التشخيص المظهري والجزيئي لانواع الفطرFusarium المرافقة لجذور الطماطا باستخدام تقانة التفاعل السلسلي للبوليمريز Polymerase Chain Reaction == Phenotypic and molecular Identification of Fusarium species associated with the roots of Tomato using Polymerase Chain Reaction technique
Author name:
ايمان صباح عبد الامير الجعفري
Supervisor name:
محمد عامر فياض | عدنان عيسى البدران
General topic:
Agricultural sciences
Specific topic:
Plant - Diseases
Degree:
Master
University:
University Of Basrah - Faculty Of Agriculture - Department Of Plant Protection
Language:
Arabic
University location:
Basrah
First pages:
31T1745 - p.pdf
Abstract:
اجريت هذه الدراسة في كلية الزراعة ، جامعة البصرة للمدة من 2010 - 2011 بهدف تشخيص انواع الفطر Fusarium spp المعزولة من جذور وقواعد سيقان نبات الطماطا مختبريا باستخدام الصفات المظهرية وباستخدام تقنية Polymerase Chain Reaction واجراء بعض الدراسات حول بعض العوامل البيئية المؤثرة في نموها ، اظهرت نتائج العزل والتشخيص للفطريات التي عزلت من جذور نباتات الطماطا التي حصل عليها من مناطق مختلفة من العراق انها تعود الى الفطر Fusarium فضلا عن Monilinia sp ، وفي دراسة تاثير درجة الحرارة في نمو خمس عزلات وجد ان جميع العزلات لا تنمو عند درجة الحرارة المنخفضة البالغة 5 م ودرجة الحرارة المرتفعة البالغة 40 م في حين كان معدل النمو للعزلتين IBR1 Fusarium oxysporum وISM Fusarium oxysporum 9 سم في درجة الحرارة 25 م والتي اختلفت معنويا عن العزلتين IKR Fusarium proliferatum وISF Fusarium oxysporum البالغة 8.5 سم وعن العزلة IAM Fusarium sp البالغة 8 سم ، واظهرت النتائج ان افضل نمو حصل عند pH 7 حيث بلغ نمو العزلة ISF 8.8 سم الذي اختلف معنويا عن العزلات IAM وIBR1 وIKR وISM البالغة 8 و8.3 و8 و8.7 سم على التوالي ، كما اظهرت دراسة اختزال النترات ان العزلة IAM بلغ معدل نموها 0.0 سم مقارنة مع النمو الضعيف لبقية العزلات IBR1 وIKR وISM وISM البالغ 4.5 و3 و3 و3.5 على التوالي ، وعند اختبار اوساط غذائية مختلفة (PDA وCMA وPCA وTJM ) وجد ان افضل نمو لجميع العزلات على الوسط PDA حيث بلغ 8.6 سم ويليه الوسط CMA البالغ 8.2 سم ثم الاوساط TJM وPCA 8 و7.4 سم على التوالي ، كما اظهرت نتائج تجربة تاثير المبيد Carbindazim ان العزلات ISF وIKM وIBR1 وIBR2 وICH2 اظهرت مقاومة للتراكيز العالية من المبيد التي وصلت الى 1000 مايكروغرام / مل ، وفي تجارب الاصص اظهرت النتائج ان العزلة IBR1 اشد العزلات تاثيرا في معدل نسبة الانبات في اصناف الطماطا البالغة 78.5% مقارنـة مع بقية العزلات IAM وIKR وISF وISM البالغة 80 و85.7 و87.6 و91.4 % على التوالي ، كما اثرت عزلة الفطر IBR1 في نسبة موت البادرات حيث بلغت نسبة موت البادرات 19.5 % في حين بلغت في العزلات IAM وIKR وISF وISM البالغة 13.3 و15.9 و13.6 و8.5 % على التوالي ، كما اظهرت نتائج استجابة اصناف الطماطا المختلفة للاصابة بعزلات الفطر Fusarium ان الصنف PS02405099 اكثر الاصناف حساسية حيث بلغ معدل نسبة الاصابة وشدتها 82.6 و48.3 % على التوالي ، بينما الصنف Bingo F1 اقل الاصناف تاثرا حيث بلغ معدل نسبة الاصابة وشدتها 64.6 و25.1 % على التوالي . كما اظهرت نتائج التجربة الحقلية ان اصناف الطماطا تختلف في استجابتها للاصابة الفطر Fusarium المختلفة حيث ظهر ان الصنف PS02405099 اكثر الاصناف حساسية للفطر حيث بلغ معدل نسبة الاصابة وشدتها 79.9 و46.8 % على التوالي في حين كان الصنف Bingo F1 اقل الاصناف حساسية حيث بلغت نسبة الاصابة وشدتها 63.9 و25.5 % على التوالي . كما اظهرت نتائج تاثير عزلات الفطر Fusarium في الوزن الطري للمجموعين الجذري والخضري ان الصنف PS02405099 اكثر الاصناف تاثرا بعزلات الفطر اذ بلغ معدل الوزن الطري للمجموعين الجذري والخضري 1.0 و26.2 غم على التوالي ، بينما اقل الاصناف تاثرا Bingo F1 اذ بلغ معدلهما على 2.56 و42.39 غم على التوالي كما ظهر ان عزلة الفطر IBR1 اكثر العزلات تاثيرا على اصناف الطماطا حيث بلغ معدل الوزن الطري للمجموعين الجذري والخضري 1.2 و28.4 غم على التوالي ، كما اظهرت نتائج تاثير العزلات في الوزن الجاف للمجموعين الجذري والخضري ان الصنف PS02405099 اكثر الاصناف تاثيرا بعزلات الفطر حيث بلغ معدل الوزن الجاف للمجموعين الجذري والخضري 0.2 و6.8 غم على التوالي بينما كان الصنف F1 Bingo اقلها تاثيرا حيث بلغ معدلهما 1.7 و9.2 غم على التوالي كمواجد ان العزلة IBR1 اكثر العزلات تاثيرا في اصناف الطماطا المختلفة حيث بلغ معدل تاثيرها في الوزن الجاف للمجموعين الجذري والخضري 0.8 و5.8 غم على التوالي . كما اظهر التشخيص الجزيئي لانواع الفطر Fusarium عند استخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR - RAPD باستعمال البادئات الوراثية (OPA - 02 وOPB - 20 وOPF - 05) وSatellite باستعمال البادئات (M13 وCNS1 ) نتائج ايجابية مع 15 عزلة من الفطريات المعزولة من جذور وقواعد سيقان نباتات الطماطا من مناطق مختلفة من العراق والصين ونجح كل بادئ وراثي في التمييز بين عزلات انواع الفطر Fusarium كما اظهرت التشابه الوراثي بين ازواج الحزم لعزلا ت انواع الفطر Fusarium spp المعزولة من العراق والصين البالغة 15 عزلة وجود ستة افرع وخمس مجاميع تمثل الفرع الاول بالعزلة IZE(9) المتمثلة بالفرع Monilinia fructicola والتي استخدمت كعزلة خارجية للمقارنة، وتمثل الفرع الثاني بالمجموعة الاولى التي تتمثل بالعزلة ICH4 (M4) والمتضمنة النوع Fusarium kyushuense وتمثل الفرع الثالث بالمجموعة الثانية المتمثلة بالعزلة ICH2 (M2) المتمثلة بالنوع Fusarium chlamydosporum ، تمثل الفرع الرابع بالمجموعة الثالثة التي تتمثل بالعزلات)IKR 2) وIKM (8) وIBR2 (11) تتضمن النوع Fusarium solani ، كما تمثل الفرع الخامس بالمجموعة الرابعة المتمثلة بالعزلات ICH1(M1) وICH3(M3) وINJ(12) والمتمثلة بالنوع Fusarium moniliforme ، بينما تمثل الفرع السادس بالمجموعة الخامسة المتضمنة العزلات IAM(3) وIAB (7) وILH (6) وISM (5) ISF (1) IBR1(10) والمتمثلة بالنوع Fusarium oxysporum . | This study was conducted at the College of Agriculture - University of Basrah during the period 2010 - 2011 in order to identify the Species of fungus Fusarium isolated from the roots and stems of the plant Tomato laboratory using morphological characteristics and using the Polymerase Chain Reaction technique and work some experments on some environmental factors affecting its growth. The results of isolation and identify of fungi isolated from the roots of Tomato obtained from different parts of Iraq as belonging to the Fusarium species in addition to the type Monilinia sp. In a study of the effect of temperature on the growth of five isolates found that all the isolates did not grow at the low grade of the 5 ° C and the high degree of 40 ° C while the growth of the Isolates Fusarium oxysporum IBR1 and Fusarium oxysporum ISM 9 cm at Temperature 25 ° C, which differed significantly from Isolates Fusarium proliferatum IKR and Fusarium oxysporum ISF of 8.5 cm and isolation IAM of 8 cm. PH experiment also showed that the best growth Obtained in the pH 7, where growth was isolated ISF 8.8 cm, which differed significantly from isolates and IBR1 IAM and ISM IKR and the 8 and 8 and 8.3 and 8.7 cm respectively. The study showed that the nitrate reductase isolated IAM growth rate of the 0.0 cm compared with the weak growth in the rest of the isolates and IBR1 IKR and ISM and ISM of 4.5, 3, 3 and 3.5, respectively. When tested the differents media (PDA and CMA and PCA and TJM) found that the best growth of all isolates on PDA, Reaching was 8.6 cm, followed CMA of 8.2 and then media TJM and PCA 8 and 7.4 cm respectively. The experiment results showed that the effect of the pesticide Carbindazim, isolates ISF, IKM, IBR1, IBR2 and ICH2 showed resistance to high concentrations of the pesticide, which reached to 1000 micro g / ml. In pot experiments the results showed that the isolated fungus spp Fusarium IBR1 isolates were more influential in the rate of germination percentage in classes Tomato amount of 78.5% compared with the IAM and the rest of the isolates IKR and ISF ISM and 80 and 85.7 and 87.6 and 91.4% respectively. The isolation of the affected IBR1 on the proportion of seedling death where the percentage of seedling death of 19.5% while the isolates in the IAM and IKR and ISF ISM and the amount of 13.3 and 15.9 and 13.6 and 8.5% respectively. The results of the response Varieties Tomato different of infection isolates Species of fungus Fusarium that product PS02405099 more species sensitivity, where the rate of incidence and severity of 82.6 and 48.3% respectively, while the product was Bingo F1 less varieties affected with an average incidence and severity of 64.6 and 25.1% respectively . Results of field testing the Varieties Tomato differ in their response to infection isolate fungus Fusarium different showed its PS02405099, the most sensitive to the, where the rate of incidence and severity of 79.9 and 46.8% respectively, while the product was Bingo F1 less species sensitivity, where the percentage of infection and intensity of 63.9 and 25.5% respectively. The results showed the impact of isolates fungus Fusarium on the fresh weight of shoot root and vegetation that product PS02405099, the most affected isoltes, with an average fresh weight of shoot root and vegetative 1.0 and 26.2 g respectively, while fewer species affected Bingo F1 as it was average 2.56 and 42.39 gm respectively, as shown by the isolation of the fungus isolates IBR1 more influential varieties Tomato with an average fresh weight of root and vegetative shoot 1.2 and 28.4 g respectively. The results showed the impact of the isolates on the dry weight of shoot root and vegetation where he showed I class PS02405099 brand, the most influential isolates with an average dry weight of shoot root and vegetative 0.2 and 6.8 g respectively, while the product was Bingo F1 shallowest reaching shoot 1.7 and 9.2 g respectively also found that isolation isolates IBR1 more influence on the different varieties Tomato with an average impact on the dry weight of root and vegetative shoot 0.8 and 5.8 g respectively. Also showed a molecular identify of the species of fungus Fusarium spp when using the technique polymerase chain reaction RAPD - PCR using primers genetic (OPA - 02 and OPB - 20 and OPF - 05) primers and by Satellite - PCR with (M13, and CNs1) primers positive results with 15 isolates of fungi isolated from roots and bases stem Tomato from different regions of Iraq and China, succeeded each first hereditary in the discrimination between isolates species of fungus Fusarium also showed a genetic similarity between pairs of packets for isolated species of fungus Fusarium spp isolated from Iraq and China of 15 isolated and the presence of six branches and five groups represent the first section isolation IZE (9) of section Monilinia fructicola and used external comparison, and a second section the first set, which is isolated ICH4 (M4) and included the type Fusarium kyushuense and represents the third branch the second set of isolated ICH2 (M2) of species Fusarium chlamydosporum, representing Section IV Group C, which is isolates IKR(2) and IKM (8) and IBR2 (11) include the species Fusarium solani, is also a section V Group D of isolates ICH1 (M1) and ICH3 (M3) and INJ (12) and of species Fusarium moniliforme, while the section VI Group E isolates included IAM (3) and the IAB (7) and the ILH (6) and ISM (5) ISF (1) IBR1 (10) and the species of Fusarium oxysporum
