First pages:

دراسة بكتريولوجية وجزيئية لبكتريا المكورات العنقودية المعزولة من عينات سريرية == Bacteriological and Molecular Study of Staphylococcus spp. Isolated from Clinical Specimen

Author name: هبة خلف ياسين المطوري

Supervisor name: ميساء صالح مهدي الشكري | هدى هادي الحسناوي

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: تم في هذه الدراسة جمع 100 عينة سريرية مختلفة لمرضى راجعوا مستشفى الحلة التعليمي خلال الفترة من تشرين الثاني 2015 الى شباط 2016 م. العينات شملت (43%) عينة من الادرار, (26%) من الحروق, (20%) من الجروح و(11%)من الاذن، ثم زرعت العينات التي تم الحصول عليها على اوساط انتقائية واجريت عليها اختبارات بايوكيميائية وبكتريولوجية من اجل التشخيص. من مجموع 100 عينة تم الحصول على24 (24%) عزلة مكورات عنقودية ذهبية و8 (8%) عزله مكورات عنقودية بشرويه. تم التحري عن حساسية العزلات للمضادات الحياتية باستخدام طريقة انشار القرص. وقد وجد ان هذه العزلات كانت مقاومة لاكثر من نوع من المضادات الحيوية. فقد بينت النتائج ان كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية (100%) مقاومة ﻠ ampicillin وvancomycin ، و93.1% منهم اعطت مقاومة ﻠ amoxyclave و(87.5%) منهم اعطت مقاومة ﻠ cefoxitin, cefepim، في حين كانت العزلات المقاومة ﻟ (oxacillinو ceftriaxone وmeropenem وamikacin وtetracycline وchloramphenicol) (41.6%)، (95.8%)، (70.8%)، (33.3%)، (62.5%) و(12.5%) على التوالي، وكانت نسبة المقاومة ﻠimipenem وrifampicin (75%) لكل منهما، ونسبة (20.5%) لكل من gentamycin) وnorfloxacin). بينما كانت كل عزلات المكورات العنقودية البشرويه (100%) مقاومة ﻠ cefoxitin وvancomycin، و(50%) منهم اعطت مقاومة ﻠ oxacillin وnorfloxacin وchloramphenicol، وكانت نسبة المقاومة ﻠ ceftriaxoneو imipenem وtetracycline وrifampicin (87.5%) لكل منهم , واخيرا كانت المقاومة ﻠ amoxyclaveوampicillin cefepime وmeropenemو gentamycin وamikacin (93.1%), (75%), (70%), (62.5%), (12.5%), (37.5%) على التوالي. اظهرت النتائج ايضا ان من مجموع 24 عزلة 21(87.5%)منها كانت مقاومة للاوكساسيلين واعتبرت المكورات العنقودية مقاومة للميثيسلين كونها مقاومة للاوكساسيلين وسيفوكسيتين. وقد اظهرت النتائج ان 37.5% من عزلات المكورات العنقودية المقاومة للميثيسلين كانت في عينات الادرار, و50% في عينات الحروق والجروح. تم دراسة بعض عوامل الضراوة واظهرت النتائج ان جميع عزلات المكورات العنقودية 32(100%) لها قابلية الالتصاق على الخلايا الظهارية , وشخص تكوين الاغشية الحيوية بواسطة طريقتين : طريقة الانبوب (TM) وطريقة الطبق الزرعي النسيجي (TCP) فكانت النتائج كالاتي : وجد ان في طريقة الانبوب كانت جميع عزلات المكورات العنقودية الذهبية منتجة للاغشية الحيوية و4(50%) من عزلات المكورات العنقودية البشروية منتجة للاغشية الحيوية و4 (50%) غير منتجة للاغشية الحيوية, بينما في طريقة الطبق الزرعي النسيجي وجد ان جميع العزلات منتجة للاغشية الحيوية من النوع القوي حسب قيم OD at 570nm . تم دراسة تاثير بعض استخلاصات النباتات على تكوين الاغشية الحيوية (الشاي الاخضر والاسود) واظهرت النتائج ان قابلية تكوين الاغشية الحيوية في جميع عزلات المكورات العنقودية ثبطت بعد اضافة الشاي ما عادة (7) عزلات ازداد بها تكوين الاغشية الحيوية. تم الكشف عن الجينات المسؤولة عن بعض عوامل الضراوة باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) فكانت النتيجة لعزلات المكورات العنقودية الذهبية لجين, sar, icaD, icaC, icaB, icaA atl, agr mecA, بنسبة وعدد 23 (95.8%) , 22 (91.6%), 11(45.8%), 23 (95.8%), 15 (62.5%), 17 (70.8%), 22 (91.6%) و12 (50%),على التوالي. وكانت نسبة عزلات المكورات العنقودية البشروية للجينات, icaD, icaC, icaB, icaA atl 7 (87.5%), 7(87.5%), 4(50%), 8(100%), 7(87.5%) على التوالي, بينما اعطت نتيجة سالبة لجين mecA . | A total of 100 different clinical specimen were collected from patients who admitted to Hilla Teaching Hospital, during a period extending from November 2015 to February 2016. The specimens included (43) urine specimen, (26) burns, (20) wounds and (11) ear swabs. Then the specimens cultured in selective media and identified by using biochemical tests. Out of 100 specimens, a total of 24 (24%) Staphylococcus aureus and 8 (8%) of S. epidermidis isolates were recovered. Antibiotic susceptibility to a variety of antibiotics has been investigated by using disk diffusion method. It has been found that these isolates have been resistant to more than one antibiotic. It has been found that S. aureus isolates were resistant(100%) to ampicillin and vancomycin, amoxiclave(93.1%) and showed (87.5%) resistance to cefoxitin and cefepime, whereas the isolates were resistance to oxacillin, ceftriaxone, meropenem, amikacin, tetracycline and chloramphenicol at (41.6%), (95.8%), (70.8%), (33.3%), (62.5%)and (12.5%) respectively. While showed resistance (75%) to imipenem and rifampicin for each, gentamycin and norfloxacin at (20.5%) for each. Staphylococcus epidermidis isolates appeared resistance to cefoxitin and vancomycin (100%) for each, and (50%) for oxacillin, norfloxacin and chloramphenicol, while have resistance to ceftriaxone, imipenem, tetracycline and rifampicin at (87.5%) for each. Whereas the isolates were resistant to amoxyclave, ampicillin, cefepime, meropenem, gentamycin and amikacin at (93.1%), (70%), (75%), (62.5%), (12.5%), and (37.5%) respectively. Results also revealed that out of 24 of S. aureus isolates 21(87.5%) were assigned as methicillin - resistant Staphylococcus aureus (MRSA) phenotypically by using oxacillin and cefoxitin discs as these isolates showed resistance to both oxacillin and cefoxitin, and these MRSA isolates were distributed as 37.5% from urine and 50% from burns and wounds specimen. Some virulence factors of all Staphylococcal spp. isolates were studied, and the results showed that all Staphylococcal spp. isolates 32(100%) have the ability for adherence to epithelial cell. Biofilm formation was detected by tube method and tissue culture plate technique, in tube method(TM) the results showed that all S. aureus isolates (100%) were biofilm producers while 4(50%) of S. epidermidis isolates were biofilm producer and 4(50%) were not biofilm producer, in contrast to tissue culture plate (TCP) the result showed that all Staphylococcal spp. isolates were produce strong biofilm according to the absorbance at OD 570nm. The effect of some plants extracts on biofilm formation was studied, in the present study green and black tea were used to show the effect of these plant on biofilm formation, the results revealed that biofilm ability for all isolates has been inhibited except (7) isolates of S. aureus increased in biofilm formation. Polymerase chain reaction (PCR) were used for detection of virulence genes of Staphylococcus spp. isolates, it was found that S. aureus gave positive results for icaA, icaB, icaC, icaD, agr, sar, atl and mecA with number and percentage 23(95.8%), 22(91.6%), 11(45.8%), 23(95.8%), 17(70.8%), 15(62.5%), 22(91.6%) and 12(50%), respectively. While S. epidermidis gave positive result for icaA, icaB, icaC, icaD and atl genes at 7(87.5%), 7(87.5%), 4(50%),8(100%) and 7(87.5%), respectively, and all S. epidermidis isolates gave negative results to mecA gene.

دراسة مايكروبايلوجية للبكتريا اللاهوائية التي تصيب الحوامل بالتهاب المهبل في مدينة الحلة == Microbiological Study of Anaerobic Bacteria Affecting pregnant women with Vaginitis in Hilla City

Author name: ايمان جباررحيم عباس العرداوي

Supervisor name: حبيب صاحب نهر | نادية مضر الحلي

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: اجريت هذه الدراسة خلال مدة 5 اشهر من شهر تشرين الثاني 2015 ولغاية شهر اذار 2016 من اجل دراسة ومقارنة طبيعة الفلورا المهبلية في النساء الحوامل المصابات بالتهاب المهبل البكتيري والنساء غير المصابات. حيث قسمت مئة حامل وفقا لفترة الحمل الى ثلاث مجاميع (الحوامل خلال الثلث الاول من الحمل 1 - 13 اسبوع , الحوامل خلال الثلث الثاني من الحمل 14 - 28 اسبوع والحوامل خلال الثلث الثالث من الحمل 28 - نهاية الحمل ). تم جمع العينات المهبلية من النساء الحوامل اللواتي يراجعن العيادة الاستشارية في مستشفى النسائية والاطفال التعليمي بالاضافة الى عدد من العيادات الخاصة في مدينة الحلة .لغرض تقييم الفلورا المهبلية تم اتباع الصفات السريرية (Amsel’s criteria ) المتمثله طبيعة الافراز المهبلي والاس الهيدروجيني للافراز المهبلي ووجود الخلايا الطلائية المغطاة بالعصيات السالبة لصبغة غرام وانبعاث رائحة الامينات من الافراز المهبلي; نظام العد Nugent score system ) حيث بين وجود فلورا طبيعية وفلورا وسطية وفلورا غير طبيعية او وجود التهاب مهبلي بكتيري.بعض الاختبارات المتمثلة بالتصبيغ (لدراسة الصفات المجهرية ), الزرع (لدراسة الصفات الزرعية) وفحوصات كيميو حياتية ايضا اجريت لتشخيص الانواع البكتيرية.اظهرت نتائج الدراسة ان 40 (40 %) من النساء مصابات بالتهاب المهبل البكتيري وفقا للصفات السريرية Amsel’s criteria وكانت اكثر الخواص السريرية حساسية هوالاس الهيدروجيني للافراز المهبلي بينما كان وجود الخلايا الطلائية المغطاة بالعصيات السالبة لصبغة غرام هو الصفة الاكثر خصوصية ( 92 % و76% على التوالي). وفقا لنظام العد Nugent’s scores كانت 24 (24%) امراة مصابات بالالتهاب البكتيري مقابل (76 امراة بدون اصابة ) بضمنها النساء اللواتي لديهن فلورا مهبلية وسطية. كما اظهرت نتائج زرع المسحات المهبلية E.coli 15(36.55%) المكورات العنقودية الموجبة لانزيم التخثرaureus staphylococci 12(22.22%) , المكورات العنقودية السالبة لانزيم التخثر Staph epidermides, Staph. Saprophyticus 3(5.55%) و9(16.6%) على التوالي وStrep. spp. 4(7.4%) , 5(12.2%) Klebsiella spp. كانت هي السائدة في النساء المصابات بالتهاب المهبل البكتيري تتبع ب Strep.spp. 4 (7.4%) .اما في النساء غير المصابات بالالتهاب فكانت الفلورا السائدة هي عصيلت الحليب Lactobacillus 8(14.81%) وS.aureus 7(19.96%) معايير ال Amsels اكثر دقة مقارنة مع نظام التسجيل في الكشف عن التهاب المهبل البكتيري عند النساء الحوامل وكانت النساء الحوامل في الثلث الثاني من الحمل اكثر عرضة لالتهاب المهبل البكتيري وارتفاع نسبة الاصابة بالتهاب المهبل البكتيري في المناطق الريفية اكثر من المناطق الحضرية, وجود اثنين من معايير ال Amsels وبصرف النظر عن لون الافراز المهبلي يمكن ان تستخدم لتشخيص التهاب المهبل البكتيري والنساء الحوامل في سن 26 - 35 سنه هي اكثر عرضة للاصابة بالتاب المهبل البكتيري بالمقارنة مع الفئات العمرية الاخرى | Bacterial vaginosis is a common, complex clinical syndrome characterized by alterations in the normal vaginal flora. The exact etiological agents for bacterial vaginosis are unclear; however, it is thought that it is a polymicrobial syndrome. This study has been conducted through a period of 5 month from Novembre 2015 to March 2016 in order to investigate and compare the composition of vaginal flora in pregnant women with bacterial vaginosis and those without the syndrome. A hundred pregnant women were classified to in three groups according to trimesters (first trimester 1 - 13 week, second trimester 14 - 28week and third trimester 28week to end of pregnancy). Vaginal samples were collected from the pregnant women who attending the outpatient department in the Teaching Hospital of Maternity and Pediatrics in addition to some private clinics in Al - Hilla city. For assessment of vaginal microbiota, Amsel׳s criteria represented by vaginal discharge, vaginal pH, clue cells, and amine odour; Nugent׳s scoring system including normal flora, intermediate flora, and abnormal flora or bacterial vaginosis. The results indicated that 40 patients (40%) had bacterial vaginosis according to the clinical criteria. Accordingly, Amsel׳s criteria. The vaginal pH was the most sensitive criterion, while the most specific one was the clue cells (92% and 76% respectively). According to Nugent׳s scores, 24 (24%) women in this group had bacterial vaginosis. versus 76 women without this syndrome (containing women has intermediate flora). Culturing of vaginal swabs revealed that and E.coli 15 (36.5%), S. aureus 12 (22.22%) and coagulase - negative staphylococci (Staph. epidermides, Staph. saprophyticus 9 (16.6%), 3 (5.55 %) respectively) and Klebsiella spp. 5(12.2%) were the dominant microorganisms in women with bacterial vaginosis followed by Strep.spp. 4 (7.4%), while in without bacterial vaginosis patients, the dominant microflora were Lactobacillus 8 (14.81%) and S.aureus 7 (19.96%). Amsels criteria are more accurate compared with scoring system in detection of vaginosis in pregnant women. Pregnant women in the second trimester are more vulnerable for BV. Higher percentage of BV in rural areas than urban areas. Presence of three of the Amsels criteria, apart from the color of vaginal secretion, may be used for the diagnosis of BV. Pregnant women with age 26 - 35 are more vulnerable to BV Compared with other age groups

التوصيف الجزيئي لعـوامل الضراوة لبكتيريا Moraxella lacunata والتحري عن الاجسام المضاده لطفيلي Toxoplasma gondii في المرضى المصابين بالتهابات العيون

Author name: زهراء عبد العزيز يوسف حسين اليساري

Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | هادي فاضل اليساري

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: في هذه الدراسة تم الحصول على 100 مسحة من المرضى الذين يعانون من اصابات في العيون المراجعين لمستشفى الحلة التعليمي للفترة من تشرين الثاني / 2015 ولغاية كانون الثاني / 2016 والذين تراوحت اعمارهم من سنتين الى 60 سنة , حيث كان بعض المرضى يعانون من امراض مزمنة كمرض السكري وضغط الدم والحساسية . حيث تم عزل وتشخيص 12% عزلة فقط من بكتيريا ال Moraxella lacunata و76% من انواع البكتيريا الاخرى وكان عدد المسحات التي لم تظهر اي نمو على اي وسط زرعي للبكتيريا 12% مسحة. العزلات التي لم تظهر اي نمو على الاوساط الزرعية للبكتيريا (12 عزلة) خضعت لتشخيص الاصابة بداء المقوسات من خلال تحديد كل من IgM وIgG بواسطة جهاز ال Minividus حيث اظهرت النتائج عدم ظهور اي اصابة بهذا الطفيلي في جميع المرضى الذين لايعانون من اصابات بكتيريا (12). حيث ان كل من IgM وIgG كان في مستوى منخفض في المرضى . جميع عزلات ال Moraxella lacunata خضعت لاختبار الحساسية للمضادات الحيوية . وقد وجد ان جميع العزلات كانت حساسة تماما 100% لل Neomycin , Gentamycin , Ceftriaxone , Piperacillin وبدرجة اقل لل Clarithromycin , Ceftazidime . الى جانب ذلك اظهرت النتائج ان جميع العزلات البكتيريا كانت غير قادرة على انتاج عامل الالتصاق الاول في حالة وجود ال D - mannose بينما جميعها كانت موجبة لعامل الالتصاق الثالث . هذا يعني ان هذا النوع من البكتيريا حساس للمانوز. تم التحري ايضا عن انتاج انزيم الهيمولايسين على وسط الدم حيث اظهرت 10 عزلات بكتيريا فقط قابليتها على انتاج هذا الانزيم بينما كانت عزلتين غير منتجة . من ناحية اخرى تم الكشف عن قابلية البكتيريا على انتاج ال Sidrophores ايضا , حيث اظهرت النتائج ان جميع هذه العزلات غير قادرة على انتاج هذا العامل . في هذه الدراسة تم التحقق من قابلية البكتيريا في انتاج انزيم ال Protease حيث اظهرت النتائج ان 4 عزلات بكتيريا فقط قادرة على انتاج انزيمات ال Protease الخارجية بينما 8 عزلات غير قادرة على ذلك. تم التحري ايضا عن امتلاك بكتيريا ال Moraxella lacunata لكبسولة متعددة السكريات حيث اظهرت النتائج بان جميع العزلات تمتلك هذه المحفظة. تم اختبار قابلية البكتيريا على النمو في وجود اللايسوزايم حيث اظهرت النتائج ان جميع العزلات تستطيع مقاومة اللايسوزايم والنمو في الوسط الزرعي الحاوي على تركيز 1% منه. تم التحري عن بعض جينات الضراوة التي تم الحصول عليها من ال Moraxella bovis لاظهار التشابه الجيني بين هذه البكتيريا وبكتيريا ال Moraxella lacunata . كما تم التحري عن الجين Ferric uptake regulation gene ( fur ) المسؤول عن اخذ الحديد حيث وجد ان هذا الجين يوجد في 6 عزلات بكتيريا فقط, بينما جين Phospholipase B ( plb) يوجد في 3 عزلات فقط. من جهة اخرى تم التحري عن وجود جين Outer membrane protein (omp79) حيث وجد ان عزلة بكتيريا واحدة موجبة لهذا الجين , بينما 3 عزلات موجبة لجين Toll like receptor C ( tolC). | In this study , a total of 100 eye swabs were obtained from patients complaining from ocular infections who attended to Al - Hilla Teaching Hospital in a period ranging from November 2015 to January 2016. The patient’s ages range from 2 years to 60 years and some of the patients suffer from chronic disease such as diabetes mellitus, hypertension, and allergy. It was found that only 12% isolates are identified as M. lacunata ,76% other bacteria and 12% the swabs were negative for bacterial infection . However ,the cases that are negative for the bacterial infections (12 cases) are undergone for detection of the T. gondii Parasite. Plasma obtained from patients were tested for detection of Toxoplasma IgG and IgM antibody level by using a minividus kit . The results showed the absence of the T. gondii among all the patients that are negative for bacterial infection .Whereas the results for both the IgM and IgG antibody level are being at the low level in only 12 cases under study. The results of this study showed that all the isolates of M. lacunata are sensitive entirely to Neomycin ,Gentamycin , Ceftriaxone and Piperacillin and less sensitive to Ceftazidime and Clarithromycin. Besides, the results of this study indicated that all the bacterial isolates failed to produce colonization factor type one in the presence of D - mannose, whereas all the isolates are positive for colonization factors type three. This means that this type of the bacteria cannot form colonization factors type one in the presence of D - mannose and it is sensitive to it . The Hemolysis on blood agar was also observed in (10) isolates of the M. lacunata, while (2) isolates fail to reveal this hemolysis. On the other hand the siderophores production is also detected whereas the result showed that all the bacterial isolates fail to produce this factor. In this study we investigate the bacterial ability to produce extracellular protease enzyme, the result showed only 4 isolate have ability to produce this enzyme, while 8 cannot produce this enzyme. The capsule test is done for all the isolates of the M. lacunata and all the isolates are found to possess capsular polysaccharides. All M. lacunata isolates showed a resistance to lysozyme ,which can grow continuously in culture media containing 1% lysozyme . Molecular investigation of some virulence genes obtained from M. bovis to show homology sequence between this bacteria and M. lacunata is also used . Ferric uptake regulator gene (fur gene) was detected in 6 DNA samples of M. lacunata isolates , whereas phospholipase b gene( plb) are found only in 3 isolates . On the other hand , outer membrane protein genes (OMP79) was detected in only one isolate of M. lacunata , whereas the Toll like receptor C gene ( tolC ) present in 3 isolates.

دراسة بكتريولوجية لبعض المستحضرات الصيدلانية غير المعقمة في محافظة بابل - العراق == Bacteriological study of some non - sterile pharmaceuticals in Babylon province, Iraq

Author name: اشواق حسين كاظم الخفاجي

Supervisor name: علاء هاني الجراخ

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: اجريت ﻫﺫﻩ ﺍﻟﺩﺭﺍﺴة ﻟلتحري عن ﻤﺩى ﺘﻠﻭﺙ ﺍﻟﻤﻨﺘﺠﺎﺕ ﺍﻟﺼﻴﺩﻻﻨﻴﺔ ﺒﺎﻟﻜﺎﺌﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺠﻬﺭﻴﺔ ﻭﺍﻟﻜﺸﻑ ﻋﻥ ﺍﻨﻭﺍﻉ ﻤﺤﺩﺩﺓ ﻤﻥ ﺍلاحياء المجهرية الملوثة ﻓﻲ ﻋﻴﻨﺎﺕ تم ﺍﺨﺘﻴﺎﺭﻫﺎ ﻋﺸﻭﺍﺌﻴﺎ ﻤﻥ ﺍﻟﻤﻨﺘﺠﺎﺕ الصيدلانية ﺍﻟﻤﺼﻨﻌﻪ ﻤﺤﻠﻴﺎ وايضا من الشركات المصنعة عالميا وتمت هذه الدراسة من شهرتشرين الاول لعام۲۰۱٥ الى شهر اذار لعام ۲۰۱٦ وخلال هذه الفترة جمع ۱٨۲عينة من منتجات الادوية غير المعقمة بعد تثبيت تاريخ الانتاج والانتهاء لها وتم الجمع من اماكن مختلفة ضمن مدينة الحلة في محافظة بابل. ان وجود التلوث المايكروبي في منتجات الادوية غير المعقمة لا يسبب التلوث لتلك المنتجات فحسب لكن يعد ايضا احد اهم المشكلات التي تهدد صحة المستخدمين لهذه المنتجات . تم في هذه الدراسة اختبار۱٨۲عينة من المنتوجات الصيدلانية المختلفة مثل الاقراص والشرابات والكبسول فضلا الي الادوية التي تستخدم خارجيا مثل المراهم والكريمات وايضا بعض مواد التجميل المختلفة . ووجد من خلال هذه الدراسة ان المنتجات الدوائية التي تؤخذ عن طريق الفم تحتوي على نسبة عالية من التلوث المايكروبي حيث كان بنسبة ٤,۳۲% مقارنة بالمنتجات التي تستخدم خارجيا والتي لم يتم ايجاد اي نمو مايكروبي فيها . اما فيما يخص الانواع البكترية المعزولة من خلال هذه الدراسة اعلى نسبة ظهور كان للعصيات الموجبة لصبغة غرام ملوثة بهذه البكتريا من المجموع الاجمالي للعزلات بالاضافة الى انواع اخرى تم تشخيصها حيث وجد ان ٦ عزلات تابعة لجنس Staphylococcus والتي تم عزلها من الاقراص والشرابات و٦ عزلات لجنس Pseudomonas تم عزلها من الكبسول , كل العينات المفحوصة بعد شرائها ووجدت انها ملوثة تم اجراء العد الحي لها وحسب المعايير القياسية في حين لم يتم عزل اي من الانواع البكترية Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli ,and Salmonella species حيث تعتبر هذه الانواع كمعايير للدلالة على درجة التلوث المايكروبي للمنتجات الصيدلية . كذلك تضمنت هذه الدراسة التحري عن قابلية هذه الانواع المعزولة من مقاومة المضادات الحياتية حيث تبين من هذه الدراسة ان معظم الانواع البكتيرية المعزولة التابعة لجنس Bacillus كانت مقاومة للعديد من المضادات الحياتية وبنسبة (٧۰ - ۱۰۰%). كذلك اظهرت الانواع البكتيرية المعزولة الاخرى مقاومة للمضادات الحيوية المستخدمة خلال هذه الدراسة حيث وجد ان الانواع البكتيرية التابعة لجنس Staphylococcus تملك مقاومة لكثير من المضادات الحياتية ولكن وجد ان انواع تابعة لنفس الجنس كانت حساسة للمضادات وبنسبة اقل للانواع المقاومة وبالمقارنة مع العزلات التابعة لجنسPseudomonas حيث وجد انها تملك مقاومة عالية للمضادات المستخدمة وبنسبة ۱۰۰% بالنسبة للانواع التي تم عزلها خلال هذه الدراسة. | This study was carried out in October 2015 - March 2016. A total of 182 samples of non - sterile medications labeled with manufacturing and expiration dates were collected from different retailer drug stores placed within the city of Hilla (Babylon province). The contamination of non - sterile pharmaceuticals (NSPs) was not only found to cause spoilage of numerous products but was also proved to be a potential health hazard to the consumer. A total of 182 non - sterile pharmaceutical preparations of two types (Oral and topical) were subjected in the present study to microbial limit testing using standard conventional techniques. The oral NSPs samples included tablets, capsules, and syrups, while, the topical samples included ointments and creams. Microbial contaminants were recovered from 32.4 % of the tested products with oral preparations showing a higher incidence of contamination in comparison to the topical preparation that not present any bacterial growth, regarding the isolates, a total of 59 bacterial isolates were recovered with gram positive bacilli, accounting for the majority of isolates, while staphylococci and Pseudomonas each of them included only 6 isolates. Staphylococcus aureus isolates were recovered from tablet and a syrup samples; 6 Pseudomonas isolates were recovered from a capsule samples. All the examined samples immediately after purchase were found to have viable count of less or more than 102cfu/mg or ml. The indicator organisms e.g., Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, and Salmonella species were not found. The study also has demonstrated the ability of bacterial isolated to resistant a number of antibacterial agents. Bacillus showed high percentage of antibiotic resistance in a wide number from the isolates and the resistant percentage ranged from 70 - 100%.Regarding to the other bacterial species recovered in the present study, Staphylococcus spp. showed less Susceptible while Pseudomonas spp. showed high resistance to the antibacterial products

التحري عن بعض عوامل الضراوة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من مصادر مختلفة == Detection of Some Virulence Factors in Pseudomonas aeruginosa Isolated from Different Sources

Author name: حوراء احمد علي الشمري

Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | زينب حمود السعدي

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: تم الحصول على 100مسحة من المرضى الذين يعانون من التهابات مختلفة مثل التهاب المسالك البولية والحروق والجروح كذلك اخذت عينات من القشع من المرضى الذين يعانون من امراض الجهاز التنفسي والذين تتراوح اعمارهم بين 15 الى 60 سنة من المراجعين والراقدين في مستشفى الحلة الجراحي ومستشفى مرجان للفترة بين من اكتوبر 2015 الى يناير 2016. وقد وجد من خلال الدراسة ان 12 عزلة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa كانت موزعة على النحو التالي ستة عزلات (%50 ) تم الحصول عليها من مرضى الحروق وثلاثة عزلات (%25) من مرضى الذين لديهم التهابات في المسالك البولية وعزلتان فقط (%6.16 )من مرضى الحروق بنسبة وعزلة واحدة فقط (%3.8) من القشع .خضعت جميع هذه العزلات لاختبار الحساسية للمضادات الحيوية باستخدام طريقة الانتشار في الوسط حيث اظهرت العزلات البكتيرية مقاومة كلية للامايكيسين,سيفاكسيم والتتراسايكلين.وكذلك اظهرت النتائج ان جميع العزلات اعطت حساسية بنسبة (8.34%) للببراسيلين والسيفتاراكسون ومقاومة بنسبة (91.66) لنفس المضادات المذكورة انفا .في حين ان جميع عزلات هذه البكتريا كانت حساسة كلية للمضاد الحيوي الليفوفلوكسين. واقل حساسية للمضاد الحيوي ازثرومايسين بنسبة (83.33%) .تم زراعة البكتريا على وسط سائل يحوي 5% من الدم لاختبار قابلية البكتريا على انتاج الهيمولايسين حيث وجد ان عشرة عينات لها القابلية على انتاج الهيمولايسين. وكذاك في هذه الدراسة تم الكشف عن تاثير التراكيز المختلفة من التتراسايكلين على حركة البكتريا وتحفيز ظاهرة السوارمنك قد لوحظ ظهور السوارمنك بشكل واضح على وسط الزرع عندما يكون تركيز التتراسايكلين اقل من 0.5 ميكروغرام / مل وفي نفس الوقت لوحظ تضاؤل ظهور الصبغة مع تناقص تركيز التتراسايكلين وكذلك ظهور السوارمنك اوضح عندما تصبح الصبغة غائبة عند تركيز 0.5 ميكروغرام / مل او اقل.تم التحري عن وجود الجين toxA باستخدام بادئات حيث اظهرت النتائج ان عزلتان فقط كانت موجبة والاخرى سالبةوكذلك في هذه الدراسة تم استخدام بادئات نوعية خاصة اخرى للكشف عن toxA والتي تدعى بETA اظهر التحري عنها عن امتلاك ثمانية عزلات فقط لهذا الجين . كذلك في هذه الدراسة تم استخدام بادئات نوعية(primers) في تقنية PCR لتحري عن الجينات الخاصة ب exoenzyme S حيث تم استخدام ثلاث مواقع جينية .exos1 ,exos2,exos3اذ لوحظ جميع العزلات تحتوي على جين ,exos1 واحدى عشر عينة تحتوي على جين exos2 وبالاخير وجد تسعة عينات تحتوي على جين exos3 .اما التحري عن البروتين السطحي P.aeruginosa ( (OprIباستخدام بادئ متخصص , اذ لوحظ ان كافة العزلات كانت موجبة لهذا الجين. اضافة الى ذلك فان التحري عن امتلاك بكتريا الزائفة الزنجارية لجينOprLيظهر امتلاك ثلاث عزلات فقط لهذا الجين. تم الحصول على مستخلص P.aeruginosa بعد فصل نمو البكتري باستخدام Millipore filter حجم (0.45 مايكرو غرام) بعدها يتم تخفيفه بنسبة (1 : 1) باستخدام منزوع الايونات للماء المقطر وقد اظهرت الدراسة ان هنالك تاثير كبير على خلايا السرطان التي تدعى SW 480 من خلال زيادة في معدل التثبيط وتاثيره على الحد الادنى للتخفيف. | A total of 100 clinical samples were collected during this study which were obtained from patients suffering from different infections such as UTI , skins , burns , wounds and from sputum in patient with respiratory diseases. All the patient ages raged from ( 15 - 60 ) years old who admitted to two main hospitals in Hilla city : Al - Hilla General Teaching Hospital , and Mergan Teaching hospital during a period of three months lasting from (October 2015 to January 2016). It was found that (12)isolates of P.aeruginosa were recovered where six isolates (50%) were taken from burns patient, three isolates (25%) from catheters patient who have UTI and only two isolates (16.6%) from wounds and one isolate (8.3%) from sputum. The bacterial isolates showed entire resistant to Colistin, Amikacin, Cefixime and Tetracycline, while ,this resulte explain all the bacterial isolates show sensitivity for Piperacillin and Ceftriaxone(8.34%)and resistant (91.66%) for the same antibiotics. whereas, this results explain all the isolates entire sensitivity for Levofloxacin(100%) and lesses sensivity to Azithromycin (83.33%). P.aeruginosa was grown on liquid media containg 5% blood in order to show its ability to produce extracellular Hemolysin, and the results showed that hemolysis on blood agar was seen in (10) isolates. To detect the effect various concentrations of tetracycline on bacterial motility and swarming induction, it was seen that swarming was observed clearly in the culture media at concentration below 0.5 µg/ml, at the same time pigment appearance diminished with the decreasing of tetracycline concentration and swarming appearance where the pigment became absent at 0.5µg/ml or below. Exotoxin A was encoded by (toxA) gene was detected in Pseudomonas aeruginosa isolates by using specific primers , it was found that 2 (16.67 %) isolates of P.aeruginosa gave the positive amplicon for this gene. Also in this study, another primer was used to detect (toxA) production of molecular detection of Pseudomonas aeruginosa (ETA) was done by utilize specific PCR primer.It was found that (ETA) was observed in 8 (66.6 %) isolates positive results with molecular size (396 bp). In this study use three specific primers for exoenzyme S to detect Pseudomonas aeruginosa.It was found that exos1 at a locus 500bp was observed positive in all isolates result ,exos2 at a locus 240bp was observed in 11(92%) positive results and exos3 at a locus 270bp was observed only 9(75%) positive results Molecular detection of Pseudomonas aeruginosa (OprI) was done by utilize specific PCR primer. It was found that (OprI )marker was observed in all bacterial isolates (100%) with molecule size (250bp). On the other hand , Molecular detection of peptidoglycan - associated lipoprotein (OprL) ,was also done by using specific primer for this gene. Since (OprL) was present in 3 (25% ) positive isolates under study, with the molecular size (500 bp). Pseudomonas aeruginosa extract was obtained after filteration the growth of bacterial isolate by using Millipore filter of size (0.45µm).The extract was then diluted (1 : 1) by using deionized distilled water.The results showed that there was a huge effect on cancer cell line SW480 through increasing the inhibition rate (I.R) and the effect was reduced in the minimum dilution

دراسة تشخيصية لبكتيريا المسبحات القيحية والتوصيف الجزيئي لبعض عوامل الضراوة في مرضى التهاب الوزتين == Diagnostic Study for Streptococcus Poyogenes and Molecular Characterization for Some Virulence Factors in Tonsillitis Patients

Author name: مصطفى عبد الكريم حميد المسعودي

Supervisor name: لميس عيد الرزاق عبد اللطيف | محمد عبد كاظم السعدي

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: تم في هذه الدراسة الحصول على (100)عينة (مسحات الحلق وعينات الدم) من (100) مريض مصابين بالتهاب اللوزتين من كلا الجنسين من المراجعين الى مستشفى الحلة الجراحي (وحدة ENT) (من تشرين الثاني 2015 الى اذار 2016) تراوحت اعمار المرضى الذين شملتهم الدراسة من5 - 60 سنة. تعرض كل مسحات للزراعة الهوائية على اوساط زرعية انتقائية، وكان من مجموعة (100عينة). ظهر65 عينة بكتريا موجبة، في حين ظهرت 35 عينات زرع سالبة .ومن بين 65عينة يشتبه فقط 24 عينة من بكتريا المسبحيات القيحية . تم استخدام بادئات نوعية (primers) في تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) للتحري عن الجين الخاصة Spy1258))حيث يعتبر هذ الجين كمعيارلهذا البكتريا. وباستخدام الطريقة الجزيئيه التي تعتمد على دور هذا الجين, اظهرت النتائج وجود 13عينه من اصلا 24عينه تكون موجبه لهذا الجين ,بينما وجود عينتين اثنين فقط (2%) من اصلا 100 عينة دم تكون موجبه لهذا الجين. التوصيف الجزيئي لهذا البكترياThe pyrogenic exotoxin(SpeA, SpeB, SpeC) يتم باستخدام بادئات خاصه حيث اظهرت النتائج وجود عينتين(15.38%) من جين SpeA))من اصلا 13عينه بينما اوجد الدراسة عينتين(100%) لهذا الجين بالدم . وكذلك اظهرت النتائج وجود 7عينات (53.7%)من جين(SpeB)من اصلا13,وكذلك وجد عينتين بالدم.وايضا اظهرت النتائج وجود6عينات (46.15%)من جين (SpeC) من اصلا 13 عينه بينما وجد عينه واحدة فقط بالدم (50%).The streptokinase(Ska) حيث اظهرت النتائج وجود 9عينات(69.2%) من اصل 13عينه لهذا الجين ,بينما وجد عينتين لهذا الجين بالدم(100%).The multiple gene activator (Mga) حيث اظهرت النتائج وجود 6عينات(46.15%) من اصلا 13 عينه لهذا الجين,بينما اظهرت الدراسه عدم وجود هذا الجين بالدم. باستخدام لوحة زراعة الانسجة كان تكوين biofilm قوي بنسبة (79.9%).وبنسبة( 23%) كان تكون biofilmمتوسط بينما اظهرت النتائج عدم وجود تكون ضعيف لbiofilm. تم في هذا الدراسة دراسة تاثير كل من خل التمر وخل التفاح وخل العنب ,حيث اظهرت النتائج ان خل التمر له القدرة على منع تكوين biofilm بنسبة(100 %).اما بالنسبة لخل التفاح فكانت نسبة (92.3%) واظهرت النتائج ان نسبة خل العنب (84.6%). خضعت جميع العزلات لاختبار الحساسية للمضادات الحيوية .وقد وجد ان جميع عزلات هذه البكتريا كانت حساسة بشكل تام (100%) لكل من Imipeneme وMeropenem.ولكنها حساسة بدرجة متوسط لكل من Ceftriaxon وAzithromycinو Amoxicillinو Tetracyclineو Clarythromycin . كما واظهرت العزلات مقاومة ل Erythromycin . تم جمع عينات الدم من كلا المجموعتين لقياس المعيار المناعي (IFN - γ)بطريقة الامتزاز المناعي المرتبط بانزيم.حيث اظهرت النتائج انه لايوجد فرق معنوي بين مجموعة المصابين ومجموعة الاصحاء((p<0.05. | In this study, one hundred throat swabs and blood samples obtained from patients suffering from tonsillitis from both sex who were attending to an ENT unit in Al - Hilla General Teaching Hospital during a period of three months from (October 2015 to January 2016). The patient’s age ranged from (5 - 60) years. All swabs were subjected to aerobic culturing on selective media and it was out of the total of (100 samples). 65 samples showed positive bacterial culture, while 35 samples showed negative culture. Among 65 only 24 isolates of S.pyogenes were suspected. In this study the specific primer Spy1258 (encoding a putative transcriptional regulator) that consider the golden stander for strep pyogenes and the results of this study found only 13 isolates out of 24 isolates from throat swab of S.pyogenes were positive to this primer, while only 2 samples out from 100 blood samples give positive result were detected by molecular method focusing on the role of Spy1258 gene. Molecular detection of S. pyogenes (SpeA, SpeB, SpeC) were done by using specific primer. It was found that SpeA was observed in two (15.38%) isolates from throat swab, while it was found that two (100%) samples from patients' blood of S. pyogenes give positive results for this gene. Also the (SpeB)was found that two (100%)samples from patients' blood of S. Pyogenes contain this gene, while it was observed in 7 isolates out of 13 at percentage(53.8%) isolates from throat swab. On the other hand, it was found that SpeC was seen in six (46.15%) isolates from throat swab, while it was found that one (50%) samples from the patient's blood of S. pyogenes give positive results with this gene. Moerever, streptokinase (Ska) was also detected in S.pyogenes, It was found that Ska was observed in 9 isolates (69.2%) from throat swab, while it was found that two (100%) samples from the patients blood of S. pyogenes contain this gene. Multiple gene activator (Mga) was detected by using specific primer. It was found that Mga was observed in 6 isolates (%46.15) from throat swab, while it was no found this gene in blood samples Biofilm formation was also investigated by using Tissue culture plate. It was shown that biofilm formation was (76.9%) strong biofilm formation, (23%) moderately biofilm formation and no isolates that express non biofilm formation. The effect of dates vinegar, apple vinegar and grape vinegar on bacterial isolates were studied and the results showed that date vinegar prevented biofilm formation in 13(100%) biofilm producer isolates of S. pyogenes. While Apple vinegar prevented biofilm formation in 12 (92.3%) biofilm producer isolates of S. pyogenes. Also, in the third type; Grape vinegar there were two isolates not eradicated, while 11 (84.6%) isolates were eradicated depending on biofilm criteria. All the identified S. pypgenes isolates were subjected to in vitro antibiotics susceptibility test by modified Kirby - Bauer disc diffusion method. It has been found that S. pyogenes isolates were completely sensitive (100%) to Imipenem, Meropenem and moderate to ceftriaxone, Azithromycin and clarithromycin at ratio 80%, 78%, 76.9% respectively. But lesser to each of Amoxicillin and Tetracycline was 54%, 55%, respectively, and the results showed that resistance to erythromycin about 84.6%. Blood samples were collected from patients and control groups to estimate ELISA test for cytokines (IFN - γ)and the results shown and no significant differences (p>0.05) between patients (593 pg/ml) and controls (567.77 pg/ml).

دور البكتريا المحللة للاستروجين والجينات المنتخبة في النساء المصابات بفشل المبايض المبكر == Role of Estrogen - degrading Bacteria and Candidate Genes in Women with Premature Ovarian Failure

Author name: جمان خليل ابراهيم الصباغ

Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | ملال محمد عبد الرضا الجبوري

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: هدفت هذه الدراسة الى توضيح دور البكتيريا المحللة الاستروجين والاساس الجزيئي للجينات المرشحة في النساء المصابات بفشل المبيض المبكر. تضمنت هذه الدراسة 60 امراة من الذين يعانون من فشل المبيض المبكر. واللاتي اختبرن على الاقل 8 اشهر من انقطاع الطمث تراوحت اعمارهن بين (20 - 39) سنة، تم جمع العينات من الدم الوريدي ومسحات من اعلى المهبل من النساء المراجعات لكل من مستشفى بابل للولادة والاطفال ومستشفى الحلة التعليمي في مدينة الحلة / العراق في الفترة من فبراير حتي يوليو العام 2015. تضمنت الدراسة ايضا 40 من النساء كمجموعة سيطرة واللاتي ليس لهم تاريخ من انقطاع الطمث تتطابق فئاتهن العمرية مع مجموعة المرضى . تم استخدام تقنية الاليزا لجميع العينات لغرض التحري عن هرمونات FSH, LH والاستروجين . واظهرت النتائج ان هناك زيادة وفرق معنوي كبير في تركيز كل من هرمون FSH وLH (.(P<0.05 بينما وجد ان هناك تناقص وفرق معنوي كبير فيما يخص هرمون الاستروجين في هؤلاء النساء بالمقارنة مع الاصحاء في مجموعة السيطرة . وقدرت كذلك الاجسام المضادة للمبيض في هؤلاء النساء . كشف متوسط تركيز مصل AOA ان هناك زيادة وفرق معنوي كبير عند (P <0.05) في المرضى مقارنة بالاصحاء بتركيز (153.58 و38.54) وحدة دولية / مل على التوالي . من بين 60 من النساء اللاتي تعاني من فشل المبيض المبكر اظهرت النتئج ان 42 مريضة فقط عانت من اصابة بكتيرية في حين لم تظهر 18 مريضة اي نمو بكتيري .تم اختبارقدرة هذه الانواع المختلفة من البكتيريا التي عزلت من المهبل على استهلاك هرمون الاستروجين في المختبر باستخدام تقنية كروماتوغرافيا الاداء العالي للسوائل (HPLC). اظهرت العزلات البكتيرية قدرة للحط من اهذا الهرمون في الظروف الهوائية واللاهوائية. والنتائج تدلل على قدرة البكتيريا المهبلية لاستنفاد الاستروجين بكفاءة والتي قد تؤثر على مستويات هرمون الاستروجين االجهازية في هؤلاء النساء. تم دراسة التنميط الجيني من خلال استخدام تقنيات PCR، RFLP وSCCP لتحديد المتغيرات في بعض الجينات المنتخبة في هؤلاء النساء . فيما يتعلق بجين INHα1 اظهرت النتائج ان هناك اختلافات كبيرة بين المرضى ومجموعة السيطرة التي تتعلق بوجود او عدم وجود هذه الجينات في النساء . اما نتئج RFLP للتحقيق في وجود المتغيرات في هذه الجينات اظهرت ان معظم مجموعة المرضى وكل مجموعة السيطرة ان النوع البري كان G الاليل، وان تردد هذا الاليل كان (92.8٪) في مجموعة المرضى و(100٪) في مجموعة الاصحاء في حين كان تردد A اليل (7.2٪) في المرضى و(0٪) في الاصحاء . المورثات متماثلة الزيجة GG لها تردد (85.7٪) في المرضى و(100٪) في مجموعة السيطرة، في حين تم العثور على الطراز الوراثي متباين الزيجة AG بنسبة (14.3٪) و(0٪) في مجموعة المرضى والسيطرة على التوالي. نتائج التحري عن وجود طفرات في الجينات INHβA1 , INHβB1 وINHβB2 . وجدت ان هناك فروق ذات دلالة احصائية معنوية في وجود وعدم وجود هذا الجين INHβA1 بين مجموعتي المرضى السيطرة عند (قيمة P=0.01) , في حين ان لا احد من المرضى ومجموعة الاصحاء اظهرت اختلافات في وجود او عدم وجود الوحدات الجينية INHβB1 وINHβB2. باستخدام تقنية SSCP للتحقيق في وجود متغيرات في INHβA1، INHβB1 وINHβB2. وتوضح النتائج ان هناك اختلافات كبيرة في انماط ترحيل هذه الجينات بين مجموعتي المرضى والسيطرة في هذه الدراسة. وهذا يعطى مؤشرا على العلاقة بين المتغيرات في هذه الوحدات الفرعية مع نشوء المرض في النساء المصابات . كذلك تمت دراسة الطفرات في الجين FSHR واظهرت النتائج ان عدم وجود فروق ذات دلالة احصائية فيما يخص فقدان الوحدة الجينية FSHR 10A بين النساء المرضى والاصحاء. اما بالنسبة للوحدة الجينية 10B FSHR فقد ظهرت هناك فروق ذات دلالة احصائية بين المجموعتين. وباستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وتقنية تعدد اشكال اطوال الشدف المقتطعة تم دراسة التعدد الشكلي في الجين FSHR باستخدام الانزيم القاطع DdeI . وكان التوزيع الوراثي للنمط متباين الزيجة CG (81.5٪) للمرضى و(95٪) في النساء الاصحاء. في حين ان النمط متماثل الزيجة GG له تردد (18.5٪) و(5٪) لكلتا المجموعتين على التوالي , وكان تردد C اليل (41٪) في النساء المرضى و(47.5٪) في االنساء الاصحاءبينما كان تردد G اليل (59 ٪) للمرضى و(52.5٪) لمجموعة السيطرة. وعلاوة على ذلك، اظهرت نتائج الجين BMP15 انه لا يوجد فروق ذات دلالة احصائية لوجود او عدم وجود الجينات بين المجموعتين في هذه الدراسة. تم اجراء تقنية SSCP المستندة الى تفاعل البلمرة المتسلسل لفحص التغايرات في هذا الجين. اظهرت الدراسة وجود فرق معنوي كبير لنمط ترحيل هذه الجينات بين مجموعتي المرضى السيطرة. وهذا قد تعطي تفسيرا معقولا لنشوء المرض لدى النساء . وكذلك تمت دراسة الطفرات في الاكسونات 1 و5 في الجين NOBOX البشري، وبينت النتائج انه لا يوجد اختلاف بين المجموعتين تحت الدراسة فيما يخص وجود exon1، في حين في exon5 على الرغم من ان اثنين من المرضى لا يمتلكون لهذه الوحدة الجينية ، لا وجود لفرق معنوي بين مجموعتي السيطرة والمرضى المصابات بفشل المبيض المبكر . كذلك تم التحري عن وجود تغاير في هذه الوحدات الجينية باستخدام تقنية SSCP لكل من الاكسونين 1 و5 واوضحت النتائج ان لا احد من المجموعتين ولكلا الجينين اظهر تغييرات في انماط الترحيل . ان التحري عن الطفرات في الجين MSH5 في النساء المصابات بينت ان هناك اختلافات وفرق معنوي كبير عند (0.006p=) في فقدان هذا الجين قيد الدراسة . وهذا ممكن ان يعطي تفسيرا جيدا لتحفيز ظهور المرض بين النساء الشابات. وكذلك تم دراسة الطفرات في الجين DMC1 وكشفت النتائج ايضا عن وجود فروق ذات دلالة احصائية عند (P=0.03) وهذا قد تعطي تفسيرا مقبولا لاسباب وجود المرض لدى النساء | This study aimed to illustrate the role of estrogen - degrading bacteria and molecular basis of candidate genes in women with premature ovarian failure (POF) . In this study , sixty women who suffered from POF ; and have menopause at least 8 months after the last period , whose ages range between (20 - 39) years, venous blood samples and high vaginal swabs were collected from these patients who are admitting to the Children and Maternity Hospital and Al - Hilla teaching hospital for surgery in Hilla city/Iraq from the period of February to July 2015 . Also, forty women with no history of menopause with age range approximately matched to that of patients were included as a control group .These women were subjected to investigate FSH ,LH and estrogen hormone . The results of FSH and LH hormones showed a significant increasing (p< 0.05) in the concentration of these hormones in blood of patients when compared to healthy control women . While there is a significant decreasing in the concentration of EST hormone in these women as compared to healthy control . Antiovarian Antibodies (AOA) levels were estimated by using ELISA . The mean of serum concentration of AOA revealed that there is a significant increasing (P< 0.05) in POF patients as compared to healthy control(153.58 and 38.54) IU/L respectivelyOut of 60 women patients with POF , only 42 patients showed positive pathogenic bacterial growth , while 18 patients show no growth of pathogenic bacteria . Different types of bacteria isolated from the patients҆ vagina . And these isolates examined as they have the ability to lyse estrogen in vitro by using High Performance Liquid Chromatography (HPLC) technique. The bacterial isolates showed the ability to degrade estradiol in aerobic and anaerobic condition. And the results demonstrated the ability of vaginal bacteria to exhaust the estrogen efficiently and that may affect the systemic estrogen levels in these women . The genotyping was carried out by using PCR , RFLP and SCCP techniques to identify variants in some of candidates genes associated with POF . So regarding to INHα1 gene , the result showed that there is a significant differences between patients and control groups that related to the presence this gene subunit .The results of RFLP technique to investigate the variant in this gene showed that most of patients and all control were homozygous for the wild type G allele , and G allele frequency was (92.8%) in patients group and (100%) in control group whereas A allele frequency was (7.2%) POF patients group and (0%) in the control group . The GG genotypes have frequency (85.7%) in POF and (100%) in control group, whereas the AG was found to be (14.3%) and (0%) in patients and control respectively . The results of INHβA1, INHβB1and INHβB2 mutational screening , showed that , there is a significant differences between presence and absence of INHβA1 gene in patients and control group at (P value 0.01) , while no one of patients and control groups show missing of INHβB1and INHβB2 subunits . Using SSCP technique to investigate the presence of variants in INHβA1, INHβB1and INHβB2 genes . The results illustrate that there is a significant differences in comformational changes of these gene subunits in patients and control subjected to this study. And this gave an indicator to presence a relationship of the variants in these subunits with arising of POF in women in our population . Regarding to FSHR mutational screening , the results obtained showed that there were no significant differences in presence and absence of FSHR 10A subunit between the patients and control . While for 10B subunit there are a significant differences between two groups . PCR - RFLP based assay by DdeI enzyme used to show the polymorphism in exon 10 . The genotype distribution for the heterozygous CG was (81.5%) for POF patients and (95%) for control . While the homozygous GG has genotype frequency as (18.5%)for POF and (5%)for control , the allele frequencies in which C allele was(41%) in POF, and (47.5%) in control while G allele frequency was (59 %) for patients and (52.5%) for control. Moreover, the result of BMP15 gene proved that, there is no significant differences for this gene absence between two groups subjected to this study . SSCP - PCR based - technique was performed for mutational screening in this gene . A significant differences found for the variant in this gene in patients and control groups. And this may give a plausible explanation for POF. Determination of mutations in the exons 1 and 5 of human NOBOX gene were done, and the results appear that there are no one of patients and control groups show missing in exon1 , while for exon5 in spite of two patients have missing this subunit ,there is no significant differences for missing this subunits between POF women and control groups . All the patients and control samples were analyzed by SSCP technique for both exons to detection of the variant in these gene subunits . No one of patients and control groups show conformational changes for both gene subunits. After screening of MSH5 gene in POF women , the results gave a significant differences at P value (0.006) for lacking this gene between the POF women and control groups . And this show a good explanation for arising the disease among young women . As well as screening for DMC1 gene was performed And the results also detect the presence a significant differences at (P value 0.03) . This may give an acceptable explanation to outcome the POF in women

التوصيف الجزيئي لبكتريا Chlamydia trachomatis الجنسية عند النساء المخطرات للاصابة بالتهاب الحوض == Molecular Characterization of Genital Chlamydia trachomatis in Women Risky for Pelvic Inflammatory Diseases

Author name: زينب عادل غني جابك

Supervisor name: ميساء صالح مهدي الشكري | اسماء كاظم كاطع السراج

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: تضمن هذا البحث (دراسة حالة - سيطرة), دراسة وتحليل جيني لبكتريا Chlamydia trachomatis المشخصة عند المريضات المصابات بالتهاب الحوض. شملت الدراسة جمع 232 عينة, نوع مسحات من داخل عنق الرحم, من النساء اللواتي يعانين من اعراض وعلامات مرض التهاب الحوض. تم تشخيص الحالات من قبل اخصائية الامراض النسوية, بالاضافة الى تعرضهم لعدد من عوامل الخطورة للمرض. وتم جمع عينات دم وريدي من هؤلاء المريضات, مع 40 عينة دم تم استخدامها كمجموعة سيطرة, وذلك في عيادة النسائية والتوليد في مستشفى بابل للولادة والاطفال ومستشفى الحلة التعليمي العام, بالاضافة للعينات التي تم جمعها في العيادات الخاصة, خلال الفترة من اذار 2015 الى تشرين اول 2015.اشتمل البحث استخلاص الحمض النووي من عينات الرحم والدم. حيث استخدم الحمض النووي المستخلص من المسحات لغرض التشخيص الجزيئي عن بكتريا الــC. trachomastis بطريقة تفاعل البلمرة المتسلسل وباستعمال المعلم الوراثي المستند على دور جين 16S rRNA وجين 16S - 23S rRNA spacer , والمقارنة بينهما في التشخيص. فكان معدل توزيع البكتريا ضمن عينة البحث للمعلمين هو 3,02% و3,45% وعلى التوالي.ايضا تم تحليل معدل التوزيع وبالعلاقة مع بعض عوامل الخطورة كالعمر واستخدام الانواع المختلفة من موانع الحمل وتاثيرها في تغيير التوزيع. فكانت اعلى نسبة 50% ضمن الفئة العمرية 20 - 40 سنة, بينما توزعت بقية الحالات الى مجموعتين وبواقع 25% للفئة العمرية اقل من 20 سنة و25% للفئة اكثر من 40 سنة. اما بالنسبة لاستخدام الموانع, اظهرت النتائج ان 50% من المريضات قد استخدمن مسبقا حبوب منع الحمل, بينما استخدم اللولب من قبل 25% منهن, 12,5% استخدمن العوازل, على عكس 12,5% منهن لم يستخدمن اي واحدة من هذه الانواع.فيما بعد تم التحري جينيا عن امتلاك هذه البكتريا لبعض جينات الضراوة, حيث اظهرت النتائج ان 75% كانت موجبة للجين omp1, بينما 75%, 87,5%, 62,5% و87,5% كانت موجبة للجينات incA, cds1, scc1, copN على التوالي.ايضا تم التقصي عن امتلاك البكتريا لجينات hsp60 وhsp70 والتي ظهرت في 75% و62,5% من الحالات, تلا ذلك البحث عن تشابه في هذه الجينات بين البكتريا والانسان, حيث لم تظهر النتائج اي تشابه في سلسلة القواعد النيتروجينية. واخيرا هدفت الدراسة الى استقصاء العلاقة بين تعدد الاشكال الجينية للطفرة النقطية في بعض الجينات مع قابلية الاصابة بالتهاب الحوض عند النساء باستخدام تقنية البلمرة والقطع بالانزيم.تبين النتائج وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة mpo - 463 هي GG وGA وAA. وقد بلغت نسبة انتشارها (72,5%, 2,5%, 25%) على التوالي في مجموعة المرضى بينما كانت (82,5%, 12,5%, 5%) على التوالي في مجموعة السيطرة, مع عدم وجود اختلاف معنوي بين المجموعتين بالنسبة للنمطين GG وGA. على عكس النمط AA الذي سجل اختلاف معنوي (p=0,028) مع وجود علاقة معنوية ايجابية بين هذا النمط والمرض (OR=6,33 و=CI95%). فيما بلغت نسبة انتشار الاليل G السائد في المرضى 73,75% بالمقارنة مع السيطرة 88,75% مع عدم وجود اختلاف معنوي. بينما كان معدل التوزيع لهذه الانماط ضمن المريضات المصابات بـC. trachomatis كما يلي 62,5%, 37,5% و0,0% على التوالي للانماط GG, GA,AA .اما بالنسبة لموقع الطفرة IL - 12B +16974, فقد اظهرت النتائج وجود ثلاث انماط هي AA, AC وCC. حيث ظهر النمط AA باعلى نسبة في المرضى 90% مقارنة بمجموعة السيطرة 67,5% مع وجود اختلاف معنوي بين المجموعتين لهذا النمط (p=0,03), بالاضافة لوجود علاقة معنوية ايجابية بين النمط والمرض (OR=4,33 و=CI95%). بينما بلغت نسبة انتشار النمطين AC وCC (5% و5%) على التوالي في مجموعة المرضى بينما كانت (12,5% و20%) على التوالي في مجموعة السيطرة. وقد بلغت نسبة انتشار الاليل A السائد في المرضى 92,5% بالمقارنة مع السيطرة 73,75% مع وجود اختلاف معنوي (p=0,001), مع وجود علاقة معنوية ايجابية بين الاليل والمرض (OR=4,04 و=CI95%). بينما كان معدل التوزيع لهذه الانماط ضمن المريضات المصابات بـC. trachomatis كما يلي AA 75% و12,5% لكل من CA وCC | The present case - control work aims to study and analyze Chlamydia trachomatis genetically in patients with pelvic inflammatory disease (PID), which included 232 endocervical swab samples collected from female patients suffering from signs and/or symptoms of PID; they were diagnosed as having PID by the gynecologist and had risk factors for this infection. In addition to venous blood sample collected from those patients and 40 females as a control, to be used in the second part of this work. Patients attaineded to the out - patient clinics of Gynecology and Obstetrics, in two hospitals of Babylon Province : Babylon Maternity and Pediatrics Hospital, and Al - Hilla General Teaching Hospital; in addition to the samples taken from private clinics, during the period from March to October 2015.Both samples were subjected to DNA extraction. DNA extracted from swabs were utilized for molecular detection of C. trachomatis, among PID patients, carried out by using 16S rRNA and 16S - 23S rRNA spacer genes as genetic markers via conventional PCR; where both of them gave approximate results 7/232 (3.02%) versus 8/232 (3.45%) respectively.The frequency distribution was also analyzed in association with risk factors, as age revealing that the highest frequency distribution 4/8 (50%) of C. trachomatis was among the age group of 20 - 40 years, while 2/8 (25%) from both age group less than 20 years, and more than 40 years separately. While in association with the use of different types of contraceptives; 50% of chlamydial positive patients used oral contraceptive pills during their life. While those using intrauterine contraceptive devices representing 25%, and remaining cases represented 12.5% used barrier methods and 12.5% did not use any type.Later on, DNA was utilized to detect chlamydial possession of some virulence genes involve in pathogenicity, using specific primers for detection of major outer membrane protein, where omp1 appeared in 6/8 (75%) of cases. Also primers for type three secretion system genes copN, scc1, cds1 and incA that appeared as 6/8 (75%), 7/8 (87.5%), 5/8 (62.5%) and 7/8(87.5%) respectively.Moreover, chlamydial hsp60 and hsp70 were detected as 6/8 (75%) and 5/8 (62.5%) respectively. Then to identify nucleotide sequence homology between human and chlamydial heat shock proteins 60 and 70 genes, no homology was found.Finally, this study aimed to analyze genetic association between mpo - 463 G/A and IL - 12B +16974 A/C polymorphisms and PID by the use of PCR - RFLP technique.The results revealed at the site of mpo - 463 G/A SNP, there were three genotypes for this SNP among PID patients; GG, GA and AA with frequency of 72.5%, 2.5% and 25% respectively, compared with 82.5%, 12.5 and 5% respectively in control group; with no significance differences between patients and control for GG and GA, while AA had significant difference (p value 0.028); beside the risky association between this genotype and PID (OR=6.33, 95%CI). Frequency of allele G (dominant) was (73.75%) among PID group while (88.75%) in control with no significant difference. Also, this SNP was distributed among patients with chlamydia as 62.5% GG, 37.5% AA and 0% for the GA. While results of IL - 12B +16974 A/C SNP revealed that, AA was the highest in patients (90% versus 67.5%) compared with control, with significant difference between patients and controls (p value 0.03) and with risky association between AA genotype and PID (OR=4.33, 95%CI). While, CC and AC genotypes were (5% versus 20%) and (5% versus 12.5%) respectively with no significant differences.The allele A was higher (92.5% versus 73.75%) than allele C (7.5% versus 26.25%) among both patients compared with controls, with a significant difference between patients and controls (p value 0.001), and with risky association between A allele and PID (OR=4.04, 95%CI). Also, this SNP was distributed among patients with chlamydia as AA was commonest one 75%, both AC and CC were 12.5%.

Author name: شذى خزعل كاظم الوائلي

Supervisor name: هيام خالص المسعودي | علي حسين البياتي

General topic: Medicine

Specific topic: Microbiology

Degree: Master

University: University of Babylon - Faculty Of Medicine

Language: English

University location: Babylon

First pages:

Abstract: المرضى الذين يعانون من من داء السكري النوع الثاني هم مجموعة غير متجانسة من الاضطرابات التي تتميز بمقاومة الانسولين الواسعة للانسجة ويختلف على نطاق واسع. داء السكري من النوع الثاني هي حتى الان الاكثر شيوعا. تضمنت الدراسة (100) مريض مصاب بالسكري النوع الثاني مشخص من قبل اطباء متخصصين بالسكري و(50) شخص من الناس الاصحاء وفي الفئه العمرية (25 - 65) سنة الوافدين الى مستشفيات في بابل (القاسم ومرجان) خلال الفترة من كانون الثاني 2015 حتى حزيران 2015.واظهرت النتائج ان البكتريا السالبه لصبغة كرام من مجموع العزلات هي السائدة مقارنة مع البكتريا الموجبه لصبغة كرام تشكل 26٪ وشكلت العزلات البكتيرية E.coli الاكثر شيوعا كانت يتبعها Enterobacter spp., K.Pneumoniae, Proteus spp., والبكتريا الاقل شيوعا كانتS.aureus, S.epidermidis, Citrobacter, Micrococcus Kocuria kristinae وStreptococcus spp,في حين ان الطفيليات الاكثر شيوعا كانت E.histolyticaبنسبة 55% وGiardia lambliaبنسبة 45% . تم دراسة عوامل الضراوة للبكتريا الشائعه المعزولة من مرضى السكري من النوع الثاني في هذه الدراسة. وكانت عزلات K.pneumoniae وعزلات Enterobacter وبعض عزلات E.coli تعطي الكبسول بينما بكتيريا Proteus spp. المعزوله في هذه الدراسة لم تمتلك الكبسولة. تم الكشف عن عامل الاستعمار CF - I وIII في العزلات البكتيرية فكانت ايجابيه في البكتريا الاكثر شيوعا وكانت جميع عزلات بكتيريا المكورات العنقودية الذهبية قادرة على انتاج المخثرة التي يعتبر عامل الضراوه لامراضية هذه البكتيريا. وان كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية والاشريكية القولونية اظهرت تحللا كاملا (lyses كاملة) β - الانحلالي، في حين ان جميع عزلات المكورات العقدية نمط (lyses غير مكتملة) α - الانحلالي حيث اظهرت خط مخضر حول المستعمرات البكتيرية. وكانت جميع عزلات S.epidermidis وبعض العزلات من Proteus spp. (غير الحالة للدم) γ - الحالة للدم. في هذه الدراسة تم التحري عن sidrophore بين العزلات البكتيرية واظهرت النتائج ان جميع العزلات البكتيرية (E. coli K.Pneumoniae,)، ومعظمها من عزلات E. aerogenes و.Proteus spp كانوا قادرين على صنع sidrophore. وكانت بعض العزلات من. Proteus spp وEnterobacter ايجابية لتفاعل الجيلاتيناز، في حين ان جميع العزلات من Klebseilla واكثر عزلات E.coli سالبة لهذا العامل. واظهرت نتائج اختبار انتاج ال lipase في سالبة الجرام ان معظم العزلات ايجابية لاختبار lipase. وكشفت النتائج ان جميع العزلات كانت موجبه Biofilm وضع تشكيل (50٪)، في حين لا يوجد عزلات سالبه له. وفيما يتعلق بعوامل الضراوة الشائعة للبكتيريا المعزولة من عدم وجود مرض السكري وعوامل الضراوة فكانت نادرة. وكانت نتائج المتغيرات المناعية (C3، C4، Ig A، IL4، وIL6) للمرضى السكري في الدراسة, قد انخفضت مستويات C3، IgA، IL4، وIL6 للمرضى السكري ، في حين مستوى C4 قد ارتفع. من خلال نتائج هذه الدراسة، يمكن ان نستنتج؛ ان انواع البكتيريا التي عزلت من مرض السكري من النوع الثاني هي التالية E.coli تليها K. Pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp, Micrococcus, Citrobacter S.epidermidis, kocuria kristinae, S.aureus , and Streptococcus spp. والطفيليات هي الاميبا الحاله للنسيج ثم الجيارديا اللامبيليا | In this study include (100) diabetic type (II) patients as diagnosed by Diabetolegist and 50 healthy control with an age range of (25 - 65 years) who attended to the two hospitals in Babylon : (Al - Qasem and Marjan), during the period from January 2015 until June 2015. Shown that grams - negative bacteria constitutes 74% from the total isolates and were considered the predominant aetiological agent of DM compared to gram - positive bacteria which constitutes 26%. The most common bacterial isolates were E.coli followed by Klebsella Pneumoniae, Enterobacter spp, Proteus spp, and less common bacteria were Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Kocuria kristinae, Citrobacter, Micrococcus and Streptococcus spp, whereas the most common parasites were Entamoeba histolytica 55% and Giardia lamblia 45%.The virulence factors of common bacterial isolated from diabetes Mellitus type II in this study are studied. The capsule was present in all Klebsella pneumoniae isolates, Enterobacter isolates and some isolates of E.coli, whereas the other bacteria such as Proteus mirabilis isolates in this study does not possess the capsule. Colonization factor antigens were detected; The CF - I and III were detected in mostly bacterial isolates which showed positive results with these factors. All isolates of Staphylococcus aureus bacteria were able to produce coagulase which is considered as a virulence factor for pathogenicity of these bacteria. All isolates of Staphylococcus aureus and E. coli expressed β - hemolytic (complete lyses), while all isolates of Streptococcus were α - hemolytic pattern (incomplete lyses) showing a greenish line around the bacterial colonies. All isolates of Staphylococcus epidermidis and some isolates of Proteus spp. were γ - hemolytic (non hemolytic). In the present study the siderophore synthesis was investigated among bacterial isolates and the results showed that all bacterial isolates (E. coli and K. pneumonia), and mostly of isolates of Enterobacter spp. and Proteus spp. were able to synthesis siderophore. Some isolates of Proteus mirabilis and Enterobacter spp. were positive for gelatinase reaction, while all isolates of Klebseilla pneumoniae and mostely E.coli were negative for this factor. The results of lipase production test in G - ve showed that most isolates were positive to lipase production test. The results revealed that all isolates were biofilm former, high and moderate biofilm formation mode were account for (50%) while there is no isolates that express non - biofilm formation. Regarding the virulence factors of common bacterial isolated of non - diabetes Mellitus have rare virulence factors.The results of Immunological parameters (C3, C4, IgA, IL4, and IL6) for DM patients were studied. In this study the levels of C3, IgA, IL4, and IL6 for DM patients were decreased, whereas the level of C4 was increased. In light of the results documented in this study, we can conclude the following; the types of bacteria which isolated from diabetes mellitus type II from the most to least common are E.coli followed by K. Pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp., S.aureus, S.epidermidis, kocuria kristinae, Citrobacter, Micrococcus, and Streptococcus spp. And parasite : Entamoeba histolytica and Giardia lamblia isolated from diabetes mellitus type II. Most bacterial isolates in this study have the ability to possess more than one virulence factor such as capsule, siderophors, lipase production, hemolysin, extracellular protease, adherence factors, and biofilms to produce infection in diabetes mellitus type II patients. The virulence factors of common bacterial isolated in non - diabetes mellitus have rare virulence factor. The levels of Immunological parameters of C3, IgA, IL4, and IL6 for DM patients were decreased, whereas the level of C4 was increased.