Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 3,922

دراسة انتاجية البكتريوسين من بكتريا Enterococcus faecium المعزولة من مصادر سريرية == Study of the Bacteriocin production from Enterococcus faecium isolated From clinical sources

Author name: هاله عباس جاسم
Supervisor name: خليل مصطفى خماس | شروق ريس كاظم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 290 عينة سريرية من المرضى الراقدين والمراجعين لمستشفيات بغداد وتوزعت هذه العينات الى 177عينة ادرارو113 عينة خروج ، اظهرت نتائج الزرع البكتريولوجي على وسط المكورات المعوية الانتخابي Ej media ووسط المكورات المعوية التاكيدي Bile esculin azide agar والتشخيص المظهري والكيميوحيوي وتاكيد التشخيص باستخدام نظام API 20 strep تشخيص 27عزلة(%9.31) من بكتريا Enterococcus faecium من عدد العينات الكلي ،وكانت 11 عزلة ( 6.21%) منهامن الادرارو16 %14.15)) عزلة من الخروج . اختبرت حساسية عزلات E.faeciumل11 نوع من المضادات الحيوية واظهرت النتائج مقاومة عالية لل Naldixic acid(81%)و (63%) TetracyclineوAmpicilin (52%)بينما كانت المقاومة لل Ciprofloxacin(48%)و(41%) Erythromycin .ومن الناحية الاخرى اظهرت العزلات مقاومة واطئة لل Penicillin (26%) وNitrofurantion (22%)و وVancomycin (18%)وكانت (19%)لل Trimethprim و(15%)Chloramphenicol. كانت (7%)فقط من العزلات مقاومةللGentamycin.اجريت تجارب التحري عن البكتريوسين من بكتريا E.faecium وكانت جميع العزلات منتجة (100%)ولمدى واسع من التاثير على البكتريا الموجبة والسالبة مع اقطار تثبيط (8 - 15 )مليمتر و(9 - 27)مليمتر على العزلات العائدة لنفس النوع . اختيرت العزلة EH(1) كعزلة كفوءة الانتاج مع فعالية نوعية 1.28 وحدة/مايكروكرام بروتين بتركيز بروتين 250 مايكروكرام /مليمتر بعد ان قيست الفعالية في العزلات(EH1,EH6,EH13) التي كانت افضل العزلات انتاجية للبكتريوسين بطريقة الاقراص. ووجد ان وسط Mann Regusa Sharp السائل والصلب هو افضل وسط لانتاج البكتريوسين من بكتريا E.faecium وان هذه البكتريا تنتج البكتريوسين في درجات حرارية بين 16 - 45 م ، واختيرت العزلة E3 والبكتريا Staphylococcus aureus, Staphylococcs epidermidis,Escherichia coli, Sallmonella كعزلات دالة ، استخلص البكتريوسين من العزلةE1 بصورته الخام بعد تنمية هذه العزلة على وسط Mann Regusa sharp السائل وتم الحصول على بكتريوسين ذي فعالية نوعية )1,28 وحدة / مايكرو كرام) بروتين وبتركيز بروتين 250 (مايكروكرام /مليلتر) وهذا البكتريوسين مقاوم للدرجات الحرارية (80,100، 121)م لمدة (15 و30 )دقيقة ، كذلك مقاوم لمدى من الرقم الهيدروجيني (8 - 2) ،ومقاوم للخزن في درجات حرارة (0،4 ،37) م لمدة (يوم ,اسبوع) . اجريت التنقية الجزئية للبكتريوسين الخام المستخلص من العزلة E1 بالترسيب بكبريتات الامونيوم وبنسب اشباع ( 40% و75% )واظهرت النتائج ان الترسيب بـ40%كان الافضل الذي بلغت الفعالية النوعيةفيه 44.137 وحدة/مايكروكرام بروتين وبتركيز بروتين 290 مايكروكرام/مليمتر . وكانت فعالية البكتريوسين المنقى جزئيا ثابتةعند 80م لمدة 30 دقيقة و100 م لمدة (15,5)دقيقة لكن انخفضت فعاليته لتصل الى 0.8 )وحدة /مايكروكرام بروتين( في 30 دقيقة , وفقدت الفعاليةعند121م لمدة 15 دقيقة ، كانت الفاعلية ثابتة عند مدى من الرقم الهيدروجيني (8.5 - 5.5) والخزن عند صفردرجة مئوية لمدة اسبوع. | The study has involved collecting (290) clinical samples collected from admitted and refeard patients of Baghdad hospitals .The samples distributed into (177) urine sample and (113) faeces samples . Results from bacteriological culture on selective Enterococcus medium EJ medium , Enterococcus medium (bile esculin azide agar) in addition to morphological and biochemical identification and confirmation of the identification by using of API 20 strep system showed that only27 isolates (9.31%) were identified as Enterococcus faecium ,11 (6.21% ) isolate from urine samples and 16isolate (14.15% ) from faeces samples . The Antimicrobial susceptibility of Enterococcus faecium isolates was tested towards 11 types of antimicrobial agents .The isolate showed a high resistance to Naldixic acid (81%) ,Tetracycline (63%) and ampicilin (52%) ,while (48%) of the isolate were resistant to Ciprofloxocin and (41%)resistant to Erythromycin . From the other hand Enterococcus faecium isolates showed low resistance to otherantimicrobial agent : Pencilin(26%),Nitrofurantion (22%) , Vancomycin (18%) and Trimethprim (19%) and Chloramphenicol (15%). Only(7%) of the isolates were resistant to gentamycin . Bacteriocin detection experments were carried on Enterococcus faecium and the results that all isolates were produce bacteriocin (100%) with wide range effect on gram positive and negative bacteria bacterial growth , with diameter (8 - 15)millimeter and (9 - 27)millimeter on the same isolates species ,EH1 isolate chosen as the best producer isolate bacteriocin with specific activity (1.28)unit/microgram of protein with protein concentration(250) microgram/ millimeter after the activity detected in isolates EH1,EH6,EH13 were the best bacteriocin production isolates by using disk method on the Mann Regusa Sharp agar . And founded the solid and broth Man Ragusa sharp medium was the best medium for bacteriocin production from E.faecium and this bacteria produce bacteriocin in tempreture degree between )16 - 45(C, E3isolate and the bacteria Salmonella ,Escherichia coli ,Staphylococcus aureus ,staphylococcus epidermidis chosen as indicating isolates, the bacteriocin extracted from E1in the crude form after growth this isolate on Mann Regusa Sharp broth and obtained on bacteriocin with specific activity (1.28)unit/microgram of protein with protein concentration (250) microgram /millimeter and this bacteriocin resistant for tempreture degrees 80,100,121 C for (15 ,30) minute also resistant to PH range (2 - 8) and resistant the storage in tempreture degree 0C,4 Cfor (day ,week). Then partial purification applied for this crude bacteriocin by precipitation with Ammonium sulphate of (40%,75%) saturation percentage .Results showed the precipitation in percentage 40% was the best with a specific activity reached in it to 44,137unit /migrogram protein and protein concentration 290 microgram/millimeter . The partial purified bacteriocin activity was stable at 80C for 30 minutes ,100C for( 5 ,15) minute ,but its activity decrease to reach to 0.8 unit/mg protein in 30 minute and lost activity in 121 C for 15 minute. Its activity was stable in PH (5.5 - 8.5) and storage at 0C for week

دراسة التاثير الخلطي لبعض المضادات الحيوية على فعالية المكونات الخلوية لبكتريا البروسيل == Study the effect of some antibiotics combination on the cell component activity for Brucella Spp

Author name: هادي حسين عباس القريشي
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل نوعين من بكتريا البروسيلا وتحديد انماطها الحيوية وهي البروسيلا المجــــــــــهضة (Brucella abortus)والبروسيلا المالطية (Brucella melitensis)المعزولة من الانسان . وتحديد حساسيتها لمضادات الحيوية وتــــــــحديد التركيز المثبط الادنىMIC))لبعض المضادات الحيوية المستخدمة في علاج داء البروسيلوسز Brucellosis)). فضلا عن التحري عن التاثير الخلطي لمضادات الحيوية وعند التراكيز تحت المثبطة الدنيا (sub - MIC)في نموها وعلى المكونات الخلوية المتمثلة بفعاليات انزيماتها, ونفاذية غشائها الخلوي ومكونات عديد السكرايد الشحمي المستخلص منها وعوامل التصاقها (Colony factor), فضلا عن تاثيرها في طور المستعمرات والتصاق خلايا البروسيلا على سطح الخلايا الطلائية . حيث اظهرت النتائج الاتي : • ان النمطين الحيويين السابع من البروسلا المجهضة والثالث من البروسيلا المالطية هما الاكثر انتشارا .• حساسية عزلات البروسيلا المجهضة والمالطية لكل من مضادات,Gentamicin,Kanamycin,Tobramycin,Naldixic acid .فيما قاومت مضادات,Lincomycin Rifampicin , Cephalaxicin ( وعلى التوالي .• بلغ التركيز المثبط الادنى لمضادات Doxycyclin ,Tetracyclin,Streptomycin ,Erythromycin ,Rifampicin (5,10,10,40,40) مكغم/مل وعلى التوالي • وجود تاثير تازري في نمو بكتريا عند خلط كل من مضاديDoxycyclin+Rifampicin,Erythromycin+Doxycyclin ,Erythromycin+Rifampicin,Tetracyclin+Rifampicin ,Tetracyclin+Erythromycin• غير مضاد Doxycyclin طور المستعمرات الملساء للبروسيلا الى طورها المتوسط فيما لم يوثر مضاد Rifampicin في طور المستعمرات فبقيت ملساء, وغير خلط مضاديDoxycyclin+Rifampicin طور المستعمرات الى الطور الخشن الفاقد للامراضية . • ثبط مضاديDoxycyclin+Rifampicin انتاج انزيمات Catalase ,Urease ,Oxidase ,Nitrate reductaseمن قبل البروسيلا المالطية والمجهضة عند استخدامها بصورة مفردة وخلطية • جاء التاثير الخلطي لمضادات Doxycyclin+Rifampicin تازريا في مكونات عديد السكرايد الشحمي عندما خفض نسبة المكونات السكرية والدهنية في مستخلص عديد السكرايد الشحمي بطوره المائي والفينولي لتبلغ المكونات السكرية للمستخلص(147,144) مكغم/مل للبروسيلا المجهضة بطورها المائي والفينولي وعلى التوالي و(145,138)مكغم/مل للبروسيلا المالطية وبطوريها المائي والفينولي . ومقارنة مع معاملة السيطرة(172,189) مكغم/مل بطوريها المائي والفينولي . اما المكونات الدهنية فبلغت لمستخلص البروسيلا المجهضة (60.6,56.5 )مكغم/مل بطوريها الفينولي والمائي وعلى التوالي ولمستخلص البروسيلا المالطية (44.4,36.3 )مكغم/مل وعلى التوالي لطوريها الفينولي والمائي ومقارنة بمعاملة السيطرة للبروسيلا المجهضة (82.1,77.3) مكغم/مل وللبروسيلا المالطية(92.1,64.6) مكغم/مل بطوريها الفينولي والمائي وعلى التوالي .• تبين قدرة كل من البروسيلا المالطية والمجهضة على تكوين عوامل الالتصاق بانواعـــــــــــها الثلاثة (CAF/I, CAF/II ,CAF/III), فضلا عن تكوينها لانواع اخرى من عوامل الالتصاق تم الكشف عنها وبطرائق محورة . كما استطاعت المضادات الحيوية المستخدمة خــــــــــلطا (Doxycyclin+Rifampicin )من منع خلايا البروسيلا عن تكوين هذه العوامل كافة.• اثر استخدام مضادي Doxycyclin+Rifampicinخلطا على خفض عدد خلايا البروسيلا الملتصقة بسطوح الخلايا الطلائية مسببا خفض اعدادها لتبغ معدل عدد الخلايا للبروسيلا المجهضة 6, وللبروسيلا المالطية 3 مقارنة بمعاملة السيطرة 51 و55 وعلى التوالي .• تسبب معاملة البروسيلا بمضاديDoxycyclin+Rifampicin خلطا خللا في نفاذية غشائها الخلوي السايتوبلازمي ونضوحا لحامضها النووي عندما بلغ طيف الامتصاص حامضها النووي(2.21,2.33) لكل من البروسيلا المجهضة والمالطية وعلى التوالي ومقارنة بمعاملة السيطرة(0.72,0.73). | Two types of Brucella isolated from human included Br. abortus and Br. melitensis were determine there biotype, Antibiotic sensitivity and MIC for some antibiotic used for brucellosis treatment were applied.mixed affect of antibiotics at concentrations of sub MIC on the growth and on cellular containt of brucella represented by enzymatic activity, cellular membrane permeability lipopolysaccharide contents,colony phase,colony adhesion factor beside adhesion on epithelial cells to brucella.the results showed that biotype 7 from Br.abortus and biotype 3 from Br. melitensis were the dominant isolated. All isolated of Br . abortus , Br. melitensis sensitive completely to gentamycin, kanamycin ,tobramycin, naldixic acid while its resistantto lincomycin ,rifampicin ,cephlothin , doxycyline The MIC to doxycycline,tetracycline,streptomycine,erythromycine,rifampicin were ( 40 , 40 , 10 , 10 ,5 ) g/ml respeactivelly.There was a synergistic effect on bacterial growth when the following antibiotics mixed as follow : ( doxycyline - rifampicin , erythromycin - rifampicin , rifampicin - tetracycline , erthromycin - tetracycline )The doxycycline had changed the colony from smooth phase to intermediate phase while the rifampicin had not affect the smooth phase . The mixed affect of doxycylin _ rifampicin have changed the smooth colonies to rough colonies .Both doxycyline , rifampicine inhibited the activity of catalase , urease , oxidase , nitrate , reductase that produced by Br. abortus and Br.melitensisThe synergistic effect of doxycycline and Rifampicin on the content of lipopolysaccharide.The mixed effect of antibiotic caused a decrase in the polysaccharides in aqueous and phenolic phases .In this case it gave a values (144,147) g/ml for Br. abortus and (138,145) g/ml for Br. melitensis in comparison with contral with read to(172,180.1) g/ml to aqueous and phenolic extraction respeactivelly. While the lipid content showed value of (60.6,56.5) g/ml for Br. abortus and (44.4,36.3) for Br. melitensis in comparison with control that gave a values (82.1,77.3) g/ml for Br. abortus and (92.1,64.6) for Br. melitensis in aqueous and phenolic phases respeactivelly .Both Br.abortus and Br. melitensis had ability to from colony adhesion factor(CAF/I,CAF/II,CAF/III) in addition to another colony factors(i.e CAF/III) that had modified due to presence of tannic acid. The mixed effect of doxycycline - Rfampicin inhibit the formation of these factor.The mixed effect of Doxycycline - Rifampicin causesd a decrase of brucella adhesion on the epithelial cell surface.The average of Br. abortus (6) and Br. mlitensis(3) in comparison with control 51,55 cell/filed respectively.The mixed effect of Doxycycline - Rifampicin caused a defeact in cytoplasmic membrane permeability hance the absorbance of Naldaxic acid a values 2.21,2.33 for Br. abortus and Br.melitensis in comparison with acontrol that showed avalues 0.72,0.73 respectivelly.

التحديد الجزيئي لجين مقاومة مضاد الفنكومايسين في انواع جنس الانتيروكوكس والعنقوديات الذهبية == Molecular Detection of Vancomycin Resistance Gene in Enterococcus Spp. and Staphylococcus aureus

Author name: هادي حسين عباس القريشي
Supervisor name: انتصار ناظم خلخال | زهير نعمان حمد العاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تشكل البكتريا التابعة لجنس Enterococcus جزءا مهما من النبيت الطبيعي للقناة الهضميه ،تجويف الفم والمهبل ، وقد برزت في الوقت الحاضر كممرضات مكتسبة من المستشفيات ،وعدت E.faecalis & E.faeciumالانواع العوامل الرئيسه لاصابات المستشفى الحادة ضمن جنسEnterococcus ذات الصلة بالالتهابات الخطرة ويحدث فشل علاج هذه الالتهابات بسبب المقاومة الداخلية (المتاصلة) والاخرى المنتقلة للادوية والعقارات المستخدمة .لذا فقد صممت الدراسة الحالية للكشف عن حركة وانتقال جينات المقاومة ضمن الانواع التابعة لجنس Enterococcus وS.aureus كمكورات موجبة لصبغة غرام(Gram positive) مسببة لاصابات المستشفيات.امكن تقسيم هذه الدراسة الى جزئين رئيسين : الاول : الجانب البكتريولوجي : جمعت (705) عينة ادرار من مصابين بالتهابات المسالك البولية(UTI) من ثلاثة مستشفيات(الكندي التعليمي،ابن البلدي والشهيد الصدر) في مدينة بغداد خلال اربعة اشهر للفترة من(شباط - ايار2014). وقد بينت النتائج ان (105) عزلة منها تعود للجنس Enterococcus.كما تم الحصول على (299) عزلة لبكتريا S.aureus من مجموع (413 )مسحة جروح وحروق .شملت الدراسة مرضى من كافة الفئات العمرية ومن كلا الجنسين.شخصت العزلات العائدة لجنس Enterococcus باجراء اختبارات تمهيدية من خلال زرع العزلات على اوساط تفريقية (Azide blood agar) وملونة (chromo agar UTI orientation ) واخرى محورة(modified media) .كما اجريت اختبارات تاكيدية لتشخيص العزلات الى مستوى النوع وهي : vetik 2 system فضلا عن استخدام بوادئ متخصصة لجينات(primers) ddl للنوعين E.faecalis E.faecium and .لذا امكن تمييز(55)عزلة تعود للنوع E.faecalis(% 7.8) و(50)عزلةشخصت كونها تعود للنوع E.faecium(% 7.1).اما عزلات S.aureus فقد زرعت على وسط اكار المانيتول الملحي (mannitole salt agar)كاختبار تمهيدي لتشخيص العزلات بانها تعود للنوع aureus، ولتاكيد التشخيص فقد تم تنمية العزلات على اوساط اختيارية عالية الدقة والخصوصية شملت(chromoagar S. aureus and chromoagar MRSA) اذ تعتمد نتيجة التشخيص هنا على طبيعة التفاعل الملون بين انزيمات الكائن المجهري المراد التحري عنه وبعض المتفاعلات (reagents) على مثل هكذا اوساط زرعية فضلا عن استخدام (femA gene) البادئ المتخصص بهذا الجين، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات(299) كانت تعود للنوع ستاف اوريس (162) من عزلات الحروق و(137) من عزلات الجروح.كما اظهرت النتائج ان (135) عزله (100%) كانت مقاومة للمثيسيلين (82) من عزلات الحروق اي مايعادل(60.7%) و(53) من عزلات الجروح اي مانسبته (39.3%).تم التحري عن حساسية جميع عزلاتE.faecium and E.faecalis تجاه المضاد الحيوي فانكومايسين بطريقة Disc diffusion method فضلا عن تحديد التركيز المثبط الادنى (MIC) وقد بينت النتائج ان (20) عزلة من النوع E.faecalis و(20) اخرى من النوع E.faecium كانت بين مقاومة ومتوسطة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وقد تم تاكيد النتائج بعد زرع هذه العزلات على الوسط الخاص ببكتريا Enterococcus المقاومة لمضاد الفانكومايسن ((VRE medium،اذ ظهرت المستعمرات بلون وردي مقارنة بالعزلات الحساسة لهذا المضاد والتي تظهر مستعمراتها بلون ازرق .واظهرت (13) عزلة لبكيريا ستاف اوريس مقاومة واضحة تجاه مضاد الفانكومايسين وحددت قيم (MIC) . عزلت بلازميدات المقاومة للفانكومايسين من عزلاتEnterococcusوS. aureusالمقاومة لهذا المضاد بطريقة (plasmid profile) method plasmid extraction وبينت النتائج ان جميع هذه العزلات تحتوي بلازميدات مختلفة الحجام من حيث عدد ازواج القواعد النتروجينية ( Kbp ). ثانيا : الجانب الجزيئي : شخصت عزلاتE.faecalis and E.faecium باستخدام بوادئ متخصصة للجين (ddl) لكلا النوعين كذلك بادئ متخصص للجين fem A لعزلات S. aureus كما استخدمت بوادئ متخصصة للجينات (VanS,R,A and B) ل(40) عزلة لكلا نوعي جنسEnterococcus المقاومة للفانكومايسين واستخدمت نفس البوادئ مع ( 13 ) عزلة S. aureus كانت مقاومة لهذا المضاد . ولتحديد تعاقبات جينات( van R,S and A) للعزلات قيد الدراسة فقد ارسلت نواتج عمليةPCR الى(NCBI) في الولايات المتحدة الامريكة، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات التابعة للنوعين(E.faecalis and E. faecium) كانت تمتلك جينات (Van R,S,and A) المسؤولة عن صفة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وكانت حجوم هذه الجينات1094,733 bp)،650) بالتعاقب ،ولم يتم الكشف عن الجين B في عزلات Enterococcus لكلا النوعين. امكن استنتاج النقاط الاتية من الدراسة الحالية : 1 - اكتسبت عزلات S. aureusالمقاومة نوعA تجاه مضاد الفانكومايسين ، كما ظهر انها تمتلك جينات Van S and R.2 - كانت المقاومة للفانكومايسن في جميع العزلات قيد الدراسة والمقاومة للفانكومايسين هي صفة بلازميدية بسبب فقدانها بعد عمل Curing .3 - اظهرت عملية اجراء التعاقبات للجينات Van S,R and A لعزلات Enterococcusاظهرت تطابقا بم يقارب (99%) مع الجين المرجع من جهة ومع بعضها الاخر من جهة اخرى.4 - بينت تعاقبات جيناتS. aureus (99%) تطابقا مع مثيلاتها في عزلات Enterococcus.5 - كان مصدر المقاومة لمضاد الفانكومايسين هو من عزلات Enterococcusومنها انتقلت صفة المقاومة لعزلات S. aureu | Enterococci form a part of the normal flora of the intestinal tract, oral cavity and the vagina. In recent time; they have become emerged as a nosocomial pathogens. Among Enterococcus genus; Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis are the main causative agents for serious relevant nosocomial infections. The therapeutic failure of enterococcal infections are mainly due to the intrinsic as well as transferable drug resistance,so the current study have been performed to detect the movement or transfer of resistance genes among Enterococcus sp.and Staphylococcus aureus (S.aureus) as a nosocomial Gram - positive cocci. This study could be divided into two aspect : I : Bacteriological aspect : During the period from February / 2014 to May / 2014, one hundred and five enterococcal isolates were isolated from a total of (705) urine samples collected from patients with urinary tract infections (UTI) who attended to three hospitals ( Al - Kindy teaching hospital, Ibn - Al - Balady and Al - Shaheed - Al - Sader ) at Baghdad city .Also 299 isolates of S. aureus were obtained from 413 wound and burn swabs . Patients included in this study were from all age groups and of both genders .The Enterococcus isolates were diagnosed by using the preliminary tests (azide blood agar,chromogenic that included chromoagar UTI orientation , VRE chromagar and modified media). As well as confirmative tests have been conducted for identification of Enterococcus to species level; these tests included vitek 2 System and ddl E.faecalis and ddl E.faecium gene primers ,therefore (55)7.8% isolates were identified as; E.faecalis while (50) 7.1% isolates were detected as E.faecium from 705 urine sample .S.aureus have been diagnosed by preliminary test by culturing the suspected isolates on mannitol salt agar then confirmative test were carried out ; by employing high specialized and accurate chromogenic S. aureus media ( chromagar S. aureus ) , also some of S. aureus isolated identified by vitek 2 system, and other isolates identified by house keeping gene primer special to S. aureus (Fem A gene) ,the results have been shown that;(299)isolates were identified as S. aureus from 413sample was included 232 burn and 181 wound samples . Also from 299 of S. aureus that included 162 isolates from burn and 137 isolates from wound, 135(100%) isolates was methicillin resistance after inoculcated on chromagar MRSA was included 82(60.7%) burn isolates and 53(39.3%) wound isolates. E. faecalis and E. faecium isolates were screened for their antibiotic resistance against vancomycin by disc diffusion test (Kirby - Bauer) method and determination MIC,the results have revealed that (20) isolates of E. faecium and (20) isolates of E.faecium were between resistant and intermediate resistance to vancomycin antibiotic and these results were ensured by culturing of VRE isolates on VRE medium and the colonies showed pink color compared with vancomycin sensitive isolates which appeared blue. As well as the results were showed that (13) isolates of S. aureus were resistant to vancomycin when tested for vancomycin sensitivity and MIC value. Plasmid have been extracted and isolated from those (40) isolates of E.faecalis , E.faecium and 13(8.5%) isolates of S. aureus that were resistant to vancomycin included 8 ( 4.9%)isolates from burn and 5(3.6%) isolates from wound . the results have been showed that all of VRE and S. aureus were contained plasmids with multiple size of Kbp.II; Molecular aspect : E.faecalis and E.faecium have been identified by using the ddl gene primers of both E.faecalis and E.faecium , as well as fem A gene primer of S. aureus . Van S,R, Aand B primer genes special to 40 isolates of Enterococcus that resistant to vancomycin were detected by MIC determination,as well as we used the same primers genes that special to Enterococcus to S. aureus which were resistant to vancomycin and the PCR product were sequencing to comprised each of Van S,R,and A genes in both of bacterial species shown that the results were ,all isolates of E.faecium and E. faecalis should have Van R/S and A genes which were responsible for vancomycin resistance and the size of these genes 650 bp,1094bp and 733bp respectively, no van B gene resistance had been detected among all isolates of Enterococcus of both species . and the conclusion from this study was : - S. aureus gained resistance toward antibiotic vancomycin type A, S. aureus was also harboring van R and VanS genes . - Vancomycin resistance in all isolates of Enterococcus and S. aureus. was a plasmid born character since it has been lost and upon curing of the plasmid - Sequencing of Van R,S and A genes in Enterococcus have shown 99% of alignment with reference gene on one hand with each other on other hand - Sequencing of resistance genes in S. aureus have show 99% alignment with those of Enterococcus . - Members of genus Enterococcus are the source of Vancomycin resistance and from which it transfer to S. aureus. - Vancomycin resistance is a plasmid born characters since it was lostduring curing process using acridine orange.

تاثير بعض الاحياء الدقيقة والمركبات الكيميائيه ومستخلص زيت بذور نبات الحنظل في نمو وتكوين الغشاء الحيوي لخميره المبيضات (Candida albicans) == Effect of some Microorganisms,Chemical Compounds and Citrullus colocynthis Seed Extract on the Growth and Composition of the Biofilm of (Candida albicans)

Author name: نـور ناجي حسن
Supervisor name: عبد العزيز مجيد الكبيسي | فياض شريف
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدف البحث دراسة تكوين الغشاء الاحيائي من قبل عزلات سريرية محلية لخميره المبيضات Candida albicans ، تاثيرات مستخلص زيت بذورنبات الحنظل والمعروف باسم التفاح المر Citrullus colocynthis وتضاد الخميرة Saccharomyces cerevisiae والبكتريا Lactobacillus spp. في نمو وتكوين الغشاء الحيوي من قبل الخميره C. albicans بالمقارنة مع المضادات الحيوية الفطرية Amphotericin B وNystatin وFluconazole. من بين 50 عزلة جمعت من مرضى يعانون انواع مختلفة من اصابات محتملة بداء المبيضات من مستشفى ابن البلدي للاطفال والامومة ومستشفى بغداد التعليمي التابع لمدينه الطب في بغداد ، تبين وجود 35 عزلة موجبة لخميره Candida. عشرون عزلة (57.14%) كانت للفطر C. albicans ، 6 عزلات (17.14%) C. glabrata ، 4 عزلات (11.42%) C. tropicalis ، 3 عزلات (8.57) C. lusitariae ، عزلتان (5.71) للفطر C. lipolytica . التراكيز الدنيا المثبطة لنمو 5 عزلات من الفطر C. albicans من المضادات الحيوية Amphotericin B وNystatin وFluconazoleكانت 16 - 8 مكغم/مل ، 64 - 32 مكغم/مل و1024 - 256مكغم/مل على التوالي. نمو جميع العزلات الخمسة للخميره C. albicans كانت حساسة لـتركيز 0.1 ،6 ،10 و100 ملغم/مل من مستخلص بذور نبات الحنظل بمناطق تثبيط نمو باقطار 13 - 14،15 - 17،17 - 19 و19 - 22 ملم على التوالي. كما ثبط راسب خلايا خميره S. cerevisiae نمو بعض عزلات الفطر C. albicans بينما لم يثبط راسب ولرااشح مزرعة خلايا البكتريا Lactobacillus spp. نمو الفطر. تم تقدير كميات الغشاء الحيوي للفطر C. albicans بطريقتي Congo - Red Agar وTissue Culture Plate method - Crystal Violet Staining والتان اظهرتا توافقا عاليا وبينتا قدرة 17 عزلة من الفطر C. albicans على تكوين الغشاء الحيوي سميت 5 منها انها موجبة و12 متوسطة و3 سالبة مقارنة بمعاملتي المقارنة الموجبة والسالبة. خفض المضاد الحيوي Flucanozol (250 - 1000 مكغم/مل) ومستخلص بذور نبات الحنظل (6 و10 ملغم/مل) تكوين الغشاء الحيوي للفطر الى مستوى المقارنة السالبة. كما خفض الراشح (OD 0.141) والراسب (OD 0.160) لخميرة S. cerevisiae والراشح (OD 0.161) لبكتريا الاكتو تكوين الغشاء الحيوي للفطر بنسبة حوالي 50% من المقارنة الموجبة (OD 0.370) و50% من تاثير المقارنة السالبة (OD 0.070). | The current study aimed to studying biofilm formation by local clinical isolates of Candida albicans ,the effect of the medicinal plant Citrullus colocynthis seed extract commonly known as (Bitter apple) and antagonistic activity of the yeast Saccharomyces cerevisiae and the bacteria Lactobacillus spp. on growth and biofilm formation by C. albicans compared to the antifungal antibiotics Amphotericin B, Nystatin and Fluconazole. Out of 50 clinical samples were collected from patients suffering from variety of suspected Candida infections in Ibn - Balady children and maternity hospital and Baghdad teaching hospital(Medical City) in Baghdad, 35 were positive for Candida species. Twenty isolates (57.14%) were identified as C. albicans ,6 isolates (17.14%) C. glabrata,4 isolates (11.42%) C. tropicalis,3 isolates (8.57) C. lusitariae,and 2 isolates (5.71) C. lipolytica. The minimum inhibitory concentration ( MICs) of Amphotericin B tested on five isolates of C. albicans ranged between 8 - 16 µg/ml, Nystatin 32 - 64 µg/ml and Fluconazole 256 - 1024 µg/ml. The growth of all five isolates of C. albicans were shown to be sensitive to Citrullus colocynthis seed extract with inhibition zone of 13 - 14,15 - 17,17 - 19 and 19 - 22 mm at concentrations 0.1,6,10 and 100 mg/ml respectively. The cellular lysis of S. cerevisiae inhibited growth of some isolates of C. albicans ;however, neither cellular lysis nor cell - free supernatant of Lactobacillus spp. showed inhibitory activity. Biofilm of C. albicans was quantified by Congo - Red Agar Method and Tissue Culture Plate method - Crystal Violet Staining which were shown to be highly correlated and revealed presence of 17 biofilm - forming isolates,5 termed positive and 12 moderate while 3 were negative compared to positive and negative controls. Flucanozol (250 - 1000 µg/ml) and Citrullus colocynthis seed extract (6 and 10 mg/ml) reduced biofilm formation down to the negative control level. Both cell - free supernatant (OD 0.141) and cellular lysis (OD 0.160) of S. cerevisiae and cell - free supernatant (OD 0.161) of Lactobacillus sp. reduced Candida biofilm formation about 50% of the positive control (OD 0.370) and about 50% of the effect of the negative control (OD 0.070).

التعرف على بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثيسيلين من العينات السريرية باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل والتحري عن حساسيتها للسفتارولاين ولمضادات حيوية اخرى == Identification of Methicillin Resistance Staphylococcus aureus (MRSA) from Clinical Samples Using PCR Techinque and Detection of Its Susceptibility to Ceftaroline and other Antibiotics

Author name: نور ماجد عبد الله الدليمي
Supervisor name: امنة نصيف جاسم | عباس عبد المعيد مصطفى
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: ﺷﻤﻠﺖ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ جمع ( ٢٢۰ ) عينة من Hospitalized Patients في مستشفى بغداد التعليمي في مدينة الطب (العراق/ بغداد)، خلال الفترة من شهر تشرين الثاني /٢۰۱٣ الى شهرنيسان/ ٢۰١٤. تضمنت العينات )۷۰) مسحة من الحروق ، (٥٦) عينة دم،(٥٤) مسحة من الاذن، (٤۰) عينة ادرار. ﺍﻅﻬﺮﺕ ﺍﻟﺩﺭﺍﺳﺔ ﺍﻥ۱۰۸) ٤۹٫۰٣٪ (من العزلات تعود الى جنس Staphylococcus aureus حيث اعطت نتيجة موجبة لفحص الانزيم المخثر للبلازما (Coagulase - Positive Staphylococci) COPS،في حين اعطت ۱۱٢ )٥۰٫۹٪(من العزلات نتيجة سالبة لفحص الانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci )CONS .من بين ۱۰۸ عزلة بكتيرية من COPS شخصت۸٥ )۷۸٫۷٪( عزلة بكتيرية على انها بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثسيلين MRSA ) ( methicillin resistance Staphylococcus aureus طبقا لاختبار الحساسية للمضادات الحياتية وجهاز الفايتكvitek system،بينما شخصت ٢٣ )٢۱٫۹٪( عزلة بكتيرية على انها بكتريا العنقوديات الذهبية الحساسة للميثسيلين methicillin sensitive Staphylococcus aureus) MSSA . تم تحديد اختبار الحساسية لعزلات المكورات العنقودية لعشرة من مضادات الحياة باستخدام طريقة الانتشار بالاقراص،وكانت نسبة مقاومة بكتريا المكورات العنقودية للمضادات كالاتي : جنتامايسين ٦۰ )٥٥٫٥٦٪( ,ارثرومايسين ۷۰)٦٤٫۸١٪(،كلندامايسين ۸١)۷٥٪( ,سيفوكستين ۸۹)۸٢٫٤١٪( ,كلورامفينيكول وبنسيلين جي ۹۰)۸٣٫٣٣٪( ,اوكزاسلين ۸٦)۷۹٫٦٣٪(،فانكومايسين ٢٤ )٢٢٫٢٢٪(،واخيرا الميثسيلين ۸٥)۷۸٫۷۰٪(.ﻭﻟﻘﺪ اﻅﻬﺮﺕ ﺍﻟﻨﺘﺎﺋﺞ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﺤﺼﻮﻝ ﻋﻠﻴﻬﺎ ﻣﻦ ﺍﺧﺘﺒﺎﺭ ﺍﻟﺤﺴﺎﺳﻴﺔ ﻟﻠﻤﻀﺎﺩﺍﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ انها ﻛﺎﻧﺖ ﻣﻘﺎﻭﻣﺔ ﻟﻠﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻀﺎﺩﺍﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﺍﻷﺧﺮﻯ ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔ اﻟﻰ للميثسيلين. نتائج جهاز الفايتك كانت متقاربة مع نتائج اختبار الحساسية للمضادات الحياتية لنفس المضادات التي استخدمت في كلا الاختبارين ،ماعدا نتيجة مضاد الفانكومايسين حيث كان الفرق بالنتيجة كبير ،كانت نسبة الحساسية للمضاد بواسطة الانتشار بالاقراص ٢٤ )٢٢٫٢٢٪(، بينما بواسطة جهاز الفايتك كانت النتيجة )۸٫٣٣٪(.السبب وراء الاختلاف بالنتيجة قد يعزى الى ظروف الاختبار ونوعية التقنية المستخدمة. اعلى نسبة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثسيلين عزلت من عينات الجروح ،حيث بلغت هذه النسبة (۹٣٫۸۷٪)،في حين اقل نسبة من هذه االبكتريا عزلت من عينات الادرار ،حيث بلغت النسبة (٥۰٪). اجري تشخيص تاكيدي للعزلات باستخدام تقنية تفاعل سلسلة البلمرة لمعرفة عائديتها الى نفس النوع من البكتريا عن طريق تضخيم جينmecA ،واظهرت ۸٥ عزلة بكتيرية نتيجة موجبة تفيد باحتوائها على هذا الجين. في الدراسة الحالية، مضاد السفتارولاين هو المضاد المثالي للعلاج، بسبب فعاليته القاتلة ضد بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثسيلين .حيث اختبرت فعاليتة وتاثيره عللى ۸٥ عزلة من البكتريا المقاومة للميثسيلين،كل العزلات التي اختبرت كانت حساسة لهذا المضاد.تم تحديد اختبار التركيز المثبط الادنى MIC لعزلات المكورات العنقودية الذهبية لمضاد السفتارولاين,۸١( ۹٥٫٢۹٪) عزلة كانت قيمة ال MIC لها ۰٫٥مايكروغرام/مل ، ٣ (٣٫٥٢٪) ثلاث عزلات كانت قيمة ال MIC لها (۰٫٢٥مايكروغرام/مل) , و۱(۱٫۱۷٪) عزلة واحدة كانت قيمة ال MIC لها (۰٫١٢ مايكروغرام/مل) . اظهرت النتائج ان قيم تركيز المثبط الادنى للمضاد قد تراوحت بين (۰٫٥ - ۰٫١٢ مايكروغرام/مل). | Two hundred and twenty clinical samples were collected from hospitalized patients in Baghdad Teaching Hospitals in Medical City (Baghdad /Iraq), during the period From November/ 2013 to April /2014. The samples included : (70) burn swab, (56) blood, (54) ear swab, and (40) urine sample. It was found that (49.03%) of the 108 isolates, which belong to Staphylococcus aureus, were diagnosed as coagulase - positive staphylococci (COPS); while 112 (50.9%) of clinical samples were coagulase negative (CONS). From the collected clinical samples that gave positive result in coagulase (108) there 85(78.7%) of it was (MRSA) methicillin resistance S. aureus according to sensitivity test and vitek 2 system. The rest were (MSSA) methicillin susceptible S. aureus 23(21.9%). The pattern of antibiotic susceptibility of S. aureus isolates included 10 antibotics (Gentamycin, Erythromycin Clindamycin, Cefoxitin, Chloramphenicol, Penicillin G, Oxacillin, Vancomycin, Tetracycline, and Methicillin), which determined using disc diffusion method. There were a variable resistance percentage for the rest of antibiotics : Gentamycin 60 (55.56%), Erythromycin 70(64.81%), Clindamycin 81 (75.00%), Cefoxitin 89 (82.41%), Chloramphenicol and Penicillin G, 90 (83.33%), Oxacillin 86 (79.63%), Vancomycin 24 (22.22%), and Methicillin 85 (78.70%) . The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that MRSA isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The results of vitak - 2 were closely with those obtained from sensitivity test for all antibiotics that used in both tests, except vancomycin; the percentage of vancomycin in disk diffusion was 24 (22.22%), while the percentage in vitek system was 9 (8.33%).The reason behind the difference in results is attributed to the conditions of tests used and type of techniques. The highest percentage of MRSA isolate was from burn samples; it was 93.87%, while the lower percentage of MRSA isolate was from urine samples (50%). A confirmatory test was carried out for the selected isolates using PCR technique for further characterization up to the species level by the amplification of mecA gene (Staphylococcus aureus specific gene) and all the isolates are found to be positive for the presence of mecA gene. In the present study, ceftaroline is a drug of choice, because of its bactericidal activity against Methicillin - resistant S. aureus .The effectiveness of the ceftaroline antibiotic is being tested on 85 isolates of Methicillin - resistant S. aureus (MRSA); all isolates were sensitive to ceftaroline. The pattern of minimum inhibitory concentration of MRSA isolates to ceftaroline, was determined using MIC method. For 81 (95.29%) MRSA isolates the MIC (0.5 µg/ml), 3 (3.52%) MRSA isolates the MIC (0.25 µg/ml), and 1(1.17%) MRSA isolate the MIC (0.12 µg/ml). The results revealed that MIC range from (0.5 µg/ml - 0.12 µg/ml) respectively.

ترافق بعض مجاميع الدم البشرية واضدادها مع مرض السكري النمط - 1 للانسان == Association of some human blood groups and antibodies with type - 1 diabetes

Author name: نور عبد الاله خليل حسين
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة 126 نموذجا لمرضى السكري النمط ـ1 (T1D) Type - 1 Diabetes قورنت بـ 100 نموذجا لاصحاء مقاربة بالعمر والجنس مع المرضى. اهتمت الدراسة في ايجاد ترددات مجاميع الدم A وB وO وAB وLe(a+b - )وLe(a - b+) وLe(a - b - )و MMوMN وNNوSS وSsوss فضلا عن دراسة عيارية الاضداد للمرضى والاصحاء اذ استعملت طريقة تنميط مجموعة الدم ABO وLewis وMNSs واستعمل فحص تثبيط التراص لتحديد قابلية الافراز للنمط Le(a - b - ). جاءت النتائج لتشير الى زيادة ملحوظة في تردد مجموعة الدم O ، اذ كانت 39.68% في المرضى و28% في الاصحاء (مربع كاي 7.097 وباحتمالية P<0.01 ). فيما صاحب تردد مجموعة الدم A انخفاضا ملحوظا في المرضى فكان 20.63% اما في الاصحاء فكان 37% (مربع كاي 6.159 واحتمالية P<0.05) .اما مجموعة الدم B فظهرت بتردد 28.57% في المرضى و23% في الاصحاء (مربع كاي 3.615 واحتمالية P<0.05). وانخفض تردد مجموعة الدم AB انخفاضا طفيفا في المرضى عنه في الاصحاء ، اذ كان في المرضى 11.11% و12% في الاصحاء وبفرق غير معنوي (مربع كاي 0.804).ولوحظ دور المجموعة Le(a+b - ) في القابلية لاحداث المرض ، اذ بلغ ترددها في المرضى 30.95% فيما كان في الاصحاء 21% واشار التحليل الاحصائي الى وجود فروق معنوية لهذا الفرق (مربع كاي 5.882 واحتمالية P<0.05). واظهرت المجموعة Le(a - b - ) دورا هاما في قابلية الاصابة بالمرض وبتردد بلغ 18.25% في المرضى و11% في الاصحاء (مربع كاي 4.604 واحتمالية P<0.05). في حين اظهرت المجموعة Le(a - b+) دورا مقاوما للمرض.وقد تبين دور الافراز في احتمالية الاصابة بالسكري النمط ـ1 وذلك بارتفاع تردد الفارزين عن غير الفارزين ، فقد كان في المرضى 69.56% على حين كان في الاصحاء 45.45% وبمعنوية عالية (مربع كاي 11.601 واحتمالية P<0.01). اما مجموعة غير الفارزين فاظهرت مقاومة للاصابة بالمرض.لقد برز دور مجموعة الدم MNSs في المرض ، اذ بلغ تـردد المجمـوعة MN في المرضى 55.55% مقارنة بالاصحاء 41% (مربع كاي 6.377 واحتمالية P<0.05). وقد لعبت المجموعة Ss دورا في المرض وبتردد 23.80% في المرضى مقارنة بتردد 11% في الاصحاء (مربع كاي 7.067 واحتمالية P<0.01)، على حين كانت بعض مجاميع دم MNSs مقاومة للمرض. درست عيارية الاضداد للانماط الدموية تحت الدراسة وقد لوحظ من نتائج الدراسة وجود ارتباط بين بعض المجاميع الدموية وعيارية الاضداد الضادة لكريات دم الارنب Anti - rabbit red blood corpuscles antibodies في مصول مرضى السكري النمط ـ1 مقارنة بالاصحاء اذ استعمل اختبار التحري عن عيارية الاضداد الضادة لكريات دم الارنب. كان النمطين A وAB اكثر الانماط اظهارا لعياريات عالية ، اذ بلغت في المجموعة A 1949.5 ± 938.7 . اما في المجموعة AB قد كانت 1940.6 ± 1331.3 مقارنة بالاصحاء والتي بلغت 1487.6 ± 1237.5 في المجموعة A و714.7 ± 510.4 في المجموعة AB وكان التحليل الاحصائي ذا شان (قيمة T 35.844 واحتمالية P<0.01) و(قيمة T 167.78 وباحتمالية P<0.01) على التوالي.ان المجموعة Le(a - b+) ارتفعت فيها عيارية الاضداد الضادة لكريات دم الارنب ، اذ بلغت 1852.9 ± 948.7 في المرضى و1387.3 ± 1192.1 في الاصحاء (قيمة T 51.802 واحتمالية P<0.01).اما عيارية النمط Le(a+b - ) اذ بلغت 1824.8 ± 979.6 في المرضى و1091.1 ± 1088.8 في الاصحاء (قيمة T 40.816 وباحتمالية P<0.01).على حين كانت العيارية للنمط Le(a - b - ) هي 1444 ± 1069.6 في المرضى و1198.6 ± 742.6 في الاصحاء (قيمة T 63.470 وباحتمالية P<0.01). درس مورث الافراز Secretory gene بالنسبة الى عيارية الاضداد، قد كان غير الفارزين ذو عيارية ضادة لكريات دم الارنب عالية مقارنة بالفارزين اذ بلغت في المرضى 2052.6 ± 1557.2 مقارنة بالاصحاء البالغة 1386.7 ± 794.9 (قيمة T 172.65 واحتمالية P<0.01).اما ما يخص مجموعة الدم MNSs ، فقد اظهر النمط MN عيارية مرتفعة والبالغة 1815.3 ± 962.9 وقد افترقت عن مثيلاتها في الاصحاء فكانت 1379.9 ± 1142.5 (قيمة T 162.09 واحتمالية P<0.01).كانت المجاميع O وLe(a - b - ) وLe(a+b - ) ومجموعة الفارزين والانماط MN وSsاكثر Relative risk للمرض اذ بلغت خطورتها النسبية 1.4 و1.7 و1.5 و1.5 و1.4 و2.2 على التوالي. | A total of 126 type - 1 diabetics and an age and sex comparable 100 healthy subjects were studied . The study dealt with finding the frequency of ABO , Lewis , MNSs blood groups in these subjects , besides the frequency of secretors and non - secretors were investigated.Further more , the anti - rabbit antibody immune response among diabetic and healthy subjects was investigated .The frequency distribution of ABO showed the followings :  A significant increase in O - blood group distribution was recorded : 39.68% in patients versus 28% in control (Chi2 7.097 , P< 0.01 ) . A significant decrease in patients A - blood group frequency was seen 20.63% in patients versus 37% in control (Chi2 6.159 , P<0.05 ) . A slight increase in B - blood group frequency in patients was observed (28.57%) compared to control (23%) (Chi2 3.615 , P< 0.05 ) . Likewise , AB - blood group showed a frequency of 11.11% in patients compared to 12% in the control .On the other hand , the frequency distribution of Lewis blood group showed : Le ( a+ b - ) Patients frequency was 30.95% versus 21% in control (Chi2 5.88 , P<0.05 ) . while Le ( a - b - ) gave a patients frequency of 18.25% versus 11% in control ( Chi2 4.6 , P<0,05 ) .Le ( a - b+ ) demonstrated a resistant distribution compared to control .The fraction of secretors among Le ( a - b - ) gave 69.56% versus 45.45% in healthy controls ( Chi2 = 11.6 , P<0.01 ) .The frequency distribution of MNSs blood group showed a role of MN , giving a frequency of 55.55% versus 41% in control (Chi2 = 6.37, P<0.05). Likewise , Ss gave a frequency of 23.80% versus 11% in control (Chi2 = 7.06 , P<0.01 ) .Nonetheless , some MNSs genetic types showed a decreased frequency in diabetics compared to controls .The immunological findings showed that there was an association between blood groups and anti - rabbit red blood cell antibody titers . A and AB were among the groups that gave an increase anti - rabbit red blood cell titers . The mean titer in A was 1949.5 ± 938.7 versus 1487.6 ± 1237.5 ( T 35.8 , P<0.01 ) , while the mean titer in AB was 1310.2 ± 646.3 in patients versus 714.7 ± 510.4 in controls (T 167.78 , P < 0.01).A statistically significant increase in anti - rabbit antibody titers was seen in Le ( a+b - ) and Le ( a - b - ) Lewis blood groups compared to controls .MNSs blood groups genetic types gave an increase in mean MN anti - rabbit antibody titers 1815.3 ± 962.9 versus 1379.9 ± 1142.5 ( T = 162.09 , P<0.01 ) .The relative risk in all blood groups was recorded O , Le ( a - b - ) , Le ( a+b - ) , secretors , MN and Ss showed a relatively increase risk giving a relative risks of 1.4 , 1.7 , 1.5 , 1.5 , 1.4 and 2.2 respectively .The novel findings were discussed based on the available data in the subject

تاثير مستخلص نبات ورق الغار واللاكتوفيرين على تكوين الغشاء الحيوي لبكتريا Proteus mirabilis المعزولة من المرضى حاملي انابيب القثطرة == The effects of Laurus nobilis leaf extract and lactoferrin on the formation of Proteus mirabilis biofilm in patients with urinary catheters

Author name: نور شكيب محمد
Supervisor name: ضمياء محمود ابراهيم
General topic: Biology
Specific topic: Life Science
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى عزل وتشخيص بكتريا Proteus mirabilis من قثاطـر المجاري البولية، وتم التحري عن بعض عوامل الضراوة (الغشاء الحيوي، الحركة المتموجة، ومقاومة المضادات الحيوية)، وكذلك دراسة تاثير بعض المنتجات (المستخلص الكحولي لورق الغار، واللاكتوفيرين) على عوامل الضراوة، ومن ثم دراسة جزيئية - وراثية لعامل الضراوة Fimbriae.جمعت (110) عينة ادرار من قثاطر المجاري البوليةCatheter من المرضى الراقدين في وحدة العناية المركزة في مستشفيات بغداد (مستشفى الجراحات البولية المتعددة/ مدينة الطب)،(مستشفى ابن القف لاصابات الحبل الشوكي ومستشفى الكندي التعليمي) للفترة من تشرين الاول/2013 ولغاية اذار/2014.زرعت عينات الادرار على وسط اكار الدم والماكونكي ووسطCLED agar Cysteine Lactose Electrolyte Deficient ، ثم اخضعت المزارع البكتيرية النامية الى الفحوصات المجهرية والكيموحيوية لغرض تشخيص بكترياProteus mirabilis ، وتم تاكيد التشخيص باستعمال عدة التشخيص الخاصة بالعائلة المعوية Vitek2 ، شخصت (14) عزلة باستعمال البطاقات GNI - Cards Gram Negative Identifecation الخاصة بجهازVitek2 والعزلات الستة شخصت بـ Analytic Profile Index API.اوضحت نتائج العزل والتشخيص ان هناك (82) عينة موجبة للزرع البكتيري بنسبة(74.5%) اما العينات السالبة للزرع البكتيري فكانت (28) عينة بنسبة (25.5%) ، تواجدت بكترياProteus spp في (20) عينة ادرار بنسبة (24.4%) وكانت بكترياProteus mirabilis تمثل (20) عزلة بنسبة (100%).تم التحري عن تاثير المضادات الحيوية في العزلات البكتيرية باستعمال بطاقةAST - Cards Antibiotics Sensitivity Tests اذ بينت النتائج تباين في مقاومة العزلات للمضادات الحيوية العشرين المختارة. فكانت جميع العزلات قيد الدراسة مقاومة بنسبة (80 - 90%) لكل من المضادات(Ampicillin - Piperacillin - Ticarcillin) ومقاومة بنسبة (70%) للمضادCeftazidime ونسبة(65%) للمضادCeftriaxone و(50%) للمضادCefepime ، ونسبة(35.7%) لكل من Ciprofloxacin وAztreonam ، اما بالنسبة للمضادات (Minocycline - Tigecycline - Nitrofurantoine) فكانت نسبة المقاومة (100%)، اما المضاد Trimethoprim فكانت نسبة المقاومة (85.7%) يليه مضادGentamycin بنسبة (78.5%)،ومضادTobramycin بنسبة(71.4%)، وAmikacin بنسبة(28.5%) ومن ثم مضادLevofloxacin بنسبة(14.2%)، فيما كانت العزلات جميعها حساسة بنسبة (100%) لمضاد Imipeneam، كما اظهرت العزلات مقاومة متعددة للمضادات الحيوية عندما قاومت (7 - 14) مضاد حيوي بنسبة (64.3%).اظهرت (20) عزلة من بكترياProteus mirabilis قابليتها على تكوين الغشاء الحيوي بنسبة ( (%100ولكن بدرجات متفاوتة، اذ اظهرت(10) عزلات وبنسبة(50%) انتاجية عالية للغشاء الحيوي، في حين كانت العزلات الاخرى ذات انتاجية واطئة للغشاء الحيوي.تم التحري عن قابلية العزلات ذات الانتاجية العالية للغشاء الحيوي للمقاومة المتعددة للمضادات الحيوية. وتبين من خلال النتائج ان العزلة P11 قد ابدت مقاومة الى (13) مضاد حيوي لتشكل اعلى نسبة مقاومة متعددة للمضادات (65%) في حين كانت اقل نسبة مقاومة (20%) وهي للعزلة P20 التي قاومت (4) مضادات.حضرت تراكيز متعددة من المستخلص الكحولي لورق الغار اذ تم اختبار تاثيره على العزلات البكتيرية (20) قيد الدراسة، لوحظ ان التركيز(200 ملغم/ مللتر) اعطى اعلى منطقة تثبيط (20ملم) بينما التركيز(6.25 ملغم/ مللتر) اعطى اقل منطقة تثبيط (10ملم). تم اختبار تاثير اللاكتوفيرين على عشرين عزلة من بكترياProteus mirabilis اذ بينت النتائج ان التركيز (200ملغم/ مللتر) اعطى منطقة تثبيط (7ملم) وكان هذا قبل عملية التنافذ الغشائي ، اما بعد عملية التنافذ الغشائي وتركيز حجمه الى النصف اعطى منطقة تثبيط (15ملم).تم تحديد التراكيز المثبطة الدنياMIC والتراكيز المثبطة لتكوين الغشاء الحيويBIC لكل من المستخلص الكحولي لورق الغار واللاكتوفيرين، اظهرت النتائج ان التركيز المثبط الادنى للمستخلص الكحولي لورق الغار واللاكتوفيرين كان (6.25, 100 ملغم/مللتر) على التوالي، اما التركيز المثبط لتكوين الغشاء الحيوي للمستخلص الكحولي واللاكتوفيرين كان (100,200 ملغم/ مللتر) على التوالي.تم اختبار تاثير تركيزBIC لكل من المستخلص الكحولي لورق الغار واللاكتوفيرين لتثبيط التصاق الغشاء الحيوي لبكترياProteus mirabilis بطريقة اطباق المعايرة الدقيقة، تراوحت نسبة التثبيط بين (8 - 43%) بالنسبة للمستخلص الكحولي لورق الغار، اما بالنسبة للاكتوفيرين فتراوحت نسبة التثبيط بين (18 - 59%).اعتمدت التراكيز المثبطة لتكوين الغشاء الحيويBIC لكل من المستخلص الكحولي لورق الغار واللاكتوفيرين في اختبار تثبيط التصاق الغشاء الحيوي في انابيب القثطرة لبكترياProteus mirabilis وكذلك لعدة انواع من البكتريا السالبة لصبغة كرام المعزولة من قثاطر المجاري البولية، حيث اظهرت النتائج ازالة واضحة للغشاء الحيوي من على انابيب القثطرة عند النظر اليها بالعين المجردة والمقارنة بالسيطرة.اختيرت خمس عزلات لبكترياProteus mirabilis والتي اعطت انتاجية عالية للغشاء الحيوي لغرض دراسة جزيئية وراثية للكشف عن عوامل الضراوة المسؤولة عن تكوين الغشاء الحيوي، حيث اعتمدت تقنيةPCR كوسيلة لايضاح احد اهم عوامل الضراوة وهي الاهلاب Fimbriae المسؤولة عن التصاق البكتريا على سطوح الاغشية الطلائية للمجاري البولية وعلى سطوح انابيب القثطرة التي تؤدي الى تكوين الغشاء الحيوي، اظهرت النتائج ان العزلات الخمسة التي تم اختيارها كانت جميعها تمتلك جينPMF (pmf A) المسؤول عن التشفير للاهلابFimbriae ، حيث ان حجم البادئ كان 618 للعزلات الخمسة حيث تم ترحيلها بنفس مسار الدليل الحجمي للقطعة600 واعطت نتيجة موجبة بنسبة (100%). | The aim of this study is to isolate and diagnose Proteus mirabilis bacteria from urethral catheters; some virulence factors were investigated such as : - biofilm, swarming movement and resistance to antibiotics. The effect of Lactoferrin solution and the alcoholic extract of Laurus nobilis on these virulence factors was investigated, then a molecular genetic study was performed to the some factors(fimbriae).110 urinary sample were collected from urethral catheters of patients who had admitted to the intensive care units in 3 hospitals in Baghdad(Surgical subspecialities hospital/ Medical city, Al - Kindy teaching hospital & Ibn Al - Kuff hospital) during the period between October 2013 & March 2014.Those urine samples were cultured using Blood agar media, MaCconkey agar media& CLED agar media, the colonies of the growing bacteria underwent microscopial & chemobiological examination to diagnose Proteus mirabilis , the diagnosis was confirmed using the diagnostic kit specific for enterobacteriacae Vitek 2; 14 strains were diagnosed using GNI cards and 6 others were diagnosed using API.The results of isolation &diagnosis revealed 82 positive samples in bacterial culture (74.5%) while negative samples were 28(25.5%). Proteus spp. Was present in 20 urinary samples (24.4%) and Proteus mirabilis represented 20 strains (100%).The effect of antibiotics on bacterial strains was investigated using AST - card and the results revealed differences in the resistance of strains to the 20 chosen antibiotics.All studied strains were resistant in 80 - 90% to Ampicillin, Piperacillin & Ticarcillin, 70% to Ceftazidime , 65% to Ceftriaxone, 50% to Cefipime,and 35.7% to Ciprofloxacin & Aztreonam, whereas the resistance to minocycline, tigecycline & Nitrofuratoin was 100% .The resistance to trimethoprim was 85.7%, to gentamycin was 78.5%, to amikacin was 28.5% and 14.2% to Levofloxacin.At the same time , all strains were sensitive to imipineam , while some strains have shown multidrug resistance to 7 - 14 antibiotics (64.3%).The 20 strains of Proteus mirabilis have shown an ability to form biofilm in a rate of 100% but with variable degrees. The Biofilm was highly produced by 10 strains (50%), the other 10 strains have shown low ability to produce the biofilm.The 10 strains with high rate of biofilm production were selected & compared according to the number of resisted antibiotics, the results have shown a highest rate of resistance (65%) in P11 strain as it was resistance to 13 antibiotics , whereas the P20 strain has shown the lowest rate of resistance (20%) as it was resistant to 4 antibiotic only.Multiple concentrations of alcoholic extract of Laurus nobilis were prepared & their effect on the studied dacteria strains was investigated. It was noticed that the concentration of 200 mg/ml had given the highest area of inhibition (20 mm) , while the concentration of 6.25 mg/ml had given the lowest area of inhibition (10 mm).The effect of lactoferrin solutio on the 20 strains of Proteus mirabilis was investigated and the results revealed that the concentration of 200 mg/ml had given an area of inhibition of 7 mm before performing solution dialysis whereas after dialysis and decreasing volume to the half, the area of inhibition increased to 15 mm.The minimal inhibitory concentration (MIC) , & the biofilm inhibitory concentration for both of alcoholic extract of Laurus nobilis & lactoferrin solution were quantified , and the results have shown that MIC of alcoholic exract of Laurus nobilis & lactoferrin was 6.25 & 100mg/ml respectively whereas BIC of alcoholic extract & lactoferrin was 100 & 200 mg/ml respectively.The effect of BIC of both alcoholic exract & lactoferrin on the inhibition of adhesion of biofilm of Proteus mirabilis was investigated using microtiter plate method , the rate of 18 - 59% for lactoferrin solution. The BIC of both alcoholic extract of Laurus nobilis & lactoferrin solution were adopted in investigating the inhibition of adhesion into catheter tubes of Proteus mirabilis and other types of gram negative bacteria isolated from urethral catheters.Five strains of Proteus mirabilis were selected according to their high rate of production of biofilm , for molecular & genetic study to discover the virulence factors responsible for biofilm production. PCR technology was used to demonstrate one of the most important virulence factors which is (fimbriae) responsible for bacterial adhesion on the surfaces of lining epithelium of urinary tract and catheter tnbes which leads to biofilm production . The results have shown that all the selected five strains had PMF gene which is responsible for fimbriae encoding , were the volume of primer was (618 bp) for all the five strains ; the five strains have given a positive results (100%) in the same path of ladder of band (600bp) when examined by electrophoresis

دراسة مناعية عن علاقة فايروس الخلية العملاقة للمرضى المصابين بسرطان الفم == Immunological study of relation of Cytomegalovirus in patients with Oral Cancer

Author name: نور الهدى علي عبد الحسين سعيد
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري | سعد حسن محمد علي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة كبحث باثر رجعي حيث تم اخذ (70) عينة من الانسجة الفموية المحفوظة بالفورمالين والمطمورة بشمع البرافين ، جمعت هذه النماذج من ارشيف الانسجة لمختبرات فرع الانسجة والامراض في كلية طب الاسنان / جامعة بغداد . حيث تعود هذه العينات للفترة بين 1998 - 2008.قسمت هذه العينات النسيجية الفموية الى مجموعتين : - مجموعة تضم (60) عينة اخذت من سرطانات الانسجة الطلائية الحرشفية للتجويف الفمي بينما ضمت المجموعة الاخرى (10) عينات نسيجية خالية من الامراض حسب الفحص النسيجي المرضي كنماذج سيطرة.تم تحليل هذه العينات، اخذين بنظر الاعتبار العمر، الجنس، موقع النسيج المصاب، والتمايز النسيجي، ثم صبغت جميعها بصبغة الهيماتوكسلين والايوسين للتشخيص النهائي.كما تم اجراء التشخيص الجزيئي لدنا فايروس الخلية العملاقة في الخزعات النسيجيه قد انجزت بواسطة جيل حساس ومتقدم من التقانة الاحيائية الجزيئية التي لها قابلية التحديد داخل الخلية للاحماض النووية.امتدت هذه الدراسة لتشمل دراسة نسيجية - مناعية بواسطة التصبيغ المناعي لتحديد انتشار البروتين المنتج من الجين المنشط للسرطان ( p53) ، كذلك لتحديد المستضد الموجود على سطح الخلية اللمفاوية نوع(T ) والمسمى (CD8 ) .مجمل النتائج المستحصلة من هذه الدراسة قد صنفت كالاتي : - كانت اعمار المرضى المصابين بسرطان الانسجة الحرشفية الفموية تتراوح بين (10 - 92) سنة وبمتوسط عمري (56،4) سنة . اعلى نسبة شخصت كانت بالفئة العمرية (45 - 75) سنة ، شكلت سرطانات اللسان النسبة الاعلى بين سرطانات الفم الحرشفية كما شكلت ايضا النسبة الاعلى من النتائج الموجبة لفيروس الخلية العملاقة البشري وانتشار بروتينp53 وكذلك للخلايا اللمفاوية التائية السامة (CD8 ). اكثر من 80% من حالات سرطانات الفم كانت جيدة التمايز، ضمن سرطانات الفم الحرشفية ، 26 عينة اظهرت نتائج موجبة لفايروس الخلية العملاقة البشري بواسطة التقنية الاحيائية عالية الحساسية ( التهجين بالموقع).مثلت هذه النتائج 43،3% من مجموع سرطانات الفم الحرشفية الخاضعة للتحري، في حين من بين المجموعة نفسها ، 55% (33 عينة من اصل 60) اظهرت نتائج موجبة لفحص انتشار بروتين p53 و18،3% (اي 11 عينة من اصل 60) اظهرت نتيجة موجبة لفحص الخلايا اللمفاوية التائية ( CD8).بينما لم يتم تسجيل اي نتيجة موجبة لفايروس الخلية العملاقة ، انتشار بروتينp53 والخلايا اللمفاوية التائية (CD8 ) ضمن مجموعة السيطرة. سجلت حالات ظهور مشترك لانتشار بروتينp53 الطافر مع دنا فايروس الخلية العملاقة في (18،3%) ومع الخلايا اللمفاوية التائية السامة (CD8 ) في (10%) بينما سجلت هذه الدراسة حالات ظهور مشترك للخلايا اللمفاوية التائية السامة مع فيروس الخلية العملاقة وطفرة الجينp53 في (1،7%) من سرطانات الفم الحرشفية | This study was designed as retrospective study . A total number of seventy (70) formalin - fixed paraffin - embedded oral tissues that were collected from archives of oral Histology and Histopathology department of Dentistry College/University of Baghdad, during the period from October 2008 till April 2009. All the samples are related to the period between 1998 - 2008.These oral tissue blocks were divided into two groups. A group included sixty (60) tissue blocks with histopathologic diagnosis of oral squamous cell carcinoma (OSCC). And another group included ten (10) tissue specimens that were taken from histopathologically healthy oral tissues.All these tissues were analyzed according to age, sex, site and histological grading.Histopathological sections were made for those oral biopsies and stained by hematoxylin and eosin stain for definitive histologic diagnosis.Molecular detection of cytomegalovirus (CMV - DNA) in those tissue blocks were performed by using highly sensitive version of in situ hybridization (ISH) technique.This research work has further perform immunohistochemical study to demonstrate the prevalence of p53 overexpression. This study also was extended to determine the phenotype of cell surface antigen marker, namely CD8+ marker of tumor infiltrating lymphocytes by using immunohistochemical specific monoclonal anti bodies to this CD marker.The overall results of this study are described as follows : - The age of patients presented with oral SCC ranged from (10 - 92) years with mean of (56.4) years. The highest percentage was diagnosed in the age stratum of (45 - 75) years , the tongue was the most commonly affected site by OSCC. And also represents the major site for CMV infection , p53 gene mutation and CD8 positive - phenotyping results.More than 80% of the OSCC have well - differentiated grade , among oral SCC group, 26 archival tissue blocks showed positive - ISH reactions for CMV - DNA by sensitive version of ISH . This constituted 43.3% of the total screened oral SCC tissues.Thirty - three out of sixty oral SCC showed 55% positive IHC reaction indicating p53 overexpression, and 18.3% (11 out of 60) showed positive IHC reaction pointing for presence of CD8 +ve tumor infiltrating lymphocytes. While , none of those tissues in the histopathologically healthy control group showed reaction for CMV - DNA, p53, or CD8 marker.The co - occurrence of mutated - p53 overexpression with positive CMV infection was localized in (18.3%), whereas co - occurrence of p53 gene mutation and CMV infection along CD8 - positive tumor infiltrating lymphocytes in OSCC were documented in (1.7%) of these cancerous specime

التحري عن بعض الجينات المسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي لبكتريا Staphylococcus epidermidis المعزولة من عينات سريريه مختلفة == Investigation of some genes responsible for Biofilm Formation in Staphylococcus epidermidis Isolated From clinical samples

Author name: نهاد خلاوي تكتوك
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | سوزان سعدي حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: المكورات البشرويه (Staphylococcus.epidermidis) احدى اهم انواع المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز والتي تعتبر الممرض الرئيسي المصاحب للاصابات . تم جمع 645 عينه سريريه اخذت من مصادر مختلفه تضمنت عينات الدم , عينات ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الجلد والانف من كادر المستشفى,وقد تم زرع وعزل وتحديد العزلات النقيه من مختلف الاجناس البكتيريه وكالتالي : بكتريا الـ pseudomonas .spp. احتلت المركز الاول وبنسبة 19.9% تتبعها مجموعة الـمكورات السالبه لفحص الكواكيوليز 17% تضمنتها : , S.Lentus, S. saprophyticus , S. epidermidis ) S. haemolyticus وS.hominis)وبنسبة ( 68.5 , 13.7, 6.85 , 6.85 و4.1) %على التوالي, تتبعها كلا الـ S. aureus وE. coli وبنسبه (4 16. %)ثم (%16) Klebsiella sp. وProteus (12.9%) ثم بكتريا الـ Serratia marcescens (%1.4) عزله من عينات الدراسه. كل عزلات بكتريا المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز كانت موجبه لصبغة كرام , منتجة صبغه بيضاء عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي انتجت صبغه صفراء وقد اضهرت كل العزلات نتائج سالبة لفحوصات : الاوكسيديز والكواكيوليز لكنها منتجه لانزيم الكتيليز والتي من خلالة تفرق المكورات عن المسبحيات , اضافه لذلك كانت النتائج ايجابيه في اختزال النترات الى نتريت ومقاومه لمضاد الفانكومايسين عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي كانت مقاومه للمضاد, وقد عرفت كل العزلات بواسطة نظام الـ API staph ونظام الفايتك خلال 6 ساعات. ان كل عزلات المكورات البشرويه كانت غير مخمرة لسكر الزايلوز والسوربيتول والمليببوز بينما مخمرة لسكر الكلوكوز , الفركتوز , السكروز , المالتوز , اللاكتوز والمانوز اضافه الى انتاجها لليوريز , اللايبيز لكنها سالبه لفخصي الدنيز واللسيذنيز. وقد احتلت عينات الدم المرتبة الاولى في عزلات المكورات البشروية وبنسبة 60% يتبعها عينات ادرار القسطرة بالمرتبة الثانيه20%. اغلب المكورات البشرويه عزلت من الذكور 58% مقارنه بالاناث 42% وقد كانت الفئه العمريه الثالثه ( 46 - 65 ) سنه اكثر انتشارا للمكورات البشرويه تتبعها الفئه العمريه الرابعه (>65)وبنسبة 32% وايضا فان نسبة عزل البكتريا من مجاميع الدراسة ( 50, 25 ,15 ,10) على التوالي من عينات ( الدم,ادرارالقسطرة, مسحات الجروح والحروق بالاضافة الى مسحات الجلد والانف من كادرالمستشفى )على التوالي واكثرها في الذكور عدا الفئة العمرية الثالثة حيث كانت النسبة في الاناث 65% عما عليه في الذكور 35% اما انتاجية البكتريا للغشاء الحيوي مظهريا فقد تبين ان 16 % من العزلات كانت منتجة للغشاء الحيوي على وسط الكونكو الاحمر بالرغم من اختلاف المستويات الانتاجية حيث كانت انتاجيتها قوية للغشاء الحيوي (الكونكو الاحمر, الكونكو الاحمر المحور, الكونكو الاحمر المحور الجديد) وبنسبة (2,4,6) % على التوالي بينما كانت متوسطة (4,10,10) % وضعيفة (84,86,94) % على التوالي لهذه الاوساط الثلاثة . وقد بينت نتائج هذه الدراسة عدم وجود فروقات بين هذه الاوساط الثلاثة حيث كانت الانتاجية قوية للغشاءالحيوي على وسط الكونكو الاحمر6% مقارنة بــ (2,4) % على وسطي الكونكو الاحمر المحور والجديد على التوالي بينما كانت متوسطة الانتاجية وبنسبة 10% للكونكو الاحمر و4% لكلا الوسطيين للكونكو الاحمر المحور والجديد . ان انتاجية الغشاء الحيوي المشخصة بالطرق المظهرية الثلاث كانت 60% ايجابية بطريقة الاطباق الماكروية بينما (16,38) % على التوالي لكلا الطريقتين (الانابيب ووسط الكونكو الاحمر) وبنفس الوقت كانت (40,62,84) % على التوالي سالبة للطرق المظهرية الثلاث . فيما بينت المقارنةالمظهرية بين الطرق الثلاث وجود ارتباط قليل بين طريقتي الكونكو الاحمر والاطباق المايكرويه وان انتاجية الغشاء الحيوي قويه وبنسبة18% بطريقة الاطباق المايكرويه مقارنة بطريقتي الانابيب والكونكو الاحمر وبنسبة ( 12, 16) % على التوالي, كذلك منتجه للغشاء الحيوي ( 33.3,83.3,54.5,60) % على التوالي للعزلات المعزوله من عينات الدم ,ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الانف والجلد من كادر المستشفى وغير منتجه للغشاء ( 40, 16.7,45.5 ,66.7)% على التوالي من مجاميع عينات الدراسه. بالاضافه لذلك فان ( 44)% من عزلات المكورات البشرويه كانت منتجه لجيني الـ PIA بينما)56%) غير منتجه , و10,8 عزله من 30 عزله من البكتريا المعزوله من الدم كانت موجبه لكلا الجينين ICaA وICaD وقد كانت العزلات المنتجه للغشاء الحيوي وجيني الـ PIA بنسبة 77.3 % ( 17 عزله) كانت موجبة للجينين بينما سالبه لانتاجية الغشاء الحيوي والجينين وبنسبة 53.6% . وقد بينت نتائج الدراسة ان 17% من العزلات تحوي الجينين ومنتجه للغشاء الحيوي و16 عزله كانت منتجه للغشاء الحيوي لكنها فاقدة للجينين كذلك 53.6% من العزلات غير منتجه للغشاء الحيوي وفاقده للجينين بالاضافه الى انتشار الجينين (44 , 38)% على التوالي حيث ظهر ان وجود الجين (Ica A) بالبكتريا المعزوله من الدم 33.3% اعلى مما هو عليه من عينات ادرار القسطرة 45.4% يتبعه الجين IcaD بعزلات عينات زرع الدم 26.7% مما هو عليه في عينات قسطرة الادرار 36.3% . وقد اثبتت الدراسه في نتائجها ان كل عزلات المكورات البشرويه المنتجه للغشاء الحيوي لا ترتبط معنويا بوجود جينات الـ PIA ولا علاقه بين وجود الجين IcaD وانتاجيه الغشاء الحيوي , كذلك ظهرت سبعة عزلات منتجه للغشاء الحيوي وحاويه على الجينين (IcaA وIcaD) بطريقة وسط الكونكوالاحمر بينما 15 , 17 عزله كانت ايجابيه للجينين ومنتجه للغشاء الحيوي بطريقة الاطباق المايكرويه , اضافه لذلك فقد وجد ان التلازن الدموي للمكورات البشرويه تلعب دوررائيسيا بالتصاق هذه البكتريا على الاطباق المايكرويه. وقد ظهر من خلال الدراسه وجود علاقه بين كميه الغشاء الحيوي والتلازن الدموي بالاضافه الى ان 13 و18 عزله من 30 عزله كانت على علاقه بالتلازن الدموي ( الفحص العيني والمجهري ) وتكوين الغشاء الحيوي , ووجد ان متوسط الوزن الجاف للغشاء الحيوي المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من عينات الدم كانت 2.7 ملغم لـ 6 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص العيني بينما 8 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص المجهري لكن ظهرت بالدراسه( 5 ,6 و2 ,3 )عزلات موجبه عينيا ومجهريا للتلازن الدموي على التوالي مع معدل الوزن الجاف للغشاء الحيوي لها 2.8 ملغم المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من ادرار القسطره ومسحات الجروح والحروق على التوالي بينما عزله واحده فقط من مسحات الانف والجلد لكادر المستشفى كانت ايجابيه لفحص التلازن الدموي مجهريا لكنها سالبه عينيا وبمعدل وزن 2.7 ملغم للغشاء الحيوي , هذه النتائج تؤكد عدم وجود علاقه ارتباطيه بين كميه الغشاء الحيوي المتكون وقابليه تكوينه لكنها تزداد بزيادة عمر الغشاء الحيوي . اما في تفاعل بروتينات مصول المرضى الذين يعانون من التهابات المكورات البشرويه مع المستضدات المكورات البشرويه (خلايا باكملها) فقد كانت النتايج ايجابيه وعلى النحو التالي : ستة من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار 1 : 2، 1 : 4، 1 : 32 و1 : 128 من امصال المرضى , في حين 5، 9، 11 من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار (1 : 16، 1 : 64، 1 : 256) على التوالي,كما اعطى تاثير تركيز بروتين (5.032) ميكروغرام / مل في المصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه القادرة على تشكيل الغشاء الحيوي تثييطا عاليا وبنسبة 90٪ بينما كان التثبيط 30% في تركيز بروتين المصل (1.394) ميكروغرام / مل.وقد ظهرت نتائج الدراسة مستوى طبيبعي لكل من الاجسام المناعية M وA (90.23±44.23, , 124.4±41.20) و(220.8±90.209, 200.10±79.004) mg/dI على التوالي ولكن سجلت زيادة ملحوظه في المستوي الاجسام المناعيه G (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg/dl على التوالي في مصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي، وقد كانت مستويات طبيعية للمتمم C3وبنسبة (120±36.5, 120±36.49) mg/dl على التوالي في مصل المرضى الذين يعانون من اصابات البكنريا المنتجه وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي ، بينما مستويات مرتفعة من المكمل C4() (41.9 ± 1.9 1.8 ± 42) mg/dl على التوالي لكلا المجموعتين (المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي)، وفي نفس الوقت كان هناك فرقا معنويا بمستويات الانترلوكبن 6 في المصل طبيعية وبتركيز (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml على التوالي في الامصال من المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (15.88±6.8) pg/ml (P< 0.001) ، في حين ظهر فرق معنوي في مستويات الانترلوكبن 8 في المصل (38±9.52,37±7.13) pg/ml على التوالي في مصل المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001). | Staphylococcus.epidermidis is one of coagulase negative staphylococci (CONS) are now well established as major nosocomial pathogens associated with infections of indwelling medical devices. A total of 645 clinical samples, taken from different sources include blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs and swabs of skin and nasal hospital staff, these sample had been cultured then isolated and identified pure isolates of different genus of bacteria, results show 85 (19.9%) were Pseudomonas spp isolates, 73 (17%) belong to Coagulase Negative Staphylococci (CONS) (S. epidermidis ,S. saprophyticus , S.Lentus , S. haemolyticus and S.hominis constituted 68.5%, 13.7%, 6.85%, 6.85%, and 4.1% Respectively), followed by both S. aureus and E. coli (n = 70 ,16.4%), followed by Klebsiella sp. (n = 68 , 16%), Proteus sp. (n = 55 ,12.9%), Serratia marcescens (n = 6 , 1.4%) isolated from study clinical samples. Most predominant pathogen was Pseudomonas spp (n = 85 ,19.9%), Also, the second most important microorganism which isolated were Coagulase negative Staphylococci (n = 73 , 17%) ,Staphylococcus epidermidis was mainly isolated from study patients group (68.5%) All isolates of CONS species are positive gram stain , produce white pigment except S.saprophyticus which produced yellow pigment, and all isolates gave negative result of oxidase test , coagulase and catalase test was performed for all the isolates and all of them produced catalase enzyme that differentiates Staphylococcus from the genus Streptococcus , so Staphylococcus spp. reduce nitrate to nitrite , and all isolates were identified by using epi staph and VITEK - 2 system within 6 h., CONS are novobiocin resistance except S.saprophyticus. staph.epidermidis isolated were none fermented xylose , sorbitol , melibiose while fermented many sugar as positive results for glucose, fructose, sucrose , maltose, lactose and mannose, in addition to produce urease, lipase and alkaline phosphatase while it cannot produce DNase and lecithinase. Blood samples occupied the first place in isolation S.epidermidis from it a percentage of 60%, followed by catheter urine in the second place 22% . Most of the Staphylococcus epidermidis was isolated from male patients (58 %) compare to female (42%), prevalence of Staphylococcus epidermidis with age were peaked in the third group (46 - 65) years, followed (32%) in fourth age group (> 65) so the most bacterial isolated from four study group (blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs , as well as swabs of skin and nasal hospital staff) were (50, 25, 15, 10) % respectively, there was male preponderance in all years age group, excepted in third group, the proportion of females (65%) appeared higher than it is in males (35%). Results of phenotype were shown 16 % of the isolates were biofilm producers with Congo red agar method (CRA), although production level varied. In the biofilm positive S. epidermidis strains on CRA , modified CRA and new modified CRA were 6, 4, 2 ,% respectively of isolates were strong producers, while 10 ,10 ,4% and 84, 86 , 94 % respectively were moderate and weak . In this study results show no differences between CRA and modified CRA and new modified CRA strong biofilm formation was 6% in CRA compare to (4, 2) % to modified CRA and new modified CRA respectively; also moderate produced biofilm was 10% in CRA and modified CRA with 4% in new modified CRA, slime producing which detected by three phenotyping methods 60% of bacterial isolate were positive biofilm produced by microtiter plate , while ( 38, 16%) respectively were positive for both tube and CRA methods, in the same time table 3.10 showed negative result as ( 84 , 62 , 40%) respectively for CRA, tube and microtiter plate method. When compare three phenotype methods congo red agar method showed little correlation with TCP(MTP ) assay and high biofilm formation in TCP 18% compare to both methods ( tube and Congo red agar) as 12 , 16 % respectively, S. epidermidis isolates, which gained from blood , urine catheters, wound and burn swab as well as from swab of skin and nasal hospital staff by (60 , 54.5 , 83.3,33.3) % respectively of the isolates produced biofilm phenotypically while (24, 10, 2,4)% respectively no biofilm phenotypically. Twenty two (44) % of S. epidermidis has PIA gens while 28(56)% negatively for PIA gens, so 10, 8 of 30 S. epidermidis which isolated from blood culture were found to be positive for both IcaA and IcaD , most positive both PIA gene (Ica A, Ica D) and biofilm produced were 17 (77.3%) while negative for both of them and negative biofilm were 15(53.6%)Whilst 5(22.7%) were positive for PIA gene and negative for phenotype (biofilm produce). So prevalence of IcaA, IcaD genes were 44%, 38% respectively , the results indicated that the IcaA gene had the highest rate in blood culture (33.3 %) and catheter urine specimen (45.4%) followed by IcaD gene which was detected in 26.7 % of blood culture while 36.3% of catheter urine specimen. All S. epidermidis slime positive isolates did not reveal any correlation between both PIA genes (icaA and icaD); nonetheless, a correlation was noticed between icaD alone and slime layer production, also seven isolates were potential biofilm producers and positive for both ica genes (A and D) whilst 15, 12 isolate of S.epidermidis were positive for both PIA genes (Ica A and Ica D) and produced biofilm by tube method while 17, 15 strain were positive to both IcaA and IcaD by Mtp methods. So results of this study indicated that presence of PIA genes did not always correlate with biofilm production and hemagglutinin of S.epidermidis may play a major role in the adherence of this organism to microtiter plate. Thus, the hemagglutinin of S.epidermidis may be a virulence factor in the pathogenesis of infection, However, no statistically significant differences were found between the amounts of biofilm formed among the isolates, so founded a good correlation between amount of biofilm formed and the haemagglutination, as well as 13, 18 of the 30 isolate, were the relationship between positive both (Macroscopically and microscopically) hemagglutination assay respectively and biofilm formation So Mean of Dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from blood was equal to 2.7 mg, and 6 out of 18 isolates have positive macroscopically hemaglutination assay and 8 isolates have positive microscopically hemaglutination assay ,whilst ( 5, 6 and 2,3) isolates have positive macroscopically and microscopically hemaglutination assay respectively with 2.8 mg were the mean of dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from both catheter urine and wound and burn swabs while only one isolate isolated from swab of skin and nasal hospital staff has positive microscopically hemaglutination assay but negative macroscopically with mean of dry weights biofilm were equal to 2.7 mg, these results indicate no relationship was founded between the amount of biofilm formed and form of biofilm but increasing when increased age of biofilm. Sera from patients with S. epidermidis infections showed reactivity with S. epidermidis antigens (whole cells ) as : six of S. epidermidis antigens agglutinated in titer 1 : 2 , 1 : 4 , 1 : 32 and 1 : 128 of patients sera ( antibodies ) while 5, 9 , 11 of S. epidermidis antigens agglutinated in the patients sera in titer ( 1 : 16 , 1 : 64 , 1 : 256) respectively . Also concentration of sera protein (5.032) µg/ ml gave 90% inhibition but concentration of sera protein (1.394) µg/ ml gave 30% inhibition ,and normal level both for immunoglobulin M and A (90.23±44.23, 124.4±41.20 and 220.8±90.209, 200.10±79.004) mg / dl respectively(p>0.001), but IgG increased level is highly elevated (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg / dl respectively(p< 0.001) in sera of patients with produced and non - produced biofilm, and normal levels of (C3) (120±36.5, 120±36.49) mg/dl respectively (P> 0.001), in sera of patients with produced biofilm compare to non - produced biofilm whilst elevated levels of (C4) (41.9±14.09, 42±14.28) mg/dl respectively (p>0.001)to each two groups (produced and non - produced biofilm), so level of cytokines (IL - 6, IL - 8) appear variations between patients and controls, levels of IL - 6 (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control (15.88±6.8) pg/ml(P< 0.001), while serum level of IL - 8 (38±9.52,37±7.13) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control(20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001

دراسة كيمياوية وبايولوجية لبعض مركبات الايض الثانوي المستخلص من اوراق نبات البشملة L. Eroibotrya japonica المستزرع في العراق == Chemical and Biological Study of Some Secondary Metabolism Compounds Extracted from Bashmala Eriobotrya Japonica L. leaves Cultivated in Iraq

Author name: نعم حيدر جواد سعيد الجوهري
Supervisor name: بشرى محمد جابر علوش
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study containes the extraction and detection some of active compounds in the leaves of Eriobotrya japonica L. and testing the activity of crude extract as an antibacterial and food preservation. Methnol was used in crude extraction and also CC , TLC ,HPLC techniques were used in qultitive and quantative amount of some flavonoid ,terprnoid and phenolic compound .The well in agar to study the effect of crude on Staphylococcus aurus , Escherichia coli , Salmonella typhmurium bacteria in 200 ,100, 50 and 25 mg /ml concentrations , In addition to study of effect of the extraction on meat at 200 mg /ml concentration . The ruselts show that Alcholic crude extract contains flavonoid ,terprnoid and phenolic compounds and the chlororform was the best solvent in separating those compounds . Through the use TLC and HPLC , it was possible to separate terpenoids (Oleanolic acid , ursolic acid , maslinic acid) , flavonoids (Qurcetin, Kaempferol ,Rutine ) and phenolic compounds (Benzoic acid ,caffeic acid ,chlorogenic acid). The results show the high activity of leaves crude extract of Eriobotrya japonica L . in 200 mg /ml concentrationthat is used as a food preservation in minced beef meat. The results also show significant differences at (P<0.05) in Thiobarbutric acid ,Total violate nitrogen measurement ,total bacterial account , and psychrotrophic bacteria account ,AS for the value of PH was governor compared with standard control. The concentrations of cruds extract showed an Antibacterial activity where Staphylococcus aureus where 15 and 26 mm by using 100 and 200 mg/ ml concetrations respectively .furthermore,The crude extractshowed an efficiency as antibacterial agains Escherichia coli with 13and 15mm inhabition zone ; and also Salmonella typhmurium with 14 and 19mm inhabition zone by using 100 and 200 mg / ml concentration , respectively compared with standard control . The ruselts show that minimum inhibitory concentration of the cruds extract agains Staphylococcus aureus , Escherichia coli , Salmonella typhmurium bacteria was 100 mg / ml compared with standard control .

مستويات الرصاص في الدم لسكان بغداد والعوامل المؤثرة على ذلك == Levels of Blood Lead in Baghdad Inhabitants and Factors Affecting Them

Author name: نضال ياس يعقوب
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يعد الرصاص عنصرا" طبيعيا" يتواجد في القشرة الارضية ويستعمل على نطاق واسع في الطلاء والكازولين والبطاريات والعلب المعدنية وبعض الاواني الخزفية. ويتعرض الناس الى الرصاص عن طريق الغبار الملوث ورقائق الطلاء والاطعمة الملوثة..شملت الدراسة 80 شخصا من العاملين في الشركة العامة للبطاريات في الوزيرية والذين يتعرضون للرصاص اضافة الى 10 اشخاص غير متعرضين ( مجموعة السيطرة). تم تحديد مستوى الرصاص في دم الاشخاص المذكورين كما درست معايير الدم لديهم اذ شملت فحوصات الدم : مستوى خضاب الدم (Hb)،حجم الدم المضغوط(pcv)،عدد كريات الدم الحمر(RBCs)،متوسط تركيز هيموكلوبين الخلايا(MCHC) ومتوسط حجم الخلايا(MCV). تم اختيار عينة مؤلفة من (38) شخصا من المتعرضين الذين كان مستوى الرصاص لديهم عالي حيث يبلغ (41.4 مكغم/100 مل) مع انخفاض ملحوظ في مؤشرات الدم الاخرى فكان معدل تركيز هيموكلوبين الدم (12.75 غم / 100 مل) اما مدى النسبة المئوية لحجم الدم المضغوط فقد كان (39.4 غم/100 مل) ومعدل عدد كريات الدم الحمر (5 مليون / مم3) ومعدل متوسط تركيز هيموكلوبين الخلايا بلغ (30.9 غم/100 مل) ومعدل متوسط حجم الخلايا بلغ (77.1 فمتولتر) . تمت دراسة تاثير الرصاص على هذه المجموعة من خلال تدوين المعلومات الخاصة في الاستمارة الاستبيانية وكانت اهم هذة التاثيرات على جهاز الخصوبة في الذكور وتاثيرات على الجهاز البولي وظهور عدد من حالات فقر الدم وحالات من السعال والصداع والاجهاض لدى السيدات والم في المفاصل .و من جانب اخر فقد تم تقسيم عينة المتعرضين الى عدة مجاميع حسب : - 1) الجنس : اذ تم تقسيم العينة الى مجموعتي الذكور والاناث اذ كان معدل تركيز الرصاص في دم الذكور اعلى اذ بلغ(35.2 مكغم/100 مل) اما الاناث فقد بلغ (32.2 مكغم/100 مل) . وظهرت معدلات اقل بالنسبة لمؤشرات الدم الاخرى .2) حالة التدخين : فقد تم تقسيم العينة الى مجموعتي المدخنين وعددهم (36) شخصا والثانية غير المدخنين وعددهم (44) شخصا وكان هناك تقارب في نتائج مستوى الرصاص في الدم للمجموعتين.3) للفئات العمرية : فقد تم تقسيم العينة الى اربع مجاميع فقد ظهر اعلى مستوى لتركيز الرصاص للفئة العمرية (41 - 50) سنة مع انخفاض في مؤشرات الدم الاخرى.4) حسب المهنة : فقد تم تقسيم العينة الى مجموعتين وهما العاملين من داخل الشركة العامة للبطاريات (بابل 1، بابل 2) في الوزيرية والعاملين في المعامل الاهلية المنتشرة في مدينة بغداد .و من الملاحظ وجود علاقة عكسية بين تراكيز الرصاص ومعايير الدم مثل مستويات خضاب الدم والنسبة المئوية لحجم الدم المضغوط وعدد كريات الدم الحمر ومتوسط تركيزهيموكلوبين الخلايا ومتوسط حجم الخلايا. | Lead is one of the natural elements exist in the crust of the earth, and widely used in the coating , gasoline, batteries, tin cans and some ceramics. Usually people are exposed to lead through the polluted dust, coating pieces and polluted food.In 1987 using lead in gasoline has been denied in developed countries but it is still used in the developing countries. One of the causes of the mental retard in children and being behind their colleagues in behave and learn is sedimentation of lead in brain tissues because the children have more ability to absorb lead than adults.Also women and pregnant face increased hazard as a result of lead exposure which negatively affect the fetus and may lead to infertility. Lead absorption also results in many diseases and effects in human body such as : sever anemia, sever and chronic lung inflammation, increase kidney failure among children and adults, and immunity system breakdown. If the lead level was over (75 μg/dl) these people would have a failure in the reproductive system as a result of having atrophy in the testis with inability to product sperms.A study have been performed to estimate the lead level in the blood of Baghdad inhabitations in order to know its effect on the workers' health who exist in polluted places, and exposure effects on the hematological indications such as : total hemoglobin, percentage of Packed Cell Volume (PCV%), Red Blood Cell count, Mean Cell Hemoglobin Concentration (MCHC), and Mean Cell Volume (MCV). 80 workers who are exposed to lead working in the General Company for Battery in Al - Wazeria in addition to other workers from private companies in Baghdad and other 10 persons who are not exposed to lead as the control group, all have been chosen as samples for the study. a sample of 38 exposed persons have been chosen who have high lead level in their blood which was about (41.4 g/100ml) with a significant decrease in the other hematological indications; the Blood Hemoglobin Concentration average was (12.75 gm/100ml), the percentage of Packed Cell Volume average was (39.4%), the Red blood cell count average was (5 million/mml3), and the mean cell hemoglobin concentration average was (30.9 gm/100ml), mean cell volume average was (77.1 FL).Lead effects on this group had been studied through recording the data in questionnaire forms, and the most important effect was on the male fertility system, effects on urinary system, anemia, coughing, headache, miscarriage, and ache in the joints. In the other hand the sample of the exposed persons had been classified into groups according to : - 1 - Gender : - the sample had been classified into 2 groups : male and female, where the lead concentration was higher in the male blood which was about (35.2 mg/100ml) and about (32.2 mg/100ml) in the female blood, in addition to less hematological indications.2 - Smoking case : - the sample had been classified into 2 groups : smokers about (36)persons and nonsmokers about (44)person, the study showed similarity in the results on lead level in the blood of both groups.3 - Age : - the sample had been classified into 4 groups, the higher lead level appeared in age group (41 - 50), with decrease in the other hematological indications of the rest. It is clear that there is a slight relation between lead concentrations and hematological indications such as blood hemoglobin, mean packed cell volume, red blood cell count, mean cell hemoglobin volume and mean cell volume.

تاثير مستخلصات اوراق العنب والخروع والبصل في بعض عوامل استعمار انواع بكتريا التهاب الاذن الوسطى في الانسان == Effect of Grape leaves, Caster bean and Onion extracts in some colonization factors of bacterial species isolated from otitis media in human

Author name: نضال عبد الامير علي
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 80 مسحة من المرضى المصابين بالتهابات الاذن الوسطى( Otitis media) المراجعين للعيادة الخارجية في مستشفى الصدر العام في بغداد وللفترة من تشرين الثاني 2007 وحتى كانون الثاني 2008. زرعت المسحات على الاوساط الزرعية (اكار الدم واكار الماكونكي) لعزل البكتريا وتشخيصها باستخدام الاختبارات المجهرية ،و الزرعية واالكيموحيوية . امكن الحصول على 69 عزلة بكتيرية من المجموع الكلي (83) وشخصت بكونها تابعة الى الانواع الاتية : (33) عزلة وبنسبة (39.75 %) Pseudomonas aeruginosa ، (11)عزلة (13.2 % ) aureus Staphylococcus ، و(8) عزلات (9.6 %) epidermidis Staphylococcus و(8) عزلات (9.6 %) Proteus mirabilis و( 5 ) عزلات(6.02 % ) تعود الى Klebsiella pneumoniae و(4) عزلات ( 4.8 %) Escherichia coli، في لم تظهر ( 14) مــسحة بنسبة ( 16.86 %) اي نمو بكتيري . اظهرت النتائج ان الاصابات المفردة هي السائدة عندما بلغت نسبتها( 96.2 %) ،بينما بلغت الاصابات المختلطة ( 3 ) اصابات فقط بنسبة (3.7%). كانت نسبة الاصابات في الاناث (57.2%) اكثر منها في الذكور (42.5 %) فيما سجلت اعلى نسبة للاصابة في الفئة العمرية (اقل من سنة - 10 سنوات) .كما تبين ان الاصابة المزمنة بالتهابات الاذن الوسطى هي اكثر شيوعا من الاصابة الحادة . لدى اختبار حساسية العزلات البكتيرية الى (18) مضادا حيويا ، اظهرت نتائج وجود مقاومة تامة (100%) لبكتريا Ps.aeruginosa ضد كل من Carbenicillin ، Doxycyclin وCeftizoxime في حين كانت حساسة جدا لمضادات Amikacin وImipenem وCiprofloxacin سوى عزلة واحدة ،اما الانواع العائدة للعائلة المعوية فكانت Pr.mirabilis وبكتريا E.coli مقاومة بنسبة (100%) لمضاد Doxycyclin دون غيره وعزلات K.pneumoniae مقاومة وبنسبة (100%) لكل من Doxycyclin وGentamycinو Pipracillin ، وكانت جميع عزلات Staphylococcus spp. مقاومة كليا Methicillin وبنسبة (100%) فيما قاومت مضادات Penicillin وAmpicillin وCloxacillin بنسب اقل . انتخبت العزلات البكتيرية وحسب شدة ضراوتها ومقاومتها للمضادات الحيوية التي شملت Ps.aeruginosa وaureus S.و Pr.mirabilisو K.pneumoniaeو E.coliلدراسة تاثير المستخلصات المائية الباردة لثمار البصل واوراق كل من الخروع والعنب في نمو العزلات ،فقد اظهر مستخلص البصل فعالـية ضد Ps.aeruginosaو aureus . Sو E.coliوعند التراكيز (750 , 1000 ,1250 ,1500 ) ملغم /مل ،عندما بلغ قطر منطقة التثبيط لكل من بكتريا aureus . Sو Ps.aeruginosa وE.coli عند تركيز 750 ملغم /مل (13 , 12 , 11) ملم وعلى التوالي . واظهر مـــستخلص اوراق الــخروع فـعاليــة ضـــد Ps.aeruginosa وaureus S. وE.coli وK.pneumoniae عند التراكيز (250 , 500 , 750 , 1000) ملغم /مل حيث بلغت اقطار مناطق التثبيط عند التركيز 1000 ملغم /مل 15.66 , 16.33 , 16.33 , 15.33 ) ) ملم وعلى التوالي . في حين اظهر مستخلص اوراق العنب فعالية ضد جميع الانواع البكتيرية المختبرة وفي التراكيز(250 , 500 , 750 , 1000) ملغم /مل ، عندما بلغت اقطار مناطق التثبـــــيط عند التركيز 1000ملغم/مل لكل من بكتريا aureus. S وPr.mirabilisو Ps.aeruginosaو E.coli وK.pneumoniae (32 ,21.3 , 20.6 , 18.6 , 14.3) ملم وعلى التوالي . وكان المستخلص المائي البارد لاوراق العنب هو الاكفا في تاثيره مقارنة بمستخلصات البصل واوراق الخروع . تم اختبار قابلية الانواع البكتيرية المنتخبة على الالتصاق على الخلايا الطلائية قبل وبعد المعاملة بالتركيز تحت المثبط الادنى للمستخلصات النباتية، فقد اظهر التركيز تحت المثبط الادنى للبصل تاثيرا مثبطا للالتصاق الانواع Ps.aeruginosa وaureus . Sو E.coli عندما قلل عدد الخلايا البكتيرية الملتصقة من ( 56.8 , 48.9 , 24.7 ) وعلى التوالي ليصبح (11.6 , 08 21 , 15.3)على التوالي. اظهر مستخلص اوراق العنب تاثيرا مثبطا لالتصاق الانواع المختبرة Ps.aeruginosaو aureus . Sو Pr.mirabilis وK.pneumoniaeوE.coli عندما بلغ معدل الخلايا الملتصقة بعد المعاملة بالمستخلص ( 12.8, 14.8, 8.3 , 16 ,12.8 ) وعلى التوالي ،اما مستخلص اوراق الخروع فقد قلل عدد الخلايا الملتصقة للانواع Ps.aeruginosa وaureus S. وK.pneumoniae وE.coliمن (56.8 , 48.9 ,46.8 ,24.7) لتصبح ( 7 , 13.6 ,4.2 ,4.5) وعلى التوالي ، كان هذا المستخلص الاكفا لتثبيط التصاق الخلايا البكتيرية بالخلايا الطلائية . | Eighty swabs were collected from patients suffering from otitis media who attended Al - sader hospital in Baghdad during November 2007 to January 2008. Swabs were cultured on blood agar and MacConkey agar media to isolate bacteria and to diagnose by microscopic cultural and biochemical testes. Ninety six isolates were isolated and identified to species as follows : (33) isolates (39.75)% were Pseudomonas aeruginosa, (11) were S.aureus with a ratio of (13.2)% and (8) isolates with a ratio of (9.6)% were S.epidermidis .(8) isolates with ratio (19.6)% were Proteus mirabilis, while (5) isolates were Klebsiella pneumoniae with a ratio of ( 6.02) % and (4) isolates with ratio (4.8)% Escherichia coli, However (14) swabs with a ratio of (16.86)% with no growth. Results showed that the infections by a single pathogen were the dominant was reached 96.2%, while the mixed infection was only (3.7)%. The infection in female were 57.2% , while in male were 42.5%. However ,the high percentage of infection were observed within the age range of less than year to ten years . Morever the chronic infection with otitis media were more dominant than the acute infection. Sensitivity of the isolates towards (18) antibiotics were performed. The results showed complete resistance (100%) of Pseudomonas aeruginosa to Carbenicillin, Doxycyclin and Ceftizoxime, while they were sensitive to Amikacin, Imipenem and Ciproflaxcin , except one isolate. Proteus mirabilis and Escherichia coli isolates were (100 )% resistant to Doxycyclin, while Klebsiella pneumoniae isolates were completely resistance (100%) to Doxycyclin , Gentamycin and Pipracillin. All Staphylococcus spp. isolates completely resisted Methicillin (100%) , but resisted Penicillin , Ampicillin , Cloxacillin at less ratios. Bacterial isolates which included Ps.aeruginosa ,S.aureus ,Pr.mirabilis ,K.pneumoniae ,E.coli were chosen according to their virulence factors and resistant to the antibiotics , to be used for studying the effect of cold - water extracts of Allium cepa (Onion) ,Ricinus communis leaves(Caster bean) and Vitis vinifera leaves(Grape) on bacterial growth ,and adherence to epithelial cells of human . Allium cepa extracts showed activity against Ps.aeruginosa ,S.aureus , E.coli at concentration of (750, 1000, 1250, 1500)mg/ml when the diameter of inhibition zones for S.aureus , Ps.aeruginosa, E.coli at (750)mg /ml were (13 ,12 ,11)mm, respectively . The Ricinus communis leaves extracts showed activity against Ps.aeruginosa , S.aureus , E.coli and K.pneumoniae at concentration of ( 250, 500, 750, 1000)mg /ml with diameters of inhibition zones at 1000mg/ml (15.33 ,16.33 ,16.33 ,15.66) mm , respectively. While Vitis vinifera leaves extracts showed activity against all tested bacterial species in concentrations of (250 ,500 ,750 ,1000)mg/ml with inhibition zones at 1000mg/ml concentration for S.aureus, Pr.mirabilis, Ps.aeruginosa, K.pneumoniae, E.coli (32 ,21.3 ,20.6 ,18.6 ,14.3) mm , respectively . Result showed that the cold - water extract of the Vitis vinifera leaves was the most efficient in its effects on bacterial species in comparison with Allium cepa and Ricinus communis extracts . The ability of chosen bacterial isolates for adherence before and after the treatment with sub - minimum inhibition concentration of plant extracts showed the sub - MIC for Allium cepa extract reduced the adherence of Ps.aeruginosa ,S.aureus , E.coli when the adhered bacterial cells decrease from (56.8 ,48.9 ,24.7) to be (11.6 , 21.08 ,15.3) , respectively. Vitis vinifera extract showed inhibition effect on the adherence of Ps.aeruginosa ,S.aureus ,Pr.mirabilis ,K.pneumoniae and E.coli when the average of adhered cells after the treatment with the extract were (12.8 , 14.8 , 8.3 , 16 , 12.8) , respectively . Ricinus communis leaves extracts decrease numbers of the adhered cells of Ps.aeruginosa , S.aureus , K.pneumoniae , E.coli to epithelial from ( 56.8 , 48.9 , 46.8 , 24.7) to be ( 7 , 13.6 , 4.2 , 4.5) , respectively

التحري وراثيا عن انتاج بعض انزيمات البيتا لاكتاميز واسعة الطيف والمعدنية من بكتريا Klebsiella pneumoniae المعزولة من مصادر سريرية مختلفة == Genetics Detection of Metallic and Extended spectrum Beta - Lactamase production from Klebsiella pneumoniae Isolated from different clinical sources

Author name: نبا علي جاسم
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 1600 عينة سريرية من مرضى يعانون من التهابات مختلفة ، توزعت ما بين 1500 عينة ادرار و100 عينة قشع, ومن خلال نتائج الفحوصات الزرعية والفحص المجهري والاختبارات الكيموحيوية ، شخصت 53 عزلة تعود لبكتريا Klebsiella spp تضمنت 44 عزلة تعود للنوع K.pneumoniae و6 عزلات تعود للنوع K.oxytoca و3 عزلات تعود للنوع K.planticola .اختبرت حساسية عزلات بكتريا K.pneumoniae لـ 15 مضادا حيويا شملت على : Aztreonam وAmpicillinو Amikacinو Ceftriaxoneو Cefotaxime وCeftazidime[ Amoxicillin / Clavulanic acidو Meropenemو Imipenemو Ciprofloxacin Kanamycin وPipracillinو Cefepimeو CarbenicillinوStreptomycin,] . تم التحري عن انتاج هذه العزلات لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف والمعدنية ، اذ استخدمت طريقة الاقراص المتاخمة للتحري عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف وثلاث طرائق للتحري عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز المعدنية ،وتم الحصول على خمس عزلات منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف وعزلة واحدة منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز المعدنية وكانت العزلات المنتجة لهذه الانزيمات تحمل مقاومة عالية للمضادات الحياتية AztreonamوCeftriaxone وCefotaxime وCeftazidime وCarbenicillin وPipracillin وAmpicillinبنسبة 100%. تم تحديد التركيز المثبط الادنى(MIC) Minimum Inhibition Concentration باستخدام طريقة تخفيف الاكار القياسية،وقد اظهرت العزلات قيمة MIC عالية اتجاه المضادات قيد الدراسة (Ceftriaxone وCefotaxime وCeftazidime وImipenem) اذ تراوحت القيم للعزلات المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميزالواســعة الطــيف(K22,K26,K28,K29,K36) من g/mlµ(0.1 - 0.05) لمضاد Imipenem وg/mlµ (256 - 32) لمضاد وg/mlµ (1024 - 256) لمضاد Ceftriaxone وg/mlµ (1024 - 128) لمضاد Cefotaxime. اما العزلة المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز المعدنية K8 فقد كانت قيمة MIC لهg/ml µ ( 64 ,512,1024, ( 512 للمضادات (Imipenem , Ceftazidime , Ceftriaxone , ( Cefotaxime على التوالي.تــمـــت دراســــة المــحتــوى البلازمـيـــدي للــعــزلات الســـتة المنتخبة (K8, K22, K26, K28, K29, K36) واظهرت نتائج الترحيل الكهربائي في هلام الاكاروز امتلاك العزلة المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز المعدنية (K8) حزمة بلازميدية في حين تباينت العزلات الخمسة المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز الواسعة الطيف ، اذ احتوت العزلتين K22 وK26 على ثلاث حزم بلازميدية ، بينما العزلة K36 على حزمتين بلازميدية في حين احتوت العزلتين K28 وK29 على حزمة واحدة فقط. اظهرت نتائج معاملات الدنا البلازميدي باستخدام مادتي Ethidum Bromide وSDS عدم قدرة مادة SDSعلى تحييد الحزم البلازميدية، في حين كان Ethidum Bromide محيدا كفوءا عند التركيز g/mlµ (512 - 1024 ).تم استخدام تقنية (PCR) Polymerase Chain Reaction للتحري عن امتلاك العزلات قيد الدراسة على الجينات التي تشفرالى انتاج انزيمات ESL وML وباستخدام طريقة الاستخلاص السريعة (الغليان) وطريقة المستعمرة المباشرة كقالب الدنا وباستخدام بادئات متخصصة لاستهداف الجين shv - bla والجين bla imp - 1. اظهرت العزلات المنتجة لانزيمات ESLجميعها امتلاكها للجين shv - bla وبنسبة %100 ولكن العزلة المنتجة لانزيمات IMP اعطت نتيجة سالبة، كما اظهرت طريقة الاستخلاص بواسطة الغليان كفاءة عالية كقالب للدنا، مقارنتا بطريقة المستعمرة المباشرة. | The study included (1600) clinical samples from Patients suffering From different infections distrubated between (1500) urine and (100) sputum. Morphological ، biochemical tests and use Api 20 E system were employed to diagnose bacterial species and the result showed they were (53) isolates of Klebsiella spp.included(44) K. pneumoniae. (6) K. oxytoca and (3) isolates of K. planticola. Antibiotic susceptibility for K. pneumoniae isolate was performed against 15 antibiotic using disk diffusion method. Disc approximation method was used to detect production of ESLs , and three methods used to detect production of MLs.Results indicated that 5 isolates produced ESLs and only one isolate produced MLs, they isolates which produced ESLs were have highly resistant to antibiotic (100)%to [Aztreonam, Ceftriaxone, Cefotaxime, Ceftazidime, Ampicillin, Pipracillin, Carbenicillin]. Agar dilution method was used for the determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC) for the ESLs and MLs producing isolates. The result showed high resistance to Ceftriaxone, Cefotaxime, Imipenem and Ceftazidime. The value of MIC of isolates producing ESLs(K22,K26,K28,K29,K36) were (0.05 - 0.1) µg/ml to Imipenem antibiotic, Ceftazidime (32 - 265) µg/ml, Ceftriaxone (256 - 1024) µg/ml and Cefotaxime (128 - 1024) µg/ml, while the isolate producing ML(K8) showed MIC value (64, 512, 1024, 1024) µg/ml respectively. The plasmid content of six isolates (K 8, K 22, K 26, K 28, K 29, K 36) were studies، the result of revealed electrophorsis in agar gel that the isolate K8 have one plasmid, while isolates produce ESLs differs on plasmid content,in our side K22, K26 have three plasmid, K36 have two plasmid and K28, K29 have one plasmid. Curing was conducted by the use of SDS and ethidum bromide ، and the results showed that the isolates lost the plasmids at concentration (512 - 1024) g/mL of ethidum bromide. Polymerase chain reaction technique was performed for the detection ESLs and ML, DNA template that used for PCR reaction was prepared by using boiling method and the Direct colony method, by using SHV to detect ESL and IMP - 1 to detect MLs. The results showed that all isolates were 100% harboring blashv while blaIMP - 1 gave negative result.also the extraction by use boiling method showed high efficiency compare with direct colony method.

تاثير بعض العوامل الفيزيائية والكيميائية في الشكل المظهري والامراضية لخميرة Candida albicans == Effect Of Some Physical And Chemical Factors In Morphology And Pathogenicity Of Candida albicans

Author name: ميس قيس علي
Supervisor name: سجال عبد الوهاب الركابي | رباب قاسم صقر
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study included isolation and identification Candida albicans from different sources ,We obtained (26) isolates of Candida albicans of the total (115) samples which included (60) clinical samples of children who suffer from inflammatory in the Area of diapers in the children Protection Teaching - Hospital in The Medical City hospital and Alalweia hospital in Baghdad ؛(50) soil samples from Nurseries and gardens and corrals , )5) dried milk samples in the period between January2012to April2012 . We obtained (20) isolates C. albicans from the clinical samples; (5) isolates from soil samples and only one isolate from the dried milk samples.All isolates have been cultured on a differential mediums to diagnosis and identify C. albicans from the other species . Biggy agar, Candida medium, Candida BCG ,Corn meal agar involved in the isolation and identification of the C. albicans. Candida diagnosed based on the phenotypic characteristics of the developing colonies.All isolates was involved to microscopic examinations for the purpose of examining the phenotypic characteristics of C. albicans cells as well as to examine the germination tube formation, The diagnosis also includes the use of biochemical methods such as fermentation and assimilation behavior of Candida , API20cAUX System and ability of Candida to produce Proteinase in Skim milk agar and Blood agar.The second axis of the current study included investigating about white - opaque phenotypic switching, (20) clinical isolates (5) soil isolates (1) milk isolate showed ability to transition from white to opaque ,also we found the results of phenotypic transition ratios of the colonies grown on modified Lee’s mediums by adding Glucose or N - acetyl glucosamine in different incubation conditions involved the aerobic condition and presence of CO2, at (25)°c and (37)°c during (1,2,5,and 10) days. the results of transition ratios and the overlap between the factors compared statistically. the study found that the ratio reached a maximum at physiological temperature (37 o C) in the presence of N - acetylglucoseamine and 1% CO2 . in the aerobic condition at (37o)C with presence of N - acetylglucoseamine the results show a significantdifference at the duration between the 1st and 2nd day, and no significant difference on the dried milk isolate . The results of 5th and 10th days do not show significant difference in any isolates which due to the saturation condition when cell do not affect a change in the metabolic activity, so it dispense with N - acetylglucoseamine who induce the swathing only for a short duration.Further study the morphology of C. albicans with transmission electron microscope (TEM) and the virulence of the white and opaque colony of C. albicans. The histopathological study of the liver, the spleen and the kidneys of injected mice (Balb/c) showed several changes in the tissues, two concentration of yeast suspension (1.5 x 108) cells/ml and (3x 108) cells/ml prepared by McFarland method are used, the injection with the white the phenotypic (1.5 x 108) showed necrosis in the renal tubule and mononucleosis filtration in the tissue of the kidney, also simple filtration to the inflammatory cell in liver and a replication and necrosis in the lymphatic tissue of the spleen .The white the phenotypic (3x 108) showed a necrosis in the lymphatic tissue of the spleen and a filtrationto the Megakaryocytes, acute necrosis in liver cells and a filtration to the inflammation near the hepatic portal veins and a acute renal failure combined with mononucleosis filtration in the kidney ,On the other hand the opaque cells injection (3x108) cells/ml has caused a simple necrosis in tissues of the liver, spleen and the kidneys while the opaque cells (1.5 x108) cells/ml has no effective virulence and the tissue diagnosed as a normal.

التاثيراث ضد المايكروبية والالتهابية للبكتروسينات المنتجة والمنقاة من بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosaالمعزولة معه العيناث سريرية == Antimicrobial and inflammatory effects of bacteriocins produced and purified from multidrug resistance Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples

Author name: ميس عماد احمد
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred fifty clinical samples (burns, wounds, urine, nasal and ear swabs) were collected from patients of Al - Yarmouk Hospital and Teaching Baghdad Hospital during the period from November / 2015 to January / 2016.Multi drug resistant strains are serious problems in public health worldwide. So, the continueous development of new classes of antimicrobial agents has become of increasing importance for medicine. Therefore was aimed to produce of Crude and purified bacteriocins from antibiotic resistant bacteria (G - ve MRSA and G+ve P. aeruginosa) isolated from clinical samples and determine the optimization conditions for production of bacteriocin and their purification and characterization. In addition to characterize their inhibitory activity in - vitro and in - vivo .Cultural and morphological characteristice examination ,biochemical tests were conducted and confirmed the diagnosis by API20E and Staph API and antibiotics sensitivity test confirmed by Vitek - 2 system.The results showed 102(68%) isolates of S.aureus, all of which were Methicillin Resistace S.aureus (MRSA), constituted 50% from the ratio in the burns and wounds samples, while the lowest 13(12.7%) isolates were from ear samples. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. The isolates showed multi - resistant to Methicillin, Penicillin G , Cefoxitin, Erythromycin, Oxacillin, Chloramphenicol and Tetracyclin, while sensitive to vancomycin.Also 77(51.3%) isolates were P.aeruginosa, 62(80.5%) from which were multi - resistant to antibiotics that constituted more than half (59.8% and 51.6%) from the ratio in burn and wound samples respectively, while the lowest 8(12.9%) isolates were from ear samples too. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. There were about completely resist to Cefoxitin 75(97.40 %) and also show a higher resist to Ceftazidime, Tetracycline and Cefepime, While less resistance to Azithromycin.Vitek 2 system gave confirmation of positive results for MRSA and resistant P.aeruginosa and as a selected organism with a probability 98 - 99%."II "The MRSA isolate S12 and P.aeruginosa isolate (P26) were chosen among five bacterial isolates as a good producer for crude MRSAcin and MAR - pyocin according to their widest inhibition zone .Five methods were used to detect of MRSAcin and MAR - pyocin production by (well diffusion assay WDA , flip - streak , spot on the lawn , Cup disc and paper disc method) against indicator pathogens (G+ve , G - ve bacteria and yeast) which included, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Candida albicans .Well diffusion assay was the best method for identify of bacteriocin production and antibacterial activity against indicator pathogens.The crude and purified MRSAcin and MAR - pyocin recorded non - significant differences in activity whether as alone or synergistic against pathogenic bacteria (G - ve and G+ve) and yeast compared with higher sensitive antibiotics.The optimum conditions for bacteriocins production were in trypticase soya broth and brain heart infusion broth supplemented with )Carbon ,nitrogen, Salts, surfactants and Vitamins) with pH 7, at temperature 37°C for 48 hrs. and inoculum size of 2% from bacterial culture 6×108 cell/ml."Purification of bacteriocin was made by two steps method including extraction by ammonium sulphate 70% followed by ion - exchange chromatography DEAE - cellulose that the specific activity for these fractions was 1.375and1.000 (AU/mg) with 6 and 5 purification folds and 78 and 29 % yield and gel filtration chromatography on using Sephadex G - 50 column. The resulted fractions were 1.646 and 1.160 (AU/mg) protein with 8 and 6 purification folds and 38 and 28% yield respectively."Physical characteristics were also studied and the results showed that the molecular weight of MRSAcin and MAR - pyocin was )15and 35) KDa respectively by Sodium Dodecyl Sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis (SDS - PAGE). Purified bacteriocins were stable at wide range of pH values 1 - 8, and remained active (50%) at pH 9 .The whole activity was lost at the pH value 10 and thermostabile at 100°C for 30 min.A strong stability of bacteriocins were recorded against organic solvents 10% and surfactants (0.5% EDTA), mineral salts 0.5% of each (CuSo4 and FeSo4), (10%) proteolytic enzymes lipase recorded significantly different (P≤0.05) compared with other enzyme (trypsin, pepsin and papain) which show complete inactivation of antibacterial activity.Also crud bacteriocins are still active for at least 3 months of freezing storage, while in purified after 2 months of freezing storage. Showed that the minimum inhibition zone against E. coli was 62.5 μg/ml for both MRSAcin and R - pyocin in vitro. The effect of MRSAcin and MAR - pyocin on the cell permeability was studied and the results showed that the absorbance at 260nm increased, indicating that DNA leaked from cells due to the cell lysis.Experimental infection induced by therapeutic effectiveness of the bacteriocin invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa which was marked at the beginning of her appearance inflammation of skin, swelling and redness of the affected area with the appearance of festering spots and abscesses in the surface layer of the skin and with the progress of the abscess spotted Purple happens .The antibacterial action of synergistic affected of (MRSAcin and MAR - pyocin) extracts .The results confirmed that the treated invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa was damaged . MRSAcin , MAR - pyocin and synergistic were giving good healing process with limited tissue damage in vivo (mice) against superficial skin infection by MRSA and resistance P. aeruginosa isolates at 1,2,3 day after infection.

دراسة بعض التاثيرات البيئية لملوثات الهواء في بغداد

Author name: نادية كامل بشار القريشي
Supervisor name: حسوني جدوع عبد الله
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تمت دراسة تلوث الهواء بدقائق الغبار ( العواصف الغبارية dust storm والغبار العالق في الهواء Suspended dust والغبار المتصاعد rising dust والغبار المترسب على اوراق نبات الدودونيا Dodonaea viscose L. جمع الغبار على الاوراق في كل شهر من كانون الثاني الى شهر حزيران 2009 لثلاث مناطق : الكاظمية ، والمنصور ، وشارع فلسطين ، في مدينة بغداد/ العراق، واخذت معلومات عن عدد المرضى الشهري الذين زاروا مستشفى ابن النفيس خلال فترة الدراسة من كانون الثاني الى شهر حزيران 2009. ربطت العلاقة بين عدد المرضى والظواهر اعلاه .وبينت النتائج ان العواصف الغبارية لم يكن فيها فرق معنوي بين معدلات الفترات الزمنية 1970 - 1980 و1980 - 1990 و1990 - 2000للاشهر الستة اعلاه . بينما يوجد فرق معنوي على مستوى 5% ( P - value = 0.022 ) لشهر اذار بين الفترات الزمنية الثلاث اعلاه . بالنسبة للغبار المتصاعد .المعدل الشهري لمجموع الغبار المترسب على اوراق نبات الدودونياكان معنويا لشهر اذار ( 0.70 غم / سم ²) ومايس (0.38 غم / سم ² ) وحزيران (0.38 غم / سم ²) للمناطق الثلاث تحت الدراسة .معدل عدد المرضى كان 8848.0 ، واقل قيمة هي 6902.00 وكانت في شهر كانون الثاني ، واعلى قيمة12940.0 في شهر حزيران .ولوحظت علاقة عالية المعنوية بين عدد المرضى والغبار المترسب (r =0.9679) ، والمعادلة الاتية توضح العلاقة : Y=12684.505e - 86.3442X العلاقة بين عدد المرضى الشهري (Y) والغبار الجوي المتصاعد(X)Rising dust Y=11841.62 - 2211.404+220.69X2 ….. r = 0.8033ولوحظت علاقة عالية المعنوية بين عدد المرضى والعواصف الغبارية (r = 0.6763) Y=480.00+20168.42X - 9993.53X2 ….. r=0.6763ولاتوجد علاقة معنوية بين عدد المرضى والغبار المعلق Y=11749.138 - 785.34X+39.21X2 ….. r=0.3772 وقد تبين من نتائج التحاليل الكيمياوية للغبار المترسب ان هناك فرقا معنويا في نسبة الكاربون العضوي للمناطق الثلاثة ونسبة المادة العضوية والكالسيوم والمغنيسيوم وملوحة التربة وتفاعلها ، بينما لا يوجد فرق معنوي بالنسبة لمحتوى الرصاص والكاربونات والبيكاربونات والكلورات .

عزل وتشخيص الفطريات المرافقة لاعلاف الدواجن والتحري عن مستوى التلوث بالافلاتوكسين == Isolation and identification of fungi associated with poultry feeds and detection of aflatoxin contamination level

Author name: هـبـة فـرحان دلــــي
Supervisor name: مهند محمد نوري المفتي | هادي مهدي عبـود
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى تحديد مدى تلوث بعض اعلاف الدواجن(خليط من بذور بعض المحاصيل) المعروضة في بعض الاسواق المحلية لبعض محافظات العراق بالفطريات ، وتحديد قابلية عزلات الفطر Aspergillus flavus على انتاج الافلاتوكسينات فضلا عن تقييم كفاءة اربعة ممد صات كيميائية في ٳمدصاص سم الافلاتوكسين B1 من الاوساط السائلة . اظهرت نتائج عزل وتشخيص الفطريات المعزولة من 52 عينة من اعلاف الدواجن من محافظات بغداد ،ديالى ،بابل ،السماوة ،كربلاء ،القادسية وميسان تواجد الانواع الفطرية الاتية في الاعلاف : Alternaria alternaria وAspergillus candidus وAsp.clavatus وAsp.flavipesوAsp.flavus وAsp.fumigatus وAsp.niger وCephalosporium spp. وCladosporium cladosporioids وFusarium graminearum وF.moniliforme وF.oxysporum وGonatosbotrys simplex وMucor sp. وPenicillium citrinum وP.chrysogenum وP.cyclopium وP.expansumوP.griesofulvum وP.oxalicum وUlocladium sp. ومجموعة Mycelia sterila fungi. وفيما يخص نسبة التواجد فقد كان الجنس Aspergillus sp. هو الاعلى في معظم العينات المفحوصة اذ بلغت نسب تواجده 99.15 ،100 ،100 ،94.55 ،100 ،98.58 ،100 و95.24% في العينات B4 ،B11 ،B13 ،B16 ،B17 ،Kh6 ،M1 وM3. وسجل النوع Aspergillus flavus اعلى نسبة مئوية للتواجد بالنسبة لبقية انواع الجنسAspergillus sp. اذ بلغت نسب تواجده 88.03 ،85.71 ،71.43 و% 87.5 في العينات B4 ،B17 ،C2 وC3. في حين ظهر الفطر Cladosporium cladosporioids بشكل متوسط وبنسب مئوية 41.67 ،56.25 ،72.22 ،71.43 و50 % في العينات B¬1 ،B2 ،B6 ،B7 وC1 . اما الفطر Gonatobotrys simplex فقد سجل اقل نسبة مئوية للتواجد بلغت 0.5 % في العينة Di1. وفيما يـخـص تـكـرار العـزل قـد اظهر الجـنـس Aspergillus sp. اعـلـى تكرارات بـلـغت 19 : 18 ،7 : 7 ،3 : 3 ،3 : 3 ،6 : 5 ،6 : 6 و8 : 8 % فـي عـيـنات مـحافـظات بـغـداد ، ديالـى ، بابـل،السماوة ، كـربلاء ، القادسيـة ومـيـسان ومـن بـيـن انـواع الجـنـس Aspergillus sp. سجـل النـوع Aspergillus flavus اعـلـى تكرارات عـزل بـلـغت 19 : 15 ،7 : 5 ،3 : 3 و3 : 3 % فـي عـيـنات مـحافـظات بـغـداد ، ديالـى ، بابـل ، الســماوة على التوالي . اظهر الفـطـر Cladosporium cladosporioids تـكـرار عــزل بلغت متوسطاته 19 : 8 ،7 : 3،6 : 2 و8 : 4 % في عينات محفظات بـغـداد ، ديالـى ، كربلاء وميسان . اما اقل تكرار عزل فسجله الفطر Gonatobotrys simplex اذ بلغ 7 : 1 % في عينات محافظة ديالى . وبالنسبة لبقية الفطريات فقد اظهرت نسب تواجد وتكرارات عزل متباينة حسب مصدر العينات ومكوناتها . وفيما يخص الحمل الفطري فقد سجلت محافظة كربلاء اعلى معدل للحمل الفطري بلغ 253×106 وحدة مكونة للمستعمرة /غم علف جاف ، وسجلت محافظة القادسية معدل حمل فطري متوسط بلغ 140×106 وحدة مكونة للمستعمرة /غم علف جاف ، في حين كان اقل معدل حمل فطري لمحافظة السماوة اذ بلغ 3.4×106 وحدة مكونة للمستعمرة /غم علف جاف . اظهرت نتائج قابلية 37 عزلة من الفطر Aspergillus flavus على انتاج الافلاتوكسين ان 13 عزلة فقط اظهرت قابلية على انتاج الافلاتوكسين B1، وتفوقت العزلة 6B من محافظة بغداد على بقية العزلات في القابلية على الانتاج اذ سجلت قابلية فائقة في الانتاج (++++) . اظهرت نتائج الكشف بتقانة TLC كفاءة كل من قشور الرمان والفحم المنشط والكايتوسان كعوامل ممدصة ، وكانت قشور الرمان اكفا هذه العوامل اذ اظهرت اكبر مساحة بقعة واشد تالق مقارنة ببقية المعاملات الاخرى، في حين اظهر الفحم المنشط كفاءة جيدة في الامدصاص ولكن بمستوى اقل من الدباغ. اما فيما يخص الكايتوسان قد اظهر كفاءة قليلة كعامل مدمص بينما اظهر الطين عدم كفاءته كعامل مدمص الا انه اظهر كفاءة عالية في التحطيم حيث ادى الى اختفاء السم من الراشح والراسب. | This study was aimed to determine the fungal contamination levels of poultry feeds(grains mixture of agricultural crops) exhibited in local markets of some Iraqi governorates, the aflatoxin toxigenic activity of Aspergillus flavus isolated isolates and evaluation of four materials as detoxification agents. The results of fungal isolation and identification of 52 poultry feed samples collected from Baghdad, Deila, Babil, Seemawa, Karbala, Kadisia and Maysan governorates revealed presence of the following fungal species : Alternaria alternaria,Aspergillus candidus, Asp.clavatus, Asp.flavipes, Asp.flavus, Asp.fumigatus, Asp.niger, Cephalosporium ssp., Cladosporium cladosporioids, Fusarium graminearum, F.monilforme, F.oxysporum, Gonatobotrys simplex, Mucor sp., Penicillium citrinum, P.chrysogenum, P.cyclopium, P.expansum, P.griesofulvum, P.oxalicum , Ulocladium sp. and Mycelia sterile fungi group. Genus Aspergillus showed the highest percentage of occurence in most tested samples which recorded 99.15 ,100 ,100 ,94.55 ,100 ,98.58 ,100 and 95.24 % in samples B4 ,B11 ,B13 ,B16 ,B17 ,Kh6 ,M1 and M3, respectively. Species Asp.flavus recorded the highest percentage of occurence among other Aspergillus species which recorded 88.03 ,85.71 ,71.43 and 87.5% in samples B4 ,B17 ,C2 and C3, respectively, while the fungus Cladosporium cladosporioids appeared in moderate percentage when recorded 41.67 ,56.25 ,72.22 ,71.43 and 50 % in samples B1 ,B2 ,B6 ,B7 and C1, respectively. Fungus Gonatobotrys simplex showed the lowest percentage of occurence (5.0% in Di1). The genus Aspergillus also recorded highest isolation frequencies (18 : 19 ,7 : 7 ,3 : 3 ,3 : 3 ,5 : 6 ,6 : 6 and 8 : 8 %) in (samples Baghdad, Deila, Babil, Seemawa, Karbala, Kadisia and Maysan).However, among isolated species, Asp.flavus recorded highest frequencies 15 : 19 ,5 : 7 ,3 : 3 and 3 : 3 % in samples Baghdad, Deila, Babil and Seemawa respectively, while Cladosporium cladosporioids showed moderate isolation frequencies 8 : 19 ,3 : 7 ,2 : 6 and 4 : 8 % in samples Baghdad, Deila, Karbala and Maysan respectively and the Gonatobotrys simplex the lowest (1 : 7 %) in Deila samples. Other fungal isolates showed different percentages of occurence and isolation frequencies according to the source and components of the collected Samples. Karbala governorate recorded highest rate of fungal load (253×106 CFU / gm feed), moderate rate (140×106 CFU / gm feed) recorded by Kadisia samples, while the lowest (3.3×106 CFU / gm feed) by Seemawa samples. The results of toxigenic activity of 37 isolates of Asp.flavus showed that only 13 of them have toxigenic activity, and isolate B6 was the most toxigenic than other isolates. The results of TLC showed the efficiency of Pomegranate pericarp , activated carbon and chitosan as absorption agents. Pomegranate pericarp was the most efficient as manifested by area and severe fluorescence of it's sopt followed by activated carbon and chitosan which recorded the lowest efficiency, while clay had no efficiency as absorption agents but it showed high efficiency in toxin degradation as manifested by the disappearance of the toxin in both filterate and precipitate.

علاقة الحركيات الخلوية بالتهاب المعدة المزمن لدى عينة من المرضى العراقيين == Association of Cytokines with Chronic Gastritis in A sample of Iraqi Patients

Author name: نرجس عبد الرحمن عودة اللامي
Supervisor name: اقبال خضر الجوفي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يعد التهاب المعدة المزمن من المشاكل الصحية الكبرى الواسعة الانتشار في العالم وتعتمد الاصابة به على نوع المسبب المرضي ومدى فعاليته اضافة الى قوة الاستجابة الالتهابية والمناعية (الخلوية والخلطية) للمضيف، وقد اجريت الدراسة الحالية بهدف تقييم بعض المعايير المصلية والنسيجية التي يمكن من خلالها تشخيص نوع المرض والاصابة ببكتريا H.pylori، ولتوضيح تاثير بعض العوامل المناعية والالتهابية على الحالة المرضية لدى مرضى التهاب المعدة المزمن. شملت الدراسة (100) مريض عراقي يعانون من اعراض عسر الهضم خضعوا للتنظير المعدي واستئصال الخزعات النسيجية (61 ذكر، 39انثى) تراوحت اعمارهم بين 10 الى 79 سنة، وقسمت مجموعة المرضى وفقا للتشخيص النسيجي الى ثلاثة مجاميع، الاولى تضم 66 مريضا مصابا بالتهاب المعدة المزمن الفعال Active Chronic Gastritis ، والثانية 21 مريضا مصابا بالتهاب المعدة المزمن السطحي Superficial Chronic Gastritis، اما الثالثة فشملت 13 مريضا مصابا بالتهاب المعدة المزمن غير الفعال Inactive Chronic Gastritis، فضلا عن ثلاثين متطوع من الاصحاء يمثلون مجموعة السيطرة. اجريت الدراسة في المركز التعليمي لامراض الجهاز الهضمي والكبد في دائرة مدينة الطب في بغداد ومختبرات الصحة المركزية، واستمرت للمدة من تشرين الثاني 2007م الى نيسان 2008م. توصلت الدراسة الى النتائج الاتية : 1 - ان الاصابة بالتهاب المعدة المزمن في الذكور اعلى منها في الاناث؛ اذ بلغت نسبة الذكور الى الاناث 1 : 1.56 ومتوسط اعمارهم (40.03) سنة، لكن لم يشكل هذا الفرق دلالة معنوية (P> 0.05).2 - اظهرت الفحوصات النسيجية للمعده وجود بكتريا H.pylori بنسبة (66%) من المجموع الكلي لمرضى التهاب المعدة المزمن. 3 - تبين من خلال الفحوصات السيرولوجية للتحري عن اضداد IgG ضد H.pylori اصابة (70%) من مرضى التهاب المعدة المزمن ببكتريا H.pylori مقارنة بالمرضى غير المصابين بالبكتريا (30%) وقد اكتسب هذا الفرق دلالة معنوية جدا(P < 0.01)،كما ارتفع مستوى اضداد IgG ضد بكترياH.pylori لدى مجاميع المرضى الثلاثه ACG وSCG وICG على التوالي مقارنة بمجموعة السيطرة، وكان الارتفاع معنويا (P < 0.05).4 - اظهرت الاختبارات السيرولوجية لتقييم حالة الطبقة الظهارية لمخاطية المعدة - ارتفاع مستوى الكاسترين - 17 لدى مجاميع المرضى الثلاثة ICG وSCG وACG على التوالي بدلالة معنوية (P < 0.05) مقارنة مع مجموعة السيطرة. - وجد هناك فرق معنوي (P < 0.05) في مستوى الببسينوجين I لدى مرضى ACG وSCG على التوالي مقارنة بمجموعة السيطرة لكن لا يعد ذلك ارتفاعا في مستوى PGI لكون قيمته كانت ضمن النسب الطبيعية لمستوى PGI في مصل الدم. - لوحظ وجود علاقة معنوية (P < 0.05) في مستوى الببسينوجين II لدى مرضى ACG فقط مقارنة بمجموعة السيطرة، بينما لم تلاحظ اي فروقات معنوية (P > 0.05) في مستوى نسب PGI/II لدى مجاميع المرضى مقارنة بمجموعة السيطرة. 5 - الحركيات الخلوية Cytokines - ارتفاع مستوى IL - 4 في مصل مجاميع المرضى ICG وACG وSCG على التوالي مقارنة بمجموعة السيطرة، وقد شكل هذا الارتفاع فرقا معنويا جدا (P < 0.01). - اظهرت مجاميع المرضى ICG وSCG وACG على التوالي ارتفاع مستوى IL - 8 في المصل مقارنة بالسيطرة وقد شكل هذا الارتفاع فرقا معنويا جدا (P < 0.01). - وجد هناك ارتفاع في مستوى IL - 10 في مصل مجاميع المرضى ACG وICG وSCG على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا جدا لدى مرضى ACG فقط (P < 0.01). - ارتفع مستوى IFN - γ في مصل مجاميع مرضى ICG وACG وSCG على التوالي مقارنة بالسيطرة، وقد شكل الارتفاع فرقا معنويا (P < 0.05). - اظهرت مجاميع مرضىACG وSCG وICG على التوالي ارتفاع مستوى GM - CSF في المصل مقارنة بالسيطرة، وقد شكل هذا الارتفاع فرقا معنويا ( P < 0.05). 6 - الكلوبيولينات المناعية Immunoglobulines - ارتفع مستوى IgG في مصل مجاميع مرضى ICG وACG وSCG على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01). - لوحظ ارتفاع مستوى IgA في مصل مجاميع مرضى ACG وSCG وICG على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا جدا (P < 0.01). - وجد هناك اختلاف في مستوى IgM بين مجاميع المرضى والسيطرة وكان الاختلاف معنويا لدى مرضى ACG فقط مقارنة بالسيطرة. 7 - مكوني المتمم C3، C4 - ظهر فرق معنوي (P<0.05) في مستوى C3 لدى مرضى ACG فقط مقارنة بالسيطرة، فيما كان مستواه لدى مرضى التهاب المعدة المزمن عامة ومرضى SCG وICG مقاربا لمجموعة السيطرة ومن دون فروقات معنوية. - ارتفع مستوى C4 في مصل مجاميع مرضى ICG وSCG وACG على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا جدا (P < 0.01). 8 - اظهر التحليل الاحصائي وجود فروقات معنوية بين المرضى والحالة الاقتصادية والاجتماعية (P < 0.01) وكانت اعلى نسبة للتكرارات لدى المرضى ذوي الحالة الاقتصادية والاجتماعية الواطئة. فيما لوحظ انخفاض المستوى التعليمي لدى مرضى التهاب المعدة المزمن وقد شكل هذا الانخفاض دلالة معنوية (P<0.01). وعند المقارنة الاحصائية بين المرضى والاعراض السريرية وجد ارتفاع تكرارات المرضى لمجموعة من اعراض عسر الهضم واكتسب الارتفاع دلالة معنوية (P<0.01). 9 - اظهرت نتائج الدراسة الحالية وجود علاقة طردية بين IL - 4 وكل من PGII وIL - 10 وIgG وكانت العلاقة طردية ايضا بين IL - 8 مع IgG وC4 وIgA وG - 17، فيما ارتبط مستوى IL - 10 بعلاقة طردية مع IFN - γ وPGII وC4، وظهر ايضا وجود علاقة طردية بين IFN - γ وكل من IL - 8 وIgA وC4 وIgG، وقد اكتسبت هذه العلاقات دلالة معنوية (P < 0.05). | The chronic gastritis is considered as one of the greatest health problem that is widely distributed throughout the world, and the disease depends on the type and the activity of the causes, furthermore the strength of immune & inflammatory response (cellular & humeral) of the host, The present study was conducted to estimate some of serological & histological parameters in order to diagnose both the type of disease, and infection with H.pylori, in addition to shed light on influence of some immunoinflammatory factors on pathogensis of thechronic gastritis. The study included (100)Iraqi patients (61 male & 39 female) are suffering from dyspepsia , and submitted for gastroendoscopy and biopsy. their age varied between 10 to 80 years. All patient groups were divided according to histological diagnosis into three groups , 66 with Active Chronic Gastritis (ACG), 21 with Superficial Chronic Gastritis (SCG) and 13 with Inactive Chronic Gastritis (ICG), with apparently health 30 individuals volunteers as control group, the study was carried out in the Gastroenterology and Hepatology Teaching Center in Medical City and Health Central Laboratories from November 2007 to April 2008. The study revealed the following results : 1 - The present study showed the frequency of chronic gastritis is higher among males than females; with ratio was 1.56 : 1 respectively; The mean age was (40.03) years, with non significant difference (P<0.05). 2 - Histological examinations revealed the incidence of H.pylori is (66%) among all patients. 3 - Serological examinations showed significance, that increasing number of patients with chronic gastritis infected with H.pylori (70%) compared with non infected (30%) Also highly significant increased (P<0.01) was observed in serum level of IgG antibody anti - H.pylori in the three patient groups : ACG, SCG, ICG respectively as compared with control group. 4 - Estimation of mucas epithelial layer state : - Significant increase (P<0.05) in serum level of Gastrin - 17 in all patients groups : ICG, SCG, ACG respectively as compared with control group. - Significant difference (P<0.05) was found in serum level of pepsinogen I in patients groups : ACG, SCG respectively as compared with control group but that is not consider increase in the level of PGI because the values lies among the normal ratio of PGI level in serum. - There is significant relationship (P<0.05) was observed in serum level of pepsinogen II only in patients of ACG compared with control group, wherease non significant differences (P<0.05) was observed in the ratios of PGI / II in the patients groups compared with control group. 5 - Cytokines : - Significant increase (P<0.05) in the serum level of IL - 4 in all patients groups : ICG, ACG, SCG respectively compared with control group. - All patients groups ICG, SCG, ACG respectively revealed highly significant increased (P< 0.01) in the serum level of IL - 8 compared with control group. - Highly significant increased (P<0.01) was observed of IL - 10 in all patients groups : ACG, ICG, SCG respectively compared with control group. - Highly level of IFN - γ in serum of all patients groups : ICG, ACG, SCG respectively, This increament formed significant difference (P<0.05). - All patients groups ACG, SCG, ICG consequently revealed significant increased (P<0.05) in the concentration of GM - SCF as compared with control group. 6 - Immunoglobulines : - Highly significant increased (P<0.01) in the level of serum IgG in all patients groups : ICG, ACG, SCG respectively compared with control group. - Highly significant increase was observed in the level of serum IgA in all patients groups : ACG, SCG, ICG consequently compared with control group (P<0.01). - Patients groups revealed difference in the level of serum IgM compared with control group, but this difference was significant only in ACG patients (P<0.05). 7 - Complement components C3 and C4 : - Appearing significant difference (P<0.05) in the serum level of C3 only in ACG patients compared with the control group, but non significant difference when compared general patients of chronic gastritis and SCG, ICG patients with control group. - Highly significant increased (P<0.01) in the serum level of C4 in all patients groups : ICG, SCG, ACG respectively compared with control group. 8 - Statistical analysis appeared significant difference (P<0.01) between patients with low socioeconomic state & educational level and inassociation with severity of clinical diagnosis & increased frequency of patient that’s are suffering from dyspepsia. 9 - The result of present study revealed direct correlation between IL - 4 with (PGII, IL - 10 & IgG), IL - 8 with (IgG, C4, IgA & G - 17), IL - 10 with (IFN - γ, PGII & C4) and IFN - γ with (IL - 8, IgA, C4 & IgG). This correlations request significant evidence (P<0.05).

التحري الجزيئي والتعبير الجيني لمضخات الدفق في بكتريا Pseudomonas aerugionsa متعددة المقاومة للمضادات الحيوية == The Role of Efflux Pumps in Multidrug - Resistance in Colistin - resistant Pseudomonas aeruginosa

Author name: نبراس رضا محمد العبيدي
Supervisor name: محمد فرج شذر المرجاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 120 عزلة تعود لبكتريا Pseudomonas aeruginosa للمدة من /15 2014/9 لغاية /11/15 2014, من مصادر سريرية مختلفة شملت : (33عزلة ) من الادرار , و(25عزلة) من الحروق , و(25عزلة ) من القشع , و(17عزلة) من الجروح , و(12عزلة ) من الدم, و( 5عزلات ) من الاذن , و(3 عزلات) من ادوات قثطرة المجاري البولية. اختبرت حساسية العزلات قيد الدراسة تجاه مضاد الكولستين باستعمال طريقة الاقراص واظهرت النتائج وجود 27) ) عزلة مقاومة للكولستين وبنسبة (%22.5) , ثم اختبرت مقاومة60 عزلة (منها 27 عزلة مقاومة للكولستين ) تجاه اثناعشر مضادا من مجاميع مختلفة وتم تحديد حساسية العزلات ومقاومتها للمضادات المايكروبية باعتماد قياس قطر منطقة التثبيط بالمليمتر حول اقراص المضادات المستعملة , واظهرت النتائج ان جميع العزلات المختبرة كانت مقاومة بشكل تام لمضادات Amoxicillin وCarbencillin بينما ابدت العزلات مقاومة لمضاداتGentamycin بنسبة (%70) و(%56.6) Tobramycin وLomefloxacin (%58.3)وكانت المقاومة اقل لمضادات Aztreonam (%18.3) وPolymyxin B بنسبة (%18.3) وتليها المقاومة لمضادNorfloxacin (%13.3)و Levofloxacin (%11.6) وتجاه Ciprofloxacin الاقل مقاومة بنسبة (%8.3) .اختبرت قابلية (60) عزلة اعلاه على انتاج انزيم البروتييز وتكوين الغشاء الحيوي واظهرت النتائج قابلية % 88.3 من العزلات 53) عزلة )على انتاج انزيم البروتييز, وكانت جميع العزلات المقاومة للكولستين منتجة لانزيم البروتييز وبنسبة %100 , من جانب اخر كانت 43 عزلة (%71.7) منتجة طبقة لزجة قوية محددة بوساطة تكوين مستعمرات سوداء دلالة على تكوينها الغشاء الحيوي .تم الكشف عن وجود مضخات الدفق بين 60 عزلة من عزلات الدراسة ( منها 27 عزلة مقاومة لمضاد كولستين و33 عزلة حساسة له) باعتماد طريقة العجلة الخشبية Ethedium Bromide - Agar Cartwheel Method (EtBr CW) باعتماد صبغة الاثيديوم برومايد كمؤشر للكشف عن مضخات الدفق , واظهرت النتائج ان 46 عزلة (76.7%) من العزلات المختارة اعطت نتيجة موجبة للفحص اعلاه , ومن جانب اخر كانت جميع العزلات المقاومة للكولستين موجبة للفحص مما يدل على امتلاكها لمضخات الدفق , اما بالنسبة للعزلات الحساسة للكولستين فكانت %33.3منها تملك مضخات دفق بالكشف المظهري . اخضعت 32 عزلة (27 منها كانت مقاومة للكولستين) للكشف الجيني عن مضخات الدفق باستعمال تقنية Conventional PCRللكشف عن مضخة الدفق MexAB - OprM (بالكشف عن جينات oprMو (mexAومضخة الدفق MexXY (بالكشف عن جين mexY) اظهرت النتائج ان20 عزلة (62.5%) تمتلك الجينoprM , وان 22عزلة (68.8%) تمتلك الجين mexA , و24 عزلة (75%) تمتلك الجينmexY , وبينت النتائج ايضا بخصوص الكشف الجيني عن مضخات الدفق لعزلات الدراسة ان جميع العزلات الموجبة لاختبار امتلاك الجين mexYهي مقاومة للكولستين وقد شكلت نسبة %88.9 من العزلات الكلية المقاومة للكولستين . وتم الكشف عن التعبير الجيني لمضخة الدفق OprM - MexAB (بدراسة الجين (mexB ومضخة الدفق MexXY ( بدراسة الجين mexX) في 9 من عزلات الدراسة والتي كانت مقاومة لمضاد الكولستين باستعمال تقنية q RT - PCR من خلال استخلاص RNA البكتيري , ومن ثم تحويله الى cDNA , واظهرت نتائج الكشف عن التعبير الجيني للجين mexB والجين mexXان العزلات كانت متباينة في قيم ct , وبحسب معادلة Livak تم استخراج قيم ct ومعرفة التعبير الجيني لمضخات الدفق , ولوحظ ان التعبير الجيني لمضخة الدفق MexXY اكثر من التعبير الجيني لمضخة الدفق MexAB - OprM . | A total of (120) clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa were collected from different sources , During the period between 15/9/2014 till 15/11/2014 . The source of these isolates were as follows : (33) isolates from urine , (25) isolates from Burns , (25) isolates from sputum , (17) isolates from Wounds , (12) isolates from Blood , (5) isolates from ears ,and the last (3) isolates from Catheters . All isolates were identified through morphological , cultural and some biochemical tests and using Vitek2 GN . The antibiotic susceptibility test Towrd Colistin was done using the agar diffusion method ; Results showed that 27 isolates (%22.5) were resistance to Colistin ,then Sixty isolates ( Ones 27 isolates resistance to Colistin ) were tested against twelve antibiotic by measuring inhibition zone around disk antibiotic , Result showed that All isolates were complete resistance to Amoxicillin and Carbencillin , While resistance to other antibiotic were Gentamycin (70%) , Tobramycin (56.6%) , Lomefloxacin (58.3%) , and less resistance was showed for Aztreonam(18.3%) , Polymyxin B (18.3%), Norfloxacin(13.3%) , Levofloxacin(11.6%) and Ciprofloxacin (8.3%) ,The most effective antibiotic against Colistin resistance isolates were Levofloxacin and Ciprofloxacin . Sixty of isolates were choosen to detect for ability to protease production and biofilm formation , The Results showed 53 isolates (%88.3) were protease production , and results showed all Colistin resistant isolates were protease production and 43 isolates (%71.7) were able to biofilm formation . Sixity isolates (Ones 27 Colistin resistance isolates ) were choosen for detect efflux pumps by using Ethedium Bromide - Agar Cartwheel Method (EtBr CW) , which include ethedium bromide dye as marker to detect efflux pumps , the result showed that 46 isolates (%76.7) give positive result . Polymerase Chain Reaction (PCR) technique was performed done using specific primer targeting the specific sequences of the mexA , mexY, oprM gene , The results showed that oprM found in 20 isolates (%62.5) , mexA found in 22 isolates (%68.8) , mexY found in 24 isolates (%75) , The results also showed that 88.9 % from Colistin resistant isolates had mexY gene . Detection of gene expression was performed done by using q RT - PCR technique after RNA extraction of Colistin resistant isolates and c DNA synthesis , The results showed that gene expression were high in efflux pumps especially to MexXY efflux pumps , and the gene expression to MexXY efflux pumps higher than MexAB - OprM efflux pums

المعالجة الاحيائية للرصاص من مياه الصرف الصحي باستخدام ثلاث انواع من النباتات المائية == Bioremediation of lead from municipal wastewater by three aquatic plant species

Author name: نشميل علي حسن الهواسي
Supervisor name: عبد الرحمن عبد الجبار الكبيسي | عبد الحميد محمد جواد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Environment
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة مختبريا" للتعرف على قدرة ثلاث انواع من النباتات تم حمعها من نهر دجلة وهي نبات الشمبلانCeratophyllum demersumL. والكطل Hydrilla verticellata ونبات عشبة النيل Echhornia crassipes على ازالة عنصر الرصاص من مياه الصرف الصحي اولا تم تعريض الانواع الثلاثة كل على حدة الى تخافيف مختلفة من مياه الصرف الصحي بصورة منفردة وهي (25 , 50)% ppmوالتركيز100% من مياه الصرف الصحي، ولمدة ثلاثين يوما لكل تركيز، وقيست كفاءة النبات في ازالة الرصاص من المياه كنسب مئوية للازالة في النبات .تم اخذ عينات من ماء الاحواض وكذلك اخذ وزن 2 غرام من النبات بدءا″من اليوم الاول وبعد 5 ،10 ،15 ، 30 يوما وذلك لتقدير كمية العنصر المتبقي في الماء وايضا كمية العنصر المتراكم في النبات ، كما تم حساب معامل التركيز الحيوي في النباتات الثلاثة, اظهرت النتائج مقدرة النباتات الثلاثة على ازالة الرصاص وبصورة متفاوتة اذ كان لنبات عشبة النيل قدرة اعلى من بقية النباتات في عملية الازالة وبلغت ( 0.397, 0.802 ,1.369) ppm على التوالي في اليوم الثلاثين بينما نبات الكطل استطاع ان يعالج مياه الصرف الصحي ليوم واحد فقط عند التركيز100% وكانت النتيجة (0.448) ppm وبقي لمدة خمسة ايام عند التخفيف 50% وكان (0.745) ppm بينما ظل النبات لمدة خمسة عشر يوما عند التخفيف 25% وبلغ التراكم ( 0.343) ppm , اما بالنسبة لنبات الشمبلان فقد كان (0,544,0.239) عند التخفيفين50,25% على التوالي في اليوم الخامس عشر لان النبات هلك بعد هذا اليوم بينما عند التركيز 100% من مياه الصرف الصحي ظل النبات حيا ليوم واحد وكان التراكم (0.362) .ppm ثم استخدمت النباتات ذاتها لمعرفة قابليتها على ازالة الرصاص من المياه الملوثة باستخدام تراكيز مختلفة وهي (30,20,10)ppm ولمدة ثلاثين يوما لكل نبات على حدة ثم المقارنة بين النباتات الثلاثة ,اذ بلغ تراكم الرصاص في اليوم الثلاثين للتراكيز( 30,20,10) عند نبات عشبة النيل (22.28,17.42,8.64) ppm ونبات الكطل ( 19.90,16.21,8.06) ppm ونبات الشمبلان (18.70,13.14,11.11) ppm . | This study was conducted laboratory "to identify the three types of the plant's capacity was collected from the Tigris River, a A Ceratophyllum demersum L. And Hydrilla verticellata and plant Echhornia crassipes to remove the lead element of the muncipal wastewater was first exposed three types separately to different dilutions of munncipal water, a individually (25, 50)% ppm and focus 100% of the wastewater, and for a period of thirty days for each concentration, and measured the efficiency of the plant to remove lead from water as a percentage of the removal of the plant. Sampling of water basins, as well as taking a weight of 2 grams of plant starting "from the first day and after 5.10, 15.30 days in order to estimate the amount of the remaining element in the water and also the amount of accumulated element in the plant, has also been vital concentration factor in the three plants account the results showed the ability of the three plants to remove lead and disproportionately as it was to E. crassipes plant higher than the rest of the plant's capacity in the removal process amounted to (0.397, 0.802, 1.369) ppm, respectively, on the thirtieth day while the H. verticellata plant able to handle sewage for just one day when you focus 100% and the result (0.448) ppm and stayed for five days at the dilution of 50% and was (0.745) ppm while the plant for a period of fifteen days when dilution of 25% and amounted to accumulation (0.343) ppm, as for the plant C.demersum was (0,544,0.239 ) when dilutions 50.25%, respectively, in the fifteenth day because the plant died after this day, while at the focus 100% of the sewage plant remained alive for one day and it was the accumulation (0.362) .ppm Then they used the plants themselves to see their ability to remove lead from contaminated water by using different concentrations of a (10,20,30) ppm for a period of thirty days each plant separately and then compare the three plants, as it was the accumulation of lead in the thirtieth day of concentrations (10,20.30) when aplant E. crassipes (22.28,17.42,8.64) ppm and H.verticellata (19.90, 16.21, 8.06) ppm and C. demersum(18.70,13.14,11.11) ppm.

دراسة بعض الجوانب المناعية لمرضى الالتهاب الجلدي المتماحل من العراقيين == Study of some immunological aspects of Iraqi patients with ATOPIC DERMATITIS

Author name: ميادة نوري اقبال الدوسكي
Supervisor name: رجوه حسن عيسى الربيعي | جاسم طعمه حسين الخفاجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology - Immunology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة بهدف الحصول على المزيد من الايضاحات حول تاثير الاضطرابات المناعية على الحالة المرضية عند مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل من العراقيين ،لقد تم خلال هذه الدراسة اخضاع 124 مريضا من كلا الجنسين (55مريضاﹰمن الذكور و69من الاناث ) تتراوح اعمارهم ما بين(6 - 55 ) سنة من الذين شخصوا كمرضى التهاب جلدي متماحل ،حيث كان بينهم 48 مريضاﹰ من المصابين بالتهاب الجلدي المتماحل البسيط و76 مريضاﹰ من المصابين بالتهاب الجلدي المتماحل الشديد ، اضافةﹰالى(50) شخصاﹰمن الاصحاء ظاهرياﹰ كمجموعة سيطرة ، تم اخضاعهم الى مختلف الاختبارات بضمنها الفحوصات المختبرية المالوفة للحساسيةوقياس المعلمات المناعية حديثة الاكتشاف بالاضافة الى عزل وتشخيص بكتريا الـ Staphylococcus spp. .اظهرت النتائج اختلاف انتشار مرض التهاب الجلدي المتماحل بين مختلف الفئات العمرية وكذلك بين الجنسين حيث كان نسبة انتشار المرض عند الاناث اكثرمن الذكور. من خلال فحص الجلد وباستخدام (13) نوع من المستارجات، تم التوصل الى انه المستارجات داخل المباني indoor allergens اعلى نسبة للتفاعل الموجب لفحص الجلد ضمن كل مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل ،ومن بينها كان حلم الغبار المنزل HDM هو اكثر الانواع تكرارا فى الظهور بنسبة =5‚68 في حين كان لثيل البرمودا Bermuda grass وخليط انواع المختلفة النسبة الاعلى بين حبوب اللقاح =7‚ 13 % و1‚ 12 % على التوالي ، وكذلك لخليط الفطريات نوع MMI النسبة الاعلى بين الفطريات =9‚12%. باستخدام اختبار الامتزاز المناعي للانظيم المرتبط ELISA تم قياس مستوى الكلوبيولين المناعي(E) الكلي والنوعي في مصل الدم ، وكانت قيمة المتوسط الحسابي للكلوبيولين المناعي(E) الكلي لدى مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد اعلى وذات فرق احصائي معنوي عنها في كل من مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل البسيط ومجموعة السيطرة الاصحاء.وكذلك تم احتساب مستوى الكلوبيولين المناعي (E)النوعي في مصل الدم وذلك لـ 19 نوع المستارجات اظهرت نتائج الدراسة ان الكلوبيولين المناعي (E)النوعي الاكثر تكرارا في كل مجاميع الدراسة من المرضى كان للمستارج D2 بنسبة =7‚ 63 % يتبعه للمستارج H2بنسبة = 7‚ 59 % ،ثم للعشب G2 وبنسبة = 9‚ 58 % تبعهم الكلوبيولين النوعي للفطر M1 = 5‚ 57 % ، F29 =8‚ 54 % ، = F23‚ 54 %، W6 =6‚ 51 % ، M4 = 50 % ، G1 = 50 % ، G15 =2‚ 49 % ، W1 =5‚ 43 % ، M6 =8‚ 46 % ، D1 =46 % ، M2 =5‚ 43 % ، بينما كانت نسبة الكلوبيولين (E ) النوعي للـ F73 مساوي لـ T9 = 1‚ 37 % ،و 9‚ 33 % للمستارج W9 . في حين كانت اقل نسب للكلوبيولين النوعي ضد كل من T3 ، T5 وكانت تساوي 4‚ 23 % ،1، 16 % على التوالي .ان نسبة التطابق الاجمالية بين فحص الجلد ومستوى الكلوبيولينات المناعية النوعية لـخمسة من المستارجات كانت بمقدار9‚ 83 % كما كانت حساسية الاختبار بنسبة 100% لاشجار Mediterranean و19% لاعشاب Mugwort في حين كانت نسبة خصوصية الاختبار 98 % مساوية لكل من Plantain ,Betula واعقبتها المستارجات Fagac ,Bermuda =5‚97% ، 7‚96% على التوالي .اما المستارج HD اظهر اقل نسبة خصوصية وكانت2‚74% لم يلاحظ اي اختلاف معنوي في مستوى الكلوبيولينات المناعية (M , A ) واحدى مكونات المتمم C3 في المصل بين المجاميع الثلاثة قيد الدراسة بينما لوحظ ارتفاع معنوي في مستوى الكلوبيولين المناعي G واحدى مكونات المتمم C4 عند مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل مقارنة بمجموعة السيطرة الاصحاء. وجد ان عدد خلايا اليفة الايوسين في الدم اعلى معنويا عند كل من مجموعتي المرضى بالمقارنة مع الاصحاء. لم تظهر النسبة المئوية للخلايا اللمفاوية التي تعبر المعلم السطحي CD3 اي فروقات معنوية ضمن مجاميع الدراسة ،بينما النسبة المئوية للخلايا اللمفاوية التي تعبر المعلم السطحي .CDميادة نوري اقبال الدوسكيكانت اعلى معنويا عند مجموعة مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد عما هو عليه في كل من مجموعتي مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل البسيط والاصحاء. المعلم المناعي الـ CD8 اظهر انخفاض معنوي عند مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل مقارنة بمجموعة السيطرة الاصحاءولوحظ فروقات معنوية في نسبة الخلايا اللمفاوية الموجبة للـ CD4 ضمن مجاميع الدراسة مما ادى الى ارتفاع نسبة ((CD4/CD8 ارتفاعا ملحوظا ضمن مجموعتي مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل ومقارنة بالاصحاء وخاصة عند مجموعة مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد.كذلك لوحظت اضطرابات في الاستجابة المناعية الخلوية تجاه المشطر اللانوعي PHA ومستخلص البروتيني عند مجموعة مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد.احد النتائج المهمة في هذه الدراسة هي ان متوسط مستوى الانترلوكين نوع IL - 4 يزداد بشكل معنوي لدى مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل عن الاصحاء ،ان مجموعة مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل البسيط اظهرت زيادة معنوية مقارنة بمرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد والاصحاء (1‚84، 9‚58،4 ‚15 بيكوغرام/مل ) في حين ان مستوى الانترلوكين نوع IL - 5 في المصل كان اعلى في مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد عن مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل البسيط والاصحاء(5‚95، 9‚75، 2 ‚23 بيكوغرام/مل ) ، بالاضافة الى ذلك ظهرت علاقة خطية موجبة بين IL - 5 واعداد خلايا اليفة الايوسين في مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل اما فيما يتعلق بمجاميع الدم فلم تظهر اية علاقة معنوية موجبة بين مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل ومجاميع فصائل الدم بالرغم من انتشار مرض الالتهاب الجلدي المتماحل ضمن الاشخاص ذوي فصائل الدم A, B .الجزء الاخير من الدراسة تضمن اخذ مسحات للجلد لكل من المرضى والاصحاء ، تم زرعها بشكل مناسب لعزل وتشخيص بكتريا المتواجدة فيه . لقد اوضحت النتائج ان بكتريا Staphylococcus aureus كانت الاكثر تكرارا لدى مرضى الالتهاب الجلد المتماحل بنسبة 7‚ 76 % وبالاخص مجموعة مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل الشديد بينما Staphylococcus epidermidis كانت نسبتها3‚ 23 % .فيما يخص علاقة الكلوبيولين المناعي (E) الكلي في المصل مع مختلف المعلمات المناعية ،فقد لوحظ وجود علاقة خطية موجبة معنوية مع عدد من الفحوصات الموجبة للجلد والكلوبيولين المناعي (E) النوعي ،الى جانب ذلك فقد بينت النتائج وجود علاقة الكلوبيولين المناعي (E) الكلي مع عدد خلايا اليفة الايوسين عند كل مرضى الالتهاب الجلد المتماحل النسب المئوية للخلايا اللمفاوية الموجبة للـ CD4 وCD19ونسبة CD4/CD8 وIL - 4 ضمن مجاميع مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل اظهرت علاقة موجبة معنوية مع مستوى الكلوبيولين المناعي (E) الكلي ،في حين علاقة الانترلوكين IL - 5 مع الكلوبيولين المناعي (E) الكلي هي علاقة سلبية واظهرت النتائج ايضا وجود الـ Staphylococcus aureus ضمن مجاميع مرضى الالتهاب الجلدي المتماحل هو مقترن مع زيادة او ارتفاع مستوى الكلوبيولين المناعي (E) الكلي في المصل مما ادى الى علاقة موجبة .فيما لم تظهر الكلوبيولينات المناعية ( M , A ) علاقة موجبة مع الكلوبيولين المناعي (E) الكلي عدا الكلوبيولين المناعي G حيث اظهر علاقة ضعيفة ،كذلك الحال بالنسبة لعلاقة شدة المرض مع مختلف المعلمات المناعية حيث اظهرت النتائج وجود علاقة موجبة ذات قيمة معنوية احصائيا مع كل من عدد الفحوصات الموجبة للجلد والكلوبيولين المناعي (E) وعدد خلايا اليفة الايوسين ،ونسبة CD4/CD8 ، مستوى الانترلوكين IL - 5 في المصل ، اضافة الى ذلك كانت نسبة انتشار بكتريا Staphylococcus aureus مقترنة مع شدة المرض. | The favor of this work, is first at all, and above all, is all Allah's. I would like to express my profound thanks and sincere gratitude to my supervisor Dr. Rajwa H.AL - Rubai’e for her valuable scientific guidance, encouragement and support that made it possible for me to accomplish this study. I extend my deep gratitude also to my supervisor Dr. Jassem T. AL - Khafaji for his scientific advice, clinical instructions, in addition to his provision of laboratory materials and equipment. I should express my gratitude to the head and all the employees of the Department of Biology in the College of Science, AL - Mustansiriya University.Deepest gratitude goes to consultant center for Allergy and Asthma especially, Dr. Arij AL - Ani and Dr. Omar AL - Janabi for preparing the diagnostic cases and the chemist Mrs. Aysar F.AL - Aumari and Alaa’s father, Hamssa’s mother for their generous help and their kind assistance in presenting the possible facilities in the lab work.Thanks are also dedicated for Fransois Tron for his cooperation in help me to complete our research in laboratories of Rouen University France. My sincere gratitude presented to Dr. Abdul Alkhaliq AL - Naqeb for their efforts and help in statistical analysis.From my deep hearts, I would express my thanks and respect to my colleagues for their encouragement during my study. Finally, I would like to express my deepest and warmest gratitude and indebtedness to my family, for their kind, love and help in one way or another, and to all those who have contributed to the completion and success of this project. Mayada N. AL - DoskiResearcher SummaryA Prospective study was conducted to obtain more clarification about the impact of immunological abnormalities on the clinical expression of atopic dermatitis (AD) among Iraqi patients. One hundred twenty four cases of AD (55 males and 69 females), ranging in age between (6 to 55) years, Patients were grouped as mild AD (48) and severe AD (76), according to severity, and (50) apparently healthy individuals used as a control group (24 males and 26 females). They were studied using different allergic, immunological and hematological tests; in addition to that Staphylococcus species were isolated and diagnosed, Atopic Dermatitis occurred in different ages and most frequently in females than males.Skin test analysis of 13 allergens revealed that AD patients had higher proportions of positive skin reactivity to indoor allergens, among them House dust mites HDM was the most frequent = 68.5%, Bermuda grass and grasses mixture had the highest frequency = 13.7%, and 12.1% respectively among pollens, whereas mould mixture I were the most frequent moulds = 12.9%. Enzyme linked immunosorbent assay ELISA was used to measure serum IgE levels. The mean total IgE was significantly higher in severe than in mild AD and healthy control groups. The quantitative of serum specific IgE was carried out for 19 allergens. Among all AD cases, the most frequent specific IgE was found to D2 = 63.7% followed by H2 = 59.7%, G2 = 58 .9%, M1=56.5%, F29= 54.8%, F2= 54.03%, W6= 51.6%, M4= 50%, G1=50%, G15= 49.2%, W1= 43.5%, M6 = 46.8%, D1 = 46%, M2 = 43.5% and F73 and T9 are equal = 37.1% and 33.9 % for W9. However the least rates were to T3 and T5=23.4% and 16.1% respectively, in contrast to that of healthy controls which showed negative results for most allergens with the exception of M1= 24% = followed by W9 = 16% . The relationship of skin test with serum specific IgE level for seven compatible allergens showed an overall agreement of (83.9%) sensitivity for Mediterranean trees=100%, Mugwort=99%, specificity for Plantain equal to Betula = 98%, followed by specificity for Bermuda and Fagac = 97.5%, 96.7% respectively while the least were to HD = 74.2%. No significant differences between all AD patients and healthy controls as well as between two types of AD patients could be detected in IgM, IgA and C3 serum levels, while serum IgG and C4 levels were significantly increased in both types of illness compared to healthy controls. Blood eosinophil counts were significantly higher in all AD patients than healthy controls. No significant differences between all AD patients and healthy subjects in CD3+ lymphocyte percentage while CD19+ lymphocyte percentage was significantly higher in severe AD group than mild and healthy control groups. CD8+ lymphocyte percentage was significantly lower in all AD patients than healthy control group . Statistically significant differences were observed between the study groups in CD4+ lymphocyte percentage, the mean CD4+ / CD8+ ratio was higher in severe AD group compared to mild AD and healthy control. On the other hand a disorder observed in cellular immunity response to PHA and proteins extract among patients with severe AD. One of the important findings of this study, was that the mean serum IL - 4 was significantly increasing among AD patients as compared to healthy controls, also it was significantly higher in mild AD than severe AD and healthy control groups = 84.1, 58.9 and 15.4 pg/ml respectively, whereas serum level of IL - 5 was obviously higher in cases with severe AD group than mild AD and healthy control groups= 95.5, 75.9 and 23.2 pg/ml respectively. More over a significant positive linear correlation was found between IL - 5 and peripheral eosinophil counts in atopic dermatitis. The relationship between AD and ABO system has shown no significant correlation in spite of the highest frequency of A and B blood groups among atopic dermatitis patients. The last part of this study included skin swabs which were taken from AD patients. Samples were cultured on suitable media for isolation then identification bacteria. The results showed that Staphylococcus aureus was the most common organism isolated from AD patients =76.7% while Staphylococcus epidermidis was =23.3%. In severe AD group; the incidence of Staphylococcus aureus was higher than in mild AD group =70 %, 60% respectively. Regarding the association between total serum IgE and different immunological markers, the mean serum total IgE concentration was significantly increased with number of positive skin tests as well as serum specific IgE scored by subjects with AD. Also, the eosinophil counts revealed a statistically significant positive linear correlation with total serum IgE level in all AD group.CD4+ and CD19+ lymphocyte percentage and CD4+/CD8+ ratio among all AD groups showed significant positive linear correlation with total serum IgE concentration.The relationship between total serum IgE levels and IL - 4 concentration gave positive linear correlation; whereas, between IL - 5 and total IgE levels the results showed negative correlation. The results revealed that persistence of Staphylococcus aureus colonization in AD patients was associated with higher levels of total serum IgE leading to positive correlations between serum total IgE and Staphylococcus aureus persistence. There were no significant differences in level concentration of IgM, IgA with the exception of the IgG which showed a weak correlation. In conclusion, the association between AD severity and different immunological markers were assessed. The severity of AD group was associated with higher total serum IgE levels and number of specific IgE scored by subjects, as well as, eosinophil counts, CD4+/CD8+ ratio, level of cytokine in serum (IL - 5), in addition, the persistence of Staphylococcus aureus were associated with severity of AD disease.

العلاقة بين تعدد النمط الوراثي للجين GSTP1 ومرض ابيضاض الدم النخاعي الحاد لمرضى عراقيين == Association of Glutathione - S - Transferas (GSTP1) gene polymorphism with Acute Myeloid leukemia in Iraqi patients

Author name: ميادة خالد ابراهيم
Supervisor name: بتول علي شهاب
General topic: Biology
Specific topic: zoology - Genetics
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: This study was carried out to investigate the relationships between acute myeloid leukemia (AML) patients and the genotyping of Glutathione S - Transferase P1 class (GSTP1) by using Polymerase Chain Reaction (PCR) - Restriction Fragment Length Polymorphism (REFLP) and measurement of some clinical parameters of patients and control.This study included 120 blood samples for Iraqi individuals. Sixty individuals with AML were diagnosed by the consultant of The National Center of Hematology medical City, Center for Hematology AL - Mustanseria University, hematology clinic of Baghdad Hospital and Alkadhymian medical city teaching hospital during the period from October 2014 to May 2015. Those AML cases then have been diagnosed by a specialized hematologists depending on bone marrow aspiration, biopsies reports and other diagnostic criteria for AML according to the International Staging System (ISS).Sixty individuals healthy also included as control group, their age range were between 15 - 70 years. Blood were used as samples to found the correlation between genotyping of GSTP1 and all studied parameters.Molecular studies involved DNA extraction and PCR - RFLP was carried to detect the genetic polymorphism of GSTP1 for all individuals of this study. Molecular study was conducted in the laboratory of the Biology Department / College of Sciences for women. The results showed that in the age for patients and control group were no significant difference in group less than 30 years old, while showed significant difference (P˂0.05) between other groups 30 - 50 years and 50 - 70 years, were (30%) (38.30%) (33.3%) and (23.0%) respectively.The results showed that there were significant different between patients (10.40±2.97) and controls (6.25±0.37) in the mean of white blood cells count (WBCc) (P˂0.48), the mean of hemoglobin (Hb) in patients was (8.11±0.37) and in control was (12.81±1.31) and the different was highly significant between them.The results of genetics polymorphism of the GSTP1 showed the significant difference (P˂0.05) between patients were (56.67%) and controls were (65.00%) in wild genotype AA, while the heterozygous genotype AG and homozygous mutant genotype GG were in AML patients and in controls were no significant different.Distribution of GSTP1 polymorphism and age of patients groups showed that there were significant difference between all age groups and all types of gene polymorphism, were (38.24%), (32.35%), (29.41%) in AA genotype, in AG were (26.32%), (21.05%), (52.63%) and in GG were (57.14%), (42.86%) and (0.00%) respectively.The results of relationship between the sex and AML patients showed that mutant genotype GG genotype was more in male (85.71%) than female (14.29%) with highly significant increase and the risk of male to be effect was more 1,5 than female. The mutant allele G is more frequent in male (0.38) than female (0.17). The data also showed no significant difference between the GSTP1 polymorphism and the mean value of WBC, but the mean value of Hb was shown significant different (P˂0.05), the heterozygous genotype AG showed the highest value (11.35± 0.73).Distribution of GSTP1 polymorphism between control groups according to non - smoking and smoking in the genotype AA+AG, (93.33%), (90.00%) respectively, showed significant difference (P<0.05), while in genotype AG+GG (26.67%), (43.33%) showed high significant difference (P<0.01) and the mutant allele G was more frequency in smoker control (0.27) but in non - smoker was (0.17).Results of this study suggest that GSTP1 gene polymorphisms was not associated with AML disease and GSTP1 has no active role in the pathogenesis of AML, while the age and sex may have a risk factor for progression AML

عزل وتشخيص الفطريات المرافقة لتعفن الفواكه المستوردة وطرق مكافحتها == Isolation and Identification of fungi associated for rotting of imported fruits and methods of their control

Author name: مؤيد صالح حسين
Supervisor name: عبد العزيز مجيد نخيلان | هادي مهدي عبود
General topic: Biology
Specific topic: Plant
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة في مختبر الفطريات، قسم علوم الحياة، كلية العلوم - الجامعة المستنصرية ٬ ومختبرات دائرة البحوث الزراعية - وزارة العلوم والتكنولوجيا ؛ للكشف عن الفطريات المرافقة لثلاثة انواع من الفاكهة المستوردة (الليمون حامض ، التفاح والخوخ) . تم جمع (60) عينة عشـوائية (20 لكل نـوع) من اربع اسـواق محلية (باب المعظم ، الكاظمية ، علاوي الحلة، العطيفية ) في مدينة بغداد. للفترة من 15 - 5 ولغاية 15 - 8 لعام 2013 . وبعد تحديد نسبة حدوث المرض،عزلت الفطريات من الفواكه المتعفنة على الوسط الزرعي PDA المدعم ب 100 جزء بالمليون من الكلورامفينيكول. تمت تنقية الفطريات المعزولة٬ وتم حساب تردد كل عزلة لكل الفطريات. اظهرت النتائج عزل 141 عزلة فطرية تنتمي الى اربعة اجناس : Penicillium, Aspergillus ,Rhizopus Alternaria , توزعت على ستة انواع من الفطريات. اكثر الانواع ترددا Aspergillus niger بتردد 37.6% يليه Penicillium expansum بتردد 24.8% ثم Penicillum digitatum ٬ Aspergillusflavus ٬Rhizopus Stolonifer وAlternaria.citri التي سجلت 14.9% ٬ 9.2%٬ 7.8% و5.7% . اظهرت النتائج ايضا ان الفطريات الاكثر عزلا كانت من سوق باب المعظم وبنسبة 49.6% يليه سوق الكاظمية 24.8% ثم سوق العلاوي والعطيفية التي سجلت كل منهما 12.8% . استنادا الى تردد العزلات تم اختيار 36 عزلة لاختبار القدرة الٳمراضية باستخدام ثمار التفاح كعائل نباتي . انتخبت عشر عزلات عالية الضراوة : ٳثنان تعود الى جنس البنسليوم P.expansum, واحدة تعود الى P.digitatum , اربعة تعود الى A.niger عزلة واحدة تعود الى R. stolonifer , وعزلة واحدة تابعة ٳلى Alternaria citri وكذلك عزلة واحدة تنتمي الى A.flavus التي اعطيت الرموز الاتية (1 - 2) (1 - 6)، (1 - 7)، (2 - 1) (2 - 3)، (2 - 4) (2 - 5)، (3 - 1)، (4 - 1)، (5 - 1) على التوالي ٬ والتي استخدمت طوال مدة الدراسة. اظهرت نتائج التاثير السمي لحامض الساليسيلك (SA) في الفطريات ٬ ان (SA) في 400 جزء بالمليون ثبط بالكامل النمو القطري والتبوغ للعزلات (1 - 7) P.digitatum و(3 - 1) R. stolonifer ، في حين ان التركيز نفسه في الوسط السائل ثبط بالكامل الوزن الطري والجاف للكتلة الحية للعزلة (1 - 6) expansum P.. كذلك اظهرت النتائج ان الكايتوسان في 1.6 ملغم / مل ثبطʹ بالكامل النمو القطري والتبوغ للعزلة (3 - 1) R. stolonifer في حين ان التركيز نفسه احدث انخفاضا عاليا في الوزن الطري والجاف من الكتلة الحيوية الفطرية للعزلة (1 - 7) P.digitatum التي سجلت 0.15 غرام و0.01 غرام على التوالي. اظهرت النتائج ان توليفات من حامض السالسيلك والكايتوسان اثرت على النمو القطري، التبوغ والوزن الطري والجاف للعزلات (1 - 2) P.expansum و(2 - 5) A.niger وان التوليفة 75 - 25 % كانت الاكثر فعالية. كما اظهرت نتائج الاختبارات التطبيقية في رش كل من حامض السالسيلك بتركيز 400 جزء بالمليون والكايتوسان بتركيز 1.6 ملغم/مل والتوليف بين حامض السالسيلك والكايتوسان بالتركيز 75 - 25 جزء بالمليون - ملغم/مل على ثمار التفاح الملقحة بالعزلة (1 - 2) التي تعود للفطر P.expansum ٬ ان الثمار كانت اكثر مقاومة لظهور العفن في جميع المعاملات قبل 24 ساعة من التلقيح وحتى نهاية اليوم الخامس للاختبار بالمقارنة مع الثمار المعاملة بعد 24 ساعة من التلقيح ٬ حيث وصل النمو ٳلى 2.33 سم2 في الثمار المعاملة بحامض السالسيلك ٬ في حين وصل النمو في الثمار المعاملة بالكايتوسان ٳلى 2.65 سم2 ٬اما الثمار المعاملة بالتوليف بين حامض السالسيلك والكايتوسان فقد وصل النمو الى 3.57 سم2 ٬ في حين وصل معدل النمو لثمار السيطرة في اليوم الخامس ايضا الى 10.88 سم2 . واظهرت نتائج قدرة اربع عزلات فطرية هي (1 - 2) Penicillium expansum ٬ (1 - 11) P. digitatum ٬ (2 - 1) A. niger ٬ (2 - 19) A. niger في انتاج انزيمي البكتنيز Pectinase والسليليز Cellulase ان العزلات جميعها لها القابلية على ٳنتاج الانزيمين . وارتبطت الفعالية الانزيمية مباشرة بالقابلية الٳمراضية للعزلات ٬ فوجد ان العزلتين العاليتي الضراوة (1 - 2) (2 - 1) اظهرت فعالية انزيمية عالية بلغت 23.59 ٬ 22.55 و64.83 ٬ 62.36 وحدة/ مل . في حين اظهرت العزلات الواطئة الضراوة (1 - 11) (2 - 19) فعالية انزيمية بلغت 9.44 ٬ 15.87 و43.44 ٬ 47.89 وحدة/مل لانزيم Cellulase وPectinase على التوالي . | This study was conducted in laboratory of fungi , Biology Department , College of Sciences - University of El - Mustansiriya and laboratories of Directorate of agricultural research , Ministry of Science and Technology to detect the fungi associated with three kinds of imported fruit ( lemon , apple , peach). Sixty random samples (20 for each kind ) were collected from four local markets (Bab El muadium, Kadhmia, Alawi alhilla, Eletaphia) at Baghdad city After determination of the percentage of disease incidence , the rotted fruits subjected for fungal isolation on PDA medium supplemented with 100 ppm Chloramphenicol . Isolated fungi were purified then the frequency of each isolate was calculated for all fungi. The results showed the isolation of 141 fungal isolate belonged to four genera : Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, Alternaria and distributed among six fungal species . The most frequent isolated species Aspergillus niger 37.6 %, followed by Penicillium expansum 24.8 % and P. digitatum, A.flavus, R. Stolonifer and A.citri which recorded 14.9 % , 9.2% , 7.8% and 5.7 % respectively. The results also showed that the most isolated fungi were from Bab El muadium 49.6 %, followed by Kadhmia 24.8 %, then Alawi alhilla and Eletaphia which each of them recorded 12.8 % . Based on the frequency of isolation 36 isolates were selected for pathogenicity test using apple fruits as host Plant . The high virulent ten isolates were selected : two belonged to Penicillium expansum , one belonged to Penicillium digitatum , four belonged to Aspergillus niger one isolate belonged to Rhizopus stolonifer , one isolate belonging to Alternaria citri and one isolate belonged to Aspergillus flavus which given the following codes (1 - 2) (1 - 6) , ( 1 - 7 ) , (2 - 1 ) (2 3) , ( 2 - 4 ) (2 - 5 ) , (3 - 1 ) , (4 - 1 ) , ( 5 - 1 ), respectively were used throughout the study . The results of Fungitoxic effect of Salicylic acid(SA) revealed that (SA) at 400 ppm completely inhibited the radial growth and sporulation of ( 1 - 7 ) P. digitatum and (3 - 1 ) R. stolonifer isolates , while the same concentration in broth medium completely inhibited fresh and dry weight of biomass for (1 - 6) P. expansum . The results showed that Chitosan at 1.6 mg / ml completely inhibited the radial growth and sporulation of isolate (3 - 1 ) R. stolonifer while the same concentration induced the high reduction in fresh and dry weight of fungal biomass for isolate ( 1 - 7 ) P. digitatum which recorded 0.15 g and 0.01 g respectively. The results of the combination effect of Salicylic acid and Chitosan mixture on radial growth , sporulation , fresh and dry weight of isolate (1 - 2 ) P.expansum and (2 - 5 ) A.niger showed that the 75 - 25 % mixture was the most effective one. The results of the tests applications in spraying of Salicylic acid concentration of 400 ppm and Chitosan concentration of 1.6 ml / mg and combination between Salicylic acid and Chitosan concentration 75 - 25 ppm - ml / mg on the apples vaccinated with isolate (1 - 2) P.expansum showed that fruits were more resistant to the appearance of mold in all Treatments befor 24 hours of vaccination until the end of the fifth day of the test, compared with fruits treatment after 24 hours of vaccination, Reached growth to 2.33 cm 2 in fruits treated with Salicylic acid ٬ while growth reached in fruits treated with Chitosan to 2.65 cm 2 , and the fruits which treated with combination between Salicylic acid and Chitosan the growth has reached to 3.57 cm 2 , while the growth rate of the fruits of control on the fifth day to 10.88 cm 2 . The results of the ability of four isolates (1 - 2) P. expansum, (1 - 11) P. digitatum, (2 - 1) A. niger and (2 - 19) A. niger in production of Cellulase and Pectinase enzymes showed that all tested isolates are capable of production both enzymes , but the ability was positively correlated with the isolate virulence . The virulent isolate (1 - 2 ) , (2 - 1) showed the highest enzymaric activity 23.59 , 22.55 , 64.83 and 62.36 Enzymatic units / ml . While the A virulent isolates ( 1 - 11) (2 - 19 ) showed the lowest enzymatic activity 9.44 , 15.87 and 43.44 , 47.89 unit / ml respectively.

دور بعض العوامل المناعية الالتهابية كعوامل خطورة لدى مرضى القلب == The Role of Some Immunoinflammatory Elements as Risk Factors in Patients with Heart Diseases

Author name: مهدي حيدر حمادي الناجي
Supervisor name: اقبال خضر الجوفي
General topic: Biology
Specific topic: Zoology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: ازداد شيوع امراض القلب خلال القرن الحادي والعشرين كمرض مزمن ومهيمن في العديد من انحاء العالم، ويتوقع ان يصبح السبب الرئيس للعجز والوفاة في العالم، وقد اجريت الدراسة الحالية بهدف الحصول على مزيد من الايضاحات حول تاثير العوامل المناعية الالتهابية Immuno - inflammatory Factors والكيموحيوية في الحالة المرضية لدى مرضى القلب العراقيين، وتوجيه المزيد من الفهم نحو عوامل الخطورة التقليدية والمزيد من العوامل الجديدة التي قد تعد عوامل خطورة يمكن استخدامها كعوامل تكهنية وتشخيصية للمرض. ولغرض بلوغ هذه الغاية شملت الدراسة 100 مريض عراقي من المصابين بامراض القلب (80 ذكر، 20 انثى) وقسمت مجموعة المرضى الى اربعة مجاميع، الاولى 17 مريضا مصابا بفشل القلب Heart Failure (H.F)، والثانية 26 مريضا مصابا باحتشاء عضلة القلب Myocardial Infarction (M.I)، والثالثة 12 مريضا مصابا بالذبحة الصدرية المستقرة Stable Angina Pectoris (SAP)، والرابعة 45 مريضا مصابا بالذبحة الصدرية غيرالمستقرة Unstable Angina Pectoris (UAP)، فضلا عن الى عشرين متطوعا من الاصحاء يمثلون مجموعة السيطرة ، وتراوحت اعمار المرضى بين 20 الى 80 سنة. وقد شخصت مجاميع المرضى من اختصاصي امراض القلب في المركز العراقي لامراض القلب، ومستشفى بغداد التعليمي للمدة من كانون الاول 2006م والى اذار 2007م. توصلت الدراسة الى النتائج الاتية : * المظاهر الديموغرافية Demographic featuresبالنسبة للتوزيع الجغرافي كان 77% من بغداد، وكانت نسبة الذكور الى الاناث 4/1، ومتوسط اعمارهم 36.30 سنة. وكانت نسبة الاصابة في الذكور اعلى معنويا (P<0.05) عما عليه في الاناث. * عوامل الخطورة Risk factors - ارتفاع تكرارات مرضى القلب الذين يمتلكون تاريخا عائليا موجبا لامراض القلب (54.5%) مقارنة مع مرضى القلب الذين لا يمتلكون تاريخا عائليا موجبا (45.5%) ولكن هذا الفرق لم يشكل دلالة معنوية (P>0.05). - اظهرت المجاميع الاربعة للمرضى انخفاضا في تكرارات المرضى المتناولين للمشروبات الكحولية هذا الانخفاض لم يشكل فرقا معنويا (P>0.05). - ارتفاع تكرارات مرضى القلب المدخنين (54.5%) مقارنة بغير المدخنين (45.5%) ولكن هذا الفرق لم يشكل دلالة معنوية (P>0.05). - ارتفاع تكرارات مرضى القلب المصابين ببكتريا Helicobacter pylori (90%)، مقارنة مع مرضى القلب غير المصابين (10%). وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01). كما ارتفع مستوى الكلوبيولين المناعي IgG ضد بكتريا H.pylori لدى مجاميع مرضى القلب الاربعة HF وUA وSA وMI على التوالي مقارنة بالسيطرة، وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01). - ارتفاع تكرارات مرضى القلب غير المتبعين لنظام غذائي (59.6%) مقارنة مع مرضى القلب المتبعين لنظام غذائي (40.4%) ولكن هذا الفرق لم يشكل دلالة معنوي (P>0.05). - انخفاض دليل كتلة الجسم لدى مجاميع مرضى القلب الاربعة (اعلى من 25 كغم/ملم2) عموما مقارنة بالسيطرة، ولكن هذا الانخفاض لم يشكل فرق معنوية (P>0.05). - ان مجموعة الدم O اكثر تكرارا لدى مجاميع مرضى القلب الاربعة HF وMI وUA وSA على التوالي، فيما كانت مجموعة الدم B اكثر تكرارا لدى مرضى SA وUA فقط مقارنة بالسيطرة وبشكل معنوي جدا (P<0.01)، وعكس ذلك بالنسبة لمجاميع الدم A وAB اذ كانت اقل تكرارا. * الدلائل المناعية الالتهابية Immuno - inflammatory markersتم استخدام ثلاث تقنيات للتحري عن العناصر المناعية الالتهابية، اولا تقنية الـ (EASIA) Enzyme Amplified Sensitivity Immunoassay للتحري عن مستوى الحركيات الخلوية Cytokines (IL - 4 وIL - 6 وIL - 8 وIFN - γ)، وتقنية الـ Enzyme Linked Immunosorbant Assay(ELISA) للتحري عن مستوى البروتين الفعال - C، والبحث عن وجود الاجسام المضادة نوع IgG ضد بكتريا Helicobactor pylori، وتقنية الانتشار الشعاعي المفرد Single radial immunodiffusion لتقدير مستوى مكوني المتمم C3 وC4. - ارتفاع مستوى الحريك الخلوي IL - 4 في مصل مجاميع مرضى القلب HF وUA وMI وSA على التوالي مقارنة بالسيطرة، وقد شكل هذا الارتفاع فرقا معنويا (P<0.05). - اظهرت مجاميع مرضى القلب الاربعة MI وHF وUA وSA على التوالي ارتفاع مستوى الحريك الخلوي IL - 6 في المصل مقارنة بالسيطرة، وكان الارتفاع معنويا (P<0.05). - ارتفاع مستوى الحريك الخلوي IL - 8 في مصل مجاميع مرضى القلب الاربعة SA وHF وMI وUA على التوالي مقارنة بالسيطرة، وقد شكل هذا الارتفاع فرقا معنويا (P<0.05). - اظهرت مجاميع مرضى القلب الاربعة UA وHF وMI وSA على التوالي ارتفاع مستوى الانترفيرون - كاما (IFN - γ) في المصل، مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01). - ارتفاع معدل ترسب خلايا الدم الحمر (ESR) لدى مجاميع مرضى القلب الاربعة SA وUA وMI وHF على التوالي مقارنة بالسيطرة، وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01). - ارتفاع مستوى البروتين الفعال - C في مصل مجاميع مرضى القلب الاربعة SA وHF وMI وUA على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا (P<0.05). - ارتفاع مستوى مكون المتمم C3 في مصل مجاميع مرضى القلب الاربعة MI وUA وHF وSA على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا (P<0.05). - ارتفاع مستوى مكون المتمم C4 في مصل مجاميع مرضى القلب الاربعة SA وUA وHF وMI على التوالي مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا (P<0.05). * الشحوم والبروتينات الشحمية Lipid & Lipoproteins - ارتفاع مستوى الكوليسترول لدى مرضى فشل القلب ومرضى احتشاء عضلة القلب ومرضى الذبحة الصدرية غير المستقرة، مقارنة بالسيطرة وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01) فيما انخفض لدى مرضى الذبحة الصدرية المستقرة مقارنة بالسيطرة. - ارتفاع مستوى الكليسيريد الثلاثي لدى مجاميع مرضى القلب الاربعة S.A وM.I وUA وHF على التوالي مقارنة بالسيطرة، وكان الارتفاع معنويا جدا (P<0.01). - انخفاض مستوى البروتين الشحمي عالي الكثافة المرتبط بالكوليسترول HDL - C لدى مرضى HF وSA وUA على التوالي مقارنة بالسيطرة، وكان الانخفاض معنويا (P<0.05)، بينما كان مرتفعا قليلا لدى مرضى MI ولكن بدون فروقات معنوية. - ارتفاع مستوى البروتين الشحمي واطئ الكثافة المرتبط بالكوليسترول LDL - C في مصل مجاميع مرضى القلب الاربعة مقارنة بالسيطرة ولكن هذا الارتفاع البسيط لم يشكل فرقا معنويا (P>0.05).* فحص خضاب الدم Haemoglobin test - انخفض معدل تركيز خضاب الدم (Hb) لدى مرضى U.A فقط مقارنة بالسيطرة، وكان الانخفاض معنويا (P<0.05) فيما كان معدل تركيزه لدى مرضى HF وMI وSA مقاربا لمجموعة السيطرة وبدون فروقات معنوية.اكدت نتائج الدراسة الحالية ان العناصر المناعية الالتهابية تمثل دورا حيويا كعامل خطورة للاصابة بامراض القلب، وانعكس ذلك بارتفاع واضح في مستوى الحركيات الخلوية Cytokines (IFN - γ,IL - 8, IL - 6, IL - 4) بصورة عامة لدى مرضى القلب جميعهم فضلا عن ارتفاع معدل ترسب خلايا الدم الحمر ESR ومستوى البروتين الفعال C - الذي يؤشر درجة الحالة الالتهابية لمرضى القلب، كما بينت ان نظام المتمم بمكونيه C3 وC4 يمثل دورا مهما في العمليات الالتهابية لامراض القلب من خلال المسلكين التقليدي والبديل، واكدت النتائج ان الاصابة ببكتريا H.pylori تعد عامل خطورة مهما في حدوث امراض القلب وقد تجلى بوضوح الدور الذي تمثله الشحوم والبروتينات الشحمية كعوامل خطورة للاصابة بامراض القلب، فضلا عن ذلك اكدت الدراسة ان مستضدات مجاميع الدم بامكانها ان تمثل دورا مهما في الاصابة بامراض القلب. | Heart Diseases become more common during 21st century as the dominant chronic diseases in many parts of the world and it is predicted to become the main causes of disability and death worldwide.Present study was conducted to obtain more clarification about the impact of immuno - inflammatory and biochemical factors on the clinical expression of heart disease among Iraqi patients, and proved further insights into the classical risk factors, and several new factors that could be consider as risk factors that could be used as predictive and diagnostic factors.In order to reach this purpose the study included 100 Iraqi patients with heart diseases (80male and 20 Female) patients are divided into four groups. 17 with Heart Failure (H.F); 26 with Myocardial Infarction (M.I); 12 with stable Angina Pectoris (SAP) and 45 with unstable Angina Pectoris (UAP), with apparently health 20 individuals are used as control group, the age varied between 20 to 80 years. All patients groups were diagnosed by consultant of heart diseases in Iraqi center for heart diseases and Baghdad Hospital from December 2006 to March 2007. The study revealed the following results : * Demographic featuresAbout the geographical distribution, 77% of patients were from Baghdad; male to female ratio was 4/1; Age mean was 36.30 years, with significant difference in male than female (P<0.05).* Risk Factors - Non significant increased (P>0.05) was observed in the frequency of patients with positive family history for heart diseases (54%) compared with patients with negative family history (45.5%). - Non significant decreased (P>0.05) was observed in the frequency of alcohol drinking patients in the four patients groups. - Higher frequency of smokers patients (54.5%) compared with non smokers (45.5%) but this difference is not significant (P>0.05). - High significant increased (P<0.01) in the frequency of infected patients with H.pylori (90%) compared with non infected patients (10%). Also clearly significant (P>0.01) elevated was observed in serum level of anti H.pyolri antibody in the four patients groups : H.F, U.A, S.A, M.I respectively as compared with control group. - Non significant increased (P>0.05) was observed in the frequency of patients undergo dietary system (59.6%) as compared with patients who were not undergo dietary system. - Non significant reduction (P>0.05) in the means of body mass index (BMI) in all patients groups (over 25 Kg/m2) compared with control group. - Blood group O was significantly (P<0.01) more frequent in all patients groups : H.F,M.I,U.A,S.A respectively, also highly significant increased in frequency of blood group B was observed only in the patients groups of S.A and U.A heart diseases (P<0.01), on contrast blood groups A & AB had the less frequency.* Immuno - inflammatory markers in this study three techniques were used to measure immuno - inflammatory elements, the first enzyme amplified sensitivity immunoassay (EASIA) technique to measure the level of cytokines (IL - 4, IL - 6, IL - 8, IFN - γ) and enzyme linked immunosorbant assay (ELISA) technique to measure the levels of C - RP and anti H.pylori antibody, moreover single radial immunodiffusion technique to measure the level of complement component C3 and C4. - Significant increase in the serum level of IL - 4 in all patients groups : HF, UA, MI, SA respectively compared with control group (P<0.05). - The present study revealed significant increased in the serum level of IL - 6 in all patients groups : MI, HF, UA, SA respectively compared with control group (P<0.05). - Significant increased (P<0.05) in the serum level of IL - 8 in all patients groups : SA,HF,MI,UA respectively compared with control group. - All patients groups UA, HF, MI, SA consequently revealed highly significant increased (P<0.01) in the concentration of IFN - γ compared wit control group. - Highly significant increased (P<0.01) in the erythrocyte sedimentation rate (E.S.R) in all patients groups : SA, UA, MI, HF consequently compared with control group. - Significant increased (P<0.05) in the mean of C - reactive protein concentration in the serum of all patients groups : SA, HF, MI, UA respectively compared with control group. - Significant increased (P<0.05) in the concentration of serum C3 in all patients groups : MI, UA, HF, SA respectively compared with control group. - Significant increased in the concentration of serum C4 in all patients groups : SA, UA, HF, MI consequently compared with control group (P<0.05). * Lipids and lipoproteins - Significant increased (P<0.05) in the mean of cholesterol level in HF, MI and UA patients groups compared with the control group, on the other hand, decreased in the cholesterol level in SA patient group was observed compared with the control group. - Highly significant elevated (P<0.01) in the means of serum triglyceride level in all patient group; SA, MI, UA, HF respectively compared with control group. - Significant decreased (P<0.05) in the serum HDL - C level in the HF, SA, UA patents groups respectively compared with control group on the other hand, increased in the level of HDL - C in the MI patients group. - The means of serum LDL - C level illustrated no significant differences recorded among patients groups and control group (P>0.05).* Haemoglobin test - Significant decreased (P<0.05) in the mean of haemoglobin concentration in the UA patients group compared with healthy control group, with non significant increased in Hb. Level was observed in HF, MI, SA patients groups compared with healthy control group (P>0.05). Results of the present study showed that immuno - inflammatory elements play a crucial role in the susceptibility of heart diseases this reflected by markedly elevated in the level of cytokines (IL - 4, IL - 6, IL - 8 IFN - γ) in all patients of heart diseases in addition elevation of erythrocyte sedimentation rate and the level of C - RP this reflect the degree of the inflammatory status of heart diseases patients, also this revealed that complement component C3 & C4 play important role in inflammatory process of heart diseases through both pathway classical & Alternative, on the other hand, the results proved that infected by H.pylori consider as important microbial risk factor in heart diseases, furthermore, the results revealed that lipid & lipoproteins play important role as risk factor in the occurrency of heart disease, in addition, this study showed that blood groups antigens could play crucial role in the aetiopathogensis of heart diseases.

دراسة جزيئية لبكتريا Enterococcus spp. المقاومة لمضاد الفانكومايسين == Molecular Study of the Vancomycin - Resistant Enterococcus spp

Author name: مها مخلف كاظم الشمري
Supervisor name: محمد فرج شذر المرجاني | كفاح احمد جاسم الكرخي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (325) عينة شملت (268) عينة سريرية ، توزعت بين (151) عينة ادرار و(101) عينة دم و(16) عينة سائل النخاع الشوكي CSF)) ، من مستشفيات مختلفة من مدينة بغداد ،من جانب اخر جمعت (57)عينة براز من اصحاء وذلك للفترة من بداية تشرين الاول وحتى نهاية كانون الاول لعام 2010. تم الحصول على (33) عزلة تعود لجنس Enterococcus بواقع (30) عزلة من عينات الادرار و(3) عزلات من عينات الدم ، فيما لم يتم الحصول على اية عزلة من عينات سائل النخاع الشوكي، وبلغت عزلات براز الاصحاء (46) عزلة. اما على مستوى النوع فقد تم تشخيص (20) عزلة تعود للنوع E.faecalis ، شملت (17) عزلة من عينات الادرار بنسبة عزل (6.3)% و(3) عزلات من عينات الدم بنسبة عزل (1.11)% ، في حين شخصت (10) عزلات تعود للنوع E.faecium بنسبة عزل (3.73)% وقد عزلت جميعها من عينات الادرار. وفيما يخص عينات براز الاصحاء فقد كانت السيادة تعود للنوع E.faecium اذ شخصت (40) عزلة تعود لهذا النوع وبنسبة عزل (70.1)% في حين شخصت (3) عزلات فقط تعود للنوع E.faecalis بنسبة عزل (5.2)%. اختبرت حساسية العزلات تجاه (11) مضادا حيويا مختلفا باستعمال طريقة الاقراص وقد اظهرت النتائج فعالية كل من Imipeneme وAmpicillin تجاه عزلات بكتريا E.faecalis السريرية ، اما Ofloxacin فقد اظهر فعالية تجاه عزلات الاصحاء بالمقارنة مع العزلات السريرية ، في حين كانت عزلات هذه البكتريا مقاومة بنسبة (100)% Oxacillin وCefepime ، بينما اظهرت العزلات السريرية مقاومة بنسبة (55)% Azlocillin وبلغت نسبة مقاومة عزلات الاصحاء لهذا المضاد (66.7)% ، وكانت نسبة مقاومة عزلاتها من الاصحاء (100)% Erythromycin وRifampicin وTetracycline ، اما بالنسبة لبكتريا E.faecium فقد اظهرت عزلاتها حساسية عالية تجاه Imipeneme وكانت العزلات السريرية اكثر حساسية تجاه Ampicillin مقارنة بعزلات الاصحاء . فضلا عن ان العزلات جميعا كانت مقاومة Oxacillin ، بينما كانت العزلات السريرية مقاومة بنسبة (100)% Azlocillin ، في حين كانت عزلات الاصحاء مقاومة بنسبة (100)% Cefepime ، كما اظهرت عزلات الاصحاء مقاومة اعلى من العزلات السريرية تجاه Erythromycin ، كما كانت جميع العزلات السريرية مقاومة Rifampicin وStreptomycin. اوضحت نتائج الدراسة الحالية ان (25)% من العزلات السريرية و(66.7)% من عزلات الاصحاء لبكتريا E.faecalis كانت مقاومة Vancomycin ، بينما بلغت نسبة العزلات السريرية لبكتريا E.faecium المقاومة لهذا المضاد (40)% ، في حين كانت نسبتها بين عزلات الاصحاء (47.5)% . حددت التراكيز المثبطة الدنيا Vancomycin للعزلات المقاومة لهذا المضاد بطريقة التخفيف بالوسط السائل ، تراوحت قيم MIC للعزلات السريرية لبكتريا E.faecalis بين (4 - 512) مايكروغرام\مل ، بينما كانت عزلتا الاصحاء التابعة لهذه البكتريا ذات MIC (128و64) مايكروغرام\مل ،اما بالنسبة لبكتريا E.faecium فتراوحت قيم MIC لعزلاتها السريريــــة بين (4 - 64) مايكروغــرام\مـــل ولــــعزلاتها من الاصحاء) ≤4) مايكروغرام\مل . بينت نتائج التحري عن الدنا البلازميدي بالترحيل الكهربائي في هلام الاكاروز لعدد من عزلات بكتريا المكورات المعوية المقاومة Vancomycin Vancomycin - Resistant Enterococcus) (VRE) ) احتواء بعض هذه العزلات على حزم بلازميدية مختلفة الاحجام. اجريت عمليات الاقتران البكتيري خارج الجسم الحي In vitro)) وداخل الجسم الحيvivo) In) ، اظهرت النتائج نجاح عمليات الاقتران اذ لوحظ انتقال صفة مقاومة Vancomycin بين الخلايا مما يدل على احتمال كون جينات هذه الصفة محمولة على بلازميدات اقترانية تسهل انتقالها عبر الانتقال الافقي من خلية لاخرى ضمن النوع نفسه او الانواع الاخرى . كما اظهرت نتائج التشخيص باستعمال تقنيةPCR لعزلات بكتريا المكورات المعوية نجاح ارتباط البوادئ بالتسلسلات المكملة لها ضمن جيناتsod A الموجودة بالدنا القالب لكلا النوعين الذي ادى الى الحصول على نواتج التضاعف وبالتالي التاكد من صحة الفحوصات التشخيصية التي اجريت على العزلات والتي اعتمدت الفحوصات البايوكيميائية ماعدا (4) عزلات لبكتريا E.faecalis و(6) عزلات لبكتريا E.faecium لم تعط اي ناتج . بينت نتائج التحري عن جينات مقاومة Vancomycin في بكترياVRE سواء كانت VRE.faecalis (VREF) او VRE.faecium (VREFm) ان جينات المقاومة vanA هي الاكثر انتشارا بين العزلات المحلية بالمقارنة مع جينات vanB اذ احتوت العزلات جميعها - سواء كانت السريرية او المعزولة من الاصحاء التابعة لكلا النوعين وذات (64)≤ MIC مايكروغرام\مل - على جين vanA عدا عزلتين كانت احداهما عزلة سريرية تعود لبكترياE. faecalis والاخرى عزلة اصحاء تعود لبكتريا E.faecium اللتان لهما MIC (32) مايكروغرام \مل اذ احتوت كل منهما على جين vanB . | This study involved collecting (325) samples distributed as two groups : The first group was including (268) clinical samples distributed as (151) urine, (101) blood and (16) CSF, the second group involved (57) stool specimens from healthy people, from different hospital in Baghdad, since October till December 2010. All (73) isolates had been identified by morphological, cultural and biochemical tests such API - 20 strep and API Rapid ID - 32 strep, as a result of these tests (6.3)% of urin isolates, (1.11)% of blood isolates and (5.2)% of stool isolates were identified as E.faecalis, at the same time (3.73)% of urine isolates and (70.1)% of stool isolates were identified as E.faecium. Blood agar medium used to detect bacterial ability to produce β - hemolysin, (58.82)% and (66.67)% of E.faecalis clinical and stool isolates were able to produce β - hemolysin, (20)% of clinical and (27.5)% of stool E.faecium isolates were able to produce β - hemolysin. The antibiotic susceptibility test to (11) types of antibiotics showed the high susceptibility of E.faecalis isolates to Imipeneme and Ampicillin and the high resistance (100)% to Oxacillin, and Cefepim, all isolates showed resistance to Azlocillin , stool isolates showed high resistance to Tetracyclin and Refampicin, all E.faecium isolates showed high sensitivity to Imipeneme, high sensitivity to Ampicillin (among clinical isolates more than stool isolates), high resistance among stool isolates to Erythromycin, all clinical isolates were resistant to Streptomycin and Rifampicin. The vancomycin susceptibility test for E.faecalis was done results showed that (25)% of clinical isolates and (66.7)% of stool isolates were resistant to this antibiotic. While (40,47.5)% of clinical and stool E.faecium isolates were resistant to vancomycin respectively. Minimum Inhibitory concentrations for vancomycin were determined, VRE.faecalis isolates that had concentrations between (4 - 512) μg/ml, and VRE.faecium clinical isolates had MICS (4 - 64) μg/ml and the MICS for stool isolates were ≥ 4 μg/ml. The detection of plasmid DNA in VRE isolates by gel electrophoresis showed that some of these isolates had plasmid bands with different sizes. The bacterial conjugation expriments between Enterococcus isolates had gained success in transfer of vancomycin resistance between the local isolates by in vitro and in vivo conjugation. Identifiicaion of Enterococcus isolates to the species level by using the sodA gene as a target in the PCR in this method (19) of E.faecalis isolates gave suspected products while (24) of E.faecium isolates gave suspected products. The detection of van genes by PCR showed the high dissemination of vanA gene which encoded to high resistance level to vancomycin between the local VRE isolates especially VREFm in comparison to vanB gene
1 ... 82 83 84 85 86 ... 157