Search — Iraqi Digital Repository

Search results: 25 out of 3,922

استخلاص البروتيسين من بكتريا Proteus mirabilis المعزولة سريريا ودراسة بعض صفاته == Extraction of Proticine From Clinical Strains of Proteus mirabilis and Study Some of Its Properties

Author name: همسة نافع محمد علي الرحو

Supervisor name: رشيد محجوب مصلح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 160 عينة خلال الفترة من تشرين الاول 2009 الى اذار 2010 من مستشفيات اليرموك التعليمي والاسكان للاطفال والكرخ العام والنعمان العام والكاظمية التعليمي والمختبرات التعليمية في مدينة الطب. شملت العينات 100 عينة ادرار من مرضى مصابين بالتهاب المجاري البولية و46 عينة من اصابات الجروح و14 عينة براز من كلا الجنسين وباعمار مختلفة. تم الحصول على 29 عزلة لبكتريا Proteus من مجموع العينات الكلي اعتمادا على صفاتها الزرعية على الوسط , وكانت اعلى نسبة عزل لهذه البكتريا من عينات الجروح. تم بعد ذلك تشخيص عزلات Proteus وتمييزها الى انواع اعتمادا على صفاتها البايوكيميائية وتم تاكيد التشخيص باستخدام نظام Api 20E, فقد اظهرت النتائج ان 82,7% من العزلات تعود للنوع P. mirabilis بينما كانت نسبة النوع P. vulgaris 17,2% فقط من مجموع العزلات.اختبرت قابلية عزلات بكتريا P. mirabilis على انتاج البروتيسين في وسط نقيع القلب والدماغ الذي تم تزويده بمادة الكليسيرول بنسبة 10% واستخدمت طريقة اقراص الاكار (Cup assay) لاجراء هذا الاختبار فقد بينت النتائج ان 66,6% من عزلات P. mirabilis كانت منتجة للبروتيسين باستخدام عدد من العزلات الحساسة (proticine indicator strains) تعود الى النوع ذاته من البكتريا.تضمنت هذه الدراسة انتاج البروتيسين الخام من العزلة الاكثر كفاءة في الانتاج واستخدمت مادة المايتومايسين C لحث الخلايا على انتاج البروتيسين. وتم ايضا تحديد الفعالية النوعية للبروتيسين الخام باستخدام طريقة الانتشار بالحفرAgar well diffusion method)).بالاضافة الى ذلك, فقد اجري الترحيل الكهربائي للبروتيسين الخام مع بروتين قياسي لايجاد الوزن الجزيئي لمكونات البروتيسين الخام وذلك عن طريق مقارنة الحزم الظاهرة على طبقة الهلام مع حزم البروتين القياسي (Tris Glycin). فقد تبين من خلال الترحيل الكهربائي ظهور 3 حزم بروتينية مختلفة الاوزان الجزيئية قدرت بـ 30, 58, 81 كيلو دالتون.كما درست بعض الصفات الكيميائية والفيزيائية للبروتيسين, فقد اختبرت قابلية البروتيسين على الصمود الحراري فقد وجد ان البروتيسين الخام يحتفظ بفعاليته كاملة ضمن المدى الحراري 20 - 40 ºم لكنه يبدا بفقدان فعاليته تدريجيا عند تعرضه لدرجات حرارية اعلى من 40 ºم ثم يفقدها كليا عند درجة حرارة 90ºم. كما وجد ايضا من خلال هذه الدراسة ان افضل فعالية للبروتيسين كانت عند قيمة pH تساوي 8, اعلى او اقل من هذه القيمة يبدا البروتيسين بفقدان فعاليته تدريجيا الا انه يحتفظ بجزء منها عند مدى واسع من قيم pH من 2 الى 12.اظهرت نتائج هذا الدراسة ان للبروتسين الخام تاثير تثبيطي على نمو بكترياShigella dysenteriae وP. vulgaris وSalmonella typhi وPseudomonas aeruginosa من مجموعة البكتريا الممرضة السالبة لصبغة كرام, وبكتريا Staphylococcus aureus من مجموعة البكتريا الممرضة الموجبة لصبغة كرام في حين لم يظهر اي تاثير على بكتريا Klebsiella وE. coli وLactobacillus وعلى الخميرة Candida albicans. | One hundred sixty specimens were collected during the period October 2009 to March 2010 from 6 hospitals : Al - Yarmok hospital, Central Child hospital, Al - Kadhimyia Educational hospital, Al - Karkh General hospital, Al - Nu'man General hospital and The Educational Laboratories. Specimens included UTI patients' mid stream urine, stool and wound swaps. Twenty nine Proteus isolates were obtained as total number depending on its cultural characteristics. The highest isolation percentage among specimens was obtained from wound swaps followed by urine and stool specimens. Proteus isolates were identified to species level depending on the biochemical tests and Api 20E system. P. mirabilis performed 82.7% while P. vulgaris performed only 17.2% of total Proteus isolates. P. mirabilis strains were screened for proticine production in BHI medium containing 10% glycerol by cup assay method. It was found that 66.6% of them were proticine producers against different P. mirabilis sensitive strains.This study included the production of crude proticine from the most efficient P. mirabilis producer strain which was induced by mitomycin C (2µg/ml), and determination of its specific activity by agar well diffusion method.Moreover, the molecular weights of proticine components were determined by SDS - PAGE with the ladder standard protein (Tris - Glysin). The Gel Electrophoresis resulted in a development of three protein bands with molecular weights (30, 58, and 81) x 103 Dalton.Temperature characterization of the crude proticine revealed that the crude proticine was 100% stable and active at 20 - 40˚c and it was sensitive to temperatures above 40˚c. Whole activity was lost at 90˚c. pH stability of crude proticine was also tested and revealed that the crude proticine was active at a wide range of pH values (2 - 12) but the highest activity was at pH 8. Above or below this value, proticine activity began to decrease gradually.In this study, it was demonstrated that the crude proticine had an inhibition effect on Shigella dysenteriae, P. vulgaris, Salmonella typhi, and Pseudomonas aeruginosa, as pathogenic gram - negative bacteria, and Staphylococcus aureus as a pathogenic gram - positive bacterium, but had no effect on Klebsiella, E. coli, Lactobacillus, and the yeast Candida albicans.

مقارنة التاثيرات المرضية للببتيدوكلايكان المستخلص من Staphylococcus xylosus وعديد السكريد الشحمي للـ E. Coli == Comparative Pathogenicity of Peptidoglycan Extracted from Staphylococcus xylosus and Lipopolysaccharide Extracted E. coli

Author name: هبة خليل توفيق

Supervisor name: مي طالب فليح | حارث جبار فهد

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: من مجموع 150 عينة ادرار تم الحصول على 61 عزلة عائدة للجنس Staphylococcus , جمعت من مرضى مصابين بخمج المجاري البولية من مستشفيات الزعفرانية واليرموك للمدة من الاول من ايلول 2005 - الاول من كانون الثاني 2005 . تم التاكد من عائدية 10 عزلات للنوع S. xylosus وبنسبة عزل 16.3% من مجموع العنقوديات ، وقد تم تشخيصها بوساطة الاختبارات الكيموحيوية كما تم اختبار حساسيتها للمضادات الحيوية وتبين ان 8 عزلات كانت مقاومة للمضاد Erythromycin ، والعزلات جميعها حساسة للمضاد Ciprofloxacin . تم استخلاص الجدار الخلوي باستخدام طريقة التكسير بالحبيبات الزجاجية (Glass beads) وتم اجراء تنقية جزئية للببتيدوكلايكان من الجدار باستعمال مواد كيميائية مثل : SDS , EDTA , LiCL2 , CaCL2 والهضم بالانزيمات DNase , RNase , Trypsin , Pronase . ولغرض التاكد من جودة طريقة التنقية تم اجراء الرحلان الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد تحت ظروف غير ماسخة فقد انخفض عدد الحزم البروتينية من 6 حزم في الجدار الخلوي الخام الى 4 حزم بعد التنقية . لقد اظهرت الدراسة الحالية التاثيرات الكيموحيوية السريرية للببتيدوكلايكان في مصل الارانب المحقونة عن طريق الزيادة الحاصلة في انزيمات الكبد والكلية ؛ اذ لوحظ زيادة معتدلة في كل من انزيمات : GoT وGpT وAlkaline phosphatase وكذلك Bilirubin ، والـ Urea ، والـ Creatinine ؛ مما يدل على حدوث خلل وظيفي في الكبد والكلية . تم دراسة امراضية مستخلص الببتيدوكلايكان للعزلة S.xylosus S24 (المقاومة لاكثر عدد من مضادات الحياة قيد الدراسة ) في الجهاز البولي للفئران البيض السويسرية الاناث اذ حقنت خمس مجاميع من الفئران بواقع ثلاثة مكررات لكل مجموعة عبر الاحليل باستخدام القثطرة بالتراكيز 1000000 ، 2000000 ، 3000000 ، 4000000 ، 5000000 نانوغرام / 1 مليلتر ، وحقنت خمس مجاميع اخرى بمستخلص قياسي للـ LPS من بكتريا E.coli بالتراكيز 10, 25, 50, 75, 100 نانوغرام/مليليتر ، وبعد مرور يومين من الحقن تم تشريح الفئران حيث اظهرت الاعضاء (الكلية) تغييرات نسيجية تمثلت : بانكماش الكبيبة الكلوية ، واحتقان الاوعية الدموية ، وارتشاح الخلايا الالتهابية وفي المثانة فقدان طبقة الكيراتين وحدوث التنكس الاستسقائي لخلايا الطبقة الظهارية في كلا المستخلصين ومن خلال موازنة هذه التغييرات المرضية النسيجية لكل من مستخلص الببتيدوكلايكان وعديد السكريد الشحمي اتضح ان مستخلص عديد السكريد الشحمي اكثر شدة وامراضية اذ بدات التاثيرات بتراكيز (50, 75, 100) نانوغرام/مليليتر اقل من تراكيز مستخلص الببتيدوكلايكان 3000000 ، 4000000 ، 5000000 نانوغرام / 1 مليلتر ، فضلا عن وجود تغييرات نسيجية اخرى حدثت في مستخلص عديد السكريد الشحمي وغير موجودة في مستخلص الببتيدوكلايكان. | Our of 150 urine specimens collected from patients presented with urinary tract infections attending Alza’farania and Alyarmoouk hospitals in Baghdad for the period of September , 1st 2005 to December, 1st 2005 , 61 staphylococci were obtained. Ten isolates (16 , 3%) were confirmed to be Staphylococcus xylosus identified by using of biochemical tests. Antibiotic susceptibility tests . however , 8 of them were resistant to erythromycin while all of them were sensitive to ciprofloxacin.The Crude cell wall was extracted by mechanical disintegration using glass beads and a partial purification was done to the peptidoglycan by means of chemicals such as SDS , EDTA , LiCl2 and CaCl2 in addition to enzymes like DNase , RNase , trypsin and pronase.In order to prove the efficiency of the purification method , polyacrylamide gel electrophoresis was achieved under undenaturing conditions as the proteins bands number was reduced from 8 in the crude extract to 4 bands at the final stage.The present study showed clinical biochemical effects of the peptidoglycan in sera of injected rabbits through the increase resulted in liver enzymes ad renal function tests represented by GOT , GPT , alkaline phosphatase , total serum bilirubin , urea and creatinin , an indication to a malfunction of liver and kidney.The pathogenicity of peptidoglycan extracted from S. xulosus S24 (the isolate that resist highest number of studied antibiotics) was studied in urinary tract of female Swiss mice by injecting five animal groups , as triplicates catheter at concentrations reached 1000000 , 2000000 , 3000000 , 4000000 and 5000000 ng / 1 ml , plus another five groups with 10 , 25 , 50 , 75 and 100 ng / ml of E. coli LPS. Two days later , animals were killed ; kidneys and urinary bladder were taken for histopathological study as they showed different pathological changes included shrinkage of glomerulus , congestion of blood vessels and infiltration of inflammatory cells in kidney , whereas dekeratinization and edematous dehydration of the epithelium were seen in urinary bladder.Passing through a comparison between these pathological changes in both extracts , LPS developed the highest severity and pathogenecity since the effects started with concentration (50 , 75 and 100 ng / ml) less than those was withpeptidoglycan (3000000 , 4000000 and 5000000 ng / 1 ml) in addition to the presence of some changes developed by LPS rather than peptidoglycan

دراسة مقارنه بين بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة لمضاد المثيسلين والحساسة لهذا المضاد واختبار الفعالية التثبيطية لبعض المستخلصات النباتية عليها == Comparative study between Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin sensitive Staphylococcus aureus (MSSA), and detect the antimicrobial effects of some plant extracts on them

Author name: هبة علي هلال الجبوري

Supervisor name: مي طالب فليح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: This study included collection of 75 clinical different samples from teaching laboratories of Medical city in Baghdad during the period from September 2009 - February 2010, these samples differed in their sources which included 30 nasal swabs,27 inflammatory wounds swabs, 6 sputum cultures, 5 ear swabs, 4 urine cultures, and 3 skin abscesses. The results of microscopic examination, biochemical tests and API staph strip results Confirmed that 44 of this isolates were belong to the genus Staphylococcus aureus distributed in 19 isolates from nasal swabs, 10 isolates from inflammated wounds swabs, 5 isolates from both ear swabs and sputum culture, and 3 isolates from urine culture and finally 2 isolates from skin abscesses culture. Antibiotic sensitivity test showed that 90.90% of isolates were Methicillin Resistant S. aureus (MRSA), while only 6.81% of these isolates were Methicillin Sensitive S. aureus (MSSA). At the same time, the isolates showed different types of resistance towards 11 different kinds of antibiotics ,where as 100% of the isolates were resistant to PenicillinG, 65.90% of isolates were resistant to Amoxicillin, and 54.54% of isolates were resistant to Co amoxiclave, in contrast the isolates revealed different low levels of resistance against Erythromycin 34.09%, Tetracycline 31.81%, Cephalexin 25%, Gentamycin 20.45%, and 13.63% for both Ciprofloxacin and Refampine, vancomycin and clindamycin 2.27% and 0.0% respectively. The virulence factors were detected for 44 isolates, results showed the ability of both multidrug resistant (MRSA) isolates and multidrug sensitive (MSSA) isolates to produce most extracellular enzymes except for Urease enzyme, the MRSA isolates were Urease producers , while the MSSA isolates unable to produce this enzyme. MSSA isolate(S7) and MRSA isolate(S33) were chosen to detect the ability of them to produce toxic shock toxin (TSS - 1) and Exfoliative toxin (scalded skin toxin), results of these tests showed incapability of both (MRSA& MSSA) isolates to produces any of these toxins. To determine the pathoginicity of the (S33) MRSA isolate, LD50 value was detected by using BALB/c mice known in Weight and age, the LD50 value was 3.9  106. The LD50 for MSSA (S7) isolate was not detected because this isolate doesn't show any lethal activity even in (1011) concentration. To compare between the pathoginicity of (S33) MRSA& (S7) MSSA isolates, histopathological studies were performed by injecting the BALB/c mice with 106 CFU/ml for (S33) MRSA isolate and 108 for (S7) MSSA isolate concentrations of bacterial cells, four days post inoculation mice were killed. Histological sections were prepared. Results of histopathological studies showed an observable activity and virulently of multidrug resistant isolate (S33) over than the activity and virulently of multidrug sensitive isolate (S7).especially in kidney, liver and spleen, while the results were adjacent for lungs, in contrast stomach and heart appeared no effect for both (S7) MSSA& (S33) MRSA isolates. The values of MIC were determined to three of antibiotics used in this study which were Vancomycin, Ciprofloxacin and Clindamycin, this test performed on (S7) MSSA& (S33) MRSA isolates. The results showed that the values of these three antibiotics were 1, 2, 0.250mg/ml for (S7) MSSA and 8, 4, 1 mg/ml for (S33) MRSA respectively. This study also included testing the activity of the crude juice of garlic, crude extract of pomegranate and crude oil of Eucalyptus against both multidrug sensitive MSSA (S7) and multidrug resistant MRSA (S33) isolates, garlic crude extract showed highest levels of effect against both S7& S33 isolates in two methods : well diffusion and pouring plates methods. In well diffusion method 10% concentration of crude juice appeared the highest growth inhibition effect, while in pouring plates method the concentration 10000 p.p.m appeared bactericidal effect. Also pomegranate crude extract and Eucalyptus crude oil appeared visible and strong effect against both S7&S33 isolates in both well diffusion and pouring plate method. Combination between antibiotics and garlic crude juice was performed. The MIC values of the three antibiotics after combination showed observable decreases. After combination the MIC values of Vancomycin decreased from 1mg/ml for S7 (MSSA) isolate & 8 mg/ml for (S33) MRSA isolate to 0.250 mg/ml to both two isolates, while the MIC values for ciprofloxacin decreased from 2 mg/ml for (S7) MSSA isolate & 4 mg/ml for (S33) MRSA isolate to 0.125 mg/ml, for Clindamycin the values of MIC decreased from 1mg/ml for S33 (MRSA) isolate &0.250 mg/ml for S7 (MSSA) isolate to 0.125 mg/ml. these results means that the combination between garlic juice and antibiotics give synergistic effect against S. aureus especially the multiresistant isolate.

التاثيرات السمية الوراثية الخلوية للازورين المنقى جزئيا من بكتريا Pseudomonas aeruginosa في الخلايا السرطانية والطبيعية == Cytogenotoxic Effects of Partial purified Azurin from Pseudomonas aerugi

Author name: نهاد طه محمد جدوع

Supervisor name: هيفاء هادي حساني

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: هدفت الدراسة الى الكشف عن قابلية الازورين المستخلص من بكتريا Pseudomanas aeruginosa في تثبيط الخلايا السرطانية ومدى تاثيره في الخلايا الطبيعية ولذا تم جمع 66 عزلة من بكتريا P.aeruginosa من مجموع 145 عينة سريرية( ادرار، ومسحات من الجروح والحروق ، ومسحات من الاذن ، والقشع ، والبراز). وقد شخصت البكتريا بالاعتماد على الفحوصات المجهرية والزرعية والكيموحيوية ، وتم التاكد من التشخيص باستخدام عدة Api 20 E. استخلص الازورين من العزلة Ps21 المعزولة من الادرار ثم قيس تركيزه باستخدام الطريقة المطلقة Absolute method وكان 916.33 مايكروغرام / مل ، بعد ذلك نقي الازورين جزئيا بوساطة كروموتوغرافيا الترشيح الهلامي باستخدام هلام Sephadex G - 100 اذ امتدت قمة الازورين من الجزء رقم ( 24 - 33 ) ، وبلغ تركيزه بعد التنقية 550 مايكروغرام / مل. درس التاثير الوراثي الخلوي لمستخلص الازورين المنقى جزئيا في الخلايا اللمفاوية للانسان بدلالة معامل التحول الارومي BI والانقسام الخيطي MI وفحصت كروموسومات الخلايا المعامله به ، ولوحظ ان المستخلص بتراكيزه العالية سبب انخفاضا معنويا بقيمة BI وMI بينما التراكيز الواطئة لم تحدث فروق معنوية احصائيا عند المقارنة مع معاملة السيطرة ، كما انه لم يحدث اي تغير في تركيب وعدد الكروموسومات للخلايا اللمفاوية المعامله به. كما درس التاثير التثبيطي للمستخلص المنقى جزئيا في بعض الخطوط الخلوية السرطانية مثل خط خلايا سرطان الحنجرة البشريHep - 2 وخط خلايا سرطان الغدة اللبنية الفاري AMN - 3 فقد اظهر المستخلص فعالية تثبيطية عالية عند التراكيز العالية (125 ، 250 ) مايكروغرام / مل حسب هذه الدراسة ولاوقات التعريض جميعا ، في حين قل التاثير التثبيطي تدريجيا مع انخفاض التركيز المستعمل ، فقد اسهمت التراكيز الواطئة في تحفيز الخلايا على التضاعف والانقسام في هذين الخطين الخلوين وبنسب مختلفة قياسا بالسيطرة (100 % ) ، فخلايا ال Hep - 2 زادت حيويتها خلال مدة ال 24 ساعة الاولى من التعريض فقط في حين ان خلايا الAMN - 3 تمكنت من النمو والتكاثر في اوقات التعريض جميعها ( 24 ، 48 ، 72 ) ساعة. كما ونجح المستخلص في تجزئة دنا الخلايا السرطانية المستخدمة في هذه الدراسة اذ لوحظ ارتفاع معنوي في نسبة التجزئة وتناسب هذا الارتفاع طرديا مع زيادة التركيز ولكلا الخطين. | This study was amied to detection the ability of azurin, produced from Pseudomonas aeruginosa , as inihibtor of cancer cells and show the effect of azurin to the human lymphocyte. Therfore, out of 145 specimens collected from urin, burn andwound swabs, ear swab, sputum and stool. 66 isolates of P. aeruginosa were obtained. These isolates were identified according to microscopical, cultural, biochemical assays. In addition Api 20 E assay was used to confirm the diagnosis. Azurin was extacted from Ps21, isolate from urin, and concentration was measured by absolute method , it was 916.33µg/ml. Therfore, it was purified by using gel filtration,Sephadex G - 100. The peak was ranged from 24 to 33.The concentration. Azurin was performed 550µg/ml. The genetic effects of partial purified of azurin in human lymphocyte was studied by using several parameters such as Blastindex (BI), Mitotic index (MI) and Chromosomal aberration (CA). The high concentration of azurin, caused a significantreduction effect when compared with control. In addition, no chromosomal aberratios was seen. The inhibion effect of partial purified of azurin in some cancer cell lines (Hep - 2, AMN - 3) was studied. The extract at high Concentration ( 125 , 250 ) µg/ml. was exhibited apotent inhibiory for all exposure time against cancer cell lines. WhileThe inhibitory activity was gradually reduced with decreasing of Concentration;the low concentration was activated of cell to proliferation in both cell lines at different ratio in coparasion with the control ( 100 % ). The viability of Hep - 2 cells was increased only during the first 24 h from exposure while the AMN - 3 cell was able to grow and proliferate in all exposture time (24 , 48 , 72) hr. In addition the extract was succeeded to fragmentation DNA of cancer cell which used in these Studied, the azurin caused significant increas of fragmentation ratio, which increased with increase the concentration of azurin for both cell lines

دراسة مقارنة تلف نسجة لجلد الفئران الناتج عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus ودنا بكتريا Propionibacteriun acnes == A Comparative Study on Murine Skin Damage caused by Staphylococcus aureus DNA and Propionibacteriun acnes DNA

Author name: ميسم محمد رشيد الشيباني

Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: One hundred and twenty skin swabs specimens were collected from acne patients from Al - Kindey teaching hospital and medical city teachingcomplex during the period of October 26th 2009 to 18th of January 2010. Thirty eight (45.2%) specimens were identified as Staphylococcus aureus and twenty seven (32.1%) specimens were identified as Propionibacterium acnes according to the cultural, biochemical properties and API System. Obviously, indicated that S. aureus has significant higher isolation percentage in comparison to P. acnes were observed.From the results of antibiotic susceptibility test, various susceptibilities towards eight different antibiotics among isolates. Various susceptibilities to different antibiotics among isolates were observed. Most of S. aureus isolates were susceptible to methicillin and all isolates were susceptible to vancomycin. The highest resistant percentage was developed against penicillin. All P. acnes isolates were susceptible to all antibiotics used in this study.DNA was extracted and purified from the most sensitive isolates (P. acnes P7 & S. aureus S24) with A260/A280 ratio between 1.7 and 2.0 which is generally accepted as representative of a high - quality DNA sample. In order to confirm this purity both isolated bacterial DNA were submitted for electrophoresis and the result revealed a development of a single band seen by UV transillumination. Eight week old female white mice BALB/C each weight 20 to 25 g were used for histopathological study. Transcutaneous 10 mm in length wounds were performed on the shaved and sterilized backs of the mice, 2 - 3 drops of bacterial suspension(1.5×108 CFU/ml) and four concentrations (10, 20, 30 and 40 μg/ml) of isolated bacterial DNA were applied to the wound.Concerning histopathologic analysis we concluded that the effects of S. aureus whole cells were higher than the effects of P. acnes whole cells, while both isolated DNA were able to produce more severe inflammatory changes than the whole bacterial cells. Furthermore, increasing the DNA concentration caused an increase in the intensity of skin inflammation. Moreover, the effects of high GC ratio P. acnes DNA developed the highest inflammatory effect than the low GC ratio S. aureus DNA

انتاج انزيم chitinase من بكترياSerratia marcescens باستخدام حالة التخمرات السائلة والصلبة ودوره في المعالجة الحيوية

Author name: ميس عماد احمد محمود

Supervisor name: شذى سلمان حسن

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Enzymes

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: درست قابلية (15)عزلة من بكتيريا Serratia marcescenase على انتاج الكايتنيز, واظهرت نتائج الغربلة الكميه وشبه الكمية ان العزلةSerratia marcescenaseA1S هي الاغزر انتاجا للانزيم . زرعت البكتيريا في اوساط تخمر صلبة وسائلة مختلفة استعملت مواد نباتية مختلفة ( مضافا اليها الكايتين وبدونه ) لتحضير الاوساط الصلبة ، اما الاوساط السائلة فقد احتوت على الكايتين مع مواد نيتروجينية مختلفة . بينت النتائج الماخوذه من قياس فعالية الانزيم على اساس تقدير السكريات المختزلة والسكر ان استيل كلوكوز امين ان البكتيريا تنتج انزيمات الكايتينيز الداخلي chitobiosidase) ) الذي يحرر سلاسل من السكريات المختزلة والكايتنيز الخارجي chitobioase ) ) التي تحرر وحدات السكر الامينيN - acetyl D - glucosamine )) ، وكانت فعالية الكايتنيز الخارجي اعلى من الداخلي عموما ، وتبين ان الاوساط السائله تعطي انتاجية اعلى من اوساط التخمر الصلبة. نميت البكتيريا في الوسط السائل بظروف مختلفة ، ووجد ان الظروف الافضل لانتاج الانزيم هي اضافة البكتريا بعدد خلايا 104 × 2.2 خلية / مل الى الوسط الحاوي على الببتون بوصفه مصدرا للنتروجين 2 % من الكايتين الغروي وحضنها بدرجة 30 م عند الرقم الهيدروجيني ( 7 ) لمدة 4 ايام في الحاضنة الهزازة بسرعة 150 دورة / دقيقة ،وبلغت الانتاجية 9.5 وحدة/ملغم بروتين. رسب الكايتنيز في وسط الانتاج بعد تنمية العزلةmarcescenas A1S Serratia باضافة كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 75% ، وكانت الفعالية النوعية 9وحدة/ ملغم بروتين , وقد حققت هذه الخطوه تنقية جزئيه للانزيم وكان عدد مرات التنقيه5.6 بحصيله انزيميه مقدارها%80 . درست بعض العوامل المؤثره في فعالية وثبات الانزيم ، ولوحظ ان الرقم الهيدروجيني 7 هو الافضل للفعالية ، وتراوحت الارقام المفضلة لثباته بين 6 - 9 , وكانت اقصى فعالية للانزيم عند درجة 30 م . احتفظ الانزيم بنسبة 65 - 100 % عند حضنه بدرجات حرارة تراوح من 30 - 60 م لمدة 30 دقيقة ، وبقى محتفظا بـ 57 % من فعالية عند درجة 80 م. درس تاثيربعض المواد والمثبطات في فعالية الكايتنيز ولوحظ عدم تاثر الانزيم بـ EDTA وازايد الصوديوم والـPMSF بتركيز5 و10 ملي مولار . درس تاثير بعض الايونات الفلزية في فعالية الكايتنيز ولوحظت زيادة فعالية الانزيم عند حضنه مع ايونات الصوديوم Na+2 اذ وصلت الى 150 % . لم يتاثر الانزيم بايونات Mn +2 ، وFe+2 ،و Ca +2 ،و 2+ K وثبطت فعالية الانزيم عند معاملته بايونات Cu +² Zn +2, , Hg+2 بتركيز 5 ملي مولار اذ انخفضت الفعالية الى 31 , 50 , 55 % على التوالي وانخفضت الفعالية الى 25 ، 43 ، 50 % بتركيز 10 ملي مولار على التوالي عند المعاملة بهذه الايونات . قيست الفعالية المضادة للانزيم اتجاه انواع مختلفة من الكائنات الحية ، وبينت النتائج ان للانزيم فعالية مثبطة واضحة ضد خميرة الـ Candida albicans , حيث ظهرت مناطق عدم نمو واضحه للخميرة المعاملة بالانزيم ، وعند معاملةالقواقع البحرية Achatina fulica بالكايتنيز ظهرت تغيرات مظهرية عليها اذ لوحظ تنخر في اصدافها وفقدان فعاليتها. بينت النتائج ان تعريض يرقات حشرة خنفساء الطحين المتشابه Tribolium confusum للكايتنيز له تاثير قاتل للحشرة حيث فقدت حيويتها ، وظهر تحلل كامل في طبقة الكايتين التي تغلف سطح جسم اليرقة. يتضح من هذه النتائج ان الكايتنيز المنتج منmarcescenis A1S Serratia له فعالية مضادة لانواع مختلفة من الكائنات ، ويمكن استعماله بديلا للمواد الكميائية في القضاء على مثل هذه الاحياء | Fifteen Serratia isolatesd were obtained from different sources the ability of chitinase production from thes isolates was studied .Semi quantative and quantative screening appeared that Serratia marcescensA1S was the highest chitinase producer . The bacteria was cultured in different liquid and solid state fermentation media(SSF) , different plant sbstanaes were used for (SSF) with or without chitin , while liquid media containet chitin with different nitrogen source By measurements of reducing sugars and N - acetylD - glucosamine it was show this Serratia marcescensA1S produces endochitinase & exochitinase . the activity of exochitinase was higer than that of endochitinase the liquid media gaive higer chitinase production than the (SSF) Serratia marcescensA1S was grow in liquid media under tdifferent condiations and chitinase production was different favorable condtion for chitinase production were inoculation with 2.2 ×104 cell/ ml of bacteria in media containing 2 % chitin with peptone as nitrogen source , at pH 7, and incubated at 30 Cº in shakeing incubater with 150 rpm for 4 days Chitinase production reachet 9.7 unit/mg protein in these condation , Chitinase was precipitated from production media by 75 % saturation of ammonium sulphat with 9 unit/mg protein specific activity , the enzyme obtained from this step was partially purifed with 5.6 fold of purifaction and 80 % recovery . The effect of some facter on enzyme activity and stability were studied ,the optimum PH enzyme activity was 7and the favorites pH for enzyme stability ranged between 6 - 9 , the maximum activity was at 30 Cº, 100 - 65 % of enzyme activity mentained at 30 - 60 C º for 30 min and 57% at 80 Cº. EDTA ,Sodium azide and phenylmethane sulfonyl fluoride (PMSF) have no effect on chitinase activity with 5,10mM . The enzyme was treated with different metal ions , Na+2 increase enzyme activity , since it reached to150 % Mn2+ ,Fe +² ,Ca+2 , K+2, have no effect , while Cu2+, Zn+2, and Hg+2 at 5 Mm decreaced enzyme activity to 31 , 50 , 55 % respectivily and to 25 ، 43 ، 50% when it was treated with 10mM of these ions respectivily . The antibiotic activity of the chitinase against different organisms was determined , the enzyme inhibited Candida albicans growth, aclear zon appeared in the medium cultured with the yeast (treated with enzyme). Many chang appeared on sea snail Achatina fulica treated with enzyme, there was many pores on the shells , and the animal lost its viability . Flour beetle Tribolium confusum died when it was sprayed with chitinase, the chitin layer covered the Insecte body degredated after the treatment . From the above results it can be concluded that chitinase produced from Serratia marcescensA1S has antibiotic activity for different organismes , and it can be used as biocidal compound instead of chemical compounds for destroying or killing the harmful organisms

التحري الجزيئي عن جين الضراوة rmp لبكتيريا Neisseria gonorrhoeae المعزولة محليا من المرضى البالغين == Molecular Detection of Virulance rmp Gene in Neisseria gonorrhoeae Isolated from Adult patients

Author name: مهـند كـريم عنيد الساعدي

Supervisor name: نورية عبد الحسين علي

General topic: Biology

Specific topic: Biotechnologies

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

دراسة تاثير بعض العوامل البيئية والمطهرات على التصاق بكتريا Proteus vulgaris على بعض الاسطح صلبة == Study The Effect of Certain Ecological Factors and Disinfectants on Proteus vulgaris Adherence to Certain Solid Surfaces

Author name: منال سلمان محمد كسار

Supervisor name: رشيد محجوب مصلح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 430عينة سريرية ونماذج بيئية للفترة من تشرين الاول 2009 لغاية اذار 2010 من عدد من مستشفيات بغداد بواسطة مسحات قطنية معقمة ومغلقة. جمعت 220 عينة سريرية شملت الادرار ومسحات الجروح ومسحات للاذن وخراج الكبد ; وجمعت 210 نموذج من بيئة المستشفيات شملت والارضيات والجدران واسرة المرضى ووحدات العناية المركزة وغرف الاطفال الخدج والهواء عن طريق فتح الاطباق المحتوية وسط اكار المكونكي لمدة دقيقة واحدة . تبعا للصفات المظهرية والاختبارات الكيموحيوية تم الحصول على 32 عزلة شخصت لجنس Proteus التي تم غربلتها وحددت العزلة الاكفا انتاجا للطبقة اللزجة) (slime layer ودراسة تاثير قيم مختلفة من الحرارة والاس الهيدروجيني على نمو هذه البكتريا ودراسة عملية التصاق هذه البكتريا على الاسطح الصلبة وتاثير الحرارة والمطهرات على عملية الالتصاق وعمل دمج بين المطهرات الكيمائية وتاثيرها على الالتصاق . ونتائج هذه الدراسة يمكن ان تلخص بما يلي : - 1.اظهرت النتائج اعتمادا" على الاختبارات الكيمو حيوية و20E system - APIان نسية عزل بكتريا Proteus spp. كانت11,3% للعزلات السريرية بواقع 25 عزلة من مجموع 220 عينة سريرية واكثر عدد عزلات كان من الادرار)13عزلة ) بينما كانت نسبة العزلات البيئية 3, 3 % فقط بواقع 7 عزلات من مجموع 210 نموذج بيئي اخذ من مواقع مختلفة من بيئة المستشفيات واكثر عدد عزلات من وحدة العناية المركزة(3 عزلات). النوعين P. mirabilis وP. Vulgaris هما النوعان السائدان وp. mirabilis ذات نسبة عزل اكثر في العينات السريرية والنماذج البيئية حيث تشكل 87% بينما P. vulgaris فقط 13% من عزلات Proteus .. 2اختبرت كل العزلات عن قابليتها على انتاج الطبقة اللزجة (Slime layer) بطريقة احمر الكونكو(Congo red agar method) وطريقة كريستينس (Christensen method) واظهرت النتائج بان جميع العزلات التابعة للنوع Proteus vulgaris كانت منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين في حين كانت جميع العزلات التابعة للنوع P. mirabilis غير منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين . 3. العزلة الاكفا في انتاجها للطبقة اللزجة والاجدر في اختيارها لاجراء باقي تجارب الدراسة من بين عزلات بكتريا P. vulgaris هي العزلة (U3) المعزولة من عينة الادرار .4. درجة حرارة المثلى لنمو بكتريا P. vulgaris (U3) كانت 37° ﻢ في حين ان الاس الهيدروجيني الامثل كان7 .5.عن طريق اجراء اختبار الفة البكتريا للزايلين تم قياس قيمة صفة الاسطح الكاره للماء لعزلات P. vulgaris وقد تراوحت القيم 42 - 50 % الذي يعنني امتلاك جميع العزلات سطوح كارهة للماء.6.عن طريق اجراء دراسة مقارنة عن قابلية بكتريا P. vulgaris (U3) في الالتصاق على ثلاثة سطوح صلبة (stainless steel, polyurethane and glass surface )المستخدمة في تصنيع العدد الطبية والجراحية فقد اظهرت نتائج الدراسة ان سطح الفولاذ المقاوم للصدا (stainless steel ) كان اكثر السطوح جذبا للبكتريا يليه سطح البولي يوريثين بينما كانت السطوح الزجاجية الاقل جذبا للبكتريا عند درجة حرارة 37° ﻢ. 7. لوحظ زيادة في قابلية البكتريا في الالتصاق على السطوح الصلبة عند درجة حرارة 4 ° ﻢ وعند 40° ﻢ مقارنة مع التصاق هذه البكتريا على نفس السطوح عند درجة حرارة 37° ﻢ.8.كانت قيم التراكيز المثبطة الدنيا للمطهرات (MIC) لبكتريا P. vulgaris (U3) كالاتي : 400 مايكروغرام ⁄مللترللمطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورات و1500 مايكروغرام ⁄مللتر للمطهر الكيميائي اليود و230 مايكرو غرام ⁄ مللتر للمطهر الكيميائي الديتول واخيرا السافلون الذي كانت قيمة التركيز المثبط الادنى له 90 مايكرو غرام ⁄ مللتر في حين اظهرت النتائج بان المطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورايت كان اكفا مطهر من بين المطهرات الاربع في قابليته في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة يليه اليود ثم الديتول واخيرا السافلون عند التركيز المثبط الادنى لهذه المطهرات 9. اظهرت نتائج خلط المطهرات بان جميع حالات الدمج بين المطهرات الكيميائية كانت اكفا في ازالة البكتريا لملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة مقارنة بالمطهر الكيميائي الديتول والسافلون عند استخدامهما بصورة منفردة باعتبار ان هذين المطهرين الاقل كفاءة في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الصلبةوكفا حالات خلط المطهرات فكان .½ MIC of povidone - iodine +½MIC of savlon. : | From October 2009 to March 2010 ,430 specimens and samples were collected from different Baghdad s' hospitals using aseptic capped cotton swabs submerged in sterile nutrient broth. The clinical specimens were two hundred twenty included urine ,ear swabs ,wound swabs ,vaginal swabs and liver abscess, while ,the samples were two hundred ten collected from hospitals' environment included tables ,beds ,floors, walls ,infantsʹrooms and air by open the dish that contain MaCconkey agar for one min .According to morphological characteristics and biochemical tests 32 of Proteus isolates were obtained. All isolates were tested for slime layer producing . The more efficient isolate to produce slime layer was chosen to study effect of different values of temperature and pH on the growth of Proteus ,the ability of Proteus to adhere to three solid surfaces ( stainless steel , polyurethane and glass surface ) and study the effect of different values of temperature and four chemical disinfectants(separate and in combination) on adherence process. The results of this study could be summarized as follows : 1.Depending on the biochemical tests and API 20 E system results, Proteus spp. represent 11.3% of microorganisms isolated from clinical specimens and only 3.3% of microorganisms isolated from environmental samples. Proteus mirabilis and Proteus vulgaris were the dominant Proteus species, P. mirabilis was the highest Proteus spp. isolation percentage among the clinical specimens and hospitals' environment samples which was 87 %; while P. vulgaris was only 13% of Proteus spp.The urine gave the highest isolation number among clinical specimens( 13 Proteus isolates) , whereas intensive care unit (ICU) gave the highest isolation number among hospitals' environment samples(3 Proteus isolates). 2. All the Proteus isolates were tested for production of slime layer by Congo red agar and Christensen method. The results showed that all of P. vulgaris isolates gave positive results for two methods whereas all of P. mirabilis isolates showed negative result for two methods.3. P. vulgaris (U3) was the most slime layer producing among P. vulgaris isolates so it was selected for further experiments.4.The effect of different temperature values and pH values on P. vulgaris (U3) showed that optimum growth temperature was 37°C and the optimum pH for growth was 7.5. By using affinity of bacteria to xylene test ,the P. vugaris isolates were tested for measuring hydrophobicity cell surface .The results showed that the values of hydrophobicity test ranged 42 - 50% which meant that all isolates of P. vulgaris had hydrophobic cell surface.6. Comparing study of the ability of P. vulgaris(U3) to adhere on three solid surface materials used for manufacturing of medical ,surgery and health care devices,it was stated in this study that the stainless steel was the most attractive surface to the bacteria followed by polyurethane while the least ability to attract the bacteria was glass surface at 37°C.7. P. vulgaris(U3) adherence on solid surface was observed at the low temperature 4°C and high temperature 40°C better than at 37°C.8. The MIC values of chemical disinfectants for P. vulgaris were as follows bleach was 400µg/ml, iodine solution 1500µg/ml , dettol 230µg/ml and savlon was90µg/ml. and the bleach at MIC concentration was the most efficient disinfectants than other disinfectants in its ability to remove the adherent bacteria on three solid surfaces followed by iodine solution ,dettol then savlon.9 .The results of disinfectants combination showed that all the combinations were more efficient in removing of adherent bacterial cells than dettol and savlon when they were used alone and the combination between ½MICof iodine solution + ½MICof savlon was the most efficienty to remove adherent bacteria on solid surface than other combinations.

انتاج انزيم الاميليز من بكتريا Bacillus licheniformis Bs7 وتقييد الخلايا المنتجة له بالاقتناص والامتزاز == Production of amylase from Bacillus licheniformis Bs7and immobilization of the producing cells by entrapment and adsorption

Author name: مريم باسم انيس

Supervisor name: سناء برهان الدين

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 50 عزلة عائدة لجنس Bacillus من مصادر بيئية مختلفة شملت التربة ,الماء والغذاء. اختبرت قدرة هذه العزلات على انتاج انزيم الاميليز, وبينت نتائج الغربلة على ان العزلة Bacillus Bs7 المعزولة من التربة هي الاغرز انتاجا والتي شخصت على انها احدى سلالاتBacillus licheniformis.درست الظروف المؤثرة في انتاج الاميليز, ولوحظ ان اعلى انتاجية تكون عند زرع البكتريا في وسط S.Y.P. الحاوي على 1%نشا,0.2% مستخلص الخميرة, 0.5% ببتون, 0.4% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.015% كلوريد الكاليسيوم, برقم هيدروجيني 7 وحضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 150 دورة/دقيقة.رسب انزيم الاميليز بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 70% وكانت الففعالية نوعية 540 وحدة/ملغم بروتين بعدد مرات تنقية 1.2وبحصيلة انزيمية مقدارها48%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 وانزيم الاميليز المنقى جزئيا بتقنية الاقتناص (Entrapment) داخل الجينات الكاليسيوم والاكار وعديد الاكريلامايد وتبين ان الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم احتفظت ب110% من الفعالية الانزيمية بعد مرور 5 دقائق من زمن التفاعل يليها الاكار ثم عديد الاكريلامايد بفعالية متبقية 75%و 61% على التوالي مقارنة مع الخلايا الحرة التي امتلكت فعالية انزيمية 94% بعد مرور5 دقائق من زمن التفاعل كما احتفظت الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم ب 50% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 60 دقيقة من زمن التفاعل في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 37% من فعاليتها بنفس الوقت. اما الانزيم المقيد داخل الجينات الكاليسيوم فقد احتفظ ب 85% من فعاليته الانزيمية بعد مرور 5 دقائق يليه الاكار 70% ثم عديد الاكريلامايد 50% مقارنة مع الانزيم الحر حيث احتفظ بفعالية انزيمية قدرها 79%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 بطريقة الامتزاز (Adsorption) على السطوح الصلبة لمواد مختلفة شملت الفحم والقطن والنايلون ونشارة الخشب وعديد استارين والسيفاديكس G - 150, ثنائي اثيل امينو اثيل Sephadex - DEAE.احتفظت الخلايا المقيدة بنشارة الخشب باعلى فعالية انزيمية بلغت 128% عند حضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 5 دقائق و79% عند حضنها لمدة 30 دقيقة بالمقارنة مع الخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 87% و40% على التوالي في الظروف نفسها.وجد ان درجة الحرارة 50م هي الدرجة الحرارية التي تظهر اعلى فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب حيث احتفظت ب 125% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 5 دقائق مقارنة بالخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 88% بعد مرور 5 دقائق.وعند تعرض الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لدرجات حرارية مختلفة تراوحت بين 40 - 70 م لوحظ ان الخلايا المقيدة احتفظت ب 123% من فعاليتها بدرجة 60 م و97% بدرجة 70م في حين كانت هذه النسبة للخلايا الحرة 94% و70% على التوالي.وكان افضل رقم هيدروجيني للمحافظة على فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب هو 7 حيث بقت الخلايا المقيدة محتفظة ب 129% من فعاليتها في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 90%.جرى استخدام الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لثمان دورات. حيث لوحظ امكانية اعادة استخدام الخلايا المقيدة للدورات الثلاثة الاولى بفعالية متبقية مقدارها 95% و49% للدورات الثلاثة الاخرى وانخفضت الفعالية الى 30% في الدورة الثامنة.اختبرت قابلية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب على ازالة البقع من الالبسة حيث لوحظ ان استخدام الخلايا المقيدة مع المنظفات افضل في ازالة البقع عن الالبسة من المنظفات لوحدها. | Fifty isolates belong to Bacillus spp. were isolated from different sources including soil, water and food. The ability of amylase production by these isolates was screened. Bacillus Bs7 which isolated from soil was the highest amylase producer; it was identified as a strain of Bacillus licheniformis. Optimal condition for α - amylase production were studied and the highest production of amylase was obtained when the bacteria were cultured in S.Y.P medium which contained 1% starch, 0.2% yeast extract, 0.5% peptone, 0.05% Mgso4 , 0.05% Nacl and 0.015% Cacl2 at pH 7 and incubated at 50˚C in shaking incubator at 150 rpm for 48hrs. Amylase was extracted by 70% ammonium sulphate precipitation and the specific activity was 849 u/mg protein. B. licheniformis Bs7 cells and partially purified amylase were immobilized by entrapment methods in calcium alginate, agar and polyacrylamide. The immobilized cells into calcium alginate retained 110% of enzyme activity after 5 minutes followed by agar and polyacrylamide with remaining activity 75% and 61%, respectively when compared with the free cells that have enzyme activity of 94% after the same time. Immobilized cells into calcium alginate retained 50% of enzyme activity after 60 min while free cells had remaining activityof 37% after the same time. Amylase that immobilized into calcium alginate retained 85% of enzyme activity after 5 min followed by agar and polyacrylamide that retained 70% and 50% of enzyme activity respectively, compared with the free enzyme with remaining activity of 79%. B. licheniformis Bs7 cells were immobilized by adsorption method on solid surfaces of different carriers including charcoal, cotton, nylon, sawdust, polystyrene, sephadex G - 150 and DEAE - sephadex. The immobilized cells on sawdust showed maximum enzyme activity of 128% when incubated at 50˚C for 5 min and 79% after 30 min incubation compared with free cells that showed 87% and 40% enzyme activity respectively at the same times. Optimum temperature for the activity of immobilized cells on sawdust was 50˚C which had 125% of enzyme activity after 5 min compared to free cells with remaining activity of 88% after the same time. Immobilized cells on sawdust when incubated at different temperatures ranged between 40 - 70˚C for 5 min, revealed that the immobilized cells had retained 123% of activity at 60˚C and 97% at 70˚C compared to the free cells which retained 94% and 70% at the two temperatures respectively. The optimum pH that kept the activity of immobilized cells on sawdust was 7 with remaining activity of 129% while free cells kept 90% of activity at this pH value. The immobilized cells on sawdust were repeatedly used for 8 cycles. The immobilized cells showed the maximum enzyme activity during the first three cycles with remaining activity of 95%, and 49% for the second three cycles; the remaining activity was reduced to 30% in eighth cycle. The ability of immobilized cells on sawdust to remove the stains from clothes was tested. The results showed that the ability of immobilized cells with detergents for removing stains was better than detergent alone.

تكون الغشاء الحيوي بوساطة Klebsiella pneumoniae الملوثة للمثبتات الخارجية ومقاومته لمضادات الحياة == Biofilm Formation by The External Fixators Contaminating Klebsiella pneumoniae and Its Antibiotic Resistance

Author name: مروى حميد مطشر الخفاجي

Supervisor name: مي طالب فليح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: شخصت 98 عزلة بكتيرية منماة بظروف هوائية من مجموع 100 عينة سريرية ماخوذه من الاخماج المصاحبة للمثبتات الخارجية المستعملة في جراحة العظام والكسور. شكلت البكتريا السالبة لملون غرام اعلى نسبة 51% (50 عزلة) من المجموع الكلي للعزلات، في حين شكلت البكتريا الموجبة لملون غرام 49% (48 عزلة) منها ، وكانت بكتريا Klebsiella pneumoniae هي المسبب الاكثر شيوعا لهذه الاخماج اذ عزلت بنسبة 74% (37 عزلة) من المجموع الكلي للعزلات السالبة لملون غرام . اجري اختبار حساسية عزلات K. pneumoniae لمضادات الحياة ، وتبين ان العزلات جميعها كانت حساسة لمضاد Amikacin (100%) ، ومقاومة للمضادات : Ampicillin ، وCefalexine ، وCefalothin ، وCefotaxime ، وCiprofloxacin ، وRifampin بنسبة 100% ، وقد كانت نسبة مقاومتها لمضادات Ceftazidime ، وStreptomycin ، وTobramycin ، وGentamycin ، وNeomycin ، وNitrofurantoin ، وNorfloxacin ، وTetracycline ، وNalidixic acid 94.5% و86.5% و86.5% و67.5% و59.5% و37.8% و35.1% و32.5% و24.3% وعلى التوالي . تم تحديد التراكيز المثبطة الدنيا لعزلات بكتريا K. pneumoniae لمضادات الحياة Cefotaxime ، وCeftazidime ، وNalidixic acid ، وAmikacin فبلغت 1024 مايكروغرام/مليليتر، و128 مايكروغرام/مليليتر، و64 مايكروغرام/مليليتر، و16 مايكروغرام/مليليتر على التوالي للعزلة K13 ، و1024 مايكروغرام/مليليتر، و64 مايكروغرام/مليليتر، و16 مايكروغرام/مليليتر، و4 مايكروغرام/مليليتر على التوالي للعزلة K51 . كما تم تحديد التراكيز القاتلة الدنيا لهذه المضادات وتراوحت مابين اكثر من 1024 مايكروغرام/مليليتر، و1024 مايكروغرام/مليليتر، و128 مايكروغرام/مليليتر، و32 مايكروغرام/مليليتر، على التوالي للعزلة K13 ، واكثر من 1024 مايكروغرام/مليليتر، و256 مايكروغرام/مليليتر، و32 مايكروغرام/مليليتر، و8 مايكروغرام/مليليتر على التوالي للعزلة K51. تم التحري عن قابلية عزلات K. pneumoniae على انتاج الطبقة اللزجة ، واظهرت نتائج طريقة الفحص بالانابيب ان 83.8% (31عزلة) كانت منتجة للطبقة اللزجة ، في حين اظهرت طريقة احمر الكونغو ان 97.3% (36عزلة) كانت منتجة للطبقة اللزجة . تم التحري عن فوعة عزلات K. pneumoniae المعزولة من الاخماج المصاحبة للمثبتات الخارجية وذلك باختبار قابليتها لربط البنفسج البلوري وكانت العزلات جميعها فائعة (Virulent) . اختبرت قدرة عزلات K. pneumoniae على انتاج الغشاء الحيوي باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة فاظهرت النتائج ان العزلات جميعها كانت منتجة للغشاء الحيوي لكن بدرجات سمك متفاوتة ، وتراوحت قيم الامتصاصية مابين (0.111 - 2.899)، وكانت العزلة K13 هي العزلة الاكثر فعالية في انتاج الغشاء الحيوي حيث سجلت اعلى قيمة امتصاصية 2.899 . اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا من مضادات الحياة Cefotaxime ، وCeftazidime ، وNalidixic acid ، وAmikacin في الاغشية الحيوية المتكونة بفعل العزلتين K13وK51 في اطباق المعايرة الدقيقة باعمار مختلفة 24 ساعة و48 ساعة ، واظهرت النتائج ان هذه التراكيز ثبطت التصاق البكتريا على سطح البولي ستيرين مما ادى الى انفصال الغشاء الحيوي ، كما تبين ان الاغشية الحيوية الاقدم اكثر مقاومة للعوامل ضد الميكروبية . تم تحديد التراكيز المثبطة الدنيا للغشاء الحيوي واظهرت النتائج انها اكبر بثلاث او اربع مرات من التراكيز المثبطة الدنيا لعزلات K. pneumoniae العالقة في الوسط الزرعي | Out of 100 clinical samples taken from infected external fixation devices used in orthopedic surgery 98 bacterial isolates grown in aerobic conditions had been diagnosed. The higher ratio 51% (50 isolates) of the total number of the isolates occupied by gram negative bacteria while gram positive bacteria represented the rest 49% (48 isolate) , Klebsiella pneumoniae was the most common aetiological agent of these infections which accounted 74% (37 isolates) of the total number of gram negative bacterial isolates. The sensitivity test against different antibiotics was done. It was found that all K. pneumoniae isolates (100%) were sensitive to Amikacin and resistant to Ampicillin, Cefalexine, Cefalothin, Cefotaxime, Ciprofloxacin, and Rifampin . While their resistance percetage to the antibiotics Ceftazidime, Streptomycin, Tobramycin, Gentamycin, Neomycin, Nitrofurantoin, Norfloxacin, Tetracycline, and Nalidixic acid were 94.5% , 86.5% , 86.5% , 67.5% , 59.5% , 37.8% , 35.1% , 32.5% , 24.3% respectively. Minimum inhibitory concentrations to K. pneumoniae isolates had been determined for the antibiotics Cefotaxime, Ceftazidime, Nalidixic acid, and Amikacin , they were 1024 Mcg/ml , 128 Mcg/ml , 64 Mcg/ml , and 16 Mcg/ml respectively for the isolate K13 , and they were 1024 Mcg/ml , 64 Mcg/ml, 16 Mcg/ml, and 4 Mcg/ml respectively for the isolate K51. Minimum bactericidal concentrations for the same antibiotics had been estimated and they were higher than 1024 Mcg/ml, 1024 Mcg/ml, 128 Mcg/ml, and 32 Mcg/ml respectively for K13 isolate, and higher than 1024 Mcg/ml, 256 Mcg/ml, 32 Mcg/ml, and 8 Mcg/ml respectively for the isolate K51. The ability of K.pneumoniae isolates to produce slime layer was detected , the results revealed that 83.3% (31 isolates) were slime layer producers by tube method, while 97.3% (36 isolates) were slime producers by congo red method. The virulence of K.pneumoniae isolates isolated from external fixators infections had been detected via detection the crystal violet binding ability of these isolates, all the isolates were virulent. The ability of K.pneumoniae isolates to produce the biofilm had been tested by using microtiter plates , results revealed that all the isolates were biofilm producers with different thickness degrees, absorbance values rendered between (0.111 - 2.899) , K13 was the best biofilm producer isolate, it,s absorbance value was 2.899 . The effect of subinhibitory concentrations of the antibiotics Cefotaxime, Ceftazidime, Nalidixic acid, and Amikacin , on biofilms formed by K13 and K51 isolates in microtiterplates in different ages , 24 hr and 48 hr had been tested , results revealed that these concentrations inhibited bacterial adhesion on polysteren surface and consequently causes biofilm detachment , also it was demonstrated that aged biofilms are more resistant to antimicrobial agents . Minimum inhibitory concentrations for the biofilm had been estimated, and the results revealed that these concentrations were three to four times higher than minimum inhibitory concentrations for the planktonic K.pneumoniae isolates.

دراسـة الاستجابة المناعيـة للاشخاص بعد تلقيحهم بلقاح الحصبـة الالمانية == Immune - status of Individuals after Immunization with Rubella vaccine

Author name: ليلى فؤاد علي

Supervisor name: غنيمة صادق محمد

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: بدا برنامج التلقيح الموسعExpanded programme on immunization(EPI) في العراق عام 1985وبتوجيه من منظمة الصحة العالمية وبضمنه لقاح الحصبة الالمانية في برنامج التلقيح الاعتيادي للاطفال وبعمر 15شهر بهدف القضاء على مرض متلازمة الحصبة الالمانية الولادية نظرا لما يسببه هذا المرض من اضرار كبيرة في الجنين حيث قد يولد الطفل المصاب مشوه وقد تؤدي الاصابة بحياته الى الموت (Laura & Susan,2002). شملت الدراسة (116) عينة دم ماخوذة من اشخاص اصحاء ،كان منها 30 عينة دم لاطفال اصحاء بعد اسبوعين من تلقيحهم بلقاح الحصبة الالمانية حسب الجدول التلقيحي المتبع في القطر وقد تراوحت اعمارهم مابين (18 - 20) شـهر ، و20 عينة دم لاناث تراوحت اعمارهن مابين(12 - 15) سنة بعد اسبوعين من تلقيحهن بلقاح الحصبة الالمانية . اما مجموعة السيطرة فتضمنت 12 عينات دم لاطفال و10 عينات لاناث بعمر (12 - 15) سنة لم يتلقوا لقاح الحصبة الالمانية . هذه العينات اجريت لها الاختبارات المناعية لتقييم الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية للقاح الحصبة الالمانية.كما تضمنت الدراسة 44 عينة دم لاشخاص ملقحين منها 22 عينة كانت نتائج فحص تثبيط التلازن الدموي لها موجبة و22 عينة كانت نتائج فحص تثبيط التلازن الدموي لها سالبة ، تم اختبار هاتين المجموعتين باختبار الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم (ELISA) لمعرفة العلاقة بين الفحصين والحساسية والنوعية لفحص (ELISA)نسبة الى فحص تثبيط التلازن الدموي . في هذه الدراسة تم قياس الاستجابة المناعية الخلطية وذلك بقياس تركيز الاضداد النوعية للحصبة الالمانية ، بالاضافة الى تقدير التركيز الكلي للكلوبيولينات المناعية صنفA وM وG.كما تضمنت الدراسة قياس الاستجابـة لمناعية الخلوية وذلك بقياس قابلية الخلايا البلعمية على البلعمة ،وقياس قابلية الخلايا اللمفاوية التي تم تحفيزها بالملزن النباتي (PHA) على التحول والانقسام . من خلال هذه الدراسة تم الحصول على النتائج التالية : - 1 - اظهرت مصول الاطفال نسبة 96.7 % ،واظهرت مصول الاناث نسبة 95 % تراكيز فعالة من الاجسام المضادة النوعية للحصبة الالمانية اعلى من 11وحدة عالمية \مليلتر باختبار الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم ELISA بعد عملية التلقيح .2 - اظهرت مجموعتي الاطفال والاناث الملقحين انخفاض في اجمالي الكلوبيولين المناعي صنف GوAوبفروق معنوية (p<0.05) ( p>0.05 ) مع ارتفاع في الكلوبيولين المناعي صنف Mوبفروق معنوية عالية(p<0.01) مقارنة بمجموعتي السيطرة .3 - وجد من خلال فحص النسبة المئوية لعملية البلعمة ان كل من الاطفال والاناث الملقحين اظهروا ارتفاعا في النشاط الالتهامي للخلايا البلعمية وبفروق معنوية (p<0.05) مقارنة بمجموعتي السيطرة .4 - اظهرت نتائج فحص التحول والانقسام اللمفاوي ان هناك انخفاض غير معنوي ( p>0.05 )في مجموعتي الاطفال والاناث الملقحين مقابلة بمجموعتي السيطرة . 5 - لا توجد فروق معنوية في الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية بين مجموعة الاطفال الملقحين ومجموعة الاناث الملقحات ( p>0.05 ) .6 - وجد ان فحص الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم هو اكثر حساسية من فحص تثبيط التلازن الدموي في قياس تركيز الاجسام المضادة النوعية للحصبة الالمانية ،وعليه فهو الافضل في تقييم الاستجابة المناعية للقاح الحصبة الالمانية .7 - وجد ان هناك علاقة ايجابية قوية بين فحصي الادمصاص المناعي المرتبط بالانظيم وتثبيط التلازن الدموي في قياس تركيز الاجسام المضادة النوعية للحصبة الالمانية حيث كانت قيمة ( r = 0.585 ) . | The Expanded Programme on Immunization (EPI) began in Iraq in 1985, including Rubella vaccine. MMR vaccine is represent one of combined vaccines of rubella ,measles and mumps that given for children at age of 12 - 15 months. Vaccination with rubella vaccine is the best way to eradicate Congenital Rubella Syndrome which have severe complications for women in their first trimester of pregnancy These complications include severe birth defects or death of the fetus. In this study, (116) blood samples were taken from healthy individuals after 2 - 4 weeks after vaccination with rubella vaccine .(30) from children of age (12 - 18) and (20) from females at age of (12 - 15) years old . Control group included (12) healthy children and (10) healthy females ,both did not have rubella vaccine through their life .These samples were tested to evaluate the immune - states of individuals after immunization . the study include (44) blood samples tested by HItest and ELISA test . In this study specific haemagglutination antibodies & IgM antibodies were measured ,total Immunoglobulines IgM ,IgG ,IgA also determined .Lymphocyte transformation and ability of phagocyte cell to phagocytosis were measured. The following results were obtained in this study : 1. The percentage of children whom observed levels of specific antibodies ≥ 11AU/ml was 96.7% and 95% by ELISA test for children and females groups respectively after vaccination .2. The decreasing total of IgG and IgA with the increasing of IgM in both groups of children and females with significant differences (p>0.05) (p>0.05) (p<0.01) receptively comparison with control group.3. The increasing percentage of phagocytic cell to phagocytosis in both groups of children and females in significant differences (p<0.05) comparison with control group .4. The decreasing percentage of lymphocyte transformation in both children and females groups in non significant differences (p>0.05) comparison with control group .5. The non significant differences in humoral and cellular immune Response between child and female groups .6. The higher sensitivity of ELISA test to HI test in determination of rubella specific antibodies , so it is better than HI test in measuring the immune - status of individuals vaccinated with rubella vaccine .7. A positive relationship between ELISA test and HI test (r= 0.585) .

الاستخلاص والتنقية الجزئية للخملة من بكتريا Proteus mirabilis ودراسة دورها في الالتصاق على الخلايا الطلائية البولية == Extraction and Partial Purification for Fimbriae from Proteus mirabilis and Study Their Role in Adhesion to Uroepithlial Cells

Author name: عامر سعيد علي الكعبي

Supervisor name: مي طالب فليح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص البكتريا السالبة لملون كرام من ادرار المرضى المراجعين لمستشفى الكاظمية التعليمي ومستشفى اليرموك في بغداد واللذين شخصت اصابتهم بخمج المسالك البولية سريريا . عزلت البكتريا السالبة لملون كرام من 61 عينة ادرار وبنسبة عزل 28.9% من اصل 211 عينة ادرار , كانت نسبة عزل بكتريا Escherichia coli 70.49% , اما بكتريا Klebsiella pneumoniae , وPseudomonas aeruginosa فكانت نسبـة عزلهما 8.19% و6.55% وعلى التوالي . اظهرت بكتريا Proteus spp. نسبة عزل 14.75% وبلغت نسبة عزل P.mirabilis 11.47% اما نسبة عزل P.vulgaris فكانت 3.27% . تم التحري عن قدرة سللات بكتريا P.mirabilis للتعبير عن خمل لاصق الخلايا الطلائية البولية (Uroepithelial Cell Adhesin)(UCA) , بالاعتماد على اعلى معدل التصاق للبكتريا بالخلايا الطلائية البولية للانسان , اذ تم اختبار العزلة P.mirabilis U7 التي كان معدل التصاقها 30.2% عند تنميتها على وسط مرق اللوريا وفترة حضن 24 ساعة بدرجة حرارة 37 م , وعند تنميتها على وسط اكار اللوريا كان معدل التصاقها 20.3% مقارنة بالعزلة P.mirabilis U4 التي ابدت معدل التصاق واطيء عند تنميتها على وسط مرق اللوريا واكار اللوريا اذ بلغ معدل الالتصاق 4.7% و1.65% وعلى التوالي . اظهرت العزلة P.mirabilis U7 قدرة للتعبير عن الخمل المقاوم للمانوز شبية البروتيس (MR ∕P) والخمل المقاوم للمانوز شبية الكلبسيلا (MR ∕K) , اذ لازنت هذه العزلة كريات الدم الحمر للانسان نوع O+ وخنازير غينيا والخراف وبوجود سكر المانوز دلالة على وجود خمل MR ∕P , كما لازنت كريات الدم الحمر المدبغة للابقار وبوجود المانوز دلالة على وجود خمل MR ∕K عند تنمية هذه العزلة على وسط مرق اللوريا وفترة حضانة 48 ساعة وبدرجة حرارة 37 م , كما اختزل التعبير عن الخمل MR ∕Pو MR ∕K عند تنمية P.mirabilis U7 على الاوساط الزرعية الصلبة . تم عزل خمل UCA وتنقيته جزئيا باستخدام اليوريا بتركيز 2 مولر والصدمة الحرارية وكبريتات الامونيوم وبنسبة تشبع 50% وDeoxycholate , كان تركيز بروتين UCA هو 1.65 مايكروغرام/مليلتر وبحجم نهائي 1.5 مليلتر ناتج من استخدام 3 لتر من مرق اللوريا . اظهر الترحيل الكهربائي وبوجود المادة الماسخة SDS حزمتين بروتينية لبروتين UCA المنقى جزئيا والذي بلغ وزنه الجزيئي 17.782 دالتون . تم حقن الـ UCA المنقى جزيئا في الارانب للحصول على المصل المضاد اذ وجد ان تركيز المصل المضاد هو 128 كما تم الاستدلال على وجود الاضداد النوعية لمستضد خمل UCA . ثبطت اضداد خمل UCA المحضرة في الارانب والمخففة بتراكيز 1 : 50 و1 : 100 , 1 : 200 التصاق العزلة P.mirabilis U7 بالخلايا الطلائية البولية (معدل البكتريا الملتصقة كان 5.6 و11.75 و21.05 خلية بكتيرية /خلية طلائية وعلى التوالي ) , اظهرت هذه الاضداد اختلافا معنويا (P≤0.05) في معدل الالتصاق عند مقارنتها بمصل السيطرة والمستعمل بنفس التراكيز (معدل عدد البكتريا الملتصقة كان 29.8 و30 و31.6 خلية بكتيرية /خلية طلائية وعلى التوالي ) ,كما اظهرت النتائج وجود اختلاف معنوي (P≤0.05) بين تراكيز المصل المضاد المستخدمة في تثبيط الالتصاق . تم اختبار قدرة خمل UCA المنقى جزئيا على التمنيع وحماية اناث الفئران من الاصابة بخمج المسالك البولية , تم اصابة الفئران الممنعة وغير الممنعة ببكتريا P.mirabilis U7 بتركيز (5×105) وحدة مكونة لمستعمرة/ مليلتر عن طريق الاحليل وبعد مرور اسبوع على الاصابة وجد ان اعداد الخلايا البكترية الحية في كلية الفئران الممنعة انخفض الى (2.6 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر مقارنة بـ(3.7 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر لكلية الفئران غير الممنعة ,اما مثانة الفئران الممنعة فقد اختفت الاصابة وبشكل كامل مقارنة بمثانة الفئران غير الممنعة (3.3 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر .

التهابات المجاري البولية الناتجة عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus مقارنه بدنا الخميرة Candida albicans

Author name: صبا نزيه عبد الغفار الحسون

Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت ٣٠٨ عينة ادرار للفترة من تشرين الاول ٢٠٠٩ لغاية كانون الثاني ٢٠١٠ من مرضى يعانون من التهاب المجاري البولية من مستشفى اليرموك التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب. اذ تم عزل وتشخيص٧٢ عزلة تابعة لجنس المكورات العنقودية وبنسبة عزل بلغت (٢٣٫٣٪) من مجموع عينات الادرار٬ وتم اثبات عائدية ٥١ عزلة الى المكورات العنقودية السالبة لاختبار الكواكيوليز٬ وكانت ٢١ عزلة منها تابعة للنوع S. aureus وبنسبة عزل (٢٩٫٢٪) من مجموع المكورات العنقودية٬ وبنسبة (٦٫٨٪) من المجموع الكلي لعينات الادرار٬ بينما ٣٦ (١١٫٦٪) عزلة قد شخصت على انها C. albicans من مجموع عينات الادرار. وقد شخصت هذه تم اختبار حساسية عزلاتS. aureus لمجموعة من المضادات الحياتية٬ وكان هناك تباينا ومقاومة متعددة تجاه تلك المضادات٬ حيث اظهرت اغلب العزلات مقاومة عالية ضد ampicillin (٩٠٫٥٪(٬ amoxicillin(٨١٪)٬cefotaxime (٧٦٫٢٪)٬ وكانت المقاومة لل oxacillin (٦٦٫٧٪) وmethicillin (٦٦٫٧٪) ٬ بينما كان المضاد vancomycin الاكثر تاثيرا على كل العزلات (٠٪). تم استخلاص دنا من بكتريا S. aureus S11 بواسطة استعمال عدةWizard genomic DNA purification٬ وحطم جدار البكتريا بانزيم اللايسوزايم بينما استخلص دنا خميرة C. albicans C3 باستعمال طريقة Harju٬ وحطم جدار الخميرة بتكرار تجميد واذابة الخلايا بالاضافة الى دور المنظفات الموجودة بدارئ التحلل .(Harju buffer) عندما تم قياس امتصاصية محاليل الدنا بواسطة المطياف وجد ان تركيز دنا S. aureus S11 كان ٠٫٨٢٥ مايكروغرام\مايكروليتر٬ والنقاوة ١٫٧٥. بينما كان تركيز دنا C. albicans C3 ٢٫٤٥٥ مايكروغرام\مايكروليتر ٬ والنقاوة ١٫٧٠. ومن كلا تركيزي دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 حضر سلسلة تراكيز (٥٠٬٤٠٬٣٠٬٢٠٬١٠ مايكروغرام\١٠٠مايكروليتر). لوحظت تفاعلات خفيفة جدا للفئران البيض المحقونة عن طريق الاحليل ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا C. albicans C3 بالمقارنة مع فئران محقونة ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا S. aureus S11 . فقد عكست الكلى المحقونة ب S. aureus S11 احتقان مع ارتشاح الخلايا الالتهابية وانحلال للنبيبات البولية بينما المثانة عكست وذمة مع ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية وتقرح بؤري لسطح الطبقة الطلائية المخاطية. اظهرت الكلى المحقونة ب C. albicans C3 احتقان ولم يلاحظ تغيرات نسيجية واضحة٬ بينما المثانة اظهرت ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية مع وذمة في الطبقة تحت الطلائية. لمعرفة التاثير المرضي لدنا S. aureus S11 ودنا C. albicans في الجهاز البولي للفئران البيض ٬ حقنت الفئران عن طريق الاحليل بخمسة تراكيز لكل من دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 . كان التاثير المرضي لكليهما معتمد على التركيز فقد ازدادت الشدة بزيادة تركيز الدنا وكانت اشدها عند تركيز ٥٠ مايكروغرام\مايكروليتر٬ ولكن اظهر دنا C. albicans C3 تغيرات نسيجية اقل شدة من التي لوحظت مع دنا . S. aureus S11 اظهرت الاعضاء (الكلى والمثانة) للفئران المحقونة بدنا S. aureus S11تغيرات مرضية مختلفة٬ في الكلى تراوحت من انحلال خفيف وتنخر للنبيبات البولية٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ احتقان الاوعية الدموية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما تمثلت التغيرات في المثانة بتحطم الجدار المخاطي٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ وذمة خفيفة٬ انسلاخ سطح الطبقة الطلائية المخاطية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة.تراوحت التغيرات المرضية للكلى المحقونة بدنا C. albicans C3 من احتقان الاوعية الدموية٬ ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما المثانة اظهرت وذمة خفيفة٬ ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة. | From October 2009 to January 2010, 308 mid stream urine specimens were collected from patients suffering from urinary tract infections at AL - Yarmouk Teaching Hospital and The Educational Laboratories of Madienat Al - Teb. Staphylococci were isolated from 72 (23.3%) urine specimens, 51 isolates were coagulase negative staphylococci, out of these 21 were identified as Staphylococcus aureus (29.2%) from the total count of staphylococci and (6.8%) from total urine specimens. While 36 (11.6%) specimens were identified as Candida albicans isolates. The isolates were diagnosed by biochemical tests, API Staph. and Candida system. Susceptibility of S. aureus isolates to antibiotics was examined, the results revealed different and multi resistance to these antibiotics, that S. aureus isolates were highly resistant to ampicillin (90.5%), amoxicillin (81%) and cefotaxime (76.2%), the resistant to oxacillin (66.7%), methicillin (66.7%), while vancomycin found to be the most effective agents against all of the isolates (0%). Staphylococcus aureus S11 DNA was extracted by using Wizard genomic DNA purification kit method, the cell wall of S. aureus was hydrolyzed by using lysozyme enzyme. While C. albicans C3 DNA was extracted by using a Harju method, the cell wall of C. albicans was ruptured by using repeated freeze - thawing of cells as well as the role of the detergents found in a lysis buffer (Harju buffer). When the absorbance of DNA solutions was measured by the spectrophotometer apparatus it was found the concentration of S. aureus S11 DNA was 0.825 µg/µl, the purity was 1.75. While the concentration of C. albicans C3 DNA was 2.455 µg/µl, the purity was 1.70. From the each concentrations of S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA was prepared serial of concentrations (10, 20, 30, 40 and 50 µg/100µl(. Mildest reactions were obtained from mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of C. albicans C3 compared with mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of S. aureus S11. Kidney treated with S. aureus S11 revealed congestion, inflammatory cells infiltration and degenerative changes of renal tubules, while its bladder revealed oedema with moderate inflammatory cells infiltration and focal mucosal surface epithelial ulceration. However kidney treated with C. albicans C3 showed that there was congestion and no obvious histological changes, while its bladder developed mild infiltration of inflammatory cells with oedema in subepithelial lining layer.In order to testify the pathogenicity of S. aureus DNA and C. albicans DNA in murine urinary tract system, mice were injected intraurethraly with five doses of each S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA. The histological changes for each was dose - dependent, the magnitude increased with increasing the DNA dose with the maximal at 50 µg/100µl, but C. albicans C3 DNA developed throughout less intense histological changes than observed with DNA from S. aureus S11.Organs of mice (kidneys and bladders) treated with S. aureus S11 DNA showed different pathological changes, in kidneys the changes ranged from mild degenerative and necrosis of renal tubules, mild to severe infiltration of inflammatory cells, congestion of blood vessels to near normal structure appearance of the kidney. Whereas the bladders developed damage of mucosal wall, mild to severe inflammatory cells infiltration, mild oedema, sloughing of mucosal epithelial surface to near normal structure appearance of the bladder. However kidneys treated with C. albicans C3 DNA ranged from congestion of blood vessels, moderate inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the kidney. While its bladder developed mild oedema, mild inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the bladder.

دراسة بعض الخصائص الفيزيائية والكيميائية لانزيم Staphylolysin المنتج من بكتريا Pseudomonas aeruginosa == Study of Some Physical and Chemical properties of Staphylolysin produced by Pseudomonas aeruginosa

Author name: شيماء سهيل نجم

Supervisor name: مي طالب فليح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Enzymes

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: عزلت (50) عزلة عائدة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من 120 عينة سريرية جمعت من مصادر مختلفة تضمنت (الادرار،والقشع ،والبراز ،ومسحات الاذن ، والجروح،والحروق).تم التحري عن انتاج بعض من عوامل الضراوة للعزلات قيد الدراسة مثل : الهيمولايسين، والايلاستيز ، والبروتيز ، ووجد ان نسبة انتاج الهيمولايسين والايلاستيز كانت 76% ، فيما كانت نسبة انتاج البروتيز 72% في العزلات المحلية قيد الدراسة.اختبرت قابلية العزلات المحلية على انتاج انزيم الستافيلولايسين ، وبينت نتائج الغربلة شبه الكمية ان 18 عزلة (36%) من العزلات لها القابلية على انتاج الانزيم وبنسب متفاوتة،اذ تراوحت اقطار الهالة الشفافة من(5 - 22)ملم ، وتميزت خمس عزلات منها باعطاءها اوسع مناطق تحلل على وسط ] ترتبك صويا الصلب + 0.2% (وزن/حجم) من بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة المقتولة بالحرارة بدرجة 100م [تراوحت من (16 - 22)ملم ، وتم انتخاب العزلة 16P لاستخلاص الستافيلولايسين A (LasA) ، اذ بلغت الفعالية النوعية لها (8.59)وحدة / ملغم بروتين ، والعزلة 5P لاستخلاص الستافيلولايسين D (LasD)، اذ بلغت الفعالية النوعية لها (0.66)وحدة / ملغم بروتين ،لكونهما الاغزر انتاجا للانزيم عند اجراء الغربلة الكمية.استخلص انزيم الستافيلولايسين بالنبذ المركزي المبرد وتمت تنقيته جزئيا بترسيبه بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 80% ثم بكروموتوغرافيا التبادل الايوني باستخدام المبادل DEAE - Cellulose ، بينت النتائج ان الفعالية الانزيمية الحالة للعنقوديات (Staphylolytic activity) لانزيم الستافيلولايسين A ظهرت في القمة الاولى، وبلغت عدد مرات التنقية 10.74 مرة وبحصيلة انزيمية 14.2%،فيما اظهرت القمة الثانية الفعالية الانزيمية الحالة للعنقوديات لانزيم الستافيلولايسين D بعدد مرات تنقية 9.1 مرة وبحصيلة انزيمية 18.14%.درست بعض خصائص الانزيمين فكان الوزن الجزيئي 20.417 كيلو دالتون و23.988 كيلو دالتون للستافيلولايسين D,A على التوالي عند تقديرهما بطريقة الترحيل الكهربائي في هلام SDS - PAGE. لوحظ ان الرقم الهيدروجيني الامثل لفعالية الستافيلولايسين A هو 8 اذ اعطى اعلى فعالية بلغت 150 وحدة / مل ، ولثبات الانزيم 7.5 - 8.5 اذ احتفظ الانزيم بكامل فعاليته تقريبا ، فيما كان الرقم الهيدروجيني الامثل لفعالية الستافيلولايسين D هو 9.5 اذ اعطى اعلى فعالية بلغت 16 وحدة / مل ، ولثبات الانزيم 8.5 - 9.5 اذ احتفظ الانزيم بكامل فعاليته تقريبا ، وظهرت اقصى فعالية للانزيمين عند درجة حرارة 40م اذ بلغت الفعالية النوعية للستافيلولايسين A 140 وحدة /مل وللستافيلولايسين D 16.4 وحدة/ مل ، واحتفظ كلا الانزيمين بكامل فعاليتهما تقريبا عند حضنهما بدرجة حرارة 25 - 40م لمدة ساعة.عند دراسة تاثير بعض المواد في الفعالية الانزيمية للستافيلولايسين D,A كان لكلوريد الصوديوم وكلوريد البوتاسيوم بتركيز 1 و5 ملي مولار تاثير منشط للفعالية الانزيمية قياسا بالسيطرة اذ احتفظ انزيم الستافيلولايسين A بـ105% و108% من فعاليته على التوالي عند معاملته بكلوريد الصوديوم ، واحتفظ بـ 102% و104% من فعاليته على التوالي عند معاملته بكلوريد البوتاسيوم، في حين ثبطت الفعالية الانزيمية عند معاملتهما بكلوريدات الحديد والزئبق والخارصين وبنسب متفاوتة ،اذ احتفظ انزيم الستافيلولايسين A بـ 73% و7% من فعاليته على التوالي عند معاملته بـ5ملي مولار من كلوريد الحديد والزئبق على التوالي،و9% فقط من فعاليته عند معاملته بـ 0.1 ملي مولار من كلوريد الخارصين ، فيما احتفظ انزيم الستافيلولايسين D بـ45% و13% من فعاليته فقط عند معاملته بـ5 ملي مولار من كلوريد الحديد والزئبق على التوالي،و23% فقط من فعاليته عند معاملته بـ0.1 ملي مولار من كلوريد الخارصين، بينما احتفظ كلا الانزيمين بكامل فعاليتهما عند المعاملة بمادة EDTA بتركيز 10 ملي مولار ،وفنيل مثيل سلفونيل فلورايد (PMSF) بتركيز 0.4 ملي مولار. | Fifty isolates of Pseudomonas aeruginosa were obtained from 120 various clinical samples included (urine, sputum, stool, ear, wound & burn swabs). Detection of the production of some virulence factors (hemolysin, elastase and protease) by the local isolates was studied. Results showed that the hemolysin and elastase production ratio were 76%, while the protease production ratio was about 72% by the local isolates.Detection of the ability of local isolates to produce staphylolysin enzyme was studied, the semi quantity screening results showed that 18 (36%) of the isolates have the ability to produce this enzyme in variable ratios , the diameters of lysis Zone ranged from(5 - 22)mm, and five isolates were characterized by giving the highest lysis zone on (Tryptic soya agar + 0.2% (wt./vol.) of heat killed Staphylococcus. aureus at temperature 100oC ) medium which were ranged from(16 - 22)mm, then the isolate P16 was chosen to extract staphylolysin A (LasA) and it's specific activity reaches 8.59 unit /mg protein, whi1e chosen the isolate P5 to extract staphylolysin D (LasD) where it's specific activity reaches 0.66 unit /mg protein since the two isolates were the most production of enzyme by quantity screening . Staphylolysin enzyme was extracted by cooling centrifugation and partially purified by ammonium sulphate precipitation in saturation percentage of 80%, this step was followed by Ion exchange chromatography technique by using DEAE - cellulose column, results showed that the enzymatic activity (Staphylolytic activity) of the staphylolysin A appeared in first peak with purification folds and recovery of 10.74 fold and 14.2% respectively, while the second peak appeared the activity for staphylolysin D with purification folds and recovery of 9.1 fold and 18.14% respectively.Some of the characters of the two enzymes were studied, so the molecular weights were 20.417 kilo dalton & 23.988 kilo dalton for staphylolysin A&D respectively were estimated by SDS - polyacryl amide gel e1ectrophoresis. The optimum pH for staphylolysin A activity was found to be 8 which gives higher activity reaches 150 unit/ml, and for enzyme stability was 7.5 - 8.5 in which the enzyme nearly retained it's full activity, while there were for staphylolysin D 9.5 that gives higher activity of 16 unit/ml.& 8.5 - 9.5 in which the enzyme nearly retained it's full activity respectively, Maximum activity of two enzymes was obtained at 40 C in which the specific activity were for staphylolysin A and D 140 and 16.4 unit/ml , and the activity for two enzymes at 25 - 40 C remained approximately without change for one hour. When the effects of some materials on staphylolysin A & D activity were studied, the results showed that both sodium chloride & potassium chloride at 1 & 5 mM had the activator effect on enzymatic activity compared with its control where the staphylolysin A and D retained 105% ,108% and 102%, 104% of their activity, respectively when treated with sodium chloride, while they retained 110%, 114% and 133%, 118% of their activity, respectivity when treated with potassium chloride, while ferric, mercury & zinc chlorides inhibited the activity in variable ratios in which the staphylolysin A and D kept only 73%, 7% and 45%, 13% respectively of their initial activity when treated with 5mM of ferric and meracury chloride and 9%, 23% respectively of their initial activity when treated with 0.1mM zinc chlorid & enzymatic activity for both enzymes were not affected when treated with EDTA at 10mM & phenyl methyl sulphonyl fluoride (PMSF) at 0.4mM.

انتاج وتوصيف الليفان من بكتريا Paenibacillus polymyxa المعزولة محليا

Author name: شمم ناصرراضي

Supervisor name: شذى سلمان حسن | سناء برهان الدين

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 88 عزلة تعود لجنس Bacillus من التربة والمياه من اصل 112 عزلة بكتيرية اعتمادا على الفحوصات الزرعية والمجهرية , اظهرت 25عزلة تعود لهذا الجنس مستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح الصلب الحاوي على %20 من السكروز, من ضمن هذه العزلات تم اختيار 10 منها والتي اعطت اعلى درجة من النمو اللزج لزرعها على وسط الاملاح السائل الحاوي على السكروز. كانت العزلة B2 الافضل في انتاج الليفان ((levan حيث اعطت اعلى وزن جاف من الليفان والذي بلغ 4.1غم /100مل واعلى نسبة من السكريات الكلية 91% والسكريات المختزلة 80%. الفحوصات المزرعية والكيموحيوية لهذه العزلة اظهرت انها تعود للنوع Paenibacillus polymyxa . تم استخدام ثلاثة انواع من المذيبات العضوية لغرض استخلاص الليفان وهي ايثانول, ميثانول وايزوبروبانول بنسبة (1 : 4حجم /حجم) اعطى المذيبان الايثانول والايزوبروبانول اعلى قيمة من الوزن الجاف للليفان والتي بلغت 4.1 غم /100مل بينما اعطى الميثانول 3.7 غم / 100 مل. تم تحليل الليفان نوعيا للكشف عن محتواه من السكريات المختلفة والكاربوهيدرات وذلك باستخدام اربعة كشوفات : الكشف الاول كون حلقة بنفسجية مع محلول الليفان بينما لم يعطي الليفان اي تغيير في اللون مع الكشف الثاني ممايدل على خلو الليفان من الانواع الاخرى من السكريات المتعددة ((Polysaccharide كالنشاء والكلايكوجين والدكستران. الليفان المتحلل جزئيا بفعل حامض الهيدروكلوريك المركز (HCl) كون راسب برتقالي اللون عند تفاعله مع الكاشف الثالث مما يدل على وجود سكريات مختزلة تفاعلت مع الكاشف بينما اعطى الكشف الاخير لون احمر قاني مع محلول الليفان مما يدل على وجود السكر الاحادي الفركتوز. حددت الظروف المثلى لانتاج الليفان من العزلة B2 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الاملاح الحاوي على20% من السكروز وبدون اي مصدر نايتروجيني برقم هيدروجيني (pH) 7 وبدرجة حرارة 37 ˚م وبحجم لقاح2 % من المزروع البكتيري ولمدة حضانة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 100 دورة في الدقيقة, حيث بلغت قيمة الوزن الجاف لليفان 4.8 غم/100مل وكانت النسبة المئوية للسكريات الكلية 95.8% ونسبة السكريات المختزلة 92%. ان انتاج الليفان في اوساط خام طبيعية مثل وسط عصير قصب السكر ووسط مستخلص التمر ادى الى انخفاض في انتاج الليفان مقارنة مع وسط الاملاح الحاوي على السكروز. تمت دراسة مواصفات الليفان اعتمادا على لزوجته ((viscosity عند تراكيز مختلفة حيث اظهرت النتائج ان اللزوجة تزداد بزيادة التركيز حتى تصل الى اعلى قيمة لها 3.18 سنتيبويز عند 20% , كذلك تمت ايضا دراسة تاثير الحرارة والرقم الهيدروجيني وتاثير املاح الصوديوم NaCl بتراكيز مختلفة على لزوجة محلول الليفان عند تركيزين هما 2% و20% حيث اظهرت النتائج بان اللزوجة عند 20% تقل بزيادة درجة الحرارة حتى تصل الى 0.67 سنتيبويزعند 100˚م ولوحظ بان هذا التاثير عكسي حيث ان الليفان يستعيد لزوجته تدريجيا بانخفاض درجة الحرارة الى 20˚م اما بالنسبة للاس الهيدروجيني pH فكان له تاثير طفيف على اللزوجة عند الرقم الهيدروجيني 4 و10. لقد لوحظ بان الزيادة في تركيز املاح الصوديوم تؤدي الى الزيادة في لزوجة الليفان عند تركيز20% حتى تصل الى 4 سنتيبويز عندما يكون تركيز املاح الصوديوم 10%. تم تحليل نموذج الليفان المستخلص من العزلة B2 وذلك باستخدام تقنية ال FT - IR وقد اظهرت النتائج وجود المجاميع الكيميائية الفعالة (CO) التي تمثل اهتزاز مط ((Stretching و,(CH) (OH) الذي يمثل اهتزاز انحناء ((Bending عند الترددات 1370,1265.2,1093,1165,813.7,945.2سم - 1 ان تحليل الليفان باستخدام تقنية Thin Layer Chromatography اظهرت الليفان كبقعة واحدة سوداء تمثل الفركتوز وكانت قيمة الجريان النسبي((Relative flow لكل من الليفان والفركتوز (0.57) عند استخدام محلول المذيبات الذي يتالف من البيوتانول : البروبانول : الماء المقطر : حامض الخليك بنسبة 7 : 5 : 4 : 2. تمت دراسة تاثير الليفان ودوره كعامل مشجع بريبيوتك ((Prebiotic لنمو البكتريا المفيدة مثل Lactobacillus acidophilus حيث وجد ان الليفان يؤدي الى زيادة عدد البكتريا وبنسبة 172% عند تركيز 2% قياسا مع معامل السيطرة46 %.درس تاثير الليفان في عملية التهام خميرة الكانديدا (Candida) من قبل خلايا الدم البيض Polymorphonuclear (PMNs) خارج الجسم الحي وقد بينت النتائج ان معاملة خلايا الدم البيض مع الليفان كان لها تاثيرا واضحا في تحفيز الخلايا البلعمية وزيادة فعاليتها في عملية الالتهام وبالتالي زيادة معامل البلعمة Phagocytic Index)) وان هذا التاثير يزداد مع زيادة تركيز الليفان مع وجود فروق معنوية كبيرة مقارنة مع معامل السيطرة عند p<0.01)) وان اعلى معامل بلعمة تم الحصول عليه هو 68% عند التركيز 100 مايكروغرام / مل.

انتاج وتوصيف بيتا - هيدروكسي بيوتاريت (? - hydroxybutyrate) من عزلة محلية لبكتريا Azotobacter chroococcum == Production and Characterization of ? - hydroxybutyrate from Azotobacter chroococcum local isolate

Author name: سعاد علي احمد

Supervisor name: شذى سلمان حسن

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 12 عزلة من بكتريا Azotobacter chroococcum من اصل 20 عينة تربة جمعت من مناطق مختلفة بالقرب من جذور النبات من حقل ذرة في كلية الزراعة في ابو غريب في الفترة الزمنية بين اب وكانون الثاني. درست قابلية العزلات على تجميع عديد هيدروكسي بيوتاريت وذلك بتصبيغ العزلات بصبغة Sudan black B . اظهرت جميع العزلات القدرة على انتاج المتعدد PHB وان العزلة A. chroococcum 9 كانت اكثرهم تجميعا للمتعدد PHB .درست تاثيرات ظروف مختلفة في انتاج المتعدد فوجد ان الظروف المثلى لانتاج PHB من العزلة A. chroococcum 9 بتنميتها في وسط Stockdale nitrogen free medium الحاوي على الكلوكوز مصدرا كربونيا والببتون مصدرا نيتروجينيا عند رقم هيدروجيني 7.5 , والملقح ب 3.8 × 104 خلية/ مل عند درجة حرارة 30 م˚ والحضن في حاضنة ساكنة لمدة 48 ساعة, حيث كانت نسبة PHB في هذه الظروف ( 40.3% ) .درست انتاجية البكتريا A. chroococcum 9 في الوسط المحتوي على مخلفات طبيعية مثل مولاس قصب السكر ومستخلص التمر(الزهدي) والشرش وكذلك الوسط المحتوي على الكليسيرول او احد انواع الزيوت ( زيت الزيتون , زيت الذرة , زيت زهرة الشمس ) حيث استخدمت بصفتها اوساط رخيصة لانتاج المتعدد PHB . كانت اعلى نسبة للعديد ( 78% ) تم الحصول عليها من تنمية البكتريا A. chroococcum 9 في وسط Stockdale nitrogen free medium المحتوي على 5% من مولاس قصب السكر . استخلص PHB من العزلة A. chroococcum 9 بعدة طرائق تضمنت الاستخلاص بمحلول هايبوكلورات الصوديوم وطريقة SDS مع هايبوكلورات الصوديوم واستعمل هيدروكسيد الصوديوم في الطريقة الثالثة . كانت طريقة الاستخلاص باستخدام محلول هايبوكلورات الصوديوم الافضل حيث بلغت نسبة المتعدد 39.5% ) ) .اظهرت نتائج توصيف PHB ان الوزن الجزيئي للمتعدد المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 كان 2.6×105 دالتون وان درجة الانصهار له كانت 180 م˚ .درست ذائبية PHB في عدة مذيبات عضوية ولوحظ ان PHB يذوب في الكلوروفورم و1 - 2 ثنائي كلوريد الايثانول الا انه غير ذائب في الميثانول , الايثانول , الاسيتون , الهكسان , ثنائي اثيل ايثر ورباعي كلوريد الكاربون .درست لزوجة PHB المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 في عدة ارقام هيدروجينية , حيث لوحظ اختزال في لزوجة المتعدد في الوسط الحامضي (pH 4) والقاعدي (pH 10) مما يعني اختزال في الوزن الجزيئي للمتعدد . في حين كان الرقم المتعادل (pH 7) ملائما للحفاظ على تركيبه اذ لم تتغير اللزوجة عند هذا الرقم .وجد ان PHB المستخلص من بكتريا 9 A. chroococcum يتحلل حيويا بفعل انواع مختلفة من البكتريا تضمنت P. aerugenosa , B. subtilis و. A. chroococcum | Twelve Azotobacter chroococcum isolates were obtained from 20 soil samples collected from different places in corn field in Agricultural College in Abu - Ghrabe near the plant roots in the period between August and January . The ability of polyhydroxybutyrate accumulation of the isolates was examined by staining with Sudan black B stain. All the isolates were able to produce PHB . A. chroococcum 9 was the highest PHB producer. The effect of different conditions on accumulation of PHB from A. chroococcum 9 were determined . The favorable productivity appeared when Stockdale nitrogen free medium containing 2% glucose as carbon source and 1% peptone as nitrogen source at pH 7.5 was inoculated with 3.8 × 104 Cell/ml and incubated in static incubator at 30 ˚C for 48 h , PHB productivity at these conditions was 40.3% . Media containing natural wastes including cane molasses , date extract , whey and media containing glycerol or a kind of oil ( olive oil ,sunflower oil and corn oil) were used as economic media for PHB production . High productivity was observed in Stockdale nitrogen free medium containing 5% cane molasses , PHB content was 78% . PHB was extracted from A. chroococcum 9 by different methods including sodium hypochlorite , SDS and sodium hypochlorite and by NaOH. The optimum recovery of PHB was 39.5% by using sodium hypochlorite extraction method . The molecular weight of PHB extracted from A. chroococcum 9 was 2.6×105 dalton and the melting point was 180 ˚C . The solubility of PHB in several solvents was studied . The PHB was soluble in chloroform and in 1 - 2 dichloroethanol , while it was insoluble in methanol , ethanol , acetone , hexane , diethyl ether and carbon tetrachloride . The viscosity of A. chroococcum 9 PHB was determined at different pH values , a decreasing in viscosity was at acidic pH (pH 4) and at alkaline pH (pH 10) which indicate a reducing in PHB MW , while neutral pH (pH 7) was kept the structure of PHB . PHB extracted from A. chroococcum 9 was found to biodegradable by different kinds of bacteria included P. aerugenosa , B. subtilis and A. chroococcum

دراسة التاثير التثبيطي لراشح بكتيريا Lactobacilli المعزولة من مصادر مختلفة على تكوين الغشاء الحياتي لبكتيريا Klebsiella pneumoniae == A Study On inhibitory effect of local Lactobacilli filtrate on formation of Klebsiella pneumoniae Biofilm

Author name: سحـر ظاهر عبد عسل

Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 312 عينة ادرار وجروح وقشع للمدة من اب الى ايار 2009 في اوعية معقمة من مرضى زائرين لخمسة مستشفيات في مدينة بغداد وشملت المختبرات التعليمية ,م.بغداد التعليمي,م.الشهيد غازي الحريري,م.الواسطي التعليمي للجراحة التقويمية وم.ابن النفيس التعليمي لامراض القلب.شخصت العينات باستخدام الفحوص البايوكيميائية ونظام Api 20 E ووجد ان 155 عزلة تعود لجنس . Klebsiellaحقق النوع Klebsiella pneumoniae اعلى نسبة عزل وصلت الى ما يقرب من 36,13 % في حين شكلت الانواع K. oxytoca وK. terrigena وK. mobilis وK. ornithinolytica حوالي 20,46% و18,06% و16,13% و9,03% على التوالي من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا. فيما يخص نوع العينة، عزلت K. pneumoniae من الادرار (42,16%) مقارنة مع عينات الجروح (31,25%) والقشع (28,57%) من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا.في الدراسة الحالية، حددت الاستجابة لمضادات الحياة لعزلات K. pneumoniae جميعها وسجل مضاد الامبيسيلين اعلى نسبة مقاومة (81,5%) تلاه مضادي التتراسايكلين والتراموكسازول بنسبة 74,1% لكل منهما. هذا وكان 59,3% و51,9% و48,1% و40,7% و40,7% و33,3% و22,2% من عزلات K. pneumoniae مقاوما لمضادات النايتروفيورانتوين والسيفوتاكسيم والتوبرامايسين والناليديكسيك اسد والسيبروفلوكساسين والسيفترياكسون والجنتامايسين على التوالي. من ناحية اخرى اظهر مضاد الاميكاسين اقل نسبة مقاومة بلغت 7,41%.قدرت قابلية عزلات K. pneumoniae على انتاج الغشاء الحياتي باستعمال تقنية التصبيغ بالبنفسج البلوري في طبق المعايرة الدقيقة وحددت قيمة الكثافة الضوئية عند طول موجي 540 نانوميتر التي مثلت درجة سمك الغشاء الحياتي. وجد ان (22) عزلة وبنسبة (39,29%) من العزلات عالية الانتاجية في حين كانت (34) عزلة وبنسبة (60,71%) عزلة ذات انتاجية جيدة ولم تظهر اية عزلة انتاجية ضعيفة. ومن الجدير ذكره ان العزلات K14 وK15 وK17 وK19 كانت الاكثر انتاجية من بين عزلات K. pneumoniae المفحوصة. علاوة على ذلك اظهرت العزلة K19 اسمك غشاء حياتي.قيمت فعالية مضادي الجنتامايسين والاميكاسين بتراكيزها الدنيا المثبطة (الذين حققا اعلى حساسية من بين المضادات الاخرى المدروسة) ضد تكوين الغشاء الحياتي للعزلات الاربعة K14 وK15 وK17 وK19 . فبالنسبة للعزلتين الاوليتين K14 وK15, بينت النتائج ان الكثافة الضوئية والعدد الحي قد انخفضت معنويا (P<0.05) موازنة مع القيم قبل المعاملة بهذين المضادين. وعند معاملة العزلة K17 بالمضادين نفسهما سجل الاميكاسين انخفاضا معنويا في قيمة الكثافة الضوئية مقارنة مع السيطرة في حين كان هذا الانخفاض غير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. اما على صعيد التعداد الحي فكلا المضادين اظهرا فعالية معنوية ضد الغشاء الحياتي لهذه العزلة. وفيما يتعلق بالعزلة K19 فقد لوحظ ان هناك انخفاضا معنويا في العدد الحي عند المعاملة بالاميكاسين وغير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. حتى مع هذا الانخفاض في العدد الحي والكثافة الضوئية فان المعاملة بكلا المضادين قد ترك خلايا حية عندمزارع الغشاء الحياتي على اطباق التعداد الحي.اختبرت قابلية الطافي الحامضي والمتعادل لبكتريا Lactobacillus acidophilus (Lb1) وبكتريا L. fermentum (Lb2) في تثبيط الخلايا الهائمة للعزلات K14 وK15 وK17 وK19 باستعمال طريقة الحفر على اطباق مولر هنتون. لم ينجح لا الطافي المتعادل ولا وسط MRS النقي في اظهار فعالية تثبيطية على هذه العزلات. في حين بينت النتائج ان للطافي الحامضي فعالية تثبيطية.وجدت فروق معنوية(P<0.05) في الكثافة الضوئية والعدد الحي بين بيانات قبل وبعد المعاملة بالطافي الحامضي للعزلتين Lb1 وLb2 . بخلاف المعاملة بالجنتامايسين والاميكاسين لم تترك المعاملة بالطافي الحامضي اية خلايا حية خلا حالتين Lb1 ضد العزلة K17 وLb2 ضد العزلة K15 اظهرت خلايا حية. | Three hundred and twelve specimens of urine, wounds and sputum were collected for the period from August 2008 to May 2009 in sterilized containers from patients attending five hospitals in Baghdad including Educational Laboratories, Educational Baghdad Hospital, Gazi Al - Harirri Martyr Hospital, Al - wasity teaching Hospital for Reconstructive surgery and Educational Ibn Al - Nafees Hospital.All specimens were identified using biochemical tests and Api 20 E system, it was found that 155 isolate back to genus Klebsiella.Klebsiella pneumoniae achieved the highest percentages of isolation reached 36.13%; while, K. oxytoca, K. terrigena, K. mobilis and K. ornithinolytica constituted 20.64%, 18.06%, 16.13% and 9.03%, respectively from Klebsiella isolates. Concerning the specimen type, K. pneumoniae was isolated more frequently from urine (42.16%) followed by wound (31.25%) then sputum (28.57%) from Klebsiella isolates.In the present study, in vitro susceptibility of all K. pneumoniae isolates to antibiotics were identified. The highest resistance percentages were found to Ampicillin (81.5%), Tetracycline (74.1%) and Trimoxazole (74.1%). Moreover, 59.3%, 51.9%, 48.1%, 40.7%, 40.7%, 33.3% and 22.2% of the K. pneumoniae isolates were resistant to Nitrofurantoin, Cefotaxime, Tobramycin, Nalidixic acid, Ciprofloxacin, Ceftriaxon and Gentamicin, respectively. On the other hand, Amikacin was the most effective antibiotics since it recorded the lowest resistance percentage; 7.41%. The ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm were evaluated by using crystal violet staining technique in pre - sterilized 96 - well polystyrene microtiter plates and then O.D. was determined at 540 nm. The O.D. represented the degree of the biofilm thickness. Twenty two (39.29%) isolates were considered as high producers while 34 (60.71%) isolates were good producers and none of the testes isolates were poor producers. What's more, K. pnumoniae isolates; K14, K15, K17 and K19 produced the thickest biofilm. Clearly, K. pnumoniae K19 accomplished the highest biofilm thickness.The effect of MIC of Amikacin and Gentamicin, which achieved the highest sensitivity percentage among several antibiotics, was assessed on biofilm. On the subject of the isolates K14 and K15 and the results revealed that the absorbance and viable count for these isolates declined in comparison to pretreatment data. These isolates showed significant differences (P<0.05) after the addition of Amikacin and Gentamicn. According to O.D. parameter, K17showed significant reduction (P<0.05) in comparison to control when treated with Amikacin while in case of Gentamicin there was an insignificant reduction; however, viable count showed that Gentamicin as well as Amikacin had a significant (P<0.05) efficacy on biofilm of K. pneumoniae K17. In regard to the isolate K19 a significant differences were observed when treated with Amikacin while insignificant decrease in viable count was found when the treatment involved Gentamicin. Even with the previous results, all treated biofilms developed presence of live cells when cultured on plate count agar.The ability of acid and alkaline supernatants of Lactobacillus acidophilus (Lb1) and L. fermentum (Lb2) to inhibit planktonic K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 isolates were separately tested on Mueller Hinton agar employing agar well assay. Neither neutralized supernatant nor did sterile MRS broth have an effect on these isolates. Yet, results showed that acid supernatant developed an inhibitory effect.Significant differences (P<0.05) were found in O.D. and viable count between pre and post treatment of K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 biofilms with acid supernatants of Lb1 or Lb2. Unlike the Amikacin and Gentamicin treatment which left live bacterial cells, Lactobacillus supernatant left no live cells except for two cases; Lb1 with K17 and Lb2 with K15.

استخلاص وتنقيـةlecithinase من بكتريا Proteus vulgaris ودراسة بعض تاثيراته الممرضه == Extraction and purification of Lecithinase from Proteus vulgaris and study some it is pathogenic effects

Author name: زهراء عباس جبر العيساوي

Supervisor name: رسمية عبد ابو ريشة

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 162 عينة ادرار ومسحات جروح من المرضى المصابين بالتهابات المجاري البولية واصابات الجروح لكلا الجنسين للفترة من ايلول 2009 ولغاية شباط 2010. شخصت العزلات اعتمادا على الصفات المظهرية والفحوصات البايوكميائية ووجد ان 55 عزله تعود الى جنس Proteus وبنسبه عزل 33,9% كما وجد ان 5 عزلات تعود الى النوع Proeus vulgaris وبنسبه عزل 9,09% بعدما شخصت باستخدام نظام Api20E . حددت قابلية عزلات النوع Proeus vulgaris على انتاج انزيم lecithinase باستخدام طريقة الانتشار في الاكار. وجد ان اربع عزلات منتجة للانزيم وان العزلةProteus vulgaris (P1) هي الامثل في الانتاج. استخلص الانزيم من هذه العزلة وتم تنقيته باستخدام عملية الترسيب بكبريتات الامونيوم بنسبه تشبع 60% والتنقية باستخدام عمود الهلام sephacryl S - 200 حيث ظهرت قمتين بروتينية وتم قياس الفعالية النوعية للانزيم بعد التنقية حيث وجد انها تساوي 217 وحدة /ملغم وبتركيز بروتين 290,%ملغم/مل . درس تاثير عدد من المضادات الحيويه على انتاجية وفعالية الانزيم ووجد ان بعض المضادات تثبط انتاج الانزيم مثل اموكسلين / حامض كلافيولانك اسد ,ارثرومايسين وجنتمايسين وبتراكيز 60, 260 , 10 مايكروغرام/مل على التوالي بينما وجد ان البنزاثين بنسلين والريفامبين لايؤثر على الانتاجية ووجد ان الريفامبين يؤثر على فعالية الانزيم بتركيز 80مايكروغرام/ مل. حددت قابلية الانزيم السمية حيث درس التاثير القاتل للنصف للانزيم LD50)) في الحيوانات المختبرية ووجد ان نسبة الجرعة القاتلة للنصف تساوي 210 مايكرو غرام/مل كما حددت نسبة الجرعة المسببة لاصابة الكلى لنصف الحيوانات المختبرية KID50 ووجد ان النسبة تساوي 82,5 مايكروغرام/مل. كما درست التاثيرات النسجية التي يسببها الانزيم في اعضاء الحيوانات المحقونة والتي شملت اعضاء الكبد والكليه والطحال وجد ان الانزيم ياثر تاثيرا كبيرا في نسيج الكبد حيث سبب تنكس في الخلايا الكبدية مع تجمع للمواد الدهنية في الخلايا الكبدية ,تنخر , ارتشاح الخلايا الالتهابية , التهاب المنطقه البوابية , احتقان للاوعية الدموية وتكون خراجات في النسيج البرنكيمي وحدوث تليف حول هذه الخراجات. بينما التاثيرات في نسيج الكلى تمثلت بتنكس في الخلايا الكلوية , تنخر في نبيبات الكلية , ارتشاح الخلايا الالتهابية , وذمة وتجمع للسوائل ,وخراجات واحتقان الاوعية الدموية اما التاثيرات في نسيج الطحال فكانت اقل مقارنة مع الاعضاء الاخرى حيث سبب الانزيم توسع في اللب الابيض للطحال مع تنكس وتنخر بسيط في النسيج البرنكيمي | One hundred sixty two isolates of urine and wound specimens were collected from patients of both sex from September 2009 to February 2010. These isolates were identified according to morphological and biochemical tests, 55 isolates were found belong to genus Proteus with isolation percentage 33.9%. 5 isolates of P.vulgaris were obtained after using ApI 20E system which represent the isolation percentage 9.09% of total isolates. The ability of these isolates to produce lecithinase enzyme by using agar well diffusion method was determined, only 4 isolates of P. vulgaris produce this enzyme which appear as opaque zone around colonies on egg yolk agar, P. vulgaris P(1) was the best isolate for lecithiunase production.The lecithinase P. vulgaris P(1) strain was extracted and purified by precipitation with 60% saturation of ammonium sulfate, dialysis and gel filtration with Sephacryl S 200 column, two peaks of protein appeared in last step, the lecithinase activity was observed in second peak. The purified lecithinase has specific activity 217 unit/mg with protein concentration 0.29 mg/ml.P. vulgaris lecithinase was treated with different antibiotics to determine their effect on the production and activity of this enzyme, the antibiotics varied in their effect, some of them prevent production such as amoxillin/Clavulanic acid , erythromycin and gentamycin at 64, 256 and 8 µg/ml respectively, while benzathin penicillin and rifampin did not effect on the production of enzyme, but only rifampin was decreased lecithinase activity at 128 µg/ml. The LD50 and KID50 of partial pure enzyme was determined in mice and it was 210, 82.5µg/ml respectively. Histopathological effect of partial pure lecithinase was studied. It was found that the lecithinase was more effective on liver tissue than kidney tissue which caused sever degenerative changes of hepatocyte cells with accumulation of lipid materials (fatty change), necrosis, infiltration of inflammatory cell, inflammation of portal area, congestion of blood vessel, abscess formation in liver parenchyma and fibrosis around the abscess. while the effect of lecithinase on kidney showed degenerative of kidney cell, necrosis of renal tubule, with inflammatory cell infiltration, edema, abscess and congestion of blood vessel in kidney. Finally, less effect revealed by lecithinase on spleen tissue, which caused enlargement of white pulp forming germinal center with slight degenerative change and mild necrosis of parenchymal tissue

عزل وتشخيص فيروس شلل الاطفال من الاطفال الملقحين بلقاح شلل الاطفال ومقارنته مع الفيروس الضاري == Isolation &Identification of Poliovirus from Vaccinated Children with Oral poliovirus vaccine and Comparison With Wild Type Virus

Author name: زهراء جعفر جميل عبد الكريم

Supervisor name: غنيمة صادق محمد | عبد اللطيف محمد احمد

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Viruses

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: يعد فيروس السنجابيةPoliovirus(PV) العامل المرضي الرئيس المسبب لشلل الاطفال Poliomyelitis . ويعتبر هذا المرض من الامراض الخطرة في العالم والتشخيص المختبري له ضروريا لغرض مراقبة وترصد حالات شلل الاطفال ومدى فعالية عملية التلقيح، وكذلك للتميز بين الشلل المتسبب من فيروس السنجابية (PV) والعوامل الاخرى ، والعناية المثالية للمريض هي تجنب الحركة والركض والركون الى الراحة والعلاج الطبيعي . تطوير علاج المرض باستعمال مضادات الفيروس لاصابات شلل الاطفال ممكن ان يضيف في المستقبل القريب حافزا اضافيا للتشخيص المختبري له . تضمنت الدراسة جمع مئة وثمانين عينة خروج من الاطفال (اعمارهم اقل من خمس سنوات) الذين اعطوا لقاح شلل الاطفال الفموي Poliovirus vaccine Oral في مركز الرعاية الاولية الصحية في بغداد لعزل وتشخيص فيروس السنجابية (PV) ، وكذلك تم اختيار خمسة عشر طفلا من المجموع الكلي للاطفال واستمرار متابعة مدى طرح فيروس السنجابية (PV) في الخروج لمدة عشرة ايام بعد التلقيح بلقاح شلل الاطفال الفموي (OPV) .لعزل فيروس السنجابية (PV) : حقنت نماذج الخروج في خطوط خلوية مختلفة (L20B, RD,Hep - 2C, CEF) ، ويتبع ذلك تشخيص نوع فيروس السنجابية (PV) من النماذج الموجبة التي اظهرت تاثيرات مرضية Cytopathic Effect بوساطة اختبار التعادل الدقيق Microneutralization Test ثم اجراء الترحيل الكهربائي SDS - PAGE Electrophoresis لبعض العينات التي شخصت وعينة اللقاح وعينات برية تم الحصول عليها من مختبر الصحة المركزي، وقد تم التوصل الى النتائج الاتية : - • اظهرت الدراسة ان 114 عينة اعطت نتيجة موجبة لعزل فيروس السنجابية(PV)من اصل 180 عينة اي بنسبة (63%) .• لا توجد فروق معنوية ( P<0.05 ) في معدل عزل فيروس السنجابية (PV) من الذكور والاناث اذ ان نسبة الذكور الى الاناث في عزل (PV) هي 1 : 1 .• وجد ان هناك فروقا معنوية ( P<0.05 ) في معدل عزل فيروس السنجابية (PV ) خلال فصول السنة حيث وجد ان اعلى النسب كانت 74.6% في فصل الصيف .• عند مقارنة عزل فيروس السنجابية (PV) من عينات خروج اطفال باعمار مختلفة وجد ان اعلى نسبة لعزل (PV) 83.3% من عينات الاطفال بعمر 8 - 10 اشهر .• عند مقارنة معدل النتائج الموجبة على خطوط خلوية مختلفة : اظهرت النتائج ان (L20B) تعطى افضل المعدلات (93%) يليها خلايا (RD) لمعدل (88%) ثم خلايا (Hep - 2C) بمعدل (84%) ،وعلى النقيض خلايا (CEF) لم تعط اية نتيجة موجبة .• وجد ان هناك فروقا معنوية ( P<0.05 ) في سرعة ظهور فيروس السنجابية (PV) على خطوط خلوية مختلفة : اظهرت النتائج ان خلايا(L20B) اسرع الخطوط الخلوية في اعطاء النتائج، وكذلك توجد فروق معنوية ( P<0.05 ) بين الخلايا (L20B) و(RD) في اليوم الثالث وكذلك توجد فروق معنوية بين (RD) و(Hep - 2C) ( P<0.05 ) في اليوم الخامس، بينما توجد فروق معنوية عالية ( P<0.05 ) في التحري عن فيروس السنجابية (PV) بين خلايا (L20B) و(Hep - 2C) وجد في اليوم الخامس .• في اختبار التعادل N.T : اظهرت النتائج ان النمط الاول (PV1) هو الشائع وقد كان بنسبة 60% ، ثم النمط الثالث (PV3) بنسبة 27% . لكن في هذه الدراسة لم يتم عزل النمط الثاني (PV2) ، وقد ظهرت فيروسات معوية (EVs) اخرى بنسبة 13% .• عند مقارنة عزل فيروس السنجابية (PV) مع باقي الفيروسات المعوية (EVs) خطوط خلوية مختلفة : اظهرت النتائج ان (L20B) تعطي افضل المعدلات (100%) لعزل فيروس السنجابية (PV)، ولم تعزل فيروسات معوية (EVs) ، اما خلايا (RD) بمعدل (90%) اما خلايا(Hep - 2C) بمعدل (71%) لعزل فيروس السنجابية (PV) ، وقد عزلت (EVs) بمعدل (29%) .• في اختبار الترحيل الكهربائي (Electrophoresis (SDS - PAGE في هذه الدراسة تم تمييز اربعة حزم للسلاسل الببتيدية لفيروس السنجابية (PV) لكن هذه النتائج : لم تظهر اي فروقات تميز بين انماط فيروس السنجابية (PV) الثلاثة ، وكذلك لا توجد فروقات تميز بين فيروس السنجابية (PV) المعزولة من عينات الخروج (المشتقة من اللقاح) والعينات البرية (تم الحصول عليها من مختبر الصحة العام المركزي)او عينات اللقاح .نستنتج من الدراسة ان تقنية الزرع النسيجي في الكشف عن فيروس السنجابية (PV) في نماذج الخروج ان الخلايا (L20B) تعد خط الخلايا الامثل والافضل لعزل فيروس السنجابية (PV) بدون عزل فيروسات معوية (EVs) اخرى من نماذج الخروج ، وهذا يوفر لناالوقت والجهد والمواد المبذولة لعزل وتشخيص فيروس السنجابية (PV) من عينات الخروج خلال وجود ومراقبة حالات الشلل الرخو الحاد (AFP )والمراقبة البيئية ضمن مبادرة استئصال شلل الاطفال وكذلك نستنتج ان النمط الاول(PV1)هو الاكثر شيوعا في هذه الدراسة . | Poliovirus (PV) is the etiologic agents of poliomyelitis , This Disease was one of the dangerous diseases in the world. Laboratory diagnosis is still required for detection of poliomyelitis cases and surveillance, to qualification of Immunization and other potentially treatable conditions; development of antiviral agent for the treatment of (PV) infection may provide added impetus for laboratory diagnosis in the near future. In this study collection one hundred and eighty stool specimens from children (less than 5 years old) who administered Oral Poliovirusvaccine (OPV) in preliminary health protection centers in Baghdad and Select fifteen children from the total children and following shedding (PV) in stool for 10 days after immunization with (OPV). Isolation of (PV) was conducted using stool specimens of the vaccination children and inoculated in (L20B) cells, human rhabdomyosarcoma (RD) , human epidermoid carcinoma (Hep - 2C) and check embryo fibroblast (CEF). Followed by identification of (PV) type from positive case which appear cytopathic effect (CFE). By microneutralization test, SDS - PAGE Electrophoresis was done to some specimens which identified as (PV1) ,(PV3),vaccine and wild type. The following results were obtained in this study : - • This study found (114) specimens were positive out of (180) specimens (63%).• No significant difference in isolation of (PV) taken from males and females ,The male to female ratio in (PV) isolation was 1 : 1 .• In comparison, the recovery rate of (PV) due to age of children was found to be the greater proportion and was 83.3%for children within age 8 - 10 month.• Significant difference in isolated (PV) due to during seasons ,the greater percentage was 74.6% during summer .• In Comparison, the recovery rate of (PV) in different cell lines revealed that L20B cell provided the best recovery rate (93%) from fecal samples , differing significantly from the other cell lines (P< 0.05) .• Significant difference in speed recovery of PV in different cell lines , recovery of L20B cell provided the faster recovery rate , significant difference (p > 0.05) of detecting PV between L20B and RD cell at day 3 and between RD and Hep - 2C cell (p > 0.05) at day 5;whereas more significant difference (p > 0.05) in the detection of PV between L20B and Hep - 2C found at day 5.• In neutralization test,it was found the poliovirus type (PV1)was more frequent (60%) than (PV3) (27%)but in this study can’t isolated (PV2), in this study found other (ENs) (13%). • In comparison, the recovered (PV) and other (EVs) in different cell lines ,showed that L20B cell was the best in the recovery rate (100%) for the isolation of (PV) while did not isolation of (EVs),RD in rate (90%) for (PV) while Hep - 2C isolation (PV) in rate (71%),and (ENs) in rate (29%).• In SDS - PAGE Electrophoresis, in this study distinguish 4 bands for polypeptide of (PV), but this result didn't show any difference between strains of (PV) which isolation from stool specimens and wild type. In conclusion the T.C. technique used for detection of ( PV) from stool specimens , the L20B cell was superior to isolation of (PV) without isolation of (EVs) and therefore established a first line of clinical diagnostic test for the detection of (PV) from stool specimens during AFP surveillance and Environmental surveillance in the initiation of eradication of Poliomyelitis. and in conclusion that the (PV1) was widespread in Environment .

دراسة وبائية بكتريا المكورات المعوية ENTEROCOCCI المقاومة للعديد من المضادات الميكروبية والمسببة للاصابات في بيئة المستشفيات == Epidemiological study of Multi - Antimicrobial resistant Enterococci that causes Nonsocomial Infections

Author name: محمد حسن يونس محمد

Supervisor name: مروان صالح محمد | خليل مصطفى خماس

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: في هذه الدراسة جمعت ( 637 ) عينة من مصادر مختلفة ( سريريه , سطوح بيئية , اجهزة طبية , مياه ) للفترة من تموز 2005 الى كانون الثاني 2006 وقد تم اخذ العينات من وحدة الديلزة في مستشفى بغداد ومن وحدة الناظور في مستشفى اليرموك ومن ردهة الاطفال في مستشفى ابن البلدي .استخدم نوعين من الاوساط الزرعية للعزل الاولي لبكتريا المكورات المعوية المقاومة للعديد من المضادات الحياتية وهما Bile aesculin azide agar وVancomycin resistant - enterococci agar .اعتمادا على الصفات المورفولوجية , المجهرية ,والفحص المصلي ( فحص التلازن بالشريحة ) , وفحص الكاتاليز , تم الحصول على 18 عزلة تمثل بكتريا المكورات المعوية المقاومة للعديد من المضادات الحياتية. واعتمادا على التشخيص بنظام ( Api - 20 Strept. Strip ) , اظهرت النتائج ان 13 عزلة من مجموع 18 عزلة ( 72% ) تعود الى النوع E.faecium و5 عزلات من مجموع 18 عزلة ( %28 ) تعود الى النوع E.feacalis .فحص الحساسية بطريقة الانتشار من الاقراص تجاه 10 انواع من المضادات الحياتية ( بنسيلين ج , الجنتامايسين , السايبروفلوكساسين , الكلورامفينيكول , تتراسايكلين , النايتروفيورانتون , الباستراسين ,اميبيم , اميكاسين ,حامض نالدكسك ) اظهرت العزلات مقاومة عالية ( 100% ) لخمسة من المضادات الحياتية (اميكاسين , نالدسك اسد, تتراسايكلين , الباستراسين , الجنتامايسين ) وبالتالي فهي مكورات معوية مقاومة للعديد من المضادات الحياتية .فحص الحساسية بطريقة المرق لتحديد التركيز المثبط الادنى تجاه 9 انواع من المضادات الحياتية ( الجنتامايسين , السايبروفلوكساسين , الكلورامفينيكول , النايتروفيورانتون , فانكومايسين , سيفالوثين , سيفتازديم , سيفيبيم , بنسيلين ج ) , اظهرت النتائج مقاومة عالية ( 100% ) لكل من سيفالوثين وبنسيلين ج ( ug/ml 32 < = MIC50 ) و(16 ug/ml < = MIC50 ) على التوالي . بينما اظهرت حساسية عالية لكل من النايتروفيورانتون والفانكومايسين ( ug/ml 128 < = MIC50 ) و(16 ug/ml < = MIC50 ) على التوالي .تم استخلاص البلازميدات بطريقة التحلل القاعدي المحورة لستة عزلات من مصادر مختلفة ومن نفس الردهة وبعد الكشف عنها بوساطة الترحيل الكهربائي في هلام الاكاروزاظهرت النتائج تشابه الحزم في الموقع والحجم ولكل العزلات .تم تحديد نقاوة الدنا البلازميدي بوساطة المطياف الضوئي حيث كان تركيزا لدنا لحاصل القسمة عند الطول الموجي 260 و280 هو ( 1.95 ) مما يدل على نقاوة الاستخلاص للدنا البلازميدي.دراسة امكانية استعمال ناتج عملية التضاعف لجين (vanA ) و( van B ) المشفرة لجين مقاومة الفانكومايسين وجين ( ddI ) المشفر لجين D - alanine - D - alanine ligase المشخص للنوع E.faecium بوساطة فحص تفاعل بوليميرازالسلسلي للدنا وبعد الترحيل لناتج التضاعف لثلاث جينات لوحظ ظهور حزمة مع الجين ddI عن الجين الخاص بتشخيص النوع E.faecium فقط | This work was done on 704 samples that were collected from many sources included patients, medical instruments, ecological surfaces and water samples from three hospitals in Baghdad .For primary isolation of Multi - Drug Resistant Enterococci , two media were used ( Bile aesculin azide agar,Vancomycin - resistant enterococci ).The isolates were exposed to microscopical, morphological, biochemical test ( especially PYR test,catalase test ), serological test ( slidex Strepto - D - Kit) which proved 18 samples as Multi - Drug Resistant Enterococci .Diagnosis by ( Api - 20 Strept.strip ) we determined 13 isolates from 18 isolates ( 72% ) are belonged to E.faecium,and 5 isolates from 18 isolates ( 28%) are belonged to E.Feacalis .the antibiotic susceptibility test by using disk diffusion method as well as the determination of minimal inhibitory concentration of several antibiotics carried upon these samples . the results showed that all samples were resistant to five antibiotics . the minimum inhibitory concentration ( MIC50) of cephalosporin, penicillin G , ciprofloxacin,cefepim, and ceftazidime was > 64 µg / ml.nitrofurantoin and vancomycin had MIC50 of 128 and 16 µg / ml respectively.Pure plasmid DNA was extracted from vancomycin resistant enterococci by the evidence of UV - spectrophotometer study .Agarose gel electrophoresis of plasmid isolated from vancomycin resistant related to different sources showed slight differences in the bands mobilization and gave negative results by Pulsed Field Gel Electrophoresis ( PFGE). Determined the genes of vancomycin resistant (vanA and vanB) in isolates by PCR , the results showed that all isolates gave negative results. The best culture medium used for isolate Multi - drug resistant enterococci is Bile aesculin azide agar . in clinical samples all isolates are E.faecium ,in environmental samples all isolates are E.Feacalis .High resistant to Cephalosporines and low resistant to nitrofurantoin .vanA and vanB genes were not detected in isolates by PCR. In this study were collected ( 637) samples from different sources ( clinical , ecological surfaces , medical instruments , water ) from July in 2005 to January in 2006 . samples taken from ( Dialysis unit in Baghdad hospital , Proctoscopy unit in ALyarmok hospital , Pediatric ward in Ibn - albaldi hospital).Used two types of culture media for primary isolation of Multi - drug resistant enterococci ( Bile aesculin azide agar , Vancomycin resistant enterococci agar).dependent on morphological , microscopical, serological test ( slide Strepto - D - Kit) and (PYR) test and catalase test , we obtained 18 isolates as Multi - drug resistant enterococci. dependent on diagnosis by ( API - 20 Strept.Strip ) . the results showed that 13 isolates from 18 isolates ( 72% ) are belonged to E.faecium, and 5 isolates from 18 isolates ( 28%) are belonged to E.fecalis .The susceptibility test by using disk diffusion method against 10 types of antibiotics(Penicilin G, Gentamicin , Chloramphenicol , Nitrofurantoin , Tetracyclin , Bacitracin , Amikacin , Imepem , Nalidix acid and Ciprofloxacin) .The isolate showed highly resistant (100%) to 5 antibiotics ( Gentamicin , Tetracyclin , , Bacitracin , Amikacin, Nalidix acid) and then the isolates are resistant to Multi - antibiotics.The susceptibility test by using broth dilution method to determine MIC against 9 types of antibiotics (Gentamicin , Penicilin G, Ciprofloxacin, Nitrofurantoin, Chloramphenicol,Cephalothin,Ceftazidime , Cefepime ,Vancomycin),The isolate showed highly resistant (100%) to Cephalothin and Penicillin G ( MIC50 = >32 ug/ml )and ( MIC50 = >16 ug/ml) sequencely The isolate showed low resistant to Nitrofurantoin and Vancomycin ( MIC50 = > 128 ug/ml) and (MIC50 = > 16 ug/ml)sequencely. Plasmid extraction by modified Alkaline analysis method for 6 isolates from different sources in same ward and after detected by agarose gel electrophoresis, the results showed the same plasmid bands in size and place for all isolates. We determined the purity of plasmid DNA by UV - Spectrophotometer which concentration of DNA for divided obtained at wave length 260 and 280 nm was ( 1.95) which indicate the purity of extraction of DNA. Study of using the product of amplication of( vanA) and (vanB) gene coded for vancomycin resistant gene and( ddI) gene coded for D - alanine - D - alanine ligase gene specific for E.faecium by Polymerase Chain Reaction for DNA and after detected the product of amplification of 3 genes, the results showed that isolates gave positive result for just (ddI) gene and negative for( vanA) and( vanB) gene.

تاثير المستخلصات المائية والكحولية لنباتي سم الفراخ والقريص على بعض عوامل الضراوة والدنا البلازميدي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا == The Effect of aqueous and alcoholic extracts of Withania somnifera (L.) Dun. and Urtica urens (L.) in some virulence factors and plasmid DNA in local isolates of Pseudomonas aeruginosa

Author name: ديمة نزار فرج باصات

Supervisor name: لينة عبد الكريم الامير

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت (50) عزلة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من (110) عزلة من مصادر عزل مختلفة (الجروح ، والحروق ، والاذن ، والادرار ، والدم) لمرضى في مستشفيات اليرموك ، والكندي والعلوية للاطفال ، وقد تبين ان (44 %) من العزلات كان مصدرها الجروح و(20 %) لكل من الادرار ، والاذن و(12%) للحروق ، و(4 %) لعينات الدم.وعند التحري عن المقاومة لمضادات الحياة وجد ان (68 %) من العزلات اظهرت مقاومة متعددة لـ (6 - 9) مضادات و(26 %) من العزلات كانت مقاومة لـ (1 - 5) مضادات و(6 %) من العزلات مقاومة لـ (10 - 12) مضادا وتوزعت العزلات المقاومة ضمن (33) نمط مقاومة لمضادات الحياة.وعند التحري عن انتاج بعض عوامل الضراوة لبكتريا P. aeruginosa تبين ان (82 %) من العزلات منتجة لانزيم الهيمولايسين و(74 %) منتجة لانزيم الايلاستيز و(66 %) منتجة لانزيم اليوريز ، وكانت المجموعة السائدة هي المنتجة للعوامل الثلاثة معا ، مما يدل على اهمية هذه العوامل في ضراوة البكتريا كما تبين ان هناك ارتباطا بين انتاج انزيم الايلاستيز والهيمولايسين.اختيرت عزلتان احداهما مقاومة لاحد عشر مضادا من اصل 12 مضادا منتجة لعوامل الضراوة الهيمولايسين ، والايلاستيز ، واليورييز (PD1) والاخرى حساسة (مقاومة لاربعة مضادات من اصل 12 مضادا) ومنتجة للايلاستيز والهيمولايسين وغير منتجة لليوريز (PD2).وعند التحري عن وجود البلازميدات وجد ان العزلة المقاومة (PD1) تمتلك بلازميدا واحدا والعزلة الحساسة (PD2) لا تمتلك بلازميدا.حدد التركيز المثبط الادنى للمستخلصات المائية والكحولية لنباتي سم الفراخ Withania somnifera L. Dun. ، والقريص Urtica urensi L. تجاه بكتريا P. aeruginosa (للعزلتين (PD1,PD2وكان التركيز المثبط الادنى لمستخلص سم الفراخ المائي (175) ملغم / مللتر ، والكحولي (5) ملغم / مللتر ، والتركيز المثبط الادنى لمستخلص القريص الكحولي (25) ملغم / مللتر ، اما المستخلص المائي للقريص فلم يكن له اي تاثير تثبيطي في نمو البكتريا حتى التركيز (175) ملغم / مللتر.درس تاثير المستخلصات في التراكيز تحت التركيز المثبط الادنى تجاه تثبيط بعض عوامل الضراوة للبكتريا وكان مستخلص سم الفراخ المائي والمستخلص الكحولي مثبطا لانزيم الهيمولايسين ومضعفا للايلاستيز ولم يكن لهما تاثير في انتاج اليوريز عند التراكيز (100 ، 125 ، 150) ملغم / مللترللمستخلص المائي والتراكيز (2 ، 3 ، 4) ملغم / مللتر للمستخلص الكحولي ، اما مستخلص القريص المائي والمستخلص الكحولي فكان لهما تاثير مثبط للايلاستيز ومضعف للهيمولايسين ولم يؤثرا في انتاج اليوريز عند التراكيز (125 ، 150 ، 175) ملغم / مللتر للمستخلص المائي وعند التراكيز (10 ، 15 ، 20) ملغم / مللتر للمستخلص الكحولي.لم يكن لاي مستخلص نباتي من المستخلصات المستعملة تاثير في تحييد البلازميد للعزلة PD1 عند التراكيز تحت المثبطة ، لكن عند تحليل الدنا البلازميدي باستخدام الاشعة تحت الحمراء وجد ان مستخلصي سم الفراخ المائي عند التركيز (150) ملغم / مل والكحولي عند التركيز (4) ملغم / مللتر احدثا تغييرا في مواقع جذر NH+3 ولايون C=O عند الحزمة 2000 - 3100 سم - 1 ، والحزمة 1649 سم - 1 على التوالي. اما مستخلص القريص المائي عند التركيز (175) ملغم / مللتر والكحولي عند (20) ملغم / مللتر فقد احدث تغييرا في موقع جذر NH3+ عند الحزمة 2000 - 3100 سم - 1 وايون C=O عند 1649 سم - 1 واحدثت تغييرا في شدة الحزمة عند 1022 سم - 1 والتي تعود الى مجموعة PO2 - ويمتاز المستخلص المائي بانه احدث تغييرا في دنا البلازميد البكتيري بظهور حزمة جديدة عند 810 - 690 سم - 1 وتعود لمجموعة PO2 - ايضا. وهذا يشير ايضا الى احتمال تاثير تلك المستخلصات النباتية على الوضعية العامة لجزيئة الـ DNA من ناحية التركيب الثانوي وبالتالي على بعض ادواره الوظيفية الحيوية. | Pseudomonas aeruginosa was isolated from various clinical specimens including : wound , burn , ear , urine and blood , collected from patients hospitalized in Yarmouk , Al - Kindy and Al - Elweia for children hospital,A total of (50) (out of 110) isolates were obtained of which (44 %) were isolated from wounds , (20 %) from urine and ear infections , (12 %) from burns and (4 %) from blood specimen.Antibiotic resistant tests have indicated that (68 %) of P. aeruginosa isolates were multiresistant to (6 - 9) antibiotics and (26 %) were resistant to (1 - 5) antibiotics and (6 %) were resistant to (10 - 12) antibiotics , P. aeruginosa isolates exhibited (33) antibiogram patterns.Detection of some virulence factors production by these isolates indicated that (82 %) were producers of hemolysin, (74 %) were elastase producers and (66 %) were urease producers. The group producing all three virulence factors was dominant.Two isolates were selected , the first isolate (PD1) was resistant to (11) antibiotics , and produced hemolysin , elastase and urease , the second isolate (PD2) was resistant to (4) antibiotics only (out of 12) and produced hemolysin , elastase but not urease.Screening for plasmid DNA indicated that the resistant isolate (PD1) had a single plasmid , while the sensitive isolate (PD2) had no plasmid.Minimum inhibitory concentration (MICs) of the aqueous and ethanolic extracts of both (whole) plants Withania somnifera (L.) Dun. and Urtica urens L., were determined towards P. aeruginosa (PD1,PD2), Results obtained showed that MIC of ethanolic extract of W. somnifera was (5) mg / ml and of aqueous extract was (175) mg / ml. The MIC for the ethanolic extract of U. urens was (25) mg / ml , while the aqueous extract had no inhibitory effect towards P. aeruginosa up to (175) mg / ml.The effect of Sub - MICs of the aqueous and ethanolic extracts of both plants on the production of hemolysin , elastase and urease was investigated. Sub - MICs of the ethanolic and aqueous extract of W. somnifera had an inhibitory effect on hemolysin production and a suppressing effect on elastase but no effect on urease production at 100 , 125 , 150 mg / ml for the aqueous extract and 2 , 3 , 4 mg / ml for the ethanolic extract.Sub - MICs of the aqueous and ethanolic extract of U. urens had an inhibitory effect on elastase production and a suppressing effect on hemolysin , but no effect on urease production at 125 , 150 , 175 for the aqueous extract and 10 , 15 , 20 mg / ml for the ethanolic extract.The electrophoresis of plasmid DNA isolated from bacterial cell treated with plant extracts indicated that neither W. somnifera nor U. urens extracts had a curing effect on the plasmid at sub - MIC concentrations for PD1.Vising infrared spectroscopy spectrum showed that the sub MICs of ethanolic and aqueous extracts of . W. somnifera (4 mg / ml , 150 mg / ml) made an alteration in NH+3 groups at wave band (2000 - 3100) cm - 1 and C=O group at 1649 cm - 1 , while the Sub - MICs of the ethanolic and aqueous extracts of U. urens (20 mg / ml , 175 mg / ml) made changes in NH+3 , C=O and PO2 - groups at the wave bands (2000 - 3100) , 1649 , 690 - 810 cm - 1 respectively. These results indicate the possible effect of plant extracts on the conformation of the DNA molecules affecting some of its biological functions.

دراسة مقارنة بين الشكلين الحلزوني والمكور في بكتريا Helicobacter pylori المعزولة من مرضى مصابين بقرحة الاثنى عشر

Author name: حلا مؤيد رديف

Supervisor name: ضحى سعد صالح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: هدفت الدراسة الى عزل بكتريا Helicobacter pylori من المرضى المصابين بقرحة الاثنى عشر ودراسة ظاهرة تحول الخلايا من الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة والعوامل المؤثرة ، وقد بينت النتائج ان مكونات الوسط الزرعي والضوء والاوكسجين من اهم العوامل التي تساعد على عملية تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة لجرثومة H. pylori . خلال مدة الحضن والخزن , فقد لوحظ عند استخدام وسط اغار نقيع الدماغ - القلب ، ووسط اغار الدم الاساسي المضاف اليهما دم بشري متحلل بنسبة ( %5) ، واضافات النمو يتم الحصول على الاشكال المكورة بنسبة اقل مما لو استخدمت الاوساط الزرعية ذاتها لكن بدون اضافة الدم واضافات النمو. وللمحافظة على حيوية جراثيم الهيليكوبكتر وعلى شكلها الحلزوني لمدة زمنية اطول قد تصل الى (30 - 20) يوما عند خزنها بدرجة حرارة (4)مo , يجب عدم تعريض الاوساط الزرعية الى الضوء والاوكسجين بنسبة اعلى من ( %6 ) ، كذلك مراعاة ان تكون باءهاءpH)) الوسط .( 8 - 6.9 ) سجل لاول مرة في القطر تمكن بعض الاشكال المكورة من التحول الى الاشكال الحلزونية عند استخدام وسط اغار نقيع الدماغ - القلب، ووسط المولرهنتون، ووسط مرق البروسيلا، ووسط اغار الحليب، ووسط اغار الـﭼوكليت ،ووسط اغار الماكونكي ، ووسط التربتون سوي بروث( Trypton Soy Broth ) . اذ اضيف الى قسم من الاوساط المستخدمة ( %5 ) دم بشري متحلل واضافات النمو ، كذلك سجل لاول مرة في القطر تمكن بعض الاشكال المكورة من التحول الى الاشكال الحلزونية عند استخدام الفئران واستخدام خنازير غينيا ( Guinea - pigs ) بشكل افضل من استخدام الاوساط الزرعية الصلبة والسائلة مع مراعاة اعطاء الحيوان جرعة لقاح بحجم ( 0.1 ) ملليلتر , ولوحظ ضرر نسيجي عند دراسة المقاطع النسيجية للمعدة ، اذ اشارت الدراسات السابقة الى عدم قدرة تحول الاشكال المكورة الى الاشكال الحلزونية عند استخدام الحيوانات المختبرية. اوضحت النتائج ان المحتوى الكيميائي للاشكال المكورة في بكتريا H. pylori يختلف عن المحتوى الكيميائي للاشكال الحلزونية للبكتريا نفسها بعد معاملتها بحامض الكبريتيك المركز وهيدروكسيد البوتاسيوم ، الشيء الذي يعكس حدوث تغيرات في الجدار الخلوي خلال عملية تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة . كما بينت النتائج ان الاشكال المكورة اقل كثافة من الاشكال الحلزونية ، بسبب قلة نسبة الببتيدوكلايكان ، واضمحلال المكونات الخلوية وفقدانها نتيجة حدوث تغيرات في الجدار الخلوي وتلف الغشاء الهيولي Cytoplasmic membrane) ) . اظهرت الدراسة ان محتوى الاشكال المكورة العائدة الى H. pylori من الحامض النووي الديوكسي رايبوز DNA ) Deoxyribo nucleic acid ) ، والحامض النووي الرايبوزي RNA ) Ribonucleic acid ) اقل مما هو موجود في الاشكال الحلزونية للجرثومة نفسها . عند دراسة انظيم اللايسوزايم Lysozyme ومادة EDTA كلا على حدة ، وكذلك انظيم اللايسوزايم ومادة EDTA معا في الاشكال الحلزونية العائدة الى جرثومة H. pylori , كان التاثير اكثر بكثير قياسا مع الاشكال المكورة للجرثومة نفسها ، وذلك لقلة نسبة الببتيدوكلايكان في جدران الاشكال المكورة ، او لفقدان مواقع في الببتيدوكلايكان حساسة الى انظيم اللايسوزايم . وقد لوحظ ان المنظفات الايونية مثل مادة SDS والمنظفات اللاايونية مثل مادة Triton X - 100 تسببان تحلل عزلة H. pylori بشكليها الحلزوني والمكور , الا ان التراكيز الواطئة من مادة SDS تكون اكثر فعالية من التراكيز العالية من مادة Triton X - 100 في تحلل الجرثومة بشكليها الحلزوني والمكور. شوهدت الاشكال الحلزونية والاشكال المكورة لجرثومة H. pylori والاشكال التي تظهر خلال تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة عند استخدام المجهر الالكتروني الناقل , وقد لوحظت اشكال مختلفة من الاشكال المكورة تملك سوطا واحدا او سوطين . وسجل لاول مرة امتلاك الاشكال المكورة العديد من الاسواط ، وذلك عند تصوير العزلات بالمجهر الالكتروني الناقل. في حين اشارت الدراسات السابقة الى امتلاك الاشكال المكورة سوطا واحدا او سوطين فقط . وقد بينت نتائج دراسة التركيب الدقيق باستخدام المجهر الالكتروني ظهور الاشكال المتعددة للجرثومة ( العصوي ، والعصوي المنحني ، والملتوي ) فضلا عن ملاحظة النهاية المستديرة للجرثومة والتوزيع المتجانس للمكونات السايتوبلازمية والصباغية ( Chromatic Contents ) في داخل الخلية الجرثومية والسطح الناعم للجرثومة ، كما تم مشاهدة السياط المميزة لهذه الجرثومة التي تميزت بكونها مغمدة ( Sheathed ) وحاوية على انتفاخ ( تثخن ) في نهاية السوط الذي يشبه الهراوة . | The study aimed to isolate the Helicobacter pylori bacteria from patients who have duodenum ulcer and study the phenomenon of cell transformation from spiral shapes to cocci shapes and the influencing factors. The results showed that the component of the agricultural environment, light, and oxygen are the most important factors that help in the process of transformation from the spiral shapes to cocci bacterial shapes of H. pylori during the incubation and the storage period. It had been noticed that when using Brain - Hart infusion agar and Blood - Base agar with the addition of decomposed human blood by a percentage of (5%) with growth supplements, we get cocci shapes with a percentage less than that when we use the same agricultural media without adding the blood and the growth supplements. To maintain the activity of the H. pylori and its spiral shape for a longer period of time which can go up to (20 - 30) days when stored at 4 Co , we must not exposure the agricultural media to light and oxygen with a percentage higher than 6% and also thepH must be (6.9 - 8). For the first time, it had been recorded that some cocci shapes can transform to spiral shapes when using Brain - Hart infusion agar, Muller - Hinton agar, Brucella agar, Milk agar, Choclate agar, Maconcky agar, and Trypton Soy Broth, if we add to some of the used media (5%) of decomposed human blood and growth supplements. While, the previous studies mentioned that it is not possible for the cocci shapes to transform to spiral shapes when using cultural media. Also, it had been recorded for the first time that some of the cocci shapes can transform to spiral shapes when using mice and Guinea - Pigs, in a better way than using the solid and liquid cultural media taking into consideration giving the animal a dosage of vaccine of size (0.1) ml. Tissue damage had been noted when studying the tissue sections for stomach, while previous studies mentioned that it is not possible for the cocci shapes to transform to spiral shapes when using laboratory animals. The results show that the chemical content of the cocci shapes in the H.pylori bacteria is different from the chemical content of the spiral shapes of the same type of bacteria after treating it by concentrated sulfuric acid and potassium hydroxide, which reflect that changes had took place in the cell wall during the process of transformation from spiral shapes to cocci shapes. The results also showed that the cocci shapes are less density from the spiral shapes due to shortage of Peptidoglycan and the vanishing of the cellular components and the loss of these cellular components due to the changes that took place in the cell wall and the damage of the Cytoplasmic membrane. The study showed that the contents of the cocci shapes of the H.pylori from the Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) and from the RiboNucleic Acid (RNA) is less than that of the spiral shapes of the same bacteria. When the Lysozyme and EDTA had been studied separately and also the Lysozyme and the DETA together in the spiral shapes of the H. pylori bacteria, the effect was much more when compared with the cocci shapes of the same bacteria, and that is due to the shortage of Peptidoglycan in the walls of the cocci shapes or due to the loss of Peptidoglycan positions sensitive to the Lysozyme. It had been noted that the ionic detergents such as the SDS and the non - ionic detergents such as Triton X - 100 are causing the analysis of the H. pylori isolation in both the cocci and spiral shapes, but the low concentrations of SDS is more efficient than the high concentration of the Triton X - 100 in the analysis of the bacteria in both of its cocci and spiral shapes. The spiral shapes and the cocci shapes of the H. pylori bacteria and the shapes that appears during the process of transformation from spiral shapes to cocci shapes had been observed when using the Transmission Electronic Microscope (TEM) , also different cocci shapes had been observed that have one and two flagellum. It had been recorded for the first time that the cocci shapes have more than one flagellum and that was during the photography of the isolations by the TEM, while previous studies mentioned that the cocci shapes have one or two flagellum only. The fine composition study using electronic microscope showed that many shapes of the bacteria appears ( rods, curved rods, and the spiral ) in addition to noticing the round end of the bacteria and the homogenous distribution of the Cytoplasmic and Chromatic contents inside the bacteria cell and the smooth surface of the bacteria, and also the flagellum that distinguish this bacteria had been observed that are distinguished by being sheathed and have inflation ( thickness ) in the end of the flagellum which looks like cudgel.

دراسة مقارنة بين انواع بكتريا Staphylococci المنتجة وغير المنتجة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين == Comparative Study between Methicillin - Resistant Coagulase Positive and Negative Staphylococci

Author name: هالة محمد حسين الحسني

Supervisor name: مي طالب فليح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم جمع 161 عينة من المرضى والحاملين للبكتريا (العاملين في المستشفيات والمطاعم) (carriers) كانت العينات تشمل : مسحات الانف، مسحات الجروح، الحروق، التقيحات، القشع، مسحات الاذن وكذلك شملت افرازات من الثدي وعينات من البول والدم. شخصت 49 عزلة (30.4%) على انها تعود لجنس Staphylococcus. وبعد اجراء اختبار الانزيم المخثر للبلازما .Coagulase test اظهرت 37 عزلة (75.5%) من اصل 49 قدرتها على انتاج الانزيم المخثر للبلازما ]موجبة للانزيم المخثر للبلازما Coagulase - Positive Staphylococci (COPS)[، بينما اظهرت 12 عزلة (24.5%) عدم قدرتها على انتاج هذا الانزيم واعتبرت سالبة للانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci(CONS). تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحياة للتحري عن وجود وانتشار بكتريا Staphylococci المقاومة للمضاد الحيوي المثسلين وكذلك تم استخدام العدة الخاصة للكشف عن هذا النوع من البكتريا (MRSA Kit) للتاكد من النتيجة، وقد كانت النتائج كالاتي : اظهرت 41 عزلة (83.7%) من اصل 49 مقاومتها لمضاد المثسلين بينما اظهرت 5 عزلات (10.2%) حساسيتها لهذا المضاد وكانت ثلاث عزلات فقط (6.1%) متوسطة المقاومة لهذا المضاد. وقد مثلت مسحات الانف (من الحاملين للبكتيريا) (carriers) اعلى نسبة (%63.4) بين العزلات المقاومة للمثسلين. ومن ناحية اخرى فقد اظهرت النتائج ان 30 عزلة (81%) من اصل 37 عزلة منتجة للانزيم المخثر للبلازما (COPS) كانت مقاومة لمضاد المثسلين بينما اظهرت 4 عزلات (10.8%) حساسيتها لهذا المضاد وثلاثة عزلات فقط (8.1%) متوسطة المقاومة للمثسلين. اما بالنسبة للعزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما (CONS) اظهرت 11 عزلة من اصل 12 عزلة (91.6%) مقاومتها للمثسلين بينما اظهرت عزلة واحدة فقط (8.3%) حساسيتها لهذا المضاد. ولم تظهر اي عزلة من العزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما مقاومة متوسطة لهذا المضاد. اما بالنسبة لفحص الحساسية لبقية مضادات الحياة فقد اظهرت النتائج ان كلا النوعين (الموجبة والسالبة للانزيم المخثر للبلازما) مقاومة لعدة انواع اخرى من المضادات اضافة للمثسلين (متعددة المقاومة للمضادات الحيوية). تم التحري عن قابلية بكتريا Staphylococcus aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) والبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين (MR - CONS) على انتاج بعض عوامل الفوعة وقد اظهرت النتائج ان بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة لعدة انواع من الانزيمات والسموم التي تساهم عادة في امراضيتها ومن هذه الانزيمات انزيم البروتييز، اللايبيز، اليوريز، الانزيم المحلل للدنا اضافة الى انزيم الجلاتينيز، كذلك اظهر هذا النوع من البكتريا قدرته على انتاج ثلاثة انواع من الهيمولايسين (الفا، بيتا، ودلتا). اما بالنسبة للنوع الثاني، البكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت قدرتها على انتاج نوعين فقط من الانزيمات (البروتييز واليوريز) اضافة الى انتاجها للانواع الثلاثة من الهيمولايسين. ولم تظهر اي عزلة قابليتها على انتاج سم متلازمة الصدمة السمية (TSST - 1) (Toxic Shock Syndrome Toxin). كذلك فقد تم التحري عن قابلية كلا النوعين السابقي الذكر من البكتريا على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقتي الانابيب واكار احمر الكونغو، وقد بينت النتائج ان كلا النوعين لها القدرة على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقة الانابيب الا ان كمية او نسبة المادة الملتصقة على السطح الداخلي للانابيب كانت متباينة بين العزلات، اما طريقة اكار احمر الكونغو فقد اظهرت ان 60% من عزلات بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة للطبقة اللزجة وبكميات كبيرة بينما اظهرت 40% من عزلات هذا النوع عدم قدرتها على انتاج الطبقة اللزجة. اما بالنسبة للبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت جميع العزلات التي تم اختبارها (100%) انتاجيتها العالية للطبقة اللزجة. اختبرت قدرة كلا من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) على انتاج او تكوين الغشاء الحيوي (biofilm) باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة وقد بينت النتائج ان كلا النوعين له القدرة العالية على تكوين الغشاء الحيوي فقد كانت قيم الامتصاصية تتراوح بين 0.520 - 0.738 وان قيم الامتصاصية لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) كانت اكبر من قيم الامتصاصية لبكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA)، اضافة لذلك فان قيم الامتصاصية وبالتالي تكوين الغشاء الحيوي قد ازدادت وبفارق معنوي عند اضافة سكر الكلوكوز وبنسبة 1% للوسط الزرعي. اظهرت النتائج كذلك ان هناك صلة بين المقاومة للمثسلين وتكوين الغشاء الحيوي في العزلات التابعة لبكتريا S. aureus. اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا لاثنين من مضادات الحياة Vancomycin وClindamycin على تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لكل من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) وقد بينت النتائج ان كلا المضادين وبكلا التركيزيين المستخدمين (تحت المثبط الادنى الاول وتحت المثبط الادنى الثاني) قد اثر او ثبط تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين هذا عند استخدام كل مضاد بمفرده على الرغم من ان تاثير مضاد الـ Vancomycin في التثبيط كان افضل من تاثير مضاد الـ Clindamycin. اضافة الى ذلك فقد اثبتت النتائج ان عملية دمج المضادين وبكلا التركيزيين تحت المثبطين الادنيين قد ثبط عملية تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين على السواء. وعند المقارنة بين طريقتي استخدام كل مضاد بمفرده وبين عملية الدمج بين المضادين فان النتائج قد بينت عدم وجود اي فرق معنوي بين الطريقتين بالنسبة لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE)، بينما بينت النتائج ان هناك فرق معنوي بين استخدام الطريقتين بالنسبة للعزلة S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وان الطريقة الاولى (استخدام كل مضاد بمفرده) كانت افضل من الطريقة الثانية (عملية الدمج بين المضادين) في التاثير التثبيطي على عملية تكوين الغشاء الحيوي. | One hundred and sixty one specimens were collected from patients and carriers (workers in the hospitals and restaurants), the specimens included nasal swab, wound swab, burn swab, abscess and pus, sputum, ear swab, breast discharge, urine and blood culture. Only 49 (30.4%) isolates identified as Staphylococcus, the coagulase test was performed and the results showed that from total 49 isolates of Staphylococci, 37 isolates (75.5%) were coagulase - positive (COPS), while only 12 isolates (24.5%) were coagulase - negative (CONS). The distribution of Methicillin resistance among Staphylococcus spp. was investigated by disc diffusion method and MRSA Kit. The results indicated that from all 49 isolates, 41 isolates (83.7%) showed resistant to the Methicillin while 5 isolates (10.2%) were sensitive and only 3 isolates (6.1%) was intermediate resistance. The highest rate of Methicillin resistance Staphylococci (63.4%) was obtained from nasal swabs (carriers). On the other hand the results showed that out of total 37 coagulase - positive isolates (COPS), 30 isolates (81%) were resistant to Methicillin and 4 isolates (10.8%) were sensitive while only 3 isolates (8.1%) were intermediate resistance to the Methicillin. The total 12 isolates that identified as coagulase - negative (CONS), 11 isolates (91.6%) showed resistance to Methicillin while only 1 isolate (8.3%) was sensitive, and there was no intermediate resistance among CONS isolates. The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that both COPS and CONS isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The ability of Methicillin - Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin - Resistant Coagulase - Negative Staphylococci (MR - CONS) isolates to produce some virulence factors were investigated and the results showed that MRSA isolates produce many enzymes and toxins that contributed in their virulence such as protease, lipase, urease, DNase and gelatinase, and also produce three types of haemolysins (alpha, beta, and delta), while MR - CONS showed the ability to produce only two enzymes (protease and urease) and three types of haemolysins. Toxic Shock Syndrome Toxin (TSST - 1) has not detected by any tested isolates. The ability to produce slime layer by MRSA and MR - CONS isolates was also investigated and the results showed that all isolates of both MRSA and MR - CONS were produced slime layer when tested by tube method but the amounts of adherent materials were different among the isolates. However, the results by Congo red agar method showed that 60% of MRSA isolates produced strong slime layer and 40% of MRSA obtained negative result, and in the case of MR - CONS all tested isolates (100%) had the ability to produce strong slime layer by this method. Similarly the ability of MRSA and Methicillin - Resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) isolates to produce biofilm by tissue culture plate (TCP) was investigated and the results indicated that both MRSA and MRSE showed highly and strong biofilm formation, and the OD value of biofilm formation ranged between 0.520 - 0.738, and the OD value obtained from MRSE isolates were higher compared to the MRSA isolates. Additionally the OD value of biofilm formation significantly increased in addition of 1% glucose to the media. The results showed that there are a possible correlation between Methicillin susceptibility and the biofilm formation in S. aureus isolates.The effect of Subinhibitory Antibiotics Concentration (sub - MIC) of two antibiotics (Vancomycin and Clindamycin) on the biofilm formation by MRSA and MRSE isolates were investigated and the results showed that both antibiotics at two subinhibitory concentration (one - half and two - half the MIC) were significantly inhibited the biofilm formation by both isolates when using of each antibiotic alone, but Vancomycin was most effective than Clindamycin. Additionally the results showed that the combination of these two antibiotics at different sub - MIC were also significantly reduced or inhibited the biofilm formation by both isolates. In comparison between the using of each antibiotics alone and the using of antibiotics combination the results showed that in the case of MRSE isolate there was no significant difference between the two treatment methods, while in the MRSA isolate there was a significant difference between the two methods. The using of each antibiotic alone (Vancomycin or Clindamycin) was most effective than the using of combination of these two antibiotics in the inhibition of biofilm formation.

انتاج الالجينت من بكتريا Azotobacter vinellandii المعزولة محليا ودراسة صفاته الفيزيوكيمياوية

Author name: حسام صباح اوهيم

Supervisor name: شذى سلمان حسن

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 50 عزلة بكتيرية من 20 عينة تربة جمعت من حدائق جامعة بغداد في الجادرية ومن اماكن مختلفة من حقول الذرة في كلية الزراعة في ابو غريب, تبين ان 20 منها عائد الى جنسAzotobacter اعتمادا على الفحوصات المزرعية والمجهرية. اظهرت جميع عزلات Azotobacterمستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح المعدنية الحاوي على السكروز. تم اختيار 10 عزلات والتي تميزت باعطاء لزوجة عالية عند نموها في الوسط لاجراء الغربلة الكمية لانتاج الالجينات وانتخبت العزلة A3 الاغزر انتاجا. وشخصت هذه العزلة باجراء الفحوصات الكيموحياتية وتبين انها احدى سلالات بلغ تركيز الالجينات المنتج من هذه العزلة 3 غم / لتر والكاربوهيدرات الكلية 3,15 غم / لتر ونسبة الالجينات في الكاربوهيدرات الكلية كانت 95,2 % . حددت الظروف المثلى لانتاج الالجينات من العزلة واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الحاوي على 1% سكروز وخالي من المصدرالنايتروجيني برقم هيدروجيني 6,5 وبحجم لقاح 1% وعدد خلايا ( 3 × 10 4 خلية /مل ) وعند درجة حرارة 30 م۫ ولمدة حضانة 5 ايام في حاضنة هزازة بسرعة 150 دوره في الدقيقة . درست مواصفات الالجينات المظهرية والفيزيوكيميائية المنتجة من العزلة حيث ظهر هذا المركب بعد استخلاصه وتجفيفه بلون كريمي مائل الى البني ومظهر صمغي . اما صفاته الفيزيوكيميائية فقد بينت النتائج ان المركب ذائب في الماء وغير ذائب في الايثانول والميثانول والايزوبروبانول . كانت لزوجة المركب عالية عند التركيز 1% ودرجة حرارة 35 م۫ حيث بلغت 149,94 سنتيبويز وهذه اللزوجة تقل بارتفاع درجة الحرارة وتزداد عند انخفاض الرقم الهيدروجيني حتى وصلت الى اعلى قيمة لها عند الرقم الهيدروجيني 5. كانت درجة الانصهار البدائية (onset melting point ) 190 م۫ والدرجة النهائية (clear melting point ) 205 م۫ وكان الوزن الجزيئي للالجينات 223,23 كيلودالتون. درست قابلية الالجينات على امتزاز ايونات المعادن الثقيلة ( الزنك والنحاس ) وحددت الظروف المثلى لعملية الامتزاز. اظهرت النتائج ان الالجينات لها الفه وسعة ارتباط عالية لكل من ايونات الزنك والنحاس . وان افضل امتزاز حدث بعد مرور 10 ساعات من وقت المعاملة ( اضافة 150 مل من محلول الالجينات بتركيز 1% الى 50 مل من المحلول الحاوي على ايونات الزنك او النحاس ) وكان الرقم الهيدروجيني 9 الافضل في امتزاز ايونات الزنك والنحاس من الرقم الهيدروجيني المتعادل والحامضي . | Fifty bacterial isolates were obtained from 20 soil samples collected from Baghdad University's gardens at AL - Jadiria and different places in corn field at College of Agriculture in Abu - Ghrib. Twenty of these isolates were belonged to Azotobacter depending on cultural characteristics and microscopic examination and biochemical tests .All the Azotobacter isolates revealed mucoid colonies when grown on sucrose mineral - salt agar medium. From these isolates ten isolates of higher level of mucoid growth were screened for alginate production. Azotobacter vinellandii A3 isolate revealed highest alginate production (3 gm / L ) with total carbohydrates of (3.15 gm / L ) and 95.2% alginate percent in total carbohydrate . The optimum conditions for alginate production by A. vinellandii A3 were determined; the results showed that the best production level was obtained in Emtiazis medium, containing 1% sucrose without nitrogen source, at pH 6.5, inoculum's size 1% (3.1 × 104 CFU/ml) and incubated at 30˚C for 5 days in shaking incubator at 150 rpm. , alginate concentration was 3.9(gm / L) and alginate percentage in total carbohydrate was 95.1%. Alginate of A. vinellandii A3 characterization was performed, alginate color was cream to light brown, gummy texture and soluble in water but insoluble in ethanol, methanol and isopropanol, alginate had high viscosity at a concentration of 1% solution at 35˚C which was 146.94 centipoises, the viscosity decreased with increasing temperature ,and increase with lowering pH and reached the maximum at pH 5 , the onset melting point of sodium alginate was 190 ˚C and the clear melting point was 205˚C and the molecular weight of alginate was 223.23 KD. The ability of alginate of A. vinellandii A3 to adsorb heavy metal ions(Cu+2 , Zn+2 ) was also studied, the optimum conditions for adsorption process were determined, the results showed that alginate has a high affinity and binding capacity for Cu+2 and Zn+2 ions, and the best adsorption level was occurred after 10 hrs of treatment (addition 150 ml of 1% alginate to 50 ml of solutions contain Cu +2 ions or Zn +2 ions),alkaline pH (9) was more suitable for Cu+2 and Zn+2 adsorption than neutral or acidic pH.

انتاج وتوصيف الملبد الحيوي من بكتريا Bacillus coagulans المعزولة محليا == Production and Characterization of Bioflocculant From Locally Isolated Bacillus coagulans

Author name: جوان صباح باجلان

Supervisor name: سناء برهان الدين

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم عزل 48 عزلة بكتيريه تعود الى جنس Bacillus, جمعت من عينات الماء والتربة. اعطت اثنان وعشرون عزلة صفة اللزوجة عندمزارعت على وسط الاكار المغذي, اظهرت سبعة عزلات فقط من Bacillus نموا في وسط النشاء المغذي واعطت فعالية التلبد في عالق الكاؤلين. اعطت العزلة B8 ( المعزولة من التربة ) اعلى فعالية تلبد في عالق الكاؤلين (37%). اظهرت الاختبارات الكيموحيوية والفحص المظهري لهذه العزلة انها تعود الى نوع Bacillus coagulans . استخلص الملبد الحيوي من العزلة B8 B. coagulans باستعمال المذيبات العضوية شملت : الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم , الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم /حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم . كان وزن الملبد الحيوي المستخلص من الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم ( 0.15 غم/100مل ) اعلى من المستخلص الناتج من الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم / حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم التي كانت (0.117 غم/100مل و0.078 غم/100مل ) على التوالي . نميت العزلة B. coagulans B8 من اوساط وظروف مختلفة وبينت النتائج انه اعلى انتاجية للملبد الحيوي تكون عند زرع البكتيريا في الوسط النشاء الحاوي على 1% نشاء كمصدر كاربوني, كلوريد الامونيوم كمصدر نتروجيني, برقم هيدروجيني 8 وحضنت بدرجة 37 لمدة 48 ساعة. اشار التحليل الكيميائي للملبد الحيوي المستخلص الى انه مكون من 85% كاربوهيدرات و7% بروتين .اظهر التحليل الكروماتوغرافي للطبقة الرقيقة (TLC ) للملبد الحيوي المتحلل بواسطة حامض الهيدروكلوريك مع نظام الاذابة المكون من البيوتانول - حامض الخليك - ماء بنسبة 1 : 1 : 3 وزن /وزن والكحول الاثيلي 96% - ماء 63 : 37 وزن / وزن, انه الملبد الحيوي المنتج من B8 B. coagulans يحوي جزء كاربوهيدراتي وجزء بروتيني, حيث ظهرت بقعتان بنية اللون عند استخدام الفينول - حامض الكبريتيك لتحري عن الكاربوهيدرات(Rf = 0.41 , 0.58 ) التي ماثلت الكالكتوز والكلوكوز, وظهرت بقعة واحدة حمراء غامقة عند استخدام النينهايدرين للتحري عن الاحماض الامينية (Rf = 0.68 ) التي ماثلت الحامض الاميني الفنيل الالنيين . درست خصائص الملبد الحيوي اعتمادا على فعالية التلبد لعالق الكاؤلين : اظهرت النتائج ان الملبد الحيوي يعطي فعالية تلبد جيدة لعالق الكاؤلين ( 41.5 % ) عند حجم 0.5 مل لكل 50مل بوجود 1% من كلوريد الكالسيوم (مصدر الشحنة موجبة) لتحسين عملية التلبد. الاس الهيدروجيني الامثل لفعالية التلبد هو11pH واعطت افضل فعالية عند درجة حرارة 70 مئوي وكانت ( 78% ) . درست قابلية مادة التلبد على ازالة عكورة مياه النهر ومياه المجاري المنزلية, اظهرت النتائج القدرة على ازالة العكورة ( فعالية التلبد ) فقد اختزلت في كلاهما الى 66.36 % و62.7% على التوالي. | From September 2008 to May 2009, 122 specimens were collected by sterile cotton swaps from patients suffering from eye infection at Ibn Al - Haitham Teaching Eye Hospital, 12 of them were Pseudomonas aeruginosa isolates : they were named (P(1), P(2),……..P(12)) in 9.83% isolation percentage. All the isolates were diagnosed by biochemical tests, API 20 E system and agglutination sera for the grouping of P. aeruginosa. The results showed that all the isolates belong to the P. aeruginosa strains (6, 9, 12 and 16). After the adhesion test and lipopolysaccharide extraction and after studying the prophylactic role of LPS, the results demonstrated that : 1 - P (10) isolate have a greater ability to adhesion when all P. aeruginosa isolates were tested on Congo red agar medium and adherence to smooth surfaces. 2 - The chemical analysis of crude LPS that was extracted from P (10) by using digestive enzyme and hot phenol water method showed that the percentage of carbohydrates was 7.3% and the percentage of protein was 1.3%. No nucleic acids were found.3 - The chemical analysis of partially purified LPS that was made by gel - filtration chromatography by using Sephacryl 200 S showed that the percentage of carbohydrates in the partial purified LPS was 19.5% and the percentage of binding proteins was 0.006%. No nucleic acids were found. 4 - When the molecular weight of LPS was measured by gel - filtration chromatography by using Sepharose C1 - 6B - 200 it was found to be 630957 Dalton. 5 - The prophylactic role of LPS was studied as follows : a - The sera were prepared by using two wild type rabbits (weight 2 - 2.5 kg). They were injected with five doses over 70 days of different concentrations of partially purified LPS that have been extracted from P. aeruginosa P (10) isolate. One rabbit was used as a control that has been injected with PBS. The titer of antibodies in sera was determined by passive haemagglutination and it was in the immunized rabbit’s sera (160), and the best concentration of LPS was 10µg.b - The pathological infection was done by using two groups of female mice; the first group represents the non - immunized group while the second group represents the immunized group. The left and right eyes of the two groups were scratched, then the left eyes were infected with 5µl of (1×108 cell/ml viable organism) of P. aeruginosa P (10) while the right eyes serve as a control scratched eye. In the second group that represents the immunized group, the mice were immunized intraperitoneally with 0.2 ml of 2X concentrated sera, 18 hr. before scratching and infection and 1 - 2 hr. after scratching and infection in comparison with the control mice that were not immunized or scratched or infected with P. aeruginosa. The results have shown that : - Typical pathological scores were observed in the left eyes of non - immunized mice group 72 hr. after infection with P. aeruginosa while no pathological scores were observed in the left eyes of immunized mice. This indicated that the immunization with LPS gave a protection against P.aeruginosa corneal infection. - The histological sections of mice eyes of non - immunized and immunized mice show that there was a degenerative change and necrosis of retina with inflammatory cells infiltration in the left eye and hyperplasia of inner retinal cell layer in the right eye of non - immunized mice in comparison with the right and left eyes of control mice that have shown a normal appearance of retina, choroid and vitreous chamber while there was a hemorrhage and detachment of retina with certain inflammatory cells in the left eye and accumulation of blood along inner retina of vitreous chamber and certain detachment of retinal layer of right eye of immunized mice. These results indicate that immunization with LPS reduces the corneal infection caused by P. aeruginosa