة 100%. | In this study , a total 0f 120 ears swabs obtained from children suffering from otitis media who were attended to Al - Hilla Teaching general Hospital (ENT unit) during the period ranging from November (2014 ) to March (2015). The patient age ranged from (1months - 12 years). Only eight isolates of S. pneumoniae were isolates. All the identified S. pneumoniae isolates from ear swabs were subjected to in vitro antibiotics susceptibility test by modified Kirby - Bauer disc diffusion method . It has been found that S. pneumoniae isolates were sensitive (100%) to Tetracycline , Clarithromycin and Meropenem. But lesser to each of Vancomycin, Imipeneme and Cloxacillin. However, the isolates showed resistance to Cefotaxime , but in a less degree to Amoxy - clavulanic acid, and Oxacillin. Molecular detection of Pneumolysin (Ply) gene was done by using specific PCR primer. It was found that Ply was observed in only four bacterial isolates, and these positive isolates have the ability to produce extracellular hemolysin. In addition, the same result was seen in autolysin (LytA) where the same four isolates give positive result for this gene. Moreover, luminescence (Lux S) was also detected in Streptococcus pneumonia isolates .It was shown that only five isolates gave positive result with this gene . It was found that neuraminidase (NanA) is essential for successful colonization of respiratory track, these genes was detected by specific PCR primer; it was observed that all isolates gave positive result of this gene. Besides, two isolates gave positive result for pneumococcal surface antigen A (psaA) gene when it was be detected through using PCR primer. Capsular polysaccharide synthesis (cpsA) was detected by using specific PCR primer. It was found that all isolates gave positive result for this gen and this result was confer phenotypically were all isolates gave positive results for capsule this gene was designated as housekeeping gene. In addition to that, specific PCR primer was used for detection of α - enolase gene. It was found that α - Eno was observed in five isolates of S. pneumoniae. Biofilm formation was also investigated by using Tissue culture plate. It was shown that biofilm formation was (87.5%) strong biofilm formation, ( 12.5 % ) moderately biofilm formation and no isolates that express non biofilm formation . Regard the effect of xylitol on bacterial growth was likewise studied which indicated that xylitol at (3%) concentration could cause accelerate the entrance of bacteria in the stationary phase when it is toxic to this bacteria. In addition, the effect of xylitol (5%) on biofilm formation was also studied, it was found that the result of this study demonstrated that xylitol effectively reduced the biofilm forming bacteria from weak to (100%) and no strong formation.

الكشف عن اصابات بكتريا التدرن Mycobacterium tuberculosis باستخدام تقنيات تشخيصية مختلفة في محافظة بابل == Detection of Mycobacterium tuberculosis Infections using Different diagnostic Techniques in Babylon Province

Author name: عبد الستار اسود كوكز
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | هادي محمد علي الموسوي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف الدراسة الى المقارنة بين بعض التقنيات المستخدمة في التشخيص السريع لمرض التدرن في محافظة بابل باستخدام كل من Gene X - pert وAFB وReal Time PCR. وكذلك التحري عن معايير المناعية التي تتضمن التركيز المصلي لكل من IL - 2 وIgG وIgM لمصول مرضى التدرن. جمعت العينات المطلوبة لانجاز العمل من (60) شخص يشتبه اصابتهم بمرض التدرن والذين راجعو المركز التخصصي للامراض الصدرية والتنفسية بمدينه الحلة خلال الفترة من شباط الى حزيران 2015. بينت النتائج ان نسبه مرضى التدرن من الذكور هي 64% والاناث 36%, ضمن مدى الاعمار (15 - 74سنه) .اظهرت نتائج هذه الدراسة بان تشخيص مرض التدرن باستخدام كل من Gene X - pert وReal Time PCR نسبة حساسيه لكليهما بالنسبة لAFB موجب 100%. لكن Gene X - pert قد سجل 66% وReal Time PCR قد سجل 58% بالنسبة لAFB سالب. ونسبة الحساسية ل AFB 16,6%.حددت تسعة وثلاثون عينه موجبه لبكتريا التدرن من مجموع 60 مريض مشتبه اصابتهم ببكتريا التدرن قد حددت باستخدام Gene X - pert وكان منها (10 عينات عالية المقاومة و13 عينة متوسطة المقاومة و11 عينة واطئة المقاومة و9 عينات حساسة ) ل Rifampicin.اظهرت المعايير المناعية وجود زياده معنوية في معدل تركيز IL - 2 في مرضى التدرن غير المعالجين على حساب المعالجين ومجموعة السيطرة وكذلك زيادة في المعالجين على حساب مجموعة السيطرة. بين المتوسط الحسابي IL - 2 لغير المعالجين اعلى قيمة (196,429±69,139 بيكوغرام/ملي لتر) ويليه للاشخاص المعالجين (96,997±27,113 بيكوغرام/مليلتر) والاصحاء (78,997±0,909 بيكو غرام/مليلتر). عندما كانت قيمة P. value بين المرضى غير المعالجين والمعالجين (0,003) وجود زياده واضحه. وغير المعالجين ومجموعة السيطرة (0,005) وجود زياده واضحه. والمعالجين ومجموعة السيطرة (0,521) لا يوجد زياده واضحه. اظهرت المعايير المناعية وجود زياده معنوية في معدل تركيز الجسم المضاد IgG في مصول مرضى التدرن غير المعالجين على حساب المرضى المعالجين كالتالي : (22,09±1,299 غرام/لتر و17,376±2,494 غرام /لتر) على التوالي والقيمة الطبيعية في الاشخاص الاصحاء هي (6,3 - 16 غرام/لتر) عندما كانت P. value تساوي (0,01> P ) . لا توجد زياده معنويه في معدل تركيز الجسم المضاد IgM في مصول مرضى التدرن غير المعالجين والمعالجين (1,584±0,559غرام/لتر 1,143±0,492 غرام/لتر) على التوالي والقيمة الطبيعية هي (0,3 - 2,5غرام/على لتر) عندما كانت 0,05P. value > | The study aims at comprise between some techniques using for rapidly detecting tuberculosis cases among Babylon population and to limit the prevalence rate. This objective is achieved by the following : Collection of sputum and blood from study group who are suspected to have TB infection, molecular detection of Mycobacterium tuberculosis in patients samples using Real - Time PCR, Gene X - pert, and demonstration of immune response (IL - 2, IgG, and IgM) in TB patients. The samples of sputum and blood were collected from sixty patients suspected of having TB, in the Specialized Chest and Respiratory Center, Babylon, City during the period from February to June 2015. TB patients consisted of 28 (64%) males and 15 females (36%), with an age range from 15 to 74 years old. Gene X - pert MTB/RIF and Real - Time PCR techniques given sensitivity for AFB positive (100%) and AFB negative (66%, and 58%) respectively. AFB sensitivity is (16.6%), and the specificity is (100%) for all in the present study. Gene X - pert showed that forty three were TB positive from sixty suspected TB patients, and there are 10 with high resistance, 13 with medium resistance, 11 with low resistance, and 9 were sensitive to rifampicin. Serum level of Interleukin - 2 (IL - 2) in untreated TB patients, treated TB patients and control group showed significant differences. IL - 2 in untreated TB patients show high mean (169.429±69.139 pg/ml), followed by treated patients (96.997±27.113 pg/ml), and control group (78.997±0.909 pg/ml). The untreated v.s treated P. value (P<0.003) significant, untreated v.s control P. value is (0.005) significant, and treated V.s control P. value is (0.521) non - significant. Serum level means of immunoglobulin G (IgG) in untreated TB patients and treated TB patients show significant difference. The mean of IgG in untreated patients was higher than in the treated patients, there are (22.094± 1.299g/L, and 17. 376± 2.494 g/L, respectively), significantly P. value is (P<0.01) and the normal value of IgG is (6.3 - 16 g/L). Serum level means of immunoglobulin M (IgM) in untreated TB patients and treated TB patients showed non - significant difference. The IgM mean value in whole groups of the study had located in the normal value, the mean of IgM in the untreated patients is (1.584± 0.559 g/L), treated patients is (1.143± 0.492 g/L), (P. value >0.05), and normal value is (0.3 - 2.5 g/l).

تحضير مصل تشخيصي متعدد التكافؤ لبكتيريا السالمونيلا للنمطين المصليين Typhi وTyphimurium == Preparation of Polyvalent Diagnostic Antisera for Salmonella serovares Typhi and Typhimurium

Author name: امير صادق ياسر العذاري
Supervisor name: حبيب صاحب نهر | علاء حسين حيدر
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة على عزلتين مختلفتين لبكتريا Salmonella ( typhi وtyphimurium ) تم الحصول عليهما من مختبر الصحة العامة في محافظة النجف خلال شهر كانون الاول 2014. تضمنت الدراسة ثلاثة محاور رئيسية , المحور الاول بكتريولوجي وتضمن دراسة تشخيصية للعزلتين وفق انظمة تشخيصية متقدمة ومعتمدة وتضمن المحور الثاني الكشف عن بعض عوامل الضراوة التي تمتلكها البكتريا كقدرتها على الحركة, وانتاج انزيم البروتييز والقدرة على تكوين biofilm اما المحور الثالث فقد تضمن دراسة مناعية تم من خلالها تحضير المستضد الجسمي والمصل التشخيصي متعدد التكافؤPolyvalent antisera لكل من العزلتين.تم اختبار البكتريا من خلال اجراء الفحوصات المجهرية والكيموحياتية وتقنيات Api - 20 والVitek2 ومن خلال نتائج تلك الفحوصات ومقارنتها بالصفات النوعية للبكتريا تاكد بانه العزلتين قيد الدراسة هما Salmonella typhi , وSalmonella typhimurium . اظهرت النتائج قدرة بكتريا Salmonella جنس typhimurium على استهلاك السترات , وانتاجها لكميات كبيرة لكبريتيد الهيدروجين على وسط kliglar iron agar في حين كانت لها القدرة على تخمير العديد من السكريات واهما سكر Arabinose . في حين كانت العزلة للجنس typhi غير قادرة على استهلاك السترات وانتاجها لكميات قليلة لكبريتيد الهيدروجين بالاضافة لعدم قدرتها على تخمير سكر Arabinose .كشفت الدراسة عن امتلاك بكتريا السالمونيلا لبعض عوامل الضراوة متمثلة بانتاج الانزيم المحلل للبروتينات protease enzyme وقدرتها على تكوين biofilm الذي تعتبر احدى العوامل الرئيسة في تلوث الاغذية المحفوظة وانتشار المرض اضافة الى قدرة البكتريا على الحركة بنشاط مما يمكنها من اختراق الطبقة المخاطية المبطنة للامعاء. ومن النتائج التي توصلت اليها الدراسة قدرة البكتريا على مقاومة المضادات الحيوية النيومايسن والكلورامفينكول الذي كان في السابق يعتبر المضاد الحيوي الاول في علاج الاصابة ببكتريا السالمونيلا في حين اظهرت البكتريا حساسية كبيرة للمضادين السيبروفلوكساسين والسيفترياكسون اضافة الى حساسيتها للمضادات كوتريميكسازول والتيتراسايكلين والنالدكسك اسد ,كما اظهرت العزلتين تباين في نسبة الحساسية الكبيرة الى المتوسطة للمضادين الاموكسلين والامبسيلين حيث كانت Salmonella typhi حساسة لتلك المضادات في حين كانت Salmonella typhimurium متوسطة الحساسية لتلك المضادات .المصل التشخيصي متعدد التكافؤPolyvalent diagnostic antisera تم تحضيره خلال طريقة مقترحة من قبل جامعه فلوريدا. حيث تم تحضير المستضدات الجسمية لكلتا العزلتين لبكتريا السالمونيلا المقتولة بالحرارة وحقن هذه المستضدات في الحيوانات المختبرية ( ارانب ) التي قسمت الى ثلاثة مجاميع حقنت الاولى والثانية منها بمستضدات جسمية مختلفة للعزلتين المختلفتين وباربعة جرع بين حقنة واخرى ثلاثة الى اربعة ايام في حين حقنت المجموعة الثالثة بالمحلول الملحي الفسلجي واستخدمت كمجموعة سيطرة للمقارنة تم بعد الحقنة الرابعة للحيوانات سحب الدم من الحيوانات بطريقة ثقب القلب تم عزل المصول واختبار كفاءتها في الكشف عن البكتريا من خلال فحص التلازن agglutination test لكلا المستضدين مع الاضداد المتمثلة بالمصل وكانت النتيجة موجبة لكلا الفحصين . اما عند مزج المستضد للعزلة الاولى مع الضد العزلة الثانية فقد اظهرت نتيجة موجبة للتلازن لكنها كانت ضعيفة مقارنة مع النتيجة الاولى, في حين عند عمل تفاعل مع بعض انواع من البكتيريا الواقعة ضمن العائلة المعوية فكانت النتيجة غير جديرة بالذكر | The present study was executed on two different isolates of Salmonella (typhi and typhimuruim) which were obtained from Central Health Laboratory in AL - Najaf province during December 2014. The study included three main parts. The first part was to confirm diagnosis of those isolates based on reliable diagnostic procedures. The second part concerned with the study of some virulence factors of Salmonella such as motility, production of protease enzyme and ability to formation of biofilm. The last part included immunological study including preparation of somatic antigen and polyvalent diagnostic antisera for each isolates. The suspected isolates were fully identified by using bacteriological, biochemical, API 20E and Vitek2 techniques. The results of these tests which compared with specific characteristics of Salmonella indicated, it was that the isolates included in this study were Salmonella typhi and Salmonella typhmurium . The results revealed that ability of Salmonella genus typhimurium was able to utilize citrate, produce high amount of H2S in Kliglar iron agar and ferment Arabinose sugar, while Salmonella typhi was incapable to citrate utilization and produce little amount of H2S in Kliglar iron agar and has inability to ferment Arabinose sugar. The results revealed that Salmonella produced virulence factors represented by producing protease enzyme and biofilm formation which consider as the main factor in contaminating of food and transmission of disease. The results exhibited a remarkable resistance of Salmonella to Neomycin and Chloramphenicol which was consider the first choice in treatment of Salmonella, but it was sensitive to Ciprofloxacin, Ceftriaxone, Cotrimoxazole, Tetracycline and Naldixic acid, while it exhibited variable sensitive to Ampicillin and Amoxicillin . Polyvalent diagnostic antisera were prepared according to protocol being suggested by Florida State University. Preparation of heat killed somatic antigen for each isolates of Salmonella, then were injected in three groups of laboratory animals (rabbits). The first and second group was injected with different somatic antigen in four successive doses with an interval time of three to four days, while the third group was injected with normal saline which used as control. Blood was collected from animals by intracardiac injection then serum has been separated and tested for its specificity by reaction with Salmonella typhi and Salmonella typhimurium using the agglutination test. The results were highly positive and specific, but when test antigen of first isolate with serum of second isolate will exhibit positive result with weak agglutination, then when cross reaction prepared antisera with live antigens of other some species belong Enterobactrecea the results was no considerable reaction

تغاير العلاقات التطورية وتصويف عوامل الضراوة لعزلات المكورات العنقودية من المرضى في محافظة بابل == Phylogenetic diversity and characterization of virulence factor for Staphylococcus aureus isolated from patients in Babylon province

Author name: نبراس عودة كاظم عيسى
Supervisor name: لميس عبد الرزاق عبد اللطيف
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: A total 100 samples, only nineteen isolates of S. aureus were obtained from different samples includes (urine ,vagina, stool, wound, and abscess ) from patients by standard bacteriological methods. All samples were obtained from patients or individuals who admitted to Al - Hillah Surgical Teaching Hospital and Merjan Medical City in Babylon Governorate during a period extending from (July 2017 to September 2017). Then the specimens cultured in selective media and identified by using biochemical and bacteriological tests and using specific primer(sau).Only (19)isolate of Staphylococcus aureus isolates were recovered.Some virulence factors of all S. aureus isolates were studied as sea gene , PCR was performed using specific primer on genomic DNA from S .aureus isolate . PCR amplification of sea gene indicated that two from vagina isolate 2 : 4(50%),three from urine 3 : 3(100%) and four from stool 4 : 4(100%) and one isolates from abscess 1 : 4(25%) and one isolates from wound1 : 4(25%) .Specific PCR primer was used for the detection of( tsst) gene.It was found that tsst gene was observed in 16 isolates which include urine, pus ,wound,and stool in percentage 100%.Specific primer was used for detection of eta gene .It was found that eta was observed in three from urine 3 : 3(100%), four from vagina 4 : 4(100%) and three from abscess 3 : 4(75%) and four from wound4 : 4(100%) and four from stool 4 : 4(100%).cna gene was also detected in S.aureus by using specific PCR primer .It was found that can gene was observed in two from urine 2 : 3(66.6), one from vaginaII1 : 4(25%), three from wound 3 : 4(75%) and three from abscess 3 : 4(75%) and two from stool 2 : 4(50%) .Also, ica gene was detected in S.aureus isolates by using specific primer , it was found that gene present in 2(66.6%) isolate from urine sample and 1(25%) isolate from abscess sample.However, molecular detection of pvl gene was done using specific PCR primer. It was found that pvl was observed in bacterial isolates in only 2(50%) isolate from abscess sample and 1(25%) from wound sample.Clumping factor A (clfA) gene was investigated by PCR technique using specific primer for his gene. It was found that clfA gene was observed in three from urine sample 3(100%) and one from vagina 1(25%) and four from abscess 4(100%) and four from wound 4(100%) and three from stool 3(75%).S. aureus isolates were subjected to show its ability to produce staphylokinase enzyme .It was that only 2 from 4 (50%) isolates from wound extracylallary were able to produce staphylokinase enzyme by creating clear zones around wells containing their cultures in the skim milk agar plate.Hyaluronidase activity was also investigated it was found that( 89%) of S. aureus isolates give positive result for hyaluronidase by turbidity reduction assay in the determination of hyaluronidase.The relationship between 19 S. aureus isolates using RAPD - PCR was performed. Ten primer showed polymorphism among the isolates test generatingIII88 bands, 58 of which were polymorphic with sizes ranging between 100 to 3000 bp. The mean percentage of ten primer 61.36% .The Dendogram two main cluster, the first include one isolate (st9 abscess) and the second include 18 isolates, However , the second cluster divide the 18 isolate into two subcluster. Using the ten primer isolate 11 reveled highest similarity with isolate 1 (69%) and the isolate 17 and 18 have similarity (69%) followed by isolates 7 and 16 with similarty (61%) .However , isolate 14 and 9 showed the lowest similarity (10%). All the remaining pairs showed intermediate similarity percentage with highest and lowest percentage .PCR amplification of Agr group gene from 19 isolates product different types based on size range from (323 - 659 ) bp were recognized as follows Agr I (441bP) ,Agr II(575 bp),Agr III(323 bP),Agr IV (659 bp),and. The frequencies of agr Groups III 17(89.1%) and Agr Groups I 15(78.7%) were more than those seen in other Groups flowed by agr IV 7(36.7%), while agr Group II 2(10.4%) was the least obtained in all the five isolates .DNA sequencing of cna gene from isolates of S. aureus revealed 188 mutation in four isolates and give identity in percentage (76 - 89%) with standard strand S. aureus in NCBI website ,this gene sequencing is the first described in Iraq.

تواتر الانماط المصلية من بكتريا القولون وطفيلي الحال النسيجي بين مرضى الاسهال في محافظة بابل == Frequency of Escherichia coli serotypes and Entamoeba histolytica among Patients with Diarrhea in Babylon province

Author name: محمد صباح عطيوي الزبيدي
Supervisor name: جواد كاظم الخفاجي | هادي فاضل اليساري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تعتبر Escherichia coli وEntamoeba histolytica من اكثر مسببات الامراض الشائعة التي تسبب الامراض المعوية والامعائية في جميع انحاء العالم.تم جمع 150 عينة براز من المرضى الذين يعانون من الاسهال الكبير خلال الفترة من اكتوبر 2017 حتى نهاية ديسمبر 2017 من ثلاثة مستشفيات رئيسية في مدينة الحلة ، وقد تم تشخيص 46 عزلة على انها E.coli والكشف عن 28 عينة على انها E.histolytica.شملت عزلة ال E.coli ما ياتي 29 من الذكور و17 من الاناث ، في حين شملت E.histolytica 19 من الذكور و9 من الاناث.تتراوح الفئة العمرية الاكثر شيوعا لانتشار العدوى في كل من E.histolytica وE.coli (1 - 10) سنوات . وهذا يمكن ان يكون وفقا لحقيقة ان الاطفال يلعبون على التربة مع نظافة ضئيلة او معدومة ضمن هذه الفئة العمرية او بسبب انخفاض المناعة خلال هذه الفئات العمرية.ظهر من عزلات E.coli ان اكثر انواع الاسهال شيوعا هو 14 اسهالا مائيا في حين كان في عينات E.histolytica الاسهال الدموي هو الاكثر شيوعا حيث بلغ 18 اسهالا دمويا.كان عامل الاقامة الاكثر شيوعا في كل من E.coli وE.histolytica في المناطق الريفية حيث كان حوالي 32 في E.coli و18 في E.histolytica. ويرجع ذلك الى العديد من العوامل مثل وجود الحيوانات الاليفة كمضيفين والتي تساعد على توزيع الاصابات المايكروبية ، غياب معظم المبادئ الصحية العامة ، غياب اجراءات الصرف الصحي ، تقديم الطعام والماء الملوثين .وقد درست بعض عوامل الضراوة في بكتريا القولون التي اختبرت في الدراسة الحالية لانتاج كبسولات كانت النتائج الايجابية 37 ، وكان مستضد عامل الاستعمار 18 ، وكان انتاج الهيموليزين صفرا ، وكان انتاج البكتريوسين 46.ان اكثر الانماط المصلية المنتشرة لبكتريا E.coli هو ETEC وقد كان 16 عزلة. تم اختبار تاثير بعض المضادات الحيوية على E.coli واظهرت النتائج التي تم الحصول عليها ان اعلى ارتفاع معدل مقاومة كان 43 الى ampicillin و42 الى Ceftriaxone في حين ان اعلى ارتفاع معدل انتشار الحساسية كان 43 الى Meropenem و34 الى amoxiclave.تم اختبار انتاج ESBL بواسطة E.coli في هذه الدراسة عن طريق الفحص والاختبار التاكيدي الذي كان 10 عزلات لديهم القدرة على انتاج ESBL باستخدام اختبار الفحص العادي في حين ظهرت 20 عزلة بواسطة الاختبار تاكيدي.كما تم الكشف التاكيدي ل E.histolytica بواسطة ELISA في 28 عينة التي تم الحصول عليها وجميعها اعطت نتائج موجبة | Escherichia coli and Entamoeba histolytica are among the most common pathogens that causes intestinal and extra - intestinal diseases worldwide .One hundred fifty (150) stool samples were collected from patients suffering from significant diarrhea during the period of October 2017 to the end of December 2017 from three main hospitals in Hilla city, about 46 isolates were identified as Escherichia coli and 28 Entamoeba histolytica were detected in all specimens. From 46 isolates of E.coli were included 29(63.1%) in males and 17(36.9%) in females , while from 28 E.histolytica about 19(67.9%) in males and 9(32.1) in females .The most prevalence of infection by both E.histolytica and E.coli were among age group range (1 - 10) . This could be according to the fact that children are found of playing on the soil with little or no hygiene within this age group or due to low immunity.The most common type of diarrhea in this study were 41(89.2%) watery diarrhea caused by E.coli while the 18(46.2%) bloody diarrhea were the most common in diarrhea cases by E.histolytica.Most cases of diarrhea were commonly in both E.coli and E.histolytica cases in rural that about 32(69.6%) by E.coli and 18(64.2%) by E.histolytica .These are due to many factors such as the presence of domestic animals as hosts which help in parasites distribution ,an absence of most common hygienic principles ,absent of sanitation measures , present of contaminated food and water, and the presence of insects as vectors to these pathogens .Some virulence factors of E.coli which have been tested in the present study were involve capsule production that positive results about 37(80.5%) ,colonization factor antigen were 18(39.1%), hemolysin not produced , and bacteriocin production were about 46(100%) . The high prevalence of E.coli serotypes in this study are with Enterotoxigenic E.Coli that about 16(34.8%) isolates. The enterotoxigenic E.coli pathotype is recognized as one of the main important diarrheagenic E.coli in developing countries.The effect of some antibiotics on E.coli was tested and the results that obtained show that the high prevalence of resistance 43(93.4%) to ampicillin and 42(91.4%) to Ceftriaxone while the high prevalence of sensitivity were 43(93.4%) to meropenem and 34(73.9%) to amoxiclave . The Extended Spectrum β - Lactamase production by E.coli in this study also tested by confirmatory test that was about 20 isolates were having the ability to produce ESBL by using confirmatory test.The confirmatory detection of E.histolytica by using ELISA were also applied in this study were the results give 28(100%) positive for E.histolytica .

التوصيف الجزيئي لبعض محددات الضراوة لبكتريا Klebsiella pneumoniae المعزولة من عينات سريرية مختلفة في محافظة بابل == Molecular Characterization of Some Virulence Determinants of Klebsiella pneumoniae Isolated From Different Clinical Samples in Babylon

Author name: مسار عامر مرزة العماري
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | ايفاد كريم عبد الشبلي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: A total of 200 samples were collected from different sources of patients that including (sputum , tonsil, sinuses, vagina, urine) and from both sexes during a period from September 2016 to December 2016. Only twenty isolates (10%) were identified as Klebsiella pneumoniae positive according to the cultural characteristics and biochemical tests. Eight (40%) isolates from sputum, 5(25%) isolates from urine, 3(15%) isolates from tonsil, 2(10%) isolates from sinus, and also 2(10%) isolates from vagina. K. pneumoniae in males formed 12 isolates(60%) and 8 isolates(40%) in the females .The age - groups of patients who involved in the study was ranged from one year to thirty years old. The results showed that the mean age of patients was 14.9 years with standard deviation of 10.96. All isolates (100%) were able to produce capsule, siderophore, colonization factor antigen(CFA I/CFAIII) and urease, but none of these isolates were able to produce hemolysin. They have ability to form biofilm and have a strong role in stone formation. Regarding antibiotic susceptibility testing all Klebsiella pneumoniae isolates were resistant to Aztreonam, Ampicillin, Amoxicillin/ clavulanic acid) and penicillin G, whereas sensitive to Gentamycin, Ceftriaxone, and Amikacin. The molecular detection of some virulence genes ( magA gene, kfu gene, and uge gene) was done by PCR technique. And all isolates (100%)were negative mag A. Also, PCR technique displayed that 5 isolates 20(25%) were positive for Kfu gene, while only two isolates 20(10%) were positive for Uge gene. As well, the antibiotic resistance genes bla TEM and bla SHV markers were investigated, 18(90%) isolates positive to bla TEM from them(14) isolates carried on plasmid and (4) isolates carried on chromosomal DNA, while bla SHV gene was found in 17(85%) isolates positive from them (14) isolates carries on plasmid and (3) isolates carried onchromosomal DNA. Moreover, RFLP/PCR analysis explored bla TEM and bla SHV genotyping for Klebsiella pneumoniae isolates in the current study illustrating ESBL contribution in the increment of bacterial resistant to antibiotics.

انماط مقاومة المضادات الحياتية لمجموعة الممرضات ESKAPE من مرضى الاطفال في محافظة بابل == Antibiotic Resistances Patterns among ESKAPE group Pathogens Isolated from Pediatric Patients in Babylon Governorate

Author name: امل محمد سعيد محمد جواد الموسوي
Supervisor name: علاء هاني الجراخ | عدنان حنظل الجوذري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة للتحري عن انتشار مجموعة الممرضات البكتيرية المقاومة للمضادات الحيويةESKAPE (الاسكيب) لدى مرضى الاطفال في محافظة بابل, العراق تم في بداية الدراسة جمع 191عينات سريرية مختلفة من مرضى الاطفال للفترة من تموز لغاية تشرين الثاني لسنة 2016. تم الحصول على النماذج من مرضى الاطفال بعمر من واحد يوم الى 14 سنة والوافدين لمستشفى التعليمي للولادة والاطفال (بصوره رئيسيه وحدة الخدج المنزلي, وحدة العناية المركزة, الردهات العامة) ومستشفى الحلة التعليمي (بصوره رئيسية وحدة الحروق). شملت النماذج المجموعة خلال الدراسة عينات الدم ,الادرار, سائل النخاع الشوكي, جروح الحروق، وغيرها تم اخذ المعلومات التالية من كل مريض تم ادراجه في الدراسة الحالية : الاسم, العمر, الجنس, العنوان , وزن الجسم, اخذ للقاح او لا, وجود او عدم وجود تشخيص سريري مؤكد, متعاطي للمضادات الحيوية او لا قبل اخذ النموذج من المرضى. بينت نتائج الدراسة انه من مجموع 191 عينة سريرية، ان 45 منها عينة بنسبة (23.5% ) اظهرت نمو بكتيري موجب على الاوساط الزرعية الاعتيادية وبالتالي الحصول على 45 عزله بكتيرية مشخصة بواسطة الاختبارات الكيميائية ,جهاز Vitek2ونظام .API تم الحصول على العزلات البكتيرية من عينات الادرار 16 (35.5%), الحروق15(33.3%), الدم13( (28.8% والسائل القصبي 1(2.2%)، فيما لم تظهر 146 عينه سريريه ( (76.4%نموا موجبا على الاوساط الزرعية وقد يعود السبب في ذلك لاحتمال وجود اصابه فطرية او فايروسية او لوجود بكتيريا شديدة التحسس fastidious bacteria والتي قد تكون فقدت اثناء نقل العينات الى المختبراو بسبب تعاطي المضادات الحيويه فبل اخذ النماذج. وجد انه من مجموع 191 عينة سريرية تم جمعها خلال الدراسة، فانه تم الحصول على 12 عزلة بكتيرية تابعة لمجموعة المرضات البكتيرية المقاومة للمضادات الحيوية (الاسكيب) وبنسبة6.3% ،بينما كانت نسبتها26.6% من النمو البكتيري الموجب, حيث تم عزلها من العينات وبواقع 6عزلات من جروح الحروق (50%) ,5 عزلات من الدم (41.6%) وعزلة واحدة من السائل القصبي (8.3%). اظهرت نتائج الدراسة الحالية انه من بين 12 عزلة بكتيرية (6.3%) تابعة لمجموعة الاسكيب فان اعلى نسبة عزل 33.4 %)) كانت لبكتريا S. aureus ، تلتها العزلات البكتيرية التابعة لانواع P. aeruginosa, K. pneumoniae وA. baumannii بينما لم يتم الحصول على عزلات تابعة للنوع البكتيري Enterococcus faeciumفي هذه الدراسة. اظهرت نتائج اختبار الحساسية الدوائية لمجموعة الاسكيب باستخدام نظام Vitek 2 - system للعزلات البكترية الموجبة والسالبة لصبغة كرام ان اعلى نسبة مقاومة للمضادات الحيوية كانت لبكتريا P. aeruginosa تليها العزلات التابعة لكل من K. pneumoniae,, S. aureus, E. cloacae وA. baumanniiعلى التوالي. وجد في هذه الدراسة ان 75 % من جميع العزلات السالبة لصبغة كرام ومن ضمنها العزلات التابعة لمجموعة الاسكيب P. aeruginosa, K. pneumoniae E. cloacae, A. baumannii كانت منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف ، كما اظهرت النتائج ان جميع العزلات السالبة لصبغه كرام ضمن مجموعة الاسكيب كانت منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز من نوع AmpC. كما بينت نتائج اختبار الحساسية الدوائية لمجموعة الاسكيب ان هنالك اختلافات في انماط المقاومة للمضادات الحياتية بين هذه العزلات، حيث وجد ان اعلى نسبة كانت لنمط متعدد المقاومة 10(%83.3) فيما احتل نمط واسع المقاومة نسبة 2 (16.6%), بينما لم يتم الحصول على عزلات ذات نمط كلي المقاومة في هذه الدراسة. وحسب ما تم الاطلاع من المصادر المعتمدة، فان هذه الدراسة تعد الدراسة الاولى في العراق والتي تتضمن التحري عن انماط مقاومة المضادات الحياتية لمجموعة الممرضات البكتيرية (الاسكيب) لمرضى الاطفال في العراق. | The present study aimed to investigate the prevalence of ESKAPE pathogens group : Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus. Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Enterobacter spp. among pediatric patients in Babylon province, Iraq. Out of 191 different clinical samples were collected from pediatric patients during the a period of July 2016 till November 2016. Samples were obtained from aged from 1day till the age of pediatric patients 14 years old who admitted to Babylon teaching hospital for maternity and children (mainly in nursery neonatal care unit, intensive care unit, general wards) and Hilla teaching hospital (mainly in burn unit). Samples obtained included; blood, urine, cerebrospinal fluid, burns wounds and others (bronchial fluid, abscess) data like name, age, sex, residence, body weight, attending for vaccination program before or after, any clinical documented infection or not, and whether received antibiotics before or after, were taken from patients before sampling.Among 191 clinical samples, 45 (23.5%) gave positive growth on ordinary culture media, yielding 45 bacterial isolates, identified using biochemical tests,Vitek2 - system ID cards, and API system. The bacterial isolates were recovered form urine 16 (35.5%), burn wounds 15 (33.3%), blood 13(28. 8%), and bronchial fluid 1 (2.2%). Among 191 clinical samples, 146 (76.4%) gave no growth. The reason of negative culture may be attributed to fungal infection, viral infection, fastidious bacteria that might be lost during transporting or antibiotics usage before taking samples. Out of the total samples collection 191, ESKAPE pathogens group corresponded 12 isolates (6.3%) were recovered. While (26.6) from positive growth cultures. They were isolated from samples of burn wounds 6 (50%), blood 5(41.6%), and bronchial fluid 1(8.3%). Among 12 isolates of (6.3%) ESKAPE pathogens group from 191 recovered from clinical samples, S. aureus was recovered in high rate (33.4%) followed by P. aeruginosa, K. pneumoniae, and A. baumannii However, no isolate belonged to E. faecium was recovered in this study. Results of antibiotic susceptibility testing of ESKAPE pathogens group using Vitek 2 - system found that P. aeruginosa isolates showed high rate of antibiotic resistance, followed by K. pneumoniae, S. aureus, E. cloacae, and A. baumannii isolates respectively. Different antibiotic susceptibility patterns were recorded among ESKAPE pathoges group isolates. Multi drug resistance (MDR) was found in high rate 10 (83.3%), and extensively drug resistant (XDR) 2(16.6%) , However, no isolates belonged to pan drug resistant (PDR) were recovered in this study. In the present study found that high rate 6/8 (75%) from the all isolates of G - ve bacteria within ESKAPE pathogens group (P. aeruginosa, K. pneumoniae E. cloacae, A.baumannii) were ESBL - producers and all isolates were AmpC producer.According to we knowledge, this study is a first record of investigation the prevalence of pattern resistant bacteria among ESKAPE pathogen group in pediatric patients in Iraq

دراسة جزيئية وبكتريولوجية لبكتريا Bacteroides fragilis المعزولة من النساء المصابات بالتهاب المهبل البكتيري == Molecular and Bacteriological Study of Bacteroides fragilis Isolated from Women with Bacterial Vaginosis

Author name: زهراء قيس سلمان
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | بشرى جابر عمران
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: شملت هذه الدراسة 150 مريضة يعانين من التهاب المهبل البكتيري ، تم جمع ما مجموعه 300 مسحة من عنق الرحم وافرازات مهبلية من هؤلاء المريضات بمعدل مسحتين اثنتين لكل مريضة و150 عينة دم جديدة تم جمعها من المريضات عند مراجعتهن الى مستشفيين في محافظة بابل هما : مستشفى بابل للنسائية والاطفال التعليمي ، ومستشفى الحلة التعليمي العام، و150 عينة دم جديدة كمجموعة سيطرة ، خلال الفترة من شباط الى تشرين الاول 2016. باستخام معايير امسلز تم تشخيص النساء اللواتي يعانين من التهاب المهبل البكتيري. وقد خضعت المسحات لطرق مختلفة لتحديد B.fragilis باستخدام الاساليب البكتريولوجية التقليدية. وجد ان 31 عزلة موجبة (20.6٪) باستخدام الاوساط الانتقائية. فضلا عن ذلك، تم تطبيق طرق الكشف الجزيئي باستخدام المعلم الوراثي المستند على دور جين 16 sRNA ، وكانت 44 عزلة (29.33٪) ايجابية وتعود لبكتريا B.fragilis وكذلك استخدم المعلم الوراثي nanH حيث كانت 39 عزلة (88.6٪) ايجابية. بالاضافة الى ذلك، تم فحص العزلات المعزولة على الاوساط الانتقائية الخاصة بالبكتريا للكشف عن قابلية البكتريا للالتصاق (adherence ability) بالخلايا المخاطية. كما تم التحري المظهري عن عملية تكوين الاغشية الحيوية (Biofilm formation) للعزلات المدروسة باستخدام فحص tissue culture plate (TCP) test اذ كانت مكونة للاغشية بنسبة (100%). حيث اظهرت العزلات 31 الموجبة المستخرجة من الوسط الانتقائي قدرة البكترياعلى تكوين ال Biofilm وكانت نسبة تكوين البيوفيلم (83.9٪) و(16.1٪) للوضع العالي والمعتدل على التوالي، في حين لم تكن هناك عزلات غير قادرة على تشكيل بيوفيلم. اما فيما يتعلق بتاثير بوفيدون - اليود بنسبة 10٪ على تكوين البيوفيلم، فقد اظهرت نتائج هذه الدراسة ان قدرة البكتريا على تكوينه قد تقلصت لتكون نسبة التشكيل قوي (6.5٪ (ومعتدل (71٪) و(22.6٪) لم يظهر اي تشكيل للبيوفيلم . تم فحص تاثير 10% povidone - iodine المستخدمة في الطب النسائي على انتاج الاغشية الحيوية . وقيمت الدراسة قابلية B.fragilis على انتاج bacteriocin وتاثيرها على بعض العزلات البكتيرية. اظهرت النتائج ان لعزلات البكتريا قدرة تازرية لتثبيط نمو العزلات المدروسة بنسب. فضلا عن ذلك، هدفت هذه الدراسة الى التعرف على علاقة التغايرالجيني(TLR - 4 Polymorphism) باستخدام تقنية البلمرة والقطع بالانزيم (PCR - RFLP) .وتبين من النتائج وجود ثلاث انماط جينية وكانت نسب انتشارها في مجموعة المرضى CC(36.0%) وThr399Ile : CT(12.0%) ,TT(52%) بينما نسب انتشارها في مجموعة السيطرة كانت TT(34.0%) , CC(60.0%) and CT(6.0%) وقد اظهرت وجود اختلاف وهو اختلافا معنويا, فيما بلغت نسبة انتشار الاليل T في المرضى (58%) بالمقارنة للسيطرة (37%) مع وجود اختلاف معنوي .وفي المقابل سجل وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة Asp299Gly : AA(46.0%) ,GG(50.0%) and GA(4.0%) في مجموعة المريضات بينما في مجموعة السيطرة كانت نسب الانتشار AA(34.7%) , GG(59.3%) and GA(6.0%) مع عدم وجود فارق معنوي بينهما , اما نسبة انتشار الاليل G (52%) في مجموعة المريضات بالمقارنة بمجموعة السيطرة (62%) ويعد فارقا معنويا بينهما . تناولت الدراسة تحليل تسلسل جينات معينة من عزلات B.fragilis وكشفت نتائج التحليل للاحماض الامينية لجين Enterotoxin حيث تم تحديدها في 117/117 (100٪ (بمقارنة تسلسلها مع تلك التي في قاعدة البيانات في بنك الجينات وكانت نسبة الثغرات بينهما (0)٪ ، اما بالنسبة للعزلة الثانية فقد تم التعرف على نتائج التحليل للاحماض الامينية لجين Enterotoxin في 116/116 (100٪) وبثغرات 0/116 (0٪)، اما بالنسبة لجين Phospholipaseتم تحديدها في 129/129 (100٪) مع ثغرات 0/1129 (0٪) لكل من العزلتين . اخيرا تم تحليل العلاقات التطورية بين العزلات محلية من B.fragilis والعزلات العالمية من B.fragilis باستخدام تسلسل الجينات لل Enterotoxin وPhospholipaseحيث اظهر تحليل تسلسل الحمض النووي لجين Enterotoxin ان عزلات B.fragilis المحلية (NO.1) و(No.2) كانت مرتبطة ارتباطا وثيقا بعزلة B. fragilis المسجلة عالميا (AB026625.1) و(U67735.1) ونسبة التغير الجيني الكلي في شجرة التطور (0.01%) في حين ان نتائج تحليل النشوء والتطور من تسلسل جينات Phospholipase كشفت ان نفس العزلات المحلية (NO.1) و(No.2) كانت مرتبطة ارتباطا وثيقا بالعزلة المسجلة عالميا (CP011073.1) ، ونسبة التغير الجيني الكلي في شجرة التطور كانت (0.003 - 0.005%). | This study included 150 women with bacterial vaginosis (BV), a total of 300 swabs (as two high vaginal swabs for each woman and vaginal discharge ) were taken from each woman. In addition to fresh blood samples were collected from the same 150 women with bacterial vaginosis and 150 healthy women as control group , these women admitted to the out - patient clinics of Gynecology and Obstetrics , in two hospitals of Babylon Province : Babylon Maternity and Pediatrics Teaching Hospital, and Al - Hillah General Teaching Hospital during the period from February until October 2016. Women suffering from bacterial vaginosis were diagnosed according to Amsels criteria .The high vaginal swabs were subjected to different methods for identification of Bacteroides fragilis by using traditional bacteriological methods . It was found that 31(20.6%) isolates were recovered by using selective media . Furthermore , molecular detection methods was applied by using 16s rRNA gene ,where 44(29.33%) isolates were positive , and using nanH gene where 39(88.6%) isolates were positive out of the 44 isolates , these genetic markers were used for confirmation detection of B.fradilis isolates . In addition , the 31 isolates recovered from selective media were investigated to detect adherence of B.fragilis to mucosal epithelia cells .Also , biofilm formation was tested in semi quantitative microtiter plate test . The result revealed that all isolates were biofilm former , biofilm formation were accounted (83.9%) and (16.1%) for high and moderate mode respectively , while there were no isolates that do not express biofilm formation . Regarding on effect of 10% povidone - iodine on biofilm formation ,the result of this study demonstrated that internal douche effectively reduced the viability of biofilm forming to strong (6.5%) , moderate (71%) and (22.6%) shown no biofilm formation . The study was also evaluated the susceptibility of bacteriocin produced by B.fragilis on some isolates of bacteria . The result revealed that B.fragilis have synergistic ability to inhibition the growth of studied isolates with different ratios . Additionally, this study aimed to investigate the relation of Asp299Gly and Thr399Ile Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) in the Toll - like receptor - 4 (TLR - 4) with the incidence of bacterial vaginosis .The result elucidated that at the site of Thr399Ile SNP, there were three genotypes for this SNP among patients ; TT,CC and TC with frequency of (52%) ,(36.0%) and (12.0%) respectively , whereas , the genotype frequency among control group were TT(34%) ,CC(60%) and TC(6.0%) with significance differences between patients and control . However, the frequency of allele T (mutant) was higher among patients (58%) than control (37%) with significant difference. The site of Asp299Gly SNP also showed three genotype among patients with frequency of AA(46.0%), GG(50.0%) and GA(4.0%) , whereas the genotype frequency among control group were AA(34.7%) , GG(59.3%) and GA(6.0%) with no significant differences between patients and control . Additionally , the frequency of allele G(mutant) was higher among control(62%) than patients (52%) with significant differences between them . The study deal with sequence analysis of specific genes of B.fragilis isolates revealed that the analysis results of amino acids for enterotoxin gene was identified in 117/117(100%) by comparing its sequence with that in the database in gene bank by Blast program with gaps 0/117(0%) and for the second isolate the analysis results of amino acids for enterotoxin gene was identified in 116/116(100%) and with gaps 0/116(0%) , while for phospholipase gene was identified in 129/129(100%) with gaps 0/1129(0%) for first isolates.Finally ,the phylogenetic relationships between two local isolates of Bacteroides fragilis and Bacteroides fragilis global isolates were analyzed using the enterotoxin and phospholipase genes sequence. The DNA sequencing analysis of enterotoxin gene revealed that B. fragilis local number (No.1and No.2) isolates were closely related to isolation B. fragilis recorded globally NCBI - BLAST B. fragilis (AB026625.1) and (U67735.1) , whereas other NCBI - Blast B.fragilis enterotoxin gene were show different out of tree at total genetic change (0.01%) , while the phylogenetic analysis results of phospholipase gene sequences revealed that B. fragilis local isolates ( No.1and No.2) were closely related to isolation B. fragilis recorded globally NCBI - BLAST B. fragilis (CP011073.1) , whereas other NCBI - Blast B.fragilis phospholipase gene showed difference out of tree at total genetic change (0.003 - 0.005 %).

الكشف الجزيئي للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه - النوع الاول والتعبير البروتيني ل P27, CDK6,CDK4 وBcl - 2 في سرطان الغدد اللمفاوية الهودجكن واللاهودجكن == Molecular Detection of Human T Lymphotropic Virus Type - 1 (HTLV - 1) and Expressional Proteins of CDK4, CDK6, P27 and Bcl - 2 in Hodgkin?s and Non - Hodgkin?s Lymphomas

Author name: نور سامي عبود الليباوي
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | شاكر حماد محمد العلواني
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة على انها دراسة بحثية ذات اثر رجعي ,وسيطره . اذ اشتملت على120خزعة نسجية من منطقة الغدد اللمفاوية المحفوظة بالفورمالين والمطمورة بشمع البارافين.جمعت هذه النماذج من ارشيفات الانسجة المرضية لمختبرات مستشفى الحلة التعليمي/ محافظة بابل , مستشفى الحسين التعليمي/ محافظة كربلاء ,مستشفى الصدر التعليمي/ محافظة النجف ,مستشفى الحسين التعليمي/ محافظة المثنى ومستشفى القادسية التعليمي/ محافظة القادسية وكذلك العديد من مختبرات الانسجة المرضية الخاصة الموجودة في بابل ,بغداد, كربلاء, القادسيه, المثنى اذ جمعت هذه العينات للفترة من اذار 2016 الى كانون الاول 2016. هذه النماذج تعود للمرضى المصابين بسرطان العقد اللمفاوية للسنوات من 2011 لغاية 2016 .قسمت هذه العينات حسب المجموعات التالية : - 1 - اربعون قطعة نسيجية لمفاوية مصابة بسرطان العقد اللمفاوية نوع هودجكن .2 - اربعون قطعة نسيجية لمفاوية مصابة بسرطان العقد اللمفاوية نوع اللاهودجكن .3 - اربعون قطعة نسجية لعقد لمفاوية (لايظهر عليها اي تغيرات مرضية نسيجية) ظاهريا سليمة استعملت كمجموعة سيطرة .بعد التقطيع النسيجي لخزع العقد اللمفاوبة وتصبيغها باستخدام صبغتي الايوسين والهيماتوكسلين تم اجراء الفحص التاكيدي الدقيق لغرض التشخيص النهائي من قبل اخصائي الامراض النسيجية لهذه الدراسة. تم تصميم الجانب العملي لهذه الدراسة الذي اتخذ مسارين رئيسين : - 1. التحديد الجزيئي للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول بفحصها داخل خلايا الانسجة اللمفاوية حيث تم انجازه بوساطة استخدام تقنية التهجين الموضعي ذات الحساسية العالية .2. اجراء دراسة كيميائية - نسيجية مناعية لوصف الحالة التعبيرية ل CDK4 وCDK6 ومثبط CDK (p27) وفحص الجينات السرطانية للخلايا اللمفاوية B (Bcl - 2 ) في الانسجة المصابة بالهودجكن واللاهودجكن والعقد اللمفاوية السليمة ظاهريا (غير مصابة).ان مجمل النتائج التي تم الحصول عليها هذه الدراسة كانت كما يلي : 1 - نسبة الذكور( (57.5% المصابين بسرطان الغدد اللمفاوية الهودجكن واللاهودجكن ومجموعة السيطرة كانت اعلى من نسبة الاناث (42.5%) في هذه المجاميع الثلاثة. حيث كانت نسبة الذكور/اناث هي1 : 1.35.2 - اظهر الفحص النسيجي ان النسبة العليا من مرضى الهودجكن كان من الدرجة المنخفضة (42.5%) يتبعها الدرجة المتوسطة (35%) وادنى نسبة هي الدرجة العليا (22.5%). بينما النسبة العليا من مرضى اللاهودجكن كانت من الدرجة المنخفضة والمتوسطة %37.5)) وادنى نسبة هي الدرجة العليا ( 25%).ا - نتائج الفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول وCDK4 وCDK6 ومثبط CDK (p27 ) وكذلك الجينات السرطانية للخلايا المفاوية B (Bcl - 2 ) في الانسجة المصابة بالهودجكن : 1 - النتائج الموجبة لجين HBZ للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول بتفاعل التهجين الموضعي كانت ( 22.5%) 2 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ p27 ان 35% من الانسجة كانت موجبة .3 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ CDK4 ان 35% من الانسجة كانت موجبة .4 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ CDK6 ان 57.5 % من الانسجة كانت موجبة . 5 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ Bcl - 2ان47.5 % من الانسجة كانت موجبة .6 - تم تمييز علاقة طردية قوية تربط بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للفيروس وCDK4 .7 - وجدت علاقة طردية قوية بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للCDK4 وCDK6 .وايضا وجدت علاقة بين تحديد وكثافة ال CDK6 وBcl - 2.8 - تم تمييز علاقة طردية قوية تربط بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة ل p27 وعمر المرضى. كذلك علاقة طردية بين p27 وBcl - 2.ب‌ - نتائج للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائية من النوع الاول وCDK4 وCDK6 ومثبط CDK (p27 ) وكذلك الجينات السرطانية للخلايا المفاوية B (Bcl - 2 ) في الانسجة المصابة باللاهودجكن : 1 - النتائج الموجبة لجين HBZ للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول بتفاعل التهجين الموضعي كانت (45%) بينما لم تظهر اي حالة موجبة بتفاعل التهجين الموضعي للفايروس ضمن مجموعة السيطرة .2 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ p27 ان 42.5% من الانسجة كانت موجبة. بينما لم تظهر اي حالة موجبة للp27 بواسطة الاختبارالكيميائي النسجي المناعي ضمن مجموعة السيطرة.3 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـCDK4 ان 50% من الانسجة كانت موجبة. بينما لم تظهر اي حالة موجبة في هذا الاختبار في مجموعة السيطرة.4 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ CDK6 ان 72.5% من الانسجة كانت موجبة . بينما لم تظهر اي حالة موجبة في هذا الاختبار في مجموعة السيطرة.5 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي ل Bcl - 2 ان 72.5% من الانسجة كانت موجبة. بينما لم تظهر اي حالة موجبة في هذا الاختبار في مجموعة السطرة.6 - تم تمييز علاقة طردية قوية تربط بين تحديد الفيروس وBcl - 2 وكذلك وجدت علاقة قوية طردية تربط بين الانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للفايروس وCDK6.7 - وجدت علاقة طردية قوية بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للBcl - 2 وCDK6 .وايضا وجدت علاقة بين تحديد وكثافة ال p27 وBcl - 2 فقط .كذلك وجدت علاقة عكسية بين عمر المريض وBcl - 2 .8 - تم تمييز علاقة طردية تربط بين كثافة CDK4 وp27 وكذلك بين CDK4 وBcl - 2

دراسة بكتيرية ووراثية لبكتريا Gardnerella vaginalis وعلاقتها بالولادة المبكرة == Bacteriological and Molecular study of Gardnerella vaginalis association with preterm labor

Author name: ازل علاء عباس الربيعي
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | لميس عبد الرزاق عبد اللطيف
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: In this study , one hundred fifty samples were collected from paitents with preterm labor (PTL), who have been attending to Babylon Maternity and pediatric hospital and Al - Hilla Teaching Hospital, at the period from February to October 2016. Two swabs were collected one for culturing and the other for direct extraction for isolation Gardnerella vaginalis.Out of the 150 samples only 6(4%) on culture and 30 (20%) on molecular level isolated from preterm labor caused by Bacterial vaginosis , Urinary tract infection and aborted women. The results isolation and laboratory diagnosis as well as biochemical test approved that there is only 6 isolates belong to G.vaginalis confirmed by using Vitek 2 system and molecular detection by specific primers.Preterm birth is one of the most common causes of neonatal morbidity and mortality. Associated with sub sequent preterm labor in up to 40% of cases as shown in our resultsThe isolates are varied in their ability to produce sidrophore and extracellular protease in addition to their hemolytic activity .Adherence activity were investigated and indicate that G.vaginals have pili on her surface help her to attached and initiated infection Metronidazole was effective in prevent adherence at low concentration (5%) was 100% percentage.All isolates are able to produce biofilm in different level which provided as main step in pathogenesis caused it can evade and evoke the action of immune response and antibiotics , Alum , sodium chloride and sodium bicarbonate were shown very high effectively to eradicationSummaryIIG.vaginalis biofilm which gave results (0%) whereas the thymol extract (carvacrol) were moderate in action gave (50%) effect on Biofilm .Results also preveld that increased of pH value give a chance to overgrowth of G.vaginalis .The results indicated that Lactic acid considered as a limiting factors preventing growth of G.vaginalis when its grown with lactic acid , measured by optical Density (OD) the high production level is (1.901) in 2% concentration Whereas the lowest level is (0.32) in 10% concentration.Isolates Have ability to produce wide spectrum Bacteriocin which inhibited growth of both Gram positive and Gram negative bacteria that founded in vagina environment, Staphylococcus saprophyticus were the most bacteria that inhibited .extracted Vaginolysin was have a completed hemolytic activity in different temperatures (37 - 38 - 40 - 42). The results showed that its activity as were increased in high temperature.Recent study were clarified that purified vaginolysin was active in presence of cholesterol in media, gave (1.205) growth rate measured by the optical density at (100%) concentration. vaginolysin is cholesterol - dependent cytolysin (CDCs) toxin.Antimicrobial activity were investigated to the extracted Vaginolysin to evaluation of its activity depending on inhibition zone, the results showed that candida is more affective between the other microorganism gave (1.3)mm.Some virulence factor have been detected in molecular level ( Vly - SI - LuxS - LexA - rec a - Pl - Fur - Omp - Gal - protease ). Which wereSummaryIIIvaried in production may be as a results to the un presence of this gene in bacteria , may be silent gene or due to the amount of bacteria in sample are rare.Three Antibiotics were used at a molecular level (Tet b) were varied between resistance and sensitive to this gene (10) sample are resist,(RdxA) all sample are sensitive to its gene at percentage (100%), whereas (erna)gene were resist in all samples (100%).The results show there was no sequence homology between Mycoplasma spp. and G. vaginalis in the adhesion level this were detected by P30/P32 specific primer .The outcome of RFLPS - PCR is confirmed that G.vaginalis is virulent and have a role in preterm labor by degradation of membranes with the association of variable Silidase and presence of β - Galactosidase .MBL (mannose binding lectin ) levels were have a direct role pregnancy. It is also apparent that MBL plays a role in the defense against vaginal infection. MBL is essential to successful pregnancy in regards to maternal defense against infection, recent study indicate that MBL deficiency related to pregnancy outcome disorderedthis considered the first study of mannose in Iraq .DNA sequencing were done for two main virulence factor Phospholipase gene and Quorum sensing gene which showed some variation , then recorded in NCBI - gene sequencing as first descriped in Iraq.

التاثير المايكروبي المضاد لدقائق الفضة النانوية ضد بكتريا الزوائف الزنجارية المعزولة من عينات سريرية == The Antimicrobial Effect of Silver Nano Particles (AgNPs) Against Pseudomonas aeruginosa Isolated from Clinical Samples

Author name: سارة عقيل حسن التميمي
Supervisor name: هدى هادي الحسناوي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة للكشف عن التاثيرالمايكروبي المضاد لدقائق الفضة النانوية ضد بكتريا الزوائف الزنجارية المعزولة من عينات سريرية, تم جمع 100 عينة من مصادر سريرية مختلفة, تضمنت العينات السريرية عينات الحروق , والادرار, والدم, واصابات الاذن, والقشع تم اخذ هذه العينات من المرضى الراقدين في مستشفى الحلة التعليمي خلال الفترة من تشرين الثاني 2016 الى كانون الثاني 2017. زرعت جميع العينات على وسط السترمايد, وسط اكار الدم, وحضنت كل الاطباق هوائيا بدرجة حرارة C°37 لمدة 18ساعة. تم تشخيص بكتريا الزوائف الزنجارية بالاعتماد على الصفات المظهرية والكيموحيوية.كان توزيع العزلات كالاتي : 22(52.4%) من عينات الحروق, 8(19%) من عينات الادرار, 14.3)6%) عينة من المرضى المصابين بالالتهاب الاذن الخارجية, 4(9.5%) من عينات الدم,2(4.7%) من عينات القشع. اظهرت نتائج اختبار الحساسية باستخدام طريقة الانتشار في الوسط ان جميع العزلات(26) كانت مقاومة لكل من الببراسلين (100%), السيفوتاكسيم (100%),بينما نسبة المقاومة لكل من الاميكاسين (88%), سيفترياكسون (65%), جنتامايسن (62%), بينما وجدت نسبة مقاومة قليلة للسفتازديم (15%), وكل العزلات كانت حساسة (100) لكل من الميروبينيم, اوفلوكساسين, نورفلوكساسين والسبروفلوكساسين. تم في هذه الدراسة ايضا الكشف عن تكوين الاغشية الحيوية بواسطة طريقتين : طريقة الطبق الزرعي النسيجي (TCP) وطريقة صبغة الكونكو الحمراء (CRA) فكانت النتائج كالاتي : وجد ان في طريقة الطبق الزرعي النسيجي كانت جميع عزلات الزوائف الزنجارية والبالغ عددها (9) منتجة للاغشية الحيوية, (4) من اصل (9) (44%) من عزلات الزوائف الزنجارية انتجت مستعمرات سوداء بواسطة طريقة صبغة الكونكو الحمراء. وكذالك في هذه الدراسة تم الكشف عن تاثير جزيئات الفضة النانوية ((AgNPs على تكوين الاغشية الحيوية باستخدام تراكيز مختلفة (µg/ml 2.5, µg/ml 5, 10 µg/ml, 20µg/ml),حيث اظهرت النتائج ان اعلى فعالية لجزيئات الفضة النانوية كانت عند التركيز (20) وبنسبة تثبيط (100%), من جهة اخرى تم اختبار التاثير البكتيري المضاد لجزيئات الفضة النانوية ضد مختلف انواع العزلات البكتيرية باستخدام طريق التخافيف في الوسط الصلب وتراكيز مختلفة من جزيئات الفضة النانوية (12.5 µg/ml, 25 µg/ml, 50 µg/ml, (100 µg/ml, 200 µg/ml وكانت العزلات كالتالي : ـ(S. aureus, E. coli, E. cloacae, K. pneumonia, P. aeuroginosa)اظهرت النتائج ان اعلى فعالية لجزيئات الفضة النانوية كانت عند التراكيز(100 µg/ml, 200 µg/ml).ايضا تم تعريض ظاهرة السوارمنك في عزلات الزوائف الزنجارية لتراكيز مختلفة من جزيئات الفضة النانوية (2.5 µg/ml, 5 µg/ml, 10 µg/ml ), ووجد ان اعلى نشاط لجزيئات الفضة النانوية ضد ضاهرة السوارمنك وانتاج البايوسيانين كانت بتركيز ((10 µg/ml, 5 µg/ml .تم زراعة جميع عزلات بكتريا الزوائف الزنجارية (26)عزلة بوجود نترات الفضة (AgNO3) بتراكيز تتراوح (100 µg/ml - 400 µg/ml ) باستخدام طريقة التخافيف في الوسط الصلب مع قدرات مختلفة لانتاج البيوسيانين. اظهرت النتائج ان جميع العزلات 26((100 المنتجة للبايوسيانين كانت مقاومة للسلفر نايتريت (AgNO3) من خلال ظهور نمو في الطبق الحاوي على التراكيز المذكورة نترات الفضة (AgNO3).في هذه الدراسة تم اختبار بكتريا الزوائف الزنجارية لانتاج البكتريوسين باستخدام عزلات بكترية مختلفة تضمنت العزلات (امعائية مذرقية,مكورات العنقودية الذهبية,اشريكية قولونية, كلبسيلة رئوية). كذلك تم العثور على مجموعة واسعة من منطقة تثبيط (24mm - 30mm) في الانواع البكتيرية اعلاه مع قطر (30mm, 28mm, 24mm, 30mm) على التوالي. عزلات (امعائية مذرقية, كلبسيلة رئوية) كانت الاكثر تاثر والتي انتجت قطر تثبيط ((30mm. في هذه الدراسة ايضا تم تقييم علاقة مقاومة الفضة مع انتاج بيوسيانين في بكتريا الزوائف الزنجارية متعددة المقاومة للمضادات الحيوية. في هذه الدراسة تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل للتاكد من وجود بعض الجينات. في هذه التقنية، تم فحص جينات bla - IMP)) التي تشفر الى انزيم ميتالو - β - لاكتاميز المسؤول عن مقاومة ايميبينيم وجينات (silS ,silE) التي تشفر لمقاومة الفضة في عزلات بكتريا الزوائف الزنجارية بواسطة استخدام برايمرت خاصة. وقد وجد ان جميع العزلات ال 26 (100%) من بكتريا الزوائف الزنجارية كانت سلبية لهذه الجينات. كما تم استخدام اثنين من البرايمرات المحددة للكشف عن فينازين (بيوسيانين) (phzS, phzM). اظهرت النتائج لل (phzM) ان من اصل 26)) عزلة , 21 (80.8%) اعطت نتيجة ايجابية, , فيما يخص (phzS gene) وجد ان 14(% 53.9) عزلة كانت حامله لهذا الجين . والخاتمة ان جزيئات الفضة النانوية (AgNps) تمتلك تاثير ضد الاغشية الحيوية وايضا لها تاثير بكتيري مضاد ضد بكتريا الزوائف الزنجارية وانواع بكتيرية اخرى, والتي من الممكن استخدامها كعلاج بديل. فيما يخص انتاج البايوسيانين ومقاومة الفضة، ظاهريا كان هناك تاثير البايوسيانين على مقاومة الفضة ولم تكن مقاومة الفضة بسبب نقل وجود جينات (silS, silE). | This study was conducted to detect the antimicrobial effect of silver nanoparticles (AgNPs) against Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples, total of 100 specimens were collected from different clinical sites included urine, burns, ear, blood , and sputum. The specimens were taken from patients admitted to Al - Hilla Teaching Hospital during a period extended from November 2016 to January 2017. All specimens were cultured on selective medium (cetrimide agar), blood agar, then incubated at 37°C for 18 hr. The isolated of P. aeurginosa were diagnosed depending on morphological and biochemical characteristics.The distribution of P. aeurginosa isolates was as follows : 22(52.4%) isolates from burns, 8(19%) isolates from urine, 6(14.3%) isolates from patients with otitis externa, 4(9.5%) isolates were isolated from blood and 2(4.7%) isolates from sputum. Antibiotic susceptibility test using disc diffusion test revealed that all isolates (26) were resistant (100%) to Piperacillin, Cefotaxime. While the resistance rate for Amikacin (88%), Ceftriaxone (65%), Gentamicin (62%), but low resistance rate was found to Ceftazidime (15%) and all isolates were sensitive (100%) to Meropenem, Ofloxacin, Norfloxacin and Ciprofloxacin. The biofilm formation in P. aeurginosa isolates was investigated by two methods include, tissue culture plates method (TCP) and congo red agar method (CRA). The results showed that all isolates 9 (100%) were found to be biofilm producer when investigated by TCP assay, and 4 out of 9 (44. %) isolates of P. aeurginosa were producing black colonies when detected by CRA method.The effect of AgNps on biofilm formation was tested by using different concentrations of silver nanoparticles (2.5 μg/ml, 5 μg/ml,10 μg/ml, 20μg/ml). The results showed that the highest activity was at a concentration of 20 μg/ml, with an inhibition rate of 100%. On the other hand the antibacterial activity of AgNps was tested against different bacterial species isolates (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomnas aeurginosa) using agar dilution method with different concentrations of silver nanoparticles (12.5 μg/ml, 25 μg/ml, 50 μg/ml, 100 μg/ml, 200 μg/ml). The results showed that the highest activity was at a concentration of (100 μg/ml and 200μg/ml). On the other hand Swarming motility in P. aeruginosa isolates was detected and subjected to different concentrations of (AgNps) (2.5 µg/ml, 5 µg/ml, 10 µg/ml), it was found that the highest activity of AgNps against swarming motility and pyocyanin production of P. aeurginosa was at a concentration of (5 µg/ml, and 10μg/ml).The relation of silver resistance with pyocyanin production in P. aeruginosa was assessed. Screening test for silver resistance was performed by agar dilution method, all (26 isolates) of P. aeruginosa were cultivated in the presence of AgNo3 at a concentration (100 µg/ml - 200 µg/ml, 400µg/ml) using agar dilution method with differing capacities for pyocyanin production. All isolates of P. aeurginosa 26(100%) that produce pyocyanin were found to be resistant to AgNo3.In this study P. aeruginosa isolates were tested for bacteriocin activity by the agar well diffusion method using different bacterial isolates : E. coli, K. pneumoniae, S. aureus, E. cloacae. Wide range of inhibition zone (24mm - 30mm) was found against above bacterial species with diameter (28mm, 30mm, 24mm, 30mm), respectively. The most affected bacteria were K. pneumoniae and E. cloacae isolates, which produce inhibition zone (30)mm.PCR technique was used in this study for investigation some genes. In this technique, blaIMP gene that encode Metallo - β - lactamase enzyme responsible for imipenem resistance and (silE and silS) genes that encoding silver resistance were investigated in P. aeuroginosa isolates by using specific primers. It was found that all 26 (100%) isolates of P. aeuroginosa were negative for these genes. Also two specific primers were used to detect phenazine (pyocyanin) modifying genes (phzM, phzS). According to phzM gene, it was found that out of 26 P. aeuroginosa isolates, 21 (80.8%) isolates gave positive results at 330 bp, in regard to phzS gene, it was found out of 26 P. aeurginosa isolates, 14 (53.9%) isolates gave positive result at 664 bp.In conclusion AgNps have an antibiofilm, antibacterial activity against P. aeruginosa and different bacterial species that could be used as an alternative therapy. In regard to pyocyanin production and silver resistance, phenotypically there was effect of pyocyanin pigment on silver resistance and the silver resistance was not due to carriage of silE, silS genes.

التشخيص والتوصيف الجزيئي لبكتريا Clostridium perfringens المعزوله من حالات مرضية سريرية في مدينة الحلة == Molecular Diagnosis and Characterization of Clostridium Perfringens from Clinical Samples in Al - Hilla city

Author name: علياء محمد حمود الشمري
Supervisor name: علاء هاني الجراخ | ميساء صالح الشكري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة لمعرفة وبائية بكترياC. Perfringens في العينات المؤخوذة في محافظة بابل. تم جمع 140عينة من الجروح العميقة من المرضى الداخلين في مستشفيات مدينة الحلة الرئيسية (مستشفى الحله التعليمي ومدينة مرجان الطبيه) والذين يعانون من مرض السكري المزمن وايضا من مرضى تعرضوا الى طلق ناري فضلا عن المرضى الذين يعانون من التهاب الخلوي اللاهوائي في الجلد(anaerobic cellulitis ) للفترة من شهر شباط ولغاية شهرتشرين الاول 2016. بالاضافه الى ذلك تم تشخيص وعزل بكترياC. perfringens بطرق مختلفة منها استخدام الطرق البكتيرية التقليدية من خلال طرق التنمية على الاوساط الزرعية الاختيارية لهذه البكتريا واظهرت النتائج الحصول على 3 (2.14%)عزلات كان عزل اثنان منها 1.42%)) من مرضى السكري المزمن اما العزله الثالثه (0.72%) فقد تم الحصول عليها من الذين تعرضوا لطلق ناري في حين لم يتم الحصول على عزلات من المرضى الذين يعانون من الالتهاب الخلوي اللاهوائي . وكذلك تم تاكيد التشخيص باستخدام المعلم الوراثي المستند على دور جين 16s rRNA وجين16S - 23S spacer rRNA حيث اظهرت النتائج, من اصل 140 عزلة فان 7 عزلات تعود لبكتريا C. perfringens. بالاضافة الى ذلك, تم التحري عن قابلية هذه البكتريا واختبار قابليتها على انتاج انزيم (phpspholipase C) ووجد ان جميع العزلات منتجة الى هذا الانزيم. كما تم الكشف عن حساسية عزلات البكتريا اللاهوائية تجاه 24 مضادا حيويا. بينت نتائج الدراسة ان جميع العزلات اظهرت حساسية عالية (100%) تجاه كل من penicillins .مثل benzypencillin, ,amoxicillin فضلا عن حساسيتها تجاه  - lactamase inhibitor مثل Ampicillin - sulbactam وحساسيه عالية لكل من metronidazole وaminoglycosidesومن ناحية اخرى، اظهرت جميع العزلات مقاومة عالية لكل من مضادات tetracyclin, Linezolid, levofloxacin, erthromycin بينما اظهرت هذه العزلات تغاير في درجات المقاومة تجاه مضادات pipracillin, Clindamycin, and Impenem.تم استخدام الطرق الوراثية في الكشف عن جينات المقاومة للمضادات الحياتية كجيناتM,Q,W,B) ) tet الخاصة بالكشف عن المقاومة للتتراسايكلين وجينات erm(A,B) للكشف عن المقاومة للكلندامايسين وجين nim للكشف عن المقاومة للمترونيدازول حيث اظهرت النتائج ان الجين tet M كان ذا سيادة عالية بنسبة 71.42 %تم استخدام طريقة التشخيص الجزيئي لتوكسينات البكتريا (alpha,epsilon, iota) للاستدلال على وجود جينات (cpa, etx, iap)، في C. perfringens وبنسبة 100%, 28.4%, 28.4% )) على التوالي.بالاضافة الى ذلك تم استخدام جينات cpa, etx and iap لقياس تعاقب القواعد النيتروجينية للمادة الوراثية للعزلات المدروسة فضلا عن تسجيلها في بنك الجينات العالمي ( ,(Gene Bank,اذ تم خلال هذه الدراسة ولاول مرة في العراق، الحصول على خمسة ارقام انضمام الى بنك الجينات العالمي (5 accession numbers)، حيث تم نشر هذه الارقام في بنك الجينات الامريكي gene bank - NCBI وهذه الارقام هي : جينiap : KY523199, KY523200 اما فيما يخص الجينetx فكانت الارقام هي : KY523201, KY523202 وفيما يخص الجين cpaفكان رقم الانضمام هو : . KY523203تعد هذه الدراسه انها اول دراسه في العراق تضمنت تحليل , دراسه تعاقب القواعد النايتروجينية للمادة الوراثية فضلا عن التسجيل في بنك الجينات العالمي لسموم عزلات محلية من بكتريا C.perfringens معزولة من عينات سريرية. | This cross sectional and hospital - based study aimed to studying the incidenceof Clostridium perfringens in clinical samples in Babylon province. A total of 140 wound swabs were taken from patients admitted to two main hospitals in Hilla city, Iraq (Hilla Teaching Hospital and Medical Marjan City), during the period from February to October 2016. Swabs were collected from diabetic patients, anaerobic cellulitis, and bullet wounds. These wound swab samples were subjected to different methods for identification of C. perfringens according to standard method. It was found that 3 (2.14%) C. perfringens isolates were recovered, of which 2 isolates (1.42%) were obtained from diabetic patients, 1 isolates (0.72 %) from bullet wounds, No isolates are recovered from the other clinical samples (cellulitis). Furthermore, molecular detection method was applied by using 16s rRNA, 16S - 23S intergenic spacer rRNA genes as a genetic marker for confirmation of detection of C. perfringens isolates,7 isolates of C. perfringens out of 140 are detected by using PCR with specific primer.The study also focuses on the ability of this bacteria to produce Phospholipase C and it was found that all isolates are positive for this enzyme (100%) . The results of antibiotic susceptibility testing using Vitek 2 system and disc diffusion method (DDT) of C. perfringens isolates (No.= 3) against 24 antibiotics showed that all isolates were highly sensitive to penicillins, (benzylpenicillin, and amoxicillin), all isolates (3/3) were sensitive to  - lactamase inhibitor such as Ampicillin - sulbactum. They were more susceptible to metronidazole and aminoglycosides in (3/3). On the other hand, all isolates were highly resistant to tetracycline, Linezolid ,levofloxacin, and erythromycin However, these isolates expressed different degree of susceptibility towards other antibiotics (Clindamycin, piperacillin and Imipenem). Molecular detection of C. perfringens of antibiotic resistance genes had been investigated and it had been found that tetracycline resistance gene tet M is the most commonly observed (71.42%) among ribosomal protection genes among C. perfringens isolates. While all isolates (7) gave negative results for other tetracycline resistance genes (tet W and Q, tet B, erm(A), erm(B),nim gens).Furthermore, detection of clostridial toxin (alpha, epsilon, iota toxins was applied using specific genes (cpa, etx, iap) and the results showed that the rate of the presence of these genes are : 100%, 28.8% and 28.4% respectively. The following genes : cpa, etx and iap were used for sequencing analysis, registration in gene bank - NCBI. Five accession numbers were obtained from registration of five sequences of these three genes at gene bank - NCBI : iap gene; accession numbers are : KY523199, KY523200etx gene; accession numbers are : KY523201, KY523202cpa gene; accession number is : KY523203. This is the first study in Iraq which employed analysis sequencing and registration in gene bank - NCBI, of clostriaial toxin of local isolates of C. perfringens obtained from clinical samples

دراسة فيروس نظير الانفلونزا وبكتريا المسبحيات القيحية مع التهاب الاذن الوسطى القيحي في الاطفال == Study of Parainfluenza virus and Streptococcus pyogenes with suppurative otitis media in children

Author name: ايام محمد صالح علي العامود
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | غانم عبود المولى
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى التحري عن دور فيروس نظير الانفلونزا وبكتريا المسبحيات القيحية Streptococcus pyogenes في الاطفال الذين يعانون من التهاب الاذن الوسطى القيحي . جمعت 200 عينة (ثلاث مسحات لكل مريض تضمنت مسحة من افرازات الاذن ومسحة من افرازات الانف لدراسة الفيروس ومسحة من افرازات الاذن لدراسة البكتريا و50 عينة دم) من 50 مريض يعانون من التهاب الاذن الوسطى القيحي احيلوا الى مستشفى الحلة التعليمي في محافظة بابل للفترة من شباط (2016) لغاية ايار (2016). والذين يعانون من التهاب الاذن الوسطى. وتضمنت الدراسة 32 عينة ماخوذه من اشخاص اصحاء كمجموعة سيطرة وتم تقسيمهم الى ست مجاميع عمرية بنفس طريقة تقسيم مجاميع المرضى. شملت الدراسة اربعة اجزاء رئيسية : اولا التشخيص الفيروسي اعتمد على التقنيات المتقدمة (العزل الاولي باستخدام فحص التالق المناعي المباشر لتحديد وتمييز الانواع الثلاثة لفيروس نظير الانفلونزا 1,2, and 3 والتشخيص الجزيئي بواسطة استخدام فحص تفاعل سلسلة انزيم البلمرة بالوقت الحقيقي لتحديد وتمييز الانواع الاربعة للفيروس1,2,3, and 4 وتم استخدام المجهر الالكتروني النفاذ لمشاهدة جزيئة الفيروس . والجزء الثاني فحص البكتريا باستخدام فحوصات الكيموحيوية وفحص Vitek 2 system وتم التحري ايضا عن انزيم الهيمولايسين حيث كانت جميع العزلات منتجه لهذا الانزيم . التشخيص الجزيئي للكشف عن وجود الجين mga بواسطة تقنية سلسلة تفاعل انزيم البلمرة .الجزء الثالث شمل وجود الفيروس والبكتريا في عينات الاذن للمرضى المصابين بالتهاب الاذن الوسطى . الجزء الرابع تضمن دراسة مناعية لمعرفة دور الحركيات الخلوية IL - 6, TNF - α, IFN - α, CD8, and CD56))عند الاصابة بفيروس نظير الانفلونزا بواسطة فحص الامتصاصية المناعي المرتبط بالانزيم وباستخدام تقنية التالق المناعي المباشر لفيروس نظير الانفلونزا بانواعه الثلاثة (hPIV 1,2,3) كانت نسبة الاصابة 64% (اي 32 طفلا من اصل من اصل50) وعند استخدام فحص تفاعل سلسلة انزيم البلمرة بالوقت الحقيقي ( (RT - PCR وجد ان نسبة الاصابة بفيروس نظير الانفلونزا بانواعه الاربعة (hPIV_1,2,3 and 4) 44% ( اي 22 من 50) تضمنت الدراسة استخدام المجهر الالكتروني النفاذ لرؤية جزيئة فيروس نظير الانفلونزا في افرازات الاذن . اظهرت نتائج التشخيص البكتيري ان نسبة الاصابة بالمسبحيات القيحية هي 14%(7 من 50) بعد زرعها على وسط اكار الدم وحضنت لمدة 24 ساعة بدرجة 37 وتم فحصها بواسط المجهر الضوئي بعد تصبيغها بصبغة كرام , تم التشخيص بواسطة استخدام فحص Bacitracin sensitivity وفحص انتاج انزيم الهيمولايسين على وسط الدم بواسطة فحوصات الكيموحيوية وفحص Vitek 2 systemاظهر التشخيص الجزيئي للكشف عن وجود mga جين ان جميع العزلات تحتوي على هذا الجين اي نسبة 100% .كما اظهرت الدراسة ان نسبة وجود الفيروس مع البكتريا في في سوائل الاذن بنسبة (16%)( . 4 وكانت نسبة وجود الفيروس (72%) 18وشملت الدراسة ايضا فحص الحركيات الخلوية بواسطة فحص الامتصاصية المناعي المرتبط بالانزيم واظهرت النتائج ارتفاع مستوى السايتوكينات في مصل مرضى التهاب الاذن الوسطى مقارنة مع الاشخاص الاصحاء وكان اعلى مستوى لانترليوكين 6 في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو) 88.24 )و (100.95) 1Pg/ml على التوالي . في حين كان اعلى مستوى لعامل النخر الورمي نوع الفا في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو (99.35 ) و(109.81 ) Pg/ml على التوالي. وكان اعلى تركيز لانترفيرون الفا في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو( 217.16) و(( 197.84 Pg/ml على التوالي . واظهرت النتائج ان تركيز الواسمين المناعيين CD8 وCD56 ان تركيزهما اعلى في مصل مرضى التهاب الاذن الوسطى مقارنة مع الاشخاص الاصحاء , اظهرت النتائج ان تركيز CD8 في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو ((11.46±1.49 و(14.76±1.73) ng/ml على التوالي . في حين كان تركيز CD65 في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو (12.82±1.62 )و (10.59±1.19) ng/ml على التوالي | This study aimed to detect the role of of parainfluenza virus and Streptococcus pyogenes in children suffering from suppurative otitis media. A total of two hundred sample (three swab for each patients include ear swabs , nasopharyngeal secretion for viral study and ear swab for bacterial study and 50blood sample) , were collected from 50 patients suffering from suppurative otitis media attending to AL - Hilla Teaching Hospital in Babylon - Iraq during the period from February 2016 to May 2016. The study includes 35 samples obtained from healthy subject as control group that classified to six group according to age in similar way of patient's with parainfluenza virus infection group years old The study includes four main parts .First one is the viral diagnosis based on relied diagnostic procedure ( Primary detection of parainfluenza virus in ear discharge by direct Immunofluorescence for parainfluenza virus 1, 2 and 3 types, molecular diagnosis by Real - Time PCR technique for the qualitative detection and differentiation of Parainfluenza Virus 1, 2, 3, 4 and diagnosis of parainfluenza virus by transmission electron microscope. The second part includes the bacterial diagnostic based on relied diagnosis procedure (using conventional biochemical reaction and commercial kit (Vitek 2 system). The heamolysis on blood agar was also observed in all isolates. Molecular detection of mga virulence gene for Streptococcus pyogenes was detected using conventional PCR technique. The third part is Co - infection between GAS and HPIV in OM specimens of children with suppurative OM. The fourth part is an immunological study to investigate the role of cytokines (IL - 6, TNF - α, IFN - α, CD8 and CD56) in HPIV infection by ELISA assay . Direct immunofluorescence for parainfluenza virus 1, 2 and 3 types antigen was positive in 64% (32 out of 50) , when we use Real - time reverse transcription PCR(RT - PCR) the percent of children infection with HPIV1, 2, 3, and 4 was 44% (22 out of 50). The study also include the use of transmission electron microscope for visualized the parainfluenza virus particle in ear swab. Streptococcus pyogenes isolates was detected in 14%(7 from 50) the isolate were confirmed after culturing on the blood agar and incubated for 24 hour at 37ºC, then microscopically by Grams̕̕ staining. Identification was done using commercially prepared bacitracin and the type of hemolysis on blood agar by primary biochemical test and confirmatory identification by vitek2 system compact. Molecular Identification of mga gene for Streptococcus pyogene showed that all Streptococcus pyogenes positive result 100%. The occurrence of Bacterial and viral co - infection in middle ear fluids which have been observed in 16% (4 out of 50 cases). HPIV was identified as a single agent in ear swab in 72%(18 out of 50). The study include estimation of some immunological parameter include (IL - 6, TNF - α, IFN - α , CD8 and CD56 ) using ELISA and revealed elevation the concentration of cytokines in sera of otitis media patients in comparison with healthy control groups. The concentration of IL - 6 is higher in sera of otitis media patients with parainfluenza virus than healthy control group. The high level of IL - 6 Pg/ml in otitis media patients for male and female was (88.24) and (100.91) Pg/ml respectively. Also level of TNF - α Pg/ml in otitis media patients for male and female was (99.3) and (109.8) Pg/ml respectively . The level of IFN - α Pg/ml in otitis media patients for male and female was (217.16 )and (197.84 )Pg/ml respectively. The results also show elevation concentration of CD8 and CD56 in sera of otitis media patients with parainfluenza virus than healthy control group. For CD8 ng/ml in otitis media patients for male and female was(11.46) and (14.76)ng/ml respectively. The level of CD56 ng/ml in otitis media patients for male and female was (12.82) and (10.59)ng/ml. respectively.

الكشف عن اللولبية البوابية في خزعة المعدة ودراسة مستوى P53 وطفرات مورثة Bax المرتبطة بالقرحة الهضمية == Detection of Helicobacter pylori in Gastric Biopsy and Study the Level of P53 and Bax Gene Mutations Associated With Peptic Ulcer

Author name: اصيل هاشم راضي السعبري
Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | مشتاق عبد العظيم وتوت
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اللولبية البوابية هي بكتريا سالبة لصبغة كرام, الذي تصيب غالبية سكان العالم وتسبب امراض مختلفة مثل التهاب المعدة المزمن, القرحة الهضمية وسرطان المعدة. في حين ان غالبية الناس المصابين بالبكتريا اللولبية لا تظهر عليهم اعراض مرضية. ان العوامل الرئيسية التي تحدد تطور الامراض ذات الصلة بالبكتريا اللولبية قد تكون ضراوة البكتريا, وعوامل المضيف الوراثية والبيئية.الهدف من هذه الدراسة هو الكشف عن اللولبية البوابية في انسجة المعدة ودراسة عوامل الضراوة الرئيسية لهذا الممرض والعوامل الوراثية للمضيف في المرضى الذين يعانون من اعراض اصابات المعدة والاثني عشري. وتشمل الطرق الجزيئية ايضا تفاعل سلسلة البلمرة (PCR) للكشف عن جينات التشخيص والضراوة لبكتريا اللولبية البوابية وتقنية (SSCP) تم القيام بها للكشف عن الطفرات الجينية ل P53 وال Bax جين التي قد تترافق مع عدوى اللولبية البوابية.بلغ العدد الكلي للنماذج (الخزعات) المعوية 180 نموذج. فقط 92 خزعة معدة (51 ٪) اعطى نتيجة ايجابية لللوليبيات البوابية (Helicobacter pylori ) للتشخيص بواسطة التقنية الجزيئية, مع ذلك من بين هذه النتائج الايجابية 60% منها اعطى نتيجة ايجابية للزراع, التي تعتمد على الميزات الكيميائية الحيوية. كما تم اخذ 100 عينة مصل الدم من افراد اصحاء مع عدم وجود تاريخ عدوى بالبكتريا اللولبية كمجموعة سيطرة ونتائج اختبار الاجسام المضادة على اساس (اختبار المصلية) اعطت نتائج سلبية للبكتريا اللولبية.قد تم ملاحظة وجود تكرار عالي للولبية البوابية بالتهاب المعدة المزمن الذي يشكل 88٪ بينما التكرار القليل كان مقداره 3٫3٪ لسرطان المعدة في حين ان 8٫7٪ كان لقرحة الاثنى عشري. وقد كان التكرار العالي لعدوى اللولبية البوابية بين المصابين الذكور اكثر من الاناث, ويعود سبب ذلك لعدة عوامل مثل (متوسط العمر الاجتماعي والاقتصادي ونقص التغذية وسوء النظافة) ويعتبر التدخين احد العوامل الاضافية المرتبطة مع انتشار عدوى (اللولبية البوابية ) بسبب السلوكيات غير الصحية المرافقة للتدخين , والتي قد تشمل نقل البكتيريا من خلال اللعاب بين المدخنين. من جهة اخرى اظهرت النتائج ان معدل العدوى العالي للمجموعة العمرية (31 - 50) سنة الذي تم تسجيله كان 44٫6٪. علاوة على ذلك فان الكشف عن اللولبية البوابية بتقنية سلسلة تفاعل البلمرة PCR)) قد اجريت على جميع انواع خزعات المعدة وجين (ure C ) اضافة الى جين (ure A ) اللذان يستخدمان كعلامات للتشخيص التاكيدي للولبية البوابية من خلال استخدام (primers ) خاص لتقنية PCR. وضحت النتائج ان 84٫8٪ و73٫9٪ للولبية البوابية كانت ايجابية لكلا الجينين. للعينات التي اعطت نتائج ايجابية (للتضاعف الجيني amplification ) بواسطة (PCR ), كان 56 عينة ما يمثل (60٪) قد اعطت استجابة لنتائج الزرع. اضافة الى التضاعف بواسطة PCR لعلامات جين (ure C ) وجين (ure A ). اضافة الى ذلك ,المعدل الايجابي للولبية البوابية للخزعات تحت الاختبار كان 51٪ بالاعتماد على الكشف الجزيئي المباشر بواسطة (PCR) باستخدام جين (ure A) وجين (ure C ). علاوة على ذلك, تم فحص جين (cag A) لكل عينات اللولبية البوابية التي تم عزلها. اشارت النتائج الى ان65 عزلة (70٫6٪) كانت ايجابية لتضاعف (PCR ) للجين من نوع cagA) ) حيث ان عزلة 56 (60٫8٪) كانت ايجابية لتضخيم (PCR ) للجين من نوع (cag E ). من بين النتائج الايجابية التي تم عزلها 49 عزلة (53٫3٪) كانت قد اعطت نتائج ايجابية للجين من نوع (cag A ). كذلك وجد تكرار الجين (vac A ) مقداره في الدراسة الحالية 68٫5٪ (63/92). اضافة الى كل اللولبيات البوابية الايجابية لخزعة المعدة 49 (53٫3٪) اظهرت اشارة كاملة للجينات نوع (cagA, cagE وvacA (. بالنسبة للعينات المعدية المتبقية 27 عينة (30٫4٪) التي تحوي سلالات سلبية كانت سلبية للجين (cag E). وقد تم تحديد طفرات جين (p53) في الاكسونات 5 و6و 7 و8 باستخدام طريقة SSCP. ومع ذلك تم استخدام PCR لتضخيم الاكسونات 5 و6 و7 و8 للجين (p53) التي من المعروف انها بقع ساخنة طافرة .تحليل PCR - SSCP يكشف تعديلات في الجين (p53) في عدة اكسونات. حيث ان ستة عشر من التعديلات في الاكسون E5A , سبعة عشر التعديلات في الاكسون E5B6A, وكذلك سبعة عشر التعديلات في الاكسون E7 وتعديل واحد فقط في الاكسون E6B لكن لم يظهرتعديل في الاكسون E8 في الجين (p53). بنفس الاسلوب ان تحليل PCR - SSCP كشف عن تعديلات في جين bax في الاكسونات E1 وE4 وE6. ويظهر ذلك في الاشكال. فيما يخص الاكسون 1 في bax يمكن ملاحظة وجود 6 نماذج فقط تعطي طفرات موضع ايجابية للجين. قد يعزى ذلك الى اللولبية البوابية التي تحفز طفرة bax من خلال قابليتها على انتاج بروتين cag A الذي له القابلية على تغيير التسلسل الجيني والوظيفة. واستنتجنا الى ان التشخيص الجزيئي قدم دليلا توكيديا على وجود اللولبية البوابية في عينات المعدة. ايضا قد تؤثر السلالات الاكثر ضراوة على تحفيز طفرات جينية في جينات ال p53 وال bax. | Helicobacter pylori is a gram - negative bacteria which infects a majority of the world population. It causes various diseases such as chronic gastritis, peptic ulcer and gastric cancer. While majority of the people infected with H. pylori is asymptomatic. The main factors, which determine the development of H. pylori related diseases might be bacterial virulence, host genetic and environmental factors.The aim of this study is detection of H. pylori in gastric tissue and study the main virulence factors of this pathogen and host genetic factors in patients with gasteroduodenal manifestation. Molecular methods include polymerase chain reaction (PCR) for diagnosis and virulence genes of H. pylori and single strand confirmation polymorphism (SSCP) technique was done to detect the p53 and bax genes mutation may be associated with H. pylori infection. In this study, 180 patient were included, only 92 gastric biopsies (51%) gave positive for the presence of H. pylori diagnosed by direct molecular technique. Among these positive result, 60% gave positive results in cultivation based on biochemical features. In addition, 100 serum samples were taken from healthy individuals, with no history of H. pylori infection as a control group and the results of antibody based test (serological test) were negative for H. pylori.In this study, the high frequencies of H. pylori were observed for chronic gastritis, which constituted 88% while low frequencies were 3.3% for gastric cancer, whereas 8.7% for duodenal ulcer.Also, the highest frequencies of H. pylori infection were found in male patients in comparison to female. On the other hand, the results showed that the high significant infection percentage 44.6%, among age group ranging from 31 - 50 years. Moreover, detection of H. pylori by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique is performed on all gastric biopsy. ure C as well as ure A genes are used as markers for confirmatory diagnosis of H. pylori through using specific primers of PCR technique. The results show that 84.8% and 73.9% of H. pylori are positive for both genes, respectively. Among samples with positive result for PCR amplification, 56 samples (60%) also had positive culture result. Besides, the PCR amplification of ureC and ureA markers. Also, the rate of positive H. pylori in the tested biopsies was 51% depending on direct molecular detection by PCR using the ureA and the ure C genes.In addition, cag A gene is investigated in all H. pylori isolates. The results show that 65 isolates (70.6%) are positive for PCR amplification of cagA gene whereas 56 isolates (60.8%) are positive for PCR amplification of cag E gene. Among of these positive isolates, 49 isolates (53.3%) give positive result for cag A gene. The frequency of the vacA gene found in the present study is 68.5% (63/92).Furthermore, among of all H. pylori positive gastric biopsy, 49 (53.3%) reveal full signals of cagA, cagE, and vacA. The remaining 27 (30.4%) gastric biopsies, harboring cagA - negative strains, are PCR negative for cagE.Mutations of the p53 gene in exons (5,6,7 and 8) are identified by PCR - SSCP method. However, PCR is used to amplify exons 5,6,7 and 8 of p53 gene which are known to be mutational hot spots. PCR - SSCP analysis has detected alterations in the p53 gene in several exons. Where sixteen alterations in exon E5A, nineteen alterations in exon E5B6A, seventeen alterations in exon E7 and only two in exon E6B but no alteration is seen in exon E8 of P53 gene.In the same way, PCR - SSCP analysis detected alterations in Bax gene where only 17% of positive samples gave alteration in the sequence of Bax gene in exons E1, E4 and E6. Regarding exon 1 of Bax gene, it was seen that only 6 samples gave positive gene locus mutation. It conclude that the molecular diagnosis gave an evidence and confirmatory guide on the existence of H. pylori in gastric samples. Also the more virulent strain may be affected on the stimulation of p53 and bax genes mutation.

دراسة بكتريولوجية وجزيئية لبكتريا Proteus mirabilis معزولة من عينات مختلفة == Bacteriological and Molecular Study of Proteus mirabilis Isolated from Different Clinical Samples

Author name: ختام فاضل عباس
Supervisor name: جواد كاظم الخفاجي | ميساء صالح الشكري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تلخصت هذه الدراسة بجمع وتشخيص P. mirabilis حيث عزلت وشخصت سبعة عشر عزلة (12.6%) عائدة الى بكتريا P. mirabilis من 135 عينة جمعت من مصادر مختلفة من المرضى المراجعين الى مستشفى الحلة الجراحي خلال الفترة من (تشرين الاول 2014 الى شباط 2015). عدد ونسبة العزلات التي تم الحصول عليها من مرضى المجاري البولية 11(64%)و التهاب الاذن 3(17%) . بالاضافة الى ذلك نسبة العزلات التي تم الحصول عليها من مرضى الاسهال والجروح والتهابات المهبل من كل حالة 1(5.9%). العزلات التي تم الحصول عليهزارعت في اوساط خاصة وشخصت بايوكيميائيا وبكتريولوجيا.من خلال التحري عن بعض عوامل الضراوة وجد ان جميع العزلات (100%) قادرة على انتاج الهيمولايسين ، اليورييز، البروتسين وظاهرة الانثيال. تم الكشف على انتاج البيتالاكتميزلجميع العزلات المقاومة لمضادات البيتا لاكتام بحسب طريقة Rapid Iodiometric وبينت نتائج الدراسة ان16(94.1%) من العزلات منتجة للبيتالاكتميز. اظهرت نتائج الدراسة قابلية جميع العزلات على مقاومة بعض المضادات الحياتية فقد بينت النتائج بان كل العزلات كانت مقاومة كليا 17(100%) الى Imipenem كما ان اغلب العزلات كانت حساسة الى Ertapenem حيث ان نسبة المقاومة فقط 3(17.6%). علاوة على ذلك مقاومة العزلات لمختلف المضادات الحياتية فحصت وظهرت ان العزلات مقاومة بنسب مختلفة 14(82.3%) منهم اعطت مقاومة الى Amoxicillin وCefotaxime , 9 (52.9%) منهم اعطت مقاومة الى Amoxiclave, 11(64.7 %) منهم اعطت مقاومة الى Ceftriaxone و4(23.5%) منهم اعطت مقاومة الى Cefepime Clavulanic acid.لجينات المشفرة عوامل الضراوة لبكتريا P. mirabilis كشفت باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR)). ظهرت النتائج ان كل عزلات البكتريا اعطت نتيجة موجبة للجين rsbA, luxS, pm1, mrpA ,ureC مع عدد ونسبة ,(53%)9 7(41%), 8(47%),,(35%)6 ,(18%)3 بالتعاقب. | This study is devoted to isolation and identification of Proteus mirabilis; 17 isolates of P. mirabilis have been isolated and identified out of one hundred thirty five clinical specimens obtained from patients attending to Hilla teaching Hospital during a period from October 2014 to February 2015. The number and percentage of isolates obtained from patients with urinary tract infections was 11(64.7%), and ear infection 3(17.6%). Other isolates obtained from patients with diarrhea, wound and vaginal infection that each case has percentage 1(5.9%). The isolates obtained have been cultured in selective media and biochemically assay. Some virulence factors of all isolates are studied, and the results showed that all bacterial isolates 17(100%) produced hemolysin, urease, Bacteriocin (proticin) and swarming. The detection of β - lactamase production is performed according to Rapid Iodometric Method and the result is shown that 16(94.1%) of isolate produced beta - lactamase. Antibiogram of P. mirabilis isolates has been studied and it has been found that all isolates were entirely resistant to Imipenem 17(100%), while most of the P. mirabilis isolates were sensitive to Ertapenem so the resistant only 3(17.6%). Furthermore, the resistance of isolates to a variety of antibiotics has been investigated and found that these isolates have been resistant to more than one antibiotic : 14(82.3%) to Amoxicillin and Cefotaxime, also 9(52.9%) of them were resistant to Amoxiclave, 11(64.7%) of them were resistant to Ceftriaxone and 4(23.5%) of them were resistant to Cefepime Clavulanic acid. Virulence factors encoding genes of P. mirabilis is detected by using polymerase chain reaction PCR. It is found that all bacterial isolates gave positive result for ureC, mrpA, pm1, luxS and rsbA with number and percentage 3(18%), 6(35%), 7(41%), 8(47%), 9(53%) respectively

دراسة النمط المناعي وقابلية الاصابة بالعدوى الميكروبية لدى ذوي السمنة البالغين == Study The Immune Profile & Susceptibility to Some Microbial Infections in Obese Adults

Author name: فؤاد قاسم جبير الزيادي
Supervisor name: محمد عبد كاظم حسن السعدي | هديل فاضل فرهود
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى توضيح العلاقة بين البالغين الذين يعانون من السمنة والتعرض للعدوى الميكروبية من خلال تقدير المعايير المناعية مثل (IFN - γ & IL - 2)، عناصرcomplement system (C3, C4) , وقياس فعالية الخلايا المناعية الالتهامية من خلال الكشف عن الاصابة بـ Streptococcus pyogenes وMeasles virus. انجز هذا العمل على 50 شخصا من ذوي السمنة البالغين (11 ذكرا و39 انثى) تتراوح اعمارهم من (20 - 60) عاما قاموا بزيارة قسم التغذية في مستشفى مرجان التعليمي في محافظة بابل خلال الفترة من نوفمبر 2014 الى يناير 2015، و30 شخصا اخرين اصحاء لا يعانون من السمنة (21 ذكور و9 اناث) تتراوح اعمارهم من (22 - 42( عاما. وتم قياس مؤشر كتلة الجسم (BMI) لكل فرد من ذوي السمنة والاصحاء. تم جمع عينات الدم من كلا المجموعتين لقياس فعالية الخلايا الالتهامية، والمعايير المناعية الاخرى مثل (IFN - γ & IL - 2)، وعناصر complement system (C3, C4), والكشف عن الاصابة بـ Streptococcus pyogenes وMeasles virus بطريقة الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيم. اظهرت النتائج ان تركيز (IL - 2) عند ذوي السمنة اقل بكثير وبشكل معنوي عن الذين لا يعانون من السمنة (P˂0.05) ، ولم يظهر تركيز IFN - γ)) في مجموعة ذوي السمنة انخفاضا معنويا (p>0.05) عن تركيزه عند الاصحاء. وكانت عناصر complement system (C3, C4)مرتفعة عند ذوي السمنة وبشكل عالي المعنوية (p˂0.001) عن مجموعة الاصحاء الذين لا يعانون من السمنة، ولكن فعالية الخلايا الالتهامية اظهرت انخفاضا عالي المعنوية (p˂0.001) عند مجموعة ذوي السمنة (6.1٪) مقارنة بمجموعة الاصحاء (10.6٪)، وزيادة تراكيز كل من ASO وanti - measles virus - IgG وبشكل عالي المعنوية (p˂0.001) عند ذوي السمنة مقارنة بالاصحاء | This study aimed to clarify the relationship between obese adults & susceptibility to microbial infections by evaluating the parameters of cytokines (IFN - γ & IL - 2), complement components (C3 & C4), and phagocytic index using of Anti - Streptococcus pyogenes Ab and Anti - Measles virus - IgG Ab as indicators of infections. This work was applied on 50 obese adults visited to the center of nutrition in Marjan hospital in Babylon province from November 2014 to January 2015, and 30 non - obese apparently healthy as controls. Obese adults consist of (11 males and 39 females) with age range 20 - 60 years, while 30 apparently health controls consist of (21 males and 9 females) with age range 22 - 50 years. Body mass index (BMI) for all subjects obese & controls was estimated. Blood samples were collected from obese group and control group to estimate phagocytic index, and ELISA test for cytokines (IFN - γ & IL - 2), complement components (C3 & C4), and detection of measles - IgG antibody and anti - streptolysin O antibody. IL - 2 concentration in obese adults was significantly lower than non - obese adults (p˂ 0.05), and no significant decreased (p>0.05) of IFN - γ in obese group, the complement components (C3 &C4) in obese adults were a highly significant than controls, but the phagocytic index showing there is a highly significant decreased (p˂0.001) in activity of neutrophils of obese adults (6.1%) compared to control group (10.6%), ASO and Anti - measles - IgG concentrations increased in obese adults with a highly significant (p˂0.001) as compared to controls. This findings can be concluded as that obese subjects have low levels of immune system and more susceptible to be infected with microbial infections

تقييم وتعريف المكورات المسبحية الطافرة والمتحولة اللثوية في مرضى تسوس الاسنان وامراض النسيج الداعم للاسنان == Evaluation and Identification of Streptococcus mutans and Entamoeba gingivalis in Patients with Periodontal Diseases and Dental Caries

Author name: مؤيد نعمة مصلح الخفاجي
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | هيام خالص المسعودي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: The present was carried out during the period of November 2014 to April 2015 in Al - Hilla City. This study included 100 samples which were collected from patients at ages ranged between 4 to 75 years old whom were suffering from dental caries and periodontal diseases ; (50) samples were taken from patients infected with dental caries (23 male and 27 female) and (50) samples taken from patients with periodontal diseases (15 male and 35 female), who have submitted to a college of Dentistry in Babylon university and special center of Dentistry. Thirty samples were taken from apparently healthy persons and considered as control.The isolation and identification of S. mutans was performed by Mitis Salivarius Bacitracin agar as a selective medium and biochemical tests as well as API 20 strep, then investigated the virulence factors and show the effect of some antibiotics on bacterial isolates, and the identification of E. gingivalis parasite was by a wet preparation method.The obtained results showed that S. mutans was with a higher existence in patients with dental caries, with lower existence in the patients with periodontal diseases and it was found in healthy persons (30%, 18%, and 0%) respectively. Entamoeba gingivalis was higher in patients with periodontal diseases than patient with dental caries and less in healthy individuals (62%, 24%, and 6%) respectively. The presence of these microorganisms was related to the type of dental disease (p=0. 009), gender (p=0. 009), age (p=0. 008) and risk factors (diabetes, smoking and hypertension) (p=0.037).The effect of some antibiotics on S.mutans was also tested, and the obtained results showed that all isolates were with high resistance to Erythromycin (70.8%) and (66.7%) were resistant to Doxycycline. Some isolates showed low level of resistance to Vancomycin (54.2%), CefatoximeII(33.4%) and Clindamycin (25%), while these isolates were with high susceptibility to Chloramphenicol (100%) and Ofloxacin (83.4%).Finally, some virulence factors of S. mutans were studied and it was seen that the (62.5%) of S. mutans isolates produced α - hemolysis and (8.3%) produced β - hemolysis but (29.2%) of isolates non - hemolysis, but (58.3%) of isolates were made capsule and (100 %) were able to synthesize glucan, (83.3%) of S. mutans isolates were able to produce mutacin and (45.83%) of isolates were found to produce dextranase enzyme, while (84%) were able to biofilm formation .In addition, all isolates in this study were able to adhere to oral epithelial cells.

دراسة على المايكرومايكروبية الشائعة المعزوله من القناة الهضمية وبعض المعايير المناعية للمرضى الذين يعانون من مرض السكري النوع الثاني == A Study on Common Microbiaes isolated from Gastrointestinal and some Immunological Parameter in Patients with Type II Diabeties Mellitus

Author name: شذى خزعل كاظم الوائلي
Supervisor name: هيام خالص المسعودي | علي حسين البياتي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: المرضى الذين يعانون من من داء السكري النوع الثاني هم مجموعة غير متجانسة من الاضطرابات التي تتميز بمقاومة الانسولين الواسعة للانسجة ويختلف على نطاق واسع. داء السكري من النوع الثاني هي حتى الان الاكثر شيوعا. تضمنت الدراسة (100) مريض مصاب بالسكري النوع الثاني مشخص من قبل اطباء متخصصين بالسكري و(50) شخص من الناس الاصحاء وفي الفئه العمرية (25 - 65) سنة الوافدين الى مستشفيات في بابل (القاسم ومرجان) خلال الفترة من كانون الثاني 2015 حتى حزيران 2015.واظهرت النتائج ان البكتريا السالبه لصبغة كرام من مجموع العزلات هي السائدة مقارنة مع البكتريا الموجبه لصبغة كرام تشكل 26٪ وشكلت العزلات البكتيرية E.coli الاكثر شيوعا كانت يتبعها Enterobacter spp., K.Pneumoniae, Proteus spp., والبكتريا الاقل شيوعا كانتS.aureus, S.epidermidis, Citrobacter, Micrococcus Kocuria kristinae وStreptococcus spp,في حين ان الطفيليات الاكثر شيوعا كانت E.histolyticaبنسبة 55% وGiardia lambliaبنسبة 45% . تم دراسة عوامل الضراوة للبكتريا الشائعه المعزولة من مرضى السكري من النوع الثاني في هذه الدراسة. وكانت عزلات K.pneumoniae وعزلات Enterobacter وبعض عزلات E.coli تعطي الكبسول بينما بكتيريا Proteus spp. المعزوله في هذه الدراسة لم تمتلك الكبسولة. تم الكشف عن عامل الاستعمار CF - I وIII في العزلات البكتيرية فكانت ايجابيه في البكتريا الاكثر شيوعا وكانت جميع عزلات بكتيريا المكورات العنقودية الذهبية قادرة على انتاج المخثرة التي يعتبر عامل الضراوه لامراضية هذه البكتيريا. وان كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية والاشريكية القولونية اظهرت تحللا كاملا (lyses كاملة) β - الانحلالي، في حين ان جميع عزلات المكورات العقدية نمط (lyses غير مكتملة) α - الانحلالي حيث اظهرت خط مخضر حول المستعمرات البكتيرية. وكانت جميع عزلات S.epidermidis وبعض العزلات من Proteus spp. (غير الحالة للدم) γ - الحالة للدم. في هذه الدراسة تم التحري عن sidrophore بين العزلات البكتيرية واظهرت النتائج ان جميع العزلات البكتيرية (E. coli K.Pneumoniae,)، ومعظمها من عزلات E. aerogenes و.Proteus spp كانوا قادرين على صنع sidrophore. وكانت بعض العزلات من. Proteus spp وEnterobacter ايجابية لتفاعل الجيلاتيناز، في حين ان جميع العزلات من Klebseilla واكثر عزلات E.coli سالبة لهذا العامل. واظهرت نتائج اختبار انتاج ال lipase في سالبة الجرام ان معظم العزلات ايجابية لاختبار lipase. وكشفت النتائج ان جميع العزلات كانت موجبه Biofilm وضع تشكيل (50٪)، في حين لا يوجد عزلات سالبه له. وفيما يتعلق بعوامل الضراوة الشائعة للبكتيريا المعزولة من عدم وجود مرض السكري وعوامل الضراوة فكانت نادرة. وكانت نتائج المتغيرات المناعية (C3، C4، Ig A، IL4، وIL6) للمرضى السكري في الدراسة, قد انخفضت مستويات C3، IgA، IL4، وIL6 للمرضى السكري ، في حين مستوى C4 قد ارتفع. من خلال نتائج هذه الدراسة، يمكن ان نستنتج؛ ان انواع البكتيريا التي عزلت من مرض السكري من النوع الثاني هي التالية E.coli تليها K. Pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp, Micrococcus, Citrobacter S.epidermidis, kocuria kristinae, S.aureus , and Streptococcus spp. والطفيليات هي الاميبا الحاله للنسيج ثم الجيارديا اللامبيليا | In this study include (100) diabetic type (II) patients as diagnosed by Diabetolegist and 50 healthy control with an age range of (25 - 65 years) who attended to the two hospitals in Babylon : (Al - Qasem and Marjan), during the period from January 2015 until June 2015. Shown that grams - negative bacteria constitutes 74% from the total isolates and were considered the predominant aetiological agent of DM compared to gram - positive bacteria which constitutes 26%. The most common bacterial isolates were E.coli followed by Klebsella Pneumoniae, Enterobacter spp, Proteus spp, and less common bacteria were Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Kocuria kristinae, Citrobacter, Micrococcus and Streptococcus spp, whereas the most common parasites were Entamoeba histolytica 55% and Giardia lamblia 45%.The virulence factors of common bacterial isolated from diabetes Mellitus type II in this study are studied. The capsule was present in all Klebsella pneumoniae isolates, Enterobacter isolates and some isolates of E.coli, whereas the other bacteria such as Proteus mirabilis isolates in this study does not possess the capsule. Colonization factor antigens were detected; The CF - I and III were detected in mostly bacterial isolates which showed positive results with these factors. All isolates of Staphylococcus aureus bacteria were able to produce coagulase which is considered as a virulence factor for pathogenicity of these bacteria. All isolates of Staphylococcus aureus and E. coli expressed β - hemolytic (complete lyses), while all isolates of Streptococcus were α - hemolytic pattern (incomplete lyses) showing a greenish line around the bacterial colonies. All isolates of Staphylococcus epidermidis and some isolates of Proteus spp. were γ - hemolytic (non hemolytic). In the present study the siderophore synthesis was investigated among bacterial isolates and the results showed that all bacterial isolates (E. coli and K. pneumonia), and mostly of isolates of Enterobacter spp. and Proteus spp. were able to synthesis siderophore. Some isolates of Proteus mirabilis and Enterobacter spp. were positive for gelatinase reaction, while all isolates of Klebseilla pneumoniae and mostely E.coli were negative for this factor. The results of lipase production test in G - ve showed that most isolates were positive to lipase production test. The results revealed that all isolates were biofilm former, high and moderate biofilm formation mode were account for (50%) while there is no isolates that express non - biofilm formation. Regarding the virulence factors of common bacterial isolated of non - diabetes Mellitus have rare virulence factors.The results of Immunological parameters (C3, C4, IgA, IL4, and IL6) for DM patients were studied. In this study the levels of C3, IgA, IL4, and IL6 for DM patients were decreased, whereas the level of C4 was increased. In light of the results documented in this study, we can conclude the following; the types of bacteria which isolated from diabetes mellitus type II from the most to least common are E.coli followed by K. Pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp., S.aureus, S.epidermidis, kocuria kristinae, Citrobacter, Micrococcus, and Streptococcus spp. And parasite : Entamoeba histolytica and Giardia lamblia isolated from diabetes mellitus type II. Most bacterial isolates in this study have the ability to possess more than one virulence factor such as capsule, siderophors, lipase production, hemolysin, extracellular protease, adherence factors, and biofilms to produce infection in diabetes mellitus type II patients. The virulence factors of common bacterial isolated in non - diabetes mellitus have rare virulence factor. The levels of Immunological parameters of C3, IgA, IL4, and IL6 for DM patients were decreased, whereas the level of C4 was increased.

دراسة جزيئية وبكتريولوجية لبكتريا Porphyromonas gingivalis المعزوله من المرضى المصابين بامراض اللثه == Molecular and Bacteriological Study of Porphyromonas gingivalis Isolated from Patients with Periodontitis

Author name: فاطمة مالك عبود
Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | الهام عباس بنيان
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تم جمع 103عينة من الصفيحة الجرثومية العميقة (subgingival dental plaque) من المرضى الذين يعانون من التهاب اللثة المزمن والمتقدم (72, 31) على التوالي لمراجي العيادة الاستشارية لامراض اللثة في كلية طب الاسنان/ جامعة بابل والمركز التخصصي لطب الاسنان في مدينة الحلة. للفترة من كانون الاول 2013 الى حزيران 2014. تم تشخيص وعزل بكتريا P. gingivalis بطرق مختلفة منها استخدام الطرق البكتيرية التقليدية واظهرت النتائج ان 69.5%) 16) منها تم عزلها من التهاب اللثة المزمن وتم عزل 7 (30.5) من التهاب اللثة المتقدم باستخدام التنمية على الوسط الانتقائي الخاص لهذه البكتريا. وكذلك تم استخدام طريقة التشخيص الجزيئي باستعمال المعلم الوراثي المستند على دور جين 16s rRNA حيث اظهر ان12 عزلة من اصل 23 عزلة تم تشخيصها بشكل نهائي انها تعود لبكتريا P. gingivalis. منها حوالي 8 تعود الى التهاب اللثة المزمن و4 تعود الى التهاب اللثة المتقدم. بالاضافة الى ذلك, تم التحري عن قابلية هذه البكتريا للالتصاق(adherence ability) بالخلايا الطلائية المبطنة للفم حيث وجد ان جميع العزلات لها القابلية على الالتصاق بهذه الخلايا وتم ايضا اختبار قابليتها على انتاج انزيم (Gingpain) ووجد ان جميع العزلات منتجة الى هذا الانزيم.في هذه الدراسة تم التحري المظهري عن عملية تكوين الاغشية الحيوية(Biofilm formation) للعزلات المدروسة باستخدام فحص tissue culture plate test (TCP) اذ كانت مكونة للاغشية الحيوية بنسبة 100% وكذلك تم فحص تاثير بعض المواد المستخدمة في طب الاسنان على انتاج biofilm ووجد ان اعلى تثبيط سجل للكلورهكسدين (غسول الفم) والشب (Alum)ويليه تاثير Clove مقارنة باقل تاثير لمادة السعد ((Cyprus rotundus. وكذلك تم الكشف عن حساسية العزلات لبعض المضادات الحيوية ووجد بان كل العزلات كانت حساسة الى Co - amoxiclave وعلى العكس اغلب العزلات تظهر مقاومة عالية لل Amoxicillin بينما سجلت مقاومة قليلة جدا لل Ampicillinو Metronidazole(16.3%, 20.3%, ) على التوالي. واخيرا تم فحص تاثير بعض المواد المستخدمة في طب الاسنان على تثبيط نمو هذه البكتريا وتوضح النتائج ان اعلى تاثير سجل للكلورهكسدين (غسول الفم) والشب (Alum)ويليه تاثير القرنفل(Clove) mm) 25,30,40) على التوالي مقارنة باقل تاثير لمادة السعدC. rotundus (10mm) .في هذه الدراسة ايضا تم التحري عن التغاير الجيني ((TLR - 4 Polymorphisms باستخدام تقنية البلمرة والقطع بالانزيم ((PCR - RFLP. وتبين من النتائج وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة Thr399Ile : CC وCT وTT ، اذ بلغت نسبة انتشارها ((12.5%,10%,77.5% في مجموعة المرضى على التوالي بينما هناك فقط نمطين في مجموعة السيطرة TT,CCوبنسبة انتشار(36.6% ,63.4%) على التوالي ، فيما بلغت نسبة انتشار الاليلC السائد في المرضى 82.5 % بالمقارنة للسيطرة 63.3% مع وجود اختلاف معنوي. وفي المقابل سجل وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة Asp299Gly : AA وAG وGG وبنسبة انتشار % 67.5 و12.5% و20% في مجموعة المرضى على التوالي بينما هناك فقط نمطين في مجموعة السيطرة GG, AA وبنسبة انتشار34.4%) 66.6%,) على التوالي. حيث سجلت نسبة انتشار الاليل A السائد (73.75%) في مجموعة المرضى بالمقارنة بمجموعة السيطرة (66.6%) وبفرق معنوي. | In this study, 103 clinical samples were collected from subgingival dental plaque of patients with chronic (CP) and aggressive periodontitis (AP) (72 and 31) respectively, and (n=30) a healthy group admitted to teaching Hospital in college of Dentistry / Babylon University and specialized center of Dentistry in Hilla city, From February 2013 to June 2014). Out of which (n=40) with a chronic periodontitis group from them blood sample were collected for detection of gene polymorphisms in Toll - like receptor - 4 (TLR - 4). These dental plaque samples were subjected to different methods for identification of P. gingivalis mainly traditional bacteriological method. It was found that 23 P. gingivalis isolates were recovered by using selective media where 19 isolates (26.3%) obtained from (CP) and 4 isolates (12.5%) from (AP). Furthermore, molecular detection method was applied by using 16s rRNA gene as a genetic marker for confirmation of detection of P. gingivalis isolates, 12 isolates of P.gingivalis out of 23were detected by molecular method focusing on the role of 16s rRNA gene of P. gingivalis. 8 isolates were isolated from CP, and 4 isolates were isolated from AP subgingival plaques. In addition, these 12 isolates were investigated to detect Adherence of P.gingivalis to oral epithelial cells. The result showed that all isolates have ability to adhere to oral epithelial cells. The study also detected the ability of this bacteria for production of Gingipain, it was found that all isolates were positive for this enzyme at a rate 100%.Furthermore, biofilm formation was tested in the semi quantitative microtiter plate test. The results revealed that all isolates were biofilm former, high and moderate biofilm formation mode were accounted for (50%) while there are no isolates that express non biofilm formation.Regarding to effect of Chlorhexidine (CHX) gluconate (0.12%) on biofilm formation, the results of this study demonstrated (CHX) effectively and reduced the viability of biofilm - forming bacteria from moderate to 25%, weak to 75% and no strong. The study was also evaluating the effect of some plant extracts on biofilm formation. The results showed the highest effect for Alum potassium phosphate followed by Clove, in contrast to lowest effect of C. rotundus. And after screening the effect of Flagyl solution on production of bacterial pigment. The results showed that the metronidazole produced the highest inhibition activity range (30 - 10mm). Furthermore, the susceptibility of isolates to a variety of antibiotics had been investigated and it had been found that all isolates were sensitive to co - amoxiclave and, in contrast, the isolates showed high resistance to other type of beta lactam such as amoxicillin (54.3%). In addition, the result showed that the resistance of p. gingivalis was very low for ampicillin and metronidazole (16.3% and 20.3%), respectively.The screening of antimicrobial activity of (CHX) gluconate (0.12%) was carried out and the results showed that it produced the highest inhibition activity whether against p. gingivalis with inhibition zone range 40 - 15mm. Finally in vitro antibacterial activity of Alum, Clove and Cyperus rotundus plant extracts was studied and the results revealed that all tested isolates were inhibited by aqueous extracts at 50% concentration. The maximum inhibition zone was observed in Alum and Clove extracts respectively (30mm, 25mm), compared to the minimum inhibition by Cyperus rotundus (10mm). The antibacterial actions of 20% concentration of plant extract gave lower inhibition zone than 50% concentration of that extract which represented by (19mm, 16mm, and 10 mm) of the previous three mentioned extracts. This study also aimed to investigate the association of Thr399Ile and Asp299Gly single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the (TLR - 4) with the incidence of (CP).The results revealed at the site of SNPThr399Ile, there were three genotypes for this SNP among CP patients; CC, CT and TT with frequency of 77.5%, 10% and 12.5 % respectively, whereas, there were only two genotypes among control group; CC and TT with frequency of 63.4% and 36.6% respectively with no significance differences between patients and control. However, the frequency of allele C (dominant) was higher among CP group (82.5%) than control (63.3) with significant difference. The site of SNP of Asp299Gly also showed three genotypes among CP patients; AA, AG and GG with frequency of 67.5%, 12.5% and 20% respectively, whereas, there were only two genotypes among control group; AA and GG respectively with frequency of 66.6 and 34.4% respectively with no significance differences between patients and control. However, the frequency of allele A (dominant) was higher among CP group 73.75 % than control 66.6%.

دراسة لبعض الخصائص الوبائية والمصلية لاصابات الـBordetella perlussis في محافظة بابل

Author name: عمار عباس شعلان
Supervisor name: محمد عبود القرة غولي | يحيى الطفيلي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة الى وصف بعض الخصائص الوبائية للسعال الديكي في محافظة بابل وتقييم الاضداد المتخصصة للـ Bordetella pertussis IgG وIgA باستخدام تقنية الـ ELISA للتشخيص المختبري للسعال الديكي، هذا بالاضافة الى قياس الاستجابة المناعية الخلطية للقاح الثلاثي (DPT). جمعت عينات الدم من : 68 طفل مصاب بالسعال ديكي راقد في المستشفى (36 غير ملقح و32 ملقح) ، 103 من اشخاص اسوياء (49 شخصا ملقحا، 54 شخصا غير ملقح) و20 من العاملين بالخدمة الصحية في محافظة بابل. اضداد Bordetella pertussis IgG وIgA تم قياسها بواسطة تقنية الـ ELISA لكل مجموعات الدراسة. التعداد الكلي والتفريقي للخلايا البيضاء اجري للـ68 مريض و20 من مجموعة السيطرة. اظهرت الدراسة ان اعلى مستوى حدوث للسعال الديكي لوحظ في المرضى اقل من عمر سنة (49% من مجموع الحالات). كانت نسبة الذكور للاناث 1.27 : 1. 71% من المرضى مقيمين في المناطق الريفية مقارنة بـ 29 % في المناطق الحظرية. 36 (53%) من المرضى كانوا غير ملقحين و26 (38%) كانوا ملقحين جزئيا، بينما 6 (9%) تلقوا تلقيحا كاملا (3 جرعات من اللقاح الثلاثي). لوحظت مضاعفات السعال الديكي في 88% من المرضى، والتي كانت بصورة رئيسية الاختناق (88%)، اختلاجات (26%)، ذات الرئة (29%)، والوفاة (4%). كما لوحظ ارتفاع في تعداد الخلايا البيضاء في 64% من المرضى وارتفاع في تعداد الخلايا اللمفاوية في 69% من المرضى. معظم الحالات سجلت خلال الفترة بين شهر نيسان وتموز. كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد الـ Bordetella pertussis IgG في الاطفال غير الملقحين كانت 77% و100% على التوالي، في حين كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد Bordetella pertussis IgG في الاطفال الملقحين 67%، 91% على التوالي. كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد الـ Bordetella pertussis IgA في الاطفال غير الملقحين كانت 33% و100% على التوالي، في حين كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد Bordetella pertussis IgA في الاطفال الملقحين 72%، 86% على التوالي. لوحظت افضل حساسية وتخصص تشخيصي في العيانات التي جمعت بعد اكثر من 21 يوما بعد ظهور اعراض السعال الديكي. تم الحصول على اعلى حساسية وتخصص تشخيصي (92، 82% على التوالي) باستعمال مستوى موجب لـ اضداد Bordetella pertussis IgG او IgA. اظهرت الدراسة ان متوسط مستوى اضداد Bordetella pertussis IgG في الاسوياء الملقحين كانت 56.41 U/ml (المدى 19.77 - 143.89 U/ml)، بينما بلغ متوسط اضداد Bordetella pertussis IgG في الاسوياء غير الملقحين 29.33 U/ml (المدى 1.01 - 56.9 U/ml). كان متوسط مستوى اضداد Bordetella pertussis IgA في الاسوياء الملقحين كانت 9.05 U/ml (المدى 3.6 - 29.74 U/ml)، بينما بلغ متوسط اضداد Bordetella pertussis IgA في الاسوياء غير الملقحين 4.79 U/ml (المدى 3.05 - 7 U/ml). اظهرت الدراسة ان 10.7 % (11/103) من الاسوياء يظهرون مستوى موجب لاضداد Bordetella pertussis IgG او IgA، في حين اظهر 70% (14/20) من العاملين في الخدمة الصحية في هذه الدراسة مستوى موجب لاضداد Bordetella pertussis IgG او IgA | The aims of this study is to describe some of the epidemiological features of pertussis in Babylon Province in Iraq, and to evaluate the specific anti Bordetella pertussis IgG and IgA ELISA technique in the laboratory diagnosis of pertussis, and to determine the humoral immune response to DTP vaccine. Blood samples were obtained from the following groups : 68 (36 unvaccinated and 32 vaccinated)clinically diagnosed hospitalized pertussis patients, 103 normal healthy subject of similar age groups (49 vaccinated and 54 unvaccinated) and 20 healthcare workers in Babylon Province. The anti Bordetella pertussis IgG and IgA antibodies were tested by ELIZA technique in all study groups. The study shows that the highest incidence of pertussis was noticed in patients less than 1 year (49% of the total pertussis patients). The male to female ratio was 1.27 : 1. There were 71% of pertussis cases from rural area compared with 29% from urban area. 36 (53%) of the patients were unvaccinated and 26 (38%) of the patients were partially vaccinated, while only 6 (9%) are fully vaccinated (3 doses of DTP vaccine). Complications were noticed in (88%) of the patients; they are mainly apnea (88%), seizure (26%), pneumonia (29%), and death (4%). Most cases were noticed between March and July. The anti Bordetella pertussis IgG diagnostic sensitivity and specificity in unvaccinated subjects were 77%, 100% respectively; while in vaccinated subjects they were 67%, 91% respectively. The anti Bordetella pertussis IgA diagnostic sensitivity and specificity in unvaccinated subjects were 33%, 100% respectively, while in vaccinated subjects they were 72%, 86% respectively. The best diagnostic sensitivity and specificity was observed in samples collected after > 21 days of the onset of pertussis symptoms. The higher diagnostic sensitivity and specificity were obtained by using anti Bordetella pertussis IgG or IgA positive levels. The study shows that the anti Bordetella pertussis IgG mean level in DPT vaccinated normal subjects was 56.41 U/ml (range 19.77 - 143.89 U/ml), while it was 29.33 U/ml (range 1.01 - 56.9 U/ml) in unvaccinated subjects. The anti Bordetella pertussis IgA mean level in vaccinated normal subjects was 9.05 U/ml (range 3.6 - 29.74 U/ml), while it was 4.79 U/ml (range 3.05 - 7 U/ml) in unvaccinated subjects. There is 10.7% (11/103) of the normal subjects which have a positive anti Bordetella pertussis IgG or IgA levels. In addition, 70% (14/20) of the healthcare workers in this study have a positive anti Bordetella pertussis IgG or IgA levels.
1 ... 6 7 8 9 10 ... 19