Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 1,089

دراسة جزيئية لعدد من عوامل الالتصاق البكتيرية لبكتريا Escherichia coli المعزولة من عينات الادرار من الاطفال دون الخامسة == Molecular study of a number of bacterial adhesion of the bacteria Escherichia coli isolated of urine samples of children under five

Author name: علـي فاضل احمد
Supervisor name: الهام سعيد عبد الكريم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة عزل بكتريا Escherichia coli من عينات سريرية لاطفال مصابين بالتهاب المجاري البولية ، وقد تم الحصول على ( 72 ) عزلة من بكتريا E. coliمن اطفال مصابين بالتهاب المجاري البولية الذين اعمارهم دون ( 5 ) سنوات ومن كلا الجنسين من مستشفى ( ابن البلدي للاطفال ، والامامين الكاظمين ( ع ) التعليمي ومستشفى العلوية للاطفال ) وللمدة من 1/11/2014 لغاية 28 / 2 / 2015 . اعتمد التشخيص البكتيري على المواصفات المجهرية والزرعية والفحوصات الكيموحيوية والتشخيص النهائي والدقيق للعزلات بوساطة استعمال الفحص بنظام ( API 20 E ) . بينت نتائج الدراسة ان نسبة اخماج المسالك البولية في الاناث هي ( 54.2 % ) 39 عزلة ، وفي الذكور ( 45.8%) 33 عزلة.واختبرت حساسية جميع العزلات للمضادات الحيوية وفق طريقة ( Kerby Bauer ) اذ اظهرت جميع العزلات مقاومة 100% لمضادي Ampicillinو Ceftazidime في حين، كانت نسب المقاومة للمضاد Trimethoprim ،Amikacin ، Aztreoname، Tobramycin، gentamycin ، Pipracillin83.3 % ،81.9% ، 72.22% ، 70.8% ، 68.5% ، 65.5 على التوالي ، وكانت نسبة الحساسية 100% لمضادي ، Impenem ، Meropenem .اظهرت عزلات بكتريا E. coli قابليتها على التعبير عن عامل الضراوة الهيمولايسين (نوع بيتا β) اذ كانت 59.7% من العزلات منتجة لهذا العامل . اظهرت عزلات بكتريا E. coli احتواءها على نوعي عاملي الالتصاق CFA/I ، CFA/III اذ كانا بنسبة ( 91.6% ) و( 62.5%) على التوالي ، واظهرت جميع العزلات قدرتها على الالتصاق على الخلايا الطلائية للقناة البولية للانسان ( 100%) ، كما اظهرت جميع العزلات قدرتها على انتاج الغشاء الحياتيBiofilm وبنسبة ( 100%) .تم التشخيص الجزيئي لجينات عوامل الالتصاق Fim وPap Gباستخلاص الـ DNA البكتيري بوساطة ( Geneaid Kit ) ومن ثم اخضاع الـ DNA لاختبار البلمرة التضاعفي التسلسلي ( PCR) . استعملت طريقة تفاعل البوليمر لسلسة الدنا PCR للكشف عن نوعين من عوامل الضراوة الجينية التي تمتلكها بكتريا الـ E.coli بوصفها المسبب الاكثر اهمية لالتهابات المسالك البولية وباستعمال بادئات متخصصة لكل جين ، اذ اظهرت النتائج وجود جين Fim (H) بنسبة 100% ، في حين كان وجود pap G ( I) بنسبة 19.4% ، وكان pap ( III) بنسبة 38.8% في حين كانت نتائج الفحص سالبة للجين pap G (II) . | The Present study included 72 Isolates of Escherichia coli from clinical sample were taken from children with urinary tract infection, whom they were under the age of five year , male and female, taken from ( Ibn Al - balady Hospital for Children), ( Al - Imamayn Al - Khademayn Teaching Hospital) and (Al - A’lwayya Hospital for Children), in the period from 1/11/2014 to 28/2/2015. The bacterial diagnosis depended on microscopic and Cultural specifications, Using the biochemical examinations and the final exact examination of the isolated bacteria by using (ApI 20E) examination system. The study results showed that the infection in the urinary tract of females were 54.2% of 39 isolated bacteria and that of males were 45.8% of 33 isolated bacteria.The Antibiotic susceptibility of .isolated bacteriad one according to Kirby Bauer testing , showed a high degree of , resistance100% to the ceftazidime and ampicillin , while resistance to trimethoprim, amikacin, aztreoname, tobramycin , gentamycin and Pipracillin were 83.3,81.9%, 72.22%,70.8% , 68.5%,65.5respectively.All isolates showed susceptibility 0% to the impenem and meropenem antibiotics .The result of virulence factors of E.coli isolates show indicate the ability 59.7% of isolates produce hemolysin .The isolated bacteria of E.coli showed containing two types of adherence factors CFA/I and CFA/III, and the two ratios were 91.6% and 62.5% respectively. All the isolated bacteria showed that the ability of adherence to epithelial cells of the urinary tract was 100%.All the isolated bacteria showed that the ability to produced Biofilm were 100%.The molecular examination of the genes for adherence factors was made by taking out the bacterial DNA by (Geneaid Kit) and then, the DNA was put to the test of polymerase chain reaction (PCR). Polymerase chain reaction (PCR) was used to find out two types of adhesion factors, Fim (H)and Pap G genes, as they were the cause of the most common urinary tract infections by using specialist primers for each gene. The results showed the existence of Fim (H) gene was 100%,while were Pap G(I) gene 19.4%, Pap(III) gene38.8%, and the results of the test of Pap G(II) gene were negative to all isolates .

دراسة الاضداد الضادة للميوسينات اللعابية في مرضى السكري النمط - 1 والاصحاء == Anti - salivary mucins antibodies in Patients of Type - 1diabetes&healthy controls

Author name: عذراء نجم عبد محمد
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني | يعقوب عبد الواحد صالح الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: برزت اهمية مستضدات مجاميع الدم المختلفة كجزيئات ترتبط مع امراض المناعة الذاتية وعلى دور مجموعة الدم لويس في هذه الامراض . فقد ركزت الدراسة الحالية في جانبها على تنميط مجاميع الدم ومدى تكرار هذه المجاميع في مرضى داء السكري النمط - 1 مقارنة بالاصحاء , اما الجانب المناعي من الدراسة فقد تطرق الى وجود الاستجابة المناعية في مرضى داء السكري النمط 1 - وعلاقة تلك الاستجابة بمجاميع دم لويس ومستضداتها اللعابية . تمت دراسة (59) عينة دم ولعاب وخروج من الاناث و(50) عينة دم ولعاب وخروج من الذكور ومقارنة ذلك للاصحاء ب(25) عينة دم ولعاب وخروج من الاناث والذكور .تم تنميط مجاميع دم لويس باستعمال طريقة الشريحة الزجاجية وملاحظة التلازن الدموي تحت تكبير 40x.ولوحظ دور المجموعة Le(a+b - ) في القابلية لاحداث المرض حيث بلغت نسبتها عند المريضات (33%) مقارنة بالسليمات (12%) (P=3.77×10 - 4**)، في حين كانت مجموعة دمLe(a - b+) مجموعة مقاومة للمرض اذ انخفظت نسبتها الى (23%) في المريضات مقارنة بنسبة (64%) للسليمات 10 - 9)×4.98=P) ، في حين كانت مجموعة دم Le(a+b+)عند المريضات (17%) مقارنة بالسليمات (16%) (0.462 P=)، في حين كانت مجموعة دم(Le(a - b - في المريضات (23%) مقارنة بنسبة(%8) (10 - 3×1.20 P=) للسليمات . ولوحظ دور المجموعة Le(a+b - ) مجموعة مقاومة للمرض اذ بلغت نسبتها في المرضى الذكور (%20) مقارنة بنسبة(24%) للاصحاء (0.239 =P)، في حين كانت مجموعة دم Le(a - b+) مجموعة مقاومة للمرض اذ انخفضت نسبتها في المرضى(32%) مقارنة بالاصحاء(40%)(0.313 P=)، في حين كانت مجموعة دم Le(a+b+) في المرضى (10%) مقارنة بنسبة(16%) للاصحاء(p=0.462) . وكانت مجموعةدم Le(a - b - ) في المرضى(28%)مقارنة بنسبة(20%) للاصحاء (P=0.185).وقد تبين دور الافراز في احتمالية الاصابة بالسكري النمط ـ1 ذات صنفLe(a) . ففي الاناث كان تردد الفارزين بنسبة (50%) في المريضات مقارنة بنسبة(33.3%) للسليمات (P=0.015 ) ،اما تردد مجموعة غير الفارزين حيث بلغت نسبتها(50%) مقارنة بنسبة (66.6 %) للسليمات(0.022 P=) ، وفي الذكور كان تردد الفارزين بنسبة(12.5%) في لمرضى مقارنة بنسبة(40%) للاصحاء (10 - 6×6.37 P=)، اما تردد مجموعة الغير فارزين حيث بلغت نستها (87.5%) مقارنة بنسبة(60%) .(10 - 5×1.52 P=) ، كما تبين دور الافراز في احتمالية الاصابة بالسكري النمط - 1 ذات صنف Le(a - b - ) ، ففي الاناث كان تردد الفارزين بنسبة(%62.5)، اما السليمات فلم توجد نسبة لتحديدها لقله عدد النماذج .اما تردد مجموعة غير الفارزين اذ بلغت نسبتها(%37.5) للمريضات مقارنة بنسة (100%) للسليمات (10 - 22×8.80 P=) ،اما في الذكور كان تردد الفارزين بنسبة (16.6%) للمرضى مقارنة بنسة(8%) بالاصحاء (0.082 P=) ، اما مجموعة تردد الغير فارزين حيث بلغت نسبتها (83.3%) مقارنة بنسبة(20%) للاصحاء (10 - 19×4.94 p=)، اظهرت تجارب كشف الاضداد الضادة للميوسينات اللعابية وباستعمال كشف الايلازا غير المباشر(مستوى الاضداد مقاس بمعدل الكثافة الضوئية ± الانحراف القياسي)، فلمجموعة Le.a للمريضات كان معدل الاضداد0.0 )±0.085) مقارنة بمعدل0.0127)±0.1495) للسليمات(10 - 8**×8.48=P)، مجموعة Le.b للمريضات كان معدل الاضداد0.011)±0.089) مقارنة بمعدل0.0127)±0.151) للسليمات (10 - 12**×P=6.37) ،مجموعة Le.a+b+ للمريضات كان معدل 0.007)±0.099) مقارنة بمعدل0.0138)±0.288) للسليمات (10 - 13***×9.09=P) ،مجموعة Le.a - b - كان للمريضات بمعدل الاضداد0.003)±0.073) مقارنة بمعدل 0.0076)±0.1207) للسليمات (10 - 13***×9.09=P). تم دراسة تثبيط الاضداد الضادة للميوسينات اللعابية بالمستضدات اللعابية OL e.a وOLe.b الحرة وكانت النتائج كالاتي : كان معدلات الكثافة الضوئية ±الانحراف القياسي للمعاملات كالاتي : مجموعة Le.a قبل الثنبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان (0.01±0.160) مقارنة بعد التثبيط (0.025±0.145) (P=0.490) ،مجموعة Le.b قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان(0.018±0.117) مقارنة بعد التثبيط (0.03±0.1) (P=0.142) ،مجموعة Le.a+b+ قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان (0.037±0.188) مقارنة بعد التثبيط (0.094±0.201) ( P=0.667) ،مجموعة Le.a - b - قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.a كان(0.066±0.2) مقارنة بعد التثبيط (0.029±0.103) (10 - 4×P=4.76)، مجموعة Le.a قبل الثنبيط بالمستضد اللعابي OLe.b كان (0.01±0.160) مقارنة بعد التثبيط (0.01±0.118) (10 - 8×2.33=P)، مجموعة Le.b قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OL.b كان(0.018±0.117) مقارنة بعد التثبيط (0.016±0.088)(10 - 3×P=1.29). مجموعة Le.a+b+ قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.bكان (0.037±0.188) مقارنة بعد التثبيط(0.077±0.189) ( P=0.971)، مجموعة Le.a - b - قبل التثبيط بالمستضد اللعابي OLe.bكان(0.066±0.2) مقارنة بعد التثبيط(0.02±0.097) (10 - 4×P=1.70)..اما في الجانب البكتيري فقد تم تشخيص عزلات بكتريا Staphylococcus aureusو Pseudomonas aeruginosa .وكالاتي : عزل بكتريا Pseudomonas aeruginosa شخصت 5 عزلات aeruginos .P من اصل ( 25) عيبة خروج للمريضات اذ بلغت نسبة الزرع الافتراصي (20%) وفي حين بلغت نسبة الزرع للسليمات (0%) من اصل 25)) عينة خروج , وايضا شخصت 4))من الذكورمن اصل (25)وكانت نسبة العزل الافتراضي (16%) في حين بلغت نسبة عز ل الاصحاء (%0).عزل بكتريا Staphylococcus aureus شخصت 5 عزلات S. aureus من اصل (25) عينة خروج للمريضات اذ بلغت نسبة الزرع الافتراضي الموجب(20%) وفي حين بلغت نسبته للسليمات 0)% )من اصل 25 عينة خروج , وايضا شخصت 4)) عزلات من الذكورمن اصل (25)وكانت نسبة العزل الافتراضي (16%) في حين بلغت نسبة عزل الاصحاء (%0).استنتج ان داء السكري النمط - 1 له علاقة بمجاميع الدم ABO ,ومجموعة دم لويس اذ دراستنا هذه اجريت سابقا بنفس الموضوع في قسم علوم الحياة . اشرت الدراسة ان هنالك اضداد ضادة لميوسين اللعاب مسجلة لاول مرة، وهي ملازمة بعيارية عالية (استعمل المصل المخفف 1 : 100) تكثر في المرضى مقارنة بالاصحاء .هنالك زيادة في تكرار عزل البكتريا Pseudomonas aeruginosa وStaphylococcus aureus . فيما يدل ذلك وجود تلازم بين نوعي البكتريا والمرض الى ان ذلك يحتاج الى دراسات معمقة . ممكن ان تكون الفروقات بين الذكور والاناث في توزيع مجاميع دم لويس اساسها هرمونات ستيرويدية. من النتائج الواردة في اعلاه تبين ان هناك علاقة بين مجاميع دم لويس وقدرة الافراز والاستجابة المناعية الضادة للعابين في مرضى السكري والتي يمكن ان تستهدف هدفا لتشارك في انشاء المناعة الذاتية في هذا المرض. | Blood group antigen, are associated with autoimmune diseases . studies emphasized on lewis blood groups. The present study concentrated on finding the frequency distribution of ABO - Lewis blood groups association in type - 1 Diabetes compared to the distribution in healthy controls.The immunological part of this study investigated the immune response in the disease and its relation ship with salivary mucins Lewis molecules. Fiftynine diabetic female samples(blood، saliva،stools) as well as 50 male diabetic sample(blood، saliva،stools) were used in addition to 25sample (blood، saliva،stools )of female and males healthy controls . Typing of blood groups Lewis using the glass slide Not blood agglutination and under magnification 40x.The findings indicated that Lea+b - molecule has arole in disease susceptibility. Ites percentage approach 33% in female patients compared to 12% in healthy controls (p=7.33 x 10 - 4)، On the other hand however, Lea - b+ group gave 23% in diabetic females compared to 64% in healthy females (p= 4.98 x10 - 9). Lea+b+ groups gave 17% in diabetic females and 16% in healthy females (p=0.46).Interestingly however, Lea - b - groups was represented at 23% in diabetic females versus 8% in healthy females (p=1.2x 10 - 3) In males the results of the frequenecies could be summarized as follows : Lea + b - 20% in diabetics vs 24% in controls. p=(0.239).Lea - b+ : 33% in diabetics vs 40% in controls. P=(= 0.31).Lea+b+ : 10% in diabetics vs 16% in controls. P= (0.462).Lea - b - : 28% in diabetics vs 20% in controls. P=(0.185).The role of secretion (se gene role) in diabetes was investigated also, particularly in Lea group and the findings were as follows : secretors female : 50% in diabetics vs 33.3% in controls.(p=0.015).None secretors : 12.5% in diabetics vs 40% incontrols (p=6.37x10 - 6).In addition to that the role of secretion was seen in Lea - b - group as well. Secretor diabetics female, showed 62.5% . There was no available samples in controls.A Statistically siqnificant frequency differences was seen in non secretors diabtic, females compared to controls (37.5% in diabetics vs 100% in controls p=8.8 x 10 - 22).In Males the results of secretions reported a significant difference in non secretors83.3%. In diabetics vs 20% controls ( p= 4.94 x 10 - 3)The other part of the study experiments oriented to uncovering the presence of anti - salivary mucins antibody .Using Lewis types, salivary mucin as coating antigen، and indirect ELISA, we could demonstrate the occurrence of anti - mucin antibodies in patients sera that was from controls.In this respect the level of anti - mucin antibody measured as ELISA mean o.D±SD seen below and as following : In Lea diabetic females group was 0.085+0.02 vs 0.1495±0.0127 in control (p= 8.48 x10 - 8)،In Leb diabetic females group 0.089±0.011 vs 0.151±0.0127 in control group( p= 6.37 x10 - 12)،In lea+b+ diabetic females group 0.099+0.007 vs control groups 0.288+0.0138 in control p=( 9.09 x10 - 13) ،In Lea - b - diabetic females group 0.07+0.003 vs control group 0.1207+0.0076( p=9.09 x 10 - 13)In specificity experiment, using free olea and oleb free saliva as inhibitor for anti - mucin antibody, it was demaonstrated that in female patients group Lea : no inhibition by free Lea was seen (0.6 ± 0.01) vs 0.145±0.02 for treatments before and after inhibition respectively (p=0.49)، similarly there was no inhibitin by the free antigens، similarity there this no inhibition by the free antigens towards antibodies in group Leb.Significnt inhibition of anti - mucin antibody by free Lewis was seen in group : (0.2±0.060) vs (0.103±0.029) before and after inhibitim respectiuly(p=476 x 10 - 4) and similar results was seen in Lea - b - group.The bacteriological study on The isolation of P.aeroginosa from stool samples revealed an isolation frequency of 20% in diabetic vs 0% in control.In addition S.aureus isolation from stool gave a frequency of 20% in patients vs 0% in control.It is concluded that there is areltionship among Lewis blood groups – secretion of there molecules and anti - mucin، immune response directed to aspecific targt and initiating autoimmunity in this particular disease.

تاثير المستحلب الحيوي المنتج من بكتريا Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris المعزولة محليا في البكتريا المرضية المعزولة من ادوات القسطرة واصابات المجاري البولية == Effect of Biosurfactant Produced by Locally Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris in Pathogenic Bacteria Isolated from Catheters and Urinary Tract Infections

Author name: عدنان ياس خضير عباس
Supervisor name: جيهان عبد الستار سلمان
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:

دراسة بكتريولوجية وخلوية لنماذج القشع لمرضى التهاب الجهاز التنفسي السفلي لدى المصابين وغير المصابين بسرطان الرئة == Bacteriological and Cytological Study for Sputum from Lower Respiratory Tract Infection in Both Lung Cancer and Non Lung Cancer Patients

Author name: عاصفة علي حسين الجنابي
Supervisor name: حسين حسن عمر خانقاه | علاء غني حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة جمع (260 )نموذجا للقشع من المرضى البالغين المراجعين للعيادات الاستشارية والراقدين في كل من المستشفى الجامعي لكلية صدام الطبية ومعهد ومستشفى الطب والاشعاع النووي للفترة من ايلول 2001 ولغاية نيسان 2002 . وقد صنفت النماذج الى مجموعتين ، المجموعة (1) وتضم (210)مريضا مصابا بالتهابات القناة التنفسية السفلى من غير المصابين بسرطان الرئة ،تراوحت اعمارهم (14 - 85 ) سنة ، من بينهم (124)ذكورا ، و(68)اناثا. اما المجموعة (2) فتضم (50)مريضا مصابا بالتهابات القناة التنفسية السفلى من المشخصين بالاصابة بسرطان الرئة ،وقد تراوحت اعمارهم (40 - 80) سنة ،من بينهم (39)ذكورا ،(11) اناثا . 1 - اظهرت النتائج ارتفاع نسبة الاصابة لدى الذكور مقارنة بالاناث في كلتا المجموعتين (1) و(2) اذ بلغت (58.5%)،(76%)على التوالي ،في حين كانت الفئات العمرية المتقدمة اكثر عرضة للاصابة بهذه الالتهابات وفي كلتا المجموعتين .كما وجد ان نسبة المدخنين تفوق نسبة غير المدخنين في المجموعتين اذ بلغت (58.5%) في المجموعة (1)في حين بلغت (80 %)في المجموعة (2). 2 - عزلت البكتريا الهوائية واللاهوائية الاختيارية من نماذج القشع ، كما اجري الفحص المباشر لها باستخدام صبغة كرام والصبغة المقاومة للحامض A FB للتحري عن عصيات التدرن (T.B.).3 - تم تشخيص (129) نموذجا موجبا للزرع البكتريولوجي توزعت (95)نموذجا (2 .45% )في المجموعة (1)،و34 نموذجا (68 %) في المجموعة (2) ، في حين بلغ عدد النماذج التي لم تعزل فيها البكتريا المرضية (131)نموذجا ،توزعت (115 )نموذجا (54.7%) في المجموعة (1) ،16 نموذجا (32 %)في المجموعة (2) .بينما ظهر نمو مختلط في (13)نموذجا (13.6 %)في المجموعة (1) في حين بلغت 4 عينات (11.7 %) في المجموعة (2) .4 - اوضحت نتائج التشخيص البكتريولوجي للبكتريا المرضية المعزولة في المجموعة (1)،ان بكتريا S.pneumoniae كانت المسبب الاكثر شيوعا وبنسبة (51.4 %) تلتها بعض افراد العائلة المعوية (41.9 %)من بينها S. marcescens, E.cloacae ,K .pneumoniae وبنسبة عزل (7.4 %) ،(4.6 %) ، (2.8 %) على التوالي تلتها P. aeruginosa (13 %) تلتها S. aureus (11.2 %)، في حين تساوت نسبة عزل كل من M.catarrhalis , H.influenzae (4.6 %) لكل منهما .5 - اما البكتريا المرضية المعزولة في المجموعة (2) فكانت النسبة الاكبر لبكتريا S.pneumoniae 30 %تلتها بعض افراد العائلة المعوية 20 % من بينها S.marcescens ,E. cloacae ,K .pneumoniae وبنسب 12.5 % ،5 %،2.5 %على التوالي ، تلتها S.aureus 15 % تلتها نسب متساوية من P.aeruginosa, M.catarrhalis 12.5 % لكل منهما واخيرا H.influenzae 10%.6 - اما فيما يخص M.tuberculosis فقد اعتمد في تشخيصها على الفحص المجهري دون الزرع البكتريولوجي وكانت نسبة الفحص الموجب لمسحة القشع 11.6 % في المجموعة رقم (1) في حين لم تشخص اي نتيجة موجبة لتلك المسحة في المجموعة (2) .7 - اجري فحص الحساسية للعزلات البكتيرية المرضية تجاه 15 مضادا حيويا وهي (Ampicillin, Penicillin G, Cloxacillin, Co - Trimoxazole, Erthromycin , Tetracycline , Cephalexine, Ciprofloxacin, Cefotaxime, Lincomycin , Gentamicin, Pipracillin, Tobramycin, Ceftazidime, Amikacin) واظهرت النتائج وجود تباين واضح وبنسب مختلفة في مقاومة هذه العزلات للمضادات المستخدمة وللمجموعتين (1)،(2) .كما اظهرت العزلات البكتيرية في المجموعة (2) المصابين بسرطان الرئة مقاومة اعلى مقارنة بالعزلات البكتيرية في المجموعة (1) وقد اظهرت كل من S. pneumoniae ، S. aureus ، M. catarrhalis ، H. influenzae اعلى نسبة مقاومة تجاه الكلوكساسيلن والامبسيلين والبنسلين (ج) والتي بلغت 69.1% ، 64.8% ، 52.1% على التوالي في حين اقل نسبة مقاومة لهذه العزلات تجاه السبروفلوكساسين والسيفاتاكسين 4.2% و12.7% على التوالي ، اما P.aeruginosa ، K. pneumoniae ، E. cloacae ، S. marcescens فقد اظهرت اعلى نسبة مقاومة تجاه الامبسيلين والسيفالكسين ، والكوترايموكزازول 100% ، 90.7% ، 88.3% على التوالي بينما بلغت اقل نسبة مقاومة للمضادات الاميكاسين والسبروفلوكساسين والسيفاتاكسيم 14% ، 20.9% ، 37.2% على التوالي .8 - تم تحديد قيم التراكيز المثبطة الدنيا MIC لبعض العزلات البكتيرية تجاه ثمانية مضادات (الامبسلين ، السيفاتاكسيم ،السيفتازديم ،البنسلين ،الببراسلين ،السبروفلوكساسين ،الارثرومايسين ،الجنتاميسين) وقد تباينت قيم MIC لهذه المضادات تجاه العزلات البكتيرية، اذ ابدت كل من M.catarrhalis ,S.aureus, S. pneumoniae اعلى مدى للمقاومة تجاه مضادات الامبسلين ،البنسلين ،السيفاتاكسيم ،اما البكتريا العصوية السالبة لكرام P.aeruginosa ,S.marcescens, E.cloacae ,K.pneumoniae فكان اعلى مدى للمقاومة تجاه الببراسلين والجنتاميسين في حين كان اقل مدى للمقاومة للعزلات البكتيرية كافة لمضاد السبروفلوكساسين .9 - اختبرت العزلات البكتيرية المقاومة لمجموعة البيتالاكتام ومنها (الامبسلين ،الببراسلين ،السيفتازديم) وقد حددت قيم MIC لها بوجود مثبطات انزيمات البيتالاكتاميز ومنها مثبط حامض الكلافيولنك وبطريقة النسبة الثابتة 2 : 1 لخليط المثبط /المضاد على التوالي ،كما استخدام مثبط التازوباكتم مع الببراسلين المحضر تجاريا بنسبة 8 : 1 على التوالي . وقد اظهرت النتائج ان استخدام مثل هذه المثبطات اعطى فعالية عالية واسترجع المضاد لكفاءته للقسم الاكبر من العزلات المقاومة.وقد ابدى خليط التازوباكتم / الببراسلين افضل تاثير تازري اذ بلغت نسبة حساسية الخليط 76.9 %، كما وجد ان بان هذا الخليط ذو فعالية تفوق خليط حامض الكلافيولنك /الببراسلين .10 - بينت الدراسة الخلوية لكافة النماذج قيد الدراسة وجود الخلايا الالتهابية (الحادة غالبا ) كما لوحظ وجود التغيرات الخلوية السابقة لحدوث السرطان (خلايا التنسج الحرشفي والحثل النموي بمختلف درجاته )في كلتا المجموعتين فضلا عن وجود الخلايا السرطانية في مجموعة المصابين بسرطان الرئة . وقد بلغت نسبة خلايا التنسج الحرشفي في المجموعة (1)و(2) 37.1 %، 34 % على التوالي في حين نسبة وجود خلايا التنسج الحرشفي والحثل النموي للمجموعتين (1)و(2) قد بلغت 10.5 % ،26 % على التوالي . كما وجد ان نسبة التغيرات الخلوية اعلى في الفئات العمرية المتقدمة لاسيما لدى المدخنين اذ بلغت 74.3 %، 90.9 % للمجموعتين (1) ،(2) على التوالي .11 - كما اظهرت نتائج الفحص الخلوي لقشع المرضى المشخصين بالاصابة بسرطان الرئة سيادة لنوع السرطان الحرشفي من بين انواع السرطان الرئوي وبنسبة 50 % تلتها السرطان الغدي 14 % ثم السرطان ذو الخلايا الصغيرة 10 % وان نسبة 26 % كانت للنماذج التي لم يشخص فيها نوع السرطان الرئوي بالفحص الخلوي . | This study included collection of 260 sputum samples from adult patients referred to the outpatient clinic and admitted to both Saddam College of Medicine University Hospital and Institute of Nuclear Medicine from the period September 2001 till April 2002.The samples were classified into two groups : The first group included 210 patients , ranged (14 - 85) years old : 124 males and 86 females , with lower respiratory tract infections with no history of lung cancer and the second group include 50 patients having lower resporatory tract infections who are known cases of lung cancer, their age range from (40 - 80) years; 39 males and 11 females.1 - The results reveal higher incidence of lower respiratory tract infection in males than in females in both groups since it was 85.5%, 76% in the two groups respectively. There were a high incidence of lower respiratory tract infection with increasing age in the two groups of patients. Also it was found that incidence of smokers was higher than non - smoker in the 2 groups studied since it was 58.5% in the first groups and 80% in the 2nd group.2 - Isolated aerobic and faculative anaerobic bacteria and they were stained by Gram stain and acid - fast stain (AFB) examined . 3 - There was 129 positive sample for bacteriology culture divided into 95 sample 45.2% in the first group, 34 sample 68% in the 2nd group whereas 13 sample were negative for pathogenic bacterial growth, divided into 115 sample 54.7% in the 1st group 16 sample 32% in the 2nd group. Mixed bacterial growth was noticed in 31 sample 13.6% in the first group while 4 samples 11.7 in the 2nd group.4 - Results of bacterial diagnosis reveal species and percentage of bacteria isolated from first group that S.pneumoniae was the major and the commonest cause of LRT1 51.4% followed by some enteric group 41.9% including : K.pneumoniae, E.cloacae, S.marceseens with percentage of isolates : 7.4%, 4.6%, 2.8% respectively, followed by P.aeruginosa which constitute 13%; than S. aureus 11.2% while equal percentage of isolates from both H influenzae and M. catarrhalis 4.6% for each.5 - For the lung cancer patients groups the predominant bacterial growth was for S.pneumoniae 30% followed by some entric group 20% including K.pnumoniae, E. cloacae, S.marcescens with percentage of isolates 12.5%, 5%, 2.5% respectively. Bacteria S. aureus comes next 15% of isolate, followed by P. aeruginosa and M. caqtarrhalis 12.5% for each and H. influenzae comes at the end of the list 10%.6 - For the dinguses of M. tuberculosis we depended on microscopical examination without bacteriological culture , the positive percentage of sputum smear was 11.6% in group (1) while we can not diagnosis any positive result in group (2). 7 - Antibiotic sensitivity test was doing for all the pathogenic bacterial isolates to 15 antibiotic that were Ampicillin, Penicillin G, Cloxacillin, Co - Trimoxazole, Erthromycin , Tetracycline , Cephalexine, Ciprofloxacin, Cefotaxime, Lincomycin , Gentamicin, Pipracillin, Tobramycin, Ceftazidime, Amikacin the results reveal a clear variation in antibiotic sensitivity among different bacterial isolates for both groups. Also the bacterial isolates for the lung cancer group have shown higher antibiotic resistance than the isolates for the first group in general . S. pneumoniae , S. aureus , M. catarrhalis , H. influenzea show highest resistance percentage toward cloxacillin, ampicillin, pencillin G , 69.1%, 64.8%, 52.1% respectively while the lowest resistant percentage for this isolate for ciprofloxacin , cefetoxime 4.2% , 12.7% respectively . While P. aeruginosa, K. pneumoniae , E. cloacae , S. marcescens it show highest resistant percentage for ampicillin, cephalexine , co - trimoxazole 100%, 90.7% , 88.3% respectively . While the lowest resistance percentage for the antibiotic amikacin, ciprofloxacin , cefotaxime 14%, 20.9%, 37.2% respectively .8 - Results of MIC were determined for some bacterial isolates towards eight antibiotic (Ampicillin, cefotaxime, cefazidime, penicillin, pipracillin, ciprofloxacin, erythromycin, gentamicin). And reveal a marke of variation among MIC values for different regard, S. pneumoniae, S. aureus and M. catarrhalis have shown the highest range of resistance towards Ampicillin , penicillin, cefotaxime while the Gram negative bacillius (K. pneumoniae, E. cloacae, S. marcescens, P. aeoginisa) have shown a high range of resistance towards pipracillin , gentamicin. Most of bacteria isolates showed little resistance toward ciprofloxacin.9 - Bacterial isolates that revaled resistance to betalactm group (Ampicillin, pipracillin, ceftazidine) were tested for MIC values in the presence of beta lactamases inhibitors including clavulanic acid in a ratio of 2 : 1 for antibiotic inhibitor respectively. Also tazobactam inhibitor was mixed with pipercillin prepared commercially with 8 : 1 respectively. And the results revealed that the use of such inhibitors gives higher activity and made the antibiotic retain its effectiveness for a large portion of resistance bacterial isolates. The Tazobactam / piperacillin mixture have shown the best synergestic effect since its sensitivity reach 76.9%. Also found that this mixture was of activity that exceed calvulanic acid/ piperacillin mixture.10 - Cytological study of sputum samples explain in both groups have revealed the presence of inflammatory cells (predominantly acute). Also it reveals the presence of precancer cytological changes including squamous metaplasia and different graded of dysplasia cellular a typical in both group studied. Also it reveals presence of cancer cell in lung cancer group.Squamous metaplsia changes occur in the non lung cancer group 37% and 34% in the lung cancer group. Combined squamous metaplsia and dysplasia was seen in 10.5% in the 1st group and 26% in the 2nd group. Also the incidence of precancers cellular changes (including squamous metaplasia and dysplasia) were noticed with advanced age especially among smokers 74.3%. 90.9% for the 1st and 2nd group respectively.11 - Also sputum cytology examination for lung cancer patients revealed predominant of squamous cell carcinoma variety 50% followed by adenocarcinoma group, the small cell carcinoma group 10% and 26% of cases the exact cancer subtype was not determined by sputum cytological examination.

دراسة وراثية وجزيئية لعزلات محلية مرضية من بكتريا Klebsiella المقاومة للمعادن الثقيلة والمنتجة لانزيم B - Lactamase == A Genetic and Molecular Study of Local Pathological Isolates from Klebsiella Resistant to Heavy Metal and Productive of ? - Lactamase Enzymes

Author name: صلاح مهدي حسن السعدون
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | نزار ادور ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة جمع (536) عينة ادرار من مرضى يعانون من التهاب المجاري البولية من اربعة مستشفيات في بغداد للفترة الواقعة من 22/12/2004 - 27/5/2005.2 - من خلال نتائج الزرع البكتريولوجي الاولي استطاعت (286) عزلة (63.8%) من النمو باستخدام وسطي اكار الماكونكي واكار الدم وقد كان من بينها (85) عزلة مخاطية وبنسبة (29.7%)، فيما اظهرت نتائج التشخيص المورفولوجي والكيموحيوي للعزلات المخاطية ومن خلال نتائج استخدام نظام Api 20E عائدية (36) عزلة الى جنس الكلبسيلا، توزعت مابين (18) عزلة للنوع K.planticola K.pneumoniae و(7) و(6) عزلات للنوع عزلات للنوع K.terrigena و(4) عزلات للنوع K.oxytoca و(1) عزلة للنوع K.ornithinolytica. 3 - تم التحري عن عدد من عوامل الضراوة لانواع الكلبسيلا، اذ اظهرت نتائج الفحص المجهري باستعمال طريقة التصبيغ السالب ان العزلات جميعها (100%) محاطة بمحفظة، كما بينت جميع العزلات (100%) عدم قدرتها على انتاج الهيمولايسين، بينما اظهرت (61.1%) من العزلات قدرتها على انتاج السايدروفورات بنموها في الوسط الحاوي 2 - 2 ثنائي بايريديل (M9)، واظهرت جميع العزلات ايضا (100%) قابلية الالتصاق بالخلايا الطلائية المعزولة من ادرار اناث صحيحات، فيما كان (66.6%) من العزلات منتجة للبكتريوسين.4 - اختبرت قابلية العزلات على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز باستخدام الطريقة اليود القياسية السريعة، اذ اظهرت (23) عزلة (63.8%) قدرتها على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز بهذه الطريقة، بفترات تراوحت مابين اقل من دقيقة الى (5) دقائق.5 - اختبرت قابلية العزلات على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف باستخدام الطريقة الثلاثية الابعاد (غير المباشرة)، واظهرت النتائج بان 18 عزلة من مجموع 36 (33.3%) لها القدرة على انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف توزعت مابين 5 عزلات من مجموع 18 (27.7%) للنوع K.planticola و3 عزلات من مجموع 6 (50%) للنوع K.pneumoniae وعزلتان من مجموع 7 (28.5%) للنوع K.terrigena وعزلة واحدة من مجموع 4 (25%) للنوع K.oxytoca وعزلة واحدة فقط من مجموع 1 (100%) للنوع K.ornithinolytica.6 - اجري اختبار الحساسية للمضادات لجميع العزلات تجاه (24) مضادا للحياة، لقد اظهرت جميع العزلات نمط المقاومة المتعددة، اذ كانت (100%) من العزلات مقاومة للامبسلين والكاربنسلين والببراسلين والسيفالوكسين، بينما كانت العزلات جميعها حساسة للاميكاسين والسفيبيم والاميبينيم والنورفلوكساسين، فيما تفاوتت نسب المقاومة لباقي المضادات.7 - حددت التراكيز المثبطة الدنيا لعدد من البنسلينات والسيفالوسبورينات ومجموعة الامينوكلايكوسيدات والكينولونات وغيرها من المضادات، واظهرت النتائج ان هنالك اختلافا واضحا في قيم الـMIC بين الانواع البكتيرية المختلفة سيما المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف، فقد استطاعت اغلب العزلات مقاومة تراكيز عالية من الامبسلين، والكاربنسلين والببراسلين والسسيفالكسين غير انه لم تستطع سوى عزلات قليلة وبضمنها المنتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف من النمو في تراكيز عالية من الاميكاسين (AK)، والسيفيبيم (PEF)، والامبينيم (IMP)، والنورفلكساسين (NX)، والسيروفلكساسين (CF).8 - درست قابلية العزلات على تحمل تراكيز مختلفة من المعادن الثقيلة وذلك بانمائها على اوساط ضمت تراكيز مختلفة من تلك المعادن. وقد اظهرت النتائج انخفاضا في مستوى تحمل البكتريا للمعادن الثقيلة، وكان هنالك اختلافا واضحا من بين تلك العزلات لتحمل معدن النحاس، الكروم، الكوبلت، الزنك، الكادميوم، الزئبق، الرصاص، الفضة. 9 - تمت دراسة محتوى الدنا البلازميدي لمجموعة من العزلات والتي اظهرت مديات عالية من المقاومة لمضادات الحياة والمعادن الثقيلة، وبينت النتائج احتواء معظم العزلات على اكثر من حزمة بلازميدية واحدة، بينما خلت بعض العزل من اي حزم وبذلك تصبح مقاومة للمضادات والمعادن الثقيلة فضلا عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز صفة الكروموسومية.10 - اجري فحص الاقتران البكتيري مابين عزلات منتقاة من انواع بكتريا الكلبسيلا اتسمت بمقاومتها العالية الى اكثر من مضاد وتحملها للمعادن الثقيلة فضلا عن انتاجها لانزيمات البيتالاكتاميز وبين السلالة القياسية E.coli MM294، وقد استطاعت 9 عزلات من مجموع 14 عزلة تحقيق عملية الاقتران بنجاح (وبنسبة 64.2%) فيما اخفقت 5 عزلات، واستطاعت الخلايا الاقترانية الناتجة من التزاوج من النمو على اوساط الاختبار الحاوية على مضادي الامبسلين والريفامبسين معا. 11 - تم التحري عن المحتوى البلازميدي للخلايا الاقترانية ووجد ان اغلب البلازميدات كانت قد انتقلت من السلالة الواهبة متمثلة بالعزلات قيد الدراسة الى السلالة القياسية، اذ استطاعت 7 عزلات اقترانية من مجموع 9 وبنسبة (77.7%) من اعطاء فحص انزيم البيتالاكتاميز موجب ونسبة (77.7%) لفحص التحري عن ESBLs. فضلا عن ذلك فقد انتقلت مقاومة مشتركة لاكثر من مضاد حيوي ومعدن ثقيل للخلايا الاقترانية مما يدل على ان هذه الصفات محمولة بلازميديا. | 1 - This study included the collection of 536 urine samples from patients suffering urinary tract infection from four hospitals located in Baghdad to the period between 22/12/2004 - 27/5/2005. 2 - Using MacConkey blood agar in primary bacterialogical culture, 286 isolates (63.84) were grown, among them 85 isolate (29.71) were mucoid. Result of morphological & Biochemical diagnosis besid using Api 20E showed there were 36 isolates related to genus Klebsiella. These comrised as K.planticola (18 isolates), K.terrigena (7 isolets) and K.pneumonia (6 isolates) & K.oxytoca (4 isolates) and one isolates of K.ornithinolytica. 3 - Some virulence factors of Klebsiella species were detected. Microscopic examination using negative stain revealed that all the isolates (100%) were capsulated, besid they were unable to produce heamolysine. While (16.1%) of the isolate were siderophore producer when they showed their ability to grow in 2 - 2 dipyridyl media (9M media). All the isolates (100%) showed adherence ability to epithelial cell isolated from urine of healthy women, whereas 66.6% of the isolates were bacteriocin producer. 4 - The rapid standard iodometric method was used for the dection of B - lactamase production. Results showed that 23 isolate (63.84) were B - lactamase producer and the time of positive results ranged from less than (1 - 5)mins. 5 - The indirect three - dimentional method was performed to detect the Extended - spectrum B - lacatamase (ESBLs). Results revealed that only 18 isolates (33.3%) were ESBLs producer. These comprised 5 isolated from 18 (27.7) to K.planticola, 3 isolates from 6 (50%) to K.pneumonia, 2 isolates from 7 (28.5%) to K.terrigena, one isolates from 4 (28%) to K.oxytoca & one isolate (100%) to K.ornithinolytica. 6 - Antibiotic sensitivity test was performed using 24 different antibiotic. All isolates showed multidrug resistance. Results showed that all the isolate (100%) were able to resist Ampicillin, Carbencillin, Piperacillin, Cephalexin, while they were sensitive towards Amikacin, Cefepime, Imepinem and Norflaxacin. Resistance rate to other antibiotic were variant. 7 - The minimal inhibitory concentration (MIC) for Penicillins & Cephalosporins, Aminoglycoside group, Qinolones & other antibiotics were determined. Considerable differences observed between the MIC for ESBLs producer isolates and the non - producer - both groups were able to resist high concentration of Ampicillin, Carbenicillin, Piperacillin & Cephalexin while only the ESBLs producer outcome of non - producer isolates were able to grow in considerable concentration of Amikacin, Cefepime, Imepinem, Norflaxacin & Ceprofloxacin. 8 - The ability to tolerate different concentration of heavy metals were studied by growing them in media containing different concentration of these metals. There were great differences & decreas & in the level of bacterial tolerance to heavy metals including (Cu, Cr, Co, Zn, Cd, Hg, Pb, Ag) while many isolates could not tolerate low concentration of copper nor chrome. 9 - Plasmid profile of some isolated specially these showed high antibiotic & heavy metal resistance were determined. Result showed that most of the isolates examined harboured more than one plasmid band. While some isolates were plasmidless, A condition implying that B - lactamase production, antibiotic & heavy metal resistance are under chromosomal control. 10 - Bacterial conjugation was performed between selected isolates of Klebsiella specially those with high antibiotic resistance, heavy metal tolerance, besid B - lactamase production and the standard strain E.coli MM294. There were (9) successful conjugation from 14 (64.2%). The transconjugant cells were able to grow of selective media containing both of Ampicillin & Rifampicin. 11 - Studying plasmid profile of transconjugated cells showed that most the plasmid were transferred from the donore (represented by bacterial isolated) to recipient (the stander stranted). Out of 9, 7 transconjugant cells (77.7%) gave positive result to B - lactamase production & ESBLs. In addition multidrug resistance & heavy metal tolerance were transferred to the transconjugant cells, a condition implying that they are plasmid mediated.

دراسة وراثية للبكتريوسين المنتج من بكتريا Klebsiella spp. المعزولة من مصادر سريرية مختلفة

Author name: علاء سالم حمزة حبيب
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع (200) عينة سريرية توزعت الى (50) عينة ادرار و(50) عينة قشع و(50) عينة من التهابات الاذن الوسطى و(50) عينة من اصابات الجروح والحروق، ومن خلال نتائج الزرع البكتريولوجي على اوساط اكار الماكونكي واكار الدم ووسط Eosin Methylen Blue , والتشخيص المظهري والكيموحيوي، وتاكيد التشخيص باستخدام نظام API20E ، تم الحصول على( 40 ) عزلة تعود لبكتريا Klebsiella. توزعت الى 20 عزلة تعود للنوع K.pneumoniae و(11) عزلة للنوع K.oxytoca و(9) عزلات تعود للنوع K.planticola . تم الكشف عن مدى قابلية العزلات على انتاج البكتريوسين بثلاث طرائق تضمنت : طريقة الحفر (wells)، وطريقة اقراص الاكار cup assay))، وطريقة التخطيط المتقاطع ( (cross - streaking assay. وتم الحصول على سبع عزلات منتجة للبكتريوسين . تم استخلاص البكتريوسين بنوعيه المرتبط بالجدار وغير المرتبط بالجدار , واظهر البكتريوسين الخام المرتبط بالجدار فعالية عالية مقارنة بالبكتريوسين غير المرتبط بالجدار , وكانت فعالية البكتريوسين المرتبط بالجدار (5120) وحدة/مل، وكان تركيز البروتين (4000) مكغم/مل وقطر منطقة التثبيط (20) ملم , بينما كانت الفعالية للبكتريوسين غير المرتبط (320) وحدة/مل وتركيز البروتين (500 )مكغم/مل وقطر منطقة التثبيط (15) ملم . اظهر البكتريوسين الخام المرتبط بالجدار تاثيرا على مجموعة من البكتريا المرضية تضمنت Enterobacter sakazaki ، Shigella flexneri، E. coli، Acinetobacter baumannii ، Enterobacter aerugenes ، K.planticola Proteus mirabilis ، Serratia marcescens، Enterococcus fecalis ، Staphylococcus aureus . ولم يظهر البكتريوسين فعالية على Enterococcus faecalis ، Serratia marcescens ، Proteus mirabilis ، Pseudomonas aeruginosa تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحيوية للعزلات البكتيرية المنتجة للبكتريوسين، فقد تم استخدام (13) مضادا حيويا شملت كل من ( Cefotaxim وGentamycin وNorfloxacinو Nitrofurantoinو Amikacinو Ampicillin وTrimethoprimو Pipracillinو AztreonamوImipenem وCiprofloxacin وAugmentin وCephalexin ) وتم اختيار العزلات الاكثر مقاومة لهذه المضادات لاكمال الجانب الوراثي . تمت دراسة المحتوى البلازميدي للعزلات الاربعة (K2, K4, K20,K38) التي كانت اكثر مقاومة لمضادات الحيوية , وبينت النتائج احتواء العزلة(K4 )على حزمتين بلازميديتين، اما العزلات الاخرى فقد احتوت على حزمة بلازمية واحدة , ثم اجريت عملية تحييد الدنا البلازميدي باستخدام مادتي SDS ومادة Acridin orange , لم تنجح مادة SDS في تحييد الحزم البلازميدية , بينما نجحت مادة Acridin orange في تحييد الحزم البلازميدية عند تركيز (512) مايكروغرام/مل .تم التحري عن قابلية العزلات المحيدة على انتاج البكتريوسين والمقاومة لبعض مضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة واظهرت النتائج فقدان العزلات (K2, K4, K38) لصفة انتاج البكتريوسين، واحتفاظ العزلة ((K20 بصفة انتاج البكتريوسين. بالنسبة لمضادات الحيوية , احتفظت العزلات بمقاومتها لمضادات Ciprofloxacin وNorfloxacin وTrimethoprim , اما بقية المضادات والتي شملت كل من Pipracillin وAztreonamو Ampicillin وCefotaximو Gentamycinو Nitrofurantionو Amikacinو Cephlexin وAugmentin، فقد اصبحت العزلات حساسه لها.اجري فحص الاقتران البكتيري بين العزلات (K2, K4, K20,K38) والعزلة القياسية E.coliMM294, وقد نجحت العزلتان ( K2, K4) في تحقيق عملية الاقتران بينما فشلت العزلتان (K20,K38) في تحقيق عملية الاقتران , وقد اكتسبت العزلة القياسية صفة انتاج البكتريوسين والمقاومة لمضادات الحيوية قيد الدراسة . | The study included (200) clinical sample, (50) urine,(50) sputum , (50) sample of otitis media and (50) sample with injuries and burns. Morphological and biochemical tests were employed to diagnose bacterial species and the results showed they were (40) isolates.They were (20) K.pneumoniae ,(11) isolates of K.oxytoca and(9) isolates of K.planticola. The ability of isolates to produce bacterocin were detected by three methods included the methods of wells, cup assay method, and cross - streaking assay. Results revealed that(7) isolates were able to produce bacteriocin.The wall - degraded bacteriocin was (5120) unit\ml, and protein concentration was (4000) μg/ml and the diameter of inhibition area was 20mm, while non wall - degraded was (320)unit\ml and the protein concentration (500) µ\ml and the inhibition area (15) mm. The effect of crude bacteriocin on some clinical isolates including Enterobacter sakazakii,S.auereus, K.oxytoca , Shigella flexneri, E. coli, Acinetobacter baumannii, K. planticola and Enterobacter aerogenes was studied. The results showed thier was effect on the above isolates, while the isolates of Proteus mirabilis, Serratia marcescens, Enterococcus fecales and Ps.aeruginosa were resistant to bacteriocin. Sensitivity of isolates that produced the bacteriocin was tested against (13) antimicrobial agents included (Cefotaxime, Gentamycin, Norfloxacin, Nitrofurantoin, Amikacin, Ampicillin, Trimethoprim, Pipracillin, Aztreonam, Ciprofloxacin, Imipenem ,Augmentin and Cephalexin). Results revealed that four isolates were resistant to the antibiotics. The plasmid content of the four isolates (K38, K20, K4, K2) which were the most resistant to the abovementioned antibiotics was studied ,The results showed That these isolates contain plasmids of different molecular weight. Curing was conducted by the use of SDS and Acridin orange. The isolates lost the plasmids at concentration 512µg/ml of Acridin orange. The production of bacteriocin and the resistance of the four selected isolates to the antibiotics were studied. The results showed that three of the examined isolates were unable to produce bacteriocin, they were (K38, K4, K2).The fourth isolate(K20) was able to produce bacteriocin.The four isolates appeared to resist the antibiotics Trimethoprim, Ciprofloxacin and Norfloxacin, while they were sensitive to the other antibiotics. The bacterial conjugation between (K38, K20, K4, K2) isolates and the standard strain E.coli MM294 was studied. The results showed That (2) isolates (K4, K2) were successful in transferring plasmids , while the other two (K20, K38) failed. The transconjugants were able to produce bacteriocin and resist Antibiotics.

دور عصيات حامض اللبنيك كنبيت طبيعي للتاثير على البكتيريا المرافقة المعزولة من الجهاز التناسلي الانثوي == The role of Lactobacilli as a normal microflora in preventing vaginal infection

Author name: صبا عبد الهادي مهدي شبع
Supervisor name: اكرام امين خاكي | خليل مصطفى خماس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت خمسين عزلة لعصيات حامض اللبنيك من اعالي المهبل من نساء متزوجات مصابات بطريقة المسحة High Vaginal Swab(HVS) تراوحت اعمارهن بين 16 - 45 سنة واخضعت جميع العزلات للفحوصات المجهرية والزرعية الى جانب الفحوصات الكيموحياتية.اختبرت قدرة عزلات عصيات حامض اللبنيك على اعطاء افضل فعالية تضادية على وسط MRS الصلب بطريقة الاقراص Cup Assay Methodضد بعض المجاميع المرضية ومن ثم حضرت رواشح للعزلات الفعالة ودرست قابليتها على التثبيط في وسط MRSالسائل استنادا الى طريقة الانتشار في الحفر .Well Diffusion Assay Method اختبر تاثير pH في الفعالية التثبيطية لهذه الرواشح باستخدام قيم مختلفة للاس الهيدروجيني واجري فحص اختبار الحساسية لعصيات حامض اللبنيك. لوحظ مقاومة عصيات حامض اللبنيك لمعظم المضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة وان فاعلية الرواشح البكتيرية ضد الممرضات المهبلية كانت افضل مقارنة بفاعلية العزلات.عند اجراء التحليل الاحصائي لمقارنة نتائج تقدير الفعالية التضادية لوحظ وجود فروق معنوية بين انواع عصيات حامض اللبنيك في تثبيطها لخميرةCandida على الوسط الصلب وقد امتلك النوع L.jensenii اعلى فاعلية تثبيطية لها كما تباينت رواشح عصيات حامض اللبنيك في تثبيطها لعزلات الاختبار اذ اظهرت هذه الرواشح اعلى تاثيرا ضد خميرة Candida وامتازت بكتريا E.coli بامتلاكها ادنى مستوى تاثر بهذه الرواشح. اعطت رواشح عزلات عصيات حامض اللبنيك افضل فعالية تثبيطية في pH (4) مقارنة بفعاليتها التثبيطية في pH (5,6) على التوالي في حين لم تظهر اي فعالية تثبيطية للرواشح ضد عزلات الاختبار في pH (7) وقد ظهر ذلك واضحا عند اجراء التحليل الاحصائي وقد وجد ان الاس الهيدروجيني المنخفض (4)يملك تاثيرا تثبيطيا ضد البكترية والخمائر المهبلية الممرضة اكثر من الاس الهيدروجيني الاعلى. | Fifty isolates of lactobacillus ssp. were taken from infected married women vagina by high vaginal swab. The age of the women ranged between (16 - 45) years. The isolated lactobacilli were identified by microscopical, cultural and biochemical tests. The effect of these isolates against pathogenic microorganism were tested on MRS agar medium by using cup assay method where as supernatant from active isolates were tested using the well diffusion assay. The effect of pH of the medium on the inhibitory effect of lactobacilli were also tested by using different values of pH. It has been observed that lactobacillus were resistant to most commonly used antipiotics which where used in this staday and the antimicrobial activity of lactobacillus supernatant were best compore with the antimicrobial activity of lactobacillus isolates against vaginal pathogens When the statistical analysis were done to compare the results of antimicrobial activity significant differences were observed between the lactobacilli species in their antimicrobial activity on Candida on solid MRS agar medium and L.casei have the highest antimicrobial activity, also supernatants of lactobacilli species were different in their antimicrobial activity thus these supernatants had highest effect on Candida while E. coli had lower value of effect by these supernatants, also these supernatants showed best antimicrobial activity at pH (4) compard with their antimicrobial activity at pH (5,6) and did not show any antimicrobial activity at pH (7) and that was clear when the statistical analysis were done. It has been found that low pH is more effective on the inhibitory activity of lactobacilli against vaginal pathogenic bacteria and Candida than at higher pH values

دراسة بكتريولوجية وبيئية لمياه نهر دجلة وثلاث محطات تصفية في محافظة بغداد == Bacteriological and Ecological Studies on Tigris River and three Purification Stations in Baghdad province

Author name: صبا حسين محمد النعيمي
Supervisor name: كاظم هاشم ياسين الاعرجي | خالد خورشيد كاظم البياتي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمن هذا البحث دراسة بعض العوامل الخاصة بمياه الشرب المؤثرة في صحة الانسان في مدينة بغداد . العامل الاول : هو العامل البايولوجي والفيزيائي والكيميائي الذي يؤثر في جودة مياه نهر دجلة . والعامل الثاني يتضمن دراسة كفاءة تعقيم المياه في ثلاثة محطات تصفية منشاة على طول نهر دجلة . اما العامل الثالث فقد تضمن تقييم مياه الشرب في منطقة الشعلة التي تزود بالمياه من احدى محطات التصفية ( محطة الكرامة ). فضلا عما سبق ,فقد تضمنت الدراسة مقارنة بين تلوث الماء من الناحية البكتريولوجية وحالات الاسهال في الاطفال تحت عمر السنتين, الذين قد راجعوا العيادة الخارجية لمستشفى الشهيد باقر الحكيم في منطقة الشعلة . تضمنت الدراسة ايضا تعيين جودة المياه في ثلاث محطات رئيسة للتصفية , وهي محطة شرق دجلة الواقعة شمال دجلة ومحطة الكرامة الواقعة في وسط دجلة فضلا عن محطة القادسية الواقعة جنوب نهر دجلة في مدينة بغداد , اخذت عينات الماء بواقع مكررين شهريا قبل وبعد عملية التصفية من المحطات المذكورة انفا ابتداءا من كانون الاول - 2009 ولغاية ايلول - 2010 . اما التحاليل البكتريولوجية للماء فقد تضمنت تقدير العدد الحي الكلي للبكتريا والعدد الحي الكلي للبكتريا المعوية والعدد الكلي لبكتريا E.coliوبكتريا Pseudomonas aeruginosa. فضلا عن وجود بعض البكتريا المعوية المرضية مثل Vibrio cholera وspp. Salmonella. حيث جمعت 60عينة من مياه النهر و60 من داخل مشاريع التصفية . وقد استخدمت لتشخيص هذه الانواع من البكتريا الطرائق الاعتيادية المعروفة للتشخيص فضلاعن عدة .API20E بينما تضمنت التحاليل الفيزيائية والكيميائية للماء قبل وبعد عمليات التصفية تعيين المعايير الاتية, الحرارة وتركيز ايون الهيدروجين والكدرة والتوصيلية الكهربائية والمواد الصلبة الذائبة الكلية والملوحة والاوكسجين الذائب والمتطلب الحيوي للاوكسجين , فضلا عن درجات حرارة الهواء في محطات التصفية الثلاثة. وقد اخذت العينات بواقع مكررين وجمعت 60عينة مياه لقياس الاوكسجين المذاب والمتطلب الحيوي للاوكسجين و60عينة اخرى لبقية الفحوصات الفيزيائية والكيميائية . كمااخذت اربعين عينة من ماء الحنفية من المنازل في منطقة الشعلة خلال اشهر الصيف وهي حزيران وتموز واب وايلول من عام 2010. وفي الوقت نفسه, وفي الفترات نفسها السابقة , اخذت عينات مماثلة (اربعون عينة ) من براز الاطفال تحت عمرالسنتين المصابين بالاسهال واربعون عينة مماثلة من براز اطفال اصحاء بالعمرنفسه للمقارنة ولتعيين انواع واعداد البكتريا الحية الكلية المرضية في هذه العينات . ولقد اشارت نتائج هذه الدراسات الى ان درجة حرارة الهواء اثرت بدرجات حرارة البيئة المحيطة وتراوحت بين (15 - 41 م), وكانت درجة حرارة مياه دجلة ما بين ( 13 - 32 م ) , بينما كانت درجة حرارة المياه بعد عمليات التصفية في المحطات الثلاثة بين ( 15 - 33 م) . كان تركيز ايون الهيدروجين للماء ( 7. 48 - 8.08 ) وبعد التصفية كان ( 7.31 - 7.89) اما كدرة مياه دجلة فقد تراوحت بين ( NTU156 - 26 ) ولمياه المحطات الثلاثة بين ( NTU 4 - 1 )كما بينت نتائج الدراسات الحالية الى ان التوصيلية الكهربائية لمياه دجلة كانت اقل منها في مياه المشاريع الثلاثة ( 606 - 776 مايكروسيمنز/سم ) و( 608 - 793 مايكروسيمنز/ سم ) على التوالي . والمواد الصلبة الذائبة الكلية لمياه المحطات ( 425 - 555 ملغرام / لتر ) ولمياه النهر كانت ( 429 - 554 ملغرام / لتر ) . بينما لم تتجاوز الملوحة في كل من مياه النهر والمحطات عن 0.49 ملغرام / لتر. كما كان تركيز الاوكسجين الذائب في مياه نهر دجلة بحدود 7.4ملغرام / لتر بينما اعلى تركيز للاوكسجين الذائب كان 10 ملغرام / لتر. اما المتطلب الحيوي للاوكسجين لمياه النهر فقد كان بحدود ( 1.2 - 4.4 مغرام / لتر ) وهذه النسبة هي ضمن الحدود المسموح بها دوليا .و من جهة اخرى اشارت الدراسات البكتريولوجية الى وجود نسبة عالية من اعداد البكتريا الحية الكلية في مياه المحطات الثلاثة وكانت بحدود ( 1 - C.F.U 64 ), وهذه الاعداد تشير الى عدم كفاءة عمليات التصفية والتعقيم الجارية في المحطات الثلاثة . وخاصة محطة الكرامة , بينما اعداد البكتريا الحية الكلية لمياه نهر دجلة كانت بحدود ( 468 - C.F.U 9100) . اما اعداد بكتريا القولون الكلية وبكتريا E.coli فقد تراوح بين ( 1.1 - 7.1 خلية / 100مل ) في المحطات الثلاثة وهذه الاعداد هي اكثر من الحدود المسموح بها دوليا . وقد تجاوزت اعداد بكتريا القولون الكلية في نهر دجلة عن ( 1795 - 63000 خلية / 100مل) ,بينما اعداد بكتريا E.coli فقد كانت بحدود ( 335 - 39000 خلية / 100مل ) .ا ما بالنسبة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa فقد كان عددها ( 2.2 - 23 خلية / 100مل ) في المحطات الثلاثة واعلى تركيز في اعدادها كان قد سجل في اشهر الصيف , بينما كانت اعدادها في نهر دجلة بحدود( 580 - 160000 خلية / 100مل ) .ا ما نتائج اعداد البكتريا القولونية الكلية وبكتريا E.coliالمعزولة من مياه الحنفيات في منازل الشعلة فقد سجلت اعلى القيم للبكتريا القولونية الكلية وبكتريا E.coli 16)و9.2خلية/100مل)على التوالي, اما اقل القيم فكانت 1.1)و0.0خلية/100مل)على التوالي. كما اشارت الدراسة الى احتواء عينات البراز الماخوذة من الاطفال المصابين بالاسهال ,ا نواع البكتريا الاتية : - Citrobacter freundii 15% , Klebsiella pneumonia 21% , E.coli 45 % , Pseudomonas aeruginosa 11%,Serratia plymuthica 4% , Serratia ficaria 2% , Pseudomonas fluoresens 2%. وهذه الانواع هي في الواقع متوافقة مع الانواع نفسها من البكتريا المعزولة من ماء الحنفيات من المنازل في الشعلة وهي : - Klebsiella pneumonia 30% , E.coli 27% , Pseudomonas aeruginosa 23% Citrobacter freundii 14%, Serratia playmuthia 3% , Pseudomonas fluoresens 3% . لقد عزلت انواع من البكتريا غير السائدة مثل Sphingomonas paucimobilis, Pantoea spp. من مياه النهر ومياه المشاريع اذ تعود Pantoea spp.الى العائلة المعوية Enterobacteriaceae وتسبب بعض انواعها اعراضا مرضية خطيرة للانسان, وكثيراما تكون ملوثة للادوات الطبية اضافة الى ان بعض الاجناس ممكن ان تصيب مدى واسعا من المحاصيل الزراعية المهمة اقتصاديا ,وانواع من اشجار الغابات حول العالم كما توجد بشكل مجتمعات بكتيرية تلوث خزانات وقود الطائرات النفاثة اماالنوع Sphingomonas paucimobilisفيعود لعائلة Sphingomonasaceae الذي يوجد في البيئات المختلفة بضمنها المائية (مياه البحر والمياه العذبة) وبعض انواعها وخصوصاS.paucimobilis فقد توجد في الاجهزة الطبية في المستشفيات وانواع مختلفة من النماذج السريرية وبالرغم من ان الاصابة بها خطيرة ونادرة فقد تعالج باستخدام المضادات الحيوية . واخيرا اشارت نتائج هذه الدراسة الى ان استهلاك مياه الحنفيات من قبل عموم الناس قد يكون السبب الرئيس لحالات الاسهال التي تصيب الاطفال وغيرهم لاحتوائها على اعداد كبيرة من المسببات المرضية المختلفة. | The present work aimed to study different parameters of the drinking water that affect the health of people of Baghdad city .To perform this target three factors were studied. Firstly ,The Biological ,Physical and Chemical factors that influence water quality of the Tigris river .secondly, evaluation of the efficiency of water purification of three purification stations constructed along the river of Tigris ,and thirdly ,evaluation of drinking water of AL - Shulla region in Baghdad city that is provided with water from one of these purification stations (AL - Karama station). In addition to above ,the study also included the comparison between water pollution with respect to bacteriological point of view and diarrhea cases suffering children under two years of age ,attended the hospital of Baqir AL - Hakkem out - clinic in AL - Shula. The study included determination of the water quality from three main purification station, these stations were located to the Northern (Sharq - Diglla) ,middle (AL - Karama)and southern (AL - Qadisia)parts of Tigris river in Baghdad city.Duplicate water samples were taken on monthly basis before and after purification from December, 2009 to September 2010.Microbial analyses of the water included estimation of the number of total viable microbial counts ,total viable coliforms ,total viable E.coli and Pseudomonas aeruginosa .In addition to the presence of some pathogenic enteric microorganisms e.g. Salmonella spp. , Vibrio cholerae etc. using conventional bacteriological methods and API20E Technique for the identification of these bacteria, while Physical and chemical analyses of water before and after purification included determination of the following parameters ,temperature, pH, turbidity ,electrical conductivity ,total dissolved solids ,salinity ,dissolved oxygen and Biological oxygen demand along with the air temperatures at the three purification stations. . . On the other hand ,forty tape water samples were collected from the houses in AL - Shulla region during summer months June , July ,August and September ,2010.At the same time ,and during the same periods ,forty faecal samples from children under age of two years suffering from diarrhea and forty feacal samples from healthy children of the same age also were collected to determine the total pathogenic microorganisms in these samples .The results of these studies were indicated that the water temperature was influenced by the surrounding temperatures (15 - 41 °C)and the Tigris river temperature was between (13 - 32°C ),whereas the temperature of the water after purification in the three stations were around (15 - 33°C). . The pH of the water was (7.85 - 7.97) and after purification was around (7.31 - 7.87).The Turbidity of the river water was(156 - 26)NTU and of the stations were between (1 - 4NTU) The results of the present study also revealed that the electrical conductivity of the Tigris river water was less than that of the three stations, that is (606 - 776Ms/cm) and (608 - 793Ms /cm) respectively. and the total dissolved solids (T.D.S)were between (425 - 555mg/l)for stations water and were between (429 - 554mg/l) for river water. whereas the salinity of both river and stations water did not exceed 0.49mg/l. The dissolved oxygen concentration was 7.4mg/l in Tigris river, which indicate a good aeration condition while the highest concentration for river water recorded to be 10mg/l. The biological oxygen demand for river was between (1.2 - 4.4mg/l) which is within the International allowable levels. On the other hand ,The bacteriological studies indicated a high level of total viable bacterial counts in water of the three stations and were between (1 - 64C.F.U/ml), and these numbers indicate a non - efficient purification procedures in all station studied and was exceeding the International allowable levels especially in the AL - Krama station . while total viable bacterial counts of the Tigris river was between (468 - 9100C.F.U/ml).Total coliform counts and pathogenic E.coli counts were both between(1.1 - 7.1cell/100ml )in all the three stations studied ,again,these numbers exceeded the International allowable levels. In Tigris river water ,on the other hand ,the total coliform counts was exceeded the (1795 - 63000cell/100ml )while the pathogenic E.coli count was between (335 - 39000cell/100ml) .Pseudomonas aeruginosa counts was about (2.2 - 23cell/100ml) in the three station and the highest level recorded was in summer seasons ,whereas its counts was in between (580 - 160000cell/100ml) in Tigris river. The highest number for total coliform and pathogenic E.coli were recorded to be (16 and 9.2cell/100ml) respectively. whereas the lower range were (1.1 and 0.0 cell/100ml) respectively. . The results of the present study also revealed that the faecal samples of the diarrhea cases of children contain the following bacteria ,E.coli 45%,Klebsiella pneumonia 21%.while the numbers of other bacteria ,Citrobacter freundii, Pseudomonas aeruginosa , Serratia ficaria ,Serratia plymuthica and Pseudomonas fluorescens were 15%,11%,2%,4% and 2% respectively. . These proportions are in accordance with the same bacterial species isolated from AL - Shulla houses while were 27%for E.coli ,30%for Klebsiella pneumonia and 14%for Citrobacter freundii 23%for Pseudomonas aeruginosa ,3%for pseudomonas fluoresens and 3% for Serratia plymuthica . Finally ,these results clearly indicate that the tape water consumption by the general public might be the main causative factors for diarrhea cases affecting the people due to its high content on other hand ,will reflect the poor purification procedures employed in these different purification stations at least in Baghdad city

دراسة جزيئية لعوامل الالتصاق في بكتريا Escherichia coli الممرضة للمسالك البولية وعلاقتها بمقاومة Fluoroquinolones == Molecular Study of Adherence Factors in Uropathogenic Escherichia coli Related to Fluoroquinolones Resistance

Author name: شيماء خضر عباس العلاق
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 150عينة ادرار من مرضى خمج المسالك البولية ومن مختلف الاعمار للفترة من تموزالى تشرين الثاني 2011 .اعتمد التشخيص البكتيري على المواصفات الزرعية والمجهرية والفحوصات الكيموحيوية , والتشخيص النهائي والدقيق للعزلات في وقت مبكر للكشف عن الانواع بواسطة استخدام فحص Api20E .تم التشخيص الجزيئي لجينات عوامل الالتصاق وجين مقاومة الفلوروكوينولونات باستخلاص الدنا البكتيري بطريقة الغليان ومن ثم اخضع الى اختبار البلمرة التضاعفي التسلسلي (PCR) . تم اجراء اختبار الحساسية للمضادات الحيوية , فضلا عن تقدير التركيز المثبط الادنى (MIC) لاربع مضادات من الفلوروكوينولونات . اظهرت النتائج ان توزيع اصابات اخماج المسالك البولية في الاناث (99(66%) بينما بلغت في الذكور 51(34%)) وسجلت اعلى نسبة من الاصابة في النساء البالغات المتزوجات 67(44.7%) .اظهرت النتائج ان بكتريا E.coli كانت الاكثر شيوعا في مرضى خمج المسالك البولية 65 عزلة (43.3%). بينت جميع العزلات قدرتها على الالتصاق على الخلايا الطلائية للقناة البولية للانسان (100%) , اذ اظهرت نسب مختلفة من الالتصاق تراوحت بين 8 الى 63 خلية بكتيرية / خلية طلائية .اظهرت عزلات E.coli احتوائها على ثلاثة انواع من عوامل الالتصاق (CAF) وبنسب مختلفة . النوع الاول (CAFl) ووجد في 58 عزلة (89%) , النوع الثاني (CAFΠ) ووجد في 35 عزلة (54%) والثالث (CAFШ) وجد في 36 عزلة (55%) . عند اختبار حساسية العزلات تجاه 12 مضاد جرثومي , اظهرت عزلات E.coli مقاومة تامة (100%) لمضاد Augmentin(Amoxicillin/Clavulanic acid) (99%) بينما كانت اقل مقاومة للمضادات Pefloxacin , Norfloxacin, Nitrofurantoin وبنسبة(34, 35, 22)% على التوالي .اظهرت النتائج ان اعلى نسبة من المقاومة المضاعفة المشتركة (42%) كانت في العزلات التي قاومت خمسة الى ثمانية مضادات . فيما حددت التراكيز المثبطة الدنيا لاربعة مضادات من الفلوروكوينولونات ,فاظهرت النتائج ان هناك اختلافا واضحا في قيمتها . تم اختيار 28 عزلة E.coli من عزلاتنا المحلية بالاعتماد على درجة مقاومتها العالية للمضادات ,اظهر كشف البلمرة التضاعفي التسلسلي (PCR) المفرد (Uniplex PCR) والمشترك (Multiplex PCR) عن وجود جينات الالتصاق الضارية والمتضمنة P (papC), type 1 fambria fimH ,adhesion S (sfaD/E) and afimbrial adhesin (afaB/CШ) حيث تم الكشف عن(22 isolates (79%),20(71%), 6(21%),4(14%)) على التوالي . تم الكشف عن جين مقاومة الكوينولونات gyrA في كل العزلات 28 (100%). في هذه الدراسة تم اعتماد gyrAبديلا عن استخدام 16s rRNA في تشخيص السلالات البكتيرية.اذ اعطت جميع العزلات حزم عند الحجم الجزيئي (518 bp) دلالة على وجود الجين باستخدام تقنية (PCR) .واخيرا .اظهرت النتائج ان عزلات E.coli الممرضة للقناة البولية (UPEC) والمقاومة للكوينولونات تبدي انخفاضا في عوامل ضراوتها عن العزلات الحساسة للكوينولونات ,اظهرت نتائجنا اعلى نسبة لعوامل الضراوة في العزلات التي قاومت ثمانية مضادات اعطت نسبة 18% منها تمتلك عامل الالتصاق الاول (CAFl) , 14%تمتلك (CAFΠ) و12% من هذه العزلات تمتلك (CAFШ) وذلك يشير الى ارتباط مباشر لمقاومة الكوينولونات مع انخفاض وجود جينات الضراوة (تراجع جيني).و اظهرت النتائج ايضا انه جينات الضراوة اقل انتشارا (PapC (86.3%), fimH (68.1%), afaBCIII (13.6%), sfaDE (9%)) في العزلات التي قاومت كل مضادات الفلوروكوينولونات .هذه العلاقة ربما تتاثر بواسطة التراجع الجيني . | One hundred fifty urine samples were collected from urinary tract infection patients from different ages during the period of July 2011 to November 2011. The bacterial diagnosis on cultural and microscopical characteristics of bacterial cell and biochemical tests. The final and accurate diagnoses of the isolates as the early mentioned species were done using the API 20E system. Molecular identification for adhesion factors and fluoroquinolone resistant gene was done by DNA extraction by boiling method, then subjected to conventional PCR .The antibiotic sensitivity test was done, also the minimum inhibitory concentration (MIC) for four Fluoroquinolone antimicrobial agents was studied. The results showed that the distribution of UTI in female were 99(66%), while in male were 51 (34%). However, the high percentages of UTI were observed within the adult married women 67(44.7%). The results showed that E.coli was the most common microorganisms in UTI patients, 65 isolates (43.3%). All the isolates showeded ability of adherence to uroepithelial cells of human's urinary tract (100%) of the isolates presented adherence that mean number of bacteria adhered to uroepithelial cells ranged from 8 to 63. E.coli isolates exhibited the presence of three types of colony adhesion factors (CAF) at different rate. Type one (CAFl) observed in 58 isolates (89%), while type two (CAFΠ) in 35 isolates (54%), and (CAFШ) in 36 isolates (55%). Sensitivity of E.coli local isolates toward 12 antimicrobial agents showed complete resistance (100%) to Augmentin (Amoxicillin/Clavulanic acid), while they were less resistance to Pefloxacin, Norfloxacin, Nitrofurantoin at (34, 35, 22)% respectively. The results showed that the highest rate of multidrug resistance (42%) was observed in isolates were able to resist 5 to 8 antimicrobial agents. The minimum inhibitory concentrations for four Fluoroquinolone antimicrobial agents showed an obvious different between their values.The local isolates of E. coli selection 28 isolates depending upon high degree of multi antibiotic resistance. The PCR assay (Uniplex PCR and Multiplex PCR) showed prevalence of virulent adhesion genes P (papC), type 1 fambria fim H, adhesion S (sfaD/E) and afimbrial adhesin (afaB/CШ), were detected (22 isolates (79%), 20(71%), 6(21%), 4(14%)) respectively. The quinolone resistance gene gyrA detected in all isolates 28 (100%). In the present study depended upon gyrA gene (housekeeping gene) as alternative to 16s rRNA for the identification bacterial strains. All the isolates give bands at the molecular size (518 bp) an indication of a gene by using PCR technique. Finally ,the results have shown that Fluoroquinolone resistant uropathogenic E.coli (UPEC) isolates express fewer virulence factors than Fluoroquinolone susceptible isolates .The persent results showed the highest rates of virulence factors in isolates that resisted eight antibiotics which was obtained to 18% of these isolates have(CAF l ), 14% have(CAFΠ ) and 12% of the isolates have (CAFШ). This finding suggests that fluoroquinolone could be directly associated with decreased prevalence of virulent genes (genetic back) .Also the results showed that all 4 virulent genes under the study were lower prevalent (PapC (86.3%), fimH (68.1%), afaBCIII (13.6%), sfaDE (9%)) in the isolates resistance for all fluoroquinolone and quinolone antimicrobial agents. that the relationship may be influenced by the genetic background.

الكشف عن انواع الجنس Fusarium المنتج للفيومنسين ب1 على حبوب الذرة الصفراء باستخدام الطرائق الجزيئية ودراسة تاثيراته المرضية النسيجية على الفئران البيض == Detection of Fusarium Species Producing Fumonisin B1 on Maize Using Molecular Methods and Study Its Histopathological Effects on Albino Mice

Author name: سيناء وليد محمد سعيد
Supervisor name: خالد عبد الرزاق حبيب | سالم رشيد العبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى تشخيص انواع الجنس Fusarium المرافقة للذرة وقابليتها على انتاج السم FB1 باستخدام الطرق التقليدية والجزيئية. كما تم دراسة الظروف المثلى لانتاجه فضلا عن تاثيره على انسجة الكبد والكلية والطحال وقياس انزيمات الكبد والطحال في ذكور الفئران المجرعه فمويا بالسم.تم جمع ثمانية وثمانين عينة ذرة للفترة ما بين تشرين الثاني 2013 واذار 2014 من الاسواق المحلية ومخازن الحبوب في بغداد (35 عينة ذرة من مخازن الحبوب و53 عينة من الاسواق المحلية) كما وتم الكشف عن الفطرين المنتجين للفيومينيسين وهما Fusarium verticillioides وF. proliferatum باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة (PCR) وتقنية فصل الصفائح الرقيقة (TLC) وتقنية الاليزا.(ELISA) وكانت النتائج كما ياتي : 1. الاجناس الفطرية المعزولة من الذرة هي : الفطر Aspergillus وكان الاكثر سيادة (58.6%) تليه الفطرياتFusarium (17.5%) ثم Rhizopus (6.7%), Alternaria (6.1%), Mucor وPenicillum (3.9%), Bipolaris (1.9%) وTrichthecium (1.2%).2. النوع الاكثر سيادة ضمن جنس Fusarium كان F. verticillioides (70.64%) 3. اظهرت النتائج باستخدام تفاعل تضاعف البلمرة المتسلسلة (species specific PCR) ان من بين سبعة وسبعين عزلة, فقط ثلاثة عشر عزلة تعود للجنس F. verticillioides ومن بين تسع عزلات فقط عزلة واحدة تعود للجنس F. proliferatum.4. تمتلك جميع عزلات F. verticillioides الثلاثة عشر الجين fum1 وبذلك يعد المنتج الرئيسي للسم FB1 مقارنة مع عزلة F. proliferatum التي لم تمتلك الجين.5. من بين العزلاتF. verticillioides الثلاثة عشر, كانت العزلة FV1 هي الاكفا في انتاج FB1 (175.39 جزء في البليون) على وسط فطيرة الذرة بينما تراوح تركيز السم FB1 لبقية العزلات يتراوح بين (21.31 - 170.51 جزء في البليون).6. كانت نتائج الظروف المثلى لانتاج السم FB1 هي وسط فطيرة الذرة وفترة حضانة 21 يوم ودرجة حرارة مثلى 20ºم.7. حددت الجرعة القاتلة المتوسطة (LD50) للسم FB1 لذكور الفئران وهي 1800 جزء في البليون.8. لوحظت زيادة في تركيز انزيمات الكبد والكلى للفئران بعد تجريعها فمويا بالسم FB1 عند التركيزين 800 و1200 جزء في البليون مقارنة مع مجموعة السيطرة.9. كشفت النتائج ان التغيرات في انسجة الكبد والكلى والطحال للفئران المجرعه فمويا بالسم FB1بالتركيزين 800 و1200 جزء في البليون، ظهرت زيادة التغيرات 10. التنكسية والموت المبرمج للخلايا مقارنه مع مجموعة السيطرة. | The study aimed to identify Fusarium species associated with maize grains and their ability to produce Fumonisin B1 using traditional and molecular methods. The optimal conditions of FB1 production were assayed. The effect of FB1 on liver, kidney and spleen tissues of albino mice were studied and measured its effects on enzymes in affected liver and kidney.Eighty - eight maize samples were collected between November 2013 and March 2014 from local markets and silos of Baghdad province (thirty - five from silos and fifty - three from markets). Fusarium verticillioides and F. proliferatum were investigated and their ability to produce Fumonisin B1 was detected using : Polymerase chain reactions (PCR), Thin layer chromatography (TLC) and enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) techniques. The following results were obtained from the current study : 1. The fungal genera isolated from maize were : Aspergillus (58.6 % ) followed by Fusarium (17.5% ), Rhizopus (6.8 %), Alternaria (6.1 %), Mucor and Penicillium (3.9 %), Bipolaris (1.9 %), and Trichothecium (1.2%).2. The predominant species among Fusarium was F. verticillioides (70.64%).3. The use of species specific PCR reactions for Fusarium species revealed that out of seventy seven isolates, thirteen isolates only belong to F. verticillioides and out of nine isolates, one isolate only belong to F. proliferatum.4. All the thirteen F. verticillioides isolates were shown to possess fum1 gene (FB1 producer), whereas the F. proliferatum isolate was shown not to possess this gene. 5. Among the thirteen isolates of F. verticillioides, FV1was the most efficient one in production of FB1(175.39 ppb) on patty maize medium, while the concentration of FB1 for other isolates ranged between (21.31 - 170.51) ppb. 6. The optimum culture conditions for FB1 production using solid state fermentation included : patty maize medium with incubation period 21 days at 20ºC. 7. The median lethal dose 50 (LD 50) of FB1for male mice was 1800ppb.8. liver enzymes (AST, ALT, ALP) and kidney functions (Creatinine and Blood urea) were increased in male mice which were orally gavaged FB1 at 800 and 1200ppb concentrations comparing with control group.9. The histopathological changes in the liver, kidney and spleen of orally gavaged mice by FB1 at 800 and 1200 ppb, showed a significant increase degenerative changes and apoptotic cells in comparison with control group

دراسة تاثير المحورات المناعية للمستخلص الايثانولي لبذور نبات Azadirachta indica على الاستجابة المناعية للفئران الملقحة ببكتريا Proteus vulgaris == Study the Immunomodulatory Effect of Ethanolic Azadirachta indica Seeds Extract on the Immunologic Response in Mice Vaccinated with Proteus vulgaris

Author name: سيف مزعل عبد
Supervisor name: طارق فعل الجنديل | تركي مفتن سعد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Muthanna
First pages:
Abstract: جمعت 100 عينة من عينات الادرار من النساء الحوامل الذين اتن الى مستشفى الاطفال والولادة في مدينة السماوة، خلال فترة تمتد من نوفمبر الى يناير 2012. تضمنت الدراسة العزل والتشخيص البكتريلوجي لبكتريا Proteus vulgaris ، واختبار الحساسية للمضادات الحياتية وكذلك تضمنت الدراسة تاثير المحورات المناعية المتمثلة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم على الاستجابة المناعية للفئران الملقحة بمستضد جرثومة P. vulagris. تضمنت الدراسة ثمانية مجموعات ( 40 فار في كل مجموعة) وتمت معاملة المجاميع كما يلي (I : معاملة بالماء المقطر، II : معاملة بمستضد بكتريا p. vulagris فقط ، III : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ، IV : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ة ، V : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا البر وتيس فلكارس معا ، : VI : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا البر وتيس فلكارس ، : VII معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا . P .vulagris معا، VIII : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا . P .vulagris وتم حقن المجموعتين الاخيرتين بمقدار 5 ملغم لكل كغم من وزن الجسم من مادة بردنزولون (Prednisolone) المثبطة للمناعة قبل 5 ايام من اجراء المعاملة . اجريت جميع هذه المعاملات في اليوم الاول في اليوم الرابع وضحي بالحيوانات في اليوم 8 لاختبار Nitro blue tetrazolium NBT) مقاسا بجهاز الاليزا ، في اليوم 14 لاجراء معامل تفاعلات فرط الحساسية المتاخرة ومعامل تحول الخلايا اللمفاوية المقاسة بطريقة الاليزا )في اليوم 21 و28 لقيايس anti - proteus vulgaris antibody titer ولاجل اختبار serum electrophoresis لقياس بروتينات المصل ). اظهرت النتائج تاثيرات واضحة للمحورات المناعية المستخدمة في الدراسة وفي المجاميع الممنعة بمستضد البر وتيس فلكارس ومن خلال تحسن الاستجابة المناعية غير النوعية والمناعة الخلوية الخلطية مقارنة مع المجاميع غير المعاملة بالمحورات المناعية، واشارت النتائج الى ارتفاع ملحوظ في نسبة الخلايا الموجبة لفحص NBT في المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية وبفوارق احصائية معنوية بالمقارنة بمجاميع السيطرة السالبة (معاملة بالماء المقطر فقط) والسيطرة الموجبة المعاملة بالمحورات المناعية او اللقاح فقط . وقد ظهر ارتفاع في النسبة المئوية لمعامل الخلايا الموجبة لفحص NBT في كل المجاميع وسجلت المجموعةV اعلى نسبة مئوية للخلايا الموجبة لفحص NBT ( 57% ) وبفوارق احصائية معنوية (P≤ 0.01) وسجلت المجموعة IV ادنى نسبة مئوية (5%) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة 0 ) I% )، كما لوحظ ارتفاع واضح في النسبة المئوية لمعامل التحول للخلايا اللمفية في الدم المحيطي ، حيث اعطت جميع الحيوانات الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية نتائج اعلى من تلك الممنعة وغير معاملة بالمحورات المناعية وبفوارق احصائية معنوية وسجلت المجموعة V اعلى مستوى للنسبة المئوية لمعامل تحول الخلايا اللمفاوي في الدم (264%) ، بينما اعطت المجموعة IV ادنى نسبة وهي ( 17% ) .اما نتائج فحص الحساسية المتاخرة في الجلد فقد سجلت حيوانات المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية نتائج اعلى وبفوارق احصائية معنوية ( P≤ 0.01) عن مجاميع السيطرة الموجبة والسالبة واعطت المجموعة V. اعلى قيمة بلغت بعد 24 ساعة من حقن مستضد البر وتيس ، وكانت جميع نتائج فحص الحساسية المتاخرة المسجلة في الحيوانات بعد 24 ساعة افضل منه بعد 48 ساعة. وعند قياس عيارية اضداد anti proteus vulgaris بواسطة الوميض الاشعاعي غير المباشر، اظهرت المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية ارتفاع مستوى هذه الاضداد مقارنة بمجاميع السيطرة السالبة والموجبة وبفوارق احصائية معنوية بمستوى P≤ 0.01) ) وسجلت اعلى معيار حجمي لتلك الاضداد بمستوى 512 بعد 21 يوم التمنيع. كذلك سجلت المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية ارتفاع ملحوظ في قيمة كاماكلوبيولين والفا - 1 والفا - 2 وبيتا عند تحليل البروتين بجهاز الترحيل الكهربائي وبفوارق احصائية معنوية ( P≤ 0.01) عن مجاميع السيطرة الموجبة والسالبة المعاملة بالمحورات.حيث سجلت المجموعة V (19.24 ± 0.80, 8.68 ± 0.23, 27.31 ± 0.06, 34.02 ± 0.21 ) على التولي بعد 21يوم من التمنيع وكذلك اعلى قيمة كاماكلوبيولين والفا - 1 والفا - 2 وبيتا سجلت في المجموعة 19.26 ± 0.8 )V , 8.17 ± 0.38 , 27.43 ± 0.12 , 34.10 ± 0.06 ) على التوالي بعد 28 يوم من التمنيع . من خلال النتائج اظهر المحلول الايثانولي لنبات النيم تحسنا واضحا على الاستجابة المناعية غير الخصوصية والمناعة الخصوصية بشقيها الخلطي والخلوي. | A total of 100 urine samples were collected from pregnant women who attended to Children and delivery's hospital in Samawah city, during the period extended from November to January 2012. The study is carried out for bacteriological isolation and identification of P. vulagris, antibacterial susceptibility testing and to investigate the immunomodulatory effect of the Ethanolic neem seeds extract on the immune response of mice vaccinated with Proteus vulgaris antigens. The study included eight groups; the first group (I) was treated with distilled water. group II included mice treated with Proteus vulgaris antigens only (III) : injected mice subcutaneously with a dose of (600 µg /Kg) ethanolic neem seed extract, IV group included injected subcutaneously with a dose of (400 µg /Kg) ethanolic neem seed extract only, The V, VI groups mice were treated with combination of p.vulgaris and ethanolic neem seed extract while (VII and VIII) groups mice were injected with the immunosuppressive drug prednisolone prior to the forthcoming treatment 5 days. All these treatments were carried out at day 1, and then the mice were sacrificed at day 8 to estimate phagocytic activity index by ELISA reader and on day I4 for estimation of lymphocyte transformation by MTT index by ELISA reader and for delayed - type hypersensitivity reaction test at 24 , 48 and 72 hours after proteus vulgaris antigens injection, at day 21 and 28 for (anti - proteus vulgaris antibody titer) by indirect immunoflourescent assay and for serum electrophoresis to estimate the serum fraction.In this regard, all groups of mice showed different significant increases(P≤ 0.01) in the NBT index which represent the phagocytic activity% as compared to group I (0%), which was injected with distilled water (negative control group). The best treatment efficiency was recorded in - group V (57%), while the lowest treatment efficiency was recorded in - group IV (5%). The results of lymphocyte transformation index in mice of all groups showed different significant increases by MTT assay which represent the lymphocyte transformation index as compared to group I (0%). The best treatment efficiency was recorded in - group V (264%), while the lowest treatment efficiency was recorded in - group VI (17%).Delayed type hypersensitivity (DTH) index estimated by skin test in footpad of the mice that immunized with P vulgaris antigens and treated with ethanolic neem seed extract and the high value in the group V after 24 hours. The best delayed type hypersensitivity (DTH) index was recorded in group V. The anti - Proteus antibodies assessed by indirect immunoflourescent test also showed a significant increase titer in immunomodulator - treated and - vaccinated mice in comparison with negative and positive groups. At 21, 28 days, and the best treatment efficiency was recorded in - group V after 21 days with titer of 512. In all mice a significant increase in the value of gamma globulin fraction and Alpha - 1 serum fraction and Alpha - 2 Fraction and Beta serum fraction were observed in group V (19.24 ± 0.80, 8.68 ± 0.23, 27.31 ± 0.06, 34.02 ± 0.21) respectively after 21 days of immunization, and also The highest values of gamma globulin fraction and Alpha - 1 serum fraction and Alpha - 2 Fraction and Beta serum fraction were observed in V (19.26 ± 0.8 , 8.17 ± 0.38, 27.43 ± 0.12, 34.10 ± 0.06 ) respectively after 28 days of vaccination of mice. The results demonstrated a clear immunomodulatory effect of the ethanolic neem seed extract (improvement of non - specific, and cellular immune response) of the treated mice immunized with proteus vulgaris .

نزعات مقاومة مكروليد في العقدية المقيحة والرئوية المعزولة من الاطفال العراقيين المصابين بامراض الحلق المعدية == Macrolide Resistance Trends in Streptococcus pyogenes and Streptococcus pneumoniae Isolated from Iraqi children with throat infections

Author name: سعاد عبد الجبار عبد الزهرة الساعدي
Supervisor name: محمد فخري احمد | مروان صالح محمد النمر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة على مرضى مراجعي العيادة الاستشارية في مستشفى ابن البلدي في مدينة بغداد (العراق) للفترة من تشرين الثاني 2007 الى شباط 2008 . تم تعين المرضى بشكل عشوائي اذ تم اختيار 108 حالة (60 انثى و48 ذكر) تراوحت اعمارهم بين 18 شهر الى 12 سنة والذين يعانون من التهاب الحنجرة والبلعوم .تم جمع مسحات البلعوم من كل مريض بهدف عزل وتشخيص البكتريا . اعتمد كل من فحص D - test وOptochin كفحص اساسي لتميز بكتريا Streptococcus pyogenes المقاومة للمضادات الميكروليدية . اظهرت النتائج ان 94 حالة ظهرت عليهم العلامات السريرية واعراض التهاب اللوزتين والبلعوم ، 7 حالات ظهرت عليهم اعراض الحمى القرمزية (Scarlet fever)، و14 مريض اعتبروا حاملين للمرض .تم تشخيص بكتريا S. pyogenes في 65 عزلة من اصل 73 وكانت 16 منها مقاومة لمضادات الحياة الميكروليدية ، وتم تشخيص 8 عزلات من Streptococcus pneumoniae .توزعت المجاميع المقاومة للمضادات الحياة الميكروليدية الى : مجموعة بكتريا مقاومة من نوع iMLSB بواقع 3 عزلات ، ومن نوع cMLSB بواقع 8 عزلات ومن نوع M - phenotype بواقع 5 عزلات ، واظهرت عزلتين من نوع معكوس D - Shape (Inverted D - Shape) .كانت التراكيز المثبطة الدنيا باستخدام تقنية التخفبف الدقيق Micro - dilution لـ17 مضاد حيوي متفاوتة بالنسبة الى العزلات (حساسة او مقاومة للمضادات الميكروليدية واشكالها المظهرية) . اظهرت بكتريا S. pyogenes الحساسة للـerythromycin والـclindamycin تركيز مثبطا ادنى عند 0.25 مايكروغرام/مليليتر لكل من الـCo - amoxicillin + clavulanic acid وceftriaxone .بكتريا S. pyogenes التي قاومت كل من erythromycin وclindamycin كانت حساسة عند التركيز 0.25 مايكروغرام/مليليتر للـampicillin وamoxicillin وCo - amoxicillin - clavulanic acid وgentamicin وceftriaxone وciprofloxacin وgatifloxacin .كانت عزلات S. pyogenes من نوع M - phenotype حساسة للتركيز 0.25 مايكروغرام/مليليتر من azithromycin وlincomycin وampicillin وCo - ampicillin cloxacillin وCo - amoxicillin - clavulanic acid وgentamicin وcephalothin وcefotaxime . ادنى تركيز مثبط لعزلات S. pyogenes من نوع D - Shape موجب كان 0.25 مايكروغرام/مليليتر لمضادات ampicillin وamoxicillin وCo - amoxicillin - clavulanic acid وgentamicin . كانت عزلات S. pneumoniae حساسة لكل مضادات الحيوية التي تم دراستها وبتراكيز مثبطة ادنى تراوحت بين (1 - 0.25) مايكروغرام/مليليتر .تم تحديد 3 عزلات من S. pyogenes متحملة للبنسلين . يستنتج من ذلك ان عزلات الـS. pyogenes المقاومة لمضادات الميكروليدية كانت تحتل نسبة عالية ، واكثر الاشكال المظهرية شيوعا كان من نوع cMLSB .كل من العزلات المقاومة للـfluoroquinolone والمتحملة للبنسلين penicillin tolerant كانت متواجدة في العزلات المقاومة والحساسة لمضادات الميكروليدية .حساسية عزلات S. pyogenes لمضادات الحيوية كانت متفاوتة بالنسبة الى حساسيتها او مقاومتها لمضادات الحيوية الميكروليدية وكذلك بالنسبة الى التنويع المظهري للعزلات المقاومة . | This study was conducted on patients attending the consultant clinic at Ibn - Al - Balady Hospital in Baghdad, Iraq from November 2007 to February 2008. The patients were allocated randomly, after they examined thoroughly by pediatrician, to be admit in this study. A total number of 108 (60 girls and 48 boys), their ages ranged from 18 months to 12 years, with provisional diagnosis of tonsillo - pharyngitis were enrolled in this study. Throat swab was obtained from each patient for isolation and identification of microorganisms. Double - disk test (D - test) and optochin test, fundamental for discrimination macrolide resistant Streptococcus pyogenes were done. The results showed that 94 patients had clinical signs and symptoms of tonsillo - pharyngitis, 7 patients were diagnosed as scarlet fever and 14 patients were considered as carriers. S. pyogenes was identified in 65 out of 73 isolates; sixteen of them were macrolide - resistant strain, and (8 isolates) of Streptococcus pneumoniae were identified. The phenotypes of macrolide resistant S. pyogenes were distributed as iMLSB (3 isolates), cMLSB (8 isolates) and M phenotype (5 isolates). Two isolates showed inverted D - Shape patterns. The minimum inhibitory concentration (MIC), using microdilution technique, of seventeen antimicrobials were varied with respect to the isolates whether susceptible or resistant to macrolide in addition to their phenotypes. The lowest MIC for susceptible isolates to erythromycin and clindamycin, was 0.25 µg/mL of Co - amoxicillin + clavulanic acid and ceftriaxone. S. pyogenes which resisted to both erythromycin and clindamycin were susceptible to 0.25 µg/mL of ampicillin, amoxicillin, Co - amoxicillin - clavulanic acid, gentamicin, ceftriaxone, ceftazidime, ciprofloxacin and gatifloxacin. M - phenotype of S. pyogenes isolates were susceptible to 0.25 µg/mL of azithromycin, lincomycin, ampicillin, Co - ampicillin - cloxacillin, Co - amoxicillin - clavulanic acid, gentamicin, cephalothin and cefotaxime. The lowest MIC for S. pyogenes characterized by positive D - shape test was 0.25 µg/mL of ampicillin, amoxicillin, Co - amoxicillin - clavulanic acid and gentamicin . S. pneumoniae isolates were susceptible to all tested antimicrobials with MIC range of 0.25 - 1 µg/mL. Penicillin - tolerant S. pyogenes was detected in 3 isolates. It concludes that Macrolide resistant S. pyogenes was found in high percent, and the commonest phenotype was cMLSB. Both fluoroquinolone resistant isolates and penicillin tolerant isolates were detected in both Macrolide resistant and susceptible isolates. The susceptibility of S. pyogenes isolates to antimicrobials was varied in respect to their susceptibility or resistance to macrolide as well as to the phenotypes of resistant isolates.

دراسة مقارنة لازالة سمية الافلاتوكسين B1 وM1 باستخدام بعض الطرائق البايولوجية والفيزيائية == Comparative Study for Detoxification of Aflatoxins (B1 and M1) by Using Some Biological and Physical Methods

Author name: سجى يحيى عبد الجليل ابراهيم
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي | لبيب احمد الزبيدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Anbar
Language: Arabic
University location: Anbar
First pages:
Abstract: بعد تلوث الاغذية والاعلاف بالافلاتوكسين(AFB1) B1 احد اسباب المشاكل الاقتصادية والصحية الخطيرة . ووجدت الافلاتوكسين (AFM1) M1 في منتجات الالبان عندما تستهلك الحيوانات المرضعة علفا ملوثا بالافلاتوكسين B1 . تهدف الدراسة الحالية الى الكشف عن مستوى AFB1 في عينات اعلاف الحيوانات اللبنية ومستوى AFM1 في عينات منتجات الالبان في الاسواق المحلية باستخدام تقنيات مختلفة (استشراب الطبقة الرقيقة TLC، الاستشراب السائل عالي الاداء HPLC والممتز المناعي المرتبط بالانزيم ELISA). ودراسة الكفاءة الفيزياوية (تطبيق البلازما غير الحرارية)، فضلا عن الازالة السمية الحيوية (biodetoxification) لـسموم الافلاتوكسنات AFB1 وAFM1 من عينات الاعلاف والحليب على التوالي. وشملت الدراسة 275 عينة من اعلاف الحيوانات اللبنية والبان غذائية من مختلف مناطق بغداد خلال الفترة اذار 2014 - مايس 2015. تضمنت عينات اعلاف الحيوانات اللبنية 145 عينة موزعة على 55 عينة مستوردة و90 عينة محلية ، شملت كل منهما الذرة والقمح والشعيرو فول الصويا واعلاف الحيوانات اللبنية الكاملة والقش، بينما تكونت عينات منتجات الالبان من 130 عينة موزعة على 65 عينة مستوردة ومحلية لكل منهما وشملت الحليب السائل ، الحليب المجفف ، الجبن الابيض والناعم ، فضلا عن اللبن. بينت النتائج عدم وجود فرق معنوي (p≤0.05) بين تقنيتي HPLC وELISA %44.8) و41.3% على التوالي( لكشف AFB1 في عينات اعلاف الحيوانات اللبنية وAFM1 ) 50% و53.8% على التوالي) في عينات منتجات الالبان، التي قد تشير الى حساسيتهما وخصوصيتهما. في حين ان هنالك فرق معنوي (p≤0.05) بالمقارنة مع تقنية TLC (%37.9 عن AFB1 و38.5% عن AFM1). اظهرت تقنية ELISA مستوى اعلى اداء من HPLC في النتائج اذ تمكنت من الكشف عن اوطا تركيز 0.001 نانوغرام/غرام من AFB1 في القمح المحلي في حين HPLC تمكنت من الكشف عن اعلى تركيز 817.9 نانوغرام/غرام للــ AFB1 في القش المحلي ، فضلا عن قدرة ELISA في الكشف عن اوطا واعلى تركيز من AFM1 في الجبن المحلي عند (0.3 و939.67) نانوغرام / لتر على التوالي كانت اعلاف الحيوانات اللبنية الكاملة المستوردة ملوثة جميعها بــ AFB1 وبنسبة تلوث اكثر من المحلية. في حين كانت الذرة والقمح والقش المحلية اكثر تلوثا بــ AFB1 من المستوردة، بينما فول الصويا المحلي والشعير اوطا تلوثا. ان اعلى مستوى من التلوث بــ AFM1 في اللبن والحليب والجبن المحلي والمستورد يمكن ان تشكل خطرا على الصحة العامة. اظهرت الازالة السمية الفيزيائية بتطبيق البلازما غير الحرارية بان 10 ثانية كان افضل وقت تعرض لازالة سموم AFB1 وAFM1 من عينات اعلاف الحيوانات اللبنية والحليب الملوث على التوالي، عندما كان زمن التعرض عند (5 و10 و15) ثانية وحدها. تضمنت الازالة السمية الحيوية المعالجة بعترة الخميرة (Saccharomyces cerevisiae) وعترة البكتيريا (Streptococcus salivarius) في تراكيز متسلسل (1.5 × 104 - 1.5 × 108) خلية / مل، واظهرت النتائج ان افضل تركيز للعترتين البكتيرية والخميرة كان 1.5 × 108 خلية / مل لازالة سمية AFB1 وAFM1 من عينات الاعلاف والحليب على التوالي. | Contamination of feed and food by Aflatoxin B1(AFB1) is a cause of serious economic and health problems. Aflatoxin M1(AFM1) is found in dairy products when lactating animals consume feed contaminated with AFB1.The current study aimed to detection of AFB1 level in dairy animal's feed samples and AFM1 level in dairy food samples at the local markets using different techniques : (Thin Layer Chromatography (TLC), High Performance Liquid Chromatography (HPLC) and Enzyme Linked Immune Sorbent Assay (ELISA), also study the efficiency of physical (non - thermal plasma application) , in addition to biodetoxification of AFB1 and AFM1 from feed and milk samples respectively .The study included collection of 275 dairy animal's feed and dairy food sample from different regions of Baghdad during March 2014 - June 2015. The dairy animal's feed samples consists of 145 sample distributed into 55 imported sample and 90 locale sample , each of them included corn, wheat, barley, soybeans, complete dairy animal's feed and straw ,While the dairy food samples consists of 130 sample distributed into 65 imported and local sample, each one of them included liquid milk, powder milks, white and soft cheeses, in addition to yoghurt . There was no significant (p≤0.05) difference in the result between HPLC and ELISA techniques in detection of AFB1 (44.8% and 41.3%, respectively) from dairy animal's feed samples and AFM1 (50% and 53.8%, respectively) from dairy food samples, that may refer to their sensitivity and specificity. While have significance (p≤0.05) difference when compared it with TLC technique (37.9% of AFB1 and 38.5% of AFM1). The ELISA technique has highest performance than HPLC , that can detect lowest concentration of AFB1 at 0.001 ng/g in the local wheat ,but HPLC can detect highest concentration of AFB1 in the local straw at 817.9 ng/g., in addition to ability of ELISA to detect lowest and highest concentration of AFM1 in the local cheese at (0.3 and 939.67) ng/L respectively . All the imported complete dairy animal's feed samples were contaminated with AFB1 more than locally samples . While the local corn, wheat and straw were more contaminated with AFB1 than imported; while local soybean and Barley were less contaminated. The highest level of AFM1 contamination was obsorved in the local and imported yogurt , milk and cheese which could be a serious risk for the public health .The physical detoxification using non - thermal plasma application showed that 10 seconds was the best exposure time for detoxification of AFB1 and AFM1 from contaminated dairy animal's feed and milk samples respectively , when exposure time was at (5, 10 and 15) seconds alone. The biodetoxification include treatment with yeast strain (Saccaromyces cerevisiae) and bacterial strain (Streptococcus salivarius) at alone in serial concentrations (1.5 x 104 - 1.5 x 108) cfu/ml, the results showed that the best concentration of bacterial and yeast strains was 1.5 x 108 cfu/ml for detoxification of AFB1 and AFM1 from feed and milk respectively.

استخلاص وتنقية جزئية للكتينات بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من حالات مرضية

Author name: زينب نوري حامد محمد العاني
Supervisor name: عبد الواحد باقر الشيباني | خليل مصطفى خماس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم جمع (50) مسحة تعود لمرضى ومراجعين لثلاث مستشفيات عامة في بغداد وذلك للتحري عن عزلات الـ Pseudomonas aeruginosa اخذت من حالات مرضية متعددة شملت الحروق والجروح والتهابات الاذن. وبعد ان اجريت على العزلات التي تم الحصول عليها الاختبارات الكيموحيوية اللازمة لتشخيصها ومنها القابلية على تحليل الدم على وسط الـ Blood agar ، امكن انتقاء (25) عزلة اظهرت قدرتها على انتاج انزيم الـ hemolysinase وتحليل وسط الدم بشكل كامل. اخضعت العزلات بعدها لاختبار القابلية على النمو على وسط السترمايد الانتقائي والقدرة على النمو في 42 م ، اذ انتخبت (18) عزلة منها. ثم تبع ذلك اختبار قابلية العزلات على انتاج اللكتينات من خلال عملية التلازن مع كريات الدم الحمر للانسان بفصائلها (O, B, A) ودم بعض الحيوانات _الماعز ، الدجاج ، الفئران والارانب) حيث تم انتقاء العزلات التي اعطت اعلى عيارية. زرعت العزلات على وسطي الانتاج (GE) Grelets mediumوالمرق المغذي (Nutrient broth) للتحري عن قابليتها على انتاج اللكتينات، ودلت النتائج على انتاجها لنوعين من اللكتينات هما PA - I والـ PA - II ، اذ يتميز الاول بتخصصه تجاه سكر الكالكتوز، فيما يتخصص الثاني بالمانوز. بعد انتهاء فترة التنمية تم استخلاص اللكتينات من اوساط الانتاج لتجري عليها عملية التنقية باستخدام كبريتات الامونيوم ثم التكسير بالموجات فوق الصوتية ، ليتم بعدها انزال الراشح باستخدام طريقة الفصل بكرموتوغرافي عمود الفصل يمكن تلخيص اهم النتائج التي تم الحصول عليها بالاتي : 1 - اظهرت مستخلصات اللكتينات تباينا في الفاعلية التلازنية تجاه كريات الدم الحمر للانسان والحيوان سواء اكانت معاملة بانزيم التربسين ام لم تعامل به، كما تباينت العزلات في انتاجها لانزيم الهيمولايسين وصبغة البايوسين الزرقاء. 2 - تم تحديد درجة الحرارة المثلى لنمو عزلات بكتريا الـ aeruginosa P. وانتاجها للكتينات ب37م عندما بلغ تركيز اللكتين PA - I 95 مايكروغرام / سم3 ، في حين كان تركيزه عند الحرارة 35 م مايكروغرام/ سم3. اما اللكتين PA - II فبلغ تركيزه 40 مايكروغرام / سم3 عند الحرارة 35 م . 3 - وكان لاختلاف الاس الهيدروجيني دور في التاثير على تركيز ونقاوة اللكيتنات المستخلصة. اذ لم يتجاوز تركيز اللكتين PA - II المستخلص من العزلة (Z1) الـ30 مايكروغرام / سم3 عند الاس الهيدروجيني 5.0 في حين بلغ التركيز 105 مايكروغرام / سم3 لنفس اللكتين عند الاس الهيدروجيني الامثل (7.0) . اما اللكتينPA - I فقد انخفض تركيزه من 85 مايكروغرام/ سم3 في الاس الهيدروجيني الامثل ليصل الى35 مايكروغرام / سم3 عند الاس الهيدروجيني 8.0. 4 - تمت تنقية اللكتينات المستخلصة بطريقة الترحيل الكهربائي في هلام متعدد الاكريلامايد بظروف ماسخة ، من خلال تمرير اربعة نماذج مستخلصة (اضافة الى نموذج البروتينات القياسي). 5 - لدى اختبار حساسية العزلات المعزولة من التهابات الاذن لمضادات الحياة ، اظهرت تباين في مقاومتها للمضادات، وكانت جميع العزلات مقاومة لكل من الامبسلين والاموكسيسيلين، فيما كانت حساسة للمضادات توبرومايسين والجنتامايسين والارثرومايسين. 6 - لاختبار قابلية اللكتينات المستخلصة على الارتباط بالسكريات الموجودة في حليب الام وحليب البقر والحليب المصنع، دلت النتائج بانه اضافة عالق الدم صنف O الى اللكتين مع سكريات الحليب تاركا كريات الدم الحمر حرة. 7 - اثبتت تجربة استخدام المرهم الطبي المضافة له بعض السكريات البسيطة كفاءتها، بعد ان تبين قدرة هذه السكريات على تثبيط تلازن اللكتينات مع كريات الدم الحمر للانسان خارج الجسم.8 - بعد ان حقنت فئران التجارب باللكتينات (PAI,PA - II,PAII) المستخلصة من العزلات (Z4,Z1,Z1) ، كان المحتوى الكاربوهيدراتي فيها (95،48، 30) مايكروغرام/سم3 وتركيز البروتينات (1350،860، 590) مايكروغرام / سم3 على التوالي. كما ولوحظ ظهور حالات غريبة على الفئران الثلاثة في المجموعة الاولى والتي حقنت باللكتينات اعلاه وتركت بدون علاج لمدة ساعة، ما بعد قتلها فقد حدث تحلل دم كامل في الفار الاول ومتوسط في الثاني، في حين لم يحدث اي تحلل للدم في الفار الثالث. وبعد استخدام العلاج في فئران المجموعة الثانية، لم يحدث تحلل دم للفار الاول والثالث وكان التحلل ضعيفا في الثاني. اما فئران المجموعة الثالثة والتي حقنت وتركت لمدة ساعتين بدون علاج، فقد نفق الفار الاول وحدث تحلل ضعيف في دم الفار الثاني وتحلل كامل في الفار الثالث. لم يسبب اعطاء العلاج لفئران المجموعة الرابعة وتركهم لمدة ساعتين اي تحلل لدم الفار الاول والثالث فيما كان ضعيفا في الثاني. اما افراد المجموعة الثانية فقدتركت بعد الحقن ثلاث ساعات بدون علاج، وكان تحلل الدم كاملا في الفار الاول ومتوسطا في الثاني والثالث، في حين لم يحدث تحلل للدم بعد اخذ العلاج. | Fifty samples were collected from several pathogenic cases including burns, wounds and ears belonging to patients and individuals referred to three general hospitals in Baghdad. Samples were subjected to the microbiological tests for detecting Pseudomonas aeruginosa, isolales. Among those tests was the ability of blood analysis on blood agar base medium. A total of (25) isolates were selected which showed the ability to produce the hemololysins. Some suspected isolates were also subjected to grow on ctramide agar, and with stand growth at 42c. Out of (25) only (18) isolate selected due to their ability to grow at 42c. The (18) selected isolates were tested for their ability to produce lectins via the heamagglutination with the human red blood cell groups (A, B, O). Isolates showed higher titers were chosen, when ability to produce lectins, two types (PA - I and PA - II) lectins were detected. Lectin PA - ICharacterized by it’s specify toward galactose, while PA - II was specific to mannose. After lectins were extracted from the production media, they were purfeyed by using ammonium sulphate and fractioned by the ultrasonic waves, followed by descending the filtrate by separation, through the chromatographic column.Results obtained could be described briefly as : 1. Obtained lectins showed were differed in their haemagglutination activity toweras human and animals red blood cells whether they were treated by the trypsin enzyme or not. However, isolates were not similar in producing the hemolysin enzyme and pyocine pigment.2. Optimum temperature for growth of P. aeruginosa isolate, and lectins production was 37c when concentration of lectin PA - I reached 95.0 µg/ml, while at 35c was 35 µg/ml - Regarding PA - II reached 40 µg/ml at 35c.3. Variation of pH played a significant effect on the. concentration and purity of the extracted lectins. At pH5.0 lectin PA - II concentration did in exceed 30, µg/ml while at optimum pH (7.0) it reached 105 µg/ml in the optimum pH to only 35 µg/ml at pH 8.0.4. Extracted lectins purified by gel electrophoresis when four extract in addition to the standard proteins sample were passed through it. The molecular weight of the PA - I was lectin from Z1 was 14.000 Dalton, while PA_II was 12.000 Dalton from the same sample.5. When P. aeruginosa isolates of ear infection were tested for their susceptibility to some antibiotics, they differed in their pattern of resistance. However, all isolates were resistant to Ampicilin and Amoxocilin, but sensitive to Tobramycin, Erythromycin and Gentamycin.6. In order to test the ability of the extracted lectin against some sugar which present in the human milk, raw milk and powder milk, red blood cell group were added to the lectin with the milk samples. Results showed that sugars inhibited haemagglutination with the red blood cells. 7. Experiments and application of the prepared ointment containing simple sugar proved its efficiency when sugar were able to prevent lectin agglutination with human red blood cells (invitro).8. After injecting mouse with the lectins (PAI, PAII, PAII) at (Z1, Z1, Z4) isolates, concentration of CHOs were (30, 48, 95) µg/ml and protein were (135, 860, 590) µg/ml respectively. Abnormal cases were also appeared on the three mice at the first group which was injected by the lectin when they were left without treatment for one hour, after they were killed, the first one was showed complete analysis at red blood cells, while it was not complete in the second and no analysis was showed in the third one, after treatment, no analysis of red blood cells was showed in the first and the third one, but it was not complete in the second one.The third group which injected by the same lectins when they were left without treatment for two hours the first mouse was dead, and the hemolysis was not completed in the second one, but completely in the third one, after treatment no hemolysis was showed in the first and the third one, but weakly in the second one. The fourth group, which injected by the lectins when they were left without treatment for three hours, the first mouse, was showed complete hemolysis, but not complete in the second and third one, after treatment, no hemolysis of red blood cells was showed.

تقييم وبائي ومختبري لمرضى التهاب الكبد الفايروسي نمط C (HCV) لحالات الثلاسيميا == Evaluation of HCV infection in Thalassemic patients Epidemiological, Virological, Immunological, Clinical and Biochemical

Author name: زينب ناصر حسين الطرفي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يتميز التهاب الكبد الفايروسي بقابليته الوبائية على اصابة العديد من الافراد ويطلق مصطلح التهاب الكبد الفايروسي على عدد من الفايروسات المصيبة للكبد التي تم تسميتها حسب اكتشافها الى A,B,C,D,E,F,G ويعتبر التهاب الكبد الفايروسي C وBمشكلة كبيرة وذلك لعدم امكانية تشخيص الاصابة الفايروسية منذ البداية لكون اغلب الاصابات تكون بدون اعراض مرضية او باعراض خفيفة.المواد وطرائق العمل : شملت الدراسة الوبائية 1159عينة لمرضى الثلاسيميا الذين يراجعون مركز الثلاسيميا في الرصافة، والمجموعة الثانية 140915 عينة اخذت لمتبرعي الدم في المركز الوطني لنقل الدم اعتمدت من السجلات. وتم اجراء الفحوص الفايروسية (HCV,HBV,HIV) لهذه المجاميع، واجريت الفحوص الفايروسية التشخيصية الاخرى على مرضى الثلاسيميا، فضلا عن اجراء الفحوص المناعية، فحوص الدم، والفحوص الكيميوحيوية.النتائج : افرزت نتائج مرضى الثلاسيميا عن نسبة 24.76% (70عدد الذكور و110 عدد الاناث) موجبة لفحص anti - HCV، ونسبة 0.77% (7 من الذكور و2 من الاناث) موجبة لفحص HBsAg، وبنسبة 0.34% (2 من الذكور و2 من الاناث) موجبة لكلا الفحصين (علما ان جميع المرضى بدون علاج الانترفيرون) مقارنة مع متبرعي الدم بنسبة 0.4% لـanti - HCV و0.97% لـHBsAg،علما ان جميع نتائج فحص HIV كانت سالبة لمرضى الثلاسيميا ومتبرعي الدم، هذا بالنسبة للدراسة الوبائية. اظهرت الدراسة التحليلية المختبرية ان نسبة الاصابة بفايروس التهاب الكبد HCV اعلى في الذكور بنسبة 27.48% مقارنة مع الاناث بنسبة 21.35% بوجود فرق ذو دلالة احصائية معنوية لارتفاع نسبة الذكور عن الاناث، فيما لوحظ ان النسبة هي ذاتها 0.3% لذكور واناث مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV ولوحظ ارتفاع الاصابة مع ازدياد العمر فاعلى نسبة للاصابة بـ HCV 41.5% هي للاعمار ما بين 21 - 30سنة وللمصابين بـHBV بنسبة 1.7% للاعمار ما بين 1 - 11سنة. ولوحظ ارتفاع نسبة الاصابة بـ HCV بين الاكراد بنسبة 85.7%. اما بالنسبة الى HBV فقد لوحظ ان النسبة هي 5.7% بين الاكراد، اما في العرق العربي فقد لوحظت نسبة HCV 22.83%، وHBV 0.63% وفي الكلدان لوحظ ان نسبة الاصابة بـHCV 20%. اجري فحصPCR على بعض مرضى الثلاسيميا واظهرت الدراسة ان 50% من النتائج موجبة، وباجراء الكشف عن النوع الجيني لفايروس HCV بطريقة RFLP تم الحصول على انماط جينية مختلفة تضمنت 3b,4,6,3a,2b,1b واجريت دراسة مناعية على المرضى الموجبين لفحص PCR، وكشفت النتائج ان 18% من اولئك المرضى قد ابدوا تفاعلات موجبة لاضداد النواة واضداد العضلات الملساء في حين لم يظهر اي نتيجة موجبة لاضداد الدنا، اضداد الميتوكوندريا واضداد الشحوم المفسفرة. اجري الترحيل الكهربائي لبروتينات المصل وتبين وجود ارتفاع ذو دلالة احصائية معنوية لبروتين الكلوبيولين مقارنة بالالبومين، بارتفاع معدل بروتين كاما وانخفاض معدل بروتين الالبومين لمرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص HCV - PCR.اجري على بعض مرضى الثلاسيميا فحوصات عمل الكبد ولوحظ ارتفاع معدل TSB في مرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg فضلا عن ارتفاع معدل ALTفي المرضى الموجبين لفحص HBsAg عن المرضى الموجبين لفحص anti - HCV، كذلك لوحظ ارتفاع معدل AST لمرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg فيما لوحظ ان معدل انزيم الفوسفاتيز القاعدي هو ضمن الحد الطبيعي لمرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg، وتم اختيار مجموعة من مرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg وغير المصابين بـ HCV,HBV واجريت عليهم عدد من الفحوص الكيميوحيوية لمستوى (البروتين الكلي، الالبومين، الكلوبيولين، اليوريا، الكرياتنين، حامض اليورك، البوتاسيوم، الفسفور غير العضوي، الكالسيوم، النحاس، الكلسترول والسكر) في الدم، ولم يلاحظ اي دلالة احصائية معنوية لهذه الاختبارات، عدا اختبار الكولسترول حيث لوحظ انخفاض معدل الكولسترول في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV الى 112.7mmol/L، وفي مرضى الثلاسيميا المصابين بـHBV بمعدل mmol\L93.69 كما لوحظ وجود انخفاض ذو دلالة احصائية معنوية بين مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HCV,HBV مقارنة مع غير المصابين بـHCV,HBV، كذلك لوحظ وجود دلالة احصائية معنوية لانخفاض معدل حامض اليورك لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV,HBV مقارنة مع مرضى الثلاسيميا غير المصابين، ووجد ارتفاع ذو دلالة احصائية معنوية لمستوى النحاس في الدم لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV وغير المصابين مقارنة مع المصابين بـHBV. ووجد ارتفاع ذو دلالة احصائية معنوية لمستوى السكر في الدم لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV مقارنة بمرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV وتبين وجود فرق معنوي لارتفاع معدل الفسفور غير العضوي لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV وغير المصابين بـHCV,HBV مقارنة بالمصابين بـHBV. اجريت الفحوص المناعية على مجموعة من مرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg وغير المصابين وتضمنت الدراسة المناعية الكشف عن مستويات الكلوبيولينات المناعية في الدم ومكونات المتممة C3,C4فضلا عن الكشف عن اضداد الذات، ولوحظ ارتفاع نسب اضداد الذات لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV مقارنة مع غيرهم من مجاميعمرضى الثلاسيميا وتبين ارتفاع نسبة اضداد المايتوكوندريا (43.4%)، اضداد الهستون (40.9%)، اضداد العضلات الملساء (17%)، الاضداد النووية (17%)،اضداد شحم القلب (11.6%)، اضداد الشحوم المفسفرة (17%)، اضداد الدنا المزدوج الشريط (31.8%)، اضداد بروتينات النواة A - Jo - 1 (2.27%)، SS - B (4.5%)، A - Scl (3.4%) في حين ان اضداد الذات من نوع A - RNP/Sm,SS - A,A - Sm,AC - B لم يلاحظ اي نتيجة موجبة لها. اما في مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV فقد تم الحصول على نسبة (15.38%) لكل من اضداد الهستون، اضداد شحم القلب، اضداد الشحوم المفسفرة فيما كانت نسبة اضداد الميتوكوندريا (38.46%). كما لوحظ ارتفاع نسبة المصابين بالعامل الرثوي والبروتين الفعال في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV بنسبة 46%، 68% على التوالي مقارنة مع غير المصابين بـHCV,HBV وفي مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV بنسبة 38.4% لكل من RF,CRP. وتبين وجود فرق معنوي ذو دلالة احصائية لارتفاع الاصابة باضداد الذات ضد الهستون في الاناث مقارنة مع الذكور وارتفاع الذكور عن الاناث في اضداد المايتوكوندريا في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV. كذلك لوحظ ارتفاع بعض الكلوبيولينات المناعية في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV بمستوى 1789 mg/dl للـIgG، ولوحظ مستوى 305.8 mg/dl للـ IgA فيما كان المستوى 203.3 mg/dl للـIgM، وفي مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV لوحظ ارتفاع مستوى IgG الى mg/dl1823.6، اما مستوى IgM وIgA فقد كان بمستوى 229.6 mg/dl، 278.8mg/dl بالتعاقب، وفي بروتينات المتممة C3,C4 لوحظ انخفاض مستوى C3 الى 82.6mg/dl فيما كان مستوى C4 23.7mg/dl وهو ضمن الحد الطبيعي الادنى في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV، اما في مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV فقد لوحظ ان مستوى بروتينات المتممة C3 اقل من المستوى الطبيعي 78.1 mg/dl فيما كان المستوى 20.3mg/dl الى C4.في اختبارات امراض الدم تم الحصول على دلالة احصائية معنوية لارتفاع معدل PT لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV مقارنة مع غير المصابين ومرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV، كما لوحظ انخفاض معدل تعداد كريات الدم العدلة لمرضى الثلاسيميا المصابين بـ HCV مقارنة مع مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV ومرضى الثلاسيميا غير المصابين. ولوحظ انخفاض معدل تعداد الصفائح الدموية لمرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV مقارنة مع مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HCV ومرضى الثلاسيميا غير المصابين. | Viral Hepatitis characterized by its epidemic ability to infect many people. Viral hepatitis called to many hepatic viral infection that had been classified into A,B,C,D,E,F,G. Hepatitis C infection considered a big problem related to the inability to diagnose the viral infection from the beginning because of mild or no symptoms. Material & Methods : - The epidemic study contains two groups, first group 1159 sample of thalassemic patients in Al - Rusafa Center For Thalassemic Patients. Second group 140915 samples taken from blood donors in the national blood bank from the records.Viral tests had been done for these groups (HCV,HBV,HIV). Diagnostic tests done on thalassemic patients like immunological, hematological, biochemical tests.Results : - For the epidemic study the result shows a 24.76% for thalassemic patients infected with HCV , 0.77% for thalassemic patients infected with HBV, & 0.34% for thalassemic patients infected with both HCV,HBV. 74.89% for non infected thalassemic patients compared with blood donors of 0.4% for HCV infection, and 0.97% for HBV infection.Studies for investigating laboratory tests done on thalassemic patients after confirming HCV,HBV infections through doing diagnostic viral tests.HCV Viral results shows higher percentage of male to female by 27.48% for male, 21.35% for female respectively and it was seen that the same rate of 0.3% for male and female infected with HBV. Higher infection rate with age increasing of 41.5% for age group 21 - 30 years of HCV thalassemic patients, and 1.7% for age group 1 - 11 years for HBV thalassemic patients. Higher HCV infection rate noticed for Kurdish people 85.7% , Christians 20%, and in Al - Sabeaa 40%.while the percentage of HBV in Kurdish people 5.7%, and no one infected with HBV infection in Christian and Al - Sabeaa people. For Arabic patients the percentage of HCV infection is 22.83% and 0.63% for HBV infection.HCV - PCR Thalassemic patient results show that 50% of results are positive and 50% are negative (11 out of 22 patients), doing genotyping of HCV by RFLP test shows different subtypes of HCV (3b, 2b, 1b, 3a, 4, 6).Immunological study done on PCR positive patients’ shows antibodies percentage of 18% to ASMA, ANA and 0% for each of AMA, ADNA, APL. Electroforeces done for protein of these patients show significant statistical increasing values of protein globulin in comparison to albumin decreasing.For liver function tests, applied on thalassemic patients it had been noticed that there is a significant statistical increasing values in the thalassemic patients infected with HCV as compared to other thalassemic patients not infected with HCV. Increasing the level of ALT in HBV patients compression with HCV patients, increasing the level of AST of HBV, HCV thalassemic patients where the level of alkaline phosphates in the upper limit of normal value of HCV, HBV thalassemic patients.No significant statistical values where noticed for the biochemical tests applied on some thalassemic patients infected with HCV, HBV infection except cholesterol where it had been noticed a decrease of level 112.7 mmol/L in thalassemic patients infected with HCV. 93.69 mmol/L in HBV infection patients, a significant statistical decrease value between HBV , HCV thalassemic patients in comparison with non infected patients.There is a decrease level of uric acid for the thalassemic patients infected with HCV compared with non infected patients, significant increase of copper level in the blood of HCV thalassemic patients compared with HBV infected thalassemic patients and not infected thalassemic patients.Significant statistical value increment for the random blood sugar in HCV thalassemic patients compared with HBV infected thalassemic patients.Regarding immunological study, it had been noticed that there is an increasing in autoantibody with significant statistical value for thalassemic patients infected with HCV compared with other thalassemic groups. It had been seen that there is an increasing in the mitochondrial antibodies (AMA - M2) 43.4%, antihiston antibodies (AHA)40.9%, antismooth muscle antibodies (ASMA)17%, antinuclear antibodies (ANA)17%, anticardiolipin antibody antibodies (ACL)11.6%, antiphosphotidel serin antibodies (APL - S)17%, antidouble stranded DNA antibodies (A - ds - DNA) 31.8%, other antinuclear proteins like A - Jo1 2.27%, SS - B 4.5%, A - ScL 3.4%, where the other auto antibodies A - RNP/Sn, SS - A, A - Sm, anticentromer B antibodies (A - C - B) show zero percent for each one of them while in the HBV thalassemic patients a 15.38% was obtained for each APL - S , ACL & AHA.. A 38.46% for AMA - M2.There is an increase in rheumatoid factor (RF), CRP in thalassemic patients infected with HCV compared with non infected thalassemic patients with a ratio of 46%, 68% respectively. In HBV thalassemic patients 38.4% for each RF and CRP. Significant statistical difference for increasing incidence with auto antibodies in the females compared with males of autoantibodies type AHA, AMA - M2 in thalassemic patients infected with HCV noticed.We noticed an increasing in the immunoglobulines IgG 1789 mg/dl, 305.8mg/dl for IgA in thalassemic patients infected with HCV while IgM in the upper normal range 302.3 mg/dl, complimentary portions C3, C4 shows a decrease level in C3 82.6 mg/dl, and the level of C4 is 23.4mg/dl, which is regard as the lower normal limit. While in the HBV thalassemic patients we obtain a level 1515.3mg/dl for IgG, 204.8 mg/dl for IgM and for IgA 233.3mg/dl.In the hematological tests of thalassemic patients infected with HCV shows significant increment in the level of PT test was obtained as compared with other groups of thalassemic patients. Percentage decrement in neutrophil of WBC cells in HCV thalassemic patients as compared with HBV and non infected thalassemic patients. There is a decrement in platelets count in HBV thalassemic patients compared with HCV and non infected thalassemic patients.

استخلاص وتنقية انزيم اللايبيز من عفن Aspergillus niger 11414 (ATCC) واستخدامه في تحسين نوعية الدهن الحر == Extraction and purification of Lipase from Aspergillus niger 11414 ( ATCC) to improve the butter oil

Author name: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | سعود رشيد العاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الد راسة عزل وتنقية انزيم اللايبيز من العزلة القياسية Aspergillus niger 11414 ( ATCC) ثم تطبيقه عمليا في مجال الصناعات الغذائية . • تم تــنمية العزلة وتنشـــيطها على وسط اجار البطاطا والدكستروز Potato dextrose Agar PDA . • تم التحري الاولي عن انتاج انزيم اللايبيز من العزلة A. niger 11414 بطريقة الاطباق باستخدام وسط ( Tween 80 ) ، وظهرت النتيجة موجبة بشكل هالة معتمة تحيط المستعمرة الفطـرية . استخدم وسط Tween 80 واضيف زيت الزيــــتون بـــدل الـ (Tween 80) الى وسط التحري وكانت النتيجة موجبة اذ ظهرت الهالة المعتمة حول المستعمرة لكن بمساحة اكبر مما سبق . • درست عدة معايير ( تركيز زيت الزيتون ، مدة التخمر ، الاس الهيدروجيني الابتدائي ، حجم اللقاح ، درجة الحرارة ) لايجاد الظروف المثلى لانتاج انزيم اللايـــبيز وكانــــت افضل الظروف لانتاج الانزيم هي ( تركيز زيت الزيتون 1 % ، مدة التخمر 168 ساعة ، واس هــــيدروجيني ابـــتدائي 6 وحجم لقاح 10 × 1 ( بوغ / مل ) ودرجة حرارة 30 م ، اذ سجلت عند هذه الظروف اعلى فعالية للانزيم المنتج . • اظهر الانزيم الخام بعد حضنه باسس هيدروجينية مختلفة لمدة 30 دقيقة ثباتا عند قيم الاسس الهيدروجينية بين ( 5.0 - 4.0 ) ، فيــــما اظهر الانـــــزيم الخام بعد حضنه في درجات حرارة مختلفة لمدة 60 دقيقة ثباتا حراريا عند ( 40 - 50 ) م , احتفظ الانزيم بكامل فعاليته.• استخدمـــت خطوات متسلسلة لغرض تنقية انزيم اللايبيز شـملت اولا التركيز بكبريتات الامونيوم وكان افضلها 30 % حين بلغت اعلى فعالية نوعية عندها بمقدار 3.8 وحدة / ملغم برويتن ، استخدمت خطوة الديلزة للتخلص من الاملاح . لقد اظهرت النتائج ارتفاع الفعالية والفعالية النوعية للانزيم اذ اصبحت 8.64 وحدة / ملغم بروتين وبلغ عدد مرات التنقية 8.73 . بعدها مرر الانزيم المنقى جزئيا على عمود هلام Sephadex G - 75 مرتين وجمعت الاجزاء التي اظهرت فعالية انزيمية ، مرر بعدها خلال عمود هلام Sephadex G - 100 ازدادت خلالها نقاوة الانزيم اذ ارتفــعت الفعالية النوعية الى 142.8 وحدة / ملغم بروتين وبلغ عدد مرات التنقية 143.19 وبحصيلة انزيمية 87.5 % .• درست بعض الخصائص المهمة للانزيم المنقى جزئيا اذ اظهر الانزيم المنقى جزئيا ثباتا تجاه قيم من الاس الهيدروجيني بين ( 5 - 6 ) ، وكان الاس الهيدروجيني الامثل 5.6 واحتفظ الانزيم المنقى جزئيا بـكامل فعاليته عند درجتي حرارة 30 و40 م على التوالي ولمدة 30 دقيقة وفقد 95 % من فعاليته عند درجة حرارة 80 م وللمدة نفسها ، اما درجة الحرارة المثلى فكانت 35 م . • استعمل اللايبيز المنقى جزئيا في تحسين نكهة الدهن الحر الذي تم معاملته بالانزيم ، اما السيطرة Control فتمثلت باضافة محلول دارىء فوسفات السترات ذي الاس الهيدروجيني 6.0 فقط الى الدهن الحر . اجري تقييس الفعالية على المعاملتين واظهرت النتائج ان هناك تغيرا محسوسا في الدهن المعامل بالانزيم في حين بقيت السيطرة دون تغيير . • استـخدم الدهن الحر المعامل بالانــــزيم والسيطرة Control في صنــع بعض انـــواع الحلويات ( البرمة ). عمل تقييم حسي للمنتوج من خلال 31 عينة للصــــفات ( اللون ، النسجة ، الرطوبة ، الرائحة ، النكهة " الطعم " ) . حللت النتائج احصائيا ووجد فرق معنوي ملحوظ بين الدهن الحر المعامل بالانزيم والسيطرة ، عدا صفة اللون فكان الفرق غير معنوي لكلتا المعاملتين . | In this study the extraction and purification of Lipase from isolated A. niger was studied. The ability of A. niger to produce Lipase was tested on Tween 80 media , indicate the positive result. Better result was obtained by added olive oil instead of Tween 80 media Several culture conditions were studied to determine the optimum conditions for Lipase producing , and the optimum conditions were : Concentration of Olive oil 1 % , period of fermentation 168 hour, initial pH 6 , inoculums size 1×10⁵ ( Spore / ml ) and the temperature 30 ℃ higher activity of produced enzyme was recorded in this conditions. The crude enzyme was stable after incubation at different pH (4 - 5 ) for 30 min., the enzyme was stable after incubation at different temperature (40 - 50) ℃ for 60 min., the enzyme retained all activity . Sequent steps used to purify Lipase. These included the concentration in ammonium sulfate the optimum saturation rate was 30 % , while the enzyme specific activity was 3.8 Unit / mg protein . Dialysis of enzyme resulted in increase of specific activity, which became 8.64 Unit / mg protein. Partially purified enzyme to the gel column sephadex G - 75 twice, the parts which show enzyme activity collected and added to the gel column sephadex G - 100, this increased the enzyme purification and a specific activity increased to 141.76 Unit / mg protein , while the number of purification was 193.19 and 82.46 % yield. Properties of the partially purified Lipase were investigated. Its showed stability against the values of pH (5.0 - 6.0) and the optimum pH was ( 5.6 ). The partially purified Lipase retained all activity 1n the temperature ( 30,40 )℃, for ( 30 ) minutes , and lost 95 % of its original activity at ( 80) ℃ , for the same time , while the optimum temperature was 35 The partially purified enzyme is used for improvement the flavor of butter oil which was treated with the enzyme , while the control was treated by addition phosphate citrate buffer solution ( pH = 6.0) only to the butter oil , the results showed that was sensible changes in the butter oil treated with enzyme while the control remain without any changes. The animal fat which treated with enzyme and the control was used in some kinds of sweets ( Al - Burma ) , making sensible evaluating for the product by (31) samples for characterization (color, texture, moisture, odor and flavor " tastes "). The results were analyzed statistically , and the noticed incorporeal comparison was found between the butter oil treated with enzyme and control , except the properties of color , it was non incorporeal comparison for both samples

تاثير بعض المواد الكيميائية في انتاجية وفعالية ذيفان الفا - هيمولايسين المنتج من المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من مصادر سريرية مختلفة == Effect of some chemical materials on productivity and activity of ? - hemolysin which produced from Staphylococcus aureus Isolated from clinical samples

Author name: زينب فرحان علي الزهيري
Supervisor name: خولة جبر خلف
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة عزل بكتيريا المكورات العنقودية من بعض مستشفيات بغداد، والتي شملت : مستشفى بغداد التعليمي، ومستشفى ابن البلدي، والمختبرات التعليمية،و مستشفى حماية الطفولة التعليمي، ومستشفى الكندي حيث امكن الحصول على (110) عزلة، توزعت بواقع (15) عزلة من عينات التهاب المجاري البولية، و(20) عزلة من الحروق، و(46) عزلة من الجروح ،و (17)عزلة من عينات الدم، و(12) عزلة من مسحات الاذن والفم والعيون.شخصت الدراسة (77) عزلة بكتيرية على انها مكورات عنقودية ذهبية من خلال اعطائها نتائج ايجابية في فحص الكاتليز وفحص انزيم مخثر البلازما ، وبقية الفحوص البايوكيمياوية مثل تخمير المانيتول في وسط ملحي تحت ظروف هوائية وقابلية العزلات على تحلل الدم وكانت عزلات Staphylococcus aureus قد توزعت على النحو الاتي (9) عزلات من عينات الدم، و(36) عزلة من الجروح، و(13) عزلة من الحروق، و(9) عزلات من مسحات الاذن والفم والعيون، و(10) عزلات من التهابات المجاري البولية.وقد اظهرت العزلات قدرتها على تكوين الغشاء الحيوي(Biofilm) اذا استطاعت (35) عزلة (45.45)% من اصل 77 عزلة ان تكون الغشاء الحيوي فيما لم تستطع (42) عزلة (54.54)% المتبقية من تكوين الغشاء الحيوي.اظهرت النتائج ان نسبة العزلات المنتجة لذيفان الفا - هيمولايسين كانت (32) عزلة (41.55)% اما العزلات غير المنتجة للذيفان ، فقد كانت (45)عزلة.اختبرت حساسية العزلات تجاه المضادات الحيوية، وقد كانت نسبة مقاومة العزلات تجاه مضاد Oxacillin هي 100%، اما مضاد Methicillin وCloxacillin ، فقد كانت نسبة المقاومة 98.7 % و97.4 % على التوالي. وكانت نسبة مقاومة مضاد Cephalexin وCefixim هي 93.5 % و76.6 % على التوالي، اما مضاد Rifampicin وVancomcin فقد كانت نسبة مقاومتها 67.5 % فيما كانت نسبة مقاومة Azithromycin وLevofloxacin وBacitracin هي 49.3%، 70.1 %، 93.5 % على التوالي.اختيرت العزلة الكفؤة رقم (19)، وحدد التركيز المثبط الادنىminimum inhibitory concentration (MIC) لمضاد المثيسلين والذي كان تركيزه (32) مايكروغرام / مل.اختبر تاثير مادة CD - Cholesterol، وCholesterol ، وCD ، وMethicillin ، وPbs في فعالية ذيفان الهيمولايسين وكان معيار التحلل Hemolytic Titer هو : 8، 32.768، 65.536، 140.737.488.355.32، E+254.961408 على التوالي.واختبر تاثير المواد نفسها في انتاجية ذيفان الهيمولايسين وكانت النتائج على الاتي : 67.108.864، 549.755.813.888، 274.877.906.944، 576.460.752.303.360، 3.96140812E+25 على التوالي.وقد نقي الذيفان جزئيا بطريقة الترسيب باستخدام كبريتات الامونيوم، واختبرت فعالية الذيفان في حل كريات الدم الحمراء بطريقة الانتشار في الحفر.واختبرت التجربة فعالية الذيفان المنقى جزئيا داخل الجسم الحي في قرنية عين الارانب المختبرية اذ تكونت مناطق تاكل في القرنية بقطر 7.70 ملم بعد 8 ساعات من الحقن وثبطت فعالية هذا الذيفان داخل الجسم الحي باستخدام مادة CD - Cholesterol مع الذيفان حيث اصبح قطر تاكل القرنية 3.95 ملم.استخدمت مادة CD - Cholesterol بوصفها مادة علاجية من خلال استخدامها على هياة قطرات اضيفت الى العين المصابة بالذيفان وادت الى تناقص منطقة التاكل في القرنية من 7.70 الى 3.95.ويستنتج من الدراسة الحالية : اهمية استخدام CD - Cholesterol في تثبيط ذيفان الفا - هيمولايسين في داخل وخارج الجسم الحي وما لهذه المادة من اهمية في المجالات التطبيقية وفي الوقاية من تاثيرات الذيفان وقدرته التحللية للخلايا | In this study, one hundred and ten clinical samples were obtained from hospitals patient at many hospitals of Baghdad governorate : Baghdad teaching hospital, , Ibn - EL Balady hospital, educational laboratories, Protect child teaching hospital, Al - kendi hospital . The types and the numbers of clinical samples were distributed as (15) samples from urinary tract infect , (20) samples from burns infection , (46) samples from wounds, (17) samples from blood, (12) samples from ear, mouth and eyes infections . In this study (77) isolates were diagnosed as cocci cluster gold by giving positive result for catalase test and coagulase enzyme test and the other biochemical tests such as fermentation of mannitol under aerobic conditions and the ability of some isolates to hemolysis blood . S. aureus isolates distributed as follows : (9) isolates from blood samples, (36) isolated from wounds, (13) isolates from burns, (9) isolates from ear, mouth and eyes infection, (10) isolates from urinary tract infections.The isolates showed the ability to form biofilm (35) isolates (45.45%) out of 77 isolates and the other isolates could not form biofilm were : (42) isolation (54.54%),. The results showed that the proportion of isolates producing α - hemolysin was (32) (41.55%) isolates were either non - producing toxin : (45) isolates. The isolates were tested sensitivity to antibiotics and showed proportion of resistant toward Oxacillin which was 100% , Methicillin and Cloxacillin resistance ratio was 98.7% and 97.4%, respectively.The proportion of resistant to Cephalexin and Cefixim were 93.5% and 76.6%, respectively, while the Rifampicin and Vancomcin resistance ratio were 67.5%, while the proportion of resistant to Azithromycin and Levofloxacin and Bacitracin were 49.3%, 70.1%, 93.5%, respectively. The chosen isolate was ( number 19), select the minimum inhibitory concentration (MIC) of methicillin which were (32) micrograms \ ml. Tested the effect of CD - Cholesterol ,Cholesterol ,CD ,Methicillin and Pbs on the activity of toxin α - hemolysin and the hemolytic Titer is : 8 ( line A, well 3), 32.768 (line B, well 4), 65.536 (line B, well 5), 140.737.488.355.32 (line D, well 12) , 4.961408E + 25 (line G, well 12) respectively. It also has been testing the effect of the same material on the productivity of toxin α - hemolysin and the results were respectively : 67.108.864 (line : C well : 3), 549.755.813.888 (line : D ,well : 4), 274.877.906.944 (line : D, well : 3) , 576.460.752.303.360 (line : E, well : 12) , 3.96140812E + 25(line : H, well : 12) respectively.The toxin α - hemolysin was purified by using ammonium sulfate precipitation, and tested the effectiveness of the toxin on the red blood cells by using wells diffusion method . purified toxin was injected inside the living body in the cornea of rabbits eye, and the erosion of cornea where formed with diameter : 7.70 mm after 8 hours of injection but the other eye that injected with CD - Cholesterol that mix with toxin where the erosion diameter was3.95mm.CD - Cholesterol was used in treatment as a drops which added to the affected eye and led to a decrease in corneal erosion area from7.70 mm to3.95.mm We follows from the present study : The importance of using CD - Cholesterol in the inhibition of alpha - toxin inside and outside the living body and the importance of this study in applied medical fields and in the prevention the effects of the toxin on the cells.

انتاج وتوصيف Protease من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من بعض الحالات السريرية وعلاقته ببعض المضادات الحيوية == Production and Characterization of Protease from Pseudomonas aeruginosa Isolated from Some Clinical Cases and its Relation with some Antibiotic Agent

Author name: رنا مجاهد عبد الله الشويخ
Supervisor name: سمير فتح الله سمعان | سعود رشيد العاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت (170) عينة من حالات مرضية مختلفة التي تضمنت (35) مسحة من الجروح و(47) مسحة من الحروق و(25) مسحة من حالات التهابات الاذن الوسطى فضلا عن عينات الادرار التي تضمنت (63) عينة وجمعت العينات من مستشفى الكاظمية التعليمي للمدة من 1 - 5 - 2005 ولغاية 1 - 8 - 2005 .  تم تشخيص (50) عزلة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa اذ زرعت على اوساط اغنائية وتفريقية لغرض العزل الاولي ثم اخضعت المزارع البكتيرية للفحوصات المجهرية والبايوكيميائية لغرض تشخيصها ، ثم استخدمت عدة الفحصapi20E للتشخيص النهائي لهذه العزلات ، اذ تضمنت (8)عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa (16%) من حالات التهاب الجروح ، (16) عزلة (32%) من التهابات الحروق ، (20) عزلة (40%) من حالات التهاب المجاري البولية و(6) عزلات (12%) من حالات التهاب الاذن الوسطى .  اختبرت حساسية بكتريا Pseudomonas aeruginosa ضد (20) مضادا حيويا وقد اظهرت العزلات تباينا واضحا وبنسب مختلفة في مقاومتها للمضادات الحيوية . اذ اظهرت بكتريا Pseudomonas aeruginosa نسبة المقاومة(100%) تجاه مضادات الامبسلين ، الاموكسسلين ، الاموكسسلين / حامض كلافيولونك ،الكلوكساسلين والسيفازولين . بينما بلغت نسبة المقاومة لمضادات السيفاكسيم ، الكاربنسلين ، السيفاتكسيم والسفتازديم (98%) ، (84%) ، (80%) و(78%) على التوالي. وبلغت نسبة المقاومة لمضادات الجنتاميسين ، التوبرامايسين ، الببراسيلين ، النورفلوكساسين ، الاميكاسين والسبروفلوكساسين (52%)، (26%) ، (24%) ،(14%) ،(6%) و(4% )على التوالي . في حين اظهرت جميع العزلات لبكتريا Pseudomonas aeruginosa حساسية عالية (100%) تجاه مضادات الازترونام ، امبينيم والسيفابيم البيفلوكساسين والافلوكساسين .  قدرت التراكيز المثبطة الدنيا (MICs ) للمضادات الحيوية وكانت اعلى نسبة مقاومة لمضادات الاموكسسلين ، السيفاتكسيم والسفتازديم . اما نسبة المقاومة لمضادات الامينوكلايكوسايد فكانت تتراوح (4 - 128) مايكرو غرام / مل للتوبرامايسين ، (4 - 256) مايكرو غرام / مل للجنتاميسين اما لمضاد الاميكاسين فكانت (4 - 128) مايكرو غرام / مل. في حين اظهرت قيم MIC حساسية عالية (100%) لمضادي السبروفلوكساسين والسيفابيم.  اظهرت نتائج خلط مضادات السبروفلوكساسين مع كل من الجنتاميسين والسيفتازديم والببراسيلين نتائج مهمة في تخفيف التراكيز المثبطة الدنيا لكلا المضادين المستخدمين لوحدهما ضد هذه البكتريا . كذلك اظهرت نتائج خلط مضادي التوبرامايسين مع السيفتازديم فعالية عالية عند خلطهما معا واستعمالهما ضد بكتريا Pseudomonas aeruginosa . اظهرت (86%) من عزلات بكتريا Pseudomonas aeruginosa قابليتها على انتاج انزيم البروتييز . اظهرت النتائج تاثر انزيم البروتييز الخام ببعض المضادات الحيوية التي ادت الى انخفاض في فعالية الانزيم عند زيادة تركيز هذه المضادات .  كانت الظروف المثلى لانتاج انزيم البروتييز عند استخدام وسط لوريا عند رقم هيدروجيني(8) ولمدة(48) ساعة من الحضن بدرجة حرارة(35) م º . نقي انزيم البروتييز من العزلة Pseudomonas aeruginosa PsaW2 باستخدام كروماتوغرافيا التبادل الايوني DEAE - celluloseوكروماتوغرافيا الترشيح الهلامي بعمود هلام سيفادكس G - 100. قدر الوزن الجزيئي للانزيم المنقى بطريقة الترشيح الهلامي بعمود هلام سيفادكس G - 100 وكان (21379 ) دالتون ، وبلغت درجة الحرارة المثلى لفعالية البروتييز (35) م º والرقم الهيدروجيني الامثل لفعالية وثبات الانزيم كانت (8) . اوضحت نتائج تاثير بعض المثبطات والعوامل المختزلة والكلابية في فعالية الانزيم ، ان فعالية الانزيم قد ازدادت عند معاملته بايونات Ca++ وZn ++ مما يدل انها تلعب دورا في تحفيز وثبات الانزيم ، ولم تثبط فاعلية الانزيم بوجود العوامل المختزلة مثل السستين ، بينما تثبط فعالية الانزيم بوجود العوامل الكلابية EDTA .  اظهر انزيم البروتييز المنقى من بكتريا Pseudomonas aeruginosa فعالية عالية عند خلطه مع مضادي الفانكومايسين والسيفازولين في علاج التهابات العيون في الارانب والمتسبب عنها بكتريا Staphylococcus aureus . |  One - hundred and seventy swab samples were collected from different cases including (35) wound and (47) burn infection , (25) otitis media and (63) samples from urinary tract infections from Al - Kadhymia Teaching Hospital in Baghdad city . The study period was from 1 - 5 - 2005 to 1 - 8 - 2005 .  Fifty isolates of Pseudomonas aeruginosa were identified using different microscopical , cultural characteristics and biochemical tests . Final identification of bacteria were performed by using api20E system. The isolates were 8(16%) from burn infections , 20(40%) isolates from urinary tract infections , 16(32%) isolates from burn infections and 6(12%) isolates from otitis media . The sensitivity of Pseudomonas aeruginosa isolates was been tested against (20) antibiotics showed isolates version resistance with different percentage against antibiotics .Pseudomonas aeruginosa exhibited (100%) resistance to Ampicillin , Amoxycillin , Amoxycillin / clavulanic acid, cloxacillin and cefazolin .While percentages of resistance to cefixime , carbencillin, cefotaxime and ceftazidime were (98%) ,(84%) ,(80%) and ( 78%) respectively .Resistance percentages to Gentamicin ,Tobramycin , Piperacillin , Norfloxacillin , Amikacin and Ciprofloxacine were (52%),(26%),(24%),(16%),(14%)and(4%) respectively. All isolates of Pseudomonas aeruginosa were highly sensitive (100%) to Aztronam , imipenem , cefepime , P - ofloxacin and ofloxacin .  Minimum inhibitory concentrations of Amoxycillin , cefotaxime , ceftazidime and piperacillin showed higher percentage of resistance . While resistance to aminoglycoside antibiotics including Tobramycin was (4 - 128) μ g / ml , Gentamicin was (4 - 256) μ g / ml and Amikacin was (4 - 128) μ g / ml . On the other hand , all bacterial isolates were susceptible (100%) to Ciprofloxacine and Cefepime .  Combinations of Ciprofloxacine with Gentamicin , ceftazidime and piperacillin gave interesting results against the local bacterial isolates in reducing their MIC values . Tobramycin and ceftazidime gave an obvious decrease in MIC values after combination of these drugs and used against Pseudomonas aeruginosa . A (86%) of the isolates of Pseudomonas aeruginosa have ability to produce protease enzyme . Enzyme activity was affected by some antibiotics . This activity was reduced with increasing the concentrations of these antibiotics . The optimum conditions for protease production were in LB medium with a pH (8) after (48) hrs of incubation at (35) C .  Purification of the protease was done using ion exchange chromatography DEAE - cellulose and gel filtration with sephadex G - 100 .  Molecular weight of the purified protease was measured by sephadex G - 100 and it was found to be around (21379 ) Dalton . The optimum temperature of enzyme activity was (35) C . However , the pH (8) was for activity and stability of this enzyme .  Zn++ and Ca++ ions may play a role in the enhancement and stability of the enzyme . Enzyme activity was not inhibited in the presence of reducing agent such as Cysteine , but it was inhibited in the presence of EDTA .  Pseudomonas aeruginosa purified enzyme shows a high activity when combined with Vancomycin and cefazoline and used for the treatment of the eye infection in rabbits caused by Staphylococcus aureus .

دراسة تاثير بعض الاحماض الدهنية على فعالية انزيمات المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من حالات الحروق == Study the effect of some fatty acids on the enzymes activity of Staphylococcus aureus isolated from burns

Author name: رنا عبد الكريم رشيد
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 157 عينة مسحة من المرضى المصابين بالحروق من ثلاث مستشفيات في مدينة بغداد للفترة من شهر تشرين الثاني 2006 ولغاية اذار 2007 . زرعت هذه المسحات على اوساط مناسبة لعزل البكتريا . • اظهرت النتائج ايجابية 144 مسحة لتلوثها بالبكتريا ، وبنسبة 91.7% ، فيما كانت 13 مسحة منها سالبة ، وبنسبة 8.3% .• عزلت 50 عزلة من بكتريا المكورات العنقودية الذهبية Staphylococcus aureus بنسبة عزل 31.8% ، وشخصت باستخدام الاختبارات المظهرية والكيميائية الحياتية الخاصة بها .• قاومت جميع العزلات (50 عزلة) مضاد الاوكساسلين ، فضلا عن قدرتها على النمو في وسط اكار الاوكساسلين (Oxacillin agar) ، وبذلك كانت مقاومة للمثسلين (Methicillin resistant Staphylococcus aureus) (MRSA) وبنسبة 100% .• تم التحري عن حساسية العزلات تجاه 21 مضادا حيويا ضمن مجاميع مختلفة ، اذ اظهرت النتائج مقاومة عالية للعزلات البكتيرية لمعظم المضادات الحيوية قيد الدراسة ، في حين كان المضاد الجرثومي الفانكومايسين اكثر المضادات فاعلية ضد بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين ، اذ لم تظهر اي عزلة من العزلات مقاومة له ، وكانت العزلتان R120 وR148 الاكثر مقاومة ، اذ قاومتا عشرين مضادا ، فيما كانتا حساستين للفانكومايسين فقط .• اوضح اختبار Minimum inhibitory concentration (MIC) للاحماض الدهنية ضد العزلتين R120 وR148 ان حامض اللاورك هو الاكفا في تثبيط نمو البكتريا ، اذ بلغت قيمة MIC 0.4 ملغم / مل ، في حين بلغت قيم MIC لكل من حامض المايرستك واللينوليك والبالمتك والاوليك ( 1.6، 1.6، 6.4، 25.6) ملغم/ مل على التوالي .• اختبرت قابلية العزلتين R120 وR148 على انتاج انزيم البروتييز باستخدام وسط غراء كولومبيا الحاوي على الحليب الفرز ، واعتمادا على ظهور هالة شفافة حول المستعمرات كانت نسبة التحلل للعزلتين المدروستين 2.5 ، 2.7 وعلى التوالي . ولذا فقد انتخبت العزلة R148 لاختبار تاثير الحامض الدهني في فعالية انزيم البروتييز فيها . • حضرت تراكيز متعددة من حامض اللاورك (0.0125 ، 0.025 ، 0.05 ، 0.1 ، 0.2 ، 0.4 ، 0.8 ، 1.6) ملغم / مل ، واختبر تاثيرها على فعالية انزيم البروتييز ولوحظ انخفاض الفعالية عند التراكيز المدروسة ،اذ بلغت الفعالية معدل 2.36 وحدة / مللتر وبنسبة مئوية تبلغ 79.73% عند تركيز 0.0125 ملغم/ مل من الحامض لتنخفض الى معدل 0.69 وحدة/ مللتر ، ونسبة 23.31% عند تركيز 1.6 ملغم / مل من الحامض .• اختبر تاثير التراكيز المختلفة من حامض اللاورك على وقت تكون الخثرة بوساطة انزيم مخثر البلازما (Coagulase) ، اذ تاخر تكون الخثرة الى الساعة الثانية من اجراء الاختبار عند التركيز 0.05 ملغم/ مل ، في حين كان التاثير الاكبر عند التراكيز ( 0.4، 0.8 ، 1.6) ملغم / مل ، اذ تكونت الخثرة بعد مرور 18 ساعة من اجراء التجربة .• تم تقييم تاثير التراكيز المختلفة لحامض اللاورك على فعالية انزيم الهيمولايسين ، اذ لوحظ انخفاض الفعالية عند التراكيز المدروسة ، فعند تركيز 0.0125 ملغم/ مل من الحامض وتخفيف 1/2 بلغت النسبة المئوية للفعالية 52.9% ، لتنخفض هذه النسبة عند تركيز 0.2 ملغم/مل من الحامض ، وتخفيف 1/2 الى 5.9%. | A total of 157 samples of burn swabs were collected from three hospitals in Baghdad during November 2006 to March 2007. Culturing of the samples was done on suitable media to isolate the bacteria.• The results showed that 144 swabs were positive for bacterial contamination (91.7%), while 13 swabs were negative ( 8.3%).• Fifty isolates of Staphylococcus aureus were isolated (31.8 %), the identification was accomplished using morphological and biochemical tests.• All isolates (50 isolates) were resistant to oxacillin and could grow on oxacillin agar , thus they were resistant to methicillin (Methicillin resistant Staphylococcus aureus ) (MRSA) at 100%.• The sensitivity of the isolates against (21) antibiotics was investigated using different groups of antibiotics , the results showed high resistance of isolates to many antibiotics which have been used in the study , while they were sensitive to vancomycin and the two selected isolates - R120, R148 were sensitive to vancomycin only and resistant to all 20 antibiotics .• The minimum inhibitory concentration (MIC) test for fatty acids to the two isolates R120, R148 showed that lauric acid was the best fatty acid in inhibiting bacterial growth when the MIC reached 0.4 mg/ ml while the other fatty acids (Myristic, Linoleic, Palmitic and Oleic ) MIC reached to (1.6, 1.6, 6.4, 25.6) mg/ml respectively .• The ability of the two isolates (R120, R148 ) to produce protease was detected on solid media ( Skim milk Columbia agar) and depending on the development of clear zone the lysis ratio was 2.5 , 2.7 respectively , therefore the R148 isolate was chosen to detect the fatty acid effect on its protease activity .• Multiple concentrations of lauric acid have been prepared (0.0125, 0.025 , 0.05 , 0.1 , 0.2 , 0.4 , 0.8 , 1.6 ) mg/ml and tested for its effect on protease activity . The obtained results showed that the activity decreased at the concentrations studied. The activity reached an average of 2.36 unit/ ml and a percentage of 79.73% at the concentration 0.0125 mg/ ml of the acid , and then reached an average of 0.69 unit/ ml and a percentage of 23.31% at the concentration 1.6 mg/ ml of the acid.• The effect of different concentrations of lauric acid on the time of clot formation by coagulase have been tested . The clot was formed at the 2nd hour of the test at the concentration 0.05 mg/ml while the highest effect was at the concentrations (0.4 ,0.8 ,1.6) mg/ml as the clot was formed after 18 hours from the beginning of the test .• The effect of the different concentrations of lauric acid on the activity of haemolysin was evaluated . A decrease in activity at the concentrations studied was noticed. The activity reached to 52.9% at the concentration 0.0125 mg /ml of acid and the dilution 1/2 then the activity decreased to 5.9% at the concentration 0.2 mg/ml and dilution 1/2

مسح لمسببات التلوث البكتيري في وحدة الكلية الصناعية وحساسيتها للمضادات الحيوية في بعض مستشفيات مدينة بغداد == Survey of Bacterial contamination in Dialysis Unit and antibiotics susceptibility in some hospitals in Baghdad

Author name: زياد طارق نعمان شهاب
Supervisor name: نزار ادور ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تـم في هذه الدراسة جمع (204) عينة من مستشفيات مدينة بغداد ، وهي كـل مـن ( مستشفى بغداد التعليمــي/ وحدة الكلية الصناعية. ومستشـفى الكرامة التعليمـي / وحدة الكلية الصـناعية ) ، للفـترة مـن كانون الاول 2009 لغاية منتصف اذار 2010 .شملت العينات مسحات من بيئة وحدة الكلية الصناعية التي تضمنت 12 موقـعا وهي كـل من ( الاسرة والمفروشات والارضـية والجـدران والسـطح الخارجي لجـهاز الديـلـزة وجلد المرضى الراقـدين والادوات الطـبية ذات الاسـتخدام الــيدوي وملابـس الكادر الطـبـي وانابيـب دخول وخـروج الماء داخـل جـهاز الديـلزة وفتحات جـهاز الـتبريد والــتدفئـة وادوات الطـعام والاثاث الخشبي والمغاسـل فضلا عن عـينات من هـواء الصالـة وتم الحصول على النتائج الاتية : 1 - كان عدد المسحات والعينات الموجبة (95) عينة من ( 204 ) عينة وبنسبة (%46.56) واحتوت بعـض المسحات على اكثر من عزلة بكتيرية واحدة .2 - تم الحصول على (139) عزلة اجمالية من مجـموع العـينات الموجـبة كان مـنها (122) عزلة بكتيرية نقية مشخصة . شملت هذه العزلات كل من بكتريا Staphylococcus spp. وAcinetobacter spp. وPseudomonas spp. وKlebsiella spp. وCitrobacter freundii وEscherichia coli وEnterobacter spp. وAlcaligens spp. وStenotrophomonas maltophilia وBordettella spp. وOchrobacter anthropi وProteus spp. وShigella spp. وFlavomonas oryzihabitans وPasturella pneumotropica وChrysemonas lutula وBacillus spp. وNocardia spp. وEnterococcus spp. . فقد تم تشخيص هذه الـعزلات عن طريق الصـفات المظهرية والمزرعـية للمستعمرات وكـذلك عن طريـق الفحص المجهري للخلايا وباستخدام الفحوصات الكيموحياتية فضلا عن استخدام فحص API test لغرض التشخيص الدقيق للعزلات .3 - اظهرت العينات الماخوذة من هـواء الصالة والمغاسل نسبة عالية من الثلوث فقد كانت نسبة التلوث لكل منهما (%81.8) بعـدها جاءت الارضية والجـدران تلـيها الاسرة والمفروشات وبنسبة تلوث للعينات الماخوذة بلغت (%58) و(%53) على التوالي .4 - كانت بكتريا المكورات العنقودية الاكثر انتشارا في بيئة وحدة الكـلية الصناعية حيث تم الحصول على (47) عـزلة منها وبنسبة (%38.5) من اجمالي العزلات والتي كانت (122) عـزلة مشخصة . 5 - كانت بكتريا Acinetobacter spp. الاكثر انتشارا من بين العصيات السالبة لصـبغة كرام بعدد عزلات بلغ (15) عزلة من اصـل (65) عزلة سالبة لصبغة كرام وبنسـبة مئوية بلغت (%23.07) من مجموع العـزلات السالبة لصبغة كـرام ونسبة (%12.2) من مجموع العزلات الكلية، تليها كل من بكتريا Pseudomonas spp. وKlebsiella spp. وبنسب مئـوية بلغت (%10.6) و(%4.9) على التوالي من مجموع العزلات الكلية6 - تم التحري عن حساسية (70) عزلة بكتيرية مختلفة لاثني عشر مضادﴽ حيويا وهي كـل Amikacin وAmoxicillin / clavulanic acid وCiprofloxacin وCefotaxim وCefexime وChloramphenicol وGentamycin وPiperacillin وTrimethoprime وOfloxacin وVancomycin وNalidixic acid .7 - اظهرت بكتريا Staphylococcus aureus مقاومة عالية جدا تجاه المضاد الحيوي Cefexime فقد بلغت نسبة مقاومة هذا المضاد (%100) ، كما اظهرت العزلات مقاومة مرتفعة تجاه كل من المضادات الحيوية Cefotaxime وGentamycin وNalidixic acid حيث بلغت نسبة المقاومة لهذه المضادات (%60) . في حـين اظهـرت هذه العـزلات مقاومة منخفـضة تجاه كـل مـن المضادات Chloramphenicol وCiprofloxacin وOfloxacin وبنسبة مئوية بلغت (%10) لكل مضاد. 8 - اظهرت بكتريا Staphylococcus epidermidis مقاومة بنسبة (%100) للمضاد الحيوي Cefexime ، في حـين كانت نسـبة مقاومة البـكتريا للمـضاد الحـيوي Cefotaxime هـي (%58) كـما كانت نسـبة مقاومتها للمـضادات الحـيوية Nalidixic acid وTrimethoprime (%50) لكـل مـن هذه المـضادات. 9 - كانت بكتريا المكورات العنقودية جميعها حساسة بنسبة (%100) للمـضاد الحيوي Amikacin .10 - اظهرت بكتريا Pseudomonas spp. مقاومة عالية تجاه المضادين Cefotaxime وNalidixic acid وبنسبة مقاومة بلغت (%66) كما كانت نسـبة مقاومة كـل من المضادين Trimethoprim وVancomycin (%55.5) و(%44.4) على التوالـي في حين لم تظهر مقاومة للبكتريا تجاه المضاد الحيوي Amikacin وPiperacillin وOfloxacin وAmoxicillin/ Clavulanic acid .11 - كانت عزلات بكتريا Klebsiella spp. مقاومة بنسبة (%100) لكل من المضادات الحيوية Cefixime وTrimethoprim وVancomycin ، كما اظهرت البكتريا نسـبة مقاومة للمضادات الحـيوية Cefotaxime وPiperacillin وAmoxicillin/Clavulanic acid بلـغت (%66.6) ، يلـيها المضاد الحـيوي entamycin بنسبة مقاومة بلغت (%50) . وكانت بكتريا Klebsiella spp. البكتريا الوحيدة التي اظهرت نسبة مقاومة للمـضاد الحيوي Amikacin بلـغت (%16.6) .12 - تم اجراء فحص MICs لخمسة من المضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة وهي Amikacin وAmoxicillin / Clavulanic acid وCefotaxime وGentamycin وCiprofloxacin . على البكتريا الاكثر حساسية او الاكثر مقاومة واظهرت العزلات جميعها التي اجري لها الاختـبار نسبة MICs واطـئة تجاه المضاد الحيوي Amikacin حيث تراوحت بين (8 - 1) مايكروغرام/مليلتر حيث كانت العزلات حساسة بشكل كبير للمضاد الحيوي المذكور.13 - اظهرت العزلات قيم MICs مرتفعة للمضاد الحيوي Cefotaxime حيث تراوحت القيم ما بين (128 - 2) مايكروغـرام/ مليلتر بالنـسبة لبكـتريا S. aureus في حين تراوحت القيم مابين (512 - 8) مايكروغرام/مليلتر بالنسبة لباقي المكورات العنقودية السالبة لفحص Coagulase ، اما بالنسبة لعزلات كل من بكتريا Klebsiella spp. وAcinetobacter spp. فـقد كانت قـيم MICs لها للمضاد المذكور تتراوح مابين (512 - 2) مايكروكرام / مليلتر . في حين اظـهرت عزلات بكتريا Pseudomonas spp. قيمMICs منخفضة للمضاد نفسـه حيث تراوحت القيم بين (2.0 - 0.25) مايكروكرام / مليلتر . | In this study has collected (204) samples from the hospitals of Baghdad, these are (Baghdad teaching hospital/Dialysis unit & AL karama teaching hospital/ Dialysis unit), for the period of December 2009 to March 2010.The samples included swabs ofartificial kidney unit environment that has 12 positions these are (beds, furniture, ground, walls, external surface of dialysis, skin of asleep patients, medical instruments - use manual, clothes of medical stuff, tubes of enter and out water inside of dialysis, slots cooling and heating device, Eating utensils, wooden furniture &sinks as well as samples of hall air and it has obtained the following results : 1 - The number of swabs & positive samples was (95) sample from (204) sample in the rate of (46.56%) some of swabs contain more than one bacterial isolate.2 - It has obtained (139) total isolate from the positive samples amount (122) of that were bacterial pure diagnostic isolates all of these isolates included the following kinds of bacteria : Staphylococcus spp., Acinetobacter spp., Pseudomonas spp., Klebsiella spp., Citrobacter freundii, Escherichia coli, Enterobacter spp., Alcaligens spp., Stenotrophomonas maltophilia, Bordettella spp., Ochrobacter anthropi, Proteus spp., Bacillus spp., Chrysemonas lutula, Pasturella pneumotropica, Nocardia spp. and Enterococcus spp. They have diagnosed these isolates by Phenotypic & farming characteristics of colonies & by Microscopic examination for cells by using bio - chemical tests as well as using API test for the purpose of accurate diagnosisfor isolates.3 - The samples taken from the hall air and sinks showed a high rate of pollution that were (81.8%) for every sample after that they were ground followed by beds, furniture, And by contamination of the samples taken at (58%) and (53%) respectively.4 - Staph bacteria were most prevalent in the environment of artificial kidney unit was obtained (47) isolate of them at (38.5%) of the total isolates, which was (122) diagnosed isolate.5 - Acinetobacter spp. were most prevalent among the negative bacilli of gram stain in the number of isolates was 15 out of 65 negative isolate of gram stain and a percentage amounted to 23.07% of the total isolate Followed by Pseudomonas spp. & Klebsiella spp. at (10.6%) & (4.9%) of the total isolates respectively.6 - It was investigated for sensitivity (70) bacterial isolates of twelve different antibiotics and are all of the : Amikacin, Amoxicillin /clavulanic acid, Ciprofloxacin, Cefotaxim, Cefexime, Chloramphenicol, Gentamycin, Piperacillin, Trimthoprime, Ofloxacin, Vancomycin and Nalidixic acid.7 - Staphylococcus aureus showed very high resistance to the antibiotic Cefaxime The ratio of this counter - resistance (100%), isolates also showed high resistance to both antibiotics Cefotaxime, Gentamycin & nalidixic acid Where the percentage of resistance to these antibiotics (60%).While these isolates showed low resistance to both antibiotics Chloramphenicol, Ciprofloxacin & Ofloxacin at (10%) to both antibiotic.8 - Staphylococcus epidermidis showed resistance by (100%) to antibiotic Cefexime, while the ratio of bacteria resistance to antibiotic Cefotaxime is (58%) also it was the resistance ratio to the antibiotics Nalidixic acid & Trimethoprime (50%) to both of these antibiotics.9 - Staphylococcus bacteria were all sensitive (100%) for antibiotic Amikacin.10 - Pseudomonas spp. Showed high resistance to both antibiotics Cefotaxime & Nalidixic acid by resistance reached (66%) it was also the resistance ratio of both antibiotics Trimethoprim & Vancomycin (55.5%) & (44.4%) respectively While did not show resistance to the bacteria to the antibiotic Amikacin, piperacillin, Ofloxacin & Amoxicillin/Clavulanic acid.11 - Bacteria isolates Klebsiella spp. Were resistant to every antibiotics Cefixime, Trimethoprim & Vancomycin by (100%), bacteria also showed resistant ratio for antibiotics Cefotaxime, Piperacillin & Amoxicillin/Clavulanic reached (66.6%), followed by antibiotic Gentamycin by resistant reached (50%). Klebsiella spp. Were the only bacteria that showed resistant ratio for antibiotic Amikacin reached (16.6%).12 - It has measured MICs test for five antibiotics that used in in the study these are : Amikacin & Clavulanic acid/ Cefotaxime, Amoxicillin, Gentamycin & Ciprofloxacin. on the bacteria most sensitive or most resistant and all isolates that tested showed low MICs ratio to antibiotic Amikacin where ranged between (1 - 8) microgram/milliliter where the isolates were sensitive to mentioned antibiotic geatly.13 - The isolates showed MICs values increased to antibiotic Cefotaxime where the values ranged between (2 - 128)microgram/milliliter to S. aureus while the values ranged between (8 - 512) microgram/milliliter to the remain negative Staphylococcus bacteria of Coagulase test, as for isolates of Klebsiella spp. & Acinetobacter spp. The values of their MICs for the mentioned antibiotic ranged between (2 - 512) microgram/milliliter. While the bacteria isolates Pseudomonas spp. MICs values were low for the same antibiotic where values ranged between (0.25 - 2.0)microgram/milliliter.

التحري عن بعض جينات عوامل الضراوة لبكتريا Cronobacter sakazakii المعزولة من حليب الاطفال الرضع المجفف وعينات سريرية == Detection of some virulence factors genes of Cronobacter sakazakii isolated from Powder infant formula and clinical samples

Author name: ذاريات عبد الرحمن مطلك الجبوري
Supervisor name: لمى عبد الهادي زوين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة لعزل وتشخيص بكتريا Cronobacter sakazakii من حليب الاطفال المجفف ومن الحالات السريرية لاطفال دون عمر السنتين . اذ جمعت230) ) عينة، شملت (30) عينة حليب اطفال لاعمار مختلفة دون عمــــــــــر السنتين من الاسواق المحلية في بغداد, و(200) عينة سريرية، تضمنت 50 عينة من كل من (سائل النخاع الشوكي ودم وخروج وبول) من مستشــــــــفى مدينة الطب (حماية الاطفال ) ومستشفى الطفل المركزي، للمدة من الاول من ايلول 2015الـــــى الاول من كانون الثاني 2016م. زرعت العينات على اوساط زرعية خاصة، اذ زرعــــــــــت عينات (الحليب) على وسط Violet red bile glucose agar وزرعت العينات (السريرية) على وســــــــــــــــــــــــــــط MacConkey agar، وزرعت جميع العينات (الحليب والسريرية ) علــــــــــــــــــى وسط Tryptone soy agar ، ثم زرعت على وسط Biriiltent Enterobacter sakazakii agar. شخصت العزلات بالفحوصات المجهرية والمزرعية والكيموحيوية ، فضلا عن التشخيص باستعمال جهاز Vitek - 2 اذ امكن الحصول على 19 عزلة، وكانت جميعها تعود لبكتيريا Cronobacter sakazakii، وتضمنت 6 عزلات بنسبة تلوث 9.09 % (اذا كانت عزلة واحدة من عينات حليب Novolac Allernova وعزلتين من عينات حليب Novolac AD وثلاث عزلات من عينات حليــــب Dialak1) و13 عزلة بنسبة تلوث 6.5 % (موزعة بواقع 6 (%12) عزلات من عينات سائل النخاع الشوكي و7 ( %14) عزلات من عينات الدم) ولم يتم الحصول على البكتريا من عينات الخروج والبول. بينت نتائج التحري عن بعض عوامل الضراوة مظهريا بان جميع العزلات البكتيرية كانت قادرة على احداث حركة Swimming بقطر يتراوح بين ( 9 - 1ملم ) وSwariming بقطر يتراوح بين 40 - 1)ملم) , وقدرتها ايضا على تكوين الغشاء الحيوي Biofilm باستخدام ثلاث طرائــــــــــق، اذ بينت النتائـــج قدرة العزلات البكتيرية علـــــــى تكويــــــــن الغشاء الحيوي بطريقــــــــــــــة التخطيط على وسط احمر الكونغو الصلب Congo red agar اذ ان 16 عزلة من اصل 19 عزلة تعود لبكتريا C.sakazakii بنسبة 84.21% قادرة على تكوين الغشاء الحيوي على وسط احمر الكونغو الصلب التي هي 4 عزلات بكتيرية بنسبة 21.05% كانت منتجة للغشاء الحيوي وبشكل قوي 10 عزلات بكتيرية بنسبة 52.63% كانت منتجة للغشاء الحيوي وبشكل متوسط وعزلتين بكتيريتين بنسبة 10.52% كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل ضعيف، في حين كانت 3 عزلات بكتيرية بنسبة 15.79% غير قادرة على تكوين الغشاء الحيوي ، اما طريقة Tubes method كانت جميع العزلات قادرة على تكوين الغشاء الحيوي، فقد وجد ان 4 عزلات بكتيرية بنسبة %21.05 كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل قوي، و13 عزلة بكتيرية بنسبة 68.42 % كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل متوسط ، وعزلتين بكتيرية بنسبة 10.53 % كانت منتجة للغش اء الحي وي بشكل ضعيف ، وطريقة Microtiter plate method اذ ان 9 عزلات بكتيرية بنسبة %47.37 كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل قوي و8 عزلات بكتيرية بنسبة 42.11 % كانت منتجة للغشاء الحيـــــــــوي بشكل متوسط وعزلتين بكتيرية بنسبة %10.53 كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل ضعيف . اظهرت نتائج فحص الحساسية باستعمال جهاز Vitek - 2 كونه اكثر كفاءة مقارنـــــــــــــــة بالطريقة التقليدية اتجاه 18 مضــــ ادا حيويــــ ا لتحديد التركـــــ يز المثبـــــــــــــــــط الادنـــ ـى( MICs) Minimum Inhibitory Concentration, وبينت النتائج ان جميع العزلات البكتيرية كانت حساسة Sensitive بنسبة 100% لعدد من المضادات الحيوية المستعملة في الـــدراسة وهـــــــــــي Ampicillin - Sulbactam وCefotaxim وCefpodoxime وCeftazidime وCiprofloxacim وGentamicin وImipenumو Levofloxacin وMeropenem وTazobactam - Piperacillin وTrimethoprim - Sulfamethoxaole وTigecyclin. بينما اختلفت العزلات البكتيرية فكانت مقاومة Resistance او متوسطة المقاومة، اذ كانت نسبة المقاومة اتجاه المضاد الحيوي Cefuroxim وCefuroxim Axetil بنسبة 5.26 % على التوالي، في حين كانت متوسطة الحساسية اتجاه المضاد الحيوي Ampicillin بنسبة %5.26 وللمضاد Cefuroxim بنسبة %15.79, وللمضاد Cefuroxim Axetilبنسبة 52.63% وللمضاد Nitrofurontion بنسبة %15.79 . تم التحري عن بعض جينات الضراوة لبكترياC.sakazakii وتضمنت هذه الجينات كلا من ompA( الذي يشفر عن بروتين A للـ Outer membrane ) وzpx (الذي يشفر عن انزيم Proteases) وfliD ( الذي يشفر عن (Flagella (D)واظهرت النتائج وجود هذه الجينات بنسبة 100% في جميع العزلات. | This study was conducted to isolate and identification of Cronobacter sakazakii from children milk powder and clinical cases of children under two years . It collected (230) samples , included (30) sample children's milk for various ages under two years from the local markets in Baghdad, and (200) from clinical cases , which included (50) samples from each of the (Cerebrospinal Fluid and blood and stool and urine) of the Medical City Hospital ( the protection of children) from Central Children Hospital and Children's Protection Educational Hospital during the period between 1/9/2015 to 1/1/2016. Specimens planted among agricultural private, as planted specimens (milk) to the center of Violet red bile glucose Agar and planted specimens (clinical) at the center of MacConkey agar and planted all samples (milk and clinical) on the central Tryptone soy agar, then planted on the central Biriiltent Enterobacter sakazakii agar. Diagnosed isolates tests microscopic farm and biochemical, as well as diagnostics using Vitek - 2 device as possible to get 19 in isolation, they were all returned to the Cronobacter sakazakii, included (6 (9.09%) isolates included isolation of one isolate from Novolac Allernova and two isolate from Novolac AD and three isolates from Dialak1 ) and 13 isolated (6.5%) included ( 6 (12%) isolates from CSF and 7 (14%) isolates from blood) don't found in stool and urine samples. The results of the investigation of some virulence factors shoewd that all bacteria isolates were able to Swimming motility with a diameter ranging (9 - 1 mm) and Swariming motility with a diameter ranging (40 - 1 mm) and so their ability form biofilm by using three methods. The results show the ability of isolates to form biofilm by using Congo red media methods where it 16 out of 19 isolated bacteria belonging to C.sakazakii increased by (84.21%) able to form biofilm on the central Congo red steel which is 4 (21.05%) were strong production biofilm , 10 (52.63%) were intermediate production biofilm and 2 (10.52% ) were weak biofilm formation , while the 3 (15.79%) unable to form biofilm, The tubes method were all isolates were able to form biofilm, it were found that 4 (21.05%) isolates strong, and 13 (68.42%) intermediate and 2( 10.53%) weak biofilm formation , Microtiter plate method gave 9 (47.37%) isolates strong and 8 (42.11%) intermediate and 2 (10.53%)weak biofilm formation. The susceptibility measured by Vitek - 2 was its more efficient than the traditional methods towards the direction of 18 antibiotic to determine the Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) Minimum. The results showed that all bacterial isolates were sensitive 100% for a number of antibiotics used in the study, a Ampicillin - Sulbactam and Cefotaxim and Cefpodoxime and Ceftazidime and Ciprofloxacim and Gentamicin and Imipenum and Levofloxacin and Meropenem and Tazobactam - Piperacillin and Trimethoprim - Sulfamethoxaole and Tigecyclin. While different bacterial isolates were resistant Resistance or medium resistance, as the proportion of the resistance counter direction vital Cefuroxim and Cefuroxim Axetil was (5.26%) respectively. Whereas , the isolates show intermidate sensitivity towards the Ampicillin with ratio ( 5.26%) Cefuroxim (15.79%), Cefuroxim Axetil (52.63%) and Nitrofurontion (15.79%). Has been investigating some of the genes of pathogenic bacterium C.sakazakii These included genes both ompA (which encodes for Outer membrane protein A) and zpx (which encodes for an enzyme Proteases) and fliD which encodes for (Flagella (D) and the results showed the presence of these genes by 100% in all isolates.

دراسـة مقاومة انواع من البكتريا المعزولة من المرضى لبعض المضادات الحياتية والمركبات الكيمياوية الجديدة == STUDY THE RESISTANCE OF BACTERIAL SPECIES ISOLATED FROM PATIENTS TO THE SOME ANTIBIOTICS AND NEW CHEMICAL COMPOUNDS

Author name: خانزاد خضر جرجيس
Supervisor name: عادل كمال خضر | سوزان سعدي حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 488 عينة ماخوذة من مختلف انواع الاصابات من مختبر الصحة العامة المركزي ومستشفيات محافظة اربيل . اخذت 100 عينة من اشخاص لهم التهابات المجاري البولية، وجمعت 388 مسـحة من التهاب الجروح، الحروق، الاذن، اللوزتين، ملتحمة العين، المهبل والانف . استنبتت هذه العينات على وسطي اكار الدم وماكونكي اكار للتحري عن وجود البكتريا المسـببة للاصابات المتنوعة وتشخيصها . بلغ عدد العينات الموجبة للزرع البكتيري 321 (% 65.77)، فيما كان عدد العينات السالبة 167 (% 34.22)، شــخصت العزلات النامية مظهريا وزرعيا وخواصها الكيموحيوية اذ اهملت جميع انواع البكتريا النامية باســـتثناء S. aureus ، S. epidermidis ، P .aeruginosa ، E. coli . اظهرت نتائج التشخيص البايوكيميائي وجود 67 عزلة (% 20.87) منها تعود الى نوع S. aureus من خلال ايجابيتها لفحص الكاتليز وفحص انتاج انزيم مجلط البلازما، وتخمير سـكر المانيتول، اختزال التليورايت وانتاج انزيم محلل الدنا DNase المقاوم للحرارة كما واظهرت نتائج التشـــخيص وجود 59 عزلة (% 18.38) منها تعود الى E. coli اذ تميزت هذه البكتريا عند تنميتها على وسط EMB (Eosin - methylene blue agar) بمستعمراتها ذات بريق معدني اخضر وتنمو على اكار الماكونكي بشكل مستعمرات وردية لكونها مخمرة لسكر لاكتوز اضافة الى اختبار IMVC كانت موجبة لاختبار الاندول واحمر المثيل فيما كانت سالبة لفحص الفوكس بروسكاور ولم تتمكن بكتريا E. coli من اسـتهلاك السترات فقد اعطت فحصا سالبا لليوريز والاوكســيديز وكذلك وجود 50 عزلة (% 15.57) P. aeruginosa الموجبة لفحص الاوكسيديز والكاتليز واختبار استهلاك السترات وسالبة لاختبار انتاج اليوريز.واظهرت وجود 21 عزلة (% 6.54) تعود الى S. epidermidis منتجة لانزيم الكاتليز وغير منتجة لانزيم مجلط البلازما وانزيم تحلل الدنا DNase وغير مخمرة لســكر مانيتول، ، واستعمل نظام ابي API STAPH ، API 20E لدعم هذه النتائج .شملت الدراسة فحص حساسية العزلات تجاه 33 مضادا حياتيا و9 مركبات كيمياوية . اظهرت بكتريا S. aureus مقاومة عالية للمضادات Penicillin ، Ampicillin، Piperacillin ،Carbenicillin ، Augmentin ، Tetracycline اذ بلغت نسبتها (,90, 100 ,90 80 , 6050 ,) %على التوالي واظهرت هذه العزلات مقاومة اقل للمضاد Rifampicin اذ بلغت نسبتها 5% واظهرت هذه البكتريا مقاومة منخفضة للمضادات Oxacillin ، Cloxacillin ، Imipenem , Amikacin , Ciprofloxacillin , Pefloxacillin , Sulphamethoxazole Trimethoprim اذ بلغت نســـــبتها % 15 على التوالي في حين حصلت استجابة مختلفة للمضادات الحيوية الاخرى . بينت النتائج ان جميع العزلات S. aureus كانت % 100 حساسة لمضاد Vancomycin ، Novobiocin ، Fusidic acid .اظهرت بكتريا S. epidermidis مقاومة عالية للمضادات Piperacillin, Penicillin G , Doxycycline hydrochloride, Ampicillin Carbenicillin ,Tetracycline, Augmentin, اذ بلغت نسبتها % (50,60,70,70,80,90, 100) .اظهرت هذه العزلات مقاومة اقل للمضادات Imipenem Ciprofoxacillin,Rifampicin , ,Pefloxacillin, Fusidic acid , اذ بلغت نســـبتها % (5,10,10,10,10) على التوالي واظهرت جميع عزلات بكتريا S. epidermidis حساسيتها للمضادات Vancomycin , Novobiocin والتي بلغت نســـبتها % 100. اظهرت عزلات P. aeruginosa مقاومة عالية بلغت نسبتها % 100 للمضادات Penicillin G , Ampicillin , Augmentin , Oxacillin , Cloxacillin , Cephalothin , Cephalexin , Cefoxitin , Streptomycin ,Tetracyclin , Doxycycline hydrochloride , Chloramphenicol , Erythromycin , Rifampicin , Nitrofurantoin وSulphamethoxazole Trimethoprim.اظهرت عزلات هذه البكتريا مقاومة اقل للمضادات Amikacin Ciprofloxacillin, Pefloxacillin, Imipenem, Aztreonam,, اذ بلغت نسبتها % (15,20,20,20,25) , بينما اختلفت العزلات في نسبة مقاومتها للمضادات الحيوية الاخرى . اظهرت عزلات E. coli مقاومة عالية للمضادات Penicillin G , Cloxacillin,Oxacillin , Ampicillin Erythromycin, Augmentin, اذ بلغت نسبتها % (90,95,95, 100, 100,100) , اظهرت عزلات هذه البكتريا مقاومة اقل للمضادات ,Gentamicin Ciprofoxacillin , Imipenem Aztreonam , , ,Amikacin,Nitrofurantoin,Pefloxacillin اذ بلغت نسبتها%(5,10,10,10,10,15,15) على التوالي في حين اختلفت العزلات في نسبة مقاومتها للمضادات الحيوية الاخرى . تم دراسة مركبات مشتقة من - 5,5 ثنائي فنيل - 4,2 - ايميدازوليدين دايون (فنتيون) من خلال اجراء تفاعلات قواعد مانيخ مع البارافورمالديهايد والامينات الاولية المعروفة باستخداماتها الدوائية . واختبرت هذه المركبات الكيميائية الجديدة التســعة كمواد مضادة للبكتريا Antibacterial agent باستخدام خمسة تراكيز (0.2,0.1,0.08,0.06, 0.04 ml) . بينت نتائج التحليل الاحصائي ان افضل طريقة هي طريقة التخفيف بالمرق broth dilution وتليها طريقة تخفيف بالاكار . فقد تم التوصل الى وجود فروقات معنوية (P< 0.05) ، بين طريقة التخفيف بالمرق وكل من الطريقتين انتشار القرص والحفرة .جميع المركبات الكيمياوية المحضرة لها تاثيرات قاتلة على كل من S. aureus وS. epidermidis باســـتثناء V,VII حيث وجد ان لهما تاثيرا مثبطا وليـس قاتلا في التراكيز (0.2,0.1,0.08,0.06,0.04ml) في حين اظهرت المركبات I، IV، V، VIII،IX تاثيرات قاتلة على بكتريا P. aeruginosa ، كما وجد ان المركبات II،III، VI، VII لهم تاثيرات مثبطة على هذه البكتريا في التراكيز المذكورة نفسها، كانت جميع المركبات الكيمياوية لهم تاثيرات قاتلة على بكتريا E. coli وفي جميع التراكيز المستخدمة .

الخصائص الحيوية والجزيئية والفعالية ضد الميكروبية للنايسين المنتج من قبل بكتريا subsp. lactis Lactococcus lactis المعزولة من الحليب الخام == Biological, Molecular characteristics and antimicrobial activity of Nisin produced by Lactococcus lactis subsp. lactis Isolated from Raw Milk

Author name: خالد اسماعيل عزيز
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | زيرك فقى احمد عبد الرحمن
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تمت جمع مائة وخمسة واربعون نموذجا من الحليب الخام خلال فترة ما بين تموز الى التشرين الثانى لعام 2013 فى مزارع تربية المواشي لمحافظة اربيل ودهوك .اسفرت النتائج عن الحصول على 45 عزلة من بكتريا L. lactis subsp. lactis تمت تشخيص هذه العزلات باستخدام الصفات المجهرية , المظهرية , البايوكيميائية ,API 20E SYSTEM بالاضافة الى تقنية الـ PCR . اختبرت فعالية العزلات لبكتريا L. lactis subsp. lactis تجاه ثلاثه عشر نوعا من المضادات الحيويه وتباينت العزلات فيما بينهما من حيث استجابتها لاختبار الحساسية وعدد منها مقاومة كالاتي : Cephalothin, Ampicillin, Amoxicillin/ Clavulanic acid, Sulfamethoxazole/Trimethoprim, Cefotaxime, Clindamycin, Ceftriaxone, Nitrofurantoin, Gentamycin, Vancomycin, Ciprofloxacin, Chloramphenicol, and Imipenem.، ونسبة المقاومة كالاتي : 95.55%, 93.33%, 93.33%, 91.11%, 84.44%, 77.77%, 71.11%, 62.22%, 53.33%, 40%, 35.55, 24.44%, 2.22%. على التوالي.اظهرت نتائج جميع العزلات فعالية عالية ضد خمسة انواع من البكتريا المرضية وهى : E. coli, B. subtilis, P. aeruginosa, C. perfringes and S. aureus باستعمال تقنية طريقة الانتشار بالحفر. اظهرت العزلة 41 و15 فعالية عظمى (16mm) (20mm) ضد بكتريا S. aureus وB. subtilis بينما اظهرت العزلة 20 فعالية كبيرة (13mm) ضد بكتريا aeruginosa P.. عموما فان البكتريوسين لجميع العزلات المذكورة كانت فعالة ضد البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة كرام .ايضا تم استخدام النايسين النقي ضد خمسة انواع من البكتريا المرضية واظهرت النتائج بان مناطق التثبيط كانت 18، 22، 14، 13 و15 ملم ضد كل من S. aureus، B. subtilis، C. perfringens، E. coli وP. aeruginosa على التوالي.درست تاثير الاس الهايدروجينى،الحرارة والاشعة الفوق بنفسجية على فعالية نايسين للعزلات 10، 26 و42. اظهرت النتائج بان مستخلص نايسين لعزلة L42 كانت اكثر فعالية عند الاس الهايدروجينى 2.5 والحرارة - 4 م ضد البكتريا المرضية. لم يظهر مستخلص النايسين اى فعالية ضد البكتريا المرضية عند تعريضه للاشعة الفوق بنفسجية مبينا التاثير السلبى لهذه الاشعة على فعالية البكتريوسين.تم اختيار العزلة اكثر مقاومة للمضادات الحيوية (L42) لاجراء عملية التحول وذلك لتحديد مواقع الجينات مانحة المقاومة للمضادات الحيوية باستخدام عملية التحول الوراثي باستعمال بكتريا coli DH5 - α E. الخالية من البلازميدات مع البلازميد المنقى من العزلة L42. تم اجراء عملية التحول بنجاح واظهرت النتائج بان جينات : Chloramphenicol, Nitrofurantoin, Cefotaxime, and Vancomycin كانت واقعة على البلازميد بينما البقية كانت واقعة على الكروموسوم. تم تحديد التركيز المثبط الادنى للنايسين واظهرت النتائج بان MIC للنايسين بالنسبة لبكتريا aureus S. كانت 400µg/ml بينما لبكتريا coli E. كانت 500µg/ml. استخدمت MIC للنايسين كعامل تحييد للسيطرة على جينات مانحة المقاومة للمضادات الحيوية لنوعين من البكتريا المرضية وهى aureus S. وcoli E.. كشفت النتائج بان الجينات منحت المقاومة لـ AMP, OXA, TET, C, CTX, SXT, AK, CFM, تم تحييدها بنسبة 61.5% بينما فى بكتريا coli E. تم تحييد الجينات لـLEV, MEL, NOR, and SXTبنسبة 31%. تم دعم النتائج عمليتي التحول والتحييد باستخدام تقنية الترحيل الكهربائى للهلام. | In this study a total of one hundred forty five raw milk samples were collected during the period of (July to November, 2013) from different fields in Erbil and Duhok province. Screening revealed that 45 out of 145 samples of raw cow milk (31%) were L. lactis subsp. lactis. Characterization of these selected isolates were carried out using morphological, microscopical, biochemical characteristics, API 20 system and further confirmation were achieved by PCR assay.Antibiotic sensitivity test performed for L. lactis subsp. lactis against thirteen antibiotics which include Ampicillin (AMP), Amoxicillin/ Clavulanic acid (AMC), Imipenem (IMP), Gentamycin (GM), Sulfamethoxazole/Trimethoprim (SXT), Cephalothin (CEP), Clindamycin (CLIN), Nitrofurantoin (F), Ciprofloxacin (CIP), Ceftriaxone (CRO), Chloramphenicol (C), Cefotaxime (CTX), and Vancomycin (VAN). The isolates appeared to be varied in their resistance, the number and resistance percent for antibiotics used CEP, AMP, AMC, SXT, CTX, CLIN, CRO, F, GM, VAN, CIP, C, and IMP were as follow 95.55%, 93.33%, 93.33%, 91.11%, 84.44%, 77.77%, 71.11%, 62.22%, 53.33%, 40%, 35.55%, 24.44%, and 2.22% respectively.All supernatants were isolates exhibited marked activity against five pathogenic bacteria includes S. aureus, B. subtilis, C. perfringens, P. aeruginosa, and E. coli using agar well diffusion method. Isolate 15 and 41 exert maximum activity (20 mm) and (16 mm) against B. subtilis and S. aureus. Whereas isolate 20 showed highest activity (13 mm) against P. aeroginosa. Generally, all aforementioned isolates were active against gram positive and Gram negative bacteria. In addition, the effect of pH, temperature and UV light were studied on nisin activities of L10, L26 and L42 against some pathogenic bacteria. The results showed that nisin extract of L42 displayed highest activity at pH 2.5 and temperature at - 4 °C against pathogenic bacteria under study. Under UV light wavelength all nisin showed low or no activity against different pathogenic bacteria selected in this study.Also a pure nisin was used against five pathogenic bacteria and the results shows that the inhibition zones were 18, 22, 14, 13 and 15 mm against each of S. aureus, B. subtilis, C. perfringens, E. coli and P. aeruginosa respectively.One highly resistance isolate was chosen (L42) for transformation test to determine the location of the antibiotic resistance genes by genetic transformation process using the laboratory strain E. coli DH5 - α with plasmid DNA purified from this isolates. The transformation process conducted successfully and the results showed that the resistance genes for F, C, CTX, and VAN were located on plasmid DNA. While for others were located on chromosomal DNA.Minimum inhibitory concentrations were tested for nisin and the results revealed the MIC of nisin for S. aureus was 400 µg/ml while for E. coli was 500 µg /ml. MIC of nisin was used as curing against to control the antibiotic resistance genes in two pathogenic bacteria represented by E. coli and S. aureus. The results showed that the genes encoding resistance to AMP, OXA, TET, C, CTX, SXT, AM, and CFM were cured and the percentage of curing was 61.5%. Whereas for E. coli the gene of LEV, MEL, NOR, and SXT were cured with 31%. The above results of both transformation and curing process were supported with gel electrophoresis.

دراسة بكتيرية ومناعية للانظيم الحال للبروتين نوع - ا - المستخلص من بكتيريا Proteus mirabilis المعزولة من خمج السبل البولية == Bacteriological and Immunological Study of IgA - Protease Enzyme Extracted from Proteus mirabilis Isolated from Urinary tract infection

Author name: حسن علي حسين السعدي
Supervisor name: رجوه حسن عيسى الربيعي | جاسم طعمه حسين الخفاجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الدراسة اربعة محاور : 1 - العزل والتشخيص : تم عزل وتشخيص (40 ) عزلة من بكتيريا Proteus spp. من مجموع ( 200 ) عزلة بكتيرية من عينات اخماج مرضى السبل البولية في مستشفيي مدينة الطب والكندي للفترة بين 1/3/2004 لغاية 30/10/2004.اظهرت الفحوصات الكيميائية الحيوية ان 40 عزلة بكتيرية (20% ) من العزلات البكتيرية كانت تنتمي الى جنس Proteus والتي اشتملت على ( 37 ) عزلة تعود الى بكتيريا)P. mirabilis18.5%) ثلاث عزلات من بكتيريا Proteus vulgaris. عشر عزلات من بكتيريا P. mirabilis كانت منتجة للانظيم الحال للبروتين (IgA Protease)، بينما كانت عزلات بكتيريا Proteus vulgaris غير منتجة للانظيم المذكور ،واختيرت العزلة (Pm5)P.mirabilis كعزلة منتجة للانظيم.2 - تنقية وتوصيف الانظيم : اختير الوسط مرق ( Cysteine lactose electrolyte deficient ) كافضل وسط زرعي لانتاج الانظيم من بكتيريا Proteus mirabilis وتم تنمية العــــزلة البكتيريـــة( Pm5) في درجة حرارة( 37 )م باستخدام الحاضنة الهزازة وثم نقي الانظيم باستخدام الترسيب ملح كبريتات الامونيوم بتشبع(60%) وديلزته واستخدام هلام السيفادكس G - 100 Sephadex وكذلك المبادل الايوني DEAE - Cellulose، قيست الفعالية الانظيمية وتركيز البروتين للانظيم في كل مرحلة من مراحل التنقية ظهر منحني تنقية الانظيم باستخدام هلام السيفادكس وجود اربعة قمم بروتينية منها قمة واحدة للانظيم الحال للبروتين بينما اظهرت طريقة استخدام المبادل الايوني قمة واحدة فقط، تم حساب الفعالية الانظيمية وتركيز البروتين والفعالية النوعية والفعالية الكلية وعدد مرات التنقية والحصيلة الانظيمية فكانت على التوالي : (28.7)وحدة/مل،(0.15)ملغم/مل، (191.3)وحدة/ملغم، (258.3)، (5.5)،(9.9%) عند التنقية باستخدام المبادل الايوني وحسب الوزن الجزيئي للانظيم اذ كان (50)كيلودالتون باستخدام طريقة الترشيح الهلامي وكانت الفعالية المثلى للانظيم عند الاس الهيدروجيني 8 ودرجة الحرارة المثلى لانتاج الانظيم هي (37)م ودرجة الحرارة الملائمة لخزن الانظيم هي (4)م مقدارها وكان للايون (Ca+2) تاثير واضح في زيادة فعالية الانظيم بينما كان للـEDTA تاثير مثبط على فعالية الانظيم. 3 - الدراسة المناعية : - استعملت ثلاث مجاميع من الارانب لغرض التمنيع (ارنبين لكل مجموعة) حقنت داخل العضلة باستعمال تراكيز مختلفة من الانظيم(0.2،0.5،1)ملغم/مل فضلا عن ارنبين ضمن مجموعة السيطرة. اتبعت طريقتين (الاوكترلوني والترسيب باستعمال الانابيب) لغرض التحري عن الاضداد المتخصصة للانضيم الحال للبروتين في مصل الارنب، اظهرت النتائج عدم تكون الخط الترسيبي عند استعمال طريقة الاوكترلوني بينما تكونت حلقة ترسيبية واضحة باستعمال طريقة الترسيب بالانابيب. تم فصل امينوكلوبيولينات الارنب باستعمال المبادل الايوني DEAE - Cellulose بعد عملية الفصل ظهرت ثلاث قمم بروتينية على الطول الموجي 280 نانوميتر تم اختبار فعالية الانظيم في كل قمة مقارنة بالقمم المؤشرة في الادبيات، اظهرت القمة الثالثة حلقة ترسيبية واضحة باستعمال طريقة الترسيب بالانابيب بينما لم تظهر خط ترسيبي باستعمال اختبار الاوكترلوني وهذا قد يدلل على وجود تحت الانواع IgG المقاومة لفعالية الانظيم الحال للبروتين ضمن هذه القمة. تم دراسة تاثير التراكيز المختلفة للانظيم الحال للبروتين (0.2، 0.5، 1)ملغم/مل على بعض الخلايا المناعية وفق المعايير التالية : اذ ادى تركيز الانظيم(0.2)ملغم/مل الى زيادة في عيوشية الخلايا اللمفاوية وخلايا متعددة النوى (PMNs) وعلى التشكل الزهري التائي والبائي وعملية التهام الخميرة المقتولة في الزجاج واختزال صبغة النايتروبلوتترازوليم (NBT) ومعامل الانقسام الخيطي في الفئران. 4 - الدراسة النسجية : - درست التغيرات النسجية المختلفة في الارانب الممنعة بالانظيم الحال للبروتين بتركيز((0.2 ملغم/مل فكان له تاثيرا واضحا على انسجة الكبد، الرئة، الكلية والطحال،اذ لوحظ وجود مناطق تنكس استسقائي شديد في هيولي خلايا الكبد مع احتقان الوريد المركزي في نسيج الكبد، كمالوحظ وجود خلايا التهابية في جدران الاسناخ وضمور تجويف الاسناخ في الرئة، بينما توسعت محفظة بومان مع ارتشاح بعض الخلايا الالتهابية وخاصة حول الكبيبات في الكلية، اما في الطحال ازداد عدد الخلايا التائية حول الشرين المركزي كذلك الخلايا البائية في باقي اللب الابيض في الطحال نتيجة لتكاثرها وفرط نموها. | This study was included four aspects : - 1 - Isolation and ldentifcation : Forty isolates of Proteus spp were isolated and identified among (200) bacterial isolates from patients samples with urinary tracts infection in two hospitals (Baghdad and Al - Kindy). Biochemical tests were showed (20 %) from bacterial isolates were belonged for genus Proteus (37) isolates replied to Proteus mirabilis with (18.5 %) and (3) isolates were for Proteus vulgaris. Ten isolates from Proteus mirabilis were producing for IgA protease while P.vulgaris isolates were non - producing for this enzyme. Proteus mirabilis (Pm5 ) was selected among isolates efficient producing isolate(Pm5). 2 - Purification and characterization of the enzyme : Cysteine lactose electrolyte deficient medium was selected as the best medium for culturing for production the enzyme by P. mirabilis. Bacterial isolate (Pm5) to produce protease, then protease was purified by application Ammonium sulfate with (60 %) saturated, dialysis, Sephadex G - 100 filtration, and Ion exchange with DEAE. Cellulose. The enzymatic activity and protein concentration were measured in every stage of purification. Four peaks were appeared one of them belong to IgA - protease activity, while by using Ionic exchange method was appeared only one peak. Enzymatic activity, protein concentration, specific activity, total activity, no. of purification, and enzymatic yield were determined in Ionic exchange technique were : ( 28.7) U/ml,(0.15)mg/ml,(191.3)U/ml,(258.3),(5.5),(9.9%) respectively, molecular weight of the enzyme was performed by using gel filtration was (50)Kd. The optimum activity was at pH (8), the optimum temperature with the enzymatic activity was at (37) ˚C, the suitable temperature for storage with enzymatic activity was at (4) ˚C, the (Ca+2) Ion has on effect on increasing the enzymatic activity, while the EDTA was suppressed activity. 3 - Immunological study : Three groups of rabbits were used for immunization (two rabbits for each group in addition to control were injected intramuscular by different enzyme concentrations (0.2, 0.5, 1) mg/ml. Two methods (Ouchterlony and tube precipitation are used for checking up specific protease antibody in rabbit serum. Results showed no precipitin line between enzyme as antigen and serum in (Ouchterlony) while there was clear ring of precipitin was formed in the second method. Rabbit immunoglobulines were separated by using DEAE - Cellulose results showed three peaks protein at (280) nm wave length absorbency, enzyme activity of each peak was tested. In comparing these peaks with standard rabbit immunoglobulines. The third peak was tested against IgA - protease by using tube precipitation test result showed precipitation ring. This result indicated that this peak may include IgG subclasses which are resist protease activity while other peaks were opsonized by the enzyme. The effects of the IgA protease concentration (0.2, 0.5,1) mg/ml on immune cells were studied according the following parameters : the effect of the enzyme on immune and (PMNs) cells, T, B - rosette, phagocytosis in vitro, reduction of Nitroblue tetrazolium, and Mitotic index in Mice, (0.2) mg/ml of the enzyme has an effect on induction activity of T, B - rosette, phagocytosis in vitro, reduction of Nitroblue tetrazolium, and Mitotic index in Mice. 4 - Histological aspect : Different pathological changes were shown on rabbit’s tissues (liver, lung, kidney and spleen) which were immunized with IgA protease (0.2)mg/ml. In liver great hydropic degeneration was noticed in the cytoplasm in addition to present an with congestion of central venule, inflammatory cells in the alveolar walls and alveolar cavity atrophy in lung, enlargement of Bouman s capsule with infiltration of phagocytes around glomerulus was shown in kidney, while in spleen T cells around central arteriole as well as B cells in other white pulp were increased as a result of proliferation .

تاثـيــر فعالية الانتيروسين المنتج من بكتريا faecium Enterococcus على بعض البكتريا المرضية المعزولة من مصادر مختلفة == Activity effect of enterocin produced from Enterococcus faecium on some pathogenic bacteria isolated from different sources

Author name: حسام سامي عويد الشمري
Supervisor name: خليل مصطفى خماس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تـتـناول هــذه الـــدراســة تاثـيـر الانتيـروســـين المنتــج بــواســطــة بكــتــريا E.faecium ضـــد بــعــض البكتــريا الــمـمـرضــة المـتـواجـــدة بكثرة في الحـليب ومشتقاته. فقد تم لهذا الغـرض جمع 382عينة من اطفال يعانون حالات اسهال والتهاب السبيل البولي والحليب الخام لعـزل بكتريا E.faecium وتم تشخيص العزلات بالفحوصات الكيموحيوية وتاكيد تشخيصها باستعمال منظومة فايتك 2 . فضلا عن ذلك فقـد تم جمع 50 عينة لعـزل بكتريا Listeria monocytogenes و66 عينة لعزل بكتريا Salmonella typhimurium من الحليب الخام ومشتقاته وتم تشخيصهما باتباع الفحوصات الكيموحيوية وتاكيد التشخيص باستعمال Api Listeria وApi - 20Eاضافة الى التنميط المصلي لبكتريا Salmonella typhimurium . تم تقصي انتاج الانتيروسين المنتج بواسطةE. faecium باستعمال طريقتي اقراص الاكار والانتشار في الحفر , ونقي الانتيروسين باستعمال الترسيب بسلفات الامونيوم والفصل بكحول البيوتانول , كما تم الكشف عن حساسية البكتريوسين المنتج لمجموعة واسعة من الانزيمات الحالة للبروتين والدهون وبعض الانزيمات الاخرى .فضلا عن ذلك فقد تمت دراسة تاثير الحرارة والرقم الهيدروجيني على البكتريوسين المنتج , وتم اختبار تراكيز مختلفة من المايتومايسين - سي لحث الانتيروسين .اختبرت الحساسية للمضادات الحيوية لعزلات بكتريا اللستيريا والسالمونيلا والمكورات المعوية باستخدام طريقة كيربي - باور .يمكن تلخيص النتائج التي تم الحصول عليها بالاتي : كانت نسبة عـزل E. faecium 7.59)%) من مجموع 382 عينة , اما نسبـة عـزل Listeria monocytogenes 10)%) من مجموع 50 عينة , اما نـسبـة عـزل Salmonella typhimurium فقد كانت .06)6%) من مجموع 66 عينة . اظهـر الانتيروســين المنتـج بواســطة E. faecium طـيفا واسعا من التاثير ضـد البكتريا الاختبار المـوجبة والسالبة لصبغـة غــرام التي عددها 8 وبضمـنها Listeria monocytogenes وSalmonella typhimurium . اظهر الحث بالمايتومايسين - سي )بتركيزي 1.5 و2 مكغم/ مل( انتاجا عاليا للانتيروسين . ادت تنقية الانتيروسين جزئيا باستعمال الترسيب بنسبة 80 % الى اعطاء اعلى نتيجة عندما بلغت 2.225 وحدة / مكغم بروتين , اما الفصل بكحـول البيوتانول فقد اعطى محصولا وصــل الى 0.57 وحدة / مكغم بروتين . ادت معاملة الانتيروسين بالانزيمات وتلك الحالة للبروتين حساسية الانتيروسين تجاه هذه الانزيمات باستثناء انزيمات Lipase وCatalase وα - amylaseو Lysozyme . اظهـرت تجارب المعاملة بالحرارة مقاومة الانتيروسين للحرارة وحتى عند121ºC لمدة 20 دقيقة , في حين كان مدى الاس الهيدروجيني له 4 - 9 .اظهرت تجارب الحساسية للمضادات الحيوية ان Enterococcus faecium كانت حساسة الى 7 مضادات حيوية . وكانت بكتريا Listeria monocytogenes مقاومة الى 9 مضادات حيوية وبكتريا Salmonella typhimurium مقاومة الى 4 مضادات حيوية .امكن الحصول على النتائج وكما يلي : انتجت عزلات Enterococcus faecium الانتيروسين بكميات واطئه فيما امكن حثه باستعمال المادة الحاثة المايتومايسين - سي , وامكن تنقيتها جزئيا باستعمال مرسبات البروتين . اتصف الانتيروسين المنتج من هذه البكتريا بطيف واسع النطاق من التاثير ضد البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام ولاسيما تلك التي تلوث الحليب ومشتقاته . | This study investigate the effect of bacteriocin by Enterococcus faecium against some pathogenic bacteria frequently found in milk and dairy product. Three hundred eighty two sample collected from patients and raw milk were used for isolation of E.faecium the isolates were diagnostic by biochemical tests and confirmed using Vitek 2 system . In addition Listeria monocytogenes , Salmonella typhimurium were isolated from milk and dairy products these were diagnostic by biochemical tests and confirmed using Api Listeria and Api - 20E system in addition to serotyping to bacteria Salmonella typhimurium . Enterocin produced by E.faecium detected using tow methods Cup agar and Well diffusion and partially - purified using ammonium sulfate precipitation and n - butanol partition , the sensitivity of the material was tested against diverse group of proteolytic , lipolytic and some other enzymes. In addition the effect of temperature as well as pH an the bacteriocin were tested . and used different concentration of Mitomycin - C to induce enterocin . Antibiotic sensitivity of Listeria and Salmonella and Enterococcus isolates were tested using Kirby - Bauer method. The results showed the followings : The isolation rate of E . faecium was (7.59%) from 382 sample , L. monocytogenes isolation rate approach (10%) from 50 sample , S.typhimurium isolation rate reached (6.06%) from 66 sample .Enterocin produce by E . faecium demonstrated a broad - spectrum effect against both gram positive and gram negative bacteria including Listeria monocytogenes and Salmonella typhimurium . Mitomycin - C induction was used to induce a high level production of Enterocin the concentration of optimum inducing agent was 1.5 - 2 mg /ml. The enterocin was partially purified eighty percent of Ammonium sulfate give the highest yield reaching 2.225 Unit /mg protein , n - butanol partition yield 0.57 Unit/mg protein. Enzymatic effect on enterocin demonstrated that proteolytic enzymes completely inactivated the bacteriocin , other enzymes including Lipases Catalase demonstrated no effect. α - amylase , Lysozyme ,The Enterocin was heat - resistance at even 121º C for 20 minute , the optimum pH was shown to be 4 - 9 .Enterococcus faecium was highly sensitive to 7 antibiotic used .and Listeria monocytogenes was highly resistance to 9 antibiotic and Salmonella typhimurium was resistance to 4 antibiotic . In results E . faecium produce enterocin at low level which was induced to high level yield using Mitomycin - C , the enterocin could be partially purified using precipitators protein, That enterocin product of this bacteria characterized a broad spectrum against positive and negative gram bacteria including contaminate milk and its products
1 ... 16 17 18 19 20 ... 44