Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 1,883

المستويات المصلية للكلكتين - 4 وللمستقبل شبيه التول - 2 في النساء المصابات باورام الثدي == SERUM LEVELS OF GALECTIN - 4 AND TOLL - LIKE RECEPTOR - 2 (TLR - 2) IN WOMEN WITH BREAST TUMOR

Author name: هند حامد عبد العامري
Supervisor name: عائدة رشيد منصور الدرزي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اشتملت هذه الدراسة على 30 مريضة مصابة بسرطان الثدي, وذات اعمار تتراوح مابين سبعة وعشرين سنة الى ستة وسبعين سنة, وبمتوسط عمر (11.8 50± ) سنة. وقد تم تشخيص هؤلاء المرضى سريريا وشعاعيا من قبل متخصصين, وقد كانوا من بين المرضى الذين حضروا للمركز الوطني للكشف المبكر عن الاورام - مدينة الطب /وزارة الصحة, خلال الفترة من تشرين الاول 2011 حتى شباط 2012.وتضمنت هذه الدراسة مجموعتا ضبط قياسية للمقارنة, المجموعة الاولى - مجموعة السيطرة المرضية لمريضات يعانون من ورم غدي ليفي حميد (الاورام الحميدة) وقد تم تشخيص هؤلاء المرضى ايضا سريريا وشعاعيا من قبل متخصصين, وقد كانوا من بين المرضى الذين حضروا للمركز الوطني للكشف المبكر عن الاورام - مدينة الطب /وزارة الصحة, خلال الفترة من تشرين الاول 2011 حتى شباط 2012., والمجموعة الثانية - مجموعة السيطرة الصحية والتي اشتملت على 20 امراة سليمة ظاهريا. وكشفت الدراسة عن النتائج الاتية : 1. اظهرت النتائج وجود فرق معنوي عالي جدا(P<0.001) في مستوى الكلكتين - 4 بين مرضى سرطان الثدي ومجموعة الضبط الصحية وحتى بين مجموعة السيطرة المرضية (الاورام الحميدة) ومجموعة السيطرة الصحية (P<0.001),ومع ذلك لم يكن هناك فروق ذات دلالة احصائية (P=0.92) بين المرضى ومجموعة السيطرة المرضية (الاورام الحميدة).لذلك لعدم وجود اختلافات ذات دلالة احصائية في القيم الوسيطية للكلكتين - 4 الموجود في المصل بين مرضى سرطان الثدي (الاورام الخبيثة) والمجموعة الضابطة (الاورام الحميدة), لذلك يمكن للمرء التعامل مع حالات اورام الثدي بشكل عام فيما يتعلق بالكلكتين - 4 الموجود في الانسان.2. ايضا هذه الدراسة اظهرت وجود فرق معنوي عالي جدا(P<0.001) في مستوى المستقبل شبيه التول - 2 بين مرضى سرطان الثدي ومجموعة الضبط الصحية وحتى بين مجموعة السيطرة المرضية (الاورام الحميدة) ومجموعة السيطرة الصحية (P<0.001) ومع ذلك لم يكن هناك فروق معنوية ذات دلالة احصائية (P=0.44) بين المرضى ومجموعة السيطرة المرضية (الاورام الحميدة).لذلك لعدم وجود اختلافات معنوية ذات دلالة احصائية في القيم الوسيطية للمستقبل شبيه التول - 2الموجود في المصل بين مرضى سرطان الثدي (الاورام الخبيثة) والمجموعة الضابطة (الاورام الحميدة), لذلك يمكن للمرء التعامل مع حالات اورام الثدي بشكل عام فيما يتعلق بالمستقبل شبيه التول - 2 الموجود في الانسان.3. تمت دراسة القيمة التكهنية للكلكتين - 4 المفحوص لتقييم نفاذية هذا المعامل وقد تم اثبات امتلاكه لاعلى دقة (98.8)مع حساسية 100%بقيم ثبوتية قطعية ( 0.44نانوغرام/مليليتر; ( لذلك ظهور النتائج الموجبة عند هذه القيمة الثبوتية القطعية سوف يساعد للتوصل الى تشخيص مؤكد من قبل الطبيب في العيادة مع نسبة ثقة (95.2% ( في وقت ان التشخيص الاولي للورم يساوي 50%) احتمالية قبل الاختبار ) ومع نسبة ثقة في العيادة (99.4%) في وقت التشخيص الاولي (على اساس تاريخ الحالة والفحص) للورم بنسبة احتمالية عالية (90% احتمالية قبل الاختبار(.4. تمت دراسة القيمة التكهنية للمستقبل شبيه التول - 2 المفحوص لتقييم نفاذية هذا المعامل وقد تم اثبات امتلاكه لاعلى دقة (97.5)مع حساسية 100% بقيم ثبوتية قطعية ( 0.14 نانوغرام/مليليتر; (لذلك ظهور النتائج الموجبة عند هذه القيمة الثبوتية القطعية سوف يساعد للتوصل الى تشخيص مؤكد من قبل الطبيب في العيادة مع نسبة ثقة (90.9% ( في وقت ان التشخيص الاولي للورم يساوي 50%) احتمالية قبل الاختبار) ومع نسبة ثقة في العيادة (98.9%) في وقت التشخيص الاولي (على اساس تاريخ الحالة والفحص ) للورم بنسبة احتمالية عالية (90%احتمالية قبل الاختبار(.5. اوضحت هذه الدراسة ارتفاعا ملحوظا بمتوسط تركيز الكلكتين - 4 (0.895 نانوغرام/مليليتر) بين المرضى الذين قضوا مدة طويلة بالمرض (ثلاثة اشهر فمافوق) بالمقارنة مــــع المرضى حديثي الاصابة بالمرض (اقل من ثلاثة اشهر) بتركيز وسيطي (0.552 نانوغرام/مليليتر(ومع ذلك هذا الاختلاف لم يصل الى مستوى الدلالة الاحصائية (p=0.12 ( لذلك الملاحظة الاحصائية للعلاقة الخطية بين فترة المرض وارتفاع تركيز الكلكتين - 4 تعتبر ضعيفة (r=0.268, p=0.039).6. وقد لوحظ ايضا ارتفاعا ملحوظا بمتوسط تركيز المستقبل شبيه التول - 2(0.619نانوغرام/مليليتر) بين المرضى الذين قضوا مدة طويلة بالمرض (سنة فمافوق) بالمقارنة مع المرضى حديثي الاصابة بالمرض (اقل من ثلاثة اشهر) بتركيز وسيطي (0.343 نانوغرام/مليليتر( ومع ذلك هذا الاختلاف لم يصل الى مستوى الدلالة الاحصائية (p=0.049 ( لذلك الملاحظة الاحصائية للعلاقة الخطية بين فترة المرض وارتفاع تركيز الكلكتين - 4 تعتبر ضعيفة (r=0.16, p=0.22).7. كشفت هذه الدراسة وجودعلاقة ايجابية لكن ضعيفة وعلاقة احصائية خطية غير ملاحظة بين حجم الورم وتركيزالكلكتين - 4 فمقارنة بتصنيف حجم الورم والذي صنف حسب نتائج هذه الدراسة الى فئات, كان التركيز الوسيطي للكلكتين - 4 الموجود بمصل المرضى ذوي الحجم الفئة الرابعة (اعلى حجم) اعلى بوضوح (0.895 نانوغرام/مليليتر) مقارنة مـــــع (0.567 نانوغرام/مليليتر) ذوي الحجم الاول (اقل حجم). (r=0.046, p=0.76).8. اتضح وجود علاقة ايجابية لكن ضعيفة وعلاقة احصائية خطية غير ملاحظة بين حجم الورم وتركيز المستقبل شبيه التول - 2 فمقارنة بتصنيف حجم الورم والذي صنف حسب نتائج هذه الدراسة الى فئات, كان التركيز الوسيطي للمستقبل شبيه التول - 2الموجود بمصل المرضى ذوي الحجم الفئة الرابعة (اعلى حجم) اعلى بوضوح (0. 619 نانو غرام/مليليتر) مقارنة مع (0. 288 نانوغرام / مليليتر) ذوي الحجم الاول (اقل حجم). (r=0.145, p=0.34).9. واخيرا,تبين الدراسة الحالية عدم وجود فروق ذات دلالة احصائية في متوسط تركيز مصل الدم الحاوي كلا من الكلكتين - 4 والمستقبل شبيه التول - 2 للمرضى المصابين بسرطان الاقنية (الموضعي) والاخرون المصابين بالسرطان الارتشاحي (p =0.12, 0.64 على التوالي.( | Thirty patients with breast cancer were enrolled in this study, their ages ranged between (27 - 76) years; with the mean age was 50+ 11.8 years. Also, 30 patients with benign fibroadenoma as case control group their ages ranged between (19 - 52) years; with the mean age was 33.1+ 10.2 years. Those patients were diagnosed clinically, radiologically and cytologically and histopathologically by specialists, and they were among patients who attending the National Center For Early Detection Of Cancer - Medical City Complex / Ministry of Health, during the period from October 2011 to February 2012. Twenty apparently healthy subjects as a control group were included in the present study for comparison. Major findings of current study were the following : - 1. There was a statistical significant difference in the serum level of galectin - 4 between breast cancer patients and healthy control group (p > 0.001) and even between case control and healthy control groups (p>0.001), however , there was no statistical differences between patients and case control groups (p=0.92). Since no statistical significant differences in serum galectin - 4 median values between breast cancer patients (malignant tumors) and case control groups (benign tumors), therefore one can deal with breast tumor cases in general regarding serum galectin - 4.2. Also, The current study has been demonstrated that there was a statistical significant difference in the serum level of Toll like receptor - 2 between breast cancer patients and healthy control group (p > 0.001) and even between case control and healthy control groups (p >0.001), however, there was no statistical differences between patients and case control groups (p =0.44). Since no statistical significant differences in serum Toll like receptor - 2 median values between breast cancer patient (malignant tumors) and case control groups (benign tumors), therefore one can deal with breast tumor cases in general regarding serum Toll like receptor - 2 .3. The predictive value of the tested galectin - 4 to detect the validity of this parameter was studied since it had the highest accuracy (98.8) with sensitivity 100% within the cut off value (0.44ng/ml); therefore, testing positive at this cut - off value will establish a possible diagnosis of tumor with (95.2%) confidence in a clinical setting where the primary diagnosis of tumor had equal odds probability (50% pretest probability), and with (99.4% )confidence in a clinical setting where the primary diagnosis (based on history and examination) of tumor had a high probability (90% pretest probability).4. The predictive value of the tested Toll like receptor - 2 to detected the validity of this parameter was studied since it had the highest accuracy (97.5) with sensitivity 100% within the cut off value (0.14ng/ml); therefore, testing positive at this cut - off value will establish a possible diagnosis of tumor with (90.9%) confidence in a clinical setting where the primary diagnosis of tumor had equal odds probability (50% pretest probability), and with (98.9% )confidence in a clinical setting where the primary diagnosis (based on history and examination ) of tumor had a high probability (90% pretest probability).5. The median concentration of serum galectin - 4 was obviously higher (0.895 ng/ml) among those patients with average to long duration of disease (3months +) in comparison to those with very recent disease (> 3 months) and whose median concentration of galectin - 4 was (0.552 ng/ml). The difference observed failed to reach the level of statistical significance (p value= 0.12); however, there was a statistic significant weak positive linear correlation between disease duration and human galectin - 4 (r=0.268, p=0.039).6. The median concentration of serum Toll like receptor - 2 was obviously higher (0.619 ng/ml) among those patients with average to long duration of disease (1years +) in comparison to those with very recent disease ( > 3 months) and whose median concentration of Toll like receptor - 2 was (0.343 ng/ml). The difference observed failed to reach the level of statistical significance (p value= 0.049); however, there was a statistically non significant weak positive linear correlation between disease duration and serum Toll like receptor - 2 (r=0.16, p=0.22).7. Concerning tumor size categories, the median concentration of serum galectin - 4 was obviously higher (0. 895 ng/ ml) among those patients who were within the fourth (highest) quartile in comparison to those within the first (lowest) quartile (0 .567 ng /ml). There was a weak positive and statistically not significant linear correlation between tumor size and serum galectin - 4 concentration (r=0.046, p=0.76).8. Concerning tumor size categories, The median concentration of serum Toll like receptor - 2 was obviously higher (0.619 ng/ ml) among those patients who were within the fourth (highest) quartile in comparison to those within the first (lowest) quartile (0.288 ng /ml). There was a weak positive and statistically not significant linear correlation between tumor size and Toll like receptor - 2 concentration (r=0.145, p=0.34).9. For both (Galectin - 4 and Toll like receptor - 2) there were no statistical differences in serum median concentration between ductal carcinoma in situ and infiltrative carcinoma (p =0.12, 0.64 respectively)

فايروس البارفو بي تسعة عشر وعلاقته بنوبة انعدام التنسج في الاطفال المصابين بابيضاض اللمفاويات الحاد == PARVOVIRUS B19 ASSOCIATED APLASTIC CRISISIN CHILDREN WITH ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA

Author name: اقبال معافي عبد لله المساري
Supervisor name: شذى فاروق عبد الله | مازن فیصل فرحان الجادري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Parvovirus B19 is a small single - stranded DNA virus and the only member of the species Parvoviridaeknown to infect humans. The virus exhibits a strong tropism for erythroid progenitor cells using the erythrocyte globoside P antigen as a surface viral receptor. In the setting of shortened red blood cell survival, mild pancytopenia characterized by transient and spontaneous recovery in healthy subjects. Nevertheless; severe aplastic anemia associated with parvovirus B19 infection may precede or be associated with acutelymphoblastic leukemia (ALL) that has been described in a number of reports.The attenuated immune response in these patients may obscure the serologic and clinical manifestations of infection. Infection may mimic a leukemic relapse or therapy - induced cytopenia, and may lead to hospital admission, frequent blood sampling, renewed bone marrow aspirates, multiple transfusions of red blood cells (RBCs) or platelets, and cessation of maintenance chemotherapy for up to 3 weeks in children with ALL.Materials & Methods : A cross sectional study involved forty five patients with ALL were currently attending department of oncology in Children'sWelfare Teaching Hospital in medical city of Baghdad between December 2012 and April 2013.Twenty one patient who newly diagnosed with ALL and 24 who underwent chemotherapy.Their age ranged from 8 months to 15 years with mean age ±SD equal to6.54±4.2 years. Compared to forty five of apparently healthy children who were already under pre operative screening tests. They included in this study as a control group, age and sex were matched.The practical part of this study performs the followings : 1 - Serological detection of parvovirus B19 specific antibodies (IgM and IgG) in patients’ serum using enzyme linked immunosorbant assay (ELISA).2 - Molecular detection of parvovirus B19 - DNA using Real - time PCR for viral load measurement.3 - Other tests : include hematological tests which were done routinely for patient assessment.ResultsB19 - IgM was detected in 7 out of 45 patients tested (15.6%) compared to 2 out of 45 (4.4%) apparently healthy children whom belong to control group. No Statistical significant difference was observed (P - value >0.05) and the risk of parvovirusB19 infection in children with ALL was 3.96 times (odds ratio).B19 - IgG was detected in 18 out of 45 patients (40%) compared to 6 out of 45 (13.3%) of apparently healthy children. Statistical significant difference was clearly noticed (P - value < 0.05).Four out of 21(19.05%) children whom newly diagnosed with ALL had acute parvovirus B19 infection compared to 3 out of 24 (12.5%) children on maintenance chemotherapy gave positive parvovirusB19 - IgM.Parvovirus B19 IgG antibodies were detected in 8 out of 21(38.1%) 0f newly diagnosed children with ALL compared to 10 out of 24 (41.7%) children on maintenance chemotherapy.The correlation between parvovirus B19 IgG - and IgM - Antibodies among study groups shows that 4 out of 45 (8.9%) was detected to be positive in children with ALL group compared to control group which revealed no detectable combined B19 IgG/IgM antibodies.Parvovirus B19 - DNA was detected in 6 out of 45(13.3%) compared to none detectable DNA signals among the control group. All cases with positive parvovirus B19 nucleic acid signals were underwent maintenance chemotherapy which were represented in 6 out of 24(25%), statistical significant difference were noticed among study cases. The viral load was ranged from (65x103 - 106 copies/ml) with mean of (36x104 copies/ml).In newly diagnosed ALL cases, only one case (4.7%) had IgM/IgG antibodies and 3 out of 21 cases (14.3%) gave IgM positive antibodies. While children on maintenance chemotherapy ,a combined IgM/IgG were detected in 3 cases out of 24(12.5%), 3 cases with both IgG and B19 DNA signal detection and only two (8.3%) children on maintenance chemotherapy gave positive B19 DNA signal (P - value < 0.05).The effect of B19 infection on blood parameters during recent, prior and absent infection for studied groups showed that the mean values of hemoglobin were 8.5±1.8, 6.5±2.5 and 8.5±2(g/dl) in children with ALL who were proved to have positive IgG, IgM and B19 DNA respectively compared to12.8±0.7 among control group (P<0.05). Other blood parameters showed a decreased RBC count which were estimated in cases with positive anti B19 IgG was 3±0.7 anti B19 IgM was 2.5±0.9whereas, mean RBC count was2.9±0.6 in association with B19 cases DNA detected signals (P<0.05). Furthermore, acute B19 - infection associated with a decreased WBC count among ALL cases with (p<0.05), a remarkable decrease in platelets count was appeared in cases with acute B19 infection (P<0.05).Regarding clinical symptoms and signs associated with B19 infection, 2 out of 7 (28.6%) cases with peticheal rash had acute infection with B19 virus, 3 out of 7 (42.9%) ALL cases with acute B19 infection complained from Arthralgia and 8 out of 18(44.4%) cases had non - specific fever and proved to have acute B19 infection, one ALL case with positive B19 IgM and/or B19 DNA out of 3 (33.3%) with bilateral cervical lymphadenopathy, 5 out of 6 (83.3%) cases with acute B19 infection had hepatosplenomegaly.Based on the sample studied, 15% of true B19 - IgM was identified by ELISA test compared to13% of true B19 - DNA signal detection by real time - PCR, whereas 100% of correctly no detectable B19 - DNA signal was identified in healthy control using real time - PCR, compared to 95% of negative B19 - IgM in serum level among control group using ELISA.A child who has a detected B19 - DNA signal by real time - PCR has a 100% chance of having acute infection compared to 77% chance of using ELISA test.Conclusions The study results are consistent with previous studies which appear that children who suffering from ALL are at increased risk of B19 infection. The use of real time PCR detects high B19 - DNA viral load. Notable percentage ofpersistent B19 infection was recorded among children with ALL who are receiving ongoing treatment, in addition, most of acute B19 infected ALL cases were asymptomatic. Acute B19 - infection was shown to be an important cause of anemia and cytopenia in children with ALL.Recommendation : Further follow up studies are necessary to clarify the role

دراسة الفطريات المسببة التهابات الجروح بين المرضى العراقيين في مدينة بغداد == Mycological study of wound infections among Iraqi patients in Baghdad city

Author name: انعام خليفة جاسم سلمان
Supervisor name: جاسم محمد كرحوت | توفيق وليد توفيق
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Two hundred fifty swabs were collected from patients admitted to Burn Unit , Surgical and Plastic Surgery at Burn Specialist Hospital ,Al - Kindy Teaching Hospital , Al - Wasety Specialized Hospital , Sheik Zaed Emergency Hospital and Baghdad Teaching Hospital and they divided in to 150 swabs from burned patients and 100 swabs from other types of infected wounds ( surgical ,fractures ,car accident , gun shot and other types of trauma) during the period from November 2011 till October 2012 . The handling and diagnoses of these swabs were carried out at Teaching Laboratories ,Central Health Laboratory and Ibn - Albalady Hospital.Three major types of wounds were seen including burn , surgical and different kinds of trauma . All isolates obtained in this study identified depending on the microscopical appearance ,colonial morphology of fungi and by using RapID™ Yeast Plus System and with some other tests ,the confirmation of these results was done by using Vitek 2 Compact System.Burn wounds were having the largest number (60%) of studied wound infections and in positive fungal cultures 92(61.33 % of total burn wound), there was 89 isolates(49.17%)of yeasts out of the total fungal isolates which isolated from all kinds of wounds 181isolates , 14 isolates(7.7%)of mold out of the total fungal isolates , the most common fungal pathogen isolated from burn wound was Candida spp. 49 isolates (27%) followed by Cryptococcus spp. 24 isolates(13.25%)and Aspergillus spp. 9 isolates(4.97%).The incidence of wound infections was high in burn patients, and dry heat 133(88.6) was the most common causes of burn wounds , burn wound was higher in females 122(81.33%) than males 28(18.66%), females were admitted to burn hospital with a history of attempted suicide 30(96.8%) moreSummaryIIthan males 1(3.2%) , and there was a significant difference between them ,the difference was also significant in the prevalence of wound infections among males and females , burn injuries occurred in relation to age represented a higher percentage (60.6%) among ages (20 - 29) years old , while the lowest occurrence (33.3%) in ages less than one year , fungal burn infections represented a (100%) in ages less than one year , while (33.3%) was seen in ages between (1 - 9) years old burned patients .The largest number of burn patients was 39(26%)with TBSA(30 - 39%) , the TBSA>30% was mostly infected with fungal elements(82%) ,and reach 10 fungal isolations(100%) with TBSA more than 70 % TBSA. Mortality rate in positive fungal infections was with TBSA 30 - 39 %(50%) and reach (100%) in 50 - 59 % TBSA . Infections was higher in burned patients 31(33.7%) in the second week post injury and the lower incidence in the fourth week 5(5.4%) ,the number of single isolates was 59(32.6%)and mixed isolates 46(25.4%) .While other wounds showed positive fungal cultures 75 ( 75%) , as 62 (34.25%) isolates of them were yeasts from all kinds of wounds 181isolates , and 14 (7.73%) isolates of them were mold , the most common fungal pathogen isolated from these wound was Candida spp. 40 isolates (22.09%) followed by Cryptococcus spp. 9 isolates(4.97%) and Aspergillus spp. 7 isolates(3.86%).In other wounds the infection rate was higher in males 66(66%) than females 34 ( 34% ) , as there was a significant difference between males and females in relation to age when represent a high percentage seen among age group( 1 - 9) years old ( 20 % ) , while the lowest percentage ( 3 % ) was seen in age group less than 1year , the fungal infections occurred in relation to age represent a high percentage (100%) in patients less than one year and in ageSummaryIIIgroup ( 60 - 69) years old , while the lowest infection rate (33.3%) was seen in ages between (20 - 29) years old in patients suffering from other wounds.A high percentage of patients showed infection in the second week post injury 17 ( 23 % ) and the lowest percentage of infection seen in other wounds 2 patients ( 2.7 % ) was in the fourth and eight weeks after injury ,the number of single isolates was 56(30.9%)and mixed isolates 20(11.0%) .Sensitivity test was done by disc diffusion method ,six antifungal discs were used ( Amphotericin - B , Nystatin , Clotremazole , Ketoconazole , Fluconazole and Flucytosine ) , in this study Amphotericin - B was the most antifungal effective against most fungal isolates while , Fluconazole and Flucytosine were the less effective against these isolates

تغاير العلاقات التطورية وتصويف عوامل الضراوة لعزلات المكورات العنقودية من المرضى في محافظة بابل == Phylogenetic diversity and characterization of virulence factor for Staphylococcus aureus isolated from patients in Babylon province

Author name: نبراس عودة كاظم عيسى
Supervisor name: لميس عبد الرزاق عبد اللطيف
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: A total 100 samples, only nineteen isolates of S. aureus were obtained from different samples includes (urine ,vagina, stool, wound, and abscess ) from patients by standard bacteriological methods. All samples were obtained from patients or individuals who admitted to Al - Hillah Surgical Teaching Hospital and Merjan Medical City in Babylon Governorate during a period extending from (July 2017 to September 2017). Then the specimens cultured in selective media and identified by using biochemical and bacteriological tests and using specific primer(sau).Only (19)isolate of Staphylococcus aureus isolates were recovered.Some virulence factors of all S. aureus isolates were studied as sea gene , PCR was performed using specific primer on genomic DNA from S .aureus isolate . PCR amplification of sea gene indicated that two from vagina isolate 2 : 4(50%),three from urine 3 : 3(100%) and four from stool 4 : 4(100%) and one isolates from abscess 1 : 4(25%) and one isolates from wound1 : 4(25%) .Specific PCR primer was used for the detection of( tsst) gene.It was found that tsst gene was observed in 16 isolates which include urine, pus ,wound,and stool in percentage 100%.Specific primer was used for detection of eta gene .It was found that eta was observed in three from urine 3 : 3(100%), four from vagina 4 : 4(100%) and three from abscess 3 : 4(75%) and four from wound4 : 4(100%) and four from stool 4 : 4(100%).cna gene was also detected in S.aureus by using specific PCR primer .It was found that can gene was observed in two from urine 2 : 3(66.6), one from vaginaII1 : 4(25%), three from wound 3 : 4(75%) and three from abscess 3 : 4(75%) and two from stool 2 : 4(50%) .Also, ica gene was detected in S.aureus isolates by using specific primer , it was found that gene present in 2(66.6%) isolate from urine sample and 1(25%) isolate from abscess sample.However, molecular detection of pvl gene was done using specific PCR primer. It was found that pvl was observed in bacterial isolates in only 2(50%) isolate from abscess sample and 1(25%) from wound sample.Clumping factor A (clfA) gene was investigated by PCR technique using specific primer for his gene. It was found that clfA gene was observed in three from urine sample 3(100%) and one from vagina 1(25%) and four from abscess 4(100%) and four from wound 4(100%) and three from stool 3(75%).S. aureus isolates were subjected to show its ability to produce staphylokinase enzyme .It was that only 2 from 4 (50%) isolates from wound extracylallary were able to produce staphylokinase enzyme by creating clear zones around wells containing their cultures in the skim milk agar plate.Hyaluronidase activity was also investigated it was found that( 89%) of S. aureus isolates give positive result for hyaluronidase by turbidity reduction assay in the determination of hyaluronidase.The relationship between 19 S. aureus isolates using RAPD - PCR was performed. Ten primer showed polymorphism among the isolates test generatingIII88 bands, 58 of which were polymorphic with sizes ranging between 100 to 3000 bp. The mean percentage of ten primer 61.36% .The Dendogram two main cluster, the first include one isolate (st9 abscess) and the second include 18 isolates, However , the second cluster divide the 18 isolate into two subcluster. Using the ten primer isolate 11 reveled highest similarity with isolate 1 (69%) and the isolate 17 and 18 have similarity (69%) followed by isolates 7 and 16 with similarty (61%) .However , isolate 14 and 9 showed the lowest similarity (10%). All the remaining pairs showed intermediate similarity percentage with highest and lowest percentage .PCR amplification of Agr group gene from 19 isolates product different types based on size range from (323 - 659 ) bp were recognized as follows Agr I (441bP) ,Agr II(575 bp),Agr III(323 bP),Agr IV (659 bp),and. The frequencies of agr Groups III 17(89.1%) and Agr Groups I 15(78.7%) were more than those seen in other Groups flowed by agr IV 7(36.7%), while agr Group II 2(10.4%) was the least obtained in all the five isolates .DNA sequencing of cna gene from isolates of S. aureus revealed 188 mutation in four isolates and give identity in percentage (76 - 89%) with standard strand S. aureus in NCBI website ,this gene sequencing is the first described in Iraq.

تواتر الانماط المصلية من بكتريا القولون وطفيلي الحال النسيجي بين مرضى الاسهال في محافظة بابل == Frequency of Escherichia coli serotypes and Entamoeba histolytica among Patients with Diarrhea in Babylon province

Author name: محمد صباح عطيوي الزبيدي
Supervisor name: جواد كاظم الخفاجي | هادي فاضل اليساري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تعتبر Escherichia coli وEntamoeba histolytica من اكثر مسببات الامراض الشائعة التي تسبب الامراض المعوية والامعائية في جميع انحاء العالم.تم جمع 150 عينة براز من المرضى الذين يعانون من الاسهال الكبير خلال الفترة من اكتوبر 2017 حتى نهاية ديسمبر 2017 من ثلاثة مستشفيات رئيسية في مدينة الحلة ، وقد تم تشخيص 46 عزلة على انها E.coli والكشف عن 28 عينة على انها E.histolytica.شملت عزلة ال E.coli ما ياتي 29 من الذكور و17 من الاناث ، في حين شملت E.histolytica 19 من الذكور و9 من الاناث.تتراوح الفئة العمرية الاكثر شيوعا لانتشار العدوى في كل من E.histolytica وE.coli (1 - 10) سنوات . وهذا يمكن ان يكون وفقا لحقيقة ان الاطفال يلعبون على التربة مع نظافة ضئيلة او معدومة ضمن هذه الفئة العمرية او بسبب انخفاض المناعة خلال هذه الفئات العمرية.ظهر من عزلات E.coli ان اكثر انواع الاسهال شيوعا هو 14 اسهالا مائيا في حين كان في عينات E.histolytica الاسهال الدموي هو الاكثر شيوعا حيث بلغ 18 اسهالا دمويا.كان عامل الاقامة الاكثر شيوعا في كل من E.coli وE.histolytica في المناطق الريفية حيث كان حوالي 32 في E.coli و18 في E.histolytica. ويرجع ذلك الى العديد من العوامل مثل وجود الحيوانات الاليفة كمضيفين والتي تساعد على توزيع الاصابات المايكروبية ، غياب معظم المبادئ الصحية العامة ، غياب اجراءات الصرف الصحي ، تقديم الطعام والماء الملوثين .وقد درست بعض عوامل الضراوة في بكتريا القولون التي اختبرت في الدراسة الحالية لانتاج كبسولات كانت النتائج الايجابية 37 ، وكان مستضد عامل الاستعمار 18 ، وكان انتاج الهيموليزين صفرا ، وكان انتاج البكتريوسين 46.ان اكثر الانماط المصلية المنتشرة لبكتريا E.coli هو ETEC وقد كان 16 عزلة. تم اختبار تاثير بعض المضادات الحيوية على E.coli واظهرت النتائج التي تم الحصول عليها ان اعلى ارتفاع معدل مقاومة كان 43 الى ampicillin و42 الى Ceftriaxone في حين ان اعلى ارتفاع معدل انتشار الحساسية كان 43 الى Meropenem و34 الى amoxiclave.تم اختبار انتاج ESBL بواسطة E.coli في هذه الدراسة عن طريق الفحص والاختبار التاكيدي الذي كان 10 عزلات لديهم القدرة على انتاج ESBL باستخدام اختبار الفحص العادي في حين ظهرت 20 عزلة بواسطة الاختبار تاكيدي.كما تم الكشف التاكيدي ل E.histolytica بواسطة ELISA في 28 عينة التي تم الحصول عليها وجميعها اعطت نتائج موجبة | Escherichia coli and Entamoeba histolytica are among the most common pathogens that causes intestinal and extra - intestinal diseases worldwide .One hundred fifty (150) stool samples were collected from patients suffering from significant diarrhea during the period of October 2017 to the end of December 2017 from three main hospitals in Hilla city, about 46 isolates were identified as Escherichia coli and 28 Entamoeba histolytica were detected in all specimens. From 46 isolates of E.coli were included 29(63.1%) in males and 17(36.9%) in females , while from 28 E.histolytica about 19(67.9%) in males and 9(32.1) in females .The most prevalence of infection by both E.histolytica and E.coli were among age group range (1 - 10) . This could be according to the fact that children are found of playing on the soil with little or no hygiene within this age group or due to low immunity.The most common type of diarrhea in this study were 41(89.2%) watery diarrhea caused by E.coli while the 18(46.2%) bloody diarrhea were the most common in diarrhea cases by E.histolytica.Most cases of diarrhea were commonly in both E.coli and E.histolytica cases in rural that about 32(69.6%) by E.coli and 18(64.2%) by E.histolytica .These are due to many factors such as the presence of domestic animals as hosts which help in parasites distribution ,an absence of most common hygienic principles ,absent of sanitation measures , present of contaminated food and water, and the presence of insects as vectors to these pathogens .Some virulence factors of E.coli which have been tested in the present study were involve capsule production that positive results about 37(80.5%) ,colonization factor antigen were 18(39.1%), hemolysin not produced , and bacteriocin production were about 46(100%) . The high prevalence of E.coli serotypes in this study are with Enterotoxigenic E.Coli that about 16(34.8%) isolates. The enterotoxigenic E.coli pathotype is recognized as one of the main important diarrheagenic E.coli in developing countries.The effect of some antibiotics on E.coli was tested and the results that obtained show that the high prevalence of resistance 43(93.4%) to ampicillin and 42(91.4%) to Ceftriaxone while the high prevalence of sensitivity were 43(93.4%) to meropenem and 34(73.9%) to amoxiclave . The Extended Spectrum β - Lactamase production by E.coli in this study also tested by confirmatory test that was about 20 isolates were having the ability to produce ESBL by using confirmatory test.The confirmatory detection of E.histolytica by using ELISA were also applied in this study were the results give 28(100%) positive for E.histolytica .

التوصيف الجزيئي لبعض محددات الضراوة لبكتريا Klebsiella pneumoniae المعزولة من عينات سريرية مختلفة في محافظة بابل == Molecular Characterization of Some Virulence Determinants of Klebsiella pneumoniae Isolated From Different Clinical Samples in Babylon

Author name: مسار عامر مرزة العماري
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | ايفاد كريم عبد الشبلي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: A total of 200 samples were collected from different sources of patients that including (sputum , tonsil, sinuses, vagina, urine) and from both sexes during a period from September 2016 to December 2016. Only twenty isolates (10%) were identified as Klebsiella pneumoniae positive according to the cultural characteristics and biochemical tests. Eight (40%) isolates from sputum, 5(25%) isolates from urine, 3(15%) isolates from tonsil, 2(10%) isolates from sinus, and also 2(10%) isolates from vagina. K. pneumoniae in males formed 12 isolates(60%) and 8 isolates(40%) in the females .The age - groups of patients who involved in the study was ranged from one year to thirty years old. The results showed that the mean age of patients was 14.9 years with standard deviation of 10.96. All isolates (100%) were able to produce capsule, siderophore, colonization factor antigen(CFA I/CFAIII) and urease, but none of these isolates were able to produce hemolysin. They have ability to form biofilm and have a strong role in stone formation. Regarding antibiotic susceptibility testing all Klebsiella pneumoniae isolates were resistant to Aztreonam, Ampicillin, Amoxicillin/ clavulanic acid) and penicillin G, whereas sensitive to Gentamycin, Ceftriaxone, and Amikacin. The molecular detection of some virulence genes ( magA gene, kfu gene, and uge gene) was done by PCR technique. And all isolates (100%)were negative mag A. Also, PCR technique displayed that 5 isolates 20(25%) were positive for Kfu gene, while only two isolates 20(10%) were positive for Uge gene. As well, the antibiotic resistance genes bla TEM and bla SHV markers were investigated, 18(90%) isolates positive to bla TEM from them(14) isolates carried on plasmid and (4) isolates carried on chromosomal DNA, while bla SHV gene was found in 17(85%) isolates positive from them (14) isolates carries on plasmid and (3) isolates carried onchromosomal DNA. Moreover, RFLP/PCR analysis explored bla TEM and bla SHV genotyping for Klebsiella pneumoniae isolates in the current study illustrating ESBL contribution in the increment of bacterial resistant to antibiotics.

انماط مقاومة المضادات الحياتية لمجموعة الممرضات ESKAPE من مرضى الاطفال في محافظة بابل == Antibiotic Resistances Patterns among ESKAPE group Pathogens Isolated from Pediatric Patients in Babylon Governorate

Author name: امل محمد سعيد محمد جواد الموسوي
Supervisor name: علاء هاني الجراخ | عدنان حنظل الجوذري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة للتحري عن انتشار مجموعة الممرضات البكتيرية المقاومة للمضادات الحيويةESKAPE (الاسكيب) لدى مرضى الاطفال في محافظة بابل, العراق تم في بداية الدراسة جمع 191عينات سريرية مختلفة من مرضى الاطفال للفترة من تموز لغاية تشرين الثاني لسنة 2016. تم الحصول على النماذج من مرضى الاطفال بعمر من واحد يوم الى 14 سنة والوافدين لمستشفى التعليمي للولادة والاطفال (بصوره رئيسيه وحدة الخدج المنزلي, وحدة العناية المركزة, الردهات العامة) ومستشفى الحلة التعليمي (بصوره رئيسية وحدة الحروق). شملت النماذج المجموعة خلال الدراسة عينات الدم ,الادرار, سائل النخاع الشوكي, جروح الحروق، وغيرها تم اخذ المعلومات التالية من كل مريض تم ادراجه في الدراسة الحالية : الاسم, العمر, الجنس, العنوان , وزن الجسم, اخذ للقاح او لا, وجود او عدم وجود تشخيص سريري مؤكد, متعاطي للمضادات الحيوية او لا قبل اخذ النموذج من المرضى. بينت نتائج الدراسة انه من مجموع 191 عينة سريرية، ان 45 منها عينة بنسبة (23.5% ) اظهرت نمو بكتيري موجب على الاوساط الزرعية الاعتيادية وبالتالي الحصول على 45 عزله بكتيرية مشخصة بواسطة الاختبارات الكيميائية ,جهاز Vitek2ونظام .API تم الحصول على العزلات البكتيرية من عينات الادرار 16 (35.5%), الحروق15(33.3%), الدم13( (28.8% والسائل القصبي 1(2.2%)، فيما لم تظهر 146 عينه سريريه ( (76.4%نموا موجبا على الاوساط الزرعية وقد يعود السبب في ذلك لاحتمال وجود اصابه فطرية او فايروسية او لوجود بكتيريا شديدة التحسس fastidious bacteria والتي قد تكون فقدت اثناء نقل العينات الى المختبراو بسبب تعاطي المضادات الحيويه فبل اخذ النماذج. وجد انه من مجموع 191 عينة سريرية تم جمعها خلال الدراسة، فانه تم الحصول على 12 عزلة بكتيرية تابعة لمجموعة المرضات البكتيرية المقاومة للمضادات الحيوية (الاسكيب) وبنسبة6.3% ،بينما كانت نسبتها26.6% من النمو البكتيري الموجب, حيث تم عزلها من العينات وبواقع 6عزلات من جروح الحروق (50%) ,5 عزلات من الدم (41.6%) وعزلة واحدة من السائل القصبي (8.3%). اظهرت نتائج الدراسة الحالية انه من بين 12 عزلة بكتيرية (6.3%) تابعة لمجموعة الاسكيب فان اعلى نسبة عزل 33.4 %)) كانت لبكتريا S. aureus ، تلتها العزلات البكتيرية التابعة لانواع P. aeruginosa, K. pneumoniae وA. baumannii بينما لم يتم الحصول على عزلات تابعة للنوع البكتيري Enterococcus faeciumفي هذه الدراسة. اظهرت نتائج اختبار الحساسية الدوائية لمجموعة الاسكيب باستخدام نظام Vitek 2 - system للعزلات البكترية الموجبة والسالبة لصبغة كرام ان اعلى نسبة مقاومة للمضادات الحيوية كانت لبكتريا P. aeruginosa تليها العزلات التابعة لكل من K. pneumoniae,, S. aureus, E. cloacae وA. baumanniiعلى التوالي. وجد في هذه الدراسة ان 75 % من جميع العزلات السالبة لصبغة كرام ومن ضمنها العزلات التابعة لمجموعة الاسكيب P. aeruginosa, K. pneumoniae E. cloacae, A. baumannii كانت منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف ، كما اظهرت النتائج ان جميع العزلات السالبة لصبغه كرام ضمن مجموعة الاسكيب كانت منتجة لانزيمات البيتالاكتاميز من نوع AmpC. كما بينت نتائج اختبار الحساسية الدوائية لمجموعة الاسكيب ان هنالك اختلافات في انماط المقاومة للمضادات الحياتية بين هذه العزلات، حيث وجد ان اعلى نسبة كانت لنمط متعدد المقاومة 10(%83.3) فيما احتل نمط واسع المقاومة نسبة 2 (16.6%), بينما لم يتم الحصول على عزلات ذات نمط كلي المقاومة في هذه الدراسة. وحسب ما تم الاطلاع من المصادر المعتمدة، فان هذه الدراسة تعد الدراسة الاولى في العراق والتي تتضمن التحري عن انماط مقاومة المضادات الحياتية لمجموعة الممرضات البكتيرية (الاسكيب) لمرضى الاطفال في العراق. | The present study aimed to investigate the prevalence of ESKAPE pathogens group : Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus. Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Enterobacter spp. among pediatric patients in Babylon province, Iraq. Out of 191 different clinical samples were collected from pediatric patients during the a period of July 2016 till November 2016. Samples were obtained from aged from 1day till the age of pediatric patients 14 years old who admitted to Babylon teaching hospital for maternity and children (mainly in nursery neonatal care unit, intensive care unit, general wards) and Hilla teaching hospital (mainly in burn unit). Samples obtained included; blood, urine, cerebrospinal fluid, burns wounds and others (bronchial fluid, abscess) data like name, age, sex, residence, body weight, attending for vaccination program before or after, any clinical documented infection or not, and whether received antibiotics before or after, were taken from patients before sampling.Among 191 clinical samples, 45 (23.5%) gave positive growth on ordinary culture media, yielding 45 bacterial isolates, identified using biochemical tests,Vitek2 - system ID cards, and API system. The bacterial isolates were recovered form urine 16 (35.5%), burn wounds 15 (33.3%), blood 13(28. 8%), and bronchial fluid 1 (2.2%). Among 191 clinical samples, 146 (76.4%) gave no growth. The reason of negative culture may be attributed to fungal infection, viral infection, fastidious bacteria that might be lost during transporting or antibiotics usage before taking samples. Out of the total samples collection 191, ESKAPE pathogens group corresponded 12 isolates (6.3%) were recovered. While (26.6) from positive growth cultures. They were isolated from samples of burn wounds 6 (50%), blood 5(41.6%), and bronchial fluid 1(8.3%). Among 12 isolates of (6.3%) ESKAPE pathogens group from 191 recovered from clinical samples, S. aureus was recovered in high rate (33.4%) followed by P. aeruginosa, K. pneumoniae, and A. baumannii However, no isolate belonged to E. faecium was recovered in this study. Results of antibiotic susceptibility testing of ESKAPE pathogens group using Vitek 2 - system found that P. aeruginosa isolates showed high rate of antibiotic resistance, followed by K. pneumoniae, S. aureus, E. cloacae, and A. baumannii isolates respectively. Different antibiotic susceptibility patterns were recorded among ESKAPE pathoges group isolates. Multi drug resistance (MDR) was found in high rate 10 (83.3%), and extensively drug resistant (XDR) 2(16.6%) , However, no isolates belonged to pan drug resistant (PDR) were recovered in this study. In the present study found that high rate 6/8 (75%) from the all isolates of G - ve bacteria within ESKAPE pathogens group (P. aeruginosa, K. pneumoniae E. cloacae, A.baumannii) were ESBL - producers and all isolates were AmpC producer.According to we knowledge, this study is a first record of investigation the prevalence of pattern resistant bacteria among ESKAPE pathogen group in pediatric patients in Iraq

دراسة جزيئية وبكتريولوجية لبكتريا Bacteroides fragilis المعزولة من النساء المصابات بالتهاب المهبل البكتيري == Molecular and Bacteriological Study of Bacteroides fragilis Isolated from Women with Bacterial Vaginosis

Author name: زهراء قيس سلمان
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | بشرى جابر عمران
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: شملت هذه الدراسة 150 مريضة يعانين من التهاب المهبل البكتيري ، تم جمع ما مجموعه 300 مسحة من عنق الرحم وافرازات مهبلية من هؤلاء المريضات بمعدل مسحتين اثنتين لكل مريضة و150 عينة دم جديدة تم جمعها من المريضات عند مراجعتهن الى مستشفيين في محافظة بابل هما : مستشفى بابل للنسائية والاطفال التعليمي ، ومستشفى الحلة التعليمي العام، و150 عينة دم جديدة كمجموعة سيطرة ، خلال الفترة من شباط الى تشرين الاول 2016. باستخام معايير امسلز تم تشخيص النساء اللواتي يعانين من التهاب المهبل البكتيري. وقد خضعت المسحات لطرق مختلفة لتحديد B.fragilis باستخدام الاساليب البكتريولوجية التقليدية. وجد ان 31 عزلة موجبة (20.6٪) باستخدام الاوساط الانتقائية. فضلا عن ذلك، تم تطبيق طرق الكشف الجزيئي باستخدام المعلم الوراثي المستند على دور جين 16 sRNA ، وكانت 44 عزلة (29.33٪) ايجابية وتعود لبكتريا B.fragilis وكذلك استخدم المعلم الوراثي nanH حيث كانت 39 عزلة (88.6٪) ايجابية. بالاضافة الى ذلك، تم فحص العزلات المعزولة على الاوساط الانتقائية الخاصة بالبكتريا للكشف عن قابلية البكتريا للالتصاق (adherence ability) بالخلايا المخاطية. كما تم التحري المظهري عن عملية تكوين الاغشية الحيوية (Biofilm formation) للعزلات المدروسة باستخدام فحص tissue culture plate (TCP) test اذ كانت مكونة للاغشية بنسبة (100%). حيث اظهرت العزلات 31 الموجبة المستخرجة من الوسط الانتقائي قدرة البكترياعلى تكوين ال Biofilm وكانت نسبة تكوين البيوفيلم (83.9٪) و(16.1٪) للوضع العالي والمعتدل على التوالي، في حين لم تكن هناك عزلات غير قادرة على تشكيل بيوفيلم. اما فيما يتعلق بتاثير بوفيدون - اليود بنسبة 10٪ على تكوين البيوفيلم، فقد اظهرت نتائج هذه الدراسة ان قدرة البكتريا على تكوينه قد تقلصت لتكون نسبة التشكيل قوي (6.5٪ (ومعتدل (71٪) و(22.6٪) لم يظهر اي تشكيل للبيوفيلم . تم فحص تاثير 10% povidone - iodine المستخدمة في الطب النسائي على انتاج الاغشية الحيوية . وقيمت الدراسة قابلية B.fragilis على انتاج bacteriocin وتاثيرها على بعض العزلات البكتيرية. اظهرت النتائج ان لعزلات البكتريا قدرة تازرية لتثبيط نمو العزلات المدروسة بنسب. فضلا عن ذلك، هدفت هذه الدراسة الى التعرف على علاقة التغايرالجيني(TLR - 4 Polymorphism) باستخدام تقنية البلمرة والقطع بالانزيم (PCR - RFLP) .وتبين من النتائج وجود ثلاث انماط جينية وكانت نسب انتشارها في مجموعة المرضى CC(36.0%) وThr399Ile : CT(12.0%) ,TT(52%) بينما نسب انتشارها في مجموعة السيطرة كانت TT(34.0%) , CC(60.0%) and CT(6.0%) وقد اظهرت وجود اختلاف وهو اختلافا معنويا, فيما بلغت نسبة انتشار الاليل T في المرضى (58%) بالمقارنة للسيطرة (37%) مع وجود اختلاف معنوي .وفي المقابل سجل وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة Asp299Gly : AA(46.0%) ,GG(50.0%) and GA(4.0%) في مجموعة المريضات بينما في مجموعة السيطرة كانت نسب الانتشار AA(34.7%) , GG(59.3%) and GA(6.0%) مع عدم وجود فارق معنوي بينهما , اما نسبة انتشار الاليل G (52%) في مجموعة المريضات بالمقارنة بمجموعة السيطرة (62%) ويعد فارقا معنويا بينهما . تناولت الدراسة تحليل تسلسل جينات معينة من عزلات B.fragilis وكشفت نتائج التحليل للاحماض الامينية لجين Enterotoxin حيث تم تحديدها في 117/117 (100٪ (بمقارنة تسلسلها مع تلك التي في قاعدة البيانات في بنك الجينات وكانت نسبة الثغرات بينهما (0)٪ ، اما بالنسبة للعزلة الثانية فقد تم التعرف على نتائج التحليل للاحماض الامينية لجين Enterotoxin في 116/116 (100٪) وبثغرات 0/116 (0٪)، اما بالنسبة لجين Phospholipaseتم تحديدها في 129/129 (100٪) مع ثغرات 0/1129 (0٪) لكل من العزلتين . اخيرا تم تحليل العلاقات التطورية بين العزلات محلية من B.fragilis والعزلات العالمية من B.fragilis باستخدام تسلسل الجينات لل Enterotoxin وPhospholipaseحيث اظهر تحليل تسلسل الحمض النووي لجين Enterotoxin ان عزلات B.fragilis المحلية (NO.1) و(No.2) كانت مرتبطة ارتباطا وثيقا بعزلة B. fragilis المسجلة عالميا (AB026625.1) و(U67735.1) ونسبة التغير الجيني الكلي في شجرة التطور (0.01%) في حين ان نتائج تحليل النشوء والتطور من تسلسل جينات Phospholipase كشفت ان نفس العزلات المحلية (NO.1) و(No.2) كانت مرتبطة ارتباطا وثيقا بالعزلة المسجلة عالميا (CP011073.1) ، ونسبة التغير الجيني الكلي في شجرة التطور كانت (0.003 - 0.005%). | This study included 150 women with bacterial vaginosis (BV), a total of 300 swabs (as two high vaginal swabs for each woman and vaginal discharge ) were taken from each woman. In addition to fresh blood samples were collected from the same 150 women with bacterial vaginosis and 150 healthy women as control group , these women admitted to the out - patient clinics of Gynecology and Obstetrics , in two hospitals of Babylon Province : Babylon Maternity and Pediatrics Teaching Hospital, and Al - Hillah General Teaching Hospital during the period from February until October 2016. Women suffering from bacterial vaginosis were diagnosed according to Amsels criteria .The high vaginal swabs were subjected to different methods for identification of Bacteroides fragilis by using traditional bacteriological methods . It was found that 31(20.6%) isolates were recovered by using selective media . Furthermore , molecular detection methods was applied by using 16s rRNA gene ,where 44(29.33%) isolates were positive , and using nanH gene where 39(88.6%) isolates were positive out of the 44 isolates , these genetic markers were used for confirmation detection of B.fradilis isolates . In addition , the 31 isolates recovered from selective media were investigated to detect adherence of B.fragilis to mucosal epithelia cells .Also , biofilm formation was tested in semi quantitative microtiter plate test . The result revealed that all isolates were biofilm former , biofilm formation were accounted (83.9%) and (16.1%) for high and moderate mode respectively , while there were no isolates that do not express biofilm formation . Regarding on effect of 10% povidone - iodine on biofilm formation ,the result of this study demonstrated that internal douche effectively reduced the viability of biofilm forming to strong (6.5%) , moderate (71%) and (22.6%) shown no biofilm formation . The study was also evaluated the susceptibility of bacteriocin produced by B.fragilis on some isolates of bacteria . The result revealed that B.fragilis have synergistic ability to inhibition the growth of studied isolates with different ratios . Additionally, this study aimed to investigate the relation of Asp299Gly and Thr399Ile Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) in the Toll - like receptor - 4 (TLR - 4) with the incidence of bacterial vaginosis .The result elucidated that at the site of Thr399Ile SNP, there were three genotypes for this SNP among patients ; TT,CC and TC with frequency of (52%) ,(36.0%) and (12.0%) respectively , whereas , the genotype frequency among control group were TT(34%) ,CC(60%) and TC(6.0%) with significance differences between patients and control . However, the frequency of allele T (mutant) was higher among patients (58%) than control (37%) with significant difference. The site of Asp299Gly SNP also showed three genotype among patients with frequency of AA(46.0%), GG(50.0%) and GA(4.0%) , whereas the genotype frequency among control group were AA(34.7%) , GG(59.3%) and GA(6.0%) with no significant differences between patients and control . Additionally , the frequency of allele G(mutant) was higher among control(62%) than patients (52%) with significant differences between them . The study deal with sequence analysis of specific genes of B.fragilis isolates revealed that the analysis results of amino acids for enterotoxin gene was identified in 117/117(100%) by comparing its sequence with that in the database in gene bank by Blast program with gaps 0/117(0%) and for the second isolate the analysis results of amino acids for enterotoxin gene was identified in 116/116(100%) and with gaps 0/116(0%) , while for phospholipase gene was identified in 129/129(100%) with gaps 0/1129(0%) for first isolates.Finally ,the phylogenetic relationships between two local isolates of Bacteroides fragilis and Bacteroides fragilis global isolates were analyzed using the enterotoxin and phospholipase genes sequence. The DNA sequencing analysis of enterotoxin gene revealed that B. fragilis local number (No.1and No.2) isolates were closely related to isolation B. fragilis recorded globally NCBI - BLAST B. fragilis (AB026625.1) and (U67735.1) , whereas other NCBI - Blast B.fragilis enterotoxin gene were show different out of tree at total genetic change (0.01%) , while the phylogenetic analysis results of phospholipase gene sequences revealed that B. fragilis local isolates ( No.1and No.2) were closely related to isolation B. fragilis recorded globally NCBI - BLAST B. fragilis (CP011073.1) , whereas other NCBI - Blast B.fragilis phospholipase gene showed difference out of tree at total genetic change (0.003 - 0.005 %).

الكشف الجزيئي للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه - النوع الاول والتعبير البروتيني ل P27, CDK6,CDK4 وBcl - 2 في سرطان الغدد اللمفاوية الهودجكن واللاهودجكن == Molecular Detection of Human T Lymphotropic Virus Type - 1 (HTLV - 1) and Expressional Proteins of CDK4, CDK6, P27 and Bcl - 2 in Hodgkin?s and Non - Hodgkin?s Lymphomas

Author name: نور سامي عبود الليباوي
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | شاكر حماد محمد العلواني
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: صممت هذه الدراسة على انها دراسة بحثية ذات اثر رجعي ,وسيطره . اذ اشتملت على120خزعة نسجية من منطقة الغدد اللمفاوية المحفوظة بالفورمالين والمطمورة بشمع البارافين.جمعت هذه النماذج من ارشيفات الانسجة المرضية لمختبرات مستشفى الحلة التعليمي/ محافظة بابل , مستشفى الحسين التعليمي/ محافظة كربلاء ,مستشفى الصدر التعليمي/ محافظة النجف ,مستشفى الحسين التعليمي/ محافظة المثنى ومستشفى القادسية التعليمي/ محافظة القادسية وكذلك العديد من مختبرات الانسجة المرضية الخاصة الموجودة في بابل ,بغداد, كربلاء, القادسيه, المثنى اذ جمعت هذه العينات للفترة من اذار 2016 الى كانون الاول 2016. هذه النماذج تعود للمرضى المصابين بسرطان العقد اللمفاوية للسنوات من 2011 لغاية 2016 .قسمت هذه العينات حسب المجموعات التالية : - 1 - اربعون قطعة نسيجية لمفاوية مصابة بسرطان العقد اللمفاوية نوع هودجكن .2 - اربعون قطعة نسيجية لمفاوية مصابة بسرطان العقد اللمفاوية نوع اللاهودجكن .3 - اربعون قطعة نسجية لعقد لمفاوية (لايظهر عليها اي تغيرات مرضية نسيجية) ظاهريا سليمة استعملت كمجموعة سيطرة .بعد التقطيع النسيجي لخزع العقد اللمفاوبة وتصبيغها باستخدام صبغتي الايوسين والهيماتوكسلين تم اجراء الفحص التاكيدي الدقيق لغرض التشخيص النهائي من قبل اخصائي الامراض النسيجية لهذه الدراسة. تم تصميم الجانب العملي لهذه الدراسة الذي اتخذ مسارين رئيسين : - 1. التحديد الجزيئي للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول بفحصها داخل خلايا الانسجة اللمفاوية حيث تم انجازه بوساطة استخدام تقنية التهجين الموضعي ذات الحساسية العالية .2. اجراء دراسة كيميائية - نسيجية مناعية لوصف الحالة التعبيرية ل CDK4 وCDK6 ومثبط CDK (p27) وفحص الجينات السرطانية للخلايا اللمفاوية B (Bcl - 2 ) في الانسجة المصابة بالهودجكن واللاهودجكن والعقد اللمفاوية السليمة ظاهريا (غير مصابة).ان مجمل النتائج التي تم الحصول عليها هذه الدراسة كانت كما يلي : 1 - نسبة الذكور( (57.5% المصابين بسرطان الغدد اللمفاوية الهودجكن واللاهودجكن ومجموعة السيطرة كانت اعلى من نسبة الاناث (42.5%) في هذه المجاميع الثلاثة. حيث كانت نسبة الذكور/اناث هي1 : 1.35.2 - اظهر الفحص النسيجي ان النسبة العليا من مرضى الهودجكن كان من الدرجة المنخفضة (42.5%) يتبعها الدرجة المتوسطة (35%) وادنى نسبة هي الدرجة العليا (22.5%). بينما النسبة العليا من مرضى اللاهودجكن كانت من الدرجة المنخفضة والمتوسطة %37.5)) وادنى نسبة هي الدرجة العليا ( 25%).ا - نتائج الفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول وCDK4 وCDK6 ومثبط CDK (p27 ) وكذلك الجينات السرطانية للخلايا المفاوية B (Bcl - 2 ) في الانسجة المصابة بالهودجكن : 1 - النتائج الموجبة لجين HBZ للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول بتفاعل التهجين الموضعي كانت ( 22.5%) 2 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ p27 ان 35% من الانسجة كانت موجبة .3 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ CDK4 ان 35% من الانسجة كانت موجبة .4 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ CDK6 ان 57.5 % من الانسجة كانت موجبة . 5 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ Bcl - 2ان47.5 % من الانسجة كانت موجبة .6 - تم تمييز علاقة طردية قوية تربط بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للفيروس وCDK4 .7 - وجدت علاقة طردية قوية بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للCDK4 وCDK6 .وايضا وجدت علاقة بين تحديد وكثافة ال CDK6 وBcl - 2.8 - تم تمييز علاقة طردية قوية تربط بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة ل p27 وعمر المرضى. كذلك علاقة طردية بين p27 وBcl - 2.ب‌ - نتائج للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائية من النوع الاول وCDK4 وCDK6 ومثبط CDK (p27 ) وكذلك الجينات السرطانية للخلايا المفاوية B (Bcl - 2 ) في الانسجة المصابة باللاهودجكن : 1 - النتائج الموجبة لجين HBZ للفايروس البشري المتوجه للخلايا اللمفاوية التائيه من النوع الاول بتفاعل التهجين الموضعي كانت (45%) بينما لم تظهر اي حالة موجبة بتفاعل التهجين الموضعي للفايروس ضمن مجموعة السيطرة .2 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ p27 ان 42.5% من الانسجة كانت موجبة. بينما لم تظهر اي حالة موجبة للp27 بواسطة الاختبارالكيميائي النسجي المناعي ضمن مجموعة السيطرة.3 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـCDK4 ان 50% من الانسجة كانت موجبة. بينما لم تظهر اي حالة موجبة في هذا الاختبار في مجموعة السيطرة.4 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي لـ CDK6 ان 72.5% من الانسجة كانت موجبة . بينما لم تظهر اي حالة موجبة في هذا الاختبار في مجموعة السيطرة.5 - اظهرالاختبارالكيميائي النسجي المناعي ل Bcl - 2 ان 72.5% من الانسجة كانت موجبة. بينما لم تظهر اي حالة موجبة في هذا الاختبار في مجموعة السطرة.6 - تم تمييز علاقة طردية قوية تربط بين تحديد الفيروس وBcl - 2 وكذلك وجدت علاقة قوية طردية تربط بين الانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للفايروس وCDK6.7 - وجدت علاقة طردية قوية بين تحديد والانتشارالتعبيرالبروتيني والكثافة للBcl - 2 وCDK6 .وايضا وجدت علاقة بين تحديد وكثافة ال p27 وBcl - 2 فقط .كذلك وجدت علاقة عكسية بين عمر المريض وBcl - 2 .8 - تم تمييز علاقة طردية تربط بين كثافة CDK4 وp27 وكذلك بين CDK4 وBcl - 2

دراسة بكتيرية ووراثية لبكتريا Gardnerella vaginalis وعلاقتها بالولادة المبكرة == Bacteriological and Molecular study of Gardnerella vaginalis association with preterm labor

Author name: ازل علاء عباس الربيعي
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | لميس عبد الرزاق عبد اللطيف
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: In this study , one hundred fifty samples were collected from paitents with preterm labor (PTL), who have been attending to Babylon Maternity and pediatric hospital and Al - Hilla Teaching Hospital, at the period from February to October 2016. Two swabs were collected one for culturing and the other for direct extraction for isolation Gardnerella vaginalis.Out of the 150 samples only 6(4%) on culture and 30 (20%) on molecular level isolated from preterm labor caused by Bacterial vaginosis , Urinary tract infection and aborted women. The results isolation and laboratory diagnosis as well as biochemical test approved that there is only 6 isolates belong to G.vaginalis confirmed by using Vitek 2 system and molecular detection by specific primers.Preterm birth is one of the most common causes of neonatal morbidity and mortality. Associated with sub sequent preterm labor in up to 40% of cases as shown in our resultsThe isolates are varied in their ability to produce sidrophore and extracellular protease in addition to their hemolytic activity .Adherence activity were investigated and indicate that G.vaginals have pili on her surface help her to attached and initiated infection Metronidazole was effective in prevent adherence at low concentration (5%) was 100% percentage.All isolates are able to produce biofilm in different level which provided as main step in pathogenesis caused it can evade and evoke the action of immune response and antibiotics , Alum , sodium chloride and sodium bicarbonate were shown very high effectively to eradicationSummaryIIG.vaginalis biofilm which gave results (0%) whereas the thymol extract (carvacrol) were moderate in action gave (50%) effect on Biofilm .Results also preveld that increased of pH value give a chance to overgrowth of G.vaginalis .The results indicated that Lactic acid considered as a limiting factors preventing growth of G.vaginalis when its grown with lactic acid , measured by optical Density (OD) the high production level is (1.901) in 2% concentration Whereas the lowest level is (0.32) in 10% concentration.Isolates Have ability to produce wide spectrum Bacteriocin which inhibited growth of both Gram positive and Gram negative bacteria that founded in vagina environment, Staphylococcus saprophyticus were the most bacteria that inhibited .extracted Vaginolysin was have a completed hemolytic activity in different temperatures (37 - 38 - 40 - 42). The results showed that its activity as were increased in high temperature.Recent study were clarified that purified vaginolysin was active in presence of cholesterol in media, gave (1.205) growth rate measured by the optical density at (100%) concentration. vaginolysin is cholesterol - dependent cytolysin (CDCs) toxin.Antimicrobial activity were investigated to the extracted Vaginolysin to evaluation of its activity depending on inhibition zone, the results showed that candida is more affective between the other microorganism gave (1.3)mm.Some virulence factor have been detected in molecular level ( Vly - SI - LuxS - LexA - rec a - Pl - Fur - Omp - Gal - protease ). Which wereSummaryIIIvaried in production may be as a results to the un presence of this gene in bacteria , may be silent gene or due to the amount of bacteria in sample are rare.Three Antibiotics were used at a molecular level (Tet b) were varied between resistance and sensitive to this gene (10) sample are resist,(RdxA) all sample are sensitive to its gene at percentage (100%), whereas (erna)gene were resist in all samples (100%).The results show there was no sequence homology between Mycoplasma spp. and G. vaginalis in the adhesion level this were detected by P30/P32 specific primer .The outcome of RFLPS - PCR is confirmed that G.vaginalis is virulent and have a role in preterm labor by degradation of membranes with the association of variable Silidase and presence of β - Galactosidase .MBL (mannose binding lectin ) levels were have a direct role pregnancy. It is also apparent that MBL plays a role in the defense against vaginal infection. MBL is essential to successful pregnancy in regards to maternal defense against infection, recent study indicate that MBL deficiency related to pregnancy outcome disorderedthis considered the first study of mannose in Iraq .DNA sequencing were done for two main virulence factor Phospholipase gene and Quorum sensing gene which showed some variation , then recorded in NCBI - gene sequencing as first descriped in Iraq.

التاثير المايكروبي المضاد لدقائق الفضة النانوية ضد بكتريا الزوائف الزنجارية المعزولة من عينات سريرية == The Antimicrobial Effect of Silver Nano Particles (AgNPs) Against Pseudomonas aeruginosa Isolated from Clinical Samples

Author name: سارة عقيل حسن التميمي
Supervisor name: هدى هادي الحسناوي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة للكشف عن التاثيرالمايكروبي المضاد لدقائق الفضة النانوية ضد بكتريا الزوائف الزنجارية المعزولة من عينات سريرية, تم جمع 100 عينة من مصادر سريرية مختلفة, تضمنت العينات السريرية عينات الحروق , والادرار, والدم, واصابات الاذن, والقشع تم اخذ هذه العينات من المرضى الراقدين في مستشفى الحلة التعليمي خلال الفترة من تشرين الثاني 2016 الى كانون الثاني 2017. زرعت جميع العينات على وسط السترمايد, وسط اكار الدم, وحضنت كل الاطباق هوائيا بدرجة حرارة C°37 لمدة 18ساعة. تم تشخيص بكتريا الزوائف الزنجارية بالاعتماد على الصفات المظهرية والكيموحيوية.كان توزيع العزلات كالاتي : 22(52.4%) من عينات الحروق, 8(19%) من عينات الادرار, 14.3)6%) عينة من المرضى المصابين بالالتهاب الاذن الخارجية, 4(9.5%) من عينات الدم,2(4.7%) من عينات القشع. اظهرت نتائج اختبار الحساسية باستخدام طريقة الانتشار في الوسط ان جميع العزلات(26) كانت مقاومة لكل من الببراسلين (100%), السيفوتاكسيم (100%),بينما نسبة المقاومة لكل من الاميكاسين (88%), سيفترياكسون (65%), جنتامايسن (62%), بينما وجدت نسبة مقاومة قليلة للسفتازديم (15%), وكل العزلات كانت حساسة (100) لكل من الميروبينيم, اوفلوكساسين, نورفلوكساسين والسبروفلوكساسين. تم في هذه الدراسة ايضا الكشف عن تكوين الاغشية الحيوية بواسطة طريقتين : طريقة الطبق الزرعي النسيجي (TCP) وطريقة صبغة الكونكو الحمراء (CRA) فكانت النتائج كالاتي : وجد ان في طريقة الطبق الزرعي النسيجي كانت جميع عزلات الزوائف الزنجارية والبالغ عددها (9) منتجة للاغشية الحيوية, (4) من اصل (9) (44%) من عزلات الزوائف الزنجارية انتجت مستعمرات سوداء بواسطة طريقة صبغة الكونكو الحمراء. وكذالك في هذه الدراسة تم الكشف عن تاثير جزيئات الفضة النانوية ((AgNPs على تكوين الاغشية الحيوية باستخدام تراكيز مختلفة (µg/ml 2.5, µg/ml 5, 10 µg/ml, 20µg/ml),حيث اظهرت النتائج ان اعلى فعالية لجزيئات الفضة النانوية كانت عند التركيز (20) وبنسبة تثبيط (100%), من جهة اخرى تم اختبار التاثير البكتيري المضاد لجزيئات الفضة النانوية ضد مختلف انواع العزلات البكتيرية باستخدام طريق التخافيف في الوسط الصلب وتراكيز مختلفة من جزيئات الفضة النانوية (12.5 µg/ml, 25 µg/ml, 50 µg/ml, (100 µg/ml, 200 µg/ml وكانت العزلات كالتالي : ـ(S. aureus, E. coli, E. cloacae, K. pneumonia, P. aeuroginosa)اظهرت النتائج ان اعلى فعالية لجزيئات الفضة النانوية كانت عند التراكيز(100 µg/ml, 200 µg/ml).ايضا تم تعريض ظاهرة السوارمنك في عزلات الزوائف الزنجارية لتراكيز مختلفة من جزيئات الفضة النانوية (2.5 µg/ml, 5 µg/ml, 10 µg/ml ), ووجد ان اعلى نشاط لجزيئات الفضة النانوية ضد ضاهرة السوارمنك وانتاج البايوسيانين كانت بتركيز ((10 µg/ml, 5 µg/ml .تم زراعة جميع عزلات بكتريا الزوائف الزنجارية (26)عزلة بوجود نترات الفضة (AgNO3) بتراكيز تتراوح (100 µg/ml - 400 µg/ml ) باستخدام طريقة التخافيف في الوسط الصلب مع قدرات مختلفة لانتاج البيوسيانين. اظهرت النتائج ان جميع العزلات 26((100 المنتجة للبايوسيانين كانت مقاومة للسلفر نايتريت (AgNO3) من خلال ظهور نمو في الطبق الحاوي على التراكيز المذكورة نترات الفضة (AgNO3).في هذه الدراسة تم اختبار بكتريا الزوائف الزنجارية لانتاج البكتريوسين باستخدام عزلات بكترية مختلفة تضمنت العزلات (امعائية مذرقية,مكورات العنقودية الذهبية,اشريكية قولونية, كلبسيلة رئوية). كذلك تم العثور على مجموعة واسعة من منطقة تثبيط (24mm - 30mm) في الانواع البكتيرية اعلاه مع قطر (30mm, 28mm, 24mm, 30mm) على التوالي. عزلات (امعائية مذرقية, كلبسيلة رئوية) كانت الاكثر تاثر والتي انتجت قطر تثبيط ((30mm. في هذه الدراسة ايضا تم تقييم علاقة مقاومة الفضة مع انتاج بيوسيانين في بكتريا الزوائف الزنجارية متعددة المقاومة للمضادات الحيوية. في هذه الدراسة تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل للتاكد من وجود بعض الجينات. في هذه التقنية، تم فحص جينات bla - IMP)) التي تشفر الى انزيم ميتالو - β - لاكتاميز المسؤول عن مقاومة ايميبينيم وجينات (silS ,silE) التي تشفر لمقاومة الفضة في عزلات بكتريا الزوائف الزنجارية بواسطة استخدام برايمرت خاصة. وقد وجد ان جميع العزلات ال 26 (100%) من بكتريا الزوائف الزنجارية كانت سلبية لهذه الجينات. كما تم استخدام اثنين من البرايمرات المحددة للكشف عن فينازين (بيوسيانين) (phzS, phzM). اظهرت النتائج لل (phzM) ان من اصل 26)) عزلة , 21 (80.8%) اعطت نتيجة ايجابية, , فيما يخص (phzS gene) وجد ان 14(% 53.9) عزلة كانت حامله لهذا الجين . والخاتمة ان جزيئات الفضة النانوية (AgNps) تمتلك تاثير ضد الاغشية الحيوية وايضا لها تاثير بكتيري مضاد ضد بكتريا الزوائف الزنجارية وانواع بكتيرية اخرى, والتي من الممكن استخدامها كعلاج بديل. فيما يخص انتاج البايوسيانين ومقاومة الفضة، ظاهريا كان هناك تاثير البايوسيانين على مقاومة الفضة ولم تكن مقاومة الفضة بسبب نقل وجود جينات (silS, silE). | This study was conducted to detect the antimicrobial effect of silver nanoparticles (AgNPs) against Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples, total of 100 specimens were collected from different clinical sites included urine, burns, ear, blood , and sputum. The specimens were taken from patients admitted to Al - Hilla Teaching Hospital during a period extended from November 2016 to January 2017. All specimens were cultured on selective medium (cetrimide agar), blood agar, then incubated at 37°C for 18 hr. The isolated of P. aeurginosa were diagnosed depending on morphological and biochemical characteristics.The distribution of P. aeurginosa isolates was as follows : 22(52.4%) isolates from burns, 8(19%) isolates from urine, 6(14.3%) isolates from patients with otitis externa, 4(9.5%) isolates were isolated from blood and 2(4.7%) isolates from sputum. Antibiotic susceptibility test using disc diffusion test revealed that all isolates (26) were resistant (100%) to Piperacillin, Cefotaxime. While the resistance rate for Amikacin (88%), Ceftriaxone (65%), Gentamicin (62%), but low resistance rate was found to Ceftazidime (15%) and all isolates were sensitive (100%) to Meropenem, Ofloxacin, Norfloxacin and Ciprofloxacin. The biofilm formation in P. aeurginosa isolates was investigated by two methods include, tissue culture plates method (TCP) and congo red agar method (CRA). The results showed that all isolates 9 (100%) were found to be biofilm producer when investigated by TCP assay, and 4 out of 9 (44. %) isolates of P. aeurginosa were producing black colonies when detected by CRA method.The effect of AgNps on biofilm formation was tested by using different concentrations of silver nanoparticles (2.5 μg/ml, 5 μg/ml,10 μg/ml, 20μg/ml). The results showed that the highest activity was at a concentration of 20 μg/ml, with an inhibition rate of 100%. On the other hand the antibacterial activity of AgNps was tested against different bacterial species isolates (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomnas aeurginosa) using agar dilution method with different concentrations of silver nanoparticles (12.5 μg/ml, 25 μg/ml, 50 μg/ml, 100 μg/ml, 200 μg/ml). The results showed that the highest activity was at a concentration of (100 μg/ml and 200μg/ml). On the other hand Swarming motility in P. aeruginosa isolates was detected and subjected to different concentrations of (AgNps) (2.5 µg/ml, 5 µg/ml, 10 µg/ml), it was found that the highest activity of AgNps against swarming motility and pyocyanin production of P. aeurginosa was at a concentration of (5 µg/ml, and 10μg/ml).The relation of silver resistance with pyocyanin production in P. aeruginosa was assessed. Screening test for silver resistance was performed by agar dilution method, all (26 isolates) of P. aeruginosa were cultivated in the presence of AgNo3 at a concentration (100 µg/ml - 200 µg/ml, 400µg/ml) using agar dilution method with differing capacities for pyocyanin production. All isolates of P. aeurginosa 26(100%) that produce pyocyanin were found to be resistant to AgNo3.In this study P. aeruginosa isolates were tested for bacteriocin activity by the agar well diffusion method using different bacterial isolates : E. coli, K. pneumoniae, S. aureus, E. cloacae. Wide range of inhibition zone (24mm - 30mm) was found against above bacterial species with diameter (28mm, 30mm, 24mm, 30mm), respectively. The most affected bacteria were K. pneumoniae and E. cloacae isolates, which produce inhibition zone (30)mm.PCR technique was used in this study for investigation some genes. In this technique, blaIMP gene that encode Metallo - β - lactamase enzyme responsible for imipenem resistance and (silE and silS) genes that encoding silver resistance were investigated in P. aeuroginosa isolates by using specific primers. It was found that all 26 (100%) isolates of P. aeuroginosa were negative for these genes. Also two specific primers were used to detect phenazine (pyocyanin) modifying genes (phzM, phzS). According to phzM gene, it was found that out of 26 P. aeuroginosa isolates, 21 (80.8%) isolates gave positive results at 330 bp, in regard to phzS gene, it was found out of 26 P. aeurginosa isolates, 14 (53.9%) isolates gave positive result at 664 bp.In conclusion AgNps have an antibiofilm, antibacterial activity against P. aeruginosa and different bacterial species that could be used as an alternative therapy. In regard to pyocyanin production and silver resistance, phenotypically there was effect of pyocyanin pigment on silver resistance and the silver resistance was not due to carriage of silE, silS genes.

التشخيص والتوصيف الجزيئي لبكتريا Clostridium perfringens المعزوله من حالات مرضية سريرية في مدينة الحلة == Molecular Diagnosis and Characterization of Clostridium Perfringens from Clinical Samples in Al - Hilla city

Author name: علياء محمد حمود الشمري
Supervisor name: علاء هاني الجراخ | ميساء صالح الشكري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة لمعرفة وبائية بكترياC. Perfringens في العينات المؤخوذة في محافظة بابل. تم جمع 140عينة من الجروح العميقة من المرضى الداخلين في مستشفيات مدينة الحلة الرئيسية (مستشفى الحله التعليمي ومدينة مرجان الطبيه) والذين يعانون من مرض السكري المزمن وايضا من مرضى تعرضوا الى طلق ناري فضلا عن المرضى الذين يعانون من التهاب الخلوي اللاهوائي في الجلد(anaerobic cellulitis ) للفترة من شهر شباط ولغاية شهرتشرين الاول 2016. بالاضافه الى ذلك تم تشخيص وعزل بكترياC. perfringens بطرق مختلفة منها استخدام الطرق البكتيرية التقليدية من خلال طرق التنمية على الاوساط الزرعية الاختيارية لهذه البكتريا واظهرت النتائج الحصول على 3 (2.14%)عزلات كان عزل اثنان منها 1.42%)) من مرضى السكري المزمن اما العزله الثالثه (0.72%) فقد تم الحصول عليها من الذين تعرضوا لطلق ناري في حين لم يتم الحصول على عزلات من المرضى الذين يعانون من الالتهاب الخلوي اللاهوائي . وكذلك تم تاكيد التشخيص باستخدام المعلم الوراثي المستند على دور جين 16s rRNA وجين16S - 23S spacer rRNA حيث اظهرت النتائج, من اصل 140 عزلة فان 7 عزلات تعود لبكتريا C. perfringens. بالاضافة الى ذلك, تم التحري عن قابلية هذه البكتريا واختبار قابليتها على انتاج انزيم (phpspholipase C) ووجد ان جميع العزلات منتجة الى هذا الانزيم. كما تم الكشف عن حساسية عزلات البكتريا اللاهوائية تجاه 24 مضادا حيويا. بينت نتائج الدراسة ان جميع العزلات اظهرت حساسية عالية (100%) تجاه كل من penicillins .مثل benzypencillin, ,amoxicillin فضلا عن حساسيتها تجاه  - lactamase inhibitor مثل Ampicillin - sulbactam وحساسيه عالية لكل من metronidazole وaminoglycosidesومن ناحية اخرى، اظهرت جميع العزلات مقاومة عالية لكل من مضادات tetracyclin, Linezolid, levofloxacin, erthromycin بينما اظهرت هذه العزلات تغاير في درجات المقاومة تجاه مضادات pipracillin, Clindamycin, and Impenem.تم استخدام الطرق الوراثية في الكشف عن جينات المقاومة للمضادات الحياتية كجيناتM,Q,W,B) ) tet الخاصة بالكشف عن المقاومة للتتراسايكلين وجينات erm(A,B) للكشف عن المقاومة للكلندامايسين وجين nim للكشف عن المقاومة للمترونيدازول حيث اظهرت النتائج ان الجين tet M كان ذا سيادة عالية بنسبة 71.42 %تم استخدام طريقة التشخيص الجزيئي لتوكسينات البكتريا (alpha,epsilon, iota) للاستدلال على وجود جينات (cpa, etx, iap)، في C. perfringens وبنسبة 100%, 28.4%, 28.4% )) على التوالي.بالاضافة الى ذلك تم استخدام جينات cpa, etx and iap لقياس تعاقب القواعد النيتروجينية للمادة الوراثية للعزلات المدروسة فضلا عن تسجيلها في بنك الجينات العالمي ( ,(Gene Bank,اذ تم خلال هذه الدراسة ولاول مرة في العراق، الحصول على خمسة ارقام انضمام الى بنك الجينات العالمي (5 accession numbers)، حيث تم نشر هذه الارقام في بنك الجينات الامريكي gene bank - NCBI وهذه الارقام هي : جينiap : KY523199, KY523200 اما فيما يخص الجينetx فكانت الارقام هي : KY523201, KY523202 وفيما يخص الجين cpaفكان رقم الانضمام هو : . KY523203تعد هذه الدراسه انها اول دراسه في العراق تضمنت تحليل , دراسه تعاقب القواعد النايتروجينية للمادة الوراثية فضلا عن التسجيل في بنك الجينات العالمي لسموم عزلات محلية من بكتريا C.perfringens معزولة من عينات سريرية. | This cross sectional and hospital - based study aimed to studying the incidenceof Clostridium perfringens in clinical samples in Babylon province. A total of 140 wound swabs were taken from patients admitted to two main hospitals in Hilla city, Iraq (Hilla Teaching Hospital and Medical Marjan City), during the period from February to October 2016. Swabs were collected from diabetic patients, anaerobic cellulitis, and bullet wounds. These wound swab samples were subjected to different methods for identification of C. perfringens according to standard method. It was found that 3 (2.14%) C. perfringens isolates were recovered, of which 2 isolates (1.42%) were obtained from diabetic patients, 1 isolates (0.72 %) from bullet wounds, No isolates are recovered from the other clinical samples (cellulitis). Furthermore, molecular detection method was applied by using 16s rRNA, 16S - 23S intergenic spacer rRNA genes as a genetic marker for confirmation of detection of C. perfringens isolates,7 isolates of C. perfringens out of 140 are detected by using PCR with specific primer.The study also focuses on the ability of this bacteria to produce Phospholipase C and it was found that all isolates are positive for this enzyme (100%) . The results of antibiotic susceptibility testing using Vitek 2 system and disc diffusion method (DDT) of C. perfringens isolates (No.= 3) against 24 antibiotics showed that all isolates were highly sensitive to penicillins, (benzylpenicillin, and amoxicillin), all isolates (3/3) were sensitive to  - lactamase inhibitor such as Ampicillin - sulbactum. They were more susceptible to metronidazole and aminoglycosides in (3/3). On the other hand, all isolates were highly resistant to tetracycline, Linezolid ,levofloxacin, and erythromycin However, these isolates expressed different degree of susceptibility towards other antibiotics (Clindamycin, piperacillin and Imipenem). Molecular detection of C. perfringens of antibiotic resistance genes had been investigated and it had been found that tetracycline resistance gene tet M is the most commonly observed (71.42%) among ribosomal protection genes among C. perfringens isolates. While all isolates (7) gave negative results for other tetracycline resistance genes (tet W and Q, tet B, erm(A), erm(B),nim gens).Furthermore, detection of clostridial toxin (alpha, epsilon, iota toxins was applied using specific genes (cpa, etx, iap) and the results showed that the rate of the presence of these genes are : 100%, 28.8% and 28.4% respectively. The following genes : cpa, etx and iap were used for sequencing analysis, registration in gene bank - NCBI. Five accession numbers were obtained from registration of five sequences of these three genes at gene bank - NCBI : iap gene; accession numbers are : KY523199, KY523200etx gene; accession numbers are : KY523201, KY523202cpa gene; accession number is : KY523203. This is the first study in Iraq which employed analysis sequencing and registration in gene bank - NCBI, of clostriaial toxin of local isolates of C. perfringens obtained from clinical samples

دراسة فيروس نظير الانفلونزا وبكتريا المسبحيات القيحية مع التهاب الاذن الوسطى القيحي في الاطفال == Study of Parainfluenza virus and Streptococcus pyogenes with suppurative otitis media in children

Author name: ايام محمد صالح علي العامود
Supervisor name: جواد كاظم طراد الخفاجي | غانم عبود المولى
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى التحري عن دور فيروس نظير الانفلونزا وبكتريا المسبحيات القيحية Streptococcus pyogenes في الاطفال الذين يعانون من التهاب الاذن الوسطى القيحي . جمعت 200 عينة (ثلاث مسحات لكل مريض تضمنت مسحة من افرازات الاذن ومسحة من افرازات الانف لدراسة الفيروس ومسحة من افرازات الاذن لدراسة البكتريا و50 عينة دم) من 50 مريض يعانون من التهاب الاذن الوسطى القيحي احيلوا الى مستشفى الحلة التعليمي في محافظة بابل للفترة من شباط (2016) لغاية ايار (2016). والذين يعانون من التهاب الاذن الوسطى. وتضمنت الدراسة 32 عينة ماخوذه من اشخاص اصحاء كمجموعة سيطرة وتم تقسيمهم الى ست مجاميع عمرية بنفس طريقة تقسيم مجاميع المرضى. شملت الدراسة اربعة اجزاء رئيسية : اولا التشخيص الفيروسي اعتمد على التقنيات المتقدمة (العزل الاولي باستخدام فحص التالق المناعي المباشر لتحديد وتمييز الانواع الثلاثة لفيروس نظير الانفلونزا 1,2, and 3 والتشخيص الجزيئي بواسطة استخدام فحص تفاعل سلسلة انزيم البلمرة بالوقت الحقيقي لتحديد وتمييز الانواع الاربعة للفيروس1,2,3, and 4 وتم استخدام المجهر الالكتروني النفاذ لمشاهدة جزيئة الفيروس . والجزء الثاني فحص البكتريا باستخدام فحوصات الكيموحيوية وفحص Vitek 2 system وتم التحري ايضا عن انزيم الهيمولايسين حيث كانت جميع العزلات منتجه لهذا الانزيم . التشخيص الجزيئي للكشف عن وجود الجين mga بواسطة تقنية سلسلة تفاعل انزيم البلمرة .الجزء الثالث شمل وجود الفيروس والبكتريا في عينات الاذن للمرضى المصابين بالتهاب الاذن الوسطى . الجزء الرابع تضمن دراسة مناعية لمعرفة دور الحركيات الخلوية IL - 6, TNF - α, IFN - α, CD8, and CD56))عند الاصابة بفيروس نظير الانفلونزا بواسطة فحص الامتصاصية المناعي المرتبط بالانزيم وباستخدام تقنية التالق المناعي المباشر لفيروس نظير الانفلونزا بانواعه الثلاثة (hPIV 1,2,3) كانت نسبة الاصابة 64% (اي 32 طفلا من اصل من اصل50) وعند استخدام فحص تفاعل سلسلة انزيم البلمرة بالوقت الحقيقي ( (RT - PCR وجد ان نسبة الاصابة بفيروس نظير الانفلونزا بانواعه الاربعة (hPIV_1,2,3 and 4) 44% ( اي 22 من 50) تضمنت الدراسة استخدام المجهر الالكتروني النفاذ لرؤية جزيئة فيروس نظير الانفلونزا في افرازات الاذن . اظهرت نتائج التشخيص البكتيري ان نسبة الاصابة بالمسبحيات القيحية هي 14%(7 من 50) بعد زرعها على وسط اكار الدم وحضنت لمدة 24 ساعة بدرجة 37 وتم فحصها بواسط المجهر الضوئي بعد تصبيغها بصبغة كرام , تم التشخيص بواسطة استخدام فحص Bacitracin sensitivity وفحص انتاج انزيم الهيمولايسين على وسط الدم بواسطة فحوصات الكيموحيوية وفحص Vitek 2 systemاظهر التشخيص الجزيئي للكشف عن وجود mga جين ان جميع العزلات تحتوي على هذا الجين اي نسبة 100% .كما اظهرت الدراسة ان نسبة وجود الفيروس مع البكتريا في في سوائل الاذن بنسبة (16%)( . 4 وكانت نسبة وجود الفيروس (72%) 18وشملت الدراسة ايضا فحص الحركيات الخلوية بواسطة فحص الامتصاصية المناعي المرتبط بالانزيم واظهرت النتائج ارتفاع مستوى السايتوكينات في مصل مرضى التهاب الاذن الوسطى مقارنة مع الاشخاص الاصحاء وكان اعلى مستوى لانترليوكين 6 في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو) 88.24 )و (100.95) 1Pg/ml على التوالي . في حين كان اعلى مستوى لعامل النخر الورمي نوع الفا في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو (99.35 ) و(109.81 ) Pg/ml على التوالي. وكان اعلى تركيز لانترفيرون الفا في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو( 217.16) و(( 197.84 Pg/ml على التوالي . واظهرت النتائج ان تركيز الواسمين المناعيين CD8 وCD56 ان تركيزهما اعلى في مصل مرضى التهاب الاذن الوسطى مقارنة مع الاشخاص الاصحاء , اظهرت النتائج ان تركيز CD8 في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو ((11.46±1.49 و(14.76±1.73) ng/ml على التوالي . في حين كان تركيز CD65 في امصال مجموعة المرضى المصابين بفيروس نظير الانفلونزا للذكور والاناث هو (12.82±1.62 )و (10.59±1.19) ng/ml على التوالي | This study aimed to detect the role of of parainfluenza virus and Streptococcus pyogenes in children suffering from suppurative otitis media. A total of two hundred sample (three swab for each patients include ear swabs , nasopharyngeal secretion for viral study and ear swab for bacterial study and 50blood sample) , were collected from 50 patients suffering from suppurative otitis media attending to AL - Hilla Teaching Hospital in Babylon - Iraq during the period from February 2016 to May 2016. The study includes 35 samples obtained from healthy subject as control group that classified to six group according to age in similar way of patient's with parainfluenza virus infection group years old The study includes four main parts .First one is the viral diagnosis based on relied diagnostic procedure ( Primary detection of parainfluenza virus in ear discharge by direct Immunofluorescence for parainfluenza virus 1, 2 and 3 types, molecular diagnosis by Real - Time PCR technique for the qualitative detection and differentiation of Parainfluenza Virus 1, 2, 3, 4 and diagnosis of parainfluenza virus by transmission electron microscope. The second part includes the bacterial diagnostic based on relied diagnosis procedure (using conventional biochemical reaction and commercial kit (Vitek 2 system). The heamolysis on blood agar was also observed in all isolates. Molecular detection of mga virulence gene for Streptococcus pyogenes was detected using conventional PCR technique. The third part is Co - infection between GAS and HPIV in OM specimens of children with suppurative OM. The fourth part is an immunological study to investigate the role of cytokines (IL - 6, TNF - α, IFN - α, CD8 and CD56) in HPIV infection by ELISA assay . Direct immunofluorescence for parainfluenza virus 1, 2 and 3 types antigen was positive in 64% (32 out of 50) , when we use Real - time reverse transcription PCR(RT - PCR) the percent of children infection with HPIV1, 2, 3, and 4 was 44% (22 out of 50). The study also include the use of transmission electron microscope for visualized the parainfluenza virus particle in ear swab. Streptococcus pyogenes isolates was detected in 14%(7 from 50) the isolate were confirmed after culturing on the blood agar and incubated for 24 hour at 37ºC, then microscopically by Grams̕̕ staining. Identification was done using commercially prepared bacitracin and the type of hemolysis on blood agar by primary biochemical test and confirmatory identification by vitek2 system compact. Molecular Identification of mga gene for Streptococcus pyogene showed that all Streptococcus pyogenes positive result 100%. The occurrence of Bacterial and viral co - infection in middle ear fluids which have been observed in 16% (4 out of 50 cases). HPIV was identified as a single agent in ear swab in 72%(18 out of 50). The study include estimation of some immunological parameter include (IL - 6, TNF - α, IFN - α , CD8 and CD56 ) using ELISA and revealed elevation the concentration of cytokines in sera of otitis media patients in comparison with healthy control groups. The concentration of IL - 6 is higher in sera of otitis media patients with parainfluenza virus than healthy control group. The high level of IL - 6 Pg/ml in otitis media patients for male and female was (88.24) and (100.91) Pg/ml respectively. Also level of TNF - α Pg/ml in otitis media patients for male and female was (99.3) and (109.8) Pg/ml respectively . The level of IFN - α Pg/ml in otitis media patients for male and female was (217.16 )and (197.84 )Pg/ml respectively. The results also show elevation concentration of CD8 and CD56 in sera of otitis media patients with parainfluenza virus than healthy control group. For CD8 ng/ml in otitis media patients for male and female was(11.46) and (14.76)ng/ml respectively. The level of CD56 ng/ml in otitis media patients for male and female was (12.82) and (10.59)ng/ml. respectively.

الكشف عن اللولبية البوابية في خزعة المعدة ودراسة مستوى P53 وطفرات مورثة Bax المرتبطة بالقرحة الهضمية == Detection of Helicobacter pylori in Gastric Biopsy and Study the Level of P53 and Bax Gene Mutations Associated With Peptic Ulcer

Author name: اصيل هاشم راضي السعبري
Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | مشتاق عبد العظيم وتوت
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اللولبية البوابية هي بكتريا سالبة لصبغة كرام, الذي تصيب غالبية سكان العالم وتسبب امراض مختلفة مثل التهاب المعدة المزمن, القرحة الهضمية وسرطان المعدة. في حين ان غالبية الناس المصابين بالبكتريا اللولبية لا تظهر عليهم اعراض مرضية. ان العوامل الرئيسية التي تحدد تطور الامراض ذات الصلة بالبكتريا اللولبية قد تكون ضراوة البكتريا, وعوامل المضيف الوراثية والبيئية.الهدف من هذه الدراسة هو الكشف عن اللولبية البوابية في انسجة المعدة ودراسة عوامل الضراوة الرئيسية لهذا الممرض والعوامل الوراثية للمضيف في المرضى الذين يعانون من اعراض اصابات المعدة والاثني عشري. وتشمل الطرق الجزيئية ايضا تفاعل سلسلة البلمرة (PCR) للكشف عن جينات التشخيص والضراوة لبكتريا اللولبية البوابية وتقنية (SSCP) تم القيام بها للكشف عن الطفرات الجينية ل P53 وال Bax جين التي قد تترافق مع عدوى اللولبية البوابية.بلغ العدد الكلي للنماذج (الخزعات) المعوية 180 نموذج. فقط 92 خزعة معدة (51 ٪) اعطى نتيجة ايجابية لللوليبيات البوابية (Helicobacter pylori ) للتشخيص بواسطة التقنية الجزيئية, مع ذلك من بين هذه النتائج الايجابية 60% منها اعطى نتيجة ايجابية للزراع, التي تعتمد على الميزات الكيميائية الحيوية. كما تم اخذ 100 عينة مصل الدم من افراد اصحاء مع عدم وجود تاريخ عدوى بالبكتريا اللولبية كمجموعة سيطرة ونتائج اختبار الاجسام المضادة على اساس (اختبار المصلية) اعطت نتائج سلبية للبكتريا اللولبية.قد تم ملاحظة وجود تكرار عالي للولبية البوابية بالتهاب المعدة المزمن الذي يشكل 88٪ بينما التكرار القليل كان مقداره 3٫3٪ لسرطان المعدة في حين ان 8٫7٪ كان لقرحة الاثنى عشري. وقد كان التكرار العالي لعدوى اللولبية البوابية بين المصابين الذكور اكثر من الاناث, ويعود سبب ذلك لعدة عوامل مثل (متوسط العمر الاجتماعي والاقتصادي ونقص التغذية وسوء النظافة) ويعتبر التدخين احد العوامل الاضافية المرتبطة مع انتشار عدوى (اللولبية البوابية ) بسبب السلوكيات غير الصحية المرافقة للتدخين , والتي قد تشمل نقل البكتيريا من خلال اللعاب بين المدخنين. من جهة اخرى اظهرت النتائج ان معدل العدوى العالي للمجموعة العمرية (31 - 50) سنة الذي تم تسجيله كان 44٫6٪. علاوة على ذلك فان الكشف عن اللولبية البوابية بتقنية سلسلة تفاعل البلمرة PCR)) قد اجريت على جميع انواع خزعات المعدة وجين (ure C ) اضافة الى جين (ure A ) اللذان يستخدمان كعلامات للتشخيص التاكيدي للولبية البوابية من خلال استخدام (primers ) خاص لتقنية PCR. وضحت النتائج ان 84٫8٪ و73٫9٪ للولبية البوابية كانت ايجابية لكلا الجينين. للعينات التي اعطت نتائج ايجابية (للتضاعف الجيني amplification ) بواسطة (PCR ), كان 56 عينة ما يمثل (60٪) قد اعطت استجابة لنتائج الزرع. اضافة الى التضاعف بواسطة PCR لعلامات جين (ure C ) وجين (ure A ). اضافة الى ذلك ,المعدل الايجابي للولبية البوابية للخزعات تحت الاختبار كان 51٪ بالاعتماد على الكشف الجزيئي المباشر بواسطة (PCR) باستخدام جين (ure A) وجين (ure C ). علاوة على ذلك, تم فحص جين (cag A) لكل عينات اللولبية البوابية التي تم عزلها. اشارت النتائج الى ان65 عزلة (70٫6٪) كانت ايجابية لتضاعف (PCR ) للجين من نوع cagA) ) حيث ان عزلة 56 (60٫8٪) كانت ايجابية لتضخيم (PCR ) للجين من نوع (cag E ). من بين النتائج الايجابية التي تم عزلها 49 عزلة (53٫3٪) كانت قد اعطت نتائج ايجابية للجين من نوع (cag A ). كذلك وجد تكرار الجين (vac A ) مقداره في الدراسة الحالية 68٫5٪ (63/92). اضافة الى كل اللولبيات البوابية الايجابية لخزعة المعدة 49 (53٫3٪) اظهرت اشارة كاملة للجينات نوع (cagA, cagE وvacA (. بالنسبة للعينات المعدية المتبقية 27 عينة (30٫4٪) التي تحوي سلالات سلبية كانت سلبية للجين (cag E). وقد تم تحديد طفرات جين (p53) في الاكسونات 5 و6و 7 و8 باستخدام طريقة SSCP. ومع ذلك تم استخدام PCR لتضخيم الاكسونات 5 و6 و7 و8 للجين (p53) التي من المعروف انها بقع ساخنة طافرة .تحليل PCR - SSCP يكشف تعديلات في الجين (p53) في عدة اكسونات. حيث ان ستة عشر من التعديلات في الاكسون E5A , سبعة عشر التعديلات في الاكسون E5B6A, وكذلك سبعة عشر التعديلات في الاكسون E7 وتعديل واحد فقط في الاكسون E6B لكن لم يظهرتعديل في الاكسون E8 في الجين (p53). بنفس الاسلوب ان تحليل PCR - SSCP كشف عن تعديلات في جين bax في الاكسونات E1 وE4 وE6. ويظهر ذلك في الاشكال. فيما يخص الاكسون 1 في bax يمكن ملاحظة وجود 6 نماذج فقط تعطي طفرات موضع ايجابية للجين. قد يعزى ذلك الى اللولبية البوابية التي تحفز طفرة bax من خلال قابليتها على انتاج بروتين cag A الذي له القابلية على تغيير التسلسل الجيني والوظيفة. واستنتجنا الى ان التشخيص الجزيئي قدم دليلا توكيديا على وجود اللولبية البوابية في عينات المعدة. ايضا قد تؤثر السلالات الاكثر ضراوة على تحفيز طفرات جينية في جينات ال p53 وال bax. | Helicobacter pylori is a gram - negative bacteria which infects a majority of the world population. It causes various diseases such as chronic gastritis, peptic ulcer and gastric cancer. While majority of the people infected with H. pylori is asymptomatic. The main factors, which determine the development of H. pylori related diseases might be bacterial virulence, host genetic and environmental factors.The aim of this study is detection of H. pylori in gastric tissue and study the main virulence factors of this pathogen and host genetic factors in patients with gasteroduodenal manifestation. Molecular methods include polymerase chain reaction (PCR) for diagnosis and virulence genes of H. pylori and single strand confirmation polymorphism (SSCP) technique was done to detect the p53 and bax genes mutation may be associated with H. pylori infection. In this study, 180 patient were included, only 92 gastric biopsies (51%) gave positive for the presence of H. pylori diagnosed by direct molecular technique. Among these positive result, 60% gave positive results in cultivation based on biochemical features. In addition, 100 serum samples were taken from healthy individuals, with no history of H. pylori infection as a control group and the results of antibody based test (serological test) were negative for H. pylori.In this study, the high frequencies of H. pylori were observed for chronic gastritis, which constituted 88% while low frequencies were 3.3% for gastric cancer, whereas 8.7% for duodenal ulcer.Also, the highest frequencies of H. pylori infection were found in male patients in comparison to female. On the other hand, the results showed that the high significant infection percentage 44.6%, among age group ranging from 31 - 50 years. Moreover, detection of H. pylori by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique is performed on all gastric biopsy. ure C as well as ure A genes are used as markers for confirmatory diagnosis of H. pylori through using specific primers of PCR technique. The results show that 84.8% and 73.9% of H. pylori are positive for both genes, respectively. Among samples with positive result for PCR amplification, 56 samples (60%) also had positive culture result. Besides, the PCR amplification of ureC and ureA markers. Also, the rate of positive H. pylori in the tested biopsies was 51% depending on direct molecular detection by PCR using the ureA and the ure C genes.In addition, cag A gene is investigated in all H. pylori isolates. The results show that 65 isolates (70.6%) are positive for PCR amplification of cagA gene whereas 56 isolates (60.8%) are positive for PCR amplification of cag E gene. Among of these positive isolates, 49 isolates (53.3%) give positive result for cag A gene. The frequency of the vacA gene found in the present study is 68.5% (63/92).Furthermore, among of all H. pylori positive gastric biopsy, 49 (53.3%) reveal full signals of cagA, cagE, and vacA. The remaining 27 (30.4%) gastric biopsies, harboring cagA - negative strains, are PCR negative for cagE.Mutations of the p53 gene in exons (5,6,7 and 8) are identified by PCR - SSCP method. However, PCR is used to amplify exons 5,6,7 and 8 of p53 gene which are known to be mutational hot spots. PCR - SSCP analysis has detected alterations in the p53 gene in several exons. Where sixteen alterations in exon E5A, nineteen alterations in exon E5B6A, seventeen alterations in exon E7 and only two in exon E6B but no alteration is seen in exon E8 of P53 gene.In the same way, PCR - SSCP analysis detected alterations in Bax gene where only 17% of positive samples gave alteration in the sequence of Bax gene in exons E1, E4 and E6. Regarding exon 1 of Bax gene, it was seen that only 6 samples gave positive gene locus mutation. It conclude that the molecular diagnosis gave an evidence and confirmatory guide on the existence of H. pylori in gastric samples. Also the more virulent strain may be affected on the stimulation of p53 and bax genes mutation.

دراسة بكتريولوجية وجزيئية لبكتريا Proteus mirabilis معزولة من عينات مختلفة == Bacteriological and Molecular Study of Proteus mirabilis Isolated from Different Clinical Samples

Author name: ختام فاضل عباس
Supervisor name: جواد كاظم الخفاجي | ميساء صالح الشكري
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تلخصت هذه الدراسة بجمع وتشخيص P. mirabilis حيث عزلت وشخصت سبعة عشر عزلة (12.6%) عائدة الى بكتريا P. mirabilis من 135 عينة جمعت من مصادر مختلفة من المرضى المراجعين الى مستشفى الحلة الجراحي خلال الفترة من (تشرين الاول 2014 الى شباط 2015). عدد ونسبة العزلات التي تم الحصول عليها من مرضى المجاري البولية 11(64%)و التهاب الاذن 3(17%) . بالاضافة الى ذلك نسبة العزلات التي تم الحصول عليها من مرضى الاسهال والجروح والتهابات المهبل من كل حالة 1(5.9%). العزلات التي تم الحصول عليهزارعت في اوساط خاصة وشخصت بايوكيميائيا وبكتريولوجيا.من خلال التحري عن بعض عوامل الضراوة وجد ان جميع العزلات (100%) قادرة على انتاج الهيمولايسين ، اليورييز، البروتسين وظاهرة الانثيال. تم الكشف على انتاج البيتالاكتميزلجميع العزلات المقاومة لمضادات البيتا لاكتام بحسب طريقة Rapid Iodiometric وبينت نتائج الدراسة ان16(94.1%) من العزلات منتجة للبيتالاكتميز. اظهرت نتائج الدراسة قابلية جميع العزلات على مقاومة بعض المضادات الحياتية فقد بينت النتائج بان كل العزلات كانت مقاومة كليا 17(100%) الى Imipenem كما ان اغلب العزلات كانت حساسة الى Ertapenem حيث ان نسبة المقاومة فقط 3(17.6%). علاوة على ذلك مقاومة العزلات لمختلف المضادات الحياتية فحصت وظهرت ان العزلات مقاومة بنسب مختلفة 14(82.3%) منهم اعطت مقاومة الى Amoxicillin وCefotaxime , 9 (52.9%) منهم اعطت مقاومة الى Amoxiclave, 11(64.7 %) منهم اعطت مقاومة الى Ceftriaxone و4(23.5%) منهم اعطت مقاومة الى Cefepime Clavulanic acid.لجينات المشفرة عوامل الضراوة لبكتريا P. mirabilis كشفت باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR)). ظهرت النتائج ان كل عزلات البكتريا اعطت نتيجة موجبة للجين rsbA, luxS, pm1, mrpA ,ureC مع عدد ونسبة ,(53%)9 7(41%), 8(47%),,(35%)6 ,(18%)3 بالتعاقب. | This study is devoted to isolation and identification of Proteus mirabilis; 17 isolates of P. mirabilis have been isolated and identified out of one hundred thirty five clinical specimens obtained from patients attending to Hilla teaching Hospital during a period from October 2014 to February 2015. The number and percentage of isolates obtained from patients with urinary tract infections was 11(64.7%), and ear infection 3(17.6%). Other isolates obtained from patients with diarrhea, wound and vaginal infection that each case has percentage 1(5.9%). The isolates obtained have been cultured in selective media and biochemically assay. Some virulence factors of all isolates are studied, and the results showed that all bacterial isolates 17(100%) produced hemolysin, urease, Bacteriocin (proticin) and swarming. The detection of β - lactamase production is performed according to Rapid Iodometric Method and the result is shown that 16(94.1%) of isolate produced beta - lactamase. Antibiogram of P. mirabilis isolates has been studied and it has been found that all isolates were entirely resistant to Imipenem 17(100%), while most of the P. mirabilis isolates were sensitive to Ertapenem so the resistant only 3(17.6%). Furthermore, the resistance of isolates to a variety of antibiotics has been investigated and found that these isolates have been resistant to more than one antibiotic : 14(82.3%) to Amoxicillin and Cefotaxime, also 9(52.9%) of them were resistant to Amoxiclave, 11(64.7%) of them were resistant to Ceftriaxone and 4(23.5%) of them were resistant to Cefepime Clavulanic acid. Virulence factors encoding genes of P. mirabilis is detected by using polymerase chain reaction PCR. It is found that all bacterial isolates gave positive result for ureC, mrpA, pm1, luxS and rsbA with number and percentage 3(18%), 6(35%), 7(41%), 8(47%), 9(53%) respectively

دراسة النمط المناعي وقابلية الاصابة بالعدوى الميكروبية لدى ذوي السمنة البالغين == Study The Immune Profile & Susceptibility to Some Microbial Infections in Obese Adults

Author name: فؤاد قاسم جبير الزيادي
Supervisor name: محمد عبد كاظم حسن السعدي | هديل فاضل فرهود
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى توضيح العلاقة بين البالغين الذين يعانون من السمنة والتعرض للعدوى الميكروبية من خلال تقدير المعايير المناعية مثل (IFN - γ & IL - 2)، عناصرcomplement system (C3, C4) , وقياس فعالية الخلايا المناعية الالتهامية من خلال الكشف عن الاصابة بـ Streptococcus pyogenes وMeasles virus. انجز هذا العمل على 50 شخصا من ذوي السمنة البالغين (11 ذكرا و39 انثى) تتراوح اعمارهم من (20 - 60) عاما قاموا بزيارة قسم التغذية في مستشفى مرجان التعليمي في محافظة بابل خلال الفترة من نوفمبر 2014 الى يناير 2015، و30 شخصا اخرين اصحاء لا يعانون من السمنة (21 ذكور و9 اناث) تتراوح اعمارهم من (22 - 42( عاما. وتم قياس مؤشر كتلة الجسم (BMI) لكل فرد من ذوي السمنة والاصحاء. تم جمع عينات الدم من كلا المجموعتين لقياس فعالية الخلايا الالتهامية، والمعايير المناعية الاخرى مثل (IFN - γ & IL - 2)، وعناصر complement system (C3, C4), والكشف عن الاصابة بـ Streptococcus pyogenes وMeasles virus بطريقة الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيم. اظهرت النتائج ان تركيز (IL - 2) عند ذوي السمنة اقل بكثير وبشكل معنوي عن الذين لا يعانون من السمنة (P˂0.05) ، ولم يظهر تركيز IFN - γ)) في مجموعة ذوي السمنة انخفاضا معنويا (p>0.05) عن تركيزه عند الاصحاء. وكانت عناصر complement system (C3, C4)مرتفعة عند ذوي السمنة وبشكل عالي المعنوية (p˂0.001) عن مجموعة الاصحاء الذين لا يعانون من السمنة، ولكن فعالية الخلايا الالتهامية اظهرت انخفاضا عالي المعنوية (p˂0.001) عند مجموعة ذوي السمنة (6.1٪) مقارنة بمجموعة الاصحاء (10.6٪)، وزيادة تراكيز كل من ASO وanti - measles virus - IgG وبشكل عالي المعنوية (p˂0.001) عند ذوي السمنة مقارنة بالاصحاء | This study aimed to clarify the relationship between obese adults & susceptibility to microbial infections by evaluating the parameters of cytokines (IFN - γ & IL - 2), complement components (C3 & C4), and phagocytic index using of Anti - Streptococcus pyogenes Ab and Anti - Measles virus - IgG Ab as indicators of infections. This work was applied on 50 obese adults visited to the center of nutrition in Marjan hospital in Babylon province from November 2014 to January 2015, and 30 non - obese apparently healthy as controls. Obese adults consist of (11 males and 39 females) with age range 20 - 60 years, while 30 apparently health controls consist of (21 males and 9 females) with age range 22 - 50 years. Body mass index (BMI) for all subjects obese & controls was estimated. Blood samples were collected from obese group and control group to estimate phagocytic index, and ELISA test for cytokines (IFN - γ & IL - 2), complement components (C3 & C4), and detection of measles - IgG antibody and anti - streptolysin O antibody. IL - 2 concentration in obese adults was significantly lower than non - obese adults (p˂ 0.05), and no significant decreased (p>0.05) of IFN - γ in obese group, the complement components (C3 &C4) in obese adults were a highly significant than controls, but the phagocytic index showing there is a highly significant decreased (p˂0.001) in activity of neutrophils of obese adults (6.1%) compared to control group (10.6%), ASO and Anti - measles - IgG concentrations increased in obese adults with a highly significant (p˂0.001) as compared to controls. This findings can be concluded as that obese subjects have low levels of immune system and more susceptible to be infected with microbial infections

تقييم وتعريف المكورات المسبحية الطافرة والمتحولة اللثوية في مرضى تسوس الاسنان وامراض النسيج الداعم للاسنان == Evaluation and Identification of Streptococcus mutans and Entamoeba gingivalis in Patients with Periodontal Diseases and Dental Caries

Author name: مؤيد نعمة مصلح الخفاجي
Supervisor name: الهام عباس بنيان الساعدي | هيام خالص المسعودي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: The present was carried out during the period of November 2014 to April 2015 in Al - Hilla City. This study included 100 samples which were collected from patients at ages ranged between 4 to 75 years old whom were suffering from dental caries and periodontal diseases ; (50) samples were taken from patients infected with dental caries (23 male and 27 female) and (50) samples taken from patients with periodontal diseases (15 male and 35 female), who have submitted to a college of Dentistry in Babylon university and special center of Dentistry. Thirty samples were taken from apparently healthy persons and considered as control.The isolation and identification of S. mutans was performed by Mitis Salivarius Bacitracin agar as a selective medium and biochemical tests as well as API 20 strep, then investigated the virulence factors and show the effect of some antibiotics on bacterial isolates, and the identification of E. gingivalis parasite was by a wet preparation method.The obtained results showed that S. mutans was with a higher existence in patients with dental caries, with lower existence in the patients with periodontal diseases and it was found in healthy persons (30%, 18%, and 0%) respectively. Entamoeba gingivalis was higher in patients with periodontal diseases than patient with dental caries and less in healthy individuals (62%, 24%, and 6%) respectively. The presence of these microorganisms was related to the type of dental disease (p=0. 009), gender (p=0. 009), age (p=0. 008) and risk factors (diabetes, smoking and hypertension) (p=0.037).The effect of some antibiotics on S.mutans was also tested, and the obtained results showed that all isolates were with high resistance to Erythromycin (70.8%) and (66.7%) were resistant to Doxycycline. Some isolates showed low level of resistance to Vancomycin (54.2%), CefatoximeII(33.4%) and Clindamycin (25%), while these isolates were with high susceptibility to Chloramphenicol (100%) and Ofloxacin (83.4%).Finally, some virulence factors of S. mutans were studied and it was seen that the (62.5%) of S. mutans isolates produced α - hemolysis and (8.3%) produced β - hemolysis but (29.2%) of isolates non - hemolysis, but (58.3%) of isolates were made capsule and (100 %) were able to synthesize glucan, (83.3%) of S. mutans isolates were able to produce mutacin and (45.83%) of isolates were found to produce dextranase enzyme, while (84%) were able to biofilm formation .In addition, all isolates in this study were able to adhere to oral epithelial cells.

دراسة على المايكرومايكروبية الشائعة المعزوله من القناة الهضمية وبعض المعايير المناعية للمرضى الذين يعانون من مرض السكري النوع الثاني == A Study on Common Microbiaes isolated from Gastrointestinal and some Immunological Parameter in Patients with Type II Diabeties Mellitus

Author name: شذى خزعل كاظم الوائلي
Supervisor name: هيام خالص المسعودي | علي حسين البياتي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: المرضى الذين يعانون من من داء السكري النوع الثاني هم مجموعة غير متجانسة من الاضطرابات التي تتميز بمقاومة الانسولين الواسعة للانسجة ويختلف على نطاق واسع. داء السكري من النوع الثاني هي حتى الان الاكثر شيوعا. تضمنت الدراسة (100) مريض مصاب بالسكري النوع الثاني مشخص من قبل اطباء متخصصين بالسكري و(50) شخص من الناس الاصحاء وفي الفئه العمرية (25 - 65) سنة الوافدين الى مستشفيات في بابل (القاسم ومرجان) خلال الفترة من كانون الثاني 2015 حتى حزيران 2015.واظهرت النتائج ان البكتريا السالبه لصبغة كرام من مجموع العزلات هي السائدة مقارنة مع البكتريا الموجبه لصبغة كرام تشكل 26٪ وشكلت العزلات البكتيرية E.coli الاكثر شيوعا كانت يتبعها Enterobacter spp., K.Pneumoniae, Proteus spp., والبكتريا الاقل شيوعا كانتS.aureus, S.epidermidis, Citrobacter, Micrococcus Kocuria kristinae وStreptococcus spp,في حين ان الطفيليات الاكثر شيوعا كانت E.histolyticaبنسبة 55% وGiardia lambliaبنسبة 45% . تم دراسة عوامل الضراوة للبكتريا الشائعه المعزولة من مرضى السكري من النوع الثاني في هذه الدراسة. وكانت عزلات K.pneumoniae وعزلات Enterobacter وبعض عزلات E.coli تعطي الكبسول بينما بكتيريا Proteus spp. المعزوله في هذه الدراسة لم تمتلك الكبسولة. تم الكشف عن عامل الاستعمار CF - I وIII في العزلات البكتيرية فكانت ايجابيه في البكتريا الاكثر شيوعا وكانت جميع عزلات بكتيريا المكورات العنقودية الذهبية قادرة على انتاج المخثرة التي يعتبر عامل الضراوه لامراضية هذه البكتيريا. وان كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية والاشريكية القولونية اظهرت تحللا كاملا (lyses كاملة) β - الانحلالي، في حين ان جميع عزلات المكورات العقدية نمط (lyses غير مكتملة) α - الانحلالي حيث اظهرت خط مخضر حول المستعمرات البكتيرية. وكانت جميع عزلات S.epidermidis وبعض العزلات من Proteus spp. (غير الحالة للدم) γ - الحالة للدم. في هذه الدراسة تم التحري عن sidrophore بين العزلات البكتيرية واظهرت النتائج ان جميع العزلات البكتيرية (E. coli K.Pneumoniae,)، ومعظمها من عزلات E. aerogenes و.Proteus spp كانوا قادرين على صنع sidrophore. وكانت بعض العزلات من. Proteus spp وEnterobacter ايجابية لتفاعل الجيلاتيناز، في حين ان جميع العزلات من Klebseilla واكثر عزلات E.coli سالبة لهذا العامل. واظهرت نتائج اختبار انتاج ال lipase في سالبة الجرام ان معظم العزلات ايجابية لاختبار lipase. وكشفت النتائج ان جميع العزلات كانت موجبه Biofilm وضع تشكيل (50٪)، في حين لا يوجد عزلات سالبه له. وفيما يتعلق بعوامل الضراوة الشائعة للبكتيريا المعزولة من عدم وجود مرض السكري وعوامل الضراوة فكانت نادرة. وكانت نتائج المتغيرات المناعية (C3، C4، Ig A، IL4، وIL6) للمرضى السكري في الدراسة, قد انخفضت مستويات C3، IgA، IL4، وIL6 للمرضى السكري ، في حين مستوى C4 قد ارتفع. من خلال نتائج هذه الدراسة، يمكن ان نستنتج؛ ان انواع البكتيريا التي عزلت من مرض السكري من النوع الثاني هي التالية E.coli تليها K. Pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp, Micrococcus, Citrobacter S.epidermidis, kocuria kristinae, S.aureus , and Streptococcus spp. والطفيليات هي الاميبا الحاله للنسيج ثم الجيارديا اللامبيليا | In this study include (100) diabetic type (II) patients as diagnosed by Diabetolegist and 50 healthy control with an age range of (25 - 65 years) who attended to the two hospitals in Babylon : (Al - Qasem and Marjan), during the period from January 2015 until June 2015. Shown that grams - negative bacteria constitutes 74% from the total isolates and were considered the predominant aetiological agent of DM compared to gram - positive bacteria which constitutes 26%. The most common bacterial isolates were E.coli followed by Klebsella Pneumoniae, Enterobacter spp, Proteus spp, and less common bacteria were Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Kocuria kristinae, Citrobacter, Micrococcus and Streptococcus spp, whereas the most common parasites were Entamoeba histolytica 55% and Giardia lamblia 45%.The virulence factors of common bacterial isolated from diabetes Mellitus type II in this study are studied. The capsule was present in all Klebsella pneumoniae isolates, Enterobacter isolates and some isolates of E.coli, whereas the other bacteria such as Proteus mirabilis isolates in this study does not possess the capsule. Colonization factor antigens were detected; The CF - I and III were detected in mostly bacterial isolates which showed positive results with these factors. All isolates of Staphylococcus aureus bacteria were able to produce coagulase which is considered as a virulence factor for pathogenicity of these bacteria. All isolates of Staphylococcus aureus and E. coli expressed β - hemolytic (complete lyses), while all isolates of Streptococcus were α - hemolytic pattern (incomplete lyses) showing a greenish line around the bacterial colonies. All isolates of Staphylococcus epidermidis and some isolates of Proteus spp. were γ - hemolytic (non hemolytic). In the present study the siderophore synthesis was investigated among bacterial isolates and the results showed that all bacterial isolates (E. coli and K. pneumonia), and mostly of isolates of Enterobacter spp. and Proteus spp. were able to synthesis siderophore. Some isolates of Proteus mirabilis and Enterobacter spp. were positive for gelatinase reaction, while all isolates of Klebseilla pneumoniae and mostely E.coli were negative for this factor. The results of lipase production test in G - ve showed that most isolates were positive to lipase production test. The results revealed that all isolates were biofilm former, high and moderate biofilm formation mode were account for (50%) while there is no isolates that express non - biofilm formation. Regarding the virulence factors of common bacterial isolated of non - diabetes Mellitus have rare virulence factors.The results of Immunological parameters (C3, C4, IgA, IL4, and IL6) for DM patients were studied. In this study the levels of C3, IgA, IL4, and IL6 for DM patients were decreased, whereas the level of C4 was increased. In light of the results documented in this study, we can conclude the following; the types of bacteria which isolated from diabetes mellitus type II from the most to least common are E.coli followed by K. Pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp., S.aureus, S.epidermidis, kocuria kristinae, Citrobacter, Micrococcus, and Streptococcus spp. And parasite : Entamoeba histolytica and Giardia lamblia isolated from diabetes mellitus type II. Most bacterial isolates in this study have the ability to possess more than one virulence factor such as capsule, siderophors, lipase production, hemolysin, extracellular protease, adherence factors, and biofilms to produce infection in diabetes mellitus type II patients. The virulence factors of common bacterial isolated in non - diabetes mellitus have rare virulence factor. The levels of Immunological parameters of C3, IgA, IL4, and IL6 for DM patients were decreased, whereas the level of C4 was increased.

دراسة جزيئية وبكتريولوجية لبكتريا Porphyromonas gingivalis المعزوله من المرضى المصابين بامراض اللثه == Molecular and Bacteriological Study of Porphyromonas gingivalis Isolated from Patients with Periodontitis

Author name: فاطمة مالك عبود
Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد | الهام عباس بنيان
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تم جمع 103عينة من الصفيحة الجرثومية العميقة (subgingival dental plaque) من المرضى الذين يعانون من التهاب اللثة المزمن والمتقدم (72, 31) على التوالي لمراجي العيادة الاستشارية لامراض اللثة في كلية طب الاسنان/ جامعة بابل والمركز التخصصي لطب الاسنان في مدينة الحلة. للفترة من كانون الاول 2013 الى حزيران 2014. تم تشخيص وعزل بكتريا P. gingivalis بطرق مختلفة منها استخدام الطرق البكتيرية التقليدية واظهرت النتائج ان 69.5%) 16) منها تم عزلها من التهاب اللثة المزمن وتم عزل 7 (30.5) من التهاب اللثة المتقدم باستخدام التنمية على الوسط الانتقائي الخاص لهذه البكتريا. وكذلك تم استخدام طريقة التشخيص الجزيئي باستعمال المعلم الوراثي المستند على دور جين 16s rRNA حيث اظهر ان12 عزلة من اصل 23 عزلة تم تشخيصها بشكل نهائي انها تعود لبكتريا P. gingivalis. منها حوالي 8 تعود الى التهاب اللثة المزمن و4 تعود الى التهاب اللثة المتقدم. بالاضافة الى ذلك, تم التحري عن قابلية هذه البكتريا للالتصاق(adherence ability) بالخلايا الطلائية المبطنة للفم حيث وجد ان جميع العزلات لها القابلية على الالتصاق بهذه الخلايا وتم ايضا اختبار قابليتها على انتاج انزيم (Gingpain) ووجد ان جميع العزلات منتجة الى هذا الانزيم.في هذه الدراسة تم التحري المظهري عن عملية تكوين الاغشية الحيوية(Biofilm formation) للعزلات المدروسة باستخدام فحص tissue culture plate test (TCP) اذ كانت مكونة للاغشية الحيوية بنسبة 100% وكذلك تم فحص تاثير بعض المواد المستخدمة في طب الاسنان على انتاج biofilm ووجد ان اعلى تثبيط سجل للكلورهكسدين (غسول الفم) والشب (Alum)ويليه تاثير Clove مقارنة باقل تاثير لمادة السعد ((Cyprus rotundus. وكذلك تم الكشف عن حساسية العزلات لبعض المضادات الحيوية ووجد بان كل العزلات كانت حساسة الى Co - amoxiclave وعلى العكس اغلب العزلات تظهر مقاومة عالية لل Amoxicillin بينما سجلت مقاومة قليلة جدا لل Ampicillinو Metronidazole(16.3%, 20.3%, ) على التوالي. واخيرا تم فحص تاثير بعض المواد المستخدمة في طب الاسنان على تثبيط نمو هذه البكتريا وتوضح النتائج ان اعلى تاثير سجل للكلورهكسدين (غسول الفم) والشب (Alum)ويليه تاثير القرنفل(Clove) mm) 25,30,40) على التوالي مقارنة باقل تاثير لمادة السعدC. rotundus (10mm) .في هذه الدراسة ايضا تم التحري عن التغاير الجيني ((TLR - 4 Polymorphisms باستخدام تقنية البلمرة والقطع بالانزيم ((PCR - RFLP. وتبين من النتائج وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة Thr399Ile : CC وCT وTT ، اذ بلغت نسبة انتشارها ((12.5%,10%,77.5% في مجموعة المرضى على التوالي بينما هناك فقط نمطين في مجموعة السيطرة TT,CCوبنسبة انتشار(36.6% ,63.4%) على التوالي ، فيما بلغت نسبة انتشار الاليلC السائد في المرضى 82.5 % بالمقارنة للسيطرة 63.3% مع وجود اختلاف معنوي. وفي المقابل سجل وجود ثلاث انماط جينية في موقع طفرة Asp299Gly : AA وAG وGG وبنسبة انتشار % 67.5 و12.5% و20% في مجموعة المرضى على التوالي بينما هناك فقط نمطين في مجموعة السيطرة GG, AA وبنسبة انتشار34.4%) 66.6%,) على التوالي. حيث سجلت نسبة انتشار الاليل A السائد (73.75%) في مجموعة المرضى بالمقارنة بمجموعة السيطرة (66.6%) وبفرق معنوي. | In this study, 103 clinical samples were collected from subgingival dental plaque of patients with chronic (CP) and aggressive periodontitis (AP) (72 and 31) respectively, and (n=30) a healthy group admitted to teaching Hospital in college of Dentistry / Babylon University and specialized center of Dentistry in Hilla city, From February 2013 to June 2014). Out of which (n=40) with a chronic periodontitis group from them blood sample were collected for detection of gene polymorphisms in Toll - like receptor - 4 (TLR - 4). These dental plaque samples were subjected to different methods for identification of P. gingivalis mainly traditional bacteriological method. It was found that 23 P. gingivalis isolates were recovered by using selective media where 19 isolates (26.3%) obtained from (CP) and 4 isolates (12.5%) from (AP). Furthermore, molecular detection method was applied by using 16s rRNA gene as a genetic marker for confirmation of detection of P. gingivalis isolates, 12 isolates of P.gingivalis out of 23were detected by molecular method focusing on the role of 16s rRNA gene of P. gingivalis. 8 isolates were isolated from CP, and 4 isolates were isolated from AP subgingival plaques. In addition, these 12 isolates were investigated to detect Adherence of P.gingivalis to oral epithelial cells. The result showed that all isolates have ability to adhere to oral epithelial cells. The study also detected the ability of this bacteria for production of Gingipain, it was found that all isolates were positive for this enzyme at a rate 100%.Furthermore, biofilm formation was tested in the semi quantitative microtiter plate test. The results revealed that all isolates were biofilm former, high and moderate biofilm formation mode were accounted for (50%) while there are no isolates that express non biofilm formation.Regarding to effect of Chlorhexidine (CHX) gluconate (0.12%) on biofilm formation, the results of this study demonstrated (CHX) effectively and reduced the viability of biofilm - forming bacteria from moderate to 25%, weak to 75% and no strong. The study was also evaluating the effect of some plant extracts on biofilm formation. The results showed the highest effect for Alum potassium phosphate followed by Clove, in contrast to lowest effect of C. rotundus. And after screening the effect of Flagyl solution on production of bacterial pigment. The results showed that the metronidazole produced the highest inhibition activity range (30 - 10mm). Furthermore, the susceptibility of isolates to a variety of antibiotics had been investigated and it had been found that all isolates were sensitive to co - amoxiclave and, in contrast, the isolates showed high resistance to other type of beta lactam such as amoxicillin (54.3%). In addition, the result showed that the resistance of p. gingivalis was very low for ampicillin and metronidazole (16.3% and 20.3%), respectively.The screening of antimicrobial activity of (CHX) gluconate (0.12%) was carried out and the results showed that it produced the highest inhibition activity whether against p. gingivalis with inhibition zone range 40 - 15mm. Finally in vitro antibacterial activity of Alum, Clove and Cyperus rotundus plant extracts was studied and the results revealed that all tested isolates were inhibited by aqueous extracts at 50% concentration. The maximum inhibition zone was observed in Alum and Clove extracts respectively (30mm, 25mm), compared to the minimum inhibition by Cyperus rotundus (10mm). The antibacterial actions of 20% concentration of plant extract gave lower inhibition zone than 50% concentration of that extract which represented by (19mm, 16mm, and 10 mm) of the previous three mentioned extracts. This study also aimed to investigate the association of Thr399Ile and Asp299Gly single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the (TLR - 4) with the incidence of (CP).The results revealed at the site of SNPThr399Ile, there were three genotypes for this SNP among CP patients; CC, CT and TT with frequency of 77.5%, 10% and 12.5 % respectively, whereas, there were only two genotypes among control group; CC and TT with frequency of 63.4% and 36.6% respectively with no significance differences between patients and control. However, the frequency of allele C (dominant) was higher among CP group (82.5%) than control (63.3) with significant difference. The site of SNP of Asp299Gly also showed three genotypes among CP patients; AA, AG and GG with frequency of 67.5%, 12.5% and 20% respectively, whereas, there were only two genotypes among control group; AA and GG respectively with frequency of 66.6 and 34.4% respectively with no significance differences between patients and control. However, the frequency of allele A (dominant) was higher among CP group 73.75 % than control 66.6%.

دور السايتوكينات المعزولة من انسجة المشيمة المغذية للجنين لدى النساء مع الاجهاض التلقائي == The role of cytokines isolated from feto - placental tissues in women with spontaneous miscarriage

Author name: ميسلون عبد الحميد ناصر
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Basrah
First pages:
Abstract: شملت الدراسة الحالية (172( امراة، تتراوح اعمارهم بين 16 - 41 عاما، من المرضى الذين قدموا الى مستشفى الولادة والاطفال في البصرة بسبب الاسقاط التلقائي غير الكامل في الشهور الثلاثة الاولى من الحمل ، بالاضافة الى النساء مع الحمل الطبيعي في وقت الولادة خلال الفترة من شباط 2012 الى ايار 2014 وتم تقسيمهن الى 3 مجموعات :  المجموعة - ا : وشملت )65) من النساء مع الاجهاض التلقائي المتكرر (RSM) خلال الاشهر الثلاثة الاولى، مع متوسط العمر (25.2 ± 7.28) سنة. المجموعة - ب : وشملت (36) من النساء مع الاسقاط التلقائي غير الكامل في الاشهر الثلاثة الاولى من الحمل ولها على الاقل ثلاثة مرات حمل طبيعي سابق (الاجهاض التلقائي غير المتكرر ( non - RSM بمتوسط من العمر (26.61 ± 6.97) سنة. المجموعة - ج : السيطرة (الحمل الطبيعي) : 71 امراة بمتوسط من العمر (26.17 ± 7.01) سنة. وتم الحصول على الدم الوريدي من المجاميع قيد الدراسة من اجل البحث عن المضاد المناعي م وج الخاص بمقوس قوندي , IgM ) IgG (. والتشخيص المصلي للاصابة بمقوسات قوندي يستخدم على نطاق واسع لفحص النساء الحوامل والمجهضات. كان معدل حدوث داء المقوسات (38.4٪) التي وجدت في 101 مجموعات الاجهاض التلقائي بواسطة فحص (ELISA). اظهرت عينتين (3.08٪) نتائج ايجابية المضاد المناعي (م). بينما كانت 24 (36.92٪) عينة ايجابية للمضاد المناعي (ج) لمقوس قوندي في مجموعات المرضى , بينما لم تسجل اصابة في 71 امراة من مجموعة السيطرة . غالبية النساء المصابة (50٪) في سن (30 - 39) سنة في حالة المضاد المناعي (ج)، في حين ان (10.26٪) في سن (20 - 29) سنة في حالة من المضاد المناعي (م).والنتائج كشفت عن ان اعلى نسبة للاجهاض التلقائي لوحظت في نساء الارياف . وفي الوقت نفسه، تم جمع نسيج الارومة المغذية للجنين خلال عملية الكشط والدم الوريدي للكشف وتقييم السيتوكينات المضادة للالتهابات (IL - 4، IL - 6، IL - 10) والسيتوكينات الموالية للالتهابات (IL - 2،عامل نخر الورم - الفا TNF - α، - γ IFN) وقياس تركيزها باستخدام فحص انزيم مرتبط البلمرة المناعي ، تبين تركيز عال (49.97 ± 8.82، 180.7 ± 15.03، 94.34 ± 7.68) للسيتوكينات في الارومة المغذية للجنين (IL - 4، IL - 6، IL - 10 على التوالي) في حالة مجموعة السيطرة بالمقارنة مع مجموعات المرضى وتم الكشف عن نتيجة عكسية في مصل الدم ، في حين ان التراكيز عالية من السيتوكينات الموالية للالتهابات (IL - 2، TNF - α، IFN - γ) كانت (134.17 ± 24.37، 432.16 ± 51.7، 100.46 ± 9.94 على التوالي) في حالة مجموعة الاجهاض التلقائي المتكررRSM)) بدلا من مجموعة السيطرة ومجموعة الاسقاط التلقائي غير المتكرر RSM - non مع وجود اختلافات معنوية كبير.p<0.001 وقد تبين في الدراسة الحالية وجود علاقة واضحة بين مناعة الامهات نوع TH2 والحمل الطبيعي، في حين يرتبط رد فعل جهاز المناعة نوع TH1 بفقدان الحمل. والتوازن الدقيق بين السيتوكينات الناتجة عن TH1 / TH2 ممكن ان يمنع خمج مقوسات قوندي . الذي يرتبط مع الانتاج الكبير من TH1 للسيتوكينات الموالية للالتهابات.وعلاوة على ذلك نتائج حساب مستويات CD44، اظهر فرقا معنويا عاليا p<0.001 في حال مقارنة بين مجموعة السيطرة والمجموعتين من النساء المجهضات . وهكذا تم تسجيل ارتباط CD44 مع فعالية خلايا TH2 ؛ لذا فمن المرجح انه قد يكون هناك وجود علاقة بين الحمل الطبيعي وكثافة CD44 على سطح الخلية

دراسة لبعض الخصائص الوبائية والمصلية لاصابات الـBordetella perlussis في محافظة بابل

Author name: عمار عباس شعلان
Supervisor name: محمد عبود القرة غولي | يحيى الطفيلي
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة الى وصف بعض الخصائص الوبائية للسعال الديكي في محافظة بابل وتقييم الاضداد المتخصصة للـ Bordetella pertussis IgG وIgA باستخدام تقنية الـ ELISA للتشخيص المختبري للسعال الديكي، هذا بالاضافة الى قياس الاستجابة المناعية الخلطية للقاح الثلاثي (DPT). جمعت عينات الدم من : 68 طفل مصاب بالسعال ديكي راقد في المستشفى (36 غير ملقح و32 ملقح) ، 103 من اشخاص اسوياء (49 شخصا ملقحا، 54 شخصا غير ملقح) و20 من العاملين بالخدمة الصحية في محافظة بابل. اضداد Bordetella pertussis IgG وIgA تم قياسها بواسطة تقنية الـ ELISA لكل مجموعات الدراسة. التعداد الكلي والتفريقي للخلايا البيضاء اجري للـ68 مريض و20 من مجموعة السيطرة. اظهرت الدراسة ان اعلى مستوى حدوث للسعال الديكي لوحظ في المرضى اقل من عمر سنة (49% من مجموع الحالات). كانت نسبة الذكور للاناث 1.27 : 1. 71% من المرضى مقيمين في المناطق الريفية مقارنة بـ 29 % في المناطق الحظرية. 36 (53%) من المرضى كانوا غير ملقحين و26 (38%) كانوا ملقحين جزئيا، بينما 6 (9%) تلقوا تلقيحا كاملا (3 جرعات من اللقاح الثلاثي). لوحظت مضاعفات السعال الديكي في 88% من المرضى، والتي كانت بصورة رئيسية الاختناق (88%)، اختلاجات (26%)، ذات الرئة (29%)، والوفاة (4%). كما لوحظ ارتفاع في تعداد الخلايا البيضاء في 64% من المرضى وارتفاع في تعداد الخلايا اللمفاوية في 69% من المرضى. معظم الحالات سجلت خلال الفترة بين شهر نيسان وتموز. كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد الـ Bordetella pertussis IgG في الاطفال غير الملقحين كانت 77% و100% على التوالي، في حين كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد Bordetella pertussis IgG في الاطفال الملقحين 67%، 91% على التوالي. كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد الـ Bordetella pertussis IgA في الاطفال غير الملقحين كانت 33% و100% على التوالي، في حين كانت الحساسية والتخصص التشخيصي لاضداد Bordetella pertussis IgA في الاطفال الملقحين 72%، 86% على التوالي. لوحظت افضل حساسية وتخصص تشخيصي في العيانات التي جمعت بعد اكثر من 21 يوما بعد ظهور اعراض السعال الديكي. تم الحصول على اعلى حساسية وتخصص تشخيصي (92، 82% على التوالي) باستعمال مستوى موجب لـ اضداد Bordetella pertussis IgG او IgA. اظهرت الدراسة ان متوسط مستوى اضداد Bordetella pertussis IgG في الاسوياء الملقحين كانت 56.41 U/ml (المدى 19.77 - 143.89 U/ml)، بينما بلغ متوسط اضداد Bordetella pertussis IgG في الاسوياء غير الملقحين 29.33 U/ml (المدى 1.01 - 56.9 U/ml). كان متوسط مستوى اضداد Bordetella pertussis IgA في الاسوياء الملقحين كانت 9.05 U/ml (المدى 3.6 - 29.74 U/ml)، بينما بلغ متوسط اضداد Bordetella pertussis IgA في الاسوياء غير الملقحين 4.79 U/ml (المدى 3.05 - 7 U/ml). اظهرت الدراسة ان 10.7 % (11/103) من الاسوياء يظهرون مستوى موجب لاضداد Bordetella pertussis IgG او IgA، في حين اظهر 70% (14/20) من العاملين في الخدمة الصحية في هذه الدراسة مستوى موجب لاضداد Bordetella pertussis IgG او IgA | The aims of this study is to describe some of the epidemiological features of pertussis in Babylon Province in Iraq, and to evaluate the specific anti Bordetella pertussis IgG and IgA ELISA technique in the laboratory diagnosis of pertussis, and to determine the humoral immune response to DTP vaccine. Blood samples were obtained from the following groups : 68 (36 unvaccinated and 32 vaccinated)clinically diagnosed hospitalized pertussis patients, 103 normal healthy subject of similar age groups (49 vaccinated and 54 unvaccinated) and 20 healthcare workers in Babylon Province. The anti Bordetella pertussis IgG and IgA antibodies were tested by ELIZA technique in all study groups. The study shows that the highest incidence of pertussis was noticed in patients less than 1 year (49% of the total pertussis patients). The male to female ratio was 1.27 : 1. There were 71% of pertussis cases from rural area compared with 29% from urban area. 36 (53%) of the patients were unvaccinated and 26 (38%) of the patients were partially vaccinated, while only 6 (9%) are fully vaccinated (3 doses of DTP vaccine). Complications were noticed in (88%) of the patients; they are mainly apnea (88%), seizure (26%), pneumonia (29%), and death (4%). Most cases were noticed between March and July. The anti Bordetella pertussis IgG diagnostic sensitivity and specificity in unvaccinated subjects were 77%, 100% respectively; while in vaccinated subjects they were 67%, 91% respectively. The anti Bordetella pertussis IgA diagnostic sensitivity and specificity in unvaccinated subjects were 33%, 100% respectively, while in vaccinated subjects they were 72%, 86% respectively. The best diagnostic sensitivity and specificity was observed in samples collected after > 21 days of the onset of pertussis symptoms. The higher diagnostic sensitivity and specificity were obtained by using anti Bordetella pertussis IgG or IgA positive levels. The study shows that the anti Bordetella pertussis IgG mean level in DPT vaccinated normal subjects was 56.41 U/ml (range 19.77 - 143.89 U/ml), while it was 29.33 U/ml (range 1.01 - 56.9 U/ml) in unvaccinated subjects. The anti Bordetella pertussis IgA mean level in vaccinated normal subjects was 9.05 U/ml (range 3.6 - 29.74 U/ml), while it was 4.79 U/ml (range 3.05 - 7 U/ml) in unvaccinated subjects. There is 10.7% (11/103) of the normal subjects which have a positive anti Bordetella pertussis IgG or IgA levels. In addition, 70% (14/20) of the healthcare workers in this study have a positive anti Bordetella pertussis IgG or IgA levels.

عزل وتشخيص المبيضات من المرضى المصابين بداء السلاق الفموي في محافظة النجف الاشرف مع دراسة جزيئية لبعض عوامل الضراوة == Isolation And Identification of Candida Spp. From Patients With Oral Thrush In Al - Najaf Province And Molecular Study of Some Virulence Factors

Author name: ايهاب يحيى جابرالعلياوي
Supervisor name: فاطمة عبد الحسين التميمي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Najaf
First pages:
Abstract: تشمل هذه الدراسة بعض المعايير السريرية لمرضى نقص المناعة (مرض السكري والسرطان وزرع الكلى)، والمصابين بداء المبيضات الفموي والتي تضمنت العمر والجنس. الهدف من هذه الدراسة هو عزل وتشخيص انواع المبيضات. بطرق مختلفة بما في ذلك التشخيص المباشر، والتحضين في الم | The present study was conducted to isolation and identification of Candida spp. Isolated from immunocompromised patients with (Diabetes, Cancer & Kidney transplant) by different identification methods including direct examination, laboratory culture, biochemical tests and molecular method using polymerase chain reaction (PCR) technique and determine the virulence factors phenotypic to Candida spp. and genetic polymorphism in Candida albicans in secreted aspartyl proteinase (SAP2). During the period from October 2013 to February 2014, a total of 140 oral swab were collected from immunocompromised patients with attending to the three center in AL - Sadder Medical City (Oncology center and kidney center and Center for Diabetes and Endocrinology).In AL - Najaf Governorate, the samples were collected as following : - 110 mouth swabs from patients suffering from leukemia, prostate, stomach and bowel cancer, also 10 mouth swabs from kidney transplant patients and 20 mouth swabs from diabetes. The percentage of female to male was as following, female (86) 64(72.7%) infected, 22(42.3%) uninfected and male (54) 30(57.7%) uninfected, 24(27.3%) infected, with age range between (5 - 64) years. In this study, the results show that the incidence of candidiasis in women was higher than the male also the most cases of candidiasis in patients age range between (45 - 54) years. The results of the present study reveal that the prevalence of oral candidiasis from patient with cancer was more than diabetes & kidney transplant patients which was 72(81.18%), 12(13.65%) & 4(4.54%) respectively. When culturing oral samples on the primary isolation media Sabouroud dextrose agar (SDA) and the secondary media on CHROM agar, The results reveal the presence of 88 isolates belong to Candida spp.which include : - 42 (47.68%) belong to Candida albicans, 20 (22.72%) belong to Candida. dubliniensis, 18 (20.5%)belong to Candida krusei, 6 (6.8%) belong to Candida glabrata & 2 (2.3%) belong to Candida parapsilosis. According to this result, Candida albicans was found the most frequently isolated species and the occurrence of the other non - albicans isolates such as Candida dubliniensis and which followed Candida albicans in frequency of the isolates in oral candidiasis. In this study, the ability of C.albicans & non - albicans was tested to produce some virulence factors such as production of enzymes phospholipase, lipase, germ tube, chlamydospore & biofilms when culturing Candida spp. on different media. The results of the culture show that Candida albicans produces all virulence factor included germ tube, chlamydospore, biofilms & phospholipase. Some species share several phenotypic characteristics ability to produce enzymes of phospholipase such as C.krusei while C.dubliniensis produce chlamydospore, when culturing in the Casein agar & produce biofilms, In addition the molecular tests to was used for Candida albicans confirm the ability to secreted aspartyl proteinase (ASP2). This study showed the amplified from the Candida spp. as following : - C.albicans 306 bp, C.glabrata 594 bp, C.parapsliosis 387 bp, C.krusei 651 bp & C.dubliniensis 451 bp.

دراسة بعض الجوانب المناعية والبكتريولوجية لمرضى ذات الرئة Pneumonia == Study Some Immunological And Bacteriological Aspects of Pneumonia Patients

Author name: كرم رياض حسن الجراح
Supervisor name: رسمية عبد ابو ريشة
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 120 عينة قشع من اشخاص مصابين بمرض ذات الرئه للمدة من ايار 2013 الى شباط 2014 من ثلاثة مستشفيات في مدينة بغداد وشملت مستشفى اليرموك التعليمي, مستشفى دار التمريض الخاص, مستشفى بغداد التعليمي. شخصت العينات باستخدام الفحوص البايوكيميائية, نظامApi 20 E و| From May 2013 to Feburey 2014, 120 sputum and Aspiration samples of patients with pneumonia disease were collected from different hospitals in Baghdad included : Al Yarmouk Teaching Hospital, Hospital Nursing Home sector and Baghdad Teaching Hospital. All samples were diagnosed by biochemical tests, Api 20 E and Api20 strep. Systems, The results was found to be 28 isolates (23.3%) belong to K.pneumoniae, 26 isolates (21.7 %) belong to S.pneumonia while 66 isolates(55%) belong to causes : E.coli, Pseudomonas sp., Moraxella catrrhalis, S.pyogens, Monilia and S.aureus. From (55) blood samples of pneumonia patients and 30 blood samples from healthy individuals, number of white blood cell (Neutrophil) counts were measured, percentage of Neutrophil cell count in female (53%) higher than the cell count in male(47%). Some markers of pneumonia disease were studied such as ratio of infection between male and female, chronic and acute cases and smoker and non smoker, the results were showed the ratio of infection in female more than in male, (60%, 40%), respectively. And number of acute cases of pneumonia patients 41(74.55%) more than chronic cases 14(25.45%). While infection ratio in smoker patients more than nonsmoker patients at ratio 24(57.14%)18(42.86%), respectively. The result of interleukin - 8 level through acute and chronic phases in pneumonia patients sera was showed high level in patients compared with healthy persons (86.4403 ± 25.50919 vs. 58.7636 ± 4.73152 pg / ml, respectively) with a non significant difference statistically (P?0.05). Also in the age group (age 15 - 60years), The results showed the results interleukin 8 levels higher than the age groups of (2month - 3years) and (age 60 - 85) (93.63 ± 51.65, 68.88 ± 17.17, 65.68 ± 11.73 pg / ml, respectively) with non significant difference (P?0.05). The result of Leukotriene B4 level through acute and chronic phases in pneumonia patients sera showed high level in patients compared with healthy persons (36.00 ± 3, 82 vs. 25.96 ± 4.44 pg / ml, respectively) with a significant difference (P?0.05). Also in the age group (two months - 3 years) were showed the results interleukin 8 levels higher than the age groups (age 15 - 60) (age (60 - 85)(33.61 ± 11.06, 19.29 ± 4.67, 16.86 ± 4.51 pg / ml respectively) with no siginificant difference (P?0.05), the correlation coeifficient between interleukin - 8 and leukotriene B4 was (0.12) with no siginificant difference. The phagocytic activity was determined in pneumonia patients sera according to measurement C3 protein level through acute and chronic phases, the result were showed the ratio of C3 protein levels in healthy persons more than in patients (135.93 ± 12.74, 133.19 ± 12.01 pg / ml, respectively) with a difference was not significant statistically (P?0.05).

التمنيع باضداد الخمل النوع الاول المنتجة من بكتريا الاشريكية القولونية المسببة لالتهاب المجاري البولية ضد استيطان واصابة المثانة == Immunization With Type 1 Fimbriae of Uropathogenic Escherichia Coli Against Colonization And Infection of Bladder

Author name: اروى علي شكر
Supervisor name: رسمية عبد ابو ريشة
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Between September and November 2013 a total of 140 urine specimens obtained from patients in Al - Kadhmiah Teaching Hospital, Ibn - Al Naffees Teaching Hospital, and Educational Laboratories in Medical city. These midstream urine specimens were obtained from patients clinically suspected to have urinary tract infection (UTI) in sterilized containers. All specimens were processed immediately after collection.A total number of 140 specimens of mid - stream urine were collected from patients suffering urinary tract infection symptoms. These isolates were obtained from 41 male and 99 female patients. They were distributed in the age group of 5 - 60 years old. All specimens were identified using biochemical tests and API 20 E system. 60 (42.85%) of urine specimens was Escherichia coli and 15(10.71%) of specimens growth was Klebsiella spp. and 25(17.85%) growth was Proteus spp. and 40 (28.57%) was G+ve bacteria.The adherence ability of E.coli isolates were evaluated by using Congo red agar and detected their ability to produce biofilm by using methylene blue staining technique in polystyrene microtiter plates and then Optical density was determined at 580 nm.All sixty isolates of E.coli were grown on Congo red agar medium to detect their adherence ability. Twenty (33.3%) isolates were given negative result by forming pink colonies on congo red agar, were as, forty (66.6%) isolates were given positive result by forming black colonies with a dry crystalline. Three isolates give strong results E.coli (13, 8, and 40). Consistency indicated biofilm production by microtiter plate. E. coli 40 which isolated produced the thickest biofilm (O.D. : =3.17).Type 1 fimbriae expression by E.coli 40 isolate was detected by mannose - resistant hemagglutination (MRHA) of human blood group (O) IRBCs in the presence of 2% D - mannose. The isolate showed strong MRHA characteristics of type 1 fimbriae under microscope (40x). The E.coli E.40isolate which produced the thickest biofilm and gave strong MRHA was elected to be the source of type 1 fimbriae.Type 1 fimbriae was extracted by heating and mechanical shearing and partially purified by Ultracentrifugation (48, 000xg for 3hrs). SDS - PAGE with a molecular weight 20, 000 Dalton.Anti - type1 fimbriae antisera were prepared in rabbits. The specificity and titration of anti - type1fimbriae antibodies were determined using IgG protein by radial immunodiffusion plate and bacterial agglutination. IgG antibodies to fimbriae type 1 were also detected in rabbit sera from immunized rabbit and non - immunized. Immunized rabbit test 1 had increases in Fim1 - specific IgG antibodies (9.5) mg/dl. Immunized rabbit test 2 had increases in Fim1 - specific IgG antibodies (8.6) mg/dl. The non - immunized rabbit had no increase in absolute IgG antibodies to Fim1.The antisera agglutinated bacterial cells up to 1/80 dilution confirming the presence and titer of specific antibodies against type1 fimbriae.The microtiter plate method was applied to estimate the role of the prepared anti - type1fimbriae antibodies in reducing the biofilim formation by E.coli. Prevention of bacterial adherence and subsequent biofilm formation to polystyrene microtiter plate was studied by employing different dilutions (1/10, 1/20, 1/40, 1/80, 1/160, 1/320, 1/640) of rabbit sera containing anti - type 1 fimbriae antibodies. The maximum inhibition of biofilm formation in terms of optical density (580 nm) was found in lowest dilution (1/10) (highest concentration of Abs). However, the minimum inhibition was observed in highest dilution of rabbit antisera (1/640) (lowest concentration of Abs). Here the inhibition occurs in a dose dependent manner as the biofilm formation increased dramatically with increasing in antisera dilution. The results also showed that there is a significant difference(P<0.05) among data treated with sera and data without sera and among serial dilutions.General urine examination and culture for urine that absorbed from test 2 and control was done (GUE) show that pus cell in urine was (1 - 2/HPF). There was no growth of bacteria in urine culture.The Histological section show that the Control and test 1 rabbit (have been immunized with fimbriae and adjuvant and injected with E.coli intra muscular) and Test 2rabbit (that has been immunized with fimbriae and adjuvant and injected with E.coli directly in bladder has normal epithelial cells and mucosa.

تقييم بعض جينات المقاومة للمضادات الحيوية في عزلات الكلبسيلا == Evaluation of Some Antibiotic Resistance Genes In Klebsiella Isolates

Author name: زاهد سعدون عزيز
Supervisor name: عباس شاكر جواد المحنة | سلمان عزيز عدوس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Najaf
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الحالية الى تقييم انتشار جينات البيتا لاكتاميز ? - lactamases ومنها جينات البيتا لاكتاميز الواسعة الطيف lactamases - Extended Spectrum ? وجينات اخرى مثل جينات المقاومة للكوينولونات Quinolones المرتبطة بالبلازميدات plasmid mediated quinolones | The study aimed to evaluate the prevalence of plasmid mediated ? - lactamases including Extended Spectrum ? - lactamases and non - lactamases and study the horizontal gene transfer. A total of 800 of urine samples were taken from patient suffering from urinary tract infections had been collected during a period from February, to September of 2012, from the hospitals of AL - Najaf province. All the samples were cultured on MacConkey agar. From those 300 samples gave positive bacterial growth , 250 were lactose fermentative isolates, which were submitted to conventional tests including IMVIC and motility tests ultimately lactose fermentative, non motile isolates were candidate to Vitek 2 system to confirm the identification. the results revealed that there were 42 (16.8%) of isolates identified as Klebsiellae represented by Klebsiella pnumoniae ssp pneumoniae, 9(3.6%) of isolates diagnosed as Raoultella ornithinolytica, and 1(0.4%) for both K. pnumoniae ssp.ozeanae and Raoultella planticola. Screening tests were performed , disk diffusion test revealed different pattern of resistance, screening of ESBLS by MacConkey agar medium supplemented with 2 mg /l of Ceftazidime showed that 31 (58.5%) of isolates were initially ESBLS producers.Phenotypes confirmatory tests were conducted to different classes of antimicrobial agents, Disk synergism test revealed that 20(37.74%) of isolates were ESBLS positive, while Disk combination test by Ceftazidime + clav and Cefepime + clav revealed that 28(52.83%) and 43(81.13%) were ESBLS producers respectively, disk replacement test pointed that positive isolates were 26(49%), vitek2 system revealed 33(62%) of isolates were ESBLS producers.Imipenem - Ceftazidime antagonism test revealed that there was no isolate produce induced AmpC beta - lactamase, AmpC disc test revealed that no one of isolates were AmpC producer.The result of MHT(Modified Hodge test) revealed that all isolates were not Carbapenemases producers. Molecular study of different antimicrobial resistance genes were performed, the results reveald high percent of occurence as follow : blaTEM genes (90.6%), blaSHV gene(81.13%), blaCTX - M genes (88.6%), sul genes (88.6%), aac(6')Ib - cr genes (84.9%) and qnr - B genes (41.5%).the study also highlighted an association between studied genes. Finally many attempts to study of gene transfer by conjugation were conducted but all of them were failed, except one isolate (No. 5) was succeeded with frequency of conjugation (0.5×10 - 7). This study concluded that there were high prevalence of some plasmid mediated genes of isolates with clear multi gene resistance patterns as compared with some other genes which propose the high selective pressure of these genes and isolates might acquired resistance by mobile elements such as plasmids and integrons.
1 ... 53 54 55 56 57 ... 76