Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 52

دراسة مقارنة بين انواع بكتريا Staphylococci المنتجة وغير المنتجة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين == Comparative Study between Methicillin - Resistant Coagulase Positive and Negative Staphylococci

Author name: هالة محمد حسين الحسني
Supervisor name: مي طالب فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم جمع 161 عينة من المرضى والحاملين للبكتريا (العاملين في المستشفيات والمطاعم) (carriers) كانت العينات تشمل : مسحات الانف، مسحات الجروح، الحروق، التقيحات، القشع، مسحات الاذن وكذلك شملت افرازات من الثدي وعينات من البول والدم. شخصت 49 عزلة (30.4%) على انها تعود لجنس Staphylococcus. وبعد اجراء اختبار الانزيم المخثر للبلازما .Coagulase test اظهرت 37 عزلة (75.5%) من اصل 49 قدرتها على انتاج الانزيم المخثر للبلازما ]موجبة للانزيم المخثر للبلازما Coagulase - Positive Staphylococci (COPS)[، بينما اظهرت 12 عزلة (24.5%) عدم قدرتها على انتاج هذا الانزيم واعتبرت سالبة للانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci(CONS). تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحياة للتحري عن وجود وانتشار بكتريا Staphylococci المقاومة للمضاد الحيوي المثسلين وكذلك تم استخدام العدة الخاصة للكشف عن هذا النوع من البكتريا (MRSA Kit) للتاكد من النتيجة، وقد كانت النتائج كالاتي : اظهرت 41 عزلة (83.7%) من اصل 49 مقاومتها لمضاد المثسلين بينما اظهرت 5 عزلات (10.2%) حساسيتها لهذا المضاد وكانت ثلاث عزلات فقط (6.1%) متوسطة المقاومة لهذا المضاد. وقد مثلت مسحات الانف (من الحاملين للبكتيريا) (carriers) اعلى نسبة (%63.4) بين العزلات المقاومة للمثسلين. ومن ناحية اخرى فقد اظهرت النتائج ان 30 عزلة (81%) من اصل 37 عزلة منتجة للانزيم المخثر للبلازما (COPS) كانت مقاومة لمضاد المثسلين بينما اظهرت 4 عزلات (10.8%) حساسيتها لهذا المضاد وثلاثة عزلات فقط (8.1%) متوسطة المقاومة للمثسلين. اما بالنسبة للعزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما (CONS) اظهرت 11 عزلة من اصل 12 عزلة (91.6%) مقاومتها للمثسلين بينما اظهرت عزلة واحدة فقط (8.3%) حساسيتها لهذا المضاد. ولم تظهر اي عزلة من العزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما مقاومة متوسطة لهذا المضاد. اما بالنسبة لفحص الحساسية لبقية مضادات الحياة فقد اظهرت النتائج ان كلا النوعين (الموجبة والسالبة للانزيم المخثر للبلازما) مقاومة لعدة انواع اخرى من المضادات اضافة للمثسلين (متعددة المقاومة للمضادات الحيوية). تم التحري عن قابلية بكتريا Staphylococcus aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) والبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين (MR - CONS) على انتاج بعض عوامل الفوعة وقد اظهرت النتائج ان بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة لعدة انواع من الانزيمات والسموم التي تساهم عادة في امراضيتها ومن هذه الانزيمات انزيم البروتييز، اللايبيز، اليوريز، الانزيم المحلل للدنا اضافة الى انزيم الجلاتينيز، كذلك اظهر هذا النوع من البكتريا قدرته على انتاج ثلاثة انواع من الهيمولايسين (الفا، بيتا، ودلتا). اما بالنسبة للنوع الثاني، البكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت قدرتها على انتاج نوعين فقط من الانزيمات (البروتييز واليوريز) اضافة الى انتاجها للانواع الثلاثة من الهيمولايسين. ولم تظهر اي عزلة قابليتها على انتاج سم متلازمة الصدمة السمية (TSST - 1) (Toxic Shock Syndrome Toxin). كذلك فقد تم التحري عن قابلية كلا النوعين السابقي الذكر من البكتريا على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقتي الانابيب واكار احمر الكونغو، وقد بينت النتائج ان كلا النوعين لها القدرة على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقة الانابيب الا ان كمية او نسبة المادة الملتصقة على السطح الداخلي للانابيب كانت متباينة بين العزلات، اما طريقة اكار احمر الكونغو فقد اظهرت ان 60% من عزلات بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة للطبقة اللزجة وبكميات كبيرة بينما اظهرت 40% من عزلات هذا النوع عدم قدرتها على انتاج الطبقة اللزجة. اما بالنسبة للبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت جميع العزلات التي تم اختبارها (100%) انتاجيتها العالية للطبقة اللزجة. اختبرت قدرة كلا من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) على انتاج او تكوين الغشاء الحيوي (biofilm) باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة وقد بينت النتائج ان كلا النوعين له القدرة العالية على تكوين الغشاء الحيوي فقد كانت قيم الامتصاصية تتراوح بين 0.520 - 0.738 وان قيم الامتصاصية لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) كانت اكبر من قيم الامتصاصية لبكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA)، اضافة لذلك فان قيم الامتصاصية وبالتالي تكوين الغشاء الحيوي قد ازدادت وبفارق معنوي عند اضافة سكر الكلوكوز وبنسبة 1% للوسط الزرعي. اظهرت النتائج كذلك ان هناك صلة بين المقاومة للمثسلين وتكوين الغشاء الحيوي في العزلات التابعة لبكتريا S. aureus. اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا لاثنين من مضادات الحياة Vancomycin وClindamycin على تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لكل من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) وقد بينت النتائج ان كلا المضادين وبكلا التركيزيين المستخدمين (تحت المثبط الادنى الاول وتحت المثبط الادنى الثاني) قد اثر او ثبط تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين هذا عند استخدام كل مضاد بمفرده على الرغم من ان تاثير مضاد الـ Vancomycin في التثبيط كان افضل من تاثير مضاد الـ Clindamycin. اضافة الى ذلك فقد اثبتت النتائج ان عملية دمج المضادين وبكلا التركيزيين تحت المثبطين الادنيين قد ثبط عملية تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين على السواء. وعند المقارنة بين طريقتي استخدام كل مضاد بمفرده وبين عملية الدمج بين المضادين فان النتائج قد بينت عدم وجود اي فرق معنوي بين الطريقتين بالنسبة لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE)، بينما بينت النتائج ان هناك فرق معنوي بين استخدام الطريقتين بالنسبة للعزلة S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وان الطريقة الاولى (استخدام كل مضاد بمفرده) كانت افضل من الطريقة الثانية (عملية الدمج بين المضادين) في التاثير التثبيطي على عملية تكوين الغشاء الحيوي. | One hundred and sixty one specimens were collected from patients and carriers (workers in the hospitals and restaurants), the specimens included nasal swab, wound swab, burn swab, abscess and pus, sputum, ear swab, breast discharge, urine and blood culture. Only 49 (30.4%) isolates identified as Staphylococcus, the coagulase test was performed and the results showed that from total 49 isolates of Staphylococci, 37 isolates (75.5%) were coagulase - positive (COPS), while only 12 isolates (24.5%) were coagulase - negative (CONS). The distribution of Methicillin resistance among Staphylococcus spp. was investigated by disc diffusion method and MRSA Kit. The results indicated that from all 49 isolates, 41 isolates (83.7%) showed resistant to the Methicillin while 5 isolates (10.2%) were sensitive and only 3 isolates (6.1%) was intermediate resistance. The highest rate of Methicillin resistance Staphylococci (63.4%) was obtained from nasal swabs (carriers). On the other hand the results showed that out of total 37 coagulase - positive isolates (COPS), 30 isolates (81%) were resistant to Methicillin and 4 isolates (10.8%) were sensitive while only 3 isolates (8.1%) were intermediate resistance to the Methicillin. The total 12 isolates that identified as coagulase - negative (CONS), 11 isolates (91.6%) showed resistance to Methicillin while only 1 isolate (8.3%) was sensitive, and there was no intermediate resistance among CONS isolates. The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that both COPS and CONS isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The ability of Methicillin - Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin - Resistant Coagulase - Negative Staphylococci (MR - CONS) isolates to produce some virulence factors were investigated and the results showed that MRSA isolates produce many enzymes and toxins that contributed in their virulence such as protease, lipase, urease, DNase and gelatinase, and also produce three types of haemolysins (alpha, beta, and delta), while MR - CONS showed the ability to produce only two enzymes (protease and urease) and three types of haemolysins. Toxic Shock Syndrome Toxin (TSST - 1) has not detected by any tested isolates. The ability to produce slime layer by MRSA and MR - CONS isolates was also investigated and the results showed that all isolates of both MRSA and MR - CONS were produced slime layer when tested by tube method but the amounts of adherent materials were different among the isolates. However, the results by Congo red agar method showed that 60% of MRSA isolates produced strong slime layer and 40% of MRSA obtained negative result, and in the case of MR - CONS all tested isolates (100%) had the ability to produce strong slime layer by this method. Similarly the ability of MRSA and Methicillin - Resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) isolates to produce biofilm by tissue culture plate (TCP) was investigated and the results indicated that both MRSA and MRSE showed highly and strong biofilm formation, and the OD value of biofilm formation ranged between 0.520 - 0.738, and the OD value obtained from MRSE isolates were higher compared to the MRSA isolates. Additionally the OD value of biofilm formation significantly increased in addition of 1% glucose to the media. The results showed that there are a possible correlation between Methicillin susceptibility and the biofilm formation in S. aureus isolates.The effect of Subinhibitory Antibiotics Concentration (sub - MIC) of two antibiotics (Vancomycin and Clindamycin) on the biofilm formation by MRSA and MRSE isolates were investigated and the results showed that both antibiotics at two subinhibitory concentration (one - half and two - half the MIC) were significantly inhibited the biofilm formation by both isolates when using of each antibiotic alone, but Vancomycin was most effective than Clindamycin. Additionally the results showed that the combination of these two antibiotics at different sub - MIC were also significantly reduced or inhibited the biofilm formation by both isolates. In comparison between the using of each antibiotics alone and the using of antibiotics combination the results showed that in the case of MRSE isolate there was no significant difference between the two treatment methods, while in the MRSA isolate there was a significant difference between the two methods. The using of each antibiotic alone (Vancomycin or Clindamycin) was most effective than the using of combination of these two antibiotics in the inhibition of biofilm formation.

انتاج الالجينت من بكتريا Azotobacter vinellandii المعزولة محليا ودراسة صفاته الفيزيوكيمياوية

Author name: حسام صباح اوهيم
Supervisor name: شذى سلمان حسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 50 عزلة بكتيرية من 20 عينة تربة جمعت من حدائق جامعة بغداد في الجادرية ومن اماكن مختلفة من حقول الذرة في كلية الزراعة في ابو غريب, تبين ان 20 منها عائد الى جنسAzotobacter اعتمادا على الفحوصات المزرعية والمجهرية. اظهرت جميع عزلات Azotobacterمستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح المعدنية الحاوي على السكروز. تم اختيار 10 عزلات والتي تميزت باعطاء لزوجة عالية عند نموها في الوسط لاجراء الغربلة الكمية لانتاج الالجينات وانتخبت العزلة A3 الاغزر انتاجا. وشخصت هذه العزلة باجراء الفحوصات الكيموحياتية وتبين انها احدى سلالات بلغ تركيز الالجينات المنتج من هذه العزلة 3 غم / لتر والكاربوهيدرات الكلية 3,15 غم / لتر ونسبة الالجينات في الكاربوهيدرات الكلية كانت 95,2 % . حددت الظروف المثلى لانتاج الالجينات من العزلة واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الحاوي على 1% سكروز وخالي من المصدرالنايتروجيني برقم هيدروجيني 6,5 وبحجم لقاح 1% وعدد خلايا ( 3 × 10 4 خلية /مل ) وعند درجة حرارة 30 م۫ ولمدة حضانة 5 ايام في حاضنة هزازة بسرعة 150 دوره في الدقيقة . درست مواصفات الالجينات المظهرية والفيزيوكيميائية المنتجة من العزلة حيث ظهر هذا المركب بعد استخلاصه وتجفيفه بلون كريمي مائل الى البني ومظهر صمغي . اما صفاته الفيزيوكيميائية فقد بينت النتائج ان المركب ذائب في الماء وغير ذائب في الايثانول والميثانول والايزوبروبانول . كانت لزوجة المركب عالية عند التركيز 1% ودرجة حرارة 35 م۫ حيث بلغت 149,94 سنتيبويز وهذه اللزوجة تقل بارتفاع درجة الحرارة وتزداد عند انخفاض الرقم الهيدروجيني حتى وصلت الى اعلى قيمة لها عند الرقم الهيدروجيني 5. كانت درجة الانصهار البدائية (onset melting point ) 190 م۫ والدرجة النهائية (clear melting point ) 205 م۫ وكان الوزن الجزيئي للالجينات 223,23 كيلودالتون. درست قابلية الالجينات على امتزاز ايونات المعادن الثقيلة ( الزنك والنحاس ) وحددت الظروف المثلى لعملية الامتزاز. اظهرت النتائج ان الالجينات لها الفه وسعة ارتباط عالية لكل من ايونات الزنك والنحاس . وان افضل امتزاز حدث بعد مرور 10 ساعات من وقت المعاملة ( اضافة 150 مل من محلول الالجينات بتركيز 1% الى 50 مل من المحلول الحاوي على ايونات الزنك او النحاس ) وكان الرقم الهيدروجيني 9 الافضل في امتزاز ايونات الزنك والنحاس من الرقم الهيدروجيني المتعادل والحامضي . | Fifty bacterial isolates were obtained from 20 soil samples collected from Baghdad University's gardens at AL - Jadiria and different places in corn field at College of Agriculture in Abu - Ghrib. Twenty of these isolates were belonged to Azotobacter depending on cultural characteristics and microscopic examination and biochemical tests .All the Azotobacter isolates revealed mucoid colonies when grown on sucrose mineral - salt agar medium. From these isolates ten isolates of higher level of mucoid growth were screened for alginate production. Azotobacter vinellandii A3 isolate revealed highest alginate production (3 gm / L ) with total carbohydrates of (3.15 gm / L ) and 95.2% alginate percent in total carbohydrate . The optimum conditions for alginate production by A. vinellandii A3 were determined; the results showed that the best production level was obtained in Emtiazis medium, containing 1% sucrose without nitrogen source, at pH 6.5, inoculum's size 1% (3.1 × 104 CFU/ml) and incubated at 30˚C for 5 days in shaking incubator at 150 rpm. , alginate concentration was 3.9(gm / L) and alginate percentage in total carbohydrate was 95.1%. Alginate of A. vinellandii A3 characterization was performed, alginate color was cream to light brown, gummy texture and soluble in water but insoluble in ethanol, methanol and isopropanol, alginate had high viscosity at a concentration of 1% solution at 35˚C which was 146.94 centipoises, the viscosity decreased with increasing temperature ,and increase with lowering pH and reached the maximum at pH 5 , the onset melting point of sodium alginate was 190 ˚C and the clear melting point was 205˚C and the molecular weight of alginate was 223.23 KD. The ability of alginate of A. vinellandii A3 to adsorb heavy metal ions(Cu+2 , Zn+2 ) was also studied, the optimum conditions for adsorption process were determined, the results showed that alginate has a high affinity and binding capacity for Cu+2 and Zn+2 ions, and the best adsorption level was occurred after 10 hrs of treatment (addition 150 ml of 1% alginate to 50 ml of solutions contain Cu +2 ions or Zn +2 ions),alkaline pH (9) was more suitable for Cu+2 and Zn+2 adsorption than neutral or acidic pH.

انتاج وتوصيف الملبد الحيوي من بكتريا Bacillus coagulans المعزولة محليا == Production and Characterization of Bioflocculant From Locally Isolated Bacillus coagulans

Author name: جوان صباح باجلان
Supervisor name: سناء برهان الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل 48 عزلة بكتيريه تعود الى جنس Bacillus, جمعت من عينات الماء والتربة. اعطت اثنان وعشرون عزلة صفة اللزوجة عندمزارعت على وسط الاكار المغذي, اظهرت سبعة عزلات فقط من Bacillus نموا في وسط النشاء المغذي واعطت فعالية التلبد في عالق الكاؤلين. اعطت العزلة B8 ( المعزولة من التربة ) اعلى فعالية تلبد في عالق الكاؤلين (37%). اظهرت الاختبارات الكيموحيوية والفحص المظهري لهذه العزلة انها تعود الى نوع Bacillus coagulans . استخلص الملبد الحيوي من العزلة B8 B. coagulans باستعمال المذيبات العضوية شملت : الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم , الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم /حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم . كان وزن الملبد الحيوي المستخلص من الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم ( 0.15 غم/100مل ) اعلى من المستخلص الناتج من الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم / حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم التي كانت (0.117 غم/100مل و0.078 غم/100مل ) على التوالي . نميت العزلة B. coagulans B8 من اوساط وظروف مختلفة وبينت النتائج انه اعلى انتاجية للملبد الحيوي تكون عند زرع البكتيريا في الوسط النشاء الحاوي على 1% نشاء كمصدر كاربوني, كلوريد الامونيوم كمصدر نتروجيني, برقم هيدروجيني 8 وحضنت بدرجة 37 لمدة 48 ساعة. اشار التحليل الكيميائي للملبد الحيوي المستخلص الى انه مكون من 85% كاربوهيدرات و7% بروتين .اظهر التحليل الكروماتوغرافي للطبقة الرقيقة (TLC ) للملبد الحيوي المتحلل بواسطة حامض الهيدروكلوريك مع نظام الاذابة المكون من البيوتانول - حامض الخليك - ماء بنسبة 1 : 1 : 3 وزن /وزن والكحول الاثيلي 96% - ماء 63 : 37 وزن / وزن, انه الملبد الحيوي المنتج من B8 B. coagulans يحوي جزء كاربوهيدراتي وجزء بروتيني, حيث ظهرت بقعتان بنية اللون عند استخدام الفينول - حامض الكبريتيك لتحري عن الكاربوهيدرات(Rf = 0.41 , 0.58 ) التي ماثلت الكالكتوز والكلوكوز, وظهرت بقعة واحدة حمراء غامقة عند استخدام النينهايدرين للتحري عن الاحماض الامينية (Rf = 0.68 ) التي ماثلت الحامض الاميني الفنيل الالنيين . درست خصائص الملبد الحيوي اعتمادا على فعالية التلبد لعالق الكاؤلين : اظهرت النتائج ان الملبد الحيوي يعطي فعالية تلبد جيدة لعالق الكاؤلين ( 41.5 % ) عند حجم 0.5 مل لكل 50مل بوجود 1% من كلوريد الكالسيوم (مصدر الشحنة موجبة) لتحسين عملية التلبد. الاس الهيدروجيني الامثل لفعالية التلبد هو11pH واعطت افضل فعالية عند درجة حرارة 70 مئوي وكانت ( 78% ) . درست قابلية مادة التلبد على ازالة عكورة مياه النهر ومياه المجاري المنزلية, اظهرت النتائج القدرة على ازالة العكورة ( فعالية التلبد ) فقد اختزلت في كلاهما الى 66.36 % و62.7% على التوالي. | From September 2008 to May 2009, 122 specimens were collected by sterile cotton swaps from patients suffering from eye infection at Ibn Al - Haitham Teaching Eye Hospital, 12 of them were Pseudomonas aeruginosa isolates : they were named (P(1), P(2),……..P(12)) in 9.83% isolation percentage. All the isolates were diagnosed by biochemical tests, API 20 E system and agglutination sera for the grouping of P. aeruginosa. The results showed that all the isolates belong to the P. aeruginosa strains (6, 9, 12 and 16). After the adhesion test and lipopolysaccharide extraction and after studying the prophylactic role of LPS, the results demonstrated that : 1 - P (10) isolate have a greater ability to adhesion when all P. aeruginosa isolates were tested on Congo red agar medium and adherence to smooth surfaces. 2 - The chemical analysis of crude LPS that was extracted from P (10) by using digestive enzyme and hot phenol water method showed that the percentage of carbohydrates was 7.3% and the percentage of protein was 1.3%. No nucleic acids were found.3 - The chemical analysis of partially purified LPS that was made by gel - filtration chromatography by using Sephacryl 200 S showed that the percentage of carbohydrates in the partial purified LPS was 19.5% and the percentage of binding proteins was 0.006%. No nucleic acids were found. 4 - When the molecular weight of LPS was measured by gel - filtration chromatography by using Sepharose C1 - 6B - 200 it was found to be 630957 Dalton. 5 - The prophylactic role of LPS was studied as follows : a - The sera were prepared by using two wild type rabbits (weight 2 - 2.5 kg). They were injected with five doses over 70 days of different concentrations of partially purified LPS that have been extracted from P. aeruginosa P (10) isolate. One rabbit was used as a control that has been injected with PBS. The titer of antibodies in sera was determined by passive haemagglutination and it was in the immunized rabbit’s sera (160), and the best concentration of LPS was 10µg.b - The pathological infection was done by using two groups of female mice; the first group represents the non - immunized group while the second group represents the immunized group. The left and right eyes of the two groups were scratched, then the left eyes were infected with 5µl of (1×108 cell/ml viable organism) of P. aeruginosa P (10) while the right eyes serve as a control scratched eye. In the second group that represents the immunized group, the mice were immunized intraperitoneally with 0.2 ml of 2X concentrated sera, 18 hr. before scratching and infection and 1 - 2 hr. after scratching and infection in comparison with the control mice that were not immunized or scratched or infected with P. aeruginosa. The results have shown that : - Typical pathological scores were observed in the left eyes of non - immunized mice group 72 hr. after infection with P. aeruginosa while no pathological scores were observed in the left eyes of immunized mice. This indicated that the immunization with LPS gave a protection against P.aeruginosa corneal infection. - The histological sections of mice eyes of non - immunized and immunized mice show that there was a degenerative change and necrosis of retina with inflammatory cells infiltration in the left eye and hyperplasia of inner retinal cell layer in the right eye of non - immunized mice in comparison with the right and left eyes of control mice that have shown a normal appearance of retina, choroid and vitreous chamber while there was a hemorrhage and detachment of retina with certain inflammatory cells in the left eye and accumulation of blood along inner retina of vitreous chamber and certain detachment of retinal layer of right eye of immunized mice. These results indicate that immunization with LPS reduces the corneal infection caused by P. aeruginosa

دراسة بعض الصفات الكيميائية والفيزيائية والبايولوجية للبكتريوسين المستخلص من بكتريا Bacillus spp. المعزولة من مصادر بيئية مختلفة == Study of some chemical, physical and biological properties of bacteriocin extracted from Bacillus spp. isolated from different ecosources

Author name: بشار قصي كاظم
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص عزلات لبكتريا Bacillus من التربة والماء والغذاء .عزلت 51 عزلة من 67 عينة منها كانت عائدة لبكتريا Bacillus spp. وفقط 17 عزلة منها كانت منتجة للبكتريوسين واختبرت فعالية البكتريوسين تجاه البكتريا الدالة Listeria monocytogenes , حيث اظهرت اختبارات التشخيص بان افضل العزلات المنتجة كانت Bacillus cereus Me1 المعزولة من اللحوم. حددت الظروف المثلى لانتاج Bacteriocin Me1 من العزلة المنتقاةBacillus cereus Me1 ولوحظ بان افضل الاوساط لانتاج Me1 Bacteriocin هو مرق نقيع القلب والدماغ المدعم با لكلوكوز بتركيز 0,1% وبحجم لقاح 2% والحاوي على 1.5×810 خلية /مليلتر ورقم هيدروجيني امثل 6.5 وبدرجة حرارة مثلى 30 م° بعد 18 ساعة حظن .نقي البكتريوسين المنتج من B.cereus Me1 بعدت خطوات تضمنت الترسيب بكبريتات الامونيوم وبنسب اشباع (30,50,60,70,80)% واظهرت النتائج بان افضل اشباع حصل عند80% من كبريتات الامونيا المستخدمة تبعتها طريقة كروموتوكرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Sephadex وطريقة الترشيح الهلامي في عمود هلام السيفاكريل - .S200 والوزن الجزيئي له حدد بطريقةالترحيل الكهربائي في هلام SDS - PAGE واظهرت حزمة بروتينية مفصولة واحدة وكان وزنها الجزيئي 9100 دالتون. وباختبار تاثير قيم ال pH على فعالية البكتريوسين اظهرت بان الفعالية لم تتاثرفي pH بينما قلت الفعالية في pH اقل من 6 واعلى من 8 . البكتريوسين كان ثابت الفعالية عند المعاملة بالتسخين حتى 70 م° حيث انخفضت فعاليته عند درجات حرارة اعلى منها وفقدت كليا عند 121 م°. البكتريوسين B.cereus Me1 كان فعالا تجاه جميع البكتريا الموجبة لصبغة كرام المختبرة (Bacillus cereus وBacillus licheniformis وBacillus subtilisو (Staphylococcus aureus والفطر Candida albicansو Erwenia caratovora بينما كان غير فعالا تجاه البكتريا السالبة لصبغة كرام Pseudomonas aeroginusa ) وEscherichia coli. ) | This study involved the isolation and identification of the Bacillus isolates from soil, water and food samples. The results showed that 51 isolates from 67 samples were belonged to Bacillus spp. All isolates were tested and only 17 of them were bacteriocin producers. Bacteriocin activity was tested against Listeria monocytogenes (Bacterial indicator). Optimization the conditions for production of bacteriocin by B.cereus Me1 revealed that the best conditions for production were Brain Heart Infusion broth medium supplemented with 0.1% glucose , inoculums size 2% (1.5 x 108 cell/ml), pH 6.5 and incubation temperature 30 °C for 18 hrs.The purification of the bacteriocin from the B.cereus Me1 was carried out by ammonium sulfate precipitation in saturated percentages of (30, 50, 60, 70,80)% and The result showed that the best saturation was obtained at 80% ammonium sulfate. Two steps of purification was performed including ion exchange Chromatography by using DEAE - Sephadex and gel filteration by using Sephacryl - S200 . The purified Bacteriocin was named Bacteriocin Me1 according to the isolate Me1 for characterization of purified bacteriocin the molecular weight was determined with gel electrophorsis SDS - PAGE and one band of separated protein appeared. It is M.W was about 9100 Dalton. Testing the effect of pH values on bacteriocin activity it was stated that this activity didn't affect at pH 6, 7, 8, while this activity decreased at pH lower than 6 and higher than 8. The bacteriocin was stable with heating up to 70°C , higher than this the activity minimized and completely lost at 121°C. The B. cereus Me1 bacteriocin was active against all tested Gram - positive bacteria (Bacillus cereus, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus) and fungus C. albicans and Erwenia caratovora while was unactive against Gram negative bacteria ( Pseudomonas. aeruginosa and Escherichia coli

دراسة مقارنة للتاثيرات ضد المايكروبية والسمية الخلوية للبايوسيانين المنتج من النوع البري وطافرة بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا == A comparative study on the antimicrobial and cytotoxic effects of pyocyanin produced by wild type and mutant of locally isolated Pseudomonas aeruginosa

Author name: حسام محمود حسن العماري
Supervisor name: هيفاء هادي حساني | عدوية عبد الله السعدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: عزلت بكتريا Pseudomonas aeruginosa من مختلف العينات (قشع, حروق, جروح, اذن, خروج, عين, ادرار) وشكلت بكتيريا P.aeruginosa نسبة 32% من العدد الكلي للبكتيريا المعزولة, تم تشخيصها على اساس الاختبارات البكتريولوجية والكيموحيوية, %92 من العزلات الكلية تميزت بانتاجها الصبغة الزرقاء المخضرة(Pyocyanin) على وسط كنج A.تميزت عزلة واحدة فقط من بين 45 عزلة من العزلات المنتجة للبايوسيانين بانتاجها للصبغة, حيث انتجت2.8ملغم/مل , هذه العزلة يرمز لها 1 - PAH هي التي استعملت لاغراض الدراسة الحالية·حددت الخصائص الكيميائية للبايوسيانين المنتج من العزلة 1 - PAH بوساطة عدة تحليلات كيميائية وهي التغير بالرقم الهيدروجيني, FTIR, وHPLC والتي اكدت ان المستخلص هو صبغة البايوسيانين; بعد ذلك عرضت العزلة البرية 1 - PAH لتراكيزمختلفة من مختلف المضادات الحياتية, فاظهر المضادان Getamycin وephataximeC افضل النتائج في الحصول على الطفرات التلقائية. خضعت عدد من هذه الطافرات لاختبار قدرتها لانتاج البايوسيانين لاختيار الاكفا, فكانت الطافرة 8 - 300S هي الاكفا بانتاجها البايوسيانين, فقد انتجت3.73 ملغم/مل. اظهر البايوسيانين المنتج من الطافرة 8 - 300S صفات مماثلة لصفات البايوسيانين المنتج من العزلة البرية٬ بعد ذلك تم اختيار مدى كفاءة البايوسيانين المنتج من العزلة البرية والطافرة من Pseudomonas aeruginosa في الفعالية ضد بكتيرية ضد عدد من البكتريا السالبة والموجبة لصبغة كرام.تم فحص فعالية البايوسيانين لتقليل نمو الخطوط الخلوية السرطانية. فاظهر البايوسيانين المنتج من العزلة الطافرة بانه الاكفا في تثبيط نمو الخلايا السرطانية خط سرطان العضلات المخططة RD,و خط خلايا سرطان عنق الرحم Hela, وخط خلايا سرطان الحنجرة 2 - Hep. فضلا عن ذلك اظهر البايوسيانين المنتج من العزلة البرية والطافرة فعالية الموت الخلوي المبرمج isApoptos ضد الخط السرطاني RD. | Pseudomonas aeruginosa was isolated from different specimens (sputum, burn, wounds, ear, stool, eye, blood, and urine); these isolates formed 32% of total specimens. These bacteria were identified according to morphological, and biochemical tests. Approximately 92% of P.aeruginosa isolates were able to produce a greenish blue pigment (pyocyanin) on king A medium. One out of 45 isolates was distincted in pyocyanin production; it gave 2.8mg/ml. This isolate was designated as P.aeruginosa PAH - 1 isolate and used for further study. The chemical properties of pyocyanin produced by PAH - 1 were detected by several chemical analyses such as changing in pH, FTIR, and HPLC that was confirmed that the extracted pigment is pyocyanin. After that, the wild type isolate PAH - 1 was exposed to various concentrations of different patterns of antibiotics, Gentamycin and Cefotaxime were showed perfect results for obtaining spontaneous mutations. These mutants were submitted for production pyocyanin; the mutant P. aeruginosa S300 - 8 isolate was distincted to producing pyocyanin equal to 3.73 mg/ml. Pyocyanin produced by mutant S300 - 8 showed similar properties of that produced by wild type PAH - 1 isolate. Pyocyanin produced by wild type and mutant of P.aeruginosa isolates showed antibacterial activity against several Gram negative (Salmonella, Proteus, Shigella, Escherisia, Klebsiella) and Gram positive bacteria (Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus). The ability of this pigment to reduce the proliferative activity of cancer cell lines was examined. Pyocyanin produced by mutant S300 - 8 mutant was more efficient to inhibit growth of cancer cell lines, RD, Hela, and Hep - 2, moreover pyocyanin produced by wild type and mutant showed apoptotic activity against cancer cell line RD.

التاثيرات المرضية للذيفان الخلوي المستخلص من بكتريا Campylobacter jejuni المعزولة محليا == Pathological Effects of the Cytotoxin Extracted from a Locally Isolated Campylobacter jejuni

Author name: سيناء محمد علي السباهي
Supervisor name: ضحى سعد صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study was done to investigate the presence of Campylobacter jejuni in bloody diarrheal stool collected from hospitalized children with gastroenteritis. Campylobacter was isolated from only 4 specimens of a total number of 186; upon identification three isolates were identified as C. jejuni while the fourth isolate was found to be C. coli.Isolation of campylobacters was done using a locally prepared modified, blood - free, charcoal selective medium. It was the first time in which such medium was used for cultivating Campylobacter locally. The efficacy of this medium was very clear in comparison with the ordinarily used blood containing medium for inhibiting almost all fecal flora.Biochemical and physiological tests were used to identify and differentiate C. jejuni from the other Campylobacter species. The antibiotic sensitivity test showed that all isolates were sensitive to erythromycin, chloramphenicol, amikacin and ciprofloxacin, while resistance was found for cephalothin, ceftriaxone cefotaxime, ampicillin and trimethoprim.Tissue culture technique was used to determine C. jejuni of high cytotoxin productivity using continuous cell lines (HeLa and Vero cell lines); this isolate was used for further investigations in the study.In this study, the cytotoxin of the highest cytotoxin producing C. jejuni isolate was extracted locally for the first time and purified, using gel filtration chromatography with Sephadex G100.The purified cytotoxin revealed a single band which was observed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) under the denaturing conditions. The molecular weight of the purified cytotoxin was approximately equal to 43 KDa as determined by PAGE.Using newly hatched chicks (as an animal model),the ID50 value was 3.71x10 4 cfu /ml. The ID50 decreased from 3.71x10 4 to 1.66 x 10 3 cfu/ml when 50 μg of cytotoxin was mixed with the bacterial suspension, this result reflects the role of cytotoxin on the pathogenesis of C. jejuni infection.In the present study, oral inoculation of newly hatched chicks with the C. jejuni isolate resulted in clinical and histopathological damages leading to bloody diarrhea similar to that observed in humans infected with C. jejuni.The post - mortal examination of chicks' viscera showed an accumulation of fluid in chick intestines which were distended with watery fluid; also there was obvious hepatomegaly with yellow spots, and swelling of the gall bladder. The associated infection with the C. jejuni cells and their cytotoxin induced more progressive tissue damage represented by a more severe intestinal distension and congestion.The histopathological examination of the small and large intestine of chicks infected with Campylobacter cells, showed mucosal sloughing, congestion of blood vessels, infiltration of inflammatory cells in the mucosal and submucosal layers, and accumulation of edematous fluid in the mucosal layer. The examination of chicks infected with Campylobacter cells and the cytotoxin revealed the presence of the same lesion, but more severely with the presence of hemorrhage in the lumen. These results could be important evidence of the role of cytotoxin as a virulence factor on the pathogenicity of C. jejuni

عزل وتشخيص البكتريا العصوية (Bacillus) المنتجة لانزيمات التحلل المائي (الحلمهه) (Hydrolases) المتحملة للحرارة == Isolation and identification of Bacillus producing thermotolerant hydrolases

Author name: عدنان حنون عباس
Supervisor name: رشيد محجوب مصلح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم الحصول على 97 عزلة من البكتريا العصوية ( Bacillus ) من جمع 200 عينة تربة ومياه في الفترة مابين تموز/تشرين اول 2008 من مواقع مختلفة من العراق بعد التشخيص الاولي ( صبغة كرام, تكوين السبورات, انتاج الكاتاليز ) وتلقيح العينات على وسط ال Thermus agar وتنميتها على درجة 50°C لفترة 24 ساعة. اظهــــرت نتائج الاخــــــتبارات الكيمــوحيــــويـــــة ان 56 عزلة تربـــــــة صنفت على انها B. laterosporus 35.71% , B. circulans 16.07% , B. stearoyhermophilus 14.28%, B. polymyxa 12.5% , B. macroides 7.14%, B. mycoides 7.14% , B. lentus 3.57% , B. popilliae 1.78% , B. chitinosporus 1.78 , بينـــما صنفت 41 عـــــــــزلة مياه عــــلى انها B. laterosporus 26.82% , B. circulans 26.82% , B. stearothermophilus 4.87% , B. polymyxa 4.87% , B. macroides 9.75% , B. mycoides 2.43% , B. lentus 7.31% , B. popilliae 4.87% , B. filicolonicus 4.87% , B. brevis 2.43% , B. larvae 2.43% , B. pumilus 2.43% . اظهرت عزلات ال ( Bacillus ) المعزولة من التربة والمياه ايجابيتها في انتاج الانزيمات المتحملة للحرارة بعد اختبارها على وسـط الاكار الصـلب, كالبروتييــز ( 73.17% ) ( 89.28% ) , الاميـــــــــليز ( 51.21% ) ( 55.35% ) , اللايبيــــــــــــز ( 95.12% ) ( 91.07% ) , السيليليز( 60.97% ) ( 85.71% ) , والكايتينيز( 92.68% ) ( 85.71% ) , على التوالي, في فترات حضانـــة مختلفة ودرجة حرارة 50°C . من جهة اخرى, قيست قابلية عزلات ال ( Bacillus ) والبالغة نسبتها ( 41.23% ) على انتاج انزيمات التحلل المائي كالبروتييـــز والاميليــز واللايبيـــز والسيليليـــز والكايتينيــز, باجمعها, حيث اظهرت النتائج بان سلالات ال B. polymyxa كانت الافضل في انتاج البروتييز والاميليــز والسيليليــز, بينما سلالات ال B. lentus كانت الافضل في انتاج الكايتينيـــز, اما اللايبيـــزفقد تم انتاجــــــــه من قبل سلالات ال B. circulans , B. stearothermophilus , B. polymyxa , B. mycoides وB. lentus , على اوساط زرعية وفترات حضانة مختلفة ودرجة حرارة 50°C. هذا وقد حددت الظروف المثلى لانتاج الاميليز من العزلة B. polymyxa AS 4/5 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج والمحضر مختبريا متكون من 2% نشا, 1% تربتون, 0.05% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.02% كلوريد الكالسيوم , برقم هيدروجيني 7, وبدرجة حرارة 50°C لفترة 48 ساعة. تم استخلاص الاميليــز من الوسط الزرعي وتركيزه بواسطة السكروز, وقد اظهرت النتائج الحصول على الاميليز بفاعلية نوعية 2.36U/mg protein, في المــرحلة الاولى تمت تنقية الاميليز بطريقة كروماتوغرافيا الوجبة Batch Chromatography واعقبت هذه المرحلة استخدام عمود التبادل الايوني Ion exchange chromatography باستخدام المبادل DEAE - Cellulose column . وقد اظهرت النتائج الحصـــول على الاميلــــيز بفاعلية نوعية 6.76U/mg protein وبعدد مرات تنقية بلغ 2.86 وبحصيلة نهائية 18.65% . تمت ايضا دراسة توصيف الانزيم, واظهرت النتائج بان الفعالية الانزيمية تزداد بزيادة درجة الحرارة الى 90°C بينما اظهر الاميليزثباتييتـــه في درجات الحرارة 40°C, 50°C, 60°C , في حضانة لمدة 30 دقيقـــة, اما الفاعلية المثلى للانزيم بالرقم الهيدروجيني pH 5, اما ثباتية الانزيم فتكون في الارقام الهيدروجينية مابينpH 4 - 10 في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة, وبفاعلية متبقيــة قصوى 78.57% في .pH 5 اما النتائج المتعلقة بتاثير الايونات الفلزية على الانزيم, تبين ان لكلوريد الزئبق تاثير عالي على الانزيم بفاعلية متبقية 46.47% و40.84% بتركيز 5mM و10mM , على التوالي, اما كلوريد المنغنيز له تاثير قليل على الانزيم بفاعلية متبقية 79.81% و81.69% بتركيز 5mM و10mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة. تعمل المواد الكلابية مثل EDTA والمواد المختزلة mercaptoethanol على تثبيط الفاعلية الانزيمية, حيث تؤثر المواد الكلابية ( EDTA ) على الانزيم بفاعلية متبقية 57.74% و52.58% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, اما المــــواد المختزلـــــــــة ( mercaptoethanol ) يكون تاثيرها بفاعلية متبقية 51.17% و40.37% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقـــــــــة. | Ninety - seven isolates of Bacillus were obtained from 200 soil and water samples, collected between July to October / 2008, from different local sites of Iraq, by primary identification ( gram stain, endospore - forming and catalase production ) after incubation at 50°C for 24h on thermus agar. Biochemical test showed that fifty - six soil isolates were classified as B. laterosporus 35.71%, B.circulans 16.07%, B.stearothermophilus 14.28%, B.polymyxa 12.5%, B.macroides 7.14%, B.mycoides 7.14%, B.lentus 3.57%, B. popilliae 1.78% and B.chitinosporus 1.78%, whereas forty - one water isolates were classified as B.laterosporus 26.82%, B.circulans 26.82%, B.stearothermophilus 4.87%, B.polymyxa 4.87%, B.macroides 9.75%, B.mycoides 2.43%, B.lentus 7.31%, B. popilliae 4.87%, B.filicolonicus 4.87%, B.larvae 2.43%, B.brevis 2.43% and B. pumilus 2.43%. Thermotolerant enzymes were produced from soil and water Bacillus species as, protease ( 89.28% ) ( 73.17% ), amylase ( 55.35% ) ( 51.21% ), lipase ( 91.07% ) ( 95.12% ), cellulase ( 85.71% ) ( 60.97% ) and chitinase ( 85.71% ) ( 92.68% ) , respectively, after culturing on solid agar media with different incubation period, at 50°C. So, 41.23% of soil and water Bacillus isolates were detected for hydrolases production as ( protease, amylase, lipase, cellulase and chitinase ) together, and showed that B. polymyxa strains were the best bacteria in protease, amylase and cellulase production, whereas B. lentus strains was a good chitinase producer. Lipase was produced by several Bacillus strains as B. circulans, B. stearothermophilus, B. polymyxa, B. mycoides and B. lentus, after culturing on different media and incubation period, at 50°C. Thermotolerant amylase production conditions by B. polymyxa AS 4/5 were studied, the highest amylase production was observed when the bacteriaSummary IIwas cultured in medium containing 2% starch, 1% tryptone, 0.05% MgSO4, 0.05% NaCl and 0.02% CaCl2 with pH 7 and incubated at 50°C for 48h. Amylase was extracted from production medium and concentrated with sucrose, the specific activity of amylase was 2.36U/mg protein. Purification of amylase was performed by ion exchange chromatography Cellux - Carboxymethyl ( batch chromatography ), followed by second step of purification by ion exchange chromatography on DEAE - Cellulose column, the results showed that the specific activity was 6.76U/mg protein with 2.86 purification folds and 18.65% yield. Thermotolerant amylase displayed a wide temperature range of activity at 40 - 90°C with highest activity at 90°C and enzyme was stable at 40 - 60°C for 30min. The optimum pH for amylase activity was pH 5, the enzyme was stable at pH 4 - 10 for 30min at 50°C with maximum remaining activity 78.57% at pH 5. Treatment of thermotolerant amylase with metal ions showed that HgCl2 reduced amylase activity, the remaining activity was 46.47% and 40.84% at concentration 5mM and 10mM of HgCl2, respectively. Whereas MnCl2 had lower effect on amylase activity, the remaining activity was 79.81% and 81.69% at concentration 5mM and 10mM of MnCl2, respectively, after 30min at 50°C. Bacillus polymyxa amylase was treated with 2mM and 5mM of EDTA and mercaptoethanol, the two compounds had inhibitory effect on the enzyme, the remaining activity of EDTA treated enzyme was 57.74% and 52.58% at 2mM and 5mM, respectively, while the remaining activity of enzyme treated with 2mM and 5mM mercaptoethanol was 51.17% and 40.37%, respectively, after 30min at 50°C.

التشخيص الجزيئي, المظهري واختبار حساسية الفطريات والبكتريا المرافقة لقشرة الشعر مختبريا لعوامل التضاد الميكروبي == Molecular, Phenotyping identification and invitro susceptibility testing in Fungi and Bacteria associated with hair dandruff to antimicrobial agents

Author name: شيماء محمد علي وتوت
Supervisor name: زيدان خليف عمران المعموري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تمثل قشرة الراس اكثر مرض جلدي شيوعا ورغم انها غير مهلكة للحياة فلم تنل قسطا من الاهتمام والبحث على مستوى العالم ولذلك هدفت الدراسة الحالية الى عزل, تشخيص والتحري عن تاثير المضادات الفطرية على الفطريات والخمائر وكذلك عزل وتشخيص البكتريا المرافقة للقشرة الموجودة في فروة الراس ومن شعر هذه الحالات المرضية. خلال مدة الدراسة ولفترة من تشرين الاول الى حزيران 2016 حيث تم جمع 280 عينة قشرة وشعر ومسح من الحالات الموصوفة انفا واشتملت على 152عينة شعر و74 عينة قشرة و54 مسحة من فروة الراس وكذلك جمعت 30 عينة سيطرة. وكل جهد لم يشار اليه بمصدر فهو من جهد الباحث.زرعت العينات على وسط اكار السابرويد والدكستروز(SDA) الحاوي على مضاد السايكلوهكسيمايد وبدونه وشخصت عزلات الخمائر اوليا على وسط CHROMagar للتميز بين انواع الخمائر عن طريق الوانها. كذلك تم التحري عن الفطريات الخيطية الجلدية من خلال زراعتها على وسط اكار السابرويد والدكستروز(SDA) الحاوي على مضاد السايكلوهكسومايد للحصول على عزلات للفطريات الجلدية وكذلك تقييم تواجد الفطريات المترممة مع العينات قيد الدراسة وتقيم عوامل الضراوة لدى الخمائر. تشخيص الفطريات المعزولة على المستوى الجزيئي من خلال تضخيم منطقة ITS باستخدام الزوج الباديئي ITS5/ITS4وITS3/ITS4 واجراء تحليل التتابع DNA sequencing لعينات ممثلة عن المجوعات المتماثلة في اوزانها الجزيئية لمنطقة التضخيم وبعد الحصول على نتائج التضخيم تم اخذ منتج بلمرة لعزلات ممثلة وارسلت الى مختبرMicrogene في امريكا للحصول على التتابع للقواعد النتروجينية ومقارنتها مع تتابع العينات المرجعية في البنك الجيني باستخدام برنامج NCBI )Blast Nucliotide Database). ومطابقة التتابعات لتقييم التماثل والاختلاف ورسم الشجرة التطورية على اساس نتائج تحليل التتابع لتقييم مدى تقارب العزلات ضمن النوع والانواع قيد الدراسة.اظهرت نتائج التشخيص التقليدية والجزيئية باستخدام الازواج البادئية ITS5/ITS4 وITS3/ITS4 كانت اوزان الحزم لكامل منطقة ITS تتراوح بين500 - 800 زوج قاعدي. بينما تراوحت الاوزان لمنطقة ITS2 بين350 - 400زوج قاعدي.واظهرت النتائج ان الطرق الجزيئية المتقدمة هي ادوات قوية لتشخيص الفطريات مقارنة مع الطرق التقليدية. تم تسجيل عزلتين من C. sake و3 عزلة Aurobasidium iranianum وعزلة Issatchenkia orientalis وعزلة من Cryptococcus fonsecae وعزلة واحدة من Cryptococcus diffluens لاول مرة في العراق.اجراء تقييم للفعالية المايكروبية لبعض المستخلصات النباتية المهمة طبيا ومقارنتها مع المضادات الفطرية وتقييم التركيز المثبط الادنى باستخدام شريط E - Test strips .كما تم مسح الانواع البكتيرية المرافقة للعينات قيد الدراسة مجهريا وبايوكيميائيا من خلال زراعتها على الاوساط التفريقية مثل وسط Manitol salt agar ووسط Blood agar base.اظهرت عزلات المبيضات البيضاء موجبة لانتاج الانبوبة الجرثومية, النمو بوجود السايكلوهكسيمايد والنمو في درجة ˚45م. قابلية C.kruzei , C.parapsilosi وC.glabrata على تكوين الغشاء الحيوي . اما اختبار الانزيمات الحالة للدهون المفسفرة فقد كانت موجبة لعزلات C.albicans ,C.parapisilosis وC.kruzei واخيرا اضهر اختبار الانزيمات الحالة للدهون نتيجة موجبة فقط لعزلات C.albicans ,C.tropicalis وC.parapsilosis. كذلك اجريت اختبارات للفطريات الجلدية والتي تضمنت قدرة ال T.rubrum على النمو على وسط SDA with 5% of NaCl وكذلك نمو الفطريات على وسط PDA وانتاج صبغة عكسية.اظهرت النتائج ان لبعض المستخلصات المائية للنباتات تاثير مثبط على نمو الفطريات الجلدية والخمائر وكان المستخلص المائي للقرنفل اكثر فعالية في تثبيط الفطريات الجلدية وبعض الخمائر وال Rhodotorulla وبفرق معنوي ≥ 0.05 يليه الشاي الاخضر والكالبتوز والدارسين والحنة وبتركيز 8 % حيث كان اكثر تاثير من بقية التراكيز.تم اجراء اختبار الحساسية الدوائية لبعض المضادات الفطرية باستخدام E - Test strips للمضادين CAS وFLU حيث اظهرت النتائج مقاومة الفطريات الجلدية والخمائر وال Rhodotorulla للمضادين.تم عزل بكتريا Staph.aurues and Staph.epidermidisوبين اختبار ال Congo red قدرتها على تكوين الغشاء الحيوي Biofilms)). واستنتجت الدراسة ان قشرة الشعر هي مشكلة الشعر المهمة العديد من الخمائر مع الشعر المتساقط معها قد تقف وراءها مجموعة من الفطريات والبكتيريا المتهمة في احداث مثل هكذا اخماج وان استخدام المستخلصات النباتية كانت مؤثرة بشكل معنوي في اختزال نمو الفطريات التي تم اختبارها تحت تاثير هذه النواتج الطبيعية وبغياب الفعالية الدوائية لافضل المضادات الفطرية مثل الفلوكنزول والكاسبوفنجين. ان التشخيص المظهري للعزلات اعتمادا على شكل الخلية لانواع المبيضات والوانها على وسط الكرومواكار هو غير علمي لنجاح التميز بين انواع المبيضات. لذلك تشخيص الانواع بالاعتماد على منطقة ITS يوفر وقتا (والذي ياخذ وقت من يوم الى يومين ) وهي ملائمة وتطبيقية حتى مع العزل التي تمتلك خصائص مظهرية شاذة. | Hair dandruff is a most commercially demoralized skin disease. Although it is not deadly disease, but not have more attention and research worldwide. This study was aimed for isolation, identification and investigation of antifungal susceptibility of dermatophytes and Candida also isolation and identification of bacteria associated with hairs dandruff. During the period from September to June a total of 280 sample of scalp and hair and smear were collected from Hilla hospital private clinics and primary schools in rural areas in the Province of Babylon (n=152 hair samples, n= 74 dandruff samples, n= 54 smear from head scalp) and samples was also collected as 30 control samples. Every effort not referred to source it from researcher effort. Samples cultured on Sabouroud Dextrose Agar (SDA) medium with or without Cyclohexemide based on stander cultured methods, incubation and identification, Primary identification of Candida has been achieved on CHROMagar medium to differential between Candida spp. based on colors. Also it was investigation about dermatophytes through cultivation on Sabouroud Dextrose Agar containing Cyclohexomide to get isolates of dermatophytes, as well as assess the presence of fungus saprophytic with samples under study.Virulence factors for the yeast were detected. Fungal identification based on amplification internal transcript spacer (ITS) region by using ITS5/ITS4, ITS3/ITS4 primers and subject the PCR product to sequence analysis (DNA sequence) for representative samples groups at Micro gene laboratory in US. Sequence analysis based on alignment with data base of reference strains in the gene bank (Blast Nucliotide Database (NCBI) program). phylogeny tree was construction on the basis of the results of the sequence data.Results showed conventional and molecular diagnosis by used ITS5/ITS4 and ITS3/ITS4 primer was band weight integration to ITS region range between 500 - 800 bp. while range weight for ITS2 region between 350 - 400 bp.The results showed that advanced molecular assays were powerful tools for fungal identification compare with the conventional methods. For the first time in Iraq Two isolates from C.sake and one isolate from Issatchenkia orientalis, also three isolates Aurobasidium iranianum and one isolates from Cryptococcus fonsecae and one isolates from Cryptococcus diffluens were recorded.Evaluating the effectiveness of microbial for some medically important plant extracts and compared with the antifungal and assess the minimum inhibitory concentration by used E - Test strips. As it has been cleared bacterial species accompanying to samples under study microscopically and biochemically during cultured on differential medium like manitol salt agar and blood agar base media.C.albicans isolates positive results for germ tube, growth in the presence of Cyclohexomide and growth in temperature 45C˚. C.kruzei, C.parapsilosis, C.glabrata ability composition of biofilms, while phospholipase assay was positive to C.albicans, C.parapisilosis and C.kruzei. Lipase assay was positive to C.albicans, C.tropicalis, C.parapsilosis. As well as conducted test for dermatophytes which include ability of Trichophyton rubrum on growth on SDA with NaCl of 5 % and dermatophytes growth on PDA and produce inverse dye. The results showed that aqueous extracts were reduced the growth of dermatophytes and Candida. The aqueous extract of Cloves more effective in inhibition of dermatophytes, Candida and Rhodotorulla at ≥ 0.05 followed by green tea and Eucalyptus, Cinnomomum, Henna. Moreover 8% concentration was more effective than other concentrations.Tested antifungal sensitivity for some Fluconazole and Caspofungin antifungal using E - Test strips. Showed that dermatophytes, Candida and Rhodotorulla was reveals resistance action against antifungals.Staph.aureus and Staph.epidermidis showed Congo red test and ability for biofilms formation.The study concluded that the hair dandruff is important hair problem, many yeast with the hair loss together may be behind them groups from fungi and bacteria accused in events such as typhoid and used of plant extracts was effected in signification in fungi growth that test under effect this natural products and the absence pharmaceutical activity to best antibiotic such as Fluconazole and Caspofungin. Morphologically identified isolates based on the cell shapes of Candida spp. and their color on CHROMagar isn’t feasible to successfully differentiate between members of the Candida spp. Therefore, identification of Candida and dermatophytes base on ITS region saves time (it takes 2 to 3 days) and is accurate and applicable even to isolates with atypical morphological features.

عزل وتشخيص البكتريا المرضية مع ايلاء اهتمام خاص للبكترياStaphylococcus auerus المرافقة ل Cutaneous Leishmaniasis في محافظة ذي قار == Isolation and Identification Pathogenic Bacteri with Special Regard to Staphylococcus auerus Associate with Cutaneous leishmaniasis at Thi - Qar Province

Author name: رضاء الله مرتضى الاعظمي
Supervisor name: قاسم حسن وداعة
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: The present study is designed to isolated and identification the pathogenic bacteria associated with Cutaneous leishmaniasis. Cutaneous leishmaniasis (CL) is a parasitic disease characterized by single or numerous ulcerations. This was study performed in Iraqi in Shatra general hospital and Al - hussein teaching hospital in Thi - Qar province 2016 - 2017.Total of 370 samples of suspected patients were taken and after examining them using geimsa stain , the positive were 186 males and 126 females then sterilize the area surrounding for ulcer , all samples were taken to (swab transport media) ,culture to MacConkey agar and blood agar after 24 hr of incubation at 37C ,after diagnosed by biochemical testing then species determined by API system. The positive results on culture media 92/312 , males 62 (67.4%) , female 30 (32.6 %).The total bacteria isolated from the lesions were in males and female staph auerus 52 cases (56.5%), Escherichia coli 8 cases(8.6%) , Bacillus cereus 6 cases(6.5%) , Pseudomonas. aeruginesa 5 cases (5.4% ), Strep. Pyogenes 6 cases(6.5%) ,Strepto.agalactiae 3 cases(3.3%).While other that isolated in males only and did not appear in females were aerobic bacteria ,Listeria moncytogenes 3 cases(3.4%) , Actinobacteria .spp 2 cases(2.2%) ,Klebsiella. Pneumonia 2 cases (2.2%) , Rodococcus .equi 1 cases (1.1%) , and anaeroberia bacteria ,Peptococcus niger 2 cases (2.2%) ,Peptostreptococcus .spp 2 cases (2.2%) .Then find bacteria that more presence more with cutaneous Leishmaniasis ,were it was staph. aureus therefore it were objected study antibiotic resistant .The present study demonstrates that Staph. aureus XIV isolates were resistant to methicillin 50 (96.15%), penicillin 48 (92.30%) , Clindamycin 37 (71.15%), ciprofloxacin 30 (57.69%) , Gentamicin 30 (57.69%),Amoxicalave 29 (55.76%), Azithromycin 25 (48.07%) , Amoxicillin 22 (42.30%), Tetracycline 21 (40.38%), Rifampin 10 (19.23%) and Vancomycin all staph .auerus are sensitive to Vancomycin The all 52 Staph. aureus isolates were further examined using polymerase chain reaction (PCR) for detection of (16SrRNA ,mecA and PVI gene ). 16SrRNA gene which were responsible for diagnosis ,where all isolates were positive to was 52\52 (100%) , mecA gene which were responsible for methicillin resistance this was detected in 52\52 (100%) . of Staph. aureus isolates and a part of virulence factors PVL gene was detected in 46/52(88.46%) of Staph. aureus isolates which are responsible to kill the leukocytes of human and other animals.

تنقية جزئية وتوصيف Biosurfactant من بكتريا Bacillus subtilis وتاثيرها على نمو بعض عزلات البكتريا والفطريات

Author name: غـفـران فـلـيـح عـبد الـحـسـن عـزيـز الجـبـوري
Supervisor name: فاطمة عبد الحسين مجبل التميمي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Najaf
First pages:
Abstract: تم الحصول على 102عزلة من العزلات البكتيرية من 40 عينة من عينات الترب الملوثة بالنفط من مختلف المناطق ورشة عمل السيارات، محطات وقود السيارات، مصافي النفط ولخمسة مناطق مختلفة في العراق . خضعت كل هذه العزلات الى الفحص المجهري والخصائص الزرعية ووجد ان 80 عزلة منها تنتمي الى جنس Bacillus ، هذه العزلات خضعت ايضا لاختبارات بايوكيميائية وشخصت بناءا على دراسة rDNA 16S من قبل مجموعتين من البرايمرات (andB16SF B16SR) و(1492R and 27 F) اذ وجد ان 51 عزلة منها تعود الى Bacillus subtilis . تم فحص جميع هذه العزلات من حيث قدرتها على انتاج biosurfactant عن طريق فحص النشاط انحلال الدم على وسط دم الاغنام حيث وجد ان جميع العزلات كانت من النوع تحلل الدم بيتا حيث تم فحصها اعتمادا على قياس الشد السطحي بعد زراعتها في Jacques medium اظهرت النتائج ان 46 عزلة من 51 عزلة كانت منتجة biosurfactant , وقد تم اختيار ثمانية منها تميزت بانتاجها لهذا المركب وهي (S1,S2,S3 S4,S5,S6,S7,S8) حيث كانت العزلة B. subtilis S4 هي الاكفا في الانتاج لذلك اختيرت في الدراسات اللاحقة . تم استخلاص Biosurfactant الخام من العزلات المختارة بواسطة وتنقيته جزئيا باستخدام طريقة Ion exchange chromatography باستخدام DEAE - Cellulose تلاها طريقة Gel filtration chromatography باستخدام Sepharose - 6B . تمت دراسة خصائص المركبات المنقاة واظهرت النتائج ان الوزن الجزيئي biosurfactant التي تنتجهاB.subtilis S4 تراوح بين (1036 - 1058دالتون) من خلال جهاز HPLC - TOF - MS . اظهرت النتائج ان الحد الاقصى لانتاج biosurfactant من العزلة تم بطريقة استخدام زيت الزيتون (3٪) وكبريتات الامونيوم (0.3٪) وKH2PO4 (1.5) غم / لتر، وبدرجة حرارة 30 مº والاس الهايدروجيني (7) وفترة الحضانة لمدة 72 ساعة. وقد تحققت اعلى نسبة للـ biosurfactant بعد مكملات الظروف المثلى الى 0.3 غرام / لتر من الوسط الزرعي . تم اختبارالنشاط البكتيري والفطري للعزلات الثمانية ضد بعض الجراثيم المسببة للامراض، وهي Staphylococcus aureus,Streptococcus pneumonia, Pseudomonas aeruginosa ,Escherichia coli ,Proteus mirabilis, Candida albicans , Candida tropicalis , Candida krusei , Rhizopus oryzae , Aspergillus niger وكانت العزلة الاكثر فعالية هي B.subtilis S4 التي اظهرت وجود نشاط ضد كل مسببات الامراض ماعدا S.pneumonia ,P.aeruginosa ,C.krusei . كما بينت النتائج ان مستخلص العزلة B.subtilis S4 اظهر اعلى تثبيط نموعند التركيز 1500 مايكروغرام / مل وصل الى 24 ملم ضد E.coli، 23 ملم ضد K.aerogenes، 21 ملم ضد S.aureus، 15 ملم ضدC.albicans، 14 ملم ضد P.mirabilis، 11 ملم ضد C.tropicalis، وتثبيط نمو الفطريات، حيث وصل معدل النمو الشعاعي الى 31.9 ملم ضد A.niger و9.7 ملم ضد R.oryzae عند التركيز 2 ملغم / مل. كذلك اظهرت النتائج ان سمية المستخلص B.subtilis خارج الجسم الحي على ذكور الجرذان البيض بلغت حوالي 922 ملغم / كغم وتشير اذ ان الاعطاء اليومي biosurfactant لم تظهراي حالة وفاة في اي جرعة ، ولم تلاحظ اي تغييرات غير عادية في السلوك اوتاثيرات سمية خلال فترة 28 يوما من العلاج. واثبت التحاليل انه ليس هناك اي تاثير سلبي على معايير الدم الفسلجية وهذا يؤكد صحة هذه المستحضرات الحيوية للاستخدام . | About 102 bacterial isolates were obtained from 40 oil contaminated soil samples from various automobile work shop ,cars fuel stations ,oil refineries of five different areas in Iraq. Microscopic examination and cultural characteristics for all isolated were investigated , 80 isolates were found to be related to the genus Bacillus , Bacillus isolates were subjected to the biochemical tests and molecular identification based on the 16S rDNA by two sets of primers (B16SF and B16SR) , (27F and 1492R) of these 80 isolates revealed that 51 of the identified isolates belonged to Bacillus subtilis.All these isolates were screened for their ability for biosurfactant production through blood haemolysis activity on sheep blood agar indicated that all isolates were β - hemolysis while screening depended on measuring the lowering surface tension of cell free supernatant after cultivation in jacques medium which referred that 46 of 51 isolates were biosurfactant producers. Eight isolates were selected for the best biosurfactant producer isolatesCrude biosurfactants produced by the selected isolates were extracted by acid precipitation followed by partially purified with dichloromethane followed by purification and characteristics, the results showed that the molecular weight of biosurfactant produced by B.subtilis S4 ranging between 1036 - 1058 Da . Optimum conditions for biosurfactants production from B. subtilis S4 were determined. Results showed that maximum biosurfactant production from this isolate was achieved by using 3% olive oil , 0.3 % ammonium sulfate and 1.5 g / l Potassium dihydrogen phosphate ,at pH7,30 ºC and incubation period for 72 hrs. Maximum biosurfactant production was achieved after the supplementation of the optimum conditions was 0.3 g/l of culture medium .All of the eight isolates were tested for antimicrobial activity against twelve pathogenic microorganisms : Staphylococcus aureus ,Streptococcus pneumonia,Pseudomonas aeruginosa ,Escherichia coli ,Proteus mirabilis Klebsiella aerogenes,Candida albicans,C.tropicalis,C. krusei , Rhizopus oryzae , Aspergillus niger and Penicillium notatum.The most effective isolates were B.subtilis S4 which showed antimicrobial activity against some tested pathogens except S.pneumonia ,P. aeruginosa ,C.krusei and P.notatum.The results indicated that S4 culture extract showed high growth inhibition zone in concentration 1500 µg /ml reached to 24 , 23, 21, 15, 14 and 11 mm against E.coli , K.aerogenes , S.aureus , C.albicans, P.mirabilis,C.tropicalis respectively and high reduction in of radial growth of the fungi reached to 31.9 and 9.7 mm in A.niger and R.oryzae respectively at 2 mg /ml concentration .Study in vivo potential toxicity of B.subtilis lipopeptide biosurfactant towards male rat was evaluated. An LD50 value was determined to be about 922 mg / kg. Results show that daily administration of biosurfactant did not show any death cases at any dose. Also, no unusual changes in behavior and no intoxication were observed during the 28 days period of treatment. Analysis proved that there were no significant adverse effect on hematological parameters and this confirms the validity of those biopharmaceuticals on body of mammals.

تحضير لقاح مضاد للبكتريا المرضية المسببة لالتهاب القــدم السكري باستخدام التشعيع بالليـزر واطئ الطاقة == Preparation of Vaccine Against Diabetic Foot Pathogenic Bacteria Using Low Level Diode Laser

Author name: زينب عواد راضي محمد
Supervisor name: احسان فتح الله رستم محمد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:
Abstract: تهدف الدراسة الحالية الى تحضير نوعين من اللقاح (الحي المضعف، والمقتول) ضد البكتريا المسببة لحالات داء القدم السكري في الانسان، وذلك باستخدام اشعة الليزر ثنائي الصمام. تم جمع العينات من (40) شخص يعانون من التهاب القدم السكري، باستخدام مسحة قطنية معقمة Sw | The objective of this study is to prepare two types of vaccine (Live attenuated and killed vaccines) against pathogenic bacteria of diabetic foot infection in humans, using laser irradiation. Samples collected from forty patients suffered from diabetic foot infection, using sterile cotton tinge (Swab), the samples diagnosed depending on a number of morphological examinations, biochemical tests and culturing on selective media, as well as to use of the API system. The bacterial isolates obtained including the followings : Staphylococcus aureus (24.59 %), Klebsiella pneumoniae (22.95 %), Escherichia coli (21.31 %), S. epidermidis (9.84 %), Pseudomonas aeruginosa (9.84 %), Proteus mirabilis (8.20 %), and other species (3.28 %). The sensitivity of the bacterial isolates before irradiation to a number of antibiotics were examined, they all gave high resistance to the antibiotics, except two types (Amikacin & Ciprofloxacin), which the bacterial isolates were sensitive to. The bacterial isolates irradiated with laser using wavelengths (660, 820, and 915nm) to increase their sensitivity reaching to a step of attenuating or killing the bacteria with increasing exposure times. Then the attenuated and killed bacteria from each isolate used to prepare a mixed vaccine. Laser effect on the bacterial isolates showed a significant decrease in the viability of the bacteria of all species when the dose was increased, where occur killing the bacteria after 20 min and more of laser dose. The efficiency of the vaccine was tested by using laboratory animals, fifteen rabbits were used in the current study, they were divided into three groups with five rabbits each, one group for live attenuated vaccine inoculation, and the other one for the killed vaccine while the third group used as a control group. One month after the completion of the vaccination, the concentrations of the immunoglobulins (IgG, IgA, IgM C3, and C4) in the rabbit serum measured using Radial Immunodiffusion (RID) method.The results showed very high significant differences P < 0.001 for the level of IgG between the live attenuated vaccine group when compared with the control one, high significant differences P < 0.01 for the level of killed vaccine group compared with the control one.The results of IgA concentrations for the three groups were highly significant, P < 0.01, when comparing the attenuated with control group, while were significant, P < 0.05 between the killed vaccine group and the control one, it was also significant for the level of IgM, C3, and C4, when compared both the live attenuated and killed vaccine groups with the control one respectively. There were no significant differences between the live attenuated and the killed vaccine groups of all measured concentrations.Subsequently the animals inoculated again with a live dose of the bacterial isolates and the levels of (IgM, IgA, IgG, C3, and C4) were measured, the same results as in the vaccinations readings were obtained.Finally the animals were inoculated with the challenge dose of all the isolated live bacteria. The animals of the control group died, while the immunized animals remained healthy revealing the efficacy of the vaccine and the vaccination program.

العلاقة بين انتاج الانزيم المحلل للكولاجين وتكوين الغشاء الحياتي بوساطة بكتريا Pseudomonas aeruginosae == The Relationship Between Collagenase Production And Biofilm Formation By Pseudomonas Aeuroginosa

Author name: امال عزيز كريم السعدي
Supervisor name: شذى سلمان الطحان
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: A total of 359 samples divided as 228 clinical and 131 non clinical specimens were collected during 2012 from four hospitals in Baghdad city including : Al - Kadhymia Teaching hospital, Baghdad Teaching hospital, The Burn Specialist Hospital and Al - Imam Ali hospital, for isolation of P.aeruginosa to study the correlation between collagenase production and biofilm formation. Eighty two Pseudomonas isolates were screened for biofilm formation, 28 isolates were classified as strong biofilm formers, 25 as moderate and 27 as weak biofilm former. The 28 isolates were identifid by VITEk - 2 Compact system which confirmed that the isolates were P.aeruginosa. Collagenase production assay was used to screen 28 isolates that were strong biofilm formers inorder to detect the ability of these isolates to produce collagenase, the substrate of collagenase (collagen) was purified localy from bovin tendon and the results showed that just 8 isolates could grow in mineral salt media with collagen after 4 days of incubation. The factors affecting biofilm formation and collagenase production were studied to determine the optimual conditions for their production, those factors included : 1 - Nitrogen sources represented higher influence on collagenase production specialy (yeast extract) in media containing collagen than other media without collagen as a substrate. The specific activity differed between the 8 isolates, biofilm formation also became more pronounced with (yeast extract), while NH4Cl and NaNO3 depressed biofilm formation at the same conditions. The statistical analysis between the two parameters (biofilm and collagenase) according to different nitrogen sources demonstrated highly significance at p?0.01 with yeast extract and casein. 2 - pH, results showed that the best pH for production was 7 for both collagenase and biofilm.The statistical analysis for determination the relationshipe between the two parameters showed highly significance at p ?0.01 for different pH. 3 - The maximum production of the two parameters was at 35?C temperature which gave highly significance at p?0.01 with defferent temperature. 4 - Long incubation periods revealed increasing in collagenase production and biofilm formation which represented highly significance detween them when incubation periods were prolonged at p?0.01. Results of this study showed that collagenase production increases when bacteria switch from a planktonic to biofilm phenotype. This indicates that biofilms and collagenase are more virulent and have a greater ability to cause tissue destruction. The REP - PCR analysis using BOX - primer, showed a clusters genetic relatedness among the isolates. The isolates were grouped according to the REP - PCR in 9 different genotypes, named cluster 1 to 3 which included C1, C2, C3 with relatedness : 8 (80%), 8 (86%), 3 (80%) respectively. A19 and A20 both of them were not included in any cluster, they have 78% similarity.The REP - PCR analysis showed that the genotypic relatedness is consistently high between the 8 producer isolates and non producer isolates (13), showed similarity reached 86

الاصابة ببكتريا Helicobacter pylori وعلاقتها بمرض تصلب الشرايين القلبية == Correlation Between Helicobacter Pylori Infection And Atherosclerotic Heart Disease

Author name: رواء سعدي سلمان
Supervisor name: مي خليل اسماعيل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: مرض قصور الشرايين التاجية هو النتيجة النهائية لتراكم اللويحات العصيدية ضمن جدران الشرايين التاجية مسببة نقص الاوكسجين وبالتالي حدوث مرض القلب الاقفاري. ويعتبر من الامراض الشائعة واحد الاسباب الرئيسية لحالات الوفاة في العالم. اضافة الى عوامل الخطورة التقلي | Coronary artery disease (CAD) is the end result of the accumulation of atheromatous plaque within the walls of the coronary arteries resulting in shortage of oxygen supply and ischemic heart disease (IHD). It was consider as one of the most common diseases and major causes of worldwide morbidity and mortality. In addition to traditional risk factors for cardiovascular disease, nowadays, accumulating evidence indicates that a variety of infectious agents may contribute to pathogenesis of CAD. The present study evaluated the anti - Helicobacter pylori IgG and IgA and the role of virulence factor of H. pylori cytotoxin associated gene (Cag A) and vacuolating associated cytotoxin (Vac A) as a risk factors for CAD.Eighty patients were divided into 2 groups : first group was 70 patients with CAD, the other group contained 10 patients with another coronary artery disease; they were admitted to Ibn Al - Bitar Specialist Center for Cardiac Surgery in Baghdad between October 2013 and January 2014. Ten individuals used as a healthy control group. All blood samples were tested biochemically such as glucose test, urea test, creatinine test and lipid profile test(cholesterol, triglyceride, LDL and HDL) and all of them showed normal results. The present study revealed that males were affected more than females (3 : 1); with no relation between their ages and bacterial infection.Serum IgG and IgA was Estimated by indirect immunofluorescent (IIF) whereas Cag A, Vac A and high sensitive C - reactive protein (hs - CRP) measured by enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) and compared to control group results.The incidence of the anti - H.pylori IgG was highly significantly prevalent in CAD patients 78.57% (55/70), than in control group 0% (0/10), also a high significant difference in another CAD patient group 100%(10/10) as compared to control group 0% (0/10) (P? 0.01).Similarly anti - H. pylori IgA in CAD patients and another CAD patient groups showed highly significant increase when compared to control group 37.14% (26/70), 30% (3/10) and 0% (0/10) respectively (P? 0.01).The incidence of the CagA - positivity was significantly prevalent in mean value (2.74±0.19) in patients with CAD and another CAD patient group(2.72±0.31) than in control group (1.64± 0.16) (P? 0.05). Same result was observed with Vac A antigen; mean value of patient group showed significant increase (1.299 ± 0.04) when compared to controls group (1.41±0.13) (P? 0.05). Also significant increase found between another CAD patient group(1.79±0.17) and control group (1.41±0.13) (P? 0.05). Furthermore; the present study revealed significant differences of concentration levels between hs - CRP in CAD patient group (4.95 ± 0.38 µg/ml) as compared to control group (0.77 ± 0.06 µg/ml), as well as a significant differences found between another CAD patient group (3.96 ± 0.96 µg/ml) as compared to control group (0.77 ± 0.06 µg/ml) (P? 0.05).

تحديد الصفات المظهرية والوراثية لانواع بكتريا المكورات المعوية المعزولة من المرضى في محافظة النجف الاشرف == Phenotypic And Genotypic Detection of Enterococcus Sp. Isolated From Patients In Al - Najaf Al - Ashraf Governorate

Author name: زهراء حميد عودة القريشي
Supervisor name: مهدي حسين محيل العمار
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Najaf
First pages:
Abstract: The study aimed to isolate and identify the Enterococcus spp. from different clinical specimens and study the virulence factors of predominant species, as well as detected the virulence factors encoding genes such as efaA (endocarditis - associated antigen), esp (enterococcal surface protein), eep (stimulating of pheromones expression) and enlA (enterolysin A) genes by PCR techniques.There were three hundred clinical specimens collected from patients suffering from different clinical infections during the period from September 2013 to January 2014 in AL - Sadder Medical City and AL - Hakem General Hospital. The identification of the Enterococcus spp. isolates were depended on colonial morphology, microscopic examination and biochemical tests as a primary identification. The final identification was performed with the automated VITEK - 2 compact system using Gram positive - Identification (GP - ID) cards.According to the results obtained by the VITEK tests forty two clinical isolates of Enterococcus were detected, which distributed into : (22) isolates from urine, (8) vaginal swabs, (6) seminal fluid, (4) throat swabs and two isolates from wound swabs with no isolates from cerebral spinal fluid, stool and blood specimens.This study revealed that the E. faecalis is more distributed with 25(59.52%), followed by E. faecium with 10 (23.80%), E.avium with 5 (11.90 %), E. durans and E. raffinosus with 1(2.39%) for each.The study investigated the virulence factors of E. faecalis, E.faecium and E.avium, which play a major role in enterococcus pathogenicity. E. faecalis and E.faecium had the ability to producecapsule, gelatinase, biofilm, adhesion, protease, bacteriocin, haemolysin and cytolysin except ? - lactamase produced only by E. faecalis while E.avium produced all these virulence factors except gelatinase, bacteriocin and cytolysin.The results revealed variation in the resistance of bacteria to antibiotics, E.faecalis express absolute resistance (100%) to Erythromycin, high resistance against Gentamycin, Tetracyclin and Vancomycin but high susceptibility to Ciproflaxacin and Penicillin and moderate susceptibility to Chloramphenicol. E.faecium exhibited absolute resistance (100%) to Erythromycin, Gentamycin and Tetracyclin, high resistance against Chloramphenicol, Penicillin and Vancomycin but high susceptibility to Ciproflaxacin while E.avium exhibited susceptibility (100%) to all these antibiotics except Tetracyclin showed absolute resistance.Then detected the virulence factors encoding genes : efaA, esp, eep and enlA genes by using PCR techniques and Electrophoresis Systems.Finally, The genotypic method. Regard to genotypic study the outcome showed that 21(84%) isolates of E.faecalis, 4(40%) of E.faecium and 5(100%) of E.avium were carrying efaA gene and 17(68%) of E.faecalis, 5(50%) of E.faecium, 5(100%) of E.avium were carrying esp gene while eep gene was carrying only by E.faecalis and E.faecium ; 12(48%) and 3(30%) respectively. Also the results revealed that only 1(4%) isolates of E.faecalis have enlA gene.

العلاقة بين مرض السكري المناعي الذاتي الكامن النمط الثاني للبالغين مع الخمج بالملوية البوابية == Association Between Latent Autoimmune Diabetes Of Adults In Type Ii Dm With Helicobacter Pylori Infection

Author name: سيف علي مكلف
Supervisor name: عروبة خالد عباس | مدين علي حسين
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Latent Autoimmune Diabetes in Adults (LADA) is a form of diabetes which is less recognized and underdiagnosed type of diabetes which appears to have characteristics of both type 1 (autoimmune in nature) and type 2 diabetes (adult age at onset).Helicobacter pylori (H. pylori) infection has a worldwide distribution. The bacteria colonize more than half of the world population and consider the main cause of gastritis, peptic ulceration, gastric adenocarcinoma and gastric lymphoma. The host immune response is unable to clear the infection and may actually contribute to the associated pathogenesis, also the bacterial virulent factors had certain role in the pathogenicity of infection as it was stated by limited studies that the Cytotoxin associated gene A (CagA) protein and Vacuolating cytotoxin gene A (VacA) protein positive strains are possibly associated with severe infections.The present study was designed to find out the percent of LADA patients among group of type II Iraqi diabetic patients and the relation between LADA patients and H. pylori infection.The study was carried out on 350 type II patients attending the National Diabetes Center/ Al - Mustansirrhea University/ Baghdad Al - Yarmouk during the period May to October 2014 were recruited for this study. Diagnostic markers for LADA, namely, C - peptide levels by Radioimmunoassay and GAD autoantibodies by ELISA test were determined and other Various parameters such as, HbA1c levels, Anti - H.pylori IgG, Anti - CagA protein and Anti - VacA protein by ELISA test were evaluated and correlated with type 2 diabetes and 40 control, matched by age and gender were also included.57 patients of 350 of type II have low C - peptide level, from which, 40 patients have Anti - GAD65 positive and 17 patients have Anti - GAD65 negative.The percentage of LADA patients among type II diabetes was 11.4%.The mean serum levels of C - peptide of LADA patients, controls and type II diabetes (0.30 vs. 1.94 and 3.15ng/ml) were significantly lower in LADA patients as compared to controls and type II patients (p?0.05).Also the mean blood concentrations of HbA1c of LADA patients, type II and controls (8.5 vs. 7.5 and 5.2 %) were significantly higher in LADA patients as compared to type II patients and controls (p?0.05).The Higher frequency of anti - H. pylori IgG was in LADA patients when compared with patient's controls and healthy controls (59.6%, 21.3% and 19.1%) and the p - value (?0.05).In conclusion, Cytotoxic associated gene A protein (Cag A) protein is more frequency with H. pylori positive patients 36/47 (76.6%) indicate an important role of this virulence factor in the pathogenesis of H. pylori, so they could be considered as a good biomarker for discern the risk of developing serious gastroduodenal disease in the host, than Vacuolating cytotoxin A Protein (Vac A) which is less frequency than Cag A in H. pylori positive patients 16/47 (34%).

التحري الجزيئي للجزر الوراثية المسؤولة عن المقاومة للمضادات الحياتية في العزلة baumannii A92 Acinetobacter == Molecular Detection Of Genomic Islands Responsible For Antimicrobial Resistance In Acinetobacter Baumannii Strain A92

Author name: سهاد سعد محمود العجيلي
Supervisor name: اليس كريكور ملكونيان | علي حسين ادحيه
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:

مقارنة الطرائق التشخيصية الوسط اللوني Chromogenic mediumوالانتشار بالاقراص DisK Diffusion المتسلسل PCR للكشف عن المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين في الردهات الجراحية في مدينة الناصرية == Comparison Of Chromogenic Medium, Disk Diffusion Test And Pcr Methods Forthe Detection Of Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus (MRSA) In The Surgical Wards Of Al - Nasiriyah City

Author name: جواد رشید هویدي الزیدي
Supervisor name: امین عبد الجبار السلمي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Basrah
First pages:

دراسة فسلجية لبعض انواع من جنس Bacillus المقاومة للمعادن الثقيلة وتحسين قابليتها الاصحاحية == Physiological Study Of Some Bacillus Spp. Resistant To Heavy Metals And Improving Their Ability Of Bioremediation

Author name: ایمان عبعوب مخیفي
Supervisor name: امین عبد الجبار السلمي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Basrah
First pages:

عزل وتشخيص جرثومة Helicobacter pylori من مياه الصرف الصحي في محافظة البصرة باستعمال الطريقة الزرعية وتقنية ال CR ( 16S rRNA ) == Isolation And Identification Of Helicobacter Pylori From Sewage In Basrah Province By Culture Method And PCR (16S Rrna)

Author name: الاء يعقوب الربيعي
Supervisor name: امين عبد الجبار السلمي | اسعد محمد رضا الطائي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Basrah
First pages:

القرابة الوراثية لجراثيم Acinetobacter baumannii المعزولة من مدينة الطب في بغداد == Genotyping Relatedness Of Acinetobacter Baumannii Isolated From Medical City - Baghdad

Author name: نظيمة حمود حسين السليم
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:

التلوث بالبكتريا الهوائية المرضية المعزولة من الجروح ما بعد العمليات والحروق والتعرف على بعض مصادرها وخاصة الكلبسيلا الرئوية في محافظة ذي قار == The Contamination by Aerobic Pathogenic Bacteria Isolated from Postoperative Wounds and Burns and Study some of Their Sources Especially Klebsiella pneumoniae in Thi-Qar province

Author name: خوام ريسان حسين الحسيني
Supervisor name: Myad F. Nakkash | Ilham s. Abdul Karim
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:

التاثيــر البايولوجي لســموم بكتريا ذات الرئــة على الفئران البيضاء (داخل الجســم وخارجـــه ) == Biological Effects Of Klebsiella Pneumoniae Toxin In Albino Mice (In Vivo & In Vitro)

Author name: محمد سلمان محمد صريح
Supervisor name: عصام فاضـل الجميلــي | ناهــي يوســف ياســين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:

Extraction And Purification Of Salmonella Spp. Enterotoxin Isolated From Bovine In Basrah Province

Author name: مؤيد حنون صيهود
General topic: Veterinary Medicine
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Basrah
First pages:

الالفة الجينية لبكتريا ايشيريشيا القولون الممرضة للسبيل البولي المتعددة المقاومة للمضادات الحياتية المعزولة من التهاب المجاري البولية في النجف == Genetic Affinities Of Multiple Drug Resistant Uropathogenic Escherichia Coli Isolated From Patients With Urinary Tract Infection In Najaf

Author name: سامر عبد الصاحب محمد حسين الهلالي
Supervisor name: علي محسن نعمة المحنة
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Najaf
First pages:

التحري عن البراعم الحرشفية والجراثيم الاخرى في خمج الجهاز التناسلي لدى النساء == Detection Of Chlamydia And Other Bacteria In Genital Tract Infection Of Females

Author name: اسماء زكي شيتاوي الغريري
Supervisor name: زين العابدين عبد العزيز عبد الله
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Mosul
First pages:
1 2 3