Author name:
زينب عادل غني جابك
Supervisor name:
ميساء صالح مهدي الشكري | اسماء كاظم كاطع السراج
Abstract:
تضمن هذا البحث (دراسة حالة - سيطرة), دراسة وتحليل جيني لبكتريا Chlamydia trachomatis المشخصة عند المريضات المصابات بالتهاب الحوض. شملت الدراسة جمع 232 عينة, نوع مسحات من داخل عنق الرحم, من النساء اللواتي يعانين من اعراض وعلامات مرض التهاب الحوض. تم تشخيص الحالات من قبل اخصائية الامراض النسوية, بالاضافة الى تعرضهم لعدد من عوامل الخطورة للمرض. وتم جمع عينات دم وريدي من هؤلاء المريضات, مع 40 عينة دم تم استخدامها كمجموعة سيطرة, وذلك في عيادة النسائية والتوليد في مستشفى بابل للولادة والاطفال ومستشفى الحلة التعليمي العام, بالاضافة للعينات التي تم جمعها في العيادات الخاصة, خلال الفترة من اذار 2015 الى تشرين اول 2015.اشتمل البحث استخلاص الحمض النووي من عينات الرحم والدم. حيث استخدم الحمض النووي المستخلص من المسحات لغرض التشخيص الجزيئي عن بكتريا الــC. trachomastis بطريقة تفاعل البلمرة المتسلسل وباستعمال المعلم الوراثي المستند على دور جين 16S rRNA وجين 16S - 23S rRNA spacer , والمقارنة بينهما في التشخيص. فكان معدل توزيع البكتريا ضمن عينة البحث للمعلمين هو 3,02% و3,45% وعلى التوالي.ايضا تم تحليل معدل التوزيع وبالعلاقة مع بعض عوامل الخطورة كالعمر واستخدام الانواع المختلفة من موانع الحمل وتاثيرها في تغيير التوزيع. فكانت اعلى نسبة 50% ضمن الفئة العمرية 20 - 40 سنة, بينما توزعت بقية الحالات الى مجموعتين وبواقع 25% للفئة العمرية اقل من 20 سنة و25% للفئة اكثر من 40 سنة. اما بالنسبة لاستخدام الموانع, اظهرت النتائج ان 50% من المريضات قد استخدمن مسبقا حبوب منع الحمل, بينما استخدم اللولب من قبل 25% منهن, 12,5% استخدمن العوازل, على عكس 12,5% منهن لم يستخدمن اي واحدة من هذه الانواع.فيما بعد تم التحري جينيا عن امتلاك هذه البكتريا لبعض جينات الضراوة, حيث اظهرت النتائج ان 75% كانت موجبة للجين omp1, بينما 75%, 87,5%, 62,5% و87,5% كانت موجبة للجينات incA, cds1, scc1, copN على التوالي.ايضا تم التقصي عن امتلاك البكتريا لجينات hsp60 وhsp70 والتي ظهرت في 75% و62,5% من الحالات, تلا ذلك البحث عن تشابه في هذه الجينات بين البكتريا والانسان, حيث لم تظهر النتائج اي تشابه في سلسلة القواعد النيتروجينية. واخيرا هدفت الدراسة الى استقصاء العلاقة بين تعدد الاشكال الجينية للطفرة النقطية في بعض الجينات مع قابلية الاصابة بالتهاب الحوض عند النساء باستخدام تقنية البلمرة والقطع بالانزيم.تبين النتائج وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة mpo - 463 هي GG وGA وAA. وقد بلغت نسبة انتشارها (72,5%, 2,5%, 25%) على التوالي في مجموعة المرضى بينما كانت (82,5%, 12,5%, 5%) على التوالي في مجموعة السيطرة, مع عدم وجود اختلاف معنوي بين المجموعتين بالنسبة للنمطين GG وGA. على عكس النمط AA الذي سجل اختلاف معنوي (p=0,028) مع وجود علاقة معنوية ايجابية بين هذا النمط والمرض (OR=6,33 و=CI95%). فيما بلغت نسبة انتشار الاليل G السائد في المرضى 73,75% بالمقارنة مع السيطرة 88,75% مع عدم وجود اختلاف معنوي. بينما كان معدل التوزيع لهذه الانماط ضمن المريضات المصابات بـC. trachomatis كما يلي 62,5%, 37,5% و0,0% على التوالي للانماط GG, GA,AA .اما بالنسبة لموقع الطفرة IL - 12B +16974, فقد اظهرت النتائج وجود ثلاث انماط هي AA, AC وCC. حيث ظهر النمط AA باعلى نسبة في المرضى 90% مقارنة بمجموعة السيطرة 67,5% مع وجود اختلاف معنوي بين المجموعتين لهذا النمط (p=0,03), بالاضافة لوجود علاقة معنوية ايجابية بين النمط والمرض (OR=4,33 و=CI95%). بينما بلغت نسبة انتشار النمطين AC وCC (5% و5%) على التوالي في مجموعة المرضى بينما كانت (12,5% و20%) على التوالي في مجموعة السيطرة. وقد بلغت نسبة انتشار الاليل A السائد في المرضى 92,5% بالمقارنة مع السيطرة 73,75% مع وجود اختلاف معنوي (p=0,001), مع وجود علاقة معنوية ايجابية بين الاليل والمرض (OR=4,04 و=CI95%). بينما كان معدل التوزيع لهذه الانماط ضمن المريضات المصابات بـC. trachomatis كما يلي AA 75% و12,5% لكل من CA وCC | The present case - control work aims to study and analyze Chlamydia trachomatis genetically in patients with pelvic inflammatory disease (PID), which included 232 endocervical swab samples collected from female patients suffering from signs and/or symptoms of PID; they were diagnosed as having PID by the gynecologist and had risk factors for this infection. In addition to venous blood sample collected from those patients and 40 females as a control, to be used in the second part of this work. Patients attaineded to the out - patient clinics of Gynecology and Obstetrics, in two hospitals of Babylon Province : Babylon Maternity and Pediatrics Hospital, and Al - Hilla General Teaching Hospital; in addition to the samples taken from private clinics, during the period from March to October 2015.Both samples were subjected to DNA extraction. DNA extracted from swabs were utilized for molecular detection of C. trachomatis, among PID patients, carried out by using 16S rRNA and 16S - 23S rRNA spacer genes as genetic markers via conventional PCR; where both of them gave approximate results 7/232 (3.02%) versus 8/232 (3.45%) respectively.The frequency distribution was also analyzed in association with risk factors, as age revealing that the highest frequency distribution 4/8 (50%) of C. trachomatis was among the age group of 20 - 40 years, while 2/8 (25%) from both age group less than 20 years, and more than 40 years separately. While in association with the use of different types of contraceptives; 50% of chlamydial positive patients used oral contraceptive pills during their life. While those using intrauterine contraceptive devices representing 25%, and remaining cases represented 12.5% used barrier methods and 12.5% did not use any type.Later on, DNA was utilized to detect chlamydial possession of some virulence genes involve in pathogenicity, using specific primers for detection of major outer membrane protein, where omp1 appeared in 6/8 (75%) of cases. Also primers for type three secretion system genes copN, scc1, cds1 and incA that appeared as 6/8 (75%), 7/8 (87.5%), 5/8 (62.5%) and 7/8(87.5%) respectively.Moreover, chlamydial hsp60 and hsp70 were detected as 6/8 (75%) and 5/8 (62.5%) respectively. Then to identify nucleotide sequence homology between human and chlamydial heat shock proteins 60 and 70 genes, no homology was found.Finally, this study aimed to analyze genetic association between mpo - 463 G/A and IL - 12B +16974 A/C polymorphisms and PID by the use of PCR - RFLP technique.The results revealed at the site of mpo - 463 G/A SNP, there were three genotypes for this SNP among PID patients; GG, GA and AA with frequency of 72.5%, 2.5% and 25% respectively, compared with 82.5%, 12.5 and 5% respectively in control group; with no significance differences between patients and control for GG and GA, while AA had significant difference (p value 0.028); beside the risky association between this genotype and PID (OR=6.33, 95%CI). Frequency of allele G (dominant) was (73.75%) among PID group while (88.75%) in control with no significant difference. Also, this SNP was distributed among patients with chlamydia as 62.5% GG, 37.5% AA and 0% for the GA. While results of IL - 12B +16974 A/C SNP revealed that, AA was the highest in patients (90% versus 67.5%) compared with control, with significant difference between patients and controls (p value 0.03) and with risky association between AA genotype and PID (OR=4.33, 95%CI). While, CC and AC genotypes were (5% versus 20%) and (5% versus 12.5%) respectively with no significant differences.The allele A was higher (92.5% versus 73.75%) than allele C (7.5% versus 26.25%) among both patients compared with controls, with a significant difference between patients and controls (p value 0.001), and with risky association between A allele and PID (OR=4.04, 95%CI). Also, this SNP was distributed among patients with chlamydia as AA was commonest one 75%, both AC and CC were 12.5%.
