الكشف الجزيئي عن انواع البكتريا وفايروس التهاب الكبد المرتبطين مع بيتا - ثلاسيميا == Molecular Detection of Bacterial and Hepatitis Virus Types Associated with ? - Thalassemia
Author name:
شـهـد رعـد مزعـل
Supervisor name:
اياد محمد علي فاضل
General topic:
Biology
Specific topic:
Microbiology - Genetics
Degree:
Master
University:
University of Baghdad
Language:
Arabic
University location:
Baghdad
First pages:
24T3349 - p.pdf
Abstract:
تضمنت هذه الدراسة التحري عن انواع الاصابات البكتيرية والالتهاب الكبد الفايروسي المرتبط بمرض الثلاسيميا نوع الكبير ومقارنتها مع الاشخاص المرضى غير مصابين بثلاسيميا نوع الكبير.لغرض التشخيص انواع البكتيريا جمعت نوعين من عينات من مرضى الذين راجعوا مستشفى ابن بلدي.عينات الادرار تضمنت (41عينة من المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير و18من المرضى غير مصابين بثلاسيميا نوع الكبير) وعينات الدم تضمنت (25عينة من المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير و25عينة من المرضى غيرمصابين بثلاسيميا نوع الكبير). اعتمادا على تحديد الصفات الزرعية للمستعمرات والصفات المورفولوجية للخلايا البكتيرية ومن ثم الصفات الكميوحيوية كما امكن تشخيص العينات باستخدام .VEKIK2systemاظهرت النتائج التشخيص في عينات الادرار في المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير ان بكتيريا الاكثر تواجدا كانت Escherichia coli بنسبة 25% بينما انواع اخرى من بكتيريا ظهرت بنسبة 6% ,5% ,3% ,3% ,2% ,2% ,2% ,2%, 1.3% لبكتيريا klibseilla pneumonia, Chlamydia pneumonia Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, sterptococcus pneumonia على التوالي. بينما من جانب اخر كانت نتائج التشخيص عينات الادرار لمرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير حيث كانت بكتيريا الاكثر تواجدا كانت Escherichia coli بنسبة 28% بينما ظهرت نتائج الانواع بكتيريا الاخرى بنسبة 12% ,7% ,5% ,3% ,4% ,4% ,4% ,4% ,4% على التوالي لبكترياklibseilla pneumonia, sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea. spp ..اظهرت نتائج تشخيص عينات الدم ان بكتيريا الاكثر تواجدا في المرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير والمرضى غيرمصابين بثلاسيمميا النوع الكبير كانتEscherichia coli 24% ,15% على التوالي. بينما ظهرت الانواع بكتيريا الاخرى لمرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير بنسبة 6% ,3% ,5%, 5%,5% ,3% ,2% ,2%, 2% على التوالي لبكتيريا streptococcus pneumonia ,klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Chlamydia pneumonia, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea. spp. بينما ظهرت الانواع بكتيريا الاخرى لمرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير بنسبة 7%, 5%, 3.2% ,3.2% ,3.2%3.2%, 3.2%, 3.2%,3.2% على التوالي لبكتريا sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia ,klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca,proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea.spp. اما بالنسبة لتاثير بعض المضادات الحيوية على بكتيريا Escherichia coli فقد اظهرت النتائج اختبار الحساسية لمضادات باستخدام VITKE 2 systemمقاومة هذه العزلات امبسلين (98%) وسيفاتريكسون (95%) السبروفلوكساسين (46%) السيفوتازيديم (44 (%والاموكسيسيلين (43% (والسيفوتاكزيم (40%) وليفووكساسين) 78%) والنالدكسك اسد (50%) ميثوبريم (27%) سيفابيم (40%) اكستابنيم (20%).استعملت طريقة التحليل الجزيئي PCR analysis للكشف عن عوامل الفوعة الجينية والمقاومة والتقارب الوراثي التي تمتلكها بكتيريا Escherichiacolii ، وباستخدام بادئات متخصصة لكل من الجين الخاص بالاهداب من النوع الاول (fimH) والجين الخاص بالمحفظة (kpsMTII). وجين خاص بتحلل الدم (hly) وجين خاص بالالتصاق (eae) وجين خاص ب لمقاومه مضاد حيوي ((bla - cmy2 كانت النتائج ان جين (fimH) بنسبة (58%) ، فيما كانت نسبة الجين الخاص بالمحفظة (kpsMTII) (58%) بينما جين خاص بالالتصاق (eae) كانت نسبة (20%). ونسبة جين خاص بتحلل الدم (hly) (28%), ونسبة الجين خاص بمقاومة المضاد الحيوي ((bla - cmy2 كانت (83%) بينما كانت نسبة ظهور كل جينات) 5.7%), وكانت نتائج الجين الخاص بتقارب الوراثي (Box) (58%).ولغرض دراسة الاصابات الفايروسية مرتبطة بمرض ثلاسيميا النوع الكبير وباستخدام تقنية ELSLA جمعت عينات الدم (88 من المرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير و62 من مرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير) تم جمع العينات من مركز الوطني لنقل الدم لتحري عن وجود الالتهاب الكبد الفايروسي نوع ( CوB) حيث كانت نسبة الالتهاب الكبد الفايروسي نوع (B) لدى المرضى مصابين مصابين بثلاسيميا النوع الكبير (17%) بينما كانت نسبة لدى المرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير (16%).بينما كانت نسبة الالتهاب الكبد الفايروسي نوع (C) (82.9 %) ,(8 ,83%) لدى مرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبيرو غير مصابين بثلاسيمياالنوع الكبير على التوالي . | This study was carried out to detect the types of bacterial and viral infections which associated with β thalassemia major comparison to non thalassemic patients group.For Bacterial types identification two different kinds of samples were collected from Ibin ALBalady hospital. Urine samples which included (41from thalassemic patients and 18 from non thalassemic patients) and blood sample which included (25 from thalassemic patients and 25 from non thalassemic patients) depending on their cultural, morphological as well as biochemical characterization. The result identification that in urine sample showed that was most prevalent kind was Escherichia coli with percentage 25%. In addition, other bacteria were also obtained with a percentage 6%, 5%, 3%, 3%, 2%, 2%, 2%, 2%, and 1.3%. Klibseilla pneumonia, Chlamydia pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, sterptococcus pneumonia respectively. While, on other hand, in non thalassemic patients the result identification that in urine sample the most prevalent kind was Escherichiacoli with percentage 28%. In addition, other bacteria were also obtained with a percentage 12%, 7%, 5%, 4%, 4%, 4%, 4%, 4%, 4% for klibseilla pneumonia, sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, respectively. The result for blood sample identification also showed that the Escherichia coli was most common in thalassemic and non thalassemic patients it with a percentage 15%, 24% respectively, and other types bacteria were also obtain with a percentage 6%, 3%, 5%, 5%, 5.3%, 2%, 2%, 2% for , sterptococcus pneumonia, klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa Chlamydia pneumonia, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, respectively from thalassemic patients and other types bacteria were obtain from non thalassemic with a percentage 7%, 5%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3% for sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia, klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp receptivity, and the results confirmed by identification VITEK 2 system kit. The VITEK 2 SYSTEM Antibiotics sensitivity test kits results revealed that Escherichiacoli were resistance to following antibioses Ampcilin (98%), Cefatriaxone (95%), Ciprofloxacin (46%), Cefipime (74%) Liovfaxacin (78%), Tetracylin (70%), Cefotaxim (40%), Aomxcilin (43%), Nalidexic acid (50%), Extapenem (20%), ceftazidime (44%). Moreover, low percentage of resistance was shown to, extapenem (20%) Trimethoprim (27%). PCR Methods used of molecular diagnosis of virulence genes, resistance, genotyping genes of E. coli by using specific primers to type 1 fimbria gene (fimH) and capsule gene (kpsMTII), hemolysin (hly), intimin (eae), ceftriaxone (bla - cmy2). PCR results the presence fimH (58%) and kpsMTII (40%) while hly (28%), eae 25%, (bla - cmy2) (83%). While the prevalence of all genes together with a percentage (7.5%) The results of box - PCR genotyping was 80%. To study the viral infection which associated with β thalassemia major by used ELSLA technique sample (88 from thalassemic and 62 from non thalassemic patients) were collected from Iraq National blood bank. For detection of HBS and HCV the result showed that HBS17% in thalassemic patients while in non thalassemic patients was16% while HCV were (82.95%), (83.87%) is percentage thalassemic patients receptivity
