Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 1,883

جينات تحسس الزحام وعلاقتها مع بعض عوامل الضراوه في بكتريا الزوائف الزنجاريه == Correlation of Quorum Sensing Genes with Some Virulence Factors in Pseudomonas aeruginosa

Author name: دعاء كاظم منصورالموسوي
Supervisor name: منعم رضوان علي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 60 عزله من البكتريا السالبه لصبغه كرام مشخصه مبدئيا بانها بكتريا الزوائف الزنجاريه من عده مستشفيات في بغداد ومنها مستشفى ابن البلدي ومستشفى الحروق ومستشفى بغداد التعليمي وكذلك من المختبرات التعليميه في مدينه الطب خلال الفتره من بدايه شهر ايلول لغايه نهايه شهر كانون الاول لسنه 2013 تضمنت هذه العزلات22 عزله من خمجات الحروق و18 عزله من خمجات الجروح و9عزلات من عينات القشع لمرضى مصابين باصابات الجهاز التنفسي و6 عزلات من الدم وعزلتين من خمجات المجاري البوليه و3عزلات من مسحات الاذن. شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسط الماكونكي الصلب ووسط الدم الصلب وكذلك وسط السيدوموناس الصلب بعد ذلك تم اجراء بعض الفحوصات البايوكيميائيه مثل فحص الكاتليز والاوكسيديز تبع ذلك تشخيص العزلات جينيا باستخدام تفاعل البلمره التسلسلي باعتماد جين .rpsL اكدت النتائج ان جميع العزلات قيد الدراسه هي بكتريا الزوائف الزنجاريه . خضعت 60 عزله عائده لبكتريا الزوائف الزنجاريه لاختبارفحص الحساسيه تجاه 12 مضادا حيويا بطريقه الانتشار واظهرت النتائج وجود مقاومه عاليه بين عزلات الدراسه لـــمضادات Tetracycline (100%) ,Ceftazidime (100%) ,Cefoxitin (100%) , Ceftriaxone (85 %) , Cefepeme (83.3%), Amoxillin/Clavulanic acid (81.6 %),Chloramphenicol (78.3 %) وانها كانت ذات مقاومه متوسطه لمضاد51.6%) Pipracillin ) وذات مقاومه واطئه لمضادات Tobramycin(33.3%), Norfloxacin (31.6%), Azithromycin (31.6%),Ciprofloxacin (28.3%). اختبرت قابليه العزلات على انتاج الغشاء الحيوي باستخدام طريقه احمر - الكونغو وطريقه اطباق المعايره الدقيقه وتم قياس قيم الكثافه الضوئيه باستخدام قارىء منظومة الاليزا, اظهرت النتائج ان طريقه اطباق المعايره الدقيقه اكثر كفاءه وحساسيه من طريقه احمر الكونغو للكشف عن الغشاء الحيوي اذ اظهرت نتائجها ان 4 عزلات فقط غير منتجه للغشاء الحيوي اما العزلات الاخرى فقد كانت منتجه بدرجات متفاوته . اظهرت نتائج التحري عن جينات تحسس الزحام باستخدام تقنيه تفاعل البلمره التسلسلي المتعدد وباستخدام بادئات خاصه بتسلسلات معينه لجينات الكوارم اظهرت النتائج ان 81,6% من هذه العزلات تمتلك واحد او اكثر من هذه الجينات بينما كانت 18.4% من هذه العزلات لا تمتلك الجينات اعلاه . تقنيه تفاعل البلمره التسلسلي استخدمت في التحري عن خمس من جينات عوامل الضراوه العائده لبكتريا الزوائف الزنجاريه وهي ((exoU,proteaseIV,exoS,pilB,plcH, اظهرت النتائج وجود هذه الجينات بنسبة (0% , 21.6 % ,26.6 % , 46.6% ,53.3% ) تباعا وكانت هذه العزلات تمتلك exoU وبعظها exoS وعلى اساسها صنفت العزلات على انها اما سامه او ضاريه . بينت الدراسة ان هناك بعض الطفرات قد حدثت في تسلسل القواعد النتروجينية للعزلات قيد الدراسة وكانت من نوع طفرات الاستبدال والادخال, كذلك تبين من مطابقة تسلسل القواعد النتروجينية المترجم مع تسلسل الاحماض الامينية الاصلي للجين لم يكن للطفرات تاثير على ناتج الترجمة . | A total of (60) clinical isolates of gram negative bacteria primary identified as Pseudomonas aeruginosa were obtained from different teaching hospitals in Baghdad ; Ibn - El Balady , Baghdad teaching hospital , Burn hospital and Teaching laboratory in Medical city. During the period between July 2013 till December 2013. The source of these isolates were as follows : (22) isolates collected from burn infections ,(18) isolates from wound infections, (9) isolates from sputum taken from patients suffering from respiratory tract infection,(6) isolates from blood,(2) isolates from urinary tract infections(UTI), and the last (3) isolates from ear swab. The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar,Blood agar, Pseudomonas agar then diagnosed by performing some biochemical tests (catalase and oxidase) followed by Genotypic diagnoses by PCR Which was performed by housekeeping gene (rpsL gene). The results confirm that all the 60 isolates were P.aeruginosa. Sixty P.aeruginosa isolates were tested for 12 antibiotics by using agar diffusion method , the results showed high resistance against Tetracycline 100%, Ceftazidime100%,Cefoxitin100%,Ceftriaxone85%,Cefepime,83.3%,Amoxicillin/Clavulanic acid 81.6%, and Chloramphinicol 78.3% moderate resistance against ,Pipracillin 51.6% , and low resistance against Tobramycin 33.3% , Norfloxacin 31.6%,Azithromycin 31.6% and Ciprofloxacin 28.3%. The ability of the isolates to produce biofilm were tested using congo red plate method and Tissue culture plate method(TCP). Results showed that TCP method is a more quantitative and reliable method for the detection of biofilm this method show that 6.6% isolates were not biofilm producers while other isolates produce it in different degrees . Multiplex polymerase chain reaction (PCR) technique was performed using specific primers targeting the specific sequences of Quorum sensing genes (lasR,lasI , rhlR,rhlI) .The results showed that 81.6% positive for one or more QS genes while only 18.3% were negative for all these genes. Polymerase chain reaction (PCR) technique was used to screened five virulence factors (exoU,proteaseIV,exoS, PilB , PlcH) results showed percentage were (53.3% , 46.6% , 26,6 % , 21,6 % , 0% ,) positive isolates respectively and these isolates contain either exoU or exoS and according to this have been classified into cytotoxic and invasive. Determination of nucleotides sequence for QS genes was revealed there was some mutations occurred which included substitution and insertion. From the other side results of identities of translated - nucleotides sequence with original sequence of amino acids revealed that there were no effect of mutations on translation product.

تاثـير الاس الهيـدروجيني على التركيز المثبط الادنى للمضادات الحيوية ضد Escherichia coli == Effect of pH on minimum inhibitory concentration of antibiotics against Escherichia coli

Author name: داليا سـلمان عــبد ســبع
Supervisor name: محمد فخري احمد | مروان صالح محمد النمر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة الى معرفة تاثير الاس الهيدروجيني وتاثير تحمل الجهد على بكتريا الايشريشيا القولونية ( Escherichia coli ) بوجود وبغياب مجموعة من المضادات الميكروبية .امكن الحصول على ( 10) عزلات من بكتريا الايشريشيا القولونية ، من عينات الادرار والخروج لمرضى ارتادوا وحدة المايكروبايولوجي للعناية الطبية في مستشفى اليرموك التعليمي وشخصت مجهريا" وكيموحيويا" قبل زرعها في وسط نقيع الصويا الثلاثي بوجود وبغياب كل من المضادات الثمانية الاتية : ampicillin ,amoxicillin , gentamicin , amikacin ,cefotaxime , ceftriaxone , cefepime , and ciprofloxacin.تم التحري عن حساسية العزلات تجاه تلك المضادات بقيم مختلفة للاس الهيدروجيني وبوجود تراكيز مختلفة من مادتي المانيتول والبيروكسي نتريت ، اذ اظهرت النتائج مقاومة عزلات البكتيريا العالية لمعظم المضادات قيد الدراسة ، وان وسط النمو ذا الاس الهيدروجيني 5.1 ادى الى تثبيط نمو البكتريا بشكل كامل ، في حين ادى وسط النمو القاعدي الى استقرارية المضادات .اظهرت جميع العزلات مقاومتها لمضاد السبروفلوكساسين عند اسهيدروجيني ≥ 8.4 , كما وادى اي تغيير في قيمة الاس الهيدروجيني للمحلول الى فقدان هذا المضاد لفعاليته في الوقت الذي لم تفقد مجموعتي السيفالوسبورينات والامينوكلايكوسيدات فعاليتهما بالوسط القاعدي , ولوحظ ذلك من خلال اختبار حساسية العزلات تجاه هاتين المجموعتين في اس هيدروجيني يصل الى 9.9 , ولوحظ ايضا"ان السيفالوسبورينات كانت مستقرة عند اس هيدروجيني تراوح ما بين ( 4 - 8.8 ) .بالنسبة لتاثير المانيتول على البكتريا المعزولة ، اظهرت نتائج الدراسة ان البكتريا لا تستطيع تحمل وجوده بتركيز ≥ 2% في الوسط , كما ان مجموعتي السيفالوسبورينات والامينوكلايكوسيدات كانت مستقرة بوجود المانيتول بتركيز < 2% ، وبالنسبة لتاثير البيروكسي نتريت على نمو البكتريا المعزولة وجد انه ادى الى تثبيط نمو البكتريا بنمط يعتمد على تركيزه بالوسط كما ووجد ان هناك تازرا" بينه وبين المضادات المستخدمة عندما كان بتركيز (89.8) مايكرومول .اظهرت نتائج هذه الدراسة اهمية الاس الهيدروجيني لوسط النمو بالنسبة لمضادات ميكروبية معينة، كما وادت اضافة مواد معينة مثل المانيتول او البيروكسي نتريت الى تحفيز قابلية الكائن المجهري على المقاومة او تثبيط النمو، وبذلك يمكن ان تكون هذه المواد مؤازرة اوذات تاثير مضاد. | This study was designed to investigate the effect of pH and stress tolerance on the susceptibility of E. coli to eight antibiotics. A total of 10 isolates were recovered from urine and stool samples of patients who sake Al - Yarmouk Teaching Hospital, Unit of microbiology for a medical management. The isolated microorganisms were identified, microscopically and biochemically. The colonies of cultured microorganism were then sub - cultured in tryptic soy broth in microtitre plate in the presence or absence of each of the following antibiotics; ampicillin, amoxicillin, cefotaxime, ceftriaxone, cefepime gentamicin, amikacin, and ciprofloxacin. The susceptibility of E.coli towards these antimicrobials was examined at different pHs ; and concentrations of mannitol or peroxynitrite. The results showed that E.coli whether isolated from urine or stool, was multi - drug resistant. Growth of E.coli was completely inhibited in the tryptic soy broth at pH 5.1 in presence or absence of the antibiotics. The alkaline growth medium interferes with stability of the drugs incubated with E.coli. Ciprofloxacin lost its antibacterial activity at pH ≥ 8.4 and allowed E. coli to be a resistant . On the other hand, the cephalosporins and aminoglycosides were not degrade by the alkaline medium. This was evident through observation of the susceptibility of E. coli to these antibacterial agents at pHs up to 9.9. E.coli cannot tolerate presence of mannitol in the growth medium at concentrations of ≥2%. Cephalosporins and aminoglycosides were stable in presence of mannitol at concentrations of less than < 2%. Cephalosporins were stable at a wide range of pH (4.0 - 8.8), while ciprofloxacin had lost its stability at any changes in pH of the medium. Peroxynitrite inhibited the growth of E. coli in a concentration dependent manner rather than it induced stress and allowed the E. coli to tolerate. Furthermore, a concentration of 89.8 µM peroxynitrite produced synergism effect to all antibiotics applied in this work.Results of study explored importance of adjusting pH of growth media for specific antibiotics. Also, the addition of certain substances, like mannitol or peroxynitrite, that induced stress in microorganism may suppress the growth, rather than rendering the microorganisms, to be antimicrobial resistant. Moreover, these substances exert synergism rather than antagonism effect

تثبيط تكوين biofilm لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من سرطان القولون والمستقيم والتهاب القولون التقرحي باستخدام جسيمات النانو لاكسيد الحديد المتراكبه

Author name: حنان طارق صبحي
Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعد بكتريا Pseudomoas aeruginosa ممرضة انتهازية تنتشر الاصابة بها في المرضى الذين يعانون تدهورا مناعيا ان دور هذه البكتريا في التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم لم يتم التطرق اليه.وهذا ماتتطرق اليه هذه الدراسة في جزء منها يعاني مرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم تغير في التعبير عن مستضدات مجموعة الدم ABO ومجموعة دم لويسLewis في ميوسين الخلايا الظهارية القولونية وهذا ما يوفر بيئة لالتصاق البكتريا . تؤشر الدراسة الحالية دور الاستيطان البكتيري لهذه البكتريا لنسيج القولون في كلا المرضين وارتباط ذلك بمجموعة الدم ومجموعة دم لويس اضافة الى دور مجموعة دم لويس في المشاركة في انشاء الغشاء الحيوي البايوفيلم biofilm لهذه البكتريا .تشير نتائج عزل بكتريا Pseudomoas aeruginosa انه من بين 38 اصابة تم عزل البكتريا بنسبة 23% p=2.6×10 - 6 , من مرضى السرطان اضافة الى عزلها بنسبة p=7.35 ×10 - 5 , 25% من مرضى التهاب القولون التقرحي. اظهرت نتائج تنميط مجموعة لويس بوجود عالي لمجموعة دم لويس بي Leb (78.9%) p=3.45×10 - 12 في المرضى مقارنة بالسيطرة من جانب اخر اثر ارتفاع نسبة مجموعة الدم Aفي المرضى الا ان التحليل الاحصائي لم يظهر تغيرا معنويا .P=0.1 (×̅=45%)وفي جانب دراسة تكوين العزلات للغشاء الحيوي بارتباطها في الميوسينات اللعابية المغطية لحفر الاطباق فقد اكدت النتائج ان جميع العزلات كانت لها القدرة على تكوين البيوفلم مع زيادة كتلة بيوفيلم على لعاب مجموعة الدم لويس للافراد الاصحاء المغطية ل 96 حفرة .microtitration plate وتغاير تكوين العزل للرقيق الحيوي اعتمادا على نوع الضرب المعزول وقد اثر التركيز المثالي المغطي coating concentration للميوسينات اللعابية بان تخفيف1\16للعاب.وفي جانب اخر من الدراسة فقد تم تحضير الجسيمات النانوية وتم ربطها بنضائد واستعملت تلك في مسح قابلية تلك التحضيرات على تثبيطها للغشاء الحيوي حيث جرى تحضير الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد (IONP) باستخدام طريقة coprecipitation وفي هذا الجانب فقد تم تقدير حجم الجسيمات النانوية naked iron oxide باستعمال مجهرالقوة الذرية (Atomic Force Microscope) AFMوالتحليل الكيميائي للجسيمات النانوية باستخدام جهاز التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء FTIR) ) Fourier Transform Infrared Spectroscopy واتضح ان معدل قطرحجم الجسيمات لاكسيد الحديد النانوية 85.09 نانومتر في حين اظهرت التحضيرات النانوية - المنضدة Liganded - nanoparticles مايلي اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان (chitosan) متوسط قطر85.14 نانومتر. اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين(glucosamine) متوسط قطر 89.71 نانوميتر بينما اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري (polysaccharide) 107.20 نانومتر. تم تحديد احجام للجسيمات النانوية - الميوسين ايضا.حيث اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis a بمتوسط قطر 91.46 نانوميتر ، الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis b 93.18 نانوميتر بينما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الفارزة كان متوسط قطرها 80.23نانوميتراما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الغير فارزة كان متوسط قطرها 103.46نانوميتر.وقد اظهرت نتائج التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء (FTIR) على قابلية ارتباط النضائد بالجسيمات النانوية بين اكسيد الحديد والجتوسان، الكلوكوزامين، عديد السكرايد البكتيري والميوسين اللعابي لمجموعة الدم لويس. حيث اظهرت الجسيمات النانوية لاكسيد الحديد ارقام موجية منخفضة بين 850 و400 سم - 1 قادمة من الاهتزازات للاصرة Fe - O بينما اعطى اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان امتصاص عند 1111 سم - 1 (COC) ، اختفاء الاصرة C - N وتغير الاصرة C - H من الموقع 2839 سم - 1 الى 3196 سم - 1, تغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1614 سم - 1.اما اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين اظهرت اختفاء الاصرة C - N , تغير الاصرة C - O - C من الموقع1031سم - 1 الى1099 سم - 1 وتغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1541 سم - 1 وظهور مجموعة OH في الموقع 3377 سم - 1.وفي جانب اخر اظهرت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري ظهور الاصرة C - ONH2 في الموقع 1649 سم - 1 والاصرة N - H 1543 سم - 1. في حين اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a ظهور الاصرتين C= N,C= C في الموقع 1622 سم - 1, 1649 سم - 1 اما بالنسبة للجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis b ظهور الاصرتين C= N, C=C في الموقعين 1612 سم - 1 , 1649 سم - 1 بينما الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - non secretor اظهرت الاصرتين C= N, C= C في الموقعين 1670 سم - 1 , 1647 سم - 1. الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - secretor اظهرت الاصرتين C= N,C= C في الموقعين 1627 سم - 1, 1651 سم - 1. وفي نتائج التثبيط للغشاء الحيوي للبكتريا فقد اوضحت النتائج ان النضائد النانوية لها فعل مثبط لتكوين الغشاء الحيوي . ففي هذا الجانب فان تعرض البكتريا لاكسيد الحديد النانوية ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجيتوسان ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين ,اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين بتركيز 100 ملغم \سنتيمتر مكعب لمدة 24 ساعة خفض انتاج الغشاء الحيوي وكالاتي : الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد اعطت اعلى نسبة تثبيط 52% بينما الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الجتوسان اعطت اعلى نسبة تثبيط 58%(p=0.5) , الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الكلكوزامين اعطت اعلى نسبة تثبيط 39%(p=0.1). الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الميوسين الغير فارزa - b - اعطت اعلى نسبة تثبيط 74% (p=6.8×10 - 3) وفي جانب اخر اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري اعلى نسبة تشجيع بناء 75% (p=0.3).ان النتائج الاصلية المؤثرة في هذه الدراسة والمسجلة لاول مرة اظهرت ان التطبيقات المستقبلية للجسيمات النانوية المغطاة بالنضائد المحضرة في علاج الغشاء الحيوي لبكتريا P. aeruginosa يمكن اعتمادها كطريقة للقضاء على استيطان البكتريا في مرضى التقرح القولوني وسرطان القولون - المستقيم | Pseudomoas aeruginosa is an opportunistic pathogenic bacterium. The infection with the microorganism prevail in immunocompromised patients. The role of P. aeruginosa in ulcerative colitis and colorectal cancer is not studied and this part is dealt with this study. In this regard, Ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer (CRC) patient change the expression of ABO and Lewis blood groups antigens in colon epithelial mucin structure and might furnish an environment for bacterial attachment. The present study aimed to pinpoint a role for P. aeruginosa in colonization of colon tissue in both diseases in relation to ABO and Lewis blood groups. In addition the involvement of Lewis blood group molecule in biofilm formation was investigated. In an another part of the study a specific liganded - nanoparticles prepared were screened for inhibition of such biofilm. Isolation of the bacteria from direct biopsy samples of UC and CRC indicated that, out of 38 cases collected, 9 isolates were found to be P. aeruginosa 6 (23%) p= 2.6×10 - 5 in colorectal cancer cases and 3 (25%) p= 7.35×10 - 6 in ulcerative colitis. Patient Lewis typing revealed that Leb prevailed among patient giving a (78.9%) results and was highly significantly (p=3.45˟ 10 - 12) compared with control (29.7%). Blood group (A) seem to be highly prevalent but not significant (p=0.193) in colorectal cancer and ulcerative colitis patients. All isolates from patients were able to form biofilm with increased biofilm mass on Lewis group saliva of normal individual coated on 96 - wells microtitration plate. The results were variable depending on bacterial strain. An iron oxide nanoparticle (IONP) was prepared using the method of coprecipitation and was used as carrier of different ligands. The naked and coated iron oxide nanoparticles were characterized using Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) and Atomic Force Microscope (AFM). Particle size for naked iron oxide (IONP) was 85.09 nm and for chitosan coated iron oxide nanoparticles the average diameter was 85.14 nm while glucosamine coated iron oxide nanoparticles was in 89.71nm. Bacterial polysaccharide coated iron oxide nanoparticles gave a size of 107.20 nm. Particle sizes for mucin - IONP composite were also determined. Lea - IONP was an average diameter 91.46nm, Leb - IONP was 93.18nm, Lea - b - secretor - IONP was 80.23nm and Lea - b - nonsecretor was in 103.46nm determined by AFM. The Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) analysis indicated successful binding between iron oxide and chitosan, glucosamine, polysaccharide and mucin Lewis groups glycans. Iron oxide nanoparticle showed low wave numbers between 850 and 400 cm - 1 coming from vibrations of Fe - O bonds.Chitosan coated iron oxide gave an absorption line at 1111 cm−1 (C - O - C) bond, and N - H bond at 1614 cm - 1, 1410 cm - 1, C - H bond and 3589 cm - 1 for O - H bond. Glucosamine coated iron oxide demonstrated a characteristic bands such as OH group at 3377 cm−1, C O at 1618 cm−1 and C - O - C at 1099 cm−1 and 1031cm−1 stretching vibration of C - O - C. Polysaccharide appeared to have 1649 cm - 1 (CONH2) and 1543 cm - 1 (N - H) band. While mucin Lea coated iron oxide demonstrated 1622 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C and mucin Leb coated iron oxide gave 1612 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C on the other hand, mucin Lea - b - secretor coated iron oxide showed 1627 cm - 1 1651 cm - 1 C= N, C= C and mucin Lea - b - non secretor coated iron oxide gave1647 cm - 1 1670 cm - 1 C= N, C= C The Fourier transform infrared spectroscopy study analyses confirmed the successful attachment different ligands to the surface of magnetic nanoparticles. In experiments of P. aeruginosa biofilms inhibition by liganded nanoparticles, it was seen that exposure of cells to naked iron oxide, chitosan coated iron oxide , glucosamine coated iron oxide and mucin coated iron oxide at concentrations of 100mg/ml resulted in reduced biofilm biomass in a 24h exposure time. In contrast, polysaccharide coated iron oxide nanoparticle showed increased biofilm formation (75%). Naked nanoparticles resulted in 52% inhibition in biofilm formation, chitosan coated nanoparticles resulted in (58%) inhibition p=0.5, glucosamine coated nanoparticles resulted in (39%) inhibition p=0.1, while mucin coated nanoparticles gave (74%) inhibition p=6.8×10 - 3 especially in non secretor Lea - b - coated nanoparticles and was the best liganded nanoparticles biofilm. Polysaccharide ̶ nanoparticle gave (75%) augmentation p=0.3. The inhibition was seems to be variable between saliva Lewis group tested. The novel findings presented in this study demonstrated the futuristic application of ligands coated iron oxide nanoparticles in treating P. aeruginosa biofilm formation could be an approach to eradicate P. aeruginosa infection which may lead to ulcerative colitis and colorectal cancer patients.

كشف عن الجينات المشفرة لانتاج البايوسين من بكتريا Pseudomonas aeruginosa ومقارنة الانتاج مع تكوين الغشاء الحيوي == Detection of Genes Encoding Pyocin Production of Pseudomonas aeruginosa and Comparison the Production with Biofilm Formation

Author name: حسين ظاهر عليوي التميمي
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت50)) عزلة تابعة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من مستشفيات مختلفة في بغداد وخلال شهر ايلول لغاية شهر الكانون الاول لسنة (2014). تم اخذ هذه العزلات من مصادر مختلفة ثم شخصت بالاعتماد على الصفات المظهرية والمجهرية عند تنميتها على الاوساط التفريقية والاختيارية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية ولتاكيد نتائج الفحوصات الكيموحيوية استعمل نظام VITEK2 Compact كخطوة تكميلية. كما تضمنت الدراسة التصنيف المصلي لاجناس P. aeruginosa حيث تتعدد الانماط المصلية لهذه البكتريا حيث كانت ( : 11, O : 9, O : 8 and O : 7) بعد فحص العزلات. كان النمط المصلي (O : 11) الاكثر شيوعا وانتشارا من الانماط الباقية .كانت الانماطO : 8) وO : 9) اقل انتشارا ويعد النمط المصلي (O : 7)من الانماط حديثة الظهور. استعملت في هذه الدراسة طريقة Cross Streaking Method للكشف عن قدرة البكتريا على انتاج البايوسين حيث استخدم الوسط trypticase soy agar في هذه الطريقة, كانت العزلات المنتجة للبايوسين (P) قادرة على انتاج البايوسين عندمزارعت بشكل خط مستقيم وذلك بعد ان حضنت لمدة 24 ساعة وبدرجة37 مئوية, العزلة الدالة(I) فقد زرعت بشكل خط عمودي على العزلة المنتجة (P). ان غياب النمو البكتيري في الوسط الزرعي وعند نقطة التقاء الخطين دلالة على انتاج البكتريا للبايوسين, اذ لوحظ ان (16) عزلة من اصل (50)عزلة لها القدرة على انتاج البايوسين.واستعملت في هذه الدراسة طريقتين للتحري عن تكوين الغشاء الحيوي وهي طريقة Congo Red Method (CRA) وطريقة اطباق المعايرة Micro Titration Plate Method (MTP). اظهرت النتائج ان طريقة (MTP) كانت اكثر حساسية في التحري عن تكوين الغشاء الحيوي ، اذ لوحظ ان (19) عزلة من اصل (50) عزلة وبنسبة (38%) كانت مكونة للغشاء الحيوي وبشكل قوي ، في حين كانت (13) عزلة وبنسبة (26%) مكونة للغشاء الحيوي وبشكل ضعيف ، لكن كانت هنالك (18) عزلة وبنسبة (36%) غير مكونة للغشاء الحيوي. في حين بينت النتائج الخاصة بطريقة ال (CRA) ان (33)عزلة وبنسبة (66%) كانت قادرة على انتاج الغشاء الحيوي ، بينما كان عدد العزلات غير المكونة للغشاء الحيوي (17) عزلة وبنسبة (34%).اخضعت جميع العزلات (50 عزلة) للفحص بواسطة تقنية Polymerase Chain Reaction(PCR) لتشخيص الجينات المسؤولة عن انتاج البايوسين من نوع S باستخدام برايمرات خاصة لكل من (S1S2 pyocin) و(S3 pyocin). اظهرت نتائج تقنية الPCR بان (24) عزلة من اصل (50) عزلة وبنسبة تقدر ب (48%) تمتلك جين S1S2 (اذ كان ناتج تقنية البلمرة لهذا الجين بالحجم 287bp), لكن هنالك (21) عزلة وبنسبة (42%) تمتلك جين S3 (اذ كان ناتج تقنية البلمرة لهذا الجين بالحجم 451bp). | Fifty bacterial isolates of Pseudomonas aeruginosa have been collected from many hospitals in Baghdad include : Al - Kindy hospital, Ibn Al - baladi hospital, wound and burn hospital and Baghdad hospital in medical city during the period from Sep. to Dec. (2014). These isolates were collected from different sources. Then, they were diagnosed depending on morphological and microscopic properties when they were cultured on selective and differential culture media as well as by using biochemical tests, then in order to confirm the results of biochemical test VITEK2 compact have been used as a confirmatory step. Serotype classification of P. aeruginosa isolates showed multiple serotypes were existed (O : 11, O : 10, O : 9, O : 8, O : 7 and O : 5) for isolates which tested and (O : 11) serotype consider as more frequent serotype as (48%) whereas (O : 9, O : 5 and O : 8) are low spreading serotypes as (8%, 10% and 12%) respectively, while (O : 7) serotype as (4%) represent appearance of new serotype in comparison with local studies. In this study, pyocin production was detected by using cross streaking method, it was applied by using trypticas soy agar media. In this method producer isolates (P) which were able to produce pyocin were cultured as straight line and after incubation at 37Co for 24h., inducer isolates (I) were cultured on media as a vertical on the first line (producer isolates).Absence of bacterial growth on the media which were cultured by vertical line on producer bacteria leads to pyocin that produce by producer isolate prevent growth of inducer isolates, where it had been noted that (16) isolates out of (50) isolates have the ability to produce pyocin.Ability of bacterial isolates to produce biofilm was detected by two methods : these methods are Congo Red Agar method (CRA) and micro titration plates method (MTP). Results have been showed that (MTP) method was more sensitive to determine biofilm producers. It was noted that (19) isolates from (50) isolates as a (38%) were powerful biofilm producers while (13) isolates as a (26%) were weak biofilm formation, but there were (18) isolates as a (36%) were non - biofilm producers. On the other hand the (CRA) method appeared that (33) isolates as a (66%) were able to produce biofilm while non - biofilm formation isolates were (17) isolates as (34%).All fifty isolates were tested by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique to detect gene responsible for S type pyocin by using primers specific for S1S2 pyocin and S3 pyocin. Results appear that there were (24) isolates from all (50) isolates (48%) contained the S1S2 gene, but there are (21) isolates also from (50) isolates as a (42%) contained S3 gene. The total number of isolates which contain genes encoding of S - type pyocin production (both S1S2 and S3 genes) were (31) isolates as (62%).The results have shown that there were (39) isolates as (78%) have the ability to produce pyocin by both phenotypic and genotypic methods (cross - streaking and PCR technique), while there were (43) isolates as (86%) able to produce biofilm by both CRA and MTP methods. Relationship between pyocin production and biofilm production were shown that all isolates have the ability to produce pyocin at least by one method were able to produce biofilm and at least by one method too

تاثير مستخلصات قشور البرتقال على نشاط بكتريا Pseudomonas aeruginosa المقاومة للمضادات الحيوية والمعزولة من التهابات جروح الحروق وجروح ما بعد العمليات في مدينة بغداد == Effect of Citrus sinensis peels extracts on the viability of antibiotics resistant Pseudomonas aeruginosa isolated from burn and post - operative wound infections in Baghdad City

Author name: بتول عبد الامير باقر الصفار
Supervisor name: محمد فخري احمد | صفاء عبد الكريم عبد الرزاق
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • تم جمع 175 مسحة من المرضى الذين يعانون من خمجات الحروق والجروح مابعد العمليات الجراحية ,الراقدين في مستشفيات بغداد المختلفة ,والمتضمنة مستشفى الكندي التعليمي, مستشفى الكرخ العام ومستشفى بغداد التعليمي اثناء الفترة من ايلول 2008 الى كانون الثاني 2009. • زرعت المسحات على وسطي غراء الدم والماكونكي وحضنت هوائيا بحرارة 37 م لمدة 24 ساعة وشخصت العزلات منPseudomonas aeruginosa باستخدام التشخيص الكيموحيوي والفسلجي والصفات ﺍ ﻠﻤﻈهرية واكد باستخدام نظام عدة api 20E .• تشير النتائج الى 114عزلة اعطت زرع بكتيرولوجي موجب بمعدل65.14% هذه تضمنت 51 (%60 ) عزلة من 85 مسحة من اصابات جروح مابعد العمليات و63 (%70 ) عزلة من 90 مسحة من اصابات الحروق.• اجري فحص الحساسية على هذه العزلات باستعمال 10 مضادات حيوية شائعة الاستعمال من مجاميع مختلفة ,اظهرت النتائج مقاومة عالية الىCephalothin, Carbenicillin, Tetracycline, Ceftriaxone, Chloramphenicol, Cefotaxime and Ceftazidime وبنسبة مقاومة (100, 92.98, 88.59, 78.94, 69.29, 67.54, 65.78)% على التوالي. بينما اظهرت العزلات حساسية عالية الى المضادات Amikacin, Ciprofloxacin and Meropenem وبنسبة مقاومة ( 28.94, 23.68, 15.78 )% على التوالي. • اربع مستخلصات المائي الحار٬ المائي البارد ٬ الكحولي الحار والكحولي البارد طبقت لاستخلاص قشـــورالبـــرتقال. ووجدت من خلال الكشف النوعي للمستخلصات بان المستخلصات المائية الحارة والباردة لقشور البرتقال احتوت على المركبات التالية : كلايكوسيدات٬ فينولات٬ قلويدات٬ صابونيات وتانينات، بينما احتوت المستخلصات الكحولية الحارة والباردة (اضافة الى ما ذكر) على مركبات : راتنجات٬ تربينات٬ فلافونات٬ كومارينات وزيوت طيارة. • استخدمت المستخلصات لدراســـة تاثيرها على نمــو العــزلات المقاومة فقــط والمعزولة من اصابات الجروح مابعد العمليات الجراحية والحروق بطريقة الانتشار بالحفر. مستخلصات قشورالبرتقال في التراكيز) 25 ,50, 75 ,100, 200 ,300 ,400 و500 )ملغم/مل اظهرت فعالية ضد العزلات البكتيرية. • كشف التحليل الاحصائي وجود اقل فروق معنوية عند مستوى احتمالية P<0.05)) لاربع مستخلصات.• المستخلص الكحولي الحار من قشور البرتقال كان اكثر كفاءة من المستخلصات الاخرى ضد عزلات الجروح مابعد العمليات وجروح الحروق. المستخلص المائي البارد ياتي بالمرتبة الثانية بعد المستخلص الكحولي الحار. معدلات اقطار مناطق التثبيط لهذه المستخلصات ضد P. aeruginosa عند التركيز العالي 500 ملغم/مل كانت 22.78ملم لمستخلص الكحولي الحار، بينما كانت 71.15ملم لمستخلص المائي البارد. اما النتائج كانت متغايرة بالنسبة لتاثير مستخلصي الكحولي البارد والماء الحار وبشكل عام اظهرت تاثيرات منخفضة على العزلات البكتيرية. بينما عند التركيز 25 ملغم/مل لمستخلص الكحولي الحار معدلات اقطار التثبيط تناقص الى 64.1 ملم. • اختبر تاثير التراكيز المختلفة لمستخلص الكحولي الحار على نشاط انتاج الانزيمات : اليوريز ، جيلاتينيز ، اوكسيديز والكاتاليز، اظهرت النتائج ان المستخلصات الكحولية الحارة في التراكيز (75, 100, 200) ملغم/ مل تاثيرا جدير بالملاحظة على نشاط انتاج اليوريز، يعزى ذلك الى ظهور اللون الاصفر(كنتيجة سالبة) بعد ساعتين من الاختبار. بينما عند تراكيز(25 ,50) ملغم/مل من المستخلص حصول نتيجة سالبة لانتاج اليوريز بعد الساعة الرابعة من الحضن. • المستخلص الكحولي الحار اثبط انتاج الجيلاتينيزعند التراكيز( 50 ,75 ,100 ,200) ملغم/ مل بعد الساعة الثانية من فترة الحضن. بينما عند التركيز 25 ملغم/مل اظهرت النتيجة سالبة للجيلاتينيز بعد الساعة الرابعة حضانة. المستخلص الكحولي الحار اثبط انتاج الاوكسيديز والكاتاليز بالتراكيز(25 ,50 ,75, 100 ) ملغم/مل واظهرت نتيجة سالبة بعد الساعة الثانية من الحضن. • اظهرت نتيجة دراسات ميكانيكيات النمو بتركيز 500 ملغم \مل من المستخلص الكحولي الحار قتل كامل لعزلات اصابات الحروق والجروح مابعد العمليات الجراحية التي يتطلب وقت حضانة بين الساعة 6 - 8 ساعة. علاوة على ذلك المستخلص بتركيز 400 ملغم/ مل تطلب القتل الكامل للعزلات 8 ساعات حضانة لكل العزلات. بينما عند التركيز( 200 ,300 ) ملغم/ مل اظهر قتل كامل على جميع الخلايا بعد مرور 24 ساعة حضانة. اما التركيز 100 ملغم/ مل اظهر معدل قتل جزئي للعزلات (حتى بعد 24 ساعة حضانة). ﺗﻡ اﯿﻀﺎ ﻤﻨﺎﻗﺷﺔ ﻮﺘﺤﻠﻴﻞ ﻤﻧﺤﺪﺮﺍﺖ اﻠﻴﺔ ﺍﻠﻧﻤﻮ ﻠﻠﺒﻜﺘﺮﻴﺎ. | Hundred and seventy five swab samples were collected from patients suffering from burns and post - operative infections who admitted to different hospitals in Baghdad for medical care, these included : Al - Kindy Teaching Hospital, Al - Karkh General Hospital and Baghdad Teaching Hospital, during the periods from October 2008 to January 2009. The swabs were cultured on blood agar base and macConky's agar then incubated at 37˚C for 24hrs . Isolates of P. aeruginosa were isolated and identified using morphological, physiological and biochemical diagnosis and confirmed by api 20 E kit . The results indicated that 114 (65.14%) have given positive bacteriological cultures, this included 51(60%) isolates out of 85 swabs of post - operative wound infections, while 63(70%) isolates out of 90 swabs of burns infections. Sensitivity test was performed for these isolates using 10 commonly used antibiotics. The result indicated that a higher resistance to Cephalothin, Carbenicillin, Tetracycline, Ceftriaxone, Chloramphenicol, Cefotaxime and Ceftazidime whith the percentages of 100, 92.98, 88.59, 78.94, 69.29, 67.54, 65.78 % respectively , while the isolates showed a higher sensitivity to Amikacin, Ciprofloxacin and Meropenem with the percentages of resistance of 28.94, 23.68, 15.78 % respectively. Four extraction methods, i.e. hot water, cold water, hot alcoholic and cold alcoholic, were applied for the extraction of Citrus sinensis peels . Hot and cold watery extracts of Citrus sinensis peels contained the following compounds : Glycosides, phenols, alkaloids, saponins, and tannins. While hot and cold alcoholic extracts contained, in addition to above, resins, terpins, flavones, coumarins, and volatile oils. The extracts were used to study their effects on growth of P. aeruginosa resistant isolates of post operative wound and burn isolates by using agar diffusion method. Extracts of Citrus sinensis peels at concentrations of 500, 400, 300, 200, 100, 75, 50, 25mg/ml showed activity against bacterial isolates. The statistical analysis revealed the presence of significant differences (P<0.05) for four extracts. The hot alcoholic extract of Citrus sinensis peels were more efficient than the other extracts against post - operative wounds and burn wounds isolates. Cold water extract came next to hot alcoholic extract. The inhibition zone diameters for these extracts were 22.78mm (for hot alcoholic extract) and 15.71mm (for cold water extract). Variable results were obtained with respect to the effects of cold alcoholic extract and hot watery extract, and generally, of low effects on bacterial isolates. At a concentration of 25mg/ml of hot alcoholic extract, the rate of inhibition zone diameters decreased to 1.64mm. The effect of different concentrations of hot alcoholic extract on the activity of enzymes production of urease, gelatinase, oxidase and catalase have been tested. The results showed that hot alcoholic extracts at concentrations of 75, 100, and 200mg/ml, demonstrated an observable effect on the activity of urease production due to observation of yellow - orange color (i.e. negative result), after 2hrs . While at extract concentrations of 25 and 50mg/ml, negative urease test was obtained after 4hrs incubation. Hot alcoholic extract has inhibited gelatinase production at a concentration of 50, 75, 100, and 200mg/ml after 2hrs incubation. While at a concentration of 25mg/ml, negative gelatinase result is obtained after 4hrs incubation. Hot alcoholic extract affects the inhibition of oxidase and catalase production at concentration of 25, 50, 75, and 100mg/ml, which showed negative results after 2hrs incubation. The result of Kinetics of growth studies demonstrated that the concentration of 500mg/ml of hot alcoholic extract was enough for complete killing the isolates from burn and post - operative wound infections. Moreover, this killing required incubation time between 6 - 8 hrs . At extract concentration of 400 mg/ml a complete killing required 8hrs incubation. While for complete killing upon application of 200 and 300mg/ml of the extract required 24hrs incubation. Partial kill occurs after 24hrs when 100 mg/ml of extract was used. Analysis of the slopes of growth kinetics was also discussed.

The Role of Interleukin - 8 Associated with Peptic Ulcer Disease Induced by Helicobacter pylori == The Role of Interleukin - 8 Associated with Peptic Ulcer Disease Induced by Helicobacter pylori

Author name: ايمان عبد الجبار محمد العاني
Supervisor name: Nazar E. Naser | Abdul Wahab Al - Shaikhly
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Mustansiriyah University - College Of Science
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة لتوضيح تاثير الشذوذ المناعي حول الكشف السريري لدى مرضى مصابون بقرحة المعدة والاثني عشري في بغداد, بالاضافة الى تهيئة معالم اوضح لدور الانترلوكين - 8 في الامراضية المناعية عند هؤلاء المرضى والتي سببها بكتريا Helicobacter pylori. كذلك شملت الدراسة استخدام مختلف الفحوصات المناعية والبكتريولوجية في الكشف عن وجود بكتريا H.pylori المسببة لمرض قرحة المعدة والاثنى عشري . تم شمول (48) مريضا (31 من الذكور و17 من الاناث) وباعمار تراوحت ما بين ال30 - 50 سنة مصابين بمرض قرحة المعدة والاثني عشري ومجموعة من الافراد الاصحاء كمجموعة سيطرة ملونة من 62 شخصا منهم( 26 من الذكور و36 من الاناث ) باستخدام طرائق تحري بكتريولوجية شائعة وحديثة , مناعية وتشريح انسجة مرضية للتحري عن وجود الاصابة ببكتريا Helicobacter pylori.اعتمد التشخيص النهائي على ايجابية اي من الاوساط الثلاثة او بمصاحبة فحص اليورييز الايجابي وفحص النسيج المرضي, اذ اثبتت النتائج ان من بين اوساط الزرع الثلاثة المختلفة , كان HP agar هو الوسط الاكفا في عزل البكتريا H.pylori عندما حقق على معدل عزل قياسا بكل من وسطي اكار خلاصة الدماغ / القلب واكار كولومبيا ( 79.2% , 35.4% , 25% على التوالي). اظهر تقدير اداء الاختبارات المصلية في التنبؤ بالاصابة ببكترياH.pylori لدى مرضى قرحة المعدة والاثني عشري وتمييزهم عن مجموعة الاصحاء , ان تحديد وجود H.pylori specific IgG باتباع طرائق حديثة مختلفة قد يحسن من عملية التنبوء بالاصابة بالبكتريا اكثر من علاقتها بمرض قرحة المعدة والاثني عشري نفسه.كما وتضمنت الدراسة اتباع طريقتين لتشخيص وجود مضادات H.pylori specific IgG حيث اظهرت النتائج ان طريقة الاليزا (ELISA) اعطت معدل ايجابية اعلى لدى مجموعة المرضى مقارنة بطريقة miniVidas (95.8% , 89,6% على التوالي). ومن الجدير بالملاحظة ان مجموعة السيطرة H.pylori specific IgG بلغت نسبة ( 42.2% او 46.8% عند القياس بطريقة miniVidas او ELISA على التوالي). لم تظهر فوارق معنوية لمستوى وسط H.pylori specific IgG عند قياسه بالطريقتين , اية فروق معنوية بشكل واضح بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة , في حين ظهرت فروق معنوية بين وجود من عدم وجود H.pylori في مجموعة المرضى باستخدام طريقة miniVidas فقط ) وسط الزرع =3 ng/ ملي لتر و1.15 ng / ملي لتر على التوالي). لم يكن كلا من فحص H.pylori specific IgG واختبارات ال Helicogen ذات كفاءة جيدة في التنبؤ بمرض قرحة المعدة والاثني عشر للتفريق بين مجموعتي المرضى والاصحاء , اذ كان الPPV قريبا جدا من احتمال وجود المرض دون اجراء اي اختبار. ومن جهة اخرى فان اجراء الفحص السيرولوجي في التنبؤ بالاصابة ببكتريا H.pylori لدى المرضى المصابين بقرحة المعدة والاثني عشري اظهر بان طريقة اليزا قد تعتبر فحصا حساسا جدا (درجة الحساسية 100%) في التحري عن وجود H.Pylori التي نتج عنها PPV , NPVتاما لدى 87%. كما وتم الحصول على اعلى محدودية للاختبار الايجابي ( 97.5%) باتباع طريقة miniVidas رغم ان حساسية الاختبار كانت اقل بقليل من طريقة ELISA (97.5%). واستنادا الى النتائج فان H.pylori specific IgG الذي تم تقديره بطريقةminiVidas كان افضل خيار للتميز بين H.pylori السالبة والموجبة حيث اظهر القياس نسبة حساسية عالية وPPV تتجاوز 90.7% والتي كانت مساوية لمعيار النفاذ الذي تم الحصول علية باستخدام الطريقتين. اثبتت الدراسة الحالية وجود فوارق معنوية في المستوى الكلي لمصل IgG بين المجموعات الموجبة والسالبة لدى المصابين ببكتريا H.pylori (المتوسط الحسابي 1531.2 ملي غرام/ملي لتر و917.7 ملي غرام/ملي لتر على التوالي ) في حين لم تظهر فروقات معنوية تتعلق ب IgM, IgA, C3 & C4 بين هاتين المجموعتين. ومن ناحية اخرى تميز IgG وC4 لدى المقارنة بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة (المتوسط الحسابي ل IgG كان مساويا الى 1397 ملي غرام / ملي لتر و1067.4 ملي غرام / ملي لتر والمتوسط الحسابي لC4 كان 49.8 ملي غرام / ملي لتر و29 ملي غرام / ملي لتر على التوالي). تشير البيانات المستخرجة من الدراسة الى ان مستوى IL - 8 في مرض التهاب المعدة لم يكن يعتمد على الاصابة ببكتريا H.pylori ولكن زيادة ال IL - 8 في مستوى المصل بين حالات الاصابة بقرحة المعدة والاثني عشري قد تعزى الى التهاب النسيج الذي يصاحب المرض ما دام هناك فارق معنوي بين مجموعة المرضى ومجموعة السيطرة, في حين لم تكن تلاحظ اية فروق معنوية بين المجموعات الموجبة والسالبة لبكتريا H.pylori . وقد تكون لهذه النتائج مضامين هامة للتوصل الى تبصر اعمق في تفهم اليات البكتريا المسببة للمرض فيما يتعلق بالاستجابة المناعية ضد الاصابة ببكتريا H.pylori | This study was conducted to obtain more clarification about the impact of immunological abnormalities on the clinical expression of peptic ulcer among Iraqi patients, in addition to provide further insights into the role of some interleukins in immunopathogenesis of patients with peptic ulcer disease induced by Helicobacter pylori. The study also included various immunological and bacteriological investigations in detecting the presence of H. pylori associated with peptic ulcer disease.Forty eight (31 males and 17 females) patients suffering from peptic ulcer, and sixty two (26 males and 36 females) apparently healthy individuals (as control) , were subjected to different recent and common bacteriological, immunological and histopathological evaluations regarding the ages of the patients and healthy individuals included between 30 - 50 years which were done for detecting Helicobacter pylori infection.Final diagnosis was completely established when any of the three culture media showed the evidence or a combination of positive urease test and histological evidence. The results documented that among different types of cultures media, Helicobacter pylori agar was the most superior medium for the recovery of H. pylori 79.2 %, which provided the highest isolation rate compared with Brain Heart Infusion agar and Colombia agar (35.4 %, and 25 % respectively).Assessing the performance of serology in predicting H. pylori infection associating with peptic ulcer patients and / or distinguishing them from healthy controls, demonstrated that determination of H. pylori specific IgG using recent different methods may improve predicting the infection of H. pylori rather than relating to peptic ulcer disease itself.In the present study, two methods were used for detecting presence of H. pylori specific IgG antibodies. The results showed that ELISA method gave a higher cases positivity rate compared to miniVidas method (95.8%, 89.6% ,respectively) .It is worth noting that a good proportion of healthy controls had positive H. pylori specific IgG (45.2 % or 46.8 % measured by miniVidas or ELISA method respectively). The medium level of H.pylori specific IgG measured by both methods did not significantly differ between patients and control groups, while the differences observed for the presence of H. pylori compared with its absence among cases were statistically significant only by using the miniVidas method (Medium = 3 ng/ml, and 1.15 ng/ml respectively). The present study showed that both H. pylori specific IgG antibodies test and Helicogen tests were not so useful in predicting peptic ulcer disease distinguishing them from healthy control since the PPV was nearly close to the prior probability of having the disease without doing any test. On the other hand, assessing the performance of serology in predicting H.pylori infection in patients with peptic ulcer disease demonstrated that ELISA method would be a very sensitive test (sensitivity = 100 %) in detecting the presence of H. pylori, that resulted in a complete NPV and PPV of 87%.The highest specificity of positive test (97.5%) was obtained by using miniVidas method. Its sensitivity, however, was slightly lower than ELISA method (97.5 %). According to the results, H. pylori specific IgG measured by miniVidas method seems to be the best choice to differentiate between positivity and negativity of H. pylori since it offered a high sensitivity and a PPV exceeding 90.7% which was equal to the validity of parameter obtained by using both methods. The present study documented a significant variation in total serum IgG level between positive and negative groups of H. pylori infection,(mean 1531.2 mg/ml and 917.7 mg/ml ,respectively), while no significant variations were reported in IgM, IgA, C3 and C4 between these two groups. On the other hand, only IgG and C4 varied significantly regarding cases and control groups (mean of IgG = 1397 mg/ml and 1067.4 mg/ml, mean of C4= 49.8 mg/ml and 29 mg/ml, respectively). Data from the study indicated that IL - 8 level in gastritis was independent of H. pylori infection, but one would attribute the increase in IL - 8 serum level among cases with peptic ulcer to the tissue inflammation related to the disease since there was a significant variation between cases and controls, while no differences were observed between positive and negative groups of H. pylori infection. These findings might be of important implications for having further insights into understanding the pathogenic mechanisms of bacteria in relation with immunologic response against H. pylori infection.

مستوى البين ابيضاض 17A و33 وبروتين الصدمة الحرارية 70 في بعض امراض الحساسية == Levels of Interleukin IL - 17A, IL - 33 and Heat Shock Protein 70 in Some Allergic Diseases

Author name: ابرار جاسم حسن
Supervisor name: امنة نصيف جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة بهدف تسليط الضوء على دور بعض الحركيات الخلوية IL - 33, IL - 17A)) وبروتين الصدمة الحرارية 70 (HSP70) والكلوبيولين المناعي الكلي T - IgE)) ومعدل النسبة المئوية للخلايا الحمضة في بعض امراض الحساسية النوع الاول. شملت الدراسة 210 مريض (110 انثى، 100 ذكر) تتراوح اعمارهم ما بين (10 - 70) سنة يعانون من امراض الحساسية ، جمعت من المركز التخصصي للحساسية في بغداد / الرصافه للفترة من نيسان الى ايلول 2014 .تم قياس مستوى الكلوبيولين المناعي الكلي (T - IgE) لجميع المرضى والاصحاء كذلك تم قياس النسبة المئوية للخلايا الحمضة للمجاميع المدروسة. قسم المرضى الى ثلاث مجاميع ، المجموعة الاولى 77 مريض ربو تحسسي (34 ذكر،43 انثى) تتراوح اعمارهم مابين (10 - 60) عام ، المجموعة الثانية 48 مريض التهاب الجيوب الانفية التحسسي (19 ذكر، 29 انثى) تتراوح اعمارهم مابين (10 - 66) عام ، المجموعة الثالثة 85 مريض شرى ( 47 ذكر ، 38 انثى) تتراوح اعمارهم مابين (10 - 70) عام . جمعت خمسين عينه لاشخاص اصحاء (25 ذكر ، 25 انثى) تتراوح اعمارهم مابين ( 23 - 53) عام . في حين تم تقدير البين ابيضاض 17A (IL - 17A) والبين ابيضاض 33 (IL - 33) وبروتين الصدمة الحرارية 70 (HSP70) ل 73 مريض باستخدام اختبار اليزا ( المقايسة المناعية المرتبط بالانزيم) كان منهم 28 مريض ربو تحسسي ، 20 مريض التهاب جيوب انفية تحسسي ، 25 مريض شرى و15 شخص من الاصحاء. توصلت الدراسة الى النتائج الاتية : 1. اظهرت الدراسة فروقا معنوية (P<0.01) في معدل مستوى IL - 17A في مصل مرضى الربو (33.61 ± 4.61 بيكوغرام/مل) ، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (49.29 ± 5.76 بيكوغرام/مل) والشرى (41.93 ± 5.81 بيكوغرام/مل) مقارنة مع مجموعة السيطرة (10.21 ± 0.82 بيكوغرام/مل).2. اظهرت الدراسة فروقا معنوية (P<0.01) في معدل مستوىIL - 33 في مصل مرضى الربو (42.01 ± 4.67 بيكوغرام/مل) ، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (39.94 ± 6.07 بيكوغرام/مل) والشرى (27.49 ± 2.90 بيكوغرام/مل) مقارنة مع مجموعة السيطرة (18.73 ± 2.73 بيكوغرام/مل).3. لوحظ وجود ارتفاع معنوي (P<0.05) في تركيز المستوى المصلي لبروتين الصدمة الحرارية 70(HSP70) في مرضى الربو (32.51±3.85 نانوغرام/مل) بالمقارنة مع قيم السيطرة (15.94 ± 4.27 نانوغرام/مل) بينما لم يظهر اي فرقا معنويا في مرضى التهاب الجيوب الانفية التحسسي (19.51 2.19± نانوغرام/مل) والشرى ( 19.63 ± 3.76 نانوغرام/مل) عند مقارنتها مع قيم السيطرة ( 15.94 ± 4.27 نانوغرام/مل).4. ارتفعت معدلات مستويات T - IgE معنويا (5P<0.0) في مصل مرضى الربو (503.54 ± 63.49) وحدة دولية/ مل ، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (442.77 ± 95.76 وحدة دولية/ مل) والشرى (489.53 ± 69.68 وحدة دولية/ مل) مقارنة مع مجموعة السيطرة (23.67 ± 5.81 وحدة دولية/ مل). 5. ظهرت زيادة معنوية (5P<0.0) في معدل النسبة المئوية للخلايا الحمضة في مرضى الربو (4.37 ± 0.52%)، التهاب الجيوب الانفية التحسسي (4.38 ± 0.50%) والشرى (4.12 ± 0.43%) مقارنة مع مجموعة السيطرة (1.57 ± 0.15%).6. في مرضى حساسية الربو هناك ارتباط ايجابي وعالي المعنوية (P<0.01) بين مستويات IL - 33 وT - IgE كذلك يوجد ارتباط ايجابي ومعنوي (P<0.05) بين مستويات IL - 33 وHSP70 بينما هناك ارتباط سلبي معنوي (P<0.05) بين مستويات IL - 17A وHSP707. في مرضى التهاب الجيوب الانفية التحسسي كان هناك ارتباط ايجابي معنوي P<0.05)) بين مستويات T - IgE وIL - 33 كذلك بين مستويات T - IgE وIL - 17A ، بينما يوجد ارتباط سلبي معنوي P<0.05)) بين مستويات IL - 17A وHSP70 8. في مرضى الشرى يلاحظ ان هناك ارتباط ايجابي معنوي (P<0.05) بين مستويات T - IgE وIL - 33 وايضا هناك ارتباط ايجابي عالي المعنوية (P<0.01) بين مستويات T - IgE وIL - 17A بينما نجد ان هناك ارتباط سلبي معنوي P<0.05)) بين مستويات IL - 17A وHSP70 | The present study was designed to focus on the levels of IL - 17A, IL - 33, HSP70, T - IgE and eosinophil count in some of type I allergic disease. All samples included 210 patients (110 females and 100 males), their ages between 10 - 70 years, suffering from allergic disease collected from specialized center of allergy in Baghdad / Al - Resafa, during the period from April, 2014 to September, 2014.Total IgE was measured for all patients and healthy control by using enzyme - linked immunosorbent assay (ELISA). Also eosinophil count was carried out for the study groups. The patient groups were divided into three groups. The first group (77) allergic asthma patients (34 males and 43 females), their age ranged between10 - 60 years. The second group (48) allergic rhinitis patients (19 males and 29 females), their age ranged between10 - 66 years, and the third group (85) urticaria patients (47 males and 38 females), their age ranged between10 - 70 years. Fifty healthy control have been collected and included in the study (25 males and 25 females), their age ranged between 23 - 52 years. Interleukin - 17A (IL - 17A), interleukin - 33(IL - 33) and Heat shock protein 70 (HSP70) have been estimated by ELISA for (73) allergic disease patients 28 allergic asthma, 20 allergic rhinitis, 25 urticaria and 15 healthy control. The study has reached the following results : 1. A highly significant (P<0.01) increase in mean serum IL - 17A in patients with allergic asthma (33.61 ± 4.61 pg/ml), allergic rhinitis (49.29 ± 5.76 pg/ml), and urticaria (41.93 ± 5.81 pg/ml) when compared with healthy controls (10.21 ± 0.82 pg/ml).2. A highly significant (P<0.01) increases in mean serum IL - 33 in patients with allergic asthma, allergic rhinitis, and urticaria (42.01 ± 4.67, 39.94 ± 6.07, 27.49 ± 2.90 pg/ml) respectively as compared with healthy control (18.73 ± 2.73 pg/ml). 3. A significant (P>0.05) increase mean levels of HSP70 (32.51± 3.85ng /ml) in patients with allergic asthma as compared with healthy control (15.94 ± 4.27ng /ml). No significant difference were recorded between patient with allergic rhinitis (19.51± 2.19 ng/ml) and urticaria (19.63 ± 3.76ng /ml) as compared with healthy control (15.94 ± 4.27ng /ml).4. A highly significant (P<0.01) increases in the levels of T - IgE in the mean serum of allergic asthma (503.54 ± 63.49 IU/ml), Allergic rhinitis (442.77 ± 95.76 IU/ml) and urticaria (489.53 ± 69.68 IU/ml) as compared with healthy controls (23.67 ± 5.81 IU/ml).5. A significant(P<0.05) difference in percentage count of eosinophil in allergic asthma (4.37 ± 0.52)%, allergic rhinitis (4.38 ± 0.50)%, and urticaria 4.12± 0.43% as compared with healthy controls (1.57 ± 0.15)%. 6. In allergic asthma, there was a highly significant (p<0.01) positive correlation between T - IgE & IL - 33 levels. A significant (p<0.05) positive correlation between IL - 33&HSP70 levels. A significant (p<0.05) negative correlation between IL - 17A&HSP70 levels.7. There was a significant ( p<0.05) positive correlation between T - IgE& IL - 33 levels,T - IgE&IL - 17A levels in patients with rhinitis. A significant (p<0.05) negative correlation between IL - 17A&HSP70 levels in the same patients.8. In urticaria, there was a significant (p<0.05) positive correlation between T - IgE&IL - 33 levels. A highly significant (p<0.01) positive correlation between T - IgE&IL - 17A levels. A significant (p<0.05) negative correlation between IL - 17A&HSP70 levels

دراسة لبعض عوامل الفوعة للعنقوديات السالبة لمخثر البلازما المعزولة من خمج الجلد من مستشفيات السليمانية == A study on some virulence factors of coagulase negative staphylococci isolated from skin infection in sullaimaniya hospitals

Author name: نرمين نصر الدين فتحي
Supervisor name: ﻤﻲ ﻁﺎﻟﺏ فليح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: Out of 110 clinical samples taken from different sources of burn and wound infections, 22 isolates (20%) of coagulase negative staphylococci (CNS) were isolated. The most common isolated species among CNS was S. epidermidis which was accounted for 11 isolates (50%), S. haemolyticus was the second with 3 isolates (13.64%), followed by S. hominis and S. sciuri with two isolates for each species (9.1%) and one isolate (4.54%) for each species including S. cohnii, S. lugdunensis, S. saprophyticus, S. xylosus. Some virulence factors of CNS were detected including the hemolysins, which were determined in 10 isolates (45.4%), lipase production in 15 isolates (68.1%), 9 isolates (81.8%) of S. epidermidis were positive for lipase activity, and the proteolytic isolates of CNS were 11 isolates (50%). The production of slime layer by Congo red agar method revealed 7 isolates (31.8%) of CNS and 3 isolates (27.2%) of slime layer - producing S. epidermidis, while production of this layer by tube method was determined in 2 isolates (18.18%) of 11 isolates of S. epidermidis. The ability of S. epidermidis to adhere to abiotic materials and biofilm formation in vitro was done by using polystyrene microtitre plates which appeared in 2 isolates (18.1%). Sensitivity test of the isolates using 18 antimicrobial agents showed that the vancomycin was the more effective on CNS which was susceptible to this antibiotic and reached to (90.9%), and the incidence resistance to β - lactams antibiotics was very obvious in cefotaxim (100%), penicillin (95.5%) and in amoxycillin (72%). The effect of subinhibitory concentration of antibiotics on the adherence ability of S. epidermidis was done and the results revealed that the clindamycin was the best antibiotic, while the vancomycin was the lees affecting on the adhering of S. epidermidis.

التهابات المجاري البولية الناتجة عن دنا بكتريا Staphylococcus aureus مقارنه بدنا الخميرة Candida albicans

Author name: صبا نزيه عبد الغفار الحسون
Supervisor name: حارث جبار فهد المذخوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت ٣٠٨ عينة ادرار للفترة من تشرين الاول ٢٠٠٩ لغاية كانون الثاني ٢٠١٠ من مرضى يعانون من التهاب المجاري البولية من مستشفى اليرموك التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب. اذ تم عزل وتشخيص٧٢ عزلة تابعة لجنس المكورات العنقودية وبنسبة عزل بلغت (٢٣٫٣٪) من مجموع عينات الادرار٬ وتم اثبات عائدية ٥١ عزلة الى المكورات العنقودية السالبة لاختبار الكواكيوليز٬ وكانت ٢١ عزلة منها تابعة للنوع S. aureus وبنسبة عزل (٢٩٫٢٪) من مجموع المكورات العنقودية٬ وبنسبة (٦٫٨٪) من المجموع الكلي لعينات الادرار٬ بينما ٣٦ (١١٫٦٪) عزلة قد شخصت على انها C. albicans من مجموع عينات الادرار. وقد شخصت هذه تم اختبار حساسية عزلاتS. aureus لمجموعة من المضادات الحياتية٬ وكان هناك تباينا ومقاومة متعددة تجاه تلك المضادات٬ حيث اظهرت اغلب العزلات مقاومة عالية ضد ampicillin (٩٠٫٥٪(٬ amoxicillin(٨١٪)٬cefotaxime (٧٦٫٢٪)٬ وكانت المقاومة لل oxacillin (٦٦٫٧٪) وmethicillin (٦٦٫٧٪) ٬ بينما كان المضاد vancomycin الاكثر تاثيرا على كل العزلات (٠٪). تم استخلاص دنا من بكتريا S. aureus S11 بواسطة استعمال عدةWizard genomic DNA purification٬ وحطم جدار البكتريا بانزيم اللايسوزايم بينما استخلص دنا خميرة C. albicans C3 باستعمال طريقة Harju٬ وحطم جدار الخميرة بتكرار تجميد واذابة الخلايا بالاضافة الى دور المنظفات الموجودة بدارئ التحلل .(Harju buffer) عندما تم قياس امتصاصية محاليل الدنا بواسطة المطياف وجد ان تركيز دنا S. aureus S11 كان ٠٫٨٢٥ مايكروغرام\مايكروليتر٬ والنقاوة ١٫٧٥. بينما كان تركيز دنا C. albicans C3 ٢٫٤٥٥ مايكروغرام\مايكروليتر ٬ والنقاوة ١٫٧٠. ومن كلا تركيزي دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 حضر سلسلة تراكيز (٥٠٬٤٠٬٣٠٬٢٠٬١٠ مايكروغرام\١٠٠مايكروليتر). لوحظت تفاعلات خفيفة جدا للفئران البيض المحقونة عن طريق الاحليل ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا C. albicans C3 بالمقارنة مع فئران محقونة ب١×٨١٠ وحدة مكونة للمستعمرة\مل من خلايا S. aureus S11 . فقد عكست الكلى المحقونة ب S. aureus S11 احتقان مع ارتشاح الخلايا الالتهابية وانحلال للنبيبات البولية بينما المثانة عكست وذمة مع ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية وتقرح بؤري لسطح الطبقة الطلائية المخاطية. اظهرت الكلى المحقونة ب C. albicans C3 احتقان ولم يلاحظ تغيرات نسيجية واضحة٬ بينما المثانة اظهرت ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية مع وذمة في الطبقة تحت الطلائية. لمعرفة التاثير المرضي لدنا S. aureus S11 ودنا C. albicans في الجهاز البولي للفئران البيض ٬ حقنت الفئران عن طريق الاحليل بخمسة تراكيز لكل من دنا S. aureus S11 ودنا C. albicans C3 . كان التاثير المرضي لكليهما معتمد على التركيز فقد ازدادت الشدة بزيادة تركيز الدنا وكانت اشدها عند تركيز ٥٠ مايكروغرام\مايكروليتر٬ ولكن اظهر دنا C. albicans C3 تغيرات نسيجية اقل شدة من التي لوحظت مع دنا . S. aureus S11 اظهرت الاعضاء (الكلى والمثانة) للفئران المحقونة بدنا S. aureus S11تغيرات مرضية مختلفة٬ في الكلى تراوحت من انحلال خفيف وتنخر للنبيبات البولية٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ احتقان الاوعية الدموية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما تمثلت التغيرات في المثانة بتحطم الجدار المخاطي٬ ارتشاح خفيف الى شديد للخلايا الالتهابية٬ وذمة خفيفة٬ انسلاخ سطح الطبقة الطلائية المخاطية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة.تراوحت التغيرات المرضية للكلى المحقونة بدنا C. albicans C3 من احتقان الاوعية الدموية٬ ارتشاح متوسط للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للكلى. بينما المثانة اظهرت وذمة خفيفة٬ ارتشاح خفيف للخلايا الالتهابية الى مظهر قريب للحالة الطبيعية للمثانة. | From October 2009 to January 2010, 308 mid stream urine specimens were collected from patients suffering from urinary tract infections at AL - Yarmouk Teaching Hospital and The Educational Laboratories of Madienat Al - Teb. Staphylococci were isolated from 72 (23.3%) urine specimens, 51 isolates were coagulase negative staphylococci, out of these 21 were identified as Staphylococcus aureus (29.2%) from the total count of staphylococci and (6.8%) from total urine specimens. While 36 (11.6%) specimens were identified as Candida albicans isolates. The isolates were diagnosed by biochemical tests, API Staph. and Candida system. Susceptibility of S. aureus isolates to antibiotics was examined, the results revealed different and multi resistance to these antibiotics, that S. aureus isolates were highly resistant to ampicillin (90.5%), amoxicillin (81%) and cefotaxime (76.2%), the resistant to oxacillin (66.7%), methicillin (66.7%), while vancomycin found to be the most effective agents against all of the isolates (0%). Staphylococcus aureus S11 DNA was extracted by using Wizard genomic DNA purification kit method, the cell wall of S. aureus was hydrolyzed by using lysozyme enzyme. While C. albicans C3 DNA was extracted by using a Harju method, the cell wall of C. albicans was ruptured by using repeated freeze - thawing of cells as well as the role of the detergents found in a lysis buffer (Harju buffer). When the absorbance of DNA solutions was measured by the spectrophotometer apparatus it was found the concentration of S. aureus S11 DNA was 0.825 µg/µl, the purity was 1.75. While the concentration of C. albicans C3 DNA was 2.455 µg/µl, the purity was 1.70. From the each concentrations of S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA was prepared serial of concentrations (10, 20, 30, 40 and 50 µg/100µl(. Mildest reactions were obtained from mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of C. albicans C3 compared with mice challenged with 1×108 cfu/ml viable organisms of S. aureus S11. Kidney treated with S. aureus S11 revealed congestion, inflammatory cells infiltration and degenerative changes of renal tubules, while its bladder revealed oedema with moderate inflammatory cells infiltration and focal mucosal surface epithelial ulceration. However kidney treated with C. albicans C3 showed that there was congestion and no obvious histological changes, while its bladder developed mild infiltration of inflammatory cells with oedema in subepithelial lining layer.In order to testify the pathogenicity of S. aureus DNA and C. albicans DNA in murine urinary tract system, mice were injected intraurethraly with five doses of each S. aureus S11 DNA and C. albicans C3 DNA. The histological changes for each was dose - dependent, the magnitude increased with increasing the DNA dose with the maximal at 50 µg/100µl, but C. albicans C3 DNA developed throughout less intense histological changes than observed with DNA from S. aureus S11.Organs of mice (kidneys and bladders) treated with S. aureus S11 DNA showed different pathological changes, in kidneys the changes ranged from mild degenerative and necrosis of renal tubules, mild to severe infiltration of inflammatory cells, congestion of blood vessels to near normal structure appearance of the kidney. Whereas the bladders developed damage of mucosal wall, mild to severe inflammatory cells infiltration, mild oedema, sloughing of mucosal epithelial surface to near normal structure appearance of the bladder. However kidneys treated with C. albicans C3 DNA ranged from congestion of blood vessels, moderate inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the kidney. While its bladder developed mild oedema, mild inflammatory cells infiltration to near normal structure appearance of the bladder.

استخلاص وتنقيـةlecithinase من بكتريا Proteus vulgaris ودراسة بعض تاثيراته الممرضه == Extraction and purification of Lecithinase from Proteus vulgaris and study some it is pathogenic effects

Author name: زهراء عباس جبر العيساوي
Supervisor name: رسمية عبد ابو ريشة
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 162 عينة ادرار ومسحات جروح من المرضى المصابين بالتهابات المجاري البولية واصابات الجروح لكلا الجنسين للفترة من ايلول 2009 ولغاية شباط 2010. شخصت العزلات اعتمادا على الصفات المظهرية والفحوصات البايوكميائية ووجد ان 55 عزله تعود الى جنس Proteus وبنسبه عزل 33,9% كما وجد ان 5 عزلات تعود الى النوع Proeus vulgaris وبنسبه عزل 9,09% بعدما شخصت باستخدام نظام Api20E . حددت قابلية عزلات النوع Proeus vulgaris على انتاج انزيم lecithinase باستخدام طريقة الانتشار في الاكار. وجد ان اربع عزلات منتجة للانزيم وان العزلةProteus vulgaris (P1) هي الامثل في الانتاج. استخلص الانزيم من هذه العزلة وتم تنقيته باستخدام عملية الترسيب بكبريتات الامونيوم بنسبه تشبع 60% والتنقية باستخدام عمود الهلام sephacryl S - 200 حيث ظهرت قمتين بروتينية وتم قياس الفعالية النوعية للانزيم بعد التنقية حيث وجد انها تساوي 217 وحدة /ملغم وبتركيز بروتين 290,%ملغم/مل . درس تاثير عدد من المضادات الحيويه على انتاجية وفعالية الانزيم ووجد ان بعض المضادات تثبط انتاج الانزيم مثل اموكسلين / حامض كلافيولانك اسد ,ارثرومايسين وجنتمايسين وبتراكيز 60, 260 , 10 مايكروغرام/مل على التوالي بينما وجد ان البنزاثين بنسلين والريفامبين لايؤثر على الانتاجية ووجد ان الريفامبين يؤثر على فعالية الانزيم بتركيز 80مايكروغرام/ مل. حددت قابلية الانزيم السمية حيث درس التاثير القاتل للنصف للانزيم LD50)) في الحيوانات المختبرية ووجد ان نسبة الجرعة القاتلة للنصف تساوي 210 مايكرو غرام/مل كما حددت نسبة الجرعة المسببة لاصابة الكلى لنصف الحيوانات المختبرية KID50 ووجد ان النسبة تساوي 82,5 مايكروغرام/مل. كما درست التاثيرات النسجية التي يسببها الانزيم في اعضاء الحيوانات المحقونة والتي شملت اعضاء الكبد والكليه والطحال وجد ان الانزيم ياثر تاثيرا كبيرا في نسيج الكبد حيث سبب تنكس في الخلايا الكبدية مع تجمع للمواد الدهنية في الخلايا الكبدية ,تنخر , ارتشاح الخلايا الالتهابية , التهاب المنطقه البوابية , احتقان للاوعية الدموية وتكون خراجات في النسيج البرنكيمي وحدوث تليف حول هذه الخراجات. بينما التاثيرات في نسيج الكلى تمثلت بتنكس في الخلايا الكلوية , تنخر في نبيبات الكلية , ارتشاح الخلايا الالتهابية , وذمة وتجمع للسوائل ,وخراجات واحتقان الاوعية الدموية اما التاثيرات في نسيج الطحال فكانت اقل مقارنة مع الاعضاء الاخرى حيث سبب الانزيم توسع في اللب الابيض للطحال مع تنكس وتنخر بسيط في النسيج البرنكيمي | One hundred sixty two isolates of urine and wound specimens were collected from patients of both sex from September 2009 to February 2010. These isolates were identified according to morphological and biochemical tests, 55 isolates were found belong to genus Proteus with isolation percentage 33.9%. 5 isolates of P.vulgaris were obtained after using ApI 20E system which represent the isolation percentage 9.09% of total isolates. The ability of these isolates to produce lecithinase enzyme by using agar well diffusion method was determined, only 4 isolates of P. vulgaris produce this enzyme which appear as opaque zone around colonies on egg yolk agar, P. vulgaris P(1) was the best isolate for lecithiunase production.The lecithinase P. vulgaris P(1) strain was extracted and purified by precipitation with 60% saturation of ammonium sulfate, dialysis and gel filtration with Sephacryl S 200 column, two peaks of protein appeared in last step, the lecithinase activity was observed in second peak. The purified lecithinase has specific activity 217 unit/mg with protein concentration 0.29 mg/ml.P. vulgaris lecithinase was treated with different antibiotics to determine their effect on the production and activity of this enzyme, the antibiotics varied in their effect, some of them prevent production such as amoxillin/Clavulanic acid , erythromycin and gentamycin at 64, 256 and 8 µg/ml respectively, while benzathin penicillin and rifampin did not effect on the production of enzyme, but only rifampin was decreased lecithinase activity at 128 µg/ml. The LD50 and KID50 of partial pure enzyme was determined in mice and it was 210, 82.5µg/ml respectively. Histopathological effect of partial pure lecithinase was studied. It was found that the lecithinase was more effective on liver tissue than kidney tissue which caused sever degenerative changes of hepatocyte cells with accumulation of lipid materials (fatty change), necrosis, infiltration of inflammatory cell, inflammation of portal area, congestion of blood vessel, abscess formation in liver parenchyma and fibrosis around the abscess. while the effect of lecithinase on kidney showed degenerative of kidney cell, necrosis of renal tubule, with inflammatory cell infiltration, edema, abscess and congestion of blood vessel in kidney. Finally, less effect revealed by lecithinase on spleen tissue, which caused enlargement of white pulp forming germinal center with slight degenerative change and mild necrosis of parenchymal tissue

دراسة مناعية وتقييم انتشار الاجسام المضادة الخاصة ضد اللولبية الشاحبة بين العراقيين المتبرعين بالدم

Author name: انس وسام مالك
Supervisor name: عباس عبود فرحان الدليمي | محمد عبد الدايم صالح
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Diyala - College Of Education For Pure Sciences - Department Of Biology
Language: English
University location: Diyala
First pages:
Abstract: السفلس هو مرض ينتقل جنسيا بوساطة بكتريا اللولبية الشاحبة Treponema pallidum ويصنف اما مكتسب او ولادي .اجريت هذه الدراسة في المركز الوطني لنقل الدم في بغداد خلال جزء عملي اشتمل على المرضى المراجعين للمركز للمدة من 1 اب الى 31 كانون الاول 2014 . تضمنت الدراسة 70 مريضا و10 اصحاء ظاهريا من كلا الجنسين بمعدل عمر من 24 الى 57 سنة.جمعت عينات المرضى من وحدة الفايروسات بوساطة متخصصين الذين شخصوا الحالات المرضية .تضمنت المعلومات الديمغرافية العمر,الجنس والعنوان. اظهرت نتائج الدراسة الحالية معدل العمر ± الانحراف المعياري7.14±41)) سنة في المرضى(من 24 - 57 سنة) كما اظهرت النتائج ان(2.9%) من المرضى كانوا ضمن الفئة العمرية (21 - 30 سنة) ,وكانت نسبة الفئة العمرية (31 - 40 سنة ) هي (40%),و نسبة الفئة العمرية (41 - 50 سنة ) هي(44.3%)والفئة العمرية (51 - 60 سنة ) هي (. (12.8%علاوة على ذلك ان ما مجموعه ((74610 من متبرعي الدم العراقيين تتراوح اعمارهم من 18 - 60 سنة عرضوا لاكتشاف الاصابة بمرض السفلس ,وان ما مجموعه(769) من المصابين بالمرضوكان عدد المصابين من الذكور( (753بنسبة(97.9%) وكان عدد الاناث هو16 بنسبة(2.1%) .من ناحية اخرى تم اختيار 70 مصاب من المجموع الكلي للمصابين (769) وتم فحصهم ضمن بعض المؤشرات المناعية واظهرت النتائج ازدياد مستوى IL - 2 في مجموعة المرضى عن مستوى مجموعة السيطرة .وكانت قيمة المعدل± الانحراف المعياري ±64.9941.92 pg/ml و39.69 ±52.94pg/ml على التواليولم يلاحظ وجود فروق معنية احصائية بين كلا المجموعتين. فضلا عن ذلك ازداد مستوى IL - 10 في مجموعة المرضى عن مستوى مجموعة السيطرة .وبلغت قيمة المعدل± الانحراف المعياري ±559.101804.20pg/ml و±377.47252.36pg/ml على التوالى.بينما كان مستوى IFN - γ اقل في المرضى وكان المعدل ± الانحراف المعياري 239.35 ±201.38pg/ml عن المستوي في مجموعة السيطرة الذي بلغ 248.51±291.49pg/ml .فضلا عن ذلك كان مستوى IgG في كلا المجموعتين (المرضى والسيطرة ) عاليا , بلغت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمجموعة المرضى825.66±287.18pg/ml وكانت لمجموعة السيطرة 638.28±242.41pg/ml لذلك لا يوجد فرق معنوي احصائي بين كلا المجموعتين = P value)0.166( كذلك بلغت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمستوى IgM في مجموعة المرضى 121.01±70.57pg/ml وكانت لمجموعة السيطرة 50.96±21.61453pg/ml مما يدل على وجود فرق معنوي احصائي بين كلا المجموعتين(P value=0.031). بلغت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمستوى C3 في مجموعة المرضى±112.22pg/ml 26.34 بينما كانت ±147.7617.41pg/ml لمجموعة السيطرة. وهذا يعني وجود فرق معنوي احصائي بين كلتا المجموعتينP value) =0.004). اخيرا وصلت قيمة المعدل ± الانحراف المعياري لمستوى 4Cفيمجموعة المرضى ± 22.7622.76pg/ml بينما كانت في مجموعة السيطرة±34.412.15pg/ml .مما يدل على وجود فرق معنوي احصائي بين كلتا المجموعتينP value) =0.005). | Syphilis is a sexually transmitted disease (STD) created by the Treponema pallidumand characterized as acquired or congenital.This study was conducted in National Blood Transfusion Center in Baghdad as crosswise over area study incorporating patients going to in the period from 1 August to 31 December 2014. The study included 70 patients and 10 apparently healthy individuals from both sex withage range from 24 to 57 years oldas control group.The specimens of patients were gathered in virology unit by virologists who conclusion the cases. The demographic data incorporates age, sex and location. The results of present study showed thatmean of age ±SD of patients was 41±7.14 years (from 24 - 57 years ) , also theresults showed (2.9%) of patients were from (21 - 30 years), (40%) of patients were from (31 - 40 years), (44.3%) of patients were from (41 - 50 years), (12.8%) of patients were from (51 - 60 years).Furthermore,a total of 74610 Iraqi blood donors, aged from 18 - 60 years were discovered to have been screened for syphilis, a total of 769 Infected syphilis there were the number of males were753 (97.9%) and females were16 (2.1%).On another hand 70 syphilis patients were selected from total infected patients ( 769) and was examined to some immunological parameters and the results showed that the level of IL - 2 higher in patients group than that of control group.Themean ±SD was 64.99±41.92pg/mland 52.94±39.69 pg/ml respectively withoutnoticing any significant statistical difference was between both groups. Additionallythe level of IL10 was higher in patients group than that of control group,the mean ±SD were559.10±1804.20 pg/ml while in control were 377.47±252.36 pg/ml.Whereas, the level of IFN - γ was lowerin patients, the mean ±SD were201.38 ±239.35pg/ml than thatin controlWhich were 291.49 ±248.51pg/ml. Furthermore, the level of IgG in both patients and controlwas almost more thanthe mean ±SDfor patients were 825.66±287.18 mg/dl and in controls they were 638.28±242.41 mg/dl. Therefore, there was no significant statistical difference between both groups (P value =0.166). Also , themean ±SD for the level of IgM in patients, were121.01±70.57mg/dl whereas in controls theywere 50.96±21.61453mg/dl.This means that there is a significant statistical difference between both groups (P value =0.031).For the level of C3 in patients ,the mean ±SDwere112.22±26.34mg/dl while in controls they were 147.76±17.41mg/dl. This indicates that there is a significant statistical difference between both groups (P value=0.004).Finally, the mean ±SD the for level of C4 in patients were 22.76± 8.44mg/dl while in control they were 34.4±12.15mg/dl. Therefore there is a significant statistical difference between both groups (P value=0.005).

تقييم اختبار البروكالســيتونين في التشخيص المبكر لتسمم الدم الجرثومي في الاطفال حديثي الولادة في مستشفى تــكريــت التعليــمي == Evaluation of Procalcitonin Test for Early Diagnosis of Neonatal Sepsis in Tikrit - Teaching Hospital

Author name: سـهى ماهــر عبـد الرشـــــيد
Supervisor name: وعد محمود رؤوف | موسى جاسم محمد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: Tikrit University - College Of Science
Language: English
University location: Salahaddin
First pages:
Abstract: ان تشخيص الخمج ضمن فئة حديثي الولادة يعتبر بحد ذاته تحد , نظرا لكون الاختبارات التقليدية غالبا ما تؤدي الى التضليل بدل التشخيص . صممت هذه الدراسة لاجل البت بامكانية استخدام اختبار مستوى البروكالسيتونين كمعلم للتشخيص المبكر للحالات المشكوك باصابتها بتسمم الدم الجرثومي في حديثي الولادة بالمقارنه مع زرع الدم, C - reactive protein , عدم خلايا الدم البيض الكلي والتفريقي. تم جمع العينات التي اشتملت على كلا الجنسين خلال الفترة الزمنيه من شهر اب سنة 2008 ولغاية شهر اذار سنة 2009 من حديثي الولادة الوافدين الى ردهات الخدج والاطفال في مستشفى تكريت التعليمي والمشخصه سريرا من قبل طبيب الاطفال المختص على اشتباه اصابتهم بالمرض. لقد اشتملت الدراسه على 114 حاله اجري فحص زرع الدم في جميعها بينما اجريت فحوصات الدم ل 102 حاله , تم فحص CRP ل 84 حالة واختبر مستوى البروكالسيتونين في 73 حالة حيث يعزى عدم تساوي العدد الى عدم كفاية الدم لاجراء جميع الاختبارات . اظهرت نتائج زرع الدم ان 53 (46%) من العينات كانت موجبه منها, 32 (60%) ذكور و21 (40%) اناث . عدد حالات زرع الدم السالبة كانت 61 ( 54%) منها , 31 (51%) اناث و30 (49%) ذكور.اظهرت نتيجة التشخيص المختبري بان العزلات البكتيرية الاكثر شيوعيا كانت من جنس البكتريا العنقوديه السالبة لانزيم التجلط ومن Nocardia spp. لانزيم التخثر بنسبة 22% لكليهما تتبعها بكتريا Listeria monocytogenes بنسبة 17% تليها Klebsiella pneumoniae بنسبة 9% و6 % لكل منPseudomonas aeruginosa وStaphylococcus aureus اما باقي الانواع (Citrobacter diversus, Serratia marscesens, Serratia liquifascens, Lactobacillus spp., Peptostreptococcus spp., Micrococcus spp., Streptococcus pyogenes ) فقد كانت غير شائعة واعطت نسب 2% لكل واحد . بينت هذه الدراسة ان حملة تسمم الدم الجرثومي المتاخر سجلت 67% من الحالات بينما الباقي من النسبه ( 33%) كان ل حملة تسمم الدم الجرثومي المبكر .لقد كان عدد حالات التسمم الجرثومي المؤكد بين الذكور اعلى 32 (60 ) منه في الاناث 21 (40%). تبين ان من بين جميع المظاهر السريريه , قلة الرضاعة شكل اعلى نسبة بينما اعراض تبقع الجلد والقباع اعطت اقل نسبة, كما وبينت بان 30% فقط من الاصابات كانت عند الاطفال ذوي الوزن الطبيعي بينما شكل الاطفال الذين يقل وزنهم عن الطبيعي نسبة 70% . اظهرت دراسة عوامل الخطورة في الامهات بان العامل الاكثر شيوعا كان تمزق الغشاء الامنيوني لفترة تزيد عن 18 ساعة يتبعه عامل التهاب المجاري البولية والحمى واختناق داخل الرحم بالتتابع. نسبة الوفيات كانت اعلى في الحمله المتاخره لتسمم الدم كما كانت نسبة الوفيات اعلى عند حديثي الولادة ناقصي الوزن عنه عند ذوي الوزن الطبيعي احصائيا, كان لذوي الوزن الاقل من الطبيعي اهميه من الناحيه الاحصائيه . اظهر اختبار فحص الحساسية ان عزلات البكتريا السالبة لصبغة كرام كانت ذات مقاومه عاليه للمضادات المستخدمة في الدراسة الحالية بينما كل عزلة من عزلات البكتريا الموجبة لصبغة كرام كان لها نمط مقاومه مختلف للمضادات . كما واظهرت الدراسة لعوامل الضراوة بان العزلات البكترية السالبة لصبغة كرام كانت موجبة لاختبار انتاج انزيم اليوريز واختبار انزيم الهيمولايسن واختبار انزيم اللايبيز واللسيثينيز والبروتييزبنسبة 85% , 100% , 100% , 100% و62% على التوالي بينما كانت العزلات الموجبة لصبغة كرام موجبة للاختبارات بنسبة 61% , 100%, 89%, 94% و785 عالتوالي. اظهرت فحوصات الدم الروتينيه والتي كانت ذات قيمه معنويه بان 33% من بين حالات زرع الدم الموجبة كان عدد خلايا الدم البيض فيها منخفض , 19% من الحالات كان عدد الخلايا البيض مرتفع اما باقي النسبة المؤية فقد كان نتيجة فحص عد خلايا ضمن المستوى الطبيعي فيما يتعلق بحالة تواجد الخلايا العدله غير الناضجة في الدم المحيطي فقد بينت الدراسه ان 79% من حالات زرع الدم الموجبة كانت ايضا موجبة من ناحية تواجد الخلايا العدله غير الناضجه فالدم بينما باقي النسبة ضمن حالات زرع الدم الموجب فقد كانت سالبة لتواجد هذا النوع من الخلايا.علما ان الاختلافات الاحصائيه المتعلقه بالخلايا العدله غير الناضجه كانت ذات قيمة معنويه عاليه. بالنسبة لفحص CRP كانت الفروقات الاحصائيه غير ذات قيمه معنويه مابين الحالات الموجبه لزرع الدم عن الحالات السالبه . وفيما يخص نتيجة فحص PCT الذي تم قياسه باستخدام طريقة القياس شبة الكمي الكرماتوغرافيه المناعيه فقط ظهر ان تركيز البروكالسيتونين في المصل لم يكن ذا فرق احصائي معنوي بين المرضى المصابين ببكتريا موجبه لصبغة كرام عن المصابين ببكتريا سالبة لصبغة كرام. اظهرت نتائج دراستنا ان 21% من حالات زرع الدم الموجبه اعطت مستوى بروكالسيتونين اقل من 0.5 نانوغرام لكل مل وباقي النسبة توزعت بين مستويات البروكالسيتونين الباقيه ≥0.5 ≥2 ≥10. بالنسبة لحالات زرع الدم السالبة فقد اظهرت نتيجة قياس مستوى PCT بان نسبة 49% كان ضمن مستوى البروكالسيتونين<0.5 نانوغرام لكل مل بينما 51% كانت ضمن المستويات ≥0.5 ≥2 ≥ 10 نانوغرام لكل مل بمعنى لايمكن استبعاد حصول اصابة جهازيه حتى لو كانت نتيجة الزرع الدم سلبية. كما لم تتوافق نتيجة البروكالسيتونين مع نتيجة فحص الCRP لكل الحالات فقد سجلت اعلى مستويات للبروكالسيتونين بينما كان فحص ال CRP لها سالب , ومن مقارنة نتائج عد الخلايا البيض مع نتيجة البروكالسيتونين التي اجريت لنفس الحالات ظهر بان 68 % من الحالات كانت ضمن معدل عدد الخلايا الطبيعي بالوقت الذي اعطت مستوى عالي للبروكالسيتنوين≤10 نانوغرام لكل مل و18% فقط من الحالات كان عدد الخلايا البيض مرتفع وباقي النسبة اشتملت عل حالات انخفض بها عدد الخلايا البيض عن الطبيعي . من بين كل الحالات الي اجري لها فحص مستوى البروكالسيتونين سجلت 39 حالة بنسبة 53 % ظهرت بها الخلايا البيض العدلة غير الناضجة فالدم المحيطي . عند مقارنة اختبار البروكالسيتونين مع باقي الفحوصات الروتينه المستخدمه بالدراسه اتضح بانه اكثر حساسية في تشخيص تسمم الدم الجرثومي وفقا لذلك , نستنتج بان البروكالسيتونين هو محدد اكثر حساسية من الفحوصات التقليدية( فحص زرع الدم وفحص ال CRP وفحص عد الخلايا البيض) في التشخيص المبكر لتجرثم الدم الناجم عن البكتريا عند الاطفال حديثي الولاده . | The diagnosis of neonatal infection is challenging because traditional markers of infection are often misleading instead of diagnosing. This study was conducted to determine Procalcitonin (PCT) level as an early marker for diagnosis of suspected sepsis in neonates in comparison with C - reactive protein, blood culture, total and differential white blood cell counts. From August, 2008 till March, 2009, samples were taken from neonates (males and females) admitted to the pediatrics - neonatal wards at Tikrit Teaching Hospital who were clinically suspected with sepsis as diagnosed by the physician in the hospital with any features suggestive of sepsis. The study includes a total of 114 cases. Blood cultures were done for all cases. Hematological tests were performed for 102 cases. C - reactive protein (CRP) was determined in 84 cases, while Procalcitonin level was determined in 73 cases. The differences in the number of samples involved in each test were due to the inadequate amount of blood specimens to perform all investigations. The results of blood culture showed that 53 (46%) of samples were positive, of them 32 (60%) were males and 21 (40%) were females. The number of negative cases were 61 (54%), of them 31 (51%) were females and 30 (49%)were males. The results of identification showed that the most frequent bacterial isolates were Coagulase Negative Staphylococci and Nocardia spp. (22% for each), followed by Listeria monocytogenes 17%, Klebsiella pneumoniae, 9% Pseudomonas aeruginosa 6% and Staphylococcus aureus 6%, while (Citrobacter diversus, Serratia marscesens, Serratia liquifascens, Lactobacillus spp., Peptostreptococcus spp., Micrococcus spp., Streptococcus pyogenes) were frequently less isolated recording 2% for each . This study revealed that, late - sepsis was recorded in 67% of cases while the rest (33%) were with early - sepsis and also revealed that. The number of proven sepsis were higher in males 32 (60%) than in females 21 (40%). Among all clinical manifestation, poor feeding had the highest proportion, while mottling and grunting had the smallest proportion. Only 30% of neonates were of normal birth weight, while 70% were low birth weight, very low birth weight and, extremely low birth weight respectively. Study of maternal risk factors revealed that the most frequent factor was the Prolonged Rupture of membrane followed by maternally UTI, fever and intrapartum asphyxia, respectively. The fatality rate was higher in late - sepsis cases, also it was higher in low birth weight than in normal birth weight neonates, statistically VLBW had the highest value. The antibiotics susceptibility test revealed that Gram negative isolates showed high resistance to antibiotics used in the present study. Each isolate of the Gram positive bacteria showed different pattern of resistance against the antibiotics used. Results of virulence factor showed that 85%, 100%, 100% , 100% and 62% of Gram negative isolates and 61%, 100% , 89%, 94% and 78% of Gram positive isolated produced Urease , Hemolysin, Lipase, Lecithinase and alkaline protease, respectively. Results of routine hematological tests at which the differences were statistically significant showed that 33% of culture positive cases had leucopenia, 19% of cases had leukocytosis, while the rest were in the category of normal range. Concerning the shift to left, results showed that (79%) of culture positive cases were recorded as positive and the rest were negative shift to left neutrophil the differences concerning with the shift left were statistically highly significant. For CRP, the differences were not significant among culture positive and culture neative cases. With reference to PCT test which had been measured using the immunochromatographic semi - quantitative method, that serum procalcitonin concentrations were not significantly different between the patients with Gram - positive and those with Gram negative infections. Results of our study showed that 21% of culture positive cases were <0.5 ng/ml (which were regarded as negative), while the rest which were with high level of PCT were distributed among levels of PCT≥0.5 ≥2 ≥10 ng/ml. As for culture negative cases, 49% of PCT were <0.5 ng/ml, while 51% of cases were in levels of ≥0.5 ≥2 ≥10 ng/ml which means that systemic infections cannot be excluded though they were culture negative. In addition PCT results did not fit with CRP all the time since some cases recorded higher level of PCT ≥10 ng/ml despite they were negative for CRP. The comparison between results of PCT and WBC for the same performed cases showed that 68% of cases were in the category of normal WBC range, meanwhile they had high level of PCT. Only 18% were in the category of leukocytosis, and the rest of percentage were in the category of leucopenia. Among all cases performed for PCT, 39 (53%) cases had left shift neutrophil in the peripheral blood when the differential counts were performed. when PCT was compared with other routinely measured parameters used in this study, It seemed to be significantly more sensitive in sepsis diagnosis. Accordingly, we can conclude that PCT is a more sensitive marker than other traditional tests (blood culture, CRP and WBC count) that could be used in early diagnosis of bacterial sepsis in neonates.

دور الانزيمات المحللة للبروتين المنتجة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا في تقرح القرنية == Role of Proteases Produced by Pseudomonas aeruginosa in Corneal Ulcer ( Keratitis)

Author name: ايمان جواد كاظم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة تاثيرات الاانزيمات المحللة للبروتين ( Proteases) المنتجة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من التهاب القرنية القيحي والجروح, حيث جمعت (200) عينة شملت (150) عينة من مسحات العيون المصابة بالتهاب القرنية و(50) عينة من مسحات الجروح المختلفة. وقد تم الحصول على 17 (%8.5) عزلة بكتيرية من هذه المسحات تعود للنوع P. aeruginosa . وقد تم تشخيص العزلات بوساطة الاختبارات الكيموحيوية. ( 13 عزلة بكتيرية (% 8.7) من التهاب القرنية, و4 عزلات بكتيرية (%8) من الجروح). اظهرت نتائج الكشف عن قابلية البكتريا على انتاج انزيمات البروتيزات, ان 13 عزلة بكتيرية (76.5) كانت منتجة لانزيم Elastase ( 10 عزلة بكتيرية (%76.9) من التهاب القرنية و3 عزلة بكتيرية (%75) من الجروح ), ولوحظ ان العزلتين البكتيريتين P7 , وP11 من التهاب القرنية, وP2من الجروح اعطت اكبر منطقة تحلل 8, 10, 10) مليمتر (على التوالي. كما بينت النتائج ان الكشف النوعي عن قابلية العزلات البكتيرية P. aeruginosa على انتاج انزيم البروتيز القاعدي باستعمال وسط اغار الحليب المقشود (Skim milk agar) اظهر ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من مرضى التهاب القرنية ومسحات الجروح لها القابلية على انتاجه, كانت العزلة البكتيرية P12 المعزولة من التهاب القرنية الافضل حيث اعطت اكبر منطقة تحلل 22) مليمترا( . في حين ان نتائج الكشف عن قابلية هذه العزلات البكتيرية على انتاج هذا الانزيم باستعمال وسط مرق الكازئين (Casein broth) , بينت ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من مرضى التهاب القرنية كانت ذات فعالية انزيمية وكانت العزلة البكتيرية P12 هي الافضل من حيث الفعالية الانزيمية اذ بلغت الفعالية النوعية للانزيم 97.469) وحدة / مليغرام( . بينما اظهرت %50 من العزلات البكتيرية المعزولة من الجروح فعالية انزيمية. اشارت نتائج قابلية العزلات البكتيرية على انتاج انزيم LasA الى ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من التهاب القرنية ومن الجروح لها القابلية على انتاج الانزيم, واظهرت العزلة البكتيرية P6 المعزولة من التهاب القرنية اعلى فعالية اذ بلغت 25.94) وحدة / مليغرام (. اما نتائج الكشف عن قابلية العزلات البكتيرية على انتاج انزيم LasD فقد اظهرت ان 8 عزلات بكتيرية (% 61.5) من العزلات البكتيرية المعزولة من التهاب القرنية ذات فعالية انزيمية بلغت ذروتها في العزلة البكتيرية P11 100.465) وحدة / مليغرام ( . و3 عزلات بكتيرية (%75) من العزلات البكتيرية المعزولة من الجروح اعطت فعالية لهذا الانزيم ولكن واطئة جدا تراوحت ما بين 8.797 - 5.557) وحدة / مليغرام(.استخلص انزيمي البروتيز القاعدي ( من العزلة البكتيرية P12 ) وLasA ( من العزلة البكتيرية P6 ) بوساطة النبذ المركزي المبرد للمزروع البكتيري وتمت تنقيتهما جزئيا باستعمال الترسيب بكبريتات الامونيوم (بنسبة اشباع % 80 ) وكروماتوغرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Cellulose , حيث ازدادت الفعالية النوعية للانزيمين وبلغت ( 1629.62 وحدة / مليغرام) لانزيم البروتيز القاعدي و( 718.651وحدة / مليغرام ) لانزيم LasA . درس تاثير هذين الانزيمين المنقيين جزئيا في قرنيات عيون الارانب (in vivu) كلا على حدة وبتراكيز مختلفة ( 10, 7, 5) وحدة / مليلتر ( للبروتيز القاعدي و5, 3, 1) وحدة / مليلتر (لانزيم LasA ) حيث اشارت النتائج الى وجود تا ثيرات واضحة لهما في قرنيات عيون الارانب حيث سبب انزيم البروتيز القاعدي عتمة من الدرجة الثالثة ) عتمة في ثلثي الى كل سطح القرنية و/ او انتفاخ متوسط (. اما انزيم LasA فقد سبب عتمة من الدرجة الثانية ) عتمة في ثلثي سطح القرنية و/او انتفاخ طفيف ( . كما درس تاثير هذين الانزيمين في مستخلص البروتينات لقرنيات عيـون الارانب (in vitro) باستعمال الترحيل الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد, واظهرت النتائج حدوث تحلل وتمسخ تام لحزم بروتينات القرنية وعند الفعالية الانزيمية 10, 7, 5 ) وحدة / مليلتر( لانزيم البروتيز القاعدي وعند الفعالية الانزيمية 5, 3, 1 ) وحدة / مليلتر( لانزيم Las A. | The study is included the effects of proteases enzymes producing by Pseudomonas aeruginosa, which isolated from keratitis and wounds .two hundred samples were collected, 150 samples of them were keratitis and fifity samples were wounds.Seventeen isolates (8.5 %) were obtained and diagnosed as P. aeruginosa.13 isolates (8.7%) from keratitis and 4 isolates (8%) from wound swabs. All bacterial isolates were diagnosed by biochemical tests. The production of elastase were tested by using elastin agar.Thirteen isolates (76.5%) had the ability to producing elastase (10 isolates (76.9 %) from keratitis and 3 isolates (75%) from wounds). The isolates P7 and P11from keratitis and P2 from wounds had the larger hydrolysis Zone ( 10, 10, 8 millimetre ) respectively.The production of alkaline protease were tested by using solid cultures ( skim milk agar ), all of them (keratitis and wound swabs ) had the ability to production of the enzyme, the isolates P12 isolated from keratitis had the larger hydrolysis zone ( 22 millimetre). Also the production of the enzyme were tested in liquid cultures ( casein broth ), all isolates from keratitis had the ability to production of the enzyme, the isolates P12 had the specific activity 97.469 U / mg, while 50 % of the wounds isolates had the ability to producing alkaline protease. The production of LasA enzyme were tested, all isolates (keratitis and wound swabs ) had the ability to production of the enzyme, the isolates P6 isolated from keratitis had higher specific activity 25.94 U / mg.The production of LasD enzyme were tested,8 isolates (61.5 %) from keratitis isolates had the ability to producing LasD enzyme. The isolate P11 had higher specific activity 100.465 U / mg, while 3 isolates (75 %) from wounds isolates had lower ability to producing LasD enzyme including between ( 5.557 - 8.747 U / mg). The alkaline protease was extracted from P12 isolate and LasA enzyme was extracted from P6 isolate. The enzymes were extracted by cooling centrifuge and them purified partially by precipitation with ammonium sulphate ( 80 % ) and ion exchange chromatography by DEAE - Cellulose the specific activity for enzymes were increased,which reached and 1629.62 U / mg for alkaline protease enzyme and 718.651 U / mg for LasA enzyme. The results of the enjection of alkaline protease and LasA enzyme in eyes corneal rabbits (in vivu) showed that both enzymes had the obvious effect on the cornea. The alkaline protease (5, 7, 10 U / ml ) caused damage for the cornea grade III melting ( two - thirds to all of the corneal surface ) and / or moderate bulging. Also the LasA enzyme ( 1, 3, 5 U / ml ) caused damage for the cornea grade II melting ( one - thirds to two - thirds of the corneal surface) and / or mild bulging.The protein profile of extract corneal proteins treated with alkaline protease ( 5, 7, 10 unit / ml) and LasA enzyme ( 1, 3, 5 unit / ml) (in vitro) by polyacrylamide gel electrophoresis showed hydrolysis and complete denaturation of corneal proteins bands.

التوصيف المظهري والجزيئي لخميرة المبيضات المعزولة من عدوى المستشفيات في مدينة الحلة == Phenotypic and molecular characterization of Candida species isolated from hospital acquired infections in Hilla city

Author name: زهراء محمد وناس
Supervisor name: زيدان خليف عمران المعموري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Babylon - College Of Science For Girls - Department Of Biology
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: المبيضات هي من الانواع الغير مسببة للامراض التي تعيش ك فلورا طبيعية ولكن في بعض الاحيان، بعض انواع المبيضات تسلك ك اصابات انتهازية مما تسبب في العديد من انواع داء المبيضات. هدفت هذه الدراسة الى مسح وتحديد انواع المبيضات في عينات الدم وعينات (مسحات)من تجويف الفم من المرضى وحدة العناية المركزة، ومرضى السرطان ومرضى سرطان الدم على اساس الطرق التقليدية والجزيئية. وشملت هذه الدراسة 400 العينات السريرية (264 عينات من الدم و136 مسحه من تجويف الفم) التي تم جمعها من المرضى من مدينة مرجان الطبية ومستشفى الحلة التعليمي في مدينة الحلة. الذين مصابين بالامراض المختلفة (السرطان، وحدات للجراحة الباطنية، الحروق وسرطان الدم) خلال الفترة من نوفمبر / 2015 وحتى ابريل / 2016. العينات تم زراعتها على الاوساط المناسبة والانتقائية تحت الطرق القياسية لعزل وتحديد العوامل المسببة الفطرية. بعد ذلك، والكشف عن عوامل الفوعة للانواع المبيضات مثل تشكيل انبوب الجرثومية، افراز الليباز وفسفوليباز، تشكيل بيوفيلم. من ناحية اخرى تركيز تثبيط الحد الادنى (MIC) باستخدام طريقة (E - test) لاثنين من مضاد (الفلوكونازول وCaspofungin) تم اختبارها. اظهرت النتائج ان 53 عينة ايجابية للدم (37 الخميرة و16 الفطريات الخيطية) من 264 عينات الدم، معظمهم ترتبط مع سرطان الدم، وحدة العناية المركزة، البطن الجراحية، مرض السرطان، والحروق بينما اظهرت مسحات تجويف الفم 71 عينة ايجابية (نمو الخميرة) من 136 عينات مسحة. وبالاضافة الى ذلك، اظهرت النتائج ان تم تحديد خمسة انواع من المبيضات التي شملت عينات المرضى تحت دراستنا C.albicans، C.sake، C.parapsilosis، C.krusie وC.membranifaciens على اساس الخصائص اللون على CHROMagar وتحليل تسلسل الحمض النووي . اظهرت معظم المبيضات القدرة على انتاج الليباز وفسفوليباز، تشكيل بيوفيلم بوصفها عوامل الفوعة. وبالاضافة الى ذلك، اظهرت نتائج اختبار الحساسية المضادة للفطريات على اساس اختبار E الفحص ان معظم المبيضات كانت حساسة لكلا الفلوكونازول وCaspofungen. واظهرت نتائج تسلسل multialignment التي تعتمد على برنامج Bioedit لمدة 17 الخمائر التماثل الكبير بين ستة عزلات C.sake، 4 يعزل C.membranifaciens، 4 عزلات C. parapsilosisوkudriavzevii Pichiaوبالاضافة الى ذلك، هذا الاختبار يبين متميزة من مجموعات اخرى من المبيضات من بعضها البعض. الشجرة التطورية انشات على اساس تسلسل 17 الخمائر في خمسة عناقيد. عزلتين جديدة C.sake وC.membranifaciens تم عزلها من عينات الدم تم وسجلت لاول مرة في العراق. استنتاجنا التاكيد على اهمية وجود المبيضات كما عدوى المستشفيات المكتسبة، الامر الذي يتطلب المزيد من الاهتمام لفي العراق في المستقبل. | Candida species is non - pathogenic that lives as normal flora but sometimes, some of Candida spp behaved as opportunistic causing many types of Candidiasis. This study aimed to survey and identification of Candida spp in the blood samples and from oral cavity swab samples from ICU patients, cancer patients and leukemia patients based on conventional and molecular assays. This study included 400 clinical samples (264 Blood samples and 136 Oral swabs) collected from patients of Marjan Teaching Hospital and Hilla Teaching hospital in Hilla city. Who undergo from different illness (Cancer, ICUs, Abdominal surgery, Burns and Leukemia) during the period from November / 2015 to April / 2016. Samples were cultured on appropriate and selective media under standard methods for isolation and identification the fungal causative agents. After that, detection of virulence factors for Candida spp such as germ tube formation, secretion of the lipase and phospholipase, biofilm formation. On the other hand, Minimal Inhibition concentration (MIC) using agar - based and method (E - test) for two antifungals (Fluconazole and Caspofungin) were tested. The results showed that 53 positive blood samples (37 yeast and 16 filamentous fungi) out of 264 blood samples, most of them correlated leukemia, ICU, abdominal surgical, cancer and burns while the oral cavity swabs showed 71 positive samples (yeast growth) out of 136 swab samples. In addition, the results showed that five species of Candida were identified which the patients samples under our study included C. albicans, C.sake, C.parapsilosis, C.krusie and C.membranifaciens based on color characteristics on CHROMagar and DNA sequence analysis. Most of Candida spp showed an ability to produce lipase and phospholipase, biofilm formation as virulence factors. In addition, the results of antifungal sensitivity test based on E - test assay showed that most of Candida spp were sensitive for both Fluconazole and Caspofungen. The results of multialignment sequence based on Bioedit software for 17 yeasts showed high homology between six isolates of C.sake, 4 isolates C.membranifaciens, 4 isolates of C. parapsilosis and Picha kudriavzevii. In addition, this assay shows the distinct of other groups of Candida from each other. The Phylogeny tree constructed Meg6 based on sequence of 17 yeasts occur in five cluster. Two new isolates C.sake and C.membranifaciens were isolated from the blood samples has been the recorded for the first time in Iraq. Our conclusion emphasis the importance of candidemia as hospital acquired infection, which required for more attention in Iraq in the future.

استخدام البكتريا المختزلة للنترات المعزولة من مياة انتاج حقول النفط في البصرة في السيطرة على الانتاج الحيوي لغاز كبريتيد الهيدروجين المنتج بفعل البكتريا المختزلة للكبريت == Using of Nitrate Reducing Bacteria Isolated From Produced Water of Oil Fields in Basra in Control of Biogenic Hydrogen Sulfide Produced by Sulfate Reducing Bacteria

Author name: وجدان حسين عبد الصاحب التميمي
Supervisor name: كوثر هواز مهدي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University Of Basrah - College Of Science - Department Of Biology
Language: English
University location: Basrah
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة الحالية استخدام تقنية الاقصاء بالتنافس الحيوي للسيطرة على الانتاج الحيوي لغاز كبريتيد الهيدروجين H2S من قبل الجراثيم المختزلة للكبريت في مزارع الدفعة والمفاعل الحيوي, اذ ان اضافة النترات او النتريت يحفز نمو الجراثيم المختزلة للنترات التي تنافس الجراثيم المختزلة للكبريت على المصادر العضوية وتستقصيها. جمعت 40 عينة من مياه انتاج حقول نفط نهران عمر واللحيس في البصرة خلال 6 اشهر للفترة من اب 2013 الى كانون الثاني 2014, عزلت مزارع خليطه من الجراثيم المختزلة للكبريت والمختزلة للنترات من تلك العينات وحسبت اعداد الخلايا لكلا النوعين باستخدام طريقه العد الاكثر احتمالا وقد اظهرت النتائج ان اعداد الجراثيم كانت منخفضة اذ بلغت اعداد الجراثيم المختزلة للكبريت بين7 - 4 خلية/100مل في حين كانت اعداد الجراثيم المختزلة للنترات اقل من 4 - 2 خلية/ 100مل. كما تضمنت الدراسة الحالية ايضا تنقيه للجراثيم المختزلة للكبريت والمختزلة للنترات واجراء التشخيص الجيني بتقنيه التفاعل التسلسلي لانزيم البوليمريز PCR والذي من خلاله تم تضخيم الجين16S rRNA وحدد تتابعه للتشخيص الى مستوى السلالة وقد اظهرت تحاليل المجتمع الجرثومي ان عزلات الجراثيم المختزلة للنترات قد امتلكت تطابقا بنسبة 99% مع الانواع Pseudomonas stutzeri وP. putida وHerbaspirillum huttiense وBacillus licheniformis اما عزلات الجراثيم المختزلة للكبريت فقد اظهرت النتائج انها امتلكت تماثل 99% للانواعShewanella hafniensis وDesulfotomaculum acetooxidans وDesulfosporosinus orientis مع افتراض ان جميع العزلات هي سلالات جديدة عالميا. كما اظهرت نتائج المعاملة بالنترات او النتريت في مزارع الدفعة وجود تاثير مثبط قوي على الجراثيم المختزلة للكبريت اذ لم يزداد مستوى الكبريتيد في جميع التراكيز المستخدمة ( 200 و400 و600 و800 و1000) ملغم/لتر من النترات والنتريت فقد تراوح مستوى تركيز الكبريتيد بين 4.2 و21 ملغم/لتر عند المعاملة مع النترات و23 و5.2 ملغم/ لتر مع النتريت, وتطابقت هذه النتائج مع تركيز الخلايا في جميع القناني المعاملة, اذ تراوح بين 0.26 - 0.001 و0.003 - 0.17 مع النترات او النتريت على التوالي بينما كانت هناك زيادة معنوية في تركيز الكبريتيد الذي بلغ 121 ملغم/لتر وتركيز الخلايا بامتصاصية بلغت 0.84 في عينات السيطرة.كان للجراثيم المختزلة للنترات تاثير مثبط قوي على نمو الجراثيم المختزلة للكبريت وانتاج الكبريتيد عند اضافة المغذيات المشجعة لنموها بمختلف التراكيز, اذ ازدادت فعاليه الجراثيم المختزلة للنترات واستهلكت كل من النترات او النتريت المضاف خلال 3 - 2 يوم من الحضن وكان اعلى تاثير مثبط لانتاج غاز كبريتيد الهيدروجين عند التركيز 1000 ملغم/لتر من النترات اذ اظهرت النتائج وجود انخفاض معنوي في مستوى الكبريتيد الى34 ملغم/لتر في حين كانت اعداد البكتريا 34.8 خلية/مل بعد عشرة ايام من المعاملة. اظهرت نتائج معالجة الحموضة طويلة الامد باستخدام المفاعل الحيوي وجود انخفاض حاد في انتاج غاز كبريتيد الهيدروجين بنسبة 94% بعد اضافة النترات والنتريت خلال فترة 60 يوما من المعاملة ,الاضافة المستمرة للنترات والنتريت بحوالي ( 333ملغم/اليوم للنترات و133ملغم/اليوم للنتريت) ادت الى تثبيط الفعالية الحيوية للجراثيم المختزلة للكبريت وانتاج غاز كبريتيد الهيدروجين, اذ انخفض مستوى الكبريتيد من 155 الى 10 ملغم/لتر واعداد الخلايا اكبرمن 1100 الى 3.5 خلية/ مل بما يعادل 99.6% , بينما ازدادت فعالية واعداد الجراثيم المختزلة للنترات من 1100 الى اكبر من 1100 خلية/مل.اظهرت نتائج معدل تاكل عينات الحديد المطاوع في المفاعل الحيوي بعد 60 يوما ان اعلى معدل للتاكل كان 70.7 ملغم/ سم2/ سنه في المفاعل غير المعامل بالنترات والنتريت بينما انخفض معدل التاكل الى 15.8 ملغم/ سم2/ سنه بعد نفس الفترة من التعرض في المفاعل المعامل وبنسبة انخفاض بلغت 55% مقارنة مع المفاعل غير المعامل. | This study includes the used of Bio Competitive Exclusion technology (BCX) to control biogenic production of hydrogen sulfide (H2S) by Sulfate Reducing Bacteria (SRB) in batch cultures and bioreactors. The injection of nitrate (NO3) and nitrite (NO2) promotes the growth of nitrate reducing bacteria (NRB) which outcompete (SRB) on carbon sources. A total of 40 samples were collected from produced water of oil production facilities in Basra including Nahran Omer and Al - Lahis oil fields in a period time of 6 months from August 2013 to January 2014. Mix cultures of (SRB) and (NRB) were isolated from these samples, the two types of bacteria were enumerated by using most probable number method, the results show that the numbers of both bacteria were generally quite low, the viable count of (SRB) was between 4 - 7cell/100 ml whereas the (NRB) was between <2 - 4 cell/100 ml. This study also includes purification of isolates for both (SRB) and (NRB) and the genetic identification by polymerase chain reaction (PCR) technique through which the universal 16S rRNA gene of 1500 bp is amplified and sequenced for identification to the level of strains. Microbial community analysis showed that isolates of (NRB) were have identity of 99% Pseudomonas stutzeri, P. putida, Herbaspirillum huttiense and Bacillus licheniformis while isolates of (SRB) were have identity of 99% Shewanella hafniensis, Desulfosporosinus orientis and Desulfotomaculum acetooxidans with supposing that all isolates new world strains. The results of the treatment with nitrate or nitrite showed a strong inhibitory effect on (SRB) growth and (H2S) production, sulfide levels do not increase at all concentrations (200, 400, 600, 800 and 1000) mg/l of nitrate or nitrite range between 4.2 - 21 mg/l in treatment with nitrate and 5.2 - 23 mg/l in treatment with nitrite. This is consistent with the concentrations of bacteria in all treatment bottles which range between 0.001 - 0.26 and 0.003 - 0.17 in treatment with nitrate or nitrite respectively, while there is a significant increase in sulfide 121 mg/l and concentration of bacteria 0.84 in control as optical density. (NRB) has a certain inhibitory effect on the growth of (SRB) and (H2S) production when the (NRB) nutrient (nitrate or nitrite 200, 400, 600, 800 and 1000) mg/l were adding , the activity of (NRB) increases after treatment, and it consumed all nitrate or nitrite during 2 - 3 days of incubation, the strong inhibition of (H2S) production is at concentration 1000 mg/l of nitrate where the results showed that there was significant decrease in sulfide level 34 mg/l and number of bacteria, 34.8 cell/ml during 10 days of incubation.Souring control at long term treatment in bioreactors show sharp decrease in production of (H2S) to 94% after injection of nitrate and nitrite during the period of 60 days, the continuous dosing of nitrate and nitrite (333 mg/l/day nitrate and 133 mg/l/day nitrite) inhibited the metabolic activity of (SRB) and (H2S) production severely, the sulfide levels decrease from 155 to 10 mg/l and number of (SRB) from >1100 to 3.5 cell/ml the percent in number decreased was to 99.6%, at the same time activity and numbers of (NRB) increase from 1100 to >1100 cell/ml over the duration of experiment. The results of corrosion rate measurement on mild steel after 60 days showed that the highest corrosion rate was 70.7 mg/cm2/year in control reactor while the lowest corrosion rate was 15.8 mg/cm2/year in treated reactor at the same period time of exposure with percent of decreasing in weight loss to 55% comparing with control reactor.

تاثير مستخلص نبات الكجرات Hibiscus sabdariffa على عوامل الضراوة لبكتيريا المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من التهابات المجاري البولية == Effect of Hibiscus sabdariffa Extract on the Virulence Factors of Staphylococcuss aureus Isolated from Urinary Tract Infection

Author name: صمود عبد الكاظم سلمان عبد
Supervisor name: وجدان رضا تاج الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Babylon - College Of Science - Department Of Biology
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تم جمع 163 عينة ادرار من المرضى المصابين بالتهاب المجاري البولية لكلا الجنسين باعمار تتراوح من شهر واحد الى 60سنة من المراجعين في مستشفى القاسم ومستشفى الهاشمية العام خلال الفترة من اب 2016 الى كانون الاول 2016. وقد وجدت 112 (68.71%) عينة اعطت نموا بكتيريا ومن هذه النسبة وجدت36 (32.14%) عزلة موجبة لصبغة غرام و76(67.86%) سالبة لصبغة غرام . وقد تم تشخيص 23(20.5%) عزلة بكتيرية تعود للبكتريا العنقودية الذهبية Staphyllococcus aureus، تم تشخيص جميع هذه العزلات مظهريا ومجهريا وحيويا.تم اختبار حساسية المضادات الحيوية لجميع هذه العزلات. وكانت جميعها مقاومة 100% للامبسلين، يليها سيفوكسيتين 91.3 %. واظهرت هذه العزلات اعلى حساسية للمضاد الحيوي الكليندامايسين 78.2% , في حين كانت نسبة المقاومة للاميكاسين هي39.1% . وقد وجد ان نسبة المقاومة للتراسايكلين هي 47.8% . وقد اظهرت النتائج ان 20 (86.9%)عزلة مقاومة للمضاد الحيوي المثسيلين (MRSA) وقد تم الحصول على هذه النتيجة باستخدام تقنية تفاعل انزيم البلمرة التسلسلي (PCR).درست فعالية المستخلص المائي الحار والبارد لاربعة نباتات (كاس الكجرات جذور العاقول وقشور الرمان واوراق الخباز) ضد البكتريا العنقودية الذهبية ووجد من خلال التحليل الاحصائي وجود فروق معنويه 0.05 P< في حالة المستخلص المائي البارد للكجرات حيث اعطى فعالية تثبيطية تجاه هذه البكتريا لذا تم اختيار هذا المستخلص لدراسة تاثيره على عوامل الضراوة لهذه البكتريا. بعدها تم التحري عن المركبات الموجودة في هذا المستخلص وقد اظهرت النتائج ان المستخلص المائي يحتوي كلا من الفينولات , القلويدات , الفلافونات والتانينات.درست فعالية المستخلص المائي البارد الخام لكاس الكجرات المضادة للبكتريا بطريقه الانتشار بالحفر (agar well diffusion method) باستخدام التراكيز 2,5 و5و10و20و40و80 ملغم / مل. بعدها تم تحديد MIC لهذا المستخلص بطريقه الانتشار بالحفر( The modified broth macro dilution method) فكانت قيمته 25ملغم/مل.وقد اظهر المستخلص المائي البارد فعالية تثبيطية تجاه البكتريا العنقودية الذهبية بقطر 18 ملم بتركيز 40و80 ملغم /مل .تم استخلاص المركبات الفينولية من المستخلص المائي البارد للكجرات بعدها تم استخدام تقنيه الفصل الكروموتوكرافي عالي الجودة لعزل وتشخيص المركبات الفينوليه وقد تم الحصول على عدة مركبات. بعدها تم دراسة الفعالية التثبيطية لهذه المركبات ووجد بان المركب الفينولي الكويرسيتين قد اعطى اعلى فعالية تثبيطية تجاه البكتريا العنقودية الذهبية بتركيز 4 ملغم /مل وايضا تم تحديد MIC لهذا المركب وهي 2ملغم /مل .كما درس تاثير المستخلص الخام والكويرسيتين على عوامل الضراوة وقد اظهرت النتائج ان كلا منهم قد كان له تاثير على انتاج الهيمولايسين وعلى فعاليته وذلك بعد تنمية البكتيريا مع قيمة MIC للمستخلص الخام والكويرسيتين كلا على انفراد.كذلك تم دراسة تاثير هذه المستخلصات على تكوين البايوفيلم من قبل البكتريا وقد وجد ان 15 عزلة بكتيرية منتجة للبايوفيلم قد تحولت الى غير منتجة او الى منتجة ولكن من النوع الرقيق بعد تنميتها مع هذين المستخلصين.وقد اظهرت النتائج ايضا ان المستخلص الخام والكورسيتين للكجرات قد اثرا على فعالية كلا من الستافيلوكاينيز والبروتيز.تم التحري عن انتاج السموم المعوية من قبل البكتريا العنقودية الذهبية باستخدام تقنية الفار الرضيع وقد وجد بان جميع العزلات غير منتجة لهذه السموم.كذلك تم دراسة تاثير هذين المستخلصين على تسرب ايون البوتاسيوم من الخلايا البكتيرية خلال فترات زمنية معينة وقد وجد بان هذين المستخلصين قد عملا على زيادة تسرب هذا الايون من الخلايا البكتيرية مما يدل على ان هذين المستخلصين قد اثرا على نفاذية الغشاء الخلوي للخلية البكتيرية .كذلك وجد ان الجرعة القاتلة لنصف حيوانات التجربة قد زادت من 5,6 × 106 الى 3,9× 107 بعد معاملة البكتريا بالمستخلص المائي البارد لكاس الكجرات . ايضا تم دراسة تاثير المستخلصين الخام والكورسيتين على معايير الدم في الفاران المعاملة بالعالق البكتيري الذي يحتوي مستخلص نباتي والفاران المعاملة بالعالق البكتيري الذي يحتوي على الكورسيتين وقد وجد بان المستخلص الخام كان له تاثير اكبر من الكورسيتين في تحسين معايير الدم مقارنة بالبكتريا المعاملة بالعالق البكتيري بدون مستخلص نباتي ,كما تم دراسة امكانية استخدام النبات كعامل مختزل عن طريق معرفة الفعالية ضد التاكسدية وكانت قيمتها 3566,97 مايكرو مولاري بواسطة استخدام اختبار (CUPRAC). ايضا تم دراسة الفعاليه الخلويه السمية للمستخلص الخام على خلايا الكبد الطبيعية للانسان وعلى الخلايا السرطانية في الثدي وقد وجد بان هذا المستخلص ليس له فعالية سمية على خلايا الكبد الطبيعية وايضا له تاثير قاتل للخلايا السرطانية في الثدي .

دراسة مناعية ووراثية للمرضى المصابين بالتهاب المرارة في مدينة الحلة == Immunogenetic Study on Patients with Gallbladder Infection in Hilla city

Author name: رواء عداي علي السلطاني
Supervisor name: عبد النبي جويد عبد المعموري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Babylon - College Of Science For Girls - Department Of Biology
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع ( 100 عينة ) اخذت بشكل اعشواني ( 87 اناث , 13 ذكور ) اجريت لهم عملية استئصال المرارة بمستشفى الحلة التعليمي للفترة من ايلول 2016 الى شهر حزيران 2017. تضمنت العينات (عينات دم وحصى) لتحقق من دور بعض المعايير المناعية والوراثية المتعلقة بمرض التهاب المرارة .بينت نتائج الدراسة الحالية ظهور الاصابة بالتهاب المرارة في كلا الجنسين(الاناث والذكور) وكانت الفئة العمرية ( 31 - 40 ) سنة الفئة الاكثر عرضة للاصابة , لكن نسبة اصابة الاناث في مجتمع الدراسة اعلى من الذكور ( 87% ) بينما الذكور ( 13%) كما ان التهاب المرارة المزمن هو الاكثر شيوعا ,اذ شكل نسبة ( 84% ) ثم التهاب المرارة الحاد اذ شكل نسبة 60%)).كما كشفت الدراسة قلة تكوين الحصى المرارية عند الاطفال بعمر اقل من عشر سنوات ويزداد تكوين الحصى مع تقدم العمر وينخفض تدريجيا بعد عمر 60 سنة . اكثر انواع الحصى المرارية الشائعة والتي عزلت الحصى الكوليسترولية تليها الحصى الصبغية ثم الحصى المختلطة.اما الدراسة المناعية فتضمنت تقدير مستويات T6F - β1 , IL - 8 في مصل مرضى التهاب المرارة باستخدام تقنية الاليزا لوحظ زيادة مستوى TBF - β1 في جميع المرضى( التهاب المرارة الحاد والمزمن) على نقيض مجموعة السيطرة مع مستوى احتمالية. P< 0.05 P=0.007 . كما اظهرت النتائج الحالية زيادة بمستوى T6F - β1 في كلا الجنسين) للاناث والذكور) مقارنة مع مجموعة السيطرة بمستوى احتمالية P=0.002 . P< 0.05 للاناث وP=0.003 . P< 0.05 للذكور. اما بالنسبة للحصى المرارية فقد لوحظ زيادة في مستوى T6F - β1 في مصل المرضى المصابين بالحصى الكوليسترولية تليها الحصى الصبغية ثم الحصى المختلطة .اظهرت النتائج الخاصة بتقدير مستوى انترلوكين 8 ,زيادة في مستوى IL - 8 في جميع المرضى( التهاب المرارة الحاد والمزمن )على نقيض مع مجموعة السيطرة مع مستوى احتمالية عالي ( P=0.005 . P<0.05 ) .كما ظهرت النتائج الحالية زيادة في مستوى انترلوكين 8 في كلا الجنسين(الاناث والذكور) مقارنة مع مجموعة السيطرة مع مستوى احتمالية ( P=0.01 . P< 0.05 ) للاناث و<0.05) ( P=0.2 . P للذكور. اما بالنسبة للحصى المرارية فقط لوحظ زيادة في مستوى IL - 8في جميع المرضى المصابين بالحصى المختلطة تليها الحصى الكوليسترولية ثم الحصى الصبغية .تضمنت الدراسة الوراثية ( - 869 T C ) T6F - β1 و( - 251 T A ) L - 8 ذات الصلة مع مرضى التهاب المرارة لل85 عينة متضمنة عينات للمرضى وعينات لمجموعة السيطرة باستخدام تقنية (PCR - ARM ) .اظهرت نتائج التنوع النيوكليوتيري المفرد 76.6%) 46 : T6F - β1 ( - 869)T⁄C ) من متباينة الاشكال (T∕C) و9 (15%) متماثلة الاشكال (TT) و(8%) 5 متماثلة الاشكال (CC) ,واظهرت النتائج ان(Tallele) الاكثرعددا ونسبة مقارنة مع( C allele) . كما اظهرت الاليلات والمورثات عدم وجود فروق معنوية ذات دلائل احصائية بين المرضى ومجموعة السيطرة بين نوعي المرضى ( المزمن والحاد ) كما لوحظ ان المرضى المصابين بالحصى المرارية الاكثر صلة بالموروثات متباينة الاشكال (T⁄C) للحصى الكوليسترولية تليها المختلطة ثم الصبغية . واظهرت نتائج التنوع النيوكليوتيدي المفرد (41.6%)25 : IL - 8( - 251) T/A من متماثلة الاشكال متباينة الاشكال من متماثلة الاشكال (TT) واظهرت النتائج ان هو الاكثرعددا ونسبة مقارنة مع لمرضى التهاب الحرارة كما اظهرت الاليات والموروثات عدم وجود فروق معنوية ذات دلائل احصائية بين المرضى ومجموعة السيطرة بين نوعي المرضى )المزمن والحاد ( كما لوحظ ان المرضى المصابين بالحصى الاكثر صلة مع الموروثات متماثلة الاشكال((AA للحصى الكوليسترولية تليها الصبغية ثم المختلطة . | The study included 100 patients taken randomly (87 females and 13 males) undergoing cholecystectomy at the general teaching Hilla Hospital from September 2016 to June 2017. For each patient, two samples were taken which included the blood samples and gallstone for immunogenetic tests. The infection appears in both sexes with age group (31 - 40) years 30% but the rate of infection in female was higher than males 87%, 13% respectively.Clinically, chronic cholecystitis was the most common (84 %) and acute cholecystitis (16 %). The study displayed that the formation of gallstones is less than 10 years old. The gallstones are formed by age and gradually decrease after age 60. The most common types of gallstones were cholesterol stones and pigment stone followed by mixed stone The immunological study included estimatation the level of IL - 8, TGF - β1 in patients serum by using ELISA technique. The estimation of TGF - β1level explained a significantly increased in all patients (chronic and acute inflammation) compared with the control group with a significant difference . P=0.007, p<0.05. Estimation of TGF - β1 level showed increases in both the sexes (females and males) compared with the control group with a significant difference . (p=0.002. P< 0.05) for females, (p=0.003. P< 0.05 for males). As for the stone, the results of the present study revealed increased levels of TGF - β1 in serum patients had cholesterol stone with value followed the pigment stone and mixed stone. The estimation of IL - 8 level explained a significantly increased in all patients(chronic and acute inflammation) compared with the control group with a significant difference. P=0.005 , p<0.05. Estimation of IL - 8 showed increases in both sexes (females and males) compared with the control group with a significant difference (p=0.01. P< 0.05) for females, (p=0.02. P< 0.05 for males). As for the stone, the results showed that IL - 8 concentration was increased in patients serum had mixed stone followed cholesterol stone and pigment stone. The genetic study involved screening of TGF - B1 ( - 869 T/C) and IL8 - ( - 251 T/A) related to gallbladder infection patients for 85 samples, including patients and the control group by using (ARM - PCR) technique. The single nucleotide polymorphism of TGF - β1 ( - 869 T/C) showed : TC heterozygous was a higher rate with 46 (76.6%), TT homozygous with 9 (15%) and CC homozygous with 5 (8%) and the result revealed that the T allele more predominant than the C allele. The genotype and allelic association of TGF - β1 appeared no significant differences between the patients and the control group. The gallstone types association with genotype of TGF - β1 for patients appeared the genotype of T/C higher percentage in patients with who had cholesterol stone followed by mixed stone and pigment stone. An another single nucleotide polymorphismof of IL8 - (251T/A) showed : AA homozygous was a higher rate with 25 (41.6%), TA heterozygous with 23 (38%) followed by the TT homozygous just 12 (20%) and the result revealed that the A allele more predominant than the T allele. The genotype and allelic association of IL - 8 appeared no significant differences between the patients and the control group. The gallstone types association with genotype of IL - 8 for patients showed : The genotype of AA appeared higher percentage with patients who had cholesterol stone followed by pigment stone and mixed stone

تحضير وتوصيف المركبات النانوية ودراسة الفعالية المضادة للبكتريا == Synthesis, Characterization and Antibacterial Activity of Synthesized Nanoparticles

Author name: علي جبار عبد الحسين رضا الكواز
Supervisor name: فريال جميل عبد عطية | اياد فاضل محمد القيم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Babylon - College Of Science - Department Of Biology
Language: English
University location: Babylon
First pages:

الفعالية الحياتية لبعض مستخلصات النباتات الطبية على بعض انواع البكتريا والتعبير الجيني لانزيمات الكيراتينز المنتج من قبل Trichophyton rubrum == Biological Activity of some Medicinal Plant Extracts on some Bacteria and Gene Expression of Keratinases Produced from Trichophyton rubrum

Author name: علي جليل عبيد حسن عينون
Supervisor name: جواد كاظم عبود علي الجنابي | وجدان رضا محمود محمد تاج الدين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Babylon - College Of Science - Department Of Biology
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: The present study aimed to search for safe and effective antifungal agents through investigation of the phytochemical characterization and bioactive properties of medicinal plants (Pimpinella anisum essential oil and Moringa oleifera and Malva sylvestris leaf extracts) and their effect on gene expression of keratinases produced by T. rubrum using Real Time PCR.Phytochemical analysis of active materials of P. anisum essential oil and M. oleifera leaf extracts were carried out, through TLC accompanied autobiography, high performance liquid chromatography (HPLC) and GC - MS analyses were proceeded to relate the chemical profile with their antifungal activity. Also, the cytotoxic effects of active compound and crude extract for both plant extracts were determined using MTT (3 - (4,5 - dimethylthiazol - 2 - yl) - 2,5 - diphenyltetrazolium bromide dye) assay. Screening the antifungal activity of Pimpinella anisum essential oil, Moringa oleifera leaf extracts and four traditional antifungal agents against growth and development of two strains of T. rubrum differed in their virulence were conducted. MIC for crud extracts and antifungal agent were also determined using microdilution plate, moreover, the effects of crud extracts and active compounds on gene expression was evaluated.Qualitative TLC, HPLC analysis for the anise essential oil extract revealed the presence of anethole which was identified as a main volatile compound in this extract which was identified as anethole. GC - MS analysis also revealed that trans - anethole is the major compound (96.8%), then Himachalene (1.84%), other components were also present but less than 1% e.g. Estragole, cyclohexene and 2 - Methoxy - 5 - (1 - propenyl) phenol. On the other hand, LC - MS analysis were showed the existence of that keratinase inhibitor (extracted from Moringa oleifera leaf)IICryptochlorogenicacid (C16H18O9), Astragalin (C21H20O11), so the presences of these compounds reflected the inhibitory effects on keratinase enzyme.The results upon screening, revealed that the anise oil inhibited both strains of T. rubrum, since the growth inhibition for first strain were 21, 30 and 39 mm at 15.6, 31.2 and 62.5 μl/ml respectively, while in second strain were 24, 32 and 39 mm at 15.6, 31.2 and 62.5 μl/ml respectively. The tested strains of this fungus revealed substantial sensitivity pattern toward crude extract of essential oil and anethole as well. Results showed that there was considerable growth inhibition for both strains of T. rubrum at minimal inhibitory concentrations (MIC) between 15.6 μg/mL for crude oil and 7.5 μg/mL for anethole. The inhibition in radial growth due to the effect of anise essential oil increased from 56% at 3rd day to 86% at the 7th day. Sporulation was substantially decreased by anise oil treatment. Anise oil was significantly inhibited conidial germination for both strains. Treatment with anise oil induced morphological changes in the conidial group where the conidia were absent in treated sample. Protease inhibitor isolated from mature leaves of M. oleifera showed great ability to inhibit keratinase activity of T. rubrum.MTT assay revealed that anethole is safe as phototherapeutic agents, when it is having no effects on normal cell, but shown anticancer activity against cancer cell.Anise oil, anethole, M. oleifera crud inhibitor, Cryptochlorogenic acid and Astragalin showed high inhibitory effects on gene expression of keratinase enzyme in both strains of T. rubrum KP979791 and KP979787.

دراسـة لبعــض المؤشــرات المناعيــة والدمــوية لمرضى عراقيــين يعانــون من فــرط الحساسيه النــوع الاول == Study of Some Immunological and Hematological Changes in Iraqi Patients Suffering from Hypersensitivity Type - 1

Author name: سرى مسلم داود الاعــــــرجي
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad - College Of Science For Girls
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: قد تم تصميم هذه الدراسة لتسليط الضوء على دور بعض الحركيات الخلويه ( IL - 13, IL - 18) والكلوبيولين المناعي الكلي ((T - IgE والكلوبيولين النوعي(S IgE) ل 20 مسبب للحساسيه داخلي وخارجي واعداد خلايا الحمضات. وكان مجموع مرضى الحساسية 168، [99 مريضا بالربوالتحسسي (43 ذكرا)، (56 انثى)]، [69 مريض بالتهاب الجيوب الانفيه التحسسي (29 ذكرا)، (40 انثى)]، وجمعت اربعين عينه لاشخاص اصحاء [ (15 ذكور)، (25 اناثا )]. الفئة العمرية (5 - 60) سنة تم جمعها من المركز التخصصي للحساسية في بغداد / الرصافة وخلال الفترة من تشرين الثاني 2016 الى شباط 2017. تمت دراسه بعض التغيرات الدمويه ومنها قياس نسبه ال (Hb) والعدد الكلي لخلايا ال (WBC) واعداد خلايا الحمضه لجميع المرضى والاصحاء عن طريق استخدام محلل الالي (Beckman Coulter) والعده الخاصه بالجهاز . تم قياس الاختبار المناعي (IL - 13, IL - 18, T - IgE) لجميع المرضى والاصحاء باستخدام جهاز (ELISA ) والعدد الخاصه بالاختبارات. تم قياس الكلوبيولين النوعي (Spesific IgE) الخاص بالمحسسات المستنشقه (عث الفراش، الحيوانات الاليفه ,الصرصر، الاعفان، حبوب اللقاح الاعشاب، حبوب اللقاح الاشجار ,حبوب اللقاح الحشائش) لجميع المرضى والاصحاء باستخدام تقنيه (Western Immunobloting Electrophoresis test) والعده الخاصه بالجهاز والفحص (Euro line Inhalation Profile Kits).توصلت هذه الدراسه الى النتائج التاليه : 1 - عدم وجود فروق معنويه بين المجاميع المدروسه طبقا للجنس . 2 - عدم وجود فروق معنويه بين مرضى الربوالتحسسي الذين لهم تاريخ عائلي ايجابي وسلبي. بينما كانت هناك فروق معنويه بين مرضى التهاب الجيوب الانفيه التحسسي الذين لديهم تاريخ عائلي سلبي وايجابي .3 - احصائيا، كانت الفئة العمرية و(21 - 40) الاكثر شيوعا في مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي حيث بلغت نسبتها المئويه على التوالي[63، 63.6٪)، (47،68.1٪)].4 - زيادة معنوية في النسبه المئويه لاعداد الحمضات (٪) ومستوى الكلوبيولين المناعي الكلي ( T - IgE) ظمن مجموعتي الحساسية مقارنتا بمجموعه السيطره.5 - اظهرت النتائج وجود فروق معنويه بين اعداد المرضى الذين لديهم الكلوبيولين المناعي الخاص بالمحسسات ((Spesific IgE واعداد المرضى ذوي النتيجه السالبه لدى مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي . 6 - سجل محسس الصراصر اعلى نسبة محسس لدى مرضى الربوالتحسسي وتلتها مسببات الحساسية للحيوانات الاليفة وحساسية حبوب اللقاح. بينما في مجموعة التهاب الجيوب الانفيه التحسسي اعلى نسبة محسسات كانت للحيوانات الاليفة وتلتها حبوب لقاح الحشائش .7 - زيادة معنويه كبيرة في مستوى الحركيات الخلويه (IL - 13, IL - 18) عند مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي .8 - وجود علاقة ارتباط معنوية كبيرة بين النسبه المئويه لاعداد خلايا الحمضات والكلوبيولين المناعي الكلي( T - IgE) في مرضى الربو التحسسي والتهاب الجيوب الانفيه التحسسي r = 0.424)، (P = 0.00 | This study is designed to shed light on the role of IL - 13, IL - 18, T - IgE, Spesific IgE for 20 Indoor and outdoor inhalant allergens in some of type - 1 allergic disease and Eosinophil cells count . The Total allergic patients have been 168, 99 asthmatic patients (43 male ), (56 female ), 69 Rhinitic patients (29 male ), (40 female) and Apparently Healthy Control AHC 40 (15 male ) , (25 female ). Their age group (5 - 60) years . The groups have been collected from the Specialized Center Of Allergy in Baghdad / AL - Resafa and during the period from October 2016toFebruary2017. Some Hematological changes have been studied, including the measurement the Hb% , total count WBC, and eosinophil cells % for all subject by using automated analyzer (Beckman Coulter Analyzer). Beside some Immunological changes were studies including (IL - 13, IL - 18 and total IgE) which have been measured for all subjects by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) . The measurement of serum specific IgE for some inhalant allergens (HDM, Pits, Cockroach, Mites, Grasses pollen, Tree pollen and Weed pollen ) allergens for all subject by using Western Immunobloting test. The Study has reached the fallowing results.1 - There are no significant differences between the studied groups according to gender.2 - There are significant differences in family history between rhinitis group and control. 3 - Statistically, the age group (21 - 40) are most frequent within allergic asthma and rhinitis are (63, 63.6%), (47,68.1%) respectively. 4 - Highly significant increase in Eosinophil count (%) and total IgE within allergic groups when compared with control. 5 - Highly significant differences between positive specific IgE inhalant allergens (positive) and negative patients in asthma and rhinitis groups. 6 - The cockroach allergen records the highest percentage in asthmatic patients fallowed by pets allergens and grasses pollen allergens. While in rhinitic group the highest percentage is for pets allergens fallowed by grasses pollen , cockroach allergen. 7 - Highly significant increase in IL - 13 and IL - 18 level in asthmatic and rhinitic patients. 8 - Highly significant correlation between eosinophil cells count (%) and total IgE In asthmatic and rhinitic patients (r = 0.424 ), (P=0.00).

تاثير حالة التغذية على الاستجابة المناعية للمرضى البالغين المصابين بالسل == The Effect of Nutritional State on Immune Response for Adults Patients with Tuberculosis

Author name: وائــل رشيد عبيد عبد العباس
Supervisor name: محمد عبد كاظم حسن السعدي | هديل فاضل فرهود
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Babylon - Faculty Of Medicine
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة الى دراسة تاثير بعض المعايير الغذائية على الاستجابة المناعية المتضمنة مستوى الزنك ومستوى الالبومين وفيتامين C لمصول مرضى التدرن ودراسة بعض العوامل التي تؤثر على المناعة الخلوية للمرضى وتشمل نشاط الالتهام وتركيز CD56 وتركيز IFN - γ لمصول مرضى التدرن.تم تطبيق هذا العمل على 50 مريضا (31 ذكرا , 19 انثى) تتراوح اعمارهم بين (18 و75 ) عاما للمراجعين لمركز بابل للامراض الصدرية والتنفسية وللفترة من تشرين الثاني 2017 لغاية شباط 2018 و40 شخصا سويا ( 24 ذكرا, 16 انثى ) تراوحت اعمارهم (18 و75 )عاما.جمعت عينات الدم من كلا المجموعتين لتقدير نشاط الالتهام وتركيز IFN - γو فيتامين C وCD56 بطريقة الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيم وقياس الزنك والالبومين باستخدام مقياس الطيف الضوئي. وقد تم تشخيص بكتريا التدرن بطريقة التصبيغ (AFB) والزراعة على وسط Lowenstein - Jensen وكذلك تقنية GeneXpert في عينة البلغم. اظهرت النتائج لمعايير المناعة الخلوية الى وجود انخفاض معنوي (p <0.05) في نشاط البلعمة للعدلات لدى مرضى التدرن (6.04٪) مقارنة بالاصحاء (11.70٪) وعدم زيادة معنوية (p> 0.05) لمستوى IFN - γ لدى المرضى (0.159) IU / ml مقارنة بالاصحاء (0.157).لم يكن هناك زيادة معنوية (p> 0.05) لمستوى CD56 لدى مرضى التدرن (78.043) IU / ml مقارنة بالاصحاء (74.473) . في حين مستوى الزنك اظهر نقصان معنوي (P <0.05) حيث كان للمرضى (51.18) dl/ g مقارنة بالاصحاء (113.44) dl/ g ومستوى الزلال في المصل اظهر زيادة كبيرة (P <0.05) لدى مرضى التدرن (38.973) dl/ g مقارنة بالاصحاء (50.2) dl/ g.وكشفت النتائج ان النسبة بين الريف والحضر كانت اعلى بنسبة 68٪ في المناطق الريفية من 32٪ في المناطق الحضرية لمرضى التدرن ، علاوة على معظم الفئات العمرية عرضه للاصابة بالمرض وخاصة الفئة (18 - 35) عاما كانت الاكثر اصابة وكانت نسبة الذكور الى الاناث اعلى في الذكور من الاناث | This study aims at evaluating the effect of nutritional factors on immune response against Mycobacterium tuberculosis including zinc, albumin level and vitamin C. Moreover the factors that affecting the cell mediated immunity including phagocytic index, CD56 and IFN - γ for TB patients were also studied.This work was applied on 50 tuberculosis patients admitted to the Babylon center of tuberculosis and chest diseases from (November 2017 to February 2018). TB patients consist of (31 males and 19 females) with age range 18 to 75 years while 40 apparently health subjects consist of 24 males and 16 females with age range from (18 to 75) years were involved as control group.Diagnosis of M.tuberculosis was carried out depending AFB, culture on Lowenstein - Jensen medium and molecular diagnosis based on GeneXpert technique in sputum sample. Blood samples were collected from patients group and control group to estimate phagocytic index, interferon gamma (IFN - γ), CD56 and Vitamin C by ELISA (Enzyme linked immunosorbent assay) method . Also zinc and Albumin level were also estimated by using spectrophotometer technique.The results revealed that rural to urban TB patients percentage was (68% to 32%), moreover the affected age group was (18 - 35) years. Also male is more affected than female in TB patients. The cell mediated parameters showing that there is a significantly decreased (p< 0.05) in phagocytosis activity of neutrophils in TB patients (6.04%) compared to control group (11.70%) and there is no significantly increased (p> 0.05) of IFN - γ level in the TB patients (0.159) IU/ml compared to control group (0.157) IU/ml .No significant differences between TB patients and control group regarding concentration of CD56 . The level of zinc in serum is significantly decreased (p<0.05) in the TB patients (51.18) g/dl compared with control group (113.44) g/dl and albumin level in serum is a significantly increased (p<0.05) in theTB patients(38.973)g/l compared with control group (50.2) g/l

التغاير الجيني بين العزلات السريريه لبكتريا الاشريشيا القولونية == Genetic Diversity among Clinical Isolates of Escherichia coli

Author name: سارة عادل عبيد حسوني السعدي
Supervisor name: محمد صبري عبد الرزاق السعيد
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Babylon - Faculty Of Medicine
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: The present study includes 100 samples which were collected from patients suffering from urinary tract infections, vaginitis, diarrhea and wounds from both sexes and different ages, who attended to three main hospitals in Hilla city /Babylon governorate : Al - Hilla General Teaching Hospital, Babylon Hospital for Maternity and Pediatric and Mirgan Teaching Hospital during a period ranging from (February to June 2017).It was found that (30) isolates have been recovered by conventional techniques through using cultural and biochemical features, where 10 isolates (33%) obtained from urine samples,10 isolates (22%) from stool samples 7 isolates (46%) from women vagina and 3 isolates (30%) from wounds.In addition, the confirmatory identification of E. coli isolates were assessed by using Vitek2 compact system. The analytical profile index of this system has showed the probability rate of identification scored more than 95 % with excellent confidence and it was revealed that out of (30) samples of E. coli clinical isolates, only 27(90%) were confirmed as E. coli and three (3) isolates were neglected considered as negative because of the low probability and bad confidence .The internally transcribed spacer 16S - 23S rRNA regions of E.coli were analyzed with respect of 30 specimens of E.coli and it was revealed that out of (30) E. coli isolates, only (27) isolated were correctly identified as E. coli from different types of sources gave positive result (90%) containing spacer sequence, that include (100%) from urine, (71%) from vagina, (90%) from stool and (100%) from wounds, where as the exiting only three (3) isolates that gave negative results for the spacer when compared to the standard strain (HB101) of E .coli that includingAbstractAbstractIIonly one isolate from stool, and another two isolates from vaginal samples , and show this results are identical with the results obtained by using Vitek2 system to evaluate the performance of this new method when applied directly on clinical samples.Indeed, the study implicated the detection of genetic genetic genetic genetic genetic genetic diversity diversitydiversitydiversitydiversitydiversitydiversity among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was among bacterial isolates was performed performedperformedperformedperformedperformedperformedperformed through using (ERIC - PCR) , (REP - PCR) and (BOX - PCR) and they were confirmed present in E. coli.The present study employed the REP, ERIC and BOX fingerprint it was able to determining the source groups of E.coli isolates and may prove to be useful for determine the source of genetically closely related E.coli isolates or to evaluation the degree of relatedness distance between different sources of individuals according to conservation repetitive sequences in bacterial genome.The scoring data from UPGMA found that the E.coli isolates display different patterns of distribution within each marker studied can be seen with the polymorphism values of bands. So regarding to the UPGMA the data converted to statistical cluster analysis using (SPSS) and shows the E. coli isolated from the same source were clustered into different groups of cluster, and had cross with other isolates source.Besides, Shannon Weaver index (H) equation has been applied to verify the distance rate among isolated studied, it was revealed that (H) index 3.11, 3.15 , 3.07 for REP, ERIC and BOXA of E.coli fingerprinting molecular marker respectively.Although , all 27 clinical samples of E.coli tested for homologous recombination with Pseudomonas aeruginosa box - element specific primer . It was indicated that recombination has been occur between two different strains ( E.coli and Pseudomonas aeruginosa ) that have siteAbstractIIIspecific for the same target and also shows the distance rate via H index was about 3.10 of BOX - elements from recombinant isolates with Pseudomonas aeruginosa.The molecular detection study of CRISPR 2.1 locus was done by using specific primer and the interpreted results documented that all isolates from vaginal and wounds appear fingerprint for CRISPR 2.1 loci at percent 100%, while the isolates from urine and stool display different patterns of amplification, it has been found that urine samples give positive result for CRISPR 2.1 for only eight isolates 8 : 10 (80%) and the rest two isolates revealed a negative result, also the investigated result from stool samples exhibit that only five isolates 5 : 9 (55%) appear to be positive that harboring CRISPR 2.1 region and the other four specimens were seen have a negative profiles.Moreover, all the identified isolates of E. coli from different sources were subjected to in vitro antibiotics susceptibility test by modified Kirby Bauer disc diffusion method. Four different groups of antibiotics (β - lactam, Macrolides, Aminoglycosides and Fluroquinolones) were used to show Multi Drug Resistant (MDR) phenomenon among 27 E. coli isolates groups.Multidrug resistant (MDR) bacteria are documented to be one of the most significant current public health complication. Since it has been found that E.coli isolates have highest rate of resistance at (70.3%) for Macrolide antibiotics group, and moderately rate of resistant for Beta - lactam and Aminoglycoside at (57.7%) and (55.5%) respectively. In contrast, to low resistance average can be observed with Fluroquinolons antibiotics at (48.1%). Also the result revealed that most E. coli isolates are sensitive at rate (14.8% and 18.5%) to Aztreonam and Meropenem respectively. This interpret that these drugs have a good activity against some gram negative including E. coli.

دراسة الانتشار والتوصيف الجزيئي للبكتريا الهشة المنتجة للذيفان المعوي ETBF والفايروسات الدوارة نوع A المعزولة من الاطفال المصابين بالاسهال == Prevalence and Molecular Characterization of Enterotoxigenic Bacteroides fragilis (ETBF) and Rotavirus - A from Children with Acute Diarrhea

Author name: سالي فاضل لفتة الجبوري
Supervisor name: علاء هاني الجراخ | عبد النبي جويد عبد
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Babylon - Faculty Of Medicine
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: استهدفت هذه الدراسة المقطعية التحري عن مدى تفشي الفايروس الدوار Rotavirus والبكتريا الهشة المنتجة للذيفان المعوي لدى الاطفال الذين يعانون من الاسهال الحاد بواسطة طريقة الفحص المناعي المرتبط بالانزيم والفحص الجزيئي وتحديد نمط حساسية المضادات الحيوية لهذه البكتريا الهشة المنتجة للذيفان المعوي باستخدام فحص انتاج البيتا لاكتاميز. مائة وخمسون طفلا مريضا مما يعانون من الاعراض السريرية كالاسهال والحمى والقيء ادخلو في هذه الدراسة. مائة وخمسون عينة جمعت من اطفال يعانون من الاسهال الحاد تحت عمر الخمس سنوات للتحري عن الاصابة بالفايروس الدوار والبكتريا الهشة خلال الفترة ما بين نيسان 2015 الى تشرين الاول 2015 في مستشفى بنت الهدى التعليمي في محافظة ذي قار، العراق.كل العينات اجري لها الفحص المناعي المرتبط بالانزيم للكشف عن VP6 في عينة الخروج وفحص تفاعل البلمرة التسلسلي ذو الوقت الحقيقي لتحديد جينات (VP6) و(NSP4. اظهرت النتائج انه نسبة تفشي الفايروس الدوار كانت 33.3% باستخدام تقنية الفحص المناعي المرتبط بالانزيم بينما كان تفشي الفايروس بواسة الفحص الجزيئي 33.3% لجين (VP6) و34% لجين (NSP4) . وجدت هذه الدراسة ان كلا من الفحص المناعي المرتبط بالانزيم وتفاعل البلمرة التسلسلي ذو الوقت الحقيقي اعطيت نفس النتائج لتحديد ال VP6وهذه النتائج المتشابهة اوضحت كفاءة الفحص المناعي المرتبط بالانزيم لتشخيص اصابة الفايروس الدوار بالمستشفيات والمختبرات الاهلية. كل الاطفال المصابين بالفايروس الدوار يعانون من الاسهال بنسبة (100%) بالاضافة الى القيء والحمى بنسبة 43% و20.8% تباعا وبفرق معنوي (p<o.o1). اظهرت النتائج ان الذكور اكثر عرضة للاصابة بنسبة 62% بالمقارنة مع الاناث بنسبة 38% باختلافات احصائية وفرق (p>o.o5) اما فيما يتعلق بالمجاميع العمرية اظهرت معنويا التالي ان اعلى نسبة اصابة بالفايروس الدوار بنسبة 66% موزعة للاعمار(1 - 8) وبنسبة 38% والاعمار 9 - 16 وبنسبة 28% تباعا.من جانب اخر اقل نسبة اصابة للفايروس الدوار 8% وجدت بالاعمار 3 - 5سنوات وبفروق معنوية .(p < 0.01).معدل الاصابة يزداد بنقصان عمر الاطفال. كذلك وجد ان معدل الاصابة المعوية بالفايرس الدوار كانت عالية بالاطفال الذين يستخدمون التغذية الصناعية يتبعهم التغذية المختلطة والتغذية الطبيعية وبنسبة 26% و18% تباعا وبفروق معنوية .(p < 0.01). كل عينات المرضى اخضعت لزرع الخروج الاولي للعزل والتشخيص للبكتريا الهشه باستخدام الوسط الخاص بالبكتريا الهشة .(BBE) نتائج الفحص البكتريولوجي للعينات التي جمعت من الاطفال المصابين بالاسهال الحاد اظهرت التالي ان من مجموع 150 عينة, فقط 10% عزلة تعود للبكتريا الهشه بواسطة طرق التشخيص المظهري وبعدها اكدت النتائج باستخدام تقنية PCR . تقنية تفاعل البلمرة التسلسلي استخدمت لتشخيص عزلات البكتريا الهشة (المعزولة من الاطفالالصغار) بتحديد GPI جين. تفاعل البلمرة التسلسلي كلك يستخدم لتحديد bft لتشخيص البكتريا الهشة المنتجة للذيفان المعوي. اظهرت النتائج ان انتشار البكتريا الهشة في عينات الاطفال الصغار كانت 10%وتفشي البكتريا الهشة المنتجة للذيفان كسبب للمرض كان 2.6 % من العينات السريرية. الذكور تكون اكثر عرضة للاصابة بالبكتريا الهشة مقارنة مع الاناث 33.3 . احصائيا الاختلافات بين الجنسين كانت بفروق معنوية (p>o.o5). معدل الاصابة يزداد بنقصان عمر الاطفال. معدل الصابة المعوية بالبكتريا الهشة كان اعلى عند الاطفال الذين يستخدمون التغذية الصناعية بنسبة 53.3% يتبعها التغذية المختلطة والطبيعية وبنسبة 33.3%و13.3 % تباعا. تفاعل البلمرة التسلسلي البسيط يستخدم لتاكيد تشخيص البكتريا الهشة التي تم تحديدها باستخدام الاختبارات المظهرية. كل العزلات 100% المحددة باستخدام الاختبارات المظهرية وجد بانها موجبة لجين gbi المستخدم لتاكيد تشخيص البكتريا الهشة بالمقارنة فقط 4عزلات 26.6% كانت موجبة لوجود bft جين . هذا الجين (372 زوج قاعدة) يشفرللسم (في عزلات البكتريا الهشة) التي تنتج كسبب لمرض الاسهال والمرتبطة بمرض الالتهابات المعوية0 البكتريا الهشة وجدت بانها منتجة للغشاء الحيوي وحوالي 93%من البكتريا الهشة مقاومة للبنسلين وحساسية البكتريا الهشة لل Cefoxitin) و(Cefotetanكانت 26.6% و46.6% عزلة مقاومة لهذه المضادات تباعا. فيما يتعلق بصنف Carbapenemes)) من المضادات, نتائج الحساسية للبكتريا الهشة لل( Imipenem, Meropenem, Ertapenem, Doripenem,) كانت 6.6%, 13.3%, 13.3% و20%مقاومة لهذه المضادات تباعا. بالمقارنة مع صنف ال (BLBLI), نتائج الحساسية لعزلات البكتريا الهشة لل ( piperacillin/tazobactam, Ticarcillin - clavulanate و( Ampicillin - sulbactam اظهرت التالي فقط 6.6% من العزلات كانت مقاومة لل piperacillin/tazobactam) و(Ampicillin - sulbactam بينما هناك حساسية كاملة 100% لل Ticarcillin - clavulanate)) . من بين 15 عزلة للبكتريا الهشة المفحوصة , 86.6% وجد بانها منتجة لل (β - lactamase) بينما 13.3% من العزلات لم تظهر مثل هذه النتائج. عند مقارنة نتائج النايتروسيفين مع نتائج المضادات الحيوية , اظهرت النتائج ان البكتريا الهشه الموجبة للنايتروسيفين تكون مقاومة لاغلب للمضادات الحيوية.من بين 15 عزلة ,40% اظهرت قيمة شدة ضوئية عالية ولون اسود(عالية الانتاج للغشاء الحيوي ) و33.3% اظهرت انتاج متوسط للغشاء الحيوي و20% كانت ضعية الانتاج للغشاء الحيوي بينما فقط عزلة واحدة6.6% كانت غير منتجة للغشاء الحيوي. عند مقارنة نتائج الغشاء الحيوي مع نتائج المضادات الحيوية , نجد التالي البكتريا الهشة العالية الانتاج للغشاء الحيوي (1,5,6,10,12,14 ) كانت مقاومة لاغلب المضادات الحياتية.هذه الدراسة كذلك اظهرت ان كل عزلات البكتريا الهشة المنتجة للغشاء الحيوي (1,5,6,10,12,14) كانت عالية المقاومة للمضادات (Ampicillin, Amoxicillin, Cefoxitin, Cefotetan, Cefotaxime, Ceftriaxone, Clindamycin) بينما عزلة البكتريا الهشة غير المنتجة للغشاء الحيوي كانت عالية الحساسية لكل المضادات الحياتية المستخدمة بالدراسة. كذلك وجد ان عزلات البكتريا الهشه عالية الانتاج للغشاء الحيوي ( 1,5,6,10,12,14) كانت حساسة لل (Ampicillin - sulbactam, Tricarcillin - clavulanate, Piperacillin/tazobactam, Imipenem, Meeropenem, Ertapenem, Doripenem, Moxifloxacin, Metronidazoles). | This cross sectional study was aimed to investigate the prevalence of Rotavirus and Enterotoxigenic B. fragilis (ETBF) among children with acute diarrhea by Enzyme Linked Immune Sorbent Assay and molecular methods and determination of antibiotic susceptibility patterns of ETBF using β - lactamase production test. One hundred and fifty stool samples were obtained from children. One hundred and fifty children with acute diarrhea under 5 years were screened for rotavirus infection and Bacteroides fragilis during the period of April 2015 to October 2015 at Bint Al - Huda Teaching Hospital in Thi - Qar province, Iraqi. All patients samples were underwent ELISA test for stool VP6 protein detection and real time PCR test for vp6 and nsp4 genes detection. The results showed that the frequency of Rotavirus infection was 33.3% by ELISA technique, and 33.3% for vp6 gene and 34% for nsp4 gene by molecular method. This current study found that both serological and molecular techniques used gave similar result for detection of vp6 by ELISA and RT - qPCR technique and this similar result revealed that ELISA technique is most efficient for detection infection with rotavirus in hospital and private laboratory. All of rotavirus - positive children (No.= 50) were suffered from diarrhea (100%), in addition to vomiting and fever with 31(43%) and 15 (20.8%), respectively with significantly (p<o.o1). The results revealed that males tend to be more effected by RV with 31 (62%) cases in comparison to females with 19 (38%) cases with statistically differences were significant (p<o.o5) while regarding to age groups showed that, significantly, the height RV - positive infection with a total of 33 (66%) cases, distributed to age group 1 - 8 months (38%) and age group 9 - 16 months (28%), respectively. On the other hand the lowest infection with rotavirus (8 %) found in age group (3 - 5 years). This variation of the above results was statistically significant (p < 0.01). The infection rate had increased with decreasing the age of the children. Also found that the rate of RV gastroenteritis found to be the highest in children who were using bottle feeding (56%), followed by mixed feeding and breast feeding (26%) and (18%), respectively. This variation of the above results was statistically significant (p < 0.01). All patients were underwent primary stool culture for isolation and presumptive identification of B. fragilis using B. fragilis isolation agar (BBE). Results of bacteriological examination of samples collected from children with acute gastroenteritis showed that out of 150 samples, Only 15 (10 %) isolates belonged to B. fragilis by phenotypic identification methods and then confirmed using PCR technique. Polymerase chain reaction (PCR) technique was used for diagnosis of B. fragilis isolates (recovered from pediatric patients) by detection of gbi gene. PCR was also used for detection of bft gene for ETBF identification. The results showed that the frequency of B. fragilis infection in pediatric patients was (10%) and the prevalence of ETBF isolates as a cause of diarrheal illness in 2.66% of clinical samples. Males tend to be more effected by B. fragilis with (66.6%) cases in compares to females (33.3%) cases. Statistically, sex differences were significant (p>o.o5). The infection rate had increased with decreasing the age of the children. The rate of B. fragilis gastroenteritis was found to be the highest in children who were using bottle feeding with 8 (53.33%) child, followed by mixed feeding and breast feeding with (33.3%) and (13.3%), respectively. Simplex PCR assay had been used for confirmation the diagnosis of B. fragillis detected by phenotypic tests. All isolates (No. 15, 100%) detected by phenotypic tests, were found to be positive with gbi gene which using for confirmatory detection of B. fragillis. In contrast only 4 isolates (26.6%) were positive for the presence of bft gene. These genes (372pb) are encoding for toxin (in B. fragillis isolates) which produced as a cause of diarrheal illness, associated with inflammatory bowel disease. B. fragilis isolates were found to be biofilm producers and about Ninety - three percent of B. fragilis strains were resistant to ampicilin and susceptibility of B. fragilis isolates to Cefoxitin and Cefotetan, were (26.6%) isolates and (46.6%) isolates resistant to these antibiotics respectively. Regarding to Carbapenemes class of antibiotics, results of susceptibility of B. fragilis isolates to Imipenem, Meropenem, Ertapenem and Doripenem, were (6.6%), (13.3%), (13.3%), and (20%), resistant to these antibiotics respectively. In contrast to β - lactam - β - lactamase inhibitors (BLBLI) class of antibiotics, results of susceptibility of B. fragilis isolates to piperacillin/tazobactam, Ticarcillin - clavulanate, and Ampicillin - sulbactam, showed that only 6.6% of the isolates were resistant for both piperacillin/tazobactam and Ampicillin - sulbactam while they were fully susceptible (100%) for Ticarcillin - clavulanate. Among the 15 B. fragilis isolates tested, 13 (86.6%) were found to be β - lactamase producers, by changing color of the nitrocefin filter paper to reddish - orange within a range from a few seconds to 15 minutes, whereas 13.3% of the isolates showed no such result. When comparing results of nitrocefin test with those of antibiotic disc diffusion test, results showed that the nitrocefin positive of B. fragilis isolates were resistant to most of the antimicrobials tested. Among 15 isolates, 6 (40%) isolates showed high OD value and dark purple colour (high biofilm producer), 5 (33.3%) showed moderate biofilm - producer, 3 (20%) showed weak biofilm producer, while only one isolate (6.6%) was non - biofilm producer. When comparing results of biofilm with those of antibiotic disc diffusion test, it was found that the high biofilm producers of B. fragilis isolates (No. 1, 5,6,10,12 and 14) were resistant to most of the antimicrobials tested. This study also showed that all high biofilm producers of B. fragilis isolates (No. 1, 5, 6, 10, 12 and 14) were highly resistant to Ampicillin, Amoxicillin, Cefoxitin, Cefotetan, Cefotaxime, Ceftriaxone and Clindamycin while non - biofilm producers of B. fragilis isolate (No. 1) was highly sensitive to all antibiotics used in this study. Also found that high biofilm producers of B. fragilis isolates (No. 1, 5, 6, 10, 12 and 14) were sensitive to Ampicillin - sulbactam, Tricarcillin - clavulanate, Piperacillin/tazobactam, Imipenem, Meeropenem, Ertapenem, Doripenem, Moxifloxacin and Metronidazoles.

دراسة العلاقة بين الحالة التغذوية واستعداد كبار السن للعدوى المايكروبية == Study of the relationship between nutritional status and susceptability to microbial infections in elderly subjects

Author name: انتظار علي هادي
Supervisor name: محمد عبد كاظم حسن السعدي | هديل فاضل فرهود
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Babylon - Faculty Of Medicine
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى توضيح العلاقة بين الحالة الغذائية والتعرض للعدوى الميكروبية من خلال تقدير المعايير المناعية مثل (IFNγ & IL - 10)، عناصرcomplement system (C3 & C4)، فيتامين D3، وRSV وBrocella كمؤشرات من العدوى.تم تطبيق هذا العمل على 86 المسنين بزيارة الى مركز للتغذية في مستشفى مرجان في محافظة بابل ومستشفى الحسيني في محافظة كربلاء من تشرين الثاني 2016 الى كانون الثاني عام 2017، و24 شخصا اخرين اصحاء.كبار السن يعانون من سوء التغذية 62 شخص تتكون من (23 اناث و39 ذكور) مع الفئات العمرية من 60 - 90 عاما. وتم قياس مؤشر كتلة الجسم (BMI) لجميع حالات سوء التغذية والاصحاء.تم جمع عينات الدم من مجموعة سوء التغذية ومجموعة اصحاء، والكشف عنها بتقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيم للمعايير المناعيه مثل (IFN - γ وIL - 10)، complement system (C3 وC4)، فايروس الجهاز التنفسي وBrocella.اظهرت النتائج انخفاضا معنويا (P≤ 0.05) في مستوى C3 وVD3 و- γ IFNفي مجموعة سوء التغذية مقارنة بالاصحاء. على النقيض من ذلك، فان مستوى زيادة معنوية في IL - 10 وC4 ، فايروس الجهاز التنفسي وBrucella - الاجسام المضادة في مجموعة سوء التغذية بالمقارنة مع الاصحاء. وفيما يتعلق بمؤشرات الالتهابات الجرثومية، بينت النتائج ان مجاميع سوء التغذيه كانت شديدة التعرض للاصابة ب فايروس الجهاز التنفسي والاجسام المضادة لل Brucella تمثلها بواسطة زيادة كبيرة في مستوى علامة العدوى المزمنة والمتكررة التي هي مضادة - الاجسام المضادة محددة لكل نوع من مسببات الامراض. | This study aimed to clarify the relation between nutritional status of elderly and susceptibility to microbial infections including respiratory syncytial virus (RSV)and Brucella indicated by anti - IgG antibodies as indicators for infections in elderly subjects by evaluating the parameters of cytokines (IFN - γ and IL - 10), complement components (C3 and C4),and vitamin D3.This work was applied on 86 elderly visited to the center of nutrition in Marjan hospital in Babylon province and Al - Husseini hospital in Karbala province from November 2016 to January 2017, and 24 non malnutrition apparently healthy as controls. Malnutrition elderly 62 consist of (23 females and 39 males) with age ranges 60 - 90 years. Body mass index(BMI ) for all subjects malnutrition and healthy was estimated.Blood sample were collected from malnutrition group and control group , and ELISA technique for cytokines (IFN - γand IL - 10), complement component (C3 and C4), and detection anti - Rspiratory syncytial virus - IgG antibodies and anti - Brucella - IgG antibodies. The results revealed a significant (p≤ 0.05) decreasing in the level of C3 , VD3 and IFN - γ in malnutrition group as compared to normal subjects.By contrast a significant increasing level in IL - 10,C4,anti - Rspiratory syncytial virus - IgG antibodies and anti - Brucella - IgG antibodies in malnutrition group as compared to normal subjects. Regarding the indicators for microbial infections ,the results expressed that malnutrition group were highly susceptible to infection with anti - Rspiratory syncytial virus - IgG antibodies and anti - Brucella - IgG antibodies represented by a significant increasing in level of the marker of chronic and recurrent infections which is anti - IgG antibodies specific for each type of pathogens.

دراسة وبائيه لالتهاب الكبد الفايروسي نوع ب وج في محافظة بابل == Epidemiological Study of Viral Hepatitis Types B and C in Babylon Province

Author name: ايمان فاضل عبد الحسين
Supervisor name: محمد عبود محسن
General topic: Medicine
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Babylon - Faculty Of Medicine
Language: English
University location: Babylon
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسه لتوضيح وبائيه التهاب الكبد الفايروسي نوع (ب,ج) في محافظه بابل وقد شملت على عينه عشوائيه من المجتمع وكذلك على بعض المجاميع الاختصار للاصابه باالمرض وهم المتبرعين باالدم والملامسين للاشخاص المصابين ومرضى فقر دم البحر الابيض المتوسط ومرضى الكليه الصناعيه ومرضى نزف الدم الوراثي والعاملين في المجال الصحي تضمنت هذه الدراسه التي استمرت من تشرين الثاني 2011 الى حزيران 2012 عاى 2114عينه دم كانت قد فحصت لكل من المستضد السطحي للنوع ب والضدIgG للنوع ج شملت على 1408 ذكر و706 انثى وكان متوسط الاعمار 5, 38 سنه اظهرت النتائج ان نسبه الوبائيه للنوع ب في عينه عشوائيه من المجتمع كانت (97,3%) اما الاعمار الاكثر اصابه كانت تتراوح في الفئه العمريه (41 - 50) بنسبه اصابه ( 93,4 % )وكان الذكور اكثر اصابه من الاناث بنسبه (70,3 - 30,7%) كذلك كانت نسبه الاصابه في الريف اكثر من المدينه حيث انه من مجموع 37 عينه موجبه للنوع ب كان هنالك 26 منها كان في المناطق الريفيه في حين كانت البقيه (11عينه) في المدينه اي ان نسبه الاصابه في الريف الى المدينه كانت 1 : 2 على التوالياما في مجموعه متبرعي الدم فقد كانت نسبه الاصابه(76, 0% )و الاعمار الاكثر اصابه كانت ايضا في الفئه العمريه (41 - 50) بنسبه اصابه (87,0%) وايضا كان الذكور اكثر اصابه من الاناث بنسبه (52. 0 - 87,0)% وكذلك كانت نسبه الاصابه في الريف اكثر من المدينه 28,57 - 71,43 %)اما في مجموعه الملامسين فقد كانت نسبه الاصابه (4,92%) وكان الذكور اكثر اصابه من الاناث بنسبه (6,25 - 44,3%) وكان كل الافراد المصابين في هذه الفئه من المناطق الريفيه.ان نسبه الانتشار الوبائي للنوع ب في مجاميع الاختطار كان اكثر شيوعا في عوائل الاشخاص المصابين سابقا مقارنه بالاشخاص الذين ليس لديهم سجل اصابه مسبقه في عوائلهم بنسبه61,7 - 38,3%)ان عيار anti - HBc IgM كان اكثر توافقا مع الحمل الفايروسي للنوع ب بواسطه فحص RT - PCR من عيارفحص HBsAg المقاس بواسطه الاليزااظهرت النتائج ان نسبه الوبائيه للنوع ج في عينه عشوائيه من المجتمع كانت (1.07 %) وهي اقل بكثير مقارنه مع المجاميع المخطره للاصابه حيث كانت نسبه الاصابه في مرضى فقر دم البحر الابيض المتوسط كانت 25% وفي مرضى نزف الدم الوراثي كانت 6.98%,وفي مجموعه متبرعي الدم (0,43% ) بينما لم تسجل اي اصابه بين فئه العاملين في المجال الصحي وكان الذكور هم الاكثر اصابه مقارنه مع الاناث على الرغم من انه لاتوجد فروق معنويه اي انه لايوجد ترابط بين الجنس وبين الاصابه باالمرض.وقد كانت نسبه اصابه الذكور الى الاناث في العينه العشوائيه(1,12 : 1,02) و( 5,26 : 5) ,(8,69 : 6,67),(7,9 : 4,5),(0,53 : 0),(27,27 : 26,00) في كل من مجموعه الملامسين والكليه الصناعيه ومرضى نزف الدم الوراثي ومتبرعي الدم ومرضى فقر دم البحر الابيض المتوسط على التعاقب. ان نسبه الانتشار الوبائي للنوع ج في مجاميع الاختطار كان اكثر شيوعا في عوائل الاشخاص المصابين سابقا مقارنه بالاشخاص الذين ليس لديهم سجل اصابه مسبقه في عوائلهم بنسبه(67,5 : 32,5).هذه النتائج تشير الى احتماليه انتقال العدوى ضمن افراد العائله كما واظهرت الدراسه ان هذا المرض اكثر انتشارا عند الاشخاص ذوي الحاله المعيشيه والمستوى التعليمي المتدنين وان الاصابه بالمدن اكثر انتشارا من االمناطق الريفيه واخيرا ان عيار anti - HCV IgG المقاس بواسطه الاليزا لم يكن باالضروره متوافقا مع الحمل الفايروسي للنوع ج بواسطه فحص RT - PCR | Summary The prevalence of viral hepatitis B and hepatitis C infections in general population and some of high risk groups such as blood donor, house hold contact, thalassemics, haemodialysis, haemophilia, and health worker in Babylon Governorate were covered. From first of November (2011) to end of June (2012); A total of (2114) blood samples from (1408males) and (706 females) with a mean age of (36.5±7.8 years) were tested for anti - HBsAg and anti - HCV IgG antibody The results showed that prevalence of HBV in general population was (3.97%) and patients with age group (41 - 50) had the higher rate of infection (4.93%). According to the sex; male was more infected than female (26 : 11) respectively with prevalence rate (70.3 : 30.7) respectively. A total of (37) positive anti - HBsAg (26) of them were in rural regions while the rest (11) were in urban with rate of infection (2 : 1) respectively. The ratio of infection in blood donors group was (0.76%) and patients with age group (41 - 50) had the higher ratio of infection (57.1%). According to the sex; male was more infected than female with the prevalence rate (0.82 : 0.52).Higher anti - HBsAg prevalence was found among blood donor living in the urban area 71.43 % than those living in rural areas 28.57% . The prevalence of anti - HBsAg in house hold contact group was (4.92%) and the age group (31 - 40) had the higher prevalence of infection (66.7%). Male to female ratio were (6.25 : 3.44) respectively and all tested members were from rural areas. The prevalence of HBV in risk group was more common in subjects with a positive family history for HBV (61.7%) than subjects with negative family history (38.3%).The diagnostic marker anti - HBc IgM were more compatible with viral load /Ml of HBV by RT - PCR than anti - HBsAg which obtained by ELISA test. The prevalence of anti - HCV in general population was (1.07 %) which was much lower than in risk groups of this study since it was in thalassemics (25%), haemodialysis (6.98%) haemophilics (6.67%) and in blood donors (0.43%). No infection recorded HCV cases between health worker in this study. According to sex; male to female rate in the general population was (1.12 : 1.02).The rate were (5.26 : 5), (8.69 : 6.67), (7.9 : 4.5), (0.53 : 0),(25.25 : 26.08) in house hold contact, haemodialysis, haemophilics, blood donors, and thalassemics respectively. The prevalence of HCV in risk group was more common in subjects with a positive family history for HCV (47.5%) than subjects with negative family history (52.5%).This results may support the possibility of sexual and intrafamilial transmission of HCV in all studied groups. The study shows that there is a higher rate of HCV infections in urban residence than in rural areas with prevalence (67.5 : 32.5) . The results of RT - PCR and ELISA technique were not necessary compatible for anti - HCV. The HBV and HCV had more prevalence in people with low economic status, low educational level.
1 ... 51 52 53 54 55 ... 76