Show: 25 50 75 100 Results

Search results: 25 out of 2,437

دراسة وراثية للبكتريوسين المنتج من بكتريا Klebsiella spp. المعزولة من مصادر سريرية مختلفة

Author name: علاء سالم حمزة حبيب
Supervisor name: رياض عبد الحسين دلول
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة جمع (200) عينة سريرية توزعت الى (50) عينة ادرار و(50) عينة قشع و(50) عينة من التهابات الاذن الوسطى و(50) عينة من اصابات الجروح والحروق، ومن خلال نتائج الزرع البكتريولوجي على اوساط اكار الماكونكي واكار الدم ووسط Eosin Methylen Blue , والتشخيص المظهري والكيموحيوي، وتاكيد التشخيص باستخدام نظام API20E ، تم الحصول على( 40 ) عزلة تعود لبكتريا Klebsiella. توزعت الى 20 عزلة تعود للنوع K.pneumoniae و(11) عزلة للنوع K.oxytoca و(9) عزلات تعود للنوع K.planticola . تم الكشف عن مدى قابلية العزلات على انتاج البكتريوسين بثلاث طرائق تضمنت : طريقة الحفر (wells)، وطريقة اقراص الاكار cup assay))، وطريقة التخطيط المتقاطع ( (cross - streaking assay. وتم الحصول على سبع عزلات منتجة للبكتريوسين . تم استخلاص البكتريوسين بنوعيه المرتبط بالجدار وغير المرتبط بالجدار , واظهر البكتريوسين الخام المرتبط بالجدار فعالية عالية مقارنة بالبكتريوسين غير المرتبط بالجدار , وكانت فعالية البكتريوسين المرتبط بالجدار (5120) وحدة/مل، وكان تركيز البروتين (4000) مكغم/مل وقطر منطقة التثبيط (20) ملم , بينما كانت الفعالية للبكتريوسين غير المرتبط (320) وحدة/مل وتركيز البروتين (500 )مكغم/مل وقطر منطقة التثبيط (15) ملم . اظهر البكتريوسين الخام المرتبط بالجدار تاثيرا على مجموعة من البكتريا المرضية تضمنت Enterobacter sakazaki ، Shigella flexneri، E. coli، Acinetobacter baumannii ، Enterobacter aerugenes ، K.planticola Proteus mirabilis ، Serratia marcescens، Enterococcus fecalis ، Staphylococcus aureus . ولم يظهر البكتريوسين فعالية على Enterococcus faecalis ، Serratia marcescens ، Proteus mirabilis ، Pseudomonas aeruginosa تم اجراء فحص الحساسية لمضادات الحيوية للعزلات البكتيرية المنتجة للبكتريوسين، فقد تم استخدام (13) مضادا حيويا شملت كل من ( Cefotaxim وGentamycin وNorfloxacinو Nitrofurantoinو Amikacinو Ampicillin وTrimethoprimو Pipracillinو AztreonamوImipenem وCiprofloxacin وAugmentin وCephalexin ) وتم اختيار العزلات الاكثر مقاومة لهذه المضادات لاكمال الجانب الوراثي . تمت دراسة المحتوى البلازميدي للعزلات الاربعة (K2, K4, K20,K38) التي كانت اكثر مقاومة لمضادات الحيوية , وبينت النتائج احتواء العزلة(K4 )على حزمتين بلازميديتين، اما العزلات الاخرى فقد احتوت على حزمة بلازمية واحدة , ثم اجريت عملية تحييد الدنا البلازميدي باستخدام مادتي SDS ومادة Acridin orange , لم تنجح مادة SDS في تحييد الحزم البلازميدية , بينما نجحت مادة Acridin orange في تحييد الحزم البلازميدية عند تركيز (512) مايكروغرام/مل .تم التحري عن قابلية العزلات المحيدة على انتاج البكتريوسين والمقاومة لبعض مضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة واظهرت النتائج فقدان العزلات (K2, K4, K38) لصفة انتاج البكتريوسين، واحتفاظ العزلة ((K20 بصفة انتاج البكتريوسين. بالنسبة لمضادات الحيوية , احتفظت العزلات بمقاومتها لمضادات Ciprofloxacin وNorfloxacin وTrimethoprim , اما بقية المضادات والتي شملت كل من Pipracillin وAztreonamو Ampicillin وCefotaximو Gentamycinو Nitrofurantionو Amikacinو Cephlexin وAugmentin، فقد اصبحت العزلات حساسه لها.اجري فحص الاقتران البكتيري بين العزلات (K2, K4, K20,K38) والعزلة القياسية E.coliMM294, وقد نجحت العزلتان ( K2, K4) في تحقيق عملية الاقتران بينما فشلت العزلتان (K20,K38) في تحقيق عملية الاقتران , وقد اكتسبت العزلة القياسية صفة انتاج البكتريوسين والمقاومة لمضادات الحيوية قيد الدراسة . | The study included (200) clinical sample, (50) urine,(50) sputum , (50) sample of otitis media and (50) sample with injuries and burns. Morphological and biochemical tests were employed to diagnose bacterial species and the results showed they were (40) isolates.They were (20) K.pneumoniae ,(11) isolates of K.oxytoca and(9) isolates of K.planticola. The ability of isolates to produce bacterocin were detected by three methods included the methods of wells, cup assay method, and cross - streaking assay. Results revealed that(7) isolates were able to produce bacteriocin.The wall - degraded bacteriocin was (5120) unit\ml, and protein concentration was (4000) μg/ml and the diameter of inhibition area was 20mm, while non wall - degraded was (320)unit\ml and the protein concentration (500) µ\ml and the inhibition area (15) mm. The effect of crude bacteriocin on some clinical isolates including Enterobacter sakazakii,S.auereus, K.oxytoca , Shigella flexneri, E. coli, Acinetobacter baumannii, K. planticola and Enterobacter aerogenes was studied. The results showed thier was effect on the above isolates, while the isolates of Proteus mirabilis, Serratia marcescens, Enterococcus fecales and Ps.aeruginosa were resistant to bacteriocin. Sensitivity of isolates that produced the bacteriocin was tested against (13) antimicrobial agents included (Cefotaxime, Gentamycin, Norfloxacin, Nitrofurantoin, Amikacin, Ampicillin, Trimethoprim, Pipracillin, Aztreonam, Ciprofloxacin, Imipenem ,Augmentin and Cephalexin). Results revealed that four isolates were resistant to the antibiotics. The plasmid content of the four isolates (K38, K20, K4, K2) which were the most resistant to the abovementioned antibiotics was studied ,The results showed That these isolates contain plasmids of different molecular weight. Curing was conducted by the use of SDS and Acridin orange. The isolates lost the plasmids at concentration 512µg/ml of Acridin orange. The production of bacteriocin and the resistance of the four selected isolates to the antibiotics were studied. The results showed that three of the examined isolates were unable to produce bacteriocin, they were (K38, K4, K2).The fourth isolate(K20) was able to produce bacteriocin.The four isolates appeared to resist the antibiotics Trimethoprim, Ciprofloxacin and Norfloxacin, while they were sensitive to the other antibiotics. The bacterial conjugation between (K38, K20, K4, K2) isolates and the standard strain E.coli MM294 was studied. The results showed That (2) isolates (K4, K2) were successful in transferring plasmids , while the other two (K20, K38) failed. The transconjugants were able to produce bacteriocin and resist Antibiotics.

تقدير مستوى انترلوكين - 1 - بيتا وانترلوكين - 6 في مصول وادرار اطفال مصابين بالتهاب الحويض والكليه الحاد == Estimation of IL - 1? and IL - 6 in Sera and Urine of Acute Pyelonephritis Patients

Author name: علاء لعيبي عبد الله الصرخي
Supervisor name: انتصار ناظـم خلخال
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: يعد التهاب الحويض والكلية الحاد من الامراض المعدية الشائعة في الاطفال وقد يؤدي الى تلف الكلى الدائم.صممت هذه الدراسة لغرض قياس مستويات اثنين من الانترلوكينات المهمة خلال الاصابة البكتيرية هما IL - 6 او IL - 1β، لدى الاطفال المصابين بالتهاب الحويض والكلية الحاد ولتحقيق هذا الهدف فقد جمعت (95) عينه ادرار ودم من اطفال باعمار تتراوح من (2شهر - 12عام) يعانون من حمى,حرقة عند التبول, وكثرة التبول (زيادة عدد مرات التبول) في مستشفى ابن البلدي للاطفال ومستشفى حميات للاطفال (بغداد) لمدة خمسة اشهر فضلا عن (20) عينه ادرار ودم لاطفال اصحاء من نفس الفئة العمرية عدت كمجموعة سيطرة. شخص 26 من الاطفال المصابين بالتهاب الحويض والكلية الحاد بواسطة الاعراض السريرية المميزة (حمى,غثيان,قيء, الم في الخاصرة , مع عسر وكثرة التبول) من قبل الاخصائي بالامراض البولية كما تم تاكيد التشخيص بالفحوصات المختبرية المتوفرة فضلا عن اجهزة الكشف بالموجات فوق الصوتية. كانت نتائج النسب المئوية للمظاهر السريرية للمصابين (الحمى,كثرة التبول,الم خاصرة، عسر التبول,والغثيان او القيء (88,4%, 83,3%, 61,5 %, 53,8%, 34,6%) على التوالي.اما نسب الحالات الاخرى (المعقدة) فكانت : 34,4% مع ارتداد مثاني, 23% مع hydronephros،19,2%يعانون من فشل كلوي حاد, 7,6% حصى الكلية 3,6% مع ارتفاع ضغط الدم.اظهرت النتائج ان النسبة المئوية للاطفال المصابين من الذكور (65,38%) اعلى من الاناث (34,62) كما ظهرت فروقات معنوية واضحة بين المصابين من الفئات العمرية المختلفة مقارنة مع بعضها وكذلك مع السيطرة,كذلك ظهرت فروقات معنوية مهمة في اعداد الخلايا القيحية والبكتريا البولية فضلا عن تراكيز البروتين البولي عند مقارنتها بين الفئات العمريه ولدى الجنسين كذلك مع السيطرة.شخصت العوامل المسببة للاصابة باستخدام نظام(Vitek2) وتم تاكيد التشخيص عند زرع الادرار على وسط اكار عالي الدقة والخصوصية باصابات المسالك البولية (HiCrome) تعتمد نتيجة التشخيص على التفاعل اللوني بين انزيمات العزلات البكتيرية المختلفة ومكونات الوسط الزرعي المتخصص هذا. واظهرت النتائج ان النسب المئوية للعزلات البكتيرية كانت كالاتي : (50%, 15,38% ,7,6%, 23,09%) لبكترياEnter.fecalis ,S.aureus ,E.coli, اصابة مختلطة باكثر من جنس بكتيري , فضلا عن الخميرة Candida albecans (3,85%)، كما ازدادت اعداد خلايا الدم البيض لاسيما الخلايا العدلة وعلى مستوى (p<0.05) , وبمستوى (p<0.01) عن بروتين CRPلدى الاطفال المصابين مقارنة مع مجموعة السيطرة، بينما لم تظهر اي فروقات معنوية في مستويات اليوريا والكرياتنين في الدم بين المرضى والسيطرة.قيسـت تراكـيز IL - 1β في الادرار والمصل للاطفال المصابين وكانت معدلاتها (1060,09, 571,84) جزء من الغرام/ مل على التوالي واظهرت فروقا معنوية مهمة عند مقارنتها مع معدلاتها في ادرار ومصول اطفال السيطرة ( 34,5, 45,29) جزء من الغرام/ مل عند مستوى معنوية (p < 0.05).لوحظت فروقات معنوية واضحة عند مقارنة معدلات IL - 6 في الادرار والمصل والتي بلغت ( 109,42, 28,86) جزء من الغرام/ مل مع معدلاتها لدى السيطرة (12,59, 6,93) جزء من الغرام/ مل عند مستوى معنوية ((p< 0.05. | Acute pyelonephritis (APN) is a common infectious disease in children may result in permanent renal damage. This study has been designed for measuring the level of IL - 1β and IL - 6 in pediatric APN during bacterial infection .A total of (95) urine &blood sample have been collected from children 2month - 12 years suffering from fever, dysurea, frequency from Dec.2013 - Apr.2014 at Ibn Al - Blady hospital and Welfare Teaching Hospital/ Medical city in Baghdad. Twenty Sample from healthy individuals of the same age range as control group. Twenty - sex patients of APN were included in the present study, those patients have been diagnosed by urologist, the diagnosis have been confirmed by available investigation methods; laboratory tests and ultrasound. Results of clinical features (fever, frequency, loin pain, dysuria and nausea or vomiting) were 88.4%, 83.3%, 61.5%, 53.8%, 34.6% respectively, Others were presented as complicated cases 34.6% with vesicoureteral reflux, 23.0% with hydronephros, 19.2% with acute renal failure, 7.6% with stone and 2.6% with hypertension. The percentage of infected males 65.38% was higher than females 34.62% and clear significant differences (p < 0.01) were noted between patients of different ages groups .Also important differences (p < 0.01) have been appeared in pyuria nembers and bacteruria as well as in proteinuria concentrations when compared between patients of two genders in different age groups to control group. Vitek 2 system has been used for suspected the identification of APN causative agents , diagnosis that was supported by culturing urine samples on high specialized and accurate medium; HiCrome medium which is specific for UTIs, Identification result depend on coloured reaction between microorganism enzymes and some reagents in that culture medium.Results were as following : 50.0% of E. coli , 15.38% of Staphylococcus. aureus , 7.6% of Enterococcus.faecalis ,and 23.09% of mixed infection (more than one bacterial genus), finally the yeast Candida albicans is 3.85%.No significant differences in urea and creatinine levels in patients sera compared to control while white blood cells specially neutrophiles (p < 0.05) as well as C - Reactive protein (p < 0.01) were significantly higher in patients than control. Level of IL - 1β has been measured in urine and serum of patients, the means 1060.09, 571.84 pg/ml respectively , have been clarified important significant differences p < 0.05 in comparison with their levels in controls 34.05, 45.29 pg/ml . Apparent significant differences p < 0.05 have been showed between IL - 6 concentration in urine and serum of patients ,means were; 109.24, 28.86 pg/ml comparing to control 12.59, 6.93 pg/ml .

دور عصيات حامض اللبنيك كنبيت طبيعي للتاثير على البكتيريا المرافقة المعزولة من الجهاز التناسلي الانثوي == The role of Lactobacilli as a normal microflora in preventing vaginal infection

Author name: صبا عبد الهادي مهدي شبع
Supervisor name: اكرام امين خاكي | خليل مصطفى خماس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت خمسين عزلة لعصيات حامض اللبنيك من اعالي المهبل من نساء متزوجات مصابات بطريقة المسحة High Vaginal Swab(HVS) تراوحت اعمارهن بين 16 - 45 سنة واخضعت جميع العزلات للفحوصات المجهرية والزرعية الى جانب الفحوصات الكيموحياتية.اختبرت قدرة عزلات عصيات حامض اللبنيك على اعطاء افضل فعالية تضادية على وسط MRS الصلب بطريقة الاقراص Cup Assay Methodضد بعض المجاميع المرضية ومن ثم حضرت رواشح للعزلات الفعالة ودرست قابليتها على التثبيط في وسط MRSالسائل استنادا الى طريقة الانتشار في الحفر .Well Diffusion Assay Method اختبر تاثير pH في الفعالية التثبيطية لهذه الرواشح باستخدام قيم مختلفة للاس الهيدروجيني واجري فحص اختبار الحساسية لعصيات حامض اللبنيك. لوحظ مقاومة عصيات حامض اللبنيك لمعظم المضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة وان فاعلية الرواشح البكتيرية ضد الممرضات المهبلية كانت افضل مقارنة بفاعلية العزلات.عند اجراء التحليل الاحصائي لمقارنة نتائج تقدير الفعالية التضادية لوحظ وجود فروق معنوية بين انواع عصيات حامض اللبنيك في تثبيطها لخميرةCandida على الوسط الصلب وقد امتلك النوع L.jensenii اعلى فاعلية تثبيطية لها كما تباينت رواشح عصيات حامض اللبنيك في تثبيطها لعزلات الاختبار اذ اظهرت هذه الرواشح اعلى تاثيرا ضد خميرة Candida وامتازت بكتريا E.coli بامتلاكها ادنى مستوى تاثر بهذه الرواشح. اعطت رواشح عزلات عصيات حامض اللبنيك افضل فعالية تثبيطية في pH (4) مقارنة بفعاليتها التثبيطية في pH (5,6) على التوالي في حين لم تظهر اي فعالية تثبيطية للرواشح ضد عزلات الاختبار في pH (7) وقد ظهر ذلك واضحا عند اجراء التحليل الاحصائي وقد وجد ان الاس الهيدروجيني المنخفض (4)يملك تاثيرا تثبيطيا ضد البكترية والخمائر المهبلية الممرضة اكثر من الاس الهيدروجيني الاعلى. | Fifty isolates of lactobacillus ssp. were taken from infected married women vagina by high vaginal swab. The age of the women ranged between (16 - 45) years. The isolated lactobacilli were identified by microscopical, cultural and biochemical tests. The effect of these isolates against pathogenic microorganism were tested on MRS agar medium by using cup assay method where as supernatant from active isolates were tested using the well diffusion assay. The effect of pH of the medium on the inhibitory effect of lactobacilli were also tested by using different values of pH. It has been observed that lactobacillus were resistant to most commonly used antipiotics which where used in this staday and the antimicrobial activity of lactobacillus supernatant were best compore with the antimicrobial activity of lactobacillus isolates against vaginal pathogens When the statistical analysis were done to compare the results of antimicrobial activity significant differences were observed between the lactobacilli species in their antimicrobial activity on Candida on solid MRS agar medium and L.casei have the highest antimicrobial activity, also supernatants of lactobacilli species were different in their antimicrobial activity thus these supernatants had highest effect on Candida while E. coli had lower value of effect by these supernatants, also these supernatants showed best antimicrobial activity at pH (4) compard with their antimicrobial activity at pH (5,6) and did not show any antimicrobial activity at pH (7) and that was clear when the statistical analysis were done. It has been found that low pH is more effective on the inhibitory activity of lactobacilli against vaginal pathogenic bacteria and Candida than at higher pH values

دراسة بكتريولوجية وبيئية لمياه نهر دجلة وثلاث محطات تصفية في محافظة بغداد == Bacteriological and Ecological Studies on Tigris River and three Purification Stations in Baghdad province

Author name: صبا حسين محمد النعيمي
Supervisor name: كاظم هاشم ياسين الاعرجي | خالد خورشيد كاظم البياتي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمن هذا البحث دراسة بعض العوامل الخاصة بمياه الشرب المؤثرة في صحة الانسان في مدينة بغداد . العامل الاول : هو العامل البايولوجي والفيزيائي والكيميائي الذي يؤثر في جودة مياه نهر دجلة . والعامل الثاني يتضمن دراسة كفاءة تعقيم المياه في ثلاثة محطات تصفية منشاة على طول نهر دجلة . اما العامل الثالث فقد تضمن تقييم مياه الشرب في منطقة الشعلة التي تزود بالمياه من احدى محطات التصفية ( محطة الكرامة ). فضلا عما سبق ,فقد تضمنت الدراسة مقارنة بين تلوث الماء من الناحية البكتريولوجية وحالات الاسهال في الاطفال تحت عمر السنتين, الذين قد راجعوا العيادة الخارجية لمستشفى الشهيد باقر الحكيم في منطقة الشعلة . تضمنت الدراسة ايضا تعيين جودة المياه في ثلاث محطات رئيسة للتصفية , وهي محطة شرق دجلة الواقعة شمال دجلة ومحطة الكرامة الواقعة في وسط دجلة فضلا عن محطة القادسية الواقعة جنوب نهر دجلة في مدينة بغداد , اخذت عينات الماء بواقع مكررين شهريا قبل وبعد عملية التصفية من المحطات المذكورة انفا ابتداءا من كانون الاول - 2009 ولغاية ايلول - 2010 . اما التحاليل البكتريولوجية للماء فقد تضمنت تقدير العدد الحي الكلي للبكتريا والعدد الحي الكلي للبكتريا المعوية والعدد الكلي لبكتريا E.coliوبكتريا Pseudomonas aeruginosa. فضلا عن وجود بعض البكتريا المعوية المرضية مثل Vibrio cholera وspp. Salmonella. حيث جمعت 60عينة من مياه النهر و60 من داخل مشاريع التصفية . وقد استخدمت لتشخيص هذه الانواع من البكتريا الطرائق الاعتيادية المعروفة للتشخيص فضلاعن عدة .API20E بينما تضمنت التحاليل الفيزيائية والكيميائية للماء قبل وبعد عمليات التصفية تعيين المعايير الاتية, الحرارة وتركيز ايون الهيدروجين والكدرة والتوصيلية الكهربائية والمواد الصلبة الذائبة الكلية والملوحة والاوكسجين الذائب والمتطلب الحيوي للاوكسجين , فضلا عن درجات حرارة الهواء في محطات التصفية الثلاثة. وقد اخذت العينات بواقع مكررين وجمعت 60عينة مياه لقياس الاوكسجين المذاب والمتطلب الحيوي للاوكسجين و60عينة اخرى لبقية الفحوصات الفيزيائية والكيميائية . كمااخذت اربعين عينة من ماء الحنفية من المنازل في منطقة الشعلة خلال اشهر الصيف وهي حزيران وتموز واب وايلول من عام 2010. وفي الوقت نفسه, وفي الفترات نفسها السابقة , اخذت عينات مماثلة (اربعون عينة ) من براز الاطفال تحت عمرالسنتين المصابين بالاسهال واربعون عينة مماثلة من براز اطفال اصحاء بالعمرنفسه للمقارنة ولتعيين انواع واعداد البكتريا الحية الكلية المرضية في هذه العينات . ولقد اشارت نتائج هذه الدراسات الى ان درجة حرارة الهواء اثرت بدرجات حرارة البيئة المحيطة وتراوحت بين (15 - 41 م), وكانت درجة حرارة مياه دجلة ما بين ( 13 - 32 م ) , بينما كانت درجة حرارة المياه بعد عمليات التصفية في المحطات الثلاثة بين ( 15 - 33 م) . كان تركيز ايون الهيدروجين للماء ( 7. 48 - 8.08 ) وبعد التصفية كان ( 7.31 - 7.89) اما كدرة مياه دجلة فقد تراوحت بين ( NTU156 - 26 ) ولمياه المحطات الثلاثة بين ( NTU 4 - 1 )كما بينت نتائج الدراسات الحالية الى ان التوصيلية الكهربائية لمياه دجلة كانت اقل منها في مياه المشاريع الثلاثة ( 606 - 776 مايكروسيمنز/سم ) و( 608 - 793 مايكروسيمنز/ سم ) على التوالي . والمواد الصلبة الذائبة الكلية لمياه المحطات ( 425 - 555 ملغرام / لتر ) ولمياه النهر كانت ( 429 - 554 ملغرام / لتر ) . بينما لم تتجاوز الملوحة في كل من مياه النهر والمحطات عن 0.49 ملغرام / لتر. كما كان تركيز الاوكسجين الذائب في مياه نهر دجلة بحدود 7.4ملغرام / لتر بينما اعلى تركيز للاوكسجين الذائب كان 10 ملغرام / لتر. اما المتطلب الحيوي للاوكسجين لمياه النهر فقد كان بحدود ( 1.2 - 4.4 مغرام / لتر ) وهذه النسبة هي ضمن الحدود المسموح بها دوليا .و من جهة اخرى اشارت الدراسات البكتريولوجية الى وجود نسبة عالية من اعداد البكتريا الحية الكلية في مياه المحطات الثلاثة وكانت بحدود ( 1 - C.F.U 64 ), وهذه الاعداد تشير الى عدم كفاءة عمليات التصفية والتعقيم الجارية في المحطات الثلاثة . وخاصة محطة الكرامة , بينما اعداد البكتريا الحية الكلية لمياه نهر دجلة كانت بحدود ( 468 - C.F.U 9100) . اما اعداد بكتريا القولون الكلية وبكتريا E.coli فقد تراوح بين ( 1.1 - 7.1 خلية / 100مل ) في المحطات الثلاثة وهذه الاعداد هي اكثر من الحدود المسموح بها دوليا . وقد تجاوزت اعداد بكتريا القولون الكلية في نهر دجلة عن ( 1795 - 63000 خلية / 100مل) ,بينما اعداد بكتريا E.coli فقد كانت بحدود ( 335 - 39000 خلية / 100مل ) .ا ما بالنسبة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa فقد كان عددها ( 2.2 - 23 خلية / 100مل ) في المحطات الثلاثة واعلى تركيز في اعدادها كان قد سجل في اشهر الصيف , بينما كانت اعدادها في نهر دجلة بحدود( 580 - 160000 خلية / 100مل ) .ا ما نتائج اعداد البكتريا القولونية الكلية وبكتريا E.coliالمعزولة من مياه الحنفيات في منازل الشعلة فقد سجلت اعلى القيم للبكتريا القولونية الكلية وبكتريا E.coli 16)و9.2خلية/100مل)على التوالي, اما اقل القيم فكانت 1.1)و0.0خلية/100مل)على التوالي. كما اشارت الدراسة الى احتواء عينات البراز الماخوذة من الاطفال المصابين بالاسهال ,ا نواع البكتريا الاتية : - Citrobacter freundii 15% , Klebsiella pneumonia 21% , E.coli 45 % , Pseudomonas aeruginosa 11%,Serratia plymuthica 4% , Serratia ficaria 2% , Pseudomonas fluoresens 2%. وهذه الانواع هي في الواقع متوافقة مع الانواع نفسها من البكتريا المعزولة من ماء الحنفيات من المنازل في الشعلة وهي : - Klebsiella pneumonia 30% , E.coli 27% , Pseudomonas aeruginosa 23% Citrobacter freundii 14%, Serratia playmuthia 3% , Pseudomonas fluoresens 3% . لقد عزلت انواع من البكتريا غير السائدة مثل Sphingomonas paucimobilis, Pantoea spp. من مياه النهر ومياه المشاريع اذ تعود Pantoea spp.الى العائلة المعوية Enterobacteriaceae وتسبب بعض انواعها اعراضا مرضية خطيرة للانسان, وكثيراما تكون ملوثة للادوات الطبية اضافة الى ان بعض الاجناس ممكن ان تصيب مدى واسعا من المحاصيل الزراعية المهمة اقتصاديا ,وانواع من اشجار الغابات حول العالم كما توجد بشكل مجتمعات بكتيرية تلوث خزانات وقود الطائرات النفاثة اماالنوع Sphingomonas paucimobilisفيعود لعائلة Sphingomonasaceae الذي يوجد في البيئات المختلفة بضمنها المائية (مياه البحر والمياه العذبة) وبعض انواعها وخصوصاS.paucimobilis فقد توجد في الاجهزة الطبية في المستشفيات وانواع مختلفة من النماذج السريرية وبالرغم من ان الاصابة بها خطيرة ونادرة فقد تعالج باستخدام المضادات الحيوية . واخيرا اشارت نتائج هذه الدراسة الى ان استهلاك مياه الحنفيات من قبل عموم الناس قد يكون السبب الرئيس لحالات الاسهال التي تصيب الاطفال وغيرهم لاحتوائها على اعداد كبيرة من المسببات المرضية المختلفة. | The present work aimed to study different parameters of the drinking water that affect the health of people of Baghdad city .To perform this target three factors were studied. Firstly ,The Biological ,Physical and Chemical factors that influence water quality of the Tigris river .secondly, evaluation of the efficiency of water purification of three purification stations constructed along the river of Tigris ,and thirdly ,evaluation of drinking water of AL - Shulla region in Baghdad city that is provided with water from one of these purification stations (AL - Karama station). In addition to above ,the study also included the comparison between water pollution with respect to bacteriological point of view and diarrhea cases suffering children under two years of age ,attended the hospital of Baqir AL - Hakkem out - clinic in AL - Shula. The study included determination of the water quality from three main purification station, these stations were located to the Northern (Sharq - Diglla) ,middle (AL - Karama)and southern (AL - Qadisia)parts of Tigris river in Baghdad city.Duplicate water samples were taken on monthly basis before and after purification from December, 2009 to September 2010.Microbial analyses of the water included estimation of the number of total viable microbial counts ,total viable coliforms ,total viable E.coli and Pseudomonas aeruginosa .In addition to the presence of some pathogenic enteric microorganisms e.g. Salmonella spp. , Vibrio cholerae etc. using conventional bacteriological methods and API20E Technique for the identification of these bacteria, while Physical and chemical analyses of water before and after purification included determination of the following parameters ,temperature, pH, turbidity ,electrical conductivity ,total dissolved solids ,salinity ,dissolved oxygen and Biological oxygen demand along with the air temperatures at the three purification stations. . . On the other hand ,forty tape water samples were collected from the houses in AL - Shulla region during summer months June , July ,August and September ,2010.At the same time ,and during the same periods ,forty faecal samples from children under age of two years suffering from diarrhea and forty feacal samples from healthy children of the same age also were collected to determine the total pathogenic microorganisms in these samples .The results of these studies were indicated that the water temperature was influenced by the surrounding temperatures (15 - 41 °C)and the Tigris river temperature was between (13 - 32°C ),whereas the temperature of the water after purification in the three stations were around (15 - 33°C). . The pH of the water was (7.85 - 7.97) and after purification was around (7.31 - 7.87).The Turbidity of the river water was(156 - 26)NTU and of the stations were between (1 - 4NTU) The results of the present study also revealed that the electrical conductivity of the Tigris river water was less than that of the three stations, that is (606 - 776Ms/cm) and (608 - 793Ms /cm) respectively. and the total dissolved solids (T.D.S)were between (425 - 555mg/l)for stations water and were between (429 - 554mg/l) for river water. whereas the salinity of both river and stations water did not exceed 0.49mg/l. The dissolved oxygen concentration was 7.4mg/l in Tigris river, which indicate a good aeration condition while the highest concentration for river water recorded to be 10mg/l. The biological oxygen demand for river was between (1.2 - 4.4mg/l) which is within the International allowable levels. On the other hand ,The bacteriological studies indicated a high level of total viable bacterial counts in water of the three stations and were between (1 - 64C.F.U/ml), and these numbers indicate a non - efficient purification procedures in all station studied and was exceeding the International allowable levels especially in the AL - Krama station . while total viable bacterial counts of the Tigris river was between (468 - 9100C.F.U/ml).Total coliform counts and pathogenic E.coli counts were both between(1.1 - 7.1cell/100ml )in all the three stations studied ,again,these numbers exceeded the International allowable levels. In Tigris river water ,on the other hand ,the total coliform counts was exceeded the (1795 - 63000cell/100ml )while the pathogenic E.coli count was between (335 - 39000cell/100ml) .Pseudomonas aeruginosa counts was about (2.2 - 23cell/100ml) in the three station and the highest level recorded was in summer seasons ,whereas its counts was in between (580 - 160000cell/100ml) in Tigris river. The highest number for total coliform and pathogenic E.coli were recorded to be (16 and 9.2cell/100ml) respectively. whereas the lower range were (1.1 and 0.0 cell/100ml) respectively. . The results of the present study also revealed that the faecal samples of the diarrhea cases of children contain the following bacteria ,E.coli 45%,Klebsiella pneumonia 21%.while the numbers of other bacteria ,Citrobacter freundii, Pseudomonas aeruginosa , Serratia ficaria ,Serratia plymuthica and Pseudomonas fluorescens were 15%,11%,2%,4% and 2% respectively. . These proportions are in accordance with the same bacterial species isolated from AL - Shulla houses while were 27%for E.coli ,30%for Klebsiella pneumonia and 14%for Citrobacter freundii 23%for Pseudomonas aeruginosa ,3%for pseudomonas fluoresens and 3% for Serratia plymuthica . Finally ,these results clearly indicate that the tape water consumption by the general public might be the main causative factors for diarrhea cases affecting the people due to its high content on other hand ,will reflect the poor purification procedures employed in these different purification stations at least in Baghdad city

التوصيف المظهري والوراثي للانزيمات المحورة لمضادات الامينوكلايكوسيدية المنتجة من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين == Phenotypic and genotypic characterization of aminoglycoside modifying enzymes produced by methecillin resistant Staphylococcus aureus

Author name: شيــماء عدنان جبر العبيــــدي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • جمعت 150عزلة سريرية من المكورات العنقودية من مستشفيي الحبيبية والنعمان في مدينة بغداد خلال الفترة من شهر كانون الثاني وحتى شهر نيسان لعام 2011 من اصابات سريرية متنوعة. توزعت العينات ما بين 30 عزلة من الادرار, 84 من خمجات جروح و36 عزلة من مسحات الاذن . • شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسطي اكار الماكونكي واكار الدم, تبع ذلك اجراء عدد من الفحوص الشكلية والكيموحيوية, ثم شخصت العزلات بشكل نهائي ودقيق باستخدام اشرطة نظامي api staph وMast staph kit .لقد تم الحصول على 87 عزلة (58%) على انها Staphylococcus .aureus مقابل 63 عزلة (42%) للانواع الاخرى من هذا الجنس. • بينت نتائج الفحص المسحي المظهري الاولي لمقاومة مضاد المثسلين باستخدام طريقة الانتشاربالاكار ان هنالك 84 عزلة من اصل 87 (%96.5) قد اظهرت مقاومتها لمضاد المثسلين لتكون من المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين((MRSA مقابل 3عزلات فقط (3.5%) مستجيبة للمثسلين (MSSA).• اجري اختبارفحص الحساسية للمضادات الحيوية بطريقة انتشارالاقراص لجميع عزلات MRSA( ,(84 واستخدم لهذا الغرض ستة مضادات حيوية تعود للمجموعة الامينوكلايكوسيدية . اوضحت النتائج وجوداختلافات واضحة في نمط المقاومة المظهري للعزلات قيد الدراسة اذا اظهرت هذه العزلات مستوى عال من المقاومة لهذه المجموعة مع نسبة وصلت الى ( 19٪ ( للستربتوميسين, 38)٪ (للاميكاسين, ( 52٪ ( للجنتاميسين ، 62٪) للكاناميسين ،و (69٪) لكل من مضادي ا لنيومايسين والتوبراميسين. • استخدمت طريقة التراكيز المتضاعفة المتسلسلة لحساب التركيز المثبط الادنى(MIC) لعزلات ال MRSA) (لعدد من مضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية . بينت النتائج وجود اختلافات في قيم MIC المحسوبة لعزلات ال MRSA، اذا اظهرت 16 عزلة مقاومتها للستربتومايسين وبقيم MIC تراوحت ما بين (16 - 1024 ميكروغرام / مل ) , و32 عزلة مقاومة للاميكاسين (64 - 128 ميكروغرام/مل ) ، و44 عزلة للجنتاميسين ( 16 - 64 ميكروغرام/مل ) و38 لو 52عزلة للكانامايسين ( 64 - 128مايكروغرام/ مل) , ، و58 للنيوميسين (16 - 1024 ميكروغرام/مل ). ان هذه النتائج تدل على انتشار صفة مقاومة مضادات المجموعة الامينوكلايكوسايدية بين عزلات المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين .• اعتمدت طريقتان لتحضير الدنا القالب لغرض استخدامها في التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا ( PCR) وهما : طريقة الغليان وطريقة المستعمرة المباشر. اظهرت النتيجة ان طريقة المستعمرة المباشرة كان افضل في اظهار النتائج بالمقارنة مع طريقة الغليان.• اختيرت خمسة وعشرون عزلة من بكتريا MRSA التي اعطت نتائج ايجابية في مجال الكشف المظهري لنمط المقاومة لمضاد المثسلين ولمضادات المجموعة الامينوكلايكوسيدية للكشف عن الجين mecA المشفرلمقاومة المثيسلين بوساطة تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا (PCR) . اظهرت نتائج احتواء جميع العزلات (100٪) على جين mecA ,وبلغ حجم القطعة المكثرة 314 زوج قاعدة بمقارنتها بدلائل الدنا الحجمية .• اجري الفحص الوراثي بتقنية ال PCR للكشف عن ثلاث جينات مشفرة للانزيمات المحورة لمضادات المجـــموعة الامــينوكلايكوسيـــدية في عــزلات ال MRSA وشـمـــلت aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa.بينت النتائج ان جين ) ′aac(6’) - Ie+aph(2’ هو الاكثر انتشارا وبنسبة 84٪ (21/25) تلاه جين ant(4’) - Iaو aph(3’) - IIIa بنسبة 76.3٪ (19/25) و44٪ (11/25) على التوالي.• بلغ معدل تواجد aac(6’) - Ie+aph(2’) مع ant(4’) - Ia, مقدار 64٪ (16 / 25) ويمثل اعلى نسبة تواجد في العزلات قيد الدراسة, فيما بلغت نسبة تواجد جيني ant(4’) - Ia وaph(3’) - IIIaمعا 40٪ (10/25) لتحل نسبة تواجد كلا من aac(6’) - Ie+aph(2’) مع aph(3’) - IIIa ثالثا وبمعدل 32٪ (8/25).اما نسبة تواجد هذه الجينات الثلاث معا فقد بلغ 28%(7/21(. • لوحظ ان هنالك ترابط بين الصفة المظهرية لمقاومة المضادرات مع الصفة الوراثية , فقد لوحظ ان العزلات الحاملة لجين aac(6’) - Ie+aph(2’) ذات مقاومة عالية لمضاد الجنتامايسين وايضا مقاومة لاغلب انواع المضادات الامينوكلايكوسيدية الاخرى.بينما كانت العزلات الحاملة للجين ant(4’) - Ia هي عزلات ذات مقاومة عالية لمضادي التوبرامايسين والنيومايسين ,ومن ناحية اخرى كانت العزلات الحاملة للجين aph(3’) - IIIa اظهرت مقاومتها العالية للمضادين الكانامايسين والاميكاسين.• في هذه الدراسة كانتالاربع وعشرين 24 عزلة الحاملة لجين mecA من اصل 25) 96%( كانت على الاقل مترابطة مع احد جينات الانزيمات المحورة AME او اثنان منها او جميعا ,ويعد هذا مؤشرا لوجود ترابط كبير بين مقاومة العزلات لمضادات الامينو كلايكوسايدية وبين مقاومتها للمثسلين في العزلات المحلية .في الوقت نفسة ظهرت ضمن النتائج عزلة MRSA واحدة اتسمت بمقاومتها المظهرية لمضادات هذه المجموعة غير انها خلت من اي جين في الفحص الوراثي مما يدل على امتلاكها نمط اخر من المقاومة تجاه هذة المجموعة . | • A total of 150 Clinical isolates of Staphylococcus species were collected from two hospitals : Al - habibia and Noaman hospitals in Baghdad city during the period from January to April 2011. Types and the numbers of these clinical samples were distributed as (30) isolates from urine, (84) isolates from wound infections and (36) isolates from ear swabs. • The isolates were initially diagnosed by culturing on MacConkey agar and blood agar followed by performing some morphological and biochemical tests . A confirmatory test as final diagnoses were done using api 20 and MAST staph kits. The results have showed that Staphylococcus aureus comprised 87(58%) isolates while other Staphylococcus species represented 63 isolates (42%) .• Results of primary screening test for methicillin resistance using disk diffusion method have revealed that 84 isolates(96.5%) were proved to be methicillin resistant Staphylococcus aureus(MRSA), while only 3 isolates (3.5%)were methicillin sensetive Staphylococcus aureus (MSSA).• Antibiotic susceptibility test for all the 84 MRSA isolates was performed against 6 antibiotic of aminoglycosides group using disc diffusion method. The result have demonstrated clear differences in the phenotypic resistance among isolates of the current study . They showed high - level of resistance to aminoglycosides group, and the percentage of isolates reached to(19%) for streptomycin, (38% ) for amikacin ,(52% ) for gentamicin, (62%) for kanamycin and ( 69%) for each of neomycin and tobramycin . • Two fold was serial dilution agar used to determine the minimum inhibitory concentrations (MIC) for the MRSA isolates against aminoglycosides group. The results have showed that there were differences in the MIC values among MRSA isolates when 16 isolates were resistance streptomycin (MIC ranged 16 - 1024 µg/ ml) , 32 isolates resistance amikacin (64 - 128 µg/ ml), 44 isolates to gentamicin (16 - 64 µg/ ml) , 52 isolates to kanamycin (64 - 128µg /ml), and 58 isolates to neomycin (16 - 1024 µg/ ml). The results indicate the prevalence of aminoglycosides resistance pattern in all the MRSA isolates. • The two different methods boiling method and the direct colony method were used to prepare template DNA in order to be used in the polymerase chain reaction test. The results revealed that the direct colony methode was better in demonstrating the result as comparied with the boiling method . • Twenty five isolates which gave positive results in phenotypic detection for methicillin and aminoglycoside group resistance , were selected to detect mecA gene encoding methicillin resistance using PCR technique.The results showed that all the isolates (100%) harbored merA gene with amplified size 314 bp as compared with DAN ladder . • Genotypic detection was performed to detect three genes encoding aminoglycoside modifying enzymes in MRSA isolates. They were aac(6’) - Ie+aph(2’), ant(4’) - Ia, and aph(3’) - IIIa genes.The results showed that aac(6') - Ie - aph(2") gene was the most prevalent Aminoglycoside modifying enzymes (AME) gene when the rate was 84% (21/25) of the resistant isolates followed by ant(4') - Ia and aph(3') - IIIa when the rates were 76.3% (19/25) and 44% (11/25) of these isolates respectively.• The coexistence rate of aac(6') - Ie - aph(2") with ant(4') - Ia was 68% (16/25) which it represents the most predominant rate in the isolates of the current study followed by the coexistence between of ant(4') - Ia with aph(3') - IIIa which was 40% (10/25) and the third rate for aac(6') - Ie - aph(2") with aph(3') - IIIa by 32% (8/25). The coexistence rate of the three genes in all the isolates was 28% (7/25).• The results of the current study showed that there was a correlation between phenotypic and genotypic resistance pattern.The isolates harboring aac(6’) - Ie+aph(2’) gene are considered to be high resistant to gentamicin and even to all aminoglycosides ,while the isolates harboring this gene were highly resistant to tobramycin and neomycin and the isolates carrying aph(3′) - IIIa gene showed the high resistance to amikacin and kanamycin in MRSA. • In this study, the 24 isolates harboring mecA gene out of 25 ( 96%) were carried either one or more than one aminoglycoside modifying gene and this represents an indicator for high correlation between aminoglycoside and methicillin resistance in our local isolates .From the other hand the results showed that there was a MRSA isolates which confer phenotypic resistance to aminoglycoside group but it not encode for any of AME gene ,this may indicate that such isolates confer another type of resistance toward this group

دراسة جزيئية لعوامل الالتصاق في بكتريا Escherichia coli الممرضة للمسالك البولية وعلاقتها بمقاومة Fluoroquinolones == Molecular Study of Adherence Factors in Uropathogenic Escherichia coli Related to Fluoroquinolones Resistance

Author name: شيماء خضر عباس العلاق
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 150عينة ادرار من مرضى خمج المسالك البولية ومن مختلف الاعمار للفترة من تموزالى تشرين الثاني 2011 .اعتمد التشخيص البكتيري على المواصفات الزرعية والمجهرية والفحوصات الكيموحيوية , والتشخيص النهائي والدقيق للعزلات في وقت مبكر للكشف عن الانواع بواسطة استخدام فحص Api20E .تم التشخيص الجزيئي لجينات عوامل الالتصاق وجين مقاومة الفلوروكوينولونات باستخلاص الدنا البكتيري بطريقة الغليان ومن ثم اخضع الى اختبار البلمرة التضاعفي التسلسلي (PCR) . تم اجراء اختبار الحساسية للمضادات الحيوية , فضلا عن تقدير التركيز المثبط الادنى (MIC) لاربع مضادات من الفلوروكوينولونات . اظهرت النتائج ان توزيع اصابات اخماج المسالك البولية في الاناث (99(66%) بينما بلغت في الذكور 51(34%)) وسجلت اعلى نسبة من الاصابة في النساء البالغات المتزوجات 67(44.7%) .اظهرت النتائج ان بكتريا E.coli كانت الاكثر شيوعا في مرضى خمج المسالك البولية 65 عزلة (43.3%). بينت جميع العزلات قدرتها على الالتصاق على الخلايا الطلائية للقناة البولية للانسان (100%) , اذ اظهرت نسب مختلفة من الالتصاق تراوحت بين 8 الى 63 خلية بكتيرية / خلية طلائية .اظهرت عزلات E.coli احتوائها على ثلاثة انواع من عوامل الالتصاق (CAF) وبنسب مختلفة . النوع الاول (CAFl) ووجد في 58 عزلة (89%) , النوع الثاني (CAFΠ) ووجد في 35 عزلة (54%) والثالث (CAFШ) وجد في 36 عزلة (55%) . عند اختبار حساسية العزلات تجاه 12 مضاد جرثومي , اظهرت عزلات E.coli مقاومة تامة (100%) لمضاد Augmentin(Amoxicillin/Clavulanic acid) (99%) بينما كانت اقل مقاومة للمضادات Pefloxacin , Norfloxacin, Nitrofurantoin وبنسبة(34, 35, 22)% على التوالي .اظهرت النتائج ان اعلى نسبة من المقاومة المضاعفة المشتركة (42%) كانت في العزلات التي قاومت خمسة الى ثمانية مضادات . فيما حددت التراكيز المثبطة الدنيا لاربعة مضادات من الفلوروكوينولونات ,فاظهرت النتائج ان هناك اختلافا واضحا في قيمتها . تم اختيار 28 عزلة E.coli من عزلاتنا المحلية بالاعتماد على درجة مقاومتها العالية للمضادات ,اظهر كشف البلمرة التضاعفي التسلسلي (PCR) المفرد (Uniplex PCR) والمشترك (Multiplex PCR) عن وجود جينات الالتصاق الضارية والمتضمنة P (papC), type 1 fambria fimH ,adhesion S (sfaD/E) and afimbrial adhesin (afaB/CШ) حيث تم الكشف عن(22 isolates (79%),20(71%), 6(21%),4(14%)) على التوالي . تم الكشف عن جين مقاومة الكوينولونات gyrA في كل العزلات 28 (100%). في هذه الدراسة تم اعتماد gyrAبديلا عن استخدام 16s rRNA في تشخيص السلالات البكتيرية.اذ اعطت جميع العزلات حزم عند الحجم الجزيئي (518 bp) دلالة على وجود الجين باستخدام تقنية (PCR) .واخيرا .اظهرت النتائج ان عزلات E.coli الممرضة للقناة البولية (UPEC) والمقاومة للكوينولونات تبدي انخفاضا في عوامل ضراوتها عن العزلات الحساسة للكوينولونات ,اظهرت نتائجنا اعلى نسبة لعوامل الضراوة في العزلات التي قاومت ثمانية مضادات اعطت نسبة 18% منها تمتلك عامل الالتصاق الاول (CAFl) , 14%تمتلك (CAFΠ) و12% من هذه العزلات تمتلك (CAFШ) وذلك يشير الى ارتباط مباشر لمقاومة الكوينولونات مع انخفاض وجود جينات الضراوة (تراجع جيني).و اظهرت النتائج ايضا انه جينات الضراوة اقل انتشارا (PapC (86.3%), fimH (68.1%), afaBCIII (13.6%), sfaDE (9%)) في العزلات التي قاومت كل مضادات الفلوروكوينولونات .هذه العلاقة ربما تتاثر بواسطة التراجع الجيني . | One hundred fifty urine samples were collected from urinary tract infection patients from different ages during the period of July 2011 to November 2011. The bacterial diagnosis on cultural and microscopical characteristics of bacterial cell and biochemical tests. The final and accurate diagnoses of the isolates as the early mentioned species were done using the API 20E system. Molecular identification for adhesion factors and fluoroquinolone resistant gene was done by DNA extraction by boiling method, then subjected to conventional PCR .The antibiotic sensitivity test was done, also the minimum inhibitory concentration (MIC) for four Fluoroquinolone antimicrobial agents was studied. The results showed that the distribution of UTI in female were 99(66%), while in male were 51 (34%). However, the high percentages of UTI were observed within the adult married women 67(44.7%). The results showed that E.coli was the most common microorganisms in UTI patients, 65 isolates (43.3%). All the isolates showeded ability of adherence to uroepithelial cells of human's urinary tract (100%) of the isolates presented adherence that mean number of bacteria adhered to uroepithelial cells ranged from 8 to 63. E.coli isolates exhibited the presence of three types of colony adhesion factors (CAF) at different rate. Type one (CAFl) observed in 58 isolates (89%), while type two (CAFΠ) in 35 isolates (54%), and (CAFШ) in 36 isolates (55%). Sensitivity of E.coli local isolates toward 12 antimicrobial agents showed complete resistance (100%) to Augmentin (Amoxicillin/Clavulanic acid), while they were less resistance to Pefloxacin, Norfloxacin, Nitrofurantoin at (34, 35, 22)% respectively. The results showed that the highest rate of multidrug resistance (42%) was observed in isolates were able to resist 5 to 8 antimicrobial agents. The minimum inhibitory concentrations for four Fluoroquinolone antimicrobial agents showed an obvious different between their values.The local isolates of E. coli selection 28 isolates depending upon high degree of multi antibiotic resistance. The PCR assay (Uniplex PCR and Multiplex PCR) showed prevalence of virulent adhesion genes P (papC), type 1 fambria fim H, adhesion S (sfaD/E) and afimbrial adhesin (afaB/CШ), were detected (22 isolates (79%), 20(71%), 6(21%), 4(14%)) respectively. The quinolone resistance gene gyrA detected in all isolates 28 (100%). In the present study depended upon gyrA gene (housekeeping gene) as alternative to 16s rRNA for the identification bacterial strains. All the isolates give bands at the molecular size (518 bp) an indication of a gene by using PCR technique. Finally ,the results have shown that Fluoroquinolone resistant uropathogenic E.coli (UPEC) isolates express fewer virulence factors than Fluoroquinolone susceptible isolates .The persent results showed the highest rates of virulence factors in isolates that resisted eight antibiotics which was obtained to 18% of these isolates have(CAF l ), 14% have(CAFΠ ) and 12% of the isolates have (CAFШ). This finding suggests that fluoroquinolone could be directly associated with decreased prevalence of virulent genes (genetic back) .Also the results showed that all 4 virulent genes under the study were lower prevalent (PapC (86.3%), fimH (68.1%), afaBCIII (13.6%), sfaDE (9%)) in the isolates resistance for all fluoroquinolone and quinolone antimicrobial agents. that the relationship may be influenced by the genetic background.

دراسة بعض الحالات المناعية والدموية في مرضى بهاق عراقيين == Study Some Immunological and Heamatological Status of Iraqi Vitiligo (Bohak) Patients

Author name: شذى فارس طارق
Supervisor name: طالب عبد الله حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: البهاق هو مرض جلدي مكتسب مجهول السبب يتميز بظهور بقع ناقصة الصبغة وهذا يعزى الى فقدان الخلايا الصباغية الجلدية. تشير الدلائل الى ان المناعة الذاتية تلعب دورا في امراضية هذا المرض، لانه من الممكن الكشف عن الاجسام المضادة والخلايا التائية المتكونة ضد الخلايا الصباغية في مرضى البهاق.الدور المحتمل للخلل المناعي في مرض البهاق قد تم اقتراحه لذلك ولاختبار هذه الفرضية تم التحري عن حركيات خلوية معينة (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) ، والكلوبيولينات المناعية ( IgA , IgG , IgM وIgE)، والعد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض ولجميع المشمولين بالدراسة .شملت الدراسة : 60 مريضا (ذكور واناث ) وخلال فترة تراوحت ما بين تشرين الثاني 2014 الى نيسان 2015 وباعمار تراوحت مابين (6 - 55) سنة وكان 30 منهم غير معالجين و30 معالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة مرتين في الاسبوع ولمدة ( 4 - 10 ) اسابيع ومجموعة سيطرة باجناس وفئات عمرية مماثلة لاغراض المقارنة مكونة من 30 فرد اصحاء ظاهريا.فصل المصل وتم قياس تركيز الحركيات الخلوية (البين ابيضاض17ا وعامل التنخر الورمي الفا ) والمستوى الكلي للمضاد المناعي نوع IgEفي مصل دم المشتركين باستعمال تقنية الامتزاز المناعي المرتبط بالانزيمELISA)) بينما استخدمت طريقة الانتشار المناعي الشعاعي المفرد (SRID) في قياس مستوى الكلوبيولينات المناعية (IgM, IgG and IgA ) وتم قياس العد الكلي والتفريقي لخلايا الدم البيض بوساطة جهاز ( Hematology auto analyzer 5 - diff). توصلت هذه الدراسة للنتائج الاتية : 1 - اظهرت الاناث ارتفاعا في نسبة الاصابة بالبهاق مقارنة بالذكور وبنسبة (اناث / ذكور) تساوي 1 : 1.6 مع ذلك لا توجد بينهم فروق معنوية عند مستوى (P > 0.05) .2 - متوسط العمر في مرضى البهاق كان (28.55) سنة وان الفئة العمرية (20 - 11) سنة هي اكثر عرضة للاصابة .كشفت نتائج هذه الدراسة بان 48 (80%) من المرضى كان لديهم ظهور مبكر للبهاق (قبل عمر 30 سنة ) في حين 12(20%) من المرضى كان لديهم ظهور متاخر للبهاق (بعد عمر 30 سنة ).3 - وفيما يتعلق بالانواع السريرية للبهاق اظهرت هذه الدراسة بان الغالبية العظمى من الحالات كانت من النوع المنتشر 40 (%66.67) ومن ثم يتبع بالنوع الموضعي 18(30%) والنوع الشامل 2(3.33%). علاوة على ذلك كان النوع الفرعي السريري الاكثر شيوعا والذي لوحظ في هذه الدراسة هو النوع الشائع 30 (50%) ومن ثم يتبع بالنوع البقعي 12(20%) , النوع الذي يصيب الوجه والاطراف 8 (13.33%) ,النوع المقطعي 4 (6.66%) , النوع المختلط 2(3.33%) والنوع المخاطي 2(3.33%).4 - اظهرت نتائج الدراسة الحالية بان 23 (%38.33) من المرضى كان لديهم تاريخ عائلي بالبهاق . كان التاثير على الاقارب من الدرجة الاولى بنسبة 17(% 28.33) , الاقارب من الدرجة الثانية بنسبة 5 (%8.33) والاقارب من الدرجة الثالثة بنسبة 1 ((%1.67.5 - اظهر معدل المستوى المصلي للبين ابيضاض 17ا في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة 188.62) و174.03 ) بيكو غرام/ مل ارتفاعا معنويا عند مستوى ( (p ≤ 0.05 بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ( 116.07) بيكو غرام/ مل .6 - اظهر معدل المستوى المصلي لعامل التنخر الورمي - الفا ارتفاعا معنويا عند مستوى (p ≤ (0.05 عند مقارنة مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (64.68 و61.94) بيكو غرام/ مل على التوالي، مع مجموعة السيطرة (50.64) بيكو غرام/ مل .7 - A/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgG وIgA في مرضى البهاق غير المعالجين (1045.24 و216.40 ±) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ،انخفاضا غير معنوي عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مجموعة السيطرة (1082.02 و239.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي. بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgM (121.85 ) ملغرام/ديسيلتر والكلوبيولين IgE 147.01)) وحدة دولية /مل يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى0.05) <p ( . B/ اظهر معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgMو IgG في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ( 167.69 و1228.38) ملغرام/ديسيلتر على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى ((p ≤ 0.05 مقارنة مع كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومجموعة السيطرة ،بينما وجد بان معدل المستوى المصلي للكلوبيولين IgA (233.84) ملغرام/ديسيلتر يرتفع ولكن ارتفاع غير معنوي احصائيا عند مستوى 0.05)<p ( بالمقارنة مع مرضى البهاق غير المعالجين.8 - اظهر معدل خلايا الدم البيض في كل من مرضى البهاق غير المعالجين ومرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (8.80 و8.51) 103xخلية/مل3 على التوالي ، ارتفاعا معنويا عند مستوى (P ≤ 0.05) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة ((7.25 103x خلية/مل3.9 - A / لم يظهر معدل كل من الخلايا العدلة ،اللمفية ، وحيدة النواة ,الحمضة والقعدة في مرضى البهاق غير المعالجين (58.37 , 31.57 , 6.58 , 2.64 و1.04 )% على التوالي ، فروقا معنوية وعند مستوى 0.05) < ( P بالمقارنة مع مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة (58.29 , 30.25 , 6.46 , 2.61 و1.03) % على التوالي.B / اظهر معدل كل من الخلايا العدلة, الحمضة والقعدة في مرضى البهاق المعالجين بالاشعة فوق البنفسجية نوع B ذات الحزمة الضيقة ارتفاعا قليلا ولكن غير معنوي عند مستوى (0.05 <P) بالمقارنة مع مجموعة السيطرة , ولكن اظهر معدل الخلايا وحيدة النواة انخفاضا غير معنوي , بينما اظهر معدل الخلايا اللمفية انخفاضا معنويا بالمقارنة مع مجموعة السيطرة. | Vitiligo is an acquired idiopathic skin disorder characterized by depigmented macules due to loss of cutaneous melanocytes. Evidence suggests that autoimmunity plays a role in the pathogenesis of the disease, since antibodies and T cells against melanocytes can be detected in vitiligo patients.A potential role of the immune dysfunction has been suggested in vitiligo so to test this hypothesis, certain cytokines (IL - 17A and TNF - α), immunoglobulins (IgM, IgG, IgA and IgE), total and differential count of WBCs were investigated in all participants.The study included : 60 patients (males and females) during the period from November 2014 to April 2015 with age range between (6 - 55) year; 30 of them were untreated and 30 were treated with Narrow Band Ultraviolet - B twice a week for (4 - 10) weeks with confirmed diagnosis of vitiligo using standard assessment age and gender matched 30 apparently healthy control.Serum was separated and cytokines, total immunoglobulin E (IgE) were detected by using Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA); while immunoglobulins (IgM, IgG and IgA) were detected by using Single Radial Immunodiffusion (SRID) method. Total and differential counts of White Blood Cells (WBCs) were measured by using Hematology auto analyzer 5 - diff. This study has reached the following results : 1 - Females had shown higher incidence of vitiligo as compared with males with a ratio F/M equals to 1.6 : 1 however there were no significant differences (P > 0.05) between them.2 - The mean age of vitiligo patients was (28.55) year and age group (11 - 20) year was more susceptible to affected. Results of this study revealed that 48 (80%) of patients had early onset vitiligo (before 30 years of age); while 12 (20%) had late onset vitiligo (after 30 years of age).3 - Regarding the clinical types of vitiligo; this study showed that the majority of cases were generalized type 40 (66.67%) followed by localized type 18 (30%) and universal type 2 (3.33%). Furthermore the most common clinical subtype observed in this study was vulgaris vitiligo 30 (50%), followed by focal 12 (20%), acrofacial 8 (13.33%), segmental 4 (6.66%), mixed 2 (3.33%) and mucosal 2 (3.33%).4 - Results of the current study showed that 23 (38.33%) of patients had a positive family history of vitiligo. First - degree relatives were affected in 17 (28.33%), second - degree relatives in 5 (8.33%) and third - degree relatives in 1(1.67%).5 - The mean serum level of IL - 17A in both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (188.62 and 174.03) pg/ml showed a significant increase (p ≤ 0.05) as compared with healthy control (116.07) pg/ml. 6 - The mean serum level of TNF - α showed a significant increased (p ≤ 0.05) when untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (64.68 and 61.94) pg/ml respectively compared with healthy control (50.64) pg/ml.7 - A / The mean serum levels of IgG and IgA in untreated vitiligo patients (1045.24 and 216.40) mg/dl respectively showed non significantly decreased (P<0.05) as compared to healthy control (1082.02 and 239.38) mg/dl respectively, while the mean serum levels of IgM (121.85) mg/dl and IgE (147.01) IU/ml were found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05). B / The mean serum levels of IgM and IgG in NB - UVB treated vitiligo patients (167.69 and 1228.38) mg/dl respectively increased significantly (p ≤ 0.05) as compared to both untreated vitiligo patients and healthy control, while the mean serum level of IgA (233.84 ± 18.88) mg/dl was found to be increased, but the increase was statistically non significant (P<0.05) as compared to untreated vitiligo patients.8 - The mean value of total WBCs of both untreated and NB - UVB treated vitiligo patients (8.80 and 8.51) x103 cell/ml3 respectively showed a significant increased (P ≤ 0.05) as compared with healthy control (7.25) x103 cell/ml3.9 - A / The means value of neutrophil, lymphocyte, monocyte, eosinophil and basophil in untreated vitiligo patients (58.37, 31.57, 6.58, 2.64 and 1.04) % respectively showed non significant differences (P<0.05) as compared with NB - UVB treated vitiligo patients (58.29, 30.25, 6.46, 2.51 and 1.03) % respectively.B / The means value of neutrophil, eosinophil and basophil in NB - UVB treated vitiligo patients showed slightly but non significant increased as compared with healthy control, but the mean value of monocyte showed non significantly decreased ,while the mean value of lymphocyte showed a significant decreased as compared with healthy control

دراسة تاثير المحورات المناعية للمستخلص الايثانولي لبذور نبات Azadirachta indica على الاستجابة المناعية للفئران الملقحة ببكتريا Proteus vulgaris == Study the Immunomodulatory Effect of Ethanolic Azadirachta indica Seeds Extract on the Immunologic Response in Mice Vaccinated with Proteus vulgaris

Author name: سيف مزعل عبد
Supervisor name: طارق فعل الجنديل | تركي مفتن سعد
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Muthanna
First pages:
Abstract: جمعت 100 عينة من عينات الادرار من النساء الحوامل الذين اتن الى مستشفى الاطفال والولادة في مدينة السماوة، خلال فترة تمتد من نوفمبر الى يناير 2012. تضمنت الدراسة العزل والتشخيص البكتريلوجي لبكتريا Proteus vulgaris ، واختبار الحساسية للمضادات الحياتية وكذلك تضمنت الدراسة تاثير المحورات المناعية المتمثلة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم على الاستجابة المناعية للفئران الملقحة بمستضد جرثومة P. vulagris. تضمنت الدراسة ثمانية مجموعات ( 40 فار في كل مجموعة) وتمت معاملة المجاميع كما يلي (I : معاملة بالماء المقطر، II : معاملة بمستضد بكتريا p. vulagris فقط ، III : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ، IV : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ة ، V : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا البر وتيس فلكارس معا ، : VI : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا البر وتيس فلكارس ، : VII معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 600 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا . P .vulagris معا، VIII : معاملة بالمحلول الايثانولي لنبات النيم بجرعة مقدارها 400 ملغم لكل كغم ومستضد بكتريا . P .vulagris وتم حقن المجموعتين الاخيرتين بمقدار 5 ملغم لكل كغم من وزن الجسم من مادة بردنزولون (Prednisolone) المثبطة للمناعة قبل 5 ايام من اجراء المعاملة . اجريت جميع هذه المعاملات في اليوم الاول في اليوم الرابع وضحي بالحيوانات في اليوم 8 لاختبار Nitro blue tetrazolium NBT) مقاسا بجهاز الاليزا ، في اليوم 14 لاجراء معامل تفاعلات فرط الحساسية المتاخرة ومعامل تحول الخلايا اللمفاوية المقاسة بطريقة الاليزا )في اليوم 21 و28 لقيايس anti - proteus vulgaris antibody titer ولاجل اختبار serum electrophoresis لقياس بروتينات المصل ). اظهرت النتائج تاثيرات واضحة للمحورات المناعية المستخدمة في الدراسة وفي المجاميع الممنعة بمستضد البر وتيس فلكارس ومن خلال تحسن الاستجابة المناعية غير النوعية والمناعة الخلوية الخلطية مقارنة مع المجاميع غير المعاملة بالمحورات المناعية، واشارت النتائج الى ارتفاع ملحوظ في نسبة الخلايا الموجبة لفحص NBT في المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية وبفوارق احصائية معنوية بالمقارنة بمجاميع السيطرة السالبة (معاملة بالماء المقطر فقط) والسيطرة الموجبة المعاملة بالمحورات المناعية او اللقاح فقط . وقد ظهر ارتفاع في النسبة المئوية لمعامل الخلايا الموجبة لفحص NBT في كل المجاميع وسجلت المجموعةV اعلى نسبة مئوية للخلايا الموجبة لفحص NBT ( 57% ) وبفوارق احصائية معنوية (P≤ 0.01) وسجلت المجموعة IV ادنى نسبة مئوية (5%) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة 0 ) I% )، كما لوحظ ارتفاع واضح في النسبة المئوية لمعامل التحول للخلايا اللمفية في الدم المحيطي ، حيث اعطت جميع الحيوانات الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية نتائج اعلى من تلك الممنعة وغير معاملة بالمحورات المناعية وبفوارق احصائية معنوية وسجلت المجموعة V اعلى مستوى للنسبة المئوية لمعامل تحول الخلايا اللمفاوي في الدم (264%) ، بينما اعطت المجموعة IV ادنى نسبة وهي ( 17% ) .اما نتائج فحص الحساسية المتاخرة في الجلد فقد سجلت حيوانات المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية نتائج اعلى وبفوارق احصائية معنوية ( P≤ 0.01) عن مجاميع السيطرة الموجبة والسالبة واعطت المجموعة V. اعلى قيمة بلغت بعد 24 ساعة من حقن مستضد البر وتيس ، وكانت جميع نتائج فحص الحساسية المتاخرة المسجلة في الحيوانات بعد 24 ساعة افضل منه بعد 48 ساعة. وعند قياس عيارية اضداد anti proteus vulgaris بواسطة الوميض الاشعاعي غير المباشر، اظهرت المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية ارتفاع مستوى هذه الاضداد مقارنة بمجاميع السيطرة السالبة والموجبة وبفوارق احصائية معنوية بمستوى P≤ 0.01) ) وسجلت اعلى معيار حجمي لتلك الاضداد بمستوى 512 بعد 21 يوم التمنيع. كذلك سجلت المجاميع الممنعة والمعاملة بالمحورات المناعية ارتفاع ملحوظ في قيمة كاماكلوبيولين والفا - 1 والفا - 2 وبيتا عند تحليل البروتين بجهاز الترحيل الكهربائي وبفوارق احصائية معنوية ( P≤ 0.01) عن مجاميع السيطرة الموجبة والسالبة المعاملة بالمحورات.حيث سجلت المجموعة V (19.24 ± 0.80, 8.68 ± 0.23, 27.31 ± 0.06, 34.02 ± 0.21 ) على التولي بعد 21يوم من التمنيع وكذلك اعلى قيمة كاماكلوبيولين والفا - 1 والفا - 2 وبيتا سجلت في المجموعة 19.26 ± 0.8 )V , 8.17 ± 0.38 , 27.43 ± 0.12 , 34.10 ± 0.06 ) على التوالي بعد 28 يوم من التمنيع . من خلال النتائج اظهر المحلول الايثانولي لنبات النيم تحسنا واضحا على الاستجابة المناعية غير الخصوصية والمناعة الخصوصية بشقيها الخلطي والخلوي. | A total of 100 urine samples were collected from pregnant women who attended to Children and delivery's hospital in Samawah city, during the period extended from November to January 2012. The study is carried out for bacteriological isolation and identification of P. vulagris, antibacterial susceptibility testing and to investigate the immunomodulatory effect of the Ethanolic neem seeds extract on the immune response of mice vaccinated with Proteus vulgaris antigens. The study included eight groups; the first group (I) was treated with distilled water. group II included mice treated with Proteus vulgaris antigens only (III) : injected mice subcutaneously with a dose of (600 µg /Kg) ethanolic neem seed extract, IV group included injected subcutaneously with a dose of (400 µg /Kg) ethanolic neem seed extract only, The V, VI groups mice were treated with combination of p.vulgaris and ethanolic neem seed extract while (VII and VIII) groups mice were injected with the immunosuppressive drug prednisolone prior to the forthcoming treatment 5 days. All these treatments were carried out at day 1, and then the mice were sacrificed at day 8 to estimate phagocytic activity index by ELISA reader and on day I4 for estimation of lymphocyte transformation by MTT index by ELISA reader and for delayed - type hypersensitivity reaction test at 24 , 48 and 72 hours after proteus vulgaris antigens injection, at day 21 and 28 for (anti - proteus vulgaris antibody titer) by indirect immunoflourescent assay and for serum electrophoresis to estimate the serum fraction.In this regard, all groups of mice showed different significant increases(P≤ 0.01) in the NBT index which represent the phagocytic activity% as compared to group I (0%), which was injected with distilled water (negative control group). The best treatment efficiency was recorded in - group V (57%), while the lowest treatment efficiency was recorded in - group IV (5%). The results of lymphocyte transformation index in mice of all groups showed different significant increases by MTT assay which represent the lymphocyte transformation index as compared to group I (0%). The best treatment efficiency was recorded in - group V (264%), while the lowest treatment efficiency was recorded in - group VI (17%).Delayed type hypersensitivity (DTH) index estimated by skin test in footpad of the mice that immunized with P vulgaris antigens and treated with ethanolic neem seed extract and the high value in the group V after 24 hours. The best delayed type hypersensitivity (DTH) index was recorded in group V. The anti - Proteus antibodies assessed by indirect immunoflourescent test also showed a significant increase titer in immunomodulator - treated and - vaccinated mice in comparison with negative and positive groups. At 21, 28 days, and the best treatment efficiency was recorded in - group V after 21 days with titer of 512. In all mice a significant increase in the value of gamma globulin fraction and Alpha - 1 serum fraction and Alpha - 2 Fraction and Beta serum fraction were observed in group V (19.24 ± 0.80, 8.68 ± 0.23, 27.31 ± 0.06, 34.02 ± 0.21) respectively after 21 days of immunization, and also The highest values of gamma globulin fraction and Alpha - 1 serum fraction and Alpha - 2 Fraction and Beta serum fraction were observed in V (19.26 ± 0.8 , 8.17 ± 0.38, 27.43 ± 0.12, 34.10 ± 0.06 ) respectively after 28 days of vaccination of mice. The results demonstrated a clear immunomodulatory effect of the ethanolic neem seed extract (improvement of non - specific, and cellular immune response) of the treated mice immunized with proteus vulgaris .

انتاج الليفان من البكتريا المعزولة من تربة الجذور وتقييم العوامل المؤثرة على انتاجه == Levan Production by Bacteria Isolated from Rhizosphere Soil and Evaluation of Factors Affecting its Production

Author name: سناء بشير كاظم
Supervisor name: صفاء الدين احمد شنتر القيسي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعتبر منطقة التربة المحيطة بالجذور مصدرا مهما للعديد من الاحياء المجهرية مثل الفطريات والبكتريا والبكتريا الخيطية. في الدراسة الحالية، تم عزل البكتريا المنتجة لليفان من التربة المحيطة بالجذور. حيث تم الحصول على 15 عينة من التربة المحيطة بجذور البقوليات ( الباقلاء واللوبيا ) خلال الفترة بين تشرين الاول 2014 الى كانون الثاني 2015، من ثلاث مزارع للبقوليات في ناحية كنعان، محافظة ديالى. تم عزل 52 عزله من بكتريا الجذور (الرايزوسفير) واختبرت لمعرفة قابليتها لانتاج الليفان وذلك بالاعتماد على نمو المستعمرات المخاطية عند تنمية هذه البكتريا على وسط الاكار المغذي الحاوي على السكروز. وقد اظهرت النتائج مقدرة 36 عزلة بكتيرية جذرية على انتاج الليفان من المجموع الكلي للعزلات. شخصت العزلات الاربع الاكثر كفاءة لانتاج الليفان ووصفت بواسطة الفحوصات المظهرية والبايوكيميائية القياسية والاختبارات على المستوى الجزيئي. تم اجراء التشخيص الجزيئي لهذه العزلات الاربعة باستخدام 16S rDNA والتي اظهرت ان طول تسلسل المنطقة كان (946، 1056، 1064و1154) زوجا قاعديا للعزلات (2، 3، 23 و33) على التوالي. ان محاذات التسلسل في بنك الجينات اظهر ان العزلات الاكثر كفاءة كان لديها نسبة عالية من التشابه (98، 96، 98 و99) % على التوالي وتبعا لاقرب جار تطوري لهذه العزلات, تم التعرف عليها تبعا لتتابع جين (16S rRNA) وتبعا للفحوصات الشكلية والكيموحيوية , وشخصت على انها (Brachybacterium phenoliresistens، Elizabethkingia anophelis، Arthrobacter globiformis، Pseudomonas brassicacearum) على التوالي. تم تشخيص الليفان المنتج من هذه العزلات الاربعة باستخدام تقنية TLC والتي اظهرت تكون الليفان من نوع واحد من السكريات الا وهو الفركتوز. وقد تم تشخيص الليفان المنتج بواسطة بكتريا B. phenoliresistens باستخدام تقنيتي FTIR وتقنية الرنين المغناطيسي النووي NMR. تحليل الليفان بواسطة هاتين التقنيتين اثبتت انتاج الليفان بواسطة هذه العزلة. تم دراسة تاثير العوامل الغذائية والفيزيائية على انتاج الليفان بواسطة العزلات الاكفا. كان مصدر الكاربون الامثل لانتاج الليفان بواسطة هذه العزلات هو السكروز، حيث كان انتاج هذه العزلات هو 7.88، 7.94، 7.8 و7.77 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis، A. globiformis ، P. brassicacearum على التوالي. تم استخدام اربع مصادر مختلفة للنايتروجين لمعرفة افضل مصدر نيتروجيني لانتاج الليفان. حيث كان الكازائين هو افضل مصادر النيتروجين لانتاج الليفان حيث كان انتاج هذه العزلات 8.12، 8.2، 8.24 و8.56 غم/لتر للعينات الاربعة على التوالي. تم استخدام تراكيز مختلفة للسكروز لانتاج الليفان حيث كان اعلى انتاج لجميع العزلات عند التركيز 300غم/لتر وكان الانتاج بواسطة هذه العزلات 7.97، 7.94، 8.06 و7.95 غم/لتر على التوالي. تم استخدام قيم pH مختلفة لمعرفة افضل اس هيدروجيني لانتاج الليفان حيث كان افضل اس هيدروجيني هو 7.8 لكل العزلات، وكان الانتاج 7.88، 7.94، 7.8، 7.77 غم/لتر على التوالي. فضلا عن ذلك، تم اختبار عدة ظروف مثل فترة الحضن المثلى، درجة الحرارة، معدل الرج. كانت فترة الحضن المثلى للعزلة E. anophelis 48 ساعة حيث انتجت 8.46غم/لتر، في حين كانت 72 ساعة لباقي العزلات حيث انتجت 8.58، 8.53 و8.7 غم/لتر للعزلات B. phenoliresistens ، A. globiformis وP. brassicacearumعلى التوالي. درجة الحرارة المثلى لانتاج الليفان بواسطة العزلة B. phenoliresistens كانت عند 30 درجة مئوية حيث انتجت 7.87 غم/لتر، وكانت درجة الحرارة المثلى هي 33 درجة مئوية للعزلتين E. anophelis وA. globiformisحيث انتجت عندها 8.04 و8.6 غم/لتر على التوالي. في حين كانت درجة الحرارة المثلى للعزلة P. brassicacearum 40 درجة مئوية وكان انتاجها 8.24 غم/لتر. استخدمت ثلاث معدلات رج لمعرفة افضل معدل رج لانتاج الليفان. تم الحصول على اعلى انتاج لليفان عند معدل رج 150 هزه/دقيقه، حيث كان الانتاج للعزلات B. phenoliresistens، E. anophelis وA. globiformis هو 8.12، 8.54 و8.27 غم/لتر على التوالي. | The Rhizosphere zone is a narrow volume of soil which surrounds the plants roots and influenced by the activity and growth of the root. In the present study, Levan producing bacteria were isolated from rhizosphere soil, fifteen rhizosphere soil samples were obtained from the legumes roots cowpea and broad bean (Vinga unguiculata L. and Vicia faba) during the period from October 2014 to January 2015, which were collected from three legumes farms in Kana’an Village, Diyala Governorate. A total of 52 Rhizobacterial colonies were isolated, purified and screened for their ability to produce levan, depending on growing of mucoid colonies on sucrose nutrient agar. The results showed that thirty six isolates out of the total number of the isolates were identified as levan producers. The most efficient four isolates were identified and characterized according to standard biochemical and Molecular tests. The Molecular identification of these four isolates was carried out by using 16S rDNA, which resulted in sequenced region of 946, 1056, 1064 and 1154 base pair in length respectively. The sequence alignment in the gene bank indicated that the most efficient isolates (2, 3, 23 and 33) have high percentage of similarity (98, 96, 98 and 99 % respectively), in comparison with the retrieved consensus sequences. The closest phylogenetic neighbor for these isolates is predicted according to the 16S rRNA gene sequence, morphological and biochemical tests. These isolates were identified as (Brachybacterium phenoliresistens, Elizabethkingia anophelis, Arthrobacter globiformis and Pseudomonas brassicacearum) respectively. Levan production by these four isolates were characterized by using Thin Layer chromatography (TLC) technique, which revealed that levan is composed of only one sugar which is fructose. Levan produced by B. phenoliresistens was characterized by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy techniques. The instrumental analysis indicated that Levan was produced by the selected isolate. The effect of some nutritional and physical factors were investigated on levan production by the highest four isolates. Sucrose was the best carbon source for levan production in all isolates that gave (7.88, 7.94, 7.8 and 7.77) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively. In addition, four nitrogen sources were used to identify the best nitrogen source for levan production. Casein was the best nitrogen source for all isolates that gave (8.12, 8.20, 8.24 and 8.56) g/l by B. phenoliresistens, E. anophelis, A. globiformis and P. brassicacearum respectively,. Moreover, different sucrose concentrations were used to assess the best concentration for levan production. The highest levan yield by all isolates was at the sucrose concentration of 300 g/l, which gave (7.97, 7.94, 8.06 and 7.95) g/l respectively. Different pH values were also used to determine the best pH value for the levan production. The four isolates gave their highest levan production (7.88, 7.94, 7.80 and 7.77) g/l at pH 7.8. Further, conditions were examined like optimal incubation period, temperature and agitation rate. The optimal incubation period was 48 hs for E. anophelis that gave 8.46 g/l and 72 hs for B. phenoliresistens, A. globiformis and P. brassicacearum which gave (8.58, 8.53 and 8.7) g/l respectively. Whereas, the optimal temperature was 30ºC for B. phenoliresistens that produced 7.87 g/l , 33 ºC for E. anophelis and A. globiformis which gave (8.04 and 8.6) g/l, and 40 ºC for P. brassicacearum that gave 8.24 g/l. Three agitation rates were used to identify the best agitation rate for levan production. The highest levan production yield was obtained at 150 rpm by the isolates B. phenoliresistens, E. anophelis and A. globiformis which gave (8.12, 8.54 and 8.27) g/l respectively.

نزعات مقاومة مكروليد في العقدية المقيحة والرئوية المعزولة من الاطفال العراقيين المصابين بامراض الحلق المعدية == Macrolide Resistance Trends in Streptococcus pyogenes and Streptococcus pneumoniae Isolated from Iraqi children with throat infections

Author name: سعاد عبد الجبار عبد الزهرة الساعدي
Supervisor name: محمد فخري احمد | مروان صالح محمد النمر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة على مرضى مراجعي العيادة الاستشارية في مستشفى ابن البلدي في مدينة بغداد (العراق) للفترة من تشرين الثاني 2007 الى شباط 2008 . تم تعين المرضى بشكل عشوائي اذ تم اختيار 108 حالة (60 انثى و48 ذكر) تراوحت اعمارهم بين 18 شهر الى 12 سنة والذين يعانون من التهاب الحنجرة والبلعوم .تم جمع مسحات البلعوم من كل مريض بهدف عزل وتشخيص البكتريا . اعتمد كل من فحص D - test وOptochin كفحص اساسي لتميز بكتريا Streptococcus pyogenes المقاومة للمضادات الميكروليدية . اظهرت النتائج ان 94 حالة ظهرت عليهم العلامات السريرية واعراض التهاب اللوزتين والبلعوم ، 7 حالات ظهرت عليهم اعراض الحمى القرمزية (Scarlet fever)، و14 مريض اعتبروا حاملين للمرض .تم تشخيص بكتريا S. pyogenes في 65 عزلة من اصل 73 وكانت 16 منها مقاومة لمضادات الحياة الميكروليدية ، وتم تشخيص 8 عزلات من Streptococcus pneumoniae .توزعت المجاميع المقاومة للمضادات الحياة الميكروليدية الى : مجموعة بكتريا مقاومة من نوع iMLSB بواقع 3 عزلات ، ومن نوع cMLSB بواقع 8 عزلات ومن نوع M - phenotype بواقع 5 عزلات ، واظهرت عزلتين من نوع معكوس D - Shape (Inverted D - Shape) .كانت التراكيز المثبطة الدنيا باستخدام تقنية التخفبف الدقيق Micro - dilution لـ17 مضاد حيوي متفاوتة بالنسبة الى العزلات (حساسة او مقاومة للمضادات الميكروليدية واشكالها المظهرية) . اظهرت بكتريا S. pyogenes الحساسة للـerythromycin والـclindamycin تركيز مثبطا ادنى عند 0.25 مايكروغرام/مليليتر لكل من الـCo - amoxicillin + clavulanic acid وceftriaxone .بكتريا S. pyogenes التي قاومت كل من erythromycin وclindamycin كانت حساسة عند التركيز 0.25 مايكروغرام/مليليتر للـampicillin وamoxicillin وCo - amoxicillin - clavulanic acid وgentamicin وceftriaxone وciprofloxacin وgatifloxacin .كانت عزلات S. pyogenes من نوع M - phenotype حساسة للتركيز 0.25 مايكروغرام/مليليتر من azithromycin وlincomycin وampicillin وCo - ampicillin cloxacillin وCo - amoxicillin - clavulanic acid وgentamicin وcephalothin وcefotaxime . ادنى تركيز مثبط لعزلات S. pyogenes من نوع D - Shape موجب كان 0.25 مايكروغرام/مليليتر لمضادات ampicillin وamoxicillin وCo - amoxicillin - clavulanic acid وgentamicin . كانت عزلات S. pneumoniae حساسة لكل مضادات الحيوية التي تم دراستها وبتراكيز مثبطة ادنى تراوحت بين (1 - 0.25) مايكروغرام/مليليتر .تم تحديد 3 عزلات من S. pyogenes متحملة للبنسلين . يستنتج من ذلك ان عزلات الـS. pyogenes المقاومة لمضادات الميكروليدية كانت تحتل نسبة عالية ، واكثر الاشكال المظهرية شيوعا كان من نوع cMLSB .كل من العزلات المقاومة للـfluoroquinolone والمتحملة للبنسلين penicillin tolerant كانت متواجدة في العزلات المقاومة والحساسة لمضادات الميكروليدية .حساسية عزلات S. pyogenes لمضادات الحيوية كانت متفاوتة بالنسبة الى حساسيتها او مقاومتها لمضادات الحيوية الميكروليدية وكذلك بالنسبة الى التنويع المظهري للعزلات المقاومة . | This study was conducted on patients attending the consultant clinic at Ibn - Al - Balady Hospital in Baghdad, Iraq from November 2007 to February 2008. The patients were allocated randomly, after they examined thoroughly by pediatrician, to be admit in this study. A total number of 108 (60 girls and 48 boys), their ages ranged from 18 months to 12 years, with provisional diagnosis of tonsillo - pharyngitis were enrolled in this study. Throat swab was obtained from each patient for isolation and identification of microorganisms. Double - disk test (D - test) and optochin test, fundamental for discrimination macrolide resistant Streptococcus pyogenes were done. The results showed that 94 patients had clinical signs and symptoms of tonsillo - pharyngitis, 7 patients were diagnosed as scarlet fever and 14 patients were considered as carriers. S. pyogenes was identified in 65 out of 73 isolates; sixteen of them were macrolide - resistant strain, and (8 isolates) of Streptococcus pneumoniae were identified. The phenotypes of macrolide resistant S. pyogenes were distributed as iMLSB (3 isolates), cMLSB (8 isolates) and M phenotype (5 isolates). Two isolates showed inverted D - Shape patterns. The minimum inhibitory concentration (MIC), using microdilution technique, of seventeen antimicrobials were varied with respect to the isolates whether susceptible or resistant to macrolide in addition to their phenotypes. The lowest MIC for susceptible isolates to erythromycin and clindamycin, was 0.25 µg/mL of Co - amoxicillin + clavulanic acid and ceftriaxone. S. pyogenes which resisted to both erythromycin and clindamycin were susceptible to 0.25 µg/mL of ampicillin, amoxicillin, Co - amoxicillin - clavulanic acid, gentamicin, ceftriaxone, ceftazidime, ciprofloxacin and gatifloxacin. M - phenotype of S. pyogenes isolates were susceptible to 0.25 µg/mL of azithromycin, lincomycin, ampicillin, Co - ampicillin - cloxacillin, Co - amoxicillin - clavulanic acid, gentamicin, cephalothin and cefotaxime. The lowest MIC for S. pyogenes characterized by positive D - shape test was 0.25 µg/mL of ampicillin, amoxicillin, Co - amoxicillin - clavulanic acid and gentamicin . S. pneumoniae isolates were susceptible to all tested antimicrobials with MIC range of 0.25 - 1 µg/mL. Penicillin - tolerant S. pyogenes was detected in 3 isolates. It concludes that Macrolide resistant S. pyogenes was found in high percent, and the commonest phenotype was cMLSB. Both fluoroquinolone resistant isolates and penicillin tolerant isolates were detected in both Macrolide resistant and susceptible isolates. The susceptibility of S. pyogenes isolates to antimicrobials was varied in respect to their susceptibility or resistance to macrolide as well as to the phenotypes of resistant isolates.

دراسة تاثير الغشاء الحيوي المنتج بواسطة Klebsiella pneumonia المعزولة سريريا على بعض جوانب الجهاز المناعي == Study the Effects of Biofilm of Klebsiella pneumoniae Isolated Clinically on Some Immune System Aspects

Author name: سرى مؤيد عباس العبيدي
Supervisor name: علي حسين علوان العامري
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تعد بكترياKlebsiella pneumoniae من الممرضات الخطرة التي بامكانها ان تسبب اصابات حادة, شملت الدراسة عزل 50 عزلة من البكتريا من مصادر سريرية مختلفة من مستشفيات مختلفة في مدينة بغداد (مستشفى ابن البلدي, مستشفى الكندي التعليمي والمختبرات التعليمية لمدينة الطب) لغرض دراستها من محاور عدة بعد ان شخصت البكتريا اعتمادا على الطرق التقليدية بالتشخيص من حيث صفاتها الزرعية والكيموحيوية فضلا عن استعمل جهاز vitek2 compact system لتاكيد التشخيص, اظهرت نتائجنا ان عدد ونسبة عزلات بكترياKlebsiella pneumoniae التي تم الحصول عليها وفقا للمصادرالسريرية (الادرار,الدم ,القشع، حروق, مسحة الاذن ، القيح, الجروح والخروج) كانت 22 (44٪)، 11 (22٪)، 4 (8٪),4 (8٪), (3) (6٪)، 3 (6٪)، 2 (4٪) و1 (2٪) على التوالي. المحور الاول ركز على دراسة المقاومة للمضادات المختلفة وتحديد التركيز الادنى للمضادات الحيوية لتثبيط نمو البكتريا, استعملت المضادات الاتية (,amikicin, azteronam cefepime ceftazidime, ciprofloxacin, gentamycin, impenem, meropenem, minocycline, piperacillin, piperacillin/tazobactam, ticracillin, tobaromycin (trimethoprim/ sulfamethoxazole and لوحظ ان المضادات amikicin, impenem meropenem and اكثر فاعلية ضد هذه البكتريا. من جهة اخرى اظهرت العزلات قدرة مختلفة على انتاج الغشاء الحيوي، حيث استخدمت في هذه الدراسة طريقتان لمعرفة قدرة العزلات لتشكيل الغشاء الحيوي، وكالتالي كانت النسبة في طريقة Congo - Red Agar (CRA) 72 % مكونة للغشاء و20 % غير منتجة و8 % غير محددة الانتاجية, في حين طريقة اطباق المعايرة الدقيقة 80 % مكونة و20 % غير قادرة على تكوين الغشاء. العزلات الاقوى لانتاج الغشاء الحيوي اختيرت لمعرفة مقاومتها للمضادين Ciprofloxacin and Meropenem لاجراء مقارنة المضادات بين الخلايا المفردة والخلايا المكونة للغشاء الحيوي, حيث اظهرت النتائج ان المقاومة للمضادات تصبح اكثر بحوالي 10 مرات بالنسبة للخلايا المكونة للغشاء الحيوي مقارنة مع الخلايا المفردة. المحور الثاني تضمن اجراء التجارب المناعية وشملت عملية الطهي وقياس الفاعلية القاتلة وعملية البلعمة, اجريت هذه التجارب على اكفا عزلتين من كل مصدر من ناحية تكوين الغشاء الحيوي والاكثر مقاومة للمضادات الحيوية, من ناحية اخرى عرضت هذه العزلات لمصدر الاشعة فوق البنفسجية بطول موجي 240 نانوميتر ولمدة نصف ساعة وذلك لاجراء مقارنة بين العزلات نفسها قبل وبعد التعرض وتاثير ذلك على استجابة الجهاز المناعي داخل وخارج الجسم الحي. حيث اظهرت التحليلات الاحصائية وجود فروق عند مستوى معنوية (0.001) لعملية الطهي وقياس الفاعلية القاتلة (داخل الجسم الحي) والبلعمة (خارج الجسم الحي) عند المقارنة مابين العزلات قبل وبعد التشعيع ومابين البكتريا في حالة كونها خلايا مفردة وفي حالة تكوينها الغشاء الحيوي, يدلل ذلك ان الجهاز المناعي اكثر فاعلية ضد الخلايا المفردة من الخلايا المكونة للغشاء الحيوي وللعزلات نفسها قبل وبعد التشعيع.اخيرا اجريت دراسة للتحري عن نسبة وجود الجينات التي يعتقد انها مسؤولة عن انتاج الغشاء الحيوي بواساطة جهاز تفاعل البلمرة التسلسلي وكانت النسبة للجين mrkA 92% وللجين mrkD 50% في العزلات الغير مشععة واصبحت النسبة 53% MrkA و23% MrkD للعزلات بعد التشعيع. كخلاصة هذه النتائج تؤيد ان الاستجابة المناعية ضد البكتريا المكونة للاغشية الحيوية هي اقل كفاءة والتي تضمنت في الدراسة عنها للخلايا المفردة ومما يعني نحن بحاجة لاجراء دراسات اخرى تشمل للجوانب المناعية الاخرى المتخصصة في استجابة الجهاز المناعي. | Klebsiella pneumoniae is a dangerous pathogens that can cause severe diseases. This study included the isolation of 50 isolates of bacteria from different clinical sources from different hospitals in Baghdad city (Ibn - albalady hospital, Teaching Al - Kindy hospitals and Teaching laboratory in medical city hospitals through August 2014 to December 2014) for the purpose of examination of several axes after confirmation the diagnosis of bacteria depending on traditional methods of diagnosis in terms of relying on cultural and biochemical characteristics then used vitek2 a compact system. These results showed that the number and percentage of isolate according to the sources (urine, blood, sputum, burns, ear swabs, pus, wounds and stool ) were 22(44%), 11(22%), 4(8%), 4(8%), 3(6%), 3(6%), 2(4%) and 1(2%) respectively. The first axis of this studies focused on the isolates resistance to different antibiotics and determination the minimum inhibitory concentration of antibiotics ( amikicin, azteronam, cefepime, ceftazidime, ciprofloxacin, gentamycin, impenem, meropenem, minocycline, piperacillin, piperacillin/tazobactam, ticracillin, tobaromycin, trimethoprim/ sulfamethoxazole) that inhibits the growth of bacteria, the obtained results showed that the antibiotics amikicin, impenem and meropenem more effective against the isolates. On other hand the isolates showed different ability to produce biofilms, to examine this ability two methods were used (Congo - red agar methods and Tissue culture plate methods), the percentage of isolates formed biofilms in method (CRA) 72% produce biofilm and 20% non productive and 8% non - specific in CRA, while in TCP method 80% composed and 20% are not able to form the membrane. Higher production of biofilms isolates were exposed to Ciprofloxacin and Meropenem to make a comparison the antibiotic resistance between planktonic and biofilms producers isolates, the results showed that resistance to antibiotics became 10 times higher than planktonic. The second axis was the immunological experiment which included opsonization, bactericidal activity and phagosytosis. The strongest isolates that were chosen from each sources depended on biofilms formation, and antibiotic resistance, the same isolates were exposured to radiation by UV light wave length 240nm for 30min to compare between the same isolates after and before radiation to determine the immune response. Statistical analysis showed a significant differences P (0.001) to all immunogical experiments opsonization and bactericidal (preformed in vivo for wild and mutant type) activity phagocytosis (preformed in vitro for bacteria in planktonic and biofilm form). The immune system response was more effective against planktonic than biofilms formation bacteria to phagocytosis and between isolates for bactericidal assay and opsonization after and before radiation. Finally the genetic study used serial polymerase chain reaction to determine the proportion of the presence of genes that are believed to be responsible of biofilm production ratio was mrkA 92% and mrkD 50% of wild isolates that became at ratio 53.8% mrkA and 23% mrkD in isolates after radaiation, as a conclusion these findings support that immune response to bacteria vital constituent of membranes differ from the response in the case of single cells and there is need to make other immunological studies include specialized aspects of the immune system response.

تحضير الدقائق النانوية لاوكسيد واوكزالات النحاس ودراسة فعاليتها ضد بكتريا الزوائف الزنجارية والمكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين المعزولة من اصابات الحروق والجروح == Preparation of Copper Oxide and Oxalate Nanoparticles and Their Effects Against P.aeruginosa and Methicillin - Resistant S.aureus from Burn and Wound Infections

Author name: سرمد فاروق هادي
Supervisor name: سوزان سعدي حسين الروزنامجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت ست وثمانون عينة سريرية (57 من الجروح و29 من الحروق) من مرضى مصابين بانواع مختلفة من الجروح والحروق من ثلاث مستشفيات في مدينة بغداد وهي : مستشفى اليرموك التعليمي ومستشفى بغداد التعليمي ومستشفى الحروق في مدينة الطب خلال الفترة من ايلول الى كانون الاول 2014. العينات المجموعة فحصت باستخدام ملون كرام ثم زرعت على اوساط اكار الدم واكارالماكونكي بالاضافة الى الاوساط التفريقية الانتقائية (وسط اكار السيدوموناس لعزل Pseudomonas aeruginosa ووسط المانيتول الملحي لعزل (Staphylococcus aureusكما اجريت الاختبارات الكيموحيوية التالية : الكاتاليز والاوكسديز والكواوكيوليز واختبار API 20 NE لغرض تشخيص الـ P.aeruginosa بالاضافة الى ذلك، وبالاعتماد على نظام VITEK2 compact تم اجراء الاختبار التاكيدي لتشخيص P.aeruginosa وS.aureus كشف الزرع البكتيري لـ 86 عينة الماخوذة من الجروح والحروق، ان 75 عينة )%87.2 ( وجد فيها نمو بكتيري هوائي (عينات ايجابية)، بينما العينات السلبية كانت (11) ونسبتها 12.8 %. اظهر زرع عينات الحروق والجروح نسبة عالية %)45.3 ( ,34 عزلة من P.aeruginosa وبالتالي اقترح ان يكون هو المسبب المرضي الاكثر شيوعا، بينما S. aureus كانت نسبتها 28.0 % (21 عزلة). تم زرع جميع عزلات S. aureusعلى وسط agar CHROM حيث سجلت 66.6 %منها كانت مقاومة للمثسيلين اي Methicillin Resist Staphylococcus aureus (MRSA) و33.3 % حساسة للمثسيلين ايMethicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) ، نفس النتائج اعلاه تم الحصول عليها باستعمال طريقة Cefoxitin disc diffusion. خضعت 34عزلة عائدة لبكتيريا P.aeruginosa لاختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية قيد الدراسة، واظهرت النتائج ان كل العزلات %100.0كانت مقاومة للمضادات Carbenicillin وDoxycycline في حين اظهرت مقاومة عالية نسبيا للمضادات الاتية Amoxicillin /Clavulanic acid % 85.3% Cefipime , , 82.4 Netilmicin 76.5% واخيرا Azetreonam 61.8% في حين اظهرت مقاومة معتدلة نسبيا لكل من Gentamicin ,35.3% Tobramycin 32.4% واخيرا Ciprofloxacin ,29.4 % بينما اظهرت مقاومة منخفضة نسبيا لمضاد% Imipenem 14.7 . من جهة اخرى, خضعت 21 عزلة عائدة لبكتريا S.aureus لاختبار فحص الحساسية للمضادات الحياتية واظهرت مقاومة عالية نسبيا لكل من Azithromycin ; 76.2% Cefoxitin Clathromycin; 66.7% 62.0% في حين اظهرت مقاومة معتدلة نسبيا لكل من Chloramphenicol ,%47.6 42.9% Ciprofloxacin Doxycycline, 38.0% بينما اظهرت مقاومة منخفضة نسبيا لكل من Gentamycin , 19.0% Tobramycin Vancomycin , 14.3% 9.5% واخيرا Clindamycin . 9.5% تم تحضير دقائق نانوية لاوكسيد النحاس واوكزالات النحاس بنجاح بطريقة كيمياوية مرنة مستندة على التفكك الحراري لمواد اولية من حامض الاوكزاليك. تم تشخيصها باستعمال الطرق التالية : التحليل النمطي من انحراف الاشعة السينية (XRD) ، والمجهر الالكتروني الماسح (SEM) والتحويل الرباعية لامتصاص الاشعة تحت الحمراء(FT - IR) . تم قياس الفعالية المضادة للبكتيريا لاوكسيد النحاس واوكزالات النحاس النانوية المحضرة لكل من P.aeruginosa وMRSA باستعمال طريقة الانتشار في الحفر وطريقة تخفيف المرق. بينت النتائج بان كلا النوعين من الدقائق النانوية لها القدرة على منع نمو عزلات البكتيريا تحت الدراسة. كما تم تحديد التركيز المثبط الادنى MIC والتركيز القاتل الادنى MBC لكلا النوعين من الدقائق النانوية حيث كانت قيم MIC وMBC لاوكسيد النحاس ضد P.aeruginosa في التراكيز 1600 و3200 مايكروغرام/مل على التوالي، في حين كانت قيم MIC وMBC لاوكزالات النحاس في التراكيز 800 و1600 مايكروغرام/ مل على التوالي. اما بالنسبة لـ MRSA فان قيم MIC وMBC للدقائق النانوية لاوكسيد النحاس كانت في التراكيز 800 و1600 مايكروغرام/مل على التوالي، بينما كانت قيم MIC وMBC لاوكزالات النحاس النانوية في التراكيز 200 و400 مايكروغرام/مل على التوالي. | Eighty six clinical samples (57 wounds and 29 burns swabs) were collected from patients with different types of wounds and burns from hospitals in Baghdad City : Al - Yarmuk Teaching Hospital, Baghdad Teaching Hospital and Burn Hospital in Medical City at a period between September to December 2014. The collected samples were examined by Gram stain then cultured on Blood agar and MacConkey agar media, as well as differential selective media including Pseudomonas agar for isolation of Pseudomonas aeruginosa and Mannitol salt agar for isolation of Staphylococcus aureus bacteria. The following biochemical tests were performed : catalase, oxidase, coagulase tests, and API 20 NE in order To diagnose P.aeruginosa. Additional, Confirmatory test was performed by using VITEK2 compact system in order To identify P.aeruginosa and S.aureus. The results of bacterial cultures revealed that out of 86 samples obtained from burns and wounds, 75 samples forming 87.2 % were observed to have an aerobic bacterial growth (positive samples), while negative samples, (11) represented 12.8%. The results of bacterial culture from burn and wound samples revealed high percentage of 45.3% of P.aeruginosa (34 isolates). Hence, it was suggested to be the most common pathogen, while S.aureus represent 28.0% (21 isolates). All isolates of S.aureus were cultured on CHROM agar medium which revealed that 66.6 % of them were Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and 33.3% Methicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA), the same results were obtained by using Cefoxitin Disc Diffusion method. The Antibiotic sensitivity test on thirty four isolates of P.aeruginosa showed that all isolates 100.0% were resistant to Carbenicillin and Doxycycline; relatively high resistance to Amoxicillin/Clavulanic acid, 85.3 %; Cefipime, 82.4 %; Netilmicin, 76.5 % and Azetreonam, 61.8 %. These isolates have relatively moderate resistance to Gentamicin, 35.3%; Tobramycin, 32.4%; Ciprofloxacin, 29.4%, and relatively low resistance to Imipenem, 14.7 %. On the other hand, (21) isolates of S.aureus were tested for antibiotics sensitivity, indicating relatively high resistance to Azithromycin, 76.2%; Cefoxitin, 66.7% and Clathromycin, 62.0%. They also have relatively moderate resistance to Chloramphenicol, 47.6%; Ciprofloxacin, 42.9%, Doxycycline, 38.0% and relatively low resistance to Gentamycin, 19.0%; Tobramycin, 14.3%; Vancomycin, 9.5 % and Clindamycin, 9.5%.Copper oxide and oxalate nanoparticles were prepared successfully via soft chemistry route based on the thermal decomposition of oxalic precursors. They were obtained with a well - controlled morphology and particle size. These nanoparticles were characterized by using : X - ray diffraction (XRD) pattern analysis, Scanning Electron Microscope (SEM) and Fourier Transform Infra - Red spectroscopy (FT - IR). The antibacterial activity of the obtained copper oxide and oxalate nanoparticles against P.aeruginosa and MRSA were estimated by using Well Diffusion and Broth Dilution methods. The results showed that both types of nanoparticles have the ability to inhibit growth of the bacteria under study. The Minimal Inhibitory Concentration (MIC) and Minimal Bactericidal Concentration (MBC) of copper oxide nanoparticles against P.aeruginosa were found to be 1600 and 3200 µg/mL respectively, while for copper oxalate nanoparticles were at concentrations of 800 and 1600 µg/mL respectively. For MRSA, the MIC and MBC values of copper oxide nanoparticles were at concentrations of 800 and 1600 µg/mL respectively, while for copper oxalate nanoparticles were at concentrations of 200 and 400 µg/mL respectively

الكشف عن جينات البيتالاكتاميز واسعة الطيف لبكتريا الكلبسيلا المعزولة من عينات سريرية وبيئية في محافظة ذي - قار == Detection of ESBLs in Klebsiella spp. Isolated from Clinical and Environmental Samples at Thi - Qar Province

Author name: زينب محمد عيدي اللامي
Supervisor name: يحيى عبد الرضا عباس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Dhi Qar
First pages:
Abstract: This study aimed for isolation and identification of Klebsiella spp.from clinical and environmental samples and detection the prevalence of some extended spectrum β - lactamases (ESBLs) genes (bla CTX - M, bla CTXM1) in Klebsiella spp. Samples collected were included clinical samples ( Burns , wounds , urinary tract infections, respiratory tract infections, otitis media and vaginal infections ) and hospitals environments. A total of 554 (468 clinical and 86 environmental samples) during the period from October 2013 to March 2014 were collected. Growth on blood agar, MacConkey agar and E.M.B agar was identified by cultural, morphological and biochemical tests and confermated by API 20 E system which revealed that : 45 ∕ 554 ( 8,1%) gave positive growth for Klebsiella spp. as following : 2 ∕ 48 (4.1 %) fromburns , 7∕ 40 (17.5 %) from wounds, 29 ∕315 ( 9.2%) from urinary tract infections, 4 ∕ 25 (16%) from respiratory tract infections, 3 ∕86 (3,4%) from hospitals environments.All the 45 isolates of Klebsiella spp. were screened for their antibiotic resistance against 15 antibiotics of different classes using Kirby - Bauer disk diffusion method. The results showed that all the tested isolates were resistant to at least 6 antibiotics of which they were tested, hence the isolates were considered to be multidrug resistant.The results showed that all of the isolates were found to be resistant to β - lactam antibiotic (ampicillin and amoxicillin) Disk approximation test and not production of ESBLs by these isolates.Combined disk diffusion method was used for detection of metallo - β - lactamase - producing isolates , it was emplace each of imipenem and antibiotic with and without EDTA on Mueller - Hinton agar , because EDTA working to inhibit of metallo - β - lactamase . The results showed that there was no effect for EDTA on the diameter of inhibition zone in all isolates.All the 45 isolates were submitted to molecular detection of some ESBLs genes (bla CTX - M , bla CTX - M1) using PCR technique. The results showed that only 28 ( 62,2%) isolates were carried ) blaCTX - M or blaCTXM1) and 21 isolates were carried both genes (blaCTX - M and blaCTXM1).

تاثير المعززات الحيوية على الفئران المثبطة مناعيا بالبردنيزولون == Effect of Probiotics on Prednisolone Immunosuppressed Mice

Author name: زينب كاظم عبد
Supervisor name: امنة نصيف جاسم
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت الدراسة لمعرفة دور FOXP3 في الفئران المثبطة مناعيا بالردنيزولون اضافة الى دور المعززات الحيوية في الجهاز المناعي للفئران البيضاء. البردنيزولون هو عقار مثبط مناعيا يستخدم لعلاج حالات الحساسية وامراض المناعة الذاتية. المعززات الحيوية هي كائنات حية تستعمل لتعديل الجهاز المناعي في الانسان والفئران. FOXP3 هو دليل للخلية التائية المنظمة وله دور في الاستجابة المناعية.لذلك استخدمنا في التجربة 30 فار مختبري ابيض ذكر قسمت الى 6 مجاميع كل مجموعة تضم 5 حيوانات والتي جرعت يوميا لمدة 14 يوم : المجموعة 1 : جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالخميرة فقط. المجموعه 2 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.4 مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb لمدة 7 ايام مجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعة 3 : جرعت فمويا ب0.4مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من خميرة Sb وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط. المجموعه 4 : جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ثم حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة جرعت بالبكتريا فقط. المجموعه 5 : حقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone لمدة 7 ايام ثم جرعت فمويا ب0.6مل والتي تحوي (108×1) خلية\مل من بكتريا Ss لمدة 7 ايام ومجموعه السيطرة حقنت بالدواء فقط.المجموعه 6 : جرعت فمويا ب0.6مل من بكتريا Ss والتي تحوي (108×1) خلية\مل وحقنت تحت البريتون ب0.1 مل من 2.5غم\كغم عقار prednisolone معا في نفس الوقت لمدة 14 يوم ومجموعه السيطرة جرعت بالماء المقطر فقط . اوضحت نتائج الدراسة الحالية ارتفاع معنوي في العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء(10000.0 ± 275.4) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(7000 ± 145.07), واظهر العد التفريقي لها انخفاض معنوي في الخلايا اللمفية(23.0 ± 1.51) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((30.0 ± 1.65 وارتفاع معنوي في الخلايا العدلة(75.00 ± 3.59)مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (65.00 ± 2.31) وانخفاض معنوي في الخلايا الوحيدة(( 1.0 ± 0.06مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ±0.06) 3.0) وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة , حصل انخفاض معنوي في عملية البلعمه(15.0 ± 0.82) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(20.0 ± 1.4), وارتفاع غير معنوي في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة(40.0 ± 2.03) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة (36.0 ± 1.1), وزيادة غير معنوية في تركيز خضاب الدم(13.3 ± 0.76) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة ((11.6 ± (0.54 وكذلك زيادة غير معنوية في الوزن الكلي للحيوانات المعامله بالعقار فقط (31.0 ± 1.2) مقارنة بمجموعة السيطرة السالبة(30.0 ± 1.1) .واظهرت نتائج التجريع بالمعززات الحيوية (الخميرة والبكتريا) ارتفاع العدد الكلي لخلايا الدم البيضاء ,واظهر العد التفريقي لها ارتفاع الخلايا اللمفية والوحيدة وانخفاض الخلايا العدلة وليس لها تاثير على الخلايا العقدة والحمضة ,كذلك حصل ارتفاع في عملية البلعمة وارتفاع بسيط في نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة . بينت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية في المجموعه المعاملة بالعقار فقط حصول فقدان بالشكل العام للعضو وعدم ظهور الحويصلات اللمفاوية وحصول تنخر في الطحال .واوضحت نتائج الفحص النسيجي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجموعه المعامله بالمعززات الحيوية احتفاظ العضو بالشكل العام وحصول ارتشاح للخلايا اللمفية وتحفيز الحويصلات المفاوية داخل العضو.كما اظهرت نتائج التجريع الفموي للمعززات الحيوية بعد وقبل ومع حقن الدواء حدوث حالة تحسسن بالمؤشرات المناعية وكذلك حدوث حالة تحسن وتنشيط مناعي للحويصلات اللمفاوية للطحال والعقدة اللمفاوية. واظهرت نتائج الفحص النسيجي الكيميائي المناعي للطحال والعقدة اللمفاوية للمجاميع المجرعه بالمعززات الحيوية والعقار ان لها نفس التعبير لل.FOXP3 اعتمادا على نتائج التجربة الحالية نستنتج ان المعززات الحيوية (الخميرة والبكتيريا) تمتلك قابلية على تعديل وتحسين تاثيرات العقار الجانبية على الاعظاء والمؤشرات المناعية وكذلك لها نفس التعبير لل.FOXP3 | Study have been done to see the role of FOXP3 in immunosuppressed mice using prednisolone in addition to the role of probiotic on immune system of albino mice. Prednisolone is immunosuppressive drug used to treat several allergic and autoimmune conditions. Probiotic is a live microorganisms used to modulate human and mice immune system.FOXP3 is Treg marker and have a role in immune system responses. Therefore we took 30 male albino mice were divided into 6 groups (five mice in each group) and treated daily for 14 days : Group 1 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days then injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 14 days. Group 2 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.4) ml S.boulardii for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14days. Group 3 : was administrated orally with (0.4) ml S.boulardii and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days.Group 4 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days then injected intraperitoneally with(0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days, control : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 14 days. Group 5 : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 7 days then administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days, control : was injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days. Group 6 : was administrated orally with (0.6) ml S.salivarius for 7 days and injected intraperitoneally with (0.1) ml of 2.5mg\kg prednisolone drug for 14 days, control : was administrated orally with normal saline only for 14 days. Mice treated with prednisolone drug showed a significant increase in total leukocytes count (10000±275.4)cells\1ml.blood as compared with negative control (7000±45.07)cells\1ml.blood, and differential count of leukocytes showed non - significant decrease in lymphocytes(23.0±1.51)cells\1ml.blood as compared with negative control (30.0 ±1.65)cells\1ml.blood, a significant increase in neutrophils(75.00±3.59) as compared with negative control(65.00 ± 2.31), a significant decrease in monocytes (1.0±0.06)cells\1ml.blood as compared with negative control(3.0 ± 0.06)cells\1ml.blood and have no effect on basophils and eosinphils, a significant decreased in phagocytosis(15.0 ± 0.82) as compared with negative control (20.0 ±1.4) , no significant increased Pcv (40.0±2.03) as compared with negative control (36.0±1.1) ,no significant increased Hb (13.3±0.76) as compared with negative control(11.6 ± 0.54) , and no significant increase in total body weight (31.0 ± 1.2)g as compared with negative control (30.0 ±1.1)g. The result of group treated with probiotic show a significant increase in total leukocytes, lymphocytes count, phagocytosis and Hb & Pcv as compared with control group administrated by normal saline only. The histological sections of spleen and lymph node which was treated with prednisolone drug revealed lose the architecture, no lymphoid follicles and necrosis. While the section of spleen and lymph node treated with probiotic showed preservation architecture which contain lymphoid follicles and hyperplasia of lymphocytes. The result of groups treated with probiotic pre, post, together with prednisolone drug showed normalized the immunological and histological parameters to the normal condition as compared with group treated with prednisolone only. The immunohistochemical section for spleen and lymph node show the same expression of FOXP3 in mice treated with probiotic (yeast & bacteria) and prednisolone drug. According to the results obtained from this study it is concluded that probiotic (yeast and bacteria) have immunomodulatory effect against prednisolone in immune system of male albino mice and have the same expression of FOXP3

استخلاص وتنقية انزيم اللايبيز من عفن Aspergillus niger 11414 (ATCC) واستخدامه في تحسين نوعية الدهن الحر == Extraction and purification of Lipase from Aspergillus niger 11414 ( ATCC) to improve the butter oil

Author name: سحر غازي عمران عبد الواحد التميمي
Supervisor name: سوسن ساجد محمد علي الجبوري | سعود رشيد العاني
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت هذه الد راسة عزل وتنقية انزيم اللايبيز من العزلة القياسية Aspergillus niger 11414 ( ATCC) ثم تطبيقه عمليا في مجال الصناعات الغذائية . • تم تــنمية العزلة وتنشـــيطها على وسط اجار البطاطا والدكستروز Potato dextrose Agar PDA . • تم التحري الاولي عن انتاج انزيم اللايبيز من العزلة A. niger 11414 بطريقة الاطباق باستخدام وسط ( Tween 80 ) ، وظهرت النتيجة موجبة بشكل هالة معتمة تحيط المستعمرة الفطـرية . استخدم وسط Tween 80 واضيف زيت الزيــــتون بـــدل الـ (Tween 80) الى وسط التحري وكانت النتيجة موجبة اذ ظهرت الهالة المعتمة حول المستعمرة لكن بمساحة اكبر مما سبق . • درست عدة معايير ( تركيز زيت الزيتون ، مدة التخمر ، الاس الهيدروجيني الابتدائي ، حجم اللقاح ، درجة الحرارة ) لايجاد الظروف المثلى لانتاج انزيم اللايـــبيز وكانــــت افضل الظروف لانتاج الانزيم هي ( تركيز زيت الزيتون 1 % ، مدة التخمر 168 ساعة ، واس هــــيدروجيني ابـــتدائي 6 وحجم لقاح 10 × 1 ( بوغ / مل ) ودرجة حرارة 30 م ، اذ سجلت عند هذه الظروف اعلى فعالية للانزيم المنتج . • اظهر الانزيم الخام بعد حضنه باسس هيدروجينية مختلفة لمدة 30 دقيقة ثباتا عند قيم الاسس الهيدروجينية بين ( 5.0 - 4.0 ) ، فيــــما اظهر الانـــــزيم الخام بعد حضنه في درجات حرارة مختلفة لمدة 60 دقيقة ثباتا حراريا عند ( 40 - 50 ) م , احتفظ الانزيم بكامل فعاليته.• استخدمـــت خطوات متسلسلة لغرض تنقية انزيم اللايبيز شـملت اولا التركيز بكبريتات الامونيوم وكان افضلها 30 % حين بلغت اعلى فعالية نوعية عندها بمقدار 3.8 وحدة / ملغم برويتن ، استخدمت خطوة الديلزة للتخلص من الاملاح . لقد اظهرت النتائج ارتفاع الفعالية والفعالية النوعية للانزيم اذ اصبحت 8.64 وحدة / ملغم بروتين وبلغ عدد مرات التنقية 8.73 . بعدها مرر الانزيم المنقى جزئيا على عمود هلام Sephadex G - 75 مرتين وجمعت الاجزاء التي اظهرت فعالية انزيمية ، مرر بعدها خلال عمود هلام Sephadex G - 100 ازدادت خلالها نقاوة الانزيم اذ ارتفــعت الفعالية النوعية الى 142.8 وحدة / ملغم بروتين وبلغ عدد مرات التنقية 143.19 وبحصيلة انزيمية 87.5 % .• درست بعض الخصائص المهمة للانزيم المنقى جزئيا اذ اظهر الانزيم المنقى جزئيا ثباتا تجاه قيم من الاس الهيدروجيني بين ( 5 - 6 ) ، وكان الاس الهيدروجيني الامثل 5.6 واحتفظ الانزيم المنقى جزئيا بـكامل فعاليته عند درجتي حرارة 30 و40 م على التوالي ولمدة 30 دقيقة وفقد 95 % من فعاليته عند درجة حرارة 80 م وللمدة نفسها ، اما درجة الحرارة المثلى فكانت 35 م . • استعمل اللايبيز المنقى جزئيا في تحسين نكهة الدهن الحر الذي تم معاملته بالانزيم ، اما السيطرة Control فتمثلت باضافة محلول دارىء فوسفات السترات ذي الاس الهيدروجيني 6.0 فقط الى الدهن الحر . اجري تقييس الفعالية على المعاملتين واظهرت النتائج ان هناك تغيرا محسوسا في الدهن المعامل بالانزيم في حين بقيت السيطرة دون تغيير . • استـخدم الدهن الحر المعامل بالانــــزيم والسيطرة Control في صنــع بعض انـــواع الحلويات ( البرمة ). عمل تقييم حسي للمنتوج من خلال 31 عينة للصــــفات ( اللون ، النسجة ، الرطوبة ، الرائحة ، النكهة " الطعم " ) . حللت النتائج احصائيا ووجد فرق معنوي ملحوظ بين الدهن الحر المعامل بالانزيم والسيطرة ، عدا صفة اللون فكان الفرق غير معنوي لكلتا المعاملتين . | In this study the extraction and purification of Lipase from isolated A. niger was studied. The ability of A. niger to produce Lipase was tested on Tween 80 media , indicate the positive result. Better result was obtained by added olive oil instead of Tween 80 media Several culture conditions were studied to determine the optimum conditions for Lipase producing , and the optimum conditions were : Concentration of Olive oil 1 % , period of fermentation 168 hour, initial pH 6 , inoculums size 1×10⁵ ( Spore / ml ) and the temperature 30 ℃ higher activity of produced enzyme was recorded in this conditions. The crude enzyme was stable after incubation at different pH (4 - 5 ) for 30 min., the enzyme was stable after incubation at different temperature (40 - 50) ℃ for 60 min., the enzyme retained all activity . Sequent steps used to purify Lipase. These included the concentration in ammonium sulfate the optimum saturation rate was 30 % , while the enzyme specific activity was 3.8 Unit / mg protein . Dialysis of enzyme resulted in increase of specific activity, which became 8.64 Unit / mg protein. Partially purified enzyme to the gel column sephadex G - 75 twice, the parts which show enzyme activity collected and added to the gel column sephadex G - 100, this increased the enzyme purification and a specific activity increased to 141.76 Unit / mg protein , while the number of purification was 193.19 and 82.46 % yield. Properties of the partially purified Lipase were investigated. Its showed stability against the values of pH (5.0 - 6.0) and the optimum pH was ( 5.6 ). The partially purified Lipase retained all activity 1n the temperature ( 30,40 )℃, for ( 30 ) minutes , and lost 95 % of its original activity at ( 80) ℃ , for the same time , while the optimum temperature was 35 The partially purified enzyme is used for improvement the flavor of butter oil which was treated with the enzyme , while the control was treated by addition phosphate citrate buffer solution ( pH = 6.0) only to the butter oil , the results showed that was sensible changes in the butter oil treated with enzyme while the control remain without any changes. The animal fat which treated with enzyme and the control was used in some kinds of sweets ( Al - Burma ) , making sensible evaluating for the product by (31) samples for characterization (color, texture, moisture, odor and flavor " tastes "). The results were analyzed statistically , and the noticed incorporeal comparison was found between the butter oil treated with enzyme and control , except the properties of color , it was non incorporeal comparison for both samples

الكشف الجزيئي والبكتريولوجي لبكتريا Group B Streptococci (GBS) المحلية في بعض النساء العراقيات الحوامل

Author name: زينب عدي حامد
Supervisor name: نهاية حكمت زكي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: • تم جمع مائة وتسعة وثمانين مسحة مهبلية من النساء الحوامل من مستشفى ابن البلدي ومختبر الصحة المركزي ومستشفى كمال السامرائي. حيث تم الحصول على ستة واربعين عزلة من بكتريا Streptococcus agalactiae خلال الفترة من شهر تشرين الاول 2013 الى شهر شباط 2014.• كانت الفئة العمرية للنساء المصابة ببكتريا S. agalactiae تتراوح بين (35 - 37) سنة حيث كانت نسبة الاصابة تصل الى 76.08%.• تم تشخيص جميع العينات مبدئيا بواسطة الطرق المظهرية من خلال الاوساط الزرعية blood agar وchromogenic agar واجري تاكيد التشخيص بواسطة VITEK SYSTEM 2 Identification وكذلك تم تشخيصها بالطريقة الجزيئية PCR للكشف عن جين 16S rRNA.• اجريت دراسة تحليلية مقارنة بين الطرق الثلاثة المظهرية والطريقة الجزيئية المستخدمة في الكشف عن البكتريا، وكانت طريقة التفاعل التضاعفي) (PCR افضل وسيلة للكشف عن S. agalactiae حيث تم تشخيص 46 عينة بواسطته بينما تم الكشف عن 30، 36، 37 عينة من قبل blood agar وchromogenic agar وsystem 2 VITEK على التوالي.• اجري فحص VITEK Antibiotic Sensitivity Test للكشف عن حساسية البكتريا للمضادات الحيوية المختلفة لجميع العزلات المشخصة، وكان اعلى معدل انتشار مقاومة لمضاد tetracycline بنسبة 65.2% وتليها 58.6% و45.6% لمضاداتerythromycin وclindamycin على التوالي.• تم فحص ثلاثة من الجينات التي تشفر لعوامل الفوعمة (sip، scpB، cfb) في جميع العزلات المشخصة، وكانت نسبة 97.8% من اجمالي العزلات تحتوي على الجينات الثلاثة المذكورة.• تم الكشف عن خمسة جينات لمقاومة مضادات Macrolide وكان معدل المقاومة 69.5% من اجمالي العزلات.• تم التحري عن جينات مقاومة لمثيلة الرايبوسوم (ermB، ermA\TR، ermC) في جميع العزلات المشخصة وكان جين ermB الاكثر وفرة بين العزلات بنسبة 64.04% ثم يليه جين ermA\TR بنسبة 23.09% وعلى الرغم من تغيير الظروف المستخدمة في تقنية التفاعل السلسلي للبوليميريز PCR)) لكن هذه الدراسة فشلت في تحديد جين مثيلة الرايبوسوم (ermC) • بينت نتائج التحري عن اثنين من الجينات المشفرة لنظام الدفق efflux pumps وهي (mefA، mreA) ان معدل انتشار الجينين بين العزلات هو 8.69% و69.5% على التوالي.• اظهرت نتائج الدراسة ان 14(% 30.4) من اجمالي العزلات لا يمتلك اي جين من جينات مقاومة الاريثرومايسين الخمسة.• بينت نتائج الدراسة ان عزلة واحدة من بكتريا S. agalactiae رقم) (V12 حاملة لاربعة انواع من جينات مقاومة الاريثرومايسين عدا الجين (ermC). | • One hundred and eighty nine vaginal swabs were collected from Ibn - Albalady Hospital, Central health Laboratory and Kammal Alsamaraie Hospital. Forty - six Streptococcus agalactiae isolates were obtained during October 2013 to February 2014.• The isolates were initially identified phenotypically by blood agar culture media and chromogenic culture media and further identification was performed by Vitek and by molecular methods by 16srRNA - based PCR. • A comparative analysis were performed between three phenotypic detection methods and molecular method by PCR were best tool for S. agalactiae detection which 46 isolates were identified while 37, 36, 30 isolates were detected by Vitek system, chromogenic agar and blood agar respectively.• Vitek Antibiotic susceptibility for different antibiotics were performed to all detected isolates, the highest prevalence of resistance was 65.2% toward tetracycline and followed by 58.6% and 45.6% for erythromycin and clindamycin respectively.• Three virulence - encoding genes (sip, scpB and cfb) were screened in all detected isolates, 97.8% of total isolates were contain the three mentioned genes.• Five macrolide resistance genes were screened and the resistant rate in total isolates was 69.5%.• Three ribosome methylation genes (ermB, ermA/TR, ermC) were screened in all examined isolates; the most prevalence gene was ermB with 63.04%, whereas 23.9% was the prevalence of ermA\TR gene and ermC not detected in any of examined isolates.• Two efflux pump genes (mefA and mreA) were screened and the prevalence rate was 8.69% and 69.5% respectively

تاثير بعض المواد الكيميائية في انتاجية وفعالية ذيفان الفا - هيمولايسين المنتج من المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من مصادر سريرية مختلفة == Effect of some chemical materials on productivity and activity of ? - hemolysin which produced from Staphylococcus aureus Isolated from clinical samples

Author name: زينب فرحان علي الزهيري
Supervisor name: خولة جبر خلف
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تضمنت الدراسة عزل بكتيريا المكورات العنقودية من بعض مستشفيات بغداد، والتي شملت : مستشفى بغداد التعليمي، ومستشفى ابن البلدي، والمختبرات التعليمية،و مستشفى حماية الطفولة التعليمي، ومستشفى الكندي حيث امكن الحصول على (110) عزلة، توزعت بواقع (15) عزلة من عينات التهاب المجاري البولية، و(20) عزلة من الحروق، و(46) عزلة من الجروح ،و (17)عزلة من عينات الدم، و(12) عزلة من مسحات الاذن والفم والعيون.شخصت الدراسة (77) عزلة بكتيرية على انها مكورات عنقودية ذهبية من خلال اعطائها نتائج ايجابية في فحص الكاتليز وفحص انزيم مخثر البلازما ، وبقية الفحوص البايوكيمياوية مثل تخمير المانيتول في وسط ملحي تحت ظروف هوائية وقابلية العزلات على تحلل الدم وكانت عزلات Staphylococcus aureus قد توزعت على النحو الاتي (9) عزلات من عينات الدم، و(36) عزلة من الجروح، و(13) عزلة من الحروق، و(9) عزلات من مسحات الاذن والفم والعيون، و(10) عزلات من التهابات المجاري البولية.وقد اظهرت العزلات قدرتها على تكوين الغشاء الحيوي(Biofilm) اذا استطاعت (35) عزلة (45.45)% من اصل 77 عزلة ان تكون الغشاء الحيوي فيما لم تستطع (42) عزلة (54.54)% المتبقية من تكوين الغشاء الحيوي.اظهرت النتائج ان نسبة العزلات المنتجة لذيفان الفا - هيمولايسين كانت (32) عزلة (41.55)% اما العزلات غير المنتجة للذيفان ، فقد كانت (45)عزلة.اختبرت حساسية العزلات تجاه المضادات الحيوية، وقد كانت نسبة مقاومة العزلات تجاه مضاد Oxacillin هي 100%، اما مضاد Methicillin وCloxacillin ، فقد كانت نسبة المقاومة 98.7 % و97.4 % على التوالي. وكانت نسبة مقاومة مضاد Cephalexin وCefixim هي 93.5 % و76.6 % على التوالي، اما مضاد Rifampicin وVancomcin فقد كانت نسبة مقاومتها 67.5 % فيما كانت نسبة مقاومة Azithromycin وLevofloxacin وBacitracin هي 49.3%، 70.1 %، 93.5 % على التوالي.اختيرت العزلة الكفؤة رقم (19)، وحدد التركيز المثبط الادنىminimum inhibitory concentration (MIC) لمضاد المثيسلين والذي كان تركيزه (32) مايكروغرام / مل.اختبر تاثير مادة CD - Cholesterol، وCholesterol ، وCD ، وMethicillin ، وPbs في فعالية ذيفان الهيمولايسين وكان معيار التحلل Hemolytic Titer هو : 8، 32.768، 65.536، 140.737.488.355.32، E+254.961408 على التوالي.واختبر تاثير المواد نفسها في انتاجية ذيفان الهيمولايسين وكانت النتائج على الاتي : 67.108.864، 549.755.813.888، 274.877.906.944، 576.460.752.303.360، 3.96140812E+25 على التوالي.وقد نقي الذيفان جزئيا بطريقة الترسيب باستخدام كبريتات الامونيوم، واختبرت فعالية الذيفان في حل كريات الدم الحمراء بطريقة الانتشار في الحفر.واختبرت التجربة فعالية الذيفان المنقى جزئيا داخل الجسم الحي في قرنية عين الارانب المختبرية اذ تكونت مناطق تاكل في القرنية بقطر 7.70 ملم بعد 8 ساعات من الحقن وثبطت فعالية هذا الذيفان داخل الجسم الحي باستخدام مادة CD - Cholesterol مع الذيفان حيث اصبح قطر تاكل القرنية 3.95 ملم.استخدمت مادة CD - Cholesterol بوصفها مادة علاجية من خلال استخدامها على هياة قطرات اضيفت الى العين المصابة بالذيفان وادت الى تناقص منطقة التاكل في القرنية من 7.70 الى 3.95.ويستنتج من الدراسة الحالية : اهمية استخدام CD - Cholesterol في تثبيط ذيفان الفا - هيمولايسين في داخل وخارج الجسم الحي وما لهذه المادة من اهمية في المجالات التطبيقية وفي الوقاية من تاثيرات الذيفان وقدرته التحللية للخلايا | In this study, one hundred and ten clinical samples were obtained from hospitals patient at many hospitals of Baghdad governorate : Baghdad teaching hospital, , Ibn - EL Balady hospital, educational laboratories, Protect child teaching hospital, Al - kendi hospital . The types and the numbers of clinical samples were distributed as (15) samples from urinary tract infect , (20) samples from burns infection , (46) samples from wounds, (17) samples from blood, (12) samples from ear, mouth and eyes infections . In this study (77) isolates were diagnosed as cocci cluster gold by giving positive result for catalase test and coagulase enzyme test and the other biochemical tests such as fermentation of mannitol under aerobic conditions and the ability of some isolates to hemolysis blood . S. aureus isolates distributed as follows : (9) isolates from blood samples, (36) isolated from wounds, (13) isolates from burns, (9) isolates from ear, mouth and eyes infection, (10) isolates from urinary tract infections.The isolates showed the ability to form biofilm (35) isolates (45.45%) out of 77 isolates and the other isolates could not form biofilm were : (42) isolation (54.54%),. The results showed that the proportion of isolates producing α - hemolysin was (32) (41.55%) isolates were either non - producing toxin : (45) isolates. The isolates were tested sensitivity to antibiotics and showed proportion of resistant toward Oxacillin which was 100% , Methicillin and Cloxacillin resistance ratio was 98.7% and 97.4%, respectively.The proportion of resistant to Cephalexin and Cefixim were 93.5% and 76.6%, respectively, while the Rifampicin and Vancomcin resistance ratio were 67.5%, while the proportion of resistant to Azithromycin and Levofloxacin and Bacitracin were 49.3%, 70.1%, 93.5%, respectively. The chosen isolate was ( number 19), select the minimum inhibitory concentration (MIC) of methicillin which were (32) micrograms \ ml. Tested the effect of CD - Cholesterol ,Cholesterol ,CD ,Methicillin and Pbs on the activity of toxin α - hemolysin and the hemolytic Titer is : 8 ( line A, well 3), 32.768 (line B, well 4), 65.536 (line B, well 5), 140.737.488.355.32 (line D, well 12) , 4.961408E + 25 (line G, well 12) respectively. It also has been testing the effect of the same material on the productivity of toxin α - hemolysin and the results were respectively : 67.108.864 (line : C well : 3), 549.755.813.888 (line : D ,well : 4), 274.877.906.944 (line : D, well : 3) , 576.460.752.303.360 (line : E, well : 12) , 3.96140812E + 25(line : H, well : 12) respectively.The toxin α - hemolysin was purified by using ammonium sulfate precipitation, and tested the effectiveness of the toxin on the red blood cells by using wells diffusion method . purified toxin was injected inside the living body in the cornea of rabbits eye, and the erosion of cornea where formed with diameter : 7.70 mm after 8 hours of injection but the other eye that injected with CD - Cholesterol that mix with toxin where the erosion diameter was3.95mm.CD - Cholesterol was used in treatment as a drops which added to the affected eye and led to a decrease in corneal erosion area from7.70 mm to3.95.mm We follows from the present study : The importance of using CD - Cholesterol in the inhibition of alpha - toxin inside and outside the living body and the importance of this study in applied medical fields and in the prevention the effects of the toxin on the cells.

دراسة تاثير بعض الاحماض الدهنية على فعالية انزيمات المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من حالات الحروق == Study the effect of some fatty acids on the enzymes activity of Staphylococcus aureus isolated from burns

Author name: رنا عبد الكريم رشيد
Supervisor name: سوسن حسن عثمان كورجي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 157 عينة مسحة من المرضى المصابين بالحروق من ثلاث مستشفيات في مدينة بغداد للفترة من شهر تشرين الثاني 2006 ولغاية اذار 2007 . زرعت هذه المسحات على اوساط مناسبة لعزل البكتريا . • اظهرت النتائج ايجابية 144 مسحة لتلوثها بالبكتريا ، وبنسبة 91.7% ، فيما كانت 13 مسحة منها سالبة ، وبنسبة 8.3% .• عزلت 50 عزلة من بكتريا المكورات العنقودية الذهبية Staphylococcus aureus بنسبة عزل 31.8% ، وشخصت باستخدام الاختبارات المظهرية والكيميائية الحياتية الخاصة بها .• قاومت جميع العزلات (50 عزلة) مضاد الاوكساسلين ، فضلا عن قدرتها على النمو في وسط اكار الاوكساسلين (Oxacillin agar) ، وبذلك كانت مقاومة للمثسلين (Methicillin resistant Staphylococcus aureus) (MRSA) وبنسبة 100% .• تم التحري عن حساسية العزلات تجاه 21 مضادا حيويا ضمن مجاميع مختلفة ، اذ اظهرت النتائج مقاومة عالية للعزلات البكتيرية لمعظم المضادات الحيوية قيد الدراسة ، في حين كان المضاد الجرثومي الفانكومايسين اكثر المضادات فاعلية ضد بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين ، اذ لم تظهر اي عزلة من العزلات مقاومة له ، وكانت العزلتان R120 وR148 الاكثر مقاومة ، اذ قاومتا عشرين مضادا ، فيما كانتا حساستين للفانكومايسين فقط .• اوضح اختبار Minimum inhibitory concentration (MIC) للاحماض الدهنية ضد العزلتين R120 وR148 ان حامض اللاورك هو الاكفا في تثبيط نمو البكتريا ، اذ بلغت قيمة MIC 0.4 ملغم / مل ، في حين بلغت قيم MIC لكل من حامض المايرستك واللينوليك والبالمتك والاوليك ( 1.6، 1.6، 6.4، 25.6) ملغم/ مل على التوالي .• اختبرت قابلية العزلتين R120 وR148 على انتاج انزيم البروتييز باستخدام وسط غراء كولومبيا الحاوي على الحليب الفرز ، واعتمادا على ظهور هالة شفافة حول المستعمرات كانت نسبة التحلل للعزلتين المدروستين 2.5 ، 2.7 وعلى التوالي . ولذا فقد انتخبت العزلة R148 لاختبار تاثير الحامض الدهني في فعالية انزيم البروتييز فيها . • حضرت تراكيز متعددة من حامض اللاورك (0.0125 ، 0.025 ، 0.05 ، 0.1 ، 0.2 ، 0.4 ، 0.8 ، 1.6) ملغم / مل ، واختبر تاثيرها على فعالية انزيم البروتييز ولوحظ انخفاض الفعالية عند التراكيز المدروسة ،اذ بلغت الفعالية معدل 2.36 وحدة / مللتر وبنسبة مئوية تبلغ 79.73% عند تركيز 0.0125 ملغم/ مل من الحامض لتنخفض الى معدل 0.69 وحدة/ مللتر ، ونسبة 23.31% عند تركيز 1.6 ملغم / مل من الحامض .• اختبر تاثير التراكيز المختلفة من حامض اللاورك على وقت تكون الخثرة بوساطة انزيم مخثر البلازما (Coagulase) ، اذ تاخر تكون الخثرة الى الساعة الثانية من اجراء الاختبار عند التركيز 0.05 ملغم/ مل ، في حين كان التاثير الاكبر عند التراكيز ( 0.4، 0.8 ، 1.6) ملغم / مل ، اذ تكونت الخثرة بعد مرور 18 ساعة من اجراء التجربة .• تم تقييم تاثير التراكيز المختلفة لحامض اللاورك على فعالية انزيم الهيمولايسين ، اذ لوحظ انخفاض الفعالية عند التراكيز المدروسة ، فعند تركيز 0.0125 ملغم/ مل من الحامض وتخفيف 1/2 بلغت النسبة المئوية للفعالية 52.9% ، لتنخفض هذه النسبة عند تركيز 0.2 ملغم/مل من الحامض ، وتخفيف 1/2 الى 5.9%. | A total of 157 samples of burn swabs were collected from three hospitals in Baghdad during November 2006 to March 2007. Culturing of the samples was done on suitable media to isolate the bacteria.• The results showed that 144 swabs were positive for bacterial contamination (91.7%), while 13 swabs were negative ( 8.3%).• Fifty isolates of Staphylococcus aureus were isolated (31.8 %), the identification was accomplished using morphological and biochemical tests.• All isolates (50 isolates) were resistant to oxacillin and could grow on oxacillin agar , thus they were resistant to methicillin (Methicillin resistant Staphylococcus aureus ) (MRSA) at 100%.• The sensitivity of the isolates against (21) antibiotics was investigated using different groups of antibiotics , the results showed high resistance of isolates to many antibiotics which have been used in the study , while they were sensitive to vancomycin and the two selected isolates - R120, R148 were sensitive to vancomycin only and resistant to all 20 antibiotics .• The minimum inhibitory concentration (MIC) test for fatty acids to the two isolates R120, R148 showed that lauric acid was the best fatty acid in inhibiting bacterial growth when the MIC reached 0.4 mg/ ml while the other fatty acids (Myristic, Linoleic, Palmitic and Oleic ) MIC reached to (1.6, 1.6, 6.4, 25.6) mg/ml respectively .• The ability of the two isolates (R120, R148 ) to produce protease was detected on solid media ( Skim milk Columbia agar) and depending on the development of clear zone the lysis ratio was 2.5 , 2.7 respectively , therefore the R148 isolate was chosen to detect the fatty acid effect on its protease activity .• Multiple concentrations of lauric acid have been prepared (0.0125, 0.025 , 0.05 , 0.1 , 0.2 , 0.4 , 0.8 , 1.6 ) mg/ml and tested for its effect on protease activity . The obtained results showed that the activity decreased at the concentrations studied. The activity reached an average of 2.36 unit/ ml and a percentage of 79.73% at the concentration 0.0125 mg/ ml of the acid , and then reached an average of 0.69 unit/ ml and a percentage of 23.31% at the concentration 1.6 mg/ ml of the acid.• The effect of different concentrations of lauric acid on the time of clot formation by coagulase have been tested . The clot was formed at the 2nd hour of the test at the concentration 0.05 mg/ml while the highest effect was at the concentrations (0.4 ,0.8 ,1.6) mg/ml as the clot was formed after 18 hours from the beginning of the test .• The effect of the different concentrations of lauric acid on the activity of haemolysin was evaluated . A decrease in activity at the concentrations studied was noticed. The activity reached to 52.9% at the concentration 0.0125 mg /ml of acid and the dilution 1/2 then the activity decreased to 5.9% at the concentration 0.2 mg/ml and dilution 1/2

مسح لمسببات التلوث البكتيري في وحدة الكلية الصناعية وحساسيتها للمضادات الحيوية في بعض مستشفيات مدينة بغداد == Survey of Bacterial contamination in Dialysis Unit and antibiotics susceptibility in some hospitals in Baghdad

Author name: زياد طارق نعمان شهاب
Supervisor name: نزار ادور ناصر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تـم في هذه الدراسة جمع (204) عينة من مستشفيات مدينة بغداد ، وهي كـل مـن ( مستشفى بغداد التعليمــي/ وحدة الكلية الصناعية. ومستشـفى الكرامة التعليمـي / وحدة الكلية الصـناعية ) ، للفـترة مـن كانون الاول 2009 لغاية منتصف اذار 2010 .شملت العينات مسحات من بيئة وحدة الكلية الصناعية التي تضمنت 12 موقـعا وهي كـل من ( الاسرة والمفروشات والارضـية والجـدران والسـطح الخارجي لجـهاز الديـلـزة وجلد المرضى الراقـدين والادوات الطـبية ذات الاسـتخدام الــيدوي وملابـس الكادر الطـبـي وانابيـب دخول وخـروج الماء داخـل جـهاز الديـلزة وفتحات جـهاز الـتبريد والــتدفئـة وادوات الطـعام والاثاث الخشبي والمغاسـل فضلا عن عـينات من هـواء الصالـة وتم الحصول على النتائج الاتية : 1 - كان عدد المسحات والعينات الموجبة (95) عينة من ( 204 ) عينة وبنسبة (%46.56) واحتوت بعـض المسحات على اكثر من عزلة بكتيرية واحدة .2 - تم الحصول على (139) عزلة اجمالية من مجـموع العـينات الموجـبة كان مـنها (122) عزلة بكتيرية نقية مشخصة . شملت هذه العزلات كل من بكتريا Staphylococcus spp. وAcinetobacter spp. وPseudomonas spp. وKlebsiella spp. وCitrobacter freundii وEscherichia coli وEnterobacter spp. وAlcaligens spp. وStenotrophomonas maltophilia وBordettella spp. وOchrobacter anthropi وProteus spp. وShigella spp. وFlavomonas oryzihabitans وPasturella pneumotropica وChrysemonas lutula وBacillus spp. وNocardia spp. وEnterococcus spp. . فقد تم تشخيص هذه الـعزلات عن طريق الصـفات المظهرية والمزرعـية للمستعمرات وكـذلك عن طريـق الفحص المجهري للخلايا وباستخدام الفحوصات الكيموحياتية فضلا عن استخدام فحص API test لغرض التشخيص الدقيق للعزلات .3 - اظهرت العينات الماخوذة من هـواء الصالة والمغاسل نسبة عالية من الثلوث فقد كانت نسبة التلوث لكل منهما (%81.8) بعـدها جاءت الارضية والجـدران تلـيها الاسرة والمفروشات وبنسبة تلوث للعينات الماخوذة بلغت (%58) و(%53) على التوالي .4 - كانت بكتريا المكورات العنقودية الاكثر انتشارا في بيئة وحدة الكـلية الصناعية حيث تم الحصول على (47) عـزلة منها وبنسبة (%38.5) من اجمالي العزلات والتي كانت (122) عـزلة مشخصة . 5 - كانت بكتريا Acinetobacter spp. الاكثر انتشارا من بين العصيات السالبة لصـبغة كرام بعدد عزلات بلغ (15) عزلة من اصـل (65) عزلة سالبة لصبغة كرام وبنسـبة مئوية بلغت (%23.07) من مجموع العـزلات السالبة لصبغة كـرام ونسبة (%12.2) من مجموع العزلات الكلية، تليها كل من بكتريا Pseudomonas spp. وKlebsiella spp. وبنسب مئـوية بلغت (%10.6) و(%4.9) على التوالي من مجموع العزلات الكلية6 - تم التحري عن حساسية (70) عزلة بكتيرية مختلفة لاثني عشر مضادﴽ حيويا وهي كـل Amikacin وAmoxicillin / clavulanic acid وCiprofloxacin وCefotaxim وCefexime وChloramphenicol وGentamycin وPiperacillin وTrimethoprime وOfloxacin وVancomycin وNalidixic acid .7 - اظهرت بكتريا Staphylococcus aureus مقاومة عالية جدا تجاه المضاد الحيوي Cefexime فقد بلغت نسبة مقاومة هذا المضاد (%100) ، كما اظهرت العزلات مقاومة مرتفعة تجاه كل من المضادات الحيوية Cefotaxime وGentamycin وNalidixic acid حيث بلغت نسبة المقاومة لهذه المضادات (%60) . في حـين اظهـرت هذه العـزلات مقاومة منخفـضة تجاه كـل مـن المضادات Chloramphenicol وCiprofloxacin وOfloxacin وبنسبة مئوية بلغت (%10) لكل مضاد. 8 - اظهرت بكتريا Staphylococcus epidermidis مقاومة بنسبة (%100) للمضاد الحيوي Cefexime ، في حـين كانت نسـبة مقاومة البـكتريا للمـضاد الحـيوي Cefotaxime هـي (%58) كـما كانت نسـبة مقاومتها للمـضادات الحـيوية Nalidixic acid وTrimethoprime (%50) لكـل مـن هذه المـضادات. 9 - كانت بكتريا المكورات العنقودية جميعها حساسة بنسبة (%100) للمـضاد الحيوي Amikacin .10 - اظهرت بكتريا Pseudomonas spp. مقاومة عالية تجاه المضادين Cefotaxime وNalidixic acid وبنسبة مقاومة بلغت (%66) كما كانت نسـبة مقاومة كـل من المضادين Trimethoprim وVancomycin (%55.5) و(%44.4) على التوالـي في حين لم تظهر مقاومة للبكتريا تجاه المضاد الحيوي Amikacin وPiperacillin وOfloxacin وAmoxicillin/ Clavulanic acid .11 - كانت عزلات بكتريا Klebsiella spp. مقاومة بنسبة (%100) لكل من المضادات الحيوية Cefixime وTrimethoprim وVancomycin ، كما اظهرت البكتريا نسـبة مقاومة للمضادات الحـيوية Cefotaxime وPiperacillin وAmoxicillin/Clavulanic acid بلـغت (%66.6) ، يلـيها المضاد الحـيوي entamycin بنسبة مقاومة بلغت (%50) . وكانت بكتريا Klebsiella spp. البكتريا الوحيدة التي اظهرت نسبة مقاومة للمـضاد الحيوي Amikacin بلـغت (%16.6) .12 - تم اجراء فحص MICs لخمسة من المضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة وهي Amikacin وAmoxicillin / Clavulanic acid وCefotaxime وGentamycin وCiprofloxacin . على البكتريا الاكثر حساسية او الاكثر مقاومة واظهرت العزلات جميعها التي اجري لها الاختـبار نسبة MICs واطـئة تجاه المضاد الحيوي Amikacin حيث تراوحت بين (8 - 1) مايكروغرام/مليلتر حيث كانت العزلات حساسة بشكل كبير للمضاد الحيوي المذكور.13 - اظهرت العزلات قيم MICs مرتفعة للمضاد الحيوي Cefotaxime حيث تراوحت القيم ما بين (128 - 2) مايكروغـرام/ مليلتر بالنـسبة لبكـتريا S. aureus في حين تراوحت القيم مابين (512 - 8) مايكروغرام/مليلتر بالنسبة لباقي المكورات العنقودية السالبة لفحص Coagulase ، اما بالنسبة لعزلات كل من بكتريا Klebsiella spp. وAcinetobacter spp. فـقد كانت قـيم MICs لها للمضاد المذكور تتراوح مابين (512 - 2) مايكروكرام / مليلتر . في حين اظـهرت عزلات بكتريا Pseudomonas spp. قيمMICs منخفضة للمضاد نفسـه حيث تراوحت القيم بين (2.0 - 0.25) مايكروكرام / مليلتر . | In this study has collected (204) samples from the hospitals of Baghdad, these are (Baghdad teaching hospital/Dialysis unit & AL karama teaching hospital/ Dialysis unit), for the period of December 2009 to March 2010.The samples included swabs ofartificial kidney unit environment that has 12 positions these are (beds, furniture, ground, walls, external surface of dialysis, skin of asleep patients, medical instruments - use manual, clothes of medical stuff, tubes of enter and out water inside of dialysis, slots cooling and heating device, Eating utensils, wooden furniture &sinks as well as samples of hall air and it has obtained the following results : 1 - The number of swabs & positive samples was (95) sample from (204) sample in the rate of (46.56%) some of swabs contain more than one bacterial isolate.2 - It has obtained (139) total isolate from the positive samples amount (122) of that were bacterial pure diagnostic isolates all of these isolates included the following kinds of bacteria : Staphylococcus spp., Acinetobacter spp., Pseudomonas spp., Klebsiella spp., Citrobacter freundii, Escherichia coli, Enterobacter spp., Alcaligens spp., Stenotrophomonas maltophilia, Bordettella spp., Ochrobacter anthropi, Proteus spp., Bacillus spp., Chrysemonas lutula, Pasturella pneumotropica, Nocardia spp. and Enterococcus spp. They have diagnosed these isolates by Phenotypic & farming characteristics of colonies & by Microscopic examination for cells by using bio - chemical tests as well as using API test for the purpose of accurate diagnosisfor isolates.3 - The samples taken from the hall air and sinks showed a high rate of pollution that were (81.8%) for every sample after that they were ground followed by beds, furniture, And by contamination of the samples taken at (58%) and (53%) respectively.4 - Staph bacteria were most prevalent in the environment of artificial kidney unit was obtained (47) isolate of them at (38.5%) of the total isolates, which was (122) diagnosed isolate.5 - Acinetobacter spp. were most prevalent among the negative bacilli of gram stain in the number of isolates was 15 out of 65 negative isolate of gram stain and a percentage amounted to 23.07% of the total isolate Followed by Pseudomonas spp. & Klebsiella spp. at (10.6%) & (4.9%) of the total isolates respectively.6 - It was investigated for sensitivity (70) bacterial isolates of twelve different antibiotics and are all of the : Amikacin, Amoxicillin /clavulanic acid, Ciprofloxacin, Cefotaxim, Cefexime, Chloramphenicol, Gentamycin, Piperacillin, Trimthoprime, Ofloxacin, Vancomycin and Nalidixic acid.7 - Staphylococcus aureus showed very high resistance to the antibiotic Cefaxime The ratio of this counter - resistance (100%), isolates also showed high resistance to both antibiotics Cefotaxime, Gentamycin & nalidixic acid Where the percentage of resistance to these antibiotics (60%).While these isolates showed low resistance to both antibiotics Chloramphenicol, Ciprofloxacin & Ofloxacin at (10%) to both antibiotic.8 - Staphylococcus epidermidis showed resistance by (100%) to antibiotic Cefexime, while the ratio of bacteria resistance to antibiotic Cefotaxime is (58%) also it was the resistance ratio to the antibiotics Nalidixic acid & Trimethoprime (50%) to both of these antibiotics.9 - Staphylococcus bacteria were all sensitive (100%) for antibiotic Amikacin.10 - Pseudomonas spp. Showed high resistance to both antibiotics Cefotaxime & Nalidixic acid by resistance reached (66%) it was also the resistance ratio of both antibiotics Trimethoprim & Vancomycin (55.5%) & (44.4%) respectively While did not show resistance to the bacteria to the antibiotic Amikacin, piperacillin, Ofloxacin & Amoxicillin/Clavulanic acid.11 - Bacteria isolates Klebsiella spp. Were resistant to every antibiotics Cefixime, Trimethoprim & Vancomycin by (100%), bacteria also showed resistant ratio for antibiotics Cefotaxime, Piperacillin & Amoxicillin/Clavulanic reached (66.6%), followed by antibiotic Gentamycin by resistant reached (50%). Klebsiella spp. Were the only bacteria that showed resistant ratio for antibiotic Amikacin reached (16.6%).12 - It has measured MICs test for five antibiotics that used in in the study these are : Amikacin & Clavulanic acid/ Cefotaxime, Amoxicillin, Gentamycin & Ciprofloxacin. on the bacteria most sensitive or most resistant and all isolates that tested showed low MICs ratio to antibiotic Amikacin where ranged between (1 - 8) microgram/milliliter where the isolates were sensitive to mentioned antibiotic geatly.13 - The isolates showed MICs values increased to antibiotic Cefotaxime where the values ranged between (2 - 128)microgram/milliliter to S. aureus while the values ranged between (8 - 512) microgram/milliliter to the remain negative Staphylococcus bacteria of Coagulase test, as for isolates of Klebsiella spp. & Acinetobacter spp. The values of their MICs for the mentioned antibiotic ranged between (2 - 512) microgram/milliliter. While the bacteria isolates Pseudomonas spp. MICs values were low for the same antibiotic where values ranged between (0.25 - 2.0)microgram/milliliter.

التحري عن بعض جينات عوامل الضراوة لبكتريا Cronobacter sakazakii المعزولة من حليب الاطفال الرضع المجفف وعينات سريرية == Detection of some virulence factors genes of Cronobacter sakazakii isolated from Powder infant formula and clinical samples

Author name: ذاريات عبد الرحمن مطلك الجبوري
Supervisor name: لمى عبد الهادي زوين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: اجريت هذه الدراسة لعزل وتشخيص بكتريا Cronobacter sakazakii من حليب الاطفال المجفف ومن الحالات السريرية لاطفال دون عمر السنتين . اذ جمعت230) ) عينة، شملت (30) عينة حليب اطفال لاعمار مختلفة دون عمــــــــــر السنتين من الاسواق المحلية في بغداد, و(200) عينة سريرية، تضمنت 50 عينة من كل من (سائل النخاع الشوكي ودم وخروج وبول) من مستشــــــــفى مدينة الطب (حماية الاطفال ) ومستشفى الطفل المركزي، للمدة من الاول من ايلول 2015الـــــى الاول من كانون الثاني 2016م. زرعت العينات على اوساط زرعية خاصة، اذ زرعــــــــــت عينات (الحليب) على وسط Violet red bile glucose agar وزرعت العينات (السريرية) على وســــــــــــــــــــــــــــط MacConkey agar، وزرعت جميع العينات (الحليب والسريرية ) علــــــــــــــــــى وسط Tryptone soy agar ، ثم زرعت على وسط Biriiltent Enterobacter sakazakii agar. شخصت العزلات بالفحوصات المجهرية والمزرعية والكيموحيوية ، فضلا عن التشخيص باستعمال جهاز Vitek - 2 اذ امكن الحصول على 19 عزلة، وكانت جميعها تعود لبكتيريا Cronobacter sakazakii، وتضمنت 6 عزلات بنسبة تلوث 9.09 % (اذا كانت عزلة واحدة من عينات حليب Novolac Allernova وعزلتين من عينات حليب Novolac AD وثلاث عزلات من عينات حليــــب Dialak1) و13 عزلة بنسبة تلوث 6.5 % (موزعة بواقع 6 (%12) عزلات من عينات سائل النخاع الشوكي و7 ( %14) عزلات من عينات الدم) ولم يتم الحصول على البكتريا من عينات الخروج والبول. بينت نتائج التحري عن بعض عوامل الضراوة مظهريا بان جميع العزلات البكتيرية كانت قادرة على احداث حركة Swimming بقطر يتراوح بين ( 9 - 1ملم ) وSwariming بقطر يتراوح بين 40 - 1)ملم) , وقدرتها ايضا على تكوين الغشاء الحيوي Biofilm باستخدام ثلاث طرائــــــــــق، اذ بينت النتائـــج قدرة العزلات البكتيرية علـــــــى تكويــــــــن الغشاء الحيوي بطريقــــــــــــــة التخطيط على وسط احمر الكونغو الصلب Congo red agar اذ ان 16 عزلة من اصل 19 عزلة تعود لبكتريا C.sakazakii بنسبة 84.21% قادرة على تكوين الغشاء الحيوي على وسط احمر الكونغو الصلب التي هي 4 عزلات بكتيرية بنسبة 21.05% كانت منتجة للغشاء الحيوي وبشكل قوي 10 عزلات بكتيرية بنسبة 52.63% كانت منتجة للغشاء الحيوي وبشكل متوسط وعزلتين بكتيريتين بنسبة 10.52% كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل ضعيف، في حين كانت 3 عزلات بكتيرية بنسبة 15.79% غير قادرة على تكوين الغشاء الحيوي ، اما طريقة Tubes method كانت جميع العزلات قادرة على تكوين الغشاء الحيوي، فقد وجد ان 4 عزلات بكتيرية بنسبة %21.05 كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل قوي، و13 عزلة بكتيرية بنسبة 68.42 % كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل متوسط ، وعزلتين بكتيرية بنسبة 10.53 % كانت منتجة للغش اء الحي وي بشكل ضعيف ، وطريقة Microtiter plate method اذ ان 9 عزلات بكتيرية بنسبة %47.37 كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل قوي و8 عزلات بكتيرية بنسبة 42.11 % كانت منتجة للغشاء الحيـــــــــوي بشكل متوسط وعزلتين بكتيرية بنسبة %10.53 كانت منتجة للغشاء الحيوي بشكل ضعيف . اظهرت نتائج فحص الحساسية باستعمال جهاز Vitek - 2 كونه اكثر كفاءة مقارنـــــــــــــــة بالطريقة التقليدية اتجاه 18 مضــــ ادا حيويــــ ا لتحديد التركـــــ يز المثبـــــــــــــــــط الادنـــ ـى( MICs) Minimum Inhibitory Concentration, وبينت النتائج ان جميع العزلات البكتيرية كانت حساسة Sensitive بنسبة 100% لعدد من المضادات الحيوية المستعملة في الـــدراسة وهـــــــــــي Ampicillin - Sulbactam وCefotaxim وCefpodoxime وCeftazidime وCiprofloxacim وGentamicin وImipenumو Levofloxacin وMeropenem وTazobactam - Piperacillin وTrimethoprim - Sulfamethoxaole وTigecyclin. بينما اختلفت العزلات البكتيرية فكانت مقاومة Resistance او متوسطة المقاومة، اذ كانت نسبة المقاومة اتجاه المضاد الحيوي Cefuroxim وCefuroxim Axetil بنسبة 5.26 % على التوالي، في حين كانت متوسطة الحساسية اتجاه المضاد الحيوي Ampicillin بنسبة %5.26 وللمضاد Cefuroxim بنسبة %15.79, وللمضاد Cefuroxim Axetilبنسبة 52.63% وللمضاد Nitrofurontion بنسبة %15.79 . تم التحري عن بعض جينات الضراوة لبكترياC.sakazakii وتضمنت هذه الجينات كلا من ompA( الذي يشفر عن بروتين A للـ Outer membrane ) وzpx (الذي يشفر عن انزيم Proteases) وfliD ( الذي يشفر عن (Flagella (D)واظهرت النتائج وجود هذه الجينات بنسبة 100% في جميع العزلات. | This study was conducted to isolate and identification of Cronobacter sakazakii from children milk powder and clinical cases of children under two years . It collected (230) samples , included (30) sample children's milk for various ages under two years from the local markets in Baghdad, and (200) from clinical cases , which included (50) samples from each of the (Cerebrospinal Fluid and blood and stool and urine) of the Medical City Hospital ( the protection of children) from Central Children Hospital and Children's Protection Educational Hospital during the period between 1/9/2015 to 1/1/2016. Specimens planted among agricultural private, as planted specimens (milk) to the center of Violet red bile glucose Agar and planted specimens (clinical) at the center of MacConkey agar and planted all samples (milk and clinical) on the central Tryptone soy agar, then planted on the central Biriiltent Enterobacter sakazakii agar. Diagnosed isolates tests microscopic farm and biochemical, as well as diagnostics using Vitek - 2 device as possible to get 19 in isolation, they were all returned to the Cronobacter sakazakii, included (6 (9.09%) isolates included isolation of one isolate from Novolac Allernova and two isolate from Novolac AD and three isolates from Dialak1 ) and 13 isolated (6.5%) included ( 6 (12%) isolates from CSF and 7 (14%) isolates from blood) don't found in stool and urine samples. The results of the investigation of some virulence factors shoewd that all bacteria isolates were able to Swimming motility with a diameter ranging (9 - 1 mm) and Swariming motility with a diameter ranging (40 - 1 mm) and so their ability form biofilm by using three methods. The results show the ability of isolates to form biofilm by using Congo red media methods where it 16 out of 19 isolated bacteria belonging to C.sakazakii increased by (84.21%) able to form biofilm on the central Congo red steel which is 4 (21.05%) were strong production biofilm , 10 (52.63%) were intermediate production biofilm and 2 (10.52% ) were weak biofilm formation , while the 3 (15.79%) unable to form biofilm, The tubes method were all isolates were able to form biofilm, it were found that 4 (21.05%) isolates strong, and 13 (68.42%) intermediate and 2( 10.53%) weak biofilm formation , Microtiter plate method gave 9 (47.37%) isolates strong and 8 (42.11%) intermediate and 2 (10.53%)weak biofilm formation. The susceptibility measured by Vitek - 2 was its more efficient than the traditional methods towards the direction of 18 antibiotic to determine the Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) Minimum. The results showed that all bacterial isolates were sensitive 100% for a number of antibiotics used in the study, a Ampicillin - Sulbactam and Cefotaxim and Cefpodoxime and Ceftazidime and Ciprofloxacim and Gentamicin and Imipenum and Levofloxacin and Meropenem and Tazobactam - Piperacillin and Trimethoprim - Sulfamethoxaole and Tigecyclin. While different bacterial isolates were resistant Resistance or medium resistance, as the proportion of the resistance counter direction vital Cefuroxim and Cefuroxim Axetil was (5.26%) respectively. Whereas , the isolates show intermidate sensitivity towards the Ampicillin with ratio ( 5.26%) Cefuroxim (15.79%), Cefuroxim Axetil (52.63%) and Nitrofurontion (15.79%). Has been investigating some of the genes of pathogenic bacterium C.sakazakii These included genes both ompA (which encodes for Outer membrane protein A) and zpx (which encodes for an enzyme Proteases) and fliD which encodes for (Flagella (D) and the results showed the presence of these genes by 100% in all isolates.

جينات تحسس الزحام وعلاقتها مع بعض عوامل الضراوه في بكتريا الزوائف الزنجاريه == Correlation of Quorum Sensing Genes with Some Virulence Factors in Pseudomonas aeruginosa

Author name: دعاء كاظم منصورالموسوي
Supervisor name: منعم رضوان علي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
University: University of Baghdad
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 60 عزله من البكتريا السالبه لصبغه كرام مشخصه مبدئيا بانها بكتريا الزوائف الزنجاريه من عده مستشفيات في بغداد ومنها مستشفى ابن البلدي ومستشفى الحروق ومستشفى بغداد التعليمي وكذلك من المختبرات التعليميه في مدينه الطب خلال الفتره من بدايه شهر ايلول لغايه نهايه شهر كانون الاول لسنه 2013 تضمنت هذه العزلات22 عزله من خمجات الحروق و18 عزله من خمجات الجروح و9عزلات من عينات القشع لمرضى مصابين باصابات الجهاز التنفسي و6 عزلات من الدم وعزلتين من خمجات المجاري البوليه و3عزلات من مسحات الاذن. شخصت العزلات مبدئيا بزراعتها على وسط الماكونكي الصلب ووسط الدم الصلب وكذلك وسط السيدوموناس الصلب بعد ذلك تم اجراء بعض الفحوصات البايوكيميائيه مثل فحص الكاتليز والاوكسيديز تبع ذلك تشخيص العزلات جينيا باستخدام تفاعل البلمره التسلسلي باعتماد جين .rpsL اكدت النتائج ان جميع العزلات قيد الدراسه هي بكتريا الزوائف الزنجاريه . خضعت 60 عزله عائده لبكتريا الزوائف الزنجاريه لاختبارفحص الحساسيه تجاه 12 مضادا حيويا بطريقه الانتشار واظهرت النتائج وجود مقاومه عاليه بين عزلات الدراسه لـــمضادات Tetracycline (100%) ,Ceftazidime (100%) ,Cefoxitin (100%) , Ceftriaxone (85 %) , Cefepeme (83.3%), Amoxillin/Clavulanic acid (81.6 %),Chloramphenicol (78.3 %) وانها كانت ذات مقاومه متوسطه لمضاد51.6%) Pipracillin ) وذات مقاومه واطئه لمضادات Tobramycin(33.3%), Norfloxacin (31.6%), Azithromycin (31.6%),Ciprofloxacin (28.3%). اختبرت قابليه العزلات على انتاج الغشاء الحيوي باستخدام طريقه احمر - الكونغو وطريقه اطباق المعايره الدقيقه وتم قياس قيم الكثافه الضوئيه باستخدام قارىء منظومة الاليزا, اظهرت النتائج ان طريقه اطباق المعايره الدقيقه اكثر كفاءه وحساسيه من طريقه احمر الكونغو للكشف عن الغشاء الحيوي اذ اظهرت نتائجها ان 4 عزلات فقط غير منتجه للغشاء الحيوي اما العزلات الاخرى فقد كانت منتجه بدرجات متفاوته . اظهرت نتائج التحري عن جينات تحسس الزحام باستخدام تقنيه تفاعل البلمره التسلسلي المتعدد وباستخدام بادئات خاصه بتسلسلات معينه لجينات الكوارم اظهرت النتائج ان 81,6% من هذه العزلات تمتلك واحد او اكثر من هذه الجينات بينما كانت 18.4% من هذه العزلات لا تمتلك الجينات اعلاه . تقنيه تفاعل البلمره التسلسلي استخدمت في التحري عن خمس من جينات عوامل الضراوه العائده لبكتريا الزوائف الزنجاريه وهي ((exoU,proteaseIV,exoS,pilB,plcH, اظهرت النتائج وجود هذه الجينات بنسبة (0% , 21.6 % ,26.6 % , 46.6% ,53.3% ) تباعا وكانت هذه العزلات تمتلك exoU وبعظها exoS وعلى اساسها صنفت العزلات على انها اما سامه او ضاريه . بينت الدراسة ان هناك بعض الطفرات قد حدثت في تسلسل القواعد النتروجينية للعزلات قيد الدراسة وكانت من نوع طفرات الاستبدال والادخال, كذلك تبين من مطابقة تسلسل القواعد النتروجينية المترجم مع تسلسل الاحماض الامينية الاصلي للجين لم يكن للطفرات تاثير على ناتج الترجمة . | A total of (60) clinical isolates of gram negative bacteria primary identified as Pseudomonas aeruginosa were obtained from different teaching hospitals in Baghdad ; Ibn - El Balady , Baghdad teaching hospital , Burn hospital and Teaching laboratory in Medical city. During the period between July 2013 till December 2013. The source of these isolates were as follows : (22) isolates collected from burn infections ,(18) isolates from wound infections, (9) isolates from sputum taken from patients suffering from respiratory tract infection,(6) isolates from blood,(2) isolates from urinary tract infections(UTI), and the last (3) isolates from ear swab. The isolates were initially identified by culturing on MacConkey agar,Blood agar, Pseudomonas agar then diagnosed by performing some biochemical tests (catalase and oxidase) followed by Genotypic diagnoses by PCR Which was performed by housekeeping gene (rpsL gene). The results confirm that all the 60 isolates were P.aeruginosa. Sixty P.aeruginosa isolates were tested for 12 antibiotics by using agar diffusion method , the results showed high resistance against Tetracycline 100%, Ceftazidime100%,Cefoxitin100%,Ceftriaxone85%,Cefepime,83.3%,Amoxicillin/Clavulanic acid 81.6%, and Chloramphinicol 78.3% moderate resistance against ,Pipracillin 51.6% , and low resistance against Tobramycin 33.3% , Norfloxacin 31.6%,Azithromycin 31.6% and Ciprofloxacin 28.3%. The ability of the isolates to produce biofilm were tested using congo red plate method and Tissue culture plate method(TCP). Results showed that TCP method is a more quantitative and reliable method for the detection of biofilm this method show that 6.6% isolates were not biofilm producers while other isolates produce it in different degrees . Multiplex polymerase chain reaction (PCR) technique was performed using specific primers targeting the specific sequences of Quorum sensing genes (lasR,lasI , rhlR,rhlI) .The results showed that 81.6% positive for one or more QS genes while only 18.3% were negative for all these genes. Polymerase chain reaction (PCR) technique was used to screened five virulence factors (exoU,proteaseIV,exoS, PilB , PlcH) results showed percentage were (53.3% , 46.6% , 26,6 % , 21,6 % , 0% ,) positive isolates respectively and these isolates contain either exoU or exoS and according to this have been classified into cytotoxic and invasive. Determination of nucleotides sequence for QS genes was revealed there was some mutations occurred which included substitution and insertion. From the other side results of identities of translated - nucleotides sequence with original sequence of amino acids revealed that there were no effect of mutations on translation product.

تاثـير الاس الهيـدروجيني على التركيز المثبط الادنى للمضادات الحيوية ضد Escherichia coli == Effect of pH on minimum inhibitory concentration of antibiotics against Escherichia coli

Author name: داليا سـلمان عــبد ســبع
Supervisor name: محمد فخري احمد | مروان صالح محمد النمر
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تهدف هذه الدراسة الى معرفة تاثير الاس الهيدروجيني وتاثير تحمل الجهد على بكتريا الايشريشيا القولونية ( Escherichia coli ) بوجود وبغياب مجموعة من المضادات الميكروبية .امكن الحصول على ( 10) عزلات من بكتريا الايشريشيا القولونية ، من عينات الادرار والخروج لمرضى ارتادوا وحدة المايكروبايولوجي للعناية الطبية في مستشفى اليرموك التعليمي وشخصت مجهريا" وكيموحيويا" قبل زرعها في وسط نقيع الصويا الثلاثي بوجود وبغياب كل من المضادات الثمانية الاتية : ampicillin ,amoxicillin , gentamicin , amikacin ,cefotaxime , ceftriaxone , cefepime , and ciprofloxacin.تم التحري عن حساسية العزلات تجاه تلك المضادات بقيم مختلفة للاس الهيدروجيني وبوجود تراكيز مختلفة من مادتي المانيتول والبيروكسي نتريت ، اذ اظهرت النتائج مقاومة عزلات البكتيريا العالية لمعظم المضادات قيد الدراسة ، وان وسط النمو ذا الاس الهيدروجيني 5.1 ادى الى تثبيط نمو البكتريا بشكل كامل ، في حين ادى وسط النمو القاعدي الى استقرارية المضادات .اظهرت جميع العزلات مقاومتها لمضاد السبروفلوكساسين عند اسهيدروجيني ≥ 8.4 , كما وادى اي تغيير في قيمة الاس الهيدروجيني للمحلول الى فقدان هذا المضاد لفعاليته في الوقت الذي لم تفقد مجموعتي السيفالوسبورينات والامينوكلايكوسيدات فعاليتهما بالوسط القاعدي , ولوحظ ذلك من خلال اختبار حساسية العزلات تجاه هاتين المجموعتين في اس هيدروجيني يصل الى 9.9 , ولوحظ ايضا"ان السيفالوسبورينات كانت مستقرة عند اس هيدروجيني تراوح ما بين ( 4 - 8.8 ) .بالنسبة لتاثير المانيتول على البكتريا المعزولة ، اظهرت نتائج الدراسة ان البكتريا لا تستطيع تحمل وجوده بتركيز ≥ 2% في الوسط , كما ان مجموعتي السيفالوسبورينات والامينوكلايكوسيدات كانت مستقرة بوجود المانيتول بتركيز < 2% ، وبالنسبة لتاثير البيروكسي نتريت على نمو البكتريا المعزولة وجد انه ادى الى تثبيط نمو البكتريا بنمط يعتمد على تركيزه بالوسط كما ووجد ان هناك تازرا" بينه وبين المضادات المستخدمة عندما كان بتركيز (89.8) مايكرومول .اظهرت نتائج هذه الدراسة اهمية الاس الهيدروجيني لوسط النمو بالنسبة لمضادات ميكروبية معينة، كما وادت اضافة مواد معينة مثل المانيتول او البيروكسي نتريت الى تحفيز قابلية الكائن المجهري على المقاومة او تثبيط النمو، وبذلك يمكن ان تكون هذه المواد مؤازرة اوذات تاثير مضاد. | This study was designed to investigate the effect of pH and stress tolerance on the susceptibility of E. coli to eight antibiotics. A total of 10 isolates were recovered from urine and stool samples of patients who sake Al - Yarmouk Teaching Hospital, Unit of microbiology for a medical management. The isolated microorganisms were identified, microscopically and biochemically. The colonies of cultured microorganism were then sub - cultured in tryptic soy broth in microtitre plate in the presence or absence of each of the following antibiotics; ampicillin, amoxicillin, cefotaxime, ceftriaxone, cefepime gentamicin, amikacin, and ciprofloxacin. The susceptibility of E.coli towards these antimicrobials was examined at different pHs ; and concentrations of mannitol or peroxynitrite. The results showed that E.coli whether isolated from urine or stool, was multi - drug resistant. Growth of E.coli was completely inhibited in the tryptic soy broth at pH 5.1 in presence or absence of the antibiotics. The alkaline growth medium interferes with stability of the drugs incubated with E.coli. Ciprofloxacin lost its antibacterial activity at pH ≥ 8.4 and allowed E. coli to be a resistant . On the other hand, the cephalosporins and aminoglycosides were not degrade by the alkaline medium. This was evident through observation of the susceptibility of E. coli to these antibacterial agents at pHs up to 9.9. E.coli cannot tolerate presence of mannitol in the growth medium at concentrations of ≥2%. Cephalosporins and aminoglycosides were stable in presence of mannitol at concentrations of less than < 2%. Cephalosporins were stable at a wide range of pH (4.0 - 8.8), while ciprofloxacin had lost its stability at any changes in pH of the medium. Peroxynitrite inhibited the growth of E. coli in a concentration dependent manner rather than it induced stress and allowed the E. coli to tolerate. Furthermore, a concentration of 89.8 µM peroxynitrite produced synergism effect to all antibiotics applied in this work.Results of study explored importance of adjusting pH of growth media for specific antibiotics. Also, the addition of certain substances, like mannitol or peroxynitrite, that induced stress in microorganism may suppress the growth, rather than rendering the microorganisms, to be antimicrobial resistant. Moreover, these substances exert synergism rather than antagonism effect

دراسـة مقاومة انواع من البكتريا المعزولة من المرضى لبعض المضادات الحياتية والمركبات الكيمياوية الجديدة == STUDY THE RESISTANCE OF BACTERIAL SPECIES ISOLATED FROM PATIENTS TO THE SOME ANTIBIOTICS AND NEW CHEMICAL COMPOUNDS

Author name: خانزاد خضر جرجيس
Supervisor name: عادل كمال خضر | سوزان سعدي حسين
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت 488 عينة ماخوذة من مختلف انواع الاصابات من مختبر الصحة العامة المركزي ومستشفيات محافظة اربيل . اخذت 100 عينة من اشخاص لهم التهابات المجاري البولية، وجمعت 388 مسـحة من التهاب الجروح، الحروق، الاذن، اللوزتين، ملتحمة العين، المهبل والانف . استنبتت هذه العينات على وسطي اكار الدم وماكونكي اكار للتحري عن وجود البكتريا المسـببة للاصابات المتنوعة وتشخيصها . بلغ عدد العينات الموجبة للزرع البكتيري 321 (% 65.77)، فيما كان عدد العينات السالبة 167 (% 34.22)، شــخصت العزلات النامية مظهريا وزرعيا وخواصها الكيموحيوية اذ اهملت جميع انواع البكتريا النامية باســـتثناء S. aureus ، S. epidermidis ، P .aeruginosa ، E. coli . اظهرت نتائج التشخيص البايوكيميائي وجود 67 عزلة (% 20.87) منها تعود الى نوع S. aureus من خلال ايجابيتها لفحص الكاتليز وفحص انتاج انزيم مجلط البلازما، وتخمير سـكر المانيتول، اختزال التليورايت وانتاج انزيم محلل الدنا DNase المقاوم للحرارة كما واظهرت نتائج التشـــخيص وجود 59 عزلة (% 18.38) منها تعود الى E. coli اذ تميزت هذه البكتريا عند تنميتها على وسط EMB (Eosin - methylene blue agar) بمستعمراتها ذات بريق معدني اخضر وتنمو على اكار الماكونكي بشكل مستعمرات وردية لكونها مخمرة لسكر لاكتوز اضافة الى اختبار IMVC كانت موجبة لاختبار الاندول واحمر المثيل فيما كانت سالبة لفحص الفوكس بروسكاور ولم تتمكن بكتريا E. coli من اسـتهلاك السترات فقد اعطت فحصا سالبا لليوريز والاوكســيديز وكذلك وجود 50 عزلة (% 15.57) P. aeruginosa الموجبة لفحص الاوكسيديز والكاتليز واختبار استهلاك السترات وسالبة لاختبار انتاج اليوريز.واظهرت وجود 21 عزلة (% 6.54) تعود الى S. epidermidis منتجة لانزيم الكاتليز وغير منتجة لانزيم مجلط البلازما وانزيم تحلل الدنا DNase وغير مخمرة لســكر مانيتول، ، واستعمل نظام ابي API STAPH ، API 20E لدعم هذه النتائج .شملت الدراسة فحص حساسية العزلات تجاه 33 مضادا حياتيا و9 مركبات كيمياوية . اظهرت بكتريا S. aureus مقاومة عالية للمضادات Penicillin ، Ampicillin، Piperacillin ،Carbenicillin ، Augmentin ، Tetracycline اذ بلغت نسبتها (,90, 100 ,90 80 , 6050 ,) %على التوالي واظهرت هذه العزلات مقاومة اقل للمضاد Rifampicin اذ بلغت نسبتها 5% واظهرت هذه البكتريا مقاومة منخفضة للمضادات Oxacillin ، Cloxacillin ، Imipenem , Amikacin , Ciprofloxacillin , Pefloxacillin , Sulphamethoxazole Trimethoprim اذ بلغت نســـــبتها % 15 على التوالي في حين حصلت استجابة مختلفة للمضادات الحيوية الاخرى . بينت النتائج ان جميع العزلات S. aureus كانت % 100 حساسة لمضاد Vancomycin ، Novobiocin ، Fusidic acid .اظهرت بكتريا S. epidermidis مقاومة عالية للمضادات Piperacillin, Penicillin G , Doxycycline hydrochloride, Ampicillin Carbenicillin ,Tetracycline, Augmentin, اذ بلغت نسبتها % (50,60,70,70,80,90, 100) .اظهرت هذه العزلات مقاومة اقل للمضادات Imipenem Ciprofoxacillin,Rifampicin , ,Pefloxacillin, Fusidic acid , اذ بلغت نســـبتها % (5,10,10,10,10) على التوالي واظهرت جميع عزلات بكتريا S. epidermidis حساسيتها للمضادات Vancomycin , Novobiocin والتي بلغت نســـبتها % 100. اظهرت عزلات P. aeruginosa مقاومة عالية بلغت نسبتها % 100 للمضادات Penicillin G , Ampicillin , Augmentin , Oxacillin , Cloxacillin , Cephalothin , Cephalexin , Cefoxitin , Streptomycin ,Tetracyclin , Doxycycline hydrochloride , Chloramphenicol , Erythromycin , Rifampicin , Nitrofurantoin وSulphamethoxazole Trimethoprim.اظهرت عزلات هذه البكتريا مقاومة اقل للمضادات Amikacin Ciprofloxacillin, Pefloxacillin, Imipenem, Aztreonam,, اذ بلغت نسبتها % (15,20,20,20,25) , بينما اختلفت العزلات في نسبة مقاومتها للمضادات الحيوية الاخرى . اظهرت عزلات E. coli مقاومة عالية للمضادات Penicillin G , Cloxacillin,Oxacillin , Ampicillin Erythromycin, Augmentin, اذ بلغت نسبتها % (90,95,95, 100, 100,100) , اظهرت عزلات هذه البكتريا مقاومة اقل للمضادات ,Gentamicin Ciprofoxacillin , Imipenem Aztreonam , , ,Amikacin,Nitrofurantoin,Pefloxacillin اذ بلغت نسبتها%(5,10,10,10,10,15,15) على التوالي في حين اختلفت العزلات في نسبة مقاومتها للمضادات الحيوية الاخرى . تم دراسة مركبات مشتقة من - 5,5 ثنائي فنيل - 4,2 - ايميدازوليدين دايون (فنتيون) من خلال اجراء تفاعلات قواعد مانيخ مع البارافورمالديهايد والامينات الاولية المعروفة باستخداماتها الدوائية . واختبرت هذه المركبات الكيميائية الجديدة التســعة كمواد مضادة للبكتريا Antibacterial agent باستخدام خمسة تراكيز (0.2,0.1,0.08,0.06, 0.04 ml) . بينت نتائج التحليل الاحصائي ان افضل طريقة هي طريقة التخفيف بالمرق broth dilution وتليها طريقة تخفيف بالاكار . فقد تم التوصل الى وجود فروقات معنوية (P< 0.05) ، بين طريقة التخفيف بالمرق وكل من الطريقتين انتشار القرص والحفرة .جميع المركبات الكيمياوية المحضرة لها تاثيرات قاتلة على كل من S. aureus وS. epidermidis باســـتثناء V,VII حيث وجد ان لهما تاثيرا مثبطا وليـس قاتلا في التراكيز (0.2,0.1,0.08,0.06,0.04ml) في حين اظهرت المركبات I، IV، V، VIII،IX تاثيرات قاتلة على بكتريا P. aeruginosa ، كما وجد ان المركبات II،III، VI، VII لهم تاثيرات مثبطة على هذه البكتريا في التراكيز المذكورة نفسها، كانت جميع المركبات الكيمياوية لهم تاثيرات قاتلة على بكتريا E. coli وفي جميع التراكيز المستخدمة .

كشف عن الجينات المشفرة لانتاج البايوسين من بكتريا Pseudomonas aeruginosa ومقارنة الانتاج مع تكوين الغشاء الحيوي == Detection of Genes Encoding Pyocin Production of Pseudomonas aeruginosa and Comparison the Production with Biofilm Formation

Author name: حسين ظاهر عليوي التميمي
Supervisor name: رجوة حسن عيسى الربيعي
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: English
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: جمعت50)) عزلة تابعة لبكتريا Pseudomonas aeruginosa من مستشفيات مختلفة في بغداد وخلال شهر ايلول لغاية شهر الكانون الاول لسنة (2014). تم اخذ هذه العزلات من مصادر مختلفة ثم شخصت بالاعتماد على الصفات المظهرية والمجهرية عند تنميتها على الاوساط التفريقية والاختيارية فضلا عن الفحوصات الكيموحيوية ولتاكيد نتائج الفحوصات الكيموحيوية استعمل نظام VITEK2 Compact كخطوة تكميلية. كما تضمنت الدراسة التصنيف المصلي لاجناس P. aeruginosa حيث تتعدد الانماط المصلية لهذه البكتريا حيث كانت ( : 11, O : 9, O : 8 and O : 7) بعد فحص العزلات. كان النمط المصلي (O : 11) الاكثر شيوعا وانتشارا من الانماط الباقية .كانت الانماطO : 8) وO : 9) اقل انتشارا ويعد النمط المصلي (O : 7)من الانماط حديثة الظهور. استعملت في هذه الدراسة طريقة Cross Streaking Method للكشف عن قدرة البكتريا على انتاج البايوسين حيث استخدم الوسط trypticase soy agar في هذه الطريقة, كانت العزلات المنتجة للبايوسين (P) قادرة على انتاج البايوسين عندمزارعت بشكل خط مستقيم وذلك بعد ان حضنت لمدة 24 ساعة وبدرجة37 مئوية, العزلة الدالة(I) فقد زرعت بشكل خط عمودي على العزلة المنتجة (P). ان غياب النمو البكتيري في الوسط الزرعي وعند نقطة التقاء الخطين دلالة على انتاج البكتريا للبايوسين, اذ لوحظ ان (16) عزلة من اصل (50)عزلة لها القدرة على انتاج البايوسين.واستعملت في هذه الدراسة طريقتين للتحري عن تكوين الغشاء الحيوي وهي طريقة Congo Red Method (CRA) وطريقة اطباق المعايرة Micro Titration Plate Method (MTP). اظهرت النتائج ان طريقة (MTP) كانت اكثر حساسية في التحري عن تكوين الغشاء الحيوي ، اذ لوحظ ان (19) عزلة من اصل (50) عزلة وبنسبة (38%) كانت مكونة للغشاء الحيوي وبشكل قوي ، في حين كانت (13) عزلة وبنسبة (26%) مكونة للغشاء الحيوي وبشكل ضعيف ، لكن كانت هنالك (18) عزلة وبنسبة (36%) غير مكونة للغشاء الحيوي. في حين بينت النتائج الخاصة بطريقة ال (CRA) ان (33)عزلة وبنسبة (66%) كانت قادرة على انتاج الغشاء الحيوي ، بينما كان عدد العزلات غير المكونة للغشاء الحيوي (17) عزلة وبنسبة (34%).اخضعت جميع العزلات (50 عزلة) للفحص بواسطة تقنية Polymerase Chain Reaction(PCR) لتشخيص الجينات المسؤولة عن انتاج البايوسين من نوع S باستخدام برايمرات خاصة لكل من (S1S2 pyocin) و(S3 pyocin). اظهرت نتائج تقنية الPCR بان (24) عزلة من اصل (50) عزلة وبنسبة تقدر ب (48%) تمتلك جين S1S2 (اذ كان ناتج تقنية البلمرة لهذا الجين بالحجم 287bp), لكن هنالك (21) عزلة وبنسبة (42%) تمتلك جين S3 (اذ كان ناتج تقنية البلمرة لهذا الجين بالحجم 451bp). | Fifty bacterial isolates of Pseudomonas aeruginosa have been collected from many hospitals in Baghdad include : Al - Kindy hospital, Ibn Al - baladi hospital, wound and burn hospital and Baghdad hospital in medical city during the period from Sep. to Dec. (2014). These isolates were collected from different sources. Then, they were diagnosed depending on morphological and microscopic properties when they were cultured on selective and differential culture media as well as by using biochemical tests, then in order to confirm the results of biochemical test VITEK2 compact have been used as a confirmatory step. Serotype classification of P. aeruginosa isolates showed multiple serotypes were existed (O : 11, O : 10, O : 9, O : 8, O : 7 and O : 5) for isolates which tested and (O : 11) serotype consider as more frequent serotype as (48%) whereas (O : 9, O : 5 and O : 8) are low spreading serotypes as (8%, 10% and 12%) respectively, while (O : 7) serotype as (4%) represent appearance of new serotype in comparison with local studies. In this study, pyocin production was detected by using cross streaking method, it was applied by using trypticas soy agar media. In this method producer isolates (P) which were able to produce pyocin were cultured as straight line and after incubation at 37Co for 24h., inducer isolates (I) were cultured on media as a vertical on the first line (producer isolates).Absence of bacterial growth on the media which were cultured by vertical line on producer bacteria leads to pyocin that produce by producer isolate prevent growth of inducer isolates, where it had been noted that (16) isolates out of (50) isolates have the ability to produce pyocin.Ability of bacterial isolates to produce biofilm was detected by two methods : these methods are Congo Red Agar method (CRA) and micro titration plates method (MTP). Results have been showed that (MTP) method was more sensitive to determine biofilm producers. It was noted that (19) isolates from (50) isolates as a (38%) were powerful biofilm producers while (13) isolates as a (26%) were weak biofilm formation, but there were (18) isolates as a (36%) were non - biofilm producers. On the other hand the (CRA) method appeared that (33) isolates as a (66%) were able to produce biofilm while non - biofilm formation isolates were (17) isolates as (34%).All fifty isolates were tested by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique to detect gene responsible for S type pyocin by using primers specific for S1S2 pyocin and S3 pyocin. Results appear that there were (24) isolates from all (50) isolates (48%) contained the S1S2 gene, but there are (21) isolates also from (50) isolates as a (42%) contained S3 gene. The total number of isolates which contain genes encoding of S - type pyocin production (both S1S2 and S3 genes) were (31) isolates as (62%).The results have shown that there were (39) isolates as (78%) have the ability to produce pyocin by both phenotypic and genotypic methods (cross - streaking and PCR technique), while there were (43) isolates as (86%) able to produce biofilm by both CRA and MTP methods. Relationship between pyocin production and biofilm production were shown that all isolates have the ability to produce pyocin at least by one method were able to produce biofilm and at least by one method too

تاثـيــر فعالية الانتيروسين المنتج من بكتريا faecium Enterococcus على بعض البكتريا المرضية المعزولة من مصادر مختلفة == Activity effect of enterocin produced from Enterococcus faecium on some pathogenic bacteria isolated from different sources

Author name: حسام سامي عويد الشمري
Supervisor name: خليل مصطفى خماس
General topic: Biology
Specific topic: Microbiology
Degree: Master
Language: Arabic
University location: Baghdad
First pages:
Abstract: تـتـناول هــذه الـــدراســة تاثـيـر الانتيـروســـين المنتــج بــواســطــة بكــتــريا E.faecium ضـــد بــعــض البكتــريا الــمـمـرضــة المـتـواجـــدة بكثرة في الحـليب ومشتقاته. فقد تم لهذا الغـرض جمع 382عينة من اطفال يعانون حالات اسهال والتهاب السبيل البولي والحليب الخام لعـزل بكتريا E.faecium وتم تشخيص العزلات بالفحوصات الكيموحيوية وتاكيد تشخيصها باستعمال منظومة فايتك 2 . فضلا عن ذلك فقـد تم جمع 50 عينة لعـزل بكتريا Listeria monocytogenes و66 عينة لعزل بكتريا Salmonella typhimurium من الحليب الخام ومشتقاته وتم تشخيصهما باتباع الفحوصات الكيموحيوية وتاكيد التشخيص باستعمال Api Listeria وApi - 20Eاضافة الى التنميط المصلي لبكتريا Salmonella typhimurium . تم تقصي انتاج الانتيروسين المنتج بواسطةE. faecium باستعمال طريقتي اقراص الاكار والانتشار في الحفر , ونقي الانتيروسين باستعمال الترسيب بسلفات الامونيوم والفصل بكحول البيوتانول , كما تم الكشف عن حساسية البكتريوسين المنتج لمجموعة واسعة من الانزيمات الحالة للبروتين والدهون وبعض الانزيمات الاخرى .فضلا عن ذلك فقد تمت دراسة تاثير الحرارة والرقم الهيدروجيني على البكتريوسين المنتج , وتم اختبار تراكيز مختلفة من المايتومايسين - سي لحث الانتيروسين .اختبرت الحساسية للمضادات الحيوية لعزلات بكتريا اللستيريا والسالمونيلا والمكورات المعوية باستخدام طريقة كيربي - باور .يمكن تلخيص النتائج التي تم الحصول عليها بالاتي : كانت نسبة عـزل E. faecium 7.59)%) من مجموع 382 عينة , اما نسبـة عـزل Listeria monocytogenes 10)%) من مجموع 50 عينة , اما نـسبـة عـزل Salmonella typhimurium فقد كانت .06)6%) من مجموع 66 عينة . اظهـر الانتيروســين المنتـج بواســطة E. faecium طـيفا واسعا من التاثير ضـد البكتريا الاختبار المـوجبة والسالبة لصبغـة غــرام التي عددها 8 وبضمـنها Listeria monocytogenes وSalmonella typhimurium . اظهر الحث بالمايتومايسين - سي )بتركيزي 1.5 و2 مكغم/ مل( انتاجا عاليا للانتيروسين . ادت تنقية الانتيروسين جزئيا باستعمال الترسيب بنسبة 80 % الى اعطاء اعلى نتيجة عندما بلغت 2.225 وحدة / مكغم بروتين , اما الفصل بكحـول البيوتانول فقد اعطى محصولا وصــل الى 0.57 وحدة / مكغم بروتين . ادت معاملة الانتيروسين بالانزيمات وتلك الحالة للبروتين حساسية الانتيروسين تجاه هذه الانزيمات باستثناء انزيمات Lipase وCatalase وα - amylaseو Lysozyme . اظهـرت تجارب المعاملة بالحرارة مقاومة الانتيروسين للحرارة وحتى عند121ºC لمدة 20 دقيقة , في حين كان مدى الاس الهيدروجيني له 4 - 9 .اظهرت تجارب الحساسية للمضادات الحيوية ان Enterococcus faecium كانت حساسة الى 7 مضادات حيوية . وكانت بكتريا Listeria monocytogenes مقاومة الى 9 مضادات حيوية وبكتريا Salmonella typhimurium مقاومة الى 4 مضادات حيوية .امكن الحصول على النتائج وكما يلي : انتجت عزلات Enterococcus faecium الانتيروسين بكميات واطئه فيما امكن حثه باستعمال المادة الحاثة المايتومايسين - سي , وامكن تنقيتها جزئيا باستعمال مرسبات البروتين . اتصف الانتيروسين المنتج من هذه البكتريا بطيف واسع النطاق من التاثير ضد البكتريا الموجبة والسالبة لصبغة غرام ولاسيما تلك التي تلوث الحليب ومشتقاته . | This study investigate the effect of bacteriocin by Enterococcus faecium against some pathogenic bacteria frequently found in milk and dairy product. Three hundred eighty two sample collected from patients and raw milk were used for isolation of E.faecium the isolates were diagnostic by biochemical tests and confirmed using Vitek 2 system . In addition Listeria monocytogenes , Salmonella typhimurium were isolated from milk and dairy products these were diagnostic by biochemical tests and confirmed using Api Listeria and Api - 20E system in addition to serotyping to bacteria Salmonella typhimurium . Enterocin produced by E.faecium detected using tow methods Cup agar and Well diffusion and partially - purified using ammonium sulfate precipitation and n - butanol partition , the sensitivity of the material was tested against diverse group of proteolytic , lipolytic and some other enzymes. In addition the effect of temperature as well as pH an the bacteriocin were tested . and used different concentration of Mitomycin - C to induce enterocin . Antibiotic sensitivity of Listeria and Salmonella and Enterococcus isolates were tested using Kirby - Bauer method. The results showed the followings : The isolation rate of E . faecium was (7.59%) from 382 sample , L. monocytogenes isolation rate approach (10%) from 50 sample , S.typhimurium isolation rate reached (6.06%) from 66 sample .Enterocin produce by E . faecium demonstrated a broad - spectrum effect against both gram positive and gram negative bacteria including Listeria monocytogenes and Salmonella typhimurium . Mitomycin - C induction was used to induce a high level production of Enterocin the concentration of optimum inducing agent was 1.5 - 2 mg /ml. The enterocin was partially purified eighty percent of Ammonium sulfate give the highest yield reaching 2.225 Unit /mg protein , n - butanol partition yield 0.57 Unit/mg protein. Enzymatic effect on enterocin demonstrated that proteolytic enzymes completely inactivated the bacteriocin , other enzymes including Lipases Catalase demonstrated no effect. α - amylase , Lysozyme ,The Enterocin was heat - resistance at even 121º C for 20 minute , the optimum pH was shown to be 4 - 9 .Enterococcus faecium was highly sensitive to 7 antibiotic used .and Listeria monocytogenes was highly resistance to 9 antibiotic and Salmonella typhimurium was resistance to 4 antibiotic . In results E . faecium produce enterocin at low level which was induced to high level yield using Mitomycin - C , the enterocin could be partially purified using precipitators protein, That enterocin product of this bacteria characterized a broad spectrum against positive and negative gram bacteria including contaminate milk and its products
1 ... 55 56 57 58 59 ... 98