Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 75 out of 3,213

تاثير مستخلصات نبات الكبابه على بكتيريا Escherichia coli و Staphylococcus saprophyticus المعزولة من التهابات المجاري البولية == Effect of Piper cubeba Extracts on Escherichia coli and Staphylococcus saprophyticus Isolated from Urinary Tract Infection

Author name: شهد عبد الرضا علي
Supervisor name: وجدان رضا تاج الدين | انوار كاظم الصفار
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:

دراسة مظهرية و تشخيصية جزيئية لبعض عوامل الضراوة لبكتريا الاشريشيا القولونية المهبلية - عنقي الرحم في مدينة الحلة، العراق == Phenotypic and Molecular Characterization of Some Virulence Factors in Cervico - Vaginal Escherichia coli in Hilla City, Iraq

Author name: مروة محمد عبد مظلوم الخاقاني
Supervisor name: مروج سعدي عباس علوش | حسين عليوي مطلب الدهموشي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:

تعدد اشكال جين الانترليوكين 1 بيتا وعامل نخر الورم الفا في المرضى المصابين بالتهاب ما حول السن المرتبط بالبكتريا اللاهوائية في محافظة بابل == Polymorphism of IL - 1? and TNF - ? in Patients with Chronic Periodontitis Associated with Anaerobic Bacteria in Babylon Province

Author name: احمد زهير جاسم الوائلي
Supervisor name: فريال جميل عبد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:

دراسة جزيئية وفيروسية و مناعية لمرضى ابيضاض الدم المزمن في محافظة بابل == Molecular, Viral and Immunological study on Chronic Leukemia patients in Babylon Province

Author name: اسراء حسين نور حسن
Supervisor name: علي حسين المرزوكي | زينب وهاب معروف
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:

فعالية العاثيات ضد العزلات المحلية للزوائف الزنجارية == Bacteriophage Activity Against Local Isolates of Pseudomonas aeruginosa

Author name: مروة فاضل عبد الكريم الصفار
Supervisor name: ايمان محمد جار الله
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:

دراسة وبائية وجزيئية لخمج المليساء المعدي للمرضى الحاضرين الى مستشفى مرجان التعليمي == Molecular and Epidemiological Study of Molluscum Contagiosum infection of patients attended to Marjan Education Hospital

Author name: نورا عبد الحسين خليل
Supervisor name: غانم عبود جابر المولى | محمد كاظم الحطاب
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:

التنقية الجزئية و توصيف البيبتيدات الفعالة حيويا المستخلصة من حليب الجاموس المتخمر == Partial Purification and Characterization of Bioactive Peptides Extracted from Fermented Buffalo Milk

Author name: مشتاق طالب حسين المحنة
Supervisor name: ايمان محمد جار الله | عبد الله كاظم هندي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:

التحري المناعي وتعدد الاشكال الجيني لبعض الحركيات الخلويه المرتبطه مع العدوى البكتيريه للجهاز البولي التناسلي للنساء المصابات بالعقم == Immunological profile and some cytokines gene polymorphism in infertile women associated with urogenital bacterial infection

Author name: افراح جواد عبد الزويد
Supervisor name: عبد النبي جويد عبيد المعموري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:

دراسة جز ئية ومناعية للفايروس الغدي لمرضى البيلة الدموية في محافظة بابل == Molecular and Immunological Study of Adenovirus in Patients of Hematuria in Babylon Governorate

Author name: نعيم رحمان ردام الجبوري
Supervisor name: ازهار عمران لطيف الذهب | غانم عبود جابر المولى
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:

تشخيص وتوصيف جزيئي للفايروس الغدي البشري من المرضى المصابين بالتهاب قرنية وملتحمة العين الوبائي في محافظة بابل == Isolation and Molecular Characterization of Human Adenovirus from Epidemic Keratoconjunctivitis Patients in Babylon Governorate

Author name: نيـران كاظم فرهـود الربيعي
Supervisor name: ازهار عمران الذهب | غانم عبود المولـى
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:

عدوى المسالك التناسلية الخارجيه بين النساء مرتبطة مع بعض الهرمونات في محافظة ذي قار العراث == External genital tract infections among women association with some hormones in Thi - Qar provice - Iraq

Author name: صفا عبد الوهاب وجيه اليعقوبي
Supervisor name: باسم عبد الحسين | مهند عبد الرزاق
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

دراسة مصلية وجزيئية لبكتريا اللولبيه البوابية في الاشخاص المصابين بمشاكل المعدة ومنها سرطان المعدة == Serological and Molecular Study of Helicobacter pylori in Gastric Problem Patients Including Gastric Cancer

Author name: بيداء مزهر كاظم
Supervisor name: منال بادي صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

عزل وتحديد بعض الصفات الجزيئية لبكتريا Streptococcus mutans من مرضى تسوس الاسنان والصفيحة السنية في محافظة ذي قار /العراق == Isolation and Detection of Some Molecular Characterization of Streptococcus mutans from Dental Caries and Dental Biofilm patients at Thi - Qar Province/Iraq

Author name: حمزة شاكر عبد الزهرة
Supervisor name: منال بادي صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

الكشف المظهري والجيني عن البكتريا السالبه لصبغة كرام المقاومه للمضادات الحياتيه المعزوله من النساء الحوامل المصابات بالتهابات المسالك البوليه في محافظة ذي قار == Phenotypic and Genotypic Detection of Antibiotics Resistant Gram Negative Bacteria Isolated from Urinary Tract Infection among Pregnancy Women in Thi - Qar Province

Author name: ناصر صالح لهواك
Supervisor name: يحيى عبد الرضا عباس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

الصفات الجزيئية وتكوين الاغشية الحيوية للمكورات العنقودية والزوائف الزنجارية المعزولة من الاصابات الجلدية == Molecular Profile and Biofilm Formation of Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa Isolated from Skin Infections

Author name: انتصار عامر هاشم
Supervisor name: قاسم حسن وداعه | احمد خصاف عطيه
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

عزل والتوصيف لجزيئي لبكتريا Vibrio. Fluvialis من الاطفال المصابين بالاسهال في محافظة ذي قار == Molecular Characterization of Vibrio. fluvialis from Diarrheal Children in Thi - Qar province

Author name: حوراء احمد محمد
Supervisor name: عزت حسين مزعل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

تحديد بعض العوامل البيولوجية لدى اطفال التوحد في محافظة ذي قار == Determination of some biological parameters of autistic children in Thi - Qar Province

Author name: فاتن نعيم عباس
Supervisor name: فاضل عباس منشد العبادي | عواطف حميد عيسى
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

دراسة الخصائص المظهرية والوراثية للستريه المستوحدة والمعزولة من منتجات الالبان وعينات سريريه في محافظة ذي قار == Phenotypic and Genotypic Characteristics of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Products and Clinical Samples at Thi - Qar province

Author name: رنا هادي محسن العطار
Supervisor name: راجي طعمه الزاملي | يحيى عبد الرضا عباس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

التوصيف الجزيئي لبكتريا الشيجيلا والسالمونيلا المعزولة من الاطفال المصابين بالاسهال في مدينة الناصرية == Molecular Characterization of Shigella spp. and Salmonella enterica Isolated from Diarrheal Children in Al - Nassiriyah City

Author name: سراج صادق حسين
Supervisor name: عزت حسين مزعل | محمد هاشم الياسري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

دراسة العلاقة المحتملة بين الاصابة ببكتريا المعوية اللولبية ومرض القلب الاقفاري == Study of the Prospective Relation Between Helicobacter pylori Infection and Ischemic Heart Disease

Author name: صفاء صادق عمران
Supervisor name: منال بادي صالح | عواطف حمید عیس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

التنوع الجيني للاشريشيا القولونية المسببة لخمج البولي والطبيعة المعزولة من مرضى كبت المناعة == Molecular Typing of Uropathogenic and Normal Flora Escherichia coli Isolated from Immunosuppression Patients

Author name: احمد رمثان حسين
Supervisor name: منال بادي صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

الكشف الجزيئي لبعض عوامل الضراوة من بكتريا المكورات المسبحية القيحية و المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من المرضى المصابين ب?لتهاب البلعوم واللوزتين في محافظة ذي قار/ العراق == Molecular detection of some virulence factors of Streptococcus pyogenes and Staphylococcus aureus isolated from Pharyngitis and Tonsillitis patients in Thi - Qar province/Iraq

Author name: بيداء رسول داخل
Supervisor name: سعد سلمان هميم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

العزل و الكشف الجزيئي لبعض جينات الضراوة والبلازميدات لبكتريا السالمونيلا من الاطفال المصابين بالاسهال في محافظة ذي قار /العراق == Isolation and Molecular Detection of Some Virulence Genes and Plasmids of Salmonella enterica from Diarrheal Children in Thi - Qar Province/Iraq

Author name: زمن كريم حنان
Supervisor name: منال بادي صالح | عزت حسين مزعل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:

التنميط المصلي والكشف الجزيئي لبعض جينات المقاومة لجرثومة الاشريشيا القولونية Escherichia coli المعزولة من الاطفال المصابين باخماج المجاري البولية في مدينة الناصرية == Serotyping and molecular detection of some resistance genes of Escherichia coli isolated from urinary tract infected children in Nasiriyah City

Author name: وداد سمير جعاز الازيرجاوي
Supervisor name: سعد سلمان هميم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Dhi Qar
First pages:

دراسة مقارنة بين الطرق التقليدية والجزيئية لتشخيص اللشمانيا الجلدية في محافظة المثنى == Study Of Comparison Between Traditional Methods And Molecular Diagnosis Of Cutaneous Leishmaniasis In Al - Muthanna Province

Author name: جميلة عبيد مزهر
Supervisor name: غادة باسل علي | ياسر دخيل كريمش الاسدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

دراسة مناعية لحالات الاسقاط الجرثومي لدى النساء التي تعاني من داء القطط في محافظة المثنى == Study of Some Immunological Aspects in Women with Infectious Miscarriage due to Toxoplasmosis in Al - Muthanna Governorate

Author name: اسماء ثامر علي
Supervisor name: وئام سعد الحمداني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

دراسة مقارنة لبعض التقنيات المستخدمة في تشخيص Mycobacterium tuberculosis في محافظة المثنى == COMPARATIVE STUDY FOR SOME TECHNIQUES USED FOR DETECTION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN AL - MUTHANNA PROVINCE

Author name: نهاية عواد عريان الظالمي
Supervisor name: حيدر حميد متعب
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

دراسة تشخيصية لانتشار طفيلي Cryptosporidium parvum في الاطفال المصابين بالاسهال في محافظة المثنى - العراق == Diagnostic study for distribution of Cryptosporidium parvum in diarrhoeic children in Al - Muthanna Province - Iraq

Author name: نوران رعد جمعة البركات
Supervisor name: محمد عوده ملاح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

دراسة الانماط الجينية لطفيلي الجيارديا لامبليا في الانسان. == Genotyping Study For Giardia lamblia Parasite in Human

Author name: نبا منذر تركي
Supervisor name: محمد عوده ملاح | ياسر دخيل كريمش الاسدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

تحديد حركيات الالتصاق والغزو وتكوين الفلم الحيوي للبكتريا المعزولة من مرضى اصابات الحروق في مدينة السماوة == Determination of Adhesion, Invasion and Biofilm Formation Kinetics of Bacteria Isolated from Patients with Burn infections in Al - Samawah City

Author name: حسين ثائر عبد العباس
Supervisor name: زياد متعب الخزاعي | جيهان فاضل اشرف
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

تاثير المستخلص المائي لقشور ثمار بعض النباتات على الاحياء المجهرية المسببة لحالات الاسهال خارج الجسم الحي في قضائي السماوة والرميثة == The effect of aqueous extract of some fruit peels on microorganisms that cause diarrhea in vitro in Samawa and Rumaitha court

Author name: فاطمة عبد الكاظم مايع الظالمي
Supervisor name: ياسر دخيل كريمش الاسدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

تاثير الاشعة السينية على بعض المعايير المناعية في العاملين في الاشعة التشخيصية في محافظة المثنى == THE EFFECT OF X - RAY ON SOME IMMUNOLOGICAL PARAMETERS AMONG RADIOLOGY TECHNICIANS IN AL - MUTHANNA PROVINCE

Author name: مروة حسين محل
Supervisor name: وئام سعد الحمداني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

الكشف المناعي والجزيئي للمرضى المصابين بالبروسيلا في محافظة المثنى == Immunological and Molecular Detection of Human Brucellosis Patients in Muthanna province

Author name: احمد شايع كريم الجياشي
Supervisor name: طارق جعفر فعل الجنديل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Muthanna
First pages:

التوصيف الوراثي لبعض عوامل ضراوة بكتريا E.coli المعزولة من اخماج المسالك البولية == Genotypic Characterization of someVirulence factors inE.coli isolated from UTI

Author name: عميدة علي عطية العبيدي
Supervisor name: وعد محمود رؤوف | كركز محمدثلج
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Salahaddin
First pages:

دراسة جزئية لبعض جينات الضراوه لبكتريا Proteus mirabilis المعزولة من مرضى التهاب المجاري البولية البسيط و المعقد == Molecular Study of some Virulence Genes of Proteus mirabilis Isolated from Patients with Simple Versus Complicated Urinary Tract Infection

Author name: ايناس طه عبد الله البكتاش
Supervisor name: لميس عبد الرزاق عبد اللطيف | عماد حسن
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:

المستوى المصلي وتعدد الشكل الوراثي لل IL - 10 ، IL - 2 ، IFN - في عينة للاطفال العراقيين المخمجين بالليشمانيا الاحشائية == Serum level and gene polymorphism of IFN - ?, IL - 2, IL - 10 and IL - 12 in a sample of Iraqi children with Visceral Leishmaniasis

Author name: زهراء عبد الرحیم احمد عبد لله
Supervisor name: اخلاص مشرف عیدان | علي حسین ادحیة
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Visceral leishmaniasis (VL) is a severe chronic systemic zoonotic disease caused by the protozoan Leishmania donovani or L. infantum, in which cytokines play an important role in its pathogenesis. These cytokines are under genetic controls, and their gene polymorphisms have been suggested to exert a functional role in regulating cytokine gene expression. Therefore, the present study determined IFN - γ, IL - 2, IL - 10 and IL - 12 serum levels and gene polymorphisms of 11 cytokine and cytokine receptor genes (IL1A, IL1B, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL10, IL12B, TNF, IFNG and TGFB1) in VL patients by ELISA assay and sequence specific primer - PCR method. Gene polymorphism impact on IFN - γ, IL - 2, IL - 10 and IL - 12 serum levels was also evaluated.Forty - four Iraqi Arabs VL patients (age range : 4 months to 12 years) were enrolled in the study. They were referred to hospitals in two Iraqi governorates (Baghdad and Wasit) during the period March 2013 - February 2014. A control sample of 40 apparently healthy individuals was also included and matched patients for age and ethnicity.Most of the ascertained VL cases were in winter and spring with frequencies of 43.2 and 50.3%, respectively. The results also revealed that the age group 1 - 3 years accounted for more than 50% of cases (54.5%) and the infection was more prevalent in male (65.9%) than females (34.1%).A significant increased serum level of IL - 2 (14.72 ± 1.14 vs.4.43 ± 0.49 pg/ml), IL - 10 (40.02 ± 1.26 vs.18.60 ± 1.82 pg/ml), IFN - γ (29.06 ± 1.05 vs. 12.83 ± 1.38 pg/ml) was recorded in VL patients compared to controls. While, IL - 12 serum level showed a non - significant increased level in patients (5.33 ± 3.26 vs.2.17 ± 0.36 pg/ml). Cytokine gene polymorphism analysis revealed that neither genotypes nor alleles of IL1B - 511, IL4R+1902, IL12B - 1188, IFNG+874, TGFB1+896, TNF - 308, IL2 - 330, IL2+166, IL4 - 590, IL4 - 33, IL6nt565/ - 597, IL6 - 174, IL10 - 1082, IL10 - 819 and IL10 - 592 genes showed a significant variation between VL patients and controls. In contrast, a positive association between IL - 1β+3962 CC genotype an C allele and IL4 - 1098 G allele and VL was observed (susceptible genotypes and alleles), while a negative association (protective genotypes and alleles) was recorded for IL1A - 889 TT genotype, IL1B+3962 T allele and IL4 - 1098 TT genotype and T allele. To determine the impact of cytokine genotypes on cytokines serum level, VL patients and controls were distributed according to their serum level in the three genotypes of each cytokine. It was found that TG genotype of IL2 - 330 was observed with the highest IL - 2 level (16.56 ± 1.69 pg/ml) compared to other genotypes. The GT genotype of IL2+166 also showed the highest level of IL - 2 (17.47 ± 2.34 pg/ml) compared to GG (13.53 ± 1.38pg/ml) or TT (15.77 ± 3.88 pg/ml) genotypes in patients. The IL10 - 1082 GG genotype showed the highest level of IL - 10 in patients (45.73 ±3.15 pg/ml) compared to AA (38.02 ± 1.48 pg/ml) genotype. For IL10 - 819 genotypes, they recorded approximated means in patients and no significant difference between them was observed. At the third position of IL10 gene (IL10 - 592), neither patients nor controls demonstrated a significant difference between the means of IL - 10 in their genotypes. At IL12 - 1188, CC genotype showed a significant increase level of IL - 12 (26.16 ±19.76 pg/ml) compared to CA and AA genotype(1.35 ± 0.35 pg/ml and 1.48 ± 0.23 pg/ml respectively) in patients. Finally, neither VL patients nor controls demonstrated a significant difference between the means of IFN - γ in the genotypes of IFNG+874. In conclusion, the role of cytokines in pathogenesis of VL wasascertained, but such role can be better understood in the ground of cytokine gene polymorphisms, which may also have susceptibility or protective effects.

دراسة مقارنة لفعالية لقاح التيفوئيد من عترة محلية وقياسية مع اللقاح التجاري == Comparative Study of the Typhoid Vaccine Effectiveness from Local and Standard Strain With Commercial Vaccine

Author name: وفاء بيد الله حميدي الركابي
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: حمى التيفوئيد, تسسبب بواسطة بكتريا السالمونيلا تايفي (S. Typhi) Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhi, وينتقل معويا في الانسان حصرا بمدى من التهاب معوي متوسط الى امراض جهازية شديدة وينتشر عن طريق البراز - الفم من خلال تلوث الماء والطعام. هدفت الدراسة الحالية الى تحضير ثلاثة انواع من اللقاحات ضد حمى التيفوئيد من عترة محلية لبكتريا S. Typhi تضمنت لقاح متعدد السكريد Polysaccharide ومتعدد السكريد الشحمي Lipopolysaccharide وخلية كاملة مقتولة Whole cell killed. اجريت هذه الدراسة للفترة من شهر نيسان 2014 وحتى شهر حزيران 2015, تم الحصول على العترة المحلية S. Typhi من المركز الوطني للبحوث والرقابة الدوائية / وزارة الصحة العراقية. شخصت S. Typhi (العترة المحلية) بطرق التشخيص التقليدية كالفحص المجهري والفحوصات البايوكيميائية ونظام التشخيص APi20 وVitek - 2 والفحوصات المصلية, اكدت جميعها هوية البكتريا التي تنتمي الى Salmonella Typhi. تم الحصول على جودة جيدة وفعالية في اللقاحات المحضرة محليا من الناحية البيولوجية والكيميائية والفيزيائية والمناعية مقارنة مع اللقاح التجاري المستورد ، على الرغم من ان لقاحي WCK وLPS رفعا درجة حرارة الجسم في مجموعتي خنازير غينيا الملقحة بهما مقارنة مع المجموعتين المحصنة بلقاحي PSالمحلي والتجاري . ان نتيجة الاختبار الكيميائي (لمتبقيات الفينول والفورمالين) باستخدام تقنيتي Hight - Performance Liquid Chromatography (HPLC) و(Gas Chromatography (GC، قيمة الاس الهيدروجيني PH ومحتوى البروتين امن بالمقارنة مع بروتوكول منظمة الصحة العالمية للقاح التيفوئيد. ايضا في الفحوصات الفيزيائية كان حجم جزيئات لقاح PS المحلي اقل من المستورد، ان صغر حجم جزيئات اللقاح دعم الاستجابة المناعية. في الاختبار المناعي بواسطة تقنية Enzyme Linked Immunsorbent Assay ((ELISA, اظهرت جميع اللقاحات اختلافات معنوية (P<0.05) في مصل خنازير غينيا المعاملة بين الجرعتين الاولى والمعززة مقارنة مع مجموعة السيطرة. كان لقاحي PS التجاري والمحلي ذا اهمية معنوية في التفاعلات المناعية reactogenicity اقل من لقاحي LPS وWCK ، ولكن كل منهم اظهر حماية (70 ، 80 ، 80 و90) ٪ على التوالي ضد جرثومة S. Typhi الضارية. اللقاحات المحلية قد تكون قادرة على تعزيز مناعة التكيفية adaptive immunity من خلال تسجيلها اختلاف معنوي (P<0.05) في حساب مجموع الكريات البيض بين الجرعتين الاولى والمعززة مقارنة مع مجموعتي اللقاح التجاري والسيطرة. واوصت الدراسة تطوير انتاج عراقي للقاح تيفوئيد PS من هذه العترة الضارية. | Typhoid fever, which is caused by Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhi (S. Typhi) is an exclusively human enterically transmitted, range from mild gastroenteritis to severe systemic disease and spread by the fecal - oral route via contaminated food and water. In current study aimed to production three types of vaccines against typhoid fever from local strain S. Typhi, include polysaccharides (PS), Lipopolysaccharide (LPS) and Whole Cell Killed (WCK) vaccine. This study was carried out during the period from April 2014 until June 2015. The local strain of S. Typhi was obtained from The National Center of Drugs Control and Research (NCDCR) / Iraqi Ministry of Health. Identification of S. Typhi (local strain) by traditional methods of diagnosis as microscopic examination and biochemical tests as Api20 system diagnosis, Vitek - 2 and serological test .All confirmed the identity of the bacteria belonging to S. Typhi. Good quality and efficacy was obtained in the locally produced vaccines from the biological, chemical, physical and Immunological compared with the imported commercial vaccine, although WCK and LPS elevated body temperature in a vaccinated guinea pigs groups with them compared with local PS and Commercial Vaccinated groups. That a result of chemical test (phenol and formalin residuals) by High - Performance Liquid Chromatography (HPLC) and Gas Chromatography (GC), PH value and protein content were safety side comparative with WHO protocol typhoid vaccine. Also in physical test, the particles size of local PS vaccine was less than Com. V., the smaller of particles size of vaccine supports the immune response. In Immunological test by Enzyme Linked Immunsorbent Assay ELISA was showed that the titration of all vaccines and have significantly differences (P<0.05) in the sera of treated guinea pigs between first and booster dose compared with control,. The Commercial and local Vi PS. vaccines were significantly less reactogenicity than LPS and WCK vaccines, but all of them provided (70, 80, 80 and 90) % protection respectively against virulent S. Typhi organism. The prepared vaccines may be able to enhance the adaptive immunity through its recorded significant different (P<0.05) in the total leukocytes count between first and booster dose compared with the Commercial Vaccine and control groups. The study recommends to developing production of Iraqi Vi Polysaccharide. Typhoid vaccine from this local virulent strain of S. Typhi.

التوزيع الزماني للفطريات الجلدية المسببة لداء السعفة وبعض طرائق السيطرة عليها == Temporal Distribution of Dermatophytic Fungi the Causative of Tinea Diseases and Some Control Methods

Author name: هيفاء سعدون عبد الوهاب الغراوي
Supervisor name: حمزية علي عجة الدليمي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:

تنقية وتوصيف انزيم Protease المنتج من بكتريا Burkholderia cepacia المعزولة محليا == Purification and Characterization of Protease Enzyme from Burkholderia cepacia Local Isolated

Author name: وســـد لطيف علوان
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | سامرة يونس يوسف
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (165) عينه سريرية من مرضى مراجعين لمستشفيات في بغداد ، و(60) عينه بيئية من التربة والماء . شخص منها (3) عزلات فقط تابعة لبكتريا Burkholderia cepacia من العينات السريرية ، في حين لم تعزل البكتريا من العينات البيئية .استخدم للعزل اوساط زرعية مثل وســـــط اكار ماكونكي ، ووســـــــط اساس اكسدة تخمر المدعم بالبولي مكسين والباستراسين واللاكتـــوز فضلا عـــن الفحوصات المورفولوجية والكيموحيوية ، كما استخدمت العدد التشخيصية API 20E وAPI 20NE . اختبرت قابلية عزلات بكتريا B.cepacia لمقاومة المضادات الحيوية ، واظهرت العزلات الثلاثة مقاومة مشتركة متعددة لاغلب المضادات الحيوية المستخدمة قيد الدراسة ، سيما مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية والتتراسايكلينات والكونيولينات والبيتالاكتام ، الا انها حساسة لمضاد الببراسلين . اظهرت نتائج التحري عن بعض عوامل الضراوة ، امتلاك جميع العزلات القدرة على انتاج انزيمات الجلاتينيز والبروتييز واللايبيز والبيتالاكتاميز وعوامل السايدروفور، فيما افتقرت لقابلية تحلل الدم ، والبعض منها لانزيم اليورييز. اختبرت قابلية العزلات على انتاج انزيم البروتييز باستخدام وسط الاكار المغذي الحاوي على حليب الفرز (3%)، وتميزت العزلات الثلاث بقدرتها على انتاج الانزيم ، مع وجود اختلاف في الكفاءة ، مما ساهم في انتخاب العزلة المحلية SP1 B.cepacia المعزولة من عينة قشع بكونها الاغزر انتاجا للانزيم . حددت الظروف المثلى لانتاج الانزيم ، اذ كان وسط مرق نقيع القلب والدماغ، ذي الاس الهيدروجيني (7) ، والملقح بـ (106 ) خليه / مل مع الحضن لمدة (24) ساعة في (32) oم هي افضل الظروف لانتاج اكبر كمية من الانزيم . استخلص الانزيم بوساطة النبذ المبرد للمزروع البكتيري ، وتمت تنقيته باستخدام الترسيب بكبريتات الامونيوم بنسبة اشباع (60%) ، ثم استخدم كروموتوغرافيا التبادل الايوني باستخدام المبادل الايوني DEAE - Cellubose ، تلاها كروموتوغرافيا الترشيح الهلامي بهلام Sephadex G - 200 .اذ تم الحصول على انزيم منقى بفعالية نوعية بلغت (341.962 )وحدة/ ملغم وبعدد مرات تنقية (15.02 ) بحصيلة انزيمية (14.65 %)، وقد اظهر الانزيم حزمة بروتينية واحدة عند اجراء الرحلان الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد تحت ظروف غير ماسخه . قدر الوزن الجزيئي باستخدام الرحلان الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد بوجود كبريتات دوديسيل الصوديوم وقد بلغ (300 .36)دالتن ، وكان الاس الهيدروجيني الامثل لفعالية الانزيم هو (6.5 ) ، في حين تراوح الاس الهيدروجيني الامثل لثبات الانزيم بين (6 - 8) ، وبلغت درجة الحرارة المثلى لفعالية الانزيم (45)م ، واحتفظ الانزيم بكامل فعاليته عند حضنه مدة (30) دقيقة في درجات حرارة (20 - 50 )م ، وفقد بحدود (83)% منها عند حضنه في (70) o م . اختبرت فعالية انزيم البروتييز المنقى بوجود بعض المواد الكيمياوية ، وتبين ان فعالية الانزيم تثبط كليا بوجود EDTA وSDS ،كما ان الانزيم تاثر قليلا بوجود المواد المختزلــــة مثل 2 - mercaptoethanol وCystein ، ولم يتاثر عند معاملته بمادة Phenyl Methyl Sulfonyl Fluride (PMSF)، وان فعالية الانزيم زادت بوجود ايونات الزنك والمغنسيوم ، وقلت هذه الفعالية بوجود ايونات الزئبق والنحاس مما يشير الى ان الانزيم من نوع البروتيزات المعدنية Metalloprotease . درست التغيرات النسجية لرئات ارانب حقنت عن طريق القصبة الهوائية بالانزيم ذو التركيز ( 0.1( ملغم/ مل و)0.2 ) ملغم / مل ، فكان له تاثير واضحا سيما التركيز الثاني، اذ لوحظ وجود خلايا التهابيه واحتقان دموي مع ضرر كبير للنسيج الرئوي . | Clinical samples (165 ) were collected from patients in some Baghdad hospitals , besid sixty ecological samples have been taken from soil and water. The results revealed that only three isolates from clinical samples were diagnosed as Burkholderia cepacia , while the isolation from ecological samples was not achieved . The isolation was done by using selective media ,morphological, biochemical tests and using diagnosis kits like API 20E and API 20NE. Antibiotic sensitivity test were carried out for B.cepacia .The results showed that the 3 isolates were multidrug resistant towards aminoglycosides ,Tetracyclines , Quinolones and β - lactams , but they were sensitive to pipracillin. The results for screening the virulence factors were showed that all the isolates have the ability to produce many enzymes such us gelatinase ,protease,lipase , β - lactamase and sidrophores but not haemolysin, and one isolate was urease producer. Isolates were tested for protease production using nutrient agar with 3% skim milk .The three isolates were protease producers in different efficiency and the local isolate B.cepacia SP1 (isolated from sputum )showed the highest ability of enzyme production. Optimum conditions revealed that brain heart infusion broth with initial pH(7),inoculum size(106 ) cfu/ml for (24) hours at (32)o C, were the best conditions for greatest amount production of enzyme. The enzyme was extracted by cooling centrifugation and was purified by ammonium sulfate precipitation (60% saturation) followed by ion exchange chromatography on DEAE - Cellulose ,then by gel filtration an Sephadex G - 200 .The purified enzyme had specific activity of (341.962)U/mg with (15.02)purification folds ,( 14.65% ) enzymatic yield and only a single band was observed by polyacrylamide gel electrophoresis under non denat - urating conditions. The molecular weight of the purified enzyme was estimated by using sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis. It was (36.300) Dalton .The optimal pH for enzyme activity was (6.5),while the optimal pH for enzyme stability was(6 - 8).The optimum temperature for enzyme activity was(45)0 C ,The enzyme was stable for (30)min. at (20 - 50)o C, and lost (83)% of it's activity at (70)oC. The purified protease activity was examined in the presence of some chemical substances .The enzyme activity was completely inhibited in the presence of EDTA and SDS, while it was little effected by 2 - mercaptoethanol and cysteine,on the other hand PMSF had no effect on enzyme activity .The enzyme activity was increased in the presence of zinc and magnesium ions ,but decreased in presence of mercury and copper ions. So the enzyme was from metallo protease type. The pathological changes, that studied for rabbits' lungs after intratracheal inoculation of purified protease, showed inflammantory cells in alveolar walls and extensive damage .

دراسة بعض المؤشرات الفسلجية والمايكروبية المرافقة للعقم الذكري في مدينة اربيل == The Study of Some Physiological and Microbial Parameters Associated With Male Infertility in Erbil City

Author name: هونر عثمان اسماعيل
Supervisor name: عدنان صالح الجنابي | رعد خليل الحسيني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى تشخيص بعض العوامل المرضية الخفية ذو علاقة بالعقم الذكري من رجال عقيمين يراجعون مركز علاج العقم ومركز اوات لرعاية مرضى العقم في مدينة اربيل. انجز العمل في المدة من شهر حزيران 2005 الى شهر حزيران 2008.اختير (250) رجلا عقيما من دون اعراض سريرية بصورة عشوائية لغرض تقييم بعض التغيرات المايكروبايولوجية والمناعية والهرمونية والكيموحيوية في السائل المنوي. تضمنت مجموعة السيطرة 50 رجلا خصيبا ممن لديهم طفل واحد او اكثر اوممن كانت زوجاتهم في حالة الحمل اثناء مدة الدراسة. كان معدل اعمار مجموعة العقيمين (±6.1 33.8) (معدل ± الانحراف القياسي)سنة، بينما سجلت (6.25 ±33.31) سنة لمجموعة الخصيبين وكان معدل فترة العقم (0.04 ± 48.5) سنة. وكانت كلتا المجموعتين من دون اعراض التهاب المجاري البولية - التناسلية، وقد اخذت منهم عينات من السائل المنوي وبلازما السائل المنوي ومصل الدم لغرض عمل الفحوصات عليها.فحصت عينتان للسائل المنوي ومن ثم تم الحصول على معلومات تفصيلية تخص التاريخ المرضي وحالة الجهاز التناسلي لجميع حالات الدراسة، وصنف مرضى العقم على ثمانية مجموعات استنادا للتغيرات الحاصلة في السائل المنوي. وقد اظهرت النتائج ان نسب الاصابة كانت عالية في 51 حالة لمرضى العقم غير المفسر Idiopathic بنسبة (20.4%), وتليها 44 حالة للمرضى ممن يعانون من وهن وتشوهات النطف Asthenoterato - zoospermia بنسبة (17.6%)، بينما سجلت 18حالة لانعدام النطف Azoospermia بنسبة (7.2%) كحد ادنى للاصابة. وعند تقييم الصفات الفيزيائية للسائل المنوي ظهرت اختلافات معنوية بمستوىP<0.0001) وp<0.001) بين مجموعة العقيمين مقارنة بالخصيبين.اظهرت نتائج الدراسة فروقات احصائية معنوية لمختلف العوامل النوعية للسائل المنوي (التركيز, الحركة, الاشكال السوية، نسبة التكتل للنطف، ونسبة كريات الدم البيضاء) بين مجاميع العقيمين انفسهم مقارنة معها للخصيبين. وظهرت معدلات العوامل الوظيفية للنطف (الحيوية, الغشاء الازموزي، ومستويات تركيز الفركتوز) ذات فروقات معنوية عند العقيمين مقارنة بالخصيبين ايضا, باستثناء حالات انعدام النطف اذ سجلت مستويات نسب تركيز عالية لسكر الفركتوز.تبين من نتائج زرع المني هوائيا ولاهوائيا ان 77 عينة موجبة بنسبة (30.8%) كانت للمرضى الذكور العقيمين مقارنة بــ 7(14% ) للخصيبين وبفرق معنوي (P<0.01). من بين اكثر العزلات البكتيرية الهوائية واللاهوائية الاختيارية عزلت 15 عزلة من Enterobacter sp. بنسبة (6%) ووجدت Esherichia coli في 11 (4.4%) من المرضى العقيمينProteus, vulgaris 7عزلة (2.8%) وProteus mirabilis 4عزلة (1.6%) وStaphylococcus aureus 8 عزلة (3.2%) وPseudomonas aeruoginosa 6 عزلة (2.4%) وKlebsiella pneumoniae 2عزلة (0.8%) وHaemolytic streptococci 9عزلة (3.6%) وEnterococcus faecalis 10عزلة (3.7%) وStaphylococcus albus عزلة واحدة (4%) وNeisseria gonorroheae 2عزلة (0.8%). اما بالنسبة للعزلات اللاهوائية عزلت 5عزلات من Peptostreptococcus sp. بنسبة (2%) و.Bacteroides sp 3عزلة (%1.2). سجلت الدراسة الحالية ايضا فروقات معنوية عالية (p<0.001 and P<0.0001) لمعظم العوامل النوعية للمني بين مرضى عقيمين مصابين باصابات بكتيرية والمقترنة بازدياد نسبة كريات الدم البيضاء والنسبة المئوية لتكتل النطف.اظهرت نتائج الدراسة وجود علاقة معنوية موجبة وسالبة بين العوامل النوعية للنطف مقترنة بوجود اضداد النطف(ASAs), وانواع الاوكسجين المفتعل (ROS) واضداد من الصنف IgG وIgA لجرثومة كلاميديا واضداد CMV من صنف IgG. فيما يتعلق وجود اضداد النطف وانواع الاوكسجين المفتعل, اظهرت النتائج زيادة معنوية عند المستوى (P<0.001) في نسب هذه العوامل بمرضى العقم المصابين مقارنة بغير المصابين.تبين ان عيارية عالية للاجسام المضادة لجرثومة الكلاميديا Chlamydia trachomatis من صنفIgG وIgA وبنسب(15.55%)و(9%) في مجموعة العقيمين مقارنة بنسب (6.6%)و(4.5%) في مجموعة الخصيبين وعلى التواليز سجلت عيارية مصلية موجبة للاجسام المضادة لفيروس CMV من صنف IgG في مصول 8 عقيمين وبنسبة ( 17.8% )، وسجلت نسبة 3(.5%4) نتيجة موجبة للخصيبين وبوجود فرق معنوي (P<0. 01)، بينما اعطت 2حالة بنسبة (4.8%) نتيجة موجبة لفحص تلازن الدم لجرثومة Treponema pallidum (TPHA) المطبق لكشف الاجسام المضادة لهذه البكتريا في مرضى العقيمين.كشفت هذة الدراسة ان اصابة المني بالميكروبات كانت نتيجة لاصابة الجهاز البولي - التناسلي في الذكور العقيمين والتي غالبا ما يصاحبها انخفاض في خصائص المني مع ازدياد نسب كريات الدم البيضاء لديهم مقارنة بالخصيبين بوجود فروقات معنوية. وجدت النتائج فحص حساسية المضادات الحيوية بان من بين اكثر المضادات الحيوية تاثيرا على البكتيريا المعزولة من السائل المنوى كانت ريفامبسين(RA) وسيبروفلوكاسيلين(Cft )وحمض ناليدكسيك (NA) وتترسايكلين (Ts) على التوالي ، بينما لوحظت بان المضادات الحيوية امبيسيلين (AMP) وبنيسيلين (P) كانت غير فعالة على غالبية العزلات البكتيرية. تم تنشيط النطف خارج الجسم الحي اذ وجدت فروقات معنوية في معظم العوامل النوعية للمني قبل التنشيط بالمقارنة معها بعد التنشيط ، واثمرت نتائج التنشيط والتلقيح داخل الرحم في حالتين للحمل الناجح بعون الله. ظهرت بان الاصابات البكتيرية والفيروسية مقترنة بوجود ( اضداد النطف, انواع الاوكسجين المفتعل, ازدياد كريات الدم البيضاء والحيوية الواطئة للغشاء الازموزى للنطف)و التغيرات الاخرى الحاصلة في العوامل الكيموحيوية لها تاثير ذواهمية في خصوبة الرجال. | The present study aimed to diagnose some important underlying etiological factors related to male infertility in infertile men who attended to infertility treatment centre and Awat center for infertility care in Erbil city. This work was carried out during a period from July, 2005 to July, 2008. A total of two hundred and fifty asymptomatic infertile men were randomly selected to evaluate some microbiological, immunological, hormonal and biochemical changes in their seminal fluid. The control group included 50 fertile men who have one or more children or their partners were pregnant during the investigation. The mean age of infertile was (33.86.1) (MeanStandard Error) years while the mean age of fertile group was (33.316.25).The mean duration of infertility was (8.540.04) years, the two groups were without signs and symptoms of urogenital tract infections, the semen, seminal plasma and blood serum were collected from both groups for the purpose of investigations. Average two semen analyses, a detail questionnaire on reproductive and medical history were obtained from each subjects of the study. The infertile men were classified into (8) groups based on the evaluation of seminal fluid changes, and the results showed a high percentages incidence of Idiopathic 51(20.4%) followed by Astheno - terato - zoospermia 44(17.6%) whereas Azoospermia 18(7.2%) is reported as a minimum incidence. The evaluation of physical semen characteristics (appereance, viscosity and volume) have shown highly significant differences (p<0.001 and P<0.0001) in the infertile groups compared to fertile men.The current data also showed statistical differences in percentage mean values of the various semen quality parameters (sperm concentration, motility, grade activity, sperm morphology, agglutination and leukocytes) firstly among groups of infertile men and secondly compared with the control group. Sperm function parameters (viability, Hypo - Osmotic Swelling Test (HOST) and fructose concentration) showed significant differences in mean values in infertile groups compared with controls, except in Azoospermia the concentration of fructose has recorded high percentage levels. Aerobic and anaerobic culture results of bacteria have clarified 77(30.8%) positive semen isolates among the infertile men compared with 7(14%) isolates for the fertile with significant differences between the two groups. The most frequently aerobic and facultative isolates are Enterobacter sp. 15(6%), Escherichia coli which is found in 11(4.4%) infertile men, other bacterial isolates with their percentages are Haemolytic Streptococci 9(3.6%), Staphylococcus aureus 8(3.2%), Proteus vulgaris 7(2.8%), Pseudomonas aeruginosa 6(2.4%), Proteus mirabilis 4(1.6%), Enterococcus faecalis 4(1.6%), Klebsiella pneumoniae 2(0.8%), Neisseria gonorrhoeae 2(0.8%) and Staphylococcus albus 1(0.4%) respectively. For anaerobic isolates Peptostreptococcus sp. 5(2%) and Bacteriodes sp., 3 (1.2%) were isolated.The current study reported highly significant differences (P<0.001 and P<0.0001)in most of semen quality parameters between non - infected and infected infertile men who have positive bacterial cultures and accompanied with leukocytospermia and high percentages of sperm agglutination. Data have also appeared negative and positive significant correlations between different semen quality parameters and the presence of Antisperm Antibodies (ASAs), Reactive Oxygen Species (ROS), Chlamydia class IgA and Cytomegalovirus class IgG antibodies. Regarding the presence of ASAs and ROS, data demonstrated significant increases (P<0.001) in percentages of these parameters in infected infertile men compared with non - infected groups. The positive optical densities for Chlamydia trachomatis class IgG and IgA antibodies have reported 15.55% and 9% in infertile groups compared with 6.6% and 4.5% for fertile controls respectively. Sero - positive results for Cyatomegalovirus (CMV) class IgG antibodies showed 8(17.8%) high positive titers for infertile men whereas, 3(6.66%) high positive titers are reported among fertile men with significant differences (P<0.01) between the two groups. Treponema Pallidum Haemagglutination (TPHA) test have appeared only two positive titers (4.5%) in order to detect antibodies for Treponemea pallidum in infertile patients. The results(of the study) revealed that the microbial infections of the seminal fluid is regarded as a result of urogenital tract infections are mostly associated with reduced semen parameters and leukocytospermia in infertile compared with fertile men, with significant differences (p<0.01). The results of the in vitro antibiotic sensitivity test showed that the most effective antibiotics on seminal bacterial isolates were Rifampicin (RA), Ciprofloxacillin (Cft), NalidixicAcid (NA) and Tetracycline (Ts) respectively ;whereas, the Ampicillin (AMP) and Penicillin (P) noted to be highly ineffective on most bacterial isolates. The in vitro sperm activation showed significant differences in most of semen quality parameters pre and post activation, fortunately the IUI outcome has recorded two successful pregnancies after God will. It was appeared that bacterial and viral infections associated with the presence of ASAs, ROS, Leukocytospermia, abnormal HOST and other biochemical changes have important effects on male fertility

دراسة بعض المعالم المناعية لدى مرضى داء الصدفية في بعض مستشفيات مدينة بغداد == Study of Some Immunological Aspects in Patients with Psoriasis in some Baghdad City Hospitals

Author name: هند يوسف خلف
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: داء الصدفية من الامراض الجلدية الشائعة يتميز بظهور طبقات من الخلايا القرنية المغطاة بقشور سطحية بيضاء اللون ذات بريق فضي كلون الصدفة وتتكون فيه رقع محمرة مع قشور فضية سميكة على الجلد نتيجة انقسام الخلايا المولدة للبشرة بصورة سريعة جدا وهو من الامراض المزمنة غير المعدية ولا تعرف اسباب المرض بصورة محددة ولكن يظهر ان للعوامل المناعية دورا مهما في حدوث المرض ومنها الدور المحتمل للخلل المناعي الذي تم اقتراحه في مرض الصدفية ولاختبار هذه الفرضية اجري فحص المصول لجميع المشاركين لتحري عن حركيات خلوية معينة (IL - 2,TNF - α,IL - 10) والكلوبيولين المناعي ( (IgE وعاملي المتمم ((C3,C4 والعد الكلي والتفريقي لكريات الدم البيضاء (total and diffrentialWBC).شملت الدراسة 55 مريض ( ذكر وانثى ) من مدينة بغداد خلال فترة تشرين ا لثاني 2013 الى نيسان 2014 وتتراوح اعمارهم ما بين (6 - 70 ) سنة وكان 30 منهم غير معالجين و25 معالجين بعلاج بايلوجي ومجاميع سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 25 فردا اصحاء ظاهريا.تم فصل المصل قياس تركيز الحركيات الخلوية (IL - 2,TNF - α, IL - 10) والمستوى الكلي للمضاد المناعي (IgE) في مصل الدم المشاركين باستعمال تقنية الامتزاز المناعي مرتبط بالانزيم ELISA)) وعوامل المتمم ((C3,C4 بطريقة الانتشار المناعي الشعاع المنفرد (SRID) وتم قياس العد الكلي والتفريقي لكريات الدم البيض (total and diffrentialWBC).بوساطة جهاز روبي.توصلت الدراسة للنتائج الاتية : 1 - اظهرت النتائج ان متوسط العمر في مرضى الصدفية هو (34.7) سنة وان الفئة العمرية (40 (30 - سنة هي اكثر عرضة للاصابة.2 - اظهر معدل المستوى المصلي للبين البيضاض IL - 10 فروقا معنوية عند مستوى (P<0.05) ما بين مرضى غير المعالجين 17.71 بيكو غرام/ مل ومجموعة السيطرة 1.701 بيكو غرام/ مل. 3 - اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا فروقا معنوية عند مستوى P<0.05)) ما بين مرضى غير المعالجين 18.6 بيكو غرام/ مل ومجموعة المرضى المعالجين ومجموعة السيطرة13.57 12.85, بيكو غرام/ مل على التوالي .4 - لم تظهر اي فروق معنوية في مع مستوى البين البيضاض IL - 2 عند مستوى P>0.05)) ما بين مرضى غير المعالجين 43.90 بيكو غرام/ مل والاصحاء 43.2 بيكو غرام/ مل.5 - لوحظ وجود ارتفاع معنوي في تركيز المستوى المصلي لبروتين المتمم C3 عند مستوى (P<0.05) في المرضى غير المعالجين138.61 ملغرام/ مل مقارنة بمجموعة السيطرة 37. 123ملغرام / مل . ولقد اظهر بروتين المتمم C4 تركيزا مشابها في مستوياته لكل من العدد الكلي للمرضى ولم يظهر اي فرقا معنويا عند المقارنة مع قيم السيطرة المناظرة لها.6 - اظهرت الدراسة فروقا معنوية في معدل المستوى المصلي للكلوبيولين المناعي IgE الكلي عند مستوى P>0.05)) ,عند المقارنة ما بين مرضى غير المعالجين ومجموعة السيطرة 48.77 ) و29.78 ) وحدة دولية / مل على التوالي .7 - ظهرت زيادة معنوية في معدل كريات الدم البيض ((9.02 % ومعدل الخلايا الوحيدة ((6.71 % والخلايا اللمفية ((27.25 % في المرضى المعالجين بالعلاج البايلوجي مقارنة مع المرضى غير المعالجين والاصحاء.8 - لم تظهر اي فروق معنوية في معدل كريات الدم العدلة والخلايا الحمضة والخلايا الوحيدة بين المرضى غير المعالجين والمعالجين والاصحاء9 - ظهر تاثير الجنس في كلا من العد الكلي لكريات الدم البيضاء والخلايا العدلة والبين الابيضاض 10 حيث وجود فروق زيادة معنويه في الاناث عند مقارنتها مع الذكور.10 - وجود ارتباط ايجابي ومعنوي بين المستوى المصلي للبين ابيضاض IL - 10 وعامل التنخر الورمي - الفا اذ بلغ معامل الارتباط (*r =0.19). | Psoriasis is a chronic skin disease characterized clinical features. It is characterized by sharply demarcated dull - red plaques, covered by thick whitish slivery scales due to the excessive abnormal proliferation of the germenative cells of the epidermis and its immuomediated disease. The disease affect both sexes and genetic of the disease between families. The appearance of psoriasis lesions can be provoked by an external and internal factors.A potential role of the immune dysfunction has been suggested in psoriasis to test this hypothesis, certain cytokines ( IL - 2, IL10,TNF - α), immunoglobulins (IgE),complement components C3 and C4 were investigated in serum ,the total and differential WBC of all participants.The study includes : 55 patients (males and females)from Baghdad City during November 2013 to April 2014 with age range between (6 - 60) years; 30 of them were untreated and 25 were treated with biological treatment (Infliximab) with confirmed diagnosis of psoriasis using standard assessment age and gender matched 25 confirmed healthy control .The serum was separated and cytokines , total immunoglobulinE (IgE) were detected using an enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) .The complement factor C3 and C4 were detected using a single radial immunodiffusion (SRID) method and the total and differential WBC was measured by a ruby devise .The study has reached the following results : 1. The age average in patients with psoriasis was (34.7) years and age group (31 - 40) years are more susceptible to affected.2. The study showed that the differences of the serum level of IL - 10 was significant (P<0.05) between untreated psoriasis patients 17.71pg/ml and healthy control 11.70 pg/ml. 3. The study furthermore, has showed the differences of the serum level of TNF - α was significant (P<0.05) between untreated psoriasis patients 18.63pg/ml and both groups treated psoriasis patients and healthy control groups (12.85, 13.57 ,respectively).4. The Research hasn't showed significant differences (P<0.05) serum level of IL - 2 between untreated psoriasis patients 43.90 pg/ml and healthy control43.2 l pg/ml. 5. The results observed a significant increase (P<0.05) in the concentration of serum level of complement component C3 in untreated patients 138.61 mg/dl compared to the control group 37.123 mg/dl .The complement component C4 concentration showed a similar level in each of the total number of patients ,did not show any significant difference when compared with the values of the corresponding control.6. The results have showed , as well , that the rate of serum level for total immunoglobulin IgE significant differences (P<0.05) when comparing between patients 48.7 IU/ml and control group 29.78 IU/ml.7. The Study has Showed significant increase in white blood cells rate 9.02% ,monocyte 6.71% and lymphocytes 27.25% in patients treated with biological treatment (Infliximab) compared with both untreated patients and healthy controls.8. It hasn't showed the significant differences in neutrophil cells and eosinophil ,basophile between healthy controls and both untreated and treated patients .9. There was significant increase in levels of neutrophil ,WBC, IL - 10 in females as compare with males.10. Correlation positive and significant between serum level of IL - 10 and the TNF - α as the correlation coefficient (r = 0.19*).

دراســة مصليـــة لداء المقوسات بين طالبات جامعيات غير متزوجات باستخدام فحص اللاتكس, الاليزا والمنيفايدز == Serological Study of Toxoplasmosis among Unmarried Female University Students using the Agglutination Test, ELISA and MiniVidas

Author name: هند مجيد كانوص الموسوي
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: المقوسات الكوندية Toxoplasma gondii طفيليات اجبارية داخل الخلايا لها القابلية على اصابة جميع انواع ذوات الدم الحار ، بما في ذلك الانسان, وهي واحدة من العوامل الممرضة الاكثر انتشارا في العراق. والاصابة في النساء في سن الانجاب غير معروفة ، خاصة في غير المتزوجات . اجريت الدراسة للتحري عن مستوى الانتشار المصلي للاضداد المناعية المضادة للمقوسات الكوندية IgG وIgMبين 200 طالبة صحيحات ظاهريا غير متزوجات في خمس جامعات (بغداد , المستنصرية , التكنولوجية , النهرين والعراقية). جمع 5 مل عينة دم وريدي من كل طالبة ، بواقع 40 طالبة من كل جامعة عند سن (18 - 26) سنة خلال المدة من شهر كانون الثاني 2013 حتى شهر اذار 2014.استخدمت الاختبارات النوعية }اختبار اللاتكس LAT, الاليزا( تقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيمIgM - ELISA( و{IgG - ELISA والاختبارات الكمية (ToxoIgM - Minividas ، ToxoIgG - Minividas وToxo - IgG Avidity (للكشف عن الاضداد. واستخدم اختبار الاليزا لمعرفة مستوى البين ابيضاض - (IL - 17) 17في المصل ، كما هدفت الدراسة التعرف على العلاقة بين داء المقوسات ومستوى انزيمي ناقل الامين transaminases (GPT وGOT) في المصل وعوامل الخطورة.وقد لخصت النتائج بالنقاط الاتية : - • وجود زيادة معنوية (p≤0.01) لذوات الامصال الموجبة بداء المقوسات (اكثر من ثلث مجاميع الدراسة).• بلغت نسبة ذوات الامصال الموجبة لـطفيلي T.gondii باستخدام الاختبارات النوعية 76(38%) ,3(%1.5) و58(29%) على التوالي ، بينما في الاختبارات الكمية كانت النسبة 2(1%) , 69(34.5 %) و71(35.5%) على التوالي .• سجلت اعلى نسبة للامصال الموجبة لطفيلي T.gondii حسب الجامعات باستخدام الاختبارات النوعية في } الجامعة التكنولوجية اذ بلغت (%50)20 ، بينما بلغت نسبة الاصابة في (المستنصرية , التكنولوجية والعراقية اصابة واحدة 1(.0.5%) لكل منهما والتكنولوجية 13(6.5%) على التوالي{، بينما في الاختبارات الكمية سجلت في }التكنولوجية والعراقية اصابة واحدة 1(.0.5%) لكل منهما والجامعة التكنولوجية 17 (8.5%) {.• اظهر فحصي LATوMinividas حساسية (100%) ومعنوية (P≤0.05) اكثر من ELISA (89.6%), كما تم تسجيل نسبة خصوصية كلا منهما وكالاتي (94.9% و98.5% على التوالي)، عندما اعطيا عدم وجود فروق معنوية عند مقارنتهما مع ELISA (100٪).• كانت قيم فحص الرغابة المنخفضة والعالية 10 (14.91%) و61 (85.96 %) على التوالي مع وجود فروق معنوية (p≤0.01) بينهما . وينبغي ان يكون مفيدا وعلامة جيدة لتشخيص اصابات المقوسات الحادة والمزمنة على التوالي.• كانت نسبة ذوات الامصال الموجبة لداء المقوسات عالية 31(34.66%) ومعنوية(P˂0.01) للفئة العمرية من (24 - 26) سنة وخاصة في الجامعة العراقية اذ بلفت نسية الاصابة 8 (57.14%).• وجود علاقة عالية المعنوية(p≤0.01) بين نسبة الامصال الموجبة لـ T.gondii وعوامل الخطورة حيث ان اكثر من ثلثي ذوات الامصال الموجبة بتماس مع القطط 52(73.24%), العمل في الحديقة 55(%77.47) , العيش في المناطق الريفية 49(69.01%), ولكن جميع الطالبات المصابات تناولن اكل المطاعم 71(100%) وشرب مياه الاسالة 41(57.75%). وسجلت اعلى نسبة لذوات الامصال الموجبة حسب عوامل الخطورة وكما يلي : العامل الاول : التعامل مع القطط ، وكانت اعلى نسبة في جامعة بغداد 10(83.33%) , العامل الثاني : العمل في الحديقة ، وكانت اعلى نسبة في الجامعة العراقية 13(92.86%) ، العامل الثالث : الاقامة ، وكانت اعلى نسبة في الجامعة العراقية (%78.57)11، العامل الرابع : التغذية من المطاعم ، وكانت اعلى نسبة في الجامعة التكنولوجية (%100) 18، واخيرا العامل الخامس : مصدر شرب المياه ، وكانت اعلى نسبة في جامعة بغداد (%66.67)8 . • اكثر من ثلثي ذوات الامصال الموجبة 56(78.87%) اظهرن ضعفا في الوعي الصحي اتجاه المرض ولا توجد علاقة معنوية بين انتشار المرض ومستوى التعليم .• وجود علاقة معنوية عالية(p≤0.01) بين الامصال الموجبة لـ T.gondii ومستوى البين ابيضاض - 17 (25.59±348.98) بيكو غرام / مل ومستوى ناقل الامين GPT (1.12±13.13) وحدة دولية / لتر ، ولا توجد اهمية معنوية (P≤0.05) في فاعلية انزيم (0.35±10.84) GOT وحدة دولية / لتر | Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite capable of infecting practically all warm - blooded species , including humans . It is one of the most prevalent pathogenic agents in Iraq. Therefore this study was conducted to detect the seroprevalence level (IgM and IgG ) of T.gondii infection among 200 apparently healthy unmarried females students in five Universities (Baghdad, Al - Mustansiriya, Technology, AL - Nahrin and AL - Iraqia). Five ml from venous blood samples were collected from each student , as 40 students from each university at age (18 to 26) year during the period at December 2013 till May 2014. Qualitative tests ( Latex Agglutination Test (LAT), Enzyme Linked Immunosorbent Assay IgM and IgG (ELISA - IgM and ELISA - IgG) and quantitative tests (Minividas ToxoIgM , Minividas ToxoIgG and Toxo - IgG Avidity) were using to detection Toxoplasma Immunoglobulins . ELISA was used to determine of serum Interleukin - 17A levels . Also the aim of the study was to identify the relationship between Toxoplasmosis and the level of serum transaminases (GOT and GPT) and risk factors .The results were summarized as following points : -  Significant (p≤0.01) increased seropositivity of Toxoplasmosis (more than one - third) among the study groups .  The Sero(+ve) T. gondii using qualitative tests were recorded as {76(38%) ,3(1.5%) and 58 (29%) respectively} ,While in quantitative tests were { 2(1%) , 69(34.5%) and 71(35.5%) respectively} .  The higher percentages of sero(+ve) T. gondii according universities using qualitative tests were recorded in {University of Technology 20(50%) , while Mustansyria , Technology and Iraqia as 1(0.5%) of each one of them and Technology 13(6.5%) respectively} , While quantitative tests were recorded in { Technology and Iraqia as 1(0.5%) of each one , and Technology 17(8.5%) respectively}. LAT and Minividas seems to be have highly sensitivity (100%) and significantly (P≤0.05) than ELISA (89.6%) , also have good specificity (94.9 % and 98.5% respectively ), when it gave no significant differences when compared with ELISA (100%).  A low and a high avidity values were 10(14.91%) and 61(85.96%) respectively with a high significant (p≤0.01) differences between them . It should be useful to confirm up and good markers for diagnosis of an acute and chronic Toxoplasma infections respectively. The seropositivity of Toxoplasmosis was the highest 31(43.66%) and significant (P˂0.01) among age (24 - 26) year , especially in Iraqia was 8(57.14%) . A highly significant (p≤0.01) relationship were found between Sero(+ve) T. gondii and risk factors that more than two - thirds of sero(+ve) contact with cats 52(73.24%) , working in the garden 55(77.47%) ,lived in urban areas 49(69.01%) , But all infected student feeding on restaurant 71(100%) and drinking tap water 41(57.75%) . The highest seropositivity according to the risk factors were recorded as following : Contact with cats in Baghdad university 10(83.33%) , Working in garden in Iraqia university 13(92.86%) , Residence in Iraqia university 11(78.57%), Feeding in restaurant in University of Technology 18 (100.0%) and Source of drinking water in Baghdad university 8(66.67%) . More than three - quarters of seropositive 56(78.87%) showed weakness in the health awareness toward the disease and no significant relationship was found between seroprevalence of T. gondii infection and health level of education. A highly significant relationship (p≤0.01) was found between sero(+ve) T. gondii and the level of serum IL - 17 (348.98 ± 25.59) bg/ml and serum transaminase GPT activity (13.13 ± 1.12) IU/L, but no significant (P≤0.05) was found in the GOT activity (10.84 ± 0.35) IU/L.

دراسة مظهرية وجزيئية للفطريات الجلدية Dermatophytes في محافـظة السليمانية من العراق وتاثـيرالبكـتريا Lactobacillus species كمعزز حيوي == Phenotypic and Molecular Study of Dermatophytes in Sulaimania Province of Iraq and the Effect of Lactobacillus spp. as Probiotics

Author name: هناء كريم مايخان محمد
Supervisor name: خالد عبد الرزاق حبيب | شوان كمال رشید
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحالية جمع 220 عينة من المرضى المصابين بالفطريات الجلديــــــة dermatophytes (63 ذكور و157 اناث) والذين تم تشخيصهم من قبل الكادر الطبي المتخصص في وحدة الامراض الجلدية في مستشفى كلار العام في قضاء كلار التابع لمحافظة السليمانية فی العراق خلال الفترة من منتصف تشرین الثاني 2014 ولغایة حزیران 2015. وقد شملت العینات الجلد المصاب، تقلیم الاظافر واجزاء من الشعر المصاب حيث وضعت العينات في قناني معقمة محكمة الغلق ونقلت الى مختبر الابحاث التابع لقسم علوم الحياة في كلية التربية/ جامعة كرميان تمهیدا لاجراء الفحوصات المختبریة اللازمة لتشخيص الفطريات الجلدية وقد تم التوصل الى النتائج التالية : من مجموع 220 عينة خضعت للفحص المجهري المباشر بواسطة 10% هيدروكسيد البوتاسيوم KOH ، 200 عينة ( 90.9% ) كانت موجبة لفحص هيدروكسيد البوتاسيوم في حين اظهرت نتائج الزرع المختبري نسبة اصابة كان مقدارها 80 عينة موجبة (36.4%). وبالاعتماد على موقع الاصابة بالجسم احتلت سعفة الجسم Tinea corporis اعلی نسبة اصابة بواقع 31% تلتها سعفة القدم Tinea pedis ، سعفة الاظافر، سعفة اليد، سعفة الفخذ ، سعفة الراس وسعفة اللحية حيث تكررت بواقع 26.5% ، 22.5% ، 8.5% ، 6% ، 5% و0.5% على التوالي. كشف الزرع المختبري عن نمو 80 عزلة من الفطريات الجلدية والتي تعود الى ثلاثة اجناس Trichophyton، Microsporum وEpidermophyton و13 نوع وكان الفطرTrichophyton rubrum هو الاكثر انتشارا وبنسبة 35% من بين الفطريات الجلدية التي تم عزلها وقد عزل النويع Trichophyton rubrum var.raubitschekii لاول مرة في العراق حيث تم عزله من سعفة الفخذ Tinea cruris. الفطر T.mentagrophytes سجل نسبة اصابة 17.5% من الفطريات الجلدية المعزولة تلاه الفطــر M.canis بنسبة 10% وT.tonsurans بنسبة 7.5% . اما الفطريات الجلدية الاخرى والتي شملت T. soudanese; T.interdigitale; T. terrestre فقد تكررت بنسبة 5% ، بينما T.concentricum; T. schoenleinii; T.verucosum; MicrosporumM. audouinii; M.gypsium وE.floccosum فقد تكررت وبواقع 2.5% لكل منها. اوضحت نتائج هضم الجين ITSالواقع في rDNA والتي تم مضاعفتها باستخدام تقنيةPCR عن التعدد الشكلي لطول للجين مابين الانواع المختلفة للفطريات الجلدية المعزولة. حيث اظهرت نتائج هضم الجين ITS لثمانين عزلة من الفطريات الجلدية والتي تعود الى 13 نوع عدد من الحزم المختلفة باستثناء الفطر M.auouiniiوالذي يفتقد الى موقع القطع الذي يعمل عليه انزيم القطع BstN1. ساعدت الدراسة الحالية على رسم العلاقة التطورية ما بين الانواع المختلفة للفطريات الجلدية المعزولة من خلال فحص التسلسل او التتابع الجينـــــــــي Gene sequencing للجين ITS,5.8S,ITS2، وقد حللت نتائج باستخدام برنامج تسلسل قاعدة البيانات Robust Phylogenetic Analysis program لرسم شجرة التقارب الجيني مابين الانواع الفطرية. تم الحصول على 12 سلالة لبكتريا Lactobacillus تعود لتسعة انواع وهيLactobacillus pentosus; Lactobacillus plantarum 1; Lactobacillus plantarum 2; Lactobacillus brevis 1; Lactobacillus brevis 3; Lactobacillus acidophilus; Lactobacillus collinoides A,B ; Lactobacillus fermentum; Lactobacillus helveticous ; Lactobacillus paracasei وLactobacillus salivarious . اظهرت دراسة الفعالية التثبيطية لانواع وسلالات بكتریا Lactobacillus على الفطرالاكثر تكراراTrichophyton rubrum باستخدام الراشح البكتيري ان النوع L.collinoides A هو الاقوى تاثيرا حيث وصل قطر منطقة التثبيط الى 14mmقبل اضافة الكليسرول ، غير ان النتائج التي تم الحصول عليها بعد اضافة الكليسرول اظهرت فرق كبير في فعالية البكتريا حيث وصل قطر منطقة التثبيط باستخدام النوع ذاته الى 33mm اما قيم MIC وMFC باستخدام طريقة التخفيف فقد بلغت 62.5) و(125 µL\ml على التوالي. اقوى الانواع البكتيرية التي اظهرت فعالية تضادية ضد الفطرT.rubrum باستخدام الخلايا الكاملة شملت L. brevis 3; L. pentosus; L. acidophilus; L.plantarum والتي سببت تثبيط كامل لنمو الفطر كما ان قيم MIC وMFC باستخدام الخلایا الكاملة فقد بلـــــــغت (15.6 و31.3) µL\ml للانواع الـــتالية L. brevis 3; L. pentosus وL.collinoidis A على التوالي ، اما الانواع البكتيرية الطبيعية التي تم الحصول عليها من المهبل وهي L.plantarum 1 وL.acidophilus فقد اظهرت القيم التالية 31.3) وµL\ml (62.5 من MIC وMFC على التوالي. اظهرت نتائج التشخيص باستعمال جهازكروماتوغرافيا السائل عالي الكفاءة HPLC لقیاس تركیز احد مضادات الفطريات وهو Phenylacetic acid (PLA) في الراشح البكتيري لجميع السلالات البكتيرية والتي عددها 12 وتعود لتسعة انواع لبكتريا Lactobacillus بالاضافة الى الكبسولة العلاجية المستخدمة كسيطرة موجبة ان النوع L.plantarum 1 انتج اعلى تركيز من PLA الذي بلغ 19.6 ppmوالذي فاق تركيزه في السيطرة الموجبة البالغ 17.9ppm تلاه L.brevis 3 ثم L.acidophilus حيث بلغ تركيز PLA 17.2ppm و16.4 ppm على التوالي. | Two hundred and Twenty patients (157 females and 63 males) were examined and suspected to be infected with dermatophytes under the supervision of specialized physicians at the Dermatology unit of the General Hospital in Sulaimania Province\Iraq during the period from the middle of November 2014 to June 2015. Specimens were collected from patients included hair fragments, skin scraping and nail clipping which transferred to the research laboratory of Biology Department at College of Education\ University of Garmian, where they immediately examined. Out of 220 clinical specimens were subjected to the direct microscopic examination using 10% KOH, 200(90.9%) specimens were showed positive KOH test, while the laboratory culturing obtained 80(36.4%) positive cultures of dermatophytes. According to the infected sites of the body, tinea corporis was the most common type (31%) followed by tinea pedis, tinea unguium, tinea manuum, tinea cruris, tinea capitis and tinea barbae which were recorded 26.5%, 22.5%, 8.5%, 6%, 5% and 0.5% respectively. Based on the conventional laboratory methods, 80 clinical isolates of dermatophytes showed positive culture which belonging to three genera Trichophyton, Microsporum and Epidermophyton and 13 species, Trichophyton rubrum was the most common species (35%) and Trichophyton.rubrum var.raubitschekii was isolated from tinea cruris for the first time in Iraq. Trichophyton mentagrophytes constitute 17.5% from the isolated dermatophytes followed by Microsporum canis (10%) and Trichophyton tonsurans (7.5%). Other species Trichophyton soudanese; Trichophyton interdigitale; Trichophyton terrestre represented 5% of dermatophytes while Trichophyton concentricum; Trichophyton schoenleinii; Trichophyton verucosum; Microsporum audouinii; Microsporum gypseum and Epidermophyton floccosum constitute only 2.5% of dermatophyte species.The results of PCR - RFLP showed the polymorphism of the Internal Transcript Spacer (ITS) region of the rDNA gene for different species of isolated dermatophytes. The results of the digested ITS PCR products of 80 clinical isolates belonging to 13 species revealed a number of recognition patterns with the exception of Microsporum audouinii which lacked restriction site of the used endonuclease restriction enzyme BstN1. The current study helped to drawing the phylogenetic relationship between the isolated dermatophytes by sequencing of the ITS1, 5.8S, and ITS2 gene. The ITS database sequences introduced Robust Phylogenetic Analysis program to draw the phylogenetic tree between dermatophyte species. Twelve strains belonging to nine species of Lactobacillus were identified as Lactobacillus pentosus; Lactobacillus plantarum 1; Lactobacillus plantarum 2; Lactobacillus acidophilus 1; two strains of Lactobacillus collinoides (identified as A and B); Lactobacillus fermentum 1; Lactobacillus helviticous, Lactobacillus brevis 1; Lactobacillus brevis 3; Lactobacillus paracasi and Lactobacillus salivarious. The study of antagonistic effect of Lactobacilli species and strains against the most frequent species of dermatophytres Trichophyton rubrum using the cell free supernatant (CFS) showed that L. collinoides A recorded the highest inhibition zone reached to 14 mm before addition of glycerol and increased to 33 mm after supplying glycerol into the MRS growth culture for the same species. The results of MIC and MFC values of the CFS were demonstrated by microdilution assay reached to (62.5 and 125) µL\ml respectively.The strongest species of Lactobacillus showed antifungal activity against T.rubrum by using entire cells included L. brevis 3; L. pentosus; L. acidophilus and L. plantarum were completely inhibited the fungal growth and the results of MIC and MFC of the bacterial entire cells reached to the values (15.6 and 31.3) µL\ml respectively for L. brevis 3; L. pentosus and L. collinoides A, in addition to the positive control while vaginal microbiota L. plantarum 1 and L. acidophilus exhibited (31. and 62.5) µL\ml respectively. The results of High Performance Liquid Chromotography (HPLC) analysis of antifungal compound, Phenylacetic acid (PLA) in the fermented CFS of 12 strains belonging to 9 species of Lactobacillus in addition to the probiotic capsule showed that the highest value of PLA was produced by L. plantarum 1(19.6 ppm) which is higher than the positive control (17.9 ppm) followed by L. brevis 3 and L. acidophilus reaching concentration of PLA 17.2 and 16.4 ppm respectively

دراسة بعض العوامل البكتيريولوجية والمناعية في اصابات المسالك البولية للنساء الحوامل == Study Of Some Bacteriological and Immunological Parameters In Urinary Tract Infection Of Pregnant Women

Author name: هديل كامل عباس الزبيدي
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت مئة وخمسون عينه ادرار ودم من نساء حوامل مصابات بالتهابات المسالك البوليه من مستشفى الولادة في محافظه اربيل وايضا من مستشفى العلويه للولادة في محافظه بغداد للفترة الزمنيه من كانون الاول 2012 الى اذار 2013,اخذت العينات من نساء حوامل تتراوح اعمارهم مابين 20 الى 35 سنة اذ تم عزل وتحديد البكتيريا السالبه لصبغه كرام من عينات ادرار النساء الحوامل المصابات بالتهابات المسالك البولية اضافة الى دراسة تاثير اشهر الحمل على مدى الاصابه خلال فترة الحمل , اظهرت نتائج الزرع على الاوساط الزرعية Blood agar and MacConkeys agar عزلات بكتيريه مختلفة وبنسب مختلفة. لقد تم تشخيص هذه العزلات بالفحص المجهري واستخدام الفحوصات الكيميائيه الحيويه , Api 20 E ونظام Vitek2 حيث تم تشخيص البكتربا ومعرفة حساسيتها للمضادات الحياتية اضافه الى اجناس التصنيف المصلي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa كما تضمت الدراسة اجراء الفحوصات المناعية لمصل الحوامل وذلك بقياس مستوى الاجسام المضادة ((IgG , IgM , IgA وبعض مكونات نظام المتمم (,C3 C4 ) وذلك باستخدام طريقة الانتشار المناعي الاشعاعي (SRID ) ثم قياس مستوى عيارية C - Reactive Protein في النساء الحوامل المصابات بالتهابات المسالك البوليه . ظهرت نتائج الدراسة مايلي : 1. كانت اصابه مئة وثمانية (108) من النساء الحوامل من مجموع مئه وخمسون عينه ادرار بانواع مختلفة من بكتريا السالبة لصبغة كرام وهي عزلات E.coli (53% ) ثم عزلات بكتيريا baumannii Acinetobacter(23% ) , اما عزلات pneumoniae Klebsiella ( (14% mirabilis , Proteus ((12% بينما كانت عزلات Pseudomonas aeruginosa (%5.6 ).2. اثنان واربعون (42) من النساء الحوامل اضهرت عدم وجود اي نمو للبكتيريا.3. فحص حساسية المضادات الحياتيه للاجناس البكتيريه الخمسه المسببه لالتهاب المسالك البوليه لدى النساء الحوامل اظهرت مقاومة عالية لكل من ciprofloxacin بنسبة ( 86.5% ) وايضا Trimethoprim بنسبه (79.3%) بينما اظهرت الدراسه مقاومة قليله لكل من Tobramycin بنسبه (21.3% ) وايضا Norfloxacin بنسبه (23.7% ).4. تعدد الانماط المصليه لبكتيريا Pseudomonas aeruginosa حيث كانت (O : 11 , O : 9 , O : 11 , O : 11 , O : 9 , O : 10) لكل من ( P1 , P2 P3 , P4 , P5 , P6) على التوالي مما يؤكد اختلاف توزيع الانماط المصليه وسعه انتشارها.5. ارتفاع معدلات للكلوبينات المناعية IgG (2180.6 ± 28.4) , IgM (±7.2 286 ( , IgA (503.3 ± 12.4) حيث اظهرت وجود فروق معنوية P<0.05)) بمقارنتها مع السيطرة.6. ارتفاع معدلات العامل المتمم لكل من C3 (204.3 ± 7.9) وارتفاع C4 (53 ± 2.8) حيث اظهرت وجود فروق معنوية ( P<0.05) بمقارنتها مع السيطرة .7. زيادة في عيارية المرضى الحوامل لـ C - Reactive Protein حيث اظهرت زيادة كلما تقدمت بفترة اشهر الحمل حيث ظهرت فروق معنوية عالية (P<0.01) في اشهر الحمل الثلاثة الاخيرة بينما كانت فروق معنوية اقل (P<0.05 ) لكل من الاشهر الحمل الستة الاولى. | One hundred and fifty urine and blood specimens are collected from pregnant women infected by urinary tract infections from the maternity hospital in Arbil and Al Alwaiya hospital for maternity in Baghdad for the period time from December 2012 to March 2013, the samples are taken from pregnant women with age ranging 20 to 35 years , as it has been to isolate and identify Gram - negative bacteria from urine samples of pregnant women with UTI in addition to study the effect of the third trimesters of pregnancy on the incidence of the infection during pregnancy. The results when cultured on the Blood agar and MacConkeys agar showed different bacterial isolates with different percentage. Diagnoses of these isolates by microscopic examination and by using biochemical tests, Api 20 E and Vitek2 system , knowing their sensitivity to anti - bacterial antibiotics , also serotyping classification of the bacteria Pseudomonas aeruginosa , study of some immunological parameters of serum pregnant women included measurement of level antibodies (IgG,IgM,IgA) and level of complement (C3,C4) by using single radial immune diffusion method (SRID) the study also included measurement of level of C - Reactive Protein for pregnant women with UTIs. The results of the study have showed the following : 1. One hundred and eight pregnant women are infected by different Gram - negative bacteria Characterized ( 53) isolates E.coli then followed by in second rank (23) isolates Acinetobacter baumannii, (14)isolates Klebsiella pneumoniae, (12) isolates for Proteus mirabilis and later (6) isolates for P. aeruginosa.2. Forty - two (42) of pregnant women show absence of any bacterial infections.3. Examine the sensitivity of antibiotics for each bacterial isolates causes of urinary tract infection in pregnant women showed high resistance to both ciprofloxacin (86.5%) and also Trimethoprim (79.3%), while the study showed low resistance for each of Tobramycin (21.3%) and also Norfloxacin(23.7%).4. Multiple serotypes of P. aeruginosa (O : 11 , O : 9 , O : 11 , O : 11 , O : 9 and O : 10) for each (P1 , P2 , P3 , P4 , P5 and P6) respectively , confirm different distribution and frequent spread of serotypes.5. High levels of immunoglobulines for IgG (2180.6 ± 28.4) , IgM (286 ± 7.2 (, IgA (503.3 ± 12.4) where there are significant differences at P<0.05 compared with control.6. High levels of complement factor for each of C3 (204.3 ± 7.9) and high C4 (53 ± 2.8) showed the existence of significant differences at P <0.05 when compared with the control.7. An increase in the normative pregnant patients for C - Reactive Protein showed an increase as months of pregnancy period progress and the differences appeared highly significant at P <0.01 in the last three months of pregnancy, while significant differences were lower at P <0.05 for each of the first six months of pregnancy.

تعدد الاشكال الوراثية للحركيات الخلوية ?،4، 6، 10 و12وخطر الاصابة بداء الذئب الاحمراري لدى المريضات العراقيات == Cytokine Genetic Polymorphism of IL - 2, IL - 4, IL - 6, IL - 10, and IL - 12 and Risk of Systemic Lupus Erythematosus among Iraqi female Patients

Author name: هبة شاكر احمد
Supervisor name: طالب عبد الله حسين | علي حسين ادحيه
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: داء الذئب الاحمراري هو احد امراض المناعة الذاتية ولم يتم معرفة المسببات جيدا على وجه الدقة، ولكن تم اقتراح الاستعداد الوراثي والعوامل البيئية، فضلا عن العوامل الهرمونية لما لها من دور مؤثر في امراضية داء الذئب الاحمراري. حددت هذه الدراسة العلاقة الوظيفية بين مستوى مصل خمسة من السايتوكينات (IL - 2، IL - 4 وIL - 6، IL - 10 وIL - 12) وتعدد الاشكال الخلوية النيوكليوتيدية المنفردة بها؛ تعدد الاشكال في 11 موقع (IL2 - 330، IL2 + 160، IL4 - 1098، IL4 - 590، IL4 - 330، IL6 - 174، IL6 + 565، IL10 - 1082، IL10 - 819، IL10 - 592 وIL12B - 1188) في عينة من 45 من النساء العراقيات العربيات المصابات بداء الذئب الاحمراري من اللواتي يراجعن العيادة الاستشارية/ قسم امراض الروماتيزم في مستشفى بغداد التعليمي خلال الفترة من حزيران ولغاية تشرين الاول 2013. فضلا عن، شملت الدراسة 43 من النساء الاصحاء كمجموعة سيطرة. وتم الحصول على النتائج التالية : كان هنالك انخفاض كبير في المكونات المتممة C3 وC4 (P ≤ 0.001) لدى مرضى داء الذئب الاحمراري (0.57 ± 0.04 و0.06 ± 0.01 غم/ لتر على التوالي) مقارنة مع مجموعة السيطرة (1.12 ± 0.04 و0.22 ± 0.01، غم/ لتر، على التوالي). وكان معظم المرضى ايجابيين للمضاد النووي والاجسام المضادة لشريط الحامض النووي منقوص الاوكسجين المزدوج المضاد (91.1 و88.9٪ على التوالي)، في حين كانت هنالك نسبة 9.3٪ فقط من مجموعة السيطرة الايجابيين لهذه الاجسام المضادة وكان هذا الفرق كبير (P ≤ 0.001) في كلتا الحالتين. واظهرت عمليات تقييم مستويات السايتوكينات في المصل ان IL - 2 ينخفض انخفاض معنوي كبير(P ≤ 0.001) لدى مرضى داء الذئب الاحمراري مقارنة بمجموعة السيطرة (25.6 ± 1.2 مقابل 35.1 ± 2.1 بيكوغرام/ مل)، وكان هنالك انخفاض في الانترلوكين - 4 ايضا لدى المرضى ( 17.9 ± 2.7 مقابل 22.2 ± 1.9 بيكوغرام / مل)، ولكن هذا الانخفاض لم يكن معنويا (P > 0.05). مقابل16.7 ± 1.0 بيكوغرام/ مل) 26.0 ± 4.3) وعلى العكس فان الانترلوكين - 6 والانترلوكين - 10 36.4 ± 1.8) مقابل 29.5 ± 0.8 بيكوغرام/ مل)، والانترلوكين - 12 24.4 ± 2.3) مقابل 19.2 ± 0.9 بيكوغرام/ مل) اظهرت زيادة كبيرة لدى مرضى داء الذئب الاحمراري.تم تشخيص 11 من السايتوكينات المتعددة الاشكال الخلوية المنفردة واظهر فقط الموقع 590 في الانترلوكين - 4 والموقع 188 في الانترلوكين - 12 اختلافات كبيرة بين المرضى ومجموعة السيطرة. وقد لوحظ ان هناك زيادة معنوية في تردد الطراز الجيني TTفي الموقع 590 للانترلوكين - 4 (66.6 مقابل 41.9٪، ونسبة الخطا النسبي = 2.78؛ P = 0.03) والتي تم ملاحظتها في المرضى. في المقابل، انخفض تردد الاليل C بشكل ملحوظ لدى المرضى (24.4 مقابل 41.9٪، PF = 0.23؛ P = 0.02) والاليل T (P = 0.02 75.6 مقابل 58.1٪، ونسبة الخطا النسبي = 2.23). وبالنسبة للموقع B - 1188في الانترلوكين - 12، اظهر الطراز الوراثي CC زيادة معنوية في التردد لدى المرضى مقارنة مع مجموعة السيطرة (73.4 مقابل 46.5٪، ونسبة الخطا النسبي في = 3.16؛ P = 0.016)، ولوحظت زيادة مماثلة في التردد في الاليل C (80.0 مقابل 62.8٪ ؛ RR = 2.37؛ P = 0.013). وعلى العكس، فان الطراز الوراثي AC (13.3 مقابل 32.6٪، PF = 0.22؛ P = 0.042) والليل A (20.0 vs.37.2٪، PF = 0.22؛ P = 0.013) انخفضت تردداتها بشكل ملحوظ لدى المرضى. وجرى تقييم اثر تشخيص الطراز الوراثي للاشكال الخلوية المتعددة المنفردة للسايتوكينات على مستوى المصل لكل من الانترلوكين - 2، الانترلوكين - 4 والانترلوكين - 6 ، الانترلوكين - 10 والانترلوكين - 12 لدى مرضى داء الذئب الاحمراري ومجموعة السيطرة. وتم الحصول على ملاحظات مختلفة، وارتبطت بعض الانماط الجينية مع زيادة مستوى السايتوكينات، في حين ارتبطت الاخرى مع انخفاض المستوى. في كلتا الحالتين لوحظت اختلافات بين مرضى داء الذئب الاحمراري ومجموعة السيطرة. | Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease and its precise etiology is not well - defined, but genetic predisposition and environmental factors, as well as hormonal factors have been suggested to play important roles in SLE pathogenesis. The present study determined the functional correlation between serum level of five cytokines (IL - 2, IL - 4, IL - 6, IL - 10 and IL - 12) and their single nucleotide polymorphisms; SNPs at 11 positions (IL2 - 330, IL2+160, IL4 - 1098, IL4 - 590, IL4 - 330, IL6 - 174, IL6+565, IL10 - 1082, IL10 - 819, IL10 - 592 and IL12B - 1188) in a sample of 45 Iraqi Arab female SLE patients, who were referred to the Consultant Clinic at the Department of Rheumatology, Baghdad Teaching Hospital during the period June - October 2013. In addition, 43 apparently healthy women were further included in the study as a control group. The following results were obtained : Complement components C3 and C4 were significantly (P ≤ 0.001) decreased in SLE patients (0.57 ± 0.04 and 0.06 ± 0.01 g/L, respectively) compared to controls (1.12 ± 0.04 and 0.22 ± 0.01, g/L, respectively).Most of the patients were positive for anti - nuclear and anti - double strand DNA antibodies (91.1 and 88.9%, respectively), while only 9.3% of controls were positive for these autoantibodies. Such difference was significant (P ≤ 0.001) in both cases.Assessments of cytokine serum levels revealed that IL - 2 showed a significant (P ≤ 0.001) decreased level in SLE patients compared to controls (25.6 ± 1.2 vs. 35.1 ± 2.1 pg/ml), and IL - 4 was also decreased in patients (17.9 ± 2.7 vs. 22.2 ± 1.9 pg/ml), but the difference was not significant (P > 0.05). In contrast, IL - 6 (26.0 ± 4.3 vs. 16.7 ± 1.0 pg/ml), IL - 10 (36.4 ± 1.8 vs. 29.5 ± 0.8 pg/ml) and IL - 12 (24.4 ± 2.3 vs. 19.2 ± 0.9 pg/ml) were significantly increased in SLE patients.Out of the 11 investigated cytokine SNPs, only IL4 - 590 and IL12B - 1188 showed significant variations between patients and controls. A significant increased frequency of IL4 - 590 TT genotype (66.6 vs. 41.9%; Odd’s ratio = 2.78; P = 0.03) and T allele (75.6 vs. 58.1%; Odd’s ratio = 2.23; P = 0.02) was observed in patients. In contrast, C allele frequency was significantly decreased in patients (24.4 vs. 41.9%; PF = 0.23; P = 0.02). For IL12B - 1188, CC genotype showed a significant increased frequency in patients compared to controls (73.4 vs. 46.5%; Odd’s ratio = 3.16; P = 0.016), and a similar increased frequency was observed in C allele (80.0 vs. 62.8%; RR = 2.37; P = 0.013). In contrast, AC genotype (13.3 vs. 32.6%; PF = 0.22; P = 0.042) and A allele (20.0 vs.37.2%; PF = 0.22; P = 0.013) frequencies were significantly decreased in patients.The impact of investigated cytokine SNP genotypes on serum level of IL - 2, IL - 4, IL - 6, IL - 10 and IL - 12 was also assessed in SLE patients and controls. Different observations were made and some genotypes were associated with increased level of cytokines, while others were presented with a decreased level. In both cases differences between SLE patients and controls were observed.

دراسة انتاجية البكتريوسين من بكتريا Enterococcus faecium المعزولة من مصادر سريرية == Study of the Bacteriocin production from Enterococcus faecium isolated From clinical sources

Author name: هاله عباس جاسم
Supervisor name: خليل مصطفى خماس | شروق ريس كاظم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 290 عينة سريرية من المرضى الراقدين والمراجعين لمستشفيات بغداد وتوزعت هذه العينات الى 177عينة ادرارو113 عينة خروج ، اظهرت نتائج الزرع البكتريولوجي على وسط المكورات المعوية الانتخابي Ej media ووسط المكورات المعوية التاكيدي Bile esculin azide agar والتشخيص المظهري والكيميوحيوي وتاكيد التشخيص باستخدام نظام API 20 strep تشخيص 27عزلة(%9.31) من بكتريا Enterococcus faecium من عدد العينات الكلي ،وكانت 11 عزلة ( 6.21%) منهامن الادرارو16 %14.15)) عزلة من الخروج . اختبرت حساسية عزلات E.faeciumل11 نوع من المضادات الحيوية واظهرت النتائج مقاومة عالية لل Naldixic acid(81%)و (63%) TetracyclineوAmpicilin (52%)بينما كانت المقاومة لل Ciprofloxacin(48%)و(41%) Erythromycin .ومن الناحية الاخرى اظهرت العزلات مقاومة واطئة لل Penicillin (26%) وNitrofurantion (22%)و وVancomycin (18%)وكانت (19%)لل Trimethprim و(15%)Chloramphenicol. كانت (7%)فقط من العزلات مقاومةللGentamycin.اجريت تجارب التحري عن البكتريوسين من بكتريا E.faecium وكانت جميع العزلات منتجة (100%)ولمدى واسع من التاثير على البكتريا الموجبة والسالبة مع اقطار تثبيط (8 - 15 )مليمتر و(9 - 27)مليمتر على العزلات العائدة لنفس النوع . اختيرت العزلة EH(1) كعزلة كفوءة الانتاج مع فعالية نوعية 1.28 وحدة/مايكروكرام بروتين بتركيز بروتين 250 مايكروكرام /مليمتر بعد ان قيست الفعالية في العزلات(EH1,EH6,EH13) التي كانت افضل العزلات انتاجية للبكتريوسين بطريقة الاقراص. ووجد ان وسط Mann Regusa Sharp السائل والصلب هو افضل وسط لانتاج البكتريوسين من بكتريا E.faecium وان هذه البكتريا تنتج البكتريوسين في درجات حرارية بين 16 - 45 م ، واختيرت العزلة E3 والبكتريا Staphylococcus aureus, Staphylococcs epidermidis,Escherichia coli, Sallmonella كعزلات دالة ، استخلص البكتريوسين من العزلةE1 بصورته الخام بعد تنمية هذه العزلة على وسط Mann Regusa sharp السائل وتم الحصول على بكتريوسين ذي فعالية نوعية )1,28 وحدة / مايكرو كرام) بروتين وبتركيز بروتين 250 (مايكروكرام /مليلتر) وهذا البكتريوسين مقاوم للدرجات الحرارية (80,100، 121)م لمدة (15 و30 )دقيقة ، كذلك مقاوم لمدى من الرقم الهيدروجيني (8 - 2) ،ومقاوم للخزن في درجات حرارة (0،4 ،37) م لمدة (يوم ,اسبوع) . اجريت التنقية الجزئية للبكتريوسين الخام المستخلص من العزلة E1 بالترسيب بكبريتات الامونيوم وبنسب اشباع ( 40% و75% )واظهرت النتائج ان الترسيب بـ40%كان الافضل الذي بلغت الفعالية النوعيةفيه 44.137 وحدة/مايكروكرام بروتين وبتركيز بروتين 290 مايكروكرام/مليمتر . وكانت فعالية البكتريوسين المنقى جزئيا ثابتةعند 80م لمدة 30 دقيقة و100 م لمدة (15,5)دقيقة لكن انخفضت فعاليته لتصل الى 0.8 )وحدة /مايكروكرام بروتين( في 30 دقيقة , وفقدت الفعاليةعند121م لمدة 15 دقيقة ، كانت الفاعلية ثابتة عند مدى من الرقم الهيدروجيني (8.5 - 5.5) والخزن عند صفردرجة مئوية لمدة اسبوع. | The study has involved collecting (290) clinical samples collected from admitted and refeard patients of Baghdad hospitals .The samples distributed into (177) urine sample and (113) faeces samples . Results from bacteriological culture on selective Enterococcus medium EJ medium , Enterococcus medium (bile esculin azide agar) in addition to morphological and biochemical identification and confirmation of the identification by using of API 20 strep system showed that only27 isolates (9.31%) were identified as Enterococcus faecium ,11 (6.21% ) isolate from urine samples and 16isolate (14.15% ) from faeces samples . The Antimicrobial susceptibility of Enterococcus faecium isolates was tested towards 11 types of antimicrobial agents .The isolate showed a high resistance to Naldixic acid (81%) ,Tetracycline (63%) and ampicilin (52%) ,while (48%) of the isolate were resistant to Ciprofloxocin and (41%)resistant to Erythromycin . From the other hand Enterococcus faecium isolates showed low resistance to otherantimicrobial agent : Pencilin(26%),Nitrofurantion (22%) , Vancomycin (18%) and Trimethprim (19%) and Chloramphenicol (15%). Only(7%) of the isolates were resistant to gentamycin . Bacteriocin detection experments were carried on Enterococcus faecium and the results that all isolates were produce bacteriocin (100%) with wide range effect on gram positive and negative bacteria bacterial growth , with diameter (8 - 15)millimeter and (9 - 27)millimeter on the same isolates species ,EH1 isolate chosen as the best producer isolate bacteriocin with specific activity (1.28)unit/microgram of protein with protein concentration(250) microgram/ millimeter after the activity detected in isolates EH1,EH6,EH13 were the best bacteriocin production isolates by using disk method on the Mann Regusa Sharp agar . And founded the solid and broth Man Ragusa sharp medium was the best medium for bacteriocin production from E.faecium and this bacteria produce bacteriocin in tempreture degree between )16 - 45(C, E3isolate and the bacteria Salmonella ,Escherichia coli ,Staphylococcus aureus ,staphylococcus epidermidis chosen as indicating isolates, the bacteriocin extracted from E1in the crude form after growth this isolate on Mann Regusa Sharp broth and obtained on bacteriocin with specific activity (1.28)unit/microgram of protein with protein concentration (250) microgram /millimeter and this bacteriocin resistant for tempreture degrees 80,100,121 C for (15 ,30) minute also resistant to PH range (2 - 8) and resistant the storage in tempreture degree 0C,4 Cfor (day ,week). Then partial purification applied for this crude bacteriocin by precipitation with Ammonium sulphate of (40%,75%) saturation percentage .Results showed the precipitation in percentage 40% was the best with a specific activity reached in it to 44,137unit /migrogram protein and protein concentration 290 microgram/millimeter . The partial purified bacteriocin activity was stable at 80C for 30 minutes ,100C for( 5 ,15) minute ,but its activity decrease to reach to 0.8 unit/mg protein in 30 minute and lost activity in 121 C for 15 minute. Its activity was stable in PH (5.5 - 8.5) and storage at 0C for week

دراسة التاثير الخلطي لبعض المضادات الحيوية على فعالية المكونات الخلوية لبكتريا البروسيل == Study the effect of some antibiotics combination on the cell component activity for Brucella Spp

Author name: هادي حسين عباس القريشي
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل نوعين من بكتريا البروسيلا وتحديد انماطها الحيوية وهي البروسيلا المجــــــــــهضة (Brucella abortus)والبروسيلا المالطية (Brucella melitensis)المعزولة من الانسان . وتحديد حساسيتها لمضادات الحيوية وتــــــــحديد التركيز المثبط الادنىMIC))لبعض المضادات الحيوية المستخدمة في علاج داء البروسيلوسز Brucellosis)). فضلا عن التحري عن التاثير الخلطي لمضادات الحيوية وعند التراكيز تحت المثبطة الدنيا (sub - MIC)في نموها وعلى المكونات الخلوية المتمثلة بفعاليات انزيماتها, ونفاذية غشائها الخلوي ومكونات عديد السكرايد الشحمي المستخلص منها وعوامل التصاقها (Colony factor), فضلا عن تاثيرها في طور المستعمرات والتصاق خلايا البروسيلا على سطح الخلايا الطلائية . حيث اظهرت النتائج الاتي : • ان النمطين الحيويين السابع من البروسلا المجهضة والثالث من البروسيلا المالطية هما الاكثر انتشارا .• حساسية عزلات البروسيلا المجهضة والمالطية لكل من مضادات,Gentamicin,Kanamycin,Tobramycin,Naldixic acid .فيما قاومت مضادات,Lincomycin Rifampicin , Cephalaxicin ( وعلى التوالي .• بلغ التركيز المثبط الادنى لمضادات Doxycyclin ,Tetracyclin,Streptomycin ,Erythromycin ,Rifampicin (5,10,10,40,40) مكغم/مل وعلى التوالي • وجود تاثير تازري في نمو بكتريا عند خلط كل من مضاديDoxycyclin+Rifampicin,Erythromycin+Doxycyclin ,Erythromycin+Rifampicin,Tetracyclin+Rifampicin ,Tetracyclin+Erythromycin• غير مضاد Doxycyclin طور المستعمرات الملساء للبروسيلا الى طورها المتوسط فيما لم يوثر مضاد Rifampicin في طور المستعمرات فبقيت ملساء, وغير خلط مضاديDoxycyclin+Rifampicin طور المستعمرات الى الطور الخشن الفاقد للامراضية . • ثبط مضاديDoxycyclin+Rifampicin انتاج انزيمات Catalase ,Urease ,Oxidase ,Nitrate reductaseمن قبل البروسيلا المالطية والمجهضة عند استخدامها بصورة مفردة وخلطية • جاء التاثير الخلطي لمضادات Doxycyclin+Rifampicin تازريا في مكونات عديد السكرايد الشحمي عندما خفض نسبة المكونات السكرية والدهنية في مستخلص عديد السكرايد الشحمي بطوره المائي والفينولي لتبلغ المكونات السكرية للمستخلص(147,144) مكغم/مل للبروسيلا المجهضة بطورها المائي والفينولي وعلى التوالي و(145,138)مكغم/مل للبروسيلا المالطية وبطوريها المائي والفينولي . ومقارنة مع معاملة السيطرة(172,189) مكغم/مل بطوريها المائي والفينولي . اما المكونات الدهنية فبلغت لمستخلص البروسيلا المجهضة (60.6,56.5 )مكغم/مل بطوريها الفينولي والمائي وعلى التوالي ولمستخلص البروسيلا المالطية (44.4,36.3 )مكغم/مل وعلى التوالي لطوريها الفينولي والمائي ومقارنة بمعاملة السيطرة للبروسيلا المجهضة (82.1,77.3) مكغم/مل وللبروسيلا المالطية(92.1,64.6) مكغم/مل بطوريها الفينولي والمائي وعلى التوالي .• تبين قدرة كل من البروسيلا المالطية والمجهضة على تكوين عوامل الالتصاق بانواعـــــــــــها الثلاثة (CAF/I, CAF/II ,CAF/III), فضلا عن تكوينها لانواع اخرى من عوامل الالتصاق تم الكشف عنها وبطرائق محورة . كما استطاعت المضادات الحيوية المستخدمة خــــــــــلطا (Doxycyclin+Rifampicin )من منع خلايا البروسيلا عن تكوين هذه العوامل كافة.• اثر استخدام مضادي Doxycyclin+Rifampicinخلطا على خفض عدد خلايا البروسيلا الملتصقة بسطوح الخلايا الطلائية مسببا خفض اعدادها لتبغ معدل عدد الخلايا للبروسيلا المجهضة 6, وللبروسيلا المالطية 3 مقارنة بمعاملة السيطرة 51 و55 وعلى التوالي .• تسبب معاملة البروسيلا بمضاديDoxycyclin+Rifampicin خلطا خللا في نفاذية غشائها الخلوي السايتوبلازمي ونضوحا لحامضها النووي عندما بلغ طيف الامتصاص حامضها النووي(2.21,2.33) لكل من البروسيلا المجهضة والمالطية وعلى التوالي ومقارنة بمعاملة السيطرة(0.72,0.73). | Two types of Brucella isolated from human included Br. abortus and Br. melitensis were determine there biotype, Antibiotic sensitivity and MIC for some antibiotic used for brucellosis treatment were applied.mixed affect of antibiotics at concentrations of sub MIC on the growth and on cellular containt of brucella represented by enzymatic activity, cellular membrane permeability lipopolysaccharide contents,colony phase,colony adhesion factor beside adhesion on epithelial cells to brucella.the results showed that biotype 7 from Br.abortus and biotype 3 from Br. melitensis were the dominant isolated. All isolated of Br . abortus , Br. melitensis sensitive completely to gentamycin, kanamycin ,tobramycin, naldixic acid while its resistantto lincomycin ,rifampicin ,cephlothin , doxycyline The MIC to doxycycline,tetracycline,streptomycine,erythromycine,rifampicin were ( 40 , 40 , 10 , 10 ,5 ) g/ml respeactivelly.There was a synergistic effect on bacterial growth when the following antibiotics mixed as follow : ( doxycyline - rifampicin , erythromycin - rifampicin , rifampicin - tetracycline , erthromycin - tetracycline )The doxycycline had changed the colony from smooth phase to intermediate phase while the rifampicin had not affect the smooth phase . The mixed affect of doxycylin _ rifampicin have changed the smooth colonies to rough colonies .Both doxycyline , rifampicine inhibited the activity of catalase , urease , oxidase , nitrate , reductase that produced by Br. abortus and Br.melitensisThe synergistic effect of doxycycline and Rifampicin on the content of lipopolysaccharide.The mixed effect of antibiotic caused a decrase in the polysaccharides in aqueous and phenolic phases .In this case it gave a values (144,147) g/ml for Br. abortus and (138,145) g/ml for Br. melitensis in comparison with contral with read to(172,180.1) g/ml to aqueous and phenolic extraction respeactivelly. While the lipid content showed value of (60.6,56.5) g/ml for Br. abortus and (44.4,36.3) for Br. melitensis in comparison with control that gave a values (82.1,77.3) g/ml for Br. abortus and (92.1,64.6) for Br. melitensis in aqueous and phenolic phases respeactivelly .Both Br.abortus and Br. melitensis had ability to from colony adhesion factor(CAF/I,CAF/II,CAF/III) in addition to another colony factors(i.e CAF/III) that had modified due to presence of tannic acid. The mixed effect of doxycycline - Rfampicin inhibit the formation of these factor.The mixed effect of Doxycycline - Rifampicin causesd a decrase of brucella adhesion on the epithelial cell surface.The average of Br. abortus (6) and Br. mlitensis(3) in comparison with control 51,55 cell/filed respectively.The mixed effect of Doxycycline - Rifampicin caused a defeact in cytoplasmic membrane permeability hance the absorbance of Naldaxic acid a values 2.21,2.33 for Br. abortus and Br.melitensis in comparison with acontrol that showed avalues 0.72,0.73 respectivelly.

التحديد الجزيئي لجين مقاومة مضاد الفنكومايسين في انواع جنس الانتيروكوكس والعنقوديات الذهبية == Molecular Detection of Vancomycin Resistance Gene in Enterococcus Spp. and Staphylococcus aureus

Author name: هادي حسين عباس القريشي
Supervisor name: انتصار ناظم خلخال | زهير نعمان حمد العاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تشكل البكتريا التابعة لجنس Enterococcus جزءا مهما من النبيت الطبيعي للقناة الهضميه ،تجويف الفم والمهبل ، وقد برزت في الوقت الحاضر كممرضات مكتسبة من المستشفيات ،وعدت E.faecalis & E.faeciumالانواع العوامل الرئيسه لاصابات المستشفى الحادة ضمن جنسEnterococcus ذات الصلة بالالتهابات الخطرة ويحدث فشل علاج هذه الالتهابات بسبب المقاومة الداخلية (المتاصلة) والاخرى المنتقلة للادوية والعقارات المستخدمة .لذا فقد صممت الدراسة الحالية للكشف عن حركة وانتقال جينات المقاومة ضمن الانواع التابعة لجنس Enterococcus وS.aureus كمكورات موجبة لصبغة غرام(Gram positive) مسببة لاصابات المستشفيات.امكن تقسيم هذه الدراسة الى جزئين رئيسين : الاول : الجانب البكتريولوجي : جمعت (705) عينة ادرار من مصابين بالتهابات المسالك البولية(UTI) من ثلاثة مستشفيات(الكندي التعليمي،ابن البلدي والشهيد الصدر) في مدينة بغداد خلال اربعة اشهر للفترة من(شباط - ايار2014). وقد بينت النتائج ان (105) عزلة منها تعود للجنس Enterococcus.كما تم الحصول على (299) عزلة لبكتريا S.aureus من مجموع (413 )مسحة جروح وحروق .شملت الدراسة مرضى من كافة الفئات العمرية ومن كلا الجنسين.شخصت العزلات العائدة لجنس Enterococcus باجراء اختبارات تمهيدية من خلال زرع العزلات على اوساط تفريقية (Azide blood agar) وملونة (chromo agar UTI orientation ) واخرى محورة(modified media) .كما اجريت اختبارات تاكيدية لتشخيص العزلات الى مستوى النوع وهي : vetik 2 system فضلا عن استخدام بوادئ متخصصة لجينات(primers) ddl للنوعين E.faecalis E.faecium and .لذا امكن تمييز(55)عزلة تعود للنوع E.faecalis(% 7.8) و(50)عزلةشخصت كونها تعود للنوع E.faecium(% 7.1).اما عزلات S.aureus فقد زرعت على وسط اكار المانيتول الملحي (mannitole salt agar)كاختبار تمهيدي لتشخيص العزلات بانها تعود للنوع aureus، ولتاكيد التشخيص فقد تم تنمية العزلات على اوساط اختيارية عالية الدقة والخصوصية شملت(chromoagar S. aureus and chromoagar MRSA) اذ تعتمد نتيجة التشخيص هنا على طبيعة التفاعل الملون بين انزيمات الكائن المجهري المراد التحري عنه وبعض المتفاعلات (reagents) على مثل هكذا اوساط زرعية فضلا عن استخدام (femA gene) البادئ المتخصص بهذا الجين، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات(299) كانت تعود للنوع ستاف اوريس (162) من عزلات الحروق و(137) من عزلات الجروح.كما اظهرت النتائج ان (135) عزله (100%) كانت مقاومة للمثيسيلين (82) من عزلات الحروق اي مايعادل(60.7%) و(53) من عزلات الجروح اي مانسبته (39.3%).تم التحري عن حساسية جميع عزلاتE.faecium and E.faecalis تجاه المضاد الحيوي فانكومايسين بطريقة Disc diffusion method فضلا عن تحديد التركيز المثبط الادنى (MIC) وقد بينت النتائج ان (20) عزلة من النوع E.faecalis و(20) اخرى من النوع E.faecium كانت بين مقاومة ومتوسطة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وقد تم تاكيد النتائج بعد زرع هذه العزلات على الوسط الخاص ببكتريا Enterococcus المقاومة لمضاد الفانكومايسن ((VRE medium،اذ ظهرت المستعمرات بلون وردي مقارنة بالعزلات الحساسة لهذا المضاد والتي تظهر مستعمراتها بلون ازرق .واظهرت (13) عزلة لبكيريا ستاف اوريس مقاومة واضحة تجاه مضاد الفانكومايسين وحددت قيم (MIC) . عزلت بلازميدات المقاومة للفانكومايسين من عزلاتEnterococcusوS. aureusالمقاومة لهذا المضاد بطريقة (plasmid profile) method plasmid extraction وبينت النتائج ان جميع هذه العزلات تحتوي بلازميدات مختلفة الحجام من حيث عدد ازواج القواعد النتروجينية ( Kbp ). ثانيا : الجانب الجزيئي : شخصت عزلاتE.faecalis and E.faecium باستخدام بوادئ متخصصة للجين (ddl) لكلا النوعين كذلك بادئ متخصص للجين fem A لعزلات S. aureus كما استخدمت بوادئ متخصصة للجينات (VanS,R,A and B) ل(40) عزلة لكلا نوعي جنسEnterococcus المقاومة للفانكومايسين واستخدمت نفس البوادئ مع ( 13 ) عزلة S. aureus كانت مقاومة لهذا المضاد . ولتحديد تعاقبات جينات( van R,S and A) للعزلات قيد الدراسة فقد ارسلت نواتج عمليةPCR الى(NCBI) في الولايات المتحدة الامريكة، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات التابعة للنوعين(E.faecalis and E. faecium) كانت تمتلك جينات (Van R,S,and A) المسؤولة عن صفة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وكانت حجوم هذه الجينات1094,733 bp)،650) بالتعاقب ،ولم يتم الكشف عن الجين B في عزلات Enterococcus لكلا النوعين. امكن استنتاج النقاط الاتية من الدراسة الحالية : 1 - اكتسبت عزلات S. aureusالمقاومة نوعA تجاه مضاد الفانكومايسين ، كما ظهر انها تمتلك جينات Van S and R.2 - كانت المقاومة للفانكومايسن في جميع العزلات قيد الدراسة والمقاومة للفانكومايسين هي صفة بلازميدية بسبب فقدانها بعد عمل Curing .3 - اظهرت عملية اجراء التعاقبات للجينات Van S,R and A لعزلات Enterococcusاظهرت تطابقا بم يقارب (99%) مع الجين المرجع من جهة ومع بعضها الاخر من جهة اخرى.4 - بينت تعاقبات جيناتS. aureus (99%) تطابقا مع مثيلاتها في عزلات Enterococcus.5 - كان مصدر المقاومة لمضاد الفانكومايسين هو من عزلات Enterococcusومنها انتقلت صفة المقاومة لعزلات S. aureu | Enterococci form a part of the normal flora of the intestinal tract, oral cavity and the vagina. In recent time; they have become emerged as a nosocomial pathogens. Among Enterococcus genus; Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis are the main causative agents for serious relevant nosocomial infections. The therapeutic failure of enterococcal infections are mainly due to the intrinsic as well as transferable drug resistance,so the current study have been performed to detect the movement or transfer of resistance genes among Enterococcus sp.and Staphylococcus aureus (S.aureus) as a nosocomial Gram - positive cocci. This study could be divided into two aspect : I : Bacteriological aspect : During the period from February / 2014 to May / 2014, one hundred and five enterococcal isolates were isolated from a total of (705) urine samples collected from patients with urinary tract infections (UTI) who attended to three hospitals ( Al - Kindy teaching hospital, Ibn - Al - Balady and Al - Shaheed - Al - Sader ) at Baghdad city .Also 299 isolates of S. aureus were obtained from 413 wound and burn swabs . Patients included in this study were from all age groups and of both genders .The Enterococcus isolates were diagnosed by using the preliminary tests (azide blood agar,chromogenic that included chromoagar UTI orientation , VRE chromagar and modified media). As well as confirmative tests have been conducted for identification of Enterococcus to species level; these tests included vitek 2 System and ddl E.faecalis and ddl E.faecium gene primers ,therefore (55)7.8% isolates were identified as; E.faecalis while (50) 7.1% isolates were detected as E.faecium from 705 urine sample .S.aureus have been diagnosed by preliminary test by culturing the suspected isolates on mannitol salt agar then confirmative test were carried out ; by employing high specialized and accurate chromogenic S. aureus media ( chromagar S. aureus ) , also some of S. aureus isolated identified by vitek 2 system, and other isolates identified by house keeping gene primer special to S. aureus (Fem A gene) ,the results have been shown that;(299)isolates were identified as S. aureus from 413sample was included 232 burn and 181 wound samples . Also from 299 of S. aureus that included 162 isolates from burn and 137 isolates from wound, 135(100%) isolates was methicillin resistance after inoculcated on chromagar MRSA was included 82(60.7%) burn isolates and 53(39.3%) wound isolates. E. faecalis and E. faecium isolates were screened for their antibiotic resistance against vancomycin by disc diffusion test (Kirby - Bauer) method and determination MIC,the results have revealed that (20) isolates of E. faecium and (20) isolates of E.faecium were between resistant and intermediate resistance to vancomycin antibiotic and these results were ensured by culturing of VRE isolates on VRE medium and the colonies showed pink color compared with vancomycin sensitive isolates which appeared blue. As well as the results were showed that (13) isolates of S. aureus were resistant to vancomycin when tested for vancomycin sensitivity and MIC value. Plasmid have been extracted and isolated from those (40) isolates of E.faecalis , E.faecium and 13(8.5%) isolates of S. aureus that were resistant to vancomycin included 8 ( 4.9%)isolates from burn and 5(3.6%) isolates from wound . the results have been showed that all of VRE and S. aureus were contained plasmids with multiple size of Kbp.II; Molecular aspect : E.faecalis and E.faecium have been identified by using the ddl gene primers of both E.faecalis and E.faecium , as well as fem A gene primer of S. aureus . Van S,R, Aand B primer genes special to 40 isolates of Enterococcus that resistant to vancomycin were detected by MIC determination,as well as we used the same primers genes that special to Enterococcus to S. aureus which were resistant to vancomycin and the PCR product were sequencing to comprised each of Van S,R,and A genes in both of bacterial species shown that the results were ,all isolates of E.faecium and E. faecalis should have Van R/S and A genes which were responsible for vancomycin resistance and the size of these genes 650 bp,1094bp and 733bp respectively, no van B gene resistance had been detected among all isolates of Enterococcus of both species . and the conclusion from this study was : - S. aureus gained resistance toward antibiotic vancomycin type A, S. aureus was also harboring van R and VanS genes . - Vancomycin resistance in all isolates of Enterococcus and S. aureus. was a plasmid born character since it has been lost and upon curing of the plasmid - Sequencing of Van R,S and A genes in Enterococcus have shown 99% of alignment with reference gene on one hand with each other on other hand - Sequencing of resistance genes in S. aureus have show 99% alignment with those of Enterococcus . - Members of genus Enterococcus are the source of Vancomycin resistance and from which it transfer to S. aureus. - Vancomycin resistance is a plasmid born characters since it was lostduring curing process using acridine orange.

التعرف على بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثيسيلين من العينات السريرية باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل والتحري عن حساسيتها للسفتارولاين ولمضادات حيوية اخرى == Identification of Methicillin Resistance Staphylococcus aureus (MRSA) from Clinical Samples Using PCR Techinque and Detection of Its Susceptibility to Ceftaroline and other Antibiotics

Author name: نور ماجد عبد الله الدليمي
Supervisor name: امنة نصيف جاسم | عباس عبد المعيد مصطفى
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: ﺷﻤﻠﺖ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ جمع ( ٢٢۰ ) عينة من Hospitalized Patients في مستشفى بغداد التعليمي في مدينة الطب (العراق/ بغداد)، خلال الفترة من شهر تشرين الثاني /٢۰۱٣ الى شهرنيسان/ ٢۰١٤. تضمنت العينات )۷۰) مسحة من الحروق ، (٥٦) عينة دم،(٥٤) مسحة من الاذن، (٤۰) عينة ادرار. ﺍﻅﻬﺮﺕ ﺍﻟﺩﺭﺍﺳﺔ ﺍﻥ۱۰۸) ٤۹٫۰٣٪ (من العزلات تعود الى جنس Staphylococcus aureus حيث اعطت نتيجة موجبة لفحص الانزيم المخثر للبلازما (Coagulase - Positive Staphylococci) COPS،في حين اعطت ۱۱٢ )٥۰٫۹٪(من العزلات نتيجة سالبة لفحص الانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci )CONS .من بين ۱۰۸ عزلة بكتيرية من COPS شخصت۸٥ )۷۸٫۷٪( عزلة بكتيرية على انها بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثسيلين MRSA ) ( methicillin resistance Staphylococcus aureus طبقا لاختبار الحساسية للمضادات الحياتية وجهاز الفايتكvitek system،بينما شخصت ٢٣ )٢۱٫۹٪( عزلة بكتيرية على انها بكتريا العنقوديات الذهبية الحساسة للميثسيلين methicillin sensitive Staphylococcus aureus) MSSA . تم تحديد اختبار الحساسية لعزلات المكورات العنقودية لعشرة من مضادات الحياة باستخدام طريقة الانتشار بالاقراص،وكانت نسبة مقاومة بكتريا المكورات العنقودية للمضادات كالاتي : جنتامايسين ٦۰ )٥٥٫٥٦٪( ,ارثرومايسين ۷۰)٦٤٫۸١٪(،كلندامايسين ۸١)۷٥٪( ,سيفوكستين ۸۹)۸٢٫٤١٪( ,كلورامفينيكول وبنسيلين جي ۹۰)۸٣٫٣٣٪( ,اوكزاسلين ۸٦)۷۹٫٦٣٪(،فانكومايسين ٢٤ )٢٢٫٢٢٪(،واخيرا الميثسيلين ۸٥)۷۸٫۷۰٪(.ﻭﻟﻘﺪ اﻅﻬﺮﺕ ﺍﻟﻨﺘﺎﺋﺞ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﺤﺼﻮﻝ ﻋﻠﻴﻬﺎ ﻣﻦ ﺍﺧﺘﺒﺎﺭ ﺍﻟﺤﺴﺎﺳﻴﺔ ﻟﻠﻤﻀﺎﺩﺍﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ انها ﻛﺎﻧﺖ ﻣﻘﺎﻭﻣﺔ ﻟﻠﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻀﺎﺩﺍﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﺍﻷﺧﺮﻯ ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔ اﻟﻰ للميثسيلين. نتائج جهاز الفايتك كانت متقاربة مع نتائج اختبار الحساسية للمضادات الحياتية لنفس المضادات التي استخدمت في كلا الاختبارين ،ماعدا نتيجة مضاد الفانكومايسين حيث كان الفرق بالنتيجة كبير ،كانت نسبة الحساسية للمضاد بواسطة الانتشار بالاقراص ٢٤ )٢٢٫٢٢٪(، بينما بواسطة جهاز الفايتك كانت النتيجة )۸٫٣٣٪(.السبب وراء الاختلاف بالنتيجة قد يعزى الى ظروف الاختبار ونوعية التقنية المستخدمة. اعلى نسبة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثسيلين عزلت من عينات الجروح ،حيث بلغت هذه النسبة (۹٣٫۸۷٪)،في حين اقل نسبة من هذه االبكتريا عزلت من عينات الادرار ،حيث بلغت النسبة (٥۰٪). اجري تشخيص تاكيدي للعزلات باستخدام تقنية تفاعل سلسلة البلمرة لمعرفة عائديتها الى نفس النوع من البكتريا عن طريق تضخيم جينmecA ،واظهرت ۸٥ عزلة بكتيرية نتيجة موجبة تفيد باحتوائها على هذا الجين. في الدراسة الحالية، مضاد السفتارولاين هو المضاد المثالي للعلاج، بسبب فعاليته القاتلة ضد بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثسيلين .حيث اختبرت فعاليتة وتاثيره عللى ۸٥ عزلة من البكتريا المقاومة للميثسيلين،كل العزلات التي اختبرت كانت حساسة لهذا المضاد.تم تحديد اختبار التركيز المثبط الادنى MIC لعزلات المكورات العنقودية الذهبية لمضاد السفتارولاين,۸١( ۹٥٫٢۹٪) عزلة كانت قيمة ال MIC لها ۰٫٥مايكروغرام/مل ، ٣ (٣٫٥٢٪) ثلاث عزلات كانت قيمة ال MIC لها (۰٫٢٥مايكروغرام/مل) , و۱(۱٫۱۷٪) عزلة واحدة كانت قيمة ال MIC لها (۰٫١٢ مايكروغرام/مل) . اظهرت النتائج ان قيم تركيز المثبط الادنى للمضاد قد تراوحت بين (۰٫٥ - ۰٫١٢ مايكروغرام/مل). | Two hundred and twenty clinical samples were collected from hospitalized patients in Baghdad Teaching Hospitals in Medical City (Baghdad /Iraq), during the period From November/ 2013 to April /2014. The samples included : (70) burn swab, (56) blood, (54) ear swab, and (40) urine sample. It was found that (49.03%) of the 108 isolates, which belong to Staphylococcus aureus, were diagnosed as coagulase - positive staphylococci (COPS); while 112 (50.9%) of clinical samples were coagulase negative (CONS). From the collected clinical samples that gave positive result in coagulase (108) there 85(78.7%) of it was (MRSA) methicillin resistance S. aureus according to sensitivity test and vitek 2 system. The rest were (MSSA) methicillin susceptible S. aureus 23(21.9%). The pattern of antibiotic susceptibility of S. aureus isolates included 10 antibotics (Gentamycin, Erythromycin Clindamycin, Cefoxitin, Chloramphenicol, Penicillin G, Oxacillin, Vancomycin, Tetracycline, and Methicillin), which determined using disc diffusion method. There were a variable resistance percentage for the rest of antibiotics : Gentamycin 60 (55.56%), Erythromycin 70(64.81%), Clindamycin 81 (75.00%), Cefoxitin 89 (82.41%), Chloramphenicol and Penicillin G, 90 (83.33%), Oxacillin 86 (79.63%), Vancomycin 24 (22.22%), and Methicillin 85 (78.70%) . The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that MRSA isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The results of vitak - 2 were closely with those obtained from sensitivity test for all antibiotics that used in both tests, except vancomycin; the percentage of vancomycin in disk diffusion was 24 (22.22%), while the percentage in vitek system was 9 (8.33%).The reason behind the difference in results is attributed to the conditions of tests used and type of techniques. The highest percentage of MRSA isolate was from burn samples; it was 93.87%, while the lower percentage of MRSA isolate was from urine samples (50%). A confirmatory test was carried out for the selected isolates using PCR technique for further characterization up to the species level by the amplification of mecA gene (Staphylococcus aureus specific gene) and all the isolates are found to be positive for the presence of mecA gene. In the present study, ceftaroline is a drug of choice, because of its bactericidal activity against Methicillin - resistant S. aureus .The effectiveness of the ceftaroline antibiotic is being tested on 85 isolates of Methicillin - resistant S. aureus (MRSA); all isolates were sensitive to ceftaroline. The pattern of minimum inhibitory concentration of MRSA isolates to ceftaroline, was determined using MIC method. For 81 (95.29%) MRSA isolates the MIC (0.5 µg/ml), 3 (3.52%) MRSA isolates the MIC (0.25 µg/ml), and 1(1.17%) MRSA isolate the MIC (0.12 µg/ml). The results revealed that MIC range from (0.5 µg/ml - 0.12 µg/ml) respectively.

ترافق بعض مجاميع الدم البشرية واضدادها مع مرض السكري النمط - 1 للانسان == Association of some human blood groups and antibodies with type - 1 diabetes

Author name: نور عبد الاله خليل حسين
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة 126 نموذجا لمرضى السكري النمط ـ1 (T1D) Type - 1 Diabetes قورنت بـ 100 نموذجا لاصحاء مقاربة بالعمر والجنس مع المرضى. اهتمت الدراسة في ايجاد ترددات مجاميع الدم A وB وO وAB وLe(a+b - )وLe(a - b+) وLe(a - b - )و MMوMN وNNوSS وSsوss فضلا عن دراسة عيارية الاضداد للمرضى والاصحاء اذ استعملت طريقة تنميط مجموعة الدم ABO وLewis وMNSs واستعمل فحص تثبيط التراص لتحديد قابلية الافراز للنمط Le(a - b - ). جاءت النتائج لتشير الى زيادة ملحوظة في تردد مجموعة الدم O ، اذ كانت 39.68% في المرضى و28% في الاصحاء (مربع كاي 7.097 وباحتمالية P<0.01 ). فيما صاحب تردد مجموعة الدم A انخفاضا ملحوظا في المرضى فكان 20.63% اما في الاصحاء فكان 37% (مربع كاي 6.159 واحتمالية P<0.05) .اما مجموعة الدم B فظهرت بتردد 28.57% في المرضى و23% في الاصحاء (مربع كاي 3.615 واحتمالية P<0.05). وانخفض تردد مجموعة الدم AB انخفاضا طفيفا في المرضى عنه في الاصحاء ، اذ كان في المرضى 11.11% و12% في الاصحاء وبفرق غير معنوي (مربع كاي 0.804).ولوحظ دور المجموعة Le(a+b - ) في القابلية لاحداث المرض ، اذ بلغ ترددها في المرضى 30.95% فيما كان في الاصحاء 21% واشار التحليل الاحصائي الى وجود فروق معنوية لهذا الفرق (مربع كاي 5.882 واحتمالية P<0.05). واظهرت المجموعة Le(a - b - ) دورا هاما في قابلية الاصابة بالمرض وبتردد بلغ 18.25% في المرضى و11% في الاصحاء (مربع كاي 4.604 واحتمالية P<0.05). في حين اظهرت المجموعة Le(a - b+) دورا مقاوما للمرض.وقد تبين دور الافراز في احتمالية الاصابة بالسكري النمط ـ1 وذلك بارتفاع تردد الفارزين عن غير الفارزين ، فقد كان في المرضى 69.56% على حين كان في الاصحاء 45.45% وبمعنوية عالية (مربع كاي 11.601 واحتمالية P<0.01). اما مجموعة غير الفارزين فاظهرت مقاومة للاصابة بالمرض.لقد برز دور مجموعة الدم MNSs في المرض ، اذ بلغ تـردد المجمـوعة MN في المرضى 55.55% مقارنة بالاصحاء 41% (مربع كاي 6.377 واحتمالية P<0.05). وقد لعبت المجموعة Ss دورا في المرض وبتردد 23.80% في المرضى مقارنة بتردد 11% في الاصحاء (مربع كاي 7.067 واحتمالية P<0.01)، على حين كانت بعض مجاميع دم MNSs مقاومة للمرض. درست عيارية الاضداد للانماط الدموية تحت الدراسة وقد لوحظ من نتائج الدراسة وجود ارتباط بين بعض المجاميع الدموية وعيارية الاضداد الضادة لكريات دم الارنب Anti - rabbit red blood corpuscles antibodies في مصول مرضى السكري النمط ـ1 مقارنة بالاصحاء اذ استعمل اختبار التحري عن عيارية الاضداد الضادة لكريات دم الارنب. كان النمطين A وAB اكثر الانماط اظهارا لعياريات عالية ، اذ بلغت في المجموعة A 1949.5 ± 938.7 . اما في المجموعة AB قد كانت 1940.6 ± 1331.3 مقارنة بالاصحاء والتي بلغت 1487.6 ± 1237.5 في المجموعة A و714.7 ± 510.4 في المجموعة AB وكان التحليل الاحصائي ذا شان (قيمة T 35.844 واحتمالية P<0.01) و(قيمة T 167.78 وباحتمالية P<0.01) على التوالي.ان المجموعة Le(a - b+) ارتفعت فيها عيارية الاضداد الضادة لكريات دم الارنب ، اذ بلغت 1852.9 ± 948.7 في المرضى و1387.3 ± 1192.1 في الاصحاء (قيمة T 51.802 واحتمالية P<0.01).اما عيارية النمط Le(a+b - ) اذ بلغت 1824.8 ± 979.6 في المرضى و1091.1 ± 1088.8 في الاصحاء (قيمة T 40.816 وباحتمالية P<0.01).على حين كانت العيارية للنمط Le(a - b - ) هي 1444 ± 1069.6 في المرضى و1198.6 ± 742.6 في الاصحاء (قيمة T 63.470 وباحتمالية P<0.01). درس مورث الافراز Secretory gene بالنسبة الى عيارية الاضداد، قد كان غير الفارزين ذو عيارية ضادة لكريات دم الارنب عالية مقارنة بالفارزين اذ بلغت في المرضى 2052.6 ± 1557.2 مقارنة بالاصحاء البالغة 1386.7 ± 794.9 (قيمة T 172.65 واحتمالية P<0.01).اما ما يخص مجموعة الدم MNSs ، فقد اظهر النمط MN عيارية مرتفعة والبالغة 1815.3 ± 962.9 وقد افترقت عن مثيلاتها في الاصحاء فكانت 1379.9 ± 1142.5 (قيمة T 162.09 واحتمالية P<0.01).كانت المجاميع O وLe(a - b - ) وLe(a+b - ) ومجموعة الفارزين والانماط MN وSsاكثر Relative risk للمرض اذ بلغت خطورتها النسبية 1.4 و1.7 و1.5 و1.5 و1.4 و2.2 على التوالي. | A total of 126 type - 1 diabetics and an age and sex comparable 100 healthy subjects were studied . The study dealt with finding the frequency of ABO , Lewis , MNSs blood groups in these subjects , besides the frequency of secretors and non - secretors were investigated.Further more , the anti - rabbit antibody immune response among diabetic and healthy subjects was investigated .The frequency distribution of ABO showed the followings :  A significant increase in O - blood group distribution was recorded : 39.68% in patients versus 28% in control (Chi2 7.097 , P< 0.01 ) . A significant decrease in patients A - blood group frequency was seen 20.63% in patients versus 37% in control (Chi2 6.159 , P<0.05 ) . A slight increase in B - blood group frequency in patients was observed (28.57%) compared to control (23%) (Chi2 3.615 , P< 0.05 ) . Likewise , AB - blood group showed a frequency of 11.11% in patients compared to 12% in the control .On the other hand , the frequency distribution of Lewis blood group showed : Le ( a+ b - ) Patients frequency was 30.95% versus 21% in control (Chi2 5.88 , P<0.05 ) . while Le ( a - b - ) gave a patients frequency of 18.25% versus 11% in control ( Chi2 4.6 , P<0,05 ) .Le ( a - b+ ) demonstrated a resistant distribution compared to control .The fraction of secretors among Le ( a - b - ) gave 69.56% versus 45.45% in healthy controls ( Chi2 = 11.6 , P<0.01 ) .The frequency distribution of MNSs blood group showed a role of MN , giving a frequency of 55.55% versus 41% in control (Chi2 = 6.37, P<0.05). Likewise , Ss gave a frequency of 23.80% versus 11% in control (Chi2 = 7.06 , P<0.01 ) .Nonetheless , some MNSs genetic types showed a decreased frequency in diabetics compared to controls .The immunological findings showed that there was an association between blood groups and anti - rabbit red blood cell antibody titers . A and AB were among the groups that gave an increase anti - rabbit red blood cell titers . The mean titer in A was 1949.5 ± 938.7 versus 1487.6 ± 1237.5 ( T 35.8 , P<0.01 ) , while the mean titer in AB was 1310.2 ± 646.3 in patients versus 714.7 ± 510.4 in controls (T 167.78 , P < 0.01).A statistically significant increase in anti - rabbit antibody titers was seen in Le ( a+b - ) and Le ( a - b - ) Lewis blood groups compared to controls .MNSs blood groups genetic types gave an increase in mean MN anti - rabbit antibody titers 1815.3 ± 962.9 versus 1379.9 ± 1142.5 ( T = 162.09 , P<0.01 ) .The relative risk in all blood groups was recorded O , Le ( a - b - ) , Le ( a+b - ) , secretors , MN and Ss showed a relatively increase risk giving a relative risks of 1.4 , 1.7 , 1.5 , 1.5 , 1.4 and 2.2 respectively .The novel findings were discussed based on the available data in the subject

التحري عن بعض الجينات المسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي لبكتريا Staphylococcus epidermidis المعزولة من عينات سريريه مختلفة == Investigation of some genes responsible for Biofilm Formation in Staphylococcus epidermidis Isolated From clinical samples

Author name: نهاد خلاوي تكتوك
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | سوزان سعدي حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: المكورات البشرويه (Staphylococcus.epidermidis) احدى اهم انواع المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز والتي تعتبر الممرض الرئيسي المصاحب للاصابات . تم جمع 645 عينه سريريه اخذت من مصادر مختلفه تضمنت عينات الدم , عينات ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الجلد والانف من كادر المستشفى,وقد تم زرع وعزل وتحديد العزلات النقيه من مختلف الاجناس البكتيريه وكالتالي : بكتريا الـ pseudomonas .spp. احتلت المركز الاول وبنسبة 19.9% تتبعها مجموعة الـمكورات السالبه لفحص الكواكيوليز 17% تضمنتها : , S.Lentus, S. saprophyticus , S. epidermidis ) S. haemolyticus وS.hominis)وبنسبة ( 68.5 , 13.7, 6.85 , 6.85 و4.1) %على التوالي, تتبعها كلا الـ S. aureus وE. coli وبنسبه (4 16. %)ثم (%16) Klebsiella sp. وProteus (12.9%) ثم بكتريا الـ Serratia marcescens (%1.4) عزله من عينات الدراسه. كل عزلات بكتريا المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز كانت موجبه لصبغة كرام , منتجة صبغه بيضاء عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي انتجت صبغه صفراء وقد اضهرت كل العزلات نتائج سالبة لفحوصات : الاوكسيديز والكواكيوليز لكنها منتجه لانزيم الكتيليز والتي من خلالة تفرق المكورات عن المسبحيات , اضافه لذلك كانت النتائج ايجابيه في اختزال النترات الى نتريت ومقاومه لمضاد الفانكومايسين عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي كانت مقاومه للمضاد, وقد عرفت كل العزلات بواسطة نظام الـ API staph ونظام الفايتك خلال 6 ساعات. ان كل عزلات المكورات البشرويه كانت غير مخمرة لسكر الزايلوز والسوربيتول والمليببوز بينما مخمرة لسكر الكلوكوز , الفركتوز , السكروز , المالتوز , اللاكتوز والمانوز اضافه الى انتاجها لليوريز , اللايبيز لكنها سالبه لفخصي الدنيز واللسيذنيز. وقد احتلت عينات الدم المرتبة الاولى في عزلات المكورات البشروية وبنسبة 60% يتبعها عينات ادرار القسطرة بالمرتبة الثانيه20%. اغلب المكورات البشرويه عزلت من الذكور 58% مقارنه بالاناث 42% وقد كانت الفئه العمريه الثالثه ( 46 - 65 ) سنه اكثر انتشارا للمكورات البشرويه تتبعها الفئه العمريه الرابعه (>65)وبنسبة 32% وايضا فان نسبة عزل البكتريا من مجاميع الدراسة ( 50, 25 ,15 ,10) على التوالي من عينات ( الدم,ادرارالقسطرة, مسحات الجروح والحروق بالاضافة الى مسحات الجلد والانف من كادرالمستشفى )على التوالي واكثرها في الذكور عدا الفئة العمرية الثالثة حيث كانت النسبة في الاناث 65% عما عليه في الذكور 35% اما انتاجية البكتريا للغشاء الحيوي مظهريا فقد تبين ان 16 % من العزلات كانت منتجة للغشاء الحيوي على وسط الكونكو الاحمر بالرغم من اختلاف المستويات الانتاجية حيث كانت انتاجيتها قوية للغشاء الحيوي (الكونكو الاحمر, الكونكو الاحمر المحور, الكونكو الاحمر المحور الجديد) وبنسبة (2,4,6) % على التوالي بينما كانت متوسطة (4,10,10) % وضعيفة (84,86,94) % على التوالي لهذه الاوساط الثلاثة . وقد بينت نتائج هذه الدراسة عدم وجود فروقات بين هذه الاوساط الثلاثة حيث كانت الانتاجية قوية للغشاءالحيوي على وسط الكونكو الاحمر6% مقارنة بــ (2,4) % على وسطي الكونكو الاحمر المحور والجديد على التوالي بينما كانت متوسطة الانتاجية وبنسبة 10% للكونكو الاحمر و4% لكلا الوسطيين للكونكو الاحمر المحور والجديد . ان انتاجية الغشاء الحيوي المشخصة بالطرق المظهرية الثلاث كانت 60% ايجابية بطريقة الاطباق الماكروية بينما (16,38) % على التوالي لكلا الطريقتين (الانابيب ووسط الكونكو الاحمر) وبنفس الوقت كانت (40,62,84) % على التوالي سالبة للطرق المظهرية الثلاث . فيما بينت المقارنةالمظهرية بين الطرق الثلاث وجود ارتباط قليل بين طريقتي الكونكو الاحمر والاطباق المايكرويه وان انتاجية الغشاء الحيوي قويه وبنسبة18% بطريقة الاطباق المايكرويه مقارنة بطريقتي الانابيب والكونكو الاحمر وبنسبة ( 12, 16) % على التوالي, كذلك منتجه للغشاء الحيوي ( 33.3,83.3,54.5,60) % على التوالي للعزلات المعزوله من عينات الدم ,ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الانف والجلد من كادر المستشفى وغير منتجه للغشاء ( 40, 16.7,45.5 ,66.7)% على التوالي من مجاميع عينات الدراسه. بالاضافه لذلك فان ( 44)% من عزلات المكورات البشرويه كانت منتجه لجيني الـ PIA بينما)56%) غير منتجه , و10,8 عزله من 30 عزله من البكتريا المعزوله من الدم كانت موجبه لكلا الجينين ICaA وICaD وقد كانت العزلات المنتجه للغشاء الحيوي وجيني الـ PIA بنسبة 77.3 % ( 17 عزله) كانت موجبة للجينين بينما سالبه لانتاجية الغشاء الحيوي والجينين وبنسبة 53.6% . وقد بينت نتائج الدراسة ان 17% من العزلات تحوي الجينين ومنتجه للغشاء الحيوي و16 عزله كانت منتجه للغشاء الحيوي لكنها فاقدة للجينين كذلك 53.6% من العزلات غير منتجه للغشاء الحيوي وفاقده للجينين بالاضافه الى انتشار الجينين (44 , 38)% على التوالي حيث ظهر ان وجود الجين (Ica A) بالبكتريا المعزوله من الدم 33.3% اعلى مما هو عليه من عينات ادرار القسطرة 45.4% يتبعه الجين IcaD بعزلات عينات زرع الدم 26.7% مما هو عليه في عينات قسطرة الادرار 36.3% . وقد اثبتت الدراسه في نتائجها ان كل عزلات المكورات البشرويه المنتجه للغشاء الحيوي لا ترتبط معنويا بوجود جينات الـ PIA ولا علاقه بين وجود الجين IcaD وانتاجيه الغشاء الحيوي , كذلك ظهرت سبعة عزلات منتجه للغشاء الحيوي وحاويه على الجينين (IcaA وIcaD) بطريقة وسط الكونكوالاحمر بينما 15 , 17 عزله كانت ايجابيه للجينين ومنتجه للغشاء الحيوي بطريقة الاطباق المايكرويه , اضافه لذلك فقد وجد ان التلازن الدموي للمكورات البشرويه تلعب دوررائيسيا بالتصاق هذه البكتريا على الاطباق المايكرويه. وقد ظهر من خلال الدراسه وجود علاقه بين كميه الغشاء الحيوي والتلازن الدموي بالاضافه الى ان 13 و18 عزله من 30 عزله كانت على علاقه بالتلازن الدموي ( الفحص العيني والمجهري ) وتكوين الغشاء الحيوي , ووجد ان متوسط الوزن الجاف للغشاء الحيوي المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من عينات الدم كانت 2.7 ملغم لـ 6 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص العيني بينما 8 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص المجهري لكن ظهرت بالدراسه( 5 ,6 و2 ,3 )عزلات موجبه عينيا ومجهريا للتلازن الدموي على التوالي مع معدل الوزن الجاف للغشاء الحيوي لها 2.8 ملغم المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من ادرار القسطره ومسحات الجروح والحروق على التوالي بينما عزله واحده فقط من مسحات الانف والجلد لكادر المستشفى كانت ايجابيه لفحص التلازن الدموي مجهريا لكنها سالبه عينيا وبمعدل وزن 2.7 ملغم للغشاء الحيوي , هذه النتائج تؤكد عدم وجود علاقه ارتباطيه بين كميه الغشاء الحيوي المتكون وقابليه تكوينه لكنها تزداد بزيادة عمر الغشاء الحيوي . اما في تفاعل بروتينات مصول المرضى الذين يعانون من التهابات المكورات البشرويه مع المستضدات المكورات البشرويه (خلايا باكملها) فقد كانت النتايج ايجابيه وعلى النحو التالي : ستة من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار 1 : 2، 1 : 4، 1 : 32 و1 : 128 من امصال المرضى , في حين 5، 9، 11 من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار (1 : 16، 1 : 64، 1 : 256) على التوالي,كما اعطى تاثير تركيز بروتين (5.032) ميكروغرام / مل في المصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه القادرة على تشكيل الغشاء الحيوي تثييطا عاليا وبنسبة 90٪ بينما كان التثبيط 30% في تركيز بروتين المصل (1.394) ميكروغرام / مل.وقد ظهرت نتائج الدراسة مستوى طبيبعي لكل من الاجسام المناعية M وA (90.23±44.23, , 124.4±41.20) و(220.8±90.209, 200.10±79.004) mg/dI على التوالي ولكن سجلت زيادة ملحوظه في المستوي الاجسام المناعيه G (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg/dl على التوالي في مصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي، وقد كانت مستويات طبيعية للمتمم C3وبنسبة (120±36.5, 120±36.49) mg/dl على التوالي في مصل المرضى الذين يعانون من اصابات البكنريا المنتجه وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي ، بينما مستويات مرتفعة من المكمل C4() (41.9 ± 1.9 1.8 ± 42) mg/dl على التوالي لكلا المجموعتين (المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي)، وفي نفس الوقت كان هناك فرقا معنويا بمستويات الانترلوكبن 6 في المصل طبيعية وبتركيز (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml على التوالي في الامصال من المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (15.88±6.8) pg/ml (P< 0.001) ، في حين ظهر فرق معنوي في مستويات الانترلوكبن 8 في المصل (38±9.52,37±7.13) pg/ml على التوالي في مصل المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001). | Staphylococcus.epidermidis is one of coagulase negative staphylococci (CONS) are now well established as major nosocomial pathogens associated with infections of indwelling medical devices. A total of 645 clinical samples, taken from different sources include blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs and swabs of skin and nasal hospital staff, these sample had been cultured then isolated and identified pure isolates of different genus of bacteria, results show 85 (19.9%) were Pseudomonas spp isolates, 73 (17%) belong to Coagulase Negative Staphylococci (CONS) (S. epidermidis ,S. saprophyticus , S.Lentus , S. haemolyticus and S.hominis constituted 68.5%, 13.7%, 6.85%, 6.85%, and 4.1% Respectively), followed by both S. aureus and E. coli (n = 70 ,16.4%), followed by Klebsiella sp. (n = 68 , 16%), Proteus sp. (n = 55 ,12.9%), Serratia marcescens (n = 6 , 1.4%) isolated from study clinical samples. Most predominant pathogen was Pseudomonas spp (n = 85 ,19.9%), Also, the second most important microorganism which isolated were Coagulase negative Staphylococci (n = 73 , 17%) ,Staphylococcus epidermidis was mainly isolated from study patients group (68.5%) All isolates of CONS species are positive gram stain , produce white pigment except S.saprophyticus which produced yellow pigment, and all isolates gave negative result of oxidase test , coagulase and catalase test was performed for all the isolates and all of them produced catalase enzyme that differentiates Staphylococcus from the genus Streptococcus , so Staphylococcus spp. reduce nitrate to nitrite , and all isolates were identified by using epi staph and VITEK - 2 system within 6 h., CONS are novobiocin resistance except S.saprophyticus. staph.epidermidis isolated were none fermented xylose , sorbitol , melibiose while fermented many sugar as positive results for glucose, fructose, sucrose , maltose, lactose and mannose, in addition to produce urease, lipase and alkaline phosphatase while it cannot produce DNase and lecithinase. Blood samples occupied the first place in isolation S.epidermidis from it a percentage of 60%, followed by catheter urine in the second place 22% . Most of the Staphylococcus epidermidis was isolated from male patients (58 %) compare to female (42%), prevalence of Staphylococcus epidermidis with age were peaked in the third group (46 - 65) years, followed (32%) in fourth age group (> 65) so the most bacterial isolated from four study group (blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs , as well as swabs of skin and nasal hospital staff) were (50, 25, 15, 10) % respectively, there was male preponderance in all years age group, excepted in third group, the proportion of females (65%) appeared higher than it is in males (35%). Results of phenotype were shown 16 % of the isolates were biofilm producers with Congo red agar method (CRA), although production level varied. In the biofilm positive S. epidermidis strains on CRA , modified CRA and new modified CRA were 6, 4, 2 ,% respectively of isolates were strong producers, while 10 ,10 ,4% and 84, 86 , 94 % respectively were moderate and weak . In this study results show no differences between CRA and modified CRA and new modified CRA strong biofilm formation was 6% in CRA compare to (4, 2) % to modified CRA and new modified CRA respectively; also moderate produced biofilm was 10% in CRA and modified CRA with 4% in new modified CRA, slime producing which detected by three phenotyping methods 60% of bacterial isolate were positive biofilm produced by microtiter plate , while ( 38, 16%) respectively were positive for both tube and CRA methods, in the same time table 3.10 showed negative result as ( 84 , 62 , 40%) respectively for CRA, tube and microtiter plate method. When compare three phenotype methods congo red agar method showed little correlation with TCP(MTP ) assay and high biofilm formation in TCP 18% compare to both methods ( tube and Congo red agar) as 12 , 16 % respectively, S. epidermidis isolates, which gained from blood , urine catheters, wound and burn swab as well as from swab of skin and nasal hospital staff by (60 , 54.5 , 83.3,33.3) % respectively of the isolates produced biofilm phenotypically while (24, 10, 2,4)% respectively no biofilm phenotypically. Twenty two (44) % of S. epidermidis has PIA gens while 28(56)% negatively for PIA gens, so 10, 8 of 30 S. epidermidis which isolated from blood culture were found to be positive for both IcaA and IcaD , most positive both PIA gene (Ica A, Ica D) and biofilm produced were 17 (77.3%) while negative for both of them and negative biofilm were 15(53.6%)Whilst 5(22.7%) were positive for PIA gene and negative for phenotype (biofilm produce). So prevalence of IcaA, IcaD genes were 44%, 38% respectively , the results indicated that the IcaA gene had the highest rate in blood culture (33.3 %) and catheter urine specimen (45.4%) followed by IcaD gene which was detected in 26.7 % of blood culture while 36.3% of catheter urine specimen. All S. epidermidis slime positive isolates did not reveal any correlation between both PIA genes (icaA and icaD); nonetheless, a correlation was noticed between icaD alone and slime layer production, also seven isolates were potential biofilm producers and positive for both ica genes (A and D) whilst 15, 12 isolate of S.epidermidis were positive for both PIA genes (Ica A and Ica D) and produced biofilm by tube method while 17, 15 strain were positive to both IcaA and IcaD by Mtp methods. So results of this study indicated that presence of PIA genes did not always correlate with biofilm production and hemagglutinin of S.epidermidis may play a major role in the adherence of this organism to microtiter plate. Thus, the hemagglutinin of S.epidermidis may be a virulence factor in the pathogenesis of infection, However, no statistically significant differences were found between the amounts of biofilm formed among the isolates, so founded a good correlation between amount of biofilm formed and the haemagglutination, as well as 13, 18 of the 30 isolate, were the relationship between positive both (Macroscopically and microscopically) hemagglutination assay respectively and biofilm formation So Mean of Dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from blood was equal to 2.7 mg, and 6 out of 18 isolates have positive macroscopically hemaglutination assay and 8 isolates have positive microscopically hemaglutination assay ,whilst ( 5, 6 and 2,3) isolates have positive macroscopically and microscopically hemaglutination assay respectively with 2.8 mg were the mean of dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from both catheter urine and wound and burn swabs while only one isolate isolated from swab of skin and nasal hospital staff has positive microscopically hemaglutination assay but negative macroscopically with mean of dry weights biofilm were equal to 2.7 mg, these results indicate no relationship was founded between the amount of biofilm formed and form of biofilm but increasing when increased age of biofilm. Sera from patients with S. epidermidis infections showed reactivity with S. epidermidis antigens (whole cells ) as : six of S. epidermidis antigens agglutinated in titer 1 : 2 , 1 : 4 , 1 : 32 and 1 : 128 of patients sera ( antibodies ) while 5, 9 , 11 of S. epidermidis antigens agglutinated in the patients sera in titer ( 1 : 16 , 1 : 64 , 1 : 256) respectively . Also concentration of sera protein (5.032) µg/ ml gave 90% inhibition but concentration of sera protein (1.394) µg/ ml gave 30% inhibition ,and normal level both for immunoglobulin M and A (90.23±44.23, 124.4±41.20 and 220.8±90.209, 200.10±79.004) mg / dl respectively(p>0.001), but IgG increased level is highly elevated (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg / dl respectively(p< 0.001) in sera of patients with produced and non - produced biofilm, and normal levels of (C3) (120±36.5, 120±36.49) mg/dl respectively (P> 0.001), in sera of patients with produced biofilm compare to non - produced biofilm whilst elevated levels of (C4) (41.9±14.09, 42±14.28) mg/dl respectively (p>0.001)to each two groups (produced and non - produced biofilm), so level of cytokines (IL - 6, IL - 8) appear variations between patients and controls, levels of IL - 6 (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control (15.88±6.8) pg/ml(P< 0.001), while serum level of IL - 8 (38±9.52,37±7.13) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control(20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001

تاثير مستخلصات اوراق العنب والخروع والبصل في بعض عوامل استعمار انواع بكتريا التهاب الاذن الوسطى في الانسان == Effect of Grape leaves, Caster bean and Onion extracts in some colonization factors of bacterial species isolated from otitis media in human

Author name: نضال عبد الامير علي
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 80 مسحة من المرضى المصابين بالتهابات الاذن الوسطى( Otitis media) المراجعين للعيادة الخارجية في مستشفى الصدر العام في بغداد وللفترة من تشرين الثاني 2007 وحتى كانون الثاني 2008. زرعت المسحات على الاوساط الزرعية (اكار الدم واكار الماكونكي) لعزل البكتريا وتشخيصها باستخدام الاختبارات المجهرية ،و الزرعية واالكيموحيوية . امكن الحصول على 69 عزلة بكتيرية من المجموع الكلي (83) وشخصت بكونها تابعة الى الانواع الاتية : (33) عزلة وبنسبة (39.75 %) Pseudomonas aeruginosa ، (11)عزلة (13.2 % ) aureus Staphylococcus ، و(8) عزلات (9.6 %) epidermidis Staphylococcus و(8) عزلات (9.6 %) Proteus mirabilis و( 5 ) عزلات(6.02 % ) تعود الى Klebsiella pneumoniae و(4) عزلات ( 4.8 %) Escherichia coli، في لم تظهر ( 14) مــسحة بنسبة ( 16.86 %) اي نمو بكتيري . اظهرت النتائج ان الاصابات المفردة هي السائدة عندما بلغت نسبتها( 96.2 %) ،بينما بلغت الاصابات المختلطة ( 3 ) اصابات فقط بنسبة (3.7%). كانت نسبة الاصابات في الاناث (57.2%) اكثر منها في الذكور (42.5 %) فيما سجلت اعلى نسبة للاصابة في الفئة العمرية (اقل من سنة - 10 سنوات) .كما تبين ان الاصابة المزمنة بالتهابات الاذن الوسطى هي اكثر شيوعا من الاصابة الحادة . لدى اختبار حساسية العزلات البكتيرية الى (18) مضادا حيويا ، اظهرت نتائج وجود مقاومة تامة (100%) لبكتريا Ps.aeruginosa ضد كل من Carbenicillin ، Doxycyclin وCeftizoxime في حين كانت حساسة جدا لمضادات Amikacin وImipenem وCiprofloxacin سوى عزلة واحدة ،اما الانواع العائدة للعائلة المعوية فكانت Pr.mirabilis وبكتريا E.coli مقاومة بنسبة (100%) لمضاد Doxycyclin دون غيره وعزلات K.pneumoniae مقاومة وبنسبة (100%) لكل من Doxycyclin وGentamycinو Pipracillin ، وكانت جميع عزلات Staphylococcus spp. مقاومة كليا Methicillin وبنسبة (100%) فيما قاومت مضادات Penicillin وAmpicillin وCloxacillin بنسب اقل . انتخبت العزلات البكتيرية وحسب شدة ضراوتها ومقاومتها للمضادات الحيوية التي شملت Ps.aeruginosa وaureus S.و Pr.mirabilisو K.pneumoniaeو E.coliلدراسة تاثير المستخلصات المائية الباردة لثمار البصل واوراق كل من الخروع والعنب في نمو العزلات ،فقد اظهر مستخلص البصل فعالـية ضد Ps.aeruginosaو aureus . Sو E.coliوعند التراكيز (750 , 1000 ,1250 ,1500 ) ملغم /مل ،عندما بلغ قطر منطقة التثبيط لكل من بكتريا aureus . Sو Ps.aeruginosa وE.coli عند تركيز 750 ملغم /مل (13 , 12 , 11) ملم وعلى التوالي . واظهر مـــستخلص اوراق الــخروع فـعاليــة ضـــد Ps.aeruginosa وaureus S. وE.coli وK.pneumoniae عند التراكيز (250 , 500 , 750 , 1000) ملغم /مل حيث بلغت اقطار مناطق التثبيط عند التركيز 1000 ملغم /مل 15.66 , 16.33 , 16.33 , 15.33 ) ) ملم وعلى التوالي . في حين اظهر مستخلص اوراق العنب فعالية ضد جميع الانواع البكتيرية المختبرة وفي التراكيز(250 , 500 , 750 , 1000) ملغم /مل ، عندما بلغت اقطار مناطق التثبـــــيط عند التركيز 1000ملغم/مل لكل من بكتريا aureus. S وPr.mirabilisو Ps.aeruginosaو E.coli وK.pneumoniae (32 ,21.3 , 20.6 , 18.6 , 14.3) ملم وعلى التوالي . وكان المستخلص المائي البارد لاوراق العنب هو الاكفا في تاثيره مقارنة بمستخلصات البصل واوراق الخروع . تم اختبار قابلية الانواع البكتيرية المنتخبة على الالتصاق على الخلايا الطلائية قبل وبعد المعاملة بالتركيز تحت المثبط الادنى للمستخلصات النباتية، فقد اظهر التركيز تحت المثبط الادنى للبصل تاثيرا مثبطا للالتصاق الانواع Ps.aeruginosa وaureus . Sو E.coli عندما قلل عدد الخلايا البكتيرية الملتصقة من ( 56.8 , 48.9 , 24.7 ) وعلى التوالي ليصبح (11.6 , 08 21 , 15.3)على التوالي. اظهر مستخلص اوراق العنب تاثيرا مثبطا لالتصاق الانواع المختبرة Ps.aeruginosaو aureus . Sو Pr.mirabilis وK.pneumoniaeوE.coli عندما بلغ معدل الخلايا الملتصقة بعد المعاملة بالمستخلص ( 12.8, 14.8, 8.3 , 16 ,12.8 ) وعلى التوالي ،اما مستخلص اوراق الخروع فقد قلل عدد الخلايا الملتصقة للانواع Ps.aeruginosa وaureus S. وK.pneumoniae وE.coliمن (56.8 , 48.9 ,46.8 ,24.7) لتصبح ( 7 , 13.6 ,4.2 ,4.5) وعلى التوالي ، كان هذا المستخلص الاكفا لتثبيط التصاق الخلايا البكتيرية بالخلايا الطلائية . | Eighty swabs were collected from patients suffering from otitis media who attended Al - sader hospital in Baghdad during November 2007 to January 2008. Swabs were cultured on blood agar and MacConkey agar media to isolate bacteria and to diagnose by microscopic cultural and biochemical testes. Ninety six isolates were isolated and identified to species as follows : (33) isolates (39.75)% were Pseudomonas aeruginosa, (11) were S.aureus with a ratio of (13.2)% and (8) isolates with a ratio of (9.6)% were S.epidermidis .(8) isolates with ratio (19.6)% were Proteus mirabilis, while (5) isolates were Klebsiella pneumoniae with a ratio of ( 6.02) % and (4) isolates with ratio (4.8)% Escherichia coli, However (14) swabs with a ratio of (16.86)% with no growth. Results showed that the infections by a single pathogen were the dominant was reached 96.2%, while the mixed infection was only (3.7)%. The infection in female were 57.2% , while in male were 42.5%. However ,the high percentage of infection were observed within the age range of less than year to ten years . Morever the chronic infection with otitis media were more dominant than the acute infection. Sensitivity of the isolates towards (18) antibiotics were performed. The results showed complete resistance (100%) of Pseudomonas aeruginosa to Carbenicillin, Doxycyclin and Ceftizoxime, while they were sensitive to Amikacin, Imipenem and Ciproflaxcin , except one isolate. Proteus mirabilis and Escherichia coli isolates were (100 )% resistant to Doxycyclin, while Klebsiella pneumoniae isolates were completely resistance (100%) to Doxycyclin , Gentamycin and Pipracillin. All Staphylococcus spp. isolates completely resisted Methicillin (100%) , but resisted Penicillin , Ampicillin , Cloxacillin at less ratios. Bacterial isolates which included Ps.aeruginosa ,S.aureus ,Pr.mirabilis ,K.pneumoniae ,E.coli were chosen according to their virulence factors and resistant to the antibiotics , to be used for studying the effect of cold - water extracts of Allium cepa (Onion) ,Ricinus communis leaves(Caster bean) and Vitis vinifera leaves(Grape) on bacterial growth ,and adherence to epithelial cells of human . Allium cepa extracts showed activity against Ps.aeruginosa ,S.aureus , E.coli at concentration of (750, 1000, 1250, 1500)mg/ml when the diameter of inhibition zones for S.aureus , Ps.aeruginosa, E.coli at (750)mg /ml were (13 ,12 ,11)mm, respectively . The Ricinus communis leaves extracts showed activity against Ps.aeruginosa , S.aureus , E.coli and K.pneumoniae at concentration of ( 250, 500, 750, 1000)mg /ml with diameters of inhibition zones at 1000mg/ml (15.33 ,16.33 ,16.33 ,15.66) mm , respectively. While Vitis vinifera leaves extracts showed activity against all tested bacterial species in concentrations of (250 ,500 ,750 ,1000)mg/ml with inhibition zones at 1000mg/ml concentration for S.aureus, Pr.mirabilis, Ps.aeruginosa, K.pneumoniae, E.coli (32 ,21.3 ,20.6 ,18.6 ,14.3) mm , respectively . Result showed that the cold - water extract of the Vitis vinifera leaves was the most efficient in its effects on bacterial species in comparison with Allium cepa and Ricinus communis extracts . The ability of chosen bacterial isolates for adherence before and after the treatment with sub - minimum inhibition concentration of plant extracts showed the sub - MIC for Allium cepa extract reduced the adherence of Ps.aeruginosa ,S.aureus , E.coli when the adhered bacterial cells decrease from (56.8 ,48.9 ,24.7) to be (11.6 , 21.08 ,15.3) , respectively. Vitis vinifera extract showed inhibition effect on the adherence of Ps.aeruginosa ,S.aureus ,Pr.mirabilis ,K.pneumoniae and E.coli when the average of adhered cells after the treatment with the extract were (12.8 , 14.8 , 8.3 , 16 , 12.8) , respectively . Ricinus communis leaves extracts decrease numbers of the adhered cells of Ps.aeruginosa , S.aureus , K.pneumoniae , E.coli to epithelial from ( 56.8 , 48.9 , 46.8 , 24.7) to be ( 7 , 13.6 , 4.2 , 4.5) , respectively

التحري وراثيا عن انتاج بعض انزيمات البيتا لاكتاميز واسعة الطيف والمعدنية من بكتريا Klebsiella pneumoniae المعزولة من مصادر سريرية مختلفة == Genetics Detection of Metallic and Extended spectrum Beta - Lactamase production from Klebsiella pneumoniae Isolated from different clinical sources

Author name: نبا علي جاسم
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 1600 عينة سريرية من مرضى يعانون من التهابات مختلفة ، توزعت ما بين 1500 عينة ادرار و100 عينة قشع, ومن خلال نتائج الفحوصات الزرعية والفحص المجهري والاختبارات الكيموحيوية ، شخصت 53 عزلة تعود لبكتريا Klebsiella spp تضمنت 44 عزلة تعود للنوع K.pneumoniae و6 عزلات تعود للنوع K.oxytoca و3 عزلات تعود للنوع K.planticola .اختبرت حساسية عزلات بكتريا K.pneumoniae لـ 15 مضادا حيويا شملت على : Aztreonam وAmpicillinو Amikacinو Ceftriaxoneو Cefotaxime وCeftazidime[ Amoxicillin / Clavulanic acidو Meropenemو Imipenemو Ciprofloxacin Kanamycin وPipracillinو Cefepimeو CarbenicillinوStreptomycin,] . تم التحري عن انتاج هذه العزلات لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف والمعدنية ، اذ استخدمت طريقة الاقراص المتاخمة للتحري عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف وثلاث طرائق للتحري عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز المعدنية ،وتم الحصول على خمس عزلات منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف وعزلة واحدة منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز المعدنية وكانت العزلات المنتجة لهذه الانزيمات تحمل مقاومة عالية للمضادات الحياتية AztreonamوCeftriaxone وCefotaxime وCeftazidime وCarbenicillin وPipracillin وAmpicillinبنسبة 100%. تم تحديد التركيز المثبط الادنى(MIC) Minimum Inhibition Concentration باستخدام طريقة تخفيف الاكار القياسية،وقد اظهرت العزلات قيمة MIC عالية اتجاه المضادات قيد الدراسة (Ceftriaxone وCefotaxime وCeftazidime وImipenem) اذ تراوحت القيم للعزلات المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميزالواســعة الطــيف(K22,K26,K28,K29,K36) من g/mlµ(0.1 - 0.05) لمضاد Imipenem وg/mlµ (256 - 32) لمضاد وg/mlµ (1024 - 256) لمضاد Ceftriaxone وg/mlµ (1024 - 128) لمضاد Cefotaxime. اما العزلة المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز المعدنية K8 فقد كانت قيمة MIC لهg/ml µ ( 64 ,512,1024, ( 512 للمضادات (Imipenem , Ceftazidime , Ceftriaxone , ( Cefotaxime على التوالي.تــمـــت دراســــة المــحتــوى البلازمـيـــدي للــعــزلات الســـتة المنتخبة (K8, K22, K26, K28, K29, K36) واظهرت نتائج الترحيل الكهربائي في هلام الاكاروز امتلاك العزلة المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز المعدنية (K8) حزمة بلازميدية في حين تباينت العزلات الخمسة المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز الواسعة الطيف ، اذ احتوت العزلتين K22 وK26 على ثلاث حزم بلازميدية ، بينما العزلة K36 على حزمتين بلازميدية في حين احتوت العزلتين K28 وK29 على حزمة واحدة فقط. اظهرت نتائج معاملات الدنا البلازميدي باستخدام مادتي Ethidum Bromide وSDS عدم قدرة مادة SDSعلى تحييد الحزم البلازميدية، في حين كان Ethidum Bromide محيدا كفوءا عند التركيز g/mlµ (512 - 1024 ).تم استخدام تقنية (PCR) Polymerase Chain Reaction للتحري عن امتلاك العزلات قيد الدراسة على الجينات التي تشفرالى انتاج انزيمات ESL وML وباستخدام طريقة الاستخلاص السريعة (الغليان) وطريقة المستعمرة المباشرة كقالب الدنا وباستخدام بادئات متخصصة لاستهداف الجين shv - bla والجين bla imp - 1. اظهرت العزلات المنتجة لانزيمات ESLجميعها امتلاكها للجين shv - bla وبنسبة %100 ولكن العزلة المنتجة لانزيمات IMP اعطت نتيجة سالبة، كما اظهرت طريقة الاستخلاص بواسطة الغليان كفاءة عالية كقالب للدنا، مقارنتا بطريقة المستعمرة المباشرة. | The study included (1600) clinical samples from Patients suffering From different infections distrubated between (1500) urine and (100) sputum. Morphological ، biochemical tests and use Api 20 E system were employed to diagnose bacterial species and the result showed they were (53) isolates of Klebsiella spp.included(44) K. pneumoniae. (6) K. oxytoca and (3) isolates of K. planticola. Antibiotic susceptibility for K. pneumoniae isolate was performed against 15 antibiotic using disk diffusion method. Disc approximation method was used to detect production of ESLs , and three methods used to detect production of MLs.Results indicated that 5 isolates produced ESLs and only one isolate produced MLs, they isolates which produced ESLs were have highly resistant to antibiotic (100)%to [Aztreonam, Ceftriaxone, Cefotaxime, Ceftazidime, Ampicillin, Pipracillin, Carbenicillin]. Agar dilution method was used for the determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC) for the ESLs and MLs producing isolates. The result showed high resistance to Ceftriaxone, Cefotaxime, Imipenem and Ceftazidime. The value of MIC of isolates producing ESLs(K22,K26,K28,K29,K36) were (0.05 - 0.1) µg/ml to Imipenem antibiotic, Ceftazidime (32 - 265) µg/ml, Ceftriaxone (256 - 1024) µg/ml and Cefotaxime (128 - 1024) µg/ml, while the isolate producing ML(K8) showed MIC value (64, 512, 1024, 1024) µg/ml respectively. The plasmid content of six isolates (K 8, K 22, K 26, K 28, K 29, K 36) were studies، the result of revealed electrophorsis in agar gel that the isolate K8 have one plasmid, while isolates produce ESLs differs on plasmid content,in our side K22, K26 have three plasmid, K36 have two plasmid and K28, K29 have one plasmid. Curing was conducted by the use of SDS and ethidum bromide ، and the results showed that the isolates lost the plasmids at concentration (512 - 1024) g/mL of ethidum bromide. Polymerase chain reaction technique was performed for the detection ESLs and ML, DNA template that used for PCR reaction was prepared by using boiling method and the Direct colony method, by using SHV to detect ESL and IMP - 1 to detect MLs. The results showed that all isolates were 100% harboring blashv while blaIMP - 1 gave negative result.also the extraction by use boiling method showed high efficiency compare with direct colony method.

التاثيراث ضد المايكروبية والالتهابية للبكتروسينات المنتجة والمنقاة من بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosaالمعزولة معه العيناث سريرية == Antimicrobial and inflammatory effects of bacteriocins produced and purified from multidrug resistance Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples

Author name: ميس عماد احمد
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred fifty clinical samples (burns, wounds, urine, nasal and ear swabs) were collected from patients of Al - Yarmouk Hospital and Teaching Baghdad Hospital during the period from November / 2015 to January / 2016.Multi drug resistant strains are serious problems in public health worldwide. So, the continueous development of new classes of antimicrobial agents has become of increasing importance for medicine. Therefore was aimed to produce of Crude and purified bacteriocins from antibiotic resistant bacteria (G - ve MRSA and G+ve P. aeruginosa) isolated from clinical samples and determine the optimization conditions for production of bacteriocin and their purification and characterization. In addition to characterize their inhibitory activity in - vitro and in - vivo .Cultural and morphological characteristice examination ,biochemical tests were conducted and confirmed the diagnosis by API20E and Staph API and antibiotics sensitivity test confirmed by Vitek - 2 system.The results showed 102(68%) isolates of S.aureus, all of which were Methicillin Resistace S.aureus (MRSA), constituted 50% from the ratio in the burns and wounds samples, while the lowest 13(12.7%) isolates were from ear samples. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. The isolates showed multi - resistant to Methicillin, Penicillin G , Cefoxitin, Erythromycin, Oxacillin, Chloramphenicol and Tetracyclin, while sensitive to vancomycin.Also 77(51.3%) isolates were P.aeruginosa, 62(80.5%) from which were multi - resistant to antibiotics that constituted more than half (59.8% and 51.6%) from the ratio in burn and wound samples respectively, while the lowest 8(12.9%) isolates were from ear samples too. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. There were about completely resist to Cefoxitin 75(97.40 %) and also show a higher resist to Ceftazidime, Tetracycline and Cefepime, While less resistance to Azithromycin.Vitek 2 system gave confirmation of positive results for MRSA and resistant P.aeruginosa and as a selected organism with a probability 98 - 99%."II "The MRSA isolate S12 and P.aeruginosa isolate (P26) were chosen among five bacterial isolates as a good producer for crude MRSAcin and MAR - pyocin according to their widest inhibition zone .Five methods were used to detect of MRSAcin and MAR - pyocin production by (well diffusion assay WDA , flip - streak , spot on the lawn , Cup disc and paper disc method) against indicator pathogens (G+ve , G - ve bacteria and yeast) which included, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Candida albicans .Well diffusion assay was the best method for identify of bacteriocin production and antibacterial activity against indicator pathogens.The crude and purified MRSAcin and MAR - pyocin recorded non - significant differences in activity whether as alone or synergistic against pathogenic bacteria (G - ve and G+ve) and yeast compared with higher sensitive antibiotics.The optimum conditions for bacteriocins production were in trypticase soya broth and brain heart infusion broth supplemented with )Carbon ,nitrogen, Salts, surfactants and Vitamins) with pH 7, at temperature 37°C for 48 hrs. and inoculum size of 2% from bacterial culture 6×108 cell/ml."Purification of bacteriocin was made by two steps method including extraction by ammonium sulphate 70% followed by ion - exchange chromatography DEAE - cellulose that the specific activity for these fractions was 1.375and1.000 (AU/mg) with 6 and 5 purification folds and 78 and 29 % yield and gel filtration chromatography on using Sephadex G - 50 column. The resulted fractions were 1.646 and 1.160 (AU/mg) protein with 8 and 6 purification folds and 38 and 28% yield respectively."Physical characteristics were also studied and the results showed that the molecular weight of MRSAcin and MAR - pyocin was )15and 35) KDa respectively by Sodium Dodecyl Sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis (SDS - PAGE). Purified bacteriocins were stable at wide range of pH values 1 - 8, and remained active (50%) at pH 9 .The whole activity was lost at the pH value 10 and thermostabile at 100°C for 30 min.A strong stability of bacteriocins were recorded against organic solvents 10% and surfactants (0.5% EDTA), mineral salts 0.5% of each (CuSo4 and FeSo4), (10%) proteolytic enzymes lipase recorded significantly different (P≤0.05) compared with other enzyme (trypsin, pepsin and papain) which show complete inactivation of antibacterial activity.Also crud bacteriocins are still active for at least 3 months of freezing storage, while in purified after 2 months of freezing storage. Showed that the minimum inhibition zone against E. coli was 62.5 μg/ml for both MRSAcin and R - pyocin in vitro. The effect of MRSAcin and MAR - pyocin on the cell permeability was studied and the results showed that the absorbance at 260nm increased, indicating that DNA leaked from cells due to the cell lysis.Experimental infection induced by therapeutic effectiveness of the bacteriocin invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa which was marked at the beginning of her appearance inflammation of skin, swelling and redness of the affected area with the appearance of festering spots and abscesses in the surface layer of the skin and with the progress of the abscess spotted Purple happens .The antibacterial action of synergistic affected of (MRSAcin and MAR - pyocin) extracts .The results confirmed that the treated invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa was damaged . MRSAcin , MAR - pyocin and synergistic were giving good healing process with limited tissue damage in vivo (mice) against superficial skin infection by MRSA and resistance P. aeruginosa isolates at 1,2,3 day after infection.

التحري الجزيئي والتعبير الجيني لمضخات الدفق في بكتريا Pseudomonas aerugionsa متعددة المقاومة للمضادات الحيوية == The Role of Efflux Pumps in Multidrug - Resistance in Colistin - resistant Pseudomonas aeruginosa

Author name: نبراس رضا محمد العبيدي
Supervisor name: محمد فرج شذر المرجاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 120 عزلة تعود لبكتريا Pseudomonas aeruginosa للمدة من /15 2014/9 لغاية /11/15 2014, من مصادر سريرية مختلفة شملت : (33عزلة ) من الادرار , و(25عزلة) من الحروق , و(25عزلة ) من القشع , و(17عزلة) من الجروح , و(12عزلة ) من الدم, و( 5عزلات ) من الاذن , و(3 عزلات) من ادوات قثطرة المجاري البولية. اختبرت حساسية العزلات قيد الدراسة تجاه مضاد الكولستين باستعمال طريقة الاقراص واظهرت النتائج وجود 27) ) عزلة مقاومة للكولستين وبنسبة (%22.5) , ثم اختبرت مقاومة60 عزلة (منها 27 عزلة مقاومة للكولستين ) تجاه اثناعشر مضادا من مجاميع مختلفة وتم تحديد حساسية العزلات ومقاومتها للمضادات المايكروبية باعتماد قياس قطر منطقة التثبيط بالمليمتر حول اقراص المضادات المستعملة , واظهرت النتائج ان جميع العزلات المختبرة كانت مقاومة بشكل تام لمضادات Amoxicillin وCarbencillin بينما ابدت العزلات مقاومة لمضاداتGentamycin بنسبة (%70) و(%56.6) Tobramycin وLomefloxacin (%58.3)وكانت المقاومة اقل لمضادات Aztreonam (%18.3) وPolymyxin B بنسبة (%18.3) وتليها المقاومة لمضادNorfloxacin (%13.3)و Levofloxacin (%11.6) وتجاه Ciprofloxacin الاقل مقاومة بنسبة (%8.3) .اختبرت قابلية (60) عزلة اعلاه على انتاج انزيم البروتييز وتكوين الغشاء الحيوي واظهرت النتائج قابلية % 88.3 من العزلات 53) عزلة )على انتاج انزيم البروتييز, وكانت جميع العزلات المقاومة للكولستين منتجة لانزيم البروتييز وبنسبة %100 , من جانب اخر كانت 43 عزلة (%71.7) منتجة طبقة لزجة قوية محددة بوساطة تكوين مستعمرات سوداء دلالة على تكوينها الغشاء الحيوي .تم الكشف عن وجود مضخات الدفق بين 60 عزلة من عزلات الدراسة ( منها 27 عزلة مقاومة لمضاد كولستين و33 عزلة حساسة له) باعتماد طريقة العجلة الخشبية Ethedium Bromide - Agar Cartwheel Method (EtBr CW) باعتماد صبغة الاثيديوم برومايد كمؤشر للكشف عن مضخات الدفق , واظهرت النتائج ان 46 عزلة (76.7%) من العزلات المختارة اعطت نتيجة موجبة للفحص اعلاه , ومن جانب اخر كانت جميع العزلات المقاومة للكولستين موجبة للفحص مما يدل على امتلاكها لمضخات الدفق , اما بالنسبة للعزلات الحساسة للكولستين فكانت %33.3منها تملك مضخات دفق بالكشف المظهري . اخضعت 32 عزلة (27 منها كانت مقاومة للكولستين) للكشف الجيني عن مضخات الدفق باستعمال تقنية Conventional PCRللكشف عن مضخة الدفق MexAB - OprM (بالكشف عن جينات oprMو (mexAومضخة الدفق MexXY (بالكشف عن جين mexY) اظهرت النتائج ان20 عزلة (62.5%) تمتلك الجينoprM , وان 22عزلة (68.8%) تمتلك الجين mexA , و24 عزلة (75%) تمتلك الجينmexY , وبينت النتائج ايضا بخصوص الكشف الجيني عن مضخات الدفق لعزلات الدراسة ان جميع العزلات الموجبة لاختبار امتلاك الجين mexYهي مقاومة للكولستين وقد شكلت نسبة %88.9 من العزلات الكلية المقاومة للكولستين . وتم الكشف عن التعبير الجيني لمضخة الدفق OprM - MexAB (بدراسة الجين (mexB ومضخة الدفق MexXY ( بدراسة الجين mexX) في 9 من عزلات الدراسة والتي كانت مقاومة لمضاد الكولستين باستعمال تقنية q RT - PCR من خلال استخلاص RNA البكتيري , ومن ثم تحويله الى cDNA , واظهرت نتائج الكشف عن التعبير الجيني للجين mexB والجين mexXان العزلات كانت متباينة في قيم ct , وبحسب معادلة Livak تم استخراج قيم ct ومعرفة التعبير الجيني لمضخات الدفق , ولوحظ ان التعبير الجيني لمضخة الدفق MexXY اكثر من التعبير الجيني لمضخة الدفق MexAB - OprM . | A total of (120) clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa were collected from different sources , During the period between 15/9/2014 till 15/11/2014 . The source of these isolates were as follows : (33) isolates from urine , (25) isolates from Burns , (25) isolates from sputum , (17) isolates from Wounds , (12) isolates from Blood , (5) isolates from ears ,and the last (3) isolates from Catheters . All isolates were identified through morphological , cultural and some biochemical tests and using Vitek2 GN . The antibiotic susceptibility test Towrd Colistin was done using the agar diffusion method ; Results showed that 27 isolates (%22.5) were resistance to Colistin ,then Sixty isolates ( Ones 27 isolates resistance to Colistin ) were tested against twelve antibiotic by measuring inhibition zone around disk antibiotic , Result showed that All isolates were complete resistance to Amoxicillin and Carbencillin , While resistance to other antibiotic were Gentamycin (70%) , Tobramycin (56.6%) , Lomefloxacin (58.3%) , and less resistance was showed for Aztreonam(18.3%) , Polymyxin B (18.3%), Norfloxacin(13.3%) , Levofloxacin(11.6%) and Ciprofloxacin (8.3%) ,The most effective antibiotic against Colistin resistance isolates were Levofloxacin and Ciprofloxacin . Sixty of isolates were choosen to detect for ability to protease production and biofilm formation , The Results showed 53 isolates (%88.3) were protease production , and results showed all Colistin resistant isolates were protease production and 43 isolates (%71.7) were able to biofilm formation . Sixity isolates (Ones 27 Colistin resistance isolates ) were choosen for detect efflux pumps by using Ethedium Bromide - Agar Cartwheel Method (EtBr CW) , which include ethedium bromide dye as marker to detect efflux pumps , the result showed that 46 isolates (%76.7) give positive result . Polymerase Chain Reaction (PCR) technique was performed done using specific primer targeting the specific sequences of the mexA , mexY, oprM gene , The results showed that oprM found in 20 isolates (%62.5) , mexA found in 22 isolates (%68.8) , mexY found in 24 isolates (%75) , The results also showed that 88.9 % from Colistin resistant isolates had mexY gene . Detection of gene expression was performed done by using q RT - PCR technique after RNA extraction of Colistin resistant isolates and c DNA synthesis , The results showed that gene expression were high in efflux pumps especially to MexXY efflux pumps , and the gene expression to MexXY efflux pumps higher than MexAB - OprM efflux pums

دراسة جزيئية لبكتريا Enterococcus spp. المقاومة لمضاد الفانكومايسين == Molecular Study of the Vancomycin - Resistant Enterococcus spp

Author name: مها مخلف كاظم الشمري
Supervisor name: محمد فرج شذر المرجاني | كفاح احمد جاسم الكرخي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (325) عينة شملت (268) عينة سريرية ، توزعت بين (151) عينة ادرار و(101) عينة دم و(16) عينة سائل النخاع الشوكي CSF)) ، من مستشفيات مختلفة من مدينة بغداد ،من جانب اخر جمعت (57)عينة براز من اصحاء وذلك للفترة من بداية تشرين الاول وحتى نهاية كانون الاول لعام 2010. تم الحصول على (33) عزلة تعود لجنس Enterococcus بواقع (30) عزلة من عينات الادرار و(3) عزلات من عينات الدم ، فيما لم يتم الحصول على اية عزلة من عينات سائل النخاع الشوكي، وبلغت عزلات براز الاصحاء (46) عزلة. اما على مستوى النوع فقد تم تشخيص (20) عزلة تعود للنوع E.faecalis ، شملت (17) عزلة من عينات الادرار بنسبة عزل (6.3)% و(3) عزلات من عينات الدم بنسبة عزل (1.11)% ، في حين شخصت (10) عزلات تعود للنوع E.faecium بنسبة عزل (3.73)% وقد عزلت جميعها من عينات الادرار. وفيما يخص عينات براز الاصحاء فقد كانت السيادة تعود للنوع E.faecium اذ شخصت (40) عزلة تعود لهذا النوع وبنسبة عزل (70.1)% في حين شخصت (3) عزلات فقط تعود للنوع E.faecalis بنسبة عزل (5.2)%. اختبرت حساسية العزلات تجاه (11) مضادا حيويا مختلفا باستعمال طريقة الاقراص وقد اظهرت النتائج فعالية كل من Imipeneme وAmpicillin تجاه عزلات بكتريا E.faecalis السريرية ، اما Ofloxacin فقد اظهر فعالية تجاه عزلات الاصحاء بالمقارنة مع العزلات السريرية ، في حين كانت عزلات هذه البكتريا مقاومة بنسبة (100)% Oxacillin وCefepime ، بينما اظهرت العزلات السريرية مقاومة بنسبة (55)% Azlocillin وبلغت نسبة مقاومة عزلات الاصحاء لهذا المضاد (66.7)% ، وكانت نسبة مقاومة عزلاتها من الاصحاء (100)% Erythromycin وRifampicin وTetracycline ، اما بالنسبة لبكتريا E.faecium فقد اظهرت عزلاتها حساسية عالية تجاه Imipeneme وكانت العزلات السريرية اكثر حساسية تجاه Ampicillin مقارنة بعزلات الاصحاء . فضلا عن ان العزلات جميعا كانت مقاومة Oxacillin ، بينما كانت العزلات السريرية مقاومة بنسبة (100)% Azlocillin ، في حين كانت عزلات الاصحاء مقاومة بنسبة (100)% Cefepime ، كما اظهرت عزلات الاصحاء مقاومة اعلى من العزلات السريرية تجاه Erythromycin ، كما كانت جميع العزلات السريرية مقاومة Rifampicin وStreptomycin. اوضحت نتائج الدراسة الحالية ان (25)% من العزلات السريرية و(66.7)% من عزلات الاصحاء لبكتريا E.faecalis كانت مقاومة Vancomycin ، بينما بلغت نسبة العزلات السريرية لبكتريا E.faecium المقاومة لهذا المضاد (40)% ، في حين كانت نسبتها بين عزلات الاصحاء (47.5)% . حددت التراكيز المثبطة الدنيا Vancomycin للعزلات المقاومة لهذا المضاد بطريقة التخفيف بالوسط السائل ، تراوحت قيم MIC للعزلات السريرية لبكتريا E.faecalis بين (4 - 512) مايكروغرام\مل ، بينما كانت عزلتا الاصحاء التابعة لهذه البكتريا ذات MIC (128و64) مايكروغرام\مل ،اما بالنسبة لبكتريا E.faecium فتراوحت قيم MIC لعزلاتها السريريــــة بين (4 - 64) مايكروغــرام\مـــل ولــــعزلاتها من الاصحاء) ≤4) مايكروغرام\مل . بينت نتائج التحري عن الدنا البلازميدي بالترحيل الكهربائي في هلام الاكاروز لعدد من عزلات بكتريا المكورات المعوية المقاومة Vancomycin Vancomycin - Resistant Enterococcus) (VRE) ) احتواء بعض هذه العزلات على حزم بلازميدية مختلفة الاحجام. اجريت عمليات الاقتران البكتيري خارج الجسم الحي In vitro)) وداخل الجسم الحيvivo) In) ، اظهرت النتائج نجاح عمليات الاقتران اذ لوحظ انتقال صفة مقاومة Vancomycin بين الخلايا مما يدل على احتمال كون جينات هذه الصفة محمولة على بلازميدات اقترانية تسهل انتقالها عبر الانتقال الافقي من خلية لاخرى ضمن النوع نفسه او الانواع الاخرى . كما اظهرت نتائج التشخيص باستعمال تقنيةPCR لعزلات بكتريا المكورات المعوية نجاح ارتباط البوادئ بالتسلسلات المكملة لها ضمن جيناتsod A الموجودة بالدنا القالب لكلا النوعين الذي ادى الى الحصول على نواتج التضاعف وبالتالي التاكد من صحة الفحوصات التشخيصية التي اجريت على العزلات والتي اعتمدت الفحوصات البايوكيميائية ماعدا (4) عزلات لبكتريا E.faecalis و(6) عزلات لبكتريا E.faecium لم تعط اي ناتج . بينت نتائج التحري عن جينات مقاومة Vancomycin في بكترياVRE سواء كانت VRE.faecalis (VREF) او VRE.faecium (VREFm) ان جينات المقاومة vanA هي الاكثر انتشارا بين العزلات المحلية بالمقارنة مع جينات vanB اذ احتوت العزلات جميعها - سواء كانت السريرية او المعزولة من الاصحاء التابعة لكلا النوعين وذات (64)≤ MIC مايكروغرام\مل - على جين vanA عدا عزلتين كانت احداهما عزلة سريرية تعود لبكترياE. faecalis والاخرى عزلة اصحاء تعود لبكتريا E.faecium اللتان لهما MIC (32) مايكروغرام \مل اذ احتوت كل منهما على جين vanB . | This study involved collecting (325) samples distributed as two groups : The first group was including (268) clinical samples distributed as (151) urine, (101) blood and (16) CSF, the second group involved (57) stool specimens from healthy people, from different hospital in Baghdad, since October till December 2010. All (73) isolates had been identified by morphological, cultural and biochemical tests such API - 20 strep and API Rapid ID - 32 strep, as a result of these tests (6.3)% of urin isolates, (1.11)% of blood isolates and (5.2)% of stool isolates were identified as E.faecalis, at the same time (3.73)% of urine isolates and (70.1)% of stool isolates were identified as E.faecium. Blood agar medium used to detect bacterial ability to produce β - hemolysin, (58.82)% and (66.67)% of E.faecalis clinical and stool isolates were able to produce β - hemolysin, (20)% of clinical and (27.5)% of stool E.faecium isolates were able to produce β - hemolysin. The antibiotic susceptibility test to (11) types of antibiotics showed the high susceptibility of E.faecalis isolates to Imipeneme and Ampicillin and the high resistance (100)% to Oxacillin, and Cefepim, all isolates showed resistance to Azlocillin , stool isolates showed high resistance to Tetracyclin and Refampicin, all E.faecium isolates showed high sensitivity to Imipeneme, high sensitivity to Ampicillin (among clinical isolates more than stool isolates), high resistance among stool isolates to Erythromycin, all clinical isolates were resistant to Streptomycin and Rifampicin. The vancomycin susceptibility test for E.faecalis was done results showed that (25)% of clinical isolates and (66.7)% of stool isolates were resistant to this antibiotic. While (40,47.5)% of clinical and stool E.faecium isolates were resistant to vancomycin respectively. Minimum Inhibitory concentrations for vancomycin were determined, VRE.faecalis isolates that had concentrations between (4 - 512) μg/ml, and VRE.faecium clinical isolates had MICS (4 - 64) μg/ml and the MICS for stool isolates were ≥ 4 μg/ml. The detection of plasmid DNA in VRE isolates by gel electrophoresis showed that some of these isolates had plasmid bands with different sizes. The bacterial conjugation expriments between Enterococcus isolates had gained success in transfer of vancomycin resistance between the local isolates by in vitro and in vivo conjugation. Identifiicaion of Enterococcus isolates to the species level by using the sodA gene as a target in the PCR in this method (19) of E.faecalis isolates gave suspected products while (24) of E.faecium isolates gave suspected products. The detection of van genes by PCR showed the high dissemination of vanA gene which encoded to high resistance level to vancomycin between the local VRE isolates especially VREFm in comparison to vanB gene

مقارنة النشاط الانزيمي لبكتريا Escherichia coli المعزولة من مرضى التهاب المجاري البولية للمصابين وغير المصابين بالعجز الكلوي == Comparison of enzymatic activity of Escherichia coli isolated from urinary tract infection patients with renal failure and non - renal failure

Author name: مصطفى حسن زينل طلحة
Supervisor name: رعد خليل عزيز الحسيني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة خلال الفترة من 1/6/2007 لغاية 1/6/2008 . تظمنت جمع 55 عينة ادرار من مستشفى الكندي العام شعبة الكلية الصناعية من المرضى الذين يعانون من التهاب المجاري البولية والمصابين بالعجز الكلوي، ومن كلا الجنسين، وبالاعمار ما بين 30 و55 سنة مقارنة بغير المصابين بالعجز الكلوي الذين تم جمع العينات منهم من المستشفى المذكور، اضافة الى مختبرات حكومية واهلية اخرى وبواقع 143 عينة من هؤلاء المصابين بالتهابات المجاري البولية ضمن الاعمار 3 و75 سنة. تم عزل 51 عزلة بكتيريا من ادرار مرضى العجز الكلوي مع التهاب المجاري البولية منها (49 عزلة للذكور واثنتان للاناث) ، بالاضافة الى عزل 80 عزلة بكتيريا من مرضى غير مصابين بالعجز الكلوي مع التهاب المجاري البولية (33 ذكور و54 انثى).وتم تشخيص الجراثيم المسببة لالتهابات المجاري البولية من كلتا مجموعتي الدراسة بالاعتماد على الصفات المظهرية والاختبارات الكيموحيوية القياسية . وكانت نسبة الجراثيم المعزولة من مرضى العجز الكلوي كالاتي 86.2% لـEscherichia coli و5.8% Pseudomonas aeruginosa و3.7% لكل من Klebsiella pneumoniae وProteus mirabilis . وان نسبة الجراثيم المعزولة من التهاب المجاري البولية لغير المصابين بالعجز الكلوي كانت 48.7% Escherichia coli و11.3% لكل من Staphyllococcus aureus وProteus mirabilis, و5.0% Pseudomonas aeruginosa و6.2% Klebsiella pneumoniae و6.2% Enterobacter sp. و7.5% Streptococcus sp.. اتبعت طريقة اليود السريعة لتحديد العزلات المنتجة لانظيمات البيتالاكتاميز، ووجد ان 95.4% من هذه العزلات منتجة للانظيم في مجموعة المصابين بالعجز الكلوي, ونسبة 97.4% للمرضى غير المصابين بالعجز الكلوي، كما تم معرفة نشاط انتاج انظيمات الهيمولايسين بطريقة زرع العزلات التي اظهرت نتيجة موجبة على وسط اكار الدم، وذلك باستعمال انماط مختلفة من الدم البشري بفصائله الاربعة A ,B ,AB ,O ، ووجد ان اعلى نسبة تحلل للدم كانت للصنف AB ولكل من المصابين وغير المصابين بالعجز الكلوي، كما ان نسبة النشاط الهيمولايسيني ولجميع العزلات مرتفعة اذ كانت 84.6% لدى غير المصابين بالعجز الكلوي ووصلت النسبة الى 86.6% لدى المصابين بالعجز الكلوي.اختبرت حساسية البكتريا لمضادات الحياة التي قيست بطريقة Kirby - Bauer على وسط Mueller - Hinton agar وان مضادات الفلوروكوينيلونات, والازيثرومايسين كانت الاكثر فعالية ضد الجراثيم المعزولة من مرضى العجز الكلوي، بينما كانت مضادات النورفلوكساسين وحامض النالدكسيك والبيفلوكساسين اكثر فعالية ضد الجراثيم المعزولة من غير المصابين بالعجز الكلوي.كما وجد ان مديات المقاومة المتعددة لمضادات الحياة في مرضى العجز الكلوي اقل من غير المصابين بالعجز الكلوي، اذ كانت مديات المقاومة لاكثر من خمسة مضادات بنسبة 17.6% ولجميع المضادات بنسبة 10.7% اما غير المصابين بالعجز الكلوي فقد وصلت مديات العزلات المقاومة لخمس مضادات 18.0%، والمقاومة لجميع المضادات الموضوعة بالبحث الى 17.9%. | This study was carried out between 1st of June 2007 to the 1st of June 2008. It comprised the collection of 55 urine samples from Al - Kindy general hospital /artificial kidney department from patients who suffered from urinary tract infections with renal failure of both sexes and of ages between 30 - 55 years and was compared with people not suffering from renal failure by sample collected from them in the above mentioned hospitals, these samples were studied in government and private laboratories amounting to 143 samples from those with urinary tract infection ages between 3 - 75 years.Fifty one bacterial isolates were isolated from renal failure urines with urinary tract infections of this 49 from males and 2 from females in addition to 80 bacterial isolates from non - renal failure patients with urinary tract infections (33 males & 54 females).Bacteria causing urinary tract infections from both groups which were studied were identified by morphological characters and biochemical standard testing. The percentage of germs isolated from renal failure patients was 86.2% for Escherichia coli, 5.8% for Pseudomonas aeruginosa, 3.7% for Klebsiella pneumoniae and 3.7% for Proteus mirabilis and the percentage of germs isolated from urinary tract infection patients with non - renal failure were 48.7% for Escherichia coli, 11.3% for Staphyllococcus aureus, 11.3% for Proteus mirabilis, 5.0% for Pseudomonas aeruginosa, 6.2% for Klebsiella pneumoniae, 6.2% for Enterobacter sp. and 7.5% Streptococcus spp.Quick iodine method was used to determine the isolates which produce β - lactamase enzyme, 95.4% of these isolates were found to produce this enzyme in the group of patients with renal failure and 97.4% in patients with non - renal failure. The activity of haemolysin enzyme production was determined by culturing the isolates on blood agar by using different sorts of human blood of all four groups A, B, AB & O and the highest proportion of blood haemolysis was found in the AB group in both renal failure 85.6% and non - renal failure patients 84.6%.Antibiotics sensitivity was tested by Kirby - Bauer method and measured on Mueller - Hinton agar medium however Floroquinilones & Azithromycin antibiotics were the most efficient against the isolates from renal failure patients, while Norfloxacin, Naldixic acid and Pefloxacin were efficient against isolates from non - renal failure patients. It was found that the extents of antibiotic resistant in renal failure patients was less than in non - renal failure patients where the resistance for more than 5 antibiotics was 17.6% and for all antibiotics 10.7%, while the resistance extent to 5 antibiotics in non - renal failure patients was 18.0% and to all antibiotics was 17.9%.

توصيف جرثومة Enterobacter sakazakii المعزولة من مصادر مختلفة في محافظة ذي قار == Characterization of Enterobacter sakazakii Isolated from various sources at Thi - Qar Province

Author name: مروى حسن نصير الصافي
Supervisor name: يحيى عبد الرضا عباس | راجي طعمة ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى الكشف عن بكتريا Enterobacter sakazakii في بيئات مختلفة شملت عينات غذائية وبيئية وسريرية . اذ جمعت 310 عينة خلال الفترة من ايلول 2012 ولغاية تموز 2013.اظهرت نتائج الزرع الاولي على وسطVRBAواكار الماكونكي بعد التشخيص بالاعتماد على الصفات الزرعية والكيموحيوية وتوكيد التشخيص باستعمال العدة API 20E. ان 22 (7.09%) من اصل 310 عينة اعطت نموا لبكتريا Enterobacter كالاتي 9/80(11.2%) من بيئة المستشفيات ,12/180(6.6%) حليب اطفال,1/50(2%)من حالات الاسهال . توزعت العزلات بعد التشخيص المختبري على الانواع التالية (15/22) 68.1% Enterobacter cloacae,(4/22)18.1% Enterobacter sakazakii و3/22))13.6% للنوع Enterobacter aminogenus. اختبرت مقاومة عزلات Enterobacter sakazakii الاربع ضد 20 مضادا من اصناف مختلفة وقد اظهرت النتائج ا ن جميع العزلات كانت مقاومة على الاقل لست من المضادات قيد الاختبار.اختبرت قدرة بكتريا Enterobacter sakazakii على انتاج انزيمات البيتا لاكتيميز واسعة الطيف واظهرت العزلات عدم قدرتها على الانتاج واستخدمت طريقة القرص المصاحب لمعرفة قابلية العزلات على انتاج انزيمات الميتالو بيتا لاكتاميز.درست قدرة البكتريا على تكوين الغشاء الحيوي واظهرت النتائج ان 2/4(50%) من العزلات لها قدرة على انتاج الغشاء الحيوي.كما د رست قدرة البكتريا على مقاومة التاثير القاتل للمصل وظهرت العزلات كلها موجبة بينما درست قدرة البكتريا على تلازن كريات الدم الحمراء لوحظت تحت المجهر واظهرت النتائج ان 3/4(75%)من العزلات كانت موجبة.اختبرت قدرة البكتريا على انتاج السموم المعوية باستخدام الفئران الرضيعة وظهرت كل العزلات منتجة له وقد ظهرت على الفئران الرضيعة بالسموم المعوية اعراض سريريه حادة مثل انخفاض النشاط والحركة البطيئة وعلامات ضعف مع تغيرات في المعدة وخسارة التركيب النسيجي للغشاء المخاطي والغدد وظهور بؤر للخلايا المتحللة وزيادة في سمك الجدار مع تقرحات في النسيج اما التغيرات المرضية في الامعاء فهي تغيرات غير مخصصة تمثلت بتقطعات في النسيج الطلائي وتقرحه وفقدان لشكل النسيج والغدد. | This study was aimed for detection occurrence of Enterobacter sakazakii in stool specimens, infant formula and hospitals environments. A total of 310 samples (180 infant formula, 50 stool samples and 80 hospital environment swabs ), during the period from September 2012 to July 2013 were collected. Growth on Violet redbile agar and MacConkey agar was identified by cultural and biochemical tests and confermated by API 20 E system which revealed that : Only 22/310(7.09%)gave positive growth for Enterobacter spp. as following : 9/80 (11.2%) environmental swabs , 12/180(6.6%) infant formula and 1/50 (2%) stool samples. Diagnosis of the isolates appeared that E. cloacae was (15 ⁄ 22) while E . sakazakii (4 ⁄ 22) and E. aminogenus (3/22). Four E. sakazakii isolates were screened for their antibiotic resistance against 20 antibiotics of different classes using Kirby - Bauer disk diffusion method. The results showed that all the tested isolates were resistant to at least 6 antibiotics of which they were tested . In the present study four E. sakazakii isolates where screened for potential ESBLs production, they showed 3 (75%) isolates were potential ESBLs production ,but conformation of ESBLs production was detected by double disk synergism test and appeared that all the isolates were unproductive . Combined disk diffusion method was used for detection of metallo - β - lactamase - producing isolates, they were emplace each of imipenem and ceftazidame antibiotics with and without EDTA on Mueller - Hinton agar, because EDTA working to inhibit of metallo - β - lactamase. The results showed that the presence of EDTA does not affect the diameter of inhibition zone for the four isolates. Biofilm production was detected by spectrophotometric method .The four isolates were tested and appeared that 2(50%) were produced biofilm. The resistance of bacterial isolates to serum bactericidal activity was tested by the turbidmetric assay . All isolates were appeared able to resist to serum bactericidal activity, while Agglutination of erythrocytes was tested under the microscope and showed 3/4(75%) were positive. In the present study E. sakazakii were evaluated enterotoxin production. All the isolates showed positive for enterotoxin production. Results of treating suckling mice with enterotoxin showed acute clinical signs appeared depression, slow movement and signs of weakness. Significant macroscopic finding showed in mice treated with enterotoxin the stomach was distended and enlarged with thick corrugated mucosa but no significant changes in intestine. Pathological changes in the stomach appeared as loss of normal architecture of mucosa and glands, multiple foci of degenerative cells, reactive epithelial surface with thickening wall, pseudo - metaplasic changes and superficial epithelial injury. The intestinal changes showed nonspecific pattern of damage to surface of epithelium .Complete loss of architecture of glands and mucosal epithelial , superficial epithelial discontinuity , ulcer and non - specific reactive epithelial surface.

دراسة مناعية لمستضدات الدم وعلاقتها بسرطان الثدي القنوي في عينة من النساء العراقيات == Immunological study on blood antigens and their relationship with ductal breast cancer in a sample of Iraqi women.

Author name: ليث باسم علي الحسيني
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني | يعقوب عبد الواحد صالح الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تكمن اهمية مستضدات مجاميع الدم المختلفة كجزيئات ترتبط مع الامراض السرطانية وقد اكدت الدراسات المتعلقة بسرطان الثدي على دور مجموعتي ABO وMNS ، اضافة الى ان مجموعة الدم Lewis تلعب دورا اساسيا كجزيئات مرتبطة بالسرطان Cancer associated molecules جمعت 100 عينة دم من مريضات سرطان الثدي القنوي Ductal breast carcinoma ومثلها لنساء صحيحات مقاربة بالعمر للمقارنة.اهتمت الدراسة في ايجاد تردد مجاميع الدم ABOو Lewis وMNS وLutheran للمريضات والصحيحات ،اما الجانب المناعي من الدراسة فقد تطرق الى وجود الاستجابة المناعية وتكوين المعقدات المناعية في مريضات السرطان وعلاقة ذلك بمجاميع الدم المختلفة. نمطت مجاميع الدم المختلفة باستعمال كشف التلازن الدموي Hemagglutination test كما استعمل فحص انخفاض العيارية للمصل كمعيار لتكوين المعقدات المناعية اضافة لاستعمال تثبيط تكوين المعقدات المناعية بالمستضد الحر كدليل على انفتاح المعقدات المناعية. واستعمال كشف تثبيط التلازن لدراسة نوعية الاضداد المعنية في هذه الدراسة. اظهرت نتائج العينة المدروسة عدم وجود فروق معنوية لصنفي الدم O وA في المريضات مقارنة بالصحيحات, بينما كانت نسبة صنف الدمB منخفضة في المريضات حيث بلغت 10% مقارنة بنسبة 24% للصحيحات وكانت النتائج التحليل الاحصائي معنوية (p<0.001) ، في حين ابدت مجموعة دم Lewis في المريضات ترددا مغايرا عن تلك التي في الصحيحات, فقد بلغ تردد مجموعة دم Le( a - b+) %40 عند المريضات مقارنة بنسبة تردد %55 في الصحيحات وكان التحليل الاحصائي مشير الى معنوية هذا الفرق p<0.05)) ،اما نسبة مجموعة الدم Le (a+ b - )فلم تعطي فرقا معنويا فكانت %29 في المريضات مقارنة بنسبة %31 للصحيحات ، كما اظهرت مجموعة دم Le (a - b - ) نسبة بلغت %23 في المريضات مقارنة بنسبة %10عند الصحيحات اما نسبة مجموعة الدم Le (a+ b+) فكانت 8%و4% في المريضات والصحيحات على التوالي وكانت نتائج التحليل الاحصائي معنوية (p<0.005). فيما يتعلق بدور المجموعة MNS فقد اتضح من الدراسة ان المجموعة MN كانت الاكثر ازديادا اذ بلغت نسبة ترددها في المريضات %77 مقارنة مع %57 في الصحيحات(p<0.001). اما نسبة تردد النمط الوراثي Lu(a - b - )لمجموعة الدمLutheran فقد كانت عالية اذ بلغت 31% في المريضات, و7% في الصحيحات(p<0.001), بينما كانت نسبة تردد النمط الوراثي Lu (a - b+) منخفضة في المريضات اذ كانت 65% بينما كانت 82% في الصحيحات(p<0.001).اظهرت نتائج العينة المدروسة استجابة مريضات سرطان الثدي باختلاف انماطهم الدموية ABO وLewis وMNSوLutheran حيث كانت مجموعتي الدم AوO اكثر المجاميع اعطائا لعيارية ضادة لمستضد او مستضدات كريات دم البقر فقد بلغت 2.9 ± 8.9 و0.9 ± 7.4 للمريضات على التوالي مقارنة بعياريات بلغت 0.9 ±5.0 و0.7±6.5 لمجموعتي الدم AوO للصحيحات على التوالي .(P<0.05) اما مجموعة الدم Lewis فقد لوحظ ان معدل عيارية حاملي النمط Le(a - b+) كانت الاعلى اذ بلغت 8.5 ± 2.0 في المريضات و5.7 ± 0.7 في الصحيحات (P<0.05). وقد بلغ معدل عيارية النمط الوراثي MM 7.3±1.8 للمريضات مقارنة بعيارية 5.1±1.3 للصحيحات ( (P<0.05وكان الاعلى بين العيارية الموجبة للانماط الوراثية الاخرى لمجموعة الدم MNS. ولوحظ ان معدل عيارية حاملي النمط Lu(a - b+) الاعلى حيث بلغ 7.4 ± 1.2 في المريضات وكان معدل تلك العيارية 5.8 ± 0.7 في الصحيحات ( (P<0.01. سجلت نتائج العينة المدروسة تكون المعقدات المناعية Immune complexes في مصول مريضات سرطان الثدي باختلاف انماطهم الدموية ABO وLewis وMNSو Lutheran من خلال انخفاض في معايير الاضداد الضادة لكريات دم الابقار بعد تكوين المعقدات المناعية. ابدى 54 نموذجا للمريضات و37 نموذجا للصحيحات انخفاض في معايير الاضداد بعد تكوين المعقدات المناعية فقد كانت النسبة المئوية للمريضات المكونة للمعقدات 83.0% وكانت العيارية 7.1 ± 0.8 في حين كانت النسبة المئوية للصحيحات % 63.0بمعدل عيارية 5.5 ± 0.6 قبل تكوين المعقدات المناعية ((P<0.01، اما بعد تكوين المعقدات المناعية اصبحت النسبة المئوية للمريضات 65.1% بمعدل عيارية 2.9 ± 0.4 في حين كانت النسبة المئوية للصحيحات 58.7% بمعدل عيارية 3.0 ± 0.5 واشارت نتائج التحليل الاحصائي عدم وجود فروق معنوية بين النسبتين.تشير نتائج الدراسة الحالية الى ان هنالك ترابط بين وجود الجزيئات المسؤولة عن مجاميع الدم ووجود سرطان الثدي القنوي اذ حدد هذا الترابط اعتمادا على تلازم المرض مع المجموعة واختلافه في الصحيحات.اشارت نتائج الدراسة الحالية الى القابلية الكبيرة لمريضات سرطان الثدي القنوي على تكوين المعقدات المناعية وحددت بعض معالم نوعية الاضداد الداخلة في تلك المعقدات. سجلت هذه الدراسة ظاهرة انقلاب الصنف (من مجموعة الدم B الى AB) لاول مرة.تمت مناقشة نتائج الدراسة في ضوء النتائج المتوافرة في الابحاث العلمية ذات الصلة . | Blood groups antigens are important molecules their phenotypic expression are associated with various type of diseases as well as cancer, especially, Blood groups ABO, Lewis, MNS and Lutheran. The present study dealt with the frequency distribution of these molecules patients of ducted breast cancer and matched healthy Iraqi women. In addition the immune response toward red blood corpuscles antigen(s) and immune complexes formation were investigated.Different type of blood groups were typed by using direct hemagglutination tests, tube and Anti - human globulin test. The occurrence of immune complexes were detected using a lowered hemagglutinin titers befor and after incubating sera at room temperature and 4C. in addition, The specificity of immune complexed immunoglobulin was analyzed using free saliva antigens and hemagglutination inhibition.The results showed the followings.There no significant differences in the frequency distribution of A and O and blood groups in patient and healthy control, However Blood group B frequency was 10% in patient vs. 24% in controls (p<0,001) .On the other hand however Lea - b+ blood group approach a frequency of 40 % in patients vs 55% in controls (p<0.05).The difference of frequency of Lea+b - in patients and controls was not significant . Lea - b - Lewis blood group gave a frequency distribution of 23% in patients compared to 10% in controls (p<0.05) .In the MNSs blood group, The phenotype MN gave a highly significant frequency distribution 77% in patients vs 57% in controls (p<0.001) .In Lutheran blood group Lu a - b - showed a 31% frequency distribution in patients vs 7% in controls ( p<0.001). Various blood groups type patients demonstrated an elevated anti - bovine antibody immune response,Blood group A and O patient showed elevated mean titers .The titers in patients more 8.9±2.9 and 7.4±0.9 respectively compared to a controls mean atiters of 5±0.9 and 6.5 ±0.7 respectively . Among lewis blood groups ,the mean titer of Lea - b+ was the highest. It was8.5±2.0 in patients vs 5.7±0.7 in healthy controls (p<0.05). Likewise ,MM blood type gave a mean titer of 7.3±1.8 vs 5.1 ±1.3 in the controls (p<0.05) . The study provide the information of immune complexes (Ics) in patient and control sera . The percentage of sera giving immune complexes was 83% in patients vs 63% in controls. The respective titers after immune complexes formation were 7.1±0.8 in patients vs 5.5±0.6 in controls before (Ics) formation that rendered the titer to 2.9±0.4 in patients and 0.3±0.5 in controls after Ics formation . This study revealed a status of blood group B conversion to AB. In conclusion, the present study indicated that there were association between blood groups molecule and ductal breast cancer . The result are discussed bared on the available data on ductal breast cancer as related to blood groups molecule

دراسة الاسهال المصاحب للمضادات الحيوية والتهاب القولون والمتسبب بجرثومة Clostridium difficile واستخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي في الوقاية والعلاج == Study of Antibiotic - Associated Diarrhea and Colitis caused by Clostridium difficile , and using Saccharomyces boulardii as a probiotic for the prevention and treatment

Author name: لمى يوسف مهدي
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي | سعد صباح فخري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة 525 عينة براز لمرضى عراقيين مصابين بالاسهال والتهاب القولون المصاحبين للمضادات الحيوية من الراقدين في مستشفيات بغداد الذين كانوا تحت العلاج بالمضادات الحيوية واسعة الطيف ، فضلا عن اصحاء ظاهريا من اطفال(بعمر شهر فاقل الى 15 سنة) وبالغين(بعمر 16 سنة الى 61 سنة فاكثر) ، خلال الفترة من الاول من حزيران 2013 حتى نهاية ابريل 2014 . استبعدت 95 عينة اظهرت نتيجة موجبة للطفيليات والفطريات تجنبا لحدوث تداخلات في نتائج الدراسة . تم التحري عن بكتريا المطثية العسيرة Clostridium difficile (C.difficile)وذلك بعزلها وتشخيصها باستخدام وسط انتقائي، واجريت اختبارات مجهرية وكيموحيوية باستخدام نظامAPI 20 A system , كما فحصت حساسية العزلات للمضادات الحيوية. والكشف عن وجود السموم (ا وب( باستخدام تقنيةELISA وكشف جيناتهماtcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .واظهرت النتائج عزل وتشخيص75 (%17.44) عزلة من C.difficile من مجموع 430 عينة ، شملت 51 (21.3٪) عزلة من مجموع 240 عينة اطفال مرضى و12(15٪( عزلة من مجموع 80 عينة اطفال اصحاء ظاهريا ، اما من البالغين المرضى والاصحاء ظاهريا فكانت 11(15.7٪( عزلة من مجموع 70 و1(52.٪) عزلة من مجموع 40 على التوالي. اظهرت العزلات مقاومة عالية لكل من المضادات الحيوية ,Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ciprofloxacin, Erythromycin, وAmpicillin ، وحساسية عالية لكل من Vancomycin وMetronidazol (100و 96(% على التوالي، مع حساسية جيدة للـ chloramphenicol.واظهرت جميع العينات الموجبة وجود سموم ( ا وب( باستخدام تقنية ELISA ، كما اظهرت جميع العزلات الموجبة احتواءها الجينات tcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .هدفت الدراسة ايضا استخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي خارج وداخل الجسم الحي للوقاية والعلاج من الاسهال والتـهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية والمستحث تجريبيا في فئران اصيبت بـC.difficile ، ومقارنة هذا التاثير مع التاثير العلاجي بالمضادات الحيوية. واظهرت النتائج كفاءة المعزز الحيوي في تثبيط نمو البكتريا خارج الجسم الحي والتقليل من التاثيرات النسيجية المرضية المصاحبة للاصابة بـ C.difficile من خلال الية التثبيط التنافسي داخل الجسم الحي .يستنتج من هذه الدراسة ان لخميرة S.boulardii تاثيرا ايجابيا لمنع وعلاج الاصابة بـ C.difficile من خلال احداث التوازن الميكروبي وتقليل او منع التاثيرات النسيجية المرضية الضارة للقولون ، وان هذا التاثير يكون احسن واكثر ايجابية في حالة الاستخدام المبكر والمستمر لهذه الخميرة , كما اثبتت الدراسة سلامة استخدام الخميرة كمعزز حيوي ، ومما تقدم اعلاه نوصي باستخدامها للوقاية والعلاج من الاسهال والتهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية . | A total of 525 stool samples were collected from patients with clinical symptoms of diarrhea and colitis with a history of antibiotics treatment from some hospitals in Baghdad .An apparently healthy children (one month to less than 15 years old) and adults (16 to 61 years and older) were involved in this study. Then investigation were carried out from June 2013 to April 2014. Ninety five samples were excluded from this study science they were contaminated by parasite and fungi . Clostridium difficile (C.difficile) were isolated and identified using selective media ,light microscope and biochemical tests using API 20 A system. All isolates were subjected to antibiotics resistance test. The presence of toxins : A and B were detected using ELISA technique ;while tcdA and tcdB genes were confirmed using PCR technique. The results showed isolate and diagnose 75 (17.44%) isolate of C.difficile out of 430 samples, including 51 (21.25%) isolate of a total 240 sample of children patients and 12 (15%) isolate of a total 80 sample of apparently healthy children, either from adult patients and apparently healthy were 11 (15.7%) isolate of a total 70 and 1 (2.5%) isolate of a total 40 respectively. Isolates showed high resistance for antibiotics : Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ,ciprofloxacin, Erythromycin, and Ampicillin, and high sensitivity for Vancomycin and Metronidazol(100and 96)% respectively, with a good sensitivity to chloramphenicol . All the C.difficile positive samples showed presence of toxins (A and B) using ELISA technique, also all the positive isolates showed contain tcdA and tcdB genes by using PCR technique .The study also aimed to use the yeast Saccharomyces boulardii as probiotic in - vitro and in - vivo for the prevention and treatment of diarrhea and colitis associated with antibiotics and experimentally induced in mice that infected by C.difficile, and compared this effect with the therapeutic effect with antibiotics. The results showed efficiency of probiotic in the inhibition of bacterial growth in - vitro and reduce the pathological effects associated with C.difficile infection through competitive inhibition mechanism in - vivo.This study conclude that the S.boulardii have positive influence to prevent and treat C.difficile infection through the creation of microbial balance and reduce or prevent histopathological effects that harmful to the colon, and that this effect is better and more positive in the case of early and continued use of yeast. Besides that, this study proved the safety of S.boulardii as a probiotic and for all above it is recommended to be used for prevention and treatment of Antibiotic associated diarrhea and Colitis .

دراسة مناعية وبكتريولوجية لمرض روماتزم المفاصل الرثياني لدى النساء الكرديات == Immunological and Bacteriological Study of Rheumatoid Arthritis in Kurdish Women

Author name: فيان محمد صالح
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: برزت اهمية مستضدات مجاميع الدم المختلفة كجزيئات ترتبط مع امراض المناعة الذاتية اذ اكدت الدراسات على دور مجموعتي الدم ABO وLewis في هذه الامراض ، وبما ان مجموعة الدم Lewis تلعب دورا اساسيا في الالتصاق الخلوي Cell adhesion فقد ركزت الدراسة الحالية في جانب تنميط مجاميع الدم على مدى تكرار هذه المجاميع في مريضات التهاب المفاصل الرثياني مقارنة بالسليمات ، اما الجانب المناعي من الدراسة فقد تطرق الى وجود الاستجابة المناعية في المريضات وعلاقة تلك الاستجابة بمجاميع الدم المختلفة . كانت عينات المريضات 50 عينة ومثلها للسليمات للمقارنة ،تم تقصي انماط مجموعة الدم ABO وانماط مجموعة الدم Lewis. اظهرت النتائج عدم وجود فرق معنوي في نسب مجموعة الدم ABO في المريضات مقارنة بالسليمات اذ كانت النتائج غير معنوية ، في حين ابدت مجموعة دم Lewis في المريضات تكرارا مغايرا مقارنة بالسليمات فقد ازداد تكرار مجموعة دم Le( a+ b - ) عند المريضات حيث بلغ (%56) مقارنة بنسبة تكرار (%14) في السليمات (X2=38.77,P=4.77×10 - 10)،في حين كانت مجموعة دم Le (a - b+) مجموعة مقاومة للمرض اذ انخفضت نسبتها الى (%8) في المريضات مقارنة بنسبة تكرار السليمات (%70) (X2=80.8,P=2.5×10 - 19)، ان الارتفاع في نسب مجموعتي الدم Le (a+ b - ) وLe (a+b+)كان له علاقة بحالة الافراز وعدمها لدى المريضات.اما ما يخص الدراسات المصلية فقد كانت نتائج فحص تلازن اللاتكس RF وبروتين سي الفعال ومعدل ترسيب كريات الدم الحمركلها ايجابية مع الاختلاف في النسب بين المريضات ، اما الفحوصات المناعية فقد اشارت النتائج بالنسبة لاختبار التحري عن وجود المستضد (H) في لعاب المريضات والسليمات ذوات صنف دم لويس Le.a الى وجود هذا المستضد في صنف الدم هذا حيث كانت نسبة امتلاك هذا المستضد عند المريضات 58% والسليمات 50% , وايضا اجري اختبار لتحديد مستوى المستضد (H) في لعاب المريضات والسليمات من صنف دم لويس Le.b وLe.a+b+ اذ بينت النتائج الى قلة منسوب النتاج الجينيﻟ (Se.gene) لديهن وكانت النتائج كالاتي : معدل العيارية للمريضات لصنف دم Le.b (44±57.5) وللسليمات (86.85±40.11) اما المريضات ذوات صنف Le.a+b+ فقد سجلوا عيارية (5.7±11.7) والسليمات (32±0.00) هذه النتائج تدل على معنوية الفروق بين المريضات والسليمات من صنف Le.a+b+ . اكد اختبار تقدير عيارية الاضداد الضادة لكريات الدم الحمر لدى المريضات والسليمات الى ان مصول مريضات التهاب المفاصل الرثياني ابدت استجابة مناعية تجاه مستضدات كريات دم الصنف OLe. للانسان. استخدم كشف الاقتران المناعي المرتبط بالانزيم (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) في تقدير الاضداد الضادة للعابين(الميوسين) نمط (Le.a,Le.b,Le,a - b - ) في مصول المريضات والسليمات(تخفيف المصل 1 : 128 ) حيث ابدت استجابة مناعيه ضد اللعابين وسجلت قراءات عالية المعنوية بين المريضات والسليمات. من النتائج الواردة في اعلاه تبين ان هناك علاقة بين مجاميع دم لويس وقدرة الافراز والاستجابة المناعية الضادة للعابين والتي يمكن ان تستهدف هدفا لتشارك في انشاء المناعة الذاتية في هذا المرض. | The importance of antigen of blood groups emerged as molecules associated with autoimmune diseases, where studies have confirmed the role of the two sets of blood ABO and Lewis in these diseases, and as the blood group Lewis plays an essential role in the adhesion has focused the present study on the side of the standardization of blood groups on how frequently these totals in rheumatoid arthritis patients compared to control, either side of the immune system study has touched on the presence of the immune response in the patients and the relationship of those responding totals different blood.Samples of the patients were 50 samples and the same for probable comparison. The results showed a lack of significant difference in the proportions set of ABO blood in the patients compared to control because the results were insignificant, while expressed blood group Lewis in the patients again different from those in healthy. An increased frequency of blood group Le (a + b - ) in patients was (56%) compared with (14%)frequency in healthy(control), while the blood group Le (a - b+) group resistant to the disease its frequency was (8%) in patients compared with healthy control (70%).The results indicate for the screening test for the presence of antigen (H) in the saliva of the patients and control of( Le.a) was(58%) in patients and (50%) in control. The result of serological tests(RF,CRP and ESR) were all positive.The level of antigen (H) in the saliva of the patients and control class of blood Lewis ( Le.b) and (Le.a + b +) was : Le.b patients (44 ± 57.5) compared to control (86.85 ± 40.11) patients of ( Le.a + b +) has registered titer (5.7 ± 11.7) and (32 ± 0.00) in control Anti - OLe.a blood group titer antibodies demonstrated insignificant rise of titers in patients sera compared to control. The results of anti - mucin titer to mucin pattern (Le.a, Le.b, Le. a - b - ) in the sera of patients and control were very significant.The abnormal frequency distribution of Lewis blood groups molecules in patients compared to healthy control,the low level of H - gene productin patients versus controls and the highly significant rise in anti - salivary mucin autoantibodies first time reported here indicate the probable important anociation of these multifactorial factors in the etiopathogenesis of Rheumatoid Arthritis.

دراسة مقاومة بكتريا Enterococcus faecalis المسببة لالتهابات المجاري البولية لبعض المضادات الحيوية وانتاجها لانزيمات ? - Lactamase == Study The Resistance of Enterococcus Faecalis that caused Urinary Tract Infection to some Antibiotics & its Production for ? - Lactamase Enzymes"

Author name: فاطمة صبيح علي السعدي
Supervisor name: نزار ادور ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم التحري عن وجود بكتريا Enterococcus faecalis في (389) عينة ادرار جمعت من مرضى مصابين باخماج القناة البولية ، ومن مختلف الفئات العمرية ، وللمدة ما بين (اب2005 - ) الى (كانون الثاني2006 - ) ، اذ اعتمدت الصفات الزرعية للمستعمرات والمجهرية لخلايا البكتريا ، والاختبارات الكيموحيوية (Biochemical tests) ، والتشخيص المصلي بطريقة لانسفيلد ، والتشخيص بعدة (API - 20 strep) ، وامكن تشخيص (27) عزلة تابعة لهذا النوع و(3) عزلات من النوعfaecium Enterococcus. اجري فحص الحساسية لعزلات E.faecalis المدروسة باستخدام (24) مضادا حيويا، وقد اظهرت العزلات مقاومة متعددة تجاه المضادات الحيوية ما بين (18 - 15) مضادا حيويا, وكانت جميع العزلات مقاومة وبنسبة (%100) لاربعة عشر مضادا حيويا، في حين كانت حساسة بنسبة (%100) تجاه البعض الاخر،كما حددت التراكيز المثبطة الدنيا لعشرة مضادات حيوية ، واظهرت النتائج ان هنالك اختلافا واضحا في قيمها. تم اختبار قابلية العزلات المدروسة على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز بطريقة اليود القياسية السريعة وطريقة النايتروسفين ، واظهرت النتائج عدم مقدرة هذه العزلات على انتاج انزيم البيتالاكتاميز . تم الكشف عن قابلية العزلات على انتاج انزيم البروتييز (Protease) وانزيم اللايبيز (Lipase) والبكتريوسين ((Bacteriocin وقدرتها على التلازن الدموي (Haemagglutination) ، واظهرت النتائج ان (26 عزلة) وبنسبة (% 96.3) كانت منتجة للبروتييز ، و(7عـزلات) (% 26.0)للانواع المنتجة لللايبيز ، و(23عزلة) (% 85.2) للانواع المنتجة للبكتريوسين ، فيما لم تظهر اي عزلة من العزلات المدروسة القدرة على التلازن الدموي . اظهرت العزلات المدروسة قابلية على الالتصاق بالخلايا الطلائية للمجاري البولية للانسان، وقد تباينت العزلات في قيم معدلات الالتصاق ما بين (78.0 - 22.10) بكتريا/خلية ، كما اجري اختبار تثبيط الالتصاق البكتيري في (4) عزلات منتخبة ذات معدل التصاق (52.6 و56.4 و77.5 و78.0 ) بكتريا/خلية باستخدام التركيز تحت المثبط الادنى وما تحته لاربعة مضادات حيوية بعد تنمية العزلات في وسط حاوي على تلك التراكيز ومقارنة ذلك بمعدل التصاق نفس العزلات المنماة في نفس الوسط الخالي من اي تركيز للمضادات الحيوية المستخدمة في الاختبار ، وقد اظهرت نتائج التحليل الاحصائي فرقا معنويا بين معدلات الالتصاق للعزلات المدروسة بوجود وعدم وجود تلك التراكيز من المضادات الحيوية المستعملة . اظهرت النتائج قابلية عزلتين وبنسبة (%7.4) على انتاج انزيم الهيمولايسن وكان التحلل من نوع بيتا (β - haemolysis)، كما اظهرت هاتين العزلتين القابلية على انتاج السايتولايسين والذي هو عبارة عن (هيمولايسين - بيتا/البكتريوسين) ، كما تم دراسة تاثير تركيز تحت المثبط الادنى لمضادي Nitrofurantoin وCiprofloxacin على انتاج الهيمولايسين الخام للعزلتين المنتجة (7و14) ، عن طريق حساب الفعالية النوعية للهيمولايسين الخام قبل وبعد التعرض لتلك التراكيز، اذ بلغت الفعالية النوعية للهيمولايسين الخام قبل التعرض للمضاد الحيوي للعزلتين (7و14) حوالي (1.6 و8.3) وحدة تحلل/مكغم على التوالي ، واظهرت النتائج ان هنالك تاثيرا مثبطا كبيرا لتلك التراكيز المستخدمة من المضادات الحيوية على انتاج الهيمولايسين الخام . | To detection Enterococcus faecalis in (389) urine samples were collected from urinary tract infection patients from all the ages during the period of (August 2005) till (January 2006) . Detection depending on cultural & microscobial characteristics of bacterial cell & Biochemical tests & Serological diagnosis by Lancefield method & Diagnosis by (Api - 20 strept ) was done to find (27) isolates of this species & (3) isolates of the species Enterococcus faecium. The antibiotic sensitivity test was done by using (24) antibiotics, the isolates showed multiresistant against (15 - 18) antibiotics. All the isolates were resistant by (100 %) against (14) antibiotics , while the isolates were sensitive by (100 %) against other antibiotics, also the minimum inhibitory concentration for ten antibiotics was studied, & the results showed an obvious different between their values . The ability of the isolates for βeta - Lactamase enzymes production was studied by standard rapid iodometric method & by nitrocefin method .The results showed the disability of these isolates for βeta - Lactamase enzymes production. To detection of the isolates ability of production of protease enzyme ,lipase enzyme ,bacteriocin, the ability of haemagglutination .The results showed that (26 isolate) (96.3 %) were protease producer , & (7 isolates) (26.0 %) were lipase producer, & (23 isolate) (85.2 %) were bacteriocin producer , while none of isolates under the study showed the ability of haemagglutination.The isolates showed the ability of adherence to the uroepithelial cells of humans urinary tracts .The isolates showed different adherence rates between (22.10 - 78.0) bacteria/cell .The inhibition of bacterial adherence was studied for four selected isolates which were their adherence rates were (52.6,56.4,77.5,78.0) bacteria/cell by using the minimum inhibition concentration & below it for four antibiotics after the isolates were cultured in a medium containing these concentration & comparing this with the adherence rates of the same isolates in the same medium but empity of any of antibiotics concentration that were used in the test. The Statistical analysis showed a significant difference between the adherence rates for the studied isolates in the presence & absence of these concentrations of the antibiotics in this study. The results showed the ability of two isolates (7.4 %) of enzyme hemolysin production & the hemolysis was from the Beta type (β - hemolysis) & those two isolates showed the ability of cytolysin production which is (hemolysin - βeta/bacteriocin). The effect of the below minimum inhibition concentration of Nitrofurantoin & Ciprofloxacin on the production of crude hemolysin of the two producer isolates (7 & 14) by calculating the specific activity for crude hemolysin before & after exposure to these concentrations. The specific activity for crude hemolysin before exposure to the antibiotics for the two isolates (7 & 14) about (1.6 & 8.3) hemolytic unit/mg respectively .The results showed that there was inhibitory effect of the used concentrations of antibiotics on production of cr

انتشار ودراسة التضاد لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من فتحتي المنخرمن طلاب المدارس في محافظة ميسان == Prevalence and Study the Antagonism of Staphylococcus aureus Isolated from Nares of School Children s in Maysan Governorate

Author name: فاطمة يوسف موسى المحمداوي
Supervisor name: امال عباس محمد الفخري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: الدراسة الحالية تضمنت جمع 500 مسحة جمعت من انوف طلاب المدارس الابتدائية في محافظة ميسان للفترة ( من تشرين الاول لسنة 2014 الى ايار لسنة2015 للفئة للعمرية 6 - س11 سنة ) للتحري عن حاملي المكورات العنقودية الذهبية اخذت العينات من 8 مدارس ابتدائية (4 مدارس من المناطق الريفية و4 مدارس من المناطق الحضرية). شملت العينات الماخوذة 230 عينة من الذكور و270 عينة من الاناث . وكذلك تم التحري عن البكتريا والاعفان التي قد تكون موجودة في الانف والتي قد تقلل من نسبة تواجد بكتريا المكورات العنقودية الذهبية في الانف. وقد استخدمت الطرق المختبرية القياسية في تشخيص هذه البكتريا وتم التاكيد باستخدام نظام API 20 .Vitick 2Compact system, وقد اظهرت النتائج ان 140 (28%) عزلة من العينات المدروسة ( 5841.43%)) عزلة اناث و82 ) (58.57عزلة ذكور) هي من النوع المكورات العنقودية الذهبية الموجبة لانزيم التجلط Coagulase Positive Staphylococcus aureus (CoPS).ولمعرفة ما اذا كانت الظروف المعيشية(الريف والمدينة) تؤثر على معدل حمل S.aureus في مناطق الريف والمدينة في محافظة ميسان تم استخدام اختبار مربع كاي حيث عكست نتائج التحليل ان هناك فروق معنوية جدا وصلت الى X2 = 34.747 تحت احتمالية (P ≤ 0.01) بين حاملين ال S.aureus ضمن مناطق الريف والمدينة مما يعكس ان الظروف المعيشة مرتبطة بنسبة حمل هذه البكتريا.كما كانت نسبة الانواع البكترية الموجبة لصبغة غرام الاخرى هي : Staphylococcus epidermidis 226 (45.2 %) Streptococcus spp 176 (35%), Staphylococcus saprophyticus 9(1.8), Aerococcus viridians 4 (0.8)% , Staphylococcus haemolyticus 2(0.4). هذا وقد خضعت العينات الموجبة لانزيم التجلط الى اختبار الحساسية الدوائية بواسطة طريقة الانتشار بالاقراص وقد استعمل 18مضاد حيوي حسب المعاييرالمختبرية العالمية لعام 2012 حيث كانت نتائج الحساسية الدوائية كالاتي : (Methicillin(100%),Cefoxitin(95%),PenicillinG(94.28%),Amoxyllcin(63.5%), Cefixime (61.42%),Oxacillin(57.85%),Tetracycline(34.28%), Erythromycin(30%),Azithromycin (28.57%),Ciprofloxacin (17.85%) .Clarthromycin (12.17%), Tobramycin (9.28%) , Doxycyclin (7.10%), Vancomycin (5%), Amikacin (2.85%) ,Gentamicin (1.42%), Clindamycin (1.42 %), Levoflaxacin (0.0%), وقد اظهرت النتائج ان المضاد الحيوي Levoflaxacin هوالمضاد الاكثر فعالية بين المضادات المستخدمة فقد وصلت حساسية جميع العزلات الى( 100 %) بينما اظهرت العزلات البكتيرية مقاومة عالية لمضادات Beta - lactams . اجري الاختبارالتركيز المثبط الادنى Minimum Inhibitory Concentration (MIC) للعينات المعزولة بواسطة نظام الVitek 2 . بينت النتائج ان 8 ( 5.7%) عزلة هي من النوع الكورارات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين Methicillin resist Staphylococcus aureus MRSA) ) حيث قاومت التركيز 0.5mg للمضادالحيوي Oxacillin . بالاظافة الى ذلك دلت نتائج فحص الحساسية بواسطة الفايتك احتواء هذه العينات المقاومة على البروتين المرتبط بالنسلين المحور 2 PBP واحتوائها على جين ال mecA . تناولت الدراسة ايضا عزل الاعفان الموجودة في الانف حيث تم دراسة 50مسحة وتم الحصول على الانواع الفطرية التالية ( Pencillium Spp, A niger. . A. terrus , Cladosporium Spp, Alternia Spp)) .كما وتم دراسة الفعل الثبيطي لرواشح هذه الاعفان على بكترياS. aureus اوضحت النتائج ان عفن ال Alternaria له القابيلة على تثبيط نمو بكتريا الS. aureus حيث بلغ معدل قطر التثبيط ( 24.67) ملم على التوالي , بالاظافة الى ذلك درس التاثير الثبيطي للبكتريا المتواجدة كنبيت طبيعي في الانف على بكتريا S.aureus حيث اختيرت بكتريا المكورات العنقودية البشرويةS.epidermidis حيث استخدمت طريقة الانتشار بواسطة الحفر well diffusion method لمعرفة تاثير الخلية البكتريا الكاملة وكراشح لهذه البكتريا ضد S.aureus لوحظ ان بكتريا S. epidermdis لم تبدي اي تاثير تثبيطي اتجاه الS.aureus سواء كخلية بكترية كاملة او كراشح لهذه البكتريا. بينما الكشف عن تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لبكتريا S.aureus بواسطة epidermdis . S بواسطة استخدام جهاز Spectrophotometer اظهرت النتائج ان الامتصاصية بطول موجي 630 نانومتر فقد لوحظ انخفاض الامتصاصية من 0,022 لعالق بكتريا ال S.aureus مع سكر الكلوكوز بتركيز %0,25 المحضون لمدة 73 ساعة بدرجةحرارة 37 سيليزية الى 0,009 عند اظافة البكتريا المضادة S. epidermdis لعالق ال S aureus مع الكلوكو | The current study includes comprises 500 Nasal swab collected from the primary school students in the Maysan Governanat to investigate Staphylococcus aureus carriers for the period from (October to May 2014 - 2015 in the age group 6 - 11 years).The samples were taken from eight primary schools (4 schools from rural areas and 4 schools in urban areas),The samples taken include 230 sample from males and 270 sample from females, also to investigate for bacteria and fungi that may be present in the nose, which may reduce the percentage of the presence of the bacteria Staphylococcus aureus in the nose. The standard laboratory methods were used in the diagnosis of these bacteria and confirmed diagnosis using the API 20 system and the Viteck - 2 Compact System. The results showed that 140 (28%) isolates of the studied samples (58 isolated from females and 82 isolated from males) were Coagulase Positive Staphylococci(CoPS).To know whether that the living conditions (live in rural and urban districts) effect the rate of S. aureus carriers statistical analyses using chi square test for carriers in urban and rural districts revealed highly significant difference X2=34.747 (P≤0.01)which indicated that the living conditions and the rate of carriers are related.The proportion another gram positive bacteria were Staphylococcus epidermidis226(45.2%),Streptococcus spp176(35%),Staphylococcus saprophyticus 9(1.8%) Aerococcus viridians 4(0.8%) and Staphylococcus haemolyticus2(0.4).CoPS isolated were submitted to sensitivity test by kirpy - Bauer Disk diffusion method according to CLSI, 2012,18antibiotic has been used and the resistance rates ethicillin(100%),Cefoxitin(95%),PenicillinG(94.28%)Amoxycllin(63.5%),Cefixime(61.42%),Oxacillin(57.85%),Tetracycline(34.28),Erythromycin(30%),Azithromycin(28.57%),Ciprofloxacin(17.85%)Tobramycin (9.28%),Doxycyclin(7.10%),Vancomycin(5%)Amikacin(2.85%),Gentamicin 1.42%, Clindamycin (1.42 %), and Levoflaxacin (0.0%).The results showed that the antibiotic Levoflaxacin was the most effective antibiotic among them all isolates were a sensitive and reached to (100%) while most the isolates showed high resistance to Beta - lactame antibiotics. The minimum inhibitory concentration (MIC) was used by Vitek 2 system showed that 8 isolates of (5.7%) samples were Methecillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA)were they resisted to the minimum inhibitory concentration 0.5 for the antibiotic Oxacillin as well as the results of the examination sensitivity shown by Vitek 2 - System.These resistance isolates associated contain pencillin binding protein 2 PBP and contain the mecA gene.The study also included the isolation of Fungi from the nose, were the study showed 50 swabs got the following types (Pencillium spp, Aspergillus . niger, Aspergillus . terrus, Cladosporium spp, Alternaria spp).The inhibitory effect of the filtrates of these Fungi against S. aureus was studied, were results showed that the mold Alternaria spp only has the ability to inhibit the growth of S. aureus where average of inhibition zone reach to(24.67) mm in addition the present study include the control of S.aureus by the other bacteria which considered normal flora in the nose, Staphylococcus epidermidis selected for this purpose.Well diffusion method was used as Whole bacteria and filtrate for this purpose and results show that there are no inhibitory effect of S.epidermidis on S.aureus by this method. While biofilm formation of S.aureus was inhibited by S. epidermidis by detected using Spectrophotometer (360nm) results of the absorbency was decrease from 0.022 for suspension of S.aureus with glucose 0.25% incubated for 73 hour at 37 °C to 0.009 for suspension of antagonistic bacteria S. epidermidis added to the suspension of S. aureus and glucose 0.25% under the same condition and this indicate that the biofilm was inhibited by S.epidermidis

دراسة الميكروبية والتداخل البكتيري للفطريات المصاحبة لالتهابات الانف والاذن لمرضى السكري وابيضاض الدم == Microbial Study and Bacterial Interaction with Mycosis Associated with Nose and Ear Inflammatory of Diabetes and Leukemia Patients

Author name: علیاء فخري خلف البیاتي
Supervisor name: امال عباس محمد الفخري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred and ten clinical samples were collected from hospitalized patients in hematology - oncology department in Baghdad Teaching Hospital and Al - Kindy Teaching Hospital, during the period from November 2014 to June 2015.The samples included 48 female and 62 male patients who are suffering from diabetes mellitus (DM) and leukemia. The ages of patients ranged between 13 - 82 years. The swab samples taken from the nose and ear of patients were (67 with diabetes mellitus and 43 with leukemia). The results of fungal culturing revealed that 50 samples of DM patients (74.63%) and 31 samples of leukemia (72.09%) were diagnosed as positive ones.From the collected clinical samples that gave positive results; it was found that Candida spp. was the most common fungi isolated from ear swabs (50%) followed by Aspergillus spp. (42.86%) and Penicillum spp. (7.14%).The results of fungal (molds) species isolated from the nose of DM patients revealed highly significant differences between fungal rates, Aspergillus spp. were isolated with highest levels (48.15%), followed by Penicillum spp. (37.04%); however, Rhizopus spp. was isolated with low levels (14.81%). On the other hand, it was found that Candida spp. and Rhodotorula spp. were the most yeasts isolated from the nose of DM patients. They were isolated with rates as (45.83%) and (41.67%) respectively. Nevertheless, the genus Cryptococcus spp. was isolated with low levels (12.50%). The results also revealed that males were more susceptible to fungal infection compared to females. Moreover, it was found that the fungal are more prevalent in ages over fifty and ages between thirty one and fifty years compared with younger ages between ten and thirty years old. From the collected clinical samples of leukemia patients, highly significant differences were found between the rates of fungal infection. The level of Aspergillus spp. was (90.91%) and Rhizopus spp. (9.09%), while the levels of yeasts were (88.24%) and (11.76%) for Cryptococcus spp. and Candida spp. respectively.The frequent species of Aspergillus identified included A. niger (37.78%), followed by A. flavus (35.56%), A. fumigatus (17.77%) and A. terreus with lowest levels (8.89%). The results also revealed that males are more susceptible to fungal infection compared to females. Moreover, it was found that the fungi are more prevalent in ages 31 - 50, followed by younger ages (10 - 30) compared to old ages, over fifty years old.All fungal isolates were identified according to macroscopic and microscopic characteristics in addition to biochemical tests for yeast identification. Vitek 2 system is another confirmatory test which was carried out for further characterization for the yeast species. The results of Vitek 2 system revealed that Candida spp. were isolated with the highest level (41.67%), followed by Cryptococcus spp. (37.5%) however, Rhodotorula spp. was isolated with a low level (20.83%). A confirmatory test for the selected isolates of A. fumigatus using polymerase chain reaction (PCR) analysis technique was also conducted. This test has been done by using primers specific for hemolysin gene (aspHS). The results of the molecular method were closely related to those obtained from cultural methods with exception of one isolate which was positive by PCR method nevertheless, it was negative by culture method. The results of PCR analysis technique, revealed that 6 isolates out of total 8 (75%) were positive for the presence of aspHS gene compared to culture methods which showed 5 isolates out of total 8 (62.5%) had the ability to induce hemolysis when grown on blood agar .The inhibitory effect of Bacillus subtilis against Aspergillus spp. was also conducted, the results indicated that B. subtilis isolate has antimicrobial activity against Aspergillus spp; the diameter of inhibition fungal growth were 39.3 ± 01.5, 48.6 ± 02.2, 40.5 ± 02.8 and 43.5 ± 01.7 mm for A. fumigates, A. flavus, A. niger and A. terreus respectively compared with the diameter of controls which were 80.0 ± 05.3, 78.0 ± 03.9, 43.5 ± 01.7 and 72. ± 02.6 mm respectively. The radial inhibition growth of Aspergillus spp. treated with B. subtilis were 51%, 38%, 47% and 44% for A. fumigatus, A. flavus, A. niger and A. terreus respectively compared with treatment of control.

تلازم بعض مجاميع الدم البشرية واضدادها مع مرض الذبحة الصدرية غير المستقرة

Author name: علي مرتضى حسن
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تمت دراسة 150 انموذجا لمرضى الذبحة الصدرية Unstable angina و100 انموذج للاصحاء ظاهريا والمضاهين الجنس والاعمار مع المرضى , واهتمت الدراسة في ايجاد ترددات مجاميع الدم ABO وLewis ومجموعة الدم MNS , فقد سجلت النتائج ان تردد المجموعة B كان 33.3% في المرضى, و29% في الاصحاء, وكان التحليل الاحصائي معنوي ((P< 0.05, اما تردد المجموعة A فلم يعط فرقا بين المرضى والاصحاء, في حين قل تردد المجموعة O في المرضى عنه في الاصحاء, فقد بلغ في المرضى24.7% , و31% في الاصحاء وكان التحليل الاحصائي معنوي ((P< 0.05, في حين كان تردد مجموعة الدم AB في المرضى 12.0 % وفي الاصحاء بلغ 10% ايضا كان التحليل الاحصائي معنوي ((P< 0.05 .لقد برز دور المجموعة (Le (a‾ b‾ في القابلية للمرض Susceptibility , وقد سجل هذا النمط ترددا بلغ 30.7% في المرضى و18% في الاصحاء, وكان التحليل الاحصائي مشيرا الى معنوية هذا الفرق (P< 0.05), اما المجموعة Le(a+ b - ) فقد سجلت ترددا بلغ في المرضى 15.5% وفي الاصحاء 26% والمجموعة Le(a - b+) كان ترددها 55% في المرضى و18% في الاصحاء وكانت نتائج التحليل الاحصائي معنوية ((P< 0.05.ان مجموعة الدم MNS اعطت مؤشرا الى دورها في المرض وخصوصا دور المجموعة NN اذ بلغ ترددها 19.2% للمرضى مقارنة بتردد 11% للاصحاء وكانت نتائج التحليل الاحصائي معنوية ((P< 0.05.وقد درست الاستجابة المناعية للانماط الدموية التي تحت الدراسة وبينت النتائج ان هنالك ارتباطا بين بعض المجاميع وعيارية الاضداد الضادة لكريات دم البقر في مصول المرضى مقارنة بالاصحاء.كان النمطان A وB اكثر الانماط اظهارا للعياريات فقد بلغت 43.6 ± 46.6 و61.9 ± 148.9 للمرضى على التوالي مقارنة بعياريات بلغت 5.6± 5.4 و15.3 ±25.7 للاصحاء وكانت هذه الفروقات ذات اهمية معنوية ((P< 0.05.اقترن ارتفاع عيارية الاضداد الضادة لكريات دم البقر بالمجموعة Le(a - b - ) فقد بلغت العيارية في المرضى 59.5± 67.2 و6.2 ± 5.8 في الاصحاء P<0.01) ). اما عيارية النمط Le(a+ b - ) فقد بلغت 57.6 ± 75.9 في المرضى و7.7± 7.7 في الاصحاء (P< 0.01) في حين كانت العيارية للنمط Le(a - b+) 43.7 ± 117.9 للمرضى, و108.3 ± 559.7 للاصحاء.درس دور مورث الافراز وعلاقته بالاستجابة المناعية فقد سجل المرضى الفارزين عيارية 72.6 ± 77.02 مقارنة بغير الفارزين المسجلين لعيارية بلغت 54.3 ± 63.5 (P< 0.01) في حين كان الاصحاء الفارزين ذوي عياريه 6.0 ± 7.02 مقارنة بغير الفارزين اذ بلغت 6.4 ±5.3 (P< 0.01) .اما العيارية المرتفعة للنمط NN والبالغة 38.4 ± 47.02 فقد اختلفت عن مثيلتها في الاصحاء 8.7 ± 9.4 (P<0.01).كانت الانماط AB وB اكثر خطورة نسبية للمرض, فقد بلغت خطورتها النسبية 1.2 و1.1 على التوالي .وقد نوقشت النتائج في ضوء المعلومات العلمية المتوافرة للموضوع. | A total of 150 unstable angina patients and 100 age and gender comparable healthy controls were investigated. The study dealt with finding the frequency distribution of ABO, Lewis and MNS blood groups .The findings indicated that there was an increase in the frequency of B blood groups (patients 33.3% versus 29% in control, P<0.05). On the other hand however, A gave no significant difference in the patients compared to control. O blood group frequency gave a decreased frequency in patients compared to controls,(24.7% in patients vs. 31% in healthy controls , P<0.05).A noticeable increase in the frequency of Le(a - b - ) was seen in patients (30.7% in patients vs. 18% in controls, P<0.05), However, Le(a - b+) demonstrated a relatively decreased frequency in patients compared to controls, While Le(a+b - ) showed no differences in frequency.In MNS blood groups, NN frequency gave a statistically significant difference ,with a frequency of 19.2% in patients vs 11% in healthy controls.The immunological status in patients and controls was studied, based on a newly developed quantitative criterion (Anti - bovine antibody titers among patients and controls). It was seen that A and B blood groups were among the ones that gave an increased anti - bovine antibody titers giving a mean titers of (43.6 ± 46.6 and 61.9 ± 148.9) in patients vs. (5.6 ± 5.4 and 15.3 ± 25.7) in healthy controls respectively.The increased anti - bovine antibody titers were associated with Le(a - b - ) blood group, That was (59.5 ± 67.2) in patients vs. (6.2 ± 5.8) in healthy control, (P< 0.01).On the other hand however, anti - bovine antibody titers in Le(a+b - ) was (57.6 ± 75.9) in patients vs. (7.7 ± 7.7) in healthy controls, (P< 0,01), While Le(a - b+) gave an opposite titer of (43.7 ± 117.9) in patients vs (108.3 ± 559.7) in healthy control,(P<0.01).The role of secretory gene in the anti - bovine antibody titers distribution was studied among patients . Secretors gave a mean titer of (72.6 ± 77.02) compared to (54.3 ± 63.5) in non secretors.The healthy secretors gave a mean titer of (6.0 ± 7.02) compared to a mean titer of (6.4 ± 5.3) in healthy controls, (P <0.01).NN blood groups gave an anti - bovine antibody mean titer of (38.4 ± 47.02)in patients in respect to a mean titer of (8.7 ± 9.4)in healthy controls, (P <0.01).A relatively high risk was demonstrated among some blood groups.The novel results were discussed based on gathered available immunological data in the subject of atherosclerosis and unstable angina .

دراسة جزيئية لعدد من عوامل الالتصاق البكتيرية لبكتريا Escherichia coli المعزولة من عينات الادرار من الاطفال دون الخامسة == Molecular study of a number of bacterial adhesion of the bacteria Escherichia coli isolated of urine samples of children under five

Author name: علـي فاضل احمد
Supervisor name: الهام سعيد عبد الكريم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة عزل بكتريا Escherichia coli من عينات سريرية لاطفال مصابين بالتهاب المجاري البولية ، وقد تم الحصول على ( 72 ) عزلة من بكتريا E. coliمن اطفال مصابين بالتهاب المجاري البولية الذين اعمارهم دون ( 5 ) سنوات ومن كلا الجنسين من مستشفى ( ابن البلدي للاطفال ، والامامين الكاظمين ( ع ) التعليمي ومستشفى العلوية للاطفال ) وللمدة من 1/11/2014 لغاية 28 / 2 / 2015 . اعتمد التشخيص البكتيري على المواصفات المجهرية والزرعية والفحوصات الكيموحيوية والتشخيص النهائي والدقيق للعزلات بوساطة استعمال الفحص بنظام ( API 20 E ) . بينت نتائج الدراسة ان نسبة اخماج المسالك البولية في الاناث هي ( 54.2 % ) 39 عزلة ، وفي الذكور ( 45.8%) 33 عزلة.واختبرت حساسية جميع العزلات للمضادات الحيوية وفق طريقة ( Kerby Bauer ) اذ اظهرت جميع العزلات مقاومة 100% لمضادي Ampicillinو Ceftazidime في حين، كانت نسب المقاومة للمضاد Trimethoprim ،Amikacin ، Aztreoname، Tobramycin، gentamycin ، Pipracillin83.3 % ،81.9% ، 72.22% ، 70.8% ، 68.5% ، 65.5 على التوالي ، وكانت نسبة الحساسية 100% لمضادي ، Impenem ، Meropenem .اظهرت عزلات بكتريا E. coli قابليتها على التعبير عن عامل الضراوة الهيمولايسين (نوع بيتا β) اذ كانت 59.7% من العزلات منتجة لهذا العامل . اظهرت عزلات بكتريا E. coli احتواءها على نوعي عاملي الالتصاق CFA/I ، CFA/III اذ كانا بنسبة ( 91.6% ) و( 62.5%) على التوالي ، واظهرت جميع العزلات قدرتها على الالتصاق على الخلايا الطلائية للقناة البولية للانسان ( 100%) ، كما اظهرت جميع العزلات قدرتها على انتاج الغشاء الحياتيBiofilm وبنسبة ( 100%) .تم التشخيص الجزيئي لجينات عوامل الالتصاق Fim وPap Gباستخلاص الـ DNA البكتيري بوساطة ( Geneaid Kit ) ومن ثم اخضاع الـ DNA لاختبار البلمرة التضاعفي التسلسلي ( PCR) . استعملت طريقة تفاعل البوليمر لسلسة الدنا PCR للكشف عن نوعين من عوامل الضراوة الجينية التي تمتلكها بكتريا الـ E.coli بوصفها المسبب الاكثر اهمية لالتهابات المسالك البولية وباستعمال بادئات متخصصة لكل جين ، اذ اظهرت النتائج وجود جين Fim (H) بنسبة 100% ، في حين كان وجود pap G ( I) بنسبة 19.4% ، وكان pap ( III) بنسبة 38.8% في حين كانت نتائج الفحص سالبة للجين pap G (II) . | The Present study included 72 Isolates of Escherichia coli from clinical sample were taken from children with urinary tract infection, whom they were under the age of five year , male and female, taken from ( Ibn Al - balady Hospital for Children), ( Al - Imamayn Al - Khademayn Teaching Hospital) and (Al - A’lwayya Hospital for Children), in the period from 1/11/2014 to 28/2/2015. The bacterial diagnosis depended on microscopic and Cultural specifications, Using the biochemical examinations and the final exact examination of the isolated bacteria by using (ApI 20E) examination system. The study results showed that the infection in the urinary tract of females were 54.2% of 39 isolated bacteria and that of males were 45.8% of 33 isolated bacteria.The Antibiotic susceptibility of .isolated bacteriad one according to Kirby Bauer testing , showed a high degree of , resistance100% to the ceftazidime and ampicillin , while resistance to trimethoprim, amikacin, aztreoname, tobramycin , gentamycin and Pipracillin were 83.3,81.9%, 72.22%,70.8% , 68.5%,65.5respectively.All isolates showed susceptibility 0% to the impenem and meropenem antibiotics .The result of virulence factors of E.coli isolates show indicate the ability 59.7% of isolates produce hemolysin .The isolated bacteria of E.coli showed containing two types of adherence factors CFA/I and CFA/III, and the two ratios were 91.6% and 62.5% respectively. All the isolated bacteria showed that the ability of adherence to epithelial cells of the urinary tract was 100%.All the isolated bacteria showed that the ability to produced Biofilm were 100%.The molecular examination of the genes for adherence factors was made by taking out the bacterial DNA by (Geneaid Kit) and then, the DNA was put to the test of polymerase chain reaction (PCR). Polymerase chain reaction (PCR) was used to find out two types of adhesion factors, Fim (H)and Pap G genes, as they were the cause of the most common urinary tract infections by using specialist primers for each gene. The results showed the existence of Fim (H) gene was 100%,while were Pap G(I) gene 19.4%, Pap(III) gene38.8%, and the results of the test of Pap G(II) gene were negative to all isolates .

دراسة بكتيريولوجية وجزيئية للنوع Proteus mirabilis المعزولة من مصادر سريرية وحيوانية == Bacteriological and molecular study of Proteus mirabilis isolated from clinical and animal sources

Author name: علي سعد كاظم حسين
Supervisor name: محمود ابراهيم اسماعيل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: الجانب الاول : شمل هذا الجانب عزل وتشخيص البكتيريا Proteus mirabilis من 801 عينة تضمنت 179 عينة سريرية مختلفة (البول، الاذن والجروح) و622 عينة حيوانية مختلفة (براز الدجاج، مستقيم الابقار، مستقيم القطط ومستقيم الكلاب) جمعت من محافظة بغداد للمدة من 26/10/2015 الى 29/3/2016. بعدها درست الحساسية للمضادات الحيوية وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : .1 88 عزلة بكتيرية تعود للنوع P. mirabilis تضمنت 51 (28.49%) عزلة من العينات السريرية و37 (5.95%) عزلة من العينات الحيوانية وشخصت باستعمال طرق التشخيص التقليدية وعدة الفايتك كما تم تاكيد تشخيصها باستخدام البادئ النوعي للجين 16SrRNA للكشف عنه في جينوم البكتيريا بتقنية تفاعل البلمرة المتسلسل اذ اظهرت نتائج التشخيص الجزيئي ان جميع العزلات البكتيرية امتلكت الجين .16SrRNA 2. بينت نتائج فحص حساسية عزلات P. mirabilis (88 عزلة) للمضادات الحيوية بطريقة انتشار القرص انها امتلكت المقاومة المتعدة لـ )2 - 8( من المضادات الحيوية المختبرة. كما وجد ان اقل معدل مقاومة لعزلات P. mirabilis السريرية كان لمضادات ciprofloxacin (3.9%) وnorfloxacin (7.8%) وimipenem (9.8%) بينما اقل معدل مقاومة للعزلات الحيوانية كان لمضادات cefoxitin (0%) وamikacin (2.7%) وciprofloxacin (5.4%) وcefepime وimipenem وlevofloxacin (8.1%) لكل منها. الجانب الثاني : شمل الكشف عن بعض عوامل الضراوة ظاهريا والكشف الجزيئي عن ثلاثة جينات مرتبطة بعوامل الضراوة وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : 1. بينت نتائج فحص انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتيريا P. mirabilis بطريقة القرص التازري المزدوج ان 52.49% (27/51) و48.65% (18/37) من العزلات السريرية والعزلات الحيوانية على الترتيب كانت موجبة للفحص.2. بينت نتائج فحص الفعالية الانحلالية للهيمولايسين لعزلات P. mirabilis على اطباق اكار دم الانسان واطباق المعايرة الدقيقة لدم الانسان والارنب ان 66/88 (75%) عزلة منها كانت محللة للدم من نوع الفا وبيتا على اطباق اكار الدم كما انها اعطت معيارا انحلاليا للدم تراوح بين (16 - 256)، كما وجد ان 22/88 (25%) عزلة لا تمتلك فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر على اطباق اكار الدم ولا على اطباق المعايرة الدقيقة. اظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن الجين hpmA (الذي يشفر الى انتاج الهيمولايسين) ان جميع العزلات التي اعطت فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر امتلكت الجين hpmA بينما 19/22 من هذه العزلات التي لم تعط فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر كانت لا تمتلك جين الهيمولايسين gene) .(hpmA3. بينت نتائج فحص تكوين الغشاء الحيوي لبكتيريا P. mirabilis بطريقة اطباق المعايرة الدقيقة وعند الطول الموجي 630 نانوميتر ان جميع العزلات (88/88) كانت مكونة له. اذ ان 53.41% (47/88) من العزلات كانت مكونة للغشاء الحيوي بدرجة قوية و25% (22/88) بدرجة متوسطة و21.59% (19/88) بدرجة ضعيفة.4. بينت نتائج فحص انتاج انزيم البروتيز لبكتيريا P. mirabilis على اطباق اكار الحليب الفرز والكشف الجزيئي عن الجين zapA (الذ يشفر الى انتاج البروتيز) ان 82/88 (93.18%) عزلة منها كانت منتجة لانزيم البروتيز على اطباق اكار الحليب الفرز وتمتلك الجين zapA بينما 6/88 (6.82%) عزلات كانت غير منتجة لانزيم البروتيز ولا تمتلك الجين zapA، اي يوجد تطابق مابين الكشف الظاهري والكشف الجزيئي عن الجين zapA.5. بينت نتائج الكشف الجزيئي عن عامل الضراوة الجين ucaA (الذي يشفر الى الهدب UCA) ان جميع عزلات P. mirabilis (88/88) كانت تمتلك هذا الجين.6. بينت نتائج فحص انزيم اليوريز لبكتيريا P. mirabilis على وسط اكار اليوريا ان جميع العزلات (88/88) كانت منتجة له وبسرعات مختلفة. | A. Part One included isolation and identification of Proteus mirabilis from 801 samples, including 179 clinical various samples (urine, ear and wounds) and 622 animal (chicken faeces, cows rectal, cats rectal and dogs rectal) various samples were collected from Baghdad province during the period from 26 - 10 - 2015 to 29 - 3 - 2016. Then, their antibiotic sensitivity was studied. This part concluded the following results : 1. 88 bacterial isolates belong to P. mirabilis species included 51(28.49%) isolates from clinical sources and 37 (5.95%) isolates from animal sources were identified by conventional method, Vitek - 2 compact system and confirmed by using specific primer to detect 16SrRNA gene in bacterial genome by polymerase chain reaction technique. Results of molecular identification showed that all these bacterial isolates were possessed this gene (16SrRNA). 2. The results of sensitivity test by disc diffusion method showed that P. mirabilis isolates were multidrug resistant to (2 - 8) from antibiotics tested. The lowest resistance rates for clinical P. mirabilis isolates were (3.9%) for ciprofloxacin, (7.8%) for norfloxacin and (9.8%) for imipenem while animal isolates showed lowest resistance rates : (0%) for cefoxitin, (2.7%) for amikacin, (5.4%) for ciprofloxacin, (8.1%) for each one of cefepime, imipenem and levofloxacin.B. Part Two consisted of a study of some phenotypic virulence factors and molecular detection of 3 genes associated with virulence factors. This part concluded the following results : 1. The results of extended spectrum - β lactamases test by double disk synergy test revealed that 52.49% (27/51) and 48.65% (18/37) of clinical and animal P. mirabilis isolates were respectively positive for the test. 2. The results of hemolytic activity tests of P. mirabilis isolates on human blood agar plates and hemolytic microtiter plates showed that 66/88 (75%) isolates were alpha - and beta - hemolytic on human blood agar plates and they were giving measurable hemolytic titer between (16 - 256), and 22/88 (25%) isolates did not give hemolytic activity. Results of molecular detection of hpmA gene showed that all isolates were giving hemolytic activity possessed the hpmA gene while 19/22 of these isolates did not give hemolytic activity and did not possess the hemolysin gene (hpmA gene).3. The results of biofilm formation test of P. mirabilis by microtiter plates at wave length 630 nm showed that all isolates (88/88) were positive for the test, results showed a strong biofilm formed was 53.41% (47/88), moderate biofilm was 25% (22/88) and weak biofilm was 21.59% (19/88).4. The results of protease production test of P. mirabilis isolates on skim milk agar and results of molecular detection of zapA gene (protease gene) revealed that 82/88 (93.18%) isolates of P. mirabilis were positive for protease test and they were possessed the protease gene. While 6/88 (6.82%) isolates were negative for protease test and did not possess protease gene, there is congruence between phenotypic and molecular detection of zapA gene.5. The results of molecular detection of virulence factor ucaA gene showed that all of the P. mirabilis isolates (88/88) were possessed this gene.6. The results of urease test of P. mirabilis isolates on urea agar plates showed that all of the isolates (88/88) were positive for the test.

تاثير الكليبوسين المنقى جزئيا من البكتريا المعزولة محليا Klebsiella pneumoniae على بعض البكتريا المعوية وعلى بعض الخلايا المناعية == Effect of Klebocin partialy purified from bacteria Klebsiella pneumoniae Local Isolated on some enteric bacteria &on some immune cells

Author name: علي رزاق لفتة
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | عصام فاضل علوان الجميلي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 210 عينة سريرية توزعت الى 60 عينة ادرار و50 عينة قشع و50 عينة من التهابات الاذن الوسطى و50 عينة من اصابات الجروح ومن خلال نتائج الزرع البكتريولوجي على اوساط الماكونكي واكار الدم ووسط Eosin Methylen Blue , والتشخيص المظهري والكيموحيوي وتاكيد التشخيص باستخدام نظام Api20 تم الحصول على 42 عزلة تعود لبكتريا Klebsiella توزعت الى 23 عزلة بنسبة 54.76% تعود للنوع K.pneumoniae و11 عزلة وبنسبة 26.19% للنوع K.oxytica و8 عزلات وبنسبة 19.05% تعود للنوع K.planticola ، لقد تم التحري عن العزلات المنتجة للكليبوسين ومن خلال تم التوصل الى ان 8 عزلات فقط كانت منتجة للكليبوسين من اصل 23 عزلة هذا وبنسبة 34.78% ، وكان وسط Tryptic soy broth المضاف اليه خلاصة الخميرة بنسبة1% افضل وسط لانتاج الكليبوسين وتعد طريقة اقراص الاكار ملائمة للتحري عن العزلات المنتجة للكيبوسين وطريقة التخطيط المتقاطع كفوءة للتحري عن العزلات الدالة . اختيرت العزلة المنتجة K. pneumoniae 8 كافضل عزلة منتجة للكليبوسين والعزلة K. pneumoniae 2 كافصل عزلة دالة ، تلاها استخلاص الكليبوسين من العزلة المنتجة بعد ان تم حث العزلة بالمايتوماسين سي فكانت فعالية 80 وحدة/مليلتر والفعالية النوعية 800 وحده/مليغرام بروتين . نقـي الكليبوسين المنتج من العزلة المنتخبة بخطوات عدة تضمنت التركيز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسب اشباع 70% وكحول البيوتانول بنسبة 1 : 1 فكان الترسيب بالبيوتانول افضل من الكبريتات الامونيوم اذ بلغت الفعالية 640 وحدة/مليلتر وبفعالية نوعية 2560 وحدة/مليغرام بروتين ثـم تقنيتي كروموتوغرافيا التبادل الايوني باستعمال المبادل DEAE - Cellulosو الترشيح الهلامي علـى عمـود السيفاكريلS - 200 . وكانت عدد مرات التنقية للكليبوسين بمقدار 10 والحصيلة للكليبوسين المنقى 6%.تم دراسة تاثير الكليبوسين المنقى على بعض انواع البكتريا المعوية المقاومة للمضادات الحياتية والتي شملت : Enterobacter sakazaki Shigella flexneri, E.coli, Citrobacter koseri, , Enterobacter cloacae K.oxytoca, Proteus mirabilis Serratia marcescens, , Enterococcus fecalis Salmonella typhi واظهرت النتائج ان Enterococcus fecalis وCitrobacter koseri, وProteus mirabilis كانت مقاومة لتاثير الكليبوسين المنقى في حين بقية الانواع تاثرت وكان تركيز 100مايكروغرام/مليلتر اكثرفعالية من بقية التراكيز حيث بلغ قطرالتثبيط 20ملم تجاه النوع K.oxytoca تلاها E.coli بقطر 17ملم ثم Shigella flexneri بقطر 15ملم ثم Enterobacter sakazaki بقطر 15 ثم Salmonella typhi بقطر 14 ملم ثم Enterobacter cloacae بقطر 12ملم ثم Serratia marcescens بقطر 12ملم . استعملت تراكيز التالية 10 ، 30 ، 50 مايكروغرام/مليلتر في دراسة التاثير السمي للكليبوسين على بعض الخلايا المناعية من خلال ملاحظة عيوشية تلك الخلايا وقد تم توصل الى عدم وجود تاثير للكليبوسين بتركيز 10 مايكروغرام/مليلتر على شكل وحجم الخلايا PMNs وقدرتها على بلعمة خميرة الكانديدا المقتولة اذ اظهر التحليل الاحصائي عدم وجود فروق معنوية (0.05< P) مقارنة مع معامل السيطرة . بينما حفز التركيز نفسه قدرة PMNs على قتل الخميرة الحية في الزجاج ، مما يدل على ان الكليبوسين المنقى من K. pneumoniae 8 يعمل على تحفيز الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية . اما التراكيز العالية للكليبوسين المنقى من العزلة المحلية K. pneumoniae 8 فانها سببت تثبيطا ملحوظا لفعاليات الخلايا PMNs واللمفاوية التي اختيرت في هذه الدراسة. | The study has included collecting (210) clinical samples distributed into (60) urine samples, (50) sputum samples, (50) otitis media samples, and (50) wounds infections samples. Through results obtained from bacteriological culture on McConkey, blood, and eosin methylene blue agars in addition to morphological and biochemical identification and confirmation of the identification by using of API 20E system. Fourty tow Klebsiella isolates distributed into (23) K. pneumonia isolates that represent (54.76%), (11) K. oxytoca isolates that represent (26.19%), and (8) K. planticola isolates that represent (19.05%). Then, the klebocin - producing isolates have been detected and through which it is clear that only (8) isolates produce klebocin in (23) isolates, of percentage (34.78%). Tryptica soy broth medium with yeast extract additive in percentage of (1%) was the best medium for production of klebocin, agar discs method was the best method for klebocin - producing isolates detection, and cross - streaking method was the best method for indicating isolates detection. The producing isolate, K. pneumonia 8, and the indicating isolate, K. pneumonia 2, were chosen as the best producing and indicating isolates respectively. Next, the klebocin has extracted from the producing isolate after isolate induction by Mitomycin C; consequently, the activity was (80) unit/ml and the specific activity was (800) unit/mg of protein. The produced klebocin has been purified from selected isolates via several methods including precipitation utilizing ammonium sulfate in saturation percentage of (70%) and butanol alcohol; as a result, the butanol precipitation was better than that in ammonium sulfate so that the activity reached (640) unit/ml with specific activity of (2560) unit/mg of protein. Then, the second method was purification by ion exchange chromatography using exchanger (DEAE - Cellulose) and the third one was gel filtration over sefacryl S - 200 column. The times of purification of klebocin were (10) and the gain of purified klebocin was (6%). The purified klebocin effect has been studied on group of enterobacteria resisting for antibiotics including Acinetobacter, Escherichia coli, Shigella flexneri, Enterobacter sakazaki, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae, Citrobacter koseri, Salmonella typhi, Enterococcus faecalis, and Serratia marcescens. The results show that Enterococcus faecalis, Citrobacter koseri and Poteus mirabilis were resistant to the effect of the purified klebocin; however, all the remaining isolates affected. The concentration of (100) µg/ml has more activity than the remaining concentrations so that the inhibition diameter reached (20) mm in the species K. oxytoca, followed by E. coli with diameter of (17) mm, then Shigella flexneri with diameter (15) mm, then Enterobacter sakazaki with diameter (15) mm, followed by Salmonella typhi with diameter (14) mm, then Enterobacter cloacae with diameter (12) mm, followed by Serratia marcescens with diameter (12) mm. Of concentrations of (10, 30, 50) µg/ml, the toxic effect of klebocin on immune cells has been studied through viability of these cells; the study achieved that the klebocin in concentration of (10) µg/ml did not affect on the shape and size of phagocytic cells and its ability of phagocytosis of killed Candida yeast; so that, statistical analysis showed that there is no significant differences (P>0.05) comparing with control factor. However, the same concentration stimulate the macrophages ability of killing living yeast in vivo, which indicate that the purified klebocin from K. pneumonia 8 works on stimulating humeral and cellular immune response. Nevertheless, the high concentrations of purified klebocin from the local isolate, K. pneumonia 8, caused noticed inhibition to activities of macrophages and lymphocytes selected in this study.

بعض الجوانب المرضية للمصابين بالحمى غير معروفة الاسباب == CERTAIN PATHOLOGICAL ASPECTS ON FEVER OF UNKNOWN ORIGIN PATIENTS

Author name: علي جبار عليوي
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة على ثلاث مجاميع مختلفة، كانت المجموعة الاولى بعدد 59 مريض بالحمى غير محددة الاسباب (FUO) والمجموعة الثانية بعدد 20 مريض بحمى مشخصة (febrile) والتي اعتبرت لمعاملات سيطرة للمجموعة الاولى، اما المجموعة الثالثة بعدد 20 شخص، كانوا اصحاء ظاهريا وتمثل مجموعة السيطرة للدراسة.تمت المتابعة واخذ العينات من المرضى والعمل عليها في مستشفى الكاظمية التعليمي، بغداد.لقد عانى مرضى FUO من اعراض مالوفة مثل الحمى المستمرة والمتقطعة، الصداع، الم الصدر، الم المفاصل، نقصان الوزن وضعف عام وفقدان الشهية وغيرها، وعلامات مرضية منها الم في الضغط على البطن، وتضخم الطحال، واليرقان، وتورم الساق وتقرحات اللسان والجلد. ان مجموعة مرضى FUO اشتركوا كون جميعهم يعانون من الحمى التي تراوحت مدتها من شهر الى ستة اشهر.تم التعرف على الاعراض السريرية من قبل الاختصاصي الموجود واجريت فحوصات المختبرية لجميع المرضى الراقدين والمشمولين بالدراسة اضافة الى فحوصات من مراكز بحثية اخرى ذات صلة بالموضوع.ان البيانات المتحصل عليها اخضعت للتحليل الاحصائي المناسب وبمختلف الطرق.اظهرت الدراسة بان مرضى FUO بسبب الاصابات المرضية المعدية يشكلون (n = 43)% 72.8) من العدد الكلي لهم (59) ثم قسموا بعد التشخيص النهائي بحسب المرض المعدي الى مرضى الحمى المعوية Enteric fever بواقع (n= 14)% 23.7 ومرضى ذات الرئة والتهاب القصبات بنسبة (n= 11) 18.6%، اما نسبة (n=6) 10.1% من المرضى فقد كانت متساوية لكل من مرضى التدرن الرئوي Tuberculosis(TB)، والتهاب المجاري البولية Urinary tract infection(UTI) ومجموعة اصابات مرضية اخرى Other infections. ومن خلال الدراسة ايضا ظهرت نسبة من المرضى (n=16) 27.12 بسبب امراض اخرى وبنسب مختلفة كما في امراض النسيج الوعائي Collagen vascular diseases (n= 4) 6.7%، ومرض التهاب بطانة القلب Endocarditis (n= 3) 5%، ومرضى الامراض الخبيثة Malignancies (n= 2) 3.3% واخيرا نسبة (n= 7) 11.8% من مرضى FUO هم المرضى غير المشخصين. ان مناقشة اربع من الثوابت الرئيسة المدروسة لها اهمية في التفريق بين مختلف حالات FUO وهذه الثوابت هي : 1 - الثوابت الدمية Haematological parameters.2 - الثوابت الكيموحيوية Biochemical parameters.3 - الثوابت المناعية Immunological parameters.4 - الثوابت الجرثومية Microbiological parameters.1 - اهمية الثوابت الدمية : كانت اعلى قيمة لنتائج فحص معدل ترسيب كريات الدم الحمراء Erythrocyte sedimentation rote (EsR) عند مرضى المناعة الذاتية، وذات معنوية قليلة لهذا الثابت عند مختلف حالات FUO الاخرى.2 - اهمية الثوابت الكيموحيوية : لقد اظهرت البيانات بان مصل مرضى FUO له اهمية كبيرة في تقسيمهم من خلال تقدير اليوريا، والكرياتينين، وانزيم الفوسفاتيز القاعدي، والبيليروبين الكلى، والالبومين، وتسبق الالبومين الى الكلوبيولين، في مصل هؤلاء المرضى.كما ان الترحيل الكهربائي لمصل مرضى FUO اظهر ارتفاعا في قيم α - 2 globulin, α - 1 globulin، مابين مصل مرضى FUO كما في مصل مجموعة الامراض الخبيثة، في حين هنالك ارتفاعا في قيمة β - globulin في مصل مرضى التهاب المجاري البولية، وارتفاعا في قيمة gammaglobulin بدليل زيادة اضداد IgM، وIgG في مصل مرضى المناعة الذاتية مقارنة مع مرضى FUO الاخرين.3 - اهمية الثوابت المناعية : اظهر فحص مصول مرضى FUO اعلى القيم لمختلف الاضداد ومنها Antistreptolysin O titer، وAntiproteinase antibodies، وAntimyeloperoxidase antibodies، وC - reactive protein، وRheumatiod factor وحسب المرض المشخص.ان مصل مرضى حمى التايفوئيد اظهر ارتفاعا في تركيز IL - 1α (72.2 pgm/ml) مقارنة مع مرضى FUO للاخرين، وكذلك ظهرت وزيادة في قيم كل من (CD25) IL - 2 receptor، وIL - 2 (153.2 pgm/ml، 8.6 pgm/ml على التوالي). في حين وجد اقل تركيزيين لـ(IL - 1α، IL - 2) في مصل مرضى الامراض الخبيثة.4 - اهمية الثوابت الجرثومية : اظهر الفحص الجرثومي تشخيص عزلات بكتريا بنسبة 40% Gram positive diplococci، وبنسبة 20% لكل من Gram negative bacilli، وGram positive cocci. ان نتائج زرع الدم لمرضى FUO اظهرت عزلات بكتريا بنسبة 33.3% لكل من Salmonella spp.، وStaphylococcus aureus، وEnterobacter spp. والمسؤولة عن امراض Salmonellosis، وEndocarditis وامراض بكتيرية اخرى.كما تم عزل كل من بكتريا Enterobacter spp.، وPseudomonas aeruginosa، وpneumoiae Streptococcus من عينات السائل الخلبي Pleural fliud وعلى ما يبدو فانهم العاملين المسببين لمرض ذات الرئة Pneumonitis ومرض التهاب الخلب Pleuritis بنسبة 33.3% من الزرع الكلى الموجب لعينات السائل الخلبي للمرض.اما بشان نتائج زرع الادرار الموجب فقد تم عزل وتشخيص كل من بكتريا Staphylococcus aureus، وE. coli، وKlebsiella spp. والتي تمثل نسبة 33.3% من الزرع الكلى لادرار المرضى والمسببة لمرض التهاب المجاري البولية (UTI).وعند زرع المسحات المختلفة (مسحات الجروح والقرح) تم تشخيص عزلات كل من بكتريا E. coli، وPseudomonas aeruginosa وهما العاملين المسببين الرئيسيين لمرض التهاب النسيج الخلوي Cellulitis.اظهرت نتائج اختبار حساسية العزلات للمضادات الحيوية بان المضاد الحيوي Amikacin يمتلك اعلى فعالية وبنسبة 88.9% ويليه المضاد الحيوي Ciprofloxacin بنسبة 58.3% تجاه العزلات المدروسة، في حين المضادين الحيويين Gentamycin، وCefotaxim كانا اقل فعالية تجاه العزلات وبنسبة 20% و12.5% على التوالي. | The importance of microbiological parameters : Bacterial isolates of sputum sample phowed that there was a 40% graw positive diplococci, gram positive cocci and gram negative bacilli showed a percentage of 20% of each.Blood culture for FUO patients demonstrated a 33.3% for each isolate of sacmorella spp., staphylococcus aurens, and Enterobacter spp., which they may be responsible for salmonellosis, endocaraditis and other bacterial infection diseases.Entarobater spp., Psendomonas aeruginosa as well as streptococcus pneumocial were isalated from a pleural fluid sample and it seems to be camsative agent for pneumonitis and pheuritis, this cause repersnet 33.3% out of the total preural fluid culture results.Urine culture results showed a positive culture result of Staphylococcus aureus, E. coli and Klebsiclla spp., and is considered as a causative agent for Urinary tract infection. This positive result represent about 33.3% of the total urine culture result wound and ulcer swabs showed a detection of E. coli and psendamamas areaginosa isolate which are the main causative agent for cellulites. Arihibiotic sensitive result showed that amikacim has the highest antibiotic activity 88.9% followed by ciprofloxacin 58.3%, while Gentamycin and cefotaxime revealed a 20% and 12.5% respectively

تاثير ليزر ثاني اوكسيد الكاربون 10600 نانوميتر على حيوية وعوامل ضراوة بكتريا الزوائف الزنجارية والمكورات العنقودية الذهبية == Effect of CO2 Laser (10600) nm on Viability and Virulence Factors of Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus

Author name: عقيلة عبد الزهرة علي
Supervisor name: ايمان ناطق ناجي البياتي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 60 مسحة من مرضى مصابين باخماج جروح العمليات وجروح الحروق وقرحة الفراش للفترة من شهرايلول ولغاية شهرتشرين الثاني لسنة2013 من مستشفيات مختلفة في مدينة بغداد تشمل : مستشفى بغداد التعليمي ومستشفى الشهيد غازي الحريري للجراحات التخصصية ومستشفى الحروق التخصصي وقسم المختبرات التعليمية في مدينة الطب. زرعت المسحات على وسطي اكار الدم والماكونكي وشخصت باستخدام المعايير البكتريولوجية القياسية. تم تشخيص 40 عينة من مجموع 60 عينة على انها : 20عزلة تعود للنوع البكتيري Staphylococcus aureus و20عزلة تعود للنوع البكتيري Pseudomonas aeruginosa اعتمادا على طرق التشخيص المظهرية والمجهرية والكيموحيوية , واكد التشخيص باستخدام نظامي API Staphو .API 20 E تم اجراء اختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية باستخدام طريقة نشر القرص لجميع العزلات قيد الدراسة ضد 12 مضاد مختلف واظهرت النتائج ان نسبة مقاومة عزلات بكتريا Staphylococcus aureus للمضادات الحياتية كانت كالاتي : 100% لمضادات Methicillin, Piperacillin, Ceftriaxone وCeftazidim و80% لمضاد Tetracyclin و40% لمضادي Gentamycin وNorfloxacin و35%لمضاد Tobramycin و30% لمضاد Ciprofloxacin و15% لمضادAmikacin و0% لمضادي VancomycinوChloramphenicol اما نسبة مقاومة عزلات بكتريا Pseudomonas aeruginosa للمضادات الحياتية كانت كالاتي : 100% لمضادات Carbencillin Cefepime,وCeftriaxone و70%لمضاد Amikacin و65% لمضادات Cftazidime,Tobramycinو Gentamycin و55% لمضادي Ciprofloxacin وNorfloxacin و50% لمضادي Piperacillin وImipenm و%30 لمضاد Aztreonam . تم اختبار بعض عوامل ضراوة العزلات البكتيرية والقابلية على تكوين الاغشية الحيوية واظهرت النتائج ان جميع عزلات بكتريا Staphylococcus aureus كانت منتجة لانزيم مخثر البلازما بينما 95% من العزلات كانت منتجة لانزيمات الهيمولايسين)الانزيم الحال للدم) والبروتيز(الانزيم الحال للبروتين) واللايبيز (الانزيم الحال للدهون) ولها القدرة على تكوين الاغشية الحيوية, من جهه اخرى فان جميع عزلات بكتيريا Pseudomonas aeruginosa كانت منتجة لانزيمات الهيمولايسين والبروتيز واللايبيز والصبغات خارج الخلوية بينما 95% من العزلات اظهرت القدرة على تكوين الاغشية الحيوية. اختيرت 12 عزلة للتشعيع بCO2 ليزر ,ست عزلات من بكتريا Staphylococcus aureus وست عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa اعتمادا على نتائج اختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية وعوامل الضراوة عند كثافة الطاقة 20003000,2500, واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 60 و90 ثانية.اظهرت نتائج التشعيع ان CO2 ليزرادى الى تناقص في عدد CFU/ml عزلات بكتريا Staphylococcus aureus وبكترياPseudomonas aeruginosa واوضحت نتائج التحليل الاحصائي باستخدام تحليل التباين واقل فرق معنوي ان هناك فروقات معنوية P.value˂0.001في قيمةCFU/ml بين كثافة الطاقة 20003000,2500, واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 60 و90 ثانية خاصة عند كثافة الطاقة 3000واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 90 ثانية. بعد التشعيع تم اجراء فحص الحساسية للمضادات الحياتية وعوامل الضراوة للعزلات المشععة. تم الاستنتاج ان CO2 ليزر له تاثير قاتل على بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosa دون التاثير على حساسيتهما للمضادات الحياتية وعوامل ضراوتهما الاخرى . | In this study sixty swabs were collected from patients suffering from surgical wound infections, burn infections and bedsore infections during the period from )September 2013 to November 2013( at many hospitals of Baghdad governorate including : Baghdad Teaching Hospital, Al - Shahid Ghazi Al - Harery Hospital for specialist surgeries, Burns Specialist Hospital and Teaching Laboratories Department in Medical City. All swabs were cultured initially on blood agar and MacConkey agar and diagnosed by standard bacteriological procedures. Forty samples out of sixty were identified as 20 isolates of Staphylococcus aureus and 20 isolates of Pseudomonas aeruginosa using morphological, physiological and biochemical diagnosis and confirmed by API staph kit and API 20E respectively. The antibiotic susceptibility test was performed for Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates using disc diffusion test against 12 different antibiotics for both genera. The results illustrate that the resistance rates of Staphylococcus aureus isolates were : 100%(20/20) for methicillin, piperacillin ,ceftriaxone and ceftazidim; 80%(16/20) for tetracyclin; 40%(8/20) for norfloxacin and gentamycin; 35%(7/20) for tobramycin; 30%(6/20) for ciprofloxacin; 15%(3/20) for amikacin and 0%(20/20) for vancomycin and chloramphenicol antibiotics.While the resistance rates of Pseudomonas aeruginosa isolates were : 100% (20\20) for ceftriaxone, cefepime and carbencillin ; 70% (14/20) for amikacin; 65%(13/20) for tobramycin, ceftazidim and gentamycin ; 55%(11/20) for ciprofloxacin and norfloxacin; 50%(10/20) for Piperacillin and Imipenem; 30%(6/20) for aztreonam. All Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates were investigated for detection of some virulence factors and biofilm formation. The results revealed that all Staphylococcus aureus isolates (100%) were coagulase enzymes producer, while (95%) of the isolates were haemolysin, protease, lipase enzymes and biofilm producer. All Pseudomonas aeruginosa isolates (100%) were haemolysin, protease, lipase enzymes and extracellular pigments producer while (95%) of the isolates were biofilm producer. Twelve bacterial isolates, six isolates of Staphylococcus aureus and six isolates of Pseudomonas aeruginosa were selected for CO2 laser irradiation according to the results of antibiotic susceptibility test and virulence factors using output power from 4 - 6W corresponding to power densities (2000, 2500, 3000) W/cm2 with exposure time (60 and 90) second. The results of CO2 laser irradiation illustrated that CO2 laser irradiation lead to a reduction in the mean value of the viable number CFUs/ml of all bacterial isolates and the results of the statistical analysis, by using analysis of variance (ANOVA) one way and least significant differences - LSD, showed that there were high statistical significant differences reached to P ˂0.001 in the mean value of the viable number CFUs/ml between power densities)2000, 2500, 3000(W/cm2 and exposure time 60 and 90 second for all the bacterial isolates that were used in the current study especially at power density 3000 W/cm2 at exposure time 90 second. After irradiation, antibiotic susceptibility test and virulence factors were performed. The current study concludes that CO2 laser has bactericidal effect on Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates without any effect on their antibiotic susceptibility and virulence factors

دراسة الاضداد الضادة للميوسينات اللعابية في مرضى السكري النمط - 1 والاصحاء == Anti - salivary mucins antibodies in Patients of Type - 1diabetes&healthy controls

Author name: عذراء نجم عبد محمد
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني | يعقوب عبد الواحد صالح الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: برزت اهمية مستضدات مجاميع الدم المختلفة كجزيئات ترتبط مع امراض المناعة الذاتية وعلى دور مجموعة الدم لويس في هذه الامراض . فقد ركزت الدراسة الحالية في جانبها على تنميط مجاميع الدم ومدى تكرار هذه المجاميع في مرضى داء السكري النمط - 1 مقارنة بالاصحاء , اما الجانب المناعي من الدراسة فقد تطرق الى وجود الاستجابة المناعية في مرضى داء السكري النمط 1 - وعلاقة تلك الاستجابة بمجاميع دم لويس ومستضداتها اللعابية . تمت دراسة (59) عينة دم ولعاب وخروج من الاناث و(50) عينة دم ولعاب وخروج من الذكور ومقارنة ذلك للاصحاء ب(25) عينة دم ولعاب وخروج من الاناث والذكور .تم تنميط مجاميع دم لويس باستعمال طريقة الشريحة الزجاجية وملاحظة التلازن الدموي تحت تكبير 40x.ولوحظ دور المجموعة Le(a+b - ) في القابلية لاحداث المرض حيث بلغت نسبتها عند المريضات (33%) مقارنة بالسليمات (12%) (P=3.77×10 - 4**)، في حين كانت مجموعة دمLe(a - b+) مجموعة مقاومة للمرض اذ انخفظت نسبتها الى (23%) في المريضات مقارنة بنسبة (64%) للسليمات 10 - 9)×4.98=P) ، في حين كانت مجموعة دم Le(a+b+)عند المريضات (17%) مقارنة بالسليمات (16%) (0.462 P=)، في حين كانت مجموعة دم(Le(a - b - في المريضات (23%) مقارنة بنسبة(%8) (10 - 3×1.20 P=) للسليمات . ولوحظ دور المجموعة Le(a+b - ) مجموعة مقاومة للمرض اذ بلغت نسبتها في المرضى الذكور (%20) مقارنة بنسبة(24%) للاصحاء (0.239 =P)، في حين كانت مجموعة دم Le(a - b+) مجموعة مقاومة للمرض اذ انخفضت نسبتها في المرضى(32%) مقارنة بالاصحاء(40%)(0.313 P=)، في حين كانت مجموعة دم Le(a+b+) في المرضى (10%) مقارنة بنسبة(16%) للاصحاء(p=0.462) . وكانت مجموعةدم Le(a - b - ) في المرضى(28%)مقارنة بنسبة(20%) للاصحاء (P=0.185).وقد تبين دور الافراز في احتمالية الاصابة بالسكري النمط ـ1 ذات صنفLe(a) . ففي الاناث كان تردد الفارزين بنسبة (50%) في المريضات مقارنة بنسبة(33.3%) للسليمات (P=0.015 ) ،اما تردد مجموعة غير الفارزين حيث بلغت نسبتها(50%) مقارنة بنسبة (66.6 %) للسليمات(0.022 P=) ، وفي الذكور كان تردد الفارزين بنسبة(12.5%) في لمرضى مقارنة بنسبة(40%) للاصحاء (10 - 6×6.37 P=)، اما تردد مجموعة الغير فارزين حيث بلغت نستها (87.5%) مقارنة بنسبة(60%) .(10 - 5×1.52 P=) ، كما تبين دور الافراز في احتمالية الاصابة بالسكري النمط - 1 ذات صنف Le(a - b - ) ، ففي الاناث كان تردد الفارزين بنسبة(%62.5)، اما السليمات فلم توجد نسبة لتحديدها لقله عدد النماذج .اما تردد مجموعة غير الفارزين اذ بلغت نسبتها(%37.5) للمريضات مقارنة بنسة (100%) للسليمات (10 - 22×8.80 P=) ،اما في الذكور كان تردد الفارزين بنسبة (16.6%) للمرضى مقارنة بنسة(8%) بالاصحاء (0.082 P=) ، اما مجموعة تردد الغير فارزين حيث بلغت نسبتها (83.3%) مقارنة بنسبة(20%) للاصحاء (10 - 19×4.94 p=)، اظهرت تجارب كشف الاضداد الضادة للميوسينات اللعابية وباستعمال كشف الايلازا غير المباشر(مستوى الاضداد مقاس بمعدل الكثافة الضوئية ± الانحراف القياسي)، فلمجموعة Le.a للمريضات كان معدل الاضداد0.0 )±0.085) مقارنة بمعدل0.0127)±0.1495) للسليمات(10 - 8**×8.48=P)، مجموعة Le.b للمريضات كان معدل الاضداد0.011)±0.089) مقارنة بمعدل0.0127)±0.151) للسليمات (10 - 12**×P=6.37) ،مجموعة Le.a+b+ للمريضات كان معدل 0.007)±0.099) مقارنة بمعدل0.0138)±0.288) للسليمات (10 - 13***×9.09=P) ،مجموعة Le.a - b - كان للمريضات بمعدل الاضداد0.003)±0.073) مقارنة بمعدل 0.0076)±0.1207) للسليمات (10 - 13***×9.09=P). تم دراسة تثبيط الاضداد الضادة للميوسينات اللعابية بالمستضدات اللعابية OL e.a وOLe.b الحرة وكانت النتائج كالاتي : كان معدلات الكثافة الضوئية ±الانحراف القياسي للمعاملات كالاتي : مجموعة Le.a قبل الثنبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان (0.01±0.160) مقارنة بعد التثبيط (0.025±0.145) (P=0.490) ،مجموعة Le.b قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان(0.018±0.117) مقارنة بعد التثبيط (0.03±0.1) (P=0.142) ،مجموعة Le.a+b+ قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان (0.037±0.188) مقارنة بعد التثبيط (0.094±0.201) ( P=0.667) ،مجموعة Le.a - b - قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان(0.066±0.2) مقارنة بعد التثبيط (0.029±0.103) (10 - 4×P=4.76)، مجموعة Le.a قبل الثنبيط بالمستضد اللعابي OLe.b كان (0.01±0.160) مقارنة بعد التثبيط (0.01±0.118) (10 - 8×2.33=P)، مجموعة Le.b قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OL.b كان(0.018±0.117) مقارنة بعد التثبيط (0.016±0.088)(10 - 3×P=1.29). مجموعة Le.a+b+ قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.bكان (0.037±0.188) مقارنة بعد التثبيط(0.077±0.189) ( P=0.971)، مجموعة Le.a - b - قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.bكان(0.066±0.2) مقارنة بعد التثبيط(0.02±0.097) (10 - 4×P=1.70)..اما في الجانب البكتيري فقد تم تشخيص عزلات بكتريا Staphylococcus aureusو Pseudomonas aeruginosa .وكالاتي : عزل بكتريا Pseudomonas aeruginosa شخصت 5 عزلات aeruginos .P من اصل ( 25) عيبة خروج للمريضات اذ بلغت نسبة الزرع الافتراصي (20%) وفي حين بلغت نسبة الزرع للسليمات (0%) من اصل 25)) عينة خروج , وايضا شخصت 4))من الذكورمن اصل (25)وكانت نسبة العزل الافتراضي (16%) في حين بلغت نسبة عز ل الاصحاء (%0).عزل بكتريا Staphylococcus aureus شخصت 5 عزلات S. aureus من اصل (25) عينة خروج للمريضات اذ بلغت نسبة الزرع الافتراضي الموجب(20%) وفي حين بلغت نسبته للسليمات 0)% )من اصل 25 عينة خروج , وايضا شخصت 4)) عزلات من الذكورمن اصل (25)وكانت نسبة العزل الافتراضي (16%) في حين بلغت نسبة عزل الاصحاء (%0).استنتج ان داء السكري النمط - 1 له علاقة بمجاميع الدم ABO ,ومجموعة دم لويس اذ دراستنا هذه اجريت سابقا بنفس الموضوع في قسم علوم الحياة . اشرت الدراسة ان هنالك اضداد ضادة لميوسين اللعاب مسجلة لاول مرة، وهي ملازمة بعيارية عالية (استعمل المصل المخفف 1 : 100) تكثر في المرضى مقارنة بالاصحاء .هنالك زيادة في تكرار عزل البكتريا Pseudomonas aeruginosa وStaphylococcus aureus . فيما يدل ذلك وجود تلازم بين نوعي البكتريا والمرض الى ان ذلك يحتاج الى دراسات معمقة . ممكن ان تكون الفروقات بين الذكور والاناث في توزيع مجاميع دم لويس اساسها هرمونات ستيرويدية. من النتائج الواردة في اعلاه تبين ان هناك علاقة بين مجاميع دم لويس وقدرة الافراز والاستجابة المناعية الضادة للعابين في مرضى السكري والتي يمكن ان تستهدف هدفا لتشارك في انشاء المناعة الذاتية في هذا المرض. | Blood group antigen, are associated with autoimmune diseases . studies emphasized on lewis blood groups. The present study concentrated on finding the frequency distribution of ABO - Lewis blood groups association in type - 1 Diabetes compared to the distribution in healthy controls.The immunological part of this study investigated the immune response in the disease and its relation ship with salivary mucins Lewis molecules. Fiftynine diabetic female samples(blood، saliva،stools) as well as 50 male diabetic sample(blood، saliva،stools) were used in addition to 25sample (blood، saliva،stools )of female and males healthy controls . Typing of blood groups Lewis using the glass slide Not blood agglutination and under magnification 40x.The findings indicated that Lea+b - molecule has arole in disease susceptibility. Ites percentage approach 33% in female patients compared to 12% in healthy controls (p=7.33 x 10 - 4)، On the other hand however, Lea - b+ group gave 23% in diabetic females compared to 64% in healthy females (p= 4.98 x10 - 9). Lea+b+ groups gave 17% in diabetic females and 16% in healthy females (p=0.46).Interestingly however, Lea - b - groups was represented at 23% in diabetic females versus 8% in healthy females (p=1.2x 10 - 3) In males the results of the frequenecies could be summarized as follows : Lea + b - 20% in diabetics vs 24% in controls. p=(0.239).Lea - b+ : 33% in diabetics vs 40% in controls. P=(= 0.31).Lea+b+ : 10% in diabetics vs 16% in controls. P= (0.462).Lea - b - : 28% in diabetics vs 20% in controls. P=(0.185).The role of secretion (se gene role) in diabetes was investigated also, particularly in Lea group and the findings were as follows : secretors female : 50% in diabetics vs 33.3% in controls.(p=0.015).None secretors : 12.5% in diabetics vs 40% incontrols (p=6.37x10 - 6).In addition to that the role of secretion was seen in Lea - b - group as well. Secretor diabetics female, showed 62.5% . There was no available samples in controls.A Statistically siqnificant frequency differences was seen in non secretors diabtic, females compared to controls (37.5% in diabetics vs 100% in controls p=8.8 x 10 - 22).In Males the results of secretions reported a significant difference in non secretors83.3%. In diabetics vs 20% controls ( p= 4.94 x 10 - 3)The other part of the study experiments oriented to uncovering the presence of anti - salivary mucins antibody .Using Lewis types, salivary mucin as coating antigen، and indirect ELISA, we could demonstrate the occurrence of anti - mucin antibodies in patients sera that was from controls.In this respect the level of anti - mucin antibody measured as ELISA mean o.D±SD seen below and as following : In Lea diabetic females group was 0.085+0.02 vs 0.1495±0.0127 in control (p= 8.48 x10 - 8)،In Leb diabetic females group 0.089±0.011 vs 0.151±0.0127 in control group( p= 6.37 x10 - 12)،In lea+b+ diabetic females group 0.099+0.007 vs control groups 0.288+0.0138 in control p=( 9.09 x10 - 13) ،In Lea - b - diabetic females group 0.07+0.003 vs control group 0.1207+0.0076( p=9.09 x 10 - 13)In specificity experiment, using free olea and oleb free saliva as inhibitor for anti - mucin antibody, it was demaonstrated that in female patients group Lea : no inhibition by free Lea was seen (0.6 ± 0.01) vs 0.145±0.02 for treatments before and after inhibition respectively (p=0.49)، similarly there was no inhibitin by the free antigens، similarity there this no inhibition by the free antigens towards antibodies in group Leb.Significnt inhibition of anti - mucin antibody by free Lewis was seen in group : (0.2±0.060) vs (0.103±0.029) before and after inhibitim respectiuly(p=476 x 10 - 4) and similar results was seen in Lea - b - group.The bacteriological study on The isolation of P.aeroginosa from stool samples revealed an isolation frequency of 20% in diabetic vs 0% in control.In addition S.aureus isolation from stool gave a frequency of 20% in patients vs 0% in control.It is concluded that there is areltionship among Lewis blood groups – secretion of there molecules and anti - mucin، immune response directed to aspecific targt and initiating autoimmunity in this particular disease.

تاثير المستحلب الحيوي المنتج من بكتريا Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris المعزولة محليا في البكتريا المرضية المعزولة من ادوات القسطرة واصابات المجاري البولية == Effect of Biosurfactant Produced by Locally Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris in Pathogenic Bacteria Isolated from Catheters and Urinary Tract Infections

Author name: عدنان ياس خضير عباس
Supervisor name: جيهان عبد الستار سلمان
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:

دراسة بكتريولوجية وخلوية لنماذج القشع لمرضى التهاب الجهاز التنفسي السفلي لدى المصابين وغير المصابين بسرطان الرئة == Bacteriological and Cytological Study for Sputum from Lower Respiratory Tract Infection in Both Lung Cancer and Non Lung Cancer Patients

Author name: عاصفة علي حسين الجنابي
Supervisor name: حسين حسن عمر خانقاه | علاء غني حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة جمع (260 )نموذجا للقشع من المرضى البالغين المراجعين للعيادات الاستشارية والراقدين في كل من المستشفى الجامعي لكلية صدام الطبية ومعهد ومستشفى الطب والاشعاع النووي للفترة من ايلول 2001 ولغاية نيسان 2002 . وقد صنفت النماذج الى مجموعتين ، المجموعة (1) وتضم (210)مريضا مصابا بالتهابات القناة التنفسية السفلى من غير المصابين بسرطان الرئة ،تراوحت اعمارهم (14 - 85 ) سنة ، من بينهم (124)ذكورا ، و(68)اناثا. اما المجموعة (2) فتضم (50)مريضا مصابا بالتهابات القناة التنفسية السفلى من المشخصين بالاصابة بسرطان الرئة ،وقد تراوحت اعمارهم (40 - 80) سنة ،من بينهم (39)ذكورا ،(11) اناثا . 1 - اظهرت النتائج ارتفاع نسبة الاصابة لدى الذكور مقارنة بالاناث في كلتا المجموعتين (1) و(2) اذ بلغت (58.5%)،(76%)على التوالي ،في حين كانت الفئات العمرية المتقدمة اكثر عرضة للاصابة بهذه الالتهابات وفي كلتا المجموعتين .كما وجد ان نسبة المدخنين تفوق نسبة غير المدخنين في المجموعتين اذ بلغت (58.5%) في المجموعة (1)في حين بلغت (80 %)في المجموعة (2). 2 - عزلت البكتريا الهوائية واللاهوائية الاختيارية من نماذج القشع ، كما اجري الفحص المباشر لها باستخدام صبغة كرام والصبغة المقاومة للحامض A FB للتحري عن عصيات التدرن (T.B.).3 - تم تشخيص (129) نموذجا موجبا للزرع البكتريولوجي توزعت (95)نموذجا (2 .45% )في المجموعة (1)،و34 نموذجا (68 %) في المجموعة (2) ، في حين بلغ عدد النماذج التي لم تعزل فيها البكتريا المرضية (131)نموذجا ،توزعت (115 )نموذجا (54.7%) في المجموعة (1) ،16 نموذجا (32 %)في المجموعة (2) .بينما ظهر نمو مختلط في (13)نموذجا (13.6 %)في المجموعة (1) في حين بلغت 4 عينات (11.7 %) في المجموعة (2) .4 - اوضحت نتائج التشخيص البكتريولوجي للبكتريا المرضية المعزولة في المجموعة (1)،ان بكتريا S.pneumoniae كانت المسبب الاكثر شيوعا وبنسبة (51.4 %) تلتها بعض افراد العائلة المعوية (41.9 %)من بينها S. marcescens, E.cloacae ,K .pneumoniae وبنسبة عزل (7.4 %) ،(4.6 %) ، (2.8 %) على التوالي تلتها P. aeruginosa (13 %) تلتها S. aureus (11.2 %)، في حين تساوت نسبة عزل كل من M.catarrhalis , H.influenzae (4.6 %) لكل منهما .5 - اما البكتريا المرضية المعزولة في المجموعة (2) فكانت النسبة الاكبر لبكتريا S.pneumoniae 30 %تلتها بعض افراد العائلة المعوية 20 % من بينها S.marcescens ,E. cloacae ,K .pneumoniae وبنسب 12.5 % ،5 %،2.5 %على التوالي ، تلتها S.aureus 15 % تلتها نسب متساوية من P.aeruginosa, M.catarrhalis 12.5 % لكل منهما واخيرا H.influenzae 10%.6 - اما فيما يخص M.tuberculosis فقد اعتمد في تشخيصها على الفحص المجهري دون الزرع البكتريولوجي وكانت نسبة الفحص الموجب لمسحة القشع 11.6 % في المجموعة رقم (1) في حين لم تشخص اي نتيجة موجبة لتلك المسحة في المجموعة (2) .7 - اجري فحص الحساسية للعزلات البكتيرية المرضية تجاه 15 مضادا حيويا وهي (Ampicillin, Penicillin G, Cloxacillin, Co - Trimoxazole, Erthromycin , Tetracycline , Cephalexine, Ciprofloxacin, Cefotaxime, Lincomycin , Gentamicin, Pipracillin, Tobramycin, Ceftazidime, Amikacin) واظهرت النتائج وجود تباين واضح وبنسب مختلفة في مقاومة هذه العزلات للمضادات المستخدمة وللمجموعتين (1)،(2) .كما اظهرت العزلات البكتيرية في المجموعة (2) المصابين بسرطان الرئة مقاومة اعلى مقارنة بالعزلات البكتيرية في المجموعة (1) وقد اظهرت كل من S. pneumoniae ، S. aureus ، M. catarrhalis ، H. influenzae اعلى نسبة مقاومة تجاه الكلوكساسيلن والامبسيلين والبنسلين (ج) والتي بلغت 69.1% ، 64.8% ، 52.1% على التوالي في حين اقل نسبة مقاومة لهذه العزلات تجاه السبروفلوكساسين والسيفاتاكسين 4.2% و12.7% على التوالي ، اما P.aeruginosa ، K. pneumoniae ، E. cloacae ، S. marcescens فقد اظهرت اعلى نسبة مقاومة تجاه الامبسيلين والسيفالكسين ، والكوترايموكزازول 100% ، 90.7% ، 88.3% على التوالي بينما بلغت اقل نسبة مقاومة للمضادات الاميكاسين والسبروفلوكساسين والسيفاتاكسيم 14% ، 20.9% ، 37.2% على التوالي .8 - تم تحديد قيم التراكيز المثبطة الدنيا MIC لبعض العزلات البكتيرية تجاه ثمانية مضادات (الامبسلين ، السيفاتاكسيم ،السيفتازديم ،البنسلين ،الببراسلين ،السبروفلوكساسين ،الارثرومايسين ،الجنتاميسين) وقد تباينت قيم MIC لهذه المضادات تجاه العزلات البكتيرية، اذ ابدت كل من M.catarrhalis ,S.aureus, S. pneumoniae اعلى مدى للمقاومة تجاه مضادات الامبسلين ،البنسلين ،السيفاتاكسيم ،اما البكتريا العصوية السالبة لكرام P.aeruginosa ,S.marcescens, E.cloacae ,K.pneumoniae فكان اعلى مدى للمقاومة تجاه الببراسلين والجنتاميسين في حين كان اقل مدى للمقاومة للعزلات البكتيرية كافة لمضاد السبروفلوكساسين .9 - اختبرت العزلات البكتيرية المقاومة لمجموعة البيتالاكتام ومنها (الامبسلين ،الببراسلين ،السيفتازديم) وقد حددت قيم MIC لها بوجود مثبطات انزيمات البيتالاكتاميز ومنها مثبط حامض الكلافيولنك وبطريقة النسبة الثابتة 2 : 1 لخليط المثبط /المضاد على التوالي ،كما استخدام مثبط التازوباكتم مع الببراسلين المحضر تجاريا بنسبة 8 : 1 على التوالي . وقد اظهرت النتائج ان استخدام مثل هذه المثبطات اعطى فعالية عالية واسترجع المضاد لكفاءته للقسم الاكبر من العزلات المقاومة.وقد ابدى خليط التازوباكتم / الببراسلين افضل تاثير تازري اذ بلغت نسبة حساسية الخليط 76.9 %، كما وجد ان بان هذا الخليط ذو فعالية تفوق خليط حامض الكلافيولنك /الببراسلين .10 - بينت الدراسة الخلوية لكافة النماذج قيد الدراسة وجود الخلايا الالتهابية (الحادة غالبا ) كما لوحظ وجود التغيرات الخلوية السابقة لحدوث السرطان (خلايا التنسج الحرشفي والحثل النموي بمختلف درجاته )في كلتا المجموعتين فضلا عن وجود الخلايا السرطانية في مجموعة المصابين بسرطان الرئة . وقد بلغت نسبة خلايا التنسج الحرشفي في المجموعة (1)و(2) 37.1 %، 34 % على التوالي في حين نسبة وجود خلايا التنسج الحرشفي والحثل النموي للمجموعتين (1)و(2) قد بلغت 10.5 % ،26 % على التوالي . كما وجد ان نسبة التغيرات الخلوية اعلى في الفئات العمرية المتقدمة لاسيما لدى المدخنين اذ بلغت 74.3 %، 90.9 % للمجموعتين (1) ،(2) على التوالي .11 - كما اظهرت نتائج الفحص الخلوي لقشع المرضى المشخصين بالاصابة بسرطان الرئة سيادة لنوع السرطان الحرشفي من بين انواع السرطان الرئوي وبنسبة 50 % تلتها السرطان الغدي 14 % ثم السرطان ذو الخلايا الصغيرة 10 % وان نسبة 26 % كانت للنماذج التي لم يشخص فيها نوع السرطان الرئوي بالفحص الخلوي . | This study included collection of 260 sputum samples from adult patients referred to the outpatient clinic and admitted to both Saddam College of Medicine University Hospital and Institute of Nuclear Medicine from the period September 2001 till April 2002.The samples were classified into two groups : The first group included 210 patients , ranged (14 - 85) years old : 124 males and 86 females , with lower respiratory tract infections with no history of lung cancer and the second group include 50 patients having lower resporatory tract infections who are known cases of lung cancer, their age range from (40 - 80) years; 39 males and 11 females.1 - The results reveal higher incidence of lower respiratory tract infection in males than in females in both groups since it was 85.5%, 76% in the two groups respectively. There were a high incidence of lower respiratory tract infection with increasing age in the two groups of patients. Also it was found that incidence of smokers was higher than non - smoker in the 2 groups studied since it was 58.5% in the first groups and 80% in the 2nd group.2 - Isolated aerobic and faculative anaerobic bacteria and they were stained by Gram stain and acid - fast stain (AFB) examined . 3 - There was 129 positive sample for bacteriology culture divided into 95 sample 45.2% in the first group, 34 sample 68% in the 2nd group whereas 13 sample were negative for pathogenic bacterial growth, divided into 115 sample 54.7% in the 1st group 16 sample 32% in the 2nd group. Mixed bacterial growth was noticed in 31 sample 13.6% in the first group while 4 samples 11.7 in the 2nd group.4 - Results of bacterial diagnosis reveal species and percentage of bacteria isolated from first group that S.pneumoniae was the major and the commonest cause of LRT1 51.4% followed by some enteric group 41.9% including : K.pneumoniae, E.cloacae, S.marceseens with percentage of isolates : 7.4%, 4.6%, 2.8% respectively, followed by P.aeruginosa which constitute 13%; than S. aureus 11.2% while equal percentage of isolates from both H influenzae and M. catarrhalis 4.6% for each.5 - For the lung cancer patients groups the predominant bacterial growth was for S.pneumoniae 30% followed by some entric group 20% including K.pnumoniae, E. cloacae, S.marcescens with percentage of isolates 12.5%, 5%, 2.5% respectively. Bacteria S. aureus comes next 15% of isolate, followed by P. aeruginosa and M. caqtarrhalis 12.5% for each and H. influenzae comes at the end of the list 10%.6 - For the dinguses of M. tuberculosis we depended on microscopical examination without bacteriological culture , the positive percentage of sputum smear was 11.6% in group (1) while we can not diagnosis any positive result in group (2). 7 - Antibiotic sensitivity test was doing for all the pathogenic bacterial isolates to 15 antibiotic that were Ampicillin, Penicillin G, Cloxacillin, Co - Trimoxazole, Erthromycin , Tetracycline , Cephalexine, Ciprofloxacin, Cefotaxime, Lincomycin , Gentamicin, Pipracillin, Tobramycin, Ceftazidime, Amikacin the results reveal a clear variation in antibiotic sensitivity among different bacterial isolates for both groups. Also the bacterial isolates for the lung cancer group have shown higher antibiotic resistance than the isolates for the first group in general . S. pneumoniae , S. aureus , M. catarrhalis , H. influenzea show highest resistance percentage toward cloxacillin, ampicillin, pencillin G , 69.1%, 64.8%, 52.1% respectively while the lowest resistant percentage for this isolate for ciprofloxacin , cefetoxime 4.2% , 12.7% respectively . While P. aeruginosa, K. pneumoniae , E. cloacae , S. marcescens it show highest resistant percentage for ampicillin, cephalexine , co - trimoxazole 100%, 90.7% , 88.3% respectively . While the lowest resistance percentage for the antibiotic amikacin, ciprofloxacin , cefotaxime 14%, 20.9%, 37.2% respectively .8 - Results of MIC were determined for some bacterial isolates towards eight antibiotic (Ampicillin, cefotaxime, cefazidime, penicillin, pipracillin, ciprofloxacin, erythromycin, gentamicin). And reveal a marke of variation among MIC values for different regard, S. pneumoniae, S. aureus and M. catarrhalis have shown the highest range of resistance towards Ampicillin , penicillin, cefotaxime while the Gram negative bacillius (K. pneumoniae, E. cloacae, S. marcescens, P. aeoginisa) have shown a high range of resistance towards pipracillin , gentamicin. Most of bacteria isolates showed little resistance toward ciprofloxacin.9 - Bacterial isolates that revaled resistance to betalactm group (Ampicillin, pipracillin, ceftazidine) were tested for MIC values in the presence of beta lactamases inhibitors including clavulanic acid in a ratio of 2 : 1 for antibiotic inhibitor respectively. Also tazobactam inhibitor was mixed with pipercillin prepared commercially with 8 : 1 respectively. And the results revealed that the use of such inhibitors gives higher activity and made the antibiotic retain its effectiveness for a large portion of resistance bacterial isolates. The Tazobactam / piperacillin mixture have shown the best synergestic effect since its sensitivity reach 76.9%. Also found that this mixture was of activity that exceed calvulanic acid/ piperacillin mixture.10 - Cytological study of sputum samples explain in both groups have revealed the presence of inflammatory cells (predominantly acute). Also it reveals the presence of precancer cytological changes including squamous metaplasia and different graded of dysplasia cellular a typical in both group studied. Also it reveals presence of cancer cell in lung cancer group.Squamous metaplsia changes occur in the non lung cancer group 37% and 34% in the lung cancer group. Combined squamous metaplsia and dysplasia was seen in 10.5% in the 1st group and 26% in the 2nd group. Also the incidence of precancers cellular changes (including squamous metaplasia and dysplasia) were noticed with advanced age especially among smokers 74.3%. 90.9% for the 1st and 2nd group respectively.11 - Also sputum cytology examination for lung cancer patients revealed predominant of squamous cell carcinoma variety 50% followed by adenocarcinoma group, the small cell carcinoma group 10% and 26% of cases the exact cancer subtype was not determined by sputum cytological examination.

دراسة وراثية وجزيئية لعزلات محلية مرضية من بكتريا Klebsiella المقاومة للمعادن الثقيلة والمنتجة لانزيم B - Lactamase == A Genetic and Molecular Study of Local Pathological Isolates from Klebsiella Resistant to Heavy Metal and Productive of ? - Lactamase Enzymes

Author name: صلاح مهدي حسن السعدون
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | نزار ادور ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة جمع (536) عينة ادرار من مرضى يعانون من التهاب المجاري البولية من اربعة مستشفيات في بغداد للفترة الواقعة من 22/12/2004 - 27/5/2005.2 - من خلال نتائج الزرع البكتريولوجي الاولي استطاعت (286) عزلة (63.8%) من النمو باستخدام وسطي اكار الماكونكي واكار الدم وقد كان من بينها (85) عزلة مخاطية وبنسبة (29.7%)، فيما اظهرت نتائج التشخيص المورفولوجي والكيموحيوي للعزلات المخاطية ومن خلال نتائج استخدام نظام Api 20E عائدية (36) عزلة الى جنس الكلبسيلا، توزعت مابين (18) عزلة للنوع K.planticola K.pneumoniae و(7) و(6) عزلات للنوع عزلات للنوع K.terrigena و(4) عزلات للنوع K.oxytoca و(1) عزلة للنوع K.ornithinolytica. 3 - تم التحري عن عدد من عوامل الضراوة لانواع الكلبسيلا، اذ اظهرت نتائج الفحص المجهري باستعمال طريقة التصبيغ السالب ان العزلات جميعها (100%) محاطة بمحفظة، كما بينت جميع العزلات (100%) عدم قدرتها على انتاج الهيمولايسين، بينما اظهرت (61.1%) من العزلات قدرتها على انتاج السايدروفورات بنموها في الوسط الحاوي 2 - 2 ثنائي بايريديل (M9)، واظهرت جميع العزلات ايضا (100%) قابلية الالتصاق بالخلايا الطلائية المعزولة من ادرار اناث صحيحات، فيما كان (66.6%) من العزلات منتجة للبكتريوسين.4 - اختبرت قابلية العزلات على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز باستخدام الطريقة اليود القياسية السريعة، اذ اظهرت (23) عزلة (63.8%) قدرتها على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز بهذه الطريقة، بفترات تراوحت مابين اقل من دقيقة الى (5) دقائق.5 - اختبرت قابلية العزلات على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف باستخدام الطريقة الثلاثية الابعاد (غير المباشرة)، واظهرت النتائج بان 18 عزلة من مجموع 36 (33.3%) لها القدرة على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف توزعت مابين 5 عزلات من مجموع 18 (27.7%) للنوع K.planticola و3 عزلات من مجموع 6 (50%) للنوع K.pneumoniae وعزلتان من مجموع 7 (28.5%) للنوع K.terrigena وعزلة واحدة من مجموع 4 (25%) للنوع K.oxytoca وعزلة واحدة فقط من مجموع 1 (100%) للنوع K.ornithinolytica.6 - اجري اختبار الحساسية للمضادات لجميع العزلات تجاه (24) مضادا للحياة، لقد اظهرت جميع العزلات نمط المقاومة المتعددة، اذ كانت (100%) من العزلات مقاومة للامبسلين والكاربنسلين والببراسلين والسيفالوكسين، بينما كانت العزلات جميعها حساسة للاميكاسين والسفيبيم والاميبينيم والنورفلوكساسين، فيما تفاوتت نسب المقاومة لباقي المضادات.7 - حددت التراكيز المثبطة الدنيا لعدد من البنسلينات والسيفالوسبورينات ومجموعة الامينوكلايكوسيدات والكينولونات وغيرها من المضادات، واظهرت النتائج ان هنالك اختلافا واضحا في قيم الـMIC بين الانواع البكتيرية المختلفة سيما المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف، فقد استطاعت اغلب العزلات مقاومة تراكيز عالية من الامبسلين، والكاربنسلين والببراسلين والسسيفالكسين غير انه لم تستطع سوى عزلات قليلة وبضمنها المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف من النمو في تراكيز عالية من الاميكاسين (AK)، والسيفيبيم (PEF)، والامبينيم (IMP)، والنورفلكساسين (NX)، والسيروفلكساسين (CF).8 - درست قابلية العزلات على تحمل تراكيز مختلفة من المعادن الثقيلة وذلك بانمائها على اوساط ضمت تراكيز مختلفة من تلك المعادن. وقد اظهرت النتائج انخفاضا في مستوى تحمل البكتريا للمعادن الثقيلة، وكان هنالك اختلافا واضحا من بين تلك العزلات لتحمل معدن النحاس، الكروم، الكوبلت، الزنك، الكادميوم، الزئبق، الرصاص، الفضة. 9 - تمت دراسة محتوى الدنا البلازميدي لمجموعة من العزلات والتي اظهرت مديات عالية من المقاومة لمضادات الحياة والمعادن الثقيلة، وبينت النتائج احتواء معظم العزلات على اكثر من حزمة بلازميدية واحدة، بينما خلت بعض العزل من اي حزم وبذلك تصبح مقاومة للمضادات والمعادن الثقيلة فضلا عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز صفة الكروموسومية.10 - اجري فحص الاقتران البكتيري مابين عزلات منتقاة من انواع بكتريا الكلبسيلا اتسمت بمقاومتها العالية الى اكثر من مضاد وتحملها للمعادن الثقيلة فضلا عن انتاجها لانزيمات البيتالاكتاميز وبين السلالة القياسية E.coli MM294، وقد استطاعت 9 عزلات من مجموع 14 عزلة تحقيق عملية الاقتران بنجاح (وبنسبة 64.2%) فيما اخفقت 5 عزلات، واستطاعت الخلايا الاقترانية الناتجة من التزاوج من النمو على اوساط الاختبار الحاوية على مضادي الامبسلين والريفامبسين معا. 11 - تم التحري عن المحتوى البلازميدي للخلايا الاقترانية ووجد ان اغلب البلازميدات كانت قد انتقلت من السلالة الواهبة متمثلة بالعزلات قيد الدراسة الى السلالة القياسية، اذ استطاعت 7 عزلات اقترانية من مجموع 9 وبنسبة (77.7%) من اعطاء فحص انزيم البيتالاكتاميز موجب ونسبة (77.7%) لفحص التحري عن ESBLs. فضلا عن ذلك فقد انتقلت مقاومة مشتركة لاكثر من مضاد حيوي ومعدن ثقيل للخلايا الاقترانية مما يدل على ان هذه الصفات محمولة بلازميديا. | 1 - This study included the collection of 536 urine samples from patients suffering urinary tract infection from four hospitals located in Baghdad to the period between 22/12/2004 - 27/5/2005. 2 - Using MacConkey blood agar in primary bacterialogical culture, 286 isolates (63.84) were grown, among them 85 isolate (29.71) were mucoid. Result of morphological & Biochemical diagnosis besid using Api 20E showed there were 36 isolates related to genus Klebsiella. These comrised as K.planticola (18 isolates), K.terrigena (7 isolets) and K.pneumonia (6 isolates) & K.oxytoca (4 isolates) and one isolates of K.ornithinolytica. 3 - Some virulence factors of Klebsiella species were detected. Microscopic examination using negative stain revealed that all the isolates (100%) were capsulated, besid they were unable to produce heamolysine. While (16.1%) of the isolate were siderophore producer when they showed their ability to grow in 2 - 2 dipyridyl media (9M media). All the isolates (100%) showed adherence ability to epithelial cell isolated from urine of healthy women, whereas 66.6% of the isolates were bacteriocin producer. 4 - The rapid standard iodometric method was used for the dection of B - lactamase production. Results showed that 23 isolate (63.84) were B - lactamase producer and the time of positive results ranged from less than (1 - 5)mins. 5 - The indirect three - dimentional method was performed to detect the Extended - spectrum B - lacatamase (ESBLs). Results revealed that only 18 isolates (33.3%) were ESBLs producer. These comprised 5 isolated from 18 (27.7) to K.planticola, 3 isolates from 6 (50%) to K.pneumonia, 2 isolates from 7 (28.5%) to K.terrigena, one isolates from 4 (28%) to K.oxytoca & one isolate (100%) to K.ornithinolytica. 6 - Antibiotic sensitivity test was performed using 24 different antibiotic. All isolates showed multidrug resistance. Results showed that all the isolate (100%) were able to resist Ampicillin, Carbencillin, Piperacillin, Cephalexin, while they were sensitive towards Amikacin, Cefepime, Imepinem and Norflaxacin. Resistance rate to other antibiotic were variant. 7 - The minimal inhibitory concentration (MIC) for Penicillins & Cephalosporins, Aminoglycoside group, Qinolones & other antibiotics were determined. Considerable differences observed between the MIC for ESBLs producer isolates and the non - producer - both groups were able to resist high concentration of Ampicillin, Carbenicillin, Piperacillin & Cephalexin while only the ESBLs producer outcome of non - producer isolates were able to grow in considerable concentration of Amikacin, Cefepime, Imepinem, Norflaxacin & Ceprofloxacin. 8 - The ability to tolerate different concentration of heavy metals were studied by growing them in media containing different concentration of these metals. There were great differences & decreas & in the level of bacterial tolerance to heavy metals including (Cu, Cr, Co, Zn, Cd, Hg, Pb, Ag) while many isolates could not tolerate low concentration of copper nor chrome. 9 - Plasmid profile of some isolated specially these showed high antibiotic & heavy metal resistance were determined. Result showed that most of the isolates examined harboured more than one plasmid band. While some isolates were plasmidless, A condition implying that B - lactamase production, antibiotic & heavy metal resistance are under chromosomal control. 10 - Bacterial conjugation was performed between selected isolates of Klebsiella specially those with high antibiotic resistance, heavy metal tolerance, besid B - lactamase production and the standard strain E.coli MM294. There were (9) successful conjugation from 14 (64.2%). The transconjugant cells were able to grow of selective media containing both of Ampicillin & Rifampicin. 11 - Studying plasmid profile of transconjugated cells showed that most the plasmid were transferred from the donore (represented by bacterial isolated) to recipient (the stander stranted). Out of 9, 7 transconjugant cells (77.7%) gave positive result to B - lactamase production & ESBLs. In addition multidrug resistance & heavy metal tolerance were transferred to the transconjugant cells, a condition implying that they are plasmid mediated.

تاثير التطفير الفيزيائي على قابلية بكتريا Staphylococcus aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز واستنساله في بكتريا Escherichia coli == Effect of physical mutagenesis on the ability of Staphylococcus aureus in staphylokinase production and its cloning in Escherichia coli

Author name: علاء سالم حمزة
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول | حميد مجيد جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى استنسال جين الستافلوكاينيز من بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة محليا في بكتريا Escherichia coli والتحري عن التعبير الجيني في المضيف الجديد فضلا عن دراسة بعض الظروف المثلى المؤثرة في ذلك التعبير . جمعت 200 عينة سريرية من اصابات المجاري البولية والاصابات الجلدية من بعض المستشفيات في محافظة بغداد . وقد تم الحصول من تلك العينات على 54 عزلة بكتيرية وشخصت على انها S.aureus وفقا لخصائصها المظهرية ونتائج الاختبارات الكيموحيوية . وقد تم تاكيد تشخيص تلك العزلات باستخدام نظام Viteck - 2 التشخيصي . تم دراسة قابلية عزلات بكتريا S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز وفعاليته التحليلية على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . وقد اشارت النتائج الى ان جميع العزلات البكتيرية كانت منتجة وبدرجات متفاوتة لانزيم الستافلوكاينيز . وقد تميزت العزلة البكتيرية S.aureus A15 المعزولة من اصابات الجلد بكفائتها العالية في انتاج الانزيم لكون رائق مزرعتها ادى الى تكوين اعلى قطر هالة تحلل مقداره 36 ملم على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . ولاجل تحسين قابلية العزلةA15 S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز ، فقد تم تعريض هذه العزلة للتطفير العشوائي باستخدام الاشعة فوق البنفسجية لحث الطفرات الوراثية التي تحور ايجابيا انتاجيتها من انزيم الستافلوكاينيز . وقد اشارت النتائج الى انه قد تم الحصول على طافرتين بكتيريتين لهذه العزلة ازدادت قابليتهما على انتاج الانزيم على ضوء زيادة قطر منطقة التحلل الى 38 ملم مقارنة بالنوع البري . اجري استنسال جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli JM 109(DE3) وذلك باستخلاص الدنا الجيني اولا من الطافرة S.aureus A15 - M1 بطريقة الغليان ثم الحصول على الدنا بتركيز 50 مايكروغرام / مل وبنقاوة وصلت الى 1,8 . تم بعدها تضخيم جين الستافلوكاينيز باستخدام بادئات نيوكليوتيدية متخصصة لتضخيم اطار القراءة المفتوح (Open reading frame) للجين التركيبي . وقد اشارت نتائج التضخيم الى انه قد تم الحصول على قطعة دنا بحجم 400 زوج قاعدي . تم تحديد التعاقب النيوكليوتيدي لجين الستافلوكاينيز وقد اشارت النتائج الى وجود ثلاث طفرات نقطية (Point mutations) في الجين التركيبي للستافلوكاينز على اساس مقارنة الترتيب النيوكليوتيدي للجين مع الترتيب النيوكليوتيدي لنفس الجين للسلالة القياسية S.aureus المسجلة في قاعدة البيانات BLAST/ NCBI . وقد كانت هذه الطفرات من نوع missens mutations التي لم تؤثر على المجموعة التي ينتمي اليها الحامض الاميني المتغير ولم تؤثر على فعالية الانزيم . وقد اشارت النتائج ايضا الى عدم احتواء التعاقب النيوكليوتيدي للجين على اي موضع حساس لانزيمي التقييد BamHI وXbaI والتي استخدمت فيما بعد لكلونة الجين بالهضم المزدوج بهذين الانزيمين للحصول على قطعة تقييد ذات نهايات لاصقة من نوع BamHI وXbaIالناشئة عن مواضع التقييد الحساسة لهذين الانزمين ضمن التعاقب النيوكليوتيدي للبادئات النبوكليوتيدية المتخصصة المصممة لهذا الغرض (البادىء النيوكليوتيدي الامامي المتضمن موقع تقييد لانزيم BamHI والبادىء النيوكليوتيدي الخلفي المتضمن موضع تقييد لانزيم XbaI) ، ثم لحم قطعة تقييد جين الستافلوكاينيز مع ناقل الكلونة pSP72 المهضوم مسبقا هضما مزدوجا بانزيمي التقييد BamHI وXbaI للحصول على جزيئة ناقل ذات نهايات لاصقة متوافقة مع النهايات اللاصقة لجين الستافلوكاينيز . وبعد اللحم تم اجراء عملية الترحيل الكهربائي للناقل الهجين (جزيئة الناقل الحاوية على جين الستافلوكاينيز) على هلام الاكاروز (1%) . وقد اشارت نتائج الترحيل الكهربائي الى ظهور حزمة دنا تمثل الناقل الهجين بحجم كلي مقداره 2900 زوج قاعدي . وفي الخطوة اللاحقة من تجربة الاستنسال فقد استخدم الناقل الهجين لتحول بكتريا E.coli JM109(DE3) المؤهلة كمضيف جديد امن للجينات الغريبة القادمة من مختلف الكائنات الحية . وقد تم انتقاء المتحولات المرغوبة لبكتريا E.coli الحاوية على الناقل الهجين على وسط البلازما المتصلب بمادة الاكار الحاوي على المضاد الحيوي الامبسيلين بتركيز 50 مايكروغرام/ مل كصفة انتقائية للوسط . وقد اشارت نتائج التحول الى الحصول على خمسة متحولات بكتيرية من بكتريا E.coli JM109(DE3) القادرة على النمو بوجود الامبسيلين والمنتجة لانزيم الستافلوكاينيز المحلل لمادة البلازما في الوسط . وقد كانت درجة التعبير الجيني لجين الستافلوكاينيز في المضيف الجديد مقاربة لدرجة تعبير نفس الجين في المضيف الاصلي S.aureus . درست بعض الظروف المثلى لتعبير جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli المهندسة وراثيا . وقد اشارت النتائج الى ان درجة التعبير الجيني في المضيف الجديد قد ازدادت بتنمية البكتريا في وسط لوريا - بيرتاني المتصلب بمادة الاكار الحاوي على مادة IPTG (كمحفز للتعبير الجيني) بتركيز 100 مايكروغرام / مل . كما درس تاثير درجة الحرارة على فعالية الانزيم واظهرت النتائج ان افضل درجة حرارة لفعالية الانزيم كانت °C 37 لمدة 24 ساعة . | This study was aimed for cloning staphylokinase gene from locally isolated Staphylococcus aureus in Escherichia coli and detection the gene expression in new host in addition to determine some of the optimum conditions for gene expression. A total of 200 clinical samples from urinary tract and skin infections were collected from some hospitals in Baghdad . from these samples,54 bacterial isolate were obtained and identified as S.aureus according to their cultural and morphological characteristics and results of biochemical tests . Identification of these isolates was confirmed by using VITECK - 2 identification system. Ability of S.aureus isolates in staphylokinase production and thrombolytic activity of this enzyme was screened on human plasma agar medium, and it was found that all bacterial isolates were able to produce staphylokinase with variable degrees. Among these isolates S.aureus A15 isolated from skin infection was the most efficient isolate in staphylokinase production because its culture filtrate causing highest zone of hydrolysis (36 mm) on plasma agar medium in comparison with other isolates. In order to enhance the ability of S.aureus A15 in staphylokinase production, this isolate was subjected to random mutagenesis by using UV - irradiation to induce genetic mutations altered positively staphylokinase production by this isolate. Results showed that two mutants of S.aureus A15 obtained after UV - irradiation were increased in its ability in staphylokinase production according to the increase of the diameters of hydrolysis zones to 37 mm and 38 mm in camparison with the wild - type. Cloning of staphylokinase (sak) gene in E.coli JM109 (DE3) was achieved first by extraction of S.aureus A15 - M1 genomic DNA by using boiling method with DNA purity and concentration of 1.8 and 50 μg / ml respectively . Then Sak gene was amplified by using specific primers for gene open reading frame (Structural gene) . Results showed that the amplification product was a fragment of DNA with size of about 400 bp. Amplified sak gene was then sequenced to determine the nucleotide sequence of the gene . Results of sequencing showed that there are three point mutation were occurred in the structural gene of staphylokinase according to base pair alignment with the same gene of S.aureus standard strain recorded in BLAST / NCBI. These mutations are missens mutations doesn’t affect the group of amino acid that was changed then doesn’t affect enzyme activity. Results of sequencing also showed that the complete nucleotide sequence of the gene doesn’t have a restriction site for BamHI and XbaI that were used later for gene cloning by double digestion of the gene with these two enzymes to obtain restriction fragment with sticky ends of BamHI and XbaI that were came from the restriction sites for these two enzymes within the specific primers designed for this purpose (forward primer containing restriction site for BamHI and reverse primer containing restriction site for XbaI). Then the restriction fragment of staphylokinase gene was ligated with pSP72 cloning vector previously double digested with BamHI and XbaI to get vector molecule with sticky ends compatible with the two sticky ends of Sak gene, then recombinant vector was analyzed on agarose gel (1%) . Results of electrophoresis showed that there was a single DNA band represents the recombinant vector with a total size of 2900bp. In the next step of cloning experiment , recombinant pSP72 was used to transform competent E.coli JM 109 (DE3) as a new and safe host for foreign genes came from different organisms . Then positive transformants of E.coli (containing recombinant pSP72) was selected on plasma agar medium containing 50 μg / ml of ampicillin as a selectable marker. Results of transformation showed that there are five transformants of E.coli JM 109 (DE3) were able to grow in presence of ampicillin and producing staphylokinase enzyme that was able to hydrolyse human plasma in the agar medium . The degree of staphylokinase gene expression in the new host (E.coli) was asymbtotic to the degree of expression of the same gene in the original host (S.aureus) . Optimum conditions for staphylokinase gene expression in genetically engineered E.coli was studied under two growth factors . Results of optimization showed that the degree of gene expression in new host was increased when transformant E.coli JM 109 (DE3) was grown in Luria - Bertani agar containing IPTG (as inducer for gene expression) in a concentration of 100 μg / ml and incubated at 37 ⁰C for 24 hours . Effect of incubation temperature on staphylokinase activity produced by genetically engineered E.coli JM 109 (DE3) transformant was studied in range of temperature. Results showed that the optimum temperature for staphylokinase activity was 37 °C , at this temperature the diameter of zone of hydrolysis was 30mm , while the enzyme activity was decreased above and under this temperature .
1 ... 23 24 25 26 27 ... 43