Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 114

دراسة مقارنة تلف نسجة لجلد الفئران الناتج عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus ودنا بكتريا Propionibacteriun acnes == A Comparative Study on Murine Skin Damage caused by Staphylococcus aureus DNA and Propionibacteriun acnes DNA

Author name: ميسم محمد رشيد الشيباني
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred and twenty skin swabs specimens were collected from acne patients from Al - Kindey teaching hospital and medical city teachingcomplex during the period of October 26th 2009 to 18th of January 2010. Thirty eight (45.2%) specimens were identified as Staphylococcus aureus and twenty seven (32.1%) specimens were identified as Propionibacterium acnes according to the cultural, biochemical properties and API System. Obviously, indicated that S. aureus has significant higher isolation percentage in comparison to P. acnes were observed.From the results of antibiotic susceptibility test, various susceptibilities towards eight different antibiotics among isolates. Various susceptibilities to different antibiotics among isolates were observed. Most of S. aureus isolates were susceptible to methicillin and all isolates were susceptible to vancomycin. The highest resistant percentage was developed against penicillin. All P. acnes isolates were susceptible to all antibiotics used in this study.DNA was extracted and purified from the most sensitive isolates (P. acnes P7 & S. aureus S24) with A260/A280 ratio between 1.7 and 2.0 which is generally accepted as representative of a high - quality DNA sample. In order to confirm this purity both isolated bacterial DNA were submitted for electrophoresis and the result revealed a development of a single band seen by UV transillumination. Eight week old female white mice BALB/C each weight 20 to 25 g were used for histopathological study. Transcutaneous 10 mm in length wounds were performed on the shaved and sterilized backs of the mice, 2 - 3 drops of bacterial suspension(1.5×108 CFU/ml) and four concentrations (10, 20, 30 and 40 μg/ml) of isolated bacterial DNA were applied to the wound.Concerning histopathologic analysis we concluded that the effects of S. aureus whole cells were higher than the effects of P. acnes whole cells, while both isolated DNA were able to produce more severe inflammatory changes than the whole bacterial cells. Furthermore, increasing the DNA concentration caused an increase in the intensity of skin inflammation. Moreover, the effects of high GC ratio P. acnes DNA developed the highest inflammatory effect than the low GC ratio S. aureus DNA

دراسة تاثير بعض العوامل البيئية والمطهرات على التصاق بكتريا Proteus vulgaris على بعض الاسطح صلبة == Study The Effect of Certain Ecological Factors and Disinfectants on Proteus vulgaris Adherence to Certain Solid Surfaces

Author name: منال سلمان محمد كسار
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 430عينة سريرية ونماذج بيئية للفترة من تشرين الاول 2009 لغاية اذار 2010 من عدد من مستشفيات بغداد بواسطة مسحات قطنية معقمة ومغلقة. جمعت 220 عينة سريرية شملت الادرار ومسحات الجروح ومسحات للاذن وخراج الكبد ; وجمعت 210 نموذج من بيئة المستشفيات شملت والارضيات والجدران واسرة المرضى ووحدات العناية المركزة وغرف الاطفال الخدج والهواء عن طريق فتح الاطباق المحتوية وسط اكار المكونكي لمدة دقيقة واحدة . تبعا للصفات المظهرية والاختبارات الكيموحيوية تم الحصول على 32 عزلة شخصت لجنس Proteus التي تم غربلتها وحددت العزلة الاكفا انتاجا للطبقة اللزجة) (slime layer ودراسة تاثير قيم مختلفة من الحرارة والاس الهيدروجيني على نمو هذه البكتريا ودراسة عملية التصاق هذه البكتريا على الاسطح الصلبة وتاثير الحرارة والمطهرات على عملية الالتصاق وعمل دمج بين المطهرات الكيمائية وتاثيرها على الالتصاق . ونتائج هذه الدراسة يمكن ان تلخص بما يلي : - 1.اظهرت النتائج اعتمادا" على الاختبارات الكيمو حيوية و20E system - APIان نسية عزل بكتريا Proteus spp. كانت11,3% للعزلات السريرية بواقع 25 عزلة من مجموع 220 عينة سريرية واكثر عدد عزلات كان من الادرار)13عزلة ) بينما كانت نسبة العزلات البيئية 3, 3 % فقط بواقع 7 عزلات من مجموع 210 نموذج بيئي اخذ من مواقع مختلفة من بيئة المستشفيات واكثر عدد عزلات من وحدة العناية المركزة(3 عزلات). النوعين P. mirabilis وP. Vulgaris هما النوعان السائدان وp. mirabilis ذات نسبة عزل اكثر في العينات السريرية والنماذج البيئية حيث تشكل 87% بينما P. vulgaris فقط 13% من عزلات Proteus .. 2اختبرت كل العزلات عن قابليتها على انتاج الطبقة اللزجة (Slime layer) بطريقة احمر الكونكو(Congo red agar method) وطريقة كريستينس (Christensen method) واظهرت النتائج بان جميع العزلات التابعة للنوع Proteus vulgaris كانت منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين في حين كانت جميع العزلات التابعة للنوع P. mirabilis غير منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين . 3. العزلة الاكفا في انتاجها للطبقة اللزجة والاجدر في اختيارها لاجراء باقي تجارب الدراسة من بين عزلات بكتريا P. vulgaris هي العزلة (U3) المعزولة من عينة الادرار .4. درجة حرارة المثلى لنمو بكتريا P. vulgaris (U3) كانت 37° ﻢ في حين ان الاس الهيدروجيني الامثل كان7 .5.عن طريق اجراء اختبار الفة البكتريا للزايلين تم قياس قيمة صفة الاسطح الكاره للماء لعزلات P. vulgaris وقد تراوحت القيم 42 - 50 % الذي يعنني امتلاك جميع العزلات سطوح كارهة للماء.6.عن طريق اجراء دراسة مقارنة عن قابلية بكتريا P. vulgaris (U3) في الالتصاق على ثلاثة سطوح صلبة (stainless steel, polyurethane and glass surface )المستخدمة في تصنيع العدد الطبية والجراحية فقد اظهرت نتائج الدراسة ان سطح الفولاذ المقاوم للصدا (stainless steel ) كان اكثر السطوح جذبا للبكتريا يليه سطح البولي يوريثين بينما كانت السطوح الزجاجية الاقل جذبا للبكتريا عند درجة حرارة 37° ﻢ. 7. لوحظ زيادة في قابلية البكتريا في الالتصاق على السطوح الصلبة عند درجة حرارة 4 ° ﻢ وعند 40° ﻢ مقارنة مع التصاق هذه البكتريا على نفس السطوح عند درجة حرارة 37° ﻢ.8.كانت قيم التراكيز المثبطة الدنيا للمطهرات (MIC) لبكتريا P. vulgaris (U3) كالاتي : 400 مايكروغرام ⁄مللترللمطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورات و1500 مايكروغرام ⁄مللتر للمطهر الكيميائي اليود و230 مايكرو غرام ⁄ مللتر للمطهر الكيميائي الديتول واخيرا السافلون الذي كانت قيمة التركيز المثبط الادنى له 90 مايكرو غرام ⁄ مللتر في حين اظهرت النتائج بان المطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورايت كان اكفا مطهر من بين المطهرات الاربع في قابليته في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة يليه اليود ثم الديتول واخيرا السافلون عند التركيز المثبط الادنى لهذه المطهرات 9. اظهرت نتائج خلط المطهرات بان جميع حالات الدمج بين المطهرات الكيميائية كانت اكفا في ازالة البكتريا لملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة مقارنة بالمطهر الكيميائي الديتول والسافلون عند استخدامهما بصورة منفردة باعتبار ان هذين المطهرين الاقل كفاءة في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الصلبةوكفا حالات خلط المطهرات فكان .½ MIC of povidone - iodine +½MIC of savlon. : | From October 2009 to March 2010 ,430 specimens and samples were collected from different Baghdad s' hospitals using aseptic capped cotton swabs submerged in sterile nutrient broth. The clinical specimens were two hundred twenty included urine ,ear swabs ,wound swabs ,vaginal swabs and liver abscess, while ,the samples were two hundred ten collected from hospitals' environment included tables ,beds ,floors, walls ,infantsʹrooms and air by open the dish that contain MaCconkey agar for one min .According to morphological characteristics and biochemical tests 32 of Proteus isolates were obtained. All isolates were tested for slime layer producing . The more efficient isolate to produce slime layer was chosen to study effect of different values of temperature and pH on the growth of Proteus ,the ability of Proteus to adhere to three solid surfaces ( stainless steel , polyurethane and glass surface ) and study the effect of different values of temperature and four chemical disinfectants(separate and in combination) on adherence process. The results of this study could be summarized as follows : 1.Depending on the biochemical tests and API 20 E system results, Proteus spp. represent 11.3% of microorganisms isolated from clinical specimens and only 3.3% of microorganisms isolated from environmental samples. Proteus mirabilis and Proteus vulgaris were the dominant Proteus species, P. mirabilis was the highest Proteus spp. isolation percentage among the clinical specimens and hospitals' environment samples which was 87 %; while P. vulgaris was only 13% of Proteus spp.The urine gave the highest isolation number among clinical specimens( 13 Proteus isolates) , whereas intensive care unit (ICU) gave the highest isolation number among hospitals' environment samples(3 Proteus isolates). 2. All the Proteus isolates were tested for production of slime layer by Congo red agar and Christensen method. The results showed that all of P. vulgaris isolates gave positive results for two methods whereas all of P. mirabilis isolates showed negative result for two methods.3. P. vulgaris (U3) was the most slime layer producing among P. vulgaris isolates so it was selected for further experiments.4.The effect of different temperature values and pH values on P. vulgaris (U3) showed that optimum growth temperature was 37°C and the optimum pH for growth was 7.5. By using affinity of bacteria to xylene test ,the P. vugaris isolates were tested for measuring hydrophobicity cell surface .The results showed that the values of hydrophobicity test ranged 42 - 50% which meant that all isolates of P. vulgaris had hydrophobic cell surface.6. Comparing study of the ability of P. vulgaris(U3) to adhere on three solid surface materials used for manufacturing of medical ,surgery and health care devices,it was stated in this study that the stainless steel was the most attractive surface to the bacteria followed by polyurethane while the least ability to attract the bacteria was glass surface at 37°C.7. P. vulgaris(U3) adherence on solid surface was observed at the low temperature 4°C and high temperature 40°C better than at 37°C.8. The MIC values of chemical disinfectants for P. vulgaris were as follows bleach was 400µg/ml, iodine solution 1500µg/ml , dettol 230µg/ml and savlon was90µg/ml. and the bleach at MIC concentration was the most efficient disinfectants than other disinfectants in its ability to remove the adherent bacteria on three solid surfaces followed by iodine solution ,dettol then savlon.9 .The results of disinfectants combination showed that all the combinations were more efficient in removing of adherent bacterial cells than dettol and savlon when they were used alone and the combination between ½MICof iodine solution + ½MICof savlon was the most efficienty to remove adherent bacteria on solid surface than other combinations.

انتاج انزيم الاميليز من بكتريا Bacillus licheniformis Bs7 وتقييد الخلايا المنتجة له بالاقتناص والامتزاز == Production of amylase from Bacillus licheniformis Bs7and immobilization of the producing cells by entrapment and adsorption

Author name: مريم باسم انيس
Supervisor name: سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 50 عزلة عائدة لجنس Bacillus من مصادر بيئية مختلفة شملت التربة ,الماء والغذاء. اختبرت قدرة هذه العزلات على انتاج انزيم الاميليز, وبينت نتائج الغربلة على ان العزلة Bacillus Bs7 المعزولة من التربة هي الاغرز انتاجا والتي شخصت على انها احدى سلالاتBacillus licheniformis.درست الظروف المؤثرة في انتاج الاميليز, ولوحظ ان اعلى انتاجية تكون عند زرع البكتريا في وسط S.Y.P. الحاوي على 1%نشا,0.2% مستخلص الخميرة, 0.5% ببتون, 0.4% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.015% كلوريد الكاليسيوم, برقم هيدروجيني 7 وحضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 150 دورة/دقيقة.رسب انزيم الاميليز بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 70% وكانت الففعالية نوعية 540 وحدة/ملغم بروتين بعدد مرات تنقية 1.2وبحصيلة انزيمية مقدارها48%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 وانزيم الاميليز المنقى جزئيا بتقنية الاقتناص (Entrapment) داخل الجينات الكاليسيوم والاكار وعديد الاكريلامايد وتبين ان الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم احتفظت ب110% من الفعالية الانزيمية بعد مرور 5 دقائق من زمن التفاعل يليها الاكار ثم عديد الاكريلامايد بفعالية متبقية 75%و 61% على التوالي مقارنة مع الخلايا الحرة التي امتلكت فعالية انزيمية 94% بعد مرور5 دقائق من زمن التفاعل كما احتفظت الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم ب 50% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 60 دقيقة من زمن التفاعل في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 37% من فعاليتها بنفس الوقت. اما الانزيم المقيد داخل الجينات الكاليسيوم فقد احتفظ ب 85% من فعاليته الانزيمية بعد مرور 5 دقائق يليه الاكار 70% ثم عديد الاكريلامايد 50% مقارنة مع الانزيم الحر حيث احتفظ بفعالية انزيمية قدرها 79%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 بطريقة الامتزاز (Adsorption) على السطوح الصلبة لمواد مختلفة شملت الفحم والقطن والنايلون ونشارة الخشب وعديد استارين والسيفاديكس G - 150, ثنائي اثيل امينو اثيل Sephadex - DEAE.احتفظت الخلايا المقيدة بنشارة الخشب باعلى فعالية انزيمية بلغت 128% عند حضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 5 دقائق و79% عند حضنها لمدة 30 دقيقة بالمقارنة مع الخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 87% و40% على التوالي في الظروف نفسها.وجد ان درجة الحرارة 50م هي الدرجة الحرارية التي تظهر اعلى فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب حيث احتفظت ب 125% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 5 دقائق مقارنة بالخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 88% بعد مرور 5 دقائق.وعند تعرض الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لدرجات حرارية مختلفة تراوحت بين 40 - 70 م لوحظ ان الخلايا المقيدة احتفظت ب 123% من فعاليتها بدرجة 60 م و97% بدرجة 70م في حين كانت هذه النسبة للخلايا الحرة 94% و70% على التوالي.وكان افضل رقم هيدروجيني للمحافظة على فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب هو 7 حيث بقت الخلايا المقيدة محتفظة ب 129% من فعاليتها في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 90%.جرى استخدام الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لثمان دورات. حيث لوحظ امكانية اعادة استخدام الخلايا المقيدة للدورات الثلاثة الاولى بفعالية متبقية مقدارها 95% و49% للدورات الثلاثة الاخرى وانخفضت الفعالية الى 30% في الدورة الثامنة.اختبرت قابلية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب على ازالة البقع من الالبسة حيث لوحظ ان استخدام الخلايا المقيدة مع المنظفات افضل في ازالة البقع عن الالبسة من المنظفات لوحدها. | Fifty isolates belong to Bacillus spp. were isolated from different sources including soil, water and food. The ability of amylase production by these isolates was screened. Bacillus Bs7 which isolated from soil was the highest amylase producer; it was identified as a strain of Bacillus licheniformis. Optimal condition for α - amylase production were studied and the highest production of amylase was obtained when the bacteria were cultured in S.Y.P medium which contained 1% starch, 0.2% yeast extract, 0.5% peptone, 0.05% Mgso4 , 0.05% Nacl and 0.015% Cacl2 at pH 7 and incubated at 50˚C in shaking incubator at 150 rpm for 48hrs. Amylase was extracted by 70% ammonium sulphate precipitation and the specific activity was 849 u/mg protein. B. licheniformis Bs7 cells and partially purified amylase were immobilized by entrapment methods in calcium alginate, agar and polyacrylamide. The immobilized cells into calcium alginate retained 110% of enzyme activity after 5 minutes followed by agar and polyacrylamide with remaining activity 75% and 61%, respectively when compared with the free cells that have enzyme activity of 94% after the same time. Immobilized cells into calcium alginate retained 50% of enzyme activity after 60 min while free cells had remaining activityof 37% after the same time. Amylase that immobilized into calcium alginate retained 85% of enzyme activity after 5 min followed by agar and polyacrylamide that retained 70% and 50% of enzyme activity respectively, compared with the free enzyme with remaining activity of 79%. B. licheniformis Bs7 cells were immobilized by adsorption method on solid surfaces of different carriers including charcoal, cotton, nylon, sawdust, polystyrene, sephadex G - 150 and DEAE - sephadex. The immobilized cells on sawdust showed maximum enzyme activity of 128% when incubated at 50˚C for 5 min and 79% after 30 min incubation compared with free cells that showed 87% and 40% enzyme activity respectively at the same times. Optimum temperature for the activity of immobilized cells on sawdust was 50˚C which had 125% of enzyme activity after 5 min compared to free cells with remaining activity of 88% after the same time. Immobilized cells on sawdust when incubated at different temperatures ranged between 40 - 70˚C for 5 min, revealed that the immobilized cells had retained 123% of activity at 60˚C and 97% at 70˚C compared to the free cells which retained 94% and 70% at the two temperatures respectively. The optimum pH that kept the activity of immobilized cells on sawdust was 7 with remaining activity of 129% while free cells kept 90% of activity at this pH value. The immobilized cells on sawdust were repeatedly used for 8 cycles. The immobilized cells showed the maximum enzyme activity during the first three cycles with remaining activity of 95%, and 49% for the second three cycles; the remaining activity was reduced to 30% in eighth cycle. The ability of immobilized cells on sawdust to remove the stains from clothes was tested. The results showed that the ability of immobilized cells with detergents for removing stains was better than detergent alone.

الاستخلاص والتنقية الجزئية للخملة من بكتريا Proteus mirabilis ودراسة دورها في الالتصاق على الخلايا الطلائية البولية == Extraction and Partial Purification for Fimbriae from Proteus mirabilis and Study Their Role in Adhesion to Uroepithlial Cells

Author name: عامر سعيد علي الكعبي
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص البكتريا السالبة لملون كرام من ادرار المرضى المراجعين لمستشفى الكاظمية التعليمي ومستشفى اليرموك في بغداد واللذين شخصت اصابتهم بخمج المسالك البولية سريريا . عزلت البكتريا السالبة لملون كرام من 61 عينة ادرار وبنسبة عزل 28.9% من اصل 211 عينة ادرار , كانت نسبة عزل بكتريا Escherichia coli 70.49% , اما بكتريا Klebsiella pneumoniae , وPseudomonas aeruginosa فكانت نسبـة عزلهما 8.19% و6.55% وعلى التوالي . اظهرت بكتريا Proteus spp. نسبة عزل 14.75% وبلغت نسبة عزل P.mirabilis 11.47% اما نسبة عزل P.vulgaris فكانت 3.27% . تم التحري عن قدرة سللات بكتريا P.mirabilis للتعبير عن خمل لاصق الخلايا الطلائية البولية (Uroepithelial Cell Adhesin)(UCA) , بالاعتماد على اعلى معدل التصاق للبكتريا بالخلايا الطلائية البولية للانسان , اذ تم اختبار العزلة P.mirabilis U7 التي كان معدل التصاقها 30.2% عند تنميتها على وسط مرق اللوريا وفترة حضن 24 ساعة بدرجة حرارة 37 م , وعند تنميتها على وسط اكار اللوريا كان معدل التصاقها 20.3% مقارنة بالعزلة P.mirabilis U4 التي ابدت معدل التصاق واطيء عند تنميتها على وسط مرق اللوريا واكار اللوريا اذ بلغ معدل الالتصاق 4.7% و1.65% وعلى التوالي . اظهرت العزلة P.mirabilis U7 قدرة للتعبير عن الخمل المقاوم للمانوز شبية البروتيس (MR ∕P) والخمل المقاوم للمانوز شبية الكلبسيلا (MR ∕K) , اذ لازنت هذه العزلة كريات الدم الحمر للانسان نوع O+ وخنازير غينيا والخراف وبوجود سكر المانوز دلالة على وجود خمل MR ∕P , كما لازنت كريات الدم الحمر المدبغة للابقار وبوجود المانوز دلالة على وجود خمل MR ∕K عند تنمية هذه العزلة على وسط مرق اللوريا وفترة حضانة 48 ساعة وبدرجة حرارة 37 م , كما اختزل التعبير عن الخمل MR ∕Pو MR ∕K عند تنمية P.mirabilis U7 على الاوساط الزرعية الصلبة . تم عزل خمل UCA وتنقيته جزئيا باستخدام اليوريا بتركيز 2 مولر والصدمة الحرارية وكبريتات الامونيوم وبنسبة تشبع 50% وDeoxycholate , كان تركيز بروتين UCA هو 1.65 مايكروغرام/مليلتر وبحجم نهائي 1.5 مليلتر ناتج من استخدام 3 لتر من مرق اللوريا . اظهر الترحيل الكهربائي وبوجود المادة الماسخة SDS حزمتين بروتينية لبروتين UCA المنقى جزئيا والذي بلغ وزنه الجزيئي 17.782 دالتون . تم حقن الـ UCA المنقى جزيئا في الارانب للحصول على المصل المضاد اذ وجد ان تركيز المصل المضاد هو 128 كما تم الاستدلال على وجود الاضداد النوعية لمستضد خمل UCA . ثبطت اضداد خمل UCA المحضرة في الارانب والمخففة بتراكيز 1 : 50 و1 : 100 , 1 : 200 التصاق العزلة P.mirabilis U7 بالخلايا الطلائية البولية (معدل البكتريا الملتصقة كان 5.6 و11.75 و21.05 خلية بكتيرية /خلية طلائية وعلى التوالي ) , اظهرت هذه الاضداد اختلافا معنويا (P≤0.05) في معدل الالتصاق عند مقارنتها بمصل السيطرة والمستعمل بنفس التراكيز (معدل عدد البكتريا الملتصقة كان 29.8 و30 و31.6 خلية بكتيرية /خلية طلائية وعلى التوالي ) ,كما اظهرت النتائج وجود اختلاف معنوي (P≤0.05) بين تراكيز المصل المضاد المستخدمة في تثبيط الالتصاق . تم اختبار قدرة خمل UCA المنقى جزئيا على التمنيع وحماية اناث الفئران من الاصابة بخمج المسالك البولية , تم اصابة الفئران الممنعة وغير الممنعة ببكتريا P.mirabilis U7 بتركيز (5×105) وحدة مكونة لمستعمرة/ مليلتر عن طريق الاحليل وبعد مرور اسبوع على الاصابة وجد ان اعداد الخلايا البكترية الحية في كلية الفئران الممنعة انخفض الى (2.6 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر مقارنة بـ(3.7 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر لكلية الفئران غير الممنعة ,اما مثانة الفئران الممنعة فقد اختفت الاصابة وبشكل كامل مقارنة بمثانة الفئران غير الممنعة (3.3 : Log10 ) وحدة مكونة لمستعمرة /مليلتر .

انتاج وتوصيف الليفان من بكتريا Paenibacillus polymyxa المعزولة محليا

Author name: شمم ناصرراضي
Supervisor name: شذى سلمان حسن | سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 88 عزلة تعود لجنس Bacillus من التربة والمياه من اصل 112 عزلة بكتيرية اعتمادا على الفحوصات الزرعية والمجهرية , اظهرت 25عزلة تعود لهذا الجنس مستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح الصلب الحاوي على %20 من السكروز, من ضمن هذه العزلات تم اختيار 10 منها والتي اعطت اعلى درجة من النمو اللزج لزرعها على وسط الاملاح السائل الحاوي على السكروز. كانت العزلة B2 الافضل في انتاج الليفان ((levan حيث اعطت اعلى وزن جاف من الليفان والذي بلغ 4.1غم /100مل واعلى نسبة من السكريات الكلية 91% والسكريات المختزلة 80%. الفحوصات المزرعية والكيموحيوية لهذه العزلة اظهرت انها تعود للنوع Paenibacillus polymyxa . تم استخدام ثلاثة انواع من المذيبات العضوية لغرض استخلاص الليفان وهي ايثانول, ميثانول وايزوبروبانول بنسبة (1 : 4حجم /حجم) اعطى المذيبان الايثانول والايزوبروبانول اعلى قيمة من الوزن الجاف للليفان والتي بلغت 4.1 غم /100مل بينما اعطى الميثانول 3.7 غم / 100 مل. تم تحليل الليفان نوعيا للكشف عن محتواه من السكريات المختلفة والكاربوهيدرات وذلك باستخدام اربعة كشوفات : الكشف الاول كون حلقة بنفسجية مع محلول الليفان بينما لم يعطي الليفان اي تغيير في اللون مع الكشف الثاني ممايدل على خلو الليفان من الانواع الاخرى من السكريات المتعددة ((Polysaccharide كالنشاء والكلايكوجين والدكستران. الليفان المتحلل جزئيا بفعل حامض الهيدروكلوريك المركز (HCl) كون راسب برتقالي اللون عند تفاعله مع الكاشف الثالث مما يدل على وجود سكريات مختزلة تفاعلت مع الكاشف بينما اعطى الكشف الاخير لون احمر قاني مع محلول الليفان مما يدل على وجود السكر الاحادي الفركتوز. حددت الظروف المثلى لانتاج الليفان من العزلة B2 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الاملاح الحاوي على20% من السكروز وبدون اي مصدر نايتروجيني برقم هيدروجيني (pH) 7 وبدرجة حرارة 37 ˚م وبحجم لقاح2 % من المزروع البكتيري ولمدة حضانة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 100 دورة في الدقيقة, حيث بلغت قيمة الوزن الجاف لليفان 4.8 غم/100مل وكانت النسبة المئوية للسكريات الكلية 95.8% ونسبة السكريات المختزلة 92%. ان انتاج الليفان في اوساط خام طبيعية مثل وسط عصير قصب السكر ووسط مستخلص التمر ادى الى انخفاض في انتاج الليفان مقارنة مع وسط الاملاح الحاوي على السكروز. تمت دراسة مواصفات الليفان اعتمادا على لزوجته ((viscosity عند تراكيز مختلفة حيث اظهرت النتائج ان اللزوجة تزداد بزيادة التركيز حتى تصل الى اعلى قيمة لها 3.18 سنتيبويز عند 20% , كذلك تمت ايضا دراسة تاثير الحرارة والرقم الهيدروجيني وتاثير املاح الصوديوم NaCl بتراكيز مختلفة على لزوجة محلول الليفان عند تركيزين هما 2% و20% حيث اظهرت النتائج بان اللزوجة عند 20% تقل بزيادة درجة الحرارة حتى تصل الى 0.67 سنتيبويزعند 100˚م ولوحظ بان هذا التاثير عكسي حيث ان الليفان يستعيد لزوجته تدريجيا بانخفاض درجة الحرارة الى 20˚م اما بالنسبة للاس الهيدروجيني pH فكان له تاثير طفيف على اللزوجة عند الرقم الهيدروجيني 4 و10. لقد لوحظ بان الزيادة في تركيز املاح الصوديوم تؤدي الى الزيادة في لزوجة الليفان عند تركيز20% حتى تصل الى 4 سنتيبويز عندما يكون تركيز املاح الصوديوم 10%. تم تحليل نموذج الليفان المستخلص من العزلة B2 وذلك باستخدام تقنية ال FT - IR وقد اظهرت النتائج وجود المجاميع الكيميائية الفعالة (CO) التي تمثل اهتزاز مط ((Stretching و,(CH) (OH) الذي يمثل اهتزاز انحناء ((Bending عند الترددات 1370,1265.2,1093,1165,813.7,945.2سم - 1 ان تحليل الليفان باستخدام تقنية Thin Layer Chromatography اظهرت الليفان كبقعة واحدة سوداء تمثل الفركتوز وكانت قيمة الجريان النسبي((Relative flow لكل من الليفان والفركتوز (0.57) عند استخدام محلول المذيبات الذي يتالف من البيوتانول : البروبانول : الماء المقطر : حامض الخليك بنسبة 7 : 5 : 4 : 2. تمت دراسة تاثير الليفان ودوره كعامل مشجع بريبيوتك ((Prebiotic لنمو البكتريا المفيدة مثل Lactobacillus acidophilus حيث وجد ان الليفان يؤدي الى زيادة عدد البكتريا وبنسبة 172% عند تركيز 2% قياسا مع معامل السيطرة46 %.درس تاثير الليفان في عملية التهام خميرة الكانديدا (Candida) من قبل خلايا الدم البيض Polymorphonuclear (PMNs) خارج الجسم الحي وقد بينت النتائج ان معاملة خلايا الدم البيض مع الليفان كان لها تاثيرا واضحا في تحفيز الخلايا البلعمية وزيادة فعاليتها في عملية الالتهام وبالتالي زيادة معامل البلعمة Phagocytic Index)) وان هذا التاثير يزداد مع زيادة تركيز الليفان مع وجود فروق معنوية كبيرة مقارنة مع معامل السيطرة عند p<0.01)) وان اعلى معامل بلعمة تم الحصول عليه هو 68% عند التركيز 100 مايكروغرام / مل.

انتاج وتوصيف بيتا - هيدروكسي بيوتاريت (? - hydroxybutyrate) من عزلة محلية لبكتريا Azotobacter chroococcum == Production and Characterization of ? - hydroxybutyrate from Azotobacter chroococcum local isolate

Author name: سعاد علي احمد
Supervisor name: شذى سلمان حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 12 عزلة من بكتريا Azotobacter chroococcum من اصل 20 عينة تربة جمعت من مناطق مختلفة بالقرب من جذور النبات من حقل ذرة في كلية الزراعة في ابو غريب في الفترة الزمنية بين اب وكانون الثاني. درست قابلية العزلات على تجميع عديد هيدروكسي بيوتاريت وذلك بتصبيغ العزلات بصبغة Sudan black B . اظهرت جميع العزلات القدرة على انتاج المتعدد PHB وان العزلة A. chroococcum 9 كانت اكثرهم تجميعا للمتعدد PHB .درست تاثيرات ظروف مختلفة في انتاج المتعدد فوجد ان الظروف المثلى لانتاج PHB من العزلة A. chroococcum 9 بتنميتها في وسط Stockdale nitrogen free medium الحاوي على الكلوكوز مصدرا كربونيا والببتون مصدرا نيتروجينيا عند رقم هيدروجيني 7.5 , والملقح ب 3.8 × 104 خلية/ مل عند درجة حرارة 30 م˚ والحضن في حاضنة ساكنة لمدة 48 ساعة, حيث كانت نسبة PHB في هذه الظروف ( 40.3% ) .درست انتاجية البكتريا A. chroococcum 9 في الوسط المحتوي على مخلفات طبيعية مثل مولاس قصب السكر ومستخلص التمر(الزهدي) والشرش وكذلك الوسط المحتوي على الكليسيرول او احد انواع الزيوت ( زيت الزيتون , زيت الذرة , زيت زهرة الشمس ) حيث استخدمت بصفتها اوساط رخيصة لانتاج المتعدد PHB . كانت اعلى نسبة للعديد ( 78% ) تم الحصول عليها من تنمية البكتريا A. chroococcum 9 في وسط Stockdale nitrogen free medium المحتوي على 5% من مولاس قصب السكر . استخلص PHB من العزلة A. chroococcum 9 بعدة طرائق تضمنت الاستخلاص بمحلول هايبوكلورات الصوديوم وطريقة SDS مع هايبوكلورات الصوديوم واستعمل هيدروكسيد الصوديوم في الطريقة الثالثة . كانت طريقة الاستخلاص باستخدام محلول هايبوكلورات الصوديوم الافضل حيث بلغت نسبة المتعدد 39.5% ) ) .اظهرت نتائج توصيف PHB ان الوزن الجزيئي للمتعدد المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 كان 2.6×105 دالتون وان درجة الانصهار له كانت 180 م˚ .درست ذائبية PHB في عدة مذيبات عضوية ولوحظ ان PHB يذوب في الكلوروفورم و1 - 2 ثنائي كلوريد الايثانول الا انه غير ذائب في الميثانول , الايثانول , الاسيتون , الهكسان , ثنائي اثيل ايثر ورباعي كلوريد الكاربون .درست لزوجة PHB المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 في عدة ارقام هيدروجينية , حيث لوحظ اختزال في لزوجة المتعدد في الوسط الحامضي (pH 4) والقاعدي (pH 10) مما يعني اختزال في الوزن الجزيئي للمتعدد . في حين كان الرقم المتعادل (pH 7) ملائما للحفاظ على تركيبه اذ لم تتغير اللزوجة عند هذا الرقم .وجد ان PHB المستخلص من بكتريا 9 A. chroococcum يتحلل حيويا بفعل انواع مختلفة من البكتريا تضمنت P. aerugenosa , B. subtilis و. A. chroococcum | Twelve Azotobacter chroococcum isolates were obtained from 20 soil samples collected from different places in corn field in Agricultural College in Abu - Ghrabe near the plant roots in the period between August and January . The ability of polyhydroxybutyrate accumulation of the isolates was examined by staining with Sudan black B stain. All the isolates were able to produce PHB . A. chroococcum 9 was the highest PHB producer. The effect of different conditions on accumulation of PHB from A. chroococcum 9 were determined . The favorable productivity appeared when Stockdale nitrogen free medium containing 2% glucose as carbon source and 1% peptone as nitrogen source at pH 7.5 was inoculated with 3.8 × 104 Cell/ml and incubated in static incubator at 30 ˚C for 48 h , PHB productivity at these conditions was 40.3% . Media containing natural wastes including cane molasses , date extract , whey and media containing glycerol or a kind of oil ( olive oil ,sunflower oil and corn oil) were used as economic media for PHB production . High productivity was observed in Stockdale nitrogen free medium containing 5% cane molasses , PHB content was 78% . PHB was extracted from A. chroococcum 9 by different methods including sodium hypochlorite , SDS and sodium hypochlorite and by NaOH. The optimum recovery of PHB was 39.5% by using sodium hypochlorite extraction method . The molecular weight of PHB extracted from A. chroococcum 9 was 2.6×105 dalton and the melting point was 180 ˚C . The solubility of PHB in several solvents was studied . The PHB was soluble in chloroform and in 1 - 2 dichloroethanol , while it was insoluble in methanol , ethanol , acetone , hexane , diethyl ether and carbon tetrachloride . The viscosity of A. chroococcum 9 PHB was determined at different pH values , a decreasing in viscosity was at acidic pH (pH 4) and at alkaline pH (pH 10) which indicate a reducing in PHB MW , while neutral pH (pH 7) was kept the structure of PHB . PHB extracted from A. chroococcum 9 was found to biodegradable by different kinds of bacteria included P. aerugenosa , B. subtilis and A. chroococcum

دراسة التاثير التثبيطي لراشح بكتيريا Lactobacilli المعزولة من مصادر مختلفة على تكوين الغشاء الحياتي لبكتيريا Klebsiella pneumoniae == A Study On inhibitory effect of local Lactobacilli filtrate on formation of Klebsiella pneumoniae Biofilm

Author name: سحـر ظاهر عبد عسل
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 312 عينة ادرار وجروح وقشع للمدة من اب الى ايار 2009 في اوعية معقمة من مرضى زائرين لخمسة مستشفيات في مدينة بغداد وشملت المختبرات التعليمية ,م.بغداد التعليمي,م.الشهيد غازي الحريري,م.الواسطي التعليمي للجراحة التقويمية وم.ابن النفيس التعليمي لامراض القلب.شخصت العينات باستخدام الفحوص البايوكيميائية ونظام Api 20 E ووجد ان 155 عزلة تعود لجنس . Klebsiellaحقق النوع Klebsiella pneumoniae اعلى نسبة عزل وصلت الى ما يقرب من 36,13 % في حين شكلت الانواع K. oxytoca وK. terrigena وK. mobilis وK. ornithinolytica حوالي 20,46% و18,06% و16,13% و9,03% على التوالي من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا. فيما يخص نوع العينة، عزلت K. pneumoniae من الادرار (42,16%) مقارنة مع عينات الجروح (31,25%) والقشع (28,57%) من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا.في الدراسة الحالية، حددت الاستجابة لمضادات الحياة لعزلات K. pneumoniae جميعها وسجل مضاد الامبيسيلين اعلى نسبة مقاومة (81,5%) تلاه مضادي التتراسايكلين والتراموكسازول بنسبة 74,1% لكل منهما. هذا وكان 59,3% و51,9% و48,1% و40,7% و40,7% و33,3% و22,2% من عزلات K. pneumoniae مقاوما لمضادات النايتروفيورانتوين والسيفوتاكسيم والتوبرامايسين والناليديكسيك اسد والسيبروفلوكساسين والسيفترياكسون والجنتامايسين على التوالي. من ناحية اخرى اظهر مضاد الاميكاسين اقل نسبة مقاومة بلغت 7,41%.قدرت قابلية عزلات K. pneumoniae على انتاج الغشاء الحياتي باستعمال تقنية التصبيغ بالبنفسج البلوري في طبق المعايرة الدقيقة وحددت قيمة الكثافة الضوئية عند طول موجي 540 نانوميتر التي مثلت درجة سمك الغشاء الحياتي. وجد ان (22) عزلة وبنسبة (39,29%) من العزلات عالية الانتاجية في حين كانت (34) عزلة وبنسبة (60,71%) عزلة ذات انتاجية جيدة ولم تظهر اية عزلة انتاجية ضعيفة. ومن الجدير ذكره ان العزلات K14 وK15 وK17 وK19 كانت الاكثر انتاجية من بين عزلات K. pneumoniae المفحوصة. علاوة على ذلك اظهرت العزلة K19 اسمك غشاء حياتي.قيمت فعالية مضادي الجنتامايسين والاميكاسين بتراكيزها الدنيا المثبطة (الذين حققا اعلى حساسية من بين المضادات الاخرى المدروسة) ضد تكوين الغشاء الحياتي للعزلات الاربعة K14 وK15 وK17 وK19 . فبالنسبة للعزلتين الاوليتين K14 وK15, بينت النتائج ان الكثافة الضوئية والعدد الحي قد انخفضت معنويا (P<0.05) موازنة مع القيم قبل المعاملة بهذين المضادين. وعند معاملة العزلة K17 بالمضادين نفسهما سجل الاميكاسين انخفاضا معنويا في قيمة الكثافة الضوئية مقارنة مع السيطرة في حين كان هذا الانخفاض غير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. اما على صعيد التعداد الحي فكلا المضادين اظهرا فعالية معنوية ضد الغشاء الحياتي لهذه العزلة. وفيما يتعلق بالعزلة K19 فقد لوحظ ان هناك انخفاضا معنويا في العدد الحي عند المعاملة بالاميكاسين وغير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. حتى مع هذا الانخفاض في العدد الحي والكثافة الضوئية فان المعاملة بكلا المضادين قد ترك خلايا حية عندمزارع الغشاء الحياتي على اطباق التعداد الحي.اختبرت قابلية الطافي الحامضي والمتعادل لبكتريا Lactobacillus acidophilus (Lb1) وبكتريا L. fermentum (Lb2) في تثبيط الخلايا الهائمة للعزلات K14 وK15 وK17 وK19 باستعمال طريقة الحفر على اطباق مولر هنتون. لم ينجح لا الطافي المتعادل ولا وسط MRS النقي في اظهار فعالية تثبيطية على هذه العزلات. في حين بينت النتائج ان للطافي الحامضي فعالية تثبيطية.وجدت فروق معنوية(P<0.05) في الكثافة الضوئية والعدد الحي بين بيانات قبل وبعد المعاملة بالطافي الحامضي للعزلتين Lb1 وLb2 . بخلاف المعاملة بالجنتامايسين والاميكاسين لم تترك المعاملة بالطافي الحامضي اية خلايا حية خلا حالتين Lb1 ضد العزلة K17 وLb2 ضد العزلة K15 اظهرت خلايا حية. | Three hundred and twelve specimens of urine, wounds and sputum were collected for the period from August 2008 to May 2009 in sterilized containers from patients attending five hospitals in Baghdad including Educational Laboratories, Educational Baghdad Hospital, Gazi Al - Harirri Martyr Hospital, Al - wasity teaching Hospital for Reconstructive surgery and Educational Ibn Al - Nafees Hospital.All specimens were identified using biochemical tests and Api 20 E system, it was found that 155 isolate back to genus Klebsiella.Klebsiella pneumoniae achieved the highest percentages of isolation reached 36.13%; while, K. oxytoca, K. terrigena, K. mobilis and K. ornithinolytica constituted 20.64%, 18.06%, 16.13% and 9.03%, respectively from Klebsiella isolates. Concerning the specimen type, K. pneumoniae was isolated more frequently from urine (42.16%) followed by wound (31.25%) then sputum (28.57%) from Klebsiella isolates.In the present study, in vitro susceptibility of all K. pneumoniae isolates to antibiotics were identified. The highest resistance percentages were found to Ampicillin (81.5%), Tetracycline (74.1%) and Trimoxazole (74.1%). Moreover, 59.3%, 51.9%, 48.1%, 40.7%, 40.7%, 33.3% and 22.2% of the K. pneumoniae isolates were resistant to Nitrofurantoin, Cefotaxime, Tobramycin, Nalidixic acid, Ciprofloxacin, Ceftriaxon and Gentamicin, respectively. On the other hand, Amikacin was the most effective antibiotics since it recorded the lowest resistance percentage; 7.41%. The ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm were evaluated by using crystal violet staining technique in pre - sterilized 96 - well polystyrene microtiter plates and then O.D. was determined at 540 nm. The O.D. represented the degree of the biofilm thickness. Twenty two (39.29%) isolates were considered as high producers while 34 (60.71%) isolates were good producers and none of the testes isolates were poor producers. What's more, K. pnumoniae isolates; K14, K15, K17 and K19 produced the thickest biofilm. Clearly, K. pnumoniae K19 accomplished the highest biofilm thickness.The effect of MIC of Amikacin and Gentamicin, which achieved the highest sensitivity percentage among several antibiotics, was assessed on biofilm. On the subject of the isolates K14 and K15 and the results revealed that the absorbance and viable count for these isolates declined in comparison to pretreatment data. These isolates showed significant differences (P<0.05) after the addition of Amikacin and Gentamicn. According to O.D. parameter, K17showed significant reduction (P<0.05) in comparison to control when treated with Amikacin while in case of Gentamicin there was an insignificant reduction; however, viable count showed that Gentamicin as well as Amikacin had a significant (P<0.05) efficacy on biofilm of K. pneumoniae K17. In regard to the isolate K19 a significant differences were observed when treated with Amikacin while insignificant decrease in viable count was found when the treatment involved Gentamicin. Even with the previous results, all treated biofilms developed presence of live cells when cultured on plate count agar.The ability of acid and alkaline supernatants of Lactobacillus acidophilus (Lb1) and L. fermentum (Lb2) to inhibit planktonic K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 isolates were separately tested on Mueller Hinton agar employing agar well assay. Neither neutralized supernatant nor did sterile MRS broth have an effect on these isolates. Yet, results showed that acid supernatant developed an inhibitory effect.Significant differences (P<0.05) were found in O.D. and viable count between pre and post treatment of K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 biofilms with acid supernatants of Lb1 or Lb2. Unlike the Amikacin and Gentamicin treatment which left live bacterial cells, Lactobacillus supernatant left no live cells except for two cases; Lb1 with K17 and Lb2 with K15.

تاثير المستخلصات المائية والكحولية لنباتي سم الفراخ والقريص على بعض عوامل الضراوة والدنا البلازميدي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا == The Effect of aqueous and alcoholic extracts of Withania somnifera (L.) Dun. and Urtica urens (L.) in some virulence factors and plasmid DNA in local isolates of Pseudomonas aeruginosa

Author name: ديمة نزار فرج باصات
Supervisor name: لينة عبد الكريم الامير
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (50) عزلة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من (110) عزلة من مصادر عزل مختلفة (الجروح ، والحروق ، والاذن ، والادرار ، والدم) لمرضى في مستشفيات اليرموك ، والكندي والعلوية للاطفال ، وقد تبين ان (44 %) من العزلات كان مصدرها الجروح و(20 %) لكل من الادرار ، والاذن و(12%) للحروق ، و(4 %) لعينات الدم.وعند التحري عن المقاومة لمضادات الحياة وجد ان (68 %) من العزلات اظهرت مقاومة متعددة لـ (6 - 9) مضادات و(26 %) من العزلات كانت مقاومة لـ (1 - 5) مضادات و(6 %) من العزلات مقاومة لـ (10 - 12) مضادا وتوزعت العزلات المقاومة ضمن (33) نمط مقاومة لمضادات الحياة.وعند التحري عن انتاج بعض عوامل الضراوة لبكتريا P. aeruginosa تبين ان (82 %) من العزلات منتجة لانزيم الهيمولايسين و(74 %) منتجة لانزيم الايلاستيز و(66 %) منتجة لانزيم اليوريز ، وكانت المجموعة السائدة هي المنتجة للعوامل الثلاثة معا ، مما يدل على اهمية هذه العوامل في ضراوة البكتريا كما تبين ان هناك ارتباطا بين انتاج انزيم الايلاستيز والهيمولايسين.اختيرت عزلتان احداهما مقاومة لاحد عشر مضادا من اصل 12 مضادا منتجة لعوامل الضراوة الهيمولايسين ، والايلاستيز ، واليورييز (PD1) والاخرى حساسة (مقاومة لاربعة مضادات من اصل 12 مضادا) ومنتجة للايلاستيز والهيمولايسين وغير منتجة لليوريز (PD2).وعند التحري عن وجود البلازميدات وجد ان العزلة المقاومة (PD1) تمتلك بلازميدا واحدا والعزلة الحساسة (PD2) لا تمتلك بلازميدا.حدد التركيز المثبط الادنى للمستخلصات المائية والكحولية لنباتي سم الفراخ Withania somnifera L. Dun. ، والقريص Urtica urensi L. تجاه بكتريا P. aeruginosa (للعزلتين (PD1,PD2وكان التركيز المثبط الادنى لمستخلص سم الفراخ المائي (175) ملغم / مللتر ، والكحولي (5) ملغم / مللتر ، والتركيز المثبط الادنى لمستخلص القريص الكحولي (25) ملغم / مللتر ، اما المستخلص المائي للقريص فلم يكن له اي تاثير تثبيطي في نمو البكتريا حتى التركيز (175) ملغم / مللتر.درس تاثير المستخلصات في التراكيز تحت التركيز المثبط الادنى تجاه تثبيط بعض عوامل الضراوة للبكتريا وكان مستخلص سم الفراخ المائي والمستخلص الكحولي مثبطا لانزيم الهيمولايسين ومضعفا للايلاستيز ولم يكن لهما تاثير في انتاج اليوريز عند التراكيز (100 ، 125 ، 150) ملغم / مللترللمستخلص المائي والتراكيز (2 ، 3 ، 4) ملغم / مللتر للمستخلص الكحولي ، اما مستخلص القريص المائي والمستخلص الكحولي فكان لهما تاثير مثبط للايلاستيز ومضعف للهيمولايسين ولم يؤثرا في انتاج اليوريز عند التراكيز (125 ، 150 ، 175) ملغم / مللتر للمستخلص المائي وعند التراكيز (10 ، 15 ، 20) ملغم / مللتر للمستخلص الكحولي.لم يكن لاي مستخلص نباتي من المستخلصات المستعملة تاثير في تحييد البلازميد للعزلة PD1 عند التراكيز تحت المثبطة ، لكن عند تحليل الدنا البلازميدي باستخدام الاشعة تحت الحمراء وجد ان مستخلصي سم الفراخ المائي عند التركيز (150) ملغم / مل والكحولي عند التركيز (4) ملغم / مللتر احدثا تغييرا في مواقع جذر NH+3 ولايون C=O عند الحزمة 2000 - 3100 سم - 1 ، والحزمة 1649 سم - 1 على التوالي. اما مستخلص القريص المائي عند التركيز (175) ملغم / مللتر والكحولي عند (20) ملغم / مللتر فقد احدث تغييرا في موقع جذر NH3+ عند الحزمة 2000 - 3100 سم - 1 وايون C=O عند 1649 سم - 1 واحدثت تغييرا في شدة الحزمة عند 1022 سم - 1 والتي تعود الى مجموعة PO2 - ويمتاز المستخلص المائي بانه احدث تغييرا في دنا البلازميد البكتيري بظهور حزمة جديدة عند 810 - 690 سم - 1 وتعود لمجموعة PO2 - ايضا. وهذا يشير ايضا الى احتمال تاثير تلك المستخلصات النباتية على الوضعية العامة لجزيئة الـ DNA من ناحية التركيب الثانوي وبالتالي على بعض ادواره الوظيفية الحيوية. | Pseudomonas aeruginosa was isolated from various clinical specimens including : wound , burn , ear , urine and blood , collected from patients hospitalized in Yarmouk , Al - Kindy and Al - Elweia for children hospital,A total of (50) (out of 110) isolates were obtained of which (44 %) were isolated from wounds , (20 %) from urine and ear infections , (12 %) from burns and (4 %) from blood specimen.Antibiotic resistant tests have indicated that (68 %) of P. aeruginosa isolates were multiresistant to (6 - 9) antibiotics and (26 %) were resistant to (1 - 5) antibiotics and (6 %) were resistant to (10 - 12) antibiotics , P. aeruginosa isolates exhibited (33) antibiogram patterns.Detection of some virulence factors production by these isolates indicated that (82 %) were producers of hemolysin, (74 %) were elastase producers and (66 %) were urease producers. The group producing all three virulence factors was dominant.Two isolates were selected , the first isolate (PD1) was resistant to (11) antibiotics , and produced hemolysin , elastase and urease , the second isolate (PD2) was resistant to (4) antibiotics only (out of 12) and produced hemolysin , elastase but not urease.Screening for plasmid DNA indicated that the resistant isolate (PD1) had a single plasmid , while the sensitive isolate (PD2) had no plasmid.Minimum inhibitory concentration (MICs) of the aqueous and ethanolic extracts of both (whole) plants Withania somnifera (L.) Dun. and Urtica urens L., were determined towards P. aeruginosa (PD1,PD2), Results obtained showed that MIC of ethanolic extract of W. somnifera was (5) mg / ml and of aqueous extract was (175) mg / ml. The MIC for the ethanolic extract of U. urens was (25) mg / ml , while the aqueous extract had no inhibitory effect towards P. aeruginosa up to (175) mg / ml.The effect of Sub - MICs of the aqueous and ethanolic extracts of both plants on the production of hemolysin , elastase and urease was investigated. Sub - MICs of the ethanolic and aqueous extract of W. somnifera had an inhibitory effect on hemolysin production and a suppressing effect on elastase but no effect on urease production at 100 , 125 , 150 mg / ml for the aqueous extract and 2 , 3 , 4 mg / ml for the ethanolic extract.Sub - MICs of the aqueous and ethanolic extract of U. urens had an inhibitory effect on elastase production and a suppressing effect on hemolysin , but no effect on urease production at 125 , 150 , 175 for the aqueous extract and 10 , 15 , 20 mg / ml for the ethanolic extract.The electrophoresis of plasmid DNA isolated from bacterial cell treated with plant extracts indicated that neither W. somnifera nor U. urens extracts had a curing effect on the plasmid at sub - MIC concentrations for PD1.Vising infrared spectroscopy spectrum showed that the sub MICs of ethanolic and aqueous extracts of . W. somnifera (4 mg / ml , 150 mg / ml) made an alteration in NH+3 groups at wave band (2000 - 3100) cm - 1 and C=O group at 1649 cm - 1 , while the Sub - MICs of the ethanolic and aqueous extracts of U. urens (20 mg / ml , 175 mg / ml) made changes in NH+3 , C=O and PO2 - groups at the wave bands (2000 - 3100) , 1649 , 690 - 810 cm - 1 respectively. These results indicate the possible effect of plant extracts on the conformation of the DNA molecules affecting some of its biological functions.

دراسة مقارنة بين الشكلين الحلزوني والمكور في بكتريا Helicobacter pylori المعزولة من مرضى مصابين بقرحة الاثنى عشر

Author name: حلا مؤيد رديف
Supervisor name: ضحى سعد صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى عزل بكتريا Helicobacter pylori من المرضى المصابين بقرحة الاثنى عشر ودراسة ظاهرة تحول الخلايا من الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة والعوامل المؤثرة ، وقد بينت النتائج ان مكونات الوسط الزرعي والضوء والاوكسجين من اهم العوامل التي تساعد على عملية تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة لجرثومة H. pylori . خلال مدة الحضن والخزن , فقد لوحظ عند استخدام وسط اغار نقيع الدماغ - القلب ، ووسط اغار الدم الاساسي المضاف اليهما دم بشري متحلل بنسبة ( %5) ، واضافات النمو يتم الحصول على الاشكال المكورة بنسبة اقل مما لو استخدمت الاوساط الزرعية ذاتها لكن بدون اضافة الدم واضافات النمو. وللمحافظة على حيوية جراثيم الهيليكوبكتر وعلى شكلها الحلزوني لمدة زمنية اطول قد تصل الى (30 - 20) يوما عند خزنها بدرجة حرارة (4)مo , يجب عدم تعريض الاوساط الزرعية الى الضوء والاوكسجين بنسبة اعلى من ( %6 ) ، كذلك مراعاة ان تكون باءهاءpH)) الوسط .( 8 - 6.9 ) سجل لاول مرة في القطر تمكن بعض الاشكال المكورة من التحول الى الاشكال الحلزونية عند استخدام وسط اغار نقيع الدماغ - القلب، ووسط المولرهنتون، ووسط مرق البروسيلا، ووسط اغار الحليب، ووسط اغار الـﭼوكليت ،ووسط اغار الماكونكي ، ووسط التربتون سوي بروث( Trypton Soy Broth ) . اذ اضيف الى قسم من الاوساط المستخدمة ( %5 ) دم بشري متحلل واضافات النمو ، كذلك سجل لاول مرة في القطر تمكن بعض الاشكال المكورة من التحول الى الاشكال الحلزونية عند استخدام الفئران واستخدام خنازير غينيا ( Guinea - pigs ) بشكل افضل من استخدام الاوساط الزرعية الصلبة والسائلة مع مراعاة اعطاء الحيوان جرعة لقاح بحجم ( 0.1 ) ملليلتر , ولوحظ ضرر نسيجي عند دراسة المقاطع النسيجية للمعدة ، اذ اشارت الدراسات السابقة الى عدم قدرة تحول الاشكال المكورة الى الاشكال الحلزونية عند استخدام الحيوانات المختبرية. اوضحت النتائج ان المحتوى الكيميائي للاشكال المكورة في بكتريا H. pylori يختلف عن المحتوى الكيميائي للاشكال الحلزونية للبكتريا نفسها بعد معاملتها بحامض الكبريتيك المركز وهيدروكسيد البوتاسيوم ، الشيء الذي يعكس حدوث تغيرات في الجدار الخلوي خلال عملية تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة . كما بينت النتائج ان الاشكال المكورة اقل كثافة من الاشكال الحلزونية ، بسبب قلة نسبة الببتيدوكلايكان ، واضمحلال المكونات الخلوية وفقدانها نتيجة حدوث تغيرات في الجدار الخلوي وتلف الغشاء الهيولي Cytoplasmic membrane) ) . اظهرت الدراسة ان محتوى الاشكال المكورة العائدة الى H. pylori من الحامض النووي الديوكسي رايبوز DNA ) Deoxyribo nucleic acid ) ، والحامض النووي الرايبوزي RNA ) Ribonucleic acid ) اقل مما هو موجود في الاشكال الحلزونية للجرثومة نفسها . عند دراسة انظيم اللايسوزايم Lysozyme ومادة EDTA كلا على حدة ، وكذلك انظيم اللايسوزايم ومادة EDTA معا في الاشكال الحلزونية العائدة الى جرثومة H. pylori , كان التاثير اكثر بكثير قياسا مع الاشكال المكورة للجرثومة نفسها ، وذلك لقلة نسبة الببتيدوكلايكان في جدران الاشكال المكورة ، او لفقدان مواقع في الببتيدوكلايكان حساسة الى انظيم اللايسوزايم . وقد لوحظ ان المنظفات الايونية مثل مادة SDS والمنظفات اللاايونية مثل مادة Triton X - 100 تسببان تحلل عزلة H. pylori بشكليها الحلزوني والمكور , الا ان التراكيز الواطئة من مادة SDS تكون اكثر فعالية من التراكيز العالية من مادة Triton X - 100 في تحلل الجرثومة بشكليها الحلزوني والمكور. شوهدت الاشكال الحلزونية والاشكال المكورة لجرثومة H. pylori والاشكال التي تظهر خلال تحول الاشكال الحلزونية الى الاشكال المكورة عند استخدام المجهر الالكتروني الناقل , وقد لوحظت اشكال مختلفة من الاشكال المكورة تملك سوطا واحدا او سوطين . وسجل لاول مرة امتلاك الاشكال المكورة العديد من الاسواط ، وذلك عند تصوير العزلات بالمجهر الالكتروني الناقل. في حين اشارت الدراسات السابقة الى امتلاك الاشكال المكورة سوطا واحدا او سوطين فقط . وقد بينت نتائج دراسة التركيب الدقيق باستخدام المجهر الالكتروني ظهور الاشكال المتعددة للجرثومة ( العصوي ، والعصوي المنحني ، والملتوي ) فضلا عن ملاحظة النهاية المستديرة للجرثومة والتوزيع المتجانس للمكونات السايتوبلازمية والصباغية ( Chromatic Contents ) في داخل الخلية الجرثومية والسطح الناعم للجرثومة ، كما تم مشاهدة السياط المميزة لهذه الجرثومة التي تميزت بكونها مغمدة ( Sheathed ) وحاوية على انتفاخ ( تثخن ) في نهاية السوط الذي يشبه الهراوة . | The study aimed to isolate the Helicobacter pylori bacteria from patients who have duodenum ulcer and study the phenomenon of cell transformation from spiral shapes to cocci shapes and the influencing factors. The results showed that the component of the agricultural environment, light, and oxygen are the most important factors that help in the process of transformation from the spiral shapes to cocci bacterial shapes of H. pylori during the incubation and the storage period. It had been noticed that when using Brain - Hart infusion agar and Blood - Base agar with the addition of decomposed human blood by a percentage of (5%) with growth supplements, we get cocci shapes with a percentage less than that when we use the same agricultural media without adding the blood and the growth supplements. To maintain the activity of the H. pylori and its spiral shape for a longer period of time which can go up to (20 - 30) days when stored at 4 Co , we must not exposure the agricultural media to light and oxygen with a percentage higher than 6% and also thepH must be (6.9 - 8). For the first time, it had been recorded that some cocci shapes can transform to spiral shapes when using Brain - Hart infusion agar, Muller - Hinton agar, Brucella agar, Milk agar, Choclate agar, Maconcky agar, and Trypton Soy Broth, if we add to some of the used media (5%) of decomposed human blood and growth supplements. While, the previous studies mentioned that it is not possible for the cocci shapes to transform to spiral shapes when using cultural media. Also, it had been recorded for the first time that some of the cocci shapes can transform to spiral shapes when using mice and Guinea - Pigs, in a better way than using the solid and liquid cultural media taking into consideration giving the animal a dosage of vaccine of size (0.1) ml. Tissue damage had been noted when studying the tissue sections for stomach, while previous studies mentioned that it is not possible for the cocci shapes to transform to spiral shapes when using laboratory animals. The results show that the chemical content of the cocci shapes in the H.pylori bacteria is different from the chemical content of the spiral shapes of the same type of bacteria after treating it by concentrated sulfuric acid and potassium hydroxide, which reflect that changes had took place in the cell wall during the process of transformation from spiral shapes to cocci shapes. The results also showed that the cocci shapes are less density from the spiral shapes due to shortage of Peptidoglycan and the vanishing of the cellular components and the loss of these cellular components due to the changes that took place in the cell wall and the damage of the Cytoplasmic membrane. The study showed that the contents of the cocci shapes of the H.pylori from the Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) and from the RiboNucleic Acid (RNA) is less than that of the spiral shapes of the same bacteria. When the Lysozyme and EDTA had been studied separately and also the Lysozyme and the DETA together in the spiral shapes of the H. pylori bacteria, the effect was much more when compared with the cocci shapes of the same bacteria, and that is due to the shortage of Peptidoglycan in the walls of the cocci shapes or due to the loss of Peptidoglycan positions sensitive to the Lysozyme. It had been noted that the ionic detergents such as the SDS and the non - ionic detergents such as Triton X - 100 are causing the analysis of the H. pylori isolation in both the cocci and spiral shapes, but the low concentrations of SDS is more efficient than the high concentration of the Triton X - 100 in the analysis of the bacteria in both of its cocci and spiral shapes. The spiral shapes and the cocci shapes of the H. pylori bacteria and the shapes that appears during the process of transformation from spiral shapes to cocci shapes had been observed when using the Transmission Electronic Microscope (TEM) , also different cocci shapes had been observed that have one and two flagellum. It had been recorded for the first time that the cocci shapes have more than one flagellum and that was during the photography of the isolations by the TEM, while previous studies mentioned that the cocci shapes have one or two flagellum only. The fine composition study using electronic microscope showed that many shapes of the bacteria appears ( rods, curved rods, and the spiral ) in addition to noticing the round end of the bacteria and the homogenous distribution of the Cytoplasmic and Chromatic contents inside the bacteria cell and the smooth surface of the bacteria, and also the flagellum that distinguish this bacteria had been observed that are distinguished by being sheathed and have inflation ( thickness ) in the end of the flagellum which looks like cudgel.

دراسة مقارنة بين انواع بكتريا Staphylococci المنتجة وغير المنتجة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين == Comparative Study between Methicillin - Resistant Coagulase Positive and Negative Staphylococci

Author name: هالة محمد حسين الحسني
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم جمع 161 عينة من المرضى والحاملين للبكتريا (العاملين في المستشفيات والمطاعم) (carriers) كانت العينات تشمل : مسحات الانف، مسحات الجروح، الحروق، التقيحات، القشع، مسحات الاذن وكذلك شملت افرازات من الثدي وعينات من البول والدم. شخصت 49 عزلة (30.4%) على انها تعود لجنس Staphylococcus. وبعد اجراء اختبار الانزيم المخثر للبلازما .Coagulase test اظهرت 37 عزلة (75.5%) من اصل 49 قدرتها على انتاج الانزيم المخثر للبلازما ]موجبة للانزيم المخثر للبلازما Coagulase - Positive Staphylococci (COPS)[، بينما اظهرت 12 عزلة (24.5%) عدم قدرتها على انتاج هذا الانزيم واعتبرت سالبة للانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci(CONS). تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحياة للتحري عن وجود وانتشار بكتريا Staphylococci المقاومة للمضاد الحيوي المثسلين وكذلك تم استخدام العدة الخاصة للكشف عن هذا النوع من البكتريا (MRSA Kit) للتاكد من النتيجة، وقد كانت النتائج كالاتي : اظهرت 41 عزلة (83.7%) من اصل 49 مقاومتها لمضاد المثسلين بينما اظهرت 5 عزلات (10.2%) حساسيتها لهذا المضاد وكانت ثلاث عزلات فقط (6.1%) متوسطة المقاومة لهذا المضاد. وقد مثلت مسحات الانف (من الحاملين للبكتيريا) (carriers) اعلى نسبة (%63.4) بين العزلات المقاومة للمثسلين. ومن ناحية اخرى فقد اظهرت النتائج ان 30 عزلة (81%) من اصل 37 عزلة منتجة للانزيم المخثر للبلازما (COPS) كانت مقاومة لمضاد المثسلين بينما اظهرت 4 عزلات (10.8%) حساسيتها لهذا المضاد وثلاثة عزلات فقط (8.1%) متوسطة المقاومة للمثسلين. اما بالنسبة للعزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما (CONS) اظهرت 11 عزلة من اصل 12 عزلة (91.6%) مقاومتها للمثسلين بينما اظهرت عزلة واحدة فقط (8.3%) حساسيتها لهذا المضاد. ولم تظهر اي عزلة من العزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما مقاومة متوسطة لهذا المضاد. اما بالنسبة لفحص الحساسية لبقية مضادات الحياة فقد اظهرت النتائج ان كلا النوعين (الموجبة والسالبة للانزيم المخثر للبلازما) مقاومة لعدة انواع اخرى من المضادات اضافة للمثسلين (متعددة المقاومة للمضادات الحيوية). تم التحري عن قابلية بكتريا Staphylococcus aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) والبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين (MR - CONS) على انتاج بعض عوامل الفوعة وقد اظهرت النتائج ان بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة لعدة انواع من الانزيمات والسموم التي تساهم عادة في امراضيتها ومن هذه الانزيمات انزيم البروتييز، اللايبيز، اليوريز، الانزيم المحلل للدنا اضافة الى انزيم الجلاتينيز، كذلك اظهر هذا النوع من البكتريا قدرته على انتاج ثلاثة انواع من الهيمولايسين (الفا، بيتا، ودلتا). اما بالنسبة للنوع الثاني، البكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت قدرتها على انتاج نوعين فقط من الانزيمات (البروتييز واليوريز) اضافة الى انتاجها للانواع الثلاثة من الهيمولايسين. ولم تظهر اي عزلة قابليتها على انتاج سم متلازمة الصدمة السمية (TSST - 1) (Toxic Shock Syndrome Toxin). كذلك فقد تم التحري عن قابلية كلا النوعين السابقي الذكر من البكتريا على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقتي الانابيب واكار احمر الكونغو، وقد بينت النتائج ان كلا النوعين لها القدرة على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقة الانابيب الا ان كمية او نسبة المادة الملتصقة على السطح الداخلي للانابيب كانت متباينة بين العزلات، اما طريقة اكار احمر الكونغو فقد اظهرت ان 60% من عزلات بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة للطبقة اللزجة وبكميات كبيرة بينما اظهرت 40% من عزلات هذا النوع عدم قدرتها على انتاج الطبقة اللزجة. اما بالنسبة للبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت جميع العزلات التي تم اختبارها (100%) انتاجيتها العالية للطبقة اللزجة. اختبرت قدرة كلا من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) على انتاج او تكوين الغشاء الحيوي (biofilm) باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة وقد بينت النتائج ان كلا النوعين له القدرة العالية على تكوين الغشاء الحيوي فقد كانت قيم الامتصاصية تتراوح بين 0.520 - 0.738 وان قيم الامتصاصية لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) كانت اكبر من قيم الامتصاصية لبكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA)، اضافة لذلك فان قيم الامتصاصية وبالتالي تكوين الغشاء الحيوي قد ازدادت وبفارق معنوي عند اضافة سكر الكلوكوز وبنسبة 1% للوسط الزرعي. اظهرت النتائج كذلك ان هناك صلة بين المقاومة للمثسلين وتكوين الغشاء الحيوي في العزلات التابعة لبكتريا S. aureus. اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا لاثنين من مضادات الحياة Vancomycin وClindamycin على تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لكل من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) وقد بينت النتائج ان كلا المضادين وبكلا التركيزيين المستخدمين (تحت المثبط الادنى الاول وتحت المثبط الادنى الثاني) قد اثر او ثبط تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين هذا عند استخدام كل مضاد بمفرده على الرغم من ان تاثير مضاد الـ Vancomycin في التثبيط كان افضل من تاثير مضاد الـ Clindamycin. اضافة الى ذلك فقد اثبتت النتائج ان عملية دمج المضادين وبكلا التركيزيين تحت المثبطين الادنيين قد ثبط عملية تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين على السواء. وعند المقارنة بين طريقتي استخدام كل مضاد بمفرده وبين عملية الدمج بين المضادين فان النتائج قد بينت عدم وجود اي فرق معنوي بين الطريقتين بالنسبة لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE)، بينما بينت النتائج ان هناك فرق معنوي بين استخدام الطريقتين بالنسبة للعزلة S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وان الطريقة الاولى (استخدام كل مضاد بمفرده) كانت افضل من الطريقة الثانية (عملية الدمج بين المضادين) في التاثير التثبيطي على عملية تكوين الغشاء الحيوي. | One hundred and sixty one specimens were collected from patients and carriers (workers in the hospitals and restaurants), the specimens included nasal swab, wound swab, burn swab, abscess and pus, sputum, ear swab, breast discharge, urine and blood culture. Only 49 (30.4%) isolates identified as Staphylococcus, the coagulase test was performed and the results showed that from total 49 isolates of Staphylococci, 37 isolates (75.5%) were coagulase - positive (COPS), while only 12 isolates (24.5%) were coagulase - negative (CONS). The distribution of Methicillin resistance among Staphylococcus spp. was investigated by disc diffusion method and MRSA Kit. The results indicated that from all 49 isolates, 41 isolates (83.7%) showed resistant to the Methicillin while 5 isolates (10.2%) were sensitive and only 3 isolates (6.1%) was intermediate resistance. The highest rate of Methicillin resistance Staphylococci (63.4%) was obtained from nasal swabs (carriers). On the other hand the results showed that out of total 37 coagulase - positive isolates (COPS), 30 isolates (81%) were resistant to Methicillin and 4 isolates (10.8%) were sensitive while only 3 isolates (8.1%) were intermediate resistance to the Methicillin. The total 12 isolates that identified as coagulase - negative (CONS), 11 isolates (91.6%) showed resistance to Methicillin while only 1 isolate (8.3%) was sensitive, and there was no intermediate resistance among CONS isolates. The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that both COPS and CONS isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The ability of Methicillin - Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin - Resistant Coagulase - Negative Staphylococci (MR - CONS) isolates to produce some virulence factors were investigated and the results showed that MRSA isolates produce many enzymes and toxins that contributed in their virulence such as protease, lipase, urease, DNase and gelatinase, and also produce three types of haemolysins (alpha, beta, and delta), while MR - CONS showed the ability to produce only two enzymes (protease and urease) and three types of haemolysins. Toxic Shock Syndrome Toxin (TSST - 1) has not detected by any tested isolates. The ability to produce slime layer by MRSA and MR - CONS isolates was also investigated and the results showed that all isolates of both MRSA and MR - CONS were produced slime layer when tested by tube method but the amounts of adherent materials were different among the isolates. However, the results by Congo red agar method showed that 60% of MRSA isolates produced strong slime layer and 40% of MRSA obtained negative result, and in the case of MR - CONS all tested isolates (100%) had the ability to produce strong slime layer by this method. Similarly the ability of MRSA and Methicillin - Resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) isolates to produce biofilm by tissue culture plate (TCP) was investigated and the results indicated that both MRSA and MRSE showed highly and strong biofilm formation, and the OD value of biofilm formation ranged between 0.520 - 0.738, and the OD value obtained from MRSE isolates were higher compared to the MRSA isolates. Additionally the OD value of biofilm formation significantly increased in addition of 1% glucose to the media. The results showed that there are a possible correlation between Methicillin susceptibility and the biofilm formation in S. aureus isolates.The effect of Subinhibitory Antibiotics Concentration (sub - MIC) of two antibiotics (Vancomycin and Clindamycin) on the biofilm formation by MRSA and MRSE isolates were investigated and the results showed that both antibiotics at two subinhibitory concentration (one - half and two - half the MIC) were significantly inhibited the biofilm formation by both isolates when using of each antibiotic alone, but Vancomycin was most effective than Clindamycin. Additionally the results showed that the combination of these two antibiotics at different sub - MIC were also significantly reduced or inhibited the biofilm formation by both isolates. In comparison between the using of each antibiotics alone and the using of antibiotics combination the results showed that in the case of MRSE isolate there was no significant difference between the two treatment methods, while in the MRSA isolate there was a significant difference between the two methods. The using of each antibiotic alone (Vancomycin or Clindamycin) was most effective than the using of combination of these two antibiotics in the inhibition of biofilm formation.

انتاج الالجينت من بكتريا Azotobacter vinellandii المعزولة محليا ودراسة صفاته الفيزيوكيمياوية

Author name: حسام صباح اوهيم
Supervisor name: شذى سلمان حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 50 عزلة بكتيرية من 20 عينة تربة جمعت من حدائق جامعة بغداد في الجادرية ومن اماكن مختلفة من حقول الذرة في كلية الزراعة في ابو غريب, تبين ان 20 منها عائد الى جنسAzotobacter اعتمادا على الفحوصات المزرعية والمجهرية. اظهرت جميع عزلات Azotobacterمستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح المعدنية الحاوي على السكروز. تم اختيار 10 عزلات والتي تميزت باعطاء لزوجة عالية عند نموها في الوسط لاجراء الغربلة الكمية لانتاج الالجينات وانتخبت العزلة A3 الاغزر انتاجا. وشخصت هذه العزلة باجراء الفحوصات الكيموحياتية وتبين انها احدى سلالات بلغ تركيز الالجينات المنتج من هذه العزلة 3 غم / لتر والكاربوهيدرات الكلية 3,15 غم / لتر ونسبة الالجينات في الكاربوهيدرات الكلية كانت 95,2 % . حددت الظروف المثلى لانتاج الالجينات من العزلة واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الحاوي على 1% سكروز وخالي من المصدرالنايتروجيني برقم هيدروجيني 6,5 وبحجم لقاح 1% وعدد خلايا ( 3 × 10 4 خلية /مل ) وعند درجة حرارة 30 م۫ ولمدة حضانة 5 ايام في حاضنة هزازة بسرعة 150 دوره في الدقيقة . درست مواصفات الالجينات المظهرية والفيزيوكيميائية المنتجة من العزلة حيث ظهر هذا المركب بعد استخلاصه وتجفيفه بلون كريمي مائل الى البني ومظهر صمغي . اما صفاته الفيزيوكيميائية فقد بينت النتائج ان المركب ذائب في الماء وغير ذائب في الايثانول والميثانول والايزوبروبانول . كانت لزوجة المركب عالية عند التركيز 1% ودرجة حرارة 35 م۫ حيث بلغت 149,94 سنتيبويز وهذه اللزوجة تقل بارتفاع درجة الحرارة وتزداد عند انخفاض الرقم الهيدروجيني حتى وصلت الى اعلى قيمة لها عند الرقم الهيدروجيني 5. كانت درجة الانصهار البدائية (onset melting point ) 190 م۫ والدرجة النهائية (clear melting point ) 205 م۫ وكان الوزن الجزيئي للالجينات 223,23 كيلودالتون. درست قابلية الالجينات على امتزاز ايونات المعادن الثقيلة ( الزنك والنحاس ) وحددت الظروف المثلى لعملية الامتزاز. اظهرت النتائج ان الالجينات لها الفه وسعة ارتباط عالية لكل من ايونات الزنك والنحاس . وان افضل امتزاز حدث بعد مرور 10 ساعات من وقت المعاملة ( اضافة 150 مل من محلول الالجينات بتركيز 1% الى 50 مل من المحلول الحاوي على ايونات الزنك او النحاس ) وكان الرقم الهيدروجيني 9 الافضل في امتزاز ايونات الزنك والنحاس من الرقم الهيدروجيني المتعادل والحامضي . | Fifty bacterial isolates were obtained from 20 soil samples collected from Baghdad University's gardens at AL - Jadiria and different places in corn field at College of Agriculture in Abu - Ghrib. Twenty of these isolates were belonged to Azotobacter depending on cultural characteristics and microscopic examination and biochemical tests .All the Azotobacter isolates revealed mucoid colonies when grown on sucrose mineral - salt agar medium. From these isolates ten isolates of higher level of mucoid growth were screened for alginate production. Azotobacter vinellandii A3 isolate revealed highest alginate production (3 gm / L ) with total carbohydrates of (3.15 gm / L ) and 95.2% alginate percent in total carbohydrate . The optimum conditions for alginate production by A. vinellandii A3 were determined; the results showed that the best production level was obtained in Emtiazis medium, containing 1% sucrose without nitrogen source, at pH 6.5, inoculum's size 1% (3.1 × 104 CFU/ml) and incubated at 30˚C for 5 days in shaking incubator at 150 rpm. , alginate concentration was 3.9(gm / L) and alginate percentage in total carbohydrate was 95.1%. Alginate of A. vinellandii A3 characterization was performed, alginate color was cream to light brown, gummy texture and soluble in water but insoluble in ethanol, methanol and isopropanol, alginate had high viscosity at a concentration of 1% solution at 35˚C which was 146.94 centipoises, the viscosity decreased with increasing temperature ,and increase with lowering pH and reached the maximum at pH 5 , the onset melting point of sodium alginate was 190 ˚C and the clear melting point was 205˚C and the molecular weight of alginate was 223.23 KD. The ability of alginate of A. vinellandii A3 to adsorb heavy metal ions(Cu+2 , Zn+2 ) was also studied, the optimum conditions for adsorption process were determined, the results showed that alginate has a high affinity and binding capacity for Cu+2 and Zn+2 ions, and the best adsorption level was occurred after 10 hrs of treatment (addition 150 ml of 1% alginate to 50 ml of solutions contain Cu +2 ions or Zn +2 ions),alkaline pH (9) was more suitable for Cu+2 and Zn+2 adsorption than neutral or acidic pH.

انتاج وتوصيف الملبد الحيوي من بكتريا Bacillus coagulans المعزولة محليا == Production and Characterization of Bioflocculant From Locally Isolated Bacillus coagulans

Author name: جوان صباح باجلان
Supervisor name: سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل 48 عزلة بكتيريه تعود الى جنس Bacillus, جمعت من عينات الماء والتربة. اعطت اثنان وعشرون عزلة صفة اللزوجة عندمزارعت على وسط الاكار المغذي, اظهرت سبعة عزلات فقط من Bacillus نموا في وسط النشاء المغذي واعطت فعالية التلبد في عالق الكاؤلين. اعطت العزلة B8 ( المعزولة من التربة ) اعلى فعالية تلبد في عالق الكاؤلين (37%). اظهرت الاختبارات الكيموحيوية والفحص المظهري لهذه العزلة انها تعود الى نوع Bacillus coagulans . استخلص الملبد الحيوي من العزلة B8 B. coagulans باستعمال المذيبات العضوية شملت : الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم , الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم /حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم . كان وزن الملبد الحيوي المستخلص من الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم ( 0.15 غم/100مل ) اعلى من المستخلص الناتج من الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم / حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم التي كانت (0.117 غم/100مل و0.078 غم/100مل ) على التوالي . نميت العزلة B. coagulans B8 من اوساط وظروف مختلفة وبينت النتائج انه اعلى انتاجية للملبد الحيوي تكون عند زرع البكتيريا في الوسط النشاء الحاوي على 1% نشاء كمصدر كاربوني, كلوريد الامونيوم كمصدر نتروجيني, برقم هيدروجيني 8 وحضنت بدرجة 37 لمدة 48 ساعة. اشار التحليل الكيميائي للملبد الحيوي المستخلص الى انه مكون من 85% كاربوهيدرات و7% بروتين .اظهر التحليل الكروماتوغرافي للطبقة الرقيقة (TLC ) للملبد الحيوي المتحلل بواسطة حامض الهيدروكلوريك مع نظام الاذابة المكون من البيوتانول - حامض الخليك - ماء بنسبة 1 : 1 : 3 وزن /وزن والكحول الاثيلي 96% - ماء 63 : 37 وزن / وزن, انه الملبد الحيوي المنتج من B8 B. coagulans يحوي جزء كاربوهيدراتي وجزء بروتيني, حيث ظهرت بقعتان بنية اللون عند استخدام الفينول - حامض الكبريتيك لتحري عن الكاربوهيدرات(Rf = 0.41 , 0.58 ) التي ماثلت الكالكتوز والكلوكوز, وظهرت بقعة واحدة حمراء غامقة عند استخدام النينهايدرين للتحري عن الاحماض الامينية (Rf = 0.68 ) التي ماثلت الحامض الاميني الفنيل الالنيين . درست خصائص الملبد الحيوي اعتمادا على فعالية التلبد لعالق الكاؤلين : اظهرت النتائج ان الملبد الحيوي يعطي فعالية تلبد جيدة لعالق الكاؤلين ( 41.5 % ) عند حجم 0.5 مل لكل 50مل بوجود 1% من كلوريد الكالسيوم (مصدر الشحنة موجبة) لتحسين عملية التلبد. الاس الهيدروجيني الامثل لفعالية التلبد هو11pH واعطت افضل فعالية عند درجة حرارة 70 مئوي وكانت ( 78% ) . درست قابلية مادة التلبد على ازالة عكورة مياه النهر ومياه المجاري المنزلية, اظهرت النتائج القدرة على ازالة العكورة ( فعالية التلبد ) فقد اختزلت في كلاهما الى 66.36 % و62.7% على التوالي. | From September 2008 to May 2009, 122 specimens were collected by sterile cotton swaps from patients suffering from eye infection at Ibn Al - Haitham Teaching Eye Hospital, 12 of them were Pseudomonas aeruginosa isolates : they were named (P(1), P(2),……..P(12)) in 9.83% isolation percentage. All the isolates were diagnosed by biochemical tests, API 20 E system and agglutination sera for the grouping of P. aeruginosa. The results showed that all the isolates belong to the P. aeruginosa strains (6, 9, 12 and 16). After the adhesion test and lipopolysaccharide extraction and after studying the prophylactic role of LPS, the results demonstrated that : 1 - P (10) isolate have a greater ability to adhesion when all P. aeruginosa isolates were tested on Congo red agar medium and adherence to smooth surfaces. 2 - The chemical analysis of crude LPS that was extracted from P (10) by using digestive enzyme and hot phenol water method showed that the percentage of carbohydrates was 7.3% and the percentage of protein was 1.3%. No nucleic acids were found.3 - The chemical analysis of partially purified LPS that was made by gel - filtration chromatography by using Sephacryl 200 S showed that the percentage of carbohydrates in the partial purified LPS was 19.5% and the percentage of binding proteins was 0.006%. No nucleic acids were found. 4 - When the molecular weight of LPS was measured by gel - filtration chromatography by using Sepharose C1 - 6B - 200 it was found to be 630957 Dalton. 5 - The prophylactic role of LPS was studied as follows : a - The sera were prepared by using two wild type rabbits (weight 2 - 2.5 kg). They were injected with five doses over 70 days of different concentrations of partially purified LPS that have been extracted from P. aeruginosa P (10) isolate. One rabbit was used as a control that has been injected with PBS. The titer of antibodies in sera was determined by passive haemagglutination and it was in the immunized rabbit’s sera (160), and the best concentration of LPS was 10µg.b - The pathological infection was done by using two groups of female mice; the first group represents the non - immunized group while the second group represents the immunized group. The left and right eyes of the two groups were scratched, then the left eyes were infected with 5µl of (1×108 cell/ml viable organism) of P. aeruginosa P (10) while the right eyes serve as a control scratched eye. In the second group that represents the immunized group, the mice were immunized intraperitoneally with 0.2 ml of 2X concentrated sera, 18 hr. before scratching and infection and 1 - 2 hr. after scratching and infection in comparison with the control mice that were not immunized or scratched or infected with P. aeruginosa. The results have shown that : - Typical pathological scores were observed in the left eyes of non - immunized mice group 72 hr. after infection with P. aeruginosa while no pathological scores were observed in the left eyes of immunized mice. This indicated that the immunization with LPS gave a protection against P.aeruginosa corneal infection. - The histological sections of mice eyes of non - immunized and immunized mice show that there was a degenerative change and necrosis of retina with inflammatory cells infiltration in the left eye and hyperplasia of inner retinal cell layer in the right eye of non - immunized mice in comparison with the right and left eyes of control mice that have shown a normal appearance of retina, choroid and vitreous chamber while there was a hemorrhage and detachment of retina with certain inflammatory cells in the left eye and accumulation of blood along inner retina of vitreous chamber and certain detachment of retinal layer of right eye of immunized mice. These results indicate that immunization with LPS reduces the corneal infection caused by P. aeruginosa

دراسة مصلية وجزيئية لبكتريا Escherichia coli المعزولة من بعض الاغذية الحيوانية ومن حالات سريرية في محافظة بابل == Molecular and serological study of the bacteria Escherichia coli isolated from some animal foods and clinical cases in Babylon province

Author name: محمد حسن عبد الكاظم الكعبي
Supervisor name: الهام سعيد عبد الكريم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study isolation and Identification of Esherichia coli in Babylon province. Atotal of 206 samples were obtamel which Include 86 stool sample from patients with diarrhea for both sexy and different ages in AL - kasem and AL - Hashimia hospitals from 2 - 2 - 2015 to 30 - 3 - 2015.60 samples of ground beef meat and 60 samples of Localy raw cheeses were obtamil from Hlla , Kasem, Hashimia and Hamza states form the period from 4 - 2 - 2015 to 17 - 4 - 2015 .2. 145 Isolates characterrizd as E.coli depending on the characteristics of the colonies phenotypic and microscopic when grown in diffrerential selective media as well as biochemical test to diagnose Isolates .Then the Identification of these species were confirmal by using Api20E system . 77(89.53 %) E.coli Isolates were obtamel from stoolsamples ,33(22.75%) from ground beef meat , samples 35(24.14%) from Localy raw cheeses samples.3. Serological Identification for 145 E.coli Isolates showed that 31 Isolates (21.8%) were belonged to O157 : H7 ,also results showed 69 E.coli Isolates (47.58%)were belonged to polyvalent II (O111,O119,O26,O55,O126) ,22(15.17%) belonged to polyvalent III (O86,O114,O123,O127,O128),11(7.59%) Isolates belonged to polyvalent IV (O112,O124,O142), 2 Isolstes .belonged to O128 Monovalent serotype from stooland cheese samples and 2Isolates belonged to O159 Monovalent from stool samples .4. Results of Virulence factors of E.coli Isolates showed the ability of 66(45.51%)Producing hemolysin (α,β),E.coli Isolates showed containing tow types of adherence CFA/1 and CFA/III , and tow ratios were 104(71.72%) and 77(53.10%)Respectively ,109(75.7%) Isolates shwed ability to produce Biofilm and 122(84.15%) Isolates showed ability to produce β - Lactamase .5. The Antibiot snsceptibility to all E.coli O157 : H7 Isolate .were performed according to Kirby Bauer testing ,showed ahigh degree of resistance 100% to Ampicillin and Mmeropenem, All Isolates showed Susceptibility 0% to Impenem and Amikacin ,Norfloxcin 96.77% and Gentamycin 90.32%.while resistance to Ceftazidine, Pipracillin ,Ofloxacine and Trimethoprime 77.41%, 70.96 %70 .96%67 74% respectively .6. The molecular Investigation of the genes stx1,stx2 hlyA and flic : H7 was made by taking out the bacterial DNA of all E.coliO157 : H7.Isolates using polymerase chain reaction PCR techniques , results showed 26(83.87%)Isolates gene positive result for stx1 at (180 bp) ,9(29.03%) gave positive result for stx2 at(255bp),all Isolates 100% gave hlyA at (534bp),23(74.19%) gave positive result for flic : H7 at (625bp).

دراسة بعض الصفات الكيميائية والفيزيائية والبايولوجية للبكتريوسين المستخلص من بكتريا Bacillus spp. المعزولة من مصادر بيئية مختلفة == Study of some chemical, physical and biological properties of bacteriocin extracted from Bacillus spp. isolated from different ecosources

Author name: بشار قصي كاظم
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص عزلات لبكتريا Bacillus من التربة والماء والغذاء .عزلت 51 عزلة من 67 عينة منها كانت عائدة لبكتريا Bacillus spp. وفقط 17 عزلة منها كانت منتجة للبكتريوسين واختبرت فعالية البكتريوسين تجاه البكتريا الدالة Listeria monocytogenes , حيث اظهرت اختبارات التشخيص بان افضل العزلات المنتجة كانت Bacillus cereus Me1 المعزولة من اللحوم. حددت الظروف المثلى لانتاج Bacteriocin Me1 من العزلة المنتقاةBacillus cereus Me1 ولوحظ بان افضل الاوساط لانتاج Me1 Bacteriocin هو مرق نقيع القلب والدماغ المدعم با لكلوكوز بتركيز 0,1% وبحجم لقاح 2% والحاوي على 1.5×810 خلية /مليلتر ورقم هيدروجيني امثل 6.5 وبدرجة حرارة مثلى 30 م° بعد 18 ساعة حظن .نقي البكتريوسين المنتج من B.cereus Me1 بعدت خطوات تضمنت الترسيب بكبريتات الامونيوم وبنسب اشباع (30,50,60,70,80)% واظهرت النتائج بان افضل اشباع حصل عند80% من كبريتات الامونيا المستخدمة تبعتها طريقة كروموتوكرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Sephadex وطريقة الترشيح الهلامي في عمود هلام السيفاكريل - .S200 والوزن الجزيئي له حدد بطريقةالترحيل الكهربائي في هلام SDS - PAGE واظهرت حزمة بروتينية مفصولة واحدة وكان وزنها الجزيئي 9100 دالتون. وباختبار تاثير قيم ال pH على فعالية البكتريوسين اظهرت بان الفعالية لم تتاثرفي pH بينما قلت الفعالية في pH اقل من 6 واعلى من 8 . البكتريوسين كان ثابت الفعالية عند المعاملة بالتسخين حتى 70 م° حيث انخفضت فعاليته عند درجات حرارة اعلى منها وفقدت كليا عند 121 م°. البكتريوسين B.cereus Me1 كان فعالا تجاه جميع البكتريا الموجبة لصبغة كرام المختبرة (Bacillus cereus وBacillus licheniformis وBacillus subtilisو (Staphylococcus aureus والفطر Candida albicansو Erwenia caratovora بينما كان غير فعالا تجاه البكتريا السالبة لصبغة كرام Pseudomonas aeroginusa ) وEscherichia coli. ) | This study involved the isolation and identification of the Bacillus isolates from soil, water and food samples. The results showed that 51 isolates from 67 samples were belonged to Bacillus spp. All isolates were tested and only 17 of them were bacteriocin producers. Bacteriocin activity was tested against Listeria monocytogenes (Bacterial indicator). Optimization the conditions for production of bacteriocin by B.cereus Me1 revealed that the best conditions for production were Brain Heart Infusion broth medium supplemented with 0.1% glucose , inoculums size 2% (1.5 x 108 cell/ml), pH 6.5 and incubation temperature 30 °C for 18 hrs.The purification of the bacteriocin from the B.cereus Me1 was carried out by ammonium sulfate precipitation in saturated percentages of (30, 50, 60, 70,80)% and The result showed that the best saturation was obtained at 80% ammonium sulfate. Two steps of purification was performed including ion exchange Chromatography by using DEAE - Sephadex and gel filteration by using Sephacryl - S200 . The purified Bacteriocin was named Bacteriocin Me1 according to the isolate Me1 for characterization of purified bacteriocin the molecular weight was determined with gel electrophorsis SDS - PAGE and one band of separated protein appeared. It is M.W was about 9100 Dalton. Testing the effect of pH values on bacteriocin activity it was stated that this activity didn't affect at pH 6, 7, 8, while this activity decreased at pH lower than 6 and higher than 8. The bacteriocin was stable with heating up to 70°C , higher than this the activity minimized and completely lost at 121°C. The B. cereus Me1 bacteriocin was active against all tested Gram - positive bacteria (Bacillus cereus, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus) and fungus C. albicans and Erwenia caratovora while was unactive against Gram negative bacteria ( Pseudomonas. aeruginosa and Escherichia coli

دراسة مقارنة بين العزلات المحلية لبكترياStaphylococcus epidermidis المقاومة والحساسة للمثيسلين == Comparative Study between Local Isolates of Methicillin Sensitive and Resistance of Staphylococcus epidermidis

Author name: استبرق نبيل عبد اللطيف
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 60 عزلة من المكورات العنقودية من 140 عينة سريريه (ادرار، مسحات اذن، مسحات انفية، جروح، عينات الدم). اثنان وثلاثون عزلة (53.3%) من العدد الكلي للمكورات العنقودية شخصت على انها عنقوديات غير مخثرة لذيفان مخثر بلازما الدمCONS)). تسعة عشر عزلة (59.38%) من CONS شملتStaphylococcus .epidermidis تم فحص الحساسية للعزلات المحلية من S. epidermid لمضاد المثيسلين, النتائج اظهرت 3عزلات من S. epidermidis حساسة للمثيسلين و16عزلة من S. epidermidis كانت مقاومة للمثيسلين، طبقا لهذه النتائج صنفت العزلات الى مجموعتين : - S. epidermidis مقاومة للمثيسلين MRSE)) وS. epidermidisحساسة للمثيسلين .(MSSE) اجري اختبار الحساسية لهاتين المجموعتين من S. epidermidis لاحد عشر مضادا حيويا، اظهرت النتائج مقاومة عالية ومتعددة ل MRSE لهذه المضادات بينما MSSE كانت عالية الحساسية، حيث اظهرت الMRSE حساسية 100% لمضاد vancomycinفقط. وتراوحت نسبة مقاومتها للمضادات penicillin G100% وclindamycin75% وamoxicillin 68.7% وamoxicillin clavulinic acid 68.7% وtetracyclin56.2% وrifampin 56.2% وcephalexin56.2% وerythromycin50% وciprofloxacin50% وgentamicin 43.7%. بينما اظهرتMSSE حساسية 100% لمضاد gentimicinو rifampin وclindamycin وciprofloxacin وvancomycinونسب مختلفة من المقاومة للمضادات الاخرى، اذ كانت نسبة مقاومة MSSE لمضاد amoxicillin وamoxicillin clavulinic acid وcephalexinو erythromycinو penicillin G و.%33 tetracyclin تم التحري عن انتاجية MSSEو MRSE لبعض عوامل الفوعة شملت الهيمولايسين والبروتييزواللايبيزواليورييزوالجيلاتينييزوانزيم المحلل للحامض النوويDNA اظهرت النتائج انMRSE تمتلك نسبة انتاجية لهذه عوامل الفوعة اعلى منMSSE . حيث ان نسبة انتاجية هيمولايسين، البروتييز، اللايبيز، اليورييز، الجيلاتينييز وانزيم المحلل للحامض النووي DNA فيMRSE كانت80%، 100%، 80%، 100%، 60%، و30% على التوالي، بينما كانت نسبة الانتاجية لهذه العوامل في MSSE 67%، 100%، 67%، 100%، 33% و33% على التوالي. تم تحديد التراكيز المثبطة الدنيا للمضادات penicillinو .tetracyclin اذ كانت قيم التراكيز المثبطة الدنيا للعزلة 32S هي 60 وحدة للبنسلين و25مايكروغرام/مل للتتراسايكلين، 40 وحدة للبنسيلين للعزلة .40S تم دراسة امراضية MRSE وMSSE باختبار سميتها باستخدام ذكور الفئران البيض السويسرية، وكانت الاعداد البكتيرية المستخدمة هي (108،109، 1010 ،1011 ،1012) cfu/ml والتي تم حقنها داخل بريتون الفئران. لم تسجل اي نسبة قتل بكل التراكيز المستخدمة ل MSSE بينما بلغت نسبة القتل 33% بالتراكيز1010 و11 10 cfu/ml لMRSE. درست التغيرات النسيجية في انسجة الكبد، الطحال، الكلى، الرئة والقلب لذكور الفئران المحقونة ب MSSE و.MRSE لوحظ ان التاثيرات النسيجية التي سببتها MRSE كانت اعلى من تلك التي سببتهاMSSE . اكثر الاعضاء تاثرا نتيجة حقنMSSE وMRSE هما الرئة والكلى واللتان سبتتا نسبة عالية من النخر بهذين العضوين وكان التاثير اقل في الطحال والكبد من الرئة والكلى، ولم يظهر اي تاثير في قلب الفار المحقون بMSSE لكن هناك بعض التاثيرات في قلب الفار المحقون بMRSE. اظهرت نتائج الترحيل الكهربائي لعزلتيMSSE ( 51S و(5Sبانها لا تمتلك اي بلازميد بينما عزلتانMRSE تمتلك بلازميدات، كما لوحظ وجود بلازميدان في عزلة 40S احداهما بلازميد كبير والاخر صغير في حين ان العزلة الاخرى من MRSE 32S تمتلك 3 بلازميدات واحد منها كبير واثنان صغيران. اظهرت نتائج تحييد البلازميد باستخدام SDSو Rifampin ان بلازميدات العزلتين 32S)، (40S قد حييدت عند المعاملة ب100مايكروغرام/مل، 230مايكروغرام/مل من SDSعلى التوالي، 150مايكروغرام/مل، 200مايكروغرام/مل من Rifampinعلى التوالي. اظهرت الخلايا المحييدة للعزلة 40S حساسية للبنسيلين وبقاء المقاومة للمثيسلين كما اظهرت الخلايا المحييدة للعزلة 32S حساسبة للبنسلين وتتراسايكلين واحتفاظ البكتريا بمقاومتها للمثيسلين. | Sixty isolates of Staphylococcus were obtained from one hundred forty clinical specimens (urine, ear swabs, nasal swab, wound, and blood). Thirty two isolates (53.3%) of total number of Staphylococcus were identified as coagulase - negative staphylococci (CONS), nineteen isolates(59.38%) of CONS were included Staphylococcus epidermidis. Sensitivity of local isolates of S. epidermidis was examined against methicillin, the results showed 3 isolates from S. epidermidis were sensitive to methicillin and 16 isolates from S. epidermidis were resistance to methicillin, according to these results the isolates were splits to two groups : - methicillin resistance S. epidermidis (MRSE) and methicillin sensitive S. epiderimidis (MSSE). The sensitivity test of these two groups against 11 different antibiotics was done, the results showed MRSE were highly resistance and multi resistance patterns to these antibiotics, while MSSE showed highly sensitive. In MSSE showed 100% sensitivity to gentimicin, rifampin, clindamycin, ciprofloxacin and vancomycin, and different percentage of resistance to other antibiotics. The resistance percentage of MRSE to pencillin G 100%, clindamycin 75%, amoxicillin 68.7%, amoxicillin clavulinic acid 68.7%, cephalexin 56.2%, rifampin 56.2%, tetracyclin 56.2%, erythromycin 50%, ciprofloxacin 50%, gentamicin 43.7%. the resistance percentage of MSSE to amoxicillin, amoxicillin clavulinic acid, cephalexin, erythromycin, penicillin G and tetracyclin were 33%. While in MRSE showed 100% sensitivity to vancomycin only. Some virulence factors of MRSE and MSSE were detected including the hemolysin, protease, lipase, urease, gelatinase and DNase the results showed MRSE have higher percentage to produce these virulence factors than MSSE. The production percentage of hemolysin, protases, lipase, urease, gelatinase and DNase in MRSE was 80%, 100%, 80%, 100%, 60% and 60% respectively, while in MSSE 67%, 100%, 67%, 100%, 33% and 33% respectively. The minimum inhibitory concentration of antibiotics (penicillin and tetracyclin) to S. epidermidis isolate had been determined. they were 60U and 25µg/ml respectively for the isolate 32S, they were 40U of penicillin for the isolate 40S. The pathogenicity of MRSE and MSSE was studied by testing its lethality by using white Swiss male mice, the bacterial numbers was used that is (108,109,1010,1011,1012) cfu/ml and was injected in mice. Died of injected mice was not recorded with any used concentration in MSSE but in MRSE 33.3% of injected mice was killed in concentration 1010 and 1011 CFU/ml. Histological changes in liver, spleen, kidney, lung and heart tissues of male mice which were injected with MRSE and MSSE were studied. The histological effect were produced by MRSE was higher than those produced by MSSE. The most effective of MRSE and MSSE in lung, kidney because appeared of high necrosis in these organs but in spleen, liver of mouse were less effected from lung and kidney, in heart of mouse injected with MSSE no effect was recorded while in MRSE some effect have been seen. Results from agarose gel electrophoresis showed two isolates of MSSE 5S and 51S don't have any plasmid while other two isolates of MRSE have plasmids, two plasmids found in S. epidermidis isolate (40S), one of them was large plasmid and the other was small plasmid and in S. epidermidis isolate (32S) contained three plasmids, one from these was large plasmid and the other two plasmids were small plasmids. The results of plasmid curing by using sodium dodecyl sulphate (SDS) and rifampin showed that the plasmids of the local isolates 32S and 40S was curred by treatment with 100μg/ml, 230μg/ml respectively from SDS and 150μg/ml, 200μg/ml respectively from rifampin. Cured cells from 40S isolate (MRSE) were sensitive to penicillin and still resistance to methicillin and the cured cells from 32S isolate were sensitive to penicillin, tetracycline and still resistance to methicillin

دراسة مقارنة للتاثيرات ضد المايكروبية والسمية الخلوية للبايوسيانين المنتج من النوع البري وطافرة بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا == A comparative study on the antimicrobial and cytotoxic effects of pyocyanin produced by wild type and mutant of locally isolated Pseudomonas aeruginosa

Author name: حسام محمود حسن العماري
Supervisor name: هيفاء هادي حساني | عدوية عبد الله السعدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: عزلت بكتريا Pseudomonas aeruginosa من مختلف العينات (قشع, حروق, جروح, اذن, خروج, عين, ادرار) وشكلت بكتيريا P.aeruginosa نسبة 32% من العدد الكلي للبكتيريا المعزولة, تم تشخيصها على اساس الاختبارات البكتريولوجية والكيموحيوية, %92 من العزلات الكلية تميزت بانتاجها الصبغة الزرقاء المخضرة(Pyocyanin) على وسط كنج A.تميزت عزلة واحدة فقط من بين 45 عزلة من العزلات المنتجة للبايوسيانين بانتاجها للصبغة, حيث انتجت2.8ملغم/مل , هذه العزلة يرمز لها 1 - PAH هي التي استعملت لاغراض الدراسة الحالية·حددت الخصائص الكيميائية للبايوسيانين المنتج من العزلة 1 - PAH بوساطة عدة تحليلات كيميائية وهي التغير بالرقم الهيدروجيني, FTIR, وHPLC والتي اكدت ان المستخلص هو صبغة البايوسيانين; بعد ذلك عرضت العزلة البرية 1 - PAH لتراكيزمختلفة من مختلف المضادات الحياتية, فاظهر المضادان Getamycin وephataximeC افضل النتائج في الحصول على الطفرات التلقائية. خضعت عدد من هذه الطافرات لاختبار قدرتها لانتاج البايوسيانين لاختيار الاكفا, فكانت الطافرة 8 - 300S هي الاكفا بانتاجها البايوسيانين, فقد انتجت3.73 ملغم/مل. اظهر البايوسيانين المنتج من الطافرة 8 - 300S صفات مماثلة لصفات البايوسيانين المنتج من العزلة البرية٬ بعد ذلك تم اختيار مدى كفاءة البايوسيانين المنتج من العزلة البرية والطافرة من Pseudomonas aeruginosa في الفعالية ضد بكتيرية ضد عدد من البكتريا السالبة والموجبة لصبغة كرام.تم فحص فعالية البايوسيانين لتقليل نمو الخطوط الخلوية السرطانية. فاظهر البايوسيانين المنتج من العزلة الطافرة بانه الاكفا في تثبيط نمو الخلايا السرطانية خط سرطان العضلات المخططة RD,و خط خلايا سرطان عنق الرحم Hela, وخط خلايا سرطان الحنجرة 2 - Hep. فضلا عن ذلك اظهر البايوسيانين المنتج من العزلة البرية والطافرة فعالية الموت الخلوي المبرمج isApoptos ضد الخط السرطاني RD. | Pseudomonas aeruginosa was isolated from different specimens (sputum, burn, wounds, ear, stool, eye, blood, and urine); these isolates formed 32% of total specimens. These bacteria were identified according to morphological, and biochemical tests. Approximately 92% of P.aeruginosa isolates were able to produce a greenish blue pigment (pyocyanin) on king A medium. One out of 45 isolates was distincted in pyocyanin production; it gave 2.8mg/ml. This isolate was designated as P.aeruginosa PAH - 1 isolate and used for further study. The chemical properties of pyocyanin produced by PAH - 1 were detected by several chemical analyses such as changing in pH, FTIR, and HPLC that was confirmed that the extracted pigment is pyocyanin. After that, the wild type isolate PAH - 1 was exposed to various concentrations of different patterns of antibiotics, Gentamycin and Cefotaxime were showed perfect results for obtaining spontaneous mutations. These mutants were submitted for production pyocyanin; the mutant P. aeruginosa S300 - 8 isolate was distincted to producing pyocyanin equal to 3.73 mg/ml. Pyocyanin produced by mutant S300 - 8 showed similar properties of that produced by wild type PAH - 1 isolate. Pyocyanin produced by wild type and mutant of P.aeruginosa isolates showed antibacterial activity against several Gram negative (Salmonella, Proteus, Shigella, Escherisia, Klebsiella) and Gram positive bacteria (Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus). The ability of this pigment to reduce the proliferative activity of cancer cell lines was examined. Pyocyanin produced by mutant S300 - 8 mutant was more efficient to inhibit growth of cancer cell lines, RD, Hela, and Hep - 2, moreover pyocyanin produced by wild type and mutant showed apoptotic activity against cancer cell line RD.

دراسة كيموحيوية وجزيئية لانزيم Hyaluronidase المنتج من عزلات محلية لبكتريا Pseudomonas spp. == Biochemical and Molecular Study of Hyaluronidase Produced by Local Isolates of Pseudomonas spp

Author name: ابية صباح صديق الدملوجي
Supervisor name: لينة عبد الكريم الامير | غازي منعم عزيز
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 140 عينة من مصادر مختلفة تضمنت الادرار، والخمج، والجروح، والبراز، والقشع، والتهاب الاذن، والدم، وسائل من الرئة ، وللمدة من حزيران ولغاية ايلول 2005 وتم الحصول على 55 عزلة لبكتريا Pseudomonas spp. بنسبه عزل 39.3%, وكانت اعلى نسبة عزل من الخمج والجروح اذ بلغت 38.2%.2 - اختبرت حساسية العزلات المحلية لبكتريا Pseudomonas spp .اتجاه اثنا عشر مضادا للحيوية وقد ابدت العزلات مقاومة مختلفة ومتعددة للمضادات اذ كانت العزلات جميعها مقاومة لثلاثة مضادات هي : Ampicillin ، وAugmentin ، وRifampin . وكانت 82% من العزلات مقاومة ﻟ 6 - 9 مضادات ، بينما كانت 14.5% من العزلات مقاومة ﻟ 1 - 5 مضادات و3.7% من العزلات المحلية مقاومة ﻟ 10 - 12 مضادا. كما لوحظ ان اغلب العزلات كانت حساسة لمضاد Amikacin ثم Ciprofloxacin ثم Gentamycin وتباينت مقاومة العزلات ا تجاه بقية مضادات الحيوية المستعملة.3 - تم التحري عن انتاج عوامل الضراوة المختلفة للعزلات قيد الدراسة مثل : الهيمولايسين ، والايلاستيز، واليورييز ووجد ان نسبة انتاج الهيمولايسين كانت بحدود 78.1% متوزعة بشكل اساسي في نماذج الخمج والجروح ثم الادرار ، كما اتصفت العزلات المحلية بانتاجها لانزيم الايلاستيز وبنسبة 85.4% تمركزت عند عينات الخمج والجروح ثم الاذن والادرار اما نسبة انتاج اليورييز فكانت 80% للعزلات قيد الدراسة وكانت اغلبها عائدة لعينات الادرار والبراز ثم الخمج والجروح.4 - تم التحري عن انتاج انزيم الهيالورونيديز باستعمال وسط نقيع القلب والدماغ الحاوي على حامض الهيالورونك ، واتضح ان 72.7% من العزلات المحلية تمتلك القابلية على انتاج الانزيم توزعت بشكل اساسي في عينات الادرار ثم عينات الخمج والجروح والاذن.5 - درست العلاقة بين انتاج انزيم الهيالورونيديز مع عوامل الضراوة قيد الدراسة (الهيمولايسين ، والايلاستيز ، واليورييز) . واتضح ان 43.6% من العزلات الكلية كانت منتجة لهذه العوامل مع انزيم الهيالورونيديز بينما كانت 18.18% من العزلات الكلية منتجة لعاملي ضراوة وانزيم الهيالورونيديز وتميزت ست عزلات محلية بكونها منتجة لعامل ضراوة واحد مع انزيم الهيالورونيديز ، كذلك لوحظ ازدياد عدد المجموعات الخاصة بنسق توزيع عوامل الضراوة من 7 عند ربط ثلاثة عوامل فقط الى 11 عند اضافة عامل الهيالورونيديز اليها.6 - غربلت العزلات المحلية على وسط نقيع القلب والدماغ الصلب وانتخبت خمس عزلات لاعطاءها نسب تحلل عالية لحامض الهيالورونك. 7 - لوحظ عند دراسة النسق البلازميدي لخمسة عزلات محلية (P52, P2, P10, P27 ,P30) لبكتريا Pseudomonas spp. المنتجه لانزيم الهيالورونيديز باحتوائها على حزمة بلازميدية واحدة.8 - عند محاولة تحييد البلازميدات باستعمال صبغة بروميد الايثيديوم ، لوحظ اختفاء البلازمد من العزلة P2 باستعمال تركيز 2000 مايكروغرام/مليلتر من الصبغة ، وتم اختبار قدرة العزلة المحيدة في انتاج الهيالورونيديز واظهرت هذه العزلة قدرتها في انتاج الانزيم.9 - اختبرت العزلات المحلية (التي اعطت نسب تحلل عالية على الوسط الصلب) في الوسط السائل، وتم تقدير الفعالية النوعية لها بالاعتماد على طريقة Turbidimetric assay ، واختيرت العزلة المحلية P27 Pseudomonas spp. كونها الاغزر انتاجا اذ بلغت الفعالية النوعية لها 2.7 وحدة /ملغم بروتين واستعملت في التجارب اللاحقة.10 - حددت الظروف المثلى لانتاج الهيالورونيديز باستعمال وسط مرق نقيع القلب والدماغ المدعم ﺒ 0.5% مستخلص الخميرة و0.25 ملغم/مليلتر من مادة التفاعل (حامض الهيالورونك) برقم هيدروجيني 6 والملقح بعدد خلايا 1×106 خلية/مليلتر ، والحضن بالمزارع الهزازة بسرعة 50 دورة /دقيقة لمدة 18 ساعة.11 - نقي الهيالورونيديز المنتج من العزلة المنتخبة بخطوات تضمنت الترسيب باستعمال كبريتات الامونيوم بنسبة تشبع 50% ثم استخدام تقنيتي كروماتوغرافي التبادل الايوني باستخدام المبادل DEAE - Cellulose ثم الترشيح الهلامي بعمود Sephacryl S - 300 ، وتم الحصول على عدد مرات تنقية مقدارها 10.8 وبحصيلة انزيمية 20.4%.12 - درست بعض العوامل المؤثرة في فعالية وثباتية الانزيم المنقى اذ كان الرقم الهيدروجيني الامثل للفعالية 6 وثبات الانزيم 6 - 7 وظهرت اقصى فعالية للانزيم عند درجة حراره 40 م واحتفظ الانزيم بحدود 85 - 100% من فعاليته في درجات الحرارة (30 - 45) م ، واحتفظ الانزيم ﺒ 12% فقط من فعاليته عند حضنه بدرجة حراره 50 م لمدة 30 دقيقة. كما درس تاثير بعض الايونات الفلزية في فعالية الهيالورونيديز ، وجد ان لايونات الصوديوم بتركيزي 5 و10 ملي مولار فعلا تنشيطيا للانزيم اذ احتفظ الانزيم ﺒ 107% و102% من فعاليته على التوالي. بينما ثبطت فعالية الانزيم بصورة واضحة عند معاملته بايونات الحديديك Fe+3 ، اذ احتفظ الانزيم ﺒ 50% و15% من فعاليته عند معاملته ﺒ عند معاملته 5 و10 ملي مولار على التوالي ، فضلا عن ذلك لوحظ ان تاثير كل من : ايونات الحديدوز Fe+2 ، والنحاس Cu+2 ، والخارصين Zn+2 ، والزئبق Hg+2 كان اقل من الايونات السابقة، اذ احتفظ الانزيم ﺒ 60% , و53% , و74% , و66% من فعاليته عند معاملته بتركيز 10 ملي مولار لكل من الايونات على التوالي. كذلك احتفظ الانزيم بكامل فعاليته عند معاملته بمادتي EDTA وازايد الصوديوم بتركيز 5 ملي مولار ، بينما احتفظ الانزيم ﺒ 95% و76% من فعاليته عند معاملته ﺒ 5 ملي مولار من المركب Phenyl methane sulphonyl fluoride والسيستايين. | 1 - A total of 140 Samples including urine infections wounds, burns, sputum, blood, stool and lung fluid samples were collected from different hospitals and medical centers in Baghdad city, during the period June _September 2005. Fifty five isolates belonged to Pseudomonas spp.(40.7%) of which 38.2% belonged to infections and wound samples.2 - Sensitivity of local Isolates was examined against 12 antibiotics, Results showed different and multi resistance patterns to antibiotics. All isolates were resistant to Ampicillin , Augmentin and Rifampin. 82% of which were resistant to 6 - 9 antibiotics, while 14.5% of the isolates were resistant to 1 - 5 antibiotics and only 3.7% were resistant to 10 - 12 antibiotics. Amikacin, Ciprofloxacin and Gentamycin were found to be the most effective agents against most of the isolates.3 - Detection of some virulence factors (hemolysin, elastase and urease) by the local isolates was studied. Results showed that 78.1% of the isolates produced hemolysin (mainly infection and wound isolates, then urine isolates). 85.4% of were mainly elastase producers (wound and infection, ear and urine). Results also showed that 80% of isolates were able to produce urease mostly belonged to urine, stool and infection and wound isolates.4 - Detection of the ability of Pseudomonas spp.local isolates to produce hyaluronidase enzyme by using Brain heart infusion (BHI) agar that contains hyaluronic acid was studied. 72.7% of the isolates were able to produce the enzyme.5 - The relation between hyaluronidase production and other virulence factors (hemolysin, elastase and urease) was studied. The results showed that 43.6% of the isolates produced the three studied virulence factors with hyaluronidase, while 18.18% of the isolates produced two of the virulence factors with hyaluronidase, and onlysix isolates produced one virulence factor and hyaloronidase. The results also showed that the groups concerning virulence factors increased from 7 to 11 when the hyaluronidase was added as a forth virulence factor.6 - Five isolates (P27, P30 , P10 , P2, P52) of Pseudomonas spp.producing hyaloronidase were selected to carry out studies on the plasmid profile. Results showed that all five isolates contained one plasmid.7 - The results of plasmid curing by using ethidium bromide showed that the plasmid of the local isolates P2 was curried by treatment with 2000μg/ml ethidium bromide, the curried isolate kept the ability to produce hyaluronidase. 8 - Five local isolates that gave large inhibition zones on (BHI) agar were chosen for specific activity determination by using submerged cultures. The local isolate P27 was chosen to be the most producing one, it’s specific activity was 2.7 unit/mg protein.9 - The optimum conditions for hyaloronidase production determined by using submerged cultures. Results showed that the optimum media for hyaluronidase production was (BHI) broth containing 0.5% yeast extract and 0.25 mg/ml hyaluronic acid with an inoculum of 1×106 cell/ml at an optimum pH 6, after 18 hours incubation in a shaker incubator 50 cycle/min.10 - Hyaloronidase was purified from selected local isolate by using several steps including concentration by ammonium sulphate in saturation percentage of 50%, this step was followed by DEAE - Cellulose ion exchange chromatography technique and gel filtration technique using sephacryl S - 300 colum. Purification fold and recovery were 10.8 and 20.4% respectively.11 - The optimum pH for enzyme activity and stability was 6 and 6 - 7 respectively. Maximum enzyme activity was obtained at 40C º and the enzyme retained 85 - 100% and 12% of it’s initial activity at (30 - 45) Cº and 50 C º respectively.12 - The effect of some metal ions on hyaluronidase activity was studied, 5 and 10 mμ of Na+2 increased enzyme activity to 107% and 102% respectively, while the enzyme kept only 50% and 15% of it’s initial activity when treated with 5 and 10 mμ of Fe+3 respectively. The enzyme also retained 60%, 53%, 74% and 66% of it’s activity when treated with 10mμ of Fe+2, Cu+2, Zn+2 and Hg+2 respectively. EDTA and sodium azide showed no effect on hyaluronidase activity, while retained only 95% and 76% of it’s initial activity when treated with 5 mμ of PMSF and cysteine respectively.

التاثيرات المرضية للذيفان الخلوي المستخلص من بكتريا Campylobacter jejuni المعزولة محليا == Pathological Effects of the Cytotoxin Extracted from a Locally Isolated Campylobacter jejuni

Author name: سيناء محمد علي السباهي
Supervisor name: ضحى سعد صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study was done to investigate the presence of Campylobacter jejuni in bloody diarrheal stool collected from hospitalized children with gastroenteritis. Campylobacter was isolated from only 4 specimens of a total number of 186; upon identification three isolates were identified as C. jejuni while the fourth isolate was found to be C. coli.Isolation of campylobacters was done using a locally prepared modified, blood - free, charcoal selective medium. It was the first time in which such medium was used for cultivating Campylobacter locally. The efficacy of this medium was very clear in comparison with the ordinarily used blood containing medium for inhibiting almost all fecal flora.Biochemical and physiological tests were used to identify and differentiate C. jejuni from the other Campylobacter species. The antibiotic sensitivity test showed that all isolates were sensitive to erythromycin, chloramphenicol, amikacin and ciprofloxacin, while resistance was found for cephalothin, ceftriaxone cefotaxime, ampicillin and trimethoprim.Tissue culture technique was used to determine C. jejuni of high cytotoxin productivity using continuous cell lines (HeLa and Vero cell lines); this isolate was used for further investigations in the study.In this study, the cytotoxin of the highest cytotoxin producing C. jejuni isolate was extracted locally for the first time and purified, using gel filtration chromatography with Sephadex G100.The purified cytotoxin revealed a single band which was observed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) under the denaturing conditions. The molecular weight of the purified cytotoxin was approximately equal to 43 KDa as determined by PAGE.Using newly hatched chicks (as an animal model),the ID50 value was 3.71x10 4 cfu /ml. The ID50 decreased from 3.71x10 4 to 1.66 x 10 3 cfu/ml when 50 μg of cytotoxin was mixed with the bacterial suspension, this result reflects the role of cytotoxin on the pathogenesis of C. jejuni infection.In the present study, oral inoculation of newly hatched chicks with the C. jejuni isolate resulted in clinical and histopathological damages leading to bloody diarrhea similar to that observed in humans infected with C. jejuni.The post - mortal examination of chicks' viscera showed an accumulation of fluid in chick intestines which were distended with watery fluid; also there was obvious hepatomegaly with yellow spots, and swelling of the gall bladder. The associated infection with the C. jejuni cells and their cytotoxin induced more progressive tissue damage represented by a more severe intestinal distension and congestion.The histopathological examination of the small and large intestine of chicks infected with Campylobacter cells, showed mucosal sloughing, congestion of blood vessels, infiltration of inflammatory cells in the mucosal and submucosal layers, and accumulation of edematous fluid in the mucosal layer. The examination of chicks infected with Campylobacter cells and the cytotoxin revealed the presence of the same lesion, but more severely with the presence of hemorrhage in the lumen. These results could be important evidence of the role of cytotoxin as a virulence factor on the pathogenicity of C. jejuni

عزل وتشخيص البكتريا العصوية (Bacillus) المنتجة لانزيمات التحلل المائي (الحلمهه) (Hydrolases) المتحملة للحرارة == Isolation and identification of Bacillus producing thermotolerant hydrolases

Author name: عدنان حنون عباس
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 97 عزلة من البكتريا العصوية ( Bacillus ) من جمع 200 عينة تربة ومياه في الفترة مابين تموز/تشرين اول 2008 من مواقع مختلفة من العراق بعد التشخيص الاولي ( صبغة كرام, تكوين السبورات, انتاج الكاتاليز ) وتلقيح العينات على وسط ال Thermus agar وتنميتها على درجة 50°C لفترة 24 ساعة. اظهــــرت نتائج الاخــــــتبارات الكيمــوحيــــويـــــة ان 56 عزلة تربـــــــة صنفت على انها B. laterosporus 35.71% , B. circulans 16.07% , B. stearoyhermophilus 14.28%, B. polymyxa 12.5% , B. macroides 7.14%, B. mycoides 7.14% , B. lentus 3.57% , B. popilliae 1.78% , B. chitinosporus 1.78 , بينـــما صنفت 41 عـــــــــزلة مياه عــــلى انها B. laterosporus 26.82% , B. circulans 26.82% , B. stearothermophilus 4.87% , B. polymyxa 4.87% , B. macroides 9.75% , B. mycoides 2.43% , B. lentus 7.31% , B. popilliae 4.87% , B. filicolonicus 4.87% , B. brevis 2.43% , B. larvae 2.43% , B. pumilus 2.43% . اظهرت عزلات ال ( Bacillus ) المعزولة من التربة والمياه ايجابيتها في انتاج الانزيمات المتحملة للحرارة بعد اختبارها على وسـط الاكار الصـلب, كالبروتييــز ( 73.17% ) ( 89.28% ) , الاميـــــــــليز ( 51.21% ) ( 55.35% ) , اللايبيــــــــــــز ( 95.12% ) ( 91.07% ) , السيليليز( 60.97% ) ( 85.71% ) , والكايتينيز( 92.68% ) ( 85.71% ) , على التوالي, في فترات حضانـــة مختلفة ودرجة حرارة 50°C . من جهة اخرى, قيست قابلية عزلات ال ( Bacillus ) والبالغة نسبتها ( 41.23% ) على انتاج انزيمات التحلل المائي كالبروتييـــز والاميليــز واللايبيـــز والسيليليـــز والكايتينيــز, باجمعها, حيث اظهرت النتائج بان سلالات ال B. polymyxa كانت الافضل في انتاج البروتييز والاميليــز والسيليليــز, بينما سلالات ال B. lentus كانت الافضل في انتاج الكايتينيـــز, اما اللايبيـــزفقد تم انتاجــــــــه من قبل سلالات ال B. circulans , B. stearothermophilus , B. polymyxa , B. mycoides وB. lentus , على اوساط زرعية وفترات حضانة مختلفة ودرجة حرارة 50°C. هذا وقد حددت الظروف المثلى لانتاج الاميليز من العزلة B. polymyxa AS 4/5 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج والمحضر مختبريا متكون من 2% نشا, 1% تربتون, 0.05% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.02% كلوريد الكالسيوم , برقم هيدروجيني 7, وبدرجة حرارة 50°C لفترة 48 ساعة. تم استخلاص الاميليــز من الوسط الزرعي وتركيزه بواسطة السكروز, وقد اظهرت النتائج الحصول على الاميليز بفاعلية نوعية 2.36U/mg protein, في المــرحلة الاولى تمت تنقية الاميليز بطريقة كروماتوغرافيا الوجبة Batch Chromatography واعقبت هذه المرحلة استخدام عمود التبادل الايوني Ion exchange chromatography باستخدام المبادل DEAE - Cellulose column . وقد اظهرت النتائج الحصـــول على الاميلــــيز بفاعلية نوعية 6.76U/mg protein وبعدد مرات تنقية بلغ 2.86 وبحصيلة نهائية 18.65% . تمت ايضا دراسة توصيف الانزيم, واظهرت النتائج بان الفعالية الانزيمية تزداد بزيادة درجة الحرارة الى 90°C بينما اظهر الاميليزثباتييتـــه في درجات الحرارة 40°C, 50°C, 60°C , في حضانة لمدة 30 دقيقـــة, اما الفاعلية المثلى للانزيم بالرقم الهيدروجيني pH 5, اما ثباتية الانزيم فتكون في الارقام الهيدروجينية مابينpH 4 - 10 في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة, وبفاعلية متبقيــة قصوى 78.57% في .pH 5 اما النتائج المتعلقة بتاثير الايونات الفلزية على الانزيم, تبين ان لكلوريد الزئبق تاثير عالي على الانزيم بفاعلية متبقية 46.47% و40.84% بتركيز 5mM و10mM , على التوالي, اما كلوريد المنغنيز له تاثير قليل على الانزيم بفاعلية متبقية 79.81% و81.69% بتركيز 5mM و10mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة. تعمل المواد الكلابية مثل EDTA والمواد المختزلة mercaptoethanol على تثبيط الفاعلية الانزيمية, حيث تؤثر المواد الكلابية ( EDTA ) على الانزيم بفاعلية متبقية 57.74% و52.58% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, اما المــــواد المختزلـــــــــة ( mercaptoethanol ) يكون تاثيرها بفاعلية متبقية 51.17% و40.37% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقـــــــــة. | Ninety - seven isolates of Bacillus were obtained from 200 soil and water samples, collected between July to October / 2008, from different local sites of Iraq, by primary identification ( gram stain, endospore - forming and catalase production ) after incubation at 50°C for 24h on thermus agar. Biochemical test showed that fifty - six soil isolates were classified as B. laterosporus 35.71%, B.circulans 16.07%, B.stearothermophilus 14.28%, B.polymyxa 12.5%, B.macroides 7.14%, B.mycoides 7.14%, B.lentus 3.57%, B. popilliae 1.78% and B.chitinosporus 1.78%, whereas forty - one water isolates were classified as B.laterosporus 26.82%, B.circulans 26.82%, B.stearothermophilus 4.87%, B.polymyxa 4.87%, B.macroides 9.75%, B.mycoides 2.43%, B.lentus 7.31%, B. popilliae 4.87%, B.filicolonicus 4.87%, B.larvae 2.43%, B.brevis 2.43% and B. pumilus 2.43%. Thermotolerant enzymes were produced from soil and water Bacillus species as, protease ( 89.28% ) ( 73.17% ), amylase ( 55.35% ) ( 51.21% ), lipase ( 91.07% ) ( 95.12% ), cellulase ( 85.71% ) ( 60.97% ) and chitinase ( 85.71% ) ( 92.68% ) , respectively, after culturing on solid agar media with different incubation period, at 50°C. So, 41.23% of soil and water Bacillus isolates were detected for hydrolases production as ( protease, amylase, lipase, cellulase and chitinase ) together, and showed that B. polymyxa strains were the best bacteria in protease, amylase and cellulase production, whereas B. lentus strains was a good chitinase producer. Lipase was produced by several Bacillus strains as B. circulans, B. stearothermophilus, B. polymyxa, B. mycoides and B. lentus, after culturing on different media and incubation period, at 50°C. Thermotolerant amylase production conditions by B. polymyxa AS 4/5 were studied, the highest amylase production was observed when the bacteriaSummary IIwas cultured in medium containing 2% starch, 1% tryptone, 0.05% MgSO4, 0.05% NaCl and 0.02% CaCl2 with pH 7 and incubated at 50°C for 48h. Amylase was extracted from production medium and concentrated with sucrose, the specific activity of amylase was 2.36U/mg protein. Purification of amylase was performed by ion exchange chromatography Cellux - Carboxymethyl ( batch chromatography ), followed by second step of purification by ion exchange chromatography on DEAE - Cellulose column, the results showed that the specific activity was 6.76U/mg protein with 2.86 purification folds and 18.65% yield. Thermotolerant amylase displayed a wide temperature range of activity at 40 - 90°C with highest activity at 90°C and enzyme was stable at 40 - 60°C for 30min. The optimum pH for amylase activity was pH 5, the enzyme was stable at pH 4 - 10 for 30min at 50°C with maximum remaining activity 78.57% at pH 5. Treatment of thermotolerant amylase with metal ions showed that HgCl2 reduced amylase activity, the remaining activity was 46.47% and 40.84% at concentration 5mM and 10mM of HgCl2, respectively. Whereas MnCl2 had lower effect on amylase activity, the remaining activity was 79.81% and 81.69% at concentration 5mM and 10mM of MnCl2, respectively, after 30min at 50°C. Bacillus polymyxa amylase was treated with 2mM and 5mM of EDTA and mercaptoethanol, the two compounds had inhibitory effect on the enzyme, the remaining activity of EDTA treated enzyme was 57.74% and 52.58% at 2mM and 5mM, respectively, while the remaining activity of enzyme treated with 2mM and 5mM mercaptoethanol was 51.17% and 40.37%, respectively, after 30min at 50°C.

دراسة مرضية وجزيئية لبكتريا Helicobacter pylori المعزولة من المرضى المصابين بالقرح المعدية والمعوية == Pathological and Molecular study on Helicobacter pylori isolated from patients with gastric and duodenal ulcers

Author name: رباب قاسم محمد الصكر
Supervisor name: ضحى سعد صالح | اياد محمد علي فاضل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت80 خزعة نسيجية من المرضى المصابين بامراض القرح المعدية والمعوية، اظهرت نتائج الاختبارات النسيجية المرضية هيمنة التهاب المعدة المزمن بنسبة %35 واتت قرحة المعدة ثانية بنسبة %22.5.اظهرت الدراسة كفاءة اختبار اليوريزالسريع في التحري عن هذه الجرثومة اذ استطاع ان يثبت وجود هذه الجرثومة في 62 خزعة نسيجية واتت الاختبارات النسيجية المرضية ثانية حيث ظهرت جرثومة H.pylori في 47 خزعة نسيجية في حين تمكن الاستنبات البكتيري من الحصول على 42 عزلة بكتيرية.اثبت فحص الحساسية الدوائية تجاه عشر مضادات حيوية كفاءة المضادين الحيويين السيفوتاكسيم والريفامبسين في القضاء على هذه الجرثومة فقد كانت نسبة المقاومة لهما %10 واتى المضادان الحيويان التتراسايكلين والدوكسي سايكلين ثانية بنسبة مقاومة %20،%30 كانت نسبة المقاومة للارثرومايسين والكلارثرومايسين، فيما كانت نسبة المقاومة للاموكسيسلين %100 ونسبة المقاومة %80 لكل من المترونيدازول والسبروفلوكساسين اما الجنتامايسن فكانت نسبة المقاومة له %50.تم نمطت العزلات وراثيا باستعمال بوادىء متخصصة بالكشف عن قطعة الدنا التي تمثل المورث ure AB والمساوية الى 492زوج قاعدة لوحظ احتواء ثمان عزلات على هذا المورث فيما خلت العازلتان HP7 وHP9 من هذا المورث باستعمال تقنية الـ PCR.اظهرت نتائج النسق البلازميدي ان %50 من عزلات H.pylori تحوي بلازميدات، فقد احتوت العزلات (HP3, HP4, HP6, HP8) على بلازميدات صغيرة وامتلكت العزلتان (HP4,HP6) بلازميدا كبيرا فضلا عن بلازميدها الصغير فيما خلت العزلات الباقية من البلازميدات.اظهرت نتائج التحييد البلازميدي باستعمال صبغة بروميد الاثيديوم بوصفها مادة محيدة وبتركيز 3000 مايكوغرام/ مليليتر فقدان العزلة HP4 بلازميدها الكبير والصغير نتج عن ذلك فقدان تلك العزلة HP4صفة انتاج انزيم اليوريز وكذلك فقدانها المقاومة للمضادين الحيويين المترونيدازول Metronidazole والسروفلوكساسلين Ciprofloxacillin.اظهر التحول الوراثي Gentic transformation بين الدنا المستخلص من العزلة HP4 وبين العزلة HP1 التي عدت خلية كفوءة اكتساب الاخيرة صفة المقاومة للمترونيدازول اذ استطاعت ان تنمو على اوساط انتخابية تحوي 32 مايكوغرام/ مليلترمن هذا المضاد.اجريالتحول الوراثي ثانية بين دنا العزلة Hp4 وبكتريا تابعة لجنس اخر هي بكتريا Escherichia coli MM294 اظهرت نتائج هذه التجربة اكتساب بكتريا E.coli صفة انتاج انزيم اليوريزو المقاومة للمترونيدازول والسبروفلوكساسين من بكتريا H.pylori. | A 80 biopsies were collected from gastric & duodenal ulcers, showed dominance of chronic gastritis and gastric ulcers in aratio of %35 and %22.5, respectively.Rapid urease test, histopathological examination and cultural for detection of Helicobacter pylori, Showed the presence of this bacterium in 62 biopsies for urease test, in 47 biopsies for his topathological examination and in 42 biopsies in culture examination.Antibiotic susceptibility tests againt 10 isolates of H.pylori, Showed %10 resistance for cefotaxim & Rifampin, %20 resistance for Tetracyclin & Doxycyclin, %100 resistance for Amoxycillin, %80 resistance for Meteronidazole & ciprofloxacin and %50 resistance for Gentamicin.Genotyping by specific primer in PCR reaction for ureAB gene, Showed that 8 isolates were positive for this gene, where 2 isolates were negative.Plasmid profile for H.pylori isolatez Showed small single plasmid in each of HP3, HP4, HP6 and HP8 isolates and single small and larg plasmids for HP4 and HP6 isolates whereas other isolates were free of plasmids.Curing experiment for HP4 isolate by using ethidium bromide as acuring agent in aconcentration 3000 Mg/ ml, Showed the cured derivation lost their Urease production trait and resistance to meteronidazole & ciprofloxacin.Transformants resulted from transformation experiment between HP4 total DNA & HP1 as acompotent cell, Showed acquired ability to grow on selectve medium containing 32 Mg/ ml of metrronidazole.Another transformants, resulted from transformation experimeat between HP4 total DNA and Escherichia coli MM294 as acompetent cell, Showed acquired ability for Urease production & ciprofloxacin & Meteronidazole resistance.

انتاج وتنقية وتوصيف البلانتريسين من سلالات محلية لبكتريا Lactobacillus plantarum == Production, Purification and Characterization of Plantaricin from Local Strains of Lactobacillus plantarum

Author name: ولاء شوكت علي
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 118 عزلة تعود لجنس عصيات الحليب Lactobacillus من الخضر المتخمرة والعجائن الحامضية، واخضعت جميع هذه العزلات للفحوصات الزرعية والمجهرية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية بغية تشخيصها حتى النوع واظهرت النتائج ان 73 عزلة منها تعود للنوع Lactobacillus plantarum ، منها 48 عزلة من الخضر المتخمرة و25 عزلة من العجائن الحامضية، وكانت هذه البكتريا سائدة في الخضر المتخمرة اذ بلغت نسبة عزلها 73.85% بينما بلغت نسبتها في العجائن الحامضية 47.17% . تم التحري عن قابلية عزلات بكترياLb.plantarum على انتاج البلانتريسين باستخدام 3 طرائق هي : الاشرطة المتقاطعة(flip - streak method) والتنقيط (spot on the lawn method) والانتشار بالحفر(well diffusion method) ضد 12 نوعا من البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام والمتضمنة : Staphylococcus aureus وStaphylococcus epidermidis وListeria monocytogenes وEnterococcus feacalis وLactobacillus acidophilusو Bacillus spp. وPseudomonas aeruginosa وPseudomonas fluorescens وSerratia marcescens وSalmonella typhi و. Klebsiella sppو Escherichia coli. واظهرت النتائج ان 8 عزلات كانت منتجة للبلانتريسين بطريقة flip - streak و7 عزلات كانت منتجة له بطريقة spot on the lawn بينما استطاعت 12 عزلة من انتاجه بطريقة الانتشار بالحفر،مما يدل على ان انتاج البلانتريسين في الاوساط السائلة كان افضل من انتاجه في الاوساط الصلبة،وعدت طريقة الانتشار بالحفر هي الافضل في التحري عن انتاج البلانتريسين. اظهرت البلانتريسينات المنتجة من عزلات Lb.plantarum فعالية عالية ضد P. aeruginosa عندما ابدت 83.3% من هذه العزلات فعاليتها التثبيطية ضد هذه البكتريا بينما اظهرت 16.7% فقط من هذه العزلات تاثيرها التثبيطي ضد بكتريا Lb. acidophilus ولم تبد اية عزلة من عزلات Lb.plantarum اية فعالية تثبيطية ضد بكتريا Bacillus spp. ، هذا وكانت العزلة Lb.plantarumVGW8 هي الافضل في انتاج البلانتريسين اذ تمكنت من انتاجه في الاوساط الصلبة والسائلة بالطرائق الثلاثة اعلاه، فضلا عن فعاليتها التثبيطية العالية تجاه 10 انواع من البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام. هذا وقد حددت الظروف المثلى لانتاج البلانتريسين من العزلة VGW8 Lb.plantarum واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان الوسط المحضر مختبريا في هذه الدراسة والذي اطلق عليه وسط الانتاج السائل ورمز له (PLM) المتكون من 2% كلوكوز و2% ببتون و1.5% مستخلص الخميرة و1.5% مستخلص اللحم و0.25% من ملح K2HPO4 و0.5% من مادة tween 80 ،برقم هيدروجيني(pH) 5 وبدرجة حرارة30 م وبحجم لقاح 2% من المزروع البكتيري الذي يحتوي على 1×109 خلية /مل ولمدة حضانة 12 ساعة في ظروف لاهوائية. تمت في هذه الدراسة ايضا تنقية البلانتريسين اذ سخن المستخلص الخام للبلانتريسين بدرجة 80 م لمدة 10 دقائق قبل البدء بالتنقية والتي تضمنت خطوتين الاولى هي الاستخلاص بالمذيب العضوي (البيوتانول) والثانية الفصل بطريقة كروماتوغرافيا الترشيح الهلامي باستخدام عمود (Sepharose 6B). وقد اظهرت النتائج الحصول على البلانتريسين بفعالية نوعية 10666.67 وحدة/ملغم بروتين وبعدد مرات تنقية بلغ 13.067 وبحصيلة نهائية 12%.اطلق على البلانتريسين النقي اسم بلانتريسين VGW8 نسبة الى العزلة المنتجة Lb.plantarumVGW8 .كذلك فقد تم توصيف البلانتريسين المنقى VGW8 واظهرت النتائج ان وزنه الجزيئي كان 14400 دالتون بطريقة الترحيل الكهربائي بوجود المادة الماسخةsodium dodecyl sulfate(SDS) . واظهرت فعالية البلانتريسين النقي ثباتية عالية في قيم من الرقم الهيدروجيني(pH) تراوحت ما بين 3 الى 9 ،اذ احتفظ بكامل فعاليته عند تلك القيم لكنه فقد نصف فعاليته في pH( 2 و10) وكامل فعاليته في pH القاعدي (11 و12).كما اظهرالبلانتريسين ثباتية عالية تجاه المعاملات الحرارية المختلفة (20 - 100) م لمدد زمنية مختلفة شملت (10 و30 و60) دقيقة ويلاحظ من النتائج انه في الوقت الذي تمكن فيه البلانتريسين من الاحتفاظ بكامل فعاليته عند المعاملات الحرارية المختلفة (20 - 80 ) م للمدد الزمنية اعلاه، لم يتمكن من استرداد سوى نصف الفعالية عند تعرضه لدرجة حرارة 100 م لمدة 60 دقيقة او عند تعرضه لدرجة حرارة المؤصدة (121 م) لمدة 15 دقيقة. كما بينت النتائج طبيعة البلانتريسين البروتينية عندما فقد كامل فعاليته بعد معاملته بالانزيمات الحالة للبروتين ( ببسين وتربسين وبابين) في حين لم تتاثر فعاليته عند معاملته بالانزيمات (لايبيز والفا - اميليز ولايسوزايم).كذلك فقد اظهر البلانتريسين ثباتية عالية بعد معاملته بالمذيبات العضوية(كلوروفورم واسيتونايترل وداياثيل ايثر وايثانول وميثانول وايزوبروبانول وتولوين واثيل اسيتيت)، والمنظفات (توين80 وتوين20 وترايتون اكس100و EDTA ويورياو SDS) ، وبعض الايونات الفلزية (الصوديوم والبوتاسيوم والكاليسيوم والباريوم والزنك والحديد) حيث استعاد كامل فعاليته بعد معاملته بها لكن فعاليته انخفضت الى النصف بوجود ايوني المغنيسيوم والمنغنيز.تمت ايضا دراسة فعالية البلانتريسين VGW8 ضد P.aeruginosa وS.aureus واظهرت النتائج ان البلانتريسين يمتلك الفعالية القاتلة للبكتريا عندما انخفضت اعداد البكتريا مع زيادة تركيز البلانتريسين الى 320 وحدة /مل، فقد اظهرت النتائج ان هذا التركيز كان كافيا لقتل بكتريا P.aeruginosa بعد ساعتين من التعرض للبلانتريسين ولقتل بكتريا S.aureus بعد اربع ساعات من التعرض له. ايضا فقد تمت دراسة الفعالية التحللية للبلانتريسين VGW8 واوضحت النتائج انه يمتلك الفعالية الحالة للغشاء الخلوي عندما انخفضت الامتصاصية الضوئية عند الطول الموجي 600 نانوميترمن 0.59 الى 0.17 لبكتريا P.aeruginosa بعد ساعتين فقط من التعرض للبلانتريسين وبتركيز 320 وحدة/مل ، ومن 0.51 الى 0.20 لبكتريا S.aureus بعد 4 ساعات من التعرض للبلانتريسين وبالتركيز نفسه(320 وحدة/مل).وتمت ايضا دراسة تاثير البلانتريسين VGW8 على نفاذية الخلية وبينت النتائج ان الامتصاصية الضوئية عند الطول الموجي 260 نانوميتر قد سجلت زيادة من 0.5213 الى 2.9112 لبكتريا P.aeruginosa ومن0.4614 الى 2.6405 لبكتريا S.aureusدليلا على خروج الحامض النووي (DNA) من الخلايا نتيجة لتحللها.يتضح من هذه النتائج ان هدف البلانتريسين VGW8 هو الغشاء الخلوي. | A total of 118 isolates of Lactobacillus were obtained from fermented vegetables and sourdoughs. All the isolates were subjected to the cultural, microscopical and biochemical examinations for the identification of species. The results showed that 73 isolates belongs to Lactobacillus plantarum, 48 isolates from fermented vegetables and 25 isolates from sourdoughs. Lb. plantarum was dominate in fermented vegetables with 73.85% percentage of isolation while in sourdoughs the percentage of isolation was 47.17%.Three methods (flip - streak, spot on the lawn and agar well diffusion methods) were used to detect of plantaricin production by Lb. plantarum isolates against 12 species of Gram positive and Gram negative bacteria which included, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Listeria monocytogenes, Enterococcus feacalis, Lactobacillus acidophilus, Bacillus spp., Escherichia coli, Salmonella typhi, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, Serratia marcescens and Klebsiella spp. The results showed that 8 isolates produced plantaricin by flip - streak method, 7 isolates produced it by spot on the lawn method, while by the agar well diffusion method ,12 isolates were able to produce plantaricin, suggesting that the production of plantaricin was best in the broth medium than in the solid medium. The agar well diffusion method was considered the best one for detection of plantaricin production. Plantaricins of Lb. plantarum isolates exhibited high activity against P. aeruginosa when 83.3% of Lb. plantarum isolates showed antibacterial activity against this bacterium, whereas the lowest activity was against Lb. acidophilus when 16.7% of Lb. plantarum isolates showed antibacterial activity against it. No activity against Bacillus spp. was observed.Lb. plantarum VGW8, was the best isolate for plantaricin production. It produced it in both broth and solid media by all detection methods used in this study, this plantaricin exhibited a broad spectrum of activity against 10 species of both Gram positive and Gram negative bacteria. The optimum conditions for plantaricin production by Lb. plantarum VGW8 were determined and the results showed that the best production medium was production liquid medium (PLM) that prepared in this study, it composed of 2% glucose, 2% peptone, 1.5% yeast extract, 1.5% beef extract, 0.25% K2HPO4 and 0.5% tween 80,with pH 5, temperature 30°C for 12 hours under anaerobic conditions and inoculum size of 2% of cells number 1×109cell/ml.Purification of plantaricinVGW8 was made by heating crude plantaricin at 80ºC/10min and then purified by two steps method including extraction with n - butanol followed by gel filtration chromatography on Sepharose 6B column, the results showed that the specific activity was 10666.67AU/mg protein with 13.067purification folds and 12% recovery yield. The purified plantaricin was called plantaricin VGW8 according to the producer isolate Lb. plantarum VGW8.Physical characteristics were also studied and the results showed that the molecular weight of plantaricin VGW8 was 14400 Dalton by sodium dodecyl sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis (SDS - PAGE). Plantaricin VGW8 activity was stable at pH values (3 - 9) but 50% of its activity was lost at (2 and 10) pH values, and whole activity was lost at extreme alkali pH values(11 and 12).Also, plantaricin VGW8 showed high thermostability at different temperatures (20 - 100)°C for (10,30 and 60)min, it remained active after being treated with (20 - 80)°C for the periods above, but it retained only 50% of its activity after treatment at 100°C for one hour and autoclaving treatment (121°C/ 15 min).The results showed that the activity of plantaricin VGW8 disappeared when it treated with proteolytic enzymes (pepsin, trypsin and papain), whereas it retained whole activity when treated with lipase, lysozyme and α - amylase, indicating pure proteinaceous nature of purified plantaricin.As well as, treatment of plantaricin VGW8 with organic solvents (chloroform, acetonitrile, diethyl ether, ethanol, methanol, isopropanol, toluene and ethyl acetate), surfactants (tween 80, tween 20, triton X - 100, SDS, EDTA and urea) and the metal ions : Na, K, Ca, Ba, Zn and Fe, showed no effect of these treatments on the activity of plantaricin VGW8.While treatment with Mn and Mg reduced its activity to the half.The antibacterial activity of plantaricin VGW8 was studied against P. aeruginosa and S.aureus. It was observed that plantaricin VGW8 has bactericidal effect when the numbers of cells were decreased with increasing of plantaricin VGW8 concentration to 320 AU/ml. The results showed that the complete killing of P. aeruginosa was observed after 2 hours of incubation with 320 AU/ml of plantaricin VGW8, while the same effect was observed after 4 hours on S.aureus. Also, the lytic activity of plantaricin VGW8 was studied, and the results showed that exposure P. aeruginosa and S.aureus to 320 AU/ml of plantaricin VGW8 led to decrease absorbance at 600nm from 0.59 to 0.17 for P. aeruginosa within 2 hours and from 0.51 to 0.20 for S.aureus within 4 hours. Moreover, the effect of plantaricin VGW8 on the cell permeability was studied and the results showed that absorbance at 260nm increased from 0.5213 to 2.9112 for P. aeruginosa and from 0.4614 to 2.6405 for S.aureus, indicating that DNA leaked from cells due to the cell lysis. This means that the cell membrane is the target of plantaricin VGW8.

تاثير الذيفانات المعوية للبكتريا ETEC Escherichia coli في الخلايا السرطانية والخطوط الخلوية وفي حيونات التجارب == Effect of ETEC Escherichia coli enterotoxins on cancer cells, cell lines and laboratory animals

Author name: الهام سعيد عبد الكريم بنو
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح | ناهي يوسف ياسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: his study aimed investigating the cytotoxic effect of crude enterotoxins on normal and cancer cells both invitro and invivo. the present study included isolation and identification of Pathogenic Escherichia coli, From Children (under 3 - years for both sexes) infected with severe diarrhea, from March to June 2005, and as follows : *Sixtysix Islates (60%) were obtained from 110 samples. These Isolates were Identified according to morphological and biochemical tests, and for confirmation by Api - 20E System. *Serological identification for these Isolates( 66 isoleates )showed that only 12 (18%) isolates were belonged to Enteropathogenic group of E. coli.(EPEC).* The results of using Suckling Mouse Assay(SMA) showed that only 13 (19.6%) out of 66 Isolates were capable of producing heat - stable (ST) enterotoxin, therefore these isolates belonged to Enerotoxigenic group of E.coli ( ETEC).Whereas the EPEC isolates were all negative for this test. According to the toxin activily that was evaluated by (SMA) the Isolate No. 99 determined as the most efficient Isolate in producing the (ST). The same Isolate (99) of E. coli showed its ability to produce heat Labile enterotoxin (LT), by using Rabbit lileal Loops.The Isolate (99) revealed for sensitivity to Ampicillin, Gentamicin, Nalidixic acid and Nitrofurantoin antibiotics, but resistance to Amoxicillin , Cefixime, Cephallothin, Ciprofloxacin and trimethoprim.This Isolate also showed its ability to adhere by using the special media that contain the congo red stain, and by using hemagglutination test because it posseses the colonization factors antigen (CFA/1) and CFA /III However it failed in producing hemolysin enzyme that hemolyze red blood cells The toxin reserved Its activity at temperatures (20,40,60 and 80)c0 , but loss some of its effect at 100 c0 and kept its activity at 4 c0 for (24 - 48) hrs, It was found that the highly toxic activity reduced in the PH 5,9.5. The time ofmice response to enterotoxin was determined. At 90 minutes, as the maximum of response and 180 minutes as the optimum time of response. Enterotoxin was purified partially by using sepharose CL - 6B, and the molecular weight for (ST) was 17378 dalton. LD50 of both bacterial Suspension and crude enterotoxin in mice was 2.13 × 108 cell/ mice, and 48.75 mg/ mice respectively. The crude enterotoxin showed more severe effect than the bacterial suspension in spleen, Intestine, and Lung, while the effect of bacteria suspension was more severe in Liver.The therapeutic dose of crude enterotoxin was determined according to LD50 in mice it was revealed that the concentration of 390 mg/kg have the activity in reducing the tumor volume when injected directly in tumor, with an inhibition ratio between(83 - 89)% beginning at 8th day of the 25th injecting days. While when the toxin was injected intraperitonealy, the inhibition ratio of tumor was Less than the injection in tumor it self. The dose 97.5 mg/kg that given daily for 25 days showed more efficiectly in reducing the tumor in percent of 73.3. The Comparitive study between the relative volume of tumor in treated group and the relative volume of tumor in control group revealed that there was significant difference statistically important all over the treatment time.. The necrosis and fibrosis were the most important characteristics in treated groups after histopathological examination which appearantly with the progress of treatment associated with volume decrease of tumor, so it was found that the last stage of treatment showed the cancer cells presented like small Land Surrounded by dense fibrous tissue. The treatment by using all toxin concentration in both ways of injections on murine bone marrow cells, showed significant increase in blast Index (BI) and mitotic Index (MI) when compared with control.The toxic effect of crude extraction was studied in tumor cell lines (in vitro), Hep - 2 and AMN - 3 and the normal cell line REF, the study showed that the toxic effect depend on the type of cells, the dose and the time of exposure. This study revealed that the AMN - 3 Cells were more Susceptible from that of Hep - 2 Cells and the high concentration caused inhibition to the growth of the tumor cells, Specially the concentration of 60000 Mg/ml, Also growth and multiplication of REF cells. Whereas the concentrations of 1875and 3750 Mg/ml were found as an inhibitor to REF Cells. Partially purified enterotoxin (ST) showed that it's effect was found to in hibit Hep - 2, AMN - 3 and REF cells at 72 hrs of exposure and has an inducer effect to growth of cells at 24 hrs of exposure in all concentrations,but the effect was differ in the time of exposure at 48hrs,that the three concentrations (1.986,3.965and 7.95) Mg/ml showed inducing effect ,while the three hight concentrations(15.86,158.6 and1586) Mg/ml showed inhibition effect to AMN - 3 cells.Also the hight concentrations(30000 and 60000) Mg/ml werefound as inhibitor to REF cells at( 48,72)hrs,but they were inducer of growth at 24hrs of exposure. The toxicity effects of crude enterotoxin were studied in human Lymphocyte multiplication (in vitro) , and the higher concencentration showed decline in Mitotic index (MI), but It was induced cells to transform in present of mitogen, so there was inverse in blast index (BI) when compare with the control.

دور الببتيدو كلايكان في امراضية بكتريا Staphylococcus saprophyticus == Role of Peptidoglycan in Pathogenicity of Staphylococcus saprophyticus

Author name: عذراء صالح فليح الهيتي
Supervisor name: مي طالب فليح | حارث جبار فهد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: من مجموع 300 عينة ادرار تم الحصول على 71 عزلة عائدة لجنس الـ Staphylococcus من مريضات مصابات بخمج المجاري البولية واظهر عائدية 16 عزلة للنوع S. saprophyticus تم تشخيصها بوساطة الاختبارات الكيموحيوية ، كما تم اختبار حساسيتها للمضادات الحيوية ، استخدمت عملية التكسير الميكانيكي (Mechanical disintegration) باستخدام المازج (vortex) والحبيبات الزجاجية ، والتكسير باستخدام جهاز الذبذبات فوق الصوتية لتكسير جدار خلية العزلةS67 saprophyticus S. والحصول على خلايا متكسرة تمثل الجدار الخلوي الخام ومن ثم استخلاص وتنقية جزئية للببتيدوكلايكان بالاعتماد على الهضم الانزيمي بوساطة انزيمات الـ DNase وRNase وPronase وTrypsin فضلا عن استخدام مركب سلفات دودسيل الصوديوم (SDS) ومواد كيميائية اخرى ؛لازالة الاغشية السايتوبلازمية والمحتويات البروتينية الاخرى ؛ وبذلك تم الحصول على ببتيدوكلايكان نقي خال من الشوائب وهذا ما اكده الفحص بالمجهر الضوئي والالكتروني وقد اظهر الببتيدوكلايكان حزمة بروتينية واحدة عند اجراء الرحلان الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد تحت ظروف غير ماسخة مقارنة بالجدار الخلوي الخام والذي اظهر عدة حزم بروتينية ؛ مما يدل على كفاءة الطريقة المستخدمة في الاستخلاص. تضمن البحث دراسة امراضية بكترياS67 S. saprophyticus المسببة لخمج المجاري البولية في الفئران اذ حقنت مجموعة من الفئران الاناث البيض عبر الاحليل وباستخدام القثطرة بتركيز 109 خلية جرثومية / مليلتر ، وحقنت مجموعة اخرى من الفئران بتركيز 3 ملغم / 0.2 ملليتر من الببتيدوكلايكان المستخلص منS67 S. saprophyticus والمنقى جزئيا وتم تشريح الفئران حيث اظهرت الاعضاء (الكلى والمثانة) تغييرات نسيجية ممرضة تمثلت بانكماش الكبيبة الكلوية واحتقان الاوعية الدموية للكلية وارتشاح الخلايا الالتهابية وفقدان طبقة الكيراتين في المثانة سواء اكانت محقونة بالجراثيم ام بالببتيدوكلايكان . حضر المصل المضاد للببتيدوكلايكان في الحيوانات المختبرية (الارانب البيض) وتبين ان الببتيدوكلايكان ممنع جيد عند حقنه في الارانب ، وتم اثبات وجود الاجسام المضادة للببتيدوكلايكان باستخدام اختبار الندف بالانابيب واختبار التلازن الجرثومي (Bacterial agglutination) حيث كون المصل المضاد للببتيدوكلايكان المعزول من جدار بكتريا S.saprophyticusS67 تلازنا مع جراثيم البكتريا نفسها وايضا اعطى تلازنا مع العزلة القياسية ATCC6538 S. aureusمما يشير الى وجود تفاعل تصالبي لهذه الاضداد. تم دراسة التاثيرات السريرية للببتيدوكلايكان في الارانب المحقونة، اذ لوحظ ارتفاع في مستوى اليوريا والكرياتنين وانزيمي GPT وGOT والكلوكوز في الدم وانخفاض مستوى انزيم الفوسفتيز القاعدي( Alkaline phosphatase ) مما قد يدل على وجود خلل وظيفي في عدد من الاعضاء مثل : الكلى ،و الكبد ،و البنكرياس نتيجة تاثرها بالببتيدوكلايكان | Seventy one isolates of Staphylococcus were obtained from 300 urine samples isolated from female patients with urinary tract infection. sixteen of these isolates were identified as S.saprophyticus by biochemical tests , the sensitivity of the isolates to different antibiotics were also studiedMechanical disintegration method using vortex and glass beeds in addition of Ultrasonicator were used for preparing disintegrated cell wall which represent Crude cell wall , Extraction and partial purification of the peptidoglycan were accomplished by enzymatic digestion using DNase ,RNase ,Pronase and Trypsin in addition to SDS and other chemicals to remove the cytoplasm membrane and other protein contents, so we obtained pure peptidoglycan that were confirmed by light and electron microscope, the partial purified peptidoglycan showed one protein band compared with crude cell wall which showed many protein bands when performed in poly acryl amide gel electrophoresis under non denaturing conditions which improved the efficacy of method that employed in extraction of peptidoglycan The pathogenicity of the S.saprophyticus in urinary tract infection of mice was studied, Female mice were injected transurethrally by using catheter with 109 germ cells concentration /ml, other group of mice were injected by 3mg concentration /0.2ml of partial purified peptidoglycan which extracted from S.saprophyticus , The histopathological changes in the organs (Kidney and Bladder) whether it was injected with germ or the peptidoglycan were observed Antiserum of the peptidoglycan was prepared in the laboratory animals (white rabbit) the results revealed that the peptidoglycan was a good immunogen, The presence of antibodies was shown by tube flocculation test and bacterial agglutination test.Thiese antibodies cause agglutination with S.saprophyticus by using microtiter plate and also give cross - reaction with ATCC5538P S.aureusThe clinical effects of the peptidoglycan in the injected rabbit were also studied, The levels of Urea,Creatinine ,GOT, GPT ,Glucose were increased in the blood where the level of Alkine phosphatase was decreased which indicate that the peptidoglycan caused dysfunction of several organs like kidney,liver and bladder

دراسة مقارنة لتاثير بعض المستخلصات النباتية وبعض الاحماض الكاربوكسيلية في البكتريا المسببة لالتهابات الحروق == Comparative Study of The Effect of Some Plants Extract And Carboxylic Acids On Contaminating Bacteria In Burns Infection

Author name: سـعاد خليـل ابراهيـم
Supervisor name: مهدي ضمد القيسي | جنان مجيد العقيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad - Ibn Al-Haytham College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (500) عينة من المرضى المصابين بالحروق من ثلاث مستشفيات في مدينة بغداد للمدة من 1/6/2007 ولغاية 1/11/2007. زرعت هذه المسحات على الاوساط الزرعية للعزل الاولى وتم تشخيصها بالفحوصات المظهرية والبايوكيميائية. اظهرت (489) عينة ملوثة بالبكتريا وبنسبة | • Five hundreds swabs were collected from patients suffered from burns in three hospitals of Baghdad city, for the period from 1st June 2006 to 1st November 2007. The swabs were implanted in order to be isolated and diagnosed by morphological and biochemical tests. • The results showed that 489 swabs were contaminated with bacteria (97.8%), while 11 swabs were not (2.2%). The identification and prevalence of the bacteria was as follow Pseudomonas aeruginosa was found in 148 swabs (30.27%), Klebsiella pneumoniae in 102 (20.26%), Staphylococcus aureus in 79 (16.16%), Escherichia coli in 70 (14.31%), Proteus mirabilis in 52 (10.63%) and Enterobacter cloacae in 38 (7.77%). • Information card for each patient was assigned included age, sex, time of suffering from burns, social status and address.• The degrees of suffering were as follow : - First degree of burns, 201 cases (40.2%). - Second degree, 187 cases (37.4%). - Third degree, 112 cases (22.4). Sensivity test to antibiotic and was done for all the isolated bacteria, and it was found, that, they were sensitive to Vancomycin, Ciprofloxacin, Amikacin, Tetracyclin and Fusidic acid within the percentage ratio of 0.0, 59.1, 3.7, 58.5 and 11.6%, respectively. Also it was found that the investigated bacteria showed high Vesistance to Penicillin G (87.9%), Erythromycin (93.9%), Trimethoprim (100%), Carbencillin (83.9), Cefotaxime (63.4%), Ampicillin (75.9%), Gentamycin (67.9%), Streptomycin (83.6%), Nalidix acid (89.4%) and Linomycin (83.2%). o Searching for the active compounds in the extracts of investigated plants (Linum usitatissimum, Nigella sativa and Eruca sativa) was conducted. It was found, that, the seeds of the three plants contained Glycosides, Alkalis, Flavonoids, Soapiness and Resins, which are not water soluble, but could be detected by the alcoholic extraction. Cumarin was noticed in the seeds of N. sativa and E. sativa only. o Different concentrations of water and alcohol extracts were prepared in addition to the isolation of oils, soapiness and Flavonids. The effectiveness of the extracts was tested at the concentration of 16, 32, 64, 128, 256 mg/ml for all the plants, against the bacteria.o The Phenol, water and alcohol extracts of L. usitatissimum and E. sativa showed high effect against the bacterial species, while that of N. sativa was less affective.o The Minimum inhibition concentration (MIC), was found to be different according to the type of extract and the species of bacteria.o The effects of the organic acids (Acetic, Citric, and Lactic) were tested at concentrations of 0.5, 1, 1.5, 2, 3 and 4% of each acid. An increase in the diameter of inhibition area, related with the increase in the acid concentrations, was detected. It was found that the acetic acid was more affective against the microorganisms, followed by the Citric acid and then the Lactic acid.o on the base of ratios of inhibition area diameters (in vitro), the results illustrated that E. coli was more affected by Acetic acid when the diameters reached 18.75, 21.75, 30.75, 38.25, 40.00 and 44.75 mm, respectively. The concentration of 1.5% was the effective enough against E. coli as diameters rates for P. mirabilis were 19.25, 18.25, 18.0, 22.56, 27.75 and 31.0 mm, respectively, followed by Ps. aeruginosa, S. aurues and En. cloacae when exposed to the optimum concentrations of Acetic, Citric, Lactic acids. The diameters at concentration of 4% were 23.50 and 23.66 mm. o The water extracts from all the involved plants, in addition to the organic acids showed good levels of effectiveness against the different studied bacterial species, when suffered by burns rats were exposed to them. A clear decrease in bacteria numbers in these rats in comparison with non - treated animals, in the swabs removed from the treated and non - treated rats, in addition to the absence of any histophathalogical changes in livers and skins of the treated animals. o Biochemical tests of serums from animals treated with the water extracts and organic acids at concentration of 16 mg/Kg and 18 mg/Kg for seven days and the microscope investigation, proved that these compounds were not toxic.o The effects of the water extracts and the organic acids were studied too from the point of the immunity point of view. An increase in the Levels of IgG and IgA of the supplementary systems C3 and C4 was noticed in the suffered from burns in general. The levels of IgG and IgA tended to be normal after the treatments with the water extract from the studied plants and with the organic acids.o The L D50 of N. sativa and E. sativa was 18 mg/kg while it was 16 mg/Kg of L. usitatissimum.

دراسة وراثية جزيئية لبكتريا المكورات المعوية البرازية Enterococcus faecalis المعزولة من جذور الاسنان الملتهبة للانسان في بغداد == Molecular Genetics Study of Enterococcus Faecalis Isolated From Root Canal Infection of Human In Bagdad

Author name: سوزان علي كاظم
Supervisor name: عذراء حميد حسون
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad - Ibn Al-Haytham College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم التحري عن نسبة وجود بكتريا المكورات المعوية البرازية Enterococcus faecalis في (100) عينة معزولة من اشخاص مصابين بالتهاب قناة جذر السن, اذ تم جمع (70) عينة من الاصابات الابتدائية لقناة الجذر، و(30) عينة من الاصابات الثانوية لقناة الجذر (اعادة العلاج) وم | To detection Enterococcus faecalis in (100) root canal sample were collected from primary and secondary root canal infection patient`s from all the ages (10 - 50) during the period of (August 2013) till (January 2014). Detection depending on cultural & microscobial characteristics of bacterial cell was done to find (45) 0f E. faecalis species & Biochemical tests & Serological diagnosis by Lancefield method done to find (24) isolates of this species & Diagnosis by Vitek2 was done to find (20) isolates of E. faecalis. When the Molecular genetics Diagnosis was done the result showed find (32) isolates belong to E. faecalis. The antibiotic sensitivity test was done by using (14) antibiotics, (5) isolates showed resistant against all antibiotics & the isolates showed multiresistant against for some antibiotics. All the isolates were resistant by (100 %) against (5) antibiotics. To detection of the isolates ability of production of protease enzyme, lipase enzyme, hemolysin enzyme & gelatinase enzyme.The results showed that (24 isolate) (75 %) were protease producer, & (8 isolates) (25 %) were lipase producer, & (16 isolate) (50 %) were hemolysin producer, & (5 isolates) (15.6 %) were gelatin producer. To detection the presence efa A gene of the isolates by used specific primer to this gene, and all isolates
1 2 3 4 5