Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 11,619

دراسة بكتريولوجية وبيئية لمياه نهر دجلة وثلاث محطات تصفية في محافظة بغداد == Bacteriological and Ecological Studies on Tigris River and three Purification Stations in Baghdad province

Author name: صبا حسين محمد النعيمي
Supervisor name: كاظم هاشم ياسين الاعرجي | خالد خورشيد كاظم البياتي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمن هذا البحث دراسة بعض العوامل الخاصة بمياه الشرب المؤثرة في صحة الانسان في مدينة بغداد . العامل الاول : هو العامل البايولوجي والفيزيائي والكيميائي الذي يؤثر في جودة مياه نهر دجلة . والعامل الثاني يتضمن دراسة كفاءة تعقيم المياه في ثلاثة محطات تصفية منشاة على طول نهر دجلة . اما العامل الثالث فقد تضمن تقييم مياه الشرب في منطقة الشعلة التي تزود بالمياه من احدى محطات التصفية ( محطة الكرامة ). فضلا عما سبق ,فقد تضمنت الدراسة مقارنة بين تلوث الماء من الناحية البكتريولوجية وحالات الاسهال في الاطفال تحت عمر السنتين, الذين قد راجعوا العيادة الخارجية لمستشفى الشهيد باقر الحكيم في منطقة الشعلة . تضمنت الدراسة ايضا تعيين جودة المياه في ثلاث محطات رئيسة للتصفية , وهي محطة شرق دجلة الواقعة شمال دجلة ومحطة الكرامة الواقعة في وسط دجلة فضلا عن محطة القادسية الواقعة جنوب نهر دجلة في مدينة بغداد , اخذت عينات الماء بواقع مكررين شهريا قبل وبعد عملية التصفية من المحطات المذكورة انفا ابتداءا من كانون الاول - 2009 ولغاية ايلول - 2010 . اما التحاليل البكتريولوجية للماء فقد تضمنت تقدير العدد الحي الكلي للبكتريا والعدد الحي الكلي للبكتريا المعوية والعدد الكلي لبكتريا E.coliوبكتريا Pseudomonas aeruginosa. فضلا عن وجود بعض البكتريا المعوية المرضية مثل Vibrio cholera وspp. Salmonella. حيث جمعت 60عينة من مياه النهر و60 من داخل مشاريع التصفية . وقد استخدمت لتشخيص هذه الانواع من البكتريا الطرائق الاعتيادية المعروفة للتشخيص فضلاعن عدة .API20E بينما تضمنت التحاليل الفيزيائية والكيميائية للماء قبل وبعد عمليات التصفية تعيين المعايير الاتية, الحرارة وتركيز ايون الهيدروجين والكدرة والتوصيلية الكهربائية والمواد الصلبة الذائبة الكلية والملوحة والاوكسجين الذائب والمتطلب الحيوي للاوكسجين , فضلا عن درجات حرارة الهواء في محطات التصفية الثلاثة. وقد اخذت العينات بواقع مكررين وجمعت 60عينة مياه لقياس الاوكسجين المذاب والمتطلب الحيوي للاوكسجين و60عينة اخرى لبقية الفحوصات الفيزيائية والكيميائية . كمااخذت اربعين عينة من ماء الحنفية من المنازل في منطقة الشعلة خلال اشهر الصيف وهي حزيران وتموز واب وايلول من عام 2010. وفي الوقت نفسه, وفي الفترات نفسها السابقة , اخذت عينات مماثلة (اربعون عينة ) من براز الاطفال تحت عمرالسنتين المصابين بالاسهال واربعون عينة مماثلة من براز اطفال اصحاء بالعمرنفسه للمقارنة ولتعيين انواع واعداد البكتريا الحية الكلية المرضية في هذه العينات . ولقد اشارت نتائج هذه الدراسات الى ان درجة حرارة الهواء اثرت بدرجات حرارة البيئة المحيطة وتراوحت بين (15 - 41 م), وكانت درجة حرارة مياه دجلة ما بين ( 13 - 32 م ) , بينما كانت درجة حرارة المياه بعد عمليات التصفية في المحطات الثلاثة بين ( 15 - 33 م) . كان تركيز ايون الهيدروجين للماء ( 7. 48 - 8.08 ) وبعد التصفية كان ( 7.31 - 7.89) اما كدرة مياه دجلة فقد تراوحت بين ( NTU156 - 26 ) ولمياه المحطات الثلاثة بين ( NTU 4 - 1 )كما بينت نتائج الدراسات الحالية الى ان التوصيلية الكهربائية لمياه دجلة كانت اقل منها في مياه المشاريع الثلاثة ( 606 - 776 مايكروسيمنز/سم ) و( 608 - 793 مايكروسيمنز/ سم ) على التوالي . والمواد الصلبة الذائبة الكلية لمياه المحطات ( 425 - 555 ملغرام / لتر ) ولمياه النهر كانت ( 429 - 554 ملغرام / لتر ) . بينما لم تتجاوز الملوحة في كل من مياه النهر والمحطات عن 0.49 ملغرام / لتر. كما كان تركيز الاوكسجين الذائب في مياه نهر دجلة بحدود 7.4ملغرام / لتر بينما اعلى تركيز للاوكسجين الذائب كان 10 ملغرام / لتر. اما المتطلب الحيوي للاوكسجين لمياه النهر فقد كان بحدود ( 1.2 - 4.4 مغرام / لتر ) وهذه النسبة هي ضمن الحدود المسموح بها دوليا .و من جهة اخرى اشارت الدراسات البكتريولوجية الى وجود نسبة عالية من اعداد البكتريا الحية الكلية في مياه المحطات الثلاثة وكانت بحدود ( 1 - C.F.U 64 ), وهذه الاعداد تشير الى عدم كفاءة عمليات التصفية والتعقيم الجارية في المحطات الثلاثة . وخاصة محطة الكرامة , بينما اعداد البكتريا الحية الكلية لمياه نهر دجلة كانت بحدود ( 468 - C.F.U 9100) . اما اعداد بكتريا القولون الكلية وبكتريا E.coli فقد تراوح بين ( 1.1 - 7.1 خلية / 100مل ) في المحطات الثلاثة وهذه الاعداد هي اكثر من الحدود المسموح بها دوليا . وقد تجاوزت اعداد بكتريا القولون الكلية في نهر دجلة عن ( 1795 - 63000 خلية / 100مل) ,بينما اعداد بكتريا E.coli فقد كانت بحدود ( 335 - 39000 خلية / 100مل ) .ا ما بالنسبة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa فقد كان عددها ( 2.2 - 23 خلية / 100مل ) في المحطات الثلاثة واعلى تركيز في اعدادها كان قد سجل في اشهر الصيف , بينما كانت اعدادها في نهر دجلة بحدود( 580 - 160000 خلية / 100مل ) .ا ما نتائج اعداد البكتريا القولونية الكلية وبكتريا E.coliالمعزولة من مياه الحنفيات في منازل الشعلة فقد سجلت اعلى القيم للبكتريا القولونية الكلية وبكتريا E.coli 16)و9.2خلية/100مل)على التوالي, اما اقل القيم فكانت 1.1)و0.0خلية/100مل)على التوالي. كما اشارت الدراسة الى احتواء عينات البراز الماخوذة من الاطفال المصابين بالاسهال ,ا نواع البكتريا الاتية : - Citrobacter freundii 15% , Klebsiella pneumonia 21% , E.coli 45 % , Pseudomonas aeruginosa 11%,Serratia plymuthica 4% , Serratia ficaria 2% , Pseudomonas fluoresens 2%. وهذه الانواع هي في الواقع متوافقة مع الانواع نفسها من البكتريا المعزولة من ماء الحنفيات من المنازل في الشعلة وهي : - Klebsiella pneumonia 30% , E.coli 27% , Pseudomonas aeruginosa 23% Citrobacter freundii 14%, Serratia playmuthia 3% , Pseudomonas fluoresens 3% . لقد عزلت انواع من البكتريا غير السائدة مثل Sphingomonas paucimobilis, Pantoea spp. من مياه النهر ومياه المشاريع اذ تعود Pantoea spp.الى العائلة المعوية Enterobacteriaceae وتسبب بعض انواعها اعراضا مرضية خطيرة للانسان, وكثيراما تكون ملوثة للادوات الطبية اضافة الى ان بعض الاجناس ممكن ان تصيب مدى واسعا من المحاصيل الزراعية المهمة اقتصاديا ,وانواع من اشجار الغابات حول العالم كما توجد بشكل مجتمعات بكتيرية تلوث خزانات وقود الطائرات النفاثة اماالنوع Sphingomonas paucimobilisفيعود لعائلة Sphingomonasaceae الذي يوجد في البيئات المختلفة بضمنها المائية (مياه البحر والمياه العذبة) وبعض انواعها وخصوصاS.paucimobilis فقد توجد في الاجهزة الطبية في المستشفيات وانواع مختلفة من النماذج السريرية وبالرغم من ان الاصابة بها خطيرة ونادرة فقد تعالج باستخدام المضادات الحيوية . واخيرا اشارت نتائج هذه الدراسة الى ان استهلاك مياه الحنفيات من قبل عموم الناس قد يكون السبب الرئيس لحالات الاسهال التي تصيب الاطفال وغيرهم لاحتوائها على اعداد كبيرة من المسببات المرضية المختلفة. | The present work aimed to study different parameters of the drinking water that affect the health of people of Baghdad city .To perform this target three factors were studied. Firstly ,The Biological ,Physical and Chemical factors that influence water quality of the Tigris river .secondly, evaluation of the efficiency of water purification of three purification stations constructed along the river of Tigris ,and thirdly ,evaluation of drinking water of AL - Shulla region in Baghdad city that is provided with water from one of these purification stations (AL - Karama station). In addition to above ,the study also included the comparison between water pollution with respect to bacteriological point of view and diarrhea cases suffering children under two years of age ,attended the hospital of Baqir AL - Hakkem out - clinic in AL - Shula. The study included determination of the water quality from three main purification station, these stations were located to the Northern (Sharq - Diglla) ,middle (AL - Karama)and southern (AL - Qadisia)parts of Tigris river in Baghdad city.Duplicate water samples were taken on monthly basis before and after purification from December, 2009 to September 2010.Microbial analyses of the water included estimation of the number of total viable microbial counts ,total viable coliforms ,total viable E.coli and Pseudomonas aeruginosa .In addition to the presence of some pathogenic enteric microorganisms e.g. Salmonella spp. , Vibrio cholerae etc. using conventional bacteriological methods and API20E Technique for the identification of these bacteria, while Physical and chemical analyses of water before and after purification included determination of the following parameters ,temperature, pH, turbidity ,electrical conductivity ,total dissolved solids ,salinity ,dissolved oxygen and Biological oxygen demand along with the air temperatures at the three purification stations. . . On the other hand ,forty tape water samples were collected from the houses in AL - Shulla region during summer months June , July ,August and September ,2010.At the same time ,and during the same periods ,forty faecal samples from children under age of two years suffering from diarrhea and forty feacal samples from healthy children of the same age also were collected to determine the total pathogenic microorganisms in these samples .The results of these studies were indicated that the water temperature was influenced by the surrounding temperatures (15 - 41 °C)and the Tigris river temperature was between (13 - 32°C ),whereas the temperature of the water after purification in the three stations were around (15 - 33°C). . The pH of the water was (7.85 - 7.97) and after purification was around (7.31 - 7.87).The Turbidity of the river water was(156 - 26)NTU and of the stations were between (1 - 4NTU) The results of the present study also revealed that the electrical conductivity of the Tigris river water was less than that of the three stations, that is (606 - 776Ms/cm) and (608 - 793Ms /cm) respectively. and the total dissolved solids (T.D.S)were between (425 - 555mg/l)for stations water and were between (429 - 554mg/l) for river water. whereas the salinity of both river and stations water did not exceed 0.49mg/l. The dissolved oxygen concentration was 7.4mg/l in Tigris river, which indicate a good aeration condition while the highest concentration for river water recorded to be 10mg/l. The biological oxygen demand for river was between (1.2 - 4.4mg/l) which is within the International allowable levels. On the other hand ,The bacteriological studies indicated a high level of total viable bacterial counts in water of the three stations and were between (1 - 64C.F.U/ml), and these numbers indicate a non - efficient purification procedures in all station studied and was exceeding the International allowable levels especially in the AL - Krama station . while total viable bacterial counts of the Tigris river was between (468 - 9100C.F.U/ml).Total coliform counts and pathogenic E.coli counts were both between(1.1 - 7.1cell/100ml )in all the three stations studied ,again,these numbers exceeded the International allowable levels. In Tigris river water ,on the other hand ,the total coliform counts was exceeded the (1795 - 63000cell/100ml )while the pathogenic E.coli count was between (335 - 39000cell/100ml) .Pseudomonas aeruginosa counts was about (2.2 - 23cell/100ml) in the three station and the highest level recorded was in summer seasons ,whereas its counts was in between (580 - 160000cell/100ml) in Tigris river. The highest number for total coliform and pathogenic E.coli were recorded to be (16 and 9.2cell/100ml) respectively. whereas the lower range were (1.1 and 0.0 cell/100ml) respectively. . The results of the present study also revealed that the faecal samples of the diarrhea cases of children contain the following bacteria ,E.coli 45%,Klebsiella pneumonia 21%.while the numbers of other bacteria ,Citrobacter freundii, Pseudomonas aeruginosa , Serratia ficaria ,Serratia plymuthica and Pseudomonas fluorescens were 15%,11%,2%,4% and 2% respectively. . These proportions are in accordance with the same bacterial species isolated from AL - Shulla houses while were 27%for E.coli ,30%for Klebsiella pneumonia and 14%for Citrobacter freundii 23%for Pseudomonas aeruginosa ,3%for pseudomonas fluoresens and 3% for Serratia plymuthica . Finally ,these results clearly indicate that the tape water consumption by the general public might be the main causative factors for diarrhea cases affecting the people due to its high content on other hand ,will reflect the poor purification procedures employed in these different purification stations at least in Baghdad city

دراسة تاثير بعض المطهرات والمعقمات والمنظفات على نمو بعض الفطريات المعزولة من بعض المستشفيات في بغداد == Study the effect of some disinfectants, sterilizers and detergents on growth of some fungi isolated from Baghdad hospitals

Author name: صادق رحيم محمد علي
Supervisor name: منى حمودي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Fungi
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study aimed to detect the fungal contamination of hospitals in orderto be controlled and limited.A total of 511 environmental swaps were collected from Al - Karamateaching hospital, Al - Sader general hospital, Al - Yarmouk teachinghospital, Baghdad teaching hospital and Imam Ali general hospital inBaghdad city from the period 28,October,2013 to 31,March,2014. Thesamples were collected to isolate and identify the caused and contaminatedfungi in addition to test their sensitivity against certain antiseptic anddisinfectants that are used in hospitals; also their virulence factors forhigher frequency and occurrence genus.These isolates were collected from main sources, the hospitalsenvironment and most of the items used for hospital work in order to detectthe nosocomial pathogens persistent in the hospital ecosystem, whichincludes : sink surfaces, tools and equipments, walls, indwelling medicaldevices, premature incubators, beds, medical trashes, floors and others.Results revealed that fungal contamination in five hospitals was in thepercentage 69.89%, 64.52%, 62.40%, 51.58% and 41.90% respectively. Inaddition, the most contaminated places were the hospitals wards 80%,while it was 77.77% in endoscopy units and 76.92% in the Respiratory careunits. The lowest contaminated places were the emergency units 25.0%then burns units 33.33% and cardiac care unit which was 41.66%. Inrespect with the percentage of occurrence and frequency for the isolatedfungi, it was found out that Aspergillus flavus formed the highest ratio offrequency and occurrence 21.29% and 15.46% respectively, followed byAspergillus niger 18.33% and 13.31% then Penecillium spp. which was10.78% and 7.83%. Regarding other fungi, their frequency and occurrence were different. All fungal isolates were identified depending on themorphological and microscopic examinations as well as biochemical tests.The results on the effect of temperature and pH on fungal growthshowed that the best growth was at 25 - 30 OC, and the best growth wasfound at the pH range 5.0 - 6.0.Results of the test of fungal sensitivity against eight antiseptics andsterilizers used in the hospital showed that the ratio of inhibition of thesecompounds agnaist fungi were different according to types andconcentration of antiseptics as well as genus and species of fungi. Use ofthese compounds in 100%, 50%, 40%, 30% and 20% concentration is veryhigher effective, while more effective if they were used in 10% or 7.5%concentration than in 5% and 2.5%, but not effective in 1.25%concentration.The results showed that Setol (Chloroxylenol) has significantly the mosteffective compound on fungi, followed by Formalin (Formaldehyde), thenCarmal (Tension, active surfactants, non - ionic) and Alwazir (Sodiumhipochlorite).Testing some of virulence factors aflatoxin production, lipaseproduction , protease production and haemolysis test, it was found that A.flavus has higher lipase production and protease production than otherfungi. A. flavus and A. niger were capable of blood hemolysis in 3 daysonly, but in different diameters of lysis zone, 1.8mm and 1.6mmrespectively. Some isolates of A. flavus are capable to aflatoxin production.Depending on all results, hospitals contain different fungal species andgenus, antiseptics and disinfectants have an effect on fungal growth if theyare used in a correctly.

دراسة كيميائية وبايولوجية لمركبي Stigmasterol و? - sitosterol كمكونات فعالة متواجدة في نبات البنفسج العطري (العائلة : البنفسجية) المزروع في العراق == Phytochemical and Biological Study of Stigmasterol and ? - sitosterol as Active Constituents Present in Viola odorata L.Plant (Family : Violaceae) Cultivated in Iraq

Author name: شيماء فخري جاسم السالم
Supervisor name: بشرى محمد جابر علوش
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعد هذه الدراسة مسح لبعض المكونات الفعاله لنبات البنفسج العطري Viola odorata L. وعزل هذه المركبات الفعالة (Stigmasterol and β - sitosterol)، كما تم اجراء دراسه بايولوجيه لتحديد فاعليتها كمركبات مضادة للاكسدة وكمضادات بكتيرية حيث تضمنت الدراسه مايلي : - • تم استخلاص هذه المركبات كمستخلص خام من كل جزء من اجزاء النبتة الجذور،الاوراق, الازهار والبذور باستخدام الميثانول والبتروليوم ايثر واجراءالتقدير الكمي والنوعي للمركبين Stigmasterol) و( β - sitosterolفي كل جزء باستخدام تقنيات TLC, HPLC,CC• تم استخلاص وعزل وتشخيص المركبين (Stigmasterol and β - sitosterol) وذلك باستخدام طرق استخلاص وتجزئه وعزل مختلفه• تم استخدام المستخلص الخام لنبات البنفسج العطري Viola odorata L. والمركبات الستيرويدية Stigmasterol) و( β - sitosterol كمضادات للاكسدة على المركب 1 - diphenyl - 2 - picrylhydrazyl (DPPH) الفعال لاحتوائه على الجذور الحرة وتحويله الى مركب 1,1 - diphenyl - 2 - picryl - hydrazine باستخدام التراكيز 25, 50, 100, 200 و400 مايكروغرام/مليلتر والمقارنة مع حامض الاسكوربك كمعاملة قياسية• تم استخدام المستخلص الخام لنبات البنفسج العطري Viola odorata Lو المركبات الستيرويديه( Stigmasterol و( β - sitosterol كمضادات بكتيرية فاعلة ضد بكتيريا staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosa وبتراكيز 2, 5, 10, 20, 30, 40 و50 مايكروغرام/مليلتر والمقارنة مع المضاد الحيوي Gentamicin كمعاملة قياسية• اظهرت النتائج وجود كميات كبيرة من المركبات الستيرويدية(Stigmasterol and β - sitosterol )في كل اجزاء نبتة البنفسج العطري Viola odorata L. اذ كانت تراكيز مركب Stigmasterol في الاوراق 2 ملغم/100مليلتر وللازهار 7.3 ملغم/100مليلتر وللجذر 4.5 ملغم/100مليلتر وللبذور 2.4 ملغم/100مليلتر, فيما كانت تراكيز المركب β - sitosterol في الاوراق 3.2 ملغم/100مليلتر وللازهار 5.3 ملغم/100مليلتر وللجذر 9.2 ملغم/100مليلتر وللبذور 3 ملغم/100مليلتر, اذ كان اعلى تركيز للمركب Stigmasterol في مستخلص الازهار 7.3 ملغم/100مليلتر واعلى تركيز للمركب β - sitosterol في الجذر 9.2 ملغم/100مليلتر.• اظهرت النتائج الفاعلية الكبيرة للمستخلص الخام لنبات Viola odorata L. بالتركيز 400 مايكروغرام/مليلتر كمضاد للاكسدة بنسبة 94% وللتراكيز 25, 50, 100 و200 مايكروغرام/مليلتر بنسبة 72, 80, 84 و92% على التوالي بالمقارنة مع المعاملة القياسية, اذ اظهرت النتائج فروقا معنوية P≤ 0.05 ما بين التراكيز للمستخلص الخام, فيما اظهر التركيز 400 مايكروغرام/مليلتر لخليط المركبات( stigmasterol وβ - sitosterol) كفاءة كبيرة كمضادات للاكسدة وبنسبة 74% وللتراكيز 25, 50, 100 و200 مايكروغرام/مليلتر بنسبة 59, 63, 66 و70% على التوالي مقارنة بالمعاملة القياسية وبفروق معنوية P≤0.05 ما بين التراكيز.• اظهرت تراكيز المستخلص الخام للنبتة فاعلية كمضاد للبكتيريا اذ كان مدى تثبيط بكتيريا Staphylococcus aureus على الوسط المغذي الصلب 0, 5, 15, 18, 20, 22 و25 مليمتر باستخدام التراكيز 2, 5, 10, 20, 30, 40 و50 مايكروغرام/مليلتر على التوالي, واظهر خليط الستيرويدات مدى تثبيط 0, 0, 0, 14, 16, 19 و21 مليمتر لنفس التراكيز على التوالي ومقارنة بالمعاملة القياسية, كذلك اظهر المستخلص الخام كفاءة كمضاد بكتيري ضد بكتيريا Pseudomonas aeruginosa بمدى تثبيط 0, 5, 12, 15, 17, 19 و22 مليمتر ولخليط الستيرويدات بمدى تثبيط 0, 0, 0, 11, 13, 17 و18 مليمتر مقارنة بالمعاملة القياسية, وبينت النتائج ان التركيز الادنى المثبط للمستخلص الخام للنبتة ضد بكتيريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosaهو 5 مايكروغرام/مليلتر ولخليط الستيرويدات هو 20 مايكروغرام/مليلتر. | This study is considered as a survey of the some secondary metabolits present in Viola odorata L., collected from plant nursery in Baghdad between April and July, followed by the fractionation and isolation of Stigmasterol and β - sitosterol.The biological study demonstrated the effect of the Stigmasterol and β - sitosterol found in Viola odorata L. as antioxidant and antibacterial. This study involved the following : - • Extraction of Stigmasterol and β - sitosterol as a crude extract from each part of the plant roots, leaves, flowers and seeds using (Petrolium ether and Methanol) to qualitative and quantitative estimation of Stigmasterol and β - sitosterol in each part of the plant by using TLC, HPLC and CC. • Fractionation and Isolation of sterols compounds (Stigmasterol and β - sitosterol) present in Viola odorata L., by using different methods . • Crude extract and sterols compound (Stigmasterol and β - sitosterol) has been studies in experimental work to determination the antioxidant activity against1,1 - diphenyl - 2 - picrylhydrazyl (DPPH) which is considered as stable free radical and convert it into 1,1 - diphenyl - 2 - picryl - hydrazine ,by using different concentrations (25,50,100,200 and 400µg/ml). Compare ascorbic acid.• Crude extract and sterols compound (Stigmasterol and β - sitosterol) has been used to determination the antibacterial activity using different concentrations (2, 5, 10,20,30,40 and 50µg/ml) against staphylococcus aureus and pseudomonas aeruginosa by using agar well diffusion method compare with Gentamicin as a standard control. • The phytochemical results showed that all the plant parts contain high amount of sterols, the quantitative data revealed that the total content of Stigmasterol in roots(4.5mg/100g) ,in leaves(2mg/100g),in flowers(7.3mg/100g) and in seeds(2.4mg/100g).The content of β - sitosterol in roots(9.2mg/100g),in leaves(3.2mg/100g),in flowers(5.3mg/100g) and in seeds(3mg/100g), highest amount of stigmasterol founded in flowers (7.30mg/100g) ,the maximum amount of β - sitosterol in roots (9.2 mg/100g) .• The results showed that crude extract of Viola odorata in concentration of 400µg/ml have a higher antioxidant effect by 94%, and concentrations of 25, 50, 100 and 200 µg/ml by 72, 80, 84 and 92% respectively which are comparing with standard control Ascorbic acid, the results showed there are significant difference at (P≤ 0.05) between the concentrations in the same crude extract, while the stigmasterol and β - sitosterol of Viola odorata also showed higher antioxidant effect in concentration of 400µg/ml by 74% and concentrations of 25, 50, 100 and 200µg/ml by 59, 63, 66 and 70% respectively comparing with standard control Ascorbic acid with significant difference at (P≤0.05) between them ,and with significant difference at (P≤0.05)between the concentrations in the same fraction.• Antibacterial results of crude extract showed Staphylococcus aureus growth inhibition zone by 0, 5, 15, 18, 20, 22 and 25 mm with 5 µg/ml as MIC, while, sterols compound showed inhibition zone by 0, 0, 0, 14, 16, 19 and 21 mm with 20 µg/ml as MIC comparing with Gentamicine standard control. Furthermore inhibition zone in pseudomonas aeruginosa culture when using crude extract by 0, 5, 12, 15, 17, 19 and 22 mm with 5 µg/ml as minimum inhibitory concentrations (MIC), while, sterols compound showed inhibition zone by 0, 0, 0, 11, 13, 17 and 18 mm with 20 µg/ml as Minimum inhibitory concentration (MIC) compar with Gentamicin standard control .Stigmasterol and β - sitosterol compound showed inhibition zone by 0,0,0,11,13,17 and 18 mm with 20 µg/ml MICcompared with Gentamicine standard control.

التوصيف المظهري والوراثي للانزيمات المحورة لمضادات الامينوكلايكوسيدية المنتجة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين == Phenotypic and genotypic characterization of aminoglycoside modifying enzymes produced by methecillin resistant Staphylococcus aureus

Author name: شيــماء عدنان جبر العبيــــدي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت 150عزلة سريرية من المكورات العنقودية من مستشفيي الحبيبية والنعمان في مدينة بغداد خلال الفترة من شهر كانون الثاني وحتى شهر نيسان لعام 2011 من اصابات سريرية متنوعة. توزعت العينات ما بين 30 عزلة من الادرار, 84 من خمجات جروح و36 عزلة من مسحات الاذن . • شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسطي اكار الماكونكي واكار الدم, تبع ذلك اجراء عدد من الفحوص الشكلية والكيموحيوية, ثم شخصت العزلات بشكل نهائي ودقيق باستخدام اشرطة نظامي api staph وMast staph kit .لقد تم الحصول على 87 عزلة (58%) على انها Staphylococcus .aureus مقابل 63 عزلة (42%) للانواع الاخرى من هذا الجنس. • بينت نتائج الفحص المسحي المظهري الاولي لمقاومة مضاد المثسلين باستخدام طريقة الانتشاربالاكار ان هنالك 84 عزلة من اصل 87 (%96.5) قد اظهرت مقاومتها لمضاد المثسلين لتكون من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين((MRSA مقابل 3عزلات فقط (3.5%) مستجيبة للمثسلين (MSSA).• اجري اختبارفحص الحساسية للمضادات الحيوية بطريقة انتشارالاقراص لجميع عزلات MRSA( ,(84 واستخدم لهذا الغرض ستة مضادات حيوية تعود للمجموعة الامينوكلايكوسيدية . اوضحت النتائج وجوداختلافات واضحة في نمط المقاومة المظهري للعزلات قيد الدراسة اذا اظهرت هذه العزلات مستوى عال من المقاومة لهذه المجموعة مع نسبة وصلت الى ( 19٪ ( للستربتوميسين, 38)٪ (للاميكاسين, ( 52٪ ( للجنتاميسين ، 62٪) للكاناميسين ،و (69٪) لكل من مضادي ا لنيومايسين والتوبراميسين. • استخدمت طريقة التراكيز المتضاعفة المتسلسلة لحساب التركيز المثبط الادنى(MIC) لعزلات ال MRSA) (لعدد من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية . بينت النتائج وجود اختلافات في قيم MIC المحسوبة لعزلات ال MRSA، اذا اظهرت 16 عزلة مقاومتها للستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين (16 - 1024 ميكروغرام / مل ) , و32 عزلة مقاومة للاميكاسين (64 - 128 ميكروغرام/مل ) ، و44 عزلة للجنتاميسين ( 16 - 64 ميكروغرام/مل ) و38 لو 52عزلة للكانامايسين ( 64 - 128مايكروغرام/ مل) , ، و58 للنيوميسين (16 - 1024 ميكروغرام/مل ). ان هذه النتائج تدل على انتشار صفة مقاومة مضادات المجموعة الامينوكلايكوسايدية بين عزلات المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين .• اعتمدت طريقتان لتحضير الدنا القالب لغرض استخدامها في التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا ( PCR) وهما : طريقة الغليان وطريقة المستعمرة المباشر. اظهرت النتيجة ان طريقة المستعمرة المباشرة كان افضل في اظهار النتائج بالمقارنة مع طريقة الغليان.• اختيرت خمسة وعشرون عزلة من بكتريا MRSA التي اعطت نتائج ايجابية في مجال الكشف المظهري لنمط المقاومة لمضاد المثسلين ولمضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية للكشف عن الجين mecA المشفرلمقاومة المثيسلين بوساطة تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا (PCR) . اظهرت نتائج احتواء جميع العزلات (100٪) على جين mecA ,وبلغ حجم القطعة المكثرة 314 زوج قاعدة بمقارنتها بدلائل الدنا الحجمية .• اجري الفحص الوراثي بتقنية ال PCR للكشف عن ثلاث جينات مشفرة للانزيمات المحورة لمضادات المجـــموعة الامــينوكلايكوسيـــدية في عــزلات ال MRSA وشـمـــلت aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa.بينت النتائج ان جين ) ′aac(6’) - Ie+aph(2’ هو الاكثر انتشارا وبنسبة 84٪ (21/25) تلاه جين ant(4’) - Iaو aph(3’) - IIIa بنسبة 76.3٪ (19/25) و44٪ (11/25) على التوالي.• بلغ معدل تواجد aac(6’) - Ie+aph(2’) مع ant(4’) - Ia, مقدار 64٪ (16 / 25) ويمثل اعلى نسبة تواجد في العزلات قيد الدراسة, فيما بلغت نسبة تواجد جيني ant(4’) - Ia وaph(3’) - IIIaمعا 40٪ (10/25) لتحل نسبة تواجد كلا من aac(6’) - Ie+aph(2’) مع aph(3’) - IIIa ثالثا وبمعدل 32٪ (8/25).اما نسبة تواجد هذه الجينات الثلاث معا فقد بلغ 28%(7/21(. • لوحظ ان هنالك ترابط بين الصفة المظهرية لمقاومة المضادرات مع الصفة الوراثية , فقد لوحظ ان العزلات الحاملة لجين aac(6’) - Ie+aph(2’) ذات مقاومة عالية لمضاد الجنتامايسين وايضا مقاومة لاغلب انواع المضادات الامينوكلايكوسيدية الاخرى.بينما كانت العزلات الحاملة للجين ant(4’) - Ia هي عزلات ذات مقاومة عالية لمضادي التوبرامايسين والنيومايسين ,ومن ناحية اخرى كانت العزلات الحاملة للجين aph(3’) - IIIa اظهرت مقاومتها العالية للمضادين الكانامايسين والاميكاسين.• في هذه الدراسة كانتالاربع وعشرين 24 عزلة الحاملة لجين mecA من اصل 25) 96%( كانت على الاقل مترابطة مع احد جينات الانزيمات المحورة AME او اثنان منها او جميعا ,ويعد هذا مؤشرا لوجود ترابط كبير بين مقاومة العزلات لمضادات الامينو كلايكوسايدية وبين مقاومتها للمثسلين في العزلات المحلية .في الوقت نفسة ظهرت ضمن النتائج عزلة MRSA واحدة اتسمت بمقاومتها المظهرية لمضادات هذه المجموعة غير انها خلت من اي جين في الفحص الوراثي مما يدل على امتلاكها نمط اخر من المقاومة تجاه هذة المجموعة . | • A total of 150 Clinical isolates of Staphylococcus species were collected from two hospitals : Al - habibia and Noaman hospitals in Baghdad city during the period from January to April 2011. Types and the numbers of these clinical samples were distributed as (30) isolates from urine, (84) isolates from wound infections and (36) isolates from ear swabs. • The isolates were initially diagnosed by culturing on MacConkey agar and blood agar followed by performing some morphological and biochemical tests . A confirmatory test as final diagnoses were done using api 20 and MAST staph kits. The results have showed that Staphylococcus aureus comprised 87(58%) isolates while other Staphylococcus species represented 63 isolates (42%) .• Results of primary screening test for methicillin resistance using disk diffusion method have revealed that 84 isolates(96.5%) were proved to be methicillin resistant Staphylococcus aureus(MRSA), while only 3 isolates (3.5%)were methicillin sensetive Staphylococcus aureus (MSSA).• Antibiotic susceptibility test for all the 84 MRSA isolates was performed against 6 antibiotic of aminoglycosides group using disc diffusion method. The result have demonstrated clear differences in the phenotypic resistance among isolates of the current study . They showed high - level of resistance to aminoglycosides group, and the percentage of isolates reached to(19%) for streptomycin, (38% ) for amikacin ,(52% ) for gentamicin, (62%) for kanamycin and ( 69%) for each of neomycin and tobramycin . • Two fold was serial dilution agar used to determine the minimum inhibitory concentrations (MIC) for the MRSA isolates against aminoglycosides group. The results have showed that there were differences in the MIC values among MRSA isolates when 16 isolates were resistance streptomycin (MIC ranged 16 - 1024 µg/ ml) , 32 isolates resistance amikacin (64 - 128 µg/ ml), 44 isolates to gentamicin (16 - 64 µg/ ml) , 52 isolates to kanamycin (64 - 128µg /ml), and 58 isolates to neomycin (16 - 1024 µg/ ml). The results indicate the prevalence of aminoglycosides resistance pattern in all the MRSA isolates. • The two different methods boiling method and the direct colony method were used to prepare template DNA in order to be used in the polymerase chain reaction test. The results revealed that the direct colony methode was better in demonstrating the result as comparied with the boiling method . • Twenty five isolates which gave positive results in phenotypic detection for methicillin and aminoglycoside group resistance , were selected to detect mecA gene encoding methicillin resistance using PCR technique.The results showed that all the isolates (100%) harbored merA gene with amplified size 314 bp as compared with DAN ladder . • Genotypic detection was performed to detect three genes encoding aminoglycoside modifying enzymes in MRSA isolates. They were aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa genes.The results showed that aac(6') - Ie - aph(2") gene was the most prevalent Aminoglycoside modifying enzymes (AME) gene when the rate was 84% (21/25) of the resistant isolates followed by ant(4') - Ia and aph(3') - IIIa when the rates were 76.3% (19/25) and 44% (11/25) of these isolates respectively.• The coexistence rate of aac(6') - Ie - aph(2") with ant(4') - Ia was 68% (16/25) which it represents the most predominant rate in the isolates of the current study followed by the coexistence between of ant(4') - Ia with aph(3') - IIIa which was 40% (10/25) and the third rate for aac(6') - Ie - aph(2") with aph(3') - IIIa by 32% (8/25). The coexistence rate of the three genes in all the isolates was 28% (7/25).• The results of the current study showed that there was a correlation between phenotypic and genotypic resistance pattern.The isolates harboring aac(6’) - Ie+aph(2’) gene are considered to be high resistant to gentamicin and even to all aminoglycosides ,while the isolates harboring this gene were highly resistant to tobramycin and neomycin and the isolates carrying aph(3′) - IIIa gene showed the high resistance to amikacin and kanamycin in MRSA. • In this study, the 24 isolates harboring mecA gene out of 25 ( 96%) were carried either one or more than one aminoglycoside modifying gene and this represents an indicator for high correlation between aminoglycoside and methicillin resistance in our local isolates .From the other hand the results showed that there was a MRSA isolates which confer phenotypic resistance to aminoglycoside group but it not encode for any of AME gene ,this may indicate that such isolates confer another type of resistance toward this group

دراسة مرضية نسيجية ومناعية كيميائية نسيجية للخلايا اللمفاوية المرتشحة في العقد اللمفاوية المشمولة في سرطان القولون والمستقيم وسرطان الثدي == Histopathological and Immunohistochemical study on Lymphocytic Infiltrate in Lymph nodes involved by in Colorectal cancer and Breast carcinoma

Author name: شيماء عبد الرضا ناجي الربيعي
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري | سالم رشيد حمودي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: صممت الدراسة كبحث رجعي ، اذ اجريت على (85) حالة مرضية لانسجة مطمورة بشمع البارافين واخذت العينات من المرضى المصابين بالاورام الحميدة والخبيثة للقولون والمستقيم والثدي والتي تعود للفترة من 2006 - 2008 .جمعت العينات من مستشفى مدينة الطب/ المختبرات التعليمية ومستشفى امراض الجهاز الهضمي للفترة من تشرين الاول 2008 ولغاية حزيران 2009 . قسمت هذه العينات الى ثلاثة مجاميع : 1 - المجموعة الاولى تشمل (25) عينة من بلوك شمع البارافين المشخصة بسرطان القولون والمستقيم والحاوية على العقد اللمفاوية.2 - المجموعة الثانية تشمل (25) عينة من بلوك شمع البارافين المشخصة بسرطان الثدي والحاوية على العقد اللمفاوية.3 - المجموعة الثالثة (35) عينة من بلوك شمع البارافين منها (15) عينة تحتوي على التنسج اللمفاوي للعقد و(20) عينة طبيعية تعتبر كمجاميع سيطرة.تم تحليل هذه العينات من العقد اللمفاوية في المجاميع الثلاثة احصائيا حسب العمر , الجنس , وجود او عدم وجود السرطان المنتشر وعلاقته بارتشاح الخلايا اللمفاوية ، درجة التمايز ومرحلة الانتشار للسرطان.ولغرض التشخيص النسيجي قطعت العينات بجهاز المايكروتوم بسمك 4 مايكرومتر وصبغت بصبغة الهيماتوكسلين والايوسين.امتدت الدراسة لتشمل تحديد التنميط المظهري للخلايا اللمفاوية المرتشحة والتي تشمل الواسمات CD8+, CD3+ بطريقة التصبيغ النسيجي المناعي . وقد خلصت الدراسة الى النتائج التالية : 1 - في الوقت الذي تراوح العمر لمرضى سرطان القولون والمستقيم بين (23 - 70) سنة وبمعدل (43,2) سنة ، فان النسبة الاكبر قد شخصت في عمر يتراوح بين (61 - 70) سنة.2 - اغلب حالات سرطان القولون والمستقيم كانت وسطية التمايز وكانت موجبة بنسبة (75%) للواسم CD3+ وبنسبة (25%) للواسم CD8+ للخلايا اللمفاوية المرتشحة.3 - ان النسبة من 75 - 80% من حالات سرطان القولون والمستقيم كانت في مرحلة C.4 - اظهرت الخلايا اللمفاوية الحاملة للواسم CD8+ فروقات معنوية بين سرطان القولون والمستقيم وسرطان الثدي عند مستوى احتمالية (P<0.05). | This study was designed as retrospective study. A total number of cases were eighty five (85) formalin - fixed paraffin embedded tissue blocks of colorectal and breast cancer, in addition to benign lesions that related to the period between 2006 - 2008 . The samples were collected from Teaching Laboratories / Medical City and Gastrointestinal Teaching Hospital/ Medical City during the period extended from October 2008 till June 2009. These paraffin blocks were divided into (3) groups : 1. A group included twenty five (25) tissue blocks with histopathologic diagnosis of colorectal carcinoma (CRC) with their lymph node drainage.2. A group included twenty five (25) tissue blocks with histopathologic diagnosis of breast carcinoma with their L.N drainage.3. In addition thirty five (35) tissue blocks, including (15) blocks lymph node follicular hyperplasia and (20) blocks of normal lymph node were examined as control groups.All these tissues were analyzed according to age, gender, presence or absence of tumor metastasis with infiltration of lymphocyte, histological grading, and staging.For definitive histological diagnosis the samples were made by microtome at 4μm thickness and stained by hematoxylin and eosin stain.This study was extended to determine the phenotype of cell surface antigen markers, namely CD3+ and CD8+ markers of tumor infiltrating lymphocytes by using immunohistochemical specific monoclonal antibodies to these markers.The results of this study can be described as follows : 1 - The age of patients with CRC ranged from (23 - 70) year with mean of (43.2) year. The highest percentage was diagnosed in the age (61 - 70) year.2 - Most of the cases of the CRC were moderately differentiated grade, (75%) were CD3+ positive results, while (25%) of them were CD8+ positive results.3 - From 75 - 80% of the CRC cases were in stage C.4 - In respect to CD8+ infiltrated lymphocytes, there were significant differences (P <0.05) between CRC and breast carcinoma, 20%, 56% respectively.

دراسة التنوع الوراثي لضروب مختلفة من الفلفل الحلو Capsicum annuum L. لعينات من الاسواق المحلية باستعمال بعض التقانات الوراثية الجزيئية == Genetic diversity study for different varieties of sweet pepper Capsicum annuum L. for samples from local markets by using some molecular genetic techniques

Author name: شيماء صباح مهدي
Supervisor name: احسان عرفان حسين
General topic: Biology
Specific topic: Plant - Genetics
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: درس التباين الوراثي في 22 عينة محلية ومستوردة من ثمار الفلفل الحلو Capsicum annuum L. التي جمعت من الاسواق المحلية العراقية باستعمال بعض المعلمات الجزيئية ، فضلا عن تعيين تركيز مادة الكاروتينات Carotenoids في ثمار الفلفل الحلو باستعمال تقانة الكروماتوغرافيا السائلة عالية ا لاداءHigh - performance liquid chromatography (HPLC)، كما كشف عن ثلاثة من الجينات المسؤولة عن انتاج هذه المادة وهي Lycopene β - cyclase (Lcyb)، β - carotene hydroxylase (Crtz - 2) وCapsanthin - capsorubin synthase (Ccs) مع اجراء التسلسل التتابعي للدنا DNA sequencing لهم.درس التباين الوراثي باستعمال تقانة عديد التكوين ذات القطعة الطولية المضخمةAmplified fragment length polymorphism (AFLP) ولثلاثة توافقات بين البوادئ المستعملة في جميع العينات. انتج التوافق الاول EACG/MAGG اربعة حزم في عينات الفلفل المدروسة وبعدد ثلاثة حزم احادية الشكل Monomorphic bands في كل عينة، ما عدا عينتي الفلفل الاردني البرتقالي والاحمر التي انتجت اربع حزم في كل عينة كانت واحدة منها متعددة الاشكال Polymorphic bands وبنسبة مئوية 25% وكانت كفاءة التوافقPrimer efficiency 21.43% مع قوة فعالية تميزية Discriminatory power بنسبة 100%. انتج التوافق الثاني EAAG/MAAT اربعة حزم في كل عينة كانت جميعها احادية الشكل ولم تظهر اية حزمة متعددة الاشكال وكانت كفاءة التوافق 28.57% مع قوة فعالية تميزية بنسبة 0%، بينما انتج التوافق الثالث EACA/MCTG سبعة حزم في كل عينة كانت جميعها احادية الشكل، ماعدا عينة الفلفل الاخضر العراقي/بلد قد انتج ثلاثة حزم وكانت ايضا احادية الشكل ولم تظهر اية حزمة متعددة الاشكال وكانت كفاءة التوافق 50% مع قوة فعالية تميزية بنسبة 0%. رسمت شجرة القرابة الوراثية باستعمال معامل Jaccard للتشابه الوراثي وتوزعت العينات ضمن التحليل العنقودي في ثلاثة مجاميع رئيسة. المجموعة الاولى ضمت ثمار الفلفل الحلو الاردني الاحمر والبرتقالي، بينما المجموعة الثانية فقد ضمت الفلفل العراقي/بلد الاخضر والمجموعة الثالثة فتكونت من عينات ثمار الفلفل الحلو الاخرى. لقد اوضح هذا المخطط وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو الاردني الاحمر والبرتقالي مع عينات الفلفل الاخرى ما عدا الفلفل العراقي/بلد الاخضر وبنسبة 0.94 وهي اعلى قيمة تشابه, بينما كانت قيمة التشابه مع عينة الفلفل العراقي/بلد الاخضر بنسبة 0.68. اظهرت النتائج ايضا بان اعلى قيمة بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الاردني الاحمر والبرتقالي وعينة الفلفل العراقي/بلد الاخضر وبقيمة 2.236. استعملت في دراسة تقانة تكرار التسلسل البسيط Simple Sequence Repeat (SSR - PCR) ستة بوادئ، وان هذه البوادئ قد انتجت 33 حزمة كان منها 24 حزمة متعددة الاشكالPolymorphic bands، بينما كان تسعة حزم منها احادية الشكل Monomorphic bands. رسمت شجرة القرابة الوراثية باستعمال معامل Jaccard للتشابه الوراثي، وبينت النتائج بان العينات قد توزعت ضمن التحليل العنقودي في عشرة مجاميع رئيسة. لقد اوضحت النتائج وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/بلد واليوسفية الاخضر وبنسبة 1 وهي اعلى قيمة تشابه بالمقارنة مع اقل قيمة تشابه لعينة الفلفل الاسباني الطويل الاخضر وبقيمة 0.35. نسبة التشابه العالية قد ظهرت ايضا بين ثمار الفلفل الحلو الاردني الاصفر والاحمر وبقيمة 0.98 وكذلك بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/صويرة الاخضر وثمار الفلفل الحلو الايطالي الاخضر وبقيمة 0.94. اظهرت النتائج ايضا بان اعلى قيمة بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو العراقي/بلد الاخضر والفلفل العراقي/يوسفية الاخضر وعينة الفلفل الايراني البرتقالي وبقيمة 5.656، بينما كان اقل بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الاردني الاخضر والاصفر، اذ كانت القيمة مساوية الى 1.0. استعملت في تقانة الدنا متعدد الاشكال المضخم عشوائياRandom amplified polymorphic DNA (RAPD - PCR) خمس بادئات عشوائية، وكانت نسبة التعدد الشكلي لجميع البوادئ 100% مع ظهور حزمة متميزة واحدة وبحجم جزيئي 1800 زوج قاعدة عندما استعمل البادئ C52، بينما لم تنتج البادئات الاخرى اية حزم متميزة. نتائج شجرة القرابة الوراثية التي رسمت بالاعتماد على معامل Jaccard للتشابه الوراثي قد وزعت العينات ضمن التحليل العنقودي الى ثمان مجاميع رئيسة. اظهرت شجرة القرابة وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/اليوسفية الاخضر وثمار الفلفل الحلو الاردني الاصفر بنسبة 0.84 وهي اعلى قيمة تشابه، بالمقارنة مع تشابه وبقيمة صفر بين ثمار الفلفل الحلو الايراني الاصفر وبين عينات ثمار الفلفل الحلو الاخرى. اظهرت قيم البعد الوراثي بين عينات ثمار الفلفل الحلو المدروسة اعلى قيمة كانت بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الصيني الاصفر والايراني الاخضر وبقمة 5.0، بينما كان اقل بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الاسباني الاخضر والايطالي الاصفر، اذ كانت القيمة مساوية الى 1.0. قدر اعلى تركيز للبيتا - كاروتين في عينة الفلفل الايطالي الاصفر وبقيمة 1415.73 مايكروغرام/مليلتر بالمقارنة مع اقل قيمة التي هي 94.32 مايكروغرام/مليلتر في الفلفل الايراني الاخضر. كانت اعلى قيمة في الفلفل الاصفر في العينة الايطالية واقل قيمة للون نفسه كان في عينة الفلفل الايراني الاصفر وبقيمة 710.89 مايكروغرام/مليلتر، اما اعلى تركيز للبيتا - كاروتين للفلفل البرتقالي فكان في العينة الايطالية وبقيمة 898.5 مايكروغرام/مليلتر بالمقارنة مع 574.33 مايكروغرام/مليلتر في الفلفل الايراني البرتقالي. الفلفل الاحمر قد سجل اقل قيمة لتركيز البيتا - كاروتين وهي 245.27 مايكروغرام/مليلتر في عينة الفلفل الاردني الاحمر، بينما سجل الفلفل الاسباني الاحمر اعلى قيمة وهي 435.41 مايكروغرام/مليلتر. الفلفل الاخضر قد سجل اعلى قيمة في عينة الفلفل الايطالي وبقيمة 232.43 مايكروغرام/مليلتر بالمقارنة مع قيمة 98.86 مايكروغرام/مليلتر في عينة الفلفل العراقي/صويرة الاخضر. كشف عن بعض الجينات التي لها علاقة بتصنيع البيتا - كاروتين باستعمال تقانة Polymerase chain reaction (PCR)، وباستعمال الترحيل الكهربائي لهلام الاكاروز بتركيز 2%. وجد الجين Lcyb في 11 عينة فلفل مدروسة عند الكشف عنه باستعمال البوادئ الخارجية External primers، بينما اظهر الترحيل الكهربائي قطعة مضخمة في 19 عينة فلفل حلو مدروسة وبحجم 360 زوج قاعدة عندما استعملت البوادئ الداخلية Internal primers. وجد الجين Crtz باستعمال البوادئ الخارجية في عينة الفلفل العراقي/صويرة الاخضر وبحجم جزيئي اكبر من 1500 زوج قاعدة، بينما اظهر الترحيل الكهربائي قطعة مضخمة في 3 عينات هي الفلفل الاردني البرتقالي، والفلفل العراقي/يوسفية الاخضر والفلفل الايراني الاخضر وبحجم 760 زوج قاعدة عندما استعملت البوادئ الداخلية. وجد الجين Ccs باستعمال البوادئ الخارجية في عينة الفلفل العراقي/صويرة الاخضر والفلفل الايطالي البرتقالي وبحجم جزيئي اكبر من 1500 زوج قاعدة، بينما اظهر الترحيل الكهربائي قطعة مضخمة في 7 عينات اخرى من ثمار الفلفل الحلو وبحجم 490 زوج قاعدة عندما استعملت البوادئ الداخلية. بينت نتائج التسلسل التتابعي لقطعة من الجين Lcyb في بعض من عينات الفلفل الحلو الاخضر الى وجود تشابه كبير بين التسلسلات التتابعية لقطعة الجين المدروسة والتسلسل التتابعي القياسي Refseq للجين نفسه، مع وجود بعض الاختلافات لبعض القواعد النايتروجينية بين العينات المدروسة. وجدت اعلى قيمة تشابه بين التسلسلات التتابعية في عينات الفلفل الحلو المدروسة بين عينة الفلفل العراقي/الصويرة الاخضر وبين عينة الفلفل الايراني الاخضر وبقيمة 0.903، بينما اقل قيمة تشابه فقد وجدت بين عينة الفلفل الاردني الاصفر وعينة الفلفل الصيني الاصفر وبقيمة 0.539. بينت نتائج التسلسل التتابعي لقطع الجين Crtz وجود نوعين من التغيرات الجينية هي الحذف Deletion والاستبدال Substitution في الفلفل الاردني البرتقالي. لقد كان هناك استبدال القاعدة النايتروجينية الكوانين G بالقاعدة النايتروجينية الثايمين T في الموقعين 846 و850، واستبدال القاعدة النايتروجينية الثايمين T بالقاعدة النايتروجينية السايتوسين C في المواقع 852، 860 و861، كذلك كان هناك استبدال القاعدة النايتروجينية السايتوسين C بالقاعدة النايتروجينية الادنين A في الموقعين 856 و862 واستبدال القاعدة النايتروجينية السايتوسين C بالقاعدة النايتروجينية الثايمين T في الموقعين 864 و870. طفرات الحذف ايضا كانت موجودة، اذ حذفت القواعد النايتروجينية ATA من قطعة الجين Crtz في عينة الفلفل الاردني البرتقالي بالمقارنة مع التسلسل التتابعي القياسي Refseq. بينت نتائج التسلسل التتابعي لقطعة من الجين Ccs في بعض من عينات الفلفل الحلو الاخضر الى وجود تشابه كبير بين التسلسلات التتابعية لقطعة الجين المدروسة والتسلسل التتابعي القياسي Refseq للجين نفسه، مع وجود بعض الاختلافات لبعض القواعد النايتروجينية بين العينات المدروسة، كما ان هناك بعض طفرات الاستبدال قد حدثت. وجدت اعلى قيمة تشابه بين التسلسلات التتابعية في قطع الجين Ccs بين عينة الفلفل الايطالي البرتقالي وبين عينة الفلفل الايطالي الاخضر وبقيمة 0.966، بينما اقل قيمة تشابه فقد وجدت بين عينة الفلفل العراقي/بلد الاخضر وعينة الفلفل الايطالي الاخضر وبقيمة 0.611. | Genetic variation was studied in 22 local and imported samples of bell pepper fruits Capsicum annuum L., which collected from local Iraqi market by using some molecular markers. Estimation of carotenoids by using high - performance liquid chromatography (HPLC) was done in all samples. Detection of three genes; Lycopene β - cyclase (Lcyb), β - carotene hydroxylase (Crtz - 2) and Capsanthin - capsorubin synthase (Ccs), were also studied and the DNA sequencing was done for these genes.Amplified fragment length polymorphism (AFLP) was studied for three selective amplification primers in all samples. The first selective amplification primer (EACG/MAGG) produced 4 bands for the studied bell pepper fruits with 3 monomorphic bands in each sample, except the orange and yellow Jordanian bell pepper samples, which produced 4 bands one of them polymorphic band with 25% ratio and 21.43% primer efficiency with 100% discriminatory power. The second selective amplification primer (EAAG/MAAT) produced 4 monomorphic bands in each sample with no polymorphic bands with 28.57% primer efficiency and 0% discriminatory power, whereas the third selective amplification primer (EACA/MCTG) produced 7 monomorphic bands in each sample, except the Iraqi/Balad green bell pepper, which produced 3 monomorphic bands with no polymorphic bands and the primer efficiency is 50% with 0% discriminatory power. The results of Dendrogram of the studied samples by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 3 main groups. The first group was included the red and orange Jordanian bell pepper fruits samples, whereas the second group included the Iraqi/Balad green bell pepper and the third group included the rest samples. The results of this distribution revealed a high similarity between red and orange Jordanian bell pepper and the other bell pepper samples, except Iraqi/Balad green bell pepper with 0.94 values. This value is the higher, whereas the similarity with the Iraqi/Balad green bell pepper is 0.68 values. The genetic distance between studied samples revealed the highest values between red and orange Jordanian bell pepper and the Iraqi/Balad green bell pepper with 2.236 values. Six primers were used with single sequence repeat (SSR - PCR) technique. These primers produced 33 bands. The number of polymorphic bands is 24, whereas the number of monomorphic bands is 9. The results of Dendrogram of the studied samples by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 10 groups. This Dendrogram revealed a higher similarity between Iraqi/Balad green bell pepper and Iraqi/Yousifia green bell pepper with 1 value. This value is the highest between samples in comparison with lowest values (0.35), which are found in Spanish long green. There are another high values were revealed between Jordanian yellow and red bell pepper with 0.98 value. Also, other high similarity values revealed between and Iraqi/ Souwyera green bell pepper and Italian green bell pepper with 0.94 values. The genetic distance between the studied samples revealed the highest values between Iraqi/Balad and Yousifia green bell pepper with Iranian orange bell pepper with 5.656 values, in comparison with the lowest genetic distance between Jordanian green and yellow bell pepper with 1.0 value. The random amplified polymorphic DNA (RAPD - PCR) was used five randomly primers. The percentage of polymorphic bands is 100%, with one distinguished band which is produced by using C52 primer with 1800 base pair. The other primers did not produce any distinguished band. The results of Dendrogram of the studied samples by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 8 groups. This Dendrogram revealed a higher similarity between Iraqi/Yousifia green bell pepper and Jordanian yellow bell pepper with 0.84 values. This value is the highest between samples in comparison with lowest values (0.0) which are found between Iranian yellow bell pepper and the other samples. The genetic distance between studied samples revealed the highest values between Chinese yellow bell pepper and Iranian green bell pepper with 5.0 values, in comparison with the lowest genetic distance between Spanish green bell pepper and Italian yellow bell pepper with 1.0 value. The higher value of β - carotene concentration was found in Italian yellow bell pepper sample with 1415.73 µg /ml, in comparison with 94.32 µg /ml, which is estimated in Iranian green bell pepper. The highest concentration values of β - carotene in yellow bell pepper was found in Italian sample, in comparison with the lowest value for the same color, which found in Iranian yellow bell pepper with 710.89 µg /ml. The highest concentration value of β - carotene in orange bell pepper was found in Italian sample with 898.5 µg/ml, in comparison with 574.33 µg/ml in Iranian orang bell pepper sample. The red bell pepper was estimated lowest concentration of β - carotene with 245.27 µg/ml in Jordanian red bell pepper, in comparison with highest value in Spanish red bell pepper with 435.41 µg/ml. The green bell pepper was estimated highest concentration of β - carotene in Italian green bell pepper with 232.43 µg/ml, in comparison with lowest value with 98.86 µg/ml in Iraqi/Souwyera green bell pepper sample. Some of genes which related with β - carotene production were detected in all samples by using Polymerase chain reaction (PCR), and the products produced by this approach were resolved on 2% agarose gels. The Lcyb gene was detected in 11 bell pepper samples by using the external primers, whereas the gel electrophoresis for this gene revealed amplified band with 360 base pair in 19 bell pepper samples when internal primer was used. The Crtz gene was detected in Iraqi/ Souwyera green bell pepper sample with amplified band more than 1500 base pair by using the external primers, whereas the gel electrophoresis for this gene revealed amplified band with 760 base pair in 3 bell pepper samples; Jordanian orange bell pepper, Iraqi/ Yousifia green bell pepper and Iranian green bell pepper when internal primer was used. The Ccs gene was detected by using the external primers in Iraqi/ Souwyera green bell pepper and Italian orange bell pepper with amplified band more than 1500 base pair, whereas the gel electrophoresis for this gene revealed amplified band with 490 base pair in 7 bell pepper samples when internal primer was used. The DNA sequences results for the Lcyb gene in some green bell pepper samples revealed high similarity between its nucleotides and Refseq for the same gene, with some differences in nucleotide sequences for some bell pepper samples. The highest similarity between nucleotide sequences was found between Iraqi/Souwyera green bell pepper sample and Iranian green bell pepper sample with 0.903 value, whereas the lowest similarity was found in Jordanian yellow bell pepper and Chinese yellow with 0.539 value. The nucleotide sequences results for the Crtz gene revealed two types of genetic changes, such as deletion and substitution in Jordanian orange bell pepper. The results found substitution in the guanine (G) nucleotide base with thymine (T) nucleotide base in 846 and 850 positions. Also, substitute the thymine nucleotide base with the cytosine (C) nucleotide base in the 852, 860 and 861 positions. Substitution also found in the cytosine nucleotide base with adenine (A) nucleotide base in the 856, 862 position, and substitute the cytosine nucleotide base with the thymine nucleotide base in the 864 and 870 positions. Deletions of nucleotide bases was also found like ATA sequence in the Crtz gene of Jordanian orange bell pepper in comparison with the standard nucleotide sequence (Refseq) for the same gene. The nucleotide sequences results for the Ccs gene in some bell pepper samples revealed high similarity with the standard nucleotide sequence (Refseq) for the same gene with some differences in some nucleotide bases of the studied samples, like substitution. The highest similarity between nucleotide sequences for the Ccs gene was found between Italian yellow and green bell pepper samples with 0.966 values, whereas the lowest similarity was found in Iraqi/Balad green bell pepper with 0.611 values.

تاثير Lactobacillus fermentum وLactobacillus gasseri في طفيلي الابواغ الخبيئة داخل الجسم الحي == Effect of Lactobacillus fermentum and Lactobacillus gasseri on Cryptosporidium parvum invivo

Author name: شيماء داود سلمان
Supervisor name: سبا طاهر محمد
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: In order to study the effect of some bacterial probiotics on the parasite Cryptosporidium parvum invivo, 60 of feces samples were collected from fetal in calves farm belong to College of Veterinary \ Baghdad University, their aged from one to two weeks and suffer from a severe watery diarrhea. Samples were examined to detect the presence of the parasite oocysts by using Modified Cold Zeinl Neelson Stain method.Oocysts of parasite were isolated from positive feces samples by using saturated salt solution method and used to induce infection in mice .The study of laboratory animals shown that the perpant period of the parasite ranged between 3 - 4 days and did not notice any clear clinical signs neither infected mice nor treated ones.The study included nine groups; five treatment groups that inoculated with suspension of L.fermentum cells,supernatant of L.fermentum,suspension of L.gasseri cells,supernatant of L.gasseri and the drug spiramycin, two preventive groups that inoculated with suspension of L.fermentum cells and suspension of L.gasseri cells befor and after infected , and two groups that used as positive control (infected mice)and negative control (healthy mice).The results showed that all treatment groups suffered from a gradual decrease in rates of oocysts shedding and the groups treated with suspension of L.fermentum and L.gasseri cells stopped shedding oocysts of parasite on the seventh day and eighth, respectively, and efficiency treatment was 81.44%, 81.72% , respectively while groups that treated with supernatant of bacteria was stopped oocysts shedding on the tenth day, and efficiency treatment 76.33%, 75.28% , respectively.On the other hand treated groups with spiramycin drug did not stop shedding of parasite oocysts to the eleventh day after treatment and recorded less efficiency treatment reaching to 65.14% compared with the positive control group, which continued shedding oocycts to the end of experiment.Also, the results showed that the preventive groups that treated with suspension of L.fermentum and L.gasseri cells stopped shedding oocysts of parasite on the seventh day after the treatment, and for both types of bacteria,the highest treatment efficiency reached to 85.91%and 86.55%, respectively. The statistical analysis showed significant differences between the control group and the treated groups in level of probability (P≥0.05).According to the results of histological study, the changes occurred in the small intestine before and after treatment, showed that in the tissue sections of the positive control group animals the parasite adhesion clearly on brush border of the epithelial intestine tissue.The treated groups with two types of bacteria and their supernatants showed disappearance of the parasite from the intestinal tissue with simple changes included hydropic degeneration and increase in the number of goblet cells when compared to a group of spiramycin which led to the occurrence of damage in the mucous layer and the shorten in lengths of the villi , dehydration and infiltration in lymphocytes with destruction in tissue (necrosis).

دراسة جزيئية لعوامل الالتصاق في بكتريا Escherichia coli الممرضة للمسالك البولية وعلاقتها بمقاومة Fluoroquinolones == Molecular Study of Adherence Factors in Uropathogenic Escherichia coli Related to Fluoroquinolones Resistance

Author name: شيماء خضر عباس العلاق
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 150عينة ادرار من مرضى خمج المسالك البولية ومن مختلف الاعمار للفترة من تموزالى تشرين الثاني 2011 .اعتمد التشخيص البكتيري على المواصفات الزرعية والمجهرية والفحوصات الكيموحيوية , والتشخيص النهائي والدقيق للعزلات في وقت مبكر للكشف عن الانواع بواسطة استخدام فحص Api20E .تم التشخيص الجزيئي لجينات عوامل الالتصاق وجين مقاومة الفلوروكوينولونات باستخلاص الدنا البكتيري بطريقة الغليان ومن ثم اخضع الى اختبار البلمرة التضاعفي التسلسلي (PCR) . تم اجراء اختبار الحساسية للمضادات الحيوية , فضلا عن تقدير التركيز المثبط الادنى (MIC) لاربع مضادات من الفلوروكوينولونات . اظهرت النتائج ان توزيع اصابات اخماج المسالك البولية في الاناث (99(66%) بينما بلغت في الذكور 51(34%)) وسجلت اعلى نسبة من الاصابة في النساء البالغات المتزوجات 67(44.7%) .اظهرت النتائج ان بكتريا E.coli كانت الاكثر شيوعا في مرضى خمج المسالك البولية 65 عزلة (43.3%). بينت جميع العزلات قدرتها على الالتصاق على الخلايا الطلائية للقناة البولية للانسان (100%) , اذ اظهرت نسب مختلفة من الالتصاق تراوحت بين 8 الى 63 خلية بكتيرية / خلية طلائية .اظهرت عزلات E.coli احتوائها على ثلاثة انواع من عوامل الالتصاق (CAF) وبنسب مختلفة . النوع الاول (CAFl) ووجد في 58 عزلة (89%) , النوع الثاني (CAFΠ) ووجد في 35 عزلة (54%) والثالث (CAFШ) وجد في 36 عزلة (55%) . عند اختبار حساسية العزلات تجاه 12 مضاد جرثومي , اظهرت عزلات E.coli مقاومة تامة (100%) لمضاد Augmentin(Amoxicillin/Clavulanic acid) (99%) بينما كانت اقل مقاومة للمضادات Pefloxacin , Norfloxacin, Nitrofurantoin وبنسبة(34, 35, 22)% على التوالي .اظهرت النتائج ان اعلى نسبة من المقاومة المضاعفة المشتركة (42%) كانت في العزلات التي قاومت خمسة الى ثمانية مضادات . فيما حددت التراكيز المثبطة الدنيا لاربعة مضادات من الفلوروكوينولونات ,فاظهرت النتائج ان هناك اختلافا واضحا في قيمتها . تم اختيار 28 عزلة E.coli من عزلاتنا المحلية بالاعتماد على درجة مقاومتها العالية للمضادات ,اظهر كشف البلمرة التضاعفي التسلسلي (PCR) المفرد (Uniplex PCR) والمشترك (Multiplex PCR) عن وجود جينات الالتصاق الضارية والمتضمنة P (papC), type 1 fambria fimH ,adhesion S (sfaD/E) and afimbrial adhesin (afaB/CШ) حيث تم الكشف عن(22 isolates (79%),20(71%), 6(21%),4(14%)) على التوالي . تم الكشف عن جين مقاومة الكوينولونات gyrA في كل العزلات 28 (100%). في هذه الدراسة تم اعتماد gyrAبديلا عن استخدام 16s rRNA في تشخيص السلالات البكتيرية.اذ اعطت جميع العزلات حزم عند الحجم الجزيئي (518 bp) دلالة على وجود الجين باستخدام تقنية (PCR) .واخيرا .اظهرت النتائج ان عزلات E.coli الممرضة للقناة البولية (UPEC) والمقاومة للكوينولونات تبدي انخفاضا في عوامل ضراوتها عن العزلات الحساسة للكوينولونات ,اظهرت نتائجنا اعلى نسبة لعوامل الضراوة في العزلات التي قاومت ثمانية مضادات اعطت نسبة 18% منها تمتلك عامل الالتصاق الاول (CAFl) , 14%تمتلك (CAFΠ) و12% من هذه العزلات تمتلك (CAFШ) وذلك يشير الى ارتباط مباشر لمقاومة الكوينولونات مع انخفاض وجود جينات الضراوة (تراجع جيني).و اظهرت النتائج ايضا انه جينات الضراوة اقل انتشارا (PapC (86.3%), fimH (68.1%), afaBCIII (13.6%), sfaDE (9%)) في العزلات التي قاومت كل مضادات الفلوروكوينولونات .هذه العلاقة ربما تتاثر بواسطة التراجع الجيني . | One hundred fifty urine samples were collected from urinary tract infection patients from different ages during the period of July 2011 to November 2011. The bacterial diagnosis on cultural and microscopical characteristics of bacterial cell and biochemical tests. The final and accurate diagnoses of the isolates as the early mentioned species were done using the API 20E system. Molecular identification for adhesion factors and fluoroquinolone resistant gene was done by DNA extraction by boiling method, then subjected to conventional PCR .The antibiotic sensitivity test was done, also the minimum inhibitory concentration (MIC) for four Fluoroquinolone antimicrobial agents was studied. The results showed that the distribution of UTI in female were 99(66%), while in male were 51 (34%). However, the high percentages of UTI were observed within the adult married women 67(44.7%). The results showed that E.coli was the most common microorganisms in UTI patients, 65 isolates (43.3%). All the isolates showeded ability of adherence to uroepithelial cells of human's urinary tract (100%) of the isolates presented adherence that mean number of bacteria adhered to uroepithelial cells ranged from 8 to 63. E.coli isolates exhibited the presence of three types of colony adhesion factors (CAF) at different rate. Type one (CAFl) observed in 58 isolates (89%), while type two (CAFΠ) in 35 isolates (54%), and (CAFШ) in 36 isolates (55%). Sensitivity of E.coli local isolates toward 12 antimicrobial agents showed complete resistance (100%) to Augmentin (Amoxicillin/Clavulanic acid), while they were less resistance to Pefloxacin, Norfloxacin, Nitrofurantoin at (34, 35, 22)% respectively. The results showed that the highest rate of multidrug resistance (42%) was observed in isolates were able to resist 5 to 8 antimicrobial agents. The minimum inhibitory concentrations for four Fluoroquinolone antimicrobial agents showed an obvious different between their values.The local isolates of E. coli selection 28 isolates depending upon high degree of multi antibiotic resistance. The PCR assay (Uniplex PCR and Multiplex PCR) showed prevalence of virulent adhesion genes P (papC), type 1 fambria fim H, adhesion S (sfaD/E) and afimbrial adhesin (afaB/CШ), were detected (22 isolates (79%), 20(71%), 6(21%), 4(14%)) respectively. The quinolone resistance gene gyrA detected in all isolates 28 (100%). In the present study depended upon gyrA gene (housekeeping gene) as alternative to 16s rRNA for the identification bacterial strains. All the isolates give bands at the molecular size (518 bp) an indication of a gene by using PCR technique. Finally ,the results have shown that Fluoroquinolone resistant uropathogenic E.coli (UPEC) isolates express fewer virulence factors than Fluoroquinolone susceptible isolates .The persent results showed the highest rates of virulence factors in isolates that resisted eight antibiotics which was obtained to 18% of these isolates have(CAF l ), 14% have(CAFΠ ) and 12% of the isolates have (CAFШ). This finding suggests that fluoroquinolone could be directly associated with decreased prevalence of virulent genes (genetic back) .Also the results showed that all 4 virulent genes under the study were lower prevalent (PapC (86.3%), fimH (68.1%), afaBCIII (13.6%), sfaDE (9%)) in the isolates resistance for all fluoroquinolone and quinolone antimicrobial agents. that the relationship may be influenced by the genetic background.

تقييم المعادن الثقيلة لنهر دجلة ضمن مدينة بغداد باستخدام دلائل التلوث == Heavy Metals Assessment of Tigris River within Baghdad City by Pollution Indices

Author name: شهد رياض زكي الربيعي
Supervisor name: عادل حسين طالب الزاملي | عبد الحميد محمد جواد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة الحالية للفترة من شهر تشرين الثاني 2013 ولغاية شهر حزيران 2014, اذ تم جمع عينات الدراسة (ماء، رواسب، نباتات) خلال كل شهرين في ثلاثة مواقع في نهر دجلة ضمن مدينة بغداد. تضمنت الدراسة تقدير تراكيز (الكادميوم، الكروم، النحاس، النيكل، الرصاص والزنك) في الماء (الذائب والكلي) وفي الرواسب (الكلي والمتوافر احيائيا) لنهر دجلة، وتم قياس نفس المعادن على انواع مختلفة من النباتات التي تم جمعها من مواقع الدراسة.اما الخصائص الفيزيائية والكيميائية لمياه النهر والمتمثلة في درجة حرارة الهواء والماء, الاس الهيدروجيني, الكدرة , الاوكسجين الذائب والتوصيلية الكهربائية فقد سجلت قيما ترواحت ما بين : ١٧٫٩ - ٤١ م°، ١١٫٧ - ٢٥٫٥ م°، ٧٫٨ - ٨٫٧، ٦٫٦ - ٣٧٫٢ NTU ، ٧٫٧ - ١١٫٣ ملغم/لتر و٨۰٦ - ١٩٤۰ مايكروسيمنز/ سم على التوالي .اظهرت نتائج الدراسة ان معدل التراكيز للمعادن الثقيلة الذائبة (الكادميوم، الكروم، النحاس، النيكل، الرصاص والخارصين) كانت ١٫٥١ ، ٣۰١٫١، ١٨٫١٨، ٢٩٫۰٣ ، ١٧١٫٤ و٤٣٫۰٣ ميكروغرام / لتر على التوالي. وكانت ضمن الحدود المسموح بها من قبل المحددات العراقية لنظام صيانة الانهار باستثناء الكروم والرصاص.بينما كان المعدل الاجمالي للمعادن الثقيلة في مياه نهر دجلة ٥٫٣۰ ،٤٦١٫٦۰، ٣٢٫۰٣، ٧٩٫٩٩ ،٢٢١٫٤٦ و١٢٦٫٦٣ميكروغرام / لتر على التوالي . والتي اعتبرت ضمن الحدود المسموح بها من قبل المحددات العراقية لنظام صيانة الانهار، باستثناء الكادميوم، الكروم والرصاص.في الرواسب ، كان معدل الاجمالي للمعادن الثقيلة ٧٫٣٨، ١٦٤٫٩٤،٣٩٫٤١، ٨٤٫٨٩ ٧١٫٥٢ و١٢٨٫٧٣ ملغم/كغم على التوالي. في حين يتراوح التوافر البيولوجي للكادميوم، الكروم، النحاس، النيكل، الرصاص والخارصين في رواسب نهر دجلة بين (قيم غير محسوسة - ۰٫٣٢) ، (۰٫٣٩ - ٣٫٤٢) ، (۰٫٨٩ - ٣٫١٩) ، (۰٫٤٢ - ٢٫٨٤) ، (۰٫٧٨ - ٥٫۰٤) و(۰٫٨٦ - ١٧٫١٨) ملغم/كغم على التوالي.تم تقييم شدة تلوث مياه النهر بالمعادن الثقيلة باستخدام مؤشر التلوث (PI) والتي اظهرت ان درجة تلوث المعادن الثقيلة في عينات المياه كانت متوسطة للمواقع حسب الترتيب التالي : ٣>٢>١.كما قيمت شدة تلوث الرواسب النهرية بالمعادن الثقيلة المدروسة بواسطة استخدام دلائل تلوث الرواسب وهي كل من مؤشر التراكم الارضي (I - geo - Index) ، مؤشر حمل التلوث (PLI - Index) ، مؤشر عامل التلوث (CF - Index) ، درجة التلوث (Cd - Index) ومؤشر عامل الاغناء EF - Index)).فيما يتعلق بتقييم تلوث الرواسب باستخدام المؤشرات البيئية فقد بينت نتائج مؤشر التراكم الارضي (I - geo) المحسوب للعناصر المدروسة ان المواقع المدروسة غير ملوثة بعنصري النحاس والزنك ولكنها قوية التلوث للغاية بعنصر الكادميوم في حين اظهرت قيم مؤشر التراكم الارضي للرصاص بانها درجة تلوث معتدلة وغير ملوثة الى متوسطة التلوث لعنصري الكروم والنيكل. كما اظهرت قيم مؤشر حمل التلوث(PLI) بان كل المواقع كانت ملوثة بمجموع المعادن المدروسة.اوضحت نتائج عامل التلوث(CF) بان المواقع جميعها سجلت تلوث عاليا جدا بعنصر الكادميوم ، ولكنها واطئة التلوث بعنصر الزنك في جميع المواقع ماعدا الموقع الثالث، والذي سجل تلوث معتدلا بهذا العنصر، بينما سجل تلوث معتدلا بعنصر الكروم ،النحاس والنيكل في جميع المواقع .بينما سجلت الرواسب تلوثا عاليا بعنصر الرصاص في جميع المواقع المدروسة.وفقا لنتائج مؤشر درجة التلوث (Cd) فقد اعتبرت جميع المواقع على درجة عالية جدا من التلوث بالمعادن المدروسة.فضلا عن ذلك بينت نتائج عامل الاغناء EF - Index)) بان كل المواقع تصنف على انها عالية للغاية مع الكادميوم ومعتدلة الاغناء بعناصر الكروم، النحاس والنيكل واغناء مهم بعنصر الرصاص وحد ادنى من الاغناء بعنصر الخارصين في جميع المواقع ماعدا الموقع الثالث، والذي سجل اغناء معتدل.اظهرت نتائج قيم BCF& BSF في جميع النباتات بانها اكثر من 1 مما يشير الى ان النباتات مؤشر احيائي جيد لكافة العناصر المدروسة في منطقة الدراسة وكذلك اوضحت نتائج معامل التركيز الاحيائي((BCF لجميع المعادن المدروسة في عينات النباتات انها اعلى من قيم معامل الترسيب الاحيائي ((BSF مما يدل ان مصدر التراكم لهذه العناصر في النباتات كان من الماء. | This study was carried out from November 2013 to June 2014; the samples were collected every two months in three sites in the Tigris River within Baghdad city. It included estimate concentration of (Cadmium, Chromium, Copper, Nickel, Lead and Zinc) in dissolved and total water and sediments (total& bio - available) of Tigris River. The same metals were measured in different types of plants collected from study sites.Physical and chemical properties of river water had values ranged between 17.9 - 41.0 C˚, 11.7 - 25.5 C˚, 7.8 - 8.7, 6.6 - 37.2 NTU, 7.7 - 11.3 mg/l and 806 - 1940 µs/cm for air and water temperature, pH, turbidity, dissolve oxygen and electrical conductivity, respectively.Study results showed that mean of heavy metals concentrations (Cadmium, Chromium, Copper, Nickel, Lead and Zinc) were 1.51 µg/L, 301.10 µg/L, 18.18 µg/L, 29.03 µg/L, 171.40 µg/L and 43.03 µg/L, respectively in dissolved water and they were within permissible limits for Iraqi standard specifications exceptions of Cr and Pb. While the total of heavy metals in Tigris River water average was 5.30 µg/L, 461.60 µg/L, 32.03 µg/L, 79.99 µg/L, 221.46 µg/L and 126.63 µg/L, respectively and they were within permissible limit for Iraqi standard specifications exceptions of Cd, Cr and Pb.In sediment samples, mean of heavy metals concentrations were 7.38 mg/kg, 164.94 mg/kg, 39.41 mg/kg, 84.89 mg/kg, 71.52 mg/kg and 128.73 mg/kg, respectively. While the ranges of bioavailability for Cd, Cr, Cu, Ni, Pb and Zn in sediments of Tigris River are (ND - 0.32), (0.39 - 3.42), (0.89 - 3.19), (0.42.2.84), (0.78 - 5.04) and (0.86 - 17.18) mg/kg, respectively.Severity of river water pollution with studied heavy metals were assessed by using Pollution Index (PI) which showed that the degree of pollution by heavy metals in the water samples moderates contamination for the sites in the following order : 3>2>1.Also, pollution of river sediments in the studied heavy metals were assessed by using sediment pollution indices such as geo - accumulation index (I - geo), pollution load index (PLI), contamination factor (CF), contamination degree (Cd) and enrichment factor (EF).Related with the assessment of sediments pollution by using the ecological indices, the results of geo - accumulation index (I - geo) for studied heavy metals cleared that the studied sites unpolluted with Cu and Zn, while strongly to extremely pollute with Cd while the Igeo values of Pb show moderately polluted degree and unpolluted to moderately polluted degree with Cr and Ni. The values of pollution load index (PLI) showed that all sites are polluted with total studied metals (PLI value of > 1).Results of contamination factor (CF) observed that all the sites recorded very high contamination with Cd , while low contamination with Zn in all sites except the site 3 that recorded moderate contamination with it, and recorded moderate contamination with Cr, Cu and Ni in all sites, while the sediments recorded considerable contamination with Pb in all studied sites. According to the result (Cd) indicates that all studied sites showed very high degree of pollution with studied metals. As well as, the enrichment factor results (EF) showed that all sites can be classified as extremely high enrichment with Cd, moderate enrichment with Cr, Cu and Ni, significant enrichment for Pb and minimal enrichment with Zn in all sites except the site 3 that recorded moderate enrichment.The results showed that BCF &BSF values in all plants were more than 1 and this can be considered that plants can be a good bio - indicator for all the heavy metals studied in study area, also BCF values for all elements were more than (BSF) values in all plants samples which lead to plant samples bioaccumulation source with these metals was from water.

الكشف الجزيئي عن انواع البكتريا وفايروس التهاب الكبد المرتبطين مع بيتا - ثلاسيميا == Molecular Detection of Bacterial and Hepatitis Virus Types Associated with ? - Thalassemia

Author name: شـهـد رعـد مزعـل
Supervisor name: اياد محمد علي فاضل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Genetics
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة التحري عن انواع الاصابات البكتيرية والالتهاب الكبد الفايروسي المرتبط بمرض الثلاسيميا نوع الكبير ومقارنتها مع الاشخاص المرضى غير مصابين بثلاسيميا نوع الكبير.لغرض التشخيص انواع البكتيريا جمعت نوعين من عينات من مرضى الذين راجعوا مستشفى ابن بلدي.عينات الادرار تضمنت (41عينة من المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير و18من المرضى غير مصابين بثلاسيميا نوع الكبير) وعينات الدم تضمنت (25عينة من المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير و25عينة من المرضى غيرمصابين بثلاسيميا نوع الكبير). اعتمادا على تحديد الصفات الزرعية للمستعمرات والصفات المورفولوجية للخلايا البكتيرية ومن ثم الصفات الكميوحيوية كما امكن تشخيص العينات باستخدام .VEKIK2systemاظهرت النتائج التشخيص في عينات الادرار في المرضى مصابين بثلاسيميا نوع الكبير ان بكتيريا الاكثر تواجدا كانت Escherichia coli بنسبة 25% بينما انواع اخرى من بكتيريا ظهرت بنسبة 6% ,5% ,3% ,3% ,2% ,2% ,2% ,2%, 1.3% لبكتيريا klibseilla pneumonia, Chlamydia pneumonia Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, sterptococcus pneumonia على التوالي. بينما من جانب اخر كانت نتائج التشخيص عينات الادرار لمرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير حيث كانت بكتيريا الاكثر تواجدا كانت Escherichia coli بنسبة 28% بينما ظهرت نتائج الانواع بكتيريا الاخرى بنسبة 12% ,7% ,5% ,3% ,4% ,4% ,4% ,4% ,4% على التوالي لبكترياklibseilla pneumonia, sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea. spp ..اظهرت نتائج تشخيص عينات الدم ان بكتيريا الاكثر تواجدا في المرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير والمرضى غيرمصابين بثلاسيمميا النوع الكبير كانتEscherichia coli 24% ,15% على التوالي. بينما ظهرت الانواع بكتيريا الاخرى لمرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير بنسبة 6% ,3% ,5%, 5%,5% ,3% ,2% ,2%, 2% على التوالي لبكتيريا streptococcus pneumonia ,klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Chlamydia pneumonia, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea. spp. بينما ظهرت الانواع بكتيريا الاخرى لمرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير بنسبة 7%, 5%, 3.2% ,3.2% ,3.2%3.2%, 3.2%, 3.2%,3.2% على التوالي لبكتريا sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia ,klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca,proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea.spp. اما بالنسبة لتاثير بعض المضادات الحيوية على بكتيريا Escherichia coli فقد اظهرت النتائج اختبار الحساسية لمضادات باستخدام VITKE 2 systemمقاومة هذه العزلات امبسلين (98%) وسيفاتريكسون (95%) السبروفلوكساسين (46%) السيفوتازيديم (44 (%والاموكسيسيلين (43% (والسيفوتاكزيم (40%) وليفووكساسين) 78%) والنالدكسك اسد (50%) ميثوبريم (27%) سيفابيم (40%) اكستابنيم (20%).استعملت طريقة التحليل الجزيئي PCR analysis للكشف عن عوامل الفوعة الجينية والمقاومة والتقارب الوراثي التي تمتلكها بكتيريا Escherichiacolii ، وباستخدام بادئات متخصصة لكل من الجين الخاص بالاهداب من النوع الاول (fimH) والجين الخاص بالمحفظة (kpsMTII). وجين خاص بتحلل الدم (hly) وجين خاص بالالتصاق (eae) وجين خاص ب لمقاومه مضاد حيوي ((bla - cmy2 كانت النتائج ان جين (fimH) بنسبة (58%) ، فيما كانت نسبة الجين الخاص بالمحفظة (kpsMTII) (58%) بينما جين خاص بالالتصاق (eae) كانت نسبة (20%). ونسبة جين خاص بتحلل الدم (hly) (28%), ونسبة الجين خاص بمقاومة المضاد الحيوي ((bla - cmy2 كانت (83%) بينما كانت نسبة ظهور كل جينات) 5.7%), وكانت نتائج الجين الخاص بتقارب الوراثي (Box) (58%).ولغرض دراسة الاصابات الفايروسية مرتبطة بمرض ثلاسيميا النوع الكبير وباستخدام تقنية ELSLA جمعت عينات الدم (88 من المرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبير و62 من مرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير) تم جمع العينات من مركز الوطني لنقل الدم لتحري عن وجود الالتهاب الكبد الفايروسي نوع ( CوB) حيث كانت نسبة الالتهاب الكبد الفايروسي نوع (B) لدى المرضى مصابين مصابين بثلاسيميا النوع الكبير (17%) بينما كانت نسبة لدى المرضى غير مصابين بثلاسيميا النوع الكبير (16%).بينما كانت نسبة الالتهاب الكبد الفايروسي نوع (C) (82.9 %) ,(8 ,83%) لدى مرضى مصابين بثلاسيميا النوع الكبيرو غير مصابين بثلاسيمياالنوع الكبير على التوالي . | This study was carried out to detect the types of bacterial and viral infections which associated with β thalassemia major comparison to non thalassemic patients group.For Bacterial types identification two different kinds of samples were collected from Ibin ALBalady hospital. Urine samples which included (41from thalassemic patients and 18 from non thalassemic patients) and blood sample which included (25 from thalassemic patients and 25 from non thalassemic patients) depending on their cultural, morphological as well as biochemical characterization. The result identification that in urine sample showed that was most prevalent kind was Escherichia coli with percentage 25%. In addition, other bacteria were also obtained with a percentage 6%, 5%, 3%, 3%, 2%, 2%, 2%, 2%, and 1.3%. Klibseilla pneumonia, Chlamydia pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, sterptococcus pneumonia respectively. While, on other hand, in non thalassemic patients the result identification that in urine sample the most prevalent kind was Escherichiacoli with percentage 28%. In addition, other bacteria were also obtained with a percentage 12%, 7%, 5%, 4%, 4%, 4%, 4%, 4%, 4% for klibseilla pneumonia, sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, respectively. The result for blood sample identification also showed that the Escherichia coli was most common in thalassemic and non thalassemic patients it with a percentage 15%, 24% respectively, and other types bacteria were also obtain with a percentage 6%, 3%, 5%, 5%, 5.3%, 2%, 2%, 2% for , sterptococcus pneumonia, klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa Chlamydia pneumonia, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp, respectively from thalassemic patients and other types bacteria were obtain from non thalassemic with a percentage 7%, 5%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3%, 2.3% for sterptococcus pneumonia, Chlamydia pneumonia, klibseilla pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter colaca, proteus. spp, Salmonella typhi, Pantoea spp receptivity, and the results confirmed by identification VITEK 2 system kit. The VITEK 2 SYSTEM Antibiotics sensitivity test kits results revealed that Escherichiacoli were resistance to following antibioses Ampcilin (98%), Cefatriaxone (95%), Ciprofloxacin (46%), Cefipime (74%) Liovfaxacin (78%), Tetracylin (70%), Cefotaxim (40%), Aomxcilin (43%), Nalidexic acid (50%), Extapenem (20%), ceftazidime (44%). Moreover, low percentage of resistance was shown to, extapenem (20%) Trimethoprim (27%). PCR Methods used of molecular diagnosis of virulence genes, resistance, genotyping genes of E. coli by using specific primers to type 1 fimbria gene (fimH) and capsule gene (kpsMTII), hemolysin (hly), intimin (eae), ceftriaxone (bla - cmy2). PCR results the presence fimH (58%) and kpsMTII (40%) while hly (28%), eae 25%, (bla - cmy2) (83%). While the prevalence of all genes together with a percentage (7.5%) The results of box - PCR genotyping was 80%. To study the viral infection which associated with β thalassemia major by used ELSLA technique sample (88 from thalassemic and 62 from non thalassemic patients) were collected from Iraq National blood bank. For detection of HBS and HCV the result showed that HBS17% in thalassemic patients while in non thalassemic patients was16% while HCV were (82.95%), (83.87%) is percentage thalassemic patients receptivity

استجابة تراكيب وراثية من الشعير Hordeum vulgare L. لتحمل تراكيز مختلفة من كلوريد الصوديوم خلال مراحل مختلفة من النمو == Response of barley genotypes Hordeum vulgare L. for tolerance different concentrations of Sodium Chloride through different growth stage

Author name: شروق محمود وسين
Supervisor name: سعدية حسن محمود | عباس جاسم حسين الساعدي
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة في الموسم الزراعي 2008 - 2009 بهدف التعرف على مدى تحمل بعض التراكيب الوراثية من الشعير Hordeum vulgare L. لتراكيز مختلفة من كلوريد الصوديوم في مراحل مختلفة من النمو . تضمنت الدراسة تجربتين : التجربة الاولى هي دراسة تاثير تراكيز مختلفة من كلوريد الصوديوم (0 ، 50 ، 100 ، 150 و200) مليمول/لتر على ستة تراكيب وراثية من الشعير هي بركة، بيكسون، فوريست ، بركة × بيكسون، بركة × فوريست وبيكسون × فوريست في بعض المؤشرات المظهرية كنسبة وسرعة انبات البذور وطول الجذير والرويشة والمساحة الورقية . نفذت التجربة في مختبر الدراسات العليا ، قسم علوم الحياة / كلية العلوم / الجامعة المستنصرية باستخدام الاطباق الزجاجية وقد استعمل محلول مغذي nutrient solution كوسط لزراعة البذور .اوضحت نتائج هذه التجربة ان زيادة تراكيز ملح كلوريد الصوديوم من 0 الى 200 مليمول/لتر ادى الى انخفاض معنوي في المؤشرات المدروسة كما اظهرت النتائج وجود تباين معنوي بين التراكيب الوراثية للشعير في تحملها لتراكيز كلوريد الصوديوم، واظهر التركيب الوراثي بركة قدرة تحمل جيدة للتركيز العالي من الملح فقد اعطى القيم 93.00% عن نسبة الانبات و7.36 بذرة/يوم عن سرعة الانبات، 6.72 سم عن طول الجذير و8.30 سم عن طول الرويشة. اما التجربة الثانية فقد نفذت في البيت الزجاجي التابع لقسم علوم الحياة ، كلية التربية / ابن الهيثم / جامعة بغداد من خلال زراعة بذور التراكيب الوراثية بركة وبيكسون وبركة × فوريست بعد معرفة تحملها للملوحة (التجربة الاولى) في اصص بلاستيكية لدراسة تاثير تراكيز كلوريد الصوديوم السابقة المذكورة اعلاه على بعض المؤشرات المظهرية والفسلجية كاطوال الجذور واحجامها واوزانها الجافة وارتفاع النبات والوزن الجاف للجزء الخضري والمساحة الورقية ومحتوى بعض العناصر الغذائية في الجزء الخضري (كالنتروجين والفسفور والبوتاسيوم والصوديوم والكلور) ونسبة البروتين ومحتوى الكلوروفيل ومحتوى البرولين ونسبة الدهون والمحتوى النسبي للرطوبة في الاوراق بالاضافة الى بعض مكونات الحاصل وهي الحاصل البايولوجي ، طول السنبلة ، وزن السنبلة/نبات ، عدد الحبوب/سنبلة، وزن الحبوب/سنبلة، وزن 1000 حبة ووزن الحبوب/اصيص . كما تمت دراسة (محتوى البوتاسيوم والصوديوم والكلور) والجهد الازموزي لتربة التجربة بعد الزراعة . وقد استخدم التصميم العشوائي الكامل CRD)) وبتجارب عاملية لتنفيذ التجربتين وبثلاثة مكررات في التجربة الاولى، واربعة مكررات في التجربة الثانية، وقد تم تحليل النتائج احصائيا وقورنت المتوسطات باستعمال اقل فرق معنوي (L.S.D.)على مستوى احتمال 0.05 .اوضحت نتائج هذه التجربة ان زيادة تراكيز ملح كلوريد الصوديوم من 0 الى 200 مليمول/لتر ادى الى انخفاض معنوي في معظم المؤشرات المدروسة. وزيادة معنوية في محتوى الحامض الاميني البرولين ومحتوى الصوديوم والكلور في الانسجة المختلفة للتراكيب الوراثية المدروسة ، كما زاد معدل الجهد الازموزي ومحتوى الصوديوم والكلور وانخفض محتوى البوتاسيوم في ترب التراكيب الوراثية مقارنة بها قبل الزراعة . كذلك اظهرت النتائج وجود تباين معنوي بين التراكيب الوراثية في تحملها لتراكيز كلوريد الصوديوم، واظهرالتركيب الوراثي بركة قدرة تحمل جيدة للتركيز العالي من الملح، فقد اعطى قيما عليا في معظم المؤشرات المدروسة كالوزن الجاف للجذور 1.01 غم/نبات، وارتفاع النبات بعد مرور شهر من التعرض للملح 54.00 سم، وارتفاع النبات بعد مرور ثلاثة اشهر من التعرض للملح 63.90 سم، والوزن الجاف للجزء الخضري 0.35 غم/نبات، والمساحة الورقية 53.51 سم2، ومحتوى النتروجين 10.83 ملغم/غم وزن جاف، ومحتوى البوتاسيوم 8.22 ملغم/غم وزن جاف، ومحتوى الكلور 7.45 ملغم/غم وزن جاف، ونسبة البروتين 18.70%، ومحتوى الكلوروفيل 33.20 مايكروغرام/سم2، ومحتوى البرولين 14.01 ملغم/لتر، ونسبة الدهون 5.27%، وبعض مكونات الحاصل مثل الحاصل البايولوجي 11.01 غم/اصيص وطول السنبلة 5.84 سم، وعدد الحبوب/سنبلة 25.39 حبة/سنبلة، ووزن الحبوب/سنبلة، 0.81 غم/سنبلة، ووزن 1000 حبة 28.93 غم، ووزن الحبوب /اصيص 4.22 غم/اصيص، يليه التركيب الوراثي بيكسون ثم بركة × فوريست . كما اظهرت النتائج وجود تباين بين ترب التراكيب الوراثية للشعير في محتوى بعض العناصر، اذ اعطت تربة بركة اقل معدل لمحتوى عنصر البوتاسيوم بلغ 231.70جزء بالمليون، واعلى محتوى للكلور بلغ 2.74 ملي مكافئ/لتر . | This study has been performed during the agricultural season of 2008 - 2009 in the aim to recognize how some genotypes of barley Hordeum vulgare L. tolerate different concentrations of NaCl in different growth stages . Two sets of experiment has been done : The first was to determine the effect of different concentrations of NaCl (0,50,100,150 and 200) mM/l on some morphological parameters (% and rapidness of seeds germination, radical and plumule length and leaf area). Of six genotypes of barley cultivars Baraka, Bekson, Forest, Baraka × Bekson, Baraka × Forest and Bekson × Forest . The experiment was done in the Labrotary of higher studies, Department of Biologey, college of science, AL - Mustansiriyah University, by using petri dishes supplied with nutrient solution. The result showed that an increase in Sodium Chloride salt concentration from 0 to 200 mM/L leads to asignificant decrease in the studied parameters. Also the result revealed adifference among the genotypes of barley in their tolerance to Sodium Chloride concentration, Baraka genotype showed agood tolerating capacity against high saline concentration so it gave values 93% for percentage of germination, 7.36 seed/day of rapidness of germination, 6.72 cm of radical length and 8.30 cm of plumule length. The second set was carried out in the green house of the Department of Biologey, college of Education (Ibn AL - Haitham), Baghdad university via planting seeds of Baraka, Bekson and Baraka×Forest genotypes after determination of their salinity tolerance (set No.1) in plastic pots in order to study the effect of the above mentioned NaCl concentrations on some of their morphological and physiological parameters such as root length and size, shoot and root dry weights , content of some nutrient elements in the shoot (such as N, K, Na and Cl), protein %, chlorophyll content, proline content, lipid proportion and leaf relative humidity, beside some yield components : biological yield, spike length, weight of spike/plant, number of grains/spike, weight of grains/spike, weight of 1000 grains and weight of grains /pot Additionally, determination of (K, Na and Cl content)and osmotic potential in experiment soil after planting. The completely RandomiZed Design (CRD) with Factorial experiments was applied with three replicates for the first experiment and four replicates for the second experiment, Data were statistically analyzed to find out the least significant differences between treatment at 0.05 level. The results showed that an increase in Sodium Chloride salt concentration from 0 to 200 mM/L leads to a significant decrease in studied parameters and a significant increase in content of proline acid, Sodium and Chloride in the different tissue of the studied genotypes. Also increased the average of osmotic potential, content of Sodium, Chloride and decrease of potassium content in soil of the genotypes as compared with it befor planting. Moreover, the result revealed a difference among genotypes of barley in their tolerance to Sodium Chloride concentration, Baraka genotype exhibited a good tolerating capacity against high saline concentration so it provides higher values in most of the studied parameters as root dry weight 1.01 gm/plant, shoot length after one month of salt treated 54.00Cm,shoot length after three months of salt treated 63.90 Cm, shoot dry weight 0.35 gm/plant, leaf area 53.51Cm2, Nitrogen content 10.83 mg/gm dry weight, Potassium content 8.22 mg/gm dry weight, Chloride content 7.45 mg/gm dry weight, % protein 18.70 %, chlorophyll content 33.20 mg/cm2, proline content 14.01 mg/L, % lipid 5.27%, biological yield 11.01 gm/pot , spike length 5.84Cm, number of grains /spike 25.39 grain/spike, weight of grains /spike 0.81 gm/spike, weight of 1000 grains 28.93mg and weight of grains/ pot 4.22 gm/pot; then, Bekson genotype and Baraka × Forest. The result showed that there is a variation among soil of the genotypes of barley in content of some elements when soil Baraka gave least avarege of Potassium content as (231.70 ppm) and higher Chloride content as (2.74 m.q/L)

دراسة العلاقة بين مجاميع الدم واضداد النطف في الرجال قليلي الخصوبة == A study on relation between blood groups and Anti - sperm antibodies in infertile men

Author name: شروق ابراهيم محمود عزيز اغا
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم استخدام 92 عينة دم وسائل منوي لذكور قليلي الخصوبة وكذلك نفس العدد من ذكور خصبين , حيث تم الحصول عليها للفترة المحصورة من تشرين الثاني 2006 ولغاية حزيران 2007 . اجري فحص الدم على جميع العينات لتحديد مجاميع الدم طبقا لنظام ABO ونظام لويس , بينما تم التحري عن اضداد النطف باستخدام فحص ELISA النوعي وكما تم تحديد عيارية هذه الاضداد في العينات الموجبة باستخدام Tray - agglutination test (TAT). اظهرت نتائج هذه الدراسة علاقة معنوية (p≤0.01) مابين نوع مجاميع دم لويس وحالة الخصوبة حيث سجل صنف دم Lea 4.4% وصنف Leb 14.1% وصنف Lea - b - 81.5% في الذكور قليلي الخصوبة بالمقارنة مع 20.7 % , 15.2 % ,64.1% على التوالي في الذكور الخصبين . بينما اظهر فحص ELISA نتيجة موجبة لوجود اضداد النطف بنسبة 5.4% , 32.0% في كل من البلازما المنوية ومصل الدم على التوالي في الذكور قليلي الخصوبة بالمقارنة مع الذكور الخصبين حيث لم تسجل اي نسبة وجود للاضداد في مصل الدم . من جهة اخرى فقد اظهرت النتائج علاقة معنوية ( (P≤0.01 ما بين وجود اضداد النطف في مصل دم الذكور قليلي الخصوبة ومجاميع الدم نظام ABO , حيث سجل صنف الدم O , اعلى نسبة للاضداد بلغت 55.0% بالمقارنة مع 45.0% لجميع اصناف الدم الاخرى . كما اظهرت النتائج وجود نفس العلاقة المعنوية( (≤0.05 ما بين مجاميع دم لويس ونسبة اضداد النطف حيث سجل صنف دم لويس Lea - b - اعلى نسبة اضداد بلغت 69.0% بالمقارنة مع 31.0% لكلا الصنفين Lea , Leb كذلك اظهرت النتائج عدم وجود علاقة معنوية ما بين اضداد النطف وعدد النطف في الذكور قليلي الخصوبة ذوي مجاميع الدم ABO ومجاميع دم لويس .واخيرا فقد اظهرت النتائج وجود تراكيز طبيعية لجميع الهرمونات الجنسية في عينات مصل الدم لجميع الذكور قليلي الخصوبة سواء حسب نظام ABO او نظام لويس. | Ninety two samples of blood and seminal fluid of low fertility males and equal number of the same samples from fertile males ,were obtained from November 2006 till June 2007 . The grouping was carried out according to ABO and Lewis system , While antibodies of sperms were detected by using specific ELISA test , and the titer in the positive samples was determined by Tray - agglutination test (TAT) . The results of this study revealed a significant correlation (P≤ 0.01) between the phenotype of Lewis blood groups and the fertility state , in which 4.4% Lea, 14.1% Leb and 81.5% Lea - b - phenotypes were recorded in the low fertility males , in comparison to 20.7% ,15.2% and 64.1% respectively in those fertile males . However the ELLISA screening test in low fertility males showed positive results 5.4% and 32.0% in seminal plasma and serum samples respectively , in comparison to 0% in serum of fertile males . On the other hand , the results demonstrated a significant correlation (P≤ 0.001) between the presence of anti - sperm antibodies in the serum of infertile and the ABO blood groups , Whereas ,the group O recorded a highest presence of anti - sperm antibodies 55.0% in comparison to that recorded by the remaining groups 45.0% . Also the same significant correlation (P≤ 0.05) has been obtained between the Lewis blood groups and the presence of anti - sperm antibodies, in which Lewisa - b - phenotype recorded the highest percentage 69.0% comparison to 31.0% for those of Lea and Leb together . Further more the results also showed that in low fertility males, who had ABO and Lewis blood groups, there were non significant correlation between anti - sperm antibodies and number of sperms .Finally the results showed normal concentration of all sex hormones in the serum of all infertile males in spite of their ABO and Lewis blood groups

دراسة بعض الحالات المناعية والدموية في مرضى بهاق عراقيين == Study Some Immunological and Heamatological Status of Iraqi Vitiligo (Bohak) Patients

Author name: شذى فارس طارق
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: البهاق هو مرض جلدي مكتسب مجهول السبب يتميز بظهور بقع ناقصة الصبغة وهذا يعزى الى فقدان الخلايا الصباغية الجلدية. تشير الدلائل الى ان المناعة الذاتية تلعب دورا في امراضية هذا المرض، لانه من الممكن الكشف عن الاجسام المضادة والخلايا التائية المتكونة ضد الخلايا الصباغية في مرضى البهاق.الدور المحتمل للخلل المناعي في مرض البهاق قد تم اقتراحه لذلك ولاختبار هذه الفرضية تم التحري عن حركيات خلوية معينة (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) ، والكلوبيولينات المناعية ( IgA , IgG , IgM وIgE)، والعد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض ولجميع المشمولين بالدراسة .شملت الدراسة : 60 مريضا (ذكور واناث ) وخلال فترة تراوحت ما بين تشرين الثاني 2014 الى نيسان 2015 وباعمار تراوحت مابين (6 - 55) سنة وكان 30 منهم غير معالجين و30 معالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة مرتين في الاسبوع ولمدة ( 4 - 10 ) اسابيع ومجموعة سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 30 فرد اصحاء ظاهريا.فصل المصل وتم قياس تركيز الحركيات الخلوية (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) والمستوى الكلي للمضاد المناعي نوع IgEفي مصل دم المشتركين باستعمال تقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيمELISA)) بينما استخدمت طريقة الانتشار المناعي الشعاعي المفرد (SRID) في قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية (IgM, IgG and IgA ) وتم قياس العد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض بوساطة جهاز ( Hematology auto analyzer 5 - diff). توصلت هذه الدراسة للنتائج الاتية : 1 - اظهرت الاناث ارتفاعا في نسبة الاصابة بالبهاق مقارنة بالذكور وبنسبة (اناث / ذكور) تساوي 1 : 1.6 مع ذلك لا توجد بينهم فروق معنوية عند مستوى (P > 0.05) .2 - متوسط العمر في مرضى البهاق كان (28.55) سنة وان الفئة العمرية (20 - 11) سنة هي اكثر عرضة للاصابة .كشفت نتائج هذه الدراسة بان 48 (80%) من المرضى كان لديهم ظهور مبكر للبهاق (قبل عمر 30 سنة ) في حين 12(20%) من المرضى كان لديهم ظهور متاخر للبهاق (بعد عمر 30 سنة ).3 - وفيما يتعلق بالانواع السريرية للبهاق اظهرت هذه الدراسة بان الغالبية العظمى من الحالات كانت من النوع المنتشر 40 (%66.67) ومن ثم يتبع بالنوع الموضعي 18(30%) والنوع الشامل 2(3.33%). علاوة على ذلك كان النوع الفرعي السريري الاكثر شيوعا والذي لوحظ في هذه الدراسة هو النوع الشائع 30 (50%) ومن ثم يتبع بالنوع البقعي 12(20%) , النوع الذي يصيب الوجه والاطراف 8 (13.33%) ,النوع المقطعي 4 (6.66%) , النوع المختلط 2(3.33%) والنوع المخاطي 2(3.33%).4 - اظهرت نتائج الدراسة الحالية بان 23 (%38.33) من المرضى كان لديهم تاريخ عائلي بالبهاق . كان التاثير على الاقارب من الدرجة الاولى بنسبة 17(% 28.33) , الاقارب من الدرجة الثانية بنسبة 5 (%8.33) والاقارب من الدرجة الثالثة بنسبة 1 ((%1.67.5 - اظهر معدل المستوى المصلي للبين ابيضاض 17ا في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة 188.62) و174.03 ) بيكو غرام/ مل ارتفاعا معنويا عند مستوى ( (p ≤ 0.05 بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ( 116.07) بيكو غرام/ مل .6 - اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا ارتفاعا معنويا عند مستوى (p ≤ (0.05 عند مقارنة مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (64.68 و61.94) بيكو غرام/ مل على التوالي، مع مجموعة السيطرة (50.64) بيكو غرام/ مل .7 - A/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgG وIgA في مرضى البهاق غير المعالجين (1045.24 و216.40 ±) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ،انخفاضا غير معنوي عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مجموعة السيطرة (1082.02 و239.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي. بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgM (121.85 ) ملغرام/ديسيلتر والكلوبيولين IgE 147.01)) وحدة دولية /مل يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى0.05) <p ( . B/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgMو IgG في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ( 167.69 و1228.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى ((p ≤ 0.05 مقارنة مع كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومجموعة السيطرة ،بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgA (233.84) ملغرام/ديسيلتر يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مرضى البهاق غير المعالجين.8 - اظهر معدل خلايا الدم البيض في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (8.80 و8.51) 103xخلية/مل3 على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى (P ≤ 0.05) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ((7.25 103x خلية/مل3.9 - A / لم يظهر معدل كل من الخلايا العدلة ،اللمفية ، وحيدة النواة ,الحمضة والقعدة في مرضى البهاق غير المعالجين (58.37 , 31.57 , 6.58 , 2.64 و1.04 )% على التوالي ، فروقا معنوية وعند مستوى 0.05) < ( P بالمقارنة مع مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (58.29 , 30.25 , 6.46 , 2.61 و1.03) % على التوالي.B / اظهر معدل كل من الخلايا العدلة, الحمضة والقعدة في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ارتفاعا قليلا ولكن غير معنوي عند مستوى (0.05 <P) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة , ولكن اظهر معدل الخلايا وحيدة النواة انخفاضا غير معنوي , بينما اظهر معدل الخلايا اللمفية انخفاضا معنويا بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. | Vitiligo is an acquired idiopathic skin disorder characterized by depigmented macules due to loss of cutaneous melanocytes. Evidence suggests that autoimmunity plays a role in the pathogenesis of the disease, since antibodies and T cells against melanocytes can be detected in vitiligo patients.A potential role of the immune dysfunction has been suggested in vitiligo so to test this hypothesis, certain cytokines (IL - 17A and TNF - α), immunoglobulins (IgM, IgG, IgA and IgE), total and differential count of WBCs were investigated in all participants.The study included : 60 patients (males and females) during the period from November 2014 to April 2015 with age range between (6 - 55) year; 30 of them were untreated and 30 were treated with Narrow Band Ultraviolet - B twice a week for (4 - 10) weeks with confirmed diagnosis of vitiligo using standard assessment age and gender matched 30 apparently healthy control.Serum was separated and cytokines, total immunoglobulin E (IgE) were detected by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA); while immunoglobulins (IgM, IgG and IgA) were detected by using Single Radial Immunodiffusion (SRID) method. Total and differential counts of White Blood Cells (WBCs) were measured by using Hematology auto analyzer 5 - diff. This study has reached the following results : 1 - Females had shown higher incidence of vitiligo as compared with males with a ratio F/M equals to 1.6 : 1 however there were no significant differences (P > 0.05) between them.2 - The mean age of vitiligo patients was (28.55) year and age group (11 - 20) year was more susceptible to affected. Results of this study revealed that 48 (80%) of patients had early onset vitiligo (before 30 years of age); while 12 (20%) had late onset vitiligo (after 30 years of age).3 - Regarding the clinical types of vitiligo; this study showed that the majority of cases were generalized type 40 (66.67%) followed by localized type 18 (30%) and universal type 2 (3.33%). Furthermore the most common clinical subtype observed in this study was vulgaris vitiligo 30 (50%), followed by focal 12 (20%), acrofacial 8 (13.33%), segmental 4 (6.66%), mixed 2 (3.33%) and mucosal 2 (3.33%).4 - Results of the current study showed that 23 (38.33%) of patients had a positive family history of vitiligo. First - degree relatives were affected in 17 (28.33%), second - degree relatives in 5 (8.33%) and third - degree relatives in 1(1.67%).5 - The mean serum level of IL - 17A in both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (188.62 and 174.03) pg/ml showed a significant increase (p ≤ 0.05) as compared with healthy control (116.07) pg/ml. 6 - The mean serum level of TNF - α showed a significant increased (p ≤ 0.05) when untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (64.68 and 61.94) pg/ml respectively compared with healthy control (50.64) pg/ml.7 - A / The mean serum levels of IgG and IgA in untreated vitiligo patients (1045.24 and 216.40) mg/dl respectively showed non significantly decreased (P<0.05) as compared to healthy control (1082.02 and 239.38) mg/dl respectively, while the mean serum levels of IgM (121.85) mg/dl and IgE (147.01) IU/ml were found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05). B / The mean serum levels of IgM and IgG in NB - UVB treated vitiligo patients (167.69 and 1228.38) mg/dl respectively increased significantly (p ≤ 0.05) as compared to both untreated vitiligo patients and healthy control, while the mean serum level of IgA (233.84 ± 18.88) mg/dl was found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05) as compared to untreated vitiligo patients.8 - The mean value of total WBCs of both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (8.80 and 8.51) x103 cell/ml3 respectively showed a significant increased (P ≤ 0.05) as compared with healthy control (7.25) x103 cell/ml3.9 - A / The means value of neutrophil, lymphocyte, monocyte, eosinophil and basophil in untreated vitiligo patients (58.37, 31.57, 6.58, 2.64 and 1.04) % respectively showed non significant differences (P<0.05) as compared with NB - UVB treated vitiligo patients (58.29, 30.25, 6.46, 2.51 and 1.03) % respectively.B / The means value of neutrophil, eosinophil and basophil in NB - UVB treated vitiligo patients showed slightly but non significant increased as compared with healthy control, but the mean value of monocyte showed non significantly decreased ,while the mean value of lymphocyte showed a significant decreased as compared with healthy control

الكشف عن انواع الجنس Fusarium المنتج للفيومنسين ب1 على حبوب الذرة الصفراء باستخدام الطرائق الجزيئية ودراسة تاثيراته المرضية النسيجية على الفئران البيض == Detection of Fusarium Species Producing Fumonisin B1 on Maize Using Molecular Methods and Study Its Histopathological Effects on Albino Mice

Author name: سيناء وليد محمد سعيد
Supervisor name: خالد عبد الرزاق حبيب | سالم رشيد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى تشخيص انواع الجنس Fusarium المرافقة للذرة وقابليتها على انتاج السم FB1 باستخدام الطرق التقليدية والجزيئية. كما تم دراسة الظروف المثلى لانتاجه فضلا عن تاثيره على انسجة الكبد والكلية والطحال وقياس انزيمات الكبد والطحال في ذكور الفئران المجرعه فمويا بالسم.تم جمع ثمانية وثمانين عينة ذرة للفترة ما بين تشرين الثاني 2013 واذار 2014 من الاسواق المحلية ومخازن الحبوب في بغداد (35 عينة ذرة من مخازن الحبوب و53 عينة من الاسواق المحلية) كما وتم الكشف عن الفطرين المنتجين للفيومينيسين وهما Fusarium verticillioides وF. proliferatum باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة (PCR) وتقنية فصل الصفائح الرقيقة (TLC) وتقنية الاليزا.(ELISA) وكانت النتائج كما ياتي : 1. الاجناس الفطرية المعزولة من الذرة هي : الفطر Aspergillus وكان الاكثر سيادة (58.6%) تليه الفطرياتFusarium (17.5%) ثم Rhizopus (6.7%), Alternaria (6.1%), Mucor وPenicillum (3.9%), Bipolaris (1.9%) وTrichthecium (1.2%).2. النوع الاكثر سيادة ضمن جنس Fusarium كان F. verticillioides (70.64%) 3. اظهرت النتائج باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة المتسلسلة (species specific PCR) ان من بين سبعة وسبعين عزلة, فقط ثلاثة عشر عزلة تعود للجنس F. verticillioides ومن بين تسع عزلات فقط عزلة واحدة تعود للجنس F. proliferatum.4. تمتلك جميع عزلات F. verticillioides الثلاثة عشر الجين fum1 وبذلك يعد المنتج الرئيسي للسم FB1 مقارنة مع عزلة F. proliferatum التي لم تمتلك الجين.5. من بين العزلاتF. verticillioides الثلاثة عشر, كانت العزلة FV1 هي الاكفا في انتاج FB1 (175.39 جزء في البليون) على وسط فطيرة الذرة بينما تراوح تركيز السم FB1 لبقية العزلات يتراوح بين (21.31 - 170.51 جزء في البليون).6. كانت نتائج الظروف المثلى لانتاج السم FB1 هي وسط فطيرة الذرة وفترة حضانة 21 يوم ودرجة حرارة مثلى 20ºم.7. حددت الجرعة القاتلة المتوسطة (LD50) للسم FB1 لذكور الفئران وهي 1800 جزء في البليون.8. لوحظت زيادة في تركيز انزيمات الكبد والكلى للفئران بعد تجريعها فمويا بالسم FB1 عند التركيزين 800 و1200 جزء في البليون مقارنة مع مجموعة السيطرة.9. كشفت النتائج ان التغيرات في انسجة الكبد والكلى والطحال للفئران المجرعه فمويا بالسم FB1بالتركيزين 800 و1200 جزء في البليون، ظهرت زيادة التغيرات 10. التنكسية والموت المبرمج للخلايا مقارنه مع مجموعة السيطرة. | The study aimed to identify Fusarium species associated with maize grains and their ability to produce Fumonisin B1 using traditional and molecular methods. The optimal conditions of FB1 production were assayed. The effect of FB1 on liver, kidney and spleen tissues of albino mice were studied and measured its effects on enzymes in affected liver and kidney.Eighty - eight maize samples were collected between November 2013 and March 2014 from local markets and silos of Baghdad province (thirty - five from silos and fifty - three from markets). Fusarium verticillioides and F. proliferatum were investigated and their ability to produce Fumonisin B1 was detected using : Polymerase chain reactions (PCR), Thin layer chromatography (TLC) and enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) techniques. The following results were obtained from the current study : 1. The fungal genera isolated from maize were : Aspergillus (58.6 % ) followed by Fusarium (17.5% ), Rhizopus (6.8 %), Alternaria (6.1 %), Mucor and Penicillium (3.9 %), Bipolaris (1.9 %), and Trichothecium (1.2%).2. The predominant species among Fusarium was F. verticillioides (70.64%).3. The use of species specific PCR reactions for Fusarium species revealed that out of seventy seven isolates, thirteen isolates only belong to F. verticillioides and out of nine isolates, one isolate only belong to F. proliferatum.4. All the thirteen F. verticillioides isolates were shown to possess fum1 gene (FB1 producer), whereas the F. proliferatum isolate was shown not to possess this gene. 5. Among the thirteen isolates of F. verticillioides, FV1was the most efficient one in production of FB1(175.39 ppb) on patty maize medium, while the concentration of FB1 for other isolates ranged between (21.31 - 170.51) ppb. 6. The optimum culture conditions for FB1 production using solid state fermentation included : patty maize medium with incubation period 21 days at 20ºC. 7. The median lethal dose 50 (LD 50) of FB1for male mice was 1800ppb.8. liver enzymes (AST, ALT, ALP) and kidney functions (Creatinine and Blood urea) were increased in male mice which were orally gavaged FB1 at 800 and 1200ppb concentrations comparing with control group.9. The histopathological changes in the liver, kidney and spleen of orally gavaged mice by FB1 at 800 and 1200 ppb, showed a significant increase degenerative changes and apoptotic cells in comparison with control group

دراسة عن كبسولة بكتريا Acinetobacter baumannii وتاثيرها على الاستجابة المناعية == Study on capsule of Acinetobacter baumannii and its effect on Immune Response

Author name: سيناء مهدي شاكر الخفاجي
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • عزلت 34 عزلة بكتيرية تعود للنوع Acinetobacter baumannii من بين 424 عينة شملت عينات ( جروح ، ادرار ، قشع ، دم ) وبنسبة 8.01% جمعت من المرضى الراقدين في مستشفى بغداد التعليمي / مدينة الطب ، وقد شخصت من خلال الصفات الزرعية (المستعمرات) والمجهرية ( البكتريا) والاختبارات الكيميائية الحياتية وباستخدام نظام Api 20 E ، وقد كانت معدلات الاصابة ببكتريا Acinetobacter baumannii في العينات المشخصة (جروح ، ادرار ، قشع ، دم ) هي (15 ، 11، 6 ، 2) % على التوالي .• التحري عن عزلة كفوءة منتجة للكبسولة ، اذ امكن الحصول على عزلة كفوءة منتجة للكبسولة عند تنمية العزلات في وسط اغار نقيع القلب والدماغ المضاف اليه 5% كلوكوز وبفترة حضن 5ايام ودرجة حرارة 30 م.• التحري عن حساسية عزلات بكتريا Acinetobacter baumannii تجاه 19 مضادا للحياة ، وقد اظهرت العزلات البكتيرية حساسية بنسبة 100% للمضاد Imipenem ومقاومة بنسبة 100% لمضادات الحياة (Cotrimoxazol , Nitrofurantoin , Carbenicillin , Cephalothin , Tetracyclin , Aztreonam , Ciprofloxacin ) • حددت التراكيز المثبطة الدنيا لـ 8 مضادات للحياة Ciprofloxacin وGentamicin وAmikacin وTobramycin وCefotaxime وPipracillin وPiracillin +Tazobactum وCefepime واظهرت النتائج ان هنالك اختلافا واضحا في الـMIC لهذه المضادات ،اذ تراو حت قيم الـMIC لهذه المضادات (4 - 512 ، 8 - 1024< ،4 - 256 ، 4 - 1024< ، 16 - 1024< ، 8 - 256 ، 8 - 512) مكغم /مل على التوالي .• التحري عن قابلية عزلات Acinetobacter على ازالة لون اغار الدم الحاوي على السكريات ، اذ اظهرت العزلات البكتيرية قابليتها على ازالة لون اغار الدم الحاوي على السكريات نوع الدوز Aldose وتغييره الى لون بني .• التحري عن قابلية 18 عزلة بكتيرية منتخبة بصورة عشوائية تعود للنوع Acinetobacter baumannii على تلزين كريات الدم الحمر للانسان وباصنافه الاربعة A , B, AB, O في اطباق المعايرة الدقيقة Microtitration plates ، وقد بينت النتائج قابلية العزلات المنتخبة جميعا على تلزين كريات الدم الحمر للانسان للاصناف A , B AB, فيما اخفقت العزلات المنتخبة جميعا على تلزين كريات الدم الحمر للانسان للصنف O .ثانيا - الجانب المناعي : استهدف هذا الجانب استخلاص الكبسولة من العزلة الكفوءة ودراسة تاثير تراكيز مختلـفة (25 ، 50 ، 100 ، 150 ، 250 ، 500) مكغم /مل من مستخلص الكبسولة على الخلايا المناعية باختيار المعايير الاتية : عيوشية الخلايا متعددة اشكال النوى والخلايا اللمفاوية ، التشكل الزهري التائي والبائي ، عملية البلعمة ، اختزال صبغة النايتروبلوتترازوليم ، معامل انقسام خلايا نخاع العظم في الفئران والتحري عن الاضداد المتخصصة بمستخلص الكبسولة باجراء اختبار اخترلوني . ومنها تم الحصول على النتائج الاتية : • عدم تاثير التراكيز (25 ، 50 ، 100) مكغم /مل من مستخلص الكبسولة على عيوشية الخلايا متعددة اشكال النوى والخلايا اللمفاوية ، فيما اظهرت التراكيز (150 ، 250 ، 500) مكغم /مل تاثيرا على عيوشية الخلايا متعددة اشكال النوى والخلايا اللمفاوية .فقد سببت انخفاضا في عيوشية هذه الخلايا .• انخفاض النسبة المئوية للخلايا اللمفاوية التائية المكونة للتشكل الزهري الفعال والكلي نتيجة لتاثير تراكيز مستخلص الكبسولة (100 ، 150 ، 250 ، 500) مكغم /مل على الخلايا التائية.• انخفاض النسبة المئوية للخلايا اللمفاوية البائية المكونة للتشكل الزهري نتيجة لتاثير تراكيز مستخلص الكبسولة (100 ، 150 ، 250 ، 500) مكغم /مل.• اظهرت النتائج زيادة في عملية البلعمة عند استخدام التركيز 100 مكغم /مل من مستخلص الكبسولة فيما انخفضت عملية البلعمة عند استخدام التراكيز (150 ، 250 ، 500) مكغم /مل من مستخلص الكبسولة .• انخفاض في النسب المئوية للخلايا المكونة للفورمازان باستخدام التراكيز (100 ، 250 ، 500) مكغم /مل من مستخلص الكبسولة .• انخفاض في معامل الانقسام الخيطي لخلايا نخاع العظم في الفئران باستـــخدام التركيزيـــن (100 ، 250) مكغم /مل من مستخلص الكبسولة .• تكون خطوط ترسيب بين مستخلص الكبسولة ومصول الارانب الممنعة به باستخدام المصل بدون تخفيف وعند تخفيفه بنسبة 1 : 10 ، فيما لم تظهر اي خطوط ترسيب عند استخدام التخفيفين 1 : 100 و1 : 1000 او عند استخدام المصل قبل التمنيع .ثالثا - الالتصاق البكتيري وتثبيط الالتصاق البكتيري : تضمن هذا الاختبار مقارنة التصاق عزلات مكونة للكبسولة وغير مكونة للكبسولة على البولستايرين ومقارنة التصاق عزلة مكونة للكبسولة وعزلة غير مكونة للكبسولة بالخلايا الطلائية المعزولة من ادرار الانسان لمعرفة دور الكبسولة في الالتصاق ، فضلا عن تثبيط الالتصاق البكتيري باستخدام : ا - اضداد مستخلص الكبسولة Capsular antibodies ،اذ تم الحصول على مضاد الكبسولة بعد تمنيع الارانب بمستخلص الكبسولة ومفاعلة المصل المضاد للكبسولة مع عزلة مكونة للكبسولة وعزلة غير مكونة للكبسولة لبكتريا Acinetobacter baumannii ومن ثم اجراء اختبار الالتصاق البكتيري لمعرفة دور اضداد الكبسولة في تثبيط الالتصاق .ب‌ - ماتحت التركيز المثبط الادنى subMIC من خلال تنمية العزلة المكونة للكبسولة في وسط نقيع القلب والدماغ السائل BHIB الحاوي على تركيز الـ subMIC لبعض المضادات البكتيرية ، واجري اختبار الالتصاق البكتيري ومقارنة ذلك بمعدل نفس العزلة المنماة في نفس الوسط الخالي من الـ subMIC لمعرفة تاثير الـsubMIC في عملية تخليق الكبسولة وعملية الالتصاق البكتيري .• اظهرت نتائج اختبار الالتصاق على البولستايرين قابلية العزلتين المكونتين للكبسولة على البقاء ملتصقة على البولستايرين فيما اخفقت العزلتين غير المكونتين للكبسولة بالبقاء ملتصقتين على البولستايرين .• بلغ معدل التصاق البكتريا المكونة للكبسولة بالخلايا الطلائية للانسان (35.62) وبذلك هو اعلى من معدل التصاق البكتريا غير المكونة للكبسولة (19.68) .• اظهرت الاضداد المتخصصة للكبسولة تاثيرا مثبطا لالتصاق العزلة المكونة للكبسولة ، فيما لم تؤثر في التصاق العزلة غير المكونة للكبسولة .• ادى ما تحت التركيز المثبط الادنــــى subMIC للمضاديــــن Ciprofloxacin 64 مكغم/مل وPiracillin + Tazobactum 16 مكغم /مل الى تثبيط الالتصاق البكتيري ، اما في حالة المضادين Cefotaxime 1024 مكغم /مل وGentamicin 4 مكغم /مل فلم يكن هنالك تاثيرا في عملية الالتصاق اذ كان الالتصاق طبيعيا اي انه لم يكن له تاثير ايضا في عملية تخليق الكبسولة .رابعا - الدراسة النسيجية : درست التغييرات النسيجية المختلفة في الفئران المحقونة بالعالق البكتيري Acinetobacter baumannii ومستخلص الكبسولة في الاعضاء ( الكبد ، الطحال ، الكلية ، الرئة ، الامعاء ) ، اذ ظهر تاثير للعالق البكتيري ومستخلص الكبسولة في كل الاعضاء وقد لوحظ تاثير العالق البكتيري في الكبد بوجود خثارات كثيرة داخل الكبد مع وجود تغير دهني ووجود قطيرات دهنية داخل نسيج الكبد ، والطحال ظهر فيه تضخم باللب الابيض في منطقة الخلايا البائية ومنطقة الخلايا التائية ، اما الرئة فقد وجد فيها احتقان مع انخماس ، وظهر في الكلية توسع بسيط في محفظة بومان مع وجود قطيرات دهنية او تغير دهني داخل الكبيبات ووجود تنكس استسقائي في بعض النبيبات ، وفي الامعاء ظهر تضخم في لطخ باير وتنكس مخاطيني . اما تاثير مستخلص الكبسولة فقد ظهر في الكبد بوجود خثرة داخل اوردة الكبد مع توسع في الجيبانيات ، وفي الرئة ظهر ارتشاح خلايا التهابية حول الاوعية الدموية ووجود خلايا التهابية حول القصبات ، اما في الكلية يلاحظ تغيير دهني في الكبيبات ، وظهر في الطحال تكوين دم خارج النخاع مع وجود فرط تنسج في اللب الابيض ، وظهر في الامعاء تضخم لطخ باير مع وجود تنكس مخاطيني . | Acinetobacter baumannii was isolated from 424 samples from wound , urine , sputum , and blood , which were collected from Baghdad hospital / Medical city, 34 isolates (8.01 %) of Acinetobacter baumannii was identified depending on the morphological , cultural ,and biochemical characteristics , by Api 20 E system. The infection rate by Acinetobacter baumannii identified samples (wound , urine , sputum , and blood ) were (15 , 11, 6, 2) % respectively .Detection the efficiency of isolate to produce a large capsular polysaccharide . Under incubation period 5 days at 30 C º and cultural media (Brain heart infusion agar + 5 % glucose) for production of a large amount of capsular polysaccharide . The susceptibility of Acinetobacter baumannii isolates to 19 antibiotics were performed . All isolates were susceptible 100% to imipeneme and resistant 100% to (Cotrimoxazol , Nitrofurantoin , Carbenicillin, Tetracycline , Aztreonam , Ciprofloxacin , Cephalothin Minimum inhibitory concentration ( MIC) of 8 antibiotics (Ciprofloxacin , Gentamicin , Tobramycin , Amikacin , Cefotaxime , Pipracillin , Pipracillin + Tazobactum , Cefipeme ) were determined , which they were ( 4 - 512 , 8 - >1024 , 4 - >1024 , 4 - 256 , 16 - >1024 , 8 - 256 , 8 - 512) μg /ml respectively . The ability of Acinetobacter isolates to discolored blood agar that containing sugars was detected .All isolates showed their ability to discolored blood agar that containing sugars only from type aldose. Ability of isolates that chosen randomly to agglutinate red blood cells of human A,B,AB,O blood groups in micro titration plates was done . Results showed the ability of the isolates to agglutinate red blood cells groups A,B,AB only but not blood group O . Second : Immunological aspect : Extraction of capsular polysaccharide from the efficient isolate number (26) had been done . Then the effect of different concentrations( 52, 50 ,100, 150 , 250 , 500) μg/ml of capsular extract on immune cells were studied according to following parameters : Viability of polymorph nuclear leukocytes and lymphocytes , T&B lymphocytes rosette formation , phagocytosis in vitro, reduction of nitroblutetrazolium , mitotic index test for bone marrow cells in mice , and investigation about specific capsular antibodies by ochterlony test. All these immunological tests were done , the following Results were : No effect was found of concentrations (25,50,100) μg/ml of capsule extract on viability of polymorph nuclear cells & lymphocytes , while concentrations (150, 250 , 500) μg/ml decreased it .The concentrations (100,150,250,500) μg/ml of capsular extract decreased the percentage of T&B rosette formation . Hundred μg/ml of capsular extract increase phagocytic index , while (150, 250, 500) μg/ml inhibited it . Capsular extract concentrations (100, 250, 500) μg/ml decreased number of cells producing Formosan , and (100, 250) μg/ml of capsular extract decreased mitotic index in mice. Precipitation lines were found between capsular extract and serum of immunized rabbits without dilution and with the dilution 1 : 10 .Third : Bacterial adherence and inhibition bacterial adherence : Comparison the adherence between encapsulated isolates and non encapsulated isolates on polystyrene and comparison the adherence between capsulated isolate and non encapsulated isolate on epithelial cells which took from urine to know the capsular role in adherence , and inhibit the bacterial adherence by using : 1 - capsular antibodies which were obtained after immunized the rabbits with capsular extract ,then reaction of the serum with encapsulated and non encapsulated isolates and after that the adherence test was done .2 - sub minimum inhibitory concentration (SubMIC) after growing encapsulated isolate in brain heart infusion broth containing subMIC of some antibiotics and the test of bacterial adherence was done and comparison between the same isolate growing in brain heart infusion broth with subMIC and without subMIC to find the role of subMIC in capsule production process . Results of adherence test on polystyrene showed the ability of encapsulated isolates to adhere on polystyrene while non encapsulated isolates washedout . The rate of encapsulated isolate adhere on human epithelial cells was 35.62 , and that was higher than the rate of non encapsulated isolate which was 19.68. Specific capsular antibodies inhibit adherence of encapsulated isolate, while it had no effect on non encapsulated isolate adherence . SubMIC of the antibiotics ciprofloxacin and piracillin+tazobactum had an inhibitory effect on encapsulated isolate adherence , while their was no effect when subMIC of antibiotic cefotaxime and gentamicin was used. Fourth : Histological aspect : Different histological changes in mice after injected with bacterial suspension and capsular extract were studied in organs (liver , spleen, kidney, lung, intestine) . The effect of bacterial suspension and capsular extract was noticed in all the studied organs . The effect of bacterial suspension in liver was noticed by many clotting inside the liver with fatty changes in the liver tissue , in spleen increased in white pulp size in the region of T&B cells , in lung congestion , in kidney enlargement in bowman capsule with fatty changes inside tubules with hydrobic degeneration in many tubules , in intestine enlargement in payers patches and mucosal degeneration . The effect of capsular extract was noticed in liver by the appearance of clot inside liver’s veins with enlargement in sinuses , in lung infiltration of inflammatory cells around the blood vessels with inflammatory cells around tracheas , in kidney fatty changes in glomerulus . in spleen , blood formation out of the marrow with reactive hyperplasia , in intestine enlargement in payer patches with mucosal degeneration

دراسة تاثير المحورات المناعية للمستخلص الايثانولي لبذور نبات Azadirachta indica على الاستجابة المناعية للفئران الملقحة ببكتريا Proteus vulgaris == Study the Immunomodulatory Effect of Ethanolic Azadirachta indica Seeds Extract on the Immunologic Response in Mice Vaccinated with Proteus vulgaris

Author name: سيف مزعل عبد
Supervisor name: طارق فعل الجنديل | تركي مفتن سعد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Muthanna
First pages:
Abstract: جمعت 100 عينة من عينات الادرار من النساء الحوامل الذين اتن الى مستشفى الاطفال والولادة في مدينة السماوة، خلال فترة تمتد من نوفمبر الى يناير 2012. تضمنت الدراسة العزل والتشخيص البكتريلوجي لبكتريا Proteus vulgaris ، واختبار الحساسية للمضادات الحياتية وكذلك تضمنت الدراسة تاثير المحورات المناعية المتمثلة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم على الاستجابة المناعية للفئران الملقحة بمستضد جرثومة P. vulagris. تضمنت الدراسة ثمانية مجموعات ( 40 فار في كل مجموعة) وتمت معاملة المجاميع كما يلي (I : معاملة بالماء المقطر، II : معاملة بمستضد بكتريا p. vulagris فقط ، III : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ، IV : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ة ، V : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا البر وتيس فلكارس معا ، : VI : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا البر وتيس فلكارس ، : VII معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا . P .vulagris معا، VIII : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا . P .vulagris وتم حقن المجموعتين الاخيرتين بمقدار 5 ملغم لكل كغم من وزن الجسم من مادة بردنزولون (Prednisolone) المثبطة للمناعة قبل 5 ايام من اجراء المعاملة . اجريت جميع هذه المعاملات في اليوم الاول في اليوم الرابع وضحي بالحيوانات في اليوم 8 لاختبار Nitro blue tetrazolium NBT) مقاسا بجهاز الاليزا ، في اليوم 14 لاجراء معامل تفاعلات فرط الحساسية المتاخرة ومعامل تحول الخلايا اللمفاوية المقاسة بطريقة الاليزا )في اليوم 21 و28 لقيايس anti - proteus vulgaris antibody titer ولاجل اختبار serum electrophoresis لقياس بروتينات المصل ). اظهرت النتائج تاثيرات واضحة للمحورات المناعية المستخدمة في الدراسة وفي المجاميع الممنعة بمستضد البر وتيس فلكارس ومن خلال تحسن الاستجابة المناعية غير النوعية والمناعة الخلوية الخلطية مقارنة مع المجاميع غير المعاملة بالمحورات المناعية، واشارت النتائج الى ارتفاع ملحوظ في نسبة الخلايا الموجبة لفحص NBT في المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية وبفوارق احصائية معنوية بالمقارنة بمجاميع السيطرة السالبة (معاملة بالماء المقطر فقط) والسيطرة الموجبة المعاملة بالمحورات المناعية او اللقاح فقط . وقد ظهر ارتفاع في النسبة المئوية لمعامل الخلايا الموجبة لفحص NBT في كل المجاميع وسجلت المجموعةV اعلى نسبة مئوية للخلايا الموجبة لفحص NBT ( 57% ) وبفوارق احصائية معنوية (P≤ 0.01) وسجلت المجموعة IV ادنى نسبة مئوية (5%) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة 0 ) I% )، كما لوحظ ارتفاع واضح في النسبة المئوية لمعامل التحول للخلايا اللمفية في الدم المحيطي ، حيث اعطت جميع الحيوانات الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية نتائج اعلى من تلك الممنعة وغير معاملة بالمحورات المناعية وبفوارق احصائية معنوية وسجلت المجموعة V اعلى مستوى للنسبة المئوية لمعامل تحول الخلايا اللمفاوي في الدم (264%) ، بينما اعطت المجموعة IV ادنى نسبة وهي ( 17% ) .اما نتائج فحص الحساسية المتاخرة في الجلد فقد سجلت حيوانات المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية نتائج اعلى وبفوارق احصائية معنوية ( P≤ 0.01) عن مجاميع السيطرة الموجبة والسالبة واعطت المجموعة V. اعلى قيمة بلغت بعد 24 ساعة من حقن مستضد البر وتيس ، وكانت جميع نتائج فحص الحساسية المتاخرة المسجلة في الحيوانات بعد 24 ساعة افضل منه بعد 48 ساعة. وعند قياس عيارية اضداد anti proteus vulgaris بواسطة الوميض الاشعاعي غير المباشر، اظهرت المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية ارتفاع مستوى هذه الاضداد مقارنة بمجاميع السيطرة السالبة والموجبة وبفوارق احصائية معنوية بمستوى P≤ 0.01) ) وسجلت اعلى معيار حجمي لتلك الاضداد بمستوى 512 بعد 21 يوم التمنيع. كذلك سجلت المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية ارتفاع ملحوظ في قيمة كاماكلوبيولين والفا - 1 والفا - 2 وبيتا عند تحليل البروتين بجهاز الترحيل الكهربائي وبفوارق احصائية معنوية ( P≤ 0.01) عن مجاميع السيطرة الموجبة والسالبة المعاملة بالمحورات.حيث سجلت المجموعة V (19.24 ± 0.80, 8.68 ± 0.23, 27.31 ± 0.06, 34.02 ± 0.21 ) على التولي بعد 21يوم من التمنيع وكذلك اعلى قيمة كاماكلوبيولين والفا - 1 والفا - 2 وبيتا سجلت في المجموعة 19.26 ± 0.8 )V , 8.17 ± 0.38 , 27.43 ± 0.12 , 34.10 ± 0.06 ) على التوالي بعد 28 يوم من التمنيع . من خلال النتائج اظهر المحلول الايثانولي لنبات النيم تحسنا واضحا على الاستجابة المناعية غير الخصوصية والمناعة الخصوصية بشقيها الخلطي والخلوي. | A total of 100 urine samples were collected from pregnant women who attended to Children and delivery's hospital in Samawah city, during the period extended from November to January 2012. The study is carried out for bacteriological isolation and identification of P. vulagris, antibacterial susceptibility testing and to investigate the immunomodulatory effect of the Ethanolic neem seeds extract on the immune response of mice vaccinated with Proteus vulgaris antigens. The study included eight groups; the first group (I) was treated with distilled water. group II included mice treated with Proteus vulgaris antigens only (III) : injected mice subcutaneously with a dose of (600 µg /Kg) ethanolic neem seed extract, IV group included injected subcutaneously with a dose of (400 µg /Kg) ethanolic neem seed extract only, The V, VI groups mice were treated with combination of p.vulgaris and ethanolic neem seed extract while (VII and VIII) groups mice were injected with the immunosuppressive drug prednisolone prior to the forthcoming treatment 5 days. All these treatments were carried out at day 1, and then the mice were sacrificed at day 8 to estimate phagocytic activity index by ELISA reader and on day I4 for estimation of lymphocyte transformation by MTT index by ELISA reader and for delayed - type hypersensitivity reaction test at 24 , 48 and 72 hours after proteus vulgaris antigens injection, at day 21 and 28 for (anti - proteus vulgaris antibody titer) by indirect immunoflourescent assay and for serum electrophoresis to estimate the serum fraction.In this regard, all groups of mice showed different significant increases(P≤ 0.01) in the NBT index which represent the phagocytic activity% as compared to group I (0%), which was injected with distilled water (negative control group). The best treatment efficiency was recorded in - group V (57%), while the lowest treatment efficiency was recorded in - group IV (5%). The results of lymphocyte transformation index in mice of all groups showed different significant increases by MTT assay which represent the lymphocyte transformation index as compared to group I (0%). The best treatment efficiency was recorded in - group V (264%), while the lowest treatment efficiency was recorded in - group VI (17%).Delayed type hypersensitivity (DTH) index estimated by skin test in footpad of the mice that immunized with P vulgaris antigens and treated with ethanolic neem seed extract and the high value in the group V after 24 hours. The best delayed type hypersensitivity (DTH) index was recorded in group V. The anti - Proteus antibodies assessed by indirect immunoflourescent test also showed a significant increase titer in immunomodulator - treated and - vaccinated mice in comparison with negative and positive groups. At 21, 28 days, and the best treatment efficiency was recorded in - group V after 21 days with titer of 512. In all mice a significant increase in the value of gamma globulin fraction and Alpha - 1 serum fraction and Alpha - 2 Fraction and Beta serum fraction were observed in group V (19.24 ± 0.80, 8.68 ± 0.23, 27.31 ± 0.06, 34.02 ± 0.21) respectively after 21 days of immunization, and also The highest values of gamma globulin fraction and Alpha - 1 serum fraction and Alpha - 2 Fraction and Beta serum fraction were observed in V (19.26 ± 0.8 , 8.17 ± 0.38, 27.43 ± 0.12, 34.10 ± 0.06 ) respectively after 28 days of vaccination of mice. The results demonstrated a clear immunomodulatory effect of the ethanolic neem seed extract (improvement of non - specific, and cellular immune response) of the treated mice immunized with proteus vulgaris .

الكشف عن السمية الوراثية لمستخلصات نبات الحرمل Peganum harmala L . باستعمال بعض المؤشرات الخلوية والجزيئية == Detection of genetoxic effect of Peganum harmala L. extracts by using some molecular and cytogenetic markers

Author name: سيف محمد ابراهيم
Supervisor name: نضال نعمة حسين
General topic: Biology
Specific topic: Plant - Molecular Biology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Evaluation of genetoxicity of the aqueous and alcoholic extracts of Peganum harmala L. seeds was assayed in onion roots Allium cepa as a biological system. Onion roots were subjected to different concentrations of aqueous and alcohol extracts (10,25,50,100,200%) V/ W for different periods( 24,48,72) hrs in order to study the effects of these extracts on onion′s root growth and some cytological properties included, (Mitotic index, phase index, proportion and types of chromosomal aberrations), as well as to assess the effect of these extracts on the DNA of onion roots using Random amplification polymorphic DNA (RAPD) technology.The results revealed that all harmala seeds extracts the aqueous and alcoholic caused a significant reduction of onion root growth, the reduction was positively proportional with the increasing concentrations of the extracts. The half maximal effective Concentration (EC50) against onion′s root growth was 50% in the case of using the aqueous extract while it reached 25% in the case of alcoholic extract. This result indicate the efficiency of the alcoholic extract over the aqueous extract on onion′s root growth.Results also showed that both harmala seeds extracts resulted in significant reduction of the mitotic index (MI) of onion′s roots tips compared with the control treatment .The reduction of the MI was also positively proportional with the increasing concentrations of the extracts .Although MI was not affected by the increase in duration of exposure .Therefore ,since the concentration 100% and 25% of the aqueous and alcoholic extracts respectively lowered the MI to nearly 50% compared to the control, they were considered sub lethal, whereas the concentration 200% of both extracts which caused a reduction of the MI to nearly 22% compared to control treatment was considered as lethal concentrations. The results showed a significant reduction prophase and significant increase of metaphase in onion′s root cells due to the treatments with both extracts. Moreover high percentages of chromosomal aberrations were alsodetected, and these aberrations were also positively associated with the increasing concentration and exposure periods. to The most frequent abnormalities were (Chromosomes stickiness, Chromosomal bridges , Chromosome disturbance and C - mitosis) .Moreover some other infrequent chromosomal abnormalities were also appeared such as ( Lagging chromosome ,Star anaphase, Shifting of poles, Polyploidy).The effect of both harmala seeds extracts was tested on DNA of onion′s roots using a random amplification polymorphic DNA (RAPD). Out of ten random primers used, seven were gave multiple bands for all studied, samples with molecular weights ranged between (90 - 1400) base pair .The results of random amplification showed that all harmala extract concentrations tested caused damage to DNA which mutations revealed as loss of a single or more band, or appearing of new bands. Additionally the total lost and gained band in samples treated with alcoholic extract reached 43 bands compared to the samples treated with the aqueous extract which revealed 35 bands , This result indicate the effectiveness of the alcoholic extract over the aqueous in it′s effect on DNA of onions roots. Furthermore, The results showed that the total number of the gained bands was more than that of the lost ones for both extracts with most primers used . The total numbers of the new bands in the samples treated with the aqueous extract were 27 bands whereas 32 bands , with alcoholic extract. However ,the total number of lost bands in samples treated with aqueous extract were 8 bands compared to 11 bands with alcoholic extract.The percentage of the genomic template stability (GTS% ) was lowered initially from the concentration 10% for both extracts ,this reduction was negatively associated with the increasing concentrations of the extracts, indicating the existence of great damage to the DNA with the increasing concentrations of the extract. The decrease of GTS in samples treated with alcoholic extract was more than that with the aqueous extract. A highest reduction 78.56% was detected at concentration 25 and 200 % in samplestreated with the aqueous extract, whereas a higher reduction 69.03% was recorded lower at concentration 50% in samples treated with alcoholic extract.Genetic dendrogram of samples treated with exposed to harmala seeds extracts in addition to the control using Jaccard coefficient of genetic variation and based on RAPD results showed segregation of onion samples treated with aqueous extract from samples treated with aqueous extract from samples treated with alcoholic extract, as well as segregation of the control treatment in a single group, this result confirms the great damages of onions root DNA when treated with harmala seed extracts..

التنميط والتحليل الجزيئي للمكورات العنقودية الذهبية المعزولة من نماذج سريرية == Molecular Analysis and Typing of Staphylococcus aureus isolated from clinical samples

Author name: سوسن محمد كريم
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | منعم رضوان علي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت خلال الدراسة اربعة وثمانون عزلة من بكتريا المكورات العنقودية من عدد من مستشفيات بغداد للفترة الواقعة ما بين تموز - تشرين الثاني عام (2013) موزعة ما بين (43) عزلة من الالتهابات الجلدية , (15) عزلة من التهاب المسالك البولية , (5) عزلات لكل من الدم والتهابات الاذن , (3)عزلات من التهابات الانف ،(2)عزلتين من التهاب العيون وعزلة واحدة من لكل من القشع والسائل المنوي و(9) عزلات اخذت من مواقع بيئية مختلفة للمستشفيات .• تم العزل الاولي لبكتريا المكورات العنقودية الاوساط الزرعية واعتمادا على الصفات المظهرية على الاوساط الزرعية والفحوصات الكيموحيوية فضلا عن التشخيص بنظام (API Staph system) لتكون المحصلة النهائية (74) عزلة تعود لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية .• تم التحري عن المكورات العنقودية المقاومه للمثيسلين بعدة طرق منها الطرق المظهرية وباستخدام طريقة الانتشار بالاكار حيث اظهرت النتائج ان هنالك 55 (74.32%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية مقاومة للمثيسلين في حين بلغ عدد العزلات الحساسة 8(10.82%) وقد لوحظ وجود عدد من العزلات التي ابدت مقاومة متوسطة للمثيسيلين 11 (14.86%) كما واستخدمت طريقتين مختلفتين من الطرق الوراثية للتحري عن مقاومه البكتريا للمثيسيلين . وذلك عن طريق التحري عن المورثات المحفوظة تطوريا (femA) المورث المسؤول عن تاكيد تشخيص النوع اضافة الى التحري عن المورث (mecA) المسؤول عن صفة مقاومة البكتريا للمثسيلين وباستخدام تقنية التفاعل التسلسلي المتضاعف (Polymerase Chain Reaction). قد اعتمدت طريقتان لتحضير دنا القالب، طريقة الغليان وقد اظهرت احتواء74 (100%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية في حين احتوت61 / 74عزلة على المورث (mecA) وبالاعتماد على وجود مورث صفة المقاومة للمثيسلين قد بلغت نسبة المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثسيلين (82.43%) ، كما وبلغ عدد عزلات المكورات العنقودية الحساسة للمثيسلين التي لم تحتوي على مورث (mecA) 13/ 74 (17.57%) . ومن جهة اخرى استخدمت الطريقة المباشرة في تحضير دنا القالب واظهرت النتائج امتلاك فقط 17(22.97%) عزلة على مورث (femA) كما اظهرت 57/74 (77.03%)عدم امتلاكها على المورث، في حين ابدت (7) من العزلات التي ابدت اجابيتها لمورث (femA) امتلاكها على مورث (mecA) ولذلك فان نسبة بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين بلغت (41.17%) في حين المكورات الحساسة للمثيسلين قد بلغت (58.83%). وقد اثبتت طريقة تحضير دنا القالب بالغليان بانها كانت اكثر كفاءة ودقة في الكشف عن المورثات من الطرق الاخرى .• تم استخدام طريقة الانتشارالثنائي في الاكار للكشف عن صفة المظهرية لمقاومة البكتريا تجاه مجموعة الماكروليدات، اللنكوز امايد والستربتوكرامين B وقد اظهرت النتائج (18/74) عزلة تمتلك صفة مقاومة دائمية للارثرومايسين (24.32%) توزعت بين (13/61) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثيسلين (21.13%) و(5/13) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين (38.46%) ، كما واظهرت النتائج وجود (4/74) عزلة تمتلك صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين(6.55%) وكانت كل العزلات مقاومة للمثيسلين واخيرا (29/74) عزلة من العزلات المقاومة والحساسة للمثيسلين ابدت مقاومة متوسطة للاريثرومايسين .• اظهرت النتائج سيادة صفة المقاومة الدائمية للاريثرومايسن بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين بالمقارنة مع العزلات المقاومة للمثيسيلين وكذلك لوحظ وجود صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسن بين عزلات البكتريا السريرية المعزولة من الادرار والدم والافرازات العامة.• استخدمت تقنية PCR للكشف عن وجود مورثات مقاومة الاريثرومايسين (erm A, erm B and erm C) وقد اظهرت النتائج تغلب مورث erm A (7.35%) ووجوده في (5/68) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية والتي تمتلك مختلف اشكال الصفات المظهرية لمقاومة المثيسلين وجميع العزلات كانت مقاومة للمثيسلين. في حين تواجد مورث erm C في (4/68) ونسبة (5.88%) اثنان منها كانت عزلة من الدم والقشع وقد كانتا موجبة في فحص التحري عن مقاومة الاريثرومايسين ، كما واظهرت نتائج فحص PCR عدم امتلاك العزلات على مورث erm B . ايضا كشفت النتائج عن سيادة المورثات erm A وerm C في التشفير لصفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين وانه لا دور يذكر لمورث erm B في مقاومة الاريثرومايسين.• تم التحري بتقنية PCR عن انتشار ووبائية مورث pvl بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين وقد اظهرت النتائج وجوده في(4/61) ونسبة (6.55%) .• تم استخدام طريقة الانتشار بالاكار للتحري عن حساسية البكتريا اتجاه المضادات الحيوية وقد اظهرت النتائج مقاومة العزلات بشكل كامل (100%) لكل من الكلوكساسيلين والاوكساسيلين والسيفيبيم ،ومقاومة عالية اتجاه كل من امبسلين/ كلافيلونك اسد (98.36%) والسيفتازديم (95.2%) . وكانت هنالك مقاومة متوسطة اتجاه التتراسايكلين (31.14%) ومقاومة قليلة اتجاه كل من الازيثرومايسين (24.6%) والفانكومايسين (16.4%) والجنتامايسين (13.11%) والسبروفلوكساسين (13.11%) واقل مقاومة اتجاة الامبنم (6.55%). • استخدمت طريقة UPGMA المتوسط الحسابي Unweighted Pair - Group Method using arithmetic Average لبناء شجرة تطور السللالات Phylogenetic treeوتحديد العلاقة التطورية dendroram واعتمد model Tamura - Nei لقياس المسافة الوراثية بين انواع المكورات العنقودية للتعبير عن مدى تطور تلك المورثات. اظهرت النتائج للتحليل الشجيري وجود 151 عقدة و76 عقدة طرفية . مما يعكس وجود تنوع عالي في نمط المقاومه لفحص الحساسية للمضادات الحيوية بين العزلات المدروسة, وكذلك تنوع واضح وعالي بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة والحساسة للمثيسلين .مما يعكس الطبيعه التطورية لتلك العزلات. • تم اخضاع كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين والحساسة للكشف عن مورث spa بواسطة استعمال بواديء متخصصة لتضخيم المنطقة المتغايرة من المورث وبحجم القطعة المكثره (300bp) وقد اظهرت النتائج (47/74) موجبة لمورث spa حيث كانت المكورات المقاومة للمثيسلين (67.2%) في حين كانت المكورات الحساسة للمثيسلين (46.15%) .• تم اختيار (25) نموذج من نواتج PCR لمورث spa تعود لعزلات ذات مصادر عزل مختلفة وتم ارسالها لغرض تحديد تتابع القواعد النايتروجينية، تم تسجيل كل البيانات التي تم الحصول عليها من تحديد تتابع القواعد النايتروجينه في بنك المورثات العالمي (المركز الوطني لمعلومات التكنلوجيا الحيوية National center for Biotechnology Information ) وكذلك في بنك اليابان ( DNA Data Bank of Japan) وبنك المورثات الاوربي التي تبدا بالتسلسل LC038119 وتنتهي بالتسلسل LC038142 .• اظهرت النتائج ان القطع المكثرة للمناطق المتغايرة كانت مختلفة في الاحجام وتراوحت اطوالها (65 - 335bp) من اصل الجين كذلك اجري تطابق تتابع القواعد النايتروجينة وترجمة البروتين وتحديد العلاقة التطورية وشجيرات تطور السلالات باستعمال (UPGMA) وبرنامج geneious software وقد اظهرت النتائج وجود نوعين من الشجيرات واحدة للتتابعات القصيرة (65 - 190bp) وواحدة للتتابعات الطويلة (190 - 335bp) • تم هظم المورث spa بواسطة انزيمين من الانزيمات القاطعة HinfI وHindIII واظهرت النتائج تنوعا ملحوظا في الطراز الوراثي بين العزلات . | • Eighty four isolates of Staphylococcus spp. were collected from different hospitals in Baghdad province, during the period July 2013 to November 2013, distributed as : 43 isolates from skin infection ; 15 isolates from UTI; 5 isolates from each blood and ear infection; 3 from nasal swab ; two isolate from eye infection ; while one isolate obtained from each sputum and seminal fluid and 9 isolates were taken from various hospitals environments and sites.• For preliminary isolation of Staphylococcus spp. was used culture media, and depending on features on cultures, Biochemical tests and (API Staph system).The final results were (74) isolates belonged to Staphylococcus aureus.• different methods for screening to methicillin resistance S. aureus, it were used phenotypic method (disc diffusion method), the results showed 55(74.32%) MRSA isolates, 8(10.82%) MSSA and 11(14.86%) intermediate resistance to cefoxitin. While in genotypic methods were used PCR technique to detection housekeeping gene (femA) responsible to confirm species and mobile genetic element (mecA) to confirm resistance of isolates to methicillin, PCR technique was done by used two different methods to prepare template DNA.• the results of PCR technique with used template DNA prepared by boiling method have been revealed all S. aureus isolates 74(100%) contained femA gene (100%) while 61/74(82.43%) isolates contained mecA gene (MRSA) and 13/74(17.57%) isolates devoid mecA gene MSSA. On the other hands, The results of PCR technique with used template DNA prepared by direct colony have been revealed only 17(22.97%) isolates contained femA gene and 57(77.03%) isolates was devoid femA gene (77.03%), the positive isolates to femA gene have been revealed contained 7(41.17%) mecA gene while 10(58.83%) isolates devoid mecA gene. So used PCR techniques with template DNA prepared by boiling method was appeared the effective method for screening about MRSA and detection mecA gene reflected on standard methods to confirm S. aureus to be MRSA.• Double diffusion disc was used method to screening about MLSB phenotype and the results showed 18/74(24.32%) S. aureus isolates had constitutive resistance to erythromycin cMLSB phenotype (which is distributed to13/61(21.31%) MRSA and 3/13(38.46%)MSSA, 6/74(9.83%) S. aureus isolates sensitive to erythromycin, all of them was MRSA, 4/74(6.55%) S. aureus isolates had inducible resistance to erythromycin D - shape also all of them was MRSA, 9/74(14.75) S. aureus isolates showed MS phenotype was resistance to erythromycin and sensitive to clindamycin without D - shape and finally 29/74) S. aureus isolates showed intermediate resistance to erythromycin distributed between MRSA and MSSA.• Results showed a higher prevalence of the cMLSB phenotype in the MSSA isolates compared with MRSA isolates, also was observed iMLSB phenotype among clinical samples of S. aureus specially MRSA isolates more frequently in urine, blood and general secretions.• PCR technique was used for screening about ermA, ermB and ermC genes and the results were showed the percentage of ermA gene in S. aureus isolates 5/65(7.35%) with different phenotypic resistance forms to erythromycin all five isolates is MRSA while ermC gene percentage was 4/68(5.88%) S. aureus isolates, two of them showed cMLSB phenotype and harboring with ermA gene and others two isolates recovered from blood and sputum showed inducible MLSB with D - shape phenomenon, none of the S.aureus isolates harboring with ermB gene. The results were also revealed that ermA and ermC predominant erm genes found in S. aureus and the ermC gene the prevalence gene in inducible Macrolides resistant MRSA and no role was found to ermB gene in Macrolides resistant MRSA.• PCR technique was used for screening about prevalence of pvl gene among S. aureus isolates and the results showed 4/61(6.55%) harboring with pvl gene.• Disc diffusion method was used to screening about antibiotics sensitivity and the results showed completely resistance (100%) toward cloxacillin, oxacillin and cefepime while some isolates showed high resistance toward Amoxicillin /Clavulinic acid (98.36%) and Ceftazidime (95.2%). the moderate resistance toward tetracycline (31.14%), the low resistance toward azithromycin (24.6%), vancomycin (16.4%), gentamycin (13.11%), ciprofloxacin (13.11%) and the lowest resistance appeared toward imipenem (6.55%).• unweighted pair group method (UPGMA) was used to build phylogenetic tree and to find dendrogram analysis , Adoption of the Model Tamura - Nei, to measure the genetic distance between the types of Staphylococcus aureus to express the evolution of these genes, the results were showed dendogram and phylogenetic tree have (151) node and (76) tips. also reflected highly diversity resistance antibiogram among isolates and high diversity between MRSA and MSSA isolates still found some similarities in antibiogram pattern. Reflecting the evolutionary nature of these isolates.• all MRSA and MSSA isolates were subjected to screening about spa gene by used specific primers for variable region with PCR product size (300bp), and the results showed (47/74) isolates with positive results and (27/74) with negative results, (67.2%)MRSA isolates showed positive results while(46.15%)MSSA isolates showed positive to spa gene.• the 25 samples of PCR products from spa gene related to different sources of isolation were send for sequencing, then all data obtained from genes sequencing were submitted to gene bank national center for biotechnology information (NCBI), DNA data bank of Japan (DDBJ) and European Bioinformatics Institute (EMBI) under accession number started with (LC038119) and ended with (LC038142). ,The results showed the size of amplified fragments were variable and ranged from (65 - 335bp) in the original gene also pairwise sequence alignment to spa gene fragment, protein translation, Dendogram and phylogenetic tree were built by using (UPGMA) and genetic distance model Tamura - Nei with cost matrix identity (1.0 - 0.0) with geneious software, the results were showed two dendogram and phylogenetic tree first for short sequence (65 - 190bp) have 17 node and 9 tips while second for long sequence (190 - 335bp) have 31 node and 16 tips.• PCR - RFLP for spa gene was done by using two restriction enzyme HindIII and HinfI and the results showed high diversity among MRSA isolates

عزل وتشخيص الفطريات الجلدية من المرضى المصابين بداء السعفة في محافظة ذي قار ودراسة تاثير بعض العوامل في نمو تلك الفطريات == Isolation and identification of dermatophytes from patients with tinea in Thi - Qar Province and studying some factors effecting on their growth

Author name: سوزان خالد كاظم العسكري
Supervisor name: ياس خضير عباس | محمد حسين مشهد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Fungi
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحالية عزل وتشخيص بعض انواع الفطريات الجلدية المسببة لداء السعفة ((Tinea من المرضى المراجعين للاستشارية الجلدية في مستشفى الامام الحسين التعليمي في محافظة ذي قار , اذ جمعت 180عينة مرضية شملت 128عينة قشور جلدية و24عينة شعر و28 عينة اظافر من مرضى يعانون من داء السعفة (( Tinea للفترة من 13/8/2014 الى 1/1/ 2015 . بلغ عدد العينات المرضية الموجبة للزرع 110 عينة وبنسبة 61.1 % , اذ شكل عدد اصابات الاناث 74 وبنسبة 67.27 % , اما اصابات الذكور فقد بلغت 36 وبنسبة 32.73 % . بينت الدراسة ان الاصابة بسعفة الجسم (Tinea corporis) احتلت المرتبة الاولى من بين الاصابات وبنسبة 57.27 % ثم سعفة الراس ((Tinea capitis 17.27 % , ثم سعفة القدم 12.73 (Tinea pedis)% وشكلت سعفة الاظافر (Tinea unguium) بنسبة 9.09% , ثم سعفة اللحية (Tinea barbae)بنسبة 3.64 % . شخصت الفطريات الجلدية المسببة لداء السعفة باستخدام عدد من الاختبارات التشخيصية وقد وجد ان الفطر Microsporum canis اكثرها ظهورا وبنسبة 36.36 % يليه الفطــر Trichophyton tonsurans وT. verrucosum وM. gypseum وM. fulvum وبنسبـــة 27.27 % , 17.27 % , 12.73 % و6.36 % على التوالي . بلغت اعلى نسب للاصابة بسعفة الراس والجسم والقدم والاظافر في الاناث , في حين كانت اعلى نسبة للاصابة بسعفة اللحية في الذكور . وكان لعامل العمر تاثير في نسبة الاصابة , اذ احتلت الفئة العمرية (10≥) النسبة الاعلى في سعفة الراس , بينما كانت الفئة العمرية ( 31 - 40) النسبة الاعلى لاصابة سعفة الجسم والقدم واللحية اما سعفة الاظافر فكانت الفئة العمرية ( 21 - 30) النسبة الاعلى . بلغت نسبة الفطريات المفضلة للحيوان Zoophilic)) 53.6 % تلتها الفطريات الجلدية المفضلة للانسان (Anthropophilic) بنسبة 27.2 % , ثم الفطريات الجلدية المفضلة للتربة (Geophilic) وبنسبة 19.2 % . كما تناولت الدراسة تاثير بعض العوامل البيئية مثل نوع الوسط الغذائي ودرجة الحرارة والاس الهيدروجيني ومدة الحضن في نمو ثلاثة انواع من الفطريات الجلدية التابعة لجنس Microsporum وهي Microsporum canis وM. gypseum وM. fulvum . وقد اظهرت نتائج الدراسة ان افضل وسط غذائي لنمو الانواع الفطرية المعزولة هو Agar Sabouraud's Dextrose مقارنة مع وسطي Potato Dextrose Agar وCorn Meal Dextrose Agar , وكانت درجة الحرارة المثلى لنمو الفطريات الجلدية هي 25 م̊ . في حين كان الاس الهيدروجيني (pH = 6) للوسط الزرعي SDA هو الافضل في تنمية الفطريات الجلدية . كما اوضحت الدراسة زيادة معدلات اقطار المستعمرات الفطرية الجلدية النامية على الوسط الزرعي SDA عند pH = 6ودرجة حرارة 25 م̊ بزيادة مدة الحضن . كما تم استخــــدام تقنيــــة تفاعـــــل سلسلــــــة البلمرة ( PCR ) باستخــــدام البادئ ITS1 - 2FW - ITS1 - 2FV لتشخيص بعض انواع الجنس Microsporum . كما شملت الدراسة الكشف عن المواد الفعالة في المستخلص الكحولي لاوراق نبات اكليل الجبل ( Rosemarinus officinalis) اذ وجد ان المستخلص يحتوي على الفينولات والقلويدات والصابونينات والعفصيات والتانينات والراتنجات والكلايكوسيدات ولا يحتوي على الكومارينات. وقد تبين ان لهذا المستخلص قدرة تثبيطية ضد الفطريات الجلدية وبلغ اعلى تثبيط عند التركيز 200 ملغم / مل . وقد تباين التركيز المثبط الادنى (MIC) حسب النوع الفطري , فكان اقل تركيز مثبط ادنى للمستخلص الكحولي لاوراق نبات اكليل الجبل 25 ملغم / مل تجاه معظم الانواع الفطرية الجلدية , كما وجد ان المضاد الفطري Griseofulvin اكثر فعالية من المضاد الفطري Ketoconazole في تثبيط الفطريات الجلدية . | A study of isolation and identification of dermatophytes in Thi - Qar Province was conducted . A total of 180 clinical samples ( 128 skin scraping samples , 24 hair samples and 28 nails samples ) were collected from patients suffering Tinea and were consulting in Dermatology unit in AL - Hussein Teaching Hospital during 13/ 8/ 2014 to 1 / 1 / 2015 . 110 samples were positive for culture with a percentage of 61.1 % . Females infections were 74 cases ( 67.27 %) ,while male infections were 36 cases (32.73 %) . The study showed that Tinea corporis was the most Tinea infections with a percentage of 57.27 % . Tinea capitis , Tinea pedis , Tinea unguium and Tinea barbae had a percentage of 17.27 % , 12.73 % , 9.09 % and 3.64 % respectively . The isolated fungal species causing Tinea were Microsporum canis , Trichophyton tonsurans , T. verrucosum ,M. gypseum and M. fulvum with a percentage occurrence of 36.36 % , 27.27 % , 17.27 % , 12.73 % and 6.36 % respectively . Tinea capitis , Tinea corporis , Tinea pedis and Tinea unguium were high in females , while in males , Tinea barbae was the highest . Infection with Tinea was affected with patients age , so patients under 10 years old had tinea capitis more than others ; Tinea corporis , Tinea pedis , and Tinea barbae had the highest infection percentage in ages between 31 - 40 years . Tinea unguium had the highest infection percentage in patients with ages between 21 - 30 years . Zoophilic dermatophytes had the percentage of 53.6 % , Anthropophilic dermatophytes and Geophilic dermatophytes presented as 27.2 % and 19.2 % respectively . The effects of some environmental factors such as culture media , temperature , pH and incubation period on M. canis , M. gypseum . M. fulvum was studied .The best culture media for these dermatophytes was Sabouraud's Dextrose Agar comparing with Potato Dextrose Agar and Corn Meal Dextrose Agar. The optimum growth temperature was 25 oC , while pH = 6 was the best for culturing dermatophytes on SDA and 25 oC . Polymerase Chain Reaction (PCR ) with primer ITS1 - 2 FW - ITS1 - 2 RV was used to confirm the identification of Microsporum species . The alcoholic extract of Rosemarinus officinalis contained phenols , alkaloids , resins , tannins and glycosides , saponins . The extract had the highest inhibition activity against the isolated fungi at the concentration of 200 mg / ml . The minimal inhibitory concentration ( MIC ) of the alcoholic extract of Rosemarinus officinalis was 25 mg / ml . Griseofulvin was more active than Ketoconazole against dermatophytes

دراسة مناعية لمرضى القرحة المعدية المصابين ببكتريا Helicobacter pylori == Immunological Study of Gastric - Ulcer Patients Infected with Helicobacter pylori

Author name: سهى طالب يحيى الجميلي
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | محمد عيسى محسن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Bacteria
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت هذه الدراسة جمع خزع نسيجية (Biopsy) وعينات دم من 92 مريض يعاني من عسر الهضم، التهاب وقرحة المعدة، قرحة الاثني عشري وسرطان المعدة. وكانت اعمار المرضى تتراوح بين 17 - 76 سنة . جمعت العينات في الفترة ما بين كانون الاول 2011 ونيسان 2012 في مستشفى الكاظمية التعليمي في بغداد. وشملت الدراسة 20 شخص سليم كمجموعة سيطرة. اخضعت مجموعة المرضى فقط للتنظير المعدي العفجي لاستاصال الخزع النسيجية لاجراء الاختبارات البكتريولوجية بينما جمعت عينات الدم من مجموعة المرضى وايضا من مجموعة السيطرة لاجراء الاختبارات المناعية. للتحري عن وجود بكتريا Helicobacter pylori استخدمت عدة اختبارات شملت اختبار انزيم اليوريز للخزع النسيجية، الزرع البكتيري، اختبار الانتشار المناعي وايضا الاختبارات المصلية التي شملت اختبار التحري عن الاجسام المضادة ((IgM IgG, IgA والمتمم (C4, C3) واختبار مقايسة الممتز المناعي المرتبط بالانزيم (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) (ELISA)، للتحري عن مستوى الانترفيرون كاما Interferon gamma (IFN - γ) الانترلوكين - 8 Interleukin - 8 (IL - 8). تم استخلاص بروتينات الغشاء الخارجي لبكتريا H. pyloriباستخدام طريقة Murphy وقدرت كمية البروتين باستخدام جهاز المطياف الضوئي والتي كانت (2.76028 مغم/مل) وايضا تم تقدير الوزن الجزيئي للبروتينات المستخلصة باستخدام جهاز الترحيل الكهربائي.و خلصت هذه الدراسة كالاتي : 1. انتشار بكتريا H. pylori بلغ (44.56%) بين 92 مريض.2. لا يوجد ارتباط معنوي احصائيا بين عامل العمر والاصابة ببكتريا H. Pylori. بينما وجد احصائيا تاثير عامل الجنس على الاصابة ببكنريا H. pylori.3. نتيجة الزرع البكتيري اعطت (7.31%) من (41) مصاب، بينما اعطى اختبار انزيم اليوريز للخزع النسيجية واختبار الضد لبكتريا H. pyloriالسريع النسب (44.56% و64.13%) على التوالي من 92 مريض.4. اظهرت نتائج الترحيل وجود عشرة حزم بروتينية ذات اوزان جزيئية تتراوح بين (16.914 - 340.476) كيلو دالتون مقارنة مع حزم البروتينات القياسية.5. استخدم مستخلص بروتينات الغشاء الخارجي للبكتريا كمستضد للتحري عن وجود الاجسام المضادة للبكتريا باستخدام اختبار الانتشار المناعي الذي اعطى نتيجة موجبة بتكون خطوط ترسيب بين المستخلص ومصل المريض.6. اختبار التحري عن الاجسام المضادة والمتمم اعطى عيارية عالية للمستضدين IgG, IgA والمتمم C3 بينما عيارية كل من الجسم المضاد IgM والمتمم C4 بقيت طبيعية مقارنة بمجموصة السيطرة.7. اختبار مقايسة الممتز المناعي المرتبط بالانزيم(ELISA) اعطى فروقات معنوية عند مستوى P0.05 لكل من الانترفيرون كاما (IFN - γ)و الانترلوكين - 8 (IL - 8) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. | This study includes collection of biopsy and blood specimens from patients with age ranged between 17 - 76 years that suffering from dyspepsia, gastritis, duodenal ulcer, and gastric cancer during the period between December 2011 to April 2012 at AL - Kadhymia teaching hospital . This study also involved twenty healthy persons as a control group. Patients group were subjected to gastroduodenal endoscopy, gastric biopsy were taken from them for bacteriological investigations. Blood samples were also collected for immunological tests, while only blood samples were collected from control group. The Detection of Helicobacter pylori was performed using several laboratory investigations such as biopsy urease test, bacterial culture, precipitation test, and serological test which include immunoglobulins and complement quantitation and enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) for Interferon gamma (IFN - γ) and Interleukin - 8 (IL - 8) detection. Outer membrane proteins were extracted from these bacteria using Murphy method and the concentration of proteins were calculated by using spectrophotometer, then proteins detected and the molecular weight of proteins were evaluated by using electrophoresis.The results of this study revealed the following : 1. Prevalence of H. pylori in (44.56%) from 92 patients.2. No significant relation between age factor and distribution of H. pylori, but there is a significant relation between gender factor and distribution of H. pylori 3. The result of biopsy culture was (7.31%) from (41) infected patients, while biopsy urease test and Rapid anti H. pylori test gave (44.56% and 64.13%) respectively from 92 patients.4. Electrophoresis results revealed ten bands which renged between (16.914 - 340.476) KDa with protein concentration of (2.76028) mg/ml.5. Outer membrane proteins were extracted from H. pylori isolates and used as antigen to detect specific H. pylori antibodies using precipitation test in which the formation of precipitating line considered as a positive result.6. High titer of IgG, IgA and C3 appeared in patients group, while a normal titers of IgM and C4, as a result of immunoglobulins and complement quantitation.7. Enzyme - Linked Immunosorbent Assay technic for detection of IFN - γ and IL - 8 revealed statistically significant high level in compared with control group.

دراسة فعالية بعض المستخلصات لطحلب Cladophora glomerata == Study the activity of some extracts of alga Cladophora glomerata

Author name: سهام نعمة لفتة
Supervisor name: احمد ساهي دويش
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحالية عزل جنس من الطحالب الكبيرة من بيئة مائية وتشخيصها , اذ تم عزل طحلب Cladophora glomerata من بحر النجف من محافظة النجف الاشرف. تضمنت الدراسة ايضا قياس بعض الصفات الفيزيوكيميائية لمياه بحر النجف والمعزول منه طحلب Cladophora glomerata , اذ شملت القياسات كل من درجة حرارة الهواء والماء , الدالة الحامضية , التوصيلية الكهربائية,المواد الصلبة الذائبة ,الملوحة,وتركيز بعض الايونات السالبة والموجبة للاملاح الموجودة في ماء البحر .بينت النتائج ان درجة حرارة الهواء كانت ( 24)م˚ في حين كانت درجة حرارة الماء (18) م˚ ,فيما كانت قيمة الدالة الحامضية (7.89) وقيمه التوصيلية الكهربائية (20500) ميكروسيمنز / سم وكانت قيمة الملوحة (1.62) 0/00 . في حين كانت نتائج قياس بعض الايونات الموجبة والسالبة للاملاح هي كالاتي : الكالسيوم والمغنسيوم والصوديوم والبوتاسيوم والكلوريدات والكبريتات (3085 و1376 و3815 و6.8 و2988 و3694 ) ملغم/ مل على التوالي .استخلص طحلب Cladophora glomerata باستخدام ثلاث انواع من المذيبات وتمثلت بـ (الكحول الاثيلي وخلات الاثيل والكلوروفورم ) ومن ثم تم اختبار فعالية هذه المستخلصات في تثبيط نمو البكتريا المعزولة من اخماج الجروح والحروق وهي : Pseudomonas aeruginosa وStaphylococcus aureus وProteus mirabilis وEscherichia coli .كانت محصلة الاستخلاص ( الحار - البارد ) لطحلب Cladophora glomerata باستخدام المذيبات المختلفة الكحول الاثيلي %(128 - ) وخلات الاثيل %(84 - ) الكلوروفورم %(54,8 - 13,2). استعملت تراكيز مختلفة من مستخلصات الطحلب الكبيرCladophora glomerata (256,128,64,32) ملغم /مل لدراسة تاثيرها على البكتريا المعزولة من اخماج الجروح والحروق باستعمال اطباق بتري وذلك عن طريق قياس قطر منطقة التثبيط.بالنسبة الى المستخلص الاثيلي لطحلب Cladophora glomerata كان المستخلص الحار اكفا في تاثيره على البكتريا بتركيز( 256 ملغم / مل ) , وقد بلغت من معدلات اقطار مناطق التثبيط , 9 , 15, 20) ملم لكل من : S. aureus , Ps. aeruginosa ، Pr. mirabilis.، E.coli وعلى التوالي مقارنة مع معدلات اقطار مناطق التثبيط للمستخلص البارد وللتركيز نفسه والتي كانت (10 ,10 ,11 ,17) ملم وعلى التوالي.بالنسبة الى مستخلص خلات الاثيل لطحلب Cladophora glomerata كان المستخلص البارد اكفا في تاثيره في البكتريا بتركيز( 256 ملغم / مل ) , اذ كانت معدلات اقطار مناطق التثبيط (10 , 10 , 12 , 15) ملم لكل من بكتريا : S. aureus وPs. aeruginosa وPr.mirabilis. وE.coli وعلى التوالي مقارنة مع معدلات اقطار مناطق التثبيط للمستخلص الحار وللتركيز نفسه (0 , 0 , 0 , 9.8) ملم وعلى التوالي.بالنسبة الى مستخلص الكلوروفورم لطحلب Cladophora glomerata كان المستخلص الحار اكفا في تاثيره على البكتريا بتركيز( 256 ملغم / مل ) , اذ يلاحظ من معدلات اقطار مناطق التثبيط ( 13 , 13 , 17 , 20 ) ملم لكل من : S. aureus , Ps. aeruginosa ، Pr. mirabilis. ، E.coli وعلى التوالي مقارنة مع معدلات اقطار مناطق التثبيط للمستخلص البارد وللتركيز نفسه (0 , 0 , 0 , 9) ملم وعلى التوالي.كان مستخلص الكلوروفورم الحار لطحلب Cladophora glomerata معنويا اكثر كفاءة من المستخلصات الاخرى لجميع المذيبات في تثبيط نمو البكتريا المعزولة من اخماج الجروح والحروق, لذا استعمل هذا المستخلص انموذجا للتجارب اللاحقة .اظهرت نتائج الكشف عن المركبات الفعالة باستعمال التفاعلات الكيميائية احتواء مستخلص الكلوروفورم لطحلبCladophora glomerata على كل من التانينات والصابونينات والفلافونويدات والقلويدات والكلايكوسيدات والتربينات والفينولات والراتنجات.واظهرت نتائج التحري عن المحتوى الكيميائي من المواد الفعالة باستعمال تقنية الـGC - Mass Spectrophotometer احتواء مستخلص الكلوروفورم لطحلب Cladophora glomerata الذي اظهر كفاءة عالية في تثبيط نمو الاحياء المجهرية المعزولة من خمجات الجروح والحروق لاحتوائهما على العديد من المركبات ذات التاثيرات البايولوجية ضد المايكروبية. | The present study includes isolation and identification of Macro - alga from water body. Macro - algae was isolated ,Cladophora glomerata from Baher Al - Najaf region in Holy Najaf city . This experiment includes the measurement of some chemical and physical characteristics of Baher AL - Najef water which Cladophora glomerata was isolated from it . Temperature, electric conductivity (EC),PH, hardness and concentration of ions : Chloride, Sulphates and Carbonates. The Results were showed that the measurements of : air temperature was (24)˚C while water temperature was (18) ˚C, EC (20500) µS/cm; PH (7.8 ) ; and salinity (1.62)0/00.The concentration of positive and negative ions such as Ca, Mg, Na, K, Cl and SO4 were (3085,1376,3815,3815,6.8,2988 and 3694) mg/ml respectively Three types (Ethanol, Ethyl acetate and Chloroform) were used to extract Cladophora glomerata in order to evaluate their antibacterial activity against some bacterial isolates which isolated from wound and burn infection includes ( Pseudomonas aeruginosa , Staphylococcus aureus , Proteus mirabilis Escherichia coli,) .The percentage yields of extracts of ( hot - cold ) for Cladophora glomerata were Ethanol ( 8 - 12 ) % , Ethyl acetate ( 4 - 8 ) % and Chloroform (13.2 - 54.8) %. Different concentrations of these algal extracts had prepared which were (32, 64, 128 and 256) mg/ml and the antagonistic activity against the isolated bacteria from wound and burn infection were evaluated by measured the diameter of inhibition zone. The effect of hot Ethanol extract of Cladophora glomerata on the bacterial growth revealed that at a concentration of 256 mg /ml the diameter of Inhibition zone were ( 20 , 15 , 9 , 11 ) mm for S. aureus Ps. aeruginosa ، Pr. mirabilis. E.coli , respectively , when compared with cold Ethanol extract which were ( 17 , 11 , 10 , 10) mm , respectively. The effect of cold Ethyl acetate extract of Cladophora glomerata on the bacterial growth revealed that at a concentration of 256 mg /ml the diameter of Inhibition zone were ( 15 , 12 , 10 , 10 ) mm for S. aureus Ps. aeruginosa ، Pr. mirabilis. E.coli , respectively , when compared with hot Ethyl acetate extract which were ( 9.8 , 0 , 0 , 0) mm , respectively. The effect of hot Chloroform extract of Cladophora glomerata on the bacterial growth revealed that at a concentration of 256 mg /ml the diameter of Inhibition zone were ( 20 , 17 , 13 , 13 ) mm for S. aureus Ps. aeruginosa ، Pr. mirabilis. E.coli respectively , when compared with cold Chloroform extract which were ( 9 , 0 , 0 , 0) mm , respectively. Because hot Chloroform extract of Cladophora glomerata was more efficiency effective than the other extracts , only the hot Chloroform extract of Cladophora glomerata will used in the next experiments. Results indicated that the active chemical compounds in hot Chloroform extract of Cladophora glomerata were Tannins, Saponins , Flavonoids, Resins , Glycosides , Terpenes, Alkaloid and Phenols. Results indicated that hot Chloroform extract of Cladophora glomerata has a lot of active chemical compounds against micro - organisms by using the GC - Mass Spectrometry technology

دراسة مقارنة لبعض انواع النحل من فوق عائلة Apoidea الملقحة لنبات الجت Alfalfa Medicago sativa في محافظة بابل == Comparative study for some insect pollinators Apoidea that pollinated Alfalfa Medicago sativa in Babylon

Author name: سهاد حميد حسن
Supervisor name: بدر محمد عباس العزاوي | علي شعلان معيلف الاعرجي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم في هذه الدراسة اختيار 13 حقلا من حقول الجت Medicago sativa من مناطق معينة من محافظة بابل لدراسة عملية التلقيح الحيوي لهذا المحصول خلال مدة التزهير للفترة ما بين مايس الى تشرين الاول لعام 2004، حيث استخدمت خلال هذه المدة شبكة صيد الحشرات القياسية لاخذ العينات التي بلغ عددها الكلي 185 عينة ، وقد تم تشخيص (47) نوعا تعود الى(18) جنسا تحت ست عوائل تابعة الى فوق عائلة النحل Apoidea وهي Megachilidae ,Halictidae , Anthophoridae , Andernidae , Ctenoplectridae , Apidae.قورنت عوائل النحل التابعة الى فوق عائلة Apoidea تبعا لعدد الانواع والاجناس والكثافة الكلية لكل منها، وقد وجد ان عائلتي Halictidae وMegachilidae كانتا الاكثر وفرة في عدد الانواع والاجناس وكثافة الافراد مقارنة مع العوائل الاخرى وقد شكلتا نسبة 61.1 % و72.3 % و88.5 % من العدد الكلي للاجناس والانواع والنماذج المجموعة على الترتيب. كما لوحظ وجود تذبذب في عدد العوائل والاجناس والانواع والكثافات باختلاف شهور الدراسة. وقد تبين ان شهر تموز هو الشهر الاعلى كثافة (عدد الافراد/50 كنسة) اذ بلغت الكثافة فيه 22.7 فرد/50 كنسة بينما كان شهر مايس هو الاقل عددا وبلغ 4.34 فرد/50 كنسة.تم دراسة التواجد الشهري لعوائل النحل في حقول الجت من حيث الكثافة وعدد الانواع وتبين ان العوائل اختلفت في عدد الانواع التي تمثلها وكذلك كثافاتها باختلاف شهور الدراسة.اختيرت عشرة انواع من ملقحات محصول الجت التابعة الى فوق عائلة Apoidea على اساس كثافاتها ، ثباتها وتكرار تواجدها في العينات خلال مدة الدراسة بالاضافة الى سهولة تشخيصها بالعين المجردة لغرض الدراسات اللاحقة ، وهذه الانواع هي : Megachile rotundata , Halictus ligatus , Lasioglossum pilosus, Megachile sp.2 (near to M.latimanus) , Nomia melanderi , Apis mellifera , Megachile sp.4, (near to M. texana), Nomia sp.2(near to N. nortoni) , Homalictus sp.1 (near to H. rowlandi) , Nomioides variegata . تم مقارنة الانواع العشرة المنتخبة من حيث معدل عدد حبوب اللقاح التي تحملها ، نسب حبوب لقاح الجت ضمن الحمولة ، وزن الجسم/ملغم ، طول الخرطوم/ملم، مدة البقاء على الزهرة مقاسا بالثانية وعدد الانتقالات بالدقيقة.واظهرت النتائج ان الاناث قد تفوقت على الذكور في جمع اكبر معدل لعدد حبوب اللقاح وللانواع العشرة. بينت النتائج ان هنالك ستة انواع من النحل قد تفوقت في معظم نواحي الكفاءة المنتخبة وهي : Megachile rotundata وMegachile sp.2 وsp.4 Megachile تعود لعائلة Megachilidae كذلك الانواع Nomia melanderi وNomia sp.2 (Halictidae) وApis mellifera ( Apidae) وتميزت اناث النوع M. rotundata معنويا بانها الاكثر كفاءة في حمل اكبر معدل لعدد حبوب اللقاح خلال الدراسة بلغ 49750 حبة لقاح تلته اناث الانواع Megachile sp.2 وsp.4 Megachile وN. melanderi بلغ عدد ما حمل كل منهم على الترتيب (34300 , 32600 , 31550).اما ذكور النحل فقد تميزت بحمل اعداد لا باس بها من حبوب اللقاح فقد حملت ذكور rotundata . M22125 حبة لقاح تلته ذكور N. melanderi فقد حملت 16725 حبة لقاح مما يدل ان لها دورا في عملية تلقيح ازهار الجت. اختلفت معدلات اعداد حبوب التي تحملها الملقحات اختلافا معنويا باختلاف شهور الدراسة،فقد كان معدل عدد حبوب اللقاح المحمولة في شهري تموز واب اعلى مقارنة مع الشهور الاخرى وكانت اعداد حبوب اللقاح المجموعة من قبل اناث النوع M. rotundata اعلى معنويا مقارنة بالانواع الاخرى بلغت 52000 و50875 حبة لقاح خلال شهري تموز واب على الترتيب.من ناحية اخرى بلغ اعلى معدل لنسب حبوب لقاح الجت ضمن حمولة حبوب اللقاح 91.5 % بواسطة اناث النوع M. rotundata تلته اناث النوع N. melanderi اما اقل نسبة فقد بلغت 62.6 % بواسطة النوع Nomia sp.2 .تفاوتت معدلات النسب المئوية لحبوب لقاح الجت ضمن حمولة حبوب اللقاح وبصورة معنوية بين شهور الدراسة ،وقد تميز كل من شهري تموز واب مقارنة بالشهور الاخرى بارتفاع معدلات نسب حبوب لقاح الجت ضمن حمولة حبوب اللقاح وبلغت هذه النسبة 100% في شهر تموز بواسطة النوع M. rotundata وN.melanderi ، اما في اب فقد بلغت(100،94.1%)على الترتيب للنوعين المذكورين. وعليه فانه يبدو ان الانواع الستة هي ملقحات متخصصة لمحصول الجت.تم في هذه الدراسة ايضا قياس معدل اوزان الملقحات (ملغم) ذكورا واناثا وبينت النتائج وجود فروق معنوية واضحة بين اوزان الانواع المدروسة,وبناء عليه فقد قسمت الانواع حسب الوزن الى ثلاث مجموعات كبيرة ومتوسطة وصغيرة،كما اشارت النتائج الى وجود علاقة ارتباطية موجبة بين وزن الجسم ومعدل عدد حبوب اللقاح التي تحملها هذه الملقحات. اظهرت النتائج ان ازهار الجت تزار بمجموعتين من النحل حسب طول الخرطوم(اللسين) هما مجموعة النحل طويل اللسين ،بلغت النسبة المئوية لعدد الانواع التابعة لهذه المجموعة 49% اما المجموعة الثانية فهي مجموعة النحل قصير اللسين بنسبة51% من المجموع الكلي للانواع. وبلغ اكبر معدل لطول اللسين 4.34 ملم لنحل العسل mellifera A. في حين ان اقل معدل بلغ 1.55 ملم للنوع Nomia sp.2 . واوضحت النتائج ان الملقحات المنتخبة قد اختلفت اختلافا معنويا في مدد بقائها على ازهار الجت .اقل مدة بقاء سجلت للنوع M. rotundata على ازهار محصول الجت بلغت 2.22 ثانية تلاه النوع N. melanderi 3.01 ثا ونلاحظ ان عدد الانتقالات قد ارتبط عكسيا مع مدة بقائها فقد سجل النوع M. rotundata اكبر عدد لانتقالاته على محصول الجت بلغت 22.2 انتقالة/د واقل عدد للانتقالات بلغ 11 انتقالة/د للنوع Nomia sp.2 . | Thirteen fields of Alfalfa Medicago sativa were selected from certain region in Babylon governorate to study its pollination biology during flowering period , May to October 2004, the standard insect net was used to collect (185) samples.During study the period, about (47) species were collected from the Alfalfa fields belong to (18) genus under (6) families of the super family Apoidea, these families were Megachilidae, Halictidae, Anthophoridae, Andernidae, Ctenoplectridae, Apidae.The families of Apoidea that have been collected were compared according to the number of species, number of genera and density of individual of each taxonomic group.It was found that the families Halictidae and Megachilidae were the highest in the number of species , genera and density of individual compared with other families , However, these two families represented 61.1% , 72.3% , 88.5% of total number of the genera , species and their densities respectively .The monthly variations in the number of families , genera, species and density of Apoidea were discussed . It was found that the month of July was highest in the density (number of individual/ 50 beat) reached to 22.7, while the lowest number reached to 4.34 on May.The monthly occurrence of different families of Apoidea in Alfalfa fields was investigated according to the rate of densities and the rate of number of species , However, It was appeared that the families varied in number of species and densities of each month for the study period.The alfalfa pollinators species were selected according to their densities , consistence, occurrence during the study period and easily recognized by necked eye for further study. these were included : Nomia sp2.(near to N. nortoni) , Nomia melanderi , Halictus ligatus , Lasioglossum pilosus , Nomioides vareigata , Homalictus sp.1(near to H. rowlandi) (Halictidae) , Megachile rotundata , Megachile sp.2(near to M.latimanus) , Megachile sp.4 (near to M. texana)(Megachilidae) , Apis mellifera (Apidae).The ten selected pollinators were compared according to the average of pollen load, the percentage of Alfalfa pollen grain in the pollen load , body size , length of proboscis, visit duration/s , visit frequency/m ,and the result showed that the females were usually collect more pollen grain than the males of same species in all the ten selected species .It was found that six species pollinators within the ten selected species of Apoidea were significantly more active in most of the efficiency factors , these were Nomia sp2. , Nomia melanderi , (Halictidae) , Megachile rotundata , Megachile sp.2 , Megachile sp.4 (Megachilidae) , Apis mellifera (Apidae). The females of M.rotundata was significantly more efficient in pollen grain collection , the average number of pollen grain reached to (49750) followed by females of , Megachile sp.2 , Megachile sp.4 , Nomia melanderi (34300 , 32600, 31550) pollen grain respectively . While 22125 pollen grain was collected by M. rotundata males followed by males of Nomia melanderi (16725). which seems they were importance in the pollination of Alfalfa flowers .The selected pollinators varied in average number of pollen grain in various months . However, it was found that the pollen load of each species was high during July and August compared with other month, the pollen load of females M.rotundata was (52000, 50875) pollen grain in July and August respectively.On the other hand, the highest average percentage of Alfalfa pollen grains was reached to 91.5% by females of M.rotundata followed by Nomia melanderi reached to be 85.7% , while the lowest percentage was 62.6% by Nomia sp2.The average percentage of Alfalfa pollen grain within pollen load was different significantly in each month of the study period. However, it was found that the percentage of Alfalfa pollen grain was high during July and August compared with the other months . The highest percentage of Alfalfa pollen grain was reached to (100 %) in July by M.rotundata and Nomia melanderi and was reached to (100 , 94.1%) in August also by the two species respectively . thereupon, it seems clearly that these six species of Apoidea were appeared to be specialization for Alfalfa crop pollination.The average of body size of pollinators species for males and females were measured .The results illustrated that there was significant variation in body size of selected species. Thereupon , the selected species were grouped into three groups : big, medium and small. It was found that there was positive correlation relationship between the body size and pollen load of pollinators .The results showed that the flowers of Alfalfa crop were visited by two grouped of bees , which were long-tongued bees with the percentage of 49% , and short- tongued bees with the percentage of 51% of the total number of species . The highest average of proboscis length was reached to 4.34 mm for A.mellifera , while the lowest average was reached to 1.55 mm for Nomia sp2 .The results appeared that the selected pollinators were significantly differences in the visit duration to the flowers (second) , the lowest average of the visiting duration of the pollinators was reached to 2.22 second for M.rotundata followed by Nomia melanderi which was reached to 3.01second . It was found that the visiting duration of pollinators was correlated negatively with visit frequency per minute . However , the M.rotundata has highest visiting frequency reached to 22.2 visit/ minute while the lowest visiting frequency was reached to 11 visit / minute by Nomia sp2

انتاج الليفان من البكتريا المعزولة من تربة الجذور وتقييم العوامل المؤثرة على انتاجه == Levan Production by Bacteria Isolated from Rhizosphere Soil and Evaluation of Factors Affecting its Production

Author name: سناء بشير كاظم
Supervisor name: صفاء الدين احمد شنتر القيسي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعتبر منطقة التربة المحيطة بالجذور مصدرا مهما للعديد من الاحياء المجهرية مثل الفطريات والبكتريا والبكتريا الخيطية. في الدراسة الحالية، تم عزل البكتريا المنتجة لليفان من التربة المحيطة بالجذور. حيث تم الحصول على 15 عينة من التربة المحيطة بجذور البقوليات ( الباقلاء واللوبيا ) خلال الفترة بين تشرين الاول 2014 الى كانون الثاني 2015، من ثلاث مزارع للبقوليات في ناحية كنعان، محافظة ديالى. تم عزل 52 عزله من بكتريا الجذور (الرايزوسفير) واختبرت لمعرفة قابليتها لانتاج الليفان وذلك بالاعتماد على نمو المستعمرات المخاطية عند تنمية هذه البكتريا على وسط الاكار المغذي الحاوي على السكروز. وقد اظهرت النتائج مقدرة 36 عزلة بكتيرية جذرية على انتاج الليفان من المجموع الكلي للعزلات. شخصت العزلات الاربع الاكثر كفاءة لانتاج الليفان ووصفت بواسطة الفحوصات المظهرية والبايوكيميائية القياسية والاختبارات على المستوى الجزيئي. تم اجراء التشخيص الجزيئي لهذه العزلات الاربعة باستخدام 16S rDNA والتي اظهرت ان طول تسلسل المنطقة كان (946، 1056، 1064و1154) زوجا قاعديا للعزلات (2، 3، 23 و33) على التوالي. ان محاذات التسلسل في بنك الجينات اظهر ان العزلات الاكثر كفاءة كان لديها نسبة عالية من التشابه (98، 96، 98 و99) % على التوالي وتبعا لاقرب جار تطوري لهذه العزلات, تم التعرف عليها تبعا لتتابع جين (16S rRNA) وتبعا للفحوصات الشكلية والكيموحيوية , وشخصت على انها (Brachybacterium phenoliresistens، Elizabethkingia anophelis، Arthrobacter globiformis، Pseudomonas brassicacearum) على التوالي. تم تشخيص الليفان المنتج من هذه العزلات الاربعة باستخدام تقنية TLC والتي اظهرت تكون الليفان من نوع واحد من السكريات الا وهو الفركتوز. وقد تم تشخيص الليفان المنتج بواسطة بكتريا B. phenoliresistens باستخدام تقنيتي FTIR وتقنية الرنين المغناطيسي النووي NMR. تحليل الليفان بواسطة هاتين التقنيتين اثبتت انتاج الليفان بواسطة هذه العزلة. تم دراسة تاثير العوامل الغذائية والفيزيائية على انتاج الليفان بواسطة العزلات الاكفا. كان مصدر الكاربون الامثل لانتاج الليفان بواسطة هذه العزلات هو السكروز، حيث كان انتاج هذه العزلات هو 7.88، 7.94، 7.8 و7.77 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis، A. globiformis ، P. brassicacearum على التوالي. تم استخدام اربع مصادر مختلفة للنايتروجين لمعرفة افضل مصدر نيتروجيني لانتاج الليفان. حيث كان الكازائين هو افضل مصادر النيتروجين لانتاج الليفان حيث كان انتاج هذه العزلات 8.12، 8.2، 8.24 و8.56 غم/لتر للعينات الاربعة على التوالي. تم استخدام تراكيز مختلفة للسكروز لانتاج الليفان حيث كان اعلى انتاج لجميع العزلات عند التركيز 300غم/لتر وكان الانتاج بواسطة هذه العزلات 7.97، 7.94، 8.06 و7.95 غم/لتر على التوالي. تم استخدام قيم pH مختلفة لمعرفة افضل اس هيدروجيني لانتاج الليفان حيث كان افضل اس هيدروجيني هو 7.8 لكل العزلات، وكان الانتاج 7.88، 7.94، 7.8، 7.77 غم/لتر على التوالي. فضلا عن ذلك، تم اختبار عدة ظروف مثل فترة الحضن المثلى، درجة الحرارة، معدل الرج. كانت فترة الحضن المثلى للعزلة E. anophelis 48 ساعة حيث انتجت 8.46غم/لتر، في حين كانت 72 ساعة لباقي العزلات حيث انتجت 8.58، 8.53 و8.7 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens ، A. globiformis وP. brassicacearumعلى التوالي. درجة الحرارة المثلى لانتاج الليفان بواسطة العزلة B. phenoliresistens كانت عند 30 درجة مئوية حيث انتجت 7.87 غم/لتر، وكانت درجة الحرارة المثلى هي 33 درجة مئوية للعزلتين E. anophelis وA. globiformisحيث انتجت عندها 8.04 و8.6 غم/لتر على التوالي. في حين كانت درجة الحرارة المثلى للعزلة P. brassicacearum 40 درجة مئوية وكان انتاجها 8.24 غم/لتر. استخدمت ثلاث معدلات رج لمعرفة افضل معدل رج لانتاج الليفان. تم الحصول على اعلى انتاج لليفان عند معدل رج 150 هزه/دقيقه، حيث كان الانتاج للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis وA. globiformis هو 8.12، 8.54 و8.27 غم/لتر على التوالي. | The Rhizosphere zone is a narrow volume of soil which surrounds the plants roots and influenced by the activity and growth of the root. In the present study, Levan producing bacteria were isolated from rhizosphere soil, fifteen rhizosphere soil samples were obtained from the legumes roots cowpea and broad bean (Vinga unguiculata L. and Vicia faba) during the period from October 2014 to January 2015, which were collected from three legumes farms in Kana’an Village, Diyala Governorate. A total of 52 Rhizobacterial colonies were isolated, purified and screened for their ability to produce levan, depending on growing of mucoid colonies on sucrose nutrient agar. The results showed that thirty six isolates out of the total number of the isolates were identified as levan producers. The most efficient four isolates were identified and characterized according to standard biochemical and Molecular tests. The Molecular identification of these four isolates was carried out by using 16S rDNA, which resulted in sequenced region of 946, 1056, 1064 and 1154 base pair in length respectively. The sequence alignment in the gene bank indicated that the most efficient isolates (2, 3, 23 and 33) have high percentage of similarity (98, 96, 98 and 99 % respectively), in comparison with the retrieved consensus sequences. The closest phylogenetic neighbor for these isolates is predicted according to the 16S rRNA gene sequence, morphological and biochemical tests. These isolates were identified as (Brachybacterium phenoliresistens, Elizabethkingia anophelis, Arthrobacter globiformis and Pseudomonas brassicacearum) respectively. Levan production by these four isolates were characterized by using Thin Layer chromatography (TLC) technique, which revealed that levan is composed of only one sugar which is fructose. Levan produced by B. phenoliresistens was characterized by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy techniques. The instrumental analysis indicated that Levan was produced by the selected isolate. The effect of some nutritional and physical factors were investigated on levan production by the highest four isolates. Sucrose was the best carbon source for levan production in all isolates that gave (7.88, 7.94, 7.8 and 7.77) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively. In addition, four nitrogen sources were used to identify the best nitrogen source for levan production. Casein was the best nitrogen source for all isolates that gave (8.12, 8.20, 8.24 and 8.56) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively,. Moreover, different sucrose concentrations were used to assess the best concentration for levan production. The highest levan yield by all isolates was at the sucrose concentration of 300 g/l, which gave (7.97, 7.94, 8.06 and 7.95) g/l respectively. Different pH values were also used to determine the best pH value for the levan production. The four isolates gave their highest levan production (7.88, 7.94, 7.80 and 7.77) g/l at pH 7.8. Further, conditions were examined like optimal incubation period, temperature and agitation rate. The optimal incubation period was 48 hs for E. anophelis that gave 8.46 g/l and 72 hs for B. phenoliresistens, A. globiformis and P. brassicacearum which gave (8.58, 8.53 and 8.7) g/l respectively. Whereas, the optimal temperature was 30ºC for B. phenoliresistens that produced 7.87 g/l , 33 ºC for E. anophelis and A. globiformis which gave (8.04 and 8.6) g/l, and 40 ºC for P. brassicacearum that gave 8.24 g/l. Three agitation rates were used to identify the best agitation rate for levan production. The highest levan production yield was obtained at 150 rpm by the isolates B. phenoliresistens, E. anophelis and A. globiformis which gave (8.12, 8.54 and 8.27) g/l respectively.

مقارنة تشخيصية جزيئية وبكتريولوجسة لبكتريا الزائفة الزنجارية المعزولة من مرضى السكري النوع الثاني وامراض اخرى == Comparison the Molecular and Conventional Identification of Pseudomonas aeruginosa isolated from Diabetes Type II and other Diseases

Author name: سناء محمد حبيب الشمري
Supervisor name: اسماء محمد صالح المهيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Fifty clinical samples suspected as Pseudomonas aeruginosa were collected from patients with different diseases, diabetic foot ulcers, U.T.I., wounds, burns, keratitis, external otitis from September 2015, till February 2016, from hospitalized patients in four different Baghdad hospitals (Al - Kindi General Teaching Hospital, Al - Yarmuk General Teaching Hospital, Alkadhmiya General Teaching Hospital, and AL - Shiakh Zaied Hospital).The study population targeted both gender from different ages groups.The collected samples were cultured on different selective and differential media and tested biochemically in order to identify P.aeruginosa, then the identification was ensured by using two molecular methods which are conventional PCR in the detection of ecfx gene and 16SrDNA gene and real time PCR with commercial kit from sacace (qualitative detection of P.aeruginosa) and with gyrB gene using specific primers to each gene.Sensitivity for each test was measured then compared with other tests to determine the test efficiency. The results showed that the sensitivity for API20NE test was (80%), the sensitivity for molecular tests as flows : ecfx test was (92%), 16SrDNA test was (96%), the commercial kit test was (98%) and for gyrB test was (92%).The present study shows that using more than one target gene is reducing the probability of misidentification of P.aeruginosa that may be caused by variation in primer or probe targets.According to the type of infection the comparison was done. The results of P.aeruginosa detection for diabetic foot isolates were compared with other isolates. The results showed that there is a remarkabledifference in the API20NE test; as well as, with the oxidase test (according to the time that oxidase test need it to give the dark purple color as a positive result), for the mucoid strains of this bacterium. The results of detection isolates by using gyrB gene were differed too.Then a comparison in simplicity, cost, accuracy and time of P.aeruginosa identification between molecular methods and API20NE test (biochemical test) and between molecular tests themselves were performed. The results of these comparisons show that the molecular methods are better than API test in all aspects of the comparison. Real time PCR is better than conventional PCR in simplicity, accuracy and time but not in cost.All isolates were tested for antibiotic sensitivity using nine antibiotics. The results showed that most isolates were sensitive to Levofloxacin (94%), Ticarcillin - clavulanic acid (Timinim) (88%), Gentamicin (82%) and (80%) to both Pipracillin and Imipenem, while the isolates appeared resistant to another antimicrobials represented by (72%) to Augmentin, (34%) to Ceftazidime, (38%) to Colistin, and (28%) to Ciprofloxacin. In the present study, Levofloxacin represents the most effective antibiotic against P. aeruginosa isolates with the all types of infection.The present study improves the importance of the rapid and accurate detection of the bacterial types and thus giving the right antibiotics to patients to obtain rapid recovery and prevent any complications that may lead to death.

الكشف عن البارفوفايروس B19 بوساطة التصبيغ الكيميائي النسيجي المناعي في مرضى اورام الدرقية == Detection of Parvovirus B19 by Immunohistochemistry in Patients with Thyroid Tumors

Author name: سمر عبد الرحيم شغاتي الغراوي
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري | علي حسین محمد علي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Thyroid cancer is the most common neoplasm of endocrine system. In Iraq thyroid cancer ranks the eighth among ten cancers in females.Therefore, it is a growing health problem.The present study was conducted to evaluate whether or not parvovirus B19 play a role in thyroid tumors and the correlation between the existence of virus and activation of NF - κB p65. Also this study extended to determine relevant cytokines (IL - 6, IL - 8, IL - 10 and IFN - α) in the microenvironment of thyroid tumors by using immunohistochemical technique.This study designed as a retrospective study. A total number of 94 formalin - fixed paraffine - embeded thyroid tumors tissue collected from archive of Histopathology Department of the Teaching Laboratories, Medical/ City, Al - Shaheed Ghazi Hospital Lab, Al - Kindy Hospital Lab, Alkarama Hospital Lab and Central Public Health Lab during the period July 2013 - November 2013. All samples are referred to the period between 2010 - 2013. Tissue blocks were divided into three groups. First group included 53 tissue block of malignant thyroid whereas second group included 41 tissue blocks of benign thyroid tumors and third group included 21 tissue blocks as control group were selected from the same benign cases which have normal tissue. From each block, seven sections of 4μm thickness were taken, one section was stained with Hematoxylin and Eosin (H&E) and the other six sections were immunohistochemically stained for human parvovirus B19, NF - κB p65, IL - 6, IL - 8, IL - 10 and IFN - α.The overall results of this study are described as follows : - The age of patients presented with malignant thyroid tumors ranged from 20 - 70 year with mean age 40±11.63 year while in benign tumors, the mean age was 37.6±11.19 year, ranged from (16 - 59) year.The papillary thyroid carcinoma was the most common type among malignant histopathological types 61%. In benign tumors the most common was follicular adenoma 29.3%.Human parvovirus B19 expression was higher in malignant tumors than in benign with no significant difference P=0.09 while it was significantly higher in malignant 66% and benign tumors 48.8% compared with their counterparts of control group 4.8%, p˂0.001.NF - κB p65 was positively expressed in all cases of malignant tumors 100% and 97.6% in cases of benign tumors compared with control group 23.8% with significant difference p˂0.001.IL - 6 expression was higher in benign than in malignant tumors with no significant difference p=0.22 while it was significantly higher in benign 90.2% and malignant tumors 81.1% compared with control group 52.4%, p=0.01 and p=0.03 respectively.Immunostaining reaction for IL - 8 was significantly higher in malignant tumors than that in benign 69.8% versus 31.7%, p˂0.001, while positive reaction was not detected in any tissue of control group.IL - 10 was expressed in 83% of malignant tumors, in 95.1% of benign tumors and 71.4% control group. The percentage of IFN - α positive was 83% in malignant tumors compared with 63% in benign tumors and normal tissue 52%. The difference was significant between malignant and benign tumors p=0.04 and between malignant and control group p=0.007.There was a significant correlation between human parvovirus B19 score category and IFN - α score r=0.296, p=0.031. But no significant correlation was noticed between B19 and the other cytokines.
1 ... 293 294 295 296 297 ... 465