Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 1,503

تاثير مستخلصات قشور البرتقال على نشاط بكتريا Pseudomonas aeruginosa المقاومة للمضادات الحيوية والمعزولة من التهابات جروح الحروق وجروح ما بعد العمليات في مدينة بغداد == Effect of Citrus sinensis peels extracts on the viability of antibiotics resistant Pseudomonas aeruginosa isolated from burn and post - operative wound infections in Baghdad City

Author name: بتول عبد الامير باقر الصفار
Supervisor name: محمد فخري احمد | صفاء عبد الكريم عبد الرزاق
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • تم جمع 175 مسحة من المرضى الذين يعانون من خمجات الحروق والجروح مابعد العمليات الجراحية ,الراقدين في مستشفيات بغداد المختلفة ,والمتضمنة مستشفى الكندي التعليمي, مستشفى الكرخ العام ومستشفى بغداد التعليمي اثناء الفترة من ايلول 2008 الى كانون الثاني 2009. • زرعت المسحات على وسطي غراء الدم والماكونكي وحضنت هوائيا بحرارة 37 م لمدة 24 ساعة وشخصت العزلات منPseudomonas aeruginosa باستخدام التشخيص الكيموحيوي والفسلجي والصفات ﺍ ﻠﻤﻈهرية واكد باستخدام نظام عدة api 20E .• تشير النتائج الى 114عزلة اعطت زرع بكتيرولوجي موجب بمعدل65.14% هذه تضمنت 51 (%60 ) عزلة من 85 مسحة من اصابات جروح مابعد العمليات و63 (%70 ) عزلة من 90 مسحة من اصابات الحروق.• اجري فحص الحساسية على هذه العزلات باستعمال 10 مضادات حيوية شائعة الاستعمال من مجاميع مختلفة ,اظهرت النتائج مقاومة عالية الىCephalothin, Carbenicillin, Tetracycline, Ceftriaxone, Chloramphenicol, Cefotaxime and Ceftazidime وبنسبة مقاومة (100, 92.98, 88.59, 78.94, 69.29, 67.54, 65.78)% على التوالي. بينما اظهرت العزلات حساسية عالية الى المضادات Amikacin, Ciprofloxacin and Meropenem وبنسبة مقاومة ( 28.94, 23.68, 15.78 )% على التوالي. • اربع مستخلصات المائي الحار٬ المائي البارد ٬ الكحولي الحار والكحولي البارد طبقت لاستخلاص قشـــورالبـــرتقال. ووجدت من خلال الكشف النوعي للمستخلصات بان المستخلصات المائية الحارة والباردة لقشور البرتقال احتوت على المركبات التالية : كلايكوسيدات٬ فينولات٬ قلويدات٬ صابونيات وتانينات، بينما احتوت المستخلصات الكحولية الحارة والباردة (اضافة الى ما ذكر) على مركبات : راتنجات٬ تربينات٬ فلافونات٬ كومارينات وزيوت طيارة. • استخدمت المستخلصات لدراســـة تاثيرها على نمــو العــزلات المقاومة فقــط والمعزولة من اصابات الجروح مابعد العمليات الجراحية والحروق بطريقة الانتشار بالحفر. مستخلصات قشورالبرتقال في التراكيز) 25 ,50, 75 ,100, 200 ,300 ,400 و500 )ملغم/مل اظهرت فعالية ضد العزلات البكتيرية. • كشف التحليل الاحصائي وجود اقل فروق معنوية عند مستوى احتمالية P<0.05)) لاربع مستخلصات.• المستخلص الكحولي الحار من قشور البرتقال كان اكثر كفاءة من المستخلصات الاخرى ضد عزلات الجروح مابعد العمليات وجروح الحروق. المستخلص المائي البارد ياتي بالمرتبة الثانية بعد المستخلص الكحولي الحار. معدلات اقطار مناطق التثبيط لهذه المستخلصات ضد P. aeruginosa عند التركيز العالي 500 ملغم/مل كانت 22.78ملم لمستخلص الكحولي الحار، بينما كانت 71.15ملم لمستخلص المائي البارد. اما النتائج كانت متغايرة بالنسبة لتاثير مستخلصي الكحولي البارد والماء الحار وبشكل عام اظهرت تاثيرات منخفضة على العزلات البكتيرية. بينما عند التركيز 25 ملغم/مل لمستخلص الكحولي الحار معدلات اقطار التثبيط تناقص الى 64.1 ملم. • اختبر تاثير التراكيز المختلفة لمستخلص الكحولي الحار على نشاط انتاج الانزيمات : اليوريز ، جيلاتينيز ، اوكسيديز والكاتاليز، اظهرت النتائج ان المستخلصات الكحولية الحارة في التراكيز (75, 100, 200) ملغم/ مل تاثيرا جدير بالملاحظة على نشاط انتاج اليوريز، يعزى ذلك الى ظهور اللون الاصفر(كنتيجة سالبة) بعد ساعتين من الاختبار. بينما عند تراكيز(25 ,50) ملغم/مل من المستخلص حصول نتيجة سالبة لانتاج اليوريز بعد الساعة الرابعة من الحضن. • المستخلص الكحولي الحار اثبط انتاج الجيلاتينيزعند التراكيز( 50 ,75 ,100 ,200) ملغم/ مل بعد الساعة الثانية من فترة الحضن. بينما عند التركيز 25 ملغم/مل اظهرت النتيجة سالبة للجيلاتينيز بعد الساعة الرابعة حضانة. المستخلص الكحولي الحار اثبط انتاج الاوكسيديز والكاتاليز بالتراكيز(25 ,50 ,75, 100 ) ملغم/مل واظهرت نتيجة سالبة بعد الساعة الثانية من الحضن. • اظهرت نتيجة دراسات ميكانيكيات النمو بتركيز 500 ملغم \مل من المستخلص الكحولي الحار قتل كامل لعزلات اصابات الحروق والجروح مابعد العمليات الجراحية التي يتطلب وقت حضانة بين الساعة 6 - 8 ساعة. علاوة على ذلك المستخلص بتركيز 400 ملغم/ مل تطلب القتل الكامل للعزلات 8 ساعات حضانة لكل العزلات. بينما عند التركيز( 200 ,300 ) ملغم/ مل اظهر قتل كامل على جميع الخلايا بعد مرور 24 ساعة حضانة. اما التركيز 100 ملغم/ مل اظهر معدل قتل جزئي للعزلات (حتى بعد 24 ساعة حضانة). ﺗﻡ اﯿﻀﺎ ﻤﻨﺎﻗﺷﺔ ﻮﺘﺤﻠﻴﻞ ﻤﻧﺤﺪﺮﺍﺖ اﻠﻴﺔ ﺍﻠﻧﻤﻮ ﻠﻠﺒﻜﺘﺮﻴﺎ. | Hundred and seventy five swab samples were collected from patients suffering from burns and post - operative infections who admitted to different hospitals in Baghdad for medical care, these included : Al - Kindy Teaching Hospital, Al - Karkh General Hospital and Baghdad Teaching Hospital, during the periods from October 2008 to January 2009. The swabs were cultured on blood agar base and macConky's agar then incubated at 37˚C for 24hrs . Isolates of P. aeruginosa were isolated and identified using morphological, physiological and biochemical diagnosis and confirmed by api 20 E kit . The results indicated that 114 (65.14%) have given positive bacteriological cultures, this included 51(60%) isolates out of 85 swabs of post - operative wound infections, while 63(70%) isolates out of 90 swabs of burns infections. Sensitivity test was performed for these isolates using 10 commonly used antibiotics. The result indicated that a higher resistance to Cephalothin, Carbenicillin, Tetracycline, Ceftriaxone, Chloramphenicol, Cefotaxime and Ceftazidime whith the percentages of 100, 92.98, 88.59, 78.94, 69.29, 67.54, 65.78 % respectively , while the isolates showed a higher sensitivity to Amikacin, Ciprofloxacin and Meropenem with the percentages of resistance of 28.94, 23.68, 15.78 % respectively. Four extraction methods, i.e. hot water, cold water, hot alcoholic and cold alcoholic, were applied for the extraction of Citrus sinensis peels . Hot and cold watery extracts of Citrus sinensis peels contained the following compounds : Glycosides, phenols, alkaloids, saponins, and tannins. While hot and cold alcoholic extracts contained, in addition to above, resins, terpins, flavones, coumarins, and volatile oils. The extracts were used to study their effects on growth of P. aeruginosa resistant isolates of post operative wound and burn isolates by using agar diffusion method. Extracts of Citrus sinensis peels at concentrations of 500, 400, 300, 200, 100, 75, 50, 25mg/ml showed activity against bacterial isolates. The statistical analysis revealed the presence of significant differences (P<0.05) for four extracts. The hot alcoholic extract of Citrus sinensis peels were more efficient than the other extracts against post - operative wounds and burn wounds isolates. Cold water extract came next to hot alcoholic extract. The inhibition zone diameters for these extracts were 22.78mm (for hot alcoholic extract) and 15.71mm (for cold water extract). Variable results were obtained with respect to the effects of cold alcoholic extract and hot watery extract, and generally, of low effects on bacterial isolates. At a concentration of 25mg/ml of hot alcoholic extract, the rate of inhibition zone diameters decreased to 1.64mm. The effect of different concentrations of hot alcoholic extract on the activity of enzymes production of urease, gelatinase, oxidase and catalase have been tested. The results showed that hot alcoholic extracts at concentrations of 75, 100, and 200mg/ml, demonstrated an observable effect on the activity of urease production due to observation of yellow - orange color (i.e. negative result), after 2hrs . While at extract concentrations of 25 and 50mg/ml, negative urease test was obtained after 4hrs incubation. Hot alcoholic extract has inhibited gelatinase production at a concentration of 50, 75, 100, and 200mg/ml after 2hrs incubation. While at a concentration of 25mg/ml, negative gelatinase result is obtained after 4hrs incubation. Hot alcoholic extract affects the inhibition of oxidase and catalase production at concentration of 25, 50, 75, and 100mg/ml, which showed negative results after 2hrs incubation. The result of Kinetics of growth studies demonstrated that the concentration of 500mg/ml of hot alcoholic extract was enough for complete killing the isolates from burn and post - operative wound infections. Moreover, this killing required incubation time between 6 - 8 hrs . At extract concentration of 400 mg/ml a complete killing required 8hrs incubation. While for complete killing upon application of 200 and 300mg/ml of the extract required 24hrs incubation. Partial kill occurs after 24hrs when 100 mg/ml of extract was used. Analysis of the slopes of growth kinetics was also discussed.

استخدام بعض المؤثرات الفيزيائية والكيميائية في تحفيز بعض مركبات الايض الثانوي لنباتي الروجة Hypericum triquetrifolium وعنب الذيب Solanum nigrum خارج الجسم الحي == Effect of some physical and chemical elicitors on some secondary metabolite induction of Hypericum triquetrifolium and Solanum nigrum In vitro

Author name: بان منــعـم عبد الرزاق تويــج
Supervisor name: سعدية حسن محمود | كاظم محمد ابراهيم الصميدعي
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This project was conducted in the plant tissue culture laboratory, Biotechnology Department, College of Science, Al - Nahrain University. It is aimed to increase the production of some secondary metabolites using physical and chemical elicitors in tissue cultures of Hypericum triquetrifolium L. and Solanum nigrum L. plants. The quality and quantity of phytochemicals were estimated using methanolic extracts of dried leaves and callus were analysed using HPLC. Callus was initiated on leaf discs cultured on Murashig and Skoog (MS) medium supplemented with 2,4 - Dichlorophenoxy acetic acid (2,4 - D) and Benzyl adinenine (BA) at concentrations of 0,0.1, 0.5, 2.0 or 5.0 mg/l for H.triquetrifolium callus initiation and Naphthalene acetic acid (NAA) at concentrations of 1.0, 2.0, 3.0, 4.0 or 5.0 mg/l and BA at 0.5, 1.0, 1.5, 2.0 or 2.5 mg/l for S.nigrum callus initiation. Results showed that the combination of 2,4 - D at 0.1 mg/l with BA at 0.5 mg/l was the most effective for callus induction percentage reached 90%. The highest mean fresh weight reached 64.33 mg for H.triquetrfolium, and the combination of NAA at 2.0 mg/l with 1.0 mg/l BA was the most effective for callus induction percentage reached 100% and the fresh weight reached 859.1 mg for S.nigrum. The same combination was used for callus maintenance for both plants. Results also showed an increase in the concentration of secondary metabolites in methanol extracts induced on leaves. Callus cultures induced on leaf discs were treated with some physical and chemical stimuli such as light, ultraviolet, jasmonic acid and salicylic acid, (2, 4, 6 or 8 mg/l jasmonic acid), or (50, 100, 150 or 200 mg/l salicylic acid), and different exposure to photoperiod (dark for 24 hrs, 12 hrs light, 16 hrs light or 24 hrs light), the uv exposure time was 10 or 20 minutes. Result showed that there are significant differences between the various treatmeant, the best concentration of jasmonic acid to stimulate and increase production was 6 mg/l in H.triquetrifolium callus cultures, and 8 mg/l for S.nigrum. Salicylic acid stimulated the production reached 150 mg/l in callus culture of H.triquetrifolium and 100 mg/l in callus culture of S.nigrum. The best light exposure time caused an increase in the production of secondary metabolism was 12 hrs light for calli in both plants. Both exposure time (10 or 20 mint) induced the yield of secondary metabolites in callus cultures of H.triquetrifolium equally. and 20 minutes for S.nigrum. It is concluded from studying the effect of chemical and physical treatments on callus of both plants. that uv increased callus fresh weight and secondary metabolites in callus cultures. The highest concentration of secondary metabolites induced incallus cultures of H.triquetrifolium were catchin (0.14708 mg/g), hypersoid (0.09825 mg/g), hypericin (0.84623 mg/g), pseudohypericin (0.13707 mg/g), hyperforin (0.85525 mg/g) and prenylated phlorglucin (0.11275 mg/g), the highest fresh weight for callus 61.67 mg. S.nigrum callus cultures produced ascorbic acid (0.14721 mg/g), α - solanine (0.2294 mg/g), solasodin (4.3689 mg/g), solanidin (1.4854 mg/g), β - solamargine (5.9896 mg/g), α - solamargin (1.5509 mg/g), solasonine (1.3048 mg/g) and demission (2.031 mg/g). Additionaly, it yielded the highest callus fresh weight reached 849.20 mg.

The Role of Interleukin - 8 Associated with Peptic Ulcer Disease Induced by Helicobacter pylori == The Role of Interleukin - 8 Associated with Peptic Ulcer Disease Induced by Helicobacter pylori

Author name: ايمان عبد الجبار محمد العاني
Supervisor name: Nazar E. Naser | Abdul Wahab Al - Shaikhly
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة لتوضيح تاثير الشذوذ المناعي حول الكشف السريري لدى مرضى مصابون بقرحة المعدة والاثني عشري في بغداد, بالاضافة الى تهيئة معالم اوضح لدور الانترلوكين - 8 في الامراضية المناعية عند هؤلاء المرضى والتي سببها بكتريا Helicobacter pylori. كذلك شملت الدراسة استخدام مختلف الفحوصات المناعية والبكتريولوجية في الكشف عن وجود بكتريا H.pylori المسببة لمرض قرحة المعدة والاثنى عشري . تم شمول (48) مريضا (31 من الذكور و17 من الاناث) وباعمار تراوحت ما بين ال30 - 50 سنة مصابين بمرض قرحة المعدة والاثني عشري ومجموعة من الافراد الاصحاء كمجموعة سيطرة ملونة من 62 شخصا منهم( 26 من الذكور و36 من الاناث ) باستخدام طرائق تحري بكتريولوجية شائعة وحديثة , مناعية وتشريح انسجة مرضية للتحري عن وجود الاصابة ببكتريا Helicobacter pylori.اعتمد التشخيص النهائي على ايجابية اي من الاوساط الثلاثة او بمصاحبة فحص اليورييز الايجابي وفحص النسيج المرضي, اذ اثبتت النتائج ان من بين اوساط الزرع الثلاثة المختلفة , كان HP agar هو الوسط الاكفا في عزل البكتريا H.pylori عندما حقق على معدل عزل قياسا بكل من وسطي اكار خلاصة الدماغ / القلب واكار كولومبيا ( 79.2% , 35.4% , 25% على التوالي). اظهر تقدير اداء الاختبارات المصلية في التنبؤ بالاصابة ببكترياH.pylori لدى مرضى قرحة المعدة والاثني عشري وتمييزهم عن مجموعة الاصحاء , ان تحديد وجود H.pylori specific IgG باتباع طرائق حديثة مختلفة قد يحسن من عملية التنبوء بالاصابة بالبكتريا اكثر من علاقتها بمرض قرحة المعدة والاثني عشري نفسه.كما وتضمنت الدراسة اتباع طريقتين لتشخيص وجود مضادات H.pylori specific IgG حيث اظهرت النتائج ان طريقة الاليزا (ELISA) اعطت معدل ايجابية اعلى لدى مجموعة المرضى مقارنة بطريقة miniVidas (95.8% , 89,6% على التوالي). ومن الجدير بالملاحظة ان مجموعة السيطرة H.pylori specific IgG بلغت نسبة ( 42.2% او 46.8% عند القياس بطريقة miniVidas او ELISA على التوالي). لم تظهر فوارق معنوية لمستوى وسط H.pylori specific IgG عند قياسه بالطريقتين , اية فروق معنوية بشكل واضح بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة , في حين ظهرت فروق معنوية بين وجود من عدم وجود H.pylori في مجموعة المرضى باستخدام طريقة miniVidas فقط ) وسط الزرع =3 ng/ ملي لتر و1.15 ng / ملي لتر على التوالي). لم يكن كلا من فحص H.pylori specific IgG واختبارات ال Helicogen ذات كفاءة جيدة في التنبؤ بمرض قرحة المعدة والاثني عشر للتفريق بين مجموعتي المرضى والاصحاء , اذ كان الPPV قريبا جدا من احتمال وجود المرض دون اجراء اي اختبار. ومن جهة اخرى فان اجراء الفحص السيرولوجي في التنبؤ بالاصابة ببكتريا H.pylori لدى المرضى المصابين بقرحة المعدة والاثني عشري اظهر بان طريقة اليزا قد تعتبر فحصا حساسا جدا (درجة الحساسية 100%) في التحري عن وجود H.Pylori التي نتج عنها PPV , NPVتاما لدى 87%. كما وتم الحصول على اعلى محدودية للاختبار الايجابي ( 97.5%) باتباع طريقة miniVidas رغم ان حساسية الاختبار كانت اقل بقليل من طريقة ELISA (97.5%). واستنادا الى النتائج فان H.pylori specific IgG الذي تم تقديره بطريقةminiVidas كان افضل خيار للتميز بين H.pylori السالبة والموجبة حيث اظهر القياس نسبة حساسية عالية وPPV تتجاوز 90.7% والتي كانت مساوية لمعيار النفاذ الذي تم الحصول علية باستخدام الطريقتين. اثبتت الدراسة الحالية وجود فوارق معنوية في المستوى الكلي لمصل IgG بين المجموعات الموجبة والسالبة لدى المصابين ببكتريا H.pylori (المتوسط الحسابي 1531.2 ملي غرام/ملي لتر و917.7 ملي غرام/ملي لتر على التوالي ) في حين لم تظهر فروقات معنوية تتعلق ب IgM, IgA, C3 & C4 بين هاتين المجموعتين. ومن ناحية اخرى تميز IgG وC4 لدى المقارنة بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة (المتوسط الحسابي ل IgG كان مساويا الى 1397 ملي غرام / ملي لتر و1067.4 ملي غرام / ملي لتر والمتوسط الحسابي لC4 كان 49.8 ملي غرام / ملي لتر و29 ملي غرام / ملي لتر على التوالي). تشير البيانات المستخرجة من الدراسة الى ان مستوى IL - 8 في مرض التهاب المعدة لم يكن يعتمد على الاصابة ببكتريا H.pylori ولكن زيادة ال IL - 8 في مستوى المصل بين حالات الاصابة بقرحة المعدة والاثني عشري قد تعزى الى التهاب النسيج الذي يصاحب المرض ما دام هناك فارق معنوي بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة, في حين لم تكن تلاحظ اية فروق معنوية بين المجموعات الموجبة والسالبة لبكتريا H.pylori . وقد تكون لهذه النتائج مضامين هامة للتوصل الى تبصر اعمق في تفهم اليات البكتريا المسببة للمرض فيما يتعلق بالاستجابة المناعية ضد الاصابة ببكتريا H.pylori | This study was conducted to obtain more clarification about the impact of immunological abnormalities on the clinical expression of peptic ulcer among Iraqi patients, in addition to provide further insights into the role of some interleukins in immunopathogenesis of patients with peptic ulcer disease induced by Helicobacter pylori. The study also included various immunological and bacteriological investigations in detecting the presence of H. pylori associated with peptic ulcer disease.Forty eight (31 males and 17 females) patients suffering from peptic ulcer, and sixty two (26 males and 36 females) apparently healthy individuals (as control) , were subjected to different recent and common bacteriological, immunological and histopathological evaluations regarding the ages of the patients and healthy individuals included between 30 - 50 years which were done for detecting Helicobacter pylori infection.Final diagnosis was completely established when any of the three culture media showed the evidence or a combination of positive urease test and histological evidence. The results documented that among different types of cultures media, Helicobacter pylori agar was the most superior medium for the recovery of H. pylori 79.2 %, which provided the highest isolation rate compared with Brain Heart Infusion agar and Colombia agar (35.4 %, and 25 % respectively).Assessing the performance of serology in predicting H. pylori infection associating with peptic ulcer patients and / or distinguishing them from healthy controls, demonstrated that determination of H. pylori specific IgG using recent different methods may improve predicting the infection of H. pylori rather than relating to peptic ulcer disease itself.In the present study, two methods were used for detecting presence of H. pylori specific IgG antibodies. The results showed that ELISA method gave a higher cases positivity rate compared to miniVidas method (95.8%, 89.6% ,respectively) .It is worth noting that a good proportion of healthy controls had positive H. pylori specific IgG (45.2 % or 46.8 % measured by miniVidas or ELISA method respectively). The medium level of H.pylori specific IgG measured by both methods did not significantly differ between patients and control groups, while the differences observed for the presence of H. pylori compared with its absence among cases were statistically significant only by using the miniVidas method (Medium = 3 ng/ml, and 1.15 ng/ml respectively). The present study showed that both H. pylori specific IgG antibodies test and Helicogen tests were not so useful in predicting peptic ulcer disease distinguishing them from healthy control since the PPV was nearly close to the prior probability of having the disease without doing any test. On the other hand, assessing the performance of serology in predicting H.pylori infection in patients with peptic ulcer disease demonstrated that ELISA method would be a very sensitive test (sensitivity = 100 %) in detecting the presence of H. pylori, that resulted in a complete NPV and PPV of 87%.The highest specificity of positive test (97.5%) was obtained by using miniVidas method. Its sensitivity, however, was slightly lower than ELISA method (97.5 %). According to the results, H. pylori specific IgG measured by miniVidas method seems to be the best choice to differentiate between positivity and negativity of H. pylori since it offered a high sensitivity and a PPV exceeding 90.7% which was equal to the validity of parameter obtained by using both methods. The present study documented a significant variation in total serum IgG level between positive and negative groups of H. pylori infection,(mean 1531.2 mg/ml and 917.7 mg/ml ,respectively), while no significant variations were reported in IgM, IgA, C3 and C4 between these two groups. On the other hand, only IgG and C4 varied significantly regarding cases and control groups (mean of IgG = 1397 mg/ml and 1067.4 mg/ml, mean of C4= 49.8 mg/ml and 29 mg/ml, respectively). Data from the study indicated that IL - 8 level in gastritis was independent of H. pylori infection, but one would attribute the increase in IL - 8 serum level among cases with peptic ulcer to the tissue inflammation related to the disease since there was a significant variation between cases and controls, while no differences were observed between positive and negative groups of H. pylori infection. These findings might be of important implications for having further insights into understanding the pathogenic mechanisms of bacteria in relation with immunologic response against H. pylori infection.

دراسة جوانب من الاستجابة المناعية لاصابات الكلية عند الاطفال == A study of some immunological aspects in children with renal disease

Author name: ايمان عباس محسن
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | سيناء مهدي شاكر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: نفذت هذه الدراسة بين 17 - 12 - 2008 و25 - 8 - 2009 وشملت 62 طفلا مريضا في المدى العمري (1 - 12) سنة ومن كلا الجنسين : 26 طفلا مصابا بالفشل الكلوي المزمن و36 طفلا مصابا بالمتلازمة الكلائية، وكان المرضى خارجيين وراقدين في وحدة غسل الكلية في كل من مستشفى المنصور التعليمي للاطفال ومستشفى الطفل التعليمي المركزي وشملت المجموعة الضابطة 26 طفلا. جمعت عينات الدم من المرضى والاصحاء واجريت الفحوص المناعية وهي قياس مستويات كلا من انترلوكين - 6 والاريثروبيوتين وفق تقنية مقايسة الممتز المناعي المرتبط بالانزيم ((ELISA. اما الاختبارات الكيميائية الحيوية فقد تضمنت قياس نسبة اليوريا والكرياتنين في المصل لتقييم الوظيفة الكلوية. شملت السمات الدموية قياس حجم الخلايا المرصوصة ونسبة خضاب الدم للتحري عن وجود فقر الدم. اظهرت النتائج زيادة معنوية في مستوى انترلوكين - 6 (0.001>P) ونقصانا معنويا في مستوى الاريثروبيوتين(0.001>P) وزيادة معنوية في يوريا وكرياتنين المصل(0.001>P) ونقصانا معنويا في كل من حجم الخلايا المرصوصة ونسبة خضاب الدم (0.001>P)في كلتا المجموعتين المرضيتين بالمقارنة مع المجموعة الضابطة. جمعت عينات الادرار من مجاميع المرضى والاصحاء واجري لها الفحص العام (بغض النظر عن نوع المرض الكلوي) بعد زرع النماذج على وسطي اغار ماكونكي واغار الدم . اظهرت نتائج الفحص العام للادرار ان وجود القوالب في ادرار المرضى لم يكن معنويا (الاحتمالية=0.056)، بينما كان وجود بروتين الالبومين في ادرار المرضى معنويا (الاحتمالية=0.049). وجدت نتائج زرع الادرار السالبة في 64.5% من كلتا المجموعتين المرضيتين٬ كذلك كانت نتائج زرع الادرار سالبة في المجموعة الضابطة. اما نتائج زرع الادرار الموجبة في المرضى (35.3%) فكانت تشير الى وجود التهاب السبيل البولي مع علاقة معنوية بنوع المرض الكلوي (الاحتمالية= 0.042). لقد اظهر التهاب السبيل البولي علاقة معنوية مع الجنس (الاحتمالية= 0.044). تضمن النمو الجرثومي الانواع التالية : E. coli (54.55%) وPseudomonas aeruginosa (22.73%) وKlebsiella pneumoniae (9.09%) وProteus mirabilis (9.09%) وعزلة واحدة فقط من Morganella morganii (4.55%). اختلفت العزلات البكتيرية في حساسيتها للمضادات الحياتية والتي اشتملت على السفترياكزون والسفتازديم والجنتامايسين وحامض الناليدكسك والتراي ميثوبريم والنايتروفيورانتين. | This study was carried out between December 17, 2008 and August 25, 2009. It included 62 pediatric patients at the age range (1 - 12) years of both genders : 26 with chronic renal failure (CRF) and 36 with nephrotic syndrome (NS), who were outpatients and in - patients in the dialysis unit in both Al - Mansour pediatric teaching hospital and Child's central teaching hospital. The control group consisted of 26 children. Blood samples were collected from patients and controls. Immunological tests of interleukin - 6 (IL - 6) and erythropoietin (Epo) measurement were done by using ELISA technique. Biochemical tests, including blood urea and serum creatinine, were applied to evaluate renal function. Hematological aspects referred to anemia presence or not; by measuring PCV and Hb. The results explained significant increase in serum IL - 6 levels (P<0.001), significant decrease in serum Epo levels (P<0.001), significant increase in both urea and creatinine concentrations (P<0.001) in serum and significant decrease in both PCV and Hb (P<0.001) in NS and CRF patients in comparison with the control group. Urine samples were collected from children with both renal diseases and healthy controls. After culturing the samples on both MacConkey agar medium and blood agar medium, general urine examination (GUE) was applied regardless the type of the renal disease. GUE of both CRF and NS patients showed that casts presence in urine was not significant (p=0.056), while albuminuria was significant (P=0.049). The negative urine cultures were present in 64.5% of both patients' groups. The control group showed no bacteria in urine. The positive cultures in patients (35.5%) were indicating UTIs with a significant relation with the type of renal disease (P=0.042). UTIs seemed to be related with gender (P=0.044). The bacterial growth included the following isolates : E. coli (54.55%), Pseudomonas aeruginosa (22.73%), Klebsiella pneumoniae (9.09%), Proteus mirabilis (9.09%) and Morganella morganii in one case only (4.55%). The bacterial isolates were different in their sensitivity to antibiotics, which included Ceftazidime, Cefteriaxone, Gentamycin, Nalidixic acid, Nitrofurantoin and Trimethoprime).

التحليل لبعض عوامل الضراوة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من مصادر التليف الحوصلي وغير التليف الحوصلي

Author name: ايمان ثامر جار الله
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study concerned with illustration the molecular pattern of virulence genes in P. aeruginosa isolated from cystic fibrosis (CF) and compared them with those of none CF isolates (different nosocomial infections). The study involves the following steps : · Twenty - six isolates of P. aeruginosa were obtained from patients submitted to Baghdad hospitals/Iraq during the period between July 2013 until December 2013. These isolates were distributed as 6 isolates from blood, 4 isolates from urinary tract infections andsputum (for each), 3 isolates from wounds and ear infections (for each), 2 isolates from bronchial wash of patients suffering respiratory tract infection beside 4 isolates from cystic fibrosis patients. · The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar and P. aeruginosa agar then diagnosed by performing some morphological and biochemical tests. The second diagnoses was done by api 20NE system followed by Genotypic diagnoses usingpolymerase chain reaction (PCR) depending on a housekeeping gene rpsl gene (amplified size was 201bp). The results revealed that all the 26 isolates were P. aeruginosa.· Genotypic detection of many virulence factors related to P. aeruginosa was performed using conventional PCR. They included : gene coded for exoenzyme S (exoS, 504bp), exotoxin A (toxA, 352bp), two phospholipases C encoded by (plcH, 307bp) and (plcN,466bp), alginate (algD, 1310bp), (lasB, 300bp), putative silidase (Pseudoaminidase, 1500bp) and Neuraminidase (nan1, 1316bp). · The results revealed that the most frequently gene was exoS when it was detected in 21/26 (80.7%) and distributed between 19 in different clinical source and 4 in CF samples. For toxA the rate was 19/26 (73%) and all CF isolates were positive to this gene as with exoS. The percentage of other genes were, plcH 13/26 (50%), plcN 18/26 (69.2%), algD17/26 (65.3%) {All CF isolates were positive}. For lasB gene it was detected in 8/26 (30.7%), sialidase (Pseudoaminidase) in 4/26 (15.38%) isolate, one of source was CF and the others distributed between bronchial wash and ear infections. The last gene was nan1 and only one CF isolate 1/26 (3.8%) harbored this gene.· DNA sequencing and phylogenic analysis for exoS, toxA, plcH, algD, nan1 and sialidase (Pseudoaminidase) genes were done using Pairwise alignment and Tamura - Nei genetic destine model, UPGMA (Un weighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) tree build, respectively. Results of DNA sequencing for exoS and toxA genes revealed that most isolates display different point mutation as compared with the NCBI data. Point mutation type transversion was detected in residue no. 17 base 52 in P. aeruginosa exoSBW1 isolated from bronchial wash causes alteration of Thyamine to Adenine and conversion of Leucine residue to Glutamine. Another point mutation type transition occured in exoSB1, exoSU1 and exoSCyF1 in residue no. 18 base 55 when Guanine converted to Adenine cause conversion of Serine residue to Asparagine. P. aeruginosa exoSB3 and exoS CyF2 isolated from blood and cystic fibrosis, respectively, showed high similarity made them segregate within the same group or clone, while exoSU2 and U3 were within the same clone but neither with exoS U1 nor U4. · Another point mutation was detected in P. aeruginosa toxA CyF2, when nitrogen base Guanine no. 36 residue 12 was changed to Adenine causes conversion of Arginine to Histidin. Also mutation occur in toxA - CyF1, 2, 3, 4, toxA U1, 2, 3, 4 and toxA BI, BW1 whennitrogen base Adenine no. 132 residue 44 was converted to Guanine causes the conversion of Threonine to Alanine. Such difference may explain the diversity of virulence in some isolates.· DNA analysis for plcH was performed to amplified fragment related to CyF3. The identity of Pairwise alignment with the origin gene related to NCBI was 100% and no mutation was detected. · For algD, result revealed that a point mutations were detected in many residuse but the interest finding is that all of these mutations were silent specially in CyF2, since it didn’t change amino acid sequence, while the mutation that was delectated in P. aeruginosa algD Ear1 causes alteration in amino acid sequence when nitrogen base Guanine no. 388 residue 130 was converted to Adenine thus the conversion of Glycine to serine. The percentage of Pairwise identity was 95.4% which represent the percentage of identical residues in the alignment including gap and non gap residues .· For nan1 gene, many mutations were noticed in this amplified fragment but some of them were silent while others were defective cause alteration in frame translation in many residues. · DNA sequence for silidase (Pseudoaminidase) gene related to P. aeruginosa CyF3 and Pairwise alignment for this gene was performed (forward and reverse sequences data). The data was compared with control obtained from NCBI gene bank. The identity was 82% with some gaps occur in identity due to differences in base pair sequence as a result from changing some nitrogen bases. Most of these mutation were silent mutation after translated to amino acid. Others were not.· From all above results, it could be said that some isolates displayed highly virulence pattern specially in CF isolates as compared with non - CF isolates. P. aeruginosa was unique in harboring all the detected virulence genes and most of them were mutant.

دراسة تجريبية على زراعة الخلايا الجذعية الجنينية للبائن في الاوساط الزرعية == EXPERIMENTAL STUDY ON CULTURE OF MAMMALIAN EMBRYONIC STEM CELLS

Author name: انتصار نعمان وحيد العزاوي
Supervisor name: محمود حياوي حماش
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم في هذه الدراسة انجاز طريقة ناجحة لزراعة الخلايا الجذعية الجنينية (Embryonic stem cells) بالاعتماد على موارد محدودة ومتوفرة وباستعمال تقنية زرع بسيطة. طريقتنا هذه تجيز باشتقاق الخلايا الجذعية الجنينية من كتلة الخلايا الداخلية (Inner cell mass) لاريمة (Blastocyst ) الفار من سلالة (Balb - C)المزروعة خارج الجسم الحي وذلك بدون الحاجة الى استئصال المبيض، او استخدام الجراحة المناعية لكتلة الخلايا الداخلية ، او استخدام الوسط الزرعي المكيف، او اضافة العامل المثبط للتمايز (العامل المثبط للوكيميا) ، لكن تمت فقط زراعة واستنبات الاريمة بوجود الطبقة المغذية(Feeder layer) المثبطة الانقسام ( الخلايا الجنينية الليفية المعاملة بمادة ميتومايسين (C) (10 مايكروغرام/ امل ( 2 ساعة) لتثبيط انقسام الخلايا المغذية وتوقف توالدها ).و الطبقة المغذية اساسية وضرورية لدعم نمو وديمومة استمرار حالة عدم التمايز في الخلايا الجذعية الجنينية، حيث في حالة نمو هذه الخلايا بدون وجود الطبقة المغذية يحدث التمايز مباشرة في الخلايا الملتصقة بالركيزة. ان وجود هذه الطبقات المغذية مع الدقة في عملية الزرع وبوجود وسط زرعي عالي النقاوة مع مصل يؤثر على ادامة النمط الظاهري الجنيني للخلايا المزروعة، بصورة خاصة في المحافظة على قابلية تمايز عالية.تبقى هذه الخلايا الجذعية الجنينية محافظة على حالة عدم التمايز خلال عمليات الزرع الثانوية المتواصلة ولعدة اشهر ، مع استمرارية اظهارها للمواد السطحية المعلمة للخلية ( الفوسفاتاز القاعدي ). تكون الخلايا الجذعية الجنينية التي لها القدرة على تكوين اي خلية او نسيج من الجسم ، صغيرة الحجم لها نواة كبيرة وسايتوبلازم قليل، والنواة حاوية على واحد او اكثر من التراكيب النوية الغامقة والواضحة، وتتجمع هذه الخلايا خلال المراحل المبكرة من عمليات الزرع الثانوي وتلتصق مع بعضها باحكام مكونة مجاميع صغيرة ، حيث من الصعوبة تمييز المكونات المفردة للخلايا ، في حين تكون في المراحل المتاخرة من عمليات الزرع الثانوي على شكل مستعمرات منبسطة ومنتشرة ، لكن الخلايا لا تزال ملتصقة مع بعضها البعض ، مما يتعذر رؤية وتميز الخلايا المفردة . هذا النمط من النمو هو صفة مميزة للخلايا الجذعية بالرغم من ان المستعمرات قد تظهر بشكل قليل الانتظام. ان زرع الخلايا الجذعية الجنينية لا بد ان يكون بكثافة عالية نسبيا وذلك لضمان الحصول على معدل نمو عالي ولاجل الحد من حدوث التمايز التلقائي للخلايا. ان ابناء مثل هذه الخلايا المفيدة التي لها صفتان مميزتان اساسيتان ، الاولى : - هي التغلب على الالية الداخلية التي تحد من مضاعفة ( استنساخ) الخلايا. الثانية : - تبقى قابلية هذه الخلايا ولمختلف مراحل عمليات الزرع الثانوية على اظهار النمط الظاهري لمجاميع خلايا الاسلاف التي انحدرت او انشقت منها مستقرة ، هذا يعني امتلاك القدرة التي تسبب التمايز الى انواع الخلايا المنحدرة من الطبقات الجرثومية الاولية للجنين، (الادمة الباطنةendoderm ، الطبقة المتوسطة mesoderm، والادمة الخارجيةectoderm ) كل هذا يجعل الخلايا الجذعية الجنينية فريدة النوع وهذه القابلية تعرف بالامكانية المتعددة ( pluripotency).تكون انواع الخلايا التي تظهر بعد استنبات الاريمة لمدة طويلة بوجود الطبقة المغذية وبدون زرع ثانوي كما ياتي : - - خلايا الارومة الاغتذائية - الخلايا الليفية - خلايا الادمة الباطنة - تراكيب شبيهة بالانبوبية - وخلايا شبيهة بالعصبية. تم استخدام المجهر الاليكتروني الماسح والمجهر المقلوب لدراسة الاحداث المورفوجينية التي تحدث خلال نمو اريمة الفار وتطور نمو المرحلة المبكرة لاسطوانة البيضة خارج الجسم الحي . فبعد تحرر الاريمة من الطبقة الشفافةZona pellucida والتصاقها بالركيزة التي تغطي سطح وعاء الزرع، فان جوف الاريمة يبدا بالانكماش اثناء انتشار وهجرة الارومة الاغتذائية الجدارية الى الخارج. في هذه المرحلة تكون كتلة الخلايا الداخلية مغطاة بخلايا الادمة الباطنة من جهة جوف الاريمة ، وبخلايا الارومة الاغتذائية القطبية من الجانب الوسطي. تكون كتلة الخلايا الداخلية عند نموها خارج الجسم الحي محاطة كليا بخلايا الادمة الباطنة بينما عند نموها داخل الجسم الحي فان خلايا الادمة الباطنة تكون فقط في الجانب المعرض لسائل جوف الاريمة . وبسبب تكاثر خلايا الارومة الباطنة التي تغطي كتلة الخلايا الداخلة، وبوجود الركيزة وقلة الحيز بسبب جوف الاريمة المنكمش فان كتلة الخلايا الداخلية طبيعيا يحد من الامتداد نحو الاسفل ، لذا فهي تهاجر وتبرز الى الاعلى الى الوسط الزرعي من خلال شق يحدث بين الارومة الاغتذائية الجدارية والقطبية. تستمر خلايا الارومة الاغتذائية القطبية المواجهة لقاعدة اسطوانة البيضةegg - cylinder في تكاثرها مكونة المخروط المشيمي الخارجيectoplacental cone . وحتى هذه المرحلة فان اسطوانة البيضة التي ينقصها حاجز الارومة الاغتذائية تقوم بعكس نمط نموها من اتجاه سطح وعاء الزرع الى موقع اعلى وبارز. ان نمو اسطوانة البيضة خارج الجسم الحي من كتلة الخلايا الداخلية وخلايا الارومة الاغتذائية القطبية مطابق كليا لما يحدث عند النمو داخل الجسم الحي . وقد حصل في هذه الدراسة نمو لتوام الزيجة خارج الجسم الحي من اريمة الفار ، قبل الالتصاق بسطح وعاء الزرع . حيث تبدا كتلة الخلايا الداخلية داخل غشاء الطبقة الشفافة بالتكاثر في جزئين وبعدها تنقسم الى قسمين ، وكل قسم من هذه الاقسام يكون حاويا خلايا ذات الفعالية الكامنة . بعد تحرر والتصاق الاريمة على الركيزة ينتج تكون اسطوانتي بيضة يتشاركان بمخروط مشيمي خارجي واحد. بصورة عامة عند تكون اسطوانات البيضة، يجد انها تشتمل على الادمة الخارجية في الداخل والادمة الباطنة في الخارج . ان الادمة الخارجية تلعب دورا مهم في النمو اللاحق للجنين داخل الجسم الحي ، حيث هذه الطبقة، هي سلف للطبقات الجنينية الاولية،( الادمة الباطنة، الطبقة المتوسطة، الادمة الخارجية ) وهذه الطبقات جميعها تكون مصدر لكل انسجة الجسم البالغ . ان زرع الخلايا الجذعية الجنينية التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة هو مشتق من كتلة الخلايا الداخلية بعد سبعة ايام من الزرع ، وكذلك من كتلتي الخلايا الداخلية لاريمة تؤام الزيجة . ان قدرة الخلايا الجذعية الجنينية على تحوير نموها وتمايزها لتكوين مختلف خلايا وانسجة الجسم البالغ تتضح من قابليتها على التمايز التلقائي خارج الجسم الحي بواسطة تكتلها او تجمعها، وذلك من خلال 2 - 3 يوم من الزرع المعلق لهذه الخلايا، والتي تكون الاجسام الجنينية والتي تشتمل على الادمة الباطنة والصفيحة القاعدية والادمة الخارجية، ان هذه الاجسام مشابهة للاجنة في مرحلة اسطوانة البيضة. وبعد خمسة ايام من الزرع المعلق يظهر في بعض الاجسام الجنينية الكبيرة وجود الهيموكلوبين الجنيني في مجاميع الخلايا الدموية المحاطة بطبقتين في الادمة الباطنة بما يشبه الكيس المحي الحشوي لجنين ما بعد الغرس. استحوذ موضوع الحصول على خلايا جذعية جنينية متعددة الفعالية وكاملة الامكانية، من المراحل المبكرة لاجنة اللبائن على اهتمام مختلف الاوساط ووسائل الاعلام وذلك للاسباب التالية : - 1) الاستنبات الناجح للخلايا الجذعية الجنينية خارج الجسم الحي، امكانيتها غير محدودة على التكاثر غير المتمايز خارج الجسم الحي. 2) الامكانية الطبية باستخدام هذه الخلايا في معالجة تعويض الانسجة ، وقد تم هنا استخدام الخلايا الجذعية الجنينية المشتقة من الفئران كنموذج حيواني مناسب | A successful method of culturing embryonic stem (ES) cells have been achieved in this study depending on the limited available resources and by a simple culture technique .This method permits ES cells culture to be derived in vitro from the inner cell mass ( ICM) of explanted mouse blastocysts of strain : Balb - C without the use of ovariectomy; immunosurgery of the ICM, conditioned medium and differentiation inhibitory factor (DIF)\Leukaemia inhibitory factor (LIF), but only cultivation of blastocysts in the presence of mitotically inactivated feeder layer [ embryonic fibroblast cells treated with mitomycin - C, 10 g\ ml (2hr) for inactivated feeder cells and arrest their proliferation]. The feeder layer are necessary and essential to support the growth and maintenance of undifferentiated state of ES cells, when these cells are grown without feeder layer, immediate differentiation takes place in the substrate attached cells. These feeder layers together with careful culture in high quality medium and serum acts to prolong the embryonic phenotype of the cell culture, specifically in terms of maintaining a high differentiation ability.These ES cells remains both undifferentiated in continuos passage for several months and expresses the cell surface marker ( Alkaline phosphatase) for different passages . Pluripotential ES cells are typically small, have a large nucleus and minimal cytoplasm, and the nuclei contain one or more prominent dark nucleoli structures. The cells in early passages pack tightly together in small nests in which it is difficult to discren the individual component cells, while in latter passages these ES cells colony are spread and flattened and the constituent cells also adhere tightly to one another, making it difficult to see individual cells. This growth pattern is characteristic of stem cells, although colonies may appear less regularly shaped. The ES cell culture should be maintained a relatively high densities to ensure maximal growth rate in order to minimize spontaneous differentiation. Establishment of such useful cells has two basic characteristics. First, the endogenous machinery that limits cell replication is overcomed. Second, these cells for different passage is stable express the phenotype of the population of progenitors from which it was derived, that’s mean, the ability to give rise to differentiated cell types that are derived from all primary germ layers of the embryo, endoderm , mesoderm, and ectoderm - is what make ES cell unique, and this ability is known as a "pluripotency".Differentiated cell types which appeared after prolonged cultivation of blastocyst on feeder layer without passage are trophoblast cells, fibroblast cells; endodermal cells; tubular - like structures; neuron - like cells.Correlative scanning electron, and inverted microscopy were utilized to study the morphogenic events occurring during mouse blastocyst outgrowth and early –egg - cylinders development in vitro. After hatching from Zona pellucida ( Z.P.) and attachment of blastocysts on the substrate coated plate surface, the blastocoelics cavity collapses as the mural trophoblasts spread and migrate outward . The inner cell mass is covered with a differentiated endoderm on the blastocoelic cavity side and by the polar trophoblasts on the medium side at this stage . The inner cell mass in vitro becomes completely surrounded with endodermal cells while the endoderm develops in vivo only on the side exposed to blastocoelic fluid . As the endoderm covered inner cell mass proliferates , being physically restricted from further downward expansion by the substrate and by the lack of space in the collapsed blastocoelic cavity , it migrates upward and protrudes into the culture medium in a break between the polar and mural trophoblast cells . Polar trophoblast cells apposed to the base of the egg cylinder continue to proliferate forming the ectoplacental cone. Thus , the early egg cylinder lacking a trophoblast barrier beings inverting its growth pattern from towards the culture plate surface to amore upright position. Egg - cylinder development in vitro from the inner cell mass and polar trophoblast cells closely paralleled in vivo. Monozygotic twins developed in vitro from (murine) mouse blastocysts, before attachment to culture plate surface. The inner cell mass became proliferated into two parts and then subdivided in side the Z.P., and each subdivision apparently incorporated totipotent cells. After hatching and attachment of this blastocyst on the substrate, resulting in the formation of two egg - cylinders sharing the same ectoplancental cone. In general, as the egg - cylindars was formed, it was found to compose of ectoderm to the inside and endoderm on the outside. In vivo the primitive ectoderm plays a pivotal role in the further development of the embryo, since that it is the progenital of three primary embryonic layers, the ectoderm, mesoderm and endoderm, which collectively are the source of all tissue of the adult body. Our ES cell culture was derived from the ICM of seven days culture and from the two ICMs of the blastocyst - derived monozygotic twin. The pluripotency of ES cells demonstrate their ability to spontaneously differentiate in vitro via aggregation, that from 2 - 3 day of suspension culture in non - adhesive dish the cells form embryoid bodies (EBs) with endoderm, basal lamina and ectoderm. They are morphologically similar to embryos of the egg - cylinder stage. From 5 days of culture some of EBs expand into large cystic structures containing embryonic haemoglobin’s of blood islend cells surrounded by two endothelial layers, this result suggest the identification of cystic EB as visceral yolk sac, of the postimplantation embryo. Pluripotent ES cells are derived from totipotent cells of early mammalian embryo are currently in the news for three reasons : the successful cultivation of ES cells in vitro; their capability of unlimited, undifferentiated proliferation in vitro and the potential medical use of these cells for tissue replacement therapy, in this work ,mice ES cells were used as suitable animal model.Self - renewing, totipotent - pluripotent ES cells may provide a virtually unlimited donor source for transplantation. A protocol that permits the in vitro generation of neural precursors from ES cells was devised. This study described conditions to induce differentiation of ES cells reliably and at high efficiency into neural pathway. A prerequisite is to treat early developing ES cell derived aggregates and simple EBs with mouse embryonic brain extract for a precise period of time. Embryonic brain extract here circumvent the need of growth factors. In vitro, treatment with brain extract resulted in the subsequent appearance of neural - like cells after subcultured treated cells. In vivo after dissociation of these cells into a single cell suspension they were stereotaxically transplanted into the brain of recipient adult mice. Results show that ES cell derived neural precursors interact with host tissue and migrated for variable distances of different region of the brain after replace damaged cells at the site of transplantation. Thus, brain extract serves here as a crude source of neurotrophic factors for the induction of ES cells to neuronal pathway, in which ES cells can serve as a valuable source of cell type - specific somatic precursors for neural transplantation.HRP - histochemical marker was introduced into culture medium for marking ES cells in vitro and in vivo to allowed for precise determination of the fate of the transplanted ES cells and their proliferation, migration and differentiation in side the brain. Evaluation of long - term experiments showed viable grafts with a stable HRP - marker expression and proved no signs of tumour growth or non - neural tissue in the transplant recipients

التغيرات الفسلجية المرضية للجهاز المناعي في مرضى سرطان الثدي عند النساء == Physiological changes In immune system in female breast cancer

Author name: امين احمد احمد ثابت
Supervisor name: بدر محمد عباس العزاوي | هيثم عزت باقر
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Physiology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هذه الدراسة تبحث في تغيرات الفسلجة المرضية للجهاز المناعي عند الاناث المصابات بسرطان الثدي الخبيث اللاتي شخص حديثا بهن المرض ولم يتعاطين العلاج بعد اللائي ترددن على مستشفى السرطان والطب النووي في بغداد ومختبرات الصحة العامة المركزي . وقد تضمنت هذه الدراسة عدد (80) امراة , حيث كانت هناك ( 4 ) حالات فقط في المرحلة الاولى من المرضى , (32) حالة في المرحلة الثانية , (31) حالة في المرحلة الثالثة , (13) حالة كانت في المرحلة الرابعة من مرض سرطان الثدي .مستويات الواسمات الورمية المختلفة كانت قد قدرت, الواسم CA15 - 3 كان قد حددت قيمته , واظهر حساسية تقدر بـ ( 5ر27%) وتخصيصية تقدر با (8ر95%) في سرطان الثدي المعرف وكذلك في المراحل المختلفة من المرض , النتائج لهذه الدراسة كشفت عدم وجود اختلافات معنوية في مستوى CA15 - 3 في مصل المصابات بحالات ورم الثدي الحميد مقارنة بالنساء المصابات بسرطان الثدي - المرحلة الاولى ( 0.164 <P ) بينما مستوى CA15 - 3 من مصل المريضات بسرطان الثدي من المرحلتين الثالثة والرابعة كانتا اكثر ارتفاعا , وهناك ظهرت الاختلافات المعنوية القائمة بالمقارنة مع المصابين بسرطان الثدي من الدرجة الاولى والثانية ( 0.001<P) .المستضد الورمي الجنيني CEA كان اقل قدرة ادائية حيث كان ذات حساسية تقدر بـ20% وتخصصية 7ر93% من ناحية ثانية , عبر ضم هذين الواسمين خلق مدى افضل للاداء او الانجاز .مولدات مضادات الورمية اخرى اختبرت وكان لها اجمالي الدقة accuracy over all منخفضة والذي جعل استخدامها محدود في عملية تشخيص سرطان الثدي .مستويات Beta 2 microglobulin اظهرت اختلاف معنوي بين مجموعة السيطرة الاصحاء والمرضى بسرطان الثدي في المراحل المختلفة ( 0.001 >P) فوق ذلك , كانت هناك اختلافات معنوية ( 0.001 >P) بين مجموعة السيطرة الاصحاء واولئك من كانوا في المرحلة الاولى من المرضى , عبر ضم هذه الواسمات قد لوحظ تحسين افضل في الكشف عن سرطان الثدي .مستوى Ceruloplamin هو واحد من Acute phase reactant proteins , اظهر عدم وجود فروقات معنوية بين النساء السليمات وتلك المصابات بسرطان الثدي حتى المرحلة الثالثة ( P=0.269) الاختلاف كان معنوي فقط بعد الاخذ في الاعتبار المرحلة الرابعة من المرضى ( 0.002 >P) وهو المؤشر للزيادة الرئيسية الظاهرة في مستوى Ceruloplasminعند المرضى الذين كانوا في مرحلة متاخرة من الورم الخبيث .كما وقد لاحظنا ان عدد CD+ 4 cells يتناقص مع تقدم المرض ليصل الى اقل قيمة عند المرحلة الرابعة من المرض .من ناحية اخرى , التحليل الاحصائي اظهر اختلافات معنوية بين المراحل المدروسة من المرضى ( P=0.718 - 0.065 ) حيث لم تكن هناك فروقات معنوية حتى الوصول الى المرحلة الرابعة ( P=0.013) مشيرا الى ان اقصى درجة التدمير لهذه الخلايا كانت واضحة في هذه المرحلة . من جانب اخر CD8 cells اتخذت كليا التفاعل العكسي , تبدا الاقل انخفاضا عند المراحل المبكرة من المرض حتى تصل الى اعلى مستوى عند المرحلة الرابعة .مستويات Interleukines المعتمدة, كان متوسط IL - 1α في مصل مجموعة السيطرة الاصحاء اقل من الحد المعرف به في الـ Kit . خلال التحليل الاحصائي ظهرت علامة اختلاف معنوي بين المرضى في المراحل المختلفة من المرض ( P=0.032 ) . معظم القراءات كانت في اطار المستويات غير الحد المعرف به والمستوى المرتفع المفاجيء كان عند عدد قليل من المرضى نتجت في هذه الاختلافات .من جانب اخر , اظهر التحليل الاحصائي زيادة معنوية في مستويات IL - 4 بين النساء السليمات والمصابات بسرطان الثدي عند المراحل المختلفة من المرض ( 0.001>P) .تركيز IL - 6 في المصل كان ذات ارتفاع معنوي عند المصابات بسرطان الثدي مقارنة بالنساء السليمات (0.001>P) . متوسط مستويات IL - 6 المصلي كان يقارب الثلاثة اضعاف ارتفاعا عما هو عند مرضى سرطان الثدي المنتقل metastatic breast cancer ( المرحلة الرابعة ) كما قورن مع اولئك الذين كانوا في المرحلة المبكرة من المرض ( المرحلة الاولى ) , والمقدرة على التوالي بـ ( 24.02 pg/ml versus 8.45pg/ml) .كما وقد كان هناك تقدما في الزيادة المعلمة في متوسط مستوى IL - 8 في اطار المراحل المختلفة من المرض ( P=0.025) , مع ذلك العامل المنكرر في كل نتيجة على حدة متمثلا في ارتفاع مستوى القراءات , بما فيها المرحلة الرابعة من المرض .بالمثل لمستويات Immunoglobulins في المصل , كانت هناك زيادة طفيفة في مستويات المصل عند المصابات بالسرطان , والتي قد ظهرت متجاوزة قليلا عنها مما هي عند السليمات , ولكن في هذه الزيادة لم تكن هناك فروقات معنوية مميزة في كل اختبارات ذات الانماط المتساوية . | This study investigated some physiological changes of the immune system in females with malignant breast cancer that were newly diagnosed and untreated, attending The Oncology and Nuclear Medicine Hospital in Baghdad and the Central Public Health Laboratories. Of the 80 females included, only four were in stage I of the disease, 32 in stage II, 31 in stage III, and 13 in stage IV. Different tumor markers levels were evaluated in those patients. CA 15 - 3 was assessed. It showed a sensitivity of 27.5% and a specificty of 95.8% in detecting breast cancer and at different stages of the disease. The results of the study revealed no statistically significant difference in the level of CA 15 - 3 in serum of patients with benign breast conditions compared with patients with a breast cancer of stage I (p>0.164). However, serum CA 15 - 3 level in patients with a breast cancer of stages III and IV, was considerably higher and there was a significant difference as compared with patients with a breast cancer of grades I and II (p < 0.001). Carcinoembryonic antigen had lesser performance capabilites. It had a sensitivity of 20% and a specificty of 93.7%. However, by combining these two parameters better performance indices were achieved.Other tumor markers tested had low over all accuracy that limited their use in breast cancer diagnosis.Beta 2 microglobulin levels showed significant difference among the healthy control group and patients with breast cancer at different stages (P<0.001). Moreover, there was a significant difference (P<0.001) between healthy control and stage I of the disease. By combing this parameter, further improvement in detecting breast cancer could be noticed.Ceruloplasmin level, one of the acute phase reactant proteins, showed no statistically significant changes among healthy control persons and patients with breast cancer up to stage III (P=0.269). The difference was only significant after considering stage IV of the disease (P<0.002), indicating that the major increase in ceruloplasmin level occurs in patients who are at advanced stage of malignancy.We observed that the number of CD4 cells decreases with the progress of the disease reaching its lowest value at stage IV patients. However, statistical analysis showed that the differences between the studied stages (P=0.718 - 0.065) were of no statistical significance till reaching stage IV (P=0.013) indicating that the maximum reduction was in this stage. On the other hand CD8 cells follow totally opposite reaction, being lowest at early stages of the disease reaching its highest level at stage IV. Concerning interleukines levels, mean serum level of IL - 1alpha in the healthy control group was below the detection limit of the kit. Though statistical analysis showed significant difference between patients in different stages of the disease (P=0.032), most of the readings were within the undetectable levels and the occasional high level in few patients resulted in these differences.On the other hand, Statistical analysis shows significant increase in the levels of IL - 4 in patints with breast cancer at different stages of the disease in compare with healthy control group (p<0.0001).Serum IL - 6 concentration was significantly higher in patients with breast cancer compared with healthy controls (P < 0.0001). Mean IL - 6 serum levels were nearly 3 times higher in patients with metastatic breast cancer (stage IV) as compared with those with early disease (stage I) (24.02 pg/mL versus 8.45 pg/mL, respectively).There is progressive significant increase in the mean of IL - 8 level within the stages of the disease (P=0.025), though the main contributory factor in sucha result is the high level within stage IV.As for serum levels of immunoglobulins, a slight increase in the serum levels in patients with cancer appeared exceeding a little those of the healthy control but this increase was not significant in all isotypes tested.

دراسة مقارنة بين تشظي DNA النطف والموت الخلوي المبرمج لبيوت الطاقة وعلاقتهما بعوامل العقم الذكري == A comparative study between sperm DNA fragmentation and mitochondrial apoptosis correlated to male infertility factors

Author name: الاء محمد ياسين
Supervisor name: عبد الامير ناصر غلوب | محمد باقر محمد رشاد فخر الدين
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعتبر بيوت الطاقة ((mitochondria والحمض النووي الرايبوزي منقوص الاوكسجين (DNA) للنطف عوامل تنبؤ اساسية لحيوية النطفة المسؤولة عن نجاح الحمل سواء كان بالطريقة الطبيعية او عن طريق التقنيات المساعدة للانجابART) ) . لذلك هدفت هذه الدراسة لتقييم الموت الخلوي المبرمج لمايتوكوندريا النطفSperm mitochondrial apoptosis) SMA ) وتشظي المادة النووية للنطف SDF((Sperm DNA fragmentation. ثم تحديد العلاقة بينهما وبين عوامل العقم الذكري للسائل المنوي, وايضا ايجاد العلاقة بين نتائج فحص Acridinie orange (AO) وفحص الموت الخلوي المبرمج لمايتوكوندريا النطف (SMA). اجري تحليل السائل المنوي ل (85) ذكر, وكان عدد الذكور من ذوي نوع العقم الاولي (52) , ومتوسط اعمارهم (1.42± 32.13) سنة , وعدد الذكور من ذوي العقم الثانوي (33) , وبمعدل عمري قدره (1.85± 35.22) سنة , تم تقسيم الذكور الى عدة مجاميع على اساس عوامل العقم الذكري لسائلهم المنوي حسب معايير منظمة الصحة العالمية لعام (2010) عدا شكل النطف تم حسابه اعتمادا عى معايير منظمة الصحة (WHO) لسنة (1999). ايضا تم اجراء فحص الموت الخلوي المبرمج للمايتوكوندريا (SMA) لجميع الذكور بواسطة عدة تصبيغ المايتوكوندريا , وفحص تشظي المادة الوراثية بواسطة فحص (AO) وفحصت خلايا النطف المصبغة بواسطة (Fluorescent Microscope). اظهرت نتائج هذه الدراسة زيادة معنوية في الموت الخلوي المبرمج لمايتوكوندريا النطف (SMA) بطيئة الحركة التقدمية (Asthenozoospermia), وحالات النطف قليلة العدد وبطيئة الحركة التقدمية (Oligozasthenozoospermia), وحالات النطف قليلة العدد بطيئة الحركة التقدمية ومشوهة الشكل (Oligozasthenoteratozoospermia), بينما اظهر الذكور ذوي السائل المنوي طبيعي النطف والذكور ذوي النطف بطيئة الحركة التقدمية مشوهة الشكل (Asthenoteratozoospermia) والذكور ذوي حالات النطف قليلة العدد مشوهة الشكل زيادة غير معنوية (P>0.05) في نسبة (SMA) بالمقارنة مع المجاميع الاخرى. بالاضافة الى ذلك, اظهرت هذه الدراسة علاقة سلبية معنوية (P<0.05; r= - 0.94) بين الحركة التقدمية الكلية وبين نتائج فحص (SMA) في مجموعة الذكور ذوي النطف المشوهة (Teratozoospermia) , بينما كانت العلاقة سلبية غير معنوية(P>0.05) بين الصفات اعلاه مع تشظي المادة النووية (SDF) . اضافة الى ذلك اظهرت الدراسة الحالية ان الموت الخلوي المبرمج وتشظي المادة النووية كان باعلى النسب في حالات العقم الذكري التي يشترك فيها عامل عقم بطئ الحركة التقدمية. ايضا, تم ملاحظة اختلافات غير معنوية (P>0.05) في تشظي المادة النووية بين مجاميع عوامل العقم الذكري. على اية حال, كان التشظي في اعلى مستوياته عند الذكور ذوي قلة عدد النطف مع بطئ الحركة التقدمية لها, يليها نسبة اقل من (SDF) في الذكور ذوي النطف بطيئة الحركة التقدمية, بينما ظهرت اقل نسبة من (SDF) في الذكور ذوي السائل المنوي الطبيعي (Normozoospermia). استنتجنا من هذه الدراسة ان لفحص الموت الخلوي المبرمج لبيوت الطاقة لخلية النطفة دور مهم في بيان العقم الذكري . اضافة الى ذلك, ان لكلا الفحصين (SMA and SDF ) اهمية تنبا للمرضى ذوي عامل عقم بطئ الحركة التقدمية سواء كان لوحده او مرتبطا مع عوامل العقم الذكري الاخرى. | Sperm mitochondria and sperm DNA considered essential factors to prediction of sperm viability, which is responsible for successful pregnancy in natural way or in assisted reproductive techniques. Therefore, this work aimed to evaluate the sperm mitochondrial apoptosis (SMA) and DNA integrity for infertile patients, then to assess correlation between semen parameters with both SMA and sperm DNA fragmentation (SDF), also to assume the correlation between results of SMA test and acridine orange test. Seminal fluid analysis was performed for (85) male, the number of primary infertile men were (52) with average age (32.13 ± 1.42) year, and number of secondary infertile men were (33) with an average age (35.22 ± 1.85) yearAll patients were classified into several groups according to the male infertility factors according to WHO (2010) criteria with exception for the morphology that assessed according to WHO (1999). Also, the other two tests including SMA and SDF were performed for all infertile patients. SMA was assessed by mito - capture kit assay and the SDF assessed by Acridine Orange (AO) by using of fluorescent Microscope. The results of the present study showed a significant difference (P< 0.05) in SMA assay for asthenozoospermia, oligoasthenozoospermia and oligoasthenoteratozoospermia as compared with teratozoospermia, while normozoospermia, asthenoteratozoospermia, and oligoteratozoospermia had non significant differences (P > 0.05) in SMA (%) as compared with the other groups. Moreover, a significant negative correlation (P<0.05; r= - 0.94) assessed between total progressive motility (TPM) and SMA in Teratozoospermia, while it was negative non significant (P< 0.05) correlation with SDF. Also, this study showed that SMA and SDF were in the higher percentages in males who shares asthenozoospermia male infertility factor. Non significant differences (P>0.05) had been observed among groups of male infertility factors for sperm DNA fragmentation. However, SDF was in the maximum value for male with oligoasthenozoospermia, followed by asthenozoospermia. In contrast, minimum value was assessed in group normozoospermia males. A significant increment has been observed for secondary infertility as compared to primary infertility in sperm concentration, sperm progressive motility (%), sperm normal morphology (%), and total sperm motility (%). Additionally, this study showed that SMA and SDF were in higher values in cases that shares asthenozoospermia. From the results of the present study, it was concluded that the sperm mitochondrial apoptosis assay (SMA) has an important role in investigation of male infertility. Furthermore, both SMA and DFI assays have predictive value for patients with asthenozoospermia either alone or combined with other male infertility factors.

تاثير بعض المحفزات الكيمائية والنانوية في انتاجية بعض مركبات الايض الثانوية من المزارع النسيجية لنبات الاقحوان Calendula officinalis L. == Effect of some chemical and nanoparticle elicitors on the production of secondary metabolites of Calendula officinalis L. In Vitro

Author name: اسيل صالح محمدامين
Supervisor name: هاشم كاظم محمد
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجري هذا البحث الحالي في مختبر زراعة الانسجة النباتية ، قسم علوم الحياة ، كلية العلوم ، الجامعة المستنصرية ، بهدف زيادة انتاج بعض المركبات الثانوية في نبات الاقحوان Calendula officinalis L. خارج الجسم الحي. قدرت مركبات الايض الثانوي بالتحليل الكمي والنوعي باستعمال جهاز كوماتكرافيا السائل ذو الاداء الفائق HPLC وقورنت مع مايحتويه النبات الام. استحث الكالس من الاوراق بعد زراعتها على وسط MS مزود بالتراكيز 0, 1, 2, 3 او 4 ملغم\لتر من 2,4 - D . بينت النتائج ان الوسط الحاوي على 2ملغم\لتر من 2,4 - D اعطى اعلى نسبة مئوية لااستحثاث الكالس بلغت 90% عند التحضين بالضوء, واعطى اعلى وزن طري وجاف للكالس هذه المعاملة 612, 33.8 ملغم على التوالي. وبهدف زيادة المركبات الثانوية اضيفت بعض المحفزات السالسيلك اسيد بتراكيز 0, 50 , 100 , 150 او 200 ملغم\لتر, الفنل النين بتراكيز 0, 10 , 20 , 30 او 40 ملغم\لتر ونترات الفضة النانوية AgNO3 بتراكيز 0, 0.3 , 0.6 , 0.9 او 1.2 ملغم\لتر. اظهرت النتائج ان التركيز 200 ملغم\لترمن السالسيلك اسيد وتركيز 20 ملغم\لتر من الفنيل النين اعطى زيادة معنوية في اغلب مركبات الزيوت الطيارة لنبات الاقحوان بينما اعطى تركيز 1.2 ملغم\لتر من نترات الفضة النانوية زيادة معنوية في جميع مركبات الزيوت الطيارة لنبات الاقحوان. | The present study was conducted in the laboratory of plant tissue culture, Department of Biology, College of Science, University of Al - Mustansiriyah, in order to increase the production of some secondary metabolic compounds in leave of Calendula officinalis L. in vitro. Secondary metabolites were estimated quantitatively and qualitatively using high performance liquid chromatography HPLC and compared with those in the mother plant. Callus was induced from leaf explants and cultured on MS medium containing different concentrations of growth regulators including 2,4 - Dichlorophenoxy acetic acid 2,4 - D at the concentrations 0, 1, 2, 3 or 4 mg/l. Results showed that the medium containing 2 mg/l of 2, 4 - D gave the highest percentage of callus induction reached 90 % under light conditions, the highest fresh and dry weight were recorded 612, 33.8 mg respectively. In order to increase the production of secondary metabolites, some elicitors were used including Salicylic acid at the concentrations 0, 50, 100, 150 or 200 mg/l, phenyl alanine at the concentrations 0, 10, 20, 30 or 40 mg/l, and silver nanoparticles AgNO3 at the concentrations 0, 0.3, 0.6, 0.9 or 1.2 mg/l. Results showed that 200 mg/l concentration of Salicylic acid and 20 mg/l concentration of phenyl alanine caused highly significant production in most of the secondary metabolites (essential oils) of C. officinalis L. while 1.2 mg/l of silver nitrate nanoparticles AgNO3 caused

التحري عن الافلاتوكسين B1 في الذرة والحنطة والرز في بعض مخازن الحبوب في العراق == Detection of Aflatoxin B1 in maize (Zea mays), wheat (Triticum aestivum) and rice (Oryza sativa) collected from some silos in Iraq

Author name: اسماء عبد الحميد عبد المجيد
Supervisor name: حسن محمد بدير | عادل حسين طالب
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Aflatoxins are one of the dangerous mycotoxins, especially aflatoxin B1, causing of cancers disease to humans and animals, also lead to a large Perdition. This toxin is produced from Aspergillus flavus and Aspergillus parasiticus.The current study was conducted to investigate the environmental conditions in the local stores and their impact on pollution with aflatoxin B1, Three Models of economic crops which are corn, wheat and rice samples are collected from the Ministry of Trade and Ministry of Agriculture stores(silos) in the provinces of Baghdad and Wast for six consecutive months started from September 2014 until March 2015, in addition to collection of these crop from the local market to study the relationship between the storage and production of the toxin. Sixty type samples of the three grain crops were collected from the stores, twelve samples of corn and twenty four samples each of wheat and rice, total of samples and three replicates were one hundred eighty planted on the (PDA) medium. Sixty five isolates of A. flavus were obtained from all samples of grains; Preliminary tests for the detection of aflatoxin B1 productivity were done on these isolates, using coconut medium test, ammonia vapor test and Yellow pigment test. The results showed that thirty - six of the isolates were capable of producing aflatoxin B1 while twenty - nine were not produced of producing the toxin. Environmental conditions have affected the growth ratio of the A. flavus in each of the three crops, where corn crop recorded the highest rate of fungal contamination ratio in the six months, it was (80.5%), followed by wheat (32%), and finally by rice (18%). Quantitative and qualitative test for estimation of aflatoxin B1 using ELISA technique was done on grain samples that had positive indicators for the growth of A. flavus. The results showed that the concentration of aflatoxin B1 was at its peak in February compared with other months under study, reached to (46.2, 45.2, 40) ppb, respectively, in each of corn, wheat and rice, while the low concentrations of aflatoxin were recorded in September and October, attained to(19.5,2.2,1.8) ppb in each of corn, wheat and rice respectively. These results are attributed to the rise in humidity rates in February and low temperature off set by low humidity and high temperatures rates in September, which provides environmentally appropriate conditions for the fungus growth and production the toxins. The results also show that corn crop was more affected by the pollution compared with other crops, where the concentration of aflatoxin B1 was 46.2ppb in corn, while in rice crops was concentration of toxin reached to1.8 ppb

عزل طفيلي Blastocystis hominis ، تنميط HLA للمصابين والتثبيط بالمعزز Saccharomyces boulardii == Isolation of Blastocystis hominis , HLA typing of patients and the inhibition by the probiotic Saccharomyces boulardii

Author name: اسراء محمد عبد الخالق الحسن
Supervisor name: سبا طاهر محمد | بتول مطر مهدي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة الحالية (5892) عينة براز، والتي جمعت من مرضى باعمار مختلفة (1 - 70 سنة) لكلا الجنسين ،كانوا يعانون من الم البطن، مغص حاد ، تطبل البطن واسهال. جمعت العينات خلال الفترة الواقعة من ايلول (2013) ولغاية ايلول (2014)، من اربع مستشفيات في بغداد (مستشفى مدينة الطب التعليمي ،مستشفى الامام علي ،مستشفى الكرامة ومستشفى اليرموك التعليمي ) . للتحري عن نسبة الاصابة بطفيلي hominis Blastocystis ، اظهرت نتائج الدراسة الوبائية ان العدد الكلي المصاب بالطفيلي كان (1420) عينة موجبة وبنسبة (24.10%) ، اما نسب الاصابة بالطفيلي في المستشفيات الاربعة (مستشفى مدينة الطب التعليمي ،مستشفى الامام علي ،مستشفى الكرامة ومستشفى اليرموك التعليمي) كانت (51.41 % ، 18.66%،17.61% و12.32% ) على التوالي . واظهر الذكور اعلى عدد ونسبة للاصابة ، حيث بلغت (750) حالة وبنسبة (52.82%) ، اما الاناث فقد بلغت حالات الاصابة (670) حالة وبنسبة (47.18%) وبدون وجود فروق معنوية . وقد كانت اعلى نسبة للاصابة ضمن الفئة العمرية ( 30 - 21 سنة) بنسبة (29.58%) ، بينما كانت اقل نسبة للاصابة ضمن الفئة العمرية (10 - 1 سنة) بنسبة (3.52%). اظهرت الدراسة ان عينات البرازالتي تحتوي على الطفيلي تمتاز بقوام سائل اوشبه سائل ، وتمت دراسة علاقة الطفيلي مع الاصابة بالطفيليات المعوية الاخرى وجاءت النتائج كالاتي (1110) حالة اصابة مفردة لطفيلي Blastocystis hominis وبنسبة ((78.17%، و(310) 21.83%)) حالة اصابة مشتركة مع (6) اجناس مختلفة من الطفيليات المعوية، حيث كانت اجناس الطفيليات كالاتي ( Entamoeba histolytica ،تليها Giardia lamblia ،تليها Cryptosporidium ،تليها Enterobius vermicularis ،تليها Taenia spp.، واخيرا Ascaris lumbricoides ) وبنسبة ( 18.38% ، 2.68%، 0.35 % ،0.21%، %0.14 ،% 0.07) على التوالي. ان الدراسة الحالية سلطت الضوء على تحديد افضل طريقة تصبيغ لتشخيص الطفيلي بالبراز. واظهرت الدراسة ان افضل طريقة تصبيغ هي صبغة السفرانين تليها صبغة الكمزا والايرون هيماتوكسيلين. اما بالنسبة لزراعة الطفيلي لتشخيصه ، فقد كان وسط جونس المحورهو الوسط المناسب مع اجراء بعض التحوير بطريقة الزرع وهو استبدال مصل الحصان بمصل انسان مثبط ،و حضن الطفيلي هوائيا بدرجة ( 37 مئوية). اظهرت النتائج ان اعلى نسبة نموحصلت بعد (24 ساعة) اذ بلغت اعداد الطفيلي (777.75 خلية/ مل)، و(495.62 خلية / مل) بعد (48 ساعة) ، وقد كان الشكل الفجوي هو الشكل الاكثر تواجدا في الوسط . وقد شملت الدراسة الحالية عمل تنميط مستضدات كرية الدم البيضاء البشرية الى (30) شخص عربي عراقي مسلم مشخصين بوجود متلازمة تهيج القولون العصبي ، جميعهم مصابين بطفيلي Bastocystis hominis ، وقد كان (24) منهم ذكور، و(6) اناث ، وباعمار تراوحت بين (53 - 20 سنة) ،هذا بالاضافة الى (30) شخص سليم عربي عراقي مسلم تم اعتبارهم كمجموعة سيطرة ، تكونت من (25) ذكور، و(5) اناث ، وباعمار تراوحت بين ( 55 - 18 سنة) ، وقد وجد ان هناك ميل واستعداد للاصابة بالطفيلي يتطلب اكتساب الاليل HLA - DR B1*03 ،بالاضافة الى اكتساب الاليل HLA - DRB1*14. تم دراسة تاثيرفعالية خميرة Saccharomyces boulardiiكمعززات حيوية على الطفيلي في الفئران المختبرية ومقارنتها مع دواء mitronidazole الذي يستخدم عادة في علاج الطفيليات المعوية ومن ضمنها طفيلي ال hominis Blastocystis. وقد لوحظ هناك انخفاض تدريجي لاعداد الطفيلي في براز الفئران ومنذ اليوم الاول للمعالجة (حيث اختفى الطفيلي عند اليوم الثاني عشر بعد العلاج بخميرة Saccharomyces ، وعند اليوم الثالث عشر بعد العلاج بدواء metronidazole)، وعند حساب الكفاءة العلاجية للخميرة والميترونيدازول ،وجد بان الخميرة كانت ذات كفاءة علاجية عالية اذ بلغت (87.45%) في حين بلغت الكفاءة العلاجية للميترونيدازول (81.36%) . اظهر الفحص المجهري للمقاطع النسيجية الماخوذة من امعاء الفئران المصابة بالطفيلي لمنطقتي الاعور والقولون قدرة الطفيلي على حدوث تغيرات نسيجية تضمنت وجود ترشح خلوي التهابي شديد وحدوث اضرار للغشاء المخاطي. واظهرت خميرة Saccharomyces boulardii فعالية عالية في اصلاح وشفاء الانسجة المتضررة مقارنة بالميترونيدازول الذي اظهر كفاءة اقل في اصلاح وعودة النسيج الى هيكله الطبيعي. | The present study included (5892) stool sample , which were collected from patients at different ages (1 - 70 year) of both sexes, complained with abdominal pain, cramp, flatulence and diarrhea. Samples were collected during the period from September (2013) till September (2014), included four hospitals in Baghdad (Baghdad Medical City , AL - Imam Ali Hospital, AL - Karaama Hospital and AL - Yarmouk Teaching Hospital ) . To detect of the infection prevalence of Blastocystis hominis , the results of epidemiological study showed that the total number infected with this parasite was (1420) positive sample with percentage of (24.10%) , Percentages of infected cases with parasite in the four hospitals (Baghdad medical city, AL - Imam Ali Hospital , AL - Karaama Hospital and AL - Yarmouk Teaching Hospital), were (51.41%,18.66%,17.61%,and 12.32%) respectively . Males showed higher number and percentage of infection, (750 ) case with percentage of (52.82%), while females were (670) case with percentage of (47.18%) , no statistical significant differences was detected. The highest percentage of infection occurred among age group (21 - 30 year ) with percentage of (29.58%), while the lowest percentage of infection occurred among age group (1 - 10 years) with percentage (3.52%) . This study showed that stool samples which contain the parasite have a liquid or semi liquid . The presence of other intestinal parasites was detected, and the results were (1110) single infection with Blastocystis hominis ,with percentage (78.17%) , and (310) (21.83%) co - infection with (6) different genus of intestinal parasites, which were (Entamoeba histolytica, Giardia lamblia , Cryptosporidium , Enterobius vermicularis , Taenia spp., and Ascaris lumbricoides) with percentage (18.38%, 2.68%, 0.35%, 0.21%,0.14%, and 0.07%) respectively. The current study focused on determining the best way of staining to detect parasite in the stool. This study showed that safranin is the best stain ,then giemsa and iron haematoxylin. According to diagnosis by culture in modified Jones medium was the suitable medium with some modification with replacing horse serum with inactivated human serum, the parasite incubated aerobic at (37ºC). The results showed that the higher growth rate occurred after (24 hr) , the numbers of the parasite were ( 777.75 cell /ml), and ( 495.62 cell/ml ) after (48 hr) , the vacuolar form of the parasite was the main form founded in the culture. The present study included making HLA typing to (30) diagnosed Iraqi Arab Muslim patients with irritable bowel syndrome ,all of them infected with Blastocystis hominis, (24) of them were males , and (6) females ,with age ranged between (20 - 53 year) , control group consist of (30) healthy Iraqi Arab Muslims individuals, where (25) was males , and (5) females, with age ranged between (18 - 55 year), the results revealed that there was a genetic predisposition factor for the infection with Bastocystis hominis by acquiring the allele HLA - DR B1*03,and allele HLA - DRB1*14. The effectiveness of Saccharomyces boulardii yeast as vital probiotic on this parasite was studied in the laboratory animals (mice ) and compared with metronidazole which is used usually in the treatment of intestinal parasites including Blastocystis hominis . A gradually decreasing in the numbers of parasite in feces of mice was noticed since the first day of treatment parasite disappeared on the day (12th ) of treatment with Saccharomyces yeast, and disappeared on the day (13th ) of treatment with metronidazole.The efficacy of treatment was estimated for both of S. boulardii and metronidazole ,and the result proved that this yeast have a higher efficacy for treatment (87.45%) , compared with mitronidazole efficacy which was (81.36%). The microscopic examination to histological sections of the infected mice in cecum and colon regions showed the ability of the parasite to make histological changes included intense inflammatory - cell infiltration, and mucosal damage. The yeast of Saccharomyces boulardii showed higher ability in the healing and recover damaged tissues compared with metronidazole

التحري عن مقاومة المجموعة الامينوكلايكوسيدية المتواسطة بمثيلة 16S rRNA في بعض انواع البكتريا السالبة لكرام == Detection of 16S rRNA Methylation Gene between Two Species of Gram Negative with High Level Resistance to Aminoglycosides

Author name: اسراء محمد صفي عبد علي الكاظمي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت 100 عزلة من البكتريا السالبة لصبغة كرام مشخصة مبدئيا بانها وEscherichia coli Pseudomonas aeruginosa من مرضى باصابات مختلفة في مستشفى الكندي التعليمي ومستشفى الكاظمية التعليمي ومستشفى ابن البلدي ومستشفى الامام علي خلال الفترة مابين تموز الى تشرين الثاني2011. تضمنت 68 عزلة من خمجات المجاري البولية و8 عزلات من عينات القشع و6 من خمجات الحروق و18 عزلة من اصابات تجرثم الدم. • شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسطي اكار الماكونكي واكار الدم. تبع ذلك اجراء عدد من الفحوص المورفولوجية والكيموحيوية ثم شخصت العزلات بشكل نهائي ودقيق باستخدام اشرطة api20E.تبعا لذلك توزعت العزلات المائة بواقع 58 عزلة تعود لبكتريا E. coli اما العزلات ال 42 الباقية فكانت لبكتريا P. aeruginosa.• اجري اختبار فحص الحساسية للمضادات الحيوية بطريقة انتشار الاقراص لـ 7 من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية . اوضحت النتائج وجود اختلافات واضحة في نمط المقاومة المظهري لهذه العزلات .فقد بلغت نسبة مقاومة بكتريا E. coli لمضاد الاميكاسين 34.4%)20\58)و53.4%(31\58)للنتلامايسين و67.2%(39\58) للتوبرامايسين و87.9% (51\58 ) لللسيسومايسين , و94.8%(55\58 ) لكلا من مضادي الكانامايسين والستربتومايسين واخيرا بلغت النسبة للجنتامايسين 98.2%(57\58) . كما هو الحال مع بكتريا E. coli , فقد ظهر ان افضل فاعلية ضد بكتريا P.aeruginosa كانت للاميكاسين حين بلغت نسبة المقاومة45.2%(20\42) تلا ذلك مضاد النتلامايسين52.3%(22\4222) وبلغت 57.1%(27\42) و59.5%(25\42) للسيسومايسين والتوبرامايسين على التوالي اما للكانامايسين فقد بلغت 90.4%(38\42) للستربتومايسين 92.8%(39\42) واعلى نسبة مقاومة كانت ضد مضاد الجنتامايسين حيث بلغت 95.2%(40\42). • استخدمت طريقة التراكيز المتضاعفة المتسلسلة لحساب التركيز المثبط الادنى لست من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية. بينت النتائج وجود اختلافات في قيم MIC المحسوبة لهذه النوعين من العزلات.فمن اصل (58) عزلة من بكتريا E.coli كانت منها 20 مقاومة للاميكاسين(%34.4 ( وبقيم MIC تراوحت ما بين(64 - 128 مايكروغرام\مل), 56 عزلة)87.5%(مقاومة للبارومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين)16 - 1024مايكروغرام\مل) , 57 عزلة) %98.2) مقاومة للستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين(16 - 256مايكروغرام\مل), وكانت جميع العزلات (100%) مقاومة لكل من الجنتامايسين والنيومايسين والكانامايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين)128 - 1024مايكروغرام\مل) للجنتامايسين والنيومايسين بينما تراوحت للكانامايسين ما بين(128 - 1024مايكروغرام\مل(. اما بالنسبة لبكتريا P.aeruginosa كانت20 (47.6%) عزلة مقاومة للاميكاسين وبقيم MIC تراوحت ما بين(16 - 1024مايكروغرام\مل) و39 عزلة (92.5%)عزلة مقاومة للكانامايسين والستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين(64 - 1024مايكروغرام\مل)و)16 - 1024مايكروغرام\مل) على التوالي,جميع العزلات وبنسبة (100%) كانت مقاومة للجنتامايسين والنيومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين )16 - 1024مايكروغرام\مل), واخيرا جميع العزلات اظهرت مقاومة تامة للبارومايسين (100%) وبقيم MIC تراوحت ما بين)32 - 1024مايكروغرام\مل).• تم التحري عن انتاج انزيم البتالاكتاميز باستخدام اختبار الاشرطة السريع, وتضمن اربع اختبارات : اختبار المسح الاولي للبتالاكتاميز,اختبار انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف ESβLs التاكيدي وMetallo - β - lactamase وانزيم AmpC. اظهرت النتائج انه 84 عزلة من مجموع 100 (84%) كانت موجبة للمسح الاولي للبيتالاكتميز توزعت مابين50 عزلة(86.2%) لبكتريا E.coli و34عزلة (80.9%) لبكتريا P.aeruginosa. اما بالنسبة للـ ESβLs فكانت نسبة العزلات المنتجة له هي 83% توزعت كالاتي 86.2%(50\58) لبكتريا E.coli و80.9%(34\42) تعود لبكتريا P.aeruginosa اما نتائج MβL فقد كانت اقل نسبيا لتصل الى 75% موزعة مابين %77.5)45\58) لبكتريا E.coli و71.4% (30\42) لبكتريا P.aeruginosa بينما 70% من العزلات كانت منتجة لانزيم AmpC توزعت مابين 56.8%(33\58) لبكتريا E.coli و88.9%(37\42) لبكتريا P.aeruginosa.• تم التحري عن المحتوى البلازميدي لعدد من العزلات المنتخبة والتي اظهرت مستوى مقاومة عالية وذلك باستخدام modified alkaline lysis method. اظهرت النتائج ان معظم العزلات كانت حاملة لاكثر من بلازميد باحجام مختلفة , وبعض منها ت احتوى على بلازميدات كبيرة.• اعتمدت طريقتان مختلفة لتحضير الدنا القالب لغرض استخدامها في التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا ( PCR) وهي : طريقة الغليان وطريقة استخلاص البلازميد. اظهرت النتيجة ان طريقة عزل البلازميد كانت ادق في اظهار النتائج بالمقارنة مع طريقة الغليان.مع ذلك فان الطريقة الاولى هي الاكثر شيوعا في العمل الروتيني .• اختيرت 20 عزلة من كل نوع لغرض الدراسة الجينية اعتمادا على مستوى المقاومة العالية الذي اظهرته هذه العزلات . استخدمت تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا (PCR) للتحري عن جين blaCTX - M المسؤول عن انتاج ESβLs فضلا عن التحري عن ستة من جينات مثيلة 16S rRNA ArmA )و RmtAو RmtBو RmtCو RmtD وNpmA ) .• بينت نتائج التحري عن جين blaCTX - M في E.coli ان جميع العزلات حاملة لهذا الجين (100%) لتقل النسبة الى 85% (17\20( لبكتريا P.aeruginosa بالاعتماد على وجود القطعة المكثرة بحجم 550 زوج قاعدي بالمقارنة مع دليل الدنا المستخدم بحجم 100 زوج قاعدي المرحل في 1%من هلام الاجاروز .• اوضحت نتائج التحري عن جينات مثيلة 16S rRNA بتقنية الـ (PCR) لعزلات E.coli ان16 عزلة من مجموع20 (80%) كانت حاملة لجين ArmA اعتمادا على وجود القطعة مكثرة بحجم 846 زوج قاعدي بالمقارنة مع دليل الدنا الحجمي (100 زوج قاعدي )بعد الترحيل في هلام الاجاروز 1% فيما اظهرت عزلة واحدة من مجموع20 (5%) امتلاكها لجين المثيلة RmtB بحجم قطعة مكثرة 584 زوج قاعدي , بينما كانت 3 عزلات من مجموع 20(15%)حاملة لجين RmtC بالاعتماد على وجود حزم بحجم 711 زوج قاعدي , وعزلة واحدة فقط (5%) حاملة لجين RmtD بوجود قطعة مكثرة بحجم 500 زوج قاعدي , واخيرا فان جين المثيلة السادس وهو npmA فقد حدد في عزلة واحدة (5%) من اصل 20 عزلة بالاعتماد على وجود حزمة بحجم 641 زوج قاعدي.• اظهرت نتائج التحري عن جينات مثيلة 16S rRNA في بكتريا P.aeruginosa وجود نوع واحد من هذه الجينات وهو ( RmtD) وقد حدد في 3 عزلات من اصل20 (15%)بالمقارنة مع دليل الدنا الحجمي 100 زوج قاعدي.• كلا نوعي البكتريا E.coli وP.aeruginosa لم يظهرا احتوائها على جين RmtA , بينما كان جين ArmA هو الجين السائد في بكتريا E.coli.• اظهرت النتائج ان عزلة واحدة من بكتريا E.coli رقم(37) حاملة لخمسة انواع من جينات مثيلة 16S rRNA فضلا عن جينblaCTX - M ,بينما كانت اربع عزلات من بكتريا E.coli ذات التسلسل(11 و32 و40و42) لاتحتوي على اي جين من جينات المثيلة ماعدا جينblaCTX - M .• اظهرت نتائج الدراسة الحالية ان هنالك ترابط بين التنميط المظهري لمقاومة المضادات مع التنميط الجيني , فقد لوحظ ان العزلات الحاملة لجين المثيلة 16S rRNA هي العزلات التي اظهرت مقاومة عالية لكل من المضادات الاميكاسين والجنتامايسين ولكل المجموعة الامينوكلايكوسيدية ماعدا الستربتومايسين لبكتريا E.coli وبكتريا P.aeruginosa فضلا عن مقاومتهما لبقية المضادات ,لكن بكتريا P.aeruginosa اظهرت احتوائها على نوع واحد من جينات المثيلة وهو (RmtD) وقد ظهرت في العزلات رقم (14و28و37) بالاضافة الى جين blaCTX - M بالرغم من مقاومتها العالية لمضادات مجموعة الامينوكلايكوسيدية, وهذا يعزى لاحتوائها على اليات مقاومة اخرى مثل مضخة الدفق وتحوير الانزيمات وتغيير حاجز النفاذية والاكثر شيوعا هو مضخة الدفق للمضاد. • بينت النتائج على الاقل وجود احدى جينات المثيلة مرافقة لجينات مقاومة اخرى مثل جين blaCTX - M المسؤول عن انتاج ESβLs سيما في بكتريا . E.coli | A total of (100) clinical isolates of gram negative bacteria primary identified as Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa were collected from Al - Kindey hospital, Al - Kadhymia teaching hospital, Ibn - Albalady hospital and Alemam - Ali hospital in Baghdad city , during the period between July 2011 to November 2011. They were obtained from mid stream urine from patients suffering from urinary tract infections (68 isolates), sputum samples from patients suffering from respiratory tract infection (8 isolates), wounds infections (6 isolates) and from bacteraemia (18 isolates).• The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar and blood agar then diagnosed by performing some morphological and biochemical tests. A confirmatory test as a final diagnoses was done using api20E system. According to this, the 100 isolates were distributed as 58 isolates of Escherichia coli while the remaining 42 isolates were Pseudomonas aeruginosa.• Antibiotic susceptibility test for 7 aminoglycoside antibiotic was performed using disc diffusion method. The results demonstrated a clear differences in the phenotypic resistance among the isolates. The percentage of highest resistance in E.coli isolates reached 98.2%(57\58) for gentamicin while lower reached 34.4% (20\58) for amikacin. As with E.coli the best activity against P.aeruginosa the highest resistance was against gentamicin when the percentage reached 95.2%, while the lower percentage aganist amikacin when the percentage of resistance was 47.6%(20\42). • Two fold serial dilution agar was used to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) using six aminoglycosides antibiotic. The results showed that there were differences in the MICs values among the two species. Out of (58) E.coli isolates, 20(34.4%) were resisted to amikacin (MIC ranged from 64–128 µg /ml) , and all isolates 58 (100%) were resisted to gentamicin, neomycin and kanamycin when the MICs ranged from (32–1024µg /ml) to gentamicin and neomycin while it was (128–1024 µg /ml) to kanamycin. In P.aeruginosa, 20(47.6%) isolates were resisted amikacin (MIC ranged from 64–128 µg /ml), all isolates(100%) were resistant to gentamicin and neomycin (MIC ranged from 16–1024 µg /ml) and finally all the isolates showed complete resistance towards Paromomycin (100%) with MIC ranged from (32–1024µg /ml).• The detection of β - lactamases production was performed using the easy rapid strip test including four tests : preliminary screening test for β - lactemase, Extended - Spectrum Beta - Lactamases (ESβLs) confirmation, Metallo β lactamases and AmpC enzymes. The results showed that 84 isolates out of 100 (84%) were positive in Preliminary screening of β - lactamases distributed between 58(86.2%) for E.coli and 42(80.9%) for P.aeruginosa . In ESβL, the rate of producer isolates were 83% distributed as (50/58)86.2% of E.coli isolates and (34/42)80.9% for P.aeruginosa. Results of MβL production revealed that the rate of producer isolates reduced to 75% distributed as (45/58)77.5% for E.coli and (30/42)71.4% for P.aeruginosa, while 70%of the isolates were AmpC producers distributed as (33/58)56.8% and (37/42)88.09% for E.coli and P.aeruginosa respectively.• The detection of plasmid content was done for selected isolates which showed very high level of resistance using modified alkaline lysis method. The results showed that most of the isolates were harboring more than one plasmids of different size, and some isolates appeared to have mega plasmid. • Template DNA used for polymerase chain reaction (PCR) reaction was prepared using two different methods : the boiling method and the plasmid DNA. The results revealed that the plasmid DNA was more specific in demonstrating the result as compared with the boiling method however, the first method is more common in routine work. • Twenty isolates from each species were selected according to their high - level resistance for the genotypic study. PCR technique was performed to detect blaCTX - M gene responsible for ESβLs production beside detecting six 16S rRNA methylation genes including (ArmA, RmtA, RmtB, RmtC, RmtD, and NpmA). • The results for detecting blaCTX - M gene in E.coli showed that all of the isolate (100%) were harboring this gene, while the rate decreased to 85%(17/20) for P.aeruginosa based on the presence of an amplified segment with 550bp (as compared with 100bp DNA ladder) in agarose gel (1%) .• The results of detection 16S rRNA methylation by PCR in E.coli isolate showed that 16 isolates out of 20 (80%) were harboring ArmA based on the presence of 846 bp bands (as compared with 100bp DNA ladder) after running in (1%) agarose gel. Only one isolates out of 20(5%) harbored RmtB methylation gene with amplified size 584bp, while 3 isolates out of 20(15%) contains RmtC gene based on the presence of 711bp bands , 1 isolates(5%) harbored RmtD gene and the size of the amplified segment was 500bp, and the final sixth methylation gene was npmA which was detected in only one isolate (5%) out of 20 based on the presence of 641bp bands. • The results of detection 16S rRNA methylation in P.aeruginosa showed that only one methylation gene( RmtD) was found in the isolates and it was detected in 3 isolates out of 20 (15%) as compared with DNA ladder 100bp.• Both of bacteria E.coli and P.aeruginosa didn’t show any positive results to RmtA gene, while ArmA gene was the most predominant in E.coli.• The results showed that there was only one E.coli isolate(no.37) harbored the five 16S rRNA methylation genes beside blaCTX - M gene, while four E.coli isolates (no. 11, 32, 40 and 44) devoid any one of them except blaCTX - M gene. • The results of the current study showed that there was a correlation between phenotypic and genotypic resistance pattern. The isolates harboring 16S rRNA methylation genes are considered to show high - level resistance to amikacin, gentamicin and even to all aminoglycosides except streptomycin, for E.coli and P.aeruginosa beside resistance to other antibiotic, but in P.aeruginosa only one methylase gene (RmtD) gene appeared in three isolates(no.14, 28,37) in addition to blaCTX - M gene despite the high level of resistance towards aminoglycoside group and this is due to contain other types of resistance such as efflux mechanisms, aminoglycoside modifying enzymes and impermeability of the cell wall may cause reduced susceptibility to aminoglycosides and the most prevalent was efflux mechanisms.• At least one Methylation resistance genes was coupled with other resistance gene such as blaCTX - M gene responsible for ESβLs production

التغيرات الدموية والكيميائية الحياتية في الفئران البيضاء المستحثة بواسطة المبيد الحشري Prothor (Imidacloprid) == Hematological and Biochemical changes in the white mice induced by insecticide prothor (Imidacloprid)

Author name: اسراء سليم عبد الزهرة الدباغ
Supervisor name: ليلى جبار محمد البهادلي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة لتحديد تاثير تراكيز مختلفة للمبيد الحشريImidacloprid (IMD)على 204 ذكور الفئران السويسرية البيض ، تتراوح اعمارهم بين 8 - 12 اسابيع ومعدل اوزانها 20 - 25 غرام ، وتنقسم الى تجربتين رئيسيتين : - التجربة الاولى (التاثيرات شبه المزمنة) : اجريت هذه التجربة لتحديد تاثير التركيز الموصى به (ADI) Acceptable daily intake60.0 ملغم/كغم من وزن الجسم وتركيزين مختلفين ) 0.12،0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم ( واظهرت التراكيز المختلفة تاثيرات مختلفة على الاوزان المختلفة للاعضاء مثل (الكبد ،الكلى والطحال) بالاضافة الى تغييرفي انزيمات الكبد، معايير وظائف الكلى ومعايير الدم للاعضاء سابقة الذكر. تم فحص التاثيرات بعد 14 و28 يوم من التجريع الفموي اليومي، اكدت النتائج وجود انخفاض (p ≤0.05) في اوزان الاعضاء الكبد، الكلى والطحال والتي سجلت اقل وزنا للكبد (0.720±0.04 ) ،الكلى(0.140±0.024) والطحال (0.040±0.005) بعد 14 يوم من التجريع الفموي اليومي بالمبيد (IMD) وبالتركيز 0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم ؛ بينما اكدت النتائج التي اجريت بعد 28 يوم من التجريع الفموي على وجود انخفاض غير معنوي (p ≥0.05) في وزن الكبد، الكلى والطحال وللجرعات 0.06،0.12 و0.18 ملغم/ كغم من وزن الجسم. اظهرت النتائج بعد 14 يوم من التجريع الفموي زيادة معنوية(p ≤0.05) في مستويات انزيم Aspartate aminotransferase (AST) and alkaline phosphatase (ALP)عند الجرعتين 0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم AST (27.40±2.34 ؛ 31.10±0.65) وALP (82.84±7. ؛ 49.04±1.07) على التوالي، تمت مقارنة كل قياسات التجربة مع مجموعة السيطرة، في حين سجل مستوى alanine aminotransferase (ALT) انخفاض معنوي (p ≤0.05) عند جرعتي 0.06 و0.18 ملغم من وزن الجسم (13.80±0.45 و12.36±0.51) على التوالي. اظهرت النتائج وجود زيادة معنوية (p ≤0.05) في مستويات انزيمات AST (36.96±5.04)، (24.90±1.52) ALT وALP (62.52±8.10) بعد 28 يوم من التجريع الفموي عند الجرعة 0.18 ملغم من وزن الجسم بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. كما وجدت زيادة معنوية (p ≤0.05) بمستويات معايير وظائف الكلى مصل الكرياتنيين (0.920±0.10) واليوريا (47.20±2.35) بعد 14 يوم من التجريع الفموي وبالجرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم في حين كانت التاثيرات غير معنوية (p ≥0.05) بعد 28 يوم من التجريع الفموي في مصل الكرياتنين واليوريا عند جميع الجرع (0.06،0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. اظهرت النتائج انخفاض معنوي (p ≤0.05) في مجموع خلايا الدم الحمراء Total red blood cells count (7.62±0.46) (RBCs)، محتوى الهيموغلوبين(11.62±0.53) Hemoglobin content (HB)، حجم رصيص الدم(PCV) Packed cell volume (29.02±1.45) ومستوى الصفيحات الدمويةPlatelets (341.80±67.57)(PLT)بعد 14 يوم من الجريع اليومي وبالجرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم مقارنة مع مجموعة السيطرة. اكدت نتائج الدراسة حصول زيادة معنوية (p ≤0.05) بعد 28 يوم من التجريع الفموي في محتوى HB (26.18±3.48) , PCV (77.72±12.15)وباعدادRBCs (16.52±1.23) عند الجرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم في حين بينت الدراسة ان الزيادة معنوية (p ≤0.05) باعدادPLT (1156.80±74.36) عند الجرعة 0.12 ملغم/كغم من وزن الجسم، كذلك اكدت نتائج الدراسة حصول انخفاض معنوي (p≤0.05) بالعدد الكلي لخلايا الدم البيضاءTotal white blood cells count (WBCs) بعد 14 يوم من التجريع الفموي اليومي ولجميع الجرع (0.06 ،0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم (3.83±1.01 و(6.74±1.46, 5.98±0.57 على التوالي. في حين اظهرت النتائج ل (WBCs) بعد 28 يوم من التجريع الفموي اليومي انخفاضا معنويا (p ≤0.05) عند الجرعتين 0.06 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم 6.80±1.21) و(7.01±0.96 على التوالي بينما في الجرعة 0.12 ملغم/كغم من وزن الجسم اظهرت النتائج زيادة معنوية (p ≤0.05) (11.26±1.46) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. اظهر مستوى الخلايا اللمفاويةLymphocytes cells ( (LYM انخفاضا معنويا (p ≤0.05) في 14 يوم بعد التجريع الفموي ولجميع الجرع 0.06، 0.12 و0.18 ملغم/طغم من وزن الجسم (3.70 ± 0.22، 4.10 ± 0.91 و2.46 ± 0.52) على التوالي بالمقارنة مع مجموعة السيطرة؛ بينما بعد 28 يوم من التجريع الفموي كان التاثير غير معنوي( (p ≥0.05 للجرعتين 0.12 و0.18 ملغم/كغم من وزن الجسم (6.32 ± 0.64 و6.80 ± 1.21) على التوالي مقارنة مع مجموعة السيطرة ، النتائج اظهرت انخفاض غير معنوي ( (p ≥0.05 في جرعة 0.06 ملغم/كغم من وزن الجسم للفترتين 14 و28 يوم من التجريع الفموي. التجربة الثانية (التاثيرات المزمنة) : الهدف من الدراسة هو تحديد الاثار المترتبة على تركيز اقل من ADI هو 0.03 ملغم/كغم من وزن الجسم بعد تناوله عن طريق الفم وملاحظة التاثيرات المختلفة للتركيز المذكور على نفس المعايير السابقة التي درست في التجربة الاولى ، فحصت التاثيرات بعد 45، 60، و90 يوم من التجريع الفموي اليومي، اظهرت النتائج انخفاضا معنويا (p ≤0.05) في اوزن اعضاء الكبد، الكلى والطحال وسجلت اقل انخفاض بوزن الكبد (0.820±0.07) ووزن الكلى (0.160±0.02) بعد 60 يوما من التجريع الفموي بينما سجل الطحال سجل اقل انخفاض بعد 45 يوما (0.120±0.02). اظهرت النتائج زيادة معنوية (p ≤0.05) في مستويات انزيمات الكبد حيث سجلت اعلى ارتفاع بمستوي انزيم 31.60±0.62)AST) وانزيم ALT (23.54±4.69) بعد فترة 90 يوم من التجريع الفموي وللانزيم .64±8.81)ALP 75) بعد 45 يوم من التجريع الفموي ، كذلك حصول زيادة معنوية (p ≤0.05) بمستويات معايير وظائف الكلى مصل الكرياتنين (1.14±0.08) واليوريا (56.40±1.58) بعد 90 يوم من التجريع الفموي. اكدت نتائج الدراسة حصول انخفاض معنوي (p ≤0.05) باعداد كريات الدم الحمراء (RBCs)، محتوى الهيموغلوبين (HB)، حجم رصيص الدم (PCV)ومستوى الصفيحات الدموية (PLT) بنسب متفاوتة ولجميع الفترات الزمنية، كذلك حصول انخفاض معنوي (p ≤0.05) باعداد كريات الدم البيضاء (WBCs) (4.16±0.30) والخلايا اللمفاوية ( 2.50±1.69) (LYM) بعد 45 يوم من التجريع الفموي | This study conducted to determine the effect of different concentrations of the insecticide Imidacloprid (IMD) at 204 male Swiss mice aged 8 - 12 weeks with a body weight ranged between 20 - 25 g, and divided into two main experiments : The first experiment) Subchronic effects) : experiments conducted in order to determine the acceptable daily intake (ADI) 0.06 mg/kg from body weight, with different concentration (0.12, 0.18mg/kg.bw) and showed different effects of different concentration at weight of organs like (liver, kidney and spleen). The results demonstrated many changes in liver enzymes, kidney function parameters and hematological changes for the previous organs. The effects have been examined after 14, 28 fallowing daily oral administration, also results showed a significant decrease (p ≤0.05) in the weight of organs liver, kidney and spleen, which recorded less weight for liver (0.720±0.04), kidney (0.140±0.024) and spleen (0.40±0.005) after 14 days of oral administration with insecticide (IMD) at dose 0.18 mg/kg.bw; while experiment conducted at 28 days of oral administration non - significant (p ≥0.05) decrease in liver, kidney and spleen weight at all doses 0.06, 0.12 and 0.18mg/kg.bw. Results at 14 days fallowing daily oral administration illustrated a significant increase (p ≤0.05) in Aspartate aminotransferase (AST) and alkaline phosphatase (ALP) levels at dose 0.12 and 0.18mg/kg.bw, AST (27.40±2.34 ; 31.10±0.65) and ALP (82.84±7.20 ; 49.04±1.07) respectively, all measurement experiments were compared with control group, while alanine aminotransferase (ALT) level recorded a significant decrease (p ≤0.05) at dose 0.06 and 0.18mg/kg.bw (13.80±0.45 and 12.36±0.51) respectively. The results illustrated a significant increase (p ≤0.05) at level of enzymes AST (36.96±5.04), ALT level (24.90±1.52) and ALP (62.52±8.10) after 28 days of daily oral administration at dose 0.18 mg/kg.bw in comparison with control group. Also found a significant increase (p ≤0.05) at levels of kidney function parameters serum creatinine (0.920±0.10) and urea (47.20±2.35) after 14 days from oral daily administration at dose 0.06 mg/kg.bw; however at 28 days after administration there was non - significant effect (p ≥0.05) in creatinine and urea at all doses (0.06, 0.12 and 0.18 mg/kg.bw) in comparison with control group. The results showed a significant decrease (p ≤0.05) in total red blood cells count (RBCs) (7.62±0.46), Hemoglobin content (HB) (11.62±0.53), packed cell values (PCV) (29.02±1.45) and Platelets (PLT) (341.80±67.57) following 14 days from oral administration at dose 0.06 mg/kg.bw in comparison with control group. While the results of study demonstrate a significant increase (p ≤0.05) after 28 days from oral administration in HB (26.18±3.48), PCV (77.72±12.15) content and numbers of RBCs (16.52±1.23) at dose 0.06 mg/kg.bw however the study show a significant increase (p ≤0.05) in number of PLT(1156.80±74.36) at dose 0.12 mg/kg.bw , as well as the results of study confirmed a significant decrease (p ≤0.05) in number of total white blood cells count (WBCs) after 14 days following daily oral administration at all doses 0.06, 0.12and 0.18mg/kg.bw (6.74±1.46, 5.98±0.57 and 3.83±1.01) respectively; while the results of (WBCs) at 28 days after administration showed a significant decrease (p ≤0.05) at doses 0.06 and 0.18mg/kg.bw(7.01±0.96 and 6.80±1.21) respectively while at 0.12mg/kg.bw the results showed a significant increase (p ≤0.05) (11.26±1.46) in comparison with control group. The level of Lymphocytes cells (LYM) showed a significant decrease (p ≤0.05) at 14 days after administration at all doses 0.06, 0.12 and 0,18 mg/kg.bw(3.70±0.22, 4.10±0.91 and 2.46±0.52) respectively in comparison with control group ; while at 28 days after administration there was non - significant effect (p ≥0.05) at dose 0.12 and 0.18 mg/kg.bw (6.32±0.64 and 6.80±1.21) respectively in comparison with control group and the results showed a non - significant decrease (p ≥0.05) at dose 0.06mg/kg.bw for two periods 14 and 28 days after administration. The second experiment (Chronic effects ) : The aim of this study was to determine the effects of concentration less than ADI which 0.03 mg/kg.bw in oral administration and note the different effects of the obvious concentration at same parameters studying in first experiment , the effects have been examined after 45, 60 and 90 days after oral administration. The results demonstrated a significant decrease (p ≤0.05) in weight organs liver , kidney and spleen , results recorded less weight for liver (0.820±0.07) , kidney (0.160±0.020) after 60 days from oral administration either spleen weight recorded less decline in period 45 days (0.120±0.02), also results showed a significant increase (p ≤0.05) at levels of liver enzymes and recorded a highest increase for AST level (31.60±0.62), ALT level (23.54±4.69) after 90 days from administration , either enzymes ALP (75.64±8.81) after 45 days from administration , also happen a significant increase (p ≤0.05) at levels of kidney function parameters ,serum creatinine (1.14±0.08) and urea (56.40±1.58) after 90 days from administration. The results of study confirmed happen a significant decrease (p ≤0.05) in number of (RBCs), (HB), (PCV) and (PLT) in varying degrees and for all periods, also happen a significant decrease (p ≤0.05) in number of (WBCs) (4.16±0.30) and (LYM) (2.50±1.69) after 90 days from oral daily administration.

دراسة وراثية خلوية وجزيئية بين عينة من المرضى المصابين بالهوجكنزلمفوما == Cytogenetic and molecular study among Hodgkin’s lymphoma patients

Author name: اسراء حسين حمزة
Supervisor name: عبد الامير ناصر الركابي | عبد الحسين مويت الفيصل
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة لفحص وتحديد نسبة انتشار التناقل الكروموسومي لكروموسومي (14و18) الذي يحدث بين جين bcl2و JH في بعض المرضى العراقين المصابين بسرطان الهوجكن لمفوما وايضا تم التحرى عن جين (BNRF1)الخاص بفايروس (EBV)كذلك تم التحرى عن التشوهات الكروموسومية بواسطة استخدام تقنية التهجين الموضعي . تضمنت الدراسة 75 عينة من المرضى المصابين (25 عينة من الدم و50 عين من الخزع النسيجية المحفوظة بالفورمالين والمطمورة بشمع البارافين) مع عشر عينات من الخزع النسيجية التابعة لمرضى الاورام الحميدة .تم جمع الدم من وحدة امراض الدم في مستشفى بغداد في مدينة الطب ببغداد. اما الخزع النسيجية فقد جمعت من مختبرات الامراض النسيجية في مختلف المستشفيات خلال الفترة من شهر ايلول لعام 2013 لغاية شهر اذار لعام 2014. ان تحديد وفحص التناقل الكرموسومي )14;18) تضمن المناطق المتغايرة بالجين الورمي bcl2 وهي منطقة الانكسار الرئيسية MBR التي تقع بالجزء الغير مشفر بالنهاية 3ʹومنطقة الانكسار الثانوية MCR ولتحديد علاقة هذه المناطق بالتناقل الكروموسومي فقد تم استخدام تسعة بوادى امامية من الجين الورمي bcl2 وبادئ واحد عكسي من جين JH بالاضافة الى السيطرة الموجبة لكل منطقة انكسار والذي تم تصنيعه في المختبر باستخدام تقنية الربط وبناء القطع والذي يعتبر اول دراسة في هذا المجال في العراق والشرق الاوسط. .تم تضخيم الحامض النووي دنا(DNA ) لكل عينات المرضى المصابة بسرطان الهوجكنز لمفوما وعينات المستخدمة للسيطرة بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل PCR والتتابع المباشر والتي تضمنت استخدام ثلاث مجاميع من البوادئ لتغطية المناطق الانكسار المراد فحصها على الجين الورميbcl2 على كروموسوم 18. وقد تم تصميم هذه البوادئ باستعمال برامج NCBI (Primer plus 3) حيث تم تصميم بوادئ امامية لكل من (MBR(MBR1,MBR2) و3MBR(3MBR1, 3MBR2, 3MBR3, 3MBR4) وMCR(MCR1,MCR2, 5MCR)) وتم تصميم بادئ عكسي من جينJH لكل هذه البوادئ الامامية وتم استخدامهم لكل العينات المراد فحصها للانتقال الكروموسومي (14و18) كل على انفراد وباستخدام سيطرة موجبة للفحص والذي تم تصنيعه بالمختبر باستخدام تقنية التضخيم المتداخل والتضخيم متعدد الارسال. وقد تم ضبط ظروف التضخيم وحسب البوادئ المستخدمة وفحص الناتج بواسطة الترحيل الكهربائي لتحديد العينات الموجبة للتناقل ثم تحديد موقع التناقل بواسطة طريقة التتابع المباشر ومقارنتها مع التتابع المباشر للسيطرة الموجبة. كما تم استخدام الدنا المستخلص سابقا لتحديد وجود جين BNRF1 الخاص بفايرس EBVبواسطة استخدام تقنية التضخيم العددي ((qRT - PCR واستخدام تتابع نيوكليوتيدي (بادئ) ومجس خاص . بالاضافة الى استخدام تقنية التهجين الموضعي لتحديد التشوهات الكرموسومية في بعض من عينات الخزع النسيجية المثبتة على سلايدات التهجين الخاصة بذلك .وقد اظهرت الدراسة النتائج التالية : هناك فروق معنوية عالية (p<0.01) بين العوامل المتغيرة في التجربة كما اوضحت النتائج ان نسبة انتشار المرض كان بالاعمار البالغين بين (60 - 70) سنة بنسبة (25.33%) وبالنسبة للجنس فقد حقق جنس الذكور نسبة حدوث اكثر من الاناث وبنسبة (58.67%) اما بالنسبة الى نوع المرض فقد سجل نوع Mixed cellularity اعلى نسبة حدوث بالنسبة للانواع الاخرى من المرض (53.33%)اما بالنسبة الى موقع العقد اللمفاوية المصابة بالورم فكانت اكثر الاماكن اصابة وحدوث الورم هي العقد اللمفاوية العنقية (53.33%) . واظهرت نتائج الدراسة ان نسبة انتشار الانحراف الكروموسومي للجين الورمي في المرضى المصابين بورم الهوجكن ظهر في 26(35%) عينة موجبة وكان 5(19.2%) منهم بمنطقة الانكسار MBR1 و4(15.38%)في منطقة الانكسار MBR2 و3(11.5%) في منطقة 3MBR1 و2(8%) في منطقة 3MBR2 و7(27%) في منطقة 3MBR4 ولم تظهر اي نتيجة موجبة في المنطقة 3MBR3 اما بالنسبة الى مناطق الانكسار الثانوية فقد سجلت 4(15.38) في منطقة الانكسارMCR1 و1(4%) في منطقة MCR2 و2(8%) في منطقة الانكسار 5MCR ولم تسجل اي نتيجة موجبة بالنسبة للعينات الاورام الحميدة المستخدمة للسيطرة . وبهذا فقد بينت النتائج ان نسبة انتشار الانحراف كانت في مناطق الانكسار الرئيسية اكثر من مناطق الانكسار الثانوية. وبالنسبة الى العمر فان نسبة الانتشار كانت باعمار البالغين والاكثر عند الذكور وبفروق معنوية عالية ايضا. بعد تحليل النتائج بواسطة طريقة التتابع المباشرة ومقارنتها بنتائج الموقع العالمي للمعلومات الجينية (NCBI) ومقارنتها كذلك مع تتابع السيطرة الموجبة . تم تقديم العينات ذات الحجم المساوي الى bp200 او اكثر الى بنك الجينات في المواقع العالمية لتسجيل التتابعات الجينية حيث تم تسجيلها في الموقع الامريكي ال(Gene Bank) وتم تسيجلها في الموقع الاوربي (EMBL) كذلك تم التمكن من تسجيلها في الموقع الياباني لبنك الجينات (DDBJ) وتم الموافقة ونشرت تحت عنوان : (Homo sapiens DNA, IGH/BCL2 transition region, isolate : hodgkins - bcl2 - t (14 - 18) mbr - p.)واعطيت ارقام تعليم خاصة بها في بنك الجينات تبدا من (LC041134 - LC041142) واعتبرت كمصدر عن معلومات العراقيين الجينية والتي تعتبر قليلة ضمن بنك الجينات العالمي. كما اظهرت النتائج وجود 40(53.33%) حالة موجبة وبفروق معنوية عالية لجين الابشتاين بار فايروس لمرضى الاورام اللمفية الهوجكن مقارنة بالاورام الحميدة التي لم تظهر اي نتيجة موجبة . اضافة الى ذلك اظهرت النتائج ان اكثر المرضى المصابين بالفايروس كانوا من جنس الذكور ومن نوع Mixed cellularity HL . في مايتعلق باختبار التهجين الموضعي فقد اظهرت النتائج وجود عينة واحدة موجبة للفحص من اصل 6 عينات. نستنتج من هذه الدراسة ان تحديد الانتقال الكروموسومي (14;18) في مرضى الاورام اللمفية الهوجكن يمكن تحديدها باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وباستخدام عدة بوادئ لكل مناطق الانكسار الرئيسية والثانوية .اضافة الى استنتاج دقة اختبار التضخيم الكمي في تقيم وتحديد الفايرس ومن الممكن اعتبارها كوسيلة لتشخيص الاورام اللمفية واي نوع من السرطان ذات العلاقة بالفايرس والذي يعتبر كمؤشر للورم.اما بالنسبة لتقنية التهجين الموضعي فقد تبين انها ادق من تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وذلك بسبب كبر حجم المجس الضوئي المستخدم للفحص . | The study was design to investigate and to determine the frequency of chromosomal translocation involve the bcl2 and JH genes t (14, 18) (q32; q21) in some of Hodgkin’s lymphoma Iraqi patients. The study also aimed to detect the BNRF1 gene of EBV in patients and using FISH technique for other chromosomal aberrations in the same patients. The study include 75 Iraqi patients with Hodgkin’s lymphoma (25 samples as blood and 50 samples as formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue blocks) and 10 samples as reactive hyperplasia blocks for control. The blood samples were collected from hematology unit in Baghdad hospital in medical city but paraffin blocks tissue were collected from histopathological laboratories in different hospitals during the period from September 2013 till March 2014. The detection of t (14; 18) translocation involved the hot spots regions of the bcl2 gene which included the major breakpoints region (MBR located in the 3ʹ untranslated region of bcl2 exon 3) and the minor cluster region (MCR located in the 3ʹ region of bcl2 exon 3). To detect the involvement of these regions in the t (14; 18), nine forward primers were used for bcl2 regions and one reverse primer for JH gene as well as to positive controls for each breakpoints which were prepared by synthesized artificial chromosomal translocation in laboratory by using splicing technique and construct fragments of genes and considered the first work in this field not just in Iraq or middle east but in all world. The DNA for all samples was submitted for PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification which performed using three set of primers (multiple primers) defined multiplex PCR to detect MBR, 3ʹMBR and MCR regions on bcl2 gene on 18 chromosome, the three set primers which designed by using NCBI programs (Primer plus 3 program) as forward primer [forward MBR (MBR1,MBR2), 3MBR( 3MBR1, 3MBR2, 3MBR3, 3MBR4), MCR (MCR1, MCR2, 5MCR) and reverse primers (reverse JH used ) in which case each of primer sets forward were used to evaluate the transposition of t (14;18) separately for the same samples with positive control for each breakpoint that was synthesized in lab by nested and multiple primers defined multiplex PCR. The PCR conditions were optimized according to suitable sets of primers used for reproducing the replacement. By gel electrophoresis for the products to identify the fragments with juxtaposed bcl2 and IGH JH enhancer positive and subjected for genotype analysis [these artificial breakpoints (positive control) and each positive samples for t(14, 18) assay] by using Sanger method with Agencourt® CleanSEQ® dye - terminator Removal Kit for direct sequence analysis. The DNA which was extracted before was also used to detect the existence of BNRF1 gene specific for EBV loaded in patients samples by using real time quantitation PCR (qRT - PCR) with specific primer and probe. In addition to use FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) technique to detect abnormal chromosome in tissue samples with the PathVysion Kit applied on tissue section fixed on positive charge slides (thermo fisher scientific). The unstained 3 µm sections of six samples were tested for t (14; 18) using a dual color - dual fusion translocation probes set (Vysis LSI IgH/ BCL2; Abbott Molecular). A total of 200 interphase nuclei were enumerated and scored for the presence of two fusion signals per nuclei. The results in this study showed high significant (P<0.01) between parameters. The results reported that the age of HL patients in the current study ranged between 10 - 80 years and more incidences in old adult with the age range (60 - 70) years (25.33%). There were males predominance among HL patients 44(58.67%) than females 31(41.33%) with high significant (P<0.01). The highest subtype HL number was recorded in mixed cellularity (MC) (53.33%). The cervical lymph node was recorded the highest infected site and included tumor 53.33% than other sites of lymph node and according to stage of disease , most cases in the current study were stage II (72%). Regard to the t (14;18) chromosomal translocation the results noticed a total of 26(35%) positive cases showed IGH/BCL2 gene rearrangement with high significant compared with control. 5 (19.2%) for major breakpoint MBR1, 4(15.38%) for MBR2 and (3(11.5%);2(8%);7(27%)) for 3ʹMBR1, 3ʹMBR2 and 3ʹMBR4 respectively but no cases positive for 3ʹMBR3 while (MCR1, MCR2, 5ʹMCR) were recorded in (4(15.38%); 1(4%); 2(8%)) respectively. And (0%) in reactive hyperplasia for control. The results indicate higher frequency of breakpoints in the MBR regions than MCR cluster region, and the incidence of t (14; 18) translocation was increased in adult’s age depending on age while depending on gander the incidence among males was high. After the sequence analysis for all breakpoints sequence and compared with NCBI by (http : //blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) and compared with construct fragment sequence (positive control). The breakpoints sequence that its product size equal 200 bp or more that were submitted to the NCBI (National Center for Biotechnology Information) site for registration in the Gene Bank database, (DNA Data Bank of Japan) (DDBJ) and in the EMBL (European Molecular Biology Laboratory) and accepted in these three international sites for bioinformatics, thus published under title (Homo sapiens DNA, IGH/BCL2 transition region, isolate : hodgkins - bcl2 - t(14 - 18) mbr - p.) with special ID number (Accession number) specific for these breakpoints sequence which is begin from (LC041134 to LC041142) in gene bank database and considered as a document reference about Iraq people data which is little in gene bank database. The EBV DNA genome encoding the non - glycosylated membrane protein (BNRF1) was detected in 40(53.33%) positive cases of 75 Hodgkin’s lymphoma samples and no cases positive for EBV in reactive hyperplasia with high significant . The majority of positive patients were males 33(82.5%) than females. In addition to the EBV was more frequently detected in mixed cellularity subtype of HL 27(67.5%). According to the FISH assay, the results showed that just one sample from six was positive for t (14; 18) translocation and this case was recorded negative results in PCR assay. In conclusion, the detection of t (14; 18) in HL patients can be achieved by PCR technique by including multiple primers for all three breakpoint regions which are MBR, 3ʹMBR, MCR and performing multiplex amplification. And the positive fragments can also be used as an indicator of minimal residual disease following treatment. The qPCR assay allows precise quantification of EBV load and can be used as a tool for diagnosis and management of EBV related lymphoma patients and for any cancers that EBV DNA may be considered as tumor biomarker. The FISH technique considered more sensitive than PCR for detection t (14, 18) because of large size of FISH probes which used in technology, the IGH probe labeled in green is about 1.5 Mb and includes nearly the entire IgH locus and 300 kb beyond the 3ʹ end and the locus - specific bcl2 probe labeled in orange about 750 kb to include the entire bcl2 gene sequence and additional sequence extending about 250 kb distal and proximal to the ge

الجوانب المناعية والفسلجية خلال صيام رمضان == IMMUNOLOGICAL and PHYSIOLOGICAL ASPECTS DURING RAMADAN FASTING

Author name: احمد فرحان شلال
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري | كاظم عبد الامير محسن
General topic: Biology
Specific topic: Zoology - Immunology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تهدف الدراسة الحالية لتقييم تاثير صيام شهر رمضان على بعض المعاير المناعية والفسلجية,اذ شملت الفحوصات المناعية قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية Immunoglobulin G , Immunoglobulin A Immunoglobulin M, (IgM,IgG,IgA) والحركيات الخلويةTumor Necrosis factor - alpha (TNF - α), Interferon - Gamma(IFN - γ) , Interleukin - 4(IL - 4), Interleukin - 17A (IL - 17A), Transforming growth factor - β (TGF - β) في مصل الدم. اما الفحوصات الفسلجية فقد شملت قياس مستوى بعض الهرمونات الجنسية Luteinizing hormone ,Follicle - stimulating hormone(FSH) (LH) , Testosteroneوانزيمات الكبد ,Aspartate Transaminase (AST) Alanine(ALT) ,Transaminase , Alkaline phosphatase (ALP) بالاضافة الى تاثير الصيام على ضغط الدم ووزن الجسم Body weight and Blood pressure.اجريت الاختبارات على اربعين شخصا حيث كان جميعهم ذكور, غيرمتزوجين,غير مدخنين,اصحاء ظاهريا واعمارهم مابين ((30 - 20 سنة.استخدم فحص Single Radial Immuno Diffusion (SRID)) ) لقياس مستويات الكلوبيولينات المناعية قبل الصيام كمجموعة ضابطة وبعد (14) و(28) يوم من الصيام . استخدمت تقنية (ELISA) لقياس مستوى الحركيات الخلوية قبل وخلال الصيام فيما تم قياس تراكيز الهرمونات باستخدام جهاز (TOSOH) بالاضافة الى قياس فعالية الانزيمات وضغط الدم ووزن الجسم . اظهرت نتائج الدراسة بان هناك انخفاضا معنويا في مستوى IgA)) عند مستوى احتمالية(P<0.05) حيث كان متوسط مستوياته قبل الصيام ( (189.693mg/dlوانخفض الى (107.260mg/dl) ثم الى (67.668mg/dl) خلال (14 ) و(28) يوم من الصيام على التوالي. لوحظ انخفاضا غير معنوي في تركيز (IgG). حيث كانت نتائج (14) و(28) يوما (1792. 15 mg/dl) ، (1501.08mg/dl) على التوالي مقارنة مع القيمة قبل الصيام (1878.63mg/dl). واظهرت الدراسة انه ليس للصيام تاثيرا على تركيز (IgM) حيث كانت قيمة متوسطة خلال (14) يوم 258.150mg/dl)) وفي (28) يوم من الصيام كانت (263.425mg/dl) بالمقارنة مع القيمة قبل الصيام (255.705mg/dl). بينت نتائج الدراسة بان الصيام يؤدي الى تغيير في المؤشرات الالتهابية(TNF - α, IFN - γ, IL - 4, IL - 17A, TGF - β) , ففي الوقت الذي كان متوسط تركيز (TNF - α) قبل الصيام (12.288pg/dl)انخفض معنويا(P<0.05) للفترة (14) و(28) يوم من الصيام الى (9.978pg/dl) ، (7.698pg/dl) على التوالي . بينت الدراسة كذلك حدوث انخفاضا معنويا(P<0.05) في تركيز (IFN - γ) بعد (14) يوم (38.880pg/dl) وبعد (28) يوم الى (28.668pg/dl) بعد ان كان قبل الصيام (48.223pg/dl). واوضحت الدراسة بان الصيام كان له تاثير في حصول زيادة معنوية(P<0.05) في تركيز (IL - 4) حيث كانت قيمة متوسطة الفترة (14) يوم من الصيام (18.808 pg/dl) اما بعد (28) فكانت ( 24.100 pg/dl) مقارنة بالقيمة قبل الصيام التي كانت (13.323 pg/dl) . ومن نتائج الدراسة ايضا العلاقة بين الصيام والانخفاض في تركيز ( IL - 17A ) ولكن هذا الانخفاض لم يكن معنويا حيث كانت متوسط تركيزة قبل الصيام (37.52 pg/dl) فيما كانت قيم متوسطات للفترة (14) و(28) يوم من الصيام (31.69 pg/dl ) ، (28.99 pg/dl ) على التوالي . فيما اظهرت النتائج حدوث زيادة معنوية(P<0.05) في تركيز (TGF - β ) حيث بلغت قيم المتوسطات للفترة (14) و(28) يوما من الصيام (pg/dl 54.70 ) ، (pg/dl 62.15) على التوالي مقارنة مع القيمة قبل الصيام حيث كانت (48.80 pg/dl). اما بشان الهرمونات الجنسية فقد بينت النتائج حدوث زيادة غير معنوية في تركيز (FSH) حيث كانت قبل الصيام (mIU/mL 9.810) وبعد (14) ، (28) يوما من الصيام (mIU/mL 10.715) ، (mIU/mL 12.028) على التوالي . فيما اظهرت انخفاضا في تركيز (LH) ولكن لم يكن معنويا, ففي الوقت الذي كان متوسط مستواه قبل الصيام (mIU/mL 6.628) انخفضت في الايام (14)، (28) الى (mIU/mL 5.988) ، (mIU/mL 5.393) على التوالي . كما اظهرت حدوث انخفاضا غير معنوي في تركيز(Testosterone) ، اذ كانت قيمته قبل الصيام (ng/dl 430.85)اما وخلال الايام (14) و(28)فكانت (398.59 ng/dl) ، (ng/dl 381.30) على التوالي . كان للصيام تاثيرا في مستويات انزيمات الكبد فبالنسبة للانزيم (AST) كانت قيمة قبل الصيام (U/L 11.545) مقارنة مع قيم المتوسطات في الفترة (14) ، (28) حيث كانت القيم (10.020 U/L ) ، (U/L 8.963) على التوالي ، وعند مقارنة قيم المتوسطات فكانت معنوية(P<0.05) ما بين فترة قبل الصيام وخلال الصيام. كما امتد تاثير الصيام على انزيم (ALT) فقد انخفضت مستوياته كذلك ولم يكن معنويا اذ بلغت قيم المتوسطات قبل وخلال (14) و(28) حيث كانت القيم (U/L 12.448) ، (U/L 11.353) ، (10.798 U/L) على التوالي . وكذلك لوحظ انخفاضا طفيفا غير معنوي في نشاط انزيم (ALP) فكانت على التوالي وللفترات قبل الصيام بعد 14،28 يوما هي(U/L 52.86) (U/L 50.72) ، (U/L 48.18). واظهرت نتائج الدراسة حدوث انخفاضا معنويا(P<0.05) في ضغط الدم الشرياني الانقباضي والانبساطي Systolic and Diastolic pressure اذ كانت قيمة متوسط ضغط الدم الانقباضي خلال (14) و(28) (mmHg 11.550) ، (mmHg 10.800) على التوالي بعد ان كان قبل الصيام (mmHg 12.375). اما بالنسبة للضغط الانبساطي Diastolic Pressure كانت النتيجة حدوث انخفاضا معنويا (P<0.05)حيث كانت قيم المتوسطات للفترة قبل الصيام و(14) و(28) (8.150 mmHg) ، (mmHg 7.375) ،( mmHg 7.075) على التوالي. اظهرت الدراسة كذلك حصول انخفاضا غير معنويا في وزن الجسم حيث كانت قيم المتوسطات (S.E Kg± M 67.575) ، (Kg S.E ±65.808 M ) ، (64.300 M ±S.E Kg) للفترات (قبل الصيام وبعد 14 و28 يوما ) على التوالي. | The objective of the present study is to assess the effect of Ramadan fasting on some immunological and physiological parameters. Immunological studies included measurement of immunoglobulins (Igs) : Immunoglobulin A , Immunoglobulin G and Immunoglobulin M (IgA,IgG,IgM),cytokines : Tumor Necrosis factor - alpha , Interferon - gamma , Interleukin - 4 , Interleukin - 17A and Transforming growth factor - beta (TNF - α, IFN - γ, IL - 4, IL - 17A, TGF - β). Physiological studies involved serum levels of some sex hormones : Follicle - stimulating hormone, Luteinizing hormone and Testosterone (FSH, LH), Liver enzymes : Aspartate Transaminase, Alanine Transaminase and Alkaline phosphatase (AST, ALT, ALP) in addition to the body weight and arterial Blood pressure. These tests were done on sample of forty apparently healthy males who were single; non - smoker and their age range were 20 - 30 years. Single Radial Immuno Diffusion (SRID) was used to measure immunoglobulin levels before fasting (as a control group) and after (14, 28) days of fasting. Enzyme - linked Immune Sorbent Assay (ELISA) technique was used to measure cytokines levels before and during fasting while concentration of hormones were measured by using (TOSOH) system, in addition to measuring activity of enzymes, body weight and arterial blood pressure. The results showed that, there was a significant decrease (P<0.05) in the serum IgA level. The mean value of pre - fasting was 189.693 mg/dl and decreased to 107.2 mg/dl, and then to 67.6 mg/dl during 14, 28 days of fasting respectively. In addition a decrease in IgG level during fasting but statistically was not significant. The results for 14 and 28 days were 1792.1 mg/dl, 1501.0 mg/dl respectively in comparison to its value at the pre - fasting days of Ramadan which was 1878.6 mg/dl. The study showed that, IgM level was not affected by fasting. The mean value during the 14th day of fasting was 258.1 mg/dl and in the 28th day was 263.4 mg/dl in comparison to its value at the pre - fasting 255.7 mg/dl.The study demonstrated that fasting lead to change in inflammatory markers(TNF - α, IFN - γ, IL - 4, IL - 17A, TGF - β). Mean concentration of TNF - α for pre - fasting days was 12.288 pg/dl and decrease statistically (P<0.05) during period of the 14th and 28th days of fasting to 9.978 pg/dl, 7.698 pg/dl respectively. The study proved as well a significant decrease (P<0.05) in concentration of IFN - γ after 14 days of fasting to 38.880 pg/dl and after 28 days to 28.668 pg/dl after it was at the pre - fasting 48.223pg/dl. The study showed that fasting causes a significantly an increase (P<0.05) in concentration of IL - 4. The mean value of the 14th day was 18.808 pg/dl and after 28 days it was 24.100 pg/dl in comparison to its value at the pre - fasting days which was 13.323 pg/dl. From the results of this study also, the fasting caused decrease in concentration of IL - 17A, but the decreasing was not significant. The mean concentration of IL - 17A for pre - fasting days was 37.52 pg/dl and mean values of the 14 and 28 days of fasting were 31.69 pg/dl, 28.99 pg/dl, respectively. The results showed that fasting caused a significant increase (P<0.05) in concentration of TGF - β. The means values for 14 and 28 days of fasting were 54.70 pg/dl and 62.15 pg/dl respectively in comparison to its value at the pre - fasting days of Ramadan which was 48.80 g/dl. A non - significant increase in the serum level of FSH also recorded. The mean value of pre - fasting was 9.810 mIU/mL, and after 14, 28 days of fasting were 10.715 mIU/mL and 12.028 mIU/mL respectively. The study showed a decrease in LH concentration but it does not reach to be significant. Mean level of pre - fasting days was 6.628 mIU/mL and decreased in 14 and 28 days of fasting to 5.988mIU/mL and 5.393mIU/mL respectively. The study showed as well a decrease in concentration of Testosterone even it was not significant. Its value of pre - fasting day was 430.85 ng/dl and during the 14th and 28th days were 398.59ng/dl and 381.30ng/dl respectively. Fasting also affects the levels of liver enzymes. The mean value of AST for pre - fasting days was 11.545U/L compared with the means values after 14 and 28 days of fasting which were 10.020 U/L and 8.963U/L, respectively. These values were significantly (P<0.05) differ between pre - fasting and the two fasting periods. ALT enzyme also underwent some changes under the effect of fasting. ALT decreased in its levels but not significantly.The means values of pre - fasting, (14), (28) days of fasting were 12.448U/L, 11.353U/L and 10.798 U/L, respectively. Also a slight decreasing in enzyme activity of (ALP) had been noticed. The mean values of (ALP) for the pre - fasting, 14th, 28th days of fasting were 52.86U/L, 50.72U/L and 48.18 U/L, respectively. The study showed a significant decrease (P<0.05) in systolic and diastolic pressure. The means value of systolic pressure after 14 and 28 days of fasting were 11.550 mmHg and 10.800 mmHg respectively after it was at the pre - fasting 12.375 mmHg. The means values of diastolic blood pressure for the pre - fasting, 14 and 28 days of fasting were 8.150 mmHg, 7.375mmHg and 7.075 mmHg respectively. The study showed as well a decrease in body weight but non - significant. The means values of body weights were 67.575 M ±S.E /Kg, 65.808 M ±S.E /Kg and 64.300M ±S.E /Kg for periods (pre - fasting, 14 and 28 days), respectively

دراسة بكتريولوجية وجزيئية للجين norA في بكتريا Staphylococcus species المقاومة للمثيسيلين == Bacteriological and molecular study of norA gene in Methicillin Resistant Staphylococcus species bacteria

Author name: احلام خليفة عبد الله التميمي
Supervisor name: محمد فرج شذر المرجاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred clinical isolates of methecillin resistant Staphylococcus spp. were collected from different sources including : (80,10,5,3,2) isolates from wounds, blood, urine, pus, otitis media respectively from different hospitals in Baghdad during the period from 1/9/2013to 1/1/2014. All isolates were identified through morphological, cultural and some biochemical testes. Coagulase test was performed done by using both tube and slide method The results showed that 75% of isolated were positive for this test which refer to Staphylococcus aureus, and 25% were Coagulase negative Staphylococci (CoNS) .The antibiotic susceptibility test against 10 antimicrobials were determined by the agar diffusion method ; Results showed that all isolates were resistant to ceftriaxone, cloxacillin and aztreonam. The most effective antibiotic aganist isolates were ciprofloxacin and norfloxacin. The Minimum inhibitory concentrations (MICs) for ciprofloxacin and norfloxacin were determined by agar dilution method .The MIC isolates ranged from 4 to 1024 μg/ml for both antibiotics. On the other hand the minimum inhibitory concentrations (MICs) were determined for quartenary ammonium compounds and chloroxylenole . Results revealed that MIC for chloroxylenole were 50 - 500μg/ml and 500μg/ml for quartenary ammonium compounds.Thirty Four of methicillin resistant isolates were choosen for detect efflux pumps by using Ethidium Bromide - Agar Cartweel Methode (EtBrCW), which include ethidium bromide dye as marker to detect efflux pumps, the result showed that 18 isolates(52.9%) give positive result, 3 isolates (8.82%) were intermediate, wherase remaining isolates 13 isolates(38.29%) were give negative result.Polymerase Chain Reaction (PCR) technique was performed done using specific primer targeting the specific sequences of the norA gene, The results showed that norA found in 16 isolates (47%). Nucleotide sequence for norA gene in 9 isolates were determined ,results revealed consistency reaching up to 90 % as compared nitrogen bases sequence of the norA gene present in the Staphylococcus aureus strain in NCBI Detection of gene expression was performed done by using q RT - PCR technique after RNA extraction and cDNA syenthesis , the result showed that gene expression were various among isolates , and the gene expression increase with increasing MIC of ciprofloxacin and norfloxacin.The effect of biosurfactant as efflux inhibitors was tested by detection of MIC for ciprofloxacin alone and mixed with biosurfactant , the result showed ability of biosurfactant in decreasing the MIC to two or four - fold in the presence of inhibitor this refer to biosurfactant effective material against NorA efflux pump.

تثبيـط نمو وتكوين الغشاء الحيوي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa بالبروتينات المنتجة من خـمـيرة cerevisiae Saccharomyces == Inhibition of Pseudomonas aeruginosa Biofilm formation and Growth by inhibitory Proteins Produced by Saccharomyces cerevisiae

Author name: احسان علي رحيم السوداني
Supervisor name: نبراس نزار محمود
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 207عينة سريرية من بعض مستشفيات بغداد ولفئات عمرية مختلفة ولكلا الجنسين للفترة من 15/10/2013 - 15/1/2014 وعزلتﹸ وشخصتﹸ 68 عزلة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa ومن مصادر مختلفة شملت (28) عينة من الحروق و(21) من اخماج الجروح و(6) اخماج المسالك البولية و(6) من اخماج الاذن الوسطى و(4) من التهاب البلعوم و(3) من القشع. شخصتﹸ العزلات البكتيرية اعتمادا على صفات المستعمرات المظهرية والمجهرية عند تنميتها في الاوساط الزرعية التفريقية والاختيارية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية ولتاكيد نتائج الفحوصات الكيموحيوية استعمل نظام Vitek2 compact كخطوة تكميلية . استعملت في هذه الدراسة طريقتين للتحري عن تكوين الغشاء الحيوي وهي طريقة Congo Red Agar Method(CRA) وطريقة اطباق المعايرة الدقيقة Microtitration plates method (MTP).اظهرت النتائج ان طريقة (MTP) كانت الاكثر دقة في التحري عن تكوين الغشاء الحيوي , اذ لوحظ ان (28)عزلة من اصل (68) عزلة كانت مكونة للغشاء الحيوي , في حين كانت (40) عزلة غير مكونة للغشاء الحيوي قياسا بطريقة (CRA) التي كانت عدد العزلات المكونة للغشاء الحيوي فيها (16) عزلة و(52 ) عزلة غير مكونة للغشاء الحيوي .اخضعت العزلات المكونة للغشاء الحيوي لفحص الحساسية تجاه (17) مضادا حيويا بطريقة الاقراص , وقد تبين ان عزلات الدراسة تحمل صفة المقاومة المتعددة للمضادات (Multi drug resistance) اذ اظهرت جميع العزلات السريرية لبكتريا P.aeruginosa مقاومة بنسبة 100% للمضادات Piperacillin , Amoxicillin/Clavulanic acid , Ticarcillin/Clavulanic acid, Ceftazidime, Ceftriaxone , Aztreonam, Cefoxitin , Çefodizime, Trimethoprim/Sulphamethoxazole , Nalidixic Acid , Rifampicin , ثـم تـدرجت مــقاومة البكــتريا لـبقية المــضادات ,فــي حيـــن كانـــت حساسة لمضاد Imipenem بنسبة 100%. قدر التركيز المثبط الادنى (MIC) لعزلات بكتريا P. aeruginosa باستعمال نظام compact Vitek2 وحددت النتائج بوصف البكتريا مقاومة R او حساسة S.استعملت خمائر الخبز الجافة المستوردة من مناشئ مختلفة والمتوفرة في الاسواق المحلية من اجل الحصول على عزلات لخميرة Saccharomyces cerevisiae التي شملت كل من العزلة AY من خميرة Angel الصينية المنشا والعزلة MY من خميرة Magestic الصينية المنشا والعزلة PY من خميرة Packmaya التركية المنشا والعزلة LY من خميرة Altunsa التركية المنشا، وتم التاكد من جنس الخميرة ونوعها باعتماد المفاتيح التشخيصية التي تشمل كل من الصفات المظهرية والزرعية والفحوصات الكيموحيوية.اجريت غربلة لرواشح عزلات الخميرة من اجل انتخاب العزلة الاكفا في انتاج المواد البروتينية المثبطة باستعمال طريقة الانتشار في الحـفر لمعــرفة تاثير هــذه المواد تجاه بكتريا P. aeruginosa المنتــجة للــغشاء الحــيوي قيد الدراسة , لم تظهر الرواشح الخام (غير المركزة) لعزلات خميرة S. cerevisiae اي تاثير تثبيطي ضد العزلات البكتيرية , في حين ادى تركيز راشح خميرة AY S. cerevisiae لمرة واحدة ولمرتين الى اظهار فعاليتها التثبيطية تجاه عزلات بكتريا P. aeruginosa المنــتــجة للغشاء الحيوي وبمعدل اقطار تثبيط بلغ (15.5, 20.4) ملم عـلـى الـتـوالـي . فـي حـين بــلــغ مــعــدل اقـــطارمــنطـــقــة الــتثــبيط لراشح خميرة PY S. cerevisiaeالمركز لمرة واحدة ولمرتين (13.8, 18.2) ملم على التوالي.اظهرالراشح المركز لعزلة AY S.cerevisiae المنماة في وسط Yeast Extract Glucose Peptone Broth (YEGPB) تاثيرا تثبيطيا واضحا تجاه العزلات قياسا براشح العزلة المنماة في وسط (PDB) Potato dextrose broth . عـدت مدة الحضن (24) ساعة افضل مدة زمنية تحتاجها الخميرة لتحفيز انتاج المواد المثبطة.شـملت خــطوة تنــقية البروتينات المثبطة استعمال كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع تراوحـت بــين 30 الــى 70% لتــرســيب الــبروتينات الــموجــودة فـــي وسط النمو للعزلة AY S. cerevisiae , وكان للبروتين المثبط المنقى جزئيا فعلا مضادا لنمو البكتريا . اذ بلغ التركيز المثبط الادنى للبروتين المثبط المنقى جزئيا (64) ملغرام/ملليلتر, ما عدا عزلة واحدة بلغت قيمة (MIC) لها (32) ملغرام/ملليلتر. وتباينت فعالية البروتين المثبط والمنقى جزئيا المضادة لتكوين الغشاء الحيوي على عزلات بكتريا P. aeruginosa , كانت العزلة الاكثر تحسسا للبروتين المنقى جزئيا العزلة Ps33 والاقل تحسسا لها Ps68.

بعض طرائق التقدير لمعلمة القياس لتوزيع لابلاس : دراسة مقارنة == Some Baye,s Estimators for the Scale Parameter of the Laplace Distribution / A Comparison Study

Author name: عماد فرهود محي الشريفي
Supervisor name: هدى عبد الله رشيد
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The Laplace distribution is important to the development of mathematics ,statistics, physics, and astronomy, and usually used as its characteristics apply to a large ratio of natural, social and economic phenomenon. Hence, the importance of this thesis is to Find the best estimator for the scale parameter θ, when location parameter (a) is known and unknown through obtaining and comparing the classical estimators (Maximum Likelihood Estimator, Uniformly Minimum variance unbiased Estimator, and Minimum Mean Squared Error), as well as Bayesian estimators under different loss functions (Quadratic loss function, squared - Log error loss function, Generalized squared error loss function, Entropy loss function, Suggested loss function).In order to get a better understanding of our Bayesian analysis, we consider the non - informative prior for the scale parameter () using Jeffreys prior information, as well as informative prior density represented by Gumbel Type II Prior.All these estimators are compared empirically using Mont - Carlo simulation by employing the mean squared errors (MSE's).Also we derived the Minimax estimators of the scale parameter θ for the Laplace distribution for all loss functions referred to above and reach to the estimators under Quadratic loss function, Squared - log error loss function, special case of Suggested loss function and Entropy loss function are Minimax estimators.Among conclusions that have been reached, the Suggested loss function with Gumble prior has recorded the best performance of the used for other loss functions. On the other hand, Gumble prior under different loss functions with Gumble Type II prior is better comparing to the corresponding Jeffrey's prior (under the same loss function) for all cases.

درجة افضل تقريب للدوال غير المقيدة في الفضاءات المحلية العامة الموزونة == The Degree of Best Approximation of Unbounded Functions in Locally - Global Weighted Spaces

Author name: علي حسين زبون
Supervisor name: صاحب كحيط جاسم الساعدي
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: The aim of this thesis is to obtain the degree of best approximation of unbounded functions in locally - global weighted - space L_(P,δ,w) (X),1≤P<∞ using many kinds of polynomials such as I - Bernstein polynomials in terms of weighted Ditzain - Totik modulus of smoothness.II - Trigonometric polynomials S_n^* (f,x) and in addition to that we defined a new operator, which depends on Dirchlet Kernel G_(2n - 3n) - operator in terms of weighted Ditzain - Totik modulus of smoothness.III - q - Bernstein - Kantorovich B ̃_(n,q)^* (f,x) operator by using the locally second usual weighted modulus of smoothness.IV - The linear positive operators L_n^*⁡〖(f,x)〗 and K_n^*⁡〖(f,x)〗 for f∈L_(P,δ,w) (X),X=[0,∞) which is used to obtain the degree of the best approximation of this function in weighted space in terms of weighted modulus of function f.V - Szasz - Mirakjan - Beta U_n^* (f,x) and R ̃_n^* (f,x) operators in terms of weighted locally averaged modulus of smoothness.VI - Also supported by some important results to improve the approximation of unbounded functions classes.

افضل تقريب احادي الاتجاه لدوال غير مقيدة في الفضاء Lp,w (X) == The Best One Sided Approximation of Unbound ed Functions in Lp,w(X) Spaces

Author name: علاء عدنان عواد المحمدي
Supervisor name: صاحب كحيط جاسم الساعدي
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This thesis is devoted to approximation of unbounded functions and deals with what is called one - sided approximation by positive linear operators and entire functions in Approximation Theory. More precisely, the existence of a sequence of polynomials which lie above (or below) a given unbounded functions and approximate it arbitrary well have been investigating. Our offer an overview of this subject in the spaces , starting with the early works of Freud and ending by the latest results in this area. This branch of estimate degree of best one - sided approximation was studied in last 60 years and now contains a big variety of techniques and approaches. Our developed modified methods on one - sided approximation in the space and obtain several results.The degree of best one - sided approximation for unbounded functions in the space , by using Hermite - Fejer interpolation polynomials on [ - 1,1] and the interpolation polynomials on [ - , ] have been studied and founded.In addition, the estimation of best one - sided approximation in , by Valle - Poussin operator and Jackson's polynomial in terms average modulus have studied.Furthermore, an estimate of best one - sided approximation in weighted space by using Bernstein polynomial and by spline polynomials in terms the kth local modulus of - continuity and Ditzian - Totic modulus of smoothness are also proposed with details.The direct and inverse inequalities of best one sided approximation by entire functions are proved in space. Some conditions have been used to prove the relations between degree of best multi approximation and best one - sided multi approximation on interval ,as well as some results consisting direct and converse theorems for one - sided multi approximation in space on interval have been proved.

جدولة متعددة المقاييس : نماذج رياضياتية وخوارزميات مضبوطة وتقريبية == Multicriteria Scheduling : Mathematical Models, Exact and Approximation Algorithms

Author name: عدوية علي محمود النعيمي
Supervisor name: طارق صالح عبد الرزاق
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هذه الاطروحة مخصصة لمسائل جدولة متعددة المقاييس وعرضت بستة فصول.الفصلين الاول والثاني هي مقدمة وفيها مختلف المفاهيم لصيغ مسائل متعددة المقاييس وناقشنا طرائق الحل المعروفة لمسائل الجدولة وتحتوي الفصول الثلاثة البحث الاساسي على مختلف المقاييس لمسالة جدولة ماكنة واحدة.هذه الاطروحة تقدم نماذج رياضياتية وخوارزميات لايجاد الحلول الكفوءة، المثلى والتقريبية لمسائل جدولة متعددة المقاييس.استخدمنا تقنيات التفرع والتقيد لتصغير المقياسين : مجموع الاجزاء للاعمال المتاخرة (∑Vj) واعظم جزء لعمل متاخر (Vmax). هذه المسالة رمز لها 1//F(∑Vj,Vmax)، واقترحت خوارزمية كفوءة (ADA) لايجاد مجموعة حلول كفوءة لها. قدمت ايضا خوارزمية التفرع والتقيد (BAB) لايجاد حل امثل لمسالة تصغير الدالة الخطية ∑Vj+Vmax. الصعوبة للمسالة الاخيرة تقترح بانه ليس بالامكان دائما ايجاد حل امثل بسرعة. لذلك استخدمت خوارزميات بحث محلية (local search algorithms) وهي descent method (DM), simulated annealing (SA) algorithm and genetic algorithm (GA) لايجاد حلول قريبة من الحل الامثل وبزمن حسابي اقل.اقترحت خوارزمية كفوءة لايجاد الحلول الكفوءة لمسالة الماكنة الواحدة مع اوقات تحضير التي رمز لها 1/rj/F(Tmax,Vmax). قدمت ايضا خوارزمية التفرع والتقيد (BAB) لايجاد حل امثل لمسالة تصغير الدالة الخطية Tmax+Vmax مع اوقات تحضير. استخدمت لهذه المسالة ايضا خوارزميات بحث محلية (local search algorithms) لايجاد حلول تقريبية.درست مسائل جدولة متعددة المقاييس على ماكنة واحدة لايجاد مجموعة حلول كفوءة للمسائل العامة 1//F(∑Cj, Tmax, Vmax)، 1//F(∑Cj, ∑Vj, Vmax)، 1//F(∑Cj, ∑Vj, Tmax)، 1//F(∑C2j, Tmax, Vmax)، 1//F(∑Cj, Tmax+Vmax). اقترحـت الخوارزمية الكفؤة (ADA1) لحل هذه المسائل. اقترحـت ايضا خوارزميتيــن لايجاد افضــل حـل ممكن لكـل من المسالتيـن الهرميتيـن 1//Lex(Vmax,∑Cj,Tmax) و1//Lex(Vmax,Tmax,∑Cj).الخوارزميات الكفوءة المقترحة هي عامة ويمكن استخدامها لايجاد مجموعة الحلول الكفوءة الفعلية (strict Pareto optimal) لمسائل جدولة متعددة المقاييس. نتائجنا التجريبية تشير الى ان الخوارزميات المقترحة تجد الحلول الكفوءة بشكل فعال في معظم الحالات وايضا، نتائجنا الحسابية تبين بان الخوارزمية (GA) فعالة اكثر للمسائل 1//∑Vj+Vmax و1/rj/Tmax+Vmax. اخيرا، قدمت استنتاجاتنا مع بعض المقترحات لبحوث مستقبلية. | This thesis is devoted to multicriteria scheduling problems. It is presented in six chapters.The first two chapters are introductory in which we give various aspects of multicriteria problem formulation and we discuss the well known methods of solution for machine scheduling problem.The next three chapters contain original research on various multicriteria single machine scheduling.This thesis presents the mathematical models and algorithms for generating efficient, optimal and approximation solutions for multicriteria scheduling problems.We use branch and bound techniques for minimizing the two criteria : the total late work (∑Vj) and the maximum late work (Vmax), this problem is denoted by 1//F(∑Vj,Vmax). An efficient algorithm (ADA) is proposed to find efficient solutions set. A branch and bound (BAB) algorithm is also presented to find optimal solution for the problem of minimizing a linear function ∑Vj+Vmax. The NP - hardness of the last problem suggests that it is not always possible to find an optimal solution quickly. Therefore, local search algorithms (descent method (DM), simulated annealing (SA) algorithm and genetic algorithm (GA)) are used to find approximation solutions that are close to the optimum with less computational time.An efficient algorithm is proposed, to find efficient solutions for one machine problem with release dates denoted by 1/rj/F(Tmax,Vmax). A branch and bound (BAB) algorithm is also presented to find optimal solution for the problem of minimizing a linear function Tmax+Vmax with release dates. For this problem also local search algorithms are used to find approximation solutions.The multicriteria scheduling problems are studied on a single machine to find efficient solutions set for the general problems 1//F(∑Cj,Tmax,Vmax), 1//F(∑Cj,∑Vj,Vmax), 1//F(∑Cj, ∑Vj, Tmax), 1//F(∑C2j, Tmax,Vmax) and 1//F(∑Cj,Tmax+Vmax). An efficient algorithm (ADA1) is proposed for solving these problems. Also two algorithms are proposed to find the best possible solution for each of the two hierarchical problems 1//Lex(Vmax, ∑Cj,Tmax) and 1//Lex(Vmax, Tmax, ∑Cj).The proposed efficient algorithms are general and can be used to enumerate the set of strict Pareto optimal for the multicriteria scheduling problems. Our experimental results indicate that the proposed algorithms find efficient solutions optimality in most cases. Also, our computational results show that the genetic algorithm (GA) is more effective for the problems 1//(∑Vj+Vmax) and 1/rj/(Tmax+Vmax). Finally, our conclusions together with some suggestions for future researches are given

القابلية على السيطرة لبعض انظمة السيطرة بواسطة نظرية شبه الزمرة == The Controllability of Some Control Systems Via Semigroup Theory

Author name: عبد الرحمن حميد نجم حسين
Supervisor name: نصيف جاسم الجواري
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: في هذا العمل، تم ادخال الشروط الكافية لمفهوم القابلية على السيطرة لانظمة غير خطية ذات الشرط الابتدائي والحدودي في فضاءات بناخ المحدبة بشكل منتظم, واثباتها باستخدام نظرية شبه الزمرة (شبه الزمرة المستمرة بقوة) وبعض الطرائق التقنية ضمن التحليل الدالي غير الخطي مثل نظرية النقطة الصامدة لكيرك. علاوة على ذلك, تم اعطاء بعض الامثلة التي توضح قيمة النتائج اعلاه. كذلك تم تقديم النتائج التي تتعامل مع قابلية السيطرة لانظمة غير خطية ذات الشرط الابتدائي والحدودي في فضاءات بناخ وذلك باستخدام نظرية النقطة الصامدة لكل من بناخ وشويدر. | In this thesis, the sufficient conditions for controllability concept of certain nonlinear initial and boundary - value systems in uniformly convex Banach spaces are introduced, and proved by using semigroup theory "strongly continuous semigroup" and some techniques of nonlinear functional analysis, such as, Kirk fixed point theorem. Moreover, examples which illustrate mathematical justification of these theorems are given. Also, the above results for controllability of nonlinear initial and boundary - value systems in any Banach spaces have been presented by using Banach's and Schauder's fixed point theorem.

التماثيل في المعادلات التفاضلية == SYMMETRY OF DIFFERENTIAL EQUATIONS

Author name: طلعت جاسم محمود
Supervisor name: انعام عبد الرحمن ملوكي
General topic: Mathematics
Specific topic: Differential Equations
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Symmetries of a system of di erential equations are transformations, which transform the family of solutions of a system of di erential equations to itselves. In fact, the theory of symmetry of di erential equations in arguably one of the most successful methods in nding the solutions of di erential equations, this theory uni es a number of previously unrelated methods into a single method. However, as with all theories, there are instances in which it provide no useful information. Thus extensions and generalizations of the method are necessary to broader the class of equations analyzed by this method. In this thesis, a general view about the subject of classical symmetry and its generalization on di erential equations is considered, classical symmetry for many di erential equations using Lie's algorithm or Maple program have been calculated. A comparison between the classical and nonclassical symmetries, and we have found, some nonclassical symmetries of the Benjamin Bona Mahony equation and some weak symmetries for this equation, which have been used to nd exact solution for this equation.Moreover, this thesis studied some applications for symmetry which can be used to solve di erential equations, such as : Finding the hidden symmetries and their origins (sources) for some ODEs and for Benjamin Bona Mahony equation, nding discrete symmetry, by using continuous symmetry, and we got new symmetries which can be considered as a composition of continuous and discrete symmetries, solving boundary value problems of di erential equation and nding the boundary conditions which are consistent with symmetry of the di erential equation. Moreover, the Clarkson problem was discussed in order to know whether the di erential equation possess a nonclassical symmetries, without solving the problem and that by using hidden symmetries.

المقاسات الغامرة الخاصة == Special Injective Modules

Author name: شيماء نوري عبد الرضا
Supervisor name: مهدي صادق عباس
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: قمنا بتعميم مفهوم المقاسات الغامرة (المقاسات الغامرة النسبية)الى المقاسات الغامرة الخاصة (المقاسات الغامرة النسبية الخاصة ) كثير من الحقائق والتشخيصات للمقاسات الغامرة تم توسيعها على هذا النوع المعمم من المقاسات .تم اعطاء توصيفات متعددة للحلقات شبه البسيطة الارتينية بدلالة تلك المقاسات تمت دراسة حلقات التشاكلات الذاتية للمقاسات الغامرة النسبية الخاصة .تم التامل في بعض الاطياف لمقاسات غامرةخاصة , نقصد بذلك دراسة مفهوم الخصوصية على المقاسات شبه الغامرة ,مقاسات شبه غامرة رئيسية ومقاسات كاذبة - غامرة نسبية واخيرا درسنا الصفات التبولوجية للغمر الخاص . | The notion of injective modules (relative injective modules) is generalized to that of special injective modules (special relative injective modules).Many properties and characterizations of injective modules are extended to these modules characterizations of semi simple Artinian rings are given in term of those module.The present study treats the endomorphism rings of special relative injective modules. It considers some spectra of special injection modules, namely, It considers the property of specialty to quasi - injective modules, principally quasi - injective modules and relative pseudo - injective modules.Finally, the study tackles the topological properties of special injectivity.

حل المسالة العكسية للكسوريات من خلال الاساليب التطويرية المثلى وتطبيقاتها

Author name: شيماء سلمان عبد
Supervisor name: نادية محمد غانم | نصيف جاسم الجواري
General topic: Mathematics
Specific topic: Mathematics
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science - Department Of Mathematics
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Fractal image coding based on the inverse problem of an iterated function system plays an essential role in several areas of computer graphics and in many other interesting applications. Despite this method have received much attention because of its high resolution and fast decoding and many other advantages, but it has not been used widely because, it required high computation time in the encoding process. Genetic algorithm as an efficient optimization approach is highly used to solve such problems. In this study, this technique is improved and implemented, and another improvement that helps to optimize the search space in the target image is proposed, this is through reaching of global optimum in a single run. It is known as crowding method. The first use of this method in solving of fractal inverse problem shows acceptable result, especially, in reducing of the encoding time and obtaining of good quality images. Although, crowding method provides a satisfactory results in comparing to the original Jacquin and genetic algorithm techniques, but it concentrates on the best elements in the population of the search space. To support global exploration and prevent trapping in local optima, a new probability is added, which helps to satisfy diversity in the population selection from both the best and worst individuals. This is satisfied through proposing of a new diversity method to reduce being trapped in local optima, and improve the time complexity of the algorithm. The relation between searching for an optimum solution and playing music is known as harmony search algorithm (HAS). This algorithm is used in this study for the first time to solve fractal inverse problem. It has been proved that access to find music harmony corresponds to solving of an optimization problem searching for an optimal solution. In comparing to the original technique, the experiments on the three proposed approaches show their efficiency and effectivity In this study, a new method that combines fractal dimension (FD) which is an indicator of image complexity with the FIC scheme is proposed. Classifying images in databases according to their texture by using FD helps reduce the retrieval time of query images. The validity of the proposed method is evaluated using geosciences images. Result shows that the method is computationally attractive.
1 ... 36 37 38 39 40 ... 61