Abstract: يتميز التهاب الكبد الفايروسي بقابليته الوبائية على اصابة العديد من الافراد ويطلق مصطلح التهاب الكبد الفايروسي على عدد من الفايروسات المصيبة للكبد التي تم تسميتها حسب اكتشافها الى A,B,C,D,E,F,G ويعتبر التهاب الكبد الفايروسي C وBمشكلة كبيرة وذلك لعدم امكانية تشخيص الاصابة الفايروسية منذ البداية لكون اغلب الاصابات تكون بدون اعراض مرضية او باعراض خفيفة.المواد وطرائق العمل : شملت الدراسة الوبائية 1159عينة لمرضى الثلاسيميا الذين يراجعون مركز الثلاسيميا في الرصافة، والمجموعة الثانية 140915 عينة اخذت لمتبرعي الدم في المركز الوطني لنقل الدم اعتمدت من السجلات. وتم اجراء الفحوص الفايروسية (HCV,HBV,HIV) لهذه المجاميع، واجريت الفحوص الفايروسية التشخيصية الاخرى على مرضى الثلاسيميا، فضلا عن اجراء الفحوص المناعية، فحوص الدم، والفحوص الكيميوحيوية.النتائج : افرزت نتائج مرضى الثلاسيميا عن نسبة 24.76% (70عدد الذكور و110 عدد الاناث) موجبة لفحص anti - HCV، ونسبة 0.77% (7 من الذكور و2 من الاناث) موجبة لفحص HBsAg، وبنسبة 0.34% (2 من الذكور و2 من الاناث) موجبة لكلا الفحصين (علما ان جميع المرضى بدون علاج الانترفيرون) مقارنة مع متبرعي الدم بنسبة 0.4% لـanti - HCV و0.97% لـHBsAg،علما ان جميع نتائج فحص HIV كانت سالبة لمرضى الثلاسيميا ومتبرعي الدم، هذا بالنسبة للدراسة الوبائية. اظهرت الدراسة التحليلية المختبرية ان نسبة الاصابة بفايروس التهاب الكبد HCV اعلى في الذكور بنسبة 27.48% مقارنة مع الاناث بنسبة 21.35% بوجود فرق ذو دلالة احصائية معنوية لارتفاع نسبة الذكور عن الاناث، فيما لوحظ ان النسبة هي ذاتها 0.3% لذكور واناث مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV ولوحظ ارتفاع الاصابة مع ازدياد العمر فاعلى نسبة للاصابة بـ HCV 41.5% هي للاعمار ما بين 21 - 30سنة وللمصابين بـHBV بنسبة 1.7% للاعمار ما بين 1 - 11سنة. ولوحظ ارتفاع نسبة الاصابة بـ HCV بين الاكراد بنسبة 85.7%. اما بالنسبة الى HBV فقد لوحظ ان النسبة هي 5.7% بين الاكراد، اما في العرق العربي فقد لوحظت نسبة HCV 22.83%، وHBV 0.63% وفي الكلدان لوحظ ان نسبة الاصابة بـHCV 20%. اجري فحصPCR على بعض مرضى الثلاسيميا واظهرت الدراسة ان 50% من النتائج موجبة، وباجراء الكشف عن النوع الجيني لفايروس HCV بطريقة RFLP تم الحصول على انماط جينية مختلفة تضمنت 3b,4,6,3a,2b,1b واجريت دراسة مناعية على المرضى الموجبين لفحص PCR، وكشفت النتائج ان 18% من اولئك المرضى قد ابدوا تفاعلات موجبة لاضداد النواة واضداد العضلات الملساء في حين لم يظهر اي نتيجة موجبة لاضداد الدنا، اضداد الميتوكوندريا واضداد الشحوم المفسفرة. اجري الترحيل الكهربائي لبروتينات المصل وتبين وجود ارتفاع ذو دلالة احصائية معنوية لبروتين الكلوبيولين مقارنة بالالبومين، بارتفاع معدل بروتين كاما وانخفاض معدل بروتين الالبومين لمرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص HCV - PCR.اجري على بعض مرضى الثلاسيميا فحوصات عمل الكبد ولوحظ ارتفاع معدل TSB في مرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg فضلا عن ارتفاع معدل ALTفي المرضى الموجبين لفحص HBsAg عن المرضى الموجبين لفحص anti - HCV، كذلك لوحظ ارتفاع معدل AST لمرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg فيما لوحظ ان معدل انزيم الفوسفاتيز القاعدي هو ضمن الحد الطبيعي لمرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg، وتم اختيار مجموعة من مرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg وغير المصابين بـ HCV,HBV واجريت عليهم عدد من الفحوص الكيميوحيوية لمستوى (البروتين الكلي، الالبومين، الكلوبيولين، اليوريا، الكرياتنين، حامض اليورك، البوتاسيوم، الفسفور غير العضوي، الكالسيوم، النحاس، الكلسترول والسكر) في الدم، ولم يلاحظ اي دلالة احصائية معنوية لهذه الاختبارات، عدا اختبار الكولسترول حيث لوحظ انخفاض معدل الكولسترول في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV الى 112.7mmol/L، وفي مرضى الثلاسيميا المصابين بـHBV بمعدل mmol\L93.69 كما لوحظ وجود انخفاض ذو دلالة احصائية معنوية بين مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HCV,HBV مقارنة مع غير المصابين بـHCV,HBV، كذلك لوحظ وجود دلالة احصائية معنوية لانخفاض معدل حامض اليورك لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV,HBV مقارنة مع مرضى الثلاسيميا غير المصابين، ووجد ارتفاع ذو دلالة احصائية معنوية لمستوى النحاس في الدم لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV وغير المصابين مقارنة مع المصابين بـHBV. ووجد ارتفاع ذو دلالة احصائية معنوية لمستوى السكر في الدم لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV مقارنة بمرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV وتبين وجود فرق معنوي لارتفاع معدل الفسفور غير العضوي لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV وغير المصابين بـHCV,HBV مقارنة بالمصابين بـHBV. اجريت الفحوص المناعية على مجموعة من مرضى الثلاسيميا الموجبين لفحص anti - HCV,HBsAg وغير المصابين وتضمنت الدراسة المناعية الكشف عن مستويات الكلوبيولينات المناعية في الدم ومكونات المتممة C3,C4فضلا عن الكشف عن اضداد الذات، ولوحظ ارتفاع نسب اضداد الذات لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV مقارنة مع غيرهم من مجاميعمرضى الثلاسيميا وتبين ارتفاع نسبة اضداد المايتوكوندريا (43.4%)، اضداد الهستون (40.9%)، اضداد العضلات الملساء (17%)، الاضداد النووية (17%)،اضداد شحم القلب (11.6%)، اضداد الشحوم المفسفرة (17%)، اضداد الدنا المزدوج الشريط (31.8%)، اضداد بروتينات النواة A - Jo - 1 (2.27%)، SS - B (4.5%)، A - Scl (3.4%) في حين ان اضداد الذات من نوع A - RNP/Sm,SS - A,A - Sm,AC - B لم يلاحظ اي نتيجة موجبة لها. اما في مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV فقد تم الحصول على نسبة (15.38%) لكل من اضداد الهستون، اضداد شحم القلب، اضداد الشحوم المفسفرة فيما كانت نسبة اضداد الميتوكوندريا (38.46%). كما لوحظ ارتفاع نسبة المصابين بالعامل الرثوي والبروتين الفعال في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV بنسبة 46%، 68% على التوالي مقارنة مع غير المصابين بـHCV,HBV وفي مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV بنسبة 38.4% لكل من RF,CRP. وتبين وجود فرق معنوي ذو دلالة احصائية لارتفاع الاصابة باضداد الذات ضد الهستون في الاناث مقارنة مع الذكور وارتفاع الذكور عن الاناث في اضداد المايتوكوندريا في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV. كذلك لوحظ ارتفاع بعض الكلوبيولينات المناعية في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV بمستوى 1789 mg/dl للـIgG، ولوحظ مستوى 305.8 mg/dl للـ IgA فيما كان المستوى 203.3 mg/dl للـIgM، وفي مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV لوحظ ارتفاع مستوى IgG الى mg/dl1823.6، اما مستوى IgM وIgA فقد كان بمستوى 229.6 mg/dl، 278.8mg/dl بالتعاقب، وفي بروتينات المتممة C3,C4 لوحظ انخفاض مستوى C3 الى 82.6mg/dl فيما كان مستوى C4 23.7mg/dl وهو ضمن الحد الطبيعي الادنى في مرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV، اما في مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV فقد لوحظ ان مستوى بروتينات المتممة C3 اقل من المستوى الطبيعي 78.1 mg/dl فيما كان المستوى 20.3mg/dl الى C4.في اختبارات امراض الدم تم الحصول على دلالة احصائية معنوية لارتفاع معدل PT لمرضى الثلاسيميا المصابين بـHCV مقارنة مع غير المصابين ومرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV، كما لوحظ انخفاض معدل تعداد كريات الدم العدلة لمرضى الثلاسيميا المصابين بـ HCV مقارنة مع مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV ومرضى الثلاسيميا غير المصابين. ولوحظ انخفاض معدل تعداد الصفائح الدموية لمرضى الثلاسيميا المصابين بـ HBV مقارنة مع مرضى الثلاسيميا المصابين بـ HCV ومرضى الثلاسيميا غير المصابين. | Viral Hepatitis characterized by its epidemic ability to infect many people. Viral hepatitis called to many hepatic viral infection that had been classified into A,B,C,D,E,F,G. Hepatitis C infection considered a big problem related to the inability to diagnose the viral infection from the beginning because of mild or no symptoms. Material & Methods : - The epidemic study contains two groups, first group 1159 sample of thalassemic patients in Al - Rusafa Center For Thalassemic Patients. Second group 140915 samples taken from blood donors in the national blood bank from the records.Viral tests had been done for these groups (HCV,HBV,HIV). Diagnostic tests done on thalassemic patients like immunological, hematological, biochemical tests.Results : - For the epidemic study the result shows a 24.76% for thalassemic patients infected with HCV , 0.77% for thalassemic patients infected with HBV, & 0.34% for thalassemic patients infected with both HCV,HBV. 74.89% for non infected thalassemic patients compared with blood donors of 0.4% for HCV infection, and 0.97% for HBV infection.Studies for investigating laboratory tests done on thalassemic patients after confirming HCV,HBV infections through doing diagnostic viral tests.HCV Viral results shows higher percentage of male to female by 27.48% for male, 21.35% for female respectively and it was seen that the same rate of 0.3% for male and female infected with HBV. Higher infection rate with age increasing of 41.5% for age group 21 - 30 years of HCV thalassemic patients, and 1.7% for age group 1 - 11 years for HBV thalassemic patients. Higher HCV infection rate noticed for Kurdish people 85.7% , Christians 20%, and in Al - Sabeaa 40%.while the percentage of HBV in Kurdish people 5.7%, and no one infected with HBV infection in Christian and Al - Sabeaa people. For Arabic patients the percentage of HCV infection is 22.83% and 0.63% for HBV infection.HCV - PCR Thalassemic patient results show that 50% of results are positive and 50% are negative (11 out of 22 patients), doing genotyping of HCV by RFLP test shows different subtypes of HCV (3b, 2b, 1b, 3a, 4, 6).Immunological study done on PCR positive patients’ shows antibodies percentage of 18% to ASMA, ANA and 0% for each of AMA, ADNA, APL. Electroforeces done for protein of these patients show significant statistical increasing values of protein globulin in comparison to albumin decreasing.For liver function tests, applied on thalassemic patients it had been noticed that there is a significant statistical increasing values in the thalassemic patients infected with HCV as compared to other thalassemic patients not infected with HCV. Increasing the level of ALT in HBV patients compression with HCV patients, increasing the level of AST of HBV, HCV thalassemic patients where the level of alkaline phosphates in the upper limit of normal value of HCV, HBV thalassemic patients.No significant statistical values where noticed for the biochemical tests applied on some thalassemic patients infected with HCV, HBV infection except cholesterol where it had been noticed a decrease of level 112.7 mmol/L in thalassemic patients infected with HCV. 93.69 mmol/L in HBV infection patients, a significant statistical decrease value between HBV , HCV thalassemic patients in comparison with non infected patients.There is a decrease level of uric acid for the thalassemic patients infected with HCV compared with non infected patients, significant increase of copper level in the blood of HCV thalassemic patients compared with HBV infected thalassemic patients and not infected thalassemic patients.Significant statistical value increment for the random blood sugar in HCV thalassemic patients compared with HBV infected thalassemic patients.Regarding immunological study, it had been noticed that there is an increasing in autoantibody with significant statistical value for thalassemic patients infected with HCV compared with other thalassemic groups. It had been seen that there is an increasing in the mitochondrial antibodies (AMA - M2) 43.4%, antihiston antibodies (AHA)40.9%, antismooth muscle antibodies (ASMA)17%, antinuclear antibodies (ANA)17%, anticardiolipin antibody antibodies (ACL)11.6%, antiphosphotidel serin antibodies (APL - S)17%, antidouble stranded DNA antibodies (A - ds - DNA) 31.8%, other antinuclear proteins like A - Jo1 2.27%, SS - B 4.5%, A - ScL 3.4%, where the other auto antibodies A - RNP/Sn, SS - A, A - Sm, anticentromer B antibodies (A - C - B) show zero percent for each one of them while in the HBV thalassemic patients a 15.38% was obtained for each APL - S , ACL & AHA.. A 38.46% for AMA - M2.There is an increase in rheumatoid factor (RF), CRP in thalassemic patients infected with HCV compared with non infected thalassemic patients with a ratio of 46%, 68% respectively. In HBV thalassemic patients 38.4% for each RF and CRP. Significant statistical difference for increasing incidence with auto antibodies in the females compared with males of autoantibodies type AHA, AMA - M2 in thalassemic patients infected with HCV noticed.We noticed an increasing in the immunoglobulines IgG 1789 mg/dl, 305.8mg/dl for IgA in thalassemic patients infected with HCV while IgM in the upper normal range 302.3 mg/dl, complimentary portions C3, C4 shows a decrease level in C3 82.6 mg/dl, and the level of C4 is 23.4mg/dl, which is regard as the lower normal limit. While in the HBV thalassemic patients we obtain a level 1515.3mg/dl for IgG, 204.8 mg/dl for IgM and for IgA 233.3mg/dl.In the hematological tests of thalassemic patients infected with HCV shows significant increment in the level of PT test was obtained as compared with other groups of thalassemic patients. Percentage decrement in neutrophil of WBC cells in HCV thalassemic patients as compared with HBV and non infected thalassemic patients. There is a decrement in platelets count in HBV thalassemic patients compared with HCV and non infected thalassemic patients.

استخلاص ، تنقية وتوصيف انزيم اللكنين بيروكسيديز المنتج من العزلة الفطرية المحلية Aspergillus terreus == Extraction, purification and characterization of lignin peroxidase enzyme produced from local fungal isolate Aspergillus terreus

Author name: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي

Supervisor name: ندى صباح رزوقي | غازي منعم عزيز

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تم عزل وتشخيص 18 عزلة فطرية محلية من 75 عينة روث خيول جمعت من نادي الجادرية ونادي العامرية للفروسية في بغداد خلال 8 اشهر للفترة من تموز 2013 الى اذار 2014 . سجلت العزلة A. niger اعلى نسبة ظهور بين العزلات واعلى تكرار % 80 %9.8, على التوالي تبعتها العزلة A.fumigatus (%9.8 , % 48) ثم العزلة A.terreus (% 8.2 , % 46.66) ، بينما سجلت العزلة Absidia cerymbifera اقل ظهور واقل تكرار(%3.28 , % 5.33) تبعتها العزلة Syncephalstrum racemosum ( % 2.67 و( %1.64 على التوالي. اختيرت العزلة A.terreus SG777 كافضل عزلة لانتاج هذه الانزيمات اذ سجلت اعلى فاعلية نوعية لانتاج الانزيمات المحللة للكنين ( لكنين بيروكسيديز 11.828 ، منغنيز بيروكسيديز1.131 واللاكيز 0.527) وحدة /ملغم . ثبتت الظروف المثلى لانتاج الانزيمات المحللة لللكنين من العزلة الفطرية A. terreus SG 777 باستخدام تخمرات الحالة الصلبة ( سيقان الموز كمادة اساس ، فترة الحضن 8 ايام ،حجم اللقاح1 × 105 بوغ / مل ، برقم هيدروجيني 4.5 وبدرجة حرارة 35م°). رسب انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام كبريتات الامونيوم بنسبة اشباع %80 ثم ازيل الملح من الانزيم المنتج من عفن777 Aspergillus terreus SG باستخدام طريقة النضح الغشائيDialysis تجاه المحلول الدارئ (Tris buffer) ونقي جزئيا بواسطة كروماتوغرافيا التبادل الايونيIon exchange chromatography باستخدام المبادل الايوني DEAE - cellulose بعدد مرات للتنقية بلغ 5.4 مرة وبحصيلة انزيمية مقدارها %13.7اظهر الانزيم اعلى فغالية وثباتية عند الرقم الهيدروجيني 3.0 ,في حين اقصى فاعلية للانزيم ظهرت عند درجة حرارة 40 م° مع احتفاظ الانزيم بفاعليته عند درجات حرارة تراوحت بين 25) - 35 ) م°. درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة عدة صبغات واظهرت النتائج اعلى نسبة ازالة ( 83.61 %) للانزيم تجاه صبغة الكونغو الحمراء باستخدام 65.51 وحدة / مل منه وبفترة حضن 4 ساعات وتبعتها صبغة المثيلين الزرقاء بنسية تحطيم %58.6 ثم صبغة المثيل الحمراء بنسبة ازالة بلغت % 49.9.بينما سجلت الصبغات الملاكايت الخضراء ، الالورا الحمراء والتارترازين % 24.87 ,% 28.8 , %26 على التوالي كادنى نسبة تحطيم بوساطة الانزيم قيد الدراسة . درست قابلية انزيم اللكنين بيروكسيديز في ازالة المركبات الحلقية المتعددة التي تم الكشف عنها وذلك لمقارنة فاعلية الانزيم مع نتائج المعالجات في مصفى الدورة والتي تضمنت (المعالجة الميكانيكية، المعالجة الكيميوفيزيائية والمعالجة البايولوجية ) . اظهرت النتائج ازالة 97.54 % للمركب Di benzo (a ,h) anthrancene باستخدام 65.51 وحدة / مل من الانزيم قيد الدراسة وبفترة حضن 4 ساعات وبدرجة حرارة 40 م° في حين بلغت نسبة الازالة بوساطة معالجات المصفى % 54.37 كما بلغت نسبة الازالة لكل من Floureneو anthrancene قد بلغت % 95.98 و% 83.51 على التوالي مقارنة بنسبة الازالة %84.51 , % 46.83 بوساطة معالجات المصفى . قيد انزيم اللكنين بيروكسيديز باستخدام %2 وزن / حجم من الجينات الصوديوم و200 ملي مولار و50 من مل كلوريد الكالسيوم . بينت النتائج ان % 99 من فاعلية الانزيم الحر تم تقييدها .اجريت عملية خزن انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر لمدة اربعة اسابيع عند درجة حرارة 4 م° لمعرفة مدى احتفاظ الانزيم المقيد بفاعليته الانزيمية مقارنة بالانزيم الحر، اذ لوحظ ان الانزيم المقيد قد احتفظ % 88.29 من فاعليته الاصلية بينما احتفظ الانزيم الحر حوالي 66. 02 % من فاعليته الاصلية. استخدم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد والحر في تحطيم صبغة المثيلين الزرقاء ، اذ اظهرت النتائج ان نسبة التحطيم بالانزيم المقيد بلغت حوالي % 40.1 لفترة حضن 4 ساعات بينما بلغت نسبة تحطيم الصبغة حوالي % 25.79 باستخدام الانزيم الحر وبنفس فترة الحضن .حطم انزيم اللكنين بيروكسيديز المقيد حوالي% 57.89 من صبغة الكونغو الحمراء عند استخدامه لاول مرة ، وانخفضت قابلية الانزيم المقيد على تحطيم الصبغة الى 16.11% عند استعماله للمرة الرابعة. | Eighteen local isolates were collected from seventy five horse manure samples taken from horses in the Equestrian Club in Jadriya and Al - Amrya / Baghdad that were investigated during the 8 months; the period isolation was started from July 2013 to march 2014. Aspergillus niger was the highest occurrence and frequency (80% and 9.8 %) respectively, followed by A . fumigatus (48 % and 9.8 %) and A. terreus (46.66 % and 8.2 % ) occurrence and frequency respectively , whereas Syncephalstrum racemosum (2.67 % and 1.64%) respectively . The isolate A. terreus had the higher specific activity of ligninolytic enzymes (lignin peroxidase 11.828, manganese peroxidase 1.13 and laccase 0.53) U/mg. The optimum conditions of ligninolytic enzymes produced from A. terreus SG777 were estimated using solid state fermentation : banana stalks as a substrate, period incubation 8 days, moisture level 1 : 5 w/v inoculum size 1x105 spores /ml, pH 4.5 and temperature 35 °C. Lignin peroxidase produced from A. terreus SG777 precipitated with 80% ammonium sulfate saturation then desalting by dialysis against Tris buffer solution and partially purified by ion exchange chromatography using DEAE - cellulose. The specific activity reached 56.67U/mg with purification fold was 5.4 times and 13.7% recovery. The optimum pH for activity and stability was 3. The maximum activity was observed at 40°C and the enzyme maintained the activity when it was incubated at 25 - 35˚C. Lignin peroxidase removal the dyes during 4hr. Congo red was decolorized to the maximum extent of 83.61% in 4 hr by 65. 51 U/ml of the pure lignin peroxidase, methylene blue decolorized 58.6% and methyl red azo dye was decolorized to the extent of 49.9% ,while Malachite green triarylmethane dye, allura red and tartarazine showed minimum extent decolorized 26, 28.8 and 24.87% respectively. Degradation of poly aromatic hydrocarbons when incubated with 65.51 U/ml lignin peroxidase at 40 °C for 4 hr compared with the Refinery treatment . Results showed (97.54%) removal efficiency of Di benzo (a ,h) anthrancene by lignin peroxidase, while only 54.37% was treated by Refinery treatment. Flourene and anthrancene degradation 95.98% and 83.51% respectively, while the flourene and anthrancene degradation treated by Refinery treatment only 84.51% and 46.83% respectively. Lignin peroxidase immobilization by 2% (w/v) sodium alginate and 200 mM of calcium chloride. Results showed that 99 % from free lignin peroxidase was immobilized. The stability of immobilized and free Lip enzyme was studied during four weeks; remaining activity for immobilized Lip was 88.29 % from its original activity 76 U/ml during four weeks while free Lip remaining activity was 66. 02 % from its original activity (76.04 U/ml). Methylene blue dye degraded about 40.1% by immobilized Lip during four hr compared with free Lip which has removal only 25.79% from dye concentration. The immobilization lignin peroxidase removal 57.89 % from congo red in first use and then the immobilized lignin peroxidase ability reduced to 16.11% dye removal after four uses.

انتاج وتوصيف Protease من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من بعض الحالات السريرية وعلاقته ببعض المضادات الحيوية == Production and Characterization of Protease from Pseudomonas aeruginosa Isolated from Some Clinical Cases and its Relation with some Antibiotic Agent

Author name: رنا مجاهد عبد الله الشويخ

Supervisor name: سمير فتح الله سمعان | سعود رشيد العاني

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت (170) عينة من حالات مرضية مختلفة التي تضمنت (35) مسحة من الجروح و(47) مسحة من الحروق و(25) مسحة من حالات التهابات الاذن الوسطى فضلا عن عينات الادرار التي تضمنت (63) عينة وجمعت العينات من مستشفى الكاظمية التعليمي للمدة من 1 - 5 - 2005 ولغاية 1 - 8 - 2005 .  تم تشخيص (50) عزلة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa اذ زرعت على اوساط اغنائية وتفريقية لغرض العزل الاولي ثم اخضعت المزارع البكتيرية للفحوصات المجهرية والبايوكيميائية لغرض تشخيصها ، ثم استخدمت عدة الفحصapi20E للتشخيص النهائي لهذه العزلات ، اذ تضمنت (8)عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa (16%) من حالات التهاب الجروح ، (16) عزلة (32%) من التهابات الحروق ، (20) عزلة (40%) من حالات التهاب المجاري البولية و(6) عزلات (12%) من حالات التهاب الاذن الوسطى .  اختبرت حساسية بكتريا Pseudomonas aeruginosa ضد (20) مضادا حيويا وقد اظهرت العزلات تباينا واضحا وبنسب مختلفة في مقاومتها للمضادات الحيوية . اذ اظهرت بكتريا Pseudomonas aeruginosa نسبة المقاومة(100%) تجاه مضادات الامبسلين ، الاموكسسلين ، الاموكسسلين / حامض كلافيولونك ،الكلوكساسلين والسيفازولين . بينما بلغت نسبة المقاومة لمضادات السيفاكسيم ، الكاربنسلين ، السيفاتكسيم والسفتازديم (98%) ، (84%) ، (80%) و(78%) على التوالي. وبلغت نسبة المقاومة لمضادات الجنتاميسين ، التوبرامايسين ، الببراسيلين ، النورفلوكساسين ، الاميكاسين والسبروفلوكساسين (52%)، (26%) ، (24%) ،(14%) ،(6%) و(4% )على التوالي . في حين اظهرت جميع العزلات لبكتريا Pseudomonas aeruginosa حساسية عالية (100%) تجاه مضادات الازترونام ، امبينيم والسيفابيم البيفلوكساسين والافلوكساسين .  قدرت التراكيز المثبطة الدنيا (MICs ) للمضادات الحيوية وكانت اعلى نسبة مقاومة لمضادات الاموكسسلين ، السيفاتكسيم والسفتازديم . اما نسبة المقاومة لمضادات الامينوكلايكوسايد فكانت تتراوح (4 - 128) مايكرو غرام / مل للتوبرامايسين ، (4 - 256) مايكرو غرام / مل للجنتاميسين اما لمضاد الاميكاسين فكانت (4 - 128) مايكرو غرام / مل. في حين اظهرت قيم MIC حساسية عالية (100%) لمضادي السبروفلوكساسين والسيفابيم.  اظهرت نتائج خلط مضادات السبروفلوكساسين مع كل من الجنتاميسين والسيفتازديم والببراسيلين نتائج مهمة في تخفيف التراكيز المثبطة الدنيا لكلا المضادين المستخدمين لوحدهما ضد هذه البكتريا . كذلك اظهرت نتائج خلط مضادي التوبرامايسين مع السيفتازديم فعالية عالية عند خلطهما معا واستعمالهما ضد بكتريا Pseudomonas aeruginosa . اظهرت (86%) من عزلات بكتريا Pseudomonas aeruginosa قابليتها على انتاج انزيم البروتييز . اظهرت النتائج تاثر انزيم البروتييز الخام ببعض المضادات الحيوية التي ادت الى انخفاض في فعالية الانزيم عند زيادة تركيز هذه المضادات .  كانت الظروف المثلى لانتاج انزيم البروتييز عند استخدام وسط لوريا عند رقم هيدروجيني(8) ولمدة(48) ساعة من الحضن بدرجة حرارة(35) م º . نقي انزيم البروتييز من العزلة Pseudomonas aeruginosa PsaW2 باستخدام كروماتوغرافيا التبادل الايوني DEAE - celluloseوكروماتوغرافيا الترشيح الهلامي بعمود هلام سيفادكس G - 100. قدر الوزن الجزيئي للانزيم المنقى بطريقة الترشيح الهلامي بعمود هلام سيفادكس G - 100 وكان (21379 ) دالتون ، وبلغت درجة الحرارة المثلى لفعالية البروتييز (35) م º والرقم الهيدروجيني الامثل لفعالية وثبات الانزيم كانت (8) . اوضحت نتائج تاثير بعض المثبطات والعوامل المختزلة والكلابية في فعالية الانزيم ، ان فعالية الانزيم قد ازدادت عند معاملته بايونات Ca++ وZn ++ مما يدل انها تلعب دورا في تحفيز وثبات الانزيم ، ولم تثبط فاعلية الانزيم بوجود العوامل المختزلة مثل السستين ، بينما تثبط فعالية الانزيم بوجود العوامل الكلابية EDTA .  اظهر انزيم البروتييز المنقى من بكتريا Pseudomonas aeruginosa فعالية عالية عند خلطه مع مضادي الفانكومايسين والسيفازولين في علاج التهابات العيون في الارانب والمتسبب عنها بكتريا Staphylococcus aureus . |  One - hundred and seventy swab samples were collected from different cases including (35) wound and (47) burn infection , (25) otitis media and (63) samples from urinary tract infections from Al - Kadhymia Teaching Hospital in Baghdad city . The study period was from 1 - 5 - 2005 to 1 - 8 - 2005 .  Fifty isolates of Pseudomonas aeruginosa were identified using different microscopical , cultural characteristics and biochemical tests . Final identification of bacteria were performed by using api20E system. The isolates were 8(16%) from burn infections , 20(40%) isolates from urinary tract infections , 16(32%) isolates from burn infections and 6(12%) isolates from otitis media . The sensitivity of Pseudomonas aeruginosa isolates was been tested against (20) antibiotics showed isolates version resistance with different percentage against antibiotics .Pseudomonas aeruginosa exhibited (100%) resistance to Ampicillin , Amoxycillin , Amoxycillin / clavulanic acid, cloxacillin and cefazolin .While percentages of resistance to cefixime , carbencillin, cefotaxime and ceftazidime were (98%) ,(84%) ,(80%) and ( 78%) respectively .Resistance percentages to Gentamicin ,Tobramycin , Piperacillin , Norfloxacillin , Amikacin and Ciprofloxacine were (52%),(26%),(24%),(16%),(14%)and(4%) respectively. All isolates of Pseudomonas aeruginosa were highly sensitive (100%) to Aztronam , imipenem , cefepime , P - ofloxacin and ofloxacin .  Minimum inhibitory concentrations of Amoxycillin , cefotaxime , ceftazidime and piperacillin showed higher percentage of resistance . While resistance to aminoglycoside antibiotics including Tobramycin was (4 - 128) μ g / ml , Gentamicin was (4 - 256) μ g / ml and Amikacin was (4 - 128) μ g / ml . On the other hand , all bacterial isolates were susceptible (100%) to Ciprofloxacine and Cefepime .  Combinations of Ciprofloxacine with Gentamicin , ceftazidime and piperacillin gave interesting results against the local bacterial isolates in reducing their MIC values . Tobramycin and ceftazidime gave an obvious decrease in MIC values after combination of these drugs and used against Pseudomonas aeruginosa . A (86%) of the isolates of Pseudomonas aeruginosa have ability to produce protease enzyme . Enzyme activity was affected by some antibiotics . This activity was reduced with increasing the concentrations of these antibiotics . The optimum conditions for protease production were in LB medium with a pH (8) after (48) hrs of incubation at (35) C .  Purification of the protease was done using ion exchange chromatography DEAE - cellulose and gel filtration with sephadex G - 100 .  Molecular weight of the purified protease was measured by sephadex G - 100 and it was found to be around (21379 ) Dalton . The optimum temperature of enzyme activity was (35) C . However , the pH (8) was for activity and stability of this enzyme .  Zn++ and Ca++ ions may play a role in the enhancement and stability of the enzyme . Enzyme activity was not inhibited in the presence of reducing agent such as Cysteine , but it was inhibited in the presence of EDTA .  Pseudomonas aeruginosa purified enzyme shows a high activity when combined with Vancomycin and cefazoline and used for the treatment of the eye infection in rabbits caused by Staphylococcus aureus .

الخصائص الحيوية والجزيئية والفعالية ضد الميكروبية للنايسين المنتج من قبل بكتريا subsp. lactis Lactococcus lactis المعزولة من الحليب الخام == Biological, Molecular characteristics and antimicrobial activity of Nisin produced by Lactococcus lactis subsp. lactis Isolated from Raw Milk

Author name: خالد اسماعيل عزيز

Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي | زيرك فقى احمد عبد الرحمن

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تمت جمع مائة وخمسة واربعون نموذجا من الحليب الخام خلال فترة ما بين تموز الى التشرين الثانى لعام 2013 فى مزارع تربية المواشي لمحافظة اربيل ودهوك .اسفرت النتائج عن الحصول على 45 عزلة من بكتريا L. lactis subsp. lactis تمت تشخيص هذه العزلات باستخدام الصفات المجهرية , المظهرية , البايوكيميائية ,API 20E SYSTEM بالاضافة الى تقنية الـ PCR . اختبرت فعالية العزلات لبكتريا L. lactis subsp. lactis تجاه ثلاثه عشر نوعا من المضادات الحيويه وتباينت العزلات فيما بينهما من حيث استجابتها لاختبار الحساسية وعدد منها مقاومة كالاتي : Cephalothin, Ampicillin, Amoxicillin/ Clavulanic acid, Sulfamethoxazole/Trimethoprim, Cefotaxime, Clindamycin, Ceftriaxone, Nitrofurantoin, Gentamycin, Vancomycin, Ciprofloxacin, Chloramphenicol, and Imipenem.، ونسبة المقاومة كالاتي : 95.55%, 93.33%, 93.33%, 91.11%, 84.44%, 77.77%, 71.11%, 62.22%, 53.33%, 40%, 35.55, 24.44%, 2.22%. على التوالي.اظهرت نتائج جميع العزلات فعالية عالية ضد خمسة انواع من البكتريا المرضية وهى : E. coli, B. subtilis, P. aeruginosa, C. perfringes and S. aureus باستعمال تقنية طريقة الانتشار بالحفر. اظهرت العزلة 41 و15 فعالية عظمى (16mm) (20mm) ضد بكتريا S. aureus وB. subtilis بينما اظهرت العزلة 20 فعالية كبيرة (13mm) ضد بكتريا aeruginosa P.. عموما فان البكتريوسين لجميع العزلات المذكورة كانت فعالة ضد البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة كرام .ايضا تم استخدام النايسين النقي ضد خمسة انواع من البكتريا المرضية واظهرت النتائج بان مناطق التثبيط كانت 18، 22، 14، 13 و15 ملم ضد كل من S. aureus، B. subtilis، C. perfringens، E. coli وP. aeruginosa على التوالي.درست تاثير الاس الهايدروجينى،الحرارة والاشعة الفوق بنفسجية على فعالية نايسين للعزلات 10، 26 و42. اظهرت النتائج بان مستخلص نايسين لعزلة L42 كانت اكثر فعالية عند الاس الهايدروجينى 2.5 والحرارة - 4 م ضد البكتريا المرضية. لم يظهر مستخلص النايسين اى فعالية ضد البكتريا المرضية عند تعريضه للاشعة الفوق بنفسجية مبينا التاثير السلبى لهذه الاشعة على فعالية البكتريوسين.تم اختيار العزلة اكثر مقاومة للمضادات الحيوية (L42) لاجراء عملية التحول وذلك لتحديد مواقع الجينات مانحة المقاومة للمضادات الحيوية باستخدام عملية التحول الوراثي باستعمال بكتريا coli DH5 - α E. الخالية من البلازميدات مع البلازميد المنقى من العزلة L42. تم اجراء عملية التحول بنجاح واظهرت النتائج بان جينات : Chloramphenicol, Nitrofurantoin, Cefotaxime, and Vancomycin كانت واقعة على البلازميد بينما البقية كانت واقعة على الكروموسوم. تم تحديد التركيز المثبط الادنى للنايسين واظهرت النتائج بان MIC للنايسين بالنسبة لبكتريا aureus S. كانت 400µg/ml بينما لبكتريا coli E. كانت 500µg/ml. استخدمت MIC للنايسين كعامل تحييد للسيطرة على جينات مانحة المقاومة للمضادات الحيوية لنوعين من البكتريا المرضية وهى aureus S. وcoli E.. كشفت النتائج بان الجينات منحت المقاومة لـ AMP, OXA, TET, C, CTX, SXT, AK, CFM, تم تحييدها بنسبة 61.5% بينما فى بكتريا coli E. تم تحييد الجينات لـLEV, MEL, NOR, and SXTبنسبة 31%. تم دعم النتائج عمليتي التحول والتحييد باستخدام تقنية الترحيل الكهربائى للهلام. | In this study a total of one hundred forty five raw milk samples were collected during the period of (July to November, 2013) from different fields in Erbil and Duhok province. Screening revealed that 45 out of 145 samples of raw cow milk (31%) were L. lactis subsp. lactis. Characterization of these selected isolates were carried out using morphological, microscopical, biochemical characteristics, API 20 system and further confirmation were achieved by PCR assay.Antibiotic sensitivity test performed for L. lactis subsp. lactis against thirteen antibiotics which include Ampicillin (AMP), Amoxicillin/ Clavulanic acid (AMC), Imipenem (IMP), Gentamycin (GM), Sulfamethoxazole/Trimethoprim (SXT), Cephalothin (CEP), Clindamycin (CLIN), Nitrofurantoin (F), Ciprofloxacin (CIP), Ceftriaxone (CRO), Chloramphenicol (C), Cefotaxime (CTX), and Vancomycin (VAN). The isolates appeared to be varied in their resistance, the number and resistance percent for antibiotics used CEP, AMP, AMC, SXT, CTX, CLIN, CRO, F, GM, VAN, CIP, C, and IMP were as follow 95.55%, 93.33%, 93.33%, 91.11%, 84.44%, 77.77%, 71.11%, 62.22%, 53.33%, 40%, 35.55%, 24.44%, and 2.22% respectively.All supernatants were isolates exhibited marked activity against five pathogenic bacteria includes S. aureus, B. subtilis, C. perfringens, P. aeruginosa, and E. coli using agar well diffusion method. Isolate 15 and 41 exert maximum activity (20 mm) and (16 mm) against B. subtilis and S. aureus. Whereas isolate 20 showed highest activity (13 mm) against P. aeroginosa. Generally, all aforementioned isolates were active against gram positive and Gram negative bacteria. In addition, the effect of pH, temperature and UV light were studied on nisin activities of L10, L26 and L42 against some pathogenic bacteria. The results showed that nisin extract of L42 displayed highest activity at pH 2.5 and temperature at - 4 °C against pathogenic bacteria under study. Under UV light wavelength all nisin showed low or no activity against different pathogenic bacteria selected in this study.Also a pure nisin was used against five pathogenic bacteria and the results shows that the inhibition zones were 18, 22, 14, 13 and 15 mm against each of S. aureus, B. subtilis, C. perfringens, E. coli and P. aeruginosa respectively.One highly resistance isolate was chosen (L42) for transformation test to determine the location of the antibiotic resistance genes by genetic transformation process using the laboratory strain E. coli DH5 - α with plasmid DNA purified from this isolates. The transformation process conducted successfully and the results showed that the resistance genes for F, C, CTX, and VAN were located on plasmid DNA. While for others were located on chromosomal DNA.Minimum inhibitory concentrations were tested for nisin and the results revealed the MIC of nisin for S. aureus was 400 µg/ml while for E. coli was 500 µg /ml. MIC of nisin was used as curing against to control the antibiotic resistance genes in two pathogenic bacteria represented by E. coli and S. aureus. The results showed that the genes encoding resistance to AMP, OXA, TET, C, CTX, SXT, AM, and CFM were cured and the percentage of curing was 61.5%. Whereas for E. coli the gene of LEV, MEL, NOR, and SXT were cured with 31%. The above results of both transformation and curing process were supported with gel electrophoresis.

تثبيط تكوين biofilm لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من سرطان القولون والمستقيم والتهاب القولون التقرحي باستخدام جسيمات النانو لاكسيد الحديد المتراكبه

Author name: حنان طارق صبحي

Supervisor name: خضر حسن علي الجوراني

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تعد بكتريا Pseudomoas aeruginosa ممرضة انتهازية تنتشر الاصابة بها في المرضى الذين يعانون تدهورا مناعيا ان دور هذه البكتريا في التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم لم يتم التطرق اليه.وهذا ماتتطرق اليه هذه الدراسة في جزء منها يعاني مرضى التهاب القولون التقرحي وسرطان القولون - المستقيم تغير في التعبير عن مستضدات مجموعة الدم ABO ومجموعة دم لويسLewis في ميوسين الخلايا الظهارية القولونية وهذا ما يوفر بيئة لالتصاق البكتريا . تؤشر الدراسة الحالية دور الاستيطان البكتيري لهذه البكتريا لنسيج القولون في كلا المرضين وارتباط ذلك بمجموعة الدم ومجموعة دم لويس اضافة الى دور مجموعة دم لويس في المشاركة في انشاء الغشاء الحيوي البايوفيلم biofilm لهذه البكتريا .تشير نتائج عزل بكتريا Pseudomoas aeruginosa انه من بين 38 اصابة تم عزل البكتريا بنسبة 23% p=2.6×10 - 6 , من مرضى السرطان اضافة الى عزلها بنسبة p=7.35 ×10 - 5 , 25% من مرضى التهاب القولون التقرحي. اظهرت نتائج تنميط مجموعة لويس بوجود عالي لمجموعة دم لويس بي Leb (78.9%) p=3.45×10 - 12 في المرضى مقارنة بالسيطرة من جانب اخر اثر ارتفاع نسبة مجموعة الدم Aفي المرضى الا ان التحليل الاحصائي لم يظهر تغيرا معنويا .P=0.1 (×̅=45%)وفي جانب دراسة تكوين العزلات للغشاء الحيوي بارتباطها في الميوسينات اللعابية المغطية لحفر الاطباق فقد اكدت النتائج ان جميع العزلات كانت لها القدرة على تكوين البيوفلم مع زيادة كتلة بيوفيلم على لعاب مجموعة الدم لويس للافراد الاصحاء المغطية ل 96 حفرة .microtitration plate وتغاير تكوين العزل للرقيق الحيوي اعتمادا على نوع الضرب المعزول وقد اثر التركيز المثالي المغطي coating concentration للميوسينات اللعابية بان تخفيف1\16للعاب.وفي جانب اخر من الدراسة فقد تم تحضير الجسيمات النانوية وتم ربطها بنضائد واستعملت تلك في مسح قابلية تلك التحضيرات على تثبيطها للغشاء الحيوي حيث جرى تحضير الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد (IONP) باستخدام طريقة coprecipitation وفي هذا الجانب فقد تم تقدير حجم الجسيمات النانوية naked iron oxide باستعمال مجهرالقوة الذرية (Atomic Force Microscope) AFMوالتحليل الكيميائي للجسيمات النانوية باستخدام جهاز التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء FTIR) ) Fourier Transform Infrared Spectroscopy واتضح ان معدل قطرحجم الجسيمات لاكسيد الحديد النانوية 85.09 نانومتر في حين اظهرت التحضيرات النانوية - المنضدة Liganded - nanoparticles مايلي اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان (chitosan) متوسط قطر85.14 نانومتر. اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين(glucosamine) متوسط قطر 89.71 نانوميتر بينما اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري (polysaccharide) 107.20 نانومتر. تم تحديد احجام للجسيمات النانوية - الميوسين ايضا.حيث اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis a بمتوسط قطر 91.46 نانوميتر ، الجسيمات النانوية - الميوسين Lewis b 93.18 نانوميتر بينما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الفارزة كان متوسط قطرها 80.23نانوميتراما الجسيمات النانوية - الميوسين - b - Lewis a الغير فارزة كان متوسط قطرها 103.46نانوميتر.وقد اظهرت نتائج التحليل الطيفي بالاشعة تحت الحمراء (FTIR) على قابلية ارتباط النضائد بالجسيمات النانوية بين اكسيد الحديد والجتوسان، الكلوكوزامين، عديد السكرايد البكتيري والميوسين اللعابي لمجموعة الدم لويس. حيث اظهرت الجسيمات النانوية لاكسيد الحديد ارقام موجية منخفضة بين 850 و400 سم - 1 قادمة من الاهتزازات للاصرة Fe - O بينما اعطى اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجتوسان امتصاص عند 1111 سم - 1 (COC) ، اختفاء الاصرة C - N وتغير الاصرة C - H من الموقع 2839 سم - 1 الى 3196 سم - 1, تغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1614 سم - 1.اما اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين اظهرت اختفاء الاصرة C - N , تغير الاصرة C - O - C من الموقع1031سم - 1 الى1099 سم - 1 وتغير الاصرة H - N من 1616 سم - 1 الى 1541 سم - 1 وظهور مجموعة OH في الموقع 3377 سم - 1.وفي جانب اخر اظهرت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري ظهور الاصرة C - ONH2 في الموقع 1649 سم - 1 والاصرة N - H 1543 سم - 1. في حين اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين اظهرت الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a ظهور الاصرتين C= N,C= C في الموقع 1622 سم - 1, 1649 سم - 1 اما بالنسبة للجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis b ظهور الاصرتين C= N, C=C في الموقعين 1612 سم - 1 , 1649 سم - 1 بينما الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - non secretor اظهرت الاصرتين C= N, C= C في الموقعين 1670 سم - 1 , 1647 سم - 1. الجسيمات النانوية - الميوسين لويس Lewis a - b - secretor اظهرت الاصرتين C= N,C= C في الموقعين 1627 سم - 1, 1651 سم - 1. وفي نتائج التثبيط للغشاء الحيوي للبكتريا فقد اوضحت النتائج ان النضائد النانوية لها فعل مثبط لتكوين الغشاء الحيوي . ففي هذا الجانب فان تعرض البكتريا لاكسيد الحديد النانوية ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالجيتوسان ، اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالكلوكوزامين ,اكسيد الحديد النانوية المغلفة بالميوسين بتركيز 100 ملغم \سنتيمتر مكعب لمدة 24 ساعة خفض انتاج الغشاء الحيوي وكالاتي : الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد اعطت اعلى نسبة تثبيط 52% بينما الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الجتوسان اعطت اعلى نسبة تثبيط 58%(p=0.5) , الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الكلكوزامين اعطت اعلى نسبة تثبيط 39%(p=0.1). الجسيمات النانوية لاوكسيد الحديد - الميوسين الغير فارزa - b - اعطت اعلى نسبة تثبيط 74% (p=6.8×10 - 3) وفي جانب اخر اعطت اكسيد الحديد النانوية المغلفة بعديد السكرايد البكتيري اعلى نسبة تشجيع بناء 75% (p=0.3).ان النتائج الاصلية المؤثرة في هذه الدراسة والمسجلة لاول مرة اظهرت ان التطبيقات المستقبلية للجسيمات النانوية المغطاة بالنضائد المحضرة في علاج الغشاء الحيوي لبكتريا P. aeruginosa يمكن اعتمادها كطريقة للقضاء على استيطان البكتريا في مرضى التقرح القولوني وسرطان القولون - المستقيم | Pseudomoas aeruginosa is an opportunistic pathogenic bacterium. The infection with the microorganism prevail in immunocompromised patients. The role of P. aeruginosa in ulcerative colitis and colorectal cancer is not studied and this part is dealt with this study. In this regard, Ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer (CRC) patient change the expression of ABO and Lewis blood groups antigens in colon epithelial mucin structure and might furnish an environment for bacterial attachment. The present study aimed to pinpoint a role for P. aeruginosa in colonization of colon tissue in both diseases in relation to ABO and Lewis blood groups. In addition the involvement of Lewis blood group molecule in biofilm formation was investigated. In an another part of the study a specific liganded - nanoparticles prepared were screened for inhibition of such biofilm. Isolation of the bacteria from direct biopsy samples of UC and CRC indicated that, out of 38 cases collected, 9 isolates were found to be P. aeruginosa 6 (23%) p= 2.6×10 - 5 in colorectal cancer cases and 3 (25%) p= 7.35×10 - 6 in ulcerative colitis. Patient Lewis typing revealed that Leb prevailed among patient giving a (78.9%) results and was highly significantly (p=3.45˟ 10 - 12) compared with control (29.7%). Blood group (A) seem to be highly prevalent but not significant (p=0.193) in colorectal cancer and ulcerative colitis patients. All isolates from patients were able to form biofilm with increased biofilm mass on Lewis group saliva of normal individual coated on 96 - wells microtitration plate. The results were variable depending on bacterial strain. An iron oxide nanoparticle (IONP) was prepared using the method of coprecipitation and was used as carrier of different ligands. The naked and coated iron oxide nanoparticles were characterized using Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) and Atomic Force Microscope (AFM). Particle size for naked iron oxide (IONP) was 85.09 nm and for chitosan coated iron oxide nanoparticles the average diameter was 85.14 nm while glucosamine coated iron oxide nanoparticles was in 89.71nm. Bacterial polysaccharide coated iron oxide nanoparticles gave a size of 107.20 nm. Particle sizes for mucin - IONP composite were also determined. Lea - IONP was an average diameter 91.46nm, Leb - IONP was 93.18nm, Lea - b - secretor - IONP was 80.23nm and Lea - b - nonsecretor was in 103.46nm determined by AFM. The Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) analysis indicated successful binding between iron oxide and chitosan, glucosamine, polysaccharide and mucin Lewis groups glycans. Iron oxide nanoparticle showed low wave numbers between 850 and 400 cm - 1 coming from vibrations of Fe - O bonds.Chitosan coated iron oxide gave an absorption line at 1111 cm−1 (C - O - C) bond, and N - H bond at 1614 cm - 1, 1410 cm - 1, C - H bond and 3589 cm - 1 for O - H bond. Glucosamine coated iron oxide demonstrated a characteristic bands such as OH group at 3377 cm−1, C O at 1618 cm−1 and C - O - C at 1099 cm−1 and 1031cm−1 stretching vibration of C - O - C. Polysaccharide appeared to have 1649 cm - 1 (CONH2) and 1543 cm - 1 (N - H) band. While mucin Lea coated iron oxide demonstrated 1622 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C and mucin Leb coated iron oxide gave 1612 cm - 1 1649 cm - 1 C= N, C= C on the other hand, mucin Lea - b - secretor coated iron oxide showed 1627 cm - 1 1651 cm - 1 C= N, C= C and mucin Lea - b - non secretor coated iron oxide gave1647 cm - 1 1670 cm - 1 C= N, C= C The Fourier transform infrared spectroscopy study analyses confirmed the successful attachment different ligands to the surface of magnetic nanoparticles. In experiments of P. aeruginosa biofilms inhibition by liganded nanoparticles, it was seen that exposure of cells to naked iron oxide, chitosan coated iron oxide , glucosamine coated iron oxide and mucin coated iron oxide at concentrations of 100mg/ml resulted in reduced biofilm biomass in a 24h exposure time. In contrast, polysaccharide coated iron oxide nanoparticle showed increased biofilm formation (75%). Naked nanoparticles resulted in 52% inhibition in biofilm formation, chitosan coated nanoparticles resulted in (58%) inhibition p=0.5, glucosamine coated nanoparticles resulted in (39%) inhibition p=0.1, while mucin coated nanoparticles gave (74%) inhibition p=6.8×10 - 3 especially in non secretor Lea - b - coated nanoparticles and was the best liganded nanoparticles biofilm. Polysaccharide ̶ nanoparticle gave (75%) augmentation p=0.3. The inhibition was seems to be variable between saliva Lewis group tested. The novel findings presented in this study demonstrated the futuristic application of ligands coated iron oxide nanoparticles in treating P. aeruginosa biofilm formation could be an approach to eradicate P. aeruginosa infection which may lead to ulcerative colitis and colorectal cancer patients.

دراسة بكتيرية ومناعية للانظيم الحال للبروتين نوع - ا - المستخلص من بكتيريا Proteus mirabilis المعزولة من خمج السبل البولية == Bacteriological and Immunological Study of IgA - Protease Enzyme Extracted from Proteus mirabilis Isolated from Urinary tract infection

Author name: حسن علي حسين السعدي

Supervisor name: رجوه حسن عيسى الربيعي | جاسم طعمه حسين الخفاجي

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تضمنت هذه الدراسة اربعة محاور : 1 - العزل والتشخيص : تم عزل وتشخيص (40 ) عزلة من بكتيريا Proteus spp. من مجموع ( 200 ) عزلة بكتيرية من عينات اخماج مرضى السبل البولية في مستشفيي مدينة الطب والكندي للفترة بين 1/3/2004 لغاية 30/10/2004.اظهرت الفحوصات الكيميائية الحيوية ان 40 عزلة بكتيرية (20% ) من العزلات البكتيرية كانت تنتمي الى جنس Proteus والتي اشتملت على ( 37 ) عزلة تعود الى بكتيريا)P. mirabilis18.5%) ثلاث عزلات من بكتيريا Proteus vulgaris. عشر عزلات من بكتيريا P. mirabilis كانت منتجة للانظيم الحال للبروتين (IgA Protease)، بينما كانت عزلات بكتيريا Proteus vulgaris غير منتجة للانظيم المذكور ،واختيرت العزلة (Pm5)P.mirabilis كعزلة منتجة للانظيم.2 - تنقية وتوصيف الانظيم : اختير الوسط مرق ( Cysteine lactose electrolyte deficient ) كافضل وسط زرعي لانتاج الانظيم من بكتيريا Proteus mirabilis وتم تنمية العــــزلة البكتيريـــة( Pm5) في درجة حرارة( 37 )م باستخدام الحاضنة الهزازة وثم نقي الانظيم باستخدام الترسيب ملح كبريتات الامونيوم بتشبع(60%) وديلزته واستخدام هلام السيفادكس G - 100 Sephadex وكذلك المبادل الايوني DEAE - Cellulose، قيست الفعالية الانظيمية وتركيز البروتين للانظيم في كل مرحلة من مراحل التنقية ظهر منحني تنقية الانظيم باستخدام هلام السيفادكس وجود اربعة قمم بروتينية منها قمة واحدة للانظيم الحال للبروتين بينما اظهرت طريقة استخدام المبادل الايوني قمة واحدة فقط، تم حساب الفعالية الانظيمية وتركيز البروتين والفعالية النوعية والفعالية الكلية وعدد مرات التنقية والحصيلة الانظيمية فكانت على التوالي : (28.7)وحدة/مل،(0.15)ملغم/مل، (191.3)وحدة/ملغم، (258.3)، (5.5)،(9.9%) عند التنقية باستخدام المبادل الايوني وحسب الوزن الجزيئي للانظيم اذ كان (50)كيلودالتون باستخدام طريقة الترشيح الهلامي وكانت الفعالية المثلى للانظيم عند الاس الهيدروجيني 8 ودرجة الحرارة المثلى لانتاج الانظيم هي (37)م ودرجة الحرارة الملائمة لخزن الانظيم هي (4)م مقدارها وكان للايون (Ca+2) تاثير واضح في زيادة فعالية الانظيم بينما كان للـEDTA تاثير مثبط على فعالية الانظيم. 3 - الدراسة المناعية : - استعملت ثلاث مجاميع من الارانب لغرض التمنيع (ارنبين لكل مجموعة) حقنت داخل العضلة باستعمال تراكيز مختلفة من الانظيم(0.2،0.5،1)ملغم/مل فضلا عن ارنبين ضمن مجموعة السيطرة. اتبعت طريقتين (الاوكترلوني والترسيب باستعمال الانابيب) لغرض التحري عن الاضداد المتخصصة للانضيم الحال للبروتين في مصل الارنب، اظهرت النتائج عدم تكون الخط الترسيبي عند استعمال طريقة الاوكترلوني بينما تكونت حلقة ترسيبية واضحة باستعمال طريقة الترسيب بالانابيب. تم فصل امينوكلوبيولينات الارنب باستعمال المبادل الايوني DEAE - Cellulose بعد عملية الفصل ظهرت ثلاث قمم بروتينية على الطول الموجي 280 نانوميتر تم اختبار فعالية الانظيم في كل قمة مقارنة بالقمم المؤشرة في الادبيات، اظهرت القمة الثالثة حلقة ترسيبية واضحة باستعمال طريقة الترسيب بالانابيب بينما لم تظهر خط ترسيبي باستعمال اختبار الاوكترلوني وهذا قد يدلل على وجود تحت الانواع IgG المقاومة لفعالية الانظيم الحال للبروتين ضمن هذه القمة. تم دراسة تاثير التراكيز المختلفة للانظيم الحال للبروتين (0.2، 0.5، 1)ملغم/مل على بعض الخلايا المناعية وفق المعايير التالية : اذ ادى تركيز الانظيم(0.2)ملغم/مل الى زيادة في عيوشية الخلايا اللمفاوية وخلايا متعددة النوى (PMNs) وعلى التشكل الزهري التائي والبائي وعملية التهام الخميرة المقتولة في الزجاج واختزال صبغة النايتروبلوتترازوليم (NBT) ومعامل الانقسام الخيطي في الفئران. 4 - الدراسة النسجية : - درست التغيرات النسجية المختلفة في الارانب الممنعة بالانظيم الحال للبروتين بتركيز((0.2 ملغم/مل فكان له تاثيرا واضحا على انسجة الكبد، الرئة، الكلية والطحال،اذ لوحظ وجود مناطق تنكس استسقائي شديد في هيولي خلايا الكبد مع احتقان الوريد المركزي في نسيج الكبد، كمالوحظ وجود خلايا التهابية في جدران الاسناخ وضمور تجويف الاسناخ في الرئة، بينما توسعت محفظة بومان مع ارتشاح بعض الخلايا الالتهابية وخاصة حول الكبيبات في الكلية، اما في الطحال ازداد عدد الخلايا التائية حول الشرين المركزي كذلك الخلايا البائية في باقي اللب الابيض في الطحال نتيجة لتكاثرها وفرط نموها. | This study was included four aspects : - 1 - Isolation and ldentifcation : Forty isolates of Proteus spp were isolated and identified among (200) bacterial isolates from patients samples with urinary tracts infection in two hospitals (Baghdad and Al - Kindy). Biochemical tests were showed (20 %) from bacterial isolates were belonged for genus Proteus (37) isolates replied to Proteus mirabilis with (18.5 %) and (3) isolates were for Proteus vulgaris. Ten isolates from Proteus mirabilis were producing for IgA protease while P.vulgaris isolates were non - producing for this enzyme. Proteus mirabilis (Pm5 ) was selected among isolates efficient producing isolate(Pm5). 2 - Purification and characterization of the enzyme : Cysteine lactose electrolyte deficient medium was selected as the best medium for culturing for production the enzyme by P. mirabilis. Bacterial isolate (Pm5) to produce protease, then protease was purified by application Ammonium sulfate with (60 %) saturated, dialysis, Sephadex G - 100 filtration, and Ion exchange with DEAE. Cellulose. The enzymatic activity and protein concentration were measured in every stage of purification. Four peaks were appeared one of them belong to IgA - protease activity, while by using Ionic exchange method was appeared only one peak. Enzymatic activity, protein concentration, specific activity, total activity, no. of purification, and enzymatic yield were determined in Ionic exchange technique were : ( 28.7) U/ml,(0.15)mg/ml,(191.3)U/ml,(258.3),(5.5),(9.9%) respectively, molecular weight of the enzyme was performed by using gel filtration was (50)Kd. The optimum activity was at pH (8), the optimum temperature with the enzymatic activity was at (37) ˚C, the suitable temperature for storage with enzymatic activity was at (4) ˚C, the (Ca+2) Ion has on effect on increasing the enzymatic activity, while the EDTA was suppressed activity. 3 - Immunological study : Three groups of rabbits were used for immunization (two rabbits for each group in addition to control were injected intramuscular by different enzyme concentrations (0.2, 0.5, 1) mg/ml. Two methods (Ouchterlony and tube precipitation are used for checking up specific protease antibody in rabbit serum. Results showed no precipitin line between enzyme as antigen and serum in (Ouchterlony) while there was clear ring of precipitin was formed in the second method. Rabbit immunoglobulines were separated by using DEAE - Cellulose results showed three peaks protein at (280) nm wave length absorbency, enzyme activity of each peak was tested. In comparing these peaks with standard rabbit immunoglobulines. The third peak was tested against IgA - protease by using tube precipitation test result showed precipitation ring. This result indicated that this peak may include IgG subclasses which are resist protease activity while other peaks were opsonized by the enzyme. The effects of the IgA protease concentration (0.2, 0.5,1) mg/ml on immune cells were studied according the following parameters : the effect of the enzyme on immune and (PMNs) cells, T, B - rosette, phagocytosis in vitro, reduction of Nitroblue tetrazolium, and Mitotic index in Mice, (0.2) mg/ml of the enzyme has an effect on induction activity of T, B - rosette, phagocytosis in vitro, reduction of Nitroblue tetrazolium, and Mitotic index in Mice. 4 - Histological aspect : Different pathological changes were shown on rabbit’s tissues (liver, lung, kidney and spleen) which were immunized with IgA protease (0.2)mg/ml. In liver great hydropic degeneration was noticed in the cytoplasm in addition to present an with congestion of central venule, inflammatory cells in the alveolar walls and alveolar cavity atrophy in lung, enlargement of Bouman s capsule with infiltration of phagocytes around glomerulus was shown in kidney, while in spleen T cells around central arteriole as well as B cells in other white pulp were increased as a result of proliferation .

التداخل البكتيري مع عوامل ضراوة خميرة الكانديدا المسببة لحالات التهاب الفرج والمهبل == Bacterial Interference In The Virulence Factors Of The Yeast Candida Causing Vulvovaginal Candidiasis

Author name: ايمان ناطق ناجي البياتي

Supervisor name: احسان شفيق توفيق دميرداغ | سناء مسلم الصفار

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: جمعت 200 عينة من اعالي المهبل ( H.V.S ) High Vaginal Swab من نساء متزوجات توزعت بين 130 امراة غير حامل ( Non Pregnant Women ) ( NPW ) منهـن 90 كن مصابات بالتهاب الفرج والمهبل Vaginitis و( 40 ) منهن كن سليمات لغرض السيطرة (H ) Healthy Control والباقــي ( 70 ) عينة من نساءحوامل ( P.W. ) Pregnant Women ، منهـن( 40 ) امراة مصابة بالتهاب الفرج والمهبل و( 30 ) اخرى سليمـة سيطرة . استمرت فترة جمع العينات من 1/6/2002 الى 1/2/2003 تحت اشراف الكادر الطبي المتخصص في قسم النسائية والتوليد في مستشفى النعمان العام في الا عظمية / بغداد . كما تم تخصيص استمارة استبيان لكل مريضة دون فيها كل ما يخص المريضة من اعراض سريريه ونتائج التشخيص والفحص المختبري والملاحظات العامة .اعتمادا على الاعراض المرضية والفحوصات المختبرية التشخيصية تم تحديد ثلاث انواع من الالتهابات المهبلية وهي : ا - التهاب الفرج والمهبل اللانوعيBacterial Vaginosis (BV.) ..ظهرت الحالة في (23) مريضة من مجموع (70) امراة حامل [ فيهن (40) مريضة و( 30) اخرى سليمة ] بنسبة (33%) من الحوامل ، كما ظهرت في ( 25) امراة غير حامل من مجموع ( 130) امراة [فيهـن ( 90 ) مريضة ] بنسبة ( 19% ) من النساء غير الحوامل .ب - التهاب الفرج والمهبل الكانديدي Volvavagianal Candidiasis (VVC) .. ظـهرت الحالة في ( 13) مريضة من مجموع ( 70) امراة حامل بنسبة ( 18%) [فيهن ( 30) امراة سليمة و( 40) اخرى مريضة ] كما ظهرت في ( 43) مريضة من مجموع ( 130) امراة غير حامل بنسبة (33%) [فيهن ( 40) امراة سليمة و(90) اخرى مريضة جـ - التهاب ناتج من اصابة مختلطة Mixed Infection (MI) ظهرت الحالة في ( 4) مريضات من مجموع ( 70) امراة حامل بنسبة (6% ) [ فيهن ( 30) امراة سليمة و(40) اخرى مريضة] كما ظهرت في (22) مريضة من مجموع (130) امراة غير حامل بنسبة ( 17) [ فيهن (30) امراة سليمة و(40) امراة اخرى مريضة] . وقد تم عزل 74 عزلة من خميرة الكانديدا عزلت ( 38 ) عزلة منهـن( 43 ) امراة مصابة بالكانديـدا ( VVC ) عزلت ( 16 ) عزلة من (22) مريضة مصابة باصابة مختلطة (M.I ) وعـزلت ( 5 ) عزلات من مجمـوعة السيطرة من النساء غير الحبلى ومن جانب اخـر عزلت ( 11 ) عزلة من ( 13 ) امراة مصابة بالكانديدا ( VVC ) و( 3 ) عزلات من 4 نساء مصابات اصابة مختلطة ( M.I ) وعزلة واحدة من مجموعة السيطرة للنساء الحوامل. وهذه النتائج تدل على سيادة خميرة الكانديدا في التهاب الفرج والمهبل لدى مجموعتي النساء الحوامل وغير الحوامل.و تم تشخيص الانواع التالية من خميرة الكانديدا وهي : Candida albicans ( 37 عزلة ) ، C. tropicalis ( 20 عزلة ) C. glabrata ( 7 عزلات) C.dubliniensis ( 7 عزلات ) وC.parapsilosis عزلة واحدة وC. krusei عزلتين. امكن الحصول على 588 عزلة بكتيرية من مجموع عدد الحالات الموجبة للزرع البكتيريولوجي لمجموعتي المرضى والسيطرة البالغ عددهم ( 140 ) امراة شخصت فيها سبعة اجناس من البكتيريا اللاهوائية والانواع التابعة لها وهي : Peptostreptococcus spp, Peptococcus spp, Prevotella spp , Streptococcus spp, Bacceroides spp, Propionibacterium spp, Lactobacillus spp, كما تم تشخيص انواع من البكتريا المتحملة لوجود كميات قليلة من الاوكسجين وهي : Strept . mitis , Entero , faecalis , Gardnerella vaginalis اضافة الى اربع اجناس وبعض انواعها من البكتريا الهوائية وهي Proteus spp , Staphylococcus spp , Escherichia spp, Pseudomonas spp .ولقـد كان النوعان G.vaginalis , Bacteroides fragilis من اكثر الانواع عزلا في مجموعتي النساء الحوامل وغير الحوامل المصابات بالتهاب الفرج والمهـبل اللانوعي B.V . وفيما يخص عوامل الضراوة لخميرة الكانديدا والانواع التابعـــة لها وجد ان 28 عزلة ( 76 % ) منتجة للانزيم الحال للشحوم المفسفرة Phospholipase و6 عزلات ( 16 % ) ضعـيفة الانتاجية لهـذا الانـزيم و( 3 ) عزلات ( 8 % ) غير منتجة من اصل ( 37 ) عزلة للنوع C. albicans اماعزلات C. tropicalis فكانت 15 عزلة ( 75 % ) منتجة للانزيم و3 عزلات ( 15 % ) ضـعيفة الانتاجية وعزلتان ( 10 % ) غير منتجة من اصل 20 عزلة . اما عزلات النوع C.dubliniensis فكانت منـها ( 5 ) عزلات ( 71% ) منتجة من اصل (7) عزلات فى حين انتجت عزلة واحدة للنوع C.glabrata هذا الانزيم .وعند دراسة انتاج الانزيم الهاضم للبروتينات Proteinases كعامل اخر من عوامل الضراوة فقد تباينت قدرة الانزيمات المنتجة مـن عزلات الكانديدا على هظم البروتيــن بين ( 175 - 30 ) مكغم / مل وتفاوتت العزلات في قابليتها على انتاج الانزيم فكانت هناك 29 عزلة منتجة من اصل 74 عزلة كانديدا وكانت ( 7 ) منـها مـن النوعC.albicans و( 8 ) منها للنـوع C. tropicalis , وثلاث منها للنوع C. dubliniesis وعـزلة واحـدة للنـوع C. glabrata ولم تتمكن عزلات النوعين الاخرين من انتاج الانزيم وهما C.parapsilsosis وC. krusei . ومن حيث عامل الضراوة الثالث وهو قدرة الخميرة على الالتصاق بالخلايا الطلائية فقد تفاوتت ايضا عزلات الخميــرة فـــي اظهار هـــذه القدرة وكان النوعان C. albicansوC. dubliniensis هما الاكثر كفاءة في الالتصاق من بين الانواع الاخرى وكانت نسبة خلايا الخميرة الملتصقة بالخلايا الطلائية في درجة الحرارة 25 م اعلى من التي حصلت عند درجة 37 م للعزلة نفسها ولكن التحليل الاحصائي لم يظهر فروقا معنوية عالية .كانت جميع عزلات خميرة الكانديدا مقاومة لمادة النستاتين وبتراكيز عالية جدا بلغت 256 مكغم / مل في حين كان المستحضر Clotrimazole هـو الافضل مـن بين مشتقات الازول الاخرى اذ كانت جميع العزلات حساسة له فقـد تراوحت قيـم (MIC ) بيـن ( 2 - 125, 0) مكغم / مل للنوعين C.albicans , C.tropicalis و( 0.5 - 0,125) للنوعين C.dubliniensis وC.glabrata وكانت قيم MFC اكبر او تساوي 4 مكغم / مل . بينـما تفاوتت حساسية عزلات الخميرة اتجاه مشتقات الازول الاخرى اذا اظهرت ثلاثة انواع من الخميرة مقاومة لمضاد Ketoconazule وهي C. albicans , C.dubliniensis , C. glabrata اذ تراوحت قيم MIC ( 0.5 - 32 )،( 0.25 - 16 ) , 160.25 - - مكغم / مل على التوالي بينما كانت الانواع الثلاثة الاخرى حساسة له . وكانت قيم MFC على العموم اكبر ويساوي 32 مكغم / مل . وكانت جميع العزلات حساسـة لمضاد Miconazole اذ تراوحت قيم ( MIC ) مـن ( 4 - 8 ) مكغم / مـل ضد النوع C. albicans واقلها هـــي للنوع C.dubliniensis وهي (0.125 - 1.0) مكغم / مـل بينما كانت قيمة MFC تتراوح بين اكبر او يساوي 4 الى اكبر او تساوي 16 حسب نوع العزلة . وكانت قيم MIC للمضاد Fluconazole مرتفعة لكنها لم تتجاوز 32 مكغم / مل ولذا اعتبرت العزلات حساسة ولكن بتراكيز عالية بينما كان MFC له اكبر او يساوي 64 .كانت قيم MIC لمضاد Amphotericin B هــي الافضل اذا بلغت (0,125 - 0,5 ) مكغم / مل اما MFC فكان يساوي 1 مكغم / مل لقد اظهرت النتائج ان طريقة التخافيق باستعمال الوسط الزرعي السائل لتحديد MIC هي الافضل مقارنة باستعمال الوسط الزرعي الصلب اذ كانت قيم MIC مرتفعة مقارنة بقيم MIC بالطريقة الاولى .ولدراسة الفعالية التضادية لبعض انواع البكتريا المعزولة من اعالي المهبل على عوامل الضراوة وحيوية خميرة الكانديدا ، انتخبت 32 عزلة بكتيرية تابعة لاجناس مختلفة على اساس ما اظهرته من تاثير تضادي في التجارب الاولية على عوامل الضراوة او الحيوية او كلاهما وهذه العزلات هي ثلاث عزلات تابعة للنوع Peptostreptococcus prevotii ، ثلاث عزلات تابعة للنوع propianibacterium granulosum، وست عزلات تابعة للنوع Lactobacillus acidophilus وخمس عزلات تابعة للنوع L. gensenii وثلاث عزلات لكل من النوعين Streptococcus mitis وEnterococcus faecalis كما وانتخبت عزلات الخميرة الاكثر كفاءة في التجارب قيد الدراسة واعتمادا على نتائج الجزء السابق .بعد ان نميت العزلات البكتيرية السابقة الذكر في اوساط زرعية مناسبة لكل منها تم الحصول على رواشح مزارعها السائلة وتم تركيز الرواشح الــى نصف الحجم ( رم 1) والى ربع الحجم ( رم 2 ) مع الاحتفاظ بجزء من الراشح غير المركز . لم تظهر الرواشح غير المركزة تاثيرا على هذه العوامل ولقد بدا واضحا تاثير الراشح المركز لمرة واحدة او لمرتين وبدرجات متفاوته وذلك لاختلاف الاجناس البكتيريا والانواع التابعة لها . كانت اكـثر الـرواشح تاثيرا هـي الـرواشح المركزة م1 وم 2 لكـل مـن العزلات Sm3 , Ef3 , Lj5 , La5 , La6 على فعالية الخميرة في انتاج الانزيمات الهاضمة للبروتين والانزيمات الحالة للشحوم المفسفره وكان النوع C. albicans اكثر حساسية اتجاه المعاملة بهذه الرواشح مقارنة مع الانواع الاخرى ، كما اثرت هذه الرواشح على خفض نسبة الانبات في المصل وبفرو قات معنوية كبيـرة وصلت الى >0.001 P . واظهر ( رم1 ) ( رم2 ) للعزلة La 6 تاثيرا في خفض حيوية الخميرة مقدرة بوحدة مستعمرة لكل مل ( CFU/ml ) وتبين ان لحموضة هذه الرواشح تاثيرا في عملية التثبيط ولكن لا يعزى له التاثير الكلي. فعند مقارنة تاثير الحموضة فقط فـــي اوساط زرعيه سائلة ذات pH محدد ومماثل الى pH الرواشح مما يشير الى ان هذه الرواشح تحتوي مركبات ذات تاثير مثبط ، كما لم تظهر رواشح العزلات الاخرى تاثيرا واضحا او كان بعضها غير مؤثر . ولمحاولة فهم طبيعة تاثير خلايا العزلات البكتيرية السابقة على عملية التصاق خميرة الكانديدا بسطوح الخلايا الطلائية وجدنا ان العزلات Lj5 , La5 , Pp3 , Pg3 , Sm3 , Ef3 , La6 هي الاكثر تاثيرا في خفض نسبة الالتصاق وعلى التوالي وقد اظهرت العزلات طرقا مختلفة في طبيعة منع الالتصاق اما باحاطة خلايا الخميرة بغلاف من خلايا البكتريا او باحاطة الخلية الطلائية بغلاف من خلايا البكتريا او كلاهما مما يمنع التصاق الخميرة بسطح الخلية الطلائية وذلك من خلال غلق المستقبلات على سطوح الخلايا. | 200 high vaginal swabs were taken from 200 married women, 130 of them were non - pregnant (N.P) and 70 were pregnant (P.) women. Of the 130 N.P : 90 were suffering from vaginitis and 40 were healthy controls. Of the pregnant group 40 were suffering from vaginitis and the rest 30 were healthy controls. Thus there were a total of 130 infected and 70 healthy. Sample were taken during the period of first of June 2002 till the end of Feb. 2003, under the supervision of specialized gynecologist in the general No’man hospital in Adhamia , Baghdad . A special questionnaire was prepared for each individual. As result of cultural and microbiological examinations of the sample and depending on the clinical and microbiological features of the 130 infected pregnant (90) and non - pregnant (40) women their vaginitis were devided into three groups, namely : (a) : Bacterial vagnosis (B.V) : Appeared in (23) out of (70) pregnant women [ including (30) healthy and (40) infected i.e. 33% ]B.V. also appeared in 25 non - pregnant women out of 130 [ including (40) healthy and (90) infected i.e. 19% ](B) : Volavaginal condidiasis (V.V.C).Appeared in 13 women out of (70) pregnant women ( 18%) [including 30 healthy and (40) sick] it V.V.C also appeared in (43) infected non - pregnant women out of 130 ( 33%)[ including (40) healthy and (90) sick](C ) : Volvavaginosis due to mixed bacterial and fungal infection. I.e. mixed infection (M.I) : Appeared in (4) patient out of (70) pregnant women (6%) [including 30 healthy and (40) sick women ] . It also appeared in (22) patients out of (130) non - present women [including (40) healthy and (90) sick pregnant women] A total of (74) isolates of candida SPP were isolate from non pregnant and pregnant women of this number 38 isolates from (43) VVC non pregnant cases, (16) isolates from 22 MI non pregnant cases, 5 isolates from 40 healthy non pregnant group, 11 isolates from 13 VVC pregnant women, 3 isolates from 4 MI pregnant women, and one isolates from 30 healthy.The following species of Candida were identified : C. albicans 37 isolates , C. tropicalis 20 isolates , C. glabrata 7 isolates , C. dubliniensis 7 isolates , C. parapsilosis one isolate , and C. kursei 2 isolates .Bacteriologically 588 isolates of bacteria were obtianed form 140 women positive for bacterial cultural ; these include several species of 7 anaerobic bacterial genera ; peptostreptococcus, peptococcus , Streptococcu spp, prevotella spp, Bacteroides spp, lactobacillus spp and propionibacterium spp. Similarly the following microaerophilliic bacteria were isolated; Gardnnerella vaginalis, Enterococuus faecalis , and Streptococcus mitis . The following aerophilic were also isolated, staphyllococcus spp, proteus spp Escherichia spp and pseudomonas spp. the most frequently isolated species a mong infected women group with ( B.V) were Bacteriodes fragilis and G. vaginals . Concerned the virulence factors of the yeast candida spp like production of phospholipases and proteinasas, besides the adherence on epithelial cells ( from human mouth ) and drug tolerance. Phpspholipase was produced by 28 isolates (76 %) out of 37 of C. albicans whereas the rest 6 isolates (16 %) were weak producers and 3 isolates (8 %) did not produce this enzyme. On the other hand out of 20 isolates of C. tropicalis 15 (75 %) were weak producer and 2 isolates (10 %) were not producers of the enzyme . Of The 7 isolates of C. dubliniesis 5 (71% ) could produce the phospholipase also one ( 14 % ) of the 7 isolated of C.glabrata could produce theis enzyme . The enzyme proteinase was produced by 29 out of 74 (39 %) isolated of candida spp out these 17 were C.albicans 8 were C. tropicalis , 3 were C. dubliniesis , one was C. glabrata the other species did not produce the enzyme. Ability of the isolates for attachment onto the surface of epithelial cells varied according to the species. Both C.albicans , C. dubliniesis were more efficient than other species . The percentage of epithelial cells attached by yeast cells were higher at 25C than at 37 C for the same isolate of the yeast, though this difference was not significant. As the resistance to antifungals concerned, we found that all isolates of candida were resistant to nystatin . The measured minimum inhibitory concentration (MIC) reached 256 g/ml . On the other hand , all isolates of candida were much more susceptible to clotrimazole with MIC ranging ( 0,125 - 2 ) g/ml for C.albicans and C. tropicalis and about ( 0,5 - 0.125 ) g / ml for C.dubliniesis and C.glabrata . The minimum fungicidal concentration (MFC) was 4 ug/ml or more for these Candida spp .The (MIC) for ketocanazole against C. albicans , C.dubliniesis , C.glabrata ranges were [0.5 - 32, 0.25 - 16 and 0.25 - 16] g / ml respectively, whereas the other species of candida were more sensitive to ketaconzole , and the ( MFC ) generally was equal to or higher than 32 ug / ml .The (MFC) for Miconzole was (4 - 8) g / ml against C. albicans an (1 - 0.125) g / ml agianst C.dubliniesis , the ( MFC ) ranged between equal to or higher than 4 and 16 g / ml . Fluconzole was less effctive than the others as the (MIC) values agianst all species were 32 g / ml or les. While the (MFC) was equal to or higher than 64 g / ml. Amphoterricin B was the most effective as the (MIC) values against all isolates of candida were (0.125 - 0.5) g / ml and MFC was 1 g/ ml.For the determination of (MIC) we found that using serial dilution of liquid cultures was better than using solid agar media. The recorded (MIC) result using agar media were higher than those obtained in liquid media.We studied the antagonistic effect against virulence factors of Candida spp by (23) isolates of bacteria isolated from healthy vagina. The selection of the candida and the bacterial isolates based on preliminary tests. So three isolates of peptostreptococuus prevotii, three isolates of propionibacteriume granulosum, six isolates of lactobacillus acidophilus , five isolates of lactobacillus jensenii , three isolates of each of streptococcus mitis , and Enterococcus feacalis were used in such tests as culture filtrates and / or as bacterial cells.The cultural filtrates were concentrated to the half or to the quarter volume of the original, as the non - concentrated culture filtrates did not show any effect. Different filtrates showed different levels of effect, the more effective were the double or quadruple concentrates of the culture filtrates of L.acidophilus isolates no 5 and 6, L.jensenii isolates No. 5, Enter.faecalis isolates No. 3 and strep.mitis isolates No. 3 . These filtrates adversely affected the phospholipase and proteinase enzymes, C.albicans being more affected than other species. Also these filtrates reduced significantly (P < 0.001) the percentage of germ forming cells of C.albicans . The culture filtrate (conc. to half or to quarter volume) of isolate No. 6 of L.acidophilus greatly reduced the viability (CFU /ml) of C.albicans and other species. This effect was not totally due to the acidity (low pH) since similar pH values in control tests did not reduce viability to the same level and did not effect the yeast cells. We found that adhesion of candida cells to epithelial cells was reduced in the presence of bacterial cells. The following bacteria were effective and they are listed below starting from the most to the less effective in reducing the number of adhering yeast cells (the number refers to the isolate number L.acidophilus 6, Enter. feacalis 3, Strep. mitis 3, P.granulosum3 peptost. prevotii 3 , L.acidophilus 5 and L.jensenii 5 .Some species of bacteria prevented adhesion by surrounding the yeast cells while other species surrounded the epithelial cells some did both

دراسة بيئية وامراضية على جرثومة كليبسيلا في عينات سريرية ونهر دجلة في بغداد == Environmental and Pathogenic Study on Klebsiella Spp. in Samples Collected from Patients and Tigris River at Baghdad

Author name: افراح فهد عبد الكريم

Supervisor name: كاظم هاشم ياسين الاعرجي | كفاح احمد جاسم

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تفرعت الدراسه الحاليه خطين رئيسيين.تضمن الخط الاول تقييم نهر دجله ضمن محافظة بغداد من خلال دراسة العوامل الفيزيائيه والكيميائيه والبايولوجيه والتي لها تاثير على نوعية مياه نهر دجله بينما تضمن الخط الثاني دراسه جزيئيه لبعض عوامل الضراوه، المقاومه للمضادات الحيويه وانتاج الغشاء الحيوي لبكتريا K. pneumoniae والمعزوله من مصادر سريريه وبيئيه. محطات الدراسه تضمنت ثلاثة مواقع على نهر دجله ضمن مدينة بغداد، الموقع الاول يقع شمال مدينة بغداد والتي تقع شمال منطقة الكريعات بالقرب من جسر المثنى، والموقع الثاني يقع قرب مدينة بغداد الطبيه قرب جسر باب المعظم بينما يقع الموقع الثالث الى الجنوب بالقرب من جسر الجادريه. جمعت عينات شهريه من المواقع المذكوره انفا والواقعه على نهر دجله ابتداءا من تشرين الثاني/2013 ولغاية تشرين الاول/2014 . فضلا عن ذلك جمعت عينات سريريه من عدة مستشفيات في بغداد وباستخدام حاويات معقمه. اظهرت النتائج ان قيم درجات الحراره لمياه نهر دجله تراوحت بين (9 - 31 م◦) وهذا من صفات جو العراق والذي يتميز بتقلبات موسميه بدرجات الحراره من جهه وبتغيرات يوميه من جهه اخرى، كانت دالة الحامضيه لمياه النهر تميل للقاعديه الخفيفه وتراوحت بين (6.1 - 8.7) مع ظهور حامضيه خفيفه في الموقع الثاني وقد يعود السبب في ذلك الى مخلفات مدينة الطب والتي تدل على وجود تلوث. تراوح تركيز الاوكسجين المذاب بين (6.6 - 9.9 ملغم/لتر) وهذا يظهر ان مياه نهر دجله جيدة التهويه وكذالك اظهرت النتائج ان المتطلب الحيوي للاوكسجين كان ضمن الحدود المسموح بها دوليا ومحليا حيث تراوحت قيمته بين (0.8 - 3.5 ملغم/لتر). العكوره تظهر مدى شفافية المياه وقد تراوحت قيم العكوره لمياه النهر مابين (16 - 102 نفلوميتر) وسجلت الدراسه ارتفاع ملحوظ في قيم التوصيليه الكهربائيه (651 - 1170 ملغم/لتر). كذلك وجد ان قيم المواد الصلبه الذائبه تراوحت بين (406 - 751 ملغم/لتر) وكان لتاثير الفصول عليها اكثر من تاثير المواقع. بينما سجلت الملوحه تركيز (0.72 - 0.39ملغم/لتر). سجلت النتائج لتركيز المعادن الثقيله ما بين (0.001 - 0.6 ملغم/لتر)،(0.00 - 0.25 ملغم/لتر) لكل من الحديد والزنك على التوالي، معدل التراكيز لهذه المعادن اظهر تغايرا شهريا خلال مدة الدراسه حيث كانت معدلات الحديد متجاوزه الحدود المسموح بها دوليا بينما معدلات الزنك ضمن الحدود المسموح بها. تراوحت قيم الفوسفات لنهر دجله مابين (0.11 - 0.37). من جهه اخرى كانت نتائج الدراسه البكتريولوجيه قد سجلت معدلات مرتفعه لكل من العدد الكلي الحي للبكتريا واعداد بكتريا القولون الكليه واعداد بكتريا القولون البرازيه والتي تجاوزت الحدود المسموح بها دوليا ومحليا والتي كانت دليل على وجود تلوث احيائي وقد سجلت القيم ما بين (195 - 8200CFU/ml ) ، (3625 - 160000 cell/100ml ) ، (24000 - 142500 cell/100ml ) على التوالي. جمعت 75 عزله بكتيريه تابعه للجنس Klebsiella spp. وتوزعت مابين 40 عزله بيئيه و35 عزله مرضيه، شخصت العزلات بانها : K. pneumoniae (40), K. oxytoca (8), K. terrigena (7), K. ornitholytica (5) اعتمادا على الخواص الزرعيه، المجهريه والكيموحيويه وقد تم تاكيد التشخيص باستخدام نظام API - 20E وVITEC2 systemقد تم عد البكتريا باستخدام طريقة الترشيح الغشائي وباستخدام وسط انتقائي.تم تحديد حساسية العزلات تجاه (23) مضاد حيوي واظهرت النتائج بصوره عامه مقاومه العزلات لاغلب المضادات المستخدمه كما اظهر التحليل الجزيئي ان عزلات K. pneumoniae كانت حامله لجين CTX - M gene والذي له علاقه بمقاومة مضادات البيتالاكتام حيث اظهر تفاعل تضخيم السلسله PCR حزمه واضحه وبحجم (551 bp) فضلا عن ذلك تم دراسة جين aac(3) - II والذي يتعلق بمقاومة مضادات الامينوكلايكوسايد وباستخدام PCR حيث ظهرت حزمه واضحه بحجم (877 bp) . درست قدرة البكتريا على تكوين الغشاء الحيوي باستخدام ثلاثه طرق مختلفه وقد اظهرت النتائج ايجابيه الفحص وكذلك تم تضخيم جين mrkD والذي يعتبر تحت الوحدة المسؤله عن الاتصاق للنوع الثالث من الاهداب واظهر PCR حزمه بحجم (966 bp). عوامل ضراوه اخرى درست جزيئيا لهذه البكتريا وذلك باستخدام تفاعل تضخيم السلسله تضمنت rmpA , magA وkfu وهي جينات مسؤله عن تكوين الكبسوله وحوامل الحديد وكذلك تم تضخيم جين 16SrRNA وذلك باستخدام conventional and real time PCR وذلك من اجل تشخيصها جزيئيا واظهرت النتائج حزم واضحه بحجم (535 bp) لجين rmpA، (797bp) لجين kfu و(160 bp)عند استخدام برايمر متخصص لجين 16SrRNA بينما لم تظهر اي حزمه عند تضخيم جين magA. | The present work was branched into two line first line aim to study Tigris River within Baghdad City to assess Physical, chemical and biological characteristics of water river that influence water quality of the Tigris River. The second line conducted to study molecular characterization of virulence factor, antibiotic resistance genes and biofilm formation of K. pneumoniae isolated from clinical and environmental sources. The study area included three stations on Tigris River Within Baghdad city, the first was located at North of Baghdad in the northern area of Ghera'att City, and the second at middle part in the area Baghdad medical city, whereas the third station located at South part in the area near Al - Jadiriah Bridge. Monthly samples were collected from three station located on Tigris river, from November 2013 to October 2014. In addition Samples were collected from different Hospital’s Environment and patients by using sterile containers.Results obtained showed that temperature value of Tigris water has ranged between (9 - 31 Cº) the climate of Iraq recognized with seasonal fluctuation from one side and day and night fluctuation from other side. The degree of pH in Tigris River tend to be light alkalinity as it ranged between (6.1 - 8.7) with slightly acidic at station2 and this may be due to the effect of medical city discharge that indicate presences of pollution. The concentration of dissolved oxygen was ranged between (6.6 - 9.9) mg/l and it seems that the water of Tigris is ventilated well. The results showed that values of BOD5 ranged between (0.8 - 3.5 mg/l.) which is within the International allowable levels. The Turbidity reflects the transparency in water, the Turbidity's values ranged between (16 - 102) NTU. The results showed that there is a noticeable raise in value the electrical conductivity that recorded between (651 - 1170) mg/l. It is found that the total dissolved solids values were affected by its seasons more than by its locations, It was recorded higher and lower values of (TDS) (406 - 751) mg/l. whereas the salinity recorded (0.72 - 0.39 ppm) .The results showed that concentrations of heavy metals iron and zinc were varied between 0.001 - 0.6 mg/l and 0.00 - 0.25 mg/l respectively. Mean concentrations of these metals in Tigris River showed monthly variations during the study period and the Fe values exceeded the International allowable levels while Zn within permissible limit for Iraqi and WHO standards for river system maintains. Phosphate values ranged between (0.37 - 0.11). On the other side, The bacteriological studies indicated a high level of total viable bacterial counts in water of the three stations and were between (195 - 8200 C.F.U/ml), While the total coliform and faecal coliform counts exceeding acceptable limits are indicative of pollution that recorded (3625 - 160000 cell/100ml ) and (2400 - 142500 cell/100ml) respectively.A total of 75 klebsiella spp. isolates had been collected and distributed between 40 environmental isolates and 35 clinical isolates. Isolates were identified as K. pneumoniae (40), K. oxytoca (8), K. terrigena (7) and K. ornitholytica (5) depending on cultural, microscopical, biochemical characteristics, API 20E and VITEK 2 system. Enumeration of klebsiella sp from water samples had been made by using membrane filtration technique with selective media. The results of Antibiotic susceptibility of K. pneumoniae isolates against (23) antibiotic declared that, generally, the isolates were resistant to the most antibiotics used and molecular analysis showed that all isolates were carrying CTX - M gene concern β - lactam group with PCR product band of molecular size 551 bp and aac(3) - II gene which concern with aminoglycosids group resulting in PCR product with band of molecular size 877 bp.Biofilm formation assay was determined through three different methods and the results showed the ability of K. pneumoniae isolates to produce biofilm, also mrkD gene which is adhesive subunit of type3 fimbriae that play important role and mediated biofilm formation had been amplified and results PCR product with band of molecular size 966 bp. Another virulence factor of K. pneumoniae isolates was studied molecularly by using (PCR), magA, rmpA, kfu and for further diagnosed molecularly 16S rRNA genes were amplified using conventional and real time PCR, the results showed that the isolates of K. pneumoniae gave a clear band with a molecular size 535bp for rmpA, 797bp for kfu and160 bp when PCR was performed with the primer that target the 16S rRNA.while no bind had been obtained for magA

دراسة وبائية بكتريا المكورات المعوية ENTEROCOCCI المقاومة للعديد من المضادات الميكروبية والمسببة للاصابات في بيئة المستشفيات == Epidemiological study of Multi - Antimicrobial resistant Enterococci that causes Nonsocomial Infections

Author name: محمد حسن يونس محمد

Supervisor name: مروان صالح محمد | خليل مصطفى خماس

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: Mustansiriyah University - College Of Science

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: في هذه الدراسة جمعت ( 637 ) عينة من مصادر مختلفة ( سريريه , سطوح بيئية , اجهزة طبية , مياه ) للفترة من تموز 2005 الى كانون الثاني 2006 وقد تم اخذ العينات من وحدة الديلزة في مستشفى بغداد ومن وحدة الناظور في مستشفى اليرموك ومن ردهة الاطفال في مستشفى ابن البلدي .استخدم نوعين من الاوساط الزرعية للعزل الاولي لبكتريا المكورات المعوية المقاومة للعديد من المضادات الحياتية وهما Bile aesculin azide agar وVancomycin resistant - enterococci agar .اعتمادا على الصفات المورفولوجية , المجهرية ,والفحص المصلي ( فحص التلازن بالشريحة ) , وفحص الكاتاليز , تم الحصول على 18 عزلة تمثل بكتريا المكورات المعوية المقاومة للعديد من المضادات الحياتية. واعتمادا على التشخيص بنظام ( Api - 20 Strept. Strip ) , اظهرت النتائج ان 13 عزلة من مجموع 18 عزلة ( 72% ) تعود الى النوع E.faecium و5 عزلات من مجموع 18 عزلة ( %28 ) تعود الى النوع E.feacalis .فحص الحساسية بطريقة الانتشار من الاقراص تجاه 10 انواع من المضادات الحياتية ( بنسيلين ج , الجنتامايسين , السايبروفلوكساسين , الكلورامفينيكول , تتراسايكلين , النايتروفيورانتون , الباستراسين ,اميبيم , اميكاسين ,حامض نالدكسك ) اظهرت العزلات مقاومة عالية ( 100% ) لخمسة من المضادات الحياتية (اميكاسين , نالدسك اسد, تتراسايكلين , الباستراسين , الجنتامايسين ) وبالتالي فهي مكورات معوية مقاومة للعديد من المضادات الحياتية .فحص الحساسية بطريقة المرق لتحديد التركيز المثبط الادنى تجاه 9 انواع من المضادات الحياتية ( الجنتامايسين , السايبروفلوكساسين , الكلورامفينيكول , النايتروفيورانتون , فانكومايسين , سيفالوثين , سيفتازديم , سيفيبيم , بنسيلين ج ) , اظهرت النتائج مقاومة عالية ( 100% ) لكل من سيفالوثين وبنسيلين ج ( ug/ml 32 < = MIC50 ) و(16 ug/ml < = MIC50 ) على التوالي . بينما اظهرت حساسية عالية لكل من النايتروفيورانتون والفانكومايسين ( ug/ml 128 < = MIC50 ) و(16 ug/ml < = MIC50 ) على التوالي .تم استخلاص البلازميدات بطريقة التحلل القاعدي المحورة لستة عزلات من مصادر مختلفة ومن نفس الردهة وبعد الكشف عنها بوساطة الترحيل الكهربائي في هلام الاكاروزاظهرت النتائج تشابه الحزم في الموقع والحجم ولكل العزلات .تم تحديد نقاوة الدنا البلازميدي بوساطة المطياف الضوئي حيث كان تركيزا لدنا لحاصل القسمة عند الطول الموجي 260 و280 هو ( 1.95 ) مما يدل على نقاوة الاستخلاص للدنا البلازميدي.دراسة امكانية استعمال ناتج عملية التضاعف لجين (vanA ) و( van B ) المشفرة لجين مقاومة الفانكومايسين وجين ( ddI ) المشفر لجين D - alanine - D - alanine ligase المشخص للنوع E.faecium بوساطة فحص تفاعل بوليميرازالسلسلي للدنا وبعد الترحيل لناتج التضاعف لثلاث جينات لوحظ ظهور حزمة مع الجين ddI عن الجين الخاص بتشخيص النوع E.faecium فقط | This work was done on 704 samples that were collected from many sources included patients, medical instruments, ecological surfaces and water samples from three hospitals in Baghdad .For primary isolation of Multi - Drug Resistant Enterococci , two media were used ( Bile aesculin azide agar,Vancomycin - resistant enterococci ).The isolates were exposed to microscopical, morphological, biochemical test ( especially PYR test,catalase test ), serological test ( slidex Strepto - D - Kit) which proved 18 samples as Multi - Drug Resistant Enterococci .Diagnosis by ( Api - 20 Strept.strip ) we determined 13 isolates from 18 isolates ( 72% ) are belonged to E.faecium,and 5 isolates from 18 isolates ( 28%) are belonged to E.Feacalis .the antibiotic susceptibility test by using disk diffusion method as well as the determination of minimal inhibitory concentration of several antibiotics carried upon these samples . the results showed that all samples were resistant to five antibiotics . the minimum inhibitory concentration ( MIC50) of cephalosporin, penicillin G , ciprofloxacin,cefepim, and ceftazidime was > 64 µg / ml.nitrofurantoin and vancomycin had MIC50 of 128 and 16 µg / ml respectively.Pure plasmid DNA was extracted from vancomycin resistant enterococci by the evidence of UV - spectrophotometer study .Agarose gel electrophoresis of plasmid isolated from vancomycin resistant related to different sources showed slight differences in the bands mobilization and gave negative results by Pulsed Field Gel Electrophoresis ( PFGE). Determined the genes of vancomycin resistant (vanA and vanB) in isolates by PCR , the results showed that all isolates gave negative results. The best culture medium used for isolate Multi - drug resistant enterococci is Bile aesculin azide agar . in clinical samples all isolates are E.faecium ,in environmental samples all isolates are E.Feacalis .High resistant to Cephalosporines and low resistant to nitrofurantoin .vanA and vanB genes were not detected in isolates by PCR. In this study were collected ( 637) samples from different sources ( clinical , ecological surfaces , medical instruments , water ) from July in 2005 to January in 2006 . samples taken from ( Dialysis unit in Baghdad hospital , Proctoscopy unit in ALyarmok hospital , Pediatric ward in Ibn - albaldi hospital).Used two types of culture media for primary isolation of Multi - drug resistant enterococci ( Bile aesculin azide agar , Vancomycin resistant enterococci agar).dependent on morphological , microscopical, serological test ( slide Strepto - D - Kit) and (PYR) test and catalase test , we obtained 18 isolates as Multi - drug resistant enterococci. dependent on diagnosis by ( API - 20 Strept.Strip ) . the results showed that 13 isolates from 18 isolates ( 72% ) are belonged to E.faecium, and 5 isolates from 18 isolates ( 28%) are belonged to E.fecalis .The susceptibility test by using disk diffusion method against 10 types of antibiotics(Penicilin G, Gentamicin , Chloramphenicol , Nitrofurantoin , Tetracyclin , Bacitracin , Amikacin , Imepem , Nalidix acid and Ciprofloxacin) .The isolate showed highly resistant (100%) to 5 antibiotics ( Gentamicin , Tetracyclin , , Bacitracin , Amikacin, Nalidix acid) and then the isolates are resistant to Multi - antibiotics.The susceptibility test by using broth dilution method to determine MIC against 9 types of antibiotics (Gentamicin , Penicilin G, Ciprofloxacin, Nitrofurantoin, Chloramphenicol,Cephalothin,Ceftazidime , Cefepime ,Vancomycin),The isolate showed highly resistant (100%) to Cephalothin and Penicillin G ( MIC50 = >32 ug/ml )and ( MIC50 = >16 ug/ml) sequencely The isolate showed low resistant to Nitrofurantoin and Vancomycin ( MIC50 = > 128 ug/ml) and (MIC50 = > 16 ug/ml)sequencely. Plasmid extraction by modified Alkaline analysis method for 6 isolates from different sources in same ward and after detected by agarose gel electrophoresis, the results showed the same plasmid bands in size and place for all isolates. We determined the purity of plasmid DNA by UV - Spectrophotometer which concentration of DNA for divided obtained at wave length 260 and 280 nm was ( 1.95) which indicate the purity of extraction of DNA. Study of using the product of amplication of( vanA) and (vanB) gene coded for vancomycin resistant gene and( ddI) gene coded for D - alanine - D - alanine ligase gene specific for E.faecium by Polymerase Chain Reaction for DNA and after detected the product of amplification of 3 genes, the results showed that isolates gave positive result for just (ddI) gene and negative for( vanA) and( vanB) gene.

دور بروتين A المستخلص من جدران خلايا Staphylococcus aureus في امراضية البكتريا == Role of Staphylococcus aureus cell wall protein A in the pathogenesis of the bacteria

Author name: سمير عبد الامير عبد علي علـش

Supervisor name: رشيد محجوب مصلح | علي عبد الرحمن طه

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: ا عتمد في اجراء هذه الدراسة على 20 عزلة مرضية من بكتريا Staphylococcus aureus ا خذت من مختبر الصحة المركزي مشخصة باستعمال نظام ابي للعنقوديات (API - Staph . Ident . System) . ا عيد تشخيص جميع العزلات عن طريق استخدام الاختبارات الكيموحيويه من اجل التثبت بشكل دقيق من هويتها ، وقد جاءت العزلات جميعها متوافقة مع تشخيص مختبر الصحة المركزي . ا ستخدم اختبار التلازن الدموي ( (Haemagglutination test في التحري عن وجود بروتين A في عزلات S . aureus المشخصة جميعا ، وقد اظهر هذا الاختبار تباينا ملحوظا في نسبة امتلاك هذه العزلات لبروتين A . فقد برزت العزلات ذوات الارقام 1 ، و5 ، و6 ، و7 ، و9 بوصفها عزلات ذات محتوى عال من بروتين A . اما العزلات ذوات الارقام 8 ، و10 ، و11، و12، و13، و14 ، و15، و17، و18، و19 ، و20 ظهرت انها ذات محتوى متوسط من بروتين A . فقط العزلة ذات الرقم 16 ظهرت انها فقيرة المحتوى من بروتين A . بينما كشف ووفق الاختبار المستعمل عدم امتلاك العزلات 2، و3 ، و4 اي محتوى من بروتين A . ا نتخبت العزلة رقم ( 1 ) كعزلة مثالية من اجل انجاز هذه الدراسة لكونها تميزت بمحتوى عال من بروتين A فضلا عن انها تقدمت على بقية العزلات في اعطاء النتيجة الموجبة لاختبار انتاج انزيم Coagulase ، وكذلك في اظهار تحللا كاملا وشديدا في اختبار انتاج حالة الدم Hemolysin . ا ستخلص بروتين A الخام (Crude protein A) على مرحلتين . كانت المرحلة الاولى باتباع طريقة (Lind , (1974 ( طريقة التعليق بالصوديوم ازايد ) بوصفها طريقة سهلة وغير مكلفة في الحصول على مستخلص بروتين A المرتبط بجدار الخلية العنقودية للعزلة رقم ( 1 ) (Cell - bound protein A) بشكل كامل مع الحفاظ وبدرجة عالية على وحدة التركيب البنائي لبروتين A من اية تشوهات . اما المرحلة الثانية كانت باتباع طريقة ( Seki et al .,( 1985 طريقة مكملة للطريقة الاولى وذلك بترسيب بروتين A الطافي بكبريتات الامونيوم ( 85 % اشباع ) مع بقاء بروتين A المترسب محتفظا بفعاليته . ا دخل مستخلص بروتين A الخام عملية التنقية ( Purification) وهي كذلك كانت على مرحلتين . المرحله الاولى استخدمت فيها طريقة كروماتوغرافيا التبادل الايوني (Ion - exchange chromatography) بعمود ( DEAE - Cellulose ). اما المرحلة الاخرى فقد تضمنت استخدام طريقة كروماتوغرافيا الترشيح بالهلام (Gel - filtration chromatography) بعمود Sepharose CL - 6B) ) . انتهى استخدام الطريقتين في الحصول على مستخلص بروتين A منقى ( Purified protein A ) .ومن اجل التحري عن احتفاظ مستخلص بروتين A الخام والمنقى بفعاليته استخدم اختبار الانتشار المناعي الثنائي في الهلام الذي اعطى نتيجة موجبة بتكون الخطوط الترسيبية التي نتجت من تفاعل مستخلص بروتين A الخام والمنقى مع IgG لمصل دم خنزير غينيا .قدر تركيز مستخلصات بروتين A ( الخام والمنقى جزئيا والمنقى ) باتباع طريقةBradford, ( 1976 ) . حيث بلغت التراكيز 63 مايكروغرام / مليلتر لمستخلص بروتين A الخام ، و42 مايكروغرام / مليلتر لمستخلص بروتين A المنقى جزئيا ، و36 مايكروغرام / مليلتر لمستخلص بروتين A المنقى .تم استخدام الفئران البيض من نوع ( Balb C ) من اجل الوصول الى التاثيرات المرضية لمستخلص بروتين A المنقى . حيث حقن المستخلص بطريقة الحقن داخل البريتون Intraperitonial injection)) بعدد سبع حقنات ، وبمعدل 0.1 مليلتر لكل حقنة ( ذو التركيز 36 مايكروغرام / مليلتر ) ، يفصل بين حقنة واخرى يوم واحد . اظهرت مجموعة فئران البحث المحقونة ببروتين A المنقى على المستوى السريري خمولا عاما بدا واضحا بعد الحقنة السادسة . لم تظهر اية تغيرات مظهرية جلدية في مناطق الحقن كما لم تحدث وفيات . بعد قتل الفئران وتشريحها جميعا ا ستاصلت اعضاء القلب ، والطحال ، والكبد ، والكليتين ، والامعاء ، والمعدة ، واخيرا الرئة . وبالموازنة مع اعضاء فئران السيطرة لوحظ حدوث تضخم كبير في الطحال . كما اظهر الكبد تضخما ملحوظا وهذا سجل في الفئران المحقونة ببروتين A المنقى . لم يسجل حدوث تغيرات على المستوى المظهري في اعضاء القلب ، والامعاء ، والمعدة ولكن لوحظ وجود بقع سوداء اللون على السطح الخارجي لنسيج الكبد ، والكليتين ، وهو ايضا سجل في فئران الدراسة اجمع .اهم ما برز في هذه الدراسة هو حجم التاثير المرضي الذي اصاب عضو الرئة حيث ظهر بشكل غريب فقد بدا النسيج يميل الى السواد ببهوت وهو ما كان واضحا في سبعة من فئران الحقن ، اما الثلاثة الباقية شوهدت الرئة فيها خلال التشريح وهي مغطاة بعض من اجزائها بالدم .كشف الفحص النسيجي لاعضاء القلب ، والامعاء ، والمعدة عدم وجود اية تاثيرات مرضية ناتجة من حقن بروتين A المنقى . اما الطحال فقد شهد حدوث توسع كبير في منطقة اللب الابيض White Pulp)) مع احتقان دموي بارز وانتشار للخلايا المولدة للصفيحات الدموية (Megacaryocytes) . اما الكبد فقد برز فيه حدوث تلف بسيط (Mild degenerative change) في خلايا الكبد مع ارتشاح خلايا احادية النواة (Monocytes) خصوصا في المنطقة البوابية التي بدت متوسعة نوعا ما . كما لوحظ زيادة في خلايا كبفر ((Kupffer cells في عموم نسيج الكبد . الكليتين شهدت بروز زيادة في الخلايا المكونة للكبيبة الكلوية ( Glomeruli) والتي يطلق عليها ( Mesengial cells ) .عضو الرئة تضمن الفحص النسيجي له تاثيرات عدة وهي كما يلي : 1 - احتقانات دموية كبيرة ( Bloody congestions ) .2 - وذمة ( Oedema ) .3 - ارتشاح خلايا التهابية ( Inflammatory cells infiltration) .4 - توسع في الفسح القصبية ( Alveolar spaces) مكونا ما يسمى بظاهرة Emphysema)) اي انتفاخ حويصلات الرئة . بدت الرئة للفئران المحقونة جميعا ببروتين A المنقى اكثر الاعضاء التي اظهرت تضررا نسيجيا كبيرا موازنة بالضرر في بقية الاعضاء .تم اجراء اختبار التحري عن السمية الخلوية لبروتين A المنقى باستخدام تقنية مزرعة الخطوط الخلوية الطبيعية ( Normal cell lines - culture ) حيث اعطى الاختبار نتيجة سالبة اي عدم امتلاك بروتين A المنقى تاثيرا سميا (Toxic effect) في الخلايا النامية . | This study dealt with ( 20 ) diagnosed isolates of Staphylococcus aureus by "API - Staph . Ident . System". which were taken from the central health laboratory . The diagnosis was repeated so as to confirm the identity of those isolates by using biochemical tests whose results were the same as those of the central health laboratory .The haemagglutination test was used to investigate the presence of protein ( A ) in all S . aureus isolates . The results markedly showed differences in content concerning the ratio of this protein , thus isolates numbered 1 , 5 , 6 , 7 and 9 gave high content of protein ( A ) , but the isolates numbered 8 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 17 , 18 , 19 and 20 gave medium content of protein ( A ) . Isolate numbered 16 was the only isolate that has low content of protein ( A ) . On the other hand , isolates numbered 2 , 3 and 4 gave no content of protein ( A) .The isolate number ( 1 )has been chosen as an optimal isolate to accomplish this study , Because of its high content of protein ( A ) , furthermore it was the best isolate in getting positive result concerning the test of coagulase production , and in giving a complete and intensive result concerning the test of hemolysin production . Crude protein ( A ) was extracted by two steps : Lind method ( Lind , 1974 . ) "Suspending in sodium azide" was followed at the first step as an easy and a cheap method in getting a thorough cell - bound protein ( A ) extracted from the isolate number ( 1 ) with high preservation of the structural unit without any deformation .The Seki et al .,( 1985 ) method was followed in the second step as a completion method to the first one , by the precipitate of the supernatant protein ( A ) using ammonium sulfate ( 85 % saturation ) . The function of precipitated protein ( A ) was perfect . In order to get a purified protein ( A ) extract from crude protein A , purification was accomplished by two steps : Ion - exchange chromatography by DEAE - cellulose column was used in the first step , While Gel - filtration chromatography by Sepharose CL - 6B column was used in the second step . Double immunodiffusion in gel was used to investigate the preservation of the crude and purified protein ( A ) with its full function . This test gave a positive result by forming the precipitate lines as a result of the interaction between protein ( A ) ( Crude and Purified ) and IgG of guinea pig sera .Bradford method was used to estimate protein ( A ) extracts concentration ( Crude , Partial purified , Purified ) . The estimation was 63 microgram / ml for crude extract , 42 microgram / ml for partial purified extract and 36 microgram / ml for purified extract .white mice ( Balb C ) were used to investigate the pathogenic effects of purified protein ( A ) . Intraperitonial injection method was used to inject 0.1 ml of 36 microgram / ml of purified protein ( A ) for 7 times with a one - day separating period . The injected mice with purified protein ( A ) showed general weakness which was very clear after the sixth injection . there were no phenotypic dermal change in the injection area , and no dead mice as well .After killing and dissecting of all the mice , the organs of heart , spleen , liver , kidney , intestine , stomach and lung were eradicated . There were a great enlargement in spleen and a little in liver in all injected mice in comparison with the control mice . No phenotypic changes appeared in heart , intestine and stomach , but black spots were shown on the outer surface of kidney and liver tissue which were presented in all the injected mice . The most important results in this study is the great size of pathogenic effects in lung . The shape of its tissue seemed strange and tended to be faint black with which was obvious in seven mice . The lung of the three others ( some parts ) showed during anatomy covered by blood .The histological check for heart , intestine and stomach showed no pathogenic effects resulted from protein ( A ) injection . In the spleen , there was a huge expanding in the white pulp region , with blood congestion while the spreading of megacaryocytes has increased . The liver showed mild degenerative change in liver cells with monocytes infiltration especially in the entrance region which appeared expanded . Also there was an increase in kupffer cells in all liver tissue .Kidney showed increase in mesengial cells which are concedered the forming units of glomeruli .The histological check of lung included the following : 1 - Bloody congestions .2 - Oedema .3 - Inflammatory cells infiltration .4 - Alveolar spaces expanding forming '' Emphysema '' .The lung was the most effected organ that showed tissue injury among other all organs . The normal cell lines - culture technique was followed to investigate cellular toxicity of the purified protein ( A ) which gave a negative result , that means , there was no toxic effect of purified protein ( A ) on the growth cells .

التعبير السايتوبلازمي للانزيمات المحللة للبروتين MMP - 2, - 9 ومثبطاتها في النسيج TIMP - 1, - 2 وتعبير مستقبل الموت Fas ورابطه النوعي Fas ligand في سرطان الخلايا الانتقالية للمثانة البولية == Cytoplasmic expression of matrixmetalloproteinases (MMPs) Vs Tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMP - 1, - 2) and expression of death receptor (Fas) , and it's specific ligand (FasL)in Transitional cell Carcinoma of the urinary bladder

Author name: مي خليل اسماعيل

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: Arabic

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: صممت هذه الدراسة باستخدام 36 نموذجا نسيجيا مطمورا بشمع البرافين ماخوذا من مرضى مصابين بسرطان الخلايا الانتقالية في المثانةTransitional cell carcinoma (TCC ) بالاضافة الى 10 نماذج نسيجية طبيعية ماخوذة من معهد الطب العدلي . النماذج جميعها خضعت لتقنية التصبيغ الكيميائي النسيجي المناعي Immunohistochemistry للتحري عن التعبير السايتوبلازمي لانزيمات MMP - 2 وMMP - 9 ومثبطاتها النسيجية TIMP - 1 وTIMP - 2 فضلا عن التحري عن التعبير الموضعي للحامض الرايبي الرسول mRNA لكل من مستقبل الموت Fas ورابطه النوعي FasL باستخدام تقنية التهجين الموضعي In situ hybridization .اظهرت نتائج هذه الدراسة ان نسبة اصابة الذكور الى الاناث بـTCC هي 1 : 3 وان معدل اعمار المصابين كان 60 سنة . واعتمادا على نتائج التصبيغ الكيميائي النسيجي المناعي اظهرت النتائج وجود زيادة معنوية في التعبير السايتوبلازمي عن MMP - 2(P<0.05) يقابلها انخفاض معنوي في التعبير عن TIMP - 2 في الانسجة السرطانية مقارنة بالانسجة الطبيعية (P<0.05) . وعندما صنفت النماذج السرطانية اعتمادا على التغيرات النسيجية المرضية وجد ان كلا من انزيمي MMP - 2 وMMP - 9 يملكان علاقة ايجابية بتطور درجات الورم Tumor grades اذ يزداد التعبير السايتوبلازمي عن هذين الانزيمين كلما ازدادت درجة الورم (p<0.05) ، (p<0.05) بالتتابع . الا انه لم تظهر اية فروقات معنوية في التعبير عن هذه الانزيمات ومثبطاتها بتطور مرحلة الورم Tumor stages (p>0.05) .اما نتائج التعبير الموضعي للحامض الرايبي الرسول لكل من مستقبل الموت Fas ورابطه النوعي FasL فقد اظهرت زيادة معنوية في التعبير عنهما في الانسجة السرطانية عندما قورنت بالانسجة الطبيعية (P<0.05) و(P<0.05) بالتتابع كما لوحظ ان تعبير الخلايا السرطانية الانتقالية عن FasL يتناسب طرديا مع تقدم كل من درجة الورم ومرحلته Tumor grade and stage فهناك فرق معنوي في التعبير عن FasL بين الدرجة الاولى والثالثة (P<0.05) وبين المرحلة T1 وT2(p<0.05 ) .اما تعبير هذه الخلايا عن المستقبل Fas فقد لوحظ انه يتناسب عكسيا مع تطور درجات الورم ومراحله فهناك فرق معنوي في تعبير هذه الخلايا عن Fas بين درجة واخرى (p<0.05) وبين مرحلة واخرى (p<0.05) . في الوقت الذي لم يظهر فيه تعبير الخلايا اللمفاوية عن Fas وFasL اختلافا مع تطور درجات الورم ومراحله(P>0.05) و(P>0.05) بالتتابع .وعندما قورنت المعلمات الثمانية احصائيا مع درجات تطور الورم ومراحله ظهرت علاقة طردية معنوية بين MMP - 2 ودرجة الورم (P<0.05) وبين MMP - 9 ودرجة الورم ومرحلته (P<0.01) و(p<0.05) على التوالي . كما لوحظت علاقة طردية عالية المعنوية في تعبير الخلايا السرطانية عن FasL مع تقدم درجة الورم ومرحلته (P<0.01) و(P<0.01) على التوالي .من هذه الدراسة نستنتج ان فرط التعبير عن كل من MMP - 2وMMP - 9 وFasL له علاقة بتقدم اورام TCC واجتياحها. | This study was designed by using 36 paraffin embedded tumor tissues obtained from TCC patients , and 10 normal bladder tissues obtained from forensic medicine institute . All specimens undergone to Immunohistochemistry technique to investigate the cytoplasmic expression of MMP - 2, MMP - 9 and their tissue inhibitors TIMP - 1 and TIMP - 2 ; in addition to the in situ mRNA expression of each death receptor (Fas) and its specific Ligand (FasL ) by using in situ hybridization technique. This study showed that male to female infection ratio was 3 : 1 and the mean age of patients was 60 years . Regarding immunohistochemical staining ; MMP - 2 cytoplasmic expression showed significant increase (P<0.05) with significant TIMP - 2 dicrease in tumor tissues compared with normal tissues (P<0.05).According to the histopathological criteria of malignant tissues ; MMP - 2 and MMP - 9 showed a positive relation with tumor grade progression ; so cytoplasmic expression of there enzymes was increased with tumor grade increase (p<0.05) , (p<0.05) respectively ; but there was no significant difference in there enzymes and their inhibitors expression with tumor stage progression (p>0.05).Rgarding in situ mRNA expression of Fas and Fas L ;results of this study reveled that a high significant expression in malignant tissues compaired with normal tissues (p< 0.05 ), (P > 0.05) respectively .Moreover ,FasL expression on transitional malignant cells has a linear increase with tumor grade and stage progression ; there was a significant difference in FasL expression between grade I and grade III(P < 0.05) and between stage T1 and T2 (P < 0.05) . while we found an inverse relation between Fas expression on these cells and tumor grades and stages progression ; there was a significant difference among grades and among stages (P < 0.05) , (P < 0.05) respectively. while there was no significant differences in Fas /FasL expression on lymphocytes and tumor grade and stage progression (P>0.05), (P>0.05) respectively. When we statistically compare the eight markers with tumor grades and stage ; we showed a significant linear relation between MMP - 2 and tumor grade (p<0.05) ; also between MMP - 9 and tumor grade and stage (p<0.01), (p<0.05) respectively. On the other hand , a highly significant liner relation was showed between Fas L expression on transitional malignant cells tumor grade and stage progression (p<0.01) , (p<0.01) respectively .From this study we conclude that overexpression of MMP - 2 , MMP - 9 and FasL are correlated with TCC invasion and progression

دور الانزيمات المحللة للبروتين المنتجة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة محليا في تقرح القرنية == Role of Proteases Produced by Pseudomonas aeruginosa in Corneal Ulcer ( Keratitis)

Author name: ايمان جواد كاظم

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Baghdad

Language: English

University location: Baghdad

First pages:

Abstract: تضمنت الدراسة تاثيرات الاانزيمات المحللة للبروتين ( Proteases) المنتجة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من التهاب القرنية القيحي والجروح, حيث جمعت (200) عينة شملت (150) عينة من مسحات العيون المصابة بالتهاب القرنية و(50) عينة من مسحات الجروح المختلفة. وقد تم الحصول على 17 (%8.5) عزلة بكتيرية من هذه المسحات تعود للنوع P. aeruginosa . وقد تم تشخيص العزلات بوساطة الاختبارات الكيموحيوية. ( 13 عزلة بكتيرية (% 8.7) من التهاب القرنية, و4 عزلات بكتيرية (%8) من الجروح). اظهرت نتائج الكشف عن قابلية البكتريا على انتاج انزيمات البروتيزات, ان 13 عزلة بكتيرية (76.5) كانت منتجة لانزيم Elastase ( 10 عزلة بكتيرية (%76.9) من التهاب القرنية و3 عزلة بكتيرية (%75) من الجروح ), ولوحظ ان العزلتين البكتيريتين P7 , وP11 من التهاب القرنية, وP2من الجروح اعطت اكبر منطقة تحلل 8, 10, 10) مليمتر (على التوالي. كما بينت النتائج ان الكشف النوعي عن قابلية العزلات البكتيرية P. aeruginosa على انتاج انزيم البروتيز القاعدي باستعمال وسط اغار الحليب المقشود (Skim milk agar) اظهر ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من مرضى التهاب القرنية ومسحات الجروح لها القابلية على انتاجه, كانت العزلة البكتيرية P12 المعزولة من التهاب القرنية الافضل حيث اعطت اكبر منطقة تحلل 22) مليمترا( . في حين ان نتائج الكشف عن قابلية هذه العزلات البكتيرية على انتاج هذا الانزيم باستعمال وسط مرق الكازئين (Casein broth) , بينت ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من مرضى التهاب القرنية كانت ذات فعالية انزيمية وكانت العزلة البكتيرية P12 هي الافضل من حيث الفعالية الانزيمية اذ بلغت الفعالية النوعية للانزيم 97.469) وحدة / مليغرام( . بينما اظهرت %50 من العزلات البكتيرية المعزولة من الجروح فعالية انزيمية. اشارت نتائج قابلية العزلات البكتيرية على انتاج انزيم LasA الى ان العزلات البكتيرية المعزولة جميعها من التهاب القرنية ومن الجروح لها القابلية على انتاج الانزيم, واظهرت العزلة البكتيرية P6 المعزولة من التهاب القرنية اعلى فعالية اذ بلغت 25.94) وحدة / مليغرام (. اما نتائج الكشف عن قابلية العزلات البكتيرية على انتاج انزيم LasD فقد اظهرت ان 8 عزلات بكتيرية (% 61.5) من العزلات البكتيرية المعزولة من التهاب القرنية ذات فعالية انزيمية بلغت ذروتها في العزلة البكتيرية P11 100.465) وحدة / مليغرام ( . و3 عزلات بكتيرية (%75) من العزلات البكتيرية المعزولة من الجروح اعطت فعالية لهذا الانزيم ولكن واطئة جدا تراوحت ما بين 8.797 - 5.557) وحدة / مليغرام(.استخلص انزيمي البروتيز القاعدي ( من العزلة البكتيرية P12 ) وLasA ( من العزلة البكتيرية P6 ) بوساطة النبذ المركزي المبرد للمزروع البكتيري وتمت تنقيتهما جزئيا باستعمال الترسيب بكبريتات الامونيوم (بنسبة اشباع % 80 ) وكروماتوغرافيا التبادل الايوني باستخدام عمود DEAE - Cellulose , حيث ازدادت الفعالية النوعية للانزيمين وبلغت ( 1629.62 وحدة / مليغرام) لانزيم البروتيز القاعدي و( 718.651وحدة / مليغرام ) لانزيم LasA . درس تاثير هذين الانزيمين المنقيين جزئيا في قرنيات عيون الارانب (in vivu) كلا على حدة وبتراكيز مختلفة ( 10, 7, 5) وحدة / مليلتر ( للبروتيز القاعدي و5, 3, 1) وحدة / مليلتر (لانزيم LasA ) حيث اشارت النتائج الى وجود تا ثيرات واضحة لهما في قرنيات عيون الارانب حيث سبب انزيم البروتيز القاعدي عتمة من الدرجة الثالثة ) عتمة في ثلثي الى كل سطح القرنية و/ او انتفاخ متوسط (. اما انزيم LasA فقد سبب عتمة من الدرجة الثانية ) عتمة في ثلثي سطح القرنية و/او انتفاخ طفيف ( . كما درس تاثير هذين الانزيمين في مستخلص البروتينات لقرنيات عيـون الارانب (in vitro) باستعمال الترحيل الكهربائي بهلام متعدد الاكريل امايد, واظهرت النتائج حدوث تحلل وتمسخ تام لحزم بروتينات القرنية وعند الفعالية الانزيمية 10, 7, 5 ) وحدة / مليلتر( لانزيم البروتيز القاعدي وعند الفعالية الانزيمية 5, 3, 1 ) وحدة / مليلتر( لانزيم Las A. | The study is included the effects of proteases enzymes producing by Pseudomonas aeruginosa, which isolated from keratitis and wounds .two hundred samples were collected, 150 samples of them were keratitis and fifity samples were wounds.Seventeen isolates (8.5 %) were obtained and diagnosed as P. aeruginosa.13 isolates (8.7%) from keratitis and 4 isolates (8%) from wound swabs. All bacterial isolates were diagnosed by biochemical tests. The production of elastase were tested by using elastin agar.Thirteen isolates (76.5%) had the ability to producing elastase (10 isolates (76.9 %) from keratitis and 3 isolates (75%) from wounds). The isolates P7 and P11from keratitis and P2 from wounds had the larger hydrolysis Zone ( 10, 10, 8 millimetre ) respectively.The production of alkaline protease were tested by using solid cultures ( skim milk agar ), all of them (keratitis and wound swabs ) had the ability to production of the enzyme, the isolates P12 isolated from keratitis had the larger hydrolysis zone ( 22 millimetre). Also the production of the enzyme were tested in liquid cultures ( casein broth ), all isolates from keratitis had the ability to production of the enzyme, the isolates P12 had the specific activity 97.469 U / mg, while 50 % of the wounds isolates had the ability to producing alkaline protease. The production of LasA enzyme were tested, all isolates (keratitis and wound swabs ) had the ability to production of the enzyme, the isolates P6 isolated from keratitis had higher specific activity 25.94 U / mg.The production of LasD enzyme were tested,8 isolates (61.5 %) from keratitis isolates had the ability to producing LasD enzyme. The isolate P11 had higher specific activity 100.465 U / mg, while 3 isolates (75 %) from wounds isolates had lower ability to producing LasD enzyme including between ( 5.557 - 8.747 U / mg). The alkaline protease was extracted from P12 isolate and LasA enzyme was extracted from P6 isolate. The enzymes were extracted by cooling centrifuge and them purified partially by precipitation with ammonium sulphate ( 80 % ) and ion exchange chromatography by DEAE - Cellulose the specific activity for enzymes were increased,which reached and 1629.62 U / mg for alkaline protease enzyme and 718.651 U / mg for LasA enzyme. The results of the enjection of alkaline protease and LasA enzyme in eyes corneal rabbits (in vivu) showed that both enzymes had the obvious effect on the cornea. The alkaline protease (5, 7, 10 U / ml ) caused damage for the cornea grade III melting ( two - thirds to all of the corneal surface ) and / or moderate bulging. Also the LasA enzyme ( 1, 3, 5 U / ml ) caused damage for the cornea grade II melting ( one - thirds to two - thirds of the corneal surface) and / or mild bulging.The protein profile of extract corneal proteins treated with alkaline protease ( 5, 7, 10 unit / ml) and LasA enzyme ( 1, 3, 5 unit / ml) (in vitro) by polyacrylamide gel electrophoresis showed hydrolysis and complete denaturation of corneal proteins bands.

استخدام البكتريا المختزلة للنترات المعزولة من مياة انتاج حقول النفط في البصرة في السيطرة على الانتاج الحيوي لغاز كبريتيد الهيدروجين المنتج بفعل البكتريا المختزلة للكبريت == Using of Nitrate Reducing Bacteria Isolated From Produced Water of Oil Fields in Basra in Control of Biogenic Hydrogen Sulfide Produced by Sulfate Reducing Bacteria

Author name: وجدان حسين عبد الصاحب التميمي

Supervisor name: كوثر هواز مهدي

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University Of Basrah - College Of Science - Department Of Biology

Language: English

University location: Basrah

First pages:

Abstract: تضمنت الدراسة الحالية استخدام تقنية الاقصاء بالتنافس الحيوي للسيطرة على الانتاج الحيوي لغاز كبريتيد الهيدروجين H2S من قبل الجراثيم المختزلة للكبريت في مزارع الدفعة والمفاعل الحيوي, اذ ان اضافة النترات او النتريت يحفز نمو الجراثيم المختزلة للنترات التي تنافس الجراثيم المختزلة للكبريت على المصادر العضوية وتستقصيها. جمعت 40 عينة من مياه انتاج حقول نفط نهران عمر واللحيس في البصرة خلال 6 اشهر للفترة من اب 2013 الى كانون الثاني 2014, عزلت مزارع خليطه من الجراثيم المختزلة للكبريت والمختزلة للنترات من تلك العينات وحسبت اعداد الخلايا لكلا النوعين باستخدام طريقه العد الاكثر احتمالا وقد اظهرت النتائج ان اعداد الجراثيم كانت منخفضة اذ بلغت اعداد الجراثيم المختزلة للكبريت بين7 - 4 خلية/100مل في حين كانت اعداد الجراثيم المختزلة للنترات اقل من 4 - 2 خلية/ 100مل. كما تضمنت الدراسة الحالية ايضا تنقيه للجراثيم المختزلة للكبريت والمختزلة للنترات واجراء التشخيص الجيني بتقنيه التفاعل التسلسلي لانزيم البوليمريز PCR والذي من خلاله تم تضخيم الجين16S rRNA وحدد تتابعه للتشخيص الى مستوى السلالة وقد اظهرت تحاليل المجتمع الجرثومي ان عزلات الجراثيم المختزلة للنترات قد امتلكت تطابقا بنسبة 99% مع الانواع Pseudomonas stutzeri وP. putida وHerbaspirillum huttiense وBacillus licheniformis اما عزلات الجراثيم المختزلة للكبريت فقد اظهرت النتائج انها امتلكت تماثل 99% للانواعShewanella hafniensis وDesulfotomaculum acetooxidans وDesulfosporosinus orientis مع افتراض ان جميع العزلات هي سلالات جديدة عالميا. كما اظهرت نتائج المعاملة بالنترات او النتريت في مزارع الدفعة وجود تاثير مثبط قوي على الجراثيم المختزلة للكبريت اذ لم يزداد مستوى الكبريتيد في جميع التراكيز المستخدمة ( 200 و400 و600 و800 و1000) ملغم/لتر من النترات والنتريت فقد تراوح مستوى تركيز الكبريتيد بين 4.2 و21 ملغم/لتر عند المعاملة مع النترات و23 و5.2 ملغم/ لتر مع النتريت, وتطابقت هذه النتائج مع تركيز الخلايا في جميع القناني المعاملة, اذ تراوح بين 0.26 - 0.001 و0.003 - 0.17 مع النترات او النتريت على التوالي بينما كانت هناك زيادة معنوية في تركيز الكبريتيد الذي بلغ 121 ملغم/لتر وتركيز الخلايا بامتصاصية بلغت 0.84 في عينات السيطرة.كان للجراثيم المختزلة للنترات تاثير مثبط قوي على نمو الجراثيم المختزلة للكبريت وانتاج الكبريتيد عند اضافة المغذيات المشجعة لنموها بمختلف التراكيز, اذ ازدادت فعاليه الجراثيم المختزلة للنترات واستهلكت كل من النترات او النتريت المضاف خلال 3 - 2 يوم من الحضن وكان اعلى تاثير مثبط لانتاج غاز كبريتيد الهيدروجين عند التركيز 1000 ملغم/لتر من النترات اذ اظهرت النتائج وجود انخفاض معنوي في مستوى الكبريتيد الى34 ملغم/لتر في حين كانت اعداد البكتريا 34.8 خلية/مل بعد عشرة ايام من المعاملة. اظهرت نتائج معالجة الحموضة طويلة الامد باستخدام المفاعل الحيوي وجود انخفاض حاد في انتاج غاز كبريتيد الهيدروجين بنسبة 94% بعد اضافة النترات والنتريت خلال فترة 60 يوما من المعاملة ,الاضافة المستمرة للنترات والنتريت بحوالي ( 333ملغم/اليوم للنترات و133ملغم/اليوم للنتريت) ادت الى تثبيط الفعالية الحيوية للجراثيم المختزلة للكبريت وانتاج غاز كبريتيد الهيدروجين, اذ انخفض مستوى الكبريتيد من 155 الى 10 ملغم/لتر واعداد الخلايا اكبرمن 1100 الى 3.5 خلية/ مل بما يعادل 99.6% , بينما ازدادت فعالية واعداد الجراثيم المختزلة للنترات من 1100 الى اكبر من 1100 خلية/مل.اظهرت نتائج معدل تاكل عينات الحديد المطاوع في المفاعل الحيوي بعد 60 يوما ان اعلى معدل للتاكل كان 70.7 ملغم/ سم2/ سنه في المفاعل غير المعامل بالنترات والنتريت بينما انخفض معدل التاكل الى 15.8 ملغم/ سم2/ سنه بعد نفس الفترة من التعرض في المفاعل المعامل وبنسبة انخفاض بلغت 55% مقارنة مع المفاعل غير المعامل. | This study includes the used of Bio Competitive Exclusion technology (BCX) to control biogenic production of hydrogen sulfide (H2S) by Sulfate Reducing Bacteria (SRB) in batch cultures and bioreactors. The injection of nitrate (NO3) and nitrite (NO2) promotes the growth of nitrate reducing bacteria (NRB) which outcompete (SRB) on carbon sources. A total of 40 samples were collected from produced water of oil production facilities in Basra including Nahran Omer and Al - Lahis oil fields in a period time of 6 months from August 2013 to January 2014. Mix cultures of (SRB) and (NRB) were isolated from these samples, the two types of bacteria were enumerated by using most probable number method, the results show that the numbers of both bacteria were generally quite low, the viable count of (SRB) was between 4 - 7cell/100 ml whereas the (NRB) was between <2 - 4 cell/100 ml. This study also includes purification of isolates for both (SRB) and (NRB) and the genetic identification by polymerase chain reaction (PCR) technique through which the universal 16S rRNA gene of 1500 bp is amplified and sequenced for identification to the level of strains. Microbial community analysis showed that isolates of (NRB) were have identity of 99% Pseudomonas stutzeri, P. putida, Herbaspirillum huttiense and Bacillus licheniformis while isolates of (SRB) were have identity of 99% Shewanella hafniensis, Desulfosporosinus orientis and Desulfotomaculum acetooxidans with supposing that all isolates new world strains. The results of the treatment with nitrate or nitrite showed a strong inhibitory effect on (SRB) growth and (H2S) production, sulfide levels do not increase at all concentrations (200, 400, 600, 800 and 1000) mg/l of nitrate or nitrite range between 4.2 - 21 mg/l in treatment with nitrate and 5.2 - 23 mg/l in treatment with nitrite. This is consistent with the concentrations of bacteria in all treatment bottles which range between 0.001 - 0.26 and 0.003 - 0.17 in treatment with nitrate or nitrite respectively, while there is a significant increase in sulfide 121 mg/l and concentration of bacteria 0.84 in control as optical density. (NRB) has a certain inhibitory effect on the growth of (SRB) and (H2S) production when the (NRB) nutrient (nitrate or nitrite 200, 400, 600, 800 and 1000) mg/l were adding , the activity of (NRB) increases after treatment, and it consumed all nitrate or nitrite during 2 - 3 days of incubation, the strong inhibition of (H2S) production is at concentration 1000 mg/l of nitrate where the results showed that there was significant decrease in sulfide level 34 mg/l and number of bacteria, 34.8 cell/ml during 10 days of incubation.Souring control at long term treatment in bioreactors show sharp decrease in production of (H2S) to 94% after injection of nitrate and nitrite during the period of 60 days, the continuous dosing of nitrate and nitrite (333 mg/l/day nitrate and 133 mg/l/day nitrite) inhibited the metabolic activity of (SRB) and (H2S) production severely, the sulfide levels decrease from 155 to 10 mg/l and number of (SRB) from >1100 to 3.5 cell/ml the percent in number decreased was to 99.6%, at the same time activity and numbers of (NRB) increase from 1100 to >1100 cell/ml over the duration of experiment. The results of corrosion rate measurement on mild steel after 60 days showed that the highest corrosion rate was 70.7 mg/cm2/year in control reactor while the lowest corrosion rate was 15.8 mg/cm2/year in treated reactor at the same period time of exposure with percent of decreasing in weight loss to 55% comparing with control reactor.

تحضير وتوصيف المركبات النانوية ودراسة الفعالية المضادة للبكتريا == Synthesis, Characterization and Antibacterial Activity of Synthesized Nanoparticles

Author name: علي جبار عبد الحسين رضا الكواز

Supervisor name: فريال جميل عبد عطية | اياد فاضل محمد القيم

General topic: Biology

Specific topic: Microbiology

Degree: Doctorate

University: University of Babylon - College Of Science - Department Of Biology

Language: English

University location: Babylon

First pages: