Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 2,514

تاثير فيتامين E في تنشيط معالم النطف في الزجاج لمرضى العقم المصابين بقلة النطف ووهنها == Effect of Vitamin E on in Vitro Sperm Activation of Oligospermic and Asthenospermic Infertile Patients

Author name: ضرغام فالح حسن الشمرتي
Supervisor name: صباح ناصر العلوجي | يحيى كاظم السلطاني
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة على 217 عينة من عينات السائل المنوي التي تعود الى 207 من المرضى الذين يعانون من قلة النطف Oligospermia ، ووهن النطف Asthenospermia ، وابيضاض المني Leukospermia من مراجعي المختبر الاستشاري لكلية الطب في جامعة الكوفة ، للمدة مابين تشرين الاول 2007 وايار 2008. وتم في هذه الدراسة تنشيط النطف البشرية لاولئك المرضى في الزجاج in vitro باستعمال تقنيتين مختلفتين هما : تقنية السباحة للاعلى وتقنية الخلط technique Mixing ولمدة تحضين مقدارها ثلاثين دقيقة في المستنبت ايرل للمرة الاولى ومستنبت ايرل + فيتامين E للمرة الثانية ، ومن ثم بيان تاثير فيتامين E في معالم النطف ، وكذلك بيان تاثير الالتهابات في معالم النطف قبل العلاج وبعده. اظهرت نتائج علاج المرضى الذين يعانون من ابيضاض المني حصول انخفاض معنوي (0.05 >P) في تركيز خلايا الدم البيض والخلايا البلعمية ، في حين كان الانخفاض غير معنوي (0.05 <P) في زمن الاماعة قياسا بقيمتها قبل العلاج فضلا عن حصول تحسن معنوي (0.05 >P) في تركيز النطف ، والنسبة المئوية للنطف المتحركة ، ومعامل حركة النطف ، ودرجة نشاط النطف قياسا بقيمتها قبل العلاج وكذلك عند اجراء عملية التنشيط قبل العلاج وبعده. اشارت نتائج تنشيط نطف المرضى الذين يعانون من قلة النطف (الحاد والمعتدل) ووهن النطف (الحاد والمعتدل) باستعمال تقنية السباحة للاعلى وتقنية الخلط (مستنبت ايرل لوحده ومستنبت ايرل+ فيتامين E) حصول تحسن معنوي (0.05 >P) في النسبة المئوية للنطف المتحركة ودرجة نشاط النطف ومعامل حركة النطف عند المقارنة بقيمتها قبل التنشيط. اشارت نتائج تنشيط نطف المرضى الذين يعانون من قلة النطف (الحاد والمعتدل) ووهن النطف (الحاد والمعتدل) باستعمال تقنية السباحة للاعلى (مستنبت ايرل لوحده ومستنبت ايرل+ فيتامين E) حصول انخفاض معنوي (0.05 >P) في تركيز النطف وتركيزخلايا الدم البيض عند المقارنة بقيمتها قبل التنشيط ، في حين لم تكن هناك فروقات معنوية في المعلمين المذكورين عند استعمال تقنية الخلط . اشارت نتائج تنشيط نطف المرضى الذين يعانون من قلة النطف (الحاد والمعتدل) ووهن النطف (الحاد والمعتدل) باستعمال تقنية السباحة للاعلى (مستنبت ايرل لوحده ومستنبت ايرل+ فيتامين E) حصول تحسن معنوي (0.05 >P) في النسبة المئوية للنطف السوية المقارنة بقيمتها قبل التنشيط ، في حين لم تكن الفروق معنوية في النسبة المذكورة عند استعمال تقنية الخلط . كما لوحظ حدوث تحسن معنوي (0.05 >P) في النسبة المئوية للنطف المتحركة ، ودرجة نشاط النطف ، ومعامل حركة النطف في عملية التنشيط في تقنيتي السباحة للاعلى والخلط عند استعمال مستنبت ايرل ممزوجا مع فيتامين E عند مقارنتها بتلك التي استعمال فيها مستنبت ايرل لوحده ، في حين كان هناك تحسن معنوي (0.05 >P) في تركيز النطف في تقنية السباحة للاعلى عند استعمال مستنبت ايرل مع فيتامين E عند مقارنتها بتركيز النطف عند استعمال مستنبت ايرل لوحده. يستنتج من هذه الدراسة ان العمل على تنشيط النطف البشرية بعد علاج الالتهابات يعطي نتائج افضل بكثير من التنشيط قبل العلاج ، لما لخلايا الدم البيض والخلايا البلعمية من تاثير مهم في معالم النطف . كذلك فان اضافة فيتامين E الى مستنبت ايرل اثبت من الدراسة كفاءة عالية في الحصول على قيم جيدة لمعالم النطف سواء عند تنشيط نطف مرضى العقم المصابين بقلة النطف (الحاد والمعتدل) او نطف المصابين بوهن النطف (الحاد والمعتدل). | This Study was performed on 217 seminal fluid samples belongs to 207 patients suffering from Oligospermia , Asthenospermia and Leukospermia at the consulting Laboratory of College of Medicine Kufa University during the period between October, 2007 and May, 2008. The objective of the persent study is to activation patient sperms quality in vitro by using two different techniques which are the swim - up technique and mixing technique for 30 minute of incubation in Earl’s medium and Earl’s medium + vitamin E to findout the effect of vitamin E on the sperms parameter. Althow, also the effects of infection on the sperm parameter before and after treatment ware evaluated also. . The results showed that the treatment of patient suffering from leukospermia showed revealed significant decrease (P<0.05) in the leukocyte and phagocyte concentration. However, the decrease was insignificant at the time of liquification in comparison with thar used befor treatment . Also a significant improvement (P<0.05) was found in sperm concentration, sperm motility percent, sperm motility index and sperm grade activity in comparison to that resulted befor treatment, as well as that done at the process of activation before and after the treatment. . The sperm activation of patients suffering from Oligospermia (severe and moderate) and Asthenospermia(severe and moderate) by using the swim - up technique and mixing technique (Earl’s media and Earl’s media + vitamin E) showed that there was a significant improvement (P<0.05) in the sperm motility percent, sperm grade activity, sperm motility index in comparison to its result befor activation. The result of sperm patients suffering from Oligospermia (severe and moderate) and Ashenospermia (severe and moderate) by using the swim - up technique (Earl’s media and Earl’s media + vitamin E) showed that there was a significant decrease (P<0.05) in sperm concentration and leukocyte concentration in comparison to that used before activation. However, the results were not significant in both mentioned parameter when mixing technique was used. The result of sperm activation of patients suffering from Oligospermia (severe and moderate) and Asthenospermia(severe and moderate) by using the swim - up technique (Earl’s media and Earl’s media + vitamin E) showed that there was a significant improvement (P<0.05) in the normal sperm morphology percent in comparison to its result befor activation. However, the sperm percent was not significant when mixing technique was used. Also, a significant improvement was noticed(P<0.05) in the sperm motility percent, sperm grade activity and sperm motility index by using ng both techniques swim - up and mixing when Earl’s media was mixed with vitamin E in comparison to the process of activation in both techniques when only Earl’s media was used. However, there was a significant improvement (P<0.05) in sperm concentration swim - up technique by using Earl’s media and vitamin E when compared to that in which only Earl’s media was used . It was concluded that using a human sperm activation after the treatment of infection and inflammations can give a better results than that when used before the treatment as the presence of leukocytes and phagocytes considered important in sperm parameters . Also, it was found that the addition of vitamin E to Earl’s media improve the sperm parameters and their activation in infertile patients suffering from Oligospermia (severe and moderate) and Asthenospermia (severe and moderate)

التاثيرات المرضية للذيفان الخلوي المستخلص من بكتريا Campylobacter jejuni المعزولة محليا == Pathological Effects of the Cytotoxin Extracted from a Locally Isolated Campylobacter jejuni

Author name: سيناء محمد علي السباهي
Supervisor name: ضحى سعد صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study was done to investigate the presence of Campylobacter jejuni in bloody diarrheal stool collected from hospitalized children with gastroenteritis. Campylobacter was isolated from only 4 specimens of a total number of 186; upon identification three isolates were identified as C. jejuni while the fourth isolate was found to be C. coli.Isolation of campylobacters was done using a locally prepared modified, blood - free, charcoal selective medium. It was the first time in which such medium was used for cultivating Campylobacter locally. The efficacy of this medium was very clear in comparison with the ordinarily used blood containing medium for inhibiting almost all fecal flora.Biochemical and physiological tests were used to identify and differentiate C. jejuni from the other Campylobacter species. The antibiotic sensitivity test showed that all isolates were sensitive to erythromycin, chloramphenicol, amikacin and ciprofloxacin, while resistance was found for cephalothin, ceftriaxone cefotaxime, ampicillin and trimethoprim.Tissue culture technique was used to determine C. jejuni of high cytotoxin productivity using continuous cell lines (HeLa and Vero cell lines); this isolate was used for further investigations in the study.In this study, the cytotoxin of the highest cytotoxin producing C. jejuni isolate was extracted locally for the first time and purified, using gel filtration chromatography with Sephadex G100.The purified cytotoxin revealed a single band which was observed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) under the denaturing conditions. The molecular weight of the purified cytotoxin was approximately equal to 43 KDa as determined by PAGE.Using newly hatched chicks (as an animal model),the ID50 value was 3.71x10 4 cfu /ml. The ID50 decreased from 3.71x10 4 to 1.66 x 10 3 cfu/ml when 50 μg of cytotoxin was mixed with the bacterial suspension, this result reflects the role of cytotoxin on the pathogenesis of C. jejuni infection.In the present study, oral inoculation of newly hatched chicks with the C. jejuni isolate resulted in clinical and histopathological damages leading to bloody diarrhea similar to that observed in humans infected with C. jejuni.The post - mortal examination of chicks' viscera showed an accumulation of fluid in chick intestines which were distended with watery fluid; also there was obvious hepatomegaly with yellow spots, and swelling of the gall bladder. The associated infection with the C. jejuni cells and their cytotoxin induced more progressive tissue damage represented by a more severe intestinal distension and congestion.The histopathological examination of the small and large intestine of chicks infected with Campylobacter cells, showed mucosal sloughing, congestion of blood vessels, infiltration of inflammatory cells in the mucosal and submucosal layers, and accumulation of edematous fluid in the mucosal layer. The examination of chicks infected with Campylobacter cells and the cytotoxin revealed the presence of the same lesion, but more severely with the presence of hemorrhage in the lumen. These results could be important evidence of the role of cytotoxin as a virulence factor on the pathogenicity of C. jejuni

دراسة بعض الجوانب المناعية لبكتريا Listeria monocytogenes المعزولة محليا == Some Immunological study 0n Listeria monocytogenes isolated Locally

Author name: ميادة فرحان درويش
Supervisor name: ضحى سعد صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحالية التحري عن بكتريا Listeria monocytogenes في (148) عينه سريريه تضمنت( 123) عينة من مسحات مهبل عليا (High Vaginal Swab)، و25 عينة مشيمه (Placenta) من النساء المجهضات، وتم الحصول على اربعة عزلات من مسحات المهبل العليا بنسبة ( 2.70) % في حين لم تعزل من عينات المشيمه ، وتم تشخيص العزلات كيموحيويا وزرعت على الاوساط الانتقالية والتفريقية واختبرت حساسيتها للمضادات الحيوية المختلفة. اذ ظهر ان العزلات حساسه جميعها لمضادات الامبسلين والجنتاميسين ومقاومه لمضادات حامض النالدكسيك واللنكومايسين ، ودرست قدرة العزلات البكتيرية على استحثاث الجهاز المناعي في الفئران المختبرية المحقونة باحد العزلات من خلال اجراء عدد من الاختبارات المناعية ومنها الفعالية البلعمية، وقابلية التحول اللمفاوي، وفرط الحساسية الاني والاجل، اظهرت النتائج ان العزلة التي اعطيت الرمز M4 - Lis هي الاكفا بين العزلات . حضرت اللقاحات من بكترياListeria monocytogenes العزله Lis - M4 بطريقة التضعيف (Live attenuated listeria) ولاول مرة محليا ، وكذلك حضرت بطريقة القتل بالحرارة ( listeria Heat killed) . تم حساب قيمة الجرعة القاتلة النصفية للفئران المحقونة بالعالق البكتيري العزله Lis - M4 والجرعه القاتله النصفيه اللقاح الحي المضعف واللقاح المقتول بالحراره المحضرين منها على النحوالاتـي (107×2.12 , 107×3.3 , 104×2.6) وحدة مكونه للمستعمرات / 1مليلتروعلى التوالي. وتم اختيار التركيز 107و 106 , 108 لغرض تقويم التركيزالاكفا في تعزيز الاستجابة المناعية .قيمت بعض جوانب الاستجابة المناعية في الفئران باستخدام الفحوصات الاتية فحص التحول اللمفاوي ، اختبار البلعمة ، واختبار فرط الحساسية الاني والاجل ، كما تم قياس الفعالية النوعية لانزيم الادينوسين دي امينيزAdenosin deaminase (ADA) وباستخدام تراكيز ثلاث CFU 108 , 107 , 106 في 1 مليلتر من اللقاحين والعالق البكتيري وبواقع ثلاث فئران لكل معاملة مع وجود مجموعة سيطرة حقنت بماء الملح الوظيفي . اظهرت النتائج ان اللقاح الحي المضعف هوالاكفاء وباستخدام جرعة منشطة واحدة بعد ثمان ايام من التلقيح حيث ظهر اعلى معدل لنسب الخلايا البلعمية الملتهمة واعلى نسب للخلايا اللمفاوية المتحولة واعلى معدل في تفاعل فرط الحساسية المتاخر والاني ، واعلى معدل للفعالية النوعية لانزيم ADA ، وان زيادة عدد جرع اللقاح المقتول بالحرارة ولحد الجرعة الثالثة يزيد من الاستجابة المناعية لهذا اللقاح . كذلك قيمت بعض جوانب الاستجابة المناعية في النساء المجهضات نتيجة الاصابة ببكتريا الليستريا والمجهضات لاسباب اخرى ، اظهرت النتائج وبوضوح ارتفاع معدل كلا من γINF - ( 10.97 vs 6.25) وIL - 12 ( 289.19 vs 159.54) وبفارق عالي المعنوية (p<0.00) عند المقارنة بين مجموعة السيطرة والمجهضات بسبب الاصابة بالليستريا وكذلك ارتفاع قيم IgG , IgM , IgA وارتفاع كلا من C3 , C4 نتيجة الاصابة ببكتريا Listeria monocytogenes ، اكدت النتائج قدرة الليستريا على تحفيز الجهاز المناعي بصورة جيدة من خلال تحفيزها للحركيات الخلوية ، اعطت هذه الحقيقة دعما لامكانية استخدام لقاح الليستريا في دراسات اخرى بوصفه علاجا مناعيا ضد العديد من الامراض . | The present study was achieved to investigate the Listeria monocytogenes in clinical samples such as high vaginal swabs and placenta from women with repeated abortion beside samples of blood . Listeria monocytogenes was isolated in percentage of (2.7%) from high vaginal swabs (123) samples but not isolated from placenta 25samples,and the isolates diagnosed dependent on the biochemical test and growth characteristic on selective and differential culter media. The susceptabibility of isolates to different antimicrobial agent was studied , It appeared that all isolates were totally sensitive to Gentamycine and Ampicillin but they were totally resistant to Lincomycine and Nalidaxic acid . The activity of isolates to stimulate immune response in mouse injected by one of these isolates througe number of immune testing which it : phagocytosis , lymphocyte transformation assay , immediate and delayed hypersensitivity reaction ,The result show the Lis - M4 is the best between them . The vaccine prepared from listeria monocytogenes in tow ways , live attenuated listeria is first prepared from bacterium listeria monocytogenes in our country ; also heat killed listeria was prepared . Calculated LD50 in injected mice by Lis - M4 listeria and mice injected by live attenuated vaccine and heat killed listeria vaccine ,So the result as following ( 2.6 ×104 ;3.3 ×107 ; 2.12 ×107 ) in 0.1 ml respectively , and chose the 106 ,107,108 to evalute the best concentration the in stimulate immune response. Immune response in mice evaluated by using the following assay : lymphocyte transformation assay , phagocytosis , immediate and delated hypersensitivity , also Adenosine deaminase specific activity was studied , by use three concentration 106 , 107 , 108 in 0.1ml from tow vaccines and bacterial suspention in 3 mice to each test in addition to control group injected by phosphate buffer saline . The results of this study confirmed that , live attenuated vaccine in boosting dose after 8 days from vaccination is the best efficient and gave highest mean in phagocytosis , lymphocyte transformation assay and significant increase in delayed hypersensitivity and arthus reaction , and highest mean in specific activity in adenosine deaminase enzyme , also show increase vaccine dose stimulate immune response for this vaccine. The immune response in abortion women which infected by Listeria monocytogenes compared with abortion women as aresult different causes , the result observed increase mean in INF - γ (10.97 vs 6.25) and IL - 12 (289.19 vs 159.54 ) by compared with control group , also highest mean in IgG , IgA , IgM , and C3 , C4 as a result Listeria infection . This result amphesis the ability of Listeria to premote immune response through out stimulate cytokines and demonstrate used this vaccine as immunotherapy in several disease

التعبير السايتوبلازمي للانزيمات المحللة للبروتين MMP - 2, - 9 ومثبطاتها في النسيج TIMP - 1, - 2 وتعبير مستقبل الموت Fas ورابطه النوعي Fas ligand في سرطان الخلايا الانتقالية للمثانة البولية == Cytoplasmic expression of matrixmetalloproteinases (MMPs) Vs Tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMP - 1, - 2) and expression of death receptor (Fas) , and it's specific ligand (FasL)in Transitional cell Carcinoma of the urinary bladder

Author name: مي خليل اسماعيل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة باستخدام 36 نموذجا نسيجيا مطمورا بشمع البرافين ماخوذا من مرضى مصابين بسرطان الخلايا الانتقالية في المثانةTransitional cell carcinoma (TCC ) بالاضافة الى 10 نماذج نسيجية طبيعية ماخوذة من معهد الطب العدلي . النماذج جميعها خضعت لتقنية التصبيغ الكيميائي النسيجي المناعي Immunohistochemistry للتحري عن التعبير السايتوبلازمي لانزيمات MMP - 2 وMMP - 9 ومثبطاتها النسيجية TIMP - 1 وTIMP - 2 فضلا عن التحري عن التعبير الموضعي للحامض الرايبي الرسول mRNA لكل من مستقبل الموت Fas ورابطه النوعي FasL باستخدام تقنية التهجين الموضعي In situ hybridization .اظهرت نتائج هذه الدراسة ان نسبة اصابة الذكور الى الاناث بـTCC هي 1 : 3 وان معدل اعمار المصابين كان 60 سنة . واعتمادا على نتائج التصبيغ الكيميائي النسيجي المناعي اظهرت النتائج وجود زيادة معنوية في التعبير السايتوبلازمي عن MMP - 2(P<0.05) يقابلها انخفاض معنوي في التعبير عن TIMP - 2 في الانسجة السرطانية مقارنة بالانسجة الطبيعية (P<0.05) . وعندما صنفت النماذج السرطانية اعتمادا على التغيرات النسيجية المرضية وجد ان كلا من انزيمي MMP - 2 وMMP - 9 يملكان علاقة ايجابية بتطور درجات الورم Tumor grades اذ يزداد التعبير السايتوبلازمي عن هذين الانزيمين كلما ازدادت درجة الورم (p<0.05) ، (p<0.05) بالتتابع . الا انه لم تظهر اية فروقات معنوية في التعبير عن هذه الانزيمات ومثبطاتها بتطور مرحلة الورم Tumor stages (p>0.05) .اما نتائج التعبير الموضعي للحامض الرايبي الرسول لكل من مستقبل الموت Fas ورابطه النوعي FasL فقد اظهرت زيادة معنوية في التعبير عنهما في الانسجة السرطانية عندما قورنت بالانسجة الطبيعية (P<0.05) و(P<0.05) بالتتابع كما لوحظ ان تعبير الخلايا السرطانية الانتقالية عن FasL يتناسب طرديا مع تقدم كل من درجة الورم ومرحلته Tumor grade and stage فهناك فرق معنوي في التعبير عن FasL بين الدرجة الاولى والثالثة (P<0.05) وبين المرحلة T1 وT2(p<0.05 ) .اما تعبير هذه الخلايا عن المستقبل Fas فقد لوحظ انه يتناسب عكسيا مع تطور درجات الورم ومراحله فهناك فرق معنوي في تعبير هذه الخلايا عن Fas بين درجة واخرى (p<0.05) وبين مرحلة واخرى (p<0.05) . في الوقت الذي لم يظهر فيه تعبير الخلايا اللمفاوية عن Fas وFasL اختلافا مع تطور درجات الورم ومراحله(P>0.05) و(P>0.05) بالتتابع .وعندما قورنت المعلمات الثمانية احصائيا مع درجات تطور الورم ومراحله ظهرت علاقة طردية معنوية بين MMP - 2 ودرجة الورم (P<0.05) وبين MMP - 9 ودرجة الورم ومرحلته (P<0.01) و(p<0.05) على التوالي . كما لوحظت علاقة طردية عالية المعنوية في تعبير الخلايا السرطانية عن FasL مع تقدم درجة الورم ومرحلته (P<0.01) و(P<0.01) على التوالي .من هذه الدراسة نستنتج ان فرط التعبير عن كل من MMP - 2وMMP - 9 وFasL له علاقة بتقدم اورام TCC واجتياحها. | This study was designed by using 36 paraffin embedded tumor tissues obtained from TCC patients , and 10 normal bladder tissues obtained from forensic medicine institute . All specimens undergone to Immunohistochemistry technique to investigate the cytoplasmic expression of MMP - 2, MMP - 9 and their tissue inhibitors TIMP - 1 and TIMP - 2 ; in addition to the in situ mRNA expression of each death receptor (Fas) and its specific Ligand (FasL ) by using in situ hybridization technique. This study showed that male to female infection ratio was 3 : 1 and the mean age of patients was 60 years . Regarding immunohistochemical staining ; MMP - 2 cytoplasmic expression showed significant increase (P<0.05) with significant TIMP - 2 dicrease in tumor tissues compared with normal tissues (P<0.05).According to the histopathological criteria of malignant tissues ; MMP - 2 and MMP - 9 showed a positive relation with tumor grade progression ; so cytoplasmic expression of there enzymes was increased with tumor grade increase (p<0.05) , (p<0.05) respectively ; but there was no significant difference in there enzymes and their inhibitors expression with tumor stage progression (p>0.05).Rgarding in situ mRNA expression of Fas and Fas L ;results of this study reveled that a high significant expression in malignant tissues compaired with normal tissues (p< 0.05 ), (P > 0.05) respectively .Moreover ,FasL expression on transitional malignant cells has a linear increase with tumor grade and stage progression ; there was a significant difference in FasL expression between grade I and grade III(P < 0.05) and between stage T1 and T2 (P < 0.05) . while we found an inverse relation between Fas expression on these cells and tumor grades and stages progression ; there was a significant difference among grades and among stages (P < 0.05) , (P < 0.05) respectively. while there was no significant differences in Fas /FasL expression on lymphocytes and tumor grade and stage progression (P>0.05), (P>0.05) respectively. When we statistically compare the eight markers with tumor grades and stage ; we showed a significant linear relation between MMP - 2 and tumor grade (p<0.05) ; also between MMP - 9 and tumor grade and stage (p<0.01), (p<0.05) respectively. On the other hand , a highly significant liner relation was showed between Fas L expression on transitional malignant cells tumor grade and stage progression (p<0.01) , (p<0.01) respectively .From this study we conclude that overexpression of MMP - 2 , MMP - 9 and FasL are correlated with TCC invasion and progression

تنشيط النطف خارج الجسم باستخدام الاوكسيتوسين في مرضى العقم == In Vitro Sperm Activation by Oxytocin in the Infertile Patients

Author name: مكارم قاسم داود اللامي
Supervisor name: عدنان صالح الجنابي | فريال عبد المناف المهداوي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Physiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة على ١٨۰ مريضا يعانون من وهن النطف اثناء مراجعتهم لمعهد ابحاث الاجنة وعلاج العقم / جامعة النهرين. كان الهدف الرئيس لهذه الدراسة هو استقصاء تاثير اضافة الاوكسيتوسين الى السائل المنوي للمرضى لغرض التحقق من تحسين خصائص الحركة العائدة الى النطف، وكان التركيز على هذا الهرمون بوصفه مادة طبيعية ينتجها الجسم وله وظائف معروفة غير التي هدفت اليها هذه الدراسة. اما الهدف الثانوي فهو دراسة علاقة الترابط بين قيم بعض المعايير الكيمياحياتية للمني ومستوى الهرمونات التكاثرية للمصل من جهة واختبارات وظيفة النطف من جهة اخرى.تم تحليل السائل المنوي للمرضى قبل تنشيط النطف، ومن ثم تم تقسيم المرضى الى ثلاث مجاميع رئيسة متساوية. جمعت عينات الدم من مرضى المجموعة الاخيرة لغرض تعيين مستوى الهرمونات التكاثرية الاربعة في المصل وهى : التيستوستيرون، البرولاكتين، الهرمون اللوتيني، والهرمون المحفز للجريب. كذلك تم قياس مستوى بعض المعايير الكيمياحياتية للسائل المنوي لمرضى هذه المجموعة والتي تضمنت : البروتين الكلي، الكوليستيرول، الكالسيوم، انزيم الكرياتين كاينيز، والفركتوز.استخدمت طريقتان لتنشيط النطف خارج الجسم in vitro وهما : الطريقة المباشرة (باستخدام مزيج الاوكسيتوسين ووسط تحضير النطف) والطريقة غير المباشرة (باستخدام التقنية الطباقية البسيطة) وبتطبيق ثلاثة تراكيز من الاوكسيتوسين وهي : ۲،٤، و٦ وحدة دولية/مل لاختيار التركيز الاكثر تاثيرا على اختبارات وظيفة النطف. اظهرت نتائج الطريقة غير المباشرة حدوث تحسن معنوي ملحوظ (P<0.001) في النسبة المئوية للنطف المتحركة ودرجة نشاط النطف عند التركيز۲ وحدة دولية/مل مقارنة مع عينات السيطرة. وقد كان هناك ميلا الى تناقص درجة نشاط النطف مع زيادة تركيز الاوكسيتوسين. اما نتائج الطريقة المباشرة فقد اظهرت حدوث زيادة معنوية (P<0.05) في درجة نشاط النطف وقد كان هناك ايضا ميلا الى تناقص معيار الحركة هذا مع زيادة تركيز الاوكسيتوسين. بناء على هذه النتائج، تم استعمال التركيز۲ وحدة دولية/مل للاوكسيتوسين مع تطبيق الطريقتين المباشرة وغير المباشرة وذلك في حالتين هما وجود وسط تحضير النطف وعدم وجوده. اظهرت حصيلة الطريقة غير المباشرة لتنشيط النطف وعند وجود وسط تحضير النطف زيادة معنوية ملحوظة (P<0.001) في خصائص الحركة (النسبة المئوية للنطف المتحركة ودرجة نشاط النطف) في كلا المجموعتين (المعاملة بالاوكسيتوسين ومجموعة السيطرة) مقارنة مع قيم ما قبل التنشيط. اما مقارنة المجموعتين معا فقد اظهرت بان افضل تحسن معنوي ملحوظ ((P<0.001 في خصائص الحركة كان في المجموعة المعاملة. عند غياب وسط تحضير النطف كان هنالك تحسنا معنويا (P<0.05) في خصائص الحركة في المجموعة المعاملة فقط مقارنة مع قيم ما قبل التنشيط . عند تطبيق الطريقة المباشرة كانت النتائج مماثلة لما حدث عند تطبيق الطريقة غير المباشرة في حالة وجود وسط تحضير النطف. اما عند غياب وسط تحضير النطف لم يحدث اي تغيير معنوي (P>0.05) في تلك المعايير بعد فترة الحضانة. واظهرت النتائج ايضا بان هناك استجابات محفزة بالاوكسيتوسين (رغم انها غير معنوية) في تلك المعايير مقارنة مع مجموعة السيطرة. تشير جميع هذه النتائج الى التاثير المحفز للاوكسيتوسين عند التركيز۲ وحدة دولية/مل على خصائص حركة النطف، كذلك فان استعمال وسط تحضير النطف ادى الى دعم ذلك التاثير.تم تقييم علاقة الترابط بين المعايير الكيمياحياتية لبلازما المني ومعايير المني، وقد اشارت النتائج الى وجود ترابط موجب وبشكل معنوي (r = +0.29, P<0.05) بين مستوى الكوليستيرول وتركيز النطف، وبين مستوى الكالسيوم وكل من النسبة المئوية للنطف المتحركة (r = +0.27, P<0.05) ودرجة نشاط النطف(r = +0.37, P<0.05) . بينما كان هناك ترابط سالب وبشكل معنوي بين مستوى الفركتوز من جهة وكل من تركيز النطف - 0.41, P<0.001) (r =، النسبة المئوية للنطف المتحركة (r = - 0.28, P<0.05) ، ودرجة نشاط النطف (r = - 0.32, P<0.05) من جهة اخرى.عند مقارنة مستوى هذه المعايير الكيمياحياتية بين المجموعة المعاملة بالاوكسيتوسين ومجموعة السيطرة، كان واضحا بان الاوكسيتوسين ربما يكون سببا في فقدان الكوليستيرول من الغشاء البلازمي للنطف وبالتالي زيادة مستواه وبشكل معنوي ملحوظ ((P<0.001 في الوسط الخارجي. كذلك فان الاوكسيتوسين ربما ادى الى تحوير نقل الكالسيوم عبر الغشاء البلازمي وبالنتيجة زيادة تركيز الكالسيوم داخل الخلية وانخفاض مستواه وبشكل معنوي ملحوظ ((P<0.001 في الوسط الخارجي. بالاضافة الى الانخفاض المعنوي الملحوظ ((P<0.001 في مستوى الفركتوز في الوسط الخارجي والذي يشير الى استخدامه المتزايد من قبل النطف بسبب تنشيط الحركة.اظهرت نتائج فحوصات الهرمونات التكاثرية ارتفاعا معنويا ملحوظا ((P<0.001 في مستوىالبرولاكتين وانخفاضا معنويا (P<0.05)في مستوى الهرمون اللوتيني في الحالات المدروسة عند المقارنة مع القيم الطبيعية. وجدت علاقة ترابط سالبة وبشكل معنوي (r = - 0.29, P<0.05) بين مستوى برولاكتين المصل وتركيز النطف، وقد وجدت علاقة مشابهة ايضا (r = - 0.28, P<0.05) بين مستوى الهرمون المحفز للجريب في المصل وتركيز النطف.

تقييم لقاح الحصبة لدى الاطفال والبالغين باستخدام طرق مصلية مختلفة == Evaluation of Measles Vaccine in Children and Adults Using Various Serological Methods

Author name: كريم مؤمن ليلو الساعدي
Supervisor name: ضحى سعد صالح | فيصل غازي الحمداني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Viruses
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: بالرغم من نسبه التغطيه (العاليه ) من التلقيح في العراق الا ان وباء الحصبه مستمر في الحدوث وازدياد نسبة المعرضين للاصابه بمرورالزمن الى مستوى ينتشر فيه المرض بسهوله. ان السيطره على هذا مرض في بلدنا عمليه صعبه لسهولة انتقال الفيروس بين الملامسين بالاضافه الى عدم تطور البنيه التحتيه لانجاز عملية التلقيح ومراقبة الاصابات للحد من انتشار المرض . شمل البحث دراسة الاستجابه المناعيه ضد فايروس الحصبه لنمادج من المصل لاشخاص عراقيين من بغداد ولاطفال من زامبيا مدينة لوساكا .فيما يخص نماذج العراقيين تم اخذ 165 نموذج دم لاطفال وبالغين بواقع 95 ملقحين و70 مصابين من بينهم 34 مصاب بالحصبه على الرغم من التلقيح ضد المرض باعمار تتراوح بين ( 8 شهر - 30 سنه) وللمده ( من شباط / 2007 الى حزيران / 2007 ) , قسمت النماذج الى ستة مجاميع اعتمادا على المدى العمري . شخصت الاصابات التي وقعت عام 2007 سريريا في المراكز الصحيه ومن ثم تاكيدها مختبريا في مختبر الصحه العامه المركزي في بغداد , تم تقييم الاستجابه المناعيه المتخصصه ضد فايروس الحصبه باستخدام ثلاثة طرق مصليه مختلفه وهي : التعادل المصلي الدقيق وقياس الكلوبيولين المناعي صنف G وطريقة تثبيط التلازن الدموي اجريت هذه التجارب في مختبر تقييم اللقاحات الفايروسيه والزراعه النسيجبه في المركز الوطني للرقابه والبحوث الدوائيه . اظهرت نتائج طريقة التعادل المصلي ان جميع المشاركين بالدراسه يمتلكون الاجسام المضاده ( وهم الذين يمتلكون عياريه مساويه او اعلى من ( 128 ) المتخصصه ضد فيروس الحصبه ولكن بمستويات مختلفه , حيث كان مستوى الحمايه المصليه بنسبة 79% للملقحين و94,2% للمصابين وهذا يؤكد على بقاء الاجسام المضادة هذه لفتره طويله بعد حصول الاصابه والتلقيح . وكان معدل الانتشار المصلي لمختلف اعمار الملقحين : 923± 258 , 714± 336 , 705 ± 384 , 268 ± 289 , 278 ± 214 للاعمار (6 - 10 ),(11 - 15) , (16 - 20) ,(21 - 25) , (26 - 30) سنه بالتعاقب , اذ تبين عدم وجود مؤشر احصائي معنوي (P>0.05)عند المقارنه بين الملقحين بالعمر(6 - 10 ) سنه مع المصابين حديثا باعمار اقل من 6 سنوات, اما الملقحين بعمر (11 - 15) سنه قد اظهر وجود مؤشر احصائي مختلف (P<0.01) عند المقارنه بين الملقحين بالعمر(6 - 10 ) سنه , اما الفئات العمريه (16 - 20) , (26 - 30) سنه من الملقحين فقد اظهرت مؤشرات احصائيه مختلفه (P<0.01)بالمقارنه مع نفس الفئات العمريه من المصابين ولم تظهر الفئه العمريه (21 - 25) سنه من الملقحين مؤشر احصائي مختلف مع المقارنه لنفس الفئه من المصابين . اظهرت النتائج نسبه 97 - 100% للحمايه المصليه لفئة الملقحين في المدى العمري (6 - 10) سنه بعد ذلك تبدا بالانخفاض بتقدم العمر , وكانت نسبة الحمايه المصليه 95 - 100% للمصابين بالمرض من مختلف الفئات العمريه المشاركه في الدراسه . اجريت دراسه ايضا بقياس الحمايه المصليه بالاعتماد على عدد جرع اللقاح المعطاة باستخدام طريقة التعادل المصلي وكانت النتائج (1 : 838 ± 403) , ( (1 : 938± 244) للاشخاص الذين اعطوا 5 و6 جرع على التوالي واظهرت اختلاف احصائي(P<0.01) عن الذين اعطو (1 - 2)جرعه من لقاح الحصبه .تمت دراسة فترة بقاء الاجسام المضادة المتخصصة ضد فايروس الحصبه للملقحين والمصابين اذ وجدت بنسبة عاليه قبل مرور فترة 3 سنوات من اعطاء اخر جرعه من اللقاح حيث اظهرت مؤشر احصائي مختلف من الذين امضوا اكثر من 3 سنوات باستلامهم اخر جرعه , بينما لا توجد مؤشرات احصائيه مختلفه من اعطاء اخر جرعه لفترة (3 - 10)سنه واكثر من 10 سنوات , وهذا يعطي دليل بانخفاض مستوى الاجسام المضاده مع مرور الوقت سواء بعد التلقيح او الاصابه الطبيعيه . اظهرت نتائج قياس IgG بطريقة ELISA ان الحمايه المصليه تمثل 89% ضد الاصابه بفايروس الحصبه وتمثل نسبة 7.7% حمايه مصليه غير ثابته ونسبة 3.3% دون حمايه مصليه .وكانت اعلى نسبه من الحمايه المصليو 94,7% في الاعمار الصغيره (6 - 10) سنه من المشاركين في البحث واقل نسبه من الحمايه المصلية 75% للاعمار الكبيره (25 - 30) سنه . وبصوره عامه فان معدل عيارية الاجسام المضاده المتخصصه ضد فايروس الحصبه صنف IgG هي 2080 ±1837 لجميع الملقحين قيد الدراسة وبدون اختلاف احصائي معنوي بالمقارنه مع المصابين والتي كانت 1949 ±1838 , وان التلقيح بالجرعات التعزيزيه الاضافيه للفئات العمريه المناسبة تلعب دور كبير في تمنيع المجتمع للحد من حدوث الاوبئه وانتشارها . اما باستخدام طريقة تثبيط التلازن الدموي وجد 60 مشاركا من اعمار مختلفه يمتلك اجسام مضاده متخصصه مثبطه للتلازن الدموي , وعند الاخذ بنظر الاعتبارعيارية 1/8 كمؤشر للتعرض للاصابه وجد الانتشار المصلي المثبط للتلازن الدموي 53,6 % , 73,6% للملقحين والمصابين بالتتابع , كما وجد انخفاض واضح لمستوى هذه الاجسام المضاده بتقدم العمر , وكما كانت النتائج التي حصل عليها هذا البحث باستخدام تقنية التعادل والاليزا يمكن الاستنتاج ايضا ان مقدارتركيز الانتشار المصلي المثبط للتلازن الدموي ذو علاقه مباشره وطرديه مع نسبة الحمايه المصليه ضد النوع البري للاعمار ما بين (6 - 15) سنه , وكانت نتائج معظم افراد الفئه العمريه (16 - 30) سنه ذو نسبه واطئه من الحمايه المصليه وهذه النتائج ربما تعود ان المشاركين في الدراسه للفئه العمريه الكبيره كانت ولادتهم قبل الشروع ببرنامج التلقيح الموسع اوكونهم عاشو خلال فترة كانت فيها نسبه واطئه من التغطيه في التلقيح مما يؤدي الى انخفاض ونقص في الانتشار المصلي . اما نتائج دراسة المقارنه باستخدام الطرق المناعيه الثلاث في قياس الاستجابه المناعيه ضد الحصبه وجد هناك علاقه جبده ومباشره بين طريقتي التعادل وتثبيط التلازن الدموي ( r =0.87 , P<0.01 كما بينت النتائج ان طريقة تثبيط التلازن الدموي اقل حساسيه من طريقة التعادل , اما المقارنه مع طريقة قياس الكلوبيولين المناعي صنف الكلوبيولين المناعي IgGتعتبرمقياس دقيق وذات علاقه جيده ومباشره مع طريقة التعادل (r = 93 , P< 0.05) واخيرا يمكن الاستنتاج ان طرق التعادل هي الطريقه المثلى في قياس الاجسام المضاده ضد فايروس الحصبه وتعتبر الطريقه المناسبه لقياس مستوى الحمايه ضد المرض . اما بخصوص نماذخ المصول العائده للاطفال من زامبيا , شملت الدراسه (50) نموذجا , يعضها كان قبل التلقيح والبعض الاخر بعد (1 - 3 اشهر ) من تلقيح الاطفال بلقاح الحصبه المنفرد بعمر 9 اشهر , تم قياس الاجسام المضادة المتخصصه ضد فايروس الحصبه بتقنية التعادل المصلي في الاكار وباستخدام النوع البري لفايروس الحصبه المعزول من حالات مصابه بالحصبه واجري الاختبار باصابة خلايا كلية القرد الاخضر الحامله للمستلم CD150 واجري الاختبار بالتزامن مع المصل القياسي العالمي لغرض المقارنه ولغرض تحويل العياريه للنتائج الى الوحدات العالميه , تم اجراء الاختبارات في مختبر الاستاذه كرفن في جامعة جون هوبكنز الامريكيه.اما نتائج هذه الاخيبارات فقد كان قياس الاجسام المضاده للاطفال الزامبيين بعمر 9 اشهر قبل اخذ اللقاح 0.079 وحده عالميه وبنفس الوقت هي تمثل ما تبقى من الاجسام المضاده المكتسبه وهي اقل من مسوى الحمايه ضد المرض التي هي 0.120 وحده عالميه عند استخدام تقنية التعادل المصلي في الاكار , اما بعد الفتراة الزمنيه شهر واحد وثلاثة اشهر من التطعيم كان قياس الاجسام المضاده 0.606 , 0.493 وحده عالميه وبمؤشر احصائي P< 0.05 ,P<0.01 , على التوالي بالمقارنه بنتائج قبل التطعيم وهو اعلى من مستوى الحمايه ضد المرض , بينما كان قياس الاجسام المضاده بعد الاصابه الطبيعيه للاطفال بعمر 76 شهر 3.303 وبمؤشر احصائي P<0.005 وحده عالميه وهذه النتيجه تؤكد النتائج السابقه بان الاستجابه المناعيه بعد الاصابه الطبيعيه اعلى من نسبتها بعد التطعيم .وهذه النتائج تتفق مع نتائج الاستجابه المناعيه للاطفال العراقيين دون سن 6 سنواة فيما يخص مستوى الحمايه ضد المرض . | In this study, the potency of the live measles vaccine ( Rouvax / Sanofi pasture production) has been determined by an in vitro microtitration assay ,the results were considered comply and meet with the WHO requirement .The estimation of the prevalence measles antibody among serum samples from Iraqi and Zambian population after measles vaccination and natural infection. Regarding the Iraqi blood samples were collected from Iraqi children and adults with documentation of vaccinated or exposure to natural infection with an average age of (8 months - 30 years) .Samples were divided into six groups based on the age of participants .The individuals were infected during 2007 outbreak identified in the health center of their area and confirmed serologically in Center Public Health Laboratory (CPHL) in Baghdad; Serological assays were performed at the National Center for Drug control and Research ( NCDCR) to detect measles antibody . All 156 participants had detectable neutralizing antibodies, while the prevalence of protective level of neutralizing antibody titer (≥ 1 : 128), was found in 79% of vaccinated group and 94.2 % for participants with a history of measles cases suggesting that the rate of antibody persist longer when expressed exposure to circulating wild virus. When groups distribution of the Geometric Mean Titer (GMT) values was determined according to the age groups, revealed that the measles neutralizing antibody titers after vaccination were 923± 44.2 , 714 ± 68.7 , 705 ± 99.2 , 268 ± 91.4 and 278 ± 87.7 for groups 6 - 10 ,11 - 15 ,16 - 20, 21 - 25 and 26 - 30 years respectively . There was no significant statistical difference (p>0.05) for age group 6 - 10 when comparing with infected children (<6 years), 11 - 15 years group showed statistical significancet when compared with infected children (>6 years) ( P < 0.01) , 16 - 20 and 26 - 30 of vaccinated groups also showed to be statistically significant when comparing with similar age of infected individuals (P< 0.01 ) ; But there is no statistical significance for age groups 21 - 25 years when comparing with similar age of infected individuals ,(p> 0.05) The percentage of neutralizing protective level was 97 - 100% for (>6 - 10) years of vaccinated group and then decreased with increasing ages, while persistent (95 - 100%) for the different age groups infected with measles. Neutralizing antibody titers after five and six vaccine doses was a (1 : 838 (SEM) 100) and (1 : 938 (SEM) 93) respectively this is showing statistically significance when compared with individuals previously had received one and two doses (p < 0.001 and p < 0.01) respectively . In the study of persistence of neutralizing antibody after vaccination and natural infection the prevalence of measles antibody was very high before 3 years of the last dose and show significant differences when compared with group of individuals who had received the last dose after more than 3 years ( P<0.05) and there was no significant statistical differences between groups with the period 3 - 10 and >10 years after the last dose. therfore, no evidence was found of neutralizing antibody against measles which decreased to nonprotective levels from neutralizing result after both vaccination and natural infection. In the second assay, sera were tested for measles specific IgG by ELISA result showed that 89% of all individuals who participated in the research were seropositive against measles, 7.7% equivocal and 3.3% had shown seronegative. The highest seroposivity was ( 94.7% ) among individuals with the lowest age group (6 - 10 years), and the lowest seroposivity (75 %) was among the oldest age group (26 - 30 years). In general all individuals participated in this study have shown IgG level 2080± 197.5 mIU/ml of the vaccinated groups. when compared with participants previously exposed to measles natural infection that was found (1949 ± 262.5mIU/ml) with no statistically significant . When individuals grouped according to the increased age , a marked decline in IgG levels were observed, resulting in different levels of protection against measles and suggested that supplementary vaccination might play a role in vaccinating population before measles outbreaks . In the third assay the prevalence of measles antibody by hemagglutination inhibition has been found that 60 participants of different age groups have detectable hemagglutination inhibition antibody titer using the titer(<1 : 8) as indicator of susceptibility .It was found that 53.6% and 73.6% of hemagglutination inhibition seroprevalence among vaccinated and those with previous to natural infection respectively . Hence again a marked decline in hemagglutination inhibition antibody titers was observed with the increasing age of participants in this study. Regarding neutralizing and IgG - ELISA antibody, the results of hemagglutination inhibition suggest that the seroconvesion after vaccination correlated with the protective levels against wild type among age group (6 - 15) years and most of the participants with (16 - 30) years age group have a low percentage of hemagglutination inhibition antibody titers, and these results may be due to the fact that individuals were born before the implementation of routine immunization against measles in 1985 and lived in the time of low vaccination coverage resulting in waning of antibody or lack of initial seroconversion. In comparison of different methods that have been used in this study to evaluate specific measles immune response, it was found that a good correlation between hemagglutination inhibition and neutralization test ( r=0.87 , P<0.01).With measles virus , hemagglutination inhibition was considered less sensitive than neutralization test . Also was found a good correlation between IgG - ELISA and neutralization assays ( r=0.93 , P<0.05). It has been concluded that the neutralization assay is considered the gold standard in measuring antibodies properly and most important in clinical protection. About the Zambian children were used in order to know the level of immunity required for measles elimination after administration with different measles virus vaccine strain .Fivity serum samples were available from Zambia children in prevaccination , 1 - 3 months after vaccination at 9 months of age ,and infected children with ages (76 ± 65 months ) . A modified plaque reduction neutralization assay was conducted to measure measles antibodies ,using wild type of Measles virus strain to infect veroSLAM cells , Plasma samples were tested in parallel with the International World Health Organization (WHO) Serum Standard and results were transformed into mIU/ml .The tests were conducted in Prof. Griffin lab. of the molecular microbiology and immunology department in John Hopkins School of public health. In the present study,Zambia infants vaccinated at 9 months of age have had passive antibody (79 mIU/ml) lower than the protective level (≥ 120 mIU/ml) and the presence of passive antibody at the time of vaccination continued to have high titers of antibody after one month ( 493 mIU/ml ) (P> 0.01) and three months (606 mIU/ml ) ( P<0.05) of measles vaccination above the protective level against measles infection ,while the antibody levels have reached to (3303 mIU/ml) ( P > 0.005) in children with natural infection, these results showed in agreement with the results of Iraqi children under 6 years of ages regarding the level of protection against the disease .

عزل وتشخيص البكتريا العصوية (Bacillus) المنتجة لانزيمات التحلل المائي (الحلمهه) (Hydrolases) المتحملة للحرارة == Isolation and identification of Bacillus producing thermotolerant hydrolases

Author name: عدنان حنون عباس
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 97 عزلة من البكتريا العصوية ( Bacillus ) من جمع 200 عينة تربة ومياه في الفترة مابين تموز/تشرين اول 2008 من مواقع مختلفة من العراق بعد التشخيص الاولي ( صبغة كرام, تكوين السبورات, انتاج الكاتاليز ) وتلقيح العينات على وسط ال Thermus agar وتنميتها على درجة 50°C لفترة 24 ساعة. اظهــــرت نتائج الاخــــــتبارات الكيمــوحيــــويـــــة ان 56 عزلة تربـــــــة صنفت على انها B. laterosporus 35.71% , B. circulans 16.07% , B. stearoyhermophilus 14.28%, B. polymyxa 12.5% , B. macroides 7.14%, B. mycoides 7.14% , B. lentus 3.57% , B. popilliae 1.78% , B. chitinosporus 1.78 , بينـــما صنفت 41 عـــــــــزلة مياه عــــلى انها B. laterosporus 26.82% , B. circulans 26.82% , B. stearothermophilus 4.87% , B. polymyxa 4.87% , B. macroides 9.75% , B. mycoides 2.43% , B. lentus 7.31% , B. popilliae 4.87% , B. filicolonicus 4.87% , B. brevis 2.43% , B. larvae 2.43% , B. pumilus 2.43% . اظهرت عزلات ال ( Bacillus ) المعزولة من التربة والمياه ايجابيتها في انتاج الانزيمات المتحملة للحرارة بعد اختبارها على وسـط الاكار الصـلب, كالبروتييــز ( 73.17% ) ( 89.28% ) , الاميـــــــــليز ( 51.21% ) ( 55.35% ) , اللايبيــــــــــــز ( 95.12% ) ( 91.07% ) , السيليليز( 60.97% ) ( 85.71% ) , والكايتينيز( 92.68% ) ( 85.71% ) , على التوالي, في فترات حضانـــة مختلفة ودرجة حرارة 50°C . من جهة اخرى, قيست قابلية عزلات ال ( Bacillus ) والبالغة نسبتها ( 41.23% ) على انتاج انزيمات التحلل المائي كالبروتييـــز والاميليــز واللايبيـــز والسيليليـــز والكايتينيــز, باجمعها, حيث اظهرت النتائج بان سلالات ال B. polymyxa كانت الافضل في انتاج البروتييز والاميليــز والسيليليــز, بينما سلالات ال B. lentus كانت الافضل في انتاج الكايتينيـــز, اما اللايبيـــزفقد تم انتاجــــــــه من قبل سلالات ال B. circulans , B. stearothermophilus , B. polymyxa , B. mycoides وB. lentus , على اوساط زرعية وفترات حضانة مختلفة ودرجة حرارة 50°C. هذا وقد حددت الظروف المثلى لانتاج الاميليز من العزلة B. polymyxa AS 4/5 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج والمحضر مختبريا متكون من 2% نشا, 1% تربتون, 0.05% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.02% كلوريد الكالسيوم , برقم هيدروجيني 7, وبدرجة حرارة 50°C لفترة 48 ساعة. تم استخلاص الاميليــز من الوسط الزرعي وتركيزه بواسطة السكروز, وقد اظهرت النتائج الحصول على الاميليز بفاعلية نوعية 2.36U/mg protein, في المــرحلة الاولى تمت تنقية الاميليز بطريقة كروماتوغرافيا الوجبة Batch Chromatography واعقبت هذه المرحلة استخدام عمود التبادل الايوني Ion exchange chromatography باستخدام المبادل DEAE - Cellulose column . وقد اظهرت النتائج الحصـــول على الاميلــــيز بفاعلية نوعية 6.76U/mg protein وبعدد مرات تنقية بلغ 2.86 وبحصيلة نهائية 18.65% . تمت ايضا دراسة توصيف الانزيم, واظهرت النتائج بان الفعالية الانزيمية تزداد بزيادة درجة الحرارة الى 90°C بينما اظهر الاميليزثباتييتـــه في درجات الحرارة 40°C, 50°C, 60°C , في حضانة لمدة 30 دقيقـــة, اما الفاعلية المثلى للانزيم بالرقم الهيدروجيني pH 5, اما ثباتية الانزيم فتكون في الارقام الهيدروجينية مابينpH 4 - 10 في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة, وبفاعلية متبقيــة قصوى 78.57% في .pH 5 اما النتائج المتعلقة بتاثير الايونات الفلزية على الانزيم, تبين ان لكلوريد الزئبق تاثير عالي على الانزيم بفاعلية متبقية 46.47% و40.84% بتركيز 5mM و10mM , على التوالي, اما كلوريد المنغنيز له تاثير قليل على الانزيم بفاعلية متبقية 79.81% و81.69% بتركيز 5mM و10mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة. تعمل المواد الكلابية مثل EDTA والمواد المختزلة mercaptoethanol على تثبيط الفاعلية الانزيمية, حيث تؤثر المواد الكلابية ( EDTA ) على الانزيم بفاعلية متبقية 57.74% و52.58% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, اما المــــواد المختزلـــــــــة ( mercaptoethanol ) يكون تاثيرها بفاعلية متبقية 51.17% و40.37% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقـــــــــة. | Ninety - seven isolates of Bacillus were obtained from 200 soil and water samples, collected between July to October / 2008, from different local sites of Iraq, by primary identification ( gram stain, endospore - forming and catalase production ) after incubation at 50°C for 24h on thermus agar. Biochemical test showed that fifty - six soil isolates were classified as B. laterosporus 35.71%, B.circulans 16.07%, B.stearothermophilus 14.28%, B.polymyxa 12.5%, B.macroides 7.14%, B.mycoides 7.14%, B.lentus 3.57%, B. popilliae 1.78% and B.chitinosporus 1.78%, whereas forty - one water isolates were classified as B.laterosporus 26.82%, B.circulans 26.82%, B.stearothermophilus 4.87%, B.polymyxa 4.87%, B.macroides 9.75%, B.mycoides 2.43%, B.lentus 7.31%, B. popilliae 4.87%, B.filicolonicus 4.87%, B.larvae 2.43%, B.brevis 2.43% and B. pumilus 2.43%. Thermotolerant enzymes were produced from soil and water Bacillus species as, protease ( 89.28% ) ( 73.17% ), amylase ( 55.35% ) ( 51.21% ), lipase ( 91.07% ) ( 95.12% ), cellulase ( 85.71% ) ( 60.97% ) and chitinase ( 85.71% ) ( 92.68% ) , respectively, after culturing on solid agar media with different incubation period, at 50°C. So, 41.23% of soil and water Bacillus isolates were detected for hydrolases production as ( protease, amylase, lipase, cellulase and chitinase ) together, and showed that B. polymyxa strains were the best bacteria in protease, amylase and cellulase production, whereas B. lentus strains was a good chitinase producer. Lipase was produced by several Bacillus strains as B. circulans, B. stearothermophilus, B. polymyxa, B. mycoides and B. lentus, after culturing on different media and incubation period, at 50°C. Thermotolerant amylase production conditions by B. polymyxa AS 4/5 were studied, the highest amylase production was observed when the bacteriaSummary IIwas cultured in medium containing 2% starch, 1% tryptone, 0.05% MgSO4, 0.05% NaCl and 0.02% CaCl2 with pH 7 and incubated at 50°C for 48h. Amylase was extracted from production medium and concentrated with sucrose, the specific activity of amylase was 2.36U/mg protein. Purification of amylase was performed by ion exchange chromatography Cellux - Carboxymethyl ( batch chromatography ), followed by second step of purification by ion exchange chromatography on DEAE - Cellulose column, the results showed that the specific activity was 6.76U/mg protein with 2.86 purification folds and 18.65% yield. Thermotolerant amylase displayed a wide temperature range of activity at 40 - 90°C with highest activity at 90°C and enzyme was stable at 40 - 60°C for 30min. The optimum pH for amylase activity was pH 5, the enzyme was stable at pH 4 - 10 for 30min at 50°C with maximum remaining activity 78.57% at pH 5. Treatment of thermotolerant amylase with metal ions showed that HgCl2 reduced amylase activity, the remaining activity was 46.47% and 40.84% at concentration 5mM and 10mM of HgCl2, respectively. Whereas MnCl2 had lower effect on amylase activity, the remaining activity was 79.81% and 81.69% at concentration 5mM and 10mM of MnCl2, respectively, after 30min at 50°C. Bacillus polymyxa amylase was treated with 2mM and 5mM of EDTA and mercaptoethanol, the two compounds had inhibitory effect on the enzyme, the remaining activity of EDTA treated enzyme was 57.74% and 52.58% at 2mM and 5mM, respectively, while the remaining activity of enzyme treated with 2mM and 5mM mercaptoethanol was 51.17% and 40.37%, respectively, after 30min at 50°C.

دراسات وراثية خلوية ومناعية لمرضى التهاب القولون التقرحي == Cytogenetical and Immunological Studies of Ulcerative Colitis

Author name: زينب محمد طاهر جعفر الملا حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحصول على عينات الدم المحيطي والخزع النسيجية الماخوذة من المرضى المصابين بالتهاب القولون التقرحي المزمن والمرضى المصابين بسرطان القولون، ومن الجنسين كليهما، ومن مختلف الاعمار. تم سحب حوالي 10 مل من دم المرضى وقسمت العينة على ثلاثة اقسام، القسم الاول استعمل لاجراء الدراسات الوراثية الخلوية. والقسم الثاني لاجراء دراسات البيولوجيا الجزيئية. والقسم الثالث لاجراء الدراسات المناعية. اجريت الدراسات الوراثية الخلوية من اجل التعرف على التغييرات التي قد تطرا على المقاييس الوراثية الخلوية المتمثلة بقياس معامل الارومةBlastogenic index ، ومعامل الانقسام Mitotic index، ومعامل التضاعفReplicative index ، واختبار التبادل الكروماتيدي الشقيقي Sister chromatid exchange، واختبار تردد الطفرة Mutation Frequency. وقد تم ذلك من زرع خلايا الدم المحيطي في الوسط الزرعي الحاوي على المادة المعلمة (Brdu - 5) والمادة المشطرةA) PH). اوضحت النتائج وجود انخفاض في المقاييس الوراثية الخلوية المتمثلة بمعامل الارومة، ومعامل الانقسام، ومعامل التضاعف. بينما لوحظ ارتفاع في المعدلات التلقائية في التبادل الكروماتيدي الشقيقي لمرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون قياسا بالاصحاء. كما ولوحظ هذا الارتفاع في معدلات التبادل الكروماتيدي الشقيقي عند المعاملة بالعقار الميثوتركسيت، اذ لوحظ وجود خلايا نامية في تراكيز واطئة من عقار الميثوتركسيت.اما عن ا لجانب البايولوجي الجزيئي فقد تم قياس تراكيز الحوامض النووية المتمثلة بما يلي : الحامض النووي الرايبوزي (RNA) والحامض النووي المزدوج الشريط ) (dsDNAوالحامض النووي الاحادي الشريط (ssDNA) وذلك بتنميتها في الوسط الزرعي في اوقات حضانة مختلفة (الزمن صفر، ثم بعد24 ساعة ، ثم بعد48 ساعة ، ثم بعد 72 ساعة من الحضانة ). اوضحت النتائج وجود اضطراب في نمو الخلايا الماخوذة من مرضى التهاب القولون التقرحي عند القياس بالاصحاء . كذلك تم قياس تراكيز الحوامض النووية المذكورة اعلاه في الخلايا المنماة في تراكيز عالية من عقار الميثوتركسيت والمتمثلة بتركيز 1 مايكروغم / مليلتر و2 مايكروغم / مليلتر لكل من المرضى والاصحاء بعد تنميتها لمدة حضانة 72 ساعة. اذ لوحظ عدم وجود فروقات معنوية لهذين التركيزين بين الاصحاء والمرضى. اما فيما يتعلق بنتائج التهجين في الموقع in situ hybridiza¬tion لغرض الكشف عن التعبير الجيني للجين الكابح للورم P53 والجين المثبط للموت المبرمج Bcl - 2 ، اذ تم اخذ الخزع النسيجية من المرضى المصابين بالتهاب القولون التقرحي المزمن وسرطان القولون وقياسها بالاصحاء. اوضحت النتائج وجود علاقة بين المورثين في مرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون عند قياسهما بالاصحاء، اذ اعطى الجين الكابح للورم نسبة 66 % في الانسجة المصابة بالتهاب القولون التقرحي قياسا بسرطان القولون وهذا يوضح حصول طفرات تراكمية في الجين الكابح للورم P53 والذي يعطي مؤشر على التقدم نحو التسرطن ، وكذلك الحال مع الجين Bcl - 2 الذي اوضح زيادة بالتعبير الجيني لهذا الجين في النماذج النسيجية لمرضى التهاب القولون التقرحي قياسا بسرطان القولون والاصحاء. ان التحري عن جين P53 يعطي مؤشرا عن الطفرات التراكمية او الشذوذ في فعالياته ويمكن الاستفادة منه في اعتباره قيمة تشخيصية وانذارية. اما بالنسبة للجانب المناعي فقد استخدمت فحوص مناعية عدة متمثلة بقياس الكلوبيولينات المناعية (IgG , IgA , IgM)، والعامل المتمم (C3 & C4) وفحص الاضداد الذاتية لسايتوبلازم الخلايا العدلة (ANCA) Anti neutrophile cytoplasmic antibodies والذي يشمل c - ANCA والذي اعطى حوالي 50% نتيجة موجبة من مجموع العينات، وفحص p - ANCA والذي اعطى حوالي 50% نتيجة موجبة، وفحص الاجسام المضادة الذاتية للمتقدرات (AMA) الذي اعطى حوالي 48% نتيجة موجبة وفحص الاضداد المناعية الذاتية للشريط المزدوج للحامض النووي منقوص الاوكسجين dsDNA)) الذي اعطى 43% نتيجة موجبة، وفحص اضداد شحم القلب (Anticardiolipin ) الذي اعطى 40% نتيجة موجبة من مجموع العينات.اوضحت نتائج الفحوصات المناعية ارتفاع نسب الكلوبيولينات المناعية والعامل المتمم في مصل مرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون قياسا بالاصحاء وعلى مستوى احتمالية (P ≤ 0.01). ان نتائج الفحوصات المناعية المستعملة في هذه الدراسة تفسر وجود اضداد ذاتية في مصل مجاميع المرضى المصابين تحت الدراسة. وهذا يوضح كون المرض يمكن ان يعزى في جانب منها الى اسباب مناعية ذاتية. | The investigation has been done on the peripheral blood and biopsy samples which drawn from patients suffered from ulcerative colitis & colon cancer , the samples were taken from female and male of different ages . The collected blood samples were about 10 ml &each sample was divided into 3 parts , the first part used for cytogenetic studies,the second part used for molecular studies & the last part used for immunological studies . The cytogenetic studies has been done in order to define the damaging effect of the disease and the effect of the drug (methotrexate ) on the peripheral blood lymphocytes . these damages were manifested through the significant reduction in the blastogenic index (BI ) , mitotic index ( MI ) , & replication index ( RI ) . This accompanied by significant increase in the sister chromatid exchange ( SCEs ) . In addition to investigate the mutation fraction in the cells cultured in selective medium containing different concentration of the drug . The results also showed presence of mutant cells that can grow in increasing concentrations of methotrexate . The molecular studies include measuring the concentrations of different types of nucleic acids ( dsDNA , ssDNA , RNA ) done by culturing the peripheral blood cells in different incubation times which include T 0 , T1 ( 24 hrs ) , T2 (48hrs ) , T3 (48 hrs ) & T4 (72 hrs ) . The results indicate disturbance in cell cycle comparing with healthy individuals . There was no significant differences in types of nucleic acids between patients & controls , when culturing the resistant cells of blood lymphocytes in high concentrations of the MTX drug ( 1 μg/ ml , 2 μg / ml ) . On the levels of in situ hybridization , the colonic biopsies which collected from patients of ulcerative colitis and colon cancer were examined for gene expression of P53 gene and Bcl - 2 gene . The results indicated accumulated mutations in P53 gene in the inflammed colonic biopsies , this result give an indication for progression of carcinogenesis .While on the level on Bcl - 2 , the results showed increasing in the activity of the gene , resulting in increase in gene expression of Bcl - 2 gene . The gene expression of Bcl - 2 in inflamed colonic tissues were approximately similar to gene expression in tissues of colon cancer . this indicate that the chronic inflammation of UC may ultimately infected with colon cancer . The detection of P53 gene and Bcl - 2 gene in chronic ulcerative colitis give early detection for diagnostic & therapeutic and monitering purposes . The immunological studies conducted to insight into immunological disturbance associated with clinical expression of ulcerative colitis of Iraqi patients and to provide a locally made easy diagnostic tests that can be used in routine work and to study the recent serological markers , that may help in the diagnosis of IBD . The immunological profiles of the patients of UC were studied using different parameters . To assess the importance of antineutrophile cytoplasmic antibodies ( ANCA ) were found in enzyme linked immunoassay ( ELISA ) , for anti - myeloperoxidase (anti - MPO ) antibodies as (P - ANCA) and anti - propteinase - 3 (anti - PR - 3 ) antibodies for ( C - ANCA ) . The C - ANCA test give 50 % positive results , while the P - ANCA test give 55% positive results . The anti - mitochondrial M - 2 antibody was estimated in sera of UC patients and gives 48% positive results . The other serological marker used was the double strand DNA antibody and give 43 % positive results . Also the anticardiolipin antibody was examined and the test give 40 % positive results and this result indicate presence IgM / IgG concentrations in the sera of patients . The levels of immunoglobulins that include ( IgG , IgM , IgA ) as well as some of complement components ( C3 , C4 ) were used in estimation in the sera of the studied groups . The results showed an increase in the levels of immunoglobulins and the complement concentrations at levels of P ≤ 0.01 . The results of immunological markers in this study explained presence of auto antibodies and emphasized by increasing levels of immunoglobulins in the sera of the patients

دور بعض المتغيرات المناعية والاصابات الفيروسية في احداث الاجهاضات العفوية المفردة والمتكررة == The role of some immunological changes and some viral infection in single and recurrent spontaneous abortion

Author name: رنا سعدي عبود كاظم
Supervisor name: غنيمة صادق محمد | جاسم طعمة الخفاجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: لغرض تسليط الضوء على بعض المتغيرات المناعية والهرمونية وتشخيص بعض انواع الفيروسات المرافقة لحالات الاجهاض العفوي المفرد والمتكرر ، تمت دراسة (90) امراة تعرضن لحدوث اجهاضات عفوية مفردة ومتكررة غير مشخصة السبب ، (20) منهن تعرضن للاجهاضات العفوية المفردة خلال الاشهر الاولى من الحمل ، (10) منهن تعرضن للاجهاضات العفوية المفردة خلال الاشهر الثانية من الحمل ، (40) منهن تعرضن للاجهاضات العفوية المتكررة خلال الاشهر الاولى من الحمل ، (20) منهن تعرضن للاجهاضات العفوية المتكررة خلال الاشهر الثانية من الحمل ، اجريت المقارنة مع (30) امراة ، (15) امراة ذات حمل طبيعي و(15) امراة غير حوامل وبالفئات العمرية نفسها ، وعدت مجموعة السيطرة.بينت الدراسة الحالية النتائج الاتية : 1 - ارتفاع مستويات الاضداد الذاتية لدى النساء ذوات الاجهاض العفوي المفرد والمتكرر اذ سجل لديهن : ا - ارتفاع مستويات اضداد شحم القلب Anticardiolipin antibodies (ACA) وبصورة معنوية عالية (P<0.01) في مصول النساء المجهضات كافة عند مختلف مراحل الحمل قياسا بمجاميع السيطرة ( النساء الحوامل الاصحاء والنساء غير الحوامل ). ب - لوحظ هنالك ارتفاع معنوي عالي (P<0.01) في مستويات اضداد البروتينات السكرية نوع بيتا - 1 الصنف (IgM) β2 - GP1 - IgM عند الموازنة ما بين مجاميع النساء المجهضات كافة عند مختلف مراحل الحمل ومجاميع السيطرة ( النساء الحوامل الاصحاء والنساء غير الحوامل ).ج - لوحظ ارتفاع معنوي عالي (P<0.01) في مستويات اضداد البروتينات السكرية نوع بيتا - 1 الصنف (IgG) β2 - GP1 - IgG عند الموازنة ما بين مجاميع النساء المجهضات كافة عند مراحل الحمل المختلفة ومجاميع السيطرة (النساء الحوامل الاصحاء والنساء غير الحوامل). ء - ارتفاع مستويات اضداد الشريط المزدوج للدنا (Anti - dsDNA) وبفوارق معنوية عالية (P<0.01) لدى مجاميع النساء المجهضات كافة عند مختلف مراحل الحمل قياسا بمجاميع السيطرة ( النساء الحوامل الاصحاء والنساء غير الحوامل ).هـ - ابدت (14) امراة من المجموع الكلي للنساء المجهضات (15.6)% تفاعلا موجبا للاضداد النووية (ANA) بالقياس مع نساء السيطرة اللاتي كن جميعهن سالبات لهذين الاختبارين.2 - ارتفاع مستويات كل من : (IL - 2 , IFN - γ , TNF - α) وبفوارق معنوية عالية (P<0.01) في مصول النساء المجهضات كافة عند مراحل الحمل المختلفة قياسا بمجاميع السيطرة (النساء الحوامل الاصحاء وغير الحوامل).3 - لوحظ هنالك انخفاض معنوي عالي (P<0.01) في مستويات كل من : (IL - 10)، و(IL - 4) في مصول النساء ذوات الاجهاضات العفوية كافة عند مراحل الحمل المختلفة قياسا بمجاميع السيطرة ( النساء الحوامل الاصحاء وغير الحوامل).4 - لوحظ ارتفاع معنوي عالي (P<0.01) في مستويات كل من الغلوبيولينات المناعية (IgM,IgA,IgG) في مصول النساء ذوات الاجهاضات العفوية كافة عند مراحل الحمل المختلفة قياسا بمجاميع السيطرة ( النساء الحوامل الاصحاء وغير الحوامل).5 - لوحظ هنالك ارتفاعا معنويا عاليا (P<0.01) في مستوى جزء المتمم الثالث والرابع (C4 , C3) لدى النساء المجهضات كافة عند مراحل الحمل المختلفة قياسا بمجاميع السيطرة ( النساء الحوامل الاصحاء وغير الحوامل).6 - بلغت نسبة انتشار اضداد داء المقوسات Anti - Toxoplasma Ab الصنف (IgM) في 18 حالة (20)% من المجموع الكلي للنساء المجهضات عند مختلف مراحل الحمل في حين لوحظ وجود (32) حالة %(35.6) من المجموع الكلي للنساء المجهضات يمتلكن اضداد نوعية لداء المقوسات صنف (IgG) . 7 - بلغت نسبة انتشار اضداد فيروس مضخم الخلايا (CMV) الصنف ((IgG في (12) حالة (13.3)% من المجموع الكلي للنساء المجهضات عند مختلف مراحل الحمل ، في حين لوحظ وجود اضداد فيروس مضخم الخلايا صنف (IgM) في (25) حالة %(27.8) من المجموع الكلي للنساء المجهضات. 8 - وجود الاضداد النوعية صنف (IgM) لفيروس الحميراء (Rubella virus) في (10) حالات (11.1)% من المجموع الكلي للنساء المجهضات عند مختلف مراحل الحمل في حين لوحظ وجود اضداد فيروس الحميراء صنف (IgG) في 21 حالة %(23.3) من المجموع الكلي للنساء المجهضات.9 - بلغت نسبة انتشار الاضداد النوعية صنف (IgM) لفيروس القوباء البسيط (HSV 1 and 2) في 4 حالات (4.4)% من المجموع الكلي للنساء المجهضات عند مختلف مراحل الحمل .10 - لوحظ وجود ارتفاع معنوي (P<0.05) في مستوى الهرمون المحفز للجسم الاصفر(LH hormone) لدى مجاميع النساء المجهضات كافة عند مختلف مراحل الحمل قياسا بمجاميع السيطرة (النساء الحوامل الاصحاء وغير الحوامل).11 - ارتفاع مستوى هرمون البرولاكتين (Prolactin hormone) بصورة معنوية عالية (P<0.01) في مصول النساء المجهضات كافة عند مختلف مراحل الحمل قياسا بمجاميع السيطرة (النساء الحوامل الاصحاء وغير الحوامل).12 - وجود علاقة ترابطية ليست ذات دلالة معنوية (P>0.05) ما بين اضداد شحم القلب (ACA) وكل من الحركيات الخلوية (IL - 2 , IL - 4 , IL - 10, IFN - γ ,TNF - α) وكذلك ما بين اضداد الشريط المزدوج للدنا (Anti - dsDNA) ،والحركيات الخلوية قيد الدراسة.13 - وجود علاقة ترابطية ليست ذات دلالة معنوية (P>0.05) ما بين هرمون الـ (LH) والحركيات الخلوية قيد الدراسة ,وكذلك ما بين هرمون البرولاكتين وكل من (TNF - α وIFN - γ وIL - 2 و(IL - 10، في حين لوحظ وجود علاقة ترابطية ذات قيمة معنوية (P<0.05) ما بين هرمون البرولاكتين و(IL - 4) .14 - لوحظ وجود اصابات مشتركة ما بين اضداد شحم القلب (ACA) والاصابات الفيروسية، وكذلك وجود اصابات مشتركة ما بين الانواع المختلفة للعوامل الخمجية في هذه الدراسة.س | To shed light on some immunological ,hormonal changes and identification of some viruses that are accompanied to single and recurrent abortion . The study were done on (90) undiagnosed aborted women at different stage of pregnancy. (20) had single abortion during first trimester of pregnancy , (10) had single abortion during second trimester of pregnancy , (40) had recurrent abortion during first trimester of pregnancy , and (20) had recurrent abortion during second trimester of pregnancy . The comparisons were done with (30) women , (15) had normal pregnancy and (15) unpregnant women at the same ages and considered as control groups .The results of this study showed : 1. Increased autoantibodies levels in women that had spontaneous abortion which is : A. Highly significant increased (P<0.01) in anticardiolipin antibodies (ACA) levels in the serum of aborted women at different stages of pregnancy , compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).B. Highly significant increased (P<0.01) in the level of β2 - glycoprotein 1 type (IgM) (β2 - GP 1 - IgM) when compared between all groups of aborted women at different stages of pregnancy and control groups (healthy pregnant and non pregnant women).C. Highly significant increased (P<0.01) in the level of β2 - glycoprotein 1 type (IgG) (β2 - GP 1 - IgG) when compared between all groups of aborted women at different stages of pregnancy and control groups (healthy pregnant and non pregnant women).D. Highly significant increased (P<0.01) in the level of anti - double stranded DNA (anti - dsDNA) in all groups of aborted women at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).E. (14) (15.6)% from total test of aborted women showed positive reaction to antinuclear antibodies (ANA) compared with control groups which were negative to this test. 2. Highly significant increased (P<0.01) in the levels of (TNF - α , INF - δ , IL - 2) in serum of all aborted women at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).3. Highly significant decreased (P<0.01) in the levels of (IL - 10, IL - 4) in serum of women that had spontaneous abortion at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).4. Highly significant increased (P<0.01) in the levels of immunoglobulins (IgG,IgA,IgM) in serum of women that had spontaneous abortion at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).5. Highly significant increased (P<0.01) in the levels of complement component (C3,C4) in all aborted women at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).6. Antitoxoplasma antibodies (IgM) were found in (18) (20)% from total aborted women at different stages of pregnancy ,while found in (32) (35.6)% from total aborted women have antitoxoplasma antibodies (IgG). 7. Anti CMV antibodies type (IgM) were found in (12) (13.3)% from total aborted women at different stages of pregnancy ,while anti CMV antibodies type (IgG) were found in (25) (27.8) % from total aborted women .8. AntiRubella antibodies type (IgM) were found in (10) (11.1)% from total aborted women at different stages of pregnancy ,while antiRubella antibodies type (IgG) were found in (21) (23.3)% from total aborted women .9. Anti (HSV 1,2) antibodies type (IgM) found in (4) (4.4)% from total aborted women at dofferent stages of pregnancy.10. Significant increased (P<0.05) in the levels of LH hormone was found in all aborted women at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).11. Highly significant increased (P<0.01) in the levels of prolactin hormone in serum of all aborted women at different stages of pregnancy ,compared with control groups (healthy pregnant and non pregnant women).12. There was a correlation between (ACA) and each of cytokines (TNF - α , INF - δ , IL - 8 , IL - 10 , IL - 4) but this correlation was non significant (P>0.05) and also between anti - dsDNA and all cytokines tested.13. There was non significant correlation (P> 0.05) between LH hormone and all cytokines tested and also between prolactin hormone and each of (TNF - α , INF - δ , IL - 2 , IL - 10) , while there was significant correlation (P<0.05) between prolactin hormone and (IL - 4). 14. There was Co - infection between (ACA) and infectious agents and also between different types of infectious agents in this study.

دراسة مرضية وجزيئية لبكتريا Helicobacter pylori المعزولة من المرضى المصابين بالقرح المعدية والمعوية == Pathological and Molecular study on Helicobacter pylori isolated from patients with gastric and duodenal ulcers

Author name: رباب قاسم محمد الصكر
Supervisor name: ضحى سعد صالح | اياد محمد علي فاضل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت80 خزعة نسيجية من المرضى المصابين بامراض القرح المعدية والمعوية، اظهرت نتائج الاختبارات النسيجية المرضية هيمنة التهاب المعدة المزمن بنسبة %35 واتت قرحة المعدة ثانية بنسبة %22.5.اظهرت الدراسة كفاءة اختبار اليوريزالسريع في التحري عن هذه الجرثومة اذ استطاع ان يثبت وجود هذه الجرثومة في 62 خزعة نسيجية واتت الاختبارات النسيجية المرضية ثانية حيث ظهرت جرثومة H.pylori في 47 خزعة نسيجية في حين تمكن الاستنبات البكتيري من الحصول على 42 عزلة بكتيرية.اثبت فحص الحساسية الدوائية تجاه عشر مضادات حيوية كفاءة المضادين الحيويين السيفوتاكسيم والريفامبسين في القضاء على هذه الجرثومة فقد كانت نسبة المقاومة لهما %10 واتى المضادان الحيويان التتراسايكلين والدوكسي سايكلين ثانية بنسبة مقاومة %20،%30 كانت نسبة المقاومة للارثرومايسين والكلارثرومايسين، فيما كانت نسبة المقاومة للاموكسيسلين %100 ونسبة المقاومة %80 لكل من المترونيدازول والسبروفلوكساسين اما الجنتامايسن فكانت نسبة المقاومة له %50.تم نمطت العزلات وراثيا باستعمال بوادىء متخصصة بالكشف عن قطعة الدنا التي تمثل المورث ure AB والمساوية الى 492زوج قاعدة لوحظ احتواء ثمان عزلات على هذا المورث فيما خلت العازلتان HP7 وHP9 من هذا المورث باستعمال تقنية الـ PCR.اظهرت نتائج النسق البلازميدي ان %50 من عزلات H.pylori تحوي بلازميدات، فقد احتوت العزلات (HP3, HP4, HP6, HP8) على بلازميدات صغيرة وامتلكت العزلتان (HP4,HP6) بلازميدا كبيرا فضلا عن بلازميدها الصغير فيما خلت العزلات الباقية من البلازميدات.اظهرت نتائج التحييد البلازميدي باستعمال صبغة بروميد الاثيديوم بوصفها مادة محيدة وبتركيز 3000 مايكوغرام/ مليليتر فقدان العزلة HP4 بلازميدها الكبير والصغير نتج عن ذلك فقدان تلك العزلة HP4صفة انتاج انزيم اليوريز وكذلك فقدانها المقاومة للمضادين الحيويين المترونيدازول Metronidazole والسروفلوكساسلين Ciprofloxacillin.اظهر التحول الوراثي Gentic transformation بين الدنا المستخلص من العزلة HP4 وبين العزلة HP1 التي عدت خلية كفوءة اكتساب الاخيرة صفة المقاومة للمترونيدازول اذ استطاعت ان تنمو على اوساط انتخابية تحوي 32 مايكوغرام/ مليلترمن هذا المضاد.اجريالتحول الوراثي ثانية بين دنا العزلة Hp4 وبكتريا تابعة لجنس اخر هي بكتريا Escherichia coli MM294 اظهرت نتائج هذه التجربة اكتساب بكتريا E.coli صفة انتاج انزيم اليوريزو المقاومة للمترونيدازول والسبروفلوكساسين من بكتريا H.pylori. | A 80 biopsies were collected from gastric & duodenal ulcers, showed dominance of chronic gastritis and gastric ulcers in aratio of %35 and %22.5, respectively.Rapid urease test, histopathological examination and cultural for detection of Helicobacter pylori, Showed the presence of this bacterium in 62 biopsies for urease test, in 47 biopsies for his topathological examination and in 42 biopsies in culture examination.Antibiotic susceptibility tests againt 10 isolates of H.pylori, Showed %10 resistance for cefotaxim & Rifampin, %20 resistance for Tetracyclin & Doxycyclin, %100 resistance for Amoxycillin, %80 resistance for Meteronidazole & ciprofloxacin and %50 resistance for Gentamicin.Genotyping by specific primer in PCR reaction for ureAB gene, Showed that 8 isolates were positive for this gene, where 2 isolates were negative.Plasmid profile for H.pylori isolatez Showed small single plasmid in each of HP3, HP4, HP6 and HP8 isolates and single small and larg plasmids for HP4 and HP6 isolates whereas other isolates were free of plasmids.Curing experiment for HP4 isolate by using ethidium bromide as acuring agent in aconcentration 3000 Mg/ ml, Showed the cured derivation lost their Urease production trait and resistance to meteronidazole & ciprofloxacin.Transformants resulted from transformation experiment between HP4 total DNA & HP1 as acompotent cell, Showed acquired ability to grow on selectve medium containing 32 Mg/ ml of metrronidazole.Another transformants, resulted from transformation experimeat between HP4 total DNA and Escherichia coli MM294 as acompetent cell, Showed acquired ability for Urease production & ciprofloxacin & Meteronidazole resistance.

تقييم بعض المؤشرات المناعية لمرض بهجت في عينة من المرضى العراقيين == Evaluation of some Immunological Parameters of Behcet's disease in a sample of Iraqi patients

Author name: دنيا فريد سلوم
Supervisor name: ضحى سعد صالح | جاسم طعمة الخفاجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة على 70 مريض عراقي من العرب بواقع 39 مريضا من الاناث و31 مريضا من الذكور خضعوا للصفات التشخيصية العالمية لمرض بهجت وهم من المراجعين لمختبر التطابق النسيجي في المختبرات التعليمية في مدينة بغداد الطبية للفترة من نيسان 2009 - ايار 2010، كان41 مريضا ( 58.6 %) ، منهم مشمولا بالتهاب العين بينما 29 منهم لم يكن لديهم شمول للعين . شملت الدراسة على مجموعة السيطرة والمتكونة من 20 شخص ظاهريا اصحاء ومطابقين لمجموعة المرضى من ناحية العمر والجنس ، وكانت نسبة الذكور الى الاناث 0.8 ومتوسط عمر المرضى (36.3 ± 1.4) سنة ومتوسط عمر حدوث المرض (32 ± 1.3) سنة وفترة المرض (4.7 ± 0.37) سنة وان معدل كتلة الجسم (24.8 ± 0.4 كغم/ملم2) وان اكثر الصفات السريرية تكرارا هي افات فموية وافات جلدية بتكرار 100 % وافات تناسلية 50 %، ، اما اختبار باثرجي فكان سالبا عند كل المرضى (لم يظهر انتفاخ جلدي التهابي ولم يحوي على قيح او يحوي على قيح بعد مرور 24 - 48 ساعة)، وكان متوسط عمر المرضى المشمولين باصابات العين (32 ± 1.6) سنة وفترة حدوثها (2.4 ± 0.32) سنة واحتلت النساء النسبة الاعلى 51.2 % مقارنة بالذكور 48.7 % .تم تقييم مستضدات HLA B51 وHLA B27لمجموعة المرضى والسيطرة ، اضداد الهربس نوع IgG ، اضداد الكلاميديا نوع IgG وIgM ، العامل البروتيني الانتكاسي ، معدل ترسيب كريات الدم الحمر ، انترليوكين 8 ، انترليوكين 10 ، بيتا - 2 - مايكروغلوبيولين ، اضداد المادة النووية ، اضداد سايتوبلازم الخلايا العدلة . اظهرت النتائج وجود زيادة احصائية معنوية للاليل HLA B51 في المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة، وكان HLA B51 (+) في 39 مريض (55.7 %) ، وان 59 % من المرضى الذين يحملون الاليل HLA B51 (+) هم من الذكور، فقد يرتبط وجود هذا الاليل مع زيادة احتمالية حدوث المرض ، وعلى النقيض فان الاليل HLA B27 ينخفض في المرضى مقارنة بالاصحاء اي ليس له دورا في المرض ولم يصل الى حد الفرق المعنوي . كما وجد ان 65.9 % من مرضى مجموعة HLA B51 (+) كان لديهم شمول العين و24.3 % من المرضى حاملين HLA B51 (+) وB27 (+) ، وان الاليل HLA B27 (+) في المرضى ربما يفيد كمرتبة تصنيفية لالتهاب العين في مرضى بهجت .وكانت نسبة الافات الفموية والجلدية في المرضى الذين يحملون HLA B51 55.7 % بينما كانت نسبة الافات التناسلية 45.9 % .اظهرت النتائج وجود اضداد IgG لفيروس HSV - 1 في مصل 24 مريض (34.2 %) كما اظهرت اضداد الكلاميديا الرئوية IgG عند 15 مريض (21.4 %) اما شمول العين لدى المرضى فظهرت متلازمة مع اضداد الجرثومتين بنسبة 41.5 % و29.2 % على التوالي هذا يشير ربما ان للفيروس او البكتيريا دورا في استحثاث المرض . بينت النتائج وجود زيادة احصائية معنوية في تركيز اللبتين وال بيتا 2 مايكروغلوبيولين في المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة الشيء الذي يؤشر الى دوره في الامراضية وعدم وجود فروق معنوية في تركيزهما في مجموعة المرضى المشمولين باصابات العين من الذين لم يكن لديهم شمول بتلك الاصابات من المرضى هذا يشير الى ان اللبتين يلعب دورا في امراضية المرض دورا طفيفا كعامل خطورة عند مجموعة المرضى الذين لديهم شمول العين . كما ان مستضدات التوافق النسيجي B51 لم يكن لها دور مع اللبتين والبيتا 2 مايكروغلوبيولينفي المرضى .ظهرت زيادة معنوية في تركيز IL - 8، IL - 10 في مصل المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة، وان تركيز هذه المؤشرات كان منخفض في مرضى من كان لديهم شمول العين من المرضى الاخرين الذين لم يكن لديهم شمول للعين، ولم يكن لمستضدات التوافق النسيجي B51 على هذه االموشرات. ان هناك علاقة موجبة بين تركيز العامل البروتيني الانتكاسي وتركيز IL - 8 كذلك بين الاخير وتركيز اللبتين. ظهرت زيادة معنوية في تركيز العامل البروتيني الانتكاسي ومعدل ترسيب كريات الدم الحمر في مرضى بهجت وان العامل البروتيني الانتكاسي لم يزداد عند مجموعة مرضى شمول العين بينما لوحظت زيادة معنوية في معدل ترسيب كريات الدم الحمر عند تلك المجموعة .اظهر اختبار التالق المناعي غير المباشر سلبية اضداد الانوية وايجابية اضداد سايتوبلازم الخلايا العدلة النمط P عند 8.5 % من المرضى . | A total of 70 Iraqi Arab patients (39 females, 31 males), who fulfilled the international study group criteria for diagnosis of Behcet's disease (BD) were enrolled in this study. Forty one patients (58.6 %) had ocular involvement, while non - ocular involvement was found in 29 patients (41.4 %). The patients attended the HLA Typing Laboratory in Teaching Laboratories of Baghdad Medical City from April 2009 - May 2010.A control group of twenty subjects were also included, and they were matched patients for gender and age.The ratio of male to female was 0.8. The mean age was 36.3 ± 1.4 years and the mean age at onset was 32 ± 1.3 years. The duration of disease was 4.7 ± 0.37 years with body mass index of 24.8 ± 0.4 Kg / m2, and the high percentage (60 %) of patients was at the age range 31 - 60 years.The overall frequency of clinical manifestation was 100 % for oral lesion, 100 % for skin lesion, 50 % for genital lesion, 58.6 % for ocular lesion and Pathergy test was negative in all patients. The mean age of ocular lesion patients was 32 ± 1.6 years with duration of 2.4 ± 0.32 years. Ocular lesion involvement in females was higher (51.2 %) than males (48.7 %).The patients and control were evaluated for HLA - B51, HLA - B27, Anti herpes simplex virus - 1 (HSV - 1) IgG, Anti Chlamydia pneumoniae IgG and IgM, Leptin, C - reactive protein (CRP), Erythrocyte Sedimentation Rate (ESR), Interleukin - 8 (IL - 8), Interleukin - 10 (IL - 10), β2 Microglobulin (β2M), Antinuclear antibody (ANA) and Antineutrophil cytoplasmic antibody (ANCa).There was a statistically significant increase in HLA B51 in patients as compared with controls (55.7 % vs 10 %), 59 % in of HLA B51 (+) was found in males. This marker might play crucial role in pathogenesis of BD. In contrast HLA B27 was decreased in the patients as compared two controls, it may have no role in the disease but the differences did not reach a significant level. High percentage (65.9 %) of HLA B51 positive was found in ocular BD. (24.3 %) of patients had HLA B27 positive and B 51 positive, double positive B27 and B51 patients may be the benign subgroup of BD uveitis.The percentage of patients with oral lesion and skin lesion positive for HLA B51 were 55.7 %, while it was 45.7 % in patients with genital involvement.Anti Herpes simplex virus - 1 (HSV - 1) IgG was found in 24 patients (34.2%), while anti Chlamydia pneumoniae IgG antibodies were found in 15 patients (21.4%) . Eye involvement was found in association with antimicrobes antibodies (41.5% and 29.2%, respectively). This suggests that these microbes may be the trigger factor of BD.Results indicated statistically significant increase in the concentration of leptin and β2M as compared with control group, but no significant differences in leptin concentration between ocular and non - ocular BD This suggest that leptin plays a role in pathogenesis of disease but it has a slight risk factor in ocular involvement.There was statistically significant increase in the concentration of IL - 8 and IL - 10 in sera of patients as compared with the controls, and these parameters were lower in ocular BD patients than non - ocular BD. This suggests that these parameters might play a role in immunopathogensis of BD. There was positive correlation between CRP and IL - 8 as well as, between IL - 8 and leptin concentrations.There was statistical increase in C - reactive protein concentration and ESR in BD patients as compared with the controls. The CRP showed a non - significant increase in ocular BD patients, while ESR was significantly increased.Indirect immunofluorescent technique indicated a negative anti nuclear antibody (ANA) in all cases, while the anti neutrophile cytoplasmic antibody (AN

في نماذج عنق (HPV) التنميط الجيني للفيروسي الحليمي البشري الرحم لنساءعراقيات باستخدام تقنيتي الوقت الحقيقي - سلسلة تفاعل البلمرة والصفوف الجينية == Genotyping of Human Papillomavirus in a sample of Iraqi women with cervical abnormalities by using Real - Time PCR and Macroarray

Author name: حلى يونس فاضل السعدي
Supervisor name: ضحى سعد صالح | فيصل غازي ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Viruses
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الحالية التحري عن العلاقة بين اصابة الفيروس الحليمي البشري (HPV) وحالات الخلايا غير الطبيعية لعنق الرحم في النساء العراقيات. تضمنت الدراسة 122امراة لديهن اعراض سريرية لاصابة عنق الرحم, 110 امراة منهن تميزت بنمو الخلايا غير الطبيعية لعنق الرحم او السرطانية, حيث كان 40.9 % من تلك النساء كان لديهن اصابة بالفيروس الحليمي البشري, اما 12(16.7%) امراة المتبقية تميزت بنمو الخلايا الطبيعية لعنق الرحم بالرغم من وجود التهاب مزمن والتي جمعت خلال عام 2010. تضمنت مجموعة السيطرة 10 نساء والتي تميزت بغياب كل من التغيرات الخلوية, العلامات السريرية والاصابة بالفيروس الحليمي البشري. اظهرت نتائج مسحات عنق الرحم وجود نوعين من خلايا عنق الرحم غير الطبيعية هي : اصابة الخلايا الطلائية الداخلية الحرشفية قليلة الخطورة (LSIL) التي شملت 70% من حالات الاصابة بالفيروس, واصابة الخلايا الطلائية الداخلية الحرشفية عالية الخطورة (HSIL) التي شملت 26% من حالات الاصابة الايجابية. بينما 4% من مجموع الاصابة الكلية تمثلت بالنساء ذو الخلايا الطبيعية لعنق الرحم والالتهاب المزمن . هي الصفة المميزة للاصابة بالفيروس. تلك الصفة ترافقت مع 100% بوجودKoilocytosisالثاليل التناسلية الظاهرة للعيان و16.7% ترافقت مع الثاليل المستوية (غير الظاهرة). تشير دراسة الدنا الفيروسي باستعمال تجربتي سلسلة تفاعل البلمرة - الوقت الحقيقي(PCR Real­Time) والصفوف الجينية(MacroArrays) التي طبقت لاول مرة في العراق الى وجود الفيروس الحليمي البشري بنسبة 35.6% في كل المجاميع المدروسة. تشير النتائج الى وجود 17 نمط جيني مختلف للفيروس الحليمي البشري بين 47 امراة مصابة باستعمال تقنية الصفوف الجينية, اربعة عشر من هذه الانماط الجينية كانت من الانماط عالية الخطر والتي شكلت 82.35% من مجموع الانماط والانماط الجينية المتبقية كانت من الانماط قليلة الخطر والتي شكلت 17.56% من مجموع الانماط. دى النتائج المهمة للدراسة الحالية تشير الى وجود 10 انماط جينية مختلفة ربما سجلت للمرة الاولى في النساء العراقيات ( 31 - , 45 - , 51 - , 52 - , 53 - , 58 - , 59 - , 66 - , 68 - , 44 - HPV ). لنمط الجيني 16 - HPV هو السائد على الانماط الجينية السبعة عشر, شكل هذا النمط مع الانماط الجينية (59 - , 39 - , 66 - , 6 - HPV) الانماط الخمس الاكثر شيوعا في العينات الموجبة. كما اظهرت الدراسة بان النساء ذوات الخلايا الطبيعية لعنق الرحم والمصابة بالفيروس تحمل الانماط الجينية 16 - HPV و59 - HPV. كما شخصت سبعة انماط جينية مختلفة في عينات الثاليل التناسلية الظاهرة وهي (16 - , 6 - , 11 - , 39 - , 59 - , 66 - , 44 - HPV ). اشارت النتائج الى ان 32 (68.09%) من بين 47 امراة مصابة كانت لديهن الانماط عالية الخطر فقط, سواء كانت الاصابة بانماط مفردة او متعددة, بينما ثمان نساء (17.2%) كان لديهن الانماط عالية وقليلة الخطر سوية, وسبع نساء (14.89%) كان لديهن الانماط قليلة الخطر فقط. استعمل المجهر الالكتروني النافذ للتحري عن الجزيئات الفيروسية في عشر عينات موجبة للدنا الفيروسي وذو تغيرات خلوية مختلفة, حيث اظهرت النتائج وجود الجزيئات الفيروسية في ست عينات بمستويات مختلفة من المرضى واربع عينات لم تظهر جزيئات فيروسية. استخدمت تجربة التحول اللمفاوي لتقييم الحالة المناعية للمصابين. حيث وجدت نسبة التحول عالية في النساء ذوات الخلايا الطبيعية في عنق الرحم والمصابة بالفيروس (اصابة كامنة), بينما انخفضت نسبة التحول اللمفاوي في النساء ذوات الخلايا غير الطبيعية في عنق الرحم . امتلكت 40% تقريبا من حالات الثاليل التناسلية معدل عالي للتحفيز التكاثري للخلايا التائية عند مقارنتها بمجموعة السيطرة. اضافة الى ذلك كان التحفيز التكاثري للخلايا التائية مستقلا احصائية عن كل من نوع الاصابة, المحتوى الفيروسي والمجاميع العمرية. استخدمت تجربة تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي للكشف عن الفيروس وكميته لثلاثة عشر نمط جيني الاكثر ترددا بين المستويات المختلفة للنمو غير الطبيعي للخلايا الطلائية لعنق الرحم في الحالات : قبل الاورام, الاورام والسيطرة الاصحاء(132 عينة). اظهرت نتائج فحص سلسلة البلمرة بان 35 حالة موجبة من 47 حالة اصابة فيروسية التي شملت 74.5% من مجموع الاصابات الكلية. بينما الحالات المتبقية (12 حالة ) التي مثلت 25.5% من مجمو الاصابات الكلية لم يكشف عنها بهذه التقنية. لذلك قدر عدد نسخ الدنا الفيروسي لاغلب الانواع الفيروسية عالية الخطرفي 33 عينة موجبة بمستويات مختلفة من التغيرات الخلوية وعينتين موجبتين ذوات خلايا طبيعية لعنق الرحم . توزع المحتوي الفيروسي ل 33 عينة اعلاه من 1×10 الى 9.4×106 نسخة /مل بمعدل (4.17×104 نسخة /مل). اما العينتين المتبقيتين كانتا خارج قيم المنحى القياسي لذا قدرت ب 5× 107 و1×109 نسخة /مل تقريبا. صنف المحتوى الفايروسي لل35 عينة اعلاه كالاتي : 46% من العينات كمحتوى فيروسي عالي, 34% كمحتوى فيروسي منخفض و20% كمحتوي فيروسي متوسط. استخدم اختبار الصفوف الجينية لفحص 68 عينة, 36 عينة منها كانت موجبة و32 عينة كانت سالبة باختبار سلسلة تفاعل البلمرة - الوقت الحقيقي. حيث وجدت الانماط الجينية عالية الخطر باستعمال هذه التقنية في (36/35) 97% من العينات الموجبة, بينما العينة المتبقية كانت سالبة لفحص الصفوف الجينية. كما وجدت الانماط الجينية قليلة الخطر وعالية الخطر المحتمل في تلك 35 عينة الموجبة والتي لم يكشف عنها فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي فهي الانماط (6 - , 11 - , 53 - , 66 - HPV). اما فيما يخص العينات السالبة في فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي حيث فحصت باستعمال اختبار الصفوف الجينية ووجدت الانماط الجينية في 12 عينة منها, الانماط هي : (44 - , 66 - , 53 - , 11 - , 6 - , 58 - , 39 - HPV). تبين مما تقدم بان فحص الصفوف الجينية يتحرى عن 8 انماط جينية لا يكشف عنها فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي, تلك الانماط شكلت 32.84% من تردد الانماط و33.33% من الحالات الموجبة التي تمتلك عدة انماط وهذا يعكس العامل المهم الذي يفضل فحص الصفوف الجينية في التحري عن الفيروس. لذا يبدو اختبار الصفوف الجينية طريقة دقيقة واكثر حساسية لكشف وتنميط اصابات الفيروس الحليمي البشري مقارنة مع فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي. | The present study was conducted to investigate the relationship between Human papillomavirus (HPV) infection and cervical cytological abnormalities in Iraqi women. One hundred twenty two women were included in this study with a cervical infection. A sample of 110 women with abnormal cytology cervical dysplasia / cancer, 45 of which 40.9% had HPV infection and 12 (16.7%) women had chronic infection with normal cytology during 2010. A control group with 10 women of normal cytology and no HPV infection was included in study for comparison. Pap smear test results showed two types of cervical cytological abnormalities, low squamous intraepithelial lesion (LSIL) which comprised of 70% of HPV positive cases, and high squamous intraepithelial lesion (HSIL) which comprised of 26% of HPV positive cases. Whereas 4 % out of the total risk group was represented in women with normal cytology. Koilocytosis is pathognonomic for HPV infection. Furthermore, Koilocytosis was accompanied with 100% with genital wart presence and 16.7% was accompanied with flat wart presence. HPV - DNA studied using Real - Time PCR and MacroArray assay (GenoArray) which applied for the first time in Iraq indicates the presence of HPV - DNA in 35.6% of all tested groups. Results indicate the presence of 17 different HPV genotypes among 47 infected women by using macroarray technique. Fourteen of these HPV genotypes which comprised of 82.35% were high risk (HR - type) and 17.56% (3/17) were low risk (LR - type).One of the important results in the present study indicates the presence of ten different genotypes which may be recorded for first time in Iraqi women (HPV - 31, - 44, - 45, - 51, - 52, - 53, - 58, - 59, - 66 and - 68 types). Out of 17 genotypes HPV - 16 was the predominant one, this genotype together with genotypes 59, 6, 39 and 66 comprised of the five most common types detected in HPV positive cases. Moreover, percentage of HPV - 16, and - 59 were extended to involve women with normal cytology. Seven different genotypes - 6, - 11, 16, 59, - 39, - 66 and - 44 have been identified in genital wart specimens. Results indicated that 32 (68.09%) out of 47 infected women had HR type alone, whether single or multiple types, while eight women (17.02%) had HR types in association with LR types and seven women (14.89%) had LR type only. Transmission electron microscope (TEM) was used for viral particles detection from ten HPV DNA positive samples with different cytological changes. Results indicated the presence of viral particles in six samples with different grades of disease and four samples showed no viral particles. To evaluate the immune status of patients lymphocyte transformation assay was applied. Results indicated that transformed lymphocyte were found to be high in women with normal cytology which may have HPV as a latent infection, while they were decreased in women with abnormal cytology. Approximately 40% of genital wart cases have higher mean of proliferative T cell response when they were compared with control group. However, proliferative T cell responses were statistically independent on HPV infection type, viral load and aging group. Real - time PCR assay was employed for HPV detection and quantitation (viral load estimation) from the range of HR - HPV DNA 13 genotypes most frequently found in different grades of cervical intraepithelial neoplasia, cervical tumors and health controls from (132 samples). Results showed that out of 47 positive cases 35 cases can be detected by real - time PCR which comprised of 74.5%. Failures in detection by this technique included 12 cases which comprised of 25.5% of the positive samples. Therefore, viral DNA copies number for the most HR - HPV types in cervical samples was determined from 35 sample with low and high - grade cervical intraepithelial neoplasia (CIN I, II, III and Squamous Cell Carcinoma), and with normal cytology. However, the viral load of the 33 samples spread over a wide range from 1×10 to 9.4×106 copies/ml (mean 4.17×104 copies/ml). In addition, two samples were around the standard curve values as : approximately 5×107 and 1×109 copies/ml considered. Viral load was estimated approximately 46% constituted as high viral load, 34% as low viral load and 20% as slightly high viral load. Macroarray was applied in 68 samples, 36 of which were positive and 32 were negative by the real - time PCR test. High - risk genotypes were found in 35/36 (97%) real - time PCR positive samples, whereas remaining two samples were negative for HPV DNA (false - positive) by macroarray assay. The low - risk and probable high - risk (PHR) HPV genotypes were detected in the 35 HPV - positive samples which are not detected by real - time PCR included genotypes : HPV - 6 (in three samples), - 11, - 53 and - 66 (in two samples for each). HR, PHR and LR HPV genotypes were detected by macroarray in the 11/31 HPV - negative samples in real - time PCR which comprised of genotypes : - 39, - 58, - 66, - 11, - 6 and - 44. The GenoArray (GA) is capable of detecting 21 HPV multiple genotypes, including 8 types not detecting in real - time PCR. These types represented 32.84% of HPV types frequency and 33.33% of HPV positive cases had multiple types, this may reflect the important factor potentially favoring the GA for HPV detection. Therefore, the GA genotyping assay appears to be more accurate and sensitive technique for the detection and genotyping of HPV infections than real - time PCR one.

دور الانزيمات المحللة للبروتين المنتجة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا في تقرح القرنية == Role of Proteases Produced by Pseudomonas aeruginosa in Corneal Ulcer ( Keratitis)

Author name: ايمان جواد كاظم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة تاثيرات الاانزيمات المحللة للبروتين ( Proteases) المنتجة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من التهاب القرنية القيحي والجروح, حيث جمعت (200) عينة شملت (150) عينة من مسحات العيون المصابة بالتهاب القرنية و(50) عينة من مسحات الجروح المختلفة. وقد تم الحصول على 17 (%8.5) عزلة بكتيرية من هذه المسحات تعود للنوع P. aeruginosa . وقد تم تشخيص العزلات بوساطة الاختبارات الكيموحيوية. ( 13 عزلة بكتيرية (% 8.7) من التهاب القرنية, و4 عزلات بكتيرية (%8) من الجروح). اظهرت نتائج الكشف عن قابلية البكتريا على انتاج انزيمات البروتيزات, ان 13 عزلة بكتيرية (76.5) كانت منتجة لانزيم Elastase ( 10 عزلة بكتيرية (%76.9) من التهاب القرنية و3 عزلة بكتيرية (%75) من الجروح ), ولوحظ ان العزلتين البكتيريتين P7 , وP11 من التهاب القرنية, وP2من الجروح اعطت اكبر منطقة تحلل 8, 10, 10) مليمتر (على التوالي. كما بينت النتائج ان الكشف النوعي عن قابلية العزلات البكتيرية P. aeruginosa على انتاج انزيم البروتيز القاعدي باستعمال وسط اغار الحليب المقشود (Skim milk agar) اظهر ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من مرضى التهاب القرنية ومسحات الجروح لها القابلية على انتاجه, كانت العزلة البكتيرية P12 المعزولة من التهاب القرنية الافضل حيث اعطت اكبر منطقة تحلل 22) مليمترا( . في حين ان نتائج الكشف عن قابلية هذه العزلات البكتيرية على انتاج هذا الانزيم باستعمال وسط مرق الكازئين (Casein broth) , بينت ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من مرضى التهاب القرنية كانت ذات فعالية انزيمية وكانت العزلة البكتيرية P12 هي الافضل من حيث الفعالية الانزيمية اذ بلغت الفعالية النوعية للانزيم 97.469) وحدة / مليغرام( . بينما اظهرت %50 من العزلات البكتيرية المعزولة من الجروح فعالية انزيمية. اشارت نتائج قابلية العزلات البكتيرية على انتاج انزيم LasA الى ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من التهاب القرنية ومن الجروح لها القابلية على انتاج الانزيم, واظهرت العزلة البكتيرية P6 المعزولة من التهاب القرنية اعلى فعالية اذ بلغت 25.94) وحدة / مليغرام (. اما نتائج الكشف عن قابلية العزلات البكتيرية على انتاج انزيم LasD فقد اظهرت ان 8 عزلات بكتيرية (% 61.5) من العزلات البكتيرية المعزولة من التهاب القرنية ذات فعالية انزيمية بلغت ذروتها في العزلة البكتيرية P11 100.465) وحدة / مليغرام ( . و3 عزلات بكتيرية (%75) من العزلات البكتيرية المعزولة من الجروح اعطت فعالية لهذا الانزيم ولكن واطئة جدا تراوحت ما بين 8.797 - 5.557) وحدة / مليغرام(.استخلص انزيمي البروتيز القاعدي ( من العزلة البكتيرية P12 ) وLasA ( من العزلة البكتيرية P6 ) بوساطة النبذ المركزي المبرد للمزروع البكتيري وتمت تنقيتهما جزئيا باستعمال الترسيب بكبريتات الامونيوم (بنسبة اشباع % 80 ) وكروماتوغرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Cellulose , حيث ازدادت الفعالية النوعية للانزيمين وبلغت ( 1629.62 وحدة / مليغرام) لانزيم البروتيز القاعدي و( 718.651وحدة / مليغرام ) لانزيم LasA . درس تاثير هذين الانزيمين المنقيين جزئيا في قرنيات عيون الارانب (in vivu) كلا على حدة وبتراكيز مختلفة ( 10, 7, 5) وحدة / مليلتر ( للبروتيز القاعدي و5, 3, 1) وحدة / مليلتر (لانزيم LasA ) حيث اشارت النتائج الى وجود تا ثيرات واضحة لهما في قرنيات عيون الارانب حيث سبب انزيم البروتيز القاعدي عتمة من الدرجة الثالثة ) عتمة في ثلثي الى كل سطح القرنية و/ او انتفاخ متوسط (. اما انزيم LasA فقد سبب عتمة من الدرجة الثانية ) عتمة في ثلثي سطح القرنية و/او انتفاخ طفيف ( . كما درس تاثير هذين الانزيمين في مستخلص البروتينات لقرنيات عيـون الارانب (in vitro) باستعمال الترحيل الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد, واظهرت النتائج حدوث تحلل وتمسخ تام لحزم بروتينات القرنية وعند الفعالية الانزيمية 10, 7, 5 ) وحدة / مليلتر( لانزيم البروتيز القاعدي وعند الفعالية الانزيمية 5, 3, 1 ) وحدة / مليلتر( لانزيم Las A. | The study is included the effects of proteases enzymes producing by Pseudomonas aeruginosa, which isolated from keratitis and wounds .two hundred samples were collected, 150 samples of them were keratitis and fifity samples were wounds.Seventeen isolates (8.5 %) were obtained and diagnosed as P. aeruginosa.13 isolates (8.7%) from keratitis and 4 isolates (8%) from wound swabs. All bacterial isolates were diagnosed by biochemical tests. The production of elastase were tested by using elastin agar.Thirteen isolates (76.5%) had the ability to producing elastase (10 isolates (76.9 %) from keratitis and 3 isolates (75%) from wounds). The isolates P7 and P11from keratitis and P2 from wounds had the larger hydrolysis Zone ( 10, 10, 8 millimetre ) respectively.The production of alkaline protease were tested by using solid cultures ( skim milk agar ), all of them (keratitis and wound swabs ) had the ability to production of the enzyme, the isolates P12 isolated from keratitis had the larger hydrolysis zone ( 22 millimetre). Also the production of the enzyme were tested in liquid cultures ( casein broth ), all isolates from keratitis had the ability to production of the enzyme, the isolates P12 had the specific activity 97.469 U / mg, while 50 % of the wounds isolates had the ability to producing alkaline protease. The production of LasA enzyme were tested, all isolates (keratitis and wound swabs ) had the ability to production of the enzyme, the isolates P6 isolated from keratitis had higher specific activity 25.94 U / mg.The production of LasD enzyme were tested,8 isolates (61.5 %) from keratitis isolates had the ability to producing LasD enzyme. The isolate P11 had higher specific activity 100.465 U / mg, while 3 isolates (75 %) from wounds isolates had lower ability to producing LasD enzyme including between ( 5.557 - 8.747 U / mg). The alkaline protease was extracted from P12 isolate and LasA enzyme was extracted from P6 isolate. The enzymes were extracted by cooling centrifuge and them purified partially by precipitation with ammonium sulphate ( 80 % ) and ion exchange chromatography by DEAE - Cellulose the specific activity for enzymes were increased,which reached and 1629.62 U / mg for alkaline protease enzyme and 718.651 U / mg for LasA enzyme. The results of the enjection of alkaline protease and LasA enzyme in eyes corneal rabbits (in vivu) showed that both enzymes had the obvious effect on the cornea. The alkaline protease (5, 7, 10 U / ml ) caused damage for the cornea grade III melting ( two - thirds to all of the corneal surface ) and / or moderate bulging. Also the LasA enzyme ( 1, 3, 5 U / ml ) caused damage for the cornea grade II melting ( one - thirds to two - thirds of the corneal surface) and / or mild bulging.The protein profile of extract corneal proteins treated with alkaline protease ( 5, 7, 10 unit / ml) and LasA enzyme ( 1, 3, 5 unit / ml) (in vitro) by polyacrylamide gel electrophoresis showed hydrolysis and complete denaturation of corneal proteins bands.

انتاج وتنقية وتوصيف البلانتريسين من سلالات محلية لبكتريا Lactobacillus plantarum == Production, Purification and Characterization of Plantaricin from Local Strains of Lactobacillus plantarum

Author name: ولاء شوكت علي
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 118 عزلة تعود لجنس عصيات الحليب Lactobacillus من الخضر المتخمرة والعجائن الحامضية، واخضعت جميع هذه العزلات للفحوصات الزرعية والمجهرية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية بغية تشخيصها حتى النوع واظهرت النتائج ان 73 عزلة منها تعود للنوع Lactobacillus plantarum ، منها 48 عزلة من الخضر المتخمرة و25 عزلة من العجائن الحامضية، وكانت هذه البكتريا سائدة في الخضر المتخمرة اذ بلغت نسبة عزلها 73.85% بينما بلغت نسبتها في العجائن الحامضية 47.17% . تم التحري عن قابلية عزلات بكترياLb.plantarum على انتاج البلانتريسين باستخدام 3 طرائق هي : الاشرطة المتقاطعة(flip - streak method) والتنقيط (spot on the lawn method) والانتشار بالحفر(well diffusion method) ضد 12 نوعا من البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام والمتضمنة : Staphylococcus aureus وStaphylococcus epidermidis وListeria monocytogenes وEnterococcus feacalis وLactobacillus acidophilusو Bacillus spp. وPseudomonas aeruginosa وPseudomonas fluorescens وSerratia marcescens وSalmonella typhi و. Klebsiella sppو Escherichia coli. واظهرت النتائج ان 8 عزلات كانت منتجة للبلانتريسين بطريقة flip - streak و7 عزلات كانت منتجة له بطريقة spot on the lawn بينما استطاعت 12 عزلة من انتاجه بطريقة الانتشار بالحفر،مما يدل على ان انتاج البلانتريسين في الاوساط السائلة كان افضل من انتاجه في الاوساط الصلبة،وعدت طريقة الانتشار بالحفر هي الافضل في التحري عن انتاج البلانتريسين. اظهرت البلانتريسينات المنتجة من عزلات Lb.plantarum فعالية عالية ضد P. aeruginosa عندما ابدت 83.3% من هذه العزلات فعاليتها التثبيطية ضد هذه البكتريا بينما اظهرت 16.7% فقط من هذه العزلات تاثيرها التثبيطي ضد بكتريا Lb. acidophilus ولم تبد اية عزلة من عزلات Lb.plantarum اية فعالية تثبيطية ضد بكتريا Bacillus spp. ، هذا وكانت العزلة Lb.plantarumVGW8 هي الافضل في انتاج البلانتريسين اذ تمكنت من انتاجه في الاوساط الصلبة والسائلة بالطرائق الثلاثة اعلاه، فضلا عن فعاليتها التثبيطية العالية تجاه 10 انواع من البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام. هذا وقد حددت الظروف المثلى لانتاج البلانتريسين من العزلة VGW8 Lb.plantarum واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان الوسط المحضر مختبريا في هذه الدراسة والذي اطلق عليه وسط الانتاج السائل ورمز له (PLM) المتكون من 2% كلوكوز و2% ببتون و1.5% مستخلص الخميرة و1.5% مستخلص اللحم و0.25% من ملح K2HPO4 و0.5% من مادة tween 80 ،برقم هيدروجيني(pH) 5 وبدرجة حرارة30 م وبحجم لقاح 2% من المزروع البكتيري الذي يحتوي على 1×109 خلية /مل ولمدة حضانة 12 ساعة في ظروف لاهوائية. تمت في هذه الدراسة ايضا تنقية البلانتريسين اذ سخن المستخلص الخام للبلانتريسين بدرجة 80 م لمدة 10 دقائق قبل البدء بالتنقية والتي تضمنت خطوتين الاولى هي الاستخلاص بالمذيب العضوي (البيوتانول) والثانية الفصل بطريقة كروماتوغرافيا الترشيح الهلامي باستخدام عمود (Sepharose 6B). وقد اظهرت النتائج الحصول على البلانتريسين بفعالية نوعية 10666.67 وحدة/ملغم بروتين وبعدد مرات تنقية بلغ 13.067 وبحصيلة نهائية 12%.اطلق على البلانتريسين النقي اسم بلانتريسين VGW8 نسبة الى العزلة المنتجة Lb.plantarumVGW8 .كذلك فقد تم توصيف البلانتريسين المنقى VGW8 واظهرت النتائج ان وزنه الجزيئي كان 14400 دالتون بطريقة الترحيل الكهربائي بوجود المادة الماسخةsodium dodecyl sulfate(SDS) . واظهرت فعالية البلانتريسين النقي ثباتية عالية في قيم من الرقم الهيدروجيني(pH) تراوحت ما بين 3 الى 9 ،اذ احتفظ بكامل فعاليته عند تلك القيم لكنه فقد نصف فعاليته في pH( 2 و10) وكامل فعاليته في pH القاعدي (11 و12).كما اظهرالبلانتريسين ثباتية عالية تجاه المعاملات الحرارية المختلفة (20 - 100) م لمدد زمنية مختلفة شملت (10 و30 و60) دقيقة ويلاحظ من النتائج انه في الوقت الذي تمكن فيه البلانتريسين من الاحتفاظ بكامل فعاليته عند المعاملات الحرارية المختلفة (20 - 80 ) م للمدد الزمنية اعلاه، لم يتمكن من استرداد سوى نصف الفعالية عند تعرضه لدرجة حرارة 100 م لمدة 60 دقيقة او عند تعرضه لدرجة حرارة المؤصدة (121 م) لمدة 15 دقيقة. كما بينت النتائج طبيعة البلانتريسين البروتينية عندما فقد كامل فعاليته بعد معاملته بالانزيمات الحالة للبروتين ( ببسين وتربسين وبابين) في حين لم تتاثر فعاليته عند معاملته بالانزيمات (لايبيز والفا - اميليز ولايسوزايم).كذلك فقد اظهر البلانتريسين ثباتية عالية بعد معاملته بالمذيبات العضوية(كلوروفورم واسيتونايترل وداياثيل ايثر وايثانول وميثانول وايزوبروبانول وتولوين واثيل اسيتيت)، والمنظفات (توين80 وتوين20 وترايتون اكس100و EDTA ويورياو SDS) ، وبعض الايونات الفلزية (الصوديوم والبوتاسيوم والكاليسيوم والباريوم والزنك والحديد) حيث استعاد كامل فعاليته بعد معاملته بها لكن فعاليته انخفضت الى النصف بوجود ايوني المغنيسيوم والمنغنيز.تمت ايضا دراسة فعالية البلانتريسين VGW8 ضد P.aeruginosa وS.aureus واظهرت النتائج ان البلانتريسين يمتلك الفعالية القاتلة للبكتريا عندما انخفضت اعداد البكتريا مع زيادة تركيز البلانتريسين الى 320 وحدة /مل، فقد اظهرت النتائج ان هذا التركيز كان كافيا لقتل بكتريا P.aeruginosa بعد ساعتين من التعرض للبلانتريسين ولقتل بكتريا S.aureus بعد اربع ساعات من التعرض له. ايضا فقد تمت دراسة الفعالية التحللية للبلانتريسين VGW8 واوضحت النتائج انه يمتلك الفعالية الحالة للغشاء الخلوي عندما انخفضت الامتصاصية الضوئية عند الطول الموجي 600 نانوميترمن 0.59 الى 0.17 لبكتريا P.aeruginosa بعد ساعتين فقط من التعرض للبلانتريسين وبتركيز 320 وحدة/مل ، ومن 0.51 الى 0.20 لبكتريا S.aureus بعد 4 ساعات من التعرض للبلانتريسين وبالتركيز نفسه(320 وحدة/مل).وتمت ايضا دراسة تاثير البلانتريسين VGW8 على نفاذية الخلية وبينت النتائج ان الامتصاصية الضوئية عند الطول الموجي 260 نانوميتر قد سجلت زيادة من 0.5213 الى 2.9112 لبكتريا P.aeruginosa ومن0.4614 الى 2.6405 لبكتريا S.aureusدليلا على خروج الحامض النووي (DNA) من الخلايا نتيجة لتحللها.يتضح من هذه النتائج ان هدف البلانتريسين VGW8 هو الغشاء الخلوي. | A total of 118 isolates of Lactobacillus were obtained from fermented vegetables and sourdoughs. All the isolates were subjected to the cultural, microscopical and biochemical examinations for the identification of species. The results showed that 73 isolates belongs to Lactobacillus plantarum, 48 isolates from fermented vegetables and 25 isolates from sourdoughs. Lb. plantarum was dominate in fermented vegetables with 73.85% percentage of isolation while in sourdoughs the percentage of isolation was 47.17%.Three methods (flip - streak, spot on the lawn and agar well diffusion methods) were used to detect of plantaricin production by Lb. plantarum isolates against 12 species of Gram positive and Gram negative bacteria which included, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Listeria monocytogenes, Enterococcus feacalis, Lactobacillus acidophilus, Bacillus spp., Escherichia coli, Salmonella typhi, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, Serratia marcescens and Klebsiella spp. The results showed that 8 isolates produced plantaricin by flip - streak method, 7 isolates produced it by spot on the lawn method, while by the agar well diffusion method ,12 isolates were able to produce plantaricin, suggesting that the production of plantaricin was best in the broth medium than in the solid medium. The agar well diffusion method was considered the best one for detection of plantaricin production. Plantaricins of Lb. plantarum isolates exhibited high activity against P. aeruginosa when 83.3% of Lb. plantarum isolates showed antibacterial activity against this bacterium, whereas the lowest activity was against Lb. acidophilus when 16.7% of Lb. plantarum isolates showed antibacterial activity against it. No activity against Bacillus spp. was observed.Lb. plantarum VGW8, was the best isolate for plantaricin production. It produced it in both broth and solid media by all detection methods used in this study, this plantaricin exhibited a broad spectrum of activity against 10 species of both Gram positive and Gram negative bacteria. The optimum conditions for plantaricin production by Lb. plantarum VGW8 were determined and the results showed that the best production medium was production liquid medium (PLM) that prepared in this study, it composed of 2% glucose, 2% peptone, 1.5% yeast extract, 1.5% beef extract, 0.25% K2HPO4 and 0.5% tween 80,with pH 5, temperature 30°C for 12 hours under anaerobic conditions and inoculum size of 2% of cells number 1×109cell/ml.Purification of plantaricinVGW8 was made by heating crude plantaricin at 80ºC/10min and then purified by two steps method including extraction with n - butanol followed by gel filtration chromatography on Sepharose 6B column, the results showed that the specific activity was 10666.67AU/mg protein with 13.067purification folds and 12% recovery yield. The purified plantaricin was called plantaricin VGW8 according to the producer isolate Lb. plantarum VGW8.Physical characteristics were also studied and the results showed that the molecular weight of plantaricin VGW8 was 14400 Dalton by sodium dodecyl sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis (SDS - PAGE). Plantaricin VGW8 activity was stable at pH values (3 - 9) but 50% of its activity was lost at (2 and 10) pH values, and whole activity was lost at extreme alkali pH values(11 and 12).Also, plantaricin VGW8 showed high thermostability at different temperatures (20 - 100)°C for (10,30 and 60)min, it remained active after being treated with (20 - 80)°C for the periods above, but it retained only 50% of its activity after treatment at 100°C for one hour and autoclaving treatment (121°C/ 15 min).The results showed that the activity of plantaricin VGW8 disappeared when it treated with proteolytic enzymes (pepsin, trypsin and papain), whereas it retained whole activity when treated with lipase, lysozyme and α - amylase, indicating pure proteinaceous nature of purified plantaricin.As well as, treatment of plantaricin VGW8 with organic solvents (chloroform, acetonitrile, diethyl ether, ethanol, methanol, isopropanol, toluene and ethyl acetate), surfactants (tween 80, tween 20, triton X - 100, SDS, EDTA and urea) and the metal ions : Na, K, Ca, Ba, Zn and Fe, showed no effect of these treatments on the activity of plantaricin VGW8.While treatment with Mn and Mg reduced its activity to the half.The antibacterial activity of plantaricin VGW8 was studied against P. aeruginosa and S.aureus. It was observed that plantaricin VGW8 has bactericidal effect when the numbers of cells were decreased with increasing of plantaricin VGW8 concentration to 320 AU/ml. The results showed that the complete killing of P. aeruginosa was observed after 2 hours of incubation with 320 AU/ml of plantaricin VGW8, while the same effect was observed after 4 hours on S.aureus. Also, the lytic activity of plantaricin VGW8 was studied, and the results showed that exposure P. aeruginosa and S.aureus to 320 AU/ml of plantaricin VGW8 led to decrease absorbance at 600nm from 0.59 to 0.17 for P. aeruginosa within 2 hours and from 0.51 to 0.20 for S.aureus within 4 hours. Moreover, the effect of plantaricin VGW8 on the cell permeability was studied and the results showed that absorbance at 260nm increased from 0.5213 to 2.9112 for P. aeruginosa and from 0.4614 to 2.6405 for S.aureus, indicating that DNA leaked from cells due to the cell lysis. This means that the cell membrane is the target of plantaricin VGW8.

تاثير الذيفانات المعوية للبكتريا ETEC Escherichia coli في الخلايا السرطانية والخطوط الخلوية وفي حيونات التجارب == Effect of ETEC Escherichia coli enterotoxins on cancer cells, cell lines and laboratory animals

Author name: الهام سعيد عبد الكريم بنو
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح | ناهي يوسف ياسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: his study aimed investigating the cytotoxic effect of crude enterotoxins on normal and cancer cells both invitro and invivo. the present study included isolation and identification of Pathogenic Escherichia coli, From Children (under 3 - years for both sexes) infected with severe diarrhea, from March to June 2005, and as follows : *Sixtysix Islates (60%) were obtained from 110 samples. These Isolates were Identified according to morphological and biochemical tests, and for confirmation by Api - 20E System. *Serological identification for these Isolates( 66 isoleates )showed that only 12 (18%) isolates were belonged to Enteropathogenic group of E. coli.(EPEC).* The results of using Suckling Mouse Assay(SMA) showed that only 13 (19.6%) out of 66 Isolates were capable of producing heat - stable (ST) enterotoxin, therefore these isolates belonged to Enerotoxigenic group of E.coli ( ETEC).Whereas the EPEC isolates were all negative for this test. According to the toxin activily that was evaluated by (SMA) the Isolate No. 99 determined as the most efficient Isolate in producing the (ST). The same Isolate (99) of E. coli showed its ability to produce heat Labile enterotoxin (LT), by using Rabbit lileal Loops.The Isolate (99) revealed for sensitivity to Ampicillin, Gentamicin, Nalidixic acid and Nitrofurantoin antibiotics, but resistance to Amoxicillin , Cefixime, Cephallothin, Ciprofloxacin and trimethoprim.This Isolate also showed its ability to adhere by using the special media that contain the congo red stain, and by using hemagglutination test because it posseses the colonization factors antigen (CFA/1) and CFA /III However it failed in producing hemolysin enzyme that hemolyze red blood cells The toxin reserved Its activity at temperatures (20,40,60 and 80)c0 , but loss some of its effect at 100 c0 and kept its activity at 4 c0 for (24 - 48) hrs, It was found that the highly toxic activity reduced in the PH 5,9.5. The time ofmice response to enterotoxin was determined. At 90 minutes, as the maximum of response and 180 minutes as the optimum time of response. Enterotoxin was purified partially by using sepharose CL - 6B, and the molecular weight for (ST) was 17378 dalton. LD50 of both bacterial Suspension and crude enterotoxin in mice was 2.13 × 108 cell/ mice, and 48.75 mg/ mice respectively. The crude enterotoxin showed more severe effect than the bacterial suspension in spleen, Intestine, and Lung, while the effect of bacteria suspension was more severe in Liver.The therapeutic dose of crude enterotoxin was determined according to LD50 in mice it was revealed that the concentration of 390 mg/kg have the activity in reducing the tumor volume when injected directly in tumor, with an inhibition ratio between(83 - 89)% beginning at 8th day of the 25th injecting days. While when the toxin was injected intraperitonealy, the inhibition ratio of tumor was Less than the injection in tumor it self. The dose 97.5 mg/kg that given daily for 25 days showed more efficiectly in reducing the tumor in percent of 73.3. The Comparitive study between the relative volume of tumor in treated group and the relative volume of tumor in control group revealed that there was significant difference statistically important all over the treatment time.. The necrosis and fibrosis were the most important characteristics in treated groups after histopathological examination which appearantly with the progress of treatment associated with volume decrease of tumor, so it was found that the last stage of treatment showed the cancer cells presented like small Land Surrounded by dense fibrous tissue. The treatment by using all toxin concentration in both ways of injections on murine bone marrow cells, showed significant increase in blast Index (BI) and mitotic Index (MI) when compared with control.The toxic effect of crude extraction was studied in tumor cell lines (in vitro), Hep - 2 and AMN - 3 and the normal cell line REF, the study showed that the toxic effect depend on the type of cells, the dose and the time of exposure. This study revealed that the AMN - 3 Cells were more Susceptible from that of Hep - 2 Cells and the high concentration caused inhibition to the growth of the tumor cells, Specially the concentration of 60000 Mg/ml, Also growth and multiplication of REF cells. Whereas the concentrations of 1875and 3750 Mg/ml were found as an inhibitor to REF Cells. Partially purified enterotoxin (ST) showed that it's effect was found to in hibit Hep - 2, AMN - 3 and REF cells at 72 hrs of exposure and has an inducer effect to growth of cells at 24 hrs of exposure in all concentrations,but the effect was differ in the time of exposure at 48hrs,that the three concentrations (1.986,3.965and 7.95) Mg/ml showed inducing effect ,while the three hight concentrations(15.86,158.6 and1586) Mg/ml showed inhibition effect to AMN - 3 cells.Also the hight concentrations(30000 and 60000) Mg/ml werefound as inhibitor to REF cells at( 48,72)hrs,but they were inducer of growth at 24hrs of exposure. The toxicity effects of crude enterotoxin were studied in human Lymphocyte multiplication (in vitro) , and the higher concencentration showed decline in Mitotic index (MI), but It was induced cells to transform in present of mitogen, so there was inverse in blast index (BI) when compare with the control.

دور الببتيدو كلايكان في امراضية بكتريا Staphylococcus saprophyticus == Role of Peptidoglycan in Pathogenicity of Staphylococcus saprophyticus

Author name: عذراء صالح فليح الهيتي
Supervisor name: مي طالب فليح | حارث جبار فهد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: من مجموع 300 عينة ادرار تم الحصول على 71 عزلة عائدة لجنس الـ Staphylococcus من مريضات مصابات بخمج المجاري البولية واظهر عائدية 16 عزلة للنوع S. saprophyticus تم تشخيصها بوساطة الاختبارات الكيموحيوية ، كما تم اختبار حساسيتها للمضادات الحيوية ، استخدمت عملية التكسير الميكانيكي (Mechanical disintegration) باستخدام المازج (vortex) والحبيبات الزجاجية ، والتكسير باستخدام جهاز الذبذبات فوق الصوتية لتكسير جدار خلية العزلةS67 saprophyticus S. والحصول على خلايا متكسرة تمثل الجدار الخلوي الخام ومن ثم استخلاص وتنقية جزئية للببتيدوكلايكان بالاعتماد على الهضم الانزيمي بوساطة انزيمات الـ DNase وRNase وPronase وTrypsin فضلا عن استخدام مركب سلفات دودسيل الصوديوم (SDS) ومواد كيميائية اخرى ؛لازالة الاغشية السايتوبلازمية والمحتويات البروتينية الاخرى ؛ وبذلك تم الحصول على ببتيدوكلايكان نقي خال من الشوائب وهذا ما اكده الفحص بالمجهر الضوئي والالكتروني وقد اظهر الببتيدوكلايكان حزمة بروتينية واحدة عند اجراء الرحلان الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد تحت ظروف غير ماسخة مقارنة بالجدار الخلوي الخام والذي اظهر عدة حزم بروتينية ؛ مما يدل على كفاءة الطريقة المستخدمة في الاستخلاص. تضمن البحث دراسة امراضية بكترياS67 S. saprophyticus المسببة لخمج المجاري البولية في الفئران اذ حقنت مجموعة من الفئران الاناث البيض عبر الاحليل وباستخدام القثطرة بتركيز 109 خلية جرثومية / مليلتر ، وحقنت مجموعة اخرى من الفئران بتركيز 3 ملغم / 0.2 ملليتر من الببتيدوكلايكان المستخلص منS67 S. saprophyticus والمنقى جزئيا وتم تشريح الفئران حيث اظهرت الاعضاء (الكلى والمثانة) تغييرات نسيجية ممرضة تمثلت بانكماش الكبيبة الكلوية واحتقان الاوعية الدموية للكلية وارتشاح الخلايا الالتهابية وفقدان طبقة الكيراتين في المثانة سواء اكانت محقونة بالجراثيم ام بالببتيدوكلايكان . حضر المصل المضاد للببتيدوكلايكان في الحيوانات المختبرية (الارانب البيض) وتبين ان الببتيدوكلايكان ممنع جيد عند حقنه في الارانب ، وتم اثبات وجود الاجسام المضادة للببتيدوكلايكان باستخدام اختبار الندف بالانابيب واختبار التلازن الجرثومي (Bacterial agglutination) حيث كون المصل المضاد للببتيدوكلايكان المعزول من جدار بكتريا S.saprophyticusS67 تلازنا مع جراثيم البكتريا نفسها وايضا اعطى تلازنا مع العزلة القياسية ATCC6538 S. aureusمما يشير الى وجود تفاعل تصالبي لهذه الاضداد. تم دراسة التاثيرات السريرية للببتيدوكلايكان في الارانب المحقونة، اذ لوحظ ارتفاع في مستوى اليوريا والكرياتنين وانزيمي GPT وGOT والكلوكوز في الدم وانخفاض مستوى انزيم الفوسفتيز القاعدي( Alkaline phosphatase ) مما قد يدل على وجود خلل وظيفي في عدد من الاعضاء مثل : الكلى ،و الكبد ،و البنكرياس نتيجة تاثرها بالببتيدوكلايكان | Seventy one isolates of Staphylococcus were obtained from 300 urine samples isolated from female patients with urinary tract infection. sixteen of these isolates were identified as S.saprophyticus by biochemical tests , the sensitivity of the isolates to different antibiotics were also studiedMechanical disintegration method using vortex and glass beeds in addition of Ultrasonicator were used for preparing disintegrated cell wall which represent Crude cell wall , Extraction and partial purification of the peptidoglycan were accomplished by enzymatic digestion using DNase ,RNase ,Pronase and Trypsin in addition to SDS and other chemicals to remove the cytoplasm membrane and other protein contents, so we obtained pure peptidoglycan that were confirmed by light and electron microscope, the partial purified peptidoglycan showed one protein band compared with crude cell wall which showed many protein bands when performed in poly acryl amide gel electrophoresis under non denaturing conditions which improved the efficacy of method that employed in extraction of peptidoglycan The pathogenicity of the S.saprophyticus in urinary tract infection of mice was studied, Female mice were injected transurethrally by using catheter with 109 germ cells concentration /ml, other group of mice were injected by 3mg concentration /0.2ml of partial purified peptidoglycan which extracted from S.saprophyticus , The histopathological changes in the organs (Kidney and Bladder) whether it was injected with germ or the peptidoglycan were observed Antiserum of the peptidoglycan was prepared in the laboratory animals (white rabbit) the results revealed that the peptidoglycan was a good immunogen, The presence of antibodies was shown by tube flocculation test and bacterial agglutination test.Thiese antibodies cause agglutination with S.saprophyticus by using microtiter plate and also give cross - reaction with ATCC5538P S.aureusThe clinical effects of the peptidoglycan in the injected rabbit were also studied, The levels of Urea,Creatinine ,GOT, GPT ,Glucose were increased in the blood where the level of Alkine phosphatase was decreased which indicate that the peptidoglycan caused dysfunction of several organs like kidney,liver and bladder

دراسة علاقة مجاميع الدم ABO مع البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا والبين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا في النساء العراقيات العربيات المصابات بالسكري من النوع الثاني == Studying the Association of ABO Blood Groups with IL - 18BPa & IL - 18R beta in the Iraqi Arab Females with Diabetes Mellitus Type 2

Author name: زينب فاضل عبد الغفور
Supervisor name: اسماء محمد صالح المهيدي
General topic: Biology
Specific topic: zoology - Genetics
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: داء السكري كمرض التهابي يرتبط مع العديد من العوامل الالتهابية لذلك تهدف الدراسة الحالية لحساب تركيز العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا والعامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا مع عوامل الخطورة التقليدية والتي تشمل المقاييس الفيزيائية مثل متوسط محيط الخصر ومؤشر كتله الجسم وعوامل البيو كيميائية مثل الانسولين , مقاومة الانسولين , مستوى السكر في الدم في حاله الصيام ,مستوى الهيموغلوبين السكري وملف الدهون وفي الوقت نفسه دراسة ارتباطهم مع نظام الدم ABO في النساء العراقيات العربيات المصابات بالسكري من النوع الثاني ومن اجل معرفة تاثير ذلك مع عوامل اخرى التي تعتبر كمؤشر او مطور لمرض السكري من النوع الثاني . وشملت الدراسة الحالية 340 مريضا من النساء العراقيات العربيات المشخصات حديثا بالسكري من النوع الثاني 200 من النساء الاصحاء اختبرت للتكرار الاليلي والمظهري ,ومن هؤلاء 60 مريضة اختبرت للدراسة المناعية والكيميائية مقارنة مع 28 من النساء الاصحاء .الاختبارات المناعية بواسطة استخدام تقنية الانزيم المرتبط المناعي, اما المقاييس الكيميائية باستخدام الاساليب الانزيمية واللونية, وتم تقسيم المرضى والسيطرة حسب مجاميع الدم الى اربعة مجاميع ثانوية (A , B ,AB ,O) وفقا لنوع فصائل الدم التي كشف عنها بواسطة الاختبارات المصلية القياسية .اظهرت البيانات الحالية : 1 - زيادة معنوية في المصل العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا في المرضى الحاليين ,في حين لم تظهر اختلافات معنوية في مستوى مصل العامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا .2 - زيادة معنوية في متوسط العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا مع زيادة العمر في كل من المرضى ومجموعه السيطرة, في حين العامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتزااد في المجموعة الاقل من 40 سنة وانخفض مع زيادة العمر في كل من المرضى ومجموعه السيطرة .بالاظافة الى زيادة كل عوامل الخطورةالاخرى.3 - تركيز كلا العاملين العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا والعامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا يزداد بشكل غير معنوي تدريجيا في كل المرضى مع زيادة مدة المرض ونفس النتيجة لمقاومة الانسولين.4 - اظهرت نسبة الهيموغلوبين السكري اقل من 7.3 % زيادة كبيرة في متوسط العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا , العامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا وتنخفض تدريجيا مع زيادة نسبة الهيموغلوبين السكري .5 - الافراد الذين كانوا يحملون فصيلة الدم B اظهروا اعلى معدل لمتوسط العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا , الانسولين ومقاومة الانسولين .6 - المرضى الذين كانوا يحملون فصيلة الدم B والاصحاء الذين يحملون فصيلة الدم A اظهروا اعلى معدل لمتوسط العامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا .7 - يعتبر العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا والعامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا كعوامل خطورة مستقلة في النساء العراقيات العربيات المصابات بالسكري من النوع الثاني والتي تدعمها غياب العلاقة المعنوية بين العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا والعامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا وجميع عوامل الخطورة التقليدية الاخرى .8 - هنالك علاقة ايجابية بين مستويات العامل البين ابيضاضي 18 المرتبط بالبروتين الفا وخطورة السكري من النوع الثاني والذي قد يعتبر كمؤشر لحدوث المرض , في حين ان مستويات العامل البين ابيضاضي 18 مستقبل البيتا قد يكون مؤشر لتطور المرض .مزيد من الدراسات اللازمة لفهم العلاقة بين مجاميع الدم , عوامل الالتهابية ومخاطر السكري من النوع الثاني . | DM is considered as inflammatory disease associated with many inflammatory factors. As such the present study aims to investigate the concentration of IL - 18 binding protein alpha (IL - 18BPa) and IL - 18R beta with classical risk factors which include Anthropometric risk factors like Age, Central Obesity (CO) and body mass index (BMI), biochemical factors like Insulin , Insulin Resistance (IR), Fasting Blood Glucose ( FBG), Glycosylated Hemoglobin (HbA1c) and lipid profile. Besides, the study aims to studying their association with ABO blood system in the Iraqi Arab female patients with diabetes mellitus type 2 in order to figure out their effect with other factors as predictor or developer for diabetes mellitus type 2. The present study included 340 Iraqi Arab female patients newly diagnosed with DMT2 and 200 healthy individuals tested for phenotype and allele frequency. From those, 60 patients were tested for the immunological and chemical where compared to 28 healthy individuals. Immunological tests by using ELISA kits. While Chemical parameters using enzymatic and colorimetric methods. The study groups (patients and control) were divided into four sub groups (A, B, AB and O) according to the class of blood groups which were tested by using standard serological procedures. The present data showed : 1 - A significant increase in the serum level of IL - 18BPa in the patients of the present study, while there was no significant difference in the serum level of IL - 18R beta. 2 - A significant increased in mean of IL - 18BPa with increased age in both patients and control groups. While IL - 18R beta showed increase at group less than 40 year and decreased with increasing age in both patients and control group. Besides increased all other risk factors. 3 - The levels of both IL - 18BPa and IL - 18R beta were gradually non significantly increased the level in each patients group with an increased duration of disease and the same for IR. 4 - Patients with HbA1c less than 7.3% showed a significant increase in mean of IL - 18BPa and IL - 18R beta and decreased gradually with the increase of HbA1c. 5 - Patients and control subjects who carried blood group B had the highest mean of IL - 18BPa, Insulin and Insulin resistance. 6 - Patient subjects who carried blood group B and control subjects who carried blood group A showed the highest mean of IL - 18R beta. 7 - IL - 18BPa and IL - 18R beta act as independent risk factors in Iraqi Arab females with DMT2 which supported by the absence of significant correlation among IL - 18BPa, IL - 18R Beta and all others classical risk factors. 8 - A positive relation between levels of IL - 18BPa and risk of DMT2. This may be an indication of inflammation for newly diagnostic diabetic patients, while Serum levels of IL - 18R beta might be a predictor marker of disease progression. Further studies are needed to understanding the relationship between blood groups, inflammatory markers and risk of DMT2 in healthy population.

عزل وتشخيص بعض انواع البكتريا المكسرة للهيدروكاربونات النفطية الاليفاتية في الترسبات النفطية لمحافظة البصرة == Isolation and Identification of some species of degradable Bacteria of N - Alkanes hydrocarbons compounds in oil sludge at Basrah Governorate

Author name: استبرق عبد الحسين سلمان جدي البوغازي
Supervisor name: ميثم ايوب عبد القادر الحمداني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: In the oil industries, large amounts of oil sludge are generated through the refining of crude oil. The main reason for its composition that is when exporting crude oil various kinds of oils (heavy and light ones) are mixed together for the purpose of exportation. But , the mixing process between different types cannot be fully , due to the lack of homogeneity among different quality of crude oil . So, the heavy parts of oil are precipitated to the bottom of tank and with passage of time they accumulate to be sediments that’s known as oil sludge stated at the bottom of the oil storage tank in the cleaning process , oil tanks are emptied and discharged in some spaces or reservoir (pits) located near the tanks called "oil pits". Which are places of dump excess oil of various types of oil from different oil tanks or they are close places from oil / water separating unites .From these spots, samples of two kinds of oil sludge : the bottom of oil tank (during the maintenance of the tank) and oil pits (near the unities of separating water from oil) are collected. Also, samples of soil surrounding the oil pits from five oil locations in Basrah city are collected too. Those locations are : west of Gurna, Northern Rumela, Southern Rumela, Nahar Umar, Alzubeir.At the rate of redundantly for each location and for each type of the study samples.This investigation is considered as the first which conducted in Iraq which include firstly the isolation and identification different types of bacterial species from different oil sludge, and secondly use some of them in biodegradation studies for two kinds of carbon sources of oil sludge : (oil sludge of tank bottom , oil sludge of oil pits) .Oil degrading bacterial species have been isolated on a selective mineral salt medium Bushnell and Hass Mineral Salt Medium (BHMS), supplemented with a carbon source. They are also identified depending on the Morphology and biochemical characteristics; four genus of bacteria (out of 89 bacterial isolates of oil sludge from the tank bottom)Bare identified. They include : 32 Pseudomonas spp. , 27 Rhodococcus spp. 21 Bacillus spp. , 9 Arthrobacter spp. , Also four genera of bacteria (out of 101bacterial isolates of oil sludge from the oil pits) are identified. They include : 41 Pseudomonas spp. 27 Rhodococcus spp. , 22 Bacillus spp. 11 Arthrobacter spp. , , While 8 species and 3 genus of bacteria (out of 259 bacterial isolates of the soil surrounding the oil pits) are identified. They include : 41 Aeromonas spp., 39 Corynebacterium spp., 39 Pseudomonas aeruginosa, 36 Bacillus spp., 33 Micrococcus leteuc, 23 Enterobacter intermedius, 22 Pseudomonas fluorescens, 12 Micrococcus varians 7 Staphylococcus epidermidis, 4 Staphylococcus saprophyticus,3Staphylococcus aureus .The biodegradation percentage of the lost in the concentration of the hydrocarbon compounds of the normal alkanes and two compounds of Pristane and Phytane are measured. Also, the biodegradation of mole percentage of the lost in the area of the hydrocarbon compounds of the normal alkanes and the two compounds of Pristane and Phytane are measured for each four genus which were isolated from the oil sludge pits, and it is also done for one isolated genus from the soil surrounding the oil pits. The measuring process was fulfilled as a comparative study with the control flasks. Thus, the oil sludge (tank bottom ) was used as a source of carbone in the first experiment While, the oil sludge (oil pits) was used as a source of carbone in the second experiment . The incubate time of the experiment is 27 days during which a lost of the percentage of hydrocarbon compounds each 9 days are recorded by using( Capillary Gas Chromatography ). The results showed the biodegradation percentage of the lost in the concentration of the hydrocarbon compounds of the normal alkanes of the oil sludge (tank bottom ) with regard toCbacteria 73.8 % Pseudomonas spp., 70.3 % Rhodococcus spp. 65.7 % Arthobacter spp., 55.6 % Aeromonas spp.,51.5 % Bacillus spp., Whereas, the biodegradation percentage of the lost in the concentration of the hydrocarbon compounds of the normal alkanes of the oil sludge (oil pits) with regard to bacteria 80 % Pseudomonas spp., 74.9 % Aeromonas spp., 70.4 % Rhodococcus spp., 64.8 % Arthobacter spp.,55 % Bacillus spp., While , The results showed of the biodegradation of mole percentage of the lost in the area of the hydrocarbon compounds of the normal alkanes of the oil sludge (tank bottom ) with regard to bacteria 73.7 % Pseudomonas spp.,70.3 % Rhodococcus spp. 65.6 % Arthobacter spp., 55.3 % Aeromonas spp. ,51.2 % Bacillus spp., Whereas, The results showed of the biodegradation of mole percentage of the lost in the area of the hydrocarbon compounds of the normal alkanes of the oil sludge (oil pits) with regard to bacteria79.2 % Pseudomonas spp., 73.8 % Aeromonas spp., 69.2 % Rhodococcus spp.,63.7 % Arthobacter spp., 53.7 % Bacillus spp. It was found that there is approximately match between the biodegradation of mole percentage by using the area and those by using the concentration for each component .

دراسة للطفيليات المعوية المعزولة من الخضروات المطرية من بعض اسواق مدينة بغداد

Author name: وسن عداي مهدي المرسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Fungi
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: A study was carried out during the period from November 2010 to October 2011 to detect the intestinal parasites which contaminate the common fresh vegetables. A total of 303 samples were taken from three wholesale markets and three retail markets, in Baghdad province. Ten kinds common vegetables were selected. These vegetables were Celery (Apium graveolens); Parsely (Patroselinum crispum); Garden cress (Lepidium sativum); Leek (Allium porrum); Radish (Raphanus sativus); Lettuce (Lactuca sativa); Spinach (Ipomoea aquatica); Beet (Beta vulgaris); Mint(Mentha spicata) and Cabbage (Brassica oleracea).Sedimentation and floatation techniques were used for samples examination. Three different solutions (ZnSO4, saturated NaCl , saturated sucrose ) were used in floatation technique. The present study has been shown that the collected samples of vegetables were contaminated with sixteen species of intestinal parasites. It was found that the percentages of contamination with these parasites were as following : (Giardia lamblia) (29.4%), Entamoeba histolytica(24.5%), Entamoeba coli(16.9%), Balantidium coli (8%), coccidia(9.9%) and Blastocystis hominis(0.7%). For intestinal helminthes Ascaris lumbricoides (15.6%), Toxocara spp.(10.3%), Fasciola spp. (5.3%), Schistosoma haematobium (1.7%), Schistosoma masnsoni (1.4%), Taenia spp. (4.7%), Diphyllidum caninum (3.9%), Trichuris trichiura (3.3%), Enterobius vermicularis (6.9%) and Nematoda larvae (6.3%).The present study revealed that the percentage of contaminated vegetables by using sedimentation technique (72.3%) was significantly higher than that of flotation techniques (53.1%). Additionally it was found that, the different kinds of vegetables showed a significant difference in the percentages of contamination with the parasites in both techniques. Thus, the percentage of contaminated Garden cress was (93.5%), (72.4%) in both sedimentation and flotation technique respectively, while Cabbage showed (50%), (36.7%) respectively.A significant high percentage of contamination was recorded in Al - Nahrin wholesale market (89.2%) in comparison with low percentage (59.4%) in Al - Rasheed wholesale market. Additionally, it was found that the percentages of contaminated vegetables in wholesale (76.26%) were significantly higher from that of retail market (64.76%).The present study, also, showed that the percentage of detection of parasites by using ZnSo4 solution (31.2%) was more efficient than that showed by saturated sucrose (8.9%). Additionally; the soaking with normal saline (47.83%) showed a higher percentage of contamination than that by using distilled water (17.39%).The percentages of seasonal contamination were varied significantly, therefore, it was found that spring showed the highest percentage (29.7%) while summer the lowest (20.9%). The washed samples of Garden cress which obtained from the three wholesale markets, reduced the percentages of contamination with parasites but did not remove the parasites completely. Therefore, a significant difference has been noticed between washed (56.76%) and unwashed samples (76.66%).Concerning, the percentages of infections with intestinal parasites, it was found that the medical center (14 July) showed (29.4%) while Al - Ameria center (19.2%). Furthermore, the percentage of parasites infections was significantly higher in the summer (46%) than in winter (12.67%).The present study indicated that there were a positive coordination between the high percentages of contaminated vegetables and the high percentages of infection in the medical centers as in the case of G.lamblia and E.histolytica.Finally, it could be conducted that the contaminated vegetables played an important role in transmission of intestinal parasites to human, particularly, when these vegetables were eaten fresh without sterilization or good washing.

دراسة تشريحية ونسجية وكيمونسجية مقارنة للغدة الدرقية وجار الدرقية في نوعين من الفقريات العراقية (بيز ابن عرس، Herpestes javanecus والقنفذ طويل الاذن ، Hemiechinus auritus) باستعمال الواسم Anti - Calcitonin, code 140778) ) == Study of Thyroid and Parathyroid Gland in Two Iraqi Vertebrates ( Weasl , Herpestes javanicus and Long - Eared Hedgehog , Hemiechinus auritus) Using Marker (Anti - Calcitonin, code 140778)

Author name: رنا علاء عبد الحميد هايس العامري
Supervisor name: حسين عبد المنعم داود
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Anatomy
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الحالية التعرف على الوصف التشريحي والتركيب النسجي والكيمو نسجي - المناعي للغدتين الدرقية وجار الدرقية لنوعين من اللبائن العراقية ممثلة ب بيز ابن عرس ( ( Herpestes javanicus والقنفذ طويل الاذن ( Hemiechinus auritus ) وقد استعملت تقنيات مختلفة لانجاز الدراسة .• الغدة الدرقية Thyroid Glandاظهر الفحص التشريحي للغدة الدرقية في حيوان بيز ابن عرس (H. javanicus) البالغ (ذكور, اناث) ان الغدة تتكون من فصين (ايمن, ايسر) وتاخذ موقعا في منطقة العنق اسفل الحنجرة. ويتموضع فصا الغدة على جانبي الرغامى عند الحلقات (5 - 1) من حلقات الرغامى ولم يلاحظ وجود تركيب البرزخ (Isthmus) الذي يربط بين فصا الغدة , ويتباين لون الغدة بين البني والاحمر وفي الغالب تظهر بلون بني محمر(Reddish brown) يظهر فصي الغدة في شكل بيضوي او اهليجي, اظهرت نتائج الدراسة الحالية في حيوان القنفذ ( H. auritu ) تماثلا واضحا مع حيوان بيز ابن عرس فيما يخص الوصف التشريحي باستثناء كون فصا الغدة بيضويتي الشكل.تحاط الغدة في حيوان بيز ابن عرس بمحفظة من نسيج ضام (Connective tissue) تتكون من طبقتين, طبقة خارجية External layer)) تتالف من الياف مغراوية (Collagenous fibers) وقليل من الياف مرنة ((Elastic fibers ويتخللها ارومات ليفية Fibroblast)), وطبقة داخلية ((Internal layer تتالف من الياف مغراوية يتخللها الياف عضلية ملساء Smooth muscle fibers) ) ,كما تتضمن المحفظة اوعية دموية ((Blood vessels واعصاب (Nerves), تمتد من المحفظة الداخلية حويجزات رقيقة تقسم الغدة الى فصيصات غير مكتملة . اظهرت المحفظة في حيوان القنفذ تماثلا مع المحفظة في حيوان بيز ابن عرس.يتكون نسيج الغدة الدرقية في حيوان بيز ابن عرس بصورة رئيسية من الجريبات (Follicles) والخلايا الجنيب جريبية (Parafollicular cells) واوعية دموية واعصاب. تتخذ الجريبات اشكالا متعددة منها بيضوي (Oval), ومنها دائري ((Rounded, واحيانا تظهر بشكل غير منتظم (Irregular shape), وتكون الجريبات باحجام مختلفة صغيرة, متوسطة وكبيرة . اظهر القنفذ تماثلا مع حيوان بيز ابن عرس فيما يخص حجم وشكل الجريبات. تبطن الجريبات في بيز بن عرس اما بنسيج ظهاري مكعبي واطئ بسيط ( Low simple cuboidal epithelial tissue) او نسيج ظهاري مكعبي بسيط (Simple cuboidal epithelial tissue) , بينما في حيوان القنفذ يظهر نسيج ظهاري عمودي بسيط (Simple columnar epithelial tissue) فضلا عن النسيج الظهاري المكعبي الواطئ البسيط والظهاري المكعبي البسيط . تحتوي تجاويف الجريبات على مادة جيلاتينية هي الغروان Colloid)) , وتظهر الجريبات تباينا في كمية الغروان اذ ان بعض الجريبات تكون مملؤة بالغروان والبعض الاخر يحتوي على كمية قليلة والقليل منها يظهر خاليا تماما من الغروان في كلا الحيوانين موضوع الدراسة, تنتشر في نسيج الغدة خلايا تدعى بالخلايا الجنيب جريبية (Parafollicular cells) او تسمى خلايا الكالسيتونين (Calcitonin cells) او (C - cells), وتظهر هذه الخلايا باشكال متباينة يتراوح بين الدائرية (Rounded) الى مضلعة الشكل ( (Polygonal shape, وهي تظهر اما بشكل مفرد (Single) او بشكل تجمعات (Clusters) في نسيج الغدة, وتحتل هذه الخلايا موقعين اساسيين في نسيج الغدة , الاول داخل جريبي Intrafollicular position) ) وتكون بين الغشاء القاعدي والخلايا الظهارية الجريبية والثاني بين جريبي Interfollicular position)) وتكون بين جريبات الغدة الدرقية , وتكون قليلة العدد ولم تظهر اختلافا في حيوان بيز ابن عرس عن القنفذ .اظهر التفاعل الكيمونسجي المناعي في حيوان بيز ابن عرس والقنفذ استجابة واضحة للتفاعل المناعي مع الاجسام المضادة للكالسيتونين, وظهرت الخلايا متقبلة للون البني وهو دليل التفاعل المناعي .• الغدة جار الدرقية Parathyroid Gland توجد الغدة جار الدرقية بتماس مع الغدة الدرقية وتحاط بمحفظة من نسيج ضام وهي امتداد لمحفظة الغدة الدرقية والتي تتكون من الياف مغراوية والياف مرنة ((Elastic fibers والياف عضلية ملساء واوعية دموية واعصاب . توجد الغدة جار الدرقية في موقعين طرفي قمي وطرفي جانبي. تمتد من محفظة الغدة جار الدرقية حويجزات الى داخل الغدة لتفصلها الى فصيصات غير كاملة، وتنتشر داخل نسيج الغدة. اما في القنفذ ( H.auritus ) فانها تقع ضمن نسيج الغدة الدرقية وتظهر بشكل فصوص (4 - 2) فصوص دائرية او بيضوية الشكل محاطة بمحفظة رقيقة تفصلها عن جريبات الغدة الدرقية.تم تمييز ثلاثة انواع من الخلايا في نسيج الغدة جار الدرقية في حيوان بيز ابن عرس اذ تمثلت الخلايا الاكثر انتشارا بالخلايا الرئيسة ((Chief cells، والخلايا الحمضة (Oxyphil cells) وخلايا الماء الشفافة ( (Water - clear cellsوهي تماثل الخلايا في نسيج القنفذ وتترتب بشكل حبال خلوية ضمن نسيج الغدة.اظهرت الغدة جار الدرقية في بيز ابن عرس استجابة للتفاعل الكيمو نسجي المناعي, اذ ظهرت خلايا الغدة متقبلة للون البني دليل التفاعل المناعي اذ تظهر الاستجابة المناعية للخلايا على مستوى السايتوبلازم والغشاء البلازمي في الخلايا الرئيسة ( (Chief cells, واظهرت الاستجابة المناعية في الغدة للقنفذ اختلافا بالنسبة لشدة استجابة الخلايا حيث كانت اقل من حيوان بيز ابن عرس .اوضحت نتائج الدراسة الحالية الخاصة بتحليل الاحماض الامينية في مستخلص الغدة الدرقية وجار الدرقية في حيوان بيز ابن عرس (H.javanicus ) (ذكور، اناث), تشخيص (13) حامضا امينيا في الذكور و(11) حامضا امينيا في الاناث, اما في حيوان القنفذ H.auritus (الذكور، الاناث), فقد تم تشخيص (12) حامضا امينيا في كل من الذكور والاناث. | Anatomical examination of thyroid gland in adult (males &females) H. javanicus revealed that the gland consist of two lobes (right & left), situated below the layrnx in neck region. The two lobes located at the sides of trachea (1 - 5) rings of trachea. they appear without Isthemus. The colour of the gland is reddish brown. The shape of the lobes either to be oval or elliptical. On the other hand the thyroid gland in H. auritus showed a clear similarity with that of H. javanicus with the exception of the oval shape of the gland. Thyroid gland of H. javanicus surrounded by capsule of connective tissue consist of external layer of collagenous and elastic fibers, fibroblast and internal layer consist of collagenous fibers with smooth muscle fibers, the capsule also contain blood vessels and nerves. Thin trabeculae extend from the capsule divided the gland into incomplete lobules. The capsule of thyroid gland in H. auritus showed clear similarity with that of H. javanicus with the exception of the adipose tissue between the capsule and gland tissue in H. auritus.Histologically thyroid gland in H. javanicus consists of follicles, parafollicular cells, blood vessels and nerve. The follicles appear in different shapes (oval, rounded and irregular shapes, and have different size (small, medium and large). The thyroid gland tissue in H. auritus has the same appearance of that in H. javanicus. The follicules in H. javanicus lined by epithelial tissue either to be Lwo simple cuboidal or simple cuboidal epithelium. In H. auritus lind by Lwo simple cuboidal, simple cuboidal or even simple columnar epithelial tissue. The follicular cavities contain different quantities of colloid, and few of them lack of collid in both under investigated animals. Parafollicular cells are spreading in gland tissue; they also called calcitonin cella or c - cells. These cells have different shapes either to be rounded or polygonal shape, and found as single or clusters. They are either to be interfollicular or intrafollicular position. The immunohistochemistry reaction revealed clear positive reaction for calcitonin , and the appearance of brown colour represented evidence for the immune reaction .• Parathyroid glandResults of the present study revealed that parathyroid gland situated closely with thyroid gland in both animals under investigatin . The gland surrounded by a capsule of connective tissue represented as an extension from the capsule , which consist of collagenous fiber, elastic fibers, smooth muscles fibers and blood vessels and nerves. The parathyroid gland situated at two position (lateral terminal / apical terminal) the trabeculae wich exted from the gland capsule to the gland tissue separated the gland into incomplete. In H. auritus the parathyroid gland formed from (2 - 4) lobes with rounded or oval shapes and surrounded by thin capsule separated from the thyroid gland follicles.Three types of cells have been differentiated in the parathyroid tissue in H. javanicus represented by chief cells wich apper the most abundant in comparison with the other two types, the second type are the oxyphil cells and the third are water - clear cells, they are similar in both animals and appear as a cellular cords within the gland tissue. The immunohistochemical study in parathyroid gland of H. javanicus reveald positive reaction for calcitoninin, where ̛s the cells appear ̛s in brown color giving the evidence for the immune reaction in cytoplasm and plasma membrane of the chief cells In H. auritus there was clear immune reaction but less than H. javanicus . Result of the present study related with the amino acid analysis of the thyroid and parathyroid glands extraction in H. javanicus (mals &females) declear (13) amino acid in males and (11) in female while in H. auritus (male &females) there were (12) amino acid in both male and females.

دراسـة لبعــض المؤشــرات المناعيــة والدمــوية لمرضى عراقيــين يعانــون من فــرط الحساسيه النــوع الاول == Study of Some Immunological and Hematological Changes in Iraqi Patients Suffering from Hypersensitivity Type - 1

Author name: سرى مسلم داود الاعــــــرجي
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: قد تم تصميم هذه الدراسة لتسليط الضوء على دور بعض الحركيات الخلويه ( IL - 13, IL - 18) والكلوبيولين المناعي الكلي ((T - IgE والكلوبيولين النوعي(S IgE) ل 20 مسبب للحساسيه داخلي وخارجي واعداد خلايا الحمضات. وكان مجموع مرضى الحساسية 168، [99 مريضا بالربوالتحسسي (43 ذكرا)، (56 انثى)]، [69 مريض بالتهاب الجيوب الانفيه التحسسي (29 ذكرا)، (40 انثى)]، وجمعت اربعين عينه لاشخاص اصحاء [ (15 ذكور)، (25 اناثا )]. الفئة العمرية (5 - 60) سنة تم جمعها من المركز التخصصي للحساسية في بغداد / الرصافة وخلال الفترة من تشرين الثاني 2016 الى شباط 2017. تمت دراسه بعض التغيرات الدمويه ومنها قياس نسبه ال (Hb) والعدد الكلي لخلايا ال (WBC) واعداد خلايا الحمضه لجميع المرضى والاصحاء عن طريق استخدام محلل الالي (Beckman Coulter) والعده الخاصه بالجهاز . تم قياس الاختبار المناعي (IL - 13, IL - 18, T - IgE) لجميع المرضى والاصحاء باستخدام جهاز (ELISA ) والعدد الخاصه بالاختبارات. تم قياس الكلوبيولين النوعي (Spesific IgE) الخاص بالمحسسات المستنشقه (عث الفراش، الحيوانات الاليفه ,الصرصر، الاعفان، حبوب اللقاح الاعشاب، حبوب اللقاح الاشجار ,حبوب اللقاح الحشائش) لجميع المرضى والاصحاء باستخدام تقنيه (Western Immunobloting Electrophoresis test) والعده الخاصه بالجهاز والفحص (Euro line Inhalation Profile Kits).توصلت هذه الدراسه الى النتائج التاليه : 1 - عدم وجود فروق معنويه بين المجاميع المدروسه طبقا للجنس . 2 - عدم وجود فروق معنويه بين مرضى الربوالتحسسي الذين لهم تاريخ عائلي ايجابي وسلبي. بينما كانت هناك فروق معنويه بين مرضى التهاب الجيوب الانفيه التحسسي الذين لديهم تاريخ عائلي سلبي وايجابي .3 - احصائيا، كانت الفئة العمرية و(21 - 40) الاكثر شيوعا في مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي حيث بلغت نسبتها المئويه على التوالي[63، 63.6٪)، (47،68.1٪)].4 - زيادة معنوية في النسبه المئويه لاعداد الحمضات (٪) ومستوى الكلوبيولين المناعي الكلي ( T - IgE) ظمن مجموعتي الحساسية مقارنتا بمجموعه السيطره.5 - اظهرت النتائج وجود فروق معنويه بين اعداد المرضى الذين لديهم الكلوبيولين المناعي الخاص بالمحسسات ((Spesific IgE واعداد المرضى ذوي النتيجه السالبه لدى مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي . 6 - سجل محسس الصراصر اعلى نسبة محسس لدى مرضى الربوالتحسسي وتلتها مسببات الحساسية للحيوانات الاليفة وحساسية حبوب اللقاح. بينما في مجموعة التهاب الجيوب الانفيه التحسسي اعلى نسبة محسسات كانت للحيوانات الاليفة وتلتها حبوب لقاح الحشائش .7 - زيادة معنويه كبيرة في مستوى الحركيات الخلويه (IL - 13, IL - 18) عند مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي .8 - وجود علاقة ارتباط معنوية كبيرة بين النسبه المئويه لاعداد خلايا الحمضات والكلوبيولين المناعي الكلي( T - IgE) في مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي r = 0.424)، (P = 0.00 | This study is designed to shed light on the role of IL - 13, IL - 18, T - IgE, Spesific IgE for 20 Indoor and outdoor inhalant allergens in some of type - 1 allergic disease and Eosinophil cells count . The Total allergic patients have been 168, 99 asthmatic patients (43 male ), (56 female ), 69 Rhinitic patients (29 male ), (40 female) and Apparently Healthy Control AHC 40 (15 male ) , (25 female ). Their age group (5 - 60) years . The groups have been collected from the Specialized Center Of Allergy in Baghdad / AL - Resafa and during the period from October 2016toFebruary2017. Some Hematological changes have been studied, including the measurement the Hb% , total count WBC, and eosinophil cells % for all subject by using automated analyzer (Beckman Coulter Analyzer). Beside some Immunological changes were studies including (IL - 13, IL - 18 and total IgE) which have been measured for all subjects by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) . The measurement of serum specific IgE for some inhalant allergens (HDM, Pits, Cockroach, Mites, Grasses pollen, Tree pollen and Weed pollen ) allergens for all subject by using Western Immunobloting test. The Study has reached the fallowing results.1 - There are no significant differences between the studied groups according to gender.2 - There are significant differences in family history between rhinitis group and control. 3 - Statistically, the age group (21 - 40) are most frequent within allergic asthma and rhinitis are (63, 63.6%), (47,68.1%) respectively. 4 - Highly significant increase in Eosinophil count (%) and total IgE within allergic groups when compared with control. 5 - Highly significant differences between positive specific IgE inhalant allergens (positive) and negative patients in asthma and rhinitis groups. 6 - The cockroach allergen records the highest percentage in asthmatic patients fallowed by pets allergens and grasses pollen allergens. While in rhinitic group the highest percentage is for pets allergens fallowed by grasses pollen , cockroach allergen. 7 - Highly significant increase in IL - 13 and IL - 18 level in asthmatic and rhinitic patients. 8 - Highly significant correlation between eosinophil cells count (%) and total IgE In asthmatic and rhinitic patients (r = 0.424 ), (P=0.00).

العلاقة بين المشعرات المهبلية والعوامل المرضية التناسلية الاخرى بين النساء في مدينتي كركوك وتكريت == Relationship Betwee Trichomonas Vaginalis And Other Genital Infectious Agents Among Women In Kirkuk & Tikrit Cities

Author name: برهان احمد محمد علي بيباني
Supervisor name: يحيى جرجيس سلمان | ابراهيم شعبان داود
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم خلال الفترة من الخامس عشر من شهر تشرين الاول 2006 ولغاية الثلاثين من شهر حزيران 2007 اجراء دراسة عن وبائية طفيلي المشعرات المهبلية وبعض مسببات الالتهابات المهبلية الافرازية المرافقة وغير المرافقة لها بين النساء المراجعات لقسم الاستشارية النسائية والتول | An epidemiological study was carried out from 15th, October 2006 to 30th, June 2007 for prevalence of Trichomonas vaginalis parasite and some causative agents of secretary vaginal inflammations associated or non - associated with the parasite among women attending the department of Obstetrics and Gynecology in two General hospitals in Kirkuk city and Tikrit teaching hospital in Tikrit city. A total of 300 samples (200 in Kirkuk, 100 in Tikrit) were colle - cted from (15 - 47) years old women. Two swabs were taken from the vaginal (high vaginal) and the lining of uterus cervix (endocervical) for each woman by Gynecologic physician. A gross examination of the swabs was done to determine the color of vaginal secretions and measurement of pH. A wet preparation was done from the (high vaginal swab) and examined microscopically for diagnosis of Trichomonas vaginalis and Candida spp. In addition a Gram stain smear was prepared from a portion of the same swab and examined by oil - immersion for diagnosis of Neisseria gonorrhoeae and Trichomonas vaginalis. A chemical test was done for the detection of Gardnerella vaginalis bacteria & Candida spores. The swabs prepared from endocervical were treated by ACON - Chlamydia Kit specific for diagnosis of Chlamydia trachomatis in vaginal swabs samples. The study concluded the following results : 1 - The infection with various sexually transmitted diseases agents were 68% , 78% in Kirkuk & Tikrit cities respectively (P>0.05).2 - The maximum infection rate for T. vaginalis was 19.5% in Kirkuk city & 16% in Tikrit city among co - infection with other agents and single infections.3 - The percentages of single infections with T. vaginalis alone for various age groups were 16.5%, 8% in Kirkuk and Tikrit cities respectively (P>0.05).4 - The rate of infections with various vaginal micro - organisms were in the following sequence : T. vaginalis (19.5%), G. vaginalis (18.5%), C. trachomatis (14%), Candida spp. (11.5%) & N. gonorrhoeae (4.5%) in Kirkuk city, whereasin Tikrit city the sequence of infection rates were as follows : G. vaginalis (43%), T. vaginalis (16%), C. trachomatis (12%), Candida spp. (6%) & N. gonorrhoeae (1%).(P>0.05).5 - The highest rates of infections with T. vaginalis only as a single infecting agents were 21.27%, 10% among a group age range (36 - 45) years in both Kirkuk & Tikrit cities respectively (P<0.05). 6 - The maximum rate of infection with the T. vaginalis were recorded among women with yellowish vaginal secretions without itching (37%), (31.25%), whereas in those with symptoms of copious secretions onlythe corresponding figures (30.17%), (18.51%) were recorded in bothcities respectively (P<0.05). 7 - The maximum infection rate with C. trachomatis in bloody swabs were (40%), (50%) in Kirkuk & Tikrit cities respectively correlated withclinical signs & symptoms. However, maximum infection rate with G. vaginalis was recorded in women with whitish vaginal discharge (60.86%) or yellowish (53.12%) then greenish (52.94%) in Tikrit city in comparison to Kirkuk city. The maximum infection with G. vaginalis were among women with bloody secretion (40%) followed by whitish secretion (30.35%). (P<0.05). 8 - The maximum infection rate with Candida spp. were recorded in women discharge milky secretions (33.33%), (25%) in Kirkuk & Tikrit cities respectively. Infection with N. gonorrhoeae showed different color vaginal discharge (P>0.05).9 - The maximum rate of infections with T. vaginalis (27.43%), (19.69%) were recorded in women whose pH of vaginal secretion range was between (5 - 6). (P> 0.05). The high vaginal swabs have been revealed to be more efficient in diagnosis of vaginal infection with T. vaginalis than endocervical swabs. The maximum rate of infections recorded by these swabs were (22.22%), (19.73%) respectively. The infection rate of pregnant women were (48%), (22.22%) from positive cases in both cities.10 - The maximum rate of infections with T. vaginalis were recorded in women using various contraceptive, women using intrauterine contraceptive device were the highly infected (33.33%), (31.57%) in both cities. P<0.05

تقييم دور الجين في دم نساء عراقيات مصابات بسرطان الثدي == Evaluation The Rule of Mammoglobin A Gene In Blood of Iraqi Women With Breast Cancer

Author name: نانسي فيصل رشيد
Supervisor name: امنة نعمة الثويني
General topic: Biology
Specific topic: Biotechnologies
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Mammaglobin A is a member of the superfamily of secretoglobins. Its expression is highly specific for mammary tissue and has been shown to be overexpressed in breast tumor tissue, indicating that mammaglobin A might confer a growth advantage to mammaglobin A - expressing tumor cells. The present study was undertaken to develop the mammaglobin A as a serum biomarker for the early detection of breast cancer, and breast cancer patients follow up after treatments. This study had taken ten months, it involved 84 patients with age ranged 15 - 74 years who had diagnosed with either stage I to III breast cancer or benign lesions of breast at certain Iraqi hospitals and breast cancer centers, and a total number of 10 apparently healthy individuals, with comparable age range of patients as control group.Ten ml of venous blood was collected from studied groups in order to be used for measuring estrogen and progesterone levels, Reverse transcription polymerase chain reaction (RT - PCR) test for detection of their serum m - RNA mammaglobin A existence, and serum mammaglobin A levels using Enzyme - Linked ImmunoSorbent Assay (ELISA) technique. Demographic study revealed that most cases enrolled in this study were women within their reproductive age 25 - 44 years old. Distribution of patients according to age group, marital status, and lactation status showed no statistically significant association (P>0.05) with any of these variables, in all comparison.The hormonal study states that elevated levels of estrogen were observed in 52 (62%) patients, also decrease in progesterone levels were observed in 50 (59%) patients out of the 84 cases studied. This indicate a highly significant SUMMARYassociation (p < 0.01) between breast cancer risk, elevated estrogen levels, and decrease in progesterone levels. Mammaglobin A protein was detectable by ELISA in 100% of breast cancer patients (65 case), and not in any benign tumor patients (19 case) nor healthycontrol women (10 females) which indicate the highly specificity of ELISA test (P<0.01) for measuring mammaglobin A levels in patients serum. With high concentration of protein in sera of women with late stage of breastcancer compared with a low protein concentration in sera of women with early stage of breast cancer. By applying a statistical analysis on the result it was found that serum mammaglobin A ELISA test is highly significant (P<0.01) for, differentiation between patients with metastatic breast cancer and patients with early diagnosed breast cancer. In this work, SCGB2A2 gene which coded for mammaglobin A was detected in 64 out of 65 breast cancer cases, but not in the benign or healthy individuals indicating its high specificity as a marker gene (SCGB2A2) for cells derived from mammary glands. A statistical analysis was made for comparison between the three groups, E - Malignant Tumors \ Early Stage, L - Malignant Tumors \ Late Stage, and B - benign, (E, L, and B) which show that the results of molecular study of mammaglobin A detected by RT - PCR is statistically high significance (P<0.001) when used for the differentiation between E group and B group, also between L group and B group. The results showed that mammaglobin A can become an important tool for detecting primary and metastatic breast cancer, and predicting disease outcome.

دراسـة بيئيــة للافقريات القاعيـة في هور الدلمج - وسط العراق == An Ecological Study of The Benthic Invertebrates In Al Dalmage Marsh - Middle of Iraq

Author name: ميسون حسن مشجل السراي
Supervisor name: هيفاء جواد جوير
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Invertebrates
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: استهدفت الدراسة الحالية التنوع الاحيائي لمجتمع لافقريات القاع في هور الدلمج / وسط العراق فضلا عن بعض الخصائص الفيزياوية والكيمياوية لمياه الهور، اختيرت ست محطات لجمع العينات وذلك للمدة من بداية كانون الثاني وحتى كانون الاول 2013. استخدم تحليل التوافق CCA | Benthic invertebrate diversity on the Al - Dalmage marsh in the middle of Iraq, in addition to the some physical and chemical properties was the goal of the present study, for a period from January to the end of December 2013. Six stations along the eastern side of the marsh were chosen for monthly samples collection.The results showed water temperature ranged from(9 - 34.1)?C. The pH values were neutral but tends to near alkaline and ranged from (7.2 - 9).The Electrical conductivity values varied from (22735 - 2330) ?s/cm, according to the values of salinity (1.5 - 14.6) ‰ the marsh was classified as mesohaline (TDS) which showed high values ranged from (1820 - 17762) mg/L.This study showed that the marsh were well oxygenated due to the dissolved oxygen values which ranged from 7 - 12 mg/L, the study recorded values to BOD5 were ranging from (1.5 - 3)mg/L, and the marsh classified as very hard according to the total hardness values from (6980 - 825) CaCo3 mg/L. The high perecentage of organic matter in the sediment was 2.7 %. The results showed the station were characterized by sediment texture varied from silt clay sand sediment in the stations 1, 4, 5 , silt clay in St(2) and sand silt in St(3), sand clay silt in St(6).A total of 21286 individual benthic invertebrates was sorted, which represents which 78 taxonomic units, including 9 taxa. The Crustacea was the dominate group representing 29% of the total number of benthic invertebrates. It was noted that there were obvious differences in the total number of sorted individuals in which varied in each location and each month. The highest total number recorded in was st (2) was 4360 including 73 taxonomic units, while the highest total number recorded in April was 2624.The results of The relative abundance index showed that the species insects : Polypedilum sp Were more abundant in St(2 - 6), and dominant in St(6), while the Seinura sp were dominant in St(6), while the other taxonomy units varied from less abundant to rare abundant. Also the results of constancy index showed The which were considered "constant " However the other taxonomy units varied from "accessory " and" accidental" taxonomy units in study stations.The Shanon - Weiner index of totall benthic invertebrates varied from (1.2 - 3.8) bit/Ind, The uniformity index of benthic invertebrates varied from(0.7 - 1), these high values indicate that there is no ecological stress on benthic invertebrates in the study area.The Results of Jaccard Presence - community of similarity showed the highest degree of similarity to be 96% which recorded between St(1) and St(2).The values of the index of spcies richness varied from 1.3 - 15 with the greatest values recorded in April while lower values were in October.Six species of Turbellarian Platyhelminthes that were recorded, from which Stenostomum leucops, Stenostomum bryophilum, Stenostomum unicolor, Gyratrix hermaphrodites, Macrostomum sp, Dalyelliidae, which were considered as new records for Iraq, with Gyratrix hermaphrodites as the most abundant species and representing 25% of the total number of Turbellarian. It was noted that there were obvious differences in the total number of sorted individuals which varied in each location and each month, the highest total number recorded in St 3 was 400, while the highest total number recorded in November was (198).The present study result showed that three species of Nematoda were recorded incuding Seinura sp, Alaimus sp, Dorylaimus sp, Seinura sp as the most abundent species representing 84% of the total number of Nematoda. Spatially the highest total number of 590 individuals was recorded in St (4) , while temporally, the highest total number of 366 was recorded in October.One unidentified species of Gastrotricha was recorded for the first time in Iraq, 102 Ind were sorted these were considered "constant" recording to constancy index 63.8% which were sorted from all stations.A total of 2319 individuals of Rotifera was sorted, these were identified as 15 species that included Philodina sp, Rotaria citrinus, Dipleuchlanis sp, Euchlanis sp, Notholca sp, Ttriploeuchlainis sp, Colurella sp, Lepadella sp, Lecane sp, Proales sp, Cephalodela sp, Synchaeta sp, Hexarthra mira, and finally Brachionus sp which was recorded the highest number of individuals 540 individuals.A total of 1888 individual Annelida were sorted representing 12 species including nine species belonging to the family Naididae (three belong to the sub family Naidinae and six belonging to Tubificoid worms), two species belonged to Aleosomatidae including Aeolosoma hemprichi, Aeolosoma variegatum, and finaly one specie belong to Hirudinea which was Glossiphonia heteroclite, with three 3 ind in all study.The family Aleosomatidae recorded the highest percentage of 58% of the total number of Annelida.The sub family Naidinae including Paranais litoralis, Dero (Aulophorus) furcata, Stylaria lactustris.The highest frequency of 23.6% was recorded by P. litoralis.The Tubificoid worms represent six species which were Limnodrlius hoffmeisteri, Limnodrlius profundicola, L. claparedeianus, L udekemianus, Tubifex tubifex, Branchiura sowerbyi. This study also isolated 6238 individual Crustacea, these were identified as 15 species that included five species belonged to Cladocera, four order belong to copepod, which were recorded the highest percentage 30% of the total number of Crustacea, in addition to Macrobrachium nipponense from Decapoda, Sphaeroma annadalei anndalei from Isopoda, Ostracoda, Amphipoda, Conchostracha. It was noted that there was obvious differences in the total number of sorted individuals which varied in each location and each month, The highest total number recorded in st (2) was 1480, while the highest total number of 730 was recorded in April. The study finds 4297 individual insects groups, were sorted represent seven order includes larvae of Ephemeroptera, Trichoptera, Odonata, (Zygoptera, Anisoptera) Diptera (Culicidae, Chironomus sp, Polypedilum sp) Lepidoptera larvae Hemiptera (Corixidae, Nepa cinerea), and adult of Coleoptera (Dysitidae, Hydrophilidae Elmidae, Curculionidae, Coleoptera larvae), the Diptera larvae were recorded the highest percentage 55 % of the total number of insects groups, and Nepa cinerea was considered as new records for Iraq.This study showed two class from Mollusca, 1956 Ind were sorted, including Gastropoda and Pelecyopoda.The Gastropoda which were recorded the highest percentage 94% of the total number of Mollusca, these were identified to physa acuta, Lymnaea sp, Melonoides tuberculata, Melnopsis nodosa, Theodoxus sp, physa acuta which was the greatest percentage 41% of the total number of gastropoda. pelecyopoda which were including Pseudodontopsis euphraticus, Tigridis Unio, Corbicula fluminea, Corbicula fluminali

دراسة تصنيفية حياتية مقارنة لانواع من الجنس Euphorbia L. (Euphorbiaceae) في العراق == A Comparative Biosystematic Study of Some Species of The Genus Euphorbia L. (Euphorbiaceae) In Iraq

Author name: ازهار طاهر صليبي
Supervisor name: عذية ناهي سلمان المشهداني
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تناول البحث الحالي دراسة تصنيفية مقارنة لثلاث وعشرين مرتبة تصنيفية تعود جميعها للجنس Euphorbia L. من العائلةEuphorbiaceae النامية في العراق، تضمنت الجوانب المظهرية العامة والدقيقة ودراسة حبوب اللقاح والمركبات الكيميائية والبيئة والتوزيع الجغرافي فضلا عن ا | The current research deal with twenty - three taxa belong to the genus Euphorbia L., Family Euphorbiaceae grown in Iraq. The study included the gross general morphological and micromorphological characters, the Pollen grains also studied and the chemical compounds, Ecological and geographical distribution and taxonomic treatment have done.Also botanical key was putted to separate the species. General survey for the Phytogeographical districts where the taxa spread in, and the result was a large crowds of samples, and new locations of taxa distribution were recorded. The specimens studied, and correct the mistake naming, specimens were identified and reidentified some miss identified specimens in the Iraqi herbaria. A comparative morphological study was undertaken to all plants parts of taxa appeared from habit and duration of taxa to the quantitative and qualitative attributes the members of the vegetative and floral parts included the roots, stems, leaves, stipules, flowering parts and fruiting parts and drew charts diagrams, tables and accompanying with natural images for different morphological characteristics, as well as the field images. This study showed that all species was herbs, shrubs and succulent and semisucculent annual and perinnal, the major taxonomic importance was for flowering parts includeing the specific Inflorescence, installation of a cupped and its regularity on the branches of the plant, glands forms, numbers, presence or lack of appendages, bractes and bracteoles shapes, dimensions and color fruits shape, indumentum and seeds forms, dimension and her surface sculpturing; and the presence or lack of caruncle, as well as the qualities of roots, stems and leaves, and the morphological characteristics of all plant parts mentioned above have a taxonomic importance in identification and separation of the studied taxa. The study of the micromorphological characters of hairs, leaves epidermal cells and the stomatal complex which included anomocytic, paracytic, anisocytic and tetracytic, have a taxonomic importance of supporting the morphological characters in separation and identification of the genus taxa.The pollen grains have a taxonomic importance because their different in shape, dimensions of polar and equatorial view, the wall thickness and their ornamentation. They are mostly of Tricolporate except two species were Hexacolporate, also the differences in their shape in the polar and equatorial view.They were spheroidal, ovoid and oblate - spheroidal in the polar view and oblate, spheroidal, subprolate and oblate - spheroidal in the equatorial view.The ornomentation they were reticulate, microreticulate and foveoate.The chemical study also importance in separation of the genus taxa four compounds Flavonoids diagnosed in all the studing species but different in concentrations, by using HPLC, they are Myriscetin, Quercetin, Kaempferol and Coumarin esculetin and this confirms that there are a common evolutionary link between the species in terms of their chemical properties, which suggests belonging species to the genus Euphorbia.Through field surveys and information installed on the herbarium samples, the taxa where distributed on their growth areas, and maps have been drawn for taxa distribution in the Iraqi natural geographical districts. the species of Euphorbia were distributed in all Iraqi districts especially in LCA, MSU, MRO, and DWD and some species were farmed in gardens and nurseries either to the beauty of their bractes colors or because their acceleration to the environmental changes such as succulent species, As well as wild species were spread in mountainous areas, oak, nuts forests, in orchards, cultivated fields, flat plains and desert areas in loam soils, clay, gravel, and sand. Through this study some new taxa where founded in Iraq and they are E. cyparissias Kunth ; E. maculata L. ; E. serpens L. ; E. tirucalli L., and this study suggests to recorded them for the first time in Iraq.
1 ... 50 51 52 53 54 ... 101