Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 2,514

دراسة بعض الجوانب المناعية والجزيئية في المرضى المصابين بداء المقوسات العيني == Study of some Immunological and Molecular Aspects in Ocular Toxoplasmosis Patients

Author name: علي نزار ياسين
Supervisor name: اسراء قاسم العبيدي | وحيدة رشيد علي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Parasites
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The current study was conducted on 179 patients who attended the Retina Unit in Ibn Al - Haitham Teaching Eye Hospital in Baghdad from the beginning of March to the end of September 2014. The patients were divided a according to the clinical diagnosis to 3 roups; the first included 50 patients infected with ocular toxoplasmosis(OT) while 45 patients with uveitis ; In addition a control group was of 84 apparently healthy individuals (they don’t have any infection in their eyes.) was included. The sera patients were initially diagnosed by immune Latex test. The results showed that all the ocular toxoplasmosis patients (100%) were positive while none of the uveitis patients gave positive result, In control group,30 cases were infected with toxoplasmosis(35.7%) with a significant differences between the three groups (p<0.01). ELISA test results for specific T. gondii IgG and IgM antibodies for were 84% positive to ocular toxoplasmosis as 42 patients versus 16% as 8 cases with negative test, while the positive rate in uveitis patients was 31.1% and considered as positive uveitis group, versus 31 negative case with rate 68.9%.The control group was reevaluated showed 35 positive case from 84 and formed a group called Asymptomatic toxoplasmosis. The levels of specific IgG and IgM were measured by international unit / ml.for all groups. The IgG level was 1.661 ± 0.187 IU/ml. in O.T. group followed by positive uveitis group 1.596 ± 0.157 and Asymptomatic toxoplasmosis group 1.501± 0.257 while negative uveitis group and control were recorded 0.389± 0.190 and 0.350 ± 0.167 respectively.IgM levels were increase in O.T. group 1.922 ±0.510 followed by positive uveitis group 1.867 ± 0.061 then asymptomatic toxoplasmosis came 1.744 ± 0.070. Finally the negative uveitis and control groups were registered 0.632 ± 0.166 and 0.618 ± 0.236 respectively.The study of some properties, coupled with ocular toxoplasmosis, including the sex and age for positive IgG antibody groups as it reflected the probability of female to male rate of 74.28% and 25.72%, respectively for OT group, while positive uveitis 58.33% and 41.67% respectively. Asymptomatic toxoplasmosis group has recorded 53.33% and 46.67%, respectively, with no significant differences between the three groups. The age variable has the results of the current study showed no significant differences between positive IgG antibody groups, as OT group focused within the age range 40 - 49 years and 60 - 70 years and similar rate of 22.88%, while positive uveitis and asymptomatic toxoplasmosis groups focused within at the age range 20 - 29 years and 33.33% and 30% respectively. As for positive IgM antibody groups and sex differences, with no significant differences recorded as OT group of males 71.43% and females 28.57%, while asymptomatic toxoplasmosis group 60% for males and 40% for females recorded. The positive uveitisgroup was limited to females only 100%. As well as not significant differences between positive IgM antibody groups were recorded for variable of age as it was OT group within the age range 30 - 39 years and 50 - 59 years with a similar rate 28.57% and 40 - 49 years by 42.86%. As positive uveitis group was within the age range 20 - 29 years and 30 - 39 years, with a similar rate 50%, while asymptomatic toxoplasmosis group within the age range 20 - 29 years and 30 - 39 years, with a similar rate of 40% and 40 - 49 years by 20%.Investigation of a specific part of B1 gene in size 469 base pair for positive cases to ELISA test was done by conventional PCR test. O.T. group recorded 10 positive results from 42 patients in 23.8% percent, while positive uveitis group that has 14 patients in which only 3 positive cases in 21.4 percent. Three positive cases was recorded also in asymptomatic toxoplasmosis group in 8.6% percent. No significant differences for this test between studied groups in probability (p.0.05). Real - time PCR was applied also on a positive studied groups to ELISA test also.O.T. group recorded 14 positive case in 33.3% percent, positive uveitis and asymptomatic toxoplasmosis registered only 7 case in rate 50% and 20% respectively, No significant differences for real - time PCR in probability (p.0.05) between the three groups.The present study included als o that contain measuring changes in thelevels of some cytokines that estimated by pg. /ml. for all studied groups.The level of IL - 4 in positive uveitis group reached to 28.22 ± 7.74 followed by asymptomatic toxoplasmosis group 26.72 ± 3.72.then O.T.group 21.39 ± 5.03 while negative uveitis group reached a concentration 16.17 ± 5.66,control group came finally and reached lowest concentration 5.08 ± 2.8.High level of IL - 6 was in O.T. group 33.09 ± 19.57 and positive uveitis group 22.26 ± 9.74 then asymptomatic toxoplasmosis 16.83± 6.06, negative uveitis registered 15.94 ± 6.11,control group came to record the lowest concentration 11.70 ± 5.44. An increase in IL - 10 was record in O.T.gruop 24.24 ± 6.27 followed by negative uveitis group 21.35 ±7.64 then asymptomatic toxoplasmosis group 19.15± 3.95 while positive uveitis showed a level 17.65 ± 2.75,the lowest level was in control group 14.28 ± 2.79. High level of Interferon - gamma Inducible Protein - 10 ( IP - 10 ) was got in O.T. group in a concentration 22.66 ± 3.48followed by positive uveitis group 17.09 ± 1.97, then negative uveitis group 16.91± 3.02. Asymptomatic toxoplasmosis group reached 16.89 ± 2.46 and lowest concentration in control group 14.78 ± 2.26.Granulocytes - macrophages colonies stimulating ( GM - CSF) registered a highest level in positive uveitis 47.44 ± 15.04 followed by O.T. group 45.14 ±10.05 the negative uveitis group 43.12± 9.35 and Asymptomatic toxoplasmosis record 39.26± 12.03 while control group the lowest concentration 29.44± 5.29.There were no significant differences between the studied groups (p.0.05). in the levels of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF).

تلازم بعض مجاميع الدم البشرية واضدادها مع مرض الذبحة الصدرية غير المستقرة

Author name: علي مرتضى حسن
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تمت دراسة 150 انموذجا لمرضى الذبحة الصدرية Unstable angina و100 انموذج للاصحاء ظاهريا والمضاهين الجنس والاعمار مع المرضى , واهتمت الدراسة في ايجاد ترددات مجاميع الدم ABO وLewis ومجموعة الدم MNS , فقد سجلت النتائج ان تردد المجموعة B كان 33.3% في المرضى, و29% في الاصحاء, وكان التحليل الاحصائي معنوي ((P< 0.05, اما تردد المجموعة A فلم يعط فرقا بين المرضى والاصحاء, في حين قل تردد المجموعة O في المرضى عنه في الاصحاء, فقد بلغ في المرضى24.7% , و31% في الاصحاء وكان التحليل الاحصائي معنوي ((P< 0.05, في حين كان تردد مجموعة الدم AB في المرضى 12.0 % وفي الاصحاء بلغ 10% ايضا كان التحليل الاحصائي معنوي ((P< 0.05 .لقد برز دور المجموعة (Le (a‾ b‾ في القابلية للمرض Susceptibility , وقد سجل هذا النمط ترددا بلغ 30.7% في المرضى و18% في الاصحاء, وكان التحليل الاحصائي مشيرا الى معنوية هذا الفرق (P< 0.05), اما المجموعة Le(a+ b - ) فقد سجلت ترددا بلغ في المرضى 15.5% وفي الاصحاء 26% والمجموعة Le(a - b+) كان ترددها 55% في المرضى و18% في الاصحاء وكانت نتائج التحليل الاحصائي معنوية ((P< 0.05.ان مجموعة الدم MNS اعطت مؤشرا الى دورها في المرض وخصوصا دور المجموعة NN اذ بلغ ترددها 19.2% للمرضى مقارنة بتردد 11% للاصحاء وكانت نتائج التحليل الاحصائي معنوية ((P< 0.05.وقد درست الاستجابة المناعية للانماط الدموية التي تحت الدراسة وبينت النتائج ان هنالك ارتباطا بين بعض المجاميع وعيارية الاضداد الضادة لكريات دم البقر في مصول المرضى مقارنة بالاصحاء.كان النمطان A وB اكثر الانماط اظهارا للعياريات فقد بلغت 43.6 ± 46.6 و61.9 ± 148.9 للمرضى على التوالي مقارنة بعياريات بلغت 5.6± 5.4 و15.3 ±25.7 للاصحاء وكانت هذه الفروقات ذات اهمية معنوية ((P< 0.05.اقترن ارتفاع عيارية الاضداد الضادة لكريات دم البقر بالمجموعة Le(a - b - ) فقد بلغت العيارية في المرضى 59.5± 67.2 و6.2 ± 5.8 في الاصحاء P<0.01) ). اما عيارية النمط Le(a+ b - ) فقد بلغت 57.6 ± 75.9 في المرضى و7.7± 7.7 في الاصحاء (P< 0.01) في حين كانت العيارية للنمط Le(a - b+) 43.7 ± 117.9 للمرضى, و108.3 ± 559.7 للاصحاء.درس دور مورث الافراز وعلاقته بالاستجابة المناعية فقد سجل المرضى الفارزين عيارية 72.6 ± 77.02 مقارنة بغير الفارزين المسجلين لعيارية بلغت 54.3 ± 63.5 (P< 0.01) في حين كان الاصحاء الفارزين ذوي عياريه 6.0 ± 7.02 مقارنة بغير الفارزين اذ بلغت 6.4 ±5.3 (P< 0.01) .اما العيارية المرتفعة للنمط NN والبالغة 38.4 ± 47.02 فقد اختلفت عن مثيلتها في الاصحاء 8.7 ± 9.4 (P<0.01).كانت الانماط AB وB اكثر خطورة نسبية للمرض, فقد بلغت خطورتها النسبية 1.2 و1.1 على التوالي .وقد نوقشت النتائج في ضوء المعلومات العلمية المتوافرة للموضوع. | A total of 150 unstable angina patients and 100 age and gender comparable healthy controls were investigated. The study dealt with finding the frequency distribution of ABO, Lewis and MNS blood groups .The findings indicated that there was an increase in the frequency of B blood groups (patients 33.3% versus 29% in control, P<0.05). On the other hand however, A gave no significant difference in the patients compared to control. O blood group frequency gave a decreased frequency in patients compared to controls,(24.7% in patients vs. 31% in healthy controls , P<0.05).A noticeable increase in the frequency of Le(a - b - ) was seen in patients (30.7% in patients vs. 18% in controls, P<0.05), However, Le(a - b+) demonstrated a relatively decreased frequency in patients compared to controls, While Le(a+b - ) showed no differences in frequency.In MNS blood groups, NN frequency gave a statistically significant difference ,with a frequency of 19.2% in patients vs 11% in healthy controls.The immunological status in patients and controls was studied, based on a newly developed quantitative criterion (Anti - bovine antibody titers among patients and controls). It was seen that A and B blood groups were among the ones that gave an increased anti - bovine antibody titers giving a mean titers of (43.6 ± 46.6 and 61.9 ± 148.9) in patients vs. (5.6 ± 5.4 and 15.3 ± 25.7) in healthy controls respectively.The increased anti - bovine antibody titers were associated with Le(a - b - ) blood group, That was (59.5 ± 67.2) in patients vs. (6.2 ± 5.8) in healthy control, (P< 0.01).On the other hand however, anti - bovine antibody titers in Le(a+b - ) was (57.6 ± 75.9) in patients vs. (7.7 ± 7.7) in healthy controls, (P< 0,01), While Le(a - b+) gave an opposite titer of (43.7 ± 117.9) in patients vs (108.3 ± 559.7) in healthy control,(P<0.01).The role of secretory gene in the anti - bovine antibody titers distribution was studied among patients . Secretors gave a mean titer of (72.6 ± 77.02) compared to (54.3 ± 63.5) in non secretors.The healthy secretors gave a mean titer of (6.0 ± 7.02) compared to a mean titer of (6.4 ± 5.3) in healthy controls, (P <0.01).NN blood groups gave an anti - bovine antibody mean titer of (38.4 ± 47.02)in patients in respect to a mean titer of (8.7 ± 9.4)in healthy controls, (P <0.01).A relatively high risk was demonstrated among some blood groups.The novel results were discussed based on gathered available immunological data in the subject of atherosclerosis and unstable angina .

دراسة جزيئية لعدد من عوامل الالتصاق البكتيرية لبكتريا Escherichia coli المعزولة من عينات الادرار من الاطفال دون الخامسة == Molecular study of a number of bacterial adhesion of the bacteria Escherichia coli isolated of urine samples of children under five

Author name: علـي فاضل احمد
Supervisor name: الهام سعيد عبد الكريم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة عزل بكتريا Escherichia coli من عينات سريرية لاطفال مصابين بالتهاب المجاري البولية ، وقد تم الحصول على ( 72 ) عزلة من بكتريا E. coliمن اطفال مصابين بالتهاب المجاري البولية الذين اعمارهم دون ( 5 ) سنوات ومن كلا الجنسين من مستشفى ( ابن البلدي للاطفال ، والامامين الكاظمين ( ع ) التعليمي ومستشفى العلوية للاطفال ) وللمدة من 1/11/2014 لغاية 28 / 2 / 2015 . اعتمد التشخيص البكتيري على المواصفات المجهرية والزرعية والفحوصات الكيموحيوية والتشخيص النهائي والدقيق للعزلات بوساطة استعمال الفحص بنظام ( API 20 E ) . بينت نتائج الدراسة ان نسبة اخماج المسالك البولية في الاناث هي ( 54.2 % ) 39 عزلة ، وفي الذكور ( 45.8%) 33 عزلة.واختبرت حساسية جميع العزلات للمضادات الحيوية وفق طريقة ( Kerby Bauer ) اذ اظهرت جميع العزلات مقاومة 100% لمضادي Ampicillinو Ceftazidime في حين، كانت نسب المقاومة للمضاد Trimethoprim ،Amikacin ، Aztreoname، Tobramycin، gentamycin ، Pipracillin83.3 % ،81.9% ، 72.22% ، 70.8% ، 68.5% ، 65.5 على التوالي ، وكانت نسبة الحساسية 100% لمضادي ، Impenem ، Meropenem .اظهرت عزلات بكتريا E. coli قابليتها على التعبير عن عامل الضراوة الهيمولايسين (نوع بيتا β) اذ كانت 59.7% من العزلات منتجة لهذا العامل . اظهرت عزلات بكتريا E. coli احتواءها على نوعي عاملي الالتصاق CFA/I ، CFA/III اذ كانا بنسبة ( 91.6% ) و( 62.5%) على التوالي ، واظهرت جميع العزلات قدرتها على الالتصاق على الخلايا الطلائية للقناة البولية للانسان ( 100%) ، كما اظهرت جميع العزلات قدرتها على انتاج الغشاء الحياتيBiofilm وبنسبة ( 100%) .تم التشخيص الجزيئي لجينات عوامل الالتصاق Fim وPap Gباستخلاص الـ DNA البكتيري بوساطة ( Geneaid Kit ) ومن ثم اخضاع الـ DNA لاختبار البلمرة التضاعفي التسلسلي ( PCR) . استعملت طريقة تفاعل البوليمر لسلسة الدنا PCR للكشف عن نوعين من عوامل الضراوة الجينية التي تمتلكها بكتريا الـ E.coli بوصفها المسبب الاكثر اهمية لالتهابات المسالك البولية وباستعمال بادئات متخصصة لكل جين ، اذ اظهرت النتائج وجود جين Fim (H) بنسبة 100% ، في حين كان وجود pap G ( I) بنسبة 19.4% ، وكان pap ( III) بنسبة 38.8% في حين كانت نتائج الفحص سالبة للجين pap G (II) . | The Present study included 72 Isolates of Escherichia coli from clinical sample were taken from children with urinary tract infection, whom they were under the age of five year , male and female, taken from ( Ibn Al - balady Hospital for Children), ( Al - Imamayn Al - Khademayn Teaching Hospital) and (Al - A’lwayya Hospital for Children), in the period from 1/11/2014 to 28/2/2015. The bacterial diagnosis depended on microscopic and Cultural specifications, Using the biochemical examinations and the final exact examination of the isolated bacteria by using (ApI 20E) examination system. The study results showed that the infection in the urinary tract of females were 54.2% of 39 isolated bacteria and that of males were 45.8% of 33 isolated bacteria.The Antibiotic susceptibility of .isolated bacteriad one according to Kirby Bauer testing , showed a high degree of , resistance100% to the ceftazidime and ampicillin , while resistance to trimethoprim, amikacin, aztreoname, tobramycin , gentamycin and Pipracillin were 83.3,81.9%, 72.22%,70.8% , 68.5%,65.5respectively.All isolates showed susceptibility 0% to the impenem and meropenem antibiotics .The result of virulence factors of E.coli isolates show indicate the ability 59.7% of isolates produce hemolysin .The isolated bacteria of E.coli showed containing two types of adherence factors CFA/I and CFA/III, and the two ratios were 91.6% and 62.5% respectively. All the isolated bacteria showed that the ability of adherence to epithelial cells of the urinary tract was 100%.All the isolated bacteria showed that the ability to produced Biofilm were 100%.The molecular examination of the genes for adherence factors was made by taking out the bacterial DNA by (Geneaid Kit) and then, the DNA was put to the test of polymerase chain reaction (PCR). Polymerase chain reaction (PCR) was used to find out two types of adhesion factors, Fim (H)and Pap G genes, as they were the cause of the most common urinary tract infections by using specialist primers for each gene. The results showed the existence of Fim (H) gene was 100%,while were Pap G(I) gene 19.4%, Pap(III) gene38.8%, and the results of the test of Pap G(II) gene were negative to all isolates .

دراسة بكتيريولوجية وجزيئية للنوع Proteus mirabilis المعزولة من مصادر سريرية وحيوانية == Bacteriological and molecular study of Proteus mirabilis isolated from clinical and animal sources

Author name: علي سعد كاظم حسين
Supervisor name: محمود ابراهيم اسماعيل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: الجانب الاول : شمل هذا الجانب عزل وتشخيص البكتيريا Proteus mirabilis من 801 عينة تضمنت 179 عينة سريرية مختلفة (البول، الاذن والجروح) و622 عينة حيوانية مختلفة (براز الدجاج، مستقيم الابقار، مستقيم القطط ومستقيم الكلاب) جمعت من محافظة بغداد للمدة من 26/10/2015 الى 29/3/2016. بعدها درست الحساسية للمضادات الحيوية وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : .1 88 عزلة بكتيرية تعود للنوع P. mirabilis تضمنت 51 (28.49%) عزلة من العينات السريرية و37 (5.95%) عزلة من العينات الحيوانية وشخصت باستعمال طرق التشخيص التقليدية وعدة الفايتك كما تم تاكيد تشخيصها باستخدام البادئ النوعي للجين 16SrRNA للكشف عنه في جينوم البكتيريا بتقنية تفاعل البلمرة المتسلسل اذ اظهرت نتائج التشخيص الجزيئي ان جميع العزلات البكتيرية امتلكت الجين .16SrRNA 2. بينت نتائج فحص حساسية عزلات P. mirabilis (88 عزلة) للمضادات الحيوية بطريقة انتشار القرص انها امتلكت المقاومة المتعدة لـ )2 - 8( من المضادات الحيوية المختبرة. كما وجد ان اقل معدل مقاومة لعزلات P. mirabilis السريرية كان لمضادات ciprofloxacin (3.9%) وnorfloxacin (7.8%) وimipenem (9.8%) بينما اقل معدل مقاومة للعزلات الحيوانية كان لمضادات cefoxitin (0%) وamikacin (2.7%) وciprofloxacin (5.4%) وcefepime وimipenem وlevofloxacin (8.1%) لكل منها. الجانب الثاني : شمل الكشف عن بعض عوامل الضراوة ظاهريا والكشف الجزيئي عن ثلاثة جينات مرتبطة بعوامل الضراوة وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : 1. بينت نتائج فحص انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتيريا P. mirabilis بطريقة القرص التازري المزدوج ان 52.49% (27/51) و48.65% (18/37) من العزلات السريرية والعزلات الحيوانية على الترتيب كانت موجبة للفحص.2. بينت نتائج فحص الفعالية الانحلالية للهيمولايسين لعزلات P. mirabilis على اطباق اكار دم الانسان واطباق المعايرة الدقيقة لدم الانسان والارنب ان 66/88 (75%) عزلة منها كانت محللة للدم من نوع الفا وبيتا على اطباق اكار الدم كما انها اعطت معيارا انحلاليا للدم تراوح بين (16 - 256)، كما وجد ان 22/88 (25%) عزلة لا تمتلك فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر على اطباق اكار الدم ولا على اطباق المعايرة الدقيقة. اظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن الجين hpmA (الذي يشفر الى انتاج الهيمولايسين) ان جميع العزلات التي اعطت فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر امتلكت الجين hpmA بينما 19/22 من هذه العزلات التي لم تعط فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر كانت لا تمتلك جين الهيمولايسين gene) .(hpmA3. بينت نتائج فحص تكوين الغشاء الحيوي لبكتيريا P. mirabilis بطريقة اطباق المعايرة الدقيقة وعند الطول الموجي 630 نانوميتر ان جميع العزلات (88/88) كانت مكونة له. اذ ان 53.41% (47/88) من العزلات كانت مكونة للغشاء الحيوي بدرجة قوية و25% (22/88) بدرجة متوسطة و21.59% (19/88) بدرجة ضعيفة.4. بينت نتائج فحص انتاج انزيم البروتيز لبكتيريا P. mirabilis على اطباق اكار الحليب الفرز والكشف الجزيئي عن الجين zapA (الذ يشفر الى انتاج البروتيز) ان 82/88 (93.18%) عزلة منها كانت منتجة لانزيم البروتيز على اطباق اكار الحليب الفرز وتمتلك الجين zapA بينما 6/88 (6.82%) عزلات كانت غير منتجة لانزيم البروتيز ولا تمتلك الجين zapA، اي يوجد تطابق مابين الكشف الظاهري والكشف الجزيئي عن الجين zapA.5. بينت نتائج الكشف الجزيئي عن عامل الضراوة الجين ucaA (الذي يشفر الى الهدب UCA) ان جميع عزلات P. mirabilis (88/88) كانت تمتلك هذا الجين.6. بينت نتائج فحص انزيم اليوريز لبكتيريا P. mirabilis على وسط اكار اليوريا ان جميع العزلات (88/88) كانت منتجة له وبسرعات مختلفة. | A. Part One included isolation and identification of Proteus mirabilis from 801 samples, including 179 clinical various samples (urine, ear and wounds) and 622 animal (chicken faeces, cows rectal, cats rectal and dogs rectal) various samples were collected from Baghdad province during the period from 26 - 10 - 2015 to 29 - 3 - 2016. Then, their antibiotic sensitivity was studied. This part concluded the following results : 1. 88 bacterial isolates belong to P. mirabilis species included 51(28.49%) isolates from clinical sources and 37 (5.95%) isolates from animal sources were identified by conventional method, Vitek - 2 compact system and confirmed by using specific primer to detect 16SrRNA gene in bacterial genome by polymerase chain reaction technique. Results of molecular identification showed that all these bacterial isolates were possessed this gene (16SrRNA). 2. The results of sensitivity test by disc diffusion method showed that P. mirabilis isolates were multidrug resistant to (2 - 8) from antibiotics tested. The lowest resistance rates for clinical P. mirabilis isolates were (3.9%) for ciprofloxacin, (7.8%) for norfloxacin and (9.8%) for imipenem while animal isolates showed lowest resistance rates : (0%) for cefoxitin, (2.7%) for amikacin, (5.4%) for ciprofloxacin, (8.1%) for each one of cefepime, imipenem and levofloxacin.B. Part Two consisted of a study of some phenotypic virulence factors and molecular detection of 3 genes associated with virulence factors. This part concluded the following results : 1. The results of extended spectrum - β lactamases test by double disk synergy test revealed that 52.49% (27/51) and 48.65% (18/37) of clinical and animal P. mirabilis isolates were respectively positive for the test. 2. The results of hemolytic activity tests of P. mirabilis isolates on human blood agar plates and hemolytic microtiter plates showed that 66/88 (75%) isolates were alpha - and beta - hemolytic on human blood agar plates and they were giving measurable hemolytic titer between (16 - 256), and 22/88 (25%) isolates did not give hemolytic activity. Results of molecular detection of hpmA gene showed that all isolates were giving hemolytic activity possessed the hpmA gene while 19/22 of these isolates did not give hemolytic activity and did not possess the hemolysin gene (hpmA gene).3. The results of biofilm formation test of P. mirabilis by microtiter plates at wave length 630 nm showed that all isolates (88/88) were positive for the test, results showed a strong biofilm formed was 53.41% (47/88), moderate biofilm was 25% (22/88) and weak biofilm was 21.59% (19/88).4. The results of protease production test of P. mirabilis isolates on skim milk agar and results of molecular detection of zapA gene (protease gene) revealed that 82/88 (93.18%) isolates of P. mirabilis were positive for protease test and they were possessed the protease gene. While 6/88 (6.82%) isolates were negative for protease test and did not possess protease gene, there is congruence between phenotypic and molecular detection of zapA gene.5. The results of molecular detection of virulence factor ucaA gene showed that all of the P. mirabilis isolates (88/88) were possessed this gene.6. The results of urease test of P. mirabilis isolates on urea agar plates showed that all of the isolates (88/88) were positive for the test.

دراسة تاثير بعض المطهرات والمعقمات والمنظفات على نمو بعض الفطريات المعزولة من بعض المستشفيات في بغداد == Study the effect of some disinfectants, sterilizers and detergents on growth of some fungi isolated from Baghdad hospitals

Author name: صادق رحيم محمد علي
Supervisor name: منى حمودي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Fungi
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study aimed to detect the fungal contamination of hospitals in orderto be controlled and limited.A total of 511 environmental swaps were collected from Al - Karamateaching hospital, Al - Sader general hospital, Al - Yarmouk teachinghospital, Baghdad teaching hospital and Imam Ali general hospital inBaghdad city from the period 28,October,2013 to 31,March,2014. Thesamples were collected to isolate and identify the caused and contaminatedfungi in addition to test their sensitivity against certain antiseptic anddisinfectants that are used in hospitals; also their virulence factors forhigher frequency and occurrence genus.These isolates were collected from main sources, the hospitalsenvironment and most of the items used for hospital work in order to detectthe nosocomial pathogens persistent in the hospital ecosystem, whichincludes : sink surfaces, tools and equipments, walls, indwelling medicaldevices, premature incubators, beds, medical trashes, floors and others.Results revealed that fungal contamination in five hospitals was in thepercentage 69.89%, 64.52%, 62.40%, 51.58% and 41.90% respectively. Inaddition, the most contaminated places were the hospitals wards 80%,while it was 77.77% in endoscopy units and 76.92% in the Respiratory careunits. The lowest contaminated places were the emergency units 25.0%then burns units 33.33% and cardiac care unit which was 41.66%. Inrespect with the percentage of occurrence and frequency for the isolatedfungi, it was found out that Aspergillus flavus formed the highest ratio offrequency and occurrence 21.29% and 15.46% respectively, followed byAspergillus niger 18.33% and 13.31% then Penecillium spp. which was10.78% and 7.83%. Regarding other fungi, their frequency and occurrence were different. All fungal isolates were identified depending on themorphological and microscopic examinations as well as biochemical tests.The results on the effect of temperature and pH on fungal growthshowed that the best growth was at 25 - 30 OC, and the best growth wasfound at the pH range 5.0 - 6.0.Results of the test of fungal sensitivity against eight antiseptics andsterilizers used in the hospital showed that the ratio of inhibition of thesecompounds agnaist fungi were different according to types andconcentration of antiseptics as well as genus and species of fungi. Use ofthese compounds in 100%, 50%, 40%, 30% and 20% concentration is veryhigher effective, while more effective if they were used in 10% or 7.5%concentration than in 5% and 2.5%, but not effective in 1.25%concentration.The results showed that Setol (Chloroxylenol) has significantly the mosteffective compound on fungi, followed by Formalin (Formaldehyde), thenCarmal (Tension, active surfactants, non - ionic) and Alwazir (Sodiumhipochlorite).Testing some of virulence factors aflatoxin production, lipaseproduction , protease production and haemolysis test, it was found that A.flavus has higher lipase production and protease production than otherfungi. A. flavus and A. niger were capable of blood hemolysis in 3 daysonly, but in different diameters of lysis zone, 1.8mm and 1.6mmrespectively. Some isolates of A. flavus are capable to aflatoxin production.Depending on all results, hospitals contain different fungal species andgenus, antiseptics and disinfectants have an effect on fungal growth if theyare used in a correctly.

دراسة كيميائية وبايولوجية لمركبي Stigmasterol و? - sitosterol كمكونات فعالة متواجدة في نبات البنفسج العطري (العائلة : البنفسجية) المزروع في العراق == Phytochemical and Biological Study of Stigmasterol and ? - sitosterol as Active Constituents Present in Viola odorata L.Plant (Family : Violaceae) Cultivated in Iraq

Author name: شيماء فخري جاسم السالم
Supervisor name: بشرى محمد جابر علوش
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعد هذه الدراسة مسح لبعض المكونات الفعاله لنبات البنفسج العطري Viola odorata L. وعزل هذه المركبات الفعالة (Stigmasterol and β - sitosterol)، كما تم اجراء دراسه بايولوجيه لتحديد فاعليتها كمركبات مضادة للاكسدة وكمضادات بكتيرية حيث تضمنت الدراسه مايلي : - • تم استخلاص هذه المركبات كمستخلص خام من كل جزء من اجزاء النبتة الجذور،الاوراق, الازهار والبذور باستخدام الميثانول والبتروليوم ايثر واجراءالتقدير الكمي والنوعي للمركبين Stigmasterol) و( β - sitosterolفي كل جزء باستخدام تقنيات TLC, HPLC,CC• تم استخلاص وعزل وتشخيص المركبين (Stigmasterol and β - sitosterol) وذلك باستخدام طرق استخلاص وتجزئه وعزل مختلفه• تم استخدام المستخلص الخام لنبات البنفسج العطري Viola odorata L. والمركبات الستيرويدية Stigmasterol) و( β - sitosterol كمضادات للاكسدة على المركب 1 - diphenyl - 2 - picrylhydrazyl (DPPH) الفعال لاحتوائه على الجذور الحرة وتحويله الى مركب 1,1 - diphenyl - 2 - picryl - hydrazine باستخدام التراكيز 25, 50, 100, 200 و400 مايكروغرام/مليلتر والمقارنة مع حامض الاسكوربك كمعاملة قياسية• تم استخدام المستخلص الخام لنبات البنفسج العطري Viola odorata Lو المركبات الستيرويديه( Stigmasterol و( β - sitosterol كمضادات بكتيرية فاعلة ضد بكتيريا staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosa وبتراكيز 2, 5, 10, 20, 30, 40 و50 مايكروغرام/مليلتر والمقارنة مع المضاد الحيوي Gentamicin كمعاملة قياسية• اظهرت النتائج وجود كميات كبيرة من المركبات الستيرويدية(Stigmasterol and β - sitosterol )في كل اجزاء نبتة البنفسج العطري Viola odorata L. اذ كانت تراكيز مركب Stigmasterol في الاوراق 2 ملغم/100مليلتر وللازهار 7.3 ملغم/100مليلتر وللجذر 4.5 ملغم/100مليلتر وللبذور 2.4 ملغم/100مليلتر, فيما كانت تراكيز المركب β - sitosterol في الاوراق 3.2 ملغم/100مليلتر وللازهار 5.3 ملغم/100مليلتر وللجذر 9.2 ملغم/100مليلتر وللبذور 3 ملغم/100مليلتر, اذ كان اعلى تركيز للمركب Stigmasterol في مستخلص الازهار 7.3 ملغم/100مليلتر واعلى تركيز للمركب β - sitosterol في الجذر 9.2 ملغم/100مليلتر.• اظهرت النتائج الفاعلية الكبيرة للمستخلص الخام لنبات Viola odorata L. بالتركيز 400 مايكروغرام/مليلتر كمضاد للاكسدة بنسبة 94% وللتراكيز 25, 50, 100 و200 مايكروغرام/مليلتر بنسبة 72, 80, 84 و92% على التوالي بالمقارنة مع المعاملة القياسية, اذ اظهرت النتائج فروقا معنوية P≤ 0.05 ما بين التراكيز للمستخلص الخام, فيما اظهر التركيز 400 مايكروغرام/مليلتر لخليط المركبات( stigmasterol وβ - sitosterol) كفاءة كبيرة كمضادات للاكسدة وبنسبة 74% وللتراكيز 25, 50, 100 و200 مايكروغرام/مليلتر بنسبة 59, 63, 66 و70% على التوالي مقارنة بالمعاملة القياسية وبفروق معنوية P≤0.05 ما بين التراكيز.• اظهرت تراكيز المستخلص الخام للنبتة فاعلية كمضاد للبكتيريا اذ كان مدى تثبيط بكتيريا Staphylococcus aureus على الوسط المغذي الصلب 0, 5, 15, 18, 20, 22 و25 مليمتر باستخدام التراكيز 2, 5, 10, 20, 30, 40 و50 مايكروغرام/مليلتر على التوالي, واظهر خليط الستيرويدات مدى تثبيط 0, 0, 0, 14, 16, 19 و21 مليمتر لنفس التراكيز على التوالي ومقارنة بالمعاملة القياسية, كذلك اظهر المستخلص الخام كفاءة كمضاد بكتيري ضد بكتيريا Pseudomonas aeruginosa بمدى تثبيط 0, 5, 12, 15, 17, 19 و22 مليمتر ولخليط الستيرويدات بمدى تثبيط 0, 0, 0, 11, 13, 17 و18 مليمتر مقارنة بالمعاملة القياسية, وبينت النتائج ان التركيز الادنى المثبط للمستخلص الخام للنبتة ضد بكتيريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosaهو 5 مايكروغرام/مليلتر ولخليط الستيرويدات هو 20 مايكروغرام/مليلتر. | This study is considered as a survey of the some secondary metabolits present in Viola odorata L., collected from plant nursery in Baghdad between April and July, followed by the fractionation and isolation of Stigmasterol and β - sitosterol.The biological study demonstrated the effect of the Stigmasterol and β - sitosterol found in Viola odorata L. as antioxidant and antibacterial. This study involved the following : - • Extraction of Stigmasterol and β - sitosterol as a crude extract from each part of the plant roots, leaves, flowers and seeds using (Petrolium ether and Methanol) to qualitative and quantitative estimation of Stigmasterol and β - sitosterol in each part of the plant by using TLC, HPLC and CC. • Fractionation and Isolation of sterols compounds (Stigmasterol and β - sitosterol) present in Viola odorata L., by using different methods . • Crude extract and sterols compound (Stigmasterol and β - sitosterol) has been studies in experimental work to determination the antioxidant activity against1,1 - diphenyl - 2 - picrylhydrazyl (DPPH) which is considered as stable free radical and convert it into 1,1 - diphenyl - 2 - picryl - hydrazine ,by using different concentrations (25,50,100,200 and 400µg/ml). Compare ascorbic acid.• Crude extract and sterols compound (Stigmasterol and β - sitosterol) has been used to determination the antibacterial activity using different concentrations (2, 5, 10,20,30,40 and 50µg/ml) against staphylococcus aureus and pseudomonas aeruginosa by using agar well diffusion method compare with Gentamicin as a standard control. • The phytochemical results showed that all the plant parts contain high amount of sterols, the quantitative data revealed that the total content of Stigmasterol in roots(4.5mg/100g) ,in leaves(2mg/100g),in flowers(7.3mg/100g) and in seeds(2.4mg/100g).The content of β - sitosterol in roots(9.2mg/100g),in leaves(3.2mg/100g),in flowers(5.3mg/100g) and in seeds(3mg/100g), highest amount of stigmasterol founded in flowers (7.30mg/100g) ,the maximum amount of β - sitosterol in roots (9.2 mg/100g) .• The results showed that crude extract of Viola odorata in concentration of 400µg/ml have a higher antioxidant effect by 94%, and concentrations of 25, 50, 100 and 200 µg/ml by 72, 80, 84 and 92% respectively which are comparing with standard control Ascorbic acid, the results showed there are significant difference at (P≤ 0.05) between the concentrations in the same crude extract, while the stigmasterol and β - sitosterol of Viola odorata also showed higher antioxidant effect in concentration of 400µg/ml by 74% and concentrations of 25, 50, 100 and 200µg/ml by 59, 63, 66 and 70% respectively comparing with standard control Ascorbic acid with significant difference at (P≤0.05) between them ,and with significant difference at (P≤0.05)between the concentrations in the same fraction.• Antibacterial results of crude extract showed Staphylococcus aureus growth inhibition zone by 0, 5, 15, 18, 20, 22 and 25 mm with 5 µg/ml as MIC, while, sterols compound showed inhibition zone by 0, 0, 0, 14, 16, 19 and 21 mm with 20 µg/ml as MIC comparing with Gentamicine standard control. Furthermore inhibition zone in pseudomonas aeruginosa culture when using crude extract by 0, 5, 12, 15, 17, 19 and 22 mm with 5 µg/ml as minimum inhibitory concentrations (MIC), while, sterols compound showed inhibition zone by 0, 0, 0, 11, 13, 17 and 18 mm with 20 µg/ml as Minimum inhibitory concentration (MIC) compar with Gentamicin standard control .Stigmasterol and β - sitosterol compound showed inhibition zone by 0,0,0,11,13,17 and 18 mm with 20 µg/ml MICcompared with Gentamicine standard control.

دراسة التنوع الوراثي لضروب مختلفة من الفلفل الحلو Capsicum annuum L. لعينات من الاسواق المحلية باستعمال بعض التقانات الوراثية الجزيئية == Genetic diversity study for different varieties of sweet pepper Capsicum annuum L. for samples from local markets by using some molecular genetic techniques

Author name: شيماء صباح مهدي
Supervisor name: احسان عرفان حسين
General topic: Biology
Specific topic: Plant - Genetics
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: درس التباين الوراثي في 22 عينة محلية ومستوردة من ثمار الفلفل الحلو Capsicum annuum L. التي جمعت من الاسواق المحلية العراقية باستعمال بعض المعلمات الجزيئية ، فضلا عن تعيين تركيز مادة الكاروتينات Carotenoids في ثمار الفلفل الحلو باستعمال تقانة الكروماتوغرافيا السائلة عالية ا لاداءHigh - performance liquid chromatography (HPLC)، كما كشف عن ثلاثة من الجينات المسؤولة عن انتاج هذه المادة وهي Lycopene β - cyclase (Lcyb)، β - carotene hydroxylase (Crtz - 2) وCapsanthin - capsorubin synthase (Ccs) مع اجراء التسلسل التتابعي للدنا DNA sequencing لهم.درس التباين الوراثي باستعمال تقانة عديد التكوين ذات القطعة الطولية المضخمةAmplified fragment length polymorphism (AFLP) ولثلاثة توافقات بين البوادئ المستعملة في جميع العينات. انتج التوافق الاول EACG/MAGG اربعة حزم في عينات الفلفل المدروسة وبعدد ثلاثة حزم احادية الشكل Monomorphic bands في كل عينة، ما عدا عينتي الفلفل الاردني البرتقالي والاحمر التي انتجت اربع حزم في كل عينة كانت واحدة منها متعددة الاشكال Polymorphic bands وبنسبة مئوية 25% وكانت كفاءة التوافقPrimer efficiency 21.43% مع قوة فعالية تميزية Discriminatory power بنسبة 100%. انتج التوافق الثاني EAAG/MAAT اربعة حزم في كل عينة كانت جميعها احادية الشكل ولم تظهر اية حزمة متعددة الاشكال وكانت كفاءة التوافق 28.57% مع قوة فعالية تميزية بنسبة 0%، بينما انتج التوافق الثالث EACA/MCTG سبعة حزم في كل عينة كانت جميعها احادية الشكل، ماعدا عينة الفلفل الاخضر العراقي/بلد قد انتج ثلاثة حزم وكانت ايضا احادية الشكل ولم تظهر اية حزمة متعددة الاشكال وكانت كفاءة التوافق 50% مع قوة فعالية تميزية بنسبة 0%. رسمت شجرة القرابة الوراثية باستعمال معامل Jaccard للتشابه الوراثي وتوزعت العينات ضمن التحليل العنقودي في ثلاثة مجاميع رئيسة. المجموعة الاولى ضمت ثمار الفلفل الحلو الاردني الاحمر والبرتقالي، بينما المجموعة الثانية فقد ضمت الفلفل العراقي/بلد الاخضر والمجموعة الثالثة فتكونت من عينات ثمار الفلفل الحلو الاخرى. لقد اوضح هذا المخطط وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو الاردني الاحمر والبرتقالي مع عينات الفلفل الاخرى ما عدا الفلفل العراقي/بلد الاخضر وبنسبة 0.94 وهي اعلى قيمة تشابه, بينما كانت قيمة التشابه مع عينة الفلفل العراقي/بلد الاخضر بنسبة 0.68. اظهرت النتائج ايضا بان اعلى قيمة بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الاردني الاحمر والبرتقالي وعينة الفلفل العراقي/بلد الاخضر وبقيمة 2.236. استعملت في دراسة تقانة تكرار التسلسل البسيط Simple Sequence Repeat (SSR - PCR) ستة بوادئ، وان هذه البوادئ قد انتجت 33 حزمة كان منها 24 حزمة متعددة الاشكالPolymorphic bands، بينما كان تسعة حزم منها احادية الشكل Monomorphic bands. رسمت شجرة القرابة الوراثية باستعمال معامل Jaccard للتشابه الوراثي، وبينت النتائج بان العينات قد توزعت ضمن التحليل العنقودي في عشرة مجاميع رئيسة. لقد اوضحت النتائج وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/بلد واليوسفية الاخضر وبنسبة 1 وهي اعلى قيمة تشابه بالمقارنة مع اقل قيمة تشابه لعينة الفلفل الاسباني الطويل الاخضر وبقيمة 0.35. نسبة التشابه العالية قد ظهرت ايضا بين ثمار الفلفل الحلو الاردني الاصفر والاحمر وبقيمة 0.98 وكذلك بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/صويرة الاخضر وثمار الفلفل الحلو الايطالي الاخضر وبقيمة 0.94. اظهرت النتائج ايضا بان اعلى قيمة بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو العراقي/بلد الاخضر والفلفل العراقي/يوسفية الاخضر وعينة الفلفل الايراني البرتقالي وبقيمة 5.656، بينما كان اقل بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الاردني الاخضر والاصفر، اذ كانت القيمة مساوية الى 1.0. استعملت في تقانة الدنا متعدد الاشكال المضخم عشوائياRandom amplified polymorphic DNA (RAPD - PCR) خمس بادئات عشوائية، وكانت نسبة التعدد الشكلي لجميع البوادئ 100% مع ظهور حزمة متميزة واحدة وبحجم جزيئي 1800 زوج قاعدة عندما استعمل البادئ C52، بينما لم تنتج البادئات الاخرى اية حزم متميزة. نتائج شجرة القرابة الوراثية التي رسمت بالاعتماد على معامل Jaccard للتشابه الوراثي قد وزعت العينات ضمن التحليل العنقودي الى ثمان مجاميع رئيسة. اظهرت شجرة القرابة وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/اليوسفية الاخضر وثمار الفلفل الحلو الاردني الاصفر بنسبة 0.84 وهي اعلى قيمة تشابه، بالمقارنة مع تشابه وبقيمة صفر بين ثمار الفلفل الحلو الايراني الاصفر وبين عينات ثمار الفلفل الحلو الاخرى. اظهرت قيم البعد الوراثي بين عينات ثمار الفلفل الحلو المدروسة اعلى قيمة كانت بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الصيني الاصفر والايراني الاخضر وبقمة 5.0، بينما كان اقل بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الاسباني الاخضر والايطالي الاصفر، اذ كانت القيمة مساوية الى 1.0. قدر اعلى تركيز للبيتا - كاروتين في عينة الفلفل الايطالي الاصفر وبقيمة 1415.73 مايكروغرام/مليلتر بالمقارنة مع اقل قيمة التي هي 94.32 مايكروغرام/مليلتر في الفلفل الايراني الاخضر. كانت اعلى قيمة في الفلفل الاصفر في العينة الايطالية واقل قيمة للون نفسه كان في عينة الفلفل الايراني الاصفر وبقيمة 710.89 مايكروغرام/مليلتر، اما اعلى تركيز للبيتا - كاروتين للفلفل البرتقالي فكان في العينة الايطالية وبقيمة 898.5 مايكروغرام/مليلتر بالمقارنة مع 574.33 مايكروغرام/مليلتر في الفلفل الايراني البرتقالي. الفلفل الاحمر قد سجل اقل قيمة لتركيز البيتا - كاروتين وهي 245.27 مايكروغرام/مليلتر في عينة الفلفل الاردني الاحمر، بينما سجل الفلفل الاسباني الاحمر اعلى قيمة وهي 435.41 مايكروغرام/مليلتر. الفلفل الاخضر قد سجل اعلى قيمة في عينة الفلفل الايطالي وبقيمة 232.43 مايكروغرام/مليلتر بالمقارنة مع قيمة 98.86 مايكروغرام/مليلتر في عينة الفلفل العراقي/صويرة الاخضر. كشف عن بعض الجينات التي لها علاقة بتصنيع البيتا - كاروتين باستعمال تقانة Polymerase chain reaction (PCR)، وباستعمال الترحيل الكهربائي لهلام الاكاروز بتركيز 2%. وجد الجين Lcyb في 11 عينة فلفل مدروسة عند الكشف عنه باستعمال البوادئ الخارجية External primers، بينما اظهر الترحيل الكهربائي قطعة مضخمة في 19 عينة فلفل حلو مدروسة وبحجم 360 زوج قاعدة عندما استعملت البوادئ الداخلية Internal primers. وجد الجين Crtz باستعمال البوادئ الخارجية في عينة الفلفل العراقي/صويرة الاخضر وبحجم جزيئي اكبر من 1500 زوج قاعدة، بينما اظهر الترحيل الكهربائي قطعة مضخمة في 3 عينات هي الفلفل الاردني البرتقالي، والفلفل العراقي/يوسفية الاخضر والفلفل الايراني الاخضر وبحجم 760 زوج قاعدة عندما استعملت البوادئ الداخلية. وجد الجين Ccs باستعمال البوادئ الخارجية في عينة الفلفل العراقي/صويرة الاخضر والفلفل الايطالي البرتقالي وبحجم جزيئي اكبر من 1500 زوج قاعدة، بينما اظهر الترحيل الكهربائي قطعة مضخمة في 7 عينات اخرى من ثمار الفلفل الحلو وبحجم 490 زوج قاعدة عندما استعملت البوادئ الداخلية. بينت نتائج التسلسل التتابعي لقطعة من الجين Lcyb في بعض من عينات الفلفل الحلو الاخضر الى وجود تشابه كبير بين التسلسلات التتابعية لقطعة الجين المدروسة والتسلسل التتابعي القياسي Refseq للجين نفسه، مع وجود بعض الاختلافات لبعض القواعد النايتروجينية بين العينات المدروسة. وجدت اعلى قيمة تشابه بين التسلسلات التتابعية في عينات الفلفل الحلو المدروسة بين عينة الفلفل العراقي/الصويرة الاخضر وبين عينة الفلفل الايراني الاخضر وبقيمة 0.903، بينما اقل قيمة تشابه فقد وجدت بين عينة الفلفل الاردني الاصفر وعينة الفلفل الصيني الاصفر وبقيمة 0.539. بينت نتائج التسلسل التتابعي لقطع الجين Crtz وجود نوعين من التغيرات الجينية هي الحذف Deletion والاستبدال Substitution في الفلفل الاردني البرتقالي. لقد كان هناك استبدال القاعدة النايتروجينية الكوانين G بالقاعدة النايتروجينية الثايمين T في الموقعين 846 و850، واستبدال القاعدة النايتروجينية الثايمين T بالقاعدة النايتروجينية السايتوسين C في المواقع 852، 860 و861، كذلك كان هناك استبدال القاعدة النايتروجينية السايتوسين C بالقاعدة النايتروجينية الادنين A في الموقعين 856 و862 واستبدال القاعدة النايتروجينية السايتوسين C بالقاعدة النايتروجينية الثايمين T في الموقعين 864 و870. طفرات الحذف ايضا كانت موجودة، اذ حذفت القواعد النايتروجينية ATA من قطعة الجين Crtz في عينة الفلفل الاردني البرتقالي بالمقارنة مع التسلسل التتابعي القياسي Refseq. بينت نتائج التسلسل التتابعي لقطعة من الجين Ccs في بعض من عينات الفلفل الحلو الاخضر الى وجود تشابه كبير بين التسلسلات التتابعية لقطعة الجين المدروسة والتسلسل التتابعي القياسي Refseq للجين نفسه، مع وجود بعض الاختلافات لبعض القواعد النايتروجينية بين العينات المدروسة، كما ان هناك بعض طفرات الاستبدال قد حدثت. وجدت اعلى قيمة تشابه بين التسلسلات التتابعية في قطع الجين Ccs بين عينة الفلفل الايطالي البرتقالي وبين عينة الفلفل الايطالي الاخضر وبقيمة 0.966، بينما اقل قيمة تشابه فقد وجدت بين عينة الفلفل العراقي/بلد الاخضر وعينة الفلفل الايطالي الاخضر وبقيمة 0.611. | Genetic variation was studied in 22 local and imported samples of bell pepper fruits Capsicum annuum L., which collected from local Iraqi market by using some molecular markers. Estimation of carotenoids by using high - performance liquid chromatography (HPLC) was done in all samples. Detection of three genes; Lycopene β - cyclase (Lcyb), β - carotene hydroxylase (Crtz - 2) and Capsanthin - capsorubin synthase (Ccs), were also studied and the DNA sequencing was done for these genes.Amplified fragment length polymorphism (AFLP) was studied for three selective amplification primers in all samples. The first selective amplification primer (EACG/MAGG) produced 4 bands for the studied bell pepper fruits with 3 monomorphic bands in each sample, except the orange and yellow Jordanian bell pepper samples, which produced 4 bands one of them polymorphic band with 25% ratio and 21.43% primer efficiency with 100% discriminatory power. The second selective amplification primer (EAAG/MAAT) produced 4 monomorphic bands in each sample with no polymorphic bands with 28.57% primer efficiency and 0% discriminatory power, whereas the third selective amplification primer (EACA/MCTG) produced 7 monomorphic bands in each sample, except the Iraqi/Balad green bell pepper, which produced 3 monomorphic bands with no polymorphic bands and the primer efficiency is 50% with 0% discriminatory power. The results of Dendrogram of the studied samples by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 3 main groups. The first group was included the red and orange Jordanian bell pepper fruits samples, whereas the second group included the Iraqi/Balad green bell pepper and the third group included the rest samples. The results of this distribution revealed a high similarity between red and orange Jordanian bell pepper and the other bell pepper samples, except Iraqi/Balad green bell pepper with 0.94 values. This value is the higher, whereas the similarity with the Iraqi/Balad green bell pepper is 0.68 values. The genetic distance between studied samples revealed the highest values between red and orange Jordanian bell pepper and the Iraqi/Balad green bell pepper with 2.236 values. Six primers were used with single sequence repeat (SSR - PCR) technique. These primers produced 33 bands. The number of polymorphic bands is 24, whereas the number of monomorphic bands is 9. The results of Dendrogram of the studied samples by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 10 groups. This Dendrogram revealed a higher similarity between Iraqi/Balad green bell pepper and Iraqi/Yousifia green bell pepper with 1 value. This value is the highest between samples in comparison with lowest values (0.35), which are found in Spanish long green. There are another high values were revealed between Jordanian yellow and red bell pepper with 0.98 value. Also, other high similarity values revealed between and Iraqi/ Souwyera green bell pepper and Italian green bell pepper with 0.94 values. The genetic distance between the studied samples revealed the highest values between Iraqi/Balad and Yousifia green bell pepper with Iranian orange bell pepper with 5.656 values, in comparison with the lowest genetic distance between Jordanian green and yellow bell pepper with 1.0 value. The random amplified polymorphic DNA (RAPD - PCR) was used five randomly primers. The percentage of polymorphic bands is 100%, with one distinguished band which is produced by using C52 primer with 1800 base pair. The other primers did not produce any distinguished band. The results of Dendrogram of the studied samples by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 8 groups. This Dendrogram revealed a higher similarity between Iraqi/Yousifia green bell pepper and Jordanian yellow bell pepper with 0.84 values. This value is the highest between samples in comparison with lowest values (0.0) which are found between Iranian yellow bell pepper and the other samples. The genetic distance between studied samples revealed the highest values between Chinese yellow bell pepper and Iranian green bell pepper with 5.0 values, in comparison with the lowest genetic distance between Spanish green bell pepper and Italian yellow bell pepper with 1.0 value. The higher value of β - carotene concentration was found in Italian yellow bell pepper sample with 1415.73 µg /ml, in comparison with 94.32 µg /ml, which is estimated in Iranian green bell pepper. The highest concentration values of β - carotene in yellow bell pepper was found in Italian sample, in comparison with the lowest value for the same color, which found in Iranian yellow bell pepper with 710.89 µg /ml. The highest concentration value of β - carotene in orange bell pepper was found in Italian sample with 898.5 µg/ml, in comparison with 574.33 µg/ml in Iranian orang bell pepper sample. The red bell pepper was estimated lowest concentration of β - carotene with 245.27 µg/ml in Jordanian red bell pepper, in comparison with highest value in Spanish red bell pepper with 435.41 µg/ml. The green bell pepper was estimated highest concentration of β - carotene in Italian green bell pepper with 232.43 µg/ml, in comparison with lowest value with 98.86 µg/ml in Iraqi/Souwyera green bell pepper sample. Some of genes which related with β - carotene production were detected in all samples by using Polymerase chain reaction (PCR), and the products produced by this approach were resolved on 2% agarose gels. The Lcyb gene was detected in 11 bell pepper samples by using the external primers, whereas the gel electrophoresis for this gene revealed amplified band with 360 base pair in 19 bell pepper samples when internal primer was used. The Crtz gene was detected in Iraqi/ Souwyera green bell pepper sample with amplified band more than 1500 base pair by using the external primers, whereas the gel electrophoresis for this gene revealed amplified band with 760 base pair in 3 bell pepper samples; Jordanian orange bell pepper, Iraqi/ Yousifia green bell pepper and Iranian green bell pepper when internal primer was used. The Ccs gene was detected by using the external primers in Iraqi/ Souwyera green bell pepper and Italian orange bell pepper with amplified band more than 1500 base pair, whereas the gel electrophoresis for this gene revealed amplified band with 490 base pair in 7 bell pepper samples when internal primer was used. The DNA sequences results for the Lcyb gene in some green bell pepper samples revealed high similarity between its nucleotides and Refseq for the same gene, with some differences in nucleotide sequences for some bell pepper samples. The highest similarity between nucleotide sequences was found between Iraqi/Souwyera green bell pepper sample and Iranian green bell pepper sample with 0.903 value, whereas the lowest similarity was found in Jordanian yellow bell pepper and Chinese yellow with 0.539 value. The nucleotide sequences results for the Crtz gene revealed two types of genetic changes, such as deletion and substitution in Jordanian orange bell pepper. The results found substitution in the guanine (G) nucleotide base with thymine (T) nucleotide base in 846 and 850 positions. Also, substitute the thymine nucleotide base with the cytosine (C) nucleotide base in the 852, 860 and 861 positions. Substitution also found in the cytosine nucleotide base with adenine (A) nucleotide base in the 856, 862 position, and substitute the cytosine nucleotide base with the thymine nucleotide base in the 864 and 870 positions. Deletions of nucleotide bases was also found like ATA sequence in the Crtz gene of Jordanian orange bell pepper in comparison with the standard nucleotide sequence (Refseq) for the same gene. The nucleotide sequences results for the Ccs gene in some bell pepper samples revealed high similarity with the standard nucleotide sequence (Refseq) for the same gene with some differences in some nucleotide bases of the studied samples, like substitution. The highest similarity between nucleotide sequences for the Ccs gene was found between Italian yellow and green bell pepper samples with 0.966 values, whereas the lowest similarity was found in Iraqi/Balad green bell pepper with 0.611 values.

تقييم المعادن الثقيلة لنهر دجلة ضمن مدينة بغداد باستخدام دلائل التلوث == Heavy Metals Assessment of Tigris River within Baghdad City by Pollution Indices

Author name: شهد رياض زكي الربيعي
Supervisor name: عادل حسين طالب الزاملي | عبد الحميد محمد جواد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة الحالية للفترة من شهر تشرين الثاني 2013 ولغاية شهر حزيران 2014, اذ تم جمع عينات الدراسة (ماء، رواسب، نباتات) خلال كل شهرين في ثلاثة مواقع في نهر دجلة ضمن مدينة بغداد. تضمنت الدراسة تقدير تراكيز (الكادميوم، الكروم، النحاس، النيكل، الرصاص والزنك) في الماء (الذائب والكلي) وفي الرواسب (الكلي والمتوافر احيائيا) لنهر دجلة، وتم قياس نفس المعادن على انواع مختلفة من النباتات التي تم جمعها من مواقع الدراسة.اما الخصائص الفيزيائية والكيميائية لمياه النهر والمتمثلة في درجة حرارة الهواء والماء, الاس الهيدروجيني, الكدرة , الاوكسجين الذائب والتوصيلية الكهربائية فقد سجلت قيما ترواحت ما بين : ١٧٫٩ - ٤١ م°، ١١٫٧ - ٢٥٫٥ م°، ٧٫٨ - ٨٫٧، ٦٫٦ - ٣٧٫٢ NTU ، ٧٫٧ - ١١٫٣ ملغم/لتر و٨۰٦ - ١٩٤۰ مايكروسيمنز/ سم على التوالي .اظهرت نتائج الدراسة ان معدل التراكيز للمعادن الثقيلة الذائبة (الكادميوم، الكروم، النحاس، النيكل، الرصاص والخارصين) كانت ١٫٥١ ، ٣۰١٫١، ١٨٫١٨، ٢٩٫۰٣ ، ١٧١٫٤ و٤٣٫۰٣ ميكروغرام / لتر على التوالي. وكانت ضمن الحدود المسموح بها من قبل المحددات العراقية لنظام صيانة الانهار باستثناء الكروم والرصاص.بينما كان المعدل الاجمالي للمعادن الثقيلة في مياه نهر دجلة ٥٫٣۰ ،٤٦١٫٦۰، ٣٢٫۰٣، ٧٩٫٩٩ ،٢٢١٫٤٦ و١٢٦٫٦٣ميكروغرام / لتر على التوالي . والتي اعتبرت ضمن الحدود المسموح بها من قبل المحددات العراقية لنظام صيانة الانهار، باستثناء الكادميوم، الكروم والرصاص.في الرواسب ، كان معدل الاجمالي للمعادن الثقيلة ٧٫٣٨، ١٦٤٫٩٤،٣٩٫٤١، ٨٤٫٨٩ ٧١٫٥٢ و١٢٨٫٧٣ ملغم/كغم على التوالي. في حين يتراوح التوافر البيولوجي للكادميوم، الكروم، النحاس، النيكل، الرصاص والخارصين في رواسب نهر دجلة بين (قيم غير محسوسة - ۰٫٣٢) ، (۰٫٣٩ - ٣٫٤٢) ، (۰٫٨٩ - ٣٫١٩) ، (۰٫٤٢ - ٢٫٨٤) ، (۰٫٧٨ - ٥٫۰٤) و(۰٫٨٦ - ١٧٫١٨) ملغم/كغم على التوالي.تم تقييم شدة تلوث مياه النهر بالمعادن الثقيلة باستخدام مؤشر التلوث (PI) والتي اظهرت ان درجة تلوث المعادن الثقيلة في عينات المياه كانت متوسطة للمواقع حسب الترتيب التالي : ٣>٢>١.كما قيمت شدة تلوث الرواسب النهرية بالمعادن الثقيلة المدروسة بواسطة استخدام دلائل تلوث الرواسب وهي كل من مؤشر التراكم الارضي (I - geo - Index) ، مؤشر حمل التلوث (PLI - Index) ، مؤشر عامل التلوث (CF - Index) ، درجة التلوث (Cd - Index) ومؤشر عامل الاغناء EF - Index)).فيما يتعلق بتقييم تلوث الرواسب باستخدام المؤشرات البيئية فقد بينت نتائج مؤشر التراكم الارضي (I - geo) المحسوب للعناصر المدروسة ان المواقع المدروسة غير ملوثة بعنصري النحاس والزنك ولكنها قوية التلوث للغاية بعنصر الكادميوم في حين اظهرت قيم مؤشر التراكم الارضي للرصاص بانها درجة تلوث معتدلة وغير ملوثة الى متوسطة التلوث لعنصري الكروم والنيكل. كما اظهرت قيم مؤشر حمل التلوث(PLI) بان كل المواقع كانت ملوثة بمجموع المعادن المدروسة.اوضحت نتائج عامل التلوث(CF) بان المواقع جميعها سجلت تلوث عاليا جدا بعنصر الكادميوم ، ولكنها واطئة التلوث بعنصر الزنك في جميع المواقع ماعدا الموقع الثالث، والذي سجل تلوث معتدلا بهذا العنصر، بينما سجل تلوث معتدلا بعنصر الكروم ،النحاس والنيكل في جميع المواقع .بينما سجلت الرواسب تلوثا عاليا بعنصر الرصاص في جميع المواقع المدروسة.وفقا لنتائج مؤشر درجة التلوث (Cd) فقد اعتبرت جميع المواقع على درجة عالية جدا من التلوث بالمعادن المدروسة.فضلا عن ذلك بينت نتائج عامل الاغناء EF - Index)) بان كل المواقع تصنف على انها عالية للغاية مع الكادميوم ومعتدلة الاغناء بعناصر الكروم، النحاس والنيكل واغناء مهم بعنصر الرصاص وحد ادنى من الاغناء بعنصر الخارصين في جميع المواقع ماعدا الموقع الثالث، والذي سجل اغناء معتدل.اظهرت نتائج قيم BCF& BSF في جميع النباتات بانها اكثر من 1 مما يشير الى ان النباتات مؤشر احيائي جيد لكافة العناصر المدروسة في منطقة الدراسة وكذلك اوضحت نتائج معامل التركيز الاحيائي((BCF لجميع المعادن المدروسة في عينات النباتات انها اعلى من قيم معامل الترسيب الاحيائي ((BSF مما يدل ان مصدر التراكم لهذه العناصر في النباتات كان من الماء. | This study was carried out from November 2013 to June 2014; the samples were collected every two months in three sites in the Tigris River within Baghdad city. It included estimate concentration of (Cadmium, Chromium, Copper, Nickel, Lead and Zinc) in dissolved and total water and sediments (total& bio - available) of Tigris River. The same metals were measured in different types of plants collected from study sites.Physical and chemical properties of river water had values ranged between 17.9 - 41.0 C˚, 11.7 - 25.5 C˚, 7.8 - 8.7, 6.6 - 37.2 NTU, 7.7 - 11.3 mg/l and 806 - 1940 µs/cm for air and water temperature, pH, turbidity, dissolve oxygen and electrical conductivity, respectively.Study results showed that mean of heavy metals concentrations (Cadmium, Chromium, Copper, Nickel, Lead and Zinc) were 1.51 µg/L, 301.10 µg/L, 18.18 µg/L, 29.03 µg/L, 171.40 µg/L and 43.03 µg/L, respectively in dissolved water and they were within permissible limits for Iraqi standard specifications exceptions of Cr and Pb. While the total of heavy metals in Tigris River water average was 5.30 µg/L, 461.60 µg/L, 32.03 µg/L, 79.99 µg/L, 221.46 µg/L and 126.63 µg/L, respectively and they were within permissible limit for Iraqi standard specifications exceptions of Cd, Cr and Pb.In sediment samples, mean of heavy metals concentrations were 7.38 mg/kg, 164.94 mg/kg, 39.41 mg/kg, 84.89 mg/kg, 71.52 mg/kg and 128.73 mg/kg, respectively. While the ranges of bioavailability for Cd, Cr, Cu, Ni, Pb and Zn in sediments of Tigris River are (ND - 0.32), (0.39 - 3.42), (0.89 - 3.19), (0.42.2.84), (0.78 - 5.04) and (0.86 - 17.18) mg/kg, respectively.Severity of river water pollution with studied heavy metals were assessed by using Pollution Index (PI) which showed that the degree of pollution by heavy metals in the water samples moderates contamination for the sites in the following order : 3>2>1.Also, pollution of river sediments in the studied heavy metals were assessed by using sediment pollution indices such as geo - accumulation index (I - geo), pollution load index (PLI), contamination factor (CF), contamination degree (Cd) and enrichment factor (EF).Related with the assessment of sediments pollution by using the ecological indices, the results of geo - accumulation index (I - geo) for studied heavy metals cleared that the studied sites unpolluted with Cu and Zn, while strongly to extremely pollute with Cd while the Igeo values of Pb show moderately polluted degree and unpolluted to moderately polluted degree with Cr and Ni. The values of pollution load index (PLI) showed that all sites are polluted with total studied metals (PLI value of > 1).Results of contamination factor (CF) observed that all the sites recorded very high contamination with Cd , while low contamination with Zn in all sites except the site 3 that recorded moderate contamination with it, and recorded moderate contamination with Cr, Cu and Ni in all sites, while the sediments recorded considerable contamination with Pb in all studied sites. According to the result (Cd) indicates that all studied sites showed very high degree of pollution with studied metals. As well as, the enrichment factor results (EF) showed that all sites can be classified as extremely high enrichment with Cd, moderate enrichment with Cr, Cu and Ni, significant enrichment for Pb and minimal enrichment with Zn in all sites except the site 3 that recorded moderate enrichment.The results showed that BCF &BSF values in all plants were more than 1 and this can be considered that plants can be a good bio - indicator for all the heavy metals studied in study area, also BCF values for all elements were more than (BSF) values in all plants samples which lead to plant samples bioaccumulation source with these metals was from water.

الكشف الجزيئي عن انواع البكتريا وفايروس التهاب الكبد المرتبطين مع بيتا - ثلاسيميا == Molecular Detection of Bacterial and Hepatitis Virus Types Associated with ? - Thalassemia

Author name: شـهـد رعـد مزعـل
Supervisor name: اياد محمد علي فاضل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Genetics
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة التحري عن انواع الاصابات البكتيرية والالتهاب الكبد الفايروسي المرتبط بمرض الثلاسيميا نوع الكبير ومقارنتها مع الاشخاص المرضى غير مصابين بثلاسيميا نوع الكبير.لغرض التشخيص انواع البكتيريا جمعت نوعين من عينات من مرضى الذين راجعوا مستشفى ابن بلدي.عينات الادرار تضمنت (41عينة من المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير و18من المرضى غير مصابين بثلاسيميا نوع الكبير) وعينات الدم تضمنت (25عينة من المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير و25عينة من المرضى غيرمصابين بثلاسيميا نوع الكبير). اعتمادا على تحديد الصفات الزرعية للمستعمرات والصفات المورفولوجية للخلايا البكتيرية ومن ثم الصفات الكميوحيوية كما امكن تشخيص العينات باستخدام .VEKIK2systemاظهرت النتائج التشخيص في عينات الادرار في المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير ان بكتيريا الاكثر تواجدا كانت Escherichia coli بنسبة 25% بينما انواع اخرى من بكتيريا ظهرت بنسبة 6% ,5% ,3% ,3% ,2% ,2% ,2% ,2%, 1.3% لبكتيريا klibseilla pneumonia, Chlamydia pneumonia Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, sterptococcus pneumonia على التوالي. بينما من جانب اخر كانت نتائج التشخيص عينات الادرار لمرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير حيث كانت بكتيريا الاكثر تواجدا كانت Escherichia coli بنسبة 28% بينما ظهرت نتائج الانواع بكتيريا الاخرى بنسبة 12% ,7% ,5% ,3% ,4% ,4% ,4% ,4% ,4% على التوالي لبكترياklibseilla pneumonia, sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea. spp ..اظهرت نتائج تشخيص عينات الدم ان بكتيريا الاكثر تواجدا في المرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير والمرضى غيرمصابين بثلاسيمميا النوع الكبير كانتEscherichia coli 24% ,15% على التوالي. بينما ظهرت الانواع بكتيريا الاخرى لمرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير بنسبة 6% ,3% ,5%, 5%,5% ,3% ,2% ,2%, 2% على التوالي لبكتيريا streptococcus pneumonia ,klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Chlamydia pneumonia, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea. spp. بينما ظهرت الانواع بكتيريا الاخرى لمرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير بنسبة 7%, 5%, 3.2% ,3.2% ,3.2%3.2%, 3.2%, 3.2%,3.2% على التوالي لبكتريا sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia ,klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca,proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea.spp. اما بالنسبة لتاثير بعض المضادات الحيوية على بكتيريا Escherichia coli فقد اظهرت النتائج اختبار الحساسية لمضادات باستخدام VITKE 2 systemمقاومة هذه العزلات امبسلين (98%) وسيفاتريكسون (95%) السبروفلوكساسين (46%) السيفوتازيديم (44 (%والاموكسيسيلين (43% (والسيفوتاكزيم (40%) وليفووكساسين) 78%) والنالدكسك اسد (50%) ميثوبريم (27%) سيفابيم (40%) اكستابنيم (20%).استعملت طريقة التحليل الجزيئي PCR analysis للكشف عن عوامل الفوعة الجينية والمقاومة والتقارب الوراثي التي تمتلكها بكتيريا Escherichiacolii ، وباستخدام بادئات متخصصة لكل من الجين الخاص بالاهداب من النوع الاول (fimH) والجين الخاص بالمحفظة (kpsMTII). وجين خاص بتحلل الدم (hly) وجين خاص بالالتصاق (eae) وجين خاص ب لمقاومه مضاد حيوي ((bla - cmy2 كانت النتائج ان جين (fimH) بنسبة (58%) ، فيما كانت نسبة الجين الخاص بالمحفظة (kpsMTII) (58%) بينما جين خاص بالالتصاق (eae) كانت نسبة (20%). ونسبة جين خاص بتحلل الدم (hly) (28%), ونسبة الجين خاص بمقاومة المضاد الحيوي ((bla - cmy2 كانت (83%) بينما كانت نسبة ظهور كل جينات) 5.7%), وكانت نتائج الجين الخاص بتقارب الوراثي (Box) (58%).ولغرض دراسة الاصابات الفايروسية مرتبطة بمرض ثلاسيميا النوع الكبير وباستخدام تقنية ELSLA جمعت عينات الدم (88 من المرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير و62 من مرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير) تم جمع العينات من مركز الوطني لنقل الدم لتحري عن وجود الالتهاب الكبد الفايروسي نوع ( CوB) حيث كانت نسبة الالتهاب الكبد الفايروسي نوع (B) لدى المرضى مصابين مصابين بثلاسيميا النوع الكبير (17%) بينما كانت نسبة لدى المرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير (16%).بينما كانت نسبة الالتهاب الكبد الفايروسي نوع (C) (82.9 %) ,(8 ,83%) لدى مرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبيرو غير مصابين بثلاسيمياالنوع الكبير على التوالي . | This study was carried out to detect the types of bacterial and viral infections which associated with β thalassemia major comparison to non thalassemic patients group.For Bacterial types identification two different kinds of samples were collected from Ibin ALBalady hospital. Urine samples which included (41from thalassemic patients and 18 from non thalassemic patients) and blood sample which included (25 from thalassemic patients and 25 from non thalassemic patients) depending on their cultural, morphological as well as biochemical characterization. The result identification that in urine sample showed that was most prevalent kind was Escherichia coli with percentage 25%. In addition, other bacteria were also obtained with a percentage 6%, 5%, 3%, 3%, 2%, 2%, 2%, 2%, and 1.3%. Klibseilla pneumonia, Chlamydia pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, sterptococcus pneumonia respectively. While, on other hand, in non thalassemic patients the result identification that in urine sample the most prevalent kind was Escherichiacoli with percentage 28%. In addition, other bacteria were also obtained with a percentage 12%, 7%, 5%, 4%, 4%, 4%, 4%, 4%, 4% for klibseilla pneumonia, sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, respectively. The result for blood sample identification also showed that the Escherichia coli was most common in thalassemic and non thalassemic patients it with a percentage 15%, 24% respectively, and other types bacteria were also obtain with a percentage 6%, 3%, 5%, 5%, 5.3%, 2%, 2%, 2% for , sterptococcus pneumonia, klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa Chlamydia pneumonia, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, respectively from thalassemic patients and other types bacteria were obtain from non thalassemic with a percentage 7%, 5%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3% for sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia, klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp receptivity, and the results confirmed by identification VITEK 2 system kit. The VITEK 2 SYSTEM Antibiotics sensitivity test kits results revealed that Escherichiacoli were resistance to following antibioses Ampcilin (98%), Cefatriaxone (95%), Ciprofloxacin (46%), Cefipime (74%) Liovfaxacin (78%), Tetracylin (70%), Cefotaxim (40%), Aomxcilin (43%), Nalidexic acid (50%), Extapenem (20%), ceftazidime (44%). Moreover, low percentage of resistance was shown to, extapenem (20%) Trimethoprim (27%). PCR Methods used of molecular diagnosis of virulence genes, resistance, genotyping genes of E. coli by using specific primers to type 1 fimbria gene (fimH) and capsule gene (kpsMTII), hemolysin (hly), intimin (eae), ceftriaxone (bla - cmy2). PCR results the presence fimH (58%) and kpsMTII (40%) while hly (28%), eae 25%, (bla - cmy2) (83%). While the prevalence of all genes together with a percentage (7.5%) The results of box - PCR genotyping was 80%. To study the viral infection which associated with β thalassemia major by used ELSLA technique sample (88 from thalassemic and 62 from non thalassemic patients) were collected from Iraq National blood bank. For detection of HBS and HCV the result showed that HBS17% in thalassemic patients while in non thalassemic patients was16% while HCV were (82.95%), (83.87%) is percentage thalassemic patients receptivity

دراسة بعض الحالات المناعية والدموية في مرضى بهاق عراقيين == Study Some Immunological and Heamatological Status of Iraqi Vitiligo (Bohak) Patients

Author name: شذى فارس طارق
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: البهاق هو مرض جلدي مكتسب مجهول السبب يتميز بظهور بقع ناقصة الصبغة وهذا يعزى الى فقدان الخلايا الصباغية الجلدية. تشير الدلائل الى ان المناعة الذاتية تلعب دورا في امراضية هذا المرض، لانه من الممكن الكشف عن الاجسام المضادة والخلايا التائية المتكونة ضد الخلايا الصباغية في مرضى البهاق.الدور المحتمل للخلل المناعي في مرض البهاق قد تم اقتراحه لذلك ولاختبار هذه الفرضية تم التحري عن حركيات خلوية معينة (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) ، والكلوبيولينات المناعية ( IgA , IgG , IgM وIgE)، والعد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض ولجميع المشمولين بالدراسة .شملت الدراسة : 60 مريضا (ذكور واناث ) وخلال فترة تراوحت ما بين تشرين الثاني 2014 الى نيسان 2015 وباعمار تراوحت مابين (6 - 55) سنة وكان 30 منهم غير معالجين و30 معالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة مرتين في الاسبوع ولمدة ( 4 - 10 ) اسابيع ومجموعة سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 30 فرد اصحاء ظاهريا.فصل المصل وتم قياس تركيز الحركيات الخلوية (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) والمستوى الكلي للمضاد المناعي نوع IgEفي مصل دم المشتركين باستعمال تقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيمELISA)) بينما استخدمت طريقة الانتشار المناعي الشعاعي المفرد (SRID) في قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية (IgM, IgG and IgA ) وتم قياس العد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض بوساطة جهاز ( Hematology auto analyzer 5 - diff). توصلت هذه الدراسة للنتائج الاتية : 1 - اظهرت الاناث ارتفاعا في نسبة الاصابة بالبهاق مقارنة بالذكور وبنسبة (اناث / ذكور) تساوي 1 : 1.6 مع ذلك لا توجد بينهم فروق معنوية عند مستوى (P > 0.05) .2 - متوسط العمر في مرضى البهاق كان (28.55) سنة وان الفئة العمرية (20 - 11) سنة هي اكثر عرضة للاصابة .كشفت نتائج هذه الدراسة بان 48 (80%) من المرضى كان لديهم ظهور مبكر للبهاق (قبل عمر 30 سنة ) في حين 12(20%) من المرضى كان لديهم ظهور متاخر للبهاق (بعد عمر 30 سنة ).3 - وفيما يتعلق بالانواع السريرية للبهاق اظهرت هذه الدراسة بان الغالبية العظمى من الحالات كانت من النوع المنتشر 40 (%66.67) ومن ثم يتبع بالنوع الموضعي 18(30%) والنوع الشامل 2(3.33%). علاوة على ذلك كان النوع الفرعي السريري الاكثر شيوعا والذي لوحظ في هذه الدراسة هو النوع الشائع 30 (50%) ومن ثم يتبع بالنوع البقعي 12(20%) , النوع الذي يصيب الوجه والاطراف 8 (13.33%) ,النوع المقطعي 4 (6.66%) , النوع المختلط 2(3.33%) والنوع المخاطي 2(3.33%).4 - اظهرت نتائج الدراسة الحالية بان 23 (%38.33) من المرضى كان لديهم تاريخ عائلي بالبهاق . كان التاثير على الاقارب من الدرجة الاولى بنسبة 17(% 28.33) , الاقارب من الدرجة الثانية بنسبة 5 (%8.33) والاقارب من الدرجة الثالثة بنسبة 1 ((%1.67.5 - اظهر معدل المستوى المصلي للبين ابيضاض 17ا في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة 188.62) و174.03 ) بيكو غرام/ مل ارتفاعا معنويا عند مستوى ( (p ≤ 0.05 بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ( 116.07) بيكو غرام/ مل .6 - اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا ارتفاعا معنويا عند مستوى (p ≤ (0.05 عند مقارنة مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (64.68 و61.94) بيكو غرام/ مل على التوالي، مع مجموعة السيطرة (50.64) بيكو غرام/ مل .7 - A/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgG وIgA في مرضى البهاق غير المعالجين (1045.24 و216.40 ±) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ،انخفاضا غير معنوي عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مجموعة السيطرة (1082.02 و239.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي. بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgM (121.85 ) ملغرام/ديسيلتر والكلوبيولين IgE 147.01)) وحدة دولية /مل يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى0.05) <p ( . B/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgMو IgG في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ( 167.69 و1228.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى ((p ≤ 0.05 مقارنة مع كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومجموعة السيطرة ،بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgA (233.84) ملغرام/ديسيلتر يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مرضى البهاق غير المعالجين.8 - اظهر معدل خلايا الدم البيض في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (8.80 و8.51) 103xخلية/مل3 على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى (P ≤ 0.05) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ((7.25 103x خلية/مل3.9 - A / لم يظهر معدل كل من الخلايا العدلة ،اللمفية ، وحيدة النواة ,الحمضة والقعدة في مرضى البهاق غير المعالجين (58.37 , 31.57 , 6.58 , 2.64 و1.04 )% على التوالي ، فروقا معنوية وعند مستوى 0.05) < ( P بالمقارنة مع مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (58.29 , 30.25 , 6.46 , 2.61 و1.03) % على التوالي.B / اظهر معدل كل من الخلايا العدلة, الحمضة والقعدة في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ارتفاعا قليلا ولكن غير معنوي عند مستوى (0.05 <P) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة , ولكن اظهر معدل الخلايا وحيدة النواة انخفاضا غير معنوي , بينما اظهر معدل الخلايا اللمفية انخفاضا معنويا بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. | Vitiligo is an acquired idiopathic skin disorder characterized by depigmented macules due to loss of cutaneous melanocytes. Evidence suggests that autoimmunity plays a role in the pathogenesis of the disease, since antibodies and T cells against melanocytes can be detected in vitiligo patients.A potential role of the immune dysfunction has been suggested in vitiligo so to test this hypothesis, certain cytokines (IL - 17A and TNF - α), immunoglobulins (IgM, IgG, IgA and IgE), total and differential count of WBCs were investigated in all participants.The study included : 60 patients (males and females) during the period from November 2014 to April 2015 with age range between (6 - 55) year; 30 of them were untreated and 30 were treated with Narrow Band Ultraviolet - B twice a week for (4 - 10) weeks with confirmed diagnosis of vitiligo using standard assessment age and gender matched 30 apparently healthy control.Serum was separated and cytokines, total immunoglobulin E (IgE) were detected by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA); while immunoglobulins (IgM, IgG and IgA) were detected by using Single Radial Immunodiffusion (SRID) method. Total and differential counts of White Blood Cells (WBCs) were measured by using Hematology auto analyzer 5 - diff. This study has reached the following results : 1 - Females had shown higher incidence of vitiligo as compared with males with a ratio F/M equals to 1.6 : 1 however there were no significant differences (P > 0.05) between them.2 - The mean age of vitiligo patients was (28.55) year and age group (11 - 20) year was more susceptible to affected. Results of this study revealed that 48 (80%) of patients had early onset vitiligo (before 30 years of age); while 12 (20%) had late onset vitiligo (after 30 years of age).3 - Regarding the clinical types of vitiligo; this study showed that the majority of cases were generalized type 40 (66.67%) followed by localized type 18 (30%) and universal type 2 (3.33%). Furthermore the most common clinical subtype observed in this study was vulgaris vitiligo 30 (50%), followed by focal 12 (20%), acrofacial 8 (13.33%), segmental 4 (6.66%), mixed 2 (3.33%) and mucosal 2 (3.33%).4 - Results of the current study showed that 23 (38.33%) of patients had a positive family history of vitiligo. First - degree relatives were affected in 17 (28.33%), second - degree relatives in 5 (8.33%) and third - degree relatives in 1(1.67%).5 - The mean serum level of IL - 17A in both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (188.62 and 174.03) pg/ml showed a significant increase (p ≤ 0.05) as compared with healthy control (116.07) pg/ml. 6 - The mean serum level of TNF - α showed a significant increased (p ≤ 0.05) when untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (64.68 and 61.94) pg/ml respectively compared with healthy control (50.64) pg/ml.7 - A / The mean serum levels of IgG and IgA in untreated vitiligo patients (1045.24 and 216.40) mg/dl respectively showed non significantly decreased (P<0.05) as compared to healthy control (1082.02 and 239.38) mg/dl respectively, while the mean serum levels of IgM (121.85) mg/dl and IgE (147.01) IU/ml were found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05). B / The mean serum levels of IgM and IgG in NB - UVB treated vitiligo patients (167.69 and 1228.38) mg/dl respectively increased significantly (p ≤ 0.05) as compared to both untreated vitiligo patients and healthy control, while the mean serum level of IgA (233.84 ± 18.88) mg/dl was found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05) as compared to untreated vitiligo patients.8 - The mean value of total WBCs of both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (8.80 and 8.51) x103 cell/ml3 respectively showed a significant increased (P ≤ 0.05) as compared with healthy control (7.25) x103 cell/ml3.9 - A / The means value of neutrophil, lymphocyte, monocyte, eosinophil and basophil in untreated vitiligo patients (58.37, 31.57, 6.58, 2.64 and 1.04) % respectively showed non significant differences (P<0.05) as compared with NB - UVB treated vitiligo patients (58.29, 30.25, 6.46, 2.51 and 1.03) % respectively.B / The means value of neutrophil, eosinophil and basophil in NB - UVB treated vitiligo patients showed slightly but non significant increased as compared with healthy control, but the mean value of monocyte showed non significantly decreased ,while the mean value of lymphocyte showed a significant decreased as compared with healthy control

الكشف عن انواع الجنس Fusarium المنتج للفيومنسين ب1 على حبوب الذرة الصفراء باستخدام الطرائق الجزيئية ودراسة تاثيراته المرضية النسيجية على الفئران البيض == Detection of Fusarium Species Producing Fumonisin B1 on Maize Using Molecular Methods and Study Its Histopathological Effects on Albino Mice

Author name: سيناء وليد محمد سعيد
Supervisor name: خالد عبد الرزاق حبيب | سالم رشيد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى تشخيص انواع الجنس Fusarium المرافقة للذرة وقابليتها على انتاج السم FB1 باستخدام الطرق التقليدية والجزيئية. كما تم دراسة الظروف المثلى لانتاجه فضلا عن تاثيره على انسجة الكبد والكلية والطحال وقياس انزيمات الكبد والطحال في ذكور الفئران المجرعه فمويا بالسم.تم جمع ثمانية وثمانين عينة ذرة للفترة ما بين تشرين الثاني 2013 واذار 2014 من الاسواق المحلية ومخازن الحبوب في بغداد (35 عينة ذرة من مخازن الحبوب و53 عينة من الاسواق المحلية) كما وتم الكشف عن الفطرين المنتجين للفيومينيسين وهما Fusarium verticillioides وF. proliferatum باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة (PCR) وتقنية فصل الصفائح الرقيقة (TLC) وتقنية الاليزا.(ELISA) وكانت النتائج كما ياتي : 1. الاجناس الفطرية المعزولة من الذرة هي : الفطر Aspergillus وكان الاكثر سيادة (58.6%) تليه الفطرياتFusarium (17.5%) ثم Rhizopus (6.7%), Alternaria (6.1%), Mucor وPenicillum (3.9%), Bipolaris (1.9%) وTrichthecium (1.2%).2. النوع الاكثر سيادة ضمن جنس Fusarium كان F. verticillioides (70.64%) 3. اظهرت النتائج باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة المتسلسلة (species specific PCR) ان من بين سبعة وسبعين عزلة, فقط ثلاثة عشر عزلة تعود للجنس F. verticillioides ومن بين تسع عزلات فقط عزلة واحدة تعود للجنس F. proliferatum.4. تمتلك جميع عزلات F. verticillioides الثلاثة عشر الجين fum1 وبذلك يعد المنتج الرئيسي للسم FB1 مقارنة مع عزلة F. proliferatum التي لم تمتلك الجين.5. من بين العزلاتF. verticillioides الثلاثة عشر, كانت العزلة FV1 هي الاكفا في انتاج FB1 (175.39 جزء في البليون) على وسط فطيرة الذرة بينما تراوح تركيز السم FB1 لبقية العزلات يتراوح بين (21.31 - 170.51 جزء في البليون).6. كانت نتائج الظروف المثلى لانتاج السم FB1 هي وسط فطيرة الذرة وفترة حضانة 21 يوم ودرجة حرارة مثلى 20ºم.7. حددت الجرعة القاتلة المتوسطة (LD50) للسم FB1 لذكور الفئران وهي 1800 جزء في البليون.8. لوحظت زيادة في تركيز انزيمات الكبد والكلى للفئران بعد تجريعها فمويا بالسم FB1 عند التركيزين 800 و1200 جزء في البليون مقارنة مع مجموعة السيطرة.9. كشفت النتائج ان التغيرات في انسجة الكبد والكلى والطحال للفئران المجرعه فمويا بالسم FB1بالتركيزين 800 و1200 جزء في البليون، ظهرت زيادة التغيرات 10. التنكسية والموت المبرمج للخلايا مقارنه مع مجموعة السيطرة. | The study aimed to identify Fusarium species associated with maize grains and their ability to produce Fumonisin B1 using traditional and molecular methods. The optimal conditions of FB1 production were assayed. The effect of FB1 on liver, kidney and spleen tissues of albino mice were studied and measured its effects on enzymes in affected liver and kidney.Eighty - eight maize samples were collected between November 2013 and March 2014 from local markets and silos of Baghdad province (thirty - five from silos and fifty - three from markets). Fusarium verticillioides and F. proliferatum were investigated and their ability to produce Fumonisin B1 was detected using : Polymerase chain reactions (PCR), Thin layer chromatography (TLC) and enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) techniques. The following results were obtained from the current study : 1. The fungal genera isolated from maize were : Aspergillus (58.6 % ) followed by Fusarium (17.5% ), Rhizopus (6.8 %), Alternaria (6.1 %), Mucor and Penicillium (3.9 %), Bipolaris (1.9 %), and Trichothecium (1.2%).2. The predominant species among Fusarium was F. verticillioides (70.64%).3. The use of species specific PCR reactions for Fusarium species revealed that out of seventy seven isolates, thirteen isolates only belong to F. verticillioides and out of nine isolates, one isolate only belong to F. proliferatum.4. All the thirteen F. verticillioides isolates were shown to possess fum1 gene (FB1 producer), whereas the F. proliferatum isolate was shown not to possess this gene. 5. Among the thirteen isolates of F. verticillioides, FV1was the most efficient one in production of FB1(175.39 ppb) on patty maize medium, while the concentration of FB1 for other isolates ranged between (21.31 - 170.51) ppb. 6. The optimum culture conditions for FB1 production using solid state fermentation included : patty maize medium with incubation period 21 days at 20ºC. 7. The median lethal dose 50 (LD 50) of FB1for male mice was 1800ppb.8. liver enzymes (AST, ALT, ALP) and kidney functions (Creatinine and Blood urea) were increased in male mice which were orally gavaged FB1 at 800 and 1200ppb concentrations comparing with control group.9. The histopathological changes in the liver, kidney and spleen of orally gavaged mice by FB1 at 800 and 1200 ppb, showed a significant increase degenerative changes and apoptotic cells in comparison with control group

الكشف عن السمية الوراثية لمستخلصات نبات الحرمل Peganum harmala L . باستعمال بعض المؤشرات الخلوية والجزيئية == Detection of genetoxic effect of Peganum harmala L. extracts by using some molecular and cytogenetic markers

Author name: سيف محمد ابراهيم
Supervisor name: نضال نعمة حسين
General topic: Biology
Specific topic: Plant - Molecular Biology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Evaluation of genetoxicity of the aqueous and alcoholic extracts of Peganum harmala L. seeds was assayed in onion roots Allium cepa as a biological system. Onion roots were subjected to different concentrations of aqueous and alcohol extracts (10,25,50,100,200%) V/ W for different periods( 24,48,72) hrs in order to study the effects of these extracts on onion′s root growth and some cytological properties included, (Mitotic index, phase index, proportion and types of chromosomal aberrations), as well as to assess the effect of these extracts on the DNA of onion roots using Random amplification polymorphic DNA (RAPD) technology.The results revealed that all harmala seeds extracts the aqueous and alcoholic caused a significant reduction of onion root growth, the reduction was positively proportional with the increasing concentrations of the extracts. The half maximal effective Concentration (EC50) against onion′s root growth was 50% in the case of using the aqueous extract while it reached 25% in the case of alcoholic extract. This result indicate the efficiency of the alcoholic extract over the aqueous extract on onion′s root growth.Results also showed that both harmala seeds extracts resulted in significant reduction of the mitotic index (MI) of onion′s roots tips compared with the control treatment .The reduction of the MI was also positively proportional with the increasing concentrations of the extracts .Although MI was not affected by the increase in duration of exposure .Therefore ,since the concentration 100% and 25% of the aqueous and alcoholic extracts respectively lowered the MI to nearly 50% compared to the control, they were considered sub lethal, whereas the concentration 200% of both extracts which caused a reduction of the MI to nearly 22% compared to control treatment was considered as lethal concentrations. The results showed a significant reduction prophase and significant increase of metaphase in onion′s root cells due to the treatments with both extracts. Moreover high percentages of chromosomal aberrations were alsodetected, and these aberrations were also positively associated with the increasing concentration and exposure periods. to The most frequent abnormalities were (Chromosomes stickiness, Chromosomal bridges , Chromosome disturbance and C - mitosis) .Moreover some other infrequent chromosomal abnormalities were also appeared such as ( Lagging chromosome ,Star anaphase, Shifting of poles, Polyploidy).The effect of both harmala seeds extracts was tested on DNA of onion′s roots using a random amplification polymorphic DNA (RAPD). Out of ten random primers used, seven were gave multiple bands for all studied, samples with molecular weights ranged between (90 - 1400) base pair .The results of random amplification showed that all harmala extract concentrations tested caused damage to DNA which mutations revealed as loss of a single or more band, or appearing of new bands. Additionally the total lost and gained band in samples treated with alcoholic extract reached 43 bands compared to the samples treated with the aqueous extract which revealed 35 bands , This result indicate the effectiveness of the alcoholic extract over the aqueous in it′s effect on DNA of onions roots. Furthermore, The results showed that the total number of the gained bands was more than that of the lost ones for both extracts with most primers used . The total numbers of the new bands in the samples treated with the aqueous extract were 27 bands whereas 32 bands , with alcoholic extract. However ,the total number of lost bands in samples treated with aqueous extract were 8 bands compared to 11 bands with alcoholic extract.The percentage of the genomic template stability (GTS% ) was lowered initially from the concentration 10% for both extracts ,this reduction was negatively associated with the increasing concentrations of the extracts, indicating the existence of great damage to the DNA with the increasing concentrations of the extract. The decrease of GTS in samples treated with alcoholic extract was more than that with the aqueous extract. A highest reduction 78.56% was detected at concentration 25 and 200 % in samplestreated with the aqueous extract, whereas a higher reduction 69.03% was recorded lower at concentration 50% in samples treated with alcoholic extract.Genetic dendrogram of samples treated with exposed to harmala seeds extracts in addition to the control using Jaccard coefficient of genetic variation and based on RAPD results showed segregation of onion samples treated with aqueous extract from samples treated with aqueous extract from samples treated with alcoholic extract, as well as segregation of the control treatment in a single group, this result confirms the great damages of onions root DNA when treated with harmala seed extracts..

انتاج الليفان من البكتريا المعزولة من تربة الجذور وتقييم العوامل المؤثرة على انتاجه == Levan Production by Bacteria Isolated from Rhizosphere Soil and Evaluation of Factors Affecting its Production

Author name: سناء بشير كاظم
Supervisor name: صفاء الدين احمد شنتر القيسي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعتبر منطقة التربة المحيطة بالجذور مصدرا مهما للعديد من الاحياء المجهرية مثل الفطريات والبكتريا والبكتريا الخيطية. في الدراسة الحالية، تم عزل البكتريا المنتجة لليفان من التربة المحيطة بالجذور. حيث تم الحصول على 15 عينة من التربة المحيطة بجذور البقوليات ( الباقلاء واللوبيا ) خلال الفترة بين تشرين الاول 2014 الى كانون الثاني 2015، من ثلاث مزارع للبقوليات في ناحية كنعان، محافظة ديالى. تم عزل 52 عزله من بكتريا الجذور (الرايزوسفير) واختبرت لمعرفة قابليتها لانتاج الليفان وذلك بالاعتماد على نمو المستعمرات المخاطية عند تنمية هذه البكتريا على وسط الاكار المغذي الحاوي على السكروز. وقد اظهرت النتائج مقدرة 36 عزلة بكتيرية جذرية على انتاج الليفان من المجموع الكلي للعزلات. شخصت العزلات الاربع الاكثر كفاءة لانتاج الليفان ووصفت بواسطة الفحوصات المظهرية والبايوكيميائية القياسية والاختبارات على المستوى الجزيئي. تم اجراء التشخيص الجزيئي لهذه العزلات الاربعة باستخدام 16S rDNA والتي اظهرت ان طول تسلسل المنطقة كان (946، 1056، 1064و1154) زوجا قاعديا للعزلات (2، 3، 23 و33) على التوالي. ان محاذات التسلسل في بنك الجينات اظهر ان العزلات الاكثر كفاءة كان لديها نسبة عالية من التشابه (98، 96، 98 و99) % على التوالي وتبعا لاقرب جار تطوري لهذه العزلات, تم التعرف عليها تبعا لتتابع جين (16S rRNA) وتبعا للفحوصات الشكلية والكيموحيوية , وشخصت على انها (Brachybacterium phenoliresistens، Elizabethkingia anophelis، Arthrobacter globiformis، Pseudomonas brassicacearum) على التوالي. تم تشخيص الليفان المنتج من هذه العزلات الاربعة باستخدام تقنية TLC والتي اظهرت تكون الليفان من نوع واحد من السكريات الا وهو الفركتوز. وقد تم تشخيص الليفان المنتج بواسطة بكتريا B. phenoliresistens باستخدام تقنيتي FTIR وتقنية الرنين المغناطيسي النووي NMR. تحليل الليفان بواسطة هاتين التقنيتين اثبتت انتاج الليفان بواسطة هذه العزلة. تم دراسة تاثير العوامل الغذائية والفيزيائية على انتاج الليفان بواسطة العزلات الاكفا. كان مصدر الكاربون الامثل لانتاج الليفان بواسطة هذه العزلات هو السكروز، حيث كان انتاج هذه العزلات هو 7.88، 7.94، 7.8 و7.77 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis، A. globiformis ، P. brassicacearum على التوالي. تم استخدام اربع مصادر مختلفة للنايتروجين لمعرفة افضل مصدر نيتروجيني لانتاج الليفان. حيث كان الكازائين هو افضل مصادر النيتروجين لانتاج الليفان حيث كان انتاج هذه العزلات 8.12، 8.2، 8.24 و8.56 غم/لتر للعينات الاربعة على التوالي. تم استخدام تراكيز مختلفة للسكروز لانتاج الليفان حيث كان اعلى انتاج لجميع العزلات عند التركيز 300غم/لتر وكان الانتاج بواسطة هذه العزلات 7.97، 7.94، 8.06 و7.95 غم/لتر على التوالي. تم استخدام قيم pH مختلفة لمعرفة افضل اس هيدروجيني لانتاج الليفان حيث كان افضل اس هيدروجيني هو 7.8 لكل العزلات، وكان الانتاج 7.88، 7.94، 7.8، 7.77 غم/لتر على التوالي. فضلا عن ذلك، تم اختبار عدة ظروف مثل فترة الحضن المثلى، درجة الحرارة، معدل الرج. كانت فترة الحضن المثلى للعزلة E. anophelis 48 ساعة حيث انتجت 8.46غم/لتر، في حين كانت 72 ساعة لباقي العزلات حيث انتجت 8.58، 8.53 و8.7 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens ، A. globiformis وP. brassicacearumعلى التوالي. درجة الحرارة المثلى لانتاج الليفان بواسطة العزلة B. phenoliresistens كانت عند 30 درجة مئوية حيث انتجت 7.87 غم/لتر، وكانت درجة الحرارة المثلى هي 33 درجة مئوية للعزلتين E. anophelis وA. globiformisحيث انتجت عندها 8.04 و8.6 غم/لتر على التوالي. في حين كانت درجة الحرارة المثلى للعزلة P. brassicacearum 40 درجة مئوية وكان انتاجها 8.24 غم/لتر. استخدمت ثلاث معدلات رج لمعرفة افضل معدل رج لانتاج الليفان. تم الحصول على اعلى انتاج لليفان عند معدل رج 150 هزه/دقيقه، حيث كان الانتاج للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis وA. globiformis هو 8.12، 8.54 و8.27 غم/لتر على التوالي. | The Rhizosphere zone is a narrow volume of soil which surrounds the plants roots and influenced by the activity and growth of the root. In the present study, Levan producing bacteria were isolated from rhizosphere soil, fifteen rhizosphere soil samples were obtained from the legumes roots cowpea and broad bean (Vinga unguiculata L. and Vicia faba) during the period from October 2014 to January 2015, which were collected from three legumes farms in Kana’an Village, Diyala Governorate. A total of 52 Rhizobacterial colonies were isolated, purified and screened for their ability to produce levan, depending on growing of mucoid colonies on sucrose nutrient agar. The results showed that thirty six isolates out of the total number of the isolates were identified as levan producers. The most efficient four isolates were identified and characterized according to standard biochemical and Molecular tests. The Molecular identification of these four isolates was carried out by using 16S rDNA, which resulted in sequenced region of 946, 1056, 1064 and 1154 base pair in length respectively. The sequence alignment in the gene bank indicated that the most efficient isolates (2, 3, 23 and 33) have high percentage of similarity (98, 96, 98 and 99 % respectively), in comparison with the retrieved consensus sequences. The closest phylogenetic neighbor for these isolates is predicted according to the 16S rRNA gene sequence, morphological and biochemical tests. These isolates were identified as (Brachybacterium phenoliresistens, Elizabethkingia anophelis, Arthrobacter globiformis and Pseudomonas brassicacearum) respectively. Levan production by these four isolates were characterized by using Thin Layer chromatography (TLC) technique, which revealed that levan is composed of only one sugar which is fructose. Levan produced by B. phenoliresistens was characterized by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy techniques. The instrumental analysis indicated that Levan was produced by the selected isolate. The effect of some nutritional and physical factors were investigated on levan production by the highest four isolates. Sucrose was the best carbon source for levan production in all isolates that gave (7.88, 7.94, 7.8 and 7.77) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively. In addition, four nitrogen sources were used to identify the best nitrogen source for levan production. Casein was the best nitrogen source for all isolates that gave (8.12, 8.20, 8.24 and 8.56) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively,. Moreover, different sucrose concentrations were used to assess the best concentration for levan production. The highest levan yield by all isolates was at the sucrose concentration of 300 g/l, which gave (7.97, 7.94, 8.06 and 7.95) g/l respectively. Different pH values were also used to determine the best pH value for the levan production. The four isolates gave their highest levan production (7.88, 7.94, 7.80 and 7.77) g/l at pH 7.8. Further, conditions were examined like optimal incubation period, temperature and agitation rate. The optimal incubation period was 48 hs for E. anophelis that gave 8.46 g/l and 72 hs for B. phenoliresistens, A. globiformis and P. brassicacearum which gave (8.58, 8.53 and 8.7) g/l respectively. Whereas, the optimal temperature was 30ºC for B. phenoliresistens that produced 7.87 g/l , 33 ºC for E. anophelis and A. globiformis which gave (8.04 and 8.6) g/l, and 40 ºC for P. brassicacearum that gave 8.24 g/l. Three agitation rates were used to identify the best agitation rate for levan production. The highest levan production yield was obtained at 150 rpm by the isolates B. phenoliresistens, E. anophelis and A. globiformis which gave (8.12, 8.54 and 8.27) g/l respectively.

مقارنة تشخيصية جزيئية وبكتريولوجسة لبكتريا الزائفة الزنجارية المعزولة من مرضى السكري النوع الثاني وامراض اخرى == Comparison the Molecular and Conventional Identification of Pseudomonas aeruginosa isolated from Diabetes Type II and other Diseases

Author name: سناء محمد حبيب الشمري
Supervisor name: اسماء محمد صالح المهيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Fifty clinical samples suspected as Pseudomonas aeruginosa were collected from patients with different diseases, diabetic foot ulcers, U.T.I., wounds, burns, keratitis, external otitis from September 2015, till February 2016, from hospitalized patients in four different Baghdad hospitals (Al - Kindi General Teaching Hospital, Al - Yarmuk General Teaching Hospital, Alkadhmiya General Teaching Hospital, and AL - Shiakh Zaied Hospital).The study population targeted both gender from different ages groups.The collected samples were cultured on different selective and differential media and tested biochemically in order to identify P.aeruginosa, then the identification was ensured by using two molecular methods which are conventional PCR in the detection of ecfx gene and 16SrDNA gene and real time PCR with commercial kit from sacace (qualitative detection of P.aeruginosa) and with gyrB gene using specific primers to each gene.Sensitivity for each test was measured then compared with other tests to determine the test efficiency. The results showed that the sensitivity for API20NE test was (80%), the sensitivity for molecular tests as flows : ecfx test was (92%), 16SrDNA test was (96%), the commercial kit test was (98%) and for gyrB test was (92%).The present study shows that using more than one target gene is reducing the probability of misidentification of P.aeruginosa that may be caused by variation in primer or probe targets.According to the type of infection the comparison was done. The results of P.aeruginosa detection for diabetic foot isolates were compared with other isolates. The results showed that there is a remarkabledifference in the API20NE test; as well as, with the oxidase test (according to the time that oxidase test need it to give the dark purple color as a positive result), for the mucoid strains of this bacterium. The results of detection isolates by using gyrB gene were differed too.Then a comparison in simplicity, cost, accuracy and time of P.aeruginosa identification between molecular methods and API20NE test (biochemical test) and between molecular tests themselves were performed. The results of these comparisons show that the molecular methods are better than API test in all aspects of the comparison. Real time PCR is better than conventional PCR in simplicity, accuracy and time but not in cost.All isolates were tested for antibiotic sensitivity using nine antibiotics. The results showed that most isolates were sensitive to Levofloxacin (94%), Ticarcillin - clavulanic acid (Timinim) (88%), Gentamicin (82%) and (80%) to both Pipracillin and Imipenem, while the isolates appeared resistant to another antimicrobials represented by (72%) to Augmentin, (34%) to Ceftazidime, (38%) to Colistin, and (28%) to Ciprofloxacin. In the present study, Levofloxacin represents the most effective antibiotic against P. aeruginosa isolates with the all types of infection.The present study improves the importance of the rapid and accurate detection of the bacterial types and thus giving the right antibiotics to patients to obtain rapid recovery and prevent any complications that may lead to death.

تحفيز انتاج الاحماض الدهنية من الطحالب المعزولة محليا والمستخدمة للوقود الحيوي == Stimulation of the Production of Important Fatty Acid from Locally Isolated Algae Used for Biodiesel

Author name: سمارة سعد فرج حمادي
Supervisor name: فكرت مجيد حسن | ناظم حسن حيدر
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل عشرة عزلات(Chrococcus disperses, Chrococcus minor, Oscillatoria amoena, Anabaena augstumalis, Anabaena variabilis, Nostoc linckia, Chlorella vulgaris, Nitzchia palea, Microcyst aeruginosa, Westiellopsis prolifica) من الاحواض ومن نهر دجلة في العراق . اختبرت العزلات من حيث نموها وانتاجها للدهون. اظهرت العزلات ) C.dispersus, A,augstumalis and C.vulgaris) اعلى نمو وانتاج للدهون ، لذا تم اختيارها لغرض انتاج الدهون الحيوية . حفزت العزلات المختارة بدراسة تاثير الرقم الهيدروجيني والملوحة في النمو وانتاج الدهون. بينت النتائج بان اعلى انتاج للدهون من قبل العزلة C.dispersus بلغ 2.68 غم / لتر عند الرقم الهيدروجيني 9 ، بالمقارنة الى تركيز واطئ للدهون ( 1.78 غم/لتر) عند الرقم الهيدروجيني 5 . في حين تم الحصول الى اعلى سرعة نمو (k) واقل فترة تضاعف (G) للعزلة عند الرقم الهيدروجيني 5 . اعلى انتاج للدهون من قبل العزلة C.vulgaris بلغ (3.45 غم/لتر) حصل عند الرقم الهيدروجيني الواطئ (pH6) ، بينما اعلى انتاج للدهون كان عند الرقم الهيدروجيني 8 . في حين اعلى نمو واقل فترة تضاعف للعزلة كانا عند الرقم الهيدروجيني 5. بالمقارنة ، حفز انتاج الدهون من قبل A.augstumalis وبلغ (2.75 غم/ لتر) عند الرقم الهيدروجيني العالي 11. اما اعلى سرعة نمو واقل فترة تضاعف للعزلة كانا عند الرقم الهيدروجيني 5. اظهرت النتائج ايضا بان انتاج الدهون من قبل العزلة C.dispersus، حفزت بخفض تركيز الملوحة وبلغ (2.94 غم/ لتر) عند التركيز 0.4 غم/ لتر من NaCl . بالمقارنة الى اعلى نمو واقل فترة تضاعف للطحلب حصلت عند التركيز العالي للملوحة (1.5 غم/ لتر). واظهرت النتائج ايضا بان العزلة C.vulgaris قادرة الى تحمل تراكيز عالية من الملوحة اكثر من(1.5 غم/لتر)، واعلى انتاج للدهون بلغ 1.72 غم/ لتر تم الحصول عليه عند تركيز الملوحة (1 غم/لتر ). في حين اعلى سرعة نمو واقل فترة تضاعف للعزلة حصلا عند التركيز 0.8 و0.4 غم/ لتر من الملوحة على التوالي . اظهرت النتائج ايضا بان انتاج الدهون حفز من قبل A.augstumalisعند الرقم الهيدروجيني المتدني وبلغ 2.5 غم/ لتر عند التركيز 0.4 غم/ لتر من الملوحة ، بالمقارنة مع اعلى سرعة نمو واقل فترة تضاعف حصلت عند التركيز الواطئ من الملوحة (0.021غم/ لتر). درس التاثير المشترك للرقم الهيدروجيني والملوحة في انتاج الدهون والسكر والبروتين في داخل الاحواض الزجاجية ذات سعة 5 لتر. اعلى انتاج للدهون والسكر والبروتين من قبل العزلة C.dispersusتم الحصول عليها عند الرقم الهيدروجيني ( pH9، الملوحة 0.4 غم/ لتر) وبلغ 8.4 و0.525 و0.018 غم / لتر على التوالي. في حين اقل انتاج للدهون والسكر والبروتين تم الحصول عليها عند ( pH7، والملوحة 0.075 غم /لتر ). اما في حالة C.vulgaris ، اعلى انتاج للدهون والبروتين تم الحصول عليه عند (pH6، والملوحة 0.075غم/ لتر) . في حين انتاج الدهون من قبل A.augstumalisفضل الظروف القاعدية ، واعلى انتاج للدهون حصل عند (pH11، والملوحة 0.075غم/ لتر).وبلغ 4.42غم/ لتر. اظهرت النتائج ايضا ، بان اعلى محتوى للدهون(%) للعزلة C.vulgarisبلغ 33.2% ( 0.33 غم دهن /غم من الوزن الجاف للطحلب) عند (pH7، والملوحة75 0.0 غم/لتر) ، بالمقارنة مع اقل محتوى للدهون تم الحصول عليه من قبل العزلتين C.dispersus, A.augstumalis وبلغ 16 و13.8% عندما حفزت العزلتان عند (pH11، والملوحة 0.075 غم/ لتر) و(pH9، والملوحة 0.4 غم/ لتر بالتتالي). اظهرت نتائج نتائج تحليل الدهون بجهاز GC، بان مكونات الدهون للعزلة C.dispersus عند (pH7، والملوحة 0.075غم/ لتر) تحتوي حامض الستياريك (1.09غم/ لتر)، في حين لم تظهر الدهون عندما حفز الطحلب عند (pH9 ، الملوحة 0.4غم/لتر). اما في حالة C.vulgaris تم الحصول فقط الى حامض الستياريك (9.78غم/ لتر) عند المعاملة (pH7 والملوحة 0.075غم/ لتر)، بينما تم الحصول الى حامض الاوليك (1.15غم/ لتر) وحامض الستيارك (1.26غم/ لتر) وحامض البالميتك (0.126غم/لتر) عند المعاملة (pH6 والملوحة 0.075غم/ لتر). بالمقارنة مع مكونات الدهون المنتجة من قبل A.augstumalisاحتوت حامض الاوليك (1.12غم / لتر) وحامض الستياريك (0.17 غم/ لتر) وحامض البالميتك (0.082غم/لتر) عند المعاملة (pH7 والملوحة 0.075 غم/ لتر). بينما احتوت الدهون فقط حامض الستياريك (3.96 غم/ لتر ) عندما حفز الطحلب عند المعاملة (pH11 والملوحة 0.075غم/ لتر). | Ten microalgae isolates (Chrococcus dispersus, Chrococcus minor ,Oscillatoria amoena, Anabaena augstumalis, Anabaena variabilis, Nostoc linckia, Chlorella vulgaris, Nitzchia palea, Microcyst aeruginosa, Westiellopsis prolifica) were isolated from ponds and Tigris river in Iraq. The isolates were screened for growth and lipid production, the isolates C.dispersus, A.augstumalis and C.vulgaris exhibited higher growth rate and lipid production. Therefore, these isolates were selected for the purpose of algae biodiesel production. The selected isolates were stimulated by studying the effect of different levels of pH and salinity on growth and lipid production. The results showed higher lipid production by C.dispersus which reached (2.68g/l) at pH value of 9, in comparison to lower lipid concentration of (1.78g/l) at pH5. While higher growth rate (K) and shorter doubling time (G) were observed at pH5. The lipid production by C.vulgaris reached maximum of (3.45g/l) at lower pH 6, while, minimum lipid production was observed at pH8. Also, higher growth rate and shorter doubling time were recorded at pH5. In comparison, lipid production was stimulated by A.augstumalis and reached (2.75g/l) which was obtained at pH value of 11. However, higher growth rate and shorter doubling time were observed at pH5. Results also had showed that lipid production by C.dispersus was stimulated by decreasing salinity concentration and reached maximum of (2.94g/l) at 0.4 g/l of NaCl. In comparison higher growth rate and shorter doubling time of algae were observed at higher salinity concentration of 1.5g/l. The results also showed that the isolate C.vulgaris was able to tolerate salt concentration up to 1.5 g/l, maximum lipid production was obtained (1.72 g/l) at salt concentration of 1g/l. While, higher growth rate and shorter doubling time were observed at (0.8 and 0.4 g/l) of salinity, respectively. The results also exhibited that lipid production was stimulated by A.augstumalis at lower salinity level and reached maximum of (2.5 g/l) at 0.4 g/l of salinity, in comparison to higher growth rate and shorter doubling time recorded at lower salinity concentration of 0.2g/l. The combined effect of pH and salinity together on lipid, carbohydrate and protein production were studied, the experiments were carried out in 7.5 liter glass pools. Maximum lipid, carbohydrate and protein concentration of C.dispersus were observed at (pH9 and salt 0.4g/l) and reached (8.43, 0.525 and 0.018g/l), respectively. While, minimum concentration of lipid, carbohydrate and protein production was observed at (pH7 and salt 0.075g/l).In case of C.vulgaris, higher total lipid production and protein was obtained at (pH6and salt0.075g/l).While, lipid production in microalgae A.augstumalis was favored by alkaline condition and maximum lipid production was observed at (pH11 and salt 0.075g/l) and reached 4.42 g/l. The results also reevaluated that the higher oil content was observed in A.augstumalis reached 16% (0.16 g of oil/ g of dry algal biomass) at (pH11 salt 0.075g/l), in comparison to lower oil content (%) observed with C.dispersus and C.vulgaris which reached (13.8 and 11.21%) when stimulated with (pH9 salt 0.4g/l) and (pH6 salt 0.075g/l), respectively. Analysis of lipid content by GC instrument, had shown that the lipid content of algae C.dispersus at (pH7 salt 0.075g/l), contained only stearic acid (1.09g/l) while, no lipid was detected when algae were stimulated at (pH9 salt 0.4g/l). In case of C.vulgaris only stearic acid (9.78g/l) was found at treatment (pH7 salt 0.075g/l) while, oleic acid (1.15 g/l), stearic acid (1.26 g/l) and palmitic acid (0.126 g/l) were observed. At treatment (pH6, salt 0.075g/l).In comparison, lipid content produced by A.augstumalis included, oleic acid (1.12 g/l), stearic acid (0.17 g/l) and palmitic acid (0.08 g/l) found in treatment (pH7 salt 0.075 g/l). While, lipid content was only Stearic acid (3.96g/l) when the algae were stimulated at (pH11 salt 0.075 g/l.

تقييـم كفاءة وحـدة المعالجـة فـي شركـة ديالى للصناعات الكهربائية واستخدام البكتريا في الازالة الحيوية لعنصري النحاس والرصاص == Evaluating the Efficiency of Treatment Unit in Diyala Electrical Industries Company and Use of Bacteria in the Vital Element for the Removal of Copper and Lead

Author name: ساهرة حسين حسن الخالدي
Supervisor name: فكرت مجيد حسن | عدنان نعمة عبد الرضا
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تناولت هذه الدراسة تقييم كفاءة محطة معالجة مياه الصرف الصناعي والمنزلي في شركة ديالى للصناعات الكهربائية واستخدام البكتيريا المعزولة من المحطة للمعالجة البيولوجية. اخذت العينات شهريا من المحطة قبل المعالجة وبعدها للمدة من تشرين الثاني 2014 الى اذار .2015 وتم قياس بعض العوامل الفيزيائية مثل : درجة الحرارة والاس الهيدروجيني والاوكسجين المذاب (DO) والمتطلب الحيوي للاوكسجين (BOD) والمتطلب الكيميائي للاوكسجين (COD) والتوصيل الكهربائي(EC) والملوحة. كما تم قياس تراكيز خمسة معادن ثقيلة وهي الرصاص والكادميوم والحديد والنحاس والزنك .اظهرت النتائج وجود فرق معنوي قبل المعالجة وبعدها لدرجة الحرارة في كانون الاول عام 2014 فقط ، وقد تراوحت قيمها بين17.7م° في شباط 2015 الى 29.1مº في كانون الاول 2014 قبل المعالجة و16.6 ºم الى 26.01 مº في شباط 2015 وتشرين الثاني 2014، على التوالي. في حين لم يسجل قيم الاس الهيدروجيني فروق معنوية في جميع مرحل الدراسة قبل وبعد عملية المعالجة، اذ تراوحت القيم على النحو الاتي : 7.4 - 6.8 ( قبل ) في كانون الاول 2014 واذار 2015 على التوالي,) 7.01 - 7.8 بعد( في كانون الاول 2014 واذار 2015 على التوالي.سجلت النتائج ارتفاع تركيز الاوكسجين المذاب في وحدة المعالجة في مراحل الدراسة كلها، الا في شباط 2015، وتراوحت تراكيز الاكسجين المذاب 5.5 - 2.8جزء بالمليون في اذار 2015 وشباط 2015 و7.8 - 3.95جزء بالمليون في شباط 2015 وكانون الاول 2014 قبل المعالجة وبعدها على التوالي. كما لحظ انخفاض المتطلب الحيوي للاوكسجين (BOD) والمتطلب الكيميائي للاوكسجين (COD) بعد المعالجة فتراوحت تراكيزهما 144 - 13) ) جزء بالمليون بالنسبة لقيم COD و(39.9 - 0) جزء بالمليون لقيم BOD . سجلت النتائج انخفاضا في قيم التوصيل الكهربائي (EC) والملوحة (‰) في كانون الاول 2014 وشباط 2015 فقط، وتراوحت قيم التوصيلية الكهربائية على النحو التالي(1547 - 209) مايكروسمنز/سم قبل المعالجة و(448 - 1218) مايكروسمنز/سم بعد المعالجة. اما بالنسبة لقيم الملوحة فتراوحت بين ( 0.12 - 0.96) جزء بالالف قبل المعالجة و(0.27 - 0.75) جزء بالالف بعد المعالجة. لم يسجل فرق معنوي كبيرلتراكيزالعناصر الثقيلة المدروسة, اذ سجلت اعلى تراكيز لها ( 0.53و 0.99 و0.68و 0.7و(0.25 جزء بالمليون لمعادن الرصاص والكادميوم والحديد والنحاس والزنك قبل المعالجة. في حين كانت تراكيزها بعد المعالجة ( 0.45و 0.41 و0.7 و0.7 و0.36) جزء بالمليون للرصاص والكادميوم والحديد والنحاس والزنك.تم عزل 60 عزلة بكتيرية من محطة المعالجة واستعملت ثلاثة انواع من البكتريا المعزولة وهي Pseudomonas aeruginosaوEscherichia coli وSulfate Reducing Bacteria. واستعملت في المختبر كعامل امتزاز , كما استعملت تراكيز مختلفة من الرصاص والنحاس100)و 150 و200) جزء بالمليون لاختباركفاءة امتزاز البكتريا المعزولة. فضلا عن ذلك تم اختبار تاثير ثلاثة عوامل مؤثر في امتزاز الرصاص والنحاس وهي الحرارة 25) و30و 37) مº ومستويات مختلفة من الاس الهيدروجيني (3و4.5 )، فضلا عن مدة التماس استخدمت مدتين ( 2 و24 ) ساعة .تم الحصول على نسب عالية لامتزازالرصاص وكما ياتي 95% و95.3% و99.7% للبكتريا E.coli , P. aeruginosaو SRBعند37مᵒ على التوالي. بينما كانت نسب امتزاز النحاس 40.63% و% 50.51و %80.57 للبكتريا E.coli , P. aeruginosa وSRB. عند درجة حرارة 37مº, على التوالي. اظهرت E.coli نسبا مختلفة من الامتزاز للمعادن تراوحت من 6.4% الى 95% في تركيز الرصاص من100 و200 جزء بالمليون وقيمة الاس الهيدروجيني 4.5 لكل من فترات التماس 2 و24 ساعة على التوالي . في حين تراوح امتزاز النحاس من3.5% الى %40.63 في 100 و200 جزء في المليون عند اس هيدروجيني 4.5 وخلال مدة تماس 2 و24 ساعة , على التوالي .حققت P. aeruginosa امتزازا على النحو الاتي : تراوح امتزاز الرصاص من 1.39٪ في التتركيز150 جزء في المليون الى 97.9٪ في200 جزء في المليون عند قيمة الاس الهيدروجيني3 وبفترات تماس 2 و24 ساعه على التوالي. اظهرت SRB فعالية امتزاز اكبر من الانواع البكتيرية الاخرى المستخدمة في الدراسة, وقد تراوح امتزاز الرصاص من 14.97% بتركيز 100 جزء من المليون وقيمة الاس الهيدروجيني ولفترة تماس 24 ساعة الى 99.32% في تركيز الرصاص200 جزء في المليون وقيمة الاس الهيدروجيني 3 وبفترة تماس 2 ساعة. سجلت النتائج وجود فروق معنوية في درجات الحرارة عند استخدام بكتيريا SRB في امتزاز النحاس الرصاص.واظهرت النتائج اعلى نسبة امتزاز عند 200 جزء بالمليون للعناصر كلها كما اظهرت ان هذا النوع من البكتريا قادرة على امتزاز الرصاص بمعدلات اعلى من النحاس . وفضلا عن ذلك، تم تسجيل زيادة امتزاز المعادن في درجة حرارة 37مᵒ وقيمة الاس الهيدروجيني 4.5 وعند مدة تماس 2 ساعة لانواع البكتريا التي شملتها الدراسة. وسجلت انواع البكتريا لمعزولة تباينا في كفاءة الامتزاز للعناصر , اذ كانت كفاءة امتزاز Sulfat Reducing Bacteria اعلى من P.aeruginosa وE.coli ، بينما كانت كفاءة امتزاز P.aeruginosa اعلى من E.coli.كشفت الدراسة ان محطة المعالجة ليست فعالة لازالة المعادن الثقيلة من مياه الصرف الصناعية والاستخدام المنزلي في شركة ديالى للصناعات الكهربائية لذا تحتاج المعالجة البايولوجية اضافة انواع من البكتريا قيد الدراسة والتي اثبتت كفاءتها في ازالة المعادن الثقيلة اذا تبين من الدراسة ان SRB هو البكتيريا الاكثر فعالية لازالة عنصري النحاس والرصاص من محاليلها المائية تليها بكتريا P.aeruginosa. | This study is conducted to evaluate the efficiency of plant treatment of the industrial and household wastewater of Diyala company for Electrical Industries, and to use the isolated bacteria from the treatment plant for bioremediation. Sampling were taken monthly from pre and post - processing treatment during the period from November, 2014 to March, 2015. Some physicochemical factors were taken such as : temperature, pH, dissolved oxygen, Biological oxygen demand (BOD), chemical oxygen demand (COD), electrical conductivity, and salinity. In addition, the concentration of five heavy metals was determined such as : lead (Pb), cadmium (Cd), iron (Fe), Copper (Cu) and Zinc (Zn). Temperature of wastewater in treatment plant showed only a significant difference between temperature before and after treatment in December, 2014, it's values were ranged between 17.7°C in February 2015 to 29.1°C in December 2104 before the treatment, and 16.6°C to 26.01°C in February 2015 and November 2014, after treatment. Whereas, pH was not significant in all study periods before and after treatment process. Its values were ranged as follows : 6.8 - 7.4 (before) in December 2014 and March 015, respectively and 7.01 - 7.8 (after) in December 2014 and March 2015, respectively. Dissolved oxygen concentration was raised after treatment process during all the study periods, except in February2015, the concentrations of dissolved oxygen were ranged 2.8 - 5.5ppm in March 2015 and Februray 2015 and 3.95 - 7.89ppm in February2015 and December 2014 before and after treatment process, respectively. Biochemical oxygen demand (BOD) and Chemical Oxygen demand (COD) concentrations were decreased after treatment, their concentrations were ranged from 13ppm to 144ppm (COD) and 0 - 39.9ppm (BOD), the lowest values refer to after and the highest values were before treatment process. Electrical conductivity (EC) and salinity (S‰) values were decreased only in December 2104 and February 2015, they were ranged as follows : 209 - 1547 ϻS/cm (before the treatment), 448 - 1218 ϻS/cm (after the treatment) for EC, 0.12 - 0.96 ϻS/cm (before the treatment), and 0.27 - 0.75 ϻS/cm (after the treatment) for S‰, spectively. All heavy metals concentrations were not effected scientifically by the treatment. Maximum concentrations (ppm) of these metals were 0.53, 0.99, 0.68, 0.7, 0.25 for Pb, Cd, Fe, Cu and Zn before the treatment. While their concentrations (ppm) after the treatment were 0.45, 0.41, 0.7, 0.7 and 0.36 for Pb, Cd, Fe, Cu and Zn. Sixty isolates of bacteria were isolated from the treatment plant. Three isolated bacteria (Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli and Sulfate Reducing Bacteria) were used in the laboratory as an adsorbed factor. Different concentrations of Lead and Copper (100, 150 and 200 ppm) were used to investigate the potential adsorption of these isolated bacteria. In addition, three factors affecting lead and copper adsorption were studied. Different temperatures (25, 30, 37 °C), different levels of pH (3 and 4.5), and two contact time (2 and 24 hrs) were used in these experiments. Maximum adsorption of Lead were obtained for about 95%, 95.3% and 99.07% by E. Coli, Pseudomonas aeruginosa and SRB at 37°C, respectively. While Copper adsorption were 40.63%, 50.51% and 80.57% by E. Coli, Pseudomonas aeruginosa and SRB at 37°C, respectively. E. coli has attained different percent of metals adsorption. The adsorption was varied from 6.4% to 95% in lead concentration of 100 and 200 ppm at pH 4.5 for both values for 24hrs and 2hrs, respectively. While the Copper adsorption ranged from 3.5% to 40.63 in 100 and 200ppm at pH4.5 for 24hrs and 2hrs, respectively. P. aeruginosa has achieved the adsorption as follows : Lead adsorption was ranged from 1.39% (in lead concentration 150ppm) to 97.9% (in 200ppm) at pH3 for 24hrs and 2hrs contact time, respectively. SRB has more action in adsorption than other bacteria in this study. The adsorption of lead was ranged from 14.97% in 100ppm of its concentration at pH3 for 24hrs contact time to 99.32% in 200ppm of Lead concentration at pH3 for 2hrs contact time. The results recorded significant differences in temperature when sulfur bacteria was used in the adsorption of lead and recorded significant difference in the adsorption of copper. For heavy metals concentration, the results recorded the highest percentage adsorption at 200ppm concentration for both elements, also results showed that the type of bacteria were able to adsorb lead at higher rates than copper. Moreover, increased adsorption of metals was recorded at high temperature and pH4.5 for a 2hr contact time by the studied bacteria. The three isolated bacteria were varied in their abilities to adsorbed elements, the results recorded the adsorption efficiency of sulfat reducing bacteria was higher than P. aeruginosa and E. coli, while the adsorption efficiency of P. aeruginosa was higher than E.coli. This study revealed that the treatment plant are not efficient to remove the heavy metals from the indistrial and household wastewater of Diyala company for Electrical Industries and it needs to add the efficiency bacteria to the plant wich removal heavy metals. The study concluded that SRB and P.aeruginosa are the most efficient bacteria to remove the Pb and Cu from their solution.

دراسة فسلجية وجزيئية للبكتريا Lactobacillus reuteri ATCC 23272 وتاثيرها التثبيطي على البكتريا المسببة لالتهاب المهبل == Physiological and Molecular Study of Lactobacillus reuteri ATCC 23272 and its Inhibitory Effect on the Bacterial Vaginosis

Author name: سارة هيثم صديق النعيمي
Supervisor name: خالد عبد الرزاق حبيب
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Bacterial vaginosis which is a common infection affecting the female genital tract, can be treated with different methods. One of these methods is the use of probiotic Lactic acid bacteria. The aim of this study was to evaluate the effects of two physiological factors (temperature and pH) on the growth and inhibitory action of probiotic Lactobacilli against the pathogenic Streptococcus agalactiae involved in bacterial vaginosis.A total of one hundred and six vaginal swabs were collected from Iraqi women patients affected with bacterial vaginosis, who attend Gynecological Department of Kamal Al - Samarraiy Hospital, Al - Qanat health care center, and private specialized clinics from October 2014 till March 2015, in order to obtain one hundred Streptococcus species. These swab samples were examined directly at the first. Isolated microorganisms were identified through microscopical, morphological, biochemical tests, and Vitek 2 compact system.The results showed that out of 243 bacterial isolates, 146 (60.08%) were detected as Gram - positive bacteria, whereas 97 (39.91%) were detected as Gram - negative bacteria. A hundred (68.49%) isolates of the Gram - positive bacteria were catalase - negative, while the rest 46 (31.51%) were catalase - positive.For all Gram positive, catalase negative bacteria, the results of the biochemical test and Vitek 2 compact system showed that the most frequent isolated microorganism was Streptococcus agalactiae 57 (57%), followed by Streptococcus faecalis 19(19%), Streptococcus sanguinis 13 (13%),Streptococcus salivarius 6 (6%), Streptococcus ovis 4 (4%), and Streptococcus suis 1(1%).The molecular method using the PCR technique was performed on the most prevalent species Streptococcus agalactiae to detect its virulence factors in order to prove its pathogenicity, the results revealed that, the HylB gene which is responsible for the production of hyaluronate lyase, appeared in 56 out of 57 isolates of S. agalactiae and the CylE gene which is responsible for the hemolysis of the red blood cells, appeared in 53 out of 57 isolates. These virulent isolates were involved in the physiological study.Lactobacillus reuteri ATCC 23272 was used in this study to investigate its effect as probiotic bacteria on the pathogenic bacteria (S. agalactiae). It was cultivated in MRS broth, adjusted to specific initial pH (3.5, 5, 6.5, 8), and at different temperatures of incubation (25°C, 30°C, 37°C, 44°C).The results revealed that the temperature of incubation and the initial pH of the culture medium effected significantly on both the growth rate and the antibacterial activity of the L. reuteri ATCC 23272. The temperature 30 °C with the pH 5 were recorded as the best conditions for the antibacterial activity in which the zone of inhibition was (18.2 mm), while the temperature 25 °C with the pH 3.5 resulted in the lowest inhibition zone (0.05mm).The maximum growth rate with an O.D. 1.9297 nm of the L. reuteri ATCC 23272 was obtained at temperature. 30°C and pH 6.5, and the minimum growth rate with an O.D. 0.0002 nm were obtained at temperature 25 °C and pH 3.5.There was a positive correlation between the growth rate of the Lactobacillus reuteri ATCC 23272 and the zone of inhibition.The optimal growth conditions were recorded in MRS broth, with an initial pH of 5 and a temperature of 30°C and this condition also had parallel effect on the maximum antibacterial activity of the L. reuteri ATCC 23272 against S. agalactiae associated with bacterial vaginosis.

تاثير بعض ملوثات الهواء المنبعثة من بيئة المطابع ومكاتب الاستنساخ على صحة العاملين في مدينة بغداد - العراق == Effect of some Air Pollutants emitted from Printing Units and Copy Centers environment on workers’ health in Baghdad City - Iraq

Author name: زينب نصر عبد اللطيف
Supervisor name: عادل حسين طالب الزاملي
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تشكل المواد الدقائقية والدقائق الورقية المتناهية الصغر المنبعثة اثناء عملية تشغيل مكائن الطباعة والطابعات الليزرية فضلا عن استخدام الاحبار والمذيبات العضوية خطرا على صحة الانسان لاسيما اولئك الذين يتعرضون لها لاوقات طويلة في بيئات عمل مغلقة . هدفت الدراسة الحالية لتقييم نوعية الهواء في بيئة عمل المطابع ومكاتب الاستنساخ وتشخيص الاثار المحتملة لبعض الانبعاثات المهنية وتاثيراتها في صحة العاملين ، اذ توصلت الدراسة للنتائج الاتية : اثبتت الدراسة ان هنالك مشكلة تلوث هواء في ما يتعلق بتراكيز الرصاص والزنك في جميع مواقع الدراسة وبنسب تفوق الحدود المسموح بها عالميا اذ بلغ اعلى تركيز للرصاص في هواء المطابع (5.1) ميكروغرام/م3 ، فيما بلغ اقل تركيز للرصاص (1.3) ميكروغرام/م3 . بلغ اعلى تركيز للزنك في هواء المطابع (100.8) ميكروغرام/م3 ، فيما بلغ اقل تركيز للزنك (31.2) ميكروغرام/م3 . اما قيم النحاس في هواء مواقع الدراسة فكانت ضمن الحدود المسموح بها عالميا عدا مكاتب الاستنساخ التي سجلت ارتفاعا ملحوظا بتركيز النحاس بلغ (0.647) ميكروغرام/م3 عند مستوى احتمالية (P<0.05) . تفاوتت تراكيز المواد الدقائقية PM2.5 وPM10بين مواقع الدراسة ، اذ ان المواد الدقائقية PM2.5 لم تتجاوز المحددات العالمية المسموح بها في اغلب مواقع الدراسة خلال شهر شباط مقارنة بشهر نيسان بينما سجل اعلى تركيز تراكيز للمواد الدقائقية 5PM2. في مطبعة الدار الجامعية (55.33) ميكروغرام/م3 في شهر نيسان. في حين تجاوز كلا من المواد الدقائقية PM10 والدقائق العالقة الكلية TSP المحددات العالمية في جميع مواقع الدراسة وسجل اعلى تركيز لهما (667.33) و(917.67) ميكروغرام/م3 على التوالي في مطبعة الدار الجامعية خلال شهر نيسان . لم تتجاوز تراكيز الغازات المقاسة (CO وNO2 وSO2 و(VOCS المحددات العالمية في جميع مواقع الدراسة اذ كانت تراكيزها اقل من الحدود المسموح بها. اذ سجل اعلى تركيز لغازCO ppm (8) في مطبعة النهرين/قسم التصحيف. اما غاز NO2 فقد سجل اعلى تركيز له ppm (2.0) في مكاتب الاستنساخ . بينما VOCs سجلت اعلى تركيز لها في مطبعة النهرين/قرب مكائن التيل ppm (28.0) . اما غاز SO2 فكانت تراكيزه اقل من تحسس الجهاز في جميع مواقع الدراسة. اظهرت نتائج فحص كفاءة الرئة اختلافا نوعيا في عمل الجهاز التنفسي تمثل في نقص سعة الرئة FVC ووجود ضيق في مجرى التنفس((FEV1 لدى مجموعة الطباعين فضلا عن حدوث قصور في وظيفة الجهاز التنفسي لدى مجاميع التعرض المهني والبيئي . وبينت نتائج الدراسة وجود علاقة معنوية بين معايير كفاءة الرئة ومدة التعرض التراكمي للعاملين لملوثات بيئة العمل، في حين لم تتوصل الدراسة الى ايجاد علاقة معنوية بين معايير كفاءة الرئة وحالة تدخين السكائر باختلاف طبيعة العمل . سجلت قيم الرصاص والزنك ارتفاعا في دم عمال المطابع مقارنة بالمجاميع الاخرى، فكانت تراكيزها (26.96) ميكروغرام/100مل و(93.44( ميكروغرام/100مل على التوالي .فيما سجلت قيم النحاس ارتفاعا في دم عمال الاستنساخ مقارنة بالمجاميع الاخرى اذ بلغ تركيزه (.22138( ميكروغرام/100مل . وبينت نتائج الدراسة وجود علاقة معنوية مرتفعة بين تراكيز العناصر الثقيلة في الدم ومدة التعرض التراكمي الا ان الدراسة لم تتوصل الى ايجاد فروقات معنوية بين معدلات قيم العناصر الثقيلة ومجاميع الدم من جهة وحالة تدخين السكائر من جهة اخرى . بينت نتائج اختبارات الدم وجود انخفاضا معنويا لدى مجموعة الاستنساخ في العدد الكلي لخلايا الدم البيض) 7.81×103 (خلية/ملم3 ،بينما سجلت خلايا الدم البيض الحمضة ارتفاعا معنويا لديهم (2.81)% مقارنة بالمجاميع الاخرى . مجموعة الطباعين سجلت انخفاضا معنويا في خلايا الدم البيض الوحيدة (5.78) % مقارنة بالمجاميع الاخرى .اما مجموعة التعرض البيئي/ التصحيف فقد سجلت انخفاضا معنويا في كلا من هيموغلوبين الدم (11.76) غم/100مل وحجم الدم المضغوط (36.28) % وكريات الدم الحمر(4.47 ×106 (خلية/ملم3 مقارنة بالمجاميع الاخرى. | Particulate matter and Nano papers particulate that emitted through printing machines and laser printers operation as well as inks and organic solvents constitute threat on human health especially who exposed for a long time in a closed work environments. The purpose of the current study is to evaluate air quality in the printing presses and copy centers, and diagnosed potential effects of some occupationally emissions and their effects on human health. The study has reached the following results : The study proved that there was air pollution problem concerning lead and zinc contents in all of the study sites in percentages exceed the permitted globally limits ,The highest concentration of lead was recorded in printing presses air (5.1) µg/m3 and the less concentration of lead was recorded (1.3)µg/m3, Highest concentration of zinc was recorded (100.8)µg/m3 in printing presses air and the less concentration of zinc was recorded (31.2) µg/m3, While copper values in air of study sites was within the permitted globally limits except copier offices that recorded a significant increase for copper concentration (0.674) µg/m3 at (P≤0.05). Particulate matters concentrations PM2.5 , PM10 varied in the study sites, most of PM2.5 didn’t exceeded the permitted globally limits in most of study sites during February compared to April, While the highest concentration of PM2.5 was recorded (55.33) µg/m3 in University house printing press during April. Whereas both of PM10 and TSP exceeded the globally limits in all of study sites and recorded their highest concentration (667.33) and (917.67) µg/m3 respectively in University house printing press during April. Gases concentrations) NO2,VOCS,SO2,CO) did not exceed the permitted globally limits in all study sites ,The highest concentrations of CO was recorded (8) ppm in Al - Nahrain printing press, NO2 gas was recorded its highest concentration (2.0) ppm in copy centers ,While VOCs were recorded the highest concentration (28.0)ppm in Al - Nahrain printing press,SO2 gas concentration was less a sensory device at all study sites. The results of lung efficiency showed qualitative difference in the work of the respiratory system represented in a restriction of lung capacity FVC and presence narrowing of the airway FEV1 at the printers group as well as a shortage in respiratory function for occupational and environmental groups , the results of the study showed a significant differences found between lung function parameters and accumulated exposure for environmental work pollutants. Whereas, the results of the study didn’t find a significant relationship between lung efficiency parameters and the status of cigarette smoking, according to the different of working nature. Lead and Zinc contents recorded increased in printing presses workers blood compared with other groups .Lead and Zinc concentrations were recorded 26.96)) µg/100ml and ((93.44µg/100ml respectively, while copper concentrations was recorded increased in copier workers blood compared with other groups, its concentration was recorded (138.22)µg/100ml, the study results has showed significant differences between heavy metals concentrations in blood and accumulative exposure period .Whereas, the study did not find significant differences between heavy metals rates and blood groups on the one hand and the status of cigarette smoking on the other hand. Complete blood count showed significant decreased in copy centers group in total WBCs (7.81×103) cell/ml3 ,While eosinophil was recorded significant increase (2.81)% compared to other groups .Printers group was recorded significant decrease in monocytes (5.78)% compared to other groups .While environmental group was showed significant decrease in both hemoglobin (11.76)g/100ml , hematocrit (36.28)% and red blood cells (4.47×106) cell/ml3 compared to other groups.

التاثير المزمن لمبيد الفايديت في نسجية الغلاصم والكبد والكلى لاناث سمكة البعوض (S.F. Baird &Girard ; 1853) Gambusia affinis == Chronic effect of Vydate on gill , liver and kidneys of female mosquito fish Gambusia affinis (S.F. Baird &Girard ; 1853 )

Author name: زينب مؤيد صابر حميد
Supervisor name: مختار خميس حبه
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: الفايديت لمبيدMedian lethal concentration في الدراسة الحالية بلغت قيمة التركيز المميت الوسطي واستخدمت الصفة الفسلجية التي Gambusia affinis خلال (96) ساعة (2.4) ملغم / لتر في سمكة البعوض فضلا عن التغيرات المرضية النسجية للتعرف على سمية Bioindicator كدليل حيوي Behaviour بالسلوكمبيد الفايديت وقد وجد بان سمية مبيد الفايديت تزداد مع زيادة كل من التركيـز ومدة التعرض . جمعت 48 سمكة انثى من الاسواق المحلية ومن الجدول المحيط بجامعة بغداد في الجادرية ، قسمت الاسماك الى (4) مجاميع شملت كل مجموعة 12 سمكة عرضت اسماك المجموعة 1 : ( لتركيز 0.12 ملغم / لتر )، المجموعة 2 : (عرضت لتركيز 0.24 ملغم / لتر ) ، المجموعة 3 : (عرضت لتركيز 1.2 ملغم / لتر ) بمبيد الفايديت ، فضلا عن مجموعة السيطرة وبواقع مكررين لكل مجموعة ، ثم شرحت الاسماك بعد كل ( 2، 4، 6 ، 8) اسابيع من التعرض . تم تثبيت العينات بمحلول بوين وحضرت الشرائح المجهرية واستعملت صبغة الهيماتوكسيلين والايوسين . وملاحقة بعضها Erratic swimming اثرمبيد الفايديت في سلوك السمكة من خلال سرعة السباحة العشوائية البعض وزيادة العدائية وسرعة حركة غطاء الغلاصم واستقرار السمكة عند قعر الحوض او بالقرب من سطــــح الماء عند زيادة التركيز . من جانب اخر اثر مبيد الفايديت تصاعديا وبحسب التراكيز المستخدمــــــــة في الدراسة الحالية في بعض اعضاء الجسم مثل : الغلاصم والكبد والكلى . اذ لوحظ حدوث عدة اصابات في الغلاصــم بسبب مبيد الفايديت تمثلت بحصول تضخم الخلايا الكلورية Hypertrophy of chloride cellsو احتقان الاوعية الدموية congestion of blood vessels وانعدام الترتيب الصفائحي Lamellar disarrayو انفصال الخلايا الظهارية عن الغشاء القاعدي Lifting of epithelial cells (Slouphing ) وفرط التنسج للخلايا الكلورية Hyperplasia of chloride cells والتحام الصفائح الثانوية المتجاورة Fusion of adjacent Secondary lamella وتمدد الاوعية الدموية Aneurysm . واحتقان الوريد المركزي والجيبانيات Swelling of hepatocytes سبب مبيد الفايديت انتفاخ الخلايا الكبدية وانعدام الترتيب Haemorrhageو نزفا دمويا Congestion of central vein and sinusoids الدموية وInfiltration of lymphocytes وارتشاح الخلايا اللمفية Loose of radial arrangement الشعاعيو ضمور الخلايا الكبديـــــــــــة Caseous necrosis of hepatocytes حدوث التنخر التجبني للخلايا الكبديةAtrophy of hepatocytes والتليف (التشمع) الكبدي Liver cirrhosis . عانت الكلى ايضا من تاثير مبيد الفايديت من خلال حدوث عدة اصابات فيها مثل تضخم الكبيبات البولية Shrikage of renal tubule lumens,و تضييق تجاويف النبيبات الكلوية Hypertrophy of glomerulusواحتقان الاوعية الدموية واختزال النسيج المولد للدم Reduction of haematopoietic tissue . | In the current study the average value of median lethal concentration was 2.4 mg / L in Gambusia affinis , and we used the physiological characteristic that represented by behavior as a bioindicator , as well as as well as pathological and histological changes to learn about the toxicity of vydate pesticide and found that the toxicity of vydate increased when both concentration and duration of exposure increased . (48) female fishes were collected from local markets and also from the stream that surround Baghdad university campus at Al - jadyria, fishes divided into (4) groups and each group consists of 12 fish : Group1 (exposed to 0.12 mg / L) , Group2 (exposed to 0.24 mg / L) and Group 3 (exposed to 1.2 mg / L) of vydate pesticide. As well as a group for control . Fishes were dissected for for histological preparations after fixation with Bouin’s fluid after each (2,4,6,8) weeks of exposure time. Histological sections were stained with Hematoxylin and eosin . .Vydate pesticide impact on the behavior of G. affinis swimming through random erratic swimming , prosecute each other , increase hostility , increased the opercular movement and the stability of fish was at the bottom of aquarium or at the surface of water when the concentration of pesticide increased . On the other hand vydate impact according to the concentration that used in the current study on some organs of G. affinis such as : gills, liver and kidneys. Where it was noted that a number of histopathological changes in gills due to vydate pesticide such as hypertrophy of chloride cells, congestion of blood vessels, lamellar disarray, lifting of epithelial cells (slouphing), hyperplasia of chloride cells , fusion of adjacent secondary gill lamella and Aneurysm. Vydate pesticide also caused swelling of hepatocytes , congestion of central vein and sinusoids , haemorrhage , loos of radial arrangement infiltration of lymphocytes , caceous necrosis of hepatocytes , atrophy of hepatocytes and liver cirrhosis. Also kidneys suffered from vydate pesticide through several alternative changes such as hypertrophy of glomerulus , shrinkage of renal tubule lumens congestion of blood vessels and reduction of hematopoietic tissue .

تاثير المعززات الحيوية على الفئران المثبطة مناعيا بالبردنيزولون == Effect of Probiotics on Prednisolone Immunosuppressed Mice

Author name: زينب كاظم عبد
Supervisor name: امنة نصيف جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة لمعرفة دور FOXP3 في الفئران المثبطة مناعيا بالردنيزولون اضافة الى دور المعززات الحيوية في الجهاز المناعي للفئران البيضاء. البردنيزولون هو عقار مثبط مناعيا يستخدم لعلاج حالات الحساسية وامراض المناعة الذاتية. المعززات الحيوية هي كائنات حية تستعمل لتعديل الجهاز المناعي في الانسان والفئران. FOXP3 هو دليل للخلية التائية المنظمة وله دور في الاستجابة المناعية.لذلك استخدمنا في التجربة 30 فار مختبري ابيض ذكر قسمت الى 6 مجاميع كل مجموعة تضم 5 حيوانات والتي جرعت يوميا لمدة 14 يوم : المجموعة 1 : جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالخميرة فقط. المجموعه 2 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام مجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعة 3 : جرعت فمويا ب0.4مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط. المجموعه 4 : جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالبكتريا فقط. المجموعه 5 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعه 6 : جرعت فمويا ب0.6مل من بكتريا Ss والتي تحوي (108×1) خلية\مل وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط . اوضحت نتائج الدراسة الحالية ارتفاع معنوي في العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء(10000.0 ± 275.4) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(7000 ± 145.07), واظهر العد التفريقي لها انخفاض معنوي في الخلايا اللمفية(23.0 ± 1.51) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((30.0 ± 1.65 وارتفاع معنوي في الخلايا العدلة(75.00 ± 3.59)مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (65.00 ± 2.31) وانخفاض معنوي في الخلايا الوحيدة(( 1.0 ± 0.06مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ±0.06) 3.0) وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة , حصل انخفاض معنوي في عملية البلعمه(15.0 ± 0.82) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(20.0 ± 1.4), وارتفاع غير معنوي في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة(40.0 ± 2.03) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (36.0 ± 1.1), وزيادة غير معنوية في تركيز خضاب الدم(13.3 ± 0.76) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((11.6 ± (0.54 وكذلك زيادة غير معنوية في الوزن الكلي للحيوانات المعامله بالعقار فقط (31.0 ± 1.2) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(30.0 ± 1.1) .واظهرت نتائج التجريع بالمعززات الحيوية (الخميرة والبكتريا) ارتفاع العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء ,واظهر العد التفريقي لها ارتفاع الخلايا اللمفية والوحيدة وانخفاض الخلايا العدلة وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة ,كذلك حصل ارتفاع في عملية البلعمة وارتفاع بسيط في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة . بينت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية في المجموعه المعاملة بالعقار فقط حصول فقدان بالشكل العام للعضو وعدم ظهور الحويصلات اللمفاوية وحصول تنخر في الطحال .واوضحت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجموعه المعامله بالمعززات الحيوية احتفاظ العضو بالشكل العام وحصول ارتشاح للخلايا اللمفية وتحفيز الحويصلات المفاوية داخل العضو.كما اظهرت نتائج التجريع الفموي للمعززات الحيوية بعد وقبل ومع حقن الدواء حدوث حالة تحسسن بالمؤشرات المناعية وكذلك حدوث حالة تحسن وتنشيط مناعي للحويصلات اللمفاوية للطحال والعقدة اللمفاوية. واظهرت نتائج الفحص النسيجي الكيميائي المناعي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجاميع المجرعه بالمعززات الحيوية والعقار ان لها نفس التعبير لل.FOXP3 اعتمادا على نتائج التجربة الحالية نستنتج ان المعززات الحيوية (الخميرة والبكتيريا) تمتلك قابلية على تعديل وتحسين تاثيرات العقار الجانبية على الاعظاء والمؤشرات المناعية وكذلك لها نفس التعبير لل.FOXP3 | Study have been done to see the role of FOXP3 in immunosuppressed mice using prednisolone in addition to the role of probiotic on immune system of albino mice. Prednisolone is immunosuppressive drug used to treat several allergic and autoimmune conditions. Probiotic is a live microorganisms used to modulate human and mice immune system.FOXP3 is Treg marker and have a role in immune system responses. Therefore we took 30 male albino mice were divided into 6 groups (five mice in each group) and treated daily for 14 days : Group 1 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days then injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 14 days. Group 2 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14days. Group 3 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days.Group 4 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days then injected intraperitoneally with(0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 14 days. Group 5 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days. Group 6 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days. Mice treated with prednisolone drug showed a significant increase in total leukocytes count (10000±275.4)cells\1ml.blood as compared with negative control (7000±45.07)cells\1ml.blood, and differential count of leukocytes showed non - significant decrease in lymphocytes(23.0±1.51)cells\1ml.blood as compared with negative control (30.0 ±1.65)cells\1ml.blood, a significant increase in neutrophils(75.00±3.59) as compared with negative control(65.00 ± 2.31), a significant decrease in monocytes (1.0±0.06)cells\1ml.blood as compared with negative control(3.0 ± 0.06)cells\1ml.blood and have no effect on basophils and eosinphils, a significant decreased in phagocytosis(15.0 ± 0.82) as compared with negative control (20.0 ±1.4) , no significant increased Pcv (40.0±2.03) as compared with negative control (36.0±1.1) ,no significant increased Hb (13.3±0.76) as compared with negative control(11.6 ± 0.54) , and no significant increase in total body weight (31.0 ± 1.2)g as compared with negative control (30.0 ±1.1)g. The result of group treated with probiotic show a significant increase in total leukocytes, lymphocytes count, phagocytosis and Hb & Pcv as compared with control group administrated by normal saline only. The histological sections of spleen and lymph node which was treated with prednisolone drug revealed lose the architecture, no lymphoid follicles and necrosis. While the section of spleen and lymph node treated with probiotic showed preservation architecture which contain lymphoid follicles and hyperplasia of lymphocytes. The result of groups treated with probiotic pre, post, together with prednisolone drug showed normalized the immunological and histological parameters to the normal condition as compared with group treated with prednisolone only. The immunohistochemical section for spleen and lymph node show the same expression of FOXP3 in mice treated with probiotic (yeast & bacteria) and prednisolone drug. According to the results obtained from this study it is concluded that probiotic (yeast and bacteria) have immunomodulatory effect against prednisolone in immune system of male albino mice and have the same expression of FOXP3

استخلاص وتنقية وتشخيص زيت نبات الرازقي المستزرع في العراق L. Jasminum sambac ودراسة تاثيره كعامل مضاد للاكسدة == Extraction, Purification and Identification of Jasmine oil in Jasminum sambac L. Cultivated in Iraq and It's effect as antioxidant activity

Author name: زينب عمران سلمان الربيعي
Supervisor name: بشرى محمد جابر علوش
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى استخلاص زيت الياسمين من ازهار واوراق وسيقان وجذور نبات الرازقي المستزرع في العراق Jasminumsambac L., والكشف عن المركبات الموجودة فيه, كما تم اجراء مقارنة بين الزيت الطيار والمستخلص الكحولي الخام للنبات كمركبات مضادة للاكسدة باستعمال الجذرالحر(1 - diphenyl - 2 - picryl - hydrazyle) ((DPPH وذلك باستعمال التراكيز (100,80,60,40,20)l/mlµ والمقارنة مع حامض الاسكوربك كمعاملة قياسية. استخلص الزيت الطيار باستعمال طريقة التقطير بالبخار والاستخلاص بالكحول بواسطة جهاز الكلافنجرClavenger apparatus) ), كما تم التعرف على مكونات الزيت الطيار بتقنية كرموتوغرافيا الغاز السائل - مطياف الكتلة. اجريت عملية الاستخلاص الكحولي (الخام) للمركبات الفعالة من النبات بجهاز(Soxhlet), وتم الكشف النوعي عن المركبات الفعالة بواسطة عدد من الكواشف, وبينت النتائج ان المستخلص الكحولي لكلا الجزئين احتوى على مركبات فعالة (القلويدات, الفلافونيدات, التربينات, الصابونيات, التانينات). اشارت النتائج الى ان استخلاص 100غم من نبات الرازقي لكل من الازهار والاوراق انتجت زيتا طيارا 5%, 1.5 % على التوالي, اما السيقان فكانت كمية الزيت الطيار فيها قليلة جدا بحيث كان من الصعب جمعها. اما بالنسبة لجذور النبات فلم يظهر وجود للزيت الطيار فيها. اثبتت الدراسة ان الزيت الطيار للازهار يحتوي على (30 مركبا ) وكان اعلى تركيز لمركب Benzyl acetate حيث بلغت نسبته المئوية 59.37%, يليه مركب Benzyl alcohol بتركيز 14.96%, ثم مركب Benzyl propanoate بتركيز 5.25%. اما زيت الاوراق فاظهرت النتائج انه يحتوي على 43 مركبا وان مركب Benzyl acetate كان الاعلى تركيزا وبنسبة 34.07% , يليه مركب N - carbobenzooxy arginine بتركيز 15.28% , ثم مركب benzyl propanoate بتركيز7.79%.كما اظهرت النتائج الفعالية العالية للزيت الطيار لكل من الازهار والاوراق بالتركيز 100 l/mlµ كمضادا للاكسدة وبنسبة 96.10%, 82.30% على التوالي بالمقارنة مع المعاملة القياسية (حامض الاسكوربك), اذ اظهرت النتائج فروقا معنوية مابين تراكيز الزيت الطيار لكل من الازهار والاوراق. اما فيما يخص نتائج المقارنة بين الزيت الطيار والمستخلص الخام للنبات فقد تبين ان الفعالية المضادة للاكسدة للزيت الطيار والمستخلص الكحولي لللازهار عند تركيز 100 l/mlµ للزيت الطيار وg/mlµ للمستخلص الخام كانت 96.10% , 33.87% على التوالي, اما بالنسبة للزيت الطيار والمستخلص الكحولي للاوراق عند نفس التركيز فكانت النسبة المئوية المضادة للاكسدة 82.30%, 22.08% على التوالي وبفروق معنوية مابين تراكيز الزيت الطيار والمستخلص الكحولي. | This study aimed was designes to extract Jasmine oil from flowers, leaves, stems, and roots using Jasminum sambac L. which cultivated in Iraq, and detecting the existing compounds. A comparison was conducted between volatile oil and alcoholic extract ( as a crude) of the plant as antioxidant by using the compound 1 - diphenyl - 2 - picryl - hydrazyle (DPPH) as a free radical at the concentrations 20,40,60,80,100 Microliter/ milliliter then compared with ascorbic as a standard treatment. The volatile oil was extracted by using the steam distillation and alcohol extract using Clevenger apparatus. volatile oils were detected by using the chromatography of the liquid gas. In addition, alcoholic crude extract was done by using Soxhlet. The qualitative detection was conducted searching for active compounds through the use of a number of detections reagents.The results of the qualitative detection showed that the alcoholic extract in both plant parts contains the active compounds alkaloids, flavonoids, terpenoids, saponins, tannins. The results showed that 100 g of flowers and leaves has produced a volatile oil estimated by 5% and 1. 5% respectively. While the amount of the volatile oil in the stems was very little to be extracted and thus it was difficult to collect. No volatile oil was detected in plant roots. The study has shown that volatile oil of flowers contains 30compounds and the highest was Benzyl acetate, reaching 59.37%, followed by Benzyl alcohol (14.96%), then Benzyl propanoate which recorded 5.25%. The study showed that volatile oil in leaves contains 43compounds and Benzyl acetateeas represented the highest (34.07%), followed by N - carbobenzooxy arginine (15.28%), then benzyl propanoate (17.79%). The results also showed high volatile oil antioxidant activity in both flowers and leaves at the concentration 100Microliter / ml reached 96.10% and 82.30% respectively compared with Ascorbic Acid. the results also indicate significant differences between the volatile oil concentrations in both flowers and leaves. It has been proved that the maximum antioxidants activity for volatile oils and alcoholic extract of flowers was at a concentration of 100Microliter / ml was reached 96.10%, 33.87% respectively, while for volatile oil and alcoholic extract of the leaves, the percentages were 82.30% and 22.08% respectively, with significant differences between volatile oil and alcoholic extract concentrations.

استخلاص ، تنقية وتوصيف انزيم اللكنين بيروكسيديز المنتج من العزلة الفطرية المحلية Aspergillus terreus == Extraction, purification and characterization of lignin peroxidase enzyme produced from local fungal isolate Aspergillus terreus

Author name: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي
Supervisor name: ندى صباح رزوقي | غازي منعم عزيز
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل وتشخيص 18 عزلة فطرية محلية من 75 عينة روث خيول جمعت من نادي الجادرية ونادي العامرية للفروسية في بغداد خلال 8 اشهر للفترة من تموز 2013 الى اذار 2014 . سجلت العزلة A. niger اعلى نسبة ظهور بين العزلات واعلى تكرار % 80 %9.8, على التوالي تبعتها العزلة A.fumigatus (%9.8 , % 48) ثم العزلة A.terreus (% 8.2 , % 46.66) ، بينما سجلت العزلة Absidia cerymbifera اقل ظهور واقل تكرار(%3.28 , % 5.33) تبعتها العزلة Syncephalstrum racemosum ( % 2.67 و( %1.64 على التوالي. اختيرت العزلة A.terreus SG777 كافضل عزلة لانتاج هذه الانزيمات اذ سجلت اعلى فاعلية نوعية لانتاج الانزيمات المحللة للكنين ( لكنين بيروكسيديز 11.828 ، منغنيز بيروكسيديز1.131 واللاكيز 0.527) وحدة /ملغم . ثبتت الظروف المثلى لانتاج الانزيمات المحللة لللكنين من العزلة الفطرية A. terreus SG 777 باستخدام تخمرات الحالة الصلبة ( سيقان الموز كمادة اساس ، فترة الحضن 8 ايام ،حجم اللقاح1 × 105 بوغ / مل ، برقم هيدروجيني 4.5 وبدرجة حرارة 35م°). رسب انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع %80 ثم ازيل الملح من الانزيم المنتج من عفن777 Aspergillus terreus SG باستخدام طريقة النضح الغشائيDialysis تجاه المحلول الدارئ (Tris buffer) ونقي جزئيا بواسطة كروماتوغرافيا التبادل الايونيIon exchange chromatography باستخدام المبادل الايوني DEAE - cellulose بعدد مرات للتنقية بلغ 5.4 مرة وبحصيلة انزيمية مقدارها %13.7اظهر الانزيم اعلى فغالية وثباتية عند الرقم الهيدروجيني 3.0 ,في حين اقصى فاعلية للانزيم ظهرت عند درجة حرارة 40 م° مع احتفاظ الانزيم بفاعليته عند درجات حرارة تراوحت بين 25) - 35 ) م°. درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة عدة صبغات واظهرت النتائج اعلى نسبة ازالة ( 83.61 %) للانزيم تجاه صبغة الكونغو الحمراء باستخدام 65.51 وحدة / مل منه وبفترة حضن 4 ساعات وتبعتها صبغة المثيلين الزرقاء بنسية تحطيم %58.6 ثم صبغة المثيل الحمراء بنسبة ازالة بلغت % 49.9.بينما سجلت الصبغات الملاكايت الخضراء ، الالورا الحمراء والتارترازين % 24.87 ,% 28.8 , %26 على التوالي كادنى نسبة تحطيم بوساطة الانزيم قيد الدراسة . درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة المركبات الحلقية المتعددة التي تم الكشف عنها وذلك لمقارنة فاعلية الانزيم مع نتائج المعالجات في مصفى الدورة والتي تضمنت (المعالجة الميكانيكية، المعالجة الكيميوفيزيائية والمعالجة البايولوجية ) . اظهرت النتائج ازالة 97.54 % للمركب Di benzo (a ,h) anthrancene باستخدام 65.51 وحدة / مل من الانزيم قيد الدراسة وبفترة حضن 4 ساعات وبدرجة حرارة 40 م° في حين بلغت نسبة الازالة بوساطة معالجات المصفى % 54.37 كما بلغت نسبة الازالة لكل من Floureneو anthrancene قد بلغت % 95.98 و% 83.51 على التوالي مقارنة بنسبة الازالة %84.51 , % 46.83 بوساطة معالجات المصفى . قيد انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام %2 وزن / حجم من الجينات الصوديوم و200 ملي مولار و50 من مل كلوريد الكالسيوم . بينت النتائج ان % 99 من فاعلية الانزيم الحر تم تقييدها .اجريت عملية خزن انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر لمدة اربعة اسابيع عند درجة حرارة 4 م° لمعرفة مدى احتفاظ الانزيم المقيد بفاعليته الانزيمية مقارنة بالانزيم الحر، اذ لوحظ ان الانزيم المقيد قد احتفظ % 88.29 من فاعليته الاصلية بينما احتفظ الانزيم الحر حوالي 66. 02 % من فاعليته الاصلية. استخدم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر في تحطيم صبغة المثيلين الزرقاء ، اذ اظهرت النتائج ان نسبة التحطيم بالانزيم المقيد بلغت حوالي % 40.1 لفترة حضن 4 ساعات بينما بلغت نسبة تحطيم الصبغة حوالي % 25.79 باستخدام الانزيم الحر وبنفس فترة الحضن .حطم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد حوالي% 57.89 من صبغة الكونغو الحمراء عند استخدامه لاول مرة ، وانخفضت قابلية الانزيم المقيد على تحطيم الصبغة الى 16.11% عند استعماله للمرة الرابعة. | Eighteen local isolates were collected from seventy five horse manure samples taken from horses in the Equestrian Club in Jadriya and Al - Amrya / Baghdad that were investigated during the 8 months; the period isolation was started from July 2013 to march 2014. Aspergillus niger was the highest occurrence and frequency (80% and 9.8 %) respectively, followed by A . fumigatus (48 % and 9.8 %) and A. terreus (46.66 % and 8.2 % ) occurrence and frequency respectively , whereas Syncephalstrum racemosum (2.67 % and 1.64%) respectively . The isolate A. terreus had the higher specific activity of ligninolytic enzymes (lignin peroxidase 11.828, manganese peroxidase 1.13 and laccase 0.53) U/mg. The optimum conditions of ligninolytic enzymes produced from A. terreus SG777 were estimated using solid state fermentation : banana stalks as a substrate, period incubation 8 days, moisture level 1 : 5 w/v inoculum size 1x105 spores /ml, pH 4.5 and temperature 35 °C. Lignin peroxidase produced from A. terreus SG777 precipitated with 80% ammonium sulfate saturation then desalting by dialysis against Tris buffer solution and partially purified by ion exchange chromatography using DEAE - cellulose. The specific activity reached 56.67U/mg with purification fold was 5.4 times and 13.7% recovery. The optimum pH for activity and stability was 3. The maximum activity was observed at 40°C and the enzyme maintained the activity when it was incubated at 25 - 35˚C. Lignin peroxidase removal the dyes during 4hr. Congo red was decolorized to the maximum extent of 83.61% in 4 hr by 65. 51 U/ml of the pure lignin peroxidase, methylene blue decolorized 58.6% and methyl red azo dye was decolorized to the extent of 49.9% ,while Malachite green triarylmethane dye, allura red and tartarazine showed minimum extent decolorized 26, 28.8 and 24.87% respectively. Degradation of poly aromatic hydrocarbons when incubated with 65.51 U/ml lignin peroxidase at 40 °C for 4 hr compared with the Refinery treatment . Results showed (97.54%) removal efficiency of Di benzo (a ,h) anthrancene by lignin peroxidase, while only 54.37% was treated by Refinery treatment. Flourene and anthrancene degradation 95.98% and 83.51% respectively, while the flourene and anthrancene degradation treated by Refinery treatment only 84.51% and 46.83% respectively. Lignin peroxidase immobilization by 2% (w/v) sodium alginate and 200 mM of calcium chloride. Results showed that 99 % from free lignin peroxidase was immobilized. The stability of immobilized and free Lip enzyme was studied during four weeks; remaining activity for immobilized Lip was 88.29 % from its original activity 76 U/ml during four weeks while free Lip remaining activity was 66. 02 % from its original activity (76.04 U/ml). Methylene blue dye degraded about 40.1% by immobilized Lip during four hr compared with free Lip which has removal only 25.79% from dye concentration. The immobilization lignin peroxidase removal 57.89 % from congo red in first use and then the immobilized lignin peroxidase ability reduced to 16.11% dye removal after four uses.

دراسة تاثير بكترياLactobacillus species على نمو وحيوية الاميبا الحالة للنسيج Entamoeba histolytica المعزولة من عينات براز المرضى == Study the Effect of Bacteria Lactobacillus species on the Growth and Vitality of Entamoeba histolytica Isolated from Stool Samples of Patients Thesis Summitted

Author name: زينب فاروق شفيق الريس
Supervisor name: ندى صباح رزوقي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study 60 stool specimens were collected from patients suffering from E. histolytica a who attended at AL - Mahmudiya General Hospital , and Hospital ( Medical City ) from November 2014 until March 2015. These samples of males and femals belong to both ages( 2year - 52 years) . Entamoeba specimens were diagnosed by using two methods : the first one is the wet preparation as a General Stool Examination(GSE) after macroscopic examination for specimen and classifying them according to their consistency (solid ,semisolid and liquid ) and color ( brown and yellow ) and presence of blood and mucous in addition to diagnosing them microscopically to detect the presence of pus cells and both phases trophozoite and cyst for E. histolytica . Special diagnosis tool was used for first time in Iraq to complete the steps for diagnosis of Entanoeba spp. , E. histolytica was isolated and cultivated in vitro on Lock - Egg Medium to which sheep serum added . The aim of this study sheds light on the effect of suspension of Lactobacillus spp. cells and filtrates on growth and viability of E.histolytica( in vitro) by studying the effect of adding different concentrations (1.5 ×10P s/ml from filtrates and suspension of bacterial cells , and examined after (24, 48 and 72) hours of incubation , and note over the ability of various concentrations to inhibition growth of E. histolytica , as well as note the variations of parasite morphological which it suffered during the treatment period . The study reached the following results : 1 - The highest percentage of infection was recorded in the age group (2 - 12 years) by 35%, and the results showed that the incidence in females were higher than males, reaching 60% of the total.2 - During investigation of the antagonist action of lactic acid bacterial isolates against E. histolytica results revealed that suspension of bacterial cells of ( L. fermentum , L. delbruekii ) and L. acidophilus given the high inhibitory effect reached to 97.68% , 99.37%respectively. in concentration ( 1.5 × 10P P) cells/ml after incubation period 72hour compared to metronidazole drug which the inhibitory effect , reaching 67.77% for the same of incubation period . The results also showed that the concentration factor of lactic acid bacteria cells and the time factor have a clear anti - growth of trophozoite phases of the parasite , which is appropriate numbers average of trophozoite phases inversely proportional with increased concentration of lactic acid bacterial cells.3 - The results of filtrate lactic acid bacteria in concentration of (1.5 × 10P8P ) cell/ ml showed inhibitory effect less than suspension in same concentration which the percentage of ( L. fermentum, L. delbruekii ) inhibitory effect reached to 35.92% , while the percentage of L. acidophilus 38.32 % after incubation period 72hour , with significant differences in the value of LSD at a level (P <0.05) for the different concentrations and different times.4 - The results of treatment showed a morphological changes in the trophozoite phases of E. histolytica at different concentrations and different times, including discoloration of eccentric bad by blue dye trypan blue, as well as the decomposition of the plasma membrane and the decomposition of the wall of cyst phase , prejudice of some biological events, including stops the intracellular digestion process , and the small size of the trophozoite phases compara to natural state

المكافحة الاحيائية لبعض ادوار الذبابة المعدنية Chrysomya albiceps (Wiedemann,1819) (Diptera : Calliphoridae) باستخدام الفطر Metarhizium anisopliae (Metschnikoff) Sorokin والبكتريا Bacillus thuringiensis Berliner مختبريا == Biological Control of some stages of Chrysomya albiceps (Wiedemann, 1819) (Diptera : Calliphoridae) Using Metarhizium anisopliae (Metschnikoff) Sorokin and Bacillus thuringiensis Berliner Under Laboratory Conditions

Author name: زهراء سعد نوشي
Supervisor name: نوال صادق مهدي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Insects
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The work involved studying effects of serial concentrations of Metarhizium anisopliae on the life stages of blow fly Chrysomya albiceps (Wiedemann,1819) (larvae, pupae, adults) were conducted under laboratory conditions.The results showed that all insects stages were sensitive to the fungus. Treating of larval food and direct spraying larvae by the concentrations 2.8×106, 2.8×107, 2.8×108 conidia/ml led to increasing accumulated mortalities percentages depending on the concentration and time. Various malformations were depected.Examination of some serial histopathological sections for some dead infected larvae under compound microscope showed adhesion of fungal conidia on insects body wall and fungal hyphae invated insects internal muscles and hemocoel.Treating of blow fly pupae by direct spraying with fungal suspension concentration mentioned above led to mortalities about 13.33, 26.67, 33.33 % respectively so that adult emergency percentages were about 86.67 - 66.67% while in the control treatment was 96.67%.Adult stage showed high sensitivity when they were directly sprayed with the above concentrations which led to mortalities of about 46.67, 56.67, 70% respectively after a week of treatment.The study also conducted to evaluate serial concentrations of commercial formulation suspension (Antrol) of Bacillus thuringiensis israelensis. As a microbial control agent against Chrysomya albiceps (blow fly) larvae and adults under laboratory conditions. The results revealed that percentages of accumulated mortalities of second instar larvae were 30 - 63.33% for the doses 100 - 2000 ppm respectively , Mortalities rate increased with increased of time, treating larval food with 1000 ppm ofbacterial suspension caused mortality rate reached 30% after two days, later reached 72.96% after 12 days. The bio assays results of treating adults food showed that mortalities percentage were 33.33 - 73.33 when their food was treated by 100 - 2000 ppm of bacterial suspension. The results indicated that B thuringiensis has a potential to be a bio control agent for Ch. albiceps.Results of treatment of food of larvae by combination of mixed concentrations of fungal suspension (2.8×106 or 2.8×107 conidia / ml) and bacterial suspension (100 or 200 ppm) and direct spraying the larvae with fungal suspension led to high and rapid mortalities more than using fungus or bacterial suspension alone .Treatment of the second instar larvae with the combination A(100 ppm + 2.8×106 conidia / ml , bacterium + fungus respectively) led to accumulated mortality percentage about 30 % after one day of treatment , this percentage raised up to 66.67 % . Combination B which was consists of concentration (200 ppm + 2.8×106 conidia / ml bacterium + fungal suspension respectively) caused larval mortality percentage about 86.67 % and the adult percentage emergency was 13.33 % , while in control treatment was 96.67 % . The combinations of fungal and bacterial suspension have a synergistic effect as indicated by the results .

تطبيقات دلائل نوعية المياه في نهر دجلة ضمن مدينة بغداد - العراق == Application of Water Quality Indices for Tigris River within Baghdad city - Iraq

Author name: زهراء زهراو فرحان الجنابي
Supervisor name: عبد الرحمن عبد الجبار الكبيسي | عبد الحميد محمد جواد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة الحالية ابتداءا من شهر شباط 2010 ولغاية شهر كانون الاول 2010, اذ تم جمع النماذج خلال كل شهرين في ثلاث محطات في نهر دجلة ضمن مدينة بغداد، وتضمنت الدراسة تقييم نوعية مياه نهر دجلة لاغراض الشرب ومعيشة الاحياء المائية والـــــري باستخدام دليــــل نوعيـــة المياه المعتمـــد علـــى الموديل الكنــدي Canadian Council of Ministers of Environment Water Quality Index (CCME WQI) ودليل التكامل الاحيائي للهائمات النباتيــــــــة Phytoplankton - Index of Biological Integrity (P - IBI). تم قياس العديد من العوامل الفيزيائية والكيميائية مثل درجة حرارة الماء والاس الهيدروجيني, التوصيلية الكهربائية, الملوحة, الكدرة, المواد الصلبة الذائبة, الاوكسجين الذائب, القاعدية الكلية, الكاربونات, البيكاربونات, الكالسيوم, المغنيسيوم, الكلورايد, العسرة الكلية, الصوديوم والبوتاسيوم, الفوسفات الفعال, النترات, النتريت, الامونيا, وقد تراوحت قيم العوامل بين 31.2 - 10.1° و7.1 - 8.4، و- 5901340 مايكروسيمنز/ سم، و0.83 - 0.36 جزء بالالف، و41.03 - 13.15 NTU، و866 - 367 ملغم /لتر، و8.2 - 6.3 ملغم/لتر، و211.0 - 129.2 ملغم كاربونات الكالسيوم/لتر، وقيم غير المحسوسة، و28.8 - 6.45 ملغم HCO3/ لتر، و142.6 - 55.04 ملغم/لتر، و35.96 - 20.09 ملغم/لتر، و134.9 - 24.9 ملغم / لتر، و484 - 232 ملغم كاربونات الكالسيوم/لتر، و63.2 - 17.7 ملغم /لتر، و31.7 - 1.6 ملغم /لتر، وقيم غير محسوسة - 0.3 ملغم/ لتر، و33.2 - 2.21 ملغم/ لتر، على التوالي.و تم قياس بعض العناصر الثقيلة مثل الكادميوم, الكروم, النحاس, الحديد, الرصاص, المنغنيز, النيكل, الزنك, وقد تراوحت قيمها بين قيم غير المحسوسة - 0.039 ملغم/لتر، وقيم غير المحسوسة - 1.3 ملغم / لتر، وقيم غير محسوسة، و0.438 - 0.001 ملغم / لتر، وقيم غير محسوسة - 0.077 ملغم/لتر، وقيم غير محسوسة - 0.778 ملغم/لتر، و0.36 - 0.011 ملغم/ لتر، و0.08 - 0.011 ملغم/لتر، وقيم غير محسوسة - 0.1985 ملغم / لتر، وقيم غير محسوسة - 0.0416 ملغم/لتر، على التوالي.وتم حساب نسبة امتصاص الصوديوم SARو النسبة المئوية للصوديوم الذائب SSP وكاربونات الصوديوم المتبقية RSC، و1.29 - 0.49، و22.1 - 11.2%، واقل من الصفر, على التوالي. تم تشخيص 232 نوع من الهائمات النباتية، تعود الى 88 جنسا، وقد تغلبت مجموعة الدايتومات Bacillariophyceae على بقية المجاميع اذ ضمت 143 نوع تنتمي الى36 جنسا شكلت نسبة 64.12% من العدد الكلي، وسجل 46 نوعا عائدة الى 28 جنسا من الطحالب الخضر Chlorophyceae وبنسبة 20.62 % و24 نوعا (15 جنسا) تعود الى الطحالب الخضر المزرقة Cyanophyceae وكانت نسبتها 10.76%. ووجدت كل من الطحالب اليوغلينية Euglenophyceae باربعة انواع عائدة لثلاثة اجناس والطحالب البروات Pyrrhophyceae بنوعين. وتمثلت الصفوف الاخرى بالطحالب الحمر Rhodophyceae والطحالب الكارية Charophyeae والطحالب الصفراءXanthophyceae والطحالب الذهبية Chrysophyceae بنوع واحد لكل منهما.وكانت الانـواع السائدة خلال الدراسة Aulacoseira granulate وSyndra ulna وCyclotella meneghiniana وC. striata وCymbella affinis وNitzschia palea .تراوح العدد الكلي للهائمات النباتية خلال مدة الدراسـة بين952 - 7666 فرد / مللتر، اذ سجلت زيادة واضحة في العدد الكلي للهائمات النباتية خلال فصلي الربيع والصيف، وقد لوحظ في هذه الدراسة سيادة الدايتومات في جميع المحطات وقد وصلت نسبتها الى 99% من العدد الكلي للهائمات النباتية، وقد اظهر النوع Cyclotella ocellata وفرة نسبية عالية وصلت الى45.7% من العدد الكلي للهائمات النباتية.وقد تم حساب دليل نوعية المياه لغرض الشرب باستخدام 20 عاملا : المواد الصلبة الذائبة، والعسرة، والكالسيوم، والمغنيسيوم، والكلورايد، والقاعدية الكلية، والصوديوم، والرصاص، والحديد، والزنك، والنحاس، والكادميوم، والنيكل، والمنغنيز، والكروم، والاس الهيدروجيني، والعكورة، والامونيا، والنترات، والنتريت. اما دليل نوعية المياه لاغراض معيشة الاحياء المائية فقد استخدم 17عاملا في حسابه وهم : المواد الصلبة الذائبة، والكلورايد، والفوسفات، والاوكسجين الذائب، والرصاص، والحديد، والزنك، والنحاس، والكادميوم، والنيكل، والمنغنيز، والاس الهيدروجيني، والكدرة، ودرجة الحرارة، والامونيا، والنترات، والنتريت. واستخدم 15 عاملا لحساب دليل نوعية المياه لاغراض الري وهي : التوصيلية الكهربائية ونسبة امتصاص الصوديوم SAR ونسبة الصوديوم الذائب SSP وكاربونات الصوديوم المتبقية RSC والاس الهيدروجيني والبيكاربونات والكلورايد ووالرصاص والحديد والزنك والنحاس والكادميوم والنيكل والمنغنيز والكروم.اما دليل التكامل الاحيائي للهائمات النباتية Phytoplankton - Index of Biological Integrity (P - IBI) فقد اختيرت 8 وحدات في حسابه وهي : كثافة الهائمات النباتية (فرد /ملليتر) والوفرة النسبية للطحالب الخضراء المزرقة والوفرة النسبية للطحالب الخضراء والوفرة النسبية للدايتومات المركزية والوفرة النسبية للدايتومات الريشية والوفرة النسبية للطحالب الصفراء والوفرة النسبية للطحالب البروات ودليل الغنى.واشارت نتائج الدراسة ان مياه نهر دجلة جيدة التهوية وعسرة وتميل للقاعدية وملوثة بالمعادن الثقيلة, وكانت قيم المعادن الثقيلة متذبذبة خلال مدة الدراسة باستثناء الرصاص اذ كانت تراكيزه عالية وتجاوزت الحدود المسموح بها للاستخدامات كافة، وكانت المحطة الثالثة اكثر تلوثا من المحطات الاخرى.اظهرت النتائج ان نوعية مياه نهر دجلة لغرض الشرب قد حصلت على تقدير رديء الى حافي، اذ تراوحت قيمة الدليل في المحطة الاولى بين 45.7 - 58.4 وفي المحطة الثانية بين 41.8 - 55 وفي المحطة الثالثة 40.3 - 49.5، اذ سجلت اعلى قيمة للدليل في المحطة الاولى في شهر اب. في حين سجلت اوطا قيمة في شهر شباط في المحطة الثالثة، وبذلك تكون مياه نهر دجلة ضمن مدينة بغداد غير صالحة للشرب. ان نوعية مياه نهر دجلة لاغراض معيشة الاحياء المائية قد حصلت على تقدير معتدل - حافي اذ تراوحت قيمة الدليل في المحطة الاولى بين 71 - 48 وفي المحطة الثانية بين 71.8 - 47 وفي المحطة الثالثة 67.5 - 47.2، اذ سجلت اعلى قيمة خلال شهر شباط في المحطة الثانية، واوطا قيمة في المحطة الثانية ايضا خلال شهر تشرين الاول. لقد حصلت نوعية مياه نهر دجلة لغرض الري على تقدير جيدة - حافية اذ تراوحت قيمة الدليل في المحطة الاولى بين 93.9 - 56.4 وفي المحطة الثانية بين 89 - 53.8 وفي المحطة الثالثة 82.7 - 53.8 اذ سجلت اعلى قيمة 93.9 في شهر كانون الاول في المحطة الاولى، بينما سجلت اوطا القيم 53.8 في شهر شباط في المحطتين الثانية والثالثة، ويمكن القول ان مياه نهر دجلة بشكل عام صالحة للاستعمال الزراعي. اما عن دليل التكامل الاحيائي للهائمات النباتية فقد حصل على تقدير جيد - مقبول اذ تراوحت قيمة الدليل في المحطة الاولى بين 72 - 58.7 وفي المحطة الثانية بين 72 - 55 وفي المحطة الثالثة 70 - 52.5 اذ سجلت اعلى قيمة للدليل في المحطة الاولى والثانية خلال شهر شباط، في حين سجلت اوطا قيمة للدليل في المحطة الثالثة خلال شهر حزيران وعند مقارنة قيم دليل التكامل الاحيائي بدليل نوعية المياه لغرض معيشة الاحياء نجد ان قيم كلا الدليلين لم ينخفضا الى الرديء ولم يصلا الى الممتاز، وقد تقاربت قيم الدليلين في اكثر الاحيان مع فارق التقدير. | This study was conducted from February 2010 to December 2010, the samples were collected every two months in three stations in Baghdad city. The study involved the assessment water quality of Tigris River for drinking, aquatic organisms life and for Irrigation by using water quality index. The indices were calculated according to Canadian water index (CCME WQI) and Phytoplankton Index of Biological Integrity (P - IBI).Many parameter were measured such as : temperature, pH, electrical conductivity, salinity, turbidity, total dissolved solids, dissolve oxygen, total alkalinity, carbonate, bicarbonate, calcium, magnesium, chloride, total hardness, sodium, potassium, reactive dissolved phosphate, nitrate, nitrite and ammonia. The results ranged between 10.1°, 8.4 - 7.1, 1340 - 590 µs/cm, 0.83 - 0.36 ‰, 41.03 - 13.15NTU, 367 - 866mg/l, 8.2 - 6.3 mg/l, 211.0 - 129.2 mg/l, carbonate undetectable, 28.8 - 6.45 mgHCO3/l, 142.6 - 55.04 mg/l, 35.96 - 20.09 mg/l, 34.9 - 24.9mg/l, 484 - 232 mg/l, 63.2 - 17.7 mg/l, 31.7 - 1.6 mg/l, undetectable - 0.30 mg/l, 33.2 - 2.21 mg/l, undetectable - 0.039 mg/l respectively. Some heavy metals were measured such as : chromium, cadmium, copper, iron, lead, manganese, nickel and zinc. There values ranged between undetectable to 1.3 mg/l, undetectable, 0.438 - 0.001 mg/l, undetectable - 0.077 mg/l, undetectable - 0.778 mg/l, 0.36 - 0.011mg/l, 0.08 - 0.011mg/l, undetectable - 0.1985 mg/l, undetectable - 0.0416 mg/l respectively. Sodium adsorption ratio(SAR), soluble sodium percentage (SSP), residual sodium carbonate(RSC) were calculated. There values ranged between 1.29 - 0.49, 22.1 - 11.2% and less than zero respectively.223 species of Phytoplankton were recorded belong to 88 genera. The Bacillariophyceae was the dominant group which included 143 species belong to 36 genera consist 64.12% from the total number of phytoplankton. 46 species belong to 28 genera of Chlorophyceae with 20.62 %. 24 species (15 genera) belong to Cyanophyceae which consist 10.76%. Four species (three genera) belong to Euglenophyceae and two species belong to Pyrrhophyceae was found. And the other groups Rhodophyceae, Charophyeae, Xanthophyceae and Chrysophyceae represented by one species for each one.The dominant species were : Aulacoseira granulate وSyndra ulna وCyclotella meneghiniana وC. striata وCymbella affinis وNitzschia palea .The total number of Phytoplankton were ranged between 952 - 7666 cell/ml. In this study diatoms observed in all stations, which was comprised 99% from the total number of phytoplankton composition.Water quality index for drinking calculated by using twenty factors, they were : total dissolved solid, hardness, calcium, magnesium, chloride, total alkalinity, sodium, lead, zinc, iron, copper, cadmium, nickel, manganese, chromium, pH, turbidity, ammonium, nitrite, and nitrate. Seventeen factors have been used to assess water quality index for aquatic organisms life : total dissolved solid, chloride, phosphate, dissolved oxygen, lead, iron, zinc, copper, cadmium, nickel, manganese, pH, turbidity, water temperature, ammonium, nitrite and nitrate. Fifteen factor have been used to assess water quality index for irrigation : electrical conductivity, sodium absorption ratio (SAR), dissolved sodium percentage, residual sodium carbonate, pH, bicarbonate, chloride, cadmium, chromium, copper, iron, lead, manganese, nickel and zinc. The study also was involved the assessment of water quality for Tigris River by using Phytoplankton Index of Biological Integrity (P - IBI) which was calculated by using eight metrices : Phytoplankton Density, relative abundance for blue green algae, green algae, central diatom, pennales, yellow green algae, pyrrophyte algae and species richness index.The results showed that water of Tigris River was well aeration, hard water, alkaline and polluted with heavy metals. The concentration of heavy metals fluctuated during the study period, except lead which have high concentrations and exceeded the limits for all uses. The station 3 was more polluted than other station.Water quality index of Tigris River for drinking was obtained bad - marginal (45.7 - 58.4) in station 1, (41.8 - 55) in station 2 and (40.3 - 49.5) in station 3. The highest index value was recorded in station 1 during august while the lowest value was recorded during February in station 3. so, water quality of Tigris River through Baghdad was unsuitable for drinking. Water quality index of Tigris River for aquatic organisms life was obtained moderate to marginal (48 - 71) in station 1, (47 - 71.8) in station 2, and (47.2 - 67.5) in station 3. The highest value was recorded in station 2 through February, and lowest value was recorded in station 2 through December. Water Quality Index of Tigris River for Irrigation ranged between good to marginal, (56.4 - 93.3) in station 1, (53.8 - 89) in station 2 and (53.8 - 82.7) in station 3. The highest value was recorded in station 1 through December and the lowest value was recorded in station 2 and 3 through February. Generally, we can say that water quality of Tigris River is suitable for irrigation. Phytoplankton Index of Biotic Integrity (P - IBI) was obtained good - acceptable, where the values ranged between (58.7 - 72) in station 1 (55 - 72), in station 2 and (52 - 70) in station 3. The highest value recorded in stations1 and 2 through February, and the lowest value observed in station 3 through Jun. When we compared between the two indices (P - 1B1 and WQI for aquatic organisms life) we found that both indices values don’t declined to bad and don’t reached excellent values, their values were closed up together in most times
1 ... 46 47 48 49 50 ... 101