عرض: 25 50 75 100 النتائج

نتائج البحث: 25 من أصل 1,882

التحديد الجزيئي لجين مقاومة مضاد الفنكومايسين في انواع جنس الانتيروكوكس والعنقوديات الذهبية == Molecular Detection of Vancomycin Resistance Gene in Enterococcus Spp. and Staphylococcus aureus

اسم المؤلف: هادي حسين عباس القريشي
اسم المشرف: انتصار ناظم خلخال | زهير نعمان حمد العاني
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تشكل البكتريا التابعة لجنس Enterococcus جزءا مهما من النبيت الطبيعي للقناة الهضميه ،تجويف الفم والمهبل ، وقد برزت في الوقت الحاضر كممرضات مكتسبة من المستشفيات ،وعدت E.faecalis & E.faeciumالانواع العوامل الرئيسه لاصابات المستشفى الحادة ضمن جنسEnterococcus ذات الصلة بالالتهابات الخطرة ويحدث فشل علاج هذه الالتهابات بسبب المقاومة الداخلية (المتاصلة) والاخرى المنتقلة للادوية والعقارات المستخدمة .لذا فقد صممت الدراسة الحالية للكشف عن حركة وانتقال جينات المقاومة ضمن الانواع التابعة لجنس Enterococcus وS.aureus كمكورات موجبة لصبغة غرام(Gram positive) مسببة لاصابات المستشفيات.امكن تقسيم هذه الدراسة الى جزئين رئيسين : الاول : الجانب البكتريولوجي : جمعت (705) عينة ادرار من مصابين بالتهابات المسالك البولية(UTI) من ثلاثة مستشفيات(الكندي التعليمي،ابن البلدي والشهيد الصدر) في مدينة بغداد خلال اربعة اشهر للفترة من(شباط - ايار2014). وقد بينت النتائج ان (105) عزلة منها تعود للجنس Enterococcus.كما تم الحصول على (299) عزلة لبكتريا S.aureus من مجموع (413 )مسحة جروح وحروق .شملت الدراسة مرضى من كافة الفئات العمرية ومن كلا الجنسين.شخصت العزلات العائدة لجنس Enterococcus باجراء اختبارات تمهيدية من خلال زرع العزلات على اوساط تفريقية (Azide blood agar) وملونة (chromo agar UTI orientation ) واخرى محورة(modified media) .كما اجريت اختبارات تاكيدية لتشخيص العزلات الى مستوى النوع وهي : vetik 2 system فضلا عن استخدام بوادئ متخصصة لجينات(primers) ddl للنوعين E.faecalis E.faecium and .لذا امكن تمييز(55)عزلة تعود للنوع E.faecalis(% 7.8) و(50)عزلةشخصت كونها تعود للنوع E.faecium(% 7.1).اما عزلات S.aureus فقد زرعت على وسط اكار المانيتول الملحي (mannitole salt agar)كاختبار تمهيدي لتشخيص العزلات بانها تعود للنوع aureus، ولتاكيد التشخيص فقد تم تنمية العزلات على اوساط اختيارية عالية الدقة والخصوصية شملت(chromoagar S. aureus and chromoagar MRSA) اذ تعتمد نتيجة التشخيص هنا على طبيعة التفاعل الملون بين انزيمات الكائن المجهري المراد التحري عنه وبعض المتفاعلات (reagents) على مثل هكذا اوساط زرعية فضلا عن استخدام (femA gene) البادئ المتخصص بهذا الجين، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات(299) كانت تعود للنوع ستاف اوريس (162) من عزلات الحروق و(137) من عزلات الجروح.كما اظهرت النتائج ان (135) عزله (100%) كانت مقاومة للمثيسيلين (82) من عزلات الحروق اي مايعادل(60.7%) و(53) من عزلات الجروح اي مانسبته (39.3%).تم التحري عن حساسية جميع عزلاتE.faecium and E.faecalis تجاه المضاد الحيوي فانكومايسين بطريقة Disc diffusion method فضلا عن تحديد التركيز المثبط الادنى (MIC) وقد بينت النتائج ان (20) عزلة من النوع E.faecalis و(20) اخرى من النوع E.faecium كانت بين مقاومة ومتوسطة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وقد تم تاكيد النتائج بعد زرع هذه العزلات على الوسط الخاص ببكتريا Enterococcus المقاومة لمضاد الفانكومايسن ((VRE medium،اذ ظهرت المستعمرات بلون وردي مقارنة بالعزلات الحساسة لهذا المضاد والتي تظهر مستعمراتها بلون ازرق .واظهرت (13) عزلة لبكيريا ستاف اوريس مقاومة واضحة تجاه مضاد الفانكومايسين وحددت قيم (MIC) . عزلت بلازميدات المقاومة للفانكومايسين من عزلاتEnterococcusوS. aureusالمقاومة لهذا المضاد بطريقة (plasmid profile) method plasmid extraction وبينت النتائج ان جميع هذه العزلات تحتوي بلازميدات مختلفة الحجام من حيث عدد ازواج القواعد النتروجينية ( Kbp ). ثانيا : الجانب الجزيئي : شخصت عزلاتE.faecalis and E.faecium باستخدام بوادئ متخصصة للجين (ddl) لكلا النوعين كذلك بادئ متخصص للجين fem A لعزلات S. aureus كما استخدمت بوادئ متخصصة للجينات (VanS,R,A and B) ل(40) عزلة لكلا نوعي جنسEnterococcus المقاومة للفانكومايسين واستخدمت نفس البوادئ مع ( 13 ) عزلة S. aureus كانت مقاومة لهذا المضاد . ولتحديد تعاقبات جينات( van R,S and A) للعزلات قيد الدراسة فقد ارسلت نواتج عمليةPCR الى(NCBI) في الولايات المتحدة الامريكة، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات التابعة للنوعين(E.faecalis and E. faecium) كانت تمتلك جينات (Van R,S,and A) المسؤولة عن صفة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وكانت حجوم هذه الجينات1094,733 bp)،650) بالتعاقب ،ولم يتم الكشف عن الجين B في عزلات Enterococcus لكلا النوعين. امكن استنتاج النقاط الاتية من الدراسة الحالية : 1 - اكتسبت عزلات S. aureusالمقاومة نوعA تجاه مضاد الفانكومايسين ، كما ظهر انها تمتلك جينات Van S and R.2 - كانت المقاومة للفانكومايسن في جميع العزلات قيد الدراسة والمقاومة للفانكومايسين هي صفة بلازميدية بسبب فقدانها بعد عمل Curing .3 - اظهرت عملية اجراء التعاقبات للجينات Van S,R and A لعزلات Enterococcusاظهرت تطابقا بم يقارب (99%) مع الجين المرجع من جهة ومع بعضها الاخر من جهة اخرى.4 - بينت تعاقبات جيناتS. aureus (99%) تطابقا مع مثيلاتها في عزلات Enterococcus.5 - كان مصدر المقاومة لمضاد الفانكومايسين هو من عزلات Enterococcusومنها انتقلت صفة المقاومة لعزلات S. aureu | Enterococci form a part of the normal flora of the intestinal tract, oral cavity and the vagina. In recent time; they have become emerged as a nosocomial pathogens. Among Enterococcus genus; Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis are the main causative agents for serious relevant nosocomial infections. The therapeutic failure of enterococcal infections are mainly due to the intrinsic as well as transferable drug resistance,so the current study have been performed to detect the movement or transfer of resistance genes among Enterococcus sp.and Staphylococcus aureus (S.aureus) as a nosocomial Gram - positive cocci. This study could be divided into two aspect : I : Bacteriological aspect : During the period from February / 2014 to May / 2014, one hundred and five enterococcal isolates were isolated from a total of (705) urine samples collected from patients with urinary tract infections (UTI) who attended to three hospitals ( Al - Kindy teaching hospital, Ibn - Al - Balady and Al - Shaheed - Al - Sader ) at Baghdad city .Also 299 isolates of S. aureus were obtained from 413 wound and burn swabs . Patients included in this study were from all age groups and of both genders .The Enterococcus isolates were diagnosed by using the preliminary tests (azide blood agar,chromogenic that included chromoagar UTI orientation , VRE chromagar and modified media). As well as confirmative tests have been conducted for identification of Enterococcus to species level; these tests included vitek 2 System and ddl E.faecalis and ddl E.faecium gene primers ,therefore (55)7.8% isolates were identified as; E.faecalis while (50) 7.1% isolates were detected as E.faecium from 705 urine sample .S.aureus have been diagnosed by preliminary test by culturing the suspected isolates on mannitol salt agar then confirmative test were carried out ; by employing high specialized and accurate chromogenic S. aureus media ( chromagar S. aureus ) , also some of S. aureus isolated identified by vitek 2 system, and other isolates identified by house keeping gene primer special to S. aureus (Fem A gene) ,the results have been shown that;(299)isolates were identified as S. aureus from 413sample was included 232 burn and 181 wound samples . Also from 299 of S. aureus that included 162 isolates from burn and 137 isolates from wound, 135(100%) isolates was methicillin resistance after inoculcated on chromagar MRSA was included 82(60.7%) burn isolates and 53(39.3%) wound isolates. E. faecalis and E. faecium isolates were screened for their antibiotic resistance against vancomycin by disc diffusion test (Kirby - Bauer) method and determination MIC,the results have revealed that (20) isolates of E. faecium and (20) isolates of E.faecium were between resistant and intermediate resistance to vancomycin antibiotic and these results were ensured by culturing of VRE isolates on VRE medium and the colonies showed pink color compared with vancomycin sensitive isolates which appeared blue. As well as the results were showed that (13) isolates of S. aureus were resistant to vancomycin when tested for vancomycin sensitivity and MIC value. Plasmid have been extracted and isolated from those (40) isolates of E.faecalis , E.faecium and 13(8.5%) isolates of S. aureus that were resistant to vancomycin included 8 ( 4.9%)isolates from burn and 5(3.6%) isolates from wound . the results have been showed that all of VRE and S. aureus were contained plasmids with multiple size of Kbp.II; Molecular aspect : E.faecalis and E.faecium have been identified by using the ddl gene primers of both E.faecalis and E.faecium , as well as fem A gene primer of S. aureus . Van S,R, Aand B primer genes special to 40 isolates of Enterococcus that resistant to vancomycin were detected by MIC determination,as well as we used the same primers genes that special to Enterococcus to S. aureus which were resistant to vancomycin and the PCR product were sequencing to comprised each of Van S,R,and A genes in both of bacterial species shown that the results were ,all isolates of E.faecium and E. faecalis should have Van R/S and A genes which were responsible for vancomycin resistance and the size of these genes 650 bp,1094bp and 733bp respectively, no van B gene resistance had been detected among all isolates of Enterococcus of both species . and the conclusion from this study was : - S. aureus gained resistance toward antibiotic vancomycin type A, S. aureus was also harboring van R and VanS genes . - Vancomycin resistance in all isolates of Enterococcus and S. aureus. was a plasmid born character since it has been lost and upon curing of the plasmid - Sequencing of Van R,S and A genes in Enterococcus have shown 99% of alignment with reference gene on one hand with each other on other hand - Sequencing of resistance genes in S. aureus have show 99% alignment with those of Enterococcus . - Members of genus Enterococcus are the source of Vancomycin resistance and from which it transfer to S. aureus. - Vancomycin resistance is a plasmid born characters since it was lostduring curing process using acridine orange.

التحري عن بعض الجينات المسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي لبكتريا Staphylococcus epidermidis المعزولة من عينات سريريه مختلفة == Investigation of some genes responsible for Biofilm Formation in Staphylococcus epidermidis Isolated From clinical samples

اسم المؤلف: نهاد خلاوي تكتوك
اسم المشرف: رجوة حسن عيسى الربيعي | سوزان سعدي حسين
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: المكورات البشرويه (Staphylococcus.epidermidis) احدى اهم انواع المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز والتي تعتبر الممرض الرئيسي المصاحب للاصابات . تم جمع 645 عينه سريريه اخذت من مصادر مختلفه تضمنت عينات الدم , عينات ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الجلد والانف من كادر المستشفى,وقد تم زرع وعزل وتحديد العزلات النقيه من مختلف الاجناس البكتيريه وكالتالي : بكتريا الـ pseudomonas .spp. احتلت المركز الاول وبنسبة 19.9% تتبعها مجموعة الـمكورات السالبه لفحص الكواكيوليز 17% تضمنتها : , S.Lentus, S. saprophyticus , S. epidermidis ) S. haemolyticus وS.hominis)وبنسبة ( 68.5 , 13.7, 6.85 , 6.85 و4.1) %على التوالي, تتبعها كلا الـ S. aureus وE. coli وبنسبه (4 16. %)ثم (%16) Klebsiella sp. وProteus (12.9%) ثم بكتريا الـ Serratia marcescens (%1.4) عزله من عينات الدراسه. كل عزلات بكتريا المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز كانت موجبه لصبغة كرام , منتجة صبغه بيضاء عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي انتجت صبغه صفراء وقد اضهرت كل العزلات نتائج سالبة لفحوصات : الاوكسيديز والكواكيوليز لكنها منتجه لانزيم الكتيليز والتي من خلالة تفرق المكورات عن المسبحيات , اضافه لذلك كانت النتائج ايجابيه في اختزال النترات الى نتريت ومقاومه لمضاد الفانكومايسين عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي كانت مقاومه للمضاد, وقد عرفت كل العزلات بواسطة نظام الـ API staph ونظام الفايتك خلال 6 ساعات. ان كل عزلات المكورات البشرويه كانت غير مخمرة لسكر الزايلوز والسوربيتول والمليببوز بينما مخمرة لسكر الكلوكوز , الفركتوز , السكروز , المالتوز , اللاكتوز والمانوز اضافه الى انتاجها لليوريز , اللايبيز لكنها سالبه لفخصي الدنيز واللسيذنيز. وقد احتلت عينات الدم المرتبة الاولى في عزلات المكورات البشروية وبنسبة 60% يتبعها عينات ادرار القسطرة بالمرتبة الثانيه20%. اغلب المكورات البشرويه عزلت من الذكور 58% مقارنه بالاناث 42% وقد كانت الفئه العمريه الثالثه ( 46 - 65 ) سنه اكثر انتشارا للمكورات البشرويه تتبعها الفئه العمريه الرابعه (>65)وبنسبة 32% وايضا فان نسبة عزل البكتريا من مجاميع الدراسة ( 50, 25 ,15 ,10) على التوالي من عينات ( الدم,ادرارالقسطرة, مسحات الجروح والحروق بالاضافة الى مسحات الجلد والانف من كادرالمستشفى )على التوالي واكثرها في الذكور عدا الفئة العمرية الثالثة حيث كانت النسبة في الاناث 65% عما عليه في الذكور 35% اما انتاجية البكتريا للغشاء الحيوي مظهريا فقد تبين ان 16 % من العزلات كانت منتجة للغشاء الحيوي على وسط الكونكو الاحمر بالرغم من اختلاف المستويات الانتاجية حيث كانت انتاجيتها قوية للغشاء الحيوي (الكونكو الاحمر, الكونكو الاحمر المحور, الكونكو الاحمر المحور الجديد) وبنسبة (2,4,6) % على التوالي بينما كانت متوسطة (4,10,10) % وضعيفة (84,86,94) % على التوالي لهذه الاوساط الثلاثة . وقد بينت نتائج هذه الدراسة عدم وجود فروقات بين هذه الاوساط الثلاثة حيث كانت الانتاجية قوية للغشاءالحيوي على وسط الكونكو الاحمر6% مقارنة بــ (2,4) % على وسطي الكونكو الاحمر المحور والجديد على التوالي بينما كانت متوسطة الانتاجية وبنسبة 10% للكونكو الاحمر و4% لكلا الوسطيين للكونكو الاحمر المحور والجديد . ان انتاجية الغشاء الحيوي المشخصة بالطرق المظهرية الثلاث كانت 60% ايجابية بطريقة الاطباق الماكروية بينما (16,38) % على التوالي لكلا الطريقتين (الانابيب ووسط الكونكو الاحمر) وبنفس الوقت كانت (40,62,84) % على التوالي سالبة للطرق المظهرية الثلاث . فيما بينت المقارنةالمظهرية بين الطرق الثلاث وجود ارتباط قليل بين طريقتي الكونكو الاحمر والاطباق المايكرويه وان انتاجية الغشاء الحيوي قويه وبنسبة18% بطريقة الاطباق المايكرويه مقارنة بطريقتي الانابيب والكونكو الاحمر وبنسبة ( 12, 16) % على التوالي, كذلك منتجه للغشاء الحيوي ( 33.3,83.3,54.5,60) % على التوالي للعزلات المعزوله من عينات الدم ,ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الانف والجلد من كادر المستشفى وغير منتجه للغشاء ( 40, 16.7,45.5 ,66.7)% على التوالي من مجاميع عينات الدراسه. بالاضافه لذلك فان ( 44)% من عزلات المكورات البشرويه كانت منتجه لجيني الـ PIA بينما)56%) غير منتجه , و10,8 عزله من 30 عزله من البكتريا المعزوله من الدم كانت موجبه لكلا الجينين ICaA وICaD وقد كانت العزلات المنتجه للغشاء الحيوي وجيني الـ PIA بنسبة 77.3 % ( 17 عزله) كانت موجبة للجينين بينما سالبه لانتاجية الغشاء الحيوي والجينين وبنسبة 53.6% . وقد بينت نتائج الدراسة ان 17% من العزلات تحوي الجينين ومنتجه للغشاء الحيوي و16 عزله كانت منتجه للغشاء الحيوي لكنها فاقدة للجينين كذلك 53.6% من العزلات غير منتجه للغشاء الحيوي وفاقده للجينين بالاضافه الى انتشار الجينين (44 , 38)% على التوالي حيث ظهر ان وجود الجين (Ica A) بالبكتريا المعزوله من الدم 33.3% اعلى مما هو عليه من عينات ادرار القسطرة 45.4% يتبعه الجين IcaD بعزلات عينات زرع الدم 26.7% مما هو عليه في عينات قسطرة الادرار 36.3% . وقد اثبتت الدراسه في نتائجها ان كل عزلات المكورات البشرويه المنتجه للغشاء الحيوي لا ترتبط معنويا بوجود جينات الـ PIA ولا علاقه بين وجود الجين IcaD وانتاجيه الغشاء الحيوي , كذلك ظهرت سبعة عزلات منتجه للغشاء الحيوي وحاويه على الجينين (IcaA وIcaD) بطريقة وسط الكونكوالاحمر بينما 15 , 17 عزله كانت ايجابيه للجينين ومنتجه للغشاء الحيوي بطريقة الاطباق المايكرويه , اضافه لذلك فقد وجد ان التلازن الدموي للمكورات البشرويه تلعب دوررائيسيا بالتصاق هذه البكتريا على الاطباق المايكرويه. وقد ظهر من خلال الدراسه وجود علاقه بين كميه الغشاء الحيوي والتلازن الدموي بالاضافه الى ان 13 و18 عزله من 30 عزله كانت على علاقه بالتلازن الدموي ( الفحص العيني والمجهري ) وتكوين الغشاء الحيوي , ووجد ان متوسط الوزن الجاف للغشاء الحيوي المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من عينات الدم كانت 2.7 ملغم لـ 6 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص العيني بينما 8 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص المجهري لكن ظهرت بالدراسه( 5 ,6 و2 ,3 )عزلات موجبه عينيا ومجهريا للتلازن الدموي على التوالي مع معدل الوزن الجاف للغشاء الحيوي لها 2.8 ملغم المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من ادرار القسطره ومسحات الجروح والحروق على التوالي بينما عزله واحده فقط من مسحات الانف والجلد لكادر المستشفى كانت ايجابيه لفحص التلازن الدموي مجهريا لكنها سالبه عينيا وبمعدل وزن 2.7 ملغم للغشاء الحيوي , هذه النتائج تؤكد عدم وجود علاقه ارتباطيه بين كميه الغشاء الحيوي المتكون وقابليه تكوينه لكنها تزداد بزيادة عمر الغشاء الحيوي . اما في تفاعل بروتينات مصول المرضى الذين يعانون من التهابات المكورات البشرويه مع المستضدات المكورات البشرويه (خلايا باكملها) فقد كانت النتايج ايجابيه وعلى النحو التالي : ستة من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار 1 : 2، 1 : 4، 1 : 32 و1 : 128 من امصال المرضى , في حين 5، 9، 11 من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار (1 : 16، 1 : 64، 1 : 256) على التوالي,كما اعطى تاثير تركيز بروتين (5.032) ميكروغرام / مل في المصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه القادرة على تشكيل الغشاء الحيوي تثييطا عاليا وبنسبة 90٪ بينما كان التثبيط 30% في تركيز بروتين المصل (1.394) ميكروغرام / مل.وقد ظهرت نتائج الدراسة مستوى طبيبعي لكل من الاجسام المناعية M وA (90.23±44.23, , 124.4±41.20) و(220.8±90.209, 200.10±79.004) mg/dI على التوالي ولكن سجلت زيادة ملحوظه في المستوي الاجسام المناعيه G (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg/dl على التوالي في مصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي، وقد كانت مستويات طبيعية للمتمم C3وبنسبة (120±36.5, 120±36.49) mg/dl على التوالي في مصل المرضى الذين يعانون من اصابات البكنريا المنتجه وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي ، بينما مستويات مرتفعة من المكمل C4() (41.9 ± 1.9 1.8 ± 42) mg/dl على التوالي لكلا المجموعتين (المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي)، وفي نفس الوقت كان هناك فرقا معنويا بمستويات الانترلوكبن 6 في المصل طبيعية وبتركيز (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml على التوالي في الامصال من المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (15.88±6.8) pg/ml (P< 0.001) ، في حين ظهر فرق معنوي في مستويات الانترلوكبن 8 في المصل (38±9.52,37±7.13) pg/ml على التوالي في مصل المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001). | Staphylococcus.epidermidis is one of coagulase negative staphylococci (CONS) are now well established as major nosocomial pathogens associated with infections of indwelling medical devices. A total of 645 clinical samples, taken from different sources include blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs and swabs of skin and nasal hospital staff, these sample had been cultured then isolated and identified pure isolates of different genus of bacteria, results show 85 (19.9%) were Pseudomonas spp isolates, 73 (17%) belong to Coagulase Negative Staphylococci (CONS) (S. epidermidis ,S. saprophyticus , S.Lentus , S. haemolyticus and S.hominis constituted 68.5%, 13.7%, 6.85%, 6.85%, and 4.1% Respectively), followed by both S. aureus and E. coli (n = 70 ,16.4%), followed by Klebsiella sp. (n = 68 , 16%), Proteus sp. (n = 55 ,12.9%), Serratia marcescens (n = 6 , 1.4%) isolated from study clinical samples. Most predominant pathogen was Pseudomonas spp (n = 85 ,19.9%), Also, the second most important microorganism which isolated were Coagulase negative Staphylococci (n = 73 , 17%) ,Staphylococcus epidermidis was mainly isolated from study patients group (68.5%) All isolates of CONS species are positive gram stain , produce white pigment except S.saprophyticus which produced yellow pigment, and all isolates gave negative result of oxidase test , coagulase and catalase test was performed for all the isolates and all of them produced catalase enzyme that differentiates Staphylococcus from the genus Streptococcus , so Staphylococcus spp. reduce nitrate to nitrite , and all isolates were identified by using epi staph and VITEK - 2 system within 6 h., CONS are novobiocin resistance except S.saprophyticus. staph.epidermidis isolated were none fermented xylose , sorbitol , melibiose while fermented many sugar as positive results for glucose, fructose, sucrose , maltose, lactose and mannose, in addition to produce urease, lipase and alkaline phosphatase while it cannot produce DNase and lecithinase. Blood samples occupied the first place in isolation S.epidermidis from it a percentage of 60%, followed by catheter urine in the second place 22% . Most of the Staphylococcus epidermidis was isolated from male patients (58 %) compare to female (42%), prevalence of Staphylococcus epidermidis with age were peaked in the third group (46 - 65) years, followed (32%) in fourth age group (> 65) so the most bacterial isolated from four study group (blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs , as well as swabs of skin and nasal hospital staff) were (50, 25, 15, 10) % respectively, there was male preponderance in all years age group, excepted in third group, the proportion of females (65%) appeared higher than it is in males (35%). Results of phenotype were shown 16 % of the isolates were biofilm producers with Congo red agar method (CRA), although production level varied. In the biofilm positive S. epidermidis strains on CRA , modified CRA and new modified CRA were 6, 4, 2 ,% respectively of isolates were strong producers, while 10 ,10 ,4% and 84, 86 , 94 % respectively were moderate and weak . In this study results show no differences between CRA and modified CRA and new modified CRA strong biofilm formation was 6% in CRA compare to (4, 2) % to modified CRA and new modified CRA respectively; also moderate produced biofilm was 10% in CRA and modified CRA with 4% in new modified CRA, slime producing which detected by three phenotyping methods 60% of bacterial isolate were positive biofilm produced by microtiter plate , while ( 38, 16%) respectively were positive for both tube and CRA methods, in the same time table 3.10 showed negative result as ( 84 , 62 , 40%) respectively for CRA, tube and microtiter plate method. When compare three phenotype methods congo red agar method showed little correlation with TCP(MTP ) assay and high biofilm formation in TCP 18% compare to both methods ( tube and Congo red agar) as 12 , 16 % respectively, S. epidermidis isolates, which gained from blood , urine catheters, wound and burn swab as well as from swab of skin and nasal hospital staff by (60 , 54.5 , 83.3,33.3) % respectively of the isolates produced biofilm phenotypically while (24, 10, 2,4)% respectively no biofilm phenotypically. Twenty two (44) % of S. epidermidis has PIA gens while 28(56)% negatively for PIA gens, so 10, 8 of 30 S. epidermidis which isolated from blood culture were found to be positive for both IcaA and IcaD , most positive both PIA gene (Ica A, Ica D) and biofilm produced were 17 (77.3%) while negative for both of them and negative biofilm were 15(53.6%)Whilst 5(22.7%) were positive for PIA gene and negative for phenotype (biofilm produce). So prevalence of IcaA, IcaD genes were 44%, 38% respectively , the results indicated that the IcaA gene had the highest rate in blood culture (33.3 %) and catheter urine specimen (45.4%) followed by IcaD gene which was detected in 26.7 % of blood culture while 36.3% of catheter urine specimen. All S. epidermidis slime positive isolates did not reveal any correlation between both PIA genes (icaA and icaD); nonetheless, a correlation was noticed between icaD alone and slime layer production, also seven isolates were potential biofilm producers and positive for both ica genes (A and D) whilst 15, 12 isolate of S.epidermidis were positive for both PIA genes (Ica A and Ica D) and produced biofilm by tube method while 17, 15 strain were positive to both IcaA and IcaD by Mtp methods. So results of this study indicated that presence of PIA genes did not always correlate with biofilm production and hemagglutinin of S.epidermidis may play a major role in the adherence of this organism to microtiter plate. Thus, the hemagglutinin of S.epidermidis may be a virulence factor in the pathogenesis of infection, However, no statistically significant differences were found between the amounts of biofilm formed among the isolates, so founded a good correlation between amount of biofilm formed and the haemagglutination, as well as 13, 18 of the 30 isolate, were the relationship between positive both (Macroscopically and microscopically) hemagglutination assay respectively and biofilm formation So Mean of Dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from blood was equal to 2.7 mg, and 6 out of 18 isolates have positive macroscopically hemaglutination assay and 8 isolates have positive microscopically hemaglutination assay ,whilst ( 5, 6 and 2,3) isolates have positive macroscopically and microscopically hemaglutination assay respectively with 2.8 mg were the mean of dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from both catheter urine and wound and burn swabs while only one isolate isolated from swab of skin and nasal hospital staff has positive microscopically hemaglutination assay but negative macroscopically with mean of dry weights biofilm were equal to 2.7 mg, these results indicate no relationship was founded between the amount of biofilm formed and form of biofilm but increasing when increased age of biofilm. Sera from patients with S. epidermidis infections showed reactivity with S. epidermidis antigens (whole cells ) as : six of S. epidermidis antigens agglutinated in titer 1 : 2 , 1 : 4 , 1 : 32 and 1 : 128 of patients sera ( antibodies ) while 5, 9 , 11 of S. epidermidis antigens agglutinated in the patients sera in titer ( 1 : 16 , 1 : 64 , 1 : 256) respectively . Also concentration of sera protein (5.032) µg/ ml gave 90% inhibition but concentration of sera protein (1.394) µg/ ml gave 30% inhibition ,and normal level both for immunoglobulin M and A (90.23±44.23, 124.4±41.20 and 220.8±90.209, 200.10±79.004) mg / dl respectively(p>0.001), but IgG increased level is highly elevated (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg / dl respectively(p< 0.001) in sera of patients with produced and non - produced biofilm, and normal levels of (C3) (120±36.5, 120±36.49) mg/dl respectively (P> 0.001), in sera of patients with produced biofilm compare to non - produced biofilm whilst elevated levels of (C4) (41.9±14.09, 42±14.28) mg/dl respectively (p>0.001)to each two groups (produced and non - produced biofilm), so level of cytokines (IL - 6, IL - 8) appear variations between patients and controls, levels of IL - 6 (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control (15.88±6.8) pg/ml(P< 0.001), while serum level of IL - 8 (38±9.52,37±7.13) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control(20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001

دراسة الاسهال المصاحب للمضادات الحيوية والتهاب القولون والمتسبب بجرثومة Clostridium difficile واستخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي في الوقاية والعلاج == Study of Antibiotic - Associated Diarrhea and Colitis caused by Clostridium difficile , and using Saccharomyces boulardii as a probiotic for the prevention and treatment

اسم المؤلف: لمى يوسف مهدي
اسم المشرف: منى تركي موسى الموسوي | سعد صباح فخري
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
الجامعة: جامعة بغداد
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: شملت الدراسة 525 عينة براز لمرضى عراقيين مصابين بالاسهال والتهاب القولون المصاحبين للمضادات الحيوية من الراقدين في مستشفيات بغداد الذين كانوا تحت العلاج بالمضادات الحيوية واسعة الطيف ، فضلا عن اصحاء ظاهريا من اطفال(بعمر شهر فاقل الى 15 سنة) وبالغين(بعمر 16 سنة الى 61 سنة فاكثر) ، خلال الفترة من الاول من حزيران 2013 حتى نهاية ابريل 2014 . استبعدت 95 عينة اظهرت نتيجة موجبة للطفيليات والفطريات تجنبا لحدوث تداخلات في نتائج الدراسة . تم التحري عن بكتريا المطثية العسيرة Clostridium difficile (C.difficile)وذلك بعزلها وتشخيصها باستخدام وسط انتقائي، واجريت اختبارات مجهرية وكيموحيوية باستخدام نظامAPI 20 A system , كما فحصت حساسية العزلات للمضادات الحيوية. والكشف عن وجود السموم (ا وب( باستخدام تقنيةELISA وكشف جيناتهماtcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .واظهرت النتائج عزل وتشخيص75 (%17.44) عزلة من C.difficile من مجموع 430 عينة ، شملت 51 (21.3٪) عزلة من مجموع 240 عينة اطفال مرضى و12(15٪( عزلة من مجموع 80 عينة اطفال اصحاء ظاهريا ، اما من البالغين المرضى والاصحاء ظاهريا فكانت 11(15.7٪( عزلة من مجموع 70 و1(52.٪) عزلة من مجموع 40 على التوالي. اظهرت العزلات مقاومة عالية لكل من المضادات الحيوية ,Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ciprofloxacin, Erythromycin, وAmpicillin ، وحساسية عالية لكل من Vancomycin وMetronidazol (100و 96(% على التوالي، مع حساسية جيدة للـ chloramphenicol.واظهرت جميع العينات الموجبة وجود سموم ( ا وب( باستخدام تقنية ELISA ، كما اظهرت جميع العزلات الموجبة احتواءها الجينات tcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .هدفت الدراسة ايضا استخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي خارج وداخل الجسم الحي للوقاية والعلاج من الاسهال والتـهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية والمستحث تجريبيا في فئران اصيبت بـC.difficile ، ومقارنة هذا التاثير مع التاثير العلاجي بالمضادات الحيوية. واظهرت النتائج كفاءة المعزز الحيوي في تثبيط نمو البكتريا خارج الجسم الحي والتقليل من التاثيرات النسيجية المرضية المصاحبة للاصابة بـ C.difficile من خلال الية التثبيط التنافسي داخل الجسم الحي .يستنتج من هذه الدراسة ان لخميرة S.boulardii تاثيرا ايجابيا لمنع وعلاج الاصابة بـ C.difficile من خلال احداث التوازن الميكروبي وتقليل او منع التاثيرات النسيجية المرضية الضارة للقولون ، وان هذا التاثير يكون احسن واكثر ايجابية في حالة الاستخدام المبكر والمستمر لهذه الخميرة , كما اثبتت الدراسة سلامة استخدام الخميرة كمعزز حيوي ، ومما تقدم اعلاه نوصي باستخدامها للوقاية والعلاج من الاسهال والتهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية . | A total of 525 stool samples were collected from patients with clinical symptoms of diarrhea and colitis with a history of antibiotics treatment from some hospitals in Baghdad .An apparently healthy children (one month to less than 15 years old) and adults (16 to 61 years and older) were involved in this study. Then investigation were carried out from June 2013 to April 2014. Ninety five samples were excluded from this study science they were contaminated by parasite and fungi . Clostridium difficile (C.difficile) were isolated and identified using selective media ,light microscope and biochemical tests using API 20 A system. All isolates were subjected to antibiotics resistance test. The presence of toxins : A and B were detected using ELISA technique ;while tcdA and tcdB genes were confirmed using PCR technique. The results showed isolate and diagnose 75 (17.44%) isolate of C.difficile out of 430 samples, including 51 (21.25%) isolate of a total 240 sample of children patients and 12 (15%) isolate of a total 80 sample of apparently healthy children, either from adult patients and apparently healthy were 11 (15.7%) isolate of a total 70 and 1 (2.5%) isolate of a total 40 respectively. Isolates showed high resistance for antibiotics : Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ,ciprofloxacin, Erythromycin, and Ampicillin, and high sensitivity for Vancomycin and Metronidazol(100and 96)% respectively, with a good sensitivity to chloramphenicol . All the C.difficile positive samples showed presence of toxins (A and B) using ELISA technique, also all the positive isolates showed contain tcdA and tcdB genes by using PCR technique .The study also aimed to use the yeast Saccharomyces boulardii as probiotic in - vitro and in - vivo for the prevention and treatment of diarrhea and colitis associated with antibiotics and experimentally induced in mice that infected by C.difficile, and compared this effect with the therapeutic effect with antibiotics. The results showed efficiency of probiotic in the inhibition of bacterial growth in - vitro and reduce the pathological effects associated with C.difficile infection through competitive inhibition mechanism in - vivo.This study conclude that the S.boulardii have positive influence to prevent and treat C.difficile infection through the creation of microbial balance and reduce or prevent histopathological effects that harmful to the colon, and that this effect is better and more positive in the case of early and continued use of yeast. Besides that, this study proved the safety of S.boulardii as a probiotic and for all above it is recommended to be used for prevention and treatment of Antibiotic associated diarrhea and Colitis .

استراتيجيات علاجية مختلفة في معالجة متلازمة تكيس المبايض == Different therapeutic strategies in the management of polycystic ovarian syndrome

اسم المؤلف: لمى قاسم علي الطائي
اسم المشرف: نوري محمد لعيبي
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الحيوان
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: ازداد شيوع حالات متلازمة تكيس المبيض لدى النساء العراقيات في الاونه الاخيرة وقد اجريت الدراسة الحالية بهدف الحصول على مزيد من الايضاحات حول التغييرات الهرمونية وبعض المعايير البايوكيميائيه .تم في الدراسة الحالية استخدام طرق مختلفة للمعالجة ,كاستخدام نوعين من العقارات معا او استخدام عقار لوحده كذلك تم استخدام طريقه المعالجة الفيزيائيه والتي تمثلت بتغير نمط الحياة واتباع نظام غذائي محدد(الريجيم).ولغرض بلوغ هذه الغاية شملت الدراسة (95) امراة مصابه بمتلازمة تكيس المبيض قسمت الى مايلي : المجموعه (ا)تضمنت (35) امراه تعاطت عقار الميتفورمين بجرعة مقدارها( 850ملغم مرتين باليوم )لمده ستة اشهر والمجموعة الثانية (ب)شملت (32) امراه تعاطت الكولين وانيوسيتول(500/500 ملغم مرتين في اليوم ) مضافا له الميتفورمين (850 ملغم مرتين باليوم )لمده ستة اشهر والمجموعة الثالثة (ت) شملت (28) امراه اتبعت الريجيم وتغير نمط الحياة ولمده ستة اشهر . وقد اجريت هذه الدراسة في مستشفى كمال السامرائي ( بغداد) من الفترة حزيران 2013 لغاية شباط 2014 لنساء اعمارهن تتراوح بين ( 18 - 39 ) سنة .تم قياس كل من الهرمونات ( انتي ميولي رين ، اللوتيني ، المحفز الجريبي ، اللبتين ، التستوستيرون ، مقاومة الانسولين ,البروجستيرون،البرولاكتين, المعايير البايوكيميائية ، الدهون ، الكلوكوز ) .قبل وبعد العلاج بطريقة الاليزا .توصلت الدراسة الحالية الى النتائج التالية : 1 - وجود ارتباط معنوي عالي p<0.01) ) بين هرمون الانتي ميولي رين والتستوستيرون والانسولين ، ووجود ارتباط معنوي ( p<0.05 ) مع (اللوتيني ) المحفز الجريبي ، الاستريداول ، الكليسيريدات الثلاثية ، البروتينات الدهنية الواطئة الكثافة .2 - وجود ارتباط معنوي عالي ( p< 0.01 ) بين مقاومة الانسولين و( التستوستيرون ، الكولسترول ، الانسولين والكلوكوز واللبتين ) ووجود ارتباط معنوي ( p<0.05 ) مع ( اللوتيني والمحفز الجريبي والاستريداول والكلسيريدات الثلاثية ، والبروتينات الدهنية الواطئة الكثافة والانتي ميوليرين ) .3 - انخفاض معنوي ( p< 0.05 ) في المحفز الجريبي وبين نسبةLH/FSH في مجموعة ( ا ) ( المتعاطيات للميتافورمين )وهناك انخفاض غير معنوي في مستوى هرمون اللوتيني في نفس المجموعة . 4 - انخفاض معنوي ( p < 0.05 ) في مستوى هرمون اللوتيني وLH/ FSH في مجموعة ( ب ) ( المتعاطيات للكولين والنسيتول مضافا اليه الميتوفورمين ) وهناك انخفاض غير معنوي في مستوى المحفز الجريبي . 5 - مجموعة ( ت) التي اتبعت نظام غذائي ( الرجيم ) لم تظهر النتائج اي تغيرات كبيرة ، ماعدا انخفاض معنوي ( P< 0.05 ) في الكولسترول ، الكلسيريدات الثلاثية والبروتينات الدهنية الواطئة الكثافة واللبتين ) .6 - ارتفاع معنوي ( P< 0.05 ) في هرمون البروجيستيرون في مجموعة ( ب ) بينما هناك ارتفاع لا معنوي في المجموعة ( ا ) مع انخفاض معنوي ( P< 0.05 ) في مستوى التستستيرون في كلا المجموعتين ( ا ، ب ) .7 - تغيرات معنوية في مستوى الدهون في كافة المجاميع ( ا ، ب ، ت ) والتي تم معالجتها بمعالجات مختلفة .8 - انخفاض معنوي عالي ( P <0.01 ) في مستوى الانسولين في المجموعتين ( ا ، ب) وانخفاض معنوي في مقاومة الانسولين في كافة المجاميع ( ا ، ب ، ت ) . 9 - انخفاض معنوي عالي في دليل كتلة الجسم ( P< 0.01 ) في مجموعة ( ب ) وهناك انخفاض لا معنوي في مجموعة ( ا ، ت ). 10 - انخفاض معنوي ( P< 0.05 ) في مستوى اللبتين في المجموعتين ( ب ، ت ) بينما كان الانخفاض لا معنوي في مجموعة ( ا ) . 11 - انخفاض معنوي في مستوى هرمون الانتي ميوليرين في المجموعتين ( ا ، ب ) وهناك ارتفاع لا معنوي في المجموعة ( ت ) . | The cases of polycystic ovary syndrome have increased in Iraqi women lately, the current study was conducted in order to obtain some indicators about the hormone changes as well as some of the biochemical changes , In the present study , different types of management are used such as mixing between two drugs, used drug alone and using physical management by changing lifestyle and following up diet. In order to reach this purpose, the study groups(95 PCOS women) divided in to three groups , (group A) included (35) women will be treated with Metoformine for six months and (group B) included (32) women will be treated with Choline &Inositol and Metoformine for six months and (group C) included (28) women will change lifestyle and followed deit for six months This study was carried out in Kamal AL - Samaraee Hospital - Baghdad during the period from July 2013 to February 2014. women age range between (18 - 39) years . which measured hormonal profile (AMH, LEP , LH, FSH, PRL,T,PROG, E2,INS, IR) and biochemical parameter (lipid profile and FBG) ,before and after treatment by using ELISA . This study reaches to the following results : 1 - Significant decreased ( p < o.05) in FSH and LH/FSH ratio in group A (who are treated with metformen alone )while non significant decrease in LH level in the same group.2 - Significant decreased(p<o.05)in LH level and LH/FSH ratio in group B (who are treated with cholin &inositol and metformin )while non significant decrease in FSH level. 3 - Group C (which followed diet)results showed no significant changes in all parameter in the study except (cholesterol, Triglyceride , LDL ,IR, Lep )was significant decrease(p<0.05) .4 - Significant increased in progesterone level (p<0.05)in group B while non significant in group A, and significant decrease in T level (p< 0.05) in both group (A,B).5 - Significant changes in lipid profile in all groups (A,B,C)who are treated with different treatment .6 - Highly significant decrease(p<0.01) in INS level in group (A,B), and significant decrease(p<0.05) in IR in all group (A,B,C).7 - Highly significant decrease (p<0.01)in BMI in group B while non significant in group A and C.8 - Significant decrease (p<0.05)in Lep level in group( B, C) while non significant in group A.9 - Significant decrease in AMH level in group (A,B)while non significant in group C. 10 - Highly signification correlation coefficient ( p < 0.1 )between AMH and Testosterone and Insulin hormone. While significant correlation (p<0.05) with cholesterol , HDL, LDL ,and IR .11 - Highly signification correlation ( P < 0.01 ) between IR and ( testosterone ,cholesterol , INS ,FBG and LEP ) . While significant correlation ( p < 0.05 ) with ( LH , FSH , E2 , Triglyceride , LDL and AMH ) .

تاثير ملوثات معامل الطابوق على بعض العوامل الفسلجية لسكان منطقة النهروان/ بغداد/ العراق == Effect Of Bricks Factories Pollutants On Some Physiological Parameters In Population Of Al - Nahrawan district / Baghdad / IRAQ

اسم المؤلف: عقيل محمود علي اللامي
اسم المشرف: عبد الامير ناصر الركابي | اكرم حجازي
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: البيئة - التلوث البيئي
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: التلوث اصبح اليوم مشكلة عالمية تهدد الحياة، حيث ان التلوث بلغ مستويات عالية في الهواء والماء وفي التربة، كذلك التلوث في النباتات وهذا اصبح واضح التاثير على الانسان وخطرا يهدد صحته.ان الدراسات الدقيقة التي تتناول خطر التلوث اليوم وتاثيره محدود وخصوصا في العراق حيث في مثل هذه الايام يواجه البحث العلمي في العراق صعوبات كبيرة ولاسباب تكاد تكون معروفة لدى الجميع ، وبالرغم من وجود نقاط وموانع قطعت الطريق واخرت مسيرة البحث التلوث البيئي تعتبر مدينة النهروان من المدن التابعة الى العاصمة بغداد م يسكنها قرابة المائة وخمسون الف شخص بالاضافة الى مجمعات جديدة للعوائل النازحة بسبب الحروب الى المناطق التي تكثر فيها معامل الطابوق القديمة والتي تكون غالبا مضرة للبيئة ومخالفة للتعليمات لذلك فان هذه الدراسة شملت (225) شخص فيس مدينة النهروان - (75 ) من داخل المعمل ،(75)، ويعملون في اروقة المعمل كالمخزن والنقل، (75) اخرين هم اشخاص يعيشون في داخل المدينة. وكذلك شملت الدراسة (75) شخص من منطقة شارع فلسطين باعتبارها بعيدة عن المصانع. اخذت عينات من التربة والماء وتم فحصها بعد تنقيتها ومعاملتها بمحاليل عدة لتحديد تراكيز المعادن الثقيلة فيها وباستخدام اجهزة حديثة خارج العراق لهذا الغرض ( لبنان)، كذلك سحبت عينات من الدم لاجراء فحوصات الكيموحياتية (Biochemical tests) كاليوريا والكرياتين ونسبة السكري والكوليسترول وقد اظهرت نتائج فحص العينة المدروسة ارتفاعات واضحة في نسبة الكرياتين والكولسترول واليوريا لدى العاملين في معامل الطابوق ووجود اختلافات جوهرية عند مقارنتها مع العينة القياسية - الماخوذة عشوائيا من منطقة شارع فلسطين في بغداد - واما الفحوصات الدموية الطبية (Hematological tests) وعدد كريات الدم الحمر والبيض والصفيحات الدموية اظهرت ارتفاعا معنويا في نسبة كريات الدم البيض وانخفاضها في كريات الدم الحمراء.فضلا عن بعض التحاليل الخاصة بالوراثة الخلوية اجريت في الجمهورية الاسلامية في ايران . وتم فحص نسبة المعادن الثقيلة في الجمهورية اللبنانية اضافة الى جمهورية العراق . اشارت النتائج البيئية في هذه الدراسة الى ارتفاع نسبة المعادن الثقيلة في تربة النهروان ودم الاشخاص الساكنين والعاملين فيها، اضطرابات واضحة في جهاز الدوران وعمل الكليتين، وبالتالي يمكن ان تستخلص الدراسة بان مدينة النهروان من المدن الملوثة جدا وان الاشخاص الموجودين هناك للعمل او السكن في خطر . اخيرا توصي هذه الدراسة بضرورة الاهتمام بصحة العاملين في مثل تلك المصانع او المعامل وزيادة الوعي الصحي للناس وكذلك ان تكون تلك المعامل القديمة خاضعة للقوانين وايجاد مصانع صديقة للبيئة . | Pollution has become a global problem and the results are implied in high levels of contaminations reported for soil, water, air, plants and animals. Limited studies are available concerning of the effect of heavy metals exposure human health. Nowadays the scientific research in Iraq is very difficult and dangerous because many Known reasons. Al - Nahrawan one of the most known industrial regions in Iraq , In the present study (225) adult health man in Al - Nahrawan region (inside, outside, in the region),and (75) adult health man in one of Baghdad cities - palatine street. The laboratory work of the present study was performed in many countries like Iran , Lebanon , and in addition to Iraq (my country) . Samples of soil, water & blood were taken for study. Environmentally these samples contaminated by different heavy metals like Pb, Cr, Cu, Fe ,Zn that characterized with low pH when compared with normal non industrial regions. Hematologically Blood samples taken for examination of hematology& biochemistry tests, also some cytogenetic tests like mitotic index as genetically studies also to detect the reproductive health in all samples It was found that ,in Al - Nahrawan region increasing of creatinine, urea, glucose, as compared with control. WBC value increased while RBC, platelets , MCV Decreased in Al - Nahrawan region.The present results indicate that Al - Nahrawan region affected widely by heavy metals contamination in soil, water& air because of activates of industry. The present results indicate that many persons who live in Al - Nahrawan region affected by heavy metals contamination as a result of activities of industry. Recommend to increase the health care, information in workers and also make sure that these factories subjected to governmental lows

تاثير التطفير الفيزيائي على قابلية بكتريا Staphylococcus aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز واستنساله في بكتريا Escherichia coli == Effect of physical mutagenesis on the ability of Staphylococcus aureus in staphylokinase production and its cloning in Escherichia coli

اسم المؤلف: علاء سالم حمزة
اسم المشرف: رياض عبد الحسين دلول | حميد مجيد جاسم
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: هدفت الدراسة الى استنسال جين الستافلوكاينيز من بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة محليا في بكتريا Escherichia coli والتحري عن التعبير الجيني في المضيف الجديد فضلا عن دراسة بعض الظروف المثلى المؤثرة في ذلك التعبير . جمعت 200 عينة سريرية من اصابات المجاري البولية والاصابات الجلدية من بعض المستشفيات في محافظة بغداد . وقد تم الحصول من تلك العينات على 54 عزلة بكتيرية وشخصت على انها S.aureus وفقا لخصائصها المظهرية ونتائج الاختبارات الكيموحيوية . وقد تم تاكيد تشخيص تلك العزلات باستخدام نظام Viteck - 2 التشخيصي . تم دراسة قابلية عزلات بكتريا S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز وفعاليته التحليلية على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . وقد اشارت النتائج الى ان جميع العزلات البكتيرية كانت منتجة وبدرجات متفاوتة لانزيم الستافلوكاينيز . وقد تميزت العزلة البكتيرية S.aureus A15 المعزولة من اصابات الجلد بكفائتها العالية في انتاج الانزيم لكون رائق مزرعتها ادى الى تكوين اعلى قطر هالة تحلل مقداره 36 ملم على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . ولاجل تحسين قابلية العزلةA15 S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز ، فقد تم تعريض هذه العزلة للتطفير العشوائي باستخدام الاشعة فوق البنفسجية لحث الطفرات الوراثية التي تحور ايجابيا انتاجيتها من انزيم الستافلوكاينيز . وقد اشارت النتائج الى انه قد تم الحصول على طافرتين بكتيريتين لهذه العزلة ازدادت قابليتهما على انتاج الانزيم على ضوء زيادة قطر منطقة التحلل الى 38 ملم مقارنة بالنوع البري . اجري استنسال جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli JM 109(DE3) وذلك باستخلاص الدنا الجيني اولا من الطافرة S.aureus A15 - M1 بطريقة الغليان ثم الحصول على الدنا بتركيز 50 مايكروغرام / مل وبنقاوة وصلت الى 1,8 . تم بعدها تضخيم جين الستافلوكاينيز باستخدام بادئات نيوكليوتيدية متخصصة لتضخيم اطار القراءة المفتوح (Open reading frame) للجين التركيبي . وقد اشارت نتائج التضخيم الى انه قد تم الحصول على قطعة دنا بحجم 400 زوج قاعدي . تم تحديد التعاقب النيوكليوتيدي لجين الستافلوكاينيز وقد اشارت النتائج الى وجود ثلاث طفرات نقطية (Point mutations) في الجين التركيبي للستافلوكاينز على اساس مقارنة الترتيب النيوكليوتيدي للجين مع الترتيب النيوكليوتيدي لنفس الجين للسلالة القياسية S.aureus المسجلة في قاعدة البيانات BLAST/ NCBI . وقد كانت هذه الطفرات من نوع missens mutations التي لم تؤثر على المجموعة التي ينتمي اليها الحامض الاميني المتغير ولم تؤثر على فعالية الانزيم . وقد اشارت النتائج ايضا الى عدم احتواء التعاقب النيوكليوتيدي للجين على اي موضع حساس لانزيمي التقييد BamHI وXbaI والتي استخدمت فيما بعد لكلونة الجين بالهضم المزدوج بهذين الانزيمين للحصول على قطعة تقييد ذات نهايات لاصقة من نوع BamHI وXbaIالناشئة عن مواضع التقييد الحساسة لهذين الانزمين ضمن التعاقب النيوكليوتيدي للبادئات النبوكليوتيدية المتخصصة المصممة لهذا الغرض (البادىء النيوكليوتيدي الامامي المتضمن موقع تقييد لانزيم BamHI والبادىء النيوكليوتيدي الخلفي المتضمن موضع تقييد لانزيم XbaI) ، ثم لحم قطعة تقييد جين الستافلوكاينيز مع ناقل الكلونة pSP72 المهضوم مسبقا هضما مزدوجا بانزيمي التقييد BamHI وXbaI للحصول على جزيئة ناقل ذات نهايات لاصقة متوافقة مع النهايات اللاصقة لجين الستافلوكاينيز . وبعد اللحم تم اجراء عملية الترحيل الكهربائي للناقل الهجين (جزيئة الناقل الحاوية على جين الستافلوكاينيز) على هلام الاكاروز (1%) . وقد اشارت نتائج الترحيل الكهربائي الى ظهور حزمة دنا تمثل الناقل الهجين بحجم كلي مقداره 2900 زوج قاعدي . وفي الخطوة اللاحقة من تجربة الاستنسال فقد استخدم الناقل الهجين لتحول بكتريا E.coli JM109(DE3) المؤهلة كمضيف جديد امن للجينات الغريبة القادمة من مختلف الكائنات الحية . وقد تم انتقاء المتحولات المرغوبة لبكتريا E.coli الحاوية على الناقل الهجين على وسط البلازما المتصلب بمادة الاكار الحاوي على المضاد الحيوي الامبسيلين بتركيز 50 مايكروغرام/ مل كصفة انتقائية للوسط . وقد اشارت نتائج التحول الى الحصول على خمسة متحولات بكتيرية من بكتريا E.coli JM109(DE3) القادرة على النمو بوجود الامبسيلين والمنتجة لانزيم الستافلوكاينيز المحلل لمادة البلازما في الوسط . وقد كانت درجة التعبير الجيني لجين الستافلوكاينيز في المضيف الجديد مقاربة لدرجة تعبير نفس الجين في المضيف الاصلي S.aureus . درست بعض الظروف المثلى لتعبير جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli المهندسة وراثيا . وقد اشارت النتائج الى ان درجة التعبير الجيني في المضيف الجديد قد ازدادت بتنمية البكتريا في وسط لوريا - بيرتاني المتصلب بمادة الاكار الحاوي على مادة IPTG (كمحفز للتعبير الجيني) بتركيز 100 مايكروغرام / مل . كما درس تاثير درجة الحرارة على فعالية الانزيم واظهرت النتائج ان افضل درجة حرارة لفعالية الانزيم كانت °C 37 لمدة 24 ساعة . | This study was aimed for cloning staphylokinase gene from locally isolated Staphylococcus aureus in Escherichia coli and detection the gene expression in new host in addition to determine some of the optimum conditions for gene expression. A total of 200 clinical samples from urinary tract and skin infections were collected from some hospitals in Baghdad . from these samples,54 bacterial isolate were obtained and identified as S.aureus according to their cultural and morphological characteristics and results of biochemical tests . Identification of these isolates was confirmed by using VITECK - 2 identification system. Ability of S.aureus isolates in staphylokinase production and thrombolytic activity of this enzyme was screened on human plasma agar medium, and it was found that all bacterial isolates were able to produce staphylokinase with variable degrees. Among these isolates S.aureus A15 isolated from skin infection was the most efficient isolate in staphylokinase production because its culture filtrate causing highest zone of hydrolysis (36 mm) on plasma agar medium in comparison with other isolates. In order to enhance the ability of S.aureus A15 in staphylokinase production, this isolate was subjected to random mutagenesis by using UV - irradiation to induce genetic mutations altered positively staphylokinase production by this isolate. Results showed that two mutants of S.aureus A15 obtained after UV - irradiation were increased in its ability in staphylokinase production according to the increase of the diameters of hydrolysis zones to 37 mm and 38 mm in camparison with the wild - type. Cloning of staphylokinase (sak) gene in E.coli JM109 (DE3) was achieved first by extraction of S.aureus A15 - M1 genomic DNA by using boiling method with DNA purity and concentration of 1.8 and 50 μg / ml respectively . Then Sak gene was amplified by using specific primers for gene open reading frame (Structural gene) . Results showed that the amplification product was a fragment of DNA with size of about 400 bp. Amplified sak gene was then sequenced to determine the nucleotide sequence of the gene . Results of sequencing showed that there are three point mutation were occurred in the structural gene of staphylokinase according to base pair alignment with the same gene of S.aureus standard strain recorded in BLAST / NCBI. These mutations are missens mutations doesn’t affect the group of amino acid that was changed then doesn’t affect enzyme activity. Results of sequencing also showed that the complete nucleotide sequence of the gene doesn’t have a restriction site for BamHI and XbaI that were used later for gene cloning by double digestion of the gene with these two enzymes to obtain restriction fragment with sticky ends of BamHI and XbaI that were came from the restriction sites for these two enzymes within the specific primers designed for this purpose (forward primer containing restriction site for BamHI and reverse primer containing restriction site for XbaI). Then the restriction fragment of staphylokinase gene was ligated with pSP72 cloning vector previously double digested with BamHI and XbaI to get vector molecule with sticky ends compatible with the two sticky ends of Sak gene, then recombinant vector was analyzed on agarose gel (1%) . Results of electrophoresis showed that there was a single DNA band represents the recombinant vector with a total size of 2900bp. In the next step of cloning experiment , recombinant pSP72 was used to transform competent E.coli JM 109 (DE3) as a new and safe host for foreign genes came from different organisms . Then positive transformants of E.coli (containing recombinant pSP72) was selected on plasma agar medium containing 50 μg / ml of ampicillin as a selectable marker. Results of transformation showed that there are five transformants of E.coli JM 109 (DE3) were able to grow in presence of ampicillin and producing staphylokinase enzyme that was able to hydrolyse human plasma in the agar medium . The degree of staphylokinase gene expression in the new host (E.coli) was asymbtotic to the degree of expression of the same gene in the original host (S.aureus) . Optimum conditions for staphylokinase gene expression in genetically engineered E.coli was studied under two growth factors . Results of optimization showed that the degree of gene expression in new host was increased when transformant E.coli JM 109 (DE3) was grown in Luria - Bertani agar containing IPTG (as inducer for gene expression) in a concentration of 100 μg / ml and incubated at 37 ⁰C for 24 hours . Effect of incubation temperature on staphylokinase activity produced by genetically engineered E.coli JM 109 (DE3) transformant was studied in range of temperature. Results showed that the optimum temperature for staphylokinase activity was 37 °C , at this temperature the diameter of zone of hydrolysis was 30mm , while the enzyme activity was decreased above and under this temperature .

الكشف عن انواع الجنس Fusarium المنتج للفيومنسين ب1 على حبوب الذرة الصفراء باستخدام الطرائق الجزيئية ودراسة تاثيراته المرضية النسيجية على الفئران البيض == Detection of Fusarium Species Producing Fumonisin B1 on Maize Using Molecular Methods and Study Its Histopathological Effects on Albino Mice

اسم المؤلف: سيناء وليد محمد سعيد
اسم المشرف: خالد عبد الرزاق حبيب | سالم رشيد العبيدي
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
الجامعة: جامعة بغداد
اللغة: العربية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: هدفت الدراسة الى تشخيص انواع الجنس Fusarium المرافقة للذرة وقابليتها على انتاج السم FB1 باستخدام الطرق التقليدية والجزيئية. كما تم دراسة الظروف المثلى لانتاجه فضلا عن تاثيره على انسجة الكبد والكلية والطحال وقياس انزيمات الكبد والطحال في ذكور الفئران المجرعه فمويا بالسم.تم جمع ثمانية وثمانين عينة ذرة للفترة ما بين تشرين الثاني 2013 واذار 2014 من الاسواق المحلية ومخازن الحبوب في بغداد (35 عينة ذرة من مخازن الحبوب و53 عينة من الاسواق المحلية) كما وتم الكشف عن الفطرين المنتجين للفيومينيسين وهما Fusarium verticillioides وF. proliferatum باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة (PCR) وتقنية فصل الصفائح الرقيقة (TLC) وتقنية الاليزا.(ELISA) وكانت النتائج كما ياتي : 1. الاجناس الفطرية المعزولة من الذرة هي : الفطر Aspergillus وكان الاكثر سيادة (58.6%) تليه الفطرياتFusarium (17.5%) ثم Rhizopus (6.7%), Alternaria (6.1%), Mucor وPenicillum (3.9%), Bipolaris (1.9%) وTrichthecium (1.2%).2. النوع الاكثر سيادة ضمن جنس Fusarium كان F. verticillioides (70.64%) 3. اظهرت النتائج باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة المتسلسلة (species specific PCR) ان من بين سبعة وسبعين عزلة, فقط ثلاثة عشر عزلة تعود للجنس F. verticillioides ومن بين تسع عزلات فقط عزلة واحدة تعود للجنس F. proliferatum.4. تمتلك جميع عزلات F. verticillioides الثلاثة عشر الجين fum1 وبذلك يعد المنتج الرئيسي للسم FB1 مقارنة مع عزلة F. proliferatum التي لم تمتلك الجين.5. من بين العزلاتF. verticillioides الثلاثة عشر, كانت العزلة FV1 هي الاكفا في انتاج FB1 (175.39 جزء في البليون) على وسط فطيرة الذرة بينما تراوح تركيز السم FB1 لبقية العزلات يتراوح بين (21.31 - 170.51 جزء في البليون).6. كانت نتائج الظروف المثلى لانتاج السم FB1 هي وسط فطيرة الذرة وفترة حضانة 21 يوم ودرجة حرارة مثلى 20ºم.7. حددت الجرعة القاتلة المتوسطة (LD50) للسم FB1 لذكور الفئران وهي 1800 جزء في البليون.8. لوحظت زيادة في تركيز انزيمات الكبد والكلى للفئران بعد تجريعها فمويا بالسم FB1 عند التركيزين 800 و1200 جزء في البليون مقارنة مع مجموعة السيطرة.9. كشفت النتائج ان التغيرات في انسجة الكبد والكلى والطحال للفئران المجرعه فمويا بالسم FB1بالتركيزين 800 و1200 جزء في البليون، ظهرت زيادة التغيرات 10. التنكسية والموت المبرمج للخلايا مقارنه مع مجموعة السيطرة. | The study aimed to identify Fusarium species associated with maize grains and their ability to produce Fumonisin B1 using traditional and molecular methods. The optimal conditions of FB1 production were assayed. The effect of FB1 on liver, kidney and spleen tissues of albino mice were studied and measured its effects on enzymes in affected liver and kidney.Eighty - eight maize samples were collected between November 2013 and March 2014 from local markets and silos of Baghdad province (thirty - five from silos and fifty - three from markets). Fusarium verticillioides and F. proliferatum were investigated and their ability to produce Fumonisin B1 was detected using : Polymerase chain reactions (PCR), Thin layer chromatography (TLC) and enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) techniques. The following results were obtained from the current study : 1. The fungal genera isolated from maize were : Aspergillus (58.6 % ) followed by Fusarium (17.5% ), Rhizopus (6.8 %), Alternaria (6.1 %), Mucor and Penicillium (3.9 %), Bipolaris (1.9 %), and Trichothecium (1.2%).2. The predominant species among Fusarium was F. verticillioides (70.64%).3. The use of species specific PCR reactions for Fusarium species revealed that out of seventy seven isolates, thirteen isolates only belong to F. verticillioides and out of nine isolates, one isolate only belong to F. proliferatum.4. All the thirteen F. verticillioides isolates were shown to possess fum1 gene (FB1 producer), whereas the F. proliferatum isolate was shown not to possess this gene. 5. Among the thirteen isolates of F. verticillioides, FV1was the most efficient one in production of FB1(175.39 ppb) on patty maize medium, while the concentration of FB1 for other isolates ranged between (21.31 - 170.51) ppb. 6. The optimum culture conditions for FB1 production using solid state fermentation included : patty maize medium with incubation period 21 days at 20ºC. 7. The median lethal dose 50 (LD 50) of FB1for male mice was 1800ppb.8. liver enzymes (AST, ALT, ALP) and kidney functions (Creatinine and Blood urea) were increased in male mice which were orally gavaged FB1 at 800 and 1200ppb concentrations comparing with control group.9. The histopathological changes in the liver, kidney and spleen of orally gavaged mice by FB1 at 800 and 1200 ppb, showed a significant increase degenerative changes and apoptotic cells in comparison with control group

التنميط والتحليل الجزيئي للمكورات العنقودية الذهبية المعزولة من نماذج سريرية == Molecular Analysis and Typing of Staphylococcus aureus isolated from clinical samples

اسم المؤلف: سوسن محمد كريم
اسم المشرف: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | منعم رضوان علي
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: • جمعت خلال الدراسة اربعة وثمانون عزلة من بكتريا المكورات العنقودية من عدد من مستشفيات بغداد للفترة الواقعة ما بين تموز - تشرين الثاني عام (2013) موزعة ما بين (43) عزلة من الالتهابات الجلدية , (15) عزلة من التهاب المسالك البولية , (5) عزلات لكل من الدم والتهابات الاذن , (3)عزلات من التهابات الانف ،(2)عزلتين من التهاب العيون وعزلة واحدة من لكل من القشع والسائل المنوي و(9) عزلات اخذت من مواقع بيئية مختلفة للمستشفيات .• تم العزل الاولي لبكتريا المكورات العنقودية الاوساط الزرعية واعتمادا على الصفات المظهرية على الاوساط الزرعية والفحوصات الكيموحيوية فضلا عن التشخيص بنظام (API Staph system) لتكون المحصلة النهائية (74) عزلة تعود لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية .• تم التحري عن المكورات العنقودية المقاومه للمثيسلين بعدة طرق منها الطرق المظهرية وباستخدام طريقة الانتشار بالاكار حيث اظهرت النتائج ان هنالك 55 (74.32%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية مقاومة للمثيسلين في حين بلغ عدد العزلات الحساسة 8(10.82%) وقد لوحظ وجود عدد من العزلات التي ابدت مقاومة متوسطة للمثيسيلين 11 (14.86%) كما واستخدمت طريقتين مختلفتين من الطرق الوراثية للتحري عن مقاومه البكتريا للمثيسيلين . وذلك عن طريق التحري عن المورثات المحفوظة تطوريا (femA) المورث المسؤول عن تاكيد تشخيص النوع اضافة الى التحري عن المورث (mecA) المسؤول عن صفة مقاومة البكتريا للمثسيلين وباستخدام تقنية التفاعل التسلسلي المتضاعف (Polymerase Chain Reaction). قد اعتمدت طريقتان لتحضير دنا القالب، طريقة الغليان وقد اظهرت احتواء74 (100%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية في حين احتوت61 / 74عزلة على المورث (mecA) وبالاعتماد على وجود مورث صفة المقاومة للمثيسلين قد بلغت نسبة المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثسيلين (82.43%) ، كما وبلغ عدد عزلات المكورات العنقودية الحساسة للمثيسلين التي لم تحتوي على مورث (mecA) 13/ 74 (17.57%) . ومن جهة اخرى استخدمت الطريقة المباشرة في تحضير دنا القالب واظهرت النتائج امتلاك فقط 17(22.97%) عزلة على مورث (femA) كما اظهرت 57/74 (77.03%)عدم امتلاكها على المورث، في حين ابدت (7) من العزلات التي ابدت اجابيتها لمورث (femA) امتلاكها على مورث (mecA) ولذلك فان نسبة بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين بلغت (41.17%) في حين المكورات الحساسة للمثيسلين قد بلغت (58.83%). وقد اثبتت طريقة تحضير دنا القالب بالغليان بانها كانت اكثر كفاءة ودقة في الكشف عن المورثات من الطرق الاخرى .• تم استخدام طريقة الانتشارالثنائي في الاكار للكشف عن صفة المظهرية لمقاومة البكتريا تجاه مجموعة الماكروليدات، اللنكوز امايد والستربتوكرامين B وقد اظهرت النتائج (18/74) عزلة تمتلك صفة مقاومة دائمية للارثرومايسين (24.32%) توزعت بين (13/61) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثيسلين (21.13%) و(5/13) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين (38.46%) ، كما واظهرت النتائج وجود (4/74) عزلة تمتلك صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين(6.55%) وكانت كل العزلات مقاومة للمثيسلين واخيرا (29/74) عزلة من العزلات المقاومة والحساسة للمثيسلين ابدت مقاومة متوسطة للاريثرومايسين .• اظهرت النتائج سيادة صفة المقاومة الدائمية للاريثرومايسن بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين بالمقارنة مع العزلات المقاومة للمثيسيلين وكذلك لوحظ وجود صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسن بين عزلات البكتريا السريرية المعزولة من الادرار والدم والافرازات العامة.• استخدمت تقنية PCR للكشف عن وجود مورثات مقاومة الاريثرومايسين (erm A, erm B and erm C) وقد اظهرت النتائج تغلب مورث erm A (7.35%) ووجوده في (5/68) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية والتي تمتلك مختلف اشكال الصفات المظهرية لمقاومة المثيسلين وجميع العزلات كانت مقاومة للمثيسلين. في حين تواجد مورث erm C في (4/68) ونسبة (5.88%) اثنان منها كانت عزلة من الدم والقشع وقد كانتا موجبة في فحص التحري عن مقاومة الاريثرومايسين ، كما واظهرت نتائج فحص PCR عدم امتلاك العزلات على مورث erm B . ايضا كشفت النتائج عن سيادة المورثات erm A وerm C في التشفير لصفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين وانه لا دور يذكر لمورث erm B في مقاومة الاريثرومايسين.• تم التحري بتقنية PCR عن انتشار ووبائية مورث pvl بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين وقد اظهرت النتائج وجوده في(4/61) ونسبة (6.55%) .• تم استخدام طريقة الانتشار بالاكار للتحري عن حساسية البكتريا اتجاه المضادات الحيوية وقد اظهرت النتائج مقاومة العزلات بشكل كامل (100%) لكل من الكلوكساسيلين والاوكساسيلين والسيفيبيم ،ومقاومة عالية اتجاه كل من امبسلين/ كلافيلونك اسد (98.36%) والسيفتازديم (95.2%) . وكانت هنالك مقاومة متوسطة اتجاه التتراسايكلين (31.14%) ومقاومة قليلة اتجاه كل من الازيثرومايسين (24.6%) والفانكومايسين (16.4%) والجنتامايسين (13.11%) والسبروفلوكساسين (13.11%) واقل مقاومة اتجاة الامبنم (6.55%). • استخدمت طريقة UPGMA المتوسط الحسابي Unweighted Pair - Group Method using arithmetic Average لبناء شجرة تطور السللالات Phylogenetic treeوتحديد العلاقة التطورية dendroram واعتمد model Tamura - Nei لقياس المسافة الوراثية بين انواع المكورات العنقودية للتعبير عن مدى تطور تلك المورثات. اظهرت النتائج للتحليل الشجيري وجود 151 عقدة و76 عقدة طرفية . مما يعكس وجود تنوع عالي في نمط المقاومه لفحص الحساسية للمضادات الحيوية بين العزلات المدروسة, وكذلك تنوع واضح وعالي بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة والحساسة للمثيسلين .مما يعكس الطبيعه التطورية لتلك العزلات. • تم اخضاع كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين والحساسة للكشف عن مورث spa بواسطة استعمال بواديء متخصصة لتضخيم المنطقة المتغايرة من المورث وبحجم القطعة المكثره (300bp) وقد اظهرت النتائج (47/74) موجبة لمورث spa حيث كانت المكورات المقاومة للمثيسلين (67.2%) في حين كانت المكورات الحساسة للمثيسلين (46.15%) .• تم اختيار (25) نموذج من نواتج PCR لمورث spa تعود لعزلات ذات مصادر عزل مختلفة وتم ارسالها لغرض تحديد تتابع القواعد النايتروجينية، تم تسجيل كل البيانات التي تم الحصول عليها من تحديد تتابع القواعد النايتروجينه في بنك المورثات العالمي (المركز الوطني لمعلومات التكنلوجيا الحيوية National center for Biotechnology Information ) وكذلك في بنك اليابان ( DNA Data Bank of Japan) وبنك المورثات الاوربي التي تبدا بالتسلسل LC038119 وتنتهي بالتسلسل LC038142 .• اظهرت النتائج ان القطع المكثرة للمناطق المتغايرة كانت مختلفة في الاحجام وتراوحت اطوالها (65 - 335bp) من اصل الجين كذلك اجري تطابق تتابع القواعد النايتروجينة وترجمة البروتين وتحديد العلاقة التطورية وشجيرات تطور السلالات باستعمال (UPGMA) وبرنامج geneious software وقد اظهرت النتائج وجود نوعين من الشجيرات واحدة للتتابعات القصيرة (65 - 190bp) وواحدة للتتابعات الطويلة (190 - 335bp) • تم هظم المورث spa بواسطة انزيمين من الانزيمات القاطعة HinfI وHindIII واظهرت النتائج تنوعا ملحوظا في الطراز الوراثي بين العزلات . | • Eighty four isolates of Staphylococcus spp. were collected from different hospitals in Baghdad province, during the period July 2013 to November 2013, distributed as : 43 isolates from skin infection ; 15 isolates from UTI; 5 isolates from each blood and ear infection; 3 from nasal swab ; two isolate from eye infection ; while one isolate obtained from each sputum and seminal fluid and 9 isolates were taken from various hospitals environments and sites.• For preliminary isolation of Staphylococcus spp. was used culture media, and depending on features on cultures, Biochemical tests and (API Staph system).The final results were (74) isolates belonged to Staphylococcus aureus.• different methods for screening to methicillin resistance S. aureus, it were used phenotypic method (disc diffusion method), the results showed 55(74.32%) MRSA isolates, 8(10.82%) MSSA and 11(14.86%) intermediate resistance to cefoxitin. While in genotypic methods were used PCR technique to detection housekeeping gene (femA) responsible to confirm species and mobile genetic element (mecA) to confirm resistance of isolates to methicillin, PCR technique was done by used two different methods to prepare template DNA.• the results of PCR technique with used template DNA prepared by boiling method have been revealed all S. aureus isolates 74(100%) contained femA gene (100%) while 61/74(82.43%) isolates contained mecA gene (MRSA) and 13/74(17.57%) isolates devoid mecA gene MSSA. On the other hands, The results of PCR technique with used template DNA prepared by direct colony have been revealed only 17(22.97%) isolates contained femA gene and 57(77.03%) isolates was devoid femA gene (77.03%), the positive isolates to femA gene have been revealed contained 7(41.17%) mecA gene while 10(58.83%) isolates devoid mecA gene. So used PCR techniques with template DNA prepared by boiling method was appeared the effective method for screening about MRSA and detection mecA gene reflected on standard methods to confirm S. aureus to be MRSA.• Double diffusion disc was used method to screening about MLSB phenotype and the results showed 18/74(24.32%) S. aureus isolates had constitutive resistance to erythromycin cMLSB phenotype (which is distributed to13/61(21.31%) MRSA and 3/13(38.46%)MSSA, 6/74(9.83%) S. aureus isolates sensitive to erythromycin, all of them was MRSA, 4/74(6.55%) S. aureus isolates had inducible resistance to erythromycin D - shape also all of them was MRSA, 9/74(14.75) S. aureus isolates showed MS phenotype was resistance to erythromycin and sensitive to clindamycin without D - shape and finally 29/74) S. aureus isolates showed intermediate resistance to erythromycin distributed between MRSA and MSSA.• Results showed a higher prevalence of the cMLSB phenotype in the MSSA isolates compared with MRSA isolates, also was observed iMLSB phenotype among clinical samples of S. aureus specially MRSA isolates more frequently in urine, blood and general secretions.• PCR technique was used for screening about ermA, ermB and ermC genes and the results were showed the percentage of ermA gene in S. aureus isolates 5/65(7.35%) with different phenotypic resistance forms to erythromycin all five isolates is MRSA while ermC gene percentage was 4/68(5.88%) S. aureus isolates, two of them showed cMLSB phenotype and harboring with ermA gene and others two isolates recovered from blood and sputum showed inducible MLSB with D - shape phenomenon, none of the S.aureus isolates harboring with ermB gene. The results were also revealed that ermA and ermC predominant erm genes found in S. aureus and the ermC gene the prevalence gene in inducible Macrolides resistant MRSA and no role was found to ermB gene in Macrolides resistant MRSA.• PCR technique was used for screening about prevalence of pvl gene among S. aureus isolates and the results showed 4/61(6.55%) harboring with pvl gene.• Disc diffusion method was used to screening about antibiotics sensitivity and the results showed completely resistance (100%) toward cloxacillin, oxacillin and cefepime while some isolates showed high resistance toward Amoxicillin /Clavulinic acid (98.36%) and Ceftazidime (95.2%). the moderate resistance toward tetracycline (31.14%), the low resistance toward azithromycin (24.6%), vancomycin (16.4%), gentamycin (13.11%), ciprofloxacin (13.11%) and the lowest resistance appeared toward imipenem (6.55%).• unweighted pair group method (UPGMA) was used to build phylogenetic tree and to find dendrogram analysis , Adoption of the Model Tamura - Nei, to measure the genetic distance between the types of Staphylococcus aureus to express the evolution of these genes, the results were showed dendogram and phylogenetic tree have (151) node and (76) tips. also reflected highly diversity resistance antibiogram among isolates and high diversity between MRSA and MSSA isolates still found some similarities in antibiogram pattern. Reflecting the evolutionary nature of these isolates.• all MRSA and MSSA isolates were subjected to screening about spa gene by used specific primers for variable region with PCR product size (300bp), and the results showed (47/74) isolates with positive results and (27/74) with negative results, (67.2%)MRSA isolates showed positive results while(46.15%)MSSA isolates showed positive to spa gene.• the 25 samples of PCR products from spa gene related to different sources of isolation were send for sequencing, then all data obtained from genes sequencing were submitted to gene bank national center for biotechnology information (NCBI), DNA data bank of Japan (DDBJ) and European Bioinformatics Institute (EMBI) under accession number started with (LC038119) and ended with (LC038142). ,The results showed the size of amplified fragments were variable and ranged from (65 - 335bp) in the original gene also pairwise sequence alignment to spa gene fragment, protein translation, Dendogram and phylogenetic tree were built by using (UPGMA) and genetic distance model Tamura - Nei with cost matrix identity (1.0 - 0.0) with geneious software, the results were showed two dendogram and phylogenetic tree first for short sequence (65 - 190bp) have 17 node and 9 tips while second for long sequence (190 - 335bp) have 31 node and 16 tips.• PCR - RFLP for spa gene was done by using two restriction enzyme HindIII and HinfI and the results showed high diversity among MRSA isolates

الكشف عن البارفوفايروس B19 بوساطة التصبيغ الكيميائي النسيجي المناعي في مرضى اورام الدرقية == Detection of Parvovirus B19 by Immunohistochemistry in Patients with Thyroid Tumors

اسم المؤلف: سمر عبد الرحيم شغاتي الغراوي
اسم المشرف: ماجد محمد محمود الجواري | علي حسین محمد علي
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الحيوان
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: Thyroid cancer is the most common neoplasm of endocrine system. In Iraq thyroid cancer ranks the eighth among ten cancers in females.Therefore, it is a growing health problem.The present study was conducted to evaluate whether or not parvovirus B19 play a role in thyroid tumors and the correlation between the existence of virus and activation of NF - κB p65. Also this study extended to determine relevant cytokines (IL - 6, IL - 8, IL - 10 and IFN - α) in the microenvironment of thyroid tumors by using immunohistochemical technique.This study designed as a retrospective study. A total number of 94 formalin - fixed paraffine - embeded thyroid tumors tissue collected from archive of Histopathology Department of the Teaching Laboratories, Medical/ City, Al - Shaheed Ghazi Hospital Lab, Al - Kindy Hospital Lab, Alkarama Hospital Lab and Central Public Health Lab during the period July 2013 - November 2013. All samples are referred to the period between 2010 - 2013. Tissue blocks were divided into three groups. First group included 53 tissue block of malignant thyroid whereas second group included 41 tissue blocks of benign thyroid tumors and third group included 21 tissue blocks as control group were selected from the same benign cases which have normal tissue. From each block, seven sections of 4μm thickness were taken, one section was stained with Hematoxylin and Eosin (H&E) and the other six sections were immunohistochemically stained for human parvovirus B19, NF - κB p65, IL - 6, IL - 8, IL - 10 and IFN - α.The overall results of this study are described as follows : - The age of patients presented with malignant thyroid tumors ranged from 20 - 70 year with mean age 40±11.63 year while in benign tumors, the mean age was 37.6±11.19 year, ranged from (16 - 59) year.The papillary thyroid carcinoma was the most common type among malignant histopathological types 61%. In benign tumors the most common was follicular adenoma 29.3%.Human parvovirus B19 expression was higher in malignant tumors than in benign with no significant difference P=0.09 while it was significantly higher in malignant 66% and benign tumors 48.8% compared with their counterparts of control group 4.8%, p˂0.001.NF - κB p65 was positively expressed in all cases of malignant tumors 100% and 97.6% in cases of benign tumors compared with control group 23.8% with significant difference p˂0.001.IL - 6 expression was higher in benign than in malignant tumors with no significant difference p=0.22 while it was significantly higher in benign 90.2% and malignant tumors 81.1% compared with control group 52.4%, p=0.01 and p=0.03 respectively.Immunostaining reaction for IL - 8 was significantly higher in malignant tumors than that in benign 69.8% versus 31.7%, p˂0.001, while positive reaction was not detected in any tissue of control group.IL - 10 was expressed in 83% of malignant tumors, in 95.1% of benign tumors and 71.4% control group. The percentage of IFN - α positive was 83% in malignant tumors compared with 63% in benign tumors and normal tissue 52%. The difference was significant between malignant and benign tumors p=0.04 and between malignant and control group p=0.007.There was a significant correlation between human parvovirus B19 score category and IFN - α score r=0.296, p=0.031. But no significant correlation was noticed between B19 and the other cytokines.

استخلاص ، تنقية وتوصيف انزيم اللكنين بيروكسيديز المنتج من العزلة الفطرية المحلية Aspergillus terreus == Extraction, purification and characterization of lignin peroxidase enzyme produced from local fungal isolate Aspergillus terreus

اسم المؤلف: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي
اسم المشرف: ندى صباح رزوقي | غازي منعم عزيز
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
الجامعة: جامعة بغداد
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تم عزل وتشخيص 18 عزلة فطرية محلية من 75 عينة روث خيول جمعت من نادي الجادرية ونادي العامرية للفروسية في بغداد خلال 8 اشهر للفترة من تموز 2013 الى اذار 2014 . سجلت العزلة A. niger اعلى نسبة ظهور بين العزلات واعلى تكرار % 80 %9.8, على التوالي تبعتها العزلة A.fumigatus (%9.8 , % 48) ثم العزلة A.terreus (% 8.2 , % 46.66) ، بينما سجلت العزلة Absidia cerymbifera اقل ظهور واقل تكرار(%3.28 , % 5.33) تبعتها العزلة Syncephalstrum racemosum ( % 2.67 و( %1.64 على التوالي. اختيرت العزلة A.terreus SG777 كافضل عزلة لانتاج هذه الانزيمات اذ سجلت اعلى فاعلية نوعية لانتاج الانزيمات المحللة للكنين ( لكنين بيروكسيديز 11.828 ، منغنيز بيروكسيديز1.131 واللاكيز 0.527) وحدة /ملغم . ثبتت الظروف المثلى لانتاج الانزيمات المحللة لللكنين من العزلة الفطرية A. terreus SG 777 باستخدام تخمرات الحالة الصلبة ( سيقان الموز كمادة اساس ، فترة الحضن 8 ايام ،حجم اللقاح1 × 105 بوغ / مل ، برقم هيدروجيني 4.5 وبدرجة حرارة 35م°). رسب انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع %80 ثم ازيل الملح من الانزيم المنتج من عفن777 Aspergillus terreus SG باستخدام طريقة النضح الغشائيDialysis تجاه المحلول الدارئ (Tris buffer) ونقي جزئيا بواسطة كروماتوغرافيا التبادل الايونيIon exchange chromatography باستخدام المبادل الايوني DEAE - cellulose بعدد مرات للتنقية بلغ 5.4 مرة وبحصيلة انزيمية مقدارها %13.7اظهر الانزيم اعلى فغالية وثباتية عند الرقم الهيدروجيني 3.0 ,في حين اقصى فاعلية للانزيم ظهرت عند درجة حرارة 40 م° مع احتفاظ الانزيم بفاعليته عند درجات حرارة تراوحت بين 25) - 35 ) م°. درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة عدة صبغات واظهرت النتائج اعلى نسبة ازالة ( 83.61 %) للانزيم تجاه صبغة الكونغو الحمراء باستخدام 65.51 وحدة / مل منه وبفترة حضن 4 ساعات وتبعتها صبغة المثيلين الزرقاء بنسية تحطيم %58.6 ثم صبغة المثيل الحمراء بنسبة ازالة بلغت % 49.9.بينما سجلت الصبغات الملاكايت الخضراء ، الالورا الحمراء والتارترازين % 24.87 ,% 28.8 , %26 على التوالي كادنى نسبة تحطيم بوساطة الانزيم قيد الدراسة . درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة المركبات الحلقية المتعددة التي تم الكشف عنها وذلك لمقارنة فاعلية الانزيم مع نتائج المعالجات في مصفى الدورة والتي تضمنت (المعالجة الميكانيكية، المعالجة الكيميوفيزيائية والمعالجة البايولوجية ) . اظهرت النتائج ازالة 97.54 % للمركب Di benzo (a ,h) anthrancene باستخدام 65.51 وحدة / مل من الانزيم قيد الدراسة وبفترة حضن 4 ساعات وبدرجة حرارة 40 م° في حين بلغت نسبة الازالة بوساطة معالجات المصفى % 54.37 كما بلغت نسبة الازالة لكل من Floureneو anthrancene قد بلغت % 95.98 و% 83.51 على التوالي مقارنة بنسبة الازالة %84.51 , % 46.83 بوساطة معالجات المصفى . قيد انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام %2 وزن / حجم من الجينات الصوديوم و200 ملي مولار و50 من مل كلوريد الكالسيوم . بينت النتائج ان % 99 من فاعلية الانزيم الحر تم تقييدها .اجريت عملية خزن انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر لمدة اربعة اسابيع عند درجة حرارة 4 م° لمعرفة مدى احتفاظ الانزيم المقيد بفاعليته الانزيمية مقارنة بالانزيم الحر، اذ لوحظ ان الانزيم المقيد قد احتفظ % 88.29 من فاعليته الاصلية بينما احتفظ الانزيم الحر حوالي 66. 02 % من فاعليته الاصلية. استخدم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر في تحطيم صبغة المثيلين الزرقاء ، اذ اظهرت النتائج ان نسبة التحطيم بالانزيم المقيد بلغت حوالي % 40.1 لفترة حضن 4 ساعات بينما بلغت نسبة تحطيم الصبغة حوالي % 25.79 باستخدام الانزيم الحر وبنفس فترة الحضن .حطم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد حوالي% 57.89 من صبغة الكونغو الحمراء عند استخدامه لاول مرة ، وانخفضت قابلية الانزيم المقيد على تحطيم الصبغة الى 16.11% عند استعماله للمرة الرابعة. | Eighteen local isolates were collected from seventy five horse manure samples taken from horses in the Equestrian Club in Jadriya and Al - Amrya / Baghdad that were investigated during the 8 months; the period isolation was started from July 2013 to march 2014. Aspergillus niger was the highest occurrence and frequency (80% and 9.8 %) respectively, followed by A . fumigatus (48 % and 9.8 %) and A. terreus (46.66 % and 8.2 % ) occurrence and frequency respectively , whereas Syncephalstrum racemosum (2.67 % and 1.64%) respectively . The isolate A. terreus had the higher specific activity of ligninolytic enzymes (lignin peroxidase 11.828, manganese peroxidase 1.13 and laccase 0.53) U/mg. The optimum conditions of ligninolytic enzymes produced from A. terreus SG777 were estimated using solid state fermentation : banana stalks as a substrate, period incubation 8 days, moisture level 1 : 5 w/v inoculum size 1x105 spores /ml, pH 4.5 and temperature 35 °C. Lignin peroxidase produced from A. terreus SG777 precipitated with 80% ammonium sulfate saturation then desalting by dialysis against Tris buffer solution and partially purified by ion exchange chromatography using DEAE - cellulose. The specific activity reached 56.67U/mg with purification fold was 5.4 times and 13.7% recovery. The optimum pH for activity and stability was 3. The maximum activity was observed at 40°C and the enzyme maintained the activity when it was incubated at 25 - 35˚C. Lignin peroxidase removal the dyes during 4hr. Congo red was decolorized to the maximum extent of 83.61% in 4 hr by 65. 51 U/ml of the pure lignin peroxidase, methylene blue decolorized 58.6% and methyl red azo dye was decolorized to the extent of 49.9% ,while Malachite green triarylmethane dye, allura red and tartarazine showed minimum extent decolorized 26, 28.8 and 24.87% respectively. Degradation of poly aromatic hydrocarbons when incubated with 65.51 U/ml lignin peroxidase at 40 °C for 4 hr compared with the Refinery treatment . Results showed (97.54%) removal efficiency of Di benzo (a ,h) anthrancene by lignin peroxidase, while only 54.37% was treated by Refinery treatment. Flourene and anthrancene degradation 95.98% and 83.51% respectively, while the flourene and anthrancene degradation treated by Refinery treatment only 84.51% and 46.83% respectively. Lignin peroxidase immobilization by 2% (w/v) sodium alginate and 200 mM of calcium chloride. Results showed that 99 % from free lignin peroxidase was immobilized. The stability of immobilized and free Lip enzyme was studied during four weeks; remaining activity for immobilized Lip was 88.29 % from its original activity 76 U/ml during four weeks while free Lip remaining activity was 66. 02 % from its original activity (76.04 U/ml). Methylene blue dye degraded about 40.1% by immobilized Lip during four hr compared with free Lip which has removal only 25.79% from dye concentration. The immobilization lignin peroxidase removal 57.89 % from congo red in first use and then the immobilized lignin peroxidase ability reduced to 16.11% dye removal after four uses.

التنوع والانتشار الجغرافي لصنف بطنية القدم المائية في حوض نهر ديالى، العراق == Diversity and geographical distribution of freshwater Gastropods in Diyala river basin , Iraq

اسم المؤلف: خنساء سلمان فرمان
اسم المشرف: عماد الدين عبد الهادي المختار
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: البيئة
الدرجة: دكتوراه
الجامعة: جامعة بغداد
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تم اجراء الدراسة الحالية للتعرف على التنوع الاحيائي والتباين المظهري لصنف بطنية القدم المائية في حوض نهر ديالى في العراق ولهذا الغرض تم اختيار 10 مواقع موزعة على قطاعين : القطاع الشمالي ويتمثل منطقة شمال سد وبحيرة حمرين ويشمل : موقع بحيرة دربنديخان Dar , موقع مدينة كلار Kal , موقع رافد الوند في مدينة خانقين Wan وموقع مدينة جلولاء Jal . القطاع الجنوبي ويتمثل بجنوب سد وبحيرة حمرين ويشمل : موقع بحيرة حمرين Him, موقع ناظم الصدور Sud , موقع جدول مهروت Mah في مدينة المقداديه , موقع مشروع الخالص الاروائيKha , موقع جدول السارية Sar وموقع مدينة بعقوبة Baq . ناولت الدراسة التعرف على العوامل الفيزيائية والكيميائية والتي شملت : درجة الحرارة , الاس الهيدروجيني , تركيز الاوكسجين المذاب , التوصيلية الكهربائية , سرعة التيار , تركيز الكالسيوم , نسبة المواد العضوية ونسجة القاع لمواقع الدراسة . جمعت عينات شهرية لبطنية القواقع المائية عن طريق اسطوانة جمع العينات من المواقع للفترة من نيسان 2013 - كانون الثاني 2014 عدا الموقعين دربنديخان وكلار حيث جمعت العينات فقط خلال شهري ايلول وتشرين الاول 2013 . وتم تشخيص العينات بالاعتماد على النماذج المحفوظة في متحف التاريخ الطبيعي البريطاني . تم حساب الكثافة والوفرة النسبية والتردد لكل نوع خلال فترة الدراسة كما شملت قياس التباين المظهري للانواع المشتركة بين القطاعين . والارتباط بين العوامل البيئية والانواع وبين الانواع بالاضافة الى قياس التماثل بين الجماعات السكانية للمواقع . تراوحت قيم درجة الحرارة للمياه المسجله للمواقع خلال فترة الدراسة ( 10 - 33 )º م واظهرت النتائج عدم وجود فرق معنوي بين المواقع وكذلك بين القطاعين في حين سجلت ظهور فرق معنوي بين الاشهر كما تراوحت قيم الاس الهيدروجيني ( 6.6 - 8.1 ) مع انها تميل الى ان تكون قاعدية في اغلب المواقع كما اظهرت عدم تسجيل فرق معنوي بين القطاعين . ظهر من قيم الاوكسجين الذائب الذي تراوح بين ( 6.1 - 10.7) ملغم /لتر ان المواقع ذات تهوية جيده وبين التحليل الاحصائي عدم وجود فرق معنوي بين القطاعين في حين سجل وجود فرق معنوي بين القطاعين في قيم التوصيلية الكهربائية التي تراوحت بين ( 1530 - 450) مايكروسيمنز /سم , كما اظهرت النتائج وجود فرق معنوي في سرعة الجريان بين المواقع حيث تراوحت بين اعلى قيمة سجلت في موقع كلار 1.3 م/ثا الى اوطئ قيمة سجلت في الصدور والتي تقدر 0.08م/ثا الا انها لم تسجل فرق معنوي بين القطاعين في اغلب اشهر البحث . كما تضمنت الدراسة قياس بعض العوامل مختبريا منها تركيز الكالسيوم في المياه حيث سجلت تراكيز عاليه في الموقعين الوند وبعقوبه مقارنة بالمواقع الاخرى حيث بلغت 210 ملغم /لتر في حين بلغت سجلت اقل تركيز في الصدور 41 ملغم / لتر وسجلت وجود فرق معنوي بين المواقع وكذلك بين القطاعين في اغلب الاشهر , كما تراوحت نسب المادة العضوية في رواسب القاع بين ( 0.6 - 4.1) % مع تسجيل فرق معنوي بين القطاعين , تباينت نسجة القاع بين مواقع الدراسة مزيجيه طينية رمليه للمواقع دربنديخان والوند وجلولاء وعرينيه طينية في كلار ومزيجيه رملية في حمرين في حين كانت طينية في الموقعين الخالص والسارية ومزيجيه في مهروت وبعقوبه . تم خلال فترة الدراسة تشخيص 12 نوع تنتمي الى 8 عوائل وشملت : عائلة Neritidae تضمنت نوعين Theodoxus jordani وNeritina mesopotamica , عائلة Valvatidae شخص Valvata saulcyi وعائلة Viviparidae تم تشخيص Bellamya bengalensis وكما تم تشخيص الانوع Melanopsis costata , M.nodosa , M. subtingitana وM. preamorsa التي تنتمي الى عائلة Melanopsidae وMelanoides tuberculata من عائلة Thiaridae وLymanaea natalensis من عائلىة Lymnaedae وPhysa acuta من عائلة Physidae وPlanorbis gibbonsi من عائلة Planorbidae . وقد بينت النتائج ظهور Physa acuta في جميع المواقع في كما سجل الموقع Dar اعلى كثافة لمجموع الافراد والموقع Jal. اقلها في حين سجلت T.jourdani هي اكثر الانواع كثافة مقارنة مع الانواع المدروسة الاخرى . كما اظهرت النتائج ان اعلى كثافة للانواع تكون في اشهر الخريف والربيع ولكنها تنخفض في اشهر الصيف والشتاء كما اظهر تحليل الارتباط بين الانواع والعوامل البيئية بان كثافة الانواع لا تتاثر بتركيز الكالسيوم في حين هناك تباين في استجابة الانواع لبقية العوامل التي تمت دراستها تم دراسة التباين المظهري للغلاف باستخدام تقنية المقياس المظهري الهندسي . حيث اجريت المقارنة بين الانواع المشتركة بين القطاعين الشمالي والجنوبي لقياس الاختلاف في الحجم لمركزي والتماثل لحجم وشكل الغلاف للانواع المشتركة Theodoxus jordani , Melanopsis preamorsa , Lymnaea natalensis , Physa acuta وPlanorbis gibbonsi واظهرت النتائج وجود فرق معنوي في الحجم المركزي للانواع T. jordani ، P.acuta ، M.preamorsa وLymnaea natalensis كما سجلت نتائج التماثل الشكلي وجود تباين معنوي في التماثل لحجم الغلاف للنوع P. acuta. | The present work was conducted to study the biodiversity and the shell’s morphological variation of the Freshwater Gastropods in Diyala River basin northeast Iraq. For this purpose 10 sites were selected within two sectors of the River basin. A northern sector, represented the area north of Himreen’s dam and lake, including : Darbandikhan lake site (Dar); Kalar town site (Kal); Alwand tributary site in Khanaqin (Wan); Jalula city site (Jal). The Southern sector represented the area below Himreen’s dam and lake : Himreen lake site (Him); Al Sudor regulatory Dam site (Sud); Mahroot stream site at Moqdadia city (Mah); Al Khalis irrigation canal site (Kha); Al saria stream site (Sar); and Baqubah city site (Baq). Physical and chemical properties at the study sites were measured. These included : water temperature, pH, Dissolved Oxygen Concentration, Electrical Conductivity, Current Velocity, Calcium Concentration, sediment organic matter content and bottom Sediment particle size. Gastropods samples were collected monthly by a cylinder sampler from all sites for the period April 2013 through January 2014, with a small exception regarding Darbandikhan and Kalar sites. Gastropods species identification was aided by consulting preserved material at the British Natural History Museum (NHMUK). Occurrence, population density and relative abundance of each species were calculated. The morphological variation of the gastropod shells collected from different area sectors within the River basin were also determined. Correlation between gastropod species and the environmental factors were also recorded, in addition to investigating similarities between the studied sites in environmental factors and species density. Values of water temperature ranged between (10 - 33) ºC. No significant difference between sites nor between sectors, but only between months was detected. Values of the pH ranged between (6.6 - 8.1), tending to be alkaline at most sites. These values showed significant difference between the two sectors. The dissolved oxygen values ranged between (6.1 - 10.7) mg /l indicating good oxygenation with no significant difference between sites of the two sectors. However, electrical conductivity EC values ranged between(450 - 1530) µs/cm. A significant difference was revealed between the values of the two sectors, highest value of Current velocity was recorded at Kalar (1.3 m/sec.) and the lowest value was recorded at Al Sudor(0.08 m/sec.), but these records showed no significant difference between the two sectors in most months. Calcium concentration in the water showed presence of high concentrations (210 mg/l) at sites Al wand and Baqubah. While the lowest concentration (41 mg / L) was recorded at Al sudor, but no significant difference between sites or between sectors was evident in most months.Sediment content of organic matter ranged (0.6 - 4.1)% showing significant difference between the northern and southern sectors. Bottom sediment particle size and texture varied from sandy - clay - loam at sites Darbandikhan, Al wand and Jalula, to silt - clay at Kalar, sandy - loam at Himreen, clay at Khalis and Alsaria, and loamy at Mahroot and Baqubah. A total of twelve species of gastropods belonging to eight families were identified. Family Neritidae included two species Theodoxus jordani and Neritina mesopotamica; family Valvatidae included Valvata saulcyi; family Viviparidae included Bellamya bengalensis; family Melanopsidae included Melanopsis costata, M.nodosa, M. subtingitana and M .preamorsa; family Thiaridae included Melanoides tuberculata; family Lymnaedae included Lymanaea natalensis; family Physidae included Physa acuta; and family Planorbidae included Planorbis gibbonsi. Results showed that Physa acuta was present at all sites. while Theodoxus jordani was the highest density recorded. The highest density of the total individuals was recorded at Darbandikhan and the lowest was at Jalula site. The results showed that highest density of Gastropods population was recorded in Spring and Autumn months and decline in Winter and Summer months The correlation analysis between species and environmental factors showed that population density of species was not affected by the concentration of calcium while there was evident variation in the response of species to most other environmental factor. The variation in shell morphological features was investigated using Geometric Morphometric technique. Specimens from northern and southern sectors were compared to detect differences in the centroid size, symmetry of shell shape and size for shells of the most common species : Theodoxus jordani, Melanopsis preamorsa, Lymnaea natalensis, Physa acuta and Planorbis gibbonsi. Results showed variation existed in centroid size for Teodoxus jordani ,Melanopsis preamorsa , Lymnaea natalensis and Physa acuta , but the analysis of symmetry in shell size and shape for the recorded species showed significant variance in the shell size of P.acuta only.

الخصائص الحيوية والجزيئية والفعالية ضد الميكروبية للنايسين المنتج من قبل بكتريا subsp. lactis Lactococcus lactis المعزولة من الحليب الخام == Biological, Molecular characteristics and antimicrobial activity of Nisin produced by Lactococcus lactis subsp. lactis Isolated from Raw Milk

اسم المؤلف: خالد اسماعيل عزيز
اسم المشرف: رجوة حسن عيسى الربيعي | زيرك فقى احمد عبد الرحمن
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: العربية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تمت جمع مائة وخمسة واربعون نموذجا من الحليب الخام خلال فترة ما بين تموز الى التشرين الثانى لعام 2013 فى مزارع تربية المواشي لمحافظة اربيل ودهوك .اسفرت النتائج عن الحصول على 45 عزلة من بكتريا L. lactis subsp. lactis تمت تشخيص هذه العزلات باستخدام الصفات المجهرية , المظهرية , البايوكيميائية ,API 20E SYSTEM بالاضافة الى تقنية الـ PCR . اختبرت فعالية العزلات لبكتريا L. lactis subsp. lactis تجاه ثلاثه عشر نوعا من المضادات الحيويه وتباينت العزلات فيما بينهما من حيث استجابتها لاختبار الحساسية وعدد منها مقاومة كالاتي : Cephalothin, Ampicillin, Amoxicillin/ Clavulanic acid, Sulfamethoxazole/Trimethoprim, Cefotaxime, Clindamycin, Ceftriaxone, Nitrofurantoin, Gentamycin, Vancomycin, Ciprofloxacin, Chloramphenicol, and Imipenem.، ونسبة المقاومة كالاتي : 95.55%, 93.33%, 93.33%, 91.11%, 84.44%, 77.77%, 71.11%, 62.22%, 53.33%, 40%, 35.55, 24.44%, 2.22%. على التوالي.اظهرت نتائج جميع العزلات فعالية عالية ضد خمسة انواع من البكتريا المرضية وهى : E. coli, B. subtilis, P. aeruginosa, C. perfringes and S. aureus باستعمال تقنية طريقة الانتشار بالحفر. اظهرت العزلة 41 و15 فعالية عظمى (16mm) (20mm) ضد بكتريا S. aureus وB. subtilis بينما اظهرت العزلة 20 فعالية كبيرة (13mm) ضد بكتريا aeruginosa P.. عموما فان البكتريوسين لجميع العزلات المذكورة كانت فعالة ضد البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة كرام .ايضا تم استخدام النايسين النقي ضد خمسة انواع من البكتريا المرضية واظهرت النتائج بان مناطق التثبيط كانت 18، 22، 14، 13 و15 ملم ضد كل من S. aureus، B. subtilis، C. perfringens، E. coli وP. aeruginosa على التوالي.درست تاثير الاس الهايدروجينى،الحرارة والاشعة الفوق بنفسجية على فعالية نايسين للعزلات 10، 26 و42. اظهرت النتائج بان مستخلص نايسين لعزلة L42 كانت اكثر فعالية عند الاس الهايدروجينى 2.5 والحرارة - 4 م ضد البكتريا المرضية. لم يظهر مستخلص النايسين اى فعالية ضد البكتريا المرضية عند تعريضه للاشعة الفوق بنفسجية مبينا التاثير السلبى لهذه الاشعة على فعالية البكتريوسين.تم اختيار العزلة اكثر مقاومة للمضادات الحيوية (L42) لاجراء عملية التحول وذلك لتحديد مواقع الجينات مانحة المقاومة للمضادات الحيوية باستخدام عملية التحول الوراثي باستعمال بكتريا coli DH5 - α E. الخالية من البلازميدات مع البلازميد المنقى من العزلة L42. تم اجراء عملية التحول بنجاح واظهرت النتائج بان جينات : Chloramphenicol, Nitrofurantoin, Cefotaxime, and Vancomycin كانت واقعة على البلازميد بينما البقية كانت واقعة على الكروموسوم. تم تحديد التركيز المثبط الادنى للنايسين واظهرت النتائج بان MIC للنايسين بالنسبة لبكتريا aureus S. كانت 400µg/ml بينما لبكتريا coli E. كانت 500µg/ml. استخدمت MIC للنايسين كعامل تحييد للسيطرة على جينات مانحة المقاومة للمضادات الحيوية لنوعين من البكتريا المرضية وهى aureus S. وcoli E.. كشفت النتائج بان الجينات منحت المقاومة لـ AMP, OXA, TET, C, CTX, SXT, AK, CFM, تم تحييدها بنسبة 61.5% بينما فى بكتريا coli E. تم تحييد الجينات لـLEV, MEL, NOR, and SXTبنسبة 31%. تم دعم النتائج عمليتي التحول والتحييد باستخدام تقنية الترحيل الكهربائى للهلام. | In this study a total of one hundred forty five raw milk samples were collected during the period of (July to November, 2013) from different fields in Erbil and Duhok province. Screening revealed that 45 out of 145 samples of raw cow milk (31%) were L. lactis subsp. lactis. Characterization of these selected isolates were carried out using morphological, microscopical, biochemical characteristics, API 20 system and further confirmation were achieved by PCR assay.Antibiotic sensitivity test performed for L. lactis subsp. lactis against thirteen antibiotics which include Ampicillin (AMP), Amoxicillin/ Clavulanic acid (AMC), Imipenem (IMP), Gentamycin (GM), Sulfamethoxazole/Trimethoprim (SXT), Cephalothin (CEP), Clindamycin (CLIN), Nitrofurantoin (F), Ciprofloxacin (CIP), Ceftriaxone (CRO), Chloramphenicol (C), Cefotaxime (CTX), and Vancomycin (VAN). The isolates appeared to be varied in their resistance, the number and resistance percent for antibiotics used CEP, AMP, AMC, SXT, CTX, CLIN, CRO, F, GM, VAN, CIP, C, and IMP were as follow 95.55%, 93.33%, 93.33%, 91.11%, 84.44%, 77.77%, 71.11%, 62.22%, 53.33%, 40%, 35.55%, 24.44%, and 2.22% respectively.All supernatants were isolates exhibited marked activity against five pathogenic bacteria includes S. aureus, B. subtilis, C. perfringens, P. aeruginosa, and E. coli using agar well diffusion method. Isolate 15 and 41 exert maximum activity (20 mm) and (16 mm) against B. subtilis and S. aureus. Whereas isolate 20 showed highest activity (13 mm) against P. aeroginosa. Generally, all aforementioned isolates were active against gram positive and Gram negative bacteria. In addition, the effect of pH, temperature and UV light were studied on nisin activities of L10, L26 and L42 against some pathogenic bacteria. The results showed that nisin extract of L42 displayed highest activity at pH 2.5 and temperature at - 4 °C against pathogenic bacteria under study. Under UV light wavelength all nisin showed low or no activity against different pathogenic bacteria selected in this study.Also a pure nisin was used against five pathogenic bacteria and the results shows that the inhibition zones were 18, 22, 14, 13 and 15 mm against each of S. aureus, B. subtilis, C. perfringens, E. coli and P. aeruginosa respectively.One highly resistance isolate was chosen (L42) for transformation test to determine the location of the antibiotic resistance genes by genetic transformation process using the laboratory strain E. coli DH5 - α with plasmid DNA purified from this isolates. The transformation process conducted successfully and the results showed that the resistance genes for F, C, CTX, and VAN were located on plasmid DNA. While for others were located on chromosomal DNA.Minimum inhibitory concentrations were tested for nisin and the results revealed the MIC of nisin for S. aureus was 400 µg/ml while for E. coli was 500 µg /ml. MIC of nisin was used as curing against to control the antibiotic resistance genes in two pathogenic bacteria represented by E. coli and S. aureus. The results showed that the genes encoding resistance to AMP, OXA, TET, C, CTX, SXT, AM, and CFM were cured and the percentage of curing was 61.5%. Whereas for E. coli the gene of LEV, MEL, NOR, and SXT were cured with 31%. The above results of both transformation and curing process were supported with gel electrophoresis.

تثبيط تكوين biofilm لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من سرطان القولون والمستقيم والتهاب القولون التقرحي باستخدام جسيمات النانو لاكسيد الحديد المتراكبه

اسم المؤلف: حنان طارق صبحي
اسم المشرف: خضر حسن علي الجوراني
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تعد بكتريا Pseudomoas aeruginosa ممرضة انتهازية تنتشر الاصابة بها في المرضى الذين يعانون تدهورا مناعيا ان دور هذه البكتريا في التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم لم يتم التطرق اليه.وهذا ماتتطرق اليه هذه الدراسة في جزء منها يعاني مرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم تغير في التعبير عن مستضدات مجموعة الدم ABO ومجموعة دم لويسLewis في ميوسين الخلايا الظهارية القولونية وهذا ما يوفر بيئة لالتصاق البكتريا . تؤشر الدراسة الحالية دور الاستيطان البكتيري لهذه البكتريا لنسيج القولون في كلا المرضين وارتباط ذلك بمجموعة الدم ومجموعة دم لويس اضافة الى دور مجموعة دم لويس في المشاركة في انشاء الغشاء الحيوي البايوفيلم biofilm لهذه البكتريا .تشير نتائج عزل بكتريا Pseudomoas aeruginosa انه من بين 38 اصابة تم عزل البكتريا بنسبة 23% p=2.6×10 - 6 , من مرضى السرطان اضافة الى عزلها بنسبة p=7.35 ×10 - 5 , 25% من مرضى التهاب القولون التقرحي. اظهرت نتائج تنميط مجموعة لويس بوجود عالي لمجموعة دم لويس بي Leb (78.9%) p=3.45×10 - 12 في المرضى مقارنة بالسيطرة من جانب اخر اثر ارتفاع نسبة مجموعة الدم Aفي المرضى الا ان التحليل الاحصائي لم يظهر تغيرا معنويا .P=0.1 (×̅=45%)وفي جانب دراسة تكوين العزلات للغشاء الحيوي بارتباطها في الميوسينات اللعابية المغطية لحفر الاطباق فقد اكدت النتائج ان جميع العزلات كانت لها القدرة على تكوين البيوفلم مع زيادة كتلة بيوفيلم على لعاب مجموعة الدم لويس للافراد الاصحاء المغطية ل 96 حفرة .microtitration plate وتغاير تكوين العزل للرقيق الحيوي اعتمادا على نوع الضرب المعزول وقد اثر التركيز المثالي المغطي coating concentration للميوسينات اللعابية بان تخفيف1\16للعاب.وفي جانب اخر من الدراسة فقد تم تحضير الجسيمات النانوية وتم ربطها بنضائد واستعملت تلك في مسح قابلية تلك التحضيرات على تثبيطها للغشاء الحيوي حيث جرى تحضير الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد (IONP) باستخدام طريقة coprecipitation وفي هذا الجانب فقد تم تقدير حجم الجسيمات النانوية naked iron oxide باستعمال مجهرالقوة الذرية (Atomic Force Microscope) AFMوالتحليل الكيميائي للجسيمات النانوية باستخدام جهاز التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء FTIR) ) Fourier Transform Infrared Spectroscopy واتضح ان معدل قطرحجم الجسيمات لاكسيد الحديد النانوية 85.09 نانومتر في حين اظهرت التحضيرات النانوية - المنضدة Liganded - nanoparticles مايلي اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان (chitosan) متوسط قطر85.14 نانومتر. اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين(glucosamine) متوسط قطر 89.71 نانوميتر بينما اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري (polysaccharide) 107.20 نانومتر. تم تحديد احجام للجسيمات النانوية - الميوسين ايضا.حيث اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis a بمتوسط قطر 91.46 نانوميتر ، الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis b 93.18 نانوميتر بينما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الفارزة كان متوسط قطرها 80.23نانوميتراما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الغير فارزة كان متوسط قطرها 103.46نانوميتر.وقد اظهرت نتائج التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء (FTIR) على قابلية ارتباط النضائد بالجسيمات النانوية بين اكسيد الحديد والجتوسان، الكلوكوزامين، عديد السكرايد البكتيري والميوسين اللعابي لمجموعة الدم لويس. حيث اظهرت الجسيمات النانوية لاكسيد الحديد ارقام موجية منخفضة بين 850 و400 سم - 1 قادمة من الاهتزازات للاصرة Fe - O بينما اعطى اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان امتصاص عند 1111 سم - 1 (COC) ، اختفاء الاصرة C - N وتغير الاصرة C - H من الموقع 2839 سم - 1 الى 3196 سم - 1, تغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1614 سم - 1.اما اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين اظهرت اختفاء الاصرة C - N , تغير الاصرة C - O - C من الموقع1031سم - 1 الى1099 سم - 1 وتغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1541 سم - 1 وظهور مجموعة OH في الموقع 3377 سم - 1.وفي جانب اخر اظهرت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري ظهور الاصرة C - ONH2 في الموقع 1649 سم - 1 والاصرة N - H 1543 سم - 1. في حين اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a ظهور الاصرتين C= N,C= C في الموقع 1622 سم - 1, 1649 سم - 1 اما بالنسبة للجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis b ظهور الاصرتين C= N, C=C في الموقعين 1612 سم - 1 , 1649 سم - 1 بينما الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - non secretor اظهرت الاصرتين C= N, C= C في الموقعين 1670 سم - 1 , 1647 سم - 1. الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - secretor اظهرت الاصرتين C= N,C= C في الموقعين 1627 سم - 1, 1651 سم - 1. وفي نتائج التثبيط للغشاء الحيوي للبكتريا فقد اوضحت النتائج ان النضائد النانوية لها فعل مثبط لتكوين الغشاء الحيوي . ففي هذا الجانب فان تعرض البكتريا لاكسيد الحديد النانوية ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجيتوسان ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين ,اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين بتركيز 100 ملغم \سنتيمتر مكعب لمدة 24 ساعة خفض انتاج الغشاء الحيوي وكالاتي : الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد اعطت اعلى نسبة تثبيط 52% بينما الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الجتوسان اعطت اعلى نسبة تثبيط 58%(p=0.5) , الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الكلكوزامين اعطت اعلى نسبة تثبيط 39%(p=0.1). الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الميوسين الغير فارزa - b - اعطت اعلى نسبة تثبيط 74% (p=6.8×10 - 3) وفي جانب اخر اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري اعلى نسبة تشجيع بناء 75% (p=0.3).ان النتائج الاصلية المؤثرة في هذه الدراسة والمسجلة لاول مرة اظهرت ان التطبيقات المستقبلية للجسيمات النانوية المغطاة بالنضائد المحضرة في علاج الغشاء الحيوي لبكتريا P. aeruginosa يمكن اعتمادها كطريقة للقضاء على استيطان البكتريا في مرضى التقرح القولوني وسرطان القولون - المستقيم | Pseudomoas aeruginosa is an opportunistic pathogenic bacterium. The infection with the microorganism prevail in immunocompromised patients. The role of P. aeruginosa in ulcerative colitis and colorectal cancer is not studied and this part is dealt with this study. In this regard, Ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer (CRC) patient change the expression of ABO and Lewis blood groups antigens in colon epithelial mucin structure and might furnish an environment for bacterial attachment. The present study aimed to pinpoint a role for P. aeruginosa in colonization of colon tissue in both diseases in relation to ABO and Lewis blood groups. In addition the involvement of Lewis blood group molecule in biofilm formation was investigated. In an another part of the study a specific liganded - nanoparticles prepared were screened for inhibition of such biofilm. Isolation of the bacteria from direct biopsy samples of UC and CRC indicated that, out of 38 cases collected, 9 isolates were found to be P. aeruginosa 6 (23%) p= 2.6×10 - 5 in colorectal cancer cases and 3 (25%) p= 7.35×10 - 6 in ulcerative colitis. Patient Lewis typing revealed that Leb prevailed among patient giving a (78.9%) results and was highly significantly (p=3.45˟ 10 - 12) compared with control (29.7%). Blood group (A) seem to be highly prevalent but not significant (p=0.193) in colorectal cancer and ulcerative colitis patients. All isolates from patients were able to form biofilm with increased biofilm mass on Lewis group saliva of normal individual coated on 96 - wells microtitration plate. The results were variable depending on bacterial strain. An iron oxide nanoparticle (IONP) was prepared using the method of coprecipitation and was used as carrier of different ligands. The naked and coated iron oxide nanoparticles were characterized using Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) and Atomic Force Microscope (AFM). Particle size for naked iron oxide (IONP) was 85.09 nm and for chitosan coated iron oxide nanoparticles the average diameter was 85.14 nm while glucosamine coated iron oxide nanoparticles was in 89.71nm. Bacterial polysaccharide coated iron oxide nanoparticles gave a size of 107.20 nm. Particle sizes for mucin - IONP composite were also determined. Lea - IONP was an average diameter 91.46nm, Leb - IONP was 93.18nm, Lea - b - secretor - IONP was 80.23nm and Lea - b - nonsecretor was in 103.46nm determined by AFM. The Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) analysis indicated successful binding between iron oxide and chitosan, glucosamine, polysaccharide and mucin Lewis groups glycans. Iron oxide nanoparticle showed low wave numbers between 850 and 400 cm - 1 coming from vibrations of Fe - O bonds.Chitosan coated iron oxide gave an absorption line at 1111 cm−1 (C - O - C) bond, and N - H bond at 1614 cm - 1, 1410 cm - 1, C - H bond and 3589 cm - 1 for O - H bond. Glucosamine coated iron oxide demonstrated a characteristic bands such as OH group at 3377 cm−1, C O at 1618 cm−1 and C - O - C at 1099 cm−1 and 1031cm−1 stretching vibration of C - O - C. Polysaccharide appeared to have 1649 cm - 1 (CONH2) and 1543 cm - 1 (N - H) band. While mucin Lea coated iron oxide demonstrated 1622 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C and mucin Leb coated iron oxide gave 1612 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C on the other hand, mucin Lea - b - secretor coated iron oxide showed 1627 cm - 1 1651 cm - 1 C= N, C= C and mucin Lea - b - non secretor coated iron oxide gave1647 cm - 1 1670 cm - 1 C= N, C= C The Fourier transform infrared spectroscopy study analyses confirmed the successful attachment different ligands to the surface of magnetic nanoparticles. In experiments of P. aeruginosa biofilms inhibition by liganded nanoparticles, it was seen that exposure of cells to naked iron oxide, chitosan coated iron oxide , glucosamine coated iron oxide and mucin coated iron oxide at concentrations of 100mg/ml resulted in reduced biofilm biomass in a 24h exposure time. In contrast, polysaccharide coated iron oxide nanoparticle showed increased biofilm formation (75%). Naked nanoparticles resulted in 52% inhibition in biofilm formation, chitosan coated nanoparticles resulted in (58%) inhibition p=0.5, glucosamine coated nanoparticles resulted in (39%) inhibition p=0.1, while mucin coated nanoparticles gave (74%) inhibition p=6.8×10 - 3 especially in non secretor Lea - b - coated nanoparticles and was the best liganded nanoparticles biofilm. Polysaccharide ̶ nanoparticle gave (75%) augmentation p=0.3. The inhibition was seems to be variable between saliva Lewis group tested. The novel findings presented in this study demonstrated the futuristic application of ligands coated iron oxide nanoparticles in treating P. aeruginosa biofilm formation could be an approach to eradicate P. aeruginosa infection which may lead to ulcerative colitis and colorectal cancer patients.

المؤشرات الحيوية في اللعاب والدم في النساء المصابات بسرطان الثدي == Biomarkers in Saliva and Blood of Breast Cancer in Women

اسم المؤلف: ايدن كامل محمد
اسم المشرف: خالد مهدي صالح | ماهرة نوري احمد
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الحيوان
الدرجة: دكتوراه
اللغة: العربية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: يشكل سرطان الثدي المرتبة الاولى من بين اكثر السرطانات شيوعا في العراق، وقد اصبح يشكل اكبر تهديدا لصحة النساء العراقيات. يمتاز سرطان الثدي بكونه مرض شديد التغاير بسبب تنوع خصائصه المظهرية، نتائجه السريرية، وتباين استجابته للعلاجات المختلفة. لذلك فان الدراسة الحالية تحاول ان تضع تصنيف شامل لسرطان الثدي عند النساء العراقيات من خلال تحديد قوة عوامل الخطورة الاكثر شيوعا ، ومستويات بعض الدوال الحيوية قبل وبعد عملية الازالة الجراحية وفيما اذا يمكن الكشف عنها في اللعاب كسائل جسمي تشخيصي بديلا عن الدم.تم تصميم هذه الدراسة لتشمل 181 امراة عراقية من مراكز ومستشفيات الكشف المبكر عن السرطان والامراض النسائية خلال الفترة من تموز 2013 ولغاية تشرين الثاني 2014 . كان عدد النساء السليمة من امراض الثدي 50 امراة ، و131 امراة تعاني من امراض الثدي (111 منهن لديهن سرطان الثدي الخبيث ، والـ 20 المتبقية منهن يعانين من امراض الثدي الحميدة) ، حيث تم تاكيد التشخيص السريري باستخدام تقنية الرشف بالابرة الدقيقة من قبل المتخصصين في هذه المراكز.باستخدام استمارات الاستبيان ، تم الحصول على بيانات التاريخ الطبي لكل النساء المشمولات بالدراسة لتحديد عوامل الخطورة المرافقة لسرطان الثدي كالعمر ، والتاريخ العائلي للمرض ، والعمر عند اول دورة طمثية ، والعمر عند بدا سن الياس ، واستخدام موانع الحمل الفموية ، والحالة الزوجية ، والاجهاض ، والرضاعة ، والتعرض السابق لامراض الثدي والاشعاع ، بالاضافة الى التدخين. كما تم الحصول على بعض المقاييس البدنية كالطول ووزن الجسم ومحيط الخصر والورك لتحديد حالة البدانة لدى كل النساء المشمولة بالدراسة.تم جمع عينات الدم واللعاب من كل النساء لتحديد صنف الدم حسب نظام ABO ونظام لويس وحالة الافراز وكذلك لتقدير مستويات الدوال الحيوية فيهما والتي تضمنت الاسترادايول والبروجيسترون والـCancer Antigen 15 - 3 وCarcinoemberyonic Antigen والبروتين الكلي. اما عينات الخزعة فقد استحصل عليها فقط من النساء المصابات بسرطان الثدي بعد عملية الاستئصال الجراحي واخضعت للفحص الامراضي النسجي والجزيئي لغرض تصنيف السرطان الى انواعه الرئيسية وانماطه الثانوية باستخدام تقنية الكيمياء المناعية النسجية. لقد بينت الدراسة الحالية العديد من النتائج والتي يمكن تلخيصها بما يلي : 1. هناك اربعة عوامل خطورة فقط والتي يمكن الوقاية منها (البدانة وامراض الثدي السابقة واستخدام موانع الحمل والاسقاط) هي التي رافقت بشكل معنوي سرطان الثدي ، في حين سجلت معظم عوامل الخطورة التي لا يمكن الوقاية منها كتاريخ المرض العائلي وحالة اللاافراز وطمث مبكر وسن ياس متاخر زيادة معنوية من خطورة اصابة النساء بسرطان الثدي. ان التاثير التراكمي لعوامل الخطورة هذه اوضح بان 99.1% من النساء المصابات بسرطان الثدي لديهن واحد او اكثر من عوامل الخطورة سواءا تلك التي يمكن الوقاية منها او التي لا يمكن الوقاية منها وبتوشيجات مختلفة بالمقارنة مع 68% من النساء السليمات و75% من النساء المصابات بامراض الثدي الحميدة.2. ان تراكيز جميع الدوال الحيوية المستخدمة في هذه الدراسة قد ارتفعت في دم النساء المصابات بسرطان الثدي عن الحد الاعلى لمدياتها الطبيعية وعن تلك المسجلة عند النساء الطبيعيات والمصابات بامراض الثدي الحميدة ما عدا البروجيسترون الذي بقي تركيزه ضمن الحدود الطبيعية في كل المجاميع. كما تبين بان جميع الدوال الحيوية امكن العثور عليها في عيينات اللعاب وان معامل الجزء اللعابي خاصة للدالتين CA 15 - 3 والبروتين الكلي سجل ارتفاعا معنويا لدى النساء المصابات بسرطان الثدي (14.51% و9.86% على التوالي) بالمقارنة مع (10.65% و2.08% على التوالي) عند النساء السليمات و(12.28% و2.41% على التوالي) للنساء المصابات بامراض الثدي الحميدة .3. بينت الدراسة ان اكثر انواع سرطان الثدي شيوعا عند النساء العراقيات طبقا لتصنيف الامراض النسجية هو السرطان الاجتياحي حيث شكل 92.8% من المجموع الكلي لحالات سرطان الثدي في هذه الدراسة ، والنسبة المتبقية (7.2%) تعود للسرطان الموقعي. في حين اظهر التصنيف الجزيئي بان اكثر الانماط الثانوية شيوعا من السرطانات الاجتياحية هو النمط luminal - like حيث شكل (80.6%) ، واما النسبة المتبقية فشكلت (9.7%) لكل من النمطين HER2 - enriched وbasal - like. وان معظم حالات النمط basal - like كانت من الدرجة الثالثة (90%) بالمقارنة مع 21.7% في حالات النمط luminal - like و10% في النمط HER2 - enriched.4. ان عوامل الخطورة التي لايمكن الوقاية منها هي وحدها التي سجلت ترددات عالية بين حالات النمط basal - like بحيث ان 90% من نساء هذا النمط كن في عمر ما قبل سن الياس ، و70% منهن كان لديهن دورة طمثية غير طبيعية ، و40% منهن لديهن تاريخ عائلي للمرض في اقارب الدرجة الاولى ، و100% من نساء هذا النمط لا يمتلكن صفة الافراز الوراثية. 5. بغض النظر عن البروجيسترون ، فان تراكيز جميع الدوال الحيوية انخفضت بشكل معنوي في عينات الدم واللعاب ولجميع الانماط الثانوية بعد عملية الازالة الجراحية للورم عما كانت عليه قبل الازالة الجراحية ، غير ان حالات النمط basal - like بقيت تراكيز الدوال فيها اعلى وبشكل معنوي عن تلك الموجودة في النمطين الاخرين. 6. على الرغم من ان معامل الجزء اللعابي لكل من الاسترادايول والبروجيسترون والـ CA 15 - 3 لم تتغير قيمته بعد عملية الازالة الجراحية للورم عن تلك المسجلة قبل الازالة الا ان قيمته بالنسبة للدالة CEA (قبل وبعد العملية) ولدالة البروتين الكلي (بعد العملية) قد ازدادت بشكل معنوي في حالات النمط basal - like بالمقارنة مع تلك الموجودة في النمطين الاخرين . يمكن ان نستنتج بان صفة الافراز الوراثية تعد كعامل خطورة قوي لسرطان الثدي خاصة اذراافقتها عوامل خطورة اخرى ، كما ان اللعاب يعد كسائل جسمي تشخيصي يمكن استخدامه للتحري عن العديد من الدوال الحيوية المتعلقة بسرطان الثدي على الاقل للتفريق بين سرطان الثدي وبقية امراض الثدي الحميدة وكذلك بين الانماط المختلفة لسرطان الثدي الاجتياحي. | In Iraq, breast cancer ranks the first among the commonest malignancies, which became one of the major threats to Iraqi female health. Breast cancer is a highly heterogeneous disease due to its diverse morphological features, clinical outcome and response to different therapeutic options. Therefore, the current study attempt to establish a comprehensive classification of breast cancer in Iraqi women via determining the strength of most common risk factors, levels of some biomarkers pre - and post - surgical operation, and whether they are detectable in saliva as an alternative diagnostic fluid as well as of blood. This study has been designed upon 181 Iraqi women in different sites and hospitals for early detection of breast cancer and gynecology Hospital during the period from July 2013 to October 2014. Women involved in this study include 50 healthy, and 131 breast diseased (111 from them are with malignant breast cancer and 20 with benign - breast disease), the diagnosis was confirmed according to the fine needle aspiration (FNA) technique carried out by specialists. By using questionnaire list, clinical history of all women was obtained to determine risk factors associated with breast cancer such as age, family history, age at menarche and menopause, oral contraceptive use, marital status, pregnancy, abortion, breast feeding, previous exposure to breast disease and radiation, as well as smoking. Physical measurements were obtained from all women including height, body weight, waist and hip circumference to determine their obesity status.Blood and saliva samples were collected from all women to determine ABO and Lewis blood groups, secretory status, as well as biomarkers levels including estradiol, progesterone, CA 15 - 3, CEA, and total protein. However, tumor biopsies were obtained only from breast cancer women postoperatively and subjected to histopathological and molecular investigation to classify the major types and subtypes of breast cancer by using immunohistochemistry technique.The present study revealed several results which can be summarized as follows : 1. Only four preventable risk factors (obesity, previous breast disease, oral contraceptive use, and abortion) were significantly (P < 0.05) associated with breast cancer, while most of the non - preventable risk factors including positive family history, non - secretors, early age at menarche and late age at menopause were significantly (P < 0.05) increased the risk in women for getting breast cancer. Furthermore, the accumulative effect of all these risk factors showed that 99.1% of Malignant breast cancer women have combination of one or more risk factors whether they are preventable or non - preventable which are present in different combination in comparison with 68% of normal breast and 75% of benign breast - diseased women.2. The concentrations of all biomarkers investigated in this study were elevated in the blood of malignant - breast women and become higher than those in normal and benign breast diseased women as well as higher than upper limits of their normal range except progesterone which remained within its normal range. Furthermore, all biomarkers were detectable in the saliva samples and the salivary fraction index (Sf %) particularly of CA 15 - 3 and TP were significantly higher in Malignant breast cancer women (14.51%, 9.86% respectively) than those in normal breast (10.65%, 2.08% respectively) and benign breast (12.28%, 2.41% respectively). 3. The most common type of breast cancer among Iraqi women according to histopathological classification was invasive carcinoma (92.8%), while the rest belong to in situ ductal carcinoma (7.2%). Whereas molecular classification showed that the most frequent subtypes of invasive carcinoma among Iraqi women was Luminal - like carcinoma (80.6%), while the rest (9.7%) were recorded for each HER2 - enriched and basal - like. The majority of basal - like cases were found at the 3rd grade (90%) when compared with 21.7% in luminal and 10% in HER2. 4. Non - preventable risk factors recorded high frequency among basal - like cases; 90% of them are at premenopausal status, 70% have abnormal menarche, 40% having first - related women getting breast cancer, and 100% of them are non - secretors.5. In spite of progesterone, concentrations of all other biomarkers were significantly decreased postoperatively in blood and saliva of all subtypes when compared with their concentrations preoperatively, but cases with basal - like carcinoma still have higher concentrations than those in luminal and HER2 whether pre - or postoperatively. 6. Although the salivary fraction of estradiol, progesterone, and CA 15 - 3 didn’t change after surgical removal of tumor from that of preoperatively, its values for CEA (pre - and postoperatively) and total protein (only postoperatively) were significantly increased in basal - like cases in comparison with those in luminal and HER2 subtypes.It can be concluded that secretor status should be considered as a strong risk factor for getting breast cancer particularly when combined with other risk factors, also saliva as diagnostic body fluid is a promised sample to search for several biomarkers related with breast cancer at least to differentiate between breast cancer and other benign breast diseases as well as between the different subtypes of invasive breast carcinoma.

دراسة تشريحية مقارنة لتراكم الصابونيات وتقديرها في نبات Yucca gloriosa Variegata L. الكامل ومزارعه النسيجية

اسم المؤلف: انسام غازي عبد الحليم علي
اسم المشرف: بشرى محمد جابر علوش | كاظم محمد ابراهيم
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: النبات
الدرجة: دكتوراه
اللغة: العربية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: يعد نبات الخنجر الاسباني Yucca gloriosa Variegata L. نبات زينة وطبي مهم, ينمو في المناطق الجافة وشبه الجافة حول العالم. يعد التكاثر الخضري التقليدي للنبات عن طريق العقل والخلفات وسيلة غير كافية نظرا الى الاعداد المحدودة التي يستطيع انتاجها، وعليه توفر تقنية زراعة الانسجة النباتية طريقة بديلة للانتاج التجاري لهذا النبات. ازداد الاهتمام بنبات Y. gloriosa لان جميع اجزاء النبات غنية بالمركبات الستيرويدية التي لها قيمة علاجية واسعة. اجريت الدراسة بهدف اكثار هذا النبات نسيجيا واختبار انتاج الانسجة من الصابونيات الستيرويدية في انسجة الزروعات ومقارنتها مع محتوى هذه المركبات في النبات الكامل باستعمال التحليلات الكروماتوغرافية والمجهر الفلوريسيني والذي يعتبر طريقة جديدة فعالة لتقدير مستوى تراكم المركبات الثانوية واختبار المنتجات النباتية الطبيعية التي تستعمل كعقاقير طبية. لدراسة الاخلاف خارج الجسم الحي اضيفت تراكيز مختلفة من منظمات النمو البنزل ادنين BA)) وحامض النفثالين NAA)) وتداخلهما الى الوسط الغذائي موراشيج وسكوج(MS) لاستحثاث الكالس من الاوراق والبراعم. سجلت النسبة المئوية لاستحثاث الكالس والوزن الطري ولون وبنية الكالس بعد 1.5 و6.0 اشهر من الزراعة. استحث الكالس من اجزاء الاوراق في وسط MS مجهز ﺑ 6 ملغم/لتر NAA. اظهرالتداخل بين 0.2 ملغم/لتر BA و1.5 ملغم/لتر NAA تاثير ملحوظ في نشوء الكالس من البراعم. تم اختبار تاثير اضافة منظم النمو الثايدايازورون (TDZ) ﺑتراكيز مختلفة (0.0, 0.1, 0.5 او (1.0 ملغم/لتر الى وسط MS مجهز ﺑ BAو NAAفي استحثاث الكالس. سجل اسرع نمو واكثر انتاجية للكالس من البراعم في الوسط المجهز ﺑ 0.1 ملغم/لتر BA مع 1.5 ملغم/لتر NAA و1.0 ملغم/لتر TDZ. اظهر TDZ تاثيرا ايجابيا في ٳستحثاث الكالس من البراعم مقارنة مع BA او NAA, واعطت بعض التداخلات تكوين مباشر للافرع الخضرية. تميز الكالس الناتج من البراعم بلونه الٲبيض المائل الى الكريمي وبكونه متراص, بينما كان كالس الاوراق اخضر اللون ومفصص. تم اختبار تاثير عدة تداخلات من BA 3)، 6، 7، 8 او 9 ملغم / لتر) و0.05) NAA، 0.1 او 0.2 ملغم / لتر) في تكوين النبيتات على وسط MS في غضون 12 اسبوعا، كان اعلى تكوين للنبيتات بوجود 9) ملغم / لتر) BA و0.1) ملغم / لتر) NAA . حدد تاثير اندول حمض البيوتريك (IBA) بتراكيز مختلفة في تكوين الجذور. ان افضل تجذيرللنبيتات كان في وسط MS بقوة ½ المجهز ﺑ 1.0 ملغم / لتر IBA. استخلصت وشخصت الصابونيات الستيرودية التايكوجينين والجيتوجينين من اجزاء النبات الكامل (اوراق، جذور وقمم نامية) ومزارعه النسيجية (الكالس، الاجزاء الخضرية التي تم اخلافها بطريقة مباشرة وغير مباشرة، الجذور) من النبات. جرى الكشف الاولي للصابونيات الستيرويدية باستعمال الطبقة الرقيقة الكروماتوغرافية (TLC). كما قدرت الصابونيات الستيرويدية (التايكوجينين والجيتوجينين) باستعمال الكروماتوغرافي عالي الاداء (HPLC). اظهرت مستخلصات الكحول البيوتانولي وجود التايكوجينين والجيتوجينين في كل جزء من النبات ومزارعه النسيجية بمدى يتراوح من 128.29الى409.75 ومن51.04 الى236.62 مايكروغرام/غرام على التوالي. سجلت اعلى قيمة للسابوجينينات sapogenins في اوراق النبيتات المعاد اخلافها بطريقة غير مباشرة. ان كمية هذه المركبات كانت جديرة بالاعتبار في انسجة الكالس المعامل مع TDZ اعتمادا على فترة نشوء الكالس القصيرة (ثلاثة اسابيع). نفذت دراسة تشريحية لملاحظة تراكم الصابونينات في اجزاء النبات الكامل ومزارعه النسيجية باستعمال المجهر الفلوريسيني وتبين بان اعلى تراكم قد ظهر في انسجة اوراق النبيتات التي تم اخلافها بطريقة غير مباشرة وفي انسجة الكالس المستحث نشوءه بمنظم النمو .TDZ سجل تغير في محتوى الصابونيات خلال فترات نمو الكالس المختلفة. | Yucca gloriosa Variegata L. is an important ornamental and medicinal plant, grows in arid and semi - arid regions around the world. Traditional vegetative propagation of the plant by cuttings and offsets is not adequate due to the limited numbers that can be produced. Plant tissue culture technique provides an alternative method for commercial propagation of this plant. The interest in Y. gloriosa increased because all parts of this plant are rich in steroidal compounds that have vast therapeutic values. This study was performed to propagate this plant in vitro and investigate the yield of steroidal saponins in the plant tissue cultures. Comparison of the saponins yield in intact plant and tissues or organs derived from it using chromatographic analysis and fluorescence microscopy was carried out. To search the potential of in vitro rapid regeneration of this plant, different concentrations of 6 - Benzyladenine (BA), 1 - naphthaleneacetic acid (NAA) and combinations of both were assessed for callus induction on leaf and bud explants using Murashige and Skoog (MS) medium. Callus response initiation percentage, fresh weight, texture and color of the callus were evaluated after 1.5 and 6.0 months in culture. The appropriate medium for callus initiation on leaf explants was MS medium supplemented with 6.0 mg/l NAA. A combination of 0.2 mg/l BA and 1.5 mg/l NAA also exhibited a remarkable callus induction on bud explants. Addition of thidiazuron (TDZ), BA and NAA at various concentrations (0.0, 0.1, 0.5 or 1.0 mg/l) were examined for callus initiation. Faster growth and more proliferation of callus on bud explants were observed on MS medium supplemented with 0.1 mg/l BA + 1.5 mg/l NAA + 1 mg/l TDZ. Results showed that TDZ was more efficient for inducing callus than BA or NAA however some combinations gave direct shoot regeneration. Calli derived from bud explants were whitish to creamy and compact, while calli derived from leaf explants were greenish. The influence of different combinations of BA (3, 6, 7, 8 or 9 mg/l) and NAA (0.05, 0.1 or 0.2 mg/l) on shoot proliferation on MS medium were tested. Within 12 weeks, the highest shoot formation was in the presence of BA (9 mg/l) and NAA (0.1 mg/l). The effect of indole - 3 - butyric acid (IBA) at different concentrations on root proliferation was determined. The best rooting of plant microshoots was found in MS medium provided with 1.0 mg/l IBA. The extraction and identification of steroidal sapogenin tigogenin and gitogenin from both intact plant parts (leaves, rhizomes and shoot apices) and tissue cultures (calli, direct and indirect regenerated shoots, rhizomes) of Y. gloriosa Variegata L. were performed. Preliminary identification of steroidal sapogenin was done using thin layer chromatography (TLC). Qualitative and quantitative assessment of steroidal saponins (tigogenin and gitogenin) was also performed by using high performance liquid chromatography (HPLC). The butanolic extracts showed the existence of tigogenin and gitogenin in all plant parts and their tissue cultures ranging from 128.29 to 409.75 and 51.04 to 236.62 μg/g respectively. Maximum sapogenins value was recorded in indirect regenerated shoots. The amount of these sapogenins in callus treated with TDZ was considerable since callus initiated rapidly within 3 weeks. Anatomical study investigating saponins accumulation in both intact plant parts and their tissue cultures were performed using fluorescence microscopy under ultraviolet (UV) to determine the site of saponin accumulation. Histological analysis using fluorescence microscope showed that saponins primarily accumulated in indirect regenerated leaf tissues and in callus treated with TDZ. Saponins levels changed during different periods of callus growth

دراسة بيئية وامراضية على جرثومة كليبسيلا في عينات سريرية ونهر دجلة في بغداد == Environmental and Pathogenic Study on Klebsiella Spp. in Samples Collected from Patients and Tigris River at Baghdad

اسم المؤلف: افراح فهد عبد الكريم
اسم المشرف: كاظم هاشم ياسين الاعرجي | كفاح احمد جاسم
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الاحياء المجهرية
الدرجة: دكتوراه
اللغة: العربية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تفرعت الدراسه الحاليه خطين رئيسيين.تضمن الخط الاول تقييم نهر دجله ضمن محافظة بغداد من خلال دراسة العوامل الفيزيائيه والكيميائيه والبايولوجيه والتي لها تاثير على نوعية مياه نهر دجله بينما تضمن الخط الثاني دراسه جزيئيه لبعض عوامل الضراوه، المقاومه للمضادات الحيويه وانتاج الغشاء الحيوي لبكتريا K. pneumoniae والمعزوله من مصادر سريريه وبيئيه. محطات الدراسه تضمنت ثلاثة مواقع على نهر دجله ضمن مدينة بغداد، الموقع الاول يقع شمال مدينة بغداد والتي تقع شمال منطقة الكريعات بالقرب من جسر المثنى، والموقع الثاني يقع قرب مدينة بغداد الطبيه قرب جسر باب المعظم بينما يقع الموقع الثالث الى الجنوب بالقرب من جسر الجادريه. جمعت عينات شهريه من المواقع المذكوره انفا والواقعه على نهر دجله ابتداءا من تشرين الثاني/2013 ولغاية تشرين الاول/2014 . فضلا عن ذلك جمعت عينات سريريه من عدة مستشفيات في بغداد وباستخدام حاويات معقمه. اظهرت النتائج ان قيم درجات الحراره لمياه نهر دجله تراوحت بين (9 - 31 م◦) وهذا من صفات جو العراق والذي يتميز بتقلبات موسميه بدرجات الحراره من جهه وبتغيرات يوميه من جهه اخرى، كانت دالة الحامضيه لمياه النهر تميل للقاعديه الخفيفه وتراوحت بين (6.1 - 8.7) مع ظهور حامضيه خفيفه في الموقع الثاني وقد يعود السبب في ذلك الى مخلفات مدينة الطب والتي تدل على وجود تلوث. تراوح تركيز الاوكسجين المذاب بين (6.6 - 9.9 ملغم/لتر) وهذا يظهر ان مياه نهر دجله جيدة التهويه وكذالك اظهرت النتائج ان المتطلب الحيوي للاوكسجين كان ضمن الحدود المسموح بها دوليا ومحليا حيث تراوحت قيمته بين (0.8 - 3.5 ملغم/لتر). العكوره تظهر مدى شفافية المياه وقد تراوحت قيم العكوره لمياه النهر مابين (16 - 102 نفلوميتر) وسجلت الدراسه ارتفاع ملحوظ في قيم التوصيليه الكهربائيه (651 - 1170 ملغم/لتر). كذلك وجد ان قيم المواد الصلبه الذائبه تراوحت بين (406 - 751 ملغم/لتر) وكان لتاثير الفصول عليها اكثر من تاثير المواقع. بينما سجلت الملوحه تركيز (0.72 - 0.39ملغم/لتر). سجلت النتائج لتركيز المعادن الثقيله ما بين (0.001 - 0.6 ملغم/لتر)،(0.00 - 0.25 ملغم/لتر) لكل من الحديد والزنك على التوالي، معدل التراكيز لهذه المعادن اظهر تغايرا شهريا خلال مدة الدراسه حيث كانت معدلات الحديد متجاوزه الحدود المسموح بها دوليا بينما معدلات الزنك ضمن الحدود المسموح بها. تراوحت قيم الفوسفات لنهر دجله مابين (0.11 - 0.37). من جهه اخرى كانت نتائج الدراسه البكتريولوجيه قد سجلت معدلات مرتفعه لكل من العدد الكلي الحي للبكتريا واعداد بكتريا القولون الكليه واعداد بكتريا القولون البرازيه والتي تجاوزت الحدود المسموح بها دوليا ومحليا والتي كانت دليل على وجود تلوث احيائي وقد سجلت القيم ما بين (195 - 8200CFU/ml ) ، (3625 - 160000 cell/100ml ) ، (24000 - 142500 cell/100ml ) على التوالي. جمعت 75 عزله بكتيريه تابعه للجنس Klebsiella spp. وتوزعت مابين 40 عزله بيئيه و35 عزله مرضيه، شخصت العزلات بانها : K. pneumoniae (40), K. oxytoca (8), K. terrigena (7), K. ornitholytica (5) اعتمادا على الخواص الزرعيه، المجهريه والكيموحيويه وقد تم تاكيد التشخيص باستخدام نظام API - 20E وVITEC2 systemقد تم عد البكتريا باستخدام طريقة الترشيح الغشائي وباستخدام وسط انتقائي.تم تحديد حساسية العزلات تجاه (23) مضاد حيوي واظهرت النتائج بصوره عامه مقاومه العزلات لاغلب المضادات المستخدمه كما اظهر التحليل الجزيئي ان عزلات K. pneumoniae كانت حامله لجين CTX - M gene والذي له علاقه بمقاومة مضادات البيتالاكتام حيث اظهر تفاعل تضخيم السلسله PCR حزمه واضحه وبحجم (551 bp) فضلا عن ذلك تم دراسة جين aac(3) - II والذي يتعلق بمقاومة مضادات الامينوكلايكوسايد وباستخدام PCR حيث ظهرت حزمه واضحه بحجم (877 bp) . درست قدرة البكتريا على تكوين الغشاء الحيوي باستخدام ثلاثه طرق مختلفه وقد اظهرت النتائج ايجابيه الفحص وكذلك تم تضخيم جين mrkD والذي يعتبر تحت الوحدة المسؤله عن الاتصاق للنوع الثالث من الاهداب واظهر PCR حزمه بحجم (966 bp). عوامل ضراوه اخرى درست جزيئيا لهذه البكتريا وذلك باستخدام تفاعل تضخيم السلسله تضمنت rmpA , magA وkfu وهي جينات مسؤله عن تكوين الكبسوله وحوامل الحديد وكذلك تم تضخيم جين 16SrRNA وذلك باستخدام conventional and real time PCR وذلك من اجل تشخيصها جزيئيا واظهرت النتائج حزم واضحه بحجم (535 bp) لجين rmpA، (797bp) لجين kfu و(160 bp)عند استخدام برايمر متخصص لجين 16SrRNA بينما لم تظهر اي حزمه عند تضخيم جين magA. | The present work was branched into two line first line aim to study Tigris River within Baghdad City to assess Physical, chemical and biological characteristics of water river that influence water quality of the Tigris River. The second line conducted to study molecular characterization of virulence factor, antibiotic resistance genes and biofilm formation of K. pneumoniae isolated from clinical and environmental sources. The study area included three stations on Tigris River Within Baghdad city, the first was located at North of Baghdad in the northern area of Ghera'att City, and the second at middle part in the area Baghdad medical city, whereas the third station located at South part in the area near Al - Jadiriah Bridge. Monthly samples were collected from three station located on Tigris river, from November 2013 to October 2014. In addition Samples were collected from different Hospital’s Environment and patients by using sterile containers.Results obtained showed that temperature value of Tigris water has ranged between (9 - 31 Cº) the climate of Iraq recognized with seasonal fluctuation from one side and day and night fluctuation from other side. The degree of pH in Tigris River tend to be light alkalinity as it ranged between (6.1 - 8.7) with slightly acidic at station2 and this may be due to the effect of medical city discharge that indicate presences of pollution. The concentration of dissolved oxygen was ranged between (6.6 - 9.9) mg/l and it seems that the water of Tigris is ventilated well. The results showed that values of BOD5 ranged between (0.8 - 3.5 mg/l.) which is within the International allowable levels. The Turbidity reflects the transparency in water, the Turbidity's values ranged between (16 - 102) NTU. The results showed that there is a noticeable raise in value the electrical conductivity that recorded between (651 - 1170) mg/l. It is found that the total dissolved solids values were affected by its seasons more than by its locations, It was recorded higher and lower values of (TDS) (406 - 751) mg/l. whereas the salinity recorded (0.72 - 0.39 ppm) .The results showed that concentrations of heavy metals iron and zinc were varied between 0.001 - 0.6 mg/l and 0.00 - 0.25 mg/l respectively. Mean concentrations of these metals in Tigris River showed monthly variations during the study period and the Fe values exceeded the International allowable levels while Zn within permissible limit for Iraqi and WHO standards for river system maintains. Phosphate values ranged between (0.37 - 0.11). On the other side, The bacteriological studies indicated a high level of total viable bacterial counts in water of the three stations and were between (195 - 8200 C.F.U/ml), While the total coliform and faecal coliform counts exceeding acceptable limits are indicative of pollution that recorded (3625 - 160000 cell/100ml ) and (2400 - 142500 cell/100ml) respectively.A total of 75 klebsiella spp. isolates had been collected and distributed between 40 environmental isolates and 35 clinical isolates. Isolates were identified as K. pneumoniae (40), K. oxytoca (8), K. terrigena (7) and K. ornitholytica (5) depending on cultural, microscopical, biochemical characteristics, API 20E and VITEK 2 system. Enumeration of klebsiella sp from water samples had been made by using membrane filtration technique with selective media. The results of Antibiotic susceptibility of K. pneumoniae isolates against (23) antibiotic declared that, generally, the isolates were resistant to the most antibiotics used and molecular analysis showed that all isolates were carrying CTX - M gene concern β - lactam group with PCR product band of molecular size 551 bp and aac(3) - II gene which concern with aminoglycosids group resulting in PCR product with band of molecular size 877 bp.Biofilm formation assay was determined through three different methods and the results showed the ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm, also mrkD gene which is adhesive subunit of type3 fimbriae that play important role and mediated biofilm formation had been amplified and results PCR product with band of molecular size 966 bp. Another virulence factor of K. pneumoniae isolates was studied molecularly by using (PCR), magA, rmpA, kfu and for further diagnosed molecularly 16S rRNA genes were amplified using conventional and real time PCR, the results showed that the isolates of K. pneumoniae gave a clear band with a molecular size 535bp for rmpA, 797bp for kfu and160 bp when PCR was performed with the primer that target the 16S rRNA.while no bind had been obtained for magA

دور هرمون الانتي - موليرين وبعض الانزيمات التكاثريه في نوعية السائل المنوي في المرضى غير الخصبين == The Role of Anti - Mullerian hormone )AMH), and some reproductive enzymes on Semen Quality in Infertile Male Patients

اسم المؤلف: اسمهان عدنان عباس النقيب
اسم المشرف: صباح عبد الرضا العبيدي | محمد باقر محمد رشاد فخر الدين
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الحيوان
الدرجة: دكتوراه
الجامعة: جامعة بغداد
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: يحتوي كل من مصل الدم والسائل المنوي على مجموعة متنوعة وكبيرة من الهرمونات والانزيمات والتي لم يعرف موقع انتاجها بشكل واضح. حيث تعد مستويات الانزيمات في السائل المنوي مهمة جدا لعملية التمثيل الغذائي فضلا عن دورها في وظائف الحيوانات المنويه ,نذكر منها الهرمون المضاد لقناه مولر) (Anti - Mullerian Hormone وانزيم الاروماتيز ( (Aromataseاو السايتوكروم 450 (Cytochrome450) وانزيم الكرياتين كاينيز (Creatine Kinase) واخيرا الكاما كلوتاميل ترانس ببتايديز(Gamma Glutamyl Transpeptidases). لذلك كان الهدف من الدراسه هو التقصي عن مستوى ودور كل من الهرمون المضاد لقناه مولر (Anti - MullerianHormone) وانزيم الاروماتيز(Aromatase) اوالسايتوكروم 450(Cytochrome450) وبعض الانزيمات الاخرى وعلاقتها بمعايير السائل المنوي ، ومستوى بعض الهرمونات والانزيمات الجنسيه وحالة الخصوبة للرجال الخصبين وغير الخصبين. شملت الدراسة مائه رجل باعمار تتراوح بين 20 - 94 سنة , راجعوا المعهد العالي لتشخيص العقم والتقنيات المساعدة\ جامعة النهرين, خلال الفترة اذار 2014 الى كانون اول 2014 , حيث تم جمع وفحص عينات السائل المنوي وفق معايير منظمة الصحة العالمية (WHO)لسنة (2010) ,ثم تم وضع عينات السائل المنوي في جهاز الطرد المركزي بسرعة 2600 دورة\ دقيقة ولمدة ربع ساعة لغرض الحصول على البلازما المنوية ثم تم وضعها بدرجة - 20 م° ليتم قياس الانزيمات لاحقا. كما تم سحب خمسة ملليلتر من الدم الوريدي المحيطي من جميع الذكور. وضعت عينات الدم في انابيب زجاجيه ، والسماح لها لتتجلط ثم وضعت في جهاز الطرد المركزي بسرعة 2500 دورة \ الدقيقة لمدة 10 دقائق . وتم تصنيف العينات الى 7 مجاميع على وفق نتائج تحليل السائل المنوي. وقد تم تحديد تراكيز الانتي مولين MullerianHormone)) والاروماتيز(Aromatase) باستخدام طريقة الELISA والكرياتين كاينيز (Creatine Kinase) والكاما كلوتاميل ترانس ببتايديز(Gamma Glutamyl Transpeptidases) باستخدام الطريقة الانزيمية في كل من مصل الدم وبلازما السائل المنوي.كما تم تحليل النتائج احصائيا.اظهرت هذه الدراسة النتائج الاتية : 1 - مستوى الهرمون المضاد لقناه مولر AMH)) في كل من مصل الدم والسائل المنوي. تم ملاحظة وجود انخفاض معنوي0.05)≥(P في مستوى الهرمون المضاد لقناه مولر في كل من مجموعتي العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف Oligozoospermia والمجموعة التي تعاني في قلة اعداد النطف وبطء في الحركة التقدمية وتشوهات في اشكال النطف Oligoasthenoteratozoospermiaعند مقارنتها بمجاميع العقم الاخرى .كما شوهد ارتفاعا معنويا0.05)≥(P في مستوى هذا الهرمون لمجموعة العقم التي تعاني من قلة في حركة النطف التقدميهAsthenozoospermia والمجموعة التي تعاني من تشوهات في اشكال النطفTeratozoospermia بالمقارنة مع مجماميع الذكور طبيعية النطفNormozoospermia,ومجموعة العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف وبطيئة في الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Oligoasthenoteratozoospermiaوالمجموعة التي تعاني من قلة في اعداد النطف Oligozoospermia وفي كل من مجموعة العقم التي تعاني من قلة في الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermiaومجموعة الذكور اللانطفية Azoospermia.من جانب اخر لوحظت زيادة معنوية 0.05)≥(P للهرمون المضاد لقناه مولر في السائل المنوي في مجموعة العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف Oligozoospermia بالمقارنة مع مجاميع العقم الاخرى .بينما اظهرت مجاميع العقم التي تعاني من تشوهات في اشكال النطف Teratozoospermiaارتفاعا معنويا 0.05)≥(P في مستوى الهرمون في السائل ا لمنوي عند مقارنة مستواه في مجاميع العقم الاخرى, ايضا اظهرت كل من مجموعتي العقم التي تعاني من قلة في حركة النطف التقدمية ومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermia والمجموعة اللانطفية Azoospermia انخفاضا معنويا0.05)≥(P في مستوى الهرمون في السائل المنوي بالمقارنة بمستواه في مجاميع العقم الاخرى.2 - مستوى السايتوكروم450 (CYP450) او الاروماتيز) (Aromataseفي كل من مصل الدم واالسائل المنوي اظهرت مجموعة الذكور طبيعية االنطف Normozoospermiaانخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى انزيم الاروماتيز في مصل الدم بالمقارنة مع مجاميع العقم الاخرى , كما شوهدت زيادة معنوية0.05)≥(P في مجموعة العقم التي تعاني منقلة في الحركة التقدميه وتشوه في الشكل Asthenoteratozoospermia في مستوى الانزيم في مصل الدم بالمقارنة مع مستواه في مجاميع العقم الاخرى. بينما لوحظت زيادة معنوية 0.05)≥(P في مستوى هذا الانزيم في السائل المنوي لمجموعة الذكور اللانطفيه Azoospermia بالمقارنة بمستوى هذا الانزيم في مجاميع العقم الاخرى , وانخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى الانزيم في السائل المنوي لمجموعة الذكور طبيعية النطف Normozoospermia بالمقارنة مع مستواه في السائل المنوي في مجاميع العقم الاخرى .3 - مستوى الكرياتين كاينيز(CPK) في كل ن مصل الدم وا السائل المنوي . لوحظ وجود ارتفاعا معنويا بمستوى0.05)≥(P في مستوى انزيم الكريايتن كاينيز في مصل الدم في مجموعة الذكور طبيعيه النطف Normozoospermiaوالمجموعة اللانطفيهAzoospermia بالمقارنة مع مستواه في مجاميع العقم الاخرى كما ظهر انخفاضا معنويا0.05)≥(P في مستوى هذا الانزيم في مصل الدم لمجموعة العقم التي تعاني من تشوهات في اشكال النطف Teratozoospermiaبمقارنة مستواه في مصل الدم مع مجاميع العقم الاخرى. اظهرت مجموعة العقم التي تعاني من قلة في العدد Oligozoospermia ومجموعة العقم التي تعاني من قلة الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermiaزيادة معنوية0.05)≥(P في مستوى هذا الانزيم في السائل المنوي بالمقارنة مع مجاميع العقم الاخرى, كما اظهرت كل من مجموعتي العقم التي تعاني من قلة في اعداد النطف وبطيئة الحركة التقدمية ومشوهة الشكل Oligoasthenoteratozoospermia ومجموعة العقم اللانطفيهAzoospermia انخفاظا معنويا 0.05)≥(P في مستوى انزيم الكرياتين كاينيز بمقارنة مستواه في مجاميع العقم الاخرى في بلازما السائل المنوي4 - مستوى الكاما كلوتاميل ترانس ببتايديز (GGT) في كل ن مصل الدم السائل المنوي. اظهرت مجموعة الذكور طبيعية النطف Normozoospermia زيادة معنوية 0.05)≥(P في مستوى هرمون GGTفي مصل الدم عند مقارنة مستواه بمجاميع العقم الاخرى .كما انه كانت هناك زيادة معنوية 0.05)≥ (Pفي مستوى هذا الانزيم في مصل الدم لمجموعة العقم التي تعاني من بطء في الحركة التقدميةومشوهة الشكل Asthenoteratozoospermia بالمقارنة مع مستواه في المصل لمجاميع العقم الاخرى. كما اظهرت الذكور التي تعاني من تشوهات في اشكال النطف Teratozoospermiaانخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى هذا الهرمون في مصل الدم بمقارنة مستواه مع مجاميع العقم الاخرى, اما مجاميع العقم التي تعاني من قلة العدد وبطء الحركة التقدمية ومشوهة الشكلOligoasthenoteratozoospermia ومجموعة العقم التي تعاني من بطء الحركة التقدمية ومشوهة الشكلAsthenoteratozoospermia فقد اظهرت زيادة معنوية 0.05)≥(P في مستوى الانزيم في بلازما السائل المنوي بمقارنة مستواه في مجاميع العقم الاخرى.وقد لوحظ ايضا انخفاضا معنويا 0.05)≥(P في مستوى هذا الهرمون في في مجموعة العقم التي تعاني من قلة العددOligozoospermia بالمقارنة مع مستواه في مجاميع العقم الاخرى | A great assortment of hormones and enzymes are current in blood and seminal plasma, but in many cases the gland in charged for their production has not been well - known. The enzyme levels of seminal plasma are very important for sperm metabolism as well as sperm function; these enzymes are Anti - Mullerian Hormone (AMH), Cytochrome 450, Creatine Phospho Kinase( CPK) and Gamma - Glutamyl Transfrrase (GGT). Therefore, this study was aimed to investigate the role of AMH and aromatase activity (cytochrome 450) in relation to semen parameters, level of some reproductive hormones, enzymes and the fertility status for fertile and infertile men. This study involved one hundred men within 20 - 49 years old who attended to High Institute of Infertility Diagnosis and Assisted Reproductive Technology / AL - Nahrain University, during the period from March, 2014 to December, 2014. Semen samples were collected and seminal fluid analysis was done in accordance with WHO (2010). Then samples of seminal fluid were centrifuged for 15 minutes at 2600 rpm. The supernatant as seminal plasma was rapidly and cautiously improved and put to freeze at - 20° C for later measurements. Also, five milliliters of peripheral venous blood was aspirated from each male. Blood samples were collected in plain tubes, allowed clotting and then centrifuged at 2500 rpm for 10 minutes. The samples were assorted into 7 groups in accordance with the results of semen analysis. For serea and seminal plasma concentrations of AMH, Cytochrome 450, CPK, GGT were determined in the stored blood serum and semen. AMH and Cytochrome 450 were determined using the ELISA sandwich method. CPK and GGT were determined by using enzymatic method. The crude data were statistically analyzed. 1 - The level of Anti - Mullerian hormone (AMH) in serum and seminal plasma. A significant decrement (P≤0.05) was observed in the serum AMH for males with oligozoospermia and oligoasthenoteratospermia as compared to the other groups of male infertility factors. There was significant elevation (P≤0.05) for males complaining from asthenozoospermiaand teratozoospermia as compared to normozoospermia, oligoasthenoteratozoospermia,oligozoospermia, asthenoteratozoospermia and azoospermia. Similarly, significant elevation (P≤0.05) in seminal AMH for males suffering from oligozoospermia as compared to other groups of male factor infertility. Meanwhile, males with teratozoospermia showed significant increment (p≤0.05) as compared to other groups infertility. Also, males with asthenoteratozoospermia and azoospermia revealed significant reduction (p≤0.05) in the level of seminal AMH as compared to other male infertility. 2 - The level of cytochrome 450 or aromatas enzyme in serum and seminal plasma. The males with normozoospermia revealed significant reduction (P≤0.05) in the level of serum cytochrome as compared to the other male infertility groups. Also, males complaining from Asthenoteratozoospermia presented significant elevation (P≤0.05) in the level of serum cytochrome as compared to other groups of infertility. While, there was significant elevation (P≤0.05) in the level of semen cytochrome for azoospermic males as compared to the other groups of male infertility, and significant decrement (P≤0.05) in the level of semen cytochrome for males complaining of normozoospermia as compared to the other groups of male infertility.3 - The level of creatine phosphokinase (cpk) in serum and seminal plasma. There was significant elevation (P≤0.05) in the level of CPK for males with normozoospermia and Azoospermia when compared to other groups of male infertility in contrast, and the level of CPK showed significant reduction (P≤0.05) for teratozoospermia as compared to other groups of male infertility. There was significant elevation (P≤0.05) in the level of semen cytochrome for oligozoospermia and Aasthenoteratospermia when compared to other groups of infertility factors, also, males suffering from oligoasthenoteratospermia and azoospermia showed significant decrement (P≤0.05) when compared to other groups of infertility factors. 4 - The level of gamma - glutamyl transpeptidase (GGT) in serum and seminal plasma. Males with normozoospermia revealed significant elevation (P≤0.05) in the level of serum GGT when compared to the other groups of infertility factors, and there was significant increment (P≤0.05) for males complaining from asthenoteratozoospermia as compared to the others. Males suffering from teratozoospermia revealed significant decrement (P≤0.05) in the level of serum GGT when compared to the other groups of infertility factors. Males with oligoasthenoteratozoospermia, and asthenozoospermia revealed significant elevation (P≤0.05) in the level of semen GGT when compared to the other groups of infertility factors, males suffering oligozoospermia revealed significant decrement (P≤0.05) when compared to the other groups of infertility facto

عزل طفيلي Blastocystis hominis ، تنميط HLA للمصابين والتثبيط بالمعزز Saccharomyces boulardii == Isolation of Blastocystis hominis , HLA typing of patients and the inhibition by the probiotic Saccharomyces boulardii

اسم المؤلف: اسراء محمد عبد الخالق الحسن
اسم المشرف: سبا طاهر محمد | بتول مطر مهدي
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الحيوان
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: شملت الدراسة الحالية (5892) عينة براز، والتي جمعت من مرضى باعمار مختلفة (1 - 70 سنة) لكلا الجنسين ،كانوا يعانون من الم البطن، مغص حاد ، تطبل البطن واسهال. جمعت العينات خلال الفترة الواقعة من ايلول (2013) ولغاية ايلول (2014)، من اربع مستشفيات في بغداد (مستشفى مدينة الطب التعليمي ،مستشفى الامام علي ،مستشفى الكرامة ومستشفى اليرموك التعليمي ) . للتحري عن نسبة الاصابة بطفيلي hominis Blastocystis ، اظهرت نتائج الدراسة الوبائية ان العدد الكلي المصاب بالطفيلي كان (1420) عينة موجبة وبنسبة (24.10%) ، اما نسب الاصابة بالطفيلي في المستشفيات الاربعة (مستشفى مدينة الطب التعليمي ،مستشفى الامام علي ،مستشفى الكرامة ومستشفى اليرموك التعليمي) كانت (51.41 % ، 18.66%،17.61% و12.32% ) على التوالي . واظهر الذكور اعلى عدد ونسبة للاصابة ، حيث بلغت (750) حالة وبنسبة (52.82%) ، اما الاناث فقد بلغت حالات الاصابة (670) حالة وبنسبة (47.18%) وبدون وجود فروق معنوية . وقد كانت اعلى نسبة للاصابة ضمن الفئة العمرية ( 30 - 21 سنة) بنسبة (29.58%) ، بينما كانت اقل نسبة للاصابة ضمن الفئة العمرية (10 - 1 سنة) بنسبة (3.52%). اظهرت الدراسة ان عينات البرازالتي تحتوي على الطفيلي تمتاز بقوام سائل اوشبه سائل ، وتمت دراسة علاقة الطفيلي مع الاصابة بالطفيليات المعوية الاخرى وجاءت النتائج كالاتي (1110) حالة اصابة مفردة لطفيلي Blastocystis hominis وبنسبة ((78.17%، و(310) 21.83%)) حالة اصابة مشتركة مع (6) اجناس مختلفة من الطفيليات المعوية، حيث كانت اجناس الطفيليات كالاتي ( Entamoeba histolytica ،تليها Giardia lamblia ،تليها Cryptosporidium ،تليها Enterobius vermicularis ،تليها Taenia spp.، واخيرا Ascaris lumbricoides ) وبنسبة ( 18.38% ، 2.68%، 0.35 % ،0.21%، %0.14 ،% 0.07) على التوالي. ان الدراسة الحالية سلطت الضوء على تحديد افضل طريقة تصبيغ لتشخيص الطفيلي بالبراز. واظهرت الدراسة ان افضل طريقة تصبيغ هي صبغة السفرانين تليها صبغة الكمزا والايرون هيماتوكسيلين. اما بالنسبة لزراعة الطفيلي لتشخيصه ، فقد كان وسط جونس المحورهو الوسط المناسب مع اجراء بعض التحوير بطريقة الزرع وهو استبدال مصل الحصان بمصل انسان مثبط ،و حضن الطفيلي هوائيا بدرجة ( 37 مئوية). اظهرت النتائج ان اعلى نسبة نموحصلت بعد (24 ساعة) اذ بلغت اعداد الطفيلي (777.75 خلية/ مل)، و(495.62 خلية / مل) بعد (48 ساعة) ، وقد كان الشكل الفجوي هو الشكل الاكثر تواجدا في الوسط . وقد شملت الدراسة الحالية عمل تنميط مستضدات كرية الدم البيضاء البشرية الى (30) شخص عربي عراقي مسلم مشخصين بوجود متلازمة تهيج القولون العصبي ، جميعهم مصابين بطفيلي Bastocystis hominis ، وقد كان (24) منهم ذكور، و(6) اناث ، وباعمار تراوحت بين (53 - 20 سنة) ،هذا بالاضافة الى (30) شخص سليم عربي عراقي مسلم تم اعتبارهم كمجموعة سيطرة ، تكونت من (25) ذكور، و(5) اناث ، وباعمار تراوحت بين ( 55 - 18 سنة) ، وقد وجد ان هناك ميل واستعداد للاصابة بالطفيلي يتطلب اكتساب الاليل HLA - DR B1*03 ،بالاضافة الى اكتساب الاليل HLA - DRB1*14. تم دراسة تاثيرفعالية خميرة Saccharomyces boulardiiكمعززات حيوية على الطفيلي في الفئران المختبرية ومقارنتها مع دواء mitronidazole الذي يستخدم عادة في علاج الطفيليات المعوية ومن ضمنها طفيلي ال hominis Blastocystis. وقد لوحظ هناك انخفاض تدريجي لاعداد الطفيلي في براز الفئران ومنذ اليوم الاول للمعالجة (حيث اختفى الطفيلي عند اليوم الثاني عشر بعد العلاج بخميرة Saccharomyces ، وعند اليوم الثالث عشر بعد العلاج بدواء metronidazole)، وعند حساب الكفاءة العلاجية للخميرة والميترونيدازول ،وجد بان الخميرة كانت ذات كفاءة علاجية عالية اذ بلغت (87.45%) في حين بلغت الكفاءة العلاجية للميترونيدازول (81.36%) . اظهر الفحص المجهري للمقاطع النسيجية الماخوذة من امعاء الفئران المصابة بالطفيلي لمنطقتي الاعور والقولون قدرة الطفيلي على حدوث تغيرات نسيجية تضمنت وجود ترشح خلوي التهابي شديد وحدوث اضرار للغشاء المخاطي. واظهرت خميرة Saccharomyces boulardii فعالية عالية في اصلاح وشفاء الانسجة المتضررة مقارنة بالميترونيدازول الذي اظهر كفاءة اقل في اصلاح وعودة النسيج الى هيكله الطبيعي. | The present study included (5892) stool sample , which were collected from patients at different ages (1 - 70 year) of both sexes, complained with abdominal pain, cramp, flatulence and diarrhea. Samples were collected during the period from September (2013) till September (2014), included four hospitals in Baghdad (Baghdad Medical City , AL - Imam Ali Hospital, AL - Karaama Hospital and AL - Yarmouk Teaching Hospital ) . To detect of the infection prevalence of Blastocystis hominis , the results of epidemiological study showed that the total number infected with this parasite was (1420) positive sample with percentage of (24.10%) , Percentages of infected cases with parasite in the four hospitals (Baghdad medical city, AL - Imam Ali Hospital , AL - Karaama Hospital and AL - Yarmouk Teaching Hospital), were (51.41%,18.66%,17.61%,and 12.32%) respectively . Males showed higher number and percentage of infection, (750 ) case with percentage of (52.82%), while females were (670) case with percentage of (47.18%) , no statistical significant differences was detected. The highest percentage of infection occurred among age group (21 - 30 year ) with percentage of (29.58%), while the lowest percentage of infection occurred among age group (1 - 10 years) with percentage (3.52%) . This study showed that stool samples which contain the parasite have a liquid or semi liquid . The presence of other intestinal parasites was detected, and the results were (1110) single infection with Blastocystis hominis ,with percentage (78.17%) , and (310) (21.83%) co - infection with (6) different genus of intestinal parasites, which were (Entamoeba histolytica, Giardia lamblia , Cryptosporidium , Enterobius vermicularis , Taenia spp., and Ascaris lumbricoides) with percentage (18.38%, 2.68%, 0.35%, 0.21%,0.14%, and 0.07%) respectively. The current study focused on determining the best way of staining to detect parasite in the stool. This study showed that safranin is the best stain ,then giemsa and iron haematoxylin. According to diagnosis by culture in modified Jones medium was the suitable medium with some modification with replacing horse serum with inactivated human serum, the parasite incubated aerobic at (37ºC). The results showed that the higher growth rate occurred after (24 hr) , the numbers of the parasite were ( 777.75 cell /ml), and ( 495.62 cell/ml ) after (48 hr) , the vacuolar form of the parasite was the main form founded in the culture. The present study included making HLA typing to (30) diagnosed Iraqi Arab Muslim patients with irritable bowel syndrome ,all of them infected with Blastocystis hominis, (24) of them were males , and (6) females ,with age ranged between (20 - 53 year) , control group consist of (30) healthy Iraqi Arab Muslims individuals, where (25) was males , and (5) females, with age ranged between (18 - 55 year), the results revealed that there was a genetic predisposition factor for the infection with Bastocystis hominis by acquiring the allele HLA - DR B1*03,and allele HLA - DRB1*14. The effectiveness of Saccharomyces boulardii yeast as vital probiotic on this parasite was studied in the laboratory animals (mice ) and compared with metronidazole which is used usually in the treatment of intestinal parasites including Blastocystis hominis . A gradually decreasing in the numbers of parasite in feces of mice was noticed since the first day of treatment parasite disappeared on the day (12th ) of treatment with Saccharomyces yeast, and disappeared on the day (13th ) of treatment with metronidazole.The efficacy of treatment was estimated for both of S. boulardii and metronidazole ,and the result proved that this yeast have a higher efficacy for treatment (87.45%) , compared with mitronidazole efficacy which was (81.36%). The microscopic examination to histological sections of the infected mice in cecum and colon regions showed the ability of the parasite to make histological changes included intense inflammatory - cell infiltration, and mucosal damage. The yeast of Saccharomyces boulardii showed higher ability in the healing and recover damaged tissues compared with metronidazole

دراسة وراثية خلوية وجزيئية بين عينة من المرضى المصابين بالهوجكنزلمفوما == Cytogenetic and molecular study among Hodgkin’s lymphoma patients

اسم المؤلف: اسراء حسين حمزة
اسم المشرف: عبد الامير ناصر الركابي | عبد الحسين مويت الفيصل
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: الحيوان
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: صممت هذه الدراسة لفحص وتحديد نسبة انتشار التناقل الكروموسومي لكروموسومي (14و18) الذي يحدث بين جين bcl2و JH في بعض المرضى العراقين المصابين بسرطان الهوجكن لمفوما وايضا تم التحرى عن جين (BNRF1)الخاص بفايروس (EBV)كذلك تم التحرى عن التشوهات الكروموسومية بواسطة استخدام تقنية التهجين الموضعي . تضمنت الدراسة 75 عينة من المرضى المصابين (25 عينة من الدم و50 عين من الخزع النسيجية المحفوظة بالفورمالين والمطمورة بشمع البارافين) مع عشر عينات من الخزع النسيجية التابعة لمرضى الاورام الحميدة .تم جمع الدم من وحدة امراض الدم في مستشفى بغداد في مدينة الطب ببغداد. اما الخزع النسيجية فقد جمعت من مختبرات الامراض النسيجية في مختلف المستشفيات خلال الفترة من شهر ايلول لعام 2013 لغاية شهر اذار لعام 2014. ان تحديد وفحص التناقل الكرموسومي )14;18) تضمن المناطق المتغايرة بالجين الورمي bcl2 وهي منطقة الانكسار الرئيسية MBR التي تقع بالجزء الغير مشفر بالنهاية 3ʹومنطقة الانكسار الثانوية MCR ولتحديد علاقة هذه المناطق بالتناقل الكروموسومي فقد تم استخدام تسعة بوادى امامية من الجين الورمي bcl2 وبادئ واحد عكسي من جين JH بالاضافة الى السيطرة الموجبة لكل منطقة انكسار والذي تم تصنيعه في المختبر باستخدام تقنية الربط وبناء القطع والذي يعتبر اول دراسة في هذا المجال في العراق والشرق الاوسط. .تم تضخيم الحامض النووي دنا(DNA ) لكل عينات المرضى المصابة بسرطان الهوجكنز لمفوما وعينات المستخدمة للسيطرة بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل PCR والتتابع المباشر والتي تضمنت استخدام ثلاث مجاميع من البوادئ لتغطية المناطق الانكسار المراد فحصها على الجين الورميbcl2 على كروموسوم 18. وقد تم تصميم هذه البوادئ باستعمال برامج NCBI (Primer plus 3) حيث تم تصميم بوادئ امامية لكل من (MBR(MBR1,MBR2) و3MBR(3MBR1, 3MBR2, 3MBR3, 3MBR4) وMCR(MCR1,MCR2, 5MCR)) وتم تصميم بادئ عكسي من جينJH لكل هذه البوادئ الامامية وتم استخدامهم لكل العينات المراد فحصها للانتقال الكروموسومي (14و18) كل على انفراد وباستخدام سيطرة موجبة للفحص والذي تم تصنيعه بالمختبر باستخدام تقنية التضخيم المتداخل والتضخيم متعدد الارسال. وقد تم ضبط ظروف التضخيم وحسب البوادئ المستخدمة وفحص الناتج بواسطة الترحيل الكهربائي لتحديد العينات الموجبة للتناقل ثم تحديد موقع التناقل بواسطة طريقة التتابع المباشر ومقارنتها مع التتابع المباشر للسيطرة الموجبة. كما تم استخدام الدنا المستخلص سابقا لتحديد وجود جين BNRF1 الخاص بفايرس EBVبواسطة استخدام تقنية التضخيم العددي ((qRT - PCR واستخدام تتابع نيوكليوتيدي (بادئ) ومجس خاص . بالاضافة الى استخدام تقنية التهجين الموضعي لتحديد التشوهات الكرموسومية في بعض من عينات الخزع النسيجية المثبتة على سلايدات التهجين الخاصة بذلك .وقد اظهرت الدراسة النتائج التالية : هناك فروق معنوية عالية (p<0.01) بين العوامل المتغيرة في التجربة كما اوضحت النتائج ان نسبة انتشار المرض كان بالاعمار البالغين بين (60 - 70) سنة بنسبة (25.33%) وبالنسبة للجنس فقد حقق جنس الذكور نسبة حدوث اكثر من الاناث وبنسبة (58.67%) اما بالنسبة الى نوع المرض فقد سجل نوع Mixed cellularity اعلى نسبة حدوث بالنسبة للانواع الاخرى من المرض (53.33%)اما بالنسبة الى موقع العقد اللمفاوية المصابة بالورم فكانت اكثر الاماكن اصابة وحدوث الورم هي العقد اللمفاوية العنقية (53.33%) . واظهرت نتائج الدراسة ان نسبة انتشار الانحراف الكروموسومي للجين الورمي في المرضى المصابين بورم الهوجكن ظهر في 26(35%) عينة موجبة وكان 5(19.2%) منهم بمنطقة الانكسار MBR1 و4(15.38%)في منطقة الانكسار MBR2 و3(11.5%) في منطقة 3MBR1 و2(8%) في منطقة 3MBR2 و7(27%) في منطقة 3MBR4 ولم تظهر اي نتيجة موجبة في المنطقة 3MBR3 اما بالنسبة الى مناطق الانكسار الثانوية فقد سجلت 4(15.38) في منطقة الانكسارMCR1 و1(4%) في منطقة MCR2 و2(8%) في منطقة الانكسار 5MCR ولم تسجل اي نتيجة موجبة بالنسبة للعينات الاورام الحميدة المستخدمة للسيطرة . وبهذا فقد بينت النتائج ان نسبة انتشار الانحراف كانت في مناطق الانكسار الرئيسية اكثر من مناطق الانكسار الثانوية. وبالنسبة الى العمر فان نسبة الانتشار كانت باعمار البالغين والاكثر عند الذكور وبفروق معنوية عالية ايضا. بعد تحليل النتائج بواسطة طريقة التتابع المباشرة ومقارنتها بنتائج الموقع العالمي للمعلومات الجينية (NCBI) ومقارنتها كذلك مع تتابع السيطرة الموجبة . تم تقديم العينات ذات الحجم المساوي الى bp200 او اكثر الى بنك الجينات في المواقع العالمية لتسجيل التتابعات الجينية حيث تم تسجيلها في الموقع الامريكي ال(Gene Bank) وتم تسيجلها في الموقع الاوربي (EMBL) كذلك تم التمكن من تسجيلها في الموقع الياباني لبنك الجينات (DDBJ) وتم الموافقة ونشرت تحت عنوان : (Homo sapiens DNA, IGH/BCL2 transition region, isolate : hodgkins - bcl2 - t (14 - 18) mbr - p.)واعطيت ارقام تعليم خاصة بها في بنك الجينات تبدا من (LC041134 - LC041142) واعتبرت كمصدر عن معلومات العراقيين الجينية والتي تعتبر قليلة ضمن بنك الجينات العالمي. كما اظهرت النتائج وجود 40(53.33%) حالة موجبة وبفروق معنوية عالية لجين الابشتاين بار فايروس لمرضى الاورام اللمفية الهوجكن مقارنة بالاورام الحميدة التي لم تظهر اي نتيجة موجبة . اضافة الى ذلك اظهرت النتائج ان اكثر المرضى المصابين بالفايروس كانوا من جنس الذكور ومن نوع Mixed cellularity HL . في مايتعلق باختبار التهجين الموضعي فقد اظهرت النتائج وجود عينة واحدة موجبة للفحص من اصل 6 عينات. نستنتج من هذه الدراسة ان تحديد الانتقال الكروموسومي (14;18) في مرضى الاورام اللمفية الهوجكن يمكن تحديدها باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وباستخدام عدة بوادئ لكل مناطق الانكسار الرئيسية والثانوية .اضافة الى استنتاج دقة اختبار التضخيم الكمي في تقيم وتحديد الفايرس ومن الممكن اعتبارها كوسيلة لتشخيص الاورام اللمفية واي نوع من السرطان ذات العلاقة بالفايرس والذي يعتبر كمؤشر للورم.اما بالنسبة لتقنية التهجين الموضعي فقد تبين انها ادق من تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وذلك بسبب كبر حجم المجس الضوئي المستخدم للفحص . | The study was design to investigate and to determine the frequency of chromosomal translocation involve the bcl2 and JH genes t (14, 18) (q32; q21) in some of Hodgkin’s lymphoma Iraqi patients. The study also aimed to detect the BNRF1 gene of EBV in patients and using FISH technique for other chromosomal aberrations in the same patients. The study include 75 Iraqi patients with Hodgkin’s lymphoma (25 samples as blood and 50 samples as formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue blocks) and 10 samples as reactive hyperplasia blocks for control. The blood samples were collected from hematology unit in Baghdad hospital in medical city but paraffin blocks tissue were collected from histopathological laboratories in different hospitals during the period from September 2013 till March 2014. The detection of t (14; 18) translocation involved the hot spots regions of the bcl2 gene which included the major breakpoints region (MBR located in the 3ʹ untranslated region of bcl2 exon 3) and the minor cluster region (MCR located in the 3ʹ region of bcl2 exon 3). To detect the involvement of these regions in the t (14; 18), nine forward primers were used for bcl2 regions and one reverse primer for JH gene as well as to positive controls for each breakpoints which were prepared by synthesized artificial chromosomal translocation in laboratory by using splicing technique and construct fragments of genes and considered the first work in this field not just in Iraq or middle east but in all world. The DNA for all samples was submitted for PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification which performed using three set of primers (multiple primers) defined multiplex PCR to detect MBR, 3ʹMBR and MCR regions on bcl2 gene on 18 chromosome, the three set primers which designed by using NCBI programs (Primer plus 3 program) as forward primer [forward MBR (MBR1,MBR2), 3MBR( 3MBR1, 3MBR2, 3MBR3, 3MBR4), MCR (MCR1, MCR2, 5MCR) and reverse primers (reverse JH used ) in which case each of primer sets forward were used to evaluate the transposition of t (14;18) separately for the same samples with positive control for each breakpoint that was synthesized in lab by nested and multiple primers defined multiplex PCR. The PCR conditions were optimized according to suitable sets of primers used for reproducing the replacement. By gel electrophoresis for the products to identify the fragments with juxtaposed bcl2 and IGH JH enhancer positive and subjected for genotype analysis [these artificial breakpoints (positive control) and each positive samples for t(14, 18) assay] by using Sanger method with Agencourt® CleanSEQ® dye - terminator Removal Kit for direct sequence analysis. The DNA which was extracted before was also used to detect the existence of BNRF1 gene specific for EBV loaded in patients samples by using real time quantitation PCR (qRT - PCR) with specific primer and probe. In addition to use FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) technique to detect abnormal chromosome in tissue samples with the PathVysion Kit applied on tissue section fixed on positive charge slides (thermo fisher scientific). The unstained 3 µm sections of six samples were tested for t (14; 18) using a dual color - dual fusion translocation probes set (Vysis LSI IgH/ BCL2; Abbott Molecular). A total of 200 interphase nuclei were enumerated and scored for the presence of two fusion signals per nuclei. The results in this study showed high significant (P<0.01) between parameters. The results reported that the age of HL patients in the current study ranged between 10 - 80 years and more incidences in old adult with the age range (60 - 70) years (25.33%). There were males predominance among HL patients 44(58.67%) than females 31(41.33%) with high significant (P<0.01). The highest subtype HL number was recorded in mixed cellularity (MC) (53.33%). The cervical lymph node was recorded the highest infected site and included tumor 53.33% than other sites of lymph node and according to stage of disease , most cases in the current study were stage II (72%). Regard to the t (14;18) chromosomal translocation the results noticed a total of 26(35%) positive cases showed IGH/BCL2 gene rearrangement with high significant compared with control. 5 (19.2%) for major breakpoint MBR1, 4(15.38%) for MBR2 and (3(11.5%);2(8%);7(27%)) for 3ʹMBR1, 3ʹMBR2 and 3ʹMBR4 respectively but no cases positive for 3ʹMBR3 while (MCR1, MCR2, 5ʹMCR) were recorded in (4(15.38%); 1(4%); 2(8%)) respectively. And (0%) in reactive hyperplasia for control. The results indicate higher frequency of breakpoints in the MBR regions than MCR cluster region, and the incidence of t (14; 18) translocation was increased in adult’s age depending on age while depending on gander the incidence among males was high. After the sequence analysis for all breakpoints sequence and compared with NCBI by (http : //blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) and compared with construct fragment sequence (positive control). The breakpoints sequence that its product size equal 200 bp or more that were submitted to the NCBI (National Center for Biotechnology Information) site for registration in the Gene Bank database, (DNA Data Bank of Japan) (DDBJ) and in the EMBL (European Molecular Biology Laboratory) and accepted in these three international sites for bioinformatics, thus published under title (Homo sapiens DNA, IGH/BCL2 transition region, isolate : hodgkins - bcl2 - t(14 - 18) mbr - p.) with special ID number (Accession number) specific for these breakpoints sequence which is begin from (LC041134 to LC041142) in gene bank database and considered as a document reference about Iraq people data which is little in gene bank database. The EBV DNA genome encoding the non - glycosylated membrane protein (BNRF1) was detected in 40(53.33%) positive cases of 75 Hodgkin’s lymphoma samples and no cases positive for EBV in reactive hyperplasia with high significant . The majority of positive patients were males 33(82.5%) than females. In addition to the EBV was more frequently detected in mixed cellularity subtype of HL 27(67.5%). According to the FISH assay, the results showed that just one sample from six was positive for t (14; 18) translocation and this case was recorded negative results in PCR assay. In conclusion, the detection of t (14; 18) in HL patients can be achieved by PCR technique by including multiple primers for all three breakpoint regions which are MBR, 3ʹMBR, MCR and performing multiplex amplification. And the positive fragments can also be used as an indicator of minimal residual disease following treatment. The qPCR assay allows precise quantification of EBV load and can be used as a tool for diagnosis and management of EBV related lymphoma patients and for any cancers that EBV DNA may be considered as tumor biomarker. The FISH technique considered more sensitive than PCR for detection t (14, 18) because of large size of FISH probes which used in technology, the IGH probe labeled in green is about 1.5 Mb and includes nearly the entire IgH locus and 300 kb beyond the 3ʹ end and the locus - specific bcl2 probe labeled in orange about 750 kb to include the entire bcl2 gene sequence and additional sequence extending about 250 kb distal and proximal to the ge

دراسة جزيئية ومناعية لفايروس النورو والفايروس الغدي نمط 40 و41 في الاطفال المصابين بالاسهال == Molecular and Immunological Study of Norovirus and Adenovirus types 40 and 41 in Diarrheic Children

اسم المؤلف: رمله احمد محمد حسن العميدي
اسم المشرف: مهدي حسين محيل العمار
الموضوع العام: علوم الحياة
السنة: 2015
الموضوع الدقيق: علوم الحياة
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: النجف
الصفحات الاولى:
المستخلص: هدفت هذه الدراسة الى التحري عن فايروسي النورو والفايروس الغدي نمط 40 / 41 في الاطفال المصابين بالاسهال واجراء تحليل لمعدل الاصابة وطبيعتها ودراسة الطبيعة الجزيئية للفايروسين وكذلك التحري عن قدرة الفايروسين على حث الجهاز المناعي وتحديد بعض الحركيات الخلويه عند الاطفال المصابين بالفايروسين.بالاضافة الى دراسة بعض ملامح الاصابه مثل تغاير الفصول والعمر وتحديد افضل الطرق لتشخيص الفايروسين. اجريت الدراسة الحالية في محافظة النجف الاشرف /مستشفى الزهراء التعليمي للولادة والاطفال خلال الفترة من كانون الثاني2014 الى كانون الاول 2014 والتي تضمنت 314 عينه من البراز والدم من الاطفال المصابين بالاسهال والذين تتراوح اعمارهم بين شهر الى خمسة سنوات.حيث اعتمد التحري في عينات البراز استخدام اختبار الكروماتوغرافيا المناعي السريع للكشف عن المستضدات الفايروسية للفايروسين النورو والغدي نمط 40 / 41.كما تم تاكيد العينات الموجبة بواسطة تقنية PCR Real Time لفايروس النورو تقنية PCR للفايروسالغدي نمط40 / 41،والتي اظهرت فيها النتائج بان معدل الاصابة كان 11.7% لفايروس النوروو8.9% للفايروس الغدينمط 40 / 41.كذلك تم فحص العينات الموجبة بواسطة المجهر الالكتروني والتي بينت مظهر للفايروسين في عينات البراز . وتشير الدراسة الى ان التقنيات الجزيئية المستخدمة في فحص العينات هي الاكثر كفاءة للتشخيص الروتيني للفايروسين مقارنة مع المجهر الالكتروني لتشخيص عينات الاسهال.وطبقا للفئات العمرية ،اظهرت النتائج ان الفئة العمرية 13 - 24 شهر سجلت ارتفاع عالي للاصابة بالفايروسين النورو والغدينمط 40 / 41.الحالات الايجابية كانت بين الاطفال الذين يتغذون على الحليب الجاف الاصطناعي (31 حاله) مقارنة مع الرضاعة الطبيعية من الام (14 حاله).اما نتائج الاعراض السريرية في الاطفال المصابين بالفايروسين فاظهرت ان كل الحالات تبين وجود اسهال من النوع المائي المخاطي وبنسبة 100% يليها الالم البطن بنسبة 94.5% و82.1 %،التقيؤ بنسبة 81 % و78.5 % واخيرا الحمى بنسبة 78.3% و71.1 % لكلا من النورو والغدي نمط 40 / 41 على التوالي. كما كشفت الدراسة الحالية بان معدل الاصابة المرتفع لفايروس النوروكان من شهر كانون الثاني الى اذار والتي كانت بنسبة 81%من الحالات الموجبة ، اما بالنسبة لفايروسالغدينمط 40 / 41كان معدل الاصابة المرتفع من شهر كانون الثاني الى نيسان والتي كانت بنسبة 89.2% من الحالات الموجبة. كما اظهرت النتائج وجود ارتفاع كبيرفيالحركيات الخلويه (السايتوكينات) لمصل الاطفال المصابين مقارنة مع السيطرة. وفقا للفئات العمرية ،اظهرت الفئة( 49 - 60) شهر ارتفاع عالي في مستويات الانترفيرون كاما ، الانترلوكين - 6((IL - 6 والانترلوكين - 12 (12 IL - (حيث كانت للفايروس النورو(90.8, 56.7, 84.3) جزء من الغرام /مل على التوالي،بينما كانت لفايروسالغدي(106.5, 59, 87.5)جزء من الغرام /ملعلى التوالي مقارنة مع مجموعة السيطرة. | Norovirus and adenovirus types (40 and 41) are the important causes of gastroenteritis infections in children worldwide. The present study was designed to determine the incidence and nature of infection of norovirus and adenovirus types (40 and 41) at molecular and immunological levels, as well as some features such as seasonal variation , age distributions and detected the most effective and suitable method for diagnosis of the two viruses . The study was carried out in Al - Najaf province, in AL - Zahra teaching hospital for maternity and children, during the period from January, 2014 to December, 2014. Stool and blood samples were collected from 314 children with diarrhea, their age range (from 1months to 5 years). Immunochromatographic assay for norovirus and adenovirus used to detect their antigens in stool samples, the positive results were confirmed by reverse transcriptase real time PCR technique for norovirus and polymerase chain reaction technique for adenovirus types (40 and 41), which showed incidence of 11.7% and 8.9% for norovirus and adenovirus, respectively. Transmission electron microscopy examination gave clear positive norovirus and adenovirus types (40 and 41) appearance in diarrheal stool samples .The study indicates that molecular methods are most suitable and sufficient tests for routine diagnosis of norovirus and adenovirus types (40 and 41) as compared to transmission electron microscopy analysis for diarrheal samples. According to age groups, the results showed that the majority of infections with norovirus and adenovirus were recorded among age group (13 - 24) months. The positive cases were highly among infants fed with bottle fed (31 cases) compared with infants fed with breast fed (14 cases). Regarding the clinical features of children with viral diarrheal infections , the results showed that all of the cases of both viruses complained of watery or mucosal consistence stool (100%) followed by abdominal pain (94.5%) and (82.1%), vomiting (81%) and (78.5%) , and fever (78.3%) and (71.4%) for norovirus and adenovirus positive children respectively. The present study also revealed that a higher incidence of norovirus was detected from January - March 2014, when it was found in 81% (30/37) of the positive cases, whereas the incidence of adenovirus was higher from January - April 2014, during which it was found in 89.2% (25/28) of the positive cases. The current study for cytokines profile detection showed that significant elevation in patients with norovirus and adenovirus than control. The age groups 49 - 60 months have shown a high level in cytokines Interferon gamma, Interleukin - 6 and Interleukin - 12 with concentration were (84.3, 56.7, 90.8) pg./ml , respectively for norovirus while adenovirus were (87.5, 59, 106.5) pg./ml , respectively as compared with control group . Conclusion of the study shows incidence norovirus genotypeII (GII) and adenovirus types (40 and 41) by rapid chromatographic test from infected children in Al - Najaf province. The study indicates that molecular techniques are most suitable and sufficient tests alternatively for transmission electron microscopy when there is good facility and both can replaced by rapid chromatographic test . Interferon gamma, Interleukin - 6 and Interleukin - 12 were increased in all patients with norovirus and adenovirus infections and showed high level in age group (49 - 60) months

قياس وتحليل الخسائر لموجات الموجع ذوات الفتحة المصنعة من سليكون على عازل == Measurements and Analysis of The Losses for Fabricated SOI Slot Waveguides

اسم المؤلف: ميثم نعيم صالح
اسم المشرف: مازن مانوئيل الياس
الموضوع العام: علوم الليزر
السنة: 2015
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: An interesting silicon photonics component is the slot waveguide. The discontinuity of the normal component of the displacement vector can be used to affect guiding of the majority of the electric field energy in a narrow low index gap when the field is polarized parallel to the silicon surface, that is, perpendicular to the silicon confining walls. By infiltrating nonlinear material into such a gap, one can simultaneously confine electric and optical fields achieving a high efficient optical modulation or switching that is becoming more desirable on optical communication. An array of 200 Silicon - on - Insulator (SOI) slot waveguide devices of varying slot widths, ribs widths, taper lengths and slot lengths are fabricated in each cell of a wafer fabricated at a commercial foundry. The cells are cleaved into individual chips after fabrication. Some chips are coated with thin films of polymers that fully infiltrated the slots. Measurements that consisted on spectral loss are made on the grating coupler waveguide devices of both coated and uncoated chips. Individual devices exhibited insertion losses varying from several dB up to values so great that the response is below the noise floor of the optical spectrum analyzer employed as a receiver. The chips that failed in the transmission test are primarily uncoated ones. Nominally identical devices on different chips exhibited nominally identical behavior. A commercial software program is used to simulate each of the structures that is included in the 200 devices test. The simulations are seen to show a degree of qualitative agreement with the experimental results. Comparison of the experimental measurements and the simulation results indicates that the loss inherent in a slot waveguide is quite low. Near loss free couplers from ridges to slots are achievable in case of coated devices, whereas the situation is different in case of uncoateddevices where a lot of energy is dissipated through the substrate. Use of a surface roughness model indicates that the excess loss that slots exhibit with respect to a ridge mode counterpart arise almost solely from surface scattering off the surface roughness. The increased loss in the case of the slot guide arises from the higher electromagnetic energy density at the surface of the guide due to the electric field discontinuity that is employed as a guidance mechanism in slot modes in contradistinction to ridge modes that are index - guided. Conclusions include some speculation as to the limits on the loss that can be achieved by variation the design of slot guides without any improvement in surface roughness over what is now available with fabrication in commercial foundries.

التحقق من تاثير عدم استقرارية بلاتو - رايلي في عملية سحب ليف شبه المواد انديوم - بوليمر == Investigation of the influence of the Plateau - Rayleigh instability in fibre drawn indium - PMMA metamaterial

اسم المؤلف: احمد عبد الكريم علي
اسم المشرف: عبد الهادي مطشر الجنابي
الموضوع العام: علوم الليزر
السنة: 2015
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: Metamaterial is a synthetic composite material with a structure such that it exhibits properties not usually found in natural materials. Fibre drawing method has been used in producing Poly - methyl methacrylate (PMMA) - indium wires metamaterials. PMMA and indium are having relatively the same glass transition temperature making them suitable for co - drawing. The fiber filaments must be drawn to smaller diameters to shift the metamaterials response to higher frequency. At these dimensions the metal filaments inside the fiber become unstable and break - up at random intervals. This instability is due to a phenomenon known as the Plateau - Rayleigh InstabilityWell known Tomotika model for the growth in the varicosity in the surface of fluid extended inside another fluid was modified to describe the fluctuations (instability) of inner core diameter for metamaterials drawing inside radiative furnace. Modified Tomotika model was used to investigate the instability growth of the indium wire diameter produced by co - drawing of indium metal embedded in a PMMA polymer.The critical parameter for the wire breaks is the wavelength of perturbations. A MATLAB model was used to describe a small drawing ratio (neglecting the wavelength of fluctuations effect). The experimental and modeling results are almost match when a very small temperature variation occurred. So the observed fluctuations in diameter can be reconciled with the Plateau - Rayleigh instability.For larger fluctuations (large drawing ratio) the wavelength of fluctuations was analyzed and sequential breakup on different length scales was observed. We infer limits to wire dimensions that can beachieved using the chosen material system and identify a path for extending drawing methods to fabricate smaller wires.Finally, simulation for deep subwavelength wave propagation inside wire metamaterials depending on the unit cell manipulation was performed. CST microwave studio software had been used to simulate wave propagation inside linear and 90o corner waveguide as well as equal arms beam splitter (50/50). It’s applicable to waveguiding 40cm wavelength in about 2.4 cm waveguide.

لحام ليزر الاندي ياك لمعادن غير متشابهة تيتانيوم رتبة 2 مع سبيكة المنيوم - O3105 == Dissimilar Nd : YAG Laser Welding of Grade 2 Titanium to 3105 - O Aluminum Alloy

اسم المؤلف: عبير احمد شهاب العبيدي
الموضوع العام: علوم الليزر
السنة: 2015
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: التيتانيوم والالمنيوم مواد تلقى اهتمام تقني في الصناعات الالية والفضائية والمتحسس الذكي.التحديات التي تواجه لحامهم هي نتيجة للاختلاف الكبير في المواصفات الثرموفيزيائية والميكانيكية, اضافة الى الذوبانية المحدودة لكل معدن في الاخر,لذلك لحامهم باستعمال الليزرسيقلل تكوين الا طوار المعدنية الضارة لما كانت منطقة اللحام نفسها ضيقة .في هذا العمل قدم شكل خاص من اللحام الليزري النقطي لربط تيتانيوم رتبة 2 تراكبيا مع سبيكة المنيوم 3105 - O باسماك 1,0.5 ملم على التوالي, من خلال لحام درز دائري, لبق التصميم يستعمل نبضات ليزر متعاقبة ادت الى لحام شبيه للحام الليزري النقطي .لهذه الدراسة كانت معاملات لحام الليزر كالاتي : طاقة النبضة 11جول, مدة النبضة 6 ملي ثانية, تردد النبض 20هرتز,تدفق غاز الاركون 20 لتر/دقيقة وسرعة اللحام (4 - 6.67) ملم/ثانية.لقد لوحظ ان تاثيرسرعة اللحام كان الاقوى على الحرارة الداخلة لمنطقة اللحام حيث سرعة لحام 4 ملم /ثا (76%عامل تداخل النبضات), قد ادت الى افضل امتصاص لطاقة الليزر واكثر تجانس وعرض للمساحة المنصهرة عند منطقة تداخل ,Ti - Alلذلك تم الحصول على 70MPa مقاومة وصلة اللحام. اظهر فحص منطقة وصلة اللحام باستخدام المجهر الماسح الالكتروني SEM, مقياس تشتت طاقة الاشعة السينية EDS ومقياس انحراف الاشعة السينية,XRD تكون الا طوار المعدنية الضارة. المنطقة المنصهرة للتيتانيوم قرب منطقة تداخل Ti - Alضمت طور.Ti3Al الشقوق لوحظت في منطقة الالمنيوم المنصهرة قرب منطقة التداخل ,Ti - Alنتيجة الانحدار العالي في الخواص الميكانيكية والثرموفيزيائية. من اجل التقليل من تكون الا طوار المعدنية الضارة وتخفيف الانحدار العالي في الخواص . الثرموفيزيائية والميكانيكية, اربعة انواع مختلفة من الحشوات المعدنية (Al - 5Si, Al - 12Si - 2.5Mg, pure Nb and Al - 0.2Sc - 0.36Zr) مع ثلاثة اسماك مختلفة لكل حشوة قد حضرت في هذا العمل. حشوة Al - 5Si كان لها تاثير ايجابي على مقاومة وصلة اللحام حيث ان Siقلل التاثير الضار للاطوار المعدنية الضارة من خلال تعويض ذرات Al في Ti3Al لذلك فان مقاومة الوصلةزادت الى MPa80بدل MPa70.حشوة Al - 12Si - 2.5Mg قد حسنت مقاومة الوصلة الىMPa87 متجاوزة بذلك مقاومة القصMPa82 لترابط المعدن الاساس Al. نتيجة درجة اانصهاره العالية, حشوة النيبيوم النقي Nb منعت لحام صفيحة Al السفلى, لذلك هذه الحشوة كانت غيرمناسبة للا ستعمال وفق شروط اللحام لهذا العمل. لقد كان للحشوة الجديدة Al - 0.2Sc - 0.36Zr التي استعملت لاول مرة من خلال هذا العمل تاثير ايجابي جدا على قوة ترابط وصلة اللحام MPa103 حيث ان الكسر حدث من المعدن الاساس Al وليس من الوصلةخلال عملية الاختبار. بالمقارنة مع مقاومة التاكل لمعدن التيتانيوم الاساس, اظهرت الوصلات بدون استعمال حشوة وباستعمال حشوة Al - 0.2Sc - 0.36Zr نقصان بمعدل التاكل ب %51 و%72 بالتعاقب بينما اظهرت الوصلات باستعمال حشوات Al - 5Si,Al - 12Si - 2.5Mg زيادة بمعدل التاكل ب % 80 و%68 بالتعاقب. | Materials titanium and aluminum are of technological interest in automotive, aerospace and smart sensor industries. The challenges for welding them result from the large difference in thermophysical and mechanical properties, besides limited solubility of each metal in other. Thus welding them using laser, will reduce intermetallic phases (IMP) formation to acceptable limits, since the weld itself is narrow.In the present work a special form of laser spot welding is introduced to joint overlapped titanium Ti Grade 2 to 3105 - O aluminum alloy, with 1 and 0.5 mm thicknesses respectively. A welding tactile seam tracking design using following pulses that result to a circular seam, leads to spot like shape laser welding. For this study, laser welding parameters were : pulse energy 11 J; pulse duration 6ms; pulse frequency 20Hz; argon gas flow rate 20 l/m and welding speed (4 - 6.7) mm/s. Welding speed was observed to have the strongest effect on heat input, where 4 mm/s (76% overlapping) speed has led to better energy absorption and wider more uniform melted area at Ti - Al interface, thus 70 MPa joint strength was obtained. Examination of the joint region using scanning electron microscopy (SEM), energy dispersive X - ray spectrometry (EDS) and X - ray diffraction (XRD) showed the formation of different IMP in the Ti - Al welding zone. Ti fusion zone (FZ) near the interface was mainly containing Ti3Al. Crakes were observed in Al (FZ) near the interface as a result of mechanical and thermo physical properties gradient. Inorder to reduce IMP formation and relaxes the high gradient in thermophysical and mechanical properties in the welding zone, four fillers metals (Al - 5Si, Al - 12Si - 2.5Mg, pure Nb and Al - 0.2Sc - 0.36Zr), with three different thicknesses for each filler, were prepared. Al - 5Si filler has positive effect on the joint strength where Si has reduced the IMP harmful effect via replacing Al atoms substitutionaly in TiAl3 at the interface, thus joint strength was increased to 80MPa instead of 70MPa. Al - 12Si - 2.5Mg filler has improved the joint strength to 87MPa where the shear strength of Al base metal of 82MPa was exceeded. Due to its high melting point pure Nb filler prevented penetration of bottom Al sheet, thus it was unsuitable to use for the present work conditions. A new Al - 0.2Sc - 0.36Zr filler was used for the first time in the present work and has very positive impact to the joint strength 103MPa, where the joint has fractured from Al base metal. In comparison to the corrosion rate of Ti base metal, joints without using filler and with the new Al - 0.2Sc - 0.36Zr filler metal, have decreased the corrosion rate by 51% and 72% respectively, while joints with Al - 5Si and Al - 12Si - 2.5Mg filler metals, have increased the corrosion rate by 68% and 80% respectively.

التحقق عدديا وعمليا من مبادل حراري ذو سائل نانوي في منظومة التبريد والتهوية والتدفئة مع الكشف بالليزر == Numerical and Experimental Investigation of a Nanofluid Heat Pipe Heat Exchanger in HVAC System with Laser Detection

اسم المؤلف: ايسر عبد الرزاق الاميري
اسم المشرف: حسين علي جواد | زينب فاضل مهدي
الموضوع العام: علوم الليزر
السنة: 2015
الدرجة: دكتوراه
اللغة: الانكليزية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: The improvement of energy saving in heat pipe heat exchanger system was investigated .Theoretical work was done to study the effect of coating with nanomaterials on the thermal performance of HPHE to enhance the energy saving. Temperature distribution and thermal resistance for different nano materials (BN, WC, HFB2, MgO and MOSi2), metal and metal oxide (Ag, Cu, AL, BeO, Al2O3 and CuO) on fins were studied. The maximum enhancement of the thermal performance at the evaporator section in steady state operation condition was (5.072, 5.063, 5.075 and 5.069) for (WC, HFB2, MgO and MOSi2) respectively and (5.829) for (BN) at the same section in transient operation condition while at the same section in steady state operation condition (5.063, 5.064, 5.07, 5.068, 5.075 and 5.076) for (Ag, Cu, AL, BeO, Al2O3 and CuO) respectively was detected. The best nano material for enhancement the thermal performance of HPHE are BN for nanomaterial ,Al for nano metal and CuO for nano metal oxide .The thermal performance of seven thicknesses of CuO coating layers on HPHE fins was also studied. Results showed that the enhancement of the thermal performance is decreasing with the increment of coating thickness at the evaporator section of transient conditions (5.076, 5.075, 5.073, 5.072, 5.070, 5.068 and 5.067) for (10, 25, 50, 75, 100,125and150)μm thicknesses respectively. Experimental work was done to examine the general performance of thermosyphon heat pipe at four concentrations (0.05, 0.2, 0.6 and 1) wt. % of nanofluid. Two CW diode lasers (532,650) nm were used as a detection system to determine the variation of the concentration within the system operation. The results showed that fourteen percent reduction in thermal resistance is detected for 0.05wt.% relative to the DI - water . The shorter time of steady state condition of operation, the higher values of total thermal effectiveness, energy saving and energy balance ratio of HPHE were satisfied at 0.05wt.%. The maximum value of relative powers of 0.05wt% nanofluid concentration is detected compared with the other concentrationsdue to the low density of nanofluid concentration. The start sensing and ending detection powers are (0.1, 1) W respectively of this type of nanofluid.

التوليد والسيطرة على التشويش في اتصالات التردد الراديوي - البصري == Chaos Generation and Control in RF - Optical Communications System

اسم المؤلف: اسراء علي ياسين
اسم المشرف: قيس عبد الستار النعيمي
الموضوع العام: علوم الليزر
السنة: 2015
الدرجة: دكتوراه
اللغة: العربية
مكان الجامعة: بغداد
الصفحات الاولى:
المستخلص: تتناول هذه الاطروحة تنفيذ وتقصي موضوع الاتصالات الضوئية الفوضوية .ونظرا لمتطلبات السرية العالية، تستخدم الاتصالات الضوئية الفوضوية لتشفير الرسائل بين وحدات الارسال والاستقبال.ان الطريقة التي استخدمت للحث على السلوك الفوضوي هي طريقة التغذية المرتدة الضوئي - الالكتروني باستخدام جهاز من محاسن هذا المضمن هو عرض النطاق الترددي ودرجة التعقيد العالية. استند عمل النظام الى طريقة التغذية المرتدة. في هذا النظام، يكون جهاز مذبذب وحدة الارسال مسار مغلق بينما يكون جهاز الاستلام مسار مفتوح يستلم اشارة الفوضى من وحدة الارسال عبر وصلة الالياف الضوئية. تم البحث عمليا في طريقتين لتشفير الرسائل الى اشارة الفوضى. ان هاتين الطريقتين هما التعديل المشوش والتنكر المشوش. لقد بدانا من اختراع نظام الفوضى ودراسة خصائصه وتحديد عناصر السيطرة التي تؤدي الى حالات مختلفة من سلوك النظام. وهكذا تم تقصي الطريق الى الفوضى في مذبذب جهاز الارسال. ولملاحظة سلوك النظام، تم تحديد الرسم المتشعب من خلال تغيير العنصر المتحكم. ان عنصر التحكم هو القدرة البصرية الخارجة من الثنائي الليزري . وجرى بحث التسلسل الزمني وطاقة الطيف واعادة تكوين مساحة الطور. وقد تم بحث موضوع تزامن كلا الطريقتين. وتم الحصول على الرسالة المرسلة في وحدة الارسال من خلال تزامن المذبذب في وحداتي الارسال والاستقبال. وهكذا تم الحصول على الرسالة المستخرجة عند وحدة الاستلام. ان عرض النطاق الترددي لاشارة الفوضى الحاملة هو 200 ميكاهيرتز. وتكون قيمة القدرة الضوئية الخارجة من ثنائي اليزر والذي هو العامل المتحكم في نظامنا هذا في كسب الطوق المرتد في مذبذب الارسال بين (0.8 - 0.9) ملي واط. الرسالة كانت عبارة عن تردد راديوي 100 ميكا هيرتز وقدرة 0 ملي ديسبل. | In this thesis, the chaotic optical communication is implemented and investigated experimentally. Due to the high security requirements, chaotic optical communication is used to encrypt the message between the transmitter and the receiver units. The method which is used to induce chaotic behavior is electro - optical feedback loop by using a Mach - Zehnder modulator. The advantage for this modulator is a high bandwidth and high complexity. The system is a unidirectional feedback loop. In the scheme of unidirectional, the oscillator of the transmitter unit is a closed loop while the oscillator of the receiver unit is an open loop that receives the chaotic signal from the transmitter via an optical fiber link. Two setups were investigated experimentally to encrypt the message to the chaotic carrier signal. These methods are chaos modulation and chaos masking. We have started from creation the chaotic dynamics studied its properties and determined the control parameters that lead to various situations of the behavior of the system. The rout to the chaos for the transmitter oscillator has been investigated. To observe behavior of the system through changing of the control parameter, the bifurcation diagram is plotted. The control parameter is the output optical power of the laser diode. Time series and power spectrum of the time series is extracted by using Fast Fourier Transform FFT. The phase space reconstruction has been examined. The synchronization of two setups has been investigated. The sent message is extracted by the oscillators synchronization in the transmitter unit and the receiver unit. The extracted message has been obtained at the receiver unit. The bandwidth of the chaotic signal is about 200 MHz. The output optical power of the laser diode which is the variable control parameter of our setup in the feedback loop gain of the transmitter oscillator is between (0.8 - 0.9) mW.The message is a radio frequency at 100 MHz with power 0 dBm and is attenuated below this level with the noise level when modulated with the chaotic carrier.
1 ... 23 24 25 26 27 ... 76