First pages:

دراسة تاثير بعض العوامل البيئية والمطهرات على التصاق بكتريا Proteus vulgaris على بعض الاسطح صلبة == Study The Effect of Certain Ecological Factors and Disinfectants on Proteus vulgaris Adherence to Certain Solid Surfaces

Author name: منال سلمان محمد كسار

Supervisor name: رشيد محجوب مصلح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 430عينة سريرية ونماذج بيئية للفترة من تشرين الاول 2009 لغاية اذار 2010 من عدد من مستشفيات بغداد بواسطة مسحات قطنية معقمة ومغلقة. جمعت 220 عينة سريرية شملت الادرار ومسحات الجروح ومسحات للاذن وخراج الكبد ; وجمعت 210 نموذج من بيئة المستشفيات شملت والارضيات والجدران واسرة المرضى ووحدات العناية المركزة وغرف الاطفال الخدج والهواء عن طريق فتح الاطباق المحتوية وسط اكار المكونكي لمدة دقيقة واحدة . تبعا للصفات المظهرية والاختبارات الكيموحيوية تم الحصول على 32 عزلة شخصت لجنس Proteus التي تم غربلتها وحددت العزلة الاكفا انتاجا للطبقة اللزجة) (slime layer ودراسة تاثير قيم مختلفة من الحرارة والاس الهيدروجيني على نمو هذه البكتريا ودراسة عملية التصاق هذه البكتريا على الاسطح الصلبة وتاثير الحرارة والمطهرات على عملية الالتصاق وعمل دمج بين المطهرات الكيمائية وتاثيرها على الالتصاق . ونتائج هذه الدراسة يمكن ان تلخص بما يلي : - 1.اظهرت النتائج اعتمادا" على الاختبارات الكيمو حيوية و20E system - APIان نسية عزل بكتريا Proteus spp. كانت11,3% للعزلات السريرية بواقع 25 عزلة من مجموع 220 عينة سريرية واكثر عدد عزلات كان من الادرار)13عزلة ) بينما كانت نسبة العزلات البيئية 3, 3 % فقط بواقع 7 عزلات من مجموع 210 نموذج بيئي اخذ من مواقع مختلفة من بيئة المستشفيات واكثر عدد عزلات من وحدة العناية المركزة(3 عزلات). النوعين P. mirabilis وP. Vulgaris هما النوعان السائدان وp. mirabilis ذات نسبة عزل اكثر في العينات السريرية والنماذج البيئية حيث تشكل 87% بينما P. vulgaris فقط 13% من عزلات Proteus .. 2اختبرت كل العزلات عن قابليتها على انتاج الطبقة اللزجة (Slime layer) بطريقة احمر الكونكو(Congo red agar method) وطريقة كريستينس (Christensen method) واظهرت النتائج بان جميع العزلات التابعة للنوع Proteus vulgaris كانت منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين في حين كانت جميع العزلات التابعة للنوع P. mirabilis غير منتجة للطبقة اللزجة بكلا الطريقتين . 3. العزلة الاكفا في انتاجها للطبقة اللزجة والاجدر في اختيارها لاجراء باقي تجارب الدراسة من بين عزلات بكتريا P. vulgaris هي العزلة (U3) المعزولة من عينة الادرار .4. درجة حرارة المثلى لنمو بكتريا P. vulgaris (U3) كانت 37° ﻢ في حين ان الاس الهيدروجيني الامثل كان7 .5.عن طريق اجراء اختبار الفة البكتريا للزايلين تم قياس قيمة صفة الاسطح الكاره للماء لعزلات P. vulgaris وقد تراوحت القيم 42 - 50 % الذي يعنني امتلاك جميع العزلات سطوح كارهة للماء.6.عن طريق اجراء دراسة مقارنة عن قابلية بكتريا P. vulgaris (U3) في الالتصاق على ثلاثة سطوح صلبة (stainless steel, polyurethane and glass surface )المستخدمة في تصنيع العدد الطبية والجراحية فقد اظهرت نتائج الدراسة ان سطح الفولاذ المقاوم للصدا (stainless steel ) كان اكثر السطوح جذبا للبكتريا يليه سطح البولي يوريثين بينما كانت السطوح الزجاجية الاقل جذبا للبكتريا عند درجة حرارة 37° ﻢ. 7. لوحظ زيادة في قابلية البكتريا في الالتصاق على السطوح الصلبة عند درجة حرارة 4 ° ﻢ وعند 40° ﻢ مقارنة مع التصاق هذه البكتريا على نفس السطوح عند درجة حرارة 37° ﻢ.8.كانت قيم التراكيز المثبطة الدنيا للمطهرات (MIC) لبكتريا P. vulgaris (U3) كالاتي : 400 مايكروغرام ⁄مللترللمطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورات و1500 مايكروغرام ⁄مللتر للمطهر الكيميائي اليود و230 مايكرو غرام ⁄ مللتر للمطهر الكيميائي الديتول واخيرا السافلون الذي كانت قيمة التركيز المثبط الادنى له 90 مايكرو غرام ⁄ مللتر في حين اظهرت النتائج بان المطهر الكيميائي صوديوم هايبوكلورايت كان اكفا مطهر من بين المطهرات الاربع في قابليته في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة يليه اليود ثم الديتول واخيرا السافلون عند التركيز المثبط الادنى لهذه المطهرات 9. اظهرت نتائج خلط المطهرات بان جميع حالات الدمج بين المطهرات الكيميائية كانت اكفا في ازالة البكتريا لملتصقة على الاسطح الثلاثة الصلبة مقارنة بالمطهر الكيميائي الديتول والسافلون عند استخدامهما بصورة منفردة باعتبار ان هذين المطهرين الاقل كفاءة في ازالة البكتريا الملتصقة على الاسطح الصلبةوكفا حالات خلط المطهرات فكان .½ MIC of povidone - iodine +½MIC of savlon. : | From October 2009 to March 2010 ,430 specimens and samples were collected from different Baghdad s' hospitals using aseptic capped cotton swabs submerged in sterile nutrient broth. The clinical specimens were two hundred twenty included urine ,ear swabs ,wound swabs ,vaginal swabs and liver abscess, while ,the samples were two hundred ten collected from hospitals' environment included tables ,beds ,floors, walls ,infantsʹrooms and air by open the dish that contain MaCconkey agar for one min .According to morphological characteristics and biochemical tests 32 of Proteus isolates were obtained. All isolates were tested for slime layer producing . The more efficient isolate to produce slime layer was chosen to study effect of different values of temperature and pH on the growth of Proteus ,the ability of Proteus to adhere to three solid surfaces ( stainless steel , polyurethane and glass surface ) and study the effect of different values of temperature and four chemical disinfectants(separate and in combination) on adherence process. The results of this study could be summarized as follows : 1.Depending on the biochemical tests and API 20 E system results, Proteus spp. represent 11.3% of microorganisms isolated from clinical specimens and only 3.3% of microorganisms isolated from environmental samples. Proteus mirabilis and Proteus vulgaris were the dominant Proteus species, P. mirabilis was the highest Proteus spp. isolation percentage among the clinical specimens and hospitals' environment samples which was 87 %; while P. vulgaris was only 13% of Proteus spp.The urine gave the highest isolation number among clinical specimens( 13 Proteus isolates) , whereas intensive care unit (ICU) gave the highest isolation number among hospitals' environment samples(3 Proteus isolates). 2. All the Proteus isolates were tested for production of slime layer by Congo red agar and Christensen method. The results showed that all of P. vulgaris isolates gave positive results for two methods whereas all of P. mirabilis isolates showed negative result for two methods.3. P. vulgaris (U3) was the most slime layer producing among P. vulgaris isolates so it was selected for further experiments.4.The effect of different temperature values and pH values on P. vulgaris (U3) showed that optimum growth temperature was 37°C and the optimum pH for growth was 7.5. By using affinity of bacteria to xylene test ,the P. vugaris isolates were tested for measuring hydrophobicity cell surface .The results showed that the values of hydrophobicity test ranged 42 - 50% which meant that all isolates of P. vulgaris had hydrophobic cell surface.6. Comparing study of the ability of P. vulgaris(U3) to adhere on three solid surface materials used for manufacturing of medical ,surgery and health care devices,it was stated in this study that the stainless steel was the most attractive surface to the bacteria followed by polyurethane while the least ability to attract the bacteria was glass surface at 37°C.7. P. vulgaris(U3) adherence on solid surface was observed at the low temperature 4°C and high temperature 40°C better than at 37°C.8. The MIC values of chemical disinfectants for P. vulgaris were as follows bleach was 400µg/ml, iodine solution 1500µg/ml , dettol 230µg/ml and savlon was90µg/ml. and the bleach at MIC concentration was the most efficient disinfectants than other disinfectants in its ability to remove the adherent bacteria on three solid surfaces followed by iodine solution ,dettol then savlon.9 .The results of disinfectants combination showed that all the combinations were more efficient in removing of adherent bacterial cells than dettol and savlon when they were used alone and the combination between ½MICof iodine solution + ½MICof savlon was the most efficienty to remove adherent bacteria on solid surface than other combinations.

انتاج انزيم الاميليز من بكتريا Bacillus licheniformis Bs7 وتقييد الخلايا المنتجة له بالاقتناص والامتزاز == Production of amylase from Bacillus licheniformis Bs7and immobilization of the producing cells by entrapment and adsorption

Author name: مريم باسم انيس

Supervisor name: سناء برهان الدين

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 50 عزلة عائدة لجنس Bacillus من مصادر بيئية مختلفة شملت التربة ,الماء والغذاء. اختبرت قدرة هذه العزلات على انتاج انزيم الاميليز, وبينت نتائج الغربلة على ان العزلة Bacillus Bs7 المعزولة من التربة هي الاغرز انتاجا والتي شخصت على انها احدى سلالاتBacillus licheniformis.درست الظروف المؤثرة في انتاج الاميليز, ولوحظ ان اعلى انتاجية تكون عند زرع البكتريا في وسط S.Y.P. الحاوي على 1%نشا,0.2% مستخلص الخميرة, 0.5% ببتون, 0.4% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.015% كلوريد الكاليسيوم, برقم هيدروجيني 7 وحضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 150 دورة/دقيقة.رسب انزيم الاميليز بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع 70% وكانت الففعالية نوعية 540 وحدة/ملغم بروتين بعدد مرات تنقية 1.2وبحصيلة انزيمية مقدارها48%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 وانزيم الاميليز المنقى جزئيا بتقنية الاقتناص (Entrapment) داخل الجينات الكاليسيوم والاكار وعديد الاكريلامايد وتبين ان الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم احتفظت ب110% من الفعالية الانزيمية بعد مرور 5 دقائق من زمن التفاعل يليها الاكار ثم عديد الاكريلامايد بفعالية متبقية 75%و 61% على التوالي مقارنة مع الخلايا الحرة التي امتلكت فعالية انزيمية 94% بعد مرور5 دقائق من زمن التفاعل كما احتفظت الخلايا المقيدة داخل الجينات الكاليسيوم ب 50% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 60 دقيقة من زمن التفاعل في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 37% من فعاليتها بنفس الوقت. اما الانزيم المقيد داخل الجينات الكاليسيوم فقد احتفظ ب 85% من فعاليته الانزيمية بعد مرور 5 دقائق يليه الاكار 70% ثم عديد الاكريلامايد 50% مقارنة مع الانزيم الحر حيث احتفظ بفعالية انزيمية قدرها 79%.تم تقييد خلايا B. licheniformis Bs7 بطريقة الامتزاز (Adsorption) على السطوح الصلبة لمواد مختلفة شملت الفحم والقطن والنايلون ونشارة الخشب وعديد استارين والسيفاديكس G - 150, ثنائي اثيل امينو اثيل Sephadex - DEAE.احتفظت الخلايا المقيدة بنشارة الخشب باعلى فعالية انزيمية بلغت 128% عند حضنها بدرجة حرارة 50م لمدة 5 دقائق و79% عند حضنها لمدة 30 دقيقة بالمقارنة مع الخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 87% و40% على التوالي في الظروف نفسها.وجد ان درجة الحرارة 50م هي الدرجة الحرارية التي تظهر اعلى فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب حيث احتفظت ب 125% من فعاليتها الانزيمية بعد مرور 5 دقائق مقارنة بالخلايا الحرة والتي امتلكت فعالية انزيمية 88% بعد مرور 5 دقائق.وعند تعرض الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لدرجات حرارية مختلفة تراوحت بين 40 - 70 م لوحظ ان الخلايا المقيدة احتفظت ب 123% من فعاليتها بدرجة 60 م و97% بدرجة 70م في حين كانت هذه النسبة للخلايا الحرة 94% و70% على التوالي.وكان افضل رقم هيدروجيني للمحافظة على فعالية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب هو 7 حيث بقت الخلايا المقيدة محتفظة ب 129% من فعاليتها في حين احتفظت الخلايا الحرة ب 90%.جرى استخدام الخلايا المقيدة بنشارة الخشب لثمان دورات. حيث لوحظ امكانية اعادة استخدام الخلايا المقيدة للدورات الثلاثة الاولى بفعالية متبقية مقدارها 95% و49% للدورات الثلاثة الاخرى وانخفضت الفعالية الى 30% في الدورة الثامنة.اختبرت قابلية الخلايا المقيدة بنشارة الخشب على ازالة البقع من الالبسة حيث لوحظ ان استخدام الخلايا المقيدة مع المنظفات افضل في ازالة البقع عن الالبسة من المنظفات لوحدها. | Fifty isolates belong to Bacillus spp. were isolated from different sources including soil, water and food. The ability of amylase production by these isolates was screened. Bacillus Bs7 which isolated from soil was the highest amylase producer; it was identified as a strain of Bacillus licheniformis. Optimal condition for α - amylase production were studied and the highest production of amylase was obtained when the bacteria were cultured in S.Y.P medium which contained 1% starch, 0.2% yeast extract, 0.5% peptone, 0.05% Mgso4 , 0.05% Nacl and 0.015% Cacl2 at pH 7 and incubated at 50˚C in shaking incubator at 150 rpm for 48hrs. Amylase was extracted by 70% ammonium sulphate precipitation and the specific activity was 849 u/mg protein. B. licheniformis Bs7 cells and partially purified amylase were immobilized by entrapment methods in calcium alginate, agar and polyacrylamide. The immobilized cells into calcium alginate retained 110% of enzyme activity after 5 minutes followed by agar and polyacrylamide with remaining activity 75% and 61%, respectively when compared with the free cells that have enzyme activity of 94% after the same time. Immobilized cells into calcium alginate retained 50% of enzyme activity after 60 min while free cells had remaining activityof 37% after the same time. Amylase that immobilized into calcium alginate retained 85% of enzyme activity after 5 min followed by agar and polyacrylamide that retained 70% and 50% of enzyme activity respectively, compared with the free enzyme with remaining activity of 79%. B. licheniformis Bs7 cells were immobilized by adsorption method on solid surfaces of different carriers including charcoal, cotton, nylon, sawdust, polystyrene, sephadex G - 150 and DEAE - sephadex. The immobilized cells on sawdust showed maximum enzyme activity of 128% when incubated at 50˚C for 5 min and 79% after 30 min incubation compared with free cells that showed 87% and 40% enzyme activity respectively at the same times. Optimum temperature for the activity of immobilized cells on sawdust was 50˚C which had 125% of enzyme activity after 5 min compared to free cells with remaining activity of 88% after the same time. Immobilized cells on sawdust when incubated at different temperatures ranged between 40 - 70˚C for 5 min, revealed that the immobilized cells had retained 123% of activity at 60˚C and 97% at 70˚C compared to the free cells which retained 94% and 70% at the two temperatures respectively. The optimum pH that kept the activity of immobilized cells on sawdust was 7 with remaining activity of 129% while free cells kept 90% of activity at this pH value. The immobilized cells on sawdust were repeatedly used for 8 cycles. The immobilized cells showed the maximum enzyme activity during the first three cycles with remaining activity of 95%, and 49% for the second three cycles; the remaining activity was reduced to 30% in eighth cycle. The ability of immobilized cells on sawdust to remove the stains from clothes was tested. The results showed that the ability of immobilized cells with detergents for removing stains was better than detergent alone.

التهابات المجاري البولية الناتجة عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus مقارنه بدنا الخميرة Candida albicans

Author name: صبا نزيه عبد الغفار الحسون

Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت ٣٠٨ عينة ادرار للفترة من تشرين الاول ٢٠٠٩ لغاية كانون الثاني ٢٠١٠ من مرضى يعانون من التهاب المجاري البولية من مستشفى اليرموك التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب. اذ تم عزل وتشخيص٧٢ عزلة تابعة لجنس المكورات العنقودية وبنسبة عزل بلغت (٢٣٫٣٪) من مجموع عينات الادرار٬ وتم اثبات عائدية ٥١ عزلة الى المكورات العنقودية السالبة لاختبار الكواكيوليز٬ وكانت ٢١ عزلة منها تابعة للنوع S. aureus وبنسبة عزل (٢٩٫٢٪) من مجموع المكورات العنقودية٬ وبنسبة (٦٫٨٪) من المجموع الكلي لعينات الادرار٬ بينما ٣٦ (١١٫٦٪) عزلة قد شخصت على انها C. albicans من مجموع عينات الادرار. وقد شخصت هذه تم اختبار حساسية عزلاتS. aureus لمجموعة من المضادات الحياتية٬ وكان هناك تباينا ومقاومة متعددة تجاه تلك المضادات٬ حيث اظهرت اغلب العزلات مقاومة عالية ضد ampicillin (٩٠٫٥٪(٬ amoxicillin(٨١٪)٬cefotaxime (٧٦٫٢٪)٬ وكانت المقاومة لل oxacillin (٦٦٫٧٪) وmethicillin (٦٦٫٧٪) ٬ بينما كان المضاد vancomycin الاكثر تاثيرا على كل العزلات (٠٪). تم استخلاص دنا من بكتريا S. aureus S11 بواسطة استعمال عدةWizard genomic DNA purification٬ وحطم جدار البكتريا بانزيم اللايسوزايم بينما استخلص دنا خميرة C. albicans C3 باستعمال طريقة Harju٬ وحطم جدار الخميرة بتكرار تجميد واذابة الخلايا بالاضافة الى دور المنظفات الموجودة بدارئ التحلل .(Harju buffer) عندما تم قياس امتصاصية محاليل الدنا بواسطة المطياف وجد ان تركيز دنا S. aureus S11 كان ٠٫٨٢٥ مايكروغرام\مايكروليتر٬ والنقاوة ١٫٧٥. بينما كان تركيز دنا C. albicans C3 ٢٫٤٥٥ مايكروغرام\مايكروليتر ٬ والنقاوة ١٫٧٠. ومن كلا تركيزي دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 حضر سلسلة تراكيز (٥٠٬٤٠٬٣٠٬٢٠٬١٠ مايكروغرام\١٠٠مايكروليتر). لوحظت تفاعلات خفيفة جدا للفئران البيض المحقونة عن طريق الاحليل ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا C. albicans C3 بالمقارنة مع فئران محقونة ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا S. aureus S11 . فقد عكست الكلى المحقونة ب S. aureus S11 احتقان مع ارتشاح الخلايا الالتهابية وانحلال للنبيبات البولية بينما المثانة عكست وذمة مع ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية وتقرح بؤري لسطح الطبقة الطلائية المخاطية. اظهرت الكلى المحقونة ب C. albicans C3 احتقان ولم يلاحظ تغيرات نسيجية واضحة٬ بينما المثانة اظهرت ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية مع وذمة في الطبقة تحت الطلائية. لمعرفة التاثير المرضي لدنا S. aureus S11 ودنا C. albicans في الجهاز البولي للفئران البيض ٬ حقنت الفئران عن طريق الاحليل بخمسة تراكيز لكل من دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 . كان التاثير المرضي لكليهما معتمد على التركيز فقد ازدادت الشدة بزيادة تركيز الدنا وكانت اشدها عند تركيز ٥٠ مايكروغرام\مايكروليتر٬ ولكن اظهر دنا C. albicans C3 تغيرات نسيجية اقل شدة من التي لوحظت مع دنا . S. aureus S11 اظهرت الاعضاء (الكلى والمثانة) للفئران المحقونة بدنا S. aureus S11تغيرات مرضية مختلفة٬ في الكلى تراوحت من انحلال خفيف وتنخر للنبيبات البولية٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ احتقان الاوعية الدموية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما تمثلت التغيرات في المثانة بتحطم الجدار المخاطي٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ وذمة خفيفة٬ انسلاخ سطح الطبقة الطلائية المخاطية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة.تراوحت التغيرات المرضية للكلى المحقونة بدنا C. albicans C3 من احتقان الاوعية الدموية٬ ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما المثانة اظهرت وذمة خفيفة٬ ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة. | From October 2009 to January 2010, 308 mid stream urine specimens were collected from patients suffering from urinary tract infections at AL - Yarmouk Teaching Hospital and The Educational Laboratories of Madienat Al - Teb. Staphylococci were isolated from 72 (23.3%) urine specimens, 51 isolates were coagulase negative staphylococci, out of these 21 were identified as Staphylococcus aureus (29.2%) from the total count of staphylococci and (6.8%) from total urine specimens. While 36 (11.6%) specimens were identified as Candida albicans isolates. The isolates were diagnosed by biochemical tests, API Staph. and Candida system. Susceptibility of S. aureus isolates to antibiotics was examined, the results revealed different and multi resistance to these antibiotics, that S. aureus isolates were highly resistant to ampicillin (90.5%), amoxicillin (81%) and cefotaxime (76.2%), the resistant to oxacillin (66.7%), methicillin (66.7%), while vancomycin found to be the most effective agents against all of the isolates (0%). Staphylococcus aureus S11 DNA was extracted by using Wizard genomic DNA purification kit method, the cell wall of S. aureus was hydrolyzed by using lysozyme enzyme. While C. albicans C3 DNA was extracted by using a Harju method, the cell wall of C. albicans was ruptured by using repeated freeze - thawing of cells as well as the role of the detergents found in a lysis buffer (Harju buffer). When the absorbance of DNA solutions was measured by the spectrophotometer apparatus it was found the concentration of S. aureus S11 DNA was 0.825 µg/µl, the purity was 1.75. While the concentration of C. albicans C3 DNA was 2.455 µg/µl, the purity was 1.70. From the each concentrations of S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA was prepared serial of concentrations (10, 20, 30, 40 and 50 µg/100µl(. Mildest reactions were obtained from mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of C. albicans C3 compared with mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of S. aureus S11. Kidney treated with S. aureus S11 revealed congestion, inflammatory cells infiltration and degenerative changes of renal tubules, while its bladder revealed oedema with moderate inflammatory cells infiltration and focal mucosal surface epithelial ulceration. However kidney treated with C. albicans C3 showed that there was congestion and no obvious histological changes, while its bladder developed mild infiltration of inflammatory cells with oedema in subepithelial lining layer.In order to testify the pathogenicity of S. aureus DNA and C. albicans DNA in murine urinary tract system, mice were injected intraurethraly with five doses of each S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA. The histological changes for each was dose - dependent, the magnitude increased with increasing the DNA dose with the maximal at 50 µg/100µl, but C. albicans C3 DNA developed throughout less intense histological changes than observed with DNA from S. aureus S11.Organs of mice (kidneys and bladders) treated with S. aureus S11 DNA showed different pathological changes, in kidneys the changes ranged from mild degenerative and necrosis of renal tubules, mild to severe infiltration of inflammatory cells, congestion of blood vessels to near normal structure appearance of the kidney. Whereas the bladders developed damage of mucosal wall, mild to severe inflammatory cells infiltration, mild oedema, sloughing of mucosal epithelial surface to near normal structure appearance of the bladder. However kidneys treated with C. albicans C3 DNA ranged from congestion of blood vessels, moderate inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the kidney. While its bladder developed mild oedema, mild inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the bladder.

انتاج وتوصيف الليفان من بكتريا Paenibacillus polymyxa المعزولة محليا

Author name: شمم ناصرراضي

Supervisor name: شذى سلمان حسن | سناء برهان الدين

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 88 عزلة تعود لجنس Bacillus من التربة والمياه من اصل 112 عزلة بكتيرية اعتمادا على الفحوصات الزرعية والمجهرية , اظهرت 25عزلة تعود لهذا الجنس مستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح الصلب الحاوي على %20 من السكروز, من ضمن هذه العزلات تم اختيار 10 منها والتي اعطت اعلى درجة من النمو اللزج لزرعها على وسط الاملاح السائل الحاوي على السكروز. كانت العزلة B2 الافضل في انتاج الليفان ((levan حيث اعطت اعلى وزن جاف من الليفان والذي بلغ 4.1غم /100مل واعلى نسبة من السكريات الكلية 91% والسكريات المختزلة 80%. الفحوصات المزرعية والكيموحيوية لهذه العزلة اظهرت انها تعود للنوع Paenibacillus polymyxa . تم استخدام ثلاثة انواع من المذيبات العضوية لغرض استخلاص الليفان وهي ايثانول, ميثانول وايزوبروبانول بنسبة (1 : 4حجم /حجم) اعطى المذيبان الايثانول والايزوبروبانول اعلى قيمة من الوزن الجاف للليفان والتي بلغت 4.1 غم /100مل بينما اعطى الميثانول 3.7 غم / 100 مل. تم تحليل الليفان نوعيا للكشف عن محتواه من السكريات المختلفة والكاربوهيدرات وذلك باستخدام اربعة كشوفات : الكشف الاول كون حلقة بنفسجية مع محلول الليفان بينما لم يعطي الليفان اي تغيير في اللون مع الكشف الثاني ممايدل على خلو الليفان من الانواع الاخرى من السكريات المتعددة ((Polysaccharide كالنشاء والكلايكوجين والدكستران. الليفان المتحلل جزئيا بفعل حامض الهيدروكلوريك المركز (HCl) كون راسب برتقالي اللون عند تفاعله مع الكاشف الثالث مما يدل على وجود سكريات مختزلة تفاعلت مع الكاشف بينما اعطى الكشف الاخير لون احمر قاني مع محلول الليفان مما يدل على وجود السكر الاحادي الفركتوز. حددت الظروف المثلى لانتاج الليفان من العزلة B2 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الاملاح الحاوي على20% من السكروز وبدون اي مصدر نايتروجيني برقم هيدروجيني (pH) 7 وبدرجة حرارة 37 ˚م وبحجم لقاح2 % من المزروع البكتيري ولمدة حضانة 48 ساعة في حاضنة هزازة بسرعة 100 دورة في الدقيقة, حيث بلغت قيمة الوزن الجاف لليفان 4.8 غم/100مل وكانت النسبة المئوية للسكريات الكلية 95.8% ونسبة السكريات المختزلة 92%. ان انتاج الليفان في اوساط خام طبيعية مثل وسط عصير قصب السكر ووسط مستخلص التمر ادى الى انخفاض في انتاج الليفان مقارنة مع وسط الاملاح الحاوي على السكروز. تمت دراسة مواصفات الليفان اعتمادا على لزوجته ((viscosity عند تراكيز مختلفة حيث اظهرت النتائج ان اللزوجة تزداد بزيادة التركيز حتى تصل الى اعلى قيمة لها 3.18 سنتيبويز عند 20% , كذلك تمت ايضا دراسة تاثير الحرارة والرقم الهيدروجيني وتاثير املاح الصوديوم NaCl بتراكيز مختلفة على لزوجة محلول الليفان عند تركيزين هما 2% و20% حيث اظهرت النتائج بان اللزوجة عند 20% تقل بزيادة درجة الحرارة حتى تصل الى 0.67 سنتيبويزعند 100˚م ولوحظ بان هذا التاثير عكسي حيث ان الليفان يستعيد لزوجته تدريجيا بانخفاض درجة الحرارة الى 20˚م اما بالنسبة للاس الهيدروجيني pH فكان له تاثير طفيف على اللزوجة عند الرقم الهيدروجيني 4 و10. لقد لوحظ بان الزيادة في تركيز املاح الصوديوم تؤدي الى الزيادة في لزوجة الليفان عند تركيز20% حتى تصل الى 4 سنتيبويز عندما يكون تركيز املاح الصوديوم 10%. تم تحليل نموذج الليفان المستخلص من العزلة B2 وذلك باستخدام تقنية ال FT - IR وقد اظهرت النتائج وجود المجاميع الكيميائية الفعالة (CO) التي تمثل اهتزاز مط ((Stretching و,(CH) (OH) الذي يمثل اهتزاز انحناء ((Bending عند الترددات 1370,1265.2,1093,1165,813.7,945.2سم - 1 ان تحليل الليفان باستخدام تقنية Thin Layer Chromatography اظهرت الليفان كبقعة واحدة سوداء تمثل الفركتوز وكانت قيمة الجريان النسبي((Relative flow لكل من الليفان والفركتوز (0.57) عند استخدام محلول المذيبات الذي يتالف من البيوتانول : البروبانول : الماء المقطر : حامض الخليك بنسبة 7 : 5 : 4 : 2. تمت دراسة تاثير الليفان ودوره كعامل مشجع بريبيوتك ((Prebiotic لنمو البكتريا المفيدة مثل Lactobacillus acidophilus حيث وجد ان الليفان يؤدي الى زيادة عدد البكتريا وبنسبة 172% عند تركيز 2% قياسا مع معامل السيطرة46 %.درس تاثير الليفان في عملية التهام خميرة الكانديدا (Candida) من قبل خلايا الدم البيض Polymorphonuclear (PMNs) خارج الجسم الحي وقد بينت النتائج ان معاملة خلايا الدم البيض مع الليفان كان لها تاثيرا واضحا في تحفيز الخلايا البلعمية وزيادة فعاليتها في عملية الالتهام وبالتالي زيادة معامل البلعمة Phagocytic Index)) وان هذا التاثير يزداد مع زيادة تركيز الليفان مع وجود فروق معنوية كبيرة مقارنة مع معامل السيطرة عند p<0.01)) وان اعلى معامل بلعمة تم الحصول عليه هو 68% عند التركيز 100 مايكروغرام / مل.

انتاج وتوصيف بيتا - هيدروكسي بيوتاريت (? - hydroxybutyrate) من عزلة محلية لبكتريا Azotobacter chroococcum == Production and Characterization of ? - hydroxybutyrate from Azotobacter chroococcum local isolate

Author name: سعاد علي احمد

Supervisor name: شذى سلمان حسن

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 12 عزلة من بكتريا Azotobacter chroococcum من اصل 20 عينة تربة جمعت من مناطق مختلفة بالقرب من جذور النبات من حقل ذرة في كلية الزراعة في ابو غريب في الفترة الزمنية بين اب وكانون الثاني. درست قابلية العزلات على تجميع عديد هيدروكسي بيوتاريت وذلك بتصبيغ العزلات بصبغة Sudan black B . اظهرت جميع العزلات القدرة على انتاج المتعدد PHB وان العزلة A. chroococcum 9 كانت اكثرهم تجميعا للمتعدد PHB .درست تاثيرات ظروف مختلفة في انتاج المتعدد فوجد ان الظروف المثلى لانتاج PHB من العزلة A. chroococcum 9 بتنميتها في وسط Stockdale nitrogen free medium الحاوي على الكلوكوز مصدرا كربونيا والببتون مصدرا نيتروجينيا عند رقم هيدروجيني 7.5 , والملقح ب 3.8 × 104 خلية/ مل عند درجة حرارة 30 م˚ والحضن في حاضنة ساكنة لمدة 48 ساعة, حيث كانت نسبة PHB في هذه الظروف ( 40.3% ) .درست انتاجية البكتريا A. chroococcum 9 في الوسط المحتوي على مخلفات طبيعية مثل مولاس قصب السكر ومستخلص التمر(الزهدي) والشرش وكذلك الوسط المحتوي على الكليسيرول او احد انواع الزيوت ( زيت الزيتون , زيت الذرة , زيت زهرة الشمس ) حيث استخدمت بصفتها اوساط رخيصة لانتاج المتعدد PHB . كانت اعلى نسبة للعديد ( 78% ) تم الحصول عليها من تنمية البكتريا A. chroococcum 9 في وسط Stockdale nitrogen free medium المحتوي على 5% من مولاس قصب السكر . استخلص PHB من العزلة A. chroococcum 9 بعدة طرائق تضمنت الاستخلاص بمحلول هايبوكلورات الصوديوم وطريقة SDS مع هايبوكلورات الصوديوم واستعمل هيدروكسيد الصوديوم في الطريقة الثالثة . كانت طريقة الاستخلاص باستخدام محلول هايبوكلورات الصوديوم الافضل حيث بلغت نسبة المتعدد 39.5% ) ) .اظهرت نتائج توصيف PHB ان الوزن الجزيئي للمتعدد المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 كان 2.6×105 دالتون وان درجة الانصهار له كانت 180 م˚ .درست ذائبية PHB في عدة مذيبات عضوية ولوحظ ان PHB يذوب في الكلوروفورم و1 - 2 ثنائي كلوريد الايثانول الا انه غير ذائب في الميثانول , الايثانول , الاسيتون , الهكسان , ثنائي اثيل ايثر ورباعي كلوريد الكاربون .درست لزوجة PHB المستخلص من بكتريا A. chroococcum 9 في عدة ارقام هيدروجينية , حيث لوحظ اختزال في لزوجة المتعدد في الوسط الحامضي (pH 4) والقاعدي (pH 10) مما يعني اختزال في الوزن الجزيئي للمتعدد . في حين كان الرقم المتعادل (pH 7) ملائما للحفاظ على تركيبه اذ لم تتغير اللزوجة عند هذا الرقم .وجد ان PHB المستخلص من بكتريا 9 A. chroococcum يتحلل حيويا بفعل انواع مختلفة من البكتريا تضمنت P. aerugenosa , B. subtilis و. A. chroococcum | Twelve Azotobacter chroococcum isolates were obtained from 20 soil samples collected from different places in corn field in Agricultural College in Abu - Ghrabe near the plant roots in the period between August and January . The ability of polyhydroxybutyrate accumulation of the isolates was examined by staining with Sudan black B stain. All the isolates were able to produce PHB . A. chroococcum 9 was the highest PHB producer. The effect of different conditions on accumulation of PHB from A. chroococcum 9 were determined . The favorable productivity appeared when Stockdale nitrogen free medium containing 2% glucose as carbon source and 1% peptone as nitrogen source at pH 7.5 was inoculated with 3.8 × 104 Cell/ml and incubated in static incubator at 30 ˚C for 48 h , PHB productivity at these conditions was 40.3% . Media containing natural wastes including cane molasses , date extract , whey and media containing glycerol or a kind of oil ( olive oil ,sunflower oil and corn oil) were used as economic media for PHB production . High productivity was observed in Stockdale nitrogen free medium containing 5% cane molasses , PHB content was 78% . PHB was extracted from A. chroococcum 9 by different methods including sodium hypochlorite , SDS and sodium hypochlorite and by NaOH. The optimum recovery of PHB was 39.5% by using sodium hypochlorite extraction method . The molecular weight of PHB extracted from A. chroococcum 9 was 2.6×105 dalton and the melting point was 180 ˚C . The solubility of PHB in several solvents was studied . The PHB was soluble in chloroform and in 1 - 2 dichloroethanol , while it was insoluble in methanol , ethanol , acetone , hexane , diethyl ether and carbon tetrachloride . The viscosity of A. chroococcum 9 PHB was determined at different pH values , a decreasing in viscosity was at acidic pH (pH 4) and at alkaline pH (pH 10) which indicate a reducing in PHB MW , while neutral pH (pH 7) was kept the structure of PHB . PHB extracted from A. chroococcum 9 was found to biodegradable by different kinds of bacteria included P. aerugenosa , B. subtilis and A. chroococcum

دراسة التاثير التثبيطي لراشح بكتيريا Lactobacilli المعزولة من مصادر مختلفة على تكوين الغشاء الحياتي لبكتيريا Klebsiella pneumoniae == A Study On inhibitory effect of local Lactobacilli filtrate on formation of Klebsiella pneumoniae Biofilm

Author name: سحـر ظاهر عبد عسل

Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 312 عينة ادرار وجروح وقشع للمدة من اب الى ايار 2009 في اوعية معقمة من مرضى زائرين لخمسة مستشفيات في مدينة بغداد وشملت المختبرات التعليمية ,م.بغداد التعليمي,م.الشهيد غازي الحريري,م.الواسطي التعليمي للجراحة التقويمية وم.ابن النفيس التعليمي لامراض القلب.شخصت العينات باستخدام الفحوص البايوكيميائية ونظام Api 20 E ووجد ان 155 عزلة تعود لجنس . Klebsiellaحقق النوع Klebsiella pneumoniae اعلى نسبة عزل وصلت الى ما يقرب من 36,13 % في حين شكلت الانواع K. oxytoca وK. terrigena وK. mobilis وK. ornithinolytica حوالي 20,46% و18,06% و16,13% و9,03% على التوالي من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا. فيما يخص نوع العينة، عزلت K. pneumoniae من الادرار (42,16%) مقارنة مع عينات الجروح (31,25%) والقشع (28,57%) من مجموع عزلات جنس الكليبسيلا.في الدراسة الحالية، حددت الاستجابة لمضادات الحياة لعزلات K. pneumoniae جميعها وسجل مضاد الامبيسيلين اعلى نسبة مقاومة (81,5%) تلاه مضادي التتراسايكلين والتراموكسازول بنسبة 74,1% لكل منهما. هذا وكان 59,3% و51,9% و48,1% و40,7% و40,7% و33,3% و22,2% من عزلات K. pneumoniae مقاوما لمضادات النايتروفيورانتوين والسيفوتاكسيم والتوبرامايسين والناليديكسيك اسد والسيبروفلوكساسين والسيفترياكسون والجنتامايسين على التوالي. من ناحية اخرى اظهر مضاد الاميكاسين اقل نسبة مقاومة بلغت 7,41%.قدرت قابلية عزلات K. pneumoniae على انتاج الغشاء الحياتي باستعمال تقنية التصبيغ بالبنفسج البلوري في طبق المعايرة الدقيقة وحددت قيمة الكثافة الضوئية عند طول موجي 540 نانوميتر التي مثلت درجة سمك الغشاء الحياتي. وجد ان (22) عزلة وبنسبة (39,29%) من العزلات عالية الانتاجية في حين كانت (34) عزلة وبنسبة (60,71%) عزلة ذات انتاجية جيدة ولم تظهر اية عزلة انتاجية ضعيفة. ومن الجدير ذكره ان العزلات K14 وK15 وK17 وK19 كانت الاكثر انتاجية من بين عزلات K. pneumoniae المفحوصة. علاوة على ذلك اظهرت العزلة K19 اسمك غشاء حياتي.قيمت فعالية مضادي الجنتامايسين والاميكاسين بتراكيزها الدنيا المثبطة (الذين حققا اعلى حساسية من بين المضادات الاخرى المدروسة) ضد تكوين الغشاء الحياتي للعزلات الاربعة K14 وK15 وK17 وK19 . فبالنسبة للعزلتين الاوليتين K14 وK15, بينت النتائج ان الكثافة الضوئية والعدد الحي قد انخفضت معنويا (P<0.05) موازنة مع القيم قبل المعاملة بهذين المضادين. وعند معاملة العزلة K17 بالمضادين نفسهما سجل الاميكاسين انخفاضا معنويا في قيمة الكثافة الضوئية مقارنة مع السيطرة في حين كان هذا الانخفاض غير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. اما على صعيد التعداد الحي فكلا المضادين اظهرا فعالية معنوية ضد الغشاء الحياتي لهذه العزلة. وفيما يتعلق بالعزلة K19 فقد لوحظ ان هناك انخفاضا معنويا في العدد الحي عند المعاملة بالاميكاسين وغير معنويا عند المعاملة بالجنتامايسين. حتى مع هذا الانخفاض في العدد الحي والكثافة الضوئية فان المعاملة بكلا المضادين قد ترك خلايا حية عندمزارع الغشاء الحياتي على اطباق التعداد الحي.اختبرت قابلية الطافي الحامضي والمتعادل لبكتريا Lactobacillus acidophilus (Lb1) وبكتريا L. fermentum (Lb2) في تثبيط الخلايا الهائمة للعزلات K14 وK15 وK17 وK19 باستعمال طريقة الحفر على اطباق مولر هنتون. لم ينجح لا الطافي المتعادل ولا وسط MRS النقي في اظهار فعالية تثبيطية على هذه العزلات. في حين بينت النتائج ان للطافي الحامضي فعالية تثبيطية.وجدت فروق معنوية(P<0.05) في الكثافة الضوئية والعدد الحي بين بيانات قبل وبعد المعاملة بالطافي الحامضي للعزلتين Lb1 وLb2 . بخلاف المعاملة بالجنتامايسين والاميكاسين لم تترك المعاملة بالطافي الحامضي اية خلايا حية خلا حالتين Lb1 ضد العزلة K17 وLb2 ضد العزلة K15 اظهرت خلايا حية. | Three hundred and twelve specimens of urine, wounds and sputum were collected for the period from August 2008 to May 2009 in sterilized containers from patients attending five hospitals in Baghdad including Educational Laboratories, Educational Baghdad Hospital, Gazi Al - Harirri Martyr Hospital, Al - wasity teaching Hospital for Reconstructive surgery and Educational Ibn Al - Nafees Hospital.All specimens were identified using biochemical tests and Api 20 E system, it was found that 155 isolate back to genus Klebsiella.Klebsiella pneumoniae achieved the highest percentages of isolation reached 36.13%; while, K. oxytoca, K. terrigena, K. mobilis and K. ornithinolytica constituted 20.64%, 18.06%, 16.13% and 9.03%, respectively from Klebsiella isolates. Concerning the specimen type, K. pneumoniae was isolated more frequently from urine (42.16%) followed by wound (31.25%) then sputum (28.57%) from Klebsiella isolates.In the present study, in vitro susceptibility of all K. pneumoniae isolates to antibiotics were identified. The highest resistance percentages were found to Ampicillin (81.5%), Tetracycline (74.1%) and Trimoxazole (74.1%). Moreover, 59.3%, 51.9%, 48.1%, 40.7%, 40.7%, 33.3% and 22.2% of the K. pneumoniae isolates were resistant to Nitrofurantoin, Cefotaxime, Tobramycin, Nalidixic acid, Ciprofloxacin, Ceftriaxon and Gentamicin, respectively. On the other hand, Amikacin was the most effective antibiotics since it recorded the lowest resistance percentage; 7.41%. The ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm were evaluated by using crystal violet staining technique in pre - sterilized 96 - well polystyrene microtiter plates and then O.D. was determined at 540 nm. The O.D. represented the degree of the biofilm thickness. Twenty two (39.29%) isolates were considered as high producers while 34 (60.71%) isolates were good producers and none of the testes isolates were poor producers. What's more, K. pnumoniae isolates; K14, K15, K17 and K19 produced the thickest biofilm. Clearly, K. pnumoniae K19 accomplished the highest biofilm thickness.The effect of MIC of Amikacin and Gentamicin, which achieved the highest sensitivity percentage among several antibiotics, was assessed on biofilm. On the subject of the isolates K14 and K15 and the results revealed that the absorbance and viable count for these isolates declined in comparison to pretreatment data. These isolates showed significant differences (P<0.05) after the addition of Amikacin and Gentamicn. According to O.D. parameter, K17showed significant reduction (P<0.05) in comparison to control when treated with Amikacin while in case of Gentamicin there was an insignificant reduction; however, viable count showed that Gentamicin as well as Amikacin had a significant (P<0.05) efficacy on biofilm of K. pneumoniae K17. In regard to the isolate K19 a significant differences were observed when treated with Amikacin while insignificant decrease in viable count was found when the treatment involved Gentamicin. Even with the previous results, all treated biofilms developed presence of live cells when cultured on plate count agar.The ability of acid and alkaline supernatants of Lactobacillus acidophilus (Lb1) and L. fermentum (Lb2) to inhibit planktonic K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 isolates were separately tested on Mueller Hinton agar employing agar well assay. Neither neutralized supernatant nor did sterile MRS broth have an effect on these isolates. Yet, results showed that acid supernatant developed an inhibitory effect.Significant differences (P<0.05) were found in O.D. and viable count between pre and post treatment of K. pneumoniae K14, K15, K17 and K19 biofilms with acid supernatants of Lb1 or Lb2. Unlike the Amikacin and Gentamicin treatment which left live bacterial cells, Lactobacillus supernatant left no live cells except for two cases; Lb1 with K17 and Lb2 with K15.

استخلاص وتنقيـةlecithinase من بكتريا Proteus vulgaris ودراسة بعض تاثيراته الممرضه == Extraction and purification of Lecithinase from Proteus vulgaris and study some it is pathogenic effects

Author name: زهراء عباس جبر العيساوي

Supervisor name: رسمية عبد ابو ريشة

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 162 عينة ادرار ومسحات جروح من المرضى المصابين بالتهابات المجاري البولية واصابات الجروح لكلا الجنسين للفترة من ايلول 2009 ولغاية شباط 2010. شخصت العزلات اعتمادا على الصفات المظهرية والفحوصات البايوكميائية ووجد ان 55 عزله تعود الى جنس Proteus وبنسبه عزل 33,9% كما وجد ان 5 عزلات تعود الى النوع Proeus vulgaris وبنسبه عزل 9,09% بعدما شخصت باستخدام نظام Api20E . حددت قابلية عزلات النوع Proeus vulgaris على انتاج انزيم lecithinase باستخدام طريقة الانتشار في الاكار. وجد ان اربع عزلات منتجة للانزيم وان العزلةProteus vulgaris (P1) هي الامثل في الانتاج. استخلص الانزيم من هذه العزلة وتم تنقيته باستخدام عملية الترسيب بكبريتات الامونيوم بنسبه تشبع 60% والتنقية باستخدام عمود الهلام sephacryl S - 200 حيث ظهرت قمتين بروتينية وتم قياس الفعالية النوعية للانزيم بعد التنقية حيث وجد انها تساوي 217 وحدة /ملغم وبتركيز بروتين 290,%ملغم/مل . درس تاثير عدد من المضادات الحيويه على انتاجية وفعالية الانزيم ووجد ان بعض المضادات تثبط انتاج الانزيم مثل اموكسلين / حامض كلافيولانك اسد ,ارثرومايسين وجنتمايسين وبتراكيز 60, 260 , 10 مايكروغرام/مل على التوالي بينما وجد ان البنزاثين بنسلين والريفامبين لايؤثر على الانتاجية ووجد ان الريفامبين يؤثر على فعالية الانزيم بتركيز 80مايكروغرام/ مل. حددت قابلية الانزيم السمية حيث درس التاثير القاتل للنصف للانزيم LD50)) في الحيوانات المختبرية ووجد ان نسبة الجرعة القاتلة للنصف تساوي 210 مايكرو غرام/مل كما حددت نسبة الجرعة المسببة لاصابة الكلى لنصف الحيوانات المختبرية KID50 ووجد ان النسبة تساوي 82,5 مايكروغرام/مل. كما درست التاثيرات النسجية التي يسببها الانزيم في اعضاء الحيوانات المحقونة والتي شملت اعضاء الكبد والكليه والطحال وجد ان الانزيم ياثر تاثيرا كبيرا في نسيج الكبد حيث سبب تنكس في الخلايا الكبدية مع تجمع للمواد الدهنية في الخلايا الكبدية ,تنخر , ارتشاح الخلايا الالتهابية , التهاب المنطقه البوابية , احتقان للاوعية الدموية وتكون خراجات في النسيج البرنكيمي وحدوث تليف حول هذه الخراجات. بينما التاثيرات في نسيج الكلى تمثلت بتنكس في الخلايا الكلوية , تنخر في نبيبات الكلية , ارتشاح الخلايا الالتهابية , وذمة وتجمع للسوائل ,وخراجات واحتقان الاوعية الدموية اما التاثيرات في نسيج الطحال فكانت اقل مقارنة مع الاعضاء الاخرى حيث سبب الانزيم توسع في اللب الابيض للطحال مع تنكس وتنخر بسيط في النسيج البرنكيمي | One hundred sixty two isolates of urine and wound specimens were collected from patients of both sex from September 2009 to February 2010. These isolates were identified according to morphological and biochemical tests, 55 isolates were found belong to genus Proteus with isolation percentage 33.9%. 5 isolates of P.vulgaris were obtained after using ApI 20E system which represent the isolation percentage 9.09% of total isolates. The ability of these isolates to produce lecithinase enzyme by using agar well diffusion method was determined, only 4 isolates of P. vulgaris produce this enzyme which appear as opaque zone around colonies on egg yolk agar, P. vulgaris P(1) was the best isolate for lecithiunase production.The lecithinase P. vulgaris P(1) strain was extracted and purified by precipitation with 60% saturation of ammonium sulfate, dialysis and gel filtration with Sephacryl S 200 column, two peaks of protein appeared in last step, the lecithinase activity was observed in second peak. The purified lecithinase has specific activity 217 unit/mg with protein concentration 0.29 mg/ml.P. vulgaris lecithinase was treated with different antibiotics to determine their effect on the production and activity of this enzyme, the antibiotics varied in their effect, some of them prevent production such as amoxillin/Clavulanic acid , erythromycin and gentamycin at 64, 256 and 8 µg/ml respectively, while benzathin penicillin and rifampin did not effect on the production of enzyme, but only rifampin was decreased lecithinase activity at 128 µg/ml. The LD50 and KID50 of partial pure enzyme was determined in mice and it was 210, 82.5µg/ml respectively. Histopathological effect of partial pure lecithinase was studied. It was found that the lecithinase was more effective on liver tissue than kidney tissue which caused sever degenerative changes of hepatocyte cells with accumulation of lipid materials (fatty change), necrosis, infiltration of inflammatory cell, inflammation of portal area, congestion of blood vessel, abscess formation in liver parenchyma and fibrosis around the abscess. while the effect of lecithinase on kidney showed degenerative of kidney cell, necrosis of renal tubule, with inflammatory cell infiltration, edema, abscess and congestion of blood vessel in kidney. Finally, less effect revealed by lecithinase on spleen tissue, which caused enlargement of white pulp forming germinal center with slight degenerative change and mild necrosis of parenchymal tissue

دراسة مقارنة بين انواع بكتريا Staphylococci المنتجة وغير المنتجة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين == Comparative Study between Methicillin - Resistant Coagulase Positive and Negative Staphylococci

Author name: هالة محمد حسين الحسني

Supervisor name: مي طالب فليح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم جمع 161 عينة من المرضى والحاملين للبكتريا (العاملين في المستشفيات والمطاعم) (carriers) كانت العينات تشمل : مسحات الانف، مسحات الجروح، الحروق، التقيحات، القشع، مسحات الاذن وكذلك شملت افرازات من الثدي وعينات من البول والدم. شخصت 49 عزلة (30.4%) على انها تعود لجنس Staphylococcus. وبعد اجراء اختبار الانزيم المخثر للبلازما .Coagulase test اظهرت 37 عزلة (75.5%) من اصل 49 قدرتها على انتاج الانزيم المخثر للبلازما ]موجبة للانزيم المخثر للبلازما Coagulase - Positive Staphylococci (COPS)[، بينما اظهرت 12 عزلة (24.5%) عدم قدرتها على انتاج هذا الانزيم واعتبرت سالبة للانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci(CONS). تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحياة للتحري عن وجود وانتشار بكتريا Staphylococci المقاومة للمضاد الحيوي المثسلين وكذلك تم استخدام العدة الخاصة للكشف عن هذا النوع من البكتريا (MRSA Kit) للتاكد من النتيجة، وقد كانت النتائج كالاتي : اظهرت 41 عزلة (83.7%) من اصل 49 مقاومتها لمضاد المثسلين بينما اظهرت 5 عزلات (10.2%) حساسيتها لهذا المضاد وكانت ثلاث عزلات فقط (6.1%) متوسطة المقاومة لهذا المضاد. وقد مثلت مسحات الانف (من الحاملين للبكتيريا) (carriers) اعلى نسبة (%63.4) بين العزلات المقاومة للمثسلين. ومن ناحية اخرى فقد اظهرت النتائج ان 30 عزلة (81%) من اصل 37 عزلة منتجة للانزيم المخثر للبلازما (COPS) كانت مقاومة لمضاد المثسلين بينما اظهرت 4 عزلات (10.8%) حساسيتها لهذا المضاد وثلاثة عزلات فقط (8.1%) متوسطة المقاومة للمثسلين. اما بالنسبة للعزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما (CONS) اظهرت 11 عزلة من اصل 12 عزلة (91.6%) مقاومتها للمثسلين بينما اظهرت عزلة واحدة فقط (8.3%) حساسيتها لهذا المضاد. ولم تظهر اي عزلة من العزلات السالبة للانزيم المخثر للبلازما مقاومة متوسطة لهذا المضاد. اما بالنسبة لفحص الحساسية لبقية مضادات الحياة فقد اظهرت النتائج ان كلا النوعين (الموجبة والسالبة للانزيم المخثر للبلازما) مقاومة لعدة انواع اخرى من المضادات اضافة للمثسلين (متعددة المقاومة للمضادات الحيوية). تم التحري عن قابلية بكتريا Staphylococcus aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) والبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما المقاومة للمثسلين (MR - CONS) على انتاج بعض عوامل الفوعة وقد اظهرت النتائج ان بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة لعدة انواع من الانزيمات والسموم التي تساهم عادة في امراضيتها ومن هذه الانزيمات انزيم البروتييز، اللايبيز، اليوريز، الانزيم المحلل للدنا اضافة الى انزيم الجلاتينيز، كذلك اظهر هذا النوع من البكتريا قدرته على انتاج ثلاثة انواع من الهيمولايسين (الفا، بيتا، ودلتا). اما بالنسبة للنوع الثاني، البكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت قدرتها على انتاج نوعين فقط من الانزيمات (البروتييز واليوريز) اضافة الى انتاجها للانواع الثلاثة من الهيمولايسين. ولم تظهر اي عزلة قابليتها على انتاج سم متلازمة الصدمة السمية (TSST - 1) (Toxic Shock Syndrome Toxin). كذلك فقد تم التحري عن قابلية كلا النوعين السابقي الذكر من البكتريا على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقتي الانابيب واكار احمر الكونغو، وقد بينت النتائج ان كلا النوعين لها القدرة على انتاج الطبقة اللزجة باستخدام طريقة الانابيب الا ان كمية او نسبة المادة الملتصقة على السطح الداخلي للانابيب كانت متباينة بين العزلات، اما طريقة اكار احمر الكونغو فقد اظهرت ان 60% من عزلات بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) كانت منتجة للطبقة اللزجة وبكميات كبيرة بينما اظهرت 40% من عزلات هذا النوع عدم قدرتها على انتاج الطبقة اللزجة. اما بالنسبة للبكتريا السالبة للانزيم المخثر للبلازما والمقاومة للمثسلين (MR - CONS) فقد اظهرت جميع العزلات التي تم اختبارها (100%) انتاجيتها العالية للطبقة اللزجة. اختبرت قدرة كلا من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) على انتاج او تكوين الغشاء الحيوي (biofilm) باستخدام اطباق المعايرة الدقيقة وقد بينت النتائج ان كلا النوعين له القدرة العالية على تكوين الغشاء الحيوي فقد كانت قيم الامتصاصية تتراوح بين 0.520 - 0.738 وان قيم الامتصاصية لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) كانت اكبر من قيم الامتصاصية لبكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA)، اضافة لذلك فان قيم الامتصاصية وبالتالي تكوين الغشاء الحيوي قد ازدادت وبفارق معنوي عند اضافة سكر الكلوكوز وبنسبة 1% للوسط الزرعي. اظهرت النتائج كذلك ان هناك صلة بين المقاومة للمثسلين وتكوين الغشاء الحيوي في العزلات التابعة لبكتريا S. aureus. اختبر تاثير التراكيز تحت المثبطة الدنيا لاثنين من مضادات الحياة Vancomycin وClindamycin على تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لكل من بكتريا S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE) وقد بينت النتائج ان كلا المضادين وبكلا التركيزيين المستخدمين (تحت المثبط الادنى الاول وتحت المثبط الادنى الثاني) قد اثر او ثبط تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين هذا عند استخدام كل مضاد بمفرده على الرغم من ان تاثير مضاد الـ Vancomycin في التثبيط كان افضل من تاثير مضاد الـ Clindamycin. اضافة الى ذلك فقد اثبتت النتائج ان عملية دمج المضادين وبكلا التركيزيين تحت المثبطين الادنيين قد ثبط عملية تكوين الغشاء الحيوي وبفارق معنوي ولكلا العزلتين على السواء. وعند المقارنة بين طريقتي استخدام كل مضاد بمفرده وبين عملية الدمج بين المضادين فان النتائج قد بينت عدم وجود اي فرق معنوي بين الطريقتين بالنسبة لبكتريا S. epidermidis المقاومة للمثسلين (MRSE)، بينما بينت النتائج ان هناك فرق معنوي بين استخدام الطريقتين بالنسبة للعزلة S. aureus المقاومة للمثسلين (MRSA) وان الطريقة الاولى (استخدام كل مضاد بمفرده) كانت افضل من الطريقة الثانية (عملية الدمج بين المضادين) في التاثير التثبيطي على عملية تكوين الغشاء الحيوي. | One hundred and sixty one specimens were collected from patients and carriers (workers in the hospitals and restaurants), the specimens included nasal swab, wound swab, burn swab, abscess and pus, sputum, ear swab, breast discharge, urine and blood culture. Only 49 (30.4%) isolates identified as Staphylococcus, the coagulase test was performed and the results showed that from total 49 isolates of Staphylococci, 37 isolates (75.5%) were coagulase - positive (COPS), while only 12 isolates (24.5%) were coagulase - negative (CONS). The distribution of Methicillin resistance among Staphylococcus spp. was investigated by disc diffusion method and MRSA Kit. The results indicated that from all 49 isolates, 41 isolates (83.7%) showed resistant to the Methicillin while 5 isolates (10.2%) were sensitive and only 3 isolates (6.1%) was intermediate resistance. The highest rate of Methicillin resistance Staphylococci (63.4%) was obtained from nasal swabs (carriers). On the other hand the results showed that out of total 37 coagulase - positive isolates (COPS), 30 isolates (81%) were resistant to Methicillin and 4 isolates (10.8%) were sensitive while only 3 isolates (8.1%) were intermediate resistance to the Methicillin. The total 12 isolates that identified as coagulase - negative (CONS), 11 isolates (91.6%) showed resistance to Methicillin while only 1 isolate (8.3%) was sensitive, and there was no intermediate resistance among CONS isolates. The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that both COPS and CONS isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The ability of Methicillin - Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin - Resistant Coagulase - Negative Staphylococci (MR - CONS) isolates to produce some virulence factors were investigated and the results showed that MRSA isolates produce many enzymes and toxins that contributed in their virulence such as protease, lipase, urease, DNase and gelatinase, and also produce three types of haemolysins (alpha, beta, and delta), while MR - CONS showed the ability to produce only two enzymes (protease and urease) and three types of haemolysins. Toxic Shock Syndrome Toxin (TSST - 1) has not detected by any tested isolates. The ability to produce slime layer by MRSA and MR - CONS isolates was also investigated and the results showed that all isolates of both MRSA and MR - CONS were produced slime layer when tested by tube method but the amounts of adherent materials were different among the isolates. However, the results by Congo red agar method showed that 60% of MRSA isolates produced strong slime layer and 40% of MRSA obtained negative result, and in the case of MR - CONS all tested isolates (100%) had the ability to produce strong slime layer by this method. Similarly the ability of MRSA and Methicillin - Resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) isolates to produce biofilm by tissue culture plate (TCP) was investigated and the results indicated that both MRSA and MRSE showed highly and strong biofilm formation, and the OD value of biofilm formation ranged between 0.520 - 0.738, and the OD value obtained from MRSE isolates were higher compared to the MRSA isolates. Additionally the OD value of biofilm formation significantly increased in addition of 1% glucose to the media. The results showed that there are a possible correlation between Methicillin susceptibility and the biofilm formation in S. aureus isolates.The effect of Subinhibitory Antibiotics Concentration (sub - MIC) of two antibiotics (Vancomycin and Clindamycin) on the biofilm formation by MRSA and MRSE isolates were investigated and the results showed that both antibiotics at two subinhibitory concentration (one - half and two - half the MIC) were significantly inhibited the biofilm formation by both isolates when using of each antibiotic alone, but Vancomycin was most effective than Clindamycin. Additionally the results showed that the combination of these two antibiotics at different sub - MIC were also significantly reduced or inhibited the biofilm formation by both isolates. In comparison between the using of each antibiotics alone and the using of antibiotics combination the results showed that in the case of MRSE isolate there was no significant difference between the two treatment methods, while in the MRSA isolate there was a significant difference between the two methods. The using of each antibiotic alone (Vancomycin or Clindamycin) was most effective than the using of combination of these two antibiotics in the inhibition of biofilm formation.

انتاج الالجينت من بكتريا Azotobacter vinellandii المعزولة محليا ودراسة صفاته الفيزيوكيمياوية

Author name: حسام صباح اوهيم

Supervisor name: شذى سلمان حسن

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 50 عزلة بكتيرية من 20 عينة تربة جمعت من حدائق جامعة بغداد في الجادرية ومن اماكن مختلفة من حقول الذرة في كلية الزراعة في ابو غريب, تبين ان 20 منها عائد الى جنسAzotobacter اعتمادا على الفحوصات المزرعية والمجهرية. اظهرت جميع عزلات Azotobacterمستعمرات لزجة عند زرعها على وسط الاملاح المعدنية الحاوي على السكروز. تم اختيار 10 عزلات والتي تميزت باعطاء لزوجة عالية عند نموها في الوسط لاجراء الغربلة الكمية لانتاج الالجينات وانتخبت العزلة A3 الاغزر انتاجا. وشخصت هذه العزلة باجراء الفحوصات الكيموحياتية وتبين انها احدى سلالات بلغ تركيز الالجينات المنتج من هذه العزلة 3 غم / لتر والكاربوهيدرات الكلية 3,15 غم / لتر ونسبة الالجينات في الكاربوهيدرات الكلية كانت 95,2 % . حددت الظروف المثلى لانتاج الالجينات من العزلة واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج كان وسط الحاوي على 1% سكروز وخالي من المصدرالنايتروجيني برقم هيدروجيني 6,5 وبحجم لقاح 1% وعدد خلايا ( 3 × 10 4 خلية /مل ) وعند درجة حرارة 30 م۫ ولمدة حضانة 5 ايام في حاضنة هزازة بسرعة 150 دوره في الدقيقة . درست مواصفات الالجينات المظهرية والفيزيوكيميائية المنتجة من العزلة حيث ظهر هذا المركب بعد استخلاصه وتجفيفه بلون كريمي مائل الى البني ومظهر صمغي . اما صفاته الفيزيوكيميائية فقد بينت النتائج ان المركب ذائب في الماء وغير ذائب في الايثانول والميثانول والايزوبروبانول . كانت لزوجة المركب عالية عند التركيز 1% ودرجة حرارة 35 م۫ حيث بلغت 149,94 سنتيبويز وهذه اللزوجة تقل بارتفاع درجة الحرارة وتزداد عند انخفاض الرقم الهيدروجيني حتى وصلت الى اعلى قيمة لها عند الرقم الهيدروجيني 5. كانت درجة الانصهار البدائية (onset melting point ) 190 م۫ والدرجة النهائية (clear melting point ) 205 م۫ وكان الوزن الجزيئي للالجينات 223,23 كيلودالتون. درست قابلية الالجينات على امتزاز ايونات المعادن الثقيلة ( الزنك والنحاس ) وحددت الظروف المثلى لعملية الامتزاز. اظهرت النتائج ان الالجينات لها الفه وسعة ارتباط عالية لكل من ايونات الزنك والنحاس . وان افضل امتزاز حدث بعد مرور 10 ساعات من وقت المعاملة ( اضافة 150 مل من محلول الالجينات بتركيز 1% الى 50 مل من المحلول الحاوي على ايونات الزنك او النحاس ) وكان الرقم الهيدروجيني 9 الافضل في امتزاز ايونات الزنك والنحاس من الرقم الهيدروجيني المتعادل والحامضي . | Fifty bacterial isolates were obtained from 20 soil samples collected from Baghdad University's gardens at AL - Jadiria and different places in corn field at College of Agriculture in Abu - Ghrib. Twenty of these isolates were belonged to Azotobacter depending on cultural characteristics and microscopic examination and biochemical tests .All the Azotobacter isolates revealed mucoid colonies when grown on sucrose mineral - salt agar medium. From these isolates ten isolates of higher level of mucoid growth were screened for alginate production. Azotobacter vinellandii A3 isolate revealed highest alginate production (3 gm / L ) with total carbohydrates of (3.15 gm / L ) and 95.2% alginate percent in total carbohydrate . The optimum conditions for alginate production by A. vinellandii A3 were determined; the results showed that the best production level was obtained in Emtiazis medium, containing 1% sucrose without nitrogen source, at pH 6.5, inoculum's size 1% (3.1 × 104 CFU/ml) and incubated at 30˚C for 5 days in shaking incubator at 150 rpm. , alginate concentration was 3.9(gm / L) and alginate percentage in total carbohydrate was 95.1%. Alginate of A. vinellandii A3 characterization was performed, alginate color was cream to light brown, gummy texture and soluble in water but insoluble in ethanol, methanol and isopropanol, alginate had high viscosity at a concentration of 1% solution at 35˚C which was 146.94 centipoises, the viscosity decreased with increasing temperature ,and increase with lowering pH and reached the maximum at pH 5 , the onset melting point of sodium alginate was 190 ˚C and the clear melting point was 205˚C and the molecular weight of alginate was 223.23 KD. The ability of alginate of A. vinellandii A3 to adsorb heavy metal ions(Cu+2 , Zn+2 ) was also studied, the optimum conditions for adsorption process were determined, the results showed that alginate has a high affinity and binding capacity for Cu+2 and Zn+2 ions, and the best adsorption level was occurred after 10 hrs of treatment (addition 150 ml of 1% alginate to 50 ml of solutions contain Cu +2 ions or Zn +2 ions),alkaline pH (9) was more suitable for Cu+2 and Zn+2 adsorption than neutral or acidic pH.

انتاج وتوصيف الملبد الحيوي من بكتريا Bacillus coagulans المعزولة محليا == Production and Characterization of Bioflocculant From Locally Isolated Bacillus coagulans

Author name: جوان صباح باجلان

Supervisor name: سناء برهان الدين

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم عزل 48 عزلة بكتيريه تعود الى جنس Bacillus, جمعت من عينات الماء والتربة. اعطت اثنان وعشرون عزلة صفة اللزوجة عندمزارعت على وسط الاكار المغذي, اظهرت سبعة عزلات فقط من Bacillus نموا في وسط النشاء المغذي واعطت فعالية التلبد في عالق الكاؤلين. اعطت العزلة B8 ( المعزولة من التربة ) اعلى فعالية تلبد في عالق الكاؤلين (37%). اظهرت الاختبارات الكيموحيوية والفحص المظهري لهذه العزلة انها تعود الى نوع Bacillus coagulans . استخلص الملبد الحيوي من العزلة B8 B. coagulans باستعمال المذيبات العضوية شملت : الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم , الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم /حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم . كان وزن الملبد الحيوي المستخلص من الكحول الاثيلي بنسبة 2 : 1 حجم / حجم ( 0.15 غم/100مل ) اعلى من المستخلص الناتج من الكحول الاثيلي بنسبة 4 : 1 حجم / حجم والاسيتون بنسبة 3 : 1 حجم / حجم التي كانت (0.117 غم/100مل و0.078 غم/100مل ) على التوالي . نميت العزلة B. coagulans B8 من اوساط وظروف مختلفة وبينت النتائج انه اعلى انتاجية للملبد الحيوي تكون عند زرع البكتيريا في الوسط النشاء الحاوي على 1% نشاء كمصدر كاربوني, كلوريد الامونيوم كمصدر نتروجيني, برقم هيدروجيني 8 وحضنت بدرجة 37 لمدة 48 ساعة. اشار التحليل الكيميائي للملبد الحيوي المستخلص الى انه مكون من 85% كاربوهيدرات و7% بروتين .اظهر التحليل الكروماتوغرافي للطبقة الرقيقة (TLC ) للملبد الحيوي المتحلل بواسطة حامض الهيدروكلوريك مع نظام الاذابة المكون من البيوتانول - حامض الخليك - ماء بنسبة 1 : 1 : 3 وزن /وزن والكحول الاثيلي 96% - ماء 63 : 37 وزن / وزن, انه الملبد الحيوي المنتج من B8 B. coagulans يحوي جزء كاربوهيدراتي وجزء بروتيني, حيث ظهرت بقعتان بنية اللون عند استخدام الفينول - حامض الكبريتيك لتحري عن الكاربوهيدرات(Rf = 0.41 , 0.58 ) التي ماثلت الكالكتوز والكلوكوز, وظهرت بقعة واحدة حمراء غامقة عند استخدام النينهايدرين للتحري عن الاحماض الامينية (Rf = 0.68 ) التي ماثلت الحامض الاميني الفنيل الالنيين . درست خصائص الملبد الحيوي اعتمادا على فعالية التلبد لعالق الكاؤلين : اظهرت النتائج ان الملبد الحيوي يعطي فعالية تلبد جيدة لعالق الكاؤلين ( 41.5 % ) عند حجم 0.5 مل لكل 50مل بوجود 1% من كلوريد الكالسيوم (مصدر الشحنة موجبة) لتحسين عملية التلبد. الاس الهيدروجيني الامثل لفعالية التلبد هو11pH واعطت افضل فعالية عند درجة حرارة 70 مئوي وكانت ( 78% ) . درست قابلية مادة التلبد على ازالة عكورة مياه النهر ومياه المجاري المنزلية, اظهرت النتائج القدرة على ازالة العكورة ( فعالية التلبد ) فقد اختزلت في كلاهما الى 66.36 % و62.7% على التوالي. | From September 2008 to May 2009, 122 specimens were collected by sterile cotton swaps from patients suffering from eye infection at Ibn Al - Haitham Teaching Eye Hospital, 12 of them were Pseudomonas aeruginosa isolates : they were named (P(1), P(2),……..P(12)) in 9.83% isolation percentage. All the isolates were diagnosed by biochemical tests, API 20 E system and agglutination sera for the grouping of P. aeruginosa. The results showed that all the isolates belong to the P. aeruginosa strains (6, 9, 12 and 16). After the adhesion test and lipopolysaccharide extraction and after studying the prophylactic role of LPS, the results demonstrated that : 1 - P (10) isolate have a greater ability to adhesion when all P. aeruginosa isolates were tested on Congo red agar medium and adherence to smooth surfaces. 2 - The chemical analysis of crude LPS that was extracted from P (10) by using digestive enzyme and hot phenol water method showed that the percentage of carbohydrates was 7.3% and the percentage of protein was 1.3%. No nucleic acids were found.3 - The chemical analysis of partially purified LPS that was made by gel - filtration chromatography by using Sephacryl 200 S showed that the percentage of carbohydrates in the partial purified LPS was 19.5% and the percentage of binding proteins was 0.006%. No nucleic acids were found. 4 - When the molecular weight of LPS was measured by gel - filtration chromatography by using Sepharose C1 - 6B - 200 it was found to be 630957 Dalton. 5 - The prophylactic role of LPS was studied as follows : a - The sera were prepared by using two wild type rabbits (weight 2 - 2.5 kg). They were injected with five doses over 70 days of different concentrations of partially purified LPS that have been extracted from P. aeruginosa P (10) isolate. One rabbit was used as a control that has been injected with PBS. The titer of antibodies in sera was determined by passive haemagglutination and it was in the immunized rabbit’s sera (160), and the best concentration of LPS was 10µg.b - The pathological infection was done by using two groups of female mice; the first group represents the non - immunized group while the second group represents the immunized group. The left and right eyes of the two groups were scratched, then the left eyes were infected with 5µl of (1×108 cell/ml viable organism) of P. aeruginosa P (10) while the right eyes serve as a control scratched eye. In the second group that represents the immunized group, the mice were immunized intraperitoneally with 0.2 ml of 2X concentrated sera, 18 hr. before scratching and infection and 1 - 2 hr. after scratching and infection in comparison with the control mice that were not immunized or scratched or infected with P. aeruginosa. The results have shown that : - Typical pathological scores were observed in the left eyes of non - immunized mice group 72 hr. after infection with P. aeruginosa while no pathological scores were observed in the left eyes of immunized mice. This indicated that the immunization with LPS gave a protection against P.aeruginosa corneal infection. - The histological sections of mice eyes of non - immunized and immunized mice show that there was a degenerative change and necrosis of retina with inflammatory cells infiltration in the left eye and hyperplasia of inner retinal cell layer in the right eye of non - immunized mice in comparison with the right and left eyes of control mice that have shown a normal appearance of retina, choroid and vitreous chamber while there was a hemorrhage and detachment of retina with certain inflammatory cells in the left eye and accumulation of blood along inner retina of vitreous chamber and certain detachment of retinal layer of right eye of immunized mice. These results indicate that immunization with LPS reduces the corneal infection caused by P. aeruginosa

دراسة بعض الصفات الكيميائية والفيزيائية والبايولوجية للبكتريوسين المستخلص من بكتريا Bacillus spp. المعزولة من مصادر بيئية مختلفة == Study of some chemical, physical and biological properties of bacteriocin extracted from Bacillus spp. isolated from different ecosources

Author name: بشار قصي كاظم

Supervisor name: رشيد محجوب مصلح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص عزلات لبكتريا Bacillus من التربة والماء والغذاء .عزلت 51 عزلة من 67 عينة منها كانت عائدة لبكتريا Bacillus spp. وفقط 17 عزلة منها كانت منتجة للبكتريوسين واختبرت فعالية البكتريوسين تجاه البكتريا الدالة Listeria monocytogenes , حيث اظهرت اختبارات التشخيص بان افضل العزلات المنتجة كانت Bacillus cereus Me1 المعزولة من اللحوم. حددت الظروف المثلى لانتاج Bacteriocin Me1 من العزلة المنتقاةBacillus cereus Me1 ولوحظ بان افضل الاوساط لانتاج Me1 Bacteriocin هو مرق نقيع القلب والدماغ المدعم با لكلوكوز بتركيز 0,1% وبحجم لقاح 2% والحاوي على 1.5×810 خلية /مليلتر ورقم هيدروجيني امثل 6.5 وبدرجة حرارة مثلى 30 م° بعد 18 ساعة حظن .نقي البكتريوسين المنتج من B.cereus Me1 بعدت خطوات تضمنت الترسيب بكبريتات الامونيوم وبنسب اشباع (30,50,60,70,80)% واظهرت النتائج بان افضل اشباع حصل عند80% من كبريتات الامونيا المستخدمة تبعتها طريقة كروموتوكرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Sephadex وطريقة الترشيح الهلامي في عمود هلام السيفاكريل - .S200 والوزن الجزيئي له حدد بطريقةالترحيل الكهربائي في هلام SDS - PAGE واظهرت حزمة بروتينية مفصولة واحدة وكان وزنها الجزيئي 9100 دالتون. وباختبار تاثير قيم ال pH على فعالية البكتريوسين اظهرت بان الفعالية لم تتاثرفي pH بينما قلت الفعالية في pH اقل من 6 واعلى من 8 . البكتريوسين كان ثابت الفعالية عند المعاملة بالتسخين حتى 70 م° حيث انخفضت فعاليته عند درجات حرارة اعلى منها وفقدت كليا عند 121 م°. البكتريوسين B.cereus Me1 كان فعالا تجاه جميع البكتريا الموجبة لصبغة كرام المختبرة (Bacillus cereus وBacillus licheniformis وBacillus subtilisو (Staphylococcus aureus والفطر Candida albicansو Erwenia caratovora بينما كان غير فعالا تجاه البكتريا السالبة لصبغة كرام Pseudomonas aeroginusa ) وEscherichia coli. ) | This study involved the isolation and identification of the Bacillus isolates from soil, water and food samples. The results showed that 51 isolates from 67 samples were belonged to Bacillus spp. All isolates were tested and only 17 of them were bacteriocin producers. Bacteriocin activity was tested against Listeria monocytogenes (Bacterial indicator). Optimization the conditions for production of bacteriocin by B.cereus Me1 revealed that the best conditions for production were Brain Heart Infusion broth medium supplemented with 0.1% glucose , inoculums size 2% (1.5 x 108 cell/ml), pH 6.5 and incubation temperature 30 °C for 18 hrs.The purification of the bacteriocin from the B.cereus Me1 was carried out by ammonium sulfate precipitation in saturated percentages of (30, 50, 60, 70,80)% and The result showed that the best saturation was obtained at 80% ammonium sulfate. Two steps of purification was performed including ion exchange Chromatography by using DEAE - Sephadex and gel filteration by using Sephacryl - S200 . The purified Bacteriocin was named Bacteriocin Me1 according to the isolate Me1 for characterization of purified bacteriocin the molecular weight was determined with gel electrophorsis SDS - PAGE and one band of separated protein appeared. It is M.W was about 9100 Dalton. Testing the effect of pH values on bacteriocin activity it was stated that this activity didn't affect at pH 6, 7, 8, while this activity decreased at pH lower than 6 and higher than 8. The bacteriocin was stable with heating up to 70°C , higher than this the activity minimized and completely lost at 121°C. The B. cereus Me1 bacteriocin was active against all tested Gram - positive bacteria (Bacillus cereus, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus) and fungus C. albicans and Erwenia caratovora while was unactive against Gram negative bacteria ( Pseudomonas. aeruginosa and Escherichia coli

دراسة مقارنة للتاثيرات ضد المايكروبية والسمية الخلوية للبايوسيانين المنتج من النوع البري وطافرة بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا == A comparative study on the antimicrobial and cytotoxic effects of pyocyanin produced by wild type and mutant of locally isolated Pseudomonas aeruginosa

Author name: حسام محمود حسن العماري

Supervisor name: هيفاء هادي حساني | عدوية عبد الله السعدي

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: عزلت بكتريا Pseudomonas aeruginosa من مختلف العينات (قشع, حروق, جروح, اذن, خروج, عين, ادرار) وشكلت بكتيريا P.aeruginosa نسبة 32% من العدد الكلي للبكتيريا المعزولة, تم تشخيصها على اساس الاختبارات البكتريولوجية والكيموحيوية, %92 من العزلات الكلية تميزت بانتاجها الصبغة الزرقاء المخضرة(Pyocyanin) على وسط كنج A.تميزت عزلة واحدة فقط من بين 45 عزلة من العزلات المنتجة للبايوسيانين بانتاجها للصبغة, حيث انتجت2.8ملغم/مل , هذه العزلة يرمز لها 1 - PAH هي التي استعملت لاغراض الدراسة الحالية·حددت الخصائص الكيميائية للبايوسيانين المنتج من العزلة 1 - PAH بوساطة عدة تحليلات كيميائية وهي التغير بالرقم الهيدروجيني, FTIR, وHPLC والتي اكدت ان المستخلص هو صبغة البايوسيانين; بعد ذلك عرضت العزلة البرية 1 - PAH لتراكيزمختلفة من مختلف المضادات الحياتية, فاظهر المضادان Getamycin وephataximeC افضل النتائج في الحصول على الطفرات التلقائية. خضعت عدد من هذه الطافرات لاختبار قدرتها لانتاج البايوسيانين لاختيار الاكفا, فكانت الطافرة 8 - 300S هي الاكفا بانتاجها البايوسيانين, فقد انتجت3.73 ملغم/مل. اظهر البايوسيانين المنتج من الطافرة 8 - 300S صفات مماثلة لصفات البايوسيانين المنتج من العزلة البرية٬ بعد ذلك تم اختيار مدى كفاءة البايوسيانين المنتج من العزلة البرية والطافرة من Pseudomonas aeruginosa في الفعالية ضد بكتيرية ضد عدد من البكتريا السالبة والموجبة لصبغة كرام.تم فحص فعالية البايوسيانين لتقليل نمو الخطوط الخلوية السرطانية. فاظهر البايوسيانين المنتج من العزلة الطافرة بانه الاكفا في تثبيط نمو الخلايا السرطانية خط سرطان العضلات المخططة RD,و خط خلايا سرطان عنق الرحم Hela, وخط خلايا سرطان الحنجرة 2 - Hep. فضلا عن ذلك اظهر البايوسيانين المنتج من العزلة البرية والطافرة فعالية الموت الخلوي المبرمج isApoptos ضد الخط السرطاني RD. | Pseudomonas aeruginosa was isolated from different specimens (sputum, burn, wounds, ear, stool, eye, blood, and urine); these isolates formed 32% of total specimens. These bacteria were identified according to morphological, and biochemical tests. Approximately 92% of P.aeruginosa isolates were able to produce a greenish blue pigment (pyocyanin) on king A medium. One out of 45 isolates was distincted in pyocyanin production; it gave 2.8mg/ml. This isolate was designated as P.aeruginosa PAH - 1 isolate and used for further study. The chemical properties of pyocyanin produced by PAH - 1 were detected by several chemical analyses such as changing in pH, FTIR, and HPLC that was confirmed that the extracted pigment is pyocyanin. After that, the wild type isolate PAH - 1 was exposed to various concentrations of different patterns of antibiotics, Gentamycin and Cefotaxime were showed perfect results for obtaining spontaneous mutations. These mutants were submitted for production pyocyanin; the mutant P. aeruginosa S300 - 8 isolate was distincted to producing pyocyanin equal to 3.73 mg/ml. Pyocyanin produced by mutant S300 - 8 showed similar properties of that produced by wild type PAH - 1 isolate. Pyocyanin produced by wild type and mutant of P.aeruginosa isolates showed antibacterial activity against several Gram negative (Salmonella, Proteus, Shigella, Escherisia, Klebsiella) and Gram positive bacteria (Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus). The ability of this pigment to reduce the proliferative activity of cancer cell lines was examined. Pyocyanin produced by mutant S300 - 8 mutant was more efficient to inhibit growth of cancer cell lines, RD, Hela, and Hep - 2, moreover pyocyanin produced by wild type and mutant showed apoptotic activity against cancer cell line RD.

دراسة مناعية وتقييم انتشار الاجسام المضادة الخاصة ضد اللولبية الشاحبة بين العراقيين المتبرعين بالدم

Author name: انس وسام مالك

Supervisor name: عباس عبود فرحان الدليمي | محمد عبد الدايم صالح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Diyala - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology

Language: English

University location: Diyala

First pages:

Abstract: السفلس هو مرض ينتقل جنسيا بوساطة بكتريا اللولبية الشاحبة Treponema pallidum ويصنف اما مكتسب او ولادي .اجريت هذه الدراسة في المركز الوطني لنقل الدم في بغداد خلال جزء عملي اشتمل على المرضى المراجعين للمركز للمدة من 1 اب الى 31 كانون الاول 2014 . تضمنت الدراسة 70 مريضا و10 اصحاء ظاهريا من كلا الجنسين بمعدل عمر من 24 الى 57 سنة.جمعت عينات المرضى من وحدة الفايروسات بوساطة متخصصين الذين شخصوا الحالات المرضية .تضمنت المعلومات الديمغرافية العمر,الجنس والعنوان. اظهرت نتائج الدراسة الحالية معدل العمر ± الانحراف المعياري7.14±41)) سنة في المرضى(من 24 - 57 سنة) كما اظهرت النتائج ان(2.9%) من المرضى كانوا ضمن الفئة العمرية (21 - 30 سنة) ,وكانت نسبة الفئة العمرية (31 - 40 سنة ) هي (40%),و نسبة الفئة العمرية (41 - 50 سنة ) هي(44.3%)والفئة العمرية (51 - 60 سنة ) هي (. (12.8%علاوة على ذلك ان ما مجموعه ((74610 من متبرعي الدم العراقيين تتراوح اعمارهم من 18 - 60 سنة عرضوا لاكتشاف الاصابة بمرض السفلس ,وان ما مجموعه(769) من المصابين بالمرضوكان عدد المصابين من الذكور( (753بنسبة(97.9%) وكان عدد الاناث هو16 بنسبة(2.1%) .من ناحية اخرى تم اختيار 70 مصاب من المجموع الكلي للمصابين (769) وتم فحصهم ضمن بعض المؤشرات المناعية واظهرت النتائج ازدياد مستوى IL - 2 في مجموعة المرضى عن مستوى مجموعة السيطرة .وكانت قيمة المعدل± الانحراف المعياري ±64.9941.92 pg/ml و39.69 ±52.94pg/ml على التواليولم يلاحظ وجود فروق معنية احصائية بين كلا المجموعتين. فضلا عن ذلك ازداد مستوى IL - 10 في مجموعة المرضى عن مستوى مجموعة السيطرة .وبلغت قيمة المعدل± الانحراف المعياري ±559.101804.20pg/ml و±377.47252.36pg/ml على التوالى.بينما كان مستوى IFN - γ اقل في المرضى وكان المعدل ± الانحراف المعياري 239.35 ±201.38pg/ml عن المستوي في مجموعة السيطرة الذي بلغ 248.51±291.49pg/ml .فضلا عن ذلك كان مستوى IgG في كلا المجموعتين (المرضى والسيطرة ) عاليا , بلغت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمجموعة المرضى825.66±287.18pg/ml وكانت لمجموعة السيطرة 638.28±242.41pg/ml لذلك لا يوجد فرق معنوي احصائي بين كلا المجموعتين = P value)0.166( كذلك بلغت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمستوى IgM في مجموعة المرضى 121.01±70.57pg/ml وكانت لمجموعة السيطرة 50.96±21.61453pg/ml مما يدل على وجود فرق معنوي احصائي بين كلا المجموعتين(P value=0.031). بلغت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمستوى C3 في مجموعة المرضى±112.22pg/ml 26.34 بينما كانت ±147.7617.41pg/ml لمجموعة السيطرة. وهذا يعني وجود فرق معنوي احصائي بين كلتا المجموعتينP value) =0.004). اخيرا وصلت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمستوى 4Cفيمجموعة المرضى ± 22.7622.76pg/ml بينما كانت في مجموعة السيطرة±34.412.15pg/ml .مما يدل على وجود فرق معنوي احصائي بين كلتا المجموعتينP value) =0.005). | Syphilis is a sexually transmitted disease (STD) created by the Treponema pallidumand characterized as acquired or congenital.This study was conducted in National Blood Transfusion Center in Baghdad as crosswise over area study incorporating patients going to in the period from 1 August to 31 December 2014. The study included 70 patients and 10 apparently healthy individuals from both sex withage range from 24 to 57 years oldas control group.The specimens of patients were gathered in virology unit by virologists who conclusion the cases. The demographic data incorporates age, sex and location. The results of present study showed thatmean of age ±SD of patients was 41±7.14 years (from 24 - 57 years ) , also theresults showed (2.9%) of patients were from (21 - 30 years), (40%) of patients were from (31 - 40 years), (44.3%) of patients were from (41 - 50 years), (12.8%) of patients were from (51 - 60 years).Furthermore,a total of 74610 Iraqi blood donors, aged from 18 - 60 years were discovered to have been screened for syphilis, a total of 769 Infected syphilis there were the number of males were753 (97.9%) and females were16 (2.1%).On another hand 70 syphilis patients were selected from total infected patients ( 769) and was examined to some immunological parameters and the results showed that the level of IL - 2 higher in patients group than that of control group.Themean ±SD was 64.99±41.92pg/mland 52.94±39.69 pg/ml respectively withoutnoticing any significant statistical difference was between both groups. Additionallythe level of IL10 was higher in patients group than that of control group,the mean ±SD were559.10±1804.20 pg/ml while in control were 377.47±252.36 pg/ml.Whereas, the level of IFN - γ was lowerin patients, the mean ±SD were201.38 ±239.35pg/ml than thatin controlWhich were 291.49 ±248.51pg/ml. Furthermore, the level of IgG in both patients and controlwas almost more thanthe mean ±SDfor patients were 825.66±287.18 mg/dl and in controls they were 638.28±242.41 mg/dl. Therefore, there was no significant statistical difference between both groups (P value =0.166). Also , themean ±SD for the level of IgM in patients, were121.01±70.57mg/dl whereas in controls theywere 50.96±21.61453mg/dl.This means that there is a significant statistical difference between both groups (P value =0.031).For the level of C3 in patients ,the mean ±SDwere112.22±26.34mg/dl while in controls they were 147.76±17.41mg/dl. This indicates that there is a significant statistical difference between both groups (P value=0.004).Finally, the mean ±SD the for level of C4 in patients were 22.76± 8.44mg/dl while in control they were 34.4±12.15mg/dl. Therefore there is a significant statistical difference between both groups (P value=0.005).

التاثيرات النسجية والكيمياء الحيوية في الاناث الحوامل المصابة بالشنج النفاسي : دور بروتين Leptin == Histological and Biochemical Effects of Pre eclampsia on the Placenta of Pregnant Women : Role of Protein Leptin

Author name: خةبات انور علي خضر

Supervisor name: قصي عبد القادر مصطفى الجلبي | حمد جنداري جمعة

General topic: Biology

Specific topic: Zoology

Degree: Doctorate

University: University of Al Mosul - College Of Science

Language: English

University location: Mosul

First pages:

Abstract: تضمنت هذه الدراسة معرفة التغيرات النسجية والكيموحيوية عند فرط الضغط للنساء الحوامل ذات الشنج النفاسي. تم جمع 120 عينة مصل من النساء ذات الشنج النفاسي يصاحبها 120 عينة مصل من النساء الحوامل الطبيعيات اللاتي عدن كمجموعة سيطرة. ايضا اهتمت هذه الدراسة بمعرفة تركيز هرمون اللبتين Leptin في مراحل الحمل المختلفة، المشتملة في ثلاثة اشهر الاولى والثانية والثالثة وشملت 90 عينة مصل،30 عينة لكل مرحلة من مراحل الحمل و30 عينة عند الولادة. وتضمنت الدراسة ايضا تقديرا لبعض التغيرات الهرمونية والكيموحيوية مع الحصول على 30 سخد وحبل سرى لتوضيح التغيرات النسجية في الحوامل ذات الشنج النفاسي مقارنة بالحوامل الطبيعيات. اجريت هذه الدراسة في مستشفى الولادة بمحافظة اربيل. وقد تم التوصل الى النتائج الاتية : 1 - بصورة عامة شوهدت في دراستنا الحالية زيادة معنوية بمستوى P<0.01 لتراكيز الهرمونات Pro, E2, LEP في الحوامل ذات الشنج النفاسي مقارنة بالحوامل الاصحاء مع التقدم في فترات الحمل. بينما لوحظ انخفاض معنوي P<0.01 لتراكيز الهرمونات عند الولادة.2 - سجلت قمة ارتفاع مستويات اللبتينLEP بمستوى P<0.01 في فترة الثلاثة اشهر الثانية P2 وتراجعت عند الولادة في النساء الحوامل الاصحاء لمجاميع السيطرة بينما تم تسجيل زيادة خطية في مستويات LEP مع التقدم في فترات الحمل للنساء الحوامل ذات الشنج النفاسي، وتراجعت عند الولادة.3 - وجود معامل ارتباط معنوي P<0.01 بين LEP وهرمونات التكاثر (Pro, E2) في الحوامل ذات الشنج النفاسي.4 - مستويات مصل الـ HDL تاثرت معنويا P<0.01 بالحمل والتي ترتبط سلبيا واحتوائيا مع مستويات LDL, VLDL وTG والكوليسترول، هذه المستويات عالية في مجاميع النساء ذات الشنج النفاسي مقارنة بمجاميع السيطرة بالاضافة الى تراجعها بعد الولادة.5 - وجود معامل ارتباط معنوي P<0.01 بين LEP والقياسات الدهنية في الحوامل ذات الشنج النفاسي. 6 - وجد ان التحليل الانحداري المتعدد لمصل هرمونات التكاثر ومحتويات القياسات الدهنية المتضمنة في دراستنا له علاقة معنوية قوية بمصل LEP.7 - بعض المحتويات الكيميائية الحياتية مثل اليوريا والبروتين والالبومين والكرياتين ازدادت معنويا P<0.01 في النساء الحوامل ذات الشنج النفاسي مقارنة بالحوامل الاصحاء. وهذه القياسات تقل مع التقدم في فترات الحمل ماعدا مستوى الكرياتين الذي يزداد مع التقدم في فترات الحمل ويقل عند الولادة.8 - معامل الارتباط ضعيف نسبيا P<0.01 بين LEP واليوريا والبروتين والبومين والكرياتين لدى الحوامل ذات الشنج النفاسي.9 - وجد ان معامل الارتباط قوي P<0.01 بين LEP والعمر في الحوامل ذات الشنج النفاسي.10 - الشنج النفاسي خلال الحمل يقلل معنويا P<0.01 من اوزان كل من المشيمة والحبل السري وحديثي الولادة.11 - معامل الارتباط موجب P<0.01 بين مستويات LEP الحبل السري مع اوزان المشيمة والحبل السري وحديثي الولادة.12 - التغيرات العينية المرضية النسجية في النساء ذات الشنج النفاسي : ا - اظهرت السخد التغيرات المشتملة على : * ضمور الزغابات المشيمية.* تليف مع تضييق للشرايين الامية للخلايا الخلوية الغادية المحيطة للزغابات.* نزف ونخر في الساقط.* تكلس مع ترسب لليفين في الساقط الامي.* تثخن نتيجة لتكاثر الالياف الكولاجينية في متن الزغابات الساقط الامي والشرايين الامية.* ارتشاح دهني في الزغابات.ب - الحبل السري اظهر تغيرات اشتملت على : * احتقان وتضيق في التجويف نتيجة لتثخن الجدار خاصة البطانة الداخلية (الغلالة الداخلية).* تواجد الخثرة في التجويف الشرياني فضلا عن وجود التنكس الليفين في البطانة.*وجود الفجوات الدهنية في جدار الشرياني للحبل السري. | This study was conducted the histological and biochemical changes in 120 samples of pre - eclamptic pregnant women, concomitant with 120 samples of normotensive pregnant women.Also, this study deals with estimation of leptin concentration in different periods of pregnancy, which include 120 serum samples for each state and 30 samples for different periods.Histological study conducted by obtaining 30 placenta and umbilical cord for evaluating the vascular tissues injury in PE pregnancy compare with 30 normal control, which admitted to Maternity Hospital in Erbil governorate.The following results were investigates : 1 - Generally longitudinal data significantly increased at P<0.01 means of hormones LEP, E2 and Pro in pre - eclamptic pregnant women were more than that in healthy pregnancy with advancing gestational periods. While they significantly decreased at P<0.01 means of hormones with delivery.2 - A significant increase at P<0.01 of LEP levels was recorded in 2nd trimesters (P2) and declined with delivery in healthy control, while a linear increased of LEP levels was recorded in PE Pregnancy with advancing gestational periods, where it is declined with delivery. 3 - There were significant P<0.01 correlation coefficients between LEP and productive hormones (E2 and Pro) in PE pregnancy.4 - Serum lipid profile of pre - eclamptic women revealed a significant increase at P<0.01, which was HDL levels consistently and negatively correlated with VLDL, LDL, TG and cholesterol levels; these levels were higher in group of women who had PE as compared with normal control, as well as, being declined after delivery.5 - There were positive correlation coefficients between LEP and lipid profile in PE pregnancy at P<0.01. 6 - The multiple regression analysis demonstrated that the serum reproductive hormones and lipid profile contents in our study were strongly significant depending on serum LEP.7 - Some biochemical contents of urea, protein, albumin and creatinine were raised significantly at P<0.01 in hypertensive pregnant women when compared with the normotensive pregnant women, and these parameters well be decreased with advanced gestation periods except creatinine levels which were increased and fallen down with delivery.8 - There were correlation coefficients between LEP and the biochemical contents of urea, protein, albumen and creatinine in PE pregnancy.9 - In correlation coefficient, results indicated that there were strong relationship between LEP and age in pregnancy at P<0.01. 10 - During pregnancy, PE significantly decreased P<0.01 the mean weights of placentae, umbilical cord and babies were delivered at term.11 - There were positive P<0.01 correlation coefficients between LEP cord blood levels and weights of placentae, umbilical cord and the babies delivered.12 - The cross histopathological changes includes : a - PE placentae revealed the following changes : • Atrophy villi. • Fibrosis with stenosis of maternal arteries.• Discontinuation of syncytial border of villi.• Haemorrhage and necrosis in the deciduas.• Calcification with fibrinoid deposits were present in maternal deciduas. • Thickening due to proliferation of collagen fibers surrounded the villous stroma, maternal deciduas and maternal arteries.• Fatty infiltration in placental villi. b - Umbilical cords revealed the following : • Congestion and stenosis of the lumen due to thickening of their walls which was observed mainly in tunica media. This finding is in association with PE pregnancy. • Thrombus in the lumen of arteries and areas of fibrinoid necrosis was observed in the tunica intima of the artery and vein in PE pregnancies. • Lipid vacuoles were observed in the walls of umbilical cord arteries in PE pregnancies.

تاثيرات بعض المركبات الحلقية غير المتجانسة المصنعة على نمو وايض امامية السوط لطفيليات اللشمانيا الجلدية Leishmania tropica == Effects of Some Synthesized Heterocyclic Compounds on Growth and Metabolism of Leishmania tropica Promastigotes

Author name: مروة هاشم داؤد حموشي

Supervisor name: قصي عبد القادر مصطفى الجلبي | عبد الوهاب جعفر الحمداني

General topic: Biology

Specific topic: Zoology

Degree: Doctorate

University: University of Al Mosul - College Of Science

Language: English

University location: Mosul

First pages:

Abstract: عني البحث باستخدام خمسة جالكونات مصنعة ( 1،3 - ثنائي الاريل - 2 - بروبين - 1 - ون ) كمواد بادئة لتصنيع مختلف المركبات الحلقية غير المتجانسة. اختبرت بعدها الفعالية الحيوية للمركبات المصنعةالمذكورة ضد امامية السوط promastigotes لطفيلي اللشمانيا الاستوائية Leishmania tropica. في الزجاج .in vitroكثفت الجالكونات الخمسة المصنعة مع مركبات ذات هيدروجين حامضية Acidic Hydrogen compounds مثل الهايدرازينات Hydrazines واليوريا Ureas ، والثايوريا Thioureas لانتاج خمسة من المركبات النهائية. اثنين من تلك المركبات احتوت حلقة بايرازولين وهي : 5,1 - ثنائي فنيل - 3 - (اورثوكلوروروفينيل) - 2Δ - بايرازولين (P1) و3 - (ميتانيتروفنيل) - 5,1 - (باراكلوروفنيل) - 2Δ - بايرازولين (P5), المركبات الثلاثة الاخرى احتوت حلقة بيرميدينون وهي : 4,3 - ثنائي الهيدروجين - 4 - (بارانايتروفينيل) - 6 - فينيل بيرميدين - 2(H1) - ون(P2) و4,1 - ثنائي الهيدروجين - 3 - اثيل - 4 - (2 - مستيلينيل) - 6 - (اورثوكلوروفينيل) بيرميدين - 2(H1) - ون (P4) و2،4 - ثنائي الهيدروجين - 4 - (باراميثوكسي فينيل) - 6 - (اورثوكلوروفينيل) بيرميدين - 2 - (H1) - ثايون (P3) ، والحاوي على حلقة بيرميدين ثايون . وشخصت المركبات المحضرة باستخدام الطرق الطيفية . اختبرت فعالية الحلقات الخمسة متباينة ضد امامية السوط لطفيليات اللشمانيا الاستوائية في الزجاج In vitro. تبين ان المواد الخمسة المختبرة كان لها تاثير تثبيطي على نمو امامية السوط، وازداد هذا التاثير مع زيادة تركيز المادة قيد الاختبار.عندما قورن تركيز عقار البنتوستام Pentostam المثبط لخمسين بالمئة (IC50) من امامية السوط (20مايكروغرام/ملليلتر ) مع IC50 للمواد قيد الدراسة، وجد ان كل المواد المجربة سببت تثبيطا جيدا(نسبيا) في نمو الطفيلي؛ وان اكثر المواد سمية" كان المركب P4 حيث ان IC50 له كانت (0.6 مايكروغرام/ملليتر) ,بينما امتلك المركب P3 IC50 مماثل لعقار البنتوستام (20 مايكروغرام/ملليلتر) اما المركب P5 فقد امتلك IC50 اعلى بقليل من البنتوستام ( 25مايكرو غرام/ملليلتر) . وكانت IC50 للمركب P1 (30مايكروغرام/ملليلتر). بينما كانت IC50 للمركب P2 (60مايكروغرام/ملليلتر) وهو الاقل سمية" على امامية السوط من بين المركبات الخمسة.درس تاثير المركبات الخمسة على ايض الطاقة في امامي السوط للشمانيا الاستوائية من حيث التاثير على محتوى الاحماض الدهنية وعلى بعض انزيمات السلسلة التنفسية المعلوم تواجدها في امامي السوط.حللت الاحماض الدهنية في امامي السوط للشمانيا الاستوائية بالاعتماد على تقنية كروماتوغرافيا الغاز السائل (Gas liquid chromatography) وتبين وجود ستة انواع من الاحماض الدهنية في امامي السوط وهي على التوالي : Caproic acidو Myristic acidو Palmatic acidو Stearic acidوOleic acid وLinoleic acid.اعطى IC50 للمواد الخمسة (P5 - - - P1) تاثيرات كمية ونوعية متباينة على محتوى امامية السوط من الاحماض الدهنية، فقد اعطى IC50 للمركب P3 اقوى تاثير على محتوى الاحماض الدهنية حيث سبب اختفاء اغلب انواع الاحماض الدهنية ،مع زيادة ملحوظة في نسبة تركيز Caproic acid (35%) ، كما تسبب IC50 للمركب P4 في اختفاء Oleic acid لامامية السوط المعاملة، مع نقص ملحوظ في نسبة تركيز Linoleic acid. وعند معاملة امامية السوط ب IC50 للمركب P5 حصل نقص كبير في نسبة تركيز oleic acid وLinoleic acid. على ما يبدو، فان Linoleic acid وOleic acid هما اكثر الاحماض الدهنية تاثرا، حيث انهما فقدا كليا عند معاملة امامي السوط بـ IC50 للمركبات P3و P4وP5.اختبر تاثير IC50 للمركبات (P5 - - - P1) على فعالية انزيمي فيوماريت ردكتنيز ((FRD وسكسينت ديهيدروجينيز ((SDH. وتبين ان اربعة من المركبات المصنعة وهي P2 - - - P5 امتلكت تاثيرا انتقائيا على السلسلة التنفسية لامامية السوط، حيث اثرت المواد انفة الذكر على فعالية FRD اكثر من تاثيرها على فعالية SDH. وكان تاثير المركب P2 على فعالية FRD اكثر بنسبة 34% من تاثيره على فعالية SDH، في حين كان تاثير المركب P3 على فعالية FRD اكثر ب54% من تاثيره على فعالية SDH. وكذلك الحال بالنسبة للمركب P5 الذي ثبط فعالية FRD بنسبة 43% اكثر من تثبيطه لفعالية انزيم SDH. تشير هذه البيانات الى ان انزيم FRD للطفيلي يمكن ان يكون الموقع المستهدف (الهدف الخاص) الذي يعكس فعالية المركبات الثلاثة P2و P3 وP5 المضادة لامامية السوط للشمانيا الاستوائية. بينت الدراسة الحالية ان المركبات P5 - - - P1 تسببت باختزال المحتوى الكلي للبروتينات والاحماض النووية وكذلك اثرت على فعالية بعض الانزيمات المتعلقة بايض هذه الجزيئات وهما انزيمي دايهايدروفوليت ردكتيز (DHFR) وثايميدين فوسفوريليز (TP). اظهر IC50 للمركب P5 اقصى اختزال في المحتوى البروتيني لامامية السوط (35%) وتسبب كل من IC50 للمركبات P1و P3وP4 باختزال في المحتوى البروتيني لامامية السوط بدرجات اقل : (27%، 24%، 19%على التوالي)، اما IC50 للمركب P2 فقد كان الاقل تاثيرا على محتوى البروتين حيث ادى الى اختزال 9% فقط من محتوى البروتين الكلي. اما من حيث التاثير على محتوى الاحماض النووية لامامية السوط المعاملة؛ فقد سبب P5 اقصى اختزال في كمية الاحماض النووية الكلية (42%). كما تسبب P2و P3و P4 باختزال محتوى الاحماض النووية لامامية السوط بنسب متقاربة (35%،36%،37%على التوالي )، في حين سبب P1 اقل اختزال بمحتوى الاحماض النووية(16%). بينما اعطى P5 اعلى اختزال في كمية الحامض النووي الرايبوزي منقوص الاوكسجين ( DNA )(50%) في حين ان P1 سبب اقل اختزال في كميةDNA (12%) . واما ما يخص محتوى امامية السوط من الحامض النووي الرايبوزي (RNA )، فقد اختزل المركب P4 41% من RNA الكلية لامامية السوط المعاملة واختزل IC50 للمركب P5 39% من RNA لامامية السوط المعاملة. وسجل اقل اختزال في محتوىRNA عند معاملة امامية السوط ب IC50 للمركب P1 (17%). تبين ان المركبات قيد الدراسة اثرت على كل من مساري البناء الحيوي de novo والانقاذ salvage لبناء dTMP. حيث ان هذه المواد (P5 - - - P1 - ) اثرت معنويا في فعالية انزيم TP . فالمركبات P2و P3و P4و P5 اختزلت الفعالية النوعية لانزيم TP في امامية السوط، من ناحية اخرى فان جميع المركبات قيد الدراسة تسببت في اختزال الفعالية النوعية لانزيم DHFR باستثناء المركب P1 الذي تسبب في زيادة الفعالية النوعية لانزيم DHFR الى 106%. وان اقصى اختزال في فعالية DHFR سببه المركب P3 (34%).يجدر بالذكر ان IC50 للمواد قيد الدراسة كان لها تاثيرا ملحوظا في شكل وابعاد الطفيلي. حيث تسبب IC50 للمركب P5 بظهور فجوات كبيرة في السايتوبلازم، اما المركب P2 فقد تسبب في ظهور تحبب في السايتوبلازم مع نواة غير منتظمة الشكل. سببت معاملة امامي السوط ب IC50 للمركب P3 ظهور تجمع من الفجوات السايتوبلازمية الصغيرة، من ناحية اخرى ظهرت فجوة منفردة كبيرة في سايتوبلازم الطفيليات المعاملة بالمركب P4، مع نواة غير منتظمة الشكل. لوحظ اقصى انتفاخ في امامية السوط المعاملة بـ IC50 للمركب P4 وبدرجات اقل لتلك المعاملة بـ اولية IC50 للمركبات P1و P2 وP5 على التوالي.بينت نتائج البحث الحالي ان موقع ونوع المجاميع التعويضية على الحلقات المصنعة في المركبات قيد الدراسة، كانت ذا تاثير حرج في الفعالية المضادة للشمانيا لهذه المركبات. | The present investigation is concerned with the use of five synthesized chalcones (1,3 - diaryl - 2 - propen - 1 - one) as a chief starting materials to synthesize different heterocyclic compounds. The produced heterocycles tested then for their biological activity against Leishmania tropica promastigotes in vitro.The five synthesized chalcones were condensed with different acidic hydrogen compounds such as hydrazines, ureas and thioureas to produce five heterocyclic compounds. Two of them contain pyrazoline ring : 1,5 - Diphenyl - 3 - (o - chlorophenyl) - ∆2 - pyrazoline (P1) and 3 - (m - Nitropheny - 5 - (p - chlorophenyl) - ∆2 - pyrazoline (P5), the other three compounds contain pyrimidinone ring : 3,4 - Dihydro - 4 - (p - nitro phenyl) - 6 - phenyl pyrimidine - 2(1H) - one (P2), 1,4 - Dihydro - 3 - ethyl - 4 - (2 - mesitylenyl) - 6 - (o - chlorophenyl) pyrimidine - 2(1H) - one(P4),and,4 - Dihydro - 4 - (p - methoxyphenyl) - 6 - (o - chlorophenyl) pyrimidine - 2 - (1H) - thione (P3), which contain pyrimidine thione ring. The resultant products were identified in the light of spectroscopic methods, as well as the melting points. The five heterocyclic compounds were tested for their antileishmanial activity against Leishmania tropica promastigotes in vitro. All tested compounds caused concentration - dependent inhibition of the in vitro growth of Leishmania promastigotes. When compared with inhibitory concentration 50 ( IC50 ) of pentostam (20μg/ml), all the tested compounds appeared to have relatively good inhibitory effects. The IC50 values of the tested compounds P1,P2,P3,P4 and P5 were 30 μg/ml, 60 μg/ml, 20 μg/ml, 0.6 μg/ml and 25 μg/ml respectively.Effects of the five synthesized compound were also tested on energy metabolism (on fatty acids content and some selective enzymes in respiratory chain) of Leishmania promastigotes. The gas liquid chromatographic analysis of untreated Leishmania tropica promastigotes revealed the presence of six types of fatty acids : caproic, myristic, palmatic, stearic, oleic, and linoleic acids respectively. The IC50 of the tested products (P1 - - - P5) showed different effects, qualitative and quantitative on the fatty acids content of promastigotes. IC50 of P3 displayed the maximum effect on promastigotes fatty acids content, in which most types of fatty acids disappeared, with considerable increase in concentration percentage of caproic acid (35%). IC50 of P4 was caused oleic acid of the treated promastigotes to disappear, with remarkable decrease in percentage concentration of linoleic acid. When promastigotes treated with IC50 of P5, there was a high decrease in percentage concentration of oleic acid and linoleic acid respectively. Oleic acid and linoleic acid seemed to be the most affected fatty acids, since they were missed in the promastigotes when treated with P3, P4. and P5. Fumarate reductase (FRD) and succinate dehydrogenase (SDH) were investigated for its sensitivity toward the five compounds under study (P1 - - - P5). IC50S of four experimented compounds (P2 - - - P5) was observed to have selective inhibitory effects on the parasite respiratory chain, since these compounds proved to have higher inhibitory effects against FRD activity than that against SDH activity. However, the inhibitory effect of P2 on the activity of FRD was approximately 34% higher than that on SDH, while the inhibitory effect of P3 on the activity of FRD was 54% higher than that on SDH, and the inhibitory effect of P5 on the activity of FRD was approximately 43% higher than that on SDH i.e. FRD is more sensitive to P2, P3 and P5 than SDH. The data indicate that the parasite FRD might be the specific target for the action of P2, P3 and P5.IC50 of P1 - - - P5 appeared to have variant inhibitory effects on the total protein, total nucleic acids content and some related enzymes (dihydrofolate reductase (DHFR) and thymidine phosphorelase (TP)). P5 caused the maximum decrease in protein content (35%); P3, P4 and P2 reduced protein total content of promastigotes for less extent (27%, 24%, and 19% respectively); P2 resulted in the less reduction in total protein content (9%). As for nucleic acids content of treated Leishmania promastigotes, the maximum reduction of nucleic acids content caused by P5 (42%), P2, P3, P4 caused approximate reduction percentage in total nucleic acids (35%, 36%, 37% respectively), while P1 resulted in the less inhibition of nucleic acids content (16%). The maximal inhibition in Deoxyribonucleic acid (DNA) content caused by P5 (50%), whereas P1 caused the minimal inhibition (12%). However, Ribonucleic acid (RNA) content was reduced 41% when Leishmania promastigotes treated with P4, and 39% when treated with P5. The less reduction in RNA content was caused by P1 (17%). The experimented compounds appeared to affect both salvage and de novo pathways of Deoxy Thymidinemonophosphate (dTMP) synthesis. However all these compounds (P1 - - - P5) resulted in significant changes in the activity of promastigotes TP. P2, P3, P4 and P5 reduced the specific activity of promastigotes Thymidine phosphorelase (TP). On the other hand, all tested products had inhibitory effects against DHFR activity, except P1, which increases the activity of promastigotes Dihydrofolate reductase (DHFR) to 106%. P3 has the highest inhibitory effect on promastigotes DHFR - activity, since it reduced DHFR activity to 34%. Inhibitory concentration 50 ( IC50 ) of the experimented compounds made remarkable changes in the morphology and dimensions of the parasite. Large vacuoles in the cytoplasm were observed in the parasites, which were treated with IC50 of P1. Cytoplasmic granulation and amorphous nuclei were observed in the parasites, which were treated with IC50 of P2. Assemblage of small vacuoles was observed in the parasites that were treated with IC50 of P3. On the other hand, parasites that were treated with IC50 of P4 appeared to contain single large vacuole that occupies large space of the cytoplasm, with amorphous nuclei. Maximum swell was observed in the promastigotes that were treated with IC50 of P4 and at lower extent with those treated with IC50 of P1, P5, and P2 respectively. The results of the present research showed that the position and type of the substituent on the synthesized rings of the tested products seemed to be critical for their antileishmanial activity.

تقييم اختبار البروكالســيتونين في التشخيص المبكر لتسمم الدم الجرثومي في الاطفال حديثي الولادة في مستشفى تــكريــت التعليــمي == Evaluation of Procalcitonin Test for Early Diagnosis of Neonatal Sepsis in Tikrit - Teaching Hospital

Author name: سـهى ماهــر عبـد الرشـــــيد

Supervisor name: وعد محمود رؤوف | موسى جاسم محمد

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: Tikrit University - College Of Science

Language: English

University location: Salahaddin

First pages:

Abstract: ان تشخيص الخمج ضمن فئة حديثي الولادة يعتبر بحد ذاته تحد , نظرا لكون الاختبارات التقليدية غالبا ما تؤدي الى التضليل بدل التشخيص . صممت هذه الدراسة لاجل البت بامكانية استخدام اختبار مستوى البروكالسيتونين كمعلم للتشخيص المبكر للحالات المشكوك باصابتها بتسمم الدم الجرثومي في حديثي الولادة بالمقارنه مع زرع الدم, C - reactive protein , عدم خلايا الدم البيض الكلي والتفريقي. تم جمع العينات التي اشتملت على كلا الجنسين خلال الفترة الزمنيه من شهر اب سنة 2008 ولغاية شهر اذار سنة 2009 من حديثي الولادة الوافدين الى ردهات الخدج والاطفال في مستشفى تكريت التعليمي والمشخصه سريرا من قبل طبيب الاطفال المختص على اشتباه اصابتهم بالمرض. لقد اشتملت الدراسه على 114 حاله اجري فحص زرع الدم في جميعها بينما اجريت فحوصات الدم ل 102 حاله , تم فحص CRP ل 84 حالة واختبر مستوى البروكالسيتونين في 73 حالة حيث يعزى عدم تساوي العدد الى عدم كفاية الدم لاجراء جميع الاختبارات . اظهرت نتائج زرع الدم ان 53 (46%) من العينات كانت موجبه منها, 32 (60%) ذكور و21 (40%) اناث . عدد حالات زرع الدم السالبة كانت 61 ( 54%) منها , 31 (51%) اناث و30 (49%) ذكور.اظهرت نتيجة التشخيص المختبري بان العزلات البكتيرية الاكثر شيوعيا كانت من جنس البكتريا العنقوديه السالبة لانزيم التجلط ومن Nocardia spp. لانزيم التخثر بنسبة 22% لكليهما تتبعها بكتريا Listeria monocytogenes بنسبة 17% تليها Klebsiella pneumoniae بنسبة 9% و6 % لكل منPseudomonas aeruginosa وStaphylococcus aureus اما باقي الانواع (Citrobacter diversus, Serratia marscesens, Serratia liquifascens, Lactobacillus spp., Peptostreptococcus spp., Micrococcus spp., Streptococcus pyogenes ) فقد كانت غير شائعة واعطت نسب 2% لكل واحد . بينت هذه الدراسة ان حملة تسمم الدم الجرثومي المتاخر سجلت 67% من الحالات بينما الباقي من النسبه ( 33%) كان ل حملة تسمم الدم الجرثومي المبكر .لقد كان عدد حالات التسمم الجرثومي المؤكد بين الذكور اعلى 32 (60 ) منه في الاناث 21 (40%). تبين ان من بين جميع المظاهر السريريه , قلة الرضاعة شكل اعلى نسبة بينما اعراض تبقع الجلد والقباع اعطت اقل نسبة, كما وبينت بان 30% فقط من الاصابات كانت عند الاطفال ذوي الوزن الطبيعي بينما شكل الاطفال الذين يقل وزنهم عن الطبيعي نسبة 70% . اظهرت دراسة عوامل الخطورة في الامهات بان العامل الاكثر شيوعا كان تمزق الغشاء الامنيوني لفترة تزيد عن 18 ساعة يتبعه عامل التهاب المجاري البولية والحمى واختناق داخل الرحم بالتتابع. نسبة الوفيات كانت اعلى في الحمله المتاخره لتسمم الدم كما كانت نسبة الوفيات اعلى عند حديثي الولادة ناقصي الوزن عنه عند ذوي الوزن الطبيعي احصائيا, كان لذوي الوزن الاقل من الطبيعي اهميه من الناحيه الاحصائيه . اظهر اختبار فحص الحساسية ان عزلات البكتريا السالبة لصبغة كرام كانت ذات مقاومه عاليه للمضادات المستخدمة في الدراسة الحالية بينما كل عزلة من عزلات البكتريا الموجبة لصبغة كرام كان لها نمط مقاومه مختلف للمضادات . كما واظهرت الدراسة لعوامل الضراوة بان العزلات البكترية السالبة لصبغة كرام كانت موجبة لاختبار انتاج انزيم اليوريز واختبار انزيم الهيمولايسن واختبار انزيم اللايبيز واللسيثينيز والبروتييزبنسبة 85% , 100% , 100% , 100% و62% على التوالي بينما كانت العزلات الموجبة لصبغة كرام موجبة للاختبارات بنسبة 61% , 100%, 89%, 94% و785 عالتوالي. اظهرت فحوصات الدم الروتينيه والتي كانت ذات قيمه معنويه بان 33% من بين حالات زرع الدم الموجبة كان عدد خلايا الدم البيض فيها منخفض , 19% من الحالات كان عدد الخلايا البيض مرتفع اما باقي النسبة المؤية فقد كان نتيجة فحص عد خلايا ضمن المستوى الطبيعي فيما يتعلق بحالة تواجد الخلايا العدله غير الناضجة في الدم المحيطي فقد بينت الدراسه ان 79% من حالات زرع الدم الموجبة كانت ايضا موجبة من ناحية تواجد الخلايا العدله غير الناضجه فالدم بينما باقي النسبة ضمن حالات زرع الدم الموجب فقد كانت سالبة لتواجد هذا النوع من الخلايا.علما ان الاختلافات الاحصائيه المتعلقه بالخلايا العدله غير الناضجه كانت ذات قيمة معنويه عاليه. بالنسبة لفحص CRP كانت الفروقات الاحصائيه غير ذات قيمه معنويه مابين الحالات الموجبه لزرع الدم عن الحالات السالبه . وفيما يخص نتيجة فحص PCT الذي تم قياسه باستخدام طريقة القياس شبة الكمي الكرماتوغرافيه المناعيه فقط ظهر ان تركيز البروكالسيتونين في المصل لم يكن ذا فرق احصائي معنوي بين المرضى المصابين ببكتريا موجبه لصبغة كرام عن المصابين ببكتريا سالبة لصبغة كرام. اظهرت نتائج دراستنا ان 21% من حالات زرع الدم الموجبه اعطت مستوى بروكالسيتونين اقل من 0.5 نانوغرام لكل مل وباقي النسبة توزعت بين مستويات البروكالسيتونين الباقيه ≥0.5 ≥2 ≥10. بالنسبة لحالات زرع الدم السالبة فقد اظهرت نتيجة قياس مستوى PCT بان نسبة 49% كان ضمن مستوى البروكالسيتونين<0.5 نانوغرام لكل مل بينما 51% كانت ضمن المستويات ≥0.5 ≥2 ≥ 10 نانوغرام لكل مل بمعنى لايمكن استبعاد حصول اصابة جهازيه حتى لو كانت نتيجة الزرع الدم سلبية. كما لم تتوافق نتيجة البروكالسيتونين مع نتيجة فحص الCRP لكل الحالات فقد سجلت اعلى مستويات للبروكالسيتونين بينما كان فحص ال CRP لها سالب , ومن مقارنة نتائج عد الخلايا البيض مع نتيجة البروكالسيتونين التي اجريت لنفس الحالات ظهر بان 68 % من الحالات كانت ضمن معدل عدد الخلايا الطبيعي بالوقت الذي اعطت مستوى عالي للبروكالسيتنوين≤10 نانوغرام لكل مل و18% فقط من الحالات كان عدد الخلايا البيض مرتفع وباقي النسبة اشتملت عل حالات انخفض بها عدد الخلايا البيض عن الطبيعي . من بين كل الحالات الي اجري لها فحص مستوى البروكالسيتونين سجلت 39 حالة بنسبة 53 % ظهرت بها الخلايا البيض العدلة غير الناضجة فالدم المحيطي . عند مقارنة اختبار البروكالسيتونين مع باقي الفحوصات الروتينه المستخدمه بالدراسه اتضح بانه اكثر حساسية في تشخيص تسمم الدم الجرثومي وفقا لذلك , نستنتج بان البروكالسيتونين هو محدد اكثر حساسية من الفحوصات التقليدية( فحص زرع الدم وفحص ال CRP وفحص عد الخلايا البيض) في التشخيص المبكر لتجرثم الدم الناجم عن البكتريا عند الاطفال حديثي الولاده . | The diagnosis of neonatal infection is challenging because traditional markers of infection are often misleading instead of diagnosing. This study was conducted to determine Procalcitonin (PCT) level as an early marker for diagnosis of suspected sepsis in neonates in comparison with C - reactive protein, blood culture, total and differential white blood cell counts. From August, 2008 till March, 2009, samples were taken from neonates (males and females) admitted to the pediatrics - neonatal wards at Tikrit Teaching Hospital who were clinically suspected with sepsis as diagnosed by the physician in the hospital with any features suggestive of sepsis. The study includes a total of 114 cases. Blood cultures were done for all cases. Hematological tests were performed for 102 cases. C - reactive protein (CRP) was determined in 84 cases, while Procalcitonin level was determined in 73 cases. The differences in the number of samples involved in each test were due to the inadequate amount of blood specimens to perform all investigations. The results of blood culture showed that 53 (46%) of samples were positive, of them 32 (60%) were males and 21 (40%) were females. The number of negative cases were 61 (54%), of them 31 (51%) were females and 30 (49%)were males. The results of identification showed that the most frequent bacterial isolates were Coagulase Negative Staphylococci and Nocardia spp. (22% for each), followed by Listeria monocytogenes 17%, Klebsiella pneumoniae, 9% Pseudomonas aeruginosa 6% and Staphylococcus aureus 6%, while (Citrobacter diversus, Serratia marscesens, Serratia liquifascens, Lactobacillus spp., Peptostreptococcus spp., Micrococcus spp., Streptococcus pyogenes) were frequently less isolated recording 2% for each . This study revealed that, late - sepsis was recorded in 67% of cases while the rest (33%) were with early - sepsis and also revealed that. The number of proven sepsis were higher in males 32 (60%) than in females 21 (40%). Among all clinical manifestation, poor feeding had the highest proportion, while mottling and grunting had the smallest proportion. Only 30% of neonates were of normal birth weight, while 70% were low birth weight, very low birth weight and, extremely low birth weight respectively. Study of maternal risk factors revealed that the most frequent factor was the Prolonged Rupture of membrane followed by maternally UTI, fever and intrapartum asphyxia, respectively. The fatality rate was higher in late - sepsis cases, also it was higher in low birth weight than in normal birth weight neonates, statistically VLBW had the highest value. The antibiotics susceptibility test revealed that Gram negative isolates showed high resistance to antibiotics used in the present study. Each isolate of the Gram positive bacteria showed different pattern of resistance against the antibiotics used. Results of virulence factor showed that 85%, 100%, 100% , 100% and 62% of Gram negative isolates and 61%, 100% , 89%, 94% and 78% of Gram positive isolated produced Urease , Hemolysin, Lipase, Lecithinase and alkaline protease, respectively. Results of routine hematological tests at which the differences were statistically significant showed that 33% of culture positive cases had leucopenia, 19% of cases had leukocytosis, while the rest were in the category of normal range. Concerning the shift to left, results showed that (79%) of culture positive cases were recorded as positive and the rest were negative shift to left neutrophil the differences concerning with the shift left were statistically highly significant. For CRP, the differences were not significant among culture positive and culture neative cases. With reference to PCT test which had been measured using the immunochromatographic semi - quantitative method, that serum procalcitonin concentrations were not significantly different between the patients with Gram - positive and those with Gram negative infections. Results of our study showed that 21% of culture positive cases were <0.5 ng/ml (which were regarded as negative), while the rest which were with high level of PCT were distributed among levels of PCT≥0.5 ≥2 ≥10 ng/ml. As for culture negative cases, 49% of PCT were <0.5 ng/ml, while 51% of cases were in levels of ≥0.5 ≥2 ≥10 ng/ml which means that systemic infections cannot be excluded though they were culture negative. In addition PCT results did not fit with CRP all the time since some cases recorded higher level of PCT ≥10 ng/ml despite they were negative for CRP. The comparison between results of PCT and WBC for the same performed cases showed that 68% of cases were in the category of normal WBC range, meanwhile they had high level of PCT. Only 18% were in the category of leukocytosis, and the rest of percentage were in the category of leucopenia. Among all cases performed for PCT, 39 (53%) cases had left shift neutrophil in the peripheral blood when the differential counts were performed. when PCT was compared with other routinely measured parameters used in this study, It seemed to be significantly more sensitive in sepsis diagnosis. Accordingly, we can conclude that PCT is a more sensitive marker than other traditional tests (blood culture, CRP and WBC count) that could be used in early diagnosis of bacterial sepsis in neonates.

التاثيرات المرضية للذيفان الخلوي المستخلص من بكتريا Campylobacter jejuni المعزولة محليا == Pathological Effects of the Cytotoxin Extracted from a Locally Isolated Campylobacter jejuni

Author name: سيناء محمد علي السباهي

Supervisor name: ضحى سعد صالح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: This study was done to investigate the presence of Campylobacter jejuni in bloody diarrheal stool collected from hospitalized children with gastroenteritis. Campylobacter was isolated from only 4 specimens of a total number of 186; upon identification three isolates were identified as C. jejuni while the fourth isolate was found to be C. coli.Isolation of campylobacters was done using a locally prepared modified, blood - free, charcoal selective medium. It was the first time in which such medium was used for cultivating Campylobacter locally. The efficacy of this medium was very clear in comparison with the ordinarily used blood containing medium for inhibiting almost all fecal flora.Biochemical and physiological tests were used to identify and differentiate C. jejuni from the other Campylobacter species. The antibiotic sensitivity test showed that all isolates were sensitive to erythromycin, chloramphenicol, amikacin and ciprofloxacin, while resistance was found for cephalothin, ceftriaxone cefotaxime, ampicillin and trimethoprim.Tissue culture technique was used to determine C. jejuni of high cytotoxin productivity using continuous cell lines (HeLa and Vero cell lines); this isolate was used for further investigations in the study.In this study, the cytotoxin of the highest cytotoxin producing C. jejuni isolate was extracted locally for the first time and purified, using gel filtration chromatography with Sephadex G100.The purified cytotoxin revealed a single band which was observed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) under the denaturing conditions. The molecular weight of the purified cytotoxin was approximately equal to 43 KDa as determined by PAGE.Using newly hatched chicks (as an animal model),the ID50 value was 3.71x10 4 cfu /ml. The ID50 decreased from 3.71x10 4 to 1.66 x 10 3 cfu/ml when 50 μg of cytotoxin was mixed with the bacterial suspension, this result reflects the role of cytotoxin on the pathogenesis of C. jejuni infection.In the present study, oral inoculation of newly hatched chicks with the C. jejuni isolate resulted in clinical and histopathological damages leading to bloody diarrhea similar to that observed in humans infected with C. jejuni.The post - mortal examination of chicks' viscera showed an accumulation of fluid in chick intestines which were distended with watery fluid; also there was obvious hepatomegaly with yellow spots, and swelling of the gall bladder. The associated infection with the C. jejuni cells and their cytotoxin induced more progressive tissue damage represented by a more severe intestinal distension and congestion.The histopathological examination of the small and large intestine of chicks infected with Campylobacter cells, showed mucosal sloughing, congestion of blood vessels, infiltration of inflammatory cells in the mucosal and submucosal layers, and accumulation of edematous fluid in the mucosal layer. The examination of chicks infected with Campylobacter cells and the cytotoxin revealed the presence of the same lesion, but more severely with the presence of hemorrhage in the lumen. These results could be important evidence of the role of cytotoxin as a virulence factor on the pathogenicity of C. jejuni

تنشيط النطف خارج الجسم باستخدام الاوكسيتوسين في مرضى العقم == In Vitro Sperm Activation by Oxytocin in the Infertile Patients

Author name: مكارم قاسم داود اللامي

Supervisor name: عدنان صالح الجنابي | فريال عبد المناف المهداوي

General topic: Biology

Specific topic: Zoology - Physiology

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: اجريت الدراسة على ١٨۰ مريضا يعانون من وهن النطف اثناء مراجعتهم لمعهد ابحاث الاجنة وعلاج العقم / جامعة النهرين. كان الهدف الرئيس لهذه الدراسة هو استقصاء تاثير اضافة الاوكسيتوسين الى السائل المنوي للمرضى لغرض التحقق من تحسين خصائص الحركة العائدة الى النطف، وكان التركيز على هذا الهرمون بوصفه مادة طبيعية ينتجها الجسم وله وظائف معروفة غير التي هدفت اليها هذه الدراسة. اما الهدف الثانوي فهو دراسة علاقة الترابط بين قيم بعض المعايير الكيمياحياتية للمني ومستوى الهرمونات التكاثرية للمصل من جهة واختبارات وظيفة النطف من جهة اخرى.تم تحليل السائل المنوي للمرضى قبل تنشيط النطف، ومن ثم تم تقسيم المرضى الى ثلاث مجاميع رئيسة متساوية. جمعت عينات الدم من مرضى المجموعة الاخيرة لغرض تعيين مستوى الهرمونات التكاثرية الاربعة في المصل وهى : التيستوستيرون، البرولاكتين، الهرمون اللوتيني، والهرمون المحفز للجريب. كذلك تم قياس مستوى بعض المعايير الكيمياحياتية للسائل المنوي لمرضى هذه المجموعة والتي تضمنت : البروتين الكلي، الكوليستيرول، الكالسيوم، انزيم الكرياتين كاينيز، والفركتوز.استخدمت طريقتان لتنشيط النطف خارج الجسم in vitro وهما : الطريقة المباشرة (باستخدام مزيج الاوكسيتوسين ووسط تحضير النطف) والطريقة غير المباشرة (باستخدام التقنية الطباقية البسيطة) وبتطبيق ثلاثة تراكيز من الاوكسيتوسين وهي : ۲،٤، و٦ وحدة دولية/مل لاختيار التركيز الاكثر تاثيرا على اختبارات وظيفة النطف. اظهرت نتائج الطريقة غير المباشرة حدوث تحسن معنوي ملحوظ (P<0.001) في النسبة المئوية للنطف المتحركة ودرجة نشاط النطف عند التركيز۲ وحدة دولية/مل مقارنة مع عينات السيطرة. وقد كان هناك ميلا الى تناقص درجة نشاط النطف مع زيادة تركيز الاوكسيتوسين. اما نتائج الطريقة المباشرة فقد اظهرت حدوث زيادة معنوية (P<0.05) في درجة نشاط النطف وقد كان هناك ايضا ميلا الى تناقص معيار الحركة هذا مع زيادة تركيز الاوكسيتوسين. بناء على هذه النتائج، تم استعمال التركيز۲ وحدة دولية/مل للاوكسيتوسين مع تطبيق الطريقتين المباشرة وغير المباشرة وذلك في حالتين هما وجود وسط تحضير النطف وعدم وجوده. اظهرت حصيلة الطريقة غير المباشرة لتنشيط النطف وعند وجود وسط تحضير النطف زيادة معنوية ملحوظة (P<0.001) في خصائص الحركة (النسبة المئوية للنطف المتحركة ودرجة نشاط النطف) في كلا المجموعتين (المعاملة بالاوكسيتوسين ومجموعة السيطرة) مقارنة مع قيم ما قبل التنشيط. اما مقارنة المجموعتين معا فقد اظهرت بان افضل تحسن معنوي ملحوظ ((P<0.001 في خصائص الحركة كان في المجموعة المعاملة. عند غياب وسط تحضير النطف كان هنالك تحسنا معنويا (P<0.05) في خصائص الحركة في المجموعة المعاملة فقط مقارنة مع قيم ما قبل التنشيط . عند تطبيق الطريقة المباشرة كانت النتائج مماثلة لما حدث عند تطبيق الطريقة غير المباشرة في حالة وجود وسط تحضير النطف. اما عند غياب وسط تحضير النطف لم يحدث اي تغيير معنوي (P>0.05) في تلك المعايير بعد فترة الحضانة. واظهرت النتائج ايضا بان هناك استجابات محفزة بالاوكسيتوسين (رغم انها غير معنوية) في تلك المعايير مقارنة مع مجموعة السيطرة. تشير جميع هذه النتائج الى التاثير المحفز للاوكسيتوسين عند التركيز۲ وحدة دولية/مل على خصائص حركة النطف، كذلك فان استعمال وسط تحضير النطف ادى الى دعم ذلك التاثير.تم تقييم علاقة الترابط بين المعايير الكيمياحياتية لبلازما المني ومعايير المني، وقد اشارت النتائج الى وجود ترابط موجب وبشكل معنوي (r = +0.29, P<0.05) بين مستوى الكوليستيرول وتركيز النطف، وبين مستوى الكالسيوم وكل من النسبة المئوية للنطف المتحركة (r = +0.27, P<0.05) ودرجة نشاط النطف(r = +0.37, P<0.05) . بينما كان هناك ترابط سالب وبشكل معنوي بين مستوى الفركتوز من جهة وكل من تركيز النطف - 0.41, P<0.001) (r =، النسبة المئوية للنطف المتحركة (r = - 0.28, P<0.05) ، ودرجة نشاط النطف (r = - 0.32, P<0.05) من جهة اخرى.عند مقارنة مستوى هذه المعايير الكيمياحياتية بين المجموعة المعاملة بالاوكسيتوسين ومجموعة السيطرة، كان واضحا بان الاوكسيتوسين ربما يكون سببا في فقدان الكوليستيرول من الغشاء البلازمي للنطف وبالتالي زيادة مستواه وبشكل معنوي ملحوظ ((P<0.001 في الوسط الخارجي. كذلك فان الاوكسيتوسين ربما ادى الى تحوير نقل الكالسيوم عبر الغشاء البلازمي وبالنتيجة زيادة تركيز الكالسيوم داخل الخلية وانخفاض مستواه وبشكل معنوي ملحوظ ((P<0.001 في الوسط الخارجي. بالاضافة الى الانخفاض المعنوي الملحوظ ((P<0.001 في مستوى الفركتوز في الوسط الخارجي والذي يشير الى استخدامه المتزايد من قبل النطف بسبب تنشيط الحركة.اظهرت نتائج فحوصات الهرمونات التكاثرية ارتفاعا معنويا ملحوظا ((P<0.001 في مستوىالبرولاكتين وانخفاضا معنويا (P<0.05)في مستوى الهرمون اللوتيني في الحالات المدروسة عند المقارنة مع القيم الطبيعية. وجدت علاقة ترابط سالبة وبشكل معنوي (r = - 0.29, P<0.05) بين مستوى برولاكتين المصل وتركيز النطف، وقد وجدت علاقة مشابهة ايضا (r = - 0.28, P<0.05) بين مستوى الهرمون المحفز للجريب في المصل وتركيز النطف.

تقييم لقاح الحصبة لدى الاطفال والبالغين باستخدام طرق مصلية مختلفة == Evaluation of Measles Vaccine in Children and Adults Using Various Serological Methods

Author name: كريم مؤمن ليلو الساعدي

Supervisor name: ضحى سعد صالح | فيصل غازي الحمداني

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Viruses

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: بالرغم من نسبه التغطيه (العاليه ) من التلقيح في العراق الا ان وباء الحصبه مستمر في الحدوث وازدياد نسبة المعرضين للاصابه بمرورالزمن الى مستوى ينتشر فيه المرض بسهوله. ان السيطره على هذا مرض في بلدنا عمليه صعبه لسهولة انتقال الفيروس بين الملامسين بالاضافه الى عدم تطور البنيه التحتيه لانجاز عملية التلقيح ومراقبة الاصابات للحد من انتشار المرض . شمل البحث دراسة الاستجابه المناعيه ضد فايروس الحصبه لنمادج من المصل لاشخاص عراقيين من بغداد ولاطفال من زامبيا مدينة لوساكا .فيما يخص نماذج العراقيين تم اخذ 165 نموذج دم لاطفال وبالغين بواقع 95 ملقحين و70 مصابين من بينهم 34 مصاب بالحصبه على الرغم من التلقيح ضد المرض باعمار تتراوح بين ( 8 شهر - 30 سنه) وللمده ( من شباط / 2007 الى حزيران / 2007 ) , قسمت النماذج الى ستة مجاميع اعتمادا على المدى العمري . شخصت الاصابات التي وقعت عام 2007 سريريا في المراكز الصحيه ومن ثم تاكيدها مختبريا في مختبر الصحه العامه المركزي في بغداد , تم تقييم الاستجابه المناعيه المتخصصه ضد فايروس الحصبه باستخدام ثلاثة طرق مصليه مختلفه وهي : التعادل المصلي الدقيق وقياس الكلوبيولين المناعي صنف G وطريقة تثبيط التلازن الدموي اجريت هذه التجارب في مختبر تقييم اللقاحات الفايروسيه والزراعه النسيجبه في المركز الوطني للرقابه والبحوث الدوائيه . اظهرت نتائج طريقة التعادل المصلي ان جميع المشاركين بالدراسه يمتلكون الاجسام المضاده ( وهم الذين يمتلكون عياريه مساويه او اعلى من ( 128 ) المتخصصه ضد فيروس الحصبه ولكن بمستويات مختلفه , حيث كان مستوى الحمايه المصليه بنسبة 79% للملقحين و94,2% للمصابين وهذا يؤكد على بقاء الاجسام المضادة هذه لفتره طويله بعد حصول الاصابه والتلقيح . وكان معدل الانتشار المصلي لمختلف اعمار الملقحين : 923± 258 , 714± 336 , 705 ± 384 , 268 ± 289 , 278 ± 214 للاعمار (6 - 10 ),(11 - 15) , (16 - 20) ,(21 - 25) , (26 - 30) سنه بالتعاقب , اذ تبين عدم وجود مؤشر احصائي معنوي (P>0.05)عند المقارنه بين الملقحين بالعمر(6 - 10 ) سنه مع المصابين حديثا باعمار اقل من 6 سنوات, اما الملقحين بعمر (11 - 15) سنه قد اظهر وجود مؤشر احصائي مختلف (P<0.01) عند المقارنه بين الملقحين بالعمر(6 - 10 ) سنه , اما الفئات العمريه (16 - 20) , (26 - 30) سنه من الملقحين فقد اظهرت مؤشرات احصائيه مختلفه (P<0.01)بالمقارنه مع نفس الفئات العمريه من المصابين ولم تظهر الفئه العمريه (21 - 25) سنه من الملقحين مؤشر احصائي مختلف مع المقارنه لنفس الفئه من المصابين . اظهرت النتائج نسبه 97 - 100% للحمايه المصليه لفئة الملقحين في المدى العمري (6 - 10) سنه بعد ذلك تبدا بالانخفاض بتقدم العمر , وكانت نسبة الحمايه المصليه 95 - 100% للمصابين بالمرض من مختلف الفئات العمريه المشاركه في الدراسه . اجريت دراسه ايضا بقياس الحمايه المصليه بالاعتماد على عدد جرع اللقاح المعطاة باستخدام طريقة التعادل المصلي وكانت النتائج (1 : 838 ± 403) , ( (1 : 938± 244) للاشخاص الذين اعطوا 5 و6 جرع على التوالي واظهرت اختلاف احصائي(P<0.01) عن الذين اعطو (1 - 2)جرعه من لقاح الحصبه .تمت دراسة فترة بقاء الاجسام المضادة المتخصصة ضد فايروس الحصبه للملقحين والمصابين اذ وجدت بنسبة عاليه قبل مرور فترة 3 سنوات من اعطاء اخر جرعه من اللقاح حيث اظهرت مؤشر احصائي مختلف من الذين امضوا اكثر من 3 سنوات باستلامهم اخر جرعه , بينما لا توجد مؤشرات احصائيه مختلفه من اعطاء اخر جرعه لفترة (3 - 10)سنه واكثر من 10 سنوات , وهذا يعطي دليل بانخفاض مستوى الاجسام المضاده مع مرور الوقت سواء بعد التلقيح او الاصابه الطبيعيه . اظهرت نتائج قياس IgG بطريقة ELISA ان الحمايه المصليه تمثل 89% ضد الاصابه بفايروس الحصبه وتمثل نسبة 7.7% حمايه مصليه غير ثابته ونسبة 3.3% دون حمايه مصليه .وكانت اعلى نسبه من الحمايه المصليو 94,7% في الاعمار الصغيره (6 - 10) سنه من المشاركين في البحث واقل نسبه من الحمايه المصلية 75% للاعمار الكبيره (25 - 30) سنه . وبصوره عامه فان معدل عيارية الاجسام المضاده المتخصصه ضد فايروس الحصبه صنف IgG هي 2080 ±1837 لجميع الملقحين قيد الدراسة وبدون اختلاف احصائي معنوي بالمقارنه مع المصابين والتي كانت 1949 ±1838 , وان التلقيح بالجرعات التعزيزيه الاضافيه للفئات العمريه المناسبة تلعب دور كبير في تمنيع المجتمع للحد من حدوث الاوبئه وانتشارها . اما باستخدام طريقة تثبيط التلازن الدموي وجد 60 مشاركا من اعمار مختلفه يمتلك اجسام مضاده متخصصه مثبطه للتلازن الدموي , وعند الاخذ بنظر الاعتبارعيارية 1/8 كمؤشر للتعرض للاصابه وجد الانتشار المصلي المثبط للتلازن الدموي 53,6 % , 73,6% للملقحين والمصابين بالتتابع , كما وجد انخفاض واضح لمستوى هذه الاجسام المضاده بتقدم العمر , وكما كانت النتائج التي حصل عليها هذا البحث باستخدام تقنية التعادل والاليزا يمكن الاستنتاج ايضا ان مقدارتركيز الانتشار المصلي المثبط للتلازن الدموي ذو علاقه مباشره وطرديه مع نسبة الحمايه المصليه ضد النوع البري للاعمار ما بين (6 - 15) سنه , وكانت نتائج معظم افراد الفئه العمريه (16 - 30) سنه ذو نسبه واطئه من الحمايه المصليه وهذه النتائج ربما تعود ان المشاركين في الدراسه للفئه العمريه الكبيره كانت ولادتهم قبل الشروع ببرنامج التلقيح الموسع اوكونهم عاشو خلال فترة كانت فيها نسبه واطئه من التغطيه في التلقيح مما يؤدي الى انخفاض ونقص في الانتشار المصلي . اما نتائج دراسة المقارنه باستخدام الطرق المناعيه الثلاث في قياس الاستجابه المناعيه ضد الحصبه وجد هناك علاقه جبده ومباشره بين طريقتي التعادل وتثبيط التلازن الدموي ( r =0.87 , P<0.01 كما بينت النتائج ان طريقة تثبيط التلازن الدموي اقل حساسيه من طريقة التعادل , اما المقارنه مع طريقة قياس الكلوبيولين المناعي صنف الكلوبيولين المناعي IgGتعتبرمقياس دقيق وذات علاقه جيده ومباشره مع طريقة التعادل (r = 93 , P< 0.05) واخيرا يمكن الاستنتاج ان طرق التعادل هي الطريقه المثلى في قياس الاجسام المضاده ضد فايروس الحصبه وتعتبر الطريقه المناسبه لقياس مستوى الحمايه ضد المرض . اما بخصوص نماذخ المصول العائده للاطفال من زامبيا , شملت الدراسه (50) نموذجا , يعضها كان قبل التلقيح والبعض الاخر بعد (1 - 3 اشهر ) من تلقيح الاطفال بلقاح الحصبه المنفرد بعمر 9 اشهر , تم قياس الاجسام المضادة المتخصصه ضد فايروس الحصبه بتقنية التعادل المصلي في الاكار وباستخدام النوع البري لفايروس الحصبه المعزول من حالات مصابه بالحصبه واجري الاختبار باصابة خلايا كلية القرد الاخضر الحامله للمستلم CD150 واجري الاختبار بالتزامن مع المصل القياسي العالمي لغرض المقارنه ولغرض تحويل العياريه للنتائج الى الوحدات العالميه , تم اجراء الاختبارات في مختبر الاستاذه كرفن في جامعة جون هوبكنز الامريكيه.اما نتائج هذه الاخيبارات فقد كان قياس الاجسام المضاده للاطفال الزامبيين بعمر 9 اشهر قبل اخذ اللقاح 0.079 وحده عالميه وبنفس الوقت هي تمثل ما تبقى من الاجسام المضاده المكتسبه وهي اقل من مسوى الحمايه ضد المرض التي هي 0.120 وحده عالميه عند استخدام تقنية التعادل المصلي في الاكار , اما بعد الفتراة الزمنيه شهر واحد وثلاثة اشهر من التطعيم كان قياس الاجسام المضاده 0.606 , 0.493 وحده عالميه وبمؤشر احصائي P< 0.05 ,P<0.01 , على التوالي بالمقارنه بنتائج قبل التطعيم وهو اعلى من مستوى الحمايه ضد المرض , بينما كان قياس الاجسام المضاده بعد الاصابه الطبيعيه للاطفال بعمر 76 شهر 3.303 وبمؤشر احصائي P<0.005 وحده عالميه وهذه النتيجه تؤكد النتائج السابقه بان الاستجابه المناعيه بعد الاصابه الطبيعيه اعلى من نسبتها بعد التطعيم .وهذه النتائج تتفق مع نتائج الاستجابه المناعيه للاطفال العراقيين دون سن 6 سنواة فيما يخص مستوى الحمايه ضد المرض . | In this study, the potency of the live measles vaccine ( Rouvax / Sanofi pasture production) has been determined by an in vitro microtitration assay ,the results were considered comply and meet with the WHO requirement .The estimation of the prevalence measles antibody among serum samples from Iraqi and Zambian population after measles vaccination and natural infection. Regarding the Iraqi blood samples were collected from Iraqi children and adults with documentation of vaccinated or exposure to natural infection with an average age of (8 months - 30 years) .Samples were divided into six groups based on the age of participants .The individuals were infected during 2007 outbreak identified in the health center of their area and confirmed serologically in Center Public Health Laboratory (CPHL) in Baghdad; Serological assays were performed at the National Center for Drug control and Research ( NCDCR) to detect measles antibody . All 156 participants had detectable neutralizing antibodies, while the prevalence of protective level of neutralizing antibody titer (≥ 1 : 128), was found in 79% of vaccinated group and 94.2 % for participants with a history of measles cases suggesting that the rate of antibody persist longer when expressed exposure to circulating wild virus. When groups distribution of the Geometric Mean Titer (GMT) values was determined according to the age groups, revealed that the measles neutralizing antibody titers after vaccination were 923± 44.2 , 714 ± 68.7 , 705 ± 99.2 , 268 ± 91.4 and 278 ± 87.7 for groups 6 - 10 ,11 - 15 ,16 - 20, 21 - 25 and 26 - 30 years respectively . There was no significant statistical difference (p>0.05) for age group 6 - 10 when comparing with infected children (<6 years), 11 - 15 years group showed statistical significancet when compared with infected children (>6 years) ( P < 0.01) , 16 - 20 and 26 - 30 of vaccinated groups also showed to be statistically significant when comparing with similar age of infected individuals (P< 0.01 ) ; But there is no statistical significance for age groups 21 - 25 years when comparing with similar age of infected individuals ,(p> 0.05) The percentage of neutralizing protective level was 97 - 100% for (>6 - 10) years of vaccinated group and then decreased with increasing ages, while persistent (95 - 100%) for the different age groups infected with measles. Neutralizing antibody titers after five and six vaccine doses was a (1 : 838 (SEM) 100) and (1 : 938 (SEM) 93) respectively this is showing statistically significance when compared with individuals previously had received one and two doses (p < 0.001 and p < 0.01) respectively . In the study of persistence of neutralizing antibody after vaccination and natural infection the prevalence of measles antibody was very high before 3 years of the last dose and show significant differences when compared with group of individuals who had received the last dose after more than 3 years ( P<0.05) and there was no significant statistical differences between groups with the period 3 - 10 and >10 years after the last dose. therfore, no evidence was found of neutralizing antibody against measles which decreased to nonprotective levels from neutralizing result after both vaccination and natural infection. In the second assay, sera were tested for measles specific IgG by ELISA result showed that 89% of all individuals who participated in the research were seropositive against measles, 7.7% equivocal and 3.3% had shown seronegative. The highest seroposivity was ( 94.7% ) among individuals with the lowest age group (6 - 10 years), and the lowest seroposivity (75 %) was among the oldest age group (26 - 30 years). In general all individuals participated in this study have shown IgG level 2080± 197.5 mIU/ml of the vaccinated groups. when compared with participants previously exposed to measles natural infection that was found (1949 ± 262.5mIU/ml) with no statistically significant . When individuals grouped according to the increased age , a marked decline in IgG levels were observed, resulting in different levels of protection against measles and suggested that supplementary vaccination might play a role in vaccinating population before measles outbreaks . In the third assay the prevalence of measles antibody by hemagglutination inhibition has been found that 60 participants of different age groups have detectable hemagglutination inhibition antibody titer using the titer(<1 : 8) as indicator of susceptibility .It was found that 53.6% and 73.6% of hemagglutination inhibition seroprevalence among vaccinated and those with previous to natural infection respectively . Hence again a marked decline in hemagglutination inhibition antibody titers was observed with the increasing age of participants in this study. Regarding neutralizing and IgG - ELISA antibody, the results of hemagglutination inhibition suggest that the seroconvesion after vaccination correlated with the protective levels against wild type among age group (6 - 15) years and most of the participants with (16 - 30) years age group have a low percentage of hemagglutination inhibition antibody titers, and these results may be due to the fact that individuals were born before the implementation of routine immunization against measles in 1985 and lived in the time of low vaccination coverage resulting in waning of antibody or lack of initial seroconversion. In comparison of different methods that have been used in this study to evaluate specific measles immune response, it was found that a good correlation between hemagglutination inhibition and neutralization test ( r=0.87 , P<0.01).With measles virus , hemagglutination inhibition was considered less sensitive than neutralization test . Also was found a good correlation between IgG - ELISA and neutralization assays ( r=0.93 , P<0.05). It has been concluded that the neutralization assay is considered the gold standard in measuring antibodies properly and most important in clinical protection. About the Zambian children were used in order to know the level of immunity required for measles elimination after administration with different measles virus vaccine strain .Fivity serum samples were available from Zambia children in prevaccination , 1 - 3 months after vaccination at 9 months of age ,and infected children with ages (76 ± 65 months ) . A modified plaque reduction neutralization assay was conducted to measure measles antibodies ,using wild type of Measles virus strain to infect veroSLAM cells , Plasma samples were tested in parallel with the International World Health Organization (WHO) Serum Standard and results were transformed into mIU/ml .The tests were conducted in Prof. Griffin lab. of the molecular microbiology and immunology department in John Hopkins School of public health. In the present study,Zambia infants vaccinated at 9 months of age have had passive antibody (79 mIU/ml) lower than the protective level (≥ 120 mIU/ml) and the presence of passive antibody at the time of vaccination continued to have high titers of antibody after one month ( 493 mIU/ml ) (P> 0.01) and three months (606 mIU/ml ) ( P<0.05) of measles vaccination above the protective level against measles infection ,while the antibody levels have reached to (3303 mIU/ml) ( P > 0.005) in children with natural infection, these results showed in agreement with the results of Iraqi children under 6 years of ages regarding the level of protection against the disease .

عزل وتشخيص البكتريا العصوية (Bacillus) المنتجة لانزيمات التحلل المائي (الحلمهه) (Hydrolases) المتحملة للحرارة == Isolation and identification of Bacillus producing thermotolerant hydrolases

Author name: عدنان حنون عباس

Supervisor name: رشيد محجوب مصلح

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Bacteria

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم الحصول على 97 عزلة من البكتريا العصوية ( Bacillus ) من جمع 200 عينة تربة ومياه في الفترة مابين تموز/تشرين اول 2008 من مواقع مختلفة من العراق بعد التشخيص الاولي ( صبغة كرام, تكوين السبورات, انتاج الكاتاليز ) وتلقيح العينات على وسط ال Thermus agar وتنميتها على درجة 50°C لفترة 24 ساعة. اظهــــرت نتائج الاخــــــتبارات الكيمــوحيــــويـــــة ان 56 عزلة تربـــــــة صنفت على انها B. laterosporus 35.71% , B. circulans 16.07% , B. stearoyhermophilus 14.28%, B. polymyxa 12.5% , B. macroides 7.14%, B. mycoides 7.14% , B. lentus 3.57% , B. popilliae 1.78% , B. chitinosporus 1.78 , بينـــما صنفت 41 عـــــــــزلة مياه عــــلى انها B. laterosporus 26.82% , B. circulans 26.82% , B. stearothermophilus 4.87% , B. polymyxa 4.87% , B. macroides 9.75% , B. mycoides 2.43% , B. lentus 7.31% , B. popilliae 4.87% , B. filicolonicus 4.87% , B. brevis 2.43% , B. larvae 2.43% , B. pumilus 2.43% . اظهرت عزلات ال ( Bacillus ) المعزولة من التربة والمياه ايجابيتها في انتاج الانزيمات المتحملة للحرارة بعد اختبارها على وسـط الاكار الصـلب, كالبروتييــز ( 73.17% ) ( 89.28% ) , الاميـــــــــليز ( 51.21% ) ( 55.35% ) , اللايبيــــــــــــز ( 95.12% ) ( 91.07% ) , السيليليز( 60.97% ) ( 85.71% ) , والكايتينيز( 92.68% ) ( 85.71% ) , على التوالي, في فترات حضانـــة مختلفة ودرجة حرارة 50°C . من جهة اخرى, قيست قابلية عزلات ال ( Bacillus ) والبالغة نسبتها ( 41.23% ) على انتاج انزيمات التحلل المائي كالبروتييـــز والاميليــز واللايبيـــز والسيليليـــز والكايتينيــز, باجمعها, حيث اظهرت النتائج بان سلالات ال B. polymyxa كانت الافضل في انتاج البروتييز والاميليــز والسيليليــز, بينما سلالات ال B. lentus كانت الافضل في انتاج الكايتينيـــز, اما اللايبيـــزفقد تم انتاجــــــــه من قبل سلالات ال B. circulans , B. stearothermophilus , B. polymyxa , B. mycoides وB. lentus , على اوساط زرعية وفترات حضانة مختلفة ودرجة حرارة 50°C. هذا وقد حددت الظروف المثلى لانتاج الاميليز من العزلة B. polymyxa AS 4/5 واظهرت النتائج ان الوسط الامثل للانتاج والمحضر مختبريا متكون من 2% نشا, 1% تربتون, 0.05% كبريتات المغنيسيوم, 0.05% كلوريد الصوديوم و0.02% كلوريد الكالسيوم , برقم هيدروجيني 7, وبدرجة حرارة 50°C لفترة 48 ساعة. تم استخلاص الاميليــز من الوسط الزرعي وتركيزه بواسطة السكروز, وقد اظهرت النتائج الحصول على الاميليز بفاعلية نوعية 2.36U/mg protein, في المــرحلة الاولى تمت تنقية الاميليز بطريقة كروماتوغرافيا الوجبة Batch Chromatography واعقبت هذه المرحلة استخدام عمود التبادل الايوني Ion exchange chromatography باستخدام المبادل DEAE - Cellulose column . وقد اظهرت النتائج الحصـــول على الاميلــــيز بفاعلية نوعية 6.76U/mg protein وبعدد مرات تنقية بلغ 2.86 وبحصيلة نهائية 18.65% . تمت ايضا دراسة توصيف الانزيم, واظهرت النتائج بان الفعالية الانزيمية تزداد بزيادة درجة الحرارة الى 90°C بينما اظهر الاميليزثباتييتـــه في درجات الحرارة 40°C, 50°C, 60°C , في حضانة لمدة 30 دقيقـــة, اما الفاعلية المثلى للانزيم بالرقم الهيدروجيني pH 5, اما ثباتية الانزيم فتكون في الارقام الهيدروجينية مابينpH 4 - 10 في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة, وبفاعلية متبقيــة قصوى 78.57% في .pH 5 اما النتائج المتعلقة بتاثير الايونات الفلزية على الانزيم, تبين ان لكلوريد الزئبق تاثير عالي على الانزيم بفاعلية متبقية 46.47% و40.84% بتركيز 5mM و10mM , على التوالي, اما كلوريد المنغنيز له تاثير قليل على الانزيم بفاعلية متبقية 79.81% و81.69% بتركيز 5mM و10mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقة. تعمل المواد الكلابية مثل EDTA والمواد المختزلة mercaptoethanol على تثبيط الفاعلية الانزيمية, حيث تؤثر المواد الكلابية ( EDTA ) على الانزيم بفاعلية متبقية 57.74% و52.58% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, اما المــــواد المختزلـــــــــة ( mercaptoethanol ) يكون تاثيرها بفاعلية متبقية 51.17% و40.37% بتركيز 2mM و5mM, على التوالي, في درجة 50°C لفترة 30 دقيقـــــــــة. | Ninety - seven isolates of Bacillus were obtained from 200 soil and water samples, collected between July to October / 2008, from different local sites of Iraq, by primary identification ( gram stain, endospore - forming and catalase production ) after incubation at 50°C for 24h on thermus agar. Biochemical test showed that fifty - six soil isolates were classified as B. laterosporus 35.71%, B.circulans 16.07%, B.stearothermophilus 14.28%, B.polymyxa 12.5%, B.macroides 7.14%, B.mycoides 7.14%, B.lentus 3.57%, B. popilliae 1.78% and B.chitinosporus 1.78%, whereas forty - one water isolates were classified as B.laterosporus 26.82%, B.circulans 26.82%, B.stearothermophilus 4.87%, B.polymyxa 4.87%, B.macroides 9.75%, B.mycoides 2.43%, B.lentus 7.31%, B. popilliae 4.87%, B.filicolonicus 4.87%, B.larvae 2.43%, B.brevis 2.43% and B. pumilus 2.43%. Thermotolerant enzymes were produced from soil and water Bacillus species as, protease ( 89.28% ) ( 73.17% ), amylase ( 55.35% ) ( 51.21% ), lipase ( 91.07% ) ( 95.12% ), cellulase ( 85.71% ) ( 60.97% ) and chitinase ( 85.71% ) ( 92.68% ) , respectively, after culturing on solid agar media with different incubation period, at 50°C. So, 41.23% of soil and water Bacillus isolates were detected for hydrolases production as ( protease, amylase, lipase, cellulase and chitinase ) together, and showed that B. polymyxa strains were the best bacteria in protease, amylase and cellulase production, whereas B. lentus strains was a good chitinase producer. Lipase was produced by several Bacillus strains as B. circulans, B. stearothermophilus, B. polymyxa, B. mycoides and B. lentus, after culturing on different media and incubation period, at 50°C. Thermotolerant amylase production conditions by B. polymyxa AS 4/5 were studied, the highest amylase production was observed when the bacteriaSummary IIwas cultured in medium containing 2% starch, 1% tryptone, 0.05% MgSO4, 0.05% NaCl and 0.02% CaCl2 with pH 7 and incubated at 50°C for 48h. Amylase was extracted from production medium and concentrated with sucrose, the specific activity of amylase was 2.36U/mg protein. Purification of amylase was performed by ion exchange chromatography Cellux - Carboxymethyl ( batch chromatography ), followed by second step of purification by ion exchange chromatography on DEAE - Cellulose column, the results showed that the specific activity was 6.76U/mg protein with 2.86 purification folds and 18.65% yield. Thermotolerant amylase displayed a wide temperature range of activity at 40 - 90°C with highest activity at 90°C and enzyme was stable at 40 - 60°C for 30min. The optimum pH for amylase activity was pH 5, the enzyme was stable at pH 4 - 10 for 30min at 50°C with maximum remaining activity 78.57% at pH 5. Treatment of thermotolerant amylase with metal ions showed that HgCl2 reduced amylase activity, the remaining activity was 46.47% and 40.84% at concentration 5mM and 10mM of HgCl2, respectively. Whereas MnCl2 had lower effect on amylase activity, the remaining activity was 79.81% and 81.69% at concentration 5mM and 10mM of MnCl2, respectively, after 30min at 50°C. Bacillus polymyxa amylase was treated with 2mM and 5mM of EDTA and mercaptoethanol, the two compounds had inhibitory effect on the enzyme, the remaining activity of EDTA treated enzyme was 57.74% and 52.58% at 2mM and 5mM, respectively, while the remaining activity of enzyme treated with 2mM and 5mM mercaptoethanol was 51.17% and 40.37%, respectively, after 30min at 50°C.

تقييم بعض المؤشرات المناعية لمرض بهجت في عينة من المرضى العراقيين == Evaluation of some Immunological Parameters of Behcet's disease in a sample of Iraqi patients

Author name: دنيا فريد سلوم

Supervisor name: ضحى سعد صالح | جاسم طعمة الخفاجي

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Immunology

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: اجريت الدراسة على 70 مريض عراقي من العرب بواقع 39 مريضا من الاناث و31 مريضا من الذكور خضعوا للصفات التشخيصية العالمية لمرض بهجت وهم من المراجعين لمختبر التطابق النسيجي في المختبرات التعليمية في مدينة بغداد الطبية للفترة من نيسان 2009 - ايار 2010، كان41 مريضا ( 58.6 %) ، منهم مشمولا بالتهاب العين بينما 29 منهم لم يكن لديهم شمول للعين . شملت الدراسة على مجموعة السيطرة والمتكونة من 20 شخص ظاهريا اصحاء ومطابقين لمجموعة المرضى من ناحية العمر والجنس ، وكانت نسبة الذكور الى الاناث 0.8 ومتوسط عمر المرضى (36.3 ± 1.4) سنة ومتوسط عمر حدوث المرض (32 ± 1.3) سنة وفترة المرض (4.7 ± 0.37) سنة وان معدل كتلة الجسم (24.8 ± 0.4 كغم/ملم2) وان اكثر الصفات السريرية تكرارا هي افات فموية وافات جلدية بتكرار 100 % وافات تناسلية 50 %، ، اما اختبار باثرجي فكان سالبا عند كل المرضى (لم يظهر انتفاخ جلدي التهابي ولم يحوي على قيح او يحوي على قيح بعد مرور 24 - 48 ساعة)، وكان متوسط عمر المرضى المشمولين باصابات العين (32 ± 1.6) سنة وفترة حدوثها (2.4 ± 0.32) سنة واحتلت النساء النسبة الاعلى 51.2 % مقارنة بالذكور 48.7 % .تم تقييم مستضدات HLA B51 وHLA B27لمجموعة المرضى والسيطرة ، اضداد الهربس نوع IgG ، اضداد الكلاميديا نوع IgG وIgM ، العامل البروتيني الانتكاسي ، معدل ترسيب كريات الدم الحمر ، انترليوكين 8 ، انترليوكين 10 ، بيتا - 2 - مايكروغلوبيولين ، اضداد المادة النووية ، اضداد سايتوبلازم الخلايا العدلة . اظهرت النتائج وجود زيادة احصائية معنوية للاليل HLA B51 في المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة، وكان HLA B51 (+) في 39 مريض (55.7 %) ، وان 59 % من المرضى الذين يحملون الاليل HLA B51 (+) هم من الذكور، فقد يرتبط وجود هذا الاليل مع زيادة احتمالية حدوث المرض ، وعلى النقيض فان الاليل HLA B27 ينخفض في المرضى مقارنة بالاصحاء اي ليس له دورا في المرض ولم يصل الى حد الفرق المعنوي . كما وجد ان 65.9 % من مرضى مجموعة HLA B51 (+) كان لديهم شمول العين و24.3 % من المرضى حاملين HLA B51 (+) وB27 (+) ، وان الاليل HLA B27 (+) في المرضى ربما يفيد كمرتبة تصنيفية لالتهاب العين في مرضى بهجت .وكانت نسبة الافات الفموية والجلدية في المرضى الذين يحملون HLA B51 55.7 % بينما كانت نسبة الافات التناسلية 45.9 % .اظهرت النتائج وجود اضداد IgG لفيروس HSV - 1 في مصل 24 مريض (34.2 %) كما اظهرت اضداد الكلاميديا الرئوية IgG عند 15 مريض (21.4 %) اما شمول العين لدى المرضى فظهرت متلازمة مع اضداد الجرثومتين بنسبة 41.5 % و29.2 % على التوالي هذا يشير ربما ان للفيروس او البكتيريا دورا في استحثاث المرض . بينت النتائج وجود زيادة احصائية معنوية في تركيز اللبتين وال بيتا 2 مايكروغلوبيولين في المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة الشيء الذي يؤشر الى دوره في الامراضية وعدم وجود فروق معنوية في تركيزهما في مجموعة المرضى المشمولين باصابات العين من الذين لم يكن لديهم شمول بتلك الاصابات من المرضى هذا يشير الى ان اللبتين يلعب دورا في امراضية المرض دورا طفيفا كعامل خطورة عند مجموعة المرضى الذين لديهم شمول العين . كما ان مستضدات التوافق النسيجي B51 لم يكن لها دور مع اللبتين والبيتا 2 مايكروغلوبيولينفي المرضى .ظهرت زيادة معنوية في تركيز IL - 8، IL - 10 في مصل المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة، وان تركيز هذه المؤشرات كان منخفض في مرضى من كان لديهم شمول العين من المرضى الاخرين الذين لم يكن لديهم شمول للعين، ولم يكن لمستضدات التوافق النسيجي B51 على هذه االموشرات. ان هناك علاقة موجبة بين تركيز العامل البروتيني الانتكاسي وتركيز IL - 8 كذلك بين الاخير وتركيز اللبتين. ظهرت زيادة معنوية في تركيز العامل البروتيني الانتكاسي ومعدل ترسيب كريات الدم الحمر في مرضى بهجت وان العامل البروتيني الانتكاسي لم يزداد عند مجموعة مرضى شمول العين بينما لوحظت زيادة معنوية في معدل ترسيب كريات الدم الحمر عند تلك المجموعة .اظهر اختبار التالق المناعي غير المباشر سلبية اضداد الانوية وايجابية اضداد سايتوبلازم الخلايا العدلة النمط P عند 8.5 % من المرضى . | A total of 70 Iraqi Arab patients (39 females, 31 males), who fulfilled the international study group criteria for diagnosis of Behcet's disease (BD) were enrolled in this study. Forty one patients (58.6 %) had ocular involvement, while non - ocular involvement was found in 29 patients (41.4 %). The patients attended the HLA Typing Laboratory in Teaching Laboratories of Baghdad Medical City from April 2009 - May 2010.A control group of twenty subjects were also included, and they were matched patients for gender and age.The ratio of male to female was 0.8. The mean age was 36.3 ± 1.4 years and the mean age at onset was 32 ± 1.3 years. The duration of disease was 4.7 ± 0.37 years with body mass index of 24.8 ± 0.4 Kg / m2, and the high percentage (60 %) of patients was at the age range 31 - 60 years.The overall frequency of clinical manifestation was 100 % for oral lesion, 100 % for skin lesion, 50 % for genital lesion, 58.6 % for ocular lesion and Pathergy test was negative in all patients. The mean age of ocular lesion patients was 32 ± 1.6 years with duration of 2.4 ± 0.32 years. Ocular lesion involvement in females was higher (51.2 %) than males (48.7 %).The patients and control were evaluated for HLA - B51, HLA - B27, Anti herpes simplex virus - 1 (HSV - 1) IgG, Anti Chlamydia pneumoniae IgG and IgM, Leptin, C - reactive protein (CRP), Erythrocyte Sedimentation Rate (ESR), Interleukin - 8 (IL - 8), Interleukin - 10 (IL - 10), β2 Microglobulin (β2M), Antinuclear antibody (ANA) and Antineutrophil cytoplasmic antibody (ANCa).There was a statistically significant increase in HLA B51 in patients as compared with controls (55.7 % vs 10 %), 59 % in of HLA B51 (+) was found in males. This marker might play crucial role in pathogenesis of BD. In contrast HLA B27 was decreased in the patients as compared two controls, it may have no role in the disease but the differences did not reach a significant level. High percentage (65.9 %) of HLA B51 positive was found in ocular BD. (24.3 %) of patients had HLA B27 positive and B 51 positive, double positive B27 and B51 patients may be the benign subgroup of BD uveitis.The percentage of patients with oral lesion and skin lesion positive for HLA B51 were 55.7 %, while it was 45.7 % in patients with genital involvement.Anti Herpes simplex virus - 1 (HSV - 1) IgG was found in 24 patients (34.2%), while anti Chlamydia pneumoniae IgG antibodies were found in 15 patients (21.4%) . Eye involvement was found in association with antimicrobes antibodies (41.5% and 29.2%, respectively). This suggests that these microbes may be the trigger factor of BD.Results indicated statistically significant increase in the concentration of leptin and β2M as compared with control group, but no significant differences in leptin concentration between ocular and non - ocular BD This suggest that leptin plays a role in pathogenesis of disease but it has a slight risk factor in ocular involvement.There was statistically significant increase in the concentration of IL - 8 and IL - 10 in sera of patients as compared with the controls, and these parameters were lower in ocular BD patients than non - ocular BD. This suggests that these parameters might play a role in immunopathogensis of BD. There was positive correlation between CRP and IL - 8 as well as, between IL - 8 and leptin concentrations.There was statistical increase in C - reactive protein concentration and ESR in BD patients as compared with the controls. The CRP showed a non - significant increase in ocular BD patients, while ESR was significantly increased.Indirect immunofluorescent technique indicated a negative anti nuclear antibody (ANA) in all cases, while the anti neutrophile cytoplasmic antibody (AN

في نماذج عنق (HPV) التنميط الجيني للفيروسي الحليمي البشري الرحم لنساءعراقيات باستخدام تقنيتي الوقت الحقيقي - سلسلة تفاعل البلمرة والصفوف الجينية == Genotyping of Human Papillomavirus in a sample of Iraqi women with cervical abnormalities by using Real - Time PCR and Macroarray

Author name: حلى يونس فاضل السعدي

Supervisor name: ضحى سعد صالح | فيصل غازي ناصر

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology - Viruses

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: هدفت الدراسة الحالية التحري عن العلاقة بين اصابة الفيروس الحليمي البشري (HPV) وحالات الخلايا غير الطبيعية لعنق الرحم في النساء العراقيات. تضمنت الدراسة 122امراة لديهن اعراض سريرية لاصابة عنق الرحم, 110 امراة منهن تميزت بنمو الخلايا غير الطبيعية لعنق الرحم او السرطانية, حيث كان 40.9 % من تلك النساء كان لديهن اصابة بالفيروس الحليمي البشري, اما 12(16.7%) امراة المتبقية تميزت بنمو الخلايا الطبيعية لعنق الرحم بالرغم من وجود التهاب مزمن والتي جمعت خلال عام 2010. تضمنت مجموعة السيطرة 10 نساء والتي تميزت بغياب كل من التغيرات الخلوية, العلامات السريرية والاصابة بالفيروس الحليمي البشري. اظهرت نتائج مسحات عنق الرحم وجود نوعين من خلايا عنق الرحم غير الطبيعية هي : اصابة الخلايا الطلائية الداخلية الحرشفية قليلة الخطورة (LSIL) التي شملت 70% من حالات الاصابة بالفيروس, واصابة الخلايا الطلائية الداخلية الحرشفية عالية الخطورة (HSIL) التي شملت 26% من حالات الاصابة الايجابية. بينما 4% من مجموع الاصابة الكلية تمثلت بالنساء ذو الخلايا الطبيعية لعنق الرحم والالتهاب المزمن . هي الصفة المميزة للاصابة بالفيروس. تلك الصفة ترافقت مع 100% بوجودKoilocytosisالثاليل التناسلية الظاهرة للعيان و16.7% ترافقت مع الثاليل المستوية (غير الظاهرة). تشير دراسة الدنا الفيروسي باستعمال تجربتي سلسلة تفاعل البلمرة - الوقت الحقيقي(PCR RealTime) والصفوف الجينية(MacroArrays) التي طبقت لاول مرة في العراق الى وجود الفيروس الحليمي البشري بنسبة 35.6% في كل المجاميع المدروسة. تشير النتائج الى وجود 17 نمط جيني مختلف للفيروس الحليمي البشري بين 47 امراة مصابة باستعمال تقنية الصفوف الجينية, اربعة عشر من هذه الانماط الجينية كانت من الانماط عالية الخطر والتي شكلت 82.35% من مجموع الانماط والانماط الجينية المتبقية كانت من الانماط قليلة الخطر والتي شكلت 17.56% من مجموع الانماط. دى النتائج المهمة للدراسة الحالية تشير الى وجود 10 انماط جينية مختلفة ربما سجلت للمرة الاولى في النساء العراقيات ( 31 - , 45 - , 51 - , 52 - , 53 - , 58 - , 59 - , 66 - , 68 - , 44 - HPV ). لنمط الجيني 16 - HPV هو السائد على الانماط الجينية السبعة عشر, شكل هذا النمط مع الانماط الجينية (59 - , 39 - , 66 - , 6 - HPV) الانماط الخمس الاكثر شيوعا في العينات الموجبة. كما اظهرت الدراسة بان النساء ذوات الخلايا الطبيعية لعنق الرحم والمصابة بالفيروس تحمل الانماط الجينية 16 - HPV و59 - HPV. كما شخصت سبعة انماط جينية مختلفة في عينات الثاليل التناسلية الظاهرة وهي (16 - , 6 - , 11 - , 39 - , 59 - , 66 - , 44 - HPV ). اشارت النتائج الى ان 32 (68.09%) من بين 47 امراة مصابة كانت لديهن الانماط عالية الخطر فقط, سواء كانت الاصابة بانماط مفردة او متعددة, بينما ثمان نساء (17.2%) كان لديهن الانماط عالية وقليلة الخطر سوية, وسبع نساء (14.89%) كان لديهن الانماط قليلة الخطر فقط. استعمل المجهر الالكتروني النافذ للتحري عن الجزيئات الفيروسية في عشر عينات موجبة للدنا الفيروسي وذو تغيرات خلوية مختلفة, حيث اظهرت النتائج وجود الجزيئات الفيروسية في ست عينات بمستويات مختلفة من المرضى واربع عينات لم تظهر جزيئات فيروسية. استخدمت تجربة التحول اللمفاوي لتقييم الحالة المناعية للمصابين. حيث وجدت نسبة التحول عالية في النساء ذوات الخلايا الطبيعية في عنق الرحم والمصابة بالفيروس (اصابة كامنة), بينما انخفضت نسبة التحول اللمفاوي في النساء ذوات الخلايا غير الطبيعية في عنق الرحم . امتلكت 40% تقريبا من حالات الثاليل التناسلية معدل عالي للتحفيز التكاثري للخلايا التائية عند مقارنتها بمجموعة السيطرة. اضافة الى ذلك كان التحفيز التكاثري للخلايا التائية مستقلا احصائية عن كل من نوع الاصابة, المحتوى الفيروسي والمجاميع العمرية. استخدمت تجربة تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي للكشف عن الفيروس وكميته لثلاثة عشر نمط جيني الاكثر ترددا بين المستويات المختلفة للنمو غير الطبيعي للخلايا الطلائية لعنق الرحم في الحالات : قبل الاورام, الاورام والسيطرة الاصحاء(132 عينة). اظهرت نتائج فحص سلسلة البلمرة بان 35 حالة موجبة من 47 حالة اصابة فيروسية التي شملت 74.5% من مجموع الاصابات الكلية. بينما الحالات المتبقية (12 حالة ) التي مثلت 25.5% من مجمو الاصابات الكلية لم يكشف عنها بهذه التقنية. لذلك قدر عدد نسخ الدنا الفيروسي لاغلب الانواع الفيروسية عالية الخطرفي 33 عينة موجبة بمستويات مختلفة من التغيرات الخلوية وعينتين موجبتين ذوات خلايا طبيعية لعنق الرحم . توزع المحتوي الفيروسي ل 33 عينة اعلاه من 1×10 الى 9.4×106 نسخة /مل بمعدل (4.17×104 نسخة /مل). اما العينتين المتبقيتين كانتا خارج قيم المنحى القياسي لذا قدرت ب 5× 107 و1×109 نسخة /مل تقريبا. صنف المحتوى الفايروسي لل35 عينة اعلاه كالاتي : 46% من العينات كمحتوى فيروسي عالي, 34% كمحتوى فيروسي منخفض و20% كمحتوي فيروسي متوسط. استخدم اختبار الصفوف الجينية لفحص 68 عينة, 36 عينة منها كانت موجبة و32 عينة كانت سالبة باختبار سلسلة تفاعل البلمرة - الوقت الحقيقي. حيث وجدت الانماط الجينية عالية الخطر باستعمال هذه التقنية في (36/35) 97% من العينات الموجبة, بينما العينة المتبقية كانت سالبة لفحص الصفوف الجينية. كما وجدت الانماط الجينية قليلة الخطر وعالية الخطر المحتمل في تلك 35 عينة الموجبة والتي لم يكشف عنها فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي فهي الانماط (6 - , 11 - , 53 - , 66 - HPV). اما فيما يخص العينات السالبة في فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي حيث فحصت باستعمال اختبار الصفوف الجينية ووجدت الانماط الجينية في 12 عينة منها, الانماط هي : (44 - , 66 - , 53 - , 11 - , 6 - , 58 - , 39 - HPV). تبين مما تقدم بان فحص الصفوف الجينية يتحرى عن 8 انماط جينية لا يكشف عنها فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي, تلك الانماط شكلت 32.84% من تردد الانماط و33.33% من الحالات الموجبة التي تمتلك عدة انماط وهذا يعكس العامل المهم الذي يفضل فحص الصفوف الجينية في التحري عن الفيروس. لذا يبدو اختبار الصفوف الجينية طريقة دقيقة واكثر حساسية لكشف وتنميط اصابات الفيروس الحليمي البشري مقارنة مع فحص تفاعل سلسلة البلمرة - الوقت الحقيقي. | The present study was conducted to investigate the relationship between Human papillomavirus (HPV) infection and cervical cytological abnormalities in Iraqi women. One hundred twenty two women were included in this study with a cervical infection. A sample of 110 women with abnormal cytology cervical dysplasia / cancer, 45 of which 40.9% had HPV infection and 12 (16.7%) women had chronic infection with normal cytology during 2010. A control group with 10 women of normal cytology and no HPV infection was included in study for comparison. Pap smear test results showed two types of cervical cytological abnormalities, low squamous intraepithelial lesion (LSIL) which comprised of 70% of HPV positive cases, and high squamous intraepithelial lesion (HSIL) which comprised of 26% of HPV positive cases. Whereas 4 % out of the total risk group was represented in women with normal cytology. Koilocytosis is pathognonomic for HPV infection. Furthermore, Koilocytosis was accompanied with 100% with genital wart presence and 16.7% was accompanied with flat wart presence. HPV - DNA studied using Real - Time PCR and MacroArray assay (GenoArray) which applied for the first time in Iraq indicates the presence of HPV - DNA in 35.6% of all tested groups. Results indicate the presence of 17 different HPV genotypes among 47 infected women by using macroarray technique. Fourteen of these HPV genotypes which comprised of 82.35% were high risk (HR - type) and 17.56% (3/17) were low risk (LR - type).One of the important results in the present study indicates the presence of ten different genotypes which may be recorded for first time in Iraqi women (HPV - 31, - 44, - 45, - 51, - 52, - 53, - 58, - 59, - 66 and - 68 types). Out of 17 genotypes HPV - 16 was the predominant one, this genotype together with genotypes 59, 6, 39 and 66 comprised of the five most common types detected in HPV positive cases. Moreover, percentage of HPV - 16, and - 59 were extended to involve women with normal cytology. Seven different genotypes - 6, - 11, 16, 59, - 39, - 66 and - 44 have been identified in genital wart specimens. Results indicated that 32 (68.09%) out of 47 infected women had HR type alone, whether single or multiple types, while eight women (17.02%) had HR types in association with LR types and seven women (14.89%) had LR type only. Transmission electron microscope (TEM) was used for viral particles detection from ten HPV DNA positive samples with different cytological changes. Results indicated the presence of viral particles in six samples with different grades of disease and four samples showed no viral particles. To evaluate the immune status of patients lymphocyte transformation assay was applied. Results indicated that transformed lymphocyte were found to be high in women with normal cytology which may have HPV as a latent infection, while they were decreased in women with abnormal cytology. Approximately 40% of genital wart cases have higher mean of proliferative T cell response when they were compared with control group. However, proliferative T cell responses were statistically independent on HPV infection type, viral load and aging group. Real - time PCR assay was employed for HPV detection and quantitation (viral load estimation) from the range of HR - HPV DNA 13 genotypes most frequently found in different grades of cervical intraepithelial neoplasia, cervical tumors and health controls from (132 samples). Results showed that out of 47 positive cases 35 cases can be detected by real - time PCR which comprised of 74.5%. Failures in detection by this technique included 12 cases which comprised of 25.5% of the positive samples. Therefore, viral DNA copies number for the most HR - HPV types in cervical samples was determined from 35 sample with low and high - grade cervical intraepithelial neoplasia (CIN I, II, III and Squamous Cell Carcinoma), and with normal cytology. However, the viral load of the 33 samples spread over a wide range from 1×10 to 9.4×106 copies/ml (mean 4.17×104 copies/ml). In addition, two samples were around the standard curve values as : approximately 5×107 and 1×109 copies/ml considered. Viral load was estimated approximately 46% constituted as high viral load, 34% as low viral load and 20% as slightly high viral load. Macroarray was applied in 68 samples, 36 of which were positive and 32 were negative by the real - time PCR test. High - risk genotypes were found in 35/36 (97%) real - time PCR positive samples, whereas remaining two samples were negative for HPV DNA (false - positive) by macroarray assay. The low - risk and probable high - risk (PHR) HPV genotypes were detected in the 35 HPV - positive samples which are not detected by real - time PCR included genotypes : HPV - 6 (in three samples), - 11, - 53 and - 66 (in two samples for each). HR, PHR and LR HPV genotypes were detected by macroarray in the 11/31 HPV - negative samples in real - time PCR which comprised of genotypes : - 39, - 58, - 66, - 11, - 6 and - 44. The GenoArray (GA) is capable of detecting 21 HPV multiple genotypes, including 8 types not detecting in real - time PCR. These types represented 32.84% of HPV types frequency and 33.33% of HPV positive cases had multiple types, this may reflect the important factor potentially favoring the GA for HPV detection. Therefore, the GA genotyping assay appears to be more accurate and sensitive technique for the detection and genotyping of HPV infections than real - time PCR one.

Author name: ياسمين سلمان كاظم

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Electronics and Communications Engineering

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

تاثير ليزر النودميوم ياك وبيبتيدات الفوسفات الجبنية - فوسفات الكالسيوم الغير متبلرة مع الفلوريد على ازالة تمعدن مينا الاسنان في دراسة مختبرية == The Effect of Nd : YAG Laser and Casein - Phosphor - Peptide - Amorphous Calcium Phosphate with Fluoride on Dental Enamel De - mineralization : In vitro study

Author name: هبة عصام عبد الوهاب

Supervisor name: علي شكر محمود

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Medicine - Dentistry

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: New approaches for caries prevention by using lasers effect combined remineralizing agent providing calcium and phosphate in addition to flouride for increasing the tooth mineral resistance needed. The aim of this study is to evaluate a new treatment modality to decrease dental enamel dissolution via combing the effect of pulsed Nd : YAG laser (1064 nm) and MI plus paste (CPP - ACP containing sodium fluoride ) regarding the tooth pulp chamber temperature elevation, calcium concentration dissolute from enamel surfaces and the dental enamel absorption of methylene blue stain by assessing (R,G,B)values .Eighty human permanent premolar were used in this study, sixty of them were randomly divided into six groups of 10 specimens. The negative control group A received no treatment, and the positive control group B the MI plus paste was applied without laser irradiation. For the groups C, D, E and F the pulsed Nd : YAG (1064 nm) laser was used in two energy settings. The lower laser dose setting at (0.6W, 60 mJ )without and with the MI plus paste for the groups C and D respectively and the higher laser energy setting at (1.7W, 170 mJ )with and without the MI plus paste for the groups E and F respectively.Twenty teeth were used to asses s the temperature elevation during irradiation with laser using a K - type thermocouple at 37 ± 0.5 ̊C, ten teeth exposed to the lower laser energy settings and ten for the higher laser energy settings.A circular window (4 mm radius) marked area on buccal surfaces of the 60 samples after they had been coated with three layer of nail varnish to exposed to the Nd : YAG laser irradiation, and then the samples incubated in 3ml acidic solution of acetate buffer of (0.1M/L) with a pH value of 4.5 for 48 hours . The acidly etched samples removed from the acidic solution after they had been washed from acid they immersed in a 2% solution of methylene blue dye to measure the (R,G,B) values to indicted the affinity of sample surfaces for absorbing methylene blue stain that indicate the surface demineralization . Results of temperature test +showed that the maximum temperature increases for group E (4.7 Co) was very high significant difference (p<0.05) over that of groups C (2.5 Co).The atomic absorption photometry test results showed that groups C, and D were statistically different compared to the groups A and B (p<0.001) in the reduction of calcium dissolution, with a reduction percentage for groups C and D of 25.7% and 33.34% respectively compared to group A, with 21.75% and 29.8 % for groups C and D respectively in comparison to group B. While Groups E and F shown nonsignificant reduction in calcium dissolution compared to control groups.The (R,G,B)s value test showed that groups C and D having lower affinity to absorb methylene blue stain, and they are statically significant different compared to the groups A and B .while groups E and F showing a higher affinity to absorb methylene blue stain compared to control groups. In conclusion the both laser irradiation settings energy (60mJ, 0.6 W,0.12 J/cm2),(170mJ,1.7W,0.34J/cm2) are safe for the vitality of the dental pulp, and when both settings combined with the Phosphor - Peptide - Amorphous Calcium Phosphate with Fluoride ,the results showing significant reduction of dental enamel de - mineralization and lower affinity for methylene blue absorption that although indicate increasing dental enamel resistance to demineralization for the groups of (60mJ, 0.6 W,0.12 J/cm2) laser irradiation settings.

تاثير المعلمات المختلفة لليزر الليف على تعرية الصبغ البوليمري من على سطح سبيكة الالمنيوم نوع 5005A == Effect of Different Fiber Laser Parameters on Stripping of Polymer Paint from Surface of 5005A Aluminum Alloy

Author name: هالة عبود جاسم

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Mechanical Engineering

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: This study provides details of the use of laser as an alternative method to the conventional ones to remove (20) μm thickness of polyester paint from EN AW - 5005A Aluminum alloy, the laser paint stripping process performed by ytterbium fiber laser with a wavelength (1064) nm .Sets of experiments curried out in order to reach to the most suitable parameters for the process, at the first set different levels of energies used from 0.0425 mJ to 1.12 mJ, nine lines of holes accomplished by laser. The holes diameters and the depth at each energy measured in this experiment. At two different pulse repetition rates (20, 50) KHz two sets of experiments done. At the first set the effect of laser energy (0.1565, 0.73, 1.12)mJ also the overlap percent (25%, 50%, 75%) have been studied at five number of passes, the parameters of the process settled by the overlap equations, the effect of the overlap percent on the total time of machining and the material removal rate at different levels of energy also investigated, it’s found that the best energy to work with is 0.1565mJ with one and two passes.The second set of experiments done at 0.1565mJ with a wider range of overlap percent from 25% to 75% increase by five. The removal depth and the behavior of surface roughness determined by Focus Variation Microscopy (FVM) also Scanning Electron Microscope used to analyze the radiated area. It’s found that the best results obtained at 50 % overlap when the laser passes one time on the material.Laser Induced Breakdown Spectrometer (LIBS) used as a method for monitoring and controlling the paint stripping process in order to accomplish the process and ablate only the paint layer without ablating the substrate, for the paint and the substrate (LIBS) spectrum obtained and used to distinguish between the paint layer and the Aluminum substrate.

قياس وتحليل الخسائر لموجات الموجع ذوات الفتحة المصنعة من سليكون على عازل == Measurements and Analysis of The Losses for Fabricated SOI Slot Waveguides

Author name: ميثم نعيم صالح

Supervisor name: مازن مانوئيل الياس

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Electronics and Communications Engineering

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: An interesting silicon photonics component is the slot waveguide. The discontinuity of the normal component of the displacement vector can be used to affect guiding of the majority of the electric field energy in a narrow low index gap when the field is polarized parallel to the silicon surface, that is, perpendicular to the silicon confining walls. By infiltrating nonlinear material into such a gap, one can simultaneously confine electric and optical fields achieving a high efficient optical modulation or switching that is becoming more desirable on optical communication. An array of 200 Silicon - on - Insulator (SOI) slot waveguide devices of varying slot widths, ribs widths, taper lengths and slot lengths are fabricated in each cell of a wafer fabricated at a commercial foundry. The cells are cleaved into individual chips after fabrication. Some chips are coated with thin films of polymers that fully infiltrated the slots. Measurements that consisted on spectral loss are made on the grating coupler waveguide devices of both coated and uncoated chips. Individual devices exhibited insertion losses varying from several dB up to values so great that the response is below the noise floor of the optical spectrum analyzer employed as a receiver. The chips that failed in the transmission test are primarily uncoated ones. Nominally identical devices on different chips exhibited nominally identical behavior. A commercial software program is used to simulate each of the structures that is included in the 200 devices test. The simulations are seen to show a degree of qualitative agreement with the experimental results. Comparison of the experimental measurements and the simulation results indicates that the loss inherent in a slot waveguide is quite low. Near loss free couplers from ridges to slots are achievable in case of coated devices, whereas the situation is different in case of uncoateddevices where a lot of energy is dissipated through the substrate. Use of a surface roughness model indicates that the excess loss that slots exhibit with respect to a ridge mode counterpart arise almost solely from surface scattering off the surface roughness. The increased loss in the case of the slot guide arises from the higher electromagnetic energy density at the surface of the guide due to the electric field discontinuity that is employed as a guidance mechanism in slot modes in contradistinction to ridge modes that are index - guided. Conclusions include some speculation as to the limits on the loss that can be achieved by variation the design of slot guides without any improvement in surface roughness over what is now available with fabrication in commercial foundries.

محزز الليف البصري نوع براغ لتحسس الحرارة والضغط == FIBER BRAGG GRATING FOR TEMPERATURE AND PRESSURE SENSING

Author name: فهد محمد عبد الحسين

Supervisor name: تحرير صفاء منصور

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Electronics and Communications Engineering

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

التحقق عمليا من بروتوكول البينغ بونغ

Author name: علاء جبار جمعة

Supervisor name: شيلان خسرو توفيق

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Electronics and Communications Engineering

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Author name: نور ياسر حسون حمادي

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Mechanical Engineering

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

التقييم السريري لالتام الانسجة للمابس السنية المنزوعة المشععة بليز الدايود 940 نانومتر == Clinical Assessment of The Tissue Healing of Extraction Socket Irradiated with 940 nm Diode Laser

Author name: ندى حسين حمودي

Supervisor name: علي شكر محمود

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Medicine - Dentistry

Degree: Master

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

دراسة تجريبية للحيود الحراري في صبغات مختلفة == Experimental Study of Thermal Self - Defocusing in Different Dyes

Author name: عمار محمد طعيمة

Supervisor name: مازن مانوئيل الياس

General topic: Laser Science

Specific topic: Laser Applications in Physics

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad - Laser Institute For Postgraduate Studies

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: This thesis discusses the effect of three factors on self defocusing technique used to measure the nonlinear optical properties of two solutions, the first one is safranin O dissolved in ethanol (SOE), and the second one is diphenylecarbazone dissolved in chloroform (DCC). These factors are the intensity of laser, the concentration of the solution and the effect of the temperature on the solutions.After providing the necessary solution and equipment to complete the designed experiment, an appropriate model of nonlinear system was chosen to extract the diffraction rings contains the following parts : (Diode Laser, Attenuator, Mirrors, Beam Splitter, Lens, CCD Camera, Laser Power Meter and PC) In this work the maximum change and the thermo - optical coefficient for the nonlinear refractive index as well as the nonlinear refractive index were measured, for the two different solutions (SOE & DCC) including three ratios and grains for each one. The measurements were performed using diode laser at and variable intensity (0.5 - 22) and the laser beam was focused on glass cuvette which has a thickness of through a lens with a focal length of .From this work it was found that increasing the laser intensity leads to increase the number of diffraction rings, the nonlinear refractive index and the maximum change of the nonlinear refractive index, also it was found that increasing the concentration of the solutions leads to increase the nonlinear refractive index as well as increasing the maximum change of the refractive index.Also it was found that increasing the temperature of the solution at certain intensity and concentration the obtained results for the thermooptical coefficient , and the nonlinear refractive index are found to be of the order of and at 298, 303 and 308K respectively for SOE solution, and and at 298, 303 and 308K respectively for DCC solution, in which all the thermooptical coefficient and the nonlinear refractive index are deceased.

Author name: اخلاص عنون موسى

Supervisor name: ايمان سمير عبد علي بهية

General topic: Mathematics

Specific topic: Mathematics

Degree: Master

University: University of Babylon - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Mathematics

Language: English

University location: Babylon

First pages:

استخدام النموذج الرياضي والشبكات العـصبية لتحديد نسبة تلوث البيئة == Employ Mathematical Model and Neural Networks for Determining Rate of the Environmental Contamination

Author name: فرح فيصل غازي

Supervisor name: لمى ناجي محمد توفيق

General topic: Mathematics

Specific topic: Mathematics

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: هناك العديد من الاهداف في هذه الرسالة : الهدف الاول هو تطوير نموذج المعادلة التي تصف انتشار التلوث خلال التربة والتي يمكن استخدامها لتحديد نسبة التلوث البيئي وذلك بتقدير تركيز المعادن الثقيلة في التربة. نموذج المعادلة التي تم تطويرها يمكن اعتبارها تمثيل جيد لمشكلة التلوث البيئي.الهدف الثاني في هذه الرسالة هو تصميم شبكتين عصبيتين ذات تغذية تقدمية باعتبارها تقنية دقيقة بديلة لتحديد نسبة التلوث البيئي والتي يمكن استخدامها في حل معادلة النموذج. الشبكة الاولى تحاكي معلمات التربة التي يمكن استخدامها في ادخال البيانات في الشبكة الثانية المقترحة، في حين تحاكي الشبكة الثانية لتقدير تركيز المعادن الثقيلة.الهدف الثالث هو تطوير المفهوم النظري لمرحلة تدريب الشبكات العصبية من وجهة نظر التحليل الدالي والطرق الامثلية. ضمن هذه الصيغة، التعلم يعني حل مشكلة متغايرة بواسطة تصغير دالة الاداء المتعلقة بالشبكة العصبية. ان اختيار دالة الهدف يعتمد على تطبيق معين. من جهة اخرى، فاننا نقترح تعديل على دالة الاداء لتحسين تعميم الشبكات المقترحة وعلى الجانب الاخر، لعلاج التوقف المبكر ومشاكل النهاية الصغرى المحلية.الهدف الرابع هو مقارنة اداء الخوارزميات المذكورة اعلاه فيما يتعلق بقدرة التنبؤ. ثم تطبيق التقنية المقترحة لتقدير تركيز المعادن الثقيلة مثل : النحاس والرصاص والكادميوم والكوبالت والزنك والنيكل في تربة بغداد. اولا، تم اختيار اربعة وستين عينة من التربة من المواقع الملوثة تقع في بعض المناطق في مدينة بغداد (السكنية والصناعية والتجارية والزراعية والطرق الرئيسية). ثانيا، تم اجراء سلسلة من القياسات على عينات التربة وتحليلها لقياس تراكيز المعادن الثقيلة بواسطة اجهزة الامتصاص الطيف الذري (AAS)، فلورية الاشعة السينية (XRF) المطياف الكتلي البلازمي بالتقارون الحثي (ICP - MS) ومن خلالها نحصل على تراكيز اولية لهذه المعادن الثقيلة. ثالثا، محاكاة وتدريب الشبكات المقترحة للحصول على تركيز المعادن الثقيلة بالطريقة المقترحة ومن ثم مقارنة اداء الشبكات المقترحة مع فحص المختبر التقليدي باستخدام مجموعة بيانات التدريب والاختبار. نتائج هذا العمل تبين ان الشبكات المقترحة والمتدربة على القياسات التجريبية يمكن تطبيقها بنجاح لتقدير تركيز المعادن الثقيلة بسرعة ودقة.اخيرا، نقترح بعض الطرق لمعالجة التربة الملوثة باستخدام بعض النباتات العشبية. | There are many aims of this thesis : The first aim is to develop a model equation that describes the spread of contamination through soils which can be used to determine the rate of environmental contamination by estimate the concentration of heavy metals (HMs) in soil. The developed model equation can be considered as a good representation for a problem of environmental contamination. The second aim of this thesis is to design two feed forward neural networks (FFNN) as an alternative accurate technique to determine the rate of environmental contamination which can be used to solve the model equation. The first network is to simulate the soil parameters which can be used as input data in the second suggested network, while the second network simulates to estimate the concentration of heavy metals. The third aim is to develop a conceptual theory of training stage of neural networks from the perspective of functional analysis and optimization methods. Within this formulation, learning means to solve a variational problem by minimizing a performance function associated to the neural network. The choice of the objective functional depends on the particular application. On the other side, we suggest modification of the performance function to improve the generalization of the suggested networks and to treat the early stopping and local minima problems. The fourth aim is to compare the performance of aforementioned algorithms with regard to predicting ability. Then applied the suggested technique to estimate the concentration of heavy metals such as : Copper(Cu), Lead(Pb), Cadmium(Cd), Cobalt(Co), Zinc(Zn) and Nickel(Ni) in Baghdad soils. First, sixty four soil samples were selected from a phytoremediated contaminated site located in some zones in Baghdad city (residential, industrial, commercial, agricultural and main roads). Second, a series of measurements were performed on the soil samples and analyzed measuring of concentrations for heavy metals using devices such as : Atomic Absorption Spectrophotometer (AAS), X - Ray Fluorescence (XRF) and Inductively Coupled Plasma - Mass Spectrometry (ICP - MS) to get initial concentrations for those heavy metals. Third, simulate and train the suggested networks to get the concentration of heavy metals. The performance of the suggested networks was compared with the traditional laboratory inspecting using the training and test data sets. The results of this work show that the suggested networks trained on experimental measurements can be successfully applied to the rapid and accuracy estimation of concentration of heavy metals. Finally, we suggest some methods contaminated soil by using some herbal plants.

تحسين خوارزميات الحل التام والبحث المحلي لحل بعض مسائل الامثلية التوافقية == Improving Exact and Local Search Algorithms for Solving Some Combinatorial Optimization Problems

Author name: فائز حسن علي

Supervisor name: طارق صالح عبد الرزاق

General topic: Mathematics

Specific topic: Numerical Optimization

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Mathematics

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: In mathematics and computer science, an optimization problem (OP) is the problem of finding the best solution from all feasible solutions. OPs can be divided into two categories depending on whether the variables are continuous or discrete. An OP with discrete variables is known as a combinatorial optimization problem (COP). In a COP, we are looking for an object such as an integer, permutation or graph from a finite set.The aim of the research presented in this thesis is to investigate the use of various optimization exacts and heuristics to solve the COP's. This thesis presented in six chapters.In this thesis we interest in discussing three samples of COP; machine scheduling problem (MSP), transposition cipher problem (TCP) and aircraft landing problem (ALP).In the first two chapters, we discuss the main concepts of the COP, the three study cases, the basic techniques and methods for solving the COP respectively.In chapter three, we interesting in MSP, with multiple objective for the 1//(Ci,Ti) problem (P1) and 1//Ci+Ti problem (P3). We investigate the usefulness of precedence rules in solving (P1) and (P3). We found that the complete enumeration method (CEM) gives efficient (and optimal) solutions for (P1) (and (P3)) with number of jobs (n)10, and branch and bound (BAB) gives efficient solutions for (P1) with n15 and optimal solution for (P3) with n80. In addition, we use the local search methods (LSM), to solve the two problems, represented by genetic algorithm (GA) and particle swarm optimization (PSO) with n2000. In general we conclude that PSO serves better than GA. Lastly, a neural network (NN) is constructed to solve problems (P1) and (P3). Two learning algorithms are used to learn the NN; pack propagation (PB) and PSO with and without depending on successive rules (SR). We see that PSO is better than BP in learning NN to obtaining good results.In chapter four, we suggest a new direction in cryptanalysis of TCP, we suggest using the techniques of COP to solve TCP in another word, the TCP treated as one of COP. First a new mathematical formulation for TCP is introduced and proposed some new tools of TCP cryptanalysis. The CEM and modified BAB are developed by using SR to obtain the multi digits CEM (MDCEM) and MDBAB which are helpful in decreasing the CPU time. Classical bees' algorithm (CBA) and shifted key BA (SKBA) are improving the cryptanalysis results. To increase the performance of the mentioned algorithms we construct cryptanalysis system for TCP to find exact solution (as possible) for n20 in reasonable time, which is called SR keys BA (SRKBA). The main result of this thesis is suggesting a general solving system for COP specially, when the problem submits to SR.Chapter five focused in one of the important problems of COP; ALP. A new improvement in a heuristic method, called parallel improving algorithm (PIA), is introduced, the new algorithm called modified PIA (MPIA) which is serves better than PIA. The CEM is used to solve ALP using two techniques; exhaustive search method (ESM) which gives optimal solution but in unreasonable time for n>9 while MPIA gives approximation solutions for n9 in 6 seconds. Lastly, hybridization is proposed between MPIA and CBA, which is called improvement CBA (ICBA). ICBA gives optimal solutions in solving ALP for n<50 and near optimal for n=50.In chapter six, some conclusions together with some suggestions for future researches have been given.The exact and heuristics methods all were tested by programming them using version 10.0 of Delphi Language and MATLAB, and running on Processor Intel(R) Core (TM) i3 CPU, 2.53 GHz, Core(s), with Ram 1.21 GB computer.

مسالة السيطرة الامثلية التقليدية المستمرة لمعادلات تفاضلية جزئية == The Continuous Classical Optimal Control Problem of Partial Differential Equations

Author name: غفران مناتي كاظم

Supervisor name: جميل اميرعلي الهواسي

General topic: Mathematics

Specific topic: Mathematics

Degree: Master

University: Mustansiriyah University - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Mathematics

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: الهدف الرئيسي لهذه الرسالة هو دراسة مسالة السيطرة الامثلية التقليدية المستمرة لزوج من المعادلات التفاضلية الجزئية الخطية واللاخطية من النوع المكافئ )stateفي برهان مبرهنة وجود ووحدانية الحل للحالة ( Galerkin حيث استخدمنا طريقة لزوج من المعادلات المذكورة اعلاه ولكن من النوع اللا خطي عندما يكون متجه السيطرة التقليدية المستمرة ثابت . قمنا ايضا ببرهان مبرهنات خاصة بوجود سيطرة (متجه السيطرة) التقليدية المستمرة لزوج من المعادلات التفاضلية الجزئية الخطية واللاخطية من النوع المكافئ. برهنا ايضا مبرهنة وجود ووحدانية الحل لزوج المعادلات التفاضلية الجزئية الخطية واللاخطية للحالة. طورت بشكل يتناسب مع المسالة Kuhn - Tucker - Lagrange’s Multipliers مبرهنات السيطرة التقليدية المستمرة المقترحة في هذه الرسالة وصيغت وبرهنت مبرهنتا الشرط الضروري لوجود السيطرة الامثلية | The main aim of this thesis is to study the continuous classical optimal control problem of a couple of linear and nonlinear parabolic partial differential equations. With a suitable assumptions, the existence and the uniqueness of solution of the state vector of couple of linear parabolic PDEs for a given continuous classical control vector are proved by using Galerkin method. The existence theorems of a continuous classical optimal control vector associated with a couple of nonlinear parabolic equations are developed and proved. The existence and the uniqueness theorem of a solution of the couple of adjoint equations associated with the considered state equations of nonlinear parabolic equations with equality and inequality constraints is also proved once again. The Kuhn - Tucker - Lagrange multipliers theorems are developed and used to prove the necessary conditions theorem and the sufficient conditions theorem of optimality of a couple of nonlinear parabolic equations with equality and inequality constraints

الحل العددي لبعض المعادلات التفاضليه باستخدام تحويل لاكير == Numerical Solution for some Differential Equations via Laguerre Transform Approach

Author name: غصون سعيد عبد محمد

Supervisor name: ايمان علي حسين

General topic: Mathematics

Specific topic: Numerical Analysis

Degree: Master

University: Mustansiriyah University - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Mathematics

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

طرق تكرارية موثوقة لحساب تراكيز ثنائي اوكسيد الكاربون الممتص بواسطة فينيل غلايسيدل الايثر == Reliable Iterative Methods for Calculating the Concentrations of Carbon Dioxide Absorbed into Phenyl Glycidyl Ether

Author name: غسان حسن محمود راضي

Supervisor name: مجيد احمد ولي

General topic: Mathematics

Specific topic: Mathematics

Degree: Master

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

New Distributions on Proposed Classes == New Distributions on Proposed Classes

Author name: Bnadheer Dhea'a Mohammad Al_sultani

Supervisor name: Kareema Abed Al - Kadim Makrib Al - Khafaji

General topic: Mathematics

Specific topic: Mathematics

Degree: Master

University: University of Babylon - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Mathematics

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: There are many important problems where the real data does not fit any of the classical or standard probability models, and the lifetime distributions have been used to model analyses the lifetime data in many applied sciences such as medicine, engineering, ﬁnance, biostatistics , reliability and survival analyses because a statistical analysis depends heavily on the assumed probability model or distributions.The distributions, generalization distributions there were derived in this thesis that can be used in life applications. It is hoped that ﬁndings of this work will be useful for the practitioners in various ﬁelds of theoretical and applied sciences. This thesis is our contribution in this field throughout finding these distributions .Three distributions are introduced, Rayleigh - Pareto distribution, Rayleigh - Lomax distribution and Uniform - Lomax Distribution, as well as discussion of some their important properties , and estimate their parameters. These distributions depend on the original distribution, Rayleigh distribution, Pareto distribution, Lomax(Pareto II) distribution, and Uniform distribution. The idea of the subject that is companied two distributions by one of the methods that are used to generalize distribution.Therefore there is an application using certain real data set to illustrate the usefulness of the proposed distribution to real data using MATLAB (R2011b) software.In the application of Rayleigh - Pareto distribution, we used real data set ,and make a compare between Rayleigh - Pareto distribution used in thesis with others distributions. Its appear that Rayleigh - Pareto distribution is the best in comparison with other distributions.Introduction The statistical distributions used to describe and interpret the phenomena, there are continuous motivations for developing these distributions to become more flexible or more fitting for specific real data sets. Because there are many important problems where the real data does not fit any of the classical or standard probability models."The lifetime distributions have been used to model analysis the lifetime data in many applied sciences such as medicine, engineering, ﬁnance, biostatistics , reliability and survival analysis because a statistical analysis depends heavily on the assumed probability model or distributions."So the aim of the thesis is to derive some distributions, generalization of distributions ,with of their properties, and estimating the parameters. One generalized distribution F(x) was defined as follows F(x)=I_G(x) (a,b)=(∫_0^G(x)▒〖w^(a - 1) (1 - w)^(b - 1) 〗 dw)/B(a,b) , 00 ,b