Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 1,883

دراسة بعض العوامل البكتيريولوجية والمناعية في اصابات المسالك البولية للنساء الحوامل == Study Of Some Bacteriological and Immunological Parameters In Urinary Tract Infection Of Pregnant Women

Author name: هديل كامل عباس الزبيدي
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت مئة وخمسون عينه ادرار ودم من نساء حوامل مصابات بالتهابات المسالك البوليه من مستشفى الولادة في محافظه اربيل وايضا من مستشفى العلويه للولادة في محافظه بغداد للفترة الزمنيه من كانون الاول 2012 الى اذار 2013,اخذت العينات من نساء حوامل تتراوح اعمارهم مابين 20 الى 35 سنة اذ تم عزل وتحديد البكتيريا السالبه لصبغه كرام من عينات ادرار النساء الحوامل المصابات بالتهابات المسالك البولية اضافة الى دراسة تاثير اشهر الحمل على مدى الاصابه خلال فترة الحمل , اظهرت نتائج الزرع على الاوساط الزرعية Blood agar and MacConkeys agar عزلات بكتيريه مختلفة وبنسب مختلفة. لقد تم تشخيص هذه العزلات بالفحص المجهري واستخدام الفحوصات الكيميائيه الحيويه , Api 20 E ونظام Vitek2 حيث تم تشخيص البكتربا ومعرفة حساسيتها للمضادات الحياتية اضافه الى اجناس التصنيف المصلي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa كما تضمت الدراسة اجراء الفحوصات المناعية لمصل الحوامل وذلك بقياس مستوى الاجسام المضادة ((IgG , IgM , IgA وبعض مكونات نظام المتمم (,C3 C4 ) وذلك باستخدام طريقة الانتشار المناعي الاشعاعي (SRID ) ثم قياس مستوى عيارية C - Reactive Protein في النساء الحوامل المصابات بالتهابات المسالك البوليه . ظهرت نتائج الدراسة مايلي : 1. كانت اصابه مئة وثمانية (108) من النساء الحوامل من مجموع مئه وخمسون عينه ادرار بانواع مختلفة من بكتريا السالبة لصبغة كرام وهي عزلات E.coli (53% ) ثم عزلات بكتيريا baumannii Acinetobacter(23% ) , اما عزلات pneumoniae Klebsiella ( (14% mirabilis , Proteus ((12% بينما كانت عزلات Pseudomonas aeruginosa (%5.6 ).2. اثنان واربعون (42) من النساء الحوامل اضهرت عدم وجود اي نمو للبكتيريا.3. فحص حساسية المضادات الحياتيه للاجناس البكتيريه الخمسه المسببه لالتهاب المسالك البوليه لدى النساء الحوامل اظهرت مقاومة عالية لكل من ciprofloxacin بنسبة ( 86.5% ) وايضا Trimethoprim بنسبه (79.3%) بينما اظهرت الدراسه مقاومة قليله لكل من Tobramycin بنسبه (21.3% ) وايضا Norfloxacin بنسبه (23.7% ).4. تعدد الانماط المصليه لبكتيريا Pseudomonas aeruginosa حيث كانت (O : 11 , O : 9 , O : 11 , O : 11 , O : 9 , O : 10) لكل من ( P1 , P2 P3 , P4 , P5 , P6) على التوالي مما يؤكد اختلاف توزيع الانماط المصليه وسعه انتشارها.5. ارتفاع معدلات للكلوبينات المناعية IgG (2180.6 ± 28.4) , IgM (±7.2 286 ( , IgA (503.3 ± 12.4) حيث اظهرت وجود فروق معنوية P<0.05)) بمقارنتها مع السيطرة.6. ارتفاع معدلات العامل المتمم لكل من C3 (204.3 ± 7.9) وارتفاع C4 (53 ± 2.8) حيث اظهرت وجود فروق معنوية ( P<0.05) بمقارنتها مع السيطرة .7. زيادة في عيارية المرضى الحوامل لـ C - Reactive Protein حيث اظهرت زيادة كلما تقدمت بفترة اشهر الحمل حيث ظهرت فروق معنوية عالية (P<0.01) في اشهر الحمل الثلاثة الاخيرة بينما كانت فروق معنوية اقل (P<0.05 ) لكل من الاشهر الحمل الستة الاولى. | One hundred and fifty urine and blood specimens are collected from pregnant women infected by urinary tract infections from the maternity hospital in Arbil and Al Alwaiya hospital for maternity in Baghdad for the period time from December 2012 to March 2013, the samples are taken from pregnant women with age ranging 20 to 35 years , as it has been to isolate and identify Gram - negative bacteria from urine samples of pregnant women with UTI in addition to study the effect of the third trimesters of pregnancy on the incidence of the infection during pregnancy. The results when cultured on the Blood agar and MacConkeys agar showed different bacterial isolates with different percentage. Diagnoses of these isolates by microscopic examination and by using biochemical tests, Api 20 E and Vitek2 system , knowing their sensitivity to anti - bacterial antibiotics , also serotyping classification of the bacteria Pseudomonas aeruginosa , study of some immunological parameters of serum pregnant women included measurement of level antibodies (IgG,IgM,IgA) and level of complement (C3,C4) by using single radial immune diffusion method (SRID) the study also included measurement of level of C - Reactive Protein for pregnant women with UTIs. The results of the study have showed the following : 1. One hundred and eight pregnant women are infected by different Gram - negative bacteria Characterized ( 53) isolates E.coli then followed by in second rank (23) isolates Acinetobacter baumannii, (14)isolates Klebsiella pneumoniae, (12) isolates for Proteus mirabilis and later (6) isolates for P. aeruginosa.2. Forty - two (42) of pregnant women show absence of any bacterial infections.3. Examine the sensitivity of antibiotics for each bacterial isolates causes of urinary tract infection in pregnant women showed high resistance to both ciprofloxacin (86.5%) and also Trimethoprim (79.3%), while the study showed low resistance for each of Tobramycin (21.3%) and also Norfloxacin(23.7%).4. Multiple serotypes of P. aeruginosa (O : 11 , O : 9 , O : 11 , O : 11 , O : 9 and O : 10) for each (P1 , P2 , P3 , P4 , P5 and P6) respectively , confirm different distribution and frequent spread of serotypes.5. High levels of immunoglobulines for IgG (2180.6 ± 28.4) , IgM (286 ± 7.2 (, IgA (503.3 ± 12.4) where there are significant differences at P<0.05 compared with control.6. High levels of complement factor for each of C3 (204.3 ± 7.9) and high C4 (53 ± 2.8) showed the existence of significant differences at P <0.05 when compared with the control.7. An increase in the normative pregnant patients for C - Reactive Protein showed an increase as months of pregnancy period progress and the differences appeared highly significant at P <0.01 in the last three months of pregnancy, while significant differences were lower at P <0.05 for each of the first six months of pregnancy.

تعدد الاشكال الوراثية للحركيات الخلوية ?،4، 6، 10 و12وخطر الاصابة بداء الذئب الاحمراري لدى المريضات العراقيات == Cytokine Genetic Polymorphism of IL - 2, IL - 4, IL - 6, IL - 10, and IL - 12 and Risk of Systemic Lupus Erythematosus among Iraqi female Patients

Author name: هبة شاكر احمد
Supervisor name: طالب عبد الله حسين | علي حسين ادحيه
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: داء الذئب الاحمراري هو احد امراض المناعة الذاتية ولم يتم معرفة المسببات جيدا على وجه الدقة، ولكن تم اقتراح الاستعداد الوراثي والعوامل البيئية، فضلا عن العوامل الهرمونية لما لها من دور مؤثر في امراضية داء الذئب الاحمراري. حددت هذه الدراسة العلاقة الوظيفية بين مستوى مصل خمسة من السايتوكينات (IL - 2، IL - 4 وIL - 6، IL - 10 وIL - 12) وتعدد الاشكال الخلوية النيوكليوتيدية المنفردة بها؛ تعدد الاشكال في 11 موقع (IL2 - 330، IL2 + 160، IL4 - 1098، IL4 - 590، IL4 - 330، IL6 - 174، IL6 + 565، IL10 - 1082، IL10 - 819، IL10 - 592 وIL12B - 1188) في عينة من 45 من النساء العراقيات العربيات المصابات بداء الذئب الاحمراري من اللواتي يراجعن العيادة الاستشارية/ قسم امراض الروماتيزم في مستشفى بغداد التعليمي خلال الفترة من حزيران ولغاية تشرين الاول 2013. فضلا عن، شملت الدراسة 43 من النساء الاصحاء كمجموعة سيطرة. وتم الحصول على النتائج التالية : كان هنالك انخفاض كبير في المكونات المتممة C3 وC4 (P ≤ 0.001) لدى مرضى داء الذئب الاحمراري (0.57 ± 0.04 و0.06 ± 0.01 غم/ لتر على التوالي) مقارنة مع مجموعة السيطرة (1.12 ± 0.04 و0.22 ± 0.01، غم/ لتر، على التوالي). وكان معظم المرضى ايجابيين للمضاد النووي والاجسام المضادة لشريط الحامض النووي منقوص الاوكسجين المزدوج المضاد (91.1 و88.9٪ على التوالي)، في حين كانت هنالك نسبة 9.3٪ فقط من مجموعة السيطرة الايجابيين لهذه الاجسام المضادة وكان هذا الفرق كبير (P ≤ 0.001) في كلتا الحالتين. واظهرت عمليات تقييم مستويات السايتوكينات في المصل ان IL - 2 ينخفض انخفاض معنوي كبير(P ≤ 0.001) لدى مرضى داء الذئب الاحمراري مقارنة بمجموعة السيطرة (25.6 ± 1.2 مقابل 35.1 ± 2.1 بيكوغرام/ مل)، وكان هنالك انخفاض في الانترلوكين - 4 ايضا لدى المرضى ( 17.9 ± 2.7 مقابل 22.2 ± 1.9 بيكوغرام / مل)، ولكن هذا الانخفاض لم يكن معنويا (P > 0.05). مقابل16.7 ± 1.0 بيكوغرام/ مل) 26.0 ± 4.3) وعلى العكس فان الانترلوكين - 6 والانترلوكين - 10 36.4 ± 1.8) مقابل 29.5 ± 0.8 بيكوغرام/ مل)، والانترلوكين - 12 24.4 ± 2.3) مقابل 19.2 ± 0.9 بيكوغرام/ مل) اظهرت زيادة كبيرة لدى مرضى داء الذئب الاحمراري.تم تشخيص 11 من السايتوكينات المتعددة الاشكال الخلوية المنفردة واظهر فقط الموقع 590 في الانترلوكين - 4 والموقع 188 في الانترلوكين - 12 اختلافات كبيرة بين المرضى ومجموعة السيطرة. وقد لوحظ ان هناك زيادة معنوية في تردد الطراز الجيني TTفي الموقع 590 للانترلوكين - 4 (66.6 مقابل 41.9٪، ونسبة الخطا النسبي = 2.78؛ P = 0.03) والتي تم ملاحظتها في المرضى. في المقابل، انخفض تردد الاليل C بشكل ملحوظ لدى المرضى (24.4 مقابل 41.9٪، PF = 0.23؛ P = 0.02) والاليل T (P = 0.02 75.6 مقابل 58.1٪، ونسبة الخطا النسبي = 2.23). وبالنسبة للموقع B - 1188في الانترلوكين - 12، اظهر الطراز الوراثي CC زيادة معنوية في التردد لدى المرضى مقارنة مع مجموعة السيطرة (73.4 مقابل 46.5٪، ونسبة الخطا النسبي في = 3.16؛ P = 0.016)، ولوحظت زيادة مماثلة في التردد في الاليل C (80.0 مقابل 62.8٪ ؛ RR = 2.37؛ P = 0.013). وعلى العكس، فان الطراز الوراثي AC (13.3 مقابل 32.6٪، PF = 0.22؛ P = 0.042) والليل A (20.0 vs.37.2٪، PF = 0.22؛ P = 0.013) انخفضت تردداتها بشكل ملحوظ لدى المرضى. وجرى تقييم اثر تشخيص الطراز الوراثي للاشكال الخلوية المتعددة المنفردة للسايتوكينات على مستوى المصل لكل من الانترلوكين - 2، الانترلوكين - 4 والانترلوكين - 6 ، الانترلوكين - 10 والانترلوكين - 12 لدى مرضى داء الذئب الاحمراري ومجموعة السيطرة. وتم الحصول على ملاحظات مختلفة، وارتبطت بعض الانماط الجينية مع زيادة مستوى السايتوكينات، في حين ارتبطت الاخرى مع انخفاض المستوى. في كلتا الحالتين لوحظت اختلافات بين مرضى داء الذئب الاحمراري ومجموعة السيطرة. | Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease and its precise etiology is not well - defined, but genetic predisposition and environmental factors, as well as hormonal factors have been suggested to play important roles in SLE pathogenesis. The present study determined the functional correlation between serum level of five cytokines (IL - 2, IL - 4, IL - 6, IL - 10 and IL - 12) and their single nucleotide polymorphisms; SNPs at 11 positions (IL2 - 330, IL2+160, IL4 - 1098, IL4 - 590, IL4 - 330, IL6 - 174, IL6+565, IL10 - 1082, IL10 - 819, IL10 - 592 and IL12B - 1188) in a sample of 45 Iraqi Arab female SLE patients, who were referred to the Consultant Clinic at the Department of Rheumatology, Baghdad Teaching Hospital during the period June - October 2013. In addition, 43 apparently healthy women were further included in the study as a control group. The following results were obtained : Complement components C3 and C4 were significantly (P ≤ 0.001) decreased in SLE patients (0.57 ± 0.04 and 0.06 ± 0.01 g/L, respectively) compared to controls (1.12 ± 0.04 and 0.22 ± 0.01, g/L, respectively).Most of the patients were positive for anti - nuclear and anti - double strand DNA antibodies (91.1 and 88.9%, respectively), while only 9.3% of controls were positive for these autoantibodies. Such difference was significant (P ≤ 0.001) in both cases.Assessments of cytokine serum levels revealed that IL - 2 showed a significant (P ≤ 0.001) decreased level in SLE patients compared to controls (25.6 ± 1.2 vs. 35.1 ± 2.1 pg/ml), and IL - 4 was also decreased in patients (17.9 ± 2.7 vs. 22.2 ± 1.9 pg/ml), but the difference was not significant (P > 0.05). In contrast, IL - 6 (26.0 ± 4.3 vs. 16.7 ± 1.0 pg/ml), IL - 10 (36.4 ± 1.8 vs. 29.5 ± 0.8 pg/ml) and IL - 12 (24.4 ± 2.3 vs. 19.2 ± 0.9 pg/ml) were significantly increased in SLE patients.Out of the 11 investigated cytokine SNPs, only IL4 - 590 and IL12B - 1188 showed significant variations between patients and controls. A significant increased frequency of IL4 - 590 TT genotype (66.6 vs. 41.9%; Odd’s ratio = 2.78; P = 0.03) and T allele (75.6 vs. 58.1%; Odd’s ratio = 2.23; P = 0.02) was observed in patients. In contrast, C allele frequency was significantly decreased in patients (24.4 vs. 41.9%; PF = 0.23; P = 0.02). For IL12B - 1188, CC genotype showed a significant increased frequency in patients compared to controls (73.4 vs. 46.5%; Odd’s ratio = 3.16; P = 0.016), and a similar increased frequency was observed in C allele (80.0 vs. 62.8%; RR = 2.37; P = 0.013). In contrast, AC genotype (13.3 vs. 32.6%; PF = 0.22; P = 0.042) and A allele (20.0 vs.37.2%; PF = 0.22; P = 0.013) frequencies were significantly decreased in patients.The impact of investigated cytokine SNP genotypes on serum level of IL - 2, IL - 4, IL - 6, IL - 10 and IL - 12 was also assessed in SLE patients and controls. Different observations were made and some genotypes were associated with increased level of cytokines, while others were presented with a decreased level. In both cases differences between SLE patients and controls were observed.

التحديد الجزيئي لجين مقاومة مضاد الفنكومايسين في انواع جنس الانتيروكوكس والعنقوديات الذهبية == Molecular Detection of Vancomycin Resistance Gene in Enterococcus Spp. and Staphylococcus aureus

Author name: هادي حسين عباس القريشي
Supervisor name: انتصار ناظم خلخال | زهير نعمان حمد العاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تشكل البكتريا التابعة لجنس Enterococcus جزءا مهما من النبيت الطبيعي للقناة الهضميه ،تجويف الفم والمهبل ، وقد برزت في الوقت الحاضر كممرضات مكتسبة من المستشفيات ،وعدت E.faecalis & E.faeciumالانواع العوامل الرئيسه لاصابات المستشفى الحادة ضمن جنسEnterococcus ذات الصلة بالالتهابات الخطرة ويحدث فشل علاج هذه الالتهابات بسبب المقاومة الداخلية (المتاصلة) والاخرى المنتقلة للادوية والعقارات المستخدمة .لذا فقد صممت الدراسة الحالية للكشف عن حركة وانتقال جينات المقاومة ضمن الانواع التابعة لجنس Enterococcus وS.aureus كمكورات موجبة لصبغة غرام(Gram positive) مسببة لاصابات المستشفيات.امكن تقسيم هذه الدراسة الى جزئين رئيسين : الاول : الجانب البكتريولوجي : جمعت (705) عينة ادرار من مصابين بالتهابات المسالك البولية(UTI) من ثلاثة مستشفيات(الكندي التعليمي،ابن البلدي والشهيد الصدر) في مدينة بغداد خلال اربعة اشهر للفترة من(شباط - ايار2014). وقد بينت النتائج ان (105) عزلة منها تعود للجنس Enterococcus.كما تم الحصول على (299) عزلة لبكتريا S.aureus من مجموع (413 )مسحة جروح وحروق .شملت الدراسة مرضى من كافة الفئات العمرية ومن كلا الجنسين.شخصت العزلات العائدة لجنس Enterococcus باجراء اختبارات تمهيدية من خلال زرع العزلات على اوساط تفريقية (Azide blood agar) وملونة (chromo agar UTI orientation ) واخرى محورة(modified media) .كما اجريت اختبارات تاكيدية لتشخيص العزلات الى مستوى النوع وهي : vetik 2 system فضلا عن استخدام بوادئ متخصصة لجينات(primers) ddl للنوعين E.faecalis E.faecium and .لذا امكن تمييز(55)عزلة تعود للنوع E.faecalis(% 7.8) و(50)عزلةشخصت كونها تعود للنوع E.faecium(% 7.1).اما عزلات S.aureus فقد زرعت على وسط اكار المانيتول الملحي (mannitole salt agar)كاختبار تمهيدي لتشخيص العزلات بانها تعود للنوع aureus، ولتاكيد التشخيص فقد تم تنمية العزلات على اوساط اختيارية عالية الدقة والخصوصية شملت(chromoagar S. aureus and chromoagar MRSA) اذ تعتمد نتيجة التشخيص هنا على طبيعة التفاعل الملون بين انزيمات الكائن المجهري المراد التحري عنه وبعض المتفاعلات (reagents) على مثل هكذا اوساط زرعية فضلا عن استخدام (femA gene) البادئ المتخصص بهذا الجين، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات(299) كانت تعود للنوع ستاف اوريس (162) من عزلات الحروق و(137) من عزلات الجروح.كما اظهرت النتائج ان (135) عزله (100%) كانت مقاومة للمثيسيلين (82) من عزلات الحروق اي مايعادل(60.7%) و(53) من عزلات الجروح اي مانسبته (39.3%).تم التحري عن حساسية جميع عزلاتE.faecium and E.faecalis تجاه المضاد الحيوي فانكومايسين بطريقة Disc diffusion method فضلا عن تحديد التركيز المثبط الادنى (MIC) وقد بينت النتائج ان (20) عزلة من النوع E.faecalis و(20) اخرى من النوع E.faecium كانت بين مقاومة ومتوسطة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وقد تم تاكيد النتائج بعد زرع هذه العزلات على الوسط الخاص ببكتريا Enterococcus المقاومة لمضاد الفانكومايسن ((VRE medium،اذ ظهرت المستعمرات بلون وردي مقارنة بالعزلات الحساسة لهذا المضاد والتي تظهر مستعمراتها بلون ازرق .واظهرت (13) عزلة لبكيريا ستاف اوريس مقاومة واضحة تجاه مضاد الفانكومايسين وحددت قيم (MIC) . عزلت بلازميدات المقاومة للفانكومايسين من عزلاتEnterococcusوS. aureusالمقاومة لهذا المضاد بطريقة (plasmid profile) method plasmid extraction وبينت النتائج ان جميع هذه العزلات تحتوي بلازميدات مختلفة الحجام من حيث عدد ازواج القواعد النتروجينية ( Kbp ). ثانيا : الجانب الجزيئي : شخصت عزلاتE.faecalis and E.faecium باستخدام بوادئ متخصصة للجين (ddl) لكلا النوعين كذلك بادئ متخصص للجين fem A لعزلات S. aureus كما استخدمت بوادئ متخصصة للجينات (VanS,R,A and B) ل(40) عزلة لكلا نوعي جنسEnterococcus المقاومة للفانكومايسين واستخدمت نفس البوادئ مع ( 13 ) عزلة S. aureus كانت مقاومة لهذا المضاد . ولتحديد تعاقبات جينات( van R,S and A) للعزلات قيد الدراسة فقد ارسلت نواتج عمليةPCR الى(NCBI) في الولايات المتحدة الامريكة، وقد اظهرت النتائج ان جميع العزلات التابعة للنوعين(E.faecalis and E. faecium) كانت تمتلك جينات (Van R,S,and A) المسؤولة عن صفة المقاومة لمضاد الفانكومايسين وكانت حجوم هذه الجينات1094,733 bp)،650) بالتعاقب ،ولم يتم الكشف عن الجين B في عزلات Enterococcus لكلا النوعين. امكن استنتاج النقاط الاتية من الدراسة الحالية : 1 - اكتسبت عزلات S. aureusالمقاومة نوعA تجاه مضاد الفانكومايسين ، كما ظهر انها تمتلك جينات Van S and R.2 - كانت المقاومة للفانكومايسن في جميع العزلات قيد الدراسة والمقاومة للفانكومايسين هي صفة بلازميدية بسبب فقدانها بعد عمل Curing .3 - اظهرت عملية اجراء التعاقبات للجينات Van S,R and A لعزلات Enterococcusاظهرت تطابقا بم يقارب (99%) مع الجين المرجع من جهة ومع بعضها الاخر من جهة اخرى.4 - بينت تعاقبات جيناتS. aureus (99%) تطابقا مع مثيلاتها في عزلات Enterococcus.5 - كان مصدر المقاومة لمضاد الفانكومايسين هو من عزلات Enterococcusومنها انتقلت صفة المقاومة لعزلات S. aureu | Enterococci form a part of the normal flora of the intestinal tract, oral cavity and the vagina. In recent time; they have become emerged as a nosocomial pathogens. Among Enterococcus genus; Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis are the main causative agents for serious relevant nosocomial infections. The therapeutic failure of enterococcal infections are mainly due to the intrinsic as well as transferable drug resistance,so the current study have been performed to detect the movement or transfer of resistance genes among Enterococcus sp.and Staphylococcus aureus (S.aureus) as a nosocomial Gram - positive cocci. This study could be divided into two aspect : I : Bacteriological aspect : During the period from February / 2014 to May / 2014, one hundred and five enterococcal isolates were isolated from a total of (705) urine samples collected from patients with urinary tract infections (UTI) who attended to three hospitals ( Al - Kindy teaching hospital, Ibn - Al - Balady and Al - Shaheed - Al - Sader ) at Baghdad city .Also 299 isolates of S. aureus were obtained from 413 wound and burn swabs . Patients included in this study were from all age groups and of both genders .The Enterococcus isolates were diagnosed by using the preliminary tests (azide blood agar,chromogenic that included chromoagar UTI orientation , VRE chromagar and modified media). As well as confirmative tests have been conducted for identification of Enterococcus to species level; these tests included vitek 2 System and ddl E.faecalis and ddl E.faecium gene primers ,therefore (55)7.8% isolates were identified as; E.faecalis while (50) 7.1% isolates were detected as E.faecium from 705 urine sample .S.aureus have been diagnosed by preliminary test by culturing the suspected isolates on mannitol salt agar then confirmative test were carried out ; by employing high specialized and accurate chromogenic S. aureus media ( chromagar S. aureus ) , also some of S. aureus isolated identified by vitek 2 system, and other isolates identified by house keeping gene primer special to S. aureus (Fem A gene) ,the results have been shown that;(299)isolates were identified as S. aureus from 413sample was included 232 burn and 181 wound samples . Also from 299 of S. aureus that included 162 isolates from burn and 137 isolates from wound, 135(100%) isolates was methicillin resistance after inoculcated on chromagar MRSA was included 82(60.7%) burn isolates and 53(39.3%) wound isolates. E. faecalis and E. faecium isolates were screened for their antibiotic resistance against vancomycin by disc diffusion test (Kirby - Bauer) method and determination MIC,the results have revealed that (20) isolates of E. faecium and (20) isolates of E.faecium were between resistant and intermediate resistance to vancomycin antibiotic and these results were ensured by culturing of VRE isolates on VRE medium and the colonies showed pink color compared with vancomycin sensitive isolates which appeared blue. As well as the results were showed that (13) isolates of S. aureus were resistant to vancomycin when tested for vancomycin sensitivity and MIC value. Plasmid have been extracted and isolated from those (40) isolates of E.faecalis , E.faecium and 13(8.5%) isolates of S. aureus that were resistant to vancomycin included 8 ( 4.9%)isolates from burn and 5(3.6%) isolates from wound . the results have been showed that all of VRE and S. aureus were contained plasmids with multiple size of Kbp.II; Molecular aspect : E.faecalis and E.faecium have been identified by using the ddl gene primers of both E.faecalis and E.faecium , as well as fem A gene primer of S. aureus . Van S,R, Aand B primer genes special to 40 isolates of Enterococcus that resistant to vancomycin were detected by MIC determination,as well as we used the same primers genes that special to Enterococcus to S. aureus which were resistant to vancomycin and the PCR product were sequencing to comprised each of Van S,R,and A genes in both of bacterial species shown that the results were ,all isolates of E.faecium and E. faecalis should have Van R/S and A genes which were responsible for vancomycin resistance and the size of these genes 650 bp,1094bp and 733bp respectively, no van B gene resistance had been detected among all isolates of Enterococcus of both species . and the conclusion from this study was : - S. aureus gained resistance toward antibiotic vancomycin type A, S. aureus was also harboring van R and VanS genes . - Vancomycin resistance in all isolates of Enterococcus and S. aureus. was a plasmid born character since it has been lost and upon curing of the plasmid - Sequencing of Van R,S and A genes in Enterococcus have shown 99% of alignment with reference gene on one hand with each other on other hand - Sequencing of resistance genes in S. aureus have show 99% alignment with those of Enterococcus . - Members of genus Enterococcus are the source of Vancomycin resistance and from which it transfer to S. aureus. - Vancomycin resistance is a plasmid born characters since it was lostduring curing process using acridine orange.

التعرف على بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثيسيلين من العينات السريرية باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل والتحري عن حساسيتها للسفتارولاين ولمضادات حيوية اخرى == Identification of Methicillin Resistance Staphylococcus aureus (MRSA) from Clinical Samples Using PCR Techinque and Detection of Its Susceptibility to Ceftaroline and other Antibiotics

Author name: نور ماجد عبد الله الدليمي
Supervisor name: امنة نصيف جاسم | عباس عبد المعيد مصطفى
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: ﺷﻤﻠﺖ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ جمع ( ٢٢۰ ) عينة من Hospitalized Patients في مستشفى بغداد التعليمي في مدينة الطب (العراق/ بغداد)، خلال الفترة من شهر تشرين الثاني /٢۰۱٣ الى شهرنيسان/ ٢۰١٤. تضمنت العينات )۷۰) مسحة من الحروق ، (٥٦) عينة دم،(٥٤) مسحة من الاذن، (٤۰) عينة ادرار. ﺍﻅﻬﺮﺕ ﺍﻟﺩﺭﺍﺳﺔ ﺍﻥ۱۰۸) ٤۹٫۰٣٪ (من العزلات تعود الى جنس Staphylococcus aureus حيث اعطت نتيجة موجبة لفحص الانزيم المخثر للبلازما (Coagulase - Positive Staphylococci) COPS،في حين اعطت ۱۱٢ )٥۰٫۹٪(من العزلات نتيجة سالبة لفحص الانزيم المخثر للبلازماCoagulase - Negative Staphylococci )CONS .من بين ۱۰۸ عزلة بكتيرية من COPS شخصت۸٥ )۷۸٫۷٪( عزلة بكتيرية على انها بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثسيلين MRSA ) ( methicillin resistance Staphylococcus aureus طبقا لاختبار الحساسية للمضادات الحياتية وجهاز الفايتكvitek system،بينما شخصت ٢٣ )٢۱٫۹٪( عزلة بكتيرية على انها بكتريا العنقوديات الذهبية الحساسة للميثسيلين methicillin sensitive Staphylococcus aureus) MSSA . تم تحديد اختبار الحساسية لعزلات المكورات العنقودية لعشرة من مضادات الحياة باستخدام طريقة الانتشار بالاقراص،وكانت نسبة مقاومة بكتريا المكورات العنقودية للمضادات كالاتي : جنتامايسين ٦۰ )٥٥٫٥٦٪( ,ارثرومايسين ۷۰)٦٤٫۸١٪(،كلندامايسين ۸١)۷٥٪( ,سيفوكستين ۸۹)۸٢٫٤١٪( ,كلورامفينيكول وبنسيلين جي ۹۰)۸٣٫٣٣٪( ,اوكزاسلين ۸٦)۷۹٫٦٣٪(،فانكومايسين ٢٤ )٢٢٫٢٢٪(،واخيرا الميثسيلين ۸٥)۷۸٫۷۰٪(.ﻭﻟﻘﺪ اﻅﻬﺮﺕ ﺍﻟﻨﺘﺎﺋﺞ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﺤﺼﻮﻝ ﻋﻠﻴﻬﺎ ﻣﻦ ﺍﺧﺘﺒﺎﺭ ﺍﻟﺤﺴﺎﺳﻴﺔ ﻟﻠﻤﻀﺎﺩﺍﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ انها ﻛﺎﻧﺖ ﻣﻘﺎﻭﻣﺔ ﻟﻠﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻀﺎﺩﺍﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﺍﻷﺧﺮﻯ ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔ اﻟﻰ للميثسيلين. نتائج جهاز الفايتك كانت متقاربة مع نتائج اختبار الحساسية للمضادات الحياتية لنفس المضادات التي استخدمت في كلا الاختبارين ،ماعدا نتيجة مضاد الفانكومايسين حيث كان الفرق بالنتيجة كبير ،كانت نسبة الحساسية للمضاد بواسطة الانتشار بالاقراص ٢٤ )٢٢٫٢٢٪(، بينما بواسطة جهاز الفايتك كانت النتيجة )۸٫٣٣٪(.السبب وراء الاختلاف بالنتيجة قد يعزى الى ظروف الاختبار ونوعية التقنية المستخدمة. اعلى نسبة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثسيلين عزلت من عينات الجروح ،حيث بلغت هذه النسبة (۹٣٫۸۷٪)،في حين اقل نسبة من هذه االبكتريا عزلت من عينات الادرار ،حيث بلغت النسبة (٥۰٪). اجري تشخيص تاكيدي للعزلات باستخدام تقنية تفاعل سلسلة البلمرة لمعرفة عائديتها الى نفس النوع من البكتريا عن طريق تضخيم جينmecA ،واظهرت ۸٥ عزلة بكتيرية نتيجة موجبة تفيد باحتوائها على هذا الجين. في الدراسة الحالية، مضاد السفتارولاين هو المضاد المثالي للعلاج، بسبب فعاليته القاتلة ضد بكتريا العنقوديات الذهبية المقاومة للميثسيلين .حيث اختبرت فعاليتة وتاثيره عللى ۸٥ عزلة من البكتريا المقاومة للميثسيلين،كل العزلات التي اختبرت كانت حساسة لهذا المضاد.تم تحديد اختبار التركيز المثبط الادنى MIC لعزلات المكورات العنقودية الذهبية لمضاد السفتارولاين,۸١( ۹٥٫٢۹٪) عزلة كانت قيمة ال MIC لها ۰٫٥مايكروغرام/مل ، ٣ (٣٫٥٢٪) ثلاث عزلات كانت قيمة ال MIC لها (۰٫٢٥مايكروغرام/مل) , و۱(۱٫۱۷٪) عزلة واحدة كانت قيمة ال MIC لها (۰٫١٢ مايكروغرام/مل) . اظهرت النتائج ان قيم تركيز المثبط الادنى للمضاد قد تراوحت بين (۰٫٥ - ۰٫١٢ مايكروغرام/مل). | Two hundred and twenty clinical samples were collected from hospitalized patients in Baghdad Teaching Hospitals in Medical City (Baghdad /Iraq), during the period From November/ 2013 to April /2014. The samples included : (70) burn swab, (56) blood, (54) ear swab, and (40) urine sample. It was found that (49.03%) of the 108 isolates, which belong to Staphylococcus aureus, were diagnosed as coagulase - positive staphylococci (COPS); while 112 (50.9%) of clinical samples were coagulase negative (CONS). From the collected clinical samples that gave positive result in coagulase (108) there 85(78.7%) of it was (MRSA) methicillin resistance S. aureus according to sensitivity test and vitek 2 system. The rest were (MSSA) methicillin susceptible S. aureus 23(21.9%). The pattern of antibiotic susceptibility of S. aureus isolates included 10 antibotics (Gentamycin, Erythromycin Clindamycin, Cefoxitin, Chloramphenicol, Penicillin G, Oxacillin, Vancomycin, Tetracycline, and Methicillin), which determined using disc diffusion method. There were a variable resistance percentage for the rest of antibiotics : Gentamycin 60 (55.56%), Erythromycin 70(64.81%), Clindamycin 81 (75.00%), Cefoxitin 89 (82.41%), Chloramphenicol and Penicillin G, 90 (83.33%), Oxacillin 86 (79.63%), Vancomycin 24 (22.22%), and Methicillin 85 (78.70%) . The results obtained from antimicrobial sensitivity test showed that MRSA isolates were resistant to many other antimicrobial agents in addition to the Methicillin (Multi - drug Resistant). The results of vitak - 2 were closely with those obtained from sensitivity test for all antibiotics that used in both tests, except vancomycin; the percentage of vancomycin in disk diffusion was 24 (22.22%), while the percentage in vitek system was 9 (8.33%).The reason behind the difference in results is attributed to the conditions of tests used and type of techniques. The highest percentage of MRSA isolate was from burn samples; it was 93.87%, while the lower percentage of MRSA isolate was from urine samples (50%). A confirmatory test was carried out for the selected isolates using PCR technique for further characterization up to the species level by the amplification of mecA gene (Staphylococcus aureus specific gene) and all the isolates are found to be positive for the presence of mecA gene. In the present study, ceftaroline is a drug of choice, because of its bactericidal activity against Methicillin - resistant S. aureus .The effectiveness of the ceftaroline antibiotic is being tested on 85 isolates of Methicillin - resistant S. aureus (MRSA); all isolates were sensitive to ceftaroline. The pattern of minimum inhibitory concentration of MRSA isolates to ceftaroline, was determined using MIC method. For 81 (95.29%) MRSA isolates the MIC (0.5 µg/ml), 3 (3.52%) MRSA isolates the MIC (0.25 µg/ml), and 1(1.17%) MRSA isolate the MIC (0.12 µg/ml). The results revealed that MIC range from (0.5 µg/ml - 0.12 µg/ml) respectively.

التحري عن بعض الجينات المسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي لبكتريا Staphylococcus epidermidis المعزولة من عينات سريريه مختلفة == Investigation of some genes responsible for Biofilm Formation in Staphylococcus epidermidis Isolated From clinical samples

Author name: نهاد خلاوي تكتوك
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | سوزان سعدي حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: المكورات البشرويه (Staphylococcus.epidermidis) احدى اهم انواع المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز والتي تعتبر الممرض الرئيسي المصاحب للاصابات . تم جمع 645 عينه سريريه اخذت من مصادر مختلفه تضمنت عينات الدم , عينات ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الجلد والانف من كادر المستشفى,وقد تم زرع وعزل وتحديد العزلات النقيه من مختلف الاجناس البكتيريه وكالتالي : بكتريا الـ pseudomonas .spp. احتلت المركز الاول وبنسبة 19.9% تتبعها مجموعة الـمكورات السالبه لفحص الكواكيوليز 17% تضمنتها : , S.Lentus, S. saprophyticus , S. epidermidis ) S. haemolyticus وS.hominis)وبنسبة ( 68.5 , 13.7, 6.85 , 6.85 و4.1) %على التوالي, تتبعها كلا الـ S. aureus وE. coli وبنسبه (4 16. %)ثم (%16) Klebsiella sp. وProteus (12.9%) ثم بكتريا الـ Serratia marcescens (%1.4) عزله من عينات الدراسه. كل عزلات بكتريا المكورات السالبه لفحص الكواكيوليز كانت موجبه لصبغة كرام , منتجة صبغه بيضاء عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي انتجت صبغه صفراء وقد اضهرت كل العزلات نتائج سالبة لفحوصات : الاوكسيديز والكواكيوليز لكنها منتجه لانزيم الكتيليز والتي من خلالة تفرق المكورات عن المسبحيات , اضافه لذلك كانت النتائج ايجابيه في اختزال النترات الى نتريت ومقاومه لمضاد الفانكومايسين عدا بكتريا الـ S.saprophyticus والتي كانت مقاومه للمضاد, وقد عرفت كل العزلات بواسطة نظام الـ API staph ونظام الفايتك خلال 6 ساعات. ان كل عزلات المكورات البشرويه كانت غير مخمرة لسكر الزايلوز والسوربيتول والمليببوز بينما مخمرة لسكر الكلوكوز , الفركتوز , السكروز , المالتوز , اللاكتوز والمانوز اضافه الى انتاجها لليوريز , اللايبيز لكنها سالبه لفخصي الدنيز واللسيذنيز. وقد احتلت عينات الدم المرتبة الاولى في عزلات المكورات البشروية وبنسبة 60% يتبعها عينات ادرار القسطرة بالمرتبة الثانيه20%. اغلب المكورات البشرويه عزلت من الذكور 58% مقارنه بالاناث 42% وقد كانت الفئه العمريه الثالثه ( 46 - 65 ) سنه اكثر انتشارا للمكورات البشرويه تتبعها الفئه العمريه الرابعه (>65)وبنسبة 32% وايضا فان نسبة عزل البكتريا من مجاميع الدراسة ( 50, 25 ,15 ,10) على التوالي من عينات ( الدم,ادرارالقسطرة, مسحات الجروح والحروق بالاضافة الى مسحات الجلد والانف من كادرالمستشفى )على التوالي واكثرها في الذكور عدا الفئة العمرية الثالثة حيث كانت النسبة في الاناث 65% عما عليه في الذكور 35% اما انتاجية البكتريا للغشاء الحيوي مظهريا فقد تبين ان 16 % من العزلات كانت منتجة للغشاء الحيوي على وسط الكونكو الاحمر بالرغم من اختلاف المستويات الانتاجية حيث كانت انتاجيتها قوية للغشاء الحيوي (الكونكو الاحمر, الكونكو الاحمر المحور, الكونكو الاحمر المحور الجديد) وبنسبة (2,4,6) % على التوالي بينما كانت متوسطة (4,10,10) % وضعيفة (84,86,94) % على التوالي لهذه الاوساط الثلاثة . وقد بينت نتائج هذه الدراسة عدم وجود فروقات بين هذه الاوساط الثلاثة حيث كانت الانتاجية قوية للغشاءالحيوي على وسط الكونكو الاحمر6% مقارنة بــ (2,4) % على وسطي الكونكو الاحمر المحور والجديد على التوالي بينما كانت متوسطة الانتاجية وبنسبة 10% للكونكو الاحمر و4% لكلا الوسطيين للكونكو الاحمر المحور والجديد . ان انتاجية الغشاء الحيوي المشخصة بالطرق المظهرية الثلاث كانت 60% ايجابية بطريقة الاطباق الماكروية بينما (16,38) % على التوالي لكلا الطريقتين (الانابيب ووسط الكونكو الاحمر) وبنفس الوقت كانت (40,62,84) % على التوالي سالبة للطرق المظهرية الثلاث . فيما بينت المقارنةالمظهرية بين الطرق الثلاث وجود ارتباط قليل بين طريقتي الكونكو الاحمر والاطباق المايكرويه وان انتاجية الغشاء الحيوي قويه وبنسبة18% بطريقة الاطباق المايكرويه مقارنة بطريقتي الانابيب والكونكو الاحمر وبنسبة ( 12, 16) % على التوالي, كذلك منتجه للغشاء الحيوي ( 33.3,83.3,54.5,60) % على التوالي للعزلات المعزوله من عينات الدم ,ادرار القسطره , مسحات الجروح والحروق بالاضافه الى مسحات الانف والجلد من كادر المستشفى وغير منتجه للغشاء ( 40, 16.7,45.5 ,66.7)% على التوالي من مجاميع عينات الدراسه. بالاضافه لذلك فان ( 44)% من عزلات المكورات البشرويه كانت منتجه لجيني الـ PIA بينما)56%) غير منتجه , و10,8 عزله من 30 عزله من البكتريا المعزوله من الدم كانت موجبه لكلا الجينين ICaA وICaD وقد كانت العزلات المنتجه للغشاء الحيوي وجيني الـ PIA بنسبة 77.3 % ( 17 عزله) كانت موجبة للجينين بينما سالبه لانتاجية الغشاء الحيوي والجينين وبنسبة 53.6% . وقد بينت نتائج الدراسة ان 17% من العزلات تحوي الجينين ومنتجه للغشاء الحيوي و16 عزله كانت منتجه للغشاء الحيوي لكنها فاقدة للجينين كذلك 53.6% من العزلات غير منتجه للغشاء الحيوي وفاقده للجينين بالاضافه الى انتشار الجينين (44 , 38)% على التوالي حيث ظهر ان وجود الجين (Ica A) بالبكتريا المعزوله من الدم 33.3% اعلى مما هو عليه من عينات ادرار القسطرة 45.4% يتبعه الجين IcaD بعزلات عينات زرع الدم 26.7% مما هو عليه في عينات قسطرة الادرار 36.3% . وقد اثبتت الدراسه في نتائجها ان كل عزلات المكورات البشرويه المنتجه للغشاء الحيوي لا ترتبط معنويا بوجود جينات الـ PIA ولا علاقه بين وجود الجين IcaD وانتاجيه الغشاء الحيوي , كذلك ظهرت سبعة عزلات منتجه للغشاء الحيوي وحاويه على الجينين (IcaA وIcaD) بطريقة وسط الكونكوالاحمر بينما 15 , 17 عزله كانت ايجابيه للجينين ومنتجه للغشاء الحيوي بطريقة الاطباق المايكرويه , اضافه لذلك فقد وجد ان التلازن الدموي للمكورات البشرويه تلعب دوررائيسيا بالتصاق هذه البكتريا على الاطباق المايكرويه. وقد ظهر من خلال الدراسه وجود علاقه بين كميه الغشاء الحيوي والتلازن الدموي بالاضافه الى ان 13 و18 عزله من 30 عزله كانت على علاقه بالتلازن الدموي ( الفحص العيني والمجهري ) وتكوين الغشاء الحيوي , ووجد ان متوسط الوزن الجاف للغشاء الحيوي المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من عينات الدم كانت 2.7 ملغم لـ 6 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص العيني بينما 8 عزلات كانت ايجابيه للتلازن الدموي بالفحص المجهري لكن ظهرت بالدراسه( 5 ,6 و2 ,3 )عزلات موجبه عينيا ومجهريا للتلازن الدموي على التوالي مع معدل الوزن الجاف للغشاء الحيوي لها 2.8 ملغم المتكون بواسطة المكورات البشرويه المعزوله من ادرار القسطره ومسحات الجروح والحروق على التوالي بينما عزله واحده فقط من مسحات الانف والجلد لكادر المستشفى كانت ايجابيه لفحص التلازن الدموي مجهريا لكنها سالبه عينيا وبمعدل وزن 2.7 ملغم للغشاء الحيوي , هذه النتائج تؤكد عدم وجود علاقه ارتباطيه بين كميه الغشاء الحيوي المتكون وقابليه تكوينه لكنها تزداد بزيادة عمر الغشاء الحيوي . اما في تفاعل بروتينات مصول المرضى الذين يعانون من التهابات المكورات البشرويه مع المستضدات المكورات البشرويه (خلايا باكملها) فقد كانت النتايج ايجابيه وعلى النحو التالي : ستة من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار 1 : 2، 1 : 4، 1 : 32 و1 : 128 من امصال المرضى , في حين 5، 9، 11 من مستضدات المكورات البشرويه اعطت نتائج ايجابيه في عيار (1 : 16، 1 : 64، 1 : 256) على التوالي,كما اعطى تاثير تركيز بروتين (5.032) ميكروغرام / مل في المصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه القادرة على تشكيل الغشاء الحيوي تثييطا عاليا وبنسبة 90٪ بينما كان التثبيط 30% في تركيز بروتين المصل (1.394) ميكروغرام / مل.وقد ظهرت نتائج الدراسة مستوى طبيبعي لكل من الاجسام المناعية M وA (90.23±44.23, , 124.4±41.20) و(220.8±90.209, 200.10±79.004) mg/dI على التوالي ولكن سجلت زيادة ملحوظه في المستوي الاجسام المناعيه G (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg/dl على التوالي في مصل المرضى المصابين ببكتريا المكورات البشرويه المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي، وقد كانت مستويات طبيعية للمتمم C3وبنسبة (120±36.5, 120±36.49) mg/dl على التوالي في مصل المرضى الذين يعانون من اصابات البكنريا المنتجه وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي ، بينما مستويات مرتفعة من المكمل C4() (41.9 ± 1.9 1.8 ± 42) mg/dl على التوالي لكلا المجموعتين (المنتجة وغير المنتجة الغشاء الحيوي)، وفي نفس الوقت كان هناك فرقا معنويا بمستويات الانترلوكبن 6 في المصل طبيعية وبتركيز (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml على التوالي في الامصال من المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (15.88±6.8) pg/ml (P< 0.001) ، في حين ظهر فرق معنوي في مستويات الانترلوكبن 8 في المصل (38±9.52,37±7.13) pg/ml على التوالي في مصل المرضى المصابين بالمكورات البشرويه (المنتجة وغيرالمنتجه للغشاء الحيوي) على التوالي مقارنة بجموعة السيطرة (20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001). | Staphylococcus.epidermidis is one of coagulase negative staphylococci (CONS) are now well established as major nosocomial pathogens associated with infections of indwelling medical devices. A total of 645 clinical samples, taken from different sources include blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs and swabs of skin and nasal hospital staff, these sample had been cultured then isolated and identified pure isolates of different genus of bacteria, results show 85 (19.9%) were Pseudomonas spp isolates, 73 (17%) belong to Coagulase Negative Staphylococci (CONS) (S. epidermidis ,S. saprophyticus , S.Lentus , S. haemolyticus and S.hominis constituted 68.5%, 13.7%, 6.85%, 6.85%, and 4.1% Respectively), followed by both S. aureus and E. coli (n = 70 ,16.4%), followed by Klebsiella sp. (n = 68 , 16%), Proteus sp. (n = 55 ,12.9%), Serratia marcescens (n = 6 , 1.4%) isolated from study clinical samples. Most predominant pathogen was Pseudomonas spp (n = 85 ,19.9%), Also, the second most important microorganism which isolated were Coagulase negative Staphylococci (n = 73 , 17%) ,Staphylococcus epidermidis was mainly isolated from study patients group (68.5%) All isolates of CONS species are positive gram stain , produce white pigment except S.saprophyticus which produced yellow pigment, and all isolates gave negative result of oxidase test , coagulase and catalase test was performed for all the isolates and all of them produced catalase enzyme that differentiates Staphylococcus from the genus Streptococcus , so Staphylococcus spp. reduce nitrate to nitrite , and all isolates were identified by using epi staph and VITEK - 2 system within 6 h., CONS are novobiocin resistance except S.saprophyticus. staph.epidermidis isolated were none fermented xylose , sorbitol , melibiose while fermented many sugar as positive results for glucose, fructose, sucrose , maltose, lactose and mannose, in addition to produce urease, lipase and alkaline phosphatase while it cannot produce DNase and lecithinase. Blood samples occupied the first place in isolation S.epidermidis from it a percentage of 60%, followed by catheter urine in the second place 22% . Most of the Staphylococcus epidermidis was isolated from male patients (58 %) compare to female (42%), prevalence of Staphylococcus epidermidis with age were peaked in the third group (46 - 65) years, followed (32%) in fourth age group (> 65) so the most bacterial isolated from four study group (blood, catheter urine specimen, wound and burn swabs , as well as swabs of skin and nasal hospital staff) were (50, 25, 15, 10) % respectively, there was male preponderance in all years age group, excepted in third group, the proportion of females (65%) appeared higher than it is in males (35%). Results of phenotype were shown 16 % of the isolates were biofilm producers with Congo red agar method (CRA), although production level varied. In the biofilm positive S. epidermidis strains on CRA , modified CRA and new modified CRA were 6, 4, 2 ,% respectively of isolates were strong producers, while 10 ,10 ,4% and 84, 86 , 94 % respectively were moderate and weak . In this study results show no differences between CRA and modified CRA and new modified CRA strong biofilm formation was 6% in CRA compare to (4, 2) % to modified CRA and new modified CRA respectively; also moderate produced biofilm was 10% in CRA and modified CRA with 4% in new modified CRA, slime producing which detected by three phenotyping methods 60% of bacterial isolate were positive biofilm produced by microtiter plate , while ( 38, 16%) respectively were positive for both tube and CRA methods, in the same time table 3.10 showed negative result as ( 84 , 62 , 40%) respectively for CRA, tube and microtiter plate method. When compare three phenotype methods congo red agar method showed little correlation with TCP(MTP ) assay and high biofilm formation in TCP 18% compare to both methods ( tube and Congo red agar) as 12 , 16 % respectively, S. epidermidis isolates, which gained from blood , urine catheters, wound and burn swab as well as from swab of skin and nasal hospital staff by (60 , 54.5 , 83.3,33.3) % respectively of the isolates produced biofilm phenotypically while (24, 10, 2,4)% respectively no biofilm phenotypically. Twenty two (44) % of S. epidermidis has PIA gens while 28(56)% negatively for PIA gens, so 10, 8 of 30 S. epidermidis which isolated from blood culture were found to be positive for both IcaA and IcaD , most positive both PIA gene (Ica A, Ica D) and biofilm produced were 17 (77.3%) while negative for both of them and negative biofilm were 15(53.6%)Whilst 5(22.7%) were positive for PIA gene and negative for phenotype (biofilm produce). So prevalence of IcaA, IcaD genes were 44%, 38% respectively , the results indicated that the IcaA gene had the highest rate in blood culture (33.3 %) and catheter urine specimen (45.4%) followed by IcaD gene which was detected in 26.7 % of blood culture while 36.3% of catheter urine specimen. All S. epidermidis slime positive isolates did not reveal any correlation between both PIA genes (icaA and icaD); nonetheless, a correlation was noticed between icaD alone and slime layer production, also seven isolates were potential biofilm producers and positive for both ica genes (A and D) whilst 15, 12 isolate of S.epidermidis were positive for both PIA genes (Ica A and Ica D) and produced biofilm by tube method while 17, 15 strain were positive to both IcaA and IcaD by Mtp methods. So results of this study indicated that presence of PIA genes did not always correlate with biofilm production and hemagglutinin of S.epidermidis may play a major role in the adherence of this organism to microtiter plate. Thus, the hemagglutinin of S.epidermidis may be a virulence factor in the pathogenesis of infection, However, no statistically significant differences were found between the amounts of biofilm formed among the isolates, so founded a good correlation between amount of biofilm formed and the haemagglutination, as well as 13, 18 of the 30 isolate, were the relationship between positive both (Macroscopically and microscopically) hemagglutination assay respectively and biofilm formation So Mean of Dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from blood was equal to 2.7 mg, and 6 out of 18 isolates have positive macroscopically hemaglutination assay and 8 isolates have positive microscopically hemaglutination assay ,whilst ( 5, 6 and 2,3) isolates have positive macroscopically and microscopically hemaglutination assay respectively with 2.8 mg were the mean of dry weights of biofilm which formed by S.epidermidis which isolated from both catheter urine and wound and burn swabs while only one isolate isolated from swab of skin and nasal hospital staff has positive microscopically hemaglutination assay but negative macroscopically with mean of dry weights biofilm were equal to 2.7 mg, these results indicate no relationship was founded between the amount of biofilm formed and form of biofilm but increasing when increased age of biofilm. Sera from patients with S. epidermidis infections showed reactivity with S. epidermidis antigens (whole cells ) as : six of S. epidermidis antigens agglutinated in titer 1 : 2 , 1 : 4 , 1 : 32 and 1 : 128 of patients sera ( antibodies ) while 5, 9 , 11 of S. epidermidis antigens agglutinated in the patients sera in titer ( 1 : 16 , 1 : 64 , 1 : 256) respectively . Also concentration of sera protein (5.032) µg/ ml gave 90% inhibition but concentration of sera protein (1.394) µg/ ml gave 30% inhibition ,and normal level both for immunoglobulin M and A (90.23±44.23, 124.4±41.20 and 220.8±90.209, 200.10±79.004) mg / dl respectively(p>0.001), but IgG increased level is highly elevated (1535±812.333, 1521.3±475.440) mg / dl respectively(p< 0.001) in sera of patients with produced and non - produced biofilm, and normal levels of (C3) (120±36.5, 120±36.49) mg/dl respectively (P> 0.001), in sera of patients with produced biofilm compare to non - produced biofilm whilst elevated levels of (C4) (41.9±14.09, 42±14.28) mg/dl respectively (p>0.001)to each two groups (produced and non - produced biofilm), so level of cytokines (IL - 6, IL - 8) appear variations between patients and controls, levels of IL - 6 (24.8 ±18.20 , 24.5 ±19.09) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control (15.88±6.8) pg/ml(P< 0.001), while serum level of IL - 8 (38±9.52,37±7.13) pg/ml respectively in sera of infected patients by S.epidermidis (produced and non - produced biofilm) respectively compare to the control(20.3±7.07) pg/ml (P< 0.001

التاثيراث ضد المايكروبية والالتهابية للبكتروسينات المنتجة والمنقاة من بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosaالمعزولة معه العيناث سريرية == Antimicrobial and inflammatory effects of bacteriocins produced and purified from multidrug resistance Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples

Author name: ميس عماد احمد
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: One hundred fifty clinical samples (burns, wounds, urine, nasal and ear swabs) were collected from patients of Al - Yarmouk Hospital and Teaching Baghdad Hospital during the period from November / 2015 to January / 2016.Multi drug resistant strains are serious problems in public health worldwide. So, the continueous development of new classes of antimicrobial agents has become of increasing importance for medicine. Therefore was aimed to produce of Crude and purified bacteriocins from antibiotic resistant bacteria (G - ve MRSA and G+ve P. aeruginosa) isolated from clinical samples and determine the optimization conditions for production of bacteriocin and their purification and characterization. In addition to characterize their inhibitory activity in - vitro and in - vivo .Cultural and morphological characteristice examination ,biochemical tests were conducted and confirmed the diagnosis by API20E and Staph API and antibiotics sensitivity test confirmed by Vitek - 2 system.The results showed 102(68%) isolates of S.aureus, all of which were Methicillin Resistace S.aureus (MRSA), constituted 50% from the ratio in the burns and wounds samples, while the lowest 13(12.7%) isolates were from ear samples. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. The isolates showed multi - resistant to Methicillin, Penicillin G , Cefoxitin, Erythromycin, Oxacillin, Chloramphenicol and Tetracyclin, while sensitive to vancomycin.Also 77(51.3%) isolates were P.aeruginosa, 62(80.5%) from which were multi - resistant to antibiotics that constituted more than half (59.8% and 51.6%) from the ratio in burn and wound samples respectively, while the lowest 8(12.9%) isolates were from ear samples too. Highly significant differences (P˂0.01) recorded in both isolates among clinical samples. There were about completely resist to Cefoxitin 75(97.40 %) and also show a higher resist to Ceftazidime, Tetracycline and Cefepime, While less resistance to Azithromycin.Vitek 2 system gave confirmation of positive results for MRSA and resistant P.aeruginosa and as a selected organism with a probability 98 - 99%."II "The MRSA isolate S12 and P.aeruginosa isolate (P26) were chosen among five bacterial isolates as a good producer for crude MRSAcin and MAR - pyocin according to their widest inhibition zone .Five methods were used to detect of MRSAcin and MAR - pyocin production by (well diffusion assay WDA , flip - streak , spot on the lawn , Cup disc and paper disc method) against indicator pathogens (G+ve , G - ve bacteria and yeast) which included, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Candida albicans .Well diffusion assay was the best method for identify of bacteriocin production and antibacterial activity against indicator pathogens.The crude and purified MRSAcin and MAR - pyocin recorded non - significant differences in activity whether as alone or synergistic against pathogenic bacteria (G - ve and G+ve) and yeast compared with higher sensitive antibiotics.The optimum conditions for bacteriocins production were in trypticase soya broth and brain heart infusion broth supplemented with )Carbon ,nitrogen, Salts, surfactants and Vitamins) with pH 7, at temperature 37°C for 48 hrs. and inoculum size of 2% from bacterial culture 6×108 cell/ml."Purification of bacteriocin was made by two steps method including extraction by ammonium sulphate 70% followed by ion - exchange chromatography DEAE - cellulose that the specific activity for these fractions was 1.375and1.000 (AU/mg) with 6 and 5 purification folds and 78 and 29 % yield and gel filtration chromatography on using Sephadex G - 50 column. The resulted fractions were 1.646 and 1.160 (AU/mg) protein with 8 and 6 purification folds and 38 and 28% yield respectively."Physical characteristics were also studied and the results showed that the molecular weight of MRSAcin and MAR - pyocin was )15and 35) KDa respectively by Sodium Dodecyl Sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis (SDS - PAGE). Purified bacteriocins were stable at wide range of pH values 1 - 8, and remained active (50%) at pH 9 .The whole activity was lost at the pH value 10 and thermostabile at 100°C for 30 min.A strong stability of bacteriocins were recorded against organic solvents 10% and surfactants (0.5% EDTA), mineral salts 0.5% of each (CuSo4 and FeSo4), (10%) proteolytic enzymes lipase recorded significantly different (P≤0.05) compared with other enzyme (trypsin, pepsin and papain) which show complete inactivation of antibacterial activity.Also crud bacteriocins are still active for at least 3 months of freezing storage, while in purified after 2 months of freezing storage. Showed that the minimum inhibition zone against E. coli was 62.5 μg/ml for both MRSAcin and R - pyocin in vitro. The effect of MRSAcin and MAR - pyocin on the cell permeability was studied and the results showed that the absorbance at 260nm increased, indicating that DNA leaked from cells due to the cell lysis.Experimental infection induced by therapeutic effectiveness of the bacteriocin invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa which was marked at the beginning of her appearance inflammation of skin, swelling and redness of the affected area with the appearance of festering spots and abscesses in the surface layer of the skin and with the progress of the abscess spotted Purple happens .The antibacterial action of synergistic affected of (MRSAcin and MAR - pyocin) extracts .The results confirmed that the treated invivo skin injury bacteria MRSA and resistance P. aeruginosa was damaged . MRSAcin , MAR - pyocin and synergistic were giving good healing process with limited tissue damage in vivo (mice) against superficial skin infection by MRSA and resistance P. aeruginosa isolates at 1,2,3 day after infection.

توصيف جرثومة Enterobacter sakazakii المعزولة من مصادر مختلفة في محافظة ذي قار == Characterization of Enterobacter sakazakii Isolated from various sources at Thi - Qar Province

Author name: مروى حسن نصير الصافي
Supervisor name: يحيى عبد الرضا عباس | راجي طعمة ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: هدفت هذه الدراسة الى الكشف عن بكتريا Enterobacter sakazakii في بيئات مختلفة شملت عينات غذائية وبيئية وسريرية . اذ جمعت 310 عينة خلال الفترة من ايلول 2012 ولغاية تموز 2013.اظهرت نتائج الزرع الاولي على وسطVRBAواكار الماكونكي بعد التشخيص بالاعتماد على الصفات الزرعية والكيموحيوية وتوكيد التشخيص باستعمال العدة API 20E. ان 22 (7.09%) من اصل 310 عينة اعطت نموا لبكتريا Enterobacter كالاتي 9/80(11.2%) من بيئة المستشفيات ,12/180(6.6%) حليب اطفال,1/50(2%)من حالات الاسهال . توزعت العزلات بعد التشخيص المختبري على الانواع التالية (15/22) 68.1% Enterobacter cloacae,(4/22)18.1% Enterobacter sakazakii و3/22))13.6% للنوع Enterobacter aminogenus. اختبرت مقاومة عزلات Enterobacter sakazakii الاربع ضد 20 مضادا من اصناف مختلفة وقد اظهرت النتائج ا ن جميع العزلات كانت مقاومة على الاقل لست من المضادات قيد الاختبار.اختبرت قدرة بكتريا Enterobacter sakazakii على انتاج انزيمات البيتا لاكتيميز واسعة الطيف واظهرت العزلات عدم قدرتها على الانتاج واستخدمت طريقة القرص المصاحب لمعرفة قابلية العزلات على انتاج انزيمات الميتالو بيتا لاكتاميز.درست قدرة البكتريا على تكوين الغشاء الحيوي واظهرت النتائج ان 2/4(50%) من العزلات لها قدرة على انتاج الغشاء الحيوي.كما د رست قدرة البكتريا على مقاومة التاثير القاتل للمصل وظهرت العزلات كلها موجبة بينما درست قدرة البكتريا على تلازن كريات الدم الحمراء لوحظت تحت المجهر واظهرت النتائج ان 3/4(75%)من العزلات كانت موجبة.اختبرت قدرة البكتريا على انتاج السموم المعوية باستخدام الفئران الرضيعة وظهرت كل العزلات منتجة له وقد ظهرت على الفئران الرضيعة بالسموم المعوية اعراض سريريه حادة مثل انخفاض النشاط والحركة البطيئة وعلامات ضعف مع تغيرات في المعدة وخسارة التركيب النسيجي للغشاء المخاطي والغدد وظهور بؤر للخلايا المتحللة وزيادة في سمك الجدار مع تقرحات في النسيج اما التغيرات المرضية في الامعاء فهي تغيرات غير مخصصة تمثلت بتقطعات في النسيج الطلائي وتقرحه وفقدان لشكل النسيج والغدد. | This study was aimed for detection occurrence of Enterobacter sakazakii in stool specimens, infant formula and hospitals environments. A total of 310 samples (180 infant formula, 50 stool samples and 80 hospital environment swabs ), during the period from September 2012 to July 2013 were collected. Growth on Violet redbile agar and MacConkey agar was identified by cultural and biochemical tests and confermated by API 20 E system which revealed that : Only 22/310(7.09%)gave positive growth for Enterobacter spp. as following : 9/80 (11.2%) environmental swabs , 12/180(6.6%) infant formula and 1/50 (2%) stool samples. Diagnosis of the isolates appeared that E. cloacae was (15 ⁄ 22) while E . sakazakii (4 ⁄ 22) and E. aminogenus (3/22). Four E. sakazakii isolates were screened for their antibiotic resistance against 20 antibiotics of different classes using Kirby - Bauer disk diffusion method. The results showed that all the tested isolates were resistant to at least 6 antibiotics of which they were tested . In the present study four E. sakazakii isolates where screened for potential ESBLs production, they showed 3 (75%) isolates were potential ESBLs production ,but conformation of ESBLs production was detected by double disk synergism test and appeared that all the isolates were unproductive . Combined disk diffusion method was used for detection of metallo - β - lactamase - producing isolates, they were emplace each of imipenem and ceftazidame antibiotics with and without EDTA on Mueller - Hinton agar, because EDTA working to inhibit of metallo - β - lactamase. The results showed that the presence of EDTA does not affect the diameter of inhibition zone for the four isolates. Biofilm production was detected by spectrophotometric method .The four isolates were tested and appeared that 2(50%) were produced biofilm. The resistance of bacterial isolates to serum bactericidal activity was tested by the turbidmetric assay . All isolates were appeared able to resist to serum bactericidal activity, while Agglutination of erythrocytes was tested under the microscope and showed 3/4(75%) were positive. In the present study E. sakazakii were evaluated enterotoxin production. All the isolates showed positive for enterotoxin production. Results of treating suckling mice with enterotoxin showed acute clinical signs appeared depression, slow movement and signs of weakness. Significant macroscopic finding showed in mice treated with enterotoxin the stomach was distended and enlarged with thick corrugated mucosa but no significant changes in intestine. Pathological changes in the stomach appeared as loss of normal architecture of mucosa and glands, multiple foci of degenerative cells, reactive epithelial surface with thickening wall, pseudo - metaplasic changes and superficial epithelial injury. The intestinal changes showed nonspecific pattern of damage to surface of epithelium .Complete loss of architecture of glands and mucosal epithelial , superficial epithelial discontinuity , ulcer and non - specific reactive epithelial surface.

دراسة الاسهال المصاحب للمضادات الحيوية والتهاب القولون والمتسبب بجرثومة Clostridium difficile واستخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي في الوقاية والعلاج == Study of Antibiotic - Associated Diarrhea and Colitis caused by Clostridium difficile , and using Saccharomyces boulardii as a probiotic for the prevention and treatment

Author name: لمى يوسف مهدي
Supervisor name: منى تركي موسى الموسوي | سعد صباح فخري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: شملت الدراسة 525 عينة براز لمرضى عراقيين مصابين بالاسهال والتهاب القولون المصاحبين للمضادات الحيوية من الراقدين في مستشفيات بغداد الذين كانوا تحت العلاج بالمضادات الحيوية واسعة الطيف ، فضلا عن اصحاء ظاهريا من اطفال(بعمر شهر فاقل الى 15 سنة) وبالغين(بعمر 16 سنة الى 61 سنة فاكثر) ، خلال الفترة من الاول من حزيران 2013 حتى نهاية ابريل 2014 . استبعدت 95 عينة اظهرت نتيجة موجبة للطفيليات والفطريات تجنبا لحدوث تداخلات في نتائج الدراسة . تم التحري عن بكتريا المطثية العسيرة Clostridium difficile (C.difficile)وذلك بعزلها وتشخيصها باستخدام وسط انتقائي، واجريت اختبارات مجهرية وكيموحيوية باستخدام نظامAPI 20 A system , كما فحصت حساسية العزلات للمضادات الحيوية. والكشف عن وجود السموم (ا وب( باستخدام تقنيةELISA وكشف جيناتهماtcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .واظهرت النتائج عزل وتشخيص75 (%17.44) عزلة من C.difficile من مجموع 430 عينة ، شملت 51 (21.3٪) عزلة من مجموع 240 عينة اطفال مرضى و12(15٪( عزلة من مجموع 80 عينة اطفال اصحاء ظاهريا ، اما من البالغين المرضى والاصحاء ظاهريا فكانت 11(15.7٪( عزلة من مجموع 70 و1(52.٪) عزلة من مجموع 40 على التوالي. اظهرت العزلات مقاومة عالية لكل من المضادات الحيوية ,Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ciprofloxacin, Erythromycin, وAmpicillin ، وحساسية عالية لكل من Vancomycin وMetronidazol (100و 96(% على التوالي، مع حساسية جيدة للـ chloramphenicol.واظهرت جميع العينات الموجبة وجود سموم ( ا وب( باستخدام تقنية ELISA ، كما اظهرت جميع العزلات الموجبة احتواءها الجينات tcdA وtcdB باستخدام تقنية PCR .هدفت الدراسة ايضا استخدام خميرة Saccharomyces boulardii كمعزز حيوي خارج وداخل الجسم الحي للوقاية والعلاج من الاسهال والتـهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية والمستحث تجريبيا في فئران اصيبت بـC.difficile ، ومقارنة هذا التاثير مع التاثير العلاجي بالمضادات الحيوية. واظهرت النتائج كفاءة المعزز الحيوي في تثبيط نمو البكتريا خارج الجسم الحي والتقليل من التاثيرات النسيجية المرضية المصاحبة للاصابة بـ C.difficile من خلال الية التثبيط التنافسي داخل الجسم الحي .يستنتج من هذه الدراسة ان لخميرة S.boulardii تاثيرا ايجابيا لمنع وعلاج الاصابة بـ C.difficile من خلال احداث التوازن الميكروبي وتقليل او منع التاثيرات النسيجية المرضية الضارة للقولون ، وان هذا التاثير يكون احسن واكثر ايجابية في حالة الاستخدام المبكر والمستمر لهذه الخميرة , كما اثبتت الدراسة سلامة استخدام الخميرة كمعزز حيوي ، ومما تقدم اعلاه نوصي باستخدامها للوقاية والعلاج من الاسهال والتهاب القولون المصاحب للمضادات الحيوية . | A total of 525 stool samples were collected from patients with clinical symptoms of diarrhea and colitis with a history of antibiotics treatment from some hospitals in Baghdad .An apparently healthy children (one month to less than 15 years old) and adults (16 to 61 years and older) were involved in this study. Then investigation were carried out from June 2013 to April 2014. Ninety five samples were excluded from this study science they were contaminated by parasite and fungi . Clostridium difficile (C.difficile) were isolated and identified using selective media ,light microscope and biochemical tests using API 20 A system. All isolates were subjected to antibiotics resistance test. The presence of toxins : A and B were detected using ELISA technique ;while tcdA and tcdB genes were confirmed using PCR technique. The results showed isolate and diagnose 75 (17.44%) isolate of C.difficile out of 430 samples, including 51 (21.25%) isolate of a total 240 sample of children patients and 12 (15%) isolate of a total 80 sample of apparently healthy children, either from adult patients and apparently healthy were 11 (15.7%) isolate of a total 70 and 1 (2.5%) isolate of a total 40 respectively. Isolates showed high resistance for antibiotics : Colistin, Nalidixic acid, Cefotaxime, gentamycin Clindamycin ,ciprofloxacin, Erythromycin, and Ampicillin, and high sensitivity for Vancomycin and Metronidazol(100and 96)% respectively, with a good sensitivity to chloramphenicol . All the C.difficile positive samples showed presence of toxins (A and B) using ELISA technique, also all the positive isolates showed contain tcdA and tcdB genes by using PCR technique .The study also aimed to use the yeast Saccharomyces boulardii as probiotic in - vitro and in - vivo for the prevention and treatment of diarrhea and colitis associated with antibiotics and experimentally induced in mice that infected by C.difficile, and compared this effect with the therapeutic effect with antibiotics. The results showed efficiency of probiotic in the inhibition of bacterial growth in - vitro and reduce the pathological effects associated with C.difficile infection through competitive inhibition mechanism in - vivo.This study conclude that the S.boulardii have positive influence to prevent and treat C.difficile infection through the creation of microbial balance and reduce or prevent histopathological effects that harmful to the colon, and that this effect is better and more positive in the case of early and continued use of yeast. Besides that, this study proved the safety of S.boulardii as a probiotic and for all above it is recommended to be used for prevention and treatment of Antibiotic associated diarrhea and Colitis .

انتشار ودراسة التضاد لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من فتحتي المنخرمن طلاب المدارس في محافظة ميسان == Prevalence and Study the Antagonism of Staphylococcus aureus Isolated from Nares of School Children s in Maysan Governorate

Author name: فاطمة يوسف موسى المحمداوي
Supervisor name: امال عباس محمد الفخري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: الدراسة الحالية تضمنت جمع 500 مسحة جمعت من انوف طلاب المدارس الابتدائية في محافظة ميسان للفترة ( من تشرين الاول لسنة 2014 الى ايار لسنة2015 للفئة للعمرية 6 - س11 سنة ) للتحري عن حاملي المكورات العنقودية الذهبية اخذت العينات من 8 مدارس ابتدائية (4 مدارس من المناطق الريفية و4 مدارس من المناطق الحضرية). شملت العينات الماخوذة 230 عينة من الذكور و270 عينة من الاناث . وكذلك تم التحري عن البكتريا والاعفان التي قد تكون موجودة في الانف والتي قد تقلل من نسبة تواجد بكتريا المكورات العنقودية الذهبية في الانف. وقد استخدمت الطرق المختبرية القياسية في تشخيص هذه البكتريا وتم التاكيد باستخدام نظام API 20 .Vitick 2Compact system, وقد اظهرت النتائج ان 140 (28%) عزلة من العينات المدروسة ( 5841.43%)) عزلة اناث و82 ) (58.57عزلة ذكور) هي من النوع المكورات العنقودية الذهبية الموجبة لانزيم التجلط Coagulase Positive Staphylococcus aureus (CoPS).ولمعرفة ما اذا كانت الظروف المعيشية(الريف والمدينة) تؤثر على معدل حمل S.aureus في مناطق الريف والمدينة في محافظة ميسان تم استخدام اختبار مربع كاي حيث عكست نتائج التحليل ان هناك فروق معنوية جدا وصلت الى X2 = 34.747 تحت احتمالية (P ≤ 0.01) بين حاملين ال S.aureus ضمن مناطق الريف والمدينة مما يعكس ان الظروف المعيشة مرتبطة بنسبة حمل هذه البكتريا.كما كانت نسبة الانواع البكترية الموجبة لصبغة غرام الاخرى هي : Staphylococcus epidermidis 226 (45.2 %) Streptococcus spp 176 (35%), Staphylococcus saprophyticus 9(1.8), Aerococcus viridians 4 (0.8)% , Staphylococcus haemolyticus 2(0.4). هذا وقد خضعت العينات الموجبة لانزيم التجلط الى اختبار الحساسية الدوائية بواسطة طريقة الانتشار بالاقراص وقد استعمل 18مضاد حيوي حسب المعاييرالمختبرية العالمية لعام 2012 حيث كانت نتائج الحساسية الدوائية كالاتي : (Methicillin(100%),Cefoxitin(95%),PenicillinG(94.28%),Amoxyllcin(63.5%), Cefixime (61.42%),Oxacillin(57.85%),Tetracycline(34.28%), Erythromycin(30%),Azithromycin (28.57%),Ciprofloxacin (17.85%) .Clarthromycin (12.17%), Tobramycin (9.28%) , Doxycyclin (7.10%), Vancomycin (5%), Amikacin (2.85%) ,Gentamicin (1.42%), Clindamycin (1.42 %), Levoflaxacin (0.0%), وقد اظهرت النتائج ان المضاد الحيوي Levoflaxacin هوالمضاد الاكثر فعالية بين المضادات المستخدمة فقد وصلت حساسية جميع العزلات الى( 100 %) بينما اظهرت العزلات البكتيرية مقاومة عالية لمضادات Beta - lactams . اجري الاختبارالتركيز المثبط الادنى Minimum Inhibitory Concentration (MIC) للعينات المعزولة بواسطة نظام الVitek 2 . بينت النتائج ان 8 ( 5.7%) عزلة هي من النوع الكورارات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين Methicillin resist Staphylococcus aureus MRSA) ) حيث قاومت التركيز 0.5mg للمضادالحيوي Oxacillin . بالاظافة الى ذلك دلت نتائج فحص الحساسية بواسطة الفايتك احتواء هذه العينات المقاومة على البروتين المرتبط بالنسلين المحور 2 PBP واحتوائها على جين ال mecA . تناولت الدراسة ايضا عزل الاعفان الموجودة في الانف حيث تم دراسة 50مسحة وتم الحصول على الانواع الفطرية التالية ( Pencillium Spp, A niger. . A. terrus , Cladosporium Spp, Alternia Spp)) .كما وتم دراسة الفعل الثبيطي لرواشح هذه الاعفان على بكترياS. aureus اوضحت النتائج ان عفن ال Alternaria له القابيلة على تثبيط نمو بكتريا الS. aureus حيث بلغ معدل قطر التثبيط ( 24.67) ملم على التوالي , بالاظافة الى ذلك درس التاثير الثبيطي للبكتريا المتواجدة كنبيت طبيعي في الانف على بكتريا S.aureus حيث اختيرت بكتريا المكورات العنقودية البشرويةS.epidermidis حيث استخدمت طريقة الانتشار بواسطة الحفر well diffusion method لمعرفة تاثير الخلية البكتريا الكاملة وكراشح لهذه البكتريا ضد S.aureus لوحظ ان بكتريا S. epidermdis لم تبدي اي تاثير تثبيطي اتجاه الS.aureus سواء كخلية بكترية كاملة او كراشح لهذه البكتريا. بينما الكشف عن تثبيط تكوين الغشاء الحيوي لبكتريا S.aureus بواسطة epidermdis . S بواسطة استخدام جهاز Spectrophotometer اظهرت النتائج ان الامتصاصية بطول موجي 630 نانومتر فقد لوحظ انخفاض الامتصاصية من 0,022 لعالق بكتريا ال S.aureus مع سكر الكلوكوز بتركيز %0,25 المحضون لمدة 73 ساعة بدرجةحرارة 37 سيليزية الى 0,009 عند اظافة البكتريا المضادة S. epidermdis لعالق ال S aureus مع الكلوكو | The current study includes comprises 500 Nasal swab collected from the primary school students in the Maysan Governanat to investigate Staphylococcus aureus carriers for the period from (October to May 2014 - 2015 in the age group 6 - 11 years).The samples were taken from eight primary schools (4 schools from rural areas and 4 schools in urban areas),The samples taken include 230 sample from males and 270 sample from females, also to investigate for bacteria and fungi that may be present in the nose, which may reduce the percentage of the presence of the bacteria Staphylococcus aureus in the nose. The standard laboratory methods were used in the diagnosis of these bacteria and confirmed diagnosis using the API 20 system and the Viteck - 2 Compact System. The results showed that 140 (28%) isolates of the studied samples (58 isolated from females and 82 isolated from males) were Coagulase Positive Staphylococci(CoPS).To know whether that the living conditions (live in rural and urban districts) effect the rate of S. aureus carriers statistical analyses using chi square test for carriers in urban and rural districts revealed highly significant difference X2=34.747 (P≤0.01)which indicated that the living conditions and the rate of carriers are related.The proportion another gram positive bacteria were Staphylococcus epidermidis226(45.2%),Streptococcus spp176(35%),Staphylococcus saprophyticus 9(1.8%) Aerococcus viridians 4(0.8%) and Staphylococcus haemolyticus2(0.4).CoPS isolated were submitted to sensitivity test by kirpy - Bauer Disk diffusion method according to CLSI, 2012,18antibiotic has been used and the resistance rates ethicillin(100%),Cefoxitin(95%),PenicillinG(94.28%)Amoxycllin(63.5%),Cefixime(61.42%),Oxacillin(57.85%),Tetracycline(34.28),Erythromycin(30%),Azithromycin(28.57%),Ciprofloxacin(17.85%)Tobramycin (9.28%),Doxycyclin(7.10%),Vancomycin(5%)Amikacin(2.85%),Gentamicin 1.42%, Clindamycin (1.42 %), and Levoflaxacin (0.0%).The results showed that the antibiotic Levoflaxacin was the most effective antibiotic among them all isolates were a sensitive and reached to (100%) while most the isolates showed high resistance to Beta - lactame antibiotics. The minimum inhibitory concentration (MIC) was used by Vitek 2 system showed that 8 isolates of (5.7%) samples were Methecillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA)were they resisted to the minimum inhibitory concentration 0.5 for the antibiotic Oxacillin as well as the results of the examination sensitivity shown by Vitek 2 - System.These resistance isolates associated contain pencillin binding protein 2 PBP and contain the mecA gene.The study also included the isolation of Fungi from the nose, were the study showed 50 swabs got the following types (Pencillium spp, Aspergillus . niger, Aspergillus . terrus, Cladosporium spp, Alternaria spp).The inhibitory effect of the filtrates of these Fungi against S. aureus was studied, were results showed that the mold Alternaria spp only has the ability to inhibit the growth of S. aureus where average of inhibition zone reach to(24.67) mm in addition the present study include the control of S.aureus by the other bacteria which considered normal flora in the nose, Staphylococcus epidermidis selected for this purpose.Well diffusion method was used as Whole bacteria and filtrate for this purpose and results show that there are no inhibitory effect of S.epidermidis on S.aureus by this method. While biofilm formation of S.aureus was inhibited by S. epidermidis by detected using Spectrophotometer (360nm) results of the absorbency was decrease from 0.022 for suspension of S.aureus with glucose 0.25% incubated for 73 hour at 37 °C to 0.009 for suspension of antagonistic bacteria S. epidermidis added to the suspension of S. aureus and glucose 0.25% under the same condition and this indicate that the biofilm was inhibited by S.epidermidis

دراسة بكتيريولوجية وجزيئية للنوع Proteus mirabilis المعزولة من مصادر سريرية وحيوانية == Bacteriological and molecular study of Proteus mirabilis isolated from clinical and animal sources

Author name: علي سعد كاظم حسين
Supervisor name: محمود ابراهيم اسماعيل
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: الجانب الاول : شمل هذا الجانب عزل وتشخيص البكتيريا Proteus mirabilis من 801 عينة تضمنت 179 عينة سريرية مختلفة (البول، الاذن والجروح) و622 عينة حيوانية مختلفة (براز الدجاج، مستقيم الابقار، مستقيم القطط ومستقيم الكلاب) جمعت من محافظة بغداد للمدة من 26/10/2015 الى 29/3/2016. بعدها درست الحساسية للمضادات الحيوية وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : .1 88 عزلة بكتيرية تعود للنوع P. mirabilis تضمنت 51 (28.49%) عزلة من العينات السريرية و37 (5.95%) عزلة من العينات الحيوانية وشخصت باستعمال طرق التشخيص التقليدية وعدة الفايتك كما تم تاكيد تشخيصها باستخدام البادئ النوعي للجين 16SrRNA للكشف عنه في جينوم البكتيريا بتقنية تفاعل البلمرة المتسلسل اذ اظهرت نتائج التشخيص الجزيئي ان جميع العزلات البكتيرية امتلكت الجين .16SrRNA 2. بينت نتائج فحص حساسية عزلات P. mirabilis (88 عزلة) للمضادات الحيوية بطريقة انتشار القرص انها امتلكت المقاومة المتعدة لـ )2 - 8( من المضادات الحيوية المختبرة. كما وجد ان اقل معدل مقاومة لعزلات P. mirabilis السريرية كان لمضادات ciprofloxacin (3.9%) وnorfloxacin (7.8%) وimipenem (9.8%) بينما اقل معدل مقاومة للعزلات الحيوانية كان لمضادات cefoxitin (0%) وamikacin (2.7%) وciprofloxacin (5.4%) وcefepime وimipenem وlevofloxacin (8.1%) لكل منها. الجانب الثاني : شمل الكشف عن بعض عوامل الضراوة ظاهريا والكشف الجزيئي عن ثلاثة جينات مرتبطة بعوامل الضراوة وقد توصلت نتائج هذا الجانب الى ما ياتي : 1. بينت نتائج فحص انزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتيريا P. mirabilis بطريقة القرص التازري المزدوج ان 52.49% (27/51) و48.65% (18/37) من العزلات السريرية والعزلات الحيوانية على الترتيب كانت موجبة للفحص.2. بينت نتائج فحص الفعالية الانحلالية للهيمولايسين لعزلات P. mirabilis على اطباق اكار دم الانسان واطباق المعايرة الدقيقة لدم الانسان والارنب ان 66/88 (75%) عزلة منها كانت محللة للدم من نوع الفا وبيتا على اطباق اكار الدم كما انها اعطت معيارا انحلاليا للدم تراوح بين (16 - 256)، كما وجد ان 22/88 (25%) عزلة لا تمتلك فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر على اطباق اكار الدم ولا على اطباق المعايرة الدقيقة. اظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن الجين hpmA (الذي يشفر الى انتاج الهيمولايسين) ان جميع العزلات التي اعطت فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر امتلكت الجين hpmA بينما 19/22 من هذه العزلات التي لم تعط فعالية انحلالية لخلايا الدم الحمر كانت لا تمتلك جين الهيمولايسين gene) .(hpmA3. بينت نتائج فحص تكوين الغشاء الحيوي لبكتيريا P. mirabilis بطريقة اطباق المعايرة الدقيقة وعند الطول الموجي 630 نانوميتر ان جميع العزلات (88/88) كانت مكونة له. اذ ان 53.41% (47/88) من العزلات كانت مكونة للغشاء الحيوي بدرجة قوية و25% (22/88) بدرجة متوسطة و21.59% (19/88) بدرجة ضعيفة.4. بينت نتائج فحص انتاج انزيم البروتيز لبكتيريا P. mirabilis على اطباق اكار الحليب الفرز والكشف الجزيئي عن الجين zapA (الذ يشفر الى انتاج البروتيز) ان 82/88 (93.18%) عزلة منها كانت منتجة لانزيم البروتيز على اطباق اكار الحليب الفرز وتمتلك الجين zapA بينما 6/88 (6.82%) عزلات كانت غير منتجة لانزيم البروتيز ولا تمتلك الجين zapA، اي يوجد تطابق مابين الكشف الظاهري والكشف الجزيئي عن الجين zapA.5. بينت نتائج الكشف الجزيئي عن عامل الضراوة الجين ucaA (الذي يشفر الى الهدب UCA) ان جميع عزلات P. mirabilis (88/88) كانت تمتلك هذا الجين.6. بينت نتائج فحص انزيم اليوريز لبكتيريا P. mirabilis على وسط اكار اليوريا ان جميع العزلات (88/88) كانت منتجة له وبسرعات مختلفة. | A. Part One included isolation and identification of Proteus mirabilis from 801 samples, including 179 clinical various samples (urine, ear and wounds) and 622 animal (chicken faeces, cows rectal, cats rectal and dogs rectal) various samples were collected from Baghdad province during the period from 26 - 10 - 2015 to 29 - 3 - 2016. Then, their antibiotic sensitivity was studied. This part concluded the following results : 1. 88 bacterial isolates belong to P. mirabilis species included 51(28.49%) isolates from clinical sources and 37 (5.95%) isolates from animal sources were identified by conventional method, Vitek - 2 compact system and confirmed by using specific primer to detect 16SrRNA gene in bacterial genome by polymerase chain reaction technique. Results of molecular identification showed that all these bacterial isolates were possessed this gene (16SrRNA). 2. The results of sensitivity test by disc diffusion method showed that P. mirabilis isolates were multidrug resistant to (2 - 8) from antibiotics tested. The lowest resistance rates for clinical P. mirabilis isolates were (3.9%) for ciprofloxacin, (7.8%) for norfloxacin and (9.8%) for imipenem while animal isolates showed lowest resistance rates : (0%) for cefoxitin, (2.7%) for amikacin, (5.4%) for ciprofloxacin, (8.1%) for each one of cefepime, imipenem and levofloxacin.B. Part Two consisted of a study of some phenotypic virulence factors and molecular detection of 3 genes associated with virulence factors. This part concluded the following results : 1. The results of extended spectrum - β lactamases test by double disk synergy test revealed that 52.49% (27/51) and 48.65% (18/37) of clinical and animal P. mirabilis isolates were respectively positive for the test. 2. The results of hemolytic activity tests of P. mirabilis isolates on human blood agar plates and hemolytic microtiter plates showed that 66/88 (75%) isolates were alpha - and beta - hemolytic on human blood agar plates and they were giving measurable hemolytic titer between (16 - 256), and 22/88 (25%) isolates did not give hemolytic activity. Results of molecular detection of hpmA gene showed that all isolates were giving hemolytic activity possessed the hpmA gene while 19/22 of these isolates did not give hemolytic activity and did not possess the hemolysin gene (hpmA gene).3. The results of biofilm formation test of P. mirabilis by microtiter plates at wave length 630 nm showed that all isolates (88/88) were positive for the test, results showed a strong biofilm formed was 53.41% (47/88), moderate biofilm was 25% (22/88) and weak biofilm was 21.59% (19/88).4. The results of protease production test of P. mirabilis isolates on skim milk agar and results of molecular detection of zapA gene (protease gene) revealed that 82/88 (93.18%) isolates of P. mirabilis were positive for protease test and they were possessed the protease gene. While 6/88 (6.82%) isolates were negative for protease test and did not possess protease gene, there is congruence between phenotypic and molecular detection of zapA gene.5. The results of molecular detection of virulence factor ucaA gene showed that all of the P. mirabilis isolates (88/88) were possessed this gene.6. The results of urease test of P. mirabilis isolates on urea agar plates showed that all of the isolates (88/88) were positive for the test.

تاثير الكليبوسين المنقى جزئيا من البكتريا المعزولة محليا Klebsiella pneumoniae على بعض البكتريا المعوية وعلى بعض الخلايا المناعية == Effect of Klebocin partialy purified from bacteria Klebsiella pneumoniae Local Isolated on some enteric bacteria &on some immune cells

Author name: علي رزاق لفتة
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | عصام فاضل علوان الجميلي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 210 عينة سريرية توزعت الى 60 عينة ادرار و50 عينة قشع و50 عينة من التهابات الاذن الوسطى و50 عينة من اصابات الجروح ومن خلال نتائج الزرع البكتريولوجي على اوساط الماكونكي واكار الدم ووسط Eosin Methylen Blue , والتشخيص المظهري والكيموحيوي وتاكيد التشخيص باستخدام نظام Api20 تم الحصول على 42 عزلة تعود لبكتريا Klebsiella توزعت الى 23 عزلة بنسبة 54.76% تعود للنوع K.pneumoniae و11 عزلة وبنسبة 26.19% للنوع K.oxytica و8 عزلات وبنسبة 19.05% تعود للنوع K.planticola ، لقد تم التحري عن العزلات المنتجة للكليبوسين ومن خلال تم التوصل الى ان 8 عزلات فقط كانت منتجة للكليبوسين من اصل 23 عزلة هذا وبنسبة 34.78% ، وكان وسط Tryptic soy broth المضاف اليه خلاصة الخميرة بنسبة1% افضل وسط لانتاج الكليبوسين وتعد طريقة اقراص الاكار ملائمة للتحري عن العزلات المنتجة للكيبوسين وطريقة التخطيط المتقاطع كفوءة للتحري عن العزلات الدالة . اختيرت العزلة المنتجة K. pneumoniae 8 كافضل عزلة منتجة للكليبوسين والعزلة K. pneumoniae 2 كافصل عزلة دالة ، تلاها استخلاص الكليبوسين من العزلة المنتجة بعد ان تم حث العزلة بالمايتوماسين سي فكانت فعالية 80 وحدة/مليلتر والفعالية النوعية 800 وحده/مليغرام بروتين . نقـي الكليبوسين المنتج من العزلة المنتخبة بخطوات عدة تضمنت التركيز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسب اشباع 70% وكحول البيوتانول بنسبة 1 : 1 فكان الترسيب بالبيوتانول افضل من الكبريتات الامونيوم اذ بلغت الفعالية 640 وحدة/مليلتر وبفعالية نوعية 2560 وحدة/مليغرام بروتين ثـم تقنيتي كروموتوغرافيا التبادل الايوني باستعمال المبادل DEAE - Cellulosو الترشيح الهلامي علـى عمـود السيفاكريلS - 200 . وكانت عدد مرات التنقية للكليبوسين بمقدار 10 والحصيلة للكليبوسين المنقى 6%.تم دراسة تاثير الكليبوسين المنقى على بعض انواع البكتريا المعوية المقاومة للمضادات الحياتية والتي شملت : Enterobacter sakazaki Shigella flexneri, E.coli, Citrobacter koseri, , Enterobacter cloacae K.oxytoca, Proteus mirabilis Serratia marcescens, , Enterococcus fecalis Salmonella typhi واظهرت النتائج ان Enterococcus fecalis وCitrobacter koseri, وProteus mirabilis كانت مقاومة لتاثير الكليبوسين المنقى في حين بقية الانواع تاثرت وكان تركيز 100مايكروغرام/مليلتر اكثرفعالية من بقية التراكيز حيث بلغ قطرالتثبيط 20ملم تجاه النوع K.oxytoca تلاها E.coli بقطر 17ملم ثم Shigella flexneri بقطر 15ملم ثم Enterobacter sakazaki بقطر 15 ثم Salmonella typhi بقطر 14 ملم ثم Enterobacter cloacae بقطر 12ملم ثم Serratia marcescens بقطر 12ملم . استعملت تراكيز التالية 10 ، 30 ، 50 مايكروغرام/مليلتر في دراسة التاثير السمي للكليبوسين على بعض الخلايا المناعية من خلال ملاحظة عيوشية تلك الخلايا وقد تم توصل الى عدم وجود تاثير للكليبوسين بتركيز 10 مايكروغرام/مليلتر على شكل وحجم الخلايا PMNs وقدرتها على بلعمة خميرة الكانديدا المقتولة اذ اظهر التحليل الاحصائي عدم وجود فروق معنوية (0.05< P) مقارنة مع معامل السيطرة . بينما حفز التركيز نفسه قدرة PMNs على قتل الخميرة الحية في الزجاج ، مما يدل على ان الكليبوسين المنقى من K. pneumoniae 8 يعمل على تحفيز الاستجابة المناعية الخلطية والخلوية . اما التراكيز العالية للكليبوسين المنقى من العزلة المحلية K. pneumoniae 8 فانها سببت تثبيطا ملحوظا لفعاليات الخلايا PMNs واللمفاوية التي اختيرت في هذه الدراسة. | The study has included collecting (210) clinical samples distributed into (60) urine samples, (50) sputum samples, (50) otitis media samples, and (50) wounds infections samples. Through results obtained from bacteriological culture on McConkey, blood, and eosin methylene blue agars in addition to morphological and biochemical identification and confirmation of the identification by using of API 20E system. Fourty tow Klebsiella isolates distributed into (23) K. pneumonia isolates that represent (54.76%), (11) K. oxytoca isolates that represent (26.19%), and (8) K. planticola isolates that represent (19.05%). Then, the klebocin - producing isolates have been detected and through which it is clear that only (8) isolates produce klebocin in (23) isolates, of percentage (34.78%). Tryptica soy broth medium with yeast extract additive in percentage of (1%) was the best medium for production of klebocin, agar discs method was the best method for klebocin - producing isolates detection, and cross - streaking method was the best method for indicating isolates detection. The producing isolate, K. pneumonia 8, and the indicating isolate, K. pneumonia 2, were chosen as the best producing and indicating isolates respectively. Next, the klebocin has extracted from the producing isolate after isolate induction by Mitomycin C; consequently, the activity was (80) unit/ml and the specific activity was (800) unit/mg of protein. The produced klebocin has been purified from selected isolates via several methods including precipitation utilizing ammonium sulfate in saturation percentage of (70%) and butanol alcohol; as a result, the butanol precipitation was better than that in ammonium sulfate so that the activity reached (640) unit/ml with specific activity of (2560) unit/mg of protein. Then, the second method was purification by ion exchange chromatography using exchanger (DEAE - Cellulose) and the third one was gel filtration over sefacryl S - 200 column. The times of purification of klebocin were (10) and the gain of purified klebocin was (6%). The purified klebocin effect has been studied on group of enterobacteria resisting for antibiotics including Acinetobacter, Escherichia coli, Shigella flexneri, Enterobacter sakazaki, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae, Citrobacter koseri, Salmonella typhi, Enterococcus faecalis, and Serratia marcescens. The results show that Enterococcus faecalis, Citrobacter koseri and Poteus mirabilis were resistant to the effect of the purified klebocin; however, all the remaining isolates affected. The concentration of (100) µg/ml has more activity than the remaining concentrations so that the inhibition diameter reached (20) mm in the species K. oxytoca, followed by E. coli with diameter of (17) mm, then Shigella flexneri with diameter (15) mm, then Enterobacter sakazaki with diameter (15) mm, followed by Salmonella typhi with diameter (14) mm, then Enterobacter cloacae with diameter (12) mm, followed by Serratia marcescens with diameter (12) mm. Of concentrations of (10, 30, 50) µg/ml, the toxic effect of klebocin on immune cells has been studied through viability of these cells; the study achieved that the klebocin in concentration of (10) µg/ml did not affect on the shape and size of phagocytic cells and its ability of phagocytosis of killed Candida yeast; so that, statistical analysis showed that there is no significant differences (P>0.05) comparing with control factor. However, the same concentration stimulate the macrophages ability of killing living yeast in vivo, which indicate that the purified klebocin from K. pneumonia 8 works on stimulating humeral and cellular immune response. Nevertheless, the high concentrations of purified klebocin from the local isolate, K. pneumonia 8, caused noticed inhibition to activities of macrophages and lymphocytes selected in this study.

بعض الجوانب المرضية للمصابين بالحمى غير معروفة الاسباب == CERTAIN PATHOLOGICAL ASPECTS ON FEVER OF UNKNOWN ORIGIN PATIENTS

Author name: علي جبار عليوي
Supervisor name: ماجد محمد محمود الجواري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة على ثلاث مجاميع مختلفة، كانت المجموعة الاولى بعدد 59 مريض بالحمى غير محددة الاسباب (FUO) والمجموعة الثانية بعدد 20 مريض بحمى مشخصة (febrile) والتي اعتبرت لمعاملات سيطرة للمجموعة الاولى، اما المجموعة الثالثة بعدد 20 شخص، كانوا اصحاء ظاهريا وتمثل مجموعة السيطرة للدراسة.تمت المتابعة واخذ العينات من المرضى والعمل عليها في مستشفى الكاظمية التعليمي، بغداد.لقد عانى مرضى FUO من اعراض مالوفة مثل الحمى المستمرة والمتقطعة، الصداع، الم الصدر، الم المفاصل، نقصان الوزن وضعف عام وفقدان الشهية وغيرها، وعلامات مرضية منها الم في الضغط على البطن، وتضخم الطحال، واليرقان، وتورم الساق وتقرحات اللسان والجلد. ان مجموعة مرضى FUO اشتركوا كون جميعهم يعانون من الحمى التي تراوحت مدتها من شهر الى ستة اشهر.تم التعرف على الاعراض السريرية من قبل الاختصاصي الموجود واجريت فحوصات المختبرية لجميع المرضى الراقدين والمشمولين بالدراسة اضافة الى فحوصات من مراكز بحثية اخرى ذات صلة بالموضوع.ان البيانات المتحصل عليها اخضعت للتحليل الاحصائي المناسب وبمختلف الطرق.اظهرت الدراسة بان مرضى FUO بسبب الاصابات المرضية المعدية يشكلون (n = 43)% 72.8) من العدد الكلي لهم (59) ثم قسموا بعد التشخيص النهائي بحسب المرض المعدي الى مرضى الحمى المعوية Enteric fever بواقع (n= 14)% 23.7 ومرضى ذات الرئة والتهاب القصبات بنسبة (n= 11) 18.6%، اما نسبة (n=6) 10.1% من المرضى فقد كانت متساوية لكل من مرضى التدرن الرئوي Tuberculosis(TB)، والتهاب المجاري البولية Urinary tract infection(UTI) ومجموعة اصابات مرضية اخرى Other infections. ومن خلال الدراسة ايضا ظهرت نسبة من المرضى (n=16) 27.12 بسبب امراض اخرى وبنسب مختلفة كما في امراض النسيج الوعائي Collagen vascular diseases (n= 4) 6.7%، ومرض التهاب بطانة القلب Endocarditis (n= 3) 5%، ومرضى الامراض الخبيثة Malignancies (n= 2) 3.3% واخيرا نسبة (n= 7) 11.8% من مرضى FUO هم المرضى غير المشخصين. ان مناقشة اربع من الثوابت الرئيسة المدروسة لها اهمية في التفريق بين مختلف حالات FUO وهذه الثوابت هي : 1 - الثوابت الدمية Haematological parameters.2 - الثوابت الكيموحيوية Biochemical parameters.3 - الثوابت المناعية Immunological parameters.4 - الثوابت الجرثومية Microbiological parameters.1 - اهمية الثوابت الدمية : كانت اعلى قيمة لنتائج فحص معدل ترسيب كريات الدم الحمراء Erythrocyte sedimentation rote (EsR) عند مرضى المناعة الذاتية، وذات معنوية قليلة لهذا الثابت عند مختلف حالات FUO الاخرى.2 - اهمية الثوابت الكيموحيوية : لقد اظهرت البيانات بان مصل مرضى FUO له اهمية كبيرة في تقسيمهم من خلال تقدير اليوريا، والكرياتينين، وانزيم الفوسفاتيز القاعدي، والبيليروبين الكلى، والالبومين، وتسبق الالبومين الى الكلوبيولين، في مصل هؤلاء المرضى.كما ان الترحيل الكهربائي لمصل مرضى FUO اظهر ارتفاعا في قيم α - 2 globulin, α - 1 globulin، مابين مصل مرضى FUO كما في مصل مجموعة الامراض الخبيثة، في حين هنالك ارتفاعا في قيمة β - globulin في مصل مرضى التهاب المجاري البولية، وارتفاعا في قيمة gammaglobulin بدليل زيادة اضداد IgM، وIgG في مصل مرضى المناعة الذاتية مقارنة مع مرضى FUO الاخرين.3 - اهمية الثوابت المناعية : اظهر فحص مصول مرضى FUO اعلى القيم لمختلف الاضداد ومنها Antistreptolysin O titer، وAntiproteinase antibodies، وAntimyeloperoxidase antibodies، وC - reactive protein، وRheumatiod factor وحسب المرض المشخص.ان مصل مرضى حمى التايفوئيد اظهر ارتفاعا في تركيز IL - 1α (72.2 pgm/ml) مقارنة مع مرضى FUO للاخرين، وكذلك ظهرت وزيادة في قيم كل من (CD25) IL - 2 receptor، وIL - 2 (153.2 pgm/ml، 8.6 pgm/ml على التوالي). في حين وجد اقل تركيزيين لـ(IL - 1α، IL - 2) في مصل مرضى الامراض الخبيثة.4 - اهمية الثوابت الجرثومية : اظهر الفحص الجرثومي تشخيص عزلات بكتريا بنسبة 40% Gram positive diplococci، وبنسبة 20% لكل من Gram negative bacilli، وGram positive cocci. ان نتائج زرع الدم لمرضى FUO اظهرت عزلات بكتريا بنسبة 33.3% لكل من Salmonella spp.، وStaphylococcus aureus، وEnterobacter spp. والمسؤولة عن امراض Salmonellosis، وEndocarditis وامراض بكتيرية اخرى.كما تم عزل كل من بكتريا Enterobacter spp.، وPseudomonas aeruginosa، وpneumoiae Streptococcus من عينات السائل الخلبي Pleural fliud وعلى ما يبدو فانهم العاملين المسببين لمرض ذات الرئة Pneumonitis ومرض التهاب الخلب Pleuritis بنسبة 33.3% من الزرع الكلى الموجب لعينات السائل الخلبي للمرض.اما بشان نتائج زرع الادرار الموجب فقد تم عزل وتشخيص كل من بكتريا Staphylococcus aureus، وE. coli، وKlebsiella spp. والتي تمثل نسبة 33.3% من الزرع الكلى لادرار المرضى والمسببة لمرض التهاب المجاري البولية (UTI).وعند زرع المسحات المختلفة (مسحات الجروح والقرح) تم تشخيص عزلات كل من بكتريا E. coli، وPseudomonas aeruginosa وهما العاملين المسببين الرئيسيين لمرض التهاب النسيج الخلوي Cellulitis.اظهرت نتائج اختبار حساسية العزلات للمضادات الحيوية بان المضاد الحيوي Amikacin يمتلك اعلى فعالية وبنسبة 88.9% ويليه المضاد الحيوي Ciprofloxacin بنسبة 58.3% تجاه العزلات المدروسة، في حين المضادين الحيويين Gentamycin، وCefotaxim كانا اقل فعالية تجاه العزلات وبنسبة 20% و12.5% على التوالي. | The importance of microbiological parameters : Bacterial isolates of sputum sample phowed that there was a 40% graw positive diplococci, gram positive cocci and gram negative bacilli showed a percentage of 20% of each.Blood culture for FUO patients demonstrated a 33.3% for each isolate of sacmorella spp., staphylococcus aurens, and Enterobacter spp., which they may be responsible for salmonellosis, endocaraditis and other bacterial infection diseases.Entarobater spp., Psendomonas aeruginosa as well as streptococcus pneumocial were isalated from a pleural fluid sample and it seems to be camsative agent for pneumonitis and pheuritis, this cause repersnet 33.3% out of the total preural fluid culture results.Urine culture results showed a positive culture result of Staphylococcus aureus, E. coli and Klebsiclla spp., and is considered as a causative agent for Urinary tract infection. This positive result represent about 33.3% of the total urine culture result wound and ulcer swabs showed a detection of E. coli and psendamamas areaginosa isolate which are the main causative agent for cellulites. Arihibiotic sensitive result showed that amikacim has the highest antibiotic activity 88.9% followed by ciprofloxacin 58.3%, while Gentamycin and cefotaxime revealed a 20% and 12.5% respectively

تاثير ليزر ثاني اوكسيد الكاربون 10600 نانوميتر على حيوية وعوامل ضراوة بكتريا الزوائف الزنجارية والمكورات العنقودية الذهبية == Effect of CO2 Laser (10600) nm on Viability and Virulence Factors of Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus

Author name: عقيلة عبد الزهرة علي
Supervisor name: ايمان ناطق ناجي البياتي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع 60 مسحة من مرضى مصابين باخماج جروح العمليات وجروح الحروق وقرحة الفراش للفترة من شهرايلول ولغاية شهرتشرين الثاني لسنة2013 من مستشفيات مختلفة في مدينة بغداد تشمل : مستشفى بغداد التعليمي ومستشفى الشهيد غازي الحريري للجراحات التخصصية ومستشفى الحروق التخصصي وقسم المختبرات التعليمية في مدينة الطب. زرعت المسحات على وسطي اكار الدم والماكونكي وشخصت باستخدام المعايير البكتريولوجية القياسية. تم تشخيص 40 عينة من مجموع 60 عينة على انها : 20عزلة تعود للنوع البكتيري Staphylococcus aureus و20عزلة تعود للنوع البكتيري Pseudomonas aeruginosa اعتمادا على طرق التشخيص المظهرية والمجهرية والكيموحيوية , واكد التشخيص باستخدام نظامي API Staphو .API 20 E تم اجراء اختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية باستخدام طريقة نشر القرص لجميع العزلات قيد الدراسة ضد 12 مضاد مختلف واظهرت النتائج ان نسبة مقاومة عزلات بكتريا Staphylococcus aureus للمضادات الحياتية كانت كالاتي : 100% لمضادات Methicillin, Piperacillin, Ceftriaxone وCeftazidim و80% لمضاد Tetracyclin و40% لمضادي Gentamycin وNorfloxacin و35%لمضاد Tobramycin و30% لمضاد Ciprofloxacin و15% لمضادAmikacin و0% لمضادي VancomycinوChloramphenicol اما نسبة مقاومة عزلات بكتريا Pseudomonas aeruginosa للمضادات الحياتية كانت كالاتي : 100% لمضادات Carbencillin Cefepime,وCeftriaxone و70%لمضاد Amikacin و65% لمضادات Cftazidime,Tobramycinو Gentamycin و55% لمضادي Ciprofloxacin وNorfloxacin و50% لمضادي Piperacillin وImipenm و%30 لمضاد Aztreonam . تم اختبار بعض عوامل ضراوة العزلات البكتيرية والقابلية على تكوين الاغشية الحيوية واظهرت النتائج ان جميع عزلات بكتريا Staphylococcus aureus كانت منتجة لانزيم مخثر البلازما بينما 95% من العزلات كانت منتجة لانزيمات الهيمولايسين)الانزيم الحال للدم) والبروتيز(الانزيم الحال للبروتين) واللايبيز (الانزيم الحال للدهون) ولها القدرة على تكوين الاغشية الحيوية, من جهه اخرى فان جميع عزلات بكتيريا Pseudomonas aeruginosa كانت منتجة لانزيمات الهيمولايسين والبروتيز واللايبيز والصبغات خارج الخلوية بينما 95% من العزلات اظهرت القدرة على تكوين الاغشية الحيوية. اختيرت 12 عزلة للتشعيع بCO2 ليزر ,ست عزلات من بكتريا Staphylococcus aureus وست عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa اعتمادا على نتائج اختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية وعوامل الضراوة عند كثافة الطاقة 20003000,2500, واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 60 و90 ثانية.اظهرت نتائج التشعيع ان CO2 ليزرادى الى تناقص في عدد CFU/ml عزلات بكتريا Staphylococcus aureus وبكترياPseudomonas aeruginosa واوضحت نتائج التحليل الاحصائي باستخدام تحليل التباين واقل فرق معنوي ان هناك فروقات معنوية P.value˂0.001في قيمةCFU/ml بين كثافة الطاقة 20003000,2500, واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 60 و90 ثانية خاصة عند كثافة الطاقة 3000واط/سنتمترمربع وزمن تعرض 90 ثانية. بعد التشعيع تم اجراء فحص الحساسية للمضادات الحياتية وعوامل الضراوة للعزلات المشععة. تم الاستنتاج ان CO2 ليزر له تاثير قاتل على بكتريا Staphylococcus aureus وPseudomonas aeruginosa دون التاثير على حساسيتهما للمضادات الحياتية وعوامل ضراوتهما الاخرى . | In this study sixty swabs were collected from patients suffering from surgical wound infections, burn infections and bedsore infections during the period from )September 2013 to November 2013( at many hospitals of Baghdad governorate including : Baghdad Teaching Hospital, Al - Shahid Ghazi Al - Harery Hospital for specialist surgeries, Burns Specialist Hospital and Teaching Laboratories Department in Medical City. All swabs were cultured initially on blood agar and MacConkey agar and diagnosed by standard bacteriological procedures. Forty samples out of sixty were identified as 20 isolates of Staphylococcus aureus and 20 isolates of Pseudomonas aeruginosa using morphological, physiological and biochemical diagnosis and confirmed by API staph kit and API 20E respectively. The antibiotic susceptibility test was performed for Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates using disc diffusion test against 12 different antibiotics for both genera. The results illustrate that the resistance rates of Staphylococcus aureus isolates were : 100%(20/20) for methicillin, piperacillin ,ceftriaxone and ceftazidim; 80%(16/20) for tetracyclin; 40%(8/20) for norfloxacin and gentamycin; 35%(7/20) for tobramycin; 30%(6/20) for ciprofloxacin; 15%(3/20) for amikacin and 0%(20/20) for vancomycin and chloramphenicol antibiotics.While the resistance rates of Pseudomonas aeruginosa isolates were : 100% (20\20) for ceftriaxone, cefepime and carbencillin ; 70% (14/20) for amikacin; 65%(13/20) for tobramycin, ceftazidim and gentamycin ; 55%(11/20) for ciprofloxacin and norfloxacin; 50%(10/20) for Piperacillin and Imipenem; 30%(6/20) for aztreonam. All Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates were investigated for detection of some virulence factors and biofilm formation. The results revealed that all Staphylococcus aureus isolates (100%) were coagulase enzymes producer, while (95%) of the isolates were haemolysin, protease, lipase enzymes and biofilm producer. All Pseudomonas aeruginosa isolates (100%) were haemolysin, protease, lipase enzymes and extracellular pigments producer while (95%) of the isolates were biofilm producer. Twelve bacterial isolates, six isolates of Staphylococcus aureus and six isolates of Pseudomonas aeruginosa were selected for CO2 laser irradiation according to the results of antibiotic susceptibility test and virulence factors using output power from 4 - 6W corresponding to power densities (2000, 2500, 3000) W/cm2 with exposure time (60 and 90) second. The results of CO2 laser irradiation illustrated that CO2 laser irradiation lead to a reduction in the mean value of the viable number CFUs/ml of all bacterial isolates and the results of the statistical analysis, by using analysis of variance (ANOVA) one way and least significant differences - LSD, showed that there were high statistical significant differences reached to P ˂0.001 in the mean value of the viable number CFUs/ml between power densities)2000, 2500, 3000(W/cm2 and exposure time 60 and 90 second for all the bacterial isolates that were used in the current study especially at power density 3000 W/cm2 at exposure time 90 second. After irradiation, antibiotic susceptibility test and virulence factors were performed. The current study concludes that CO2 laser has bactericidal effect on Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa isolates without any effect on their antibiotic susceptibility and virulence factors

تاثير التطفير الفيزيائي على قابلية بكتريا Staphylococcus aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز واستنساله في بكتريا Escherichia coli == Effect of physical mutagenesis on the ability of Staphylococcus aureus in staphylokinase production and its cloning in Escherichia coli

Author name: علاء سالم حمزة
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول | حميد مجيد جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: هدفت الدراسة الى استنسال جين الستافلوكاينيز من بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة محليا في بكتريا Escherichia coli والتحري عن التعبير الجيني في المضيف الجديد فضلا عن دراسة بعض الظروف المثلى المؤثرة في ذلك التعبير . جمعت 200 عينة سريرية من اصابات المجاري البولية والاصابات الجلدية من بعض المستشفيات في محافظة بغداد . وقد تم الحصول من تلك العينات على 54 عزلة بكتيرية وشخصت على انها S.aureus وفقا لخصائصها المظهرية ونتائج الاختبارات الكيموحيوية . وقد تم تاكيد تشخيص تلك العزلات باستخدام نظام Viteck - 2 التشخيصي . تم دراسة قابلية عزلات بكتريا S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز وفعاليته التحليلية على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . وقد اشارت النتائج الى ان جميع العزلات البكتيرية كانت منتجة وبدرجات متفاوتة لانزيم الستافلوكاينيز . وقد تميزت العزلة البكتيرية S.aureus A15 المعزولة من اصابات الجلد بكفائتها العالية في انتاج الانزيم لكون رائق مزرعتها ادى الى تكوين اعلى قطر هالة تحلل مقداره 36 ملم على وسط بلازما الدم المتصلب بمادة الاكار . ولاجل تحسين قابلية العزلةA15 S.aureus في انتاج انزيم الستافلوكاينيز ، فقد تم تعريض هذه العزلة للتطفير العشوائي باستخدام الاشعة فوق البنفسجية لحث الطفرات الوراثية التي تحور ايجابيا انتاجيتها من انزيم الستافلوكاينيز . وقد اشارت النتائج الى انه قد تم الحصول على طافرتين بكتيريتين لهذه العزلة ازدادت قابليتهما على انتاج الانزيم على ضوء زيادة قطر منطقة التحلل الى 38 ملم مقارنة بالنوع البري . اجري استنسال جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli JM 109(DE3) وذلك باستخلاص الدنا الجيني اولا من الطافرة S.aureus A15 - M1 بطريقة الغليان ثم الحصول على الدنا بتركيز 50 مايكروغرام / مل وبنقاوة وصلت الى 1,8 . تم بعدها تضخيم جين الستافلوكاينيز باستخدام بادئات نيوكليوتيدية متخصصة لتضخيم اطار القراءة المفتوح (Open reading frame) للجين التركيبي . وقد اشارت نتائج التضخيم الى انه قد تم الحصول على قطعة دنا بحجم 400 زوج قاعدي . تم تحديد التعاقب النيوكليوتيدي لجين الستافلوكاينيز وقد اشارت النتائج الى وجود ثلاث طفرات نقطية (Point mutations) في الجين التركيبي للستافلوكاينز على اساس مقارنة الترتيب النيوكليوتيدي للجين مع الترتيب النيوكليوتيدي لنفس الجين للسلالة القياسية S.aureus المسجلة في قاعدة البيانات BLAST/ NCBI . وقد كانت هذه الطفرات من نوع missens mutations التي لم تؤثر على المجموعة التي ينتمي اليها الحامض الاميني المتغير ولم تؤثر على فعالية الانزيم . وقد اشارت النتائج ايضا الى عدم احتواء التعاقب النيوكليوتيدي للجين على اي موضع حساس لانزيمي التقييد BamHI وXbaI والتي استخدمت فيما بعد لكلونة الجين بالهضم المزدوج بهذين الانزيمين للحصول على قطعة تقييد ذات نهايات لاصقة من نوع BamHI وXbaIالناشئة عن مواضع التقييد الحساسة لهذين الانزمين ضمن التعاقب النيوكليوتيدي للبادئات النبوكليوتيدية المتخصصة المصممة لهذا الغرض (البادىء النيوكليوتيدي الامامي المتضمن موقع تقييد لانزيم BamHI والبادىء النيوكليوتيدي الخلفي المتضمن موضع تقييد لانزيم XbaI) ، ثم لحم قطعة تقييد جين الستافلوكاينيز مع ناقل الكلونة pSP72 المهضوم مسبقا هضما مزدوجا بانزيمي التقييد BamHI وXbaI للحصول على جزيئة ناقل ذات نهايات لاصقة متوافقة مع النهايات اللاصقة لجين الستافلوكاينيز . وبعد اللحم تم اجراء عملية الترحيل الكهربائي للناقل الهجين (جزيئة الناقل الحاوية على جين الستافلوكاينيز) على هلام الاكاروز (1%) . وقد اشارت نتائج الترحيل الكهربائي الى ظهور حزمة دنا تمثل الناقل الهجين بحجم كلي مقداره 2900 زوج قاعدي . وفي الخطوة اللاحقة من تجربة الاستنسال فقد استخدم الناقل الهجين لتحول بكتريا E.coli JM109(DE3) المؤهلة كمضيف جديد امن للجينات الغريبة القادمة من مختلف الكائنات الحية . وقد تم انتقاء المتحولات المرغوبة لبكتريا E.coli الحاوية على الناقل الهجين على وسط البلازما المتصلب بمادة الاكار الحاوي على المضاد الحيوي الامبسيلين بتركيز 50 مايكروغرام/ مل كصفة انتقائية للوسط . وقد اشارت نتائج التحول الى الحصول على خمسة متحولات بكتيرية من بكتريا E.coli JM109(DE3) القادرة على النمو بوجود الامبسيلين والمنتجة لانزيم الستافلوكاينيز المحلل لمادة البلازما في الوسط . وقد كانت درجة التعبير الجيني لجين الستافلوكاينيز في المضيف الجديد مقاربة لدرجة تعبير نفس الجين في المضيف الاصلي S.aureus . درست بعض الظروف المثلى لتعبير جين الستافلوكاينيز في بكتريا E.coli المهندسة وراثيا . وقد اشارت النتائج الى ان درجة التعبير الجيني في المضيف الجديد قد ازدادت بتنمية البكتريا في وسط لوريا - بيرتاني المتصلب بمادة الاكار الحاوي على مادة IPTG (كمحفز للتعبير الجيني) بتركيز 100 مايكروغرام / مل . كما درس تاثير درجة الحرارة على فعالية الانزيم واظهرت النتائج ان افضل درجة حرارة لفعالية الانزيم كانت °C 37 لمدة 24 ساعة . | This study was aimed for cloning staphylokinase gene from locally isolated Staphylococcus aureus in Escherichia coli and detection the gene expression in new host in addition to determine some of the optimum conditions for gene expression. A total of 200 clinical samples from urinary tract and skin infections were collected from some hospitals in Baghdad . from these samples,54 bacterial isolate were obtained and identified as S.aureus according to their cultural and morphological characteristics and results of biochemical tests . Identification of these isolates was confirmed by using VITECK - 2 identification system. Ability of S.aureus isolates in staphylokinase production and thrombolytic activity of this enzyme was screened on human plasma agar medium, and it was found that all bacterial isolates were able to produce staphylokinase with variable degrees. Among these isolates S.aureus A15 isolated from skin infection was the most efficient isolate in staphylokinase production because its culture filtrate causing highest zone of hydrolysis (36 mm) on plasma agar medium in comparison with other isolates. In order to enhance the ability of S.aureus A15 in staphylokinase production, this isolate was subjected to random mutagenesis by using UV - irradiation to induce genetic mutations altered positively staphylokinase production by this isolate. Results showed that two mutants of S.aureus A15 obtained after UV - irradiation were increased in its ability in staphylokinase production according to the increase of the diameters of hydrolysis zones to 37 mm and 38 mm in camparison with the wild - type. Cloning of staphylokinase (sak) gene in E.coli JM109 (DE3) was achieved first by extraction of S.aureus A15 - M1 genomic DNA by using boiling method with DNA purity and concentration of 1.8 and 50 μg / ml respectively . Then Sak gene was amplified by using specific primers for gene open reading frame (Structural gene) . Results showed that the amplification product was a fragment of DNA with size of about 400 bp. Amplified sak gene was then sequenced to determine the nucleotide sequence of the gene . Results of sequencing showed that there are three point mutation were occurred in the structural gene of staphylokinase according to base pair alignment with the same gene of S.aureus standard strain recorded in BLAST / NCBI. These mutations are missens mutations doesn’t affect the group of amino acid that was changed then doesn’t affect enzyme activity. Results of sequencing also showed that the complete nucleotide sequence of the gene doesn’t have a restriction site for BamHI and XbaI that were used later for gene cloning by double digestion of the gene with these two enzymes to obtain restriction fragment with sticky ends of BamHI and XbaI that were came from the restriction sites for these two enzymes within the specific primers designed for this purpose (forward primer containing restriction site for BamHI and reverse primer containing restriction site for XbaI). Then the restriction fragment of staphylokinase gene was ligated with pSP72 cloning vector previously double digested with BamHI and XbaI to get vector molecule with sticky ends compatible with the two sticky ends of Sak gene, then recombinant vector was analyzed on agarose gel (1%) . Results of electrophoresis showed that there was a single DNA band represents the recombinant vector with a total size of 2900bp. In the next step of cloning experiment , recombinant pSP72 was used to transform competent E.coli JM 109 (DE3) as a new and safe host for foreign genes came from different organisms . Then positive transformants of E.coli (containing recombinant pSP72) was selected on plasma agar medium containing 50 μg / ml of ampicillin as a selectable marker. Results of transformation showed that there are five transformants of E.coli JM 109 (DE3) were able to grow in presence of ampicillin and producing staphylokinase enzyme that was able to hydrolyse human plasma in the agar medium . The degree of staphylokinase gene expression in the new host (E.coli) was asymbtotic to the degree of expression of the same gene in the original host (S.aureus) . Optimum conditions for staphylokinase gene expression in genetically engineered E.coli was studied under two growth factors . Results of optimization showed that the degree of gene expression in new host was increased when transformant E.coli JM 109 (DE3) was grown in Luria - Bertani agar containing IPTG (as inducer for gene expression) in a concentration of 100 μg / ml and incubated at 37 ⁰C for 24 hours . Effect of incubation temperature on staphylokinase activity produced by genetically engineered E.coli JM 109 (DE3) transformant was studied in range of temperature. Results showed that the optimum temperature for staphylokinase activity was 37 °C , at this temperature the diameter of zone of hydrolysis was 30mm , while the enzyme activity was decreased above and under this temperature .

تقدير مستوى انترلوكين - 1 - بيتا وانترلوكين - 6 في مصول وادرار اطفال مصابين بالتهاب الحويض والكليه الحاد == Estimation of IL - 1? and IL - 6 in Sera and Urine of Acute Pyelonephritis Patients

Author name: علاء لعيبي عبد الله الصرخي
Supervisor name: انتصار ناظـم خلخال
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يعد التهاب الحويض والكلية الحاد من الامراض المعدية الشائعة في الاطفال وقد يؤدي الى تلف الكلى الدائم.صممت هذه الدراسة لغرض قياس مستويات اثنين من الانترلوكينات المهمة خلال الاصابة البكتيرية هما IL - 6 او IL - 1β، لدى الاطفال المصابين بالتهاب الحويض والكلية الحاد ولتحقيق هذا الهدف فقد جمعت (95) عينه ادرار ودم من اطفال باعمار تتراوح من (2شهر - 12عام) يعانون من حمى,حرقة عند التبول, وكثرة التبول (زيادة عدد مرات التبول) في مستشفى ابن البلدي للاطفال ومستشفى حميات للاطفال (بغداد) لمدة خمسة اشهر فضلا عن (20) عينه ادرار ودم لاطفال اصحاء من نفس الفئة العمرية عدت كمجموعة سيطرة. شخص 26 من الاطفال المصابين بالتهاب الحويض والكلية الحاد بواسطة الاعراض السريرية المميزة (حمى,غثيان,قيء, الم في الخاصرة , مع عسر وكثرة التبول) من قبل الاخصائي بالامراض البولية كما تم تاكيد التشخيص بالفحوصات المختبرية المتوفرة فضلا عن اجهزة الكشف بالموجات فوق الصوتية. كانت نتائج النسب المئوية للمظاهر السريرية للمصابين (الحمى,كثرة التبول,الم خاصرة، عسر التبول,والغثيان او القيء (88,4%, 83,3%, 61,5 %, 53,8%, 34,6%) على التوالي.اما نسب الحالات الاخرى (المعقدة) فكانت : 34,4% مع ارتداد مثاني, 23% مع hydronephros،19,2%يعانون من فشل كلوي حاد, 7,6% حصى الكلية 3,6% مع ارتفاع ضغط الدم.اظهرت النتائج ان النسبة المئوية للاطفال المصابين من الذكور (65,38%) اعلى من الاناث (34,62) كما ظهرت فروقات معنوية واضحة بين المصابين من الفئات العمرية المختلفة مقارنة مع بعضها وكذلك مع السيطرة,كذلك ظهرت فروقات معنوية مهمة في اعداد الخلايا القيحية والبكتريا البولية فضلا عن تراكيز البروتين البولي عند مقارنتها بين الفئات العمريه ولدى الجنسين كذلك مع السيطرة.شخصت العوامل المسببة للاصابة باستخدام نظام(Vitek2) وتم تاكيد التشخيص عند زرع الادرار على وسط اكار عالي الدقة والخصوصية باصابات المسالك البولية (HiCrome) تعتمد نتيجة التشخيص على التفاعل اللوني بين انزيمات العزلات البكتيرية المختلفة ومكونات الوسط الزرعي المتخصص هذا. واظهرت النتائج ان النسب المئوية للعزلات البكتيرية كانت كالاتي : (50%, 15,38% ,7,6%, 23,09%) لبكترياEnter.fecalis ,S.aureus ,E.coli, اصابة مختلطة باكثر من جنس بكتيري , فضلا عن الخميرة Candida albecans (3,85%)، كما ازدادت اعداد خلايا الدم البيض لاسيما الخلايا العدلة وعلى مستوى (p<0.05) , وبمستوى (p<0.01) عن بروتين CRPلدى الاطفال المصابين مقارنة مع مجموعة السيطرة، بينما لم تظهر اي فروقات معنوية في مستويات اليوريا والكرياتنين في الدم بين المرضى والسيطرة.قيسـت تراكـيز IL - 1β في الادرار والمصل للاطفال المصابين وكانت معدلاتها (1060,09, 571,84) جزء من الغرام/ مل على التوالي واظهرت فروقا معنوية مهمة عند مقارنتها مع معدلاتها في ادرار ومصول اطفال السيطرة ( 34,5, 45,29) جزء من الغرام/ مل عند مستوى معنوية (p < 0.05).لوحظت فروقات معنوية واضحة عند مقارنة معدلات IL - 6 في الادرار والمصل والتي بلغت ( 109,42, 28,86) جزء من الغرام/ مل مع معدلاتها لدى السيطرة (12,59, 6,93) جزء من الغرام/ مل عند مستوى معنوية ((p< 0.05. | Acute pyelonephritis (APN) is a common infectious disease in children may result in permanent renal damage. This study has been designed for measuring the level of IL - 1β and IL - 6 in pediatric APN during bacterial infection .A total of (95) urine &blood sample have been collected from children 2month - 12 years suffering from fever, dysurea, frequency from Dec.2013 - Apr.2014 at Ibn Al - Blady hospital and Welfare Teaching Hospital/ Medical city in Baghdad. Twenty Sample from healthy individuals of the same age range as control group. Twenty - sex patients of APN were included in the present study, those patients have been diagnosed by urologist, the diagnosis have been confirmed by available investigation methods; laboratory tests and ultrasound. Results of clinical features (fever, frequency, loin pain, dysuria and nausea or vomiting) were 88.4%, 83.3%, 61.5%, 53.8%, 34.6% respectively, Others were presented as complicated cases 34.6% with vesicoureteral reflux, 23.0% with hydronephros, 19.2% with acute renal failure, 7.6% with stone and 2.6% with hypertension. The percentage of infected males 65.38% was higher than females 34.62% and clear significant differences (p < 0.01) were noted between patients of different ages groups .Also important differences (p < 0.01) have been appeared in pyuria nembers and bacteruria as well as in proteinuria concentrations when compared between patients of two genders in different age groups to control group. Vitek 2 system has been used for suspected the identification of APN causative agents , diagnosis that was supported by culturing urine samples on high specialized and accurate medium; HiCrome medium which is specific for UTIs, Identification result depend on coloured reaction between microorganism enzymes and some reagents in that culture medium.Results were as following : 50.0% of E. coli , 15.38% of Staphylococcus. aureus , 7.6% of Enterococcus.faecalis ,and 23.09% of mixed infection (more than one bacterial genus), finally the yeast Candida albicans is 3.85%.No significant differences in urea and creatinine levels in patients sera compared to control while white blood cells specially neutrophiles (p < 0.05) as well as C - Reactive protein (p < 0.01) were significantly higher in patients than control. Level of IL - 1β has been measured in urine and serum of patients, the means 1060.09, 571.84 pg/ml respectively , have been clarified important significant differences p < 0.05 in comparison with their levels in controls 34.05, 45.29 pg/ml . Apparent significant differences p < 0.05 have been showed between IL - 6 concentration in urine and serum of patients ,means were; 109.24, 28.86 pg/ml comparing to control 12.59, 6.93 pg/ml .

التوصيف المظهري والوراثي للانزيمات المحورة لمضادات الامينوكلايكوسيدية المنتجة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين == Phenotypic and genotypic characterization of aminoglycoside modifying enzymes produced by methecillin resistant Staphylococcus aureus

Author name: شيــماء عدنان جبر العبيــــدي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت 150عزلة سريرية من المكورات العنقودية من مستشفيي الحبيبية والنعمان في مدينة بغداد خلال الفترة من شهر كانون الثاني وحتى شهر نيسان لعام 2011 من اصابات سريرية متنوعة. توزعت العينات ما بين 30 عزلة من الادرار, 84 من خمجات جروح و36 عزلة من مسحات الاذن . • شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسطي اكار الماكونكي واكار الدم, تبع ذلك اجراء عدد من الفحوص الشكلية والكيموحيوية, ثم شخصت العزلات بشكل نهائي ودقيق باستخدام اشرطة نظامي api staph وMast staph kit .لقد تم الحصول على 87 عزلة (58%) على انها Staphylococcus .aureus مقابل 63 عزلة (42%) للانواع الاخرى من هذا الجنس. • بينت نتائج الفحص المسحي المظهري الاولي لمقاومة مضاد المثسلين باستخدام طريقة الانتشاربالاكار ان هنالك 84 عزلة من اصل 87 (%96.5) قد اظهرت مقاومتها لمضاد المثسلين لتكون من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين((MRSA مقابل 3عزلات فقط (3.5%) مستجيبة للمثسلين (MSSA).• اجري اختبارفحص الحساسية للمضادات الحيوية بطريقة انتشارالاقراص لجميع عزلات MRSA( ,(84 واستخدم لهذا الغرض ستة مضادات حيوية تعود للمجموعة الامينوكلايكوسيدية . اوضحت النتائج وجوداختلافات واضحة في نمط المقاومة المظهري للعزلات قيد الدراسة اذا اظهرت هذه العزلات مستوى عال من المقاومة لهذه المجموعة مع نسبة وصلت الى ( 19٪ ( للستربتوميسين, 38)٪ (للاميكاسين, ( 52٪ ( للجنتاميسين ، 62٪) للكاناميسين ،و (69٪) لكل من مضادي ا لنيومايسين والتوبراميسين. • استخدمت طريقة التراكيز المتضاعفة المتسلسلة لحساب التركيز المثبط الادنى(MIC) لعزلات ال MRSA) (لعدد من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية . بينت النتائج وجود اختلافات في قيم MIC المحسوبة لعزلات ال MRSA، اذا اظهرت 16 عزلة مقاومتها للستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين (16 - 1024 ميكروغرام / مل ) , و32 عزلة مقاومة للاميكاسين (64 - 128 ميكروغرام/مل ) ، و44 عزلة للجنتاميسين ( 16 - 64 ميكروغرام/مل ) و38 لو 52عزلة للكانامايسين ( 64 - 128مايكروغرام/ مل) , ، و58 للنيوميسين (16 - 1024 ميكروغرام/مل ). ان هذه النتائج تدل على انتشار صفة مقاومة مضادات المجموعة الامينوكلايكوسايدية بين عزلات المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين .• اعتمدت طريقتان لتحضير الدنا القالب لغرض استخدامها في التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا ( PCR) وهما : طريقة الغليان وطريقة المستعمرة المباشر. اظهرت النتيجة ان طريقة المستعمرة المباشرة كان افضل في اظهار النتائج بالمقارنة مع طريقة الغليان.• اختيرت خمسة وعشرون عزلة من بكتريا MRSA التي اعطت نتائج ايجابية في مجال الكشف المظهري لنمط المقاومة لمضاد المثسلين ولمضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية للكشف عن الجين mecA المشفرلمقاومة المثيسلين بوساطة تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا (PCR) . اظهرت نتائج احتواء جميع العزلات (100٪) على جين mecA ,وبلغ حجم القطعة المكثرة 314 زوج قاعدة بمقارنتها بدلائل الدنا الحجمية .• اجري الفحص الوراثي بتقنية ال PCR للكشف عن ثلاث جينات مشفرة للانزيمات المحورة لمضادات المجـــموعة الامــينوكلايكوسيـــدية في عــزلات ال MRSA وشـمـــلت aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa.بينت النتائج ان جين ) ′aac(6’) - Ie+aph(2’ هو الاكثر انتشارا وبنسبة 84٪ (21/25) تلاه جين ant(4’) - Iaو aph(3’) - IIIa بنسبة 76.3٪ (19/25) و44٪ (11/25) على التوالي.• بلغ معدل تواجد aac(6’) - Ie+aph(2’) مع ant(4’) - Ia, مقدار 64٪ (16 / 25) ويمثل اعلى نسبة تواجد في العزلات قيد الدراسة, فيما بلغت نسبة تواجد جيني ant(4’) - Ia وaph(3’) - IIIaمعا 40٪ (10/25) لتحل نسبة تواجد كلا من aac(6’) - Ie+aph(2’) مع aph(3’) - IIIa ثالثا وبمعدل 32٪ (8/25).اما نسبة تواجد هذه الجينات الثلاث معا فقد بلغ 28%(7/21(. • لوحظ ان هنالك ترابط بين الصفة المظهرية لمقاومة المضادرات مع الصفة الوراثية , فقد لوحظ ان العزلات الحاملة لجين aac(6’) - Ie+aph(2’) ذات مقاومة عالية لمضاد الجنتامايسين وايضا مقاومة لاغلب انواع المضادات الامينوكلايكوسيدية الاخرى.بينما كانت العزلات الحاملة للجين ant(4’) - Ia هي عزلات ذات مقاومة عالية لمضادي التوبرامايسين والنيومايسين ,ومن ناحية اخرى كانت العزلات الحاملة للجين aph(3’) - IIIa اظهرت مقاومتها العالية للمضادين الكانامايسين والاميكاسين.• في هذه الدراسة كانتالاربع وعشرين 24 عزلة الحاملة لجين mecA من اصل 25) 96%( كانت على الاقل مترابطة مع احد جينات الانزيمات المحورة AME او اثنان منها او جميعا ,ويعد هذا مؤشرا لوجود ترابط كبير بين مقاومة العزلات لمضادات الامينو كلايكوسايدية وبين مقاومتها للمثسلين في العزلات المحلية .في الوقت نفسة ظهرت ضمن النتائج عزلة MRSA واحدة اتسمت بمقاومتها المظهرية لمضادات هذه المجموعة غير انها خلت من اي جين في الفحص الوراثي مما يدل على امتلاكها نمط اخر من المقاومة تجاه هذة المجموعة . | • A total of 150 Clinical isolates of Staphylococcus species were collected from two hospitals : Al - habibia and Noaman hospitals in Baghdad city during the period from January to April 2011. Types and the numbers of these clinical samples were distributed as (30) isolates from urine, (84) isolates from wound infections and (36) isolates from ear swabs. • The isolates were initially diagnosed by culturing on MacConkey agar and blood agar followed by performing some morphological and biochemical tests . A confirmatory test as final diagnoses were done using api 20 and MAST staph kits. The results have showed that Staphylococcus aureus comprised 87(58%) isolates while other Staphylococcus species represented 63 isolates (42%) .• Results of primary screening test for methicillin resistance using disk diffusion method have revealed that 84 isolates(96.5%) were proved to be methicillin resistant Staphylococcus aureus(MRSA), while only 3 isolates (3.5%)were methicillin sensetive Staphylococcus aureus (MSSA).• Antibiotic susceptibility test for all the 84 MRSA isolates was performed against 6 antibiotic of aminoglycosides group using disc diffusion method. The result have demonstrated clear differences in the phenotypic resistance among isolates of the current study . They showed high - level of resistance to aminoglycosides group, and the percentage of isolates reached to(19%) for streptomycin, (38% ) for amikacin ,(52% ) for gentamicin, (62%) for kanamycin and ( 69%) for each of neomycin and tobramycin . • Two fold was serial dilution agar used to determine the minimum inhibitory concentrations (MIC) for the MRSA isolates against aminoglycosides group. The results have showed that there were differences in the MIC values among MRSA isolates when 16 isolates were resistance streptomycin (MIC ranged 16 - 1024 µg/ ml) , 32 isolates resistance amikacin (64 - 128 µg/ ml), 44 isolates to gentamicin (16 - 64 µg/ ml) , 52 isolates to kanamycin (64 - 128µg /ml), and 58 isolates to neomycin (16 - 1024 µg/ ml). The results indicate the prevalence of aminoglycosides resistance pattern in all the MRSA isolates. • The two different methods boiling method and the direct colony method were used to prepare template DNA in order to be used in the polymerase chain reaction test. The results revealed that the direct colony methode was better in demonstrating the result as comparied with the boiling method . • Twenty five isolates which gave positive results in phenotypic detection for methicillin and aminoglycoside group resistance , were selected to detect mecA gene encoding methicillin resistance using PCR technique.The results showed that all the isolates (100%) harbored merA gene with amplified size 314 bp as compared with DAN ladder . • Genotypic detection was performed to detect three genes encoding aminoglycoside modifying enzymes in MRSA isolates. They were aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa genes.The results showed that aac(6') - Ie - aph(2") gene was the most prevalent Aminoglycoside modifying enzymes (AME) gene when the rate was 84% (21/25) of the resistant isolates followed by ant(4') - Ia and aph(3') - IIIa when the rates were 76.3% (19/25) and 44% (11/25) of these isolates respectively.• The coexistence rate of aac(6') - Ie - aph(2") with ant(4') - Ia was 68% (16/25) which it represents the most predominant rate in the isolates of the current study followed by the coexistence between of ant(4') - Ia with aph(3') - IIIa which was 40% (10/25) and the third rate for aac(6') - Ie - aph(2") with aph(3') - IIIa by 32% (8/25). The coexistence rate of the three genes in all the isolates was 28% (7/25).• The results of the current study showed that there was a correlation between phenotypic and genotypic resistance pattern.The isolates harboring aac(6’) - Ie+aph(2’) gene are considered to be high resistant to gentamicin and even to all aminoglycosides ,while the isolates harboring this gene were highly resistant to tobramycin and neomycin and the isolates carrying aph(3′) - IIIa gene showed the high resistance to amikacin and kanamycin in MRSA. • In this study, the 24 isolates harboring mecA gene out of 25 ( 96%) were carried either one or more than one aminoglycoside modifying gene and this represents an indicator for high correlation between aminoglycoside and methicillin resistance in our local isolates .From the other hand the results showed that there was a MRSA isolates which confer phenotypic resistance to aminoglycoside group but it not encode for any of AME gene ,this may indicate that such isolates confer another type of resistance toward this group

دراسة بعض الحالات المناعية والدموية في مرضى بهاق عراقيين == Study Some Immunological and Heamatological Status of Iraqi Vitiligo (Bohak) Patients

Author name: شذى فارس طارق
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: البهاق هو مرض جلدي مكتسب مجهول السبب يتميز بظهور بقع ناقصة الصبغة وهذا يعزى الى فقدان الخلايا الصباغية الجلدية. تشير الدلائل الى ان المناعة الذاتية تلعب دورا في امراضية هذا المرض، لانه من الممكن الكشف عن الاجسام المضادة والخلايا التائية المتكونة ضد الخلايا الصباغية في مرضى البهاق.الدور المحتمل للخلل المناعي في مرض البهاق قد تم اقتراحه لذلك ولاختبار هذه الفرضية تم التحري عن حركيات خلوية معينة (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) ، والكلوبيولينات المناعية ( IgA , IgG , IgM وIgE)، والعد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض ولجميع المشمولين بالدراسة .شملت الدراسة : 60 مريضا (ذكور واناث ) وخلال فترة تراوحت ما بين تشرين الثاني 2014 الى نيسان 2015 وباعمار تراوحت مابين (6 - 55) سنة وكان 30 منهم غير معالجين و30 معالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة مرتين في الاسبوع ولمدة ( 4 - 10 ) اسابيع ومجموعة سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 30 فرد اصحاء ظاهريا.فصل المصل وتم قياس تركيز الحركيات الخلوية (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) والمستوى الكلي للمضاد المناعي نوع IgEفي مصل دم المشتركين باستعمال تقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيمELISA)) بينما استخدمت طريقة الانتشار المناعي الشعاعي المفرد (SRID) في قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية (IgM, IgG and IgA ) وتم قياس العد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض بوساطة جهاز ( Hematology auto analyzer 5 - diff). توصلت هذه الدراسة للنتائج الاتية : 1 - اظهرت الاناث ارتفاعا في نسبة الاصابة بالبهاق مقارنة بالذكور وبنسبة (اناث / ذكور) تساوي 1 : 1.6 مع ذلك لا توجد بينهم فروق معنوية عند مستوى (P > 0.05) .2 - متوسط العمر في مرضى البهاق كان (28.55) سنة وان الفئة العمرية (20 - 11) سنة هي اكثر عرضة للاصابة .كشفت نتائج هذه الدراسة بان 48 (80%) من المرضى كان لديهم ظهور مبكر للبهاق (قبل عمر 30 سنة ) في حين 12(20%) من المرضى كان لديهم ظهور متاخر للبهاق (بعد عمر 30 سنة ).3 - وفيما يتعلق بالانواع السريرية للبهاق اظهرت هذه الدراسة بان الغالبية العظمى من الحالات كانت من النوع المنتشر 40 (%66.67) ومن ثم يتبع بالنوع الموضعي 18(30%) والنوع الشامل 2(3.33%). علاوة على ذلك كان النوع الفرعي السريري الاكثر شيوعا والذي لوحظ في هذه الدراسة هو النوع الشائع 30 (50%) ومن ثم يتبع بالنوع البقعي 12(20%) , النوع الذي يصيب الوجه والاطراف 8 (13.33%) ,النوع المقطعي 4 (6.66%) , النوع المختلط 2(3.33%) والنوع المخاطي 2(3.33%).4 - اظهرت نتائج الدراسة الحالية بان 23 (%38.33) من المرضى كان لديهم تاريخ عائلي بالبهاق . كان التاثير على الاقارب من الدرجة الاولى بنسبة 17(% 28.33) , الاقارب من الدرجة الثانية بنسبة 5 (%8.33) والاقارب من الدرجة الثالثة بنسبة 1 ((%1.67.5 - اظهر معدل المستوى المصلي للبين ابيضاض 17ا في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة 188.62) و174.03 ) بيكو غرام/ مل ارتفاعا معنويا عند مستوى ( (p ≤ 0.05 بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ( 116.07) بيكو غرام/ مل .6 - اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا ارتفاعا معنويا عند مستوى (p ≤ (0.05 عند مقارنة مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (64.68 و61.94) بيكو غرام/ مل على التوالي، مع مجموعة السيطرة (50.64) بيكو غرام/ مل .7 - A/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgG وIgA في مرضى البهاق غير المعالجين (1045.24 و216.40 ±) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ،انخفاضا غير معنوي عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مجموعة السيطرة (1082.02 و239.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي. بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgM (121.85 ) ملغرام/ديسيلتر والكلوبيولين IgE 147.01)) وحدة دولية /مل يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى0.05) <p ( . B/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgMو IgG في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ( 167.69 و1228.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى ((p ≤ 0.05 مقارنة مع كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومجموعة السيطرة ،بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgA (233.84) ملغرام/ديسيلتر يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مرضى البهاق غير المعالجين.8 - اظهر معدل خلايا الدم البيض في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (8.80 و8.51) 103xخلية/مل3 على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى (P ≤ 0.05) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ((7.25 103x خلية/مل3.9 - A / لم يظهر معدل كل من الخلايا العدلة ،اللمفية ، وحيدة النواة ,الحمضة والقعدة في مرضى البهاق غير المعالجين (58.37 , 31.57 , 6.58 , 2.64 و1.04 )% على التوالي ، فروقا معنوية وعند مستوى 0.05) < ( P بالمقارنة مع مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (58.29 , 30.25 , 6.46 , 2.61 و1.03) % على التوالي.B / اظهر معدل كل من الخلايا العدلة, الحمضة والقعدة في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ارتفاعا قليلا ولكن غير معنوي عند مستوى (0.05 <P) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة , ولكن اظهر معدل الخلايا وحيدة النواة انخفاضا غير معنوي , بينما اظهر معدل الخلايا اللمفية انخفاضا معنويا بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. | Vitiligo is an acquired idiopathic skin disorder characterized by depigmented macules due to loss of cutaneous melanocytes. Evidence suggests that autoimmunity plays a role in the pathogenesis of the disease, since antibodies and T cells against melanocytes can be detected in vitiligo patients.A potential role of the immune dysfunction has been suggested in vitiligo so to test this hypothesis, certain cytokines (IL - 17A and TNF - α), immunoglobulins (IgM, IgG, IgA and IgE), total and differential count of WBCs were investigated in all participants.The study included : 60 patients (males and females) during the period from November 2014 to April 2015 with age range between (6 - 55) year; 30 of them were untreated and 30 were treated with Narrow Band Ultraviolet - B twice a week for (4 - 10) weeks with confirmed diagnosis of vitiligo using standard assessment age and gender matched 30 apparently healthy control.Serum was separated and cytokines, total immunoglobulin E (IgE) were detected by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA); while immunoglobulins (IgM, IgG and IgA) were detected by using Single Radial Immunodiffusion (SRID) method. Total and differential counts of White Blood Cells (WBCs) were measured by using Hematology auto analyzer 5 - diff. This study has reached the following results : 1 - Females had shown higher incidence of vitiligo as compared with males with a ratio F/M equals to 1.6 : 1 however there were no significant differences (P > 0.05) between them.2 - The mean age of vitiligo patients was (28.55) year and age group (11 - 20) year was more susceptible to affected. Results of this study revealed that 48 (80%) of patients had early onset vitiligo (before 30 years of age); while 12 (20%) had late onset vitiligo (after 30 years of age).3 - Regarding the clinical types of vitiligo; this study showed that the majority of cases were generalized type 40 (66.67%) followed by localized type 18 (30%) and universal type 2 (3.33%). Furthermore the most common clinical subtype observed in this study was vulgaris vitiligo 30 (50%), followed by focal 12 (20%), acrofacial 8 (13.33%), segmental 4 (6.66%), mixed 2 (3.33%) and mucosal 2 (3.33%).4 - Results of the current study showed that 23 (38.33%) of patients had a positive family history of vitiligo. First - degree relatives were affected in 17 (28.33%), second - degree relatives in 5 (8.33%) and third - degree relatives in 1(1.67%).5 - The mean serum level of IL - 17A in both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (188.62 and 174.03) pg/ml showed a significant increase (p ≤ 0.05) as compared with healthy control (116.07) pg/ml. 6 - The mean serum level of TNF - α showed a significant increased (p ≤ 0.05) when untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (64.68 and 61.94) pg/ml respectively compared with healthy control (50.64) pg/ml.7 - A / The mean serum levels of IgG and IgA in untreated vitiligo patients (1045.24 and 216.40) mg/dl respectively showed non significantly decreased (P<0.05) as compared to healthy control (1082.02 and 239.38) mg/dl respectively, while the mean serum levels of IgM (121.85) mg/dl and IgE (147.01) IU/ml were found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05). B / The mean serum levels of IgM and IgG in NB - UVB treated vitiligo patients (167.69 and 1228.38) mg/dl respectively increased significantly (p ≤ 0.05) as compared to both untreated vitiligo patients and healthy control, while the mean serum level of IgA (233.84 ± 18.88) mg/dl was found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05) as compared to untreated vitiligo patients.8 - The mean value of total WBCs of both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (8.80 and 8.51) x103 cell/ml3 respectively showed a significant increased (P ≤ 0.05) as compared with healthy control (7.25) x103 cell/ml3.9 - A / The means value of neutrophil, lymphocyte, monocyte, eosinophil and basophil in untreated vitiligo patients (58.37, 31.57, 6.58, 2.64 and 1.04) % respectively showed non significant differences (P<0.05) as compared with NB - UVB treated vitiligo patients (58.29, 30.25, 6.46, 2.51 and 1.03) % respectively.B / The means value of neutrophil, eosinophil and basophil in NB - UVB treated vitiligo patients showed slightly but non significant increased as compared with healthy control, but the mean value of monocyte showed non significantly decreased ,while the mean value of lymphocyte showed a significant decreased as compared with healthy control

التنميط والتحليل الجزيئي للمكورات العنقودية الذهبية المعزولة من نماذج سريرية == Molecular Analysis and Typing of Staphylococcus aureus isolated from clinical samples

Author name: سوسن محمد كريم
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | منعم رضوان علي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت خلال الدراسة اربعة وثمانون عزلة من بكتريا المكورات العنقودية من عدد من مستشفيات بغداد للفترة الواقعة ما بين تموز - تشرين الثاني عام (2013) موزعة ما بين (43) عزلة من الالتهابات الجلدية , (15) عزلة من التهاب المسالك البولية , (5) عزلات لكل من الدم والتهابات الاذن , (3)عزلات من التهابات الانف ،(2)عزلتين من التهاب العيون وعزلة واحدة من لكل من القشع والسائل المنوي و(9) عزلات اخذت من مواقع بيئية مختلفة للمستشفيات .• تم العزل الاولي لبكتريا المكورات العنقودية الاوساط الزرعية واعتمادا على الصفات المظهرية على الاوساط الزرعية والفحوصات الكيموحيوية فضلا عن التشخيص بنظام (API Staph system) لتكون المحصلة النهائية (74) عزلة تعود لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية .• تم التحري عن المكورات العنقودية المقاومه للمثيسلين بعدة طرق منها الطرق المظهرية وباستخدام طريقة الانتشار بالاكار حيث اظهرت النتائج ان هنالك 55 (74.32%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية مقاومة للمثيسلين في حين بلغ عدد العزلات الحساسة 8(10.82%) وقد لوحظ وجود عدد من العزلات التي ابدت مقاومة متوسطة للمثيسيلين 11 (14.86%) كما واستخدمت طريقتين مختلفتين من الطرق الوراثية للتحري عن مقاومه البكتريا للمثيسيلين . وذلك عن طريق التحري عن المورثات المحفوظة تطوريا (femA) المورث المسؤول عن تاكيد تشخيص النوع اضافة الى التحري عن المورث (mecA) المسؤول عن صفة مقاومة البكتريا للمثسيلين وباستخدام تقنية التفاعل التسلسلي المتضاعف (Polymerase Chain Reaction). قد اعتمدت طريقتان لتحضير دنا القالب، طريقة الغليان وقد اظهرت احتواء74 (100%)عزلة من المكورات العنقودية الذهبية في حين احتوت61 / 74عزلة على المورث (mecA) وبالاعتماد على وجود مورث صفة المقاومة للمثيسلين قد بلغت نسبة المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثسيلين (82.43%) ، كما وبلغ عدد عزلات المكورات العنقودية الحساسة للمثيسلين التي لم تحتوي على مورث (mecA) 13/ 74 (17.57%) . ومن جهة اخرى استخدمت الطريقة المباشرة في تحضير دنا القالب واظهرت النتائج امتلاك فقط 17(22.97%) عزلة على مورث (femA) كما اظهرت 57/74 (77.03%)عدم امتلاكها على المورث، في حين ابدت (7) من العزلات التي ابدت اجابيتها لمورث (femA) امتلاكها على مورث (mecA) ولذلك فان نسبة بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين بلغت (41.17%) في حين المكورات الحساسة للمثيسلين قد بلغت (58.83%). وقد اثبتت طريقة تحضير دنا القالب بالغليان بانها كانت اكثر كفاءة ودقة في الكشف عن المورثات من الطرق الاخرى .• تم استخدام طريقة الانتشارالثنائي في الاكار للكشف عن صفة المظهرية لمقاومة البكتريا تجاه مجموعة الماكروليدات، اللنكوز امايد والستربتوكرامين B وقد اظهرت النتائج (18/74) عزلة تمتلك صفة مقاومة دائمية للارثرومايسين (24.32%) توزعت بين (13/61) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومه للمثيسلين (21.13%) و(5/13) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين (38.46%) ، كما واظهرت النتائج وجود (4/74) عزلة تمتلك صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين(6.55%) وكانت كل العزلات مقاومة للمثيسلين واخيرا (29/74) عزلة من العزلات المقاومة والحساسة للمثيسلين ابدت مقاومة متوسطة للاريثرومايسين .• اظهرت النتائج سيادة صفة المقاومة الدائمية للاريثرومايسن بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية الحساسة للمثيسلين بالمقارنة مع العزلات المقاومة للمثيسيلين وكذلك لوحظ وجود صفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسن بين عزلات البكتريا السريرية المعزولة من الادرار والدم والافرازات العامة.• استخدمت تقنية PCR للكشف عن وجود مورثات مقاومة الاريثرومايسين (erm A, erm B and erm C) وقد اظهرت النتائج تغلب مورث erm A (7.35%) ووجوده في (5/68) عزلة من عزلات المكورات العنقودية الذهبية والتي تمتلك مختلف اشكال الصفات المظهرية لمقاومة المثيسلين وجميع العزلات كانت مقاومة للمثيسلين. في حين تواجد مورث erm C في (4/68) ونسبة (5.88%) اثنان منها كانت عزلة من الدم والقشع وقد كانتا موجبة في فحص التحري عن مقاومة الاريثرومايسين ، كما واظهرت نتائج فحص PCR عدم امتلاك العزلات على مورث erm B . ايضا كشفت النتائج عن سيادة المورثات erm A وerm C في التشفير لصفة المقاومة المستحثة للاريثرومايسين وانه لا دور يذكر لمورث erm B في مقاومة الاريثرومايسين.• تم التحري بتقنية PCR عن انتشار ووبائية مورث pvl بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين وقد اظهرت النتائج وجوده في(4/61) ونسبة (6.55%) .• تم استخدام طريقة الانتشار بالاكار للتحري عن حساسية البكتريا اتجاه المضادات الحيوية وقد اظهرت النتائج مقاومة العزلات بشكل كامل (100%) لكل من الكلوكساسيلين والاوكساسيلين والسيفيبيم ،ومقاومة عالية اتجاه كل من امبسلين/ كلافيلونك اسد (98.36%) والسيفتازديم (95.2%) . وكانت هنالك مقاومة متوسطة اتجاه التتراسايكلين (31.14%) ومقاومة قليلة اتجاه كل من الازيثرومايسين (24.6%) والفانكومايسين (16.4%) والجنتامايسين (13.11%) والسبروفلوكساسين (13.11%) واقل مقاومة اتجاة الامبنم (6.55%). • استخدمت طريقة UPGMA المتوسط الحسابي Unweighted Pair - Group Method using arithmetic Average لبناء شجرة تطور السللالات Phylogenetic treeوتحديد العلاقة التطورية dendroram واعتمد model Tamura - Nei لقياس المسافة الوراثية بين انواع المكورات العنقودية للتعبير عن مدى تطور تلك المورثات. اظهرت النتائج للتحليل الشجيري وجود 151 عقدة و76 عقدة طرفية . مما يعكس وجود تنوع عالي في نمط المقاومه لفحص الحساسية للمضادات الحيوية بين العزلات المدروسة, وكذلك تنوع واضح وعالي بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة والحساسة للمثيسلين .مما يعكس الطبيعه التطورية لتلك العزلات. • تم اخضاع كل عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسلين والحساسة للكشف عن مورث spa بواسطة استعمال بواديء متخصصة لتضخيم المنطقة المتغايرة من المورث وبحجم القطعة المكثره (300bp) وقد اظهرت النتائج (47/74) موجبة لمورث spa حيث كانت المكورات المقاومة للمثيسلين (67.2%) في حين كانت المكورات الحساسة للمثيسلين (46.15%) .• تم اختيار (25) نموذج من نواتج PCR لمورث spa تعود لعزلات ذات مصادر عزل مختلفة وتم ارسالها لغرض تحديد تتابع القواعد النايتروجينية، تم تسجيل كل البيانات التي تم الحصول عليها من تحديد تتابع القواعد النايتروجينه في بنك المورثات العالمي (المركز الوطني لمعلومات التكنلوجيا الحيوية National center for Biotechnology Information ) وكذلك في بنك اليابان ( DNA Data Bank of Japan) وبنك المورثات الاوربي التي تبدا بالتسلسل LC038119 وتنتهي بالتسلسل LC038142 .• اظهرت النتائج ان القطع المكثرة للمناطق المتغايرة كانت مختلفة في الاحجام وتراوحت اطوالها (65 - 335bp) من اصل الجين كذلك اجري تطابق تتابع القواعد النايتروجينة وترجمة البروتين وتحديد العلاقة التطورية وشجيرات تطور السلالات باستعمال (UPGMA) وبرنامج geneious software وقد اظهرت النتائج وجود نوعين من الشجيرات واحدة للتتابعات القصيرة (65 - 190bp) وواحدة للتتابعات الطويلة (190 - 335bp) • تم هظم المورث spa بواسطة انزيمين من الانزيمات القاطعة HinfI وHindIII واظهرت النتائج تنوعا ملحوظا في الطراز الوراثي بين العزلات . | • Eighty four isolates of Staphylococcus spp. were collected from different hospitals in Baghdad province, during the period July 2013 to November 2013, distributed as : 43 isolates from skin infection ; 15 isolates from UTI; 5 isolates from each blood and ear infection; 3 from nasal swab ; two isolate from eye infection ; while one isolate obtained from each sputum and seminal fluid and 9 isolates were taken from various hospitals environments and sites.• For preliminary isolation of Staphylococcus spp. was used culture media, and depending on features on cultures, Biochemical tests and (API Staph system).The final results were (74) isolates belonged to Staphylococcus aureus.• different methods for screening to methicillin resistance S. aureus, it were used phenotypic method (disc diffusion method), the results showed 55(74.32%) MRSA isolates, 8(10.82%) MSSA and 11(14.86%) intermediate resistance to cefoxitin. While in genotypic methods were used PCR technique to detection housekeeping gene (femA) responsible to confirm species and mobile genetic element (mecA) to confirm resistance of isolates to methicillin, PCR technique was done by used two different methods to prepare template DNA.• the results of PCR technique with used template DNA prepared by boiling method have been revealed all S. aureus isolates 74(100%) contained femA gene (100%) while 61/74(82.43%) isolates contained mecA gene (MRSA) and 13/74(17.57%) isolates devoid mecA gene MSSA. On the other hands, The results of PCR technique with used template DNA prepared by direct colony have been revealed only 17(22.97%) isolates contained femA gene and 57(77.03%) isolates was devoid femA gene (77.03%), the positive isolates to femA gene have been revealed contained 7(41.17%) mecA gene while 10(58.83%) isolates devoid mecA gene. So used PCR techniques with template DNA prepared by boiling method was appeared the effective method for screening about MRSA and detection mecA gene reflected on standard methods to confirm S. aureus to be MRSA.• Double diffusion disc was used method to screening about MLSB phenotype and the results showed 18/74(24.32%) S. aureus isolates had constitutive resistance to erythromycin cMLSB phenotype (which is distributed to13/61(21.31%) MRSA and 3/13(38.46%)MSSA, 6/74(9.83%) S. aureus isolates sensitive to erythromycin, all of them was MRSA, 4/74(6.55%) S. aureus isolates had inducible resistance to erythromycin D - shape also all of them was MRSA, 9/74(14.75) S. aureus isolates showed MS phenotype was resistance to erythromycin and sensitive to clindamycin without D - shape and finally 29/74) S. aureus isolates showed intermediate resistance to erythromycin distributed between MRSA and MSSA.• Results showed a higher prevalence of the cMLSB phenotype in the MSSA isolates compared with MRSA isolates, also was observed iMLSB phenotype among clinical samples of S. aureus specially MRSA isolates more frequently in urine, blood and general secretions.• PCR technique was used for screening about ermA, ermB and ermC genes and the results were showed the percentage of ermA gene in S. aureus isolates 5/65(7.35%) with different phenotypic resistance forms to erythromycin all five isolates is MRSA while ermC gene percentage was 4/68(5.88%) S. aureus isolates, two of them showed cMLSB phenotype and harboring with ermA gene and others two isolates recovered from blood and sputum showed inducible MLSB with D - shape phenomenon, none of the S.aureus isolates harboring with ermB gene. The results were also revealed that ermA and ermC predominant erm genes found in S. aureus and the ermC gene the prevalence gene in inducible Macrolides resistant MRSA and no role was found to ermB gene in Macrolides resistant MRSA.• PCR technique was used for screening about prevalence of pvl gene among S. aureus isolates and the results showed 4/61(6.55%) harboring with pvl gene.• Disc diffusion method was used to screening about antibiotics sensitivity and the results showed completely resistance (100%) toward cloxacillin, oxacillin and cefepime while some isolates showed high resistance toward Amoxicillin /Clavulinic acid (98.36%) and Ceftazidime (95.2%). the moderate resistance toward tetracycline (31.14%), the low resistance toward azithromycin (24.6%), vancomycin (16.4%), gentamycin (13.11%), ciprofloxacin (13.11%) and the lowest resistance appeared toward imipenem (6.55%).• unweighted pair group method (UPGMA) was used to build phylogenetic tree and to find dendrogram analysis , Adoption of the Model Tamura - Nei, to measure the genetic distance between the types of Staphylococcus aureus to express the evolution of these genes, the results were showed dendogram and phylogenetic tree have (151) node and (76) tips. also reflected highly diversity resistance antibiogram among isolates and high diversity between MRSA and MSSA isolates still found some similarities in antibiogram pattern. Reflecting the evolutionary nature of these isolates.• all MRSA and MSSA isolates were subjected to screening about spa gene by used specific primers for variable region with PCR product size (300bp), and the results showed (47/74) isolates with positive results and (27/74) with negative results, (67.2%)MRSA isolates showed positive results while(46.15%)MSSA isolates showed positive to spa gene.• the 25 samples of PCR products from spa gene related to different sources of isolation were send for sequencing, then all data obtained from genes sequencing were submitted to gene bank national center for biotechnology information (NCBI), DNA data bank of Japan (DDBJ) and European Bioinformatics Institute (EMBI) under accession number started with (LC038119) and ended with (LC038142). ,The results showed the size of amplified fragments were variable and ranged from (65 - 335bp) in the original gene also pairwise sequence alignment to spa gene fragment, protein translation, Dendogram and phylogenetic tree were built by using (UPGMA) and genetic distance model Tamura - Nei with cost matrix identity (1.0 - 0.0) with geneious software, the results were showed two dendogram and phylogenetic tree first for short sequence (65 - 190bp) have 17 node and 9 tips while second for long sequence (190 - 335bp) have 31 node and 16 tips.• PCR - RFLP for spa gene was done by using two restriction enzyme HindIII and HinfI and the results showed high diversity among MRSA isolates

انتاج الليفان من البكتريا المعزولة من تربة الجذور وتقييم العوامل المؤثرة على انتاجه == Levan Production by Bacteria Isolated from Rhizosphere Soil and Evaluation of Factors Affecting its Production

Author name: سناء بشير كاظم
Supervisor name: صفاء الدين احمد شنتر القيسي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعتبر منطقة التربة المحيطة بالجذور مصدرا مهما للعديد من الاحياء المجهرية مثل الفطريات والبكتريا والبكتريا الخيطية. في الدراسة الحالية، تم عزل البكتريا المنتجة لليفان من التربة المحيطة بالجذور. حيث تم الحصول على 15 عينة من التربة المحيطة بجذور البقوليات ( الباقلاء واللوبيا ) خلال الفترة بين تشرين الاول 2014 الى كانون الثاني 2015، من ثلاث مزارع للبقوليات في ناحية كنعان، محافظة ديالى. تم عزل 52 عزله من بكتريا الجذور (الرايزوسفير) واختبرت لمعرفة قابليتها لانتاج الليفان وذلك بالاعتماد على نمو المستعمرات المخاطية عند تنمية هذه البكتريا على وسط الاكار المغذي الحاوي على السكروز. وقد اظهرت النتائج مقدرة 36 عزلة بكتيرية جذرية على انتاج الليفان من المجموع الكلي للعزلات. شخصت العزلات الاربع الاكثر كفاءة لانتاج الليفان ووصفت بواسطة الفحوصات المظهرية والبايوكيميائية القياسية والاختبارات على المستوى الجزيئي. تم اجراء التشخيص الجزيئي لهذه العزلات الاربعة باستخدام 16S rDNA والتي اظهرت ان طول تسلسل المنطقة كان (946، 1056، 1064و1154) زوجا قاعديا للعزلات (2، 3، 23 و33) على التوالي. ان محاذات التسلسل في بنك الجينات اظهر ان العزلات الاكثر كفاءة كان لديها نسبة عالية من التشابه (98، 96، 98 و99) % على التوالي وتبعا لاقرب جار تطوري لهذه العزلات, تم التعرف عليها تبعا لتتابع جين (16S rRNA) وتبعا للفحوصات الشكلية والكيموحيوية , وشخصت على انها (Brachybacterium phenoliresistens، Elizabethkingia anophelis، Arthrobacter globiformis، Pseudomonas brassicacearum) على التوالي. تم تشخيص الليفان المنتج من هذه العزلات الاربعة باستخدام تقنية TLC والتي اظهرت تكون الليفان من نوع واحد من السكريات الا وهو الفركتوز. وقد تم تشخيص الليفان المنتج بواسطة بكتريا B. phenoliresistens باستخدام تقنيتي FTIR وتقنية الرنين المغناطيسي النووي NMR. تحليل الليفان بواسطة هاتين التقنيتين اثبتت انتاج الليفان بواسطة هذه العزلة. تم دراسة تاثير العوامل الغذائية والفيزيائية على انتاج الليفان بواسطة العزلات الاكفا. كان مصدر الكاربون الامثل لانتاج الليفان بواسطة هذه العزلات هو السكروز، حيث كان انتاج هذه العزلات هو 7.88، 7.94، 7.8 و7.77 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis، A. globiformis ، P. brassicacearum على التوالي. تم استخدام اربع مصادر مختلفة للنايتروجين لمعرفة افضل مصدر نيتروجيني لانتاج الليفان. حيث كان الكازائين هو افضل مصادر النيتروجين لانتاج الليفان حيث كان انتاج هذه العزلات 8.12، 8.2، 8.24 و8.56 غم/لتر للعينات الاربعة على التوالي. تم استخدام تراكيز مختلفة للسكروز لانتاج الليفان حيث كان اعلى انتاج لجميع العزلات عند التركيز 300غم/لتر وكان الانتاج بواسطة هذه العزلات 7.97، 7.94، 8.06 و7.95 غم/لتر على التوالي. تم استخدام قيم pH مختلفة لمعرفة افضل اس هيدروجيني لانتاج الليفان حيث كان افضل اس هيدروجيني هو 7.8 لكل العزلات، وكان الانتاج 7.88، 7.94، 7.8، 7.77 غم/لتر على التوالي. فضلا عن ذلك، تم اختبار عدة ظروف مثل فترة الحضن المثلى، درجة الحرارة، معدل الرج. كانت فترة الحضن المثلى للعزلة E. anophelis 48 ساعة حيث انتجت 8.46غم/لتر، في حين كانت 72 ساعة لباقي العزلات حيث انتجت 8.58، 8.53 و8.7 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens ، A. globiformis وP. brassicacearumعلى التوالي. درجة الحرارة المثلى لانتاج الليفان بواسطة العزلة B. phenoliresistens كانت عند 30 درجة مئوية حيث انتجت 7.87 غم/لتر، وكانت درجة الحرارة المثلى هي 33 درجة مئوية للعزلتين E. anophelis وA. globiformisحيث انتجت عندها 8.04 و8.6 غم/لتر على التوالي. في حين كانت درجة الحرارة المثلى للعزلة P. brassicacearum 40 درجة مئوية وكان انتاجها 8.24 غم/لتر. استخدمت ثلاث معدلات رج لمعرفة افضل معدل رج لانتاج الليفان. تم الحصول على اعلى انتاج لليفان عند معدل رج 150 هزه/دقيقه، حيث كان الانتاج للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis وA. globiformis هو 8.12، 8.54 و8.27 غم/لتر على التوالي. | The Rhizosphere zone is a narrow volume of soil which surrounds the plants roots and influenced by the activity and growth of the root. In the present study, Levan producing bacteria were isolated from rhizosphere soil, fifteen rhizosphere soil samples were obtained from the legumes roots cowpea and broad bean (Vinga unguiculata L. and Vicia faba) during the period from October 2014 to January 2015, which were collected from three legumes farms in Kana’an Village, Diyala Governorate. A total of 52 Rhizobacterial colonies were isolated, purified and screened for their ability to produce levan, depending on growing of mucoid colonies on sucrose nutrient agar. The results showed that thirty six isolates out of the total number of the isolates were identified as levan producers. The most efficient four isolates were identified and characterized according to standard biochemical and Molecular tests. The Molecular identification of these four isolates was carried out by using 16S rDNA, which resulted in sequenced region of 946, 1056, 1064 and 1154 base pair in length respectively. The sequence alignment in the gene bank indicated that the most efficient isolates (2, 3, 23 and 33) have high percentage of similarity (98, 96, 98 and 99 % respectively), in comparison with the retrieved consensus sequences. The closest phylogenetic neighbor for these isolates is predicted according to the 16S rRNA gene sequence, morphological and biochemical tests. These isolates were identified as (Brachybacterium phenoliresistens, Elizabethkingia anophelis, Arthrobacter globiformis and Pseudomonas brassicacearum) respectively. Levan production by these four isolates were characterized by using Thin Layer chromatography (TLC) technique, which revealed that levan is composed of only one sugar which is fructose. Levan produced by B. phenoliresistens was characterized by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy techniques. The instrumental analysis indicated that Levan was produced by the selected isolate. The effect of some nutritional and physical factors were investigated on levan production by the highest four isolates. Sucrose was the best carbon source for levan production in all isolates that gave (7.88, 7.94, 7.8 and 7.77) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively. In addition, four nitrogen sources were used to identify the best nitrogen source for levan production. Casein was the best nitrogen source for all isolates that gave (8.12, 8.20, 8.24 and 8.56) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively,. Moreover, different sucrose concentrations were used to assess the best concentration for levan production. The highest levan yield by all isolates was at the sucrose concentration of 300 g/l, which gave (7.97, 7.94, 8.06 and 7.95) g/l respectively. Different pH values were also used to determine the best pH value for the levan production. The four isolates gave their highest levan production (7.88, 7.94, 7.80 and 7.77) g/l at pH 7.8. Further, conditions were examined like optimal incubation period, temperature and agitation rate. The optimal incubation period was 48 hs for E. anophelis that gave 8.46 g/l and 72 hs for B. phenoliresistens, A. globiformis and P. brassicacearum which gave (8.58, 8.53 and 8.7) g/l respectively. Whereas, the optimal temperature was 30ºC for B. phenoliresistens that produced 7.87 g/l , 33 ºC for E. anophelis and A. globiformis which gave (8.04 and 8.6) g/l, and 40 ºC for P. brassicacearum that gave 8.24 g/l. Three agitation rates were used to identify the best agitation rate for levan production. The highest levan production yield was obtained at 150 rpm by the isolates B. phenoliresistens, E. anophelis and A. globiformis which gave (8.12, 8.54 and 8.27) g/l respectively.

دراسة تاثير الغشاء الحيوي المنتج بواسطة Klebsiella pneumonia المعزولة سريريا على بعض جوانب الجهاز المناعي == Study the Effects of Biofilm of Klebsiella pneumoniae Isolated Clinically on Some Immune System Aspects

Author name: سرى مؤيد عباس العبيدي
Supervisor name: علي حسين علوان العامري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعد بكترياKlebsiella pneumoniae من الممرضات الخطرة التي بامكانها ان تسبب اصابات حادة, شملت الدراسة عزل 50 عزلة من البكتريا من مصادر سريرية مختلفة من مستشفيات مختلفة في مدينة بغداد (مستشفى ابن البلدي, مستشفى الكندي التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب) لغرض دراستها من محاور عدة بعد ان شخصت البكتريا اعتمادا على الطرق التقليدية بالتشخيص من حيث صفاتها الزرعية والكيموحيوية فضلا عن استعمل جهاز vitek2 compact system لتاكيد التشخيص, اظهرت نتائجنا ان عدد ونسبة عزلات بكترياKlebsiella pneumoniae التي تم الحصول عليها وفقا للمصادرالسريرية (الادرار,الدم ,القشع، حروق, مسحة الاذن ، القيح, الجروح والخروج) كانت 22 (44٪)، 11 (22٪)، 4 (8٪),4 (8٪), (3) (6٪)، 3 (6٪)، 2 (4٪) و1 (2٪) على التوالي. المحور الاول ركز على دراسة المقاومة للمضادات المختلفة وتحديد التركيز الادنى للمضادات الحيوية لتثبيط نمو البكتريا, استعملت المضادات الاتية (,amikicin, azteronam cefepime ceftazidime, ciprofloxacin, gentamycin, impenem, meropenem, minocycline, piperacillin, piperacillin/tazobactam, ticracillin, tobaromycin (trimethoprim/ sulfamethoxazole and لوحظ ان المضادات amikicin, impenem meropenem and اكثر فاعلية ضد هذه البكتريا. من جهة اخرى اظهرت العزلات قدرة مختلفة على انتاج الغشاء الحيوي، حيث استخدمت في هذه الدراسة طريقتان لمعرفة قدرة العزلات لتشكيل الغشاء الحيوي، وكالتالي كانت النسبة في طريقة Congo - Red Agar (CRA) 72 % مكونة للغشاء و20 % غير منتجة و8 % غير محددة الانتاجية, في حين طريقة اطباق المعايرة الدقيقة 80 % مكونة و20 % غير قادرة على تكوين الغشاء. العزلات الاقوى لانتاج الغشاء الحيوي اختيرت لمعرفة مقاومتها للمضادين Ciprofloxacin and Meropenem لاجراء مقارنة المضادات بين الخلايا المفردة والخلايا المكونة للغشاء الحيوي, حيث اظهرت النتائج ان المقاومة للمضادات تصبح اكثر بحوالي 10 مرات بالنسبة للخلايا المكونة للغشاء الحيوي مقارنة مع الخلايا المفردة. المحور الثاني تضمن اجراء التجارب المناعية وشملت عملية الطهي وقياس الفاعلية القاتلة وعملية البلعمة, اجريت هذه التجارب على اكفا عزلتين من كل مصدر من ناحية تكوين الغشاء الحيوي والاكثر مقاومة للمضادات الحيوية, من ناحية اخرى عرضت هذه العزلات لمصدر الاشعة فوق البنفسجية بطول موجي 240 نانوميتر ولمدة نصف ساعة وذلك لاجراء مقارنة بين العزلات نفسها قبل وبعد التعرض وتاثير ذلك على استجابة الجهاز المناعي داخل وخارج الجسم الحي. حيث اظهرت التحليلات الاحصائية وجود فروق عند مستوى معنوية (0.001) لعملية الطهي وقياس الفاعلية القاتلة (داخل الجسم الحي) والبلعمة (خارج الجسم الحي) عند المقارنة مابين العزلات قبل وبعد التشعيع ومابين البكتريا في حالة كونها خلايا مفردة وفي حالة تكوينها الغشاء الحيوي, يدلل ذلك ان الجهاز المناعي اكثر فاعلية ضد الخلايا المفردة من الخلايا المكونة للغشاء الحيوي وللعزلات نفسها قبل وبعد التشعيع.اخيرا اجريت دراسة للتحري عن نسبة وجود الجينات التي يعتقد انها مسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي بواساطة جهاز تفاعل البلمرة التسلسلي وكانت النسبة للجين mrkA 92% وللجين mrkD 50% في العزلات الغير مشععة واصبحت النسبة 53% MrkA و23% MrkD للعزلات بعد التشعيع. كخلاصة هذه النتائج تؤيد ان الاستجابة المناعية ضد البكتريا المكونة للاغشية الحيوية هي اقل كفاءة والتي تضمنت في الدراسة عنها للخلايا المفردة ومما يعني نحن بحاجة لاجراء دراسات اخرى تشمل للجوانب المناعية الاخرى المتخصصة في استجابة الجهاز المناعي. | Klebsiella pneumoniae is a dangerous pathogens that can cause severe diseases. This study included the isolation of 50 isolates of bacteria from different clinical sources from different hospitals in Baghdad city (Ibn - albalady hospital, Teaching Al - Kindy hospitals and Teaching laboratory in medical city hospitals through August 2014 to December 2014) for the purpose of examination of several axes after confirmation the diagnosis of bacteria depending on traditional methods of diagnosis in terms of relying on cultural and biochemical characteristics then used vitek2 a compact system. These results showed that the number and percentage of isolate according to the sources (urine, blood, sputum, burns, ear swabs, pus, wounds and stool ) were 22(44%), 11(22%), 4(8%), 4(8%), 3(6%), 3(6%), 2(4%) and 1(2%) respectively. The first axis of this studies focused on the isolates resistance to different antibiotics and determination the minimum inhibitory concentration of antibiotics ( amikicin, azteronam, cefepime, ceftazidime, ciprofloxacin, gentamycin, impenem, meropenem, minocycline, piperacillin, piperacillin/tazobactam, ticracillin, tobaromycin, trimethoprim/ sulfamethoxazole) that inhibits the growth of bacteria, the obtained results showed that the antibiotics amikicin, impenem and meropenem more effective against the isolates. On other hand the isolates showed different ability to produce biofilms, to examine this ability two methods were used (Congo - red agar methods and Tissue culture plate methods), the percentage of isolates formed biofilms in method (CRA) 72% produce biofilm and 20% non productive and 8% non - specific in CRA, while in TCP method 80% composed and 20% are not able to form the membrane. Higher production of biofilms isolates were exposed to Ciprofloxacin and Meropenem to make a comparison the antibiotic resistance between planktonic and biofilms producers isolates, the results showed that resistance to antibiotics became 10 times higher than planktonic. The second axis was the immunological experiment which included opsonization, bactericidal activity and phagosytosis. The strongest isolates that were chosen from each sources depended on biofilms formation, and antibiotic resistance, the same isolates were exposured to radiation by UV light wave length 240nm for 30min to compare between the same isolates after and before radiation to determine the immune response. Statistical analysis showed a significant differences P (0.001) to all immunogical experiments opsonization and bactericidal (preformed in vivo for wild and mutant type) activity phagocytosis (preformed in vitro for bacteria in planktonic and biofilm form). The immune system response was more effective against planktonic than biofilms formation bacteria to phagocytosis and between isolates for bactericidal assay and opsonization after and before radiation. Finally the genetic study used serial polymerase chain reaction to determine the proportion of the presence of genes that are believed to be responsible of biofilm production ratio was mrkA 92% and mrkD 50% of wild isolates that became at ratio 53.8% mrkA and 23% mrkD in isolates after radaiation, as a conclusion these findings support that immune response to bacteria vital constituent of membranes differ from the response in the case of single cells and there is need to make other immunological studies include specialized aspects of the immune system response.

تحضير الدقائق النانوية لاوكسيد واوكزالات النحاس ودراسة فعاليتها ضد بكتريا الزوائف الزنجارية والمكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين المعزولة من اصابات الحروق والجروح == Preparation of Copper Oxide and Oxalate Nanoparticles and Their Effects Against P.aeruginosa and Methicillin - Resistant S.aureus from Burn and Wound Infections

Author name: سرمد فاروق هادي
Supervisor name: سوزان سعدي حسين الروزنامجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت ست وثمانون عينة سريرية (57 من الجروح و29 من الحروق) من مرضى مصابين بانواع مختلفة من الجروح والحروق من ثلاث مستشفيات في مدينة بغداد وهي : مستشفى اليرموك التعليمي ومستشفى بغداد التعليمي ومستشفى الحروق في مدينة الطب خلال الفترة من ايلول الى كانون الاول 2014. العينات المجموعة فحصت باستخدام ملون كرام ثم زرعت على اوساط اكار الدم واكارالماكونكي بالاضافة الى الاوساط التفريقية الانتقائية (وسط اكار السيدوموناس لعزل Pseudomonas aeruginosa ووسط المانيتول الملحي لعزل (Staphylococcus aureusكما اجريت الاختبارات الكيموحيوية التالية : الكاتاليز والاوكسديز والكواوكيوليز واختبار API 20 NE لغرض تشخيص الـ P.aeruginosa بالاضافة الى ذلك، وبالاعتماد على نظام VITEK2 compact تم اجراء الاختبار التاكيدي لتشخيص P.aeruginosa وS.aureus كشف الزرع البكتيري لـ 86 عينة الماخوذة من الجروح والحروق، ان 75 عينة )%87.2 ( وجد فيها نمو بكتيري هوائي (عينات ايجابية)، بينما العينات السلبية كانت (11) ونسبتها 12.8 %. اظهر زرع عينات الحروق والجروح نسبة عالية %)45.3 ( ,34 عزلة من P.aeruginosa وبالتالي اقترح ان يكون هو المسبب المرضي الاكثر شيوعا، بينما S. aureus كانت نسبتها 28.0 % (21 عزلة). تم زرع جميع عزلات S. aureusعلى وسط agar CHROM حيث سجلت 66.6 %منها كانت مقاومة للمثسيلين اي Methicillin Resist Staphylococcus aureus (MRSA) و33.3 % حساسة للمثسيلين ايMethicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) ، نفس النتائج اعلاه تم الحصول عليها باستعمال طريقة Cefoxitin disc diffusion. خضعت 34عزلة عائدة لبكتيريا P.aeruginosa لاختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية قيد الدراسة، واظهرت النتائج ان كل العزلات %100.0كانت مقاومة للمضادات Carbenicillin وDoxycycline في حين اظهرت مقاومة عالية نسبيا للمضادات الاتية Amoxicillin /Clavulanic acid % 85.3% Cefipime , , 82.4 Netilmicin 76.5% واخيرا Azetreonam 61.8% في حين اظهرت مقاومة معتدلة نسبيا لكل من Gentamicin ,35.3% Tobramycin 32.4% واخيرا Ciprofloxacin ,29.4 % بينما اظهرت مقاومة منخفضة نسبيا لمضاد% Imipenem 14.7 . من جهة اخرى, خضعت 21 عزلة عائدة لبكتريا S.aureus لاختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية واظهرت مقاومة عالية نسبيا لكل من Azithromycin ; 76.2% Cefoxitin Clathromycin; 66.7% 62.0% في حين اظهرت مقاومة معتدلة نسبيا لكل من Chloramphenicol ,%47.6 42.9% Ciprofloxacin Doxycycline, 38.0% بينما اظهرت مقاومة منخفضة نسبيا لكل من Gentamycin , 19.0% Tobramycin Vancomycin , 14.3% 9.5% واخيرا Clindamycin . 9.5% تم تحضير دقائق نانوية لاوكسيد النحاس واوكزالات النحاس بنجاح بطريقة كيمياوية مرنة مستندة على التفكك الحراري لمواد اولية من حامض الاوكزاليك. تم تشخيصها باستعمال الطرق التالية : التحليل النمطي من انحراف الاشعة السينية (XRD) ، والمجهر الالكتروني الماسح (SEM) والتحويل الرباعية لامتصاص الاشعة تحت الحمراء(FT - IR) . تم قياس الفعالية المضادة للبكتيريا لاوكسيد النحاس واوكزالات النحاس النانوية المحضرة لكل من P.aeruginosa وMRSA باستعمال طريقة الانتشار في الحفر وطريقة تخفيف المرق. بينت النتائج بان كلا النوعين من الدقائق النانوية لها القدرة على منع نمو عزلات البكتيريا تحت الدراسة. كما تم تحديد التركيز المثبط الادنى MIC والتركيز القاتل الادنى MBC لكلا النوعين من الدقائق النانوية حيث كانت قيم MIC وMBC لاوكسيد النحاس ضد P.aeruginosa في التراكيز 1600 و3200 مايكروغرام/مل على التوالي، في حين كانت قيم MIC وMBC لاوكزالات النحاس في التراكيز 800 و1600 مايكروغرام/ مل على التوالي. اما بالنسبة لـ MRSA فان قيم MIC وMBC للدقائق النانوية لاوكسيد النحاس كانت في التراكيز 800 و1600 مايكروغرام/مل على التوالي، بينما كانت قيم MIC وMBC لاوكزالات النحاس النانوية في التراكيز 200 و400 مايكروغرام/مل على التوالي. | Eighty six clinical samples (57 wounds and 29 burns swabs) were collected from patients with different types of wounds and burns from hospitals in Baghdad City : Al - Yarmuk Teaching Hospital, Baghdad Teaching Hospital and Burn Hospital in Medical City at a period between September to December 2014. The collected samples were examined by Gram stain then cultured on Blood agar and MacConkey agar media, as well as differential selective media including Pseudomonas agar for isolation of Pseudomonas aeruginosa and Mannitol salt agar for isolation of Staphylococcus aureus bacteria. The following biochemical tests were performed : catalase, oxidase, coagulase tests, and API 20 NE in order To diagnose P.aeruginosa. Additional, Confirmatory test was performed by using VITEK2 compact system in order To identify P.aeruginosa and S.aureus. The results of bacterial cultures revealed that out of 86 samples obtained from burns and wounds, 75 samples forming 87.2 % were observed to have an aerobic bacterial growth (positive samples), while negative samples, (11) represented 12.8%. The results of bacterial culture from burn and wound samples revealed high percentage of 45.3% of P.aeruginosa (34 isolates). Hence, it was suggested to be the most common pathogen, while S.aureus represent 28.0% (21 isolates). All isolates of S.aureus were cultured on CHROM agar medium which revealed that 66.6 % of them were Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and 33.3% Methicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA), the same results were obtained by using Cefoxitin Disc Diffusion method. The Antibiotic sensitivity test on thirty four isolates of P.aeruginosa showed that all isolates 100.0% were resistant to Carbenicillin and Doxycycline; relatively high resistance to Amoxicillin/Clavulanic acid, 85.3 %; Cefipime, 82.4 %; Netilmicin, 76.5 % and Azetreonam, 61.8 %. These isolates have relatively moderate resistance to Gentamicin, 35.3%; Tobramycin, 32.4%; Ciprofloxacin, 29.4%, and relatively low resistance to Imipenem, 14.7 %. On the other hand, (21) isolates of S.aureus were tested for antibiotics sensitivity, indicating relatively high resistance to Azithromycin, 76.2%; Cefoxitin, 66.7% and Clathromycin, 62.0%. They also have relatively moderate resistance to Chloramphenicol, 47.6%; Ciprofloxacin, 42.9%, Doxycycline, 38.0% and relatively low resistance to Gentamycin, 19.0%; Tobramycin, 14.3%; Vancomycin, 9.5 % and Clindamycin, 9.5%.Copper oxide and oxalate nanoparticles were prepared successfully via soft chemistry route based on the thermal decomposition of oxalic precursors. They were obtained with a well - controlled morphology and particle size. These nanoparticles were characterized by using : X - ray diffraction (XRD) pattern analysis, Scanning Electron Microscope (SEM) and Fourier Transform Infra - Red spectroscopy (FT - IR). The antibacterial activity of the obtained copper oxide and oxalate nanoparticles against P.aeruginosa and MRSA were estimated by using Well Diffusion and Broth Dilution methods. The results showed that both types of nanoparticles have the ability to inhibit growth of the bacteria under study. The Minimal Inhibitory Concentration (MIC) and Minimal Bactericidal Concentration (MBC) of copper oxide nanoparticles against P.aeruginosa were found to be 1600 and 3200 µg/mL respectively, while for copper oxalate nanoparticles were at concentrations of 800 and 1600 µg/mL respectively. For MRSA, the MIC and MBC values of copper oxide nanoparticles were at concentrations of 800 and 1600 µg/mL respectively, while for copper oxalate nanoparticles were at concentrations of 200 and 400 µg/mL respectively

الكشف عن جينات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتريا الكلبسيلا المعزولة من عينات سريرية وبيئية في محافظة ذي - قار == Detection of ESBLs in Klebsiella spp. Isolated from Clinical and Environmental Samples at Thi - Qar Province

Author name: زينب محمد عيدي اللامي
Supervisor name: يحيى عبد الرضا عباس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: This study aimed for isolation and identification of Klebsiella spp.from clinical and environmental samples and detection the prevalence of some extended spectrum β - lactamases (ESBLs) genes (bla CTX - M, bla CTXM1) in Klebsiella spp. Samples collected were included clinical samples ( Burns , wounds , urinary tract infections, respiratory tract infections, otitis media and vaginal infections ) and hospitals environments. A total of 554 (468 clinical and 86 environmental samples) during the period from October 2013 to March 2014 were collected. Growth on blood agar, MacConkey agar and E.M.B agar was identified by cultural, morphological and biochemical tests and confermated by API 20 E system which revealed that : 45 ∕ 554 ( 8,1%) gave positive growth for Klebsiella spp. as following : 2 ∕ 48 (4.1 %) fromburns , 7∕ 40 (17.5 %) from wounds, 29 ∕315 ( 9.2%) from urinary tract infections, 4 ∕ 25 (16%) from respiratory tract infections, 3 ∕86 (3,4%) from hospitals environments.All the 45 isolates of Klebsiella spp. were screened for their antibiotic resistance against 15 antibiotics of different classes using Kirby - Bauer disk diffusion method. The results showed that all the tested isolates were resistant to at least 6 antibiotics of which they were tested, hence the isolates were considered to be multidrug resistant.The results showed that all of the isolates were found to be resistant to β - lactam antibiotic (ampicillin and amoxicillin) Disk approximation test and not production of ESBLs by these isolates.Combined disk diffusion method was used for detection of metallo - β - lactamase - producing isolates , it was emplace each of imipenem and antibiotic with and without EDTA on Mueller - Hinton agar , because EDTA working to inhibit of metallo - β - lactamase . The results showed that there was no effect for EDTA on the diameter of inhibition zone in all isolates.All the 45 isolates were submitted to molecular detection of some ESBLs genes (bla CTX - M , bla CTX - M1) using PCR technique. The results showed that only 28 ( 62,2%) isolates were carried ) blaCTX - M or blaCTXM1) and 21 isolates were carried both genes (blaCTX - M and blaCTXM1).

تاثير المعززات الحيوية على الفئران المثبطة مناعيا بالبردنيزولون == Effect of Probiotics on Prednisolone Immunosuppressed Mice

Author name: زينب كاظم عبد
Supervisor name: امنة نصيف جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة لمعرفة دور FOXP3 في الفئران المثبطة مناعيا بالردنيزولون اضافة الى دور المعززات الحيوية في الجهاز المناعي للفئران البيضاء. البردنيزولون هو عقار مثبط مناعيا يستخدم لعلاج حالات الحساسية وامراض المناعة الذاتية. المعززات الحيوية هي كائنات حية تستعمل لتعديل الجهاز المناعي في الانسان والفئران. FOXP3 هو دليل للخلية التائية المنظمة وله دور في الاستجابة المناعية.لذلك استخدمنا في التجربة 30 فار مختبري ابيض ذكر قسمت الى 6 مجاميع كل مجموعة تضم 5 حيوانات والتي جرعت يوميا لمدة 14 يوم : المجموعة 1 : جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالخميرة فقط. المجموعه 2 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام مجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعة 3 : جرعت فمويا ب0.4مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط. المجموعه 4 : جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالبكتريا فقط. المجموعه 5 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعه 6 : جرعت فمويا ب0.6مل من بكتريا Ss والتي تحوي (108×1) خلية\مل وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط . اوضحت نتائج الدراسة الحالية ارتفاع معنوي في العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء(10000.0 ± 275.4) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(7000 ± 145.07), واظهر العد التفريقي لها انخفاض معنوي في الخلايا اللمفية(23.0 ± 1.51) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((30.0 ± 1.65 وارتفاع معنوي في الخلايا العدلة(75.00 ± 3.59)مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (65.00 ± 2.31) وانخفاض معنوي في الخلايا الوحيدة(( 1.0 ± 0.06مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ±0.06) 3.0) وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة , حصل انخفاض معنوي في عملية البلعمه(15.0 ± 0.82) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(20.0 ± 1.4), وارتفاع غير معنوي في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة(40.0 ± 2.03) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (36.0 ± 1.1), وزيادة غير معنوية في تركيز خضاب الدم(13.3 ± 0.76) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((11.6 ± (0.54 وكذلك زيادة غير معنوية في الوزن الكلي للحيوانات المعامله بالعقار فقط (31.0 ± 1.2) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(30.0 ± 1.1) .واظهرت نتائج التجريع بالمعززات الحيوية (الخميرة والبكتريا) ارتفاع العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء ,واظهر العد التفريقي لها ارتفاع الخلايا اللمفية والوحيدة وانخفاض الخلايا العدلة وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة ,كذلك حصل ارتفاع في عملية البلعمة وارتفاع بسيط في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة . بينت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية في المجموعه المعاملة بالعقار فقط حصول فقدان بالشكل العام للعضو وعدم ظهور الحويصلات اللمفاوية وحصول تنخر في الطحال .واوضحت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجموعه المعامله بالمعززات الحيوية احتفاظ العضو بالشكل العام وحصول ارتشاح للخلايا اللمفية وتحفيز الحويصلات المفاوية داخل العضو.كما اظهرت نتائج التجريع الفموي للمعززات الحيوية بعد وقبل ومع حقن الدواء حدوث حالة تحسسن بالمؤشرات المناعية وكذلك حدوث حالة تحسن وتنشيط مناعي للحويصلات اللمفاوية للطحال والعقدة اللمفاوية. واظهرت نتائج الفحص النسيجي الكيميائي المناعي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجاميع المجرعه بالمعززات الحيوية والعقار ان لها نفس التعبير لل.FOXP3 اعتمادا على نتائج التجربة الحالية نستنتج ان المعززات الحيوية (الخميرة والبكتيريا) تمتلك قابلية على تعديل وتحسين تاثيرات العقار الجانبية على الاعظاء والمؤشرات المناعية وكذلك لها نفس التعبير لل.FOXP3 | Study have been done to see the role of FOXP3 in immunosuppressed mice using prednisolone in addition to the role of probiotic on immune system of albino mice. Prednisolone is immunosuppressive drug used to treat several allergic and autoimmune conditions. Probiotic is a live microorganisms used to modulate human and mice immune system.FOXP3 is Treg marker and have a role in immune system responses. Therefore we took 30 male albino mice were divided into 6 groups (five mice in each group) and treated daily for 14 days : Group 1 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days then injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 14 days. Group 2 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14days. Group 3 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days.Group 4 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days then injected intraperitoneally with(0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 14 days. Group 5 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days. Group 6 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days. Mice treated with prednisolone drug showed a significant increase in total leukocytes count (10000±275.4)cells\1ml.blood as compared with negative control (7000±45.07)cells\1ml.blood, and differential count of leukocytes showed non - significant decrease in lymphocytes(23.0±1.51)cells\1ml.blood as compared with negative control (30.0 ±1.65)cells\1ml.blood, a significant increase in neutrophils(75.00±3.59) as compared with negative control(65.00 ± 2.31), a significant decrease in monocytes (1.0±0.06)cells\1ml.blood as compared with negative control(3.0 ± 0.06)cells\1ml.blood and have no effect on basophils and eosinphils, a significant decreased in phagocytosis(15.0 ± 0.82) as compared with negative control (20.0 ±1.4) , no significant increased Pcv (40.0±2.03) as compared with negative control (36.0±1.1) ,no significant increased Hb (13.3±0.76) as compared with negative control(11.6 ± 0.54) , and no significant increase in total body weight (31.0 ± 1.2)g as compared with negative control (30.0 ±1.1)g. The result of group treated with probiotic show a significant increase in total leukocytes, lymphocytes count, phagocytosis and Hb & Pcv as compared with control group administrated by normal saline only. The histological sections of spleen and lymph node which was treated with prednisolone drug revealed lose the architecture, no lymphoid follicles and necrosis. While the section of spleen and lymph node treated with probiotic showed preservation architecture which contain lymphoid follicles and hyperplasia of lymphocytes. The result of groups treated with probiotic pre, post, together with prednisolone drug showed normalized the immunological and histological parameters to the normal condition as compared with group treated with prednisolone only. The immunohistochemical section for spleen and lymph node show the same expression of FOXP3 in mice treated with probiotic (yeast & bacteria) and prednisolone drug. According to the results obtained from this study it is concluded that probiotic (yeast and bacteria) have immunomodulatory effect against prednisolone in immune system of male albino mice and have the same expression of FOXP3

استخلاص ، تنقية وتوصيف انزيم اللكنين بيروكسيديز المنتج من العزلة الفطرية المحلية Aspergillus terreus == Extraction, purification and characterization of lignin peroxidase enzyme produced from local fungal isolate Aspergillus terreus

Author name: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي
Supervisor name: ندى صباح رزوقي | غازي منعم عزيز
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Doctorate
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تم عزل وتشخيص 18 عزلة فطرية محلية من 75 عينة روث خيول جمعت من نادي الجادرية ونادي العامرية للفروسية في بغداد خلال 8 اشهر للفترة من تموز 2013 الى اذار 2014 . سجلت العزلة A. niger اعلى نسبة ظهور بين العزلات واعلى تكرار % 80 %9.8, على التوالي تبعتها العزلة A.fumigatus (%9.8 , % 48) ثم العزلة A.terreus (% 8.2 , % 46.66) ، بينما سجلت العزلة Absidia cerymbifera اقل ظهور واقل تكرار(%3.28 , % 5.33) تبعتها العزلة Syncephalstrum racemosum ( % 2.67 و( %1.64 على التوالي. اختيرت العزلة A.terreus SG777 كافضل عزلة لانتاج هذه الانزيمات اذ سجلت اعلى فاعلية نوعية لانتاج الانزيمات المحللة للكنين ( لكنين بيروكسيديز 11.828 ، منغنيز بيروكسيديز1.131 واللاكيز 0.527) وحدة /ملغم . ثبتت الظروف المثلى لانتاج الانزيمات المحللة لللكنين من العزلة الفطرية A. terreus SG 777 باستخدام تخمرات الحالة الصلبة ( سيقان الموز كمادة اساس ، فترة الحضن 8 ايام ،حجم اللقاح1 × 105 بوغ / مل ، برقم هيدروجيني 4.5 وبدرجة حرارة 35م°). رسب انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع %80 ثم ازيل الملح من الانزيم المنتج من عفن777 Aspergillus terreus SG باستخدام طريقة النضح الغشائيDialysis تجاه المحلول الدارئ (Tris buffer) ونقي جزئيا بواسطة كروماتوغرافيا التبادل الايونيIon exchange chromatography باستخدام المبادل الايوني DEAE - cellulose بعدد مرات للتنقية بلغ 5.4 مرة وبحصيلة انزيمية مقدارها %13.7اظهر الانزيم اعلى فغالية وثباتية عند الرقم الهيدروجيني 3.0 ,في حين اقصى فاعلية للانزيم ظهرت عند درجة حرارة 40 م° مع احتفاظ الانزيم بفاعليته عند درجات حرارة تراوحت بين 25) - 35 ) م°. درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة عدة صبغات واظهرت النتائج اعلى نسبة ازالة ( 83.61 %) للانزيم تجاه صبغة الكونغو الحمراء باستخدام 65.51 وحدة / مل منه وبفترة حضن 4 ساعات وتبعتها صبغة المثيلين الزرقاء بنسية تحطيم %58.6 ثم صبغة المثيل الحمراء بنسبة ازالة بلغت % 49.9.بينما سجلت الصبغات الملاكايت الخضراء ، الالورا الحمراء والتارترازين % 24.87 ,% 28.8 , %26 على التوالي كادنى نسبة تحطيم بوساطة الانزيم قيد الدراسة . درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة المركبات الحلقية المتعددة التي تم الكشف عنها وذلك لمقارنة فاعلية الانزيم مع نتائج المعالجات في مصفى الدورة والتي تضمنت (المعالجة الميكانيكية، المعالجة الكيميوفيزيائية والمعالجة البايولوجية ) . اظهرت النتائج ازالة 97.54 % للمركب Di benzo (a ,h) anthrancene باستخدام 65.51 وحدة / مل من الانزيم قيد الدراسة وبفترة حضن 4 ساعات وبدرجة حرارة 40 م° في حين بلغت نسبة الازالة بوساطة معالجات المصفى % 54.37 كما بلغت نسبة الازالة لكل من Floureneو anthrancene قد بلغت % 95.98 و% 83.51 على التوالي مقارنة بنسبة الازالة %84.51 , % 46.83 بوساطة معالجات المصفى . قيد انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام %2 وزن / حجم من الجينات الصوديوم و200 ملي مولار و50 من مل كلوريد الكالسيوم . بينت النتائج ان % 99 من فاعلية الانزيم الحر تم تقييدها .اجريت عملية خزن انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر لمدة اربعة اسابيع عند درجة حرارة 4 م° لمعرفة مدى احتفاظ الانزيم المقيد بفاعليته الانزيمية مقارنة بالانزيم الحر، اذ لوحظ ان الانزيم المقيد قد احتفظ % 88.29 من فاعليته الاصلية بينما احتفظ الانزيم الحر حوالي 66. 02 % من فاعليته الاصلية. استخدم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر في تحطيم صبغة المثيلين الزرقاء ، اذ اظهرت النتائج ان نسبة التحطيم بالانزيم المقيد بلغت حوالي % 40.1 لفترة حضن 4 ساعات بينما بلغت نسبة تحطيم الصبغة حوالي % 25.79 باستخدام الانزيم الحر وبنفس فترة الحضن .حطم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد حوالي% 57.89 من صبغة الكونغو الحمراء عند استخدامه لاول مرة ، وانخفضت قابلية الانزيم المقيد على تحطيم الصبغة الى 16.11% عند استعماله للمرة الرابعة. | Eighteen local isolates were collected from seventy five horse manure samples taken from horses in the Equestrian Club in Jadriya and Al - Amrya / Baghdad that were investigated during the 8 months; the period isolation was started from July 2013 to march 2014. Aspergillus niger was the highest occurrence and frequency (80% and 9.8 %) respectively, followed by A . fumigatus (48 % and 9.8 %) and A. terreus (46.66 % and 8.2 % ) occurrence and frequency respectively , whereas Syncephalstrum racemosum (2.67 % and 1.64%) respectively . The isolate A. terreus had the higher specific activity of ligninolytic enzymes (lignin peroxidase 11.828, manganese peroxidase 1.13 and laccase 0.53) U/mg. The optimum conditions of ligninolytic enzymes produced from A. terreus SG777 were estimated using solid state fermentation : banana stalks as a substrate, period incubation 8 days, moisture level 1 : 5 w/v inoculum size 1x105 spores /ml, pH 4.5 and temperature 35 °C. Lignin peroxidase produced from A. terreus SG777 precipitated with 80% ammonium sulfate saturation then desalting by dialysis against Tris buffer solution and partially purified by ion exchange chromatography using DEAE - cellulose. The specific activity reached 56.67U/mg with purification fold was 5.4 times and 13.7% recovery. The optimum pH for activity and stability was 3. The maximum activity was observed at 40°C and the enzyme maintained the activity when it was incubated at 25 - 35˚C. Lignin peroxidase removal the dyes during 4hr. Congo red was decolorized to the maximum extent of 83.61% in 4 hr by 65. 51 U/ml of the pure lignin peroxidase, methylene blue decolorized 58.6% and methyl red azo dye was decolorized to the extent of 49.9% ,while Malachite green triarylmethane dye, allura red and tartarazine showed minimum extent decolorized 26, 28.8 and 24.87% respectively. Degradation of poly aromatic hydrocarbons when incubated with 65.51 U/ml lignin peroxidase at 40 °C for 4 hr compared with the Refinery treatment . Results showed (97.54%) removal efficiency of Di benzo (a ,h) anthrancene by lignin peroxidase, while only 54.37% was treated by Refinery treatment. Flourene and anthrancene degradation 95.98% and 83.51% respectively, while the flourene and anthrancene degradation treated by Refinery treatment only 84.51% and 46.83% respectively. Lignin peroxidase immobilization by 2% (w/v) sodium alginate and 200 mM of calcium chloride. Results showed that 99 % from free lignin peroxidase was immobilized. The stability of immobilized and free Lip enzyme was studied during four weeks; remaining activity for immobilized Lip was 88.29 % from its original activity 76 U/ml during four weeks while free Lip remaining activity was 66. 02 % from its original activity (76.04 U/ml). Methylene blue dye degraded about 40.1% by immobilized Lip during four hr compared with free Lip which has removal only 25.79% from dye concentration. The immobilization lignin peroxidase removal 57.89 % from congo red in first use and then the immobilized lignin peroxidase ability reduced to 16.11% dye removal after four uses.

الكشف الجزيئي والبكتريولوجي لبكتريا Group B Streptococci (GBS) المحلية في بعض النساء العراقيات الحوامل

Author name: زينب عدي حامد
Supervisor name: نهاية حكمت زكي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • تم جمع مائة وتسعة وثمانين مسحة مهبلية من النساء الحوامل من مستشفى ابن البلدي ومختبر الصحة المركزي ومستشفى كمال السامرائي. حيث تم الحصول على ستة واربعين عزلة من بكتريا Streptococcus agalactiae خلال الفترة من شهر تشرين الاول 2013 الى شهر شباط 2014.• كانت الفئة العمرية للنساء المصابة ببكتريا S. agalactiae تتراوح بين (35 - 37) سنة حيث كانت نسبة الاصابة تصل الى 76.08%.• تم تشخيص جميع العينات مبدئيا بواسطة الطرق المظهرية من خلال الاوساط الزرعية blood agar وchromogenic agar واجري تاكيد التشخيص بواسطة VITEK SYSTEM 2 Identification وكذلك تم تشخيصها بالطريقة الجزيئية PCR للكشف عن جين 16S rRNA.• اجريت دراسة تحليلية مقارنة بين الطرق الثلاثة المظهرية والطريقة الجزيئية المستخدمة في الكشف عن البكتريا، وكانت طريقة التفاعل التضاعفي) (PCR افضل وسيلة للكشف عن S. agalactiae حيث تم تشخيص 46 عينة بواسطته بينما تم الكشف عن 30، 36، 37 عينة من قبل blood agar وchromogenic agar وsystem 2 VITEK على التوالي.• اجري فحص VITEK Antibiotic Sensitivity Test للكشف عن حساسية البكتريا للمضادات الحيوية المختلفة لجميع العزلات المشخصة، وكان اعلى معدل انتشار مقاومة لمضاد tetracycline بنسبة 65.2% وتليها 58.6% و45.6% لمضاداتerythromycin وclindamycin على التوالي.• تم فحص ثلاثة من الجينات التي تشفر لعوامل الفوعمة (sip، scpB، cfb) في جميع العزلات المشخصة، وكانت نسبة 97.8% من اجمالي العزلات تحتوي على الجينات الثلاثة المذكورة.• تم الكشف عن خمسة جينات لمقاومة مضادات Macrolide وكان معدل المقاومة 69.5% من اجمالي العزلات.• تم التحري عن جينات مقاومة لمثيلة الرايبوسوم (ermB، ermA\TR، ermC) في جميع العزلات المشخصة وكان جين ermB الاكثر وفرة بين العزلات بنسبة 64.04% ثم يليه جين ermA\TR بنسبة 23.09% وعلى الرغم من تغيير الظروف المستخدمة في تقنية التفاعل السلسلي للبوليميريز PCR)) لكن هذه الدراسة فشلت في تحديد جين مثيلة الرايبوسوم (ermC) • بينت نتائج التحري عن اثنين من الجينات المشفرة لنظام الدفق efflux pumps وهي (mefA، mreA) ان معدل انتشار الجينين بين العزلات هو 8.69% و69.5% على التوالي.• اظهرت نتائج الدراسة ان 14(% 30.4) من اجمالي العزلات لا يمتلك اي جين من جينات مقاومة الاريثرومايسين الخمسة.• بينت نتائج الدراسة ان عزلة واحدة من بكتريا S. agalactiae رقم) (V12 حاملة لاربعة انواع من جينات مقاومة الاريثرومايسين عدا الجين (ermC). | • One hundred and eighty nine vaginal swabs were collected from Ibn - Albalady Hospital, Central health Laboratory and Kammal Alsamaraie Hospital. Forty - six Streptococcus agalactiae isolates were obtained during October 2013 to February 2014.• The isolates were initially identified phenotypically by blood agar culture media and chromogenic culture media and further identification was performed by Vitek and by molecular methods by 16srRNA - based PCR. • A comparative analysis were performed between three phenotypic detection methods and molecular method by PCR were best tool for S. agalactiae detection which 46 isolates were identified while 37, 36, 30 isolates were detected by Vitek system, chromogenic agar and blood agar respectively.• Vitek Antibiotic susceptibility for different antibiotics were performed to all detected isolates, the highest prevalence of resistance was 65.2% toward tetracycline and followed by 58.6% and 45.6% for erythromycin and clindamycin respectively.• Three virulence - encoding genes (sip, scpB and cfb) were screened in all detected isolates, 97.8% of total isolates were contain the three mentioned genes.• Five macrolide resistance genes were screened and the resistant rate in total isolates was 69.5%.• Three ribosome methylation genes (ermB, ermA/TR, ermC) were screened in all examined isolates; the most prevalence gene was ermB with 63.04%, whereas 23.9% was the prevalence of ermA\TR gene and ermC not detected in any of examined isolates.• Two efflux pump genes (mefA and mreA) were screened and the prevalence rate was 8.69% and 69.5% respectively
1 ... 50 51 52 53 54 ... 76